Date: 2019-12-25 22:38:29 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17739 500
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 3 | 1.000 | 0.977 | 0.971 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.990 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.977 | 0.974 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:kmeans | 3 | 1.000 | 0.974 | 0.981 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:pam | 3 | 1.000 | 0.974 | 0.990 | ** | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 0.998 | 0.999 | ** | |
| SD:pam | 4 | 0.973 | 0.947 | 0.978 | ** | 2,3 |
| ATC:kmeans | 4 | 0.972 | 0.925 | 0.961 | ** | 3 |
| SD:skmeans | 6 | 0.972 | 0.928 | 0.965 | ** | 2,3,4 |
| CV:skmeans | 6 | 0.968 | 0.931 | 0.971 | ** | 2,4,5 |
| MAD:skmeans | 6 | 0.963 | 0.921 | 0.960 | ** | 2,3,4 |
| CV:NMF | 6 | 0.960 | 0.930 | 0.966 | ** | 2,4,5 |
| MAD:pam | 4 | 0.957 | 0.946 | 0.977 | ** | 2,3 |
| ATC:skmeans | 6 | 0.928 | 0.876 | 0.946 | * | 2,3,5 |
| ATC:NMF | 2 | 0.926 | 0.951 | 0.978 | * | |
| SD:NMF | 6 | 0.904 | 0.866 | 0.919 | * | 3,4,5 |
| CV:pam | 5 | 0.904 | 0.883 | 0.936 | * | 2,3 |
| MAD:NMF | 6 | 0.903 | 0.865 | 0.930 | * | 3,5 |
| ATC:hclust | 3 | 0.614 | 0.766 | 0.891 | ||
| CV:hclust | 3 | 0.590 | 0.806 | 0.895 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.552 | 0.811 | 0.914 | ||
| SD:hclust | 3 | 0.544 | 0.811 | 0.872 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.896 0.919 0.968 0.327 0.692 0.692
#> CV:NMF 2 1.000 1.000 1.000 0.281 0.720 0.720
#> MAD:NMF 2 0.887 0.928 0.969 0.485 0.510 0.510
#> ATC:NMF 2 0.926 0.951 0.978 0.456 0.547 0.547
#> SD:skmeans 2 0.958 0.949 0.979 0.500 0.500 0.500
#> CV:skmeans 2 1.000 0.958 0.976 0.493 0.509 0.509
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.967 0.986 0.497 0.504 0.504
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.989 0.995 0.501 0.499 0.499
#> SD:mclust 2 1.000 0.985 0.990 0.287 0.723 0.723
#> CV:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.278 0.723 0.723
#> MAD:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.278 0.723 0.723
#> ATC:mclust 2 1.000 0.998 0.999 0.272 0.728 0.728
#> SD:kmeans 2 0.449 0.737 0.858 0.437 0.499 0.499
#> CV:kmeans 2 1.000 0.977 0.974 0.286 0.723 0.723
#> MAD:kmeans 2 0.495 0.918 0.917 0.451 0.523 0.523
#> ATC:kmeans 2 0.588 0.877 0.918 0.441 0.509 0.509
#> SD:pam 2 1.000 0.997 0.999 0.277 0.725 0.725
#> CV:pam 2 1.000 0.997 0.999 0.277 0.725 0.725
#> MAD:pam 2 1.000 0.994 0.997 0.278 0.725 0.725
#> ATC:pam 2 1.000 0.996 0.998 0.283 0.720 0.720
#> SD:hclust 2 0.323 0.779 0.854 0.427 0.528 0.528
#> CV:hclust 2 0.500 0.910 0.901 0.309 0.723 0.723
#> MAD:hclust 2 0.552 0.811 0.914 0.440 0.544 0.544
#> ATC:hclust 2 0.355 0.683 0.797 0.407 0.503 0.503
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.979 0.951 0.981 0.813 0.664 0.531
#> CV:NMF 3 0.756 0.910 0.952 1.187 0.660 0.530
#> MAD:NMF 3 0.990 0.955 0.983 0.210 0.594 0.389
#> ATC:NMF 3 0.738 0.830 0.917 0.333 0.764 0.599
#> SD:skmeans 3 1.000 0.974 0.990 0.254 0.785 0.605
#> CV:skmeans 3 0.855 0.859 0.947 0.249 0.756 0.568
#> MAD:skmeans 3 1.000 0.960 0.984 0.262 0.796 0.623
#> ATC:skmeans 3 0.946 0.926 0.971 0.260 0.832 0.675
#> SD:mclust 3 0.559 0.810 0.860 1.106 0.654 0.521
#> CV:mclust 3 0.643 0.791 0.901 1.177 0.674 0.548
#> MAD:mclust 3 0.737 0.850 0.920 1.183 0.654 0.521
#> ATC:mclust 3 0.825 0.916 0.946 1.121 0.683 0.564
#> SD:kmeans 3 1.000 0.977 0.971 0.372 0.680 0.468
#> CV:kmeans 3 0.717 0.868 0.900 1.100 0.657 0.526
#> MAD:kmeans 3 1.000 0.974 0.981 0.350 0.796 0.632
#> ATC:kmeans 3 0.960 0.968 0.987 0.372 0.623 0.410
#> SD:pam 3 0.911 0.921 0.967 1.241 0.656 0.525
#> CV:pam 3 0.977 0.951 0.981 1.193 0.666 0.539
#> MAD:pam 3 1.000 0.991 0.997 1.226 0.656 0.526
#> ATC:pam 3 1.000 0.974 0.990 1.114 0.669 0.544
#> SD:hclust 3 0.544 0.811 0.872 0.422 0.773 0.603
#> CV:hclust 3 0.590 0.806 0.895 0.848 0.676 0.552
#> MAD:hclust 3 0.478 0.583 0.748 0.372 0.894 0.809
#> ATC:hclust 3 0.614 0.766 0.891 0.461 0.689 0.484
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.951 0.919 0.967 0.236345 0.816 0.571
#> CV:NMF 4 0.986 0.947 0.980 0.201501 0.825 0.574
#> MAD:NMF 4 0.880 0.888 0.952 0.244312 0.804 0.552
#> ATC:NMF 4 0.681 0.761 0.868 0.203844 0.783 0.499
#> SD:skmeans 4 1.000 0.973 0.990 0.158411 0.867 0.660
#> CV:skmeans 4 0.974 0.943 0.977 0.190487 0.852 0.627
#> MAD:skmeans 4 1.000 0.963 0.986 0.154153 0.875 0.676
#> ATC:skmeans 4 0.874 0.911 0.942 0.105531 0.892 0.718
#> SD:mclust 4 0.617 0.462 0.730 0.165378 0.843 0.614
#> CV:mclust 4 0.726 0.799 0.899 0.201666 0.785 0.513
#> MAD:mclust 4 0.660 0.496 0.720 0.169217 0.868 0.665
#> ATC:mclust 4 0.554 0.597 0.803 -0.000229 0.862 0.711
#> SD:kmeans 4 0.731 0.813 0.869 0.195869 0.809 0.541
#> CV:kmeans 4 0.822 0.895 0.917 0.186263 0.832 0.590
#> MAD:kmeans 4 0.733 0.797 0.859 0.178028 0.803 0.530
#> ATC:kmeans 4 0.972 0.925 0.961 0.188912 0.775 0.499
#> SD:pam 4 0.973 0.947 0.978 0.189047 0.833 0.587
#> CV:pam 4 0.875 0.882 0.944 0.210687 0.852 0.633
#> MAD:pam 4 0.957 0.946 0.977 0.194632 0.825 0.572
#> ATC:pam 4 0.769 0.855 0.886 0.189200 0.743 0.454
#> SD:hclust 4 0.630 0.687 0.832 0.165506 0.860 0.658
#> CV:hclust 4 0.612 0.767 0.878 0.103699 0.949 0.875
#> MAD:hclust 4 0.645 0.683 0.836 0.185149 0.745 0.478
#> ATC:hclust 4 0.589 0.726 0.816 0.151459 0.857 0.651
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.903 0.890 0.940 0.0553 0.935 0.766
#> CV:NMF 5 0.914 0.878 0.934 0.0616 0.942 0.783
#> MAD:NMF 5 0.950 0.925 0.959 0.0584 0.933 0.760
#> ATC:NMF 5 0.698 0.650 0.795 0.0763 0.827 0.463
#> SD:skmeans 5 0.900 0.863 0.903 0.0745 0.921 0.721
#> CV:skmeans 5 0.920 0.918 0.955 0.0757 0.908 0.678
#> MAD:skmeans 5 0.895 0.887 0.919 0.0782 0.913 0.700
#> ATC:skmeans 5 0.961 0.906 0.958 0.0685 0.933 0.782
#> SD:mclust 5 0.627 0.559 0.759 0.1073 0.784 0.385
#> CV:mclust 5 0.697 0.616 0.789 0.0701 0.903 0.666
#> MAD:mclust 5 0.696 0.678 0.805 0.0956 0.835 0.495
#> ATC:mclust 5 0.470 0.561 0.713 0.2120 0.857 0.664
#> SD:kmeans 5 0.759 0.626 0.786 0.0765 0.950 0.813
#> CV:kmeans 5 0.813 0.717 0.831 0.0858 0.953 0.830
#> MAD:kmeans 5 0.753 0.595 0.776 0.0825 0.900 0.680
#> ATC:kmeans 5 0.764 0.713 0.832 0.0820 0.895 0.648
#> SD:pam 5 0.827 0.718 0.838 0.0656 0.952 0.822
#> CV:pam 5 0.904 0.883 0.936 0.0756 0.889 0.620
#> MAD:pam 5 0.835 0.783 0.892 0.0726 0.898 0.640
#> ATC:pam 5 0.826 0.805 0.906 0.0790 0.913 0.717
#> SD:hclust 5 0.665 0.619 0.717 0.0673 0.924 0.778
#> CV:hclust 5 0.591 0.708 0.816 0.0848 0.940 0.838
#> MAD:hclust 5 0.665 0.618 0.714 0.0683 0.901 0.703
#> ATC:hclust 5 0.654 0.701 0.840 0.0623 0.944 0.818
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.904 0.866 0.919 0.0338 0.937 0.741
#> CV:NMF 6 0.960 0.930 0.966 0.0304 0.958 0.814
#> MAD:NMF 6 0.903 0.865 0.930 0.0385 0.932 0.722
#> ATC:NMF 6 0.706 0.542 0.742 0.0326 0.945 0.769
#> SD:skmeans 6 0.972 0.928 0.965 0.0425 0.959 0.814
#> CV:skmeans 6 0.968 0.931 0.971 0.0319 0.963 0.829
#> MAD:skmeans 6 0.963 0.921 0.960 0.0434 0.958 0.813
#> ATC:skmeans 6 0.928 0.876 0.946 0.0545 0.944 0.786
#> SD:mclust 6 0.677 0.530 0.727 0.0450 0.877 0.509
#> CV:mclust 6 0.673 0.563 0.750 0.0300 0.953 0.798
#> MAD:mclust 6 0.764 0.699 0.840 0.0595 0.911 0.618
#> ATC:mclust 6 0.562 0.361 0.638 0.0764 0.830 0.554
#> SD:kmeans 6 0.815 0.797 0.859 0.0566 0.898 0.589
#> CV:kmeans 6 0.874 0.835 0.888 0.0442 0.923 0.686
#> MAD:kmeans 6 0.793 0.844 0.877 0.0582 0.874 0.550
#> ATC:kmeans 6 0.756 0.613 0.749 0.0467 0.926 0.691
#> SD:pam 6 0.829 0.747 0.880 0.0477 0.885 0.548
#> CV:pam 6 0.875 0.827 0.908 0.0367 0.960 0.815
#> MAD:pam 6 0.875 0.831 0.915 0.0463 0.931 0.688
#> ATC:pam 6 0.807 0.799 0.882 0.0641 0.879 0.556
#> SD:hclust 6 0.680 0.592 0.749 0.0426 0.829 0.498
#> CV:hclust 6 0.652 0.678 0.785 0.1097 0.871 0.597
#> MAD:hclust 6 0.686 0.589 0.760 0.0457 0.833 0.489
#> ATC:hclust 6 0.665 0.597 0.793 0.0504 0.935 0.777
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.323 0.779 0.854 0.4266 0.528 0.528
#> 3 3 0.544 0.811 0.872 0.4215 0.773 0.603
#> 4 4 0.630 0.687 0.832 0.1655 0.860 0.658
#> 5 5 0.665 0.619 0.717 0.0673 0.924 0.778
#> 6 6 0.680 0.592 0.749 0.0426 0.829 0.498
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1341898 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.6801 0.8434 0.180 0.820
#> SRR1085850 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1379450 2 0.8327 0.7956 0.264 0.736
#> SRR1467813 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR614814 2 0.8713 0.7637 0.292 0.708
#> SRR1077405 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.1184 0.8858 0.984 0.016
#> SRR662725 2 0.8909 0.7486 0.308 0.692
#> SRR1313951 2 0.8267 0.7996 0.260 0.740
#> SRR1339218 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1417505 2 0.8327 0.7956 0.264 0.736
#> SRR1407134 2 0.9661 0.6080 0.392 0.608
#> SRR1457418 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1075898 2 0.8327 0.7956 0.264 0.736
#> SRR1498482 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1402239 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1335254 2 0.8909 0.7492 0.308 0.692
#> SRR1352706 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1388979 2 0.8909 0.7483 0.308 0.692
#> SRR1396595 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1340508 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1360868 1 0.6247 0.7996 0.844 0.156
#> SRR1440699 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1083100 2 0.9983 0.3695 0.476 0.524
#> SRR1348861 1 0.4431 0.8572 0.908 0.092
#> SRR1072367 1 0.3114 0.8772 0.944 0.056
#> SRR1468403 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.2236 0.8836 0.964 0.036
#> SRR1390601 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1486560 2 0.7815 0.8196 0.232 0.768
#> SRR1315761 2 0.9963 0.4221 0.464 0.536
#> SRR1392637 2 0.9522 0.6517 0.372 0.628
#> SRR810957 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.1414 0.8858 0.980 0.020
#> SRR1470212 1 0.2043 0.8839 0.968 0.032
#> SRR1433971 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR598124 1 0.2778 0.8800 0.952 0.048
#> SRR615141 1 0.7602 0.6982 0.780 0.220
#> SRR601122 2 0.9944 0.4552 0.456 0.544
#> SRR1397008 1 0.5408 0.8327 0.876 0.124
#> SRR1358561 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1498640 2 0.9661 0.6080 0.392 0.608
#> SRR1429957 1 0.2236 0.8836 0.964 0.036
#> SRR1452292 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1467590 1 0.4562 0.8550 0.904 0.096
#> SRR1394936 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1485542 2 0.9608 0.6233 0.384 0.616
#> SRR659121 2 0.8555 0.7814 0.280 0.720
#> SRR1330656 1 0.3431 0.8731 0.936 0.064
#> SRR1388305 2 0.6623 0.8447 0.172 0.828
#> SRR1406917 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR655375 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.7674 0.6880 0.776 0.224
#> SRR661325 2 0.7528 0.8289 0.216 0.784
#> SRR1439807 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1352129 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1406561 2 0.8909 0.7492 0.308 0.692
#> SRR1394713 1 0.4431 0.8572 0.908 0.092
#> SRR1403875 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.6048 0.8090 0.852 0.148
#> SRR1436444 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1084649 2 0.9833 0.5350 0.424 0.576
#> SRR1500405 1 0.4431 0.8572 0.908 0.092
#> SRR1354446 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1467455 2 0.9988 0.3551 0.480 0.520
#> SRR1444559 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1381543 2 0.9998 0.3191 0.492 0.508
#> SRR1402513 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.2043 0.8847 0.968 0.032
#> SRR660007 1 0.2043 0.8839 0.968 0.032
#> SRR655649 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1437306 2 0.9323 0.6937 0.348 0.652
#> SRR657731 1 0.2043 0.8839 0.968 0.032
#> SRR661005 1 0.7745 0.6895 0.772 0.228
#> SRR600608 2 0.6531 0.8452 0.168 0.832
#> SRR655923 1 0.1843 0.8849 0.972 0.028
#> SRR1334717 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR1401552 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.4431 0.8572 0.908 0.092
#> SRR1082759 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1316815 2 0.6531 0.8452 0.168 0.832
#> SRR1072797 2 0.6801 0.8424 0.180 0.820
#> SRR612455 1 0.5737 0.8208 0.864 0.136
#> SRR818210 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1488751 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.3879 0.8678 0.924 0.076
#> SRR1387178 2 0.9323 0.6846 0.348 0.652
#> SRR660498 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1403831 2 0.8327 0.7956 0.264 0.736
#> SRR657325 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1339740 2 0.6801 0.8436 0.180 0.820
#> SRR657348 2 0.7674 0.8250 0.224 0.776
#> SRR662091 1 0.1633 0.8853 0.976 0.024
#> SRR608598 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR608662 2 0.9815 0.5447 0.420 0.580
#> SRR1361567 2 0.7056 0.8399 0.192 0.808
#> SRR819134 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR1311400 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR817775 1 0.1414 0.8858 0.980 0.020
#> SRR661433 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR819946 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.6048 0.8090 0.852 0.148
#> SRR1343841 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR665563 1 0.3114 0.8773 0.944 0.056
#> SRR1487321 2 0.9323 0.6846 0.348 0.652
#> SRR1312428 1 0.9686 0.1824 0.604 0.396
#> SRR657587 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1337412 1 0.4161 0.8634 0.916 0.084
#> SRR1474466 1 0.9209 0.4001 0.664 0.336
#> SRR1466993 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1358102 2 0.9896 0.4918 0.440 0.560
#> SRR1455171 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.7745 0.6895 0.772 0.228
#> SRR817758 1 0.6247 0.7997 0.844 0.156
#> SRR821019 1 0.2236 0.8821 0.964 0.036
#> SRR1330675 2 0.9580 0.6362 0.380 0.620
#> SRR1433644 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.3879 0.8674 0.924 0.076
#> SRR604074 1 0.6048 0.8085 0.852 0.148
#> SRR1322291 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.8144 0.6363 0.748 0.252
#> SRR1331841 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1350456 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR1472079 1 0.7674 0.6880 0.776 0.224
#> SRR1500537 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0376 0.8851 0.996 0.004
#> SRR1403958 2 0.7950 0.8147 0.240 0.760
#> SRR1322270 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR600754 2 0.7219 0.8370 0.200 0.800
#> SRR1334847 1 0.7299 0.7282 0.796 0.204
#> SRR1421093 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.9580 0.2409 0.620 0.380
#> SRR661133 2 0.9686 0.5978 0.396 0.604
#> SRR1357523 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1415732 1 0.4815 0.8488 0.896 0.104
#> SRR1434250 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1396640 2 0.9661 0.6083 0.392 0.608
#> SRR1454803 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR1468381 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1447986 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.9580 0.2409 0.620 0.380
#> SRR1456950 2 0.8909 0.7492 0.308 0.692
#> SRR1400375 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.4562 0.8548 0.904 0.096
#> SRR1355040 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1409351 2 0.8267 0.8001 0.260 0.740
#> SRR1085495 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR604026 2 0.9850 0.5245 0.428 0.572
#> SRR1500868 2 0.9580 0.6310 0.380 0.620
#> SRR1476279 2 0.8327 0.7956 0.264 0.736
#> SRR627429 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR660969 2 0.6801 0.8436 0.180 0.820
#> SRR1335377 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1357189 2 0.7815 0.8196 0.232 0.768
#> SRR1319837 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR1491311 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.2603 0.8816 0.956 0.044
#> SRR1440058 2 0.8555 0.7770 0.280 0.720
#> SRR1389979 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1315721 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR607337 2 0.7674 0.8254 0.224 0.776
#> SRR1434803 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.5946 0.8131 0.856 0.144
#> SRR1465132 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.5946 0.8131 0.856 0.144
#> SRR1441701 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR664819 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR614083 1 0.6247 0.7996 0.844 0.156
#> SRR1310623 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.7883 0.8170 0.236 0.764
#> SRR1359367 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1391879 2 0.9580 0.6362 0.380 0.620
#> SRR1418992 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1343115 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1418127 2 0.7674 0.8254 0.224 0.776
#> SRR1402900 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1485290 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1394755 2 0.9983 0.3695 0.476 0.524
#> SRR664842 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR662342 2 0.1414 0.7737 0.020 0.980
#> SRR665502 1 0.6247 0.7996 0.844 0.156
#> SRR657891 2 0.9661 0.6080 0.392 0.608
#> SRR1421305 1 0.7950 0.6548 0.760 0.240
#> SRR1335707 1 0.7528 0.7093 0.784 0.216
#> SRR1401276 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR627421 2 0.9552 0.6390 0.376 0.624
#> SRR1311575 2 0.9580 0.6310 0.380 0.620
#> SRR1475675 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.6801 0.8424 0.180 0.820
#> SRR1471922 1 0.9896 -0.0310 0.560 0.440
#> SRR1077687 2 0.6801 0.8436 0.180 0.820
#> SRR821602 1 0.1184 0.8858 0.984 0.016
#> SRR608718 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.6801 0.8434 0.180 0.820
#> SRR810571 1 0.2236 0.8821 0.964 0.036
#> SRR664048 1 0.5737 0.8210 0.864 0.136
#> SRR1500998 1 0.7745 0.6800 0.772 0.228
#> SRR1320916 2 0.9988 0.3551 0.480 0.520
#> SRR1472150 1 0.2236 0.8834 0.964 0.036
#> SRR1329090 2 0.7056 0.8404 0.192 0.808
#> SRR1317344 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR817978 2 0.8861 0.7535 0.304 0.696
#> SRR1324371 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1474333 2 0.9661 0.6080 0.392 0.608
#> SRR1321462 2 0.7950 0.8145 0.240 0.760
#> SRR1387264 2 0.7219 0.8370 0.200 0.800
#> SRR1468141 1 0.0672 0.8853 0.992 0.008
#> SRR1486097 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR608002 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1360563 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1414684 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.6247 0.7996 0.844 0.156
#> SRR600385 1 0.6801 0.7689 0.820 0.180
#> SRR1430248 1 0.6048 0.8088 0.852 0.148
#> SRR1352975 2 0.9608 0.6233 0.384 0.616
#> SRR1457221 1 0.2236 0.8836 0.964 0.036
#> SRR807591 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1407560 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.6148 0.8040 0.848 0.152
#> SRR1336006 1 0.7674 0.6880 0.776 0.224
#> SRR613114 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.8713 0.5320 0.708 0.292
#> SRR1315269 2 0.9552 0.6406 0.376 0.624
#> SRR1435020 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR1337564 2 0.6801 0.8434 0.180 0.820
#> SRR1315019 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1405485 2 0.9608 0.6233 0.384 0.616
#> SRR812012 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1370619 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1469495 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.1414 0.8856 0.980 0.020
#> SRR1375616 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1432123 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1370405 2 0.8909 0.7483 0.308 0.692
#> SRR1099499 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR659331 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.9896 -0.0310 0.560 0.440
#> SRR1468974 1 0.3431 0.8731 0.936 0.064
#> SRR1470111 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.5946 0.8131 0.856 0.144
#> SRR662871 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR600560 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1434867 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.3274 0.8757 0.940 0.060
#> SRR1487107 2 0.7815 0.8196 0.232 0.768
#> SRR1348159 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1356036 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR614443 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1314958 2 0.9580 0.6310 0.380 0.620
#> SRR1341702 2 0.9983 0.3847 0.476 0.524
#> SRR1444678 2 0.9815 0.5483 0.420 0.580
#> SRR1350107 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1342045 2 0.9795 0.5541 0.416 0.584
#> SRR1467364 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.6247 0.7996 0.844 0.156
#> SRR1468955 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR660626 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR812436 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1312103 2 0.9491 0.6617 0.368 0.632
#> SRR1429891 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.2603 0.8816 0.956 0.044
#> SRR660933 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1488651 1 0.1633 0.8853 0.976 0.024
#> SRR1359388 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR817686 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.7299 0.7282 0.796 0.204
#> SRR612380 2 0.7815 0.8196 0.232 0.768
#> SRR817905 2 0.7883 0.8170 0.236 0.764
#> SRR1337909 2 0.9608 0.6233 0.384 0.616
#> SRR661723 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.9686 0.5983 0.396 0.604
#> SRR1489155 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.3114 0.8772 0.944 0.056
#> SRR1472193 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1481462 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1396078 1 0.5408 0.8327 0.876 0.124
#> SRR1443612 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1470902 2 0.9552 0.6436 0.376 0.624
#> SRR1362777 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.9580 0.2502 0.620 0.380
#> SRR1073143 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1444622 1 0.2236 0.8834 0.964 0.036
#> SRR662570 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1430288 2 0.6801 0.8436 0.180 0.820
#> SRR1323043 2 0.6801 0.8432 0.180 0.820
#> SRR1475022 1 0.4431 0.8572 0.908 0.092
#> SRR1080927 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.6148 0.8040 0.848 0.152
#> SRR603596 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.4562 0.8558 0.904 0.096
#> SRR615467 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.7056 0.7535 0.808 0.192
#> SRR1360383 1 0.6801 0.7686 0.820 0.180
#> SRR1354577 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.5408 0.8320 0.876 0.124
#> SRR1320873 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR1336379 2 0.8909 0.7492 0.308 0.692
#> SRR1325665 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1477634 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1444876 1 0.4562 0.8558 0.904 0.096
#> SRR1101421 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR613354 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR1434782 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.6438 0.7899 0.836 0.164
#> SRR1324431 2 0.8267 0.7996 0.260 0.740
#> SRR1442356 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.7674 0.8208 0.224 0.776
#> SRR655684 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.6531 0.8452 0.168 0.832
#> SRR1397073 2 0.9815 0.5483 0.420 0.580
#> SRR1455060 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1341008 2 0.8267 0.7996 0.260 0.740
#> SRR1087031 2 0.7950 0.8151 0.240 0.760
#> SRR1489177 1 0.4815 0.8488 0.896 0.104
#> SRR1350525 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1440517 2 0.8909 0.7466 0.308 0.692
#> SRR1320093 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR602516 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR604318 2 0.6801 0.8424 0.180 0.820
#> SRR1320280 2 0.6531 0.8452 0.168 0.832
#> SRR1082262 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1379238 2 0.9580 0.6310 0.380 0.620
#> SRR1385080 2 0.8909 0.7492 0.308 0.692
#> SRR1316921 2 0.8144 0.8041 0.252 0.748
#> SRR1097752 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.6623 0.8447 0.172 0.828
#> SRR1498272 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR814989 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1320892 1 0.0672 0.8854 0.992 0.008
#> SRR818418 2 0.9661 0.6080 0.392 0.608
#> SRR1474553 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1430884 1 0.1414 0.8858 0.980 0.020
#> SRR1079281 1 0.9896 -0.0451 0.560 0.440
#> SRR656493 1 0.4022 0.8656 0.920 0.080
#> SRR1328599 1 0.9393 0.3422 0.644 0.356
#> SRR655218 2 0.6801 0.8424 0.180 0.820
#> SRR1416754 2 0.9815 0.5483 0.420 0.580
#> SRR1488562 2 0.7376 0.8320 0.208 0.792
#> SRR1084842 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR819999 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.4022 0.8656 0.920 0.080
#> SRR1468514 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1499823 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1474065 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1499442 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.1633 0.8853 0.976 0.024
#> SRR1445328 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.9954 -0.1429 0.540 0.460
#> SRR1415095 2 0.9323 0.6937 0.348 0.652
#> SRR1499982 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1488715 2 0.9795 0.5543 0.416 0.584
#> SRR597927 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR1479239 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1333694 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.6531 0.8451 0.168 0.832
#> SRR663261 1 0.3114 0.8773 0.944 0.056
#> SRR1432343 2 0.8909 0.7492 0.308 0.692
#> SRR1459585 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.1414 0.8858 0.980 0.020
#> SRR612443 1 0.6247 0.7996 0.844 0.156
#> SRR1473936 1 0.1414 0.8856 0.980 0.020
#> SRR1455698 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.6801 0.8432 0.180 0.820
#> SRR659187 2 0.8016 0.8131 0.244 0.756
#> SRR1417912 2 0.6623 0.8450 0.172 0.828
#> SRR1316940 1 0.5408 0.8327 0.876 0.124
#> SRR1500753 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR657635 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR615934 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1411024 2 0.8909 0.7487 0.308 0.692
#> SRR1469904 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1311794 2 0.6801 0.8434 0.180 0.820
#> SRR657754 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1464451 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1443895 1 0.4815 0.8488 0.896 0.104
#> SRR1444460 2 0.9323 0.6889 0.348 0.652
#> SRR1333587 2 0.9963 0.4110 0.464 0.536
#> SRR1307770 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.7674 0.6880 0.776 0.224
#> SRR1366433 2 0.7745 0.8222 0.228 0.772
#> SRR1480479 2 0.9998 0.3177 0.492 0.508
#> SRR1470175 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR598768 2 0.8608 0.7724 0.284 0.716
#> SRR1335400 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1418923 2 0.7602 0.8269 0.220 0.780
#> SRR820133 1 0.8144 0.6363 0.748 0.252
#> SRR1348424 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.1414 0.8856 0.980 0.020
#> SRR1339549 1 0.7674 0.6880 0.776 0.224
#> SRR821434 2 0.7815 0.8196 0.232 0.768
#> SRR662546 2 0.8861 0.7535 0.304 0.696
#> SRR1319816 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.3114 0.8772 0.944 0.056
#> SRR1435293 2 0.9815 0.5483 0.420 0.580
#> SRR1408208 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1332317 1 0.3431 0.8731 0.936 0.064
#> SRR1499193 2 0.9661 0.6083 0.392 0.608
#> SRR1467294 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.7299 0.7282 0.796 0.204
#> SRR1335688 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.2043 0.8839 0.968 0.032
#> SRR1321966 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.6531 0.8452 0.168 0.832
#> SRR1343197 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.6801 0.8433 0.180 0.820
#> SRR1334564 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR660661 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.9795 0.5543 0.416 0.584
#> SRR1317877 2 0.6712 0.8442 0.176 0.824
#> SRR1329885 1 0.0376 0.8850 0.996 0.004
#> SRR1459718 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR615731 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.9795 0.0905 0.584 0.416
#> SRR1487685 1 0.9993 -0.2463 0.516 0.484
#> SRR1455925 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR1390516 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1313932 2 0.7815 0.8196 0.232 0.768
#> SRR603397 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.8847 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.7674 0.6880 0.776 0.224
#> SRR656564 1 0.9815 0.0608 0.580 0.420
#> SRR608174 2 0.7883 0.8170 0.236 0.764
#> SRR1320963 2 0.8207 0.8014 0.256 0.744
#> SRR661973 2 0.6438 0.8454 0.164 0.836
#> SRR598533 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1480365 2 0.8608 0.7729 0.284 0.716
#> SRR602927 2 0.6531 0.8452 0.168 0.832
#> SRR1315799 2 0.0000 0.7718 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.9850 0.5245 0.428 0.572
#> SRR1475909 2 0.9983 0.3695 0.476 0.524
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1356619 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1341898 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1333930 1 0.3573 0.8579 0.876 0.120 0.004
#> SRR1085850 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1379450 1 0.1832 0.8556 0.956 0.036 0.008
#> SRR1467813 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR614814 1 0.3998 0.8407 0.884 0.056 0.060
#> SRR1077405 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1330061 3 0.2743 0.8628 0.052 0.020 0.928
#> SRR662725 1 0.3692 0.8384 0.896 0.048 0.056
#> SRR1313951 1 0.2492 0.8579 0.936 0.048 0.016
#> SRR1339218 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1417505 1 0.1832 0.8556 0.956 0.036 0.008
#> SRR1407134 1 0.3845 0.7733 0.872 0.012 0.116
#> SRR1457418 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1331289 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1075898 1 0.1832 0.8556 0.956 0.036 0.008
#> SRR1498482 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1359673 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR1439873 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1402239 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1335254 1 0.3042 0.8377 0.920 0.040 0.040
#> SRR1352706 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1436966 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR614802 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1388979 1 0.3896 0.8374 0.888 0.052 0.060
#> SRR1396595 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1340508 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1360868 3 0.6548 0.5912 0.372 0.012 0.616
#> SRR1440699 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR1389059 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1083100 1 0.5860 0.6191 0.748 0.024 0.228
#> SRR1348861 3 0.4723 0.8283 0.160 0.016 0.824
#> SRR1072367 3 0.4805 0.8237 0.176 0.012 0.812
#> SRR1468403 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1417070 3 0.3573 0.8525 0.120 0.004 0.876
#> SRR1390601 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1486560 1 0.2066 0.8594 0.940 0.060 0.000
#> SRR1315761 1 0.5536 0.6828 0.776 0.024 0.200
#> SRR1392637 1 0.4121 0.7944 0.868 0.024 0.108
#> SRR810957 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1458422 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1394677 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1341605 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1444479 3 0.2947 0.8626 0.060 0.020 0.920
#> SRR1470212 3 0.3618 0.8568 0.104 0.012 0.884
#> SRR1433971 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR598124 3 0.4692 0.8293 0.168 0.012 0.820
#> SRR615141 3 0.6819 0.3010 0.476 0.012 0.512
#> SRR601122 1 0.5036 0.6999 0.808 0.020 0.172
#> SRR1397008 3 0.5986 0.7234 0.284 0.012 0.704
#> SRR1358561 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1498640 1 0.3845 0.7733 0.872 0.012 0.116
#> SRR1429957 3 0.3573 0.8525 0.120 0.004 0.876
#> SRR1452292 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1467590 3 0.5219 0.8060 0.196 0.016 0.788
#> SRR1394936 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1485542 1 0.3695 0.7799 0.880 0.012 0.108
#> SRR659121 1 0.3356 0.8514 0.908 0.056 0.036
#> SRR1330656 3 0.3805 0.8557 0.092 0.024 0.884
#> SRR1388305 1 0.3412 0.8553 0.876 0.124 0.000
#> SRR1406917 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1363992 3 0.1711 0.8622 0.032 0.008 0.960
#> SRR1311086 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR655375 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1458044 1 0.6825 -0.2474 0.496 0.012 0.492
#> SRR661325 1 0.2448 0.8601 0.924 0.076 0.000
#> SRR1439807 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1352129 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1406561 1 0.3042 0.8377 0.920 0.040 0.040
#> SRR1394713 3 0.4723 0.8283 0.160 0.016 0.824
#> SRR1403875 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1476186 3 0.6019 0.7163 0.288 0.012 0.700
#> SRR1436444 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1084649 1 0.4514 0.7318 0.832 0.012 0.156
#> SRR1500405 3 0.4723 0.8283 0.160 0.016 0.824
#> SRR1354446 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1467455 1 0.5903 0.6116 0.744 0.024 0.232
#> SRR1444559 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1381543 1 0.5816 0.6293 0.752 0.024 0.224
#> SRR1402513 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR820379 3 0.3459 0.8588 0.096 0.012 0.892
#> SRR660007 3 0.3965 0.8460 0.132 0.008 0.860
#> SRR655649 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1437306 1 0.2982 0.8128 0.920 0.024 0.056
#> SRR657731 3 0.3896 0.8486 0.128 0.008 0.864
#> SRR661005 3 0.6879 0.4464 0.428 0.016 0.556
#> SRR600608 1 0.3482 0.8544 0.872 0.128 0.000
#> SRR655923 3 0.4514 0.8323 0.156 0.012 0.832
#> SRR1334717 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR1401552 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1474886 3 0.4723 0.8283 0.160 0.016 0.824
#> SRR1082759 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1340420 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR662534 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1316815 1 0.3482 0.8543 0.872 0.128 0.000
#> SRR1072797 1 0.3267 0.8575 0.884 0.116 0.000
#> SRR612455 3 0.5536 0.7697 0.236 0.012 0.752
#> SRR818210 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1488751 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1404969 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1328960 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR598671 3 0.5775 0.7546 0.260 0.012 0.728
#> SRR1387178 1 0.4558 0.8073 0.856 0.044 0.100
#> SRR660498 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1403831 1 0.1832 0.8556 0.956 0.036 0.008
#> SRR657325 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1339740 1 0.3500 0.8584 0.880 0.116 0.004
#> SRR657348 1 0.2590 0.8608 0.924 0.072 0.004
#> SRR662091 3 0.2446 0.8632 0.052 0.012 0.936
#> SRR608598 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR663320 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR608662 1 0.4390 0.7399 0.840 0.012 0.148
#> SRR1361567 1 0.3845 0.8591 0.872 0.116 0.012
#> SRR819134 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR1311400 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR817775 3 0.2947 0.8626 0.060 0.020 0.920
#> SRR661433 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1453341 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR819946 3 0.1905 0.8600 0.028 0.016 0.956
#> SRR1319539 3 0.6019 0.7163 0.288 0.012 0.700
#> SRR1343841 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR665563 3 0.4413 0.8337 0.160 0.008 0.832
#> SRR1487321 1 0.4558 0.8073 0.856 0.044 0.100
#> SRR1312428 1 0.6529 0.2841 0.620 0.012 0.368
#> SRR657587 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1337412 3 0.5012 0.8051 0.204 0.008 0.788
#> SRR1474466 1 0.6490 0.2628 0.628 0.012 0.360
#> SRR1466993 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1358102 1 0.4749 0.7092 0.816 0.012 0.172
#> SRR1455171 3 0.1877 0.8603 0.032 0.012 0.956
#> SRR627299 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR660733 3 0.6879 0.4464 0.428 0.016 0.556
#> SRR817758 3 0.6082 0.7050 0.296 0.012 0.692
#> SRR821019 3 0.5812 0.7417 0.264 0.012 0.724
#> SRR1330675 1 0.4270 0.7870 0.860 0.024 0.116
#> SRR1433644 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1320180 3 0.4912 0.8109 0.196 0.008 0.796
#> SRR604074 3 0.6404 0.6304 0.344 0.012 0.644
#> SRR1322291 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR658188 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR820209 1 0.6822 -0.2239 0.508 0.012 0.480
#> SRR1331841 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1096966 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1350456 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR1472079 1 0.6825 -0.2474 0.496 0.012 0.492
#> SRR1500537 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR660103 3 0.1877 0.8614 0.032 0.012 0.956
#> SRR1403958 1 0.2200 0.8593 0.940 0.056 0.004
#> SRR1322270 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR600754 1 0.3454 0.8614 0.888 0.104 0.008
#> SRR1334847 3 0.6460 0.4467 0.440 0.004 0.556
#> SRR1421093 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1085782 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1466357 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR597977 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1375635 1 0.6357 0.3421 0.652 0.012 0.336
#> SRR661133 1 0.4209 0.7640 0.856 0.016 0.128
#> SRR1357523 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1415732 3 0.5404 0.7630 0.256 0.004 0.740
#> SRR1434250 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1396640 1 0.4068 0.7732 0.864 0.016 0.120
#> SRR1454803 1 0.3482 0.8543 0.872 0.128 0.000
#> SRR1468381 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1447986 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1388007 3 0.1751 0.8601 0.028 0.012 0.960
#> SRR1434138 1 0.6357 0.3421 0.652 0.012 0.336
#> SRR1456950 1 0.3042 0.8377 0.920 0.040 0.040
#> SRR1400375 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1323764 3 0.5268 0.7926 0.212 0.012 0.776
#> SRR1355040 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1409351 1 0.1950 0.8571 0.952 0.040 0.008
#> SRR1085495 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR604026 1 0.4514 0.7304 0.832 0.012 0.156
#> SRR1500868 1 0.3846 0.7833 0.876 0.016 0.108
#> SRR1476279 1 0.1832 0.8556 0.956 0.036 0.008
#> SRR627429 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR660969 1 0.3500 0.8584 0.880 0.116 0.004
#> SRR1335377 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1330546 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1440986 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1357189 1 0.2066 0.8594 0.940 0.060 0.000
#> SRR1319837 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR1491311 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1487295 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1415215 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1086635 3 0.4968 0.8153 0.188 0.012 0.800
#> SRR1440058 1 0.4189 0.8472 0.876 0.068 0.056
#> SRR1389979 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1315721 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR607337 1 0.3670 0.8619 0.888 0.092 0.020
#> SRR1434803 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1332275 3 0.6470 0.6184 0.356 0.012 0.632
#> SRR1465132 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1340133 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1387989 3 0.0592 0.8548 0.000 0.012 0.988
#> SRR1383018 3 0.6448 0.6257 0.352 0.012 0.636
#> SRR1441701 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1368772 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR664819 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1435536 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR614083 3 0.6529 0.5961 0.368 0.012 0.620
#> SRR1310623 3 0.0592 0.8548 0.000 0.012 0.988
#> SRR1420625 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR816721 1 0.1964 0.8590 0.944 0.056 0.000
#> SRR1359367 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1391879 1 0.4270 0.7870 0.860 0.024 0.116
#> SRR1418992 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1343115 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1488836 3 0.1751 0.8601 0.028 0.012 0.960
#> SRR1399028 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1418127 1 0.3670 0.8619 0.888 0.092 0.020
#> SRR1402900 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1485290 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1456514 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1394755 1 0.5860 0.6191 0.748 0.024 0.228
#> SRR664842 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR662342 2 0.2297 0.9795 0.036 0.944 0.020
#> SRR665502 3 0.6529 0.5961 0.368 0.012 0.620
#> SRR657891 1 0.3845 0.7733 0.872 0.012 0.116
#> SRR1421305 1 0.6804 -0.1296 0.528 0.012 0.460
#> SRR1335707 3 0.6950 0.3111 0.476 0.016 0.508
#> SRR1401276 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR627421 1 0.4848 0.7800 0.836 0.036 0.128
#> SRR1311575 1 0.3846 0.7833 0.876 0.016 0.108
#> SRR1475675 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR661995 1 0.3267 0.8575 0.884 0.116 0.000
#> SRR1471922 1 0.5848 0.5032 0.720 0.012 0.268
#> SRR1077687 1 0.3500 0.8584 0.880 0.116 0.004
#> SRR821602 3 0.2050 0.8613 0.028 0.020 0.952
#> SRR608718 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1071289 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1437555 1 0.3573 0.8579 0.876 0.120 0.004
#> SRR810571 3 0.5812 0.7417 0.264 0.012 0.724
#> SRR664048 3 0.6381 0.6456 0.340 0.012 0.648
#> SRR1500998 1 0.6825 -0.2331 0.500 0.012 0.488
#> SRR1320916 1 0.5903 0.6116 0.744 0.024 0.232
#> SRR1472150 3 0.3500 0.8533 0.116 0.004 0.880
#> SRR1329090 1 0.3771 0.8595 0.876 0.112 0.012
#> SRR1317344 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR817978 1 0.3797 0.8396 0.892 0.052 0.056
#> SRR1324371 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1474333 1 0.3845 0.7733 0.872 0.012 0.116
#> SRR1321462 1 0.1860 0.8587 0.948 0.052 0.000
#> SRR1387264 1 0.3454 0.8614 0.888 0.104 0.008
#> SRR1468141 3 0.2384 0.8633 0.056 0.008 0.936
#> SRR1486097 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR608002 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1360563 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1414684 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR604050 3 0.6529 0.5961 0.368 0.012 0.620
#> SRR600385 3 0.6313 0.6802 0.308 0.016 0.676
#> SRR1430248 3 0.6404 0.6346 0.344 0.012 0.644
#> SRR1352975 1 0.3695 0.7799 0.880 0.012 0.108
#> SRR1457221 3 0.3573 0.8525 0.120 0.004 0.876
#> SRR807591 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1407560 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1345478 3 0.1905 0.8600 0.028 0.016 0.956
#> SRR660895 3 0.1751 0.8601 0.028 0.012 0.960
#> SRR655111 3 0.6470 0.6152 0.356 0.012 0.632
#> SRR1336006 1 0.6825 -0.2474 0.496 0.012 0.492
#> SRR613114 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR608368 1 0.6735 0.0217 0.564 0.012 0.424
#> SRR1315269 1 0.3769 0.7887 0.880 0.016 0.104
#> SRR1435020 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR1337564 1 0.3573 0.8579 0.876 0.120 0.004
#> SRR1315019 3 0.1315 0.8545 0.008 0.020 0.972
#> SRR1370173 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1408327 3 0.1905 0.8600 0.028 0.016 0.956
#> SRR1405485 1 0.3695 0.7799 0.880 0.012 0.108
#> SRR812012 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1370619 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1469495 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1378841 3 0.2187 0.8594 0.028 0.024 0.948
#> SRR1375616 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1381566 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1432123 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1370405 1 0.3896 0.8374 0.888 0.052 0.060
#> SRR1099499 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR659331 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1436106 1 0.5848 0.5032 0.720 0.012 0.268
#> SRR1468974 3 0.3805 0.8557 0.092 0.024 0.884
#> SRR1470111 3 0.1315 0.8545 0.008 0.020 0.972
#> SRR1079168 3 0.0592 0.8548 0.000 0.012 0.988
#> SRR1338584 3 0.1877 0.8602 0.032 0.012 0.956
#> SRR1329551 3 0.6470 0.6184 0.356 0.012 0.632
#> SRR662871 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR816770 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR600560 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1434867 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR599225 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR607935 3 0.5020 0.8130 0.192 0.012 0.796
#> SRR1487107 1 0.2066 0.8594 0.940 0.060 0.000
#> SRR1348159 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1356036 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR614443 3 0.1877 0.8607 0.032 0.012 0.956
#> SRR1314958 1 0.3846 0.7833 0.876 0.016 0.108
#> SRR1341702 1 0.5268 0.6506 0.776 0.012 0.212
#> SRR1444678 1 0.4811 0.7307 0.828 0.024 0.148
#> SRR1350107 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1322010 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1342045 1 0.4326 0.7443 0.844 0.012 0.144
#> SRR1467364 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1078879 3 0.6548 0.5912 0.372 0.012 0.616
#> SRR1468955 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR660626 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR812436 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1312103 1 0.3234 0.8009 0.908 0.020 0.072
#> SRR1429891 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1387072 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR661255 3 0.4968 0.8153 0.188 0.012 0.800
#> SRR660933 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1488651 3 0.2339 0.8632 0.048 0.012 0.940
#> SRR1359388 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR817686 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1429162 3 0.6460 0.4467 0.440 0.004 0.556
#> SRR612380 1 0.2066 0.8594 0.940 0.060 0.000
#> SRR817905 1 0.1964 0.8590 0.944 0.056 0.000
#> SRR1337909 1 0.3695 0.7799 0.880 0.012 0.108
#> SRR661723 3 0.0592 0.8548 0.000 0.012 0.988
#> SRR1314163 1 0.4418 0.7643 0.848 0.020 0.132
#> SRR1489155 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1398992 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR607091 3 0.4805 0.8237 0.176 0.012 0.812
#> SRR1472193 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1456903 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1445238 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR820078 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1481462 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR819534 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR820468 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR659899 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1396078 3 0.5986 0.7234 0.284 0.012 0.704
#> SRR1443612 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1470902 1 0.4397 0.7907 0.856 0.028 0.116
#> SRR1362777 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1413522 1 0.6881 0.2034 0.592 0.020 0.388
#> SRR1073143 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1444622 3 0.3500 0.8533 0.116 0.004 0.880
#> SRR662570 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1430288 1 0.3500 0.8584 0.880 0.116 0.004
#> SRR1323043 1 0.3267 0.8579 0.884 0.116 0.000
#> SRR1475022 3 0.4723 0.8283 0.160 0.016 0.824
#> SRR1080927 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1328919 3 0.6470 0.6152 0.356 0.012 0.632
#> SRR603596 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR602808 3 0.6282 0.6723 0.324 0.012 0.664
#> SRR615467 3 0.1129 0.8542 0.004 0.020 0.976
#> SRR660638 3 0.6849 0.5476 0.380 0.020 0.600
#> SRR1360383 3 0.6298 0.5653 0.388 0.004 0.608
#> SRR1354577 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR608230 3 0.5315 0.7885 0.216 0.012 0.772
#> SRR1320873 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR1336379 1 0.3042 0.8377 0.920 0.040 0.040
#> SRR1325665 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1357434 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1477634 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1444876 3 0.6282 0.6722 0.324 0.012 0.664
#> SRR1101421 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR613354 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR1434782 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1446762 3 0.6427 0.6361 0.348 0.012 0.640
#> SRR1324431 1 0.2492 0.8579 0.936 0.048 0.016
#> SRR1442356 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1386818 1 0.5207 0.8420 0.824 0.124 0.052
#> SRR655684 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1473185 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1332796 1 0.3482 0.8543 0.872 0.128 0.000
#> SRR1397073 1 0.4811 0.7307 0.828 0.024 0.148
#> SRR1455060 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1341008 1 0.2982 0.8584 0.920 0.056 0.024
#> SRR1087031 1 0.2486 0.8601 0.932 0.060 0.008
#> SRR1489177 3 0.5404 0.7630 0.256 0.004 0.740
#> SRR1350525 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1440517 1 0.3683 0.8334 0.896 0.044 0.060
#> SRR1320093 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR602516 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR604318 1 0.3267 0.8575 0.884 0.116 0.000
#> SRR1320280 1 0.3482 0.8543 0.872 0.128 0.000
#> SRR1082262 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1379238 1 0.3846 0.7833 0.876 0.016 0.108
#> SRR1385080 1 0.3042 0.8377 0.920 0.040 0.040
#> SRR1316921 1 0.1878 0.8558 0.952 0.044 0.004
#> SRR1097752 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1375308 1 0.3412 0.8553 0.876 0.124 0.000
#> SRR1498272 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR814989 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1320892 3 0.1774 0.8572 0.016 0.024 0.960
#> SRR818418 1 0.3845 0.7733 0.872 0.012 0.116
#> SRR1474553 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1430884 3 0.3377 0.8574 0.092 0.012 0.896
#> SRR1079281 1 0.5848 0.5135 0.720 0.012 0.268
#> SRR656493 3 0.5848 0.7474 0.268 0.012 0.720
#> SRR1328599 1 0.7121 0.0349 0.548 0.024 0.428
#> SRR655218 1 0.3267 0.8575 0.884 0.116 0.000
#> SRR1416754 1 0.4811 0.7307 0.828 0.024 0.148
#> SRR1488562 1 0.4779 0.8502 0.840 0.124 0.036
#> SRR1084842 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR819999 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR659673 3 0.5848 0.7474 0.268 0.012 0.720
#> SRR1468514 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1499823 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1481216 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1474065 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1499442 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1476571 3 0.2339 0.8632 0.048 0.012 0.940
#> SRR1445328 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR607887 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1085662 1 0.5659 0.5567 0.740 0.012 0.248
#> SRR1415095 1 0.2982 0.8128 0.920 0.024 0.056
#> SRR1499982 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1488715 1 0.4326 0.7445 0.844 0.012 0.144
#> SRR597927 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR1479239 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR600957 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1408113 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1490019 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1333694 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1476676 1 0.3482 0.8542 0.872 0.128 0.000
#> SRR663261 3 0.4413 0.8337 0.160 0.008 0.832
#> SRR1432343 1 0.3042 0.8377 0.920 0.040 0.040
#> SRR1459585 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1434271 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR602365 3 0.3377 0.8574 0.092 0.012 0.896
#> SRR612443 3 0.6548 0.5912 0.372 0.012 0.616
#> SRR1473936 3 0.2955 0.8609 0.080 0.008 0.912
#> SRR1455698 3 0.1267 0.8528 0.004 0.024 0.972
#> SRR1331335 1 0.3267 0.8579 0.884 0.116 0.000
#> SRR659187 1 0.3370 0.8605 0.904 0.072 0.024
#> SRR1417912 1 0.3412 0.8559 0.876 0.124 0.000
#> SRR1316940 3 0.5986 0.7234 0.284 0.012 0.704
#> SRR1500753 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR657635 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR615934 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1411024 1 0.3692 0.8384 0.896 0.048 0.056
#> SRR1469904 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1311794 1 0.3573 0.8579 0.876 0.120 0.004
#> SRR657754 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1464451 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1443895 3 0.5404 0.7630 0.256 0.004 0.740
#> SRR1444460 1 0.3933 0.8072 0.880 0.028 0.092
#> SRR1333587 1 0.5726 0.6413 0.760 0.024 0.216
#> SRR1307770 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1339530 1 0.6825 -0.2474 0.496 0.012 0.492
#> SRR1366433 1 0.2165 0.8598 0.936 0.064 0.000
#> SRR1480479 1 0.5860 0.6329 0.748 0.024 0.228
#> SRR1470175 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR598768 1 0.4095 0.8454 0.880 0.064 0.056
#> SRR1335400 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1418923 1 0.2356 0.8603 0.928 0.072 0.000
#> SRR820133 1 0.6822 -0.2239 0.508 0.012 0.480
#> SRR1348424 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR1382956 3 0.2187 0.8594 0.028 0.024 0.948
#> SRR1339549 1 0.6825 -0.2474 0.496 0.012 0.492
#> SRR821434 1 0.2066 0.8594 0.940 0.060 0.000
#> SRR662546 1 0.3797 0.8396 0.892 0.052 0.056
#> SRR1319816 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1078347 3 0.4805 0.8237 0.176 0.012 0.812
#> SRR1435293 1 0.4811 0.7307 0.828 0.024 0.148
#> SRR1408208 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1332317 3 0.3805 0.8557 0.092 0.024 0.884
#> SRR1499193 1 0.4068 0.7732 0.864 0.016 0.120
#> SRR1467294 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1359649 3 0.6460 0.4467 0.440 0.004 0.556
#> SRR1335688 3 0.2280 0.8609 0.052 0.008 0.940
#> SRR1370129 3 0.3618 0.8568 0.104 0.012 0.884
#> SRR1321966 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1488672 1 0.3482 0.8543 0.872 0.128 0.000
#> SRR1343197 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1416999 1 0.3573 0.8580 0.876 0.120 0.004
#> SRR1334564 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR660661 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR1498861 1 0.4326 0.7445 0.844 0.012 0.144
#> SRR1317877 1 0.3644 0.8568 0.872 0.124 0.004
#> SRR1329885 3 0.1919 0.8602 0.024 0.020 0.956
#> SRR1459718 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR615731 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR602622 1 0.6387 0.4451 0.680 0.020 0.300
#> SRR1487685 1 0.5285 0.5857 0.752 0.004 0.244
#> SRR1455925 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR1390516 3 0.1482 0.8599 0.020 0.012 0.968
#> SRR1313932 1 0.2066 0.8594 0.940 0.060 0.000
#> SRR603397 3 0.1170 0.8594 0.016 0.008 0.976
#> SRR1099023 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1409899 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1368964 3 0.1031 0.8517 0.000 0.024 0.976
#> SRR1334741 1 0.6825 -0.2474 0.496 0.012 0.492
#> SRR656564 1 0.6445 0.4274 0.672 0.020 0.308
#> SRR608174 1 0.1964 0.8590 0.944 0.056 0.000
#> SRR1320963 1 0.3530 0.8575 0.900 0.068 0.032
#> SRR661973 1 0.3551 0.8529 0.868 0.132 0.000
#> SRR598533 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR613270 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1362183 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1480365 1 0.3896 0.8465 0.888 0.060 0.052
#> SRR602927 1 0.3482 0.8543 0.872 0.128 0.000
#> SRR1315799 2 0.1411 0.9998 0.036 0.964 0.000
#> SRR1432275 1 0.4514 0.7304 0.832 0.012 0.156
#> SRR1475909 1 0.5860 0.6191 0.748 0.024 0.228
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0376 0.80413 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1341898 3 0.1022 0.83245 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1333930 1 0.1902 0.80355 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1085850 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.4193 0.73068 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.4500 0.65153 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1077405 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 3 0.4072 0.65844 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR662725 1 0.4661 0.63982 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1313951 1 0.4164 0.73398 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1339218 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1417505 1 0.4193 0.73068 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1407134 1 0.4961 0.42805 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.4134 0.73533 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1498482 3 0.0188 0.82802 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359673 3 0.2647 0.81609 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1439873 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.4781 0.65875 0.660 0.000 0.004 0.336
#> SRR1352706 3 0.1211 0.82631 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1436966 3 0.1118 0.82707 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR614802 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.4697 0.62781 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1396595 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.3047 0.56988 0.012 0.000 0.116 0.872
#> SRR1440699 3 0.2647 0.81609 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1389059 3 0.0336 0.82887 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083100 4 0.5700 0.07156 0.412 0.000 0.028 0.560
#> SRR1348861 3 0.5472 0.22754 0.016 0.000 0.544 0.440
#> SRR1072367 4 0.4761 0.18945 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1468403 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1417070 4 0.5168 -0.15012 0.004 0.000 0.496 0.500
#> SRR1390601 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.3801 0.75885 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1315761 4 0.5781 -0.24399 0.484 0.000 0.028 0.488
#> SRR1392637 1 0.5320 0.51001 0.572 0.000 0.012 0.416
#> SRR810957 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.4222 0.63188 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1470212 3 0.4985 0.32466 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1433971 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR598124 4 0.5161 -0.06550 0.004 0.000 0.476 0.520
#> SRR615141 4 0.5272 0.60643 0.112 0.000 0.136 0.752
#> SRR601122 4 0.5586 -0.18241 0.452 0.000 0.020 0.528
#> SRR1397008 4 0.5473 0.39928 0.032 0.000 0.324 0.644
#> SRR1358561 3 0.0817 0.82876 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1498640 1 0.4961 0.42805 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1429957 4 0.5168 -0.15012 0.004 0.000 0.496 0.500
#> SRR1452292 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.4817 0.14279 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.4948 0.44515 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR659121 1 0.4500 0.68430 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1330656 3 0.4543 0.56314 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1388305 1 0.1305 0.80603 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2814 0.81300 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1311086 1 0.0376 0.80398 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR655375 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.4957 0.60885 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR661325 1 0.3219 0.77978 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1439807 1 0.0524 0.80280 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.4781 0.65875 0.660 0.000 0.004 0.336
#> SRR1394713 3 0.5472 0.22754 0.016 0.000 0.544 0.440
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.5732 0.48775 0.064 0.000 0.264 0.672
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.5168 -0.28054 0.492 0.000 0.004 0.504
#> SRR1500405 3 0.5472 0.22754 0.016 0.000 0.544 0.440
#> SRR1354446 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.5691 0.08693 0.408 0.000 0.028 0.564
#> SRR1444559 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.5204 0.12250 0.376 0.000 0.012 0.612
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4977 0.31285 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR660007 3 0.5168 0.18066 0.004 0.000 0.500 0.496
#> SRR655649 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1437306 1 0.5055 0.60088 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR657731 3 0.5168 0.19897 0.004 0.000 0.504 0.492
#> SRR661005 4 0.5476 0.59656 0.120 0.000 0.144 0.736
#> SRR600608 1 0.0779 0.80568 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR655923 4 0.4961 -0.05677 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1334717 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.5472 0.22754 0.016 0.000 0.544 0.440
#> SRR1082759 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0469 0.80476 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1072797 1 0.2593 0.79811 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR612455 4 0.4304 0.37552 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR818210 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.4690 0.42955 0.012 0.000 0.276 0.712
#> SRR1387178 1 0.4804 0.54235 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR660498 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.4134 0.73533 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR657325 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.1661 0.80554 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR657348 1 0.3610 0.76950 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR662091 3 0.3402 0.77103 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR608598 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.4999 -0.29111 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1361567 1 0.1743 0.80034 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR819134 1 0.0657 0.80515 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1311400 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.4222 0.63188 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR661433 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.3444 0.74518 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1319539 4 0.5732 0.48775 0.064 0.000 0.264 0.672
#> SRR1343841 1 0.0657 0.80443 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR665563 4 0.5126 -0.01235 0.004 0.000 0.444 0.552
#> SRR1487321 1 0.4804 0.54235 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1312428 4 0.5772 0.46493 0.260 0.000 0.068 0.672
#> SRR657587 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1337412 4 0.5320 0.15920 0.012 0.000 0.416 0.572
#> SRR1474466 4 0.5321 0.49747 0.228 0.000 0.056 0.716
#> SRR1466993 1 0.0524 0.80280 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1358102 4 0.4967 -0.17724 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1455171 3 0.2814 0.80874 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR627299 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.5476 0.59656 0.120 0.000 0.144 0.736
#> SRR817758 4 0.5744 0.49926 0.068 0.000 0.256 0.676
#> SRR821019 4 0.4304 0.38537 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1330675 1 0.5337 0.49166 0.564 0.000 0.012 0.424
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.5290 0.18623 0.012 0.000 0.404 0.584
#> SRR604074 4 0.3545 0.54041 0.008 0.000 0.164 0.828
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0469 0.82856 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR820209 4 0.1118 0.59498 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1350456 1 0.0657 0.80443 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1472079 4 0.4957 0.60885 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.3266 0.79133 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1403958 1 0.3942 0.75077 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.2888 0.79358 0.872 0.004 0.000 0.124
#> SRR1334847 4 0.6357 0.55122 0.124 0.000 0.232 0.644
#> SRR1421093 3 0.1118 0.82707 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1085782 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0592 0.83128 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1375635 4 0.6015 0.44466 0.268 0.000 0.080 0.652
#> SRR661133 1 0.4955 0.40537 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1357523 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.5149 0.35141 0.016 0.000 0.336 0.648
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.4961 0.42368 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1454803 1 0.0657 0.80546 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1468381 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3219 0.78844 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1434138 4 0.6015 0.44466 0.268 0.000 0.080 0.652
#> SRR1456950 1 0.4781 0.65875 0.660 0.000 0.004 0.336
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.5682 0.05988 0.024 0.000 0.456 0.520
#> SRR1355040 1 0.0376 0.80398 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1409351 1 0.4164 0.73429 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1085495 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.4999 -0.28782 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1500868 1 0.4933 0.45789 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1476279 1 0.4164 0.73382 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR627429 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.1661 0.80554 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.3801 0.75885 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1319837 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1491311 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1487295 3 0.1637 0.82318 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.4730 0.22219 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1440058 1 0.4509 0.67907 0.708 0.004 0.000 0.288
#> SRR1389979 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR607337 1 0.3306 0.78233 0.840 0.004 0.000 0.156
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.3088 0.56013 0.008 0.000 0.128 0.864
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2469 0.82196 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1387989 3 0.1716 0.83110 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1383018 4 0.3105 0.55307 0.004 0.000 0.140 0.856
#> SRR1441701 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0524 0.80438 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR664819 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR614083 4 0.3105 0.56770 0.012 0.000 0.120 0.868
#> SRR1310623 3 0.1716 0.83110 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1420625 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.3837 0.75655 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.5337 0.49166 0.564 0.000 0.012 0.424
#> SRR1418992 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3219 0.78844 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1399028 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.3306 0.78234 0.840 0.004 0.000 0.156
#> SRR1402900 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.5700 0.07156 0.412 0.000 0.028 0.560
#> SRR664842 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR662342 2 0.0707 0.97676 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR665502 4 0.3105 0.56770 0.012 0.000 0.120 0.868
#> SRR657891 1 0.4961 0.42805 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1421305 4 0.4920 0.61113 0.136 0.000 0.088 0.776
#> SRR1335707 4 0.6155 0.59128 0.148 0.000 0.176 0.676
#> SRR1401276 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR627421 1 0.4961 0.43873 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1311575 1 0.4941 0.45422 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1475675 3 0.2530 0.81983 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR661995 1 0.2593 0.79811 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1471922 4 0.4164 0.38396 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1077687 1 0.1661 0.80554 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR821602 3 0.4008 0.70802 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR608718 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.1902 0.80355 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR810571 4 0.4304 0.38537 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR664048 4 0.3355 0.54278 0.004 0.000 0.160 0.836
#> SRR1500998 4 0.5012 0.60859 0.116 0.000 0.112 0.772
#> SRR1320916 4 0.5691 0.08693 0.408 0.000 0.028 0.564
#> SRR1472150 3 0.5105 0.33355 0.004 0.000 0.564 0.432
#> SRR1329090 1 0.2125 0.80383 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR1317344 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.4679 0.63360 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1324371 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.4961 0.42805 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1321462 1 0.3873 0.75632 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1387264 1 0.2831 0.79422 0.876 0.004 0.000 0.120
#> SRR1468141 3 0.4564 0.59935 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1486097 1 0.0376 0.80413 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR608002 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.2647 0.81609 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR604050 4 0.3105 0.56770 0.012 0.000 0.120 0.868
#> SRR600385 4 0.5968 0.50858 0.084 0.000 0.252 0.664
#> SRR1430248 4 0.3577 0.54914 0.012 0.000 0.156 0.832
#> SRR1352975 1 0.4948 0.44515 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1457221 4 0.5168 -0.15012 0.004 0.000 0.496 0.500
#> SRR807591 1 0.0376 0.80398 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.3444 0.74518 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR660895 3 0.3219 0.78844 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR655111 4 0.2944 0.55791 0.004 0.000 0.128 0.868
#> SRR1336006 4 0.4957 0.60885 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR613114 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.5314 0.58947 0.176 0.000 0.084 0.740
#> SRR1315269 1 0.4925 0.46377 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1435020 1 0.0657 0.80443 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1337564 1 0.1902 0.80355 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR1315019 3 0.0592 0.83152 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1370173 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.3444 0.74518 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1405485 1 0.4948 0.44515 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR812012 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1469495 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.2216 0.80706 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1375616 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1432123 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.4697 0.62781 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1099499 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4164 0.38396 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1468974 3 0.4543 0.56314 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1470111 3 0.0592 0.83152 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1079168 3 0.1716 0.83110 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1338584 3 0.3266 0.78430 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1329551 4 0.3142 0.55882 0.008 0.000 0.132 0.860
#> SRR662871 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 4 0.5143 0.27163 0.012 0.000 0.360 0.628
#> SRR1487107 1 0.3801 0.75885 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1348159 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR614443 3 0.2973 0.80239 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1314958 1 0.4941 0.45422 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1341702 4 0.5310 -0.01274 0.412 0.000 0.012 0.576
#> SRR1444678 1 0.5597 0.32187 0.516 0.000 0.020 0.464
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.4999 0.31848 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 4 0.3047 0.56988 0.012 0.000 0.116 0.872
#> SRR1468955 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.5193 0.53083 0.580 0.000 0.008 0.412
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.4730 0.22219 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR660933 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.3219 0.77343 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1359388 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR817686 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1429162 4 0.6357 0.55122 0.124 0.000 0.232 0.644
#> SRR612380 1 0.3801 0.75885 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR817905 1 0.3837 0.75655 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1337909 1 0.4948 0.44515 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR661723 3 0.1716 0.83110 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1314163 1 0.4933 0.42382 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1489155 3 0.1389 0.82553 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 4 0.4761 0.18945 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1396078 4 0.5473 0.39928 0.032 0.000 0.324 0.644
#> SRR1443612 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1470902 1 0.5244 0.47345 0.556 0.000 0.008 0.436
#> SRR1362777 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1413522 4 0.5881 0.50946 0.240 0.000 0.084 0.676
#> SRR1073143 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.5105 0.33355 0.004 0.000 0.564 0.432
#> SRR662570 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.1661 0.80554 0.944 0.004 0.000 0.052
#> SRR1323043 1 0.1389 0.80653 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1475022 3 0.5472 0.22754 0.016 0.000 0.544 0.440
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.2944 0.55791 0.004 0.000 0.128 0.868
#> SRR603596 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4214 0.52795 0.016 0.000 0.204 0.780
#> SRR615467 3 0.1716 0.83048 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR660638 4 0.4181 0.58112 0.052 0.000 0.128 0.820
#> SRR1360383 4 0.5995 0.52875 0.084 0.000 0.256 0.660
#> SRR1354577 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.4331 0.36476 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1320873 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1336379 1 0.4781 0.65875 0.660 0.000 0.004 0.336
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1477634 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1444876 4 0.4361 0.52619 0.020 0.000 0.208 0.772
#> SRR1101421 1 0.0524 0.80438 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR613354 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.4990 0.55985 0.060 0.000 0.184 0.756
#> SRR1324431 1 0.4164 0.73398 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2999 0.75322 0.864 0.004 0.000 0.132
#> SRR655684 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0469 0.80476 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1397073 1 0.5597 0.32187 0.516 0.000 0.020 0.464
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.4134 0.73982 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1087031 1 0.3975 0.74942 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1489177 4 0.5149 0.35141 0.016 0.000 0.336 0.648
#> SRR1350525 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1440517 1 0.5232 0.62613 0.644 0.004 0.012 0.340
#> SRR1320093 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.2593 0.79811 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1320280 1 0.0336 0.80357 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082262 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.4933 0.45789 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1385080 1 0.4781 0.65875 0.660 0.000 0.004 0.336
#> SRR1316921 1 0.4456 0.71175 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1305 0.80603 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1498272 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.1940 0.82012 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR818418 1 0.4961 0.42805 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1474553 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.4978 0.50151 0.004 0.000 0.612 0.384
#> SRR1079281 4 0.5839 0.22768 0.352 0.000 0.044 0.604
#> SRR656493 4 0.4606 0.44659 0.012 0.000 0.264 0.724
#> SRR1328599 4 0.5628 0.56085 0.216 0.000 0.080 0.704
#> SRR655218 1 0.2593 0.79811 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1416754 1 0.5597 0.32187 0.516 0.000 0.020 0.464
#> SRR1488562 1 0.2714 0.77350 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1084842 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.4606 0.44659 0.012 0.000 0.264 0.724
#> SRR1468514 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0376 0.80398 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1474065 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.3219 0.77343 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.5835 0.15502 0.372 0.000 0.040 0.588
#> SRR1415095 1 0.5055 0.60088 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.5000 -0.30764 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR597927 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.1637 0.82318 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1490019 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1476676 1 0.0779 0.80434 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR663261 4 0.5126 -0.01235 0.004 0.000 0.444 0.552
#> SRR1432343 1 0.4781 0.65875 0.660 0.000 0.004 0.336
#> SRR1459585 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4978 0.50151 0.004 0.000 0.612 0.384
#> SRR612443 4 0.3047 0.56988 0.012 0.000 0.116 0.872
#> SRR1473936 3 0.4948 0.36523 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1455698 3 0.0336 0.82983 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1331335 1 0.1389 0.80653 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR659187 1 0.3942 0.75087 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1417912 1 0.0469 0.80357 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1316940 4 0.5473 0.39928 0.032 0.000 0.324 0.644
#> SRR1500753 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0592 0.83128 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1411024 1 0.4661 0.64140 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1469904 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.1902 0.80355 0.932 0.004 0.000 0.064
#> SRR657754 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.5149 0.35141 0.016 0.000 0.336 0.648
#> SRR1444460 1 0.4817 0.54588 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1333587 4 0.5731 0.00343 0.428 0.000 0.028 0.544
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.4957 0.60885 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR1366433 1 0.3764 0.76129 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1480479 4 0.5193 -0.00656 0.412 0.000 0.008 0.580
#> SRR1470175 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.4509 0.67655 0.708 0.004 0.000 0.288
#> SRR1335400 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.3528 0.77197 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR820133 4 0.1118 0.59498 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1348424 3 0.2647 0.81609 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1382956 3 0.2216 0.80706 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1339549 4 0.4957 0.60885 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR821434 1 0.3726 0.76319 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR662546 1 0.4679 0.63360 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1319816 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 4 0.4761 0.18945 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1435293 1 0.5597 0.32187 0.516 0.000 0.020 0.464
#> SRR1408208 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.4543 0.56314 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR1499193 1 0.4961 0.42368 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1467294 3 0.1302 0.82603 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1359649 4 0.6357 0.55122 0.124 0.000 0.232 0.644
#> SRR1335688 3 0.4776 0.49976 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1370129 3 0.4985 0.32466 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1321966 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1488672 1 0.0469 0.80476 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343197 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.1004 0.80628 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR1334564 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.2647 0.81609 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1498861 1 0.4999 0.31911 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1317877 1 0.0895 0.80562 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1329885 3 0.4040 0.69901 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1459718 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR602622 4 0.4882 0.39546 0.272 0.000 0.020 0.708
#> SRR1487685 4 0.5159 0.15279 0.364 0.000 0.012 0.624
#> SRR1455925 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.2647 0.81609 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1313932 1 0.3726 0.76319 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR603397 3 0.2408 0.82246 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1099023 3 0.0000 0.82773 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1022 0.83245 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1334741 4 0.4957 0.60885 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR656564 4 0.6219 0.32092 0.344 0.000 0.068 0.588
#> SRR608174 1 0.3837 0.75655 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1320963 1 0.4313 0.71031 0.736 0.004 0.000 0.260
#> SRR661973 1 0.0188 0.80309 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.4401 0.69208 0.724 0.004 0.000 0.272
#> SRR602927 1 0.0336 0.80357 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99972 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.4999 -0.28782 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1475909 4 0.5700 0.07156 0.412 0.000 0.028 0.560
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1356619 1 0.4114 0.69607 0.624 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1341898 3 0.4486 0.63919 0.000 0.00 0.748 NA 0.080
#> SRR1333930 1 0.4613 0.69886 0.620 0.00 0.000 NA 0.020
#> SRR1085850 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1379450 1 0.1750 0.62826 0.936 0.00 0.000 NA 0.036
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR614814 1 0.5493 0.62309 0.632 0.00 0.000 NA 0.112
#> SRR1077405 3 0.0510 0.67444 0.000 0.00 0.984 NA 0.000
#> SRR1330061 3 0.4967 0.38204 0.012 0.00 0.692 NA 0.248
#> SRR662725 1 0.3346 0.55764 0.844 0.00 0.000 NA 0.092
#> SRR1313951 1 0.1668 0.63258 0.940 0.00 0.000 NA 0.032
#> SRR1339218 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1417505 1 0.1750 0.62826 0.936 0.00 0.000 NA 0.036
#> SRR1407134 1 0.5911 0.49039 0.596 0.00 0.000 NA 0.176
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1331289 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1075898 1 0.1579 0.63220 0.944 0.00 0.000 NA 0.032
#> SRR1498482 3 0.2351 0.67426 0.000 0.00 0.896 NA 0.016
#> SRR1359673 3 0.6201 0.54917 0.000 0.00 0.552 NA 0.216
#> SRR1439873 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1335254 1 0.3213 0.58042 0.860 0.00 0.004 NA 0.072
#> SRR1352706 3 0.2221 0.63926 0.000 0.00 0.912 NA 0.052
#> SRR1436966 3 0.2153 0.64567 0.000 0.00 0.916 NA 0.044
#> SRR614802 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1388979 1 0.3471 0.54535 0.836 0.00 0.000 NA 0.092
#> SRR1396595 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1340508 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1360868 5 0.3033 0.60769 0.052 0.00 0.000 NA 0.864
#> SRR1440699 3 0.6201 0.54917 0.000 0.00 0.552 NA 0.216
#> SRR1389059 3 0.0865 0.67296 0.000 0.00 0.972 NA 0.004
#> SRR1083100 1 0.6326 0.14847 0.460 0.00 0.000 NA 0.380
#> SRR1348861 3 0.6958 -0.08535 0.064 0.00 0.484 NA 0.356
#> SRR1072367 5 0.5098 0.47029 0.028 0.00 0.100 NA 0.740
#> SRR1468403 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1417070 5 0.6489 0.27136 0.012 0.00 0.396 NA 0.460
#> SRR1390601 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1486560 1 0.0566 0.64898 0.984 0.00 0.000 NA 0.012
#> SRR1315761 1 0.5453 0.32408 0.672 0.00 0.008 NA 0.208
#> SRR1392637 1 0.4487 0.48382 0.772 0.00 0.008 NA 0.124
#> SRR810957 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1444479 3 0.5206 0.35025 0.012 0.00 0.672 NA 0.256
#> SRR1470212 5 0.5875 0.18963 0.008 0.00 0.332 NA 0.568
#> SRR1433971 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR598124 5 0.6898 0.26880 0.024 0.00 0.400 NA 0.420
#> SRR615141 5 0.7726 0.54708 0.252 0.00 0.092 NA 0.460
#> SRR601122 1 0.6004 0.25914 0.632 0.00 0.016 NA 0.192
#> SRR1397008 5 0.7567 0.49685 0.092 0.00 0.268 NA 0.480
#> SRR1358561 3 0.1830 0.64853 0.000 0.00 0.932 NA 0.040
#> SRR1498640 1 0.5911 0.49039 0.596 0.00 0.000 NA 0.176
#> SRR1429957 5 0.6489 0.27136 0.012 0.00 0.396 NA 0.460
#> SRR1452292 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1467590 5 0.5472 0.43923 0.016 0.00 0.196 NA 0.684
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1485542 1 0.5872 0.49930 0.600 0.00 0.000 NA 0.168
#> SRR659121 1 0.2859 0.58712 0.876 0.00 0.000 NA 0.056
#> SRR1330656 3 0.5836 0.26432 0.020 0.00 0.612 NA 0.288
#> SRR1388305 1 0.4114 0.69998 0.624 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1363992 3 0.6246 0.54331 0.000 0.00 0.544 NA 0.224
#> SRR1311086 1 0.4138 0.69398 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1458044 5 0.7506 0.54359 0.260 0.00 0.064 NA 0.468
#> SRR661325 1 0.1270 0.66218 0.948 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1439807 1 0.4211 0.69891 0.636 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1406561 1 0.3213 0.58042 0.860 0.00 0.004 NA 0.072
#> SRR1394713 3 0.6958 -0.08535 0.064 0.00 0.484 NA 0.356
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1476186 5 0.6470 0.60173 0.116 0.00 0.152 NA 0.640
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1084649 1 0.6350 0.38897 0.548 0.00 0.004 NA 0.224
#> SRR1500405 3 0.6958 -0.08535 0.064 0.00 0.484 NA 0.356
#> SRR1354446 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1467455 1 0.6377 0.13053 0.452 0.00 0.000 NA 0.380
#> SRR1444559 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1381543 1 0.6298 0.03952 0.568 0.00 0.012 NA 0.268
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR820379 5 0.6216 0.18986 0.008 0.00 0.368 NA 0.508
#> SRR660007 5 0.5772 0.31904 0.028 0.00 0.344 NA 0.580
#> SRR655649 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1437306 1 0.4118 0.54870 0.796 0.00 0.004 NA 0.088
#> SRR657731 5 0.5857 0.30439 0.028 0.00 0.352 NA 0.568
#> SRR661005 5 0.4221 0.60544 0.168 0.00 0.016 NA 0.780
#> SRR600608 1 0.4150 0.69593 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR655923 5 0.5723 0.36252 0.016 0.00 0.200 NA 0.660
#> SRR1334717 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1474886 3 0.6958 -0.08535 0.064 0.00 0.484 NA 0.356
#> SRR1082759 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR662534 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1316815 1 0.4151 0.70074 0.652 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1072797 1 0.3663 0.69688 0.776 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR612455 5 0.5057 0.53710 0.016 0.00 0.144 NA 0.732
#> SRR818210 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR598671 5 0.4251 0.58148 0.048 0.00 0.132 NA 0.796
#> SRR1387178 1 0.5775 0.55337 0.608 0.00 0.000 NA 0.148
#> SRR660498 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1403831 1 0.1579 0.63220 0.944 0.00 0.000 NA 0.032
#> SRR657325 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1339740 1 0.4354 0.69987 0.624 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR657348 1 0.0898 0.65697 0.972 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR662091 3 0.4635 0.53012 0.016 0.00 0.768 NA 0.128
#> SRR608598 3 0.2722 0.66962 0.000 0.00 0.872 NA 0.020
#> SRR663320 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR608662 1 0.6179 0.39074 0.556 0.00 0.000 NA 0.228
#> SRR1361567 1 0.4517 0.69663 0.600 0.00 0.000 NA 0.012
#> SRR819134 1 0.4138 0.69570 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1311400 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR817775 3 0.5206 0.35025 0.012 0.00 0.672 NA 0.256
#> SRR661433 3 0.0510 0.67444 0.000 0.00 0.984 NA 0.000
#> SRR1453341 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR819946 3 0.4298 0.51605 0.000 0.00 0.756 NA 0.184
#> SRR1319539 5 0.6470 0.60173 0.116 0.00 0.152 NA 0.640
#> SRR1343841 1 0.4161 0.69453 0.608 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR665563 5 0.5629 0.40450 0.032 0.00 0.304 NA 0.620
#> SRR1487321 1 0.5775 0.55337 0.608 0.00 0.000 NA 0.148
#> SRR1312428 1 0.7583 -0.23574 0.372 0.00 0.052 NA 0.360
#> SRR657587 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1337412 5 0.7082 0.37387 0.048 0.00 0.348 NA 0.468
#> SRR1474466 1 0.7146 -0.33562 0.412 0.00 0.028 NA 0.368
#> SRR1466993 1 0.4211 0.69891 0.636 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1358102 1 0.6255 0.32155 0.540 0.00 0.000 NA 0.252
#> SRR1455171 3 0.6225 0.54233 0.000 0.00 0.548 NA 0.228
#> SRR627299 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR660733 5 0.4221 0.60544 0.168 0.00 0.016 NA 0.780
#> SRR817758 5 0.6487 0.60409 0.120 0.00 0.144 NA 0.640
#> SRR821019 5 0.6926 0.53974 0.048 0.00 0.176 NA 0.552
#> SRR1330675 1 0.4576 0.47136 0.764 0.00 0.008 NA 0.132
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1320180 5 0.7048 0.39445 0.048 0.00 0.332 NA 0.484
#> SRR604074 5 0.3606 0.58789 0.044 0.00 0.016 NA 0.840
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR658188 3 0.2927 0.67459 0.000 0.00 0.868 NA 0.040
#> SRR820209 5 0.6010 0.57078 0.208 0.00 0.000 NA 0.584
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1096966 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1350456 1 0.4161 0.69453 0.608 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1472079 5 0.7506 0.54359 0.260 0.00 0.064 NA 0.468
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR660103 3 0.6354 0.51201 0.000 0.00 0.520 NA 0.264
#> SRR1403958 1 0.0992 0.64158 0.968 0.00 0.000 NA 0.024
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR600754 1 0.4309 0.69970 0.676 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1334847 5 0.7927 0.53568 0.208 0.00 0.168 NA 0.464
#> SRR1421093 3 0.2153 0.64567 0.000 0.00 0.916 NA 0.044
#> SRR1085782 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR597977 3 0.2685 0.67487 0.000 0.00 0.880 NA 0.028
#> SRR1375635 1 0.7322 -0.27292 0.440 0.00 0.044 NA 0.328
#> SRR661133 1 0.6271 0.47948 0.532 0.00 0.000 NA 0.196
#> SRR1357523 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1415732 5 0.7560 0.46733 0.076 0.00 0.272 NA 0.468
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1396640 1 0.5993 0.49029 0.584 0.00 0.000 NA 0.184
#> SRR1454803 1 0.4045 0.70022 0.644 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1468381 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1388007 3 0.6405 0.50849 0.000 0.00 0.512 NA 0.252
#> SRR1434138 1 0.7322 -0.27292 0.440 0.00 0.044 NA 0.328
#> SRR1456950 1 0.3213 0.58042 0.860 0.00 0.004 NA 0.072
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1323764 3 0.7553 -0.28956 0.080 0.00 0.396 NA 0.380
#> SRR1355040 1 0.4138 0.69398 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1409351 1 0.1661 0.62988 0.940 0.00 0.000 NA 0.036
#> SRR1085495 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR604026 1 0.6203 0.39931 0.552 0.00 0.000 NA 0.224
#> SRR1500868 1 0.5864 0.50632 0.600 0.00 0.000 NA 0.164
#> SRR1476279 1 0.1668 0.63042 0.940 0.00 0.000 NA 0.032
#> SRR627429 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR660969 1 0.4354 0.69987 0.624 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1330546 3 0.3002 0.66673 0.000 0.00 0.856 NA 0.028
#> SRR1440986 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1357189 1 0.0566 0.64898 0.984 0.00 0.000 NA 0.012
#> SRR1319837 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR1491311 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1487295 3 0.2676 0.62374 0.000 0.00 0.884 NA 0.080
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1086635 5 0.5077 0.47736 0.020 0.00 0.120 NA 0.736
#> SRR1440058 1 0.5562 0.64081 0.604 0.00 0.000 NA 0.100
#> SRR1389979 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1315721 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR607337 1 0.4464 0.69363 0.684 0.00 0.000 NA 0.028
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1332275 5 0.3186 0.60768 0.048 0.00 0.008 NA 0.864
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1340133 3 0.6150 0.55748 0.000 0.00 0.560 NA 0.204
#> SRR1387989 3 0.5565 0.59746 0.000 0.00 0.640 NA 0.144
#> SRR1383018 5 0.3282 0.60407 0.044 0.00 0.012 NA 0.860
#> SRR1441701 3 0.2915 0.66721 0.000 0.00 0.860 NA 0.024
#> SRR1368772 1 0.4150 0.69440 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1435536 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR614083 5 0.3102 0.60803 0.056 0.00 0.000 NA 0.860
#> SRR1310623 3 0.5618 0.59403 0.000 0.00 0.632 NA 0.144
#> SRR1420625 3 0.0609 0.67493 0.000 0.00 0.980 NA 0.000
#> SRR816721 1 0.0671 0.64724 0.980 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1391879 1 0.4576 0.47136 0.764 0.00 0.008 NA 0.132
#> SRR1418992 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1488836 3 0.6405 0.50849 0.000 0.00 0.512 NA 0.252
#> SRR1399028 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1418127 1 0.4420 0.69318 0.692 0.00 0.000 NA 0.028
#> SRR1402900 1 0.4126 0.69492 0.620 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1394755 1 0.6326 0.14847 0.460 0.00 0.000 NA 0.380
#> SRR664842 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR662342 2 0.0609 0.97715 0.000 0.98 0.020 NA 0.000
#> SRR665502 5 0.3102 0.60803 0.056 0.00 0.000 NA 0.860
#> SRR657891 1 0.5911 0.49039 0.596 0.00 0.000 NA 0.176
#> SRR1421305 5 0.7262 0.52912 0.292 0.00 0.040 NA 0.464
#> SRR1335707 5 0.7974 0.51892 0.232 0.00 0.124 NA 0.440
#> SRR1401276 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR627421 1 0.5876 0.48955 0.604 0.00 0.000 NA 0.192
#> SRR1311575 1 0.5840 0.50469 0.604 0.00 0.000 NA 0.164
#> SRR1475675 3 0.6131 0.55809 0.000 0.00 0.564 NA 0.208
#> SRR661995 1 0.3663 0.69688 0.776 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1471922 1 0.6512 -0.24682 0.452 0.00 0.000 NA 0.348
#> SRR1077687 1 0.4354 0.69987 0.624 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR821602 3 0.5558 0.40522 0.000 0.00 0.620 NA 0.268
#> SRR608718 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1071289 3 0.0510 0.67444 0.000 0.00 0.984 NA 0.000
#> SRR1437555 1 0.4613 0.69886 0.620 0.00 0.000 NA 0.020
#> SRR810571 5 0.6926 0.53974 0.048 0.00 0.176 NA 0.552
#> SRR664048 5 0.3658 0.59667 0.044 0.00 0.016 NA 0.836
#> SRR1500998 5 0.7548 0.53653 0.272 0.00 0.064 NA 0.456
#> SRR1320916 1 0.6352 0.13593 0.456 0.00 0.000 NA 0.380
#> SRR1472150 3 0.6600 -0.04657 0.020 0.00 0.492 NA 0.356
#> SRR1329090 1 0.4555 0.70078 0.636 0.00 0.000 NA 0.020
#> SRR1317344 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR817978 1 0.3416 0.54964 0.840 0.00 0.000 NA 0.088
#> SRR1324371 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1474333 1 0.5911 0.49039 0.596 0.00 0.000 NA 0.176
#> SRR1321462 1 0.0807 0.64791 0.976 0.00 0.000 NA 0.012
#> SRR1387264 1 0.4329 0.69980 0.672 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1468141 3 0.5960 0.22500 0.000 0.00 0.528 NA 0.352
#> SRR1486097 1 0.4101 0.69693 0.628 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR608002 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1360563 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1414684 3 0.6201 0.54917 0.000 0.00 0.552 NA 0.216
#> SRR604050 5 0.2962 0.60587 0.048 0.00 0.000 NA 0.868
#> SRR600385 5 0.6599 0.60210 0.136 0.00 0.144 NA 0.628
#> SRR1430248 5 0.3374 0.59191 0.044 0.00 0.004 NA 0.844
#> SRR1352975 1 0.5872 0.49930 0.600 0.00 0.000 NA 0.168
#> SRR1457221 5 0.6489 0.27136 0.012 0.00 0.396 NA 0.460
#> SRR807591 1 0.4138 0.69398 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1345478 3 0.4298 0.51605 0.000 0.00 0.756 NA 0.184
#> SRR660895 3 0.6405 0.50849 0.000 0.00 0.512 NA 0.252
#> SRR655111 5 0.2708 0.60501 0.044 0.00 0.000 NA 0.884
#> SRR1336006 5 0.7506 0.54359 0.260 0.00 0.064 NA 0.468
#> SRR613114 3 0.2628 0.67094 0.000 0.00 0.884 NA 0.028
#> SRR608368 5 0.7400 0.45661 0.340 0.00 0.044 NA 0.416
#> SRR1315269 1 0.6043 0.51505 0.568 0.00 0.000 NA 0.168
#> SRR1435020 1 0.4161 0.69453 0.608 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1337564 1 0.4613 0.69886 0.620 0.00 0.000 NA 0.020
#> SRR1315019 3 0.0865 0.66727 0.000 0.00 0.972 NA 0.004
#> SRR1370173 3 0.0609 0.67493 0.000 0.00 0.980 NA 0.000
#> SRR1408327 3 0.4298 0.51605 0.000 0.00 0.756 NA 0.184
#> SRR1405485 1 0.5872 0.49930 0.600 0.00 0.000 NA 0.168
#> SRR812012 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1370619 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1469495 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1378841 3 0.3195 0.60192 0.004 0.00 0.856 NA 0.100
#> SRR1375616 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1381566 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1432123 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1370405 1 0.3471 0.54535 0.836 0.00 0.000 NA 0.092
#> SRR1099499 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1436106 1 0.6512 -0.24682 0.452 0.00 0.000 NA 0.348
#> SRR1468974 3 0.5836 0.26432 0.020 0.00 0.612 NA 0.288
#> SRR1470111 3 0.0865 0.66727 0.000 0.00 0.972 NA 0.004
#> SRR1079168 3 0.5565 0.59746 0.000 0.00 0.640 NA 0.144
#> SRR1338584 3 0.6422 0.50369 0.000 0.00 0.508 NA 0.256
#> SRR1329551 5 0.3244 0.60630 0.048 0.00 0.008 NA 0.860
#> SRR662871 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR816770 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR600560 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR607935 5 0.6001 0.52384 0.044 0.00 0.236 NA 0.640
#> SRR1487107 1 0.0566 0.64898 0.984 0.00 0.000 NA 0.012
#> SRR1348159 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1356036 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR614443 3 0.6265 0.53325 0.000 0.00 0.540 NA 0.240
#> SRR1314958 1 0.5840 0.50469 0.604 0.00 0.000 NA 0.164
#> SRR1341702 1 0.6586 0.22731 0.500 0.00 0.004 NA 0.256
#> SRR1444678 1 0.6563 0.43611 0.544 0.00 0.016 NA 0.180
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1342045 1 0.6133 0.41499 0.564 0.00 0.000 NA 0.216
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1078879 5 0.3033 0.60769 0.052 0.00 0.000 NA 0.864
#> SRR1468955 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR660626 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR812436 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1312103 1 0.4372 0.49853 0.776 0.00 0.004 NA 0.120
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR661255 5 0.5077 0.47736 0.020 0.00 0.120 NA 0.736
#> SRR660933 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1488651 3 0.4535 0.53337 0.012 0.00 0.772 NA 0.128
#> SRR1359388 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR817686 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1429162 5 0.7927 0.53568 0.208 0.00 0.168 NA 0.464
#> SRR612380 1 0.0566 0.64898 0.984 0.00 0.000 NA 0.012
#> SRR817905 1 0.0671 0.64724 0.980 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1337909 1 0.5872 0.49930 0.600 0.00 0.000 NA 0.168
#> SRR661723 3 0.5565 0.59746 0.000 0.00 0.640 NA 0.144
#> SRR1314163 1 0.6327 0.48516 0.520 0.00 0.000 NA 0.200
#> SRR1489155 3 0.2359 0.63527 0.000 0.00 0.904 NA 0.060
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR607091 5 0.5098 0.47029 0.028 0.00 0.100 NA 0.740
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1445238 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR820078 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR819534 3 0.2915 0.66721 0.000 0.00 0.860 NA 0.024
#> SRR820468 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR659899 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1396078 5 0.7567 0.49685 0.092 0.00 0.268 NA 0.480
#> SRR1443612 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1470902 1 0.4743 0.44712 0.744 0.00 0.004 NA 0.136
#> SRR1362777 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1413522 5 0.7785 0.29292 0.344 0.00 0.068 NA 0.364
#> SRR1073143 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1444622 3 0.6600 -0.04657 0.020 0.00 0.492 NA 0.356
#> SRR662570 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1430288 1 0.4354 0.69987 0.624 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR1323043 1 0.3980 0.70380 0.708 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR1475022 3 0.6958 -0.08535 0.064 0.00 0.484 NA 0.356
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1328919 5 0.2708 0.60501 0.044 0.00 0.000 NA 0.884
#> SRR603596 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR602808 5 0.6803 0.59172 0.084 0.00 0.116 NA 0.592
#> SRR615467 3 0.2914 0.66253 0.000 0.00 0.872 NA 0.052
#> SRR660638 5 0.3442 0.60600 0.104 0.00 0.000 NA 0.836
#> SRR1360383 5 0.7859 0.54447 0.152 0.00 0.196 NA 0.476
#> SRR1354577 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR608230 5 0.5104 0.53795 0.012 0.00 0.164 NA 0.720
#> SRR1320873 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR1336379 1 0.3213 0.58042 0.860 0.00 0.004 NA 0.072
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1357434 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1477634 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1444876 5 0.6768 0.59124 0.080 0.00 0.120 NA 0.596
#> SRR1101421 1 0.4138 0.69570 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR613354 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1446762 5 0.4238 0.62515 0.112 0.00 0.056 NA 0.804
#> SRR1324431 1 0.1668 0.63258 0.940 0.00 0.000 NA 0.032
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1386818 1 0.5616 0.62970 0.536 0.00 0.000 NA 0.080
#> SRR655684 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1332796 1 0.4151 0.70074 0.652 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1397073 1 0.6563 0.43611 0.544 0.00 0.016 NA 0.180
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1341008 1 0.2782 0.63774 0.880 0.00 0.000 NA 0.048
#> SRR1087031 1 0.1216 0.63957 0.960 0.00 0.000 NA 0.020
#> SRR1489177 5 0.7560 0.46733 0.076 0.00 0.272 NA 0.468
#> SRR1350525 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1440517 1 0.5664 0.59249 0.632 0.00 0.000 NA 0.168
#> SRR1320093 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR602516 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR604318 1 0.3663 0.69688 0.776 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1320280 1 0.4166 0.70008 0.648 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1082262 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1379238 1 0.5864 0.50632 0.600 0.00 0.000 NA 0.164
#> SRR1385080 1 0.3213 0.58042 0.860 0.00 0.004 NA 0.072
#> SRR1316921 1 0.4998 0.64902 0.700 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1375308 1 0.4114 0.69998 0.624 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1498272 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR814989 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1320892 3 0.2879 0.61559 0.000 0.00 0.868 NA 0.100
#> SRR818418 1 0.5911 0.49039 0.596 0.00 0.000 NA 0.176
#> SRR1474553 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1430884 5 0.6558 -0.10468 0.012 0.00 0.344 NA 0.492
#> SRR1079281 1 0.6699 -0.00395 0.532 0.00 0.024 NA 0.280
#> SRR656493 5 0.4134 0.59015 0.052 0.00 0.116 NA 0.808
#> SRR1328599 5 0.5357 0.46329 0.264 0.00 0.000 NA 0.640
#> SRR655218 1 0.3663 0.69688 0.776 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1416754 1 0.6563 0.43611 0.544 0.00 0.016 NA 0.180
#> SRR1488562 1 0.5260 0.66368 0.592 0.00 0.000 NA 0.060
#> SRR1084842 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR659673 5 0.4134 0.59015 0.052 0.00 0.116 NA 0.808
#> SRR1468514 1 0.4126 0.69492 0.620 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1499823 3 0.0609 0.67493 0.000 0.00 0.980 NA 0.000
#> SRR1481216 1 0.4138 0.69398 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1474065 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1476571 3 0.4535 0.53337 0.012 0.00 0.772 NA 0.128
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1085662 1 0.6582 0.06235 0.556 0.00 0.024 NA 0.260
#> SRR1415095 1 0.4118 0.54870 0.796 0.00 0.004 NA 0.088
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1488715 1 0.6180 0.40052 0.556 0.00 0.000 NA 0.224
#> SRR597927 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1408113 3 0.2676 0.62374 0.000 0.00 0.884 NA 0.080
#> SRR1490019 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1333694 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1476676 1 0.4310 0.69435 0.604 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR663261 5 0.5629 0.40450 0.032 0.00 0.304 NA 0.620
#> SRR1432343 1 0.3213 0.58042 0.860 0.00 0.004 NA 0.072
#> SRR1459585 3 0.0609 0.67493 0.000 0.00 0.980 NA 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR602365 5 0.6558 -0.10468 0.012 0.00 0.344 NA 0.492
#> SRR612443 5 0.3033 0.60769 0.052 0.00 0.000 NA 0.864
#> SRR1473936 5 0.6662 0.12120 0.008 0.00 0.400 NA 0.420
#> SRR1455698 3 0.0798 0.66812 0.000 0.00 0.976 NA 0.008
#> SRR1331335 1 0.3980 0.70380 0.708 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR659187 1 0.1992 0.63788 0.924 0.00 0.000 NA 0.032
#> SRR1417912 1 0.4182 0.70027 0.644 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1316940 5 0.7567 0.49685 0.092 0.00 0.268 NA 0.480
#> SRR1500753 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR657635 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR615934 3 0.2685 0.67487 0.000 0.00 0.880 NA 0.028
#> SRR1411024 1 0.3354 0.55538 0.844 0.00 0.000 NA 0.088
#> SRR1469904 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1311794 1 0.4613 0.69886 0.620 0.00 0.000 NA 0.020
#> SRR657754 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1464451 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1443895 5 0.7560 0.46733 0.076 0.00 0.272 NA 0.468
#> SRR1444460 1 0.5854 0.56030 0.596 0.00 0.000 NA 0.152
#> SRR1333587 1 0.6232 0.20235 0.480 0.00 0.000 NA 0.372
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1339530 5 0.7506 0.54359 0.260 0.00 0.064 NA 0.468
#> SRR1366433 1 0.0451 0.65077 0.988 0.00 0.000 NA 0.008
#> SRR1480479 1 0.5904 0.13119 0.600 0.00 0.004 NA 0.260
#> SRR1470175 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR598768 1 0.5623 0.63597 0.596 0.00 0.000 NA 0.104
#> SRR1335400 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1418923 1 0.0703 0.65697 0.976 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR820133 5 0.6010 0.57078 0.208 0.00 0.000 NA 0.584
#> SRR1348424 3 0.6201 0.54917 0.000 0.00 0.552 NA 0.216
#> SRR1382956 3 0.3248 0.59968 0.004 0.00 0.852 NA 0.104
#> SRR1339549 5 0.7506 0.54359 0.260 0.00 0.064 NA 0.468
#> SRR821434 1 0.0324 0.65229 0.992 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR662546 1 0.3416 0.54964 0.840 0.00 0.000 NA 0.088
#> SRR1319816 3 0.1168 0.67508 0.000 0.00 0.960 NA 0.008
#> SRR1078347 5 0.5098 0.47029 0.028 0.00 0.100 NA 0.740
#> SRR1435293 1 0.6563 0.43611 0.544 0.00 0.016 NA 0.180
#> SRR1408208 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1332317 3 0.5836 0.26432 0.020 0.00 0.612 NA 0.288
#> SRR1499193 1 0.5993 0.49029 0.584 0.00 0.000 NA 0.184
#> SRR1467294 3 0.2291 0.63719 0.000 0.00 0.908 NA 0.056
#> SRR1359649 5 0.7927 0.53568 0.208 0.00 0.168 NA 0.464
#> SRR1335688 3 0.6426 0.05014 0.004 0.00 0.472 NA 0.368
#> SRR1370129 5 0.5875 0.18963 0.008 0.00 0.332 NA 0.568
#> SRR1321966 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1488672 1 0.4135 0.70133 0.656 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1343197 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1416999 1 0.4126 0.69899 0.620 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1334564 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR660661 3 0.6201 0.54917 0.000 0.00 0.552 NA 0.216
#> SRR1498861 1 0.6133 0.41408 0.564 0.00 0.000 NA 0.220
#> SRR1317877 1 0.4138 0.69799 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1329885 3 0.5512 0.39298 0.000 0.00 0.620 NA 0.276
#> SRR1459718 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR615731 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR602622 1 0.6889 -0.25889 0.452 0.00 0.016 NA 0.340
#> SRR1487685 1 0.6627 0.10641 0.480 0.00 0.004 NA 0.300
#> SRR1455925 1 0.4150 0.69266 0.612 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1390516 3 0.6201 0.54917 0.000 0.00 0.552 NA 0.216
#> SRR1313932 1 0.0324 0.65229 0.992 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR603397 3 0.6146 0.55783 0.000 0.00 0.560 NA 0.200
#> SRR1099023 3 0.0451 0.67070 0.000 0.00 0.988 NA 0.004
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1368964 3 0.4486 0.63919 0.000 0.00 0.748 NA 0.080
#> SRR1334741 5 0.7506 0.54359 0.260 0.00 0.064 NA 0.468
#> SRR656564 1 0.7140 -0.04380 0.412 0.00 0.024 NA 0.356
#> SRR608174 1 0.0671 0.64724 0.980 0.00 0.000 NA 0.016
#> SRR1320963 1 0.5404 0.65494 0.620 0.00 0.000 NA 0.088
#> SRR661973 1 0.4138 0.69386 0.616 0.00 0.000 NA 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1480365 1 0.5600 0.64570 0.588 0.00 0.000 NA 0.096
#> SRR602927 1 0.4166 0.70008 0.648 0.00 0.000 NA 0.004
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99973 0.000 1.00 0.000 NA 0.000
#> SRR1432275 1 0.6203 0.39931 0.552 0.00 0.000 NA 0.224
#> SRR1475909 1 0.6326 0.14847 0.460 0.00 0.000 NA 0.380
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0632 0.8393 0.976 0.00 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.2883 0.5684 0.000 0.00 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1333930 1 0.2278 0.7496 0.868 0.00 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR1085850 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.3841 0.5211 0.380 0.00 0.000 0.616 0.004 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.4631 -0.2205 0.504 0.00 0.000 0.464 0.008 0.024
#> SRR1077405 5 0.3706 0.3501 0.000 0.00 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1330061 5 0.5181 0.5545 0.000 0.00 0.088 0.072 0.700 0.140
#> SRR662725 4 0.3936 0.5773 0.288 0.00 0.000 0.688 0.000 0.024
#> SRR1313951 4 0.3727 0.5147 0.388 0.00 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.3841 0.5211 0.380 0.00 0.000 0.616 0.004 0.000
#> SRR1407134 4 0.4809 0.5350 0.308 0.00 0.000 0.628 0.012 0.052
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1075898 4 0.3862 0.5136 0.388 0.00 0.000 0.608 0.004 0.000
#> SRR1498482 3 0.3867 -0.0330 0.000 0.00 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1359673 3 0.0458 0.7790 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1439873 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.3819 0.5703 0.316 0.00 0.000 0.672 0.000 0.012
#> SRR1352706 5 0.2845 0.5588 0.000 0.00 0.172 0.004 0.820 0.004
#> SRR1436966 5 0.2913 0.5553 0.000 0.00 0.180 0.004 0.812 0.004
#> SRR614802 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.3990 0.5736 0.284 0.00 0.000 0.688 0.000 0.028
#> SRR1396595 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.4666 0.7031 0.000 0.00 0.168 0.144 0.000 0.688
#> SRR1440699 3 0.0458 0.7790 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1389059 5 0.3795 0.3767 0.000 0.00 0.364 0.004 0.632 0.000
#> SRR1083100 4 0.6611 0.3833 0.196 0.00 0.032 0.492 0.012 0.268
#> SRR1348861 5 0.5789 0.3624 0.000 0.00 0.020 0.188 0.580 0.212
#> SRR1072367 6 0.6113 0.5538 0.000 0.00 0.376 0.056 0.088 0.480
#> SRR1468403 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.6955 0.1162 0.000 0.00 0.100 0.156 0.432 0.312
#> SRR1390601 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.3810 0.4638 0.428 0.00 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.5392 0.5681 0.200 0.00 0.000 0.656 0.044 0.100
#> SRR1392637 4 0.4646 0.6013 0.248 0.00 0.000 0.684 0.024 0.044
#> SRR810957 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.5408 0.5413 0.000 0.00 0.088 0.088 0.680 0.144
#> SRR1470212 3 0.5781 -0.2288 0.000 0.00 0.500 0.036 0.080 0.384
#> SRR1433971 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.6637 0.1742 0.000 0.00 0.068 0.176 0.492 0.264
#> SRR615141 4 0.5855 -0.2364 0.008 0.00 0.000 0.516 0.180 0.296
#> SRR601122 4 0.4666 0.5475 0.136 0.00 0.000 0.736 0.036 0.092
#> SRR1397008 5 0.6684 -0.1035 0.000 0.00 0.032 0.296 0.380 0.292
#> SRR1358561 5 0.3074 0.5472 0.000 0.00 0.200 0.004 0.792 0.004
#> SRR1498640 4 0.4809 0.5350 0.308 0.00 0.000 0.628 0.012 0.052
#> SRR1429957 5 0.6955 0.1162 0.000 0.00 0.100 0.156 0.432 0.312
#> SRR1452292 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 6 0.5875 0.5105 0.000 0.00 0.384 0.064 0.056 0.496
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.4706 0.5249 0.320 0.00 0.000 0.624 0.008 0.048
#> SRR659121 4 0.4018 0.5536 0.324 0.00 0.000 0.656 0.000 0.020
#> SRR1330656 5 0.4638 0.5028 0.000 0.00 0.040 0.084 0.740 0.136
#> SRR1388305 1 0.1814 0.7816 0.900 0.00 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0713 0.7711 0.000 0.00 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1311086 1 0.0146 0.8482 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.5513 -0.1926 0.004 0.00 0.000 0.564 0.152 0.280
#> SRR661325 4 0.3867 0.3405 0.488 0.00 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.1141 0.8212 0.948 0.00 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.3819 0.5703 0.316 0.00 0.000 0.672 0.000 0.012
#> SRR1394713 5 0.5789 0.3624 0.000 0.00 0.020 0.188 0.580 0.212
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 6 0.7364 0.4973 0.012 0.00 0.096 0.256 0.212 0.424
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.5144 0.5623 0.232 0.00 0.000 0.648 0.016 0.104
#> SRR1500405 5 0.5789 0.3624 0.000 0.00 0.020 0.188 0.580 0.212
#> SRR1354446 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.6542 0.3660 0.192 0.00 0.032 0.488 0.008 0.280
#> SRR1444559 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1381543 4 0.5169 0.4361 0.108 0.00 0.000 0.700 0.060 0.132
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.7168 -0.1754 0.000 0.00 0.292 0.080 0.352 0.276
#> SRR660007 6 0.7380 0.3418 0.000 0.00 0.276 0.112 0.276 0.336
#> SRR655649 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.3848 0.5863 0.292 0.00 0.000 0.692 0.004 0.012
#> SRR657731 6 0.7358 0.3169 0.000 0.00 0.272 0.108 0.284 0.336
#> SRR661005 6 0.7351 0.6309 0.044 0.00 0.168 0.256 0.064 0.468
#> SRR600608 1 0.0713 0.8388 0.972 0.00 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR655923 6 0.6146 0.4367 0.000 0.00 0.412 0.040 0.112 0.436
#> SRR1334717 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.5789 0.3624 0.000 0.00 0.020 0.188 0.580 0.212
#> SRR1082759 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.1556 0.7973 0.920 0.00 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.3895 0.3790 0.696 0.00 0.000 0.284 0.004 0.016
#> SRR612455 6 0.6004 0.6209 0.000 0.00 0.188 0.076 0.128 0.608
#> SRR818210 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 6 0.6836 0.6621 0.000 0.00 0.240 0.128 0.136 0.496
#> SRR1387178 4 0.4751 0.4400 0.392 0.00 0.000 0.560 0.004 0.044
#> SRR660498 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.3862 0.5136 0.388 0.00 0.000 0.608 0.004 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.2165 0.7688 0.884 0.00 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR657348 4 0.3843 0.4297 0.452 0.00 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.3814 0.5871 0.000 0.00 0.084 0.060 0.812 0.044
#> SRR608598 3 0.3747 0.2170 0.000 0.00 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.4899 0.5671 0.228 0.00 0.000 0.664 0.008 0.100
#> SRR1361567 1 0.2053 0.7677 0.888 0.00 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR819134 1 0.0547 0.8427 0.980 0.00 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.5408 0.5413 0.000 0.00 0.088 0.088 0.680 0.144
#> SRR661433 5 0.3706 0.3501 0.000 0.00 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1453341 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.5658 0.5550 0.000 0.00 0.192 0.064 0.640 0.104
#> SRR1319539 6 0.7364 0.4973 0.012 0.00 0.096 0.256 0.212 0.424
#> SRR1343841 1 0.0547 0.8428 0.980 0.00 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR665563 6 0.7392 0.3823 0.000 0.00 0.240 0.124 0.276 0.360
#> SRR1487321 4 0.4751 0.4400 0.392 0.00 0.000 0.560 0.004 0.044
#> SRR1312428 4 0.6446 0.2237 0.108 0.00 0.008 0.568 0.092 0.224
#> SRR657587 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.6649 0.0736 0.000 0.00 0.048 0.216 0.456 0.280
#> SRR1474466 4 0.5322 0.1910 0.044 0.00 0.000 0.652 0.080 0.224
#> SRR1466993 1 0.1141 0.8212 0.948 0.00 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.4997 0.5525 0.196 0.00 0.000 0.680 0.020 0.104
#> SRR1455171 3 0.0777 0.7734 0.000 0.00 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR627299 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.7351 0.6309 0.044 0.00 0.168 0.256 0.064 0.468
#> SRR817758 6 0.7402 0.4982 0.016 0.00 0.092 0.260 0.208 0.424
#> SRR821019 6 0.5576 0.3752 0.000 0.00 0.196 0.040 0.128 0.636
#> SRR1330675 4 0.4600 0.6012 0.240 0.00 0.000 0.692 0.024 0.044
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.6586 0.0412 0.000 0.00 0.040 0.212 0.444 0.304
#> SRR604074 6 0.4823 0.6877 0.000 0.00 0.216 0.124 0.000 0.660
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.3843 0.1431 0.000 0.00 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR820209 6 0.4747 0.4281 0.000 0.00 0.000 0.288 0.080 0.632
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0547 0.8428 0.980 0.00 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.5513 -0.1926 0.004 0.00 0.000 0.564 0.152 0.280
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1745 0.7366 0.000 0.00 0.924 0.000 0.020 0.056
#> SRR1403958 4 0.3923 0.4787 0.416 0.00 0.000 0.580 0.000 0.004
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.3507 0.5307 0.752 0.00 0.000 0.232 0.004 0.012
#> SRR1334847 4 0.7203 -0.3274 0.044 0.00 0.020 0.376 0.320 0.240
#> SRR1421093 5 0.2946 0.5532 0.000 0.00 0.184 0.004 0.808 0.004
#> SRR1085782 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.4225 -0.0439 0.000 0.00 0.508 0.008 0.480 0.004
#> SRR1375635 4 0.5267 0.2288 0.052 0.00 0.000 0.680 0.096 0.172
#> SRR661133 4 0.5150 0.4920 0.332 0.00 0.000 0.580 0.008 0.080
#> SRR1357523 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.6509 -0.0303 0.000 0.00 0.020 0.296 0.388 0.296
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.4840 0.5279 0.316 0.00 0.000 0.620 0.012 0.052
#> SRR1454803 1 0.1075 0.8222 0.952 0.00 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.1267 0.7501 0.000 0.00 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1434138 4 0.5267 0.2288 0.052 0.00 0.000 0.680 0.096 0.172
#> SRR1456950 4 0.3819 0.5703 0.316 0.00 0.000 0.672 0.000 0.012
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.5964 0.2185 0.000 0.00 0.008 0.256 0.508 0.228
#> SRR1355040 1 0.0146 0.8482 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.4109 0.5089 0.392 0.00 0.000 0.596 0.008 0.004
#> SRR1085495 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.4973 0.5569 0.256 0.00 0.000 0.648 0.012 0.084
#> SRR1500868 4 0.4735 0.5182 0.328 0.00 0.000 0.616 0.008 0.048
#> SRR1476279 4 0.3852 0.5168 0.384 0.00 0.000 0.612 0.004 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2165 0.7688 0.884 0.00 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.3717 0.2514 0.000 0.00 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.3810 0.4638 0.428 0.00 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR1491311 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.3451 0.5719 0.000 0.00 0.156 0.012 0.804 0.028
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 6 0.6205 0.5569 0.000 0.00 0.364 0.056 0.100 0.480
#> SRR1440058 1 0.4487 -0.0585 0.552 0.00 0.000 0.420 0.004 0.024
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR607337 1 0.3848 0.3873 0.692 0.00 0.000 0.292 0.004 0.012
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.4687 0.7042 0.000 0.00 0.180 0.136 0.000 0.684
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0146 0.7814 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387989 3 0.1663 0.7253 0.000 0.00 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1383018 6 0.4737 0.7013 0.000 0.00 0.192 0.132 0.000 0.676
#> SRR1441701 3 0.3706 0.2601 0.000 0.00 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1368772 1 0.0363 0.8458 0.988 0.00 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR614083 6 0.4732 0.7024 0.000 0.00 0.172 0.148 0.000 0.680
#> SRR1310623 3 0.1556 0.7321 0.000 0.00 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1420625 5 0.3737 0.3298 0.000 0.00 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR816721 4 0.3804 0.4706 0.424 0.00 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.4600 0.6012 0.240 0.00 0.000 0.692 0.024 0.044
#> SRR1418992 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1267 0.7501 0.000 0.00 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1399028 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.3903 0.3507 0.680 0.00 0.000 0.304 0.004 0.012
#> SRR1402900 1 0.0363 0.8459 0.988 0.00 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.6611 0.3833 0.196 0.00 0.032 0.492 0.012 0.268
#> SRR664842 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0603 0.9760 0.000 0.98 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR665502 6 0.4732 0.7024 0.000 0.00 0.172 0.148 0.000 0.680
#> SRR657891 4 0.4809 0.5350 0.308 0.00 0.000 0.628 0.012 0.052
#> SRR1421305 4 0.5255 -0.1264 0.004 0.00 0.000 0.600 0.124 0.272
#> SRR1335707 4 0.6521 -0.1700 0.044 0.00 0.004 0.512 0.224 0.216
#> SRR1401276 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR627421 4 0.5110 0.5253 0.320 0.00 0.000 0.596 0.012 0.072
#> SRR1311575 4 0.4721 0.5224 0.324 0.00 0.000 0.620 0.008 0.048
#> SRR1475675 3 0.0820 0.7806 0.000 0.00 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR661995 1 0.3895 0.3790 0.696 0.00 0.000 0.284 0.004 0.016
#> SRR1471922 4 0.4527 0.2227 0.024 0.00 0.000 0.704 0.044 0.228
#> SRR1077687 1 0.2165 0.7688 0.884 0.00 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR821602 5 0.5628 0.4753 0.000 0.00 0.200 0.024 0.612 0.164
#> SRR608718 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.3706 0.3501 0.000 0.00 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1437555 1 0.2278 0.7496 0.868 0.00 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR810571 6 0.5576 0.3752 0.000 0.00 0.196 0.040 0.128 0.636
#> SRR664048 6 0.4860 0.6911 0.000 0.00 0.216 0.128 0.000 0.656
#> SRR1500998 4 0.5437 -0.1696 0.004 0.00 0.000 0.576 0.144 0.276
#> SRR1320916 4 0.6603 0.3743 0.192 0.00 0.032 0.492 0.012 0.272
#> SRR1472150 5 0.6156 0.3443 0.000 0.00 0.068 0.132 0.576 0.224
#> SRR1329090 1 0.2664 0.7279 0.848 0.00 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR1317344 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4009 0.5708 0.288 0.00 0.000 0.684 0.000 0.028
#> SRR1324371 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.4809 0.5350 0.308 0.00 0.000 0.628 0.012 0.052
#> SRR1321462 4 0.3930 0.4753 0.420 0.00 0.000 0.576 0.000 0.004
#> SRR1387264 1 0.3481 0.5411 0.756 0.00 0.000 0.228 0.004 0.012
#> SRR1468141 5 0.6902 0.2452 0.000 0.00 0.292 0.076 0.436 0.196
#> SRR1486097 1 0.0547 0.8416 0.980 0.00 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0458 0.7790 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR604050 6 0.4662 0.7028 0.000 0.00 0.172 0.140 0.000 0.688
#> SRR600385 6 0.7701 0.5010 0.028 0.00 0.108 0.256 0.204 0.404
#> SRR1430248 6 0.4809 0.6910 0.000 0.00 0.208 0.128 0.000 0.664
#> SRR1352975 4 0.4706 0.5249 0.320 0.00 0.000 0.624 0.008 0.048
#> SRR1457221 5 0.6955 0.1162 0.000 0.00 0.100 0.156 0.432 0.312
#> SRR807591 1 0.0146 0.8482 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.5658 0.5550 0.000 0.00 0.192 0.064 0.640 0.104
#> SRR660895 3 0.1267 0.7501 0.000 0.00 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR655111 6 0.4750 0.7042 0.000 0.00 0.180 0.128 0.004 0.688
#> SRR1336006 4 0.5513 -0.1926 0.004 0.00 0.000 0.564 0.152 0.280
#> SRR613114 3 0.3847 0.0705 0.000 0.00 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR608368 4 0.5331 -0.0128 0.016 0.00 0.000 0.616 0.108 0.260
#> SRR1315269 4 0.4821 0.4693 0.364 0.00 0.000 0.584 0.012 0.040
#> SRR1435020 1 0.0547 0.8428 0.980 0.00 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.2278 0.7496 0.868 0.00 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR1315019 5 0.3915 0.4994 0.000 0.00 0.272 0.020 0.704 0.004
#> SRR1370173 5 0.3765 0.3079 0.000 0.00 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1408327 5 0.5658 0.5550 0.000 0.00 0.192 0.064 0.640 0.104
#> SRR1405485 4 0.4706 0.5249 0.320 0.00 0.000 0.624 0.008 0.048
#> SRR812012 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1378841 5 0.2163 0.5763 0.000 0.00 0.096 0.004 0.892 0.008
#> SRR1375616 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1381566 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.3990 0.5736 0.284 0.00 0.000 0.688 0.000 0.028
#> SRR1099499 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4527 0.2227 0.024 0.00 0.000 0.704 0.044 0.228
#> SRR1468974 5 0.4638 0.5028 0.000 0.00 0.040 0.084 0.740 0.136
#> SRR1470111 5 0.3915 0.4994 0.000 0.00 0.272 0.020 0.704 0.004
#> SRR1079168 3 0.1663 0.7253 0.000 0.00 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1338584 3 0.1327 0.7466 0.000 0.00 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1329551 6 0.4716 0.7037 0.000 0.00 0.184 0.136 0.000 0.680
#> SRR662871 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 6 0.7287 0.4773 0.000 0.00 0.176 0.156 0.248 0.420
#> SRR1487107 4 0.3810 0.4638 0.428 0.00 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR614443 3 0.1010 0.7670 0.000 0.00 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1314958 4 0.4721 0.5224 0.324 0.00 0.000 0.620 0.008 0.048
#> SRR1341702 4 0.5146 0.5072 0.164 0.00 0.000 0.680 0.028 0.128
#> SRR1444678 4 0.5159 0.5369 0.288 0.00 0.000 0.624 0.032 0.056
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.5042 0.5611 0.244 0.00 0.000 0.648 0.012 0.096
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.4666 0.7031 0.000 0.00 0.168 0.144 0.000 0.688
#> SRR1468955 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.3876 0.6012 0.244 0.00 0.000 0.728 0.016 0.012
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 6 0.6205 0.5569 0.000 0.00 0.364 0.056 0.100 0.480
#> SRR660933 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3755 0.5873 0.000 0.00 0.084 0.056 0.816 0.044
#> SRR1359388 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 4 0.7203 -0.3274 0.044 0.00 0.020 0.376 0.320 0.240
#> SRR612380 4 0.3810 0.4638 0.428 0.00 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.3804 0.4706 0.424 0.00 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1337909 4 0.4706 0.5249 0.320 0.00 0.000 0.624 0.008 0.048
#> SRR661723 3 0.1663 0.7253 0.000 0.00 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1314163 4 0.5260 0.4555 0.356 0.00 0.000 0.552 0.008 0.084
#> SRR1489155 5 0.2982 0.5632 0.000 0.00 0.164 0.004 0.820 0.012
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 6 0.6113 0.5538 0.000 0.00 0.376 0.056 0.088 0.480
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3706 0.2601 0.000 0.00 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.6684 -0.1035 0.000 0.00 0.032 0.296 0.380 0.292
#> SRR1443612 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.4235 0.6065 0.212 0.00 0.000 0.728 0.012 0.048
#> SRR1362777 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.6489 0.1625 0.096 0.00 0.008 0.560 0.104 0.232
#> SRR1073143 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.6156 0.3443 0.000 0.00 0.068 0.132 0.576 0.224
#> SRR662570 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.2165 0.7688 0.884 0.00 0.000 0.108 0.000 0.008
#> SRR1323043 1 0.2703 0.6603 0.824 0.00 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR1475022 5 0.5789 0.3624 0.000 0.00 0.020 0.188 0.580 0.212
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 6 0.4750 0.7042 0.000 0.00 0.180 0.128 0.004 0.688
#> SRR603596 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 6 0.6439 0.3584 0.000 0.00 0.028 0.288 0.228 0.456
#> SRR615467 5 0.4832 0.2223 0.000 0.00 0.440 0.012 0.516 0.032
#> SRR660638 6 0.5668 0.6879 0.016 0.00 0.180 0.176 0.008 0.620
#> SRR1360383 4 0.7105 -0.3899 0.028 0.00 0.024 0.372 0.308 0.268
#> SRR1354577 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR608230 6 0.6129 0.6048 0.000 0.00 0.180 0.080 0.144 0.596
#> SRR1320873 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR1336379 4 0.3819 0.5703 0.316 0.00 0.000 0.672 0.000 0.012
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.6369 0.3606 0.000 0.00 0.024 0.280 0.232 0.464
#> SRR1101421 1 0.0458 0.8452 0.984 0.00 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.7170 0.6583 0.012 0.00 0.172 0.212 0.116 0.488
#> SRR1324431 4 0.3727 0.5147 0.388 0.00 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2573 0.7049 0.856 0.00 0.000 0.008 0.004 0.132
#> SRR655684 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1556 0.7973 0.920 0.00 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.5159 0.5369 0.288 0.00 0.000 0.624 0.032 0.056
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.4010 0.4886 0.408 0.00 0.000 0.584 0.000 0.008
#> SRR1087031 4 0.3899 0.4850 0.404 0.00 0.000 0.592 0.000 0.004
#> SRR1489177 5 0.6509 -0.0303 0.000 0.00 0.020 0.296 0.388 0.296
#> SRR1350525 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 4 0.5608 0.2909 0.432 0.00 0.000 0.440 0.004 0.124
#> SRR1320093 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3895 0.3790 0.696 0.00 0.000 0.284 0.004 0.016
#> SRR1320280 1 0.1387 0.8074 0.932 0.00 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0146 0.8483 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.4735 0.5182 0.328 0.00 0.000 0.616 0.008 0.048
#> SRR1385080 4 0.3819 0.5703 0.316 0.00 0.000 0.672 0.000 0.012
#> SRR1316921 1 0.4723 -0.2421 0.484 0.00 0.000 0.476 0.004 0.036
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1814 0.7816 0.900 0.00 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.4070 0.5695 0.000 0.00 0.168 0.020 0.764 0.048
#> SRR818418 4 0.4809 0.5350 0.308 0.00 0.000 0.628 0.012 0.052
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.4572 0.2219 0.000 0.00 0.672 0.020 0.036 0.272
#> SRR1079281 4 0.5113 0.4137 0.096 0.00 0.000 0.704 0.060 0.140
#> SRR656493 6 0.6803 0.6688 0.000 0.00 0.232 0.132 0.132 0.504
#> SRR1328599 6 0.6964 0.4110 0.080 0.00 0.164 0.320 0.004 0.432
#> SRR655218 1 0.3895 0.3790 0.696 0.00 0.000 0.284 0.004 0.016
#> SRR1416754 4 0.5159 0.5369 0.288 0.00 0.000 0.624 0.032 0.056
#> SRR1488562 1 0.3030 0.7160 0.848 0.00 0.000 0.056 0.004 0.092
#> SRR1084842 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 6 0.6803 0.6688 0.000 0.00 0.232 0.132 0.132 0.504
#> SRR1468514 1 0.0363 0.8459 0.988 0.00 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.3737 0.3298 0.000 0.00 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1481216 1 0.0146 0.8482 0.996 0.00 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3755 0.5873 0.000 0.00 0.084 0.056 0.816 0.044
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.4951 0.4458 0.100 0.00 0.000 0.720 0.056 0.124
#> SRR1415095 4 0.3848 0.5863 0.292 0.00 0.000 0.692 0.004 0.012
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.5062 0.5630 0.240 0.00 0.000 0.648 0.012 0.100
#> SRR597927 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3451 0.5719 0.000 0.00 0.156 0.012 0.804 0.028
#> SRR1490019 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0632 0.8404 0.976 0.00 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR663261 6 0.7392 0.3823 0.000 0.00 0.240 0.124 0.276 0.360
#> SRR1432343 4 0.3819 0.5703 0.316 0.00 0.000 0.672 0.000 0.012
#> SRR1459585 5 0.3737 0.3298 0.000 0.00 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4572 0.2219 0.000 0.00 0.672 0.020 0.036 0.272
#> SRR612443 6 0.4666 0.7031 0.000 0.00 0.168 0.144 0.000 0.688
#> SRR1473936 5 0.7013 0.0595 0.000 0.00 0.212 0.080 0.412 0.296
#> SRR1455698 5 0.3564 0.4979 0.000 0.00 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR1331335 1 0.2703 0.6603 0.824 0.00 0.000 0.172 0.000 0.004
#> SRR659187 4 0.4002 0.4837 0.404 0.00 0.000 0.588 0.000 0.008
#> SRR1417912 1 0.1501 0.8026 0.924 0.00 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.6684 -0.1035 0.000 0.00 0.032 0.296 0.380 0.292
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.4225 -0.0439 0.000 0.00 0.508 0.008 0.480 0.004
#> SRR1411024 4 0.3936 0.5768 0.288 0.00 0.000 0.688 0.000 0.024
#> SRR1469904 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.2278 0.7496 0.868 0.00 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR657754 1 0.0458 0.8443 0.984 0.00 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.6509 -0.0303 0.000 0.00 0.020 0.296 0.388 0.296
#> SRR1444460 4 0.5083 0.3955 0.412 0.00 0.000 0.524 0.012 0.052
#> SRR1333587 4 0.6598 0.4223 0.208 0.00 0.032 0.500 0.012 0.248
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.5513 -0.1926 0.004 0.00 0.000 0.564 0.152 0.280
#> SRR1366433 4 0.3817 0.4583 0.432 0.00 0.000 0.568 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.5170 0.4818 0.140 0.00 0.000 0.692 0.044 0.124
#> SRR1470175 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.4355 -0.0347 0.556 0.00 0.000 0.420 0.000 0.024
#> SRR1335400 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3847 0.4185 0.456 0.00 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR820133 6 0.4747 0.4281 0.000 0.00 0.000 0.288 0.080 0.632
#> SRR1348424 3 0.0458 0.7790 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1382956 5 0.2113 0.5761 0.000 0.00 0.092 0.004 0.896 0.008
#> SRR1339549 4 0.5513 -0.1926 0.004 0.00 0.000 0.564 0.152 0.280
#> SRR821434 4 0.3823 0.4515 0.436 0.00 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.4009 0.5708 0.288 0.00 0.000 0.684 0.000 0.028
#> SRR1319816 5 0.3804 0.2598 0.000 0.00 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1078347 6 0.6113 0.5538 0.000 0.00 0.376 0.056 0.088 0.480
#> SRR1435293 4 0.5159 0.5369 0.288 0.00 0.000 0.624 0.032 0.056
#> SRR1408208 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.4638 0.5028 0.000 0.00 0.040 0.084 0.740 0.136
#> SRR1499193 4 0.4840 0.5279 0.316 0.00 0.000 0.620 0.012 0.052
#> SRR1467294 5 0.2920 0.5612 0.000 0.00 0.168 0.004 0.820 0.008
#> SRR1359649 4 0.7203 -0.3274 0.044 0.00 0.020 0.376 0.320 0.240
#> SRR1335688 3 0.7187 -0.2194 0.000 0.00 0.332 0.080 0.300 0.288
#> SRR1370129 3 0.5781 -0.2288 0.000 0.00 0.500 0.036 0.080 0.384
#> SRR1321966 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.1610 0.7930 0.916 0.00 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1416999 1 0.1387 0.8129 0.932 0.00 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0458 0.7790 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498861 4 0.5084 0.5620 0.244 0.00 0.000 0.644 0.012 0.100
#> SRR1317877 1 0.1141 0.8258 0.948 0.00 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1329885 5 0.6124 0.4148 0.000 0.00 0.248 0.032 0.540 0.180
#> SRR1459718 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.4780 0.2558 0.040 0.00 0.000 0.716 0.068 0.176
#> SRR1487685 4 0.5173 0.4473 0.120 0.00 0.000 0.688 0.040 0.152
#> SRR1455925 1 0.0000 0.8488 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0458 0.7790 0.000 0.00 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1313932 4 0.3823 0.4515 0.436 0.00 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.7822 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.3244 0.4881 0.000 0.00 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.2883 0.5684 0.000 0.00 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1334741 4 0.5513 -0.1926 0.004 0.00 0.000 0.564 0.152 0.280
#> SRR656564 4 0.6062 0.3544 0.136 0.00 0.008 0.612 0.056 0.188
#> SRR608174 4 0.3804 0.4706 0.424 0.00 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.4234 0.0275 0.576 0.00 0.000 0.408 0.004 0.012
#> SRR661973 1 0.0363 0.8458 0.988 0.00 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.4263 0.1247 0.600 0.00 0.000 0.376 0.000 0.024
#> SRR602927 1 0.1387 0.8074 0.932 0.00 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9997 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.4973 0.5569 0.256 0.00 0.000 0.648 0.012 0.084
#> SRR1475909 4 0.6611 0.3833 0.196 0.00 0.032 0.492 0.012 0.268
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.449 0.737 0.858 0.4369 0.499 0.499
#> 3 3 1.000 0.977 0.971 0.3721 0.680 0.468
#> 4 4 0.731 0.813 0.869 0.1959 0.809 0.541
#> 5 5 0.759 0.626 0.786 0.0765 0.950 0.813
#> 6 6 0.815 0.797 0.859 0.0566 0.898 0.589
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1356619 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1341898 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1333930 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1085850 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1379450 1 0.5408 0.7655 0.876 0.124
#> SRR1467813 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR614814 2 0.9460 0.6828 0.364 0.636
#> SRR1077405 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1330061 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR662725 1 0.1414 0.8927 0.980 0.020
#> SRR1313951 1 0.9970 -0.2941 0.532 0.468
#> SRR1339218 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1417505 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1407134 1 0.7453 0.6035 0.788 0.212
#> SRR1457418 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1331289 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1075898 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1498482 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1359673 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1439873 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1402239 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1335254 2 0.9963 0.4980 0.464 0.536
#> SRR1352706 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1436966 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR614802 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1388979 1 0.4939 0.7895 0.892 0.108
#> SRR1396595 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1340508 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1360868 1 0.0376 0.9027 0.996 0.004
#> SRR1440699 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1389059 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1083100 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1348861 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1417070 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1390601 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1486560 1 0.9988 -0.3350 0.520 0.480
#> SRR1315761 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1392637 1 0.4690 0.8007 0.900 0.100
#> SRR810957 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1458422 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1394677 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1341605 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1444479 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1433971 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR598124 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR601122 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1397008 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1498640 2 1.0000 0.3951 0.500 0.500
#> SRR1429957 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1452292 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1467590 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1394936 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1485542 2 0.9427 0.6880 0.360 0.640
#> SRR659121 1 0.5946 0.7333 0.856 0.144
#> SRR1330656 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1388305 2 0.9393 0.6932 0.356 0.644
#> SRR1406917 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1363992 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1311086 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR655375 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1458044 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR661325 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1439807 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1352129 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1406561 1 0.9608 0.0595 0.616 0.384
#> SRR1394713 1 0.0376 0.9026 0.996 0.004
#> SRR1403875 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1476186 1 0.0376 0.9026 0.996 0.004
#> SRR1436444 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1084649 1 0.8608 0.4266 0.716 0.284
#> SRR1500405 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1467455 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1444559 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1381543 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1402513 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR820379 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR660007 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR655649 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1437306 1 1.0000 -0.4000 0.500 0.500
#> SRR657731 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR661005 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR600608 2 0.8386 0.7792 0.268 0.732
#> SRR655923 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1334717 2 0.9044 0.7345 0.320 0.680
#> SRR1401552 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1474886 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1082759 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1340420 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR662534 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1316815 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1072797 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR612455 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR818210 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1488751 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1404969 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1328960 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR598671 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1387178 2 0.9933 0.5262 0.452 0.548
#> SRR660498 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1403831 1 0.2603 0.8702 0.956 0.044
#> SRR657325 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1339740 1 0.9933 -0.2351 0.548 0.452
#> SRR657348 2 0.9963 0.4980 0.464 0.536
#> SRR662091 1 0.0376 0.9026 0.996 0.004
#> SRR608598 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR663320 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR608662 1 0.3114 0.8574 0.944 0.056
#> SRR1361567 2 0.8386 0.7792 0.268 0.732
#> SRR819134 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1311400 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR817775 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1453341 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR819946 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1319539 1 0.0376 0.9026 0.996 0.004
#> SRR1343841 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR665563 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1487321 2 0.9460 0.6828 0.364 0.636
#> SRR1312428 1 0.8327 0.4815 0.736 0.264
#> SRR657587 2 0.9922 0.5376 0.448 0.552
#> SRR1337412 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1466993 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1358102 1 0.2778 0.8661 0.952 0.048
#> SRR1455171 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR627299 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR660733 1 0.2043 0.8823 0.968 0.032
#> SRR817758 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR821019 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1330675 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1433644 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1320180 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1322291 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR658188 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR820209 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1096966 2 0.9044 0.7347 0.320 0.680
#> SRR1350456 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1472079 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1500537 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR660103 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1403958 1 0.9795 -0.0915 0.584 0.416
#> SRR1322270 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR600754 2 0.9661 0.6416 0.392 0.608
#> SRR1334847 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1085782 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1466357 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR597977 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1375635 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR661133 2 0.9732 0.6226 0.404 0.596
#> SRR1357523 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1415732 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1434250 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1396640 2 0.9815 0.5941 0.420 0.580
#> SRR1454803 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1468381 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1447986 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1388007 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1434138 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1456950 1 0.9552 0.0962 0.624 0.376
#> SRR1400375 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1323764 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1355040 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1409351 1 0.5629 0.7530 0.868 0.132
#> SRR1085495 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR604026 1 0.9358 0.1972 0.648 0.352
#> SRR1500868 2 0.9815 0.5941 0.420 0.580
#> SRR1476279 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR627429 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR660969 2 0.9983 0.4659 0.476 0.524
#> SRR1335377 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1330546 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1440986 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1357189 2 0.9998 0.4214 0.492 0.508
#> SRR1319837 2 0.9922 0.5376 0.448 0.552
#> SRR1491311 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1487295 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1415215 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1086635 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1440058 2 0.9248 0.7122 0.340 0.660
#> SRR1389979 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1315721 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR607337 2 0.9393 0.6932 0.356 0.644
#> SRR1434803 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1332275 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1340133 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1387989 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1383018 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1441701 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1368772 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR664819 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1435536 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR614083 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1420625 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR816721 1 0.9993 -0.3488 0.516 0.484
#> SRR1359367 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1391879 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1418992 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1343115 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1488836 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1399028 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1418127 2 0.9393 0.6932 0.356 0.644
#> SRR1402900 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1485290 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1456514 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1394755 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR664842 1 0.9909 -0.2071 0.556 0.444
#> SRR662342 1 0.8081 0.6077 0.752 0.248
#> SRR665502 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR657891 2 0.9710 0.6290 0.400 0.600
#> SRR1421305 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1335707 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1401276 2 0.8713 0.7597 0.292 0.708
#> SRR627421 2 0.9754 0.6154 0.408 0.592
#> SRR1311575 2 0.9460 0.6828 0.364 0.636
#> SRR1475675 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR661995 2 0.8713 0.7603 0.292 0.708
#> SRR1471922 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1077687 2 0.9993 0.4434 0.484 0.516
#> SRR821602 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR608718 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1071289 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1437555 2 0.8443 0.7762 0.272 0.728
#> SRR810571 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR664048 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1500998 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 1.0000 -0.3875 0.504 0.496
#> SRR1317344 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR817978 1 0.9970 -0.2941 0.532 0.468
#> SRR1324371 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1474333 1 0.9815 -0.1046 0.580 0.420
#> SRR1321462 1 0.1633 0.8896 0.976 0.024
#> SRR1387264 2 0.9358 0.6981 0.352 0.648
#> SRR1468141 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1486097 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR608002 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1360563 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1414684 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR604050 1 0.0672 0.9013 0.992 0.008
#> SRR600385 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1430248 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1352975 1 0.9998 -0.3709 0.508 0.492
#> SRR1457221 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR807591 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1407560 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1345478 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR660895 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR655111 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1336006 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR613114 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR608368 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1315269 1 0.9983 -0.3190 0.524 0.476
#> SRR1435020 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1337564 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1315019 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1370173 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1408327 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1405485 2 0.9710 0.6293 0.400 0.600
#> SRR812012 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1370619 2 0.8608 0.7668 0.284 0.716
#> SRR1469495 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1378841 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1375616 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1381566 2 0.9922 0.5376 0.448 0.552
#> SRR1432123 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1370405 1 0.5629 0.7530 0.868 0.132
#> SRR1099499 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR659331 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1436106 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1468974 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1470111 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1079168 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1338584 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1329551 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR662871 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR816770 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR600560 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1434867 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR599225 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR607935 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1487107 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1348159 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1356036 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR614443 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1314958 2 0.9732 0.6233 0.404 0.596
#> SRR1341702 1 0.8661 0.4149 0.712 0.288
#> SRR1444678 1 0.9661 0.0402 0.608 0.392
#> SRR1350107 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1322010 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1342045 1 0.9732 -0.0135 0.596 0.404
#> SRR1467364 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1078879 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1468955 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR660626 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR812436 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1312103 1 0.3114 0.8570 0.944 0.056
#> SRR1429891 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1387072 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR661255 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR660933 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1488651 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR817686 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1429162 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.9970 -0.2941 0.532 0.468
#> SRR817905 1 0.3114 0.8571 0.944 0.056
#> SRR1337909 2 0.9491 0.6772 0.368 0.632
#> SRR661723 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1314163 2 0.9323 0.7030 0.348 0.652
#> SRR1489155 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1398992 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR607091 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1456903 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1445238 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR820078 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1481462 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR819534 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR820468 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR659899 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1396078 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1443612 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1470902 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1362777 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1413522 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1073143 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1444622 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1430288 2 1.0000 0.3951 0.500 0.500
#> SRR1323043 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1475022 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1328919 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR602808 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR660638 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1354577 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR608230 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1320873 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1336379 1 0.9795 -0.0885 0.584 0.416
#> SRR1325665 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1357434 2 0.9922 0.5376 0.448 0.552
#> SRR1477634 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1444876 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR613354 2 0.9993 0.4455 0.484 0.516
#> SRR1434782 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1446762 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1324431 1 0.9988 -0.3350 0.520 0.480
#> SRR1442356 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1386818 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR655684 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1473185 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1332796 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1397073 1 0.2603 0.8702 0.956 0.044
#> SRR1455060 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1341008 2 1.0000 0.4077 0.496 0.504
#> SRR1087031 2 0.9922 0.5376 0.448 0.552
#> SRR1489177 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1440517 2 1.0000 0.3961 0.500 0.500
#> SRR1320093 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR602516 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR604318 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1320280 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1082262 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1379238 2 0.9552 0.6658 0.376 0.624
#> SRR1385080 1 0.4298 0.8171 0.912 0.088
#> SRR1316921 2 0.9833 0.5864 0.424 0.576
#> SRR1097752 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1375308 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1498272 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR814989 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1320892 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR818418 2 1.0000 0.3951 0.500 0.500
#> SRR1474553 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1430884 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1079281 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR656493 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.4939 0.7884 0.892 0.108
#> SRR655218 2 0.8661 0.7638 0.288 0.712
#> SRR1416754 1 0.8661 0.4205 0.712 0.288
#> SRR1488562 1 0.9998 -0.3747 0.508 0.492
#> SRR1084842 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR819999 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR659673 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1499823 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1481216 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1474065 2 0.9552 0.6672 0.376 0.624
#> SRR1499442 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1476571 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR607887 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1085662 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1415095 2 1.0000 0.3951 0.500 0.500
#> SRR1499982 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1488715 2 0.9635 0.6478 0.388 0.612
#> SRR597927 2 0.9909 0.5468 0.444 0.556
#> SRR1479239 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR600957 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1408113 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1490019 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1333694 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1476676 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR663261 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.9944 -0.2510 0.544 0.456
#> SRR1459585 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1434271 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR602365 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR612443 1 0.9732 -0.0354 0.596 0.404
#> SRR1473936 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1331335 2 0.8386 0.7792 0.268 0.732
#> SRR659187 1 0.9988 -0.3350 0.520 0.480
#> SRR1417912 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1316940 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR657635 2 0.8386 0.7792 0.268 0.732
#> SRR615934 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1411024 1 0.5946 0.7332 0.856 0.144
#> SRR1469904 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1311794 2 0.9209 0.7166 0.336 0.664
#> SRR657754 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1464451 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1443895 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1444460 2 0.9635 0.6478 0.388 0.612
#> SRR1333587 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1307770 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1339530 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1366433 2 0.9998 0.4217 0.492 0.508
#> SRR1480479 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1470175 2 0.5059 0.7518 0.112 0.888
#> SRR598768 2 0.9323 0.7030 0.348 0.652
#> SRR1335400 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1418923 2 0.9922 0.5376 0.448 0.552
#> SRR820133 1 0.4431 0.8110 0.908 0.092
#> SRR1348424 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1382956 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1339549 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR821434 1 0.9963 -0.2803 0.536 0.464
#> SRR662546 1 0.9775 -0.0741 0.588 0.412
#> SRR1319816 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1078347 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.8443 0.4600 0.728 0.272
#> SRR1408208 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1332317 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1499193 2 0.9850 0.5786 0.428 0.572
#> SRR1467294 1 0.0376 0.9044 0.996 0.004
#> SRR1359649 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1370129 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1321966 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1488672 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1343197 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1416999 2 0.9209 0.7166 0.336 0.664
#> SRR1334564 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR660661 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1498861 2 0.9460 0.6828 0.364 0.636
#> SRR1317877 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1329885 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1459718 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR615731 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR602622 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR1487685 1 0.0938 0.8978 0.988 0.012
#> SRR1455925 2 0.8207 0.7865 0.256 0.744
#> SRR1390516 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1313932 1 0.9970 -0.2941 0.532 0.468
#> SRR603397 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1099023 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1409899 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1368964 1 0.0672 0.9039 0.992 0.008
#> SRR1334741 1 0.0672 0.9006 0.992 0.008
#> SRR656564 1 0.4690 0.8019 0.900 0.100
#> SRR608174 1 0.9795 -0.0915 0.584 0.416
#> SRR1320963 2 0.9323 0.7030 0.348 0.652
#> SRR661973 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR598533 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR613270 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1362183 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1480365 2 0.9248 0.7122 0.340 0.660
#> SRR602927 2 0.8267 0.7848 0.260 0.740
#> SRR1315799 2 0.0938 0.7265 0.012 0.988
#> SRR1432275 2 0.9686 0.6354 0.396 0.604
#> SRR1475909 1 0.0000 0.9043 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467813 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR614814 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1330061 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR662725 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313951 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339218 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417505 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1075898 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498482 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1359673 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1335254 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352706 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1436966 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR614802 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.6286 0.0134 0.536 0.000 0.464
#> SRR1440699 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1389059 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1083100 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1072367 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1468403 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1417070 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315761 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392637 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR810957 2 0.1753 0.9797 0.000 0.952 0.048
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444479 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1470212 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR615141 3 0.2165 0.9676 0.064 0.000 0.936
#> SRR601122 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397008 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1358561 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1394936 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330656 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0747 0.9897 0.000 0.984 0.016
#> SRR1458044 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR661325 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.1753 0.9797 0.000 0.952 0.048
#> SRR1406561 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1394713 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1403875 2 0.1031 0.9887 0.000 0.976 0.024
#> SRR1476186 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1436444 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1381543 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR660007 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR655649 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437306 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR657731 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR661005 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.1964 0.9758 0.056 0.000 0.944
#> SRR1082759 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR818210 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1328960 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR598671 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR657325 2 0.0237 0.9931 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR662091 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR608598 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR663320 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR661433 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1319539 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337412 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1474466 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR627299 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR660733 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR817758 3 0.6204 0.3726 0.424 0.000 0.576
#> SRR821019 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1330675 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433644 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1320180 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR604074 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1322291 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR658188 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR820209 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1403958 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1421093 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1085782 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1466357 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR597977 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1375635 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR661133 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1434250 2 0.0592 0.9924 0.000 0.988 0.012
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1434138 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456950 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400375 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323764 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR627429 2 0.1643 0.9789 0.000 0.956 0.044
#> SRR660969 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330546 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1487295 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1415215 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086635 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1465132 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340133 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1387989 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1383018 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1441701 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1310623 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1420625 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR816721 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359367 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391879 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1456514 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1394755 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR662342 3 0.6379 0.3264 0.008 0.368 0.624
#> SRR665502 3 0.4504 0.8045 0.196 0.000 0.804
#> SRR657891 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1335707 3 0.6235 0.3384 0.436 0.000 0.564
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR661995 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR608718 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR664048 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1500998 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1320916 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1472150 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR604050 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR600385 3 0.6274 0.2778 0.456 0.000 0.544
#> SRR1430248 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR807591 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR660895 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR655111 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1336006 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR613114 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR608368 3 0.4235 0.8271 0.176 0.000 0.824
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1370173 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1408327 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469495 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1378841 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1375616 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1381566 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0237 0.9931 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436106 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1468974 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1470111 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1079168 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1338584 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1329551 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR662871 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434867 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR599225 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1487107 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1322010 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.5058 0.7366 0.244 0.000 0.756
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR660933 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1359388 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR817686 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1429162 3 0.6154 0.4157 0.408 0.000 0.592
#> SRR612380 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR817905 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1398992 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR607091 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1472193 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR820078 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR819534 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR820468 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR659899 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396078 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1443612 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1470902 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362777 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1413522 1 0.4399 0.7460 0.812 0.000 0.188
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR662570 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR603596 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR615467 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR660638 3 0.4346 0.8209 0.184 0.000 0.816
#> SRR1360383 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1354577 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR608230 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477634 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444876 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1324431 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442356 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.4702 0.7047 0.788 0.000 0.212
#> SRR1455060 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1341008 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087031 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489177 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1350525 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR818418 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1079281 3 0.3412 0.8951 0.124 0.000 0.876
#> SRR656493 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1328599 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0237 0.9935 0.000 0.996 0.004
#> SRR1085662 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415095 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499982 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479239 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR600957 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1432343 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459585 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1434271 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR602365 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR612443 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1455698 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1411024 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339530 3 0.2356 0.9585 0.072 0.000 0.928
#> SRR1366433 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480479 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470175 1 0.1289 0.9586 0.968 0.000 0.032
#> SRR598768 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR820133 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348424 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1382956 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1339549 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR821434 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR662546 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319816 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1078347 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1359649 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1335688 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1370129 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1321966 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR602622 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1487685 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1313932 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR603397 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1099023 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR1409899 2 0.0424 0.9932 0.000 0.992 0.008
#> SRR1368964 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
#> SRR1334741 3 0.1860 0.9782 0.052 0.000 0.948
#> SRR656564 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0237 0.9926 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.1753 0.9786 0.000 0.952 0.048
#> SRR613270 2 0.0000 0.9937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.1860 0.9781 0.000 0.948 0.052
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9944 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.1964 0.9805 0.056 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1467813 2 0.0921 0.9838 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR614814 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1330061 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR662725 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1313951 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1339218 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1417505 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1407134 4 0.4888 0.6002 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1075898 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1498482 3 0.2831 0.8979 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1359673 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.2334 0.9595 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1335254 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1352706 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1436966 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR614802 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.6263 0.5397 0.068 0.000 0.356 0.576
#> SRR1440699 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1389059 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1083100 4 0.5923 0.6413 0.376 0.000 0.044 0.580
#> SRR1348861 4 0.5137 -0.2881 0.004 0.000 0.452 0.544
#> SRR1072367 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468403 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1417070 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1315761 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1392637 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR810957 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1444479 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1470212 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR615141 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR601122 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1397008 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1358561 3 0.3539 0.8916 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR1498640 4 0.4981 0.4857 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1429957 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1394936 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1330656 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0921 0.9797 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1458044 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR661325 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1406561 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1394713 4 0.3908 0.4479 0.004 0.000 0.212 0.784
#> SRR1403875 2 0.1302 0.9796 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1476186 3 0.5137 0.4757 0.004 0.000 0.544 0.452
#> SRR1436444 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1084649 1 0.4072 0.5655 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1500405 4 0.4781 0.1266 0.004 0.000 0.336 0.660
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.5984 0.6449 0.372 0.000 0.048 0.580
#> SRR1444559 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1381543 4 0.2281 0.7030 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2999 0.8975 0.004 0.000 0.864 0.132
#> SRR660007 3 0.0657 0.9032 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR655649 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1437306 4 0.4331 0.7567 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR657731 3 0.3539 0.8916 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR661005 4 0.4746 0.6631 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR600608 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1334717 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1082759 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0592 0.8931 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR612455 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1328960 2 0.0592 0.9851 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR598671 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1387178 1 0.3649 0.6696 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR660498 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR657325 2 0.0707 0.9850 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1339740 1 0.4522 0.3685 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR657348 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR662091 3 0.5212 0.5434 0.008 0.000 0.572 0.420
#> SRR608598 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.5000 0.3919 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR661433 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1319539 3 0.5119 0.5044 0.004 0.000 0.556 0.440
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1487321 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1312428 1 0.4998 -0.3258 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR657587 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1337412 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1474466 4 0.4103 0.7676 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.4992 0.4451 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1455171 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR627299 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR660733 4 0.4898 0.5946 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR817758 4 0.5110 0.6386 0.132 0.000 0.104 0.764
#> SRR821019 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1330675 4 0.3942 0.7616 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1433644 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1320180 4 0.4122 0.4736 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR604074 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1322291 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658188 3 0.2888 0.8976 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR820209 4 0.4889 0.4748 0.004 0.000 0.360 0.636
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1403958 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1334847 4 0.4088 0.4804 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR1421093 3 0.3539 0.8916 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR1085782 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466357 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR597977 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1375635 4 0.2216 0.7011 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR661133 1 0.3764 0.6461 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1434250 2 0.1118 0.9820 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1396640 1 0.3172 0.7427 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1434138 4 0.2216 0.7011 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1456950 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1400375 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1323764 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.4072 0.5655 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1500868 1 0.3172 0.7427 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1476279 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR627429 2 0.1978 0.9613 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR660969 1 0.4103 0.5556 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1335377 2 0.1022 0.9830 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1330546 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1319837 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1491311 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1487295 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1415215 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1086635 3 0.0524 0.8991 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR607337 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.5080 0.4221 0.004 0.000 0.420 0.576
#> SRR1465132 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1340133 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1387989 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1383018 3 0.4855 0.2876 0.004 0.000 0.644 0.352
#> SRR1441701 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0336 0.9847 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1435536 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR614083 4 0.5088 0.4141 0.004 0.000 0.424 0.572
#> SRR1310623 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1420625 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR816721 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1359367 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1391879 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1456514 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1394755 4 0.5923 0.6413 0.376 0.000 0.044 0.580
#> SRR664842 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR662342 3 0.7793 0.2204 0.000 0.356 0.396 0.248
#> SRR665502 4 0.5408 0.4492 0.016 0.000 0.408 0.576
#> SRR657891 1 0.3400 0.7115 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1421305 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1335707 4 0.5050 0.6399 0.152 0.000 0.084 0.764
#> SRR1401276 1 0.4996 -0.3355 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR627421 1 0.3172 0.7428 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1311575 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1475675 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR661995 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1471922 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1077687 1 0.4500 0.3819 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR821602 3 0.3494 0.8924 0.004 0.000 0.824 0.172
#> SRR608718 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR664048 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500998 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1320916 4 0.5004 0.4412 0.004 0.000 0.392 0.604
#> SRR1472150 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1329090 1 0.3801 0.6379 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.4855 0.0361 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1321462 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604050 4 0.7034 0.6197 0.204 0.000 0.220 0.576
#> SRR600385 4 0.5250 0.6500 0.176 0.000 0.080 0.744
#> SRR1430248 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352975 1 0.3649 0.6696 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1457221 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR807591 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR660895 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR655111 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1336006 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR613114 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR608368 4 0.2522 0.6620 0.016 0.000 0.076 0.908
#> SRR1315269 1 0.3528 0.6913 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1370173 3 0.3105 0.8959 0.004 0.000 0.856 0.140
#> SRR1408327 3 0.3539 0.8916 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR1405485 1 0.3172 0.7427 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR812012 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1469495 3 0.3539 0.8916 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR1378841 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1375616 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1381566 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0469 0.9850 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436106 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1468974 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1470111 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1079168 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1338584 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1329551 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1434867 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR599225 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1487107 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR614443 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1314958 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1341702 1 0.4961 -0.1936 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1444678 1 0.3569 0.6881 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1350107 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1322010 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1342045 1 0.3726 0.6540 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 4 0.5417 0.4417 0.016 0.000 0.412 0.572
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0524 0.8991 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR660933 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1359388 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR817686 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1429162 4 0.5032 0.6080 0.080 0.000 0.156 0.764
#> SRR612380 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR817905 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1337909 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR661723 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1398992 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR607091 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1472193 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1456903 2 0.0188 0.9852 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445238 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR820078 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR819534 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR820468 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR659899 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1396078 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1443612 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1470902 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1362777 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1413522 4 0.4327 0.6509 0.216 0.000 0.016 0.768
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR662570 2 0.0188 0.9852 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430288 1 0.4866 0.0157 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.5119 -0.2511 0.004 0.000 0.440 0.556
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4088 0.4804 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR615467 3 0.0376 0.9042 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR660638 4 0.5408 0.4492 0.016 0.000 0.408 0.576
#> SRR1360383 4 0.4088 0.4804 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR1354577 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR608230 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1320873 1 0.4356 0.4356 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1336379 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1477634 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1444876 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.4950 0.4478 0.004 0.000 0.376 0.620
#> SRR1324431 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1442356 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.4838 0.6049 0.252 0.000 0.024 0.724
#> SRR1455060 2 0.2334 0.9595 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1341008 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1087031 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1489177 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1350525 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1440517 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1385080 4 0.4040 0.7655 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1316921 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.3583 0.8907 0.004 0.000 0.816 0.180
#> SRR818418 1 0.4679 0.2512 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1079281 4 0.2473 0.6574 0.012 0.000 0.080 0.908
#> SRR656493 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1328599 4 0.5923 0.6413 0.376 0.000 0.044 0.580
#> SRR655218 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1416754 1 0.4761 0.4294 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1488562 4 0.4916 0.5806 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0817 0.9846 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1085662 4 0.4040 0.7656 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1415095 4 0.4331 0.7567 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1499982 2 0.0592 0.9851 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1488715 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR597927 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1479239 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR600957 2 0.0707 0.9850 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1408113 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.3668 0.7589 0.004 0.000 0.808 0.188
#> SRR1432343 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1459585 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1434271 2 0.1022 0.9830 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR602365 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR612443 4 0.4907 0.5877 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1473936 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1455698 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1411024 4 0.4193 0.7684 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1444460 1 0.3024 0.7594 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1333587 4 0.5911 0.6473 0.372 0.000 0.044 0.584
#> SRR1307770 2 0.0817 0.9844 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1339530 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1366433 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1480479 4 0.4134 0.7684 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1470175 1 0.0188 0.9023 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR598768 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR820133 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1348424 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1382956 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1339549 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR821434 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR662546 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1319816 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1078347 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1435293 1 0.3873 0.6253 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1499193 1 0.3610 0.6770 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1467294 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1359649 4 0.4088 0.4804 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR1335688 3 0.3448 0.8931 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1370129 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1321966 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1498861 1 0.3074 0.7539 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR602622 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1487685 4 0.4761 0.6430 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1313932 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR603397 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1099023 3 0.3626 0.8897 0.004 0.000 0.812 0.184
#> SRR1409899 2 0.1022 0.9830 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1368964 3 0.0188 0.9042 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1334741 4 0.2334 0.6478 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR656564 4 0.4998 0.4134 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR608174 4 0.4250 0.7666 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.2266 0.9602 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR613270 2 0.0000 0.9855 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.2216 0.9600 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1432275 1 0.3528 0.6913 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1475909 4 0.5189 0.4616 0.012 0.000 0.372 0.616
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0324 0.620255 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1333930 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1467813 2 0.2554 0.941143 0.000 0.892 0.000 0.036 0.072
#> SRR614814 1 0.2067 0.847853 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1077405 3 0.4331 0.425850 0.004 0.000 0.596 0.000 0.400
#> SRR1330061 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR662725 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1313951 4 0.1732 0.768938 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1339218 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1417505 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1407134 4 0.6715 0.181731 0.248 0.000 0.000 0.392 0.360
#> SRR1457418 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1075898 4 0.1732 0.768953 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1498482 3 0.3607 0.519014 0.004 0.000 0.752 0.000 0.244
#> SRR1359673 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.4269 0.871059 0.000 0.756 0.000 0.056 0.188
#> SRR1335254 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1352706 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1436966 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR614802 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.7150 -0.183144 0.020 0.000 0.228 0.384 0.368
#> SRR1440699 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.4331 0.425850 0.004 0.000 0.596 0.000 0.400
#> SRR1083100 4 0.7389 0.109245 0.192 0.000 0.044 0.392 0.372
#> SRR1348861 5 0.6826 0.118310 0.004 0.000 0.280 0.284 0.432
#> SRR1072367 3 0.4318 0.248447 0.004 0.000 0.644 0.004 0.348
#> SRR1468403 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1390601 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1315761 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1392637 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR810957 2 0.3863 0.886785 0.000 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR1458422 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1444479 3 0.4415 0.383611 0.004 0.000 0.552 0.000 0.444
#> SRR1470212 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.4310 -0.040004 0.004 0.000 0.392 0.000 0.604
#> SRR615141 4 0.4186 0.479755 0.004 0.000 0.044 0.768 0.184
#> SRR601122 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1397008 5 0.3715 0.207760 0.004 0.000 0.260 0.000 0.736
#> SRR1358561 3 0.4359 0.417464 0.004 0.000 0.584 0.000 0.412
#> SRR1498640 4 0.6784 0.186986 0.352 0.000 0.000 0.368 0.280
#> SRR1429957 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1452292 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.3706 0.400169 0.004 0.000 0.756 0.004 0.236
#> SRR1394936 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1485542 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659121 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1330656 5 0.4331 -0.053359 0.004 0.000 0.400 0.000 0.596
#> SRR1388305 1 0.0794 0.883508 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1406917 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1311086 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.2069 0.929344 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR1458044 4 0.4077 0.497225 0.004 0.000 0.044 0.780 0.172
#> SRR661325 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.3954 0.888324 0.000 0.772 0.000 0.036 0.192
#> SRR1406561 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1394713 4 0.5909 -0.097534 0.004 0.000 0.088 0.484 0.424
#> SRR1403875 2 0.3012 0.931205 0.000 0.860 0.000 0.036 0.104
#> SRR1476186 5 0.4519 0.386511 0.004 0.000 0.148 0.088 0.760
#> SRR1436444 2 0.4001 0.881576 0.000 0.764 0.004 0.024 0.208
#> SRR1084649 1 0.6010 0.430206 0.584 0.000 0.000 0.208 0.208
#> SRR1500405 5 0.6207 0.278740 0.004 0.000 0.204 0.220 0.572
#> SRR1354446 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.7405 0.113820 0.196 0.000 0.044 0.392 0.368
#> SRR1444559 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1381543 4 0.2139 0.739755 0.052 0.000 0.000 0.916 0.032
#> SRR1402513 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4586 0.206767 0.004 0.000 0.524 0.004 0.468
#> SRR660007 3 0.4362 0.268884 0.004 0.000 0.632 0.004 0.360
#> SRR655649 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1437306 4 0.2011 0.765920 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> SRR657731 3 0.4225 0.437165 0.004 0.000 0.632 0.000 0.364
#> SRR661005 4 0.6644 0.146273 0.104 0.000 0.032 0.456 0.408
#> SRR600608 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.2548 0.536959 0.004 0.000 0.876 0.004 0.116
#> SRR1334717 4 0.6773 0.172063 0.276 0.000 0.000 0.380 0.344
#> SRR1401552 2 0.0404 0.949282 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1474886 4 0.5251 0.127112 0.004 0.000 0.044 0.576 0.376
#> SRR1082759 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1340420 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.3099 0.784855 0.848 0.000 0.000 0.028 0.124
#> SRR612455 3 0.3895 0.367146 0.004 0.000 0.728 0.004 0.264
#> SRR818210 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1328960 2 0.1907 0.946534 0.000 0.928 0.000 0.028 0.044
#> SRR598671 3 0.4302 0.281368 0.004 0.000 0.648 0.004 0.344
#> SRR1387178 1 0.4960 0.628079 0.708 0.000 0.000 0.180 0.112
#> SRR660498 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR657325 2 0.2304 0.943338 0.000 0.908 0.004 0.020 0.068
#> SRR1339740 1 0.6763 -0.028513 0.392 0.000 0.000 0.276 0.332
#> SRR657348 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR662091 5 0.5156 0.220184 0.004 0.000 0.276 0.064 0.656
#> SRR608598 3 0.1041 0.614824 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR663320 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 5 0.6764 -0.155415 0.268 0.000 0.000 0.360 0.372
#> SRR1361567 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.4415 0.383611 0.004 0.000 0.552 0.000 0.444
#> SRR661433 3 0.4264 0.442865 0.004 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1453341 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1319539 5 0.4548 0.371107 0.004 0.000 0.168 0.076 0.752
#> SRR1343841 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.4225 0.437165 0.004 0.000 0.632 0.000 0.364
#> SRR1487321 1 0.3409 0.778186 0.836 0.000 0.000 0.112 0.052
#> SRR1312428 1 0.6623 0.078675 0.452 0.000 0.000 0.300 0.248
#> SRR657587 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1337412 5 0.3579 0.251874 0.004 0.000 0.240 0.000 0.756
#> SRR1474466 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1466993 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 5 0.6748 -0.162872 0.260 0.000 0.000 0.368 0.372
#> SRR1455171 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR627299 2 0.3968 0.883825 0.000 0.768 0.004 0.024 0.204
#> SRR660733 4 0.7185 0.140275 0.200 0.000 0.028 0.400 0.372
#> SRR817758 5 0.6506 0.188169 0.048 0.000 0.072 0.372 0.508
#> SRR821019 3 0.2284 0.540856 0.004 0.000 0.896 0.004 0.096
#> SRR1330675 4 0.2006 0.761373 0.072 0.000 0.000 0.916 0.012
#> SRR1433644 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1320180 5 0.4866 0.448892 0.004 0.000 0.100 0.168 0.728
#> SRR604074 3 0.4059 0.326058 0.004 0.000 0.700 0.004 0.292
#> SRR1322291 2 0.2325 0.943261 0.000 0.904 0.000 0.028 0.068
#> SRR658188 3 0.3790 0.503870 0.004 0.000 0.724 0.000 0.272
#> SRR820209 5 0.6683 0.250222 0.004 0.000 0.200 0.372 0.424
#> SRR1331841 2 0.0566 0.949348 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1096966 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.5290 0.091360 0.004 0.000 0.044 0.560 0.392
#> SRR1500537 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1403958 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4410 0.710527 0.764 0.000 0.000 0.124 0.112
#> SRR1334847 5 0.6104 0.244344 0.004 0.000 0.112 0.388 0.496
#> SRR1421093 3 0.4367 0.414262 0.004 0.000 0.580 0.000 0.416
#> SRR1085782 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.3944 0.882433 0.000 0.768 0.000 0.032 0.200
#> SRR597977 3 0.1041 0.614824 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1375635 4 0.2149 0.735036 0.048 0.000 0.000 0.916 0.036
#> SRR661133 1 0.5466 0.553557 0.656 0.000 0.000 0.192 0.152
#> SRR1357523 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.5314 0.065425 0.004 0.000 0.044 0.548 0.404
#> SRR1434250 2 0.2740 0.936732 0.000 0.876 0.000 0.028 0.096
#> SRR1396640 1 0.3459 0.773919 0.832 0.000 0.000 0.116 0.052
#> SRR1454803 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1434138 4 0.2149 0.735036 0.048 0.000 0.000 0.916 0.036
#> SRR1456950 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1400375 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1323764 4 0.5417 -0.010309 0.004 0.000 0.048 0.516 0.432
#> SRR1355040 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.6108 0.401763 0.568 0.000 0.000 0.208 0.224
#> SRR1500868 1 0.3459 0.773919 0.832 0.000 0.000 0.116 0.052
#> SRR1476279 4 0.1732 0.768953 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR627429 2 0.3909 0.876101 0.000 0.800 0.004 0.048 0.148
#> SRR660969 1 0.6754 -0.010433 0.400 0.000 0.000 0.276 0.324
#> SRR1335377 2 0.2628 0.939175 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088
#> SRR1330546 3 0.0955 0.615611 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1440986 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1319837 4 0.6765 0.168776 0.272 0.000 0.000 0.384 0.344
#> SRR1491311 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.4383 -0.113454 0.004 0.000 0.424 0.000 0.572
#> SRR1415215 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1086635 3 0.4286 0.258407 0.004 0.000 0.652 0.004 0.340
#> SRR1440058 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389979 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 4 0.6765 0.168776 0.272 0.000 0.000 0.384 0.344
#> SRR607337 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.6750 -0.236072 0.004 0.000 0.412 0.216 0.368
#> SRR1465132 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1340133 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1387989 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.5990 -0.029577 0.004 0.000 0.524 0.104 0.368
#> SRR1441701 3 0.1041 0.614824 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1368772 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0727 0.948244 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1435536 4 0.6756 0.172254 0.268 0.000 0.000 0.388 0.344
#> SRR614083 3 0.6479 -0.153872 0.004 0.000 0.464 0.164 0.368
#> SRR1310623 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.4264 0.442865 0.004 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR816721 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1359367 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1391879 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1418992 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1399028 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402900 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.3897 0.884367 0.000 0.768 0.000 0.028 0.204
#> SRR1456514 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1394755 4 0.7405 0.113820 0.196 0.000 0.044 0.392 0.368
#> SRR664842 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR662342 5 0.6915 0.008891 0.000 0.228 0.200 0.036 0.536
#> SRR665502 3 0.6925 -0.270446 0.008 0.000 0.388 0.236 0.368
#> SRR657891 1 0.3944 0.721247 0.788 0.000 0.000 0.160 0.052
#> SRR1421305 4 0.4726 0.365467 0.004 0.000 0.044 0.696 0.256
#> SRR1335707 5 0.4437 0.457846 0.044 0.000 0.028 0.148 0.780
#> SRR1401276 1 0.6702 -0.094850 0.408 0.000 0.000 0.344 0.248
#> SRR627421 1 0.5510 0.560694 0.648 0.000 0.000 0.144 0.208
#> SRR1311575 1 0.3409 0.778186 0.836 0.000 0.000 0.112 0.052
#> SRR1475675 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR661995 4 0.6765 0.168776 0.272 0.000 0.000 0.384 0.344
#> SRR1471922 4 0.1671 0.766013 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1077687 1 0.6452 0.226904 0.500 0.000 0.000 0.268 0.232
#> SRR821602 3 0.4397 0.400091 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR608718 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.4310 0.431653 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1437555 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810571 3 0.2694 0.532483 0.004 0.000 0.864 0.004 0.128
#> SRR664048 3 0.4081 0.324930 0.004 0.000 0.696 0.004 0.296
#> SRR1500998 4 0.5376 0.054670 0.004 0.000 0.048 0.544 0.404
#> SRR1320916 5 0.6772 0.203286 0.004 0.000 0.220 0.388 0.388
#> SRR1472150 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1329090 1 0.5904 0.464676 0.600 0.000 0.000 0.196 0.204
#> SRR1317344 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.6361 0.216104 0.508 0.000 0.000 0.296 0.196
#> SRR1321462 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1486097 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR604050 5 0.7821 0.206476 0.064 0.000 0.288 0.280 0.368
#> SRR600385 5 0.6999 0.119678 0.088 0.000 0.072 0.372 0.468
#> SRR1430248 3 0.4302 0.247412 0.004 0.000 0.648 0.004 0.344
#> SRR1352975 1 0.3983 0.715503 0.784 0.000 0.000 0.164 0.052
#> SRR1457221 3 0.4211 0.438575 0.004 0.000 0.636 0.000 0.360
#> SRR807591 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR660895 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR655111 3 0.4102 0.321885 0.004 0.000 0.692 0.004 0.300
#> SRR1336006 4 0.2390 0.666679 0.004 0.000 0.044 0.908 0.044
#> SRR613114 3 0.1124 0.613825 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR608368 4 0.2338 0.691029 0.016 0.000 0.032 0.916 0.036
#> SRR1315269 1 0.3844 0.745907 0.804 0.000 0.000 0.132 0.064
#> SRR1435020 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1370173 3 0.3928 0.489938 0.004 0.000 0.700 0.000 0.296
#> SRR1408327 3 0.4367 0.414262 0.004 0.000 0.580 0.000 0.416
#> SRR1405485 1 0.3459 0.773919 0.832 0.000 0.000 0.116 0.052
#> SRR812012 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1469495 3 0.4341 0.422659 0.004 0.000 0.592 0.000 0.404
#> SRR1378841 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1375616 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1381566 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.1901 0.943931 0.000 0.928 0.004 0.012 0.056
#> SRR1436106 4 0.2390 0.666679 0.004 0.000 0.044 0.908 0.044
#> SRR1468974 5 0.4434 -0.210217 0.004 0.000 0.460 0.000 0.536
#> SRR1470111 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1079168 3 0.0451 0.619452 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1338584 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1329551 3 0.4122 0.316062 0.004 0.000 0.688 0.004 0.304
#> SRR662871 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1434867 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR599225 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.4350 -0.078741 0.004 0.000 0.408 0.000 0.588
#> SRR1487107 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.6765 0.168776 0.272 0.000 0.000 0.384 0.344
#> SRR614443 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1314958 1 0.3339 0.780860 0.840 0.000 0.000 0.112 0.048
#> SRR1341702 1 0.6495 0.150596 0.480 0.000 0.000 0.304 0.216
#> SRR1444678 1 0.3647 0.755784 0.816 0.000 0.000 0.132 0.052
#> SRR1350107 2 0.3988 0.885878 0.000 0.768 0.000 0.036 0.196
#> SRR1322010 2 0.2325 0.943261 0.000 0.904 0.000 0.028 0.068
#> SRR1342045 1 0.5502 0.547708 0.652 0.000 0.000 0.192 0.156
#> SRR1467364 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.6683 -0.165549 0.012 0.000 0.456 0.164 0.368
#> SRR1468955 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1429891 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.4302 0.255630 0.004 0.000 0.648 0.004 0.344
#> SRR660933 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.4299 -0.023455 0.004 0.000 0.388 0.000 0.608
#> SRR1359388 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR817686 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.6110 0.194519 0.028 0.000 0.064 0.388 0.520
#> SRR612380 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR817905 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1337909 1 0.3409 0.778186 0.836 0.000 0.000 0.112 0.052
#> SRR661723 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489155 5 0.4375 -0.104437 0.004 0.000 0.420 0.000 0.576
#> SRR1398992 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR607091 3 0.4318 0.248447 0.004 0.000 0.644 0.004 0.348
#> SRR1472193 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1456903 2 0.0510 0.947741 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445238 3 0.4367 0.414262 0.004 0.000 0.580 0.000 0.416
#> SRR820078 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.3845 0.883662 0.000 0.768 0.000 0.024 0.208
#> SRR819534 3 0.0955 0.615611 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR820468 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR659899 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1396078 5 0.4310 -0.032742 0.004 0.000 0.392 0.000 0.604
#> SRR1443612 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1362777 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.5590 0.244293 0.076 0.000 0.008 0.308 0.608
#> SRR1073143 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.4410 -0.159789 0.004 0.000 0.440 0.000 0.556
#> SRR662570 2 0.0162 0.949224 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430288 1 0.6589 0.079555 0.456 0.000 0.000 0.312 0.232
#> SRR1323043 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.6761 0.174085 0.004 0.000 0.228 0.336 0.432
#> SRR1080927 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.4419 0.246559 0.004 0.000 0.644 0.008 0.344
#> SRR603596 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.6181 0.358590 0.004 0.000 0.136 0.328 0.532
#> SRR615467 3 0.1571 0.606701 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR660638 5 0.7010 0.295853 0.008 0.000 0.352 0.272 0.368
#> SRR1360383 5 0.5590 0.378271 0.004 0.000 0.088 0.300 0.608
#> SRR1354577 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR608230 3 0.4335 0.281008 0.004 0.000 0.664 0.008 0.324
#> SRR1320873 1 0.6323 0.231464 0.516 0.000 0.000 0.292 0.192
#> SRR1336379 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1477634 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1444876 4 0.5347 0.082929 0.004 0.000 0.044 0.528 0.424
#> SRR1101421 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 4 0.6726 0.160096 0.252 0.000 0.000 0.388 0.360
#> SRR1434782 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.6716 0.243844 0.004 0.000 0.208 0.368 0.420
#> SRR1324431 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1442356 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1386818 1 0.3461 0.685038 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR655684 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.5142 0.394854 0.096 0.000 0.008 0.192 0.704
#> SRR1455060 2 0.4382 0.871509 0.000 0.760 0.004 0.060 0.176
#> SRR1341008 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1087031 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1489177 4 0.5335 0.038644 0.004 0.000 0.044 0.536 0.416
#> SRR1350525 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1440517 4 0.6765 0.168776 0.272 0.000 0.000 0.384 0.344
#> SRR1320093 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 4 0.6756 0.172254 0.268 0.000 0.000 0.388 0.344
#> SRR1320280 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.3409 0.778186 0.836 0.000 0.000 0.112 0.052
#> SRR1385080 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1316921 4 0.6773 0.172063 0.276 0.000 0.000 0.380 0.344
#> SRR1097752 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.4443 0.335216 0.004 0.000 0.524 0.000 0.472
#> SRR818418 1 0.5739 0.404118 0.596 0.000 0.000 0.280 0.124
#> SRR1474553 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.2488 0.522359 0.004 0.000 0.872 0.000 0.124
#> SRR1079281 4 0.2283 0.678690 0.008 0.000 0.040 0.916 0.036
#> SRR656493 3 0.4218 0.299749 0.004 0.000 0.668 0.004 0.324
#> SRR1328599 4 0.7733 0.000583 0.100 0.000 0.144 0.388 0.368
#> SRR655218 4 0.6765 0.168776 0.272 0.000 0.000 0.384 0.344
#> SRR1416754 1 0.5375 0.486329 0.604 0.000 0.000 0.076 0.320
#> SRR1488562 4 0.6744 0.159728 0.260 0.000 0.000 0.384 0.356
#> SRR1084842 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4270 0.280696 0.004 0.000 0.656 0.004 0.336
#> SRR1468514 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.4264 0.442865 0.004 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1481216 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.4288 -0.014555 0.004 0.000 0.384 0.000 0.612
#> SRR1445328 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1522 0.948973 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR1085662 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1415095 4 0.2011 0.765920 0.088 0.000 0.000 0.908 0.004
#> SRR1499982 2 0.1750 0.947245 0.000 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1488715 1 0.3780 0.758241 0.812 0.000 0.000 0.116 0.072
#> SRR597927 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1479239 2 0.2260 0.943978 0.000 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR600957 2 0.0955 0.949885 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1408113 3 0.4410 0.389536 0.004 0.000 0.556 0.000 0.440
#> SRR1490019 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.6346 0.075100 0.004 0.000 0.548 0.212 0.236
#> SRR1432343 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1459585 3 0.4264 0.442865 0.004 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1434271 2 0.2628 0.939049 0.000 0.884 0.000 0.028 0.088
#> SRR602365 3 0.2890 0.488084 0.004 0.000 0.836 0.000 0.160
#> SRR612443 4 0.7719 0.079939 0.160 0.000 0.088 0.388 0.364
#> SRR1473936 3 0.4446 0.269522 0.004 0.000 0.520 0.000 0.476
#> SRR1455698 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1331335 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659187 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.3884 0.176424 0.004 0.000 0.288 0.000 0.708
#> SRR1500753 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.1041 0.614824 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1411024 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0794 0.883508 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657754 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.5352 0.010721 0.004 0.000 0.044 0.524 0.428
#> SRR1444460 1 0.3731 0.762924 0.816 0.000 0.000 0.112 0.072
#> SRR1333587 4 0.7389 0.109245 0.192 0.000 0.044 0.392 0.372
#> SRR1307770 2 0.2171 0.944629 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> SRR1339530 4 0.2234 0.672168 0.004 0.000 0.044 0.916 0.036
#> SRR1366433 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1480479 4 0.1892 0.769135 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR1470175 1 0.0162 0.893734 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR598768 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335400 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR820133 4 0.4025 0.646971 0.076 0.000 0.000 0.792 0.132
#> SRR1348424 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.4397 0.399868 0.004 0.000 0.564 0.000 0.432
#> SRR1339549 4 0.4150 0.480878 0.004 0.000 0.044 0.772 0.180
#> SRR821434 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR662546 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1319816 3 0.4264 0.442865 0.004 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1078347 3 0.4362 0.254147 0.004 0.000 0.632 0.004 0.360
#> SRR1435293 1 0.4728 0.594263 0.700 0.000 0.000 0.240 0.060
#> SRR1408208 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.4430 -0.199785 0.004 0.000 0.456 0.000 0.540
#> SRR1499193 1 0.4819 0.653157 0.724 0.000 0.000 0.164 0.112
#> SRR1467294 3 0.4415 0.383611 0.004 0.000 0.552 0.000 0.444
#> SRR1359649 5 0.4431 0.452184 0.004 0.000 0.068 0.168 0.760
#> SRR1335688 3 0.4288 0.437944 0.004 0.000 0.612 0.000 0.384
#> SRR1370129 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1321966 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1416999 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334564 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1498861 1 0.5010 0.641583 0.708 0.000 0.000 0.144 0.148
#> SRR1317877 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0451 0.618892 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1459718 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.2313 0.669939 0.004 0.000 0.044 0.912 0.040
#> SRR1487685 5 0.7026 -0.082470 0.168 0.000 0.028 0.376 0.428
#> SRR1455925 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0162 0.620459 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR603397 3 0.0324 0.619358 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1099023 3 0.4375 0.411639 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR1409899 2 0.2570 0.940068 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR1368964 3 0.1124 0.613825 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1334741 4 0.2390 0.666679 0.004 0.000 0.044 0.908 0.044
#> SRR656564 4 0.6756 0.138389 0.264 0.000 0.000 0.368 0.368
#> SRR608174 4 0.1792 0.771215 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1320963 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661973 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.4345 0.872395 0.000 0.764 0.004 0.060 0.172
#> SRR613270 2 0.0000 0.949272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.3845 0.883662 0.000 0.768 0.000 0.024 0.208
#> SRR1480365 1 0.0162 0.896827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602927 1 0.0000 0.898414 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.4066 0.880372 0.000 0.768 0.000 0.044 0.188
#> SRR1432275 1 0.5273 0.599711 0.680 0.000 0.000 0.160 0.160
#> SRR1475909 5 0.6847 0.199948 0.008 0.000 0.212 0.388 0.392
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0146 0.8142 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.2688 0.9250 0.000 0.868 0.000 0.000 0.068 0.064
#> SRR614814 1 0.3972 0.6039 0.740 0.000 0.000 0.016 0.024 0.220
#> SRR1077405 5 0.3672 0.6983 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1330061 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR662725 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1407134 6 0.4042 0.8000 0.040 0.000 0.000 0.132 0.044 0.784
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1075898 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.3620 0.0814 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.4704 0.8359 0.000 0.704 0.000 0.008 0.156 0.132
#> SRR1335254 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1436966 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.3938 0.7607 0.004 0.000 0.068 0.136 0.008 0.784
#> SRR1440699 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.3634 0.7139 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1083100 6 0.3455 0.7950 0.032 0.000 0.004 0.144 0.008 0.812
#> SRR1348861 5 0.4298 0.7476 0.000 0.000 0.104 0.132 0.752 0.012
#> SRR1072367 3 0.4076 0.4991 0.000 0.000 0.620 0.000 0.016 0.364
#> SRR1468403 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.4085 0.8169 0.000 0.000 0.232 0.000 0.716 0.052
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.4314 0.8542 0.000 0.720 0.000 0.000 0.184 0.096
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1444479 5 0.4033 0.8162 0.000 0.000 0.224 0.000 0.724 0.052
#> SRR1470212 3 0.0260 0.8142 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.4237 0.7812 0.000 0.000 0.144 0.000 0.736 0.120
#> SRR615141 4 0.2213 0.8849 0.000 0.000 0.004 0.904 0.044 0.048
#> SRR601122 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.4682 0.5888 0.000 0.000 0.076 0.000 0.640 0.284
#> SRR1358561 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1498640 6 0.5316 0.7765 0.136 0.000 0.000 0.144 0.044 0.676
#> SRR1429957 5 0.3593 0.8228 0.000 0.000 0.228 0.000 0.748 0.024
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.3190 0.6774 0.000 0.000 0.772 0.000 0.008 0.220
#> SRR1394936 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1485542 1 0.0777 0.8947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR659121 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.3907 0.7978 0.000 0.000 0.152 0.000 0.764 0.084
#> SRR1388305 1 0.2163 0.8149 0.892 0.000 0.000 0.000 0.016 0.092
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0405 0.8131 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.2618 0.9032 0.000 0.872 0.000 0.000 0.076 0.052
#> SRR1458044 4 0.2213 0.8847 0.000 0.000 0.004 0.904 0.044 0.048
#> SRR661325 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.4314 0.8542 0.000 0.720 0.000 0.000 0.184 0.096
#> SRR1406561 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.4710 0.6408 0.000 0.000 0.028 0.236 0.688 0.048
#> SRR1403875 2 0.3313 0.9052 0.000 0.816 0.000 0.000 0.124 0.060
#> SRR1476186 6 0.4179 0.6096 0.000 0.000 0.048 0.016 0.192 0.744
#> SRR1436444 2 0.4474 0.8444 0.000 0.704 0.000 0.000 0.188 0.108
#> SRR1084649 6 0.5712 0.5619 0.308 0.000 0.000 0.080 0.044 0.568
#> SRR1500405 5 0.4843 0.7280 0.000 0.000 0.060 0.100 0.732 0.108
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.3493 0.7941 0.032 0.000 0.004 0.148 0.008 0.808
#> SRR1444559 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1381543 4 0.0767 0.9563 0.004 0.000 0.000 0.976 0.008 0.012
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.5879 0.4443 0.000 0.000 0.240 0.000 0.476 0.284
#> SRR660007 3 0.5705 0.3081 0.000 0.000 0.456 0.000 0.164 0.380
#> SRR655649 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0767 0.9624 0.012 0.000 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR657731 5 0.4300 0.7452 0.000 0.000 0.324 0.000 0.640 0.036
#> SRR661005 6 0.3714 0.7948 0.024 0.000 0.000 0.128 0.044 0.804
#> SRR600608 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.3261 0.7023 0.000 0.000 0.824 0.000 0.104 0.072
#> SRR1334717 6 0.4129 0.8019 0.080 0.000 0.000 0.144 0.012 0.764
#> SRR1401552 2 0.0146 0.9382 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474886 4 0.4885 -0.0826 0.000 0.000 0.004 0.484 0.464 0.048
#> SRR1082759 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0260 0.9078 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072797 1 0.4264 -0.1092 0.500 0.000 0.000 0.016 0.000 0.484
#> SRR612455 3 0.4083 0.3293 0.000 0.000 0.532 0.000 0.008 0.460
#> SRR818210 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1328960 2 0.1863 0.9345 0.000 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR598671 3 0.4534 0.2643 0.000 0.000 0.496 0.000 0.032 0.472
#> SRR1387178 6 0.5925 0.3106 0.416 0.000 0.000 0.080 0.044 0.460
#> SRR660498 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.2325 0.9270 0.000 0.892 0.000 0.000 0.060 0.048
#> SRR1339740 6 0.4815 0.7869 0.124 0.000 0.000 0.104 0.044 0.728
#> SRR657348 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.4231 0.7411 0.000 0.000 0.084 0.016 0.760 0.140
#> SRR608598 3 0.0865 0.7913 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.4099 0.8018 0.060 0.000 0.000 0.108 0.044 0.788
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.4065 0.8158 0.000 0.000 0.220 0.000 0.724 0.056
#> SRR661433 5 0.3756 0.6520 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1319539 6 0.4086 0.6264 0.000 0.000 0.048 0.016 0.180 0.756
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.4476 0.7493 0.000 0.000 0.308 0.000 0.640 0.052
#> SRR1487321 1 0.5229 0.4322 0.648 0.000 0.000 0.068 0.040 0.244
#> SRR1312428 6 0.5741 0.6778 0.232 0.000 0.000 0.104 0.052 0.612
#> SRR657587 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.4899 0.3148 0.000 0.000 0.064 0.000 0.532 0.404
#> SRR1474466 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 6 0.4131 0.8007 0.048 0.000 0.000 0.116 0.052 0.784
#> SRR1455171 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.4371 0.8519 0.000 0.716 0.000 0.000 0.180 0.104
#> SRR660733 6 0.3621 0.8002 0.036 0.000 0.000 0.132 0.024 0.808
#> SRR817758 6 0.3803 0.7868 0.012 0.000 0.004 0.124 0.060 0.800
#> SRR821019 3 0.1333 0.7904 0.000 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1330675 4 0.0508 0.9698 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1433644 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1320180 5 0.5459 0.1985 0.000 0.000 0.028 0.060 0.512 0.400
#> SRR604074 3 0.3398 0.6563 0.000 0.000 0.740 0.000 0.008 0.252
#> SRR1322291 2 0.2308 0.9302 0.000 0.892 0.000 0.000 0.068 0.040
#> SRR658188 3 0.3647 0.0478 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR820209 6 0.5206 0.6967 0.000 0.000 0.040 0.120 0.156 0.684
#> SRR1331841 2 0.0146 0.9382 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096966 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.4685 0.4594 0.000 0.000 0.004 0.344 0.604 0.048
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.5852 -0.2436 0.448 0.000 0.000 0.072 0.044 0.436
#> SRR1334847 6 0.3329 0.7738 0.000 0.000 0.016 0.120 0.036 0.828
#> SRR1421093 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.4456 0.8451 0.000 0.708 0.000 0.000 0.180 0.112
#> SRR597977 3 0.0865 0.7913 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1375635 4 0.0862 0.9530 0.004 0.000 0.000 0.972 0.008 0.016
#> SRR661133 6 0.5993 0.3603 0.404 0.000 0.000 0.088 0.044 0.464
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.4145 0.6467 0.000 0.000 0.004 0.220 0.724 0.052
#> SRR1434250 2 0.2912 0.9171 0.000 0.844 0.000 0.000 0.116 0.040
#> SRR1396640 1 0.5429 0.3681 0.616 0.000 0.000 0.068 0.044 0.272
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0665 0.9593 0.004 0.000 0.000 0.980 0.008 0.008
#> SRR1456950 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1323764 5 0.4226 0.6509 0.000 0.000 0.008 0.216 0.724 0.052
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.5553 0.6314 0.268 0.000 0.000 0.080 0.044 0.608
#> SRR1500868 1 0.5271 0.4175 0.640 0.000 0.000 0.068 0.040 0.252
#> SRR1476279 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.4303 0.8415 0.000 0.752 0.000 0.012 0.108 0.128
#> SRR660969 6 0.4093 0.7871 0.132 0.000 0.000 0.104 0.004 0.760
#> SRR1335377 2 0.2728 0.9227 0.000 0.860 0.000 0.000 0.100 0.040
#> SRR1330546 3 0.0865 0.7913 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.3784 0.8020 0.080 0.000 0.000 0.144 0.000 0.776
#> SRR1491311 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.3786 0.8066 0.000 0.000 0.168 0.000 0.768 0.064
#> SRR1415215 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1086635 3 0.3984 0.4573 0.000 0.000 0.596 0.000 0.008 0.396
#> SRR1440058 1 0.0777 0.8947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.3923 0.8022 0.080 0.000 0.000 0.144 0.004 0.772
#> SRR607337 1 0.0777 0.8947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.3798 0.6952 0.000 0.000 0.136 0.068 0.008 0.788
#> SRR1465132 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1340133 3 0.0146 0.8156 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 6 0.3602 0.6449 0.000 0.000 0.176 0.032 0.008 0.784
#> SRR1441701 3 0.0865 0.7913 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.1176 0.9324 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1435536 6 0.4129 0.8019 0.080 0.000 0.000 0.144 0.012 0.764
#> SRR614083 6 0.3730 0.6687 0.000 0.000 0.160 0.048 0.008 0.784
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.3810 0.6023 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR816721 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1391879 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0777 0.8947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.4358 0.8517 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.100
#> SRR1456514 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1394755 6 0.3455 0.7950 0.032 0.000 0.004 0.144 0.008 0.812
#> SRR664842 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.5395 0.5471 0.000 0.148 0.048 0.012 0.692 0.100
#> SRR665502 6 0.3837 0.6920 0.000 0.000 0.140 0.068 0.008 0.784
#> SRR657891 1 0.5565 0.3590 0.616 0.000 0.000 0.088 0.044 0.252
#> SRR1421305 4 0.3204 0.7975 0.000 0.000 0.004 0.832 0.112 0.052
#> SRR1335707 6 0.4957 0.4717 0.012 0.000 0.004 0.044 0.344 0.596
#> SRR1401276 6 0.4542 0.7881 0.120 0.000 0.000 0.140 0.012 0.728
#> SRR627421 6 0.5707 0.5610 0.320 0.000 0.000 0.076 0.044 0.560
#> SRR1311575 1 0.5271 0.4175 0.640 0.000 0.000 0.068 0.040 0.252
#> SRR1475675 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.3784 0.8020 0.080 0.000 0.000 0.144 0.000 0.776
#> SRR1471922 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1077687 6 0.5525 0.7198 0.208 0.000 0.000 0.108 0.044 0.640
#> SRR821602 5 0.3245 0.8233 0.000 0.000 0.228 0.000 0.764 0.008
#> SRR608718 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.3672 0.6983 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1437555 1 0.0692 0.8975 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR810571 3 0.3806 0.6477 0.000 0.000 0.776 0.000 0.136 0.088
#> SRR664048 3 0.3534 0.6324 0.000 0.000 0.716 0.000 0.008 0.276
#> SRR1500998 5 0.4704 0.5591 0.000 0.000 0.008 0.292 0.644 0.056
#> SRR1320916 6 0.3364 0.7718 0.000 0.000 0.036 0.132 0.012 0.820
#> SRR1472150 5 0.3885 0.8183 0.000 0.000 0.220 0.000 0.736 0.044
#> SRR1329090 6 0.5698 0.5857 0.304 0.000 0.000 0.080 0.044 0.572
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 6 0.5846 0.6026 0.288 0.000 0.000 0.100 0.044 0.568
#> SRR1321462 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0405 0.8132 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.4106 0.7262 0.012 0.000 0.112 0.084 0.008 0.784
#> SRR600385 6 0.3908 0.7884 0.016 0.000 0.004 0.120 0.064 0.796
#> SRR1430248 3 0.3934 0.4891 0.000 0.000 0.616 0.000 0.008 0.376
#> SRR1352975 1 0.5605 0.3185 0.596 0.000 0.000 0.080 0.044 0.280
#> SRR1457221 5 0.4593 0.7254 0.000 0.000 0.324 0.000 0.620 0.056
#> SRR807591 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR660895 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.3615 0.6149 0.000 0.000 0.700 0.000 0.008 0.292
#> SRR1336006 4 0.1578 0.9177 0.000 0.000 0.004 0.936 0.012 0.048
#> SRR613114 3 0.1007 0.7833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR608368 4 0.1340 0.9291 0.000 0.000 0.004 0.948 0.008 0.040
#> SRR1315269 1 0.5674 0.2076 0.560 0.000 0.000 0.072 0.044 0.324
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1370173 3 0.3774 -0.1589 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1408327 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1405485 1 0.5312 0.3984 0.632 0.000 0.000 0.068 0.040 0.260
#> SRR812012 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.3390 0.7803 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1378841 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1375616 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1381566 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.1995 0.9267 0.000 0.912 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1436106 4 0.1644 0.9142 0.000 0.000 0.004 0.932 0.012 0.052
#> SRR1468974 5 0.3819 0.8085 0.000 0.000 0.172 0.000 0.764 0.064
#> SRR1470111 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0146 0.8153 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329551 3 0.3861 0.5338 0.000 0.000 0.640 0.000 0.008 0.352
#> SRR662871 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR599225 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.4343 0.7864 0.000 0.000 0.156 0.000 0.724 0.120
#> SRR1487107 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.3923 0.8022 0.080 0.000 0.000 0.144 0.004 0.772
#> SRR614443 3 0.0260 0.8142 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1314958 1 0.5184 0.4516 0.656 0.000 0.000 0.068 0.040 0.236
#> SRR1341702 6 0.5650 0.6647 0.244 0.000 0.000 0.100 0.044 0.612
#> SRR1444678 1 0.5513 0.3407 0.604 0.000 0.000 0.072 0.044 0.280
#> SRR1350107 2 0.4358 0.8517 0.000 0.716 0.000 0.000 0.184 0.100
#> SRR1322010 2 0.2308 0.9302 0.000 0.892 0.000 0.000 0.068 0.040
#> SRR1342045 6 0.5904 0.3915 0.392 0.000 0.000 0.080 0.044 0.484
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.3730 0.6687 0.000 0.000 0.160 0.048 0.008 0.784
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.5089 0.5127 0.000 0.000 0.592 0.000 0.108 0.300
#> SRR660933 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3958 0.7806 0.000 0.000 0.128 0.000 0.764 0.108
#> SRR1359388 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.3265 0.7799 0.004 0.000 0.012 0.116 0.032 0.836
#> SRR612380 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.5250 0.4249 0.644 0.000 0.000 0.068 0.040 0.248
#> SRR661723 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0692 0.8975 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1489155 5 0.3806 0.8052 0.000 0.000 0.164 0.000 0.768 0.068
#> SRR1398992 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR607091 3 0.4172 0.3130 0.000 0.000 0.528 0.000 0.012 0.460
#> SRR1472193 2 0.2237 0.9309 0.000 0.896 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR1456903 2 0.0777 0.9352 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1445238 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.4418 0.8466 0.000 0.708 0.000 0.000 0.192 0.100
#> SRR819534 3 0.0865 0.7913 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR820468 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR659899 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.4124 0.7748 0.000 0.000 0.132 0.000 0.748 0.120
#> SRR1443612 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 6 0.5006 0.6873 0.016 0.000 0.000 0.100 0.216 0.668
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.4111 0.7838 0.000 0.000 0.144 0.000 0.748 0.108
#> SRR662570 2 0.0603 0.9362 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1430288 6 0.5526 0.7323 0.196 0.000 0.000 0.116 0.044 0.644
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.4781 0.7074 0.000 0.000 0.064 0.160 0.724 0.052
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 6 0.4072 -0.1070 0.000 0.000 0.448 0.000 0.008 0.544
#> SRR603596 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 6 0.5942 0.3784 0.000 0.000 0.028 0.124 0.328 0.520
#> SRR615467 3 0.1327 0.7623 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR660638 6 0.3877 0.7054 0.000 0.000 0.128 0.080 0.008 0.784
#> SRR1360383 6 0.5006 0.6719 0.000 0.000 0.016 0.100 0.216 0.668
#> SRR1354577 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR608230 3 0.4097 0.2600 0.000 0.000 0.504 0.000 0.008 0.488
#> SRR1320873 6 0.4854 0.7481 0.188 0.000 0.000 0.112 0.012 0.688
#> SRR1336379 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.4768 0.7036 0.000 0.000 0.004 0.168 0.140 0.688
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.3570 0.8017 0.064 0.000 0.000 0.144 0.000 0.792
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.3924 0.7728 0.000 0.000 0.032 0.116 0.056 0.796
#> SRR1324431 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR1386818 6 0.3867 0.1342 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR655684 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 6 0.4498 0.7151 0.028 0.000 0.000 0.060 0.180 0.732
#> SRR1455060 2 0.4765 0.8351 0.000 0.704 0.000 0.012 0.132 0.152
#> SRR1341008 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.4230 0.6417 0.000 0.000 0.004 0.224 0.716 0.056
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.3784 0.8020 0.080 0.000 0.000 0.144 0.000 0.776
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.3732 0.8021 0.076 0.000 0.000 0.144 0.000 0.780
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.5292 0.4082 0.636 0.000 0.000 0.068 0.040 0.256
#> SRR1385080 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.4129 0.8019 0.080 0.000 0.000 0.144 0.012 0.764
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.3714 0.8182 0.000 0.000 0.196 0.000 0.760 0.044
#> SRR818418 6 0.6139 0.4279 0.376 0.000 0.000 0.108 0.044 0.472
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1462 0.7852 0.000 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1079281 4 0.0665 0.9544 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR656493 3 0.4469 0.2761 0.000 0.000 0.504 0.000 0.028 0.468
#> SRR1328599 6 0.4056 0.7811 0.024 0.000 0.040 0.144 0.008 0.784
#> SRR655218 6 0.3784 0.8020 0.080 0.000 0.000 0.144 0.000 0.776
#> SRR1416754 1 0.6488 -0.1349 0.428 0.000 0.000 0.040 0.172 0.360
#> SRR1488562 6 0.3626 0.8020 0.068 0.000 0.000 0.144 0.000 0.788
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4531 0.2755 0.000 0.000 0.504 0.000 0.032 0.464
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.3756 0.6520 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.4004 0.7697 0.000 0.000 0.120 0.000 0.760 0.120
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1480 0.9378 0.000 0.940 0.000 0.000 0.040 0.020
#> SRR1085662 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0767 0.9624 0.012 0.000 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1499982 2 0.1723 0.9352 0.000 0.928 0.000 0.000 0.036 0.036
#> SRR1488715 1 0.5754 -0.1330 0.480 0.000 0.000 0.064 0.044 0.412
#> SRR597927 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.2119 0.9323 0.000 0.904 0.000 0.000 0.060 0.036
#> SRR600957 2 0.1225 0.9376 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1408113 5 0.3245 0.8233 0.000 0.000 0.228 0.000 0.764 0.008
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.7050 0.2148 0.000 0.000 0.444 0.100 0.248 0.208
#> SRR1432343 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.3756 0.6520 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1434271 2 0.2679 0.9237 0.000 0.864 0.000 0.000 0.096 0.040
#> SRR602365 3 0.1918 0.7629 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR612443 6 0.4067 0.7870 0.032 0.000 0.032 0.144 0.008 0.784
#> SRR1473936 5 0.5579 0.5987 0.000 0.000 0.192 0.000 0.544 0.264
#> SRR1455698 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1331335 1 0.0508 0.9028 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR659187 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.4735 0.5678 0.000 0.000 0.076 0.000 0.628 0.296
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0865 0.7913 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1411024 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.2462 0.7998 0.876 0.000 0.000 0.000 0.028 0.096
#> SRR657754 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.4145 0.6467 0.000 0.000 0.004 0.220 0.724 0.052
#> SRR1444460 1 0.5589 0.2433 0.576 0.000 0.000 0.068 0.044 0.312
#> SRR1333587 6 0.3493 0.7941 0.032 0.000 0.004 0.148 0.008 0.808
#> SRR1307770 2 0.2058 0.9329 0.000 0.908 0.000 0.000 0.056 0.036
#> SRR1339530 4 0.1410 0.9255 0.000 0.000 0.004 0.944 0.008 0.044
#> SRR1366433 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0777 0.8947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.4116 0.0486 0.012 0.000 0.000 0.572 0.000 0.416
#> SRR1348424 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.3298 0.8234 0.000 0.000 0.236 0.000 0.756 0.008
#> SRR1339549 4 0.2407 0.8703 0.000 0.000 0.004 0.892 0.056 0.048
#> SRR821434 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.3747 0.6582 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1078347 3 0.5262 0.2261 0.000 0.000 0.456 0.000 0.096 0.448
#> SRR1435293 1 0.5877 0.0771 0.520 0.000 0.000 0.084 0.044 0.352
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.3819 0.8085 0.000 0.000 0.172 0.000 0.764 0.064
#> SRR1499193 1 0.5922 -0.1602 0.464 0.000 0.000 0.080 0.044 0.412
#> SRR1467294 5 0.3314 0.8232 0.000 0.000 0.224 0.000 0.764 0.012
#> SRR1359649 6 0.3565 0.7266 0.000 0.000 0.016 0.056 0.112 0.816
#> SRR1335688 5 0.3890 0.6572 0.000 0.000 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1370129 3 0.0260 0.8142 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1416999 1 0.0405 0.9054 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 6 0.5837 0.2972 0.428 0.000 0.000 0.076 0.040 0.456
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0405 0.8132 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.1542 0.9182 0.000 0.000 0.004 0.936 0.008 0.052
#> SRR1487685 6 0.4064 0.7955 0.028 0.000 0.000 0.120 0.068 0.784
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.8165 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.3101 0.8207 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1409899 2 0.2679 0.9237 0.000 0.864 0.000 0.000 0.096 0.040
#> SRR1368964 3 0.1007 0.7833 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1334741 4 0.1578 0.9177 0.000 0.000 0.004 0.936 0.012 0.048
#> SRR656564 6 0.4127 0.8017 0.056 0.000 0.000 0.116 0.044 0.784
#> SRR608174 4 0.0363 0.9732 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0777 0.8947 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR661973 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.4654 0.8377 0.000 0.716 0.000 0.012 0.124 0.148
#> SRR613270 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.4371 0.8512 0.000 0.716 0.000 0.000 0.180 0.104
#> SRR1480365 1 0.0508 0.9028 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR602927 1 0.0000 0.9128 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.4474 0.8437 0.000 0.708 0.000 0.000 0.172 0.120
#> SRR1432275 6 0.5899 0.3971 0.388 0.000 0.000 0.080 0.044 0.488
#> SRR1475909 6 0.3323 0.7718 0.000 0.000 0.036 0.128 0.012 0.824
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.958 0.949 0.979 0.4998 0.500 0.500
#> 3 3 1.000 0.974 0.990 0.2540 0.785 0.605
#> 4 4 1.000 0.973 0.990 0.1584 0.867 0.660
#> 5 5 0.900 0.863 0.903 0.0745 0.921 0.721
#> 6 6 0.972 0.928 0.965 0.0425 0.959 0.814
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1085850 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR614814 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1077405 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1313951 2 0.9661 0.366 0.392 0.608
#> SRR1339218 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1417505 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.6712 0.778 0.824 0.176
#> SRR1457418 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1335254 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1352706 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1396595 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1340508 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1486560 2 0.6623 0.790 0.172 0.828
#> SRR1315761 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR598124 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1498640 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1467590 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1485542 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1388305 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR661325 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1439807 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.9358 0.451 0.648 0.352
#> SRR1394713 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.9710 0.346 0.600 0.400
#> SRR1500405 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR655649 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1437306 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR600608 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1334717 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1316815 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1072797 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1387178 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1339740 2 0.6973 0.765 0.188 0.812
#> SRR657348 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR662091 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR608662 1 0.1843 0.951 0.972 0.028
#> SRR1361567 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR819134 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1311400 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR817775 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR819946 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1343841 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR665563 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1487321 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1312428 1 0.7376 0.732 0.792 0.208
#> SRR657587 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1337412 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1466993 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1350456 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.2236 0.943 0.964 0.036
#> SRR1322270 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR600754 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR661133 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1357523 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1396640 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1454803 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1468381 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.9933 0.171 0.548 0.452
#> SRR1400375 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1085495 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR604026 1 0.9775 0.313 0.588 0.412
#> SRR1500868 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR660969 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1357189 2 0.5946 0.827 0.144 0.856
#> SRR1319837 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1440058 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1389979 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1315721 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR607337 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR614083 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.6712 0.784 0.176 0.824
#> SRR1359367 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1418992 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1418127 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1402900 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR664842 2 0.8713 0.594 0.292 0.708
#> SRR662342 1 0.0376 0.973 0.996 0.004
#> SRR665502 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR657891 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1401276 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1311575 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1077687 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR821602 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1329090 2 0.2043 0.950 0.032 0.968
#> SRR1317344 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR817978 2 0.9732 0.332 0.404 0.596
#> SRR1324371 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1474333 2 0.8499 0.618 0.276 0.724
#> SRR1321462 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1387264 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1468141 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR608002 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1360563 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1352975 2 0.7056 0.759 0.192 0.808
#> SRR1457221 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1315269 2 0.6973 0.765 0.188 0.812
#> SRR1435020 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1337564 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1315019 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1405485 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR812012 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1370619 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1469495 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1432123 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1099499 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR600560 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1487107 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1348159 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1356036 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR614443 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1314958 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1341702 1 0.9248 0.493 0.660 0.340
#> SRR1444678 2 0.9710 0.327 0.400 0.600
#> SRR1350107 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1342045 2 0.9710 0.327 0.400 0.600
#> SRR1467364 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1468955 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR660626 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR812436 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR660933 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR817686 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR612380 2 0.8081 0.674 0.248 0.752
#> SRR817905 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1337909 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1489155 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1396078 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1073143 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1444622 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1430288 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1323043 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1475022 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1336379 1 0.9970 0.112 0.532 0.468
#> SRR1325665 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1477634 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1444876 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR613354 2 0.7219 0.750 0.200 0.800
#> SRR1434782 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1324431 2 0.9170 0.513 0.332 0.668
#> SRR1442356 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1341008 2 0.2948 0.931 0.052 0.948
#> SRR1087031 2 0.1633 0.958 0.024 0.976
#> SRR1489177 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1440517 2 0.3431 0.919 0.064 0.936
#> SRR1320093 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR602516 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR604318 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1320280 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1082262 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1379238 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1316921 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1498272 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR814989 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR818418 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1474553 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.5178 0.855 0.884 0.116
#> SRR655218 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1416754 1 0.9710 0.346 0.600 0.400
#> SRR1488562 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR1084842 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1474065 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1415095 2 0.0376 0.976 0.004 0.996
#> SRR1499982 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1488715 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR597927 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.9635 0.359 0.612 0.388
#> SRR1459585 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.5519 0.840 0.872 0.128
#> SRR1473936 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR659187 2 0.7815 0.703 0.232 0.768
#> SRR1417912 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1316940 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR657635 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1469904 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1311794 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR657754 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1464451 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1444460 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1366433 2 0.6623 0.790 0.172 0.828
#> SRR1480479 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR598768 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1335400 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1418923 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR820133 1 0.2948 0.927 0.948 0.052
#> SRR1348424 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR821434 2 0.9087 0.529 0.324 0.676
#> SRR662546 1 0.9209 0.492 0.664 0.336
#> SRR1319816 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.9710 0.346 0.600 0.400
#> SRR1408208 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1499193 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1343197 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1334564 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1317877 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1455925 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.9775 0.292 0.588 0.412
#> SRR603397 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.6247 0.806 0.844 0.156
#> SRR608174 1 0.2603 0.935 0.956 0.044
#> SRR1320963 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR661973 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1480365 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR602927 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.0000 0.980 0.000 1.000
#> SRR1475909 1 0.0000 0.977 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR662725 1 0.5760 0.513 0.672 0.00 0.328
#> SRR1313951 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1417505 3 0.0237 0.982 0.004 0.00 0.996
#> SRR1407134 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1075898 3 0.0237 0.982 0.004 0.00 0.996
#> SRR1498482 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1348861 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1315761 3 0.2261 0.911 0.068 0.00 0.932
#> SRR1392637 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR601122 1 0.5397 0.615 0.720 0.00 0.280
#> SRR1397008 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1394713 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1467455 3 0.2448 0.900 0.076 0.00 0.924
#> SRR1444559 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1381543 3 0.1163 0.956 0.028 0.00 0.972
#> SRR1402513 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR661005 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR608662 3 0.5948 0.443 0.360 0.00 0.640
#> SRR1361567 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1312428 1 0.3752 0.811 0.856 0.00 0.144
#> SRR657587 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1474466 3 0.0237 0.982 0.004 0.00 0.996
#> SRR1466993 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1358102 3 0.4555 0.736 0.200 0.00 0.800
#> SRR1455171 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR660733 3 0.5216 0.649 0.260 0.00 0.740
#> SRR817758 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1330675 3 0.1529 0.943 0.040 0.00 0.960
#> SRR1433644 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1375635 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1434138 3 0.0237 0.982 0.004 0.00 0.996
#> SRR1456950 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1476279 3 0.1031 0.961 0.024 0.00 0.976
#> SRR627429 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1391879 3 0.2165 0.916 0.064 0.00 0.936
#> SRR1418992 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1335707 3 0.1753 0.934 0.048 0.00 0.952
#> SRR1401276 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1471922 3 0.0237 0.982 0.004 0.00 0.996
#> SRR1077687 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1321462 1 0.4887 0.695 0.772 0.00 0.228
#> SRR1387264 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR600385 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR817905 1 0.0592 0.975 0.988 0.00 0.012
#> SRR1337909 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1470902 3 0.3038 0.867 0.104 0.00 0.896
#> SRR1362777 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1413522 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR613354 1 0.0424 0.979 0.992 0.00 0.008
#> SRR1434782 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1386818 2 0.6244 0.216 0.440 0.56 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1397073 3 0.6079 0.371 0.388 0.00 0.612
#> SRR1455060 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1385080 1 0.5291 0.635 0.732 0.00 0.268
#> SRR1316921 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1079281 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1328599 3 0.4504 0.739 0.196 0.00 0.804
#> SRR655218 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1416754 1 0.4654 0.722 0.792 0.00 0.208
#> SRR1488562 1 0.4235 0.767 0.824 0.00 0.176
#> SRR1084842 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1085662 3 0.1529 0.943 0.040 0.00 0.960
#> SRR1415095 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR612443 3 0.5291 0.633 0.268 0.00 0.732
#> SRR1473936 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1339530 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1480479 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR820133 3 0.5560 0.577 0.300 0.00 0.700
#> SRR1348424 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR602622 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1487685 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
#> SRR656564 1 0.6140 0.321 0.596 0.00 0.404
#> SRR608174 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.995 0.000 1.00 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.988 1.000 0.00 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.985 0.000 0.00 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.1637 0.9306 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348861 3 0.3726 0.7272 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.4661 0.4679 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.0336 0.9704 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR657731 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661005 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.5000 0.0127 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.3528 0.7518 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.3837 0.7106 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR817758 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0336 0.9705 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.3907 0.6940 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.4925 0.2533 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.1792 0.9009 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1335707 3 0.3610 0.7434 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 3 0.4406 0.5692 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1320916 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600385 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 3 0.1118 0.9457 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.3801 0.7145 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444876 3 0.3649 0.7395 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0592 0.9736 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4072 0.6608 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.4855 0.3437 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489177 3 0.3649 0.7395 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.1022 0.9495 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.3528 0.7501 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1488562 1 0.3528 0.7529 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.0336 0.9704 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.0707 0.9626 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.4730 0.4297 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820133 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.4454 0.5472 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.9791 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9911 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.9838 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1330061 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR662725 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.4161 0.3441 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1359673 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1436966 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR614802 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1440699 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1083100 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1348861 5 0.5836 0.6872 0.000 0.000 0.216 0.176 0.608
#> SRR1072367 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1470212 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR615141 5 0.4192 0.2988 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR601122 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1358561 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.4235 0.2503 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR661325 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.4517 0.3400 0.000 0.000 0.012 0.388 0.600
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.4182 0.8387 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.3586 0.6184 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1500405 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1444559 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0162 0.9770 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR657731 5 0.4283 0.7515 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR661005 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.4436 0.3210 0.000 0.000 0.008 0.396 0.596
#> SRR1082759 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR612455 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR608598 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.4533 0.1369 0.448 0.000 0.544 0.000 0.008
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR661433 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1319539 5 0.4171 0.8434 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 5 0.4201 0.2620 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR657587 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.4059 0.7155 0.776 0.000 0.052 0.000 0.172
#> SRR1455171 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.5606 0.5421 0.104 0.000 0.600 0.000 0.296
#> SRR817758 3 0.4074 -0.2792 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR821019 3 0.0290 0.8410 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR604074 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR820209 3 0.0609 0.8330 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.4425 0.3296 0.000 0.000 0.008 0.392 0.600
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.4305 0.4925 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1421093 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1085782 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.4494 0.3560 0.000 0.000 0.012 0.380 0.608
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.4849 0.4030 0.000 0.000 0.032 0.360 0.608
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.3210 0.7769 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.4310 0.5849 0.604 0.000 0.004 0.000 0.392
#> SRR1491311 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0290 0.8410 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR607337 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR614083 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR816721 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR664842 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.3196 0.7471 0.000 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR665502 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR657891 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 5 0.4436 0.3210 0.000 0.000 0.008 0.396 0.596
#> SRR1335707 5 0.5831 0.6381 0.172 0.000 0.220 0.000 0.608
#> SRR1401276 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR627421 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661995 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR608718 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0290 0.8369 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR664048 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500998 5 0.5836 0.6872 0.000 0.000 0.216 0.176 0.608
#> SRR1320916 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1472150 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604050 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR600385 3 0.4227 -0.4722 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1430248 3 0.1608 0.7908 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1352975 1 0.0703 0.9269 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1457221 5 0.4219 0.8156 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR807591 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR660895 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.4235 0.2191 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR613114 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.4161 0.3094 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1315269 1 0.0609 0.9304 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1370173 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1408327 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1378841 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1375616 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4235 0.2184 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1468974 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1470111 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR614443 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.4161 0.3441 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.0000 0.4406 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR820078 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1443612 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.4651 0.8259 0.020 0.000 0.372 0.000 0.608
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR662570 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.5836 0.6872 0.000 0.000 0.216 0.176 0.608
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.4302 0.7053 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR615467 3 0.2516 0.5872 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR660638 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1360383 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1354577 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR608230 3 0.2280 0.7520 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1320873 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 5 0.5847 0.6756 0.000 0.000 0.204 0.188 0.608
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.6137 0.3511 0.476 0.000 0.132 0.000 0.392
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4415 0.5867 0.604 0.008 0.000 0.000 0.388
#> SRR655684 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.4599 0.3255 0.384 0.000 0.016 0.000 0.600
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.5816 0.6978 0.000 0.000 0.228 0.164 0.608
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.4310 0.5849 0.604 0.000 0.004 0.000 0.392
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.4171 0.8434 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR818418 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR655218 1 0.4161 0.5906 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1416754 5 0.4464 0.2643 0.408 0.000 0.008 0.000 0.584
#> SRR1488562 3 0.5484 0.5113 0.068 0.000 0.540 0.000 0.392
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0162 0.9770 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1473936 5 0.4278 0.7582 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1455698 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.4576 0.3658 0.000 0.000 0.016 0.376 0.608
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 4 0.0290 0.9749 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348424 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1339549 5 0.4415 0.1985 0.000 0.000 0.004 0.444 0.552
#> SRR821434 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1078347 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.4161 0.3441 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1359649 5 0.0510 0.4573 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1335688 5 0.4219 0.8156 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1370129 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.4283 0.7512 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.4161 0.8478 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.8471 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 5 0.4287 0.1499 0.000 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR656564 1 0.4552 0.0964 0.524 0.000 0.008 0.000 0.468
#> SRR608174 4 0.0000 0.9817 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9974 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.4161 0.5703 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0363 0.9710 0.988 0.0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1077405 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1330061 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.4334 0.2870 0.568 0.0 0.000 0.000 0.408 0.024
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.2883 0.6897 0.000 0.0 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1436966 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.2793 0.7648 0.000 0.0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1083100 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1348861 5 0.0717 0.8795 0.000 0.0 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR615141 5 0.3330 0.6236 0.000 0.0 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1358561 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1498640 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1429957 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.1088 0.9567 0.960 0.0 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR659121 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.3756 0.3983 0.000 0.0 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.1327 0.8445 0.000 0.0 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.2996 0.7367 0.000 0.0 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.3483 0.7167 0.764 0.0 0.000 0.000 0.212 0.024
#> SRR1500405 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1444559 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0260 0.9568 0.000 0.0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0458 0.9767 0.000 0.0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR657731 3 0.1610 0.8752 0.000 0.0 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR661005 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.2912 0.7112 0.000 0.0 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1082759 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR612455 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR660498 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.8688 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.4937 0.0577 0.452 0.0 0.500 0.000 0.024 0.024
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR661433 5 0.2762 0.7682 0.000 0.0 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1319539 5 0.2969 0.7417 0.000 0.0 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.3592 0.4849 0.000 0.0 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1487321 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1312428 5 0.4167 0.4291 0.344 0.0 0.000 0.000 0.632 0.024
#> SRR657587 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.4998 0.6064 0.680 0.0 0.092 0.000 0.204 0.024
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.5626 0.4073 0.096 0.0 0.328 0.000 0.024 0.552
#> SRR817758 3 0.1444 0.8963 0.000 0.0 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.2219 0.8067 0.000 0.0 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR820209 3 0.2912 0.7066 0.000 0.0 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.0865 0.8622 0.000 0.0 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0632 0.9649 0.976 0.0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1334847 6 0.0725 0.9548 0.000 0.0 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1421093 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0146 0.9605 0.000 0.0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.0632 0.8679 0.000 0.0 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0632 0.8679 0.000 0.0 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1500868 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 6 0.2823 0.7447 0.204 0.0 0.000 0.000 0.000 0.796
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.2823 0.7612 0.000 0.0 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0632 0.9649 0.976 0.0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR607337 1 0.0547 0.9670 0.980 0.0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.2697 0.7383 0.000 0.0 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.2793 0.7193 0.000 0.0 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1441701 3 0.0146 0.9605 0.000 0.0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR614083 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.2793 0.7650 0.000 0.0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0547 0.9670 0.980 0.0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR664842 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.2793 0.7198 0.000 0.8 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR665502 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR657891 1 0.0632 0.9649 0.976 0.0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1421305 5 0.3076 0.6854 0.000 0.0 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1335707 5 0.0260 0.8653 0.000 0.0 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1401276 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR627421 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.1327 0.8636 0.000 0.0 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0363 0.9534 0.000 0.0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500998 5 0.0717 0.8795 0.000 0.0 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1320916 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1472150 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR600385 3 0.3670 0.5779 0.000 0.0 0.704 0.000 0.284 0.012
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1457221 5 0.3101 0.6739 0.000 0.0 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 5 0.3847 0.2486 0.000 0.0 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR613114 3 0.0260 0.9568 0.000 0.0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR608368 4 0.3756 0.2431 0.000 0.0 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1315269 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1370173 3 0.3774 0.2081 0.000 0.0 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1408327 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1405485 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR812012 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1378841 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1375616 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 5 0.3868 0.1195 0.000 0.0 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1468974 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1470111 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.2941 0.7459 0.000 0.0 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR614443 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1341702 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1444678 1 0.3789 0.6402 0.716 0.0 0.000 0.000 0.260 0.024
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.2178 0.8498 0.000 0.0 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.8688 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.0632 0.9459 0.000 0.0 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR612380 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR661723 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.0632 0.8560 0.000 0.0 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.0717 0.8795 0.000 0.0 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.3175 0.6548 0.000 0.0 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR615467 3 0.0363 0.9527 0.000 0.0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR660638 6 0.0713 0.9568 0.000 0.0 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1360383 5 0.0000 0.8688 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354577 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR608230 3 0.0146 0.9597 0.000 0.0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1320873 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 5 0.0717 0.8795 0.000 0.0 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.0692 0.9613 0.020 0.0 0.004 0.000 0.000 0.976
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR655684 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.2980 0.6642 0.192 0.0 0.000 0.000 0.800 0.008
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.0717 0.8795 0.000 0.0 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.3101 0.7158 0.000 0.0 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR818418 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR655218 6 0.0632 0.9609 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1416754 5 0.4263 0.3499 0.376 0.0 0.000 0.000 0.600 0.024
#> SRR1488562 6 0.0692 0.9613 0.020 0.0 0.004 0.000 0.000 0.976
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.2793 0.7648 0.000 0.0 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.8688 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0458 0.9767 0.000 0.0 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR597927 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.2883 0.7537 0.000 0.0 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.2762 0.7682 0.000 0.0 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1473936 5 0.2969 0.7014 0.000 0.0 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1455698 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1331335 1 0.0547 0.9670 0.980 0.0 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR659187 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.0790 0.8803 0.000 0.0 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0146 0.9605 0.000 0.0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.0632 0.8679 0.000 0.0 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1444460 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1333587 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.1088 0.9567 0.960 0.0 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.0632 0.9692 0.000 0.0 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1339549 5 0.3789 0.3594 0.000 0.0 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.1327 0.8636 0.000 0.0 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.4334 0.2870 0.568 0.0 0.000 0.000 0.408 0.024
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1499193 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1467294 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1359649 5 0.1531 0.8442 0.000 0.0 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1335688 5 0.3126 0.6791 0.000 0.0 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0146 0.9605 0.000 0.0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.3394 0.6828 0.000 0.0 0.200 0.000 0.776 0.024
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9637 0.000 0.0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0632 0.8834 0.000 0.0 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0260 0.9568 0.000 0.0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334741 5 0.3789 0.3594 0.000 0.0 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR656564 5 0.4405 0.0389 0.472 0.0 0.000 0.000 0.504 0.024
#> SRR608174 4 0.0000 0.9925 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0632 0.9649 0.976 0.0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR661973 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0632 0.9649 0.976 0.0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR602927 1 0.0000 0.9767 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9970 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1261 0.9520 0.952 0.0 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1475909 6 0.0632 0.9593 0.000 0.0 0.024 0.000 0.000 0.976
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.2772 0.725 0.725
#> 3 3 0.911 0.921 0.967 1.2406 0.656 0.525
#> 4 4 0.973 0.947 0.978 0.1890 0.833 0.587
#> 5 5 0.827 0.718 0.838 0.0656 0.952 0.822
#> 6 6 0.829 0.747 0.880 0.0477 0.885 0.548
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612455 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819946 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR665563 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604026 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662342 1 0.997 0.120 0.532 0.468
#> SRR665502 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1414684 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469495 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817686 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333694 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.680 0.780 0.820 0.180
#> SRR598768 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319816 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660661 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615731 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390516 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR598533 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 1 0.5291 0.6638 0.732 0.000 0.268
#> SRR1313951 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.4121 0.7957 0.832 0.000 0.168
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.3941 0.7890 0.156 0.000 0.844
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.4291 0.7591 0.180 0.000 0.820
#> SRR1348861 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0592 0.9336 0.988 0.000 0.012
#> SRR1315761 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1392637 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 3 0.2356 0.8900 0.072 0.000 0.928
#> SRR601122 1 0.4291 0.7818 0.820 0.000 0.180
#> SRR1397008 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.4121 0.7958 0.832 0.000 0.168
#> SRR1330656 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 1 0.0424 0.9365 0.992 0.000 0.008
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.2625 0.8755 0.916 0.000 0.084
#> SRR1394713 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.6309 0.0243 0.504 0.000 0.496
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 1 0.4931 0.7156 0.768 0.000 0.232
#> SRR600608 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.5098 0.6401 0.248 0.000 0.752
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR608598 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 1 0.6260 0.2828 0.552 0.000 0.448
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0237 0.9394 0.996 0.000 0.004
#> SRR817758 3 0.6252 0.1647 0.444 0.000 0.556
#> SRR821019 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330675 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 1 0.4178 0.7912 0.828 0.000 0.172
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.1163 0.9400 0.028 0.000 0.972
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 1 0.6045 0.4617 0.620 0.000 0.380
#> SRR661133 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434138 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1456950 1 0.1031 0.9244 0.976 0.000 0.024
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.4750 0.7368 0.784 0.000 0.216
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.3551 0.8311 0.868 0.000 0.132
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.5098 0.6655 0.248 0.000 0.752
#> SRR664842 1 0.2356 0.8856 0.928 0.000 0.072
#> SRR662342 3 0.5621 0.5518 0.000 0.308 0.692
#> SRR665502 3 0.3816 0.7988 0.148 0.000 0.852
#> SRR657891 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 1 0.4555 0.7497 0.800 0.000 0.200
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 3 0.5497 0.5804 0.292 0.000 0.708
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0747 0.9306 0.984 0.000 0.016
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 3 0.5785 0.5090 0.332 0.000 0.668
#> SRR600385 1 0.0237 0.9394 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 1 0.6299 0.1930 0.524 0.000 0.476
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.3941 0.8079 0.844 0.000 0.156
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.4399 0.7478 0.188 0.000 0.812
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.4750 0.7368 0.784 0.000 0.216
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.4796 0.6924 0.220 0.000 0.780
#> SRR1359388 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429162 3 0.4605 0.7269 0.204 0.000 0.796
#> SRR612380 1 0.2448 0.8822 0.924 0.000 0.076
#> SRR817905 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 1 0.5465 0.6265 0.712 0.000 0.288
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.2448 0.8861 0.076 0.000 0.924
#> SRR1360383 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.1860 0.9021 0.948 0.000 0.052
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.5948 0.5045 0.640 0.000 0.360
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079281 3 0.0592 0.9569 0.012 0.000 0.988
#> SRR656493 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328599 3 0.5968 0.4386 0.364 0.000 0.636
#> SRR655218 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.1411 0.9129 0.964 0.000 0.036
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0237 0.9651 0.004 0.000 0.996
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1415095 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 1 0.2261 0.8889 0.932 0.000 0.068
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR612443 3 0.5988 0.4296 0.368 0.000 0.632
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.2448 0.8822 0.924 0.000 0.076
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.5098 0.6635 0.248 0.000 0.752
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.0592 0.9570 0.012 0.000 0.988
#> SRR1366433 1 0.0424 0.9365 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480479 1 0.5988 0.4887 0.632 0.000 0.368
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 3 0.6225 0.2183 0.432 0.000 0.568
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 1 0.2711 0.8721 0.912 0.000 0.088
#> SRR662546 1 0.2261 0.8889 0.932 0.000 0.068
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 1 0.2165 0.8921 0.936 0.000 0.064
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.4178 0.7914 0.828 0.000 0.172
#> SRR603397 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 1 0.4178 0.7912 0.828 0.000 0.172
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9422 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.9692 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1407134 4 0.3610 0.74943 0.200 0.0 0.000 0.800
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1075898 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0469 0.97666 0.000 0.0 0.988 0.012
#> SRR1440699 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.4543 0.52911 0.000 0.0 0.324 0.676
#> SRR1348861 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1390601 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR615141 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.1637 0.93417 0.000 0.0 0.940 0.060
#> SRR1358561 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.4564 0.51369 0.672 0.0 0.000 0.328
#> SRR1429957 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1452292 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1388305 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0817 0.96923 0.000 0.0 0.976 0.024
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.3764 0.71586 0.784 0.0 0.000 0.216
#> SRR1500405 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.4998 0.06503 0.000 0.0 0.488 0.512
#> SRR1444559 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1381543 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR661005 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.2469 0.86116 0.892 0.0 0.000 0.108
#> SRR657348 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662091 4 0.3569 0.75495 0.196 0.0 0.000 0.804
#> SRR608598 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4985 0.11158 0.532 0.0 0.000 0.468
#> SRR1361567 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1319539 3 0.0817 0.96926 0.000 0.0 0.976 0.024
#> SRR1343841 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.4888 0.29902 0.588 0.0 0.000 0.412
#> SRR657587 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.1389 0.94645 0.000 0.0 0.952 0.048
#> SRR1474466 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.4040 0.67774 0.248 0.0 0.000 0.752
#> SRR1455171 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.3610 0.74943 0.200 0.0 0.000 0.800
#> SRR817758 4 0.3569 0.75497 0.196 0.0 0.000 0.804
#> SRR821019 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.4817 0.37955 0.000 0.0 0.388 0.612
#> SRR604074 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.5000 0.00231 0.000 0.0 0.504 0.496
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0336 0.94984 0.008 0.0 0.000 0.992
#> SRR1350456 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1421093 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0188 0.96779 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR614083 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.1474 0.94256 0.000 0.0 0.948 0.052
#> SRR664842 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662342 3 0.5487 0.30957 0.000 0.4 0.580 0.020
#> SRR665502 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1335707 4 0.3610 0.74943 0.200 0.0 0.000 0.800
#> SRR1401276 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1472150 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1329090 1 0.1022 0.94225 0.968 0.0 0.000 0.032
#> SRR1317344 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.4543 0.52197 0.676 0.0 0.000 0.324
#> SRR1321462 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR600385 4 0.7397 0.38747 0.200 0.0 0.292 0.508
#> SRR1430248 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0921 0.94601 0.972 0.0 0.000 0.028
#> SRR1457221 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.2149 0.90282 0.000 0.0 0.912 0.088
#> SRR660895 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0188 0.96776 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR1435020 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0592 0.97443 0.000 0.0 0.984 0.016
#> SRR1370173 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0336 0.95017 0.008 0.0 0.000 0.992
#> SRR1469495 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1375616 3 0.0188 0.98086 0.000 0.0 0.996 0.004
#> SRR1381566 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1470111 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.4776 0.39833 0.624 0.0 0.000 0.376
#> SRR1444678 1 0.3528 0.75155 0.808 0.0 0.000 0.192
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0921 0.94619 0.972 0.0 0.000 0.028
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.3279 0.85176 0.096 0.0 0.032 0.872
#> SRR1359388 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR612380 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1443612 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.3610 0.74943 0.200 0.0 0.000 0.800
#> SRR1073143 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.4564 0.51369 0.672 0.0 0.000 0.328
#> SRR1323043 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR615467 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1360383 4 0.2469 0.85369 0.000 0.0 0.108 0.892
#> SRR1354577 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR608230 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1444876 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.3975 0.67314 0.760 0.0 0.240 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.1022 0.96255 0.000 0.0 0.968 0.032
#> SRR1324431 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.3873 0.70707 0.228 0.0 0.000 0.772
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.4522 0.53026 0.680 0.0 0.000 0.320
#> SRR1474553 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR655218 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.4543 0.52201 0.676 0.0 0.000 0.324
#> SRR1488562 1 0.0336 0.96322 0.992 0.0 0.008 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.2973 0.81503 0.000 0.0 0.144 0.856
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1473936 3 0.0188 0.98086 0.000 0.0 0.996 0.004
#> SRR1455698 4 0.1389 0.91376 0.000 0.0 0.048 0.952
#> SRR1331335 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.2216 0.89784 0.000 0.0 0.908 0.092
#> SRR1500753 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.2760 0.85200 0.000 0.0 0.872 0.128
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR820133 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1339549 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.4605 0.49577 0.664 0.0 0.000 0.336
#> SRR1408208 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0469 0.97666 0.000 0.0 0.988 0.012
#> SRR1499193 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.4661 0.45576 0.000 0.0 0.652 0.348
#> SRR1335688 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1416999 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1487685 4 0.3610 0.74943 0.200 0.0 0.000 0.800
#> SRR1455925 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.98287 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR656564 4 0.4955 0.20336 0.444 0.0 0.000 0.556
#> SRR608174 4 0.0000 0.95718 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.97122 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0707 0.97215 0.000 0.0 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.2890 0.75036 0.000 0.000 0.836 0.160 0.004
#> SRR1333930 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.2690 0.78714 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1379450 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.3452 0.72538 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1077405 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1330061 4 0.0880 0.50277 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR662725 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1313951 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1339218 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1417505 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1407134 5 0.5187 0.20865 0.084 0.000 0.000 0.260 0.656
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1075898 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1498482 3 0.3535 0.74812 0.000 0.000 0.808 0.164 0.028
#> SRR1359673 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1352706 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1436966 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR614802 1 0.0162 0.86713 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388979 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1396595 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.4313 0.35519 0.000 0.000 0.636 0.008 0.356
#> SRR1440699 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1083100 5 0.3134 0.53714 0.000 0.000 0.032 0.120 0.848
#> SRR1348861 4 0.0609 0.51364 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1072367 3 0.1478 0.73460 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1468403 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.5014 0.69771 0.000 0.000 0.592 0.368 0.040
#> SRR1390601 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1315761 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1392637 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR810957 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0794 0.50661 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1470212 3 0.0510 0.74765 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1433971 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.5569 0.68069 0.000 0.000 0.556 0.364 0.080
#> SRR615141 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601122 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1397008 3 0.6127 0.58413 0.000 0.000 0.456 0.416 0.128
#> SRR1358561 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1498640 5 0.3098 0.63350 0.148 0.000 0.000 0.016 0.836
#> SRR1429957 3 0.5118 0.66623 0.000 0.000 0.548 0.412 0.040
#> SRR1452292 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.1270 0.73308 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.3336 0.73981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR659121 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1330656 3 0.6157 0.64456 0.000 0.000 0.496 0.364 0.140
#> SRR1388305 1 0.3305 0.74001 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0162 0.75099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311086 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661325 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1439807 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1394713 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.6132 0.56279 0.000 0.000 0.444 0.428 0.128
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.3790 0.68700 0.724 0.000 0.000 0.004 0.272
#> SRR1500405 4 0.0609 0.51364 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1354446 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 5 0.1830 0.54111 0.000 0.000 0.040 0.028 0.932
#> SRR1444559 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1381543 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.5309 0.69342 0.000 0.000 0.576 0.364 0.060
#> SRR660007 3 0.5002 0.71798 0.000 0.000 0.636 0.312 0.052
#> SRR655649 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1437306 5 0.4283 -0.43342 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR657731 3 0.4341 0.70880 0.000 0.000 0.628 0.364 0.008
#> SRR661005 4 0.2763 0.36388 0.000 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR600608 1 0.0290 0.86594 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR655923 3 0.0290 0.75212 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334717 5 0.2074 0.64985 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0963 0.85365 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1072797 1 0.3876 0.41818 0.684 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR612455 3 0.4763 0.72915 0.000 0.000 0.712 0.212 0.076
#> SRR818210 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.1671 0.73547 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1387178 1 0.3636 0.69177 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR660498 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR657325 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.4425 -0.00395 0.452 0.000 0.004 0.000 0.544
#> SRR657348 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR662091 4 0.4941 -0.06043 0.044 0.000 0.000 0.628 0.328
#> SRR608598 3 0.0162 0.75200 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663320 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4841 0.35140 0.560 0.000 0.000 0.024 0.416
#> SRR1361567 1 0.3074 0.76239 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR819134 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0162 0.52599 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661433 3 0.4822 0.70692 0.000 0.000 0.616 0.352 0.032
#> SRR1453341 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1319539 3 0.5966 0.58212 0.000 0.000 0.460 0.432 0.108
#> SRR1343841 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0162 0.52599 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487321 1 0.3424 0.72948 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1312428 1 0.4229 0.65865 0.704 0.000 0.000 0.020 0.276
#> SRR657587 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1337412 3 0.6118 0.60179 0.000 0.000 0.468 0.404 0.128
#> SRR1474466 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1466993 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.6343 0.10779 0.492 0.000 0.000 0.176 0.332
#> SRR1455171 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 5 0.1830 0.53932 0.012 0.000 0.004 0.052 0.932
#> SRR817758 4 0.4880 -0.10803 0.036 0.000 0.000 0.616 0.348
#> SRR821019 3 0.0162 0.75099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330675 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.5260 -0.15223 0.000 0.000 0.264 0.648 0.088
#> SRR604074 3 0.1270 0.73308 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3628 0.74367 0.000 0.000 0.772 0.216 0.012
#> SRR820209 3 0.6756 -0.14359 0.000 0.000 0.372 0.264 0.364
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4126 0.70218 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1350456 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.3636 0.69177 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1334847 4 0.6684 -0.37321 0.000 0.000 0.236 0.392 0.372
#> SRR1421093 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1085782 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0162 0.75200 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375635 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR661133 1 0.3636 0.69177 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1357523 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.3395 0.73326 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1454803 1 0.2179 0.81617 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1468381 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1456950 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1085495 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.3661 0.68614 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1500868 1 0.3424 0.72948 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1476279 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR627429 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 5 0.3814 0.52948 0.276 0.000 0.004 0.000 0.720
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1319837 5 0.2286 0.65507 0.108 0.000 0.004 0.000 0.888
#> SRR1491311 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.5707 0.67440 0.000 0.000 0.544 0.364 0.092
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.1270 0.73308 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1440058 1 0.3366 0.73681 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1389979 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 5 0.4060 0.29126 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR607337 1 0.3366 0.73681 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.3561 0.53538 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.2280 0.69704 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1441701 3 0.0162 0.75200 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368772 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 5 0.1965 0.64967 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR614083 3 0.3966 0.39104 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1310623 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.4141 0.73620 0.000 0.000 0.728 0.248 0.024
#> SRR816721 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1418992 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.3305 0.74299 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1402900 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 5 0.2124 0.52915 0.000 0.000 0.056 0.028 0.916
#> SRR664842 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR662342 2 0.7294 -0.17215 0.000 0.392 0.212 0.364 0.032
#> SRR665502 3 0.4015 0.37476 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR657891 1 0.4030 0.54321 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1421305 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335707 4 0.5422 -0.12078 0.088 0.000 0.000 0.616 0.296
#> SRR1401276 5 0.4278 0.01120 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR627421 1 0.3612 0.69789 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1311575 1 0.3366 0.73681 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1475675 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661995 5 0.4114 0.24488 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1471922 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1077687 5 0.3636 0.54340 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR821602 3 0.5418 0.68699 0.000 0.000 0.568 0.364 0.068
#> SRR608718 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1437555 1 0.1043 0.85195 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR810571 3 0.0404 0.75265 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR664048 3 0.1270 0.73308 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1500998 4 0.0162 0.52599 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320916 5 0.6128 0.13367 0.000 0.000 0.252 0.188 0.560
#> SRR1472150 3 0.5418 0.68699 0.000 0.000 0.568 0.364 0.068
#> SRR1329090 1 0.3796 0.65064 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1317344 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1324371 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.4823 0.46685 0.316 0.000 0.000 0.040 0.644
#> SRR1321462 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1387264 1 0.3305 0.74318 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1468141 3 0.2852 0.74971 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0290 0.75240 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR604050 3 0.4389 0.32406 0.004 0.000 0.624 0.004 0.368
#> SRR600385 4 0.7158 -0.24160 0.044 0.000 0.152 0.444 0.360
#> SRR1430248 3 0.1908 0.71188 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1352975 1 0.3508 0.71661 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1457221 3 0.4848 0.66679 0.000 0.000 0.556 0.420 0.024
#> SRR807591 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.5026 0.69560 0.000 0.000 0.588 0.372 0.040
#> SRR660895 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0880 0.74216 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336006 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613114 3 0.0290 0.75240 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR608368 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.3561 0.70752 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1435020 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1370173 3 0.3929 0.74247 0.000 0.000 0.764 0.208 0.028
#> SRR1408327 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1405485 1 0.3534 0.71216 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR812012 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4225 0.71598 0.004 0.000 0.000 0.632 0.364
#> SRR1469495 3 0.4862 0.70197 0.000 0.000 0.604 0.364 0.032
#> SRR1378841 3 0.5418 0.68699 0.000 0.000 0.568 0.364 0.068
#> SRR1375616 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1381566 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1432123 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1099499 1 0.0290 0.86583 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659331 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0510 0.53601 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468974 3 0.5520 0.68617 0.000 0.000 0.560 0.364 0.076
#> SRR1470111 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1079168 3 0.0162 0.75200 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338584 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.1270 0.73308 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR662871 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.5418 0.68699 0.000 0.000 0.568 0.364 0.068
#> SRR1487107 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1348159 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 5 0.1792 0.64691 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR614443 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.3366 0.73681 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1341702 1 0.4227 0.64168 0.692 0.000 0.000 0.016 0.292
#> SRR1444678 1 0.3636 0.69177 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.3636 0.69177 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.3039 0.61686 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1468955 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1341 0.73845 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR660933 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.4289 0.23377 0.024 0.000 0.020 0.764 0.192
#> SRR1359388 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR817686 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.4798 0.31636 0.000 0.000 0.024 0.396 0.580
#> SRR612380 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR817905 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1337909 1 0.3424 0.72948 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR661723 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.3395 0.73328 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1489155 3 0.5874 0.66662 0.000 0.000 0.528 0.364 0.108
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.1965 0.71617 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR820078 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0162 0.75200 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR820468 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1396078 3 0.5759 0.65334 0.000 0.000 0.520 0.388 0.092
#> SRR1443612 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1362777 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.5271 -0.09793 0.076 0.000 0.000 0.628 0.296
#> SRR1073143 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.5579 0.67691 0.000 0.000 0.552 0.368 0.080
#> SRR662570 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.2825 0.63789 0.124 0.000 0.000 0.016 0.860
#> SRR1323043 1 0.0963 0.85365 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1475022 4 0.0162 0.52599 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.1270 0.73308 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR603596 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4659 -0.58982 0.000 0.000 0.488 0.500 0.012
#> SRR615467 3 0.0794 0.75144 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR660638 3 0.4015 0.37476 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1360383 4 0.4786 -0.00591 0.000 0.000 0.040 0.652 0.308
#> SRR1354577 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR608230 3 0.1544 0.72753 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1320873 5 0.4287 -0.01495 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1336379 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1477634 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1444876 4 0.2732 0.60321 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1101421 1 0.0162 0.86735 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613354 5 0.1502 0.62659 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.6030 0.58972 0.000 0.000 0.464 0.420 0.116
#> SRR1324431 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4161 0.22943 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR655684 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.5814 -0.18718 0.128 0.000 0.000 0.584 0.288
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1087031 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1489177 4 0.0404 0.51914 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1350525 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 5 0.1892 0.64547 0.080 0.000 0.004 0.000 0.916
#> SRR1320093 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 5 0.0963 0.60399 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1320280 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0162 0.86731 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379238 1 0.3366 0.73681 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1385080 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1316921 5 0.2230 0.65158 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.5252 0.69359 0.000 0.000 0.580 0.364 0.056
#> SRR818418 5 0.4734 0.34959 0.372 0.000 0.000 0.024 0.604
#> SRR1474553 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0880 0.74216 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1079281 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR656493 3 0.5142 0.72017 0.000 0.000 0.668 0.244 0.088
#> SRR1328599 5 0.4141 0.32527 0.000 0.000 0.236 0.028 0.736
#> SRR655218 5 0.2124 0.64830 0.096 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR1416754 1 0.6744 -0.05896 0.404 0.000 0.000 0.324 0.272
#> SRR1488562 5 0.4446 0.16529 0.400 0.000 0.008 0.000 0.592
#> SRR1084842 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2416 0.72048 0.000 0.000 0.888 0.012 0.100
#> SRR1468514 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.4671 0.71453 0.000 0.000 0.640 0.332 0.028
#> SRR1481216 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.4315 0.26326 0.004 0.000 0.068 0.772 0.156
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1415095 4 0.4302 0.54793 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.3636 0.69177 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR597927 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.5569 0.68446 0.000 0.000 0.556 0.364 0.080
#> SRR1490019 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0671 0.51377 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1432343 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1459585 3 0.4223 0.73539 0.000 0.000 0.724 0.248 0.028
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0880 0.74216 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR612443 5 0.4347 0.33193 0.004 0.000 0.232 0.032 0.732
#> SRR1473936 3 0.5068 0.69775 0.000 0.000 0.592 0.364 0.044
#> SRR1455698 4 0.1830 0.46487 0.000 0.000 0.028 0.932 0.040
#> SRR1331335 1 0.3336 0.73981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR659187 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1417912 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.5959 0.60138 0.000 0.000 0.472 0.420 0.108
#> SRR1500753 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.3003 0.76544 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR615934 3 0.0162 0.75200 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1411024 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1469904 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.1121 0.85025 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR657754 1 0.0162 0.86713 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464451 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.3586 0.70251 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1333587 5 0.1750 0.54341 0.000 0.000 0.036 0.028 0.936
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1480479 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1470175 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.3336 0.73981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1335400 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR820133 4 0.4088 0.71714 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1348424 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.5418 0.68699 0.000 0.000 0.568 0.364 0.068
#> SRR1339549 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821434 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR662546 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1319816 3 0.4104 0.74007 0.000 0.000 0.748 0.220 0.032
#> SRR1078347 3 0.1851 0.72843 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1435293 1 0.4599 0.63225 0.688 0.000 0.000 0.040 0.272
#> SRR1408208 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.5309 0.69151 0.000 0.000 0.576 0.364 0.060
#> SRR1499193 1 0.3612 0.69730 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1467294 3 0.5309 0.69154 0.000 0.000 0.576 0.364 0.060
#> SRR1359649 5 0.5151 0.27653 0.000 0.000 0.044 0.396 0.560
#> SRR1335688 3 0.4323 0.71864 0.000 0.000 0.656 0.332 0.012
#> SRR1370129 3 0.0880 0.74216 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1321966 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1416999 1 0.3210 0.75065 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1334564 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.3561 0.70743 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1317877 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.3280 0.74896 0.000 0.000 0.812 0.176 0.012
#> SRR1459718 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1487685 4 0.4908 -0.07765 0.044 0.000 0.000 0.636 0.320
#> SRR1455925 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR603397 3 0.0000 0.75187 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.5002 0.69967 0.000 0.000 0.596 0.364 0.040
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3455 0.74500 0.000 0.000 0.784 0.208 0.008
#> SRR1334741 4 0.0000 0.52886 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656564 5 0.6322 0.12110 0.408 0.000 0.000 0.156 0.436
#> SRR608174 4 0.4074 0.72165 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1320963 1 0.3366 0.73681 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR661973 1 0.0162 0.86713 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598533 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.3336 0.73981 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR602927 1 0.0000 0.86865 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99138 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.3586 0.70251 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1475909 4 0.6684 -0.37321 0.000 0.000 0.236 0.392 0.372
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.1714 0.8063 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.2378 0.7328 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1379450 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 6 0.3804 0.4615 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1077405 5 0.2823 0.6596 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1330061 5 0.2664 0.6785 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 6 0.5200 0.4787 0.024 0.000 0.000 0.272 0.076 0.628
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.3482 0.5195 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1436966 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR614802 1 0.3151 0.4961 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1388979 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.3460 0.4589 0.000 0.000 0.164 0.004 0.036 0.796
#> SRR1440699 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.2631 0.6808 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1083100 6 0.0632 0.6107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1348861 5 0.3862 0.0537 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR1072367 3 0.3014 0.7351 0.000 0.000 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1468403 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.2854 0.6490 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1470212 3 0.0972 0.8605 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0622 0.8036 0.000 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR615141 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.4988 0.5368 0.000 0.000 0.008 0.104 0.652 0.236
#> SRR1358561 5 0.2300 0.7154 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1498640 6 0.0603 0.6272 0.016 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1429957 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.1074 0.8594 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.3843 -0.0976 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR659121 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0520 0.8056 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1388305 1 0.3782 -0.0251 0.588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.2003 0.7892 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.4974 0.1286 0.000 0.000 0.004 0.440 0.500 0.056
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1500405 5 0.3695 0.3669 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.0777 0.6097 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1444559 5 0.1444 0.7716 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4337 0.1118 0.000 0.000 0.500 0.000 0.480 0.020
#> SRR660007 5 0.4177 -0.0751 0.000 0.000 0.468 0.000 0.520 0.012
#> SRR655649 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.2416 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR657731 3 0.3843 0.1786 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR661005 6 0.5768 0.2756 0.000 0.000 0.000 0.316 0.196 0.488
#> SRR600608 1 0.0146 0.9075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655923 3 0.1610 0.8340 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1334717 6 0.2473 0.5982 0.104 0.000 0.000 0.012 0.008 0.876
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1082759 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.2597 0.7092 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1072797 6 0.4096 0.0396 0.484 0.000 0.000 0.000 0.008 0.508
#> SRR612455 3 0.3025 0.7546 0.000 0.000 0.820 0.000 0.156 0.024
#> SRR818210 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.3974 0.6007 0.000 0.000 0.680 0.000 0.296 0.024
#> SRR1387178 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 6 0.0363 0.6250 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR657348 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.1075 0.7904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR608598 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.4507 0.6098 0.112 0.000 0.000 0.008 0.156 0.724
#> SRR1361567 1 0.2631 0.6822 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR819134 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.3868 0.0124 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR661433 5 0.2996 0.6295 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1319539 5 0.5141 0.1800 0.000 0.000 0.004 0.420 0.504 0.072
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.3843 0.1679 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1487321 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1312428 6 0.4908 0.5307 0.332 0.000 0.000 0.004 0.068 0.596
#> SRR657587 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.5395 0.5339 0.000 0.000 0.008 0.216 0.612 0.164
#> SRR1474466 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.1910 0.7988 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1358102 6 0.5955 0.4982 0.052 0.000 0.000 0.192 0.156 0.600
#> SRR1455171 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.3054 0.5653 0.000 0.000 0.000 0.036 0.136 0.828
#> SRR817758 6 0.5362 0.4401 0.004 0.000 0.000 0.200 0.188 0.608
#> SRR821019 3 0.0713 0.8622 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.4138 0.3861 0.000 0.000 0.008 0.364 0.620 0.008
#> SRR604074 3 0.1074 0.8594 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3351 0.5870 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR820209 4 0.6114 -0.0713 0.000 0.000 0.000 0.368 0.304 0.328
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.1320 0.8487 0.036 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR1350456 1 0.1204 0.8567 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1472079 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0713 0.8622 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1334847 6 0.0632 0.6107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1421093 5 0.0547 0.8031 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1454803 1 0.3371 0.4027 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1468381 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.3672 0.4187 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1500868 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1476279 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 6 0.3940 0.4343 0.272 0.000 0.000 0.016 0.008 0.704
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.2009 0.6076 0.084 0.000 0.000 0.004 0.008 0.904
#> SRR1491311 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.0520 0.8054 0.000 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.1151 0.8581 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1440058 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.0520 0.6177 0.008 0.000 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR607337 6 0.3823 0.4371 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.4513 -0.2197 0.000 0.000 0.440 0.000 0.032 0.528
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 6 0.4186 0.1683 0.000 0.000 0.312 0.000 0.032 0.656
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.0260 0.6164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR614083 3 0.4524 0.4734 0.000 0.000 0.560 0.000 0.036 0.404
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.3857 0.1343 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 6 0.3868 0.2834 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.0632 0.6107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR664842 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.3390 0.5406 0.000 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR665502 3 0.4544 0.4544 0.000 0.000 0.548 0.000 0.036 0.416
#> SRR657891 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1421305 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1335707 6 0.5610 0.4230 0.012 0.000 0.000 0.172 0.228 0.588
#> SRR1401276 6 0.2473 0.5856 0.136 0.000 0.000 0.000 0.008 0.856
#> SRR627421 6 0.3782 0.4824 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1311575 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1475675 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR661995 6 0.2882 0.5504 0.180 0.000 0.000 0.000 0.008 0.812
#> SRR1471922 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 6 0.3189 0.5978 0.236 0.000 0.000 0.004 0.000 0.760
#> SRR821602 5 0.1151 0.7940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.2823 0.6524 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1437555 1 0.3765 0.0706 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR810571 3 0.3859 0.6158 0.000 0.000 0.692 0.000 0.288 0.020
#> SRR664048 3 0.1074 0.8594 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1500998 4 0.3737 0.3488 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1320916 6 0.2728 0.5430 0.000 0.000 0.000 0.100 0.040 0.860
#> SRR1472150 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1329090 6 0.3672 0.5229 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 6 0.3978 0.5827 0.268 0.000 0.000 0.032 0.000 0.700
#> SRR1321462 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.3823 -0.1171 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1468141 3 0.2191 0.7962 0.000 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0146 0.8659 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR604050 6 0.3936 0.2435 0.000 0.000 0.288 0.000 0.024 0.688
#> SRR600385 6 0.5265 0.4181 0.004 0.000 0.000 0.136 0.252 0.608
#> SRR1430248 3 0.3210 0.7506 0.000 0.000 0.804 0.000 0.028 0.168
#> SRR1352975 6 0.3797 0.4688 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1457221 3 0.3961 0.2036 0.000 0.000 0.556 0.004 0.440 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.1124 0.8583 0.000 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1336006 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR613114 3 0.0146 0.8659 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR608368 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1315269 6 0.3774 0.4876 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1370173 3 0.3789 0.2975 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1408327 5 0.2562 0.6799 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1405485 6 0.3774 0.4879 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR812012 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.2762 0.6598 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1378841 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1375616 5 0.0632 0.8013 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.3175 0.4874 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.3371 0.5619 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1468974 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1470111 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1329551 3 0.1074 0.8594 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.2112 0.7516 0.000 0.000 0.088 0.000 0.896 0.016
#> SRR1487107 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.0405 0.6158 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR614443 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1314958 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1341702 6 0.4015 0.4997 0.396 0.000 0.000 0.004 0.004 0.596
#> SRR1444678 6 0.4002 0.4901 0.404 0.000 0.000 0.008 0.000 0.588
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.4152 0.1922 0.000 0.000 0.304 0.000 0.032 0.664
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.2805 0.7425 0.000 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR660933 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0790 0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1359388 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.0632 0.6107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR612380 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR661723 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 6 0.3823 0.4392 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1489155 5 0.0405 0.8064 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.5008 0.5680 0.000 0.000 0.644 0.000 0.188 0.168
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0632 0.8013 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.3951 0.7064 0.000 0.000 0.008 0.100 0.780 0.112
#> SRR1443612 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 6 0.5515 0.4372 0.008 0.000 0.000 0.204 0.192 0.596
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0405 0.8064 0.000 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 6 0.1531 0.6407 0.068 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928
#> SRR1323043 1 0.2378 0.7422 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1475022 5 0.3860 0.0858 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.1225 0.8569 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.4194 0.4960 0.000 0.000 0.008 0.308 0.664 0.020
#> SRR615467 3 0.3684 0.4530 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR660638 6 0.4183 0.2066 0.000 0.000 0.296 0.000 0.036 0.668
#> SRR1360383 6 0.5491 0.2555 0.000 0.000 0.000 0.144 0.332 0.524
#> SRR1354577 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR608230 3 0.3929 0.6555 0.000 0.000 0.700 0.000 0.028 0.272
#> SRR1320873 6 0.3103 0.5325 0.208 0.000 0.000 0.000 0.008 0.784
#> SRR1336379 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.4434 0.6200 0.000 0.000 0.000 0.712 0.172 0.116
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.0363 0.6153 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.5794 0.2162 0.000 0.000 0.024 0.392 0.484 0.100
#> SRR1324431 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.4067 0.1259 0.444 0.000 0.000 0.000 0.008 0.548
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1957 0.7938 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1397073 6 0.6287 0.3664 0.036 0.000 0.000 0.240 0.204 0.520
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.3797 0.2542 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.0405 0.6158 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.2165 0.6004 0.108 0.000 0.000 0.000 0.008 0.884
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0146 0.9076 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379238 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1385080 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.0405 0.6189 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.2320 0.7204 0.000 0.000 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR818418 6 0.4333 0.5106 0.376 0.000 0.000 0.028 0.000 0.596
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0972 0.8605 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1079281 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.4381 0.3035 0.000 0.000 0.536 0.000 0.440 0.024
#> SRR1328599 6 0.2950 0.5240 0.000 0.000 0.000 0.148 0.024 0.828
#> SRR655218 6 0.2980 0.5391 0.192 0.000 0.000 0.000 0.008 0.800
#> SRR1416754 6 0.4572 0.4806 0.400 0.000 0.000 0.012 0.020 0.568
#> SRR1488562 6 0.2573 0.5920 0.112 0.000 0.000 0.000 0.024 0.864
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3834 0.6660 0.000 0.000 0.732 0.000 0.232 0.036
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.3706 0.3556 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.1007 0.7923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.2300 0.7560 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR597927 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.1152 0.7889 0.000 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.4282 0.2205 0.000 0.000 0.020 0.560 0.420 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.3838 0.1934 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0972 0.8605 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR612443 6 0.3479 0.5264 0.024 0.000 0.000 0.140 0.024 0.812
#> SRR1473936 5 0.3767 0.6626 0.000 0.000 0.132 0.000 0.780 0.088
#> SRR1455698 5 0.0508 0.8046 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1331335 1 0.3464 0.4173 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR659187 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.2003 0.7892 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1316940 5 0.5409 0.5309 0.000 0.000 0.008 0.176 0.612 0.204
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.2416 0.7188 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR615934 3 0.0363 0.8658 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.2597 0.7091 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR657754 1 0.3151 0.4961 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.3695 0.3998 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1444460 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1333587 6 0.0632 0.6107 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.3446 0.5345 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.2854 0.6507 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1348424 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1339549 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.3765 0.2371 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1078347 3 0.3974 0.6007 0.000 0.000 0.680 0.000 0.296 0.024
#> SRR1435293 6 0.4977 0.4786 0.372 0.000 0.000 0.076 0.000 0.552
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1499193 6 0.3774 0.4876 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1467294 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1359649 5 0.5758 0.3530 0.000 0.000 0.000 0.176 0.456 0.368
#> SRR1335688 3 0.3828 0.2192 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1370129 3 0.0972 0.8605 0.000 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1321966 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.1957 0.7938 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1343197 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1416999 1 0.3446 0.4245 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 6 0.3782 0.4824 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1317877 1 0.0146 0.9075 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329885 3 0.3426 0.6482 0.000 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 6 0.5491 0.4394 0.008 0.000 0.000 0.200 0.192 0.600
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0458 0.8654 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.8666 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0260 0.8072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1957 0.7825 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1334741 4 0.3531 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR656564 6 0.4440 0.6315 0.100 0.000 0.000 0.048 0.088 0.764
#> SRR608174 4 0.0000 0.8977 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 6 0.3810 0.4543 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR661973 1 0.3076 0.5266 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.3464 0.4173 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR602927 1 0.1957 0.7938 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 6 0.3765 0.4932 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1475909 6 0.2510 0.5494 0.000 0.000 0.000 0.100 0.028 0.872
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.990 0.287 0.723 0.723
#> 3 3 0.559 0.810 0.860 1.106 0.654 0.521
#> 4 4 0.617 0.462 0.730 0.165 0.843 0.614
#> 5 5 0.627 0.559 0.759 0.107 0.784 0.385
#> 6 6 0.677 0.530 0.727 0.045 0.877 0.509
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1467813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR662725 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1313951 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1339218 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1417505 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1407134 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1075898 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1498482 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1352706 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1396595 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1072367 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1390601 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1315761 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1392637 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR810957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1470212 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR601122 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1397008 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1498640 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1452292 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1330656 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR661325 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1439807 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1394713 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1403875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1354446 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1381543 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1402513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1437306 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1082759 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1340420 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR612455 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR657325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR662091 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR661433 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR819946 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1319539 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR665563 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1487321 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1337412 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1466993 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1433644 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1331841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1350456 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1500537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1322270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR661133 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1434250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1447986 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1456950 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1400375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1355040 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1085495 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR604026 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR627429 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1319837 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1359367 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1418992 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR662342 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR665502 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1335707 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1077687 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1320916 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1324371 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1387264 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1414684 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR807591 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR660895 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR613114 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1315269 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1405485 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1469495 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1381566 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1432123 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1099499 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1468974 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.204 0.973 0.968 0.032
#> SRR1079168 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1434867 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1348159 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1429891 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR817686 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR817905 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1337909 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1396078 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1362777 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1080927 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR615467 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR608230 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1325665 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1477634 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1444876 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1101421 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1442356 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1489177 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1350525 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1316921 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR656493 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1499442 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1415095 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1479239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1333694 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1432343 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1459585 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1331335 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1417912 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1469904 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1444460 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1366433 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1480479 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1470175 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598768 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR820133 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1348424 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR821434 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR662546 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1319816 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1416999 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR660661 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR615731 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1487685 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1390516 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR603397 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.242 0.969 0.960 0.040
#> SRR1409899 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR656564 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.260 0.966 0.956 0.044
#> SRR1320963 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR598533 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.000 0.988 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.000 0.988 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1356619 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1341898 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1333930 1 0.4399 0.8186 0.812 0 0.188
#> SRR1085850 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1379450 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR614814 1 0.4062 0.8224 0.836 0 0.164
#> SRR1077405 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1330061 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR662725 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1313951 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1339218 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1417505 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1407134 1 0.5926 0.6904 0.644 0 0.356
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1331289 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1075898 1 0.5327 0.6097 0.728 0 0.272
#> SRR1498482 3 0.0237 0.8839 0.004 0 0.996
#> SRR1359673 3 0.1289 0.8810 0.032 0 0.968
#> SRR1439873 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1335254 1 0.5327 0.6097 0.728 0 0.272
#> SRR1352706 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1436966 3 0.0424 0.8843 0.008 0 0.992
#> SRR614802 1 0.4062 0.8224 0.836 0 0.164
#> SRR1388979 1 0.5327 0.6097 0.728 0 0.272
#> SRR1396595 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1340508 1 0.4002 0.8225 0.840 0 0.160
#> SRR1360868 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1440699 3 0.0592 0.8844 0.012 0 0.988
#> SRR1389059 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1083100 3 0.5733 0.2656 0.324 0 0.676
#> SRR1348861 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1072367 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1468403 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1417070 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1390601 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1486560 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1315761 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1392637 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1444479 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1470212 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1433971 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR598124 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR615141 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR601122 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1397008 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1358561 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1498640 1 0.4504 0.8171 0.804 0 0.196
#> SRR1429957 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1452292 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1467590 3 0.1289 0.8804 0.032 0 0.968
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1485542 1 0.4555 0.8157 0.800 0 0.200
#> SRR659121 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1330656 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1388305 1 0.4121 0.8222 0.832 0 0.168
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1363992 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1311086 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458044 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR661325 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1439807 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1406561 1 0.6026 0.3915 0.624 0 0.376
#> SRR1394713 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1476186 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1084649 1 0.5058 0.7924 0.756 0 0.244
#> SRR1500405 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1354446 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1467455 3 0.3879 0.7424 0.152 0 0.848
#> SRR1444559 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1381543 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR820379 3 0.1289 0.8804 0.032 0 0.968
#> SRR660007 3 0.0424 0.8840 0.008 0 0.992
#> SRR655649 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1437306 1 0.5988 0.6284 0.632 0 0.368
#> SRR657731 3 0.0424 0.8840 0.008 0 0.992
#> SRR661005 3 0.5098 0.5308 0.248 0 0.752
#> SRR600608 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR655923 3 0.2165 0.8464 0.064 0 0.936
#> SRR1334717 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1474886 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1082759 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR662534 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1316815 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1072797 1 0.4654 0.8168 0.792 0 0.208
#> SRR612455 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR818210 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR598671 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1387178 1 0.4654 0.8125 0.792 0 0.208
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1403831 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1339740 1 0.6079 0.6304 0.612 0 0.388
#> SRR657348 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR662091 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR608598 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR663320 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR608662 3 0.6291 -0.2997 0.468 0 0.532
#> SRR1361567 1 0.4002 0.8225 0.840 0 0.160
#> SRR819134 1 0.4702 0.8108 0.788 0 0.212
#> SRR1311400 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR817775 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR661433 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1453341 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR819946 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1319539 3 0.1964 0.8688 0.056 0 0.944
#> SRR1343841 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR665563 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1487321 1 0.4399 0.8192 0.812 0 0.188
#> SRR1312428 1 0.6062 0.6566 0.616 0 0.384
#> SRR657587 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1337412 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1474466 1 0.5363 0.6041 0.724 0 0.276
#> SRR1466993 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1358102 1 0.6204 0.5824 0.576 0 0.424
#> SRR1455171 3 0.1529 0.8779 0.040 0 0.960
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660733 1 0.6280 0.4750 0.540 0 0.460
#> SRR817758 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR821019 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1330675 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1320180 3 0.2261 0.8440 0.068 0 0.932
#> SRR604074 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR658188 3 0.3340 0.8102 0.120 0 0.880
#> SRR820209 3 0.3879 0.7880 0.152 0 0.848
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1096966 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1350456 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1472079 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660103 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1403958 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR600754 1 0.4291 0.8206 0.820 0 0.180
#> SRR1334847 3 0.1031 0.8820 0.024 0 0.976
#> SRR1421093 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1085782 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR597977 3 0.0237 0.8839 0.004 0 0.996
#> SRR1375635 1 0.6309 -0.0525 0.504 0 0.496
#> SRR661133 1 0.4291 0.8207 0.820 0 0.180
#> SRR1357523 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1415732 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1396640 1 0.5138 0.7871 0.748 0 0.252
#> SRR1454803 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1468381 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1388007 3 0.0237 0.8837 0.004 0 0.996
#> SRR1434138 1 0.5560 0.5604 0.700 0 0.300
#> SRR1456950 1 0.5327 0.6097 0.728 0 0.272
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1323764 3 0.4399 0.7670 0.188 0 0.812
#> SRR1355040 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1409351 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1085495 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR604026 1 0.4842 0.8046 0.776 0 0.224
#> SRR1500868 1 0.5465 0.7589 0.712 0 0.288
#> SRR1476279 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660969 3 0.2711 0.8362 0.088 0 0.912
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1440986 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1357189 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1319837 1 0.4702 0.8147 0.788 0 0.212
#> SRR1491311 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1487295 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1086635 3 0.1411 0.8793 0.036 0 0.964
#> SRR1440058 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1389979 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1315721 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR607337 1 0.4062 0.8224 0.836 0 0.164
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1332275 3 0.1643 0.8763 0.044 0 0.956
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1383018 3 0.1529 0.8779 0.040 0 0.960
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1368772 1 0.4346 0.8192 0.816 0 0.184
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1435536 1 0.4974 0.8074 0.764 0 0.236
#> SRR614083 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1420625 3 0.0237 0.8839 0.004 0 0.996
#> SRR816721 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1391879 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1418992 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1488836 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1399028 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1418127 1 0.4121 0.8223 0.832 0 0.168
#> SRR1402900 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1394755 3 0.3816 0.7499 0.148 0 0.852
#> SRR664842 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR665502 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR657891 1 0.4121 0.8223 0.832 0 0.168
#> SRR1421305 1 0.5363 0.6041 0.724 0 0.276
#> SRR1335707 3 0.3686 0.7638 0.140 0 0.860
#> SRR1401276 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR627421 1 0.4750 0.8089 0.784 0 0.216
#> SRR1311575 1 0.4750 0.8087 0.784 0 0.216
#> SRR1475675 3 0.1643 0.8763 0.044 0 0.956
#> SRR661995 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR1471922 1 0.5760 0.5056 0.672 0 0.328
#> SRR1077687 1 0.5465 0.7464 0.712 0 0.288
#> SRR821602 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1071289 3 0.0747 0.8842 0.016 0 0.984
#> SRR1437555 1 0.4291 0.8203 0.820 0 0.180
#> SRR810571 3 0.0747 0.8836 0.016 0 0.984
#> SRR664048 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1500998 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1320916 3 0.1411 0.8793 0.036 0 0.964
#> SRR1472150 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1329090 1 0.4654 0.8124 0.792 0 0.208
#> SRR1317344 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR817978 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1324371 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1474333 1 0.4702 0.8107 0.788 0 0.212
#> SRR1321462 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1387264 1 0.4121 0.8205 0.832 0 0.168
#> SRR1468141 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1486097 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR608002 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1360563 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1414684 3 0.0237 0.8839 0.004 0 0.996
#> SRR604050 3 0.1529 0.8779 0.040 0 0.960
#> SRR600385 3 0.6280 -0.2925 0.460 0 0.540
#> SRR1430248 3 0.1411 0.8728 0.036 0 0.964
#> SRR1352975 1 0.6225 0.5790 0.568 0 0.432
#> SRR1457221 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR807591 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1345478 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR660895 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR655111 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1336006 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR613114 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR608368 3 0.4002 0.7834 0.160 0 0.840
#> SRR1315269 1 0.5058 0.7928 0.756 0 0.244
#> SRR1435020 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1337564 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1315019 3 0.0892 0.8841 0.020 0 0.980
#> SRR1370173 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1408327 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1405485 1 0.5905 0.6950 0.648 0 0.352
#> SRR812012 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1370619 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1469495 3 0.3340 0.8102 0.120 0 0.880
#> SRR1378841 3 0.1643 0.8764 0.044 0 0.956
#> SRR1375616 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1381566 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1432123 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1370405 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1099499 1 0.4002 0.8225 0.840 0 0.160
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1436106 3 0.5835 0.5565 0.340 0 0.660
#> SRR1468974 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1470111 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1338584 3 0.1031 0.8828 0.024 0 0.976
#> SRR1329551 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR816770 1 0.4002 0.8225 0.840 0 0.160
#> SRR600560 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607935 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1487107 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1348159 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1356036 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR614443 3 0.1643 0.8763 0.044 0 0.956
#> SRR1314958 1 0.5988 0.6759 0.632 0 0.368
#> SRR1341702 1 0.5098 0.7900 0.752 0 0.248
#> SRR1444678 1 0.6079 0.5950 0.612 0 0.388
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1342045 1 0.4605 0.8141 0.796 0 0.204
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1078879 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1468955 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR660626 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR812436 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1312103 1 0.5363 0.6041 0.724 0 0.276
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR661255 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR660933 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1488651 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1359388 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR817686 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1429162 3 0.1031 0.8820 0.024 0 0.976
#> SRR612380 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR817905 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1337909 1 0.5465 0.7589 0.712 0 0.288
#> SRR661723 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1314163 1 0.4062 0.8224 0.836 0 0.164
#> SRR1489155 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607091 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1445238 3 0.2537 0.8368 0.080 0 0.920
#> SRR820078 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR659899 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1396078 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1443612 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1470902 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1362777 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1413522 3 0.3752 0.7573 0.144 0 0.856
#> SRR1073143 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1444622 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1430288 1 0.4702 0.8108 0.788 0 0.212
#> SRR1323043 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1475022 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1328919 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR602808 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR615467 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR660638 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1360383 3 0.1860 0.8719 0.052 0 0.948
#> SRR1354577 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR608230 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1320873 1 0.4555 0.8183 0.800 0 0.200
#> SRR1336379 1 0.5810 0.4898 0.664 0 0.336
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1357434 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1477634 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1444876 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1101421 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR613354 1 0.5363 0.7751 0.724 0 0.276
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1446762 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1324431 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1386818 1 0.4931 0.8092 0.768 0 0.232
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1332796 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1397073 3 0.6154 -0.0522 0.408 0 0.592
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341008 1 0.5948 0.6375 0.640 0 0.360
#> SRR1087031 1 0.5178 0.6218 0.744 0 0.256
#> SRR1489177 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1440517 1 0.5810 0.6897 0.664 0 0.336
#> SRR1320093 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR602516 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR604318 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR1320280 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1082262 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1379238 1 0.4452 0.8181 0.808 0 0.192
#> SRR1385080 3 0.4291 0.7730 0.180 0 0.820
#> SRR1316921 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1375308 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1498272 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR814989 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1320892 3 0.4750 0.6114 0.216 0 0.784
#> SRR818418 1 0.4452 0.8182 0.808 0 0.192
#> SRR1474553 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1430884 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1079281 3 0.6140 0.4008 0.404 0 0.596
#> SRR656493 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1328599 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR655218 1 0.4750 0.8148 0.784 0 0.216
#> SRR1416754 3 0.4887 0.5895 0.228 0 0.772
#> SRR1488562 1 0.6079 0.6621 0.612 0 0.388
#> SRR1084842 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR659673 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1468514 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1499823 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1481216 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1474065 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1476571 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1085662 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1415095 1 0.5988 0.6284 0.632 0 0.368
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1488715 1 0.4452 0.8180 0.808 0 0.192
#> SRR597927 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1408113 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1490019 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1333694 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1476676 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR663261 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1432343 1 0.5327 0.6097 0.728 0 0.272
#> SRR1459585 3 0.0592 0.8844 0.012 0 0.988
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR602365 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR612443 3 0.1163 0.8813 0.028 0 0.972
#> SRR1473936 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1455698 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1331335 1 0.4002 0.8225 0.840 0 0.160
#> SRR659187 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1417912 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1316940 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1500753 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR657635 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR615934 3 0.1163 0.8820 0.028 0 0.972
#> SRR1411024 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1469904 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1311794 1 0.4452 0.8177 0.808 0 0.192
#> SRR657754 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1464451 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1443895 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1444460 1 0.4555 0.8152 0.800 0 0.200
#> SRR1333587 3 0.5560 0.3411 0.300 0 0.700
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1339530 3 0.4887 0.7331 0.228 0 0.772
#> SRR1366433 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1480479 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1470175 1 0.4796 0.8125 0.780 0 0.220
#> SRR598768 1 0.4235 0.8214 0.824 0 0.176
#> SRR1335400 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1418923 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR820133 3 0.5016 0.7184 0.240 0 0.760
#> SRR1348424 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1382956 3 0.1031 0.8845 0.024 0 0.976
#> SRR1339549 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR821434 1 0.5327 0.6097 0.728 0 0.272
#> SRR662546 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1319816 3 0.1289 0.8807 0.032 0 0.968
#> SRR1078347 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1435293 1 0.5397 0.7665 0.720 0 0.280
#> SRR1408208 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1332317 3 0.0592 0.8843 0.012 0 0.988
#> SRR1499193 1 0.4842 0.8045 0.776 0 0.224
#> SRR1467294 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1359649 3 0.0747 0.8836 0.016 0 0.984
#> SRR1335688 3 0.1163 0.8819 0.028 0 0.972
#> SRR1370129 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1321966 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1488672 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1343197 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1416999 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1334564 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR660661 3 0.0592 0.8841 0.012 0 0.988
#> SRR1498861 1 0.4452 0.8177 0.808 0 0.192
#> SRR1317877 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1329885 3 0.1411 0.8793 0.036 0 0.964
#> SRR1459718 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR615731 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR602622 3 0.6307 0.1067 0.488 0 0.512
#> SRR1487685 3 0.6244 -0.2277 0.440 0 0.560
#> SRR1455925 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1390516 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1313932 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR603397 3 0.0000 0.8831 0.000 0 1.000
#> SRR1099023 3 0.3941 0.7852 0.156 0 0.844
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1368964 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
#> SRR1334741 3 0.4842 0.7373 0.224 0 0.776
#> SRR656564 1 0.5178 0.7845 0.744 0 0.256
#> SRR608174 1 0.5291 0.6145 0.732 0 0.268
#> SRR1320963 1 0.4121 0.8223 0.832 0 0.168
#> SRR661973 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1480365 1 0.4121 0.8223 0.832 0 0.168
#> SRR602927 1 0.3941 0.8224 0.844 0 0.156
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1432275 1 0.4504 0.8166 0.804 0 0.196
#> SRR1475909 3 0.1753 0.8745 0.048 0 0.952
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR1333930 1 0.5632 0.55558 0.712 0 0.196 0.092
#> SRR1085850 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0779 0.72488 0.980 0 0.004 0.016
#> SRR1077405 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1330061 3 0.4955 0.42052 0.000 0 0.556 0.444
#> SRR662725 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1313951 1 0.6413 0.40579 0.516 0 0.068 0.416
#> SRR1339218 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1417505 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1407134 1 0.6617 0.39730 0.532 0 0.380 0.088
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1075898 4 0.5842 -0.33236 0.448 0 0.032 0.520
#> SRR1498482 3 0.4661 -0.11201 0.000 0 0.652 0.348
#> SRR1359673 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1439873 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1352706 3 0.0921 0.40814 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1436966 3 0.2149 0.42687 0.000 0 0.912 0.088
#> SRR614802 1 0.3105 0.67383 0.868 0 0.120 0.012
#> SRR1388979 1 0.6924 0.31716 0.464 0 0.108 0.428
#> SRR1396595 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.3324 0.66897 0.852 0 0.136 0.012
#> SRR1360868 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1440699 3 0.5000 -0.34759 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR1389059 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1083100 1 0.7047 0.13889 0.444 0 0.436 0.120
#> SRR1348861 3 0.4967 0.41649 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1072367 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1468403 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1417070 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1390601 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1315761 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1392637 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.4961 0.41849 0.000 0 0.552 0.448
#> SRR1470212 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1433971 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR598124 3 0.1022 0.40591 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR615141 3 0.4981 0.40768 0.000 0 0.536 0.464
#> SRR601122 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1397008 3 0.2759 0.37145 0.044 0 0.904 0.052
#> SRR1358561 3 0.4866 0.43573 0.000 0 0.596 0.404
#> SRR1498640 1 0.5727 0.56511 0.692 0 0.228 0.080
#> SRR1429957 3 0.4898 0.43205 0.000 0 0.584 0.416
#> SRR1452292 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1467590 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.2949 0.69126 0.888 0 0.024 0.088
#> SRR659121 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1330656 3 0.0921 0.40774 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1388305 1 0.3937 0.63358 0.800 0 0.188 0.012
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1311086 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.4972 0.41392 0.000 0 0.544 0.456
#> SRR661325 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1439807 1 0.0188 0.72572 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.6273 -0.33439 0.456 0 0.056 0.488
#> SRR1394713 3 0.4967 0.41649 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.5916 0.12657 0.272 0 0.656 0.072
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.5325 0.61530 0.728 0 0.204 0.068
#> SRR1500405 3 0.4888 0.43385 0.000 0 0.588 0.412
#> SRR1354446 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.7165 0.01223 0.372 0 0.488 0.140
#> SRR1444559 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1381543 4 0.6332 -0.33138 0.452 0 0.060 0.488
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4955 -0.26551 0.000 0 0.556 0.444
#> SRR660007 4 0.5000 0.33511 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR655649 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1437306 3 0.6123 0.11698 0.336 0 0.600 0.064
#> SRR657731 3 0.3873 0.17319 0.000 0 0.772 0.228
#> SRR661005 3 0.6688 -0.09468 0.420 0 0.492 0.088
#> SRR600608 1 0.0188 0.72600 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR655923 4 0.4992 0.31911 0.000 0 0.476 0.524
#> SRR1334717 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.4972 0.41392 0.000 0 0.544 0.456
#> SRR1082759 3 0.4907 0.43086 0.000 0 0.580 0.420
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0188 0.72600 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1072797 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR612455 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR818210 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.5000 0.34189 0.000 0 0.496 0.504
#> SRR1387178 1 0.2949 0.69769 0.888 0 0.024 0.088
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.6019 0.52187 0.672 0 0.228 0.100
#> SRR657348 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR662091 3 0.2704 0.43098 0.000 0 0.876 0.124
#> SRR608598 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR663320 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.6681 0.40985 0.588 0 0.292 0.120
#> SRR1361567 1 0.1637 0.71223 0.940 0 0.000 0.060
#> SRR819134 1 0.5292 0.58016 0.728 0 0.208 0.064
#> SRR1311400 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR817775 3 0.4898 0.43236 0.000 0 0.584 0.416
#> SRR661433 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1453341 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR819946 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1319539 3 0.6640 0.04988 0.352 0 0.552 0.096
#> SRR1343841 1 0.0188 0.72572 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR665563 4 0.4985 -0.39923 0.000 0 0.468 0.532
#> SRR1487321 1 0.2480 0.69972 0.904 0 0.008 0.088
#> SRR1312428 1 0.6888 0.22505 0.448 0 0.448 0.104
#> SRR657587 1 0.5861 0.35877 0.488 0 0.032 0.480
#> SRR1337412 3 0.4839 0.21462 0.184 0 0.764 0.052
#> SRR1474466 4 0.7830 -0.18399 0.356 0 0.260 0.384
#> SRR1466993 1 0.0188 0.72572 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1358102 1 0.6653 0.36308 0.548 0 0.356 0.096
#> SRR1455171 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.6720 0.39894 0.580 0 0.300 0.120
#> SRR817758 3 0.6770 -0.06465 0.408 0 0.496 0.096
#> SRR821019 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1330675 4 0.6211 -0.33908 0.460 0 0.052 0.488
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.6715 0.35354 0.144 0 0.604 0.252
#> SRR604074 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.4008 0.42348 0.000 0 0.756 0.244
#> SRR820209 4 0.4608 0.07872 0.004 0 0.304 0.692
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.5511 0.37291 0.500 0 0.016 0.484
#> SRR1350456 1 0.1474 0.71369 0.948 0 0.000 0.052
#> SRR1472079 3 0.4972 0.41392 0.000 0 0.544 0.456
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1403958 1 0.5696 0.36787 0.496 0 0.024 0.480
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4019 0.62760 0.792 0 0.196 0.012
#> SRR1334847 3 0.6995 -0.00512 0.384 0 0.496 0.120
#> SRR1421093 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1085782 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.5000 -0.34759 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR1375635 4 0.7517 -0.15377 0.304 0 0.212 0.484
#> SRR661133 1 0.1767 0.71430 0.944 0 0.044 0.012
#> SRR1357523 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1415732 3 0.4972 0.41392 0.000 0 0.544 0.456
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.6013 0.51568 0.624 0 0.312 0.064
#> SRR1454803 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1468381 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1434138 4 0.7172 -0.23956 0.376 0 0.140 0.484
#> SRR1456950 1 0.6277 0.34035 0.472 0 0.056 0.472
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.6262 0.40253 0.060 0 0.540 0.400
#> SRR1355040 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1085495 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR604026 1 0.5681 0.55492 0.704 0 0.208 0.088
#> SRR1500868 1 0.3587 0.68887 0.860 0 0.052 0.088
#> SRR1476279 4 0.5691 -0.35191 0.468 0 0.024 0.508
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.7899 -0.14517 0.364 0 0.296 0.340
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1330546 4 0.5000 0.33556 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR1440986 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1319837 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR1491311 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1487295 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1440058 1 0.1637 0.71223 0.940 0 0.000 0.060
#> SRR1389979 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR607337 1 0.1637 0.71232 0.940 0 0.000 0.060
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1387989 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1383018 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1441701 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR1368772 1 0.6453 0.38121 0.560 0 0.360 0.080
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.5905 0.37159 0.564 0 0.396 0.040
#> SRR614083 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1310623 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1420625 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR816721 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.5781 -0.36442 0.484 0 0.028 0.488
#> SRR1418992 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1399028 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.2198 0.70530 0.920 0 0.008 0.072
#> SRR1402900 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.7165 0.01223 0.372 0 0.488 0.140
#> SRR664842 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR662342 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR665502 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR657891 1 0.2623 0.70863 0.908 0 0.028 0.064
#> SRR1421305 4 0.7648 -0.23646 0.392 0 0.208 0.400
#> SRR1335707 3 0.5412 0.35899 0.168 0 0.736 0.096
#> SRR1401276 1 0.5980 0.36608 0.560 0 0.396 0.044
#> SRR627421 1 0.5907 0.52406 0.680 0 0.228 0.092
#> SRR1311575 1 0.5397 0.60498 0.716 0 0.220 0.064
#> SRR1475675 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR661995 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR1471922 4 0.6537 -0.28237 0.424 0 0.076 0.500
#> SRR1077687 1 0.6164 0.50452 0.656 0 0.240 0.104
#> SRR821602 3 0.0592 0.37580 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1437555 1 0.5180 0.58483 0.740 0 0.196 0.064
#> SRR810571 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR664048 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1500998 3 0.4967 0.41893 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1320916 3 0.7386 -0.12508 0.184 0 0.496 0.320
#> SRR1472150 3 0.3764 0.44330 0.000 0 0.784 0.216
#> SRR1329090 1 0.5511 0.56441 0.720 0 0.196 0.084
#> SRR1317344 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.6079 0.35995 0.492 0 0.044 0.464
#> SRR1324371 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.4235 0.67819 0.824 0 0.092 0.084
#> SRR1321462 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1387264 1 0.5147 0.59694 0.740 0 0.200 0.060
#> SRR1468141 4 0.5000 0.33556 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR1486097 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR604050 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR600385 1 0.6857 0.23610 0.492 0 0.404 0.104
#> SRR1430248 4 0.4998 0.34217 0.000 0 0.488 0.512
#> SRR1352975 1 0.6739 0.49070 0.576 0 0.304 0.120
#> SRR1457221 4 0.4790 -0.33479 0.000 0 0.380 0.620
#> SRR807591 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR660895 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR655111 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1336006 3 0.5693 0.39186 0.024 0 0.504 0.472
#> SRR613114 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR608368 3 0.5163 0.39086 0.004 0 0.516 0.480
#> SRR1315269 1 0.6050 0.56817 0.668 0 0.232 0.100
#> SRR1435020 1 0.0336 0.72538 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1337564 1 0.0927 0.72280 0.976 0 0.016 0.008
#> SRR1315019 3 0.3649 0.44313 0.000 0 0.796 0.204
#> SRR1370173 3 0.0469 0.36993 0.000 0 0.988 0.012
#> SRR1408327 3 0.4877 0.43524 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1405485 1 0.4869 0.65931 0.780 0 0.132 0.088
#> SRR812012 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.5781 0.36334 0.492 0 0.028 0.480
#> SRR1469495 3 0.4843 0.43692 0.000 0 0.604 0.396
#> SRR1378841 3 0.3444 0.44197 0.000 0 0.816 0.184
#> SRR1375616 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1381566 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1432123 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1099499 1 0.0376 0.72473 0.992 0 0.004 0.004
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.7310 -0.20309 0.360 0 0.160 0.480
#> SRR1468974 3 0.0921 0.40774 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1470111 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1079168 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1338584 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1329551 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0524 0.72431 0.988 0 0.008 0.004
#> SRR600560 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.4688 0.22919 0.128 0 0.792 0.080
#> SRR1487107 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1348159 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR614443 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1314958 1 0.5833 0.59943 0.692 0 0.212 0.096
#> SRR1341702 1 0.5631 0.55677 0.696 0 0.232 0.072
#> SRR1444678 1 0.5535 0.57328 0.720 0 0.192 0.088
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.5072 0.59131 0.740 0 0.208 0.052
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1078879 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1468955 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1312103 4 0.7728 -0.17874 0.352 0 0.232 0.416
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR660933 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1488651 3 0.3764 0.44359 0.000 0 0.784 0.216
#> SRR1359388 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR817686 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1429162 3 0.6809 0.04361 0.360 0 0.532 0.108
#> SRR612380 1 0.5696 0.36787 0.496 0 0.024 0.480
#> SRR817905 4 0.5678 -0.33739 0.452 0 0.024 0.524
#> SRR1337909 1 0.4655 0.66391 0.796 0 0.116 0.088
#> SRR661723 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1314163 1 0.0804 0.72396 0.980 0 0.012 0.008
#> SRR1489155 3 0.0921 0.40774 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607091 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.4761 0.43859 0.000 0 0.628 0.372
#> SRR820078 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1396078 3 0.2081 0.35081 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1443612 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1470902 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1362777 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1413522 3 0.6584 0.09914 0.336 0 0.568 0.096
#> SRR1073143 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1444622 3 0.1792 0.42037 0.000 0 0.932 0.068
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.5814 0.49284 0.644 0 0.300 0.056
#> SRR1323043 1 0.0188 0.72572 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1475022 3 0.4967 0.41649 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.7516 -0.13554 0.328 0 0.200 0.472
#> SRR615467 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR660638 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1360383 3 0.6240 0.03696 0.368 0 0.568 0.064
#> SRR1354577 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR608230 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1320873 1 0.6031 0.36985 0.564 0 0.388 0.048
#> SRR1336379 4 0.7033 -0.22683 0.364 0 0.128 0.508
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1477634 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1444876 4 0.7711 -0.10991 0.308 0 0.248 0.444
#> SRR1101421 1 0.0937 0.72476 0.976 0 0.012 0.012
#> SRR613354 1 0.6811 0.25579 0.496 0 0.404 0.100
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.7073 0.01425 0.364 0 0.504 0.132
#> SRR1324431 1 0.5781 0.36352 0.492 0 0.028 0.480
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.6727 0.26417 0.496 0 0.412 0.092
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.6722 -0.06003 0.408 0 0.500 0.092
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.6668 0.39173 0.528 0 0.380 0.092
#> SRR1087031 1 0.5856 0.42875 0.556 0 0.036 0.408
#> SRR1489177 3 0.4967 0.41649 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1350525 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1440517 1 0.6926 0.26664 0.496 0 0.392 0.112
#> SRR1320093 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR604318 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR1320280 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1379238 1 0.2871 0.70435 0.896 0 0.032 0.072
#> SRR1385080 4 0.7345 -0.25090 0.168 0 0.348 0.484
#> SRR1316921 1 0.5256 0.41465 0.596 0 0.392 0.012
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.2345 0.68286 0.900 0 0.100 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.6248 0.10753 0.260 0 0.640 0.100
#> SRR818418 1 0.5464 0.59386 0.716 0 0.212 0.072
#> SRR1474553 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1430884 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1079281 4 0.6709 -0.27137 0.400 0 0.092 0.508
#> SRR656493 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1328599 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR655218 1 0.6702 0.28759 0.512 0 0.396 0.092
#> SRR1416754 3 0.5833 0.32204 0.212 0 0.692 0.096
#> SRR1488562 1 0.6953 0.22202 0.476 0 0.412 0.112
#> SRR1084842 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.6733 -0.23808 0.092 0 0.492 0.416
#> SRR1468514 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1481216 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.3688 0.44247 0.000 0 0.792 0.208
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.5938 -0.35764 0.480 0 0.036 0.484
#> SRR1415095 3 0.6203 0.10447 0.340 0 0.592 0.068
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4284 0.60937 0.764 0 0.224 0.012
#> SRR597927 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1490019 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1333694 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1476676 1 0.0188 0.72581 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR663261 4 0.3569 -0.07174 0.000 0 0.196 0.804
#> SRR1432343 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1459585 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR602365 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR612443 4 0.4998 0.34217 0.000 0 0.488 0.512
#> SRR1473936 3 0.5859 -0.03922 0.064 0 0.652 0.284
#> SRR1455698 3 0.4941 0.42415 0.000 0 0.564 0.436
#> SRR1331335 1 0.1302 0.71642 0.956 0 0.000 0.044
#> SRR659187 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1417912 1 0.0188 0.72572 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1316940 3 0.4804 0.22931 0.160 0 0.776 0.064
#> SRR1500753 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.1389 0.71489 0.952 0 0.000 0.048
#> SRR615934 4 0.5000 0.33556 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR1411024 1 0.5697 0.35927 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1469904 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR1311794 1 0.5632 0.55558 0.712 0 0.196 0.092
#> SRR657754 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.4967 0.41649 0.000 0 0.548 0.452
#> SRR1444460 1 0.6698 0.33790 0.532 0 0.372 0.096
#> SRR1333587 1 0.7083 0.14053 0.444 0 0.432 0.124
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.7205 -0.20056 0.344 0 0.152 0.504
#> SRR1366433 1 0.5696 0.36366 0.492 0 0.024 0.484
#> SRR1480479 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR1470175 1 0.6764 0.27819 0.500 0 0.404 0.096
#> SRR598768 1 0.2412 0.70043 0.908 0 0.008 0.084
#> SRR1335400 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR820133 4 0.7222 -0.02554 0.300 0 0.172 0.528
#> SRR1348424 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1382956 3 0.3688 0.44319 0.000 0 0.792 0.208
#> SRR1339549 3 0.4977 0.41088 0.000 0 0.540 0.460
#> SRR821434 1 0.7429 0.38327 0.496 0 0.196 0.308
#> SRR662546 1 0.5696 0.36787 0.496 0 0.024 0.480
#> SRR1319816 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1078347 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1435293 3 0.5723 0.00337 0.388 0 0.580 0.032
#> SRR1408208 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0921 0.40774 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1499193 1 0.6036 0.52230 0.636 0 0.292 0.072
#> SRR1467294 3 0.0817 0.40617 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1359649 3 0.2816 0.37227 0.064 0 0.900 0.036
#> SRR1335688 3 0.4888 -0.21856 0.000 0 0.588 0.412
#> SRR1370129 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1321966 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1488672 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1416999 1 0.1576 0.71437 0.948 0 0.004 0.048
#> SRR1334564 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR660661 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1498861 1 0.6602 0.35491 0.552 0 0.356 0.092
#> SRR1317877 1 0.1022 0.71849 0.968 0 0.000 0.032
#> SRR1329885 3 0.5000 -0.34145 0.000 0 0.504 0.496
#> SRR1459718 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR615731 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR602622 4 0.6895 -0.25261 0.400 0 0.108 0.492
#> SRR1487685 3 0.6885 -0.14144 0.436 0 0.460 0.104
#> SRR1455925 1 0.0000 0.72614 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1390516 4 0.5000 0.34189 0.000 0 0.496 0.504
#> SRR1313932 4 0.5697 -0.36837 0.488 0 0.024 0.488
#> SRR603397 4 0.4999 0.34781 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1099023 3 0.4877 0.43525 0.000 0 0.592 0.408
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.5000 -0.34759 0.000 0 0.500 0.500
#> SRR1334741 4 0.7323 -0.25532 0.164 0 0.352 0.484
#> SRR656564 1 0.5787 0.56081 0.680 0 0.244 0.076
#> SRR608174 1 0.5510 0.37689 0.504 0 0.016 0.480
#> SRR1320963 1 0.2342 0.70195 0.912 0 0.008 0.080
#> SRR661973 1 0.0188 0.72518 0.996 0 0.000 0.004
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.2412 0.70043 0.908 0 0.008 0.084
#> SRR602927 1 0.0336 0.72556 0.992 0 0.000 0.008
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.6575 0.37548 0.560 0 0.348 0.092
#> SRR1475909 3 0.7201 0.00499 0.356 0 0.496 0.148
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0703 0.819161 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1341898 3 0.3452 0.470217 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1333930 1 0.6981 0.274522 0.512 0.000 0.176 0.276 0.036
#> SRR1085850 1 0.0703 0.819161 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1379450 4 0.1568 0.613612 0.036 0.000 0.000 0.944 0.020
#> SRR1467813 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.5287 0.532685 0.676 0.000 0.040 0.252 0.032
#> SRR1077405 5 0.2813 0.636036 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1330061 5 0.3607 0.622769 0.000 0.000 0.004 0.244 0.752
#> SRR662725 4 0.1568 0.604801 0.020 0.000 0.000 0.944 0.036
#> SRR1313951 4 0.7488 0.299905 0.260 0.000 0.172 0.488 0.080
#> SRR1339218 4 0.3661 0.530297 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1417505 4 0.0613 0.607535 0.004 0.000 0.004 0.984 0.008
#> SRR1407134 4 0.6615 0.335056 0.048 0.000 0.324 0.536 0.092
#> SRR1457418 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.4129 0.668499 0.000 0.000 0.040 0.204 0.756
#> SRR1075898 4 0.2938 0.599758 0.084 0.000 0.032 0.876 0.008
#> SRR1498482 3 0.4278 0.158719 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1359673 3 0.3424 0.476032 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1439873 1 0.0880 0.806684 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1402239 2 0.0162 0.996993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335254 4 0.1697 0.617048 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008
#> SRR1352706 5 0.3109 0.641199 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1436966 5 0.3381 0.662916 0.000 0.000 0.176 0.016 0.808
#> SRR614802 1 0.5071 0.522764 0.672 0.000 0.040 0.272 0.016
#> SRR1388979 4 0.6784 0.279709 0.088 0.000 0.080 0.564 0.268
#> SRR1396595 1 0.0794 0.818249 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1340508 1 0.4898 0.596280 0.728 0.000 0.048 0.200 0.024
#> SRR1360868 3 0.1251 0.499533 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1440699 3 0.3508 0.467949 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1389059 5 0.3039 0.637199 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1083100 3 0.7600 0.124441 0.228 0.000 0.436 0.276 0.060
#> SRR1348861 5 0.4341 0.402832 0.000 0.000 0.004 0.404 0.592
#> SRR1072367 3 0.0963 0.510257 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1468403 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1417070 5 0.4204 0.673502 0.000 0.000 0.048 0.196 0.756
#> SRR1390601 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.2516 0.624054 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1315761 4 0.1281 0.604171 0.012 0.000 0.000 0.956 0.032
#> SRR1392637 4 0.1648 0.613817 0.040 0.000 0.000 0.940 0.020
#> SRR810957 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.4238 0.445524 0.000 0.000 0.004 0.368 0.628
#> SRR1470212 3 0.2179 0.501919 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1433971 1 0.3427 0.680726 0.796 0.000 0.000 0.192 0.012
#> SRR598124 5 0.5927 0.495034 0.000 0.000 0.236 0.172 0.592
#> SRR615141 4 0.4227 -0.045254 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR601122 4 0.1310 0.610028 0.020 0.000 0.000 0.956 0.024
#> SRR1397008 5 0.6582 0.246830 0.000 0.000 0.376 0.208 0.416
#> SRR1358561 5 0.4204 0.673502 0.000 0.000 0.048 0.196 0.756
#> SRR1498640 4 0.7940 0.129463 0.308 0.000 0.300 0.320 0.072
#> SRR1429957 5 0.4087 0.664848 0.000 0.000 0.036 0.208 0.756
#> SRR1452292 1 0.2193 0.778424 0.900 0.000 0.000 0.092 0.008
#> SRR1467590 3 0.2561 0.503432 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1394936 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.5835 0.031696 0.440 0.000 0.040 0.492 0.028
#> SRR659121 4 0.2286 0.628937 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004
#> SRR1330656 5 0.3752 0.581864 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1388305 1 0.7553 0.167400 0.460 0.000 0.224 0.252 0.064
#> SRR1406917 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2773 0.500032 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1311086 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.4150 0.034955 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR661325 4 0.3612 0.535320 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0162 0.996993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.2104 0.593625 0.024 0.000 0.000 0.916 0.060
#> SRR1394713 5 0.4210 0.387728 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1403875 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.7397 -0.035310 0.040 0.000 0.440 0.260 0.260
#> SRR1436444 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.7742 0.209498 0.184 0.000 0.276 0.448 0.092
#> SRR1500405 5 0.4269 0.646601 0.000 0.000 0.036 0.232 0.732
#> SRR1354446 1 0.0290 0.820230 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467455 3 0.7364 0.148721 0.232 0.000 0.460 0.264 0.044
#> SRR1444559 5 0.4129 0.668499 0.000 0.000 0.040 0.204 0.756
#> SRR1381543 4 0.1704 0.584593 0.004 0.000 0.000 0.928 0.068
#> SRR1402513 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4696 0.424603 0.000 0.000 0.736 0.108 0.156
#> SRR660007 3 0.3353 0.496179 0.000 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR655649 4 0.2690 0.625951 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1437306 5 0.7617 0.110754 0.072 0.000 0.244 0.224 0.460
#> SRR657731 3 0.4738 -0.085006 0.000 0.000 0.520 0.016 0.464
#> SRR661005 3 0.7100 0.155250 0.224 0.000 0.476 0.272 0.028
#> SRR600608 1 0.1608 0.794258 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR655923 3 0.4404 0.417953 0.000 0.000 0.704 0.032 0.264
#> SRR1334717 3 0.8327 -0.026785 0.292 0.000 0.300 0.280 0.128
#> SRR1401552 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.4201 0.394450 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1082759 5 0.4087 0.664848 0.000 0.000 0.036 0.208 0.756
#> SRR1340420 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.2605 0.717397 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1316815 1 0.0794 0.817960 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1072797 3 0.8175 0.051560 0.252 0.000 0.360 0.276 0.112
#> SRR612455 3 0.3239 0.473719 0.000 0.000 0.852 0.080 0.068
#> SRR818210 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.2300 0.497201 0.000 0.000 0.908 0.052 0.040
#> SRR1387178 4 0.7629 0.291932 0.260 0.000 0.224 0.448 0.068
#> SRR660498 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.1357 0.625608 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR657325 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 3 0.7499 0.051657 0.316 0.000 0.372 0.276 0.036
#> SRR657348 4 0.3795 0.597984 0.192 0.000 0.000 0.780 0.028
#> SRR662091 5 0.4398 0.636434 0.000 0.000 0.240 0.040 0.720
#> SRR608598 3 0.3534 0.463370 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR663320 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.7525 0.090770 0.272 0.000 0.412 0.272 0.044
#> SRR1361567 1 0.2690 0.700471 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR819134 1 0.7466 0.060324 0.392 0.000 0.304 0.268 0.036
#> SRR1311400 1 0.0290 0.820231 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR817775 5 0.4193 0.663485 0.000 0.000 0.040 0.212 0.748
#> SRR661433 5 0.2773 0.638189 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1453341 1 0.3700 0.622184 0.752 0.000 0.000 0.240 0.008
#> SRR819946 5 0.4129 0.668499 0.000 0.000 0.040 0.204 0.756
#> SRR1319539 3 0.6583 -0.024368 0.000 0.000 0.468 0.276 0.256
#> SRR1343841 1 0.0510 0.819579 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR665563 5 0.6261 0.409778 0.000 0.000 0.148 0.396 0.456
#> SRR1487321 4 0.7224 0.178489 0.356 0.000 0.184 0.424 0.036
#> SRR1312428 4 0.6820 0.209513 0.056 0.000 0.360 0.492 0.092
#> SRR657587 4 0.3586 0.543168 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1337412 3 0.6616 -0.164542 0.000 0.000 0.432 0.224 0.344
#> SRR1474466 5 0.7392 0.118132 0.052 0.000 0.172 0.364 0.412
#> SRR1466993 1 0.0404 0.820632 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1358102 3 0.7601 0.112309 0.248 0.000 0.428 0.268 0.056
#> SRR1455171 3 0.2966 0.495859 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR627299 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.7576 0.108144 0.260 0.000 0.424 0.264 0.052
#> SRR817758 3 0.7061 0.138314 0.176 0.000 0.468 0.324 0.032
#> SRR821019 3 0.2605 0.505527 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1330675 4 0.1892 0.576214 0.004 0.000 0.000 0.916 0.080
#> SRR1433644 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.5848 0.461992 0.000 0.000 0.128 0.296 0.576
#> SRR604074 3 0.1608 0.500722 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1322291 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.5059 0.653291 0.000 0.000 0.176 0.124 0.700
#> SRR820209 3 0.6973 0.262553 0.072 0.000 0.572 0.192 0.164
#> SRR1331841 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4264 0.405779 0.376 0.000 0.004 0.620 0.000
#> SRR1350456 1 0.1732 0.778547 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1472079 5 0.4294 0.298917 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1500537 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.3039 0.489796 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1403958 4 0.2377 0.617681 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.7908 0.009984 0.356 0.000 0.296 0.276 0.072
#> SRR1334847 3 0.7503 0.151489 0.168 0.000 0.460 0.300 0.072
#> SRR1421093 5 0.3109 0.643160 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1085782 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1466357 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.3508 0.467949 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1375635 4 0.2124 0.560598 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> SRR661133 1 0.7927 -0.000739 0.356 0.000 0.256 0.312 0.076
#> SRR1357523 1 0.0703 0.818166 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1415732 5 0.4150 0.412332 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1434250 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.6942 0.303746 0.080 0.000 0.284 0.540 0.096
#> SRR1454803 1 0.1121 0.811076 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1468381 4 0.3816 0.494567 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3109 0.491315 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1434138 4 0.1768 0.579242 0.004 0.000 0.000 0.924 0.072
#> SRR1456950 4 0.2629 0.556214 0.004 0.000 0.012 0.880 0.104
#> SRR1400375 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.5360 0.412017 0.004 0.000 0.048 0.396 0.552
#> SRR1355040 1 0.0510 0.820442 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1409351 4 0.2136 0.627869 0.088 0.000 0.000 0.904 0.008
#> SRR1085495 1 0.0703 0.819161 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR604026 3 0.7969 0.023852 0.264 0.000 0.356 0.300 0.080
#> SRR1500868 4 0.7238 0.410952 0.152 0.000 0.236 0.532 0.080
#> SRR1476279 4 0.2331 0.618592 0.064 0.000 0.024 0.908 0.004
#> SRR627429 2 0.0162 0.996993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660969 3 0.5987 0.315221 0.088 0.000 0.628 0.252 0.032
#> SRR1335377 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.3534 0.463370 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1440986 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.2605 0.626759 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1319837 3 0.7944 0.031928 0.288 0.000 0.356 0.280 0.076
#> SRR1491311 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1487295 5 0.3684 0.611992 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1415215 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3143 0.495253 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1440058 1 0.2304 0.769836 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008
#> SRR1389979 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.8176 0.001018 0.288 0.000 0.328 0.280 0.104
#> SRR607337 1 0.4262 0.547550 0.696 0.000 0.004 0.288 0.012
#> SRR1434803 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0880 0.509106 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1465132 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2891 0.497516 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1387989 3 0.3480 0.472041 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1383018 3 0.0404 0.510963 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1441701 3 0.3534 0.463370 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1368772 3 0.7921 0.053160 0.280 0.000 0.408 0.220 0.092
#> SRR664819 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 3 0.8306 -0.029795 0.296 0.000 0.300 0.280 0.124
#> SRR614083 3 0.0290 0.510499 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310623 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1420625 5 0.2773 0.638189 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR816721 4 0.2424 0.627799 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1670 0.594372 0.012 0.000 0.000 0.936 0.052
#> SRR1418992 1 0.0510 0.820442 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2813 0.497429 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1399028 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.4779 0.343046 0.584 0.000 0.004 0.396 0.016
#> SRR1402900 1 0.0703 0.818950 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.7350 0.145937 0.232 0.000 0.464 0.260 0.044
#> SRR664842 4 0.2439 0.629561 0.120 0.000 0.000 0.876 0.004
#> SRR662342 2 0.0162 0.996993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665502 3 0.0671 0.508288 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR657891 1 0.7356 0.117541 0.448 0.000 0.232 0.280 0.040
#> SRR1421305 5 0.7159 0.160118 0.048 0.000 0.140 0.388 0.424
#> SRR1335707 4 0.6986 0.174548 0.016 0.000 0.340 0.432 0.212
#> SRR1401276 1 0.8284 -0.057688 0.304 0.000 0.296 0.280 0.120
#> SRR627421 3 0.7843 0.054913 0.284 0.000 0.376 0.272 0.068
#> SRR1311575 4 0.7608 0.290673 0.164 0.000 0.272 0.472 0.092
#> SRR1475675 3 0.3395 0.478813 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR661995 3 0.8283 0.018191 0.268 0.000 0.332 0.276 0.124
#> SRR1471922 4 0.5659 0.451671 0.236 0.000 0.096 0.652 0.016
#> SRR1077687 3 0.7555 0.031939 0.316 0.000 0.368 0.276 0.040
#> SRR821602 5 0.3684 0.610813 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR608718 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.2891 0.637831 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1437555 1 0.7025 0.277995 0.516 0.000 0.164 0.276 0.044
#> SRR810571 3 0.2773 0.501901 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR664048 3 0.2329 0.504077 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1500998 4 0.4331 -0.021185 0.000 0.000 0.004 0.596 0.400
#> SRR1320916 3 0.4961 0.390649 0.048 0.000 0.720 0.208 0.024
#> SRR1472150 5 0.3495 0.672319 0.000 0.000 0.160 0.028 0.812
#> SRR1329090 3 0.7926 0.013187 0.304 0.000 0.340 0.284 0.072
#> SRR1317344 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.2770 0.629952 0.124 0.000 0.008 0.864 0.004
#> SRR1324371 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.7535 0.332557 0.196 0.000 0.288 0.452 0.064
#> SRR1321462 4 0.1357 0.625666 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR1387264 1 0.7001 0.262891 0.512 0.000 0.184 0.268 0.036
#> SRR1468141 3 0.3109 0.486695 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1486097 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0404 0.820676 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360563 1 0.0510 0.820442 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1414684 3 0.3534 0.460168 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR604050 3 0.0771 0.507760 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR600385 3 0.7282 0.134548 0.232 0.000 0.456 0.276 0.036
#> SRR1430248 3 0.2074 0.485373 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1352975 4 0.6677 0.382843 0.044 0.000 0.280 0.556 0.120
#> SRR1457221 5 0.6532 0.407613 0.000 0.000 0.196 0.384 0.420
#> SRR807591 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.4129 0.668499 0.000 0.000 0.040 0.204 0.756
#> SRR660895 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR655111 3 0.2516 0.502435 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1336006 4 0.3913 0.195042 0.000 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR613114 3 0.3534 0.463370 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR608368 4 0.4101 0.075960 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1315269 4 0.7830 0.239887 0.164 0.000 0.272 0.448 0.116
#> SRR1435020 1 0.1282 0.798132 0.952 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1337564 1 0.4088 0.571648 0.712 0.000 0.004 0.276 0.008
#> SRR1315019 5 0.3319 0.668794 0.000 0.000 0.160 0.020 0.820
#> SRR1370173 5 0.2813 0.636036 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1408327 5 0.4204 0.673502 0.000 0.000 0.048 0.196 0.756
#> SRR1405485 4 0.7191 0.397581 0.124 0.000 0.256 0.532 0.088
#> SRR812012 1 0.0404 0.820686 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1370619 4 0.4225 0.421315 0.364 0.000 0.004 0.632 0.000
#> SRR1469495 5 0.3803 0.687846 0.000 0.000 0.056 0.140 0.804
#> SRR1378841 5 0.3527 0.662367 0.000 0.000 0.192 0.016 0.792
#> SRR1375616 5 0.3991 0.678327 0.000 0.000 0.048 0.172 0.780
#> SRR1381566 4 0.3534 0.549412 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1432123 1 0.0609 0.820048 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1370405 4 0.2339 0.625221 0.100 0.000 0.004 0.892 0.004
#> SRR1099499 1 0.4244 0.587039 0.728 0.000 0.012 0.248 0.012
#> SRR659331 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.3934 0.338156 0.000 0.000 0.016 0.740 0.244
#> SRR1468974 5 0.3274 0.637413 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1470111 5 0.4134 0.672294 0.000 0.000 0.044 0.196 0.760
#> SRR1079168 3 0.3480 0.471629 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1338584 3 0.3336 0.483451 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1329551 3 0.2280 0.505244 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR662871 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.3435 0.702607 0.820 0.000 0.004 0.156 0.020
#> SRR600560 4 0.3999 0.443908 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.6635 -0.180916 0.000 0.000 0.416 0.224 0.360
#> SRR1487107 4 0.3752 0.510595 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1348159 1 0.0609 0.820048 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1356036 3 0.8182 -0.011874 0.296 0.000 0.320 0.280 0.104
#> SRR614443 3 0.2852 0.497523 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1314958 4 0.7104 0.395437 0.104 0.000 0.260 0.540 0.096
#> SRR1341702 3 0.8024 -0.025126 0.272 0.000 0.336 0.308 0.084
#> SRR1444678 4 0.7457 0.419814 0.116 0.000 0.212 0.524 0.148
#> SRR1350107 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.7890 -0.055146 0.332 0.000 0.280 0.320 0.068
#> SRR1467364 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0566 0.510761 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1468955 1 0.0290 0.820230 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.1764 0.799695 0.928 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1312103 5 0.6566 0.245587 0.036 0.000 0.088 0.436 0.440
#> SRR1429891 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.3177 0.493348 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR660933 1 0.1608 0.795385 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1488651 5 0.4269 0.650036 0.000 0.000 0.232 0.036 0.732
#> SRR1359388 4 0.3876 0.479343 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR817686 3 0.3336 0.485322 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1429162 3 0.7877 0.082307 0.160 0.000 0.412 0.316 0.112
#> SRR612380 4 0.2329 0.624637 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR817905 4 0.3211 0.592308 0.164 0.000 0.008 0.824 0.004
#> SRR1337909 4 0.7317 0.386114 0.136 0.000 0.272 0.508 0.084
#> SRR661723 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1314163 1 0.4467 0.574272 0.716 0.000 0.016 0.252 0.016
#> SRR1489155 5 0.3305 0.634245 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1398992 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0963 0.510257 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1472193 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.3861 0.690855 0.000 0.000 0.068 0.128 0.804
#> SRR820078 1 0.0609 0.820048 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3534 0.463370 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR820468 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.3857 0.481468 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1396078 5 0.6532 0.250971 0.000 0.000 0.384 0.196 0.420
#> SRR1443612 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1470902 4 0.1041 0.600603 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> SRR1362777 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1413522 3 0.7355 0.032285 0.040 0.000 0.428 0.324 0.208
#> SRR1073143 1 0.3885 0.583217 0.724 0.000 0.000 0.268 0.008
#> SRR1444622 5 0.5270 0.599842 0.000 0.000 0.208 0.120 0.672
#> SRR662570 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 3 0.7706 0.011003 0.300 0.000 0.364 0.284 0.052
#> SRR1323043 1 0.0510 0.820442 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475022 5 0.4201 0.394450 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1080927 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.2069 0.509931 0.000 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR603596 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.6445 -0.285694 0.000 0.000 0.184 0.456 0.360
#> SRR615467 3 0.3534 0.463370 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR660638 3 0.0451 0.510092 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1360383 5 0.6783 0.232144 0.000 0.000 0.284 0.336 0.380
#> SRR1354577 5 0.3953 0.678719 0.000 0.000 0.048 0.168 0.784
#> SRR608230 3 0.1851 0.508349 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1320873 3 0.8282 -0.022099 0.300 0.000 0.304 0.276 0.120
#> SRR1336379 4 0.2116 0.588101 0.008 0.000 0.004 0.912 0.076
#> SRR1325665 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3857 0.479118 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1477634 4 0.3876 0.471954 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR1444876 4 0.6225 -0.170389 0.000 0.000 0.148 0.484 0.368
#> SRR1101421 1 0.4467 0.575249 0.716 0.000 0.016 0.252 0.016
#> SRR613354 3 0.8032 0.082520 0.240 0.000 0.392 0.268 0.100
#> SRR1434782 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.5449 0.346839 0.056 0.000 0.676 0.236 0.032
#> SRR1324431 4 0.3944 0.624037 0.124 0.000 0.012 0.812 0.052
#> SRR1442356 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 3 0.8278 0.064264 0.232 0.000 0.360 0.272 0.136
#> SRR655684 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0609 0.820048 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1397073 4 0.6770 0.310381 0.028 0.000 0.324 0.504 0.144
#> SRR1455060 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.7191 0.434940 0.080 0.000 0.184 0.548 0.188
#> SRR1087031 4 0.6088 0.331139 0.304 0.000 0.112 0.572 0.012
#> SRR1489177 4 0.4182 -0.001503 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1350525 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1440517 3 0.7799 0.073260 0.260 0.000 0.396 0.276 0.068
#> SRR1320093 1 0.0162 0.818574 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602516 1 0.0162 0.817078 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR604318 3 0.8324 -0.014618 0.284 0.000 0.308 0.280 0.128
#> SRR1320280 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.3728 0.613549 0.748 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR1379238 4 0.7909 0.141786 0.316 0.000 0.232 0.372 0.080
#> SRR1385080 4 0.2017 0.575677 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR1316921 1 0.8326 -0.056905 0.304 0.000 0.288 0.280 0.128
#> SRR1097752 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.3951 0.675082 0.808 0.000 0.140 0.032 0.020
#> SRR1498272 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.6596 -0.006975 0.000 0.000 0.464 0.280 0.256
#> SRR818418 4 0.7867 0.122524 0.312 0.000 0.308 0.316 0.064
#> SRR1474553 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.2329 0.502201 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1079281 4 0.3010 0.467574 0.000 0.000 0.004 0.824 0.172
#> SRR656493 3 0.2139 0.497675 0.000 0.000 0.916 0.052 0.032
#> SRR1328599 3 0.0865 0.503046 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR655218 3 0.8247 0.012260 0.280 0.000 0.328 0.276 0.116
#> SRR1416754 4 0.7112 0.316535 0.036 0.000 0.300 0.480 0.184
#> SRR1488562 3 0.8176 0.082202 0.236 0.000 0.376 0.268 0.120
#> SRR1084842 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3051 0.456991 0.000 0.000 0.852 0.120 0.028
#> SRR1468514 1 0.0794 0.817828 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1499823 5 0.2773 0.638189 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1481216 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.3983 0.448605 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.4295 0.658099 0.000 0.000 0.216 0.044 0.740
#> SRR1445328 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.1571 0.587437 0.004 0.000 0.000 0.936 0.060
#> SRR1415095 5 0.7617 0.110754 0.072 0.000 0.244 0.224 0.460
#> SRR1499982 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.8114 0.080940 0.272 0.000 0.296 0.336 0.096
#> SRR597927 4 0.3636 0.518206 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3424 0.629187 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1490019 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1476676 1 0.1270 0.799040 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR663261 3 0.6728 -0.208096 0.000 0.000 0.412 0.268 0.320
#> SRR1432343 4 0.1740 0.615908 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR1459585 5 0.2852 0.640494 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1434271 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.2377 0.501396 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR612443 3 0.1571 0.493942 0.000 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1473936 5 0.6676 0.144968 0.000 0.000 0.344 0.240 0.416
#> SRR1455698 5 0.3819 0.641743 0.000 0.000 0.016 0.228 0.756
#> SRR1331335 1 0.2233 0.764476 0.892 0.000 0.004 0.104 0.000
#> SRR659187 4 0.1952 0.614303 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004
#> SRR1417912 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.6643 -0.187379 0.000 0.000 0.404 0.224 0.372
#> SRR1500753 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.1851 0.777177 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR615934 3 0.3480 0.468755 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1411024 4 0.1670 0.616632 0.052 0.000 0.000 0.936 0.012
#> SRR1469904 1 0.2249 0.777148 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1311794 1 0.7800 0.053943 0.380 0.000 0.280 0.276 0.064
#> SRR657754 1 0.1197 0.809247 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.4201 0.394450 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1444460 3 0.7954 0.066574 0.220 0.000 0.392 0.296 0.092
#> SRR1333587 3 0.7747 0.120477 0.236 0.000 0.424 0.268 0.072
#> SRR1307770 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.3196 0.440032 0.000 0.000 0.004 0.804 0.192
#> SRR1366433 4 0.2648 0.626140 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1480479 4 0.1901 0.622346 0.056 0.000 0.012 0.928 0.004
#> SRR1470175 3 0.8219 0.082553 0.276 0.000 0.364 0.236 0.124
#> SRR598768 1 0.4291 0.493616 0.704 0.000 0.004 0.276 0.016
#> SRR1335400 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3752 0.503921 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR820133 4 0.7748 0.184194 0.232 0.000 0.292 0.408 0.068
#> SRR1348424 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1382956 5 0.3488 0.671667 0.000 0.000 0.168 0.024 0.808
#> SRR1339549 4 0.4171 -0.000886 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR821434 4 0.7538 0.283765 0.248 0.000 0.224 0.464 0.064
#> SRR662546 4 0.2338 0.623542 0.112 0.000 0.000 0.884 0.004
#> SRR1319816 5 0.2891 0.637831 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1078347 3 0.2450 0.499989 0.000 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1435293 5 0.7528 0.042683 0.044 0.000 0.348 0.232 0.376
#> SRR1408208 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.3177 0.640990 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1499193 4 0.7963 0.095206 0.208 0.000 0.308 0.388 0.096
#> SRR1467294 5 0.3242 0.635789 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1359649 5 0.6690 0.257123 0.000 0.000 0.268 0.300 0.432
#> SRR1335688 3 0.4637 0.101234 0.000 0.000 0.536 0.012 0.452
#> SRR1370129 3 0.2516 0.504926 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1321966 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1488672 1 0.0703 0.819161 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1343197 5 0.3991 0.678327 0.000 0.000 0.048 0.172 0.780
#> SRR1416999 1 0.2179 0.772487 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1334564 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.2813 0.499808 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1498861 3 0.8052 0.015507 0.288 0.000 0.344 0.280 0.088
#> SRR1317877 1 0.1605 0.797215 0.944 0.000 0.012 0.040 0.004
#> SRR1329885 3 0.3109 0.486816 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1459718 1 0.0000 0.818654 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.3452 0.475586 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR602622 4 0.4234 0.378411 0.000 0.000 0.056 0.760 0.184
#> SRR1487685 3 0.7175 0.138277 0.212 0.000 0.464 0.292 0.032
#> SRR1455925 1 0.0510 0.820442 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1390516 3 0.3143 0.484858 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1313932 4 0.1638 0.620526 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004
#> SRR603397 3 0.3177 0.488558 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1099023 5 0.4168 0.671108 0.000 0.000 0.044 0.200 0.756
#> SRR1409899 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3424 0.472723 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1334741 4 0.3861 0.288000 0.000 0.000 0.004 0.712 0.284
#> SRR656564 4 0.7831 0.118867 0.216 0.000 0.300 0.404 0.080
#> SRR608174 4 0.3003 0.579142 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1320963 1 0.4193 0.485271 0.684 0.000 0.000 0.304 0.012
#> SRR661973 1 0.3835 0.589533 0.732 0.000 0.000 0.260 0.008
#> SRR598533 2 0.0162 0.996993 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613270 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.4485 0.545644 0.732 0.000 0.036 0.224 0.008
#> SRR602927 1 0.3809 0.597991 0.736 0.000 0.000 0.256 0.008
#> SRR1315799 2 0.0000 0.999808 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 3 0.8074 0.037841 0.260 0.000 0.364 0.280 0.096
#> SRR1475909 3 0.6518 0.244331 0.152 0.000 0.564 0.260 0.024
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.1471 0.861793 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000 0.004
#> SRR1341898 3 0.1605 0.773423 0.000 0.000 0.940 0.012 0.032 0.016
#> SRR1333930 4 0.6291 0.186478 0.276 0.000 0.060 0.532 0.000 0.132
#> SRR1085850 1 0.1714 0.850351 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1379450 6 0.4111 0.217128 0.004 0.000 0.000 0.456 0.004 0.536
#> SRR1467813 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.5907 0.131782 0.448 0.000 0.004 0.368 0.000 0.180
#> SRR1077405 5 0.4302 0.587703 0.000 0.000 0.324 0.004 0.644 0.028
#> SRR1330061 5 0.2595 0.695438 0.000 0.000 0.000 0.160 0.836 0.004
#> SRR662725 6 0.4211 0.217648 0.004 0.000 0.000 0.456 0.008 0.532
#> SRR1313951 4 0.7004 0.163182 0.072 0.000 0.036 0.532 0.144 0.216
#> SRR1339218 4 0.5641 0.001287 0.168 0.000 0.000 0.504 0.000 0.328
#> SRR1417505 4 0.4010 -0.119170 0.000 0.000 0.000 0.584 0.008 0.408
#> SRR1407134 6 0.3568 0.318527 0.012 0.000 0.052 0.064 0.032 0.840
#> SRR1457418 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.2003 0.704575 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1075898 4 0.4006 0.017038 0.000 0.000 0.012 0.716 0.020 0.252
#> SRR1498482 3 0.3394 0.564626 0.000 0.000 0.788 0.012 0.188 0.012
#> SRR1359673 3 0.0363 0.773740 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1439873 1 0.1225 0.862865 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1402239 2 0.1082 0.969486 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1335254 6 0.4208 0.215495 0.008 0.000 0.000 0.452 0.004 0.536
#> SRR1352706 5 0.4870 0.613853 0.000 0.000 0.208 0.004 0.668 0.120
#> SRR1436966 5 0.4023 0.677159 0.000 0.000 0.144 0.000 0.756 0.100
#> SRR614802 4 0.5301 -0.008335 0.416 0.000 0.004 0.492 0.000 0.088
#> SRR1388979 4 0.5169 0.063840 0.056 0.000 0.000 0.672 0.060 0.212
#> SRR1396595 1 0.1444 0.858999 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.6431 -0.146378 0.380 0.000 0.016 0.340 0.000 0.264
#> SRR1360868 3 0.6252 0.523927 0.000 0.000 0.520 0.216 0.032 0.232
#> SRR1440699 3 0.0972 0.766758 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR1389059 5 0.4949 0.578107 0.000 0.000 0.248 0.004 0.644 0.104
#> SRR1083100 4 0.5781 0.139878 0.004 0.000 0.140 0.532 0.008 0.316
#> SRR1348861 5 0.3615 0.621047 0.000 0.000 0.000 0.292 0.700 0.008
#> SRR1072367 3 0.4498 0.749030 0.000 0.000 0.732 0.060 0.028 0.180
#> SRR1468403 3 0.0146 0.771074 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417070 5 0.3470 0.704354 0.000 0.000 0.028 0.124 0.820 0.028
#> SRR1390601 1 0.0363 0.865119 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.5220 -0.030045 0.100 0.000 0.000 0.528 0.000 0.372
#> SRR1315761 6 0.3979 0.218112 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1392637 6 0.4117 0.210581 0.004 0.000 0.000 0.464 0.004 0.528
#> SRR810957 2 0.0865 0.974385 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1458422 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.3643 0.678866 0.000 0.000 0.024 0.200 0.768 0.008
#> SRR1470212 3 0.4709 0.751524 0.000 0.000 0.720 0.020 0.116 0.144
#> SRR1433971 1 0.4134 0.639222 0.708 0.000 0.000 0.240 0.000 0.052
#> SRR598124 5 0.6376 0.289876 0.000 0.000 0.168 0.032 0.412 0.388
#> SRR615141 5 0.5372 0.458186 0.000 0.000 0.004 0.364 0.528 0.104
#> SRR601122 6 0.3996 0.193268 0.000 0.000 0.000 0.484 0.004 0.512
#> SRR1397008 6 0.7275 0.128065 0.000 0.000 0.184 0.204 0.176 0.436
#> SRR1358561 5 0.2191 0.706488 0.000 0.000 0.000 0.120 0.876 0.004
#> SRR1498640 6 0.6354 0.038421 0.156 0.000 0.008 0.288 0.032 0.516
#> SRR1429957 5 0.2512 0.706604 0.000 0.000 0.008 0.116 0.868 0.008
#> SRR1452292 1 0.2983 0.797021 0.832 0.000 0.000 0.136 0.000 0.032
#> SRR1467590 3 0.3483 0.779019 0.000 0.000 0.808 0.012 0.036 0.144
#> SRR1394936 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 6 0.4808 0.021618 0.408 0.000 0.000 0.056 0.000 0.536
#> SRR659121 4 0.4507 0.064403 0.068 0.000 0.000 0.664 0.000 0.268
#> SRR1330656 5 0.4904 0.548897 0.000 0.000 0.088 0.008 0.652 0.252
#> SRR1388305 4 0.6518 0.153516 0.248 0.000 0.028 0.432 0.000 0.292
#> SRR1406917 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2843 0.786636 0.000 0.000 0.848 0.000 0.036 0.116
#> SRR1311086 1 0.1196 0.863497 0.952 0.000 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR655375 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.5983 0.366779 0.000 0.000 0.008 0.352 0.460 0.180
#> SRR661325 4 0.5771 -0.044564 0.176 0.000 0.000 0.444 0.000 0.380
#> SRR1439807 1 0.0622 0.863587 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1352129 2 0.1082 0.969486 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1406561 6 0.4381 0.217552 0.004 0.000 0.000 0.456 0.016 0.524
#> SRR1394713 5 0.3938 0.604575 0.000 0.000 0.004 0.312 0.672 0.012
#> SRR1403875 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 6 0.6636 0.108573 0.000 0.000 0.192 0.280 0.056 0.472
#> SRR1436444 2 0.0937 0.972081 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1084649 6 0.3682 0.274923 0.016 0.000 0.028 0.156 0.004 0.796
#> SRR1500405 5 0.3014 0.685224 0.000 0.000 0.000 0.184 0.804 0.012
#> SRR1354446 1 0.0547 0.865987 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.5996 0.147386 0.008 0.000 0.156 0.536 0.012 0.288
#> SRR1444559 5 0.2003 0.704575 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1381543 6 0.4250 0.217334 0.000 0.000 0.000 0.456 0.016 0.528
#> SRR1402513 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.6815 0.201551 0.000 0.000 0.376 0.236 0.048 0.340
#> SRR660007 3 0.6669 0.392648 0.000 0.000 0.444 0.268 0.044 0.244
#> SRR655649 4 0.4895 0.073968 0.124 0.000 0.000 0.648 0.000 0.228
#> SRR1437306 4 0.8146 0.086170 0.108 0.000 0.064 0.328 0.312 0.188
#> SRR657731 6 0.6984 -0.161221 0.000 0.000 0.304 0.056 0.300 0.340
#> SRR661005 4 0.6036 0.136839 0.004 0.000 0.148 0.528 0.020 0.300
#> SRR600608 1 0.2985 0.794160 0.844 0.000 0.000 0.056 0.000 0.100
#> SRR655923 3 0.5176 0.703752 0.000 0.000 0.696 0.076 0.156 0.072
#> SRR1334717 4 0.5595 0.195255 0.076 0.000 0.000 0.524 0.028 0.372
#> SRR1401552 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.4034 0.581975 0.000 0.000 0.004 0.336 0.648 0.012
#> SRR1082759 5 0.2146 0.704340 0.000 0.000 0.000 0.116 0.880 0.004
#> SRR1340420 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.3266 0.655019 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.2006 0.838929 0.892 0.000 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR1072797 4 0.6641 0.201846 0.080 0.000 0.036 0.512 0.056 0.316
#> SRR612455 3 0.7119 0.364362 0.000 0.000 0.440 0.208 0.112 0.240
#> SRR818210 1 0.0146 0.861990 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.6484 0.302915 0.000 0.000 0.424 0.252 0.024 0.300
#> SRR1387178 6 0.4963 0.156911 0.236 0.000 0.004 0.112 0.000 0.648
#> SRR660498 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.4300 -0.151136 0.012 0.000 0.000 0.528 0.004 0.456
#> SRR657325 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.6535 0.178361 0.064 0.000 0.124 0.520 0.008 0.284
#> SRR657348 4 0.6256 -0.031514 0.140 0.000 0.000 0.456 0.036 0.368
#> SRR662091 5 0.4947 0.513945 0.000 0.000 0.060 0.012 0.612 0.316
#> SRR608598 3 0.1194 0.764311 0.000 0.000 0.956 0.008 0.032 0.004
#> SRR663320 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.6067 0.153308 0.016 0.000 0.144 0.544 0.012 0.284
#> SRR1361567 1 0.3094 0.754463 0.824 0.000 0.000 0.036 0.000 0.140
#> SRR819134 4 0.6941 0.190538 0.124 0.000 0.084 0.484 0.016 0.292
#> SRR1311400 1 0.0937 0.864872 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.2755 0.707399 0.000 0.000 0.012 0.120 0.856 0.012
#> SRR661433 5 0.4254 0.594911 0.000 0.000 0.312 0.004 0.656 0.028
#> SRR1453341 1 0.3834 0.634034 0.708 0.000 0.000 0.268 0.000 0.024
#> SRR819946 5 0.3068 0.707625 0.000 0.000 0.032 0.120 0.840 0.008
#> SRR1319539 6 0.6856 0.083795 0.000 0.000 0.200 0.300 0.068 0.432
#> SRR1343841 1 0.0520 0.861360 0.984 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR665563 5 0.6546 0.476049 0.000 0.000 0.104 0.184 0.548 0.164
#> SRR1487321 6 0.4791 0.088303 0.384 0.000 0.004 0.048 0.000 0.564
#> SRR1312428 6 0.4063 0.270882 0.000 0.000 0.052 0.160 0.020 0.768
#> SRR657587 4 0.5578 -0.028109 0.148 0.000 0.000 0.492 0.000 0.360
#> SRR1337412 6 0.6714 0.105264 0.000 0.000 0.196 0.284 0.060 0.460
#> SRR1474466 4 0.7597 0.072040 0.056 0.000 0.080 0.388 0.348 0.128
#> SRR1466993 1 0.0725 0.863276 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1358102 4 0.5675 0.149169 0.004 0.000 0.128 0.548 0.008 0.312
#> SRR1455171 3 0.2163 0.790546 0.000 0.000 0.892 0.000 0.016 0.092
#> SRR627299 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.6780 0.172072 0.072 0.000 0.140 0.484 0.008 0.296
#> SRR817758 6 0.6123 -0.004161 0.004 0.000 0.160 0.384 0.012 0.440
#> SRR821019 3 0.3098 0.785377 0.000 0.000 0.836 0.004 0.040 0.120
#> SRR1330675 6 0.4169 0.217469 0.000 0.000 0.000 0.456 0.012 0.532
#> SRR1433644 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.6626 0.310349 0.000 0.000 0.104 0.124 0.512 0.260
#> SRR604074 3 0.4396 0.761140 0.000 0.000 0.752 0.020 0.112 0.116
#> SRR1322291 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.5149 0.590601 0.000 0.000 0.244 0.072 0.652 0.032
#> SRR820209 4 0.7064 -0.085187 0.004 0.000 0.324 0.416 0.168 0.088
#> SRR1331841 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.5692 0.048007 0.320 0.000 0.000 0.500 0.000 0.180
#> SRR1350456 1 0.2629 0.795013 0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.092
#> SRR1472079 5 0.4957 0.521466 0.000 0.000 0.004 0.348 0.580 0.068
#> SRR1500537 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1858 0.787757 0.000 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR1403958 4 0.4281 0.091537 0.068 0.000 0.000 0.704 0.000 0.228
#> SRR1322270 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.6387 0.186326 0.120 0.000 0.064 0.492 0.000 0.324
#> SRR1334847 6 0.6376 -0.034632 0.004 0.000 0.144 0.408 0.032 0.412
#> SRR1421093 5 0.4900 0.594513 0.000 0.000 0.232 0.004 0.656 0.108
#> SRR1085782 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.1010 0.972083 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR597977 3 0.1194 0.764311 0.000 0.000 0.956 0.008 0.032 0.004
#> SRR1375635 6 0.4246 0.218113 0.000 0.000 0.000 0.452 0.016 0.532
#> SRR661133 4 0.5974 0.175780 0.168 0.000 0.012 0.484 0.000 0.336
#> SRR1357523 1 0.0937 0.864872 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.4122 0.591659 0.000 0.000 0.004 0.316 0.660 0.020
#> SRR1434250 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 6 0.2169 0.316889 0.008 0.000 0.012 0.080 0.000 0.900
#> SRR1454803 1 0.1588 0.858322 0.924 0.000 0.000 0.072 0.000 0.004
#> SRR1468381 4 0.5837 -0.021191 0.200 0.000 0.000 0.460 0.000 0.340
#> SRR1447986 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.2179 0.783895 0.000 0.000 0.900 0.000 0.064 0.036
#> SRR1434138 6 0.4169 0.218006 0.000 0.000 0.000 0.456 0.012 0.532
#> SRR1456950 6 0.4821 0.202065 0.000 0.000 0.008 0.468 0.036 0.488
#> SRR1400375 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.4291 0.669171 0.000 0.000 0.028 0.176 0.748 0.048
#> SRR1355040 1 0.1779 0.860784 0.920 0.000 0.000 0.064 0.000 0.016
#> SRR1409351 4 0.5004 -0.095111 0.060 0.000 0.000 0.516 0.004 0.420
#> SRR1085495 1 0.1444 0.858999 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.5679 -0.020191 0.020 0.000 0.080 0.404 0.004 0.492
#> SRR1500868 6 0.2928 0.307078 0.084 0.000 0.004 0.056 0.000 0.856
#> SRR1476279 4 0.3733 0.007536 0.000 0.000 0.008 0.700 0.004 0.288
#> SRR627429 2 0.1082 0.969486 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR660969 4 0.6694 0.081633 0.020 0.000 0.276 0.432 0.012 0.260
#> SRR1335377 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1194 0.765008 0.000 0.000 0.956 0.008 0.032 0.004
#> SRR1440986 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4495 0.069226 0.072 0.000 0.000 0.672 0.000 0.256
#> SRR1319837 4 0.5227 0.180352 0.032 0.000 0.044 0.568 0.000 0.356
#> SRR1491311 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.5090 0.541962 0.000 0.000 0.128 0.004 0.636 0.232
#> SRR1415215 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3794 0.776887 0.000 0.000 0.796 0.060 0.016 0.128
#> SRR1440058 1 0.3916 0.688843 0.752 0.000 0.000 0.064 0.000 0.184
#> SRR1389979 1 0.0547 0.866317 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1315721 4 0.4513 0.178991 0.028 0.000 0.000 0.572 0.004 0.396
#> SRR607337 1 0.4497 0.492747 0.624 0.000 0.000 0.048 0.000 0.328
#> SRR1434803 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.5476 0.624433 0.000 0.000 0.604 0.128 0.016 0.252
#> SRR1465132 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2812 0.788666 0.000 0.000 0.856 0.000 0.048 0.096
#> SRR1387989 3 0.0146 0.771074 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383018 3 0.4926 0.704683 0.000 0.000 0.676 0.060 0.032 0.232
#> SRR1441701 3 0.1442 0.756943 0.000 0.000 0.944 0.012 0.040 0.004
#> SRR1368772 6 0.7099 -0.121246 0.108 0.000 0.084 0.384 0.024 0.400
#> SRR664819 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 4 0.6567 0.203031 0.092 0.000 0.016 0.508 0.068 0.316
#> SRR614083 3 0.4773 0.726942 0.000 0.000 0.700 0.060 0.032 0.208
#> SRR1310623 3 0.0551 0.774803 0.000 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR1420625 5 0.4317 0.583417 0.000 0.000 0.328 0.004 0.640 0.028
#> SRR816721 4 0.4381 0.082101 0.072 0.000 0.000 0.692 0.000 0.236
#> SRR1359367 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 6 0.3979 0.218112 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1418992 1 0.0937 0.864710 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3352 0.771554 0.000 0.000 0.816 0.000 0.112 0.072
#> SRR1399028 1 0.0260 0.861145 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1418127 6 0.5022 0.035499 0.396 0.000 0.000 0.076 0.000 0.528
#> SRR1402900 1 0.1765 0.860630 0.924 0.000 0.000 0.052 0.000 0.024
#> SRR1485290 2 0.0865 0.974385 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1456514 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.6143 0.138966 0.008 0.000 0.168 0.524 0.016 0.284
#> SRR664842 4 0.4950 -0.008337 0.080 0.000 0.000 0.576 0.000 0.344
#> SRR662342 2 0.1082 0.969486 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR665502 3 0.4880 0.723792 0.000 0.000 0.692 0.068 0.032 0.208
#> SRR657891 6 0.6151 0.043157 0.328 0.000 0.004 0.196 0.008 0.464
#> SRR1421305 4 0.7483 0.020744 0.056 0.000 0.088 0.388 0.368 0.100
#> SRR1335707 6 0.4433 0.288687 0.000 0.000 0.060 0.052 0.128 0.760
#> SRR1401276 4 0.5990 0.192446 0.112 0.000 0.000 0.488 0.032 0.368
#> SRR627421 4 0.6128 0.168359 0.036 0.000 0.108 0.556 0.012 0.288
#> SRR1311575 6 0.2611 0.312769 0.016 0.000 0.016 0.092 0.000 0.876
#> SRR1475675 3 0.0291 0.775764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR661995 4 0.5245 0.181704 0.028 0.000 0.008 0.564 0.032 0.368
#> SRR1471922 4 0.1899 0.138123 0.008 0.000 0.028 0.928 0.004 0.032
#> SRR1077687 4 0.7118 0.181893 0.112 0.000 0.124 0.480 0.016 0.268
#> SRR821602 5 0.5711 0.485000 0.000 0.000 0.188 0.016 0.584 0.212
#> SRR608718 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.4355 0.589331 0.000 0.000 0.320 0.004 0.644 0.032
#> SRR1437555 4 0.6393 0.181875 0.308 0.000 0.060 0.500 0.000 0.132
#> SRR810571 3 0.5319 0.658461 0.000 0.000 0.656 0.100 0.036 0.208
#> SRR664048 3 0.4391 0.764954 0.000 0.000 0.752 0.064 0.032 0.152
#> SRR1500998 5 0.6091 0.413369 0.000 0.000 0.016 0.332 0.476 0.176
#> SRR1320916 4 0.6295 0.110943 0.004 0.000 0.220 0.484 0.016 0.276
#> SRR1472150 5 0.3607 0.689810 0.000 0.000 0.112 0.000 0.796 0.092
#> SRR1329090 4 0.6090 0.070070 0.032 0.000 0.120 0.444 0.000 0.404
#> SRR1317344 1 0.0790 0.865461 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4747 0.003031 0.068 0.000 0.000 0.608 0.000 0.324
#> SRR1324371 1 0.0260 0.861145 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1474333 6 0.4904 0.220720 0.156 0.000 0.004 0.104 0.024 0.712
#> SRR1321462 4 0.4114 -0.147868 0.004 0.000 0.000 0.532 0.004 0.460
#> SRR1387264 4 0.6948 0.144588 0.192 0.000 0.064 0.416 0.004 0.324
#> SRR1468141 3 0.2595 0.787972 0.000 0.000 0.880 0.016 0.020 0.084
#> SRR1486097 1 0.0260 0.861145 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.1204 0.863711 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.1010 0.866294 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1414684 3 0.1442 0.756943 0.000 0.000 0.944 0.012 0.040 0.004
#> SRR604050 3 0.5276 0.716626 0.000 0.000 0.668 0.068 0.060 0.204
#> SRR600385 4 0.6341 0.055209 0.004 0.000 0.192 0.428 0.016 0.360
#> SRR1430248 3 0.6255 0.598203 0.000 0.000 0.580 0.112 0.104 0.204
#> SRR1352975 6 0.2834 0.324879 0.016 0.000 0.028 0.064 0.012 0.880
#> SRR1457221 5 0.6976 0.405504 0.000 0.000 0.148 0.220 0.484 0.148
#> SRR807591 1 0.0937 0.864233 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.2915 0.708713 0.000 0.000 0.024 0.120 0.848 0.008
#> SRR660895 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.4108 0.769209 0.000 0.000 0.768 0.060 0.020 0.152
#> SRR1336006 4 0.6231 -0.199177 0.000 0.000 0.004 0.368 0.332 0.296
#> SRR613114 3 0.1370 0.760033 0.000 0.000 0.948 0.012 0.036 0.004
#> SRR608368 4 0.6118 -0.248692 0.000 0.000 0.004 0.408 0.352 0.236
#> SRR1315269 6 0.3371 0.258530 0.012 0.000 0.008 0.180 0.004 0.796
#> SRR1435020 1 0.2003 0.846529 0.912 0.000 0.000 0.044 0.000 0.044
#> SRR1337564 1 0.4992 0.146718 0.472 0.000 0.000 0.460 0.000 0.068
#> SRR1315019 5 0.3419 0.691045 0.000 0.000 0.104 0.000 0.812 0.084
#> SRR1370173 5 0.4289 0.572230 0.000 0.000 0.340 0.004 0.632 0.024
#> SRR1408327 5 0.3568 0.708122 0.000 0.000 0.040 0.128 0.812 0.020
#> SRR1405485 6 0.2278 0.322119 0.032 0.000 0.012 0.052 0.000 0.904
#> SRR812012 1 0.0937 0.864763 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.5957 0.019419 0.344 0.000 0.000 0.428 0.000 0.228
#> SRR1469495 5 0.2428 0.705959 0.000 0.000 0.020 0.060 0.896 0.024
#> SRR1378841 5 0.3555 0.657681 0.000 0.000 0.044 0.000 0.780 0.176
#> SRR1375616 5 0.1501 0.702043 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1381566 4 0.5771 -0.044564 0.176 0.000 0.000 0.444 0.000 0.380
#> SRR1432123 1 0.1387 0.860630 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4330 0.080974 0.068 0.000 0.000 0.696 0.000 0.236
#> SRR1099499 4 0.4651 -0.198617 0.480 0.000 0.000 0.480 0.000 0.040
#> SRR659331 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.6420 -0.093871 0.000 0.000 0.024 0.452 0.264 0.260
#> SRR1468974 5 0.4929 0.567983 0.000 0.000 0.100 0.004 0.644 0.252
#> SRR1470111 5 0.1957 0.704856 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1079168 3 0.1036 0.767380 0.000 0.000 0.964 0.008 0.024 0.004
#> SRR1338584 3 0.0146 0.774846 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329551 3 0.4473 0.755368 0.000 0.000 0.740 0.060 0.032 0.168
#> SRR662871 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.5067 0.205919 0.488 0.000 0.000 0.436 0.000 0.076
#> SRR600560 4 0.5817 0.034023 0.260 0.000 0.000 0.496 0.000 0.244
#> SRR1434867 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 6 0.7395 0.092184 0.000 0.000 0.216 0.236 0.152 0.396
#> SRR1487107 4 0.5885 -0.021366 0.208 0.000 0.000 0.444 0.000 0.348
#> SRR1348159 1 0.1387 0.860630 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.4884 0.183867 0.044 0.000 0.004 0.556 0.004 0.392
#> SRR614443 3 0.2358 0.789706 0.000 0.000 0.876 0.000 0.016 0.108
#> SRR1314958 6 0.2559 0.325047 0.020 0.000 0.024 0.052 0.008 0.896
#> SRR1341702 4 0.5199 0.094097 0.012 0.000 0.048 0.472 0.004 0.464
#> SRR1444678 6 0.4215 0.293579 0.100 0.000 0.004 0.056 0.052 0.788
#> SRR1350107 2 0.0713 0.979004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1322010 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.6684 0.136988 0.112 0.000 0.080 0.444 0.004 0.360
#> SRR1467364 2 0.0713 0.979004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1078879 3 0.4813 0.727612 0.000 0.000 0.700 0.060 0.036 0.204
#> SRR1468955 1 0.0146 0.863256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0260 0.861145 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.2088 0.850520 0.904 0.000 0.000 0.068 0.000 0.028
#> SRR1312103 5 0.6734 0.303090 0.084 0.000 0.016 0.392 0.428 0.080
#> SRR1429891 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.4096 0.762250 0.000 0.000 0.764 0.060 0.016 0.160
#> SRR660933 1 0.1141 0.863145 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3863 0.608274 0.000 0.000 0.028 0.000 0.712 0.260
#> SRR1359388 4 0.5805 0.013058 0.212 0.000 0.000 0.488 0.000 0.300
#> SRR817686 3 0.0291 0.775992 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1429162 6 0.6418 0.065829 0.000 0.000 0.132 0.340 0.056 0.472
#> SRR612380 4 0.4305 0.087419 0.068 0.000 0.000 0.700 0.000 0.232
#> SRR817905 4 0.4144 0.102634 0.072 0.000 0.000 0.728 0.000 0.200
#> SRR1337909 6 0.3009 0.306443 0.084 0.000 0.004 0.052 0.004 0.856
#> SRR661723 3 0.0717 0.771196 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1314163 4 0.5261 -0.109405 0.444 0.000 0.000 0.460 0.000 0.096
#> SRR1489155 5 0.5103 0.562725 0.000 0.000 0.132 0.004 0.636 0.228
#> SRR1398992 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.4407 0.747413 0.000 0.000 0.732 0.060 0.020 0.188
#> SRR1472193 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.1332 0.694841 0.000 0.000 0.008 0.028 0.952 0.012
#> SRR820078 1 0.1327 0.861897 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0865 0.974385 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR819534 3 0.1268 0.761877 0.000 0.000 0.952 0.008 0.036 0.004
#> SRR820468 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.5736 0.003565 0.188 0.000 0.000 0.492 0.000 0.320
#> SRR1396078 6 0.7450 0.113251 0.000 0.000 0.204 0.204 0.196 0.396
#> SRR1443612 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 6 0.4080 0.218343 0.000 0.000 0.000 0.456 0.008 0.536
#> SRR1362777 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 6 0.5769 0.115398 0.000 0.000 0.084 0.312 0.044 0.560
#> SRR1073143 1 0.4407 0.213122 0.492 0.000 0.000 0.484 0.000 0.024
#> SRR1444622 5 0.5824 0.472479 0.000 0.000 0.108 0.032 0.548 0.312
#> SRR662570 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.7120 0.181980 0.120 0.000 0.104 0.480 0.020 0.276
#> SRR1323043 1 0.1225 0.865624 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000 0.012
#> SRR1475022 5 0.3808 0.626999 0.000 0.000 0.004 0.284 0.700 0.012
#> SRR1080927 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.4896 0.729905 0.000 0.000 0.696 0.084 0.028 0.192
#> SRR603596 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.6780 -0.142382 0.000 0.000 0.108 0.400 0.384 0.108
#> SRR615467 3 0.3077 0.757026 0.000 0.000 0.852 0.012 0.052 0.084
#> SRR660638 3 0.5008 0.709972 0.000 0.000 0.676 0.072 0.032 0.220
#> SRR1360383 6 0.6619 0.146404 0.000 0.000 0.100 0.268 0.124 0.508
#> SRR1354577 5 0.1501 0.702043 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR608230 3 0.4678 0.745952 0.000 0.000 0.720 0.068 0.032 0.180
#> SRR1320873 4 0.6409 0.202958 0.092 0.000 0.024 0.508 0.040 0.336
#> SRR1336379 6 0.5042 0.209543 0.004 0.000 0.000 0.412 0.064 0.520
#> SRR1325665 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.5818 -0.013124 0.196 0.000 0.000 0.464 0.000 0.340
#> SRR1477634 4 0.5910 -0.015870 0.220 0.000 0.000 0.448 0.000 0.332
#> SRR1444876 4 0.7330 -0.063141 0.000 0.000 0.108 0.356 0.256 0.280
#> SRR1101421 1 0.5288 0.194081 0.476 0.000 0.000 0.424 0.000 0.100
#> SRR613354 4 0.5809 0.173762 0.024 0.000 0.068 0.560 0.020 0.328
#> SRR1434782 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.6668 0.063998 0.004 0.000 0.256 0.420 0.028 0.292
#> SRR1324431 6 0.6798 0.027087 0.084 0.000 0.000 0.388 0.140 0.388
#> SRR1442356 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 4 0.6682 0.146654 0.004 0.000 0.108 0.508 0.104 0.276
#> SRR655684 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1141 0.864219 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1397073 6 0.3811 0.313676 0.004 0.000 0.056 0.052 0.068 0.820
#> SRR1455060 2 0.0937 0.972081 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1341008 6 0.4865 0.258186 0.008 0.000 0.032 0.076 0.160 0.724
#> SRR1087031 4 0.3656 0.161832 0.108 0.000 0.012 0.808 0.000 0.072
#> SRR1489177 5 0.6091 0.407255 0.000 0.000 0.016 0.332 0.476 0.176
#> SRR1350525 3 0.0260 0.769224 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1440517 4 0.6598 0.179586 0.076 0.000 0.120 0.496 0.004 0.304
#> SRR1320093 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0865 0.864779 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR604318 4 0.5236 0.185840 0.028 0.000 0.004 0.572 0.040 0.356
#> SRR1320280 1 0.0603 0.864367 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1082262 1 0.2946 0.764449 0.812 0.000 0.000 0.176 0.000 0.012
#> SRR1379238 6 0.4143 0.270462 0.124 0.000 0.004 0.116 0.000 0.756
#> SRR1385080 6 0.4381 0.217552 0.004 0.000 0.000 0.456 0.016 0.524
#> SRR1316921 4 0.6092 0.194843 0.096 0.000 0.004 0.496 0.040 0.364
#> SRR1097752 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.4573 0.620572 0.716 0.000 0.004 0.100 0.004 0.176
#> SRR1498272 1 0.1082 0.865909 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR814989 1 0.0146 0.863256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320892 6 0.7479 0.065528 0.000 0.000 0.220 0.268 0.152 0.360
#> SRR818418 6 0.6362 0.036068 0.132 0.000 0.028 0.288 0.020 0.532
#> SRR1474553 1 0.0547 0.865702 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.4481 0.751722 0.000 0.000 0.736 0.056 0.032 0.176
#> SRR1079281 4 0.5204 -0.152134 0.000 0.000 0.008 0.528 0.072 0.392
#> SRR656493 3 0.6451 0.280465 0.000 0.000 0.416 0.264 0.020 0.300
#> SRR1328599 3 0.5695 0.620190 0.000 0.000 0.596 0.120 0.032 0.252
#> SRR655218 4 0.5196 0.182759 0.028 0.000 0.004 0.568 0.036 0.364
#> SRR1416754 6 0.3836 0.311952 0.008 0.000 0.040 0.056 0.076 0.820
#> SRR1488562 4 0.6612 0.163066 0.004 0.000 0.140 0.540 0.092 0.224
#> SRR1084842 1 0.0146 0.863256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.6351 0.416269 0.000 0.000 0.472 0.240 0.024 0.264
#> SRR1468514 1 0.1501 0.857640 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.4302 0.587703 0.000 0.000 0.324 0.004 0.644 0.028
#> SRR1481216 1 0.0260 0.861508 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.5919 0.016051 0.288 0.000 0.000 0.464 0.000 0.248
#> SRR1499442 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3740 0.628707 0.000 0.000 0.032 0.000 0.740 0.228
#> SRR1445328 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 6 0.3979 0.218112 0.000 0.000 0.000 0.456 0.004 0.540
#> SRR1415095 4 0.8085 0.085219 0.104 0.000 0.060 0.328 0.320 0.188
#> SRR1499982 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 6 0.4898 0.062274 0.024 0.000 0.032 0.352 0.000 0.592
#> SRR597927 4 0.5774 -0.048730 0.176 0.000 0.000 0.440 0.000 0.384
#> SRR1479239 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.5237 0.554798 0.000 0.000 0.160 0.004 0.624 0.212
#> SRR1490019 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.2512 0.818670 0.880 0.000 0.000 0.060 0.000 0.060
#> SRR663261 4 0.7173 0.020178 0.000 0.000 0.268 0.400 0.236 0.096
#> SRR1432343 6 0.4111 0.217128 0.004 0.000 0.000 0.456 0.004 0.536
#> SRR1459585 5 0.4465 0.576072 0.000 0.000 0.332 0.004 0.628 0.036
#> SRR1434271 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4169 0.759584 0.000 0.000 0.756 0.036 0.032 0.176
#> SRR612443 3 0.6321 0.486446 0.000 0.000 0.496 0.196 0.032 0.276
#> SRR1473936 3 0.7515 0.065803 0.000 0.000 0.344 0.220 0.156 0.280
#> SRR1455698 5 0.2632 0.694520 0.000 0.000 0.000 0.164 0.832 0.004
#> SRR1331335 1 0.3336 0.752884 0.812 0.000 0.000 0.056 0.000 0.132
#> SRR659187 4 0.5319 -0.133068 0.088 0.000 0.000 0.456 0.004 0.452
#> SRR1417912 1 0.0405 0.861819 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1316940 6 0.6902 0.095073 0.000 0.000 0.212 0.280 0.072 0.436
#> SRR1500753 1 0.0363 0.864265 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.3295 0.755077 0.816 0.000 0.000 0.056 0.000 0.128
#> SRR615934 3 0.1194 0.764311 0.000 0.000 0.956 0.008 0.032 0.004
#> SRR1411024 6 0.4111 0.217128 0.004 0.000 0.000 0.456 0.004 0.536
#> SRR1469904 1 0.1970 0.845994 0.900 0.000 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1311794 4 0.6480 0.189096 0.112 0.000 0.096 0.552 0.004 0.236
#> SRR657754 1 0.2146 0.831597 0.880 0.000 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR1464451 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.4195 0.586820 0.000 0.000 0.008 0.328 0.648 0.016
#> SRR1444460 6 0.5379 -0.000876 0.004 0.000 0.068 0.392 0.012 0.524
#> SRR1333587 4 0.5820 0.149499 0.008 0.000 0.132 0.536 0.008 0.316
#> SRR1307770 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.5016 -0.175531 0.000 0.000 0.004 0.504 0.060 0.432
#> SRR1366433 4 0.4444 0.069873 0.068 0.000 0.000 0.676 0.000 0.256
#> SRR1480479 4 0.4507 0.043042 0.048 0.000 0.004 0.676 0.004 0.268
#> SRR1470175 4 0.8071 0.126163 0.124 0.000 0.092 0.360 0.104 0.320
#> SRR598768 1 0.4493 0.424246 0.596 0.000 0.000 0.040 0.000 0.364
#> SRR1335400 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.5779 -0.034220 0.180 0.000 0.000 0.452 0.000 0.368
#> SRR820133 4 0.6273 0.160639 0.008 0.000 0.128 0.612 0.120 0.132
#> SRR1348424 3 0.0146 0.773382 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382956 5 0.3248 0.669000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.804 0.164
#> SRR1339549 5 0.5912 0.346550 0.000 0.000 0.004 0.356 0.456 0.184
#> SRR821434 4 0.5031 0.176217 0.020 0.000 0.052 0.724 0.048 0.156
#> SRR662546 4 0.4305 0.087419 0.068 0.000 0.000 0.700 0.000 0.232
#> SRR1319816 5 0.4518 0.558497 0.000 0.000 0.348 0.004 0.612 0.036
#> SRR1078347 3 0.5964 0.524304 0.000 0.000 0.540 0.156 0.024 0.280
#> SRR1435293 6 0.7499 0.091722 0.048 0.000 0.060 0.188 0.268 0.436
#> SRR1408208 1 0.0146 0.863256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.4886 0.572687 0.000 0.000 0.100 0.004 0.652 0.244
#> SRR1499193 6 0.4291 0.119475 0.012 0.000 0.012 0.316 0.004 0.656
#> SRR1467294 5 0.5399 0.548350 0.000 0.000 0.220 0.004 0.600 0.176
#> SRR1359649 6 0.6378 0.195431 0.000 0.000 0.084 0.140 0.220 0.556
#> SRR1335688 3 0.5726 0.242013 0.000 0.000 0.564 0.020 0.284 0.132
#> SRR1370129 3 0.3563 0.782055 0.000 0.000 0.808 0.012 0.048 0.132
#> SRR1321966 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.1267 0.862758 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.1556 0.702763 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1416999 1 0.4307 0.630214 0.704 0.000 0.000 0.072 0.000 0.224
#> SRR1334564 1 0.0363 0.860281 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3206 0.774510 0.000 0.000 0.828 0.000 0.104 0.068
#> SRR1498861 4 0.4989 0.171324 0.028 0.000 0.028 0.556 0.000 0.388
#> SRR1317877 1 0.2030 0.839150 0.908 0.000 0.000 0.028 0.000 0.064
#> SRR1329885 3 0.3580 0.766554 0.000 0.000 0.808 0.020 0.036 0.136
#> SRR1459718 1 0.0632 0.864498 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.772493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.5480 0.010889 0.000 0.000 0.048 0.660 0.148 0.144
#> SRR1487685 4 0.6026 0.103448 0.004 0.000 0.136 0.480 0.016 0.364
#> SRR1455925 1 0.1387 0.860630 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.2458 0.786710 0.000 0.000 0.892 0.016 0.024 0.068
#> SRR1313932 6 0.4935 0.152723 0.052 0.000 0.000 0.460 0.004 0.484
#> SRR603397 3 0.0725 0.780203 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1099023 5 0.2003 0.704575 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1700 0.778295 0.000 0.000 0.936 0.012 0.028 0.024
#> SRR1334741 4 0.6071 -0.148414 0.000 0.000 0.004 0.416 0.220 0.360
#> SRR656564 6 0.5155 0.136439 0.012 0.000 0.060 0.308 0.008 0.612
#> SRR608174 4 0.4203 0.098110 0.068 0.000 0.000 0.716 0.000 0.216
#> SRR1320963 1 0.4446 0.450973 0.612 0.000 0.000 0.040 0.000 0.348
#> SRR661973 1 0.4399 0.268424 0.516 0.000 0.000 0.460 0.000 0.024
#> SRR598533 2 0.1082 0.969486 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR613270 2 0.0000 0.994209 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.1082 0.969486 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1480365 1 0.4467 0.504004 0.632 0.000 0.000 0.048 0.000 0.320
#> SRR602927 1 0.4107 0.569072 0.684 0.000 0.000 0.280 0.000 0.036
#> SRR1315799 2 0.1010 0.972083 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1432275 4 0.4908 0.126381 0.008 0.000 0.044 0.520 0.000 0.428
#> SRR1475909 4 0.6198 0.111185 0.004 0.000 0.216 0.492 0.012 0.276
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.896 0.919 0.968 0.3266 0.692 0.692
#> 3 3 0.979 0.951 0.981 0.8132 0.664 0.531
#> 4 4 0.951 0.919 0.967 0.2363 0.816 0.571
#> 5 5 0.903 0.890 0.940 0.0553 0.935 0.766
#> 6 6 0.904 0.866 0.919 0.0338 0.937 0.741
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.3114 0.9173 0.944 0.056
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.3733 0.9014 0.928 0.072
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0376 0.9645 0.996 0.004
#> SRR1340508 1 0.5059 0.8587 0.888 0.112
#> SRR1360868 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.9795 0.2987 0.584 0.416
#> SRR1486560 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.9460 0.4370 0.636 0.364
#> SRR598124 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.5178 0.8542 0.884 0.116
#> SRR1467590 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.6531 0.7897 0.832 0.168
#> SRR655375 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.5059 0.8587 0.888 0.112
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.9087 0.5139 0.324 0.676
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.4298 0.8849 0.912 0.088
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.8608 0.6067 0.716 0.284
#> SRR612455 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.8763 0.5710 0.296 0.704
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.9866 0.2502 0.568 0.432
#> SRR608662 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.9775 0.3104 0.588 0.412
#> SRR817775 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.5946 0.8207 0.856 0.144
#> SRR819946 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.5059 0.8587 0.888 0.112
#> SRR665563 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.9170 0.5100 0.668 0.332
#> SRR1358102 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.9993 0.0688 0.516 0.484
#> SRR1415732 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0672 0.9611 0.992 0.008
#> SRR1468381 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.1843 0.9436 0.972 0.028
#> SRR1409351 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.9608 0.3870 0.616 0.384
#> SRR604026 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.5059 0.8587 0.888 0.112
#> SRR1357189 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.8608 0.6066 0.716 0.284
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.7815 0.6962 0.768 0.232
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.9491 0.4273 0.632 0.368
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1317344 2 0.9933 0.1656 0.452 0.548
#> SRR817978 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.7950 0.6833 0.760 0.240
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.4161 0.8891 0.916 0.084
#> SRR608002 1 0.8955 0.5520 0.688 0.312
#> SRR1360563 1 0.9710 0.3442 0.600 0.400
#> SRR1414684 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0376 0.9644 0.996 0.004
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.6887 0.7678 0.816 0.184
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.9983 0.0994 0.524 0.476
#> SRR1370619 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1469495 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.6973 0.7623 0.812 0.188
#> SRR1370405 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.4690 0.8721 0.900 0.100
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.9754 0.3218 0.592 0.408
#> SRR660626 2 0.9993 0.0487 0.484 0.516
#> SRR812436 1 1.0000 0.0209 0.504 0.496
#> SRR1312103 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.9963 0.1433 0.536 0.464
#> SRR1488651 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR817686 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.4690 0.8721 0.900 0.100
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.5737 0.8305 0.864 0.136
#> SRR1444622 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0672 0.9611 0.992 0.008
#> SRR1475022 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0376 0.9645 0.996 0.004
#> SRR1336379 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.2043 0.9281 0.032 0.968
#> SRR655684 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.3431 0.9094 0.936 0.064
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.9491 0.4273 0.632 0.368
#> SRR602516 2 0.7883 0.6769 0.236 0.764
#> SRR604318 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.5519 0.8401 0.872 0.128
#> SRR1082262 1 0.1633 0.9472 0.976 0.024
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.1633 0.9472 0.976 0.024
#> SRR814989 2 0.9044 0.5225 0.320 0.680
#> SRR1320892 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.9661 0.3659 0.608 0.392
#> SRR1430884 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1084842 2 0.9993 0.0487 0.484 0.516
#> SRR819999 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.9815 0.2869 0.580 0.420
#> SRR1474065 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.8207 0.6565 0.744 0.256
#> SRR1333694 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.3114 0.9173 0.944 0.056
#> SRR1316940 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.9754 0.3037 0.408 0.592
#> SRR657635 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.8555 0.6139 0.720 0.280
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.7299 0.7392 0.796 0.204
#> SRR1443895 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1335400 2 0.9988 0.0643 0.480 0.520
#> SRR1418923 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1319816 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.9944 0.1713 0.544 0.456
#> SRR1332317 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.9552 0.4074 0.624 0.376
#> SRR660661 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.9286 0.4836 0.656 0.344
#> SRR615731 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1455925 2 0.7883 0.6769 0.236 0.764
#> SRR1390516 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.1633 0.9472 0.976 0.024
#> SRR598533 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.4690 0.8720 0.900 0.100
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.2066 0.8892 0.060 0.000 0.940
#> SRR662725 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0892 0.9282 0.020 0.000 0.980
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.2165 0.8849 0.064 0.000 0.936
#> SRR615141 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 3 0.4555 0.7296 0.200 0.000 0.800
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.4291 0.7673 0.820 0.000 0.180
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0424 0.9390 0.008 0.000 0.992
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0592 0.9355 0.012 0.000 0.988
#> SRR661433 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 1 0.5678 0.5154 0.684 0.000 0.316
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.4842 0.6994 0.224 0.000 0.776
#> SRR1474466 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0237 0.9821 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0592 0.9356 0.012 0.000 0.988
#> SRR604074 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.6154 0.3618 0.408 0.000 0.592
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487295 1 0.6235 0.1798 0.564 0.000 0.436
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.4346 0.7640 0.816 0.000 0.184
#> SRR664842 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.5363 0.6294 0.276 0.000 0.724
#> SRR1335707 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.2537 0.9004 0.920 0.000 0.080
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.2537 0.8680 0.080 0.000 0.920
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 3 0.4931 0.6880 0.232 0.000 0.768
#> SRR1320916 3 0.4555 0.7298 0.200 0.000 0.800
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 3 0.2066 0.8890 0.060 0.000 0.940
#> SRR600385 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.5835 0.4942 0.000 0.340 0.660
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.6225 0.2925 0.432 0.000 0.568
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.5016 0.6695 0.760 0.000 0.240
#> SRR1468974 1 0.5733 0.4971 0.676 0.000 0.324
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0592 0.9356 0.012 0.000 0.988
#> SRR1487107 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.6095 0.4033 0.392 0.000 0.608
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.4504 0.7345 0.196 0.000 0.804
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.4399 0.7442 0.188 0.000 0.812
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.0237 0.9821 0.996 0.000 0.004
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360383 1 0.5216 0.6316 0.740 0.000 0.260
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 3 0.6045 0.4334 0.380 0.000 0.620
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.6225 0.2923 0.432 0.000 0.568
#> SRR1324431 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2878 0.8834 0.904 0.096 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 3 0.5810 0.5327 0.336 0.000 0.664
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.1031 0.9244 0.024 0.000 0.976
#> SRR1328599 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3038 0.8417 0.104 0.000 0.896
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.6008 0.4526 0.372 0.000 0.628
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR612443 3 0.5810 0.5327 0.336 0.000 0.664
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.3038 0.8417 0.104 0.000 0.896
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.5098 0.6685 0.248 0.000 0.752
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0592 0.9741 0.988 0.000 0.012
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.1529 0.9462 0.960 0.040 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.6302 0.0135 0.520 0.000 0.480
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 1 0.4974 0.6760 0.764 0.000 0.236
#> SRR1339549 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0592 0.9356 0.012 0.000 0.988
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 1 0.6026 0.3649 0.624 0.000 0.376
#> SRR1487685 1 0.5058 0.6617 0.756 0.000 0.244
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9457 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9860 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.4121 0.7689 0.168 0.000 0.832
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.2081 0.86534 0.000 0.0 0.916 0.084
#> SRR1436966 3 0.3400 0.75471 0.000 0.0 0.820 0.180
#> SRR614802 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0592 0.92099 0.016 0.0 0.984 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0336 0.96679 0.992 0.0 0.008 0.000
#> SRR1348861 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0188 0.92994 0.004 0.0 0.996 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1417070 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.3342 0.83559 0.032 0.0 0.868 0.100
#> SRR615141 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.6969 0.51797 0.224 0.0 0.584 0.192
#> SRR1358561 3 0.3610 0.73890 0.000 0.0 0.800 0.200
#> SRR1498640 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1429957 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1330656 1 0.5387 0.27613 0.584 0.0 0.400 0.016
#> SRR1388305 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.3266 0.77676 0.168 0.0 0.000 0.832
#> SRR1439807 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.1474 0.92366 0.948 0.0 0.052 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0707 0.95530 0.980 0.0 0.020 0.000
#> SRR1444559 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0469 0.94457 0.012 0.0 0.000 0.988
#> SRR1437306 4 0.2281 0.86105 0.096 0.0 0.000 0.904
#> SRR657731 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.1118 0.94036 0.964 0.0 0.036 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1082759 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662091 1 0.4855 0.32706 0.600 0.0 0.000 0.400
#> SRR608598 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.4898 0.31275 0.416 0.0 0.584 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.3400 0.76852 0.820 0.0 0.000 0.180
#> SRR657587 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.5550 0.63830 0.248 0.0 0.692 0.060
#> SRR1474466 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.2797 0.88304 0.900 0.0 0.032 0.068
#> SRR1455171 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817758 1 0.1118 0.94032 0.964 0.0 0.036 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.4855 0.34582 0.000 0.0 0.600 0.400
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0336 0.94797 0.008 0.0 0.000 0.992
#> SRR1350456 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.4134 0.65455 0.260 0.0 0.740 0.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0188 0.95128 0.004 0.0 0.000 0.996
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.4972 0.12891 0.544 0.0 0.456 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.1716 0.90959 0.936 0.0 0.000 0.064
#> SRR614083 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.4761 0.38532 0.628 0.0 0.372 0.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1335707 1 0.3569 0.74514 0.804 0.0 0.000 0.196
#> SRR1401276 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.3444 0.75870 0.184 0.0 0.816 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0707 0.91812 0.020 0.0 0.980 0.000
#> SRR1472150 4 0.4925 0.23704 0.000 0.0 0.428 0.572
#> SRR1329090 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.2081 0.87402 0.084 0.0 0.000 0.916
#> SRR1387264 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.4888 0.27741 0.588 0.0 0.412 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.3610 0.72958 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1457221 4 0.0707 0.93780 0.000 0.0 0.020 0.980
#> SRR807591 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.4008 0.66068 0.000 0.0 0.756 0.244
#> SRR1370173 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0188 0.97037 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR812012 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.3486 0.75169 0.188 0.0 0.000 0.812
#> SRR1469495 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1378841 4 0.7323 0.17014 0.388 0.0 0.156 0.456
#> SRR1375616 3 0.4977 0.15039 0.000 0.0 0.540 0.460
#> SRR1381566 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1468974 4 0.7816 0.08274 0.272 0.0 0.316 0.412
#> SRR1470111 3 0.4679 0.44969 0.000 0.0 0.648 0.352
#> SRR1079168 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.1716 0.89470 0.064 0.0 0.000 0.936
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1389 0.89408 0.048 0.0 0.952 0.000
#> SRR1487107 4 0.0336 0.94797 0.008 0.0 0.000 0.992
#> SRR1348159 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.1716 0.91193 0.936 0.0 0.000 0.064
#> SRR1444678 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.4877 0.30554 0.408 0.0 0.000 0.592
#> SRR1359388 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.7036 0.49969 0.212 0.0 0.576 0.212
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.2081 0.86533 0.000 0.0 0.916 0.084
#> SRR820078 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.3649 0.73709 0.204 0.0 0.796 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.4331 0.58866 0.712 0.0 0.000 0.288
#> SRR1073143 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1444622 4 0.7558 0.02127 0.192 0.0 0.380 0.428
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0592 0.92128 0.016 0.0 0.984 0.000
#> SRR1360383 4 0.7330 0.34389 0.304 0.0 0.184 0.512
#> SRR1354577 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1444876 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.4500 0.55231 0.316 0.0 0.684 0.000
#> SRR1324431 4 0.0188 0.95128 0.004 0.0 0.000 0.996
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.4585 0.47550 0.668 0.0 0.000 0.332
#> SRR1087031 4 0.0817 0.93372 0.024 0.0 0.000 0.976
#> SRR1489177 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0336 0.96666 0.992 0.0 0.000 0.008
#> SRR1320280 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0188 0.97032 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0188 0.92993 0.004 0.0 0.996 0.000
#> SRR1328599 3 0.0188 0.92994 0.004 0.0 0.996 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3444 0.75863 0.184 0.0 0.816 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.1389 0.91079 0.048 0.0 0.000 0.952
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.4855 0.32776 0.400 0.0 0.000 0.600
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.2281 0.86105 0.096 0.0 0.000 0.904
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0817 0.93372 0.024 0.0 0.000 0.976
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.3942 0.69177 0.236 0.0 0.764 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.2530 0.84226 0.000 0.0 0.112 0.888
#> SRR1432343 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.4996 0.08802 0.484 0.0 0.516 0.000
#> SRR1473936 3 0.0707 0.91853 0.000 0.0 0.980 0.020
#> SRR1455698 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.4382 0.59086 0.296 0.0 0.704 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.4994 0.11147 0.480 0.0 0.520 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR820133 4 0.3024 0.79647 0.000 0.0 0.148 0.852
#> SRR1348424 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1382956 4 0.3610 0.73082 0.200 0.0 0.000 0.800
#> SRR1339549 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.2647 0.83391 0.120 0.0 0.000 0.880
#> SRR662546 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.1211 0.90118 0.040 0.0 0.960 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.1867 0.87662 0.000 0.0 0.928 0.072
#> SRR1499193 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.5000 -0.00715 0.500 0.0 0.000 0.500
#> SRR1335688 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1487685 1 0.7028 0.37327 0.568 0.0 0.260 0.172
#> SRR1455925 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.4948 0.21355 0.000 0.0 0.560 0.440
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.93263 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.95443 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.97387 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0921 0.91163 0.028 0.0 0.972 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0703 0.9039 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0290 0.9674 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0609 0.9054 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1330061 4 0.4307 -0.0782 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR662725 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1313951 4 0.0794 0.9502 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1339218 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3074 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0162 0.9140 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.3143 0.6712 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1436966 5 0.3282 0.6846 0.000 0.000 0.188 0.008 0.804
#> SRR614802 1 0.0609 0.9436 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1388979 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.3231 0.7850 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.1478 0.8694 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1083100 1 0.4545 0.7029 0.748 0.000 0.040 0.016 0.196
#> SRR1348861 4 0.1121 0.9502 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1072367 3 0.1043 0.8840 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.3143 0.7023 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1392637 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.2424 0.8547 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0290 0.9519 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR598124 5 0.3953 0.7412 0.148 0.000 0.060 0.000 0.792
#> SRR615141 4 0.1043 0.9533 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR601122 4 0.0162 0.9676 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1397008 5 0.3366 0.7256 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1358561 5 0.3993 0.6920 0.000 0.000 0.028 0.216 0.756
#> SRR1498640 1 0.0404 0.9494 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1429957 5 0.3636 0.6327 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0404 0.9115 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.2332 0.6992 0.076 0.000 0.004 0.016 0.904
#> SRR1388305 1 0.0609 0.9437 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0794 0.9611 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR661325 4 0.0794 0.9502 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0162 0.9676 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394713 4 0.0794 0.9613 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1500405 4 0.1341 0.9398 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1354446 1 0.0609 0.9435 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1467455 3 0.6974 0.2785 0.300 0.000 0.480 0.024 0.196
#> SRR1444559 5 0.3074 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1381543 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2648 0.8256 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR660007 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0404 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1437306 4 0.0671 0.9655 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR657731 3 0.0162 0.9140 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661005 1 0.2377 0.8073 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.5264 0.5961 0.676 0.000 0.000 0.128 0.196
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1082759 5 0.3074 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.4134 0.7203 0.760 0.000 0.000 0.044 0.196
#> SRR612455 3 0.1121 0.8964 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR818210 1 0.0794 0.9372 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0510 0.9049 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0162 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0162 0.9542 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657348 4 0.0404 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR662091 5 0.4291 0.3364 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR608598 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.3003 0.7723 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR661433 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.3395 0.6749 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1319539 1 0.3209 0.7162 0.812 0.000 0.008 0.000 0.180
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0898 0.9618 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.3999 0.3478 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR657587 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.3636 0.6955 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1474466 4 0.0404 0.9674 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 5 0.4074 0.5693 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0566 0.9470 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR817758 1 0.0162 0.9535 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.3534 0.6535 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR604074 3 0.1341 0.8899 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820209 5 0.6285 0.5109 0.000 0.000 0.244 0.220 0.536
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0404 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.1197 0.9469 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 5 0.4410 0.6089 0.196 0.000 0.044 0.008 0.752
#> SRR1421093 5 0.3395 0.6410 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR661133 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.2377 0.8602 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0162 0.9537 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0609 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.2127 0.8849 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1355040 1 0.0162 0.9542 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409351 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.1798 0.8995 0.928 0.000 0.004 0.004 0.064
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1319837 1 0.3829 0.7388 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.3336 0.6486 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.3745 0.7431 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR607337 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.3010 0.8059 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.2230 0.8523 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.4134 0.7197 0.760 0.000 0.000 0.044 0.196
#> SRR614083 3 0.3318 0.7850 0.000 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0404 0.9098 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR816721 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.4854 0.6681 0.724 0.000 0.072 0.008 0.196
#> SRR664842 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.3353 0.7813 0.000 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR657891 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0963 0.9561 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1335707 5 0.4015 0.5964 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1401276 1 0.3745 0.7431 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR627421 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661995 1 0.3829 0.7388 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR1471922 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.6160 0.1647 0.132 0.000 0.420 0.000 0.448
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.4268 0.1129 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.3452 0.6505 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR664048 3 0.1908 0.8681 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1500998 4 0.1197 0.9469 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1320916 3 0.3718 0.7710 0.004 0.000 0.784 0.016 0.196
#> SRR1472150 5 0.4232 0.7562 0.116 0.000 0.048 0.032 0.804
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0290 0.9674 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0510 0.9600 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604050 3 0.3618 0.7743 0.004 0.000 0.788 0.012 0.196
#> SRR600385 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.1965 0.8400 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457221 5 0.4524 0.5227 0.000 0.000 0.020 0.336 0.644
#> SRR807591 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3395 0.6750 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR660895 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0794 0.9045 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1336006 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR613114 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.3419 0.6906 0.000 0.000 0.180 0.016 0.804
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408327 5 0.4322 0.7263 0.000 0.000 0.088 0.144 0.768
#> SRR1405485 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR812012 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.1121 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1469495 5 0.3274 0.6571 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1378841 5 0.3282 0.7440 0.188 0.000 0.000 0.008 0.804
#> SRR1375616 5 0.3196 0.7110 0.000 0.000 0.004 0.192 0.804
#> SRR1381566 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0963 0.9561 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1468974 5 0.2484 0.7062 0.068 0.000 0.028 0.004 0.900
#> SRR1470111 5 0.3918 0.7340 0.000 0.000 0.100 0.096 0.804
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.2230 0.8523 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0510 0.9600 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.5251 0.6665 0.136 0.000 0.184 0.000 0.680
#> SRR1487107 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.3745 0.7431 0.780 0.000 0.000 0.024 0.196
#> SRR614443 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0162 0.9537 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341702 5 0.4283 0.3615 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.2471 0.8378 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0290 0.9519 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR812436 1 0.0404 0.9493 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312103 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0290 0.9125 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR660933 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.4015 0.5936 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1359388 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR817686 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.4473 0.5564 0.656 0.000 0.000 0.020 0.324
#> SRR612380 4 0.0162 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR817905 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.4341 0.5657 0.364 0.000 0.008 0.000 0.628
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0510 0.9049 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.3074 0.6780 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR820078 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.3861 0.6821 0.284 0.000 0.004 0.000 0.712
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0609 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.4030 0.5896 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1073143 1 0.0290 0.9519 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444622 5 0.3282 0.7440 0.188 0.000 0.000 0.008 0.804
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.3480 0.6674 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.2179 0.8550 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.3508 0.6572 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR615467 3 0.1544 0.8694 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR660638 3 0.3462 0.7777 0.000 0.000 0.792 0.012 0.196
#> SRR1360383 5 0.3109 0.7385 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1354577 5 0.3074 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR608230 3 0.2471 0.8378 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1320873 1 0.3829 0.7387 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR1336379 4 0.0162 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1477634 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444876 4 0.1478 0.9322 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.3933 0.7390 0.776 0.000 0.008 0.020 0.196
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.3837 0.4752 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0510 0.9600 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3829 0.7388 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.1638 0.9092 0.004 0.000 0.000 0.932 0.064
#> SRR1087031 4 0.0510 0.9600 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489177 5 0.3774 0.5970 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.3562 0.7512 0.788 0.000 0.000 0.016 0.196
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0510 0.9464 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR604318 1 0.4747 0.6659 0.720 0.000 0.000 0.084 0.196
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1316921 1 0.3988 0.7296 0.768 0.000 0.000 0.036 0.196
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0703 0.9404 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1320892 3 0.4375 0.1733 0.004 0.000 0.576 0.000 0.420
#> SRR818418 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0290 0.9519 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR656493 3 0.0404 0.9080 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.3353 0.7813 0.000 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR655218 1 0.4204 0.7157 0.756 0.000 0.000 0.048 0.196
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.3829 0.7388 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR1084842 1 0.0510 0.9464 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2891 0.7045 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0404 0.9098 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1481216 1 0.0290 0.9519 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474065 4 0.0510 0.9600 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3550 0.7253 0.236 0.000 0.000 0.004 0.760
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1415095 4 0.0566 0.9664 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0404 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.3452 0.5927 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0693 0.9646 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1432343 4 0.0162 0.9676 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459585 3 0.4302 -0.0342 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.3718 0.7705 0.004 0.000 0.784 0.016 0.196
#> SRR1473936 5 0.3177 0.6675 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1455698 5 0.3274 0.6900 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.4201 0.4798 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1500753 1 0.0703 0.9404 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR657635 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0404 0.9671 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.2929 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.6831 0.2541 0.504 0.000 0.280 0.020 0.196
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0609 0.9651 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1366433 4 0.0162 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480479 4 0.0510 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0290 0.9648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR820133 4 0.0404 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.3691 0.7553 0.156 0.000 0.000 0.040 0.804
#> SRR1339549 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR821434 4 0.0609 0.9570 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR662546 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.2732 0.7758 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1078347 3 0.4028 0.6455 0.192 0.000 0.768 0.000 0.040
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0162 0.9542 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332317 5 0.1671 0.6980 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1499193 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467294 5 0.3424 0.6349 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1359649 5 0.0451 0.7033 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1335688 5 0.3424 0.6358 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.3074 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0162 0.9537 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.2230 0.8245 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1487685 5 0.3336 0.7264 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1455925 1 0.0609 0.9435 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9674 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.3196 0.7110 0.000 0.000 0.004 0.192 0.804
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9158 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0703 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR656564 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0162 0.9664 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0290 0.9519 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9563 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0290 0.9508 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475909 3 0.6495 0.3669 0.264 0.000 0.532 0.008 0.196
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0458 0.913 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333930 1 0.1007 0.935 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1085850 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379450 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1077405 3 0.0458 0.911 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330061 4 0.3351 0.617 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR662725 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313951 4 0.0520 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1339218 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1417505 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1407134 1 0.0603 0.957 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1457418 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0790 0.729 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1075898 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1498482 3 0.2706 0.770 0.000 0.000 0.832 0.000 0.008 0.160
#> SRR1359673 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352706 5 0.0458 0.730 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1436966 5 0.0790 0.728 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR614802 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388979 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360868 6 0.3314 0.665 0.004 0.000 0.256 0.000 0.000 0.740
#> SRR1440699 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.5440 0.537 0.000 0.000 0.224 0.000 0.576 0.200
#> SRR1083100 6 0.3240 0.676 0.244 0.000 0.000 0.004 0.000 0.752
#> SRR1348861 4 0.1957 0.874 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1072367 3 0.1814 0.789 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.2482 0.677 0.000 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR1390601 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486560 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1315761 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.2883 0.749 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.2653 0.714 0.012 0.000 0.000 0.000 0.844 0.144
#> SRR615141 4 0.0363 0.960 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR601122 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397008 5 0.3373 0.521 0.248 0.000 0.000 0.000 0.744 0.008
#> SRR1358561 5 0.5296 0.512 0.000 0.000 0.152 0.260 0.588 0.000
#> SRR1498640 6 0.3866 0.225 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1429957 5 0.3672 0.391 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.3647 0.299 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1394936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659121 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330656 6 0.2431 0.568 0.008 0.000 0.000 0.000 0.132 0.860
#> SRR1388305 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406917 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0937 0.941 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR661325 4 0.0717 0.955 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1439807 1 0.0363 0.959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1352129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.1327 0.921 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0260 0.962 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0146 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500405 4 0.1610 0.903 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1354446 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467455 6 0.4179 0.710 0.192 0.000 0.048 0.016 0.000 0.744
#> SRR1444559 5 0.2597 0.658 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 6 0.2400 0.671 0.004 0.000 0.116 0.000 0.008 0.872
#> SRR660007 3 0.4809 0.515 0.000 0.000 0.668 0.000 0.140 0.192
#> SRR655649 4 0.0405 0.962 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1437306 4 0.0865 0.944 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR657731 3 0.2553 0.777 0.000 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR661005 1 0.3756 0.567 0.712 0.000 0.268 0.000 0.000 0.020
#> SRR600608 1 0.0547 0.955 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR655923 3 0.0458 0.913 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334717 6 0.4140 0.683 0.152 0.000 0.000 0.104 0.000 0.744
#> SRR1401552 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0632 0.952 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1082759 5 0.0458 0.730 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0260 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316815 1 0.0260 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072797 6 0.3953 0.692 0.196 0.000 0.000 0.060 0.000 0.744
#> SRR612455 6 0.3765 0.454 0.000 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR818210 1 0.0508 0.959 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1488751 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657348 4 0.0291 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR662091 1 0.3221 0.635 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608662 1 0.1958 0.864 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1361567 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819134 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311400 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.2941 0.737 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.3782 0.278 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1319539 1 0.3531 0.497 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.1970 0.868 0.000 0.000 0.092 0.900 0.008 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.2009 0.885 0.908 0.000 0.000 0.000 0.068 0.024
#> SRR657587 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.3620 0.390 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0146 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358102 1 0.3828 0.731 0.776 0.000 0.000 0.000 0.100 0.124
#> SRR1455171 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.3266 0.582 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR817758 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821019 3 0.3612 0.697 0.000 0.000 0.764 0.000 0.036 0.200
#> SRR1330675 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.3054 0.656 0.000 0.000 0.000 0.036 0.828 0.136
#> SRR604074 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820209 5 0.3892 0.682 0.000 0.000 0.020 0.020 0.752 0.208
#> SRR1331841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0291 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1350456 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472079 4 0.1610 0.902 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334847 6 0.2263 0.603 0.016 0.000 0.000 0.000 0.100 0.884
#> SRR1421093 5 0.2135 0.693 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.2738 0.755 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR1375635 4 0.0260 0.961 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR661133 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1357523 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.2135 0.858 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1082 0.936 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1454803 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434138 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.2491 0.816 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1355040 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409351 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR604026 1 0.0146 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500868 1 0.0508 0.957 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1476279 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.3634 0.752 0.808 0.000 0.116 0.000 0.012 0.064
#> SRR1335377 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0291 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1319837 6 0.3373 0.673 0.248 0.000 0.000 0.008 0.000 0.744
#> SRR1491311 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.3445 0.595 0.732 0.000 0.260 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.4491 0.379 0.000 0.000 0.576 0.000 0.036 0.388
#> SRR1440058 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389979 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315721 6 0.2482 0.702 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.848
#> SRR607337 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.3647 0.535 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1465132 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 6 0.2312 0.649 0.000 0.000 0.112 0.000 0.012 0.876
#> SRR1441701 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0458 0.958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR664819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.4225 0.692 0.160 0.000 0.000 0.084 0.008 0.748
#> SRR614083 6 0.3371 0.629 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1310623 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.1049 0.894 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR816721 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2562 0.764 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1399028 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0146 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402900 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.3411 0.683 0.232 0.000 0.004 0.000 0.008 0.756
#> SRR664842 4 0.0405 0.962 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR662342 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 6 0.3288 0.645 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR657891 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1421305 4 0.0713 0.951 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1335707 1 0.3747 0.322 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1401276 6 0.3290 0.670 0.252 0.000 0.000 0.004 0.000 0.744
#> SRR627421 1 0.0363 0.959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311575 1 0.0858 0.945 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1475675 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.2942 0.704 0.132 0.000 0.000 0.032 0.000 0.836
#> SRR1471922 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077687 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821602 5 0.3969 0.684 0.020 0.000 0.032 0.000 0.760 0.188
#> SRR608718 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.4220 0.667 0.000 0.000 0.096 0.000 0.732 0.172
#> SRR1437555 1 0.1007 0.935 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR810571 5 0.4843 0.594 0.000 0.000 0.144 0.000 0.664 0.192
#> SRR664048 6 0.3866 0.244 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1500998 4 0.0865 0.945 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1320916 6 0.3817 0.687 0.016 0.000 0.228 0.008 0.004 0.744
#> SRR1472150 5 0.0508 0.730 0.012 0.000 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817978 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321462 4 0.0363 0.961 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1387264 1 0.0260 0.962 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468141 3 0.4735 0.121 0.000 0.000 0.520 0.000 0.048 0.432
#> SRR1486097 1 0.0146 0.963 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608002 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360563 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414684 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.3626 0.635 0.004 0.000 0.288 0.000 0.004 0.704
#> SRR600385 1 0.1152 0.930 0.952 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1430248 3 0.0146 0.919 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0291 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1457221 4 0.4333 0.070 0.000 0.000 0.020 0.512 0.468 0.000
#> SRR807591 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3833 0.180 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 6 0.3620 0.550 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1336006 4 0.0458 0.957 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1315269 1 0.0777 0.948 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1435020 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337564 1 0.0632 0.951 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1315019 5 0.2909 0.712 0.004 0.000 0.000 0.012 0.828 0.156
#> SRR1370173 3 0.0146 0.920 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408327 5 0.2197 0.721 0.000 0.000 0.044 0.056 0.900 0.000
#> SRR1405485 1 0.0405 0.959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR812012 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1469495 5 0.3037 0.701 0.000 0.000 0.016 0.000 0.808 0.176
#> SRR1378841 5 0.0820 0.730 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1375616 5 0.0547 0.730 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1381566 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432123 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370405 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099499 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0363 0.960 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1468974 6 0.3911 0.370 0.008 0.000 0.000 0.000 0.368 0.624
#> SRR1470111 5 0.2060 0.729 0.000 0.000 0.000 0.016 0.900 0.084
#> SRR1079168 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 6 0.3866 0.244 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR662871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0508 0.960 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1434867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.4357 0.622 0.156 0.000 0.004 0.000 0.732 0.108
#> SRR1487107 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1348159 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356036 6 0.3445 0.676 0.244 0.000 0.000 0.012 0.000 0.744
#> SRR614443 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0508 0.957 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1341702 1 0.2112 0.869 0.896 0.000 0.000 0.000 0.088 0.016
#> SRR1444678 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0632 0.952 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1467364 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.3563 0.569 0.000 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1468955 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812436 1 0.0146 0.963 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.3395 0.759 0.000 0.000 0.808 0.000 0.060 0.132
#> SRR660933 1 0.0146 0.963 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488651 1 0.4169 0.128 0.532 0.000 0.000 0.000 0.456 0.012
#> SRR1359388 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.1921 0.645 0.032 0.000 0.000 0.000 0.052 0.916
#> SRR612380 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR817905 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1337909 1 0.0291 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR661723 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.3706 0.353 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.1152 0.870 0.044 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.3087 0.704 0.000 0.000 0.004 0.012 0.808 0.176
#> SRR820078 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1396078 5 0.4587 0.125 0.456 0.000 0.000 0.000 0.508 0.036
#> SRR1443612 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.4026 0.430 0.636 0.000 0.000 0.000 0.348 0.016
#> SRR1073143 1 0.0260 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444622 5 0.0547 0.728 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323043 1 0.0458 0.956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475022 4 0.3337 0.664 0.000 0.000 0.000 0.736 0.260 0.004
#> SRR1080927 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 6 0.3468 0.655 0.000 0.000 0.264 0.000 0.008 0.728
#> SRR603596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.3450 0.700 0.000 0.000 0.000 0.032 0.780 0.188
#> SRR615467 5 0.5660 0.402 0.000 0.000 0.300 0.000 0.516 0.184
#> SRR660638 6 0.3314 0.665 0.004 0.000 0.256 0.000 0.000 0.740
#> SRR1360383 5 0.1701 0.728 0.008 0.000 0.000 0.000 0.920 0.072
#> SRR1354577 5 0.2631 0.655 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR608230 6 0.2969 0.677 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1320873 6 0.3566 0.681 0.236 0.000 0.000 0.020 0.000 0.744
#> SRR1336379 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1325665 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0405 0.962 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1477634 4 0.0405 0.962 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1444876 4 0.1124 0.942 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1101421 1 0.0458 0.958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613354 6 0.1843 0.684 0.080 0.000 0.000 0.004 0.004 0.912
#> SRR1434782 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.3390 0.429 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0291 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1442356 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.3674 0.649 0.268 0.000 0.000 0.000 0.016 0.716
#> SRR655684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0458 0.956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1397073 1 0.0291 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1455060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0748 0.954 0.004 0.000 0.000 0.976 0.016 0.004
#> SRR1087031 4 0.0405 0.962 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1489177 5 0.5208 0.498 0.000 0.000 0.000 0.336 0.556 0.108
#> SRR1350525 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.3175 0.666 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1320093 1 0.0146 0.963 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602516 1 0.0260 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR604318 6 0.2182 0.685 0.076 0.000 0.000 0.020 0.004 0.900
#> SRR1320280 1 0.0146 0.962 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082262 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0363 0.959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1385080 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.3864 0.690 0.208 0.000 0.000 0.048 0.000 0.744
#> SRR1097752 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0458 0.958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498272 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR814989 1 0.0260 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1320892 5 0.4326 0.525 0.000 0.000 0.300 0.000 0.656 0.044
#> SRR818418 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1474553 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430884 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.3559 0.678 0.012 0.000 0.240 0.004 0.000 0.744
#> SRR655218 6 0.4062 0.691 0.176 0.000 0.000 0.080 0.000 0.744
#> SRR1416754 1 0.0146 0.963 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1488562 6 0.3452 0.665 0.256 0.000 0.000 0.004 0.004 0.736
#> SRR1084842 1 0.0260 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2378 0.702 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499823 3 0.1719 0.863 0.000 0.000 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1481216 1 0.0458 0.958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1474065 4 0.0291 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3215 0.530 0.240 0.000 0.000 0.000 0.756 0.004
#> SRR1445328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0713 0.950 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR597927 4 0.0405 0.962 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1479239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.2442 0.711 0.144 0.000 0.852 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490019 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663261 4 0.0713 0.944 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.3950 0.560 0.000 0.000 0.276 0.000 0.696 0.028
#> SRR1434271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 6 0.3878 0.692 0.032 0.000 0.228 0.004 0.000 0.736
#> SRR1473936 5 0.3046 0.696 0.000 0.000 0.012 0.000 0.800 0.188
#> SRR1455698 5 0.3288 0.570 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417912 1 0.0260 0.961 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316940 1 0.3852 0.498 0.664 0.000 0.000 0.000 0.324 0.012
#> SRR1500753 1 0.0260 0.963 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657635 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615934 3 0.2146 0.821 0.000 0.000 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR1411024 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469904 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.1327 0.918 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR657754 1 0.0458 0.958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1464451 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.2597 0.797 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1444460 1 0.1644 0.903 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1333587 6 0.2520 0.696 0.076 0.000 0.024 0.004 0.008 0.888
#> SRR1307770 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1366433 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0260 0.960 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR820133 4 0.3738 0.691 0.000 0.000 0.000 0.752 0.040 0.208
#> SRR1348424 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0935 0.725 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964 0.000
#> SRR1339549 4 0.0363 0.960 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR821434 4 0.0458 0.959 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR662546 4 0.0146 0.963 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319816 5 0.5631 0.134 0.000 0.000 0.408 0.000 0.444 0.148
#> SRR1078347 3 0.3563 0.353 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0405 0.962 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1408208 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332317 6 0.3607 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1499193 1 0.1838 0.900 0.916 0.000 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1467294 5 0.2896 0.707 0.000 0.000 0.016 0.000 0.824 0.160
#> SRR1359649 6 0.2593 0.561 0.008 0.000 0.000 0.000 0.148 0.844
#> SRR1335688 5 0.3189 0.696 0.000 0.000 0.020 0.000 0.796 0.184
#> SRR1370129 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0363 0.959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343197 5 0.0937 0.728 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1416999 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334564 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0865 0.942 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1317877 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329885 5 0.5196 0.344 0.000 0.000 0.092 0.000 0.504 0.404
#> SRR1459718 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615731 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.4858 0.599 0.156 0.000 0.000 0.000 0.664 0.180
#> SRR1455925 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1390516 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0146 0.964 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0458 0.730 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0713 0.950 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR656564 1 0.0363 0.961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR608174 4 0.0260 0.963 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0458 0.958 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR598533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0146 0.964 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602927 1 0.0458 0.956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1315799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1267 0.921 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1475909 6 0.4000 0.712 0.184 0.000 0.060 0.000 0.004 0.752
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.500 0.910 0.901 0.3093 0.723 0.723
#> 3 3 0.590 0.806 0.895 0.8478 0.676 0.552
#> 4 4 0.612 0.767 0.878 0.1037 0.949 0.875
#> 5 5 0.591 0.708 0.816 0.0848 0.940 0.838
#> 6 6 0.652 0.678 0.785 0.1097 0.871 0.597
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1356619 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.6973 0.869 0.812 0.188
#> SRR1333930 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR614814 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1330061 1 0.6343 0.880 0.840 0.160
#> SRR662725 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR1313951 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1331289 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1075898 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1359673 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1439873 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1335254 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1436966 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR614802 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR1396595 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.6247 0.882 0.844 0.156
#> SRR1440699 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR1389059 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1083100 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
#> SRR1348861 1 0.6343 0.880 0.840 0.160
#> SRR1072367 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1468403 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1417070 1 0.6438 0.880 0.836 0.164
#> SRR1390601 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR1392637 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1458422 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1394677 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1341605 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1444479 1 0.5408 0.891 0.876 0.124
#> SRR1470212 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1433971 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.6623 0.876 0.828 0.172
#> SRR615141 1 0.0938 0.909 0.988 0.012
#> SRR601122 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1358561 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1498640 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.6438 0.880 0.836 0.164
#> SRR1452292 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1394936 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1485542 1 0.0938 0.909 0.988 0.012
#> SRR659121 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.6048 0.884 0.852 0.148
#> SRR1388305 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR1406917 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1363992 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1311086 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1458044 1 0.1843 0.909 0.972 0.028
#> SRR661325 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1406561 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.6343 0.880 0.840 0.160
#> SRR1403875 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1476186 1 0.6438 0.879 0.836 0.164
#> SRR1436444 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1084649 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.3274 0.905 0.940 0.060
#> SRR1354446 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.3274 0.905 0.940 0.060
#> SRR1444559 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1381543 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR1402513 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR820379 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> SRR660007 1 0.5519 0.890 0.872 0.128
#> SRR655649 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.1184 0.909 0.984 0.016
#> SRR657731 1 0.6531 0.877 0.832 0.168
#> SRR661005 1 0.5519 0.890 0.872 0.128
#> SRR600608 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1334717 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1401552 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1474886 1 0.6343 0.880 0.840 0.160
#> SRR1082759 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1340420 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR662534 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR612455 1 0.6973 0.869 0.812 0.188
#> SRR818210 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1404969 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1328960 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR598671 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1387178 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1403831 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1339740 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR657348 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR608598 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR663320 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.2948 0.906 0.948 0.052
#> SRR1361567 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR819134 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.6343 0.880 0.840 0.160
#> SRR661433 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1453341 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR819946 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1319539 1 0.6438 0.879 0.836 0.164
#> SRR1343841 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR665563 1 0.6531 0.877 0.832 0.168
#> SRR1487321 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.5294 0.892 0.880 0.120
#> SRR657587 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1474466 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1466993 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.2948 0.906 0.948 0.052
#> SRR1455171 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR627299 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR660733 1 0.5519 0.890 0.872 0.128
#> SRR817758 1 0.7056 0.867 0.808 0.192
#> SRR821019 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1330675 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1433644 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1320180 1 0.3584 0.903 0.932 0.068
#> SRR604074 1 0.6973 0.869 0.812 0.188
#> SRR1322291 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR658188 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR820209 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1331841 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1096966 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR1500537 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR660103 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1403958 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR600754 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
#> SRR1421093 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1085782 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1466357 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR597977 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1375635 1 0.5408 0.891 0.876 0.124
#> SRR661133 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR1357523 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.3733 0.902 0.928 0.072
#> SRR1434250 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1396640 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1388007 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1434138 1 0.5408 0.891 0.876 0.124
#> SRR1456950 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1323764 1 0.3733 0.902 0.928 0.072
#> SRR1355040 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR1500868 1 0.1184 0.909 0.984 0.016
#> SRR1476279 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR660969 1 0.0938 0.910 0.988 0.012
#> SRR1335377 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1330546 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1440986 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR1319837 1 0.0376 0.908 0.996 0.004
#> SRR1491311 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1487295 1 0.6438 0.879 0.836 0.164
#> SRR1415215 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1086635 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1440058 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR607337 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1332275 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> SRR1465132 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1340133 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1387989 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1383018 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> SRR1441701 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR1368772 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1435536 1 0.0376 0.908 0.996 0.004
#> SRR614083 1 0.6343 0.881 0.840 0.160
#> SRR1310623 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1420625 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR816721 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1391879 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1418992 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1488836 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1399028 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1456514 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1394755 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
#> SRR664842 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.8207 0.918 0.256 0.744
#> SRR665502 1 0.3733 0.902 0.928 0.072
#> SRR657891 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0938 0.909 0.988 0.012
#> SRR1335707 1 0.6623 0.876 0.828 0.172
#> SRR1401276 1 0.0376 0.908 0.996 0.004
#> SRR627421 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR1311575 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR661995 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1471922 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR1077687 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR821602 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR608718 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1071289 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1437555 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR664048 1 0.6973 0.869 0.812 0.188
#> SRR1500998 1 0.1843 0.909 0.972 0.028
#> SRR1320916 1 0.2423 0.907 0.960 0.040
#> SRR1472150 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1329090 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR1317344 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1486097 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1414684 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR604050 1 0.6343 0.881 0.840 0.160
#> SRR600385 1 0.7139 0.865 0.804 0.196
#> SRR1430248 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1352975 1 0.0938 0.909 0.988 0.012
#> SRR1457221 1 0.6438 0.880 0.836 0.164
#> SRR807591 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1345478 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR660895 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR655111 1 0.6247 0.882 0.844 0.156
#> SRR1336006 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR613114 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR608368 1 0.0376 0.908 0.996 0.004
#> SRR1315269 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1435020 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1370173 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1408327 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1405485 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1469495 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1378841 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1375616 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1381566 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR1099499 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1436106 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1468974 1 0.6048 0.884 0.852 0.148
#> SRR1470111 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1079168 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1338584 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1329551 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> SRR662871 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR816770 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR599225 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR607935 1 0.7139 0.865 0.804 0.196
#> SRR1487107 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR614443 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1314958 1 0.1184 0.909 0.984 0.016
#> SRR1341702 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR1444678 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1350107 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1322010 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1342045 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR1467364 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1078879 1 0.6887 0.871 0.816 0.184
#> SRR1468955 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1387072 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR661255 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR660933 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1359388 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR817686 1 0.7219 0.861 0.800 0.200
#> SRR1429162 1 0.4562 0.897 0.904 0.096
#> SRR612380 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0938 0.909 0.988 0.012
#> SRR661723 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1314163 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1398992 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR607091 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1472193 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1456903 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1445238 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR820078 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR819534 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR820468 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR659899 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1443612 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR1470902 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1413522 1 0.5408 0.891 0.876 0.124
#> SRR1073143 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR662570 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1430288 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR1323043 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.6438 0.879 0.836 0.164
#> SRR1080927 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1328919 1 0.6247 0.882 0.844 0.156
#> SRR603596 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR602808 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR615467 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR660638 1 0.6247 0.882 0.844 0.156
#> SRR1360383 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR1354577 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR608230 1 0.7056 0.867 0.808 0.192
#> SRR1320873 1 0.0376 0.908 0.996 0.004
#> SRR1336379 1 0.3274 0.905 0.940 0.060
#> SRR1325665 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1357434 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.6438 0.880 0.836 0.164
#> SRR1101421 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1434782 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1446762 1 0.6531 0.878 0.832 0.168
#> SRR1324431 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1386818 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1473185 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1332796 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.6438 0.879 0.836 0.164
#> SRR1455060 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1341008 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1087031 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR1489177 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1350525 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1440517 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1320093 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1320280 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0376 0.908 0.996 0.004
#> SRR1097752 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1375308 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> SRR818418 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.7056 0.867 0.808 0.192
#> SRR1079281 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR656493 1 0.6531 0.877 0.832 0.168
#> SRR1328599 1 0.6438 0.880 0.836 0.164
#> SRR655218 1 0.0672 0.908 0.992 0.008
#> SRR1416754 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1488562 1 0.6048 0.884 0.852 0.148
#> SRR1084842 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR659673 1 0.6531 0.877 0.832 0.168
#> SRR1468514 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1481216 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1476571 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1445328 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR607887 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1085662 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1415095 1 0.1184 0.909 0.984 0.016
#> SRR1499982 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1488715 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR600957 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1408113 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1490019 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1333694 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1476676 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.6531 0.877 0.832 0.168
#> SRR1432343 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1434271 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR602365 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR612443 1 0.6712 0.875 0.824 0.176
#> SRR1473936 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR1455698 1 0.6438 0.879 0.836 0.164
#> SRR1331335 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1500753 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1411024 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.3733 0.902 0.928 0.072
#> SRR1444460 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.2423 0.907 0.960 0.040
#> SRR1307770 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1339530 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR1366433 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1348424 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1382956 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1339549 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR821434 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR1319816 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1078347 1 0.7219 0.862 0.800 0.200
#> SRR1435293 1 0.1414 0.909 0.980 0.020
#> SRR1408208 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.6048 0.884 0.852 0.148
#> SRR1499193 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.6973 0.869 0.812 0.188
#> SRR1359649 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
#> SRR1335688 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1370129 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1321966 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1488672 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1416999 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR660661 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1498861 1 0.2603 0.907 0.956 0.044
#> SRR1317877 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1459718 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR615731 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR602622 1 0.0376 0.909 0.996 0.004
#> SRR1487685 1 0.2948 0.906 0.948 0.052
#> SRR1455925 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1390516 1 0.7056 0.866 0.808 0.192
#> SRR1313932 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.7299 0.859 0.796 0.204
#> SRR1099023 1 0.6973 0.868 0.812 0.188
#> SRR1409899 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1368964 1 0.7139 0.864 0.804 0.196
#> SRR1334741 1 0.1633 0.909 0.976 0.024
#> SRR656564 1 0.1184 0.909 0.984 0.016
#> SRR608174 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR598533 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR613270 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1362183 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1480365 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.908 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.7299 0.999 0.204 0.796
#> SRR1432275 1 0.0672 0.909 0.992 0.008
#> SRR1475909 1 0.4431 0.898 0.908 0.092
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.4346 0.7944 0.184 0.000 0.816
#> SRR1333930 1 0.0237 0.9010 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.1411 0.8889 0.964 0.000 0.036
#> SRR1077405 3 0.5678 0.7410 0.316 0.000 0.684
#> SRR1330061 1 0.6260 -0.1579 0.552 0.000 0.448
#> SRR662725 1 0.6192 0.2162 0.580 0.000 0.420
#> SRR1313951 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1339218 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1417505 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR1407134 1 0.0747 0.8990 0.984 0.000 0.016
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.5810 0.7224 0.336 0.000 0.664
#> SRR1075898 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR1498482 3 0.1753 0.7660 0.048 0.000 0.952
#> SRR1359673 3 0.1031 0.7491 0.024 0.000 0.976
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352706 3 0.5706 0.7375 0.320 0.000 0.680
#> SRR1436966 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR614802 1 0.1031 0.8960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1388979 1 0.0892 0.8989 0.980 0.000 0.020
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.5497 0.6943 0.292 0.000 0.708
#> SRR1440699 3 0.4291 0.7955 0.180 0.000 0.820
#> SRR1389059 3 0.5560 0.7557 0.300 0.000 0.700
#> SRR1083100 1 0.5216 0.5895 0.740 0.000 0.260
#> SRR1348861 1 0.6235 -0.1030 0.564 0.000 0.436
#> SRR1072367 3 0.2796 0.7867 0.092 0.000 0.908
#> SRR1468403 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1417070 3 0.3412 0.7788 0.124 0.000 0.876
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0747 0.9003 0.984 0.000 0.016
#> SRR1315761 1 0.1964 0.8746 0.944 0.000 0.056
#> SRR1392637 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR810957 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.5678 0.6369 0.316 0.000 0.684
#> SRR1470212 3 0.3879 0.7954 0.152 0.000 0.848
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.5810 0.7243 0.336 0.000 0.664
#> SRR615141 1 0.4178 0.7365 0.828 0.000 0.172
#> SRR601122 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1397008 3 0.5678 0.7415 0.316 0.000 0.684
#> SRR1358561 3 0.5810 0.7224 0.336 0.000 0.664
#> SRR1498640 1 0.0747 0.8990 0.984 0.000 0.016
#> SRR1429957 3 0.3412 0.7788 0.124 0.000 0.876
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.2625 0.7863 0.084 0.000 0.916
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.1031 0.8955 0.976 0.000 0.024
#> SRR659121 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1330656 3 0.6095 0.6408 0.392 0.000 0.608
#> SRR1388305 1 0.1411 0.8893 0.964 0.000 0.036
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0592 0.7363 0.012 0.000 0.988
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 1 0.4654 0.6733 0.792 0.000 0.208
#> SRR661325 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1394713 1 0.6192 -0.0254 0.580 0.000 0.420
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.6215 0.5655 0.428 0.000 0.572
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0747 0.8998 0.984 0.000 0.016
#> SRR1500405 1 0.4931 0.6265 0.768 0.000 0.232
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.6111 0.1970 0.604 0.000 0.396
#> SRR1444559 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1381543 1 0.3482 0.7998 0.872 0.000 0.128
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.5968 0.6462 0.364 0.000 0.636
#> SRR660007 3 0.6244 0.5265 0.440 0.000 0.560
#> SRR655649 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1437306 1 0.2165 0.8699 0.936 0.000 0.064
#> SRR657731 3 0.5926 0.6963 0.356 0.000 0.644
#> SRR661005 3 0.6274 0.4902 0.456 0.000 0.544
#> SRR600608 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0237 0.7277 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334717 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 1 0.6235 -0.1030 0.564 0.000 0.436
#> SRR1082759 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.3340 0.8085 0.880 0.000 0.120
#> SRR612455 3 0.6026 0.6631 0.376 0.000 0.624
#> SRR818210 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.1643 0.7609 0.044 0.000 0.956
#> SRR1387178 1 0.0592 0.8997 0.988 0.000 0.012
#> SRR660498 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR657325 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.1031 0.8955 0.976 0.000 0.024
#> SRR657348 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR662091 3 0.5760 0.7294 0.328 0.000 0.672
#> SRR608598 3 0.1411 0.7583 0.036 0.000 0.964
#> SRR663320 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.5016 0.6367 0.760 0.000 0.240
#> SRR1361567 1 0.0424 0.9006 0.992 0.000 0.008
#> SRR819134 1 0.0237 0.9010 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 1 0.6260 -0.1579 0.552 0.000 0.448
#> SRR661433 3 0.5560 0.7527 0.300 0.000 0.700
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.6095 0.6384 0.392 0.000 0.608
#> SRR1319539 3 0.6180 0.5923 0.416 0.000 0.584
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 1 0.6307 -0.3153 0.512 0.000 0.488
#> SRR1487321 1 0.0592 0.8997 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312428 1 0.5621 0.4048 0.692 0.000 0.308
#> SRR657587 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337412 3 0.5810 0.7217 0.336 0.000 0.664
#> SRR1474466 1 0.6302 -0.0239 0.520 0.000 0.480
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.4555 0.7054 0.800 0.000 0.200
#> SRR1455171 3 0.1529 0.7592 0.040 0.000 0.960
#> SRR627299 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 3 0.6274 0.4902 0.456 0.000 0.544
#> SRR817758 3 0.5560 0.7491 0.300 0.000 0.700
#> SRR821019 3 0.0592 0.7363 0.012 0.000 0.988
#> SRR1330675 1 0.2959 0.8332 0.900 0.000 0.100
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 1 0.5948 0.2547 0.640 0.000 0.360
#> SRR604074 3 0.6026 0.6631 0.376 0.000 0.624
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.5465 0.7600 0.288 0.000 0.712
#> SRR820209 3 0.0592 0.7363 0.012 0.000 0.988
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.4654 0.6741 0.792 0.000 0.208
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0892 0.7443 0.020 0.000 0.980
#> SRR1403958 1 0.1643 0.8833 0.956 0.000 0.044
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0424 0.9006 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334847 1 0.5138 0.6059 0.748 0.000 0.252
#> SRR1421093 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1085782 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.1411 0.7583 0.036 0.000 0.964
#> SRR1375635 3 0.5678 0.6369 0.316 0.000 0.684
#> SRR661133 1 0.3816 0.7822 0.852 0.000 0.148
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.5859 0.3166 0.656 0.000 0.344
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1163 0.8950 0.972 0.000 0.028
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0424 0.7346 0.008 0.000 0.992
#> SRR1434138 3 0.5678 0.6369 0.316 0.000 0.684
#> SRR1456950 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 1 0.5859 0.3166 0.656 0.000 0.344
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.1643 0.8833 0.956 0.000 0.044
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.1529 0.8866 0.960 0.000 0.040
#> SRR1500868 1 0.1964 0.8759 0.944 0.000 0.056
#> SRR1476279 1 0.1289 0.8917 0.968 0.000 0.032
#> SRR627429 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2356 0.8607 0.928 0.000 0.072
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.4504 0.7936 0.196 0.000 0.804
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.6260 0.1197 0.552 0.000 0.448
#> SRR1319837 1 0.2625 0.8428 0.916 0.000 0.084
#> SRR1491311 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1487295 3 0.6111 0.6351 0.396 0.000 0.604
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0237 0.7277 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440058 1 0.0592 0.8997 0.988 0.000 0.012
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR607337 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.6225 0.4911 0.432 0.000 0.568
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1387989 3 0.2448 0.7825 0.076 0.000 0.924
#> SRR1383018 3 0.3816 0.7390 0.148 0.000 0.852
#> SRR1441701 3 0.3551 0.7956 0.132 0.000 0.868
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.2711 0.8457 0.912 0.000 0.088
#> SRR614083 3 0.6252 0.4514 0.444 0.000 0.556
#> SRR1310623 3 0.2625 0.7863 0.084 0.000 0.916
#> SRR1420625 3 0.5497 0.7580 0.292 0.000 0.708
#> SRR816721 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.2959 0.8332 0.900 0.000 0.100
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0424 0.7346 0.008 0.000 0.992
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.5058 0.6311 0.756 0.000 0.244
#> SRR664842 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR662342 2 0.2550 0.9255 0.012 0.932 0.056
#> SRR665502 1 0.6008 0.2837 0.628 0.000 0.372
#> SRR657891 1 0.2625 0.8539 0.916 0.000 0.084
#> SRR1421305 1 0.4062 0.7478 0.836 0.000 0.164
#> SRR1335707 3 0.6026 0.6699 0.376 0.000 0.624
#> SRR1401276 1 0.2625 0.8428 0.916 0.000 0.084
#> SRR627421 1 0.3619 0.7947 0.864 0.000 0.136
#> SRR1311575 1 0.1163 0.8950 0.972 0.000 0.028
#> SRR1475675 3 0.4235 0.7958 0.176 0.000 0.824
#> SRR661995 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR1471922 1 0.6180 0.2270 0.584 0.000 0.416
#> SRR1077687 1 0.1031 0.8955 0.976 0.000 0.024
#> SRR821602 3 0.3412 0.7948 0.124 0.000 0.876
#> SRR608718 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.5560 0.7527 0.300 0.000 0.700
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0592 0.7363 0.012 0.000 0.988
#> SRR664048 3 0.5497 0.7573 0.292 0.000 0.708
#> SRR1500998 1 0.4702 0.6658 0.788 0.000 0.212
#> SRR1320916 1 0.4002 0.7773 0.840 0.000 0.160
#> SRR1472150 3 0.5678 0.7415 0.316 0.000 0.684
#> SRR1329090 1 0.1411 0.8893 0.964 0.000 0.036
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0747 0.8990 0.984 0.000 0.016
#> SRR1321462 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0592 0.7366 0.012 0.000 0.988
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1031 0.7491 0.024 0.000 0.976
#> SRR604050 3 0.6244 0.4588 0.440 0.000 0.560
#> SRR600385 3 0.4452 0.7945 0.192 0.000 0.808
#> SRR1430248 3 0.0592 0.7363 0.012 0.000 0.988
#> SRR1352975 1 0.1031 0.8955 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457221 3 0.3619 0.7791 0.136 0.000 0.864
#> SRR807591 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.6095 0.6384 0.392 0.000 0.608
#> SRR660895 3 0.0424 0.7346 0.008 0.000 0.992
#> SRR655111 3 0.5497 0.6943 0.292 0.000 0.708
#> SRR1336006 1 0.4399 0.7091 0.812 0.000 0.188
#> SRR613114 3 0.5560 0.7527 0.300 0.000 0.700
#> SRR608368 1 0.3116 0.8239 0.892 0.000 0.108
#> SRR1315269 1 0.2165 0.8694 0.936 0.000 0.064
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.5560 0.7527 0.300 0.000 0.700
#> SRR1370173 3 0.4702 0.7897 0.212 0.000 0.788
#> SRR1408327 3 0.5859 0.7129 0.344 0.000 0.656
#> SRR1405485 1 0.0592 0.8997 0.988 0.000 0.012
#> SRR812012 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469495 3 0.4346 0.7934 0.184 0.000 0.816
#> SRR1378841 3 0.5760 0.7294 0.328 0.000 0.672
#> SRR1375616 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1381566 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0892 0.8989 0.980 0.000 0.020
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.4178 0.7360 0.828 0.000 0.172
#> SRR1468974 3 0.6095 0.6408 0.392 0.000 0.608
#> SRR1470111 3 0.5560 0.7527 0.300 0.000 0.700
#> SRR1079168 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1338584 3 0.0237 0.7277 0.004 0.000 0.996
#> SRR1329551 3 0.6235 0.4805 0.436 0.000 0.564
#> SRR662871 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.4452 0.7945 0.192 0.000 0.808
#> SRR1487107 1 0.0747 0.8996 0.984 0.000 0.016
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR614443 3 0.1289 0.7542 0.032 0.000 0.968
#> SRR1314958 1 0.1964 0.8759 0.944 0.000 0.056
#> SRR1341702 1 0.3752 0.7877 0.856 0.000 0.144
#> SRR1444678 1 0.2066 0.8726 0.940 0.000 0.060
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.3816 0.7822 0.852 0.000 0.148
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.3038 0.7497 0.104 0.000 0.896
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0237 0.7277 0.004 0.000 0.996
#> SRR660933 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.5859 0.7142 0.344 0.000 0.656
#> SRR1359388 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR817686 3 0.3816 0.7969 0.148 0.000 0.852
#> SRR1429162 1 0.5216 0.5910 0.740 0.000 0.260
#> SRR612380 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR817905 1 0.0892 0.8983 0.980 0.000 0.020
#> SRR1337909 1 0.1031 0.8955 0.976 0.000 0.024
#> SRR661723 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1314163 1 0.0592 0.9004 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489155 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.2796 0.7867 0.092 0.000 0.908
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.4796 0.7864 0.220 0.000 0.780
#> SRR820078 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3551 0.7956 0.132 0.000 0.868
#> SRR820468 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1396078 3 0.5810 0.7216 0.336 0.000 0.664
#> SRR1443612 3 0.3551 0.7956 0.132 0.000 0.868
#> SRR1470902 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1362777 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1413522 1 0.5988 0.1929 0.632 0.000 0.368
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.5678 0.7415 0.316 0.000 0.684
#> SRR662570 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.1031 0.8955 0.976 0.000 0.024
#> SRR1323043 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475022 1 0.6260 -0.1545 0.552 0.000 0.448
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.5497 0.6943 0.292 0.000 0.708
#> SRR603596 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0237 0.7277 0.004 0.000 0.996
#> SRR615467 3 0.1411 0.7583 0.036 0.000 0.964
#> SRR660638 3 0.6045 0.5852 0.380 0.000 0.620
#> SRR1360383 3 0.4555 0.7899 0.200 0.000 0.800
#> SRR1354577 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR608230 3 0.6111 0.5618 0.396 0.000 0.604
#> SRR1320873 1 0.2625 0.8428 0.916 0.000 0.084
#> SRR1336379 1 0.4452 0.7020 0.808 0.000 0.192
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1477634 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444876 3 0.3619 0.7791 0.136 0.000 0.864
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.6079 0.6417 0.388 0.000 0.612
#> SRR1324431 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3551 0.8016 0.868 0.000 0.132
#> SRR655684 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.6215 0.5655 0.428 0.000 0.572
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.2537 0.8552 0.920 0.000 0.080
#> SRR1087031 1 0.0892 0.8989 0.980 0.000 0.020
#> SRR1489177 3 0.6260 0.5133 0.448 0.000 0.552
#> SRR1350525 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1440517 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3412 0.8037 0.876 0.000 0.124
#> SRR1320280 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0747 0.8988 0.984 0.000 0.016
#> SRR1385080 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1316921 1 0.2711 0.8457 0.912 0.000 0.088
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0592 0.9000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2711 0.7787 0.088 0.000 0.912
#> SRR818418 1 0.0747 0.8990 0.984 0.000 0.016
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.4399 0.7949 0.188 0.000 0.812
#> SRR1079281 1 0.1964 0.8746 0.944 0.000 0.056
#> SRR656493 3 0.6126 0.6243 0.400 0.000 0.600
#> SRR1328599 1 0.6126 0.2213 0.600 0.000 0.400
#> SRR655218 1 0.3340 0.8085 0.880 0.000 0.120
#> SRR1416754 1 0.2066 0.8726 0.940 0.000 0.060
#> SRR1488562 3 0.6305 0.3432 0.484 0.000 0.516
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.6126 0.6243 0.400 0.000 0.600
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.5363 0.7666 0.276 0.000 0.724
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.5859 0.7142 0.344 0.000 0.656
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.3551 0.7942 0.868 0.000 0.132
#> SRR1415095 1 0.2165 0.8699 0.936 0.000 0.064
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0424 0.9004 0.992 0.000 0.008
#> SRR597927 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.6062 0.6560 0.384 0.000 0.616
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 1 0.6307 -0.3153 0.512 0.000 0.488
#> SRR1432343 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1459585 3 0.5497 0.7580 0.292 0.000 0.708
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.2625 0.7822 0.084 0.000 0.916
#> SRR612443 3 0.3816 0.7390 0.148 0.000 0.852
#> SRR1473936 3 0.3412 0.7957 0.124 0.000 0.876
#> SRR1455698 1 0.6309 -0.3580 0.500 0.000 0.500
#> SRR1331335 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR659187 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1417912 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316940 3 0.5810 0.7216 0.336 0.000 0.664
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.1411 0.7583 0.036 0.000 0.964
#> SRR1411024 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0237 0.9010 0.996 0.000 0.004
#> SRR657754 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.5859 0.3166 0.656 0.000 0.344
#> SRR1444460 1 0.1163 0.8950 0.972 0.000 0.028
#> SRR1333587 1 0.4062 0.7743 0.836 0.000 0.164
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.4291 0.7231 0.820 0.000 0.180
#> SRR1366433 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR1480479 1 0.1860 0.8779 0.948 0.000 0.052
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0424 0.9007 0.992 0.000 0.008
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR820133 3 0.0237 0.7277 0.004 0.000 0.996
#> SRR1348424 3 0.4974 0.7826 0.236 0.000 0.764
#> SRR1382956 3 0.5760 0.7294 0.328 0.000 0.672
#> SRR1339549 1 0.4654 0.6741 0.792 0.000 0.208
#> SRR821434 1 0.0592 0.9007 0.988 0.000 0.012
#> SRR662546 1 0.6192 0.2162 0.580 0.000 0.420
#> SRR1319816 3 0.5560 0.7527 0.300 0.000 0.700
#> SRR1078347 3 0.2796 0.7867 0.092 0.000 0.908
#> SRR1435293 1 0.2066 0.8726 0.940 0.000 0.060
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.5968 0.6861 0.364 0.000 0.636
#> SRR1499193 1 0.1163 0.8950 0.972 0.000 0.028
#> SRR1467294 3 0.4346 0.7944 0.184 0.000 0.816
#> SRR1359649 1 0.5650 0.4498 0.688 0.000 0.312
#> SRR1335688 3 0.5363 0.7661 0.276 0.000 0.724
#> SRR1370129 3 0.2066 0.7717 0.060 0.000 0.940
#> SRR1321966 3 0.0592 0.7390 0.012 0.000 0.988
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0424 0.7346 0.008 0.000 0.992
#> SRR1498861 1 0.3816 0.7822 0.852 0.000 0.148
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.1289 0.7554 0.032 0.000 0.968
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0424 0.7346 0.008 0.000 0.992
#> SRR602622 1 0.3192 0.8189 0.888 0.000 0.112
#> SRR1487685 1 0.5098 0.6207 0.752 0.000 0.248
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.4974 0.7826 0.236 0.000 0.764
#> SRR1313932 1 0.0892 0.8982 0.980 0.000 0.020
#> SRR603397 3 0.1031 0.7484 0.024 0.000 0.976
#> SRR1099023 3 0.5706 0.7376 0.320 0.000 0.680
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.4235 0.7958 0.176 0.000 0.824
#> SRR1334741 1 0.4605 0.6817 0.796 0.000 0.204
#> SRR656564 1 0.3038 0.8299 0.896 0.000 0.104
#> SRR608174 1 0.0747 0.8996 0.984 0.000 0.016
#> SRR1320963 1 0.0237 0.9009 0.996 0.000 0.004
#> SRR661973 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0424 0.9000 0.992 0.000 0.008
#> SRR602927 1 0.0000 0.9008 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9992 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.2165 0.8704 0.936 0.000 0.064
#> SRR1475909 1 0.5216 0.5895 0.740 0.000 0.260
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.5203 0.4604 0.048 0.000 0.720 0.232
#> SRR1333930 1 0.0469 0.9045 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.2021 0.8936 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.1489 0.8932 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1077405 3 0.3306 0.6844 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR1330061 3 0.5466 0.3722 0.436 0.000 0.548 0.016
#> SRR662725 1 0.5873 0.2666 0.548 0.000 0.036 0.416
#> SRR1313951 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1339218 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1417505 1 0.2021 0.8936 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1407134 1 0.1118 0.8981 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.3583 0.6797 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1075898 1 0.2021 0.8936 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1498482 3 0.3157 0.5205 0.004 0.000 0.852 0.144
#> SRR1359673 3 0.3402 0.5059 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1352706 3 0.3448 0.6848 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1436966 3 0.3402 0.6848 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR614802 1 0.1209 0.8993 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1388979 1 0.1724 0.8979 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.5669 0.4717 0.200 0.000 0.708 0.092
#> SRR1440699 3 0.3081 0.6378 0.064 0.000 0.888 0.048
#> SRR1389059 3 0.3257 0.6877 0.152 0.000 0.844 0.004
#> SRR1083100 1 0.5705 0.5304 0.676 0.000 0.260 0.064
#> SRR1348861 3 0.5483 0.3346 0.448 0.000 0.536 0.016
#> SRR1072367 3 0.4746 0.5647 0.056 0.000 0.776 0.168
#> SRR1468403 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1417070 4 0.5590 0.6843 0.064 0.000 0.244 0.692
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.1624 0.8986 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1315761 1 0.2915 0.8660 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR1392637 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR810957 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.7576 0.3979 0.256 0.000 0.260 0.484
#> SRR1470212 3 0.2926 0.5998 0.048 0.000 0.896 0.056
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.4019 0.6732 0.196 0.000 0.792 0.012
#> SRR615141 1 0.4501 0.6981 0.764 0.000 0.212 0.024
#> SRR601122 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1397008 3 0.3448 0.6858 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1358561 3 0.3583 0.6797 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1498640 1 0.1118 0.8981 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1429957 4 0.5590 0.6843 0.064 0.000 0.244 0.692
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.2988 0.5544 0.012 0.000 0.876 0.112
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.1302 0.8940 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR659121 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1330656 3 0.4502 0.6329 0.236 0.000 0.748 0.016
#> SRR1388305 1 0.1792 0.8814 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.4164 0.3520 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 1 0.4855 0.6006 0.712 0.000 0.268 0.020
#> SRR661325 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1394713 3 0.5503 0.2656 0.468 0.000 0.516 0.016
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.4868 0.5662 0.304 0.000 0.684 0.012
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0592 0.9037 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1500405 1 0.5038 0.5446 0.684 0.000 0.296 0.020
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.6499 0.0624 0.524 0.000 0.400 0.076
#> SRR1444559 3 0.3448 0.6844 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1381543 1 0.4050 0.7709 0.808 0.000 0.168 0.024
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.6081 0.5245 0.260 0.000 0.652 0.088
#> SRR660007 3 0.5384 0.5340 0.324 0.000 0.648 0.028
#> SRR655649 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1437306 1 0.2610 0.8664 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR657731 3 0.4434 0.6483 0.228 0.000 0.756 0.016
#> SRR661005 3 0.5460 0.5154 0.340 0.000 0.632 0.028
#> SRR600608 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 4 0.1389 0.7258 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1334717 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.5483 0.3346 0.448 0.000 0.536 0.016
#> SRR1082759 3 0.3448 0.6844 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.3249 0.8009 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR612455 3 0.5337 0.6058 0.260 0.000 0.696 0.044
#> SRR818210 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.5093 0.2810 0.012 0.000 0.640 0.348
#> SRR1387178 1 0.0817 0.9010 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.2021 0.8936 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR657325 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.1474 0.8909 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR657348 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR662091 3 0.3539 0.6829 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR608598 3 0.3306 0.5130 0.004 0.000 0.840 0.156
#> SRR663320 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.5540 0.6515 0.728 0.000 0.164 0.108
#> SRR1361567 1 0.0469 0.9045 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR819134 1 0.0469 0.9045 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.5466 0.3722 0.436 0.000 0.548 0.016
#> SRR661433 3 0.3105 0.6827 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.4468 0.6355 0.232 0.000 0.752 0.016
#> SRR1319539 3 0.4795 0.5802 0.292 0.000 0.696 0.012
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.5766 0.4251 0.404 0.000 0.564 0.032
#> SRR1487321 1 0.0817 0.9010 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1312428 1 0.4950 0.2649 0.620 0.000 0.376 0.004
#> SRR657587 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1337412 3 0.3710 0.6762 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR1474466 1 0.6442 0.0952 0.492 0.000 0.068 0.440
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.5051 0.7167 0.768 0.000 0.132 0.100
#> SRR1455171 3 0.4182 0.5222 0.024 0.000 0.796 0.180
#> SRR627299 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.5460 0.5154 0.340 0.000 0.632 0.028
#> SRR817758 3 0.5694 0.6390 0.224 0.000 0.696 0.080
#> SRR821019 4 0.4304 0.6359 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1330675 1 0.3760 0.8099 0.836 0.000 0.136 0.028
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 1 0.5378 0.0286 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR604074 3 0.5337 0.6058 0.260 0.000 0.696 0.044
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3495 0.6841 0.140 0.000 0.844 0.016
#> SRR820209 4 0.3975 0.6634 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.4826 0.6097 0.716 0.000 0.264 0.020
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.4040 0.6884 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1403958 1 0.2596 0.8764 0.908 0.000 0.068 0.024
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0469 0.9032 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1334847 1 0.5677 0.5404 0.680 0.000 0.256 0.064
#> SRR1421093 3 0.3402 0.6848 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1085782 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.3355 0.5104 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR1375635 4 0.7576 0.3979 0.256 0.000 0.260 0.484
#> SRR661133 1 0.4144 0.7951 0.828 0.000 0.068 0.104
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.5353 0.1067 0.556 0.000 0.432 0.012
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1389 0.8941 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3610 0.4591 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1434138 4 0.7576 0.3979 0.256 0.000 0.260 0.484
#> SRR1456950 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 1 0.5353 0.1067 0.556 0.000 0.432 0.012
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.2596 0.8764 0.908 0.000 0.068 0.024
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.1938 0.8852 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1500868 1 0.2011 0.8724 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1476279 1 0.2282 0.8871 0.924 0.000 0.052 0.024
#> SRR627429 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2149 0.8627 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.2892 0.6452 0.068 0.000 0.896 0.036
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.5838 0.1898 0.524 0.000 0.032 0.444
#> SRR1319837 1 0.2737 0.8379 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1491311 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1487295 3 0.4482 0.6196 0.264 0.000 0.728 0.008
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.1389 0.7258 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1440058 1 0.0817 0.9010 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR607337 1 0.0336 0.9046 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.6663 0.3980 0.344 0.000 0.556 0.100
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1387989 3 0.2281 0.5419 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1383018 3 0.6730 0.1514 0.132 0.000 0.592 0.276
#> SRR1441701 3 0.1975 0.5847 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.2882 0.8485 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR614083 3 0.6690 0.3651 0.352 0.000 0.548 0.100
#> SRR1310623 3 0.2988 0.5544 0.012 0.000 0.876 0.112
#> SRR1420625 3 0.2999 0.6810 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR816721 1 0.1929 0.8952 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.3760 0.8099 0.836 0.000 0.136 0.028
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3610 0.4591 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0188 0.9046 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.5727 0.5726 0.688 0.000 0.236 0.076
#> SRR664842 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR662342 2 0.2021 0.9019 0.012 0.932 0.056 0.000
#> SRR665502 1 0.6881 0.1704 0.540 0.000 0.340 0.120
#> SRR657891 1 0.2965 0.8581 0.892 0.000 0.072 0.036
#> SRR1421305 1 0.4524 0.7122 0.768 0.000 0.204 0.028
#> SRR1335707 3 0.4391 0.6296 0.252 0.000 0.740 0.008
#> SRR1401276 1 0.2737 0.8379 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR627421 1 0.3810 0.8156 0.848 0.000 0.060 0.092
#> SRR1311575 1 0.1389 0.8941 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1475675 3 0.3004 0.6353 0.060 0.000 0.892 0.048
#> SRR661995 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1471922 1 0.5865 0.2770 0.552 0.000 0.036 0.412
#> SRR1077687 1 0.1474 0.8909 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR821602 3 0.4735 0.5957 0.068 0.000 0.784 0.148
#> SRR608718 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.3105 0.6827 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 4 0.4304 0.6359 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR664048 3 0.4595 0.6673 0.176 0.000 0.780 0.044
#> SRR1500998 1 0.4855 0.5972 0.712 0.000 0.268 0.020
#> SRR1320916 1 0.4805 0.7485 0.784 0.000 0.132 0.084
#> SRR1472150 3 0.3448 0.6858 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1329090 1 0.1792 0.8814 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.1118 0.8981 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1321462 1 0.2021 0.8936 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 4 0.2345 0.7319 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.3402 0.5059 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR604050 3 0.6677 0.3642 0.348 0.000 0.552 0.100
#> SRR600385 3 0.4898 0.6390 0.116 0.000 0.780 0.104
#> SRR1430248 3 0.4164 0.3520 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1352975 1 0.1302 0.8940 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1457221 4 0.5727 0.6761 0.076 0.000 0.236 0.688
#> SRR807591 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.4468 0.6355 0.232 0.000 0.752 0.016
#> SRR660895 3 0.3610 0.4591 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR655111 3 0.5669 0.4717 0.200 0.000 0.708 0.092
#> SRR1336006 1 0.4675 0.6482 0.736 0.000 0.244 0.020
#> SRR613114 3 0.3105 0.6827 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR608368 1 0.3813 0.7988 0.828 0.000 0.148 0.024
#> SRR1315269 1 0.2149 0.8656 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.3105 0.6827 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1370173 3 0.1722 0.6288 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR1408327 3 0.3710 0.6749 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR1405485 1 0.0921 0.9000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1469495 3 0.4707 0.4803 0.036 0.000 0.760 0.204
#> SRR1378841 3 0.3494 0.6834 0.172 0.000 0.824 0.004
#> SRR1375616 3 0.3448 0.6844 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1381566 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.1724 0.8979 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.4669 0.7097 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR1468974 3 0.4502 0.6329 0.236 0.000 0.748 0.016
#> SRR1470111 3 0.3105 0.6827 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1079168 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1338584 4 0.1867 0.7306 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1329551 3 0.6677 0.3924 0.348 0.000 0.552 0.100
#> SRR662871 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.4898 0.6390 0.116 0.000 0.780 0.104
#> SRR1487107 1 0.1629 0.8982 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR614443 3 0.3695 0.5300 0.016 0.000 0.828 0.156
#> SRR1314958 1 0.2011 0.8724 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1341702 1 0.4071 0.8001 0.832 0.000 0.064 0.104
#> SRR1444678 1 0.2081 0.8689 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.4144 0.7951 0.828 0.000 0.068 0.104
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.6238 0.2228 0.092 0.000 0.632 0.276
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.1629 0.8988 0.952 0.000 0.024 0.024
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.1389 0.7258 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR660933 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.3751 0.6750 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1359388 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR817686 3 0.2840 0.6168 0.044 0.000 0.900 0.056
#> SRR1429162 1 0.5772 0.5256 0.672 0.000 0.260 0.068
#> SRR612380 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR817905 1 0.1833 0.8962 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR1337909 1 0.1302 0.8940 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR661723 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1314163 1 0.0469 0.9041 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1489155 3 0.3402 0.6848 0.164 0.000 0.832 0.004
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.4746 0.5647 0.056 0.000 0.776 0.168
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.4614 0.5691 0.064 0.000 0.792 0.144
#> SRR820078 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.1975 0.5847 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR820468 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1396078 3 0.3710 0.6763 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR1443612 3 0.1975 0.5847 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR1470902 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1362777 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1413522 1 0.5268 -0.0602 0.540 0.000 0.452 0.008
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.3448 0.6858 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR662570 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.1474 0.8909 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1323043 1 0.0336 0.9046 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475022 3 0.5459 0.3821 0.432 0.000 0.552 0.016
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.5669 0.4717 0.200 0.000 0.708 0.092
#> SRR603596 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.1389 0.7258 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR615467 3 0.3355 0.5104 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR660638 3 0.6508 0.4317 0.296 0.000 0.600 0.104
#> SRR1360383 4 0.6926 0.2084 0.108 0.000 0.432 0.460
#> SRR1354577 3 0.3448 0.6844 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR608230 3 0.6700 0.4093 0.316 0.000 0.572 0.112
#> SRR1320873 1 0.2737 0.8379 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1336379 1 0.4838 0.6341 0.724 0.000 0.252 0.024
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1477634 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1444876 4 0.5727 0.6761 0.076 0.000 0.236 0.688
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.7188 0.4077 0.292 0.000 0.536 0.172
#> SRR1324431 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3172 0.7861 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.4868 0.5662 0.304 0.000 0.684 0.012
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.2987 0.8515 0.880 0.000 0.104 0.016
#> SRR1087031 1 0.1724 0.8979 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR1489177 3 0.5343 0.5384 0.316 0.000 0.656 0.028
#> SRR1350525 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1440517 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3300 0.7960 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1320280 1 0.0188 0.9046 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.1118 0.8978 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1385080 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1316921 1 0.2882 0.8485 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0817 0.9019 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 4 0.5300 0.6332 0.028 0.000 0.308 0.664
#> SRR818418 1 0.1118 0.8981 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.2908 0.6401 0.064 0.000 0.896 0.040
#> SRR1079281 1 0.2915 0.8660 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR656493 3 0.4776 0.6077 0.272 0.000 0.712 0.016
#> SRR1328599 1 0.5220 0.3003 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR655218 1 0.3249 0.8009 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR1416754 1 0.2081 0.8689 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1488562 3 0.6564 0.3467 0.380 0.000 0.536 0.084
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4776 0.6077 0.272 0.000 0.712 0.016
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.2714 0.6728 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.3751 0.6750 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.4238 0.7579 0.796 0.000 0.176 0.028
#> SRR1415095 1 0.2610 0.8664 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0336 0.9039 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR597927 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.4188 0.6385 0.244 0.000 0.752 0.004
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.5766 0.4251 0.404 0.000 0.564 0.032
#> SRR1432343 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1459585 3 0.2999 0.6810 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4789 0.5619 0.056 0.000 0.772 0.172
#> SRR612443 3 0.6730 0.1514 0.132 0.000 0.592 0.276
#> SRR1473936 4 0.5933 0.2858 0.036 0.000 0.464 0.500
#> SRR1455698 3 0.4991 0.4564 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR1331335 1 0.0336 0.9046 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659187 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1417912 1 0.0336 0.9046 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316940 3 0.3710 0.6763 0.192 0.000 0.804 0.004
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.3355 0.5104 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR1411024 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0469 0.9045 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.5353 0.1067 0.556 0.000 0.432 0.012
#> SRR1444460 1 0.1474 0.8921 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1333587 1 0.4805 0.7517 0.784 0.000 0.132 0.084
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.4678 0.6673 0.744 0.000 0.232 0.024
#> SRR1366433 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1480479 1 0.2742 0.8707 0.900 0.000 0.076 0.024
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0707 0.9023 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR820133 4 0.1557 0.7201 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1348424 3 0.3367 0.6708 0.108 0.000 0.864 0.028
#> SRR1382956 3 0.3539 0.6829 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1339549 1 0.4826 0.6097 0.716 0.000 0.264 0.020
#> SRR821434 1 0.1520 0.8992 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR662546 1 0.5873 0.2666 0.548 0.000 0.036 0.416
#> SRR1319816 3 0.3105 0.6827 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1078347 3 0.4746 0.5647 0.056 0.000 0.776 0.168
#> SRR1435293 1 0.2081 0.8689 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.3870 0.6639 0.208 0.000 0.788 0.004
#> SRR1499193 1 0.1389 0.8941 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1467294 3 0.5203 0.4604 0.048 0.000 0.720 0.232
#> SRR1359649 1 0.6039 0.3171 0.596 0.000 0.348 0.056
#> SRR1335688 3 0.3598 0.6779 0.124 0.000 0.848 0.028
#> SRR1370129 4 0.5256 0.5570 0.012 0.000 0.392 0.596
#> SRR1321966 3 0.3311 0.4912 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.3448 0.6844 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3610 0.4591 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1498861 1 0.4144 0.7951 0.828 0.000 0.068 0.104
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.4605 0.2959 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.3610 0.4591 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR602622 1 0.3812 0.8023 0.832 0.000 0.140 0.028
#> SRR1487685 1 0.5637 0.6403 0.720 0.000 0.168 0.112
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.3367 0.6708 0.108 0.000 0.864 0.028
#> SRR1313932 1 0.2021 0.8936 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR603397 3 0.3450 0.5178 0.008 0.000 0.836 0.156
#> SRR1099023 3 0.3448 0.6844 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3004 0.6353 0.060 0.000 0.892 0.048
#> SRR1334741 1 0.4797 0.6177 0.720 0.000 0.260 0.020
#> SRR656564 1 0.3217 0.8136 0.860 0.000 0.128 0.012
#> SRR608174 1 0.1733 0.8973 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR1320963 1 0.0336 0.9046 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9050 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0817 0.9010 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR602927 1 0.0188 0.9044 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9989 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.2282 0.8778 0.924 0.000 0.052 0.024
#> SRR1475909 1 0.5705 0.5304 0.676 0.000 0.260 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.4682 0.3614 0.012 0.000 0.032 0.248 0.708
#> SRR1333930 1 0.0404 0.8374 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1085850 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.4833 0.7711 0.772 0.000 0.048 0.080 0.100
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.2060 0.8252 0.924 0.000 0.016 0.008 0.052
#> SRR1077405 5 0.2824 0.7028 0.116 0.000 0.020 0.000 0.864
#> SRR1330061 5 0.4961 0.5067 0.360 0.000 0.008 0.024 0.608
#> SRR662725 4 0.6002 0.0749 0.408 0.000 0.040 0.512 0.040
#> SRR1313951 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1339218 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1417505 1 0.4833 0.7711 0.772 0.000 0.048 0.080 0.100
#> SRR1407134 1 0.1205 0.8300 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3106 0.7135 0.140 0.000 0.020 0.000 0.840
#> SRR1075898 1 0.4833 0.7711 0.772 0.000 0.048 0.080 0.100
#> SRR1498482 3 0.3586 0.6915 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1359673 3 0.2773 0.7153 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1439873 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1352706 5 0.3060 0.7116 0.128 0.000 0.024 0.000 0.848
#> SRR1436966 5 0.2921 0.7091 0.124 0.000 0.020 0.000 0.856
#> SRR614802 1 0.1673 0.8320 0.944 0.000 0.016 0.008 0.032
#> SRR1388979 1 0.4883 0.7715 0.768 0.000 0.048 0.104 0.080
#> SRR1396595 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.6980 0.3721 0.160 0.000 0.496 0.036 0.308
#> SRR1440699 3 0.5184 0.4274 0.032 0.000 0.508 0.004 0.456
#> SRR1389059 5 0.3620 0.6696 0.108 0.000 0.068 0.000 0.824
#> SRR1083100 1 0.6488 0.3414 0.552 0.000 0.068 0.060 0.320
#> SRR1348861 5 0.5166 0.4854 0.368 0.000 0.012 0.028 0.592
#> SRR1072367 3 0.4661 0.7012 0.036 0.000 0.736 0.020 0.208
#> SRR1468403 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1417070 4 0.5330 0.5221 0.048 0.000 0.040 0.696 0.216
#> SRR1390601 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.4620 0.7808 0.788 0.000 0.048 0.084 0.080
#> SRR1315761 1 0.5290 0.7356 0.732 0.000 0.048 0.080 0.140
#> SRR1392637 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR810957 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.6393 0.3855 0.180 0.000 0.012 0.564 0.244
#> SRR1470212 3 0.5256 0.5000 0.032 0.000 0.540 0.008 0.420
#> SRR1433971 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.3924 0.7058 0.156 0.000 0.032 0.012 0.800
#> SRR615141 1 0.5780 0.5531 0.632 0.000 0.032 0.064 0.272
#> SRR601122 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1397008 5 0.3193 0.7090 0.132 0.000 0.028 0.000 0.840
#> SRR1358561 5 0.3106 0.7135 0.140 0.000 0.020 0.000 0.840
#> SRR1498640 1 0.1205 0.8300 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1429957 4 0.5330 0.5221 0.048 0.000 0.040 0.696 0.216
#> SRR1452292 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.4897 0.6170 0.004 0.000 0.616 0.028 0.352
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.1270 0.8242 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR659121 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1330656 5 0.3876 0.6883 0.192 0.000 0.032 0.000 0.776
#> SRR1388305 1 0.1831 0.8128 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.3857 0.6473 0.000 0.000 0.808 0.084 0.108
#> SRR1311086 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 1 0.5843 0.4432 0.592 0.000 0.024 0.064 0.320
#> SRR661325 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1439807 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1394713 5 0.5161 0.4156 0.396 0.000 0.012 0.024 0.568
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.6057 0.5951 0.252 0.000 0.124 0.016 0.608
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.1243 0.8371 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028
#> SRR1500405 1 0.5916 0.3722 0.564 0.000 0.028 0.056 0.352
#> SRR1354446 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.7706 -0.1392 0.404 0.000 0.256 0.060 0.280
#> SRR1444559 5 0.2873 0.7122 0.128 0.000 0.016 0.000 0.856
#> SRR1381543 1 0.5617 0.6345 0.668 0.000 0.036 0.064 0.232
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.7293 0.0573 0.196 0.000 0.396 0.036 0.372
#> SRR660007 5 0.6588 0.5110 0.268 0.000 0.156 0.024 0.552
#> SRR655649 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1437306 1 0.4147 0.7792 0.804 0.000 0.040 0.028 0.128
#> SRR657731 5 0.6052 0.5153 0.180 0.000 0.204 0.008 0.608
#> SRR661005 5 0.6655 0.5000 0.284 0.000 0.156 0.024 0.536
#> SRR600608 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 4 0.1965 0.5251 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1334717 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.5166 0.4854 0.368 0.000 0.012 0.028 0.592
#> SRR1082759 5 0.2873 0.7122 0.128 0.000 0.016 0.000 0.856
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.6449 0.5702 0.644 0.000 0.100 0.144 0.112
#> SRR612455 5 0.7163 0.1338 0.244 0.000 0.324 0.020 0.412
#> SRR818210 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.6315 0.4675 0.012 0.000 0.572 0.252 0.164
#> SRR1387178 1 0.0880 0.8322 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR660498 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.4833 0.7711 0.772 0.000 0.048 0.080 0.100
#> SRR657325 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.1502 0.8239 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR657348 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR662091 5 0.2966 0.7139 0.136 0.000 0.016 0.000 0.848
#> SRR608598 3 0.2852 0.7164 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR663320 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.6464 0.5389 0.640 0.000 0.088 0.120 0.152
#> SRR1361567 1 0.0404 0.8373 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR819134 1 0.0404 0.8374 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311400 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.4961 0.5067 0.360 0.000 0.008 0.024 0.608
#> SRR661433 5 0.2740 0.6822 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR1453341 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.4010 0.6938 0.176 0.000 0.032 0.008 0.784
#> SRR1319539 5 0.6213 0.5783 0.240 0.000 0.148 0.016 0.596
#> SRR1343841 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.6871 0.4589 0.336 0.000 0.176 0.020 0.468
#> SRR1487321 1 0.0880 0.8322 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1312428 1 0.4943 0.1708 0.596 0.000 0.012 0.016 0.376
#> SRR657587 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1337412 5 0.3183 0.7145 0.156 0.000 0.016 0.000 0.828
#> SRR1474466 4 0.6267 0.1833 0.380 0.000 0.032 0.516 0.072
#> SRR1466993 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.5985 0.6082 0.680 0.000 0.064 0.116 0.140
#> SRR1455171 3 0.3573 0.7110 0.016 0.000 0.816 0.012 0.156
#> SRR627299 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 5 0.6655 0.5000 0.284 0.000 0.156 0.024 0.536
#> SRR817758 5 0.7064 0.0961 0.188 0.000 0.376 0.024 0.412
#> SRR821019 4 0.5520 0.1853 0.000 0.000 0.364 0.560 0.076
#> SRR1330675 1 0.5681 0.6730 0.684 0.000 0.048 0.072 0.196
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.5299 0.1875 0.464 0.000 0.008 0.032 0.496
#> SRR604074 5 0.7163 0.1338 0.244 0.000 0.324 0.020 0.412
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.4768 0.5293 0.096 0.000 0.180 0.000 0.724
#> SRR820209 4 0.5359 0.2683 0.000 0.000 0.316 0.608 0.076
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1350456 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.5771 0.4598 0.600 0.000 0.024 0.060 0.316
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.5004 0.4249 0.000 0.000 0.216 0.692 0.092
#> SRR1403958 1 0.5163 0.7472 0.744 0.000 0.048 0.080 0.128
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0566 0.8373 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1334847 1 0.6474 0.3505 0.556 0.000 0.068 0.060 0.316
#> SRR1421093 5 0.2921 0.7091 0.124 0.000 0.020 0.000 0.856
#> SRR1085782 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.3048 0.7166 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1375635 4 0.6393 0.3855 0.180 0.000 0.012 0.564 0.244
#> SRR661133 1 0.5119 0.7080 0.748 0.000 0.048 0.124 0.080
#> SRR1357523 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.5302 0.1238 0.476 0.000 0.008 0.032 0.484
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1341 0.8255 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1454803 1 0.0579 0.8386 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1468381 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.2411 0.6887 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR1434138 4 0.6393 0.3855 0.180 0.000 0.012 0.564 0.244
#> SRR1456950 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.5302 0.1238 0.476 0.000 0.008 0.032 0.484
#> SRR1355040 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.5163 0.7472 0.744 0.000 0.048 0.080 0.128
#> SRR1085495 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.2844 0.8155 0.888 0.000 0.016 0.032 0.064
#> SRR1500868 1 0.1851 0.8034 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1476279 1 0.4981 0.7616 0.760 0.000 0.048 0.080 0.112
#> SRR627429 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2568 0.7929 0.888 0.000 0.016 0.004 0.092
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 5 0.5083 -0.2524 0.036 0.000 0.432 0.000 0.532
#> SRR1440986 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.5895 0.1591 0.384 0.000 0.040 0.540 0.036
#> SRR1319837 1 0.6029 0.6356 0.684 0.000 0.096 0.108 0.112
#> SRR1491311 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1487295 5 0.5281 0.6476 0.224 0.000 0.088 0.008 0.680
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.1965 0.5251 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1440058 1 0.0880 0.8322 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR607337 1 0.0290 0.8380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.7556 0.0327 0.252 0.000 0.388 0.044 0.316
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1387989 3 0.3336 0.7100 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1383018 3 0.5633 0.4846 0.096 0.000 0.716 0.108 0.080
#> SRR1441701 3 0.3932 0.6573 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1368772 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.5839 0.6658 0.700 0.000 0.092 0.100 0.108
#> SRR614083 3 0.7603 0.0290 0.256 0.000 0.392 0.048 0.304
#> SRR1310623 3 0.4897 0.6170 0.004 0.000 0.616 0.028 0.352
#> SRR1420625 5 0.2793 0.6689 0.088 0.000 0.036 0.000 0.876
#> SRR816721 1 0.4782 0.7738 0.776 0.000 0.048 0.080 0.096
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.5681 0.6730 0.684 0.000 0.048 0.072 0.196
#> SRR1418992 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2411 0.6887 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR1399028 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0162 0.8378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402900 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.6703 0.3460 0.540 0.000 0.088 0.060 0.312
#> SRR664842 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR662342 2 0.1740 0.9141 0.012 0.932 0.000 0.000 0.056
#> SRR665502 1 0.7932 -0.1199 0.376 0.000 0.292 0.080 0.252
#> SRR657891 1 0.2793 0.7974 0.876 0.000 0.000 0.036 0.088
#> SRR1421305 1 0.5815 0.5655 0.632 0.000 0.032 0.068 0.268
#> SRR1335707 5 0.4153 0.6828 0.212 0.000 0.024 0.008 0.756
#> SRR1401276 1 0.6029 0.6356 0.684 0.000 0.096 0.108 0.112
#> SRR627421 1 0.4782 0.7314 0.772 0.000 0.040 0.112 0.076
#> SRR1311575 1 0.1341 0.8255 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1475675 3 0.5114 0.4361 0.028 0.000 0.512 0.004 0.456
#> SRR661995 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR1471922 4 0.6008 0.0609 0.412 0.000 0.040 0.508 0.040
#> SRR1077687 1 0.1502 0.8239 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR821602 3 0.5311 0.6704 0.040 0.000 0.672 0.032 0.256
#> SRR608718 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.2740 0.6822 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR1437555 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 4 0.5520 0.1853 0.000 0.000 0.364 0.560 0.076
#> SRR664048 5 0.6473 0.1802 0.128 0.000 0.320 0.020 0.532
#> SRR1500998 1 0.5858 0.4284 0.588 0.000 0.024 0.064 0.324
#> SRR1320916 1 0.6609 0.5364 0.608 0.000 0.100 0.080 0.212
#> SRR1472150 5 0.3193 0.7090 0.132 0.000 0.028 0.000 0.840
#> SRR1329090 1 0.1831 0.8128 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1317344 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1324371 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.1205 0.8300 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1321462 1 0.4833 0.7711 0.772 0.000 0.048 0.080 0.100
#> SRR1387264 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 4 0.3159 0.5292 0.000 0.000 0.088 0.856 0.056
#> SRR1486097 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.2773 0.7153 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR604050 3 0.7592 0.0432 0.252 0.000 0.396 0.048 0.304
#> SRR600385 3 0.6333 0.3767 0.088 0.000 0.492 0.024 0.396
#> SRR1430248 3 0.3857 0.6473 0.000 0.000 0.808 0.084 0.108
#> SRR1352975 1 0.1270 0.8242 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1457221 4 0.5366 0.5240 0.052 0.000 0.040 0.696 0.212
#> SRR807591 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.4010 0.6938 0.176 0.000 0.032 0.008 0.784
#> SRR660895 3 0.2411 0.6887 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR655111 3 0.6980 0.3721 0.160 0.000 0.496 0.036 0.308
#> SRR1336006 1 0.5764 0.5031 0.616 0.000 0.028 0.060 0.296
#> SRR613114 5 0.2740 0.6822 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR608368 1 0.5521 0.6706 0.688 0.000 0.040 0.064 0.208
#> SRR1315269 1 0.1965 0.7984 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1435020 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.2740 0.6822 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR1370173 5 0.3193 0.4830 0.028 0.000 0.132 0.000 0.840
#> SRR1408327 5 0.3646 0.7114 0.144 0.000 0.036 0.004 0.816
#> SRR1405485 1 0.0963 0.8308 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR812012 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1469495 5 0.3845 0.3908 0.004 0.000 0.012 0.224 0.760
#> SRR1378841 5 0.2920 0.7131 0.132 0.000 0.016 0.000 0.852
#> SRR1375616 5 0.2873 0.7122 0.128 0.000 0.016 0.000 0.856
#> SRR1381566 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1432123 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.4883 0.7715 0.768 0.000 0.048 0.104 0.080
#> SRR1099499 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.6100 0.5421 0.612 0.000 0.032 0.092 0.264
#> SRR1468974 5 0.3876 0.6883 0.192 0.000 0.032 0.000 0.776
#> SRR1470111 5 0.2740 0.6822 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR1079168 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1338584 4 0.2573 0.5246 0.000 0.000 0.104 0.880 0.016
#> SRR1329551 3 0.7551 0.0343 0.252 0.000 0.392 0.044 0.312
#> SRR662871 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.6333 0.3767 0.088 0.000 0.492 0.024 0.396
#> SRR1487107 1 0.4620 0.7800 0.788 0.000 0.048 0.080 0.084
#> SRR1348159 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR614443 3 0.3427 0.7182 0.012 0.000 0.796 0.000 0.192
#> SRR1314958 1 0.1851 0.8034 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1341702 1 0.5063 0.7120 0.752 0.000 0.048 0.124 0.076
#> SRR1444678 1 0.1908 0.8001 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.5119 0.7080 0.748 0.000 0.048 0.124 0.080
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.5412 0.5550 0.068 0.000 0.732 0.108 0.092
#> SRR1468955 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.4620 0.7806 0.788 0.000 0.048 0.080 0.084
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.1965 0.5251 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3053 0.7112 0.164 0.000 0.008 0.000 0.828
#> SRR1359388 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR817686 3 0.4651 0.5903 0.020 0.000 0.608 0.000 0.372
#> SRR1429162 1 0.6501 0.3308 0.548 0.000 0.068 0.060 0.324
#> SRR612380 1 0.4782 0.7754 0.776 0.000 0.048 0.096 0.080
#> SRR817905 1 0.4729 0.7756 0.780 0.000 0.048 0.080 0.092
#> SRR1337909 1 0.1270 0.8242 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR661723 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1314163 1 0.1243 0.8370 0.960 0.000 0.004 0.008 0.028
#> SRR1489155 5 0.2921 0.7091 0.124 0.000 0.020 0.000 0.856
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.4661 0.7012 0.036 0.000 0.736 0.020 0.208
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.3798 0.4998 0.024 0.000 0.012 0.160 0.804
#> SRR820078 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3932 0.6573 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR820468 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1396078 5 0.3264 0.7126 0.164 0.000 0.016 0.000 0.820
#> SRR1443612 3 0.3913 0.6611 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1470902 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1362777 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1413522 1 0.5177 -0.1809 0.512 0.000 0.016 0.016 0.456
#> SRR1073143 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.3193 0.7090 0.132 0.000 0.028 0.000 0.840
#> SRR662570 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.1502 0.8239 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1323043 1 0.0290 0.8380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475022 5 0.5050 0.5032 0.356 0.000 0.012 0.024 0.608
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.6980 0.3721 0.160 0.000 0.496 0.036 0.308
#> SRR603596 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.1965 0.5251 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR615467 3 0.3048 0.7166 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR660638 3 0.7280 0.2047 0.216 0.000 0.448 0.036 0.300
#> SRR1360383 4 0.7302 0.1008 0.088 0.000 0.100 0.424 0.388
#> SRR1354577 5 0.2873 0.7122 0.128 0.000 0.016 0.000 0.856
#> SRR608230 3 0.7343 0.1857 0.224 0.000 0.464 0.044 0.268
#> SRR1320873 1 0.6029 0.6356 0.684 0.000 0.096 0.108 0.112
#> SRR1336379 1 0.6118 0.4631 0.584 0.000 0.048 0.056 0.312
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1477634 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1444876 4 0.5366 0.5240 0.052 0.000 0.040 0.696 0.212
#> SRR1101421 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.7781 0.4296 0.260 0.000 0.104 0.180 0.456
#> SRR1324431 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3229 0.7315 0.840 0.000 0.032 0.000 0.128
#> SRR655684 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.6057 0.5951 0.252 0.000 0.124 0.016 0.608
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.5336 0.7263 0.724 0.000 0.048 0.072 0.156
#> SRR1087031 1 0.4883 0.7715 0.768 0.000 0.048 0.104 0.080
#> SRR1489177 5 0.5600 0.6139 0.248 0.000 0.072 0.024 0.656
#> SRR1350525 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1440517 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR1320093 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.6486 0.5653 0.640 0.000 0.100 0.148 0.112
#> SRR1320280 1 0.0162 0.8378 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082262 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.1121 0.8282 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1385080 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1316921 1 0.5839 0.6658 0.700 0.000 0.092 0.100 0.108
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0880 0.8330 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1498272 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 4 0.5734 0.4605 0.028 0.000 0.076 0.648 0.248
#> SRR818418 1 0.1205 0.8300 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.5192 0.3937 0.032 0.000 0.492 0.004 0.472
#> SRR1079281 1 0.5290 0.7356 0.732 0.000 0.048 0.080 0.140
#> SRR656493 5 0.6341 0.5113 0.228 0.000 0.200 0.008 0.564
#> SRR1328599 1 0.7640 -0.1667 0.392 0.000 0.120 0.380 0.108
#> SRR655218 1 0.6449 0.5702 0.644 0.000 0.100 0.144 0.112
#> SRR1416754 1 0.1908 0.8001 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1488562 3 0.7629 -0.1022 0.284 0.000 0.340 0.044 0.332
#> SRR1084842 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 5 0.6341 0.5113 0.228 0.000 0.200 0.008 0.564
#> SRR1468514 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.2922 0.6343 0.072 0.000 0.056 0.000 0.872
#> SRR1481216 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3053 0.7112 0.164 0.000 0.008 0.000 0.828
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.5772 0.6197 0.656 0.000 0.040 0.068 0.236
#> SRR1415095 1 0.4147 0.7792 0.804 0.000 0.040 0.028 0.128
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.1059 0.8376 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR597927 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3696 0.6921 0.212 0.000 0.016 0.000 0.772
#> SRR1490019 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1476676 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 5 0.6871 0.4589 0.336 0.000 0.176 0.020 0.468
#> SRR1432343 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1459585 5 0.2793 0.6689 0.088 0.000 0.036 0.000 0.876
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4752 0.7002 0.036 0.000 0.724 0.020 0.220
#> SRR612443 3 0.5633 0.4846 0.096 0.000 0.716 0.108 0.080
#> SRR1473936 4 0.6096 0.2304 0.004 0.000 0.108 0.476 0.412
#> SRR1455698 5 0.4924 0.5674 0.320 0.000 0.016 0.020 0.644
#> SRR1331335 1 0.0290 0.8380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659187 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1417912 1 0.0290 0.8380 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316940 5 0.3264 0.7126 0.164 0.000 0.016 0.000 0.820
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.3048 0.7166 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1411024 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1469904 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0404 0.8374 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR657754 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.5302 0.1238 0.476 0.000 0.008 0.032 0.484
#> SRR1444460 1 0.1478 0.8224 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1333587 1 0.6609 0.5389 0.608 0.000 0.100 0.080 0.212
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.5874 0.5199 0.616 0.000 0.036 0.060 0.288
#> SRR1366433 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR1480479 1 0.5249 0.7400 0.736 0.000 0.048 0.080 0.136
#> SRR1470175 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0609 0.8342 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1335400 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR820133 4 0.3163 0.4915 0.000 0.000 0.164 0.824 0.012
#> SRR1348424 5 0.5513 -0.1310 0.068 0.000 0.408 0.000 0.524
#> SRR1382956 5 0.2966 0.7139 0.136 0.000 0.016 0.000 0.848
#> SRR1339549 1 0.5771 0.4598 0.600 0.000 0.024 0.060 0.316
#> SRR821434 1 0.4564 0.7821 0.792 0.000 0.048 0.080 0.080
#> SRR662546 4 0.6002 0.0749 0.408 0.000 0.040 0.512 0.040
#> SRR1319816 5 0.2740 0.6822 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR1078347 3 0.4661 0.7012 0.036 0.000 0.736 0.020 0.208
#> SRR1435293 1 0.1908 0.8001 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1408208 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.3527 0.7073 0.172 0.000 0.024 0.000 0.804
#> SRR1499193 1 0.1341 0.8255 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1467294 5 0.4603 0.3658 0.012 0.000 0.028 0.248 0.712
#> SRR1359649 1 0.6302 0.0663 0.488 0.000 0.056 0.044 0.412
#> SRR1335688 5 0.4288 0.6068 0.080 0.000 0.108 0.016 0.796
#> SRR1370129 4 0.6495 0.1985 0.004 0.000 0.236 0.520 0.240
#> SRR1321966 3 0.2377 0.7066 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1488672 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.2873 0.7122 0.128 0.000 0.016 0.000 0.856
#> SRR1416999 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.2411 0.6887 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR1498861 1 0.5119 0.7080 0.748 0.000 0.048 0.124 0.080
#> SRR1317877 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.5410 0.5467 0.000 0.000 0.656 0.216 0.128
#> SRR1459718 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.2411 0.6887 0.000 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR602622 1 0.5569 0.6656 0.684 0.000 0.032 0.080 0.204
#> SRR1487685 1 0.6540 0.5216 0.632 0.000 0.088 0.124 0.156
#> SRR1455925 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.5513 -0.1310 0.068 0.000 0.408 0.000 0.524
#> SRR1313932 1 0.4833 0.7711 0.772 0.000 0.048 0.080 0.100
#> SRR603397 3 0.3196 0.7174 0.004 0.000 0.804 0.000 0.192
#> SRR1099023 5 0.2873 0.7122 0.128 0.000 0.016 0.000 0.856
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.5114 0.4361 0.028 0.000 0.512 0.004 0.456
#> SRR1334741 1 0.5755 0.4699 0.604 0.000 0.024 0.060 0.312
#> SRR656564 1 0.3906 0.7466 0.816 0.000 0.024 0.032 0.128
#> SRR608174 1 0.4675 0.7780 0.784 0.000 0.048 0.080 0.088
#> SRR1320963 1 0.0404 0.8376 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR661973 1 0.0000 0.8388 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0794 0.8323 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR602927 1 0.0324 0.8389 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.3130 0.8061 0.872 0.000 0.016 0.040 0.072
#> SRR1475909 1 0.6488 0.3414 0.552 0.000 0.068 0.060 0.320
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.4225 0.36074 0.000 0.000 0.036 0.012 0.712 0.240
#> SRR1333930 1 0.0363 0.88959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1085850 1 0.0363 0.88702 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.5063 0.70990 0.372 0.000 0.000 0.544 0.084 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.3042 0.76644 0.856 0.000 0.008 0.088 0.044 0.004
#> SRR1077405 5 0.1124 0.69027 0.036 0.000 0.008 0.000 0.956 0.000
#> SRR1330061 5 0.5126 0.41097 0.216 0.000 0.000 0.160 0.624 0.000
#> SRR662725 4 0.3965 -0.08040 0.008 0.000 0.000 0.604 0.000 0.388
#> SRR1313951 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1339218 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1417505 4 0.5063 0.70990 0.372 0.000 0.000 0.544 0.084 0.000
#> SRR1407134 1 0.1745 0.84766 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.1976 0.69956 0.060 0.000 0.016 0.008 0.916 0.000
#> SRR1075898 4 0.5063 0.70990 0.372 0.000 0.000 0.544 0.084 0.000
#> SRR1498482 3 0.2809 0.67613 0.000 0.000 0.824 0.004 0.168 0.004
#> SRR1359673 3 0.1732 0.69734 0.000 0.000 0.920 0.004 0.072 0.004
#> SRR1439873 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1352706 5 0.1500 0.69954 0.052 0.000 0.012 0.000 0.936 0.000
#> SRR1436966 5 0.1265 0.69590 0.044 0.000 0.008 0.000 0.948 0.000
#> SRR614802 1 0.2438 0.80307 0.892 0.000 0.008 0.076 0.020 0.004
#> SRR1388979 4 0.4723 0.69576 0.296 0.000 0.000 0.636 0.064 0.004
#> SRR1396595 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.6568 0.47122 0.044 0.000 0.544 0.136 0.252 0.024
#> SRR1440699 3 0.4215 0.44272 0.004 0.000 0.556 0.004 0.432 0.004
#> SRR1389059 5 0.2344 0.66832 0.028 0.000 0.068 0.008 0.896 0.000
#> SRR1083100 4 0.6271 0.11430 0.200 0.000 0.016 0.480 0.300 0.004
#> SRR1348861 5 0.5231 0.37072 0.224 0.000 0.000 0.168 0.608 0.000
#> SRR1072367 3 0.3434 0.68635 0.012 0.000 0.820 0.008 0.136 0.024
#> SRR1468403 3 0.0458 0.67856 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1417070 6 0.5173 0.68038 0.000 0.000 0.028 0.104 0.200 0.668
#> SRR1390601 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.4947 0.70829 0.384 0.000 0.000 0.552 0.060 0.004
#> SRR1315761 4 0.5390 0.70228 0.340 0.000 0.000 0.532 0.128 0.000
#> SRR1392637 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 6 0.6360 0.48872 0.020 0.000 0.004 0.268 0.224 0.484
#> SRR1470212 3 0.4692 0.52624 0.020 0.000 0.600 0.016 0.360 0.004
#> SRR1433971 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.2994 0.68805 0.076 0.000 0.024 0.024 0.868 0.008
#> SRR615141 4 0.6044 0.54508 0.308 0.000 0.000 0.416 0.276 0.000
#> SRR601122 4 0.4855 0.71088 0.380 0.000 0.000 0.556 0.064 0.000
#> SRR1397008 5 0.1926 0.69919 0.068 0.000 0.020 0.000 0.912 0.000
#> SRR1358561 5 0.1976 0.69956 0.060 0.000 0.016 0.008 0.916 0.000
#> SRR1498640 1 0.1745 0.84766 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR1429957 6 0.5173 0.68038 0.000 0.000 0.028 0.104 0.200 0.668
#> SRR1452292 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.4220 0.59212 0.000 0.000 0.664 0.004 0.304 0.028
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.1588 0.84940 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR659121 4 0.4828 0.71141 0.368 0.000 0.000 0.568 0.064 0.000
#> SRR1330656 5 0.3190 0.67600 0.088 0.000 0.012 0.056 0.844 0.000
#> SRR1388305 1 0.2218 0.80900 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2350 0.62203 0.000 0.000 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR1311086 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.6110 0.43523 0.300 0.000 0.000 0.372 0.328 0.000
#> SRR661325 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1394713 5 0.5410 0.28404 0.248 0.000 0.000 0.176 0.576 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.6020 0.57065 0.148 0.000 0.136 0.076 0.632 0.008
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.2365 0.80119 0.888 0.000 0.000 0.072 0.040 0.000
#> SRR1500405 5 0.6119 -0.38969 0.340 0.000 0.000 0.304 0.356 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.7787 -0.13856 0.164 0.000 0.204 0.348 0.272 0.012
#> SRR1444559 5 0.1477 0.69923 0.048 0.000 0.008 0.004 0.940 0.000
#> SRR1381543 4 0.5896 0.62093 0.316 0.000 0.000 0.460 0.224 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.7256 0.20077 0.084 0.000 0.404 0.160 0.336 0.016
#> SRR660007 5 0.6472 0.49573 0.112 0.000 0.164 0.120 0.592 0.012
#> SRR655649 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1437306 1 0.4924 0.20051 0.652 0.000 0.000 0.204 0.144 0.000
#> SRR657731 5 0.5388 0.48946 0.064 0.000 0.208 0.060 0.664 0.004
#> SRR661005 5 0.6646 0.48242 0.132 0.000 0.164 0.120 0.572 0.012
#> SRR600608 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 6 0.1341 0.68864 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000 0.948
#> SRR1334717 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.5231 0.37072 0.224 0.000 0.000 0.168 0.608 0.000
#> SRR1082759 5 0.1477 0.69923 0.048 0.000 0.008 0.004 0.940 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 4 0.4206 0.20307 0.172 0.000 0.016 0.764 0.024 0.024
#> SRR612455 5 0.6946 -0.06245 0.164 0.000 0.360 0.056 0.408 0.012
#> SRR818210 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.5330 0.44288 0.000 0.000 0.628 0.020 0.108 0.244
#> SRR1387178 1 0.1285 0.86429 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.5063 0.70990 0.372 0.000 0.000 0.544 0.084 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.1913 0.83576 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080 0.000
#> SRR657348 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR662091 5 0.1349 0.69933 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000
#> SRR608598 3 0.1788 0.69795 0.000 0.000 0.916 0.004 0.076 0.004
#> SRR663320 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.8025 -0.34636 0.352 0.000 0.076 0.324 0.156 0.092
#> SRR1361567 1 0.0508 0.88916 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR819134 1 0.0363 0.88959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.5126 0.41097 0.216 0.000 0.000 0.160 0.624 0.000
#> SRR661433 5 0.0964 0.67624 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.3172 0.67166 0.100 0.000 0.016 0.040 0.844 0.000
#> SRR1319539 5 0.6173 0.54109 0.136 0.000 0.168 0.076 0.612 0.008
#> SRR1343841 1 0.0146 0.89257 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.7065 0.35972 0.208 0.000 0.176 0.144 0.472 0.000
#> SRR1487321 1 0.1285 0.86429 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR1312428 1 0.5228 0.03506 0.508 0.000 0.012 0.052 0.424 0.004
#> SRR657587 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1337412 5 0.2009 0.69784 0.084 0.000 0.008 0.004 0.904 0.000
#> SRR1474466 4 0.5961 0.00667 0.096 0.000 0.000 0.456 0.036 0.412
#> SRR1466993 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.7662 -0.29957 0.396 0.000 0.052 0.324 0.144 0.084
#> SRR1455171 3 0.2747 0.69555 0.000 0.000 0.860 0.004 0.108 0.028
#> SRR627299 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 5 0.6646 0.48242 0.132 0.000 0.164 0.120 0.572 0.012
#> SRR817758 3 0.6518 0.04522 0.116 0.000 0.420 0.032 0.412 0.020
#> SRR821019 6 0.4653 0.41389 0.000 0.000 0.304 0.032 0.020 0.644
#> SRR1330675 4 0.5758 0.66466 0.340 0.000 0.000 0.476 0.184 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.5814 0.12511 0.280 0.000 0.004 0.200 0.516 0.000
#> SRR604074 5 0.6946 -0.06245 0.164 0.000 0.360 0.056 0.408 0.012
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.3309 0.52331 0.016 0.000 0.192 0.004 0.788 0.000
#> SRR820209 6 0.4398 0.48737 0.000 0.000 0.252 0.032 0.020 0.696
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1350456 1 0.0146 0.89257 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.6111 0.44314 0.304 0.000 0.000 0.372 0.324 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 6 0.4555 0.61490 0.000 0.000 0.184 0.016 0.080 0.720
#> SRR1403958 4 0.5290 0.70875 0.340 0.000 0.000 0.544 0.116 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.1225 0.87294 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR1334847 4 0.6280 0.12177 0.204 0.000 0.016 0.480 0.296 0.004
#> SRR1421093 5 0.1265 0.69590 0.044 0.000 0.008 0.000 0.948 0.000
#> SRR1085782 3 0.0458 0.67856 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.1956 0.69836 0.000 0.000 0.908 0.004 0.080 0.008
#> SRR1375635 6 0.6360 0.48872 0.020 0.000 0.004 0.268 0.224 0.484
#> SRR661133 1 0.6888 -0.19404 0.464 0.000 0.024 0.340 0.080 0.092
#> SRR1357523 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.5758 0.06948 0.284 0.000 0.000 0.212 0.504 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1806 0.83453 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1454803 1 0.1265 0.85202 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR1468381 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.1074 0.66602 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1434138 6 0.6360 0.48872 0.020 0.000 0.004 0.268 0.224 0.484
#> SRR1456950 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.5758 0.06948 0.284 0.000 0.000 0.212 0.504 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.5290 0.70875 0.340 0.000 0.000 0.544 0.116 0.000
#> SRR1085495 1 0.0363 0.88702 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.4896 0.47974 0.696 0.000 0.012 0.196 0.088 0.008
#> SRR1500868 1 0.2146 0.80177 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1476279 4 0.5157 0.71088 0.360 0.000 0.000 0.544 0.096 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2745 0.77626 0.860 0.000 0.008 0.020 0.112 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.4227 0.29521 0.008 0.000 0.496 0.004 0.492 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4025 -0.14498 0.008 0.000 0.000 0.576 0.000 0.416
#> SRR1319837 4 0.3967 0.27008 0.212 0.000 0.012 0.748 0.024 0.004
#> SRR1491311 3 0.0458 0.67856 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1487295 5 0.4887 0.64218 0.120 0.000 0.096 0.048 0.732 0.004
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 6 0.1341 0.68864 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000 0.948
#> SRR1440058 1 0.1219 0.86667 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR607337 1 0.0405 0.89049 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.7579 0.20568 0.096 0.000 0.368 0.240 0.280 0.016
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0547 0.68093 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1387989 3 0.2378 0.68883 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1383018 3 0.4868 0.48310 0.016 0.000 0.728 0.116 0.016 0.124
#> SRR1441701 3 0.3244 0.64013 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 4 0.4549 0.30190 0.236 0.000 0.008 0.696 0.056 0.004
#> SRR614083 3 0.7628 0.19246 0.092 0.000 0.364 0.248 0.276 0.020
#> SRR1310623 3 0.4220 0.59212 0.000 0.000 0.664 0.004 0.304 0.028
#> SRR1420625 5 0.1148 0.67327 0.016 0.000 0.020 0.004 0.960 0.000
#> SRR816721 4 0.5020 0.71084 0.372 0.000 0.000 0.548 0.080 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.5758 0.66466 0.340 0.000 0.000 0.476 0.184 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1074 0.66602 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1399028 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0291 0.89163 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.6232 0.14724 0.192 0.000 0.020 0.508 0.276 0.004
#> SRR664842 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR662342 2 0.1471 0.91214 0.004 0.932 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR665502 4 0.7761 -0.15976 0.128 0.000 0.216 0.412 0.216 0.028
#> SRR657891 1 0.3241 0.75771 0.836 0.000 0.000 0.016 0.112 0.036
#> SRR1421305 4 0.6003 0.56912 0.308 0.000 0.000 0.432 0.260 0.000
#> SRR1335707 5 0.3735 0.64664 0.144 0.000 0.024 0.028 0.800 0.004
#> SRR1401276 4 0.3967 0.27008 0.212 0.000 0.012 0.748 0.024 0.004
#> SRR627421 1 0.6646 -0.13000 0.492 0.000 0.020 0.332 0.072 0.084
#> SRR1311575 1 0.1806 0.83453 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1475675 3 0.4082 0.45056 0.000 0.000 0.560 0.004 0.432 0.004
#> SRR661995 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR1471922 4 0.3852 -0.07668 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384
#> SRR1077687 1 0.1913 0.83576 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080 0.000
#> SRR821602 3 0.4172 0.66050 0.012 0.000 0.752 0.012 0.192 0.032
#> SRR608718 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0964 0.67624 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 6 0.4653 0.41389 0.000 0.000 0.304 0.032 0.020 0.644
#> SRR664048 5 0.5598 0.05297 0.024 0.000 0.364 0.056 0.544 0.012
#> SRR1500998 4 0.6110 0.41752 0.296 0.000 0.000 0.368 0.336 0.000
#> SRR1320916 4 0.5653 0.24369 0.212 0.000 0.016 0.608 0.160 0.004
#> SRR1472150 5 0.1926 0.69919 0.068 0.000 0.020 0.000 0.912 0.000
#> SRR1329090 1 0.2218 0.80900 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4828 0.71141 0.368 0.000 0.000 0.568 0.064 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.1745 0.84766 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR1321462 4 0.5063 0.70990 0.372 0.000 0.000 0.544 0.084 0.000
#> SRR1387264 1 0.0363 0.88695 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1468141 6 0.2528 0.69968 0.000 0.000 0.028 0.024 0.056 0.892
#> SRR1486097 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1732 0.69734 0.000 0.000 0.920 0.004 0.072 0.004
#> SRR604050 3 0.7621 0.19995 0.092 0.000 0.368 0.248 0.272 0.020
#> SRR600385 3 0.5547 0.44796 0.032 0.000 0.556 0.028 0.360 0.024
#> SRR1430248 3 0.2350 0.62203 0.000 0.000 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR1352975 1 0.1588 0.84940 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR1457221 6 0.5187 0.67994 0.000 0.000 0.028 0.108 0.196 0.668
#> SRR807591 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3172 0.67166 0.100 0.000 0.016 0.040 0.844 0.000
#> SRR660895 3 0.1074 0.66602 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR655111 3 0.6568 0.47122 0.044 0.000 0.544 0.136 0.252 0.024
#> SRR1336006 4 0.6089 0.49163 0.304 0.000 0.000 0.392 0.304 0.000
#> SRR613114 5 0.0964 0.67624 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR608368 4 0.5818 0.65371 0.340 0.000 0.000 0.464 0.196 0.000
#> SRR1315269 1 0.2278 0.78586 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0964 0.67624 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR1370173 5 0.2278 0.57381 0.004 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000
#> SRR1408327 5 0.2458 0.69718 0.068 0.000 0.024 0.016 0.892 0.000
#> SRR1405485 1 0.1349 0.86116 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1469495 5 0.3301 0.41352 0.000 0.000 0.004 0.008 0.772 0.216
#> SRR1378841 5 0.1285 0.69851 0.052 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000
#> SRR1375616 5 0.1477 0.69923 0.048 0.000 0.008 0.004 0.940 0.000
#> SRR1381566 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4723 0.69576 0.296 0.000 0.000 0.636 0.064 0.004
#> SRR1099499 1 0.0260 0.88993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.5998 0.51482 0.236 0.000 0.000 0.500 0.256 0.008
#> SRR1468974 5 0.3190 0.67600 0.088 0.000 0.012 0.056 0.844 0.000
#> SRR1470111 5 0.0964 0.67624 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR1079168 3 0.0458 0.67856 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1338584 6 0.2016 0.69230 0.000 0.000 0.040 0.024 0.016 0.920
#> SRR1329551 3 0.7564 0.19723 0.092 0.000 0.364 0.244 0.284 0.016
#> SRR662871 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.5547 0.44796 0.032 0.000 0.556 0.028 0.360 0.024
#> SRR1487107 4 0.4903 0.71111 0.380 0.000 0.000 0.552 0.068 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR614443 3 0.2243 0.70008 0.004 0.000 0.880 0.004 0.112 0.000
#> SRR1314958 1 0.2146 0.80177 0.880 0.000 0.000 0.004 0.116 0.000
#> SRR1341702 1 0.6820 -0.18551 0.468 0.000 0.020 0.340 0.080 0.092
#> SRR1444678 1 0.2191 0.79660 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.6888 -0.19404 0.464 0.000 0.024 0.340 0.080 0.092
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.4502 0.55449 0.000 0.000 0.752 0.088 0.036 0.124
#> SRR1468955 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.4911 0.70902 0.384 0.000 0.000 0.548 0.068 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 6 0.1341 0.68864 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000 0.948
#> SRR660933 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.1714 0.69125 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1359388 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR817686 3 0.3636 0.61016 0.000 0.000 0.676 0.004 0.320 0.000
#> SRR1429162 4 0.6260 0.11275 0.200 0.000 0.016 0.484 0.296 0.004
#> SRR612380 4 0.4683 0.70202 0.320 0.000 0.000 0.616 0.064 0.000
#> SRR817905 4 0.4985 0.71172 0.376 0.000 0.000 0.548 0.076 0.000
#> SRR1337909 1 0.1588 0.84940 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR661723 3 0.0458 0.67856 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1314163 1 0.2350 0.79778 0.888 0.000 0.000 0.076 0.036 0.000
#> SRR1489155 5 0.1265 0.69590 0.044 0.000 0.008 0.000 0.948 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.3434 0.68635 0.012 0.000 0.820 0.008 0.136 0.024
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.2595 0.51057 0.000 0.000 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR820078 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3244 0.64013 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1396078 5 0.2070 0.69378 0.100 0.000 0.008 0.000 0.892 0.000
#> SRR1443612 3 0.3221 0.64255 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1470902 4 0.4855 0.71088 0.380 0.000 0.000 0.556 0.064 0.000
#> SRR1362777 3 0.0547 0.68093 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1413522 5 0.5214 0.25445 0.412 0.000 0.012 0.052 0.520 0.004
#> SRR1073143 1 0.0363 0.88702 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.1926 0.69919 0.068 0.000 0.020 0.000 0.912 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.1913 0.83576 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080 0.000
#> SRR1323043 1 0.0260 0.89196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475022 5 0.5111 0.40015 0.224 0.000 0.000 0.152 0.624 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.6568 0.47122 0.044 0.000 0.544 0.136 0.252 0.024
#> SRR603596 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 6 0.1341 0.68864 0.000 0.000 0.028 0.024 0.000 0.948
#> SRR615467 3 0.1956 0.69836 0.000 0.000 0.908 0.004 0.080 0.008
#> SRR660638 3 0.7265 0.34958 0.068 0.000 0.448 0.192 0.268 0.024
#> SRR1360383 6 0.6501 0.23194 0.064 0.000 0.084 0.012 0.400 0.440
#> SRR1354577 5 0.1477 0.69923 0.048 0.000 0.008 0.004 0.940 0.000
#> SRR608230 3 0.7375 0.34061 0.084 0.000 0.440 0.220 0.236 0.020
#> SRR1320873 4 0.3967 0.27008 0.212 0.000 0.012 0.748 0.024 0.004
#> SRR1336379 1 0.6120 -0.56890 0.348 0.000 0.000 0.348 0.304 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1477634 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1444876 6 0.5187 0.67994 0.000 0.000 0.028 0.108 0.196 0.668
#> SRR1101421 1 0.0260 0.88993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR613354 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.7855 0.33675 0.192 0.000 0.108 0.072 0.456 0.172
#> SRR1324431 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3304 0.66356 0.804 0.000 0.020 0.008 0.168 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.6020 0.57065 0.148 0.000 0.136 0.076 0.632 0.008
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.5633 0.62648 0.412 0.000 0.000 0.440 0.148 0.000
#> SRR1087031 4 0.4723 0.69576 0.296 0.000 0.000 0.636 0.064 0.004
#> SRR1489177 5 0.5477 0.56808 0.176 0.000 0.068 0.072 0.676 0.008
#> SRR1350525 3 0.0458 0.67856 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440517 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR1320093 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 4 0.4248 0.19878 0.168 0.000 0.016 0.764 0.024 0.028
#> SRR1320280 1 0.0146 0.89322 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082262 1 0.0260 0.88993 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.1471 0.85559 0.932 0.000 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1385080 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1316921 4 0.4549 0.30190 0.236 0.000 0.008 0.696 0.056 0.004
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1141 0.86583 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 6 0.5330 0.63752 0.004 0.000 0.064 0.044 0.236 0.652
#> SRR818418 1 0.1745 0.84766 0.920 0.000 0.000 0.012 0.068 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.4204 0.41156 0.000 0.000 0.540 0.008 0.448 0.004
#> SRR1079281 4 0.5390 0.70228 0.340 0.000 0.000 0.532 0.128 0.000
#> SRR656493 5 0.6085 0.47823 0.116 0.000 0.204 0.072 0.604 0.004
#> SRR1328599 4 0.5696 -0.25001 0.064 0.000 0.020 0.584 0.024 0.308
#> SRR655218 4 0.4206 0.20307 0.172 0.000 0.016 0.764 0.024 0.024
#> SRR1416754 1 0.2191 0.79660 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120 0.000
#> SRR1488562 5 0.7853 -0.04149 0.128 0.000 0.296 0.236 0.320 0.020
#> SRR1084842 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 5 0.6085 0.47823 0.116 0.000 0.204 0.072 0.604 0.004
#> SRR1468514 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.1340 0.65602 0.008 0.000 0.040 0.004 0.948 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.1714 0.69125 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.5925 0.61926 0.332 0.000 0.000 0.444 0.224 0.000
#> SRR1415095 1 0.4924 0.20051 0.652 0.000 0.000 0.204 0.144 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.1829 0.83241 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024 0.000
#> SRR597927 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.2442 0.66702 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0547 0.68093 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 5 0.7065 0.35972 0.208 0.000 0.176 0.144 0.472 0.000
#> SRR1432343 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1459585 5 0.1148 0.67327 0.016 0.000 0.020 0.004 0.960 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.3508 0.68471 0.012 0.000 0.808 0.008 0.152 0.020
#> SRR612443 3 0.4868 0.48310 0.016 0.000 0.728 0.116 0.016 0.124
#> SRR1473936 6 0.5396 0.35623 0.000 0.000 0.088 0.008 0.412 0.492
#> SRR1455698 5 0.4848 0.53844 0.184 0.000 0.008 0.124 0.684 0.000
#> SRR1331335 1 0.0260 0.89196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659187 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1417912 1 0.0260 0.89196 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316940 5 0.2070 0.69378 0.100 0.000 0.008 0.000 0.892 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.1956 0.69836 0.000 0.000 0.908 0.004 0.080 0.008
#> SRR1411024 4 0.4855 0.71088 0.380 0.000 0.000 0.556 0.064 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0363 0.88959 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.5758 0.06948 0.284 0.000 0.000 0.212 0.504 0.000
#> SRR1444460 1 0.2214 0.81574 0.888 0.000 0.000 0.016 0.096 0.000
#> SRR1333587 4 0.5676 0.25270 0.216 0.000 0.016 0.604 0.160 0.004
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.6063 0.51464 0.300 0.000 0.000 0.408 0.292 0.000
#> SRR1366433 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR1480479 4 0.5357 0.70626 0.340 0.000 0.000 0.536 0.124 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0935 0.87630 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR820133 6 0.2065 0.66077 0.000 0.000 0.052 0.032 0.004 0.912
#> SRR1348424 5 0.4297 -0.18131 0.012 0.000 0.452 0.004 0.532 0.000
#> SRR1382956 5 0.1349 0.69933 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940 0.000
#> SRR1339549 4 0.6111 0.44314 0.304 0.000 0.000 0.372 0.324 0.000
#> SRR821434 4 0.4864 0.71009 0.384 0.000 0.000 0.552 0.064 0.000
#> SRR662546 4 0.3965 -0.08040 0.008 0.000 0.000 0.604 0.000 0.388
#> SRR1319816 5 0.0964 0.67624 0.016 0.000 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR1078347 3 0.3434 0.68635 0.012 0.000 0.820 0.008 0.136 0.024
#> SRR1435293 1 0.2234 0.79177 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2365 0.69839 0.068 0.000 0.012 0.024 0.896 0.000
#> SRR1499193 1 0.1806 0.83453 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088 0.000
#> SRR1467294 5 0.4158 0.36653 0.000 0.000 0.032 0.012 0.716 0.240
#> SRR1359649 5 0.6288 0.12012 0.176 0.000 0.016 0.400 0.404 0.004
#> SRR1335688 5 0.2965 0.63108 0.016 0.000 0.108 0.008 0.856 0.012
#> SRR1370129 6 0.5779 0.46461 0.000 0.000 0.192 0.012 0.236 0.560
#> SRR1321966 3 0.0547 0.68093 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.1477 0.69923 0.048 0.000 0.008 0.004 0.940 0.000
#> SRR1416999 1 0.0146 0.89257 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.1074 0.66602 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1498861 1 0.6888 -0.19404 0.464 0.000 0.024 0.340 0.080 0.092
#> SRR1317877 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.4499 0.53651 0.000 0.000 0.704 0.008 0.072 0.216
#> SRR1459718 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.1074 0.66602 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR602622 4 0.5748 0.64911 0.316 0.000 0.000 0.492 0.192 0.000
#> SRR1487685 1 0.8042 -0.35073 0.344 0.000 0.072 0.324 0.168 0.092
#> SRR1455925 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.4297 -0.18131 0.012 0.000 0.452 0.004 0.532 0.000
#> SRR1313932 4 0.5063 0.70990 0.372 0.000 0.000 0.544 0.084 0.000
#> SRR603397 3 0.2053 0.69980 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR1099023 5 0.1477 0.69923 0.048 0.000 0.008 0.004 0.940 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.4082 0.45056 0.000 0.000 0.560 0.004 0.432 0.004
#> SRR1334741 4 0.6108 0.45043 0.304 0.000 0.000 0.376 0.320 0.000
#> SRR656564 1 0.5601 0.35676 0.628 0.000 0.016 0.192 0.156 0.008
#> SRR608174 4 0.4949 0.70975 0.380 0.000 0.000 0.548 0.072 0.000
#> SRR1320963 1 0.0603 0.88496 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.89463 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.1152 0.86822 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR602927 1 0.0547 0.88482 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99900 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.5173 0.44114 0.680 0.000 0.016 0.204 0.084 0.016
#> SRR1475909 4 0.6271 0.11430 0.200 0.000 0.016 0.480 0.300 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.974 0.2861 0.723 0.723
#> 3 3 0.717 0.868 0.900 1.1004 0.657 0.526
#> 4 4 0.822 0.895 0.917 0.1863 0.832 0.590
#> 5 5 0.813 0.717 0.831 0.0858 0.953 0.830
#> 6 6 0.874 0.835 0.888 0.0442 0.923 0.686
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1356619 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1341898 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1085850 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1379450 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1467813 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR614814 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1077405 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR662725 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1313951 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1339218 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1417505 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1407134 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1457418 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1331289 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1075898 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1498482 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1402239 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1335254 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1352706 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1388979 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1396595 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1340508 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1360868 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1072367 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1390601 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1486560 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1315761 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1392637 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR810957 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1458422 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1394677 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1341605 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1444479 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1470212 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR598124 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR601122 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1397008 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1498640 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1429957 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1452292 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1467590 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1485542 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR659121 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1330656 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1406917 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1363992 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR655375 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1458044 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR661325 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1439807 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1352129 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1406561 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1394713 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1403875 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1476186 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1084649 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1500405 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1354446 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1467455 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1381543 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1402513 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR820379 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1437306 1 0.2778 0.969 0.952 0.048
#> SRR657731 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.1843 0.974 0.972 0.028
#> SRR600608 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR655923 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1474886 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1082759 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1340420 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR662534 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1316815 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1072797 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1488751 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1404969 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1328960 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR598671 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR660498 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1403831 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR657325 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1339740 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR657348 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR662091 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR608598 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR608662 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1361567 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR819134 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR1311400 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR817775 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR661433 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR819946 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1319539 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR665563 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1487321 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1312428 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR657587 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1337412 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1466993 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1358102 1 0.1843 0.974 0.972 0.028
#> SRR1455171 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR660733 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1433644 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1320180 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR604074 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR658188 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> SRR820209 1 0.0672 0.979 0.992 0.008
#> SRR1331841 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1096966 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1350456 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1472079 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1500537 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR660103 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1322270 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR600754 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1334847 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR597977 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR661133 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1357523 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1415732 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1434250 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1396640 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1454803 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1468381 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1447986 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1388007 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1456950 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1400375 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1323764 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1355040 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1409351 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1085495 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR604026 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1500868 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR1476279 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR627429 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR660969 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1335377 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1330546 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1357189 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1319837 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1086635 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1389979 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1315721 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1434803 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1332275 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1340133 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR664819 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1435536 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1359367 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1391879 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1418992 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1343115 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1488836 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1418127 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1402900 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1485290 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1456514 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1394755 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR662342 2 0.9754 0.381 0.408 0.592
#> SRR665502 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1421305 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1335707 1 0.1843 0.974 0.972 0.028
#> SRR1401276 1 0.0376 0.980 0.996 0.004
#> SRR627421 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1311575 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1475675 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1077687 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR821602 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1071289 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR810571 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1320916 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1317344 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR817978 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1324371 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1474333 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1321462 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1387264 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR1468141 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR608002 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1360563 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1414684 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.1843 0.974 0.972 0.028
#> SRR1430248 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.2236 0.972 0.964 0.036
#> SRR1457221 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR807591 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1407560 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1345478 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR660895 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR613114 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1315269 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR1435020 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1337564 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1315019 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1405485 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR812012 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1370619 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1469495 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1381566 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1432123 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1370405 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1099499 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR659331 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1436106 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1468974 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1079168 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR816770 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR600560 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1434867 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR599225 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR607935 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1348159 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1356036 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1341702 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1444678 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1350107 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1322010 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1342045 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1467364 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1078879 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR660626 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR812436 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1312103 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1429891 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1387072 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR661255 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1488651 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1359388 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR817686 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR817905 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1337909 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR661723 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1489155 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR607091 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1456903 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1445238 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1481462 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR819534 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR659899 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1396078 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1362777 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1073143 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1444622 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1430288 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1323043 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1475022 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1080927 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1328919 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR602808 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR615467 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR608230 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0376 0.980 0.996 0.004
#> SRR1336379 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1325665 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1357434 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1477634 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1444876 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1101421 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR613354 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1446762 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1442356 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1386818 1 0.1184 0.974 0.984 0.016
#> SRR655684 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1473185 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1332796 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1397073 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1455060 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1341008 1 0.2778 0.969 0.952 0.048
#> SRR1087031 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1489177 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1350525 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR602516 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR604318 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1082262 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1379238 1 0.2236 0.972 0.964 0.036
#> SRR1385080 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1316921 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1375308 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1498272 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR814989 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1320892 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1474553 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1430884 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR656493 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR1488562 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR819999 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR659673 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1499823 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1474065 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1499442 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1476571 1 0.1843 0.974 0.972 0.028
#> SRR1445328 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR607887 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1085662 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1415095 1 0.2778 0.969 0.952 0.048
#> SRR1499982 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1488715 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR597927 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1479239 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR600957 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1408113 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1333694 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR663261 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1432343 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1459585 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR602365 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1331335 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR659187 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1417912 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1316940 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR657635 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR615934 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1469904 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1311794 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR657754 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1464451 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1443895 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1444460 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1333587 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1339530 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1366433 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1480479 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1470175 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR598768 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1335400 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1418923 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR820133 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1348424 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR821434 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR662546 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1319816 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1408208 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1332317 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.2603 0.969 0.956 0.044
#> SRR1467294 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1343197 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1416999 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1334564 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR660661 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR1317877 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1329885 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR615731 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1487685 1 0.1843 0.974 0.972 0.028
#> SRR1455925 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1390516 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR603397 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1409899 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1368964 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR656564 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR608174 1 0.1184 0.977 0.984 0.016
#> SRR1320963 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR661973 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR598533 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR613270 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1362183 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1480365 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR602927 1 0.2778 0.968 0.952 0.048
#> SRR1315799 2 0.2778 0.995 0.048 0.952
#> SRR1432275 1 0.2236 0.972 0.964 0.036
#> SRR1475909 1 0.0000 0.980 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1341898 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1333930 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1085850 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1379450 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1467813 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR614814 1 0.2625 0.8597 0.916 0.000 0.084
#> SRR1077405 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1330061 3 0.3340 0.8864 0.120 0.000 0.880
#> SRR662725 1 0.5397 0.6571 0.720 0.000 0.280
#> SRR1313951 1 0.4555 0.7607 0.800 0.000 0.200
#> SRR1339218 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1417505 1 0.4555 0.7607 0.800 0.000 0.200
#> SRR1407134 1 0.3551 0.8425 0.868 0.000 0.132
#> SRR1457418 2 0.0424 0.9890 0.000 0.992 0.008
#> SRR1331289 3 0.1753 0.9422 0.048 0.000 0.952
#> SRR1075898 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1498482 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1359673 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1439873 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1402239 2 0.1289 0.9850 0.000 0.968 0.032
#> SRR1335254 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1352706 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1436966 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR614802 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1388979 1 0.4887 0.7297 0.772 0.000 0.228
#> SRR1396595 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1340508 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1360868 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1440699 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1389059 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1083100 1 0.5882 0.6586 0.652 0.000 0.348
#> SRR1348861 3 0.5859 0.5382 0.344 0.000 0.656
#> SRR1072367 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1468403 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1417070 3 0.2537 0.9134 0.080 0.000 0.920
#> SRR1390601 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1486560 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1315761 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1392637 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR810957 2 0.1163 0.9859 0.000 0.972 0.028
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0892 0.9872 0.000 0.980 0.020
#> SRR1341605 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444479 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1470212 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1433971 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR598124 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR615141 3 0.5760 0.5724 0.328 0.000 0.672
#> SRR601122 1 0.4605 0.7566 0.796 0.000 0.204
#> SRR1397008 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1358561 3 0.1529 0.9487 0.040 0.000 0.960
#> SRR1498640 1 0.3551 0.8428 0.868 0.000 0.132
#> SRR1429957 3 0.2711 0.9054 0.088 0.000 0.912
#> SRR1452292 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1467590 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1394936 2 0.0237 0.9895 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485542 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR659121 1 0.4842 0.7342 0.776 0.000 0.224
#> SRR1330656 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1388305 1 0.2774 0.8641 0.920 0.008 0.072
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1311086 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR655375 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1458044 3 0.6126 0.3862 0.400 0.000 0.600
#> SRR661325 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1439807 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1352129 2 0.1031 0.9866 0.000 0.976 0.024
#> SRR1406561 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1394713 3 0.6244 0.2516 0.440 0.000 0.560
#> SRR1403875 2 0.0892 0.9876 0.000 0.980 0.020
#> SRR1476186 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1436444 2 0.1031 0.9866 0.000 0.976 0.024
#> SRR1084649 1 0.3045 0.8671 0.916 0.020 0.064
#> SRR1500405 3 0.6026 0.4489 0.376 0.000 0.624
#> SRR1354446 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1467455 3 0.4555 0.7190 0.200 0.000 0.800
#> SRR1444559 3 0.1860 0.9388 0.052 0.000 0.948
#> SRR1381543 3 0.5216 0.7118 0.260 0.000 0.740
#> SRR1402513 2 0.0424 0.9890 0.000 0.992 0.008
#> SRR820379 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR660007 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR655649 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1437306 1 0.0237 0.8300 0.996 0.000 0.004
#> SRR657731 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR661005 1 0.5397 0.7470 0.720 0.000 0.280
#> SRR600608 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR655923 3 0.1529 0.9485 0.040 0.000 0.960
#> SRR1334717 1 0.5591 0.7063 0.696 0.000 0.304
#> SRR1401552 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474886 1 0.4931 0.7260 0.768 0.000 0.232
#> SRR1082759 3 0.1643 0.9455 0.044 0.000 0.956
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1316815 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1072797 1 0.5621 0.7029 0.692 0.000 0.308
#> SRR612455 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR818210 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328960 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR598671 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1387178 1 0.2625 0.8597 0.916 0.000 0.084
#> SRR660498 2 0.1163 0.9861 0.000 0.972 0.028
#> SRR1403831 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR657325 2 0.0424 0.9890 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339740 1 0.2796 0.8582 0.908 0.000 0.092
#> SRR657348 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR662091 1 0.6252 0.3226 0.556 0.000 0.444
#> SRR608598 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR663320 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR608662 3 0.3619 0.8374 0.136 0.000 0.864
#> SRR1361567 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR819134 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1311400 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR817775 3 0.2625 0.9114 0.084 0.000 0.916
#> SRR661433 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1453341 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR819946 3 0.2165 0.9280 0.064 0.000 0.936
#> SRR1319539 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1343841 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR665563 3 0.2959 0.8965 0.100 0.000 0.900
#> SRR1487321 1 0.3083 0.8683 0.916 0.024 0.060
#> SRR1312428 1 0.3083 0.8683 0.916 0.024 0.060
#> SRR657587 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1337412 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1474466 1 0.6280 0.1901 0.540 0.000 0.460
#> SRR1466993 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1358102 3 0.4178 0.7931 0.172 0.000 0.828
#> SRR1455171 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR627299 2 0.1289 0.9850 0.000 0.968 0.032
#> SRR660733 3 0.1529 0.9529 0.040 0.000 0.960
#> SRR817758 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR821019 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1330675 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1433644 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320180 3 0.1411 0.9515 0.036 0.000 0.964
#> SRR604074 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1322291 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR658188 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR820209 3 0.1529 0.9485 0.040 0.000 0.960
#> SRR1331841 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096966 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1350456 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1472079 3 0.6180 0.3339 0.416 0.000 0.584
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1403958 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1322270 2 0.0424 0.9890 0.000 0.992 0.008
#> SRR600754 1 0.2939 0.8644 0.916 0.012 0.072
#> SRR1334847 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1421093 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1085782 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1466357 2 0.1289 0.9850 0.000 0.968 0.032
#> SRR597977 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1375635 1 0.5397 0.6571 0.720 0.000 0.280
#> SRR661133 1 0.2625 0.8597 0.916 0.000 0.084
#> SRR1357523 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1415732 1 0.6079 0.4166 0.612 0.000 0.388
#> SRR1434250 2 0.0747 0.9883 0.000 0.984 0.016
#> SRR1396640 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1454803 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1468381 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1447986 2 0.0424 0.9890 0.000 0.992 0.008
#> SRR1388007 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1434138 1 0.5397 0.6571 0.720 0.000 0.280
#> SRR1456950 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1400375 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323764 3 0.6168 0.3442 0.412 0.000 0.588
#> SRR1355040 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1409351 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1085495 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR604026 1 0.2625 0.8597 0.916 0.000 0.084
#> SRR1500868 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1476279 1 0.4796 0.7390 0.780 0.000 0.220
#> SRR627429 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR660969 1 0.3412 0.8476 0.876 0.000 0.124
#> SRR1335377 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330546 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1440986 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1357189 1 0.5216 0.6882 0.740 0.000 0.260
#> SRR1319837 1 0.5678 0.7016 0.684 0.000 0.316
#> SRR1491311 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1487295 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1415215 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086635 3 0.1529 0.9485 0.040 0.000 0.960
#> SRR1440058 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1389979 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1315721 1 0.6244 0.4321 0.560 0.000 0.440
#> SRR607337 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1387989 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1383018 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1441701 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1368772 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR664819 2 0.0747 0.9878 0.000 0.984 0.016
#> SRR1435536 1 0.5650 0.6977 0.688 0.000 0.312
#> SRR614083 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1310623 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1420625 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR816721 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1359367 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391879 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1418992 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1399028 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1418127 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1402900 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1485290 2 0.1163 0.9859 0.000 0.972 0.028
#> SRR1456514 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394755 3 0.2625 0.9014 0.084 0.000 0.916
#> SRR664842 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR662342 2 0.6386 0.3564 0.004 0.584 0.412
#> SRR665502 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR657891 1 0.2356 0.8628 0.928 0.000 0.072
#> SRR1421305 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1335707 3 0.1753 0.9460 0.048 0.000 0.952
#> SRR1401276 1 0.4702 0.8006 0.788 0.000 0.212
#> SRR627421 1 0.2625 0.8597 0.916 0.000 0.084
#> SRR1311575 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1475675 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR661995 3 0.6274 -0.0765 0.456 0.000 0.544
#> SRR1471922 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1077687 1 0.2537 0.8611 0.920 0.000 0.080
#> SRR821602 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR608718 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1437555 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR810571 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR664048 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1500998 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1320916 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1472150 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1329090 1 0.2998 0.8658 0.916 0.016 0.068
#> SRR1317344 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR817978 1 0.4555 0.7607 0.800 0.000 0.200
#> SRR1324371 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1474333 1 0.2356 0.8628 0.928 0.000 0.072
#> SRR1321462 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1387264 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1468141 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1486097 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR608002 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1360563 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1414684 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR604050 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR600385 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1430248 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1352975 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1457221 3 0.2537 0.9134 0.080 0.000 0.920
#> SRR807591 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.2165 0.9280 0.064 0.000 0.936
#> SRR660895 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR655111 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1336006 1 0.6026 0.4477 0.624 0.000 0.376
#> SRR613114 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR608368 1 0.6252 0.2339 0.556 0.000 0.444
#> SRR1315269 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1435020 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1337564 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1315019 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1370173 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1408327 3 0.1643 0.9455 0.044 0.000 0.956
#> SRR1405485 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR812012 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1370619 1 0.4346 0.7729 0.816 0.000 0.184
#> SRR1469495 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1378841 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1375616 3 0.1753 0.9483 0.048 0.000 0.952
#> SRR1381566 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1432123 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1370405 1 0.5465 0.6440 0.712 0.000 0.288
#> SRR1099499 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR659331 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1436106 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1468974 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1470111 3 0.1529 0.9539 0.040 0.000 0.960
#> SRR1079168 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1338584 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1329551 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR662871 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR600560 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1434867 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR599225 2 0.0592 0.9885 0.000 0.988 0.012
#> SRR607935 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1487107 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1348159 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1356036 1 0.5650 0.6977 0.688 0.000 0.312
#> SRR614443 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1314958 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1341702 1 0.3038 0.8546 0.896 0.000 0.104
#> SRR1444678 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1350107 2 0.0747 0.9883 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322010 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1342045 1 0.2878 0.8571 0.904 0.000 0.096
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1468955 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR660626 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR812436 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1312103 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1529 0.9485 0.040 0.000 0.960
#> SRR660933 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1488651 1 0.6192 0.3708 0.580 0.000 0.420
#> SRR1359388 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR817686 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1429162 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR612380 1 0.4654 0.7523 0.792 0.000 0.208
#> SRR817905 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1337909 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR661723 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1314163 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1489155 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1398992 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR607091 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1472193 2 0.0424 0.9895 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456903 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1445238 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR820078 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1481462 2 0.1289 0.9850 0.000 0.968 0.032
#> SRR819534 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR820468 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR659899 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1396078 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1443612 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1470902 1 0.4842 0.7342 0.776 0.000 0.224
#> SRR1362777 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1413522 1 0.4346 0.7987 0.816 0.000 0.184
#> SRR1073143 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1444622 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR662570 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1430288 1 0.2356 0.8628 0.928 0.000 0.072
#> SRR1323043 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1475022 3 0.5810 0.5575 0.336 0.000 0.664
#> SRR1080927 2 0.0424 0.9894 0.000 0.992 0.008
#> SRR1328919 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR603596 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR602808 3 0.2537 0.9134 0.080 0.000 0.920
#> SRR615467 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR660638 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1360383 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1354577 3 0.2066 0.9317 0.060 0.000 0.940
#> SRR608230 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1320873 1 0.4605 0.8011 0.796 0.000 0.204
#> SRR1336379 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1477634 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1444876 3 0.2959 0.8976 0.100 0.000 0.900
#> SRR1101421 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR613354 3 0.5216 0.6062 0.260 0.000 0.740
#> SRR1434782 2 0.0237 0.9895 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446762 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1324431 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1442356 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386818 1 0.5756 0.8029 0.764 0.028 0.208
#> SRR655684 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1397073 1 0.4346 0.8180 0.816 0.000 0.184
#> SRR1455060 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1341008 1 0.3412 0.8035 0.876 0.000 0.124
#> SRR1087031 1 0.4887 0.7297 0.772 0.000 0.228
#> SRR1489177 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1350525 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1440517 1 0.6260 0.4295 0.552 0.000 0.448
#> SRR1320093 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR602516 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR604318 1 0.6291 0.3511 0.532 0.000 0.468
#> SRR1320280 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1082262 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1379238 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1385080 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1316921 1 0.5621 0.7034 0.692 0.000 0.308
#> SRR1097752 2 0.0747 0.9881 0.000 0.984 0.016
#> SRR1375308 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1498272 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR814989 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1320892 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR818418 1 0.2356 0.8628 0.928 0.000 0.072
#> SRR1474553 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1430884 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1079281 1 0.5016 0.7146 0.760 0.000 0.240
#> SRR656493 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1328599 3 0.1529 0.9485 0.040 0.000 0.960
#> SRR655218 1 0.5591 0.7084 0.696 0.000 0.304
#> SRR1416754 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1488562 1 0.6286 0.3892 0.536 0.000 0.464
#> SRR1084842 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR819999 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1468514 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1499823 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1481216 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1474065 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.6235 0.1559 0.436 0.000 0.564
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1085662 1 0.4842 0.7342 0.776 0.000 0.224
#> SRR1415095 1 0.0237 0.8300 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9897 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR597927 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1479239 2 0.0237 0.9896 0.000 0.996 0.004
#> SRR600957 2 0.0892 0.9872 0.000 0.980 0.020
#> SRR1408113 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1490019 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1333694 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1476676 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR663261 3 0.2878 0.8997 0.096 0.000 0.904
#> SRR1432343 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1459585 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1434271 2 0.0424 0.9895 0.000 0.992 0.008
#> SRR602365 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR612443 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1473936 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1455698 3 0.2796 0.9044 0.092 0.000 0.908
#> SRR1331335 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR659187 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1417912 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1316940 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1500753 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR657635 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR615934 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1411024 1 0.4555 0.7607 0.800 0.000 0.200
#> SRR1469904 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1311794 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR657754 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1464451 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1443895 3 0.5560 0.6325 0.300 0.000 0.700
#> SRR1444460 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1333587 3 0.4062 0.7843 0.164 0.000 0.836
#> SRR1307770 2 0.0424 0.9895 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339530 1 0.5926 0.4989 0.644 0.000 0.356
#> SRR1366433 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR1480479 1 0.4931 0.7248 0.768 0.000 0.232
#> SRR1470175 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR598768 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1335400 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1418923 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR820133 3 0.2878 0.9004 0.096 0.000 0.904
#> SRR1348424 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1382956 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1339549 1 0.5948 0.4891 0.640 0.000 0.360
#> SRR821434 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR662546 1 0.5397 0.6571 0.720 0.000 0.280
#> SRR1319816 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1078347 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1435293 1 0.2845 0.8655 0.920 0.012 0.068
#> SRR1408208 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1332317 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1499193 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1467294 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1359649 3 0.2959 0.8813 0.100 0.000 0.900
#> SRR1335688 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1370129 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1321966 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1488672 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1343197 3 0.1753 0.9483 0.048 0.000 0.952
#> SRR1416999 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1334564 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR660661 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1498861 1 0.2625 0.8597 0.916 0.000 0.084
#> SRR1317877 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1329885 3 0.1289 0.9539 0.032 0.000 0.968
#> SRR1459718 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR615731 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR602622 3 0.3267 0.8844 0.116 0.000 0.884
#> SRR1487685 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1455925 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1390516 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1313932 1 0.4452 0.7681 0.808 0.000 0.192
#> SRR603397 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1099023 3 0.1753 0.9483 0.048 0.000 0.952
#> SRR1409899 2 0.0424 0.9895 0.000 0.992 0.008
#> SRR1368964 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
#> SRR1334741 1 0.6260 0.2191 0.552 0.000 0.448
#> SRR656564 1 0.4002 0.8310 0.840 0.000 0.160
#> SRR608174 1 0.4504 0.7646 0.804 0.000 0.196
#> SRR1320963 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR661973 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR598533 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR613270 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1362183 2 0.1289 0.9850 0.000 0.968 0.032
#> SRR1480365 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR602927 1 0.3112 0.8694 0.916 0.028 0.056
#> SRR1315799 2 0.1163 0.9852 0.000 0.972 0.028
#> SRR1432275 1 0.3083 0.8683 0.916 0.024 0.060
#> SRR1475909 3 0.1411 0.9561 0.036 0.000 0.964
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1356619 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1085850 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1379450 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1467813 2 0.1798 0.9641 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR614814 1 0.0707 0.9734 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1077405 3 0.1637 0.8811 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1330061 4 0.4964 0.4573 0.004 0.000 0.380 0.616
#> SRR662725 4 0.3691 0.9407 0.068 0.000 0.076 0.856
#> SRR1313951 4 0.3667 0.9507 0.088 0.000 0.056 0.856
#> SRR1339218 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1417505 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1407134 1 0.2844 0.8829 0.900 0.000 0.052 0.048
#> SRR1457418 2 0.1488 0.9652 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR1331289 3 0.1940 0.8701 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1075898 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1402239 2 0.3659 0.9443 0.024 0.840 0.000 0.136
#> SRR1335254 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1352706 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1436966 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR614802 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1388979 4 0.3679 0.9497 0.084 0.000 0.060 0.856
#> SRR1396595 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1340508 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1360868 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 3 0.7651 0.2371 0.176 0.012 0.516 0.296
#> SRR1348861 4 0.3821 0.9123 0.040 0.000 0.120 0.840
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.1284 0.9013 0.000 0.012 0.964 0.024
#> SRR1390601 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1486560 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1315761 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1392637 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR810957 2 0.3335 0.9475 0.020 0.860 0.000 0.120
#> SRR1458422 2 0.1059 0.9663 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1394677 2 0.2179 0.9606 0.012 0.924 0.000 0.064
#> SRR1341605 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1444479 4 0.3172 0.8581 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR598124 3 0.0188 0.9076 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR615141 4 0.3659 0.8932 0.024 0.000 0.136 0.840
#> SRR601122 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1397008 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1358561 3 0.0707 0.9031 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1498640 1 0.3811 0.8329 0.860 0.012 0.044 0.084
#> SRR1429957 3 0.1388 0.9009 0.000 0.012 0.960 0.028
#> SRR1452292 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1467590 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1394936 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1485542 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659121 4 0.3935 0.9558 0.100 0.000 0.060 0.840
#> SRR1330656 3 0.2402 0.8684 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR1388305 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406917 2 0.0469 0.9665 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR655375 2 0.2805 0.9506 0.012 0.888 0.000 0.100
#> SRR1458044 4 0.3850 0.9169 0.044 0.000 0.116 0.840
#> SRR661325 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1439807 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1352129 2 0.3047 0.9519 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR1406561 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1394713 4 0.3899 0.9254 0.052 0.000 0.108 0.840
#> SRR1403875 2 0.2676 0.9595 0.012 0.896 0.000 0.092
#> SRR1476186 3 0.0336 0.9067 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1436444 2 0.3047 0.9524 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR1084649 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1500405 4 0.3787 0.9087 0.036 0.000 0.124 0.840
#> SRR1354446 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1467455 3 0.3982 0.7793 0.012 0.012 0.824 0.152
#> SRR1444559 3 0.2704 0.8251 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1381543 4 0.3271 0.8801 0.012 0.000 0.132 0.856
#> SRR1402513 2 0.1488 0.9652 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR820379 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR655649 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1437306 4 0.3672 0.8802 0.164 0.000 0.012 0.824
#> SRR657731 3 0.0469 0.9057 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR661005 3 0.7098 0.2319 0.376 0.000 0.492 0.132
#> SRR600608 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR655923 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1334717 3 0.8291 -0.1414 0.328 0.012 0.348 0.312
#> SRR1401552 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1474886 4 0.3970 0.9493 0.084 0.000 0.076 0.840
#> SRR1082759 3 0.1940 0.8701 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1340420 2 0.0657 0.9668 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR662534 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1316815 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1072797 3 0.8268 -0.0957 0.340 0.012 0.360 0.288
#> SRR612455 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1488751 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1404969 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1328960 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR598671 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1387178 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR660498 2 0.3047 0.9522 0.012 0.872 0.000 0.116
#> SRR1403831 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR657325 2 0.1854 0.9653 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR1339740 1 0.1109 0.9624 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR657348 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR662091 1 0.5753 0.5671 0.680 0.000 0.248 0.072
#> SRR608598 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR608662 3 0.1975 0.8737 0.048 0.000 0.936 0.016
#> SRR1361567 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819134 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1311400 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR817775 3 0.4992 0.0152 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR661433 3 0.0707 0.9029 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1453341 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819946 3 0.3074 0.7921 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR665563 3 0.5000 -0.0656 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1487321 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312428 1 0.0779 0.9735 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR657587 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1337412 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1474466 4 0.3612 0.9190 0.044 0.000 0.100 0.856
#> SRR1466993 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358102 3 0.3166 0.8033 0.116 0.000 0.868 0.016
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.2928 0.9549 0.012 0.880 0.000 0.108
#> SRR660733 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR817758 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1330675 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1433644 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1320180 3 0.2469 0.8459 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR604074 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR658188 3 0.0707 0.9029 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR820209 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1331841 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1096966 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1350456 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472079 4 0.3899 0.9254 0.052 0.000 0.108 0.840
#> SRR1500537 2 0.0469 0.9665 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1322270 2 0.1388 0.9654 0.012 0.960 0.000 0.028
#> SRR600754 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1334847 3 0.2021 0.8867 0.000 0.012 0.932 0.056
#> SRR1421093 3 0.0707 0.9029 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.3266 0.9453 0.024 0.868 0.000 0.108
#> SRR597977 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.3691 0.9407 0.068 0.000 0.076 0.856
#> SRR661133 1 0.1516 0.9558 0.960 0.008 0.016 0.016
#> SRR1357523 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1415732 4 0.3966 0.9427 0.072 0.000 0.088 0.840
#> SRR1434250 2 0.2376 0.9620 0.016 0.916 0.000 0.068
#> SRR1396640 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1454803 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468381 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1447986 2 0.1488 0.9652 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR1388007 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1434138 4 0.3691 0.9407 0.068 0.000 0.076 0.856
#> SRR1456950 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1400375 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1323764 4 0.3850 0.9177 0.044 0.000 0.116 0.840
#> SRR1355040 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1409351 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1085495 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR604026 1 0.0817 0.9692 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1500868 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1476279 4 0.3935 0.9558 0.100 0.000 0.060 0.840
#> SRR627429 2 0.2805 0.9519 0.012 0.888 0.000 0.100
#> SRR660969 1 0.1388 0.9548 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR1335377 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1357189 4 0.3693 0.9427 0.072 0.000 0.072 0.856
#> SRR1319837 3 0.8279 -0.1069 0.328 0.012 0.360 0.300
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0469 0.9057 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1415215 2 0.1584 0.9644 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR1086635 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1440058 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1389979 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1315721 3 0.7963 0.1469 0.232 0.012 0.472 0.284
#> SRR607337 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1434803 2 0.0469 0.9665 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1465132 2 0.0657 0.9669 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR664819 2 0.2179 0.9605 0.012 0.924 0.000 0.064
#> SRR1435536 3 0.8279 -0.1069 0.328 0.012 0.360 0.300
#> SRR614083 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0188 0.9075 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816721 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1359367 2 0.1584 0.9644 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR1391879 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1418992 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1343115 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1488836 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1399028 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1418127 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1402900 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1485290 2 0.3280 0.9479 0.016 0.860 0.000 0.124
#> SRR1456514 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1394755 3 0.3345 0.8211 0.004 0.012 0.860 0.124
#> SRR664842 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR662342 2 0.7710 0.4324 0.024 0.520 0.316 0.140
#> SRR665502 3 0.1284 0.8993 0.000 0.012 0.964 0.024
#> SRR657891 1 0.1059 0.9663 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1421305 4 0.3172 0.8581 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1335707 3 0.2053 0.8716 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR1401276 1 0.6664 0.4995 0.656 0.012 0.148 0.184
#> SRR627421 1 0.1059 0.9658 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1311575 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 3 0.6780 0.4474 0.112 0.012 0.624 0.252
#> SRR1471922 4 0.3479 0.8528 0.000 0.012 0.148 0.840
#> SRR1077687 1 0.0921 0.9650 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0804 0.9671 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1071289 3 0.0707 0.9029 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1437555 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR810571 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR664048 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.3172 0.8581 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1320916 3 0.2610 0.8557 0.000 0.012 0.900 0.088
#> SRR1472150 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1329090 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1317344 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR817978 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1324371 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1474333 1 0.1151 0.9632 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1321462 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1387264 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1468141 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1486097 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR608002 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1360563 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR600385 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1430248 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352975 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1457221 3 0.1284 0.9013 0.000 0.012 0.964 0.024
#> SRR807591 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1407560 2 0.0469 0.9665 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.3024 0.7971 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR660895 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.3959 0.9400 0.068 0.000 0.092 0.840
#> SRR613114 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.3935 0.9331 0.060 0.000 0.100 0.840
#> SRR1315269 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1435020 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1337564 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1315019 3 0.0707 0.9029 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0817 0.9014 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1405485 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR812012 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1370619 4 0.3899 0.9518 0.108 0.000 0.052 0.840
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1375616 3 0.1940 0.8701 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1381566 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1432123 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1370405 4 0.3691 0.9407 0.068 0.000 0.076 0.856
#> SRR1099499 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659331 2 0.2473 0.9583 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR1436106 4 0.3024 0.8615 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1468974 3 0.2402 0.8684 0.000 0.012 0.912 0.076
#> SRR1470111 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0927 0.9031 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0804 0.9671 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR816770 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR600560 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1434867 2 0.1767 0.9644 0.012 0.944 0.000 0.044
#> SRR599225 2 0.1938 0.9627 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR607935 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1348159 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1356036 3 0.8279 -0.1069 0.328 0.012 0.360 0.300
#> SRR614443 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341702 1 0.1488 0.9529 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1444678 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1350107 2 0.2450 0.9612 0.016 0.912 0.000 0.072
#> SRR1322010 2 0.1584 0.9644 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR1342045 1 0.2924 0.8744 0.884 0.000 0.100 0.016
#> SRR1467364 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1078879 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468955 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR660626 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR812436 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312103 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1429891 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR1387072 2 0.0937 0.9662 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR661255 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR660933 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1488651 1 0.5662 0.5912 0.692 0.000 0.236 0.072
#> SRR1359388 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR817686 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.3529 0.8073 0.000 0.012 0.836 0.152
#> SRR612380 4 0.3667 0.9507 0.088 0.000 0.056 0.856
#> SRR817905 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1337909 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1489155 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1398992 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR607091 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1472193 2 0.2021 0.9643 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1456903 2 0.2909 0.9501 0.020 0.888 0.000 0.092
#> SRR1445238 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR820078 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481462 2 0.3659 0.9443 0.024 0.840 0.000 0.136
#> SRR819534 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.1584 0.9644 0.012 0.952 0.000 0.036
#> SRR659899 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1396078 3 0.0469 0.9057 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.3810 0.9534 0.092 0.000 0.060 0.848
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.2759 0.8958 0.904 0.000 0.044 0.052
#> SRR1073143 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1444622 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR662570 2 0.2473 0.9567 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR1430288 1 0.0927 0.9701 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1323043 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475022 4 0.3821 0.9123 0.040 0.000 0.120 0.840
#> SRR1080927 2 0.1854 0.9636 0.012 0.940 0.000 0.048
#> SRR1328919 3 0.0592 0.9049 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR603596 2 0.2402 0.9571 0.012 0.912 0.000 0.076
#> SRR602808 3 0.1174 0.9012 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR615467 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1360383 3 0.2021 0.8901 0.000 0.012 0.932 0.056
#> SRR1354577 3 0.4008 0.6527 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR608230 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1320873 1 0.7708 0.1528 0.512 0.012 0.188 0.288
#> SRR1336379 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1325665 2 0.0592 0.9666 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1477634 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1444876 3 0.5329 0.2760 0.000 0.012 0.568 0.420
#> SRR1101421 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR613354 3 0.4715 0.7034 0.024 0.012 0.776 0.188
#> SRR1434782 2 0.1059 0.9661 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1446762 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1324431 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1442356 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1386818 1 0.3569 0.7391 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR655684 2 0.1059 0.9663 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1473185 2 0.0592 0.9666 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1397073 1 0.4282 0.7752 0.816 0.000 0.124 0.060
#> SRR1455060 2 0.2973 0.9489 0.020 0.884 0.000 0.096
#> SRR1341008 4 0.3749 0.9249 0.128 0.000 0.032 0.840
#> SRR1087031 4 0.3667 0.9507 0.088 0.000 0.056 0.856
#> SRR1489177 4 0.3172 0.8581 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 3 0.7899 0.1942 0.232 0.012 0.488 0.268
#> SRR1320093 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR602516 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR604318 3 0.7211 0.3567 0.144 0.012 0.580 0.264
#> SRR1320280 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1082262 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1379238 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1385080 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1316921 3 0.8279 -0.1069 0.328 0.012 0.360 0.300
#> SRR1097752 2 0.2101 0.9615 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR1375308 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1498272 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR814989 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1320892 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR818418 1 0.1042 0.9663 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1474553 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.3972 0.9475 0.080 0.000 0.080 0.840
#> SRR656493 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.2676 0.8494 0.000 0.012 0.896 0.092
#> SRR655218 3 0.8266 -0.0929 0.336 0.012 0.364 0.288
#> SRR1416754 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1488562 3 0.5480 0.6929 0.136 0.008 0.752 0.104
#> SRR1084842 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819999 2 0.0469 0.9665 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1474065 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1499442 2 0.0469 0.9665 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1476571 1 0.6507 -0.0307 0.464 0.000 0.464 0.072
#> SRR1445328 2 0.0592 0.9666 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.2796 0.9519 0.016 0.892 0.000 0.092
#> SRR1085662 4 0.3935 0.9558 0.100 0.000 0.060 0.840
#> SRR1415095 4 0.3672 0.8802 0.164 0.000 0.012 0.824
#> SRR1499982 2 0.1510 0.9652 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1488715 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR597927 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1479239 2 0.1706 0.9642 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR600957 2 0.2179 0.9606 0.012 0.924 0.000 0.064
#> SRR1408113 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1490019 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR663261 3 0.5000 -0.0839 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1432343 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1459585 3 0.0188 0.9075 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434271 2 0.1938 0.9654 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR602365 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1473936 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1455698 4 0.5000 0.0669 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1331335 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR659187 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1417912 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1316940 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1500753 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657635 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1469904 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1311794 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR657754 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1464451 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1443895 4 0.3659 0.8932 0.024 0.000 0.136 0.840
#> SRR1444460 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333587 3 0.3755 0.7898 0.008 0.012 0.836 0.144
#> SRR1307770 2 0.1938 0.9647 0.012 0.936 0.000 0.052
#> SRR1339530 4 0.3959 0.9400 0.068 0.000 0.092 0.840
#> SRR1366433 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1480479 4 0.3935 0.9558 0.100 0.000 0.060 0.840
#> SRR1470175 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR598768 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1335400 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1418923 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR820133 3 0.4516 0.6326 0.000 0.012 0.736 0.252
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1339549 4 0.3959 0.9400 0.068 0.000 0.092 0.840
#> SRR821434 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR662546 4 0.3875 0.9393 0.068 0.004 0.076 0.852
#> SRR1319816 3 0.0336 0.9068 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1408208 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1332317 3 0.1867 0.8731 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1499193 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1467294 3 0.0469 0.9057 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1359649 3 0.4621 0.7143 0.012 0.012 0.764 0.212
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1343197 3 0.2704 0.8251 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1416999 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1334564 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.1182 0.9617 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1317877 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329885 3 0.1059 0.9019 0.000 0.012 0.972 0.016
#> SRR1459718 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.2973 0.8622 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1487685 3 0.0895 0.9051 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1455925 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR603397 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.1940 0.8701 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1409899 2 0.2021 0.9643 0.012 0.932 0.000 0.056
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9081 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.3935 0.9331 0.060 0.000 0.100 0.840
#> SRR656564 1 0.1743 0.9279 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR608174 4 0.3919 0.9567 0.104 0.000 0.056 0.840
#> SRR1320963 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661973 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR598533 2 0.3205 0.9451 0.024 0.872 0.000 0.104
#> SRR613270 2 0.2402 0.9575 0.012 0.912 0.000 0.076
#> SRR1362183 2 0.3606 0.9444 0.020 0.840 0.000 0.140
#> SRR1480365 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR602927 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1315799 2 0.3205 0.9451 0.024 0.872 0.000 0.104
#> SRR1432275 1 0.0592 0.9773 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475909 3 0.3105 0.8418 0.000 0.012 0.868 0.120
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0290 0.9439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3612 0.4967 0.008 0.000 0.764 0.000 0.228
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1467813 2 0.2074 0.9364 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR614814 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1330061 5 0.6714 0.1479 0.000 0.000 0.268 0.312 0.420
#> SRR662725 4 0.1280 0.9066 0.024 0.000 0.008 0.960 0.008
#> SRR1313951 4 0.1243 0.9101 0.028 0.000 0.004 0.960 0.008
#> SRR1339218 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1417505 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1407134 1 0.3419 0.7174 0.804 0.000 0.000 0.016 0.180
#> SRR1457418 2 0.1124 0.9409 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1331289 3 0.4995 0.3525 0.004 0.000 0.552 0.024 0.420
#> SRR1075898 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1498482 3 0.0451 0.5861 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1359673 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.4049 0.9045 0.000 0.788 0.008 0.040 0.164
#> SRR1335254 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1352706 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1436966 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR614802 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.1202 0.9133 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.3612 0.3791 0.008 0.000 0.764 0.000 0.228
#> SRR1440699 3 0.1894 0.5669 0.008 0.000 0.920 0.000 0.072
#> SRR1389059 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1083100 5 0.6960 0.4915 0.120 0.000 0.124 0.164 0.592
#> SRR1348861 4 0.5057 0.5106 0.024 0.000 0.016 0.628 0.332
#> SRR1072367 3 0.0579 0.5836 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1468403 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.4545 0.1095 0.004 0.000 0.560 0.004 0.432
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1315761 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1392637 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR810957 2 0.3831 0.9074 0.000 0.784 0.004 0.024 0.188
#> SRR1458422 2 0.0404 0.9442 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1394677 2 0.1628 0.9370 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR1341605 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1444479 4 0.5071 0.2668 0.000 0.000 0.036 0.540 0.424
#> SRR1470212 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR615141 4 0.2249 0.8740 0.020 0.000 0.020 0.920 0.040
#> SRR601122 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1397008 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1358561 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1498640 1 0.3317 0.7808 0.840 0.000 0.000 0.044 0.116
#> SRR1429957 3 0.4510 0.1032 0.000 0.000 0.560 0.008 0.432
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.4108 0.2580 0.008 0.000 0.684 0.000 0.308
#> SRR1394936 2 0.0609 0.9457 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1330656 5 0.5070 -0.1144 0.008 0.000 0.400 0.024 0.568
#> SRR1388305 1 0.1851 0.8719 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1406917 2 0.0404 0.9446 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1363992 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.2511 0.9270 0.000 0.892 0.004 0.016 0.088
#> SRR1458044 4 0.4481 0.6713 0.024 0.000 0.016 0.732 0.228
#> SRR661325 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.3381 0.9158 0.000 0.808 0.000 0.016 0.176
#> SRR1406561 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1394713 4 0.4789 0.6026 0.024 0.000 0.016 0.684 0.276
#> SRR1403875 2 0.2763 0.9314 0.000 0.848 0.000 0.004 0.148
#> SRR1476186 3 0.4481 0.3810 0.008 0.000 0.576 0.000 0.416
#> SRR1436444 2 0.3280 0.9182 0.000 0.812 0.000 0.012 0.176
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.5304 0.3096 0.020 0.000 0.020 0.540 0.420
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 5 0.6329 0.2514 0.008 0.000 0.396 0.124 0.472
#> SRR1444559 3 0.5460 0.3048 0.004 0.000 0.524 0.052 0.420
#> SRR1381543 4 0.1280 0.8873 0.008 0.000 0.024 0.960 0.008
#> SRR1402513 2 0.1124 0.9409 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR820379 3 0.2563 0.5461 0.008 0.000 0.872 0.000 0.120
#> SRR660007 3 0.4067 0.3906 0.008 0.000 0.692 0.000 0.300
#> SRR655649 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1437306 4 0.2230 0.8208 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR657731 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR661005 5 0.7265 0.3663 0.352 0.000 0.092 0.096 0.460
#> SRR600608 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.4298 0.1909 0.008 0.000 0.640 0.000 0.352
#> SRR1334717 5 0.7846 0.5122 0.200 0.000 0.124 0.208 0.468
#> SRR1401552 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1474886 4 0.4187 0.7216 0.032 0.000 0.008 0.764 0.196
#> SRR1082759 3 0.5071 0.3461 0.004 0.000 0.548 0.028 0.420
#> SRR1340420 2 0.0963 0.9440 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR662534 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 5 0.8026 0.4980 0.200 0.000 0.160 0.192 0.448
#> SRR612455 3 0.1764 0.5714 0.008 0.000 0.928 0.000 0.064
#> SRR818210 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0290 0.9439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404969 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1328960 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR598671 3 0.3318 0.4234 0.008 0.000 0.800 0.000 0.192
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.3476 0.9165 0.000 0.816 0.004 0.020 0.160
#> SRR1403831 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR657325 2 0.1788 0.9387 0.000 0.932 0.004 0.008 0.056
#> SRR1339740 1 0.1792 0.8763 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR657348 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR662091 5 0.7195 0.2001 0.324 0.000 0.232 0.024 0.420
#> SRR608598 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.6388 -0.0255 0.192 0.000 0.496 0.000 0.312
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.6806 0.0593 0.004 0.000 0.336 0.240 0.420
#> SRR661433 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.5675 0.2745 0.004 0.000 0.508 0.068 0.420
#> SRR1319539 3 0.2358 0.5552 0.008 0.000 0.888 0.000 0.104
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.6800 0.1062 0.000 0.000 0.320 0.304 0.376
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.1908 0.8713 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR657587 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1337412 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1474466 4 0.1280 0.8873 0.008 0.000 0.024 0.960 0.008
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 5 0.6416 0.1287 0.176 0.000 0.372 0.000 0.452
#> SRR1455171 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR627299 2 0.3213 0.9254 0.000 0.836 0.004 0.016 0.144
#> SRR660733 3 0.4298 0.3241 0.008 0.000 0.640 0.000 0.352
#> SRR817758 3 0.2798 0.5432 0.008 0.000 0.852 0.000 0.140
#> SRR821019 3 0.3282 0.4236 0.008 0.000 0.804 0.000 0.188
#> SRR1330675 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1433644 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1320180 3 0.5390 0.3222 0.008 0.000 0.532 0.040 0.420
#> SRR604074 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR658188 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR820209 3 0.3612 0.3791 0.008 0.000 0.764 0.000 0.228
#> SRR1331841 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1096966 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.4451 0.6766 0.024 0.000 0.016 0.736 0.224
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1403958 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1322270 2 0.0880 0.9416 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR600754 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 5 0.4796 0.2450 0.008 0.000 0.300 0.028 0.664
#> SRR1421093 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1085782 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.3688 0.9094 0.000 0.812 0.004 0.036 0.148
#> SRR597977 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.1280 0.9066 0.024 0.000 0.008 0.960 0.008
#> SRR661133 1 0.3551 0.6643 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.5073 0.5019 0.024 0.000 0.016 0.624 0.336
#> SRR1434250 2 0.2561 0.9311 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1447986 2 0.1124 0.9409 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1388007 3 0.3013 0.4546 0.008 0.000 0.832 0.000 0.160
#> SRR1434138 4 0.1280 0.9066 0.024 0.000 0.008 0.960 0.008
#> SRR1456950 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1400375 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1323764 4 0.5249 0.3791 0.020 0.000 0.020 0.568 0.392
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR627429 2 0.2623 0.9248 0.000 0.884 0.004 0.016 0.096
#> SRR660969 1 0.3534 0.6274 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1335377 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1330546 3 0.2886 0.5323 0.008 0.000 0.844 0.000 0.148
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.1280 0.9066 0.024 0.000 0.008 0.960 0.008
#> SRR1319837 5 0.7825 0.5133 0.200 0.000 0.124 0.204 0.472
#> SRR1491311 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1415215 2 0.1965 0.9373 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1086635 3 0.4313 0.1786 0.008 0.000 0.636 0.000 0.356
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 5 0.7913 0.4952 0.156 0.000 0.188 0.188 0.468
#> SRR607337 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0162 0.9450 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332275 3 0.4542 0.0728 0.008 0.000 0.536 0.000 0.456
#> SRR1465132 2 0.0404 0.9461 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1340133 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1387989 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.3582 0.3796 0.008 0.000 0.768 0.000 0.224
#> SRR1441701 3 0.0579 0.5854 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.1924 0.9361 0.000 0.924 0.004 0.008 0.064
#> SRR1435536 5 0.7825 0.5133 0.200 0.000 0.124 0.204 0.472
#> SRR614083 3 0.4415 0.1482 0.008 0.000 0.604 0.000 0.388
#> SRR1310623 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR816721 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1359367 2 0.1965 0.9373 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1391879 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0290 0.9439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1488836 3 0.1697 0.5477 0.008 0.000 0.932 0.000 0.060
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.3527 0.9110 0.000 0.792 0.000 0.016 0.192
#> SRR1456514 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1394755 5 0.6286 0.2552 0.008 0.000 0.388 0.120 0.484
#> SRR664842 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR662342 5 0.7630 0.0593 0.000 0.312 0.228 0.056 0.404
#> SRR665502 3 0.4787 0.0639 0.008 0.000 0.540 0.008 0.444
#> SRR657891 1 0.1792 0.8755 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1421305 4 0.4096 0.6772 0.000 0.000 0.040 0.760 0.200
#> SRR1335707 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1401276 5 0.7399 0.4584 0.308 0.000 0.056 0.180 0.456
#> SRR627421 1 0.2329 0.8267 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR661995 5 0.6790 0.2779 0.024 0.000 0.396 0.140 0.440
#> SRR1471922 4 0.4747 0.3464 0.000 0.000 0.032 0.636 0.332
#> SRR1077687 1 0.1544 0.8959 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR821602 3 0.0579 0.5836 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR608718 2 0.0290 0.9453 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1071289 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.3282 0.4236 0.008 0.000 0.804 0.000 0.188
#> SRR664048 3 0.3053 0.5290 0.008 0.000 0.828 0.000 0.164
#> SRR1500998 4 0.4552 0.5851 0.000 0.000 0.040 0.696 0.264
#> SRR1320916 5 0.5605 0.0774 0.008 0.000 0.468 0.052 0.472
#> SRR1472150 3 0.5028 0.3563 0.008 0.000 0.552 0.020 0.420
#> SRR1329090 1 0.0162 0.9658 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.2179 0.8389 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1321462 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.4298 0.1909 0.008 0.000 0.640 0.000 0.352
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR604050 3 0.4235 0.2133 0.008 0.000 0.656 0.000 0.336
#> SRR600385 3 0.3861 0.4200 0.008 0.000 0.728 0.000 0.264
#> SRR1430248 3 0.3282 0.4236 0.008 0.000 0.804 0.000 0.188
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.4545 0.1095 0.004 0.000 0.560 0.004 0.432
#> SRR807591 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.5675 0.2745 0.004 0.000 0.508 0.068 0.420
#> SRR660895 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR655111 3 0.0451 0.5852 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1336006 4 0.1211 0.9054 0.024 0.000 0.016 0.960 0.000
#> SRR613114 3 0.2358 0.5590 0.008 0.000 0.888 0.000 0.104
#> SRR608368 4 0.3775 0.7675 0.024 0.000 0.016 0.812 0.148
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.4637 0.3748 0.008 0.000 0.568 0.004 0.420
#> SRR1370173 3 0.4283 0.4035 0.008 0.000 0.644 0.000 0.348
#> SRR1408327 3 0.4524 0.3762 0.004 0.000 0.572 0.004 0.420
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1469495 3 0.4473 0.3834 0.008 0.000 0.580 0.000 0.412
#> SRR1378841 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1375616 3 0.5071 0.3461 0.004 0.000 0.548 0.028 0.420
#> SRR1381566 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.1280 0.9066 0.024 0.000 0.008 0.960 0.008
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.2332 0.9312 0.000 0.904 0.004 0.016 0.076
#> SRR1436106 4 0.1124 0.8743 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1468974 5 0.5070 -0.1144 0.008 0.000 0.400 0.024 0.568
#> SRR1470111 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1079168 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.3756 0.3485 0.008 0.000 0.744 0.000 0.248
#> SRR1329551 3 0.3783 0.4370 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR662871 2 0.0510 0.9461 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR816770 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1434867 2 0.2020 0.9370 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR599225 2 0.1557 0.9379 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR607935 3 0.0451 0.5865 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1487107 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 5 0.7858 0.5122 0.200 0.000 0.128 0.204 0.468
#> SRR614443 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.2813 0.7682 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.2806 0.9255 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1322010 2 0.1965 0.9373 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1342045 1 0.5109 0.5090 0.696 0.000 0.132 0.000 0.172
#> SRR1467364 2 0.0290 0.9439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1078879 3 0.3582 0.3796 0.008 0.000 0.768 0.000 0.224
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1429891 2 0.0290 0.9439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1387072 2 0.0290 0.9439 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR661255 3 0.4283 0.1927 0.008 0.000 0.644 0.000 0.348
#> SRR660933 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.7195 0.2001 0.324 0.000 0.232 0.024 0.420
#> SRR1359388 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR817686 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.4799 0.3155 0.008 0.000 0.220 0.056 0.716
#> SRR612380 4 0.1202 0.9133 0.032 0.000 0.004 0.960 0.004
#> SRR817905 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1398992 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR607091 3 0.3093 0.4459 0.008 0.000 0.824 0.000 0.168
#> SRR1472193 2 0.2230 0.9358 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1456903 2 0.2293 0.9289 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR1445238 3 0.5028 0.3563 0.008 0.000 0.552 0.020 0.420
#> SRR820078 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.3929 0.9059 0.000 0.788 0.004 0.036 0.172
#> SRR819534 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR659899 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1396078 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1443612 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1362777 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.4915 0.1590 0.556 0.000 0.004 0.020 0.420
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.5028 0.3563 0.008 0.000 0.552 0.020 0.420
#> SRR662570 2 0.2332 0.9306 0.000 0.904 0.004 0.016 0.076
#> SRR1430288 1 0.1608 0.8910 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.5169 0.4482 0.024 0.000 0.016 0.596 0.364
#> SRR1080927 2 0.0963 0.9428 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1328919 3 0.2971 0.4587 0.008 0.000 0.836 0.000 0.156
#> SRR603596 2 0.1768 0.9340 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR602808 3 0.4333 0.1866 0.004 0.000 0.640 0.004 0.352
#> SRR615467 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR660638 3 0.4341 0.1692 0.008 0.000 0.628 0.000 0.364
#> SRR1360383 5 0.3796 0.2218 0.008 0.000 0.216 0.008 0.768
#> SRR1354577 3 0.5817 0.2503 0.004 0.000 0.496 0.080 0.420
#> SRR608230 3 0.4341 0.1692 0.008 0.000 0.628 0.000 0.364
#> SRR1320873 5 0.7627 0.4903 0.248 0.000 0.080 0.204 0.468
#> SRR1336379 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1325665 2 0.0703 0.9445 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1357434 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1477634 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1444876 5 0.6699 0.3643 0.000 0.000 0.304 0.268 0.428
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 5 0.6347 0.1978 0.012 0.000 0.436 0.112 0.440
#> SRR1434782 2 0.0404 0.9436 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446762 3 0.4549 0.0781 0.008 0.000 0.528 0.000 0.464
#> SRR1324431 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1442356 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1386818 1 0.4404 0.6213 0.760 0.000 0.088 0.000 0.152
#> SRR655684 2 0.0404 0.9441 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1473185 2 0.0609 0.9451 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.5785 0.0214 0.512 0.000 0.048 0.020 0.420
#> SRR1455060 2 0.2519 0.9226 0.000 0.884 0.000 0.016 0.100
#> SRR1341008 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1087031 4 0.1243 0.9101 0.028 0.000 0.004 0.960 0.008
#> SRR1489177 4 0.5002 0.4017 0.000 0.000 0.040 0.596 0.364
#> SRR1350525 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1440517 5 0.7897 0.4975 0.164 0.000 0.184 0.180 0.472
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 5 0.7153 0.3422 0.036 0.000 0.352 0.172 0.440
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1316921 5 0.7833 0.5113 0.204 0.000 0.120 0.208 0.468
#> SRR1097752 2 0.1430 0.9388 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.4341 0.2248 0.008 0.000 0.628 0.000 0.364
#> SRR818418 1 0.0609 0.9492 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0693 0.5850 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1079281 4 0.1168 0.9134 0.032 0.000 0.008 0.960 0.000
#> SRR656493 3 0.2971 0.5332 0.008 0.000 0.836 0.000 0.156
#> SRR1328599 3 0.5042 0.0855 0.008 0.000 0.580 0.024 0.388
#> SRR655218 5 0.7858 0.5122 0.200 0.000 0.128 0.204 0.468
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 5 0.7533 0.4060 0.112 0.000 0.292 0.120 0.476
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0290 0.9447 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR659673 3 0.2753 0.5410 0.008 0.000 0.856 0.000 0.136
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9445 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.7203 0.1019 0.236 0.000 0.320 0.024 0.420
#> SRR1445328 2 0.0703 0.9445 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR607887 2 0.2470 0.9226 0.000 0.884 0.000 0.012 0.104
#> SRR1085662 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1415095 4 0.2230 0.8208 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1499982 2 0.1410 0.9425 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1479239 2 0.2020 0.9369 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR600957 2 0.1697 0.9362 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1408113 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.4971 0.5387 0.000 0.000 0.144 0.712 0.144
#> SRR1432343 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1459585 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1434271 2 0.2074 0.9379 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR602365 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.4268 0.2000 0.008 0.000 0.648 0.000 0.344
#> SRR1473936 3 0.4510 0.1144 0.008 0.000 0.560 0.000 0.432
#> SRR1455698 5 0.6694 0.0768 0.000 0.000 0.328 0.252 0.420
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.5174 0.4414 0.020 0.000 0.020 0.596 0.364
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 5 0.6329 0.2514 0.008 0.000 0.396 0.124 0.472
#> SRR1307770 2 0.2074 0.9399 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1339530 4 0.1195 0.9098 0.028 0.000 0.012 0.960 0.000
#> SRR1366433 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1480479 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR820133 3 0.5486 0.0251 0.000 0.000 0.572 0.076 0.352
#> SRR1348424 3 0.0992 0.5820 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1382956 3 0.5108 0.3511 0.008 0.000 0.548 0.024 0.420
#> SRR1339549 4 0.2721 0.8558 0.028 0.000 0.012 0.892 0.068
#> SRR821434 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR662546 4 0.1597 0.8988 0.024 0.000 0.008 0.948 0.020
#> SRR1319816 3 0.4489 0.3791 0.008 0.000 0.572 0.000 0.420
#> SRR1078347 3 0.0579 0.5864 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.5120 0.3422 0.008 0.000 0.540 0.024 0.428
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.4497 0.3758 0.008 0.000 0.568 0.000 0.424
#> SRR1359649 5 0.4322 0.3173 0.016 0.000 0.156 0.048 0.780
#> SRR1335688 3 0.3246 0.5219 0.008 0.000 0.808 0.000 0.184
#> SRR1370129 3 0.4283 0.1927 0.008 0.000 0.644 0.000 0.348
#> SRR1321966 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.5460 0.3048 0.004 0.000 0.524 0.052 0.420
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1498861 1 0.2852 0.7562 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.4298 0.1909 0.008 0.000 0.640 0.000 0.352
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0693 0.5818 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR602622 4 0.1168 0.8755 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1487685 3 0.4522 0.3065 0.008 0.000 0.552 0.000 0.440
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.3582 0.4992 0.008 0.000 0.768 0.000 0.224
#> SRR1313932 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR603397 3 0.0290 0.5866 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.5071 0.3461 0.004 0.000 0.548 0.028 0.420
#> SRR1409899 2 0.2377 0.9348 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1368964 3 0.1082 0.5810 0.008 0.000 0.964 0.000 0.028
#> SRR1334741 4 0.2605 0.8593 0.024 0.000 0.016 0.900 0.060
#> SRR656564 1 0.2561 0.7962 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR608174 4 0.1124 0.9163 0.036 0.000 0.004 0.960 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.3523 0.9079 0.000 0.836 0.008 0.040 0.116
#> SRR613270 2 0.1830 0.9348 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1362183 2 0.3929 0.9059 0.000 0.788 0.004 0.036 0.172
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.3323 0.9098 0.000 0.844 0.004 0.036 0.116
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9697 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 5 0.4410 0.2980 0.008 0.000 0.196 0.044 0.752
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356619 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.3797 0.38163 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1467813 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR614814 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1077405 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1330061 5 0.3529 0.80973 0.000 0.000 0.088 0.088 0.816 0.008
#> SRR662725 4 0.1503 0.92194 0.008 0.000 0.000 0.944 0.032 0.016
#> SRR1313951 4 0.0405 0.95337 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1339218 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1407134 1 0.3867 0.49572 0.660 0.000 0.000 0.000 0.328 0.012
#> SRR1457418 2 0.0405 0.92953 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1331289 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1075898 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1498482 3 0.0363 0.83611 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.3953 0.88704 0.000 0.764 0.000 0.000 0.132 0.104
#> SRR1335254 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1436966 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0405 0.95337 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1396595 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.3817 -0.09825 0.000 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1440699 3 0.2416 0.69897 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1389059 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1083100 6 0.4409 0.73444 0.024 0.000 0.040 0.064 0.084 0.788
#> SRR1348861 5 0.3402 0.68814 0.008 0.000 0.004 0.196 0.784 0.008
#> SRR1072367 3 0.0405 0.83963 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1468403 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 6 0.5486 0.49917 0.000 0.000 0.372 0.000 0.132 0.496
#> SRR1390601 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1392637 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.4093 0.89364 0.000 0.760 0.000 0.004 0.104 0.132
#> SRR1458422 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394677 2 0.1088 0.92711 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1341605 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1444479 5 0.3002 0.73028 0.000 0.000 0.008 0.136 0.836 0.020
#> SRR1470212 3 0.0146 0.84013 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR615141 4 0.1026 0.94198 0.008 0.000 0.004 0.968 0.012 0.008
#> SRR601122 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.2814 0.86932 0.000 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR1358561 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1498640 1 0.5033 0.41779 0.608 0.000 0.000 0.012 0.068 0.312
#> SRR1429957 6 0.5551 0.50954 0.000 0.000 0.360 0.000 0.144 0.496
#> SRR1452292 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.2135 0.70641 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1394936 2 0.0405 0.93091 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1485542 1 0.0508 0.96106 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR659121 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.4004 0.78378 0.000 0.000 0.120 0.000 0.760 0.120
#> SRR1388305 1 0.1225 0.93579 0.952 0.000 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1406917 2 0.0260 0.93098 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1363992 3 0.0260 0.83764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311086 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.2765 0.90704 0.000 0.872 0.000 0.008 0.064 0.056
#> SRR1458044 4 0.4436 0.13925 0.008 0.000 0.004 0.532 0.448 0.008
#> SRR661325 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.3985 0.89924 0.000 0.768 0.000 0.008 0.068 0.156
#> SRR1406561 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.4337 0.33905 0.008 0.000 0.004 0.388 0.592 0.008
#> SRR1403875 2 0.3627 0.91109 0.000 0.800 0.000 0.008 0.056 0.136
#> SRR1476186 5 0.2912 0.86444 0.000 0.000 0.172 0.000 0.816 0.012
#> SRR1436444 2 0.3985 0.89924 0.000 0.768 0.000 0.008 0.068 0.156
#> SRR1084649 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1500405 5 0.3135 0.72049 0.008 0.000 0.004 0.164 0.816 0.008
#> SRR1354446 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.3890 0.75629 0.004 0.000 0.124 0.044 0.028 0.800
#> SRR1444559 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1381543 4 0.0436 0.94959 0.004 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1402513 2 0.0405 0.92953 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR820379 3 0.5593 0.23324 0.000 0.000 0.536 0.000 0.280 0.184
#> SRR660007 3 0.5885 0.03702 0.000 0.000 0.476 0.000 0.248 0.276
#> SRR655649 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.1946 0.87848 0.072 0.000 0.000 0.912 0.004 0.012
#> SRR657731 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR661005 5 0.6557 0.23708 0.116 0.000 0.044 0.024 0.524 0.292
#> SRR600608 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 6 0.4534 0.39321 0.000 0.000 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR1334717 6 0.4217 0.73388 0.040 0.000 0.040 0.092 0.028 0.800
#> SRR1401552 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1474886 4 0.4077 0.50395 0.012 0.000 0.000 0.660 0.320 0.008
#> SRR1082759 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1340420 2 0.0858 0.93172 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR662534 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 6 0.4219 0.73630 0.044 0.000 0.052 0.084 0.020 0.800
#> SRR612455 3 0.2178 0.72582 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404969 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1328960 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR598671 3 0.1411 0.78583 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1387178 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR660498 2 0.3816 0.89946 0.000 0.792 0.000 0.008 0.104 0.096
#> SRR1403831 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR657325 2 0.1675 0.92840 0.000 0.936 0.000 0.008 0.024 0.032
#> SRR1339740 1 0.0993 0.94658 0.964 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR657348 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.3510 0.76324 0.100 0.000 0.068 0.000 0.820 0.012
#> SRR608598 3 0.0146 0.84006 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.7631 0.27317 0.276 0.000 0.244 0.000 0.176 0.304
#> SRR1361567 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.3520 0.82107 0.000 0.000 0.100 0.076 0.816 0.008
#> SRR661433 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.2848 0.87140 0.000 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1319539 3 0.4746 0.46992 0.000 0.000 0.668 0.000 0.216 0.116
#> SRR1343841 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.3572 0.81830 0.000 0.000 0.100 0.080 0.812 0.008
#> SRR1487321 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1312428 1 0.2489 0.83152 0.860 0.000 0.000 0.000 0.128 0.012
#> SRR657587 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.2778 0.86806 0.000 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008
#> SRR1474466 4 0.1332 0.92869 0.008 0.000 0.000 0.952 0.028 0.012
#> SRR1466993 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 5 0.6653 0.07919 0.060 0.000 0.176 0.000 0.464 0.300
#> SRR1455171 3 0.0260 0.83764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR627299 2 0.3578 0.90546 0.000 0.812 0.000 0.008 0.088 0.092
#> SRR660733 6 0.5962 0.36308 0.000 0.000 0.300 0.000 0.252 0.448
#> SRR817758 3 0.5738 0.18537 0.000 0.000 0.496 0.000 0.312 0.192
#> SRR821019 3 0.1141 0.79381 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1330675 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1433644 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1320180 5 0.2768 0.86769 0.000 0.000 0.156 0.012 0.832 0.000
#> SRR604074 3 0.0146 0.84013 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322291 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR658188 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR820209 3 0.3494 0.43315 0.000 0.000 0.736 0.000 0.012 0.252
#> SRR1331841 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1096966 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.4386 0.25619 0.008 0.000 0.004 0.568 0.412 0.008
#> SRR1500537 2 0.0363 0.93125 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR660103 3 0.1257 0.80927 0.000 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1403958 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0291 0.92988 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR600754 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1334847 6 0.3703 0.73522 0.000 0.000 0.108 0.004 0.092 0.796
#> SRR1421093 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.3092 0.90023 0.000 0.836 0.000 0.000 0.104 0.060
#> SRR597977 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.1332 0.92869 0.008 0.000 0.000 0.952 0.028 0.012
#> SRR661133 1 0.3892 0.45387 0.640 0.000 0.004 0.000 0.004 0.352
#> SRR1357523 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.3935 0.56041 0.012 0.000 0.000 0.288 0.692 0.008
#> SRR1434250 2 0.3355 0.91329 0.000 0.816 0.000 0.004 0.048 0.132
#> SRR1396640 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1454803 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0405 0.92953 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1388007 3 0.1007 0.80336 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1434138 4 0.1332 0.92869 0.008 0.000 0.000 0.952 0.028 0.012
#> SRR1456950 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1323764 5 0.3171 0.71696 0.008 0.000 0.004 0.168 0.812 0.008
#> SRR1355040 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1500868 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1476279 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR627429 2 0.2942 0.90672 0.000 0.860 0.000 0.008 0.068 0.064
#> SRR660969 1 0.4150 0.34756 0.592 0.000 0.000 0.000 0.016 0.392
#> SRR1335377 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1330546 3 0.3023 0.60918 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.1409 0.92539 0.008 0.000 0.000 0.948 0.032 0.012
#> SRR1319837 6 0.4308 0.73559 0.040 0.000 0.044 0.088 0.032 0.796
#> SRR1491311 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1415215 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1086635 6 0.4534 0.39321 0.000 0.000 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR1440058 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1389979 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.4198 0.74459 0.024 0.000 0.064 0.084 0.028 0.800
#> SRR607337 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0547 0.93187 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1332275 6 0.3301 0.73338 0.000 0.000 0.188 0.000 0.024 0.788
#> SRR1465132 2 0.0458 0.93174 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1340133 3 0.0260 0.83764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1387989 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.3126 0.46729 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1441701 3 0.0458 0.83320 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.1829 0.92416 0.000 0.928 0.000 0.008 0.036 0.028
#> SRR1435536 6 0.4291 0.73299 0.040 0.000 0.040 0.092 0.032 0.796
#> SRR614083 6 0.2996 0.71249 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1310623 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR816721 4 0.0508 0.95543 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1359367 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1391879 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1418992 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488836 3 0.0547 0.82777 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1399028 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0146 0.96577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.4073 0.89636 0.000 0.760 0.000 0.008 0.072 0.160
#> SRR1456514 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1394755 6 0.3771 0.75409 0.000 0.000 0.132 0.036 0.032 0.800
#> SRR664842 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.4510 0.46899 0.000 0.228 0.020 0.000 0.704 0.048
#> SRR665502 6 0.3309 0.74004 0.000 0.000 0.172 0.004 0.024 0.800
#> SRR657891 1 0.0914 0.95157 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1421305 4 0.4242 0.36349 0.000 0.000 0.012 0.612 0.368 0.008
#> SRR1335707 5 0.2982 0.86502 0.004 0.000 0.164 0.000 0.820 0.012
#> SRR1401276 6 0.4139 0.68435 0.104 0.000 0.012 0.056 0.032 0.796
#> SRR627421 1 0.3245 0.69383 0.764 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228
#> SRR1311575 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1475675 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.3981 0.75443 0.008 0.000 0.112 0.056 0.024 0.800
#> SRR1471922 4 0.4761 -0.07468 0.000 0.000 0.008 0.492 0.032 0.468
#> SRR1077687 1 0.0725 0.95677 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR821602 3 0.0291 0.84056 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR608718 2 0.0717 0.93363 0.000 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1071289 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1437555 1 0.0146 0.96577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR810571 3 0.1285 0.79036 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR664048 3 0.3578 0.38588 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1500998 5 0.4336 0.30431 0.000 0.000 0.012 0.408 0.572 0.008
#> SRR1320916 6 0.3578 0.74788 0.000 0.000 0.152 0.016 0.032 0.800
#> SRR1472150 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1329090 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1317344 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.1686 0.90584 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR1321462 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1387264 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 6 0.4534 0.39321 0.000 0.000 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR1486097 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.3823 0.44796 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR600385 3 0.5391 0.26355 0.000 0.000 0.580 0.000 0.176 0.244
#> SRR1430248 3 0.1141 0.79381 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1352975 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1457221 6 0.5530 0.50250 0.000 0.000 0.364 0.000 0.140 0.496
#> SRR807591 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0260 0.93098 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345478 5 0.2848 0.87140 0.000 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR660895 3 0.0260 0.83764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR655111 3 0.0146 0.83953 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336006 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR613114 3 0.2996 0.61365 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR608368 4 0.1985 0.88904 0.008 0.000 0.004 0.916 0.064 0.008
#> SRR1315269 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1435020 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1370173 5 0.3428 0.72035 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1408327 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1405485 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR812012 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.2692 0.85135 0.000 0.000 0.148 0.000 0.840 0.012
#> SRR1378841 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1375616 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1381566 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0405 0.95337 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1099499 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.2766 0.91168 0.000 0.872 0.000 0.008 0.060 0.060
#> SRR1436106 4 0.0767 0.93909 0.000 0.000 0.012 0.976 0.004 0.008
#> SRR1468974 5 0.3787 0.80343 0.000 0.000 0.120 0.000 0.780 0.100
#> SRR1470111 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.2586 0.70210 0.000 0.000 0.868 0.000 0.032 0.100
#> SRR1329551 3 0.4607 0.24129 0.000 0.000 0.616 0.000 0.056 0.328
#> SRR662871 2 0.0806 0.93384 0.000 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR816770 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.2760 0.91866 0.000 0.856 0.000 0.004 0.024 0.116
#> SRR599225 2 0.0914 0.92791 0.000 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR607935 3 0.0260 0.83842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487107 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.4234 0.73650 0.040 0.000 0.044 0.088 0.028 0.800
#> SRR614443 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1341702 1 0.3788 0.59062 0.704 0.000 0.004 0.000 0.012 0.280
#> SRR1444678 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1350107 2 0.3395 0.91225 0.000 0.812 0.000 0.004 0.048 0.136
#> SRR1322010 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1342045 1 0.4667 0.43900 0.632 0.000 0.056 0.000 0.004 0.308
#> SRR1467364 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078879 3 0.1267 0.78347 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1468955 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387072 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661255 6 0.4534 0.39321 0.000 0.000 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR660933 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3401 0.76027 0.104 0.000 0.064 0.000 0.824 0.008
#> SRR1359388 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0260 0.83842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429162 6 0.3813 0.72928 0.000 0.000 0.084 0.012 0.108 0.796
#> SRR612380 4 0.0405 0.95337 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR817905 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR661723 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1489155 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1398992 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR607091 3 0.1075 0.79871 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1472193 2 0.3042 0.91713 0.000 0.836 0.000 0.004 0.032 0.128
#> SRR1456903 2 0.2070 0.91299 0.000 0.908 0.000 0.000 0.044 0.048
#> SRR1445238 5 0.2416 0.86664 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.3961 0.88837 0.000 0.764 0.000 0.000 0.124 0.112
#> SRR819534 3 0.0260 0.83842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR820468 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR659899 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.2848 0.87015 0.000 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1443612 3 0.0260 0.83842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1470902 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.2877 0.66257 0.168 0.000 0.000 0.000 0.820 0.012
#> SRR1073143 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.2848 0.87015 0.000 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR662570 2 0.2519 0.91217 0.000 0.888 0.000 0.008 0.056 0.048
#> SRR1430288 1 0.0725 0.95677 0.976 0.000 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1323043 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.3240 0.70947 0.008 0.000 0.004 0.176 0.804 0.008
#> SRR1080927 2 0.0909 0.92885 0.000 0.968 0.000 0.000 0.012 0.020
#> SRR1328919 3 0.1007 0.80336 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR603596 2 0.2074 0.91564 0.000 0.912 0.000 0.004 0.036 0.048
#> SRR602808 6 0.4534 0.39321 0.000 0.000 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR615467 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660638 6 0.3351 0.66766 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1360383 5 0.4913 0.17987 0.000 0.000 0.072 0.000 0.564 0.364
#> SRR1354577 5 0.2778 0.87183 0.000 0.000 0.168 0.008 0.824 0.000
#> SRR608230 6 0.3860 0.39372 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1320873 6 0.4167 0.71067 0.064 0.000 0.020 0.088 0.028 0.800
#> SRR1336379 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0547 0.93187 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1357434 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.5097 0.73095 0.000 0.000 0.092 0.116 0.080 0.712
#> SRR1101421 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.3877 0.75539 0.004 0.000 0.124 0.048 0.024 0.800
#> SRR1434782 2 0.0146 0.93001 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446762 6 0.5509 0.57524 0.000 0.000 0.300 0.000 0.160 0.540
#> SRR1324431 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR1386818 1 0.4060 0.67624 0.748 0.000 0.020 0.000 0.200 0.032
#> SRR655684 2 0.0291 0.93076 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1473185 2 0.0146 0.93082 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332796 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.3299 0.70549 0.140 0.000 0.028 0.000 0.820 0.012
#> SRR1455060 2 0.2136 0.91162 0.000 0.904 0.000 0.000 0.048 0.048
#> SRR1341008 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1087031 4 0.0405 0.95337 0.008 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1489177 5 0.3163 0.72170 0.000 0.000 0.012 0.172 0.808 0.008
#> SRR1350525 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.4217 0.74373 0.028 0.000 0.060 0.084 0.028 0.800
#> SRR1320093 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.4030 0.74965 0.008 0.000 0.092 0.076 0.024 0.800
#> SRR1320280 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1385080 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.4291 0.73299 0.040 0.000 0.040 0.092 0.032 0.796
#> SRR1097752 2 0.1003 0.92793 0.000 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1375308 1 0.0363 0.96262 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498272 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 6 0.5564 0.46647 0.000 0.000 0.388 0.000 0.140 0.472
#> SRR818418 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1474553 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0790 0.82303 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1079281 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR656493 3 0.3923 0.28771 0.000 0.000 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1328599 6 0.3418 0.73222 0.000 0.000 0.192 0.008 0.016 0.784
#> SRR655218 6 0.4234 0.73650 0.040 0.000 0.044 0.088 0.028 0.800
#> SRR1416754 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1488562 6 0.5441 0.69292 0.024 0.000 0.112 0.028 0.148 0.688
#> SRR1084842 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0260 0.93098 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659673 3 0.3887 0.32425 0.000 0.000 0.632 0.000 0.360 0.008
#> SRR1468514 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0458 0.93154 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476571 5 0.3419 0.80148 0.072 0.000 0.096 0.000 0.824 0.008
#> SRR1445328 2 0.0458 0.93151 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR607887 2 0.2265 0.91097 0.000 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR1085662 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1415095 4 0.1946 0.87848 0.072 0.000 0.000 0.912 0.004 0.012
#> SRR1499982 2 0.2062 0.92652 0.000 0.900 0.000 0.004 0.008 0.088
#> SRR1488715 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR597927 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.2633 0.92018 0.000 0.864 0.000 0.004 0.020 0.112
#> SRR600957 2 0.1257 0.92573 0.000 0.952 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1408113 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.4053 0.63786 0.000 0.000 0.048 0.744 0.200 0.008
#> SRR1432343 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1434271 2 0.2848 0.91973 0.000 0.848 0.000 0.004 0.024 0.124
#> SRR602365 3 0.0260 0.83842 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR612443 3 0.3833 -0.15868 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1473936 6 0.5571 0.48669 0.000 0.000 0.372 0.000 0.144 0.484
#> SRR1455698 5 0.3520 0.82107 0.000 0.000 0.100 0.076 0.816 0.008
#> SRR1331335 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.2848 0.87015 0.000 0.000 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1500753 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0146 0.96577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.3206 0.71310 0.008 0.000 0.004 0.172 0.808 0.008
#> SRR1444460 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1333587 6 0.3890 0.75629 0.004 0.000 0.124 0.044 0.028 0.800
#> SRR1307770 2 0.3042 0.91713 0.000 0.836 0.000 0.004 0.032 0.128
#> SRR1339530 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1366433 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1470175 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1335400 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR820133 6 0.5389 0.57252 0.000 0.000 0.356 0.056 0.032 0.556
#> SRR1348424 3 0.0547 0.83088 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1382956 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1339549 4 0.0984 0.94577 0.012 0.000 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR821434 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.2302 0.87868 0.008 0.000 0.000 0.900 0.032 0.060
#> SRR1319816 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1078347 3 0.0547 0.83239 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1435293 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1408208 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2859 0.86698 0.000 0.000 0.156 0.000 0.828 0.016
#> SRR1499193 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1467294 5 0.2340 0.86212 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1359649 6 0.4651 0.55788 0.000 0.000 0.052 0.016 0.256 0.676
#> SRR1335688 3 0.3838 0.00996 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1370129 6 0.4534 0.39321 0.000 0.000 0.472 0.000 0.032 0.496
#> SRR1321966 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0260 0.83764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498861 1 0.3721 0.54637 0.684 0.000 0.004 0.000 0.004 0.308
#> SRR1317877 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.3674 0.42727 0.000 0.000 0.716 0.000 0.016 0.268
#> SRR1459718 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0260 0.83764 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR602622 4 0.1194 0.92447 0.000 0.000 0.008 0.956 0.032 0.004
#> SRR1487685 5 0.5891 0.16224 0.000 0.000 0.232 0.000 0.468 0.300
#> SRR1455925 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.3847 -0.01939 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1313932 4 0.0622 0.95424 0.012 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR603397 3 0.0000 0.84120 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.2597 0.87346 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1409899 2 0.3266 0.91595 0.000 0.824 0.000 0.008 0.036 0.132
#> SRR1368964 3 0.1075 0.80897 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1334741 4 0.1121 0.93846 0.008 0.000 0.004 0.964 0.016 0.008
#> SRR656564 1 0.5809 0.15571 0.496 0.000 0.000 0.000 0.272 0.232
#> SRR608174 4 0.0363 0.95641 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0146 0.96577 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.3168 0.89318 0.000 0.828 0.000 0.000 0.116 0.056
#> SRR613270 2 0.2392 0.91351 0.000 0.896 0.000 0.008 0.048 0.048
#> SRR1362183 2 0.3962 0.89201 0.000 0.764 0.000 0.000 0.120 0.116
#> SRR1480365 1 0.0405 0.96276 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR602927 1 0.0000 0.96721 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.2985 0.89981 0.000 0.844 0.000 0.000 0.100 0.056
#> SRR1432275 1 0.0622 0.95935 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1475909 6 0.4006 0.71480 0.000 0.000 0.084 0.008 0.136 0.772
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.958 0.976 0.4926 0.509 0.509
#> 3 3 0.855 0.859 0.947 0.2491 0.756 0.568
#> 4 4 0.974 0.943 0.977 0.1905 0.852 0.627
#> 5 5 0.920 0.918 0.955 0.0757 0.908 0.678
#> 6 6 0.968 0.931 0.971 0.0319 0.963 0.829
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1356619 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1085850 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1379450 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1467813 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR614814 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1077405 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1330061 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR662725 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1313951 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1339218 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1417505 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1407134 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1457418 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1331289 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1075898 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1498482 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1402239 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1335254 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1352706 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1436966 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR614802 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1388979 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1396595 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1340508 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> SRR1348861 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1072367 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1486560 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1315761 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1392637 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR810957 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1458422 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1394677 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1341605 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1444479 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1470212 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR598124 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR615141 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR601122 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1397008 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1358561 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1498640 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1429957 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1467590 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1485542 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR659121 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1330656 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1388305 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1406917 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1363992 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR655375 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1458044 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR661325 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1439807 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1352129 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1406561 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1394713 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1403875 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1476186 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1436444 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1084649 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1500405 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1354446 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1467455 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1444559 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1381543 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1402513 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR820379 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1437306 1 0.7950 0.717 0.760 0.240
#> SRR657731 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR600608 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.1843 0.970 0.972 0.028
#> SRR1401552 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1474886 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1082759 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1340420 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR662534 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1316815 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1072797 1 0.8386 0.652 0.732 0.268
#> SRR612455 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1488751 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1404969 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1328960 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR598671 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1387178 2 0.7056 0.750 0.192 0.808
#> SRR660498 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1403831 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR657325 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1339740 1 0.7299 0.772 0.796 0.204
#> SRR657348 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR662091 1 0.5946 0.852 0.856 0.144
#> SRR608598 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR608662 1 0.2423 0.962 0.960 0.040
#> SRR1361567 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR819134 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1311400 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR817775 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR661433 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR819946 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1319539 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1343841 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR665563 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1487321 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1312428 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR657587 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1337412 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1474466 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1466993 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1358102 1 0.7299 0.772 0.796 0.204
#> SRR1455171 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR660733 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR817758 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR821019 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1433644 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1320180 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR604074 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR658188 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR820209 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1096966 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1350456 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1472079 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1500537 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR660103 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1322270 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR600754 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1085782 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR597977 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR661133 1 0.9896 0.276 0.560 0.440
#> SRR1357523 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1415732 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1434250 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1396640 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1454803 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1468381 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1447986 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1388007 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1456950 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1400375 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1323764 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1355040 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1409351 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1085495 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR604026 2 0.7139 0.743 0.196 0.804
#> SRR1500868 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1476279 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR627429 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR660969 1 0.3431 0.940 0.936 0.064
#> SRR1335377 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1330546 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1357189 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1319837 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1491311 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1415215 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1086635 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1440058 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1389979 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1315721 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR607337 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1434803 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1332275 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1340133 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR664819 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1435536 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> SRR614083 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1359367 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1391879 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1418992 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1343115 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1488836 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1418127 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1402900 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1485290 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1456514 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1394755 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR664842 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR662342 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR665502 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.9970 0.186 0.532 0.468
#> SRR1421305 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1335707 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1401276 2 0.7528 0.713 0.216 0.784
#> SRR627421 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1311575 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1471922 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1077687 1 0.9460 0.478 0.636 0.364
#> SRR821602 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1071289 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1320916 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1329090 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1317344 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR817978 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1324371 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1474333 1 0.9933 0.239 0.548 0.452
#> SRR1321462 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1387264 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1468141 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR608002 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1360563 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1430248 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1352975 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1457221 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1407560 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1345478 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR660895 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR613114 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1315269 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1435020 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1337564 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1315019 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1370173 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1405485 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR812012 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1370619 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1469495 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1375616 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1381566 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1432123 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1370405 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1099499 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR659331 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1436106 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1468974 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR1470111 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1079168 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR816770 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR600560 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1434867 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR599225 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR607935 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1348159 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1356036 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> SRR614443 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1314958 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1341702 1 0.9732 0.378 0.596 0.404
#> SRR1444678 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1350107 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1322010 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1342045 1 0.9732 0.378 0.596 0.404
#> SRR1467364 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1078879 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1468955 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR660626 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR812436 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1312103 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1429891 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1387072 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR661255 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR660933 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1488651 1 0.9754 0.368 0.592 0.408
#> SRR1359388 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR817686 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
#> SRR612380 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR817905 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1337909 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1489155 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1398992 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR607091 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1456903 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1445238 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1481462 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR819534 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR659899 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1396078 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1443612 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1362777 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1413522 2 0.9710 0.288 0.400 0.600
#> SRR1073143 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1444622 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR662570 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1430288 2 0.7376 0.724 0.208 0.792
#> SRR1323043 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1475022 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1080927 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1328919 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR602808 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.1184 0.973 0.984 0.016
#> SRR1354577 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR608230 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.7883 0.678 0.236 0.764
#> SRR1336379 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1325665 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1357434 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1477634 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1444876 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR613354 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1434782 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1446762 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1324431 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1442356 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1386818 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> SRR655684 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1473185 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1332796 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1397073 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1455060 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1341008 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1087031 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1489177 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1350525 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1320093 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR602516 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR604318 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1320280 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1082262 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1379238 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1385080 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1316921 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1097752 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1375308 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1498272 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR814989 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.9881 0.288 0.564 0.436
#> SRR1474553 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR656493 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1328599 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.5294 0.871 0.880 0.120
#> SRR1416754 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1488562 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1084842 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR819999 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR659673 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1468514 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1474065 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1499442 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1476571 1 0.6438 0.827 0.836 0.164
#> SRR1445328 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR607887 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1085662 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1415095 1 0.6887 0.800 0.816 0.184
#> SRR1499982 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1488715 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR597927 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1479239 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR600957 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1408113 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1490019 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR663261 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1432343 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1459585 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR602365 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1331335 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR659187 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1417912 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1316940 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1500753 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR657635 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1469904 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1311794 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR657754 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1464451 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1443895 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1444460 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1333587 1 0.0376 0.971 0.996 0.004
#> SRR1307770 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1339530 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1366433 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1480479 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1470175 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR598768 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1335400 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1418923 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR820133 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1339549 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR821434 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR662546 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1319816 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1435293 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1408208 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1499193 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.1184 0.972 0.984 0.016
#> SRR1335688 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1343197 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1416999 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1334564 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR1317877 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1487685 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1455925 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR603397 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.1414 0.973 0.980 0.020
#> SRR1409899 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1368964 1 0.0000 0.971 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR656564 1 0.6801 0.805 0.820 0.180
#> SRR608174 1 0.1633 0.972 0.976 0.024
#> SRR1320963 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR661973 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR598533 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR613270 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1362183 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1480365 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR602927 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1315799 2 0.1633 0.979 0.024 0.976
#> SRR1432275 2 0.0000 0.983 0.000 1.000
#> SRR1475909 1 0.0672 0.972 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 3 0.5926 0.35526 0.356 0.000 0.644
#> SRR1339218 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1417505 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1352706 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.0424 0.95142 0.008 0.000 0.992
#> SRR1348861 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 3 0.6280 0.00198 0.460 0.000 0.540
#> SRR1315761 3 0.0747 0.94429 0.016 0.000 0.984
#> SRR1392637 3 0.6225 0.11159 0.432 0.000 0.568
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 3 0.1163 0.93306 0.028 0.000 0.972
#> SRR1397008 3 0.2878 0.85479 0.096 0.000 0.904
#> SRR1358561 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 3 0.0237 0.95495 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330656 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1439807 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1394713 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR655649 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1437306 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 3 0.6192 0.22171 0.420 0.000 0.580
#> SRR600608 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334717 1 0.6126 0.41096 0.600 0.000 0.400
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.6126 0.41096 0.600 0.000 0.400
#> SRR612455 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR662091 1 0.6260 0.19455 0.552 0.000 0.448
#> SRR608598 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.6260 0.13950 0.448 0.000 0.552
#> SRR1361567 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1337412 3 0.3879 0.77882 0.152 0.000 0.848
#> SRR1474466 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 3 0.6215 0.19866 0.428 0.000 0.572
#> SRR1455171 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 3 0.3686 0.79618 0.140 0.000 0.860
#> SRR817758 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330675 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1350456 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434138 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1085495 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1319837 1 0.6126 0.41096 0.600 0.000 0.400
#> SRR1491311 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.6299 0.22473 0.524 0.000 0.476
#> SRR607337 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.6154 0.39472 0.592 0.000 0.408
#> SRR614083 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 3 0.0747 0.94429 0.016 0.000 0.984
#> SRR1418992 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR664842 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR662342 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 3 0.6204 0.21009 0.424 0.000 0.576
#> SRR1401276 1 0.0747 0.85868 0.984 0.000 0.016
#> SRR627421 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 3 0.5926 0.35475 0.356 0.000 0.644
#> SRR1471922 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 3 0.2261 0.89169 0.068 0.000 0.932
#> SRR1324371 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1387264 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR600385 3 0.4555 0.70366 0.200 0.000 0.800
#> SRR1430248 3 0.4504 0.72909 0.000 0.196 0.804
#> SRR1352975 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.6140 0.40292 0.596 0.000 0.404
#> SRR1469495 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1432123 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1348159 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.6126 0.41096 0.600 0.000 0.400
#> SRR614443 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.5058 0.62719 0.756 0.000 0.244
#> SRR1444678 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.4555 0.67677 0.800 0.000 0.200
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 3 0.6225 0.11159 0.432 0.000 0.568
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.6244 0.21783 0.560 0.000 0.440
#> SRR1359388 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR817686 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR817905 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1337909 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1396078 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 1 0.6079 0.35352 0.612 0.000 0.388
#> SRR1073143 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 1 0.2878 0.79451 0.904 0.000 0.096
#> SRR1336379 1 0.6260 0.30655 0.552 0.000 0.448
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1477634 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1444876 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4346 0.69187 0.816 0.184 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.6126 0.32427 0.600 0.000 0.400
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1489177 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.6299 0.22473 0.524 0.000 0.476
#> SRR1320093 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 3 0.6168 0.18228 0.412 0.000 0.588
#> SRR1320280 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 3 0.6252 0.06617 0.444 0.000 0.556
#> SRR1316921 1 0.6126 0.41096 0.600 0.000 0.400
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079281 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328599 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR655218 1 0.6126 0.41096 0.600 0.000 0.400
#> SRR1416754 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 3 0.0237 0.95488 0.004 0.000 0.996
#> SRR1084842 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.6260 0.13941 0.448 0.000 0.552
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1459585 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR612443 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR1417912 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.3686 0.79615 0.140 0.000 0.860
#> SRR1500753 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 3 0.1289 0.92921 0.032 0.000 0.968
#> SRR1469904 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 3 0.6295 -0.04681 0.472 0.000 0.528
#> SRR1480479 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.6267 0.29708 0.548 0.000 0.452
#> SRR820133 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR662546 3 0.1860 0.90915 0.052 0.000 0.948
#> SRR1319816 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.6079 0.30746 0.388 0.000 0.612
#> SRR1455925 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 3 0.6244 0.08157 0.440 0.000 0.560
#> SRR603397 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.2356 0.80738 0.928 0.000 0.072
#> SRR608174 3 0.2066 0.90079 0.060 0.000 0.940
#> SRR1320963 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.87071 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.95838 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.3649 0.734 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR662725 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 3 0.0336 0.963 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348861 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0336 0.971 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1470212 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.3610 0.742 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1381543 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.0188 0.975 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR657731 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661005 3 0.4888 0.300 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.7241 0.351 0.536 0.000 0.188 0.276
#> SRR1401552 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.2408 0.867 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1340420 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.6851 0.429 0.568 0.000 0.300 0.132
#> SRR612455 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662091 1 0.4830 0.349 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.4277 0.607 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.4888 0.293 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR661433 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.3569 0.749 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1319539 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.4746 0.412 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1487321 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 3 0.4564 0.510 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817758 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0188 0.966 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR604074 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.6790 0.443 0.576 0.000 0.296 0.128
#> SRR1491311 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.5936 0.301 0.380 0.000 0.576 0.044
#> SRR607337 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.7172 0.391 0.536 0.000 0.296 0.168
#> SRR614083 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 3 0.3486 0.759 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1401276 1 0.1302 0.923 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR627421 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 3 0.2775 0.869 0.084 0.000 0.896 0.020
#> SRR1471922 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600385 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.3528 0.754 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR660895 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.1474 0.922 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1381566 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0188 0.966 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079168 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.7172 0.391 0.536 0.000 0.296 0.168
#> SRR614443 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.2814 0.821 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.3610 0.736 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.4830 0.349 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.3610 0.736 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354577 3 0.4304 0.601 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR608230 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.3400 0.764 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1336379 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444876 3 0.4985 0.110 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1101421 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 3 0.0188 0.966 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434782 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3196 0.815 0.856 0.136 0.008 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.4761 0.401 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489177 4 0.0336 0.971 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1350525 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 3 0.5386 0.369 0.368 0.000 0.612 0.020
#> SRR1320093 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 3 0.3758 0.821 0.104 0.000 0.848 0.048
#> SRR1320280 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.7301 0.379 0.536 0.000 0.236 0.228
#> SRR1097752 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.7031 0.425 0.556 0.000 0.288 0.156
#> SRR1416754 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.4967 0.177 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.0188 0.975 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1499982 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.4040 0.662 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1432343 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455698 4 0.4866 0.316 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1331335 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0188 0.966 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820133 3 0.3172 0.801 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1348424 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.0188 0.966 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339549 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.3610 0.742 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1416999 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.0817 0.947 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.1557 0.918 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1409899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.0188 0.960 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.979 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.964 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.969 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.2561 0.7324 0.000 0.00 0.144 0.000 0.856
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.2605 0.7689 0.000 0.00 0.000 0.148 0.852
#> SRR662725 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 5 0.4306 -0.1835 0.000 0.00 0.492 0.000 0.508
#> SRR1359673 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0963 0.8893 0.000 0.00 0.964 0.000 0.036
#> SRR1440699 3 0.3534 0.7868 0.000 0.00 0.744 0.000 0.256
#> SRR1389059 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 5 0.3177 0.7110 0.000 0.00 0.000 0.208 0.792
#> SRR1072367 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1468403 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1417070 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.3143 0.7164 0.000 0.00 0.000 0.204 0.796
#> SRR1470212 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.1197 0.9429 0.952 0.00 0.048 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.2605 0.7947 0.000 0.00 0.148 0.000 0.852
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.3305 0.6875 0.000 0.00 0.000 0.776 0.224
#> SRR661325 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.4201 0.3551 0.000 0.00 0.000 0.408 0.592
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.4192 0.4885 0.000 0.00 0.596 0.000 0.404
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 5 0.3177 0.7110 0.000 0.00 0.000 0.208 0.792
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 5 0.0290 0.8739 0.000 0.00 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0703 0.8875 0.000 0.00 0.976 0.000 0.024
#> SRR660007 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR655649 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0162 0.9804 0.004 0.00 0.000 0.996 0.000
#> SRR657731 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 5 0.6194 0.3490 0.156 0.00 0.328 0.000 0.516
#> SRR600608 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 3 0.0703 0.8685 0.000 0.00 0.976 0.024 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.2516 0.8204 0.000 0.00 0.000 0.860 0.140
#> SRR1082759 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR818210 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.2561 0.8955 0.000 0.00 0.856 0.000 0.144
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 5 0.2561 0.7635 0.144 0.00 0.000 0.000 0.856
#> SRR608598 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR663320 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.3300 0.7128 0.204 0.00 0.792 0.000 0.004
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.2648 0.7657 0.000 0.00 0.000 0.152 0.848
#> SRR661433 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0794 0.8658 0.000 0.00 0.000 0.028 0.972
#> SRR1319539 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.3143 0.7164 0.000 0.00 0.000 0.204 0.796
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0794 0.9618 0.972 0.00 0.000 0.000 0.028
#> SRR657587 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 3 0.4030 0.4960 0.352 0.00 0.648 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.2233 0.8951 0.004 0.00 0.892 0.000 0.104
#> SRR817758 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR821019 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.2280 0.8146 0.000 0.00 0.120 0.000 0.880
#> SRR604074 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.1965 0.8947 0.000 0.00 0.904 0.000 0.096
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.1544 0.9133 0.000 0.00 0.000 0.932 0.068
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2605 0.8954 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421093 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 3 0.4201 0.3582 0.408 0.00 0.592 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.4182 0.3753 0.000 0.00 0.000 0.400 0.600
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.3039 0.7282 0.000 0.00 0.000 0.192 0.808
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 3 0.4262 0.2024 0.440 0.00 0.560 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1487295 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1387989 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1383018 3 0.1608 0.8932 0.000 0.00 0.928 0.000 0.072
#> SRR1441701 5 0.4304 -0.1569 0.000 0.00 0.484 0.000 0.516
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 3 0.0290 0.8792 0.000 0.00 0.992 0.008 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1420625 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.3366 0.6729 0.000 0.00 0.000 0.768 0.232
#> SRR1335707 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401276 1 0.2891 0.7974 0.824 0.00 0.176 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.2020 0.8750 0.900 0.00 0.100 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR661995 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.1043 0.9446 0.000 0.00 0.040 0.960 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR664048 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1500998 4 0.4182 0.2703 0.000 0.00 0.000 0.600 0.400
#> SRR1320916 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472150 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR604050 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR600385 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR1430248 3 0.2561 0.8955 0.000 0.00 0.856 0.000 0.144
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0404 0.8726 0.000 0.00 0.000 0.012 0.988
#> SRR660895 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR655111 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR613114 5 0.4171 0.1710 0.000 0.00 0.396 0.000 0.604
#> SRR608368 4 0.0404 0.9736 0.000 0.00 0.000 0.988 0.012
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0880 0.8626 0.000 0.00 0.032 0.000 0.968
#> SRR1378841 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468974 5 0.2605 0.7947 0.000 0.00 0.148 0.000 0.852
#> SRR1470111 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1338584 3 0.1544 0.8928 0.000 0.00 0.932 0.000 0.068
#> SRR1329551 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.3534 0.6403 0.744 0.00 0.256 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 3 0.4182 0.3796 0.400 0.00 0.600 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.1270 0.8912 0.000 0.00 0.948 0.000 0.052
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.2561 0.7635 0.144 0.00 0.000 0.000 0.856
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR817686 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1429162 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.2732 0.8889 0.000 0.00 0.840 0.000 0.160
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.2732 0.8891 0.000 0.00 0.840 0.000 0.160
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1413522 5 0.2648 0.7558 0.152 0.00 0.000 0.000 0.848
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.2929 0.7400 0.000 0.00 0.000 0.180 0.820
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.2605 0.8952 0.000 0.00 0.852 0.000 0.148
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR615467 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR660638 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360383 5 0.4306 0.2695 0.000 0.00 0.492 0.000 0.508
#> SRR1354577 5 0.0963 0.8611 0.000 0.00 0.000 0.036 0.964
#> SRR608230 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.3177 0.7547 0.792 0.00 0.208 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2956 0.8202 0.848 0.14 0.008 0.000 0.004
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.3895 0.5262 0.320 0.00 0.000 0.000 0.680
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.4171 0.3851 0.000 0.00 0.000 0.396 0.604
#> SRR1350525 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1440517 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 3 0.0609 0.8713 0.000 0.00 0.980 0.020 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0162 0.8840 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004
#> SRR818418 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR656493 3 0.2732 0.8891 0.000 0.00 0.840 0.000 0.160
#> SRR1328599 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR655218 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.2074 0.8030 0.104 0.00 0.000 0.000 0.896
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0162 0.9804 0.004 0.00 0.000 0.996 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0566 0.9685 0.000 0.00 0.012 0.984 0.004
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR612443 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455698 5 0.2605 0.7689 0.000 0.00 0.000 0.148 0.852
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.3177 0.7110 0.000 0.00 0.000 0.208 0.792
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.2891 0.8759 0.000 0.00 0.824 0.000 0.176
#> SRR1382956 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2561 0.7978 0.000 0.00 0.144 0.000 0.856
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 5 0.1544 0.8461 0.000 0.00 0.068 0.000 0.932
#> SRR1359649 5 0.2966 0.7763 0.000 0.00 0.184 0.000 0.816
#> SRR1335688 5 0.4242 0.0358 0.000 0.00 0.428 0.000 0.572
#> SRR1370129 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0162 0.8751 0.000 0.00 0.000 0.004 0.996
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1498861 1 0.3816 0.5418 0.696 0.00 0.304 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR602622 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 3 0.3388 0.8478 0.008 0.00 0.792 0.000 0.200
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.3707 0.4885 0.000 0.00 0.284 0.000 0.716
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.2648 0.8948 0.000 0.00 0.848 0.000 0.152
#> SRR1099023 5 0.0000 0.8761 0.000 0.00 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.4101 0.5677 0.000 0.00 0.628 0.000 0.372
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0162 0.9860 0.996 0.00 0.000 0.000 0.004
#> SRR608174 4 0.0000 0.9850 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.8839 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.2214 0.8569 0.000 0.00 0.888 0.000 0.096 0.016
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1330061 5 0.0146 0.9145 0.000 0.00 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR662725 4 0.0508 0.9539 0.000 0.00 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1436966 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.3868 -0.0615 0.000 0.00 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1083100 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348861 5 0.2793 0.7380 0.000 0.00 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.3136 0.7387 0.000 0.00 0.000 0.188 0.796 0.016
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1358561 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1498640 6 0.1765 0.8452 0.096 0.00 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR1429957 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0146 0.9364 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.2854 0.7298 0.000 0.00 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.3684 0.3775 0.000 0.00 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.3717 0.4088 0.000 0.00 0.000 0.384 0.616 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.2491 0.7589 0.000 0.00 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 5 0.2933 0.7358 0.000 0.00 0.000 0.200 0.796 0.004
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444559 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2793 0.7672 0.000 0.00 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR660007 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR661005 5 0.3714 0.4338 0.004 0.00 0.340 0.000 0.656 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1334717 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.3531 0.4851 0.000 0.00 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1082759 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0146 0.9364 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.2562 0.7291 0.172 0.00 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.0146 0.9145 0.000 0.00 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661433 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.2491 0.7759 0.000 0.00 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.2631 0.7658 0.820 0.00 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1474466 4 0.0508 0.9539 0.000 0.00 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 3 0.3290 0.6017 0.252 0.00 0.744 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817758 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR820209 3 0.0146 0.9364 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.3547 0.4761 0.000 0.00 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0146 0.9364 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421093 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0405 0.9575 0.000 0.00 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR661133 1 0.4367 0.3520 0.604 0.00 0.364 0.000 0.000 0.032
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.3706 0.4185 0.000 0.00 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0508 0.9539 0.000 0.00 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.1663 0.8482 0.000 0.00 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 6 0.2562 0.7470 0.172 0.00 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1387 0.8842 0.000 0.00 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0291 0.9609 0.000 0.00 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1319837 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.0547 0.9395 0.000 0.00 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614083 6 0.0790 0.9298 0.000 0.00 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657891 1 0.1007 0.9438 0.956 0.00 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1421305 4 0.3659 0.3985 0.000 0.00 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1335707 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1401276 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627421 1 0.1007 0.9393 0.956 0.00 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471922 4 0.2006 0.8540 0.000 0.00 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0146 0.9364 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR664048 3 0.0146 0.9365 0.000 0.00 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500998 4 0.3817 0.1979 0.000 0.00 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1320916 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472150 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.2996 0.7187 0.000 0.00 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR600385 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR807591 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0458 0.9524 0.000 0.00 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1370173 5 0.2491 0.7678 0.000 0.00 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1408327 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.4142 0.6059 0.000 0.00 0.232 0.000 0.712 0.056
#> SRR1378841 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1375616 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468974 5 0.2823 0.7346 0.000 0.00 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1470111 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0777 0.9228 0.000 0.00 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1329551 3 0.3126 0.6961 0.000 0.00 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.3175 0.6357 0.744 0.00 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 3 0.3782 0.3179 0.412 0.00 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR660933 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0146 0.9136 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.0146 0.9136 0.004 0.00 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.0632 0.9009 0.000 0.00 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR615467 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660638 6 0.2562 0.7942 0.000 0.00 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1360383 5 0.5725 0.0168 0.000 0.00 0.416 0.000 0.420 0.164
#> SRR1354577 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR608230 3 0.2491 0.8129 0.000 0.00 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1320873 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.3565 0.5194 0.000 0.00 0.304 0.000 0.004 0.692
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.3677 0.8000 0.104 0.04 0.040 0.000 0.000 0.816
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.3330 0.5376 0.284 0.00 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.3747 0.3777 0.000 0.00 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR818418 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.0146 0.9532 0.000 0.00 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR655218 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 6 0.0146 0.9528 0.000 0.00 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.3515 0.5041 0.000 0.00 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.3828 0.1512 0.000 0.00 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1473936 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1455698 5 0.0146 0.9145 0.000 0.00 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.2730 0.7471 0.000 0.00 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.1152 0.9228 0.000 0.00 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1319816 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2178 0.8132 0.000 0.00 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 5 0.1594 0.8691 0.000 0.00 0.016 0.000 0.932 0.052
#> SRR1359649 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0146 0.9364 0.000 0.00 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370129 3 0.2632 0.8163 0.000 0.00 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.3151 0.6423 0.748 0.00 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.2100 0.8607 0.000 0.00 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0146 0.9640 0.000 0.00 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487685 3 0.1285 0.9012 0.004 0.00 0.944 0.000 0.052 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0146 0.9175 0.000 0.00 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9387 0.000 0.00 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.9671 0.000 0.00 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9899 1.000 0.00 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 6 0.0000 0.9557 0.000 0.00 0.000 0.000 0.000 1.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.2768 0.725 0.725
#> 3 3 0.977 0.951 0.981 1.1928 0.666 0.539
#> 4 4 0.875 0.882 0.944 0.2107 0.852 0.633
#> 5 5 0.904 0.883 0.936 0.0756 0.889 0.620
#> 6 6 0.875 0.827 0.908 0.0367 0.960 0.815
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR612455 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR819946 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR665563 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR604026 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR662342 1 0.999 0.062 0.516 0.484
#> SRR665502 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1414684 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1469495 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR817686 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1333694 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR598768 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1319816 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR660661 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR615731 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1390516 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR598533 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330061 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339218 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417505 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 3 0.6308 0.0341 0.492 0.000 0.508
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1359673 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1436966 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR614802 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440699 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1389059 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1083100 3 0.0747 0.9699 0.016 0.000 0.984
#> SRR1348861 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.3482 0.8565 0.128 0.000 0.872
#> SRR1468403 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315761 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR615141 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.1860 0.9369 0.052 0.000 0.948
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.3116 0.8410 0.892 0.000 0.108
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.3686 0.8427 0.140 0.000 0.860
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR660007 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR655649 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437306 1 0.6260 0.2255 0.552 0.000 0.448
#> SRR657731 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR661005 3 0.3116 0.8794 0.108 0.000 0.892
#> SRR600608 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334717 1 0.2261 0.8924 0.932 0.000 0.068
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0592 0.9734 0.012 0.000 0.988
#> SRR818210 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0592 0.9533 0.988 0.000 0.012
#> SRR657348 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR662091 3 0.5254 0.6548 0.264 0.000 0.736
#> SRR608598 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR663320 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.2066 0.9292 0.060 0.000 0.940
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.2537 0.9090 0.080 0.000 0.920
#> SRR1474466 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.4062 0.7656 0.836 0.000 0.164
#> SRR1455171 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR627299 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 3 0.5733 0.5356 0.324 0.000 0.676
#> SRR817758 3 0.2959 0.8882 0.100 0.000 0.900
#> SRR821019 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330675 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0592 0.9735 0.012 0.000 0.988
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1403958 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1421093 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1085782 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375635 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434138 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.2261 0.8915 0.932 0.000 0.068
#> SRR1491311 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1487295 3 0.0424 0.9766 0.008 0.000 0.992
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0747 0.9493 0.984 0.000 0.016
#> SRR607337 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387989 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1383018 3 0.0592 0.9734 0.012 0.000 0.988
#> SRR1441701 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.6309 0.0294 0.500 0.000 0.500
#> SRR614083 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310623 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1420625 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR816721 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.3686 0.8433 0.140 0.000 0.860
#> SRR664842 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.6307 0.0162 0.000 0.512 0.488
#> SRR665502 3 0.2537 0.9082 0.080 0.000 0.920
#> SRR657891 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 1 0.6192 0.2755 0.580 0.000 0.420
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR661995 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.1643 0.9183 0.956 0.000 0.044
#> SRR821602 3 0.1643 0.9445 0.044 0.000 0.956
#> SRR608718 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.1411 0.9520 0.036 0.000 0.964
#> SRR664048 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500998 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1472150 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR604050 3 0.4291 0.7911 0.180 0.000 0.820
#> SRR600385 1 0.5678 0.5370 0.684 0.000 0.316
#> SRR1430248 3 0.0424 0.9765 0.008 0.000 0.992
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR655111 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336006 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR608368 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370173 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469495 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1378841 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470111 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1079168 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338584 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1329551 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR662871 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1860 0.9369 0.052 0.000 0.948
#> SRR1487107 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0747 0.9494 0.984 0.000 0.016
#> SRR614443 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.3412 0.8611 0.124 0.000 0.876
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0592 0.9734 0.012 0.000 0.988
#> SRR660933 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.4504 0.7660 0.196 0.000 0.804
#> SRR1359388 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429162 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR612380 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR817905 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.3551 0.8519 0.132 0.000 0.868
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR820078 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR820468 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.1411 0.9520 0.036 0.000 0.964
#> SRR1443612 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470902 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1413522 3 0.6308 0.0356 0.492 0.000 0.508
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0424 0.9766 0.008 0.000 0.992
#> SRR662570 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.3686 0.7998 0.860 0.000 0.140
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR603596 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR660638 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1360383 3 0.0424 0.9766 0.008 0.000 0.992
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477634 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.6140 0.3251 0.596 0.000 0.404
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.4291 0.7908 0.180 0.000 0.820
#> SRR1324431 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.5621 0.5541 0.692 0.000 0.308
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1440517 1 0.1753 0.9137 0.952 0.000 0.048
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3192 0.8363 0.888 0.000 0.112
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.4346 0.7442 0.816 0.000 0.184
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0424 0.9765 0.008 0.000 0.992
#> SRR818418 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1079281 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328599 3 0.3551 0.8519 0.132 0.000 0.868
#> SRR655218 1 0.1163 0.9367 0.972 0.000 0.028
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.6008 0.4207 0.628 0.000 0.372
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2165 0.9252 0.064 0.000 0.936
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.3752 0.8386 0.144 0.000 0.856
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 1 0.6305 0.1024 0.516 0.000 0.484
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR612443 3 0.4931 0.7108 0.232 0.000 0.768
#> SRR1473936 3 0.0424 0.9766 0.008 0.000 0.992
#> SRR1455698 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.2356 0.9171 0.072 0.000 0.928
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1411024 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480479 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR820133 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348424 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1382956 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1339549 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR662546 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1078347 3 0.1031 0.9630 0.024 0.000 0.976
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1359649 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1335688 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370129 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1321966 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR602622 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.5591 0.5782 0.304 0.000 0.696
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1313932 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334741 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 3 0.0000 0.9791 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9928 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9656 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0237 0.9792 0.004 0.000 0.996
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1330061 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.4837 0.4221 0.648 0.000 0.004 0.348
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1075898 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352706 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1436966 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR614802 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.1022 0.9181 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1083100 4 0.3335 0.7983 0.016 0.000 0.128 0.856
#> SRR1348861 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 4 0.3649 0.7503 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.1022 0.9192 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR615141 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 4 0.4830 0.5293 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1358561 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1498640 1 0.1792 0.9034 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1429957 4 0.3610 0.7532 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330656 4 0.4008 0.7160 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.5300 0.4748 0.012 0.000 0.408 0.580
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0336 0.9624 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1500405 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.5013 0.6545 0.020 0.000 0.292 0.688
#> SRR1444559 4 0.3726 0.7442 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1381543 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0469 0.9373 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR660007 3 0.0188 0.9444 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655649 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.2704 0.7622 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR657731 4 0.4888 0.4880 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR661005 4 0.5820 0.6258 0.240 0.000 0.080 0.680
#> SRR600608 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.2921 0.8356 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 4 0.3688 0.7472 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0469 0.9591 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0469 0.9592 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662091 4 0.7349 0.2689 0.384 0.000 0.160 0.456
#> SRR608598 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.4877 0.2876 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.4713 0.2757 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.0469 0.8648 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1319539 3 0.1022 0.9192 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0469 0.9592 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337412 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1474466 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.5062 0.5688 0.692 0.000 0.284 0.024
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.4327 0.6957 0.216 0.000 0.768 0.016
#> SRR817758 3 0.1256 0.9193 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR821019 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.3528 0.7592 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR604074 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3024 0.7704 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR820209 3 0.3400 0.7347 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 4 0.3688 0.7472 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1421093 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.1211 0.9347 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0469 0.9592 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0469 0.9598 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.1938 0.9128 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.3219 0.7756 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.6049 0.5873 0.684 0.000 0.184 0.132
#> SRR614083 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 4 0.4877 0.5004 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR816721 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.5184 0.7155 0.060 0.000 0.204 0.736
#> SRR664842 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662342 4 0.7284 0.1528 0.000 0.424 0.148 0.428
#> SRR665502 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 1 0.7026 -0.0125 0.476 0.000 0.120 0.404
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 3 0.4977 0.1312 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 3 0.4790 0.3881 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0469 0.9592 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 4 0.3726 0.7442 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1472150 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0188 0.9654 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321462 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600385 3 0.4053 0.6806 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 4 0.3528 0.7601 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR807591 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0817 0.8598 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR660895 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469495 4 0.4817 0.5370 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1378841 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1375616 4 0.4746 0.5697 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1381566 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 4 0.3873 0.7307 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1470111 4 0.4776 0.5580 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.1388 0.9394 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR614443 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0937 0.9508 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.6660 0.1317 0.452 0.000 0.084 0.464
#> SRR1359388 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 4 0.3870 0.7458 0.004 0.000 0.208 0.788
#> SRR612380 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 4 0.4776 0.5580 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR820078 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.3172 0.7526 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.5080 0.7039 0.764 0.000 0.144 0.092
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 4 0.4761 0.5637 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.2888 0.8354 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.3356 0.7398 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR615467 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360383 4 0.4088 0.7255 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR1354577 4 0.3610 0.7532 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR608230 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0336 0.9627 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336379 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444876 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 3 0.4761 0.7062 0.192 0.000 0.764 0.044
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.1677 0.9085 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1324431 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.1474 0.9195 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.6121 0.4073 0.620 0.000 0.072 0.308
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.7114 0.3288 0.560 0.000 0.188 0.252
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.5528 0.5932 0.700 0.000 0.236 0.064
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.4953 0.7410 0.776 0.000 0.104 0.120
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.3172 0.7490 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR818418 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0188 0.9444 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328599 3 0.1109 0.9209 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR655218 1 0.2266 0.8908 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.7621 -0.1187 0.420 0.000 0.204 0.376
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0188 0.9444 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.4888 0.0715 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.6917 0.4986 0.288 0.000 0.144 0.568
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.2647 0.7651 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 4 0.4907 0.4743 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.0188 0.9444 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1455698 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 4 0.4776 0.5580 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0336 0.9624 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333587 4 0.4914 0.7237 0.044 0.000 0.208 0.748
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820133 3 0.4888 0.3145 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 4 0.4543 0.6279 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1339549 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.1940 0.8686 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 4 0.4790 0.5518 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 4 0.4830 0.5293 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1359649 4 0.3870 0.7460 0.004 0.000 0.208 0.788
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.3726 0.7442 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0592 0.9564 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.4737 0.6339 0.252 0.000 0.728 0.020
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 4 0.4776 0.5580 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9475 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.1059 0.9473 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR608174 4 0.0000 0.8704 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0469 0.9592 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1475909 4 0.4277 0.6794 0.000 0.000 0.280 0.720
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1333930 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0162 0.95829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379450 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1077405 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1330061 5 0.4182 0.36143 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR662725 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 5 0.2756 0.80295 0.092 0.000 0.024 0.004 0.880
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1075898 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1436966 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR614802 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.2966 0.78775 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1440699 3 0.1478 0.86395 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1389059 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1083100 5 0.0000 0.80548 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348861 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.4194 0.76713 0.000 0.000 0.088 0.132 0.780
#> SRR1390601 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.1851 0.88644 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1470212 5 0.3177 0.78950 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1433971 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.2377 0.84334 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR615141 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.2280 0.84347 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1358561 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1498640 5 0.5919 0.19762 0.416 0.000 0.000 0.104 0.480
#> SRR1429957 5 0.3043 0.82855 0.000 0.000 0.080 0.056 0.864
#> SRR1452292 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.3684 0.66327 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR659121 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0794 0.81764 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1388305 5 0.4235 0.51583 0.336 0.000 0.008 0.000 0.656
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.2928 0.83959 0.032 0.000 0.092 0.004 0.872
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.1485 0.92758 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1500405 5 0.2561 0.76384 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1354446 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 5 0.2172 0.76642 0.000 0.000 0.016 0.076 0.908
#> SRR1444559 5 0.2707 0.84236 0.000 0.000 0.132 0.008 0.860
#> SRR1381543 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.2471 0.84213 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR660007 3 0.3074 0.71700 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR655649 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0671 0.97055 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR657731 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR661005 5 0.2885 0.82198 0.064 0.000 0.052 0.004 0.880
#> SRR600608 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR655923 3 0.2329 0.84941 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1334717 5 0.4743 -0.00975 0.472 0.000 0.000 0.016 0.512
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 5 0.2629 0.84208 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1072797 1 0.2377 0.85313 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR612455 5 0.2561 0.83926 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR818210 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.1410 0.86816 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1387178 1 0.0771 0.95148 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.2740 0.80008 0.096 0.000 0.028 0.000 0.876
#> SRR657348 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 5 0.2867 0.83253 0.044 0.000 0.072 0.004 0.880
#> SRR608598 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.4824 0.08614 0.468 0.000 0.512 0.000 0.020
#> SRR1361567 1 0.0510 0.95493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819134 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661433 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1453341 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.4301 0.63865 0.000 0.000 0.028 0.260 0.712
#> SRR1319539 5 0.4294 0.17083 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1343841 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0290 0.98187 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1487321 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312428 1 0.4996 0.13729 0.548 0.000 0.032 0.000 0.420
#> SRR657587 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.2280 0.84347 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1474466 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.4887 0.65982 0.720 0.000 0.148 0.000 0.132
#> SRR1455171 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.5167 0.28658 0.044 0.000 0.552 0.000 0.404
#> SRR817758 3 0.4276 0.36277 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR821019 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.2676 0.83550 0.000 0.000 0.080 0.036 0.884
#> SRR604074 3 0.0162 0.89602 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR820209 3 0.1908 0.83182 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1341 0.86906 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1403958 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1334847 5 0.0404 0.80836 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1421093 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1085782 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.1117 0.94464 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1357523 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1454803 1 0.0404 0.95630 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468381 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0963 0.95206 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1355040 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.1485 0.92758 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1500868 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1476279 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.3555 0.80208 0.824 0.000 0.052 0.000 0.124
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1478 0.86451 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1440986 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 5 0.4262 0.10596 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1491311 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.2424 0.84299 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.2230 0.82756 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1440058 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1389979 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 5 0.4522 0.11829 0.440 0.000 0.008 0.000 0.552
#> SRR607337 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.3837 0.64227 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.1341 0.86997 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1441701 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 5 0.5297 0.19140 0.404 0.000 0.008 0.036 0.552
#> SRR614083 3 0.2891 0.81475 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1310623 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR816721 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0510 0.95493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1402900 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 5 0.0290 0.80776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR664842 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 5 0.3656 0.73098 0.000 0.168 0.032 0.000 0.800
#> SRR665502 5 0.3109 0.62941 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR657891 5 0.4161 0.39259 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1421305 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335707 5 0.2795 0.82697 0.056 0.000 0.064 0.000 0.880
#> SRR1401276 1 0.3949 0.57386 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR627421 1 0.4570 0.42701 0.632 0.000 0.348 0.000 0.020
#> SRR1311575 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1475675 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661995 3 0.6362 0.38745 0.320 0.000 0.496 0.000 0.184
#> SRR1471922 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077687 5 0.5046 0.15542 0.468 0.000 0.032 0.000 0.500
#> SRR821602 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1437555 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR810571 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR664048 5 0.3876 0.59374 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1500998 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320916 5 0.0290 0.80776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1472150 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1329090 5 0.2929 0.72853 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1317344 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.2280 0.78130 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1321462 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468141 3 0.1478 0.86491 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1486097 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604050 3 0.2424 0.84514 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR600385 3 0.5689 0.50553 0.136 0.000 0.616 0.000 0.248
#> SRR1430248 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 5 0.3395 0.67104 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1457221 5 0.5486 0.44404 0.000 0.000 0.076 0.352 0.572
#> SRR807591 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3863 0.75010 0.000 0.000 0.052 0.152 0.796
#> SRR660895 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.1341 0.86906 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1336006 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613114 3 0.2280 0.81265 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR608368 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1435020 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0510 0.95493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1315019 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1370173 5 0.3074 0.80016 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1408327 5 0.2909 0.83843 0.000 0.000 0.140 0.012 0.848
#> SRR1405485 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR812012 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1378841 5 0.2377 0.84334 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1375616 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1381566 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468974 5 0.1197 0.82453 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1470111 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1079168 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.2127 0.85829 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0963 0.88399 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1487107 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 5 0.4278 0.06213 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR614443 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341702 1 0.2344 0.88556 0.904 0.000 0.032 0.000 0.064
#> SRR1444678 1 0.0703 0.95144 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0404 0.95632 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0510 0.88958 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468955 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1270 0.87284 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR660933 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.2885 0.82187 0.064 0.000 0.052 0.004 0.880
#> SRR1359388 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.0290 0.80776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR612380 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR661723 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1489155 5 0.2280 0.84347 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR820078 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.2329 0.84367 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1443612 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.2782 0.83093 0.048 0.000 0.072 0.000 0.880
#> SRR1073143 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.2329 0.84366 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.2462 0.78796 0.112 0.000 0.008 0.000 0.880
#> SRR1323043 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.2171 0.85205 0.000 0.000 0.912 0.024 0.064
#> SRR615467 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660638 3 0.2561 0.83811 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1360383 5 0.2124 0.84217 0.000 0.000 0.096 0.004 0.900
#> SRR1354577 5 0.3110 0.82668 0.000 0.000 0.080 0.060 0.860
#> SRR608230 3 0.2690 0.83001 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1320873 1 0.3177 0.77577 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1336379 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.3395 0.69605 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1101421 1 0.0162 0.95829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613354 3 0.7302 0.47627 0.060 0.000 0.496 0.176 0.268
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.1956 0.83972 0.008 0.000 0.076 0.000 0.916
#> SRR1324431 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3993 0.67429 0.756 0.000 0.028 0.000 0.216
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.2770 0.81430 0.076 0.000 0.044 0.000 0.880
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 5 0.0290 0.80776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1320093 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.8100 0.06892 0.412 0.000 0.244 0.128 0.216
#> SRR1320280 1 0.0510 0.95493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1082262 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1379238 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1385080 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.5956 0.16845 0.476 0.000 0.000 0.108 0.416
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1498272 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.1908 0.83815 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR818418 5 0.4287 0.20207 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1474553 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1341 0.86906 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1079281 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656493 3 0.4150 0.33680 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1328599 3 0.2929 0.81213 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR655218 1 0.5027 0.66668 0.700 0.000 0.000 0.112 0.188
#> SRR1416754 1 0.4283 0.10786 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1488562 5 0.1478 0.83278 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1084842 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4138 0.34253 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1468514 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1481216 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.2878 0.83078 0.048 0.000 0.068 0.004 0.880
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0510 0.97396 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR597927 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.2329 0.84356 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1490019 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0162 0.89601 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612443 3 0.2230 0.82717 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1473936 5 0.2377 0.82943 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1455698 5 0.2605 0.75996 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1331335 1 0.0510 0.95493 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659187 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.2280 0.84347 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1500753 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR657754 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.1399 0.93142 0.952 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1333587 5 0.3039 0.69333 0.000 0.000 0.012 0.152 0.836
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1335400 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 4 0.4906 -0.04536 0.000 0.000 0.480 0.496 0.024
#> SRR1348424 3 0.1341 0.86906 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1382956 5 0.2389 0.84378 0.000 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR1339549 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1078347 3 0.1341 0.87106 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1435293 1 0.4030 0.43143 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1408208 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.1671 0.83121 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1499193 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1467294 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1359649 5 0.0290 0.80776 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1335688 3 0.4305 -0.13146 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1370129 5 0.3876 0.55255 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1321966 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.2583 0.84324 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864
#> SRR1416999 1 0.0162 0.95829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334564 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.1485 0.92758 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1317877 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.1544 0.86261 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1459718 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 3 0.7417 0.27759 0.080 0.000 0.480 0.144 0.296
#> SRR1455925 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.3612 0.70493 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1313932 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.89737 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.2516 0.84147 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3452 0.62279 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1334741 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656564 5 0.2984 0.79174 0.108 0.000 0.032 0.000 0.860
#> SRR608174 4 0.0000 0.99005 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR661973 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0609 0.95361 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR602927 1 0.0000 0.95939 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1485 0.92758 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1475909 5 0.0404 0.80847 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1333930 1 0.2664 0.7902 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1085850 1 0.3298 0.7613 0.756 0.000 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1077405 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1330061 5 0.3695 0.3702 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 5 0.4248 0.5234 0.052 0.000 0.000 0.004 0.708 0.236
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0547 0.8765 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1436966 5 0.1501 0.7835 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.2416 0.8025 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1340508 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.5133 0.3968 0.000 0.000 0.564 0.000 0.100 0.336
#> SRR1440699 3 0.2912 0.7339 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1389059 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1083100 6 0.2491 0.7279 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1348861 4 0.0632 0.9630 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1072367 3 0.1957 0.8339 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.3510 0.7034 0.000 0.000 0.032 0.136 0.812 0.020
#> SRR1390601 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.1501 0.9058 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1470212 5 0.3695 0.4819 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.1794 0.7772 0.000 0.000 0.040 0.000 0.924 0.036
#> SRR615141 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.0790 0.7608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1358561 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1498640 6 0.2595 0.7150 0.044 0.000 0.000 0.000 0.084 0.872
#> SRR1429957 5 0.2056 0.7502 0.000 0.000 0.012 0.080 0.904 0.004
#> SRR1452292 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.4532 0.4588 0.000 0.000 0.636 0.000 0.308 0.056
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR659121 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.2838 0.6496 0.000 0.000 0.004 0.000 0.808 0.188
#> SRR1388305 5 0.4209 0.5478 0.160 0.000 0.000 0.000 0.736 0.104
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0790 0.8432 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.1857 0.7579 0.000 0.000 0.028 0.004 0.924 0.044
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.5429 0.5968 0.576 0.000 0.000 0.000 0.188 0.236
#> SRR1500405 5 0.3151 0.5666 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444559 5 0.1643 0.7832 0.000 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.2651 0.7632 0.000 0.000 0.112 0.000 0.860 0.028
#> SRR660007 3 0.3838 0.1862 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.1644 0.8910 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076 0.000
#> SRR657731 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR661005 5 0.1806 0.7472 0.008 0.000 0.000 0.020 0.928 0.044
#> SRR600608 1 0.1267 0.8328 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR655923 3 0.3575 0.7868 0.000 0.000 0.796 0.000 0.128 0.076
#> SRR1334717 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082759 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.4195 0.7514 0.724 0.000 0.000 0.000 0.076 0.200
#> SRR1072797 6 0.2416 0.7329 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR612455 5 0.2454 0.7416 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.2178 0.8223 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1387178 1 0.4704 0.7082 0.664 0.000 0.000 0.000 0.100 0.236
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.2134 0.7228 0.052 0.000 0.000 0.000 0.904 0.044
#> SRR657348 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0458 0.8776 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.7425 0.2608 0.396 0.000 0.180 0.000 0.188 0.236
#> SRR1361567 1 0.3946 0.7686 0.756 0.000 0.000 0.000 0.076 0.168
#> SRR819134 1 0.2378 0.8047 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1311400 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.1075 0.9385 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR661433 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.2562 0.6638 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1319539 5 0.5397 0.4588 0.000 0.000 0.216 0.000 0.584 0.200
#> SRR1343841 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0260 0.9771 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1487321 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1312428 5 0.5703 0.2287 0.240 0.000 0.000 0.000 0.524 0.236
#> SRR657587 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0937 0.7567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.5931 0.5275 0.532 0.000 0.012 0.000 0.220 0.236
#> SRR1455171 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 5 0.5517 0.3984 0.004 0.000 0.184 0.000 0.580 0.232
#> SRR817758 5 0.5458 0.4088 0.000 0.000 0.196 0.000 0.572 0.232
#> SRR821019 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.2859 0.7254 0.000 0.000 0.008 0.108 0.856 0.028
#> SRR604074 3 0.1556 0.8518 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR820209 3 0.3920 0.7737 0.000 0.000 0.796 0.076 0.104 0.024
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1957 0.8339 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1334847 6 0.2597 0.7154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1421093 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0146 0.8801 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 1 0.4997 0.7019 0.656 0.000 0.012 0.000 0.096 0.236
#> SRR1357523 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.4479 0.7249 0.684 0.000 0.000 0.000 0.080 0.236
#> SRR1454803 1 0.2308 0.8245 0.892 0.000 0.000 0.000 0.040 0.068
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0937 0.9467 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.5429 0.5968 0.576 0.000 0.000 0.000 0.188 0.236
#> SRR1500868 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 6 0.6161 0.1512 0.288 0.000 0.020 0.000 0.196 0.496
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.2883 0.7389 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.0363 0.7762 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.1814 0.8049 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1440058 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR607337 1 0.4479 0.7251 0.684 0.000 0.000 0.000 0.080 0.236
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.4827 0.5141 0.000 0.000 0.236 0.000 0.112 0.652
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0937 0.8510 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614083 6 0.3050 0.5813 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.4223 0.7374 0.704 0.000 0.000 0.000 0.060 0.236
#> SRR1402900 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.2003 0.7670 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR664842 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.2003 0.7110 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR665502 6 0.3715 0.6725 0.000 0.000 0.048 0.000 0.188 0.764
#> SRR657891 5 0.5609 0.2812 0.220 0.000 0.000 0.000 0.544 0.236
#> SRR1421305 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335707 5 0.3050 0.5757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1401276 6 0.1327 0.7979 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR627421 1 0.6883 0.4662 0.496 0.000 0.144 0.000 0.136 0.224
#> SRR1311575 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1475675 3 0.0260 0.8794 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR661995 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 5 0.5524 0.2927 0.204 0.000 0.000 0.000 0.560 0.236
#> SRR821602 3 0.1863 0.8385 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1437555 1 0.4330 0.7327 0.696 0.000 0.000 0.000 0.068 0.236
#> SRR810571 3 0.0458 0.8776 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR664048 5 0.4199 0.2828 0.000 0.000 0.416 0.000 0.568 0.016
#> SRR1500998 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320916 6 0.2730 0.6963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1472150 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1329090 5 0.5296 0.3665 0.168 0.000 0.000 0.000 0.596 0.236
#> SRR1317344 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.5146 0.3971 0.148 0.000 0.000 0.000 0.616 0.236
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1468141 3 0.1644 0.8289 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1486097 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0146 0.8800 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR604050 6 0.3835 0.4389 0.000 0.000 0.320 0.000 0.012 0.668
#> SRR600385 5 0.6633 0.1543 0.040 0.000 0.312 0.000 0.428 0.220
#> SRR1430248 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 5 0.5324 0.3601 0.172 0.000 0.000 0.000 0.592 0.236
#> SRR1457221 5 0.5218 0.3582 0.000 0.000 0.012 0.356 0.560 0.072
#> SRR807591 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.1926 0.7571 0.000 0.000 0.020 0.068 0.912 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.2883 0.7389 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613114 3 0.3309 0.6313 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1435020 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.1531 0.8291 0.928 0.000 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1315019 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1370173 5 0.2883 0.6907 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1408327 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1405485 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR812012 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1378841 5 0.0260 0.7751 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1375616 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.2219 0.8105 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468974 5 0.2882 0.6585 0.000 0.000 0.008 0.000 0.812 0.180
#> SRR1470111 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.3916 0.5701 0.000 0.000 0.680 0.000 0.020 0.300
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.2482 0.8115 0.000 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1341702 1 0.5478 0.5849 0.568 0.000 0.000 0.000 0.196 0.236
#> SRR1444678 1 0.4734 0.7144 0.672 0.000 0.000 0.000 0.120 0.208
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.3989 0.7456 0.720 0.000 0.000 0.000 0.044 0.236
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1745 0.8356 0.000 0.000 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR660933 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0363 0.8787 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1429162 6 0.2491 0.7277 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR612380 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR661723 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1489155 5 0.0146 0.7735 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.1863 0.8385 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0972 0.7654 0.000 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1443612 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.3483 0.5616 0.016 0.000 0.000 0.000 0.748 0.236
#> SRR1073143 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0260 0.7751 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.4381 0.5518 0.136 0.000 0.000 0.004 0.732 0.128
#> SRR1323043 1 0.3136 0.7672 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR1475022 4 0.1267 0.9257 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.2048 0.8287 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.3912 0.6926 0.000 0.000 0.768 0.024 0.028 0.180
#> SRR615467 3 0.1910 0.8363 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR660638 6 0.3446 0.4714 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1360383 5 0.3411 0.5918 0.000 0.000 0.008 0.004 0.756 0.232
#> SRR1354577 5 0.1812 0.7487 0.000 0.000 0.008 0.080 0.912 0.000
#> SRR608230 3 0.3499 0.5481 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1320873 6 0.0363 0.8149 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.5496 0.2209 0.000 0.000 0.000 0.544 0.160 0.296
#> SRR1101421 1 0.1398 0.8338 0.940 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR613354 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.2129 0.7585 0.000 0.000 0.040 0.000 0.904 0.056
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.5815 0.4664 0.264 0.000 0.000 0.000 0.240 0.496
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1007 0.8404 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1397073 5 0.2838 0.6825 0.028 0.000 0.000 0.004 0.852 0.116
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320280 1 0.1141 0.8352 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1082262 1 0.3861 0.7682 0.756 0.000 0.000 0.000 0.060 0.184
#> SRR1379238 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.4079 0.7605 0.744 0.000 0.000 0.000 0.084 0.172
#> SRR1498272 1 0.0146 0.8489 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.2563 0.7552 0.000 0.000 0.052 0.000 0.876 0.072
#> SRR818418 5 0.5721 0.2411 0.244 0.000 0.000 0.000 0.520 0.236
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.2883 0.7389 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 5 0.3266 0.5722 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1328599 6 0.2260 0.7207 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR655218 6 0.2135 0.7573 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1416754 1 0.5703 0.5031 0.524 0.000 0.000 0.000 0.240 0.236
#> SRR1488562 6 0.1812 0.7808 0.000 0.000 0.008 0.000 0.080 0.912
#> SRR1084842 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 5 0.3428 0.5359 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.1501 0.8953 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR597927 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0260 0.7750 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.1910 0.8363 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR612443 3 0.3647 0.3764 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1473936 5 0.2712 0.7610 0.000 0.000 0.048 0.000 0.864 0.088
#> SRR1455698 5 0.2697 0.6335 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1331335 1 0.4277 0.7351 0.700 0.000 0.000 0.000 0.064 0.236
#> SRR659187 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.0146 0.7708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.4431 0.7276 0.688 0.000 0.000 0.000 0.076 0.236
#> SRR657754 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0260 0.9780 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1444460 1 0.5238 0.6370 0.604 0.000 0.000 0.000 0.160 0.236
#> SRR1333587 6 0.0000 0.8164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.4527 0.7222 0.680 0.000 0.000 0.000 0.084 0.236
#> SRR1335400 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.5351 0.3667 0.000 0.000 0.208 0.592 0.000 0.200
#> SRR1348424 3 0.2219 0.8170 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1382956 5 0.0146 0.7735 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1078347 3 0.2491 0.7950 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1435293 5 0.5995 -0.0835 0.356 0.000 0.000 0.000 0.408 0.236
#> SRR1408208 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2176 0.7520 0.000 0.000 0.024 0.000 0.896 0.080
#> SRR1499193 1 0.4479 0.7249 0.684 0.000 0.000 0.000 0.080 0.236
#> SRR1467294 5 0.1610 0.7821 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1359649 6 0.3857 0.0990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1335688 3 0.3782 0.3426 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1370129 5 0.4893 0.4138 0.000 0.000 0.356 0.000 0.572 0.072
#> SRR1321966 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.2135 0.8134 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1343197 5 0.0632 0.7792 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1416999 1 0.3298 0.7613 0.756 0.000 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR1334564 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.5324 0.6206 0.592 0.000 0.000 0.000 0.172 0.236
#> SRR1317877 1 0.0146 0.8489 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329885 3 0.2948 0.8163 0.000 0.000 0.848 0.000 0.060 0.092
#> SRR1459718 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.6752 0.3366 0.036 0.000 0.152 0.040 0.536 0.236
#> SRR1455925 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.2491 0.7387 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.8805 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.1556 0.7831 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3860 0.1173 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 5 0.4110 0.5219 0.052 0.000 0.000 0.000 0.712 0.236
#> SRR608174 4 0.0000 0.9855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.4431 0.7276 0.688 0.000 0.000 0.000 0.076 0.236
#> SRR661973 1 0.0000 0.8500 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.4431 0.7280 0.688 0.000 0.000 0.000 0.076 0.236
#> SRR602927 1 0.2664 0.7902 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.5429 0.5968 0.576 0.000 0.000 0.000 0.188 0.236
#> SRR1475909 6 0.3253 0.6846 0.000 0.000 0.000 0.020 0.192 0.788
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.2782 0.723 0.723
#> 3 3 0.643 0.791 0.901 1.1766 0.674 0.548
#> 4 4 0.726 0.799 0.899 0.2017 0.785 0.513
#> 5 5 0.697 0.616 0.789 0.0701 0.903 0.666
#> 6 6 0.673 0.563 0.750 0.0300 0.953 0.798
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0 1 0 1
#> SRR1356619 1 0 1 1 0
#> SRR1341898 1 0 1 1 0
#> SRR1333930 1 0 1 1 0
#> SRR1085850 1 0 1 1 0
#> SRR1379450 1 0 1 1 0
#> SRR1467813 2 0 1 0 1
#> SRR614814 1 0 1 1 0
#> SRR1077405 1 0 1 1 0
#> SRR1330061 1 0 1 1 0
#> SRR662725 1 0 1 1 0
#> SRR1313951 1 0 1 1 0
#> SRR1339218 1 0 1 1 0
#> SRR1417505 1 0 1 1 0
#> SRR1407134 1 0 1 1 0
#> SRR1457418 2 0 1 0 1
#> SRR1331289 1 0 1 1 0
#> SRR1075898 1 0 1 1 0
#> SRR1498482 1 0 1 1 0
#> SRR1359673 1 0 1 1 0
#> SRR1439873 1 0 1 1 0
#> SRR1402239 2 0 1 0 1
#> SRR1335254 1 0 1 1 0
#> SRR1352706 1 0 1 1 0
#> SRR1436966 1 0 1 1 0
#> SRR614802 1 0 1 1 0
#> SRR1388979 1 0 1 1 0
#> SRR1396595 1 0 1 1 0
#> SRR1340508 1 0 1 1 0
#> SRR1360868 1 0 1 1 0
#> SRR1440699 1 0 1 1 0
#> SRR1389059 1 0 1 1 0
#> SRR1083100 1 0 1 1 0
#> SRR1348861 1 0 1 1 0
#> SRR1072367 1 0 1 1 0
#> SRR1468403 1 0 1 1 0
#> SRR1417070 1 0 1 1 0
#> SRR1390601 1 0 1 1 0
#> SRR1486560 1 0 1 1 0
#> SRR1315761 1 0 1 1 0
#> SRR1392637 1 0 1 1 0
#> SRR810957 2 0 1 0 1
#> SRR1458422 2 0 1 0 1
#> SRR1394677 2 0 1 0 1
#> SRR1341605 2 0 1 0 1
#> SRR1444479 1 0 1 1 0
#> SRR1470212 1 0 1 1 0
#> SRR1433971 1 0 1 1 0
#> SRR598124 1 0 1 1 0
#> SRR615141 1 0 1 1 0
#> SRR601122 1 0 1 1 0
#> SRR1397008 1 0 1 1 0
#> SRR1358561 1 0 1 1 0
#> SRR1498640 1 0 1 1 0
#> SRR1429957 1 0 1 1 0
#> SRR1452292 1 0 1 1 0
#> SRR1467590 1 0 1 1 0
#> SRR1394936 2 0 1 0 1
#> SRR1485542 1 0 1 1 0
#> SRR659121 1 0 1 1 0
#> SRR1330656 1 0 1 1 0
#> SRR1388305 1 0 1 1 0
#> SRR1406917 2 0 1 0 1
#> SRR1363992 1 0 1 1 0
#> SRR1311086 1 0 1 1 0
#> SRR655375 2 0 1 0 1
#> SRR1458044 1 0 1 1 0
#> SRR661325 1 0 1 1 0
#> SRR1439807 1 0 1 1 0
#> SRR1352129 2 0 1 0 1
#> SRR1406561 1 0 1 1 0
#> SRR1394713 1 0 1 1 0
#> SRR1403875 2 0 1 0 1
#> SRR1476186 1 0 1 1 0
#> SRR1436444 2 0 1 0 1
#> SRR1084649 1 0 1 1 0
#> SRR1500405 1 0 1 1 0
#> SRR1354446 1 0 1 1 0
#> SRR1467455 1 0 1 1 0
#> SRR1444559 1 0 1 1 0
#> SRR1381543 1 0 1 1 0
#> SRR1402513 2 0 1 0 1
#> SRR820379 1 0 1 1 0
#> SRR660007 1 0 1 1 0
#> SRR655649 1 0 1 1 0
#> SRR1437306 1 0 1 1 0
#> SRR657731 1 0 1 1 0
#> SRR661005 1 0 1 1 0
#> SRR600608 1 0 1 1 0
#> SRR655923 1 0 1 1 0
#> SRR1334717 1 0 1 1 0
#> SRR1401552 2 0 1 0 1
#> SRR1474886 1 0 1 1 0
#> SRR1082759 1 0 1 1 0
#> SRR1340420 2 0 1 0 1
#> SRR662534 1 0 1 1 0
#> SRR1316815 1 0 1 1 0
#> SRR1072797 1 0 1 1 0
#> SRR612455 1 0 1 1 0
#> SRR818210 1 0 1 1 0
#> SRR1488751 2 0 1 0 1
#> SRR1404969 2 0 1 0 1
#> SRR1328960 2 0 1 0 1
#> SRR598671 1 0 1 1 0
#> SRR1387178 1 0 1 1 0
#> SRR660498 2 0 1 0 1
#> SRR1403831 1 0 1 1 0
#> SRR657325 2 0 1 0 1
#> SRR1339740 1 0 1 1 0
#> SRR657348 1 0 1 1 0
#> SRR662091 1 0 1 1 0
#> SRR608598 1 0 1 1 0
#> SRR663320 1 0 1 1 0
#> SRR608662 1 0 1 1 0
#> SRR1361567 1 0 1 1 0
#> SRR819134 1 0 1 1 0
#> SRR1311400 1 0 1 1 0
#> SRR817775 1 0 1 1 0
#> SRR661433 1 0 1 1 0
#> SRR1453341 1 0 1 1 0
#> SRR819946 1 0 1 1 0
#> SRR1319539 1 0 1 1 0
#> SRR1343841 1 0 1 1 0
#> SRR665563 1 0 1 1 0
#> SRR1487321 1 0 1 1 0
#> SRR1312428 1 0 1 1 0
#> SRR657587 1 0 1 1 0
#> SRR1337412 1 0 1 1 0
#> SRR1474466 1 0 1 1 0
#> SRR1466993 1 0 1 1 0
#> SRR1358102 1 0 1 1 0
#> SRR1455171 1 0 1 1 0
#> SRR627299 2 0 1 0 1
#> SRR660733 1 0 1 1 0
#> SRR817758 1 0 1 1 0
#> SRR821019 1 0 1 1 0
#> SRR1330675 1 0 1 1 0
#> SRR1433644 2 0 1 0 1
#> SRR1320180 1 0 1 1 0
#> SRR604074 1 0 1 1 0
#> SRR1322291 2 0 1 0 1
#> SRR658188 1 0 1 1 0
#> SRR820209 1 0 1 1 0
#> SRR1331841 2 0 1 0 1
#> SRR1096966 1 0 1 1 0
#> SRR1350456 1 0 1 1 0
#> SRR1472079 1 0 1 1 0
#> SRR1500537 2 0 1 0 1
#> SRR660103 1 0 1 1 0
#> SRR1403958 1 0 1 1 0
#> SRR1322270 2 0 1 0 1
#> SRR600754 1 0 1 1 0
#> SRR1334847 1 0 1 1 0
#> SRR1421093 1 0 1 1 0
#> SRR1085782 1 0 1 1 0
#> SRR1466357 2 0 1 0 1
#> SRR597977 1 0 1 1 0
#> SRR1375635 1 0 1 1 0
#> SRR661133 1 0 1 1 0
#> SRR1357523 1 0 1 1 0
#> SRR1415732 1 0 1 1 0
#> SRR1434250 2 0 1 0 1
#> SRR1396640 1 0 1 1 0
#> SRR1454803 1 0 1 1 0
#> SRR1468381 1 0 1 1 0
#> SRR1447986 2 0 1 0 1
#> SRR1388007 1 0 1 1 0
#> SRR1434138 1 0 1 1 0
#> SRR1456950 1 0 1 1 0
#> SRR1400375 2 0 1 0 1
#> SRR1323764 1 0 1 1 0
#> SRR1355040 1 0 1 1 0
#> SRR1409351 1 0 1 1 0
#> SRR1085495 1 0 1 1 0
#> SRR604026 1 0 1 1 0
#> SRR1500868 1 0 1 1 0
#> SRR1476279 1 0 1 1 0
#> SRR627429 2 0 1 0 1
#> SRR660969 1 0 1 1 0
#> SRR1335377 2 0 1 0 1
#> SRR1330546 1 0 1 1 0
#> SRR1440986 1 0 1 1 0
#> SRR1357189 1 0 1 1 0
#> SRR1319837 1 0 1 1 0
#> SRR1491311 1 0 1 1 0
#> SRR1487295 1 0 1 1 0
#> SRR1415215 2 0 1 0 1
#> SRR1086635 1 0 1 1 0
#> SRR1440058 1 0 1 1 0
#> SRR1389979 1 0 1 1 0
#> SRR1315721 1 0 1 1 0
#> SRR607337 1 0 1 1 0
#> SRR1434803 2 0 1 0 1
#> SRR1332275 1 0 1 1 0
#> SRR1465132 2 0 1 0 1
#> SRR1340133 1 0 1 1 0
#> SRR1387989 1 0 1 1 0
#> SRR1383018 1 0 1 1 0
#> SRR1441701 1 0 1 1 0
#> SRR1368772 1 0 1 1 0
#> SRR664819 2 0 1 0 1
#> SRR1435536 1 0 1 1 0
#> SRR614083 1 0 1 1 0
#> SRR1310623 1 0 1 1 0
#> SRR1420625 1 0 1 1 0
#> SRR816721 1 0 1 1 0
#> SRR1359367 2 0 1 0 1
#> SRR1391879 1 0 1 1 0
#> SRR1418992 1 0 1 1 0
#> SRR1343115 2 0 1 0 1
#> SRR1488836 1 0 1 1 0
#> SRR1399028 1 0 1 1 0
#> SRR1418127 1 0 1 1 0
#> SRR1402900 1 0 1 1 0
#> SRR1485290 2 0 1 0 1
#> SRR1456514 2 0 1 0 1
#> SRR1394755 1 0 1 1 0
#> SRR664842 1 0 1 1 0
#> SRR662342 2 0 1 0 1
#> SRR665502 1 0 1 1 0
#> SRR657891 1 0 1 1 0
#> SRR1421305 1 0 1 1 0
#> SRR1335707 1 0 1 1 0
#> SRR1401276 1 0 1 1 0
#> SRR627421 1 0 1 1 0
#> SRR1311575 1 0 1 1 0
#> SRR1475675 1 0 1 1 0
#> SRR661995 1 0 1 1 0
#> SRR1471922 1 0 1 1 0
#> SRR1077687 1 0 1 1 0
#> SRR821602 1 0 1 1 0
#> SRR608718 2 0 1 0 1
#> SRR1071289 1 0 1 1 0
#> SRR1437555 1 0 1 1 0
#> SRR810571 1 0 1 1 0
#> SRR664048 1 0 1 1 0
#> SRR1500998 1 0 1 1 0
#> SRR1320916 1 0 1 1 0
#> SRR1472150 1 0 1 1 0
#> SRR1329090 1 0 1 1 0
#> SRR1317344 1 0 1 1 0
#> SRR817978 1 0 1 1 0
#> SRR1324371 1 0 1 1 0
#> SRR1474333 1 0 1 1 0
#> SRR1321462 1 0 1 1 0
#> SRR1387264 1 0 1 1 0
#> SRR1468141 1 0 1 1 0
#> SRR1486097 1 0 1 1 0
#> SRR608002 1 0 1 1 0
#> SRR1360563 1 0 1 1 0
#> SRR1414684 1 0 1 1 0
#> SRR604050 1 0 1 1 0
#> SRR600385 1 0 1 1 0
#> SRR1430248 1 0 1 1 0
#> SRR1352975 1 0 1 1 0
#> SRR1457221 1 0 1 1 0
#> SRR807591 1 0 1 1 0
#> SRR1407560 2 0 1 0 1
#> SRR1345478 1 0 1 1 0
#> SRR660895 1 0 1 1 0
#> SRR655111 1 0 1 1 0
#> SRR1336006 1 0 1 1 0
#> SRR613114 1 0 1 1 0
#> SRR608368 1 0 1 1 0
#> SRR1315269 1 0 1 1 0
#> SRR1435020 1 0 1 1 0
#> SRR1337564 1 0 1 1 0
#> SRR1315019 1 0 1 1 0
#> SRR1370173 1 0 1 1 0
#> SRR1408327 1 0 1 1 0
#> SRR1405485 1 0 1 1 0
#> SRR812012 1 0 1 1 0
#> SRR1370619 1 0 1 1 0
#> SRR1469495 1 0 1 1 0
#> SRR1378841 1 0 1 1 0
#> SRR1375616 1 0 1 1 0
#> SRR1381566 1 0 1 1 0
#> SRR1432123 1 0 1 1 0
#> SRR1370405 1 0 1 1 0
#> SRR1099499 1 0 1 1 0
#> SRR659331 2 0 1 0 1
#> SRR1436106 1 0 1 1 0
#> SRR1468974 1 0 1 1 0
#> SRR1470111 1 0 1 1 0
#> SRR1079168 1 0 1 1 0
#> SRR1338584 1 0 1 1 0
#> SRR1329551 1 0 1 1 0
#> SRR662871 2 0 1 0 1
#> SRR816770 1 0 1 1 0
#> SRR600560 1 0 1 1 0
#> SRR1434867 2 0 1 0 1
#> SRR599225 2 0 1 0 1
#> SRR607935 1 0 1 1 0
#> SRR1487107 1 0 1 1 0
#> SRR1348159 1 0 1 1 0
#> SRR1356036 1 0 1 1 0
#> SRR614443 1 0 1 1 0
#> SRR1314958 1 0 1 1 0
#> SRR1341702 1 0 1 1 0
#> SRR1444678 1 0 1 1 0
#> SRR1350107 2 0 1 0 1
#> SRR1322010 2 0 1 0 1
#> SRR1342045 1 0 1 1 0
#> SRR1467364 2 0 1 0 1
#> SRR1078879 1 0 1 1 0
#> SRR1468955 1 0 1 1 0
#> SRR660626 1 0 1 1 0
#> SRR812436 1 0 1 1 0
#> SRR1312103 1 0 1 1 0
#> SRR1429891 2 0 1 0 1
#> SRR1387072 2 0 1 0 1
#> SRR661255 1 0 1 1 0
#> SRR660933 1 0 1 1 0
#> SRR1488651 1 0 1 1 0
#> SRR1359388 1 0 1 1 0
#> SRR817686 1 0 1 1 0
#> SRR1429162 1 0 1 1 0
#> SRR612380 1 0 1 1 0
#> SRR817905 1 0 1 1 0
#> SRR1337909 1 0 1 1 0
#> SRR661723 1 0 1 1 0
#> SRR1314163 1 0 1 1 0
#> SRR1489155 1 0 1 1 0
#> SRR1398992 2 0 1 0 1
#> SRR607091 1 0 1 1 0
#> SRR1472193 2 0 1 0 1
#> SRR1456903 2 0 1 0 1
#> SRR1445238 1 0 1 1 0
#> SRR820078 1 0 1 1 0
#> SRR1481462 2 0 1 0 1
#> SRR819534 1 0 1 1 0
#> SRR820468 2 0 1 0 1
#> SRR659899 1 0 1 1 0
#> SRR1396078 1 0 1 1 0
#> SRR1443612 1 0 1 1 0
#> SRR1470902 1 0 1 1 0
#> SRR1362777 1 0 1 1 0
#> SRR1413522 1 0 1 1 0
#> SRR1073143 1 0 1 1 0
#> SRR1444622 1 0 1 1 0
#> SRR662570 2 0 1 0 1
#> SRR1430288 1 0 1 1 0
#> SRR1323043 1 0 1 1 0
#> SRR1475022 1 0 1 1 0
#> SRR1080927 2 0 1 0 1
#> SRR1328919 1 0 1 1 0
#> SRR603596 2 0 1 0 1
#> SRR602808 1 0 1 1 0
#> SRR615467 1 0 1 1 0
#> SRR660638 1 0 1 1 0
#> SRR1360383 1 0 1 1 0
#> SRR1354577 1 0 1 1 0
#> SRR608230 1 0 1 1 0
#> SRR1320873 1 0 1 1 0
#> SRR1336379 1 0 1 1 0
#> SRR1325665 2 0 1 0 1
#> SRR1357434 1 0 1 1 0
#> SRR1477634 1 0 1 1 0
#> SRR1444876 1 0 1 1 0
#> SRR1101421 1 0 1 1 0
#> SRR613354 1 0 1 1 0
#> SRR1434782 2 0 1 0 1
#> SRR1446762 1 0 1 1 0
#> SRR1324431 1 0 1 1 0
#> SRR1442356 2 0 1 0 1
#> SRR1386818 1 0 1 1 0
#> SRR655684 2 0 1 0 1
#> SRR1473185 2 0 1 0 1
#> SRR1332796 1 0 1 1 0
#> SRR1397073 1 0 1 1 0
#> SRR1455060 2 0 1 0 1
#> SRR1341008 1 0 1 1 0
#> SRR1087031 1 0 1 1 0
#> SRR1489177 1 0 1 1 0
#> SRR1350525 1 0 1 1 0
#> SRR1440517 1 0 1 1 0
#> SRR1320093 1 0 1 1 0
#> SRR602516 1 0 1 1 0
#> SRR604318 1 0 1 1 0
#> SRR1320280 1 0 1 1 0
#> SRR1082262 1 0 1 1 0
#> SRR1379238 1 0 1 1 0
#> SRR1385080 1 0 1 1 0
#> SRR1316921 1 0 1 1 0
#> SRR1097752 2 0 1 0 1
#> SRR1375308 1 0 1 1 0
#> SRR1498272 1 0 1 1 0
#> SRR814989 1 0 1 1 0
#> SRR1320892 1 0 1 1 0
#> SRR818418 1 0 1 1 0
#> SRR1474553 1 0 1 1 0
#> SRR1430884 1 0 1 1 0
#> SRR1079281 1 0 1 1 0
#> SRR656493 1 0 1 1 0
#> SRR1328599 1 0 1 1 0
#> SRR655218 1 0 1 1 0
#> SRR1416754 1 0 1 1 0
#> SRR1488562 1 0 1 1 0
#> SRR1084842 1 0 1 1 0
#> SRR819999 2 0 1 0 1
#> SRR659673 1 0 1 1 0
#> SRR1468514 1 0 1 1 0
#> SRR1499823 1 0 1 1 0
#> SRR1481216 1 0 1 1 0
#> SRR1474065 1 0 1 1 0
#> SRR1499442 2 0 1 0 1
#> SRR1476571 1 0 1 1 0
#> SRR1445328 2 0 1 0 1
#> SRR607887 2 0 1 0 1
#> SRR1085662 1 0 1 1 0
#> SRR1415095 1 0 1 1 0
#> SRR1499982 2 0 1 0 1
#> SRR1488715 1 0 1 1 0
#> SRR597927 1 0 1 1 0
#> SRR1479239 2 0 1 0 1
#> SRR600957 2 0 1 0 1
#> SRR1408113 1 0 1 1 0
#> SRR1490019 1 0 1 1 0
#> SRR1333694 1 0 1 1 0
#> SRR1476676 1 0 1 1 0
#> SRR663261 1 0 1 1 0
#> SRR1432343 1 0 1 1 0
#> SRR1459585 1 0 1 1 0
#> SRR1434271 2 0 1 0 1
#> SRR602365 1 0 1 1 0
#> SRR612443 1 0 1 1 0
#> SRR1473936 1 0 1 1 0
#> SRR1455698 1 0 1 1 0
#> SRR1331335 1 0 1 1 0
#> SRR659187 1 0 1 1 0
#> SRR1417912 1 0 1 1 0
#> SRR1316940 1 0 1 1 0
#> SRR1500753 1 0 1 1 0
#> SRR657635 1 0 1 1 0
#> SRR615934 1 0 1 1 0
#> SRR1411024 1 0 1 1 0
#> SRR1469904 1 0 1 1 0
#> SRR1311794 1 0 1 1 0
#> SRR657754 1 0 1 1 0
#> SRR1464451 1 0 1 1 0
#> SRR1443895 1 0 1 1 0
#> SRR1444460 1 0 1 1 0
#> SRR1333587 1 0 1 1 0
#> SRR1307770 2 0 1 0 1
#> SRR1339530 1 0 1 1 0
#> SRR1366433 1 0 1 1 0
#> SRR1480479 1 0 1 1 0
#> SRR1470175 1 0 1 1 0
#> SRR598768 1 0 1 1 0
#> SRR1335400 1 0 1 1 0
#> SRR1418923 1 0 1 1 0
#> SRR820133 1 0 1 1 0
#> SRR1348424 1 0 1 1 0
#> SRR1382956 1 0 1 1 0
#> SRR1339549 1 0 1 1 0
#> SRR821434 1 0 1 1 0
#> SRR662546 1 0 1 1 0
#> SRR1319816 1 0 1 1 0
#> SRR1078347 1 0 1 1 0
#> SRR1435293 1 0 1 1 0
#> SRR1408208 1 0 1 1 0
#> SRR1332317 1 0 1 1 0
#> SRR1499193 1 0 1 1 0
#> SRR1467294 1 0 1 1 0
#> SRR1359649 1 0 1 1 0
#> SRR1335688 1 0 1 1 0
#> SRR1370129 1 0 1 1 0
#> SRR1321966 1 0 1 1 0
#> SRR1488672 1 0 1 1 0
#> SRR1343197 1 0 1 1 0
#> SRR1416999 1 0 1 1 0
#> SRR1334564 1 0 1 1 0
#> SRR660661 1 0 1 1 0
#> SRR1498861 1 0 1 1 0
#> SRR1317877 1 0 1 1 0
#> SRR1329885 1 0 1 1 0
#> SRR1459718 1 0 1 1 0
#> SRR615731 1 0 1 1 0
#> SRR602622 1 0 1 1 0
#> SRR1487685 1 0 1 1 0
#> SRR1455925 1 0 1 1 0
#> SRR1390516 1 0 1 1 0
#> SRR1313932 1 0 1 1 0
#> SRR603397 1 0 1 1 0
#> SRR1099023 1 0 1 1 0
#> SRR1409899 2 0 1 0 1
#> SRR1368964 1 0 1 1 0
#> SRR1334741 1 0 1 1 0
#> SRR656564 1 0 1 1 0
#> SRR608174 1 0 1 1 0
#> SRR1320963 1 0 1 1 0
#> SRR661973 1 0 1 1 0
#> SRR598533 2 0 1 0 1
#> SRR613270 2 0 1 0 1
#> SRR1362183 2 0 1 0 1
#> SRR1480365 1 0 1 1 0
#> SRR602927 1 0 1 1 0
#> SRR1315799 2 0 1 0 1
#> SRR1432275 1 0 1 1 0
#> SRR1475909 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1341898 3 0.0892 0.8569 0.020 0 0.980
#> SRR1333930 1 0.4702 0.7313 0.788 0 0.212
#> SRR1085850 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1379450 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR614814 1 0.4452 0.7548 0.808 0 0.192
#> SRR1077405 3 0.2165 0.8291 0.064 0 0.936
#> SRR1330061 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR662725 3 0.0424 0.8539 0.008 0 0.992
#> SRR1313951 3 0.1643 0.8473 0.044 0 0.956
#> SRR1339218 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1417505 3 0.5431 0.6189 0.284 0 0.716
#> SRR1407134 1 0.2878 0.8258 0.904 0 0.096
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1075898 3 0.5431 0.6191 0.284 0 0.716
#> SRR1498482 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1359673 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1439873 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1335254 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1352706 3 0.1411 0.8481 0.036 0 0.964
#> SRR1436966 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR614802 1 0.5591 0.6207 0.696 0 0.304
#> SRR1388979 3 0.0237 0.8531 0.004 0 0.996
#> SRR1396595 1 0.1031 0.8571 0.976 0 0.024
#> SRR1340508 1 0.1163 0.8546 0.972 0 0.028
#> SRR1360868 3 0.2261 0.8317 0.068 0 0.932
#> SRR1440699 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1389059 3 0.0892 0.8570 0.020 0 0.980
#> SRR1083100 3 0.5905 0.3754 0.352 0 0.648
#> SRR1348861 3 0.0592 0.8507 0.012 0 0.988
#> SRR1072367 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1468403 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1417070 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1390601 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1486560 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1315761 3 0.5529 0.6022 0.296 0 0.704
#> SRR1392637 3 0.5621 0.5856 0.308 0 0.692
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1470212 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1433971 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR598124 3 0.5098 0.6100 0.248 0 0.752
#> SRR615141 3 0.3619 0.7730 0.136 0 0.864
#> SRR601122 3 0.5254 0.6425 0.264 0 0.736
#> SRR1397008 1 0.6295 0.3032 0.528 0 0.472
#> SRR1358561 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1498640 1 0.3816 0.7911 0.852 0 0.148
#> SRR1429957 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1452292 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1467590 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1485542 1 0.2711 0.8322 0.912 0 0.088
#> SRR659121 3 0.3192 0.7942 0.112 0 0.888
#> SRR1330656 3 0.1753 0.8450 0.048 0 0.952
#> SRR1388305 1 0.2625 0.8340 0.916 0 0.084
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1363992 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1311086 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458044 3 0.1031 0.8473 0.024 0 0.976
#> SRR661325 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1439807 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1406561 3 0.5098 0.6606 0.248 0 0.752
#> SRR1394713 3 0.0424 0.8514 0.008 0 0.992
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1476186 1 0.6280 0.3115 0.540 0 0.460
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1084649 1 0.2537 0.8355 0.920 0 0.080
#> SRR1500405 3 0.0747 0.8498 0.016 0 0.984
#> SRR1354446 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1467455 3 0.5733 0.4508 0.324 0 0.676
#> SRR1444559 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1381543 3 0.3192 0.7911 0.112 0 0.888
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR820379 3 0.1411 0.8519 0.036 0 0.964
#> SRR660007 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR655649 3 0.5678 0.5792 0.316 0 0.684
#> SRR1437306 3 0.2261 0.8310 0.068 0 0.932
#> SRR657731 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR661005 1 0.6126 0.4564 0.600 0 0.400
#> SRR600608 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR655923 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1334717 3 0.4796 0.6645 0.220 0 0.780
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1474886 3 0.0592 0.8507 0.012 0 0.988
#> SRR1082759 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR662534 1 0.2625 0.8331 0.916 0 0.084
#> SRR1316815 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1072797 3 0.6215 0.1211 0.428 0 0.572
#> SRR612455 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR818210 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR598671 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1387178 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1403831 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1339740 1 0.4291 0.7658 0.820 0 0.180
#> SRR657348 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR662091 1 0.6280 0.3322 0.540 0 0.460
#> SRR608598 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR663320 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR608662 1 0.6192 0.4143 0.580 0 0.420
#> SRR1361567 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR819134 1 0.3619 0.8010 0.864 0 0.136
#> SRR1311400 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR661433 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1453341 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1319539 3 0.5016 0.6276 0.240 0 0.760
#> SRR1343841 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1487321 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1312428 1 0.5591 0.6172 0.696 0 0.304
#> SRR657587 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1337412 1 0.6286 0.3263 0.536 0 0.464
#> SRR1474466 3 0.0747 0.8562 0.016 0 0.984
#> SRR1466993 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1358102 1 0.6180 0.4234 0.584 0 0.416
#> SRR1455171 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660733 1 0.6180 0.4234 0.584 0 0.416
#> SRR817758 1 0.6295 0.2734 0.528 0 0.472
#> SRR821019 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1330675 3 0.4654 0.7082 0.208 0 0.792
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1320180 3 0.0237 0.8531 0.004 0 0.996
#> SRR604074 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR820209 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1096966 3 0.5098 0.6763 0.248 0 0.752
#> SRR1350456 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1472079 3 0.1031 0.8473 0.024 0 0.976
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660103 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1403958 3 0.5529 0.6020 0.296 0 0.704
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR600754 1 0.4346 0.7622 0.816 0 0.184
#> SRR1334847 3 0.4002 0.7412 0.160 0 0.840
#> SRR1421093 3 0.0892 0.8544 0.020 0 0.980
#> SRR1085782 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR597977 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1375635 3 0.4555 0.7140 0.200 0 0.800
#> SRR661133 1 0.6168 0.4321 0.588 0 0.412
#> SRR1357523 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1415732 3 0.0747 0.8498 0.016 0 0.984
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1396640 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1454803 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1468381 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1388007 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1434138 3 0.4605 0.7095 0.204 0 0.796
#> SRR1456950 3 0.5621 0.5856 0.308 0 0.692
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1323764 3 0.0424 0.8514 0.008 0 0.992
#> SRR1355040 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1409351 3 0.5621 0.5856 0.308 0 0.692
#> SRR1085495 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR604026 1 0.5835 0.5638 0.660 0 0.340
#> SRR1500868 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1476279 3 0.1289 0.8451 0.032 0 0.968
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660969 1 0.5905 0.5438 0.648 0 0.352
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1330546 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1440986 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1357189 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1319837 3 0.6252 0.0573 0.444 0 0.556
#> SRR1491311 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1487295 3 0.6168 0.1393 0.412 0 0.588
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1086635 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1440058 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1315721 3 0.5560 0.5109 0.300 0 0.700
#> SRR607337 1 0.0237 0.8597 0.996 0 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1332275 3 0.1753 0.8451 0.048 0 0.952
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1340133 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1387989 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1383018 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1441701 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1368772 1 0.4796 0.7245 0.780 0 0.220
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1435536 3 0.5591 0.5035 0.304 0 0.696
#> SRR614083 3 0.1753 0.8451 0.048 0 0.952
#> SRR1310623 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1420625 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR816721 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1391879 3 0.5216 0.6489 0.260 0 0.740
#> SRR1418992 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1488836 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1399028 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1418127 1 0.0237 0.8597 0.996 0 0.004
#> SRR1402900 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1394755 3 0.6126 0.2234 0.400 0 0.600
#> SRR664842 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR665502 3 0.3686 0.7645 0.140 0 0.860
#> SRR657891 1 0.2711 0.8312 0.912 0 0.088
#> SRR1421305 3 0.0747 0.8562 0.016 0 0.984
#> SRR1335707 1 0.6095 0.4759 0.608 0 0.392
#> SRR1401276 1 0.6204 0.3058 0.576 0 0.424
#> SRR627421 1 0.6252 0.3556 0.556 0 0.444
#> SRR1311575 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1475675 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR661995 3 0.5327 0.5657 0.272 0 0.728
#> SRR1471922 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1077687 1 0.4121 0.7755 0.832 0 0.168
#> SRR821602 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1071289 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1437555 1 0.2796 0.8323 0.908 0 0.092
#> SRR810571 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR664048 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1500998 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1320916 3 0.3686 0.7647 0.140 0 0.860
#> SRR1472150 3 0.3551 0.7635 0.132 0 0.868
#> SRR1329090 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1317344 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR817978 3 0.3116 0.7976 0.108 0 0.892
#> SRR1324371 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1474333 1 0.2537 0.8358 0.920 0 0.080
#> SRR1321462 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1387264 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1468141 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1486097 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1414684 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR604050 3 0.2448 0.8261 0.076 0 0.924
#> SRR600385 1 0.6274 0.3224 0.544 0 0.456
#> SRR1430248 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1352975 1 0.4654 0.7375 0.792 0 0.208
#> SRR1457221 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR807591 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR660895 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR655111 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1336006 3 0.1753 0.8363 0.048 0 0.952
#> SRR613114 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR608368 3 0.1163 0.8456 0.028 0 0.972
#> SRR1315269 1 0.4931 0.7101 0.768 0 0.232
#> SRR1435020 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1315019 3 0.0747 0.8550 0.016 0 0.984
#> SRR1370173 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1408327 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1405485 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR812012 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1370619 3 0.5678 0.5792 0.316 0 0.684
#> SRR1469495 3 0.0892 0.8569 0.020 0 0.980
#> SRR1378841 3 0.4974 0.6123 0.236 0 0.764
#> SRR1375616 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1381566 3 0.5621 0.5856 0.308 0 0.692
#> SRR1432123 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1370405 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1099499 1 0.1964 0.8478 0.944 0 0.056
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1436106 3 0.0237 0.8531 0.004 0 0.996
#> SRR1468974 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1470111 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1079168 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1338584 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1329551 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR816770 1 0.0747 0.8585 0.984 0 0.016
#> SRR600560 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607935 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1487107 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1348159 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1356036 3 0.5591 0.5033 0.304 0 0.696
#> SRR614443 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1314958 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1341702 1 0.6079 0.4790 0.612 0 0.388
#> SRR1444678 1 0.5431 0.6532 0.716 0 0.284
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1342045 1 0.6168 0.4321 0.588 0 0.412
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1078879 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1468955 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1312103 3 0.2165 0.8270 0.064 0 0.936
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR661255 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR660933 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1488651 3 0.6308 -0.2014 0.492 0 0.508
#> SRR1359388 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR817686 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1429162 3 0.5363 0.5565 0.276 0 0.724
#> SRR612380 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR817905 3 0.5216 0.6473 0.260 0 0.740
#> SRR1337909 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR661723 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1314163 1 0.2537 0.8350 0.920 0 0.080
#> SRR1489155 3 0.2537 0.8229 0.080 0 0.920
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607091 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR820078 1 0.0237 0.8598 0.996 0 0.004
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR819534 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR659899 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1396078 3 0.5363 0.5553 0.276 0 0.724
#> SRR1443612 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1470902 3 0.4702 0.7014 0.212 0 0.788
#> SRR1362777 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1413522 1 0.6168 0.4322 0.588 0 0.412
#> SRR1073143 1 0.5591 0.6207 0.696 0 0.304
#> SRR1444622 3 0.6291 -0.1119 0.468 0 0.532
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1430288 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1323043 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1475022 3 0.0592 0.8507 0.012 0 0.988
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1328919 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR602808 3 0.0892 0.8570 0.020 0 0.980
#> SRR615467 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR660638 3 0.3412 0.7817 0.124 0 0.876
#> SRR1360383 3 0.2066 0.8377 0.060 0 0.940
#> SRR1354577 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR608230 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1320873 3 0.6079 0.2690 0.388 0 0.612
#> SRR1336379 3 0.5560 0.6024 0.300 0 0.700
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1357434 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1477634 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1444876 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1101421 1 0.2537 0.8350 0.920 0 0.080
#> SRR613354 3 0.5098 0.6098 0.248 0 0.752
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1446762 3 0.6126 0.2219 0.400 0 0.600
#> SRR1324431 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1386818 3 0.2448 0.8302 0.076 0 0.924
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1397073 1 0.4452 0.7546 0.808 0 0.192
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341008 3 0.5706 0.5784 0.320 0 0.680
#> SRR1087031 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1489177 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1350525 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1440517 1 0.6267 0.3294 0.548 0 0.452
#> SRR1320093 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR604318 3 0.5138 0.6049 0.252 0 0.748
#> SRR1320280 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1379238 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1385080 3 0.5397 0.6229 0.280 0 0.720
#> SRR1316921 3 0.5760 0.4645 0.328 0 0.672
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1320892 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR818418 1 0.2537 0.8344 0.920 0 0.080
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1430884 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1079281 3 0.2537 0.8167 0.080 0 0.920
#> SRR656493 3 0.6280 -0.0268 0.460 0 0.540
#> SRR1328599 3 0.2448 0.8253 0.076 0 0.924
#> SRR655218 3 0.6111 0.2416 0.396 0 0.604
#> SRR1416754 1 0.5650 0.6086 0.688 0 0.312
#> SRR1488562 3 0.5591 0.4964 0.304 0 0.696
#> SRR1084842 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR659673 3 0.6095 0.2476 0.392 0 0.608
#> SRR1468514 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1499823 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1481216 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1474065 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1476571 1 0.6299 0.2916 0.524 0 0.476
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1085662 3 0.4178 0.7413 0.172 0 0.828
#> SRR1415095 3 0.1964 0.8383 0.056 0 0.944
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1488715 1 0.4974 0.7092 0.764 0 0.236
#> SRR597927 3 0.5678 0.5792 0.316 0 0.684
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1408113 3 0.6095 0.1990 0.392 0 0.608
#> SRR1490019 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1333694 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1476676 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR663261 3 0.0237 0.8531 0.004 0 0.996
#> SRR1432343 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1459585 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR602365 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR612443 3 0.1163 0.8558 0.028 0 0.972
#> SRR1473936 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1455698 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR659187 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1417912 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1316940 1 0.6295 0.3032 0.528 0 0.472
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR615934 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1411024 3 0.5529 0.6020 0.296 0 0.704
#> SRR1469904 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1311794 1 0.4702 0.7337 0.788 0 0.212
#> SRR657754 1 0.0424 0.8594 0.992 0 0.008
#> SRR1464451 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1443895 3 0.0747 0.8498 0.016 0 0.984
#> SRR1444460 1 0.5650 0.6051 0.688 0 0.312
#> SRR1333587 3 0.5397 0.5496 0.280 0 0.720
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1339530 3 0.3686 0.7696 0.140 0 0.860
#> SRR1366433 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR1480479 3 0.4062 0.7482 0.164 0 0.836
#> SRR1470175 3 0.3816 0.7908 0.148 0 0.852
#> SRR598768 1 0.0237 0.8597 0.996 0 0.004
#> SRR1335400 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1418923 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR820133 3 0.0892 0.8570 0.020 0 0.980
#> SRR1348424 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1382956 3 0.4605 0.6644 0.204 0 0.796
#> SRR1339549 3 0.1031 0.8473 0.024 0 0.976
#> SRR821434 3 0.1964 0.8408 0.056 0 0.944
#> SRR662546 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1319816 3 0.0424 0.8543 0.008 0 0.992
#> SRR1078347 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1435293 1 0.5785 0.5882 0.668 0 0.332
#> SRR1408208 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1332317 3 0.1411 0.8519 0.036 0 0.964
#> SRR1499193 1 0.2448 0.8367 0.924 0 0.076
#> SRR1467294 3 0.1031 0.8570 0.024 0 0.976
#> SRR1359649 3 0.2796 0.8127 0.092 0 0.908
#> SRR1335688 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1370129 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1321966 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1488672 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1416999 1 0.0892 0.8579 0.980 0 0.020
#> SRR1334564 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR660661 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1498861 1 0.6168 0.4321 0.588 0 0.412
#> SRR1317877 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1329885 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1459718 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR615731 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR602622 3 0.0592 0.8556 0.012 0 0.988
#> SRR1487685 1 0.6192 0.4143 0.580 0 0.420
#> SRR1455925 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR1390516 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1313932 3 0.5650 0.5801 0.312 0 0.688
#> SRR603397 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1099023 3 0.0000 0.8515 0.000 0 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1368964 3 0.1031 0.8574 0.024 0 0.976
#> SRR1334741 3 0.3267 0.7899 0.116 0 0.884
#> SRR656564 1 0.4504 0.7508 0.804 0 0.196
#> SRR608174 3 0.5363 0.6280 0.276 0 0.724
#> SRR1320963 1 0.1529 0.8517 0.960 0 0.040
#> SRR661973 1 0.0000 0.8599 1.000 0 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1480365 1 0.0424 0.8594 0.992 0 0.008
#> SRR602927 1 0.4654 0.7349 0.792 0 0.208
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1432275 1 0.6079 0.4790 0.612 0 0.388
#> SRR1475909 3 0.5968 0.3384 0.364 0 0.636
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333930 1 0.4804 0.4181 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.3105 0.8104 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.5334 0.6089 0.680 0.000 0.284 0.036
#> SRR1077405 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1330061 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR662725 4 0.4008 0.6799 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1313951 3 0.4888 0.1455 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1339218 4 0.3583 0.7880 0.180 0.000 0.004 0.816
#> SRR1417505 4 0.1978 0.8309 0.068 0.000 0.004 0.928
#> SRR1407134 3 0.6719 0.4756 0.152 0.000 0.608 0.240
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.0707 0.8324 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1075898 4 0.2266 0.8283 0.084 0.000 0.004 0.912
#> SRR1498482 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0336 0.9954 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1335254 4 0.4252 0.7193 0.252 0.000 0.004 0.744
#> SRR1352706 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1436966 3 0.4866 0.4648 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR614802 1 0.4961 0.2606 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1388979 4 0.4164 0.6592 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1396595 1 0.3123 0.7899 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1340508 1 0.0188 0.9016 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1389059 3 0.4454 0.6064 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1083100 3 0.0188 0.8525 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1348861 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1072367 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 4 0.4948 0.3493 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.3157 0.8086 0.144 0.000 0.004 0.852
#> SRR1315761 4 0.2401 0.8266 0.092 0.000 0.004 0.904
#> SRR1392637 4 0.3402 0.7983 0.164 0.000 0.004 0.832
#> SRR810957 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0707 0.8321 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1470212 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.3074 0.7626 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR615141 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR601122 4 0.3271 0.8146 0.132 0.000 0.012 0.856
#> SRR1397008 3 0.5894 0.4501 0.040 0.000 0.568 0.392
#> SRR1358561 4 0.2281 0.7728 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1498640 3 0.5800 0.6139 0.164 0.000 0.708 0.128
#> SRR1429957 4 0.4866 0.4307 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.3958 0.7500 0.824 0.000 0.032 0.144
#> SRR659121 4 0.3464 0.8113 0.032 0.000 0.108 0.860
#> SRR1330656 3 0.1867 0.8135 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1388305 1 0.6186 0.3547 0.584 0.000 0.352 0.064
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR661325 4 0.3870 0.7650 0.208 0.000 0.004 0.788
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.3831 0.7687 0.204 0.000 0.004 0.792
#> SRR1394713 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.3801 0.7043 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1436444 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084649 1 0.4872 0.7449 0.776 0.000 0.148 0.076
#> SRR1500405 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444559 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1381543 4 0.1174 0.8355 0.012 0.000 0.020 0.968
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.4516 0.7146 0.252 0.000 0.012 0.736
#> SRR1437306 3 0.3610 0.6999 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR657731 3 0.0707 0.8454 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR661005 3 0.0927 0.8464 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR600608 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.2469 0.7705 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1334717 3 0.1356 0.8363 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1082759 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.4137 0.7324 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 3 0.1211 0.8344 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR612455 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR818210 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.5593 0.6256 0.708 0.000 0.080 0.212
#> SRR660498 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403831 4 0.2888 0.8169 0.124 0.000 0.004 0.872
#> SRR657325 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 3 0.6371 0.1179 0.428 0.000 0.508 0.064
#> SRR657348 4 0.3402 0.7981 0.164 0.000 0.004 0.832
#> SRR662091 3 0.7589 0.2195 0.196 0.000 0.408 0.396
#> SRR608598 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.1118 0.8363 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.4098 0.7380 0.784 0.000 0.204 0.012
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR661433 3 0.4790 0.5015 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1319539 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1487321 1 0.2101 0.8531 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1312428 3 0.6660 0.4504 0.288 0.000 0.592 0.120
#> SRR657587 4 0.3583 0.7880 0.180 0.000 0.004 0.816
#> SRR1337412 3 0.6243 0.4282 0.060 0.000 0.548 0.392
#> SRR1474466 4 0.4855 0.4390 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 3 0.1792 0.8142 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660733 3 0.0524 0.8507 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR817758 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.4382 0.4110 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR604074 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 4 0.4624 0.3304 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR820209 3 0.3400 0.6823 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.6058 0.7079 0.136 0.000 0.180 0.684
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.3157 0.8086 0.144 0.000 0.004 0.852
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4546 0.6722 0.732 0.000 0.256 0.012
#> SRR1334847 3 0.0188 0.8525 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1421093 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1085782 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR597977 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.2466 0.8355 0.056 0.000 0.028 0.916
#> SRR661133 3 0.3801 0.6432 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.3143 0.8191 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.3539 0.7912 0.176 0.000 0.004 0.820
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.2522 0.8320 0.076 0.000 0.016 0.908
#> SRR1456950 4 0.3157 0.8087 0.144 0.000 0.004 0.852
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.2408 0.8014 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1355040 1 0.0469 0.8971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409351 4 0.3157 0.8086 0.144 0.000 0.004 0.852
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 3 0.4985 0.0182 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1500868 1 0.4727 0.7376 0.792 0.000 0.100 0.108
#> SRR1476279 4 0.3278 0.8060 0.020 0.000 0.116 0.864
#> SRR627429 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660969 3 0.3311 0.7101 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4855 0.4390 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1319837 3 0.1474 0.8268 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.4830 0.4833 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0524 0.8977 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.0336 0.8507 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR607337 1 0.0188 0.9017 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0188 0.8525 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1368772 1 0.6784 0.5263 0.600 0.000 0.244 0.156
#> SRR664819 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 3 0.0817 0.8429 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR816721 4 0.3791 0.7721 0.200 0.000 0.004 0.796
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0895 0.8331 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0188 0.9017 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664842 4 0.3583 0.7880 0.180 0.000 0.004 0.816
#> SRR662342 2 0.0336 0.9954 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR665502 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657891 3 0.6437 0.5377 0.168 0.000 0.648 0.184
#> SRR1421305 4 0.4008 0.6833 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1335707 3 0.6583 0.4077 0.084 0.000 0.528 0.388
#> SRR1401276 3 0.1867 0.8130 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR627421 3 0.1792 0.8144 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1311575 1 0.1118 0.8830 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.4877 0.4225 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1077687 3 0.5861 -0.0302 0.480 0.000 0.488 0.032
#> SRR821602 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1437555 1 0.3726 0.7342 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1320916 3 0.0188 0.8525 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472150 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1329090 1 0.5011 0.7246 0.764 0.000 0.160 0.076
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.3335 0.8032 0.020 0.000 0.120 0.860
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 3 0.7252 0.3964 0.228 0.000 0.544 0.228
#> SRR1321462 4 0.1902 0.8314 0.064 0.000 0.004 0.932
#> SRR1387264 1 0.4731 0.7495 0.780 0.000 0.160 0.060
#> SRR1468141 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600385 3 0.0376 0.8521 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1430248 3 0.0336 0.8520 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352975 1 0.7432 0.1695 0.472 0.000 0.348 0.180
#> SRR1457221 4 0.4933 0.3685 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR807591 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR660895 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR613114 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1315269 1 0.5940 0.6414 0.692 0.000 0.188 0.120
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.4843 0.4782 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1370173 3 0.4585 0.5665 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1408327 4 0.0469 0.8314 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1405485 1 0.4805 0.7310 0.784 0.000 0.132 0.084
#> SRR812012 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4283 0.7130 0.256 0.000 0.004 0.740
#> SRR1469495 3 0.2345 0.7794 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1378841 3 0.4843 0.4782 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1375616 4 0.0469 0.8314 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1381566 4 0.3852 0.7876 0.180 0.000 0.012 0.808
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4855 0.4390 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1099499 1 0.3978 0.7492 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR659331 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4431 0.5971 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1468974 3 0.4697 0.5342 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1470111 4 0.1211 0.8192 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.1677 0.8776 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR600560 4 0.3908 0.7611 0.212 0.000 0.004 0.784
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.3908 0.7611 0.212 0.000 0.004 0.784
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 3 0.1452 0.8336 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR614443 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.4827 0.7256 0.784 0.000 0.092 0.124
#> SRR1341702 3 0.4250 0.5467 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1444678 1 0.6955 0.4184 0.560 0.000 0.144 0.296
#> SRR1350107 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 3 0.4053 0.6291 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1467364 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078879 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.2760 0.7860 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.6315 0.4179 0.064 0.000 0.540 0.396
#> SRR1359388 4 0.3945 0.7571 0.216 0.000 0.004 0.780
#> SRR817686 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429162 3 0.0188 0.8525 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR612380 4 0.4790 0.4719 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR817905 4 0.3691 0.8247 0.076 0.000 0.068 0.856
#> SRR1337909 1 0.5213 0.6462 0.724 0.000 0.224 0.052
#> SRR661723 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.4095 0.7478 0.792 0.000 0.192 0.016
#> SRR1489155 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445238 4 0.3074 0.7054 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR820078 1 0.0469 0.8971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481462 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR819534 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.3791 0.7721 0.200 0.000 0.004 0.796
#> SRR1396078 3 0.3266 0.7421 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1443612 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470902 4 0.2949 0.8298 0.088 0.000 0.024 0.888
#> SRR1362777 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 3 0.4406 0.6770 0.192 0.000 0.780 0.028
#> SRR1073143 1 0.4925 0.3158 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1444622 3 0.4843 0.4782 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR662570 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 3 0.6855 0.4444 0.276 0.000 0.580 0.144
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.4605 0.3770 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR615467 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.1637 0.8240 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1354577 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR608230 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 3 0.2011 0.8050 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1336379 4 0.4744 0.7264 0.240 0.000 0.024 0.736
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3870 0.7650 0.208 0.000 0.004 0.788
#> SRR1477634 4 0.3945 0.7571 0.216 0.000 0.004 0.780
#> SRR1444876 4 0.4994 0.2399 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1101421 1 0.4136 0.7431 0.788 0.000 0.196 0.016
#> SRR613354 3 0.0188 0.8525 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0188 0.8527 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1324431 4 0.3355 0.8002 0.160 0.000 0.004 0.836
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 3 0.1406 0.8397 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR655684 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.7186 0.3339 0.140 0.000 0.476 0.384
#> SRR1455060 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341008 3 0.6846 0.4596 0.216 0.000 0.600 0.184
#> SRR1087031 4 0.4855 0.4390 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1489177 4 0.1389 0.8303 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.3015 0.8344 0.884 0.000 0.092 0.024
#> SRR1385080 4 0.3448 0.7962 0.168 0.000 0.004 0.828
#> SRR1316921 3 0.1022 0.8383 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.3356 0.7520 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 3 0.6875 0.4645 0.184 0.000 0.596 0.220
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR656493 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655218 3 0.1902 0.8169 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1416754 1 0.7277 0.3878 0.536 0.000 0.204 0.260
#> SRR1488562 3 0.0592 0.8472 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.1557 0.8271 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.3945 0.7571 0.216 0.000 0.004 0.780
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.7167 0.3188 0.136 0.000 0.468 0.396
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085662 4 0.1151 0.8342 0.024 0.000 0.008 0.968
#> SRR1415095 3 0.3801 0.6807 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4605 0.5315 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR597927 4 0.4134 0.7091 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.4843 0.4782 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.3764 0.7162 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1432343 4 0.3870 0.7650 0.208 0.000 0.004 0.788
#> SRR1459585 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455698 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.3583 0.7880 0.180 0.000 0.004 0.816
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.6179 0.4330 0.056 0.000 0.552 0.392
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0188 0.9019 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR615934 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.2714 0.8210 0.112 0.000 0.004 0.884
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.3074 0.7907 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR657754 1 0.0469 0.8971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1444460 3 0.4543 0.4488 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0804 0.8336 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1366433 4 0.3402 0.7981 0.164 0.000 0.004 0.832
#> SRR1480479 4 0.2021 0.8360 0.024 0.000 0.040 0.936
#> SRR1470175 3 0.1510 0.8376 0.028 0.000 0.956 0.016
#> SRR598768 1 0.0376 0.8999 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3626 0.7850 0.184 0.000 0.004 0.812
#> SRR820133 3 0.4730 0.2975 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1348424 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382956 3 0.4855 0.4713 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1339549 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR821434 4 0.4500 0.5849 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR662546 4 0.4855 0.4390 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1319816 3 0.4697 0.5353 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1078347 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 3 0.7884 0.1524 0.312 0.000 0.384 0.304
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.4008 0.6687 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1499193 1 0.2924 0.8316 0.884 0.000 0.100 0.016
#> SRR1467294 3 0.4500 0.5986 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1359649 3 0.2973 0.7564 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1335688 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.0817 0.8274 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1416999 1 0.0657 0.8950 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 3 0.3873 0.6310 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.4855 0.4390 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1487685 3 0.1022 0.8386 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0188 0.8526 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1313932 4 0.3626 0.7850 0.184 0.000 0.004 0.812
#> SRR603397 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 4 0.0469 0.8314 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0336 0.8322 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR656564 3 0.6156 0.3715 0.344 0.000 0.592 0.064
#> SRR608174 4 0.3367 0.8234 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR1320963 1 0.0672 0.8962 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR661973 1 0.0000 0.9040 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613270 2 0.0000 0.9993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480365 1 0.0592 0.8954 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR602927 1 0.4843 0.3925 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1315799 2 0.0188 0.9977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432275 3 0.4477 0.4766 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.8539 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.2813 0.7374 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1333930 1 0.6670 -0.2425 0.436 0.000 0.308 0.000 0.256
#> SRR1085850 1 0.3048 0.7001 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1379450 4 0.4360 0.6575 0.020 0.000 0.000 0.680 0.300
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 5 0.6612 0.3989 0.328 0.000 0.180 0.008 0.484
#> SRR1077405 4 0.6729 -0.2331 0.000 0.000 0.348 0.396 0.256
#> SRR1330061 4 0.0404 0.6273 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR662725 4 0.5931 0.5308 0.000 0.000 0.204 0.596 0.200
#> SRR1313951 4 0.6499 0.1174 0.000 0.000 0.396 0.416 0.188
#> SRR1339218 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR1417505 4 0.4114 0.6634 0.016 0.000 0.000 0.712 0.272
#> SRR1407134 5 0.3439 0.4908 0.028 0.000 0.104 0.020 0.848
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.1281 0.6154 0.000 0.000 0.012 0.956 0.032
#> SRR1075898 4 0.4206 0.6623 0.020 0.000 0.000 0.708 0.272
#> SRR1498482 3 0.0290 0.7378 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1359673 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439873 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0703 0.9818 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1335254 4 0.4747 0.6342 0.028 0.000 0.000 0.620 0.352
#> SRR1352706 4 0.6706 -0.2260 0.000 0.000 0.348 0.404 0.248
#> SRR1436966 4 0.6643 -0.2242 0.000 0.000 0.372 0.404 0.224
#> SRR614802 3 0.6754 -0.2353 0.356 0.000 0.380 0.000 0.264
#> SRR1388979 4 0.5911 0.5146 0.000 0.000 0.228 0.596 0.176
#> SRR1396595 1 0.4770 0.3981 0.644 0.000 0.036 0.000 0.320
#> SRR1340508 1 0.0404 0.8390 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1360868 3 0.3143 0.7252 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1440699 3 0.0703 0.7398 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1389059 3 0.5338 0.3203 0.000 0.000 0.604 0.324 0.072
#> SRR1083100 3 0.3932 0.5833 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1348861 4 0.0404 0.6300 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1072367 3 0.3612 0.6777 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1468403 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417070 4 0.5611 0.2215 0.000 0.000 0.408 0.516 0.076
#> SRR1390601 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486560 4 0.4639 0.6410 0.024 0.000 0.000 0.632 0.344
#> SRR1315761 4 0.4080 0.6638 0.020 0.000 0.000 0.728 0.252
#> SRR1392637 4 0.4503 0.6529 0.024 0.000 0.000 0.664 0.312
#> SRR810957 2 0.0162 0.9967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0794 0.6339 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1470212 3 0.3884 0.6922 0.000 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR1433971 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.4152 0.6673 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR615141 4 0.2179 0.6549 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR601122 4 0.4503 0.6536 0.024 0.000 0.000 0.664 0.312
#> SRR1397008 5 0.6399 0.2668 0.016 0.000 0.112 0.388 0.484
#> SRR1358561 4 0.3675 0.4378 0.000 0.000 0.024 0.788 0.188
#> SRR1498640 5 0.3387 0.4709 0.024 0.000 0.132 0.008 0.836
#> SRR1429957 4 0.5028 0.3028 0.000 0.000 0.400 0.564 0.036
#> SRR1452292 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0609 0.7430 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 5 0.4494 0.2436 0.380 0.000 0.000 0.012 0.608
#> SRR659121 4 0.4874 0.6437 0.000 0.000 0.040 0.632 0.328
#> SRR1330656 3 0.4193 0.6333 0.000 0.000 0.720 0.024 0.256
#> SRR1388305 5 0.3317 0.4905 0.188 0.000 0.004 0.004 0.804
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0609 0.7440 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1311086 1 0.0510 0.8373 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR655375 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0290 0.6323 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR661325 4 0.4800 0.6355 0.028 0.000 0.000 0.604 0.368
#> SRR1439807 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0162 0.9967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.4608 0.6446 0.024 0.000 0.000 0.640 0.336
#> SRR1394713 4 0.0290 0.6323 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.5047 0.3476 0.000 0.000 0.496 0.032 0.472
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 5 0.4882 0.3617 0.328 0.000 0.032 0.004 0.636
#> SRR1500405 4 0.0963 0.6288 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1354446 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467455 3 0.3774 0.6257 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1444559 4 0.0609 0.6242 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1381543 4 0.4548 0.6623 0.000 0.000 0.052 0.716 0.232
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.1965 0.7479 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR660007 3 0.1965 0.7485 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR655649 4 0.5402 0.6254 0.068 0.000 0.004 0.612 0.316
#> SRR1437306 3 0.5731 0.5078 0.000 0.000 0.568 0.104 0.328
#> SRR657731 3 0.4014 0.6737 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256
#> SRR661005 5 0.4650 -0.2695 0.012 0.000 0.468 0.000 0.520
#> SRR600608 1 0.2329 0.7519 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR655923 3 0.5987 0.4775 0.000 0.000 0.584 0.180 0.236
#> SRR1334717 3 0.4674 0.6192 0.024 0.000 0.656 0.004 0.316
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0290 0.6323 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1082759 4 0.0794 0.6202 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.6834 -0.2676 0.416 0.000 0.252 0.004 0.328
#> SRR1316815 1 0.3048 0.6984 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1072797 3 0.4436 0.5074 0.008 0.000 0.596 0.000 0.396
#> SRR612455 3 0.3990 0.6741 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR818210 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.3395 0.7020 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1387178 5 0.4706 0.3127 0.344 0.000 0.004 0.020 0.632
#> SRR660498 2 0.0162 0.9967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403831 4 0.4339 0.6583 0.020 0.000 0.000 0.684 0.296
#> SRR657325 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.5262 0.5443 0.172 0.000 0.132 0.004 0.692
#> SRR657348 4 0.4746 0.6342 0.024 0.000 0.000 0.600 0.376
#> SRR662091 5 0.7295 0.3505 0.108 0.000 0.080 0.396 0.416
#> SRR608598 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663320 1 0.0290 0.8384 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR608662 5 0.5042 -0.2475 0.032 0.000 0.460 0.000 0.508
#> SRR1361567 1 0.3274 0.6541 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR819134 5 0.6272 0.2078 0.424 0.000 0.128 0.004 0.444
#> SRR1311400 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817775 4 0.0794 0.6284 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR661433 3 0.6458 0.0926 0.000 0.000 0.424 0.396 0.180
#> SRR1453341 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819946 4 0.0566 0.6261 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1319539 3 0.3707 0.6673 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1343841 1 0.0510 0.8357 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR665563 4 0.1485 0.6316 0.000 0.000 0.032 0.948 0.020
#> SRR1487321 5 0.4327 0.2872 0.360 0.000 0.000 0.008 0.632
#> SRR1312428 5 0.6186 0.5095 0.200 0.000 0.188 0.012 0.600
#> SRR657587 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR1337412 5 0.6405 0.2658 0.016 0.000 0.112 0.392 0.480
#> SRR1474466 4 0.5176 0.3336 0.000 0.000 0.380 0.572 0.048
#> SRR1466993 1 0.0162 0.8413 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358102 5 0.5385 -0.1653 0.056 0.000 0.432 0.000 0.512
#> SRR1455171 3 0.0404 0.7418 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR627299 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 5 0.4659 -0.3271 0.012 0.000 0.492 0.000 0.496
#> SRR817758 3 0.4030 0.6082 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR821019 3 0.0963 0.7441 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1330675 4 0.2690 0.6612 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.5575 0.3263 0.000 0.000 0.148 0.640 0.212
#> SRR604074 3 0.4009 0.6695 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 4 0.5035 0.2384 0.000 0.000 0.076 0.672 0.252
#> SRR820209 3 0.5367 0.5563 0.000 0.000 0.668 0.184 0.148
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.5973 0.6022 0.020 0.000 0.084 0.588 0.308
#> SRR1350456 1 0.0609 0.8353 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1472079 4 0.0404 0.6339 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2179 0.7464 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1403958 4 0.4639 0.6410 0.024 0.000 0.000 0.632 0.344
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 5 0.6394 0.3723 0.344 0.000 0.180 0.000 0.476
#> SRR1334847 3 0.3612 0.6500 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1421093 3 0.6519 0.0869 0.000 0.000 0.404 0.404 0.192
#> SRR1085782 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375635 4 0.4194 0.6656 0.004 0.000 0.012 0.708 0.276
#> SRR661133 5 0.5840 -0.0785 0.096 0.000 0.416 0.000 0.488
#> SRR1357523 1 0.0510 0.8348 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1415732 4 0.0609 0.6365 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 5 0.3837 0.3707 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1454803 1 0.1792 0.7820 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1468381 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0510 0.7404 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1434138 4 0.4275 0.6638 0.008 0.000 0.008 0.696 0.288
#> SRR1456950 4 0.4624 0.6429 0.024 0.000 0.000 0.636 0.340
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.1216 0.6304 0.000 0.000 0.020 0.960 0.020
#> SRR1355040 1 0.2970 0.7034 0.828 0.000 0.000 0.004 0.168
#> SRR1409351 4 0.4522 0.6519 0.024 0.000 0.000 0.660 0.316
#> SRR1085495 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 5 0.6459 0.4401 0.244 0.000 0.256 0.000 0.500
#> SRR1500868 5 0.4402 0.3001 0.352 0.000 0.000 0.012 0.636
#> SRR1476279 4 0.4252 0.6652 0.000 0.000 0.020 0.700 0.280
#> SRR627429 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 5 0.5157 -0.1735 0.040 0.000 0.440 0.000 0.520
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1430 0.7364 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1440986 1 0.0290 0.8400 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357189 4 0.5037 0.3481 0.000 0.000 0.376 0.584 0.040
#> SRR1319837 3 0.4537 0.4930 0.012 0.000 0.592 0.000 0.396
#> SRR1491311 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487295 4 0.6672 -0.2637 0.000 0.000 0.232 0.392 0.376
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3607 0.6918 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR1440058 1 0.4009 0.5215 0.684 0.000 0.000 0.004 0.312
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.3949 0.5973 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR607337 1 0.3661 0.5742 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.3519 0.7207 0.000 0.000 0.776 0.008 0.216
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0703 0.7447 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1387989 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383018 3 0.2179 0.7465 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1441701 3 0.0609 0.7368 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1368772 1 0.6785 -0.3024 0.388 0.000 0.304 0.000 0.308
#> SRR664819 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 3 0.4366 0.5878 0.016 0.000 0.664 0.000 0.320
#> SRR614083 3 0.2329 0.7453 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1310623 3 0.0290 0.7378 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420625 3 0.6173 0.1226 0.000 0.000 0.468 0.396 0.136
#> SRR816721 4 0.4696 0.6348 0.024 0.000 0.000 0.616 0.360
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.3333 0.6652 0.004 0.000 0.000 0.788 0.208
#> SRR1418992 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2424 0.7297 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1399028 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.4118 0.4677 0.660 0.000 0.000 0.004 0.336
#> SRR1402900 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.3913 0.5902 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR664842 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR662342 2 0.0703 0.9818 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR665502 3 0.2813 0.7350 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR657891 5 0.3246 0.4793 0.024 0.000 0.120 0.008 0.848
#> SRR1421305 4 0.5410 0.4143 0.000 0.000 0.344 0.584 0.072
#> SRR1335707 5 0.6338 0.3888 0.044 0.000 0.088 0.280 0.588
#> SRR1401276 3 0.4953 0.4069 0.028 0.000 0.532 0.000 0.440
#> SRR627421 5 0.4696 -0.2319 0.016 0.000 0.428 0.000 0.556
#> SRR1311575 5 0.3999 0.3175 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1475675 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661995 3 0.4030 0.6064 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1471922 4 0.5077 0.3135 0.000 0.000 0.392 0.568 0.040
#> SRR1077687 5 0.4799 0.5110 0.204 0.000 0.072 0.004 0.720
#> SRR821602 3 0.3586 0.6799 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR608718 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.6537 0.0788 0.000 0.000 0.404 0.400 0.196
#> SRR1437555 1 0.6271 -0.2034 0.440 0.000 0.148 0.000 0.412
#> SRR810571 3 0.1965 0.7485 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR664048 3 0.2561 0.7431 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1500998 4 0.0404 0.6339 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1320916 3 0.3242 0.7136 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1472150 4 0.6748 -0.2252 0.000 0.000 0.320 0.404 0.276
#> SRR1329090 5 0.4283 0.4027 0.292 0.000 0.012 0.004 0.692
#> SRR1317344 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817978 4 0.4654 0.6436 0.000 0.000 0.024 0.628 0.348
#> SRR1324371 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.3566 0.5033 0.052 0.000 0.080 0.020 0.848
#> SRR1321462 4 0.4206 0.6611 0.016 0.000 0.000 0.696 0.288
#> SRR1387264 5 0.5617 0.1990 0.412 0.000 0.056 0.008 0.524
#> SRR1468141 3 0.3003 0.7238 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1486097 1 0.0162 0.8404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608002 1 0.0290 0.8402 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360563 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1341 0.7479 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR604050 3 0.3837 0.6675 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR600385 3 0.4430 0.4255 0.004 0.000 0.540 0.000 0.456
#> SRR1430248 3 0.4009 0.6777 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1352975 5 0.4282 0.5005 0.172 0.000 0.028 0.024 0.776
#> SRR1457221 4 0.5556 0.2367 0.000 0.000 0.404 0.524 0.072
#> SRR807591 1 0.0404 0.8399 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0510 0.6259 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR660895 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655111 3 0.1544 0.7481 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1336006 4 0.0880 0.6399 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR613114 3 0.0404 0.7390 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR608368 4 0.0404 0.6339 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1315269 5 0.4507 0.3221 0.340 0.000 0.004 0.012 0.644
#> SRR1435020 1 0.0510 0.8366 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337564 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315019 4 0.6571 -0.2430 0.000 0.000 0.392 0.404 0.204
#> SRR1370173 3 0.5360 0.2150 0.000 0.000 0.556 0.384 0.060
#> SRR1408327 4 0.2573 0.5524 0.000 0.000 0.016 0.880 0.104
#> SRR1405485 5 0.4323 0.3361 0.332 0.000 0.000 0.012 0.656
#> SRR812012 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.5505 0.6151 0.092 0.000 0.000 0.604 0.304
#> SRR1469495 3 0.6510 0.2972 0.000 0.000 0.484 0.232 0.284
#> SRR1378841 4 0.6655 -0.2523 0.000 0.000 0.228 0.404 0.368
#> SRR1375616 4 0.0963 0.6157 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1381566 4 0.4696 0.6369 0.024 0.000 0.000 0.616 0.360
#> SRR1432123 1 0.0290 0.8402 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370405 4 0.4990 0.3331 0.000 0.000 0.384 0.580 0.036
#> SRR1099499 1 0.6571 -0.1692 0.452 0.000 0.180 0.004 0.364
#> SRR659331 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4734 0.3766 0.000 0.000 0.372 0.604 0.024
#> SRR1468974 4 0.6715 -0.2170 0.000 0.000 0.360 0.392 0.248
#> SRR1470111 4 0.1701 0.5981 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048
#> SRR1079168 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338584 3 0.1851 0.7486 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1329551 3 0.1851 0.7482 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR662871 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.4310 0.3185 0.604 0.000 0.000 0.004 0.392
#> SRR600560 4 0.4957 0.6354 0.044 0.000 0.000 0.624 0.332
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.3612 0.6777 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1487107 4 0.4668 0.6358 0.024 0.000 0.000 0.624 0.352
#> SRR1348159 1 0.3039 0.6910 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1356036 3 0.4366 0.5956 0.016 0.000 0.664 0.000 0.320
#> SRR614443 3 0.0609 0.7439 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1314958 5 0.4430 0.2854 0.360 0.000 0.000 0.012 0.628
#> SRR1341702 5 0.6315 0.0742 0.156 0.000 0.396 0.000 0.448
#> SRR1444678 5 0.4905 0.3128 0.344 0.000 0.008 0.024 0.624
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 5 0.5631 -0.1206 0.076 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR1467364 2 0.0162 0.9967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078879 3 0.3210 0.7142 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1468955 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0404 0.8360 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR812436 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312103 4 0.4035 0.6585 0.000 0.000 0.060 0.784 0.156
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.3242 0.7174 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR660933 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488651 5 0.5834 0.2922 0.016 0.000 0.060 0.396 0.528
#> SRR1359388 4 0.5097 0.6330 0.056 0.000 0.000 0.624 0.320
#> SRR817686 3 0.0955 0.7355 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1429162 3 0.3857 0.6048 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR612380 4 0.5390 0.4243 0.000 0.000 0.324 0.600 0.076
#> SRR817905 4 0.4706 0.6449 0.004 0.000 0.020 0.632 0.344
#> SRR1337909 5 0.3916 0.4303 0.256 0.000 0.000 0.012 0.732
#> SRR661723 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314163 5 0.5646 0.2387 0.400 0.000 0.068 0.004 0.528
#> SRR1489155 4 0.6743 -0.2387 0.000 0.000 0.340 0.396 0.264
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.3612 0.6777 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 4 0.4755 0.2851 0.000 0.000 0.060 0.696 0.244
#> SRR820078 1 0.3351 0.7079 0.828 0.000 0.020 0.004 0.148
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0510 0.7381 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR820468 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.4733 0.6364 0.028 0.000 0.000 0.624 0.348
#> SRR1396078 3 0.4640 0.5237 0.000 0.000 0.584 0.016 0.400
#> SRR1443612 3 0.1041 0.7337 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1470902 4 0.4207 0.6650 0.008 0.000 0.008 0.708 0.276
#> SRR1362777 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413522 5 0.5524 -0.1147 0.068 0.000 0.416 0.000 0.516
#> SRR1073143 1 0.6719 -0.3131 0.380 0.000 0.372 0.000 0.248
#> SRR1444622 5 0.6571 0.1264 0.000 0.000 0.204 0.396 0.400
#> SRR662570 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.3468 0.5057 0.048 0.000 0.092 0.012 0.848
#> SRR1323043 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0162 0.6312 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.1410 0.7477 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR603596 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.6438 0.2752 0.000 0.000 0.496 0.292 0.212
#> SRR615467 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660638 3 0.2929 0.7342 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1360383 3 0.3274 0.7132 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1354577 4 0.0510 0.6265 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR608230 3 0.1671 0.7485 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1320873 3 0.4709 0.5214 0.024 0.000 0.612 0.000 0.364
#> SRR1336379 4 0.5087 0.6301 0.028 0.000 0.008 0.588 0.376
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR1477634 4 0.5006 0.6348 0.048 0.000 0.000 0.624 0.328
#> SRR1444876 4 0.5708 0.1991 0.000 0.000 0.412 0.504 0.084
#> SRR1101421 1 0.6754 -0.2457 0.424 0.000 0.192 0.008 0.376
#> SRR613354 3 0.3452 0.6921 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.3999 0.6203 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1324431 4 0.4746 0.6342 0.024 0.000 0.000 0.600 0.376
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 5 0.4695 -0.3512 0.004 0.000 0.464 0.008 0.524
#> SRR655684 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.4431 0.4834 0.024 0.000 0.092 0.092 0.792
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 5 0.5378 0.1854 0.024 0.000 0.352 0.028 0.596
#> SRR1087031 4 0.5165 0.3450 0.000 0.000 0.376 0.576 0.048
#> SRR1489177 4 0.3675 0.5730 0.000 0.000 0.188 0.788 0.024
#> SRR1350525 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440517 3 0.4249 0.4632 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1320093 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.3710 0.6934 0.808 0.000 0.048 0.000 0.144
#> SRR604318 3 0.4030 0.6098 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1320280 1 0.1851 0.7802 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1082262 1 0.0290 0.8397 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379238 5 0.4564 0.2293 0.388 0.000 0.008 0.004 0.600
#> SRR1385080 4 0.4360 0.6574 0.020 0.000 0.000 0.680 0.300
#> SRR1316921 3 0.4508 0.5846 0.020 0.000 0.648 0.000 0.332
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.4268 0.0848 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1498272 1 0.0510 0.8375 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR814989 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1320892 3 0.4060 0.6166 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR818418 5 0.3470 0.4953 0.032 0.000 0.100 0.020 0.848
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.3508 0.6899 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1079281 4 0.2179 0.6554 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR656493 3 0.3752 0.6647 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1328599 3 0.2329 0.7464 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR655218 3 0.4402 0.5459 0.012 0.000 0.636 0.000 0.352
#> SRR1416754 5 0.4962 0.3335 0.332 0.000 0.012 0.024 0.632
#> SRR1488562 3 0.4420 0.4549 0.004 0.000 0.548 0.000 0.448
#> SRR1084842 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819999 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4152 0.6549 0.000 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR1468514 1 0.0162 0.8411 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499823 3 0.6142 0.1289 0.000 0.000 0.472 0.396 0.132
#> SRR1481216 1 0.0162 0.8412 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474065 4 0.5213 0.6295 0.064 0.000 0.000 0.616 0.320
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.6472 0.3038 0.040 0.000 0.076 0.396 0.488
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.3519 0.6657 0.008 0.000 0.000 0.776 0.216
#> SRR1415095 3 0.5834 0.4569 0.000 0.000 0.544 0.108 0.348
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 5 0.6687 0.3968 0.324 0.000 0.252 0.000 0.424
#> SRR597927 4 0.5470 0.6170 0.092 0.000 0.000 0.612 0.296
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.6537 0.1391 0.000 0.000 0.196 0.400 0.404
#> SRR1490019 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476676 1 0.3074 0.6817 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR663261 4 0.4576 0.3750 0.000 0.000 0.376 0.608 0.016
#> SRR1432343 4 0.4639 0.6409 0.024 0.000 0.000 0.632 0.344
#> SRR1459585 3 0.6207 0.1133 0.000 0.000 0.460 0.400 0.140
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.3586 0.6808 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR612443 3 0.3612 0.6907 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1473936 3 0.2424 0.7465 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1455698 4 0.0404 0.6273 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1331335 1 0.3210 0.6628 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR659187 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR1417912 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.6368 0.2681 0.016 0.000 0.108 0.392 0.484
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.3461 0.6412 0.772 0.000 0.000 0.004 0.224
#> SRR615934 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1411024 4 0.4522 0.6542 0.024 0.000 0.000 0.660 0.316
#> SRR1469904 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311794 5 0.6571 0.2910 0.392 0.000 0.204 0.000 0.404
#> SRR657754 1 0.3814 0.5703 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276
#> SRR1464451 1 0.0162 0.8404 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443895 4 0.0510 0.6312 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1444460 5 0.6447 0.1036 0.180 0.000 0.380 0.000 0.440
#> SRR1333587 3 0.3636 0.6575 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.2806 0.6618 0.000 0.000 0.004 0.844 0.152
#> SRR1366433 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR1480479 4 0.4096 0.6666 0.004 0.000 0.012 0.724 0.260
#> SRR1470175 5 0.4962 -0.2930 0.016 0.000 0.432 0.008 0.544
#> SRR598768 1 0.4251 0.4058 0.624 0.000 0.000 0.004 0.372
#> SRR1335400 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418923 4 0.4654 0.6386 0.024 0.000 0.000 0.628 0.348
#> SRR820133 3 0.6100 0.2155 0.000 0.000 0.500 0.368 0.132
#> SRR1348424 3 0.0609 0.7391 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1382956 4 0.6752 -0.2250 0.000 0.000 0.280 0.404 0.316
#> SRR1339549 4 0.0404 0.6339 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR821434 4 0.5987 0.4966 0.000 0.000 0.236 0.584 0.180
#> SRR662546 4 0.5037 0.3481 0.000 0.000 0.376 0.584 0.040
#> SRR1319816 3 0.6253 0.1259 0.000 0.000 0.464 0.388 0.148
#> SRR1078347 3 0.3612 0.6777 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1435293 5 0.6453 0.5221 0.200 0.000 0.124 0.056 0.620
#> SRR1408208 1 0.0290 0.8387 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1332317 3 0.6486 0.2522 0.000 0.000 0.492 0.272 0.236
#> SRR1499193 5 0.4687 0.3507 0.336 0.000 0.028 0.000 0.636
#> SRR1467294 3 0.4886 0.6503 0.000 0.000 0.712 0.100 0.188
#> SRR1359649 3 0.4306 0.5590 0.000 0.000 0.660 0.012 0.328
#> SRR1335688 3 0.0609 0.7419 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1370129 3 0.1671 0.7510 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1321966 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488672 1 0.0404 0.8358 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343197 4 0.1205 0.6111 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1416999 1 0.4299 0.4984 0.672 0.000 0.004 0.008 0.316
#> SRR1334564 1 0.0000 0.8419 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498861 5 0.5467 -0.1212 0.064 0.000 0.412 0.000 0.524
#> SRR1317877 1 0.1121 0.8195 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1329885 3 0.2424 0.7433 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1459718 1 0.0162 0.8407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615731 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR602622 4 0.5010 0.3202 0.000 0.000 0.392 0.572 0.036
#> SRR1487685 5 0.5175 -0.2482 0.040 0.000 0.464 0.000 0.496
#> SRR1455925 1 0.0510 0.8368 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1390516 3 0.1430 0.7430 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1313932 4 0.4608 0.6446 0.024 0.000 0.000 0.640 0.336
#> SRR603397 3 0.0162 0.7363 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099023 4 0.0963 0.6157 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0404 0.7396 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334741 4 0.1732 0.6502 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR656564 5 0.5636 0.4947 0.148 0.000 0.184 0.008 0.660
#> SRR608174 4 0.4742 0.6444 0.012 0.000 0.012 0.632 0.344
#> SRR1320963 1 0.4446 0.1555 0.520 0.000 0.000 0.004 0.476
#> SRR661973 1 0.0794 0.8276 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR598533 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0162 0.9967 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480365 5 0.4440 0.0388 0.468 0.000 0.000 0.004 0.528
#> SRR602927 1 0.6714 -0.2868 0.404 0.000 0.344 0.000 0.252
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9994 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 5 0.6360 0.0866 0.164 0.000 0.388 0.000 0.448
#> SRR1475909 3 0.3913 0.5901 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3468 6.43e-01 0.000 0.000 0.804 0.000 0.128 0.068
#> SRR1333930 1 0.6055 3.69e-01 0.600 0.000 0.024 0.036 0.244 0.096
#> SRR1085850 1 0.3758 7.55e-01 0.792 0.000 0.000 0.068 0.132 0.008
#> SRR1379450 4 0.1082 6.69e-01 0.004 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 5 0.7909 3.06e-01 0.148 0.000 0.140 0.184 0.456 0.072
#> SRR1077405 5 0.6000 -1.21e-01 0.000 0.000 0.300 0.044 0.544 0.112
#> SRR1330061 4 0.5109 5.58e-01 0.000 0.000 0.000 0.580 0.316 0.104
#> SRR662725 4 0.5740 4.19e-01 0.000 0.000 0.216 0.604 0.032 0.148
#> SRR1313951 4 0.6971 5.57e-03 0.000 0.000 0.268 0.428 0.076 0.228
#> SRR1339218 4 0.1155 6.44e-01 0.004 0.000 0.000 0.956 0.036 0.004
#> SRR1417505 4 0.1908 6.77e-01 0.000 0.000 0.000 0.916 0.056 0.028
#> SRR1407134 5 0.5738 2.61e-01 0.008 0.000 0.080 0.376 0.516 0.020
#> SRR1457418 2 0.0146 9.46e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331289 4 0.6305 4.76e-01 0.000 0.000 0.032 0.464 0.340 0.164
#> SRR1075898 4 0.1657 6.75e-01 0.000 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016
#> SRR1498482 3 0.0725 6.39e-01 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1359673 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1439873 1 0.0551 8.76e-01 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1402239 2 0.3607 6.67e-01 0.000 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1335254 4 0.1528 6.37e-01 0.016 0.000 0.000 0.936 0.048 0.000
#> SRR1352706 5 0.6097 -1.11e-01 0.000 0.000 0.292 0.056 0.544 0.108
#> SRR1436966 5 0.6126 -1.31e-01 0.000 0.000 0.312 0.048 0.524 0.116
#> SRR614802 5 0.7684 1.47e-01 0.280 0.000 0.244 0.020 0.356 0.100
#> SRR1388979 4 0.5673 4.18e-01 0.000 0.000 0.216 0.608 0.028 0.148
#> SRR1396595 1 0.6310 3.87e-01 0.584 0.000 0.016 0.104 0.232 0.064
#> SRR1340508 1 0.1972 8.39e-01 0.916 0.000 0.000 0.056 0.024 0.004
#> SRR1360868 3 0.4554 6.19e-01 0.000 0.000 0.712 0.004 0.160 0.124
#> SRR1440699 3 0.1930 6.26e-01 0.000 0.000 0.916 0.000 0.036 0.048
#> SRR1389059 3 0.5162 1.05e-01 0.000 0.000 0.552 0.012 0.372 0.064
#> SRR1083100 3 0.6541 2.69e-01 0.020 0.000 0.464 0.036 0.364 0.116
#> SRR1348861 4 0.4904 5.70e-01 0.000 0.000 0.000 0.600 0.316 0.084
#> SRR1072367 3 0.4754 5.63e-01 0.000 0.000 0.668 0.004 0.236 0.092
#> SRR1468403 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1417070 4 0.6877 1.51e-01 0.000 0.000 0.336 0.404 0.068 0.192
#> SRR1390601 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0653 6.66e-01 0.004 0.000 0.004 0.980 0.000 0.012
#> SRR1315761 4 0.1471 6.74e-01 0.000 0.000 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR1392637 4 0.1082 6.69e-01 0.004 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000
#> SRR810957 2 0.2996 8.01e-01 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1458422 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.6368 5.43e-01 0.000 0.000 0.124 0.564 0.212 0.100
#> SRR1470212 3 0.4680 5.14e-01 0.000 0.000 0.652 0.000 0.084 0.264
#> SRR1433971 1 0.0146 8.77e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR598124 3 0.5458 4.52e-01 0.000 0.000 0.560 0.032 0.344 0.064
#> SRR615141 4 0.4323 6.55e-01 0.000 0.000 0.012 0.740 0.172 0.076
#> SRR601122 4 0.1616 6.75e-01 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.048
#> SRR1397008 5 0.3621 1.54e-01 0.008 0.000 0.084 0.072 0.824 0.012
#> SRR1358561 5 0.6758 -4.37e-01 0.000 0.000 0.056 0.368 0.388 0.188
#> SRR1498640 5 0.6621 2.20e-01 0.008 0.000 0.132 0.328 0.476 0.056
#> SRR1429957 4 0.6577 2.51e-01 0.000 0.000 0.308 0.452 0.044 0.196
#> SRR1452292 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.2448 6.61e-01 0.000 0.000 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR1394936 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 5 0.6044 3.15e-01 0.204 0.000 0.000 0.320 0.468 0.008
#> SRR659121 4 0.4178 6.03e-01 0.000 0.000 0.108 0.772 0.020 0.100
#> SRR1330656 3 0.5727 2.79e-01 0.000 0.000 0.476 0.004 0.372 0.148
#> SRR1388305 5 0.5319 3.49e-01 0.084 0.000 0.008 0.300 0.600 0.008
#> SRR1406917 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.1480 6.51e-01 0.000 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR1311086 1 0.1124 8.67e-01 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR655375 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.4236 5.97e-01 0.000 0.000 0.000 0.656 0.308 0.036
#> SRR661325 4 0.2249 6.37e-01 0.004 0.000 0.000 0.900 0.064 0.032
#> SRR1439807 1 0.0717 8.74e-01 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1352129 2 0.2969 8.04e-01 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1406561 4 0.1524 6.51e-01 0.008 0.000 0.000 0.932 0.060 0.000
#> SRR1394713 4 0.4408 5.82e-01 0.000 0.000 0.000 0.636 0.320 0.044
#> SRR1403875 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.6083 2.75e-01 0.000 0.000 0.452 0.048 0.408 0.092
#> SRR1436444 2 0.3175 7.75e-01 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1084649 5 0.6362 3.59e-01 0.132 0.000 0.020 0.288 0.532 0.028
#> SRR1500405 4 0.5420 5.60e-01 0.000 0.000 0.016 0.560 0.336 0.088
#> SRR1354446 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.5458 4.92e-01 0.000 0.000 0.576 0.008 0.288 0.128
#> SRR1444559 4 0.5631 5.14e-01 0.000 0.000 0.004 0.516 0.336 0.144
#> SRR1381543 4 0.5046 6.11e-01 0.000 0.000 0.100 0.712 0.060 0.128
#> SRR1402513 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.3785 6.44e-01 0.000 0.000 0.780 0.004 0.152 0.064
#> SRR660007 3 0.4322 6.35e-01 0.000 0.000 0.736 0.004 0.152 0.108
#> SRR655649 4 0.2034 6.37e-01 0.004 0.000 0.000 0.912 0.060 0.024
#> SRR1437306 6 0.7422 4.96e-01 0.000 0.000 0.252 0.252 0.132 0.364
#> SRR657731 3 0.5303 4.42e-01 0.000 0.000 0.608 0.008 0.260 0.124
#> SRR661005 5 0.6881 2.70e-01 0.028 0.000 0.156 0.172 0.556 0.088
#> SRR600608 1 0.2803 8.15e-01 0.864 0.000 0.000 0.048 0.084 0.004
#> SRR655923 3 0.6269 2.95e-01 0.000 0.000 0.588 0.164 0.144 0.104
#> SRR1334717 3 0.6498 4.12e-01 0.020 0.000 0.504 0.016 0.248 0.212
#> SRR1401552 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.4170 5.97e-01 0.000 0.000 0.000 0.660 0.308 0.032
#> SRR1082759 4 0.5574 5.02e-01 0.000 0.000 0.000 0.504 0.344 0.152
#> SRR1340420 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 5 0.8176 2.20e-01 0.316 0.000 0.136 0.120 0.344 0.084
#> SRR1316815 1 0.3923 7.16e-01 0.772 0.000 0.000 0.144 0.080 0.004
#> SRR1072797 3 0.5550 4.08e-01 0.000 0.000 0.512 0.008 0.368 0.112
#> SRR612455 3 0.5188 4.88e-01 0.000 0.000 0.588 0.000 0.124 0.288
#> SRR818210 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.4894 5.96e-01 0.000 0.000 0.680 0.008 0.180 0.132
#> SRR1387178 5 0.5948 3.41e-01 0.148 0.000 0.008 0.368 0.472 0.004
#> SRR660498 2 0.2969 8.04e-01 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1403831 4 0.1152 6.70e-01 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.6410 3.39e-01 0.048 0.000 0.068 0.268 0.568 0.048
#> SRR657348 4 0.3047 6.12e-01 0.004 0.000 0.004 0.852 0.048 0.092
#> SRR662091 5 0.3718 1.77e-01 0.040 0.000 0.052 0.080 0.824 0.004
#> SRR608598 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663320 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 5 0.6167 2.47e-02 0.004 0.000 0.328 0.032 0.508 0.128
#> SRR1361567 1 0.4132 7.01e-01 0.756 0.000 0.000 0.136 0.104 0.004
#> SRR819134 5 0.8151 2.55e-01 0.296 0.000 0.108 0.172 0.352 0.072
#> SRR1311400 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.5303 5.51e-01 0.000 0.000 0.000 0.548 0.332 0.120
#> SRR661433 5 0.6393 -1.98e-01 0.000 0.000 0.376 0.040 0.432 0.152
#> SRR1453341 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.5808 5.38e-01 0.000 0.000 0.016 0.532 0.312 0.140
#> SRR1319539 3 0.5684 4.80e-01 0.000 0.000 0.580 0.024 0.272 0.124
#> SRR1343841 1 0.1268 8.67e-01 0.952 0.000 0.000 0.008 0.036 0.004
#> SRR665563 4 0.5746 5.64e-01 0.000 0.000 0.028 0.556 0.308 0.108
#> SRR1487321 5 0.5679 3.30e-01 0.176 0.000 0.000 0.324 0.500 0.000
#> SRR1312428 5 0.6251 3.55e-01 0.072 0.000 0.040 0.248 0.592 0.048
#> SRR657587 4 0.1155 6.44e-01 0.004 0.000 0.000 0.956 0.036 0.004
#> SRR1337412 5 0.3768 1.65e-01 0.012 0.000 0.072 0.096 0.812 0.008
#> SRR1474466 4 0.6665 1.89e-01 0.000 0.000 0.272 0.432 0.040 0.256
#> SRR1466993 1 0.0603 8.75e-01 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1358102 5 0.5853 1.04e-01 0.020 0.000 0.312 0.008 0.552 0.108
#> SRR1455171 3 0.1074 6.53e-01 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR627299 2 0.2527 8.45e-01 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR660733 5 0.6179 -9.00e-02 0.004 0.000 0.368 0.036 0.480 0.112
#> SRR817758 3 0.5959 3.21e-01 0.000 0.000 0.468 0.032 0.396 0.104
#> SRR821019 3 0.1644 6.53e-01 0.000 0.000 0.932 0.000 0.028 0.040
#> SRR1330675 4 0.2445 6.73e-01 0.000 0.000 0.000 0.872 0.108 0.020
#> SRR1433644 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.7235 1.27e-01 0.000 0.000 0.136 0.356 0.352 0.156
#> SRR604074 3 0.5083 5.11e-01 0.000 0.000 0.604 0.000 0.116 0.280
#> SRR1322291 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.6813 -1.76e-01 0.000 0.000 0.088 0.244 0.484 0.184
#> SRR820209 3 0.6330 3.97e-01 0.000 0.000 0.584 0.136 0.156 0.124
#> SRR1331841 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.3578 6.08e-01 0.004 0.000 0.032 0.832 0.080 0.052
#> SRR1350456 1 0.2451 8.24e-01 0.888 0.000 0.000 0.068 0.040 0.004
#> SRR1472079 4 0.4299 5.96e-01 0.000 0.000 0.000 0.652 0.308 0.040
#> SRR1500537 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2442 6.45e-01 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048 0.068
#> SRR1403958 4 0.0692 6.66e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1322270 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 5 0.7906 3.10e-01 0.180 0.000 0.124 0.156 0.460 0.080
#> SRR1334847 3 0.5218 5.15e-01 0.000 0.000 0.600 0.004 0.280 0.116
#> SRR1421093 5 0.6077 -1.44e-01 0.000 0.000 0.360 0.052 0.496 0.092
#> SRR1085782 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1466357 2 0.2912 8.10e-01 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR597977 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1375635 4 0.2784 6.76e-01 0.000 0.000 0.020 0.876 0.040 0.064
#> SRR661133 5 0.5957 1.41e-01 0.032 0.000 0.304 0.008 0.556 0.100
#> SRR1357523 1 0.0363 8.75e-01 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1415732 4 0.4526 6.07e-01 0.000 0.000 0.004 0.656 0.288 0.052
#> SRR1434250 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 5 0.5575 3.43e-01 0.132 0.000 0.000 0.312 0.548 0.008
#> SRR1454803 1 0.2135 8.16e-01 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1468381 4 0.1668 6.42e-01 0.004 0.000 0.000 0.928 0.060 0.008
#> SRR1447986 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0935 6.40e-01 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1434138 4 0.2657 6.75e-01 0.000 0.000 0.020 0.880 0.024 0.076
#> SRR1456950 4 0.1349 6.59e-01 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1400375 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.5240 5.87e-01 0.000 0.000 0.024 0.604 0.304 0.068
#> SRR1355040 1 0.4447 6.86e-01 0.736 0.000 0.000 0.104 0.148 0.012
#> SRR1409351 4 0.0951 6.69e-01 0.004 0.000 0.000 0.968 0.020 0.008
#> SRR1085495 1 0.0146 8.77e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR604026 5 0.7149 3.35e-01 0.088 0.000 0.092 0.184 0.552 0.084
#> SRR1500868 5 0.5836 3.32e-01 0.164 0.000 0.000 0.324 0.504 0.008
#> SRR1476279 4 0.2186 6.75e-01 0.000 0.000 0.008 0.908 0.036 0.048
#> SRR627429 2 0.3221 7.67e-01 0.000 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR660969 5 0.6201 1.72e-01 0.004 0.000 0.268 0.064 0.560 0.104
#> SRR1335377 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.2376 6.21e-01 0.000 0.000 0.888 0.000 0.044 0.068
#> SRR1440986 1 0.0363 8.76e-01 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1357189 4 0.6008 3.28e-01 0.000 0.000 0.260 0.548 0.028 0.164
#> SRR1319837 3 0.6746 1.95e-01 0.024 0.000 0.408 0.036 0.400 0.132
#> SRR1491311 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1487295 5 0.5100 -4.67e-02 0.000 0.000 0.224 0.072 0.668 0.036
#> SRR1415215 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.4451 5.74e-01 0.000 0.000 0.724 0.004 0.124 0.148
#> SRR1440058 1 0.5908 1.85e-01 0.484 0.000 0.000 0.200 0.312 0.004
#> SRR1389979 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.5428 4.81e-01 0.000 0.000 0.568 0.008 0.308 0.116
#> SRR607337 1 0.5069 5.00e-01 0.624 0.000 0.000 0.264 0.108 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.5215 5.77e-01 0.000 0.000 0.636 0.008 0.212 0.144
#> SRR1465132 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.1564 6.53e-01 0.000 0.000 0.936 0.000 0.024 0.040
#> SRR1387989 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1383018 3 0.3658 6.47e-01 0.000 0.000 0.792 0.000 0.104 0.104
#> SRR1441701 3 0.1616 6.22e-01 0.000 0.000 0.932 0.000 0.020 0.048
#> SRR1368772 5 0.8292 2.07e-01 0.316 0.000 0.120 0.136 0.328 0.100
#> SRR664819 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 3 0.6333 4.05e-01 0.020 0.000 0.512 0.016 0.300 0.152
#> SRR614083 3 0.4279 6.30e-01 0.000 0.000 0.740 0.004 0.152 0.104
#> SRR1310623 3 0.0806 6.43e-01 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1420625 3 0.6159 -7.26e-02 0.000 0.000 0.452 0.044 0.396 0.108
#> SRR816721 4 0.1082 6.48e-01 0.004 0.000 0.000 0.956 0.040 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1908 6.74e-01 0.000 0.000 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR1418992 1 0.0363 8.77e-01 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2664 5.96e-01 0.000 0.000 0.848 0.000 0.016 0.136
#> SRR1399028 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.5175 4.16e-01 0.588 0.000 0.000 0.308 0.100 0.004
#> SRR1402900 1 0.0508 8.76e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1485290 2 0.2941 8.07e-01 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1456514 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.5531 4.33e-01 0.000 0.000 0.544 0.012 0.336 0.108
#> SRR664842 4 0.0837 6.55e-01 0.004 0.000 0.000 0.972 0.020 0.004
#> SRR662342 2 0.3634 6.56e-01 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR665502 3 0.4908 5.87e-01 0.000 0.000 0.664 0.004 0.208 0.124
#> SRR657891 5 0.6183 2.46e-01 0.008 0.000 0.104 0.352 0.500 0.036
#> SRR1421305 4 0.6576 2.86e-01 0.000 0.000 0.276 0.480 0.052 0.192
#> SRR1335707 5 0.4936 2.57e-01 0.008 0.000 0.052 0.264 0.660 0.016
#> SRR1401276 5 0.7808 -9.21e-03 0.076 0.000 0.276 0.068 0.412 0.168
#> SRR627421 5 0.5911 3.07e-02 0.008 0.000 0.328 0.012 0.524 0.128
#> SRR1311575 5 0.5583 3.43e-01 0.148 0.000 0.000 0.308 0.540 0.004
#> SRR1475675 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR661995 3 0.5358 5.33e-01 0.000 0.000 0.596 0.008 0.272 0.124
#> SRR1471922 4 0.6397 2.05e-01 0.000 0.000 0.320 0.460 0.032 0.188
#> SRR1077687 5 0.6160 3.51e-01 0.068 0.000 0.028 0.296 0.564 0.044
#> SRR821602 3 0.4121 5.83e-01 0.000 0.000 0.720 0.000 0.220 0.060
#> SRR608718 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.6264 -1.64e-01 0.000 0.000 0.360 0.048 0.472 0.120
#> SRR1437555 5 0.7469 2.33e-01 0.356 0.000 0.036 0.140 0.384 0.084
#> SRR810571 3 0.2812 6.54e-01 0.000 0.000 0.856 0.000 0.048 0.096
#> SRR664048 3 0.3867 6.47e-01 0.000 0.000 0.780 0.004 0.128 0.088
#> SRR1500998 4 0.4476 5.93e-01 0.000 0.000 0.000 0.640 0.308 0.052
#> SRR1320916 3 0.5007 5.65e-01 0.000 0.000 0.640 0.004 0.244 0.112
#> SRR1472150 5 0.5951 -1.23e-01 0.000 0.000 0.300 0.068 0.556 0.076
#> SRR1329090 5 0.5533 3.54e-01 0.116 0.000 0.008 0.300 0.572 0.004
#> SRR1317344 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.2644 6.48e-01 0.000 0.000 0.052 0.880 0.008 0.060
#> SRR1324371 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.5326 3.05e-01 0.028 0.000 0.036 0.376 0.552 0.008
#> SRR1321462 4 0.1500 6.74e-01 0.000 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1387264 5 0.7815 2.64e-01 0.296 0.000 0.068 0.244 0.344 0.048
#> SRR1468141 3 0.3566 6.16e-01 0.000 0.000 0.800 0.000 0.096 0.104
#> SRR1486097 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.1267 8.57e-01 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0909 6.50e-01 0.000 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR604050 3 0.5415 5.42e-01 0.000 0.000 0.604 0.008 0.236 0.152
#> SRR600385 5 0.6147 -2.01e-01 0.000 0.000 0.392 0.024 0.436 0.148
#> SRR1430248 3 0.5071 1.08e-01 0.000 0.000 0.480 0.000 0.076 0.444
#> SRR1352975 5 0.5083 3.38e-01 0.064 0.000 0.004 0.328 0.596 0.008
#> SRR1457221 4 0.6877 1.51e-01 0.000 0.000 0.336 0.404 0.068 0.192
#> SRR807591 1 0.1268 8.66e-01 0.952 0.000 0.000 0.008 0.036 0.004
#> SRR1407560 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.5722 5.19e-01 0.000 0.000 0.008 0.516 0.332 0.144
#> SRR660895 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR655111 3 0.2705 6.60e-01 0.000 0.000 0.872 0.004 0.072 0.052
#> SRR1336006 4 0.3841 6.26e-01 0.000 0.000 0.000 0.716 0.256 0.028
#> SRR613114 3 0.1700 6.33e-01 0.000 0.000 0.928 0.000 0.024 0.048
#> SRR608368 4 0.4170 5.98e-01 0.000 0.000 0.000 0.660 0.308 0.032
#> SRR1315269 5 0.5568 3.45e-01 0.128 0.000 0.000 0.320 0.544 0.008
#> SRR1435020 1 0.1951 8.48e-01 0.916 0.000 0.000 0.020 0.060 0.004
#> SRR1337564 1 0.0632 8.74e-01 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1315019 5 0.6137 -1.40e-01 0.000 0.000 0.336 0.052 0.508 0.104
#> SRR1370173 3 0.5493 1.49e-02 0.000 0.000 0.544 0.016 0.348 0.092
#> SRR1408327 4 0.6675 4.26e-01 0.000 0.000 0.056 0.420 0.352 0.172
#> SRR1405485 5 0.5642 3.41e-01 0.136 0.000 0.000 0.324 0.532 0.008
#> SRR812012 1 0.0291 8.76e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1370619 4 0.3156 6.07e-01 0.056 0.000 0.000 0.852 0.072 0.020
#> SRR1469495 3 0.7216 -3.18e-03 0.000 0.000 0.432 0.252 0.160 0.156
#> SRR1378841 5 0.5313 -3.52e-02 0.000 0.000 0.204 0.052 0.664 0.080
#> SRR1375616 4 0.6051 4.81e-01 0.000 0.000 0.020 0.480 0.348 0.152
#> SRR1381566 4 0.1924 6.61e-01 0.004 0.000 0.000 0.920 0.028 0.048
#> SRR1432123 1 0.1333 8.62e-01 0.944 0.000 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR1370405 4 0.6317 2.82e-01 0.000 0.000 0.276 0.504 0.036 0.184
#> SRR1099499 5 0.8152 2.21e-01 0.328 0.000 0.112 0.140 0.336 0.084
#> SRR659331 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.6365 3.41e-01 0.000 0.000 0.264 0.512 0.044 0.180
#> SRR1468974 5 0.5797 -1.17e-01 0.000 0.000 0.308 0.044 0.560 0.088
#> SRR1470111 4 0.6119 4.49e-01 0.000 0.000 0.020 0.460 0.360 0.160
#> SRR1079168 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338584 3 0.1644 6.51e-01 0.000 0.000 0.932 0.000 0.028 0.040
#> SRR1329551 3 0.3301 6.55e-01 0.000 0.000 0.828 0.004 0.100 0.068
#> SRR662871 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.6055 2.64e-01 0.520 0.000 0.000 0.136 0.312 0.032
#> SRR600560 4 0.1590 6.37e-01 0.008 0.000 0.000 0.936 0.048 0.008
#> SRR1434867 2 0.0363 9.42e-01 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR599225 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.5246 5.35e-01 0.000 0.000 0.636 0.016 0.236 0.112
#> SRR1487107 4 0.1265 6.42e-01 0.008 0.000 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR1348159 1 0.3210 7.65e-01 0.812 0.000 0.000 0.036 0.152 0.000
#> SRR1356036 3 0.6152 4.23e-01 0.020 0.000 0.524 0.008 0.296 0.152
#> SRR614443 3 0.1564 6.56e-01 0.000 0.000 0.936 0.000 0.040 0.024
#> SRR1314958 5 0.5884 3.27e-01 0.172 0.000 0.000 0.324 0.496 0.008
#> SRR1341702 5 0.6589 2.03e-01 0.036 0.000 0.244 0.060 0.564 0.096
#> SRR1444678 5 0.5909 3.32e-01 0.156 0.000 0.000 0.340 0.492 0.012
#> SRR1350107 2 0.2664 8.34e-01 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1322010 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 5 0.6281 1.40e-01 0.024 0.000 0.292 0.028 0.544 0.112
#> SRR1467364 2 0.3023 7.99e-01 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1078879 3 0.3893 6.35e-01 0.000 0.000 0.768 0.000 0.140 0.092
#> SRR1468955 1 0.0260 8.76e-01 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0508 8.76e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR812436 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.3499 6.65e-01 0.000 0.000 0.020 0.824 0.104 0.052
#> SRR1429891 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.3822 6.24e-01 0.000 0.000 0.776 0.000 0.096 0.128
#> SRR660933 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3814 1.02e-01 0.016 0.000 0.048 0.056 0.828 0.052
#> SRR1359388 4 0.1590 6.37e-01 0.008 0.000 0.000 0.936 0.048 0.008
#> SRR817686 3 0.1921 6.16e-01 0.000 0.000 0.916 0.000 0.032 0.052
#> SRR1429162 3 0.5615 4.33e-01 0.000 0.000 0.548 0.016 0.324 0.112
#> SRR612380 4 0.5876 3.62e-01 0.000 0.000 0.248 0.576 0.032 0.144
#> SRR817905 4 0.0993 6.67e-01 0.000 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR1337909 5 0.5564 3.44e-01 0.112 0.000 0.004 0.320 0.556 0.008
#> SRR661723 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1314163 5 0.7535 2.80e-01 0.284 0.000 0.052 0.240 0.384 0.040
#> SRR1489155 5 0.6037 -1.11e-01 0.000 0.000 0.276 0.072 0.564 0.088
#> SRR1398992 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.4331 5.83e-01 0.000 0.000 0.704 0.000 0.220 0.076
#> SRR1472193 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.2996 8.01e-01 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1445238 5 0.6683 -3.29e-01 0.000 0.000 0.056 0.316 0.444 0.184
#> SRR820078 1 0.3668 7.63e-01 0.824 0.000 0.012 0.104 0.036 0.024
#> SRR1481462 2 0.2941 8.07e-01 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR819534 3 0.1461 6.26e-01 0.000 0.000 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR820468 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.1268 6.45e-01 0.004 0.000 0.000 0.952 0.036 0.008
#> SRR1396078 5 0.5492 -6.68e-02 0.000 0.000 0.352 0.036 0.552 0.060
#> SRR1443612 3 0.1845 6.13e-01 0.000 0.000 0.920 0.000 0.028 0.052
#> SRR1470902 4 0.2201 6.77e-01 0.000 0.000 0.000 0.896 0.028 0.076
#> SRR1362777 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1413522 5 0.6801 3.06e-01 0.044 0.000 0.104 0.188 0.576 0.088
#> SRR1073143 5 0.7677 1.44e-01 0.288 0.000 0.236 0.020 0.356 0.100
#> SRR1444622 5 0.4819 3.81e-02 0.000 0.000 0.164 0.096 0.712 0.028
#> SRR662570 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.5338 3.17e-01 0.032 0.000 0.036 0.324 0.596 0.012
#> SRR1323043 1 0.0458 8.75e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475022 4 0.4813 5.72e-01 0.000 0.000 0.000 0.608 0.316 0.076
#> SRR1080927 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.2380 6.60e-01 0.000 0.000 0.892 0.004 0.068 0.036
#> SRR603596 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.6997 -9.46e-05 0.000 0.000 0.456 0.256 0.104 0.184
#> SRR615467 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR660638 3 0.4710 5.99e-01 0.000 0.000 0.684 0.004 0.208 0.104
#> SRR1360383 3 0.5600 5.49e-01 0.000 0.000 0.624 0.040 0.224 0.112
#> SRR1354577 4 0.5860 5.23e-01 0.000 0.000 0.016 0.520 0.320 0.144
#> SRR608230 3 0.3148 6.57e-01 0.000 0.000 0.840 0.004 0.092 0.064
#> SRR1320873 3 0.6527 3.00e-01 0.028 0.000 0.452 0.012 0.352 0.156
#> SRR1336379 4 0.4012 5.89e-01 0.012 0.000 0.024 0.804 0.096 0.064
#> SRR1325665 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.1296 6.40e-01 0.004 0.000 0.000 0.948 0.044 0.004
#> SRR1477634 4 0.1477 6.36e-01 0.008 0.000 0.000 0.940 0.048 0.004
#> SRR1444876 4 0.6844 1.21e-01 0.000 0.000 0.324 0.400 0.056 0.220
#> SRR1101421 5 0.8170 2.48e-01 0.300 0.000 0.108 0.176 0.344 0.072
#> SRR613354 3 0.5074 5.58e-01 0.000 0.000 0.636 0.008 0.252 0.104
#> SRR1434782 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.5993 4.07e-01 0.000 0.000 0.512 0.032 0.336 0.120
#> SRR1324431 4 0.3012 6.10e-01 0.004 0.000 0.004 0.852 0.040 0.100
#> SRR1442356 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.4377 5.65e-01 0.008 0.000 0.100 0.000 0.156 0.736
#> SRR655684 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0146 8.74e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397073 5 0.5217 2.81e-01 0.004 0.000 0.056 0.348 0.576 0.016
#> SRR1455060 2 0.3175 7.75e-01 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1341008 4 0.7692 -5.87e-01 0.008 0.000 0.260 0.340 0.140 0.252
#> SRR1087031 4 0.6156 3.07e-01 0.000 0.000 0.268 0.528 0.032 0.172
#> SRR1489177 4 0.6508 5.07e-01 0.000 0.000 0.172 0.560 0.132 0.136
#> SRR1350525 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440517 5 0.6257 -2.27e-01 0.000 0.000 0.416 0.044 0.420 0.120
#> SRR1320093 1 0.0260 8.76e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR602516 1 0.2188 8.43e-01 0.912 0.000 0.000 0.020 0.036 0.032
#> SRR604318 3 0.5464 5.29e-01 0.000 0.000 0.592 0.008 0.252 0.148
#> SRR1320280 1 0.0790 8.68e-01 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0790 8.72e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1379238 5 0.6437 3.05e-01 0.224 0.000 0.008 0.320 0.436 0.012
#> SRR1385080 4 0.1531 6.68e-01 0.004 0.000 0.000 0.928 0.068 0.000
#> SRR1316921 3 0.6532 3.88e-01 0.020 0.000 0.504 0.028 0.296 0.152
#> SRR1097752 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 5 0.4072 7.91e-02 0.448 0.000 0.000 0.000 0.544 0.008
#> SRR1498272 1 0.1672 8.58e-01 0.932 0.000 0.000 0.016 0.048 0.004
#> SRR814989 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.5711 4.99e-01 0.000 0.000 0.584 0.016 0.188 0.212
#> SRR818418 5 0.5621 2.77e-01 0.008 0.000 0.076 0.376 0.524 0.016
#> SRR1474553 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.4251 5.96e-01 0.000 0.000 0.716 0.000 0.208 0.076
#> SRR1079281 4 0.3483 6.44e-01 0.000 0.000 0.000 0.764 0.212 0.024
#> SRR656493 3 0.5890 4.09e-01 0.000 0.000 0.524 0.036 0.340 0.100
#> SRR1328599 3 0.4638 6.14e-01 0.000 0.000 0.708 0.008 0.172 0.112
#> SRR655218 3 0.5877 4.07e-01 0.020 0.000 0.524 0.008 0.348 0.100
#> SRR1416754 5 0.5828 3.40e-01 0.148 0.000 0.000 0.328 0.512 0.012
#> SRR1488562 3 0.5797 2.75e-01 0.000 0.000 0.468 0.012 0.392 0.128
#> SRR1084842 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.5869 4.37e-01 0.000 0.000 0.556 0.036 0.296 0.112
#> SRR1468514 1 0.0363 8.76e-01 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.6027 -5.68e-02 0.000 0.000 0.476 0.040 0.384 0.100
#> SRR1481216 1 0.0692 8.74e-01 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1474065 4 0.2182 6.34e-01 0.008 0.000 0.000 0.904 0.068 0.020
#> SRR1499442 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3569 1.47e-01 0.024 0.000 0.056 0.064 0.840 0.016
#> SRR1445328 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.2762 8.25e-01 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1085662 4 0.2509 6.76e-01 0.000 0.000 0.000 0.876 0.088 0.036
#> SRR1415095 6 0.7444 4.92e-01 0.000 0.000 0.252 0.252 0.136 0.360
#> SRR1499982 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 5 0.7518 3.23e-01 0.152 0.000 0.104 0.136 0.520 0.088
#> SRR597927 4 0.2328 6.16e-01 0.056 0.000 0.000 0.892 0.052 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.4937 -1.92e-03 0.000 0.000 0.172 0.056 0.708 0.064
#> SRR1490019 1 0.0508 8.76e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1333694 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1476676 1 0.4706 6.27e-01 0.696 0.000 0.000 0.144 0.156 0.004
#> SRR663261 4 0.6497 3.41e-01 0.000 0.000 0.264 0.504 0.056 0.176
#> SRR1432343 4 0.1333 6.43e-01 0.008 0.000 0.000 0.944 0.048 0.000
#> SRR1459585 3 0.6162 -7.02e-02 0.000 0.000 0.448 0.044 0.400 0.108
#> SRR1434271 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4067 5.88e-01 0.000 0.000 0.728 0.000 0.212 0.060
#> SRR612443 3 0.5101 5.72e-01 0.000 0.000 0.648 0.008 0.216 0.128
#> SRR1473936 3 0.3272 6.56e-01 0.000 0.000 0.824 0.004 0.124 0.048
#> SRR1455698 4 0.5219 5.51e-01 0.000 0.000 0.000 0.568 0.316 0.116
#> SRR1331335 1 0.3308 7.79e-01 0.828 0.000 0.000 0.096 0.072 0.004
#> SRR659187 4 0.1485 6.58e-01 0.004 0.000 0.000 0.944 0.028 0.024
#> SRR1417912 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.3670 1.57e-01 0.008 0.000 0.072 0.096 0.816 0.008
#> SRR1500753 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.5055 5.55e-01 0.652 0.000 0.000 0.160 0.184 0.004
#> SRR615934 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1411024 4 0.1908 6.77e-01 0.000 0.000 0.000 0.916 0.028 0.056
#> SRR1469904 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 5 0.7627 2.88e-01 0.252 0.000 0.036 0.192 0.428 0.092
#> SRR657754 1 0.5819 3.70e-01 0.564 0.000 0.000 0.128 0.280 0.028
#> SRR1464451 1 0.0146 8.76e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443895 4 0.4616 5.90e-01 0.000 0.000 0.000 0.624 0.316 0.060
#> SRR1444460 5 0.6917 3.02e-01 0.080 0.000 0.092 0.156 0.584 0.088
#> SRR1333587 3 0.5212 5.35e-01 0.000 0.000 0.616 0.008 0.264 0.112
#> SRR1307770 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.3254 6.69e-01 0.000 0.000 0.000 0.820 0.124 0.056
#> SRR1366433 4 0.0767 6.57e-01 0.004 0.000 0.000 0.976 0.012 0.008
#> SRR1480479 4 0.2605 6.78e-01 0.000 0.000 0.012 0.884 0.064 0.040
#> SRR1470175 6 0.4168 5.53e-01 0.016 0.000 0.076 0.000 0.144 0.764
#> SRR598768 1 0.6147 3.43e-02 0.420 0.000 0.000 0.312 0.264 0.004
#> SRR1335400 1 0.0146 8.74e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418923 4 0.1155 6.44e-01 0.004 0.000 0.000 0.956 0.036 0.004
#> SRR820133 3 0.6993 -2.59e-02 0.000 0.000 0.428 0.284 0.084 0.204
#> SRR1348424 3 0.1549 6.28e-01 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> SRR1382956 5 0.5431 -4.08e-02 0.000 0.000 0.208 0.052 0.652 0.088
#> SRR1339549 4 0.4101 5.98e-01 0.000 0.000 0.000 0.664 0.308 0.028
#> SRR821434 4 0.5459 4.50e-01 0.000 0.000 0.168 0.664 0.056 0.112
#> SRR662546 4 0.6122 2.97e-01 0.000 0.000 0.276 0.524 0.028 0.172
#> SRR1319816 3 0.5927 -4.46e-02 0.000 0.000 0.472 0.028 0.392 0.108
#> SRR1078347 3 0.4946 5.57e-01 0.000 0.000 0.656 0.008 0.236 0.100
#> SRR1435293 5 0.6344 3.32e-01 0.072 0.000 0.044 0.268 0.572 0.044
#> SRR1408208 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.5580 -1.24e-01 0.000 0.000 0.340 0.024 0.548 0.088
#> SRR1499193 5 0.5992 3.54e-01 0.136 0.000 0.008 0.284 0.552 0.020
#> SRR1467294 3 0.5301 5.43e-01 0.000 0.000 0.628 0.032 0.264 0.076
#> SRR1359649 3 0.7527 -1.54e-01 0.004 0.000 0.348 0.192 0.312 0.144
#> SRR1335688 3 0.1657 6.37e-01 0.000 0.000 0.928 0.000 0.016 0.056
#> SRR1370129 3 0.2688 6.64e-01 0.000 0.000 0.868 0.000 0.068 0.064
#> SRR1321966 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1488672 1 0.0520 8.69e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1343197 4 0.6210 4.67e-01 0.000 0.000 0.028 0.468 0.348 0.156
#> SRR1416999 1 0.5893 2.79e-01 0.520 0.000 0.000 0.204 0.268 0.008
#> SRR1334564 1 0.0146 8.74e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660661 3 0.0458 6.38e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498861 5 0.5902 9.67e-02 0.032 0.000 0.324 0.008 0.548 0.088
#> SRR1317877 1 0.2848 7.72e-01 0.828 0.000 0.000 0.008 0.160 0.004
#> SRR1329885 3 0.2740 6.46e-01 0.000 0.000 0.864 0.000 0.076 0.060
#> SRR1459718 1 0.0000 8.76e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0363 6.37e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR602622 4 0.6494 2.66e-01 0.000 0.000 0.288 0.472 0.040 0.200
#> SRR1487685 5 0.6024 4.36e-02 0.012 0.000 0.328 0.020 0.528 0.112
#> SRR1455925 1 0.0547 8.74e-01 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.2190 6.40e-01 0.000 0.000 0.900 0.000 0.060 0.040
#> SRR1313932 4 0.0858 6.61e-01 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR603397 3 0.0458 6.37e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099023 4 0.5898 4.85e-01 0.000 0.000 0.012 0.488 0.348 0.152
#> SRR1409899 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1232 6.49e-01 0.000 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR1334741 4 0.3860 6.34e-01 0.000 0.000 0.000 0.728 0.236 0.036
#> SRR656564 5 0.6599 3.11e-01 0.032 0.000 0.120 0.224 0.568 0.056
#> SRR608174 4 0.0951 6.66e-01 0.000 0.000 0.004 0.968 0.008 0.020
#> SRR1320963 1 0.6213 -8.22e-02 0.388 0.000 0.000 0.312 0.296 0.004
#> SRR661973 1 0.0603 8.75e-01 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR598533 2 0.3175 7.75e-01 0.000 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR613270 2 0.0000 9.49e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.2996 8.01e-01 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1480365 5 0.6167 2.79e-01 0.272 0.000 0.000 0.312 0.412 0.004
#> SRR602927 1 0.7127 1.79e-01 0.524 0.000 0.080 0.060 0.240 0.096
#> SRR1315799 2 0.2912 8.10e-01 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1432275 5 0.6978 2.68e-01 0.064 0.000 0.168 0.100 0.572 0.096
#> SRR1475909 3 0.6318 3.08e-01 0.000 0.000 0.496 0.068 0.332 0.104
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.2808 0.720 0.720
#> 3 3 0.756 0.910 0.952 1.1866 0.660 0.530
#> 4 4 0.986 0.947 0.980 0.2015 0.825 0.574
#> 5 5 0.914 0.878 0.934 0.0616 0.942 0.783
#> 6 6 0.960 0.930 0.966 0.0304 0.958 0.814
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0 1 0 1
#> SRR1356619 1 0 1 1 0
#> SRR1341898 1 0 1 1 0
#> SRR1333930 1 0 1 1 0
#> SRR1085850 1 0 1 1 0
#> SRR1379450 1 0 1 1 0
#> SRR1467813 2 0 1 0 1
#> SRR614814 1 0 1 1 0
#> SRR1077405 1 0 1 1 0
#> SRR1330061 1 0 1 1 0
#> SRR662725 1 0 1 1 0
#> SRR1313951 1 0 1 1 0
#> SRR1339218 1 0 1 1 0
#> SRR1417505 1 0 1 1 0
#> SRR1407134 1 0 1 1 0
#> SRR1457418 2 0 1 0 1
#> SRR1331289 1 0 1 1 0
#> SRR1075898 1 0 1 1 0
#> SRR1498482 1 0 1 1 0
#> SRR1359673 1 0 1 1 0
#> SRR1439873 1 0 1 1 0
#> SRR1402239 2 0 1 0 1
#> SRR1335254 1 0 1 1 0
#> SRR1352706 1 0 1 1 0
#> SRR1436966 1 0 1 1 0
#> SRR614802 1 0 1 1 0
#> SRR1388979 1 0 1 1 0
#> SRR1396595 1 0 1 1 0
#> SRR1340508 1 0 1 1 0
#> SRR1360868 1 0 1 1 0
#> SRR1440699 1 0 1 1 0
#> SRR1389059 1 0 1 1 0
#> SRR1083100 1 0 1 1 0
#> SRR1348861 1 0 1 1 0
#> SRR1072367 1 0 1 1 0
#> SRR1468403 1 0 1 1 0
#> SRR1417070 1 0 1 1 0
#> SRR1390601 1 0 1 1 0
#> SRR1486560 1 0 1 1 0
#> SRR1315761 1 0 1 1 0
#> SRR1392637 1 0 1 1 0
#> SRR810957 2 0 1 0 1
#> SRR1458422 2 0 1 0 1
#> SRR1394677 2 0 1 0 1
#> SRR1341605 2 0 1 0 1
#> SRR1444479 1 0 1 1 0
#> SRR1470212 1 0 1 1 0
#> SRR1433971 1 0 1 1 0
#> SRR598124 1 0 1 1 0
#> SRR615141 1 0 1 1 0
#> SRR601122 1 0 1 1 0
#> SRR1397008 1 0 1 1 0
#> SRR1358561 1 0 1 1 0
#> SRR1498640 1 0 1 1 0
#> SRR1429957 1 0 1 1 0
#> SRR1452292 1 0 1 1 0
#> SRR1467590 1 0 1 1 0
#> SRR1394936 2 0 1 0 1
#> SRR1485542 1 0 1 1 0
#> SRR659121 1 0 1 1 0
#> SRR1330656 1 0 1 1 0
#> SRR1388305 1 0 1 1 0
#> SRR1406917 2 0 1 0 1
#> SRR1363992 1 0 1 1 0
#> SRR1311086 1 0 1 1 0
#> SRR655375 2 0 1 0 1
#> SRR1458044 1 0 1 1 0
#> SRR661325 1 0 1 1 0
#> SRR1439807 1 0 1 1 0
#> SRR1352129 2 0 1 0 1
#> SRR1406561 1 0 1 1 0
#> SRR1394713 1 0 1 1 0
#> SRR1403875 2 0 1 0 1
#> SRR1476186 1 0 1 1 0
#> SRR1436444 2 0 1 0 1
#> SRR1084649 1 0 1 1 0
#> SRR1500405 1 0 1 1 0
#> SRR1354446 1 0 1 1 0
#> SRR1467455 1 0 1 1 0
#> SRR1444559 1 0 1 1 0
#> SRR1381543 1 0 1 1 0
#> SRR1402513 2 0 1 0 1
#> SRR820379 1 0 1 1 0
#> SRR660007 1 0 1 1 0
#> SRR655649 1 0 1 1 0
#> SRR1437306 1 0 1 1 0
#> SRR657731 1 0 1 1 0
#> SRR661005 1 0 1 1 0
#> SRR600608 1 0 1 1 0
#> SRR655923 1 0 1 1 0
#> SRR1334717 1 0 1 1 0
#> SRR1401552 2 0 1 0 1
#> SRR1474886 1 0 1 1 0
#> SRR1082759 1 0 1 1 0
#> SRR1340420 2 0 1 0 1
#> SRR662534 1 0 1 1 0
#> SRR1316815 1 0 1 1 0
#> SRR1072797 1 0 1 1 0
#> SRR612455 1 0 1 1 0
#> SRR818210 1 0 1 1 0
#> SRR1488751 2 0 1 0 1
#> SRR1404969 2 0 1 0 1
#> SRR1328960 2 0 1 0 1
#> SRR598671 1 0 1 1 0
#> SRR1387178 1 0 1 1 0
#> SRR660498 2 0 1 0 1
#> SRR1403831 1 0 1 1 0
#> SRR657325 2 0 1 0 1
#> SRR1339740 1 0 1 1 0
#> SRR657348 1 0 1 1 0
#> SRR662091 1 0 1 1 0
#> SRR608598 1 0 1 1 0
#> SRR663320 1 0 1 1 0
#> SRR608662 1 0 1 1 0
#> SRR1361567 1 0 1 1 0
#> SRR819134 1 0 1 1 0
#> SRR1311400 1 0 1 1 0
#> SRR817775 1 0 1 1 0
#> SRR661433 1 0 1 1 0
#> SRR1453341 1 0 1 1 0
#> SRR819946 1 0 1 1 0
#> SRR1319539 1 0 1 1 0
#> SRR1343841 1 0 1 1 0
#> SRR665563 1 0 1 1 0
#> SRR1487321 1 0 1 1 0
#> SRR1312428 1 0 1 1 0
#> SRR657587 1 0 1 1 0
#> SRR1337412 1 0 1 1 0
#> SRR1474466 1 0 1 1 0
#> SRR1466993 1 0 1 1 0
#> SRR1358102 1 0 1 1 0
#> SRR1455171 1 0 1 1 0
#> SRR627299 2 0 1 0 1
#> SRR660733 1 0 1 1 0
#> SRR817758 1 0 1 1 0
#> SRR821019 1 0 1 1 0
#> SRR1330675 1 0 1 1 0
#> SRR1433644 2 0 1 0 1
#> SRR1320180 1 0 1 1 0
#> SRR604074 1 0 1 1 0
#> SRR1322291 2 0 1 0 1
#> SRR658188 1 0 1 1 0
#> SRR820209 1 0 1 1 0
#> SRR1331841 2 0 1 0 1
#> SRR1096966 1 0 1 1 0
#> SRR1350456 1 0 1 1 0
#> SRR1472079 1 0 1 1 0
#> SRR1500537 2 0 1 0 1
#> SRR660103 1 0 1 1 0
#> SRR1403958 1 0 1 1 0
#> SRR1322270 2 0 1 0 1
#> SRR600754 1 0 1 1 0
#> SRR1334847 1 0 1 1 0
#> SRR1421093 1 0 1 1 0
#> SRR1085782 1 0 1 1 0
#> SRR1466357 2 0 1 0 1
#> SRR597977 1 0 1 1 0
#> SRR1375635 1 0 1 1 0
#> SRR661133 1 0 1 1 0
#> SRR1357523 1 0 1 1 0
#> SRR1415732 1 0 1 1 0
#> SRR1434250 2 0 1 0 1
#> SRR1396640 1 0 1 1 0
#> SRR1454803 1 0 1 1 0
#> SRR1468381 1 0 1 1 0
#> SRR1447986 2 0 1 0 1
#> SRR1388007 1 0 1 1 0
#> SRR1434138 1 0 1 1 0
#> SRR1456950 1 0 1 1 0
#> SRR1400375 2 0 1 0 1
#> SRR1323764 1 0 1 1 0
#> SRR1355040 1 0 1 1 0
#> SRR1409351 1 0 1 1 0
#> SRR1085495 1 0 1 1 0
#> SRR604026 1 0 1 1 0
#> SRR1500868 1 0 1 1 0
#> SRR1476279 1 0 1 1 0
#> SRR627429 2 0 1 0 1
#> SRR660969 1 0 1 1 0
#> SRR1335377 2 0 1 0 1
#> SRR1330546 1 0 1 1 0
#> SRR1440986 1 0 1 1 0
#> SRR1357189 1 0 1 1 0
#> SRR1319837 1 0 1 1 0
#> SRR1491311 1 0 1 1 0
#> SRR1487295 1 0 1 1 0
#> SRR1415215 2 0 1 0 1
#> SRR1086635 1 0 1 1 0
#> SRR1440058 1 0 1 1 0
#> SRR1389979 1 0 1 1 0
#> SRR1315721 1 0 1 1 0
#> SRR607337 1 0 1 1 0
#> SRR1434803 2 0 1 0 1
#> SRR1332275 1 0 1 1 0
#> SRR1465132 2 0 1 0 1
#> SRR1340133 1 0 1 1 0
#> SRR1387989 1 0 1 1 0
#> SRR1383018 1 0 1 1 0
#> SRR1441701 1 0 1 1 0
#> SRR1368772 1 0 1 1 0
#> SRR664819 2 0 1 0 1
#> SRR1435536 1 0 1 1 0
#> SRR614083 1 0 1 1 0
#> SRR1310623 1 0 1 1 0
#> SRR1420625 1 0 1 1 0
#> SRR816721 1 0 1 1 0
#> SRR1359367 2 0 1 0 1
#> SRR1391879 1 0 1 1 0
#> SRR1418992 1 0 1 1 0
#> SRR1343115 2 0 1 0 1
#> SRR1488836 1 0 1 1 0
#> SRR1399028 1 0 1 1 0
#> SRR1418127 1 0 1 1 0
#> SRR1402900 1 0 1 1 0
#> SRR1485290 2 0 1 0 1
#> SRR1456514 2 0 1 0 1
#> SRR1394755 1 0 1 1 0
#> SRR664842 1 0 1 1 0
#> SRR662342 2 0 1 0 1
#> SRR665502 1 0 1 1 0
#> SRR657891 1 0 1 1 0
#> SRR1421305 1 0 1 1 0
#> SRR1335707 1 0 1 1 0
#> SRR1401276 1 0 1 1 0
#> SRR627421 1 0 1 1 0
#> SRR1311575 1 0 1 1 0
#> SRR1475675 1 0 1 1 0
#> SRR661995 1 0 1 1 0
#> SRR1471922 1 0 1 1 0
#> SRR1077687 1 0 1 1 0
#> SRR821602 1 0 1 1 0
#> SRR608718 2 0 1 0 1
#> SRR1071289 1 0 1 1 0
#> SRR1437555 1 0 1 1 0
#> SRR810571 1 0 1 1 0
#> SRR664048 1 0 1 1 0
#> SRR1500998 1 0 1 1 0
#> SRR1320916 1 0 1 1 0
#> SRR1472150 1 0 1 1 0
#> SRR1329090 1 0 1 1 0
#> SRR1317344 1 0 1 1 0
#> SRR817978 1 0 1 1 0
#> SRR1324371 1 0 1 1 0
#> SRR1474333 1 0 1 1 0
#> SRR1321462 1 0 1 1 0
#> SRR1387264 1 0 1 1 0
#> SRR1468141 1 0 1 1 0
#> SRR1486097 1 0 1 1 0
#> SRR608002 1 0 1 1 0
#> SRR1360563 1 0 1 1 0
#> SRR1414684 1 0 1 1 0
#> SRR604050 1 0 1 1 0
#> SRR600385 1 0 1 1 0
#> SRR1430248 1 0 1 1 0
#> SRR1352975 1 0 1 1 0
#> SRR1457221 1 0 1 1 0
#> SRR807591 1 0 1 1 0
#> SRR1407560 2 0 1 0 1
#> SRR1345478 1 0 1 1 0
#> SRR660895 1 0 1 1 0
#> SRR655111 1 0 1 1 0
#> SRR1336006 1 0 1 1 0
#> SRR613114 1 0 1 1 0
#> SRR608368 1 0 1 1 0
#> SRR1315269 1 0 1 1 0
#> SRR1435020 1 0 1 1 0
#> SRR1337564 1 0 1 1 0
#> SRR1315019 1 0 1 1 0
#> SRR1370173 1 0 1 1 0
#> SRR1408327 1 0 1 1 0
#> SRR1405485 1 0 1 1 0
#> SRR812012 1 0 1 1 0
#> SRR1370619 1 0 1 1 0
#> SRR1469495 1 0 1 1 0
#> SRR1378841 1 0 1 1 0
#> SRR1375616 1 0 1 1 0
#> SRR1381566 1 0 1 1 0
#> SRR1432123 1 0 1 1 0
#> SRR1370405 1 0 1 1 0
#> SRR1099499 1 0 1 1 0
#> SRR659331 2 0 1 0 1
#> SRR1436106 1 0 1 1 0
#> SRR1468974 1 0 1 1 0
#> SRR1470111 1 0 1 1 0
#> SRR1079168 1 0 1 1 0
#> SRR1338584 1 0 1 1 0
#> SRR1329551 1 0 1 1 0
#> SRR662871 2 0 1 0 1
#> SRR816770 1 0 1 1 0
#> SRR600560 1 0 1 1 0
#> SRR1434867 2 0 1 0 1
#> SRR599225 2 0 1 0 1
#> SRR607935 1 0 1 1 0
#> SRR1487107 1 0 1 1 0
#> SRR1348159 1 0 1 1 0
#> SRR1356036 1 0 1 1 0
#> SRR614443 1 0 1 1 0
#> SRR1314958 1 0 1 1 0
#> SRR1341702 1 0 1 1 0
#> SRR1444678 1 0 1 1 0
#> SRR1350107 2 0 1 0 1
#> SRR1322010 2 0 1 0 1
#> SRR1342045 1 0 1 1 0
#> SRR1467364 2 0 1 0 1
#> SRR1078879 1 0 1 1 0
#> SRR1468955 1 0 1 1 0
#> SRR660626 1 0 1 1 0
#> SRR812436 1 0 1 1 0
#> SRR1312103 1 0 1 1 0
#> SRR1429891 2 0 1 0 1
#> SRR1387072 2 0 1 0 1
#> SRR661255 1 0 1 1 0
#> SRR660933 1 0 1 1 0
#> SRR1488651 1 0 1 1 0
#> SRR1359388 1 0 1 1 0
#> SRR817686 1 0 1 1 0
#> SRR1429162 1 0 1 1 0
#> SRR612380 1 0 1 1 0
#> SRR817905 1 0 1 1 0
#> SRR1337909 1 0 1 1 0
#> SRR661723 1 0 1 1 0
#> SRR1314163 1 0 1 1 0
#> SRR1489155 1 0 1 1 0
#> SRR1398992 2 0 1 0 1
#> SRR607091 1 0 1 1 0
#> SRR1472193 2 0 1 0 1
#> SRR1456903 2 0 1 0 1
#> SRR1445238 1 0 1 1 0
#> SRR820078 1 0 1 1 0
#> SRR1481462 2 0 1 0 1
#> SRR819534 1 0 1 1 0
#> SRR820468 2 0 1 0 1
#> SRR659899 1 0 1 1 0
#> SRR1396078 1 0 1 1 0
#> SRR1443612 1 0 1 1 0
#> SRR1470902 1 0 1 1 0
#> SRR1362777 1 0 1 1 0
#> SRR1413522 1 0 1 1 0
#> SRR1073143 1 0 1 1 0
#> SRR1444622 1 0 1 1 0
#> SRR662570 2 0 1 0 1
#> SRR1430288 1 0 1 1 0
#> SRR1323043 1 0 1 1 0
#> SRR1475022 1 0 1 1 0
#> SRR1080927 2 0 1 0 1
#> SRR1328919 1 0 1 1 0
#> SRR603596 2 0 1 0 1
#> SRR602808 1 0 1 1 0
#> SRR615467 1 0 1 1 0
#> SRR660638 1 0 1 1 0
#> SRR1360383 1 0 1 1 0
#> SRR1354577 1 0 1 1 0
#> SRR608230 1 0 1 1 0
#> SRR1320873 1 0 1 1 0
#> SRR1336379 1 0 1 1 0
#> SRR1325665 2 0 1 0 1
#> SRR1357434 1 0 1 1 0
#> SRR1477634 1 0 1 1 0
#> SRR1444876 1 0 1 1 0
#> SRR1101421 1 0 1 1 0
#> SRR613354 1 0 1 1 0
#> SRR1434782 2 0 1 0 1
#> SRR1446762 1 0 1 1 0
#> SRR1324431 1 0 1 1 0
#> SRR1442356 2 0 1 0 1
#> SRR1386818 1 0 1 1 0
#> SRR655684 2 0 1 0 1
#> SRR1473185 2 0 1 0 1
#> SRR1332796 1 0 1 1 0
#> SRR1397073 1 0 1 1 0
#> SRR1455060 2 0 1 0 1
#> SRR1341008 1 0 1 1 0
#> SRR1087031 1 0 1 1 0
#> SRR1489177 1 0 1 1 0
#> SRR1350525 1 0 1 1 0
#> SRR1440517 1 0 1 1 0
#> SRR1320093 1 0 1 1 0
#> SRR602516 1 0 1 1 0
#> SRR604318 1 0 1 1 0
#> SRR1320280 1 0 1 1 0
#> SRR1082262 1 0 1 1 0
#> SRR1379238 1 0 1 1 0
#> SRR1385080 1 0 1 1 0
#> SRR1316921 1 0 1 1 0
#> SRR1097752 2 0 1 0 1
#> SRR1375308 1 0 1 1 0
#> SRR1498272 1 0 1 1 0
#> SRR814989 1 0 1 1 0
#> SRR1320892 1 0 1 1 0
#> SRR818418 1 0 1 1 0
#> SRR1474553 1 0 1 1 0
#> SRR1430884 1 0 1 1 0
#> SRR1079281 1 0 1 1 0
#> SRR656493 1 0 1 1 0
#> SRR1328599 1 0 1 1 0
#> SRR655218 1 0 1 1 0
#> SRR1416754 1 0 1 1 0
#> SRR1488562 1 0 1 1 0
#> SRR1084842 1 0 1 1 0
#> SRR819999 2 0 1 0 1
#> SRR659673 1 0 1 1 0
#> SRR1468514 1 0 1 1 0
#> SRR1499823 1 0 1 1 0
#> SRR1481216 1 0 1 1 0
#> SRR1474065 1 0 1 1 0
#> SRR1499442 2 0 1 0 1
#> SRR1476571 1 0 1 1 0
#> SRR1445328 2 0 1 0 1
#> SRR607887 2 0 1 0 1
#> SRR1085662 1 0 1 1 0
#> SRR1415095 1 0 1 1 0
#> SRR1499982 2 0 1 0 1
#> SRR1488715 1 0 1 1 0
#> SRR597927 1 0 1 1 0
#> SRR1479239 2 0 1 0 1
#> SRR600957 2 0 1 0 1
#> SRR1408113 1 0 1 1 0
#> SRR1490019 1 0 1 1 0
#> SRR1333694 1 0 1 1 0
#> SRR1476676 1 0 1 1 0
#> SRR663261 1 0 1 1 0
#> SRR1432343 1 0 1 1 0
#> SRR1459585 1 0 1 1 0
#> SRR1434271 2 0 1 0 1
#> SRR602365 1 0 1 1 0
#> SRR612443 1 0 1 1 0
#> SRR1473936 1 0 1 1 0
#> SRR1455698 1 0 1 1 0
#> SRR1331335 1 0 1 1 0
#> SRR659187 1 0 1 1 0
#> SRR1417912 1 0 1 1 0
#> SRR1316940 1 0 1 1 0
#> SRR1500753 1 0 1 1 0
#> SRR657635 1 0 1 1 0
#> SRR615934 1 0 1 1 0
#> SRR1411024 1 0 1 1 0
#> SRR1469904 1 0 1 1 0
#> SRR1311794 1 0 1 1 0
#> SRR657754 1 0 1 1 0
#> SRR1464451 1 0 1 1 0
#> SRR1443895 1 0 1 1 0
#> SRR1444460 1 0 1 1 0
#> SRR1333587 1 0 1 1 0
#> SRR1307770 2 0 1 0 1
#> SRR1339530 1 0 1 1 0
#> SRR1366433 1 0 1 1 0
#> SRR1480479 1 0 1 1 0
#> SRR1470175 2 0 1 0 1
#> SRR598768 1 0 1 1 0
#> SRR1335400 1 0 1 1 0
#> SRR1418923 1 0 1 1 0
#> SRR820133 1 0 1 1 0
#> SRR1348424 1 0 1 1 0
#> SRR1382956 1 0 1 1 0
#> SRR1339549 1 0 1 1 0
#> SRR821434 1 0 1 1 0
#> SRR662546 1 0 1 1 0
#> SRR1319816 1 0 1 1 0
#> SRR1078347 1 0 1 1 0
#> SRR1435293 1 0 1 1 0
#> SRR1408208 1 0 1 1 0
#> SRR1332317 1 0 1 1 0
#> SRR1499193 1 0 1 1 0
#> SRR1467294 1 0 1 1 0
#> SRR1359649 1 0 1 1 0
#> SRR1335688 1 0 1 1 0
#> SRR1370129 1 0 1 1 0
#> SRR1321966 1 0 1 1 0
#> SRR1488672 1 0 1 1 0
#> SRR1343197 1 0 1 1 0
#> SRR1416999 1 0 1 1 0
#> SRR1334564 1 0 1 1 0
#> SRR660661 1 0 1 1 0
#> SRR1498861 1 0 1 1 0
#> SRR1317877 1 0 1 1 0
#> SRR1329885 1 0 1 1 0
#> SRR1459718 1 0 1 1 0
#> SRR615731 1 0 1 1 0
#> SRR602622 1 0 1 1 0
#> SRR1487685 1 0 1 1 0
#> SRR1455925 1 0 1 1 0
#> SRR1390516 1 0 1 1 0
#> SRR1313932 1 0 1 1 0
#> SRR603397 1 0 1 1 0
#> SRR1099023 1 0 1 1 0
#> SRR1409899 2 0 1 0 1
#> SRR1368964 1 0 1 1 0
#> SRR1334741 1 0 1 1 0
#> SRR656564 1 0 1 1 0
#> SRR608174 1 0 1 1 0
#> SRR1320963 1 0 1 1 0
#> SRR661973 1 0 1 1 0
#> SRR598533 2 0 1 0 1
#> SRR613270 2 0 1 0 1
#> SRR1362183 2 0 1 0 1
#> SRR1480365 1 0 1 1 0
#> SRR602927 1 0 1 1 0
#> SRR1315799 2 0 1 0 1
#> SRR1432275 1 0 1 1 0
#> SRR1475909 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1379450 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1077405 3 0.0424 0.9527 0.008 0 0.992
#> SRR1330061 1 0.6286 0.2961 0.536 0 0.464
#> SRR662725 3 0.6140 0.1964 0.404 0 0.596
#> SRR1313951 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1339218 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1417505 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1075898 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1335254 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1388979 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1083100 1 0.4654 0.8184 0.792 0 0.208
#> SRR1348861 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1486560 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1315761 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1392637 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR615141 1 0.5098 0.7688 0.752 0 0.248
#> SRR601122 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1397008 3 0.5706 0.5822 0.320 0 0.680
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR659121 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1330656 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1458044 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR661325 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1406561 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1394713 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1476186 3 0.0424 0.9528 0.008 0 0.992
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1500405 1 0.4452 0.8356 0.808 0 0.192
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1381543 3 0.6299 -0.0950 0.476 0 0.524
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR655649 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1437306 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1334717 1 0.4555 0.8271 0.800 0 0.200
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1474886 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1072797 1 0.5327 0.7336 0.728 0 0.272
#> SRR612455 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1403831 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR657348 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR662091 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR608662 3 0.5650 0.5966 0.312 0 0.688
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR817775 3 0.1860 0.9081 0.052 0 0.948
#> SRR661433 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR657587 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1337412 3 0.5431 0.6425 0.284 0 0.716
#> SRR1474466 3 0.5497 0.5233 0.292 0 0.708
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1358102 3 0.5621 0.6034 0.308 0 0.692
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660733 3 0.4452 0.7509 0.192 0 0.808
#> SRR817758 3 0.0237 0.9567 0.004 0 0.996
#> SRR821019 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1330675 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1096966 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1472079 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1403958 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1375635 1 0.4750 0.8093 0.784 0 0.216
#> SRR661133 1 0.5431 0.5696 0.716 0 0.284
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1415732 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1468381 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1434138 1 0.4702 0.8138 0.788 0 0.212
#> SRR1456950 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1323764 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1409351 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1476279 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1357189 1 0.4842 0.7997 0.776 0 0.224
#> SRR1319837 1 0.4346 0.8437 0.816 0 0.184
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1315721 3 0.5650 0.4745 0.312 0 0.688
#> SRR607337 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1435536 1 0.4605 0.8229 0.796 0 0.204
#> SRR614083 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR816721 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1391879 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR664842 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1401276 1 0.1529 0.9011 0.960 0 0.040
#> SRR627421 1 0.0424 0.9082 0.992 0 0.008
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR661995 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1471922 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1500998 3 0.0892 0.9413 0.020 0 0.980
#> SRR1320916 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR817978 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1321462 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR600385 3 0.4062 0.7661 0.164 0 0.836
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1336006 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR613114 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR608368 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1370619 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1378841 3 0.4555 0.7289 0.200 0 0.800
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1381566 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1370405 3 0.1031 0.9373 0.024 0 0.976
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1468974 3 0.2165 0.8933 0.064 0 0.936
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR600560 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1487107 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1356036 1 0.5465 0.7087 0.712 0 0.288
#> SRR614443 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1341702 1 0.3619 0.8057 0.864 0 0.136
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1342045 1 0.5465 0.5598 0.712 0 0.288
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1312103 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1359388 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR817686 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR612380 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR817905 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1489155 3 0.6308 -0.0924 0.492 0 0.508
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR659899 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1396078 3 0.3752 0.7948 0.144 0 0.856
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1470902 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1444622 3 0.1529 0.9187 0.040 0 0.960
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1475022 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1354577 3 0.4235 0.7531 0.176 0 0.824
#> SRR608230 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1320873 1 0.4002 0.8583 0.840 0 0.160
#> SRR1336379 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1357434 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1477634 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1444876 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR613354 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1324431 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1087031 1 0.4346 0.8438 0.816 0 0.184
#> SRR1489177 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1440517 1 0.6225 0.3989 0.568 0 0.432
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR604318 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1385080 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1316921 1 0.4399 0.8397 0.812 0 0.188
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1079281 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR656493 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1328599 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR655218 1 0.4555 0.8271 0.800 0 0.200
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1488562 1 0.5529 0.6957 0.704 0 0.296
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1474065 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1085662 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1415095 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR597927 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1408113 1 0.3482 0.8555 0.872 0 0.128
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1432343 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR612443 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1455698 3 0.4291 0.7464 0.180 0 0.820
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR659187 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1316940 3 0.6235 0.3134 0.436 0 0.564
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1411024 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1443895 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1339530 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1366433 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1480479 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1418923 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR820133 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1339549 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR821434 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR662546 3 0.4974 0.6435 0.236 0 0.764
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1359649 1 0.5465 0.7086 0.712 0 0.288
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1343197 3 0.4750 0.6875 0.216 0 0.784
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1498861 1 0.4504 0.7261 0.804 0 0.196
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR602622 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1487685 3 0.4291 0.7487 0.180 0 0.820
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1313932 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR603397 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9605 0.000 0 1.000
#> SRR1334741 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR656564 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR608174 1 0.4235 0.8513 0.824 0 0.176
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9124 1.000 0 0.000
#> SRR1475909 3 0.0747 0.9449 0.016 0 0.984
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0592 9.59e-01 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR1075898 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.7120 3.66e-05 0.436 0 0.436 0.128
#> SRR1348861 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0188 9.69e-01 0.000 0 0.996 0.004
#> SRR1390601 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR615141 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1397008 1 0.4985 1.13e-01 0.532 0 0.468 0.000
#> SRR1358561 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.4624 4.71e-01 0.000 0 0.660 0.340
#> SRR1452292 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0188 9.69e-01 0.000 0 0.996 0.004
#> SRR1388305 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.1637 9.12e-01 0.060 0 0.940 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1444559 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1381543 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.0188 9.76e-01 0.004 0 0.000 0.996
#> SRR657731 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.1792 8.99e-01 0.932 0 0.068 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1334717 4 0.1118 9.44e-01 0.000 0 0.036 0.964
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1082759 4 0.0188 9.76e-01 0.000 0 0.004 0.996
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.5161 9.35e-02 0.520 0 0.476 0.004
#> SRR612455 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR662091 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4382 5.69e-01 0.704 0 0.296 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.1118 9.43e-01 0.000 0 0.036 0.964
#> SRR1319539 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1337412 1 0.5000 8.87e-03 0.504 0 0.496 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1358102 3 0.4967 1.71e-01 0.452 0 0.548 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.4277 6.08e-01 0.280 0 0.720 0.000
#> SRR817758 3 0.0469 9.61e-01 0.012 0 0.988 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1421093 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.2589 8.46e-01 0.884 0 0.116 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.5051 7.29e-01 0.768 0 0.100 0.132
#> SRR1491311 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1315721 3 0.1211 9.35e-01 0.000 0 0.960 0.040
#> SRR607337 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1435536 4 0.3355 8.01e-01 0.004 0 0.160 0.836
#> SRR614083 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR664842 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1335707 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.2921 8.17e-01 0.860 0 0.000 0.140
#> SRR627421 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR661995 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR600385 3 0.3400 7.71e-01 0.180 0 0.820 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.2530 8.60e-01 0.000 0 0.888 0.112
#> SRR1405485 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1469495 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.4500 5.34e-01 0.316 0 0.684 0.000
#> SRR1375616 4 0.4454 5.49e-01 0.000 0 0.308 0.692
#> SRR1381566 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.3123 8.02e-01 0.000 0 0.844 0.156
#> SRR1470111 3 0.0188 9.69e-01 0.000 0 0.996 0.004
#> SRR1079168 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.4245 7.42e-01 0.020 0 0.196 0.784
#> SRR614443 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.4985 1.14e-01 0.532 0 0.468 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.3400 7.70e-01 0.180 0 0.820 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.2345 8.68e-01 0.100 0 0.900 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1354577 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.4992 8.40e-02 0.524 0 0.000 0.476
#> SRR1336379 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1444876 4 0.3266 7.94e-01 0.000 0 0.168 0.832
#> SRR1101421 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR613354 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1087031 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1489177 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1440517 3 0.4996 3.82e-02 0.484 0 0.516 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR604318 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1316921 4 0.2737 8.58e-01 0.104 0 0.008 0.888
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR655218 4 0.7169 2.96e-01 0.344 0 0.148 0.508
#> SRR1416754 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.4916 2.69e-01 0.576 0 0.424 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1476571 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1408113 1 0.1389 9.21e-01 0.952 0 0.048 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1432343 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1455698 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.4679 4.47e-01 0.648 0 0.352 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR820133 3 0.0707 9.55e-01 0.000 0 0.980 0.020
#> SRR1348424 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.5574 5.37e-01 0.048 0 0.668 0.284
#> SRR1335688 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.4817 3.62e-01 0.388 0 0.612 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1099023 4 0.4977 1.37e-01 0.000 0 0.460 0.540
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 9.80e-01 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 9.68e-01 1.000 0 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 9.73e-01 0.000 0 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3242 0.72301 0.000 0 0.784 0.000 0.216
#> SRR1333930 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.3305 0.72755 0.000 0 0.776 0.000 0.224
#> SRR1330061 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.4665 0.65861 0.000 0 0.692 0.048 0.260
#> SRR1075898 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.1121 0.83959 0.000 0 0.956 0.000 0.044
#> SRR1359673 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.3684 0.68422 0.000 0 0.720 0.000 0.280
#> SRR1436966 3 0.3752 0.67608 0.000 0 0.708 0.000 0.292
#> SRR614802 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 5 0.3752 0.77378 0.000 0 0.292 0.000 0.708
#> SRR1440699 3 0.0162 0.85280 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389059 3 0.0290 0.85021 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1083100 5 0.4738 0.72107 0.164 0 0.076 0.012 0.748
#> SRR1348861 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0703 0.84836 0.000 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1468403 3 0.0162 0.85271 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417070 5 0.2068 0.76787 0.000 0 0.092 0.004 0.904
#> SRR1390601 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0609 0.95349 0.000 0 0.000 0.980 0.020
#> SRR1470212 3 0.0609 0.84294 0.000 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1433971 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.3661 0.68697 0.000 0 0.724 0.000 0.276
#> SRR615141 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.6744 -0.11358 0.400 0 0.332 0.000 0.268
#> SRR1358561 3 0.2605 0.77911 0.000 0 0.852 0.000 0.148
#> SRR1498640 5 0.3774 0.58957 0.296 0 0.000 0.000 0.704
#> SRR1429957 5 0.3849 0.76619 0.000 0 0.080 0.112 0.808
#> SRR1452292 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 5 0.3707 0.78023 0.000 0 0.284 0.000 0.716
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.1341 0.74846 0.000 0 0.056 0.000 0.944
#> SRR1388305 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311086 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.3366 0.58142 0.212 0 0.784 0.000 0.004
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.3561 0.61387 0.000 0 0.000 0.740 0.260
#> SRR1354446 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 5 0.3661 0.78568 0.000 0 0.276 0.000 0.724
#> SRR1444559 4 0.2813 0.80582 0.000 0 0.000 0.832 0.168
#> SRR1381543 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.3774 0.77094 0.000 0 0.296 0.000 0.704
#> SRR660007 3 0.0290 0.85061 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR655649 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR657731 3 0.2280 0.73774 0.000 0 0.880 0.000 0.120
#> SRR661005 1 0.1270 0.90990 0.948 0 0.052 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 5 0.3366 0.79276 0.000 0 0.232 0.000 0.768
#> SRR1334717 5 0.4369 0.70656 0.000 0 0.052 0.208 0.740
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 4 0.3636 0.68074 0.000 0 0.000 0.728 0.272
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 5 0.4707 0.78375 0.072 0 0.212 0.000 0.716
#> SRR612455 3 0.0880 0.83386 0.000 0 0.968 0.000 0.032
#> SRR818210 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.1410 0.81460 0.000 0 0.940 0.000 0.060
#> SRR1387178 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0404 0.85158 0.000 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR663320 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.5490 0.51896 0.636 0 0.116 0.000 0.248
#> SRR1361567 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661433 3 0.2020 0.80973 0.000 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1453341 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.3242 0.75262 0.000 0 0.000 0.784 0.216
#> SRR1319539 3 0.0794 0.84833 0.000 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1343841 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.1544 0.90159 0.932 0 0.000 0.000 0.068
#> SRR657587 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.6728 -0.04998 0.416 0 0.308 0.000 0.276
#> SRR1474466 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.6767 -0.12770 0.392 0 0.328 0.000 0.280
#> SRR1455171 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.3796 0.44503 0.300 0 0.700 0.000 0.000
#> SRR817758 3 0.1117 0.84021 0.020 0 0.964 0.000 0.016
#> SRR821019 3 0.0703 0.84836 0.000 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1330675 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.3210 0.68630 0.000 0 0.000 0.212 0.788
#> SRR604074 3 0.0510 0.84565 0.000 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0162 0.85274 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR820209 3 0.3612 0.69311 0.000 0 0.732 0.000 0.268
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0703 0.84502 0.000 0 0.976 0.000 0.024
#> SRR1403958 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 5 0.1732 0.76418 0.000 0 0.080 0.000 0.920
#> SRR1421093 3 0.0880 0.84460 0.000 0 0.968 0.000 0.032
#> SRR1085782 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0609 0.84963 0.000 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1375635 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.3608 0.77499 0.812 0 0.040 0.000 0.148
#> SRR1357523 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.1877 0.88450 0.924 0 0.064 0.000 0.012
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 5 0.5041 0.74834 0.132 0 0.148 0.004 0.716
#> SRR1491311 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0992 0.84511 0.008 0 0.968 0.000 0.024
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 5 0.3305 0.80362 0.000 0 0.224 0.000 0.776
#> SRR1440058 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 5 0.3927 0.80708 0.004 0 0.164 0.040 0.792
#> SRR607337 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 5 0.3730 0.77720 0.000 0 0.288 0.000 0.712
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387989 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0510 0.84578 0.000 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1441701 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 5 0.4431 0.73769 0.004 0 0.068 0.168 0.760
#> SRR614083 5 0.3752 0.77378 0.000 0 0.292 0.000 0.708
#> SRR1310623 3 0.0404 0.84807 0.000 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1420625 3 0.3143 0.74349 0.000 0 0.796 0.000 0.204
#> SRR816721 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0290 0.85205 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1399028 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 5 0.3366 0.80902 0.004 0 0.212 0.000 0.784
#> SRR664842 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 5 0.3707 0.78023 0.000 0 0.284 0.000 0.716
#> SRR657891 5 0.3966 0.51781 0.336 0 0.000 0.000 0.664
#> SRR1421305 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.3661 0.66014 0.724 0 0.000 0.000 0.276
#> SRR1401276 5 0.4146 0.62056 0.268 0 0.004 0.012 0.716
#> SRR627421 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR661995 5 0.3274 0.80704 0.000 0 0.220 0.000 0.780
#> SRR1471922 4 0.0162 0.96746 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077687 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.3242 0.73180 0.000 0 0.784 0.000 0.216
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.4114 0.04860 0.000 0 0.376 0.000 0.624
#> SRR1437555 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.3612 0.69311 0.000 0 0.732 0.000 0.268
#> SRR664048 3 0.4171 -0.00364 0.000 0 0.604 0.000 0.396
#> SRR1500998 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320916 5 0.3534 0.79639 0.000 0 0.256 0.000 0.744
#> SRR1472150 3 0.3661 0.68697 0.000 0 0.724 0.000 0.276
#> SRR1329090 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 5 0.3274 0.80658 0.000 0 0.220 0.000 0.780
#> SRR1486097 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR604050 5 0.3774 0.77026 0.000 0 0.296 0.000 0.704
#> SRR600385 3 0.5572 0.49644 0.248 0 0.628 0.000 0.124
#> SRR1430248 3 0.0404 0.84807 0.000 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1352975 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 5 0.3134 0.78577 0.000 0 0.120 0.032 0.848
#> SRR807591 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.2966 0.78943 0.000 0 0.000 0.816 0.184
#> SRR660895 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.4015 0.18811 0.000 0 0.652 0.000 0.348
#> SRR1336006 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.3684 0.68422 0.000 0 0.720 0.000 0.280
#> SRR1370173 3 0.0510 0.85043 0.000 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1408327 3 0.5060 0.64594 0.000 0 0.692 0.104 0.204
#> SRR1405485 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.3730 0.67894 0.000 0 0.712 0.000 0.288
#> SRR1378841 3 0.6500 0.36677 0.236 0 0.488 0.000 0.276
#> SRR1375616 4 0.5578 0.50119 0.000 0 0.112 0.616 0.272
#> SRR1381566 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0162 0.96750 0.000 0 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468974 5 0.3800 0.78728 0.000 0 0.108 0.080 0.812
#> SRR1470111 3 0.4252 0.66856 0.000 0 0.700 0.020 0.280
#> SRR1079168 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.2020 0.80226 0.000 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR1329551 5 0.3774 0.77094 0.000 0 0.296 0.000 0.704
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1792 0.81955 0.000 0 0.916 0.000 0.084
#> SRR1487107 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 5 0.4117 0.77157 0.000 0 0.096 0.116 0.788
#> SRR614443 3 0.0290 0.85021 0.000 0 0.992 0.000 0.008
#> SRR1314958 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.3508 0.69078 0.748 0 0.000 0.000 0.252
#> SRR1444678 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0510 0.84565 0.000 0 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468955 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.4268 -0.02090 0.000 0 0.556 0.000 0.444
#> SRR660933 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.2408 0.77777 0.016 0 0.092 0.000 0.892
#> SRR612380 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314163 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.3471 0.71236 0.092 0 0.072 0.000 0.836
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0794 0.84657 0.000 0 0.972 0.000 0.028
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.4201 -0.07945 0.000 0 0.408 0.000 0.592
#> SRR820078 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0609 0.84940 0.000 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.4629 0.66780 0.052 0 0.704 0.000 0.244
#> SRR1443612 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470902 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413522 1 0.3305 0.72773 0.776 0 0.000 0.000 0.224
#> SRR1073143 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.4229 0.67133 0.020 0 0.704 0.000 0.276
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.2020 0.75729 0.000 0 0.900 0.000 0.100
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.4256 0.34309 0.000 0 0.564 0.000 0.436
#> SRR615467 3 0.0609 0.84975 0.000 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR660638 5 0.3752 0.77378 0.000 0 0.292 0.000 0.708
#> SRR1360383 5 0.0609 0.72272 0.000 0 0.020 0.000 0.980
#> SRR1354577 4 0.3336 0.73688 0.000 0 0.000 0.772 0.228
#> SRR608230 5 0.3796 0.76758 0.000 0 0.300 0.000 0.700
#> SRR1320873 5 0.5202 0.68922 0.164 0 0.016 0.104 0.716
#> SRR1336379 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 5 0.3353 0.70264 0.000 0 0.008 0.196 0.796
#> SRR1101421 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 5 0.3210 0.80774 0.000 0 0.212 0.000 0.788
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.3774 0.76436 0.000 0 0.296 0.000 0.704
#> SRR1324431 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4339 0.43169 0.652 0 0.012 0.000 0.336
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 4 0.3508 0.70647 0.000 0 0.000 0.748 0.252
#> SRR1350525 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 5 0.4325 0.79700 0.064 0 0.180 0.000 0.756
#> SRR1320093 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 5 0.3300 0.80865 0.000 0 0.204 0.004 0.792
#> SRR1320280 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 5 0.5070 0.72025 0.036 0 0.052 0.184 0.728
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.3177 0.80779 0.000 0 0.208 0.000 0.792
#> SRR818418 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079281 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 5 0.3534 0.79633 0.000 0 0.256 0.000 0.744
#> SRR655218 5 0.5014 0.79850 0.040 0 0.212 0.032 0.716
#> SRR1416754 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 5 0.4063 0.78097 0.012 0 0.280 0.000 0.708
#> SRR1084842 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0324 0.85082 0.004 0 0.992 0.000 0.004
#> SRR1468514 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 1 0.3452 0.70215 0.756 0 0.000 0.000 0.244
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 1 0.3970 0.70758 0.788 0 0.156 0.000 0.056
#> SRR1490019 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476676 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.3395 0.71959 0.000 0 0.764 0.000 0.236
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.4161 -0.00781 0.000 0 0.608 0.000 0.392
#> SRR1473936 5 0.3999 0.17146 0.000 0 0.344 0.000 0.656
#> SRR1455698 4 0.3210 0.75555 0.000 0 0.000 0.788 0.212
#> SRR1331335 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.6268 0.31439 0.540 0 0.232 0.000 0.228
#> SRR1500753 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 5 0.3366 0.80465 0.000 0 0.232 0.000 0.768
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 3 0.6655 0.21696 0.000 0 0.444 0.260 0.296
#> SRR1348424 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.3480 0.69591 0.752 0 0.000 0.000 0.248
#> SRR1339549 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.3636 0.69049 0.000 0 0.728 0.000 0.272
#> SRR1078347 3 0.2561 0.78225 0.000 0 0.856 0.000 0.144
#> SRR1435293 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.71332 0.000 0 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 5 0.1608 0.71456 0.000 0 0.072 0.000 0.928
#> SRR1359649 5 0.2434 0.75496 0.024 0 0.040 0.024 0.912
#> SRR1335688 3 0.3661 0.68697 0.000 0 0.724 0.000 0.276
#> SRR1370129 5 0.3661 0.78568 0.000 0 0.276 0.000 0.724
#> SRR1321966 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488672 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.3305 0.74171 0.000 0 0.000 0.776 0.224
#> SRR1416999 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.3452 0.70297 0.756 0 0.000 0.000 0.244
#> SRR1317877 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.4201 0.15181 0.000 0 0.592 0.000 0.408
#> SRR1459718 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.85291 0.000 0 1.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 3 0.6684 0.28177 0.288 0 0.436 0.000 0.276
#> SRR1455925 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0404 0.85134 0.000 0 0.988 0.000 0.012
#> SRR1313932 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0162 0.85188 0.000 0 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099023 4 0.6396 0.29390 0.000 0 0.212 0.508 0.280
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0609 0.84974 0.000 0 0.980 0.000 0.020
#> SRR1334741 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.97101 0.000 0 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.96389 1.000 0 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.2471 0.83163 0.864 0 0.000 0.000 0.136
#> SRR1475909 5 0.4192 0.80094 0.032 0 0.232 0.000 0.736
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.2822 0.7561 0.000 0 0.040 0.000 0.852 0.108
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.1082 0.7931 0.000 0 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1330061 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3873 0.7541 0.000 0 0.124 0.104 0.772 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0363 0.9551 0.000 0 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.1858 0.7977 0.000 0 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1436966 5 0.0146 0.7851 0.000 0 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614802 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.1714 0.8769 0.000 0 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1440699 3 0.0777 0.9468 0.000 0 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1389059 3 0.0146 0.9589 0.000 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083100 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1348861 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0146 0.9586 0.000 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 6 0.2584 0.8436 0.000 0 0.004 0.004 0.144 0.848
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.2442 0.8549 0.000 0 0.000 0.884 0.068 0.048
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.2416 0.7755 0.000 0 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.2664 0.7387 0.184 0 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1358561 3 0.0717 0.9485 0.000 0 0.976 0.008 0.016 0.000
#> SRR1498640 6 0.0632 0.9300 0.024 0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1429957 6 0.2288 0.8739 0.000 0 0.004 0.004 0.116 0.876
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 6 0.0291 0.9505 0.000 0 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.2933 0.6503 0.200 0 0.796 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.3789 0.2666 0.000 0 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1444559 4 0.3175 0.6309 0.000 0 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 6 0.0363 0.9501 0.000 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR660007 3 0.0508 0.9535 0.000 0 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR655649 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.1863 0.8699 0.000 0 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR661005 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 6 0.1745 0.9134 0.000 0 0.012 0.000 0.068 0.920
#> SRR1334717 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082759 5 0.2454 0.7282 0.000 0 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR612455 3 0.0146 0.9587 0.000 0 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR818210 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0405 0.9544 0.000 0 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0146 0.9586 0.000 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 5 0.3351 0.6467 0.288 0 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661433 3 0.3351 0.5699 0.000 0 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.3684 0.3789 0.000 0 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1319539 3 0.1141 0.9301 0.000 0 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0363 0.9723 0.988 0 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.2135 0.7744 0.128 0 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 5 0.1910 0.7835 0.108 0 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.3244 0.5311 0.268 0 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR817758 3 0.1806 0.8458 0.088 0 0.908 0.000 0.004 0.000
#> SRR821019 3 0.1075 0.9291 0.000 0 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 6 0.0260 0.9476 0.000 0 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR604074 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820209 5 0.2092 0.7896 0.000 0 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1082 0.9337 0.000 0 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 6 0.0291 0.9505 0.000 0 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1421093 3 0.0790 0.9392 0.000 0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0260 0.9571 0.000 0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 1 0.3672 0.3240 0.632 0 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0260 0.9653 0.000 0 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0777 0.9543 0.972 0 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.2948 0.7969 0.008 0 0.804 0.000 0.188 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 6 0.1398 0.9262 0.000 0 0.008 0.000 0.052 0.940
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR607337 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.0363 0.9501 0.000 0 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.3390 0.5748 0.000 0 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR614083 6 0.0458 0.9480 0.000 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.1958 0.7708 0.000 0 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR816721 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0146 0.9586 0.000 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR664842 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR657891 6 0.2320 0.7727 0.132 0 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1421305 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335707 5 0.1814 0.7860 0.100 0 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1401276 6 0.0291 0.9481 0.004 0 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR627421 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1471922 4 0.0146 0.9687 0.000 0 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.3464 0.5853 0.000 0 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.2135 0.7532 0.000 0 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 5 0.2416 0.7752 0.000 0 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR664048 6 0.2378 0.8017 0.000 0 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1500998 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320916 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1472150 5 0.2340 0.7802 0.000 0 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 6 0.0891 0.9431 0.000 0 0.008 0.000 0.024 0.968
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 3 0.2996 0.7086 0.000 0 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR600385 1 0.2265 0.8664 0.896 0 0.052 0.000 0.052 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 6 0.3074 0.7716 0.000 0 0.004 0.004 0.200 0.792
#> SRR807591 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.2003 0.8448 0.000 0 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.1204 0.9190 0.000 0 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.1663 0.7980 0.000 0 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1370173 3 0.0146 0.9586 0.000 0 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1408327 5 0.5522 0.5040 0.000 0 0.288 0.168 0.544 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0790 0.7834 0.000 0 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1378841 5 0.2762 0.7295 0.196 0 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1375616 5 0.1753 0.7738 0.000 0 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468974 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1470111 5 0.1858 0.7997 0.000 0 0.076 0.012 0.912 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.2350 0.8677 0.000 0 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR1329551 6 0.2178 0.8314 0.000 0 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1141 0.9249 0.000 0 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR614443 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 5 0.3221 0.6707 0.264 0 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 6 0.4671 0.5277 0.000 0 0.304 0.000 0.068 0.628
#> SRR660933 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0146 0.9807 0.996 0 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR612380 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 6 0.2595 0.7995 0.000 0 0.004 0.000 0.160 0.836
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0260 0.9571 0.000 0 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.1501 0.7716 0.000 0 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR820078 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.4012 0.7466 0.164 0 0.084 0.000 0.752 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.3860 -0.0625 0.528 0 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.2679 0.8019 0.040 0 0.096 0.000 0.864 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0547 0.9486 0.000 0 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.3141 0.6742 0.000 0 0.012 0.000 0.788 0.200
#> SRR615467 3 0.0458 0.9527 0.000 0 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR660638 6 0.0713 0.9398 0.000 0 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1360383 5 0.3109 0.6480 0.000 0 0.004 0.000 0.772 0.224
#> SRR1354577 4 0.3774 0.2805 0.000 0 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR608230 6 0.0458 0.9480 0.000 0 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1320873 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.1701 0.9104 0.000 0 0.000 0.008 0.072 0.920
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.2390 0.8917 0.000 0 0.056 0.000 0.056 0.888
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3371 0.5726 0.708 0 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.3592 0.4701 0.000 0 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 6 0.1333 0.9291 0.000 0 0.008 0.000 0.048 0.944
#> SRR818418 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR655218 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3360 0.6654 0.264 0 0.000 0.000 0.732 0.004
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 1 0.6088 0.1214 0.492 0 0.332 0.000 0.152 0.024
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.2738 0.7479 0.000 0 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.1075 0.9263 0.000 0 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1473936 5 0.2135 0.7452 0.000 0 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1455698 4 0.3765 0.2920 0.000 0 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.3823 0.3463 0.436 0 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 5 0.3138 0.7468 0.000 0 0.000 0.108 0.832 0.060
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.3747 0.4507 0.396 0 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0260 0.9651 0.000 0 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1319816 5 0.1714 0.7976 0.000 0 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1078347 3 0.1444 0.9032 0.000 0 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 6 0.1204 0.9249 0.000 0 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 5 0.3360 0.5893 0.000 0 0.004 0.000 0.732 0.264
#> SRR1359649 6 0.0291 0.9511 0.000 0 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1335688 5 0.1910 0.7946 0.000 0 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1370129 6 0.0806 0.9453 0.000 0 0.008 0.000 0.020 0.972
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.3843 0.1403 0.000 0 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 5 0.3390 0.6386 0.296 0 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 6 0.3073 0.7593 0.000 0 0.008 0.000 0.204 0.788
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.2278 0.7755 0.128 0 0.004 0.000 0.868 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0790 0.9418 0.000 0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9607 0.000 0 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.1957 0.7610 0.000 0 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1588 0.9118 0.000 0 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.9724 0.000 0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9848 1.000 0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.2378 0.7899 0.848 0 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1475909 6 0.0260 0.9516 0.000 0 0.008 0.000 0.000 0.992
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.552 0.811 0.914 0.4401 0.544 0.544
#> 3 3 0.478 0.583 0.748 0.3717 0.894 0.809
#> 4 4 0.645 0.683 0.836 0.1851 0.745 0.478
#> 5 5 0.665 0.618 0.714 0.0683 0.901 0.703
#> 6 6 0.686 0.589 0.760 0.0457 0.833 0.489
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.1843 0.90842 0.028 0.972
#> SRR1085850 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1379450 2 0.5178 0.84441 0.116 0.884
#> SRR1467813 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR614814 2 0.5737 0.82365 0.136 0.864
#> SRR1077405 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0938 0.86235 0.988 0.012
#> SRR662725 2 0.7139 0.75314 0.196 0.804
#> SRR1313951 2 0.4431 0.86586 0.092 0.908
#> SRR1339218 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1417505 2 0.5059 0.84831 0.112 0.888
#> SRR1407134 2 0.6623 0.78350 0.172 0.828
#> SRR1457418 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1075898 2 0.4690 0.85915 0.100 0.900
#> SRR1498482 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1335254 2 0.5294 0.84042 0.120 0.880
#> SRR1352706 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1388979 2 0.5178 0.84553 0.116 0.884
#> SRR1396595 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1340508 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1360868 2 0.9988 -0.03867 0.480 0.520
#> SRR1440699 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1083100 2 0.9881 0.15813 0.436 0.564
#> SRR1348861 1 0.4022 0.84347 0.920 0.080
#> SRR1072367 1 0.8081 0.71016 0.752 0.248
#> SRR1468403 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.1414 0.86118 0.980 0.020
#> SRR1390601 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1486560 2 0.2043 0.90621 0.032 0.968
#> SRR1315761 2 0.8499 0.60988 0.276 0.724
#> SRR1392637 2 0.8081 0.66496 0.248 0.752
#> SRR810957 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.1184 0.86203 0.984 0.016
#> SRR1470212 1 0.5737 0.81166 0.864 0.136
#> SRR1433971 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR598124 1 0.3274 0.85101 0.940 0.060
#> SRR615141 1 0.9087 0.59936 0.676 0.324
#> SRR601122 2 0.7883 0.68832 0.236 0.764
#> SRR1397008 1 0.5842 0.81060 0.860 0.140
#> SRR1358561 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1498640 2 0.6623 0.78350 0.172 0.828
#> SRR1429957 1 0.1414 0.86118 0.980 0.020
#> SRR1452292 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1467590 1 0.8909 0.62792 0.692 0.308
#> SRR1394936 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1485542 2 0.6712 0.77862 0.176 0.824
#> SRR659121 2 0.2423 0.90210 0.040 0.960
#> SRR1330656 1 0.1843 0.85987 0.972 0.028
#> SRR1388305 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.2423 0.85682 0.960 0.040
#> SRR1311086 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.9522 0.50431 0.628 0.372
#> SRR661325 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1439807 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1352129 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1406561 2 0.5294 0.84042 0.120 0.880
#> SRR1394713 1 0.4022 0.84347 0.920 0.080
#> SRR1403875 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.8608 0.66617 0.716 0.284
#> SRR1436444 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1084649 2 0.7602 0.72248 0.220 0.780
#> SRR1500405 1 0.4022 0.84347 0.920 0.080
#> SRR1354446 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1467455 2 0.9881 0.15813 0.436 0.564
#> SRR1444559 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1381543 2 0.9000 0.52632 0.316 0.684
#> SRR1402513 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.5178 0.82510 0.884 0.116
#> SRR660007 1 0.4431 0.83842 0.908 0.092
#> SRR655649 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1437306 2 0.5294 0.84037 0.120 0.880
#> SRR657731 1 0.4298 0.84037 0.912 0.088
#> SRR661005 1 0.9775 0.40535 0.588 0.412
#> SRR600608 2 0.1843 0.90831 0.028 0.972
#> SRR655923 1 0.7056 0.76621 0.808 0.192
#> SRR1334717 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.4022 0.84347 0.920 0.080
#> SRR1082759 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1316815 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1072797 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR612455 1 0.8327 0.69130 0.736 0.264
#> SRR818210 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.6801 0.77893 0.820 0.180
#> SRR1387178 2 0.6712 0.77862 0.176 0.824
#> SRR660498 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1403831 2 0.4022 0.87559 0.080 0.920
#> SRR657325 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1339740 2 0.0672 0.91719 0.008 0.992
#> SRR657348 2 0.0938 0.91572 0.012 0.988
#> SRR662091 1 0.0938 0.86237 0.988 0.012
#> SRR608598 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR608662 2 0.7056 0.75759 0.192 0.808
#> SRR1361567 2 0.2043 0.90543 0.032 0.968
#> SRR819134 2 0.0376 0.91838 0.004 0.996
#> SRR1311400 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR817775 1 0.1184 0.86203 0.984 0.016
#> SRR661433 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR819946 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.8608 0.66617 0.716 0.284
#> SRR1343841 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR665563 1 0.4298 0.84037 0.912 0.088
#> SRR1487321 2 0.6712 0.77862 0.176 0.824
#> SRR1312428 2 0.9608 0.36493 0.384 0.616
#> SRR657587 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1337412 1 0.5294 0.82360 0.880 0.120
#> SRR1474466 2 0.9491 0.39046 0.368 0.632
#> SRR1466993 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1358102 2 0.7453 0.72882 0.212 0.788
#> SRR1455171 1 0.1633 0.86025 0.976 0.024
#> SRR627299 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.9795 0.39438 0.584 0.416
#> SRR817758 1 0.8909 0.62925 0.692 0.308
#> SRR821019 1 0.8144 0.70526 0.748 0.252
#> SRR1330675 2 0.9909 0.12546 0.444 0.556
#> SRR1433644 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.5519 0.81841 0.872 0.128
#> SRR604074 1 0.9170 0.58697 0.668 0.332
#> SRR1322291 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.9977 0.21818 0.528 0.472
#> SRR1331841 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1350456 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1472079 1 0.9323 0.55546 0.652 0.348
#> SRR1500537 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0672 0.86247 0.992 0.008
#> SRR1403958 2 0.2423 0.90181 0.040 0.960
#> SRR1322270 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR600754 2 0.2948 0.89351 0.052 0.948
#> SRR1334847 1 0.8499 0.67833 0.724 0.276
#> SRR1421093 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1375635 2 0.9944 0.07739 0.456 0.544
#> SRR661133 2 0.4431 0.86411 0.092 0.908
#> SRR1357523 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1415732 1 0.5059 0.82805 0.888 0.112
#> SRR1434250 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1396640 2 0.6623 0.78482 0.172 0.828
#> SRR1454803 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1468381 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1447986 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0938 0.86229 0.988 0.012
#> SRR1434138 2 0.9944 0.07739 0.456 0.544
#> SRR1456950 2 0.5294 0.84042 0.120 0.880
#> SRR1400375 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.4298 0.84015 0.912 0.088
#> SRR1355040 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1409351 2 0.6343 0.79528 0.160 0.840
#> SRR1085495 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR604026 2 0.7453 0.72882 0.212 0.788
#> SRR1500868 2 0.6531 0.78864 0.168 0.832
#> SRR1476279 2 0.5059 0.84831 0.112 0.888
#> SRR627429 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR660969 2 0.0376 0.91838 0.004 0.996
#> SRR1335377 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1357189 2 0.2236 0.90400 0.036 0.964
#> SRR1319837 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.8267 0.69533 0.740 0.260
#> SRR1440058 2 0.3114 0.89086 0.056 0.944
#> SRR1389979 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1315721 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR607337 2 0.2236 0.90327 0.036 0.964
#> SRR1434803 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.9970 0.23113 0.532 0.468
#> SRR1465132 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.1414 0.86124 0.980 0.020
#> SRR1387989 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.9815 0.38359 0.580 0.420
#> SRR1441701 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR614083 1 0.9988 0.19042 0.520 0.480
#> SRR1310623 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.2778 0.89674 0.048 0.952
#> SRR1359367 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1391879 2 0.9909 0.12546 0.444 0.556
#> SRR1418992 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0938 0.86229 0.988 0.012
#> SRR1399028 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1418127 2 0.2778 0.89659 0.048 0.952
#> SRR1402900 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1394755 2 0.9881 0.15813 0.436 0.564
#> SRR664842 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR662342 2 0.8016 0.67322 0.244 0.756
#> SRR665502 1 0.9988 0.19042 0.520 0.480
#> SRR657891 2 0.6623 0.78350 0.172 0.828
#> SRR1421305 1 0.9491 0.51425 0.632 0.368
#> SRR1335707 1 0.9896 0.30817 0.560 0.440
#> SRR1401276 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR627421 2 0.5946 0.81631 0.144 0.856
#> SRR1311575 2 0.6531 0.78875 0.168 0.832
#> SRR1475675 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1471922 1 0.9993 0.17462 0.516 0.484
#> SRR1077687 2 0.0672 0.91719 0.008 0.992
#> SRR821602 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.1843 0.90842 0.028 0.972
#> SRR810571 1 0.8144 0.70526 0.748 0.252
#> SRR664048 1 0.9323 0.55570 0.652 0.348
#> SRR1500998 1 0.9522 0.50431 0.628 0.372
#> SRR1320916 2 0.9881 0.15813 0.436 0.564
#> SRR1472150 1 0.0938 0.86243 0.988 0.012
#> SRR1329090 2 0.0938 0.91590 0.012 0.988
#> SRR1317344 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR817978 2 0.5059 0.84899 0.112 0.888
#> SRR1324371 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1474333 2 0.6623 0.78350 0.172 0.828
#> SRR1321462 2 0.2423 0.90187 0.040 0.960
#> SRR1387264 2 0.2948 0.89351 0.052 0.948
#> SRR1468141 1 0.3274 0.85118 0.940 0.060
#> SRR1486097 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR608002 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1360563 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR604050 2 0.9970 0.01559 0.468 0.532
#> SRR600385 1 0.9635 0.45932 0.612 0.388
#> SRR1430248 1 0.8081 0.70956 0.752 0.248
#> SRR1352975 2 0.6712 0.77862 0.176 0.824
#> SRR1457221 1 0.1414 0.86118 0.980 0.020
#> SRR807591 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0938 0.86229 0.988 0.012
#> SRR655111 1 0.9522 0.50273 0.628 0.372
#> SRR1336006 1 0.9427 0.53094 0.640 0.360
#> SRR613114 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.9963 0.24330 0.536 0.464
#> SRR1315269 2 0.5294 0.84165 0.120 0.880
#> SRR1435020 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1337564 2 0.1843 0.90842 0.028 0.972
#> SRR1315019 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1405485 2 0.6712 0.77862 0.176 0.824
#> SRR812012 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1370619 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1469495 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0376 0.86233 0.996 0.004
#> SRR1375616 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.0938 0.91572 0.012 0.988
#> SRR1432123 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1370405 2 0.5178 0.84553 0.116 0.884
#> SRR1099499 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.9993 0.17462 0.516 0.484
#> SRR1468974 1 0.1843 0.85987 0.972 0.028
#> SRR1470111 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0938 0.86229 0.988 0.012
#> SRR1329551 1 0.9427 0.53087 0.640 0.360
#> SRR662871 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR600560 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1434867 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.6801 0.77893 0.820 0.180
#> SRR1487107 2 0.2236 0.90400 0.036 0.964
#> SRR1348159 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1356036 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR614443 1 0.2236 0.85794 0.964 0.036
#> SRR1314958 2 0.6531 0.78875 0.168 0.832
#> SRR1341702 2 0.8144 0.66119 0.252 0.748
#> SRR1444678 2 0.6887 0.77151 0.184 0.816
#> SRR1350107 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1342045 2 0.6247 0.80224 0.156 0.844
#> SRR1467364 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1078879 2 0.9988 -0.03867 0.480 0.520
#> SRR1468955 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR660626 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR812436 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1312103 2 0.6247 0.80528 0.156 0.844
#> SRR1429891 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.8267 0.69533 0.740 0.260
#> SRR660933 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1488651 1 0.0938 0.86237 0.988 0.012
#> SRR1359388 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR817686 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.8499 0.67833 0.724 0.276
#> SRR612380 2 0.2236 0.90400 0.036 0.964
#> SRR817905 2 0.4431 0.86586 0.092 0.908
#> SRR1337909 2 0.6712 0.77862 0.176 0.824
#> SRR661723 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.4022 0.87446 0.080 0.920
#> SRR1489155 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.8081 0.71016 0.752 0.248
#> SRR1472193 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1396078 1 0.5842 0.81060 0.860 0.140
#> SRR1443612 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1470902 2 0.7376 0.73450 0.208 0.792
#> SRR1362777 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1413522 2 0.9833 0.23848 0.424 0.576
#> SRR1073143 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1444622 1 0.0938 0.86243 0.988 0.012
#> SRR662570 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1430288 2 0.0672 0.91719 0.008 0.992
#> SRR1323043 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1475022 1 0.4022 0.84347 0.920 0.080
#> SRR1080927 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.9522 0.50273 0.628 0.372
#> SRR603596 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.8144 0.70831 0.748 0.252
#> SRR615467 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.9710 0.43540 0.600 0.400
#> SRR1360383 1 0.7815 0.72899 0.768 0.232
#> SRR1354577 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.8713 0.65240 0.708 0.292
#> SRR1320873 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1336379 2 0.5294 0.84042 0.120 0.880
#> SRR1325665 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1477634 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1444876 1 0.7950 0.72219 0.760 0.240
#> SRR1101421 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR613354 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.8813 0.64268 0.700 0.300
#> SRR1324431 2 0.4431 0.86586 0.092 0.908
#> SRR1442356 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.2948 0.88815 0.052 0.948
#> SRR655684 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1397073 2 0.7745 0.70967 0.228 0.772
#> SRR1455060 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1341008 2 0.2778 0.89795 0.048 0.952
#> SRR1087031 2 0.2236 0.90400 0.036 0.964
#> SRR1489177 1 0.4939 0.83019 0.892 0.108
#> SRR1350525 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1440517 2 0.3114 0.88522 0.056 0.944
#> SRR1320093 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR602516 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR604318 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1320280 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1082262 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1379238 2 0.6531 0.78875 0.168 0.832
#> SRR1385080 2 0.5294 0.84042 0.120 0.880
#> SRR1316921 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1498272 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR814989 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1320892 1 0.0938 0.86252 0.988 0.012
#> SRR818418 2 0.6623 0.78350 0.172 0.828
#> SRR1474553 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1430884 1 0.4161 0.84207 0.916 0.084
#> SRR1079281 2 0.9963 0.04500 0.464 0.536
#> SRR656493 1 0.8861 0.63278 0.696 0.304
#> SRR1328599 2 0.9286 0.44848 0.344 0.656
#> SRR655218 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1416754 2 0.7602 0.72239 0.220 0.780
#> SRR1488562 2 0.2948 0.88815 0.052 0.948
#> SRR1084842 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.8861 0.63278 0.696 0.304
#> SRR1468514 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1474065 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1499442 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0938 0.86237 0.988 0.012
#> SRR1445328 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1085662 2 0.9977 0.00795 0.472 0.528
#> SRR1415095 2 0.5294 0.84037 0.120 0.880
#> SRR1499982 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1488715 2 0.6531 0.78913 0.168 0.832
#> SRR597927 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1479239 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.0376 0.91830 0.004 0.996
#> SRR663261 1 0.4298 0.84037 0.912 0.088
#> SRR1432343 2 0.5294 0.84042 0.120 0.880
#> SRR1459585 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.4161 0.84207 0.916 0.084
#> SRR612443 2 0.9970 0.01548 0.468 0.532
#> SRR1473936 1 0.0672 0.86241 0.992 0.008
#> SRR1455698 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR659187 2 0.0938 0.91572 0.012 0.988
#> SRR1417912 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1316940 1 0.5842 0.81060 0.860 0.140
#> SRR1500753 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR657635 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1411024 2 0.6623 0.78500 0.172 0.828
#> SRR1469904 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1311794 2 0.1843 0.90842 0.028 0.972
#> SRR657754 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1464451 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1443895 1 0.5059 0.82805 0.888 0.112
#> SRR1444460 2 0.4562 0.86285 0.096 0.904
#> SRR1333587 2 0.9881 0.15813 0.436 0.564
#> SRR1307770 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.9427 0.53094 0.640 0.360
#> SRR1366433 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR1480479 2 0.9209 0.47122 0.336 0.664
#> SRR1470175 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR598768 2 0.2236 0.90327 0.036 0.964
#> SRR1335400 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1418923 2 0.0672 0.91685 0.008 0.992
#> SRR820133 1 0.9977 0.21818 0.528 0.472
#> SRR1348424 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0376 0.86233 0.996 0.004
#> SRR1339549 1 0.9427 0.53094 0.640 0.360
#> SRR821434 2 0.2236 0.90400 0.036 0.964
#> SRR662546 2 0.5178 0.84553 0.116 0.884
#> SRR1319816 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.8081 0.71016 0.752 0.248
#> SRR1435293 2 0.6531 0.78856 0.168 0.832
#> SRR1408208 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1332317 1 0.1843 0.85987 0.972 0.028
#> SRR1499193 2 0.6623 0.78482 0.172 0.828
#> SRR1467294 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.8499 0.67833 0.724 0.276
#> SRR1335688 1 0.0376 0.86220 0.996 0.004
#> SRR1370129 1 0.5842 0.80906 0.860 0.140
#> SRR1321966 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1343197 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1334564 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.6623 0.78438 0.172 0.828
#> SRR1317877 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1329885 1 0.2603 0.85600 0.956 0.044
#> SRR1459718 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR602622 2 0.9580 0.34901 0.380 0.620
#> SRR1487685 2 0.9000 0.52946 0.316 0.684
#> SRR1455925 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1313932 2 0.2236 0.90400 0.036 0.964
#> SRR603397 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.86202 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.9427 0.53094 0.640 0.360
#> SRR656564 2 0.7950 0.69124 0.240 0.760
#> SRR608174 2 0.2948 0.89453 0.052 0.948
#> SRR1320963 2 0.2236 0.90327 0.036 0.964
#> SRR661973 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1480365 2 0.1184 0.91387 0.016 0.984
#> SRR602927 2 0.0376 0.91835 0.004 0.996
#> SRR1315799 2 0.0000 0.91925 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.7453 0.72882 0.212 0.788
#> SRR1475909 2 0.9881 0.15813 0.436 0.564
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1356619 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341898 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1333930 1 0.2796 0.6573 0.908 0.092 0.000
#> SRR1085850 1 0.0747 0.6902 0.984 0.016 0.000
#> SRR1379450 1 0.6535 0.4670 0.728 0.220 0.052
#> SRR1467813 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR614814 1 0.5588 0.4299 0.720 0.276 0.004
#> SRR1077405 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.2959 0.8068 0.000 0.100 0.900
#> SRR662725 1 0.7032 0.1448 0.604 0.368 0.028
#> SRR1313951 1 0.5254 0.4631 0.736 0.264 0.000
#> SRR1339218 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1417505 1 0.6437 0.4733 0.732 0.220 0.048
#> SRR1407134 1 0.6339 0.2370 0.632 0.360 0.008
#> SRR1457418 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.6154 0.5046 0.752 0.204 0.044
#> SRR1498482 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.1163 0.8383 0.000 0.028 0.972
#> SRR1439873 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1335254 1 0.5810 0.3212 0.664 0.336 0.000
#> SRR1352706 3 0.0237 0.8403 0.000 0.004 0.996
#> SRR1436966 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.5690 0.4168 0.708 0.288 0.004
#> SRR1396595 1 0.0424 0.6915 0.992 0.008 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 2 0.9210 0.7334 0.296 0.520 0.184
#> SRR1440699 3 0.1163 0.8383 0.000 0.028 0.972
#> SRR1389059 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 2 0.8857 0.6650 0.344 0.524 0.132
#> SRR1348861 3 0.5173 0.7142 0.036 0.148 0.816
#> SRR1072367 2 0.8566 0.4549 0.096 0.480 0.424
#> SRR1468403 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1417070 3 0.4834 0.7039 0.004 0.204 0.792
#> SRR1390601 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.4062 0.5995 0.836 0.164 0.000
#> SRR1315761 1 0.8635 -0.1308 0.532 0.356 0.112
#> SRR1392637 1 0.8196 -0.0146 0.560 0.356 0.084
#> SRR810957 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1458422 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1394677 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1341605 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1444479 3 0.3116 0.8027 0.000 0.108 0.892
#> SRR1470212 3 0.6398 0.5806 0.060 0.192 0.748
#> SRR1433971 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.5831 0.5741 0.008 0.284 0.708
#> SRR615141 2 0.9265 0.5597 0.156 0.428 0.416
#> SRR601122 1 0.7223 -0.0658 0.548 0.424 0.028
#> SRR1397008 3 0.7208 0.3404 0.040 0.340 0.620
#> SRR1358561 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.6339 0.2370 0.632 0.360 0.008
#> SRR1429957 3 0.4834 0.7039 0.004 0.204 0.792
#> SRR1452292 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 2 0.8743 0.5965 0.116 0.512 0.372
#> SRR1394936 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1485542 1 0.6398 0.2024 0.620 0.372 0.008
#> SRR659121 1 0.4178 0.5912 0.828 0.172 0.000
#> SRR1330656 3 0.2096 0.8260 0.004 0.052 0.944
#> SRR1388305 1 0.1289 0.6866 0.968 0.032 0.000
#> SRR1406917 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1363992 3 0.3618 0.7869 0.012 0.104 0.884
#> SRR1311086 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1458044 2 0.9254 0.6828 0.172 0.496 0.332
#> SRR661325 1 0.2878 0.6568 0.904 0.096 0.000
#> SRR1439807 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1352129 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1406561 1 0.5810 0.3212 0.664 0.336 0.000
#> SRR1394713 3 0.5173 0.7142 0.036 0.148 0.816
#> SRR1403875 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1476186 2 0.9093 0.5399 0.140 0.460 0.400
#> SRR1436444 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1084649 1 0.7658 0.1014 0.588 0.356 0.056
#> SRR1500405 3 0.5173 0.7142 0.036 0.148 0.816
#> SRR1354446 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 2 0.8857 0.6650 0.344 0.524 0.132
#> SRR1444559 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 1 0.8826 -0.3570 0.472 0.412 0.116
#> SRR1402513 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR820379 3 0.6543 0.4062 0.016 0.344 0.640
#> SRR660007 3 0.6282 0.3539 0.004 0.384 0.612
#> SRR655649 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1437306 1 0.5733 0.3452 0.676 0.324 0.000
#> SRR657731 3 0.6264 0.3677 0.004 0.380 0.616
#> SRR661005 2 0.9111 0.7379 0.212 0.548 0.240
#> SRR600608 1 0.2165 0.6739 0.936 0.064 0.000
#> SRR655923 2 0.7389 0.2299 0.032 0.504 0.464
#> SRR1334717 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR1401552 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1474886 3 0.5173 0.7142 0.036 0.148 0.816
#> SRR1082759 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1072797 1 0.1753 0.6852 0.952 0.048 0.000
#> SRR612455 3 0.8878 -0.3392 0.124 0.384 0.492
#> SRR818210 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1404969 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1328960 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR598671 3 0.8179 -0.1539 0.072 0.424 0.504
#> SRR1387178 1 0.6379 0.2136 0.624 0.368 0.008
#> SRR660498 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1403831 1 0.5585 0.5292 0.772 0.204 0.024
#> SRR657325 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1339740 1 0.1643 0.6836 0.956 0.044 0.000
#> SRR657348 1 0.3116 0.6495 0.892 0.108 0.000
#> SRR662091 3 0.2356 0.8225 0.000 0.072 0.928
#> SRR608598 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR608662 1 0.6737 0.1519 0.600 0.384 0.016
#> SRR1361567 1 0.2711 0.6612 0.912 0.088 0.000
#> SRR819134 1 0.0892 0.6904 0.980 0.020 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.3116 0.8027 0.000 0.108 0.892
#> SRR661433 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR819946 3 0.3412 0.7894 0.000 0.124 0.876
#> SRR1319539 2 0.9093 0.5399 0.140 0.460 0.400
#> SRR1343841 1 0.0747 0.6902 0.984 0.016 0.000
#> SRR665563 3 0.6264 0.3677 0.004 0.380 0.616
#> SRR1487321 1 0.6379 0.2136 0.624 0.368 0.008
#> SRR1312428 1 0.9264 -0.4703 0.432 0.412 0.156
#> SRR657587 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1337412 3 0.6978 0.3876 0.032 0.336 0.632
#> SRR1474466 2 0.8920 0.5274 0.408 0.468 0.124
#> SRR1466993 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1358102 1 0.7424 0.0705 0.572 0.388 0.040
#> SRR1455171 3 0.2486 0.8207 0.008 0.060 0.932
#> SRR627299 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR660733 2 0.9081 0.7387 0.212 0.552 0.236
#> SRR817758 2 0.9260 0.5930 0.160 0.464 0.376
#> SRR821019 2 0.7958 0.4622 0.064 0.544 0.392
#> SRR1330675 2 0.9091 0.6752 0.344 0.504 0.152
#> SRR1433644 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1320180 3 0.7334 0.3450 0.048 0.328 0.624
#> SRR604074 3 0.9314 -0.4064 0.180 0.328 0.492
#> SRR1322291 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 2 0.8670 0.7387 0.240 0.592 0.168
#> SRR1331841 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1096966 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1350456 1 0.0424 0.6915 0.992 0.008 0.000
#> SRR1472079 2 0.9263 0.6474 0.164 0.476 0.360
#> SRR1500537 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR660103 3 0.1031 0.8404 0.000 0.024 0.976
#> SRR1403958 1 0.4178 0.5907 0.828 0.172 0.000
#> SRR1322270 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR600754 1 0.3941 0.6044 0.844 0.156 0.000
#> SRR1334847 2 0.8450 0.4443 0.088 0.484 0.428
#> SRR1421093 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1466357 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 2 0.9090 0.6937 0.332 0.512 0.156
#> SRR661133 1 0.5070 0.5122 0.772 0.224 0.004
#> SRR1357523 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.6744 0.4708 0.032 0.300 0.668
#> SRR1434250 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1396640 1 0.6148 0.2638 0.640 0.356 0.004
#> SRR1454803 1 0.1031 0.6893 0.976 0.024 0.000
#> SRR1468381 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1447986 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1388007 3 0.2711 0.8087 0.000 0.088 0.912
#> SRR1434138 2 0.9090 0.6937 0.332 0.512 0.156
#> SRR1456950 1 0.5810 0.3212 0.664 0.336 0.000
#> SRR1400375 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1323764 3 0.6099 0.6105 0.032 0.228 0.740
#> SRR1355040 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.7222 0.3750 0.684 0.244 0.072
#> SRR1085495 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.7424 0.0705 0.572 0.388 0.040
#> SRR1500868 1 0.6104 0.2752 0.648 0.348 0.004
#> SRR1476279 1 0.6437 0.4733 0.732 0.220 0.048
#> SRR627429 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR660969 1 0.1529 0.6846 0.960 0.040 0.000
#> SRR1335377 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.4121 0.5949 0.832 0.168 0.000
#> SRR1319837 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR1491311 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1487295 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1415215 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1086635 2 0.8519 0.5171 0.096 0.508 0.396
#> SRR1440058 1 0.4062 0.5965 0.836 0.164 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR607337 1 0.2796 0.6585 0.908 0.092 0.000
#> SRR1434803 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1332275 2 0.9208 0.7434 0.244 0.536 0.220
#> SRR1465132 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1340133 3 0.1711 0.8344 0.008 0.032 0.960
#> SRR1387989 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1383018 2 0.8868 0.7356 0.196 0.576 0.228
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1435536 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR614083 2 0.9225 0.7427 0.256 0.532 0.212
#> SRR1310623 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1420625 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.4346 0.5766 0.816 0.184 0.000
#> SRR1359367 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1391879 2 0.9091 0.6752 0.344 0.504 0.152
#> SRR1418992 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1488836 3 0.2711 0.8087 0.000 0.088 0.912
#> SRR1399028 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.3192 0.6440 0.888 0.112 0.000
#> SRR1402900 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485290 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1456514 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1394755 2 0.8857 0.6650 0.344 0.524 0.132
#> SRR664842 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR662342 2 0.9800 -0.1852 0.344 0.412 0.244
#> SRR665502 2 0.9225 0.7427 0.256 0.532 0.212
#> SRR657891 1 0.6339 0.2370 0.632 0.360 0.008
#> SRR1421305 2 0.9090 0.6752 0.156 0.512 0.332
#> SRR1335707 2 0.9919 0.6421 0.284 0.392 0.324
#> SRR1401276 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR627421 1 0.5728 0.4360 0.720 0.272 0.008
#> SRR1311575 1 0.6104 0.2751 0.648 0.348 0.004
#> SRR1475675 3 0.1163 0.8383 0.000 0.028 0.972
#> SRR661995 1 0.1753 0.6852 0.952 0.048 0.000
#> SRR1471922 2 0.8937 0.7441 0.252 0.564 0.184
#> SRR1077687 1 0.1643 0.6836 0.956 0.044 0.000
#> SRR821602 3 0.1289 0.8368 0.000 0.032 0.968
#> SRR608718 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.2796 0.6573 0.908 0.092 0.000
#> SRR810571 2 0.7958 0.4622 0.064 0.544 0.392
#> SRR664048 2 0.8771 0.6828 0.140 0.556 0.304
#> SRR1500998 2 0.9254 0.6828 0.172 0.496 0.332
#> SRR1320916 2 0.8841 0.6688 0.340 0.528 0.132
#> SRR1472150 3 0.3816 0.7682 0.000 0.148 0.852
#> SRR1329090 1 0.2066 0.6798 0.940 0.060 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.5465 0.4224 0.712 0.288 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.6339 0.2370 0.632 0.360 0.008
#> SRR1321462 1 0.4178 0.5906 0.828 0.172 0.000
#> SRR1387264 1 0.3941 0.6044 0.844 0.156 0.000
#> SRR1468141 3 0.4842 0.6918 0.000 0.224 0.776
#> SRR1486097 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1163 0.8383 0.000 0.028 0.972
#> SRR604050 2 0.9228 0.7115 0.316 0.508 0.176
#> SRR600385 2 0.9738 0.6621 0.252 0.444 0.304
#> SRR1430248 3 0.8220 0.1742 0.152 0.212 0.636
#> SRR1352975 1 0.6398 0.2024 0.620 0.372 0.008
#> SRR1457221 3 0.4834 0.7039 0.004 0.204 0.792
#> SRR807591 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1345478 3 0.3412 0.7894 0.000 0.124 0.876
#> SRR660895 3 0.2711 0.8087 0.000 0.088 0.912
#> SRR655111 2 0.8889 0.7101 0.164 0.560 0.276
#> SRR1336006 2 0.9306 0.6657 0.172 0.480 0.348
#> SRR613114 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 2 0.9321 0.7397 0.256 0.520 0.224
#> SRR1315269 1 0.5656 0.4209 0.712 0.284 0.004
#> SRR1435020 1 0.0424 0.6915 0.992 0.008 0.000
#> SRR1337564 1 0.2796 0.6573 0.908 0.092 0.000
#> SRR1315019 3 0.1163 0.8393 0.000 0.028 0.972
#> SRR1370173 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.3412 0.7894 0.000 0.124 0.876
#> SRR1405485 1 0.6398 0.2024 0.620 0.372 0.008
#> SRR812012 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1375616 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.3116 0.6495 0.892 0.108 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.5690 0.4168 0.708 0.288 0.004
#> SRR1099499 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR659331 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1436106 2 0.8937 0.7441 0.252 0.564 0.184
#> SRR1468974 3 0.2096 0.8260 0.004 0.052 0.944
#> SRR1470111 3 0.1163 0.8393 0.000 0.028 0.972
#> SRR1079168 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1338584 3 0.2711 0.8087 0.000 0.088 0.912
#> SRR1329551 2 0.8825 0.6934 0.148 0.556 0.296
#> SRR662871 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR816770 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR600560 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1434867 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR599225 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR607935 3 0.8179 -0.1539 0.072 0.424 0.504
#> SRR1487107 1 0.4121 0.5949 0.832 0.168 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR614443 3 0.2280 0.8254 0.008 0.052 0.940
#> SRR1314958 1 0.6104 0.2751 0.648 0.348 0.004
#> SRR1341702 1 0.7138 -0.0917 0.540 0.436 0.024
#> SRR1444678 1 0.6796 0.2284 0.632 0.344 0.024
#> SRR1350107 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1322010 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1342045 1 0.6129 0.3237 0.668 0.324 0.008
#> SRR1467364 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1078879 2 0.9210 0.7334 0.296 0.520 0.184
#> SRR1468955 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.6379 0.2145 0.624 0.368 0.008
#> SRR1429891 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1387072 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR661255 2 0.8519 0.5171 0.096 0.508 0.396
#> SRR660933 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.2356 0.8225 0.000 0.072 0.928
#> SRR1359388 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR817686 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1429162 2 0.8450 0.4443 0.088 0.484 0.428
#> SRR612380 1 0.4121 0.5949 0.832 0.168 0.000
#> SRR817905 1 0.5905 0.5349 0.772 0.184 0.044
#> SRR1337909 1 0.6398 0.2024 0.620 0.372 0.008
#> SRR661723 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1314163 1 0.5058 0.4838 0.756 0.244 0.000
#> SRR1489155 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1398992 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR607091 2 0.8566 0.4549 0.096 0.480 0.424
#> SRR1472193 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1456903 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR659899 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1396078 3 0.7208 0.3404 0.040 0.340 0.620
#> SRR1443612 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1470902 1 0.7083 0.1100 0.592 0.380 0.028
#> SRR1362777 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1413522 1 0.9569 -0.5194 0.420 0.384 0.196
#> SRR1073143 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.3816 0.7682 0.000 0.148 0.852
#> SRR662570 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1430288 1 0.1643 0.6836 0.956 0.044 0.000
#> SRR1323043 1 0.1289 0.6867 0.968 0.032 0.000
#> SRR1475022 3 0.5173 0.7142 0.036 0.148 0.816
#> SRR1080927 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1328919 2 0.8889 0.7101 0.164 0.560 0.276
#> SRR603596 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR602808 3 0.8795 -0.4193 0.112 0.444 0.444
#> SRR615467 3 0.0237 0.8405 0.000 0.004 0.996
#> SRR660638 2 0.8948 0.7289 0.188 0.564 0.248
#> SRR1360383 3 0.8836 -0.2501 0.120 0.388 0.492
#> SRR1354577 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.9177 -0.4631 0.148 0.400 0.452
#> SRR1320873 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR1336379 1 0.5810 0.3212 0.664 0.336 0.000
#> SRR1325665 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1357434 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1477634 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1444876 3 0.8581 -0.3529 0.096 0.444 0.460
#> SRR1101421 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR613354 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR1434782 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1446762 2 0.9103 0.5919 0.144 0.476 0.380
#> SRR1324431 1 0.5254 0.4631 0.736 0.264 0.000
#> SRR1442356 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1386818 1 0.3589 0.6528 0.900 0.048 0.052
#> SRR655684 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1473185 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1332796 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1397073 1 0.7676 0.0716 0.584 0.360 0.056
#> SRR1455060 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1341008 1 0.3686 0.6246 0.860 0.140 0.000
#> SRR1087031 1 0.4121 0.5949 0.832 0.168 0.000
#> SRR1489177 3 0.6714 0.4810 0.032 0.296 0.672
#> SRR1350525 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1440517 1 0.3797 0.6508 0.892 0.052 0.056
#> SRR1320093 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.1753 0.6852 0.952 0.048 0.000
#> SRR1320280 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1082262 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR1379238 1 0.6104 0.2751 0.648 0.348 0.004
#> SRR1385080 1 0.5810 0.3212 0.664 0.336 0.000
#> SRR1316921 1 0.1860 0.6844 0.948 0.052 0.000
#> SRR1097752 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1375308 1 0.1289 0.6866 0.968 0.032 0.000
#> SRR1498272 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2165 0.8220 0.000 0.064 0.936
#> SRR818418 1 0.6339 0.2370 0.632 0.360 0.008
#> SRR1474553 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.5756 0.6458 0.028 0.208 0.764
#> SRR1079281 2 0.9199 0.7043 0.328 0.504 0.168
#> SRR656493 2 0.8700 0.6247 0.120 0.536 0.344
#> SRR1328599 2 0.8206 0.4212 0.448 0.480 0.072
#> SRR655218 1 0.1753 0.6852 0.952 0.048 0.000
#> SRR1416754 1 0.7552 0.1166 0.596 0.352 0.052
#> SRR1488562 1 0.3589 0.6528 0.900 0.048 0.052
#> SRR1084842 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR659673 2 0.8700 0.6247 0.120 0.536 0.344
#> SRR1468514 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1499442 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1476571 3 0.2356 0.8225 0.000 0.072 0.928
#> SRR1445328 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR607887 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1085662 2 0.9283 0.7168 0.320 0.500 0.180
#> SRR1415095 1 0.5733 0.3452 0.676 0.324 0.000
#> SRR1499982 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1488715 1 0.6510 0.2284 0.624 0.364 0.012
#> SRR597927 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1479239 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR600957 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1408113 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1490019 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1476676 1 0.0592 0.6912 0.988 0.012 0.000
#> SRR663261 3 0.6264 0.3677 0.004 0.380 0.616
#> SRR1432343 1 0.5810 0.3212 0.664 0.336 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR602365 3 0.5756 0.6458 0.028 0.208 0.764
#> SRR612443 2 0.9171 0.7158 0.312 0.516 0.172
#> SRR1473936 3 0.4887 0.6900 0.000 0.228 0.772
#> SRR1455698 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1331335 1 0.1289 0.6867 0.968 0.032 0.000
#> SRR659187 1 0.3116 0.6495 0.892 0.108 0.000
#> SRR1417912 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1316940 3 0.7208 0.3404 0.040 0.340 0.620
#> SRR1500753 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0237 0.6918 0.996 0.004 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.6608 0.2300 0.628 0.356 0.016
#> SRR1469904 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.2796 0.6573 0.908 0.092 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.6744 0.4708 0.032 0.300 0.668
#> SRR1444460 1 0.5325 0.4857 0.748 0.248 0.004
#> SRR1333587 2 0.8857 0.6650 0.344 0.524 0.132
#> SRR1307770 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1339530 2 0.9306 0.6657 0.172 0.480 0.348
#> SRR1366433 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR1480479 1 0.9267 -0.3859 0.460 0.380 0.160
#> SRR1470175 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.2796 0.6580 0.908 0.092 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.3038 0.6522 0.896 0.104 0.000
#> SRR820133 2 0.8670 0.7387 0.240 0.592 0.168
#> SRR1348424 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1382956 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1339549 2 0.9306 0.6657 0.172 0.480 0.348
#> SRR821434 1 0.4121 0.5949 0.832 0.168 0.000
#> SRR662546 1 0.5690 0.4168 0.708 0.288 0.004
#> SRR1319816 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 2 0.8566 0.4549 0.096 0.480 0.424
#> SRR1435293 1 0.6297 0.2546 0.640 0.352 0.008
#> SRR1408208 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.2096 0.8260 0.004 0.052 0.944
#> SRR1499193 1 0.6148 0.2638 0.640 0.356 0.004
#> SRR1467294 3 0.0424 0.8409 0.000 0.008 0.992
#> SRR1359649 2 0.8450 0.4443 0.088 0.484 0.428
#> SRR1335688 3 0.4796 0.6985 0.000 0.220 0.780
#> SRR1370129 3 0.6542 0.5597 0.060 0.204 0.736
#> SRR1321966 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1488672 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0747 0.6907 0.984 0.016 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.1163 0.8387 0.000 0.028 0.972
#> SRR1498861 1 0.6398 0.2146 0.620 0.372 0.008
#> SRR1317877 1 0.0747 0.6907 0.984 0.016 0.000
#> SRR1329885 3 0.4002 0.7613 0.000 0.160 0.840
#> SRR1459718 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR602622 2 0.9398 0.5408 0.400 0.428 0.172
#> SRR1487685 2 0.8342 0.3480 0.460 0.460 0.080
#> SRR1455925 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1313932 1 0.4121 0.5949 0.832 0.168 0.000
#> SRR603397 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1099023 3 0.0000 0.8396 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1368964 3 0.0592 0.8412 0.000 0.012 0.988
#> SRR1334741 2 0.9306 0.6657 0.172 0.480 0.348
#> SRR656564 1 0.7937 0.0336 0.568 0.364 0.068
#> SRR608174 1 0.4575 0.5735 0.812 0.184 0.004
#> SRR1320963 1 0.2878 0.6557 0.904 0.096 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.6921 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR613270 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1362183 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1480365 1 0.2066 0.6765 0.940 0.060 0.000
#> SRR602927 1 0.1031 0.6888 0.976 0.024 0.000
#> SRR1315799 1 0.6168 0.5147 0.588 0.412 0.000
#> SRR1432275 1 0.7424 0.0705 0.572 0.388 0.040
#> SRR1475909 2 0.8857 0.6650 0.344 0.524 0.132
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0524 0.80392 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1341898 3 0.0657 0.87407 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1333930 1 0.3208 0.76603 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1085850 1 0.0927 0.80363 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1379450 1 0.5212 0.39623 0.572 0.000 0.008 0.420
#> SRR1467813 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.4941 0.28664 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1077405 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330061 3 0.3123 0.81745 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR662725 4 0.5320 0.16894 0.416 0.000 0.012 0.572
#> SRR1313951 1 0.4888 0.41056 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1339218 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1417505 1 0.5203 0.40631 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR1407134 4 0.4977 0.07688 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1457418 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1075898 1 0.5016 0.46298 0.600 0.000 0.004 0.396
#> SRR1498482 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359673 3 0.1624 0.87021 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1439873 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.4999 0.16291 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1352706 3 0.1209 0.87162 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1436966 3 0.0524 0.87312 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR614802 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.4992 0.24035 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1396595 1 0.0524 0.80272 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1340508 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.3301 0.63282 0.088 0.012 0.020 0.880
#> SRR1440699 3 0.1624 0.87021 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1389059 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1083100 4 0.3903 0.60272 0.156 0.008 0.012 0.824
#> SRR1348861 3 0.4608 0.65809 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1072367 4 0.5062 0.34600 0.000 0.024 0.284 0.692
#> SRR1468403 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1417070 3 0.4103 0.71870 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1390601 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.4431 0.62853 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1315761 4 0.5252 0.35686 0.336 0.000 0.020 0.644
#> SRR1392637 4 0.5284 0.28543 0.368 0.000 0.016 0.616
#> SRR810957 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.3219 0.81278 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1470212 3 0.5355 0.52483 0.000 0.020 0.620 0.360
#> SRR1433971 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.5110 0.54811 0.004 0.004 0.620 0.372
#> SRR615141 4 0.4516 0.45161 0.012 0.000 0.252 0.736
#> SRR601122 4 0.5159 0.30616 0.364 0.000 0.012 0.624
#> SRR1397008 4 0.5332 -0.22288 0.004 0.004 0.480 0.512
#> SRR1358561 3 0.0376 0.87259 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1498640 4 0.4977 0.07688 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1429957 3 0.4103 0.71870 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1452292 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.4464 0.47133 0.004 0.012 0.224 0.760
#> SRR1394936 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.4955 0.12602 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR659121 1 0.4500 0.61153 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1330656 3 0.3208 0.82015 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1388305 1 0.1978 0.80128 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1406917 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.3278 0.82349 0.000 0.020 0.864 0.116
#> SRR1311086 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.3991 0.54582 0.020 0.000 0.172 0.808
#> SRR661325 1 0.3982 0.72513 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR1439807 1 0.1356 0.80390 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1352129 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.4999 0.16291 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1394713 3 0.4608 0.65809 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1403875 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.4706 0.43666 0.020 0.000 0.248 0.732
#> SRR1436444 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.6024 0.20463 0.416 0.000 0.044 0.540
#> SRR1500405 3 0.4608 0.65809 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1354446 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.3903 0.60272 0.156 0.008 0.012 0.824
#> SRR1444559 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381543 4 0.5010 0.47626 0.276 0.000 0.024 0.700
#> SRR1402513 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.5524 0.39580 0.004 0.012 0.552 0.432
#> SRR660007 3 0.5478 0.38086 0.000 0.016 0.540 0.444
#> SRR655649 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1437306 1 0.4996 0.16491 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR657731 3 0.5466 0.39864 0.000 0.016 0.548 0.436
#> SRR661005 4 0.3565 0.60496 0.036 0.012 0.080 0.872
#> SRR600608 1 0.2473 0.79056 0.908 0.012 0.000 0.080
#> SRR655923 4 0.5496 0.12482 0.000 0.024 0.372 0.604
#> SRR1334717 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR1401552 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.4608 0.65809 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1082759 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340420 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.1635 0.80415 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1072797 1 0.3208 0.77332 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR612455 4 0.5154 0.29282 0.004 0.012 0.324 0.660
#> SRR818210 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.4950 0.13551 0.000 0.004 0.376 0.620
#> SRR1387178 4 0.4972 0.09590 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR660498 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.4790 0.50272 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR657325 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.2593 0.79408 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR657348 1 0.3975 0.70749 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR662091 3 0.2973 0.82769 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR608598 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR663320 1 0.0524 0.80374 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR608662 4 0.4907 0.17561 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1361567 1 0.2647 0.78281 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR819134 1 0.1151 0.80336 0.968 0.008 0.000 0.024
#> SRR1311400 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.3219 0.81278 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR661433 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453341 1 0.0336 0.80255 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.3311 0.80380 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1319539 4 0.4706 0.43666 0.020 0.000 0.248 0.732
#> SRR1343841 1 0.0927 0.80363 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR665563 3 0.5472 0.39284 0.000 0.016 0.544 0.440
#> SRR1487321 4 0.4972 0.09590 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1312428 4 0.6248 0.50559 0.260 0.000 0.100 0.640
#> SRR657587 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1337412 4 0.5168 -0.26622 0.000 0.004 0.492 0.504
#> SRR1474466 4 0.5137 0.53507 0.244 0.000 0.040 0.716
#> SRR1466993 1 0.1356 0.80390 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1358102 4 0.4790 0.25768 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1455171 3 0.2489 0.85405 0.000 0.020 0.912 0.068
#> SRR627299 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.3495 0.60726 0.036 0.012 0.076 0.876
#> SRR817758 4 0.4644 0.47149 0.024 0.000 0.228 0.748
#> SRR821019 4 0.4781 0.25795 0.000 0.004 0.336 0.660
#> SRR1330675 4 0.4541 0.61726 0.144 0.000 0.060 0.796
#> SRR1433644 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.5165 -0.23133 0.000 0.004 0.484 0.512
#> SRR604074 4 0.6013 0.31841 0.032 0.016 0.324 0.628
#> SRR1322291 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR820209 4 0.0992 0.61919 0.012 0.004 0.008 0.976
#> SRR1331841 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1350456 1 0.0937 0.80343 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1472079 4 0.4323 0.51079 0.020 0.000 0.204 0.776
#> SRR1500537 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2089 0.86985 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1403958 1 0.4477 0.61612 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1322270 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.3975 0.68618 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1334847 4 0.4991 0.31306 0.008 0.004 0.316 0.672
#> SRR1421093 3 0.0524 0.87312 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1085782 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1466357 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375635 4 0.4388 0.62416 0.132 0.000 0.060 0.808
#> SRR661133 1 0.4746 0.47499 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1357523 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.5137 0.37962 0.004 0.000 0.544 0.452
#> SRR1434250 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.4992 0.02344 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1454803 1 0.1890 0.80377 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1468381 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1447986 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.2882 0.84430 0.000 0.024 0.892 0.084
#> SRR1434138 4 0.4388 0.62416 0.132 0.000 0.060 0.808
#> SRR1456950 1 0.4999 0.16291 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1400375 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.4804 0.53351 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1355040 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.5168 -0.16147 0.492 0.000 0.004 0.504
#> SRR1085495 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.4804 0.25410 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1500868 4 0.4992 0.01752 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1476279 1 0.5203 0.40631 0.576 0.000 0.008 0.416
#> SRR627429 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2466 0.79637 0.900 0.004 0.000 0.096
#> SRR1335377 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1440986 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.4477 0.61839 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1319837 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR1491311 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1487295 3 0.1305 0.87083 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1415215 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.4868 0.39703 0.000 0.024 0.256 0.720
#> SRR1440058 1 0.4134 0.66528 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1389979 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR607337 1 0.2760 0.77905 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1434803 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.3583 0.62822 0.060 0.016 0.048 0.876
#> SRR1465132 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2089 0.86726 0.000 0.020 0.932 0.048
#> SRR1387989 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1383018 4 0.2820 0.60353 0.020 0.008 0.068 0.904
#> SRR1441701 3 0.0707 0.87180 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1368772 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR614083 4 0.3487 0.63183 0.064 0.016 0.040 0.880
#> SRR1310623 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1420625 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR816721 1 0.4564 0.59126 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1359367 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.4541 0.61726 0.144 0.000 0.060 0.796
#> SRR1418992 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2882 0.84430 0.000 0.024 0.892 0.084
#> SRR1399028 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.3074 0.76394 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1402900 1 0.0672 0.80438 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1485290 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.3903 0.60272 0.156 0.008 0.012 0.824
#> SRR664842 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR662342 2 0.3975 0.66688 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR665502 4 0.3487 0.63183 0.064 0.016 0.040 0.880
#> SRR657891 4 0.4977 0.07688 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1421305 4 0.3836 0.54432 0.016 0.000 0.168 0.816
#> SRR1335707 4 0.6534 0.55040 0.148 0.000 0.220 0.632
#> SRR1401276 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR627421 1 0.4925 0.32082 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1311575 4 0.4994 0.00789 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1475675 3 0.1624 0.87021 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR661995 1 0.3208 0.77332 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1471922 4 0.1820 0.63234 0.036 0.000 0.020 0.944
#> SRR1077687 1 0.2593 0.79408 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR821602 3 0.2334 0.85428 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR608718 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1437555 1 0.3208 0.76603 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR810571 4 0.4781 0.25795 0.000 0.004 0.336 0.660
#> SRR664048 4 0.3575 0.55257 0.008 0.008 0.140 0.844
#> SRR1500998 4 0.3991 0.54582 0.020 0.000 0.172 0.808
#> SRR1320916 4 0.3854 0.60413 0.152 0.008 0.012 0.828
#> SRR1472150 3 0.3837 0.76133 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1329090 1 0.3208 0.78046 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1317344 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.4989 0.25250 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1324371 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.4977 0.07688 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1321462 1 0.4477 0.61584 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1387264 1 0.3975 0.68618 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1468141 3 0.4690 0.70146 0.000 0.012 0.712 0.276
#> SRR1486097 1 0.0937 0.80463 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR608002 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1624 0.87021 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR604050 4 0.3680 0.62179 0.120 0.012 0.016 0.852
#> SRR600385 4 0.6258 0.54539 0.104 0.008 0.212 0.676
#> SRR1430248 4 0.6008 -0.12539 0.012 0.020 0.464 0.504
#> SRR1352975 4 0.4955 0.12602 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1457221 3 0.4103 0.71870 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR807591 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.3311 0.80380 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR660895 3 0.2882 0.84430 0.000 0.024 0.892 0.084
#> SRR655111 4 0.3171 0.56953 0.004 0.016 0.104 0.876
#> SRR1336006 4 0.4163 0.52917 0.020 0.000 0.188 0.792
#> SRR613114 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR608368 4 0.3679 0.62626 0.060 0.000 0.084 0.856
#> SRR1315269 1 0.5119 0.27950 0.556 0.004 0.000 0.440
#> SRR1435020 1 0.0937 0.80343 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1337564 1 0.3208 0.76603 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1315019 3 0.0921 0.87443 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1370173 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1408327 3 0.3311 0.80380 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1405485 4 0.4955 0.12602 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR812012 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1469495 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1378841 3 0.1824 0.86373 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR1375616 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1381566 1 0.3975 0.70749 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1432123 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.4992 0.24035 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1099499 1 0.0336 0.80255 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.1820 0.63234 0.036 0.000 0.020 0.944
#> SRR1468974 3 0.3208 0.82015 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1470111 3 0.0921 0.87443 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1079168 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1338584 3 0.2882 0.84430 0.000 0.024 0.892 0.084
#> SRR1329551 4 0.3519 0.55467 0.004 0.016 0.128 0.852
#> SRR662871 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0336 0.80255 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1434867 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR607935 4 0.4950 0.13551 0.000 0.004 0.376 0.620
#> SRR1487107 1 0.4454 0.62190 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1348159 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR614443 3 0.2489 0.85783 0.000 0.020 0.912 0.068
#> SRR1314958 4 0.4992 0.01782 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1341702 4 0.4837 0.34257 0.348 0.000 0.004 0.648
#> SRR1444678 4 0.5658 0.08638 0.452 0.004 0.016 0.528
#> SRR1350107 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.4999 0.10293 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1467364 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1078879 4 0.3301 0.63282 0.088 0.012 0.020 0.880
#> SRR1468955 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.5132 0.05693 0.448 0.000 0.004 0.548
#> SRR1429891 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.4868 0.39703 0.000 0.024 0.256 0.720
#> SRR660933 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.2973 0.82769 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1359388 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR817686 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1429162 4 0.4991 0.31306 0.008 0.004 0.316 0.672
#> SRR612380 1 0.4477 0.61839 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR817905 1 0.4964 0.50000 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1337909 4 0.4955 0.12602 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR661723 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1314163 1 0.4857 0.52266 0.668 0.008 0.000 0.324
#> SRR1489155 3 0.1398 0.87013 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1398992 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR607091 4 0.5062 0.34600 0.000 0.024 0.284 0.692
#> SRR1472193 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR820078 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0707 0.87180 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR820468 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1396078 4 0.5332 -0.22288 0.004 0.004 0.480 0.512
#> SRR1443612 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1470902 4 0.5320 0.16423 0.416 0.000 0.012 0.572
#> SRR1362777 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1413522 4 0.6648 0.52075 0.248 0.000 0.140 0.612
#> SRR1073143 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.3837 0.76133 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR662570 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.2593 0.79408 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR1323043 1 0.2124 0.80175 0.924 0.008 0.000 0.068
#> SRR1475022 3 0.4608 0.65809 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1080927 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.3171 0.56953 0.004 0.016 0.104 0.876
#> SRR603596 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4454 0.31137 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR615467 3 0.0376 0.87291 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR660638 4 0.2853 0.58757 0.008 0.016 0.076 0.900
#> SRR1360383 4 0.5897 0.19641 0.044 0.000 0.368 0.588
#> SRR1354577 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR608230 4 0.5034 0.37977 0.008 0.012 0.280 0.700
#> SRR1320873 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR1336379 1 0.4999 0.16291 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1325665 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1477634 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1444876 4 0.4522 0.28395 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1101421 1 0.0336 0.80255 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR1434782 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.4773 0.47570 0.016 0.012 0.216 0.756
#> SRR1324431 1 0.4888 0.41056 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1442356 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3725 0.73875 0.812 0.008 0.000 0.180
#> SRR655684 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1635 0.80415 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1397073 4 0.6031 0.21281 0.420 0.000 0.044 0.536
#> SRR1455060 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.4313 0.68878 0.736 0.004 0.000 0.260
#> SRR1087031 1 0.4477 0.61839 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1489177 3 0.5132 0.39055 0.004 0.000 0.548 0.448
#> SRR1350525 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1440517 1 0.4220 0.69862 0.748 0.004 0.000 0.248
#> SRR1320093 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3208 0.77332 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1320280 1 0.1545 0.80408 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1082262 1 0.0336 0.80255 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.4994 0.00789 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1385080 1 0.4999 0.16291 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1316921 1 0.3402 0.76690 0.832 0.004 0.000 0.164
#> SRR1097752 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1978 0.80128 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1498272 1 0.0524 0.80388 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR814989 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2345 0.84751 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR818418 4 0.4977 0.07688 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1474553 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.5038 0.64854 0.000 0.020 0.684 0.296
#> SRR1079281 4 0.4552 0.62872 0.128 0.000 0.072 0.800
#> SRR656493 4 0.4318 0.47726 0.004 0.012 0.208 0.776
#> SRR1328599 4 0.4980 0.48318 0.272 0.012 0.008 0.708
#> SRR655218 1 0.3208 0.77332 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR1416754 4 0.6050 0.17696 0.432 0.000 0.044 0.524
#> SRR1488562 1 0.3725 0.73875 0.812 0.008 0.000 0.180
#> SRR1084842 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.4318 0.47726 0.004 0.012 0.208 0.776
#> SRR1468514 1 0.0672 0.80438 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1499823 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1481216 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1499442 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.2973 0.82769 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1445328 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.4444 0.63266 0.120 0.000 0.072 0.808
#> SRR1415095 1 0.4996 0.16491 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1499982 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.4955 0.09701 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR597927 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1479239 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.1305 0.87083 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1490019 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1476676 1 0.1059 0.80311 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR663261 3 0.5472 0.39284 0.000 0.016 0.544 0.440
#> SRR1432343 1 0.4999 0.16291 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1459585 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1434271 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.5038 0.64854 0.000 0.020 0.684 0.296
#> SRR612443 4 0.3325 0.62579 0.104 0.012 0.012 0.872
#> SRR1473936 3 0.4608 0.67554 0.000 0.004 0.692 0.304
#> SRR1455698 3 0.0524 0.87334 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1331335 1 0.2124 0.80175 0.924 0.008 0.000 0.068
#> SRR659187 1 0.3975 0.70749 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1417912 1 0.1635 0.80415 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1316940 4 0.5332 -0.22288 0.004 0.004 0.480 0.512
#> SRR1500753 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0524 0.80374 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR615934 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1411024 4 0.5137 0.03447 0.452 0.000 0.004 0.544
#> SRR1469904 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.3208 0.76603 0.848 0.004 0.000 0.148
#> SRR657754 1 0.0804 0.80409 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1464451 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.5137 0.37962 0.004 0.000 0.544 0.452
#> SRR1444460 1 0.5028 0.40247 0.596 0.004 0.000 0.400
#> SRR1333587 4 0.3903 0.60272 0.156 0.008 0.012 0.824
#> SRR1307770 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.4163 0.52917 0.020 0.000 0.188 0.792
#> SRR1366433 1 0.4008 0.70454 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1480479 4 0.4826 0.48583 0.264 0.000 0.020 0.716
#> SRR1470175 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.2814 0.77685 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1335400 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.3942 0.71136 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR820133 4 0.0992 0.61919 0.012 0.004 0.008 0.976
#> SRR1348424 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1382956 3 0.1824 0.86373 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR1339549 4 0.4163 0.52917 0.020 0.000 0.188 0.792
#> SRR821434 1 0.4454 0.62190 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR662546 1 0.4992 0.24035 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1319816 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1078347 4 0.5062 0.34600 0.000 0.024 0.284 0.692
#> SRR1435293 4 0.5147 0.05684 0.460 0.004 0.000 0.536
#> SRR1408208 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.3208 0.82015 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1499193 4 0.4992 0.02344 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1467294 3 0.1398 0.87013 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1359649 4 0.4991 0.31306 0.008 0.004 0.316 0.672
#> SRR1335688 3 0.4188 0.73381 0.000 0.004 0.752 0.244
#> SRR1370129 3 0.5400 0.50193 0.000 0.020 0.608 0.372
#> SRR1321966 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1488672 1 0.1635 0.80415 0.948 0.008 0.000 0.044
#> SRR1343197 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416999 1 0.1174 0.80351 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1334564 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.1624 0.87057 0.000 0.020 0.952 0.028
#> SRR1498861 4 0.4967 0.08367 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR1317877 1 0.1174 0.80351 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1329885 3 0.4175 0.77241 0.000 0.012 0.776 0.212
#> SRR1459718 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR602622 4 0.4245 0.56368 0.196 0.000 0.020 0.784
#> SRR1487685 4 0.4422 0.48652 0.256 0.000 0.008 0.736
#> SRR1455925 1 0.0469 0.80201 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1313932 1 0.4454 0.62190 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR603397 3 0.1174 0.87317 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1099023 3 0.0188 0.87199 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1409899 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0657 0.87407 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1334741 4 0.4163 0.52917 0.020 0.000 0.188 0.792
#> SRR656564 4 0.5969 0.26624 0.392 0.000 0.044 0.564
#> SRR608174 1 0.4585 0.58579 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1320963 1 0.2814 0.77661 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR661973 1 0.0804 0.80409 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR598533 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.2593 0.79231 0.892 0.004 0.000 0.104
#> SRR602927 1 0.1545 0.80408 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1315799 2 0.0921 0.99682 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.4804 0.25410 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1475909 4 0.3903 0.60272 0.156 0.008 0.012 0.824
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1356619 1 0.4283 0.65955 0.544 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1341898 3 0.3278 0.71545 0.000 0.000 0.824 NA 0.020
#> SRR1333930 1 0.5047 0.65273 0.652 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1085850 1 0.4533 0.66082 0.544 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1379450 1 0.3264 0.43396 0.820 0.000 0.000 NA 0.164
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR614814 1 0.5425 0.41145 0.632 0.000 0.000 NA 0.268
#> SRR1077405 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR1330061 3 0.4693 0.57908 0.000 0.000 0.724 NA 0.196
#> SRR662725 1 0.4500 0.13550 0.664 0.000 0.004 NA 0.316
#> SRR1313951 1 0.3141 0.45608 0.832 0.000 0.000 NA 0.152
#> SRR1339218 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1417505 1 0.3224 0.43998 0.824 0.000 0.000 NA 0.160
#> SRR1407134 1 0.5370 0.24137 0.584 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1331289 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1075898 1 0.2966 0.46902 0.848 0.000 0.000 NA 0.136
#> SRR1498482 3 0.0703 0.74415 0.000 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR1359673 3 0.4800 0.66319 0.000 0.000 0.676 NA 0.052
#> SRR1439873 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1335254 1 0.3912 0.34539 0.752 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1352706 3 0.2077 0.72429 0.000 0.000 0.920 NA 0.040
#> SRR1436966 3 0.1106 0.73826 0.000 0.000 0.964 NA 0.012
#> SRR614802 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1388979 1 0.3563 0.36778 0.780 0.000 0.000 NA 0.208
#> SRR1396595 1 0.4437 0.65735 0.532 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1340508 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1360868 5 0.5113 0.63244 0.160 0.000 0.004 NA 0.708
#> SRR1440699 3 0.4800 0.66319 0.000 0.000 0.676 NA 0.052
#> SRR1389059 3 0.0609 0.74143 0.000 0.000 0.980 NA 0.000
#> SRR1083100 5 0.5265 0.54769 0.284 0.000 0.000 NA 0.636
#> SRR1348861 3 0.6291 0.32526 0.036 0.000 0.568 NA 0.312
#> SRR1072367 5 0.5366 0.54302 0.016 0.000 0.144 NA 0.704
#> SRR1468403 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1417070 3 0.5786 0.42000 0.004 0.000 0.600 NA 0.284
#> SRR1390601 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1486560 1 0.1774 0.55612 0.932 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR1315761 1 0.4658 -0.12284 0.576 0.000 0.000 NA 0.408
#> SRR1392637 1 0.4551 -0.01980 0.616 0.000 0.000 NA 0.368
#> SRR810957 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1444479 3 0.4810 0.57231 0.000 0.000 0.712 NA 0.204
#> SRR1470212 5 0.6717 -0.14857 0.000 0.000 0.364 NA 0.388
#> SRR1433971 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR598124 3 0.5997 0.14995 0.008 0.000 0.500 NA 0.404
#> SRR615141 5 0.6017 0.59539 0.136 0.000 0.200 NA 0.640
#> SRR601122 1 0.4551 -0.00405 0.616 0.000 0.000 NA 0.368
#> SRR1397008 5 0.6277 0.26013 0.036 0.000 0.376 NA 0.520
#> SRR1358561 3 0.0324 0.74252 0.000 0.000 0.992 NA 0.004
#> SRR1498640 1 0.5370 0.24137 0.584 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR1429957 3 0.5786 0.42000 0.004 0.000 0.600 NA 0.284
#> SRR1452292 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1467590 5 0.4940 0.60406 0.020 0.000 0.120 NA 0.748
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1485542 1 0.5459 0.21067 0.568 0.000 0.000 NA 0.360
#> SRR659121 1 0.1697 0.54693 0.932 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1330656 3 0.4393 0.61892 0.000 0.000 0.756 NA 0.168
#> SRR1388305 1 0.4147 0.66955 0.676 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1363992 3 0.5976 0.58538 0.004 0.000 0.592 NA 0.144
#> SRR1311086 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1458044 5 0.5608 0.63657 0.160 0.000 0.120 NA 0.692
#> SRR661325 1 0.1704 0.61112 0.928 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1439807 1 0.4582 0.66436 0.572 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1406561 1 0.3912 0.34539 0.752 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1394713 3 0.6291 0.32526 0.036 0.000 0.568 NA 0.312
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1476186 5 0.5029 0.60955 0.056 0.000 0.172 NA 0.736
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1084649 1 0.6253 0.13664 0.552 0.000 0.040 NA 0.340
#> SRR1500405 3 0.6291 0.32526 0.036 0.000 0.568 NA 0.312
#> SRR1354446 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1467455 5 0.5285 0.54430 0.288 0.000 0.000 NA 0.632
#> SRR1444559 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1381543 1 0.4971 -0.29777 0.504 0.000 0.004 NA 0.472
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR820379 5 0.6372 0.07422 0.008 0.000 0.408 NA 0.456
#> SRR660007 5 0.6522 0.16386 0.008 0.000 0.360 NA 0.476
#> SRR655649 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1437306 1 0.4329 0.34267 0.716 0.000 0.000 NA 0.252
#> SRR657731 5 0.6534 0.14218 0.008 0.000 0.368 NA 0.468
#> SRR661005 5 0.3968 0.66360 0.088 0.000 0.016 NA 0.820
#> SRR600608 1 0.5256 0.65434 0.532 0.000 0.000 NA 0.048
#> SRR655923 5 0.5779 0.46743 0.004 0.000 0.220 NA 0.628
#> SRR1334717 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1474886 3 0.6291 0.32526 0.036 0.000 0.568 NA 0.312
#> SRR1082759 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR662534 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1316815 1 0.4547 0.66641 0.588 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1072797 1 0.3942 0.65330 0.748 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR612455 5 0.6037 0.50851 0.016 0.000 0.164 NA 0.628
#> SRR818210 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR598671 5 0.5361 0.45586 0.012 0.000 0.284 NA 0.644
#> SRR1387178 1 0.5523 0.23118 0.572 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR660498 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1403831 1 0.2727 0.48814 0.868 0.000 0.000 NA 0.116
#> SRR657325 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1339740 1 0.4485 0.66642 0.680 0.000 0.000 NA 0.028
#> SRR657348 1 0.1082 0.59607 0.964 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR662091 3 0.4630 0.59964 0.000 0.000 0.736 NA 0.176
#> SRR608598 3 0.1043 0.74134 0.000 0.000 0.960 NA 0.000
#> SRR663320 1 0.4278 0.66021 0.548 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR608662 1 0.5375 0.16583 0.568 0.000 0.000 NA 0.368
#> SRR1361567 1 0.4823 0.66153 0.672 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR819134 1 0.4713 0.66088 0.544 0.000 0.000 NA 0.016
#> SRR1311400 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR817775 3 0.4810 0.57231 0.000 0.000 0.712 NA 0.204
#> SRR661433 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR1453341 1 0.4294 0.65594 0.532 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR819946 3 0.5043 0.55688 0.000 0.000 0.692 NA 0.208
#> SRR1319539 5 0.5029 0.60955 0.056 0.000 0.172 NA 0.736
#> SRR1343841 1 0.4538 0.65985 0.540 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR665563 5 0.6528 0.14991 0.008 0.000 0.364 NA 0.472
#> SRR1487321 1 0.5523 0.23118 0.572 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR1312428 5 0.6735 0.37616 0.412 0.000 0.088 NA 0.452
#> SRR657587 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1337412 5 0.6051 0.22850 0.020 0.000 0.384 NA 0.524
#> SRR1474466 5 0.4969 0.38614 0.468 0.000 0.004 NA 0.508
#> SRR1466993 1 0.4582 0.66436 0.572 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1358102 1 0.5221 0.05494 0.552 0.000 0.000 NA 0.400
#> SRR1455171 3 0.5389 0.63912 0.004 0.000 0.648 NA 0.088
#> SRR627299 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660733 5 0.3922 0.66380 0.092 0.000 0.012 NA 0.820
#> SRR817758 5 0.5235 0.62425 0.072 0.000 0.160 NA 0.728
#> SRR821019 5 0.6445 0.51201 0.036 0.000 0.244 NA 0.592
#> SRR1330675 5 0.5416 0.53302 0.364 0.000 0.028 NA 0.584
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1320180 5 0.6154 0.24873 0.024 0.000 0.372 NA 0.528
#> SRR604074 5 0.6795 0.44193 0.048 0.000 0.136 NA 0.556
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR658188 3 0.0963 0.74188 0.000 0.000 0.964 NA 0.000
#> SRR820209 5 0.4393 0.65916 0.168 0.000 0.000 NA 0.756
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1096966 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1350456 1 0.4430 0.65916 0.540 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1472079 5 0.5820 0.62601 0.148 0.000 0.144 NA 0.676
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660103 3 0.5285 0.65522 0.000 0.000 0.632 NA 0.080
#> SRR1403958 1 0.1670 0.54861 0.936 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR600754 1 0.5354 0.60949 0.664 0.000 0.000 NA 0.128
#> SRR1334847 5 0.6314 0.56232 0.068 0.000 0.220 NA 0.628
#> SRR1421093 3 0.1106 0.73826 0.000 0.000 0.964 NA 0.012
#> SRR1085782 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR597977 3 0.0703 0.74415 0.000 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR1375635 5 0.5469 0.54766 0.356 0.000 0.028 NA 0.588
#> SRR661133 1 0.5227 0.49231 0.676 0.000 0.000 NA 0.208
#> SRR1357523 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1415732 5 0.6636 0.07854 0.036 0.000 0.412 NA 0.456
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1396640 1 0.5599 0.26668 0.580 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR1454803 1 0.4225 0.67042 0.632 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1468381 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1388007 3 0.5422 0.61672 0.000 0.000 0.616 NA 0.088
#> SRR1434138 5 0.5469 0.54766 0.356 0.000 0.028 NA 0.588
#> SRR1456950 1 0.3912 0.34539 0.752 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1323764 3 0.6586 0.12042 0.032 0.000 0.480 NA 0.388
#> SRR1355040 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1409351 1 0.4026 0.30657 0.736 0.000 0.000 NA 0.244
#> SRR1085495 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR604026 1 0.5213 0.06090 0.556 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR1500868 1 0.5470 0.27305 0.588 0.000 0.000 NA 0.332
#> SRR1476279 1 0.3224 0.43998 0.824 0.000 0.000 NA 0.160
#> SRR627429 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660969 1 0.4318 0.66750 0.688 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1330546 3 0.1043 0.74134 0.000 0.000 0.960 NA 0.000
#> SRR1440986 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1357189 1 0.1670 0.54910 0.936 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR1319837 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1491311 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1487295 3 0.2726 0.70929 0.000 0.000 0.884 NA 0.052
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1086635 5 0.4924 0.57500 0.012 0.000 0.136 NA 0.740
#> SRR1440058 1 0.5229 0.59246 0.684 0.000 0.000 NA 0.144
#> SRR1389979 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1315721 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR607337 1 0.4924 0.65981 0.668 0.000 0.000 NA 0.060
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1332275 5 0.4769 0.63666 0.108 0.000 0.008 NA 0.748
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1340133 3 0.5203 0.65301 0.004 0.000 0.660 NA 0.072
#> SRR1387989 3 0.4645 0.67003 0.000 0.000 0.688 NA 0.044
#> SRR1383018 5 0.4179 0.64834 0.076 0.000 0.012 NA 0.800
#> SRR1441701 3 0.3326 0.71680 0.000 0.000 0.824 NA 0.024
#> SRR1368772 1 0.4294 0.65631 0.532 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1435536 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR614083 5 0.4788 0.63524 0.120 0.000 0.004 NA 0.740
#> SRR1310623 3 0.4645 0.67003 0.000 0.000 0.688 NA 0.044
#> SRR1420625 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR816721 1 0.1981 0.53579 0.920 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1391879 5 0.5416 0.53302 0.364 0.000 0.028 NA 0.584
#> SRR1418992 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1488836 3 0.5422 0.61672 0.000 0.000 0.616 NA 0.088
#> SRR1399028 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1418127 1 0.5232 0.65242 0.648 0.000 0.000 NA 0.084
#> SRR1402900 1 0.4268 0.66193 0.556 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1394755 5 0.5265 0.54769 0.284 0.000 0.000 NA 0.636
#> SRR664842 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR662342 2 0.3579 0.67134 0.000 0.756 0.240 NA 0.000
#> SRR665502 5 0.4788 0.63524 0.120 0.000 0.004 NA 0.740
#> SRR657891 1 0.5370 0.24137 0.584 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR1421305 5 0.5387 0.64085 0.164 0.000 0.112 NA 0.704
#> SRR1335707 5 0.7276 0.57945 0.268 0.000 0.172 NA 0.500
#> SRR1401276 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR627421 1 0.5442 0.41701 0.644 0.000 0.000 NA 0.240
#> SRR1311575 1 0.5552 0.27574 0.584 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR1475675 3 0.4777 0.66577 0.000 0.000 0.680 NA 0.052
#> SRR661995 1 0.3942 0.65330 0.748 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1471922 5 0.4141 0.63270 0.248 0.000 0.000 NA 0.728
#> SRR1077687 1 0.4485 0.66642 0.680 0.000 0.000 NA 0.028
#> SRR821602 3 0.3506 0.68258 0.000 0.000 0.832 NA 0.104
#> SRR608718 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1071289 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR1437555 1 0.5047 0.65273 0.652 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR810571 5 0.6445 0.51201 0.036 0.000 0.244 NA 0.592
#> SRR664048 5 0.4189 0.63597 0.028 0.000 0.056 NA 0.808
#> SRR1500998 5 0.5608 0.63657 0.160 0.000 0.120 NA 0.692
#> SRR1320916 5 0.5213 0.55219 0.284 0.000 0.000 NA 0.640
#> SRR1472150 3 0.5358 0.49725 0.000 0.000 0.648 NA 0.248
#> SRR1329090 1 0.4681 0.65971 0.696 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR1317344 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR817978 1 0.3530 0.37095 0.784 0.000 0.000 NA 0.204
#> SRR1324371 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1474333 1 0.5370 0.24137 0.584 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR1321462 1 0.1740 0.55059 0.932 0.000 0.000 NA 0.056
#> SRR1387264 1 0.5354 0.60949 0.664 0.000 0.000 NA 0.128
#> SRR1468141 3 0.5945 0.42635 0.004 0.000 0.584 NA 0.284
#> SRR1486097 1 0.4262 0.66256 0.560 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR608002 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1360563 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1414684 3 0.4823 0.66413 0.000 0.000 0.672 NA 0.052
#> SRR604050 5 0.5180 0.61489 0.196 0.000 0.000 NA 0.684
#> SRR600385 5 0.6865 0.61820 0.200 0.000 0.164 NA 0.576
#> SRR1430248 5 0.7362 0.20499 0.044 0.000 0.204 NA 0.444
#> SRR1352975 1 0.5459 0.21067 0.568 0.000 0.000 NA 0.360
#> SRR1457221 3 0.5786 0.42000 0.004 0.000 0.600 NA 0.284
#> SRR807591 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1345478 3 0.5043 0.55688 0.000 0.000 0.692 NA 0.208
#> SRR660895 3 0.5422 0.61672 0.000 0.000 0.616 NA 0.088
#> SRR655111 5 0.3873 0.62903 0.024 0.000 0.024 NA 0.812
#> SRR1336006 5 0.5774 0.63064 0.160 0.000 0.136 NA 0.676
#> SRR613114 3 0.0963 0.74188 0.000 0.000 0.964 NA 0.000
#> SRR608368 5 0.5434 0.63290 0.256 0.000 0.052 NA 0.664
#> SRR1315269 1 0.5915 0.41546 0.584 0.000 0.000 NA 0.264
#> SRR1435020 1 0.4430 0.65916 0.540 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1337564 1 0.5047 0.65273 0.652 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1315019 3 0.1907 0.73290 0.000 0.000 0.928 NA 0.044
#> SRR1370173 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR1408327 3 0.5043 0.55688 0.000 0.000 0.692 NA 0.208
#> SRR1405485 1 0.5459 0.21067 0.568 0.000 0.000 NA 0.360
#> SRR812012 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1370619 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1469495 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1378841 3 0.2989 0.70251 0.000 0.000 0.868 NA 0.072
#> SRR1375616 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1381566 1 0.1082 0.59607 0.964 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1432123 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1370405 1 0.3563 0.36778 0.780 0.000 0.000 NA 0.208
#> SRR1099499 1 0.4291 0.65727 0.536 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1436106 5 0.4141 0.63270 0.248 0.000 0.000 NA 0.728
#> SRR1468974 3 0.4393 0.61892 0.000 0.000 0.756 NA 0.168
#> SRR1470111 3 0.1907 0.73290 0.000 0.000 0.928 NA 0.044
#> SRR1079168 3 0.4645 0.67003 0.000 0.000 0.688 NA 0.044
#> SRR1338584 3 0.5422 0.61672 0.000 0.000 0.616 NA 0.088
#> SRR1329551 5 0.4206 0.62415 0.020 0.000 0.048 NA 0.796
#> SRR662871 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR816770 1 0.4294 0.65594 0.532 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR600560 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR607935 5 0.5361 0.45586 0.012 0.000 0.284 NA 0.644
#> SRR1487107 1 0.1557 0.55116 0.940 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR1348159 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1356036 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR614443 3 0.5438 0.63906 0.004 0.000 0.644 NA 0.092
#> SRR1314958 1 0.5505 0.27167 0.588 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR1341702 1 0.5483 -0.05191 0.504 0.000 0.004 NA 0.440
#> SRR1444678 1 0.5863 0.23425 0.580 0.000 0.016 NA 0.328
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1342045 1 0.5458 0.32565 0.608 0.000 0.000 NA 0.304
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1078879 5 0.5113 0.63244 0.160 0.000 0.004 NA 0.708
#> SRR1468955 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660626 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR812436 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1312103 1 0.4025 0.21956 0.700 0.000 0.000 NA 0.292
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR661255 5 0.4924 0.57500 0.012 0.000 0.136 NA 0.740
#> SRR660933 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1488651 3 0.4630 0.59964 0.000 0.000 0.736 NA 0.176
#> SRR1359388 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR817686 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1429162 5 0.6314 0.56232 0.068 0.000 0.220 NA 0.628
#> SRR612380 1 0.1670 0.54910 0.936 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR817905 1 0.2777 0.48934 0.864 0.000 0.000 NA 0.120
#> SRR1337909 1 0.5459 0.21067 0.568 0.000 0.000 NA 0.360
#> SRR661723 3 0.4645 0.67003 0.000 0.000 0.688 NA 0.044
#> SRR1314163 1 0.6416 0.53456 0.500 0.000 0.000 NA 0.208
#> SRR1489155 3 0.2661 0.71044 0.000 0.000 0.888 NA 0.056
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR607091 5 0.5366 0.54302 0.016 0.000 0.144 NA 0.704
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1445238 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR820078 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR819534 3 0.3326 0.71680 0.000 0.000 0.824 NA 0.024
#> SRR820468 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659899 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1396078 5 0.6277 0.26013 0.036 0.000 0.376 NA 0.520
#> SRR1443612 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1470902 1 0.4348 0.13637 0.668 0.000 0.000 NA 0.316
#> SRR1362777 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1413522 5 0.6985 0.43333 0.388 0.000 0.124 NA 0.444
#> SRR1073143 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1444622 3 0.5358 0.49725 0.000 0.000 0.648 NA 0.248
#> SRR662570 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1430288 1 0.4485 0.66642 0.680 0.000 0.000 NA 0.028
#> SRR1323043 1 0.4626 0.66875 0.616 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1475022 3 0.6291 0.32526 0.036 0.000 0.568 NA 0.312
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1328919 5 0.3873 0.62903 0.024 0.000 0.024 NA 0.812
#> SRR603596 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR602808 5 0.6184 0.55206 0.076 0.000 0.216 NA 0.640
#> SRR615467 3 0.0865 0.74419 0.000 0.000 0.972 NA 0.004
#> SRR660638 5 0.3752 0.63348 0.044 0.000 0.004 NA 0.812
#> SRR1360383 5 0.6802 0.48320 0.100 0.000 0.276 NA 0.556
#> SRR1354577 3 0.0290 0.74203 0.000 0.000 0.992 NA 0.000
#> SRR608230 5 0.6270 0.55639 0.044 0.000 0.180 NA 0.636
#> SRR1320873 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1336379 1 0.3912 0.34539 0.752 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1357434 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1477634 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1444876 5 0.6238 0.53977 0.072 0.000 0.224 NA 0.632
#> SRR1101421 1 0.4287 0.65858 0.540 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR613354 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1446762 5 0.5016 0.62641 0.048 0.000 0.136 NA 0.752
#> SRR1324431 1 0.3141 0.45608 0.832 0.000 0.000 NA 0.152
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1386818 1 0.5281 0.60839 0.548 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR655684 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1332796 1 0.4547 0.66641 0.588 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1397073 1 0.6376 0.13857 0.536 0.000 0.040 NA 0.348
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1341008 1 0.3116 0.59550 0.860 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1087031 1 0.1774 0.55133 0.932 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR1489177 5 0.6638 0.06468 0.036 0.000 0.416 NA 0.452
#> SRR1350525 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1440517 1 0.4734 0.60862 0.704 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1320093 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR602516 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR604318 1 0.3942 0.65330 0.748 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1320280 1 0.4557 0.66588 0.584 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1082262 1 0.4291 0.65727 0.536 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1379238 1 0.5552 0.27574 0.584 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR1385080 1 0.3912 0.34539 0.752 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1316921 1 0.3882 0.65003 0.756 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1375308 1 0.4147 0.66955 0.676 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1498272 1 0.4291 0.65753 0.536 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR814989 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1320892 3 0.3719 0.67699 0.000 0.000 0.816 NA 0.116
#> SRR818418 1 0.5370 0.24137 0.584 0.000 0.000 NA 0.348
#> SRR1474553 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1430884 3 0.6715 0.34728 0.004 0.000 0.452 NA 0.320
#> SRR1079281 5 0.5552 0.56129 0.340 0.000 0.040 NA 0.596
#> SRR656493 5 0.4631 0.61614 0.024 0.000 0.112 NA 0.776
#> SRR1328599 5 0.6002 0.33696 0.392 0.000 0.000 NA 0.492
#> SRR655218 1 0.3942 0.65330 0.748 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR1416754 1 0.6342 0.16508 0.548 0.000 0.040 NA 0.336
#> SRR1488562 1 0.5221 0.61066 0.552 0.000 0.000 NA 0.048
#> SRR1084842 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR659673 5 0.4631 0.61614 0.024 0.000 0.112 NA 0.776
#> SRR1468514 1 0.4268 0.66193 0.556 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1499823 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR1481216 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1474065 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1476571 3 0.4630 0.59964 0.000 0.000 0.736 NA 0.176
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1085662 5 0.5523 0.57107 0.332 0.000 0.040 NA 0.604
#> SRR1415095 1 0.4329 0.34267 0.716 0.000 0.000 NA 0.252
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1488715 1 0.5343 0.22497 0.592 0.000 0.000 NA 0.340
#> SRR597927 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1408113 3 0.2726 0.70929 0.000 0.000 0.884 NA 0.052
#> SRR1490019 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1333694 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1476676 1 0.4538 0.65975 0.540 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR663261 5 0.6528 0.14991 0.008 0.000 0.364 NA 0.472
#> SRR1432343 1 0.3912 0.34539 0.752 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1459585 3 0.0162 0.74213 0.000 0.000 0.996 NA 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR602365 3 0.6715 0.34728 0.004 0.000 0.452 NA 0.320
#> SRR612443 5 0.5127 0.61930 0.184 0.000 0.000 NA 0.692
#> SRR1473936 3 0.5953 0.33791 0.000 0.000 0.540 NA 0.336
#> SRR1455698 3 0.1648 0.73282 0.000 0.000 0.940 NA 0.020
#> SRR1331335 1 0.4626 0.66875 0.616 0.000 0.000 NA 0.020
#> SRR659187 1 0.1082 0.59607 0.964 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1417912 1 0.4547 0.66641 0.588 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1316940 5 0.6277 0.26013 0.036 0.000 0.376 NA 0.520
#> SRR1500753 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR657635 1 0.4278 0.66021 0.548 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR615934 3 0.0703 0.74415 0.000 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR1411024 1 0.4138 0.23530 0.708 0.000 0.000 NA 0.276
#> SRR1469904 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1311794 1 0.5047 0.65273 0.652 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR657754 1 0.4287 0.65863 0.540 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1464451 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1443895 5 0.6636 0.07854 0.036 0.000 0.412 NA 0.456
#> SRR1444460 1 0.5680 0.47085 0.624 0.000 0.000 NA 0.228
#> SRR1333587 5 0.5265 0.54769 0.284 0.000 0.000 NA 0.636
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1339530 5 0.5774 0.63064 0.160 0.000 0.136 NA 0.676
#> SRR1366433 1 0.0992 0.59406 0.968 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1480479 1 0.4747 -0.31486 0.500 0.000 0.000 NA 0.484
#> SRR1470175 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR598768 1 0.4983 0.65873 0.664 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR1335400 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1418923 1 0.0955 0.59807 0.968 0.000 0.000 NA 0.004
#> SRR820133 5 0.4393 0.65916 0.168 0.000 0.000 NA 0.756
#> SRR1348424 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1382956 3 0.2989 0.70251 0.000 0.000 0.868 NA 0.072
#> SRR1339549 5 0.5774 0.63064 0.160 0.000 0.136 NA 0.676
#> SRR821434 1 0.1670 0.55324 0.936 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR662546 1 0.3563 0.36778 0.780 0.000 0.000 NA 0.208
#> SRR1319816 3 0.0703 0.74276 0.000 0.000 0.976 NA 0.000
#> SRR1078347 5 0.5366 0.54302 0.016 0.000 0.144 NA 0.704
#> SRR1435293 1 0.5396 0.25286 0.588 0.000 0.000 NA 0.340
#> SRR1408208 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1332317 3 0.4393 0.61892 0.000 0.000 0.756 NA 0.168
#> SRR1499193 1 0.5599 0.26668 0.580 0.000 0.000 NA 0.328
#> SRR1467294 3 0.2661 0.71044 0.000 0.000 0.888 NA 0.056
#> SRR1359649 5 0.6314 0.56232 0.068 0.000 0.220 NA 0.628
#> SRR1335688 3 0.5681 0.44862 0.000 0.000 0.604 NA 0.276
#> SRR1370129 5 0.6691 -0.12218 0.000 0.000 0.360 NA 0.400
#> SRR1321966 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1488672 1 0.4547 0.66641 0.588 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1343197 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1416999 1 0.4528 0.66080 0.548 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1334564 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR660661 3 0.4863 0.66044 0.000 0.000 0.672 NA 0.056
#> SRR1498861 1 0.5382 0.23232 0.592 0.000 0.000 NA 0.336
#> SRR1317877 1 0.4528 0.66080 0.548 0.000 0.000 NA 0.008
#> SRR1329885 3 0.5237 0.54762 0.000 0.000 0.664 NA 0.236
#> SRR1459718 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR615731 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR602622 5 0.4689 0.44556 0.424 0.000 0.000 NA 0.560
#> SRR1487685 5 0.5272 0.30284 0.432 0.000 0.008 NA 0.528
#> SRR1455925 1 0.4297 0.65502 0.528 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1390516 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1313932 1 0.1557 0.55116 0.940 0.000 0.000 NA 0.052
#> SRR603397 3 0.4668 0.66787 0.000 0.000 0.684 NA 0.044
#> SRR1099023 3 0.0404 0.74198 0.000 0.000 0.988 NA 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1368964 3 0.3278 0.71545 0.000 0.000 0.824 NA 0.020
#> SRR1334741 5 0.5774 0.63064 0.160 0.000 0.136 NA 0.676
#> SRR656564 1 0.6376 0.06706 0.520 0.000 0.040 NA 0.368
#> SRR608174 1 0.2046 0.53267 0.916 0.000 0.000 NA 0.068
#> SRR1320963 1 0.4983 0.65855 0.664 0.000 0.000 NA 0.064
#> SRR661973 1 0.4291 0.65753 0.536 0.000 0.000 NA 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1480365 1 0.4840 0.66696 0.640 0.000 0.000 NA 0.040
#> SRR602927 1 0.4557 0.66588 0.584 0.000 0.000 NA 0.012
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99678 0.000 1.000 0.000 NA 0.000
#> SRR1432275 1 0.5213 0.06090 0.556 0.000 0.000 NA 0.396
#> SRR1475909 5 0.5265 0.54769 0.284 0.000 0.000 NA 0.636
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0790 0.83360 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.2964 0.57294 0.000 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1333930 1 0.4219 0.47769 0.648 0.000 0.000 0.320 0.000 0.032
#> SRR1085850 1 0.1141 0.82694 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.4625 0.60079 0.228 0.000 0.004 0.700 0.016 0.052
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.5219 0.53448 0.296 0.000 0.000 0.580 0.000 0.124
#> SRR1077405 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1330061 5 0.4309 0.57875 0.000 0.000 0.104 0.020 0.760 0.116
#> SRR662725 4 0.3722 0.52636 0.092 0.000 0.000 0.800 0.008 0.100
#> SRR1313951 4 0.3586 0.61817 0.216 0.000 0.000 0.756 0.000 0.028
#> SRR1339218 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.4538 0.60104 0.228 0.000 0.004 0.704 0.012 0.052
#> SRR1407134 4 0.4666 0.54688 0.168 0.000 0.000 0.688 0.000 0.144
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1075898 4 0.4448 0.58310 0.252 0.000 0.000 0.688 0.008 0.052
#> SRR1498482 5 0.4051 0.27481 0.000 0.000 0.432 0.000 0.560 0.008
#> SRR1359673 3 0.0547 0.80771 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1439873 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.3304 0.59749 0.140 0.000 0.000 0.816 0.004 0.040
#> SRR1352706 5 0.3240 0.48525 0.000 0.000 0.244 0.000 0.752 0.004
#> SRR1436966 5 0.3636 0.42421 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR614802 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.3618 0.60130 0.176 0.000 0.000 0.776 0.000 0.048
#> SRR1396595 1 0.0458 0.83730 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.4731 0.64541 0.012 0.000 0.020 0.264 0.028 0.676
#> SRR1440699 3 0.0547 0.80771 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1389059 5 0.3841 0.35448 0.000 0.000 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR1083100 6 0.5307 0.45477 0.024 0.000 0.016 0.420 0.024 0.516
#> SRR1348861 5 0.4544 0.45852 0.000 0.000 0.020 0.080 0.728 0.172
#> SRR1072367 6 0.6774 0.58909 0.000 0.000 0.180 0.108 0.200 0.512
#> SRR1468403 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.5718 0.47844 0.000 0.000 0.116 0.052 0.624 0.208
#> SRR1390601 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.3446 0.51439 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.4994 0.41978 0.084 0.000 0.008 0.720 0.040 0.148
#> SRR1392637 4 0.4814 0.47313 0.096 0.000 0.008 0.736 0.032 0.128
#> SRR810957 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.4545 0.57108 0.000 0.000 0.104 0.028 0.744 0.124
#> SRR1470212 3 0.5836 0.20688 0.000 0.000 0.564 0.044 0.096 0.296
#> SRR1433971 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.5867 0.32257 0.000 0.000 0.068 0.092 0.600 0.240
#> SRR615141 4 0.6412 -0.44769 0.000 0.000 0.012 0.348 0.304 0.336
#> SRR601122 4 0.3695 0.46473 0.052 0.000 0.008 0.808 0.008 0.124
#> SRR1397008 5 0.6136 0.04852 0.000 0.000 0.032 0.156 0.520 0.292
#> SRR1358561 5 0.3890 0.33211 0.000 0.000 0.400 0.000 0.596 0.004
#> SRR1498640 4 0.4666 0.54688 0.168 0.000 0.000 0.688 0.000 0.144
#> SRR1429957 5 0.5718 0.47844 0.000 0.000 0.116 0.052 0.624 0.208
#> SRR1452292 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 6 0.6385 0.65250 0.000 0.000 0.184 0.176 0.080 0.560
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.4570 0.53529 0.152 0.000 0.000 0.700 0.000 0.148
#> SRR659121 4 0.3653 0.52857 0.300 0.000 0.000 0.692 0.000 0.008
#> SRR1330656 5 0.2277 0.56333 0.000 0.000 0.076 0.000 0.892 0.032
#> SRR1388305 1 0.3431 0.64874 0.756 0.000 0.000 0.228 0.000 0.016
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2214 0.74055 0.000 0.000 0.892 0.012 0.004 0.092
#> SRR1311086 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.6288 -0.41696 0.000 0.000 0.012 0.408 0.236 0.344
#> SRR661325 4 0.3797 0.30747 0.420 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.1644 0.81214 0.920 0.000 0.000 0.076 0.000 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.3304 0.59749 0.140 0.000 0.000 0.816 0.004 0.040
#> SRR1394713 5 0.4544 0.45852 0.000 0.000 0.020 0.080 0.728 0.172
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 6 0.6330 0.52453 0.004 0.000 0.024 0.200 0.272 0.500
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.5473 0.50587 0.132 0.000 0.000 0.652 0.040 0.176
#> SRR1500405 5 0.4544 0.45852 0.000 0.000 0.020 0.080 0.728 0.172
#> SRR1354446 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.5312 0.44533 0.024 0.000 0.016 0.424 0.024 0.512
#> SRR1444559 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1381543 4 0.4555 0.31003 0.032 0.000 0.004 0.740 0.056 0.168
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.7182 0.05959 0.000 0.000 0.192 0.116 0.416 0.276
#> SRR660007 5 0.6944 -0.01400 0.000 0.000 0.176 0.088 0.432 0.304
#> SRR655649 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.3857 0.60049 0.160 0.000 0.000 0.772 0.004 0.064
#> SRR657731 5 0.6956 0.00382 0.000 0.000 0.180 0.088 0.432 0.300
#> SRR661005 6 0.6198 0.68422 0.020 0.000 0.048 0.236 0.104 0.592
#> SRR600608 1 0.2212 0.77513 0.880 0.000 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR655923 6 0.7257 0.45048 0.000 0.000 0.176 0.132 0.296 0.396
#> SRR1334717 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.4544 0.45852 0.000 0.000 0.020 0.080 0.728 0.172
#> SRR1082759 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.1970 0.80056 0.900 0.000 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1072797 1 0.4585 0.41557 0.632 0.000 0.000 0.308 0.000 0.060
#> SRR612455 6 0.6646 0.55518 0.000 0.000 0.212 0.128 0.128 0.532
#> SRR818210 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 6 0.6459 0.34994 0.000 0.000 0.072 0.112 0.348 0.468
#> SRR1387178 4 0.4563 0.54492 0.164 0.000 0.000 0.700 0.000 0.136
#> SRR660498 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.4022 0.58107 0.252 0.000 0.000 0.708 0.000 0.040
#> SRR657325 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.3865 0.60637 0.720 0.000 0.000 0.248 0.000 0.032
#> SRR657348 4 0.3695 0.40493 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.3740 0.57194 0.000 0.000 0.072 0.020 0.808 0.100
#> SRR608598 3 0.3867 -0.12498 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR663320 1 0.0937 0.83173 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.4780 0.50746 0.128 0.000 0.000 0.684 0.004 0.184
#> SRR1361567 1 0.4045 0.56101 0.696 0.000 0.000 0.268 0.000 0.036
#> SRR819134 1 0.1398 0.82385 0.940 0.000 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR1311400 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.4545 0.57108 0.000 0.000 0.104 0.028 0.744 0.124
#> SRR661433 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1453341 1 0.0146 0.83810 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.4862 0.55750 0.000 0.000 0.120 0.024 0.708 0.148
#> SRR1319539 6 0.6330 0.52453 0.004 0.000 0.024 0.200 0.272 0.500
#> SRR1343841 1 0.1075 0.82765 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.6944 -0.00211 0.000 0.000 0.176 0.088 0.432 0.304
#> SRR1487321 4 0.4563 0.54492 0.164 0.000 0.000 0.700 0.000 0.136
#> SRR1312428 4 0.5888 0.12332 0.036 0.000 0.012 0.564 0.076 0.312
#> SRR657587 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.6001 0.09954 0.000 0.000 0.032 0.132 0.532 0.304
#> SRR1474466 4 0.5250 0.16850 0.028 0.000 0.012 0.672 0.072 0.216
#> SRR1466993 1 0.1644 0.81214 0.920 0.000 0.000 0.076 0.000 0.004
#> SRR1358102 4 0.4753 0.47180 0.092 0.000 0.000 0.692 0.012 0.204
#> SRR1455171 3 0.1477 0.79070 0.000 0.000 0.940 0.008 0.004 0.048
#> SRR627299 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.6179 0.68103 0.020 0.000 0.048 0.240 0.100 0.592
#> SRR817758 6 0.6401 0.54256 0.008 0.000 0.024 0.212 0.248 0.508
#> SRR821019 6 0.6998 0.40877 0.000 0.000 0.124 0.148 0.272 0.456
#> SRR1330675 4 0.5629 -0.02789 0.024 0.000 0.012 0.600 0.080 0.284
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.5853 0.06566 0.000 0.000 0.020 0.136 0.532 0.312
#> SRR604074 6 0.6159 0.41770 0.000 0.000 0.312 0.120 0.048 0.520
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3869 -0.15330 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR820209 6 0.4616 0.58531 0.000 0.000 0.000 0.316 0.060 0.624
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0937 0.83097 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.6372 -0.43767 0.000 0.000 0.012 0.376 0.272 0.340
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1918 0.73534 0.000 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR1403958 4 0.3390 0.52911 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4946 0.10757 0.528 0.000 0.000 0.404 0.000 0.068
#> SRR1334847 5 0.6242 -0.37173 0.000 0.000 0.008 0.264 0.416 0.312
#> SRR1421093 5 0.3636 0.42421 0.000 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR1085782 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 5 0.3944 0.28607 0.000 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> SRR1375635 4 0.5626 -0.04494 0.020 0.000 0.012 0.600 0.088 0.280
#> SRR661133 4 0.5334 0.44299 0.344 0.000 0.000 0.536 0.000 0.120
#> SRR1357523 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.5563 0.23605 0.000 0.000 0.016 0.136 0.592 0.256
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.4757 0.55112 0.180 0.000 0.000 0.676 0.000 0.144
#> SRR1454803 1 0.2631 0.74679 0.840 0.000 0.000 0.152 0.000 0.008
#> SRR1468381 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.1556 0.78116 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1434138 4 0.5626 -0.04494 0.020 0.000 0.012 0.600 0.088 0.280
#> SRR1456950 4 0.3304 0.59749 0.140 0.000 0.000 0.816 0.004 0.040
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.4993 0.35296 0.000 0.000 0.012 0.100 0.660 0.228
#> SRR1355040 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.5331 0.56886 0.208 0.000 0.004 0.656 0.024 0.108
#> SRR1085495 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.4726 0.47653 0.092 0.000 0.000 0.696 0.012 0.200
#> SRR1500868 4 0.4723 0.55172 0.180 0.000 0.000 0.680 0.000 0.140
#> SRR1476279 4 0.4538 0.60104 0.228 0.000 0.004 0.704 0.012 0.052
#> SRR627429 2 0.0146 0.99345 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660969 1 0.3770 0.61605 0.728 0.000 0.000 0.244 0.000 0.028
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.3867 -0.12498 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.3390 0.52819 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.4683 0.38344 0.616 0.000 0.000 0.320 0.000 0.064
#> SRR1491311 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.3243 0.51674 0.000 0.000 0.208 0.004 0.780 0.008
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 6 0.6744 0.61820 0.000 0.000 0.144 0.136 0.196 0.524
#> SRR1440058 1 0.5147 -0.08077 0.480 0.000 0.000 0.436 0.000 0.084
#> SRR1389979 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR607337 1 0.4131 0.54996 0.688 0.000 0.000 0.272 0.000 0.040
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.5011 0.67849 0.004 0.000 0.044 0.240 0.040 0.672
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.1080 0.79669 0.000 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR1387989 3 0.0146 0.80977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383018 6 0.5064 0.70137 0.000 0.000 0.056 0.232 0.044 0.668
#> SRR1441701 3 0.3288 0.42498 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1368772 1 0.0363 0.83792 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR614083 6 0.5036 0.67063 0.008 0.000 0.036 0.248 0.040 0.668
#> SRR1310623 3 0.0146 0.80977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420625 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR816721 4 0.3309 0.54718 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.5629 -0.02789 0.024 0.000 0.012 0.600 0.080 0.284
#> SRR1418992 1 0.0146 0.83698 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1556 0.78116 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1399028 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.4332 0.50534 0.664 0.000 0.000 0.288 0.000 0.048
#> SRR1402900 1 0.1007 0.82970 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.5307 0.45477 0.024 0.000 0.016 0.420 0.024 0.516
#> SRR664842 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.3519 0.66463 0.000 0.752 0.008 0.000 0.232 0.008
#> SRR665502 6 0.5036 0.67063 0.008 0.000 0.036 0.248 0.040 0.668
#> SRR657891 4 0.4666 0.54688 0.168 0.000 0.000 0.688 0.000 0.144
#> SRR1421305 4 0.6292 -0.42996 0.000 0.000 0.012 0.404 0.236 0.348
#> SRR1335707 4 0.6558 -0.30250 0.020 0.000 0.004 0.404 0.240 0.332
#> SRR1401276 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR627421 4 0.5304 0.53239 0.276 0.000 0.000 0.580 0.000 0.144
#> SRR1311575 4 0.4723 0.55311 0.180 0.000 0.000 0.680 0.000 0.140
#> SRR1475675 3 0.1003 0.80228 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR661995 1 0.4585 0.41557 0.632 0.000 0.000 0.308 0.000 0.060
#> SRR1471922 4 0.5160 -0.34197 0.000 0.000 0.004 0.520 0.076 0.400
#> SRR1077687 1 0.3865 0.60637 0.720 0.000 0.000 0.248 0.000 0.032
#> SRR821602 5 0.3630 0.52536 0.000 0.000 0.212 0.000 0.756 0.032
#> SRR608718 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1437555 1 0.4219 0.47769 0.648 0.000 0.000 0.320 0.000 0.032
#> SRR810571 6 0.6998 0.40877 0.000 0.000 0.124 0.148 0.272 0.456
#> SRR664048 6 0.5810 0.69252 0.000 0.000 0.104 0.200 0.072 0.624
#> SRR1500998 4 0.6288 -0.41696 0.000 0.000 0.012 0.408 0.236 0.344
#> SRR1320916 6 0.5237 0.46114 0.020 0.000 0.016 0.420 0.024 0.520
#> SRR1472150 5 0.4530 0.52202 0.000 0.000 0.072 0.028 0.736 0.164
#> SRR1329090 1 0.4443 0.51355 0.664 0.000 0.000 0.276 0.000 0.060
#> SRR1317344 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.3555 0.60254 0.176 0.000 0.000 0.780 0.000 0.044
#> SRR1324371 1 0.0146 0.83698 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.4666 0.54688 0.168 0.000 0.000 0.688 0.000 0.144
#> SRR1321462 4 0.3409 0.52583 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.4946 0.10757 0.528 0.000 0.000 0.404 0.000 0.068
#> SRR1468141 5 0.6329 0.43980 0.000 0.000 0.236 0.060 0.544 0.160
#> SRR1486097 1 0.0790 0.83302 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1003 0.80185 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR604050 6 0.4801 0.61951 0.016 0.000 0.024 0.292 0.016 0.652
#> SRR600385 6 0.6805 0.51268 0.016 0.000 0.040 0.288 0.184 0.472
#> SRR1430248 3 0.5623 -0.10450 0.000 0.000 0.468 0.056 0.040 0.436
#> SRR1352975 4 0.4570 0.53529 0.152 0.000 0.000 0.700 0.000 0.148
#> SRR1457221 5 0.5718 0.47844 0.000 0.000 0.116 0.052 0.624 0.208
#> SRR807591 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.4862 0.55750 0.000 0.000 0.120 0.024 0.708 0.148
#> SRR660895 3 0.1556 0.78116 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR655111 6 0.5190 0.69377 0.000 0.000 0.068 0.164 0.076 0.692
#> SRR1336006 4 0.6325 -0.42414 0.000 0.000 0.012 0.392 0.248 0.348
#> SRR613114 3 0.3869 -0.15330 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR608368 4 0.5696 -0.27562 0.000 0.000 0.012 0.516 0.124 0.348
#> SRR1315269 4 0.5148 0.50965 0.296 0.000 0.000 0.588 0.000 0.116
#> SRR1435020 1 0.0937 0.83097 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.4219 0.47769 0.648 0.000 0.000 0.320 0.000 0.032
#> SRR1315019 5 0.5374 0.39735 0.000 0.000 0.364 0.024 0.548 0.064
#> SRR1370173 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1408327 5 0.4862 0.55750 0.000 0.000 0.120 0.024 0.708 0.148
#> SRR1405485 4 0.4570 0.53529 0.152 0.000 0.000 0.700 0.000 0.148
#> SRR812012 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1378841 5 0.2814 0.52370 0.000 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR1375616 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1381566 4 0.3695 0.40493 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.3618 0.60130 0.176 0.000 0.000 0.776 0.000 0.048
#> SRR1099499 1 0.0458 0.83716 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.5160 -0.34197 0.000 0.000 0.004 0.520 0.076 0.400
#> SRR1468974 5 0.2277 0.56333 0.000 0.000 0.076 0.000 0.892 0.032
#> SRR1470111 5 0.5374 0.39735 0.000 0.000 0.364 0.024 0.548 0.064
#> SRR1079168 3 0.0146 0.80977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338584 3 0.1556 0.78116 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1329551 6 0.5634 0.69004 0.000 0.000 0.100 0.180 0.072 0.648
#> SRR662871 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0260 0.83743 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 6 0.6459 0.34994 0.000 0.000 0.072 0.112 0.348 0.468
#> SRR1487107 4 0.3409 0.52434 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR614443 3 0.1511 0.78318 0.000 0.000 0.940 0.012 0.004 0.044
#> SRR1314958 4 0.4693 0.55444 0.176 0.000 0.000 0.684 0.000 0.140
#> SRR1341702 4 0.4907 0.39258 0.100 0.000 0.000 0.648 0.004 0.248
#> SRR1444678 4 0.5004 0.54721 0.168 0.000 0.000 0.676 0.012 0.144
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.5032 0.55516 0.216 0.000 0.000 0.636 0.000 0.148
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.4731 0.64541 0.012 0.000 0.020 0.264 0.028 0.676
#> SRR1468955 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.3516 0.55449 0.096 0.000 0.000 0.812 0.004 0.088
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 6 0.6744 0.61820 0.000 0.000 0.144 0.136 0.196 0.524
#> SRR660933 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3740 0.57194 0.000 0.000 0.072 0.020 0.808 0.100
#> SRR1359388 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.6242 -0.37173 0.000 0.000 0.008 0.264 0.416 0.312
#> SRR612380 4 0.3390 0.52819 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.4354 0.56940 0.268 0.000 0.000 0.684 0.008 0.040
#> SRR1337909 4 0.4570 0.53529 0.152 0.000 0.000 0.700 0.000 0.148
#> SRR661723 3 0.0146 0.80977 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314163 1 0.4863 0.12540 0.528 0.000 0.000 0.412 0.000 0.060
#> SRR1489155 5 0.2902 0.51864 0.000 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 6 0.6774 0.58909 0.000 0.000 0.180 0.108 0.200 0.512
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR820078 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3288 0.42498 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.6136 0.04852 0.000 0.000 0.032 0.156 0.520 0.292
#> SRR1443612 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.3972 0.52605 0.092 0.000 0.008 0.792 0.008 0.100
#> SRR1362777 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.6149 0.01845 0.032 0.000 0.012 0.516 0.100 0.340
#> SRR1073143 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.4530 0.52202 0.000 0.000 0.072 0.028 0.736 0.164
#> SRR662570 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.3865 0.60637 0.720 0.000 0.000 0.248 0.000 0.032
#> SRR1323043 1 0.2664 0.75888 0.848 0.000 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR1475022 5 0.4544 0.45852 0.000 0.000 0.020 0.080 0.728 0.172
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 6 0.5190 0.69377 0.000 0.000 0.068 0.164 0.076 0.692
#> SRR603596 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 6 0.6193 0.37842 0.000 0.000 0.016 0.196 0.332 0.456
#> SRR615467 5 0.4039 0.29710 0.000 0.000 0.424 0.000 0.568 0.008
#> SRR660638 6 0.4975 0.69930 0.000 0.000 0.056 0.184 0.060 0.700
#> SRR1360383 5 0.6414 -0.23631 0.004 0.000 0.016 0.208 0.400 0.372
#> SRR1354577 5 0.3881 0.33499 0.000 0.000 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR608230 6 0.6383 0.55660 0.000 0.000 0.100 0.140 0.192 0.568
#> SRR1320873 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR1336379 4 0.3304 0.59749 0.140 0.000 0.000 0.816 0.004 0.040
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.6193 0.34083 0.000 0.000 0.012 0.204 0.364 0.420
#> SRR1101421 1 0.0713 0.83477 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.6423 0.59148 0.004 0.000 0.040 0.188 0.248 0.520
#> SRR1324431 4 0.3586 0.61817 0.216 0.000 0.000 0.756 0.000 0.028
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4500 0.61475 0.708 0.000 0.000 0.144 0.000 0.148
#> SRR655684 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1970 0.80056 0.900 0.000 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1397073 4 0.5548 0.50289 0.144 0.000 0.000 0.648 0.044 0.164
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.4076 0.37055 0.396 0.000 0.000 0.592 0.000 0.012
#> SRR1087031 4 0.3409 0.52441 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.5548 0.24224 0.000 0.000 0.016 0.132 0.592 0.260
#> SRR1350525 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.5408 0.28328 0.552 0.000 0.000 0.304 0.000 0.144
#> SRR1320093 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.4585 0.41557 0.632 0.000 0.000 0.308 0.000 0.060
#> SRR1320280 1 0.1918 0.80333 0.904 0.000 0.000 0.088 0.000 0.008
#> SRR1082262 1 0.0458 0.83716 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.4723 0.55311 0.180 0.000 0.000 0.680 0.000 0.140
#> SRR1385080 4 0.3304 0.59749 0.140 0.000 0.000 0.816 0.004 0.040
#> SRR1316921 1 0.4646 0.38167 0.616 0.000 0.000 0.324 0.000 0.060
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.3431 0.64874 0.756 0.000 0.000 0.228 0.000 0.016
#> SRR1498272 1 0.0547 0.83754 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.5115 0.54531 0.000 0.000 0.196 0.024 0.672 0.108
#> SRR818418 4 0.4666 0.54688 0.168 0.000 0.000 0.688 0.000 0.144
#> SRR1474553 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.5335 0.42684 0.000 0.000 0.656 0.036 0.104 0.204
#> SRR1079281 4 0.5586 -0.09454 0.012 0.000 0.012 0.584 0.092 0.300
#> SRR656493 6 0.6547 0.65042 0.000 0.000 0.092 0.164 0.204 0.540
#> SRR1328599 6 0.5451 0.22724 0.068 0.000 0.020 0.440 0.000 0.472
#> SRR655218 1 0.4585 0.41557 0.632 0.000 0.000 0.308 0.000 0.060
#> SRR1416754 4 0.5392 0.51515 0.144 0.000 0.000 0.660 0.036 0.160
#> SRR1488562 1 0.4500 0.61460 0.708 0.000 0.000 0.148 0.000 0.144
#> SRR1084842 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 6 0.6547 0.65042 0.000 0.000 0.092 0.164 0.204 0.540
#> SRR1468514 1 0.1007 0.82970 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1481216 1 0.0146 0.83828 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3740 0.57194 0.000 0.000 0.072 0.020 0.808 0.100
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.5536 -0.11052 0.008 0.000 0.012 0.584 0.096 0.300
#> SRR1415095 4 0.3857 0.60049 0.160 0.000 0.000 0.772 0.004 0.064
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.4704 0.53240 0.140 0.000 0.000 0.696 0.004 0.160
#> SRR597927 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3243 0.51674 0.000 0.000 0.208 0.004 0.780 0.008
#> SRR1490019 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.1007 0.83000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR663261 5 0.6944 -0.00211 0.000 0.000 0.176 0.088 0.432 0.304
#> SRR1432343 4 0.3304 0.59749 0.140 0.000 0.000 0.816 0.004 0.040
#> SRR1459585 5 0.3961 0.26492 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.5335 0.42684 0.000 0.000 0.656 0.036 0.104 0.204
#> SRR612443 6 0.4688 0.62478 0.016 0.000 0.020 0.284 0.016 0.664
#> SRR1473936 5 0.5708 0.41387 0.000 0.000 0.112 0.040 0.604 0.244
#> SRR1455698 5 0.4153 0.40957 0.000 0.000 0.340 0.012 0.640 0.008
#> SRR1331335 1 0.2664 0.75888 0.848 0.000 0.000 0.136 0.000 0.016
#> SRR659187 4 0.3695 0.40493 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.2020 0.79761 0.896 0.000 0.000 0.096 0.000 0.008
#> SRR1316940 5 0.6136 0.04852 0.000 0.000 0.032 0.156 0.520 0.292
#> SRR1500753 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0937 0.83173 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR615934 5 0.3944 0.28607 0.000 0.000 0.428 0.000 0.568 0.004
#> SRR1411024 4 0.3393 0.56048 0.108 0.000 0.000 0.820 0.004 0.068
#> SRR1469904 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.4219 0.47769 0.648 0.000 0.000 0.320 0.000 0.032
#> SRR657754 1 0.0547 0.83453 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.5563 0.23605 0.000 0.000 0.016 0.136 0.592 0.256
#> SRR1444460 4 0.5197 0.45450 0.332 0.000 0.000 0.560 0.000 0.108
#> SRR1333587 6 0.5307 0.45477 0.024 0.000 0.016 0.420 0.024 0.516
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.6325 -0.42414 0.000 0.000 0.012 0.392 0.248 0.348
#> SRR1366433 4 0.3684 0.41118 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.5220 0.28951 0.060 0.000 0.008 0.688 0.052 0.192
#> SRR1470175 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.4151 0.54448 0.684 0.000 0.000 0.276 0.000 0.040
#> SRR1335400 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3706 0.39675 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000 0.000
#> SRR820133 6 0.4616 0.58531 0.000 0.000 0.000 0.316 0.060 0.624
#> SRR1348424 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.2814 0.52370 0.000 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR1339549 4 0.6325 -0.42414 0.000 0.000 0.012 0.392 0.248 0.348
#> SRR821434 4 0.3428 0.52022 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.3618 0.60130 0.176 0.000 0.000 0.776 0.000 0.048
#> SRR1319816 5 0.3996 0.16160 0.000 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1078347 6 0.6774 0.58909 0.000 0.000 0.180 0.108 0.200 0.512
#> SRR1435293 4 0.4728 0.55216 0.176 0.000 0.000 0.680 0.000 0.144
#> SRR1408208 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2277 0.56333 0.000 0.000 0.076 0.000 0.892 0.032
#> SRR1499193 4 0.4757 0.55112 0.180 0.000 0.000 0.676 0.000 0.144
#> SRR1467294 5 0.3043 0.51797 0.000 0.000 0.200 0.000 0.792 0.008
#> SRR1359649 5 0.6242 -0.37173 0.000 0.000 0.008 0.264 0.416 0.312
#> SRR1335688 5 0.6369 0.46912 0.000 0.000 0.212 0.040 0.512 0.236
#> SRR1370129 3 0.6012 0.16815 0.000 0.000 0.544 0.052 0.100 0.304
#> SRR1321966 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.1970 0.80056 0.900 0.000 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1343197 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1416999 1 0.1267 0.82245 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0458 0.80845 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498861 4 0.4603 0.53692 0.148 0.000 0.000 0.696 0.000 0.156
#> SRR1317877 1 0.1267 0.82245 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1329885 5 0.5823 0.48288 0.000 0.000 0.244 0.036 0.588 0.132
#> SRR1459718 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.4873 0.12540 0.016 0.000 0.008 0.688 0.064 0.224
#> SRR1487685 4 0.5179 0.20010 0.048 0.000 0.000 0.612 0.036 0.304
#> SRR1455925 1 0.0000 0.83813 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.81066 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.3409 0.52434 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0146 0.80948 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099023 5 0.3872 0.33959 0.000 0.000 0.392 0.000 0.604 0.004
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.2964 0.57294 0.000 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1334741 4 0.6325 -0.42414 0.000 0.000 0.012 0.392 0.248 0.348
#> SRR656564 4 0.5687 0.46828 0.132 0.000 0.000 0.620 0.040 0.208
#> SRR608174 4 0.3288 0.55046 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.4151 0.54282 0.684 0.000 0.000 0.276 0.000 0.040
#> SRR661973 1 0.0458 0.83547 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.3539 0.65805 0.756 0.000 0.000 0.220 0.000 0.024
#> SRR602927 1 0.1918 0.80333 0.904 0.000 0.000 0.088 0.000 0.008
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99673 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.4726 0.47653 0.092 0.000 0.000 0.696 0.012 0.200
#> SRR1475909 6 0.5307 0.45477 0.024 0.000 0.016 0.420 0.024 0.516
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.495 0.918 0.917 0.4510 0.523 0.523
#> 3 3 1.000 0.974 0.981 0.3501 0.796 0.632
#> 4 4 0.733 0.797 0.859 0.1780 0.803 0.530
#> 5 5 0.753 0.595 0.776 0.0825 0.900 0.680
#> 6 6 0.793 0.844 0.877 0.0582 0.874 0.550
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1356619 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1341898 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1085850 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1379450 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1467813 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR614814 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1077405 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR662725 2 0.7139 0.876 0.196 0.804
#> SRR1313951 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1339218 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1417505 1 0.7056 0.753 0.808 0.192
#> SRR1407134 2 0.6801 0.894 0.180 0.820
#> SRR1457418 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1331289 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.7139 0.747 0.804 0.196
#> SRR1498482 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1402239 2 0.4298 0.832 0.088 0.912
#> SRR1335254 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1352706 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1388979 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1396595 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1340508 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1360868 1 0.9087 0.404 0.676 0.324
#> SRR1440699 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1083100 2 0.8909 0.756 0.308 0.692
#> SRR1348861 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1486560 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1315761 1 0.8909 0.511 0.692 0.308
#> SRR1392637 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR810957 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1458422 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1394677 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1341605 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1444479 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR598124 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR601122 2 0.6531 0.905 0.168 0.832
#> SRR1397008 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1498640 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1429957 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1467590 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1485542 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR659121 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1330656 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1388305 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1406917 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1363992 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR655375 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1458044 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR661325 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1439807 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1352129 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1406561 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1394713 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1476186 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1084649 2 0.5946 0.927 0.144 0.856
#> SRR1500405 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1467455 2 0.7528 0.871 0.216 0.784
#> SRR1444559 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.7299 0.733 0.796 0.204
#> SRR1402513 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR820379 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR655649 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1437306 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR657731 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.3274 0.915 0.940 0.060
#> SRR600608 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR655923 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1334717 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1401552 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1474886 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR662534 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1316815 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1072797 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR612455 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1488751 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1404969 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1328960 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR598671 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1387178 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR660498 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1403831 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR657325 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1339740 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR657348 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR662091 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR608662 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1361567 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR819134 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1311400 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR817775 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR819946 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1343841 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR665563 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1487321 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1312428 2 0.6623 0.902 0.172 0.828
#> SRR657587 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1337412 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.7056 0.753 0.808 0.192
#> SRR1466993 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1358102 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1455171 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR660733 2 0.9993 0.253 0.484 0.516
#> SRR817758 1 0.4939 0.855 0.892 0.108
#> SRR821019 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.7139 0.747 0.804 0.196
#> SRR1433644 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1320180 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR658188 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1096966 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1350456 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1472079 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR660103 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1403958 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1322270 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR600754 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1334847 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR597977 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.3431 0.907 0.936 0.064
#> SRR661133 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1357523 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1415732 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1396640 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1454803 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1468381 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1447986 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1388007 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.5946 0.822 0.856 0.144
#> SRR1456950 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1400375 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1323764 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1409351 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1085495 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR604026 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1500868 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1476279 1 0.8207 0.633 0.744 0.256
#> SRR627429 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR660969 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1335377 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1330546 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1357189 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1319837 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1491311 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1086635 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1440058 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1389979 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1315721 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR607337 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1434803 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1332275 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1340133 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR664819 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1435536 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR614083 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1359367 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1391879 1 0.7139 0.747 0.804 0.196
#> SRR1418992 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1343115 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1488836 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1418127 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1402900 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1485290 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1456514 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1394755 2 0.8016 0.837 0.244 0.756
#> SRR664842 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR662342 1 0.2043 0.938 0.968 0.032
#> SRR665502 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR657891 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1421305 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.6247 0.798 0.844 0.156
#> SRR1401276 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR627421 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1311575 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1475675 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1471922 2 0.9087 0.681 0.324 0.676
#> SRR1077687 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR821602 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1071289 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR810571 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1329090 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1317344 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR817978 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1324371 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1474333 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1321462 2 0.6801 0.894 0.180 0.820
#> SRR1387264 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1468141 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR608002 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1360563 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1414684 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR604050 2 0.6887 0.900 0.184 0.816
#> SRR600385 1 0.6623 0.778 0.828 0.172
#> SRR1430248 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1352975 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1457221 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1407560 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1345478 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1315269 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1435020 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1337564 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1315019 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1405485 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR812012 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1370619 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1469495 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1432123 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1370405 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1099499 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR659331 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1436106 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR816770 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR600560 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1434867 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR599225 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR607935 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1487107 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1348159 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1356036 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR614443 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1314958 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1341702 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1444678 2 0.6801 0.894 0.180 0.820
#> SRR1350107 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1322010 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1342045 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1467364 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1078879 1 0.6438 0.767 0.836 0.164
#> SRR1468955 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR660626 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR812436 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1312103 2 0.6801 0.894 0.180 0.820
#> SRR1429891 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1387072 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR661255 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660933 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1488651 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR817686 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.4022 0.886 0.920 0.080
#> SRR612380 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR817905 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1337909 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR661723 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1489155 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR607091 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1456903 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1445238 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1481462 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR819534 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR659899 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1396078 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.9833 0.132 0.576 0.424
#> SRR1362777 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.5059 0.846 0.888 0.112
#> SRR1073143 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1444622 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1430288 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1323043 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1475022 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1328919 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR602808 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1336379 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1325665 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1357434 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1477634 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1444876 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR613354 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1434782 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1446762 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1324431 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1442356 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1386818 2 0.5842 0.932 0.140 0.860
#> SRR655684 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1473185 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1332796 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1397073 1 0.9460 0.331 0.636 0.364
#> SRR1455060 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1341008 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1087031 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1489177 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1440517 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1320093 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR602516 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR604318 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1320280 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1082262 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1379238 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1385080 2 0.9686 0.519 0.396 0.604
#> SRR1316921 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1097752 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1375308 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1498272 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR814989 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1320892 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR818418 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1474553 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1430884 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0938 0.962 0.988 0.012
#> SRR656493 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1328599 2 0.6623 0.910 0.172 0.828
#> SRR655218 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1416754 2 0.9954 0.350 0.460 0.540
#> SRR1488562 2 0.6438 0.916 0.164 0.836
#> SRR1084842 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR819999 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR659673 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1499823 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1474065 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1499442 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1476571 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR607887 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1085662 1 0.7139 0.747 0.804 0.196
#> SRR1415095 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1499982 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1488715 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR597927 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1479239 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR600957 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1408113 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1333694 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR663261 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1432343 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1459585 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR602365 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR612443 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1473936 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR659187 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1417912 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1316940 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR657635 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR615934 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1411024 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1469904 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1311794 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR657754 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1464451 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1443895 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1444460 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1333587 2 0.8016 0.838 0.244 0.756
#> SRR1307770 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1339530 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1366433 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1480479 1 0.6973 0.760 0.812 0.188
#> SRR1470175 2 0.3114 0.895 0.056 0.944
#> SRR598768 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1335400 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1418923 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR820133 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1348424 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR821434 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR662546 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1319816 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1435293 2 0.6801 0.894 0.180 0.820
#> SRR1408208 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1332317 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1499193 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1467294 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1343197 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1334564 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR660661 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1317877 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1329885 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR615731 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.6623 0.784 0.828 0.172
#> SRR1455925 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1390516 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1313932 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR603397 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1368964 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR656564 2 0.8713 0.739 0.292 0.708
#> SRR608174 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1320963 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR661973 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR598533 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR613270 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1362183 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1480365 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR602927 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1315799 2 0.3431 0.849 0.064 0.936
#> SRR1432275 2 0.5629 0.937 0.132 0.868
#> SRR1475909 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR614814 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1330061 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR662725 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1075898 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1359673 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1335254 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1436966 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR614802 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.4504 0.7419 0.804 0.000 0.196
#> SRR1440699 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1389059 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1083100 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1072367 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1468403 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417070 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1444479 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1470212 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR615141 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR601122 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1358561 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1394936 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR661325 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1406561 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1403875 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476186 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1436444 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1381543 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR660007 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR655649 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR661005 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1082759 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR818210 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1328960 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR598671 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0424 0.9947 0.000 0.992 0.008
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR608598 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR663320 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR661433 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1319539 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1474466 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR627299 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR660733 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR817758 3 0.5968 0.4718 0.364 0.000 0.636
#> SRR821019 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1330675 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1320180 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR604074 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1322291 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR658188 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR820209 3 0.4796 0.7232 0.220 0.000 0.780
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1403958 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1421093 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1085782 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1466357 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR597977 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1375635 1 0.2711 0.8912 0.912 0.000 0.088
#> SRR661133 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1434250 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1434138 1 0.4346 0.7626 0.816 0.000 0.184
#> SRR1456950 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1323764 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0592 0.9937 0.000 0.988 0.012
#> SRR660969 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1330546 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1487295 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1415215 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1086635 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1465132 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1340133 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1387989 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1383018 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1441701 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1310623 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1420625 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR816721 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1391879 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1456514 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1394755 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 3 0.5072 0.7291 0.012 0.196 0.792
#> SRR665502 3 0.6168 0.3526 0.412 0.000 0.588
#> SRR657891 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1335707 3 0.6026 0.4431 0.376 0.000 0.624
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR661995 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR608718 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR664048 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1500998 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1320916 3 0.4002 0.8072 0.160 0.000 0.840
#> SRR1472150 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR604050 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR600385 3 0.6280 0.2039 0.460 0.000 0.540
#> SRR1430248 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR807591 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR660895 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR655111 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1336006 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR613114 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR608368 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1370173 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1408327 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1378841 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1375616 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1381566 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0237 0.9951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436106 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1468974 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1470111 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1079168 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1338584 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1329551 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR662871 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR599225 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1487107 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1322010 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.6244 0.1579 0.560 0.000 0.440
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR660933 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1359388 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1429162 3 0.1860 0.9453 0.052 0.000 0.948
#> SRR612380 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1398992 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR607091 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1472193 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR820078 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR819534 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR820468 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR659899 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1443612 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1470902 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1413522 3 0.6309 0.0759 0.496 0.000 0.504
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR662570 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR603596 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR615467 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR660638 3 0.6140 0.3744 0.404 0.000 0.596
#> SRR1360383 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1354577 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR608230 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1324431 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.6079 0.3275 0.612 0.000 0.388
#> SRR1455060 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1341008 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1350525 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR818418 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1079281 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR656493 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1328599 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.3192 0.8609 0.888 0.000 0.112
#> SRR1488562 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1085662 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR600957 2 0.0237 0.9951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1408113 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1432343 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1434271 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR602365 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR612443 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1455698 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1411024 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1339530 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1366433 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0592 0.9792 0.988 0.000 0.012
#> SRR598768 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1382956 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1339549 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR821434 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1078347 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1359649 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1335688 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1370129 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1321966 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR602622 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1487685 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1313932 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1099023 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1409899 2 0.0747 0.9947 0.000 0.984 0.016
#> SRR1368964 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR1334741 3 0.1031 0.9780 0.024 0.000 0.976
#> SRR656564 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR613270 2 0.0000 0.9951 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.1031 0.9927 0.000 0.976 0.024
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9933 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.3879 0.8180 0.152 0.000 0.848
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1356619 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0188 0.89355 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333930 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.4304 0.78046 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1467813 2 0.0921 0.98179 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR614814 1 0.0188 0.87656 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1077405 3 0.3356 0.89122 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1330061 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR662725 4 0.4072 0.77823 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1313951 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1339218 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1417505 4 0.4072 0.77823 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1407134 4 0.4624 0.74233 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1457418 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1331289 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1075898 4 0.4103 0.77897 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1498482 3 0.2868 0.89606 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1359673 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1439873 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1335254 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1352706 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1436966 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR614802 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1396595 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.6285 0.70881 0.168 0.000 0.168 0.664
#> SRR1440699 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1389059 3 0.3356 0.89122 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1083100 4 0.5339 0.77089 0.272 0.000 0.040 0.688
#> SRR1348861 3 0.4776 0.70814 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1072367 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468403 3 0.0000 0.89322 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1390601 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1315761 4 0.4072 0.77823 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1392637 4 0.4304 0.78046 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR810957 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1458422 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1394677 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1341605 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444479 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1470212 3 0.0000 0.89322 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.3837 0.88484 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR615141 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR601122 4 0.4103 0.77897 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1397008 3 0.3688 0.88633 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1358561 3 0.3649 0.88703 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1498640 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1429957 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1452292 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1394936 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1485542 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1330656 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1388305 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1363992 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1311086 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.1118 0.98301 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1458044 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR661325 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1439807 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1406561 4 0.4382 0.77836 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1394713 4 0.4585 0.08366 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1403875 2 0.1118 0.97933 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1476186 4 0.4679 0.10216 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1436444 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1084649 4 0.4998 0.40895 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1500405 4 0.4985 -0.37507 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1354446 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.4769 0.77033 0.308 0.000 0.008 0.684
#> SRR1444559 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1381543 4 0.3610 0.75938 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1402513 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR820379 3 0.1211 0.89898 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR660007 3 0.1389 0.89479 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR655649 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1437306 4 0.4624 0.74250 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR657731 3 0.3219 0.89466 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR661005 4 0.4818 0.76746 0.216 0.000 0.036 0.748
#> SRR600608 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1334717 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1401552 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1474886 4 0.2408 0.63193 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1082759 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1340420 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR662534 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR818210 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1404969 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1328960 2 0.0469 0.98568 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR598671 3 0.1211 0.89501 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1387178 1 0.4877 -0.00592 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR660498 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1403831 4 0.4331 0.77942 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR657325 2 0.1022 0.98184 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1339740 4 0.4933 0.57315 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR657348 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR662091 3 0.4955 0.57292 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR608598 3 0.1118 0.89458 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR663320 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.4605 0.74464 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1361567 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR661433 3 0.3356 0.89122 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1453341 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1319539 4 0.4697 0.10283 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1343841 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.3569 0.88738 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1487321 1 0.4543 0.31790 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1312428 4 0.4406 0.76307 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR657587 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1337412 3 0.3610 0.88673 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1474466 4 0.4072 0.77823 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1466993 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.4564 0.75291 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1455171 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR627299 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR660733 4 0.4957 0.75533 0.320 0.000 0.012 0.668
#> SRR817758 4 0.3051 0.67604 0.028 0.000 0.088 0.884
#> SRR821019 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1330675 4 0.3610 0.75938 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1433644 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1320180 4 0.3356 0.57711 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR604074 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322291 2 0.0592 0.98448 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR658188 3 0.2868 0.89606 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR820209 4 0.5106 0.65332 0.040 0.000 0.240 0.720
#> SRR1331841 2 0.0469 0.98601 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096966 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1350456 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1500537 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR660103 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1403958 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1322270 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR600754 1 0.4585 0.29375 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1334847 4 0.3529 0.62894 0.012 0.000 0.152 0.836
#> SRR1421093 3 0.3649 0.88703 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1085782 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1466357 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR597977 3 0.1211 0.89516 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1375635 4 0.2730 0.70260 0.088 0.000 0.016 0.896
#> SRR661133 1 0.4855 0.03154 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1357523 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1434250 2 0.0817 0.98282 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1396640 1 0.4877 -0.00592 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1454803 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1447986 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1388007 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1434138 4 0.2775 0.70065 0.084 0.000 0.020 0.896
#> SRR1456950 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1400375 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1323764 4 0.2216 0.64593 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1355040 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1085495 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.4998 0.41428 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1500868 1 0.4605 0.28081 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1476279 4 0.4103 0.77897 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR627429 2 0.1637 0.97265 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR660969 1 0.4898 -0.04866 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1335377 2 0.0592 0.98448 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330546 3 0.0921 0.89358 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1440986 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1319837 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1491311 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1487295 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1415215 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1086635 3 0.2814 0.78782 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1440058 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR607337 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1332275 4 0.4605 0.56704 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1465132 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1340133 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1387989 3 0.0000 0.89322 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 4 0.4605 0.56704 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1441701 3 0.1118 0.89458 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1368772 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0707 0.98565 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1435536 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR614083 4 0.4605 0.56704 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1310623 3 0.0000 0.89322 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.3311 0.89178 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR816721 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1359367 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1391879 4 0.4008 0.77602 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1418992 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1488836 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1399028 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1456514 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1394755 4 0.5308 0.77126 0.280 0.000 0.036 0.684
#> SRR664842 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR662342 3 0.7098 0.65000 0.000 0.192 0.564 0.244
#> SRR665502 4 0.5228 0.60726 0.024 0.000 0.312 0.664
#> SRR657891 1 0.4564 0.30620 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1421305 4 0.2281 0.65550 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1335707 4 0.3009 0.67061 0.056 0.000 0.052 0.892
#> SRR1401276 1 0.4331 0.40247 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR627421 1 0.4855 0.03172 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1311575 1 0.4543 0.31790 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1475675 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR661995 1 0.4888 -0.08109 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1471922 4 0.4304 0.78005 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1077687 4 0.4999 0.40494 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR821602 3 0.3649 0.88703 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR608718 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1071289 3 0.3356 0.89122 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1437555 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR664048 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1500998 4 0.2281 0.62891 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1320916 4 0.4770 0.60697 0.012 0.000 0.288 0.700
#> SRR1472150 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1329090 1 0.4999 -0.35975 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1317344 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1324371 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.4855 0.64388 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1321462 4 0.4331 0.77942 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1387264 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0469 0.89399 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1486097 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.89322 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 4 0.6215 0.71413 0.208 0.000 0.128 0.664
#> SRR600385 4 0.5226 0.73357 0.180 0.000 0.076 0.744
#> SRR1430248 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352975 1 0.4898 -0.04495 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1457221 3 0.3610 0.88673 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR807591 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1345478 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR660895 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR655111 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1336006 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR613114 3 0.1211 0.89516 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR608368 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1315269 1 0.4898 -0.04495 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1435020 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1370173 3 0.2921 0.89576 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1408327 3 0.3649 0.88703 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1405485 1 0.4643 0.25369 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR812012 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1469495 3 0.3649 0.88703 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1378841 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1375616 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1381566 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1432123 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1099499 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.1022 0.98438 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1436106 4 0.2408 0.65626 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1468974 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1470111 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1079168 3 0.0707 0.89371 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1338584 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1329551 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR662871 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR816770 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1434867 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR599225 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR607935 3 0.3764 0.88513 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1487107 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1348159 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR614443 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1314958 1 0.4564 0.30620 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1341702 4 0.4877 0.61885 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1444678 1 0.4888 -0.01626 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1350107 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1322010 2 0.0592 0.98448 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1342045 1 0.4804 0.10136 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1467364 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1078879 4 0.5489 0.62476 0.040 0.000 0.296 0.664
#> SRR1468955 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.4193 0.77914 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1429891 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387072 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR661255 3 0.2814 0.78782 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR660933 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1359388 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR817686 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1429162 4 0.2921 0.62435 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR612380 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR817905 4 0.4331 0.77942 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1337909 1 0.4564 0.30620 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR661723 3 0.0000 0.89322 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1398992 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR607091 3 0.2814 0.78782 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1472193 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1456903 2 0.0817 0.98518 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1445238 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR820078 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR819534 3 0.0921 0.89358 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR820468 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR659899 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1396078 3 0.3873 0.88440 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1443612 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1470902 4 0.4072 0.77823 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1362777 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1413522 4 0.3533 0.68642 0.080 0.000 0.056 0.864
#> SRR1073143 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.3837 0.88484 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR662570 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1430288 4 0.4817 0.66745 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1323043 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.4776 0.70806 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1080927 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1328919 3 0.2814 0.78782 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR603596 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR602808 4 0.3074 0.62110 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR615467 3 0.2408 0.89742 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR660638 4 0.5228 0.60726 0.024 0.000 0.312 0.664
#> SRR1360383 4 0.2921 0.62435 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1354577 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR608230 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1320873 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.4382 0.77836 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1325665 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1357434 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1477634 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1444876 4 0.2408 0.65626 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1101421 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1434782 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1446762 4 0.4304 0.59933 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1324431 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1442356 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1386818 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1473185 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1332796 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.3143 0.68475 0.100 0.000 0.024 0.876
#> SRR1455060 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1341008 4 0.4585 0.75125 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1087031 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1489177 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1350525 3 0.0469 0.89399 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1440517 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1320093 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1320280 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.4564 0.30620 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1385080 4 0.3400 0.74971 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1316921 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1097752 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1375308 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR818418 4 0.4996 0.43031 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1474553 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1079281 4 0.2408 0.65626 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR656493 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1328599 4 0.5254 0.76097 0.300 0.000 0.028 0.672
#> SRR655218 1 0.4948 -0.20321 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1416754 4 0.5206 0.52200 0.308 0.000 0.024 0.668
#> SRR1488562 4 0.4679 0.72812 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1084842 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR659673 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1468514 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.3356 0.89122 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1481216 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1499442 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1476571 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1445328 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR607887 2 0.0336 0.98547 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1085662 4 0.3649 0.76113 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1415095 4 0.4624 0.74250 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1499982 2 0.0469 0.98568 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1488715 1 0.4605 0.28084 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR597927 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1479239 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR600957 2 0.0336 0.98556 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1408113 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1490019 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476676 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.3569 0.76417 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1432343 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1459585 3 0.3356 0.89122 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1434271 2 0.0921 0.98179 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR602365 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR612443 4 0.4978 0.75110 0.324 0.000 0.012 0.664
#> SRR1473936 3 0.3528 0.88794 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1455698 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1331335 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1417912 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.3610 0.88673 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1500753 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.1211 0.89516 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1411024 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1469904 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.2216 0.64593 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1444460 1 0.4877 -0.00592 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1333587 4 0.5013 0.77517 0.292 0.000 0.020 0.688
#> SRR1307770 2 0.0469 0.98508 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1339530 4 0.2408 0.65626 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1366433 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1480479 4 0.4072 0.77823 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1470175 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR820133 4 0.4331 0.77942 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1348424 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1382956 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1339549 4 0.1940 0.65246 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR821434 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR662546 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1319816 3 0.3311 0.89178 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1078347 3 0.1389 0.89479 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1435293 1 0.5000 -0.38135 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1408208 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1499193 1 0.4898 -0.04495 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1467294 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1359649 4 0.2704 0.60750 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1335688 3 0.3400 0.89401 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1370129 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1321966 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1488672 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1416999 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1498861 1 0.4585 0.29379 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1317877 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0469 0.89605 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1459718 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR602622 4 0.2408 0.65626 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1487685 4 0.4872 0.76759 0.244 0.000 0.028 0.728
#> SRR1455925 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0469 0.89399 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1313932 4 0.4431 0.77601 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR603397 3 0.0592 0.89400 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1099023 3 0.3726 0.88504 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1409899 2 0.0817 0.98282 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1368964 3 0.1211 0.89516 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1334741 4 0.2216 0.65508 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR656564 4 0.4585 0.74837 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR608174 4 0.4406 0.77748 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1320963 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR613270 2 0.0592 0.98591 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362183 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1480365 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.88065 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.1637 0.97021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1432275 1 0.4877 -0.00592 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1475909 4 0.5328 0.65108 0.048 0.000 0.248 0.704
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3949 0.4569 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1467813 2 0.2563 0.9413 0.000 0.872 0.000 0.008 0.120
#> SRR614814 1 0.2424 0.8019 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1077405 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1330061 3 0.2351 0.5257 0.000 0.000 0.896 0.088 0.016
#> SRR662725 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1313951 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1339218 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1417505 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1407134 4 0.2597 0.5003 0.092 0.000 0.000 0.884 0.024
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0324 0.5715 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1075898 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1498482 3 0.1671 0.5681 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1359673 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.3656 0.9080 0.000 0.800 0.000 0.032 0.168
#> SRR1335254 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1352706 3 0.0162 0.5724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1436966 3 0.0162 0.5724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.2075 0.4325 0.032 0.000 0.004 0.924 0.040
#> SRR1440699 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1389059 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1083100 4 0.1484 0.4582 0.048 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1348861 3 0.4487 0.3572 0.000 0.000 0.756 0.140 0.104
#> SRR1072367 4 0.6792 -0.7535 0.000 0.000 0.288 0.372 0.340
#> SRR1468403 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1417070 3 0.2824 0.4936 0.000 0.000 0.864 0.116 0.020
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1315761 4 0.5171 0.5899 0.040 0.000 0.000 0.504 0.456
#> SRR1392637 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR810957 2 0.3280 0.9166 0.000 0.812 0.000 0.012 0.176
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1444479 3 0.3106 0.4638 0.000 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR1470212 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.3789 0.3555 0.000 0.000 0.768 0.212 0.020
#> SRR615141 4 0.6037 0.4309 0.000 0.000 0.120 0.488 0.392
#> SRR601122 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1397008 3 0.4709 0.0206 0.000 0.000 0.612 0.364 0.024
#> SRR1358561 3 0.0000 0.5733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498640 4 0.3861 0.5080 0.264 0.000 0.000 0.728 0.008
#> SRR1429957 3 0.2573 0.5105 0.000 0.000 0.880 0.104 0.016
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.6621 -0.1414 0.000 0.000 0.428 0.224 0.348
#> SRR1394936 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1330656 3 0.2929 0.4655 0.000 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR1388305 1 0.1732 0.8984 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.1168 0.9459 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1458044 4 0.5752 0.4611 0.000 0.000 0.092 0.524 0.384
#> SRR661325 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.3209 0.9171 0.000 0.812 0.000 0.008 0.180
#> SRR1406561 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1394713 3 0.6287 -0.0155 0.000 0.000 0.536 0.240 0.224
#> SRR1403875 2 0.2660 0.9386 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> SRR1476186 4 0.4382 -0.0821 0.000 0.000 0.288 0.688 0.024
#> SRR1436444 2 0.3391 0.9104 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR1084649 4 0.3720 0.4847 0.228 0.000 0.000 0.760 0.012
#> SRR1500405 3 0.4890 0.2178 0.000 0.000 0.680 0.256 0.064
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.1740 0.4691 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR1444559 3 0.0324 0.5715 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1381543 4 0.5249 0.5861 0.036 0.000 0.004 0.508 0.452
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.6314 0.1155 0.000 0.000 0.512 0.184 0.304
#> SRR660007 3 0.6826 -0.5375 0.000 0.000 0.336 0.336 0.328
#> SRR655649 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1437306 4 0.5626 0.5876 0.076 0.000 0.000 0.504 0.420
#> SRR657731 3 0.4364 0.4761 0.000 0.000 0.764 0.088 0.148
#> SRR661005 4 0.1568 0.4470 0.036 0.000 0.000 0.944 0.020
#> SRR600608 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.6667 -0.3058 0.000 0.000 0.428 0.244 0.328
#> SRR1334717 4 0.3783 0.5073 0.252 0.000 0.000 0.740 0.008
#> SRR1401552 2 0.0162 0.9517 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474886 3 0.6672 -0.1667 0.000 0.000 0.392 0.232 0.376
#> SRR1082759 3 0.0451 0.5706 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0963 0.9491 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR612455 3 0.6746 -0.3084 0.000 0.000 0.392 0.264 0.344
#> SRR818210 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1328960 2 0.1430 0.9516 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR598671 4 0.6808 -0.7534 0.000 0.000 0.308 0.368 0.324
#> SRR1387178 4 0.4182 0.4329 0.352 0.000 0.000 0.644 0.004
#> SRR660498 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR657325 2 0.2416 0.9437 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR1339740 4 0.3551 0.5056 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR657348 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR662091 3 0.4663 0.0610 0.000 0.000 0.604 0.376 0.020
#> SRR608598 3 0.3534 0.5006 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR663320 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.2624 0.4851 0.116 0.000 0.000 0.872 0.012
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.3106 0.4638 0.000 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR661433 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.2069 0.5374 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1319539 4 0.4292 -0.0563 0.000 0.000 0.272 0.704 0.024
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.5236 0.3575 0.000 0.000 0.684 0.164 0.152
#> SRR1487321 4 0.4305 0.1824 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1312428 4 0.2172 0.4666 0.076 0.000 0.000 0.908 0.016
#> SRR657587 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1337412 3 0.5350 -0.1529 0.000 0.000 0.488 0.460 0.052
#> SRR1474466 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.2130 0.4714 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012
#> SRR1455171 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR627299 2 0.3391 0.9104 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR660733 4 0.1557 0.4680 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR817758 4 0.1865 0.4039 0.008 0.000 0.032 0.936 0.024
#> SRR821019 3 0.6441 -0.1064 0.000 0.000 0.468 0.188 0.344
#> SRR1330675 4 0.5251 0.5870 0.036 0.000 0.004 0.504 0.456
#> SRR1433644 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1320180 4 0.4503 -0.0982 0.000 0.000 0.312 0.664 0.024
#> SRR604074 4 0.6801 -0.7684 0.000 0.000 0.292 0.360 0.348
#> SRR1322291 2 0.2249 0.9470 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR658188 3 0.1671 0.5681 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR820209 4 0.2830 0.3532 0.000 0.000 0.080 0.876 0.044
#> SRR1331841 2 0.0162 0.9517 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096966 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.6813 0.0762 0.000 0.000 0.308 0.360 0.332
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1403958 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.4150 0.3748 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1334847 4 0.2036 0.3755 0.000 0.000 0.056 0.920 0.024
#> SRR1421093 3 0.0000 0.5733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1466357 2 0.3656 0.9080 0.000 0.800 0.000 0.032 0.168
#> SRR597977 3 0.3534 0.5006 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1375635 4 0.5289 0.5819 0.032 0.000 0.008 0.512 0.448
#> SRR661133 4 0.4327 0.4257 0.360 0.000 0.000 0.632 0.008
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.6805 0.0604 0.000 0.000 0.312 0.372 0.316
#> SRR1434250 2 0.2462 0.9435 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1396640 4 0.4166 0.4382 0.348 0.000 0.000 0.648 0.004
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1434138 4 0.5289 0.5819 0.032 0.000 0.008 0.512 0.448
#> SRR1456950 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1400375 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1323764 3 0.6791 -0.1702 0.000 0.000 0.384 0.312 0.304
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.3519 0.4860 0.216 0.000 0.000 0.776 0.008
#> SRR1500868 4 0.4430 0.2528 0.456 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR1476279 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR627429 2 0.2932 0.9151 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> SRR660969 4 0.4403 0.3721 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR1335377 2 0.2358 0.9453 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1330546 3 0.3913 0.4619 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1319837 4 0.3551 0.5098 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR1491311 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1487295 3 0.2286 0.5180 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1415215 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1086635 4 0.6739 -0.7286 0.000 0.000 0.260 0.392 0.348
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 4 0.3551 0.5098 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR607337 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.4603 -0.2154 0.000 0.000 0.032 0.668 0.300
#> SRR1465132 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1340133 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1387989 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1383018 4 0.4714 -0.2709 0.000 0.000 0.032 0.644 0.324
#> SRR1441701 3 0.3534 0.5006 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0566 0.9504 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1435536 4 0.3551 0.5098 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR614083 4 0.4661 -0.2478 0.000 0.000 0.032 0.656 0.312
#> SRR1310623 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1420625 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR816721 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1359367 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1391879 4 0.5171 0.5899 0.040 0.000 0.000 0.504 0.456
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.3391 0.9104 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR1456514 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1394755 4 0.1557 0.4578 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR664842 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR662342 3 0.5156 0.3371 0.000 0.164 0.728 0.028 0.080
#> SRR665502 4 0.4019 0.0865 0.004 0.000 0.028 0.768 0.200
#> SRR657891 4 0.4546 0.2503 0.460 0.000 0.000 0.532 0.008
#> SRR1421305 4 0.5675 0.4418 0.000 0.000 0.092 0.556 0.352
#> SRR1335707 4 0.4532 0.1208 0.016 0.000 0.248 0.716 0.020
#> SRR1401276 1 0.4542 0.0665 0.536 0.000 0.000 0.456 0.008
#> SRR627421 4 0.4045 0.4268 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1311575 4 0.4434 0.2443 0.460 0.000 0.000 0.536 0.004
#> SRR1475675 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR661995 4 0.4481 0.2692 0.416 0.000 0.000 0.576 0.008
#> SRR1471922 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1077687 4 0.4046 0.4934 0.296 0.000 0.000 0.696 0.008
#> SRR821602 3 0.1478 0.5506 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.6744 -0.3999 0.000 0.000 0.400 0.268 0.332
#> SRR664048 5 0.6823 0.4534 0.000 0.000 0.324 0.328 0.348
#> SRR1500998 4 0.6816 0.0359 0.000 0.000 0.320 0.360 0.320
#> SRR1320916 4 0.1907 0.3776 0.000 0.000 0.028 0.928 0.044
#> SRR1472150 3 0.3061 0.4692 0.000 0.000 0.844 0.136 0.020
#> SRR1329090 4 0.3752 0.4863 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.3715 0.5049 0.260 0.000 0.000 0.736 0.004
#> SRR1321462 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.4418 0.4455 0.000 0.000 0.652 0.016 0.332
#> SRR604050 4 0.3115 0.3533 0.036 0.000 0.000 0.852 0.112
#> SRR600385 4 0.2006 0.4212 0.024 0.000 0.020 0.932 0.024
#> SRR1430248 4 0.6605 -0.6822 0.000 0.000 0.220 0.432 0.348
#> SRR1352975 4 0.4135 0.4500 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> SRR1457221 3 0.5375 0.3263 0.000 0.000 0.668 0.176 0.156
#> SRR807591 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.2069 0.5374 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR660895 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR655111 5 0.6820 0.4592 0.000 0.000 0.316 0.332 0.352
#> SRR1336006 4 0.5535 0.4877 0.000 0.000 0.072 0.536 0.392
#> SRR613114 3 0.3366 0.5108 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR608368 4 0.5216 0.5299 0.000 0.000 0.044 0.520 0.436
#> SRR1315269 4 0.4101 0.4585 0.332 0.000 0.000 0.664 0.004
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.1549 0.5550 0.000 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR1370173 3 0.1478 0.5705 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1408327 3 0.0000 0.5733 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405485 4 0.4341 0.3562 0.404 0.000 0.000 0.592 0.004
#> SRR812012 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1469495 3 0.0290 0.5737 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1378841 3 0.1956 0.5398 0.000 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1375616 3 0.0162 0.5724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381566 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.2189 0.9476 0.000 0.904 0.000 0.012 0.084
#> SRR1436106 4 0.5405 0.4867 0.000 0.000 0.064 0.556 0.380
#> SRR1468974 3 0.2136 0.5313 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1470111 3 0.0324 0.5715 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1079168 3 0.3949 0.4566 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1338584 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1329551 4 0.6814 -0.7797 0.000 0.000 0.304 0.348 0.348
#> SRR662871 2 0.0162 0.9515 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1434867 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR599225 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.3663 0.3678 0.000 0.000 0.776 0.208 0.016
#> SRR1487107 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 4 0.3551 0.5098 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR614443 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1314958 4 0.4430 0.2528 0.456 0.000 0.000 0.540 0.004
#> SRR1341702 4 0.3318 0.4943 0.180 0.000 0.000 0.808 0.012
#> SRR1444678 4 0.4151 0.4433 0.344 0.000 0.000 0.652 0.004
#> SRR1350107 2 0.3391 0.9104 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR1322010 2 0.2249 0.9470 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1342045 4 0.4015 0.4400 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 4 0.4503 -0.1105 0.004 0.000 0.028 0.700 0.268
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.6767 -0.7247 0.000 0.000 0.280 0.392 0.328
#> SRR660933 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.3757 0.3678 0.000 0.000 0.772 0.208 0.020
#> SRR1359388 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR817686 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1429162 4 0.1965 0.3797 0.000 0.000 0.052 0.924 0.024
#> SRR612380 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR817905 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1337909 4 0.4305 0.1824 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR661723 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.2909 0.4761 0.000 0.000 0.848 0.140 0.012
#> SRR1398992 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR607091 4 0.6344 -0.5978 0.000 0.000 0.172 0.484 0.344
#> SRR1472193 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1456903 2 0.0162 0.9512 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445238 3 0.0162 0.5724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.3391 0.9104 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR819534 3 0.3730 0.4829 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR820468 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR659899 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1396078 3 0.3821 0.3522 0.000 0.000 0.764 0.216 0.020
#> SRR1443612 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1470902 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1362777 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1413522 4 0.2769 0.3930 0.020 0.000 0.064 0.892 0.024
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.3724 0.3691 0.000 0.000 0.776 0.204 0.020
#> SRR662570 2 0.0162 0.9515 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430288 4 0.3861 0.5080 0.264 0.000 0.000 0.728 0.008
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.4960 0.2787 0.000 0.000 0.708 0.180 0.112
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.6564 -0.6587 0.000 0.000 0.212 0.444 0.344
#> SRR603596 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4062 0.1823 0.000 0.000 0.196 0.764 0.040
#> SRR615467 3 0.2852 0.5384 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR660638 4 0.3569 0.2075 0.004 0.000 0.028 0.816 0.152
#> SRR1360383 4 0.2448 0.3433 0.000 0.000 0.088 0.892 0.020
#> SRR1354577 3 0.0162 0.5724 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR608230 4 0.6783 -0.7547 0.000 0.000 0.280 0.372 0.348
#> SRR1320873 1 0.3582 0.6750 0.768 0.000 0.000 0.224 0.008
#> SRR1336379 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1477634 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1444876 4 0.3921 0.3989 0.000 0.000 0.072 0.800 0.128
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 4 0.2660 0.4945 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.2426 0.3452 0.000 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR1324431 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1442356 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1386818 1 0.2852 0.7887 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.3224 0.4005 0.028 0.000 0.076 0.868 0.028
#> SRR1455060 2 0.3695 0.9078 0.000 0.800 0.000 0.036 0.164
#> SRR1341008 4 0.5223 0.5927 0.044 0.000 0.000 0.512 0.444
#> SRR1087031 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1489177 4 0.6650 0.1065 0.000 0.000 0.280 0.448 0.272
#> SRR1350525 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1440517 4 0.3551 0.5098 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 4 0.3551 0.5098 0.220 0.000 0.000 0.772 0.008
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.4434 0.2443 0.460 0.000 0.000 0.536 0.004
#> SRR1385080 4 0.5171 0.5899 0.040 0.000 0.000 0.504 0.456
#> SRR1316921 4 0.3700 0.5092 0.240 0.000 0.000 0.752 0.008
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2997 0.4659 0.000 0.000 0.840 0.148 0.012
#> SRR818418 4 0.4088 0.4935 0.304 0.000 0.000 0.688 0.008
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 5 0.6822 0.4347 0.000 0.000 0.332 0.320 0.348
#> SRR1079281 4 0.5103 0.5429 0.000 0.000 0.036 0.512 0.452
#> SRR656493 4 0.6816 -0.7605 0.000 0.000 0.316 0.360 0.324
#> SRR1328599 4 0.1845 0.4623 0.056 0.000 0.000 0.928 0.016
#> SRR655218 4 0.4455 0.3000 0.404 0.000 0.000 0.588 0.008
#> SRR1416754 4 0.5458 0.4209 0.236 0.000 0.080 0.668 0.016
#> SRR1488562 4 0.2660 0.4945 0.128 0.000 0.000 0.864 0.008
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.6734 -0.7094 0.000 0.000 0.268 0.408 0.324
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.3942 0.3225 0.000 0.000 0.748 0.232 0.020
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1502 0.9519 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1085662 4 0.5171 0.5899 0.040 0.000 0.000 0.504 0.456
#> SRR1415095 4 0.5443 0.5908 0.060 0.000 0.000 0.504 0.436
#> SRR1499982 2 0.1124 0.9518 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1488715 4 0.4161 0.3680 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR597927 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1479239 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR600957 2 0.2124 0.9480 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1408113 3 0.1831 0.5420 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 5 0.6814 0.4265 0.000 0.000 0.304 0.348 0.348
#> SRR1432343 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1459585 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1434271 2 0.2660 0.9386 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> SRR602365 3 0.6814 -0.4957 0.000 0.000 0.348 0.304 0.348
#> SRR612443 4 0.1740 0.4650 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR1473936 3 0.6088 -0.0746 0.000 0.000 0.548 0.296 0.156
#> SRR1455698 3 0.2351 0.5257 0.000 0.000 0.896 0.088 0.016
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.5396 -0.0699 0.000 0.000 0.560 0.376 0.064
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.3534 0.5006 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1411024 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.1851 0.8892 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.6791 -0.1702 0.000 0.000 0.384 0.312 0.304
#> SRR1444460 4 0.4135 0.4468 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> SRR1333587 4 0.1597 0.4605 0.048 0.000 0.000 0.940 0.012
#> SRR1307770 2 0.2124 0.9477 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR1339530 4 0.5019 0.5178 0.000 0.000 0.036 0.568 0.396
#> SRR1366433 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1480479 4 0.5168 0.5909 0.040 0.000 0.000 0.508 0.452
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR820133 4 0.5002 0.5779 0.044 0.000 0.000 0.612 0.344
#> SRR1348424 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1382956 3 0.2248 0.5287 0.000 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1339549 5 0.6684 -0.3827 0.000 0.000 0.236 0.372 0.392
#> SRR821434 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR662546 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1319816 3 0.0794 0.5743 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1078347 4 0.6796 -0.7452 0.000 0.000 0.296 0.376 0.328
#> SRR1435293 4 0.3969 0.4839 0.304 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.2249 0.5253 0.000 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1499193 4 0.4118 0.4542 0.336 0.000 0.000 0.660 0.004
#> SRR1467294 3 0.2136 0.5313 0.000 0.000 0.904 0.088 0.008
#> SRR1359649 4 0.3690 0.1812 0.000 0.000 0.200 0.780 0.020
#> SRR1335688 3 0.2513 0.5580 0.000 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR1370129 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1321966 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0324 0.5715 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1498861 4 0.4182 0.3559 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.4484 0.4559 0.000 0.000 0.668 0.024 0.308
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR602622 4 0.5010 0.5159 0.000 0.000 0.036 0.572 0.392
#> SRR1487685 4 0.1967 0.4403 0.036 0.000 0.012 0.932 0.020
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1313932 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR603397 3 0.4608 0.4364 0.000 0.000 0.640 0.024 0.336
#> SRR1099023 3 0.0324 0.5715 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1409899 2 0.2563 0.9411 0.000 0.872 0.000 0.008 0.120
#> SRR1368964 3 0.3534 0.5006 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1334741 4 0.5467 0.4879 0.000 0.000 0.068 0.548 0.384
#> SRR656564 4 0.2304 0.4835 0.100 0.000 0.000 0.892 0.008
#> SRR608174 4 0.5230 0.5928 0.044 0.000 0.000 0.504 0.452
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.3695 0.9078 0.000 0.800 0.000 0.036 0.164
#> SRR613270 2 0.0000 0.9516 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.3391 0.9104 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.3656 0.9080 0.000 0.800 0.000 0.032 0.168
#> SRR1432275 4 0.4135 0.4468 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> SRR1475909 4 0.1981 0.3738 0.000 0.000 0.028 0.924 0.048
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0458 0.8564 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.2706 0.9382 0.000 0.860 0.000 0.000 0.036 0.104
#> SRR614814 1 0.4561 -0.0611 0.536 0.000 0.000 0.036 0.000 0.428
#> SRR1077405 5 0.3789 0.4751 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1330061 5 0.2784 0.8025 0.000 0.000 0.124 0.000 0.848 0.028
#> SRR662725 4 0.0405 0.9491 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1313951 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407134 6 0.2833 0.8404 0.012 0.000 0.000 0.148 0.004 0.836
#> SRR1457418 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331289 5 0.2378 0.7949 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1075898 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1498482 5 0.3864 0.3259 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1359673 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.3482 0.9146 0.000 0.812 0.000 0.004 0.116 0.068
#> SRR1335254 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.2340 0.7961 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1436966 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.3691 0.8279 0.000 0.000 0.024 0.172 0.020 0.784
#> SRR1440699 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1389059 5 0.3756 0.5026 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1083100 6 0.3313 0.8369 0.004 0.000 0.012 0.152 0.016 0.816
#> SRR1348861 5 0.3392 0.7885 0.000 0.000 0.076 0.036 0.840 0.048
#> SRR1072367 3 0.3766 0.6523 0.000 0.000 0.720 0.000 0.024 0.256
#> SRR1468403 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1417070 5 0.3307 0.7935 0.000 0.000 0.108 0.000 0.820 0.072
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0935 0.9327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1392637 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.3413 0.9191 0.000 0.812 0.000 0.000 0.080 0.108
#> SRR1458422 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394677 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341605 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1444479 5 0.3361 0.7923 0.000 0.000 0.108 0.000 0.816 0.076
#> SRR1470212 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.3992 0.7636 0.000 0.000 0.104 0.000 0.760 0.136
#> SRR615141 4 0.4308 0.6903 0.000 0.000 0.000 0.728 0.152 0.120
#> SRR601122 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.4904 0.5993 0.000 0.000 0.084 0.000 0.600 0.316
#> SRR1358561 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1498640 6 0.3715 0.8396 0.048 0.000 0.000 0.188 0.000 0.764
#> SRR1429957 5 0.3023 0.8000 0.000 0.000 0.120 0.000 0.836 0.044
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.1807 0.8187 0.000 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060
#> SRR1394936 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1485542 1 0.2823 0.7012 0.796 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR659121 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.2536 0.8011 0.000 0.000 0.116 0.000 0.864 0.020
#> SRR1388305 1 0.3464 0.4706 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0146 0.8584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.1549 0.9372 0.000 0.936 0.000 0.000 0.044 0.020
#> SRR1458044 4 0.4881 0.5498 0.000 0.000 0.000 0.648 0.232 0.120
#> SRR661325 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.3396 0.9201 0.000 0.812 0.000 0.000 0.072 0.116
#> SRR1406561 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.3831 0.7375 0.000 0.000 0.024 0.092 0.804 0.080
#> SRR1403875 2 0.2971 0.9327 0.000 0.844 0.000 0.000 0.052 0.104
#> SRR1476186 6 0.3298 0.7816 0.000 0.000 0.024 0.060 0.072 0.844
#> SRR1436444 2 0.3413 0.9191 0.000 0.812 0.000 0.000 0.080 0.108
#> SRR1084649 6 0.3248 0.8498 0.052 0.000 0.000 0.116 0.004 0.828
#> SRR1500405 5 0.3871 0.7634 0.000 0.000 0.052 0.052 0.808 0.088
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.3733 0.8269 0.008 0.000 0.012 0.188 0.016 0.776
#> SRR1444559 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1381543 4 0.1349 0.9128 0.004 0.000 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR1402513 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820379 3 0.4039 0.6212 0.000 0.000 0.732 0.000 0.208 0.060
#> SRR660007 3 0.4859 0.3989 0.000 0.000 0.612 0.000 0.304 0.084
#> SRR655649 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.0777 0.9346 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR657731 5 0.4660 0.3942 0.000 0.000 0.416 0.000 0.540 0.044
#> SRR661005 6 0.2896 0.8372 0.004 0.000 0.004 0.140 0.012 0.840
#> SRR600608 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.4130 0.5267 0.000 0.000 0.696 0.000 0.260 0.044
#> SRR1334717 6 0.4571 0.8329 0.068 0.000 0.004 0.188 0.016 0.724
#> SRR1401552 2 0.0260 0.9491 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474886 5 0.4407 0.6566 0.000 0.000 0.004 0.184 0.720 0.092
#> SRR1082759 5 0.2300 0.7976 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.2948 0.7346 0.804 0.000 0.000 0.000 0.008 0.188
#> SRR612455 3 0.3539 0.6901 0.000 0.000 0.756 0.000 0.024 0.220
#> SRR818210 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1328960 2 0.1701 0.9483 0.000 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR598671 3 0.5034 0.5539 0.000 0.000 0.628 0.000 0.132 0.240
#> SRR1387178 6 0.4531 0.8074 0.172 0.000 0.000 0.112 0.004 0.712
#> SRR660498 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.2744 0.9380 0.000 0.864 0.000 0.000 0.064 0.072
#> SRR1339740 6 0.3618 0.8434 0.048 0.000 0.000 0.176 0.000 0.776
#> SRR657348 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.3729 0.7540 0.000 0.000 0.040 0.024 0.800 0.136
#> SRR608598 3 0.2135 0.7580 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.2623 0.8452 0.016 0.000 0.000 0.132 0.000 0.852
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.3361 0.7923 0.000 0.000 0.108 0.000 0.816 0.076
#> SRR661433 5 0.3810 0.4530 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.3014 0.8018 0.000 0.000 0.132 0.000 0.832 0.036
#> SRR1319539 6 0.3426 0.7673 0.000 0.000 0.020 0.060 0.088 0.832
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.4940 0.3967 0.000 0.000 0.400 0.000 0.532 0.068
#> SRR1487321 6 0.5074 0.6728 0.296 0.000 0.000 0.108 0.000 0.596
#> SRR1312428 6 0.2611 0.8374 0.012 0.000 0.000 0.116 0.008 0.864
#> SRR657587 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.5251 0.3057 0.000 0.000 0.072 0.008 0.488 0.432
#> SRR1474466 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 6 0.2685 0.8393 0.008 0.000 0.000 0.132 0.008 0.852
#> SRR1455171 3 0.0146 0.8584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR627299 2 0.3405 0.9200 0.000 0.812 0.000 0.000 0.076 0.112
#> SRR660733 6 0.2632 0.8373 0.004 0.000 0.000 0.164 0.000 0.832
#> SRR817758 6 0.2445 0.8315 0.000 0.000 0.004 0.120 0.008 0.868
#> SRR821019 3 0.1010 0.8413 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1330675 4 0.0935 0.9327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1433644 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1320180 5 0.5811 0.1964 0.000 0.000 0.032 0.088 0.488 0.392
#> SRR604074 3 0.2784 0.7724 0.000 0.000 0.848 0.000 0.028 0.124
#> SRR1322291 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR658188 5 0.3868 0.2816 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR820209 6 0.5401 0.5990 0.000 0.000 0.012 0.144 0.228 0.616
#> SRR1331841 2 0.0458 0.9497 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1096966 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.4354 0.6619 0.000 0.000 0.000 0.144 0.724 0.132
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1403958 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600754 6 0.4587 0.7904 0.204 0.000 0.000 0.108 0.000 0.688
#> SRR1334847 6 0.2993 0.8332 0.000 0.000 0.008 0.120 0.028 0.844
#> SRR1421093 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1085782 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466357 2 0.3482 0.9146 0.000 0.812 0.000 0.004 0.116 0.068
#> SRR597977 3 0.2135 0.7580 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1375635 4 0.1701 0.8954 0.000 0.000 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR661133 6 0.4693 0.8036 0.176 0.000 0.000 0.140 0.000 0.684
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.4243 0.6715 0.000 0.000 0.000 0.132 0.736 0.132
#> SRR1434250 2 0.2586 0.9401 0.000 0.868 0.000 0.000 0.032 0.100
#> SRR1396640 6 0.4531 0.8074 0.172 0.000 0.000 0.112 0.004 0.712
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434138 4 0.1531 0.9020 0.000 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1456950 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1323764 5 0.3921 0.6966 0.000 0.000 0.000 0.116 0.768 0.116
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.3334 0.8502 0.052 0.000 0.000 0.124 0.004 0.820
#> SRR1500868 6 0.5050 0.7187 0.260 0.000 0.000 0.108 0.004 0.628
#> SRR1476279 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.2701 0.9203 0.000 0.864 0.000 0.004 0.104 0.028
#> SRR660969 6 0.4723 0.8279 0.112 0.000 0.004 0.144 0.016 0.724
#> SRR1335377 2 0.2282 0.9444 0.000 0.888 0.000 0.000 0.024 0.088
#> SRR1330546 3 0.1556 0.8088 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.4463 0.8339 0.060 0.000 0.004 0.188 0.016 0.732
#> SRR1491311 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487295 5 0.2581 0.8017 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1415215 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1086635 3 0.4268 0.6774 0.000 0.000 0.732 0.012 0.056 0.200
#> SRR1440058 1 0.0632 0.9566 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.4463 0.8339 0.060 0.000 0.004 0.188 0.016 0.732
#> SRR607337 1 0.0632 0.9566 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.4262 0.7475 0.000 0.000 0.148 0.068 0.024 0.760
#> SRR1465132 2 0.2250 0.9450 0.000 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> SRR1340133 3 0.0146 0.8584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387989 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1383018 6 0.4348 0.7295 0.000 0.000 0.164 0.064 0.024 0.748
#> SRR1441701 3 0.2135 0.7580 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.1225 0.9419 0.000 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR1435536 6 0.4161 0.8360 0.040 0.000 0.004 0.188 0.016 0.752
#> SRR614083 6 0.4235 0.7372 0.000 0.000 0.160 0.064 0.020 0.756
#> SRR1310623 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420625 5 0.3817 0.4446 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR816721 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1391879 4 0.0935 0.9327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.2912 0.6793 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.3413 0.9191 0.000 0.812 0.000 0.000 0.080 0.108
#> SRR1456514 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1394755 6 0.3423 0.8388 0.008 0.000 0.012 0.152 0.016 0.812
#> SRR664842 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.3994 0.6063 0.000 0.160 0.044 0.004 0.776 0.016
#> SRR665502 6 0.4199 0.7549 0.000 0.000 0.144 0.072 0.020 0.764
#> SRR657891 6 0.5422 0.6899 0.276 0.000 0.000 0.160 0.000 0.564
#> SRR1421305 4 0.4977 0.5264 0.000 0.000 0.000 0.636 0.236 0.128
#> SRR1335707 6 0.2740 0.8031 0.000 0.000 0.000 0.076 0.060 0.864
#> SRR1401276 6 0.4800 0.8070 0.148 0.000 0.004 0.116 0.016 0.716
#> SRR627421 6 0.3748 0.8440 0.108 0.000 0.000 0.108 0.000 0.784
#> SRR1311575 6 0.4953 0.7099 0.268 0.000 0.000 0.108 0.000 0.624
#> SRR1475675 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR661995 6 0.4717 0.8256 0.108 0.000 0.004 0.148 0.016 0.724
#> SRR1471922 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1077687 6 0.3992 0.8390 0.072 0.000 0.000 0.180 0.000 0.748
#> SRR821602 5 0.2531 0.8010 0.000 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR608718 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1071289 5 0.3797 0.4680 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1437555 1 0.0547 0.9603 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR810571 3 0.4352 0.4815 0.000 0.000 0.668 0.000 0.280 0.052
#> SRR664048 3 0.2826 0.7698 0.000 0.000 0.844 0.000 0.028 0.128
#> SRR1500998 5 0.4527 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.136 0.724 0.132
#> SRR1320916 6 0.3357 0.8356 0.000 0.000 0.020 0.144 0.020 0.816
#> SRR1472150 5 0.3252 0.7945 0.000 0.000 0.108 0.000 0.824 0.068
#> SRR1329090 6 0.3508 0.8495 0.068 0.000 0.000 0.132 0.000 0.800
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 6 0.3615 0.8486 0.060 0.000 0.000 0.140 0.004 0.796
#> SRR1321462 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0458 0.8564 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR604050 6 0.4270 0.7903 0.000 0.000 0.112 0.112 0.016 0.760
#> SRR600385 6 0.2333 0.8351 0.004 0.000 0.000 0.120 0.004 0.872
#> SRR1430248 3 0.3841 0.6474 0.000 0.000 0.716 0.000 0.028 0.256
#> SRR1352975 6 0.4531 0.8074 0.172 0.000 0.000 0.112 0.004 0.712
#> SRR1457221 5 0.5104 0.4416 0.000 0.000 0.372 0.000 0.540 0.088
#> SRR807591 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3014 0.8018 0.000 0.000 0.132 0.000 0.832 0.036
#> SRR660895 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR655111 3 0.2667 0.7750 0.000 0.000 0.852 0.000 0.020 0.128
#> SRR1336006 4 0.4162 0.7122 0.000 0.000 0.000 0.744 0.136 0.120
#> SRR613114 3 0.2219 0.7476 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR608368 4 0.2404 0.8526 0.000 0.000 0.000 0.872 0.016 0.112
#> SRR1315269 6 0.4329 0.8226 0.148 0.000 0.000 0.112 0.004 0.736
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.2531 0.8022 0.000 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1370173 5 0.3838 0.4083 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1408327 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1405485 6 0.4751 0.7812 0.208 0.000 0.000 0.108 0.004 0.680
#> SRR812012 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.2527 0.7859 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1378841 5 0.2581 0.8017 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1375616 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1381566 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.2451 0.9409 0.000 0.884 0.000 0.000 0.060 0.056
#> SRR1436106 4 0.3920 0.7405 0.000 0.000 0.000 0.768 0.112 0.120
#> SRR1468974 5 0.2581 0.8017 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1470111 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1079168 3 0.1007 0.8383 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1338584 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329551 3 0.2988 0.7571 0.000 0.000 0.828 0.000 0.028 0.144
#> SRR662871 2 0.0405 0.9491 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR816770 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR599225 2 0.0291 0.9478 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR607935 5 0.3566 0.7835 0.000 0.000 0.104 0.000 0.800 0.096
#> SRR1487107 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.4463 0.8339 0.060 0.000 0.004 0.188 0.016 0.732
#> SRR614443 3 0.0146 0.8584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314958 6 0.5107 0.7029 0.272 0.000 0.000 0.108 0.004 0.616
#> SRR1341702 6 0.3207 0.8496 0.044 0.000 0.000 0.124 0.004 0.828
#> SRR1444678 6 0.4531 0.8074 0.172 0.000 0.000 0.112 0.004 0.712
#> SRR1350107 2 0.3413 0.9191 0.000 0.812 0.000 0.000 0.080 0.108
#> SRR1322010 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1342045 6 0.4583 0.8063 0.176 0.000 0.000 0.128 0.000 0.696
#> SRR1467364 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1078879 6 0.4183 0.7514 0.000 0.000 0.148 0.068 0.020 0.764
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.5205 0.5135 0.000 0.000 0.640 0.012 0.224 0.124
#> SRR660933 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.3278 0.7896 0.000 0.000 0.088 0.000 0.824 0.088
#> SRR1359388 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429162 6 0.2949 0.8314 0.000 0.000 0.008 0.116 0.028 0.848
#> SRR612380 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1337909 6 0.4990 0.6998 0.276 0.000 0.000 0.108 0.000 0.616
#> SRR661723 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1314163 1 0.0363 0.9674 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1489155 5 0.2706 0.8022 0.000 0.000 0.124 0.000 0.852 0.024
#> SRR1398992 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR607091 3 0.4650 0.4637 0.000 0.000 0.608 0.012 0.032 0.348
#> SRR1472193 2 0.2250 0.9450 0.000 0.888 0.000 0.000 0.020 0.092
#> SRR1456903 2 0.0508 0.9475 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1445238 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.3423 0.9184 0.000 0.812 0.000 0.000 0.088 0.100
#> SRR819534 3 0.1910 0.7809 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR820468 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR659899 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.4030 0.7611 0.000 0.000 0.104 0.000 0.756 0.140
#> SRR1443612 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470902 4 0.0935 0.9327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1362777 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413522 6 0.3017 0.8127 0.000 0.000 0.000 0.108 0.052 0.840
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.3985 0.7632 0.000 0.000 0.100 0.000 0.760 0.140
#> SRR662570 2 0.0405 0.9481 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1430288 6 0.3865 0.8369 0.056 0.000 0.000 0.192 0.000 0.752
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.3797 0.7782 0.000 0.000 0.072 0.036 0.812 0.080
#> SRR1080927 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328919 6 0.4785 0.1905 0.000 0.000 0.404 0.012 0.032 0.552
#> SRR603596 2 0.0291 0.9478 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR602808 5 0.5925 0.1122 0.000 0.000 0.020 0.124 0.456 0.400
#> SRR615467 3 0.2996 0.5945 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR660638 6 0.4227 0.7647 0.000 0.000 0.136 0.080 0.020 0.764
#> SRR1360383 6 0.4900 0.5887 0.000 0.000 0.004 0.108 0.232 0.656
#> SRR1354577 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR608230 3 0.3817 0.6532 0.000 0.000 0.720 0.000 0.028 0.252
#> SRR1320873 6 0.4893 0.7544 0.212 0.000 0.000 0.092 0.016 0.680
#> SRR1336379 4 0.0858 0.9357 0.004 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1325665 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357434 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1444876 6 0.5399 0.4975 0.000 0.000 0.004 0.148 0.260 0.588
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.3877 0.8334 0.024 0.000 0.004 0.188 0.016 0.768
#> SRR1434782 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446762 6 0.3022 0.8264 0.000 0.000 0.020 0.112 0.020 0.848
#> SRR1324431 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1386818 1 0.4386 -0.0427 0.516 0.000 0.004 0.000 0.016 0.464
#> SRR655684 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 6 0.2491 0.8289 0.000 0.000 0.000 0.112 0.020 0.868
#> SRR1455060 2 0.3482 0.9151 0.000 0.812 0.000 0.004 0.116 0.068
#> SRR1341008 4 0.0405 0.9481 0.004 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1087031 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.4496 0.6459 0.000 0.000 0.000 0.156 0.708 0.136
#> SRR1350525 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1440517 6 0.4463 0.8339 0.060 0.000 0.004 0.188 0.016 0.732
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.4518 0.8335 0.064 0.000 0.004 0.188 0.016 0.728
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 6 0.4934 0.7159 0.264 0.000 0.000 0.108 0.000 0.628
#> SRR1385080 4 0.0935 0.9327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1316921 6 0.4571 0.8329 0.068 0.000 0.004 0.188 0.016 0.724
#> SRR1097752 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.3066 0.8005 0.000 0.000 0.124 0.000 0.832 0.044
#> SRR818418 6 0.4545 0.8237 0.124 0.000 0.000 0.176 0.000 0.700
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1434 0.8277 0.000 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1079281 4 0.1588 0.8984 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR656493 3 0.4944 0.5735 0.000 0.000 0.644 0.000 0.132 0.224
#> SRR1328599 6 0.3823 0.8263 0.008 0.000 0.016 0.188 0.016 0.772
#> SRR655218 6 0.4709 0.8271 0.104 0.000 0.004 0.152 0.016 0.724
#> SRR1416754 6 0.4237 0.8151 0.124 0.000 0.000 0.084 0.024 0.768
#> SRR1488562 6 0.4133 0.8335 0.032 0.000 0.008 0.188 0.016 0.756
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0146 0.9483 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659673 3 0.4703 0.5425 0.000 0.000 0.620 0.000 0.068 0.312
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.3810 0.4530 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3644 0.7769 0.000 0.000 0.088 0.000 0.792 0.120
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1225 0.9504 0.000 0.952 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1085662 4 0.0935 0.9327 0.004 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1415095 4 0.0777 0.9346 0.004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1499982 2 0.1285 0.9497 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1488715 6 0.4573 0.7883 0.208 0.000 0.000 0.104 0.000 0.688
#> SRR597927 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR600957 2 0.1983 0.9487 0.000 0.908 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR1408113 5 0.2531 0.8010 0.000 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.5636 0.3574 0.000 0.000 0.580 0.036 0.296 0.088
#> SRR1432343 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.3810 0.4530 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1434271 2 0.2842 0.9355 0.000 0.852 0.000 0.000 0.044 0.104
#> SRR602365 3 0.1367 0.8297 0.000 0.000 0.944 0.000 0.012 0.044
#> SRR612443 6 0.3823 0.8263 0.008 0.000 0.016 0.188 0.016 0.772
#> SRR1473936 5 0.5590 0.4849 0.000 0.000 0.152 0.000 0.496 0.352
#> SRR1455698 5 0.2706 0.8026 0.000 0.000 0.124 0.000 0.852 0.024
#> SRR1331335 1 0.0260 0.9708 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659187 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.5248 0.4359 0.000 0.000 0.100 0.000 0.512 0.388
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.2048 0.7677 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1411024 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 6 0.3860 0.2654 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR657754 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.4003 0.6918 0.000 0.000 0.000 0.116 0.760 0.124
#> SRR1444460 6 0.4256 0.8266 0.140 0.000 0.000 0.112 0.004 0.744
#> SRR1333587 6 0.3350 0.8362 0.004 0.000 0.012 0.156 0.016 0.812
#> SRR1307770 2 0.2199 0.9450 0.000 0.892 0.000 0.000 0.020 0.088
#> SRR1339530 4 0.2402 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.120
#> SRR1366433 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0632 0.9566 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.3426 0.4763 0.004 0.000 0.000 0.720 0.000 0.276
#> SRR1348424 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1382956 5 0.2538 0.8023 0.000 0.000 0.124 0.000 0.860 0.016
#> SRR1339549 4 0.4904 0.5478 0.000 0.000 0.000 0.644 0.236 0.120
#> SRR821434 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.3810 0.4530 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1078347 3 0.5395 0.4646 0.000 0.000 0.584 0.000 0.196 0.220
#> SRR1435293 6 0.4520 0.8153 0.156 0.000 0.000 0.124 0.004 0.716
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.2581 0.8017 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1499193 6 0.4406 0.8198 0.152 0.000 0.000 0.116 0.004 0.728
#> SRR1467294 5 0.2581 0.8017 0.000 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1359649 6 0.3759 0.7671 0.000 0.000 0.008 0.084 0.112 0.796
#> SRR1335688 5 0.4253 0.3804 0.000 0.000 0.460 0.000 0.524 0.016
#> SRR1370129 3 0.0146 0.8584 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321966 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498861 6 0.4716 0.7734 0.224 0.000 0.000 0.108 0.000 0.668
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0632 0.8534 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR602622 4 0.2402 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.120
#> SRR1487685 6 0.2445 0.8341 0.004 0.000 0.000 0.120 0.008 0.868
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0363 0.8585 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1313932 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0260 0.8595 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099023 5 0.2416 0.7935 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1409899 2 0.2971 0.9337 0.000 0.844 0.000 0.000 0.052 0.104
#> SRR1368964 3 0.2135 0.7580 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1334741 4 0.4004 0.7309 0.000 0.000 0.000 0.760 0.120 0.120
#> SRR656564 6 0.2755 0.8413 0.012 0.000 0.000 0.140 0.004 0.844
#> SRR608174 4 0.0146 0.9542 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0632 0.9566 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR661973 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.3469 0.9142 0.000 0.812 0.000 0.004 0.120 0.064
#> SRR613270 2 0.0405 0.9478 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1362183 2 0.3419 0.9188 0.000 0.812 0.000 0.000 0.084 0.104
#> SRR1480365 1 0.0260 0.9708 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR602927 1 0.0000 0.9774 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.3482 0.9146 0.000 0.812 0.000 0.004 0.116 0.068
#> SRR1432275 6 0.4329 0.8226 0.148 0.000 0.000 0.112 0.004 0.736
#> SRR1475909 6 0.3196 0.8357 0.000 0.000 0.020 0.128 0.020 0.832
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.967 0.986 0.4966 0.504 0.504
#> 3 3 1.000 0.960 0.984 0.2618 0.796 0.623
#> 4 4 1.000 0.963 0.986 0.1542 0.875 0.676
#> 5 5 0.895 0.887 0.919 0.0782 0.913 0.700
#> 6 6 0.963 0.921 0.960 0.0434 0.958 0.813
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1085850 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614814 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1077405 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1313951 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1339218 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.9608 0.383 0.616 0.384
#> SRR1457418 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1402239 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1335254 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1352706 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1388979 1 0.3733 0.912 0.928 0.072
#> SRR1396595 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1340508 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1486560 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR598124 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1498640 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1467590 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1485542 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659121 2 0.8267 0.652 0.260 0.740
#> SRR1330656 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1388305 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661325 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1439807 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1406561 2 0.9522 0.412 0.372 0.628
#> SRR1394713 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.9710 0.340 0.600 0.400
#> SRR1500405 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1467455 1 0.6973 0.766 0.812 0.188
#> SRR1444559 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR655649 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1437306 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR600608 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1334717 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1316815 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1072797 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1387178 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1339740 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657348 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR608662 1 0.7219 0.750 0.800 0.200
#> SRR1361567 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR819134 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1311400 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817775 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR819946 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1343841 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR665563 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1487321 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1312428 1 0.7219 0.750 0.800 0.200
#> SRR657587 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1337412 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1466993 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0938 0.973 0.988 0.012
#> SRR817758 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1350456 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1403958 2 0.3584 0.919 0.068 0.932
#> SRR1322270 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR600754 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661133 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1357523 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1396640 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1454803 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1468381 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1456950 2 0.7056 0.760 0.192 0.808
#> SRR1400375 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1085495 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR604026 2 0.8661 0.596 0.288 0.712
#> SRR1500868 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660969 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1357189 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1319837 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1440058 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1389979 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1315721 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR607337 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614083 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1418992 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1418127 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1402900 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR664842 2 0.1414 0.969 0.020 0.980
#> SRR662342 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR657891 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1401276 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1311575 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1077687 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR821602 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1329090 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1317344 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817978 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1324371 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1474333 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1387264 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1468141 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR608002 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1360563 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.7453 0.730 0.788 0.212
#> SRR600385 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1352975 2 0.7219 0.748 0.200 0.800
#> SRR1457221 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1315269 2 0.7219 0.748 0.200 0.800
#> SRR1435020 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1337564 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1315019 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1405485 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR812012 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1370619 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1469495 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432123 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1370405 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> SRR1099499 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR600560 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1487107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1348159 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1356036 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR614443 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1314958 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341702 1 0.9710 0.340 0.600 0.400
#> SRR1444678 2 0.9522 0.408 0.372 0.628
#> SRR1350107 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1342045 2 0.7056 0.760 0.192 0.808
#> SRR1467364 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1468955 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660626 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR812436 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR660933 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817686 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR612380 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1337909 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1489155 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1396078 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1073143 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1444622 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1430288 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1323043 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1475022 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1336379 2 0.9358 0.458 0.352 0.648
#> SRR1325665 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1477634 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1444876 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613354 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1324431 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1397073 1 0.2043 0.954 0.968 0.032
#> SRR1455060 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1341008 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1087031 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1489177 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1440517 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1320093 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR602516 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR604318 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1320280 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1082262 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1379238 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1316921 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1498272 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR814989 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR818418 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1474553 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.9661 0.362 0.608 0.392
#> SRR655218 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1416754 1 0.9710 0.340 0.600 0.400
#> SRR1488562 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1084842 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1474065 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1415095 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1488715 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR597927 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1432343 2 0.3584 0.921 0.068 0.932
#> SRR1459585 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR612443 2 0.1414 0.969 0.020 0.980
#> SRR1473936 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR659187 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1417912 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1316940 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657635 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.3733 0.912 0.928 0.072
#> SRR1469904 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1311794 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR657754 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1464451 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1444460 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1366433 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR598768 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1335400 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1418923 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR820133 1 0.9044 0.534 0.680 0.320
#> SRR1348424 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR821434 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR662546 2 0.3879 0.910 0.076 0.924
#> SRR1319816 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1435293 2 0.9710 0.332 0.400 0.600
#> SRR1408208 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1499193 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1343197 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1334564 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1317877 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1455925 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1313932 2 0.0376 0.984 0.004 0.996
#> SRR603397 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.7219 0.750 0.800 0.200
#> SRR608174 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR1320963 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR661973 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1480365 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR602927 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.0000 0.988 0.000 1.000
#> SRR1475909 1 0.0000 0.984 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467813 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 1 0.6148 0.4429 0.640 0.004 0.356
#> SRR1313951 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1339218 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417505 3 0.2682 0.8978 0.076 0.004 0.920
#> SRR1407134 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457418 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 3 0.2496 0.9070 0.068 0.004 0.928
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0237 0.9880 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335254 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348861 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1315761 3 0.2682 0.8978 0.076 0.004 0.920
#> SRR1392637 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR810957 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1458422 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1394677 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1341605 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR601122 1 0.2860 0.8818 0.912 0.004 0.084
#> SRR1397008 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1458044 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR661325 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406561 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394713 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1403875 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1084649 1 0.2066 0.9118 0.940 0.000 0.060
#> SRR1500405 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.6309 0.0218 0.504 0.000 0.496
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.2772 0.8930 0.080 0.004 0.916
#> SRR1402513 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR655649 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1437306 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1474886 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404969 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1328960 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1403831 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR657325 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.5178 0.6510 0.744 0.000 0.256
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.5835 0.4829 0.660 0.000 0.340
#> SRR657587 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 3 0.2772 0.8930 0.080 0.004 0.916
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.6291 0.1126 0.532 0.000 0.468
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR660733 3 0.6442 0.2312 0.432 0.004 0.564
#> SRR817758 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330675 3 0.2682 0.8978 0.076 0.004 0.920
#> SRR1433644 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322291 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1096966 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1500537 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322270 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR661133 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1434250 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1447986 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434138 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1456950 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400375 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1323764 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 3 0.2682 0.8978 0.076 0.004 0.920
#> SRR627429 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465132 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1359367 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1391879 3 0.2682 0.8978 0.076 0.004 0.920
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1456514 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1394755 3 0.2066 0.9169 0.060 0.000 0.940
#> SRR664842 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR662342 2 0.6095 0.3455 0.000 0.608 0.392
#> SRR665502 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1335707 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 3 0.6460 0.2113 0.440 0.004 0.556
#> SRR1077687 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1321462 1 0.4682 0.7398 0.804 0.004 0.192
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 3 0.6095 0.3472 0.392 0.000 0.608
#> SRR600385 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336006 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR613114 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1436106 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1468974 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434867 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR599225 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1322010 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1429891 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1387072 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR817905 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472193 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1456903 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR659899 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 3 0.3573 0.8421 0.120 0.004 0.876
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430288 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR603596 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1325665 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1357434 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477634 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1442356 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1386818 2 0.4605 0.7438 0.204 0.796 0.000
#> SRR655684 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1473185 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.4504 0.7402 0.196 0.000 0.804
#> SRR1455060 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1341008 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1087031 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 3 0.6421 0.2562 0.424 0.004 0.572
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079281 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR656493 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328599 1 0.5968 0.4327 0.636 0.000 0.364
#> SRR655218 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.6126 0.3319 0.600 0.000 0.400
#> SRR1488562 1 0.5621 0.5419 0.692 0.308 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499442 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR607887 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1085662 3 0.2682 0.8978 0.076 0.004 0.920
#> SRR1415095 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499982 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1479239 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR600957 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR612443 1 0.0237 0.9754 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1307770 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339530 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1366433 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1480479 3 0.2400 0.9116 0.064 0.004 0.932
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR820133 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR821434 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR662546 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR1487685 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0237 0.9797 0.000 0.004 0.996
#> SRR656564 1 0.6140 0.3207 0.596 0.000 0.404
#> SRR608174 1 0.0237 0.9767 0.996 0.004 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR613270 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362183 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0237 0.9927 0.004 0.996 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9783 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.9824 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.4564 0.506 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1457418 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348861 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615141 4 0.1557 0.912 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR601122 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.1474 0.916 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR661325 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 3 0.3726 0.725 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1403875 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.4888 0.293 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.3400 0.756 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR657731 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661005 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.4564 0.521 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1082759 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.4866 0.326 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR817758 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.4989 0.119 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1500537 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.3688 0.731 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1434250 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.3649 0.737 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1355040 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.1940 0.897 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.4981 0.119 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.2814 0.823 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1335707 3 0.0188 0.981 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.4713 0.431 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR600385 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.1557 0.912 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR613114 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0188 0.965 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1315269 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444876 3 0.0188 0.981 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101421 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 2 0.4855 0.328 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.3688 0.724 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.1118 0.931 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1087031 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489177 3 0.1557 0.928 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1350525 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.4888 0.298 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.4855 0.322 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1488562 1 0.3486 0.758 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.3400 0.756 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1499982 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0188 0.983 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.3610 0.743 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1444460 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820133 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.4543 0.529 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR821434 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.3942 0.691 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR656564 1 0.4855 0.322 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.969 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.987 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.987 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3983 0.8724 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.4321 0.3436 0.600 0.000 0.004 0.000 0.396
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 5 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1359673 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440699 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1389059 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348861 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1468403 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1417070 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 5 0.3983 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR601122 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1429957 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.3966 0.4681 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR661325 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.3039 0.6966 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.0290 0.8749 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.4264 0.3941 0.620 0.000 0.004 0.000 0.376
#> SRR1500405 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.0162 0.6422 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4060 0.8484 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR660007 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR655649 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.2813 0.7827 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR657731 5 0.2813 0.6073 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR661005 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR600608 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1334717 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.3949 0.4746 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1082759 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR818210 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1387178 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.4045 0.8535 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR663320 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.3983 0.4839 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 5 0.0290 0.8749 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.2377 0.6907 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1487321 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312428 5 0.4118 0.4341 0.336 0.000 0.004 0.000 0.660
#> SRR657587 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.1205 0.9139 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1455171 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.1478 0.6237 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR817758 5 0.3508 0.3726 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR821019 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.4182 0.7885 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.3424 0.6458 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.3143 0.4409 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1421093 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.4101 0.8321 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.2852 0.7168 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.2605 0.7407 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2471 0.8480 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1487295 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1440058 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1387989 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1383018 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441701 3 0.4060 0.8484 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310623 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1420625 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR664842 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 5 0.4182 0.2977 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR665502 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657891 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1421305 5 0.3895 0.5018 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1335707 5 0.0162 0.8792 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1401276 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR661995 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.4015 0.8641 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR664048 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1500998 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472150 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR604050 3 0.0162 0.6422 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR600385 5 0.4074 -0.0809 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1430248 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1352975 1 0.3086 0.7565 0.816 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1457221 5 0.0162 0.8785 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR807591 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR655111 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1336006 5 0.3983 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR613114 3 0.4138 0.8146 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR608368 5 0.4242 0.2650 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR1315269 1 0.3196 0.7397 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 5 0.0162 0.8788 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1408327 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 5 0.3999 0.4541 0.000 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1468974 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1338584 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1329551 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1314958 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.4321 0.3436 0.600 0.000 0.004 0.000 0.396
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR660933 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817686 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1429162 5 0.3932 0.5341 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR612380 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3966 0.8768 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1413522 5 0.0162 0.8792 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.2179 0.7212 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR615467 5 0.0609 0.8611 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR660638 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360383 5 0.0162 0.8792 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1354577 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.2773 0.7510 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1320873 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.6714 0.0801 0.404 0.344 0.252 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.3333 0.6215 0.208 0.000 0.004 0.000 0.788
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0880 0.9540 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1440517 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.0290 0.8749 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR818418 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656493 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1328599 3 0.0162 0.6422 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.3932 0.6668 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1416754 5 0.4341 0.2721 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR1488562 3 0.3999 0.0963 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.2813 0.7827 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR612443 3 0.0162 0.6422 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1473936 5 0.1965 0.7493 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1455698 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.4101 0.8321 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.2377 0.7604 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1444460 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.2966 0.7525 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1382956 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 5 0.3983 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR821434 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1435293 1 0.4321 0.3436 0.600 0.000 0.004 0.000 0.396
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467294 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 5 0.2929 0.7026 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1335688 5 0.0290 0.8741 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1370129 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1321966 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1498861 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.4101 0.8321 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR602622 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.2377 0.7026 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.3949 0.8809 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1099023 5 0.0000 0.8823 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.4138 0.8146 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1334741 5 0.3983 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR656564 1 0.4403 0.2309 0.560 0.000 0.004 0.000 0.436
#> SRR608174 4 0.0000 0.9910 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9483 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0162 0.9467 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0162 0.6456 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0632 0.9404 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1330061 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.4747 0.3512 0.568 0.000 0.000 0.000 0.376 0.056
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.3804 0.1428 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1436966 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1083100 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1348861 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR615141 5 0.0458 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1358561 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1498640 1 0.3078 0.7956 0.796 0.000 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1429957 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.1462 0.9276 0.936 0.000 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR659121 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.0458 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 5 0.0405 0.8834 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.3446 0.6305 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.4011 0.6890 0.732 0.000 0.000 0.000 0.212 0.056
#> SRR1500405 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1444559 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0632 0.9404 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.1152 0.9308 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR657731 3 0.1204 0.9085 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR661005 3 0.0260 0.9525 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.0363 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1082759 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR612455 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.2697 0.7605 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR657348 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR608598 3 0.0632 0.9404 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4780 0.5350 0.644 0.000 0.288 0.000 0.012 0.056
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR661433 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1319539 5 0.2996 0.7317 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.3857 0.1197 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1487321 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1312428 5 0.3896 0.6160 0.196 0.000 0.000 0.000 0.748 0.056
#> SRR657587 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0790 0.8793 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.3637 0.7583 0.780 0.000 0.000 0.000 0.164 0.056
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.3764 0.7877 0.044 0.000 0.160 0.000 0.012 0.784
#> SRR817758 3 0.1387 0.9011 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3126 0.6228 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR820209 3 0.3446 0.5332 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.0363 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.1204 0.9317 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1334847 6 0.1408 0.9295 0.000 0.000 0.036 0.000 0.020 0.944
#> SRR1421093 5 0.2793 0.7611 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0713 0.9371 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.0405 0.8834 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0405 0.8834 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1500868 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 6 0.3244 0.6690 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.1349 0.9297 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR607337 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.1765 0.8568 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.2823 0.6994 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1441701 3 0.0713 0.9371 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR614083 6 0.1267 0.9339 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.1204 0.9317 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR664842 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.3756 0.3767 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR665502 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR657891 1 0.1285 0.9320 0.944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1421305 5 0.0458 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1335707 5 0.0632 0.8654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1401276 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR627421 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.1910 0.8628 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR821602 5 0.3371 0.6528 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500998 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1320916 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1472150 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0146 0.9549 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR604050 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR600385 3 0.2618 0.8335 0.000 0.000 0.860 0.000 0.116 0.024
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.3835 0.7241 0.756 0.000 0.000 0.000 0.188 0.056
#> SRR1457221 5 0.2697 0.7341 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 5 0.0458 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR613114 3 0.0713 0.9371 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR608368 5 0.3747 0.3859 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1315269 1 0.3835 0.7241 0.756 0.000 0.000 0.000 0.188 0.056
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1370173 3 0.3823 0.0974 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1408327 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1405485 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR812012 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1378841 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1375616 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 5 0.0547 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1468974 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1470111 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.3175 0.6991 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR614443 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1341702 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1444678 1 0.4327 0.6072 0.680 0.000 0.000 0.000 0.264 0.056
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.1204 0.9317 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.3023 0.6625 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR612380 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR661723 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0547 0.8853 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0632 0.9404 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0632 0.8834 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.1204 0.8397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.2178 0.8348 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.2730 0.7295 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR615467 3 0.1204 0.9085 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR660638 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1360383 5 0.0146 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1354577 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR608230 3 0.0260 0.9495 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1320873 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.2390 0.9051 0.056 0.056 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.3333 0.6525 0.192 0.000 0.000 0.000 0.784 0.024
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0146 0.9895 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.3531 0.5991 0.000 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR818418 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR655218 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1416754 5 0.4491 0.2907 0.388 0.000 0.000 0.000 0.576 0.036
#> SRR1488562 6 0.1204 0.9410 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.1152 0.9308 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.1500 0.9280 0.936 0.000 0.000 0.000 0.012 0.052
#> SRR597927 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0713 0.9340 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1473936 5 0.2730 0.7295 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1455698 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1331335 1 0.0865 0.9420 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR659187 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.2135 0.8180 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0713 0.9371 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.0405 0.8834 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1444460 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1333587 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.2793 0.7167 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.0547 0.9753 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1339549 5 0.0458 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.3515 0.6063 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.4261 0.6267 0.692 0.000 0.000 0.000 0.252 0.056
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1499193 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1467294 5 0.2135 0.8181 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1359649 5 0.0405 0.8831 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1335688 5 0.3747 0.4443 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0713 0.9371 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.3771 0.6841 0.000 0.000 0.180 0.000 0.764 0.056
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0363 0.8884 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0713 0.9371 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1334741 5 0.0458 0.8787 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR656564 1 0.4847 0.1366 0.500 0.000 0.000 0.000 0.444 0.056
#> SRR608174 4 0.0000 0.9944 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.1204 0.9317 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR661973 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.1349 0.9297 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR602927 1 0.0000 0.9593 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1563 0.9255 0.932 0.000 0.000 0.000 0.012 0.056
#> SRR1475909 6 0.1204 0.9367 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.997 0.2782 0.725 0.725
#> 3 3 1.000 0.991 0.997 1.2258 0.656 0.526
#> 4 4 0.957 0.946 0.977 0.1946 0.825 0.572
#> 5 5 0.835 0.783 0.892 0.0726 0.898 0.640
#> 6 6 0.875 0.831 0.915 0.0463 0.931 0.688
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1341898 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1085850 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1379450 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1467813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1077405 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1313951 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1339218 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1417505 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1407134 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1457418 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1498482 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1402239 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR1335254 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1352706 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1388979 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1396595 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1340508 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1360868 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1486560 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1315761 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1392637 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR810957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR598124 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1397008 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1429957 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1467590 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR659121 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1330656 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1406917 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR655375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1439807 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1394713 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1500405 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1467455 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1444559 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1402513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1437306 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR657731 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR600608 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR655923 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1401552 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1316815 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1072797 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR612455 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1488751 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR660498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR657325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR657348 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR662091 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR608662 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1361567 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR819134 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1311400 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR817775 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR819946 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR665563 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1312428 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR657587 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1337412 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1466993 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1358102 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1455171 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR817758 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1433644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1350456 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1472079 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1322270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1334847 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR661133 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1357523 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1415732 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1454803 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1468381 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1447986 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1456950 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1400375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1409351 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1085495 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR604026 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1500868 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1476279 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR627429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1335377 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1357189 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1319837 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1491311 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1389979 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1315721 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR607337 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR664819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR614083 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1359367 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1418992 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1343115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1418127 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1402900 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1485290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR662342 1 0.9732 0.319 0.596 0.404
#> SRR665502 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1421305 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1401276 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR627421 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1311575 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1475675 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1471922 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1077687 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR821602 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR810571 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1317344 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR817978 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1324371 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1474333 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1321462 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1387264 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1468141 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR608002 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1360563 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1414684 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1430248 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1457221 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1407560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1435020 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1337564 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1315019 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR812012 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1370619 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1469495 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1432123 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1370405 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1099499 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR659331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR600560 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1434867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1348159 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1356036 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR614443 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1341702 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1444678 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1350107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1467364 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR660626 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR812436 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1312103 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1429891 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1488651 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR817686 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR817905 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1337909 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR661723 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1489155 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1481462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1396078 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1362777 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1073143 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1444622 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1323043 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1475022 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1336379 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1325665 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1477634 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1444876 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR613354 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1434782 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1442356 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR655684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1397073 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1455060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1087031 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1489177 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1320093 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR602516 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR604318 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1320280 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1082262 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1379238 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1385080 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1316921 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1097752 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1498272 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR814989 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1320892 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1474553 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1430884 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1416754 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1488562 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1084842 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR819999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1499823 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1474065 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1415095 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1499982 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR597927 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1479239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1333694 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR663261 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1459585 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1473936 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR659187 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1417912 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1316940 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR657635 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR615934 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1469904 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1311794 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR657754 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1464451 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1443895 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1333587 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1480479 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1470175 1 0.9635 0.373 0.612 0.388
#> SRR598768 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1335400 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1418923 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR820133 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1348424 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR662546 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1319816 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1408208 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1332317 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1467294 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1343197 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1334564 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR660661 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1317877 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1329885 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR615731 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1455925 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1390516 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR603397 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR608174 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1320963 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR661973 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR598533 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR602927 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1315799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1475909 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1348861 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR615141 3 0.0237 0.989 0.004 0.0 0.996
#> SRR601122 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1394713 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1467455 1 0.6095 0.353 0.608 0.0 0.392
#> SRR1444559 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1474886 3 0.0237 0.989 0.004 0.0 0.996
#> SRR1082759 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR662091 3 0.0237 0.989 0.004 0.0 0.996
#> SRR608598 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR817758 3 0.5926 0.448 0.356 0.0 0.644
#> SRR821019 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1375635 1 0.1964 0.932 0.944 0.0 0.056
#> SRR661133 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1434138 1 0.4291 0.767 0.820 0.0 0.180
#> SRR1456950 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1394755 3 0.0892 0.970 0.020 0.0 0.980
#> SRR664842 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR662342 3 0.4555 0.749 0.000 0.2 0.800
#> SRR665502 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1471922 1 0.2537 0.902 0.920 0.0 0.080
#> SRR1077687 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR604050 3 0.2796 0.876 0.092 0.0 0.908
#> SRR600385 1 0.1411 0.956 0.964 0.0 0.036
#> SRR1430248 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR608368 3 0.1289 0.955 0.032 0.0 0.968
#> SRR1315269 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1488651 3 0.0237 0.989 0.004 0.0 0.996
#> SRR1359388 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1079281 3 0.0237 0.989 0.004 0.0 0.996
#> SRR656493 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1328599 3 0.0424 0.985 0.008 0.0 0.992
#> SRR655218 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1333587 3 0.4702 0.700 0.212 0.0 0.788
#> SRR1307770 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1339530 3 0.0237 0.989 0.004 0.0 0.996
#> SRR1366433 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR602622 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.000 0.000 1.0 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.996 1.000 0.0 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.994 0.000 0.0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1407134 4 0.3074 0.8145 0.152 0.0 0.000 0.848
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.4164 0.6567 0.000 0.0 0.264 0.736
#> SRR1348861 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.4040 0.6772 0.752 0.0 0.000 0.248
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.3569 0.7564 0.000 0.0 0.804 0.196
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.4585 0.5173 0.668 0.0 0.000 0.332
#> SRR1500405 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.3726 0.7370 0.000 0.0 0.212 0.788
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.3764 0.7269 0.216 0.0 0.000 0.784
#> SRR657731 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR661005 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.1557 0.9189 0.944 0.0 0.000 0.056
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.4040 0.6772 0.752 0.0 0.000 0.248
#> SRR657348 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662091 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.3873 0.7112 0.228 0.0 0.000 0.772
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1319539 3 0.4331 0.6004 0.000 0.0 0.712 0.288
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.4817 0.3661 0.000 0.0 0.388 0.612
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1312428 4 0.3528 0.7622 0.192 0.0 0.000 0.808
#> SRR657587 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.3024 0.8193 0.148 0.0 0.000 0.852
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.2868 0.8329 0.136 0.0 0.000 0.864
#> SRR817758 4 0.0188 0.9495 0.004 0.0 0.000 0.996
#> SRR821019 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.4866 0.3600 0.000 0.0 0.404 0.596
#> SRR604074 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820209 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4564 0.5060 0.328 0.0 0.000 0.672
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1557 0.9189 0.944 0.0 0.000 0.056
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.4661 0.4810 0.652 0.0 0.000 0.348
#> SRR1500868 1 0.1302 0.9301 0.956 0.0 0.000 0.044
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.4992 0.0295 0.000 0.0 0.524 0.476
#> SRR664842 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662342 3 0.3610 0.7466 0.000 0.2 0.800 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1335707 4 0.2814 0.8373 0.132 0.0 0.000 0.868
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0188 0.9634 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.1118 0.9371 0.964 0.0 0.000 0.036
#> SRR821602 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.4040 0.6772 0.752 0.0 0.000 0.248
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.4543 0.5345 0.676 0.0 0.000 0.324
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR600385 4 0.2973 0.8239 0.144 0.0 0.000 0.856
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.4008 0.6836 0.756 0.0 0.000 0.244
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.4008 0.6836 0.756 0.0 0.000 0.244
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0817 0.9474 0.976 0.0 0.000 0.024
#> SRR812012 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.4916 0.2773 0.576 0.0 0.000 0.424
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0592 0.9539 0.984 0.0 0.000 0.016
#> SRR1341702 4 0.4522 0.5338 0.320 0.0 0.000 0.680
#> SRR1444678 1 0.4008 0.6836 0.756 0.0 0.000 0.244
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.2345 0.8747 0.900 0.0 0.000 0.100
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.2814 0.8312 0.000 0.0 0.132 0.868
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0188 0.9634 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR661723 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.3024 0.8193 0.148 0.0 0.000 0.852
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.4072 0.6712 0.748 0.0 0.000 0.252
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.2345 0.8832 0.000 0.0 0.900 0.100
#> SRR615467 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1360383 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1444876 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0895 0.9458 0.976 0.0 0.020 0.004
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.4222 0.6157 0.000 0.0 0.272 0.728
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.3172 0.8047 0.160 0.0 0.000 0.840
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0188 0.9495 0.004 0.0 0.000 0.996
#> SRR1087031 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0188 0.9634 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.4040 0.6772 0.752 0.0 0.000 0.248
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.0188 0.9835 0.004 0.0 0.996 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.4877 0.3258 0.592 0.0 0.000 0.408
#> SRR1488562 1 0.1474 0.9147 0.948 0.0 0.052 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.3024 0.8144 0.000 0.0 0.148 0.852
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.2469 0.8610 0.108 0.0 0.000 0.892
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR612443 3 0.6121 0.6010 0.156 0.0 0.680 0.164
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0188 0.9634 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR1333587 4 0.4925 0.2933 0.000 0.0 0.428 0.572
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR820133 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.4907 0.2904 0.580 0.0 0.000 0.420
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.1557 0.9189 0.944 0.0 0.000 0.056
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.2469 0.8660 0.000 0.0 0.892 0.108
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1487685 4 0.3024 0.8193 0.148 0.0 0.000 0.852
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9875 0.000 0.0 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR656564 4 0.3528 0.7621 0.192 0.0 0.000 0.808
#> SRR608174 4 0.0000 0.9526 0.000 0.0 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9663 1.000 0.0 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0188 0.9634 0.996 0.0 0.000 0.004
#> SRR1475909 3 0.0188 0.9835 0.000 0.0 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3003 0.83949 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1333930 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.2179 0.81657 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1379450 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.4227 0.33160 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1077405 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.3143 0.73717 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 5 0.3452 0.61517 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1439873 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 5 0.4045 0.04009 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1440699 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1389059 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083100 5 0.0000 0.65275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348861 4 0.3143 0.73717 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1072367 5 0.4307 -0.35732 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1468403 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1417070 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.2605 0.80435 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1470212 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1433971 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0880 0.82030 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR615141 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 3 0.6510 -0.08826 0.000 0.000 0.428 0.192 0.380
#> SRR1358561 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498640 5 0.3724 0.65055 0.020 0.000 0.000 0.204 0.776
#> SRR1429957 3 0.0794 0.81978 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.4201 0.36004 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR659121 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 3 0.0880 0.82040 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1388305 5 0.3913 0.48638 0.324 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1311086 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0162 0.91590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.6468 -0.01176 0.000 0.000 0.452 0.188 0.360
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 5 0.4269 0.66290 0.056 0.000 0.000 0.188 0.756
#> SRR1500405 4 0.3143 0.73717 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 5 0.0000 0.65275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.3143 0.83576 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR660007 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR655649 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.3967 0.55801 0.012 0.000 0.000 0.724 0.264
#> SRR657731 3 0.3003 0.83949 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR661005 5 0.4074 0.27821 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR600608 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.3210 0.83405 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1334717 5 0.3550 0.58801 0.236 0.000 0.000 0.004 0.760
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.1732 0.85054 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1072797 1 0.0703 0.89957 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR612455 3 0.3895 0.72217 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR818210 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.4304 0.40098 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1387178 5 0.4325 0.63519 0.180 0.000 0.000 0.064 0.756
#> SRR660498 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.0162 0.65534 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR657348 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 5 0.6407 0.35403 0.000 0.000 0.204 0.296 0.500
#> SRR608598 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 5 0.3771 0.67472 0.040 0.000 0.000 0.164 0.796
#> SRR1361567 1 0.3796 0.56190 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR819134 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0794 0.93007 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319539 3 0.6581 -0.05917 0.000 0.000 0.432 0.212 0.356
#> SRR1343841 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.6301 0.12671 0.000 0.000 0.300 0.516 0.184
#> SRR1487321 5 0.3480 0.57552 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1312428 5 0.3819 0.63014 0.016 0.000 0.000 0.228 0.756
#> SRR657587 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.6451 -0.00792 0.000 0.000 0.452 0.184 0.364
#> SRR1474466 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 5 0.3579 0.61919 0.004 0.000 0.000 0.240 0.756
#> SRR1455171 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR627299 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 5 0.0404 0.65479 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR817758 5 0.4256 0.27760 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR821019 3 0.3177 0.83601 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1330675 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.2616 0.82929 0.000 0.000 0.100 0.880 0.020
#> SRR604074 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820209 4 0.2648 0.76164 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.6224 0.24709 0.220 0.000 0.000 0.548 0.232
#> SRR1350456 1 0.0162 0.91587 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472079 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1403958 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1334847 5 0.4210 -0.14130 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1421093 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 5 0.3579 0.58429 0.240 0.000 0.000 0.004 0.756
#> SRR1357523 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 5 0.4325 0.63519 0.180 0.000 0.000 0.064 0.756
#> SRR1454803 1 0.0162 0.91579 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468381 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1434138 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 5 0.4298 0.66536 0.060 0.000 0.000 0.184 0.756
#> SRR1500868 5 0.4400 0.62399 0.196 0.000 0.000 0.060 0.744
#> SRR1476279 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 5 0.3983 0.32300 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.3109 0.83864 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1440986 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 5 0.2280 0.65228 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1491311 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1487295 3 0.0794 0.82315 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1440058 1 0.4219 0.34244 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1389979 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 5 0.3177 0.60830 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR607337 1 0.4219 0.34244 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 5 0.4297 -0.29747 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.3177 0.83601 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1387989 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1383018 5 0.4297 -0.29747 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1441701 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 5 0.3596 0.61410 0.200 0.000 0.000 0.016 0.784
#> SRR614083 5 0.4283 -0.26580 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1310623 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1420625 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1399028 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.4219 0.34244 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1402900 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 5 0.0000 0.65275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR664842 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 3 0.3305 0.60630 0.000 0.224 0.776 0.000 0.000
#> SRR665502 5 0.4242 -0.18725 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR657891 5 0.3819 0.59498 0.228 0.000 0.000 0.016 0.756
#> SRR1421305 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1335707 5 0.3819 0.62166 0.000 0.000 0.016 0.228 0.756
#> SRR1401276 5 0.3752 0.52592 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR627421 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1311575 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1475675 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR661995 5 0.4256 0.25482 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1471922 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077687 5 0.4036 0.65221 0.144 0.000 0.000 0.068 0.788
#> SRR821602 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.4015 0.41755 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR810571 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR664048 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1500998 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1320916 5 0.4256 -0.21023 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1472150 3 0.0290 0.83358 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329090 5 0.3883 0.66484 0.036 0.000 0.000 0.184 0.780
#> SRR1317344 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.4129 0.65415 0.040 0.000 0.000 0.204 0.756
#> SRR1321462 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.3837 0.55073 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1468141 3 0.3109 0.83854 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1486097 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1544 0.84120 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR604050 5 0.3999 0.07603 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR600385 5 0.0609 0.65569 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1430248 3 0.4210 0.56452 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1352975 5 0.4298 0.66536 0.060 0.000 0.000 0.184 0.756
#> SRR1457221 3 0.4196 0.46973 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR807591 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660895 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR655111 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1336006 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1315269 5 0.4298 0.66536 0.060 0.000 0.000 0.184 0.756
#> SRR1435020 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405485 5 0.4204 0.62474 0.196 0.000 0.000 0.048 0.756
#> SRR812012 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.3508 0.60144 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0703 0.82506 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1375616 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.1608 0.85638 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR659331 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0162 0.94506 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0404 0.83724 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1338584 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1329551 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR662871 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0609 0.82737 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1487107 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 5 0.3492 0.62169 0.188 0.000 0.000 0.016 0.796
#> SRR614443 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1314958 5 0.4276 0.56451 0.256 0.000 0.000 0.028 0.716
#> SRR1341702 5 0.4087 0.64931 0.036 0.000 0.000 0.208 0.756
#> SRR1444678 5 0.4298 0.66536 0.060 0.000 0.000 0.184 0.756
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 5 0.4325 0.63519 0.180 0.000 0.000 0.064 0.756
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 5 0.4074 0.01450 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1468955 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.3336 0.82461 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR660933 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.6538 0.03234 0.000 0.000 0.204 0.444 0.352
#> SRR1359388 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817686 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1429162 5 0.5125 0.58105 0.000 0.000 0.156 0.148 0.696
#> SRR612380 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 5 0.4171 0.27848 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR661723 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1314163 5 0.4210 0.23059 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1489155 3 0.2074 0.76362 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 5 0.4283 -0.25436 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0290 0.83730 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR820468 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.6372 0.10834 0.000 0.000 0.492 0.184 0.324
#> SRR1443612 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1470902 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1413522 5 0.3819 0.62166 0.000 0.000 0.016 0.228 0.756
#> SRR1073143 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.6206 0.18198 0.000 0.000 0.532 0.172 0.296
#> SRR662570 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.3266 0.64844 0.004 0.000 0.000 0.200 0.796
#> SRR1323043 1 0.1732 0.85054 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1475022 4 0.1121 0.91599 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR603596 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4302 -0.04341 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660638 5 0.4060 0.02752 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1360383 5 0.4269 0.53167 0.000 0.000 0.016 0.300 0.684
#> SRR1354577 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608230 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1320873 1 0.4262 0.19317 0.560 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR1336379 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 5 0.0000 0.65275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.5715 0.27454 0.000 0.000 0.100 0.336 0.564
#> SRR1324431 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.4256 0.11247 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR655684 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0162 0.91590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397073 5 0.3849 0.61793 0.000 0.000 0.016 0.232 0.752
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.1608 0.87080 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1087031 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1350525 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1440517 5 0.2873 0.65269 0.128 0.000 0.000 0.016 0.856
#> SRR1320093 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 5 0.3492 0.62290 0.188 0.000 0.000 0.016 0.796
#> SRR1320280 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 5 0.3508 0.57035 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1385080 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 5 0.3430 0.59864 0.220 0.000 0.000 0.004 0.776
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2966 0.84010 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR818418 5 0.4129 0.65415 0.040 0.000 0.000 0.204 0.756
#> SRR1474553 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1079281 4 0.0162 0.94506 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR656493 5 0.4307 -0.35732 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1328599 5 0.3242 0.38203 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR655218 5 0.4557 0.31466 0.404 0.000 0.000 0.012 0.584
#> SRR1416754 5 0.4477 0.65851 0.040 0.000 0.016 0.188 0.756
#> SRR1488562 5 0.0510 0.65285 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1084842 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 5 0.4268 -0.22048 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1468514 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.6564 0.15984 0.000 0.000 0.204 0.376 0.420
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.3586 0.57742 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR597927 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1476676 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.3177 0.69447 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1432343 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR612443 5 0.0162 0.65293 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1473936 3 0.3177 0.83250 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1455698 3 0.2852 0.66977 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1331335 1 0.4138 0.41088 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR659187 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0162 0.91590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316940 3 0.6445 0.00529 0.000 0.000 0.456 0.184 0.360
#> SRR1500753 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.3561 0.62193 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR615934 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.4030 0.40194 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR657754 1 0.1608 0.85638 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1464451 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1444460 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1333587 5 0.0000 0.65275 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.4219 0.34244 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1335400 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 4 0.2230 0.82105 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1348424 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1382956 3 0.0290 0.83281 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339549 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078347 5 0.4297 -0.29747 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1435293 5 0.4201 0.65410 0.044 0.000 0.000 0.204 0.752
#> SRR1408208 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0703 0.82506 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499193 5 0.4325 0.63519 0.180 0.000 0.000 0.064 0.756
#> SRR1467294 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359649 5 0.6480 0.14012 0.000 0.000 0.404 0.184 0.412
#> SRR1335688 3 0.2966 0.83999 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1370129 3 0.3305 0.82749 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1321966 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1488672 1 0.0162 0.91590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343197 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.3983 0.49465 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1334564 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1498861 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1317877 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.2891 0.84071 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1459718 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR602622 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 5 0.3579 0.61703 0.000 0.000 0.004 0.240 0.756
#> SRR1455925 1 0.0000 0.91852 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1313932 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.3143 0.83788 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1099023 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.83706 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0510 0.93853 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR656564 5 0.3366 0.63840 0.000 0.000 0.004 0.212 0.784
#> SRR608174 4 0.0000 0.94707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.4219 0.34244 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR661973 1 0.1608 0.85638 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR598533 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.3999 0.48730 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR602927 1 0.0162 0.91590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 5 0.3452 0.58040 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1475909 5 0.4210 -0.14076 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.1141 0.8887 0.000 0.0 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0937 0.9205 0.960 0.0 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 6 0.3717 0.3079 0.384 0.0 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1077405 5 0.2491 0.7626 0.000 0.0 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1330061 5 0.1387 0.8290 0.000 0.0 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 6 0.1863 0.7567 0.000 0.0 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 5 0.2597 0.7502 0.000 0.0 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1359673 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0146 0.8724 0.000 0.0 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.4012 0.6629 0.000 0.0 0.240 0.012 0.024 0.724
#> SRR1440699 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1389059 5 0.2219 0.7706 0.000 0.0 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1083100 6 0.3076 0.6864 0.000 0.0 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1348861 5 0.3244 0.5830 0.000 0.0 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1072367 3 0.1575 0.8578 0.000 0.0 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1468403 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1417070 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.1765 0.8091 0.000 0.0 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1470212 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615141 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 6 0.6046 0.0720 0.000 0.0 0.040 0.404 0.100 0.456
#> SRR1358561 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 6 0.0000 0.8039 0.000 0.0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429957 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 6 0.3727 0.2948 0.388 0.0 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR659121 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0547 0.8632 0.000 0.0 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1388305 6 0.3023 0.6831 0.232 0.0 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.1556 0.8841 0.920 0.0 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.3126 0.7088 0.000 0.0 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.5674 -0.0826 0.000 0.0 0.120 0.448 0.008 0.424
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 6 0.0405 0.8056 0.008 0.0 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1500405 5 0.1501 0.8240 0.000 0.0 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.3076 0.6864 0.000 0.0 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1444559 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.1007 0.8758 0.000 0.0 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR660007 3 0.2491 0.7647 0.000 0.0 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.2703 0.7614 0.004 0.0 0.000 0.824 0.000 0.172
#> SRR657731 3 0.1765 0.8759 0.000 0.0 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR661005 6 0.3950 0.6736 0.000 0.0 0.240 0.040 0.000 0.720
#> SRR600608 1 0.0146 0.9479 0.996 0.0 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655923 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1334717 6 0.2838 0.7663 0.116 0.0 0.028 0.004 0.000 0.852
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.3126 0.7088 0.000 0.0 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1082759 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.2597 0.7813 0.824 0.0 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1072797 1 0.0363 0.9407 0.988 0.0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR612455 3 0.2164 0.8262 0.000 0.0 0.900 0.000 0.032 0.068
#> SRR818210 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.4685 0.5105 0.000 0.0 0.664 0.000 0.096 0.240
#> SRR1387178 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 6 0.2340 0.7559 0.000 0.0 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR657348 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.3756 0.3104 0.000 0.0 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR608598 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.0000 0.8039 0.000 0.0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361567 1 0.2527 0.7852 0.832 0.0 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR819134 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.2597 0.7256 0.000 0.0 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR661433 5 0.2527 0.7591 0.000 0.0 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319539 4 0.5701 -0.0800 0.000 0.0 0.124 0.448 0.008 0.420
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.5699 0.2064 0.000 0.0 0.484 0.344 0.172 0.000
#> SRR1487321 6 0.0458 0.8051 0.016 0.0 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1312428 6 0.0363 0.8040 0.000 0.0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR657587 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 6 0.6023 0.2436 0.000 0.0 0.184 0.368 0.008 0.440
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.1556 0.8841 0.920 0.0 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1358102 6 0.0363 0.8040 0.000 0.0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1455171 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.2743 0.7464 0.000 0.0 0.164 0.008 0.000 0.828
#> SRR817758 6 0.3014 0.7447 0.000 0.0 0.036 0.132 0.000 0.832
#> SRR821019 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.5021 0.6562 0.000 0.0 0.124 0.684 0.172 0.020
#> SRR604074 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.3464 0.5427 0.000 0.0 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR820209 6 0.5484 0.1183 0.000 0.0 0.000 0.392 0.128 0.480
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4464 0.6253 0.140 0.0 0.000 0.712 0.000 0.148
#> SRR1350456 1 0.0632 0.9328 0.976 0.0 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1472079 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1334847 6 0.2003 0.7760 0.000 0.0 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1421093 5 0.1863 0.8013 0.000 0.0 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1085782 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1375635 4 0.1267 0.8916 0.000 0.0 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR661133 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.4059 0.7454 0.000 0.0 0.000 0.752 0.148 0.100
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1454803 1 0.0363 0.9426 0.988 0.0 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.3514 0.7216 0.000 0.0 0.000 0.752 0.228 0.020
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1500868 6 0.0713 0.8021 0.028 0.0 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1476279 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 6 0.4437 0.7004 0.088 0.0 0.180 0.008 0.000 0.724
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1007 0.8851 0.000 0.0 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 6 0.3020 0.7725 0.080 0.0 0.076 0.000 0.000 0.844
#> SRR1491311 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1487295 5 0.1010 0.8512 0.000 0.0 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1440058 6 0.3717 0.3053 0.384 0.0 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.2331 0.7828 0.080 0.0 0.032 0.000 0.000 0.888
#> SRR607337 6 0.3747 0.2733 0.396 0.0 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 6 0.4249 0.5347 0.000 0.0 0.328 0.000 0.032 0.640
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.1267 0.8883 0.000 0.0 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1387989 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1383018 6 0.4234 0.5418 0.000 0.0 0.324 0.000 0.032 0.644
#> SRR1441701 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.0000 0.8039 0.000 0.0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614083 3 0.3572 0.6478 0.000 0.0 0.764 0.000 0.032 0.204
#> SRR1310623 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1420625 5 0.3659 0.4548 0.000 0.0 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 6 0.3717 0.3053 0.384 0.0 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.3076 0.6864 0.000 0.0 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR664842 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.2793 0.7030 0.000 0.2 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR665502 6 0.4181 0.5386 0.000 0.0 0.328 0.000 0.028 0.644
#> SRR657891 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1421305 4 0.2402 0.8321 0.000 0.0 0.000 0.856 0.140 0.004
#> SRR1335707 6 0.1327 0.7831 0.000 0.0 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1401276 6 0.2830 0.7533 0.144 0.0 0.020 0.000 0.000 0.836
#> SRR627421 6 0.0790 0.8022 0.032 0.0 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1311575 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1475675 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR661995 6 0.3606 0.6461 0.256 0.0 0.016 0.000 0.000 0.728
#> SRR1471922 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 6 0.0000 0.8039 0.000 0.0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821602 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.2416 0.7662 0.000 0.0 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1437555 6 0.3684 0.3914 0.372 0.0 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR810571 3 0.4024 0.7439 0.000 0.0 0.744 0.000 0.184 0.072
#> SRR664048 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1500998 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1320916 6 0.4479 0.6465 0.000 0.0 0.240 0.028 0.032 0.700
#> SRR1472150 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 6 0.0000 0.8039 0.000 0.0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 6 0.0260 0.8054 0.008 0.0 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.3706 0.3418 0.620 0.0 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1468141 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.2793 0.7294 0.000 0.0 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR604050 6 0.3494 0.6694 0.000 0.0 0.252 0.012 0.000 0.736
#> SRR600385 6 0.0363 0.8040 0.000 0.0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1430248 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1352975 6 0.0622 0.8054 0.012 0.0 0.000 0.008 0.000 0.980
#> SRR1457221 3 0.4729 0.6189 0.000 0.0 0.676 0.128 0.196 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR655111 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1336006 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR613114 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR608368 4 0.1204 0.8942 0.000 0.0 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1315269 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 5 0.3672 0.4456 0.000 0.0 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1408327 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR812012 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.2300 0.7811 0.144 0.0 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0260 0.8705 0.000 0.0 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.3371 0.5315 0.708 0.0 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.2178 0.8402 0.000 0.0 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1468974 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1338584 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1329551 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.2190 0.8182 0.000 0.0 0.040 0.000 0.900 0.060
#> SRR1487107 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 6 0.1155 0.8006 0.004 0.0 0.036 0.004 0.000 0.956
#> SRR614443 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1314958 6 0.1204 0.7914 0.056 0.0 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1341702 6 0.0405 0.8050 0.004 0.0 0.000 0.008 0.000 0.988
#> SRR1444678 6 0.1500 0.7885 0.012 0.0 0.000 0.052 0.000 0.936
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.4222 0.6214 0.000 0.0 0.268 0.008 0.032 0.692
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.2219 0.7981 0.000 0.0 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.1387 0.8344 0.000 0.0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1359388 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1429162 6 0.1779 0.7943 0.000 0.0 0.064 0.016 0.000 0.920
#> SRR612380 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 6 0.2883 0.6464 0.212 0.0 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR661723 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1314163 6 0.3151 0.5973 0.252 0.0 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1489155 5 0.0865 0.8524 0.000 0.0 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 6 0.4057 0.4530 0.000 0.0 0.388 0.000 0.012 0.600
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.6639 0.1283 0.000 0.0 0.036 0.232 0.408 0.324
#> SRR1443612 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1413522 6 0.0363 0.8040 0.000 0.0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.2905 0.7770 0.000 0.0 0.000 0.064 0.852 0.084
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 6 0.1700 0.7808 0.000 0.0 0.004 0.080 0.000 0.916
#> SRR1323043 1 0.2416 0.8040 0.844 0.0 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1475022 5 0.3854 0.0100 0.000 0.0 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4012 0.7438 0.000 0.0 0.000 0.752 0.164 0.084
#> SRR615467 5 0.2300 0.7623 0.000 0.0 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR660638 6 0.4219 0.5486 0.000 0.0 0.320 0.000 0.032 0.648
#> SRR1360383 6 0.3428 0.4853 0.000 0.0 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1354577 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1320873 6 0.3854 0.1919 0.464 0.0 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1336379 4 0.0547 0.9126 0.000 0.0 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.4079 0.7462 0.000 0.0 0.000 0.752 0.136 0.112
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.0865 0.7998 0.000 0.0 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.6204 0.2870 0.000 0.0 0.240 0.332 0.008 0.420
#> SRR1324431 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.4565 0.3113 0.432 0.0 0.036 0.000 0.000 0.532
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1556 0.8841 0.920 0.0 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1397073 6 0.2664 0.6851 0.000 0.0 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0790 0.9045 0.000 0.0 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1087031 4 0.0547 0.9108 0.000 0.0 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1489177 4 0.3834 0.7650 0.000 0.0 0.000 0.772 0.144 0.084
#> SRR1350525 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1440517 6 0.3008 0.7799 0.068 0.0 0.036 0.032 0.000 0.864
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.2542 0.7764 0.080 0.0 0.000 0.044 0.000 0.876
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 6 0.0632 0.8032 0.024 0.0 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.0000 0.8039 0.000 0.0 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2454 0.8017 0.000 0.0 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR818418 6 0.0405 0.8056 0.008 0.0 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.3176 0.7729 0.000 0.0 0.832 0.000 0.084 0.084
#> SRR1328599 6 0.3323 0.6838 0.000 0.0 0.240 0.008 0.000 0.752
#> SRR655218 6 0.4045 0.6258 0.268 0.0 0.036 0.000 0.000 0.696
#> SRR1416754 6 0.1462 0.7869 0.008 0.0 0.000 0.056 0.000 0.936
#> SRR1488562 6 0.3323 0.6844 0.008 0.0 0.240 0.000 0.000 0.752
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3634 0.3102 0.000 0.0 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.2527 0.7591 0.000 0.0 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.1387 0.8344 0.000 0.0 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.2527 0.7700 0.000 0.0 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR597927 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.2003 0.8157 0.000 0.0 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.5013 0.5726 0.000 0.0 0.224 0.636 0.140 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.3659 0.4548 0.000 0.0 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR612443 6 0.3323 0.6838 0.000 0.0 0.240 0.008 0.000 0.752
#> SRR1473936 5 0.6019 -0.0140 0.000 0.0 0.380 0.020 0.460 0.140
#> SRR1455698 5 0.0146 0.8720 0.000 0.0 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1331335 1 0.3864 0.1393 0.520 0.0 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR659187 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.1556 0.8841 0.920 0.0 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1316940 6 0.6236 0.2162 0.000 0.0 0.044 0.356 0.124 0.476
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.1863 0.8557 0.896 0.0 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR615934 3 0.3266 0.6652 0.000 0.0 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.3833 0.2049 0.556 0.0 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR657754 1 0.3371 0.5315 0.708 0.0 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.3151 0.7036 0.000 0.0 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1444460 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1333587 6 0.3076 0.6864 0.000 0.0 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 6 0.3717 0.3053 0.384 0.0 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 4 0.3727 0.2773 0.000 0.0 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1348424 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1382956 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.3695 0.4265 0.000 0.0 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1078347 3 0.4292 0.3339 0.000 0.0 0.628 0.000 0.032 0.340
#> SRR1435293 6 0.2593 0.7179 0.008 0.0 0.000 0.148 0.000 0.844
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1467294 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 6 0.5174 0.3750 0.000 0.0 0.080 0.340 0.008 0.572
#> SRR1335688 3 0.2491 0.8180 0.000 0.0 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1370129 3 0.0790 0.8788 0.000 0.0 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1321966 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1488672 1 0.1501 0.8879 0.924 0.0 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1343197 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.3482 0.5651 0.684 0.0 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1498861 6 0.1267 0.7921 0.060 0.0 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.1814 0.8724 0.000 0.0 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR602622 4 0.2135 0.8434 0.000 0.0 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1487685 6 0.0363 0.8040 0.000 0.0 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9509 1.000 0.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.1387 0.8872 0.000 0.0 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0865 0.8880 0.000 0.0 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1099023 5 0.0000 0.8741 0.000 0.0 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3076 0.6702 0.000 0.0 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1334741 4 0.2260 0.8339 0.000 0.0 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR656564 6 0.0146 0.8044 0.000 0.0 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR608174 4 0.0000 0.9258 0.000 0.0 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 6 0.3717 0.3053 0.384 0.0 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR661973 1 0.3351 0.5404 0.712 0.0 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.3499 0.5584 0.680 0.0 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR602927 1 0.1556 0.8841 0.920 0.0 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.0 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 6 0.0363 0.8057 0.012 0.0 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1475909 6 0.3745 0.6742 0.000 0.0 0.240 0.028 0.000 0.732
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.2782 0.723 0.723
#> 3 3 0.737 0.850 0.920 1.1827 0.654 0.521
#> 4 4 0.660 0.496 0.720 0.1692 0.868 0.665
#> 5 5 0.696 0.678 0.805 0.0956 0.835 0.495
#> 6 6 0.764 0.699 0.840 0.0595 0.911 0.618
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0 1 0 1
#> SRR1356619 1 0 1 1 0
#> SRR1341898 1 0 1 1 0
#> SRR1333930 1 0 1 1 0
#> SRR1085850 1 0 1 1 0
#> SRR1379450 1 0 1 1 0
#> SRR1467813 2 0 1 0 1
#> SRR614814 1 0 1 1 0
#> SRR1077405 1 0 1 1 0
#> SRR1330061 1 0 1 1 0
#> SRR662725 1 0 1 1 0
#> SRR1313951 1 0 1 1 0
#> SRR1339218 1 0 1 1 0
#> SRR1417505 1 0 1 1 0
#> SRR1407134 1 0 1 1 0
#> SRR1457418 2 0 1 0 1
#> SRR1331289 1 0 1 1 0
#> SRR1075898 1 0 1 1 0
#> SRR1498482 1 0 1 1 0
#> SRR1359673 1 0 1 1 0
#> SRR1439873 1 0 1 1 0
#> SRR1402239 2 0 1 0 1
#> SRR1335254 1 0 1 1 0
#> SRR1352706 1 0 1 1 0
#> SRR1436966 1 0 1 1 0
#> SRR614802 1 0 1 1 0
#> SRR1388979 1 0 1 1 0
#> SRR1396595 1 0 1 1 0
#> SRR1340508 1 0 1 1 0
#> SRR1360868 1 0 1 1 0
#> SRR1440699 1 0 1 1 0
#> SRR1389059 1 0 1 1 0
#> SRR1083100 1 0 1 1 0
#> SRR1348861 1 0 1 1 0
#> SRR1072367 1 0 1 1 0
#> SRR1468403 1 0 1 1 0
#> SRR1417070 1 0 1 1 0
#> SRR1390601 1 0 1 1 0
#> SRR1486560 1 0 1 1 0
#> SRR1315761 1 0 1 1 0
#> SRR1392637 1 0 1 1 0
#> SRR810957 2 0 1 0 1
#> SRR1458422 2 0 1 0 1
#> SRR1394677 2 0 1 0 1
#> SRR1341605 2 0 1 0 1
#> SRR1444479 1 0 1 1 0
#> SRR1470212 1 0 1 1 0
#> SRR1433971 1 0 1 1 0
#> SRR598124 1 0 1 1 0
#> SRR615141 1 0 1 1 0
#> SRR601122 1 0 1 1 0
#> SRR1397008 1 0 1 1 0
#> SRR1358561 1 0 1 1 0
#> SRR1498640 1 0 1 1 0
#> SRR1429957 1 0 1 1 0
#> SRR1452292 1 0 1 1 0
#> SRR1467590 1 0 1 1 0
#> SRR1394936 2 0 1 0 1
#> SRR1485542 1 0 1 1 0
#> SRR659121 1 0 1 1 0
#> SRR1330656 1 0 1 1 0
#> SRR1388305 1 0 1 1 0
#> SRR1406917 2 0 1 0 1
#> SRR1363992 1 0 1 1 0
#> SRR1311086 1 0 1 1 0
#> SRR655375 2 0 1 0 1
#> SRR1458044 1 0 1 1 0
#> SRR661325 1 0 1 1 0
#> SRR1439807 1 0 1 1 0
#> SRR1352129 2 0 1 0 1
#> SRR1406561 1 0 1 1 0
#> SRR1394713 1 0 1 1 0
#> SRR1403875 2 0 1 0 1
#> SRR1476186 1 0 1 1 0
#> SRR1436444 2 0 1 0 1
#> SRR1084649 1 0 1 1 0
#> SRR1500405 1 0 1 1 0
#> SRR1354446 1 0 1 1 0
#> SRR1467455 1 0 1 1 0
#> SRR1444559 1 0 1 1 0
#> SRR1381543 1 0 1 1 0
#> SRR1402513 2 0 1 0 1
#> SRR820379 1 0 1 1 0
#> SRR660007 1 0 1 1 0
#> SRR655649 1 0 1 1 0
#> SRR1437306 1 0 1 1 0
#> SRR657731 1 0 1 1 0
#> SRR661005 1 0 1 1 0
#> SRR600608 1 0 1 1 0
#> SRR655923 1 0 1 1 0
#> SRR1334717 1 0 1 1 0
#> SRR1401552 2 0 1 0 1
#> SRR1474886 1 0 1 1 0
#> SRR1082759 1 0 1 1 0
#> SRR1340420 2 0 1 0 1
#> SRR662534 1 0 1 1 0
#> SRR1316815 1 0 1 1 0
#> SRR1072797 1 0 1 1 0
#> SRR612455 1 0 1 1 0
#> SRR818210 1 0 1 1 0
#> SRR1488751 2 0 1 0 1
#> SRR1404969 2 0 1 0 1
#> SRR1328960 2 0 1 0 1
#> SRR598671 1 0 1 1 0
#> SRR1387178 1 0 1 1 0
#> SRR660498 2 0 1 0 1
#> SRR1403831 1 0 1 1 0
#> SRR657325 2 0 1 0 1
#> SRR1339740 1 0 1 1 0
#> SRR657348 1 0 1 1 0
#> SRR662091 1 0 1 1 0
#> SRR608598 1 0 1 1 0
#> SRR663320 1 0 1 1 0
#> SRR608662 1 0 1 1 0
#> SRR1361567 1 0 1 1 0
#> SRR819134 1 0 1 1 0
#> SRR1311400 1 0 1 1 0
#> SRR817775 1 0 1 1 0
#> SRR661433 1 0 1 1 0
#> SRR1453341 1 0 1 1 0
#> SRR819946 1 0 1 1 0
#> SRR1319539 1 0 1 1 0
#> SRR1343841 1 0 1 1 0
#> SRR665563 1 0 1 1 0
#> SRR1487321 1 0 1 1 0
#> SRR1312428 1 0 1 1 0
#> SRR657587 1 0 1 1 0
#> SRR1337412 1 0 1 1 0
#> SRR1474466 1 0 1 1 0
#> SRR1466993 1 0 1 1 0
#> SRR1358102 1 0 1 1 0
#> SRR1455171 1 0 1 1 0
#> SRR627299 2 0 1 0 1
#> SRR660733 1 0 1 1 0
#> SRR817758 1 0 1 1 0
#> SRR821019 1 0 1 1 0
#> SRR1330675 1 0 1 1 0
#> SRR1433644 2 0 1 0 1
#> SRR1320180 1 0 1 1 0
#> SRR604074 1 0 1 1 0
#> SRR1322291 2 0 1 0 1
#> SRR658188 1 0 1 1 0
#> SRR820209 1 0 1 1 0
#> SRR1331841 2 0 1 0 1
#> SRR1096966 1 0 1 1 0
#> SRR1350456 1 0 1 1 0
#> SRR1472079 1 0 1 1 0
#> SRR1500537 2 0 1 0 1
#> SRR660103 1 0 1 1 0
#> SRR1403958 1 0 1 1 0
#> SRR1322270 2 0 1 0 1
#> SRR600754 1 0 1 1 0
#> SRR1334847 1 0 1 1 0
#> SRR1421093 1 0 1 1 0
#> SRR1085782 1 0 1 1 0
#> SRR1466357 2 0 1 0 1
#> SRR597977 1 0 1 1 0
#> SRR1375635 1 0 1 1 0
#> SRR661133 1 0 1 1 0
#> SRR1357523 1 0 1 1 0
#> SRR1415732 1 0 1 1 0
#> SRR1434250 2 0 1 0 1
#> SRR1396640 1 0 1 1 0
#> SRR1454803 1 0 1 1 0
#> SRR1468381 1 0 1 1 0
#> SRR1447986 2 0 1 0 1
#> SRR1388007 1 0 1 1 0
#> SRR1434138 1 0 1 1 0
#> SRR1456950 1 0 1 1 0
#> SRR1400375 2 0 1 0 1
#> SRR1323764 1 0 1 1 0
#> SRR1355040 1 0 1 1 0
#> SRR1409351 1 0 1 1 0
#> SRR1085495 1 0 1 1 0
#> SRR604026 1 0 1 1 0
#> SRR1500868 1 0 1 1 0
#> SRR1476279 1 0 1 1 0
#> SRR627429 2 0 1 0 1
#> SRR660969 1 0 1 1 0
#> SRR1335377 2 0 1 0 1
#> SRR1330546 1 0 1 1 0
#> SRR1440986 1 0 1 1 0
#> SRR1357189 1 0 1 1 0
#> SRR1319837 1 0 1 1 0
#> SRR1491311 1 0 1 1 0
#> SRR1487295 1 0 1 1 0
#> SRR1415215 2 0 1 0 1
#> SRR1086635 1 0 1 1 0
#> SRR1440058 1 0 1 1 0
#> SRR1389979 1 0 1 1 0
#> SRR1315721 1 0 1 1 0
#> SRR607337 1 0 1 1 0
#> SRR1434803 2 0 1 0 1
#> SRR1332275 1 0 1 1 0
#> SRR1465132 2 0 1 0 1
#> SRR1340133 1 0 1 1 0
#> SRR1387989 1 0 1 1 0
#> SRR1383018 1 0 1 1 0
#> SRR1441701 1 0 1 1 0
#> SRR1368772 1 0 1 1 0
#> SRR664819 2 0 1 0 1
#> SRR1435536 1 0 1 1 0
#> SRR614083 1 0 1 1 0
#> SRR1310623 1 0 1 1 0
#> SRR1420625 1 0 1 1 0
#> SRR816721 1 0 1 1 0
#> SRR1359367 2 0 1 0 1
#> SRR1391879 1 0 1 1 0
#> SRR1418992 1 0 1 1 0
#> SRR1343115 2 0 1 0 1
#> SRR1488836 1 0 1 1 0
#> SRR1399028 1 0 1 1 0
#> SRR1418127 1 0 1 1 0
#> SRR1402900 1 0 1 1 0
#> SRR1485290 2 0 1 0 1
#> SRR1456514 2 0 1 0 1
#> SRR1394755 1 0 1 1 0
#> SRR664842 1 0 1 1 0
#> SRR662342 2 0 1 0 1
#> SRR665502 1 0 1 1 0
#> SRR657891 1 0 1 1 0
#> SRR1421305 1 0 1 1 0
#> SRR1335707 1 0 1 1 0
#> SRR1401276 1 0 1 1 0
#> SRR627421 1 0 1 1 0
#> SRR1311575 1 0 1 1 0
#> SRR1475675 1 0 1 1 0
#> SRR661995 1 0 1 1 0
#> SRR1471922 1 0 1 1 0
#> SRR1077687 1 0 1 1 0
#> SRR821602 1 0 1 1 0
#> SRR608718 2 0 1 0 1
#> SRR1071289 1 0 1 1 0
#> SRR1437555 1 0 1 1 0
#> SRR810571 1 0 1 1 0
#> SRR664048 1 0 1 1 0
#> SRR1500998 1 0 1 1 0
#> SRR1320916 1 0 1 1 0
#> SRR1472150 1 0 1 1 0
#> SRR1329090 1 0 1 1 0
#> SRR1317344 1 0 1 1 0
#> SRR817978 1 0 1 1 0
#> SRR1324371 1 0 1 1 0
#> SRR1474333 1 0 1 1 0
#> SRR1321462 1 0 1 1 0
#> SRR1387264 1 0 1 1 0
#> SRR1468141 1 0 1 1 0
#> SRR1486097 1 0 1 1 0
#> SRR608002 1 0 1 1 0
#> SRR1360563 1 0 1 1 0
#> SRR1414684 1 0 1 1 0
#> SRR604050 1 0 1 1 0
#> SRR600385 1 0 1 1 0
#> SRR1430248 1 0 1 1 0
#> SRR1352975 1 0 1 1 0
#> SRR1457221 1 0 1 1 0
#> SRR807591 1 0 1 1 0
#> SRR1407560 2 0 1 0 1
#> SRR1345478 1 0 1 1 0
#> SRR660895 1 0 1 1 0
#> SRR655111 1 0 1 1 0
#> SRR1336006 1 0 1 1 0
#> SRR613114 1 0 1 1 0
#> SRR608368 1 0 1 1 0
#> SRR1315269 1 0 1 1 0
#> SRR1435020 1 0 1 1 0
#> SRR1337564 1 0 1 1 0
#> SRR1315019 1 0 1 1 0
#> SRR1370173 1 0 1 1 0
#> SRR1408327 1 0 1 1 0
#> SRR1405485 1 0 1 1 0
#> SRR812012 1 0 1 1 0
#> SRR1370619 1 0 1 1 0
#> SRR1469495 1 0 1 1 0
#> SRR1378841 1 0 1 1 0
#> SRR1375616 1 0 1 1 0
#> SRR1381566 1 0 1 1 0
#> SRR1432123 1 0 1 1 0
#> SRR1370405 1 0 1 1 0
#> SRR1099499 1 0 1 1 0
#> SRR659331 2 0 1 0 1
#> SRR1436106 1 0 1 1 0
#> SRR1468974 1 0 1 1 0
#> SRR1470111 1 0 1 1 0
#> SRR1079168 1 0 1 1 0
#> SRR1338584 1 0 1 1 0
#> SRR1329551 1 0 1 1 0
#> SRR662871 2 0 1 0 1
#> SRR816770 1 0 1 1 0
#> SRR600560 1 0 1 1 0
#> SRR1434867 2 0 1 0 1
#> SRR599225 2 0 1 0 1
#> SRR607935 1 0 1 1 0
#> SRR1487107 1 0 1 1 0
#> SRR1348159 1 0 1 1 0
#> SRR1356036 1 0 1 1 0
#> SRR614443 1 0 1 1 0
#> SRR1314958 1 0 1 1 0
#> SRR1341702 1 0 1 1 0
#> SRR1444678 1 0 1 1 0
#> SRR1350107 2 0 1 0 1
#> SRR1322010 2 0 1 0 1
#> SRR1342045 1 0 1 1 0
#> SRR1467364 2 0 1 0 1
#> SRR1078879 1 0 1 1 0
#> SRR1468955 1 0 1 1 0
#> SRR660626 1 0 1 1 0
#> SRR812436 1 0 1 1 0
#> SRR1312103 1 0 1 1 0
#> SRR1429891 2 0 1 0 1
#> SRR1387072 2 0 1 0 1
#> SRR661255 1 0 1 1 0
#> SRR660933 1 0 1 1 0
#> SRR1488651 1 0 1 1 0
#> SRR1359388 1 0 1 1 0
#> SRR817686 1 0 1 1 0
#> SRR1429162 1 0 1 1 0
#> SRR612380 1 0 1 1 0
#> SRR817905 1 0 1 1 0
#> SRR1337909 1 0 1 1 0
#> SRR661723 1 0 1 1 0
#> SRR1314163 1 0 1 1 0
#> SRR1489155 1 0 1 1 0
#> SRR1398992 2 0 1 0 1
#> SRR607091 1 0 1 1 0
#> SRR1472193 2 0 1 0 1
#> SRR1456903 2 0 1 0 1
#> SRR1445238 1 0 1 1 0
#> SRR820078 1 0 1 1 0
#> SRR1481462 2 0 1 0 1
#> SRR819534 1 0 1 1 0
#> SRR820468 2 0 1 0 1
#> SRR659899 1 0 1 1 0
#> SRR1396078 1 0 1 1 0
#> SRR1443612 1 0 1 1 0
#> SRR1470902 1 0 1 1 0
#> SRR1362777 1 0 1 1 0
#> SRR1413522 1 0 1 1 0
#> SRR1073143 1 0 1 1 0
#> SRR1444622 1 0 1 1 0
#> SRR662570 2 0 1 0 1
#> SRR1430288 1 0 1 1 0
#> SRR1323043 1 0 1 1 0
#> SRR1475022 1 0 1 1 0
#> SRR1080927 2 0 1 0 1
#> SRR1328919 1 0 1 1 0
#> SRR603596 2 0 1 0 1
#> SRR602808 1 0 1 1 0
#> SRR615467 1 0 1 1 0
#> SRR660638 1 0 1 1 0
#> SRR1360383 1 0 1 1 0
#> SRR1354577 1 0 1 1 0
#> SRR608230 1 0 1 1 0
#> SRR1320873 1 0 1 1 0
#> SRR1336379 1 0 1 1 0
#> SRR1325665 2 0 1 0 1
#> SRR1357434 1 0 1 1 0
#> SRR1477634 1 0 1 1 0
#> SRR1444876 1 0 1 1 0
#> SRR1101421 1 0 1 1 0
#> SRR613354 1 0 1 1 0
#> SRR1434782 2 0 1 0 1
#> SRR1446762 1 0 1 1 0
#> SRR1324431 1 0 1 1 0
#> SRR1442356 2 0 1 0 1
#> SRR1386818 1 0 1 1 0
#> SRR655684 2 0 1 0 1
#> SRR1473185 2 0 1 0 1
#> SRR1332796 1 0 1 1 0
#> SRR1397073 1 0 1 1 0
#> SRR1455060 2 0 1 0 1
#> SRR1341008 1 0 1 1 0
#> SRR1087031 1 0 1 1 0
#> SRR1489177 1 0 1 1 0
#> SRR1350525 1 0 1 1 0
#> SRR1440517 1 0 1 1 0
#> SRR1320093 1 0 1 1 0
#> SRR602516 1 0 1 1 0
#> SRR604318 1 0 1 1 0
#> SRR1320280 1 0 1 1 0
#> SRR1082262 1 0 1 1 0
#> SRR1379238 1 0 1 1 0
#> SRR1385080 1 0 1 1 0
#> SRR1316921 1 0 1 1 0
#> SRR1097752 2 0 1 0 1
#> SRR1375308 1 0 1 1 0
#> SRR1498272 1 0 1 1 0
#> SRR814989 1 0 1 1 0
#> SRR1320892 1 0 1 1 0
#> SRR818418 1 0 1 1 0
#> SRR1474553 1 0 1 1 0
#> SRR1430884 1 0 1 1 0
#> SRR1079281 1 0 1 1 0
#> SRR656493 1 0 1 1 0
#> SRR1328599 1 0 1 1 0
#> SRR655218 1 0 1 1 0
#> SRR1416754 1 0 1 1 0
#> SRR1488562 1 0 1 1 0
#> SRR1084842 1 0 1 1 0
#> SRR819999 2 0 1 0 1
#> SRR659673 1 0 1 1 0
#> SRR1468514 1 0 1 1 0
#> SRR1499823 1 0 1 1 0
#> SRR1481216 1 0 1 1 0
#> SRR1474065 1 0 1 1 0
#> SRR1499442 2 0 1 0 1
#> SRR1476571 1 0 1 1 0
#> SRR1445328 2 0 1 0 1
#> SRR607887 2 0 1 0 1
#> SRR1085662 1 0 1 1 0
#> SRR1415095 1 0 1 1 0
#> SRR1499982 2 0 1 0 1
#> SRR1488715 1 0 1 1 0
#> SRR597927 1 0 1 1 0
#> SRR1479239 2 0 1 0 1
#> SRR600957 2 0 1 0 1
#> SRR1408113 1 0 1 1 0
#> SRR1490019 1 0 1 1 0
#> SRR1333694 1 0 1 1 0
#> SRR1476676 1 0 1 1 0
#> SRR663261 1 0 1 1 0
#> SRR1432343 1 0 1 1 0
#> SRR1459585 1 0 1 1 0
#> SRR1434271 2 0 1 0 1
#> SRR602365 1 0 1 1 0
#> SRR612443 1 0 1 1 0
#> SRR1473936 1 0 1 1 0
#> SRR1455698 1 0 1 1 0
#> SRR1331335 1 0 1 1 0
#> SRR659187 1 0 1 1 0
#> SRR1417912 1 0 1 1 0
#> SRR1316940 1 0 1 1 0
#> SRR1500753 1 0 1 1 0
#> SRR657635 1 0 1 1 0
#> SRR615934 1 0 1 1 0
#> SRR1411024 1 0 1 1 0
#> SRR1469904 1 0 1 1 0
#> SRR1311794 1 0 1 1 0
#> SRR657754 1 0 1 1 0
#> SRR1464451 1 0 1 1 0
#> SRR1443895 1 0 1 1 0
#> SRR1444460 1 0 1 1 0
#> SRR1333587 1 0 1 1 0
#> SRR1307770 2 0 1 0 1
#> SRR1339530 1 0 1 1 0
#> SRR1366433 1 0 1 1 0
#> SRR1480479 1 0 1 1 0
#> SRR1470175 1 0 1 1 0
#> SRR598768 1 0 1 1 0
#> SRR1335400 1 0 1 1 0
#> SRR1418923 1 0 1 1 0
#> SRR820133 1 0 1 1 0
#> SRR1348424 1 0 1 1 0
#> SRR1382956 1 0 1 1 0
#> SRR1339549 1 0 1 1 0
#> SRR821434 1 0 1 1 0
#> SRR662546 1 0 1 1 0
#> SRR1319816 1 0 1 1 0
#> SRR1078347 1 0 1 1 0
#> SRR1435293 1 0 1 1 0
#> SRR1408208 1 0 1 1 0
#> SRR1332317 1 0 1 1 0
#> SRR1499193 1 0 1 1 0
#> SRR1467294 1 0 1 1 0
#> SRR1359649 1 0 1 1 0
#> SRR1335688 1 0 1 1 0
#> SRR1370129 1 0 1 1 0
#> SRR1321966 1 0 1 1 0
#> SRR1488672 1 0 1 1 0
#> SRR1343197 1 0 1 1 0
#> SRR1416999 1 0 1 1 0
#> SRR1334564 1 0 1 1 0
#> SRR660661 1 0 1 1 0
#> SRR1498861 1 0 1 1 0
#> SRR1317877 1 0 1 1 0
#> SRR1329885 1 0 1 1 0
#> SRR1459718 1 0 1 1 0
#> SRR615731 1 0 1 1 0
#> SRR602622 1 0 1 1 0
#> SRR1487685 1 0 1 1 0
#> SRR1455925 1 0 1 1 0
#> SRR1390516 1 0 1 1 0
#> SRR1313932 1 0 1 1 0
#> SRR603397 1 0 1 1 0
#> SRR1099023 1 0 1 1 0
#> SRR1409899 2 0 1 0 1
#> SRR1368964 1 0 1 1 0
#> SRR1334741 1 0 1 1 0
#> SRR656564 1 0 1 1 0
#> SRR608174 1 0 1 1 0
#> SRR1320963 1 0 1 1 0
#> SRR661973 1 0 1 1 0
#> SRR598533 2 0 1 0 1
#> SRR613270 2 0 1 0 1
#> SRR1362183 2 0 1 0 1
#> SRR1480365 1 0 1 1 0
#> SRR602927 1 0 1 1 0
#> SRR1315799 2 0 1 0 1
#> SRR1432275 1 0 1 1 0
#> SRR1475909 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1379450 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1467813 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR662725 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1313951 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1339218 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1417505 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1407134 1 0.6095 0.598 0.608 0 0.392
#> SRR1457418 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1075898 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1498482 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1335254 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1352706 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1388979 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1396595 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1083100 3 0.2711 0.866 0.088 0 0.912
#> SRR1348861 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1486560 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1315761 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1392637 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR810957 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR601122 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1397008 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1498640 1 0.6095 0.598 0.608 0 0.392
#> SRR1429957 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR659121 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1330656 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1458044 3 0.1163 0.944 0.028 0 0.972
#> SRR661325 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1439807 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1406561 1 0.6291 0.434 0.532 0 0.468
#> SRR1394713 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1084649 1 0.4504 0.746 0.804 0 0.196
#> SRR1500405 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1467455 3 0.2448 0.881 0.076 0 0.924
#> SRR1444559 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1381543 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1402513 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR655649 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1437306 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR657731 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR661005 3 0.1163 0.944 0.028 0 0.972
#> SRR600608 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1387178 1 0.1411 0.795 0.964 0 0.036
#> SRR660498 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1403831 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR657325 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1339740 1 0.5835 0.645 0.660 0 0.340
#> SRR657348 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR662091 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR608662 1 0.5621 0.646 0.692 0 0.308
#> SRR1361567 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR819134 1 0.4399 0.752 0.812 0 0.188
#> SRR1311400 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1312428 1 0.6168 0.564 0.588 0 0.412
#> SRR657587 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1337412 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1474466 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1466993 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1358102 1 0.4842 0.730 0.776 0 0.224
#> SRR1455171 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR660733 3 0.6267 -0.179 0.452 0 0.548
#> SRR817758 3 0.0237 0.971 0.004 0 0.996
#> SRR821019 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1330675 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1433644 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR820209 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1096966 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1350456 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1403958 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1322270 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1375635 1 0.6140 0.581 0.596 0 0.404
#> SRR661133 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1396640 1 0.4002 0.764 0.840 0 0.160
#> SRR1454803 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1468381 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1447986 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1434138 1 0.6154 0.573 0.592 0 0.408
#> SRR1456950 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1400375 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1409351 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1085495 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR604026 1 0.4291 0.755 0.820 0 0.180
#> SRR1500868 1 0.4399 0.751 0.812 0 0.188
#> SRR1476279 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR627429 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR660969 3 0.1860 0.915 0.052 0 0.948
#> SRR1335377 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1357189 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1319837 1 0.4178 0.759 0.828 0 0.172
#> SRR1491311 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR816721 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1359367 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1391879 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1418992 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1394755 3 0.2625 0.870 0.084 0 0.916
#> SRR664842 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR662342 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR657891 1 0.1964 0.790 0.944 0 0.056
#> SRR1421305 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1335707 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR627421 1 0.4178 0.758 0.828 0 0.172
#> SRR1311575 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1471922 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1077687 1 0.6235 0.513 0.564 0 0.436
#> SRR821602 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1329090 1 0.1860 0.793 0.948 0 0.052
#> SRR1317344 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR817978 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1324371 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1474333 1 0.3340 0.780 0.880 0 0.120
#> SRR1321462 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1387264 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR604050 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR600385 3 0.5431 0.472 0.284 0 0.716
#> SRR1430248 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1352975 1 0.5621 0.672 0.692 0 0.308
#> SRR1457221 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1315269 1 0.4605 0.742 0.796 0 0.204
#> SRR1435020 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1405485 1 0.4452 0.748 0.808 0 0.192
#> SRR812012 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1370619 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1469495 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1381566 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1432123 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1370405 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1099499 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1436106 3 0.6260 -0.169 0.448 0 0.552
#> SRR1468974 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR600560 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1434867 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1487107 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1348159 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1314958 1 0.4504 0.746 0.804 0 0.196
#> SRR1341702 1 0.4399 0.751 0.812 0 0.188
#> SRR1444678 1 0.5621 0.641 0.692 0 0.308
#> SRR1350107 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1312103 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1429891 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1359388 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR817686 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR612380 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR817905 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1337909 1 0.1964 0.792 0.944 0 0.056
#> SRR661723 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR659899 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1396078 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1470902 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1362777 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1413522 3 0.0237 0.971 0.004 0 0.996
#> SRR1073143 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1430288 1 0.6079 0.602 0.612 0 0.388
#> SRR1323043 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1360383 3 0.3879 0.760 0.152 0 0.848
#> SRR1354577 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1336379 3 0.5882 0.251 0.348 0 0.652
#> SRR1325665 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1357434 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1477634 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1444876 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR613354 1 0.5291 0.701 0.732 0 0.268
#> SRR1434782 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1324431 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1442356 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1386818 1 0.6126 0.587 0.600 0 0.400
#> SRR655684 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1397073 3 0.5785 0.425 0.332 0 0.668
#> SRR1455060 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1341008 1 0.1529 0.795 0.960 0 0.040
#> SRR1087031 1 0.6095 0.598 0.608 0 0.392
#> SRR1489177 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1440517 1 0.5497 0.684 0.708 0 0.292
#> SRR1320093 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1385080 3 0.1289 0.939 0.032 0 0.968
#> SRR1316921 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR818418 1 0.6095 0.598 0.608 0 0.392
#> SRR1474553 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1079281 3 0.4842 0.612 0.224 0 0.776
#> SRR656493 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1328599 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1416754 3 0.1643 0.922 0.044 0 0.956
#> SRR1488562 1 0.6154 0.572 0.592 0 0.408
#> SRR1084842 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1474065 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1499442 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1085662 1 0.6140 0.581 0.596 0 0.404
#> SRR1415095 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1499982 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR597927 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1479239 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1432343 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1459585 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR612443 3 0.0237 0.971 0.004 0 0.996
#> SRR1473936 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR659187 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1417912 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1411024 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1469904 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1444460 1 0.4062 0.762 0.836 0 0.164
#> SRR1333587 3 0.5650 0.378 0.312 0 0.688
#> SRR1307770 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1339530 3 0.3482 0.801 0.128 0 0.872
#> SRR1366433 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1480479 1 0.6126 0.588 0.600 0 0.400
#> SRR1470175 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1418923 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR820133 3 0.5905 0.237 0.352 0 0.648
#> SRR1348424 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR821434 1 0.5882 0.636 0.652 0 0.348
#> SRR662546 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1319816 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1435293 1 0.4504 0.746 0.804 0 0.196
#> SRR1408208 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1499193 1 0.1411 0.795 0.964 0 0.036
#> SRR1467294 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR602622 1 0.6140 0.581 0.596 0 0.404
#> SRR1487685 1 0.6204 0.540 0.576 0 0.424
#> SRR1455925 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1313932 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR603397 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
#> SRR1334741 3 0.4346 0.699 0.184 0 0.816
#> SRR656564 1 0.4555 0.744 0.800 0 0.200
#> SRR608174 1 0.6111 0.594 0.604 0 0.396
#> SRR1320963 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.800 1.000 0 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.000 0.000 1 0.000
#> SRR1432275 1 0.0892 0.798 0.980 0 0.020
#> SRR1475909 3 0.0000 0.975 0.000 0 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1341898 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1333930 4 0.5158 -0.7297 0.472 0 0.004 0.524
#> SRR1085850 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1379450 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR1077405 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1330061 3 0.4222 0.4871 0.000 0 0.728 0.272
#> SRR662725 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.3672 0.2499 0.164 0 0.012 0.824
#> SRR1339218 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1407134 4 0.5884 -0.3125 0.328 0 0.052 0.620
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.3400 0.5694 0.000 0 0.820 0.180
#> SRR1075898 4 0.1978 0.4368 0.004 0 0.068 0.928
#> SRR1498482 3 0.0000 0.6603 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1439873 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.1022 0.6551 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR1436966 3 0.1211 0.6524 0.000 0 0.960 0.040
#> SRR614802 4 0.4999 -0.7910 0.492 0 0.000 0.508
#> SRR1388979 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1340508 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1360868 3 0.5938 0.6731 0.480 0 0.484 0.036
#> SRR1440699 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1389059 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1083100 4 0.7047 0.1355 0.120 0 0.436 0.444
#> SRR1348861 3 0.4500 0.4400 0.000 0 0.684 0.316
#> SRR1072367 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1468403 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1417070 3 0.4103 0.5029 0.000 0 0.744 0.256
#> SRR1390601 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1486560 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0336 0.4625 0.000 0 0.008 0.992
#> SRR1392637 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.4855 0.3413 0.000 0 0.600 0.400
#> SRR1470212 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1433971 1 0.4999 0.8402 0.508 0 0.000 0.492
#> SRR598124 3 0.1118 0.6538 0.000 0 0.964 0.036
#> SRR615141 3 0.4941 0.2925 0.000 0 0.564 0.436
#> SRR601122 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.1389 0.6487 0.000 0 0.952 0.048
#> SRR1358561 3 0.2081 0.6330 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1498640 4 0.6805 -0.0350 0.220 0 0.176 0.604
#> SRR1429957 3 0.4222 0.4871 0.000 0 0.728 0.272
#> SRR1452292 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1467590 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR659121 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1388305 4 0.5158 -0.7297 0.472 0 0.004 0.524
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1311086 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.4996 0.2139 0.000 0 0.516 0.484
#> SRR661325 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1439807 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.2589 0.4160 0.000 0 0.116 0.884
#> SRR1394713 3 0.4776 0.3704 0.000 0 0.624 0.376
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.1022 0.6510 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.5268 -0.4674 0.396 0 0.012 0.592
#> SRR1500405 3 0.4008 0.5143 0.000 0 0.756 0.244
#> SRR1354446 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1467455 3 0.7641 0.0103 0.208 0 0.416 0.376
#> SRR1444559 3 0.3172 0.5848 0.000 0 0.840 0.160
#> SRR1381543 4 0.2081 0.4321 0.000 0 0.084 0.916
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4877 0.6906 0.408 0 0.592 0.000
#> SRR660007 3 0.4992 0.6914 0.476 0 0.524 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1437306 4 0.4008 0.3486 0.000 0 0.244 0.756
#> SRR657731 3 0.3335 0.6736 0.120 0 0.860 0.020
#> SRR661005 3 0.6275 -0.0796 0.056 0 0.484 0.460
#> SRR600608 4 0.4994 -0.7479 0.480 0 0.000 0.520
#> SRR655923 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1334717 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.4888 0.3263 0.000 0 0.588 0.412
#> SRR1082759 3 0.4008 0.5144 0.000 0 0.756 0.244
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1316815 1 0.5000 0.8295 0.504 0 0.000 0.496
#> SRR1072797 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR612455 3 0.4989 0.6914 0.472 0 0.528 0.000
#> SRR818210 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1387178 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.7065 0.1563 0.124 0 0.404 0.472
#> SRR657348 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR662091 3 0.1474 0.6481 0.000 0 0.948 0.052
#> SRR608598 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR663320 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR608662 4 0.7392 0.1443 0.168 0 0.372 0.460
#> SRR1361567 4 0.4933 -0.6010 0.432 0 0.000 0.568
#> SRR819134 4 0.7357 -0.0261 0.216 0 0.260 0.524
#> SRR1311400 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR817775 3 0.4103 0.5029 0.000 0 0.744 0.256
#> SRR661433 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1453341 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR819946 3 0.4040 0.5106 0.000 0 0.752 0.248
#> SRR1319539 3 0.2760 0.5952 0.000 0 0.872 0.128
#> SRR1343841 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR665563 3 0.5188 0.5349 0.044 0 0.716 0.240
#> SRR1487321 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1312428 4 0.5244 0.2374 0.008 0 0.436 0.556
#> SRR657587 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.1302 0.6476 0.000 0 0.956 0.044
#> SRR1474466 4 0.3610 0.3740 0.000 0 0.200 0.800
#> SRR1466993 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1358102 4 0.7066 -0.2371 0.304 0 0.152 0.544
#> SRR1455171 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.5604 0.1776 0.020 0 0.476 0.504
#> SRR817758 3 0.5712 0.3250 0.048 0 0.644 0.308
#> SRR821019 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1330675 4 0.1940 0.4359 0.000 0 0.076 0.924
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.3688 0.5559 0.000 0 0.792 0.208
#> SRR604074 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR820209 1 0.7516 -0.6560 0.472 0 0.328 0.200
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0188 0.4616 0.004 0 0.000 0.996
#> SRR1350456 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1472079 3 0.4925 0.3047 0.000 0 0.572 0.428
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR1334847 3 0.6238 0.3939 0.092 0 0.632 0.276
#> SRR1421093 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1085782 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1375635 4 0.4356 0.2631 0.000 0 0.292 0.708
#> SRR661133 4 0.4925 -0.5931 0.428 0 0.000 0.572
#> SRR1357523 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1415732 3 0.4925 0.3047 0.000 0 0.572 0.428
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.5150 -0.4724 0.396 0 0.008 0.596
#> SRR1454803 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1468381 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1434138 4 0.4431 0.2378 0.000 0 0.304 0.696
#> SRR1456950 4 0.1022 0.4545 0.000 0 0.032 0.968
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.4907 0.3150 0.000 0 0.580 0.420
#> SRR1355040 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1409351 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR604026 4 0.5673 -0.6642 0.448 0 0.024 0.528
#> SRR1500868 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1476279 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR660969 3 0.7670 0.4377 0.320 0 0.448 0.232
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1440986 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1357189 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1319837 4 0.7459 -0.0303 0.244 0 0.248 0.508
#> SRR1491311 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1487295 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1440058 4 0.4855 -0.4955 0.400 0 0.000 0.600
#> SRR1389979 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1315721 4 0.5982 -0.6457 0.436 0 0.040 0.524
#> SRR607337 4 0.4888 -0.5384 0.412 0 0.000 0.588
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1387989 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1383018 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1441701 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1368772 4 0.4998 -0.7737 0.488 0 0.000 0.512
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1435536 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR614083 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1310623 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1420625 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR816721 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1637 0.4432 0.000 0 0.060 0.940
#> SRR1418992 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1399028 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1418127 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1402900 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.7500 -0.0785 0.180 0 0.416 0.404
#> SRR664842 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.5292 0.6881 0.480 0 0.512 0.008
#> SRR657891 4 0.6517 -0.2152 0.288 0 0.108 0.604
#> SRR1421305 4 0.2216 0.4318 0.000 0 0.092 0.908
#> SRR1335707 3 0.3172 0.5770 0.000 0 0.840 0.160
#> SRR1401276 4 0.5678 -0.6886 0.452 0 0.024 0.524
#> SRR627421 4 0.7481 -0.1142 0.316 0 0.200 0.484
#> SRR1311575 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1475675 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR661995 4 0.5597 -0.6905 0.464 0 0.020 0.516
#> SRR1471922 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1077687 4 0.6709 0.1523 0.092 0 0.400 0.508
#> SRR821602 3 0.0592 0.6585 0.000 0 0.984 0.016
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1437555 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR810571 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR664048 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1500998 3 0.4925 0.3047 0.000 0 0.572 0.428
#> SRR1320916 3 0.6268 0.6628 0.448 0 0.496 0.056
#> SRR1472150 3 0.2281 0.6272 0.000 0 0.904 0.096
#> SRR1329090 4 0.6727 -0.4740 0.384 0 0.096 0.520
#> SRR1317344 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR817978 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1474333 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1321462 4 0.3598 0.3190 0.124 0 0.028 0.848
#> SRR1387264 4 0.4994 -0.7479 0.480 0 0.000 0.520
#> SRR1468141 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1486097 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR608002 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1360563 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1414684 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR604050 3 0.5938 0.6731 0.480 0 0.484 0.036
#> SRR600385 4 0.5512 0.1620 0.016 0 0.488 0.496
#> SRR1430248 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1352975 4 0.7558 0.0991 0.296 0 0.224 0.480
#> SRR1457221 3 0.3837 0.5323 0.000 0 0.776 0.224
#> SRR807591 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.4134 0.4990 0.000 0 0.740 0.260
#> SRR660895 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR655111 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1336006 3 0.4996 0.2139 0.000 0 0.516 0.484
#> SRR613114 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR608368 4 0.4999 -0.1813 0.000 0 0.492 0.508
#> SRR1315269 4 0.6867 -0.2810 0.384 0 0.108 0.508
#> SRR1435020 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1337564 4 0.4994 -0.7479 0.480 0 0.000 0.520
#> SRR1315019 3 0.2081 0.6328 0.000 0 0.916 0.084
#> SRR1370173 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1408327 3 0.2921 0.5991 0.000 0 0.860 0.140
#> SRR1405485 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR812012 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1370619 4 0.0336 0.4585 0.008 0 0.000 0.992
#> SRR1469495 3 0.1389 0.6495 0.000 0 0.952 0.048
#> SRR1378841 3 0.1389 0.6495 0.000 0 0.952 0.048
#> SRR1375616 3 0.2868 0.6017 0.000 0 0.864 0.136
#> SRR1381566 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1432123 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1370405 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1099499 4 0.4994 -0.7479 0.480 0 0.000 0.520
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.3486 0.3809 0.000 0 0.188 0.812
#> SRR1468974 3 0.1022 0.6551 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR1470111 3 0.2921 0.5991 0.000 0 0.860 0.140
#> SRR1079168 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1338584 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1329551 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR600560 4 0.0188 0.4616 0.004 0 0.000 0.996
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0188 0.6599 0.000 0 0.996 0.004
#> SRR1487107 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1348159 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1356036 4 0.6050 -0.6344 0.432 0 0.044 0.524
#> SRR614443 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1314958 4 0.4936 -0.4014 0.372 0 0.004 0.624
#> SRR1341702 4 0.4855 -0.4969 0.400 0 0.000 0.600
#> SRR1444678 1 0.7716 0.0419 0.396 0 0.224 0.380
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.5158 -0.7297 0.472 0 0.004 0.524
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1468955 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR660626 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR812436 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1312103 4 0.4193 0.3585 0.000 0 0.268 0.732
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR660933 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1488651 3 0.1389 0.6495 0.000 0 0.952 0.048
#> SRR1359388 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR817686 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1429162 3 0.4500 0.5354 0.032 0 0.776 0.192
#> SRR612380 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1337909 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR661723 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1314163 4 0.4994 -0.7479 0.480 0 0.000 0.520
#> SRR1489155 3 0.1022 0.6551 0.000 0 0.968 0.032
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.1302 0.6509 0.000 0 0.956 0.044
#> SRR820078 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1396078 3 0.0707 0.6579 0.000 0 0.980 0.020
#> SRR1443612 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1470902 4 0.0336 0.4625 0.000 0 0.008 0.992
#> SRR1362777 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1413522 3 0.4222 0.4428 0.000 0 0.728 0.272
#> SRR1073143 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1444622 3 0.1716 0.6433 0.000 0 0.936 0.064
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.6830 0.1285 0.108 0 0.368 0.524
#> SRR1323043 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1475022 3 0.4843 0.3459 0.000 0 0.604 0.396
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4761 0.1905 0.000 0 0.372 0.628
#> SRR615467 3 0.4985 0.6915 0.468 0 0.532 0.000
#> SRR660638 3 0.5781 0.6782 0.480 0 0.492 0.028
#> SRR1360383 3 0.4522 0.3748 0.000 0 0.680 0.320
#> SRR1354577 3 0.2921 0.5991 0.000 0 0.860 0.140
#> SRR608230 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1320873 4 0.4996 -0.7626 0.484 0 0.000 0.516
#> SRR1336379 4 0.4643 0.2210 0.000 0 0.344 0.656
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1444876 3 0.4624 0.4197 0.000 0 0.660 0.340
#> SRR1101421 4 0.4998 -0.7737 0.488 0 0.000 0.512
#> SRR613354 4 0.7429 0.1353 0.176 0 0.360 0.464
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.7090 0.1898 0.132 0 0.496 0.372
#> SRR1324431 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1386818 4 0.7037 0.1602 0.120 0 0.416 0.464
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1397073 3 0.7065 0.1142 0.212 0 0.572 0.216
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.5016 -0.4901 0.396 0 0.004 0.600
#> SRR1087031 4 0.4103 0.0482 0.256 0 0.000 0.744
#> SRR1489177 3 0.4925 0.3047 0.000 0 0.572 0.428
#> SRR1350525 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1440517 4 0.7369 0.0984 0.180 0 0.324 0.496
#> SRR1320093 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR602516 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR604318 4 0.5163 -0.7269 0.480 0 0.004 0.516
#> SRR1320280 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1082262 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1379238 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1385080 4 0.4948 -0.0832 0.000 0 0.440 0.560
#> SRR1316921 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1498272 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR814989 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1320892 3 0.0000 0.6603 0.000 0 1.000 0.000
#> SRR818418 4 0.6613 0.0860 0.172 0 0.200 0.628
#> SRR1474553 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1430884 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1079281 4 0.3975 0.3536 0.000 0 0.240 0.760
#> SRR656493 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1328599 3 0.5938 0.6731 0.480 0 0.484 0.036
#> SRR655218 4 0.5503 -0.7003 0.468 0 0.016 0.516
#> SRR1416754 3 0.3123 0.5754 0.000 0 0.844 0.156
#> SRR1488562 4 0.7076 0.1600 0.124 0 0.416 0.460
#> SRR1084842 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1468514 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1499823 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1481216 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1474065 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.1389 0.6495 0.000 0 0.952 0.048
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.2647 0.4145 0.000 0 0.120 0.880
#> SRR1415095 4 0.3444 0.3784 0.000 0 0.184 0.816
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.4933 -0.6068 0.432 0 0.000 0.568
#> SRR597927 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1490019 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1333694 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1476676 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR663261 1 0.7706 -0.6500 0.412 0 0.364 0.224
#> SRR1432343 4 0.0336 0.4625 0.000 0 0.008 0.992
#> SRR1459585 3 0.0817 0.6573 0.000 0 0.976 0.024
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR612443 1 0.6082 -0.7022 0.480 0 0.476 0.044
#> SRR1473936 3 0.3219 0.5768 0.000 0 0.836 0.164
#> SRR1455698 3 0.4222 0.4871 0.000 0 0.728 0.272
#> SRR1331335 4 0.4888 -0.5358 0.412 0 0.000 0.588
#> SRR659187 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1417912 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1316940 3 0.0921 0.6545 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1500753 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR657635 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR615934 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1311794 4 0.5912 -0.6607 0.440 0 0.036 0.524
#> SRR657754 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1464451 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1443895 3 0.4925 0.3047 0.000 0 0.572 0.428
#> SRR1444460 4 0.6757 -0.2564 0.308 0 0.120 0.572
#> SRR1333587 4 0.7113 0.1597 0.128 0 0.416 0.456
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.4477 0.2194 0.000 0 0.312 0.688
#> SRR1366433 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1470175 4 0.6638 -0.5645 0.420 0 0.084 0.496
#> SRR598768 4 0.4855 -0.4955 0.400 0 0.000 0.600
#> SRR1335400 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1418923 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR820133 4 0.5173 0.0502 0.320 0 0.020 0.660
#> SRR1348424 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1382956 3 0.1474 0.6479 0.000 0 0.948 0.052
#> SRR1339549 3 0.4925 0.3047 0.000 0 0.572 0.428
#> SRR821434 4 0.6317 -0.1089 0.280 0 0.096 0.624
#> SRR662546 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0707 0.6579 0.000 0 0.980 0.020
#> SRR1078347 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1435293 4 0.7101 -0.1096 0.360 0 0.136 0.504
#> SRR1408208 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1332317 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1499193 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR1467294 3 0.0921 0.6563 0.000 0 0.972 0.028
#> SRR1359649 3 0.1867 0.6371 0.000 0 0.928 0.072
#> SRR1335688 3 0.2976 0.6742 0.120 0 0.872 0.008
#> SRR1370129 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1321966 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1488672 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1343197 3 0.2921 0.5991 0.000 0 0.860 0.140
#> SRR1416999 4 0.4941 -0.6166 0.436 0 0.000 0.564
#> SRR1334564 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR660661 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1498861 4 0.4992 -0.7356 0.476 0 0.000 0.524
#> SRR1317877 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1329885 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1459718 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR615731 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR602622 4 0.1389 0.4494 0.000 0 0.048 0.952
#> SRR1487685 4 0.6028 0.1988 0.052 0 0.364 0.584
#> SRR1455925 1 0.4994 0.8784 0.520 0 0.000 0.480
#> SRR1390516 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1099023 3 0.2973 0.5964 0.000 0 0.856 0.144
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.4994 0.6914 0.480 0 0.520 0.000
#> SRR1334741 4 0.4967 -0.1085 0.000 0 0.452 0.548
#> SRR656564 4 0.5279 -0.4928 0.400 0 0.012 0.588
#> SRR608174 4 0.0000 0.4645 0.000 0 0.000 1.000
#> SRR1320963 4 0.4843 -0.4832 0.396 0 0.000 0.604
#> SRR661973 1 0.4998 0.8548 0.512 0 0.000 0.488
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1480365 4 0.4877 -0.5209 0.408 0 0.000 0.592
#> SRR602927 1 0.5000 0.8267 0.504 0 0.000 0.496
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.5112 -0.6267 0.436 0 0.004 0.560
#> SRR1475909 3 0.7401 0.3217 0.188 0 0.496 0.316
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0290 0.79214 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341898 3 0.1043 0.82446 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1333930 1 0.6338 0.37473 0.560 0.000 0.040 0.320 0.080
#> SRR1085850 1 0.1493 0.78089 0.948 0.000 0.000 0.028 0.024
#> SRR1379450 4 0.1270 0.66611 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.5646 0.35333 0.564 0.000 0.004 0.356 0.076
#> SRR1077405 5 0.3684 0.77902 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1330061 5 0.3702 0.76242 0.000 0.000 0.084 0.096 0.820
#> SRR662725 4 0.1341 0.66493 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1313951 4 0.5374 0.54410 0.232 0.000 0.044 0.684 0.040
#> SRR1339218 4 0.4946 0.44582 0.300 0.000 0.000 0.648 0.052
#> SRR1417505 4 0.1970 0.66812 0.012 0.000 0.004 0.924 0.060
#> SRR1407134 4 0.6112 0.54971 0.144 0.000 0.136 0.664 0.056
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.3132 0.80555 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR1075898 4 0.2199 0.67035 0.060 0.000 0.008 0.916 0.016
#> SRR1498482 5 0.3774 0.76584 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1359673 3 0.0703 0.83083 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1439873 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335254 4 0.0510 0.67120 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1352706 5 0.3752 0.77309 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1436966 5 0.3508 0.79151 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR614802 1 0.4977 0.53930 0.684 0.000 0.008 0.256 0.052
#> SRR1388979 4 0.3184 0.65200 0.100 0.000 0.000 0.852 0.048
#> SRR1396595 1 0.1300 0.78306 0.956 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1340508 1 0.0451 0.79192 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1360868 3 0.1670 0.78531 0.000 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1440699 3 0.1121 0.82337 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1389059 5 0.3752 0.77309 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1083100 3 0.6567 0.07571 0.112 0.000 0.508 0.352 0.028
#> SRR1348861 5 0.3723 0.70875 0.000 0.000 0.044 0.152 0.804
#> SRR1072367 3 0.0162 0.82979 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468403 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1417070 5 0.3669 0.79042 0.000 0.000 0.128 0.056 0.816
#> SRR1390601 1 0.0162 0.79272 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486560 4 0.4059 0.60001 0.172 0.000 0.000 0.776 0.052
#> SRR1315761 4 0.1341 0.66493 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1392637 4 0.1270 0.66611 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR810957 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.2970 0.65771 0.000 0.000 0.004 0.168 0.828
#> SRR1470212 3 0.0703 0.83193 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433971 1 0.4697 0.58882 0.720 0.000 0.008 0.224 0.048
#> SRR598124 5 0.5702 0.67285 0.000 0.000 0.320 0.104 0.576
#> SRR615141 5 0.4420 0.14702 0.000 0.000 0.004 0.448 0.548
#> SRR601122 4 0.1341 0.66493 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1397008 3 0.6800 -0.23992 0.000 0.000 0.364 0.344 0.292
#> SRR1358561 5 0.2929 0.80425 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1498640 4 0.6864 0.47985 0.228 0.000 0.192 0.544 0.036
#> SRR1429957 5 0.3691 0.77681 0.000 0.000 0.104 0.076 0.820
#> SRR1452292 1 0.4480 0.62535 0.748 0.000 0.008 0.196 0.048
#> SRR1467590 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.5850 0.42069 0.272 0.000 0.004 0.600 0.124
#> SRR659121 4 0.2616 0.65543 0.100 0.000 0.000 0.880 0.020
#> SRR1330656 5 0.3983 0.70517 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1388305 1 0.6686 0.31475 0.516 0.000 0.032 0.328 0.124
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0404 0.83293 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1311086 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.4084 0.45898 0.000 0.000 0.004 0.668 0.328
#> SRR661325 4 0.2852 0.61009 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.1341 0.66568 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1394713 5 0.3734 0.69102 0.000 0.000 0.036 0.168 0.796
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.5726 0.27984 0.000 0.000 0.372 0.536 0.092
#> SRR1436444 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084649 4 0.5837 0.49780 0.192 0.000 0.024 0.660 0.124
#> SRR1500405 5 0.4022 0.76857 0.000 0.000 0.100 0.104 0.796
#> SRR1354446 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 3 0.6765 0.08469 0.136 0.000 0.512 0.320 0.032
#> SRR1444559 5 0.3132 0.80555 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR1381543 4 0.1502 0.66348 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0703 0.83086 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR660007 3 0.0880 0.82481 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR655649 4 0.2424 0.63770 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1437306 4 0.5463 0.62120 0.132 0.000 0.028 0.708 0.132
#> SRR657731 3 0.3730 0.37614 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR661005 4 0.6496 0.33121 0.108 0.000 0.372 0.496 0.024
#> SRR600608 1 0.5759 0.47939 0.624 0.000 0.008 0.256 0.112
#> SRR655923 3 0.0794 0.82809 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334717 1 0.6753 0.30793 0.512 0.000 0.036 0.328 0.124
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.3048 0.65183 0.000 0.000 0.004 0.176 0.820
#> SRR1082759 5 0.3194 0.80026 0.000 0.000 0.148 0.020 0.832
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.1469 0.78150 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1316815 1 0.3631 0.70911 0.824 0.000 0.000 0.104 0.072
#> SRR1072797 1 0.6783 0.32410 0.520 0.000 0.040 0.316 0.124
#> SRR612455 3 0.0404 0.83016 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR818210 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0703 0.82909 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1387178 4 0.6073 0.38854 0.296 0.000 0.008 0.572 0.124
#> SRR660498 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.1430 0.66984 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 3 0.7592 -0.25085 0.304 0.000 0.332 0.324 0.040
#> SRR657348 4 0.4629 0.52348 0.244 0.000 0.000 0.704 0.052
#> SRR662091 5 0.4040 0.78646 0.000 0.000 0.276 0.012 0.712
#> SRR608598 3 0.1341 0.81522 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR663320 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.7897 -0.21181 0.164 0.000 0.388 0.340 0.108
#> SRR1361567 1 0.3354 0.72025 0.844 0.000 0.000 0.068 0.088
#> SRR819134 1 0.7478 -0.00138 0.400 0.000 0.244 0.316 0.040
#> SRR1311400 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.3921 0.78739 0.000 0.000 0.128 0.072 0.800
#> SRR661433 5 0.3684 0.77902 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1453341 1 0.4031 0.67910 0.796 0.000 0.008 0.148 0.048
#> SRR819946 5 0.3681 0.79834 0.000 0.000 0.148 0.044 0.808
#> SRR1319539 4 0.5892 0.25777 0.000 0.000 0.372 0.520 0.108
#> SRR1343841 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 5 0.5964 0.56720 0.000 0.000 0.340 0.124 0.536
#> SRR1487321 4 0.6200 0.33340 0.332 0.000 0.008 0.536 0.124
#> SRR1312428 4 0.5880 0.56618 0.036 0.000 0.196 0.664 0.104
#> SRR657587 4 0.3741 0.51166 0.264 0.000 0.000 0.732 0.004
#> SRR1337412 4 0.6054 0.22327 0.000 0.000 0.380 0.496 0.124
#> SRR1474466 4 0.5255 0.51072 0.076 0.000 0.012 0.684 0.228
#> SRR1466993 1 0.0324 0.79279 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1358102 4 0.7439 0.47351 0.144 0.000 0.208 0.528 0.120
#> SRR1455171 3 0.0290 0.83276 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR627299 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.6754 0.34243 0.140 0.000 0.364 0.472 0.024
#> SRR817758 4 0.6559 0.34142 0.040 0.000 0.348 0.520 0.092
#> SRR821019 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330675 4 0.1502 0.66348 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.6405 0.17660 0.000 0.000 0.252 0.512 0.236
#> SRR604074 3 0.0865 0.81404 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.3707 0.77614 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR820209 3 0.3479 0.71199 0.016 0.000 0.852 0.076 0.056
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4238 0.36609 0.368 0.000 0.000 0.628 0.004
#> SRR1350456 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 5 0.3521 0.61025 0.000 0.000 0.004 0.232 0.764
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0510 0.83256 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1403958 4 0.2439 0.64416 0.120 0.000 0.004 0.876 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.6637 0.29942 0.512 0.000 0.028 0.336 0.124
#> SRR1334847 3 0.5713 0.20895 0.044 0.000 0.560 0.372 0.024
#> SRR1421093 5 0.3730 0.77485 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1085782 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1466357 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR597977 3 0.1341 0.81522 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1375635 4 0.1768 0.65712 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR661133 4 0.6357 0.20332 0.372 0.000 0.012 0.496 0.120
#> SRR1357523 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.3160 0.64133 0.000 0.000 0.004 0.188 0.808
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.5837 0.49780 0.192 0.000 0.024 0.660 0.124
#> SRR1454803 1 0.1668 0.77838 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR1468381 4 0.4735 0.49028 0.272 0.000 0.000 0.680 0.048
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1434138 4 0.1571 0.66152 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR1456950 4 0.1270 0.66611 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.5401 0.30984 0.000 0.000 0.060 0.404 0.536
#> SRR1355040 1 0.0162 0.79273 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409351 4 0.2592 0.66462 0.056 0.000 0.000 0.892 0.052
#> SRR1085495 1 0.0703 0.78767 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR604026 4 0.6992 0.42199 0.228 0.000 0.080 0.564 0.128
#> SRR1500868 4 0.5597 0.49932 0.196 0.000 0.012 0.668 0.124
#> SRR1476279 4 0.3043 0.66249 0.080 0.000 0.000 0.864 0.056
#> SRR627429 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660969 3 0.5975 0.23974 0.068 0.000 0.584 0.320 0.028
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1341 0.81522 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1440986 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.2464 0.65625 0.096 0.000 0.000 0.888 0.016
#> SRR1319837 4 0.8162 0.09889 0.324 0.000 0.240 0.328 0.108
#> SRR1491311 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1487295 5 0.4074 0.67113 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440058 1 0.4276 0.47482 0.716 0.000 0.000 0.256 0.028
#> SRR1389979 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.6880 0.29418 0.504 0.000 0.044 0.328 0.124
#> SRR607337 4 0.6320 0.13493 0.388 0.000 0.008 0.480 0.124
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0898 0.81435 0.000 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0404 0.83293 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1387989 3 0.0963 0.82653 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1383018 3 0.0992 0.81116 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1441701 3 0.2127 0.75249 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1368772 1 0.4273 0.61500 0.748 0.000 0.004 0.212 0.036
#> SRR664819 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.6727 0.27061 0.500 0.000 0.032 0.344 0.124
#> SRR614083 3 0.0992 0.81116 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1310623 3 0.1121 0.82245 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1420625 5 0.3707 0.77614 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR816721 4 0.2669 0.65341 0.104 0.000 0.000 0.876 0.020
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1502 0.66348 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR1418992 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0510 0.83256 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1399028 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.5792 0.43902 0.240 0.000 0.008 0.628 0.124
#> SRR1402900 1 0.0162 0.79273 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485290 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.6759 0.07316 0.144 0.000 0.508 0.320 0.028
#> SRR664842 4 0.3033 0.65749 0.084 0.000 0.000 0.864 0.052
#> SRR662342 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665502 3 0.1251 0.80031 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR657891 4 0.6442 0.24700 0.400 0.000 0.068 0.488 0.044
#> SRR1421305 4 0.6365 0.24500 0.052 0.000 0.060 0.536 0.352
#> SRR1335707 4 0.5613 0.51826 0.012 0.000 0.244 0.648 0.096
#> SRR1401276 1 0.6818 0.30068 0.508 0.000 0.040 0.328 0.124
#> SRR627421 1 0.8066 0.00924 0.372 0.000 0.176 0.328 0.124
#> SRR1311575 4 0.5926 0.48223 0.204 0.000 0.024 0.648 0.124
#> SRR1475675 3 0.0703 0.83150 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR661995 1 0.6880 0.29543 0.504 0.000 0.044 0.328 0.124
#> SRR1471922 4 0.3099 0.64645 0.124 0.000 0.000 0.848 0.028
#> SRR1077687 3 0.7298 -0.24847 0.324 0.000 0.332 0.324 0.020
#> SRR821602 5 0.4088 0.66392 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR608718 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.3707 0.77614 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1437555 1 0.6552 0.34400 0.536 0.000 0.036 0.324 0.104
#> SRR810571 3 0.0703 0.82982 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR664048 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500998 5 0.4166 0.42663 0.000 0.000 0.004 0.348 0.648
#> SRR1320916 3 0.4096 0.51963 0.004 0.000 0.724 0.260 0.012
#> SRR1472150 5 0.3882 0.80487 0.000 0.000 0.224 0.020 0.756
#> SRR1329090 4 0.7308 -0.03710 0.400 0.000 0.072 0.408 0.120
#> SRR1317344 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.4059 0.60230 0.172 0.000 0.000 0.776 0.052
#> SRR1324371 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.5842 0.49972 0.204 0.000 0.024 0.656 0.116
#> SRR1321462 4 0.3935 0.62417 0.140 0.000 0.016 0.808 0.036
#> SRR1387264 1 0.4587 0.60404 0.728 0.000 0.000 0.204 0.068
#> SRR1468141 3 0.0963 0.82534 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1486097 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.1270 0.81796 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR604050 3 0.1809 0.77820 0.000 0.000 0.928 0.060 0.012
#> SRR600385 4 0.6239 0.41923 0.072 0.000 0.320 0.568 0.040
#> SRR1430248 3 0.1106 0.81267 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1352975 4 0.5742 0.51447 0.180 0.000 0.024 0.672 0.124
#> SRR1457221 5 0.5725 0.70392 0.000 0.000 0.204 0.172 0.624
#> SRR807591 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.3669 0.79042 0.000 0.000 0.128 0.056 0.816
#> SRR660895 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR655111 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336006 4 0.3790 0.53338 0.000 0.000 0.004 0.724 0.272
#> SRR613114 3 0.1341 0.81522 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR608368 4 0.2439 0.63743 0.000 0.000 0.004 0.876 0.120
#> SRR1315269 4 0.6216 0.49459 0.188 0.000 0.044 0.640 0.128
#> SRR1435020 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.5396 0.49950 0.648 0.000 0.008 0.268 0.076
#> SRR1315019 5 0.3381 0.80677 0.000 0.000 0.176 0.016 0.808
#> SRR1370173 5 0.3707 0.77614 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1408327 5 0.3132 0.80555 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR1405485 4 0.5721 0.50505 0.188 0.000 0.020 0.668 0.124
#> SRR812012 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4553 0.34086 0.384 0.000 0.004 0.604 0.008
#> SRR1469495 5 0.2929 0.80425 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1378841 5 0.3636 0.78596 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1375616 5 0.3132 0.80555 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR1381566 4 0.4370 0.53531 0.236 0.000 0.000 0.724 0.040
#> SRR1432123 1 0.0898 0.78868 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1370405 4 0.3090 0.65681 0.088 0.000 0.000 0.860 0.052
#> SRR1099499 1 0.4887 0.54881 0.692 0.000 0.008 0.252 0.048
#> SRR659331 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.2763 0.62608 0.000 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1468974 5 0.3684 0.78163 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1470111 5 0.3093 0.80508 0.000 0.000 0.168 0.008 0.824
#> SRR1079168 3 0.1197 0.82047 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1338584 3 0.0404 0.83293 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1329551 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662871 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.2872 0.75373 0.884 0.000 0.008 0.060 0.048
#> SRR600560 4 0.4225 0.37347 0.364 0.000 0.000 0.632 0.004
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.6633 0.39056 0.000 0.000 0.384 0.220 0.396
#> SRR1487107 4 0.3074 0.59077 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1348159 1 0.0290 0.79214 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356036 1 0.6880 0.29418 0.504 0.000 0.044 0.328 0.124
#> SRR614443 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1314958 4 0.5774 0.50723 0.184 0.000 0.024 0.668 0.124
#> SRR1341702 4 0.6382 0.37907 0.284 0.000 0.024 0.568 0.124
#> SRR1444678 4 0.5806 0.50265 0.188 0.000 0.024 0.664 0.124
#> SRR1350107 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.6804 0.12203 0.452 0.000 0.032 0.392 0.124
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.1168 0.80408 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008
#> SRR1468955 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.2390 0.75099 0.896 0.000 0.000 0.084 0.020
#> SRR1312103 4 0.4446 0.59495 0.048 0.000 0.008 0.752 0.192
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0510 0.83065 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR660933 1 0.0671 0.79046 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1488651 5 0.4090 0.79119 0.000 0.000 0.268 0.016 0.716
#> SRR1359388 4 0.4902 0.43902 0.304 0.000 0.000 0.648 0.048
#> SRR817686 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1429162 4 0.5944 0.07942 0.008 0.000 0.448 0.464 0.080
#> SRR612380 4 0.3201 0.65468 0.096 0.000 0.000 0.852 0.052
#> SRR817905 4 0.3307 0.65258 0.104 0.000 0.000 0.844 0.052
#> SRR1337909 4 0.5792 0.46235 0.240 0.000 0.008 0.628 0.124
#> SRR661723 3 0.1121 0.82245 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1314163 1 0.5409 0.43017 0.604 0.000 0.000 0.316 0.080
#> SRR1489155 5 0.4108 0.76052 0.000 0.000 0.308 0.008 0.684
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0162 0.82979 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.2929 0.80425 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR820078 1 0.0162 0.79273 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481462 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR819534 3 0.1478 0.80737 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR820468 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.4622 0.48732 0.276 0.000 0.000 0.684 0.040
#> SRR1396078 5 0.6299 0.48910 0.000 0.000 0.380 0.156 0.464
#> SRR1443612 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1470902 4 0.1341 0.66493 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1362777 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1413522 4 0.5602 0.44391 0.008 0.000 0.288 0.620 0.084
#> SRR1073143 1 0.4658 0.58601 0.720 0.000 0.008 0.228 0.044
#> SRR1444622 5 0.5215 0.76096 0.000 0.000 0.256 0.088 0.656
#> SRR662570 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.7486 0.13255 0.324 0.000 0.312 0.332 0.032
#> SRR1323043 1 0.0865 0.78874 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1475022 5 0.3010 0.65468 0.000 0.000 0.004 0.172 0.824
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0162 0.82979 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603596 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.5104 0.38166 0.000 0.000 0.060 0.632 0.308
#> SRR615467 3 0.2471 0.71617 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR660638 3 0.1408 0.79268 0.000 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1360383 4 0.5630 0.37226 0.000 0.000 0.324 0.580 0.096
#> SRR1354577 5 0.3132 0.80555 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR608230 3 0.0000 0.83131 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.5945 0.44058 0.596 0.000 0.008 0.276 0.120
#> SRR1336379 4 0.0693 0.67200 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.4956 0.42090 0.316 0.000 0.000 0.636 0.048
#> SRR1477634 4 0.4640 0.51091 0.256 0.000 0.000 0.696 0.048
#> SRR1444876 4 0.5211 0.45028 0.000 0.000 0.100 0.668 0.232
#> SRR1101421 1 0.2899 0.74627 0.880 0.000 0.008 0.076 0.036
#> SRR613354 4 0.8168 0.13254 0.304 0.000 0.264 0.328 0.104
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.5810 0.33598 0.052 0.000 0.612 0.300 0.036
#> SRR1324431 4 0.2170 0.65897 0.088 0.000 0.004 0.904 0.004
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 3 0.6767 0.09771 0.148 0.000 0.512 0.312 0.028
#> SRR655684 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0290 0.79214 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1397073 4 0.6266 0.56148 0.084 0.000 0.124 0.660 0.132
#> SRR1455060 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341008 4 0.6367 0.39036 0.264 0.000 0.028 0.584 0.124
#> SRR1087031 4 0.5177 0.12763 0.416 0.000 0.008 0.548 0.028
#> SRR1489177 5 0.4434 0.11005 0.000 0.000 0.004 0.460 0.536
#> SRR1350525 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1440517 4 0.7933 0.11781 0.320 0.000 0.284 0.324 0.072
#> SRR1320093 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.6880 0.29543 0.504 0.000 0.044 0.328 0.124
#> SRR1320280 1 0.0290 0.79229 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082262 1 0.3710 0.68720 0.808 0.000 0.000 0.144 0.048
#> SRR1379238 4 0.5665 0.46957 0.220 0.000 0.008 0.648 0.124
#> SRR1385080 4 0.1478 0.66236 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1316921 1 0.6563 0.30412 0.516 0.000 0.024 0.336 0.124
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0880 0.78477 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.6519 -0.38258 0.000 0.000 0.408 0.192 0.400
#> SRR818418 4 0.7109 0.45591 0.240 0.000 0.212 0.508 0.040
#> SRR1474553 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079281 4 0.2179 0.64441 0.000 0.000 0.004 0.896 0.100
#> SRR656493 3 0.0609 0.83049 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1328599 3 0.1740 0.78149 0.000 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR655218 1 0.6880 0.29543 0.504 0.000 0.044 0.328 0.124
#> SRR1416754 4 0.5418 0.50758 0.016 0.000 0.256 0.660 0.068
#> SRR1488562 3 0.6829 0.07616 0.144 0.000 0.504 0.320 0.032
#> SRR1084842 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0510 0.83122 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468514 1 0.1485 0.78053 0.948 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1499823 5 0.3684 0.77902 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1481216 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.4288 0.42316 0.324 0.000 0.000 0.664 0.012
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.4040 0.79476 0.000 0.000 0.260 0.016 0.724
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.1341 0.66493 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1415095 4 0.5642 0.62021 0.140 0.000 0.040 0.700 0.120
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.6637 0.29899 0.312 0.000 0.032 0.532 0.124
#> SRR597927 4 0.3766 0.49899 0.268 0.000 0.000 0.728 0.004
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3999 0.70652 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1490019 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1476676 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.4967 0.47997 0.000 0.000 0.704 0.104 0.192
#> SRR1432343 4 0.1270 0.66611 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1459585 5 0.3707 0.77614 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0162 0.83256 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR612443 3 0.2278 0.75997 0.000 0.000 0.908 0.060 0.032
#> SRR1473936 4 0.6507 0.02737 0.000 0.000 0.376 0.432 0.192
#> SRR1455698 5 0.3493 0.78239 0.000 0.000 0.108 0.060 0.832
#> SRR1331335 1 0.5059 0.54726 0.696 0.000 0.000 0.192 0.112
#> SRR659187 4 0.2659 0.66333 0.060 0.000 0.000 0.888 0.052
#> SRR1417912 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 4 0.5995 0.12975 0.000 0.000 0.420 0.468 0.112
#> SRR1500753 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0290 0.79218 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR615934 3 0.1270 0.81796 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1411024 4 0.1270 0.66611 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1469904 1 0.3003 0.73578 0.864 0.000 0.000 0.092 0.044
#> SRR1311794 1 0.7017 0.28094 0.496 0.000 0.056 0.328 0.120
#> SRR657754 1 0.2448 0.74818 0.892 0.000 0.000 0.088 0.020
#> SRR1464451 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.3048 0.65183 0.000 0.000 0.004 0.176 0.820
#> SRR1444460 4 0.7215 0.44164 0.200 0.000 0.116 0.556 0.128
#> SRR1333587 3 0.7242 -0.02720 0.140 0.000 0.468 0.332 0.060
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.2124 0.64756 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1366433 4 0.3255 0.65324 0.100 0.000 0.000 0.848 0.052
#> SRR1480479 4 0.3142 0.66398 0.076 0.000 0.004 0.864 0.056
#> SRR1470175 1 0.4179 0.68572 0.812 0.000 0.088 0.072 0.028
#> SRR598768 1 0.5844 0.20190 0.556 0.000 0.004 0.344 0.096
#> SRR1335400 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.4573 0.51221 0.256 0.000 0.000 0.700 0.044
#> SRR820133 4 0.6461 0.23873 0.352 0.000 0.072 0.528 0.048
#> SRR1348424 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1382956 5 0.3662 0.79580 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1339549 5 0.4251 0.37698 0.000 0.000 0.004 0.372 0.624
#> SRR821434 1 0.7284 -0.01460 0.408 0.000 0.160 0.384 0.048
#> SRR662546 4 0.3255 0.65347 0.100 0.000 0.000 0.848 0.052
#> SRR1319816 5 0.3707 0.77614 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1078347 3 0.0703 0.82909 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1435293 4 0.5689 0.50960 0.184 0.000 0.020 0.672 0.124
#> SRR1408208 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.3684 0.78163 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1499193 4 0.5926 0.48223 0.204 0.000 0.024 0.648 0.124
#> SRR1467294 5 0.3913 0.73738 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1359649 4 0.5834 0.31353 0.000 0.000 0.348 0.544 0.108
#> SRR1335688 3 0.4326 0.42443 0.000 0.000 0.708 0.028 0.264
#> SRR1370129 3 0.0290 0.83276 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1321966 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1488672 1 0.0290 0.79214 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343197 5 0.3132 0.80555 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820
#> SRR1416999 1 0.2971 0.64414 0.836 0.000 0.000 0.156 0.008
#> SRR1334564 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0510 0.83256 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498861 1 0.6563 0.30634 0.516 0.000 0.024 0.336 0.124
#> SRR1317877 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0963 0.82534 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1459718 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0880 0.82741 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR602622 4 0.2338 0.63931 0.000 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1487685 4 0.6429 0.48857 0.092 0.000 0.276 0.584 0.048
#> SRR1455925 1 0.0000 0.79299 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0963 0.82534 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1313932 4 0.1082 0.67191 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR603397 3 0.0510 0.83256 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099023 5 0.3093 0.80508 0.000 0.000 0.168 0.008 0.824
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1341 0.81522 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1334741 4 0.2488 0.63401 0.000 0.000 0.004 0.872 0.124
#> SRR656564 4 0.6451 0.46665 0.212 0.000 0.048 0.612 0.128
#> SRR608174 4 0.2574 0.64975 0.112 0.000 0.000 0.876 0.012
#> SRR1320963 4 0.6243 0.09062 0.432 0.000 0.004 0.440 0.124
#> SRR661973 1 0.4912 0.54296 0.688 0.000 0.008 0.256 0.048
#> SRR598533 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613270 2 0.0000 0.99947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480365 1 0.4941 0.31319 0.628 0.000 0.000 0.328 0.044
#> SRR602927 1 0.4136 0.63906 0.764 0.000 0.000 0.188 0.048
#> SRR1315799 2 0.0162 0.99737 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432275 4 0.6662 0.28646 0.320 0.000 0.032 0.524 0.124
#> SRR1475909 3 0.5390 0.29600 0.048 0.000 0.608 0.332 0.012
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0632 0.894571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1341898 3 0.1575 0.898701 0.000 0.000 0.936 0.000 0.032 0.032
#> SRR1333930 6 0.2482 0.643952 0.148 0.000 0.000 0.004 0.000 0.848
#> SRR1085850 1 0.2527 0.757800 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1379450 4 0.0146 0.630182 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467813 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 6 0.4011 0.588857 0.212 0.000 0.000 0.056 0.000 0.732
#> SRR1077405 5 0.3509 0.711598 0.000 0.000 0.240 0.000 0.744 0.016
#> SRR1330061 5 0.0260 0.770320 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR662725 4 0.0146 0.630182 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313951 6 0.5059 0.157266 0.048 0.000 0.004 0.360 0.012 0.576
#> SRR1339218 4 0.3964 0.546547 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR1417505 4 0.3050 0.544766 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1407134 4 0.4495 0.274508 0.004 0.000 0.020 0.580 0.004 0.392
#> SRR1457418 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0291 0.771311 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1075898 6 0.4389 0.009975 0.008 0.000 0.000 0.444 0.012 0.536
#> SRR1498482 5 0.4060 0.664961 0.000 0.000 0.284 0.000 0.684 0.032
#> SRR1359673 3 0.0291 0.921453 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1439873 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335254 4 0.0260 0.629570 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1352706 5 0.3483 0.725494 0.000 0.000 0.212 0.000 0.764 0.024
#> SRR1436966 5 0.2814 0.750481 0.000 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR614802 6 0.3050 0.592950 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1388979 4 0.3488 0.577676 0.036 0.000 0.000 0.780 0.000 0.184
#> SRR1396595 1 0.2941 0.698068 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1340508 1 0.0458 0.895571 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360868 3 0.2743 0.829911 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008 0.164
#> SRR1440699 3 0.1003 0.912914 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1389059 5 0.3619 0.710572 0.000 0.000 0.232 0.000 0.744 0.024
#> SRR1083100 6 0.4330 0.526788 0.028 0.000 0.276 0.004 0.008 0.684
#> SRR1348861 5 0.0865 0.760323 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1072367 3 0.1765 0.896109 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1468403 3 0.0146 0.919802 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417070 5 0.0146 0.770739 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.3588 0.587738 0.060 0.000 0.000 0.788 0.000 0.152
#> SRR1315761 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1392637 4 0.0146 0.630182 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR810957 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458422 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.0790 0.762114 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1470212 3 0.1196 0.920829 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1433971 6 0.3266 0.552411 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR598124 5 0.6353 0.563549 0.000 0.000 0.216 0.228 0.516 0.040
#> SRR615141 5 0.3266 0.584872 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR601122 4 0.0260 0.630367 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1397008 5 0.7482 0.256995 0.000 0.000 0.240 0.308 0.316 0.136
#> SRR1358561 5 0.0603 0.772802 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1498640 6 0.6047 0.013954 0.076 0.000 0.060 0.380 0.000 0.484
#> SRR1429957 5 0.0146 0.770739 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452292 6 0.3515 0.465003 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1467590 3 0.0632 0.921975 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1394936 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.4900 0.303288 0.080 0.000 0.000 0.592 0.000 0.328
#> SRR659121 4 0.4299 0.459730 0.040 0.000 0.000 0.652 0.000 0.308
#> SRR1330656 5 0.3374 0.725374 0.000 0.000 0.208 0.000 0.772 0.020
#> SRR1388305 6 0.1908 0.651921 0.096 0.000 0.000 0.004 0.000 0.900
#> SRR1406917 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0260 0.921363 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311086 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.3807 0.407787 0.000 0.000 0.000 0.368 0.628 0.004
#> SRR661325 4 0.3612 0.597397 0.104 0.000 0.000 0.796 0.000 0.100
#> SRR1439807 1 0.0405 0.897896 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1352129 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.0405 0.630032 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1394713 5 0.0790 0.762728 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 6 0.6796 0.239115 0.000 0.000 0.224 0.312 0.052 0.412
#> SRR1436444 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084649 4 0.3995 0.118855 0.004 0.000 0.000 0.516 0.000 0.480
#> SRR1500405 5 0.0713 0.764408 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.4426 0.489961 0.028 0.000 0.296 0.004 0.008 0.664
#> SRR1444559 5 0.0291 0.771311 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1381543 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1402513 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2649 0.893873 0.000 0.000 0.884 0.028 0.024 0.064
#> SRR660007 3 0.3481 0.806938 0.000 0.000 0.776 0.000 0.032 0.192
#> SRR655649 4 0.4332 0.442649 0.040 0.000 0.000 0.644 0.000 0.316
#> SRR1437306 4 0.5627 0.525870 0.136 0.000 0.004 0.636 0.032 0.192
#> SRR657731 5 0.5295 0.327591 0.000 0.000 0.428 0.032 0.500 0.040
#> SRR661005 6 0.5053 0.545637 0.020 0.000 0.188 0.092 0.008 0.692
#> SRR600608 6 0.4098 0.508817 0.292 0.000 0.000 0.032 0.000 0.676
#> SRR655923 3 0.2633 0.890859 0.000 0.000 0.864 0.000 0.032 0.104
#> SRR1334717 6 0.1806 0.652026 0.088 0.000 0.000 0.004 0.000 0.908
#> SRR1401552 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.1267 0.744756 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1082759 5 0.0291 0.771311 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.1556 0.859070 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1316815 1 0.3807 0.454359 0.628 0.000 0.000 0.004 0.000 0.368
#> SRR1072797 6 0.2356 0.655956 0.100 0.000 0.008 0.004 0.004 0.884
#> SRR612455 3 0.2199 0.902072 0.000 0.000 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR818210 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.3663 0.815882 0.000 0.000 0.792 0.028 0.020 0.160
#> SRR1387178 6 0.4897 -0.137806 0.060 0.000 0.000 0.448 0.000 0.492
#> SRR660498 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.3371 0.495126 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR657325 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 6 0.2926 0.634226 0.028 0.000 0.124 0.004 0.000 0.844
#> SRR657348 4 0.3747 0.589871 0.104 0.000 0.000 0.784 0.000 0.112
#> SRR662091 5 0.3213 0.731955 0.000 0.000 0.204 0.004 0.784 0.008
#> SRR608598 3 0.1649 0.896098 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR663320 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.2288 0.648557 0.028 0.000 0.072 0.004 0.000 0.896
#> SRR1361567 1 0.2726 0.801211 0.856 0.000 0.000 0.032 0.000 0.112
#> SRR819134 6 0.3348 0.656495 0.124 0.000 0.044 0.004 0.004 0.824
#> SRR1311400 1 0.0632 0.894887 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR817775 5 0.0146 0.770739 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661433 5 0.3509 0.711598 0.000 0.000 0.240 0.000 0.744 0.016
#> SRR1453341 6 0.3828 0.171075 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR819946 5 0.0146 0.770739 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319539 6 0.6860 0.235514 0.000 0.000 0.204 0.316 0.064 0.416
#> SRR1343841 1 0.0260 0.899025 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR665563 5 0.4900 0.657057 0.000 0.000 0.124 0.112 0.720 0.044
#> SRR1487321 4 0.5486 0.225170 0.132 0.000 0.000 0.496 0.000 0.372
#> SRR1312428 4 0.4457 0.231699 0.004 0.000 0.016 0.564 0.004 0.412
#> SRR657587 4 0.3933 0.541532 0.248 0.000 0.000 0.716 0.000 0.036
#> SRR1337412 4 0.7479 -0.146770 0.000 0.000 0.252 0.312 0.132 0.304
#> SRR1474466 4 0.6088 0.428691 0.036 0.000 0.000 0.556 0.176 0.232
#> SRR1466993 1 0.0632 0.897635 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1358102 6 0.3150 0.620239 0.032 0.000 0.024 0.096 0.000 0.848
#> SRR1455171 3 0.0260 0.921363 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR627299 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.5433 0.582582 0.064 0.000 0.184 0.068 0.008 0.676
#> SRR817758 6 0.5048 0.372358 0.000 0.000 0.092 0.296 0.004 0.608
#> SRR821019 3 0.0363 0.921464 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330675 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1433644 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.6495 0.380805 0.000 0.000 0.152 0.336 0.460 0.052
#> SRR604074 3 0.1625 0.905969 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1322291 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.4107 0.666276 0.000 0.000 0.280 0.000 0.684 0.036
#> SRR820209 6 0.6050 0.377847 0.004 0.000 0.300 0.036 0.116 0.544
#> SRR1331841 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4619 0.406079 0.348 0.000 0.000 0.600 0.000 0.052
#> SRR1350456 1 0.0260 0.899025 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1472079 5 0.3076 0.622312 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0622 0.921314 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1403958 4 0.4493 0.376478 0.040 0.000 0.000 0.596 0.000 0.364
#> SRR1322270 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 6 0.2019 0.650737 0.088 0.000 0.000 0.012 0.000 0.900
#> SRR1334847 6 0.6405 0.305383 0.000 0.000 0.324 0.216 0.024 0.436
#> SRR1421093 5 0.3566 0.711961 0.000 0.000 0.236 0.000 0.744 0.020
#> SRR1085782 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR597977 3 0.1720 0.893004 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR1375635 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR661133 6 0.3566 0.594378 0.104 0.000 0.000 0.096 0.000 0.800
#> SRR1357523 1 0.0363 0.899316 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1415732 5 0.1267 0.744756 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.3944 0.235289 0.004 0.000 0.000 0.568 0.000 0.428
#> SRR1454803 1 0.3221 0.634262 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1468381 4 0.3518 0.541857 0.256 0.000 0.000 0.732 0.000 0.012
#> SRR1447986 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1456950 4 0.0146 0.629543 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0937 0.757388 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.3172 0.595067 0.036 0.000 0.000 0.816 0.000 0.148
#> SRR1085495 1 0.2454 0.766803 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR604026 6 0.4037 0.485154 0.032 0.000 0.008 0.236 0.000 0.724
#> SRR1500868 4 0.3984 0.289633 0.008 0.000 0.000 0.596 0.000 0.396
#> SRR1476279 4 0.3888 0.459389 0.016 0.000 0.000 0.672 0.000 0.312
#> SRR627429 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660969 6 0.4519 0.327763 0.012 0.000 0.388 0.004 0.012 0.584
#> SRR1335377 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.1480 0.899711 0.000 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020
#> SRR1440986 1 0.0363 0.899250 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1357189 4 0.3582 0.571684 0.036 0.000 0.000 0.768 0.000 0.196
#> SRR1319837 6 0.1642 0.653144 0.032 0.000 0.028 0.004 0.000 0.936
#> SRR1491311 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.3539 0.715590 0.000 0.000 0.220 0.000 0.756 0.024
#> SRR1415215 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.1588 0.909864 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1440058 1 0.2837 0.792613 0.856 0.000 0.000 0.088 0.000 0.056
#> SRR1389979 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 6 0.1644 0.654208 0.076 0.000 0.000 0.004 0.000 0.920
#> SRR607337 6 0.5184 0.360029 0.120 0.000 0.000 0.296 0.000 0.584
#> SRR1434803 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.2053 0.886959 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1465132 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0260 0.921363 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1387989 3 0.0291 0.919859 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1383018 3 0.2006 0.889672 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR1441701 3 0.3176 0.742708 0.000 0.000 0.812 0.000 0.156 0.032
#> SRR1368772 1 0.4958 0.192972 0.560 0.000 0.000 0.076 0.000 0.364
#> SRR664819 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 6 0.2066 0.645085 0.072 0.000 0.000 0.024 0.000 0.904
#> SRR614083 3 0.1958 0.892319 0.000 0.000 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1310623 3 0.0914 0.914260 0.000 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1420625 5 0.3534 0.709091 0.000 0.000 0.244 0.000 0.740 0.016
#> SRR816721 4 0.3884 0.539211 0.036 0.000 0.000 0.724 0.000 0.240
#> SRR1359367 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0146 0.630182 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418992 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0146 0.920667 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1399028 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.4639 0.095455 0.040 0.000 0.000 0.512 0.000 0.448
#> SRR1402900 1 0.0632 0.894571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1485290 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.4426 0.489890 0.028 0.000 0.296 0.004 0.008 0.664
#> SRR664842 4 0.3455 0.579075 0.036 0.000 0.000 0.784 0.000 0.180
#> SRR662342 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665502 3 0.2053 0.887263 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR657891 6 0.5931 0.000252 0.184 0.000 0.004 0.372 0.000 0.440
#> SRR1421305 5 0.5625 0.391348 0.036 0.000 0.000 0.132 0.624 0.208
#> SRR1335707 4 0.4780 0.271788 0.000 0.000 0.020 0.568 0.024 0.388
#> SRR1401276 6 0.2009 0.654033 0.084 0.000 0.004 0.008 0.000 0.904
#> SRR627421 6 0.1370 0.651807 0.036 0.000 0.012 0.004 0.000 0.948
#> SRR1311575 4 0.4051 0.219118 0.008 0.000 0.000 0.560 0.000 0.432
#> SRR1475675 3 0.0291 0.921199 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR661995 6 0.1285 0.652979 0.052 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944
#> SRR1471922 4 0.4666 0.303207 0.048 0.000 0.000 0.564 0.000 0.388
#> SRR1077687 6 0.4677 0.586798 0.084 0.000 0.216 0.004 0.004 0.692
#> SRR821602 5 0.3821 0.708030 0.000 0.000 0.220 0.000 0.740 0.040
#> SRR608718 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.3509 0.711598 0.000 0.000 0.240 0.000 0.744 0.016
#> SRR1437555 6 0.2278 0.647667 0.128 0.000 0.000 0.004 0.000 0.868
#> SRR810571 3 0.2412 0.901924 0.000 0.000 0.880 0.000 0.028 0.092
#> SRR664048 3 0.1267 0.913315 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1500998 5 0.3428 0.540095 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1320916 6 0.4100 0.293272 0.000 0.000 0.388 0.004 0.008 0.600
#> SRR1472150 5 0.1493 0.778004 0.000 0.000 0.056 0.004 0.936 0.004
#> SRR1329090 6 0.3344 0.572356 0.044 0.000 0.000 0.152 0.000 0.804
#> SRR1317344 1 0.0632 0.894931 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR817978 4 0.3456 0.581802 0.040 0.000 0.000 0.788 0.000 0.172
#> SRR1324371 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.4176 0.274758 0.016 0.000 0.000 0.580 0.000 0.404
#> SRR1321462 6 0.4336 0.160542 0.008 0.000 0.000 0.408 0.012 0.572
#> SRR1387264 6 0.3431 0.596410 0.228 0.000 0.000 0.016 0.000 0.756
#> SRR1468141 3 0.1789 0.902888 0.000 0.000 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1486097 1 0.0146 0.900391 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608002 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0146 0.901616 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414684 3 0.1649 0.896098 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR604050 3 0.2450 0.877201 0.000 0.000 0.868 0.000 0.016 0.116
#> SRR600385 6 0.4880 0.524065 0.008 0.000 0.148 0.160 0.000 0.684
#> SRR1430248 3 0.1890 0.901798 0.000 0.000 0.916 0.000 0.024 0.060
#> SRR1352975 4 0.4127 0.288337 0.004 0.000 0.000 0.588 0.008 0.400
#> SRR1457221 5 0.4353 0.560915 0.000 0.000 0.004 0.244 0.696 0.056
#> SRR807591 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0146 0.770739 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.1285 0.915853 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1336006 5 0.3797 0.290876 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR613114 3 0.2164 0.865410 0.000 0.000 0.900 0.000 0.068 0.032
#> SRR608368 4 0.2178 0.583667 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1315269 4 0.3997 0.091998 0.004 0.000 0.000 0.508 0.000 0.488
#> SRR1435020 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 6 0.3052 0.605127 0.216 0.000 0.000 0.004 0.000 0.780
#> SRR1315019 5 0.0748 0.775148 0.000 0.000 0.016 0.004 0.976 0.004
#> SRR1370173 5 0.3509 0.711598 0.000 0.000 0.240 0.000 0.744 0.016
#> SRR1408327 5 0.0692 0.772740 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1405485 4 0.3984 0.289633 0.008 0.000 0.000 0.596 0.000 0.396
#> SRR812012 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4228 0.354874 0.392 0.000 0.000 0.588 0.000 0.020
#> SRR1469495 5 0.0146 0.771878 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1378841 5 0.2778 0.750815 0.000 0.000 0.168 0.000 0.824 0.008
#> SRR1375616 5 0.0146 0.771878 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1381566 4 0.3078 0.580288 0.192 0.000 0.000 0.796 0.000 0.012
#> SRR1432123 1 0.0713 0.893486 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1370405 4 0.3551 0.572124 0.036 0.000 0.000 0.772 0.000 0.192
#> SRR1099499 6 0.3266 0.552200 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR659331 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4881 0.328780 0.000 0.000 0.000 0.588 0.336 0.076
#> SRR1468974 5 0.3374 0.725374 0.000 0.000 0.208 0.000 0.772 0.020
#> SRR1470111 5 0.0291 0.771311 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1079168 3 0.1088 0.910331 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1338584 3 0.0291 0.921199 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1329551 3 0.1327 0.912172 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662871 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.3857 0.152797 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR600560 4 0.4797 0.380306 0.356 0.000 0.000 0.580 0.000 0.064
#> SRR1434867 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.7353 0.277731 0.000 0.000 0.300 0.284 0.312 0.104
#> SRR1487107 4 0.3542 0.585215 0.160 0.000 0.000 0.788 0.000 0.052
#> SRR1348159 1 0.0865 0.889788 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1356036 6 0.1806 0.653317 0.088 0.000 0.000 0.004 0.000 0.908
#> SRR614443 3 0.0260 0.921363 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1314958 4 0.4024 0.288762 0.004 0.000 0.000 0.592 0.004 0.400
#> SRR1341702 6 0.3533 0.501011 0.020 0.000 0.008 0.196 0.000 0.776
#> SRR1444678 4 0.4165 0.251556 0.004 0.000 0.000 0.568 0.008 0.420
#> SRR1350107 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 6 0.2006 0.652344 0.080 0.000 0.000 0.016 0.000 0.904
#> SRR1467364 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.2266 0.885063 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR1468955 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.3647 0.451927 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1312103 4 0.5316 0.092454 0.040 0.000 0.000 0.528 0.396 0.036
#> SRR1429891 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.2094 0.906845 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020 0.080
#> SRR660933 1 0.2562 0.767216 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1488651 5 0.2814 0.749333 0.000 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR1359388 4 0.3862 0.583838 0.132 0.000 0.000 0.772 0.000 0.096
#> SRR817686 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.6519 0.304460 0.000 0.000 0.236 0.284 0.032 0.448
#> SRR612380 4 0.3755 0.553146 0.036 0.000 0.000 0.744 0.000 0.220
#> SRR817905 4 0.4420 0.407256 0.040 0.000 0.000 0.620 0.000 0.340
#> SRR1337909 4 0.3984 0.289633 0.008 0.000 0.000 0.596 0.000 0.396
#> SRR661723 3 0.0405 0.919506 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1314163 6 0.3217 0.600530 0.224 0.000 0.000 0.008 0.000 0.768
#> SRR1489155 5 0.3511 0.718867 0.000 0.000 0.216 0.000 0.760 0.024
#> SRR1398992 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.1765 0.896109 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1472193 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0146 0.771878 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR820078 1 0.0632 0.894571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1481462 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819534 3 0.2558 0.822557 0.000 0.000 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR820468 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.3799 0.522989 0.276 0.000 0.000 0.704 0.000 0.020
#> SRR1396078 5 0.6991 0.445977 0.000 0.000 0.244 0.256 0.424 0.076
#> SRR1443612 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1362777 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.5303 -0.009608 0.000 0.000 0.068 0.464 0.012 0.456
#> SRR1073143 6 0.3804 0.230582 0.424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1444622 5 0.5297 0.639807 0.000 0.000 0.168 0.212 0.616 0.004
#> SRR662570 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 6 0.4324 0.617507 0.084 0.000 0.168 0.004 0.004 0.740
#> SRR1323043 1 0.0972 0.893978 0.964 0.000 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1475022 5 0.0865 0.760323 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.1908 0.897433 0.000 0.000 0.900 0.000 0.004 0.096
#> SRR603596 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.5925 0.039322 0.000 0.000 0.000 0.236 0.456 0.308
#> SRR615467 3 0.3450 0.688464 0.000 0.000 0.780 0.000 0.188 0.032
#> SRR660638 3 0.2257 0.879066 0.000 0.000 0.876 0.000 0.008 0.116
#> SRR1360383 4 0.6592 0.099845 0.000 0.000 0.156 0.476 0.064 0.304
#> SRR1354577 5 0.0146 0.771878 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR608230 3 0.1714 0.898822 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1320873 6 0.2595 0.632099 0.160 0.000 0.000 0.004 0.000 0.836
#> SRR1336379 4 0.0725 0.629210 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1325665 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3374 0.566871 0.208 0.000 0.000 0.772 0.000 0.020
#> SRR1477634 4 0.3245 0.561058 0.228 0.000 0.000 0.764 0.000 0.008
#> SRR1444876 4 0.6415 0.145330 0.000 0.000 0.020 0.416 0.328 0.236
#> SRR1101421 1 0.3215 0.660657 0.756 0.000 0.000 0.004 0.000 0.240
#> SRR613354 6 0.1989 0.651814 0.028 0.000 0.052 0.004 0.000 0.916
#> SRR1434782 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.5516 0.391734 0.000 0.000 0.332 0.084 0.024 0.560
#> SRR1324431 4 0.3927 0.576051 0.036 0.000 0.000 0.756 0.012 0.196
#> SRR1442356 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.4794 0.402907 0.028 0.000 0.340 0.000 0.024 0.608
#> SRR655684 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0632 0.895202 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1397073 4 0.4437 0.279049 0.004 0.000 0.012 0.584 0.008 0.392
#> SRR1455060 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341008 6 0.4118 0.375849 0.028 0.000 0.000 0.312 0.000 0.660
#> SRR1087031 6 0.4407 0.458188 0.076 0.000 0.000 0.232 0.000 0.692
#> SRR1489177 5 0.3309 0.574608 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.3260 0.654242 0.072 0.000 0.092 0.004 0.000 0.832
#> SRR1320093 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 6 0.1285 0.652979 0.052 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944
#> SRR1320280 1 0.0806 0.894608 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1082262 1 0.3843 0.193076 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1379238 4 0.4045 0.233461 0.008 0.000 0.000 0.564 0.000 0.428
#> SRR1385080 4 0.0405 0.630032 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1316921 6 0.1858 0.648937 0.076 0.000 0.000 0.012 0.000 0.912
#> SRR1097752 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.2793 0.718384 0.800 0.000 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1498272 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.7330 -0.283294 0.000 0.000 0.320 0.256 0.320 0.104
#> SRR818418 6 0.6378 0.012075 0.088 0.000 0.068 0.376 0.004 0.464
#> SRR1474553 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1007 0.917266 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1079281 4 0.3062 0.560013 0.000 0.000 0.000 0.824 0.032 0.144
#> SRR656493 3 0.2750 0.880957 0.000 0.000 0.844 0.000 0.020 0.136
#> SRR1328599 3 0.2389 0.870216 0.000 0.000 0.864 0.000 0.008 0.128
#> SRR655218 6 0.1285 0.652979 0.052 0.000 0.000 0.004 0.000 0.944
#> SRR1416754 4 0.4644 0.237284 0.000 0.000 0.024 0.564 0.012 0.400
#> SRR1488562 6 0.4928 0.407788 0.028 0.000 0.340 0.004 0.024 0.604
#> SRR1084842 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2692 0.875050 0.000 0.000 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR1468514 1 0.2631 0.747032 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1499823 5 0.3509 0.711598 0.000 0.000 0.240 0.000 0.744 0.016
#> SRR1481216 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.3758 0.519992 0.284 0.000 0.000 0.700 0.000 0.016
#> SRR1499442 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.2809 0.752069 0.000 0.000 0.168 0.004 0.824 0.004
#> SRR1445328 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0291 0.630115 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1415095 4 0.5544 0.535529 0.136 0.000 0.004 0.648 0.032 0.180
#> SRR1499982 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 6 0.3978 0.443284 0.032 0.000 0.000 0.268 0.000 0.700
#> SRR597927 4 0.3133 0.571256 0.212 0.000 0.000 0.780 0.000 0.008
#> SRR1479239 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.3511 0.718867 0.000 0.000 0.216 0.000 0.760 0.024
#> SRR1490019 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0363 0.899367 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR663261 5 0.7183 -0.021987 0.000 0.000 0.252 0.084 0.344 0.320
#> SRR1432343 4 0.0000 0.629516 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.3534 0.709091 0.000 0.000 0.244 0.000 0.740 0.016
#> SRR1434271 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0547 0.920612 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR612443 3 0.3470 0.708162 0.000 0.000 0.740 0.000 0.012 0.248
#> SRR1473936 6 0.7701 0.025611 0.000 0.000 0.220 0.260 0.228 0.292
#> SRR1455698 5 0.0405 0.769826 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1331335 1 0.3766 0.645571 0.736 0.000 0.000 0.032 0.000 0.232
#> SRR659187 4 0.0713 0.630678 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0260 0.899025 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316940 4 0.7457 -0.137681 0.000 0.000 0.284 0.312 0.124 0.280
#> SRR1500753 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0622 0.895161 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR615934 3 0.1649 0.896098 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR1411024 4 0.0260 0.630073 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469904 1 0.3607 0.480280 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1311794 6 0.1364 0.653727 0.048 0.000 0.004 0.004 0.000 0.944
#> SRR657754 1 0.3547 0.486056 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1464451 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.1267 0.744756 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1444460 6 0.4040 0.427203 0.032 0.000 0.000 0.280 0.000 0.688
#> SRR1333587 6 0.3945 0.578287 0.028 0.000 0.212 0.004 0.008 0.748
#> SRR1307770 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.3405 0.569820 0.000 0.000 0.000 0.812 0.112 0.076
#> SRR1366433 4 0.3642 0.564541 0.036 0.000 0.000 0.760 0.000 0.204
#> SRR1480479 4 0.3911 0.520311 0.032 0.000 0.000 0.712 0.000 0.256
#> SRR1470175 1 0.4238 0.381416 0.636 0.000 0.016 0.008 0.000 0.340
#> SRR598768 1 0.5313 0.227070 0.552 0.000 0.000 0.324 0.000 0.124
#> SRR1335400 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3364 0.574367 0.196 0.000 0.000 0.780 0.000 0.024
#> SRR820133 6 0.4204 0.527321 0.036 0.000 0.012 0.176 0.016 0.760
#> SRR1348424 3 0.0146 0.919802 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382956 5 0.2278 0.765950 0.000 0.000 0.128 0.000 0.868 0.004
#> SRR1339549 5 0.3371 0.559186 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR821434 6 0.4200 0.623224 0.040 0.000 0.100 0.048 0.016 0.796
#> SRR662546 4 0.3860 0.539619 0.036 0.000 0.000 0.728 0.000 0.236
#> SRR1319816 5 0.3717 0.683417 0.000 0.000 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR1078347 3 0.4485 0.609037 0.000 0.000 0.680 0.032 0.020 0.268
#> SRR1435293 4 0.4511 0.288691 0.008 0.000 0.004 0.584 0.016 0.388
#> SRR1408208 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.3374 0.725374 0.000 0.000 0.208 0.000 0.772 0.020
#> SRR1499193 4 0.3986 0.159129 0.004 0.000 0.000 0.532 0.000 0.464
#> SRR1467294 5 0.3566 0.714503 0.000 0.000 0.224 0.000 0.752 0.024
#> SRR1359649 4 0.7582 -0.002826 0.000 0.000 0.212 0.356 0.212 0.220
#> SRR1335688 5 0.5578 0.249188 0.000 0.000 0.452 0.052 0.456 0.040
#> SRR1370129 3 0.0547 0.922212 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1321966 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0632 0.894571 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1343197 5 0.0146 0.771878 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1416999 1 0.1257 0.879679 0.952 0.000 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1334564 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0146 0.920667 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498861 6 0.1297 0.648550 0.040 0.000 0.000 0.012 0.000 0.948
#> SRR1317877 1 0.0363 0.899316 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329885 3 0.1865 0.898483 0.000 0.000 0.920 0.000 0.040 0.040
#> SRR1459718 1 0.0000 0.902204 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.919748 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.4284 0.487545 0.000 0.000 0.000 0.688 0.056 0.256
#> SRR1487685 6 0.4333 0.519904 0.008 0.000 0.064 0.188 0.004 0.736
#> SRR1455925 1 0.0363 0.899367 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1390516 3 0.1341 0.911868 0.000 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR1313932 4 0.0363 0.629636 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR603397 3 0.0146 0.920667 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099023 5 0.0291 0.771311 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.1649 0.896098 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR1334741 4 0.3534 0.485687 0.000 0.000 0.000 0.740 0.244 0.016
#> SRR656564 6 0.4499 0.315156 0.024 0.000 0.012 0.344 0.000 0.620
#> SRR608174 4 0.4446 0.402253 0.040 0.000 0.000 0.612 0.000 0.348
#> SRR1320963 6 0.6130 -0.046926 0.324 0.000 0.000 0.336 0.000 0.340
#> SRR661973 6 0.3620 0.401824 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR598533 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613270 2 0.0000 0.999533 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480365 1 0.3701 0.715181 0.788 0.000 0.000 0.112 0.000 0.100
#> SRR602927 6 0.4179 0.074175 0.472 0.000 0.000 0.012 0.000 0.516
#> SRR1315799 2 0.0146 0.997232 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432275 6 0.3713 0.496732 0.032 0.000 0.000 0.224 0.000 0.744
#> SRR1475909 6 0.4480 0.390902 0.016 0.000 0.344 0.004 0.012 0.624
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.887 0.928 0.969 0.4849 0.510 0.510
#> 3 3 0.990 0.955 0.983 0.2097 0.594 0.389
#> 4 4 0.880 0.888 0.952 0.2443 0.804 0.552
#> 5 5 0.950 0.925 0.959 0.0584 0.933 0.760
#> 6 6 0.903 0.865 0.930 0.0385 0.932 0.722
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 5
There is also optional best \(k\) = 3 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.1184 0.9424 0.016 0.984
#> SRR1341898 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.5294 0.8587 0.120 0.880
#> SRR1085850 2 0.3733 0.9018 0.072 0.928
#> SRR1379450 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR614814 2 0.9977 0.1736 0.472 0.528
#> SRR1077405 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.4431 0.8857 0.908 0.092
#> SRR1417505 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.5737 0.8307 0.864 0.136
#> SRR1352706 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1396595 2 0.0376 0.9490 0.004 0.996
#> SRR1340508 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR598124 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1467590 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1485542 2 0.2236 0.9294 0.036 0.964
#> SRR659121 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1388305 2 0.4690 0.8776 0.100 0.900
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR661325 2 0.9732 0.3827 0.404 0.596
#> SRR1439807 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.8861 0.5426 0.696 0.304
#> SRR1437306 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR600608 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1334717 2 0.7139 0.7741 0.196 0.804
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1316815 2 0.1843 0.9348 0.028 0.972
#> SRR1072797 2 0.0376 0.9490 0.004 0.996
#> SRR612455 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1361567 2 0.0672 0.9469 0.008 0.992
#> SRR819134 2 0.7139 0.7740 0.196 0.804
#> SRR1311400 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR817775 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.1414 0.9399 0.020 0.980
#> SRR819946 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1343841 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR665563 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1487321 2 0.9000 0.5842 0.316 0.684
#> SRR1312428 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0672 0.9719 0.992 0.008
#> SRR1337412 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1466993 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.9635 0.4243 0.388 0.612
#> SRR1350456 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.3431 0.9172 0.936 0.064
#> SRR1334847 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1357523 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.9580 0.3538 0.620 0.380
#> SRR1454803 2 0.0672 0.9469 0.008 0.992
#> SRR1468381 1 0.9209 0.4691 0.664 0.336
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1085495 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.8327 0.6254 0.736 0.264
#> SRR1476279 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.5178 0.8567 0.884 0.116
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1319837 2 0.9087 0.5673 0.324 0.676
#> SRR1491311 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1440058 2 0.7453 0.7531 0.212 0.788
#> SRR1389979 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1315721 2 0.8081 0.7014 0.248 0.752
#> SRR607337 2 0.3274 0.9114 0.060 0.940
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.1184 0.9424 0.016 0.984
#> SRR664819 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.9608 0.3418 0.616 0.384
#> SRR614083 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1418992 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1418127 2 0.4562 0.8810 0.096 0.904
#> SRR1402900 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.5178 0.8567 0.884 0.116
#> SRR1421305 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1401276 2 0.1184 0.9424 0.016 0.984
#> SRR627421 1 0.9248 0.4599 0.660 0.340
#> SRR1311575 2 0.6623 0.8042 0.172 0.828
#> SRR1475675 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.6048 0.8299 0.148 0.852
#> SRR1471922 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.8016 0.7073 0.244 0.756
#> SRR810571 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.3879 0.9040 0.924 0.076
#> SRR1317344 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1324371 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1387264 2 0.4939 0.8700 0.108 0.892
#> SRR1468141 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR608002 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1360563 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.6531 0.7858 0.832 0.168
#> SRR1457221 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1315269 2 0.8386 0.6693 0.268 0.732
#> SRR1435020 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1337564 2 0.3584 0.9049 0.068 0.932
#> SRR1315019 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.8327 0.6258 0.736 0.264
#> SRR812012 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1370619 2 0.7219 0.7693 0.200 0.800
#> SRR1469495 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.3584 0.9126 0.932 0.068
#> SRR1432123 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1099499 2 0.2778 0.9207 0.048 0.952
#> SRR659331 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.2423 0.9265 0.040 0.960
#> SRR600560 2 0.9795 0.3505 0.416 0.584
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.9933 0.1174 0.548 0.452
#> SRR1348159 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1356036 2 0.9933 0.2399 0.452 0.548
#> SRR614443 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1314958 2 0.5519 0.8510 0.128 0.872
#> SRR1341702 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1444678 2 0.8813 0.6161 0.300 0.700
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.1843 0.9537 0.972 0.028
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1468955 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR660626 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR812436 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR660933 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.4022 0.8994 0.920 0.080
#> SRR817686 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1337909 2 0.9580 0.4442 0.380 0.620
#> SRR661723 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.6801 0.7936 0.180 0.820
#> SRR1489155 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.1843 0.9533 0.972 0.028
#> SRR1396078 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1073143 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1444622 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1323043 2 0.0376 0.9490 0.004 0.996
#> SRR1475022 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.6438 0.8122 0.164 0.836
#> SRR1336379 1 0.7745 0.6907 0.772 0.228
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.4298 0.8904 0.912 0.088
#> SRR1477634 1 0.9881 0.1758 0.564 0.436
#> SRR1444876 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.1843 0.9348 0.028 0.972
#> SRR613354 1 0.2778 0.9336 0.952 0.048
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.0376 0.9490 0.004 0.996
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1341008 2 0.8081 0.7017 0.248 0.752
#> SRR1087031 1 0.2043 0.9495 0.968 0.032
#> SRR1489177 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.1633 0.9572 0.976 0.024
#> SRR1320093 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR602516 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR604318 2 0.9775 0.3609 0.412 0.588
#> SRR1320280 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1082262 2 0.1843 0.9348 0.028 0.972
#> SRR1379238 1 0.9963 0.0716 0.536 0.464
#> SRR1385080 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1316921 2 0.7745 0.7309 0.228 0.772
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.2423 0.9266 0.040 0.960
#> SRR1498272 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR814989 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1474553 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR655218 2 0.6247 0.8212 0.156 0.844
#> SRR1416754 2 0.9954 0.2065 0.460 0.540
#> SRR1488562 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1084842 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1474065 2 0.9286 0.5263 0.344 0.656
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1488715 2 0.7219 0.7689 0.200 0.800
#> SRR597927 2 0.9323 0.5176 0.348 0.652
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1476676 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.1843 0.9348 0.028 0.972
#> SRR659187 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1417912 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1316940 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR657635 2 0.0938 0.9447 0.012 0.988
#> SRR615934 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1469904 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1311794 2 0.7674 0.7364 0.224 0.776
#> SRR657754 2 0.1184 0.9424 0.016 0.984
#> SRR1464451 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1444460 2 0.7950 0.7134 0.240 0.760
#> SRR1333587 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR598768 2 0.4690 0.8774 0.100 0.900
#> SRR1335400 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1418923 1 0.4298 0.8904 0.912 0.088
#> SRR820133 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1319816 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1408208 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0376 0.9756 0.996 0.004
#> SRR1467294 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.1414 0.9399 0.020 0.980
#> SRR1343197 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.5629 0.8466 0.132 0.868
#> SRR1334564 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.8555 0.5950 0.720 0.280
#> SRR1317877 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1455925 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
#> SRR1320963 2 0.2236 0.9294 0.036 0.964
#> SRR661973 2 0.0938 0.9447 0.012 0.988
#> SRR598533 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1480365 2 0.2948 0.9176 0.052 0.948
#> SRR602927 2 0.0376 0.9490 0.004 0.996
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9509 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.6343 0.7976 0.840 0.160
#> SRR1475909 1 0.0000 0.9791 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.6126 0.36917 0.400 0.000 0.600
#> SRR662725 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 1 0.0237 0.98180 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348861 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 1 0.6307 -0.00324 0.512 0.000 0.488
#> SRR1470212 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.1031 0.93186 0.024 0.000 0.976
#> SRR615141 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 3 0.2448 0.87589 0.076 0.000 0.924
#> SRR1358561 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.4121 0.76599 0.168 0.000 0.832
#> SRR1452292 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.4842 0.70193 0.776 0.000 0.224
#> SRR1388305 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0237 0.98179 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444559 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 1 0.0237 0.98180 0.996 0.000 0.004
#> SRR600608 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0237 0.95083 0.004 0.000 0.996
#> SRR1387178 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.5678 0.56356 0.316 0.000 0.684
#> SRR661433 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 1 0.2165 0.92088 0.936 0.000 0.064
#> SRR1343841 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0424 0.94726 0.008 0.000 0.992
#> SRR1487321 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.3116 0.83918 0.108 0.000 0.892
#> SRR1474466 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.6154 0.34715 0.408 0.000 0.592
#> SRR604074 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 3 0.4654 0.71401 0.208 0.000 0.792
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.5810 0.47433 0.664 0.000 0.336
#> SRR1421093 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487295 1 0.5560 0.55717 0.700 0.000 0.300
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.4974 0.68387 0.764 0.000 0.236
#> SRR664842 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.1163 0.92773 0.028 0.000 0.972
#> SRR608718 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 1 0.4605 0.73429 0.796 0.000 0.204
#> SRR1320916 3 0.3941 0.78099 0.156 0.000 0.844
#> SRR1472150 3 0.3686 0.80086 0.140 0.000 0.860
#> SRR1329090 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 3 0.0424 0.94823 0.000 0.008 0.992
#> SRR600385 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 1 0.6095 0.32916 0.608 0.000 0.392
#> SRR1375616 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.2066 0.92525 0.940 0.000 0.060
#> SRR1470111 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.6291 0.16114 0.468 0.000 0.532
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.0747 0.93981 0.016 0.000 0.984
#> SRR1443612 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.4399 0.74050 0.188 0.000 0.812
#> SRR662570 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.4931 0.68163 0.232 0.000 0.768
#> SRR615467 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360383 1 0.0237 0.98180 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354577 3 0.2537 0.87137 0.080 0.000 0.920
#> SRR608230 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.3551 0.83847 0.868 0.000 0.132
#> SRR1101421 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.6291 0.16129 0.468 0.000 0.532
#> SRR1324431 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 2 0.2356 0.90453 0.072 0.928 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.4235 0.77712 0.824 0.000 0.176
#> SRR1350525 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328599 3 0.0592 0.94366 0.012 0.000 0.988
#> SRR655218 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.5397 0.60409 0.720 0.280 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0592 0.94366 0.012 0.000 0.988
#> SRR1468514 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 1 0.6286 0.09925 0.536 0.000 0.464
#> SRR1490019 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.3551 0.81071 0.132 0.000 0.868
#> SRR1432343 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR612443 3 0.5553 0.62394 0.272 0.004 0.724
#> SRR1473936 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.6111 0.37975 0.396 0.000 0.604
#> SRR1331335 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0892 0.93592 0.020 0.000 0.980
#> SRR1500753 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0237 0.98179 0.996 0.000 0.004
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.1529 0.94624 0.960 0.000 0.040
#> SRR1348424 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 1 0.2448 0.90725 0.924 0.000 0.076
#> SRR1339549 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.4452 0.73528 0.192 0.000 0.808
#> SRR1499193 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 1 0.1964 0.92942 0.944 0.000 0.056
#> SRR1487685 1 0.4796 0.70825 0.780 0.000 0.220
#> SRR1455925 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.95431 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99888 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.98554 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.1643 0.91124 0.044 0.000 0.956
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.3311 0.7810 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1339218 4 0.2921 0.8069 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1417505 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 1 0.0336 0.9683 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0188 0.8911 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1352706 3 0.4072 0.6507 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR1436966 3 0.4679 0.4718 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR614802 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.0817 0.8976 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315761 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.5371 0.4283 0.020 0.000 0.616 0.364
#> SRR615141 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.6805 0.2352 0.100 0.000 0.500 0.400
#> SRR1358561 3 0.3837 0.6958 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1498640 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659121 4 0.1867 0.8536 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1330656 1 0.5708 0.6457 0.716 0.000 0.160 0.124
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 4 0.4730 0.5001 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0188 0.9720 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 4 0.0188 0.8899 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1381543 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2216 0.8397 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655649 4 0.3873 0.7249 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1437306 4 0.4790 0.4659 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR657731 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.1792 0.9073 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655923 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0707 0.9007 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.2647 0.8218 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657348 4 0.3400 0.7740 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR662091 4 0.4866 0.3447 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR608598 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.4941 0.2570 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.3444 0.7216 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR1487321 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.4925 0.2196 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR657587 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337412 3 0.7399 0.3777 0.208 0.000 0.512 0.280
#> SRR1474466 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.4804 0.3494 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 3 0.4855 0.3263 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.3569 0.7593 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0592 0.8862 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.3975 0.6649 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1421093 3 0.0188 0.9125 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.2011 0.8917 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.3311 0.7809 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0188 0.8911 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0336 0.9683 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476279 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0469 0.8879 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 3 0.4877 0.3351 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0336 0.8896 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.0817 0.9531 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR664842 4 0.0592 0.8862 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.3801 0.7065 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 1 0.4817 0.3384 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0592 0.9604 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.3444 0.7461 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.4761 0.4282 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1472150 4 0.3610 0.6885 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 4 0.4564 0.5701 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.4817 0.3365 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.1118 0.9405 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1457221 4 0.0921 0.8731 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR807591 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.4941 0.2624 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0921 0.8960 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1405485 1 0.4164 0.6109 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR812012 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.4761 0.4834 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1469495 3 0.1302 0.8834 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1378841 4 0.5940 0.5913 0.240 0.000 0.088 0.672
#> SRR1375616 4 0.4877 0.2441 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1381566 4 0.0188 0.8911 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 4 0.6763 0.4291 0.320 0.000 0.116 0.564
#> SRR1470111 3 0.4999 0.0837 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.4134 0.6815 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1022 0.8912 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1487107 4 0.3356 0.7775 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0336 0.9683 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1341702 1 0.4790 0.3600 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR1444678 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.4072 0.6596 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1359388 4 0.2814 0.8130 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR817686 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0336 0.8896 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR817905 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0188 0.9720 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661723 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.7515 0.2023 0.188 0.000 0.448 0.364
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.4304 0.6002 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR820078 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0592 0.8862 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1396078 3 0.6469 0.5510 0.124 0.000 0.628 0.248
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.4992 0.1222 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 4 0.5492 0.4221 0.032 0.000 0.328 0.640
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 3 0.2589 0.8171 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1360383 4 0.4222 0.6276 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1354577 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0817 0.8820 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.2345 0.8355 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1477634 4 0.2704 0.8190 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1444876 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.4679 0.4730 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1324431 4 0.3444 0.7704 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.1716 0.9100 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.2469 0.8484 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1087031 4 0.4072 0.6929 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1489177 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0188 0.9122 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1328599 3 0.4776 0.4189 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2921 0.7929 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.4103 0.6872 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.3907 0.6894 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.4776 0.4747 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597927 4 0.3942 0.7146 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.2647 0.8134 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.4477 0.5133 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1432343 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.4103 0.6324 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1473936 3 0.4406 0.5728 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1455698 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.0188 0.8911 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.6435 0.5762 0.136 0.000 0.640 0.224
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0188 0.9720 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.2589 0.8246 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1480479 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3024 0.8006 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR820133 4 0.4417 0.7326 0.044 0.000 0.160 0.796
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 4 0.0921 0.8766 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1339549 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.4643 0.5401 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR662546 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0469 0.9065 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.6958 0.5031 0.184 0.000 0.584 0.232
#> SRR1499193 1 0.4746 0.3912 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 4 0.4877 0.3341 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 4 0.6451 0.0993 0.456 0.000 0.068 0.476
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0592 0.8862 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR603397 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 4 0.4941 0.1682 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9150 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.8923 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0707 0.8842 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.9756 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1022 0.9441 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1475909 3 0.4277 0.6144 0.280 0.000 0.720 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341898 3 0.0162 0.9589 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1333930 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085850 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379450 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1467813 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330061 5 0.3424 0.6672 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR662725 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1313951 4 0.0451 0.9594 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1339218 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1417505 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1407134 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457418 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1075898 4 0.0162 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.1942 0.8231 0.012 0.000 0.068 0.000 0.920
#> SRR1436966 5 0.1924 0.8248 0.008 0.000 0.064 0.004 0.924
#> SRR614802 1 0.1117 0.9516 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1388979 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1396595 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340508 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360868 3 0.1608 0.9137 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 3 0.0404 0.9531 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083100 1 0.2388 0.8998 0.900 0.000 0.028 0.000 0.072
#> SRR1348861 4 0.1671 0.9218 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1390601 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486560 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0794 0.9601 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1392637 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR810957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.4045 0.4530 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0451 0.9653 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR598124 5 0.1732 0.8352 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR615141 4 0.1410 0.9372 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR601122 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1397008 5 0.1851 0.8323 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1358561 5 0.2450 0.8234 0.000 0.000 0.028 0.076 0.896
#> SRR1498640 1 0.0404 0.9678 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1429957 5 0.1792 0.8234 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659121 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.4015 0.4784 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1388305 1 0.0912 0.9563 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR1406917 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.1197 0.9469 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR661325 4 0.0324 0.9621 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1439807 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0404 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1394713 4 0.1410 0.9366 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1403875 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436444 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500405 4 0.2813 0.8119 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1354446 1 0.1300 0.9463 0.956 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1467455 1 0.3908 0.8178 0.824 0.000 0.088 0.016 0.072
#> SRR1444559 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1381543 4 0.0703 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1402513 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.1877 0.9109 0.012 0.000 0.924 0.000 0.064
#> SRR660007 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437306 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR657731 3 0.0290 0.9562 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661005 1 0.3550 0.6604 0.760 0.000 0.236 0.000 0.004
#> SRR600608 1 0.0290 0.9671 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR655923 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.2853 0.8796 0.876 0.000 0.000 0.052 0.072
#> SRR1401552 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.1043 0.9524 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1082759 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1340420 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316815 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072797 1 0.2782 0.8837 0.880 0.000 0.000 0.048 0.072
#> SRR612455 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.1549 0.9375 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1488751 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.1341 0.9017 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660498 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0324 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR657348 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662091 5 0.4088 0.5197 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR608598 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608662 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361567 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819134 1 0.0324 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.4182 0.3480 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR661433 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819946 5 0.1732 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1319539 1 0.2690 0.7961 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1343841 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665563 4 0.2209 0.9058 0.000 0.000 0.056 0.912 0.032
#> SRR1487321 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312428 5 0.4291 0.2731 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR657587 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.2648 0.8011 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1474466 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1466993 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358102 5 0.3895 0.6103 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0671 0.9621 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR817758 1 0.0609 0.9565 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR821019 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1433644 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR604074 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820209 5 0.6798 0.2226 0.000 0.000 0.292 0.340 0.368
#> SRR1331841 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1350456 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472079 4 0.2127 0.8880 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1500537 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334847 1 0.4000 0.7049 0.748 0.000 0.024 0.000 0.228
#> SRR1421093 5 0.2179 0.7929 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0963 0.9553 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR661133 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357523 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415732 4 0.4278 0.1600 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1434250 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454803 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468381 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.0609 0.9639 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.2852 0.8084 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1355040 1 0.0404 0.9653 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409351 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1085495 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR604026 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500868 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476279 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR627429 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.2760 0.8972 0.892 0.000 0.016 0.028 0.064
#> SRR1335377 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357189 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.2300 0.9053 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.4403 0.2069 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004
#> SRR1415215 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.2208 0.9085 0.908 0.000 0.000 0.020 0.072
#> SRR607337 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.1544 0.9166 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1465132 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.0510 0.9523 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0451 0.9653 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR664819 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.2300 0.9060 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR614083 3 0.1608 0.9137 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0609 0.9639 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1418992 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343115 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418127 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1402900 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485290 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.2473 0.8979 0.896 0.000 0.032 0.000 0.072
#> SRR664842 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 3 0.1608 0.9137 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR657891 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.0880 0.9584 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1335707 5 0.4074 0.5284 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1401276 1 0.2110 0.9116 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR627421 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311575 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661995 1 0.2708 0.8878 0.884 0.000 0.000 0.044 0.072
#> SRR1471922 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.6336 0.0426 0.164 0.000 0.468 0.000 0.368
#> SRR608718 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.2230 0.8471 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1437555 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810571 3 0.3274 0.7226 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR664048 3 0.0162 0.9591 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500998 4 0.2020 0.8974 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1320916 3 0.4054 0.7268 0.140 0.000 0.788 0.000 0.072
#> SRR1472150 5 0.1830 0.8379 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1329090 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317344 1 0.0324 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR817978 4 0.0290 0.9662 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1324371 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474333 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321462 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1387264 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608002 1 0.0324 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360563 1 0.0451 0.9653 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604050 3 0.1608 0.9137 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR600385 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457221 5 0.2719 0.7795 0.000 0.000 0.004 0.144 0.852
#> SRR807591 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.1732 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR660895 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 4 0.0963 0.9553 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR613114 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0794 0.9601 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1315269 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315019 5 0.2086 0.8336 0.020 0.000 0.048 0.008 0.924
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408327 5 0.2514 0.8252 0.000 0.000 0.044 0.060 0.896
#> SRR1405485 1 0.0290 0.9682 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR812012 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0451 0.9594 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1469495 5 0.1851 0.8088 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1378841 5 0.1671 0.8361 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1375616 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1381566 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.1544 0.9298 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1468974 5 0.2583 0.7867 0.132 0.000 0.004 0.000 0.864
#> SRR1470111 5 0.1830 0.8290 0.000 0.000 0.008 0.068 0.924
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329551 3 0.0162 0.9591 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662871 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600560 4 0.0324 0.9621 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1434867 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.4171 0.7695 0.112 0.000 0.104 0.000 0.784
#> SRR1487107 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.2110 0.9116 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR614443 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341702 5 0.4268 0.3331 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1444678 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350107 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 3 0.1043 0.9368 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1468955 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660626 1 0.0693 0.9612 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR812436 1 0.1018 0.9540 0.968 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1312103 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1429891 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.2929 0.7821 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1359388 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.2110 0.9116 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR612380 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0404 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1337909 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661723 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489155 5 0.3274 0.7499 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1398992 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.1768 0.8190 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR820078 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481462 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.2020 0.8276 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0609 0.9639 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.3336 0.7433 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1073143 1 0.0451 0.9653 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1444622 5 0.1671 0.8361 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR662570 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475022 5 0.4045 0.4548 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1080927 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0162 0.9591 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603596 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 5 0.2929 0.7407 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR615467 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660638 3 0.1608 0.9137 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1360383 5 0.1732 0.8352 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1354577 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR608230 3 0.1121 0.9340 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1320873 1 0.2300 0.9056 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1444876 4 0.3561 0.6614 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.2110 0.9116 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR1434782 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.4114 0.3830 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0324 0.9621 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1442356 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2757 0.8921 0.888 0.008 0.000 0.032 0.072
#> SRR655684 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397073 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455060 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.1914 0.8946 0.016 0.000 0.000 0.924 0.060
#> SRR1087031 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1489177 5 0.2732 0.7647 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.2110 0.9116 0.912 0.000 0.000 0.016 0.072
#> SRR1320093 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602516 1 0.1117 0.9516 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR604318 1 0.3731 0.8076 0.816 0.000 0.000 0.112 0.072
#> SRR1320280 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082262 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379238 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385080 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1316921 1 0.2300 0.9056 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR1097752 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0798 0.9585 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.1211 0.9490 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1320892 3 0.1671 0.8996 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR818418 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474553 1 0.0693 0.9612 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR656493 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 3 0.3242 0.8263 0.076 0.000 0.852 0.000 0.072
#> SRR655218 1 0.3631 0.8183 0.824 0.000 0.000 0.104 0.072
#> SRR1416754 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488562 1 0.2300 0.9053 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR1084842 1 0.1117 0.9516 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR819999 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.1851 0.8628 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0566 0.9634 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1474065 4 0.0324 0.9621 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.1792 0.8338 0.084 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1445328 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0510 0.9653 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1415095 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR597927 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.1671 0.8794 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.1117 0.9530 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR1432343 4 0.0404 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1459585 3 0.3480 0.6488 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1434271 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR612443 3 0.2784 0.8787 0.028 0.000 0.888 0.012 0.072
#> SRR1473936 5 0.1830 0.8225 0.008 0.000 0.068 0.000 0.924
#> SRR1455698 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1331335 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659187 4 0.0162 0.9663 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1417912 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316940 5 0.2773 0.7934 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1500753 1 0.1211 0.9490 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR657635 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615934 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0404 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657754 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464451 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443895 5 0.4235 0.2747 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR1444460 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333587 1 0.2632 0.8882 0.888 0.000 0.040 0.000 0.072
#> SRR1307770 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0609 0.9639 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1366433 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.0609 0.9639 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1470175 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598768 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335400 1 0.0324 0.9670 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1418923 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 4 0.0162 0.9643 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.1830 0.8379 0.068 0.000 0.000 0.008 0.924
#> SRR1339549 4 0.0880 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR821434 4 0.0324 0.9621 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR662546 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.1341 0.9202 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1078347 3 0.5670 0.4747 0.176 0.000 0.632 0.000 0.192
#> SRR1435293 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408208 1 0.0451 0.9653 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1332317 5 0.1117 0.8257 0.016 0.000 0.020 0.000 0.964
#> SRR1499193 1 0.1478 0.9167 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1467294 5 0.2629 0.7715 0.004 0.000 0.136 0.000 0.860
#> SRR1359649 5 0.1671 0.8201 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1335688 5 0.2929 0.7248 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343197 5 0.1671 0.8274 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1416999 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334564 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660661 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9696 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0510 0.9513 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1459718 1 0.0162 0.9685 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615731 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0794 0.9601 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1487685 5 0.2179 0.8226 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1455925 1 0.1117 0.9516 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.1768 0.8284 0.000 0.000 0.004 0.072 0.924
#> SRR1409899 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9612 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.1410 0.9366 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR656564 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608174 4 0.0000 0.9661 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661973 1 0.1012 0.9543 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR598533 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602927 1 0.0162 0.9702 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315799 2 0.0000 1.0000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0609 0.9595 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1475909 1 0.4489 0.6818 0.740 0.000 0.192 0.000 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0260 0.9052 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333930 1 0.0458 0.9434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1085850 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379450 4 0.0405 0.9600 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330061 4 0.3349 0.7214 0.000 0.000 0.000 0.748 0.244 0.008
#> SRR662725 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313951 4 0.0547 0.9573 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1339218 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0713 0.9413 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0146 0.7852 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1075898 4 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498482 3 0.2909 0.7808 0.000 0.000 0.836 0.000 0.028 0.136
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352706 5 0.0291 0.7863 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1436966 5 0.0405 0.7833 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR614802 1 0.1765 0.8820 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1388979 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1396595 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340508 1 0.0547 0.9455 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1360868 6 0.3345 0.6846 0.020 0.000 0.204 0.000 0.000 0.776
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.5237 0.5976 0.000 0.000 0.220 0.000 0.608 0.172
#> SRR1083100 6 0.3023 0.7306 0.212 0.000 0.000 0.004 0.000 0.784
#> SRR1348861 4 0.2165 0.8880 0.000 0.000 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1072367 3 0.1714 0.7964 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.0405 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1390601 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1486560 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315761 4 0.0717 0.9552 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394677 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.2915 0.8067 0.000 0.000 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598124 5 0.2003 0.7764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR615141 4 0.0632 0.9548 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR601122 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397008 5 0.3298 0.5389 0.236 0.000 0.000 0.000 0.756 0.008
#> SRR1358561 5 0.5616 0.2219 0.000 0.000 0.372 0.132 0.492 0.004
#> SRR1498640 1 0.3797 0.1787 0.580 0.000 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1429957 5 0.2805 0.6485 0.000 0.000 0.000 0.184 0.812 0.004
#> SRR1452292 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467590 3 0.2562 0.7325 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659121 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330656 6 0.3714 0.1731 0.004 0.000 0.000 0.000 0.340 0.656
#> SRR1388305 1 0.0547 0.9456 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1406917 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0713 0.9415 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR655375 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458044 4 0.1563 0.9296 0.000 0.000 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR661325 4 0.1141 0.9342 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1439807 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 4 0.2019 0.9035 0.000 0.000 0.000 0.900 0.088 0.012
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500405 4 0.2320 0.8679 0.000 0.000 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR1354446 1 0.1007 0.9309 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1467455 6 0.3098 0.7638 0.164 0.000 0.000 0.024 0.000 0.812
#> SRR1444559 5 0.0508 0.7820 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1381543 4 0.0291 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 6 0.2263 0.6677 0.000 0.000 0.100 0.000 0.016 0.884
#> SRR660007 5 0.5002 0.5218 0.000 0.000 0.228 0.000 0.636 0.136
#> SRR655649 4 0.0632 0.9551 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1437306 4 0.0603 0.9568 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR657731 5 0.3881 0.4191 0.000 0.000 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR661005 1 0.5841 0.1804 0.536 0.000 0.172 0.000 0.012 0.280
#> SRR600608 1 0.2003 0.8593 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR655923 3 0.2384 0.8338 0.000 0.000 0.888 0.000 0.048 0.064
#> SRR1334717 6 0.3278 0.7630 0.152 0.000 0.000 0.040 0.000 0.808
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.1010 0.9459 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1082759 5 0.0260 0.7845 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0547 0.9456 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1316815 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072797 6 0.3240 0.7631 0.148 0.000 0.000 0.040 0.000 0.812
#> SRR612455 3 0.3288 0.5603 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR818210 1 0.1501 0.9026 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1488751 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0146 0.9063 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660498 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403831 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657325 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339740 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR657348 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662091 1 0.3103 0.7145 0.784 0.000 0.000 0.000 0.208 0.008
#> SRR608598 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR608662 1 0.1444 0.9041 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1361567 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819134 1 0.0260 0.9487 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311400 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817775 4 0.3073 0.7798 0.000 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> SRR661433 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.2416 0.6795 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1319539 1 0.3607 0.4602 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.2431 0.8358 0.000 0.000 0.132 0.860 0.008 0.000
#> SRR1487321 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312428 1 0.1858 0.8650 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR657587 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337412 5 0.3531 0.4014 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1474466 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466993 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358102 1 0.2647 0.8338 0.868 0.000 0.000 0.000 0.044 0.088
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.3833 0.2732 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR817758 1 0.0405 0.9486 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR821019 3 0.2859 0.7755 0.000 0.000 0.828 0.000 0.016 0.156
#> SRR1330675 4 0.0405 0.9595 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0806 0.7848 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972 0.020
#> SRR604074 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820209 5 0.4117 0.7365 0.000 0.000 0.012 0.068 0.760 0.160
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0547 0.9573 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1350456 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472079 4 0.2302 0.8769 0.000 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR1500537 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR660103 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322270 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600754 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334847 6 0.3990 0.3099 0.028 0.000 0.000 0.000 0.284 0.688
#> SRR1421093 5 0.0632 0.7844 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.2830 0.7803 0.000 0.000 0.836 0.000 0.020 0.144
#> SRR1375635 4 0.0777 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR661133 1 0.2176 0.8791 0.896 0.000 0.000 0.000 0.024 0.080
#> SRR1357523 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415732 4 0.2668 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1633 0.8996 0.932 0.000 0.000 0.000 0.044 0.024
#> SRR1454803 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1468381 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0458 0.9010 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434138 4 0.0405 0.9595 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1456950 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.1908 0.9029 0.000 0.000 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR1355040 1 0.0790 0.9390 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1409351 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR604026 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1500868 1 0.0508 0.9434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1476279 4 0.0520 0.9585 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR627429 2 0.0363 0.9923 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR660969 1 0.5065 0.0792 0.532 0.000 0.068 0.004 0.000 0.396
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357189 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319837 6 0.2948 0.7530 0.188 0.000 0.000 0.008 0.000 0.804
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.3991 0.0949 0.524 0.000 0.472 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3558 0.6847 0.000 0.000 0.736 0.000 0.016 0.248
#> SRR1440058 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389979 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1315721 6 0.2932 0.7645 0.164 0.000 0.000 0.016 0.000 0.820
#> SRR607337 1 0.0260 0.9487 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.3843 0.0707 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 6 0.3770 0.5175 0.000 0.000 0.244 0.000 0.028 0.728
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.1204 0.9209 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR664819 2 0.0260 0.9955 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1435536 6 0.3316 0.7593 0.136 0.000 0.000 0.052 0.000 0.812
#> SRR614083 6 0.3833 0.2630 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0909 0.8893 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR816721 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0622 0.9569 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1418992 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343115 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488836 3 0.2178 0.8102 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1399028 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418127 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.3590 0.7461 0.188 0.000 0.000 0.004 0.032 0.776
#> SRR664842 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR662342 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665502 6 0.3634 0.4707 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR657891 1 0.0458 0.9473 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1421305 4 0.0363 0.9601 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1335707 1 0.2854 0.7246 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1401276 6 0.2871 0.7496 0.192 0.000 0.000 0.004 0.000 0.804
#> SRR627421 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311575 1 0.0622 0.9409 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661995 6 0.3108 0.7606 0.128 0.000 0.000 0.044 0.000 0.828
#> SRR1471922 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1077687 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR821602 5 0.3745 0.7449 0.044 0.000 0.016 0.000 0.792 0.148
#> SRR608718 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071289 5 0.5183 0.5873 0.000 0.000 0.256 0.000 0.604 0.140
#> SRR1437555 1 0.0632 0.9385 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR810571 5 0.3871 0.7210 0.000 0.000 0.084 0.000 0.768 0.148
#> SRR664048 3 0.3428 0.5034 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1500998 4 0.1531 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR1320916 6 0.3677 0.7401 0.064 0.000 0.120 0.012 0.000 0.804
#> SRR1472150 5 0.0458 0.7881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1329090 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR817978 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1324371 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474333 1 0.0458 0.9474 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1321462 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1387264 1 0.0790 0.9395 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1468141 3 0.5846 0.2228 0.000 0.000 0.488 0.000 0.248 0.264
#> SRR1486097 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608002 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1360563 1 0.0547 0.9455 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.3804 0.3181 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR600385 1 0.4107 0.5519 0.684 0.000 0.000 0.000 0.280 0.036
#> SRR1430248 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0717 0.9373 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1457221 4 0.3703 0.6171 0.000 0.000 0.004 0.688 0.304 0.004
#> SRR807591 1 0.0865 0.9364 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1407560 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345478 5 0.3841 0.3056 0.000 0.000 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR660895 3 0.0146 0.9076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655111 6 0.3515 0.5161 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1336006 4 0.1196 0.9419 0.000 0.000 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR613114 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608368 4 0.0622 0.9573 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1315269 1 0.0458 0.9434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1435020 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1337564 1 0.0363 0.9453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1315019 5 0.2178 0.7715 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1370173 3 0.0146 0.9076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408327 5 0.2219 0.7179 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1405485 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812012 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370619 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469495 5 0.2300 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1378841 5 0.0865 0.7879 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1375616 5 0.0508 0.7876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1381566 4 0.0547 0.9573 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432123 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1370405 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099499 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR659331 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436106 4 0.0692 0.9550 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1468974 5 0.3717 0.3484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1470111 5 0.1910 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0260 0.9055 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329551 3 0.3464 0.4848 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR662871 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR816770 1 0.0146 0.9492 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR600560 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR607935 5 0.2978 0.7640 0.052 0.000 0.008 0.000 0.856 0.084
#> SRR1487107 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348159 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356036 6 0.2882 0.7578 0.180 0.000 0.000 0.008 0.000 0.812
#> SRR614443 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0363 0.9454 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341702 1 0.1644 0.8857 0.920 0.000 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1444678 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.2048 0.8546 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1467364 2 0.0260 0.9955 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1078879 6 0.3867 0.0958 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR812436 1 0.0260 0.9489 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387072 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661255 3 0.3787 0.7286 0.000 0.000 0.780 0.000 0.100 0.120
#> SRR660933 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488651 1 0.4264 0.3626 0.604 0.000 0.000 0.012 0.376 0.008
#> SRR1359388 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR817686 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 6 0.1788 0.6724 0.028 0.000 0.000 0.004 0.040 0.928
#> SRR612380 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR817905 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0260 0.9490 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489155 5 0.3895 0.4659 0.280 0.000 0.000 0.012 0.700 0.008
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.1297 0.8648 0.040 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445238 5 0.2219 0.7703 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR820078 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396078 5 0.4312 0.0653 0.476 0.000 0.000 0.004 0.508 0.012
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.3468 0.6013 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1073143 1 0.0790 0.9392 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1444622 5 0.0547 0.7883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR662570 2 0.0260 0.9955 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430288 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323043 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1475022 4 0.3073 0.7805 0.000 0.000 0.000 0.788 0.204 0.008
#> SRR1080927 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328919 6 0.3408 0.6678 0.000 0.000 0.152 0.000 0.048 0.800
#> SRR603596 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602808 5 0.2340 0.7654 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR615467 5 0.4931 0.6308 0.000 0.000 0.200 0.000 0.652 0.148
#> SRR660638 6 0.3093 0.6964 0.008 0.000 0.164 0.012 0.000 0.816
#> SRR1360383 5 0.0713 0.7883 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1354577 5 0.0692 0.7795 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR608230 6 0.3126 0.6104 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1320873 6 0.3053 0.7630 0.168 0.000 0.000 0.020 0.000 0.812
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357434 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477634 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1444876 4 0.1643 0.9232 0.000 0.000 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1101421 1 0.1444 0.9066 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR613354 6 0.2445 0.7554 0.120 0.000 0.000 0.004 0.008 0.868
#> SRR1434782 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446762 3 0.3409 0.4212 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324431 4 0.0547 0.9573 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1442356 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386818 6 0.3219 0.7471 0.192 0.012 0.000 0.004 0.000 0.792
#> SRR655684 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473185 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332796 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1397073 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0790 0.9523 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1087031 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489177 5 0.4468 0.6314 0.000 0.000 0.000 0.212 0.696 0.092
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.2838 0.7520 0.188 0.000 0.000 0.004 0.000 0.808
#> SRR1320093 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602516 1 0.1007 0.9309 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR604318 6 0.2179 0.7026 0.036 0.000 0.000 0.064 0.000 0.900
#> SRR1320280 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082262 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379238 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.3168 0.7614 0.172 0.000 0.000 0.024 0.000 0.804
#> SRR1097752 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375308 1 0.1327 0.9137 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1498272 1 0.0632 0.9437 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR814989 1 0.0937 0.9340 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1320892 5 0.3287 0.6629 0.000 0.000 0.220 0.000 0.768 0.012
#> SRR818418 1 0.0713 0.9419 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1474553 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.0405 0.9595 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR656493 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.3456 0.7134 0.040 0.000 0.172 0.000 0.000 0.788
#> SRR655218 6 0.3325 0.7353 0.096 0.000 0.000 0.084 0.000 0.820
#> SRR1416754 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 6 0.2946 0.7600 0.176 0.000 0.000 0.012 0.000 0.812
#> SRR1084842 1 0.0713 0.9415 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR819999 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659673 3 0.2416 0.6920 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1499823 3 0.2164 0.8359 0.000 0.000 0.900 0.000 0.068 0.032
#> SRR1481216 1 0.0937 0.9336 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1474065 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.3488 0.5241 0.244 0.000 0.000 0.004 0.744 0.008
#> SRR1445328 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR607887 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415095 4 0.0603 0.9568 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0713 0.9415 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR597927 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408113 3 0.2178 0.7333 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0260 0.9487 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR663261 4 0.1204 0.9239 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.0000 0.9625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 5 0.4476 0.5648 0.000 0.000 0.308 0.000 0.640 0.052
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 6 0.3812 0.7453 0.068 0.000 0.104 0.024 0.000 0.804
#> SRR1473936 5 0.2300 0.7672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1455698 5 0.1700 0.7433 0.000 0.000 0.000 0.080 0.916 0.004
#> SRR1331335 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR659187 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1417912 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316940 1 0.3161 0.7023 0.776 0.000 0.000 0.000 0.216 0.008
#> SRR1500753 1 0.0713 0.9415 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657635 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR615934 3 0.2706 0.7965 0.000 0.000 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR1411024 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469904 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1311794 1 0.0632 0.9385 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR657754 1 0.3126 0.6676 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.2933 0.7899 0.000 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR1444460 1 0.0972 0.9297 0.964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1333587 6 0.2765 0.7573 0.132 0.000 0.000 0.004 0.016 0.848
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0777 0.9524 0.000 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1366433 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480479 4 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470175 1 0.0260 0.9469 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR598768 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0260 0.9489 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418923 4 0.0260 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR820133 4 0.3606 0.6741 0.000 0.000 0.000 0.728 0.016 0.256
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0508 0.7820 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1339549 4 0.1124 0.9444 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR821434 4 0.0363 0.9622 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662546 4 0.0363 0.9608 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1319816 3 0.5232 0.3339 0.000 0.000 0.564 0.000 0.320 0.116
#> SRR1078347 3 0.4634 0.1983 0.400 0.000 0.556 0.000 0.044 0.000
#> SRR1435293 1 0.0458 0.9473 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1408208 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1332317 5 0.3797 0.4634 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1499193 1 0.2309 0.8517 0.888 0.000 0.000 0.000 0.084 0.028
#> SRR1467294 5 0.1765 0.7809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1359649 6 0.4161 -0.1049 0.012 0.000 0.000 0.000 0.448 0.540
#> SRR1335688 5 0.2482 0.7646 0.000 0.000 0.004 0.000 0.848 0.148
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0146 0.9481 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343197 5 0.0508 0.7820 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1416999 1 0.0260 0.9487 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0458 0.9439 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317877 1 0.0458 0.9470 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1329885 5 0.4371 0.6244 0.000 0.000 0.052 0.000 0.664 0.284
#> SRR1459718 1 0.0363 0.9481 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR615731 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487685 5 0.3240 0.7542 0.040 0.000 0.000 0.000 0.812 0.148
#> SRR1455925 1 0.0790 0.9392 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR603397 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0458 0.7881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1409899 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9097 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.1700 0.9153 0.000 0.000 0.000 0.916 0.080 0.004
#> SRR656564 1 0.0547 0.9456 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR608174 4 0.0146 0.9628 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1320963 1 0.0000 0.9488 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.3126 0.6679 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR598533 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613270 2 0.0146 0.9979 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0146 0.9490 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR602927 1 0.0363 0.9453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0632 0.9385 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1475909 6 0.3927 0.7307 0.200 0.000 0.008 0.000 0.040 0.752
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.355 0.683 0.797 0.4069 0.503 0.503
#> 3 3 0.614 0.766 0.891 0.4611 0.689 0.484
#> 4 4 0.589 0.726 0.816 0.1515 0.857 0.651
#> 5 5 0.654 0.701 0.840 0.0623 0.944 0.818
#> 6 6 0.665 0.597 0.793 0.0504 0.935 0.777
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1341898 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1085850 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1379450 1 0.8763 0.4430 0.704 0.296
#> SRR1467813 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR614814 2 0.9881 0.5954 0.436 0.564
#> SRR1077405 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1313951 2 0.9460 0.7200 0.364 0.636
#> SRR1339218 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1417505 1 0.9635 0.0948 0.612 0.388
#> SRR1407134 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1457418 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.9635 0.0948 0.612 0.388
#> SRR1498482 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.7219 0.6672 0.800 0.200
#> SRR1439873 2 0.9427 0.7247 0.360 0.640
#> SRR1402239 2 0.0672 0.6387 0.008 0.992
#> SRR1335254 1 0.9608 0.1193 0.616 0.384
#> SRR1352706 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.8955 0.7397 0.312 0.688
#> SRR1388979 1 0.9881 -0.1476 0.564 0.436
#> SRR1396595 2 0.9209 0.7431 0.336 0.664
#> SRR1340508 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1360868 2 0.9833 0.6220 0.424 0.576
#> SRR1440699 1 0.7219 0.6672 0.800 0.200
#> SRR1389059 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.9209 0.3155 0.664 0.336
#> SRR1348861 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.9933 -0.2256 0.548 0.452
#> SRR1468403 1 0.2043 0.8352 0.968 0.032
#> SRR1417070 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1486560 2 0.9635 0.6864 0.388 0.612
#> SRR1315761 1 0.8763 0.4430 0.704 0.296
#> SRR1392637 1 0.9552 0.1537 0.624 0.376
#> SRR810957 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR598124 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.9522 0.1682 0.628 0.372
#> SRR1397008 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1498640 2 0.9963 0.5263 0.464 0.536
#> SRR1429957 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1467590 1 0.2603 0.8331 0.956 0.044
#> SRR1394936 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.4939 0.7846 0.892 0.108
#> SRR659121 1 0.9896 -0.1656 0.560 0.440
#> SRR1330656 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1388305 2 0.9922 0.5671 0.448 0.552
#> SRR1406917 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1311086 2 0.9209 0.7431 0.336 0.664
#> SRR655375 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0672 0.8428 0.992 0.008
#> SRR661325 2 0.7056 0.6966 0.192 0.808
#> SRR1439807 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1352129 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.7602 0.6271 0.780 0.220
#> SRR1394713 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.3733 0.8139 0.928 0.072
#> SRR1500405 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1467455 2 0.9977 0.5034 0.472 0.528
#> SRR1444559 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.1184 0.8414 0.984 0.016
#> SRR1402513 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR660007 2 0.9850 0.6067 0.428 0.572
#> SRR655649 2 0.6973 0.6952 0.188 0.812
#> SRR1437306 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> SRR657731 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR661005 2 0.9850 0.6067 0.428 0.572
#> SRR600608 2 0.9922 0.5715 0.448 0.552
#> SRR655923 2 0.9686 0.6695 0.396 0.604
#> SRR1334717 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1401552 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR1316815 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1072797 2 0.8386 0.7244 0.268 0.732
#> SRR612455 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR1488751 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.2423 0.8349 0.960 0.040
#> SRR1387178 1 0.4939 0.7846 0.892 0.108
#> SRR660498 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.9635 0.0948 0.612 0.388
#> SRR657325 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1339740 2 0.9970 0.5150 0.468 0.532
#> SRR657348 2 0.9323 0.7365 0.348 0.652
#> SRR662091 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR608662 2 0.9795 0.6379 0.416 0.584
#> SRR1361567 2 0.9954 0.5393 0.460 0.540
#> SRR819134 2 0.9833 0.6215 0.424 0.576
#> SRR1311400 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR817775 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR819946 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1343841 2 0.9866 0.6044 0.432 0.568
#> SRR665563 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1487321 1 0.4939 0.7846 0.892 0.108
#> SRR1312428 1 0.5946 0.7445 0.856 0.144
#> SRR657587 2 0.9460 0.7199 0.364 0.636
#> SRR1337412 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> SRR1466993 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1358102 2 0.9522 0.7100 0.372 0.628
#> SRR1455171 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR627299 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR660733 2 0.9850 0.6067 0.428 0.572
#> SRR817758 1 0.2948 0.8282 0.948 0.052
#> SRR821019 2 0.9129 0.7436 0.328 0.672
#> SRR1330675 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1433644 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.9933 -0.2256 0.548 0.452
#> SRR1322291 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR820209 2 0.9129 0.7436 0.328 0.672
#> SRR1331841 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.9209 0.7433 0.336 0.664
#> SRR1350456 2 0.9881 0.5956 0.436 0.564
#> SRR1472079 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.7674 0.6227 0.776 0.224
#> SRR1403958 2 0.9635 0.6864 0.388 0.612
#> SRR1322270 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR600754 2 0.9795 0.6371 0.416 0.584
#> SRR1334847 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1421093 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1466357 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.2423 0.8351 0.960 0.040
#> SRR661133 2 0.9323 0.7364 0.348 0.652
#> SRR1357523 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1415732 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.5946 0.7445 0.856 0.144
#> SRR1454803 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1468381 2 0.9460 0.7199 0.364 0.636
#> SRR1447986 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.8555 0.4910 0.720 0.280
#> SRR1434138 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1456950 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1400375 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1409351 1 0.9833 -0.0848 0.576 0.424
#> SRR1085495 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR604026 1 0.8207 0.5497 0.744 0.256
#> SRR1500868 1 0.4939 0.7846 0.892 0.108
#> SRR1476279 1 0.9833 -0.0848 0.576 0.424
#> SRR627429 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR660969 2 0.9491 0.7157 0.368 0.632
#> SRR1335377 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1357189 2 0.9491 0.7147 0.368 0.632
#> SRR1319837 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1491311 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1487295 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1086635 2 0.9977 0.5021 0.472 0.528
#> SRR1440058 2 0.9661 0.6794 0.392 0.608
#> SRR1389979 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1315721 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR607337 2 0.9944 0.5518 0.456 0.544
#> SRR1434803 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.8713 0.4581 0.708 0.292
#> SRR1465132 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1387989 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.9754 -0.0132 0.592 0.408
#> SRR1441701 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.9427 0.7247 0.360 0.640
#> SRR664819 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR614083 1 0.9970 -0.2954 0.532 0.468
#> SRR1310623 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.9393 0.7290 0.356 0.644
#> SRR1359367 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.2423 0.8351 0.960 0.040
#> SRR1418992 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1343115 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.8555 0.4910 0.720 0.280
#> SRR1399028 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1418127 1 0.4431 0.7985 0.908 0.092
#> SRR1402900 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1485290 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.9209 0.3155 0.664 0.336
#> SRR664842 2 0.9323 0.7365 0.348 0.652
#> SRR662342 1 0.0672 0.8428 0.992 0.008
#> SRR665502 1 0.9833 -0.0850 0.576 0.424
#> SRR657891 2 0.9963 0.5263 0.464 0.536
#> SRR1421305 1 0.0672 0.8428 0.992 0.008
#> SRR1335707 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1401276 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR627421 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1311575 1 0.5946 0.7445 0.856 0.144
#> SRR1475675 1 0.7219 0.6672 0.800 0.200
#> SRR661995 2 0.8386 0.7244 0.268 0.732
#> SRR1471922 2 0.9323 0.7366 0.348 0.652
#> SRR1077687 2 0.9775 0.6447 0.412 0.588
#> SRR821602 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.9427 0.7250 0.360 0.640
#> SRR810571 2 0.9129 0.7436 0.328 0.672
#> SRR664048 1 0.3879 0.8118 0.924 0.076
#> SRR1500998 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1320916 2 0.9998 0.4417 0.492 0.508
#> SRR1472150 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.3733 0.8139 0.928 0.072
#> SRR1317344 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR817978 2 0.9998 0.4389 0.492 0.508
#> SRR1324371 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1474333 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1321462 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> SRR1387264 2 0.9427 0.7247 0.360 0.640
#> SRR1468141 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR608002 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1360563 2 0.9427 0.7247 0.360 0.640
#> SRR1414684 1 0.0672 0.8423 0.992 0.008
#> SRR604050 2 0.9833 0.6220 0.424 0.576
#> SRR600385 1 0.6973 0.6865 0.812 0.188
#> SRR1430248 2 0.9998 0.4417 0.492 0.508
#> SRR1352975 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1457221 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1407560 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR655111 2 0.9881 0.5895 0.436 0.564
#> SRR1336006 1 0.0672 0.8428 0.992 0.008
#> SRR613114 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1435020 2 0.9427 0.7247 0.360 0.640
#> SRR1337564 2 0.9393 0.7290 0.356 0.644
#> SRR1315019 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.5294 0.7719 0.880 0.120
#> SRR812012 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1370619 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1469495 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.9427 0.7248 0.360 0.640
#> SRR1432123 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1370405 2 0.9998 0.4389 0.492 0.508
#> SRR1099499 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR659331 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1468974 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1329551 1 0.8386 0.5224 0.732 0.268
#> SRR662871 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR600560 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1434867 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1487107 2 0.9635 0.6864 0.388 0.612
#> SRR1348159 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1356036 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR614443 1 0.7219 0.6672 0.800 0.200
#> SRR1314958 1 0.5294 0.7719 0.880 0.120
#> SRR1341702 1 0.5946 0.7445 0.856 0.144
#> SRR1444678 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.8327 0.5334 0.736 0.264
#> SRR1467364 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1078879 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1468955 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR660626 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR812436 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1312103 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> SRR1429891 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR661255 2 0.9977 0.5021 0.472 0.528
#> SRR660933 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1488651 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR817686 2 0.9988 0.4735 0.480 0.520
#> SRR1429162 1 0.2423 0.8350 0.960 0.040
#> SRR612380 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR817905 2 0.9393 0.7290 0.356 0.644
#> SRR1337909 1 0.4939 0.7846 0.892 0.108
#> SRR661723 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.9795 0.6379 0.416 0.584
#> SRR1489155 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.9954 -0.2617 0.540 0.460
#> SRR1472193 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.9209 0.7432 0.336 0.664
#> SRR1481462 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1396078 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1470902 1 0.8813 0.4311 0.700 0.300
#> SRR1362777 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1413522 1 0.2423 0.8350 0.960 0.040
#> SRR1073143 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR1444622 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1430288 2 0.9970 0.5150 0.468 0.532
#> SRR1323043 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1475022 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.8608 0.4801 0.716 0.284
#> SRR603596 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR602808 2 0.9977 0.5021 0.472 0.528
#> SRR615467 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR660638 2 0.9635 0.6826 0.388 0.612
#> SRR1360383 1 0.1843 0.8388 0.972 0.028
#> SRR1354577 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.3879 0.8118 0.924 0.076
#> SRR1320873 2 0.8386 0.7244 0.268 0.732
#> SRR1336379 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1325665 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.9460 0.7199 0.364 0.636
#> SRR1477634 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1444876 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1101421 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR613354 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1434782 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.2948 0.8282 0.948 0.052
#> SRR1324431 1 1.0000 -0.4123 0.500 0.500
#> SRR1442356 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.9427 0.7247 0.360 0.640
#> SRR655684 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.9209 0.7431 0.336 0.664
#> SRR1397073 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> SRR1087031 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1489177 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.2043 0.8352 0.968 0.032
#> SRR1440517 2 0.9833 0.6220 0.424 0.576
#> SRR1320093 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR602516 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR604318 2 0.7219 0.6996 0.200 0.800
#> SRR1320280 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1082262 2 0.9209 0.7431 0.336 0.664
#> SRR1379238 1 0.5946 0.7445 0.856 0.144
#> SRR1385080 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1316921 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1097752 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1498272 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR814989 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1320892 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR818418 2 0.9963 0.5263 0.464 0.536
#> SRR1474553 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1430884 1 0.9933 -0.2256 0.548 0.452
#> SRR1079281 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR656493 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1328599 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR655218 2 0.7219 0.6996 0.200 0.800
#> SRR1416754 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1488562 2 0.9833 0.6220 0.424 0.576
#> SRR1084842 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR819999 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1468514 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1499823 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.9209 0.7431 0.336 0.664
#> SRR1474065 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1499442 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1415095 1 0.2236 0.8371 0.964 0.036
#> SRR1499982 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1488715 2 0.9795 0.6379 0.416 0.584
#> SRR597927 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1479239 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1333694 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1476676 2 0.9866 0.6046 0.432 0.568
#> SRR663261 1 0.8267 0.5468 0.740 0.260
#> SRR1432343 1 0.9580 0.1368 0.620 0.380
#> SRR1459585 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.9933 -0.2256 0.548 0.452
#> SRR612443 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1473936 1 0.9850 -0.1099 0.572 0.428
#> SRR1455698 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.9491 0.7149 0.368 0.632
#> SRR659187 2 1.0000 0.4076 0.500 0.500
#> SRR1417912 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1316940 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR657635 2 0.9732 0.6597 0.404 0.596
#> SRR615934 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1469904 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1311794 2 0.9427 0.7250 0.360 0.640
#> SRR657754 2 0.6973 0.6952 0.188 0.812
#> SRR1464451 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1443895 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1444460 2 0.9522 0.7100 0.372 0.628
#> SRR1333587 2 0.9998 0.4417 0.492 0.508
#> SRR1307770 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.2236 0.8367 0.964 0.036
#> SRR1366433 2 0.9491 0.7147 0.368 0.632
#> SRR1480479 1 0.9833 -0.0848 0.576 0.424
#> SRR1470175 2 0.6887 0.6933 0.184 0.816
#> SRR598768 2 0.9954 0.5393 0.460 0.540
#> SRR1335400 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR1418923 2 0.9491 0.7147 0.368 0.632
#> SRR820133 2 0.9129 0.7436 0.328 0.672
#> SRR1348424 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1382956 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR821434 2 0.9635 0.6864 0.388 0.612
#> SRR662546 2 0.9358 0.7331 0.352 0.648
#> SRR1319816 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1408208 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR1332317 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.5946 0.7445 0.856 0.144
#> SRR1467294 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.2043 0.8379 0.968 0.032
#> SRR1335688 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.2603 0.8331 0.956 0.044
#> SRR1321966 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1488672 2 0.9209 0.7431 0.336 0.664
#> SRR1343197 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.9850 0.6132 0.428 0.572
#> SRR1334564 2 0.9248 0.7418 0.340 0.660
#> SRR660661 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1498861 2 0.9286 0.7396 0.344 0.656
#> SRR1317877 2 0.9833 0.6215 0.424 0.576
#> SRR1329885 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.9170 0.7440 0.332 0.668
#> SRR615731 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR602622 1 0.9522 0.1682 0.628 0.372
#> SRR1487685 1 0.9850 -0.1099 0.572 0.428
#> SRR1455925 2 0.9087 0.7430 0.324 0.676
#> SRR1390516 1 0.7219 0.6672 0.800 0.200
#> SRR1313932 1 0.9815 -0.0644 0.580 0.420
#> SRR603397 1 0.7299 0.6613 0.796 0.204
#> SRR1099023 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0376 0.8433 0.996 0.004
#> SRR608174 2 0.9393 0.7290 0.356 0.644
#> SRR1320963 2 0.9954 0.5393 0.460 0.540
#> SRR661973 2 0.6973 0.6952 0.188 0.812
#> SRR598533 2 0.0672 0.6387 0.008 0.992
#> SRR613270 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1480365 2 0.9954 0.5393 0.460 0.540
#> SRR602927 2 0.9358 0.7329 0.352 0.648
#> SRR1315799 2 0.0000 0.6368 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.9522 0.7100 0.372 0.628
#> SRR1475909 1 0.8144 0.5621 0.748 0.252
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.1643 0.8471 0.956 0.044 0.000
#> SRR1085850 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1379450 1 0.5810 0.4810 0.664 0.000 0.336
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.2261 0.8285 0.932 0.000 0.068
#> SRR1077405 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 3 0.5835 0.5601 0.340 0.000 0.660
#> SRR1313951 1 0.1015 0.8515 0.980 0.012 0.008
#> SRR1339218 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1417505 1 0.5058 0.6524 0.756 0.000 0.244
#> SRR1407134 3 0.5859 0.5529 0.344 0.000 0.656
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.5058 0.6524 0.756 0.000 0.244
#> SRR1498482 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 1 0.6260 0.1605 0.552 0.000 0.448
#> SRR1439873 1 0.0424 0.8505 0.992 0.008 0.000
#> SRR1402239 2 0.0592 0.9775 0.012 0.988 0.000
#> SRR1335254 1 0.5098 0.6451 0.752 0.000 0.248
#> SRR1352706 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.2356 0.8303 0.928 0.072 0.000
#> SRR1388979 1 0.4555 0.7143 0.800 0.000 0.200
#> SRR1396595 1 0.1289 0.8503 0.968 0.032 0.000
#> SRR1340508 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1360868 1 0.2301 0.8348 0.936 0.004 0.060
#> SRR1440699 1 0.6260 0.1605 0.552 0.000 0.448
#> SRR1389059 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 1 0.5560 0.5578 0.700 0.000 0.300
#> SRR1348861 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 1 0.4291 0.7355 0.820 0.000 0.180
#> SRR1468403 3 0.2066 0.8123 0.060 0.000 0.940
#> SRR1417070 3 0.1163 0.8262 0.028 0.000 0.972
#> SRR1390601 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1486560 1 0.1877 0.8474 0.956 0.012 0.032
#> SRR1315761 1 0.5810 0.4810 0.664 0.000 0.336
#> SRR1392637 1 0.5178 0.6333 0.744 0.000 0.256
#> SRR810957 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR1470212 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1433971 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR598124 3 0.0747 0.8269 0.016 0.000 0.984
#> SRR615141 3 0.3192 0.7908 0.112 0.000 0.888
#> SRR601122 1 0.5216 0.6274 0.740 0.000 0.260
#> SRR1397008 3 0.2537 0.8092 0.080 0.000 0.920
#> SRR1358561 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.2878 0.8125 0.904 0.000 0.096
#> SRR1429957 3 0.0747 0.8272 0.016 0.000 0.984
#> SRR1452292 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1467590 3 0.5465 0.6347 0.288 0.000 0.712
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 3 0.6244 0.3302 0.440 0.000 0.560
#> SRR659121 1 0.4452 0.7207 0.808 0.000 0.192
#> SRR1330656 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.2537 0.8219 0.920 0.000 0.080
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1311086 1 0.1289 0.8503 0.968 0.032 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.4702 0.7109 0.212 0.000 0.788
#> SRR661325 1 0.4452 0.7018 0.808 0.192 0.000
#> SRR1439807 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.6225 0.1950 0.568 0.000 0.432
#> SRR1394713 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 3 0.6140 0.4207 0.404 0.000 0.596
#> SRR1500405 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1467455 1 0.3038 0.8072 0.896 0.000 0.104
#> SRR1444559 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.5465 0.6345 0.288 0.000 0.712
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR660007 1 0.2680 0.8292 0.924 0.008 0.068
#> SRR655649 1 0.4702 0.6801 0.788 0.212 0.000
#> SRR1437306 3 0.5859 0.5537 0.344 0.000 0.656
#> SRR657731 1 0.6244 0.1901 0.560 0.000 0.440
#> SRR661005 1 0.2680 0.8292 0.924 0.008 0.068
#> SRR600608 1 0.2537 0.8243 0.920 0.000 0.080
#> SRR655923 1 0.1832 0.8431 0.956 0.008 0.036
#> SRR1334717 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.1964 0.8407 0.944 0.056 0.000
#> SRR1316815 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1072797 1 0.3340 0.7895 0.880 0.120 0.000
#> SRR612455 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR818210 1 0.1964 0.8407 0.944 0.056 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.5621 0.6089 0.308 0.000 0.692
#> SRR1387178 3 0.6244 0.3302 0.440 0.000 0.560
#> SRR660498 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.5058 0.6524 0.756 0.000 0.244
#> SRR657325 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.2959 0.8097 0.900 0.000 0.100
#> SRR657348 1 0.0892 0.8516 0.980 0.020 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR608662 1 0.1753 0.8386 0.952 0.000 0.048
#> SRR1361567 1 0.2796 0.8159 0.908 0.000 0.092
#> SRR819134 1 0.2301 0.8344 0.936 0.004 0.060
#> SRR1311400 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR817775 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR661433 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR819946 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR1319539 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1343841 1 0.2165 0.8308 0.936 0.000 0.064
#> SRR665563 1 0.6244 0.1901 0.560 0.000 0.440
#> SRR1487321 3 0.6244 0.3302 0.440 0.000 0.560
#> SRR1312428 3 0.6305 0.1630 0.484 0.000 0.516
#> SRR657587 1 0.1015 0.8514 0.980 0.012 0.008
#> SRR1337412 3 0.2537 0.8092 0.080 0.000 0.920
#> SRR1474466 3 0.5859 0.5537 0.344 0.000 0.656
#> SRR1466993 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1358102 1 0.1015 0.8505 0.980 0.008 0.012
#> SRR1455171 1 0.6225 0.2160 0.568 0.000 0.432
#> SRR627299 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.2680 0.8292 0.924 0.008 0.068
#> SRR817758 3 0.5760 0.5811 0.328 0.000 0.672
#> SRR821019 1 0.1529 0.8471 0.960 0.040 0.000
#> SRR1330675 3 0.5706 0.5920 0.320 0.000 0.680
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.2537 0.8092 0.080 0.000 0.920
#> SRR604074 1 0.4291 0.7355 0.820 0.000 0.180
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 1 0.1529 0.8471 0.960 0.040 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.1643 0.8476 0.956 0.044 0.000
#> SRR1350456 1 0.2261 0.8287 0.932 0.000 0.068
#> SRR1472079 3 0.3192 0.7915 0.112 0.000 0.888
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 1 0.6154 0.2900 0.592 0.000 0.408
#> SRR1403958 1 0.1877 0.8474 0.956 0.012 0.032
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.2096 0.8377 0.944 0.004 0.052
#> SRR1334847 3 0.5835 0.5601 0.340 0.000 0.660
#> SRR1421093 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.5760 0.5809 0.328 0.000 0.672
#> SRR661133 1 0.0892 0.8511 0.980 0.020 0.000
#> SRR1357523 1 0.1643 0.8471 0.956 0.044 0.000
#> SRR1415732 3 0.1163 0.8266 0.028 0.000 0.972
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 3 0.6305 0.1630 0.484 0.000 0.516
#> SRR1454803 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1468381 1 0.1015 0.8514 0.980 0.012 0.008
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 1 0.5905 0.4442 0.648 0.000 0.352
#> SRR1434138 3 0.5706 0.5920 0.320 0.000 0.680
#> SRR1456950 3 0.5810 0.5672 0.336 0.000 0.664
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1409351 1 0.4654 0.7002 0.792 0.000 0.208
#> SRR1085495 1 0.2066 0.8389 0.940 0.060 0.000
#> SRR604026 1 0.6062 0.3578 0.616 0.000 0.384
#> SRR1500868 3 0.6244 0.3302 0.440 0.000 0.560
#> SRR1476279 1 0.4654 0.7002 0.792 0.000 0.208
#> SRR627429 2 0.3752 0.8341 0.144 0.856 0.000
#> SRR660969 1 0.1491 0.8521 0.968 0.016 0.016
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1357189 1 0.1182 0.8510 0.976 0.012 0.012
#> SRR1319837 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1491311 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1487295 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 1 0.3038 0.8060 0.896 0.000 0.104
#> SRR1440058 1 0.2269 0.8459 0.944 0.016 0.040
#> SRR1389979 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1315721 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR607337 1 0.2711 0.8195 0.912 0.000 0.088
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 1 0.5882 0.4553 0.652 0.000 0.348
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1387989 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 1 0.4842 0.6831 0.776 0.000 0.224
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0424 0.8505 0.992 0.008 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR614083 1 0.4062 0.7538 0.836 0.000 0.164
#> SRR1310623 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0983 0.8519 0.980 0.016 0.004
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 3 0.5760 0.5809 0.328 0.000 0.672
#> SRR1418992 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 1 0.5905 0.4442 0.648 0.000 0.352
#> SRR1399028 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1418127 3 0.6215 0.3573 0.428 0.000 0.572
#> SRR1402900 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.5560 0.5578 0.700 0.000 0.300
#> SRR664842 1 0.0892 0.8516 0.980 0.020 0.000
#> SRR662342 3 0.2878 0.7980 0.096 0.000 0.904
#> SRR665502 1 0.4702 0.6983 0.788 0.000 0.212
#> SRR657891 1 0.2878 0.8125 0.904 0.000 0.096
#> SRR1421305 3 0.4702 0.7092 0.212 0.000 0.788
#> SRR1335707 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1401276 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR627421 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1311575 3 0.6305 0.1630 0.484 0.000 0.516
#> SRR1475675 1 0.6260 0.1605 0.552 0.000 0.448
#> SRR661995 1 0.3340 0.7895 0.880 0.120 0.000
#> SRR1471922 1 0.1267 0.8523 0.972 0.024 0.004
#> SRR1077687 1 0.1989 0.8393 0.948 0.004 0.048
#> SRR821602 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.1170 0.8522 0.976 0.016 0.008
#> SRR810571 1 0.1529 0.8471 0.960 0.040 0.000
#> SRR664048 3 0.6111 0.4379 0.396 0.000 0.604
#> SRR1500998 3 0.3038 0.7963 0.104 0.000 0.896
#> SRR1320916 1 0.3412 0.7920 0.876 0.000 0.124
#> SRR1472150 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 3 0.6140 0.4207 0.404 0.000 0.596
#> SRR1317344 1 0.1964 0.8407 0.944 0.056 0.000
#> SRR817978 1 0.3412 0.7907 0.876 0.000 0.124
#> SRR1324371 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1474333 3 0.5859 0.5529 0.344 0.000 0.656
#> SRR1321462 3 0.5835 0.5614 0.340 0.000 0.660
#> SRR1387264 1 0.0424 0.8505 0.992 0.008 0.000
#> SRR1468141 3 0.0892 0.8271 0.020 0.000 0.980
#> SRR1486097 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR608002 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1360563 1 0.0424 0.8505 0.992 0.008 0.000
#> SRR1414684 3 0.1643 0.8239 0.044 0.000 0.956
#> SRR604050 1 0.2301 0.8348 0.936 0.004 0.060
#> SRR600385 1 0.6309 -0.0838 0.504 0.000 0.496
#> SRR1430248 1 0.3412 0.7920 0.876 0.000 0.124
#> SRR1352975 3 0.5810 0.5665 0.336 0.000 0.664
#> SRR1457221 3 0.1163 0.8262 0.028 0.000 0.972
#> SRR807591 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR655111 1 0.2866 0.8251 0.916 0.008 0.076
#> SRR1336006 3 0.3686 0.7725 0.140 0.000 0.860
#> SRR613114 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.3482 0.7810 0.128 0.000 0.872
#> SRR1315269 3 0.5810 0.5665 0.336 0.000 0.664
#> SRR1435020 1 0.0424 0.8505 0.992 0.008 0.000
#> SRR1337564 1 0.0983 0.8518 0.980 0.016 0.004
#> SRR1315019 3 0.0592 0.8274 0.012 0.000 0.988
#> SRR1370173 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR1405485 3 0.6274 0.2643 0.456 0.000 0.544
#> SRR812012 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1370619 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.1170 0.8523 0.976 0.016 0.008
#> SRR1432123 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1370405 1 0.3412 0.7907 0.876 0.000 0.124
#> SRR1099499 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.5835 0.5601 0.340 0.000 0.660
#> SRR1468974 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1329551 1 0.6045 0.3764 0.620 0.000 0.380
#> SRR662871 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR600560 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR1487107 1 0.1877 0.8474 0.956 0.012 0.032
#> SRR1348159 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1356036 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR614443 1 0.6252 0.1760 0.556 0.000 0.444
#> SRR1314958 3 0.6274 0.2643 0.456 0.000 0.544
#> SRR1341702 3 0.6305 0.1630 0.484 0.000 0.516
#> SRR1444678 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.6180 0.2660 0.584 0.000 0.416
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1468955 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR660626 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR812436 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1312103 3 0.5835 0.5614 0.340 0.000 0.660
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 1 0.3038 0.8060 0.896 0.000 0.104
#> SRR660933 1 0.1643 0.8471 0.956 0.044 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR817686 1 0.3500 0.7963 0.880 0.004 0.116
#> SRR1429162 3 0.5882 0.5449 0.348 0.000 0.652
#> SRR612380 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR817905 1 0.0983 0.8519 0.980 0.016 0.004
#> SRR1337909 3 0.6244 0.3302 0.440 0.000 0.560
#> SRR661723 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.1753 0.8386 0.952 0.000 0.048
#> SRR1489155 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 1 0.4178 0.7444 0.828 0.000 0.172
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.1289 0.8500 0.968 0.032 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1396078 3 0.1289 0.8259 0.032 0.000 0.968
#> SRR1443612 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1470902 1 0.5785 0.4895 0.668 0.000 0.332
#> SRR1362777 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1413522 3 0.5882 0.5449 0.348 0.000 0.652
#> SRR1073143 1 0.2066 0.8389 0.940 0.060 0.000
#> SRR1444622 3 0.2537 0.8092 0.080 0.000 0.920
#> SRR662570 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.2959 0.8097 0.900 0.000 0.100
#> SRR1323043 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1475022 3 0.0237 0.8264 0.004 0.000 0.996
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 1 0.5926 0.4369 0.644 0.000 0.356
#> SRR603596 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 1 0.3038 0.8060 0.896 0.000 0.104
#> SRR615467 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR660638 1 0.1877 0.8455 0.956 0.012 0.032
#> SRR1360383 3 0.5363 0.6479 0.276 0.000 0.724
#> SRR1354577 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.6111 0.4379 0.396 0.000 0.604
#> SRR1320873 1 0.3340 0.7895 0.880 0.120 0.000
#> SRR1336379 3 0.5835 0.5601 0.340 0.000 0.660
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.1015 0.8514 0.980 0.012 0.008
#> SRR1477634 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1444876 3 0.5835 0.5601 0.340 0.000 0.660
#> SRR1101421 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR613354 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.5810 0.5701 0.336 0.000 0.664
#> SRR1324431 1 0.3851 0.7824 0.860 0.004 0.136
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0424 0.8505 0.992 0.008 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1289 0.8503 0.968 0.032 0.000
#> SRR1397073 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1455060 2 0.0237 0.9871 0.004 0.996 0.000
#> SRR1341008 3 0.5835 0.5614 0.340 0.000 0.660
#> SRR1087031 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1489177 3 0.1163 0.8262 0.028 0.000 0.972
#> SRR1350525 3 0.2066 0.8123 0.060 0.000 0.940
#> SRR1440517 1 0.2301 0.8348 0.936 0.004 0.060
#> SRR1320093 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR602516 1 0.1964 0.8407 0.944 0.056 0.000
#> SRR604318 1 0.4555 0.6989 0.800 0.200 0.000
#> SRR1320280 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1082262 1 0.1289 0.8503 0.968 0.032 0.000
#> SRR1379238 3 0.6305 0.1630 0.484 0.000 0.516
#> SRR1385080 3 0.5785 0.5740 0.332 0.000 0.668
#> SRR1316921 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1411 0.8492 0.964 0.036 0.000
#> SRR1498272 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR814989 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.2878 0.8125 0.904 0.000 0.096
#> SRR1474553 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1430884 1 0.4291 0.7355 0.820 0.000 0.180
#> SRR1079281 3 0.5706 0.5920 0.320 0.000 0.680
#> SRR656493 1 0.6244 0.1901 0.560 0.000 0.440
#> SRR1328599 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR655218 1 0.4555 0.6989 0.800 0.200 0.000
#> SRR1416754 3 0.0424 0.8268 0.008 0.000 0.992
#> SRR1488562 1 0.2301 0.8348 0.936 0.004 0.060
#> SRR1084842 1 0.1964 0.8407 0.944 0.056 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 1 0.6244 0.1901 0.560 0.000 0.440
#> SRR1468514 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.1289 0.8503 0.968 0.032 0.000
#> SRR1474065 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.5706 0.5920 0.320 0.000 0.680
#> SRR1415095 3 0.5859 0.5537 0.344 0.000 0.656
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.1753 0.8386 0.952 0.000 0.048
#> SRR597927 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1333694 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1476676 1 0.2165 0.8307 0.936 0.000 0.064
#> SRR663261 1 0.6008 0.3841 0.628 0.000 0.372
#> SRR1432343 1 0.5138 0.6392 0.748 0.000 0.252
#> SRR1459585 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 1 0.4291 0.7355 0.820 0.000 0.180
#> SRR612443 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1473936 1 0.4605 0.7059 0.796 0.000 0.204
#> SRR1455698 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.1491 0.8515 0.968 0.016 0.016
#> SRR659187 1 0.3851 0.7824 0.860 0.004 0.136
#> SRR1417912 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1316940 3 0.1289 0.8259 0.032 0.000 0.968
#> SRR1500753 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR657635 1 0.2063 0.8425 0.948 0.008 0.044
#> SRR615934 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 3 0.5835 0.5601 0.340 0.000 0.660
#> SRR1469904 1 0.1411 0.8492 0.964 0.036 0.000
#> SRR1311794 1 0.1170 0.8522 0.976 0.016 0.008
#> SRR657754 1 0.4702 0.6801 0.788 0.212 0.000
#> SRR1464451 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1443895 3 0.0237 0.8264 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444460 1 0.1015 0.8505 0.980 0.008 0.012
#> SRR1333587 1 0.3412 0.7920 0.876 0.000 0.124
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.5733 0.5861 0.324 0.000 0.676
#> SRR1366433 1 0.1182 0.8510 0.976 0.012 0.012
#> SRR1480479 1 0.4654 0.7002 0.792 0.000 0.208
#> SRR1470175 2 0.6204 0.1874 0.424 0.576 0.000
#> SRR598768 1 0.2796 0.8159 0.908 0.000 0.092
#> SRR1335400 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR1418923 1 0.1182 0.8510 0.976 0.012 0.012
#> SRR820133 1 0.1529 0.8471 0.960 0.040 0.000
#> SRR1348424 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1382956 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.3192 0.7915 0.112 0.000 0.888
#> SRR821434 1 0.1877 0.8474 0.956 0.012 0.032
#> SRR662546 1 0.1129 0.8524 0.976 0.020 0.004
#> SRR1319816 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.2537 0.8093 0.080 0.000 0.920
#> SRR1435293 3 0.3482 0.7781 0.128 0.000 0.872
#> SRR1408208 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 3 0.6305 0.1630 0.484 0.000 0.516
#> SRR1467294 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.5397 0.6433 0.280 0.000 0.720
#> SRR1335688 3 0.1163 0.8262 0.028 0.000 0.972
#> SRR1370129 3 0.5465 0.6347 0.288 0.000 0.712
#> SRR1321966 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1488672 1 0.1289 0.8503 0.968 0.032 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.2400 0.8325 0.932 0.004 0.064
#> SRR1334564 1 0.1163 0.8511 0.972 0.028 0.000
#> SRR660661 1 0.6235 0.2046 0.564 0.000 0.436
#> SRR1498861 1 0.1031 0.8513 0.976 0.024 0.000
#> SRR1317877 1 0.2301 0.8344 0.936 0.004 0.060
#> SRR1329885 3 0.0424 0.8274 0.008 0.000 0.992
#> SRR1459718 1 0.1411 0.8489 0.964 0.036 0.000
#> SRR615731 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR602622 1 0.5216 0.6274 0.740 0.000 0.260
#> SRR1487685 1 0.4605 0.7059 0.796 0.000 0.204
#> SRR1455925 1 0.1964 0.8407 0.944 0.056 0.000
#> SRR1390516 1 0.6235 0.1980 0.564 0.000 0.436
#> SRR1313932 1 0.4702 0.6950 0.788 0.000 0.212
#> SRR603397 1 0.6215 0.2254 0.572 0.000 0.428
#> SRR1099023 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.8261 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.3192 0.7915 0.112 0.000 0.888
#> SRR656564 3 0.3340 0.7844 0.120 0.000 0.880
#> SRR608174 1 0.0983 0.8519 0.980 0.016 0.004
#> SRR1320963 1 0.2796 0.8159 0.908 0.000 0.092
#> SRR661973 1 0.4702 0.6801 0.788 0.212 0.000
#> SRR598533 2 0.0592 0.9775 0.012 0.988 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.2796 0.8159 0.908 0.000 0.092
#> SRR602927 1 0.1129 0.8519 0.976 0.020 0.004
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1015 0.8505 0.980 0.008 0.012
#> SRR1475909 1 0.6079 0.3498 0.612 0.000 0.388
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1341898 3 0.0188 0.8654 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333930 1 0.1356 0.7983 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1085850 1 0.1792 0.7746 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1379450 4 0.7082 0.4179 0.428 0.000 0.124 0.448
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.4797 0.5933 0.720 0.000 0.020 0.260
#> SRR1077405 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.7003 0.6433 0.124 0.000 0.368 0.508
#> SRR1313951 1 0.2011 0.7889 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1339218 1 0.0592 0.7939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1417505 1 0.6354 -0.0179 0.520 0.000 0.064 0.416
#> SRR1407134 4 0.6993 0.6480 0.124 0.000 0.364 0.512
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.6354 -0.0179 0.520 0.000 0.064 0.416
#> SRR1498482 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 4 0.6576 0.7532 0.220 0.000 0.152 0.628
#> SRR1439873 1 0.2011 0.7906 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1402239 2 0.0469 0.9778 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.6310 -0.0536 0.512 0.000 0.060 0.428
#> SRR1352706 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.3392 0.7251 0.856 0.020 0.000 0.124
#> SRR1388979 1 0.6110 0.2265 0.576 0.000 0.056 0.368
#> SRR1396595 1 0.0817 0.7985 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1340508 1 0.2011 0.7684 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1360868 1 0.4387 0.6409 0.752 0.000 0.012 0.236
#> SRR1440699 4 0.6576 0.7532 0.220 0.000 0.152 0.628
#> SRR1389059 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.6445 0.3164 0.444 0.000 0.068 0.488
#> SRR1348861 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 4 0.5780 0.1528 0.476 0.000 0.028 0.496
#> SRR1468403 3 0.2530 0.8228 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR1417070 3 0.3610 0.7260 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1390601 1 0.2081 0.7655 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1486560 1 0.2831 0.7610 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1315761 4 0.7082 0.4179 0.428 0.000 0.124 0.448
#> SRR1392637 1 0.6430 -0.0924 0.504 0.000 0.068 0.428
#> SRR810957 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.1118 0.8577 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1470212 3 0.2868 0.7939 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1433971 1 0.1022 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR598124 3 0.3074 0.7781 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR615141 3 0.5227 0.5462 0.040 0.000 0.704 0.256
#> SRR601122 1 0.6580 -0.1017 0.504 0.000 0.080 0.416
#> SRR1397008 3 0.4678 0.6337 0.024 0.000 0.744 0.232
#> SRR1358561 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.5088 0.5411 0.688 0.000 0.024 0.288
#> SRR1429957 3 0.2081 0.8332 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1452292 1 0.1022 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1467590 3 0.6611 -0.3712 0.080 0.000 0.464 0.456
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.7252 0.7244 0.180 0.000 0.292 0.528
#> SRR659121 1 0.5860 0.2426 0.580 0.000 0.040 0.380
#> SRR1330656 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.4910 0.5690 0.704 0.000 0.020 0.276
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1311086 1 0.1792 0.7970 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR655375 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.6466 0.1384 0.092 0.000 0.588 0.320
#> SRR661325 1 0.4585 0.5206 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1439807 1 0.2149 0.7829 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.7345 0.6798 0.308 0.000 0.184 0.508
#> SRR1394713 3 0.0817 0.8610 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.2921 0.7912 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.7011 0.7097 0.148 0.000 0.300 0.552
#> SRR1500405 3 0.0817 0.8610 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1354446 1 0.2011 0.7681 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1467455 1 0.5300 0.4949 0.664 0.000 0.028 0.308
#> SRR1444559 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.6881 0.5051 0.104 0.000 0.428 0.468
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2921 0.7912 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR660007 1 0.4624 0.5494 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR655649 1 0.5271 0.4950 0.640 0.020 0.000 0.340
#> SRR1437306 4 0.7043 0.6435 0.128 0.000 0.368 0.504
#> SRR657731 4 0.6492 0.7510 0.220 0.000 0.144 0.636
#> SRR661005 1 0.4624 0.5494 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR600608 1 0.4995 0.5973 0.720 0.000 0.032 0.248
#> SRR655923 1 0.4431 0.6183 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1334717 1 0.0188 0.7966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0817 0.8610 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1082759 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.2924 0.7471 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR1316815 1 0.2081 0.7845 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1072797 1 0.4284 0.6529 0.780 0.020 0.000 0.200
#> SRR612455 3 0.2921 0.7912 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR818210 1 0.2924 0.7471 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.6722 0.5341 0.092 0.000 0.408 0.500
#> SRR1387178 4 0.7252 0.7244 0.180 0.000 0.292 0.528
#> SRR660498 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.6354 -0.0179 0.520 0.000 0.064 0.416
#> SRR657325 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.5113 0.5329 0.684 0.000 0.024 0.292
#> SRR657348 1 0.0592 0.7965 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR662091 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.1557 0.7790 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR608662 1 0.4434 0.6459 0.756 0.000 0.016 0.228
#> SRR1361567 1 0.5131 0.5515 0.692 0.000 0.028 0.280
#> SRR819134 1 0.4675 0.6184 0.736 0.000 0.020 0.244
#> SRR1311400 1 0.1022 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR817775 3 0.1302 0.8545 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR661433 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR819946 3 0.1118 0.8577 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1319539 3 0.2921 0.7912 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1343841 1 0.4797 0.5958 0.720 0.000 0.020 0.260
#> SRR665563 4 0.6492 0.7510 0.220 0.000 0.144 0.636
#> SRR1487321 4 0.7252 0.7244 0.180 0.000 0.292 0.528
#> SRR1312428 4 0.7250 0.7476 0.220 0.000 0.236 0.544
#> SRR657587 1 0.1940 0.7871 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1337412 3 0.4678 0.6337 0.024 0.000 0.744 0.232
#> SRR1474466 4 0.7043 0.6435 0.128 0.000 0.368 0.504
#> SRR1466993 1 0.2081 0.7845 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1358102 1 0.2647 0.7660 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1455171 4 0.6390 0.7446 0.224 0.000 0.132 0.644
#> SRR627299 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.4624 0.5494 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR817758 4 0.6830 0.5861 0.104 0.000 0.388 0.508
#> SRR821019 1 0.2011 0.7675 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1330675 4 0.6889 0.5826 0.108 0.000 0.396 0.496
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.4678 0.6337 0.024 0.000 0.744 0.232
#> SRR604074 4 0.5781 0.1309 0.480 0.000 0.028 0.492
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.2011 0.7675 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.1888 0.7837 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR1350456 1 0.4826 0.5897 0.716 0.000 0.020 0.264
#> SRR1472079 3 0.5256 0.5209 0.036 0.000 0.692 0.272
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.6442 0.7235 0.244 0.000 0.124 0.632
#> SRR1403958 1 0.2944 0.7548 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4327 0.6594 0.768 0.000 0.016 0.216
#> SRR1334847 4 0.7003 0.6433 0.124 0.000 0.368 0.508
#> SRR1421093 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.6926 0.5972 0.112 0.000 0.392 0.496
#> SRR661133 1 0.1389 0.8003 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1357523 1 0.1356 0.7983 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1415732 3 0.3668 0.7331 0.004 0.000 0.808 0.188
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.7250 0.7476 0.220 0.000 0.236 0.544
#> SRR1454803 1 0.0921 0.7992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1468381 1 0.2081 0.7837 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.6445 0.6361 0.304 0.000 0.096 0.600
#> SRR1434138 4 0.6901 0.5663 0.108 0.000 0.404 0.488
#> SRR1456950 4 0.7020 0.6300 0.124 0.000 0.376 0.500
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.1302 0.7989 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1409351 1 0.5969 0.1822 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR1085495 1 0.3160 0.7391 0.872 0.020 0.000 0.108
#> SRR604026 4 0.7249 0.6016 0.348 0.000 0.156 0.496
#> SRR1500868 4 0.7252 0.7244 0.180 0.000 0.292 0.528
#> SRR1476279 1 0.5969 0.1822 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR627429 2 0.5716 0.7242 0.060 0.668 0.000 0.272
#> SRR660969 1 0.2281 0.7870 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0921 0.7986 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1357189 1 0.2149 0.7815 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1319837 1 0.0000 0.7973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1487295 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 1 0.4804 0.4160 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1440058 1 0.3390 0.7405 0.852 0.000 0.016 0.132
#> SRR1389979 1 0.2011 0.7757 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1315721 1 0.0000 0.7973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.5141 0.5662 0.700 0.000 0.032 0.268
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.6766 0.5074 0.380 0.000 0.100 0.520
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1387989 3 0.0336 0.8646 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1383018 1 0.6060 -0.0273 0.516 0.000 0.044 0.440
#> SRR1441701 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.2011 0.7906 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR664819 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0188 0.7966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614083 1 0.5663 0.1165 0.536 0.000 0.024 0.440
#> SRR1310623 3 0.0188 0.8654 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420625 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.1118 0.7993 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.6926 0.5972 0.112 0.000 0.392 0.496
#> SRR1418992 1 0.1022 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.6445 0.6361 0.304 0.000 0.096 0.600
#> SRR1399028 1 0.1022 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1418127 4 0.7118 0.7267 0.168 0.000 0.284 0.548
#> SRR1402900 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.6445 0.3164 0.444 0.000 0.068 0.488
#> SRR664842 1 0.0592 0.7965 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR662342 3 0.4535 0.5219 0.004 0.000 0.704 0.292
#> SRR665502 1 0.5933 0.1417 0.552 0.000 0.040 0.408
#> SRR657891 1 0.5088 0.5411 0.688 0.000 0.024 0.288
#> SRR1421305 3 0.6404 0.2080 0.096 0.000 0.608 0.296
#> SRR1335707 3 0.2868 0.7947 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1401276 1 0.0000 0.7973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0592 0.7979 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1311575 4 0.7250 0.7476 0.220 0.000 0.236 0.544
#> SRR1475675 4 0.6576 0.7532 0.220 0.000 0.152 0.628
#> SRR661995 1 0.4284 0.6529 0.780 0.020 0.000 0.200
#> SRR1471922 1 0.0592 0.7992 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1077687 1 0.4012 0.6915 0.800 0.000 0.016 0.184
#> SRR821602 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.2345 0.7776 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR810571 1 0.2011 0.7675 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR664048 4 0.7023 0.6951 0.144 0.000 0.312 0.544
#> SRR1500998 3 0.5172 0.5459 0.036 0.000 0.704 0.260
#> SRR1320916 1 0.5511 0.3898 0.620 0.000 0.028 0.352
#> SRR1472150 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 4 0.7011 0.7097 0.148 0.000 0.300 0.552
#> SRR1317344 1 0.2924 0.7471 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR817978 1 0.5496 0.4580 0.652 0.000 0.036 0.312
#> SRR1324371 1 0.2081 0.7845 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1474333 4 0.6993 0.6480 0.124 0.000 0.364 0.512
#> SRR1321462 4 0.7052 0.6373 0.128 0.000 0.372 0.500
#> SRR1387264 1 0.2011 0.7906 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1468141 3 0.2281 0.8256 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1486097 1 0.0921 0.7986 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR608002 1 0.2081 0.7655 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1360563 1 0.2011 0.7906 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1414684 3 0.4053 0.6955 0.004 0.000 0.768 0.228
#> SRR604050 1 0.4353 0.6450 0.756 0.000 0.012 0.232
#> SRR600385 4 0.7711 0.6684 0.308 0.000 0.248 0.444
#> SRR1430248 1 0.5543 0.3729 0.612 0.000 0.028 0.360
#> SRR1352975 4 0.7028 0.6274 0.124 0.000 0.380 0.496
#> SRR1457221 3 0.3610 0.7260 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR807591 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR655111 1 0.4800 0.5362 0.656 0.000 0.004 0.340
#> SRR1336006 3 0.5639 0.3733 0.040 0.000 0.636 0.324
#> SRR613114 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 3 0.5446 0.4838 0.044 0.000 0.680 0.276
#> SRR1315269 4 0.7028 0.6274 0.124 0.000 0.380 0.496
#> SRR1435020 1 0.2011 0.7906 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1337564 1 0.2216 0.7809 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1315019 3 0.1211 0.8563 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1370173 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.1118 0.8576 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1405485 4 0.7190 0.7414 0.192 0.000 0.260 0.548
#> SRR812012 1 0.0707 0.7982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1370619 1 0.0592 0.7939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1469495 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.1867 0.7907 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1432123 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1370405 1 0.5496 0.4580 0.652 0.000 0.036 0.312
#> SRR1099499 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR659331 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.7003 0.6433 0.124 0.000 0.368 0.508
#> SRR1468974 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1329551 4 0.7053 0.5759 0.356 0.000 0.132 0.512
#> SRR662871 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0707 0.7982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR600560 1 0.0592 0.7939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.1118 0.8577 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1487107 1 0.2831 0.7610 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1348159 1 0.2011 0.7757 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1356036 1 0.0188 0.7966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614443 4 0.6534 0.7523 0.220 0.000 0.148 0.632
#> SRR1314958 4 0.7190 0.7414 0.192 0.000 0.260 0.548
#> SRR1341702 4 0.7250 0.7476 0.220 0.000 0.236 0.544
#> SRR1444678 3 0.2868 0.7947 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.7587 0.5255 0.392 0.000 0.196 0.412
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0336 0.7982 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1468955 1 0.0921 0.7986 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR660626 1 0.1557 0.7790 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR812436 1 0.0707 0.7982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312103 4 0.7052 0.6373 0.128 0.000 0.372 0.500
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 1 0.4804 0.4160 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR660933 1 0.1356 0.7983 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1488651 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0592 0.7939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR817686 1 0.4972 0.1641 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1429162 4 0.6993 0.6485 0.124 0.000 0.364 0.512
#> SRR612380 1 0.0469 0.7949 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR817905 1 0.1118 0.7993 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337909 4 0.7252 0.7244 0.180 0.000 0.292 0.528
#> SRR661723 3 0.0336 0.8646 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1314163 1 0.4434 0.6459 0.756 0.000 0.016 0.228
#> SRR1489155 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 4 0.5781 0.1178 0.484 0.000 0.028 0.488
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.1389 0.7827 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0469 0.7949 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1396078 3 0.3764 0.7084 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1443612 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1470902 4 0.7044 0.4116 0.428 0.000 0.120 0.452
#> SRR1362777 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1413522 4 0.6993 0.6485 0.124 0.000 0.364 0.512
#> SRR1073143 1 0.3160 0.7391 0.872 0.020 0.000 0.108
#> SRR1444622 3 0.4678 0.6337 0.024 0.000 0.744 0.232
#> SRR662570 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.5113 0.5329 0.684 0.000 0.024 0.292
#> SRR1323043 1 0.1940 0.7877 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1475022 3 0.1716 0.8436 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.6813 0.5127 0.380 0.000 0.104 0.516
#> SRR603596 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 1 0.4804 0.4160 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR615467 3 0.1118 0.8576 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR660638 1 0.4406 0.6229 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1360383 3 0.6610 -0.3769 0.080 0.000 0.468 0.452
#> SRR1354577 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.7023 0.6951 0.144 0.000 0.312 0.544
#> SRR1320873 1 0.4284 0.6529 0.780 0.020 0.000 0.200
#> SRR1336379 4 0.7003 0.6433 0.124 0.000 0.368 0.508
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.2081 0.7837 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1477634 1 0.0592 0.7939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1444876 4 0.7003 0.6433 0.124 0.000 0.368 0.508
#> SRR1101421 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR613354 1 0.0188 0.7966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.6859 0.6041 0.108 0.000 0.380 0.512
#> SRR1324431 1 0.5137 0.5211 0.680 0.000 0.024 0.296
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2011 0.7906 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR655684 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0921 0.7989 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1397073 3 0.2868 0.7947 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1455060 2 0.0188 0.9866 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.7052 0.6373 0.128 0.000 0.372 0.500
#> SRR1087031 1 0.0469 0.7981 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1489177 3 0.3649 0.7218 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1350525 3 0.2530 0.8228 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR1440517 1 0.4212 0.6657 0.772 0.000 0.012 0.216
#> SRR1320093 1 0.1118 0.7985 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR602516 1 0.2924 0.7471 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR604318 1 0.5152 0.5233 0.664 0.020 0.000 0.316
#> SRR1320280 1 0.2081 0.7845 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1082262 1 0.0817 0.7985 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1379238 4 0.7250 0.7476 0.220 0.000 0.236 0.544
#> SRR1385080 4 0.7028 0.6222 0.124 0.000 0.380 0.496
#> SRR1316921 1 0.0000 0.7973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1716 0.7777 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1498272 1 0.1302 0.7989 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR814989 1 0.2011 0.7681 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1320892 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.5088 0.5411 0.688 0.000 0.024 0.288
#> SRR1474553 1 0.2081 0.7655 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1430884 4 0.5780 0.1528 0.476 0.000 0.028 0.496
#> SRR1079281 4 0.6889 0.5826 0.108 0.000 0.396 0.496
#> SRR656493 4 0.6492 0.7510 0.220 0.000 0.144 0.636
#> SRR1328599 1 0.0188 0.7966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR655218 1 0.5152 0.5233 0.664 0.020 0.000 0.316
#> SRR1416754 3 0.2868 0.7947 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1488562 1 0.4248 0.6606 0.768 0.000 0.012 0.220
#> SRR1084842 1 0.2924 0.7471 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR819999 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.6492 0.7510 0.220 0.000 0.144 0.636
#> SRR1468514 1 0.1867 0.7723 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1499823 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.1792 0.7970 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1474065 1 0.0592 0.7939 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.6889 0.5826 0.108 0.000 0.396 0.496
#> SRR1415095 4 0.7043 0.6435 0.128 0.000 0.368 0.504
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4434 0.6459 0.756 0.000 0.016 0.228
#> SRR597927 1 0.1118 0.8007 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.1118 0.7985 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1333694 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1476676 1 0.4767 0.6002 0.724 0.000 0.020 0.256
#> SRR663261 4 0.6499 0.6816 0.276 0.000 0.112 0.612
#> SRR1432343 1 0.6371 -0.0737 0.508 0.000 0.064 0.428
#> SRR1459585 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 4 0.5780 0.1528 0.476 0.000 0.028 0.496
#> SRR612443 1 0.0188 0.7966 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473936 4 0.5846 0.2506 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR1455698 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.2530 0.7710 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR659187 1 0.5137 0.5211 0.680 0.000 0.024 0.296
#> SRR1417912 1 0.1940 0.7877 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1316940 3 0.3764 0.7084 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1500753 1 0.2011 0.7681 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR657635 1 0.3681 0.7149 0.816 0.000 0.008 0.176
#> SRR615934 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.7003 0.6433 0.124 0.000 0.368 0.508
#> SRR1469904 1 0.1022 0.7987 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1311794 1 0.2345 0.7776 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR657754 1 0.5271 0.4950 0.640 0.020 0.000 0.340
#> SRR1464451 1 0.1118 0.7985 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1443895 3 0.1716 0.8436 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1444460 1 0.2760 0.7614 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1333587 1 0.5511 0.3898 0.620 0.000 0.028 0.352
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.6882 0.5912 0.108 0.000 0.392 0.500
#> SRR1366433 1 0.2149 0.7815 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1480479 1 0.5969 0.1822 0.564 0.000 0.044 0.392
#> SRR1470175 2 0.5933 0.1802 0.408 0.552 0.000 0.040
#> SRR598768 1 0.5131 0.5515 0.692 0.000 0.028 0.280
#> SRR1335400 1 0.1118 0.7985 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1418923 1 0.2149 0.7815 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR820133 1 0.2011 0.7675 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1348424 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1382956 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 3 0.5256 0.5209 0.036 0.000 0.692 0.272
#> SRR821434 1 0.2831 0.7610 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR662546 1 0.0817 0.7981 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1319816 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.4807 0.6098 0.024 0.000 0.728 0.248
#> SRR1435293 3 0.5528 0.5274 0.064 0.000 0.700 0.236
#> SRR1408208 1 0.1940 0.7704 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1332317 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 4 0.7250 0.7476 0.220 0.000 0.236 0.544
#> SRR1467294 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.6611 -0.3906 0.080 0.000 0.464 0.456
#> SRR1335688 3 0.3649 0.7218 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1370129 3 0.6611 -0.3712 0.080 0.000 0.464 0.456
#> SRR1321966 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1488672 1 0.0817 0.7985 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1343197 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.4706 0.6126 0.732 0.000 0.020 0.248
#> SRR1334564 1 0.0707 0.7982 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR660661 4 0.6449 0.7493 0.220 0.000 0.140 0.640
#> SRR1498861 1 0.0707 0.7990 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1317877 1 0.4675 0.6184 0.736 0.000 0.020 0.244
#> SRR1329885 3 0.1118 0.8576 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1459718 1 0.2081 0.7655 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR615731 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR602622 1 0.6580 -0.1017 0.504 0.000 0.080 0.416
#> SRR1487685 4 0.5846 0.2506 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR1455925 1 0.2924 0.7471 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR1390516 4 0.6435 0.7463 0.224 0.000 0.136 0.640
#> SRR1313932 1 0.5980 0.1655 0.560 0.000 0.044 0.396
#> SRR603397 4 0.6344 0.7422 0.224 0.000 0.128 0.648
#> SRR1099023 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.8661 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 3 0.5256 0.5209 0.036 0.000 0.692 0.272
#> SRR656564 3 0.5548 0.3169 0.032 0.000 0.628 0.340
#> SRR608174 1 0.1118 0.7993 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1320963 1 0.5131 0.5515 0.692 0.000 0.028 0.280
#> SRR661973 1 0.5271 0.4950 0.640 0.020 0.000 0.340
#> SRR598533 2 0.0469 0.9778 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.5131 0.5515 0.692 0.000 0.028 0.280
#> SRR602927 1 0.2149 0.7829 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9905 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.2647 0.7660 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1475909 4 0.7002 0.5886 0.352 0.000 0.128 0.520
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.1608 0.76854 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1341898 5 0.0162 0.84110 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1333930 1 0.1836 0.80569 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> SRR1085850 1 0.1410 0.77421 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1379450 3 0.4812 0.52858 0.288 0.000 0.672 0.008 0.032
#> SRR1467813 2 0.0162 0.97863 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR614814 1 0.4457 0.46650 0.620 0.000 0.368 0.012 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 3 0.3231 0.63645 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1313951 1 0.2625 0.78320 0.876 0.000 0.108 0.016 0.000
#> SRR1339218 1 0.0807 0.80012 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1417505 3 0.4911 0.25279 0.400 0.000 0.576 0.012 0.012
#> SRR1407134 3 0.3196 0.63990 0.000 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1457418 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 3 0.4911 0.25279 0.400 0.000 0.576 0.012 0.012
#> SRR1498482 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.2845 0.68184 0.048 0.000 0.892 0.032 0.028
#> SRR1439873 1 0.2416 0.79415 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR1402239 2 0.1597 0.91320 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000
#> SRR1335254 3 0.4517 0.28402 0.388 0.000 0.600 0.012 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.3160 0.68011 0.808 0.004 0.000 0.188 0.000
#> SRR1388979 3 0.4985 0.06000 0.452 0.000 0.524 0.016 0.008
#> SRR1396595 1 0.1251 0.80593 0.956 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1340508 1 0.2230 0.74456 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1360868 1 0.4251 0.55913 0.672 0.000 0.316 0.012 0.000
#> SRR1440699 3 0.2845 0.68184 0.048 0.000 0.892 0.032 0.028
#> SRR1389059 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.4809 0.45618 0.320 0.000 0.648 0.024 0.008
#> SRR1348861 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.5235 0.38690 0.312 0.000 0.620 0.068 0.000
#> SRR1468403 5 0.2953 0.78788 0.000 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR1417070 5 0.4047 0.62948 0.000 0.000 0.320 0.004 0.676
#> SRR1390601 1 0.2280 0.74076 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1486560 1 0.3132 0.73845 0.820 0.000 0.172 0.008 0.000
#> SRR1315761 3 0.4812 0.52858 0.288 0.000 0.672 0.008 0.032
#> SRR1392637 3 0.4644 0.30567 0.380 0.000 0.604 0.012 0.004
#> SRR810957 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.2068 0.82125 0.000 0.000 0.092 0.004 0.904
#> SRR1470212 5 0.3607 0.72536 0.000 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR1433971 1 0.1282 0.80429 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR598124 5 0.3635 0.71966 0.000 0.000 0.248 0.004 0.748
#> SRR615141 5 0.4375 0.42810 0.000 0.000 0.420 0.004 0.576
#> SRR601122 3 0.4931 0.33339 0.372 0.000 0.600 0.012 0.016
#> SRR1397008 5 0.4288 0.51178 0.000 0.000 0.384 0.004 0.612
#> SRR1358561 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.4649 0.38395 0.580 0.000 0.404 0.016 0.000
#> SRR1429957 5 0.2890 0.78954 0.000 0.000 0.160 0.004 0.836
#> SRR1452292 1 0.1282 0.80429 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1467590 3 0.4232 0.45041 0.000 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR1394936 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 3 0.4398 0.69406 0.060 0.000 0.780 0.016 0.144
#> SRR659121 3 0.4644 0.03259 0.460 0.000 0.528 0.012 0.000
#> SRR1330656 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.4610 0.42004 0.596 0.000 0.388 0.016 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1311086 1 0.3090 0.78815 0.860 0.000 0.052 0.088 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.4420 0.00553 0.000 0.000 0.548 0.004 0.448
#> SRR661325 1 0.4582 0.33199 0.572 0.000 0.012 0.416 0.000
#> SRR1439807 1 0.2522 0.78248 0.880 0.000 0.108 0.012 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 3 0.4976 0.67990 0.172 0.000 0.728 0.012 0.088
#> SRR1394713 5 0.1430 0.83247 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1403875 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.3662 0.71848 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1436444 2 0.1197 0.93065 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1084649 3 0.3860 0.68265 0.028 0.000 0.808 0.016 0.148
#> SRR1500405 5 0.1430 0.83247 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1354446 1 0.2230 0.74403 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1467455 1 0.4861 0.29560 0.548 0.000 0.428 0.024 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.3715 0.54812 0.000 0.000 0.736 0.004 0.260
#> SRR1402513 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.3662 0.71848 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR660007 1 0.5770 0.34255 0.532 0.000 0.372 0.096 0.000
#> SRR655649 1 0.4650 0.22979 0.520 0.000 0.012 0.468 0.000
#> SRR1437306 3 0.3231 0.63505 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR657731 3 0.2665 0.68078 0.048 0.000 0.900 0.032 0.020
#> SRR661005 1 0.5770 0.34255 0.532 0.000 0.372 0.096 0.000
#> SRR600608 1 0.4639 0.47128 0.612 0.000 0.368 0.020 0.000
#> SRR655923 1 0.5839 0.43099 0.560 0.000 0.324 0.116 0.000
#> SRR1334717 1 0.0609 0.80435 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.1430 0.83247 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944
#> SRR1082759 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.2690 0.71134 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1316815 1 0.2411 0.78428 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR1072797 1 0.3814 0.57978 0.720 0.004 0.000 0.276 0.000
#> SRR612455 5 0.3662 0.71848 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR818210 1 0.2690 0.71134 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.3728 0.57619 0.000 0.000 0.748 0.008 0.244
#> SRR1387178 3 0.4398 0.69406 0.060 0.000 0.780 0.016 0.144
#> SRR660498 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 3 0.4911 0.25279 0.400 0.000 0.576 0.012 0.012
#> SRR657325 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.4658 0.37293 0.576 0.000 0.408 0.016 0.000
#> SRR657348 1 0.1012 0.80308 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.1270 0.77860 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR608662 1 0.4306 0.53899 0.660 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1361567 1 0.4640 0.39799 0.584 0.000 0.400 0.016 0.000
#> SRR819134 1 0.4402 0.49788 0.636 0.000 0.352 0.012 0.000
#> SRR1311400 1 0.1282 0.80429 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR817775 5 0.2338 0.81424 0.000 0.000 0.112 0.004 0.884
#> SRR661433 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.1608 0.76854 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR819946 5 0.2124 0.82004 0.000 0.000 0.096 0.004 0.900
#> SRR1319539 5 0.3662 0.71848 0.000 0.000 0.252 0.004 0.744
#> SRR1343841 1 0.4564 0.45291 0.612 0.000 0.372 0.016 0.000
#> SRR665563 3 0.2665 0.68078 0.048 0.000 0.900 0.032 0.020
#> SRR1487321 3 0.4398 0.69406 0.060 0.000 0.780 0.016 0.144
#> SRR1312428 3 0.4454 0.70407 0.092 0.000 0.784 0.016 0.108
#> SRR657587 1 0.2462 0.78147 0.880 0.000 0.112 0.008 0.000
#> SRR1337412 5 0.4288 0.51178 0.000 0.000 0.384 0.004 0.612
#> SRR1474466 3 0.3231 0.63505 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1466993 1 0.2411 0.78428 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR1358102 1 0.2864 0.76615 0.852 0.000 0.136 0.012 0.000
#> SRR1455171 3 0.2513 0.67398 0.048 0.000 0.904 0.040 0.008
#> SRR627299 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.5770 0.34255 0.532 0.000 0.372 0.096 0.000
#> SRR817758 3 0.3918 0.60264 0.008 0.000 0.752 0.008 0.232
#> SRR821019 1 0.2280 0.74200 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1330675 3 0.3461 0.60213 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR1433644 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.4288 0.51178 0.000 0.000 0.384 0.004 0.612
#> SRR604074 3 0.5213 0.37179 0.320 0.000 0.616 0.064 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 1 0.2280 0.74200 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.2304 0.76865 0.892 0.000 0.008 0.100 0.000
#> SRR1350456 1 0.4576 0.44598 0.608 0.000 0.376 0.016 0.000
#> SRR1472079 5 0.4410 0.37591 0.000 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR1500537 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2728 0.67060 0.068 0.000 0.888 0.040 0.004
#> SRR1403958 1 0.3209 0.73059 0.812 0.000 0.180 0.008 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4251 0.55867 0.672 0.000 0.316 0.012 0.000
#> SRR1334847 3 0.3231 0.63645 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1421093 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1466357 2 0.1197 0.93065 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR597977 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.3585 0.61164 0.004 0.000 0.772 0.004 0.220
#> SRR661133 1 0.2172 0.80172 0.908 0.000 0.076 0.016 0.000
#> SRR1357523 1 0.1753 0.80461 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1415732 5 0.3969 0.65177 0.000 0.000 0.304 0.004 0.692
#> SRR1434250 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 3 0.4454 0.70407 0.092 0.000 0.784 0.016 0.108
#> SRR1454803 1 0.1205 0.80573 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1468381 1 0.2612 0.77428 0.868 0.000 0.124 0.008 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3779 0.64610 0.136 0.000 0.812 0.048 0.004
#> SRR1434138 3 0.3521 0.59133 0.000 0.000 0.764 0.004 0.232
#> SRR1456950 3 0.3300 0.62720 0.000 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1400375 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0290 0.84072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1355040 1 0.1341 0.80466 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1409351 3 0.4627 0.09724 0.444 0.000 0.544 0.012 0.000
#> SRR1085495 1 0.2970 0.69595 0.828 0.004 0.000 0.168 0.000
#> SRR604026 3 0.4969 0.64315 0.212 0.000 0.712 0.012 0.064
#> SRR1500868 3 0.4398 0.69406 0.060 0.000 0.780 0.016 0.144
#> SRR1476279 3 0.4627 0.09724 0.444 0.000 0.544 0.012 0.000
#> SRR627429 4 0.3805 0.00000 0.000 0.184 0.032 0.784 0.000
#> SRR660969 1 0.2873 0.78190 0.860 0.000 0.120 0.020 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.1043 0.80449 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.2660 0.77132 0.864 0.000 0.128 0.008 0.000
#> SRR1319837 1 0.0703 0.80470 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1487295 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 1 0.5597 0.16489 0.488 0.000 0.440 0.072 0.000
#> SRR1440058 1 0.3242 0.69706 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.2915 0.75600 0.860 0.000 0.024 0.116 0.000
#> SRR1315721 1 0.0703 0.80470 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.4537 0.41585 0.592 0.000 0.396 0.012 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.5020 0.56689 0.260 0.000 0.684 0.020 0.036
#> SRR1465132 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1387989 5 0.0955 0.83686 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1383018 3 0.5427 0.29221 0.376 0.000 0.568 0.048 0.008
#> SRR1441701 5 0.0162 0.84116 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1368772 1 0.2416 0.79415 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0609 0.80435 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.5447 0.15437 0.400 0.000 0.536 0.064 0.000
#> SRR1310623 5 0.0162 0.84110 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1420625 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.1648 0.80590 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 3 0.3585 0.61164 0.004 0.000 0.772 0.004 0.220
#> SRR1418992 1 0.1282 0.80429 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3779 0.64610 0.136 0.000 0.812 0.048 0.004
#> SRR1399028 1 0.1282 0.80429 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1418127 3 0.4155 0.69479 0.048 0.000 0.796 0.016 0.140
#> SRR1402900 1 0.1608 0.76854 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.4809 0.45618 0.320 0.000 0.648 0.024 0.008
#> SRR664842 1 0.1012 0.80308 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR662342 5 0.4331 0.41525 0.000 0.000 0.400 0.004 0.596
#> SRR665502 3 0.4954 0.10026 0.448 0.000 0.528 0.020 0.004
#> SRR657891 1 0.4649 0.38395 0.580 0.000 0.404 0.016 0.000
#> SRR1421305 3 0.4443 -0.07948 0.000 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1335707 5 0.3635 0.72291 0.000 0.000 0.248 0.004 0.748
#> SRR1401276 1 0.0703 0.80470 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0955 0.80573 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1311575 3 0.4454 0.70407 0.092 0.000 0.784 0.016 0.108
#> SRR1475675 3 0.2845 0.68184 0.048 0.000 0.892 0.032 0.028
#> SRR661995 1 0.3814 0.57978 0.720 0.004 0.000 0.276 0.000
#> SRR1471922 1 0.0992 0.80585 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1077687 1 0.3980 0.60787 0.708 0.000 0.284 0.008 0.000
#> SRR821602 5 0.0162 0.84120 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR608718 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.2674 0.77654 0.868 0.000 0.120 0.012 0.000
#> SRR810571 1 0.2280 0.74200 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR664048 3 0.3900 0.66680 0.020 0.000 0.788 0.012 0.180
#> SRR1500998 5 0.4383 0.41518 0.000 0.000 0.424 0.004 0.572
#> SRR1320916 1 0.5048 0.11135 0.492 0.000 0.476 0.032 0.000
#> SRR1472150 5 0.0451 0.84012 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988
#> SRR1329090 3 0.3860 0.68265 0.028 0.000 0.808 0.016 0.148
#> SRR1317344 1 0.2690 0.71134 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR817978 1 0.4731 0.22421 0.528 0.000 0.456 0.016 0.000
#> SRR1324371 1 0.2411 0.78428 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR1474333 3 0.3196 0.63990 0.000 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR1321462 3 0.3266 0.63079 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1387264 1 0.2470 0.79261 0.884 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR1468141 5 0.3160 0.77347 0.000 0.000 0.188 0.004 0.808
#> SRR1486097 1 0.1205 0.80436 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR608002 1 0.2280 0.74076 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1360563 1 0.2416 0.79415 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR1414684 5 0.4211 0.58116 0.000 0.000 0.360 0.004 0.636
#> SRR604050 1 0.4251 0.56065 0.672 0.000 0.316 0.012 0.000
#> SRR600385 3 0.5597 0.64586 0.196 0.000 0.668 0.012 0.124
#> SRR1430248 1 0.5115 0.08767 0.484 0.000 0.480 0.036 0.000
#> SRR1352975 3 0.3366 0.62267 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1457221 5 0.4084 0.61780 0.000 0.000 0.328 0.004 0.668
#> SRR807591 1 0.1732 0.76513 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0162 0.84109 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR660895 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR655111 1 0.5744 0.32432 0.528 0.000 0.380 0.092 0.000
#> SRR1336006 3 0.4450 -0.17578 0.000 0.000 0.508 0.004 0.488
#> SRR613114 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 5 0.4425 0.33873 0.000 0.000 0.452 0.004 0.544
#> SRR1315269 3 0.3366 0.62267 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1435020 1 0.2416 0.79415 0.888 0.000 0.100 0.012 0.000
#> SRR1337564 1 0.2574 0.78033 0.876 0.000 0.112 0.012 0.000
#> SRR1315019 5 0.1952 0.82414 0.000 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR1370173 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 5 0.2179 0.81858 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1405485 3 0.4160 0.70468 0.068 0.000 0.804 0.016 0.112
#> SRR812012 1 0.1281 0.80560 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1370619 1 0.0807 0.80012 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.2358 0.78697 0.888 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1432123 1 0.1732 0.76513 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1370405 1 0.4731 0.22421 0.528 0.000 0.456 0.016 0.000
#> SRR1099499 1 0.1732 0.76513 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.3231 0.63645 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1468974 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1329551 3 0.5142 0.60421 0.236 0.000 0.692 0.020 0.052
#> SRR662871 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.1041 0.80488 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR600560 1 0.0807 0.80012 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.2124 0.82004 0.000 0.000 0.096 0.004 0.900
#> SRR1487107 1 0.3132 0.73845 0.820 0.000 0.172 0.008 0.000
#> SRR1348159 1 0.2915 0.75600 0.860 0.000 0.024 0.116 0.000
#> SRR1356036 1 0.0609 0.80435 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.2839 0.67984 0.048 0.000 0.892 0.036 0.024
#> SRR1314958 3 0.4160 0.70468 0.068 0.000 0.804 0.016 0.112
#> SRR1341702 3 0.4454 0.70407 0.092 0.000 0.784 0.016 0.108
#> SRR1444678 5 0.3635 0.72291 0.000 0.000 0.248 0.004 0.748
#> SRR1350107 2 0.0162 0.97863 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 3 0.5439 0.55040 0.276 0.000 0.640 0.008 0.076
#> SRR1467364 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0703 0.80562 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.1043 0.80449 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.1270 0.77860 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR812436 1 0.1281 0.80560 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1312103 3 0.3266 0.63079 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1429891 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 1 0.5597 0.16489 0.488 0.000 0.440 0.072 0.000
#> SRR660933 1 0.1753 0.80461 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.0807 0.80012 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR817686 3 0.5492 0.15742 0.396 0.000 0.536 0.068 0.000
#> SRR1429162 3 0.3074 0.63957 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR612380 1 0.0912 0.80159 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR817905 1 0.1648 0.80590 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1337909 3 0.4398 0.69406 0.060 0.000 0.780 0.016 0.144
#> SRR661723 5 0.0955 0.83686 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1314163 1 0.4306 0.53899 0.660 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.5268 0.36764 0.320 0.000 0.612 0.068 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.1197 0.78167 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1481462 2 0.1197 0.93065 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR819534 5 0.0162 0.84116 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR820468 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0912 0.80159 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1396078 5 0.4151 0.59554 0.000 0.000 0.344 0.004 0.652
#> SRR1443612 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1470902 3 0.4916 0.52575 0.288 0.000 0.668 0.012 0.032
#> SRR1362777 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1413522 3 0.3074 0.63957 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1073143 1 0.2970 0.69595 0.828 0.004 0.000 0.168 0.000
#> SRR1444622 5 0.4288 0.51178 0.000 0.000 0.384 0.004 0.612
#> SRR662570 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.4658 0.37293 0.576 0.000 0.408 0.016 0.000
#> SRR1323043 1 0.2304 0.78794 0.892 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR1475022 5 0.2629 0.80230 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR1080927 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.4929 0.56837 0.260 0.000 0.688 0.016 0.036
#> SRR603596 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 1 0.5597 0.16489 0.488 0.000 0.440 0.072 0.000
#> SRR615467 5 0.2179 0.81858 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR660638 1 0.5658 0.44547 0.572 0.000 0.332 0.096 0.000
#> SRR1360383 3 0.4009 0.45349 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1354577 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.3900 0.66680 0.020 0.000 0.788 0.012 0.180
#> SRR1320873 1 0.3814 0.57978 0.720 0.004 0.000 0.276 0.000
#> SRR1336379 3 0.3231 0.63645 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1325665 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.2612 0.77428 0.868 0.000 0.124 0.008 0.000
#> SRR1477634 1 0.0807 0.80012 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1444876 3 0.3231 0.63645 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1101421 1 0.1732 0.76513 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR613354 1 0.0609 0.80435 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.3858 0.61323 0.008 0.000 0.760 0.008 0.224
#> SRR1324431 1 0.4620 0.40952 0.592 0.000 0.392 0.016 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2470 0.79299 0.884 0.000 0.104 0.012 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1331 0.80607 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000
#> SRR1397073 5 0.3635 0.72291 0.000 0.000 0.248 0.004 0.748
#> SRR1455060 2 0.1357 0.92539 0.004 0.948 0.000 0.048 0.000
#> SRR1341008 3 0.3266 0.63079 0.000 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1087031 1 0.0898 0.80506 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1489177 5 0.4084 0.61806 0.000 0.000 0.328 0.004 0.668
#> SRR1350525 5 0.2953 0.78788 0.000 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR1440517 1 0.4130 0.59922 0.696 0.000 0.292 0.012 0.000
#> SRR1320093 1 0.1357 0.80381 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR602516 1 0.2690 0.71134 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR604318 1 0.4242 0.34902 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1320280 1 0.2411 0.78428 0.884 0.000 0.108 0.008 0.000
#> SRR1082262 1 0.1364 0.80641 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1379238 3 0.4454 0.70407 0.092 0.000 0.784 0.016 0.108
#> SRR1385080 3 0.3366 0.61899 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1316921 1 0.0703 0.80470 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.2411 0.75860 0.884 0.000 0.008 0.108 0.000
#> SRR1498272 1 0.1341 0.80466 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.2230 0.74403 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1320892 5 0.0290 0.84072 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR818418 1 0.4649 0.38395 0.580 0.000 0.404 0.016 0.000
#> SRR1474553 1 0.2280 0.74076 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1430884 3 0.5235 0.38690 0.312 0.000 0.620 0.068 0.000
#> SRR1079281 3 0.3461 0.60213 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR656493 3 0.2665 0.68078 0.048 0.000 0.900 0.032 0.020
#> SRR1328599 1 0.0609 0.80435 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.4242 0.34902 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1416754 5 0.3635 0.72291 0.000 0.000 0.248 0.004 0.748
#> SRR1488562 1 0.4152 0.59285 0.692 0.000 0.296 0.012 0.000
#> SRR1084842 1 0.2690 0.71134 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2665 0.68078 0.048 0.000 0.900 0.032 0.020
#> SRR1468514 1 0.1608 0.76854 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.3090 0.78815 0.860 0.000 0.052 0.088 0.000
#> SRR1474065 1 0.0807 0.80012 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.3461 0.60213 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR1415095 3 0.3231 0.63505 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1499982 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4306 0.53899 0.660 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR597927 1 0.1661 0.80721 0.940 0.000 0.036 0.024 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.1357 0.80381 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1333694 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1476676 1 0.4444 0.47551 0.624 0.000 0.364 0.012 0.000
#> SRR663261 3 0.3317 0.65190 0.088 0.000 0.852 0.056 0.004
#> SRR1432343 3 0.4655 0.29619 0.384 0.000 0.600 0.012 0.004
#> SRR1459585 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.5235 0.38690 0.312 0.000 0.620 0.068 0.000
#> SRR612443 1 0.0609 0.80435 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.5026 0.46119 0.280 0.000 0.656 0.064 0.000
#> SRR1455698 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.2864 0.76651 0.852 0.000 0.136 0.012 0.000
#> SRR659187 1 0.4620 0.40952 0.592 0.000 0.392 0.016 0.000
#> SRR1417912 1 0.2304 0.78794 0.892 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR1316940 5 0.4151 0.59554 0.000 0.000 0.344 0.004 0.652
#> SRR1500753 1 0.2230 0.74403 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR657635 1 0.3659 0.69264 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR615934 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 3 0.3231 0.63645 0.000 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1469904 1 0.1579 0.80502 0.944 0.000 0.032 0.024 0.000
#> SRR1311794 1 0.2674 0.77654 0.868 0.000 0.120 0.012 0.000
#> SRR657754 1 0.4648 0.23209 0.524 0.000 0.012 0.464 0.000
#> SRR1464451 1 0.1357 0.80381 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1443895 5 0.2629 0.80230 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR1444460 1 0.2997 0.75867 0.840 0.000 0.148 0.012 0.000
#> SRR1333587 1 0.5048 0.11135 0.492 0.000 0.476 0.032 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.3430 0.60806 0.000 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1366433 1 0.2660 0.77132 0.864 0.000 0.128 0.008 0.000
#> SRR1480479 3 0.4627 0.09724 0.444 0.000 0.544 0.012 0.000
#> SRR1470175 2 0.5668 -0.12424 0.416 0.504 0.000 0.080 0.000
#> SRR598768 1 0.4640 0.39799 0.584 0.000 0.400 0.016 0.000
#> SRR1335400 1 0.1357 0.80381 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1418923 1 0.2660 0.77132 0.864 0.000 0.128 0.008 0.000
#> SRR820133 1 0.2280 0.74200 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1348424 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1382956 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 5 0.4410 0.37591 0.000 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR821434 1 0.3132 0.73845 0.820 0.000 0.172 0.008 0.000
#> SRR662546 1 0.1195 0.80469 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 5 0.4331 0.48236 0.000 0.000 0.400 0.004 0.596
#> SRR1435293 5 0.4390 0.40318 0.000 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR1408208 1 0.1792 0.76280 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 3 0.4454 0.70407 0.092 0.000 0.784 0.016 0.108
#> SRR1467294 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.3990 0.46331 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR1335688 5 0.4084 0.61806 0.000 0.000 0.328 0.004 0.668
#> SRR1370129 3 0.4232 0.45041 0.000 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR1321966 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1488672 1 0.1364 0.80641 0.952 0.000 0.036 0.012 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.4416 0.49130 0.632 0.000 0.356 0.012 0.000
#> SRR1334564 1 0.1281 0.80560 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR660661 3 0.2649 0.67817 0.048 0.000 0.900 0.036 0.016
#> SRR1498861 1 0.1121 0.80508 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.4402 0.49788 0.636 0.000 0.352 0.012 0.000
#> SRR1329885 5 0.2179 0.81858 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1459718 1 0.2280 0.74076 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR615731 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR602622 3 0.4931 0.33339 0.372 0.000 0.600 0.012 0.016
#> SRR1487685 3 0.5026 0.46119 0.280 0.000 0.656 0.064 0.000
#> SRR1455925 1 0.2690 0.71134 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1390516 3 0.2625 0.67558 0.048 0.000 0.900 0.040 0.012
#> SRR1313932 3 0.4622 0.11261 0.440 0.000 0.548 0.012 0.000
#> SRR603397 3 0.2387 0.67315 0.048 0.000 0.908 0.040 0.004
#> SRR1099023 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 5 0.0000 0.84133 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 5 0.4410 0.37591 0.000 0.000 0.440 0.004 0.556
#> SRR656564 3 0.4448 -0.11179 0.000 0.000 0.516 0.004 0.480
#> SRR608174 1 0.1648 0.80590 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1320963 1 0.4640 0.39799 0.584 0.000 0.400 0.016 0.000
#> SRR661973 1 0.4648 0.23209 0.524 0.000 0.012 0.464 0.000
#> SRR598533 2 0.1597 0.91320 0.012 0.940 0.000 0.048 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.98295 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.4640 0.39799 0.584 0.000 0.400 0.016 0.000
#> SRR602927 1 0.2522 0.78248 0.880 0.000 0.108 0.012 0.000
#> SRR1315799 2 0.1197 0.93065 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1432275 1 0.2864 0.76615 0.852 0.000 0.136 0.012 0.000
#> SRR1475909 3 0.4764 0.61813 0.228 0.000 0.716 0.012 0.044
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.2597 0.586763 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.0146 0.838152 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333930 1 0.1700 0.664566 0.916 0.000 0.080 0.004 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.2416 0.603950 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.5685 0.219354 0.300 0.000 0.120 0.560 0.020 0.000
#> SRR1467813 2 0.0146 0.976822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614814 1 0.5012 0.381965 0.632 0.000 0.132 0.236 0.000 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.1501 0.633229 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1313951 1 0.2846 0.662928 0.856 0.000 0.084 0.060 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.1714 0.652280 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.5856 -0.028072 0.412 0.000 0.148 0.432 0.008 0.000
#> SRR1407134 4 0.1644 0.633740 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.5856 -0.028072 0.412 0.000 0.148 0.432 0.008 0.000
#> SRR1498482 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 4 0.4952 0.410090 0.064 0.000 0.304 0.620 0.012 0.000
#> SRR1439873 1 0.2237 0.674266 0.896 0.000 0.080 0.020 0.000 0.004
#> SRR1402239 2 0.2473 0.858658 0.012 0.876 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR1335254 4 0.5552 -0.009190 0.404 0.000 0.136 0.460 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.4756 0.092566 0.524 0.004 0.432 0.000 0.000 0.040
#> SRR1388979 1 0.5572 0.064905 0.464 0.000 0.140 0.396 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.1010 0.680831 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.3468 0.487591 0.728 0.000 0.264 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360868 1 0.4596 0.460197 0.692 0.000 0.120 0.188 0.000 0.000
#> SRR1440699 4 0.4952 0.410090 0.064 0.000 0.304 0.620 0.012 0.000
#> SRR1389059 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.5564 0.111449 0.328 0.000 0.156 0.516 0.000 0.000
#> SRR1348861 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.5882 0.393916 0.244 0.000 0.476 0.280 0.000 0.000
#> SRR1468403 5 0.3041 0.766189 0.000 0.000 0.040 0.128 0.832 0.000
#> SRR1417070 5 0.3774 0.481177 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1390601 1 0.3512 0.476462 0.720 0.000 0.272 0.000 0.000 0.008
#> SRR1486560 1 0.3274 0.617257 0.824 0.000 0.080 0.096 0.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.5685 0.219354 0.300 0.000 0.120 0.560 0.020 0.000
#> SRR1392637 4 0.5673 0.007015 0.396 0.000 0.136 0.464 0.004 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.2300 0.788805 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1470212 5 0.3499 0.628686 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1433971 1 0.0891 0.680313 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.3547 0.609083 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR615141 4 0.3866 -0.209024 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR601122 4 0.5924 0.022211 0.384 0.000 0.148 0.456 0.012 0.000
#> SRR1397008 5 0.3864 0.306495 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1358561 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.5277 0.318228 0.592 0.000 0.152 0.256 0.000 0.000
#> SRR1429957 5 0.2912 0.743723 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1452292 1 0.0891 0.680313 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.3864 0.546447 0.000 0.000 0.048 0.744 0.208 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.3034 0.603155 0.060 0.000 0.040 0.864 0.036 0.000
#> SRR659121 1 0.5629 0.081908 0.472 0.000 0.152 0.376 0.000 0.000
#> SRR1330656 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.5163 0.348912 0.608 0.000 0.140 0.252 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.3441 0.577069 0.784 0.000 0.188 0.024 0.000 0.004
#> SRR655375 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.3563 0.262903 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR661325 3 0.6120 0.101777 0.316 0.000 0.364 0.000 0.000 0.320
#> SRR1439807 1 0.2066 0.657393 0.904 0.000 0.072 0.024 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.5088 0.440318 0.184 0.000 0.100 0.684 0.032 0.000
#> SRR1394713 5 0.1556 0.816707 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.3547 0.614236 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1436444 2 0.2118 0.873205 0.000 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR1084649 4 0.2421 0.618186 0.028 0.000 0.032 0.900 0.040 0.000
#> SRR1500405 5 0.1556 0.816707 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1354446 1 0.3383 0.484843 0.728 0.000 0.268 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467455 1 0.5539 0.229224 0.552 0.000 0.188 0.260 0.000 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.2260 0.610011 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.3547 0.614236 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR660007 3 0.5691 0.533980 0.324 0.000 0.548 0.104 0.000 0.024
#> SRR655649 3 0.6039 0.015084 0.260 0.000 0.408 0.000 0.000 0.332
#> SRR1437306 4 0.1913 0.634112 0.000 0.000 0.012 0.908 0.080 0.000
#> SRR657731 4 0.4891 0.404180 0.064 0.000 0.312 0.616 0.008 0.000
#> SRR661005 3 0.5691 0.533980 0.324 0.000 0.548 0.104 0.000 0.024
#> SRR600608 1 0.5196 0.362104 0.616 0.000 0.128 0.252 0.000 0.004
#> SRR655923 3 0.5395 0.497726 0.336 0.000 0.568 0.072 0.000 0.024
#> SRR1334717 1 0.0865 0.676383 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.1556 0.816707 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1082759 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.3952 0.404787 0.672 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020
#> SRR1316815 1 0.2009 0.659731 0.908 0.000 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR1072797 3 0.5548 0.127610 0.428 0.004 0.452 0.000 0.000 0.116
#> SRR612455 5 0.3547 0.614236 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR818210 1 0.3952 0.404787 0.672 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020
#> SRR1488751 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.2709 0.619962 0.000 0.000 0.020 0.848 0.132 0.000
#> SRR1387178 4 0.3101 0.601655 0.060 0.000 0.044 0.860 0.036 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.5856 -0.028072 0.412 0.000 0.148 0.432 0.008 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.5296 0.310202 0.588 0.000 0.152 0.260 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.1556 0.662809 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.2340 0.611562 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4845 0.414809 0.660 0.000 0.132 0.208 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.5220 0.331943 0.596 0.000 0.140 0.264 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.4858 0.406584 0.652 0.000 0.120 0.228 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0891 0.680313 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.2491 0.779529 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR661433 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.2631 0.583593 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.2454 0.780901 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1319539 5 0.3547 0.614236 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1343841 1 0.5068 0.369843 0.624 0.000 0.136 0.240 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.4891 0.404180 0.064 0.000 0.312 0.616 0.008 0.000
#> SRR1487321 4 0.3101 0.601655 0.060 0.000 0.044 0.860 0.036 0.000
#> SRR1312428 4 0.3596 0.566923 0.088 0.000 0.072 0.820 0.020 0.000
#> SRR657587 1 0.2672 0.662778 0.868 0.000 0.080 0.052 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.3864 0.306495 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1474466 4 0.1913 0.634112 0.000 0.000 0.012 0.908 0.080 0.000
#> SRR1466993 1 0.2009 0.659731 0.908 0.000 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.2658 0.635356 0.864 0.000 0.100 0.036 0.000 0.000
#> SRR1455171 4 0.4747 0.378401 0.068 0.000 0.324 0.608 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.5691 0.533980 0.324 0.000 0.548 0.104 0.000 0.024
#> SRR817758 4 0.2466 0.628433 0.008 0.000 0.008 0.872 0.112 0.000
#> SRR821019 1 0.4314 0.005946 0.536 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330675 4 0.1863 0.627583 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.3995 0.293574 0.000 0.000 0.004 0.480 0.516 0.000
#> SRR604074 3 0.6004 0.379982 0.276 0.000 0.436 0.288 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.4314 0.005946 0.536 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020
#> SRR1331841 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.3348 0.538608 0.768 0.000 0.216 0.000 0.000 0.016
#> SRR1350456 1 0.5102 0.365991 0.620 0.000 0.140 0.240 0.000 0.000
#> SRR1472079 4 0.3851 -0.133290 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.4970 0.339096 0.084 0.000 0.336 0.580 0.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.3419 0.607921 0.812 0.000 0.084 0.104 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4614 0.453123 0.684 0.000 0.108 0.208 0.000 0.000
#> SRR1334847 4 0.1501 0.633229 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1421093 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.2118 0.873205 0.000 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR597977 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.1958 0.630021 0.004 0.000 0.000 0.896 0.100 0.000
#> SRR661133 1 0.3053 0.591821 0.812 0.000 0.172 0.012 0.000 0.004
#> SRR1357523 1 0.1588 0.668037 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.3727 0.516900 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.3596 0.566923 0.088 0.000 0.072 0.820 0.020 0.000
#> SRR1454803 1 0.0806 0.682765 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.2799 0.656787 0.860 0.000 0.076 0.064 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.5368 0.181900 0.112 0.000 0.400 0.488 0.000 0.000
#> SRR1434138 4 0.1957 0.623937 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1456950 4 0.1610 0.631969 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0790 0.832233 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1355040 1 0.1003 0.682959 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.5624 0.048387 0.456 0.000 0.148 0.396 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.4456 0.257739 0.596 0.004 0.372 0.000 0.000 0.028
#> SRR604026 4 0.5359 0.358420 0.216 0.000 0.128 0.636 0.020 0.000
#> SRR1500868 4 0.3034 0.603155 0.060 0.000 0.040 0.864 0.036 0.000
#> SRR1476279 1 0.5624 0.048387 0.456 0.000 0.148 0.396 0.000 0.000
#> SRR627429 6 0.0717 0.000000 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000 0.976
#> SRR660969 1 0.3791 0.555567 0.760 0.000 0.200 0.032 0.000 0.008
#> SRR1335377 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0717 0.680782 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.2852 0.654110 0.856 0.000 0.080 0.064 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0713 0.678589 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.5440 0.539024 0.296 0.000 0.552 0.152 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.3344 0.574936 0.804 0.000 0.044 0.152 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.3679 0.498426 0.724 0.000 0.260 0.012 0.000 0.004
#> SRR1315721 1 0.0713 0.678589 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.5154 0.339861 0.604 0.000 0.132 0.264 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.5594 0.210267 0.272 0.000 0.168 0.556 0.004 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1387989 5 0.1007 0.828675 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1383018 1 0.6284 -0.241275 0.364 0.000 0.264 0.364 0.008 0.000
#> SRR1441701 5 0.0146 0.838349 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1368772 1 0.2237 0.674266 0.896 0.000 0.080 0.020 0.000 0.004
#> SRR664819 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0865 0.676383 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.6095 0.351594 0.360 0.000 0.360 0.280 0.000 0.000
#> SRR1310623 5 0.0146 0.838152 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420625 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.2070 0.672548 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1958 0.630021 0.004 0.000 0.000 0.896 0.100 0.000
#> SRR1418992 1 0.0891 0.680313 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.5368 0.181900 0.112 0.000 0.400 0.488 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0891 0.680313 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.2777 0.610349 0.048 0.000 0.036 0.880 0.036 0.000
#> SRR1402900 1 0.2597 0.586763 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.5564 0.111449 0.328 0.000 0.156 0.516 0.000 0.000
#> SRR664842 1 0.1663 0.658060 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR662342 4 0.3869 -0.211409 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR665502 1 0.5686 0.016245 0.456 0.000 0.160 0.384 0.000 0.000
#> SRR657891 1 0.5277 0.318228 0.592 0.000 0.152 0.256 0.000 0.000
#> SRR1421305 4 0.3647 0.202835 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1335707 5 0.3531 0.620518 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1401276 1 0.0713 0.678589 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.1010 0.680819 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311575 4 0.3596 0.566923 0.088 0.000 0.072 0.820 0.020 0.000
#> SRR1475675 4 0.4952 0.410090 0.064 0.000 0.304 0.620 0.012 0.000
#> SRR661995 3 0.5548 0.127610 0.428 0.004 0.452 0.000 0.000 0.116
#> SRR1471922 1 0.1007 0.680563 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.4252 0.493481 0.724 0.000 0.088 0.188 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.0260 0.837828 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.2333 0.647868 0.884 0.000 0.092 0.024 0.000 0.000
#> SRR810571 1 0.4314 0.005946 0.536 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020
#> SRR664048 4 0.3668 0.621236 0.016 0.000 0.088 0.812 0.084 0.000
#> SRR1500998 4 0.3862 -0.185742 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1320916 1 0.5829 0.064429 0.492 0.000 0.240 0.268 0.000 0.000
#> SRR1472150 5 0.0547 0.835387 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1329090 4 0.2421 0.618186 0.028 0.000 0.032 0.900 0.040 0.000
#> SRR1317344 1 0.3952 0.404787 0.672 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020
#> SRR817978 1 0.5463 0.221036 0.540 0.000 0.148 0.312 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.2009 0.659731 0.908 0.000 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.1644 0.633740 0.000 0.000 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR1321462 4 0.1866 0.633175 0.000 0.000 0.008 0.908 0.084 0.000
#> SRR1387264 1 0.2320 0.672962 0.892 0.000 0.080 0.024 0.000 0.004
#> SRR1468141 5 0.3198 0.700711 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1486097 1 0.0806 0.680554 0.972 0.000 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.3512 0.476462 0.720 0.000 0.272 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360563 1 0.2237 0.674266 0.896 0.000 0.080 0.020 0.000 0.004
#> SRR1414684 5 0.4395 0.432223 0.000 0.000 0.028 0.404 0.568 0.000
#> SRR604050 1 0.4605 0.460391 0.692 0.000 0.124 0.184 0.000 0.000
#> SRR600385 4 0.4774 0.439995 0.196 0.000 0.048 0.708 0.048 0.000
#> SRR1430248 1 0.5846 0.042290 0.488 0.000 0.248 0.264 0.000 0.000
#> SRR1352975 4 0.1714 0.631177 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1457221 5 0.3797 0.457252 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR807591 1 0.2793 0.565890 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0363 0.837078 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR660895 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.5763 0.535386 0.324 0.000 0.540 0.112 0.000 0.024
#> SRR1336006 4 0.3695 0.150694 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR613114 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 4 0.3838 -0.094292 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1315269 4 0.1714 0.631177 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1435020 1 0.2237 0.674266 0.896 0.000 0.080 0.020 0.000 0.004
#> SRR1337564 1 0.2176 0.653248 0.896 0.000 0.080 0.024 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.2135 0.796646 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1370173 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 5 0.2491 0.778590 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1405485 4 0.3039 0.592452 0.068 0.000 0.052 0.860 0.020 0.000
#> SRR812012 1 0.0777 0.680451 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.1714 0.652280 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.2794 0.665406 0.860 0.000 0.080 0.060 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.2793 0.565890 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.5463 0.221036 0.540 0.000 0.148 0.312 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.2697 0.576305 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.1501 0.633229 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1468974 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1329551 4 0.5597 0.272431 0.248 0.000 0.156 0.584 0.012 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0508 0.680702 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.1714 0.652280 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.2454 0.780901 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1487107 1 0.3274 0.617257 0.824 0.000 0.080 0.096 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.3679 0.498426 0.724 0.000 0.260 0.012 0.000 0.004
#> SRR1356036 1 0.0865 0.676383 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR614443 4 0.4891 0.400271 0.064 0.000 0.312 0.616 0.008 0.000
#> SRR1314958 4 0.3039 0.592452 0.068 0.000 0.052 0.860 0.020 0.000
#> SRR1341702 4 0.3596 0.566923 0.088 0.000 0.072 0.820 0.020 0.000
#> SRR1444678 5 0.3531 0.620518 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1350107 2 0.0146 0.976822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322010 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.5308 0.290300 0.292 0.000 0.052 0.612 0.044 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0935 0.679503 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0717 0.680782 0.976 0.000 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.2340 0.611562 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0777 0.680451 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.1866 0.633175 0.000 0.000 0.008 0.908 0.084 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.5440 0.539024 0.296 0.000 0.552 0.152 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.1588 0.668037 0.924 0.000 0.072 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.1714 0.652280 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.5684 0.489118 0.252 0.000 0.548 0.196 0.000 0.004
#> SRR1429162 4 0.1812 0.634526 0.000 0.000 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR612380 1 0.1610 0.656900 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.2070 0.672548 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000 0.000
#> SRR1337909 4 0.3101 0.601655 0.060 0.000 0.044 0.860 0.036 0.000
#> SRR661723 5 0.1007 0.828675 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1314163 1 0.4845 0.414809 0.660 0.000 0.132 0.208 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.5874 0.407137 0.252 0.000 0.480 0.268 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.2219 0.621688 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.2118 0.873205 0.000 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR819534 5 0.0146 0.838349 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.1610 0.656900 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.4116 0.435610 0.000 0.000 0.012 0.416 0.572 0.000
#> SRR1443612 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.5719 0.215206 0.300 0.000 0.124 0.556 0.020 0.000
#> SRR1362777 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.1812 0.634526 0.000 0.000 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR1073143 1 0.4456 0.257739 0.596 0.004 0.372 0.000 0.000 0.028
#> SRR1444622 5 0.3864 0.306495 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.5296 0.310202 0.588 0.000 0.152 0.260 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.1890 0.663913 0.916 0.000 0.060 0.024 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.2697 0.763963 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.5539 0.218580 0.272 0.000 0.160 0.564 0.004 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.5440 0.539024 0.296 0.000 0.552 0.152 0.000 0.000
#> SRR615467 5 0.2527 0.776309 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR660638 3 0.5616 0.509730 0.352 0.000 0.540 0.076 0.000 0.032
#> SRR1360383 4 0.2730 0.553610 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1354577 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.3668 0.621236 0.016 0.000 0.088 0.812 0.084 0.000
#> SRR1320873 3 0.5548 0.127610 0.428 0.004 0.452 0.000 0.000 0.116
#> SRR1336379 4 0.1501 0.633229 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.2799 0.656787 0.860 0.000 0.076 0.064 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.1714 0.652280 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.1501 0.633229 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1101421 1 0.2793 0.565890 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0865 0.676383 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.2904 0.630325 0.008 0.000 0.028 0.852 0.112 0.000
#> SRR1324431 1 0.5229 0.327432 0.604 0.000 0.156 0.240 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2290 0.673261 0.892 0.000 0.084 0.020 0.000 0.004
#> SRR655684 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1196 0.681541 0.952 0.000 0.040 0.008 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.3531 0.620518 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1455060 2 0.2261 0.868628 0.004 0.884 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR1341008 4 0.1866 0.633175 0.000 0.000 0.008 0.908 0.084 0.000
#> SRR1087031 1 0.0937 0.679497 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.3789 0.464618 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1350525 5 0.3041 0.766189 0.000 0.000 0.040 0.128 0.832 0.000
#> SRR1440517 1 0.4410 0.490594 0.716 0.000 0.120 0.164 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0972 0.679758 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.3969 0.397180 0.668 0.000 0.312 0.000 0.000 0.020
#> SRR604318 3 0.5951 0.071128 0.276 0.000 0.456 0.000 0.000 0.268
#> SRR1320280 1 0.2009 0.659731 0.908 0.000 0.068 0.024 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0935 0.680755 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.3596 0.566923 0.088 0.000 0.072 0.820 0.020 0.000
#> SRR1385080 4 0.1714 0.631594 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1316921 1 0.0713 0.678589 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.3398 0.506068 0.740 0.000 0.252 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498272 1 0.1003 0.682959 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.3490 0.481439 0.724 0.000 0.268 0.000 0.000 0.008
#> SRR1320892 5 0.0790 0.832233 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR818418 1 0.5277 0.318228 0.592 0.000 0.152 0.256 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.3405 0.479970 0.724 0.000 0.272 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430884 3 0.5882 0.393916 0.244 0.000 0.476 0.280 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.1863 0.627583 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR656493 4 0.4891 0.404180 0.064 0.000 0.312 0.616 0.008 0.000
#> SRR1328599 1 0.0865 0.676383 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR655218 3 0.5951 0.071128 0.276 0.000 0.456 0.000 0.000 0.268
#> SRR1416754 5 0.3531 0.620518 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1488562 1 0.4449 0.485138 0.712 0.000 0.124 0.164 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.3952 0.404787 0.672 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020
#> SRR819999 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.4891 0.404180 0.064 0.000 0.312 0.616 0.008 0.000
#> SRR1468514 1 0.2631 0.583593 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.3441 0.577069 0.784 0.000 0.188 0.024 0.000 0.004
#> SRR1474065 1 0.1714 0.652280 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.1863 0.627583 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1415095 4 0.1913 0.634112 0.000 0.000 0.012 0.908 0.080 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4845 0.414809 0.660 0.000 0.132 0.208 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.2333 0.662058 0.872 0.000 0.120 0.004 0.000 0.004
#> SRR1479239 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0972 0.679758 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1333694 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.4990 0.388559 0.636 0.000 0.132 0.232 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.5250 0.249819 0.108 0.000 0.352 0.540 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.5677 -0.000744 0.400 0.000 0.136 0.460 0.004 0.000
#> SRR1459585 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.5882 0.393916 0.244 0.000 0.476 0.280 0.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0865 0.676383 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.5912 0.300226 0.224 0.000 0.452 0.324 0.000 0.000
#> SRR1455698 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.2527 0.640114 0.876 0.000 0.084 0.040 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.5229 0.327432 0.604 0.000 0.156 0.240 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.1890 0.663913 0.916 0.000 0.060 0.024 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.4116 0.435610 0.000 0.000 0.012 0.416 0.572 0.000
#> SRR1500753 1 0.3490 0.481439 0.724 0.000 0.268 0.000 0.000 0.008
#> SRR657635 1 0.3650 0.571606 0.792 0.000 0.116 0.092 0.000 0.000
#> SRR615934 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.1501 0.633229 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1469904 1 0.1411 0.671117 0.936 0.000 0.060 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.2333 0.647868 0.884 0.000 0.092 0.024 0.000 0.000
#> SRR657754 3 0.6034 0.018577 0.260 0.000 0.412 0.000 0.000 0.328
#> SRR1464451 1 0.0972 0.679758 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.2697 0.763963 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1444460 1 0.2798 0.625789 0.852 0.000 0.112 0.036 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.5829 0.064429 0.492 0.000 0.240 0.268 0.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.1814 0.629001 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1366433 1 0.2852 0.654110 0.856 0.000 0.080 0.064 0.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.5624 0.048387 0.456 0.000 0.148 0.396 0.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.6751 -0.084603 0.332 0.448 0.124 0.000 0.000 0.096
#> SRR598768 1 0.5220 0.331943 0.596 0.000 0.140 0.264 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0972 0.679758 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.2852 0.654110 0.856 0.000 0.080 0.064 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.4314 0.005946 0.536 0.000 0.444 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348424 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.3851 -0.133290 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR821434 1 0.3274 0.617257 0.824 0.000 0.080 0.096 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.1806 0.664610 0.908 0.000 0.088 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 5 0.4179 0.288749 0.000 0.000 0.012 0.472 0.516 0.000
#> SRR1435293 4 0.3854 -0.161285 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1408208 1 0.2994 0.553748 0.788 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332317 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 4 0.3596 0.566923 0.088 0.000 0.072 0.820 0.020 0.000
#> SRR1467294 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 4 0.2697 0.560454 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1335688 5 0.3789 0.464618 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1370129 4 0.3864 0.546447 0.000 0.000 0.048 0.744 0.208 0.000
#> SRR1321966 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0935 0.680755 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.4918 0.398395 0.644 0.000 0.124 0.232 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0777 0.680451 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR660661 4 0.4803 0.396191 0.064 0.000 0.316 0.616 0.004 0.000
#> SRR1498861 1 0.0603 0.682660 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.4895 0.403176 0.648 0.000 0.124 0.228 0.000 0.000
#> SRR1329885 5 0.2527 0.776309 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1459718 1 0.3405 0.479970 0.724 0.000 0.272 0.000 0.000 0.004
#> SRR615731 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.5924 0.022211 0.384 0.000 0.148 0.456 0.012 0.000
#> SRR1487685 3 0.5912 0.300226 0.224 0.000 0.452 0.324 0.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.3952 0.404787 0.672 0.000 0.308 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390516 4 0.4867 0.384755 0.068 0.000 0.320 0.608 0.004 0.000
#> SRR1313932 1 0.5627 0.039624 0.452 0.000 0.148 0.400 0.000 0.000
#> SRR603397 4 0.4760 0.375890 0.068 0.000 0.328 0.604 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 5 0.0000 0.838789 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.3851 -0.133290 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR656564 4 0.3684 0.184299 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR608174 1 0.2070 0.672548 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.5220 0.331943 0.596 0.000 0.140 0.264 0.000 0.000
#> SRR661973 3 0.6034 0.018577 0.260 0.000 0.412 0.000 0.000 0.328
#> SRR598533 2 0.2473 0.858658 0.012 0.876 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR613270 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.980461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.5220 0.331943 0.596 0.000 0.140 0.264 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.2066 0.657393 0.904 0.000 0.072 0.024 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.2118 0.873205 0.000 0.888 0.008 0.000 0.000 0.104
#> SRR1432275 1 0.2658 0.635356 0.864 0.000 0.100 0.036 0.000 0.000
#> SRR1475909 4 0.5202 0.318405 0.240 0.000 0.124 0.628 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.588 0.877 0.918 0.4411 0.509 0.509
#> 3 3 0.960 0.968 0.987 0.3725 0.623 0.410
#> 4 4 0.972 0.925 0.961 0.1889 0.775 0.499
#> 5 5 0.764 0.713 0.832 0.0820 0.895 0.648
#> 6 6 0.756 0.613 0.749 0.0467 0.926 0.691
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 3
There is also optional best \(k\) = 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1341898 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1085850 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1379450 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.9209 0.306 0.664 0.336
#> SRR1339218 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1417505 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.9866 0.547 0.432 0.568
#> SRR1402239 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.6623 0.824 0.172 0.828
#> SRR1388979 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1396595 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1340508 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1360868 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1486560 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR598124 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1467590 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR655375 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661325 2 0.8763 0.790 0.296 0.704
#> SRR1439807 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1467455 1 0.5408 0.812 0.876 0.124
#> SRR1444559 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR655649 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1437306 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.5842 0.786 0.860 0.140
#> SRR600608 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR655923 1 1.0000 -0.345 0.504 0.496
#> SRR1334717 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1401552 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1316815 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1072797 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1488751 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR657348 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR662091 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR608662 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR819134 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1311400 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR817775 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR819946 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.4298 0.865 0.912 0.088
#> SRR665563 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR657587 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1337412 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1466993 2 0.9170 0.746 0.332 0.668
#> SRR1358102 2 0.9286 0.728 0.344 0.656
#> SRR1455171 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR821019 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1330675 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR820209 2 0.7745 0.826 0.228 0.772
#> SRR1331841 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1350456 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.4690 0.848 0.900 0.100
#> SRR1322270 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.6148 0.765 0.848 0.152
#> SRR1334847 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661133 2 0.9129 0.751 0.328 0.672
#> SRR1357523 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1415732 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1454803 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1468381 1 0.4939 0.836 0.892 0.108
#> SRR1447986 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.8555 0.807 0.280 0.720
#> SRR1409351 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1085495 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.9983 -0.275 0.524 0.476
#> SRR1335377 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1357189 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1319837 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1491311 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.9323 0.263 0.652 0.348
#> SRR1440058 2 0.9286 0.728 0.344 0.656
#> SRR1389979 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1315721 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR607337 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR664819 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR614083 1 0.4815 0.842 0.896 0.104
#> SRR1310623 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1359367 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1418992 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1343115 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR1418127 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1402900 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1485290 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR664842 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR662342 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1401276 2 0.8443 0.814 0.272 0.728
#> SRR627421 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1311575 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.8016 0.826 0.244 0.756
#> SRR1471922 2 0.9286 0.728 0.344 0.656
#> SRR1077687 1 0.9522 0.171 0.628 0.372
#> SRR821602 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.8955 0.772 0.312 0.688
#> SRR810571 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR664048 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1317344 2 0.7219 0.825 0.200 0.800
#> SRR817978 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1324371 2 0.9170 0.746 0.332 0.668
#> SRR1474333 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.9881 -0.118 0.564 0.436
#> SRR1468141 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR608002 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1360563 2 0.8608 0.803 0.284 0.716
#> SRR1414684 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.6247 0.758 0.844 0.156
#> SRR600385 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0376 0.969 0.996 0.004
#> SRR1352975 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1407560 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1435020 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1337564 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR1315019 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR812012 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1370619 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR1469495 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.9963 -0.231 0.536 0.464
#> SRR1432123 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1370405 1 0.4939 0.836 0.892 0.108
#> SRR1099499 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR659331 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR600560 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1434867 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.9635 0.103 0.612 0.388
#> SRR1348159 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1356036 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR614443 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1078879 2 0.8763 0.790 0.296 0.704
#> SRR1468955 2 0.8555 0.807 0.280 0.720
#> SRR660626 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR812436 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1312103 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.9491 0.187 0.632 0.368
#> SRR660933 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1488651 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.8327 0.821 0.264 0.736
#> SRR817686 1 0.4431 0.859 0.908 0.092
#> SRR1429162 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR612380 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR817905 2 0.9286 0.728 0.344 0.656
#> SRR1337909 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.9323 0.722 0.348 0.652
#> SRR1489155 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.8016 0.573 0.756 0.244
#> SRR1472193 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1481462 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1396078 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1073143 2 0.5408 0.821 0.124 0.876
#> SRR1444622 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1323043 2 0.8763 0.790 0.296 0.704
#> SRR1475022 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR660638 2 0.9552 0.671 0.376 0.624
#> SRR1360383 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.6887 0.825 0.184 0.816
#> SRR1336379 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1477634 2 0.9087 0.756 0.324 0.676
#> SRR1444876 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR613354 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1434782 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.9209 0.740 0.336 0.664
#> SRR655684 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1397073 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1087031 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1489177 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.6048 0.772 0.852 0.148
#> SRR1320093 2 0.8443 0.814 0.272 0.728
#> SRR602516 2 0.7815 0.826 0.232 0.768
#> SRR604318 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1320280 2 0.9286 0.728 0.344 0.656
#> SRR1082262 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1379238 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1316921 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1097752 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1498272 2 0.8608 0.803 0.284 0.716
#> SRR814989 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1320892 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1474553 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1430884 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1328599 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR655218 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1084842 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR819999 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1499823 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1474065 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1499442 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR597927 2 0.8713 0.795 0.292 0.708
#> SRR1479239 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR1333694 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR612443 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1473936 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.5737 0.792 0.864 0.136
#> SRR659187 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1417912 2 0.8608 0.803 0.284 0.716
#> SRR1316940 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR657635 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1469904 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1311794 1 0.7674 0.623 0.776 0.224
#> SRR657754 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1464451 2 0.8763 0.790 0.296 0.704
#> SRR1443895 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1366433 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1480479 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1335400 2 0.8608 0.803 0.284 0.716
#> SRR1418923 1 0.4939 0.836 0.892 0.108
#> SRR820133 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1348424 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.4815 0.842 0.896 0.104
#> SRR662546 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1319816 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1408208 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1332317 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1343197 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1334564 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR660661 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.8267 0.824 0.260 0.740
#> SRR1317877 2 0.9170 0.746 0.332 0.668
#> SRR1329885 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR615731 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1455925 2 0.8207 0.826 0.256 0.744
#> SRR1390516 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR608174 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1320963 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR661973 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
#> SRR602927 2 0.8499 0.811 0.276 0.724
#> SRR1315799 2 0.0000 0.813 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.9248 0.735 0.340 0.660
#> SRR1475909 1 0.0000 0.974 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 1 0.1753 0.939 0.952 0.000 0.048
#> SRR1313951 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 3 0.3340 0.856 0.120 0.000 0.880
#> SRR1457418 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 1 0.2356 0.912 0.928 0.072 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.5497 0.611 0.292 0.000 0.708
#> SRR1311086 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.1031 0.964 0.976 0.000 0.024
#> SRR1394713 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.1860 0.935 0.948 0.000 0.052
#> SRR1500405 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.3752 0.825 0.856 0.000 0.144
#> SRR657731 3 0.0747 0.956 0.016 0.000 0.984
#> SRR661005 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 3 0.2959 0.879 0.100 0.000 0.900
#> SRR1466993 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.2878 0.883 0.096 0.000 0.904
#> SRR627299 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR817758 3 0.3038 0.875 0.104 0.000 0.896
#> SRR821019 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.4842 0.712 0.224 0.000 0.776
#> SRR1403958 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.3686 0.831 0.140 0.000 0.860
#> SRR1421093 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.5650 0.579 0.312 0.000 0.688
#> SRR1466357 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.3116 0.870 0.108 0.000 0.892
#> SRR661133 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 3 0.3192 0.866 0.112 0.000 0.888
#> SRR1400375 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.2625 0.899 0.916 0.000 0.084
#> SRR1487295 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 1 0.6062 0.360 0.616 0.000 0.384
#> SRR1387989 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.6008 0.394 0.628 0.000 0.372
#> SRR1418992 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 1 0.6026 0.382 0.624 0.000 0.376
#> SRR1399028 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR664048 3 0.3116 0.870 0.108 0.000 0.892
#> SRR1500998 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 3 0.3340 0.856 0.120 0.000 0.880
#> SRR1321462 3 0.3482 0.846 0.128 0.000 0.872
#> SRR1387264 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR600385 1 0.3192 0.865 0.888 0.000 0.112
#> SRR1430248 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.2878 0.883 0.096 0.000 0.904
#> SRR655111 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.2878 0.883 0.096 0.000 0.904
#> SRR1468974 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.3116 0.870 0.108 0.000 0.892
#> SRR1329551 1 0.1860 0.935 0.948 0.000 0.052
#> SRR662871 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0892 0.968 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341702 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0747 0.972 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467364 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 3 0.3482 0.846 0.128 0.000 0.872
#> SRR1429891 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.3038 0.875 0.104 0.000 0.896
#> SRR1470902 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 3 0.3619 0.836 0.136 0.000 0.864
#> SRR1073143 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 1 0.2711 0.894 0.912 0.000 0.088
#> SRR603596 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.2796 0.887 0.092 0.000 0.908
#> SRR1320873 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.5397 0.603 0.720 0.000 0.280
#> SRR1325665 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 3 0.3482 0.846 0.128 0.000 0.872
#> SRR1101421 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.3686 0.831 0.140 0.000 0.860
#> SRR1324431 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.3038 0.875 0.104 0.000 0.896
#> SRR1328599 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2959 0.879 0.100 0.000 0.900
#> SRR1468514 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 1 0.3752 0.825 0.856 0.000 0.144
#> SRR1499982 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.3116 0.870 0.108 0.000 0.892
#> SRR1476676 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.6180 0.266 0.584 0.000 0.416
#> SRR1455698 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.0892 0.968 0.980 0.000 0.020
#> SRR1469904 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.2066 0.917 0.060 0.000 0.940
#> SRR1366433 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.2796 0.886 0.092 0.908 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.3038 0.875 0.104 0.000 0.896
#> SRR1382956 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 1 0.0892 0.968 0.980 0.000 0.020
#> SRR1488672 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3116 0.870 0.108 0.000 0.892
#> SRR1498861 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.3116 0.870 0.108 0.000 0.892
#> SRR1099023 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.999 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.2356 0.913 0.928 0.000 0.072
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1467813 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR614814 4 0.4999 0.00541 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1077405 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1313951 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1407134 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1457418 2 0.0469 0.99042 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1331289 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1498482 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1439873 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 1 0.1398 0.91526 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1335254 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1352706 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1396595 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.4454 0.55680 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1440699 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1389059 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1348861 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1468403 3 0.0336 0.98618 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417070 4 0.4977 0.21884 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR1390601 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.4925 0.27192 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1315761 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1392637 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR810957 2 0.0188 0.99255 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1444479 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.2647 0.84882 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR615141 4 0.2589 0.86800 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR601122 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1397008 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1358561 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 4 0.2530 0.86643 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1429957 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1394936 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1485542 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR659121 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1330656 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 4 0.1389 0.93238 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1311086 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR661325 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406561 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1394713 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1476186 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1084649 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1500405 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0336 0.94937 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444559 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1402513 2 0.0188 0.99255 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR820379 4 0.4898 0.34637 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR660007 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR655649 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR657731 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR661005 1 0.4898 0.30738 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR600608 1 0.4817 0.38274 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR655923 1 0.2921 0.81446 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1334717 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 4 0.4331 0.62585 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR818210 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1328960 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598671 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1387178 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR660498 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR657325 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR657348 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4830 0.37127 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1361567 1 0.4661 0.47617 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR819134 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319539 3 0.0469 0.98178 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1343841 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1487321 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1312428 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR657587 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 4 0.4855 0.38816 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1474466 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1466993 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR627299 2 0.0188 0.99255 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660733 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR817758 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR821019 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1433644 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1320180 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR604074 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1322291 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658188 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.4382 0.58022 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1472079 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1403958 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1421093 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 4 0.1356 0.93589 0.008 0.000 0.032 0.960
#> SRR1466357 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR597977 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR661133 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.4804 0.43891 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1434250 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1396640 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1454803 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1434138 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1456950 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1400375 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323764 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1085495 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1500868 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1476279 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR627429 2 0.1022 0.97901 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR660969 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330546 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1487295 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1086635 1 0.4817 0.38296 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1440058 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.4999 0.04881 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1387989 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1441701 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 1 0.4933 0.25997 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1310623 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1388 0.93812 0.028 0.000 0.012 0.960
#> SRR1418992 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.1305 0.93870 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1399028 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1402900 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1456514 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394755 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR664842 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662342 4 0.4855 0.39982 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR665502 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR657891 4 0.4830 0.34914 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1421305 4 0.4866 0.38086 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1335707 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1475675 4 0.2868 0.84517 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR661995 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664048 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1500998 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1320916 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1472150 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1317344 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.4877 0.33004 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1324371 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1321462 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1387264 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0469 0.98178 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1486097 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 4 0.4855 0.38968 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR604050 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600385 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1430248 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1352975 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1457221 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR807591 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR655111 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1336006 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR613114 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 3 0.3610 0.73100 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1315269 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1435020 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR812012 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.4040 0.66306 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1099499 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1468974 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1329551 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR662871 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0188 0.99255 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR599225 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614443 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1314958 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1341702 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1444678 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1322010 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1342045 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1467364 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 1 0.4431 0.56601 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR660933 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817686 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1429162 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR612380 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR661723 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR607091 1 0.4898 0.30766 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1445238 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR819534 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1443612 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1470902 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1362777 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1413522 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1073143 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 4 0.1302 0.93232 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR662570 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1323043 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR603596 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR615467 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360383 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1354577 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1320873 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.1388 0.93812 0.028 0.000 0.012 0.960
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1101421 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1324431 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.3399 0.87237 0.092 0.868 0.000 0.040
#> SRR1341008 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1087031 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1350525 4 0.4989 0.18543 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1440517 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1385080 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1316921 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 4 0.1302 0.93570 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1474553 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1079281 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR656493 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1328599 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.4746 0.43136 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1084842 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1468514 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0921 0.98316 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1085662 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1415095 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1499982 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488715 1 0.4830 0.37280 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR597927 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1476676 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1432343 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1459585 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0469 0.99042 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR602365 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR612443 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 4 0.1305 0.93870 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1455698 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1417912 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1500753 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1469904 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.4454 0.54992 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1333587 4 0.1474 0.92885 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1307770 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1339530 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1366433 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1470175 1 0.4677 0.69905 0.768 0.192 0.000 0.040
#> SRR598768 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1335400 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1382956 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.2281 0.88876 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR821434 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1435293 4 0.4998 0.12860 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR1408208 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1467294 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1335688 4 0.4855 0.39112 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1370129 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1321966 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1488672 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1498861 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0336 0.98618 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459718 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR602622 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1487685 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1455925 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1313932 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR603397 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1099023 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.99466 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR656564 4 0.1211 0.93481 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR608174 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 4 0.1389 0.93238 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR661973 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 1 0.1211 0.91808 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR613270 2 0.0000 0.99318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0336 0.99175 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480365 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR602927 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.1211 0.97708 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1432275 1 0.0000 0.95687 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 4 0.1211 0.93882 0.040 0.000 0.000 0.960
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.1410 0.9430 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1333930 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 3 0.4150 -0.0568 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1467813 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR614814 4 0.6225 0.5983 0.228 0.000 0.224 0.548 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 3 0.3242 0.5462 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1313951 4 0.4088 0.1594 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1339218 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1417505 3 0.3452 0.4899 0.000 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1407134 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1457418 2 0.1043 0.9668 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 3 0.4307 -0.4582 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1498482 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.3534 0.6686 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1439873 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1402239 1 0.5026 0.6189 0.656 0.064 0.000 0.280 0.000
#> SRR1335254 4 0.4273 0.5202 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.2179 0.8074 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1388979 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.6166 0.5966 0.244 0.000 0.200 0.556 0.000
#> SRR1440699 3 0.3586 0.6683 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1389059 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1348861 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 4 0.3837 0.4151 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1468403 3 0.5606 0.2366 0.000 0.000 0.556 0.084 0.360
#> SRR1417070 3 0.3039 0.6083 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1390601 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.6157 0.6006 0.220 0.000 0.220 0.560 0.000
#> SRR1315761 3 0.4307 -0.4631 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000
#> SRR1392637 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR810957 2 0.0404 0.9769 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1444479 5 0.1671 0.9332 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1470212 5 0.1965 0.9180 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1433971 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR598124 3 0.3876 0.4188 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR615141 3 0.0703 0.7316 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR601122 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358561 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 4 0.5852 0.5915 0.116 0.000 0.328 0.556 0.000
#> SRR1429957 5 0.1671 0.9332 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1452292 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1485542 3 0.4114 0.0101 0.000 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR659121 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1330656 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 4 0.5849 0.5409 0.100 0.000 0.392 0.508 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0290 0.7382 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR661325 1 0.2773 0.7874 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1439807 1 0.4249 0.2102 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1352129 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406561 3 0.3366 0.5117 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR1394713 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1476186 5 0.2329 0.8918 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1436444 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1084649 3 0.3177 0.5614 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1500405 5 0.1410 0.9430 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1354446 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.4161 0.0828 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1402513 2 0.0404 0.9769 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR820379 3 0.2329 0.6659 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR660007 4 0.2773 0.5041 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR655649 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1437306 3 0.3336 0.5258 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR657731 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR661005 4 0.3359 0.5381 0.072 0.000 0.084 0.844 0.000
#> SRR600608 4 0.6225 0.5906 0.256 0.000 0.200 0.544 0.000
#> SRR655923 4 0.3339 0.5251 0.124 0.000 0.040 0.836 0.000
#> SRR1334717 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.3983 0.4439 0.660 0.000 0.000 0.340 0.000
#> SRR1072797 1 0.2280 0.8050 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR612455 3 0.1270 0.7154 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR818210 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1328960 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR598671 3 0.1197 0.7369 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1387178 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.4307 0.4564 0.000 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR657348 1 0.4249 0.4403 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.5954 0.5469 0.272 0.000 0.152 0.576 0.000
#> SRR1361567 4 0.6314 0.5409 0.312 0.000 0.180 0.508 0.000
#> SRR819134 1 0.3707 0.5498 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1311400 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR817775 5 0.2230 0.8994 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR661433 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.3586 0.7018 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1319539 3 0.3932 0.3864 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1343841 1 0.4249 0.2102 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR665563 3 0.3586 0.6683 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR1487321 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1312428 3 0.3816 0.3045 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR657587 1 0.4235 0.4573 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1337412 3 0.1792 0.6919 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1474466 3 0.1341 0.7285 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1466993 1 0.1478 0.8113 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1358102 1 0.4307 0.1478 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1455171 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR627299 2 0.1197 0.9631 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR660733 4 0.3366 0.5019 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR817758 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR821019 1 0.4088 0.5848 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1330675 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1433644 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604074 4 0.3480 0.4878 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1322291 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1350456 4 0.6296 0.4452 0.360 0.000 0.160 0.480 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1403958 4 0.3999 0.2293 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4283 0.1957 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1334847 3 0.2020 0.7056 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1421093 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1466357 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR597977 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR661133 1 0.3932 0.6230 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.1732 0.6956 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1434250 2 0.2074 0.9329 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1396640 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.4297 0.1541 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR1447986 2 0.0290 0.9775 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1388007 3 0.4045 0.5946 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1434138 3 0.0290 0.7382 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1456950 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1400375 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323764 5 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1355040 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1409351 4 0.4262 0.5273 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1085495 1 0.1341 0.8263 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR604026 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1500868 3 0.4305 -0.4271 0.000 0.000 0.512 0.488 0.000
#> SRR1476279 4 0.4262 0.5273 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR627429 2 0.3940 0.8066 0.024 0.756 0.000 0.220 0.000
#> SRR660969 1 0.4273 0.4040 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1335377 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330546 5 0.1197 0.9491 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1440986 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1357189 4 0.4287 -0.1607 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1319837 1 0.3932 0.5129 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1491311 3 0.3774 0.6568 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1487295 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1086635 4 0.3359 0.5378 0.084 0.000 0.072 0.844 0.000
#> SRR1440058 1 0.4138 0.3406 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.1270 0.8307 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR607337 4 0.6225 0.5983 0.228 0.000 0.224 0.548 0.000
#> SRR1434803 2 0.0290 0.9775 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1332275 4 0.3837 0.4436 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1465132 2 0.0290 0.9775 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1340133 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1387989 5 0.1732 0.9311 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1383018 4 0.3876 0.4466 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1441701 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR614083 4 0.3359 0.5381 0.072 0.000 0.084 0.844 0.000
#> SRR1310623 5 0.1410 0.9430 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1420625 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 4 0.4294 -0.1871 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1359367 2 0.0290 0.9775 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1391879 3 0.2179 0.6941 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1418992 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1399028 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418127 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1456514 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1394755 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR664842 1 0.4283 0.3858 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR662342 3 0.3480 0.5446 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR665502 4 0.3424 0.5200 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR657891 4 0.6177 0.6010 0.212 0.000 0.232 0.556 0.000
#> SRR1421305 3 0.1851 0.6888 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1335707 5 0.2280 0.8959 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1401276 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1311575 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1475675 3 0.3596 0.6570 0.000 0.000 0.776 0.212 0.012
#> SRR661995 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1471922 4 0.4268 -0.1069 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1077687 1 0.4300 0.1721 0.524 0.000 0.000 0.476 0.000
#> SRR821602 5 0.1410 0.9430 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR608718 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.1341 0.8172 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR810571 1 0.4114 0.5728 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR664048 3 0.1908 0.7233 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320916 4 0.3949 0.5445 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1472150 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 3 0.4287 -0.3411 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.6155 0.5993 0.228 0.000 0.212 0.560 0.000
#> SRR1324371 1 0.0510 0.8394 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1474333 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1321462 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1387264 1 0.3684 0.5551 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1468141 3 0.4242 0.1274 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1486097 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1414684 3 0.4010 0.6595 0.000 0.000 0.796 0.116 0.088
#> SRR604050 1 0.4291 0.1856 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR600385 3 0.2179 0.6961 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1430248 4 0.3366 0.5180 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1352975 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1457221 3 0.1043 0.7379 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR655111 4 0.3534 0.4732 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613114 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.3586 0.5183 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1315269 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1435020 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1337564 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1315019 5 0.1671 0.9332 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1370173 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 5 0.1965 0.9180 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1405485 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 4 0.4268 -0.1069 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.4988 0.3964 0.284 0.000 0.060 0.656 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.0963 0.7341 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1468974 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1329551 3 0.3857 0.6448 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR600560 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1434867 2 0.0404 0.9769 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.3913 0.5886 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1487107 4 0.4307 -0.1590 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR614443 3 0.3636 0.6674 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR1314958 3 0.3837 0.2981 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1341702 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1444678 3 0.4219 0.1393 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1350107 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1322010 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1342045 3 0.3274 0.5440 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.3684 0.6853 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1468955 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.3410 0.5354 0.092 0.000 0.068 0.840 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR817686 4 0.2773 0.5041 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1429162 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR612380 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR817905 4 0.4262 -0.0951 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR1337909 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR661723 5 0.1197 0.9491 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1314163 1 0.3913 0.4774 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR607091 4 0.3359 0.5381 0.072 0.000 0.084 0.844 0.000
#> SRR1472193 2 0.0290 0.9775 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1456903 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR819534 5 0.0404 0.9647 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR820468 2 0.0290 0.9775 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659899 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443612 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1470902 3 0.4150 -0.0595 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1362777 3 0.3210 0.6628 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1413522 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1073143 1 0.1341 0.8263 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1444622 3 0.0162 0.7395 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662570 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1323043 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1475022 5 0.1410 0.9430 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.3774 0.6552 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.3424 0.4919 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR615467 5 0.1908 0.9213 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR660638 4 0.4161 -0.0804 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR1360383 3 0.0162 0.7404 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354577 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.1671 0.7196 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1320873 1 0.2424 0.8008 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1336379 3 0.3274 0.5380 0.000 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.4182 0.4250 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1477634 1 0.3636 0.6988 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1444876 3 0.1851 0.7143 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.2329 0.7236 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1324431 4 0.4268 0.5241 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0290 0.8420 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1397073 5 0.1671 0.9332 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1455060 2 0.5115 0.7311 0.168 0.696 0.000 0.136 0.000
#> SRR1341008 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1087031 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350525 3 0.4725 0.6128 0.000 0.000 0.720 0.200 0.080
#> SRR1440517 1 0.4235 0.2512 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1320093 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1320280 1 0.3816 0.5158 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1385080 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1316921 1 0.3966 0.4975 0.664 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0162 0.8429 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498272 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.0609 0.9616 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR818418 4 0.4610 0.5363 0.012 0.000 0.432 0.556 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 4 0.3480 0.4846 0.000 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1079281 3 0.0290 0.7382 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR656493 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1328599 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR655218 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1416754 5 0.3684 0.6677 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1488562 4 0.5852 0.4670 0.328 0.000 0.116 0.556 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1608 0.9506 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1085662 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1415095 3 0.3336 0.5258 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1499982 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1488715 4 0.6236 0.5938 0.248 0.000 0.208 0.544 0.000
#> SRR597927 1 0.2773 0.7874 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1333694 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1476676 1 0.4403 0.1843 0.560 0.000 0.004 0.436 0.000
#> SRR663261 3 0.4273 0.4055 0.000 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR1432343 4 0.4305 0.4730 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1459585 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.1043 0.9668 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR602365 4 0.3796 0.4267 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR612443 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1473936 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1455698 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.4227 0.2433 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR659187 4 0.4249 0.5325 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1417912 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.4249 0.2102 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR615934 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 3 0.3480 0.4783 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.4249 0.2102 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR657754 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1464451 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1443895 5 0.2074 0.9109 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1444460 4 0.6402 0.5638 0.276 0.000 0.216 0.508 0.000
#> SRR1333587 4 0.5571 0.5850 0.084 0.000 0.348 0.568 0.000
#> SRR1307770 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1339530 3 0.1671 0.7196 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1366433 1 0.4283 0.3899 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR1480479 4 0.4268 0.5241 0.000 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR1470175 1 0.2439 0.7567 0.876 0.004 0.000 0.120 0.000
#> SRR598768 4 0.5534 0.5254 0.068 0.000 0.424 0.508 0.000
#> SRR1335400 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418923 4 0.4302 -0.1111 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR820133 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1348424 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1382956 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0609 0.7336 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR821434 4 0.4030 0.2247 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR662546 1 0.4256 0.4317 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0162 0.7401 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1435293 3 0.2193 0.6848 0.000 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1408208 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1467294 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0290 0.7382 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1335688 3 0.2628 0.6880 0.000 0.000 0.884 0.028 0.088
#> SRR1370129 3 0.2966 0.6813 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1321966 3 0.3816 0.6512 0.000 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.4249 0.2102 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1498861 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1317877 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1329885 3 0.4268 0.0683 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1459718 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.3366 0.6669 0.000 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR602622 3 0.3242 0.5509 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1487685 4 0.3395 0.5221 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.8437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.3177 0.6646 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1313932 4 0.4306 0.4692 0.000 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR603397 3 0.3730 0.6643 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1099023 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 5 0.0000 0.9692 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.7398 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 3 0.0404 0.7371 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR608174 4 0.4268 -0.1069 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000
#> SRR1320963 4 0.5849 0.5393 0.100 0.000 0.392 0.508 0.000
#> SRR661973 1 0.2561 0.7964 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR598533 1 0.3684 0.6926 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9782 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0510 0.9762 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480365 4 0.5534 0.5254 0.068 0.000 0.424 0.508 0.000
#> SRR602927 1 0.0404 0.8412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1315799 2 0.2471 0.9144 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1432275 1 0.4227 0.2433 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1475909 3 0.3177 0.5614 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0363 0.793544 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341898 5 0.2799 0.859758 0.000 0.000 0.076 0.000 0.860 0.064
#> SRR1333930 1 0.0914 0.794134 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1085850 1 0.0363 0.794448 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379450 4 0.4045 0.389098 0.000 0.000 0.428 0.564 0.000 0.008
#> SRR1467813 2 0.3319 0.855361 0.000 0.800 0.000 0.036 0.000 0.164
#> SRR614814 4 0.3239 0.596154 0.024 0.000 0.152 0.816 0.000 0.008
#> SRR1077405 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 3 0.4097 -0.216633 0.000 0.000 0.500 0.492 0.000 0.008
#> SRR1313951 4 0.4267 0.275500 0.116 0.000 0.000 0.732 0.000 0.152
#> SRR1339218 1 0.5198 0.573363 0.616 0.000 0.000 0.180 0.000 0.204
#> SRR1417505 4 0.4067 0.352448 0.000 0.000 0.444 0.548 0.000 0.008
#> SRR1407134 3 0.3271 0.486544 0.000 0.000 0.760 0.232 0.000 0.008
#> SRR1457418 2 0.1492 0.942252 0.000 0.940 0.000 0.024 0.000 0.036
#> SRR1331289 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.3758 0.536145 0.000 0.000 0.324 0.668 0.000 0.008
#> SRR1498482 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.4314 0.250737 0.000 0.000 0.536 0.020 0.000 0.444
#> SRR1439873 1 0.2868 0.717300 0.840 0.000 0.000 0.132 0.000 0.028
#> SRR1402239 6 0.6734 -0.255424 0.372 0.068 0.000 0.156 0.000 0.404
#> SRR1335254 4 0.2912 0.598517 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.4573 0.643781 0.692 0.000 0.000 0.112 0.000 0.196
#> SRR1388979 4 0.3774 0.534987 0.000 0.000 0.328 0.664 0.000 0.008
#> SRR1396595 1 0.0717 0.793981 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1340508 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1360868 4 0.3114 0.585449 0.036 0.000 0.128 0.832 0.000 0.004
#> SRR1440699 3 0.4460 0.233077 0.000 0.000 0.520 0.028 0.000 0.452
#> SRR1389059 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.3421 0.588216 0.000 0.000 0.256 0.736 0.000 0.008
#> SRR1348861 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 6 0.5735 0.362835 0.000 0.000 0.176 0.352 0.000 0.472
#> SRR1468403 3 0.4684 0.457612 0.000 0.000 0.656 0.000 0.088 0.256
#> SRR1417070 3 0.3481 0.550979 0.000 0.000 0.804 0.000 0.124 0.072
#> SRR1390601 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1486560 4 0.3013 0.590636 0.024 0.000 0.140 0.832 0.000 0.004
#> SRR1315761 4 0.3804 0.526840 0.000 0.000 0.336 0.656 0.000 0.008
#> SRR1392637 4 0.3398 0.590170 0.000 0.000 0.252 0.740 0.000 0.008
#> SRR810957 2 0.0820 0.951293 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1458422 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0547 0.952653 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1444479 5 0.3978 0.756393 0.000 0.000 0.192 0.000 0.744 0.064
#> SRR1470212 5 0.4683 0.575902 0.000 0.000 0.320 0.000 0.616 0.064
#> SRR1433971 1 0.1003 0.792263 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR598124 3 0.3608 0.533153 0.000 0.000 0.788 0.000 0.148 0.064
#> SRR615141 3 0.1779 0.624138 0.000 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR601122 4 0.3398 0.590170 0.000 0.000 0.252 0.740 0.000 0.008
#> SRR1397008 3 0.0363 0.639771 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358561 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 4 0.2810 0.592730 0.008 0.000 0.156 0.832 0.000 0.004
#> SRR1429957 5 0.3948 0.760505 0.000 0.000 0.188 0.000 0.748 0.064
#> SRR1452292 1 0.1176 0.791379 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1467590 3 0.2092 0.606209 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1394936 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1485542 4 0.4051 0.380046 0.000 0.000 0.432 0.560 0.000 0.008
#> SRR659121 4 0.3373 0.591540 0.000 0.000 0.248 0.744 0.000 0.008
#> SRR1330656 5 0.0865 0.909696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1388305 4 0.3673 0.600127 0.024 0.000 0.204 0.764 0.000 0.008
#> SRR1406917 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.4646 0.202125 0.000 0.000 0.500 0.040 0.000 0.460
#> SRR1311086 1 0.0458 0.794841 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.1686 0.628341 0.000 0.000 0.924 0.012 0.000 0.064
#> SRR661325 1 0.5667 0.513397 0.528 0.000 0.000 0.208 0.000 0.264
#> SRR1439807 4 0.4277 0.355568 0.356 0.000 0.000 0.616 0.000 0.028
#> SRR1352129 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1406561 4 0.4097 0.233165 0.000 0.000 0.492 0.500 0.000 0.008
#> SRR1394713 5 0.1327 0.900144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1403875 2 0.3247 0.861270 0.000 0.808 0.000 0.036 0.000 0.156
#> SRR1476186 5 0.4855 0.461817 0.000 0.000 0.380 0.000 0.556 0.064
#> SRR1436444 2 0.3512 0.836241 0.000 0.772 0.000 0.032 0.000 0.196
#> SRR1084649 3 0.4089 -0.145267 0.000 0.000 0.524 0.468 0.000 0.008
#> SRR1500405 5 0.3241 0.832721 0.000 0.000 0.112 0.000 0.824 0.064
#> SRR1354446 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1467455 4 0.3717 0.330641 0.160 0.000 0.000 0.776 0.000 0.064
#> SRR1444559 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 3 0.1701 0.617493 0.000 0.000 0.920 0.072 0.000 0.008
#> SRR1402513 2 0.1003 0.949824 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR820379 3 0.2511 0.605010 0.000 0.000 0.880 0.000 0.056 0.064
#> SRR660007 6 0.4493 0.404980 0.000 0.000 0.044 0.344 0.000 0.612
#> SRR655649 1 0.5356 0.553232 0.584 0.000 0.000 0.168 0.000 0.248
#> SRR1437306 4 0.4098 0.212736 0.000 0.000 0.496 0.496 0.000 0.008
#> SRR657731 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR661005 4 0.4787 -0.318139 0.012 0.000 0.028 0.484 0.000 0.476
#> SRR600608 4 0.3204 0.593863 0.032 0.000 0.144 0.820 0.000 0.004
#> SRR655923 6 0.4693 0.351191 0.016 0.000 0.020 0.424 0.000 0.540
#> SRR1334717 1 0.5091 0.584986 0.632 0.000 0.000 0.172 0.000 0.196
#> SRR1401552 2 0.0000 0.953920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.1327 0.900144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1082759 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0146 0.953814 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1316815 1 0.4371 0.371574 0.620 0.000 0.000 0.344 0.000 0.036
#> SRR1072797 1 0.4783 0.626344 0.668 0.000 0.000 0.128 0.000 0.204
#> SRR612455 3 0.1779 0.624138 0.000 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR818210 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1488751 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1328960 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR598671 3 0.2300 0.579844 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1387178 4 0.3729 0.562986 0.000 0.000 0.296 0.692 0.000 0.012
#> SRR660498 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.3741 0.540007 0.000 0.000 0.320 0.672 0.000 0.008
#> SRR657325 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.3421 0.588592 0.000 0.000 0.256 0.736 0.000 0.008
#> SRR657348 1 0.5903 0.233438 0.400 0.000 0.000 0.396 0.000 0.204
#> SRR662091 5 0.0713 0.911822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR608598 5 0.0146 0.917546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663320 1 0.0713 0.790043 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR608662 4 0.3491 0.554222 0.040 0.000 0.100 0.828 0.000 0.032
#> SRR1361567 4 0.4166 0.569738 0.108 0.000 0.124 0.760 0.000 0.008
#> SRR819134 1 0.3925 0.582928 0.724 0.000 0.000 0.236 0.000 0.040
#> SRR1311400 1 0.1003 0.792263 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR817775 5 0.4818 0.492523 0.000 0.000 0.364 0.000 0.572 0.064
#> SRR661433 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR819946 3 0.4886 0.012223 0.000 0.000 0.540 0.000 0.396 0.064
#> SRR1319539 3 0.3717 0.523588 0.000 0.000 0.776 0.000 0.160 0.064
#> SRR1343841 4 0.4378 0.341825 0.368 0.000 0.000 0.600 0.000 0.032
#> SRR665563 3 0.4393 0.241749 0.000 0.000 0.524 0.024 0.000 0.452
#> SRR1487321 4 0.3674 0.582722 0.000 0.000 0.268 0.716 0.000 0.016
#> SRR1312428 4 0.4072 0.346183 0.000 0.000 0.448 0.544 0.000 0.008
#> SRR657587 4 0.5880 -0.264013 0.376 0.000 0.000 0.424 0.000 0.200
#> SRR1337412 3 0.1867 0.621914 0.000 0.000 0.916 0.000 0.020 0.064
#> SRR1474466 3 0.2100 0.596023 0.000 0.000 0.884 0.112 0.000 0.004
#> SRR1466993 1 0.3817 0.563229 0.720 0.000 0.000 0.252 0.000 0.028
#> SRR1358102 4 0.4406 0.299592 0.224 0.000 0.000 0.696 0.000 0.080
#> SRR1455171 3 0.4523 0.232260 0.000 0.000 0.516 0.032 0.000 0.452
#> SRR627299 2 0.2058 0.929567 0.000 0.908 0.000 0.036 0.000 0.056
#> SRR660733 4 0.4481 0.031458 0.000 0.000 0.056 0.648 0.000 0.296
#> SRR817758 3 0.2848 0.541825 0.000 0.000 0.816 0.176 0.000 0.008
#> SRR821019 6 0.5999 -0.013830 0.312 0.000 0.000 0.256 0.000 0.432
#> SRR1330675 3 0.1265 0.630914 0.000 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008
#> SRR1433644 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1320180 3 0.0000 0.639881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604074 4 0.5033 -0.249377 0.000 0.000 0.072 0.476 0.000 0.452
#> SRR1322291 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR658188 5 0.0713 0.911822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR820209 1 0.5336 0.549156 0.588 0.000 0.000 0.168 0.000 0.244
#> SRR1331841 2 0.0000 0.953920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.5231 0.575164 0.608 0.000 0.000 0.168 0.000 0.224
#> SRR1350456 4 0.4144 0.477477 0.224 0.000 0.032 0.728 0.000 0.016
#> SRR1472079 3 0.1327 0.629212 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1500537 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.4648 0.193136 0.000 0.000 0.496 0.040 0.000 0.464
#> SRR1403958 4 0.2237 0.455939 0.068 0.000 0.000 0.896 0.000 0.036
#> SRR1322270 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.3909 0.413887 0.244 0.000 0.000 0.720 0.000 0.036
#> SRR1334847 3 0.3934 0.163083 0.000 0.000 0.616 0.376 0.000 0.008
#> SRR1421093 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.4531 0.208511 0.000 0.000 0.504 0.032 0.000 0.464
#> SRR1466357 2 0.3488 0.844300 0.000 0.780 0.000 0.036 0.000 0.184
#> SRR597977 5 0.1297 0.905076 0.000 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1375635 3 0.2778 0.548802 0.000 0.000 0.824 0.168 0.000 0.008
#> SRR661133 1 0.5844 0.362637 0.468 0.000 0.000 0.324 0.000 0.208
#> SRR1357523 1 0.1003 0.793920 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1415732 3 0.2318 0.610718 0.000 0.000 0.892 0.000 0.044 0.064
#> SRR1434250 2 0.2972 0.881142 0.000 0.836 0.000 0.036 0.000 0.128
#> SRR1396640 4 0.3674 0.582722 0.000 0.000 0.268 0.716 0.000 0.016
#> SRR1454803 1 0.0909 0.793028 0.968 0.000 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1468381 4 0.3713 0.436755 0.224 0.000 0.000 0.744 0.000 0.032
#> SRR1447986 2 0.0405 0.953449 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1388007 6 0.5521 0.000972 0.000 0.000 0.400 0.132 0.000 0.468
#> SRR1434138 3 0.0972 0.635663 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1456950 3 0.3690 0.344237 0.000 0.000 0.684 0.308 0.000 0.008
#> SRR1400375 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1323764 5 0.1225 0.905388 0.000 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1355040 1 0.1498 0.787518 0.940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1409351 4 0.2772 0.593739 0.000 0.000 0.180 0.816 0.000 0.004
#> SRR1085495 1 0.1802 0.772799 0.916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR604026 4 0.3534 0.593645 0.000 0.000 0.244 0.740 0.000 0.016
#> SRR1500868 4 0.3923 0.492723 0.000 0.000 0.372 0.620 0.000 0.008
#> SRR1476279 4 0.3014 0.592841 0.000 0.000 0.184 0.804 0.000 0.012
#> SRR627429 2 0.6528 0.264281 0.072 0.432 0.000 0.116 0.000 0.380
#> SRR660969 4 0.5832 -0.237415 0.384 0.000 0.000 0.428 0.000 0.188
#> SRR1335377 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1330546 5 0.2688 0.864770 0.000 0.000 0.068 0.000 0.868 0.064
#> SRR1440986 1 0.1176 0.791379 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1357189 4 0.5631 0.023696 0.284 0.000 0.000 0.528 0.000 0.188
#> SRR1319837 1 0.4630 0.399232 0.580 0.000 0.000 0.372 0.000 0.048
#> SRR1491311 6 0.4992 -0.154938 0.000 0.000 0.464 0.068 0.000 0.468
#> SRR1487295 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1086635 6 0.4801 0.289771 0.016 0.000 0.024 0.472 0.000 0.488
#> SRR1440058 1 0.4731 0.145892 0.524 0.000 0.000 0.428 0.000 0.048
#> SRR1389979 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1315721 1 0.4563 0.644850 0.700 0.000 0.000 0.164 0.000 0.136
#> SRR607337 4 0.3166 0.596985 0.024 0.000 0.156 0.816 0.000 0.004
#> SRR1434803 2 0.0405 0.953449 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1332275 4 0.5465 0.316308 0.000 0.000 0.220 0.572 0.000 0.208
#> SRR1465132 2 0.0405 0.953449 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1340133 3 0.4646 0.202125 0.000 0.000 0.500 0.040 0.000 0.460
#> SRR1387989 5 0.4277 0.708258 0.000 0.000 0.236 0.000 0.700 0.064
#> SRR1383018 4 0.4932 0.452088 0.000 0.000 0.228 0.644 0.000 0.128
#> SRR1441701 5 0.0146 0.917546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1368772 1 0.1616 0.784234 0.932 0.000 0.000 0.048 0.000 0.020
#> SRR664819 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.5148 0.581136 0.624 0.000 0.000 0.180 0.000 0.196
#> SRR614083 4 0.4734 -0.227961 0.012 0.000 0.028 0.548 0.000 0.412
#> SRR1310623 5 0.2799 0.859758 0.000 0.000 0.076 0.000 0.860 0.064
#> SRR1420625 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.5716 -0.049055 0.304 0.000 0.000 0.504 0.000 0.192
#> SRR1359367 2 0.0405 0.953449 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1391879 3 0.3934 0.168821 0.000 0.000 0.616 0.376 0.000 0.008
#> SRR1418992 1 0.1003 0.792263 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1343115 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.4646 0.202125 0.000 0.000 0.500 0.040 0.000 0.460
#> SRR1399028 1 0.1341 0.789278 0.948 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR1418127 4 0.3695 0.580234 0.000 0.000 0.272 0.712 0.000 0.016
#> SRR1402900 1 0.0632 0.791059 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1485290 2 0.3247 0.861270 0.000 0.808 0.000 0.036 0.000 0.156
#> SRR1456514 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1394755 4 0.3217 0.597670 0.000 0.000 0.224 0.768 0.000 0.008
#> SRR664842 4 0.5893 -0.233092 0.372 0.000 0.000 0.424 0.000 0.204
#> SRR662342 3 0.2830 0.567436 0.000 0.000 0.836 0.000 0.144 0.020
#> SRR665502 4 0.3501 0.543556 0.000 0.000 0.116 0.804 0.000 0.080
#> SRR657891 4 0.3013 0.590636 0.024 0.000 0.140 0.832 0.000 0.004
#> SRR1421305 3 0.1779 0.624138 0.000 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1335707 5 0.4855 0.460877 0.000 0.000 0.380 0.000 0.556 0.064
#> SRR1401276 1 0.1616 0.788340 0.932 0.000 0.000 0.048 0.000 0.020
#> SRR627421 1 0.5250 0.574422 0.608 0.000 0.000 0.184 0.000 0.208
#> SRR1311575 4 0.3629 0.586926 0.000 0.000 0.260 0.724 0.000 0.016
#> SRR1475675 3 0.3647 0.428818 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR661995 1 0.5231 0.575164 0.608 0.000 0.000 0.168 0.000 0.224
#> SRR1471922 4 0.5504 0.072450 0.252 0.000 0.000 0.560 0.000 0.188
#> SRR1077687 4 0.4406 0.278405 0.336 0.000 0.000 0.624 0.000 0.040
#> SRR821602 5 0.2905 0.854398 0.000 0.000 0.084 0.000 0.852 0.064
#> SRR608718 2 0.0458 0.953217 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.3686 0.614935 0.748 0.000 0.000 0.220 0.000 0.032
#> SRR810571 6 0.5991 -0.000887 0.308 0.000 0.000 0.256 0.000 0.436
#> SRR664048 3 0.3978 0.540930 0.000 0.000 0.744 0.064 0.000 0.192
#> SRR1500998 3 0.1471 0.628617 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1320916 4 0.3315 0.580164 0.000 0.000 0.156 0.804 0.000 0.040
#> SRR1472150 5 0.2030 0.887356 0.000 0.000 0.028 0.000 0.908 0.064
#> SRR1329090 4 0.3955 0.472244 0.000 0.000 0.384 0.608 0.000 0.008
#> SRR1317344 1 0.1082 0.784504 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR817978 4 0.3351 0.585165 0.028 0.000 0.136 0.820 0.000 0.016
#> SRR1324371 1 0.3139 0.688386 0.812 0.000 0.000 0.160 0.000 0.028
#> SRR1474333 3 0.3672 0.353598 0.000 0.000 0.688 0.304 0.000 0.008
#> SRR1321462 3 0.3555 0.409795 0.000 0.000 0.712 0.280 0.000 0.008
#> SRR1387264 1 0.3950 0.581008 0.720 0.000 0.000 0.240 0.000 0.040
#> SRR1468141 3 0.4149 0.467759 0.000 0.000 0.720 0.000 0.216 0.064
#> SRR1486097 1 0.1780 0.780948 0.924 0.000 0.000 0.048 0.000 0.028
#> SRR608002 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1360563 1 0.1334 0.789514 0.948 0.000 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1414684 3 0.3487 0.543643 0.000 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR604050 4 0.4292 0.286745 0.340 0.000 0.000 0.628 0.000 0.032
#> SRR600385 3 0.4294 0.393047 0.000 0.000 0.672 0.280 0.000 0.048
#> SRR1430248 4 0.4254 0.192338 0.000 0.000 0.048 0.680 0.000 0.272
#> SRR1352975 3 0.1341 0.635624 0.000 0.000 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR1457221 3 0.2092 0.596889 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR807591 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1407560 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0363 0.915865 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR660895 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR655111 6 0.5795 0.399244 0.000 0.000 0.196 0.328 0.000 0.476
#> SRR1336006 3 0.0000 0.639881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613114 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 3 0.3453 0.551321 0.000 0.000 0.804 0.000 0.132 0.064
#> SRR1315269 3 0.2473 0.573844 0.000 0.000 0.856 0.136 0.000 0.008
#> SRR1435020 1 0.2201 0.764593 0.896 0.000 0.000 0.076 0.000 0.028
#> SRR1337564 1 0.1845 0.779118 0.920 0.000 0.000 0.052 0.000 0.028
#> SRR1315019 5 0.4122 0.733613 0.000 0.000 0.212 0.000 0.724 0.064
#> SRR1370173 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 5 0.4456 0.657783 0.000 0.000 0.268 0.000 0.668 0.064
#> SRR1405485 4 0.3778 0.569034 0.000 0.000 0.288 0.696 0.000 0.016
#> SRR812012 1 0.1168 0.792856 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1370619 1 0.5176 0.587463 0.620 0.000 0.000 0.188 0.000 0.192
#> SRR1469495 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.5202 0.135287 0.196 0.000 0.000 0.616 0.000 0.188
#> SRR1432123 1 0.0632 0.791059 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1370405 4 0.2322 0.459134 0.064 0.000 0.004 0.896 0.000 0.036
#> SRR1099499 1 0.0713 0.790043 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR659331 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.1970 0.606906 0.000 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008
#> SRR1468974 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.4523 0.232260 0.000 0.000 0.516 0.032 0.000 0.452
#> SRR1329551 6 0.5295 -0.118094 0.000 0.000 0.440 0.100 0.000 0.460
#> SRR662871 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.1003 0.792263 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR600560 1 0.5062 0.586623 0.636 0.000 0.000 0.168 0.000 0.196
#> SRR1434867 2 0.0820 0.951293 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR599225 2 0.0458 0.953217 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.4763 0.184866 0.000 0.000 0.592 0.000 0.344 0.064
#> SRR1487107 4 0.3235 0.397815 0.128 0.000 0.000 0.820 0.000 0.052
#> SRR1348159 1 0.0458 0.794841 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.5227 0.571124 0.612 0.000 0.000 0.188 0.000 0.200
#> SRR614443 3 0.4463 0.230509 0.000 0.000 0.516 0.028 0.000 0.456
#> SRR1314958 4 0.4083 0.319142 0.000 0.000 0.460 0.532 0.000 0.008
#> SRR1341702 4 0.3470 0.591961 0.000 0.000 0.248 0.740 0.000 0.012
#> SRR1444678 3 0.4149 0.474353 0.000 0.000 0.720 0.000 0.216 0.064
#> SRR1350107 2 0.3319 0.855361 0.000 0.800 0.000 0.036 0.000 0.164
#> SRR1322010 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1342045 4 0.4096 0.245100 0.000 0.000 0.484 0.508 0.000 0.008
#> SRR1467364 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.5801 0.408664 0.492 0.000 0.000 0.292 0.000 0.216
#> SRR1468955 1 0.1644 0.784631 0.932 0.000 0.000 0.040 0.000 0.028
#> SRR660626 1 0.1003 0.793075 0.964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR812436 1 0.1168 0.792856 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1312103 3 0.3421 0.454838 0.000 0.000 0.736 0.256 0.000 0.008
#> SRR1429891 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR661255 6 0.4791 0.331202 0.020 0.000 0.020 0.444 0.000 0.516
#> SRR660933 1 0.1168 0.792856 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1488651 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.5278 0.562997 0.604 0.000 0.000 0.192 0.000 0.204
#> SRR817686 6 0.4660 0.416585 0.000 0.000 0.056 0.344 0.000 0.600
#> SRR1429162 3 0.1265 0.630914 0.000 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008
#> SRR612380 1 0.5302 0.562458 0.600 0.000 0.000 0.192 0.000 0.208
#> SRR817905 4 0.5602 0.048439 0.276 0.000 0.000 0.536 0.000 0.188
#> SRR1337909 4 0.3674 0.582722 0.000 0.000 0.268 0.716 0.000 0.016
#> SRR661723 5 0.2442 0.873689 0.000 0.000 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1314163 1 0.4493 0.369745 0.612 0.000 0.000 0.344 0.000 0.044
#> SRR1489155 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR607091 4 0.4786 -0.313271 0.012 0.000 0.028 0.492 0.000 0.468
#> SRR1472193 2 0.0405 0.953449 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1456903 2 0.3417 0.858532 0.000 0.796 0.000 0.044 0.000 0.160
#> SRR1445238 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0713 0.790043 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1481462 2 0.3450 0.842905 0.000 0.780 0.000 0.032 0.000 0.188
#> SRR819534 5 0.1789 0.895184 0.000 0.000 0.032 0.000 0.924 0.044
#> SRR820468 2 0.0405 0.953449 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR659899 1 0.5260 0.568423 0.604 0.000 0.000 0.172 0.000 0.224
#> SRR1396078 3 0.0865 0.636834 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1443612 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR1470902 4 0.4032 0.405806 0.000 0.000 0.420 0.572 0.000 0.008
#> SRR1362777 3 0.3847 0.273971 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1413522 3 0.3073 0.514922 0.000 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008
#> SRR1073143 1 0.1802 0.772799 0.916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR1444622 3 0.1327 0.629212 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR662570 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.3368 0.595803 0.000 0.000 0.232 0.756 0.000 0.012
#> SRR1323043 1 0.2696 0.732397 0.856 0.000 0.000 0.116 0.000 0.028
#> SRR1475022 5 0.3150 0.839468 0.000 0.000 0.104 0.000 0.832 0.064
#> SRR1080927 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.5449 0.177093 0.000 0.000 0.504 0.128 0.000 0.368
#> SRR603596 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.4851 -0.221801 0.000 0.000 0.060 0.536 0.000 0.404
#> SRR615467 5 0.4476 0.652458 0.000 0.000 0.272 0.000 0.664 0.064
#> SRR660638 6 0.5759 0.239134 0.172 0.000 0.000 0.392 0.000 0.436
#> SRR1360383 3 0.1124 0.632981 0.000 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR1354577 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 3 0.1398 0.624226 0.000 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> SRR1320873 1 0.5079 0.594020 0.628 0.000 0.000 0.148 0.000 0.224
#> SRR1336379 3 0.4086 -0.142011 0.000 0.000 0.528 0.464 0.000 0.008
#> SRR1325665 2 0.0458 0.953217 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.5440 -0.015834 0.324 0.000 0.000 0.536 0.000 0.140
#> SRR1477634 1 0.5870 0.337236 0.436 0.000 0.000 0.364 0.000 0.200
#> SRR1444876 3 0.3012 0.523015 0.000 0.000 0.796 0.196 0.000 0.008
#> SRR1101421 1 0.0632 0.791059 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR613354 1 0.5227 0.571124 0.612 0.000 0.000 0.188 0.000 0.200
#> SRR1434782 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.4522 0.440819 0.000 0.000 0.672 0.076 0.000 0.252
#> SRR1324431 4 0.2597 0.598073 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.1480 0.787361 0.940 0.000 0.000 0.040 0.000 0.020
#> SRR655684 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1003 0.792263 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1397073 5 0.4533 0.637213 0.000 0.000 0.284 0.000 0.652 0.064
#> SRR1455060 2 0.5869 0.568825 0.128 0.564 0.000 0.032 0.000 0.276
#> SRR1341008 3 0.2020 0.603286 0.000 0.000 0.896 0.096 0.000 0.008
#> SRR1087031 1 0.5227 0.587355 0.612 0.000 0.000 0.188 0.000 0.200
#> SRR1489177 3 0.0146 0.639909 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350525 3 0.3778 0.494158 0.000 0.000 0.696 0.000 0.016 0.288
#> SRR1440517 4 0.4488 0.170098 0.420 0.000 0.000 0.548 0.000 0.032
#> SRR1320093 1 0.1176 0.791379 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR602516 1 0.0865 0.788005 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR604318 1 0.5296 0.564082 0.596 0.000 0.000 0.168 0.000 0.236
#> SRR1320280 1 0.4332 0.355934 0.616 0.000 0.000 0.352 0.000 0.032
#> SRR1082262 1 0.0914 0.794134 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1379238 4 0.3534 0.593645 0.000 0.000 0.244 0.740 0.000 0.016
#> SRR1385080 3 0.0937 0.633768 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.4700 0.175766 0.500 0.000 0.000 0.456 0.000 0.044
#> SRR1097752 2 0.0000 0.953920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.1082 0.787557 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1498272 1 0.1498 0.787518 0.940 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR814989 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1320892 5 0.1225 0.905388 0.000 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR818418 4 0.2743 0.594084 0.000 0.000 0.164 0.828 0.000 0.008
#> SRR1474553 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1430884 6 0.5386 0.345274 0.000 0.000 0.116 0.388 0.000 0.496
#> SRR1079281 3 0.0891 0.636405 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR656493 3 0.4526 0.224884 0.000 0.000 0.512 0.032 0.000 0.456
#> SRR1328599 1 0.5250 0.566488 0.608 0.000 0.000 0.184 0.000 0.208
#> SRR655218 1 0.5253 0.571232 0.604 0.000 0.000 0.168 0.000 0.228
#> SRR1416754 3 0.4948 -0.233468 0.000 0.000 0.468 0.000 0.468 0.064
#> SRR1488562 4 0.3233 0.572649 0.060 0.000 0.104 0.832 0.000 0.004
#> SRR1084842 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR819999 2 0.0458 0.953217 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4523 0.232260 0.000 0.000 0.516 0.032 0.000 0.452
#> SRR1468514 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1499823 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0458 0.794841 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.5088 0.585844 0.632 0.000 0.000 0.168 0.000 0.200
#> SRR1499442 2 0.0000 0.953920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.1204 0.903235 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1445328 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.2412 0.910239 0.000 0.880 0.000 0.028 0.000 0.092
#> SRR1085662 3 0.1265 0.630914 0.000 0.000 0.948 0.044 0.000 0.008
#> SRR1415095 4 0.4098 0.212736 0.000 0.000 0.496 0.496 0.000 0.008
#> SRR1499982 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1488715 4 0.3201 0.592262 0.028 0.000 0.140 0.824 0.000 0.008
#> SRR597927 1 0.5465 0.531945 0.572 0.000 0.000 0.220 0.000 0.208
#> SRR1479239 2 0.0146 0.953814 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.953920 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.1257 0.790702 0.952 0.000 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1333694 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR1476676 4 0.3855 0.434435 0.272 0.000 0.000 0.704 0.000 0.024
#> SRR663261 6 0.5799 0.159799 0.000 0.000 0.340 0.192 0.000 0.468
#> SRR1432343 4 0.3398 0.590170 0.000 0.000 0.252 0.740 0.000 0.008
#> SRR1459585 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.1418 0.943860 0.000 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR602365 6 0.5803 0.380086 0.000 0.000 0.196 0.332 0.000 0.472
#> SRR612443 1 0.5375 0.545724 0.588 0.000 0.000 0.204 0.000 0.208
#> SRR1473936 3 0.4646 0.202125 0.000 0.000 0.500 0.040 0.000 0.460
#> SRR1455698 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 4 0.4470 0.347697 0.356 0.000 0.000 0.604 0.000 0.040
#> SRR659187 4 0.2772 0.593739 0.000 0.000 0.180 0.816 0.000 0.004
#> SRR1417912 1 0.1780 0.780948 0.924 0.000 0.000 0.048 0.000 0.028
#> SRR1316940 3 0.0865 0.636834 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1500753 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR657635 4 0.3956 0.416324 0.292 0.000 0.000 0.684 0.000 0.024
#> SRR615934 5 0.1391 0.903685 0.000 0.000 0.016 0.000 0.944 0.040
#> SRR1411024 4 0.4095 0.261708 0.000 0.000 0.480 0.512 0.000 0.008
#> SRR1469904 1 0.1168 0.792856 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1311794 4 0.4433 0.360655 0.344 0.000 0.000 0.616 0.000 0.040
#> SRR657754 1 0.5253 0.571232 0.604 0.000 0.000 0.168 0.000 0.228
#> SRR1464451 1 0.1780 0.780948 0.924 0.000 0.000 0.048 0.000 0.028
#> SRR1443895 5 0.4818 0.495863 0.000 0.000 0.364 0.000 0.572 0.064
#> SRR1444460 4 0.4760 0.577000 0.088 0.000 0.168 0.716 0.000 0.028
#> SRR1333587 4 0.2833 0.590897 0.012 0.000 0.148 0.836 0.000 0.004
#> SRR1307770 2 0.1003 0.949795 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1339530 3 0.2070 0.599198 0.000 0.000 0.892 0.100 0.000 0.008
#> SRR1366433 4 0.5754 -0.111439 0.328 0.000 0.000 0.484 0.000 0.188
#> SRR1480479 4 0.3014 0.592841 0.000 0.000 0.184 0.804 0.000 0.012
#> SRR1470175 1 0.3348 0.649064 0.768 0.000 0.000 0.016 0.000 0.216
#> SRR598768 4 0.3438 0.599764 0.008 0.000 0.220 0.764 0.000 0.008
#> SRR1335400 1 0.1341 0.789278 0.948 0.000 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR1418923 4 0.3062 0.408431 0.112 0.000 0.000 0.836 0.000 0.052
#> SRR820133 1 0.5336 0.549156 0.588 0.000 0.000 0.168 0.000 0.244
#> SRR1348424 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR1382956 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 3 0.1779 0.624138 0.000 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR821434 4 0.2164 0.459234 0.068 0.000 0.000 0.900 0.000 0.032
#> SRR662546 4 0.5898 -0.253823 0.380 0.000 0.000 0.416 0.000 0.204
#> SRR1319816 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.639881 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435293 3 0.2317 0.620835 0.000 0.000 0.900 0.016 0.020 0.064
#> SRR1408208 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1332317 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 4 0.3606 0.588754 0.000 0.000 0.256 0.728 0.000 0.016
#> SRR1467294 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 3 0.0363 0.639210 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.3141 0.566334 0.000 0.000 0.788 0.000 0.012 0.200
#> SRR1370129 3 0.2664 0.550626 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1321966 6 0.5189 -0.107303 0.000 0.000 0.444 0.088 0.000 0.468
#> SRR1488672 1 0.0914 0.793744 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1343197 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 4 0.3936 0.420153 0.288 0.000 0.000 0.688 0.000 0.024
#> SRR1334564 1 0.1168 0.792856 0.956 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR660661 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR1498861 1 0.5223 0.577455 0.612 0.000 0.000 0.180 0.000 0.208
#> SRR1317877 1 0.2350 0.748930 0.880 0.000 0.000 0.100 0.000 0.020
#> SRR1329885 3 0.4325 0.430236 0.000 0.000 0.692 0.000 0.244 0.064
#> SRR1459718 1 0.1088 0.792710 0.960 0.000 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR615731 3 0.4067 0.261261 0.000 0.000 0.548 0.008 0.000 0.444
#> SRR602622 4 0.4407 0.231058 0.000 0.000 0.480 0.496 0.000 0.024
#> SRR1487685 4 0.2389 0.491029 0.000 0.000 0.052 0.888 0.000 0.060
#> SRR1455925 1 0.0790 0.789176 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1390516 3 0.3050 0.523031 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1313932 4 0.3398 0.590170 0.000 0.000 0.252 0.740 0.000 0.008
#> SRR603397 3 0.4529 0.217283 0.000 0.000 0.508 0.032 0.000 0.460
#> SRR1099023 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0363 0.953574 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1368964 5 0.0000 0.918276 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 3 0.0405 0.639994 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR656564 3 0.1007 0.632595 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR608174 4 0.5556 0.059465 0.264 0.000 0.000 0.548 0.000 0.188
#> SRR1320963 4 0.3673 0.600127 0.024 0.000 0.204 0.764 0.000 0.008
#> SRR661973 1 0.5253 0.571232 0.604 0.000 0.000 0.168 0.000 0.228
#> SRR598533 1 0.5828 0.324559 0.428 0.004 0.000 0.160 0.000 0.408
#> SRR613270 2 0.0632 0.951846 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.1092 0.948889 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1480365 4 0.3438 0.599764 0.008 0.000 0.220 0.764 0.000 0.008
#> SRR602927 1 0.2088 0.769848 0.904 0.000 0.000 0.068 0.000 0.028
#> SRR1315799 2 0.3450 0.842905 0.000 0.780 0.000 0.032 0.000 0.188
#> SRR1432275 4 0.4720 0.282045 0.388 0.000 0.000 0.560 0.000 0.052
#> SRR1475909 3 0.4096 -0.190600 0.000 0.000 0.508 0.484 0.000 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.995 0.5009 0.499 0.499
#> 3 3 0.946 0.926 0.971 0.2600 0.832 0.675
#> 4 4 0.874 0.911 0.942 0.1055 0.892 0.718
#> 5 5 0.961 0.906 0.958 0.0685 0.933 0.782
#> 6 6 0.928 0.876 0.946 0.0545 0.944 0.786
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356619 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333930 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1085850 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1313951 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1339218 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439873 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614802 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396595 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340508 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390601 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433971 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR598124 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1452292 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467590 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311086 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661325 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1439807 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1354446 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467455 2 0.6801 0.784 0.180 0.820
#> SRR1444559 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655649 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661005 2 0.7056 0.766 0.192 0.808
#> SRR600608 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655923 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334717 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR662534 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1316815 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072797 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818210 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657348 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663320 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819134 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311400 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817775 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453341 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR819946 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343841 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR665563 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657587 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466993 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1358102 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1455171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821019 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820209 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096966 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403958 2 0.1184 0.977 0.016 0.984
#> SRR1322270 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR600754 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661133 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1357523 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1454803 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1468381 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1355040 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085495 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR660969 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440986 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1357189 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319837 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1086635 2 0.4431 0.897 0.092 0.908
#> SRR1440058 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1389979 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1315721 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1368772 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1435536 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614083 2 0.9896 0.226 0.440 0.560
#> SRR1310623 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816721 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418992 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1399028 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402900 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664842 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR662342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401276 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661995 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1471922 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1077687 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR821602 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437555 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR810571 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317344 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324371 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387264 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1468141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486097 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR608002 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1360563 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604050 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.4161 0.906 0.916 0.084
#> SRR1352975 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807591 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435020 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337564 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1315019 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812012 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1370619 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1469495 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381566 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432123 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1370405 2 0.8813 0.579 0.300 0.700
#> SRR1099499 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816770 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR600560 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348159 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356036 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR614443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078879 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1468955 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR660626 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR812436 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR661255 2 0.4690 0.887 0.100 0.900
#> SRR660933 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359388 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817686 1 0.7299 0.741 0.796 0.204
#> SRR1429162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612380 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR817905 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314163 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1489155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR607091 2 0.7056 0.766 0.192 0.808
#> SRR1472193 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820078 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR659899 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1396078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1073143 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444622 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323043 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1475022 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660638 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1357434 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477634 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444876 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101421 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR613354 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1386818 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332796 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1087031 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1489177 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440517 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320093 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR602516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR604318 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320280 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082262 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316921 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1375308 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498272 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814989 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474553 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328599 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR655218 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1416754 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084842 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481216 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1474065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR597927 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1490019 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.7674 0.711 0.776 0.224
#> SRR663261 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612443 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473936 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331335 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417912 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1316940 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500753 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR657635 2 0.3431 0.928 0.064 0.936
#> SRR615934 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469904 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311794 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR657754 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1464451 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444460 2 0.8861 0.567 0.304 0.696
#> SRR1333587 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1366433 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335400 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418923 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR820133 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348424 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821434 2 0.0672 0.985 0.008 0.992
#> SRR662546 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319816 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408208 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488672 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343197 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1416999 2 0.2236 0.957 0.036 0.964
#> SRR1334564 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1317877 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459718 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455925 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608174 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661973 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602927 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432275 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1475909 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.5529 0.5874 0.704 0.296 0.000
#> SRR1085850 1 0.1031 0.9019 0.976 0.024 0.000
#> SRR1379450 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.5905 0.4823 0.648 0.000 0.352
#> SRR1077405 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 1 0.6026 0.4304 0.624 0.376 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352706 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.6309 0.0939 0.504 0.496 0.000
#> SRR1388979 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.6302 0.1330 0.520 0.000 0.480
#> SRR1440699 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348861 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.4654 0.7090 0.792 0.000 0.208
#> SRR1315761 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 3 0.6126 0.2880 0.400 0.000 0.600
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR659121 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330656 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.6309 0.0589 0.500 0.000 0.500
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 1 0.6308 0.1078 0.508 0.492 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500405 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.5254 0.6418 0.000 0.264 0.736
#> SRR655649 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR657731 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 2 0.0424 0.9645 0.000 0.992 0.008
#> SRR600608 1 0.5905 0.4827 0.648 0.000 0.352
#> SRR655923 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 2 0.5560 0.5272 0.300 0.700 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 2 0.0237 0.9700 0.004 0.996 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR657348 1 0.3412 0.8144 0.876 0.124 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.4062 0.7585 0.836 0.000 0.164
#> SRR1361567 1 0.0424 0.9126 0.992 0.000 0.008
#> SRR819134 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312428 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 2 0.6225 0.1895 0.432 0.568 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR817758 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR821019 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.6274 0.2259 0.544 0.456 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 2 0.4178 0.7678 0.172 0.828 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434138 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085495 1 0.6267 0.2378 0.548 0.452 0.000
#> SRR604026 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500868 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476279 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR627429 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0592 0.9108 0.988 0.012 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487295 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.6095 0.3894 0.608 0.000 0.392
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441701 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 2 0.0237 0.9700 0.004 0.996 0.000
#> SRR614083 2 0.5785 0.4909 0.000 0.668 0.332
#> SRR1310623 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.4504 0.7330 0.804 0.196 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR664842 1 0.6280 0.2134 0.540 0.460 0.000
#> SRR662342 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR665502 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR657891 1 0.6305 0.1186 0.516 0.000 0.484
#> SRR1421305 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311575 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 2 0.0592 0.9626 0.012 0.988 0.000
#> SRR1471922 2 0.2711 0.8799 0.088 0.912 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR664048 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472150 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.3879 0.7710 0.848 0.000 0.152
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321462 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR600385 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430248 2 0.6026 0.3834 0.000 0.624 0.376
#> SRR1352975 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336006 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.4555 0.7181 0.800 0.000 0.200
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341702 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444678 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 2 0.5760 0.4960 0.328 0.672 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.4452 0.7380 0.808 0.192 0.000
#> SRR817686 2 0.5327 0.6087 0.000 0.728 0.272
#> SRR1429162 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 1 0.6309 0.0933 0.504 0.496 0.000
#> SRR817905 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR661723 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 2 0.0237 0.9691 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.6291 0.1885 0.532 0.468 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073143 1 0.6244 0.2720 0.560 0.440 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 3 0.0424 0.9843 0.008 0.000 0.992
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR615467 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 2 0.0237 0.9700 0.004 0.996 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336379 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 2 0.0592 0.9626 0.012 0.988 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 3 0.4555 0.7346 0.200 0.000 0.800
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 1 0.3038 0.8341 0.896 0.104 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385080 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 3 0.4555 0.7346 0.200 0.000 0.800
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079281 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328599 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR655218 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416754 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488562 1 0.4842 0.6904 0.776 0.000 0.224
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.5706 0.5479 0.680 0.000 0.320
#> SRR597927 1 0.2796 0.8453 0.908 0.092 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459585 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR612443 2 0.0237 0.9700 0.004 0.996 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 3 0.4235 0.7725 0.176 0.000 0.824
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 2 0.5254 0.6030 0.264 0.736 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.0424 0.9843 0.008 0.000 0.992
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470175 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR598768 3 0.4796 0.7017 0.220 0.000 0.780
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.6295 0.1756 0.528 0.472 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467294 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.3038 0.8343 0.896 0.104 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
#> SRR608174 1 0.4291 0.7526 0.820 0.180 0.000
#> SRR1320963 1 0.6274 0.2106 0.544 0.000 0.456
#> SRR661973 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 3 0.4842 0.6948 0.224 0.000 0.776
#> SRR602927 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9194 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 3 0.0000 0.9925 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.4643 0.5343 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0188 0.9196 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.4994 0.0679 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1077405 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR1339218 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.1211 0.9251 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1352706 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.4697 0.6276 0.696 0.296 0.008 0.000
#> SRR1388979 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 3 0.7476 0.5915 0.260 0.000 0.504 0.236
#> SRR1440699 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1389059 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348861 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1468403 4 0.4817 0.0860 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1417070 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.6915 0.5524 0.592 0.000 0.212 0.196
#> SRR1315761 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397008 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 4 0.4193 0.5282 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1429957 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659121 4 0.0592 0.9542 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1330656 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 4 0.4277 0.5140 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500405 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.1118 0.9078 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1444559 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.2281 0.8261 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR655649 2 0.3726 0.7640 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1437306 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657731 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR661005 3 0.0000 0.7128 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600608 4 0.4999 0.0171 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR655923 3 0.0188 0.7126 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334717 1 0.5099 0.4534 0.612 0.380 0.008 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 2 0.2271 0.8830 0.076 0.916 0.008 0.000
#> SRR612455 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657348 1 0.4049 0.8163 0.780 0.008 0.212 0.000
#> SRR662091 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.5672 0.5816 0.276 0.000 0.668 0.056
#> SRR1361567 1 0.1716 0.8619 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR819134 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1487321 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312428 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657587 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1337412 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 2 0.4981 0.1011 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR627299 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.3610 0.9261 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR817758 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821019 2 0.0188 0.9696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330675 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 2 0.0188 0.9696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR1350456 1 0.0188 0.9186 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472079 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1403958 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421093 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.5929 0.7394 0.688 0.108 0.204 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.3688 0.8229 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1434138 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.1637 0.8990 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1085495 1 0.4431 0.6189 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500868 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476279 4 0.1637 0.9074 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR627429 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.3688 0.8229 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1487295 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.2760 0.6693 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 4 0.4961 0.1761 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.4040 0.8972 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1387989 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.4103 0.8875 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1441701 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 2 0.2412 0.8735 0.084 0.908 0.008 0.000
#> SRR614083 3 0.0336 0.7232 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310623 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.4692 0.8010 0.756 0.032 0.212 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR664842 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR662342 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665502 3 0.3837 0.9210 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR657891 4 0.4888 0.2326 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1421305 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475675 3 0.4008 0.9018 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR661995 2 0.5055 0.3542 0.368 0.624 0.008 0.000
#> SRR1471922 2 0.7196 0.3999 0.236 0.552 0.212 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 2 0.0188 0.9696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR664048 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.4008 0.9005 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1472150 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.4868 0.7885 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600385 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430248 3 0.4267 0.9129 0.000 0.024 0.788 0.188
#> SRR1352975 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457221 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR655111 3 0.3688 0.9310 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1336006 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1469495 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.4775 0.7854 0.740 0.000 0.232 0.028
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.3764 0.9296 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1329551 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR662871 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0336 0.9183 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR614443 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1314958 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341702 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444678 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.4538 0.7150 0.760 0.216 0.024 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0188 0.7126 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.4599 0.8038 0.760 0.028 0.212 0.000
#> SRR817686 3 0.3958 0.8900 0.000 0.024 0.816 0.160
#> SRR1429162 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR817905 2 0.4951 0.7180 0.044 0.744 0.212 0.000
#> SRR1337909 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661723 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.2466 0.6926 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR1396078 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1470902 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1413522 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073143 1 0.4382 0.6323 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1444622 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.0188 0.9676 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.4103 0.8875 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR603596 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.3610 0.9261 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR615467 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.0336 0.7083 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1360383 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 2 0.0336 0.9666 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1477634 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1444876 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 2 0.5024 0.3764 0.360 0.632 0.008 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 4 0.4163 0.6535 0.188 0.000 0.020 0.792
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 1 0.4399 0.8091 0.768 0.020 0.212 0.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.4193 0.8713 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1440517 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 2 0.0336 0.9666 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385080 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 4 0.3610 0.6576 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.3688 0.9310 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1079281 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1328599 2 0.0336 0.9666 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR655218 2 0.0336 0.9666 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1416754 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488562 1 0.3764 0.6403 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.4985 0.1241 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR597927 1 0.4049 0.8163 0.780 0.008 0.212 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1432343 4 0.0592 0.9542 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1459585 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR612443 2 0.3900 0.7994 0.020 0.816 0.164 0.000
#> SRR1473936 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1455698 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.5092 0.6394 0.096 0.000 0.140 0.764
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615934 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.5359 0.6203 0.676 0.288 0.036 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.3219 0.7210 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1333587 3 0.4996 0.4079 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1480479 4 0.1389 0.9212 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1470175 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598768 4 0.0336 0.9627 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR820133 2 0.0188 0.9696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1348424 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1382956 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 1 0.3726 0.8206 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR662546 1 0.5593 0.7613 0.708 0.080 0.212 0.000
#> SRR1319816 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467294 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1488672 1 0.1792 0.8806 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1343197 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1498861 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR602622 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.3688 0.9310 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 4 0.0188 0.9680 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1313932 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR603397 3 0.3726 0.9330 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1099023 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608174 1 0.4501 0.8065 0.764 0.024 0.212 0.000
#> SRR1320963 4 0.4193 0.5400 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR661973 2 0.0336 0.9666 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 4 0.0336 0.9627 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR602927 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9724 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9218 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 4 0.0000 0.9725 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.3074 0.7152 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0290 0.9368 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.5411 0.2649 0.552 0.000 0.044 0.008 0.396
#> SRR1077405 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1313951 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1339218 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1417505 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 5 0.0290 0.9639 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 5 0.0290 0.9639 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1498482 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.4642 0.5030 0.000 0.000 0.032 0.660 0.308
#> SRR1352706 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 2 0.2616 0.8815 0.036 0.888 0.000 0.076 0.000
#> SRR1388979 5 0.1281 0.9469 0.000 0.000 0.032 0.012 0.956
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.6713 0.0554 0.432 0.000 0.376 0.008 0.184
#> SRR1440699 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1389059 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1348861 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1468403 5 0.3534 0.6209 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1417070 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0794 0.8615 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1315761 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1392637 5 0.3732 0.7473 0.000 0.000 0.032 0.176 0.792
#> SRR810957 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 5 0.4808 0.3930 0.000 0.000 0.032 0.348 0.620
#> SRR1397008 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 5 0.5384 0.3048 0.384 0.000 0.044 0.008 0.564
#> SRR1429957 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR659121 4 0.4982 0.2994 0.000 0.000 0.032 0.556 0.412
#> SRR1330656 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 5 0.5479 0.1103 0.444 0.000 0.044 0.008 0.504
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.0794 0.9549 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR661325 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1439807 1 0.0290 0.9372 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1394713 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1500405 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.2511 0.8503 0.892 0.000 0.028 0.080 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 3 0.1281 0.9253 0.000 0.000 0.956 0.012 0.032
#> SRR655649 4 0.0290 0.8792 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1437306 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR657731 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR661005 3 0.1121 0.8863 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR600608 1 0.5427 0.2409 0.544 0.000 0.044 0.008 0.404
#> SRR655923 3 0.1121 0.8863 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1334717 2 0.1956 0.9068 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 2 0.1956 0.9068 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR612455 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR660498 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 5 0.1041 0.9510 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR657325 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR657348 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.3700 0.6261 0.240 0.000 0.752 0.000 0.008
#> SRR1361567 1 0.3446 0.7642 0.844 0.000 0.044 0.008 0.104
#> SRR819134 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0290 0.9372 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR665563 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1487321 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1312428 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR657587 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1337412 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 5 0.1168 0.9488 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1466993 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.2966 0.7311 0.816 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR627299 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR817758 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821019 2 0.0404 0.9642 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1330675 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 2 0.0404 0.9642 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1350456 1 0.1408 0.9009 0.948 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR1472079 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1403958 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1421093 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 2 0.4637 0.2279 0.012 0.536 0.000 0.452 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0510 0.8774 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1434138 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 5 0.1168 0.9488 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.3687 0.6558 0.000 0.000 0.028 0.792 0.180
#> SRR1085495 2 0.4262 0.2078 0.440 0.560 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1500868 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1476279 4 0.4848 0.2992 0.000 0.000 0.024 0.556 0.420
#> SRR627429 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.4287 0.2160 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1319837 1 0.0162 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1491311 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1487295 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.1372 0.8921 0.000 0.016 0.956 0.024 0.004
#> SRR1440058 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0290 0.9377 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR607337 1 0.5464 0.1637 0.520 0.000 0.044 0.008 0.428
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.2561 0.8104 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1387989 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 3 0.3210 0.7045 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1441701 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 2 0.1956 0.9068 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR614083 3 0.1251 0.8970 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1310623 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 5 0.0794 0.9549 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR664842 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR662342 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR665502 3 0.1908 0.8809 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR657891 5 0.5479 0.1103 0.444 0.000 0.044 0.008 0.504
#> SRR1421305 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 5 0.0162 0.9655 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1401276 1 0.0162 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1475675 3 0.2280 0.8440 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR661995 2 0.1956 0.9068 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR1471922 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 2 0.0404 0.9642 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR664048 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 3 0.3003 0.7440 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1472150 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0703 0.8644 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1321462 5 0.1041 0.9510 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR1387264 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600385 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430248 3 0.1281 0.9239 0.000 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR1352975 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1457221 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR655111 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1336006 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1435020 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR812012 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1468974 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1329551 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR662871 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.1671 0.8730 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR614443 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1314958 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1341702 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1444678 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 5 0.0798 0.9559 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.5591 0.1809 0.528 0.396 0.000 0.076 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 5 0.1168 0.9488 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.1121 0.8863 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR817686 3 0.1205 0.9333 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1429162 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR817905 4 0.0324 0.8838 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1337909 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR661723 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.1369 0.8978 0.000 0.008 0.956 0.028 0.008
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1396078 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1470902 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1362777 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1413522 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073143 2 0.4304 0.0539 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 5 0.4377 0.6898 0.192 0.000 0.044 0.008 0.756
#> SRR1323043 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.3305 0.6840 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR603596 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR615467 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 3 0.4278 0.2454 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1360383 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 2 0.1831 0.9103 0.004 0.920 0.000 0.076 0.000
#> SRR1336379 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1477634 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1444876 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 2 0.1956 0.9068 0.008 0.916 0.000 0.076 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 4 0.5151 0.3304 0.000 0.000 0.044 0.560 0.396
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 5 0.0162 0.9655 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455060 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 5 0.1168 0.9488 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1087031 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1489177 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.2891 0.7626 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1440517 1 0.0404 0.9355 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 2 0.1671 0.9136 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1385080 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1316921 1 0.0162 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0963 0.9128 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 5 0.4443 0.6770 0.200 0.000 0.044 0.008 0.748
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1079281 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1328599 2 0.1410 0.9273 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR655218 2 0.1671 0.9136 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1416754 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1488562 1 0.4484 0.6216 0.752 0.000 0.044 0.012 0.192
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1415095 5 0.1408 0.9403 0.000 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.5175 0.4105 0.628 0.000 0.044 0.008 0.320
#> SRR597927 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1476676 1 0.0693 0.9294 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR663261 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1432343 4 0.5014 0.2447 0.000 0.000 0.032 0.536 0.432
#> SRR1459585 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR612443 2 0.3074 0.7741 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1473936 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1455698 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659187 4 0.2570 0.7741 0.000 0.000 0.028 0.888 0.084
#> SRR1417912 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0693 0.9294 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR615934 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 5 0.1168 0.9488 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657754 2 0.2136 0.8954 0.008 0.904 0.000 0.088 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 5 0.0162 0.9655 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444460 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 3 0.4821 0.0856 0.000 0.000 0.516 0.020 0.464
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1480479 4 0.5850 0.4277 0.000 0.000 0.120 0.564 0.316
#> SRR1470175 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 5 0.4443 0.6770 0.200 0.000 0.044 0.008 0.748
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR820133 2 0.1197 0.9370 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1348424 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1382956 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR662546 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 5 0.1168 0.9488 0.000 0.000 0.032 0.008 0.960
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1467294 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1488672 1 0.0963 0.9091 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0693 0.9294 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1498861 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR602622 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.1410 0.9092 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1313932 5 0.3805 0.7393 0.000 0.000 0.032 0.184 0.784
#> SRR603397 3 0.1121 0.9371 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1099023 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 5 0.0000 0.9670 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR608174 4 0.0290 0.8881 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1320963 1 0.5472 0.1360 0.512 0.000 0.044 0.008 0.436
#> SRR661973 2 0.1671 0.9136 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 5 0.4443 0.6770 0.200 0.000 0.044 0.008 0.748
#> SRR602927 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9726 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 5 0.0880 0.9529 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1085850 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 5 0.1204 0.91349 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1467813 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 6 0.1387 0.78697 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1077405 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 5 0.1141 0.91770 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1313951 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.1387 0.88061 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1402239 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.5241 0.25894 0.000 0.000 0.000 0.568 0.312 0.120
#> SRR1352706 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.5700 -0.01275 0.436 0.404 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1388979 5 0.3728 0.41541 0.000 0.000 0.000 0.004 0.652 0.344
#> SRR1396595 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1340508 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.1858 0.77360 0.092 0.000 0.004 0.000 0.000 0.904
#> SRR1440699 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348861 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.2527 0.68131 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1315761 5 0.0260 0.96129 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392637 5 0.3806 0.69152 0.000 0.000 0.000 0.164 0.768 0.068
#> SRR810957 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470212 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR598124 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615141 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR601122 5 0.5120 0.36692 0.000 0.000 0.000 0.280 0.600 0.120
#> SRR1397008 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358561 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 6 0.1387 0.78697 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1429957 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1467590 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 6 0.1444 0.80036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR659121 6 0.5912 0.12719 0.000 0.000 0.000 0.376 0.208 0.416
#> SRR1330656 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 6 0.0000 0.78853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661325 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.3634 0.53423 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1352129 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 5 0.1327 0.90496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1394713 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500405 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.5560 0.00492 0.444 0.000 0.000 0.136 0.000 0.420
#> SRR1444559 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660007 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655649 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 6 0.1387 0.80103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR657731 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661005 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600608 6 0.1387 0.78697 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR655923 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 2 0.5667 0.22895 0.368 0.472 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1072797 2 0.5453 0.40767 0.284 0.556 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR612455 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 6 0.1444 0.80036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR660498 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 5 0.2048 0.83952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR657325 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 6 0.1501 0.79893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR657348 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 3 0.3509 0.72767 0.112 0.000 0.804 0.000 0.000 0.084
#> SRR1361567 6 0.0000 0.78853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819134 1 0.1007 0.92174 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1311400 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR817775 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661433 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319539 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.3607 0.55042 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR665563 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487321 6 0.1501 0.79893 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1312428 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657587 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474466 5 0.2762 0.73207 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1466993 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1358102 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1455171 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817758 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821019 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604074 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 6 0.0000 0.78853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472079 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421093 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661133 4 0.5264 0.23796 0.376 0.104 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1415732 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 5 0.2996 0.66676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1454803 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1468381 4 0.1957 0.74506 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1447986 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 5 0.2092 0.83457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1400375 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.4780 0.40581 0.000 0.000 0.000 0.660 0.228 0.112
#> SRR1085495 1 0.3620 0.41408 0.648 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.3620 0.52104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1500868 6 0.3706 0.48072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1476279 4 0.4808 0.08376 0.000 0.000 0.000 0.480 0.468 0.052
#> SRR627429 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 4 0.3979 0.09462 0.456 0.000 0.000 0.540 0.000 0.004
#> SRR1335377 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1357189 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0632 0.90990 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1389979 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0937 0.89894 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR607337 6 0.1387 0.78697 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1434803 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 3 0.2697 0.67348 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387989 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 3 0.3023 0.59535 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1441701 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.1765 0.85600 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR664819 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 2 0.5078 0.53434 0.208 0.632 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR614083 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310623 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1343115 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1418127 6 0.2697 0.70752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1402900 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.2178 0.76095 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR664842 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665502 3 0.0363 0.94459 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR657891 6 0.1387 0.78697 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1421305 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335707 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0632 0.90990 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR627421 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 6 0.3695 0.48990 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1475675 3 0.2823 0.64602 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR661995 2 0.5609 0.31734 0.336 0.504 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821602 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR810571 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664048 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320916 3 0.2793 0.65318 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1472150 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 5 0.2883 0.69724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1317344 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.2664 0.66561 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1324371 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1474333 6 0.3717 0.47104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1321462 5 0.2048 0.83952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1387264 1 0.1910 0.84431 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1468141 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR608002 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.1863 0.84856 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR600385 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430248 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457221 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655111 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613114 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315269 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1315019 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 6 0.2823 0.69034 0.000 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR812012 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1370619 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468974 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 3 0.0458 0.93938 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329551 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR600560 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.2454 0.77162 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 6 0.3756 0.43001 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1341702 5 0.2941 0.68153 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1444678 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 6 0.2730 0.69624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1467364 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.2981 0.75215 0.820 0.020 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR660626 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1312103 5 0.2092 0.83457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1429891 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1488651 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR612380 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 6 0.1957 0.77671 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR661723 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1489155 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443612 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470902 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413522 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.3563 0.45361 0.664 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 6 0.0146 0.79011 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1323043 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1475022 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 3 0.3175 0.54952 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615467 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660638 4 0.3862 -0.00120 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1360383 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354577 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 2 0.3825 0.72555 0.072 0.768 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1336379 5 0.0146 0.96496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1325665 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 2 0.5655 0.25270 0.360 0.480 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324431 6 0.2378 0.68349 0.000 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1442356 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0146 0.92065 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655684 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1397073 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 5 0.2730 0.73774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1087031 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350525 5 0.3810 0.25673 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1440517 1 0.3804 0.28224 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1320093 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR602516 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 2 0.3772 0.73002 0.068 0.772 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1082262 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1379238 6 0.2219 0.73538 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1385080 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0632 0.90990 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.2454 0.77162 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR814989 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 6 0.1387 0.78697 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1474553 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656493 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328599 2 0.2454 0.79739 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR655218 2 0.3772 0.73002 0.068 0.772 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1416754 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488562 6 0.1501 0.78339 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1084842 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 6 0.1387 0.80103 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1499982 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 6 0.0260 0.78512 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR597927 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1333694 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476676 6 0.0790 0.79235 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR663261 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 4 0.5439 0.12590 0.000 0.000 0.000 0.472 0.408 0.120
#> SRR1459585 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612443 2 0.4566 0.54918 0.068 0.652 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1473936 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455698 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR659187 4 0.3539 0.60464 0.000 0.000 0.000 0.756 0.024 0.220
#> SRR1417912 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1316940 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 6 0.2135 0.74373 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR615934 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 5 0.2092 0.83457 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1469904 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1311794 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR657754 2 0.5665 0.30980 0.328 0.500 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1443895 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.3371 0.65354 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1333587 5 0.6772 0.11115 0.024 0.000 0.284 0.048 0.504 0.140
#> SRR1307770 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 4 0.5893 0.16500 0.000 0.000 0.040 0.480 0.396 0.084
#> SRR1470175 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 6 0.0000 0.78853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335400 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1418923 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 2 0.2260 0.82001 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 5 0.2730 0.73774 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1408208 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 5 0.3023 0.65923 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1467294 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335688 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1343197 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 6 0.2092 0.74767 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1334564 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR660661 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498861 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602622 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.92210 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 5 0.5536 0.13964 0.000 0.000 0.000 0.164 0.536 0.300
#> SRR603397 3 0.0000 0.95967 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656564 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.85307 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 6 0.0000 0.78853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661973 2 0.3772 0.73002 0.068 0.772 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 6 0.0000 0.78853 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602927 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1315799 2 0.0000 0.95465 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.1387 0.92047 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1475909 5 0.0000 0.96859 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.998 0.2832 0.720 0.720
#> 3 3 1.000 0.974 0.990 1.1145 0.669 0.544
#> 4 4 0.769 0.855 0.886 0.1892 0.743 0.454
#> 5 5 0.826 0.805 0.906 0.0790 0.913 0.717
#> 6 6 0.807 0.799 0.882 0.0641 0.879 0.556
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1072797 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819946 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR665563 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.9635 0.369 0.612 0.388
#> SRR604026 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662342 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR665502 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1414684 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469495 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817686 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR655218 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR1416754 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333694 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1319816 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR660661 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR615731 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.7453 0.731 0.788 0.212
#> SRR598533 1 0.8608 0.605 0.716 0.284
#> SRR613270 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077405 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.6140 3.15e-01 0.596 0.000 0.404
#> SRR1457418 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498482 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352706 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440699 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348861 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417070 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470212 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433971 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR615141 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR601122 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397008 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330656 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388305 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 1 0.3879 8.14e-01 0.848 0.000 0.152
#> SRR1311086 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR661325 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394713 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403875 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436444 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500405 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354446 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444559 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR660007 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657731 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR655923 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082759 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR818210 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR608598 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR661433 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319539 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343841 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474466 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455171 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR817758 1 0.6154 3.03e-01 0.592 0.000 0.408
#> SRR821019 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330675 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR820209 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500537 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 1 0.3038 8.73e-01 0.896 0.000 0.104
#> SRR1403958 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.0424 9.81e-01 0.992 0.000 0.008
#> SRR1421093 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 1 0.3879 8.14e-01 0.848 0.000 0.152
#> SRR1466357 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375635 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434250 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434138 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 3 0.0237 9.76e-01 0.004 0.000 0.996
#> SRR1400375 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355040 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR627429 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.0424 9.81e-01 0.992 0.000 0.008
#> SRR1487295 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 1 0.0424 9.81e-01 0.992 0.000 0.008
#> SRR1387989 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383018 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441701 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR614083 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420625 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 1 0.1031 9.64e-01 0.976 0.000 0.024
#> SRR1399028 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR662342 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR665502 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335707 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401276 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR821602 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR664048 3 0.4555 7.17e-01 0.200 0.000 0.800
#> SRR1500998 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320916 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329090 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.6309 8.04e-06 0.504 0.000 0.496
#> SRR1321462 3 0.5327 6.12e-01 0.272 0.000 0.728
#> SRR1387264 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486097 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR604050 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457221 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR660895 3 0.0592 9.66e-01 0.012 0.000 0.988
#> SRR655111 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336006 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315269 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435020 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370173 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 3 0.6095 3.65e-01 0.392 0.000 0.608
#> SRR1329551 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487107 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR614443 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444678 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350107 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 3 0.4702 7.00e-01 0.212 0.000 0.788
#> SRR1429891 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR817686 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429162 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR661723 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443612 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362777 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR662570 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080927 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR615467 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR660638 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360383 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 3 0.4842 6.82e-01 0.224 0.000 0.776
#> SRR1320873 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.5138 6.59e-01 0.748 0.000 0.252
#> SRR1101421 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 1 0.6154 3.04e-01 0.592 0.000 0.408
#> SRR1324431 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455060 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385080 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR818418 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 3 0.1411 9.37e-01 0.036 0.000 0.964
#> SRR1328599 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488562 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 3 0.2878 8.60e-01 0.096 0.000 0.904
#> SRR1468514 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445328 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.5621 5.57e-01 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476676 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459585 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.4178 7.88e-01 0.828 0.000 0.172
#> SRR1455698 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444460 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470175 2 0.0747 9.80e-01 0.016 0.984 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR821434 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319816 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408208 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359649 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370129 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.4887 6.77e-01 0.228 0.000 0.772
#> SRR1498861 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR603397 3 0.5138 6.41e-01 0.252 0.000 0.748
#> SRR1099023 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334741 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 3 0.0000 9.80e-01 0.000 0.000 1.000
#> SRR608174 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR598533 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 1.00e+00 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.0000 9.89e-01 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3219 0.84706 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1333930 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.4830 0.53579 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1077405 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313951 4 0.4585 0.64557 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1339218 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417505 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407134 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498482 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 1 0.3751 0.73570 0.800 0.196 0.000 0.004
#> SRR1335254 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1352706 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0592 0.83546 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1396595 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1440699 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1389059 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1348861 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1468403 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1417070 3 0.4585 0.67820 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1390601 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1315761 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392637 4 0.0188 0.83495 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR810957 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1470212 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1433971 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.4585 0.67820 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR615141 4 0.2647 0.71950 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR601122 4 0.0921 0.83525 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1397008 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1358561 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1429957 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1452292 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.2469 0.82927 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR659121 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1330656 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1406917 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.1867 0.77433 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR661325 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.4996 -0.19575 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1352129 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394713 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1436444 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500405 3 0.3688 0.82727 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1354446 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.4977 0.36759 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1444559 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.4989 0.37134 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR660007 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR655649 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.2408 0.82972 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR657731 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661005 4 0.4072 0.75617 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR600608 4 0.4955 0.41003 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR655923 4 0.4382 0.70020 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR1334717 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 4 0.3649 0.59255 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR818210 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387178 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR660498 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR657348 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662091 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608598 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.3942 0.77366 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1361567 4 0.4898 0.48159 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR819134 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR661433 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1319539 3 0.3764 0.82186 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1343841 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665563 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487321 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1312428 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337412 4 0.4624 0.27562 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1474466 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.4817 0.54525 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1455171 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR817758 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821019 1 0.3219 0.74764 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1330675 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR604074 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1322291 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 4 0.4916 0.46218 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1472079 4 0.0188 0.83205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1500537 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403958 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1322270 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.4907 0.06242 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1334847 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421093 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661133 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.4933 0.47750 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1434250 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1454803 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.4356 0.70620 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1447986 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.3688 0.79817 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1434138 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456950 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1085495 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1500868 4 0.3219 0.81452 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR1476279 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR627429 2 0.4855 0.35582 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.2345 0.87413 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1440986 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.4790 0.56107 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1319837 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 4 0.1389 0.83445 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1487295 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.3801 0.78932 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1440058 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 4 0.4843 0.52747 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1434803 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1465132 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387989 3 0.3688 0.82731 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1383018 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1441701 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1310623 3 0.2011 0.88214 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1420625 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.4730 0.59172 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1359367 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1402900 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR664842 1 0.4713 0.29082 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR662342 4 0.4643 0.25943 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR665502 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR657891 4 0.4277 0.72446 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1421305 4 0.4679 0.25895 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1335707 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1401276 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311575 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1475675 4 0.1940 0.77029 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR661995 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.4843 0.52762 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1077687 1 0.3837 0.63959 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR821602 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810571 1 0.3311 0.73484 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR664048 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500998 4 0.2011 0.76595 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1320916 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1472150 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 4 0.3123 0.81714 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR1317344 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1324371 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321462 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1486097 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 4 0.4193 0.46449 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR604050 1 0.4999 -0.22368 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR600385 4 0.0707 0.83552 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1430248 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1352975 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457221 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660895 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655111 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1336006 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613114 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 3 0.4585 0.67820 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1315269 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1370173 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1405485 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR812012 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.4888 0.49243 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1432123 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1099499 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468974 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329551 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1487107 4 0.4454 0.68329 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1348159 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614443 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314958 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341702 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1444678 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1350107 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.3649 0.79977 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1467364 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.4072 0.75616 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR660933 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817686 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1429162 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817905 4 0.4585 0.64557 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1337909 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR661723 3 0.1389 0.89418 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1314163 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 4 0.3764 0.79298 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1472193 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0188 0.90976 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR820468 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 4 0.0188 0.83205 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443612 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470902 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362777 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413522 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 4 0.3873 0.54902 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR662570 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1323043 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.1302 0.83468 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR603596 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR615467 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR660638 1 0.1557 0.90002 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1360383 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354577 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.3942 0.61629 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1477634 1 0.1637 0.89485 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1444876 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324431 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1442356 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1455060 2 0.4790 0.40429 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489177 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350525 4 0.4941 -0.04294 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1440517 1 0.2469 0.83409 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1320093 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1385080 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818418 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1474553 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1079281 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656493 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328599 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1488562 4 0.4843 0.52673 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1084842 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415095 4 0.1716 0.83341 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1499982 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR597927 1 0.0592 0.94362 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1479239 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.4941 -0.00122 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR663261 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432343 4 0.0336 0.83512 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1459585 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR612443 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473936 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455698 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.1867 0.88141 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR659187 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1417912 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.3688 0.67245 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR615934 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 4 0.4679 0.61286 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR657754 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1444460 4 0.3801 0.78944 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1333587 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1307770 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366433 4 0.4961 0.40199 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1480479 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1470175 1 0.4164 0.56447 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR598768 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1335400 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.4040 0.76029 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR820133 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382956 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 4 0.2149 0.75821 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR821434 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR662546 1 0.4250 0.52804 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1319816 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435293 3 0.3801 0.81832 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1408208 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1467294 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335688 4 0.4697 0.24630 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1370129 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1321966 4 0.0707 0.83552 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1488672 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.4585 0.37828 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1334564 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.3726 0.82537 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1459718 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR602622 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487685 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1455925 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313932 4 0.2081 0.83204 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR603397 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099023 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.0000 0.91109 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656564 4 0.0000 0.83473 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608174 4 0.4585 0.64557 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1320963 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR661973 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 4 0.3726 0.79652 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR602927 1 0.0000 0.95973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.98833 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.4843 0.52805 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1475909 4 0.0592 0.83548 0.016 0.000 0.000 0.984
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.3796 0.5505 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1333930 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.1341 0.7907 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.3210 0.6019 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662725 4 0.1544 0.7877 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1313951 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.2561 0.8114 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1417505 4 0.2127 0.7738 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1407134 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1498482 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1439873 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1402239 1 0.3814 0.5703 0.720 0.276 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335254 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388979 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1389059 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348861 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072367 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1468403 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417070 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1392637 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0290 0.8222 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470212 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR601122 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1397008 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358561 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429957 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1452292 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.1792 0.7807 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR659121 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1330656 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1388305 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0703 0.9158 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1439807 4 0.3395 0.5624 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.3561 0.6985 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR1394713 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1500405 3 0.0510 0.8175 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354446 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 4 0.3274 0.5892 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660007 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437306 4 0.3305 0.7162 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR657731 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR661005 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR600608 4 0.3586 0.5100 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR655923 4 0.0162 0.8010 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1082759 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.2929 0.7776 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612455 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.4302 0.4221 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1387178 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR657348 1 0.4114 0.5265 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR662091 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR608598 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR663320 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361567 4 0.3366 0.5693 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR819134 1 0.2852 0.7854 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR661433 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319539 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343841 1 0.3913 0.6116 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR665563 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1487321 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312428 4 0.3109 0.7334 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR657587 1 0.4114 0.5265 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1337412 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474466 4 0.4101 0.6159 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1466993 1 0.1197 0.8980 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1358102 4 0.1121 0.7767 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1455171 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR817758 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR821019 4 0.4307 -0.1602 0.500 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR1330675 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.3999 0.1410 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR604074 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR820209 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350456 4 0.3395 0.5624 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1472079 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.4030 0.6328 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR1403958 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.3684 0.4803 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1334847 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1421093 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085782 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1375635 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR661133 1 0.0510 0.9233 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.1478 0.7887 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1434138 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1456950 4 0.3983 0.6414 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500868 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1476279 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR627429 2 0.4306 0.0771 0.492 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR660969 1 0.3796 0.6436 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1440986 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.1043 0.7795 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1319837 1 0.3305 0.7311 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1491311 4 0.2732 0.7525 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1487295 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.3707 0.6632 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 4 0.3242 0.5958 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1387989 3 0.2179 0.7456 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1383018 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441701 3 0.4161 0.4124 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1368772 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614083 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1420625 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 4 0.0162 0.8010 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.3774 0.6745 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.3796 0.6722 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR664842 4 0.2966 0.6459 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR662342 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665502 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657891 4 0.1908 0.7370 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR1421305 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335707 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401276 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR627421 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311575 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475675 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471922 4 0.1121 0.7767 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1077687 1 0.4297 0.2947 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR821602 3 0.3774 0.5552 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR608718 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.1478 0.8851 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR810571 4 0.4304 -0.1105 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR664048 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1500998 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320916 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472150 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1329090 4 0.0703 0.7992 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474333 4 0.3816 0.6671 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1321462 4 0.4088 0.6193 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1387264 1 0.2280 0.8362 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1468141 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486097 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR604050 4 0.3395 0.5624 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR600385 4 0.3895 0.6568 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1430248 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457221 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR660895 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR655111 4 0.0510 0.8010 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1336006 3 0.4171 -0.0615 0.000 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR613114 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315269 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1435020 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337564 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315019 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370173 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405485 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.2020 0.8537 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1469495 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378841 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 4 0.1197 0.7743 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1468974 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079168 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338584 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1329551 4 0.3210 0.7260 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1487107 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614443 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1314958 4 0.3661 0.6890 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1341702 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444678 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.3003 0.7372 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 1 0.3039 0.7647 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.4088 0.6193 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359388 1 0.3857 0.6289 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR817686 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR612380 1 0.3424 0.7114 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR817905 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661723 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1314163 1 0.3074 0.7603 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1489155 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR820468 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396078 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443612 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1470902 4 0.1965 0.7776 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1362777 3 0.4192 -0.0897 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1413522 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475022 3 0.3636 0.5850 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.3752 0.6754 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615467 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660638 1 0.4114 0.5265 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1360383 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1354577 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336379 4 0.3730 0.6803 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3730 0.4636 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1477634 1 0.4278 0.3511 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000
#> SRR1444876 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1324431 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455060 2 0.4268 0.2365 0.444 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.4101 0.6159 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1087031 1 0.0510 0.9225 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1489177 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350525 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.4126 0.5187 0.620 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0510 0.9233 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385080 3 0.3707 0.3361 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR1316921 1 0.3424 0.7132 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR818418 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079281 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR656493 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1328599 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416754 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488562 4 0.3274 0.5892 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1415095 4 0.3305 0.7162 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.4161 0.4945 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1476676 4 0.3876 0.3946 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000
#> SRR663261 4 0.1965 0.7783 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1432343 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1459585 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR612443 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473936 4 0.4101 0.6161 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1455698 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.4273 0.3619 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR659187 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316940 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.4201 0.4604 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR615934 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1411024 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444460 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333587 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1366433 4 0.1341 0.7681 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1480479 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0404 0.9231 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348424 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1382956 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821434 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662546 4 0.3636 0.4912 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1319816 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078347 4 0.4126 0.6068 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1435293 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499193 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467294 3 0.4114 0.4425 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1359649 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370129 4 0.4262 0.5078 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1321966 4 0.2329 0.7674 0.000 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 4 0.4273 -0.0347 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660661 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1498861 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317877 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329885 3 0.0162 0.8243 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459718 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR602622 4 0.2891 0.7448 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000
#> SRR1487685 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.0162 0.8030 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR603397 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1099023 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.4262 0.3069 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1334741 3 0.0000 0.8246 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR656564 4 0.4114 0.6124 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR608174 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598533 1 0.0000 0.9331 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 4 0.0000 0.8027 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9850 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.1043 0.7795 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1475909 4 0.3730 0.6783 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.2697 0.7551 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1085850 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379450 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 6 0.5287 0.6533 0.224 0.000 0.000 0.176 0.000 0.600
#> SRR1077405 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662725 4 0.1501 0.8499 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1313951 6 0.2178 0.7046 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1339218 1 0.3852 0.3935 0.612 0.000 0.000 0.004 0.000 0.384
#> SRR1417505 4 0.1267 0.8568 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1407134 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1498482 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 4 0.1663 0.8279 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1439873 6 0.3774 0.3759 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1402239 1 0.4434 0.5157 0.544 0.028 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1335254 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1352706 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.1075 0.8143 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1388979 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1396595 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1340508 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 6 0.4942 0.6881 0.156 0.000 0.000 0.192 0.000 0.652
#> SRR1440699 4 0.1204 0.8487 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1389059 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 4 0.1910 0.8195 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1348861 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 4 0.3867 -0.0848 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1468403 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 4 0.3499 0.5262 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1315761 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1392637 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR810957 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470212 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR598124 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615141 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR601122 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1397008 4 0.3515 0.5356 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1358561 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 6 0.3314 0.6558 0.012 0.000 0.000 0.224 0.000 0.764
#> SRR1429957 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1467590 3 0.3390 0.6051 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.1858 0.8424 0.000 0.000 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR659121 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1330656 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388305 6 0.3649 0.6280 0.196 0.000 0.000 0.040 0.000 0.764
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 3 0.1141 0.9103 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR661325 1 0.3050 0.6407 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1439807 6 0.3023 0.6058 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1394713 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1500405 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 6 0.2664 0.7124 0.016 0.000 0.000 0.136 0.000 0.848
#> SRR1444559 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660007 6 0.3390 0.5887 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR655649 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1437306 4 0.0935 0.8659 0.000 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR657731 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR661005 6 0.2941 0.6624 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR600608 6 0.4343 0.5585 0.380 0.000 0.000 0.028 0.000 0.592
#> SRR655923 6 0.2941 0.6624 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1334717 1 0.1075 0.8143 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082759 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 6 0.3151 0.5884 0.252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1072797 1 0.0260 0.8362 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR612455 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 4 0.1141 0.8510 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1387178 4 0.3221 0.6215 0.000 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR660498 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR657325 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.3464 0.4418 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR657348 6 0.2772 0.6443 0.180 0.000 0.000 0.004 0.000 0.816
#> SRR662091 3 0.0363 0.9567 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR608598 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608662 6 0.0405 0.6950 0.008 0.000 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1361567 6 0.3023 0.6058 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR819134 6 0.3371 0.5434 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1311400 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR817775 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661433 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319539 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343841 6 0.3101 0.5957 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR665563 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1487321 4 0.3330 0.6687 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1312428 4 0.0790 0.8653 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR657587 6 0.2320 0.6720 0.132 0.000 0.000 0.004 0.000 0.864
#> SRR1337412 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474466 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1466993 6 0.3266 0.5663 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1358102 6 0.0260 0.6940 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1455171 4 0.1141 0.8510 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 6 0.3515 0.5564 0.000 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR817758 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR821019 6 0.2651 0.6758 0.112 0.000 0.000 0.028 0.000 0.860
#> SRR1330675 4 0.0891 0.8658 0.000 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.1556 0.8349 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR604074 6 0.2941 0.6624 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR820209 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1350456 6 0.3023 0.6058 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1472079 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 4 0.2793 0.6777 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1403958 6 0.2697 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 6 0.2883 0.6215 0.212 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1334847 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1421093 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 4 0.1285 0.8430 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1466357 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375635 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR661133 6 0.3515 0.4791 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1357523 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1415732 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.3288 0.6796 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1454803 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1468381 6 0.3269 0.6830 0.024 0.000 0.000 0.184 0.000 0.792
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 4 0.2969 0.6429 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1434138 4 0.0790 0.8634 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1456950 4 0.0935 0.8659 0.000 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.1501 0.9011 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1355040 1 0.0260 0.8375 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1409351 4 0.2454 0.7933 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1085495 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604026 6 0.3126 0.5638 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1500868 4 0.1501 0.8506 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1476279 4 0.3684 0.4978 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR627429 1 0.4723 0.5521 0.664 0.104 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR660969 6 0.3817 0.4579 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440986 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1357189 6 0.0260 0.6964 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1319837 6 0.3371 0.5434 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1491311 4 0.2969 0.6429 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1487295 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 6 0.2730 0.6835 0.000 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1440058 6 0.3244 0.5738 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1389979 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607337 6 0.5173 0.6551 0.224 0.000 0.000 0.160 0.000 0.616
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.0000 0.8659 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1387989 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383018 4 0.0363 0.8664 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1441701 3 0.2491 0.8066 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR614083 6 0.2912 0.6646 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1310623 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420625 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 6 0.2664 0.6736 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1267 0.8568 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1418992 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 4 0.0000 0.8659 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1418127 4 0.2912 0.7494 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1402900 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 6 0.3765 0.3926 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR664842 6 0.3376 0.6948 0.092 0.000 0.000 0.092 0.000 0.816
#> SRR662342 3 0.2793 0.7380 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000 0.000
#> SRR665502 6 0.3023 0.6551 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR657891 6 0.5039 0.6771 0.176 0.000 0.000 0.184 0.000 0.640
#> SRR1421305 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335707 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.1267 0.7973 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR627421 6 0.2178 0.6119 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1311575 4 0.3531 0.6070 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1475675 3 0.1387 0.9038 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR661995 1 0.1075 0.8143 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1471922 6 0.0146 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077687 6 0.0000 0.6938 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR821602 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 6 0.3221 0.5757 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR810571 6 0.2537 0.6834 0.096 0.000 0.000 0.032 0.000 0.872
#> SRR664048 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1500998 3 0.0458 0.9495 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1320916 6 0.2969 0.6589 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1472150 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329090 4 0.0713 0.8657 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317344 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817978 4 0.3828 0.1699 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1324371 6 0.3607 0.4476 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1474333 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1321462 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1387264 6 0.3864 0.4034 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1468141 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR608002 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604050 6 0.3500 0.6434 0.204 0.000 0.000 0.028 0.000 0.768
#> SRR600385 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1430248 6 0.2912 0.6646 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1352975 4 0.3175 0.6408 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1457221 4 0.3659 0.4388 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.0790 0.9404 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR660895 4 0.1141 0.8510 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR655111 6 0.3843 0.2825 0.000 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1336006 4 0.2260 0.7809 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR613114 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608368 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315269 4 0.0790 0.8634 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1435020 6 0.3684 0.4007 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1337564 6 0.3684 0.4007 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1315019 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370173 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405485 4 0.3464 0.6280 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR812012 1 0.2527 0.7652 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1370619 1 0.3515 0.5214 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1469495 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 6 0.2597 0.6799 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1432123 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 6 0.2697 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1099499 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.0858 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1468974 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1329551 4 0.0146 0.8656 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662871 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR600560 1 0.3198 0.6164 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487107 6 0.2664 0.6736 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1348159 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.3867 -0.2743 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR614443 4 0.0632 0.8626 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1314958 4 0.1349 0.8598 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000 0.056
#> SRR1341702 4 0.3817 0.3917 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1444678 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078879 6 0.3101 0.5908 0.244 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1468955 1 0.2664 0.7552 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR660626 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.2378 0.7742 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1312103 4 0.0935 0.8659 0.000 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 6 0.2912 0.6646 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR660933 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1488651 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 6 0.2805 0.6418 0.184 0.000 0.000 0.004 0.000 0.812
#> SRR817686 6 0.3050 0.6479 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1429162 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR612380 6 0.2871 0.6361 0.192 0.000 0.000 0.004 0.000 0.804
#> SRR817905 6 0.2697 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1337909 4 0.3464 0.6280 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR661723 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1314163 6 0.3244 0.5741 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1489155 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 6 0.2883 0.6679 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1396078 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443612 4 0.0363 0.8654 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1470902 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1362777 3 0.3446 0.5590 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> SRR1413522 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444622 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 6 0.3823 0.2916 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1323043 6 0.3607 0.4455 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1475022 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 4 0.3789 0.3298 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR615467 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660638 6 0.3450 0.6330 0.188 0.000 0.000 0.032 0.000 0.780
#> SRR1360383 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1354577 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.1075 0.8143 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1336379 4 0.0865 0.8645 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 6 0.0146 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1477634 6 0.0146 0.6947 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1444876 4 0.0777 0.8667 0.000 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1101421 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613354 6 0.3747 0.4184 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1324431 6 0.3804 0.3414 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.3684 0.0558 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR655684 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1397073 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.3838 0.1307 0.448 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.0790 0.8634 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.3860 0.4670 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1489177 4 0.3244 0.6278 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1350525 3 0.0713 0.9391 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440517 6 0.3727 0.5400 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1320093 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR602516 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1320280 6 0.3634 0.4351 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1082262 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1379238 6 0.3023 0.5733 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1385080 4 0.2793 0.7273 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1316921 6 0.3390 0.5403 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0260 0.8361 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498272 1 0.2664 0.7552 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR814989 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.2823 0.7530 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR818418 6 0.2697 0.6721 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1474553 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 6 0.3817 0.3385 0.000 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1079281 4 0.0790 0.8634 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR656493 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1328599 6 0.3531 0.4731 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR655218 1 0.2912 0.6625 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1416754 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488562 6 0.5367 0.6514 0.224 0.000 0.000 0.188 0.000 0.588
#> SRR1084842 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 4 0.1141 0.8510 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.3198 0.6164 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.0790 0.8634 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1415095 4 0.0935 0.8659 0.000 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 6 0.3081 0.6173 0.220 0.000 0.000 0.004 0.000 0.776
#> SRR597927 6 0.2772 0.6443 0.180 0.000 0.000 0.004 0.000 0.816
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1333694 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1476676 6 0.3023 0.6058 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR663261 4 0.2969 0.6429 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1432343 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1459585 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 4 0.3774 0.2220 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR612443 6 0.3531 0.4731 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1473936 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1455698 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 6 0.3023 0.6058 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR659187 6 0.3672 0.3489 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1417912 6 0.3684 0.4007 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1316940 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657635 6 0.3175 0.5863 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR615934 3 0.0146 0.9621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1411024 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1469904 1 0.2416 0.7720 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1311794 6 0.3470 0.6579 0.052 0.000 0.000 0.152 0.000 0.796
#> SRR657754 1 0.1075 0.8143 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1464451 6 0.3847 0.1707 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1443895 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444460 6 0.3683 0.6253 0.048 0.000 0.000 0.184 0.000 0.768
#> SRR1333587 6 0.2697 0.6862 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1366433 6 0.2178 0.7046 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1480479 4 0.3607 0.5453 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1470175 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598768 6 0.3618 0.6184 0.040 0.000 0.000 0.192 0.000 0.768
#> SRR1335400 1 0.2697 0.7521 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1418923 6 0.2697 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR820133 1 0.3023 0.6443 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1348424 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1382956 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821434 6 0.2697 0.6707 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR662546 6 0.2738 0.6470 0.176 0.000 0.000 0.004 0.000 0.820
#> SRR1319816 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 4 0.1141 0.8510 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1435293 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 4 0.3531 0.6070 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1467294 3 0.2664 0.7804 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1359649 4 0.2912 0.6856 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1335688 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370129 4 0.1765 0.8216 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1321966 4 0.2969 0.6429 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1488672 1 0.2631 0.7580 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1343197 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 6 0.3023 0.6058 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1334564 1 0.2562 0.7629 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR660661 4 0.1007 0.8549 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1498861 6 0.2260 0.6035 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1317877 1 0.3838 -0.2208 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1329885 3 0.0000 0.9641 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615731 4 0.1910 0.8117 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR602622 4 0.1556 0.8477 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1487685 6 0.2491 0.6873 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1455925 1 0.0000 0.8397 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.2003 0.8482 0.000 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR1313932 4 0.2260 0.8064 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR603397 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1099023 5 0.0000 1.0000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.3717 0.4134 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1334741 4 0.3198 0.6361 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000 0.000
#> SRR656564 4 0.0790 0.8634 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR608174 6 0.2664 0.6736 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1320963 6 0.3739 0.6328 0.056 0.000 0.000 0.176 0.000 0.768
#> SRR661973 1 0.2854 0.6712 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR598533 1 0.3684 0.5915 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR613270 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 6 0.3618 0.6184 0.040 0.000 0.000 0.192 0.000 0.768
#> SRR602927 6 0.3620 0.4386 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1315799 2 0.0000 0.9931 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 6 0.1075 0.6897 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1475909 4 0.0146 0.8662 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.999 0.271767 0.728 0.728
#> 3 3 0.825 0.916 0.946 1.121111 0.683 0.564
#> 4 4 0.554 0.597 0.803 -0.000229 0.862 0.711
#> 5 5 0.470 0.561 0.713 0.212045 0.857 0.664
#> 6 6 0.562 0.361 0.638 0.076364 0.830 0.554
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1341898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1333930 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1077405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1331289 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075898 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498482 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1359673 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1439873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436966 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR614802 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440699 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389059 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072367 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417070 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390601 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1433971 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1358561 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498640 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1429957 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1452292 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394936 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1363992 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1311086 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR655649 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437306 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657731 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661005 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR600608 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR655923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1334717 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR612455 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR598671 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387178 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608598 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663320 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361567 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661433 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819946 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1319539 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR665563 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487321 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817758 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR821019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1330675 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR604074 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658188 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR820209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1500537 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR660103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1403958 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1421093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085782 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR597977 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1375635 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1388007 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434138 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627429 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660969 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1330546 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1491311 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1086635 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440058 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465132 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1340133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387989 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1441701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368772 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1310623 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1420625 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR816721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488836 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1399028 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662342 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR665502 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1311575 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475675 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661995 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1077687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR821602 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR810571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR664048 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1500998 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1472150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1486097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1414684 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR604050 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430248 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR807591 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR655111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336006 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR613114 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608368 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1405485 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1469495 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378841 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470111 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1079168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338584 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329551 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487107 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR614443 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.9491 0.418 0.368 0.632
#> SRR1078879 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468955 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR661255 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660933 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817686 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1429162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661723 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1314163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1472193 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR820078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR819534 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443612 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362777 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1413522 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1073143 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662570 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602808 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615467 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660638 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1354577 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608230 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101421 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1324431 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350525 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1440517 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430884 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1079281 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR656493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328599 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR655218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1416754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1468514 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1499823 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1333694 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476676 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR663261 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432343 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459585 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR602365 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR612443 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1473936 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455698 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615934 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1411024 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1366433 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470175 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1348424 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1382956 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1319816 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1078347 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1435293 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467294 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1359649 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1321966 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1488672 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR660661 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498861 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329885 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1459718 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR615731 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR602622 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487685 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455925 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1313932 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR603397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099023 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1368964 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1334741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320963 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR598533 2 0.0672 0.987 0.008 0.992
#> SRR613270 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341898 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1333930 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1379450 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467813 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077405 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 3 0.0424 0.89424 0.008 0.000 0.992
#> SRR662725 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1313951 1 0.1643 0.92000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1339218 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417505 1 0.3941 0.82819 0.844 0.000 0.156
#> SRR1407134 1 0.3752 0.83997 0.856 0.000 0.144
#> SRR1457418 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331289 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075898 1 0.2261 0.90351 0.932 0.000 0.068
#> SRR1498482 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359673 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1439873 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335254 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352706 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436966 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 1 0.2796 0.88535 0.908 0.000 0.092
#> SRR1388979 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396595 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440699 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1389059 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083100 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348861 3 0.0424 0.89424 0.008 0.000 0.992
#> SRR1072367 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1468403 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1417070 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1390601 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315761 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392637 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR810957 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1470212 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1433971 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR615141 1 0.5678 0.57515 0.684 0.000 0.316
#> SRR601122 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397008 1 0.2625 0.89225 0.916 0.000 0.084
#> SRR1358561 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1429957 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1452292 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467590 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1394936 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR659121 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330656 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1388305 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406917 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1311086 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458044 1 0.4931 0.72851 0.768 0.000 0.232
#> SRR661325 1 0.4062 0.81967 0.836 0.000 0.164
#> SRR1439807 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1394713 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1403875 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476186 3 0.3038 0.94188 0.104 0.000 0.896
#> SRR1436444 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084649 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500405 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1354446 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444559 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 1 0.2165 0.90639 0.936 0.000 0.064
#> SRR1402513 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR820379 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR660007 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR655649 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1437306 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR657731 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR661005 3 0.2878 0.95073 0.096 0.000 0.904
#> SRR600608 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR655923 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1334717 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401552 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1082759 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.3192 0.86873 0.888 0.000 0.112
#> SRR612455 3 0.3686 0.89946 0.140 0.000 0.860
#> SRR818210 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR598671 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1387178 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR660498 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0424 0.94008 0.992 0.000 0.008
#> SRR657325 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR657348 1 0.3482 0.85498 0.872 0.000 0.128
#> SRR662091 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR608598 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR663320 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0747 0.93639 0.984 0.000 0.016
#> SRR1361567 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR819134 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR817775 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR661433 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR819946 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1319539 3 0.3412 0.91896 0.124 0.000 0.876
#> SRR1343841 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR665563 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1487321 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312428 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR657587 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337412 3 0.2796 0.95459 0.092 0.000 0.908
#> SRR1474466 1 0.0747 0.93658 0.984 0.000 0.016
#> SRR1466993 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455171 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR627299 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR660733 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR817758 1 0.5178 0.68956 0.744 0.000 0.256
#> SRR821019 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1330675 1 0.3879 0.83229 0.848 0.000 0.152
#> SRR1433644 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320180 3 0.2878 0.95052 0.096 0.000 0.904
#> SRR604074 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1322291 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR658188 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR820209 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1331841 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.0892 0.93426 0.980 0.000 0.020
#> SRR1350456 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472079 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1500537 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1403958 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322270 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334847 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1421093 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1085782 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1466357 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR597977 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1375635 1 0.5291 0.66888 0.732 0.000 0.268
#> SRR661133 1 0.4002 0.82396 0.840 0.000 0.160
#> SRR1357523 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.6309 -0.00498 0.504 0.000 0.496
#> SRR1434250 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454803 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1434138 1 0.5560 0.60851 0.700 0.000 0.300
#> SRR1456950 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400375 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323764 1 0.5560 0.60853 0.700 0.000 0.300
#> SRR1355040 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.1163 0.92978 0.972 0.000 0.028
#> SRR1085495 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR604026 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500868 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476279 1 0.2537 0.89493 0.920 0.000 0.080
#> SRR627429 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR660969 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335377 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1440986 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319837 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1491311 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1487295 3 0.0424 0.89424 0.008 0.000 0.992
#> SRR1415215 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1440058 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR607337 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434803 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332275 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1465132 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1387989 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1383018 1 0.5327 0.66197 0.728 0.000 0.272
#> SRR1441701 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1368772 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.2959 0.87874 0.900 0.000 0.100
#> SRR614083 1 0.5098 0.70334 0.752 0.000 0.248
#> SRR1310623 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1420625 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.1860 0.91476 0.948 0.000 0.052
#> SRR1359367 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.1289 0.92739 0.968 0.000 0.032
#> SRR1418992 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1399028 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402900 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR664842 1 0.4002 0.82396 0.840 0.000 0.160
#> SRR662342 1 0.0592 0.93839 0.988 0.000 0.012
#> SRR665502 1 0.3482 0.85485 0.872 0.000 0.128
#> SRR657891 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1421305 1 0.4062 0.81967 0.836 0.000 0.164
#> SRR1335707 3 0.5835 0.54962 0.340 0.000 0.660
#> SRR1401276 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR627421 1 0.0747 0.93665 0.984 0.000 0.016
#> SRR1311575 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475675 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR661995 1 0.3551 0.85112 0.868 0.000 0.132
#> SRR1471922 1 0.1643 0.91993 0.956 0.000 0.044
#> SRR1077687 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR821602 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR608718 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071289 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR664048 1 0.4605 0.76952 0.796 0.000 0.204
#> SRR1500998 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1320916 1 0.3941 0.82819 0.844 0.000 0.156
#> SRR1472150 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1329090 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317344 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324371 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1321462 1 0.0892 0.93435 0.980 0.000 0.020
#> SRR1387264 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468141 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1486097 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414684 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR604050 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR600385 1 0.4121 0.81524 0.832 0.000 0.168
#> SRR1430248 1 0.6267 0.18016 0.548 0.000 0.452
#> SRR1352975 1 0.1753 0.91749 0.952 0.000 0.048
#> SRR1457221 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR807591 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345478 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR660895 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR655111 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1336006 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR613114 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR608368 3 0.6286 0.16691 0.464 0.000 0.536
#> SRR1315269 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435020 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315019 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1370173 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1405485 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR812012 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469495 3 0.0424 0.89424 0.008 0.000 0.992
#> SRR1378841 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375616 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 1 0.0424 0.94007 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432123 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.1163 0.92978 0.972 0.000 0.028
#> SRR1099499 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.1031 0.93200 0.976 0.000 0.024
#> SRR1468974 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470111 3 0.0424 0.89424 0.008 0.000 0.992
#> SRR1079168 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1338584 3 0.6267 0.21695 0.452 0.000 0.548
#> SRR1329551 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR662871 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR607935 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1487107 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1348159 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR614443 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1314958 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341702 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444678 1 0.4121 0.81524 0.832 0.000 0.168
#> SRR1350107 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.0592 0.93839 0.988 0.000 0.012
#> SRR1467364 2 0.7858 0.29618 0.064 0.572 0.364
#> SRR1078879 1 0.3879 0.83229 0.848 0.000 0.152
#> SRR1468955 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0892 0.93435 0.980 0.000 0.020
#> SRR1429891 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR661255 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR660933 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488651 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1359388 1 0.0747 0.93637 0.984 0.000 0.016
#> SRR817686 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1429162 1 0.3941 0.82819 0.844 0.000 0.156
#> SRR612380 1 0.3879 0.83229 0.848 0.000 0.152
#> SRR817905 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1337909 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR661723 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1314163 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489155 3 0.1529 0.92147 0.040 0.000 0.960
#> SRR1398992 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR607091 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1472193 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445238 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR819534 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR820468 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR659899 1 0.3482 0.85500 0.872 0.000 0.128
#> SRR1396078 1 0.5431 0.63998 0.716 0.000 0.284
#> SRR1443612 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1470902 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362777 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1413522 1 0.0592 0.93839 0.988 0.000 0.012
#> SRR1073143 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444622 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR662570 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323043 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475022 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1080927 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328919 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR603596 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR602808 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR615467 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR660638 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1360383 1 0.5968 0.46105 0.636 0.000 0.364
#> SRR1354577 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1320873 1 0.3412 0.85854 0.876 0.000 0.124
#> SRR1336379 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1325665 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444876 1 0.0592 0.93839 0.988 0.000 0.012
#> SRR1101421 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0424 0.94016 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434782 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446762 1 0.6244 0.22807 0.560 0.000 0.440
#> SRR1324431 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442356 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397073 3 0.6154 0.36347 0.408 0.000 0.592
#> SRR1455060 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.0892 0.93435 0.980 0.000 0.020
#> SRR1087031 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489177 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1350525 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1440517 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR604318 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1320280 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1385080 1 0.1411 0.92536 0.964 0.000 0.036
#> SRR1316921 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498272 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 3 0.3551 0.90935 0.132 0.000 0.868
#> SRR818418 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474553 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430884 3 0.3412 0.91923 0.124 0.000 0.876
#> SRR1079281 1 0.5591 0.60029 0.696 0.000 0.304
#> SRR656493 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1328599 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR655218 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1416754 1 0.5363 0.65441 0.724 0.000 0.276
#> SRR1488562 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084842 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR659673 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR1468514 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499823 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1445328 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085662 1 0.2066 0.90934 0.940 0.000 0.060
#> SRR1415095 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499982 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR597927 1 0.1163 0.92978 0.972 0.000 0.028
#> SRR1479239 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.1289 0.91488 0.032 0.000 0.968
#> SRR1490019 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1476676 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1432343 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459585 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR602365 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR612443 1 0.4121 0.81524 0.832 0.000 0.168
#> SRR1473936 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1455698 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417912 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.6026 0.42825 0.624 0.000 0.376
#> SRR1500753 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR615934 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1411024 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469904 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR657754 1 0.4002 0.82396 0.840 0.000 0.160
#> SRR1464451 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 3 0.2878 0.95052 0.096 0.000 0.904
#> SRR1444460 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1307770 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.6204 0.28263 0.576 0.000 0.424
#> SRR1366433 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1480479 1 0.3816 0.83609 0.852 0.000 0.148
#> SRR1470175 1 0.0592 0.93839 0.988 0.000 0.012
#> SRR598768 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335400 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR820133 1 0.5431 0.63967 0.716 0.000 0.284
#> SRR1348424 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1382956 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339549 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR821434 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR662546 1 0.3879 0.83230 0.848 0.000 0.152
#> SRR1319816 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1078347 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1435293 1 0.3879 0.83229 0.848 0.000 0.152
#> SRR1408208 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332317 3 0.0747 0.90128 0.016 0.000 0.984
#> SRR1499193 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467294 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1359649 1 0.5760 0.54818 0.672 0.000 0.328
#> SRR1335688 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1370129 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1321966 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1488672 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343197 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1498861 1 0.1643 0.92036 0.956 0.000 0.044
#> SRR1317877 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329885 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1459718 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR615731 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR602622 1 0.5327 0.66178 0.728 0.000 0.272
#> SRR1487685 1 0.4399 0.79121 0.812 0.000 0.188
#> SRR1455925 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390516 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1313932 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR603397 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1099023 3 0.0000 0.88655 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.2711 0.95856 0.088 0.000 0.912
#> SRR1334741 3 0.4750 0.79582 0.216 0.000 0.784
#> SRR656564 1 0.3038 0.87584 0.896 0.000 0.104
#> SRR608174 1 0.3482 0.85493 0.872 0.000 0.128
#> SRR1320963 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR661973 1 0.4235 0.80617 0.824 0.000 0.176
#> SRR598533 2 0.0237 0.98900 0.004 0.996 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR602927 1 0.0000 0.94078 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.99469 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432275 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475909 1 0.0237 0.94147 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 1 0.0779 0.76630 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1341898 3 0.6271 0.49828 0.452 0.000 0.492 0.056
#> SRR1333930 1 0.3626 0.67167 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1085850 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1379450 1 0.1411 0.76317 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1467813 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1077405 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1330061 4 0.5353 0.72143 0.012 0.000 0.432 0.556
#> SRR662725 1 0.0895 0.76583 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1313951 1 0.3311 0.65293 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1339218 1 0.1389 0.75574 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1417505 1 0.3356 0.64805 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1407134 1 0.3356 0.64805 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1075898 1 0.2944 0.69823 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1498482 4 0.4382 0.91442 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1359673 3 0.4643 0.58402 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1439873 1 0.0895 0.75987 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1402239 2 0.6595 0.57164 0.000 0.604 0.120 0.276
#> SRR1335254 1 0.0895 0.76583 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1352706 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1436966 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR614802 1 0.3266 0.66182 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1388979 1 0.1557 0.75336 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1396595 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1340508 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1360868 1 0.0592 0.76629 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1440699 3 0.3266 0.38535 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1389059 4 0.4382 0.91442 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1083100 1 0.1411 0.76317 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1348861 4 0.5459 0.71329 0.016 0.000 0.432 0.552
#> SRR1072367 3 0.4977 0.48951 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1468403 3 0.5119 0.52482 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1417070 3 0.5861 0.43876 0.480 0.000 0.488 0.032
#> SRR1390601 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1486560 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1315761 1 0.1174 0.76336 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1392637 1 0.1109 0.76399 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR810957 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.6332 0.49181 0.452 0.000 0.488 0.060
#> SRR1470212 1 0.6452 -0.43227 0.468 0.000 0.464 0.068
#> SRR1433971 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR598124 1 0.6271 -0.37041 0.492 0.000 0.452 0.056
#> SRR615141 1 0.5155 -0.29996 0.528 0.000 0.468 0.004
#> SRR601122 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1397008 1 0.3626 0.64793 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1358561 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1498640 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1429957 3 0.6337 0.45024 0.468 0.000 0.472 0.060
#> SRR1452292 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1467590 1 0.6003 -0.36565 0.504 0.000 0.456 0.040
#> SRR1394936 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 1 0.3172 0.66731 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR659121 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1330656 3 0.7273 0.51326 0.400 0.000 0.452 0.148
#> SRR1388305 1 0.0657 0.76614 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1406917 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.4972 0.49848 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1311086 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR655375 2 0.2593 0.88719 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1458044 1 0.6257 -0.32333 0.508 0.000 0.436 0.056
#> SRR661325 3 0.5105 0.01022 0.028 0.000 0.696 0.276
#> SRR1439807 1 0.1406 0.76363 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1352129 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 1 0.1297 0.76454 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1394713 3 0.7512 0.53057 0.348 0.000 0.460 0.192
#> SRR1403875 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 1 0.6336 -0.40273 0.480 0.000 0.460 0.060
#> SRR1436444 2 0.6422 0.60608 0.000 0.632 0.120 0.248
#> SRR1084649 1 0.1411 0.76317 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1500405 1 0.6449 -0.40050 0.480 0.000 0.452 0.068
#> SRR1354446 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1467455 1 0.2011 0.73684 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1444559 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1381543 1 0.3494 0.65109 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1402513 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.5607 0.42395 0.484 0.000 0.496 0.020
#> SRR660007 3 0.2704 0.29603 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR655649 3 0.5742 0.07400 0.060 0.000 0.664 0.276
#> SRR1437306 1 0.7644 -0.13723 0.468 0.000 0.260 0.272
#> SRR657731 3 0.3764 0.39187 0.172 0.000 0.816 0.012
#> SRR661005 3 0.4499 0.35660 0.160 0.000 0.792 0.048
#> SRR600608 1 0.2814 0.71246 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR655923 3 0.4434 -0.01186 0.016 0.000 0.756 0.228
#> SRR1334717 1 0.3074 0.67584 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 3 0.7374 0.52301 0.380 0.000 0.456 0.164
#> SRR1082759 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1340420 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662534 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1316815 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1072797 1 0.3710 0.63363 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR612455 1 0.6268 -0.36054 0.496 0.000 0.448 0.056
#> SRR818210 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1488751 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.5158 0.46499 0.472 0.000 0.524 0.004
#> SRR1387178 1 0.0469 0.76646 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 1 0.0921 0.76420 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR657348 1 0.3356 0.65085 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR662091 3 0.7113 0.50611 0.416 0.000 0.456 0.128
#> SRR608598 3 0.6114 0.53996 0.428 0.000 0.524 0.048
#> SRR663320 1 0.0779 0.76630 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR608662 1 0.1940 0.73968 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1361567 1 0.0592 0.75920 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR819134 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1311400 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR817775 1 0.6452 -0.43227 0.468 0.000 0.464 0.068
#> SRR661433 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1453341 1 0.0779 0.76630 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR819946 3 0.5987 0.52490 0.440 0.000 0.520 0.040
#> SRR1319539 1 0.6336 -0.40273 0.480 0.000 0.460 0.060
#> SRR1343841 1 0.1059 0.75889 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR665563 3 0.3486 0.41917 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1487321 1 0.1297 0.76353 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1312428 1 0.1297 0.75350 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR657587 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337412 1 0.6271 -0.37041 0.492 0.000 0.452 0.056
#> SRR1474466 3 0.7860 0.32208 0.356 0.000 0.372 0.272
#> SRR1466993 1 0.1151 0.76264 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1358102 1 0.3528 0.64545 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1455171 3 0.4955 0.51875 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR627299 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660733 1 0.7337 -0.06665 0.524 0.000 0.272 0.204
#> SRR817758 1 0.5436 0.09771 0.620 0.000 0.356 0.024
#> SRR821019 3 0.4804 -0.00400 0.016 0.000 0.708 0.276
#> SRR1330675 1 0.3539 0.64593 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1433644 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 1 0.5996 -0.34397 0.512 0.000 0.448 0.040
#> SRR604074 1 0.4164 0.51766 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.6071 0.50319 0.452 0.000 0.504 0.044
#> SRR820209 3 0.4804 -0.00400 0.016 0.000 0.708 0.276
#> SRR1331841 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 1 0.2973 0.68411 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1350456 1 0.0779 0.76630 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1472079 1 0.6068 -0.34865 0.508 0.000 0.448 0.044
#> SRR1500537 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.2921 0.32253 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1403958 1 0.0817 0.76520 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600754 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1334847 1 0.1297 0.75350 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1421093 3 0.7483 0.53556 0.360 0.000 0.456 0.184
#> SRR1085782 3 0.3024 0.34242 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1466357 2 0.0336 0.96940 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR597977 3 0.6482 0.52552 0.424 0.000 0.504 0.072
#> SRR1375635 1 0.5971 -0.27827 0.532 0.000 0.428 0.040
#> SRR661133 1 0.3569 0.62635 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1357523 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1415732 1 0.5898 0.18964 0.628 0.000 0.316 0.056
#> SRR1434250 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 1 0.1297 0.75350 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1454803 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1468381 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1447986 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.2973 0.33303 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1434138 1 0.5996 -0.34397 0.512 0.000 0.448 0.040
#> SRR1456950 1 0.3356 0.65019 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.7846 0.37843 0.336 0.000 0.392 0.272
#> SRR1355040 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1409351 1 0.2408 0.71950 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1085495 1 0.3052 0.69336 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR604026 1 0.0657 0.76686 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1500868 1 0.1174 0.76358 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1476279 1 0.3494 0.65109 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR627429 3 0.4804 -0.00400 0.016 0.000 0.708 0.276
#> SRR660969 1 0.3024 0.68220 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.5244 0.53081 0.436 0.000 0.556 0.008
#> SRR1440986 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1357189 1 0.1792 0.74456 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1319837 1 0.0657 0.76598 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1491311 3 0.3271 0.30817 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1487295 4 0.4957 0.87589 0.012 0.000 0.320 0.668
#> SRR1415215 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.6450 0.17369 0.108 0.000 0.616 0.276
#> SRR1440058 1 0.0657 0.75999 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1389979 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1315721 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR607337 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 1 0.4188 0.52826 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1465132 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.3569 0.43119 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1387989 3 0.6050 0.53591 0.432 0.000 0.524 0.044
#> SRR1383018 1 0.4313 0.49265 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR1441701 3 0.6114 0.53996 0.428 0.000 0.524 0.048
#> SRR1368772 1 0.6134 0.41683 0.660 0.000 0.236 0.104
#> SRR664819 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 1 0.3311 0.65293 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR614083 3 0.4961 0.51344 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1310623 3 0.6498 0.49630 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1420625 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR816721 1 0.3172 0.66723 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 1 0.2867 0.71528 0.884 0.000 0.104 0.012
#> SRR1418992 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1343115 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.3681 0.40132 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1399028 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1418127 1 0.0779 0.76428 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1402900 1 0.0524 0.76154 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1485290 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 1 0.0779 0.76663 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR664842 1 0.3569 0.62635 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR662342 1 0.7847 -0.24437 0.396 0.000 0.328 0.276
#> SRR665502 1 0.3172 0.66723 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR657891 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1421305 3 0.7860 0.33382 0.356 0.000 0.372 0.272
#> SRR1335707 1 0.6336 -0.40273 0.480 0.000 0.460 0.060
#> SRR1401276 1 0.0524 0.76157 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR627421 1 0.6634 0.29769 0.624 0.000 0.212 0.164
#> SRR1311575 1 0.1297 0.75350 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1475675 3 0.4304 0.55186 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR661995 1 0.3569 0.62701 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1471922 1 0.3356 0.65019 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1077687 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR821602 3 0.6187 0.53425 0.432 0.000 0.516 0.052
#> SRR608718 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1437555 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR810571 3 0.4804 -0.00400 0.016 0.000 0.708 0.276
#> SRR664048 1 0.5097 -0.14624 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1500998 1 0.6268 -0.36054 0.496 0.000 0.448 0.056
#> SRR1320916 1 0.3539 0.64593 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1472150 3 0.6609 0.47351 0.448 0.000 0.472 0.080
#> SRR1329090 1 0.1174 0.76336 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1317344 1 0.0376 0.76493 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR817978 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1324371 1 0.1284 0.75489 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1474333 1 0.3494 0.65109 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1321462 1 0.3356 0.64878 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1387264 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1468141 3 0.6082 0.44193 0.476 0.000 0.480 0.044
#> SRR1486097 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR608002 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1360563 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1414684 3 0.5503 0.47478 0.468 0.000 0.516 0.016
#> SRR604050 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR600385 1 0.3610 0.62120 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1430248 1 0.7719 -0.22591 0.448 0.000 0.284 0.268
#> SRR1352975 1 0.4194 0.63890 0.800 0.000 0.172 0.028
#> SRR1457221 1 0.6009 -0.40541 0.492 0.000 0.468 0.040
#> SRR807591 1 0.0779 0.76630 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1407560 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 4 0.6393 0.50865 0.064 0.000 0.456 0.480
#> SRR660895 3 0.3266 0.38535 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR655111 3 0.6708 0.21547 0.132 0.000 0.596 0.272
#> SRR1336006 1 0.5996 -0.34397 0.512 0.000 0.448 0.040
#> SRR613114 3 0.6413 0.54139 0.416 0.000 0.516 0.068
#> SRR608368 1 0.6273 -0.38398 0.488 0.000 0.456 0.056
#> SRR1315269 1 0.1297 0.76353 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1435020 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1337564 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1315019 3 0.6271 0.49828 0.452 0.000 0.492 0.056
#> SRR1370173 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1408327 3 0.6271 0.49828 0.452 0.000 0.492 0.056
#> SRR1405485 1 0.1297 0.76353 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR812012 1 0.1297 0.75418 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1370619 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1469495 4 0.5472 0.69671 0.016 0.000 0.440 0.544
#> SRR1378841 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1375616 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1381566 1 0.0921 0.76410 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1432123 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1370405 1 0.2469 0.71654 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1099499 1 0.0779 0.76630 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR659331 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 1 0.3307 0.71349 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR1468974 4 0.4382 0.91442 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1470111 4 0.5353 0.72143 0.012 0.000 0.432 0.556
#> SRR1079168 3 0.6465 0.54132 0.412 0.000 0.516 0.072
#> SRR1338584 1 0.7558 -0.13462 0.488 0.000 0.256 0.256
#> SRR1329551 3 0.4967 0.50626 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR662871 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR600560 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1434867 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.4977 0.48973 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1487107 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1348159 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1356036 1 0.2345 0.72262 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR614443 3 0.4356 0.56077 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1314958 1 0.1520 0.76291 0.956 0.000 0.024 0.020
#> SRR1341702 1 0.1174 0.76336 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1444678 1 0.7486 -0.08679 0.500 0.000 0.228 0.272
#> SRR1350107 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 1 0.4245 0.61203 0.784 0.000 0.196 0.020
#> SRR1467364 2 0.7317 0.47835 0.004 0.544 0.176 0.276
#> SRR1078879 1 0.3486 0.63603 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1468955 1 0.0804 0.76662 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR660626 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR812436 1 0.1059 0.75762 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1312103 1 0.3486 0.63557 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.2647 0.28438 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR660933 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1488651 3 0.7561 0.52636 0.348 0.000 0.452 0.200
#> SRR1359388 1 0.2868 0.69187 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR817686 3 0.4804 -0.00400 0.016 0.000 0.708 0.276
#> SRR1429162 1 0.5047 0.30318 0.668 0.000 0.316 0.016
#> SRR612380 1 0.3569 0.62635 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR817905 1 0.4283 0.51320 0.740 0.000 0.256 0.004
#> SRR1337909 1 0.1297 0.75350 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR661723 3 0.5229 0.53968 0.428 0.000 0.564 0.008
#> SRR1314163 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1489155 4 0.5466 0.70516 0.016 0.000 0.436 0.548
#> SRR1398992 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607091 1 0.7723 -0.36371 0.408 0.000 0.364 0.228
#> SRR1472193 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0188 0.97227 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1445238 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR820078 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1481462 2 0.0804 0.96059 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR819534 3 0.5906 0.53252 0.436 0.000 0.528 0.036
#> SRR820468 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659899 1 0.3219 0.66269 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1396078 1 0.3610 0.63210 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1443612 3 0.3266 0.38535 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1470902 1 0.1411 0.76317 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1362777 3 0.5112 0.53073 0.436 0.000 0.560 0.004
#> SRR1413522 1 0.3444 0.64854 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1073143 1 0.2999 0.69708 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR1444622 1 0.6003 -0.36565 0.504 0.000 0.456 0.040
#> SRR662570 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 1 0.0469 0.76633 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1323043 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1475022 3 0.7149 0.50382 0.416 0.000 0.452 0.132
#> SRR1080927 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 1 0.3610 0.62120 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.4933 0.53333 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR615467 3 0.6271 0.49828 0.452 0.000 0.492 0.056
#> SRR660638 3 0.5010 0.00676 0.024 0.000 0.700 0.276
#> SRR1360383 1 0.5971 -0.27844 0.532 0.000 0.428 0.040
#> SRR1354577 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR608230 1 0.3688 0.60799 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1320873 1 0.3569 0.62816 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1336379 1 0.1411 0.76317 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1325665 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 1 0.0657 0.76598 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1477634 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1444876 1 0.3649 0.63132 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1101421 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR613354 1 0.3266 0.65808 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 1 0.4996 -0.33890 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1324431 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR655684 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1397073 1 0.6337 -0.42724 0.472 0.000 0.468 0.060
#> SRR1455060 2 0.6595 0.57164 0.000 0.604 0.120 0.276
#> SRR1341008 1 0.3528 0.63792 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1087031 1 0.1042 0.76634 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1489177 1 0.6000 -0.35258 0.508 0.000 0.452 0.040
#> SRR1350525 3 0.5244 0.53071 0.436 0.000 0.556 0.008
#> SRR1440517 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1320093 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR602516 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR604318 3 0.5195 0.01874 0.032 0.000 0.692 0.276
#> SRR1320280 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1082262 1 0.1406 0.75729 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1379238 1 0.1297 0.75350 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1385080 1 0.4417 0.63742 0.796 0.000 0.160 0.044
#> SRR1316921 1 0.0804 0.76084 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1097752 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1498272 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR814989 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1320892 1 0.7854 -0.35301 0.384 0.000 0.344 0.272
#> SRR818418 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1474553 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1430884 3 0.3266 0.38535 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1079281 1 0.6137 -0.35296 0.504 0.000 0.448 0.048
#> SRR656493 3 0.4720 0.41349 0.188 0.000 0.768 0.044
#> SRR1328599 1 0.4888 0.53316 0.740 0.000 0.224 0.036
#> SRR655218 3 0.5195 0.01874 0.032 0.000 0.692 0.276
#> SRR1416754 1 0.6273 -0.38398 0.488 0.000 0.456 0.056
#> SRR1488562 1 0.0188 0.76544 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084842 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR819999 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.6987 0.26559 0.160 0.000 0.568 0.272
#> SRR1468514 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1499823 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1481216 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1474065 1 0.0895 0.76614 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1499442 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 3 0.7537 0.52846 0.348 0.000 0.456 0.196
#> SRR1445328 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0188 0.97227 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1085662 1 0.4423 0.63053 0.792 0.000 0.168 0.040
#> SRR1415095 1 0.7707 -0.18333 0.452 0.000 0.276 0.272
#> SRR1499982 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR597927 1 0.1792 0.74611 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 3 0.7269 -0.18305 0.148 0.000 0.456 0.396
#> SRR1490019 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1333694 3 0.3266 0.38535 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1476676 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR663261 3 0.3123 0.36021 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1432343 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1459585 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1434271 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.4933 0.53333 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR612443 1 0.3726 0.60374 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1473936 3 0.4985 0.47326 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1455698 4 0.4584 0.90602 0.004 0.000 0.300 0.696
#> SRR1331335 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR659187 1 0.1389 0.75581 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1417912 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1316940 1 0.6268 -0.36054 0.496 0.000 0.448 0.056
#> SRR1500753 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR657635 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR615934 3 0.6495 0.50450 0.436 0.000 0.492 0.072
#> SRR1411024 1 0.2647 0.70638 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1469904 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1311794 1 0.1305 0.75096 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR657754 1 0.7594 -0.13304 0.480 0.000 0.264 0.256
#> SRR1464451 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1443895 1 0.6336 -0.40273 0.480 0.000 0.460 0.060
#> SRR1444460 1 0.1118 0.75272 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1333587 1 0.3448 0.65638 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1307770 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 1 0.5996 -0.34397 0.512 0.000 0.448 0.040
#> SRR1366433 1 0.0817 0.76520 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1480479 1 0.3266 0.65857 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1470175 1 0.7838 -0.21442 0.404 0.000 0.316 0.280
#> SRR598768 1 0.0469 0.76372 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1335400 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1418923 1 0.0707 0.76592 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR820133 1 0.7820 -0.30820 0.412 0.000 0.312 0.276
#> SRR1348424 3 0.6728 0.22431 0.136 0.000 0.596 0.268
#> SRR1382956 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1339549 1 0.6071 -0.35721 0.504 0.000 0.452 0.044
#> SRR821434 1 0.1118 0.76123 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR662546 1 0.3356 0.64805 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1319816 3 0.6471 0.53663 0.416 0.000 0.512 0.072
#> SRR1078347 1 0.5987 -0.31888 0.520 0.000 0.440 0.040
#> SRR1435293 1 0.7862 -0.32655 0.364 0.000 0.364 0.272
#> SRR1408208 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1332317 4 0.5493 0.65852 0.016 0.000 0.456 0.528
#> SRR1499193 1 0.1118 0.75272 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1467294 3 0.6498 0.49630 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1359649 1 0.6068 -0.34865 0.508 0.000 0.448 0.044
#> SRR1335688 3 0.5137 0.50488 0.452 0.000 0.544 0.004
#> SRR1370129 3 0.6010 0.45826 0.472 0.000 0.488 0.040
#> SRR1321966 3 0.2921 0.32253 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1488672 1 0.2473 0.74290 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1343197 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1416999 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1334564 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR660661 3 0.4095 0.38997 0.172 0.000 0.804 0.024
#> SRR1498861 1 0.7146 0.10868 0.560 0.000 0.212 0.228
#> SRR1317877 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1329885 3 0.6081 0.45349 0.472 0.000 0.484 0.044
#> SRR1459718 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR615731 3 0.5112 0.53073 0.436 0.000 0.560 0.004
#> SRR602622 1 0.5137 -0.24724 0.544 0.000 0.452 0.004
#> SRR1487685 1 0.3528 0.63107 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1455925 1 0.0779 0.75822 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1390516 1 0.7692 -0.24553 0.456 0.000 0.272 0.272
#> SRR1313932 1 0.0592 0.76629 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR603397 3 0.4134 0.52262 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1099023 4 0.4277 0.92392 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR1409899 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.6247 0.53856 0.428 0.000 0.516 0.056
#> SRR1334741 1 0.5996 -0.34397 0.512 0.000 0.448 0.040
#> SRR656564 1 0.3494 0.65109 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR608174 1 0.3266 0.65801 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1320963 1 0.0592 0.75920 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661973 3 0.5282 0.02678 0.036 0.000 0.688 0.276
#> SRR598533 2 0.6641 0.56613 0.000 0.600 0.124 0.276
#> SRR613270 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.97497 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 1 0.0469 0.76646 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR602927 1 0.1406 0.75206 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1315799 2 0.0657 0.96356 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1432275 1 0.1118 0.75272 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1475909 1 0.1411 0.76317 0.960 0.000 0.020 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 4 0.3424 0.4296 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1341898 3 0.6836 0.4401 0.016 0.000 0.444 0.176 0.364
#> SRR1333930 1 0.6752 0.4675 0.488 0.000 0.176 0.320 0.016
#> SRR1085850 4 0.2020 0.6025 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1379450 4 0.2949 0.6340 0.068 0.000 0.004 0.876 0.052
#> SRR1467813 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.0963 0.6454 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1077405 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330061 5 0.4997 0.5395 0.016 0.000 0.248 0.044 0.692
#> SRR662725 4 0.1597 0.6527 0.048 0.000 0.012 0.940 0.000
#> SRR1313951 4 0.0162 0.6558 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339218 4 0.1818 0.6536 0.044 0.000 0.024 0.932 0.000
#> SRR1417505 4 0.1168 0.6583 0.008 0.000 0.032 0.960 0.000
#> SRR1407134 4 0.1485 0.6577 0.020 0.000 0.032 0.948 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0162 0.7869 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1075898 4 0.1195 0.6576 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000
#> SRR1498482 5 0.2942 0.7300 0.008 0.000 0.128 0.008 0.856
#> SRR1359673 3 0.5859 0.6886 0.008 0.000 0.628 0.220 0.144
#> SRR1439873 4 0.4305 -0.1811 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1402239 2 0.5925 0.5202 0.128 0.556 0.316 0.000 0.000
#> SRR1335254 4 0.2321 0.6508 0.044 0.000 0.024 0.916 0.016
#> SRR1352706 5 0.0162 0.7869 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1436966 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614802 4 0.2520 0.6547 0.048 0.000 0.056 0.896 0.000
#> SRR1388979 4 0.2280 0.6176 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1396595 1 0.2773 0.7991 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1340508 4 0.4297 -0.1673 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1360868 4 0.0794 0.6488 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1440699 3 0.5899 0.6893 0.012 0.000 0.632 0.216 0.140
#> SRR1389059 5 0.3234 0.7173 0.008 0.000 0.144 0.012 0.836
#> SRR1083100 4 0.2116 0.6527 0.040 0.000 0.028 0.924 0.008
#> SRR1348861 5 0.5865 0.4553 0.016 0.000 0.240 0.112 0.632
#> SRR1072367 3 0.6178 0.6275 0.008 0.000 0.556 0.304 0.132
#> SRR1468403 3 0.5778 0.6805 0.008 0.000 0.640 0.208 0.144
#> SRR1417070 3 0.6560 0.6134 0.016 0.000 0.540 0.272 0.172
#> SRR1390601 4 0.4256 -0.0906 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1486560 4 0.0794 0.6487 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1315761 4 0.3461 0.6209 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR1392637 4 0.1483 0.6574 0.012 0.000 0.028 0.952 0.008
#> SRR810957 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 3 0.6934 0.4326 0.020 0.000 0.440 0.180 0.360
#> SRR1470212 3 0.7065 0.4426 0.020 0.000 0.428 0.212 0.340
#> SRR1433971 1 0.3143 0.8200 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR598124 4 0.7028 -0.1203 0.024 0.000 0.224 0.480 0.272
#> SRR615141 4 0.5837 0.2597 0.044 0.000 0.304 0.608 0.044
#> SRR601122 4 0.0798 0.6582 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000
#> SRR1397008 4 0.4136 0.6131 0.052 0.000 0.132 0.800 0.016
#> SRR1358561 5 0.1644 0.7727 0.008 0.000 0.048 0.004 0.940
#> SRR1498640 4 0.0609 0.6512 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1429957 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1452292 1 0.3074 0.8189 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1467590 3 0.7053 0.4984 0.016 0.000 0.436 0.300 0.248
#> SRR1394936 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.3430 0.5390 0.220 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR659121 4 0.0794 0.6506 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1330656 4 0.7137 -0.3136 0.020 0.000 0.224 0.388 0.368
#> SRR1388305 4 0.3932 0.3193 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 3 0.6114 0.6543 0.008 0.000 0.580 0.272 0.140
#> SRR1311086 4 0.4294 -0.1628 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR655375 2 0.4226 0.7733 0.060 0.764 0.176 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.5925 0.4461 0.068 0.000 0.188 0.672 0.072
#> SRR661325 3 0.3710 0.2689 0.144 0.000 0.808 0.048 0.000
#> SRR1439807 1 0.3913 0.6947 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.1924 0.6468 0.064 0.000 0.004 0.924 0.008
#> SRR1394713 4 0.7092 -0.2522 0.020 0.000 0.216 0.416 0.348
#> SRR1403875 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.6100 0.3180 0.024 0.000 0.196 0.632 0.148
#> SRR1436444 2 0.5467 0.6094 0.100 0.624 0.276 0.000 0.000
#> SRR1084649 4 0.3087 0.6297 0.064 0.000 0.004 0.868 0.064
#> SRR1500405 4 0.7171 -0.2494 0.024 0.000 0.224 0.424 0.328
#> SRR1354446 4 0.4294 -0.1628 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1467455 4 0.1012 0.6551 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR1444559 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381543 4 0.2344 0.6509 0.064 0.000 0.032 0.904 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 3 0.6700 0.5484 0.016 0.000 0.496 0.320 0.168
#> SRR660007 3 0.5844 0.6812 0.016 0.000 0.648 0.200 0.136
#> SRR655649 3 0.4889 0.4128 0.136 0.000 0.720 0.144 0.000
#> SRR1437306 1 0.6538 0.2336 0.452 0.000 0.340 0.208 0.000
#> SRR657731 3 0.5834 0.6883 0.012 0.000 0.640 0.212 0.136
#> SRR661005 3 0.5768 0.6845 0.016 0.000 0.652 0.212 0.120
#> SRR600608 4 0.5638 0.4078 0.152 0.000 0.216 0.632 0.000
#> SRR655923 3 0.4101 0.4088 0.052 0.000 0.816 0.032 0.100
#> SRR1334717 4 0.0794 0.6496 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.7173 -0.2854 0.024 0.000 0.216 0.404 0.356
#> SRR1082759 5 0.0703 0.7813 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1340420 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 4 0.4249 -0.0813 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR1316815 1 0.4088 0.6191 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1072797 4 0.2450 0.6472 0.076 0.000 0.028 0.896 0.000
#> SRR612455 4 0.6162 0.3165 0.028 0.000 0.204 0.628 0.140
#> SRR818210 4 0.4294 -0.1628 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 3 0.5885 0.6843 0.008 0.000 0.624 0.224 0.144
#> SRR1387178 4 0.1908 0.6436 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.0955 0.6583 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.1216 0.6578 0.020 0.000 0.020 0.960 0.000
#> SRR657348 4 0.4224 0.5358 0.040 0.000 0.216 0.744 0.000
#> SRR662091 4 0.7188 -0.2945 0.024 0.000 0.220 0.400 0.356
#> SRR608598 3 0.6588 0.5621 0.016 0.000 0.536 0.176 0.272
#> SRR663320 4 0.3837 0.2966 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR608662 4 0.1106 0.6579 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR1361567 4 0.3774 0.3692 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR819134 4 0.3752 0.3502 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1311400 1 0.3424 0.8041 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR817775 3 0.7144 0.4189 0.020 0.000 0.408 0.232 0.340
#> SRR661433 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453341 4 0.3561 0.3960 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR819946 3 0.6245 0.6260 0.016 0.000 0.600 0.176 0.208
#> SRR1319539 4 0.6307 0.2357 0.036 0.000 0.264 0.596 0.104
#> SRR1343841 1 0.3837 0.7263 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR665563 3 0.5861 0.6891 0.012 0.000 0.636 0.216 0.136
#> SRR1487321 4 0.2338 0.6344 0.112 0.000 0.000 0.884 0.004
#> SRR1312428 4 0.3694 0.6160 0.076 0.000 0.012 0.836 0.076
#> SRR657587 4 0.1043 0.6435 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1337412 4 0.6560 0.2206 0.032 0.000 0.212 0.584 0.172
#> SRR1474466 3 0.6707 0.0339 0.308 0.000 0.424 0.268 0.000
#> SRR1466993 1 0.3636 0.7744 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1358102 4 0.5026 0.5449 0.072 0.000 0.192 0.720 0.016
#> SRR1455171 3 0.5951 0.6880 0.012 0.000 0.624 0.224 0.140
#> SRR627299 2 0.1836 0.9234 0.032 0.932 0.036 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.5591 0.3513 0.076 0.000 0.528 0.396 0.000
#> SRR817758 4 0.4057 0.5802 0.012 0.000 0.128 0.804 0.056
#> SRR821019 3 0.2719 0.2823 0.144 0.000 0.852 0.004 0.000
#> SRR1330675 4 0.2719 0.6470 0.048 0.000 0.068 0.884 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.6040 0.2613 0.016 0.000 0.212 0.624 0.148
#> SRR604074 3 0.4904 0.2169 0.024 0.000 0.504 0.472 0.000
#> SRR1322291 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 3 0.6352 0.6236 0.020 0.000 0.592 0.172 0.216
#> SRR820209 3 0.2719 0.2823 0.144 0.000 0.852 0.004 0.000
#> SRR1331841 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.1774 0.6492 0.052 0.000 0.016 0.932 0.000
#> SRR1350456 4 0.3774 0.4149 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR1472079 4 0.6892 -0.0768 0.020 0.000 0.228 0.500 0.252
#> SRR1500537 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1403958 4 0.0510 0.6520 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.0703 0.6503 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1334847 4 0.4540 0.5577 0.144 0.000 0.012 0.768 0.076
#> SRR1421093 5 0.6639 -0.0671 0.016 0.000 0.300 0.168 0.516
#> SRR1085782 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1466357 2 0.2450 0.8983 0.048 0.900 0.052 0.000 0.000
#> SRR597977 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1375635 4 0.4891 0.5040 0.012 0.000 0.152 0.740 0.096
#> SRR661133 4 0.2953 0.6242 0.012 0.000 0.144 0.844 0.000
#> SRR1357523 1 0.2852 0.8032 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1415732 4 0.5825 0.3947 0.040 0.000 0.212 0.664 0.084
#> SRR1434250 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.4985 0.5065 0.192 0.000 0.012 0.720 0.076
#> SRR1454803 1 0.3074 0.8191 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1468381 4 0.4060 0.2169 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1434138 4 0.5279 0.4285 0.016 0.000 0.184 0.704 0.096
#> SRR1456950 4 0.2488 0.6354 0.124 0.000 0.004 0.872 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.5958 0.4166 0.144 0.000 0.568 0.288 0.000
#> SRR1355040 4 0.4304 -0.1758 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1409351 4 0.0290 0.6567 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1085495 4 0.3430 0.4680 0.220 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR604026 4 0.1671 0.6456 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1500868 4 0.2922 0.6314 0.072 0.000 0.000 0.872 0.056
#> SRR1476279 4 0.1186 0.6595 0.008 0.000 0.020 0.964 0.008
#> SRR627429 3 0.2561 0.2759 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR660969 4 0.4481 0.5161 0.048 0.000 0.232 0.720 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 3 0.5882 0.6772 0.016 0.000 0.644 0.200 0.140
#> SRR1440986 1 0.3003 0.8138 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1357189 4 0.0703 0.6502 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1319837 4 0.2020 0.6035 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR1491311 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1487295 5 0.4372 0.6249 0.008 0.000 0.200 0.040 0.752
#> SRR1415215 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.4406 0.4793 0.108 0.000 0.764 0.128 0.000
#> SRR1440058 4 0.3210 0.4768 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR1389979 4 0.4294 -0.1628 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1315721 4 0.2020 0.6039 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000
#> SRR607337 4 0.1121 0.6439 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.3280 0.6055 0.004 0.000 0.160 0.824 0.012
#> SRR1465132 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.5757 0.6895 0.008 0.000 0.640 0.216 0.136
#> SRR1387989 3 0.6588 0.5625 0.016 0.000 0.536 0.176 0.272
#> SRR1383018 4 0.4111 0.5413 0.012 0.000 0.216 0.756 0.016
#> SRR1441701 3 0.6571 0.5661 0.016 0.000 0.540 0.176 0.268
#> SRR1368772 1 0.6292 0.5285 0.532 0.000 0.208 0.260 0.000
#> SRR664819 2 0.0162 0.9692 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1435536 4 0.1012 0.6552 0.020 0.000 0.012 0.968 0.000
#> SRR614083 3 0.5743 0.6301 0.012 0.000 0.600 0.308 0.080
#> SRR1310623 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1420625 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816721 4 0.0566 0.6548 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.3426 0.6309 0.032 0.000 0.040 0.860 0.068
#> SRR1418992 1 0.3074 0.8189 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.5850 0.6866 0.016 0.000 0.644 0.212 0.128
#> SRR1399028 1 0.3395 0.8091 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1418127 4 0.1851 0.6421 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000
#> SRR1402900 4 0.3661 0.3626 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.1106 0.6581 0.012 0.000 0.024 0.964 0.000
#> SRR664842 4 0.3779 0.5383 0.012 0.000 0.236 0.752 0.000
#> SRR662342 3 0.4473 0.1528 0.324 0.000 0.656 0.020 0.000
#> SRR665502 4 0.1251 0.6591 0.008 0.000 0.036 0.956 0.000
#> SRR657891 4 0.0880 0.6473 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1421305 3 0.6690 0.0986 0.300 0.000 0.432 0.268 0.000
#> SRR1335707 4 0.6063 0.3268 0.024 0.000 0.196 0.636 0.144
#> SRR1401276 4 0.3508 0.4098 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR627421 4 0.6195 0.2217 0.112 0.000 0.308 0.564 0.016
#> SRR1311575 4 0.5682 0.2518 0.296 0.000 0.016 0.616 0.072
#> SRR1475675 3 0.5743 0.6883 0.004 0.000 0.632 0.220 0.144
#> SRR661995 4 0.2830 0.6474 0.044 0.000 0.080 0.876 0.000
#> SRR1471922 4 0.2116 0.6500 0.008 0.000 0.076 0.912 0.004
#> SRR1077687 4 0.0703 0.6502 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR821602 3 0.6651 0.5431 0.016 0.000 0.520 0.176 0.288
#> SRR608718 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437555 1 0.3707 0.7317 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR810571 3 0.2561 0.2759 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR664048 4 0.5069 0.2927 0.012 0.000 0.304 0.648 0.036
#> SRR1500998 4 0.6364 0.2928 0.036 0.000 0.212 0.612 0.140
#> SRR1320916 4 0.0955 0.6591 0.004 0.000 0.028 0.968 0.000
#> SRR1472150 5 0.7233 -0.2501 0.020 0.000 0.276 0.312 0.392
#> SRR1329090 4 0.3277 0.6243 0.068 0.000 0.004 0.856 0.072
#> SRR1317344 4 0.4114 0.1013 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR817978 4 0.1043 0.6457 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR1324371 1 0.3636 0.7764 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1474333 4 0.2286 0.6372 0.108 0.000 0.004 0.888 0.000
#> SRR1321462 4 0.4016 0.6155 0.092 0.000 0.112 0.796 0.000
#> SRR1387264 4 0.4182 0.2084 0.352 0.000 0.004 0.644 0.000
#> SRR1468141 3 0.6838 0.5135 0.016 0.000 0.480 0.196 0.308
#> SRR1486097 1 0.3109 0.8197 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR608002 4 0.4297 -0.1584 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1360563 4 0.4305 -0.1870 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1414684 3 0.6245 0.6571 0.016 0.000 0.600 0.208 0.176
#> SRR604050 4 0.1043 0.6435 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR600385 4 0.4235 0.3467 0.008 0.000 0.336 0.656 0.000
#> SRR1430248 3 0.5778 0.4917 0.128 0.000 0.592 0.280 0.000
#> SRR1352975 4 0.4065 0.6138 0.044 0.000 0.056 0.824 0.076
#> SRR1457221 3 0.7043 0.5167 0.016 0.000 0.440 0.296 0.248
#> SRR807591 4 0.3480 0.4208 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 5 0.6393 0.1114 0.016 0.000 0.292 0.140 0.552
#> SRR660895 3 0.5899 0.6893 0.012 0.000 0.632 0.216 0.140
#> SRR655111 3 0.4981 0.5133 0.108 0.000 0.704 0.188 0.000
#> SRR1336006 4 0.6166 0.2096 0.016 0.000 0.232 0.604 0.148
#> SRR613114 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR608368 4 0.6138 0.3520 0.036 0.000 0.196 0.640 0.128
#> SRR1315269 4 0.5054 0.5156 0.168 0.000 0.024 0.732 0.076
#> SRR1435020 4 0.4306 -0.1922 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1337564 1 0.3707 0.7317 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR1315019 3 0.6836 0.4401 0.016 0.000 0.444 0.176 0.364
#> SRR1370173 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408327 3 0.6831 0.4469 0.016 0.000 0.448 0.176 0.360
#> SRR1405485 4 0.4637 0.5095 0.196 0.000 0.000 0.728 0.076
#> SRR812012 1 0.3210 0.8202 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1370619 4 0.3424 0.4319 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1469495 5 0.4713 0.6028 0.016 0.000 0.208 0.044 0.732
#> SRR1378841 5 0.0290 0.7859 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1375616 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1381566 4 0.0794 0.6488 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1432123 4 0.4138 0.0674 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR1370405 4 0.0162 0.6558 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1099499 4 0.3480 0.4208 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.3841 0.6188 0.060 0.000 0.032 0.836 0.072
#> SRR1468974 5 0.3972 0.6864 0.008 0.000 0.172 0.032 0.788
#> SRR1470111 5 0.4682 0.6080 0.016 0.000 0.204 0.044 0.736
#> SRR1079168 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1338584 3 0.5547 0.4591 0.080 0.000 0.564 0.356 0.000
#> SRR1329551 3 0.5913 0.6887 0.012 0.000 0.628 0.224 0.136
#> SRR662871 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.3424 0.8040 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR600560 4 0.3424 0.4319 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 3 0.6004 0.6713 0.016 0.000 0.628 0.212 0.144
#> SRR1487107 4 0.0880 0.6471 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1348159 4 0.4210 -0.0204 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1356036 4 0.0794 0.6488 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR614443 3 0.5822 0.6893 0.008 0.000 0.632 0.220 0.140
#> SRR1314958 4 0.3574 0.6308 0.088 0.000 0.004 0.836 0.072
#> SRR1341702 4 0.3818 0.6232 0.076 0.000 0.028 0.836 0.060
#> SRR1444678 4 0.5832 0.3975 0.152 0.000 0.248 0.600 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 4 0.5272 0.4008 0.072 0.000 0.308 0.620 0.000
#> SRR1467364 3 0.5641 0.0728 0.136 0.216 0.644 0.004 0.000
#> SRR1078879 4 0.2286 0.6395 0.004 0.000 0.108 0.888 0.000
#> SRR1468955 1 0.3932 0.6855 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR660626 4 0.4262 -0.1009 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR812436 1 0.3177 0.8191 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1312103 4 0.5581 0.4256 0.140 0.000 0.224 0.636 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.5844 0.6812 0.016 0.000 0.648 0.200 0.136
#> SRR660933 1 0.2773 0.7991 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1488651 4 0.7123 -0.3045 0.020 0.000 0.220 0.392 0.368
#> SRR1359388 4 0.0880 0.6473 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR817686 3 0.3410 0.4094 0.092 0.000 0.840 0.068 0.000
#> SRR1429162 4 0.3783 0.6141 0.040 0.000 0.120 0.824 0.016
#> SRR612380 4 0.3214 0.6317 0.036 0.000 0.120 0.844 0.000
#> SRR817905 4 0.3086 0.6028 0.004 0.000 0.180 0.816 0.000
#> SRR1337909 4 0.4409 0.5444 0.176 0.000 0.000 0.752 0.072
#> SRR661723 3 0.5852 0.6567 0.012 0.000 0.644 0.176 0.168
#> SRR1314163 4 0.3707 0.3709 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1489155 5 0.5888 0.4117 0.016 0.000 0.244 0.112 0.628
#> SRR1398992 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.5264 0.5785 0.080 0.000 0.660 0.256 0.004
#> SRR1472193 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.1741 0.9270 0.024 0.936 0.040 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR820078 4 0.4171 0.0103 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1481462 2 0.2992 0.8716 0.064 0.868 0.068 0.000 0.000
#> SRR819534 3 0.6525 0.6015 0.016 0.000 0.556 0.192 0.236
#> SRR820468 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.1830 0.6548 0.040 0.000 0.028 0.932 0.000
#> SRR1396078 4 0.4714 0.5186 0.044 0.000 0.236 0.712 0.008
#> SRR1443612 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1470902 4 0.3575 0.6224 0.056 0.000 0.020 0.848 0.076
#> SRR1362777 3 0.5743 0.6855 0.004 0.000 0.632 0.220 0.144
#> SRR1413522 4 0.4054 0.6130 0.040 0.000 0.144 0.800 0.016
#> SRR1073143 4 0.3336 0.4561 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR1444622 4 0.6935 -0.2256 0.016 0.000 0.292 0.468 0.224
#> SRR662570 2 0.0162 0.9692 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.1571 0.6496 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR1323043 1 0.3305 0.8029 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1475022 4 0.7116 -0.2874 0.020 0.000 0.220 0.404 0.356
#> SRR1080927 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.3766 0.4631 0.004 0.000 0.268 0.728 0.000
#> SRR603596 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.5913 0.6891 0.012 0.000 0.628 0.224 0.136
#> SRR615467 3 0.6831 0.4471 0.016 0.000 0.448 0.176 0.360
#> SRR660638 3 0.3445 0.2915 0.140 0.000 0.824 0.036 0.000
#> SRR1360383 4 0.5419 0.4268 0.020 0.000 0.184 0.696 0.100
#> SRR1354577 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR608230 4 0.4654 0.2399 0.008 0.000 0.348 0.632 0.012
#> SRR1320873 4 0.2370 0.6543 0.040 0.000 0.056 0.904 0.000
#> SRR1336379 4 0.3508 0.6206 0.064 0.000 0.012 0.848 0.076
#> SRR1325665 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.3003 0.5044 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR1477634 4 0.1341 0.6367 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1444876 4 0.5730 0.2684 0.096 0.000 0.356 0.548 0.000
#> SRR1101421 4 0.4273 -0.1208 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR613354 4 0.0404 0.6533 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 4 0.6286 -0.4099 0.008 0.000 0.436 0.440 0.116
#> SRR1324431 4 0.0794 0.6488 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 4 0.4219 0.0197 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.2773 0.7991 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1397073 4 0.5949 0.3156 0.024 0.000 0.240 0.632 0.104
#> SRR1455060 2 0.5910 0.5255 0.128 0.560 0.312 0.000 0.000
#> SRR1341008 4 0.4612 0.5408 0.180 0.000 0.084 0.736 0.000
#> SRR1087031 4 0.2358 0.6143 0.104 0.000 0.008 0.888 0.000
#> SRR1489177 4 0.6836 -0.3459 0.016 0.000 0.364 0.444 0.176
#> SRR1350525 3 0.5765 0.6755 0.008 0.000 0.644 0.196 0.152
#> SRR1440517 4 0.4182 0.2053 0.352 0.000 0.004 0.644 0.000
#> SRR1320093 1 0.3109 0.8197 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR602516 4 0.4192 0.0092 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR604318 3 0.4096 0.3217 0.144 0.000 0.784 0.072 0.000
#> SRR1320280 1 0.3143 0.8202 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1082262 4 0.4482 0.2301 0.376 0.000 0.012 0.612 0.000
#> SRR1379238 4 0.5059 0.3781 0.256 0.000 0.000 0.668 0.076
#> SRR1385080 4 0.4339 0.6070 0.056 0.000 0.060 0.808 0.076
#> SRR1316921 4 0.2848 0.5950 0.156 0.000 0.004 0.840 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 4 0.3395 0.4388 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1498272 1 0.4210 0.4995 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR814989 1 0.4287 0.3651 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1320892 3 0.5334 0.5345 0.104 0.000 0.652 0.244 0.000
#> SRR818418 4 0.0703 0.6502 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1474553 4 0.4294 -0.1628 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1430884 3 0.5901 0.6865 0.016 0.000 0.640 0.208 0.136
#> SRR1079281 4 0.5509 0.4674 0.040 0.000 0.172 0.704 0.084
#> SRR656493 3 0.5757 0.6895 0.008 0.000 0.640 0.216 0.136
#> SRR1328599 4 0.3764 0.5894 0.044 0.000 0.156 0.800 0.000
#> SRR655218 3 0.4212 0.3337 0.144 0.000 0.776 0.080 0.000
#> SRR1416754 4 0.5906 0.3718 0.028 0.000 0.196 0.656 0.120
#> SRR1488562 4 0.2172 0.6392 0.076 0.000 0.016 0.908 0.000
#> SRR1084842 4 0.4256 -0.0906 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4701 0.5724 0.076 0.000 0.720 0.204 0.000
#> SRR1468514 4 0.3452 0.4280 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR1499823 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481216 4 0.4273 -0.1207 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1474065 4 0.2690 0.5500 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.7103 -0.2791 0.020 0.000 0.216 0.404 0.360
#> SRR1445328 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0963 0.9476 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.4628 0.5944 0.052 0.000 0.088 0.788 0.072
#> SRR1415095 1 0.6557 0.2273 0.448 0.000 0.340 0.212 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.0771 0.6559 0.020 0.000 0.004 0.976 0.000
#> SRR597927 4 0.1915 0.6552 0.040 0.000 0.032 0.928 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 5 0.6017 0.3111 0.016 0.000 0.252 0.120 0.612
#> SRR1490019 1 0.3305 0.8168 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1333694 3 0.5899 0.6893 0.012 0.000 0.632 0.216 0.140
#> SRR1476676 4 0.4114 0.1886 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR663261 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1432343 4 0.1082 0.6580 0.008 0.000 0.028 0.964 0.000
#> SRR1459585 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.5951 0.6890 0.012 0.000 0.624 0.224 0.140
#> SRR612443 4 0.2929 0.6173 0.008 0.000 0.152 0.840 0.000
#> SRR1473936 3 0.5843 0.6809 0.004 0.000 0.616 0.236 0.144
#> SRR1455698 5 0.3697 0.6832 0.008 0.000 0.180 0.016 0.796
#> SRR1331335 4 0.3730 0.4014 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR659187 4 0.1836 0.6564 0.036 0.000 0.032 0.932 0.000
#> SRR1417912 1 0.2966 0.8112 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1316940 4 0.5737 0.4150 0.040 0.000 0.200 0.676 0.084
#> SRR1500753 1 0.4030 0.6364 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR657635 4 0.3999 0.2317 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR615934 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1411024 4 0.2127 0.6362 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1469904 1 0.3305 0.8093 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1311794 1 0.4387 0.6463 0.652 0.000 0.008 0.336 0.004
#> SRR657754 4 0.5470 0.2010 0.072 0.000 0.364 0.564 0.000
#> SRR1464451 1 0.4015 0.6552 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1443895 4 0.6352 0.2462 0.024 0.000 0.208 0.600 0.168
#> SRR1444460 1 0.5674 0.5808 0.576 0.000 0.100 0.324 0.000
#> SRR1333587 4 0.1701 0.6566 0.016 0.000 0.028 0.944 0.012
#> SRR1307770 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.5393 0.4032 0.016 0.000 0.192 0.692 0.100
#> SRR1366433 4 0.0703 0.6502 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1480479 4 0.0794 0.6583 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1470175 1 0.6764 0.1898 0.436 0.000 0.388 0.160 0.016
#> SRR598768 4 0.3707 0.4252 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1335400 1 0.3395 0.8091 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1418923 4 0.0963 0.6454 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR820133 3 0.6054 0.3101 0.124 0.000 0.496 0.380 0.000
#> SRR1348424 3 0.5091 0.5857 0.072 0.000 0.712 0.200 0.016
#> SRR1382956 5 0.1924 0.7664 0.008 0.000 0.064 0.004 0.924
#> SRR1339549 4 0.7073 -0.1594 0.024 0.000 0.228 0.468 0.280
#> SRR821434 4 0.0162 0.6545 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR662546 4 0.1408 0.6589 0.008 0.000 0.044 0.948 0.000
#> SRR1319816 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1078347 4 0.5954 0.2646 0.016 0.000 0.248 0.620 0.116
#> SRR1435293 3 0.6785 0.0174 0.312 0.000 0.388 0.300 0.000
#> SRR1408208 4 0.4278 -0.1250 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1332317 5 0.6213 0.3390 0.016 0.000 0.240 0.148 0.596
#> SRR1499193 4 0.6474 0.1060 0.296 0.000 0.148 0.540 0.016
#> SRR1467294 3 0.6893 0.4341 0.020 0.000 0.444 0.172 0.364
#> SRR1359649 4 0.5593 0.3855 0.020 0.000 0.200 0.676 0.104
#> SRR1335688 3 0.5946 0.6602 0.016 0.000 0.640 0.180 0.164
#> SRR1370129 3 0.6468 0.6453 0.016 0.000 0.560 0.252 0.172
#> SRR1321966 3 0.5777 0.6852 0.012 0.000 0.648 0.204 0.136
#> SRR1488672 4 0.3641 0.6181 0.120 0.000 0.060 0.820 0.000
#> SRR1343197 5 0.0000 0.7868 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416999 4 0.3857 0.3219 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1334564 1 0.3177 0.8203 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR660661 3 0.5834 0.6883 0.012 0.000 0.640 0.212 0.136
#> SRR1498861 4 0.6284 0.1605 0.128 0.000 0.316 0.544 0.012
#> SRR1317877 4 0.3730 0.3338 0.288 0.000 0.000 0.712 0.000
#> SRR1329885 3 0.6843 0.4907 0.016 0.000 0.468 0.188 0.328
#> SRR1459718 4 0.4291 -0.1528 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR615731 3 0.5769 0.6855 0.004 0.000 0.628 0.224 0.144
#> SRR602622 4 0.4160 0.5312 0.008 0.000 0.184 0.772 0.036
#> SRR1487685 4 0.3145 0.6260 0.012 0.000 0.136 0.844 0.008
#> SRR1455925 4 0.4294 -0.1628 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR1390516 3 0.5276 0.5873 0.064 0.000 0.632 0.300 0.004
#> SRR1313932 4 0.1410 0.6501 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR603397 3 0.5757 0.6895 0.008 0.000 0.640 0.216 0.136
#> SRR1099023 5 0.0162 0.7869 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409899 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 3 0.6808 0.5012 0.020 0.000 0.488 0.172 0.320
#> SRR1334741 4 0.5809 0.3241 0.016 0.000 0.212 0.648 0.124
#> SRR656564 4 0.2645 0.6463 0.068 0.000 0.044 0.888 0.000
#> SRR608174 4 0.1195 0.6586 0.012 0.000 0.028 0.960 0.000
#> SRR1320963 4 0.3752 0.3825 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR661973 3 0.4624 0.3312 0.144 0.000 0.744 0.112 0.000
#> SRR598533 2 0.6056 0.4642 0.132 0.520 0.348 0.000 0.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.9718 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 4 0.3774 0.4032 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR602927 1 0.3661 0.7402 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1315799 2 0.2795 0.8817 0.064 0.880 0.056 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.6269 0.1673 0.316 0.000 0.108 0.556 0.020
#> SRR1475909 4 0.2026 0.6497 0.056 0.000 0.012 0.924 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356619 6 0.5329 0.12246 0.104 0.000 0.000 0.448 0.000 0.448
#> SRR1341898 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR1333930 1 0.6437 0.35437 0.464 0.000 0.208 0.296 0.000 0.032
#> SRR1085850 4 0.4002 0.14516 0.008 0.000 0.000 0.588 0.000 0.404
#> SRR1379450 4 0.2009 0.34029 0.084 0.000 0.004 0.904 0.000 0.008
#> SRR1467813 2 0.0146 0.98112 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1077405 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330061 6 0.6264 -0.21277 0.004 0.000 0.016 0.384 0.172 0.424
#> SRR662725 4 0.3923 0.29934 0.060 0.000 0.000 0.748 0.000 0.192
#> SRR1313951 4 0.3659 0.20368 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1339218 4 0.3795 0.20038 0.004 0.000 0.000 0.632 0.000 0.364
#> SRR1417505 4 0.3101 0.28254 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1407134 4 0.3424 0.30234 0.024 0.000 0.000 0.772 0.000 0.204
#> SRR1457418 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.0363 0.83561 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1075898 4 0.3050 0.27755 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1498482 5 0.5396 0.41336 0.004 0.000 0.024 0.064 0.584 0.324
#> SRR1359673 3 0.5945 0.50074 0.000 0.000 0.396 0.216 0.000 0.388
#> SRR1439873 6 0.6328 0.27290 0.296 0.000 0.020 0.228 0.000 0.456
#> SRR1402239 3 0.4227 -0.36158 0.008 0.492 0.496 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335254 4 0.2696 0.33269 0.048 0.000 0.004 0.872 0.000 0.076
#> SRR1352706 5 0.0603 0.83351 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1436966 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614802 4 0.5394 0.17984 0.004 0.000 0.224 0.600 0.000 0.172
#> SRR1388979 4 0.5050 0.17693 0.076 0.000 0.004 0.572 0.000 0.348
#> SRR1396595 1 0.0547 0.82385 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1340508 6 0.6982 0.26395 0.272 0.000 0.072 0.240 0.000 0.416
#> SRR1360868 4 0.3830 0.19011 0.004 0.000 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1440699 3 0.5774 0.55216 0.000 0.000 0.440 0.176 0.000 0.384
#> SRR1389059 5 0.5331 0.35784 0.004 0.000 0.004 0.092 0.560 0.340
#> SRR1083100 4 0.2318 0.33984 0.064 0.000 0.000 0.892 0.000 0.044
#> SRR1348861 6 0.5874 -0.19670 0.004 0.000 0.016 0.436 0.108 0.436
#> SRR1072367 6 0.6060 -0.48017 0.000 0.000 0.364 0.260 0.000 0.376
#> SRR1468403 6 0.6065 -0.34564 0.000 0.000 0.264 0.352 0.000 0.384
#> SRR1417070 4 0.5631 -0.13537 0.000 0.000 0.148 0.444 0.000 0.408
#> SRR1390601 6 0.6470 0.33188 0.252 0.000 0.028 0.268 0.000 0.452
#> SRR1486560 4 0.3830 0.18875 0.004 0.000 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1315761 4 0.2068 0.34001 0.080 0.000 0.008 0.904 0.000 0.008
#> SRR1392637 4 0.2793 0.29010 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR810957 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 6 0.5616 -0.22383 0.004 0.000 0.108 0.440 0.004 0.444
#> SRR1470212 4 0.5616 -0.10570 0.004 0.000 0.108 0.444 0.004 0.440
#> SRR1433971 1 0.0547 0.82243 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR598124 4 0.4576 0.02071 0.004 0.000 0.028 0.532 0.000 0.436
#> SRR615141 4 0.4155 0.11526 0.020 0.000 0.000 0.616 0.000 0.364
#> SRR601122 4 0.3515 0.23292 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1397008 4 0.3393 0.31582 0.068 0.000 0.004 0.820 0.000 0.108
#> SRR1358561 5 0.3404 0.64811 0.000 0.000 0.016 0.000 0.760 0.224
#> SRR1498640 4 0.3706 0.18795 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1429957 4 0.5608 -0.12407 0.000 0.000 0.124 0.440 0.004 0.432
#> SRR1452292 1 0.0458 0.82028 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1467590 4 0.5547 -0.10215 0.004 0.000 0.116 0.456 0.000 0.424
#> SRR1394936 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485542 4 0.5541 0.18562 0.144 0.000 0.004 0.548 0.000 0.304
#> SRR659121 4 0.3830 0.18971 0.004 0.000 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1330656 4 0.4322 0.04519 0.004 0.000 0.004 0.548 0.008 0.436
#> SRR1388305 4 0.5896 -0.01585 0.204 0.000 0.000 0.420 0.000 0.376
#> SRR1406917 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1363992 6 0.6105 -0.40781 0.000 0.000 0.312 0.308 0.000 0.380
#> SRR1311086 6 0.6481 0.31762 0.272 0.000 0.028 0.252 0.000 0.448
#> SRR655375 2 0.2915 0.79943 0.008 0.808 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458044 4 0.3440 0.26407 0.028 0.000 0.000 0.776 0.000 0.196
#> SRR661325 3 0.2505 0.40755 0.008 0.000 0.880 0.092 0.000 0.020
#> SRR1439807 1 0.2520 0.75008 0.844 0.000 0.004 0.152 0.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406561 4 0.1812 0.34233 0.080 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008
#> SRR1394713 4 0.4361 0.04089 0.004 0.000 0.000 0.544 0.016 0.436
#> SRR1403875 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476186 4 0.3850 0.13292 0.004 0.000 0.000 0.652 0.004 0.340
#> SRR1436444 2 0.4135 0.47391 0.008 0.584 0.404 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084649 4 0.2002 0.34170 0.076 0.000 0.004 0.908 0.000 0.012
#> SRR1500405 4 0.4640 0.02129 0.004 0.000 0.024 0.532 0.004 0.436
#> SRR1354446 6 0.6503 0.31339 0.280 0.000 0.028 0.252 0.000 0.440
#> SRR1467455 4 0.3795 0.20038 0.004 0.000 0.000 0.632 0.000 0.364
#> SRR1444559 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381543 4 0.2342 0.33910 0.088 0.000 0.004 0.888 0.000 0.020
#> SRR1402513 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 4 0.4925 -0.02710 0.004 0.000 0.052 0.504 0.000 0.440
#> SRR660007 3 0.5586 0.56176 0.000 0.000 0.472 0.144 0.000 0.384
#> SRR655649 3 0.2826 0.42584 0.008 0.000 0.856 0.112 0.000 0.024
#> SRR1437306 3 0.5960 0.22745 0.136 0.000 0.624 0.148 0.000 0.092
#> SRR657731 3 0.5753 0.55474 0.000 0.000 0.444 0.172 0.000 0.384
#> SRR661005 3 0.5709 0.55865 0.000 0.000 0.468 0.168 0.000 0.364
#> SRR600608 4 0.6038 0.09388 0.040 0.000 0.348 0.504 0.000 0.108
#> SRR655923 3 0.4500 0.51801 0.000 0.000 0.676 0.076 0.000 0.248
#> SRR1334717 4 0.3830 0.19011 0.004 0.000 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1401552 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474886 4 0.4493 0.03585 0.004 0.000 0.004 0.540 0.016 0.436
#> SRR1082759 5 0.2100 0.78341 0.000 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR1340420 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662534 6 0.6468 0.33408 0.248 0.000 0.028 0.272 0.000 0.452
#> SRR1316815 1 0.3803 0.63567 0.724 0.000 0.004 0.252 0.000 0.020
#> SRR1072797 4 0.3942 0.19390 0.004 0.000 0.004 0.624 0.000 0.368
#> SRR612455 4 0.3881 0.09577 0.004 0.000 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR818210 6 0.6350 0.32008 0.272 0.000 0.020 0.252 0.000 0.456
#> SRR1488751 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR598671 6 0.6000 -0.33380 0.000 0.000 0.236 0.364 0.000 0.400
#> SRR1387178 4 0.5127 0.19415 0.096 0.000 0.000 0.556 0.000 0.348
#> SRR660498 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403831 4 0.3563 0.22581 0.000 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR657325 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339740 4 0.4039 0.21801 0.016 0.000 0.000 0.632 0.000 0.352
#> SRR657348 4 0.5073 0.16509 0.004 0.000 0.292 0.608 0.000 0.096
#> SRR662091 4 0.4184 0.05300 0.004 0.000 0.000 0.556 0.008 0.432
#> SRR608598 4 0.5698 -0.14829 0.000 0.000 0.160 0.440 0.000 0.400
#> SRR663320 6 0.5724 0.23647 0.168 0.000 0.000 0.376 0.000 0.456
#> SRR608662 4 0.3634 0.21097 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1361567 4 0.5790 0.04887 0.184 0.000 0.000 0.456 0.000 0.360
#> SRR819134 4 0.5531 -0.11373 0.132 0.000 0.000 0.452 0.000 0.416
#> SRR1311400 1 0.0937 0.82655 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR817775 4 0.5202 -0.05265 0.004 0.000 0.064 0.480 0.004 0.448
#> SRR661433 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453341 6 0.5610 0.17738 0.144 0.000 0.000 0.416 0.000 0.440
#> SRR819946 4 0.5610 -0.13606 0.000 0.000 0.144 0.440 0.000 0.416
#> SRR1319539 4 0.3923 0.07513 0.004 0.000 0.000 0.580 0.000 0.416
#> SRR1343841 1 0.2278 0.77891 0.868 0.000 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR665563 3 0.5774 0.55216 0.000 0.000 0.440 0.176 0.000 0.384
#> SRR1487321 4 0.2100 0.33270 0.112 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004
#> SRR1312428 4 0.2225 0.33784 0.092 0.000 0.008 0.892 0.000 0.008
#> SRR657587 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1337412 4 0.3937 0.07205 0.004 0.000 0.000 0.572 0.000 0.424
#> SRR1474466 3 0.5539 0.27721 0.088 0.000 0.652 0.192 0.000 0.068
#> SRR1466993 1 0.1714 0.80901 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1358102 4 0.4033 0.26019 0.032 0.000 0.168 0.768 0.000 0.032
#> SRR1455171 6 0.5971 -0.50726 0.000 0.000 0.388 0.224 0.000 0.388
#> SRR627299 2 0.1327 0.93080 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR660733 3 0.4634 0.45836 0.000 0.000 0.644 0.284 0.000 0.072
#> SRR817758 4 0.2278 0.32568 0.004 0.000 0.000 0.868 0.000 0.128
#> SRR821019 3 0.1408 0.39963 0.000 0.000 0.944 0.020 0.000 0.036
#> SRR1330675 4 0.2221 0.34133 0.072 0.000 0.000 0.896 0.000 0.032
#> SRR1433644 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320180 4 0.4070 0.06005 0.004 0.000 0.004 0.568 0.000 0.424
#> SRR604074 3 0.4899 0.21579 0.000 0.000 0.488 0.452 0.000 0.060
#> SRR1322291 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658188 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR820209 3 0.1829 0.40774 0.008 0.000 0.928 0.028 0.000 0.036
#> SRR1331841 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.4058 0.18491 0.004 0.000 0.008 0.616 0.000 0.372
#> SRR1350456 4 0.6240 -0.12051 0.316 0.000 0.004 0.364 0.000 0.316
#> SRR1472079 4 0.4571 0.02286 0.004 0.000 0.028 0.536 0.000 0.432
#> SRR1500537 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660103 3 0.5709 0.55829 0.000 0.000 0.452 0.164 0.000 0.384
#> SRR1403958 4 0.3737 0.17260 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1322270 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600754 4 0.3684 0.19641 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1334847 4 0.2425 0.33354 0.100 0.000 0.012 0.880 0.000 0.008
#> SRR1421093 4 0.6010 -0.09353 0.004 0.000 0.028 0.440 0.100 0.428
#> SRR1085782 3 0.5731 0.55681 0.000 0.000 0.448 0.168 0.000 0.384
#> SRR1466357 2 0.2302 0.86956 0.008 0.872 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR597977 4 0.5608 -0.12407 0.000 0.000 0.124 0.440 0.004 0.432
#> SRR1375635 4 0.2772 0.29482 0.004 0.000 0.000 0.816 0.000 0.180
#> SRR661133 4 0.4452 0.21119 0.000 0.000 0.048 0.636 0.000 0.316
#> SRR1357523 1 0.0458 0.82028 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415732 4 0.3744 0.28950 0.052 0.000 0.000 0.764 0.000 0.184
#> SRR1434250 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396640 4 0.2878 0.32380 0.100 0.000 0.016 0.860 0.000 0.024
#> SRR1454803 1 0.0865 0.82842 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1468381 6 0.5794 0.19300 0.156 0.000 0.004 0.388 0.000 0.452
#> SRR1447986 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388007 3 0.5731 0.55681 0.000 0.000 0.448 0.168 0.000 0.384
#> SRR1434138 4 0.3684 0.14616 0.004 0.000 0.000 0.664 0.000 0.332
#> SRR1456950 4 0.5540 0.23601 0.116 0.000 0.020 0.592 0.000 0.272
#> SRR1400375 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323764 3 0.5701 0.44791 0.044 0.000 0.592 0.272 0.000 0.092
#> SRR1355040 6 0.6412 0.23367 0.348 0.000 0.020 0.228 0.000 0.404
#> SRR1409351 4 0.3620 0.21459 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1085495 4 0.5283 0.02657 0.080 0.000 0.008 0.524 0.000 0.388
#> SRR604026 4 0.4655 0.24730 0.068 0.000 0.000 0.632 0.000 0.300
#> SRR1500868 4 0.2113 0.33656 0.092 0.000 0.004 0.896 0.000 0.008
#> SRR1476279 4 0.2854 0.28609 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR627429 3 0.1666 0.39729 0.008 0.000 0.936 0.020 0.000 0.036
#> SRR660969 4 0.5133 0.15599 0.004 0.000 0.332 0.576 0.000 0.088
#> SRR1335377 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330546 6 0.5903 -0.28191 0.000 0.000 0.204 0.396 0.000 0.400
#> SRR1440986 1 0.0547 0.82243 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1357189 4 0.3737 0.17260 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1319837 4 0.3993 0.15152 0.008 0.000 0.000 0.592 0.000 0.400
#> SRR1491311 3 0.5709 0.55829 0.000 0.000 0.452 0.164 0.000 0.384
#> SRR1487295 6 0.6343 -0.30498 0.004 0.000 0.012 0.212 0.356 0.416
#> SRR1415215 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086635 3 0.3227 0.50747 0.000 0.000 0.824 0.116 0.000 0.060
#> SRR1440058 4 0.4468 0.09605 0.032 0.000 0.000 0.560 0.000 0.408
#> SRR1389979 6 0.6470 0.32142 0.268 0.000 0.028 0.252 0.000 0.452
#> SRR1315721 4 0.3993 0.15152 0.008 0.000 0.000 0.592 0.000 0.400
#> SRR607337 4 0.3841 0.18595 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR1434803 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332275 4 0.3518 0.28284 0.000 0.000 0.012 0.732 0.000 0.256
#> SRR1465132 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.5777 0.54936 0.000 0.000 0.436 0.176 0.000 0.388
#> SRR1387989 4 0.5656 -0.14162 0.000 0.000 0.152 0.440 0.000 0.408
#> SRR1383018 4 0.3023 0.30028 0.000 0.000 0.004 0.784 0.000 0.212
#> SRR1441701 4 0.5698 -0.14829 0.000 0.000 0.160 0.440 0.000 0.400
#> SRR1368772 3 0.7211 -0.18708 0.288 0.000 0.392 0.104 0.000 0.216
#> SRR664819 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435536 4 0.3684 0.19588 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR614083 3 0.6034 0.47595 0.000 0.000 0.420 0.272 0.000 0.308
#> SRR1310623 4 0.5713 -0.13448 0.000 0.000 0.140 0.436 0.004 0.420
#> SRR1420625 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816721 4 0.3672 0.19912 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1359367 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391879 4 0.1563 0.34453 0.056 0.000 0.000 0.932 0.000 0.012
#> SRR1418992 1 0.0458 0.82028 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488836 3 0.5914 0.52249 0.000 0.000 0.412 0.208 0.000 0.380
#> SRR1399028 1 0.1007 0.82717 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1418127 4 0.3735 0.31146 0.092 0.000 0.000 0.784 0.000 0.124
#> SRR1402900 6 0.5476 0.18549 0.108 0.000 0.004 0.412 0.000 0.476
#> SRR1485290 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394755 4 0.3835 0.23823 0.012 0.000 0.000 0.668 0.000 0.320
#> SRR664842 4 0.5127 0.16840 0.000 0.000 0.300 0.588 0.000 0.112
#> SRR662342 3 0.5310 0.25725 0.120 0.004 0.684 0.152 0.000 0.040
#> SRR665502 4 0.4094 0.22535 0.000 0.000 0.024 0.652 0.000 0.324
#> SRR657891 4 0.3852 0.18044 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384
#> SRR1421305 3 0.5548 0.29251 0.084 0.000 0.644 0.208 0.000 0.064
#> SRR1335707 4 0.3805 0.13935 0.004 0.000 0.000 0.664 0.004 0.328
#> SRR1401276 6 0.5329 0.13087 0.104 0.000 0.000 0.444 0.000 0.452
#> SRR627421 4 0.4728 0.03918 0.004 0.000 0.324 0.616 0.000 0.056
#> SRR1311575 4 0.3410 0.28220 0.216 0.000 0.008 0.768 0.000 0.008
#> SRR1475675 6 0.5993 -0.49453 0.000 0.000 0.376 0.232 0.000 0.392
#> SRR661995 4 0.5261 0.18966 0.004 0.000 0.160 0.620 0.000 0.216
#> SRR1471922 4 0.3482 0.23817 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1077687 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR821602 4 0.5687 -0.13111 0.000 0.000 0.136 0.440 0.004 0.420
#> SRR608718 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071289 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437555 1 0.2664 0.71766 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR810571 3 0.1408 0.39963 0.000 0.000 0.944 0.020 0.000 0.036
#> SRR664048 4 0.4950 0.06251 0.000 0.000 0.080 0.576 0.000 0.344
#> SRR1500998 4 0.4049 0.08047 0.004 0.000 0.004 0.580 0.000 0.412
#> SRR1320916 4 0.3330 0.25799 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1472150 4 0.5166 -0.03234 0.004 0.000 0.040 0.492 0.016 0.448
#> SRR1329090 4 0.2062 0.33946 0.088 0.000 0.004 0.900 0.000 0.008
#> SRR1317344 6 0.6509 0.34052 0.248 0.000 0.028 0.288 0.000 0.436
#> SRR817978 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1324371 1 0.1444 0.81907 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1474333 4 0.4601 0.28145 0.112 0.000 0.000 0.688 0.000 0.200
#> SRR1321462 4 0.5857 0.16604 0.056 0.000 0.280 0.576 0.000 0.088
#> SRR1387264 4 0.6498 -0.09203 0.112 0.000 0.072 0.436 0.000 0.380
#> SRR1468141 4 0.5480 -0.12045 0.000 0.000 0.124 0.444 0.000 0.432
#> SRR1486097 1 0.0547 0.82243 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR608002 6 0.6503 0.31120 0.280 0.000 0.028 0.252 0.000 0.440
#> SRR1360563 6 0.6500 0.30619 0.284 0.000 0.028 0.248 0.000 0.440
#> SRR1414684 4 0.5698 -0.14829 0.000 0.000 0.160 0.440 0.000 0.400
#> SRR604050 4 0.3852 0.18044 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384
#> SRR600385 4 0.4988 -0.13260 0.000 0.000 0.448 0.484 0.000 0.068
#> SRR1430248 3 0.5262 0.41776 0.008 0.000 0.536 0.376 0.000 0.080
#> SRR1352975 4 0.2066 0.33999 0.024 0.000 0.000 0.904 0.000 0.072
#> SRR1457221 4 0.5624 -0.13414 0.000 0.000 0.148 0.456 0.000 0.396
#> SRR807591 6 0.5632 0.17570 0.104 0.000 0.012 0.420 0.000 0.464
#> SRR1407560 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345478 6 0.5905 -0.19698 0.004 0.000 0.016 0.432 0.112 0.436
#> SRR660895 3 0.5774 0.55216 0.000 0.000 0.440 0.176 0.000 0.384
#> SRR655111 3 0.3150 0.50858 0.000 0.000 0.828 0.120 0.000 0.052
#> SRR1336006 4 0.4402 0.04438 0.004 0.000 0.020 0.564 0.000 0.412
#> SRR613114 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR608368 4 0.3652 0.15294 0.004 0.000 0.000 0.672 0.000 0.324
#> SRR1315269 4 0.2039 0.34223 0.076 0.000 0.000 0.904 0.000 0.020
#> SRR1435020 6 0.6343 0.27960 0.296 0.000 0.020 0.232 0.000 0.452
#> SRR1337564 1 0.2932 0.73117 0.820 0.000 0.000 0.164 0.000 0.016
#> SRR1315019 4 0.5608 -0.12407 0.000 0.000 0.124 0.440 0.004 0.432
#> SRR1370173 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408327 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR1405485 4 0.2743 0.31256 0.164 0.000 0.000 0.828 0.000 0.008
#> SRR812012 1 0.1010 0.82540 0.960 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1370619 4 0.5226 -0.10669 0.092 0.000 0.000 0.464 0.000 0.444
#> SRR1469495 4 0.6558 -0.16451 0.004 0.000 0.020 0.376 0.232 0.368
#> SRR1378841 5 0.1644 0.80587 0.000 0.000 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR1375616 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381566 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1432123 6 0.6177 0.34582 0.244 0.000 0.008 0.308 0.000 0.440
#> SRR1370405 4 0.3672 0.19980 0.000 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1099499 6 0.5553 0.14194 0.104 0.000 0.008 0.440 0.000 0.448
#> SRR659331 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436106 4 0.2095 0.34110 0.076 0.000 0.004 0.904 0.000 0.016
#> SRR1468974 5 0.5583 0.31900 0.000 0.000 0.016 0.096 0.516 0.372
#> SRR1470111 4 0.6558 -0.16447 0.004 0.000 0.020 0.376 0.232 0.368
#> SRR1079168 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR1338584 4 0.5016 -0.23593 0.000 0.000 0.392 0.532 0.000 0.076
#> SRR1329551 3 0.5800 0.54115 0.000 0.000 0.424 0.180 0.000 0.396
#> SRR662871 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816770 1 0.2600 0.78783 0.876 0.000 0.004 0.036 0.000 0.084
#> SRR600560 4 0.4844 -0.01762 0.056 0.000 0.000 0.504 0.000 0.440
#> SRR1434867 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607935 4 0.5519 -0.10883 0.004 0.000 0.112 0.448 0.000 0.436
#> SRR1487107 4 0.3841 0.18417 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR1348159 6 0.5907 0.31760 0.204 0.000 0.004 0.304 0.000 0.488
#> SRR1356036 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR614443 3 0.5917 0.51177 0.000 0.000 0.404 0.208 0.000 0.388
#> SRR1314958 4 0.1970 0.33855 0.092 0.000 0.000 0.900 0.000 0.008
#> SRR1341702 4 0.2415 0.33647 0.084 0.000 0.016 0.888 0.000 0.012
#> SRR1444678 4 0.5175 0.01861 0.048 0.000 0.288 0.624 0.000 0.040
#> SRR1350107 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342045 3 0.6073 0.21972 0.056 0.000 0.504 0.352 0.000 0.088
#> SRR1467364 3 0.4806 -0.00559 0.008 0.344 0.604 0.040 0.000 0.004
#> SRR1078879 4 0.4105 0.20489 0.000 0.000 0.020 0.632 0.000 0.348
#> SRR1468955 1 0.1910 0.79499 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR660626 6 0.6270 0.32111 0.284 0.000 0.012 0.264 0.000 0.440
#> SRR812436 1 0.0632 0.82533 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1312103 4 0.6189 0.03970 0.064 0.000 0.364 0.484 0.000 0.088
#> SRR1429891 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661255 3 0.5613 0.56181 0.000 0.000 0.468 0.148 0.000 0.384
#> SRR660933 1 0.0458 0.82028 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1488651 4 0.4493 0.03585 0.004 0.000 0.004 0.540 0.016 0.436
#> SRR1359388 4 0.3841 0.18167 0.004 0.000 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR817686 3 0.2956 0.48985 0.000 0.000 0.848 0.088 0.000 0.064
#> SRR1429162 4 0.2263 0.33347 0.016 0.000 0.000 0.884 0.000 0.100
#> SRR612380 4 0.5125 0.19886 0.004 0.000 0.140 0.636 0.000 0.220
#> SRR817905 4 0.3954 0.22262 0.000 0.000 0.012 0.636 0.000 0.352
#> SRR1337909 4 0.2257 0.33002 0.116 0.000 0.000 0.876 0.000 0.008
#> SRR661723 6 0.5969 -0.29984 0.000 0.000 0.224 0.376 0.000 0.400
#> SRR1314163 4 0.5541 -0.03491 0.136 0.000 0.000 0.472 0.000 0.392
#> SRR1489155 6 0.6017 -0.20020 0.004 0.000 0.016 0.416 0.128 0.436
#> SRR1398992 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607091 3 0.4582 0.55497 0.000 0.000 0.684 0.216 0.000 0.100
#> SRR1472193 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.1285 0.93823 0.004 0.944 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445238 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820078 6 0.6195 0.33180 0.264 0.000 0.008 0.288 0.000 0.440
#> SRR1481462 2 0.2706 0.82657 0.008 0.832 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR819534 4 0.5855 -0.19498 0.000 0.000 0.192 0.412 0.000 0.396
#> SRR820468 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659899 4 0.4089 0.20339 0.004 0.000 0.012 0.632 0.000 0.352
#> SRR1396078 4 0.4467 0.27211 0.064 0.000 0.056 0.760 0.000 0.120
#> SRR1443612 3 0.5753 0.55474 0.000 0.000 0.444 0.172 0.000 0.384
#> SRR1470902 4 0.2102 0.34188 0.068 0.000 0.012 0.908 0.000 0.012
#> SRR1362777 6 0.6051 -0.46785 0.000 0.000 0.360 0.256 0.000 0.384
#> SRR1413522 4 0.2655 0.33699 0.060 0.000 0.020 0.884 0.000 0.036
#> SRR1073143 4 0.5216 0.01662 0.072 0.000 0.008 0.520 0.000 0.400
#> SRR1444622 4 0.4432 0.03410 0.004 0.000 0.020 0.544 0.000 0.432
#> SRR662570 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430288 4 0.4344 0.20952 0.032 0.000 0.000 0.612 0.000 0.356
#> SRR1323043 1 0.2907 0.74107 0.828 0.000 0.000 0.152 0.000 0.020
#> SRR1475022 4 0.4493 0.03585 0.004 0.000 0.004 0.540 0.016 0.436
#> SRR1080927 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328919 4 0.4552 0.20108 0.000 0.000 0.288 0.648 0.000 0.064
#> SRR603596 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602808 3 0.5756 0.55322 0.000 0.000 0.440 0.172 0.000 0.388
#> SRR615467 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR660638 3 0.1970 0.41178 0.008 0.000 0.920 0.044 0.000 0.028
#> SRR1360383 4 0.3215 0.25156 0.004 0.000 0.000 0.756 0.000 0.240
#> SRR1354577 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR608230 4 0.5347 0.01687 0.000 0.000 0.124 0.540 0.000 0.336
#> SRR1320873 4 0.3930 0.19812 0.004 0.000 0.004 0.628 0.000 0.364
#> SRR1336379 4 0.2169 0.34035 0.080 0.000 0.008 0.900 0.000 0.012
#> SRR1325665 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357434 4 0.4482 0.08107 0.032 0.000 0.000 0.552 0.000 0.416
#> SRR1477634 4 0.3881 0.16324 0.004 0.000 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR1444876 4 0.5260 0.02902 0.048 0.000 0.268 0.632 0.000 0.052
#> SRR1101421 6 0.6327 0.32966 0.260 0.000 0.020 0.256 0.000 0.464
#> SRR613354 4 0.3647 0.20669 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1434782 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 6 0.5784 -0.30464 0.000 0.000 0.176 0.412 0.000 0.412
#> SRR1324431 4 0.3852 0.18044 0.004 0.000 0.000 0.612 0.000 0.384
#> SRR1442356 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386818 6 0.6243 0.33887 0.192 0.000 0.032 0.260 0.000 0.516
#> SRR655684 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332796 1 0.0547 0.82316 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1397073 4 0.3668 0.14354 0.004 0.000 0.000 0.668 0.000 0.328
#> SRR1455060 3 0.4227 -0.36158 0.008 0.492 0.496 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341008 4 0.6544 0.18918 0.112 0.000 0.172 0.552 0.000 0.164
#> SRR1087031 4 0.4194 0.20748 0.008 0.000 0.012 0.628 0.000 0.352
#> SRR1489177 4 0.4918 -0.02175 0.004 0.000 0.052 0.512 0.000 0.432
#> SRR1350525 6 0.6065 -0.40520 0.000 0.000 0.316 0.280 0.000 0.404
#> SRR1440517 6 0.5759 0.09697 0.120 0.000 0.012 0.424 0.000 0.444
#> SRR1320093 1 0.0458 0.82028 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR602516 6 0.6497 0.34141 0.244 0.000 0.028 0.288 0.000 0.440
#> SRR604318 3 0.2349 0.41294 0.008 0.000 0.892 0.080 0.000 0.020
#> SRR1320280 1 0.0632 0.82533 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1082262 4 0.6170 -0.03504 0.272 0.000 0.016 0.488 0.000 0.224
#> SRR1379238 4 0.3056 0.30169 0.184 0.000 0.004 0.804 0.000 0.008
#> SRR1385080 4 0.2231 0.34115 0.068 0.000 0.004 0.900 0.000 0.028
#> SRR1316921 4 0.4635 0.21602 0.056 0.000 0.000 0.608 0.000 0.336
#> SRR1097752 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375308 4 0.5348 -0.08190 0.092 0.000 0.004 0.476 0.000 0.428
#> SRR1498272 1 0.4889 0.50528 0.672 0.000 0.004 0.140 0.000 0.184
#> SRR814989 1 0.6453 -0.19781 0.380 0.000 0.020 0.240 0.000 0.360
#> SRR1320892 3 0.5830 0.48480 0.024 0.000 0.572 0.248 0.000 0.156
#> SRR818418 4 0.3830 0.19032 0.004 0.000 0.000 0.620 0.000 0.376
#> SRR1474553 6 0.6338 0.32359 0.268 0.000 0.020 0.252 0.000 0.460
#> SRR1430884 3 0.5731 0.55581 0.000 0.000 0.448 0.168 0.000 0.384
#> SRR1079281 4 0.3323 0.23991 0.008 0.000 0.000 0.752 0.000 0.240
#> SRR656493 3 0.5756 0.55248 0.000 0.000 0.440 0.172 0.000 0.388
#> SRR1328599 4 0.4786 0.19774 0.000 0.000 0.064 0.584 0.000 0.352
#> SRR655218 3 0.2505 0.41325 0.008 0.000 0.880 0.092 0.000 0.020
#> SRR1416754 4 0.3665 0.16945 0.004 0.000 0.000 0.696 0.004 0.296
#> SRR1488562 4 0.5750 0.15411 0.036 0.000 0.104 0.576 0.000 0.284
#> SRR1084842 6 0.6338 0.33353 0.252 0.000 0.020 0.268 0.000 0.460
#> SRR819999 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659673 3 0.4003 0.54400 0.000 0.000 0.756 0.152 0.000 0.092
#> SRR1468514 6 0.5638 0.14855 0.104 0.000 0.012 0.436 0.000 0.448
#> SRR1499823 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1481216 6 0.6294 0.31500 0.300 0.000 0.012 0.260 0.000 0.428
#> SRR1474065 4 0.4076 0.15085 0.012 0.000 0.000 0.592 0.000 0.396
#> SRR1499442 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476571 4 0.4279 0.04537 0.004 0.000 0.000 0.548 0.012 0.436
#> SRR1445328 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.1141 0.94208 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085662 4 0.2066 0.34230 0.072 0.000 0.000 0.904 0.000 0.024
#> SRR1415095 3 0.5834 0.23485 0.128 0.000 0.636 0.152 0.000 0.084
#> SRR1499982 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488715 4 0.3620 0.21387 0.000 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR597927 4 0.4967 0.20217 0.004 0.000 0.096 0.632 0.000 0.268
#> SRR1479239 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408113 6 0.5940 -0.20139 0.004 0.000 0.012 0.416 0.128 0.440
#> SRR1490019 1 0.1594 0.82125 0.932 0.000 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR1333694 3 0.5794 0.54848 0.000 0.000 0.436 0.180 0.000 0.384
#> SRR1476676 6 0.5901 0.16861 0.176 0.000 0.004 0.384 0.000 0.436
#> SRR663261 3 0.5753 0.55474 0.000 0.000 0.444 0.172 0.000 0.384
#> SRR1432343 4 0.3390 0.24916 0.000 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1459585 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434271 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR602365 3 0.5884 0.52577 0.000 0.000 0.416 0.200 0.000 0.384
#> SRR612443 4 0.4984 0.20129 0.000 0.000 0.124 0.632 0.000 0.244
#> SRR1473936 6 0.6063 -0.45716 0.000 0.000 0.348 0.264 0.000 0.388
#> SRR1455698 5 0.5760 0.21648 0.004 0.000 0.008 0.116 0.468 0.404
#> SRR1331335 4 0.5285 0.16977 0.112 0.000 0.000 0.536 0.000 0.352
#> SRR659187 4 0.5045 0.20708 0.004 0.000 0.116 0.636 0.000 0.244
#> SRR1417912 1 0.0458 0.82028 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1316940 4 0.3887 0.12933 0.008 0.000 0.000 0.632 0.000 0.360
#> SRR1500753 1 0.4934 0.58927 0.676 0.000 0.020 0.084 0.000 0.220
#> SRR657635 6 0.5635 0.09639 0.128 0.000 0.004 0.432 0.000 0.436
#> SRR615934 4 0.5608 -0.12407 0.000 0.000 0.124 0.440 0.004 0.432
#> SRR1411024 4 0.5005 0.25174 0.124 0.000 0.000 0.628 0.000 0.248
#> SRR1469904 1 0.2009 0.81014 0.904 0.000 0.008 0.084 0.000 0.004
#> SRR1311794 1 0.3834 0.59937 0.708 0.000 0.000 0.268 0.000 0.024
#> SRR657754 3 0.5031 0.18364 0.004 0.000 0.528 0.404 0.000 0.064
#> SRR1464451 1 0.4318 0.57589 0.728 0.000 0.000 0.140 0.000 0.132
#> SRR1443895 4 0.3976 0.10405 0.004 0.000 0.000 0.612 0.004 0.380
#> SRR1444460 1 0.5705 0.47390 0.568 0.000 0.108 0.296 0.000 0.028
#> SRR1333587 4 0.2100 0.31974 0.000 0.000 0.004 0.884 0.000 0.112
#> SRR1307770 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339530 4 0.3905 0.12711 0.004 0.000 0.004 0.636 0.000 0.356
#> SRR1366433 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1480479 4 0.3499 0.23558 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1470175 3 0.6425 -0.00684 0.204 0.000 0.440 0.328 0.000 0.028
#> SRR598768 4 0.5789 0.11563 0.168 0.000 0.004 0.492 0.000 0.336
#> SRR1335400 1 0.1075 0.82534 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1418923 4 0.3872 0.16838 0.004 0.000 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR820133 3 0.4572 0.44028 0.008 0.000 0.700 0.212 0.000 0.080
#> SRR1348424 3 0.5170 0.57414 0.000 0.000 0.620 0.176 0.000 0.204
#> SRR1382956 5 0.3445 0.63713 0.000 0.000 0.008 0.000 0.732 0.260
#> SRR1339549 4 0.4636 0.01566 0.004 0.000 0.032 0.532 0.000 0.432
#> SRR821434 4 0.3684 0.19697 0.000 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR662546 4 0.3782 0.20517 0.000 0.000 0.004 0.636 0.000 0.360
#> SRR1319816 4 0.5736 -0.13606 0.000 0.000 0.144 0.440 0.004 0.412
#> SRR1078347 4 0.4787 0.05470 0.004 0.000 0.052 0.584 0.000 0.360
#> SRR1435293 3 0.5610 0.26680 0.092 0.000 0.644 0.196 0.000 0.068
#> SRR1408208 6 0.6471 0.32427 0.264 0.000 0.028 0.256 0.000 0.452
#> SRR1332317 4 0.5842 -0.08161 0.004 0.000 0.016 0.440 0.104 0.436
#> SRR1499193 4 0.4915 0.22879 0.228 0.000 0.072 0.676 0.000 0.024
#> SRR1467294 4 0.5608 -0.12407 0.000 0.000 0.124 0.440 0.004 0.432
#> SRR1359649 4 0.3714 0.13906 0.004 0.000 0.000 0.656 0.000 0.340
#> SRR1335688 6 0.5903 -0.30387 0.000 0.000 0.208 0.364 0.000 0.428
#> SRR1370129 4 0.5645 -0.14826 0.000 0.000 0.152 0.456 0.000 0.392
#> SRR1321966 3 0.5709 0.55829 0.000 0.000 0.452 0.164 0.000 0.384
#> SRR1488672 4 0.3402 0.29302 0.012 0.000 0.020 0.800 0.000 0.168
#> SRR1343197 5 0.0000 0.83841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416999 4 0.5548 -0.04440 0.136 0.000 0.000 0.464 0.000 0.400
#> SRR1334564 1 0.1082 0.82915 0.956 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR660661 3 0.5753 0.55474 0.000 0.000 0.444 0.172 0.000 0.384
#> SRR1498861 4 0.5389 -0.04993 0.008 0.000 0.344 0.548 0.000 0.100
#> SRR1317877 6 0.5361 0.13510 0.108 0.000 0.000 0.440 0.000 0.452
#> SRR1329885 4 0.5585 -0.12991 0.000 0.000 0.140 0.444 0.000 0.416
#> SRR1459718 6 0.6481 0.31910 0.272 0.000 0.028 0.252 0.000 0.448
#> SRR615731 6 0.6033 -0.47545 0.000 0.000 0.364 0.248 0.000 0.388
#> SRR602622 4 0.3428 0.27707 0.000 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1487685 4 0.3309 0.26457 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1455925 6 0.6350 0.32008 0.272 0.000 0.020 0.252 0.000 0.456
#> SRR1390516 4 0.5979 -0.32300 0.000 0.000 0.340 0.424 0.000 0.236
#> SRR1313932 4 0.4530 0.20714 0.044 0.000 0.000 0.600 0.000 0.356
#> SRR603397 3 0.5777 0.54936 0.000 0.000 0.436 0.176 0.000 0.388
#> SRR1099023 5 0.0508 0.83484 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1409899 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368964 4 0.5759 -0.13878 0.000 0.000 0.148 0.440 0.004 0.408
#> SRR1334741 4 0.3881 0.09671 0.004 0.000 0.000 0.600 0.000 0.396
#> SRR656564 4 0.2454 0.33615 0.104 0.000 0.004 0.876 0.000 0.016
#> SRR608174 4 0.3647 0.20665 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1320963 4 0.5403 0.13400 0.124 0.000 0.000 0.516 0.000 0.360
#> SRR661973 3 0.2781 0.41329 0.008 0.000 0.860 0.108 0.000 0.024
#> SRR598533 3 0.4217 -0.30817 0.008 0.464 0.524 0.000 0.000 0.004
#> SRR613270 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.98424 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480365 4 0.5959 0.06207 0.200 0.000 0.004 0.460 0.000 0.336
#> SRR602927 1 0.2048 0.77378 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.2593 0.83986 0.008 0.844 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 4 0.5033 0.23289 0.216 0.000 0.076 0.676 0.000 0.032
#> SRR1475909 4 0.2066 0.34203 0.072 0.000 0.000 0.904 0.000 0.024
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17739 rows and 500 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.926 0.951 0.978 0.4562 0.547 0.547
#> 3 3 0.738 0.830 0.917 0.3333 0.764 0.599
#> 4 4 0.681 0.761 0.868 0.2038 0.783 0.499
#> 5 5 0.698 0.650 0.795 0.0763 0.827 0.463
#> 6 6 0.706 0.542 0.742 0.0326 0.945 0.769
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1456841 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1356619 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1341898 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1333930 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1085850 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1379450 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467813 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR614814 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1077405 2 0.5059 0.867 0.112 0.888
#> SRR1330061 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662725 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1313951 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1339218 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1417505 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1407134 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1331289 2 0.9922 0.208 0.448 0.552
#> SRR1075898 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1498482 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1359673 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1439873 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1335254 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1352706 1 0.5519 0.848 0.872 0.128
#> SRR1436966 1 0.8081 0.672 0.752 0.248
#> SRR614802 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1388979 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1396595 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1340508 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1360868 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1440699 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1389059 2 0.9686 0.359 0.396 0.604
#> SRR1083100 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1348861 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1072367 2 0.6801 0.780 0.180 0.820
#> SRR1468403 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1417070 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1390601 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1486560 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1315761 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR810957 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1458422 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1394677 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1444479 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1470212 2 0.4298 0.894 0.088 0.912
#> SRR1433971 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR598124 1 0.2603 0.942 0.956 0.044
#> SRR615141 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR601122 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1397008 1 0.1633 0.960 0.976 0.024
#> SRR1358561 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1498640 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1429957 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1452292 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467590 1 0.9963 0.134 0.536 0.464
#> SRR1394936 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1485542 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR659121 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1330656 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1388305 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1363992 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1311086 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR655375 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1458044 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR661325 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1439807 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1352129 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1406561 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1394713 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1403875 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1476186 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1436444 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1084649 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1500405 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1354446 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467455 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1444559 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1381543 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1402513 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR820379 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR660007 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR655649 1 0.3584 0.918 0.932 0.068
#> SRR1437306 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657731 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR661005 2 0.8144 0.669 0.252 0.748
#> SRR600608 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR655923 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1334717 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1401552 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1474886 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1082759 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1340420 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR662534 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1316815 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1072797 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR612455 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR818210 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1488751 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1404969 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1328960 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR598671 2 0.9427 0.445 0.360 0.640
#> SRR1387178 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR660498 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1403831 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657325 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1339740 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657348 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662091 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR608598 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR663320 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR608662 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1361567 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1311400 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR817775 1 0.0672 0.973 0.992 0.008
#> SRR661433 2 0.0376 0.972 0.004 0.996
#> SRR1453341 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR819946 2 0.1414 0.959 0.020 0.980
#> SRR1319539 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1343841 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR665563 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1487321 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1312428 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657587 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1337412 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1474466 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1466993 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1358102 1 0.5629 0.849 0.868 0.132
#> SRR1455171 2 0.3879 0.906 0.076 0.924
#> SRR627299 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR660733 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR817758 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR821019 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1330675 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1433644 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1320180 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> SRR604074 1 0.4939 0.876 0.892 0.108
#> SRR1322291 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR658188 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR820209 2 0.2423 0.941 0.040 0.960
#> SRR1331841 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1096966 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1350456 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1472079 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1500537 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR660103 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1403958 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1322270 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR600754 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1334847 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1421093 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1085782 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1466357 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR597977 2 0.0376 0.972 0.004 0.996
#> SRR1375635 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR661133 1 0.0672 0.973 0.992 0.008
#> SRR1357523 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1415732 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1434250 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1396640 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1454803 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1468381 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1447986 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1388007 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1434138 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1456950 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1400375 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1323764 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1355040 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1085495 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR604026 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1500868 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1476279 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR627429 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR660969 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1335377 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1330546 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1440986 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1357189 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1319837 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1491311 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1487295 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1415215 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1086635 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1440058 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1389979 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1315721 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR607337 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1434803 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1332275 1 0.2236 0.949 0.964 0.036
#> SRR1465132 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1340133 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1387989 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1383018 1 0.5629 0.849 0.868 0.132
#> SRR1441701 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1368772 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR664819 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1435536 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR614083 1 0.8713 0.601 0.708 0.292
#> SRR1310623 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1420625 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR816721 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1359367 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1391879 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1418992 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1343115 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1488836 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1399028 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1418127 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1402900 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1485290 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1456514 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1394755 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR664842 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662342 2 0.0938 0.965 0.012 0.988
#> SRR665502 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657891 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1421305 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1335707 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1401276 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR627421 1 0.6801 0.787 0.820 0.180
#> SRR1311575 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1475675 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR661995 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1471922 1 0.2043 0.953 0.968 0.032
#> SRR1077687 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR821602 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR608718 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1071289 1 0.7950 0.685 0.760 0.240
#> SRR1437555 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR810571 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR664048 1 0.0672 0.973 0.992 0.008
#> SRR1500998 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1320916 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR1472150 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1329090 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1317344 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR817978 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1324371 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1474333 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1387264 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1468141 2 0.4939 0.871 0.108 0.892
#> SRR1486097 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR608002 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1360563 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1414684 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR604050 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR600385 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1430248 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1352975 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1457221 2 0.4939 0.871 0.108 0.892
#> SRR807591 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1407560 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1345478 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR660895 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR655111 2 0.8016 0.682 0.244 0.756
#> SRR1336006 1 0.2948 0.934 0.948 0.052
#> SRR613114 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR608368 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1315269 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1435020 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1337564 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1315019 2 0.0672 0.969 0.008 0.992
#> SRR1370173 2 0.1184 0.962 0.016 0.984
#> SRR1408327 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1405485 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR812012 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1469495 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1378841 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1375616 1 0.6343 0.806 0.840 0.160
#> SRR1381566 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1432123 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1370405 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1099499 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR659331 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1436106 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1468974 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1470111 2 0.9710 0.340 0.400 0.600
#> SRR1079168 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1338584 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1329551 2 0.9044 0.537 0.320 0.680
#> SRR662871 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR816770 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR600560 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1434867 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR599225 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR607935 1 0.0672 0.973 0.992 0.008
#> SRR1487107 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1348159 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1356036 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR614443 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1314958 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1341702 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1444678 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1350107 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1322010 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1342045 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467364 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1078879 1 0.3584 0.918 0.932 0.068
#> SRR1468955 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR660626 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR812436 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1429891 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1387072 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR661255 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR660933 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1488651 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1359388 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR817686 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1429162 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR612380 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR817905 1 0.6438 0.808 0.836 0.164
#> SRR1337909 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR661723 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1314163 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1489155 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1398992 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR607091 2 0.0938 0.965 0.012 0.988
#> SRR1472193 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1456903 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1445238 1 0.9209 0.515 0.664 0.336
#> SRR820078 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1481462 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR819534 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR820468 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR659899 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1396078 1 0.9460 0.441 0.636 0.364
#> SRR1443612 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1470902 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1362777 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1413522 1 0.5519 0.853 0.872 0.128
#> SRR1073143 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1444622 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR662570 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1430288 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1323043 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1475022 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1080927 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1328919 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR603596 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR602808 2 0.3733 0.910 0.072 0.928
#> SRR615467 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR660638 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR1360383 1 0.3584 0.919 0.932 0.068
#> SRR1354577 1 0.6887 0.773 0.816 0.184
#> SRR608230 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1320873 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1336379 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1325665 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1357434 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1477634 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1444876 1 0.9393 0.461 0.644 0.356
#> SRR1101421 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR613354 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1434782 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1446762 1 0.6438 0.808 0.836 0.164
#> SRR1324431 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1442356 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1386818 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR655684 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1473185 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1332796 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1397073 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1455060 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1341008 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1489177 1 0.7299 0.752 0.796 0.204
#> SRR1350525 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1440517 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1320093 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR602516 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR604318 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR1320280 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1082262 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1379238 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1385080 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1316921 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1097752 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1375308 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1498272 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR818418 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1474553 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1430884 2 0.6531 0.796 0.168 0.832
#> SRR1079281 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR656493 2 0.0938 0.965 0.012 0.988
#> SRR1328599 1 0.3879 0.910 0.924 0.076
#> SRR655218 1 0.5178 0.867 0.884 0.116
#> SRR1416754 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1488562 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1084842 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR819999 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR659673 1 0.7219 0.758 0.800 0.200
#> SRR1468514 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1499823 2 0.5629 0.844 0.132 0.868
#> SRR1481216 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1499442 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1476571 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1445328 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR607887 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1085662 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1499982 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1488715 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR597927 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1479239 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR600957 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1408113 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1490019 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1333694 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1476676 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR663261 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1432343 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1459585 2 0.9129 0.525 0.328 0.672
#> SRR1434271 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR602365 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR612443 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1473936 2 0.7602 0.721 0.220 0.780
#> SRR1455698 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1331335 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR659187 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1417912 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1316940 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1500753 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR615934 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1411024 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1469904 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR657754 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1464451 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1444460 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1333587 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1307770 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1339530 1 0.1184 0.966 0.984 0.016
#> SRR1366433 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1480479 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1470175 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR598768 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1335400 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1418923 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR820133 1 0.7815 0.709 0.768 0.232
#> SRR1348424 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1382956 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1339549 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR821434 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR662546 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1319816 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1078347 1 0.8386 0.647 0.732 0.268
#> SRR1435293 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1408208 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1332317 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1499193 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467294 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1359649 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1335688 1 0.8763 0.593 0.704 0.296
#> SRR1370129 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1321966 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1488672 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1343197 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1416999 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1334564 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR660661 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1498861 1 0.6973 0.776 0.812 0.188
#> SRR1317877 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1329885 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1459718 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR615731 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR602622 1 0.5629 0.848 0.868 0.132
#> SRR1487685 1 0.7139 0.764 0.804 0.196
#> SRR1455925 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1390516 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1313932 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR603397 2 0.3733 0.910 0.072 0.928
#> SRR1099023 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1409899 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1368964 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1334741 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR656564 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR608174 1 0.0376 0.976 0.996 0.004
#> SRR1320963 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR661973 1 0.0938 0.970 0.988 0.012
#> SRR598533 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR613270 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1362183 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1480365 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR602927 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1315799 2 0.0000 0.975 0.000 1.000
#> SRR1432275 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1475909 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1456841 2 0.1964 0.9056 0.000 0.944 0.056
#> SRR1356619 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341898 3 0.0747 0.8679 0.000 0.016 0.984
#> SRR1333930 1 0.2050 0.9084 0.952 0.028 0.020
#> SRR1085850 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379450 1 0.0237 0.9210 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467813 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR614814 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1077405 3 0.6373 0.2033 0.004 0.408 0.588
#> SRR1330061 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR662725 1 0.1031 0.9201 0.976 0.000 0.024
#> SRR1313951 1 0.5397 0.6309 0.720 0.000 0.280
#> SRR1339218 1 0.4235 0.7821 0.824 0.000 0.176
#> SRR1417505 1 0.5465 0.6000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1407134 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1457418 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1331289 2 0.2774 0.8407 0.072 0.920 0.008
#> SRR1075898 1 0.5497 0.5945 0.708 0.000 0.292
#> SRR1498482 3 0.2625 0.8037 0.000 0.084 0.916
#> SRR1359673 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1439873 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402239 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1335254 1 0.0983 0.9165 0.980 0.016 0.004
#> SRR1352706 2 0.5202 0.6785 0.220 0.772 0.008
#> SRR1436966 2 0.5763 0.6025 0.276 0.716 0.008
#> SRR614802 1 0.5098 0.6713 0.752 0.000 0.248
#> SRR1388979 1 0.1031 0.9201 0.976 0.000 0.024
#> SRR1396595 1 0.0237 0.9210 0.996 0.004 0.000
#> SRR1340508 1 0.1031 0.9201 0.976 0.000 0.024
#> SRR1360868 1 0.4235 0.7814 0.824 0.000 0.176
#> SRR1440699 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1389059 2 0.3030 0.8184 0.092 0.904 0.004
#> SRR1083100 1 0.0983 0.9198 0.980 0.016 0.004
#> SRR1348861 1 0.2866 0.8754 0.916 0.076 0.008
#> SRR1072367 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1468403 3 0.0892 0.8648 0.000 0.020 0.980
#> SRR1417070 3 0.1031 0.8614 0.000 0.024 0.976
#> SRR1390601 1 0.0747 0.9219 0.984 0.000 0.016
#> SRR1486560 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR1315761 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392637 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR810957 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR1458422 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR1394677 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1341605 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1444479 3 0.3267 0.8200 0.116 0.000 0.884
#> SRR1470212 2 0.2680 0.8712 0.008 0.924 0.068
#> SRR1433971 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR598124 1 0.5733 0.5282 0.676 0.000 0.324
#> SRR615141 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR601122 1 0.1753 0.9089 0.952 0.000 0.048
#> SRR1397008 1 0.6208 0.7244 0.768 0.068 0.164
#> SRR1358561 2 0.1860 0.9073 0.000 0.948 0.052
#> SRR1498640 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR1429957 3 0.1964 0.8337 0.000 0.056 0.944
#> SRR1452292 1 0.0237 0.9210 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467590 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1394936 2 0.0424 0.9035 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485542 1 0.0237 0.9208 0.996 0.000 0.004
#> SRR659121 1 0.1643 0.9112 0.956 0.000 0.044
#> SRR1330656 2 0.6339 0.4293 0.360 0.632 0.008
#> SRR1388305 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406917 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR1363992 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1311086 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR655375 2 0.4002 0.8213 0.000 0.840 0.160
#> SRR1458044 1 0.0237 0.9223 0.996 0.000 0.004
#> SRR661325 3 0.4452 0.7547 0.192 0.000 0.808
#> SRR1439807 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR1352129 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1406561 1 0.0237 0.9210 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394713 1 0.4228 0.8012 0.844 0.148 0.008
#> SRR1403875 2 0.0424 0.9035 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476186 1 0.0848 0.9172 0.984 0.008 0.008
#> SRR1436444 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1084649 1 0.0829 0.9175 0.984 0.012 0.004
#> SRR1500405 1 0.6565 0.2860 0.576 0.416 0.008
#> SRR1354446 1 0.0424 0.9225 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467455 1 0.5733 0.5180 0.676 0.000 0.324
#> SRR1444559 1 0.6633 0.1942 0.548 0.444 0.008
#> SRR1381543 1 0.0747 0.9223 0.984 0.000 0.016
#> SRR1402513 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR820379 3 0.5650 0.5949 0.312 0.000 0.688
#> SRR660007 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR655649 3 0.3412 0.8135 0.124 0.000 0.876
#> SRR1437306 1 0.0424 0.9225 0.992 0.000 0.008
#> SRR657731 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR661005 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR600608 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR655923 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1334717 1 0.1289 0.9175 0.968 0.000 0.032
#> SRR1401552 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1474886 1 0.1711 0.9064 0.960 0.032 0.008
#> SRR1082759 1 0.6608 0.2343 0.560 0.432 0.008
#> SRR1340420 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR662534 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1316815 1 0.0592 0.9191 0.988 0.012 0.000
#> SRR1072797 1 0.4235 0.7818 0.824 0.000 0.176
#> SRR612455 1 0.0848 0.9172 0.984 0.008 0.008
#> SRR818210 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1488751 2 0.2356 0.8988 0.000 0.928 0.072
#> SRR1404969 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR1328960 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR598671 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1387178 1 0.0424 0.9225 0.992 0.000 0.008
#> SRR660498 2 0.3116 0.8725 0.000 0.892 0.108
#> SRR1403831 1 0.3192 0.8552 0.888 0.000 0.112
#> SRR657325 2 0.3551 0.8509 0.000 0.868 0.132
#> SRR1339740 1 0.1529 0.9134 0.960 0.000 0.040
#> SRR657348 1 0.6286 0.0929 0.536 0.000 0.464
#> SRR662091 1 0.1585 0.9085 0.964 0.028 0.008
#> SRR608598 3 0.1031 0.8614 0.000 0.024 0.976
#> SRR663320 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR608662 1 0.6260 0.1665 0.552 0.000 0.448
#> SRR1361567 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR819134 1 0.0424 0.9224 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311400 1 0.0829 0.9175 0.984 0.012 0.004
#> SRR817775 3 0.3816 0.7952 0.148 0.000 0.852
#> SRR661433 3 0.6513 -0.0304 0.004 0.476 0.520
#> SRR1453341 1 0.0747 0.9220 0.984 0.000 0.016
#> SRR819946 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1319539 1 0.1031 0.9201 0.976 0.000 0.024
#> SRR1343841 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR665563 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1487321 1 0.0848 0.9172 0.984 0.008 0.008
#> SRR1312428 1 0.1315 0.9123 0.972 0.020 0.008
#> SRR657587 1 0.2959 0.8669 0.900 0.000 0.100
#> SRR1337412 1 0.1585 0.9084 0.964 0.028 0.008
#> SRR1474466 1 0.2165 0.8975 0.936 0.000 0.064
#> SRR1466993 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR1358102 1 0.6140 0.3703 0.596 0.000 0.404
#> SRR1455171 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR627299 2 0.1529 0.9109 0.000 0.960 0.040
#> SRR660733 3 0.4346 0.7623 0.184 0.000 0.816
#> SRR817758 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR821019 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1330675 1 0.0747 0.9219 0.984 0.000 0.016
#> SRR1433644 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1320180 3 0.4555 0.7447 0.200 0.000 0.800
#> SRR604074 3 0.2711 0.8395 0.088 0.000 0.912
#> SRR1322291 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR658188 3 0.1860 0.8365 0.000 0.052 0.948
#> SRR820209 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1331841 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1096966 1 0.3879 0.8123 0.848 0.000 0.152
#> SRR1350456 1 0.0237 0.9208 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472079 1 0.5529 0.5932 0.704 0.000 0.296
#> SRR1500537 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR660103 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1403958 1 0.3752 0.8211 0.856 0.000 0.144
#> SRR1322270 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR600754 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334847 1 0.3295 0.8571 0.896 0.096 0.008
#> SRR1421093 2 0.5016 0.7217 0.000 0.760 0.240
#> SRR1085782 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1466357 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR597977 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1375635 1 0.2711 0.8798 0.912 0.000 0.088
#> SRR661133 3 0.4842 0.7224 0.224 0.000 0.776
#> SRR1357523 1 0.0829 0.9175 0.984 0.012 0.004
#> SRR1415732 1 0.4164 0.8062 0.848 0.144 0.008
#> SRR1434250 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1396640 1 0.3682 0.8371 0.876 0.116 0.008
#> SRR1454803 1 0.0237 0.9222 0.996 0.000 0.004
#> SRR1468381 1 0.1031 0.9201 0.976 0.000 0.024
#> SRR1447986 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1388007 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1434138 1 0.0747 0.9223 0.984 0.000 0.016
#> SRR1456950 1 0.0237 0.9223 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400375 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR1323764 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1355040 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409351 1 0.4452 0.7618 0.808 0.000 0.192
#> SRR1085495 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR604026 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1500868 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR1476279 3 0.5810 0.5302 0.336 0.000 0.664
#> SRR627429 2 0.5560 0.6174 0.000 0.700 0.300
#> SRR660969 1 0.6204 0.2379 0.576 0.000 0.424
#> SRR1335377 2 0.1031 0.9113 0.000 0.976 0.024
#> SRR1330546 3 0.1753 0.8406 0.000 0.048 0.952
#> SRR1440986 1 0.0237 0.9210 0.996 0.004 0.000
#> SRR1357189 1 0.3192 0.8552 0.888 0.000 0.112
#> SRR1319837 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR1491311 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1487295 1 0.5831 0.5934 0.708 0.284 0.008
#> SRR1415215 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1086635 3 0.0661 0.8741 0.004 0.008 0.988
#> SRR1440058 1 0.0747 0.9219 0.984 0.000 0.016
#> SRR1389979 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1315721 1 0.1753 0.9085 0.952 0.000 0.048
#> SRR607337 1 0.1031 0.9201 0.976 0.000 0.024
#> SRR1434803 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1332275 3 0.2165 0.8553 0.064 0.000 0.936
#> SRR1465132 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1340133 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1387989 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1383018 3 0.0892 0.8764 0.020 0.000 0.980
#> SRR1441701 3 0.1289 0.8542 0.000 0.032 0.968
#> SRR1368772 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR664819 2 0.4062 0.8169 0.000 0.836 0.164
#> SRR1435536 1 0.5810 0.4935 0.664 0.000 0.336
#> SRR614083 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1310623 3 0.1031 0.8614 0.000 0.024 0.976
#> SRR1420625 3 0.5058 0.5840 0.000 0.244 0.756
#> SRR816721 1 0.5650 0.5528 0.688 0.000 0.312
#> SRR1359367 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR1391879 1 0.0747 0.9222 0.984 0.000 0.016
#> SRR1418992 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR1343115 2 0.2356 0.8988 0.000 0.928 0.072
#> SRR1488836 3 0.0747 0.8679 0.000 0.016 0.984
#> SRR1399028 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR1418127 1 0.0829 0.9175 0.984 0.012 0.004
#> SRR1402900 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR1485290 2 0.1031 0.9113 0.000 0.976 0.024
#> SRR1456514 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1394755 1 0.0892 0.9216 0.980 0.000 0.020
#> SRR664842 3 0.5529 0.6214 0.296 0.000 0.704
#> SRR662342 2 0.0475 0.8939 0.004 0.992 0.004
#> SRR665502 3 0.5529 0.6217 0.296 0.000 0.704
#> SRR657891 1 0.1964 0.9031 0.944 0.000 0.056
#> SRR1421305 1 0.2796 0.8742 0.908 0.000 0.092
#> SRR1335707 1 0.0848 0.9172 0.984 0.008 0.008
#> SRR1401276 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR627421 3 0.6495 0.1436 0.460 0.004 0.536
#> SRR1311575 1 0.2584 0.8852 0.928 0.064 0.008
#> SRR1475675 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR661995 3 0.6291 0.1779 0.468 0.000 0.532
#> SRR1471922 3 0.3816 0.7952 0.148 0.000 0.852
#> SRR1077687 1 0.3619 0.8301 0.864 0.000 0.136
#> SRR821602 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR608718 2 0.2711 0.8890 0.000 0.912 0.088
#> SRR1071289 2 0.6155 0.4931 0.328 0.664 0.008
#> SRR1437555 1 0.1453 0.9105 0.968 0.024 0.008
#> SRR810571 3 0.0661 0.8741 0.004 0.008 0.988
#> SRR664048 3 0.4346 0.7626 0.184 0.000 0.816
#> SRR1500998 1 0.0661 0.9196 0.988 0.008 0.004
#> SRR1320916 3 0.3038 0.8293 0.104 0.000 0.896
#> SRR1472150 1 0.1643 0.9117 0.956 0.000 0.044
#> SRR1329090 1 0.1711 0.9061 0.960 0.032 0.008
#> SRR1317344 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR817978 1 0.2066 0.9009 0.940 0.000 0.060
#> SRR1324371 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR1474333 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321462 1 0.1643 0.9112 0.956 0.000 0.044
#> SRR1387264 1 0.1529 0.9133 0.960 0.000 0.040
#> SRR1468141 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1486097 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR608002 1 0.0237 0.9222 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360563 1 0.0424 0.9225 0.992 0.000 0.008
#> SRR1414684 3 0.0829 0.8713 0.004 0.012 0.984
#> SRR604050 1 0.4605 0.7416 0.796 0.000 0.204
#> SRR600385 3 0.6062 0.4353 0.384 0.000 0.616
#> SRR1430248 3 0.6168 0.1937 0.000 0.412 0.588
#> SRR1352975 1 0.1585 0.9083 0.964 0.028 0.008
#> SRR1457221 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR807591 1 0.1031 0.9203 0.976 0.000 0.024
#> SRR1407560 2 0.2537 0.8944 0.000 0.920 0.080
#> SRR1345478 1 0.1031 0.9209 0.976 0.000 0.024
#> SRR660895 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR655111 3 0.1289 0.8709 0.032 0.000 0.968
#> SRR1336006 3 0.5706 0.5374 0.320 0.000 0.680
#> SRR613114 3 0.1163 0.8575 0.000 0.028 0.972
#> SRR608368 1 0.0237 0.9208 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315269 1 0.4033 0.8156 0.856 0.136 0.008
#> SRR1435020 1 0.0424 0.9225 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337564 1 0.1585 0.9084 0.964 0.028 0.008
#> SRR1315019 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1370173 3 0.6180 0.1934 0.000 0.416 0.584
#> SRR1408327 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1405485 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR812012 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370619 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR1469495 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1378841 2 0.6598 0.2366 0.428 0.564 0.008
#> SRR1375616 1 0.6682 0.0387 0.504 0.488 0.008
#> SRR1381566 1 0.2711 0.8774 0.912 0.000 0.088
#> SRR1432123 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1370405 1 0.4062 0.7990 0.836 0.000 0.164
#> SRR1099499 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR659331 2 0.3941 0.8259 0.000 0.844 0.156
#> SRR1436106 1 0.0747 0.9223 0.984 0.000 0.016
#> SRR1468974 1 0.6672 0.0941 0.520 0.472 0.008
#> SRR1470111 3 0.0592 0.8774 0.012 0.000 0.988
#> SRR1079168 3 0.1031 0.8614 0.000 0.024 0.976
#> SRR1338584 3 0.0829 0.8713 0.004 0.012 0.984
#> SRR1329551 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR662871 2 0.3340 0.8623 0.000 0.880 0.120
#> SRR816770 1 0.0237 0.9222 0.996 0.000 0.004
#> SRR600560 1 0.1964 0.9031 0.944 0.000 0.056
#> SRR1434867 2 0.1031 0.9114 0.000 0.976 0.024
#> SRR599225 2 0.2796 0.8859 0.000 0.908 0.092
#> SRR607935 3 0.4555 0.7472 0.200 0.000 0.800
#> SRR1487107 1 0.0892 0.9214 0.980 0.000 0.020
#> SRR1348159 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1356036 1 0.1860 0.9059 0.948 0.000 0.052
#> SRR614443 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1314958 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR1341702 1 0.2569 0.8957 0.936 0.032 0.032
#> SRR1444678 1 0.0661 0.9188 0.988 0.004 0.008
#> SRR1350107 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322010 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1342045 1 0.3192 0.8551 0.888 0.000 0.112
#> SRR1467364 2 0.3482 0.8543 0.000 0.872 0.128
#> SRR1078879 3 0.3267 0.8202 0.116 0.000 0.884
#> SRR1468955 1 0.0475 0.9198 0.992 0.004 0.004
#> SRR660626 1 0.0424 0.9224 0.992 0.000 0.008
#> SRR812436 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312103 1 0.1643 0.9112 0.956 0.000 0.044
#> SRR1429891 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1387072 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR661255 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR660933 1 0.0592 0.9191 0.988 0.012 0.000
#> SRR1488651 1 0.5202 0.7027 0.772 0.220 0.008
#> SRR1359388 1 0.4121 0.7923 0.832 0.000 0.168
#> SRR817686 3 0.0661 0.8741 0.004 0.008 0.988
#> SRR1429162 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR612380 3 0.5621 0.5997 0.308 0.000 0.692
#> SRR817905 3 0.1643 0.8661 0.044 0.000 0.956
#> SRR1337909 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR661723 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1314163 1 0.0747 0.9220 0.984 0.000 0.016
#> SRR1489155 1 0.6608 0.2365 0.560 0.432 0.008
#> SRR1398992 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR607091 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1472193 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1456903 2 0.2356 0.8988 0.000 0.928 0.072
#> SRR1445238 2 0.8268 0.0955 0.440 0.484 0.076
#> SRR820078 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1481462 2 0.0237 0.9010 0.000 0.996 0.004
#> SRR819534 3 0.1163 0.8575 0.000 0.028 0.972
#> SRR820468 2 0.1289 0.9122 0.000 0.968 0.032
#> SRR659899 1 0.6008 0.4016 0.628 0.000 0.372
#> SRR1396078 3 0.9322 0.1795 0.392 0.164 0.444
#> SRR1443612 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR1470902 1 0.1129 0.9148 0.976 0.020 0.004
#> SRR1362777 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1413522 1 0.7505 0.6139 0.696 0.144 0.160
#> SRR1073143 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR1444622 3 0.5905 0.5080 0.352 0.000 0.648
#> SRR662570 2 0.4291 0.7979 0.000 0.820 0.180
#> SRR1430288 1 0.1163 0.9189 0.972 0.000 0.028
#> SRR1323043 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR1475022 1 0.1832 0.9045 0.956 0.036 0.008
#> SRR1080927 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR1328919 3 0.4504 0.7509 0.196 0.000 0.804
#> SRR603596 2 0.2796 0.8859 0.000 0.908 0.092
#> SRR602808 3 0.0592 0.8774 0.012 0.000 0.988
#> SRR615467 3 0.0747 0.8679 0.000 0.016 0.984
#> SRR660638 3 0.2165 0.8546 0.064 0.000 0.936
#> SRR1360383 1 0.6180 0.3404 0.584 0.000 0.416
#> SRR1354577 2 0.5864 0.5810 0.288 0.704 0.008
#> SRR608230 3 0.5178 0.6858 0.256 0.000 0.744
#> SRR1320873 1 0.4452 0.7609 0.808 0.000 0.192
#> SRR1336379 1 0.2584 0.8852 0.928 0.064 0.008
#> SRR1325665 2 0.2711 0.8889 0.000 0.912 0.088
#> SRR1357434 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR1477634 1 0.1529 0.9132 0.960 0.000 0.040
#> SRR1444876 2 0.8913 0.3447 0.360 0.508 0.132
#> SRR1101421 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR613354 1 0.4121 0.7934 0.832 0.000 0.168
#> SRR1434782 2 0.1289 0.9122 0.000 0.968 0.032
#> SRR1446762 3 0.1529 0.8682 0.040 0.000 0.960
#> SRR1324431 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR1442356 2 0.1529 0.9109 0.000 0.960 0.040
#> SRR1386818 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR655684 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1473185 2 0.2711 0.8889 0.000 0.912 0.088
#> SRR1332796 1 0.0592 0.9191 0.988 0.012 0.000
#> SRR1397073 1 0.0848 0.9172 0.984 0.008 0.008
#> SRR1455060 2 0.0592 0.9060 0.000 0.988 0.012
#> SRR1341008 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087031 1 0.1529 0.9132 0.960 0.000 0.040
#> SRR1489177 3 0.1411 0.8704 0.036 0.000 0.964
#> SRR1350525 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1440517 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR1320093 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR602516 1 0.0747 0.9219 0.984 0.000 0.016
#> SRR604318 3 0.1529 0.8676 0.040 0.000 0.960
#> SRR1320280 1 0.0829 0.9175 0.984 0.012 0.004
#> SRR1082262 1 0.0424 0.9224 0.992 0.000 0.008
#> SRR1379238 1 0.1453 0.9104 0.968 0.024 0.008
#> SRR1385080 1 0.3607 0.8416 0.880 0.112 0.008
#> SRR1316921 1 0.0237 0.9222 0.996 0.000 0.004
#> SRR1097752 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1375308 1 0.1529 0.9133 0.960 0.000 0.040
#> SRR1498272 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR814989 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320892 1 0.6168 0.2746 0.588 0.000 0.412
#> SRR818418 1 0.3038 0.8628 0.896 0.000 0.104
#> SRR1474553 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1430884 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1079281 1 0.1163 0.9188 0.972 0.000 0.028
#> SRR656493 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1328599 3 0.1643 0.8663 0.044 0.000 0.956
#> SRR655218 3 0.2165 0.8553 0.064 0.000 0.936
#> SRR1416754 1 0.1453 0.9103 0.968 0.024 0.008
#> SRR1488562 1 0.2165 0.8973 0.936 0.000 0.064
#> SRR1084842 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR819999 2 0.2878 0.8828 0.000 0.904 0.096
#> SRR659673 3 0.2066 0.8569 0.060 0.000 0.940
#> SRR1468514 1 0.1753 0.9085 0.952 0.000 0.048
#> SRR1499823 2 0.6404 0.4547 0.012 0.644 0.344
#> SRR1481216 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474065 1 0.2625 0.8811 0.916 0.000 0.084
#> SRR1499442 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1476571 1 0.3532 0.8453 0.884 0.108 0.008
#> SRR1445328 2 0.1529 0.9109 0.000 0.960 0.040
#> SRR607887 2 0.1031 0.9113 0.000 0.976 0.024
#> SRR1085662 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415095 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1499982 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1488715 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR597927 1 0.4346 0.7714 0.816 0.000 0.184
#> SRR1479239 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR600957 2 0.1411 0.9119 0.000 0.964 0.036
#> SRR1408113 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR1490019 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333694 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1476676 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR663261 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1432343 1 0.0592 0.9227 0.988 0.000 0.012
#> SRR1459585 3 0.4291 0.7919 0.152 0.008 0.840
#> SRR1434271 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR602365 3 0.0424 0.8774 0.008 0.000 0.992
#> SRR612443 3 0.3941 0.7875 0.156 0.000 0.844
#> SRR1473936 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1455698 1 0.2384 0.8914 0.936 0.056 0.008
#> SRR1331335 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR659187 1 0.3551 0.8345 0.868 0.000 0.132
#> SRR1417912 1 0.0661 0.9187 0.988 0.008 0.004
#> SRR1316940 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1500753 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR657635 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR615934 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1411024 1 0.0424 0.9225 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469904 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311794 1 0.2063 0.8992 0.948 0.044 0.008
#> SRR657754 3 0.6140 0.3806 0.404 0.000 0.596
#> SRR1464451 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443895 1 0.1015 0.9156 0.980 0.012 0.008
#> SRR1444460 1 0.4473 0.7825 0.828 0.164 0.008
#> SRR1333587 1 0.3933 0.8519 0.880 0.028 0.092
#> SRR1307770 2 0.1163 0.9123 0.000 0.972 0.028
#> SRR1339530 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR1366433 1 0.3482 0.8392 0.872 0.000 0.128
#> SRR1480479 3 0.6280 0.1990 0.460 0.000 0.540
#> SRR1470175 2 0.6513 0.3229 0.400 0.592 0.008
#> SRR598768 1 0.0237 0.9208 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335400 1 0.0237 0.9208 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418923 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR820133 3 0.0892 0.8764 0.020 0.000 0.980
#> SRR1348424 3 0.0661 0.8741 0.004 0.008 0.988
#> SRR1382956 1 0.6434 0.3818 0.612 0.380 0.008
#> SRR1339549 1 0.2496 0.8866 0.928 0.004 0.068
#> SRR821434 1 0.3482 0.8388 0.872 0.000 0.128
#> SRR662546 3 0.5760 0.5603 0.328 0.000 0.672
#> SRR1319816 3 0.1753 0.8405 0.000 0.048 0.952
#> SRR1078347 3 0.0829 0.8771 0.012 0.004 0.984
#> SRR1435293 1 0.0237 0.9223 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408208 1 0.0747 0.9219 0.984 0.000 0.016
#> SRR1332317 1 0.2774 0.8789 0.920 0.072 0.008
#> SRR1499193 1 0.4531 0.7785 0.824 0.168 0.008
#> SRR1467294 3 0.4974 0.5992 0.000 0.236 0.764
#> SRR1359649 1 0.0592 0.9223 0.988 0.000 0.012
#> SRR1335688 3 0.1031 0.8744 0.024 0.000 0.976
#> SRR1370129 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1321966 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR1488672 1 0.0592 0.9191 0.988 0.012 0.000
#> SRR1343197 1 0.6676 0.0855 0.516 0.476 0.008
#> SRR1416999 1 0.0424 0.9224 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334564 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR660661 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1498861 3 0.5158 0.6658 0.232 0.004 0.764
#> SRR1317877 1 0.0424 0.9224 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329885 3 0.0829 0.8713 0.004 0.012 0.984
#> SRR1459718 1 0.0237 0.9222 0.996 0.000 0.004
#> SRR615731 3 0.0475 0.8762 0.004 0.004 0.992
#> SRR602622 3 0.2537 0.8460 0.080 0.000 0.920
#> SRR1487685 3 0.0892 0.8764 0.020 0.000 0.980
#> SRR1455925 1 0.0892 0.9212 0.980 0.000 0.020
#> SRR1390516 3 0.1163 0.8588 0.000 0.028 0.972
#> SRR1313932 1 0.0892 0.9214 0.980 0.000 0.020
#> SRR603397 3 0.0747 0.8772 0.016 0.000 0.984
#> SRR1099023 2 0.6339 0.4271 0.360 0.632 0.008
#> SRR1409899 2 0.2448 0.8969 0.000 0.924 0.076
#> SRR1368964 3 0.0747 0.8679 0.000 0.016 0.984
#> SRR1334741 1 0.1411 0.9156 0.964 0.000 0.036
#> SRR656564 1 0.0000 0.9216 1.000 0.000 0.000
#> SRR608174 3 0.6111 0.3979 0.396 0.000 0.604
#> SRR1320963 1 0.0237 0.9222 0.996 0.000 0.004
#> SRR661973 3 0.4178 0.7730 0.172 0.000 0.828
#> SRR598533 2 0.1031 0.9113 0.000 0.976 0.024
#> SRR613270 2 0.1643 0.9098 0.000 0.956 0.044
#> SRR1362183 2 0.1289 0.9122 0.000 0.968 0.032
#> SRR1480365 1 0.0237 0.9208 0.996 0.000 0.004
#> SRR602927 1 0.1832 0.9039 0.956 0.036 0.008
#> SRR1315799 2 0.0747 0.9085 0.000 0.984 0.016
#> SRR1432275 1 0.2793 0.8897 0.928 0.044 0.028
#> SRR1475909 1 0.0424 0.9226 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1456841 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1356619 1 0.3907 0.70868 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1341898 3 0.1305 0.89473 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1333930 4 0.2125 0.77129 0.004 0.000 0.076 0.920
#> SRR1085850 1 0.3356 0.77564 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1379450 4 0.1706 0.80145 0.036 0.000 0.016 0.948
#> SRR1467813 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR614814 1 0.1302 0.84493 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1077405 3 0.7198 0.07042 0.080 0.428 0.472 0.020
#> SRR1330061 4 0.2944 0.79064 0.128 0.004 0.000 0.868
#> SRR662725 4 0.3554 0.78622 0.136 0.000 0.020 0.844
#> SRR1313951 3 0.5327 0.61791 0.220 0.000 0.720 0.060
#> SRR1339218 1 0.1510 0.83646 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1417505 3 0.6216 0.53350 0.240 0.000 0.652 0.108
#> SRR1407134 1 0.1302 0.84522 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1457418 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1331289 2 0.5137 0.15200 0.000 0.544 0.004 0.452
#> SRR1075898 3 0.5668 0.57760 0.048 0.000 0.652 0.300
#> SRR1498482 3 0.1489 0.89322 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1359673 3 0.0779 0.89697 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1439873 1 0.1867 0.84493 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1402239 2 0.0804 0.94286 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1335254 4 0.2654 0.79730 0.108 0.004 0.000 0.888
#> SRR1352706 4 0.5016 0.32788 0.000 0.396 0.004 0.600
#> SRR1436966 4 0.5151 0.13518 0.000 0.464 0.004 0.532
#> SRR614802 1 0.0672 0.81519 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1388979 1 0.4632 0.57830 0.688 0.000 0.004 0.308
#> SRR1396595 4 0.2868 0.78596 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1340508 1 0.1389 0.84552 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1360868 1 0.7451 0.31678 0.472 0.000 0.344 0.184
#> SRR1440699 3 0.0779 0.89295 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1389059 2 0.4321 0.73696 0.004 0.796 0.024 0.176
#> SRR1083100 4 0.1109 0.80013 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR1348861 4 0.5768 0.59553 0.300 0.044 0.004 0.652
#> SRR1072367 3 0.1209 0.89541 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1468403 3 0.0524 0.89601 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1417070 3 0.1004 0.89551 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1390601 1 0.2081 0.84172 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1486560 4 0.5383 0.20236 0.452 0.000 0.012 0.536
#> SRR1315761 4 0.1854 0.78637 0.012 0.000 0.048 0.940
#> SRR1392637 4 0.4022 0.77276 0.068 0.000 0.096 0.836
#> SRR810957 2 0.0779 0.94286 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1458422 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1394677 2 0.0376 0.94606 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1341605 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444479 1 0.5696 0.27659 0.608 0.012 0.364 0.016
#> SRR1470212 2 0.0188 0.94653 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433971 4 0.2973 0.78178 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR598124 4 0.4372 0.52128 0.004 0.000 0.268 0.728
#> SRR615141 1 0.2149 0.84228 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR601122 4 0.5744 0.69758 0.184 0.000 0.108 0.708
#> SRR1397008 4 0.2654 0.74209 0.000 0.004 0.108 0.888
#> SRR1358561 2 0.4535 0.79082 0.000 0.804 0.112 0.084
#> SRR1498640 1 0.2408 0.83280 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1429957 3 0.2342 0.87623 0.000 0.008 0.912 0.080
#> SRR1452292 4 0.2973 0.78178 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1467590 3 0.0779 0.89671 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1394936 2 0.0707 0.93985 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1485542 1 0.4888 0.31804 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR659121 1 0.2401 0.84022 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR1330656 4 0.4632 0.62281 0.012 0.244 0.004 0.740
#> SRR1388305 1 0.4697 0.48088 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1406917 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1363992 3 0.1489 0.89343 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1311086 1 0.1940 0.84413 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR655375 2 0.1798 0.91926 0.000 0.944 0.040 0.016
#> SRR1458044 4 0.1722 0.80373 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR661325 1 0.2561 0.76295 0.912 0.004 0.068 0.016
#> SRR1439807 4 0.1792 0.80405 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1352129 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.3172 0.77260 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1394713 4 0.1767 0.80178 0.044 0.012 0.000 0.944
#> SRR1403875 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1476186 4 0.2401 0.80082 0.092 0.004 0.000 0.904
#> SRR1436444 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1084649 4 0.3105 0.78323 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR1500405 4 0.4722 0.63843 0.020 0.228 0.004 0.748
#> SRR1354446 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1467455 1 0.2131 0.83088 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR1444559 4 0.4307 0.69526 0.024 0.192 0.000 0.784
#> SRR1381543 4 0.4248 0.71831 0.220 0.000 0.012 0.768
#> SRR1402513 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR820379 1 0.4428 0.52880 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR660007 3 0.1878 0.88013 0.040 0.008 0.944 0.008
#> SRR655649 1 0.3937 0.64598 0.800 0.000 0.188 0.012
#> SRR1437306 1 0.1211 0.84398 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR657731 3 0.1909 0.87883 0.048 0.004 0.940 0.008
#> SRR661005 3 0.2076 0.87481 0.056 0.004 0.932 0.008
#> SRR600608 1 0.0469 0.81751 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR655923 3 0.1492 0.88534 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR1334717 1 0.3219 0.79045 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1401552 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1474886 4 0.4690 0.66243 0.268 0.008 0.004 0.720
#> SRR1082759 4 0.1022 0.78515 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1340420 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662534 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1316815 4 0.1792 0.80405 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1072797 1 0.1297 0.83327 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR612455 1 0.1978 0.84567 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR818210 1 0.0707 0.83578 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1488751 2 0.0336 0.94608 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1404969 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1328960 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR598671 3 0.1118 0.88811 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1387178 1 0.4907 0.29329 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR660498 2 0.0921 0.93538 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1403831 1 0.4057 0.78663 0.816 0.000 0.032 0.152
#> SRR657325 2 0.1584 0.92476 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR1339740 1 0.2760 0.81765 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR657348 1 0.1576 0.79471 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR662091 4 0.4690 0.65848 0.268 0.008 0.004 0.720
#> SRR608598 3 0.2353 0.86646 0.024 0.040 0.928 0.008
#> SRR663320 1 0.2345 0.83528 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR608662 3 0.4880 0.73566 0.052 0.000 0.760 0.188
#> SRR1361567 1 0.3266 0.78370 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR819134 1 0.4222 0.64698 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1311400 4 0.1792 0.80405 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR817775 3 0.4252 0.72580 0.004 0.000 0.744 0.252
#> SRR661433 2 0.6306 0.26982 0.000 0.544 0.392 0.064
#> SRR1453341 1 0.4866 0.34556 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR819946 3 0.1118 0.88811 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1319539 1 0.4594 0.62756 0.712 0.000 0.008 0.280
#> SRR1343841 4 0.4277 0.64195 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR665563 3 0.2010 0.87832 0.040 0.008 0.940 0.012
#> SRR1487321 4 0.3311 0.76258 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1312428 4 0.1174 0.79423 0.012 0.000 0.020 0.968
#> SRR657587 1 0.2546 0.83920 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1337412 4 0.1743 0.77922 0.004 0.000 0.056 0.940
#> SRR1474466 1 0.0657 0.83019 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1466993 4 0.1716 0.80401 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1358102 4 0.4761 0.36837 0.000 0.004 0.332 0.664
#> SRR1455171 3 0.1042 0.89513 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR627299 2 0.0524 0.94486 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR660733 1 0.3217 0.71624 0.860 0.000 0.128 0.012
#> SRR817758 1 0.3937 0.75987 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR821019 3 0.1209 0.89541 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1330675 4 0.4746 0.60209 0.304 0.000 0.008 0.688
#> SRR1433644 2 0.0469 0.94436 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1320180 3 0.4401 0.70136 0.004 0.000 0.724 0.272
#> SRR604074 3 0.1743 0.88451 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1322291 2 0.0779 0.94135 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR658188 3 0.1661 0.89101 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR820209 3 0.1209 0.89541 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1331841 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096966 1 0.2443 0.84500 0.916 0.000 0.024 0.060
#> SRR1350456 1 0.4713 0.46439 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1472079 4 0.5004 0.19880 0.004 0.000 0.392 0.604
#> SRR1500537 2 0.0376 0.94606 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR660103 3 0.0895 0.89199 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1403958 1 0.6243 0.63916 0.668 0.000 0.160 0.172
#> SRR1322270 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR600754 1 0.4776 0.42546 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1334847 4 0.0672 0.79350 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1421093 3 0.5526 0.40956 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR1085782 3 0.0657 0.89665 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1466357 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR597977 3 0.1398 0.89429 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1375635 4 0.5923 0.26112 0.044 0.000 0.376 0.580
#> SRR661133 1 0.2918 0.73505 0.876 0.000 0.116 0.008
#> SRR1357523 4 0.2149 0.80193 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1415732 4 0.0672 0.79350 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1434250 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1396640 4 0.1406 0.79751 0.024 0.016 0.000 0.960
#> SRR1454803 4 0.3545 0.76955 0.164 0.000 0.008 0.828
#> SRR1468381 1 0.3610 0.75231 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1447986 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1388007 3 0.0376 0.89623 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1434138 4 0.4877 0.39728 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1456950 1 0.3024 0.80187 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1400375 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323764 1 0.0336 0.82977 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1355040 1 0.3873 0.71433 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1409351 3 0.7023 0.36081 0.164 0.000 0.564 0.272
#> SRR1085495 1 0.1557 0.84670 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR604026 4 0.3525 0.79543 0.100 0.000 0.040 0.860
#> SRR1500868 4 0.3105 0.78323 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR1476279 3 0.4220 0.73300 0.004 0.000 0.748 0.248
#> SRR627429 2 0.5252 0.76804 0.080 0.776 0.128 0.016
#> SRR660969 1 0.0895 0.81279 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1335377 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330546 3 0.0657 0.89344 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1440986 4 0.3688 0.73035 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1357189 1 0.4966 0.75259 0.768 0.000 0.076 0.156
#> SRR1319837 1 0.3591 0.78455 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1491311 3 0.0524 0.89450 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1487295 1 0.6549 0.55466 0.644 0.216 0.004 0.136
#> SRR1415215 2 0.0524 0.94528 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1086635 3 0.1209 0.89541 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1440058 1 0.5285 0.09401 0.524 0.000 0.008 0.468
#> SRR1389979 1 0.1557 0.84646 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1315721 1 0.5371 0.44059 0.616 0.000 0.020 0.364
#> SRR607337 1 0.0707 0.83578 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1434803 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332275 3 0.1661 0.89155 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR1465132 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1340133 3 0.0657 0.89572 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1387989 3 0.0188 0.89530 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1383018 3 0.1792 0.88470 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1441701 3 0.0804 0.89199 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1368772 1 0.1211 0.84398 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR664819 2 0.1975 0.91275 0.000 0.936 0.048 0.016
#> SRR1435536 1 0.6347 0.23650 0.524 0.000 0.412 0.064
#> SRR614083 3 0.1004 0.89301 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1310623 3 0.2266 0.87763 0.000 0.004 0.912 0.084
#> SRR1420625 3 0.2949 0.84093 0.000 0.088 0.888 0.024
#> SRR816721 3 0.6187 0.09520 0.432 0.000 0.516 0.052
#> SRR1359367 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1391879 4 0.2546 0.78858 0.028 0.000 0.060 0.912
#> SRR1418992 4 0.2589 0.79433 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1343115 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1488836 3 0.0188 0.89530 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399028 4 0.2921 0.78383 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1418127 4 0.5161 0.14143 0.476 0.000 0.004 0.520
#> SRR1402900 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1485290 2 0.0804 0.94286 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1456514 2 0.0469 0.94436 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1394755 4 0.3962 0.78509 0.124 0.000 0.044 0.832
#> SRR664842 1 0.3306 0.71141 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR662342 2 0.1109 0.93180 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR665502 3 0.4903 0.64981 0.248 0.000 0.724 0.028
#> SRR657891 1 0.1022 0.84131 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1421305 1 0.0657 0.83019 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1335707 4 0.4343 0.66531 0.264 0.004 0.000 0.732
#> SRR1401276 1 0.3852 0.76006 0.800 0.000 0.008 0.192
#> SRR627421 3 0.4800 0.57548 0.000 0.004 0.656 0.340
#> SRR1311575 4 0.0817 0.79826 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1475675 3 0.0895 0.89199 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR661995 1 0.1545 0.81481 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1471922 3 0.4401 0.70094 0.004 0.000 0.724 0.272
#> SRR1077687 1 0.7267 0.41449 0.540 0.000 0.212 0.248
#> SRR821602 3 0.5011 0.75786 0.152 0.056 0.780 0.012
#> SRR608718 2 0.0672 0.94349 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1071289 2 0.5562 0.28806 0.012 0.588 0.008 0.392
#> SRR1437555 4 0.0657 0.79465 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR810571 3 0.1004 0.89646 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR664048 3 0.3166 0.84740 0.016 0.000 0.868 0.116
#> SRR1500998 4 0.2334 0.76265 0.004 0.000 0.088 0.908
#> SRR1320916 3 0.2654 0.86135 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR1472150 4 0.2918 0.74513 0.008 0.000 0.116 0.876
#> SRR1329090 4 0.3681 0.75823 0.176 0.008 0.000 0.816
#> SRR1317344 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR817978 1 0.3479 0.80098 0.840 0.000 0.012 0.148
#> SRR1324371 4 0.3266 0.76582 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1474333 1 0.4817 0.39350 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1321462 1 0.1389 0.84552 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1387264 1 0.0921 0.83954 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1468141 3 0.0779 0.89697 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1486097 4 0.2760 0.78951 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR608002 1 0.2814 0.81451 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1360563 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1414684 3 0.1576 0.89230 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR604050 1 0.2730 0.83945 0.896 0.000 0.016 0.088
#> SRR600385 1 0.1807 0.78584 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1430248 2 0.4560 0.59516 0.000 0.700 0.296 0.004
#> SRR1352975 4 0.2124 0.80323 0.068 0.008 0.000 0.924
#> SRR1457221 3 0.2197 0.87944 0.000 0.004 0.916 0.080
#> SRR807591 1 0.1389 0.84573 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1407560 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345478 4 0.2987 0.75363 0.016 0.000 0.104 0.880
#> SRR660895 3 0.0564 0.89608 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR655111 3 0.3764 0.78702 0.172 0.000 0.816 0.012
#> SRR1336006 3 0.3726 0.77639 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR613114 3 0.1629 0.88186 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR608368 4 0.1940 0.80405 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1315269 4 0.1356 0.80002 0.032 0.008 0.000 0.960
#> SRR1435020 1 0.2216 0.83879 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1337564 4 0.0779 0.79611 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1315019 3 0.1004 0.89670 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1370173 2 0.5406 0.06107 0.000 0.508 0.480 0.012
#> SRR1408327 3 0.1109 0.89605 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1405485 4 0.1389 0.80264 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR812012 4 0.4008 0.69050 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1370619 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1469495 3 0.1452 0.88518 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1378841 4 0.5908 0.22586 0.028 0.432 0.004 0.536
#> SRR1375616 4 0.5623 0.23362 0.016 0.428 0.004 0.552
#> SRR1381566 1 0.1743 0.84710 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1432123 1 0.2281 0.83684 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1370405 3 0.7191 0.21580 0.156 0.000 0.516 0.328
#> SRR1099499 1 0.2345 0.83546 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR659331 2 0.1854 0.91493 0.000 0.940 0.048 0.012
#> SRR1436106 4 0.1798 0.78943 0.016 0.000 0.040 0.944
#> SRR1468974 4 0.5476 0.52436 0.028 0.308 0.004 0.660
#> SRR1470111 3 0.3172 0.82657 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1079168 3 0.0188 0.89530 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338584 3 0.3311 0.81748 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1329551 3 0.1118 0.88811 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR662871 2 0.1284 0.93320 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR816770 4 0.5070 0.45624 0.372 0.000 0.008 0.620
#> SRR600560 1 0.2401 0.84018 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR1434867 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR599225 2 0.0672 0.94349 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR607935 1 0.3978 0.65070 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR1487107 1 0.5158 0.08016 0.524 0.000 0.004 0.472
#> SRR1348159 1 0.1792 0.84563 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1356036 1 0.2408 0.83455 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR614443 3 0.0779 0.89295 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1314958 4 0.1940 0.80318 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1341702 4 0.1978 0.77431 0.004 0.000 0.068 0.928
#> SRR1444678 1 0.2530 0.83413 0.896 0.000 0.004 0.100
#> SRR1350107 2 0.0657 0.94363 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1322010 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1342045 1 0.0524 0.81774 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1467364 2 0.1369 0.93414 0.004 0.964 0.016 0.016
#> SRR1078879 3 0.2198 0.88131 0.008 0.000 0.920 0.072
#> SRR1468955 4 0.4072 0.68058 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR660626 1 0.2149 0.84017 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR812436 4 0.4331 0.62925 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1312103 1 0.0921 0.83954 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1429891 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1387072 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR661255 3 0.0564 0.89608 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR660933 4 0.1637 0.80385 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1488651 4 0.3555 0.77901 0.048 0.080 0.004 0.868
#> SRR1359388 1 0.2660 0.84053 0.908 0.000 0.036 0.056
#> SRR817686 3 0.1209 0.89541 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1429162 1 0.3123 0.79884 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR612380 1 0.3649 0.66433 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR817905 3 0.0927 0.89595 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1337909 4 0.2345 0.79919 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR661723 3 0.1492 0.88528 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR1314163 4 0.4914 0.58297 0.312 0.000 0.012 0.676
#> SRR1489155 4 0.4854 0.62346 0.020 0.244 0.004 0.732
#> SRR1398992 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR607091 3 0.1109 0.89605 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR1472193 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456903 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1445238 2 0.8010 0.08895 0.104 0.476 0.052 0.368
#> SRR820078 1 0.3726 0.73577 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1481462 2 0.0592 0.94211 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR819534 3 0.1059 0.88975 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR820468 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR659899 1 0.1489 0.81021 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1396078 4 0.3945 0.60384 0.000 0.004 0.216 0.780
#> SRR1443612 3 0.0712 0.89572 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR1470902 4 0.0804 0.79486 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1362777 3 0.0895 0.89682 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1413522 4 0.2413 0.76019 0.000 0.020 0.064 0.916
#> SRR1073143 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1444622 3 0.3937 0.78987 0.012 0.000 0.800 0.188
#> SRR662570 2 0.2376 0.89434 0.000 0.916 0.068 0.016
#> SRR1430288 4 0.5127 0.49112 0.356 0.000 0.012 0.632
#> SRR1323043 4 0.2216 0.80131 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1475022 4 0.0657 0.79482 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1080927 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1328919 3 0.3583 0.78574 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR603596 2 0.0927 0.93980 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR602808 3 0.0859 0.89662 0.008 0.004 0.980 0.008
#> SRR615467 3 0.0376 0.89567 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR660638 1 0.5377 0.25312 0.608 0.004 0.376 0.012
#> SRR1360383 4 0.5151 -0.06978 0.004 0.000 0.464 0.532
#> SRR1354577 4 0.5325 0.11792 0.004 0.468 0.004 0.524
#> SRR608230 3 0.4137 0.73709 0.208 0.000 0.780 0.012
#> SRR1320873 1 0.1833 0.83830 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR1336379 4 0.2255 0.80348 0.068 0.012 0.000 0.920
#> SRR1325665 2 0.0672 0.94349 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1357434 4 0.5290 0.11520 0.476 0.000 0.008 0.516
#> SRR1477634 1 0.2831 0.82435 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1444876 4 0.2714 0.72126 0.000 0.004 0.112 0.884
#> SRR1101421 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR613354 3 0.7193 0.21272 0.340 0.000 0.508 0.152
#> SRR1434782 2 0.0000 0.94686 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446762 3 0.1211 0.88792 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1324431 1 0.1716 0.84633 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1442356 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1386818 1 0.1211 0.84390 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR655684 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473185 2 0.0469 0.94448 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1332796 4 0.1398 0.80222 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR1397073 1 0.4535 0.59944 0.704 0.000 0.004 0.292
#> SRR1455060 2 0.0000 0.94686 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.1211 0.84407 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1087031 4 0.3015 0.77105 0.024 0.000 0.092 0.884
#> SRR1489177 3 0.2469 0.86353 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1350525 3 0.0524 0.89648 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1440517 1 0.1557 0.84687 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1320093 4 0.3074 0.77682 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR602516 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR604318 1 0.4936 0.41541 0.672 0.000 0.316 0.012
#> SRR1320280 4 0.2281 0.80008 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1082262 4 0.3080 0.80001 0.096 0.000 0.024 0.880
#> SRR1379238 4 0.1302 0.80221 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1385080 4 0.1854 0.80243 0.048 0.012 0.000 0.940
#> SRR1316921 4 0.4134 0.67119 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1097752 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375308 1 0.1022 0.84115 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1498272 1 0.4817 0.39514 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR814989 1 0.2973 0.80540 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1320892 1 0.1059 0.80692 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR818418 1 0.1389 0.84581 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1474553 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1430884 3 0.0672 0.89695 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1079281 4 0.2976 0.74773 0.008 0.000 0.120 0.872
#> SRR656493 3 0.3400 0.82245 0.128 0.004 0.856 0.012
#> SRR1328599 3 0.0937 0.89721 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR655218 1 0.4119 0.63917 0.796 0.004 0.188 0.012
#> SRR1416754 4 0.5009 0.63575 0.280 0.016 0.004 0.700
#> SRR1488562 1 0.0592 0.83392 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1084842 1 0.1557 0.84646 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR819999 2 0.0804 0.94190 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR659673 3 0.5204 0.45807 0.376 0.000 0.612 0.012
#> SRR1468514 1 0.1792 0.84594 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1499823 2 0.7293 0.40884 0.112 0.576 0.288 0.024
#> SRR1481216 1 0.1716 0.84617 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1474065 1 0.1302 0.84494 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1499442 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476571 4 0.2060 0.80214 0.052 0.016 0.000 0.932
#> SRR1445328 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR607887 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1085662 4 0.2334 0.80273 0.088 0.000 0.004 0.908
#> SRR1415095 1 0.1118 0.84274 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1499982 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488715 4 0.5273 0.18253 0.456 0.000 0.008 0.536
#> SRR597927 1 0.0524 0.81950 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1479239 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR600957 2 0.0376 0.94699 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1408113 1 0.1247 0.82787 0.968 0.012 0.004 0.016
#> SRR1490019 4 0.4746 0.47122 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR1333694 3 0.0524 0.89648 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1476676 1 0.1867 0.84493 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR663261 3 0.1452 0.88518 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1432343 4 0.4522 0.58301 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1459585 3 0.5876 0.28753 0.432 0.012 0.540 0.016
#> SRR1434271 2 0.0336 0.94602 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR602365 3 0.0895 0.89682 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR612443 1 0.3972 0.63492 0.788 0.000 0.204 0.008
#> SRR1473936 3 0.1302 0.89356 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1455698 4 0.2843 0.80026 0.088 0.020 0.000 0.892
#> SRR1331335 4 0.4304 0.63583 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR659187 1 0.1174 0.83399 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1417912 4 0.2760 0.78944 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1316940 4 0.2546 0.76194 0.008 0.000 0.092 0.900
#> SRR1500753 1 0.3649 0.74575 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR657635 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR615934 3 0.0779 0.89697 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1411024 4 0.3545 0.77011 0.164 0.000 0.008 0.828
#> SRR1469904 4 0.3356 0.76021 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1311794 4 0.1452 0.78620 0.008 0.000 0.036 0.956
#> SRR657754 1 0.2021 0.77940 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1464451 4 0.5000 0.03117 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1443895 4 0.0657 0.79482 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1444460 4 0.1452 0.77677 0.000 0.008 0.036 0.956
#> SRR1333587 4 0.4122 0.57283 0.004 0.000 0.236 0.760
#> SRR1307770 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1339530 3 0.2662 0.87034 0.016 0.000 0.900 0.084
#> SRR1366433 1 0.7285 0.31568 0.516 0.000 0.176 0.308
#> SRR1480479 3 0.4037 0.80999 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1470175 4 0.5542 0.44069 0.016 0.328 0.012 0.644
#> SRR598768 4 0.4830 0.41109 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1335400 4 0.4843 0.39934 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1418923 1 0.2281 0.83834 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR820133 3 0.1474 0.89092 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1348424 3 0.1209 0.89541 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1382956 4 0.4616 0.66599 0.020 0.216 0.004 0.760
#> SRR1339549 4 0.5167 0.74483 0.108 0.000 0.132 0.760
#> SRR821434 3 0.7584 0.00499 0.204 0.000 0.448 0.348
#> SRR662546 3 0.4560 0.62384 0.296 0.000 0.700 0.004
#> SRR1319816 3 0.0895 0.89587 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1078347 3 0.3873 0.76149 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1435293 1 0.1022 0.84120 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1408208 1 0.1867 0.84493 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1332317 1 0.6447 0.29409 0.552 0.064 0.004 0.380
#> SRR1499193 4 0.1247 0.78666 0.004 0.012 0.016 0.968
#> SRR1467294 2 0.5891 0.41854 0.020 0.604 0.360 0.016
#> SRR1359649 4 0.3708 0.77914 0.148 0.000 0.020 0.832
#> SRR1335688 3 0.1474 0.89099 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1370129 3 0.0188 0.89530 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1321966 3 0.0564 0.89608 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR1488672 4 0.3982 0.71951 0.220 0.004 0.000 0.776
#> SRR1343197 4 0.5635 0.45243 0.028 0.340 0.004 0.628
#> SRR1416999 1 0.2216 0.83858 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1334564 4 0.4804 0.42919 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR660661 3 0.1118 0.88811 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1498861 3 0.3831 0.78542 0.000 0.004 0.792 0.204
#> SRR1317877 1 0.1637 0.84659 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1329885 3 0.0376 0.89567 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1459718 1 0.2011 0.84299 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR615731 3 0.0895 0.89682 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR602622 3 0.2081 0.87697 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1487685 3 0.2647 0.85644 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1455925 1 0.1302 0.84493 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1390516 3 0.1489 0.89314 0.000 0.004 0.952 0.044
#> SRR1313932 1 0.4977 0.14330 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR603397 3 0.0672 0.89695 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1099023 4 0.1406 0.77905 0.000 0.024 0.016 0.960
#> SRR1409899 2 0.0188 0.94689 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368964 3 0.2269 0.87070 0.028 0.032 0.932 0.008
#> SRR1334741 4 0.5863 0.69679 0.180 0.000 0.120 0.700
#> SRR656564 1 0.4877 0.33177 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR608174 3 0.3435 0.82515 0.100 0.000 0.864 0.036
#> SRR1320963 1 0.4585 0.52989 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR661973 1 0.2928 0.73335 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR598533 2 0.0657 0.94344 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR613270 2 0.0524 0.94486 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1362183 2 0.0672 0.94442 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1480365 4 0.4761 0.46268 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR602927 4 0.0817 0.79826 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1315799 2 0.0188 0.94693 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432275 4 0.2053 0.77287 0.004 0.000 0.072 0.924
#> SRR1475909 4 0.2021 0.79338 0.024 0.000 0.040 0.936
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1456841 2 0.0324 0.93757 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1356619 1 0.2452 0.77074 0.896 0.000 0.004 0.084 0.016
#> SRR1341898 3 0.1554 0.85580 0.004 0.012 0.952 0.024 0.008
#> SRR1333930 3 0.8324 0.02134 0.256 0.000 0.368 0.156 0.220
#> SRR1085850 1 0.2068 0.76788 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1379450 5 0.1211 0.65369 0.024 0.000 0.000 0.016 0.960
#> SRR1467813 2 0.0162 0.93823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614814 1 0.2852 0.71737 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1077405 3 0.7997 0.27587 0.156 0.288 0.464 0.040 0.052
#> SRR1330061 5 0.2976 0.61625 0.012 0.004 0.000 0.132 0.852
#> SRR662725 5 0.2036 0.64865 0.024 0.000 0.000 0.056 0.920
#> SRR1313951 5 0.5342 -0.02219 0.016 0.000 0.024 0.464 0.496
#> SRR1339218 4 0.5089 0.53156 0.048 0.000 0.016 0.684 0.252
#> SRR1417505 5 0.5548 -0.01725 0.016 0.000 0.036 0.456 0.492
#> SRR1407134 1 0.4138 0.40454 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR1457418 2 0.0000 0.93833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 5 0.2824 0.61683 0.000 0.096 0.000 0.032 0.872
#> SRR1075898 5 0.3985 0.59477 0.024 0.000 0.128 0.036 0.812
#> SRR1498482 3 0.2032 0.84368 0.000 0.020 0.924 0.052 0.004
#> SRR1359673 3 0.1016 0.86488 0.004 0.012 0.972 0.008 0.004
#> SRR1439873 1 0.2124 0.76360 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1402239 2 0.0613 0.93738 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR1335254 5 0.3320 0.60094 0.012 0.008 0.000 0.152 0.828
#> SRR1352706 5 0.6785 0.26622 0.072 0.356 0.004 0.060 0.508
#> SRR1436966 5 0.6323 0.02471 0.040 0.452 0.012 0.036 0.460
#> SRR614802 1 0.4504 0.28414 0.564 0.000 0.008 0.428 0.000
#> SRR1388979 5 0.4622 0.45133 0.044 0.000 0.000 0.264 0.692
#> SRR1396595 1 0.4558 0.68477 0.772 0.000 0.012 0.108 0.108
#> SRR1340508 1 0.2516 0.74171 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1360868 1 0.2825 0.72310 0.860 0.000 0.124 0.016 0.000
#> SRR1440699 3 0.2349 0.84559 0.004 0.012 0.900 0.084 0.000
#> SRR1389059 2 0.7056 0.38403 0.300 0.548 0.064 0.028 0.060
#> SRR1083100 1 0.7484 0.27055 0.484 0.000 0.084 0.156 0.276
#> SRR1348861 5 0.3196 0.63655 0.040 0.008 0.004 0.080 0.868
#> SRR1072367 3 0.0404 0.86441 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1468403 3 0.0510 0.86446 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1417070 3 0.4612 0.74985 0.000 0.016 0.768 0.136 0.080
#> SRR1390601 1 0.1851 0.76629 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1486560 5 0.3968 0.54026 0.024 0.000 0.004 0.204 0.768
#> SRR1315761 5 0.0960 0.65338 0.016 0.000 0.008 0.004 0.972
#> SRR1392637 5 0.3500 0.58166 0.016 0.000 0.004 0.172 0.808
#> SRR810957 2 0.0290 0.93751 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458422 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1394677 2 0.0162 0.93728 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341605 2 0.0486 0.93794 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1444479 4 0.5217 0.52262 0.016 0.004 0.048 0.684 0.248
#> SRR1470212 2 0.6333 0.58482 0.128 0.648 0.180 0.028 0.016
#> SRR1433971 1 0.3919 0.71708 0.820 0.000 0.016 0.108 0.056
#> SRR598124 5 0.6182 0.30835 0.028 0.000 0.336 0.080 0.556
#> SRR615141 5 0.5051 -0.07970 0.024 0.000 0.004 0.484 0.488
#> SRR601122 5 0.4170 0.47405 0.012 0.000 0.004 0.272 0.712
#> SRR1397008 5 0.6351 0.48974 0.076 0.000 0.152 0.124 0.648
#> SRR1358561 2 0.4491 0.55554 0.000 0.692 0.024 0.004 0.280
#> SRR1498640 1 0.4015 0.60490 0.724 0.000 0.004 0.264 0.008
#> SRR1429957 5 0.5019 0.52614 0.000 0.020 0.104 0.136 0.740
#> SRR1452292 1 0.3998 0.71522 0.816 0.000 0.016 0.104 0.064
#> SRR1467590 3 0.1428 0.86647 0.004 0.012 0.956 0.024 0.004
#> SRR1394936 2 0.0613 0.93459 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR1485542 1 0.1012 0.77228 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR659121 4 0.5576 0.26361 0.060 0.000 0.004 0.512 0.424
#> SRR1330656 5 0.7679 0.36180 0.240 0.160 0.004 0.100 0.496
#> SRR1388305 1 0.0912 0.77557 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1406917 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1363992 3 0.1554 0.85627 0.004 0.012 0.952 0.024 0.008
#> SRR1311086 1 0.2179 0.75822 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR655375 2 0.0912 0.92831 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1458044 5 0.1646 0.65381 0.032 0.000 0.004 0.020 0.944
#> SRR661325 4 0.4414 0.61280 0.144 0.012 0.044 0.788 0.012
#> SRR1439807 1 0.5728 0.58744 0.672 0.004 0.012 0.160 0.152
#> SRR1352129 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1406561 5 0.3127 0.61688 0.020 0.004 0.000 0.128 0.848
#> SRR1394713 5 0.1243 0.65408 0.028 0.004 0.000 0.008 0.960
#> SRR1403875 2 0.0613 0.93587 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1476186 1 0.5797 0.51764 0.632 0.000 0.008 0.132 0.228
#> SRR1436444 2 0.0451 0.93653 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1084649 1 0.6056 0.31526 0.540 0.004 0.004 0.100 0.352
#> SRR1500405 5 0.2054 0.64658 0.000 0.028 0.000 0.052 0.920
#> SRR1354446 1 0.1965 0.76387 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1467455 1 0.4820 0.58827 0.700 0.000 0.056 0.240 0.004
#> SRR1444559 5 0.2180 0.65313 0.020 0.024 0.000 0.032 0.924
#> SRR1381543 5 0.2535 0.64602 0.032 0.000 0.000 0.076 0.892
#> SRR1402513 2 0.0000 0.93833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 1 0.6942 -0.18790 0.356 0.000 0.344 0.296 0.004
#> SRR660007 3 0.4470 0.42679 0.000 0.012 0.616 0.372 0.000
#> SRR655649 4 0.4955 0.61642 0.056 0.004 0.116 0.768 0.056
#> SRR1437306 1 0.3949 0.56284 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR657731 3 0.4670 0.23559 0.004 0.008 0.548 0.440 0.000
#> SRR661005 4 0.4621 0.20463 0.004 0.008 0.412 0.576 0.000
#> SRR600608 1 0.4288 0.40024 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004
#> SRR655923 3 0.4147 0.56076 0.000 0.008 0.676 0.316 0.000
#> SRR1334717 4 0.6705 0.42288 0.280 0.000 0.012 0.504 0.204
#> SRR1401552 2 0.0324 0.93819 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1474886 5 0.2522 0.64278 0.024 0.004 0.000 0.076 0.896
#> SRR1082759 5 0.2234 0.64118 0.024 0.008 0.008 0.036 0.924
#> SRR1340420 2 0.0486 0.93619 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR662534 1 0.2020 0.76244 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1316815 1 0.6364 0.47314 0.596 0.000 0.024 0.160 0.220
#> SRR1072797 1 0.3992 0.59507 0.712 0.000 0.004 0.280 0.004
#> SRR612455 1 0.2228 0.77235 0.912 0.000 0.008 0.068 0.012
#> SRR818210 1 0.3243 0.70707 0.812 0.000 0.004 0.180 0.004
#> SRR1488751 2 0.0290 0.93751 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1404969 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1328960 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR598671 3 0.2818 0.81798 0.004 0.008 0.860 0.128 0.000
#> SRR1387178 1 0.0798 0.77550 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR660498 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1403831 5 0.5607 -0.06621 0.040 0.000 0.016 0.448 0.496
#> SRR657325 2 0.0912 0.92831 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1339740 1 0.1831 0.77007 0.920 0.000 0.004 0.076 0.000
#> SRR657348 4 0.4936 0.61936 0.092 0.000 0.068 0.768 0.072
#> SRR662091 1 0.5227 0.28184 0.556 0.000 0.008 0.032 0.404
#> SRR608598 3 0.3386 0.80251 0.000 0.040 0.832 0.128 0.000
#> SRR663320 1 0.2020 0.76328 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR608662 3 0.4112 0.72342 0.136 0.000 0.800 0.048 0.016
#> SRR1361567 1 0.2124 0.76669 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR819134 1 0.1059 0.77349 0.968 0.000 0.004 0.020 0.008
#> SRR1311400 1 0.5574 0.60678 0.688 0.000 0.020 0.152 0.140
#> SRR817775 5 0.3680 0.62405 0.012 0.004 0.048 0.096 0.840
#> SRR661433 2 0.6154 0.41593 0.000 0.588 0.100 0.024 0.288
#> SRR1453341 1 0.1865 0.77655 0.936 0.000 0.008 0.032 0.024
#> SRR819946 4 0.5402 0.00073 0.004 0.004 0.472 0.484 0.036
#> SRR1319539 1 0.0898 0.77629 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1343841 1 0.2569 0.75245 0.892 0.000 0.000 0.068 0.040
#> SRR665563 4 0.4967 0.12333 0.000 0.008 0.436 0.540 0.016
#> SRR1487321 1 0.3459 0.73102 0.844 0.000 0.004 0.080 0.072
#> SRR1312428 5 0.7077 0.43279 0.188 0.000 0.080 0.168 0.564
#> SRR657587 4 0.5211 0.20970 0.028 0.000 0.008 0.524 0.440
#> SRR1337412 5 0.7644 0.26783 0.100 0.000 0.304 0.144 0.452
#> SRR1474466 4 0.4884 0.25765 0.404 0.000 0.004 0.572 0.020
#> SRR1466993 1 0.6171 0.49853 0.616 0.000 0.020 0.156 0.208
#> SRR1358102 3 0.6420 0.39353 0.028 0.000 0.568 0.120 0.284
#> SRR1455171 3 0.1267 0.86403 0.012 0.004 0.960 0.024 0.000
#> SRR627299 2 0.0162 0.93792 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660733 4 0.5041 0.61414 0.148 0.000 0.132 0.716 0.004
#> SRR817758 4 0.5613 0.41143 0.048 0.000 0.020 0.588 0.344
#> SRR821019 3 0.1334 0.86419 0.004 0.012 0.960 0.020 0.004
#> SRR1330675 5 0.3016 0.61128 0.020 0.000 0.000 0.132 0.848
#> SRR1433644 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1320180 5 0.5198 0.20772 0.016 0.000 0.408 0.020 0.556
#> SRR604074 3 0.2616 0.81781 0.076 0.000 0.888 0.036 0.000
#> SRR1322291 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR658188 3 0.1701 0.85570 0.000 0.016 0.944 0.028 0.012
#> SRR820209 3 0.1729 0.86499 0.004 0.012 0.944 0.032 0.008
#> SRR1331841 2 0.0000 0.93833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 4 0.5329 0.41221 0.032 0.000 0.020 0.608 0.340
#> SRR1350456 1 0.1082 0.77279 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1472079 5 0.2817 0.63193 0.008 0.008 0.008 0.096 0.880
#> SRR1500537 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR660103 3 0.2561 0.83788 0.000 0.020 0.884 0.096 0.000
#> SRR1403958 5 0.5408 0.02478 0.024 0.000 0.020 0.440 0.516
#> SRR1322270 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR600754 1 0.1822 0.77672 0.936 0.000 0.004 0.036 0.024
#> SRR1334847 5 0.6469 0.45645 0.192 0.000 0.044 0.152 0.612
#> SRR1421093 3 0.5450 0.67869 0.028 0.016 0.736 0.116 0.104
#> SRR1085782 3 0.0566 0.86487 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1466357 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR597977 3 0.1938 0.85086 0.008 0.012 0.936 0.036 0.008
#> SRR1375635 5 0.3974 0.52762 0.016 0.000 0.004 0.228 0.752
#> SRR661133 4 0.5386 0.60504 0.168 0.000 0.148 0.680 0.004
#> SRR1357523 1 0.5189 0.64960 0.724 0.000 0.020 0.148 0.108
#> SRR1415732 5 0.0854 0.65317 0.012 0.004 0.008 0.000 0.976
#> SRR1434250 2 0.0613 0.93587 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1396640 5 0.5998 0.47163 0.212 0.008 0.008 0.136 0.636
#> SRR1454803 1 0.3625 0.73048 0.840 0.000 0.016 0.096 0.048
#> SRR1468381 5 0.5002 0.22539 0.040 0.000 0.000 0.364 0.596
#> SRR1447986 2 0.0451 0.93773 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1388007 3 0.0912 0.86506 0.000 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR1434138 5 0.4607 0.30542 0.012 0.000 0.004 0.368 0.616
#> SRR1456950 5 0.5204 0.19368 0.052 0.000 0.000 0.368 0.580
#> SRR1400375 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1323764 4 0.4767 0.20151 0.420 0.000 0.000 0.560 0.020
#> SRR1355040 1 0.0566 0.77595 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1409351 5 0.5103 0.30553 0.016 0.000 0.024 0.344 0.616
#> SRR1085495 1 0.2890 0.72830 0.836 0.000 0.004 0.160 0.000
#> SRR604026 1 0.6344 0.56853 0.652 0.000 0.084 0.124 0.140
#> SRR1500868 1 0.6028 0.26454 0.524 0.004 0.004 0.092 0.376
#> SRR1476279 5 0.4306 0.56120 0.012 0.000 0.044 0.172 0.772
#> SRR627429 2 0.4714 0.43007 0.000 0.608 0.016 0.372 0.004
#> SRR660969 1 0.4758 0.25254 0.552 0.000 0.012 0.432 0.004
#> SRR1335377 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1330546 3 0.1568 0.86190 0.000 0.020 0.944 0.036 0.000
#> SRR1440986 1 0.3142 0.74120 0.868 0.000 0.008 0.068 0.056
#> SRR1357189 5 0.5164 0.04558 0.020 0.000 0.012 0.448 0.520
#> SRR1319837 1 0.2354 0.77244 0.904 0.000 0.008 0.076 0.012
#> SRR1491311 3 0.1757 0.85890 0.004 0.012 0.936 0.048 0.000
#> SRR1487295 1 0.6044 0.62444 0.700 0.104 0.012 0.072 0.112
#> SRR1415215 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1086635 3 0.1299 0.86524 0.000 0.012 0.960 0.020 0.008
#> SRR1440058 1 0.2075 0.77542 0.924 0.000 0.004 0.032 0.040
#> SRR1389979 1 0.2471 0.74555 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1315721 1 0.3713 0.74351 0.844 0.000 0.056 0.032 0.068
#> SRR607337 1 0.4135 0.49431 0.656 0.000 0.004 0.340 0.000
#> SRR1434803 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1332275 3 0.1799 0.86378 0.012 0.000 0.940 0.028 0.020
#> SRR1465132 2 0.0162 0.93836 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340133 3 0.1280 0.86427 0.008 0.008 0.960 0.024 0.000
#> SRR1387989 3 0.1074 0.86473 0.004 0.012 0.968 0.016 0.000
#> SRR1383018 3 0.1538 0.85968 0.004 0.004 0.952 0.020 0.020
#> SRR1441701 3 0.2196 0.85373 0.000 0.024 0.916 0.056 0.004
#> SRR1368772 1 0.3039 0.69849 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR664819 2 0.1018 0.92555 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR1435536 4 0.5994 0.57241 0.052 0.000 0.240 0.640 0.068
#> SRR614083 3 0.1901 0.85652 0.004 0.012 0.928 0.056 0.000
#> SRR1310623 3 0.2560 0.83026 0.008 0.012 0.904 0.064 0.012
#> SRR1420625 3 0.3080 0.80788 0.008 0.060 0.872 0.060 0.000
#> SRR816721 4 0.5761 0.41591 0.020 0.000 0.064 0.596 0.320
#> SRR1359367 2 0.0451 0.93773 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1391879 5 0.2362 0.64414 0.024 0.000 0.000 0.076 0.900
#> SRR1418992 1 0.4480 0.69421 0.784 0.000 0.020 0.116 0.080
#> SRR1343115 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1488836 3 0.1074 0.86357 0.004 0.016 0.968 0.012 0.000
#> SRR1399028 1 0.3845 0.71933 0.824 0.000 0.012 0.100 0.064
#> SRR1418127 1 0.1996 0.77322 0.928 0.000 0.004 0.032 0.036
#> SRR1402900 1 0.2921 0.73541 0.844 0.000 0.004 0.148 0.004
#> SRR1485290 2 0.0486 0.93794 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1456514 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1394755 1 0.5589 0.64907 0.720 0.000 0.092 0.104 0.084
#> SRR664842 4 0.5482 0.57146 0.032 0.000 0.088 0.700 0.180
#> SRR662342 2 0.0968 0.92668 0.000 0.972 0.012 0.012 0.004
#> SRR665502 3 0.4240 0.59728 0.228 0.000 0.736 0.036 0.000
#> SRR657891 1 0.4101 0.50825 0.664 0.000 0.004 0.332 0.000
#> SRR1421305 4 0.4973 0.24387 0.408 0.000 0.004 0.564 0.024
#> SRR1335707 1 0.2708 0.74894 0.884 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR1401276 1 0.2270 0.77365 0.908 0.000 0.004 0.072 0.016
#> SRR627421 3 0.5141 0.70460 0.044 0.012 0.764 0.104 0.076
#> SRR1311575 5 0.6858 0.34167 0.276 0.000 0.032 0.168 0.524
#> SRR1475675 3 0.2407 0.84302 0.004 0.012 0.896 0.088 0.000
#> SRR661995 4 0.5170 0.11898 0.440 0.000 0.032 0.524 0.004
#> SRR1471922 5 0.3781 0.60190 0.020 0.000 0.112 0.040 0.828
#> SRR1077687 1 0.4643 0.59223 0.724 0.000 0.228 0.032 0.016
#> SRR821602 4 0.5645 0.16490 0.020 0.040 0.408 0.532 0.000
#> SRR608718 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1071289 2 0.6639 0.29299 0.072 0.544 0.012 0.040 0.332
#> SRR1437555 5 0.7673 0.11798 0.344 0.000 0.076 0.176 0.404
#> SRR810571 3 0.1428 0.86526 0.004 0.012 0.956 0.024 0.004
#> SRR664048 3 0.2515 0.83393 0.044 0.000 0.904 0.044 0.008
#> SRR1500998 5 0.1460 0.65304 0.012 0.004 0.008 0.020 0.956
#> SRR1320916 3 0.4531 0.73346 0.020 0.000 0.776 0.068 0.136
#> SRR1472150 5 0.3646 0.62015 0.040 0.000 0.072 0.040 0.848
#> SRR1329090 1 0.5019 0.67112 0.736 0.012 0.004 0.088 0.160
#> SRR1317344 1 0.2424 0.74790 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR817978 4 0.6418 0.37024 0.144 0.000 0.008 0.496 0.352
#> SRR1324371 1 0.3244 0.73734 0.860 0.000 0.008 0.084 0.048
#> SRR1474333 1 0.0693 0.77445 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1321462 4 0.5801 0.54138 0.248 0.000 0.004 0.616 0.132
#> SRR1387264 1 0.3231 0.69478 0.800 0.000 0.004 0.196 0.000
#> SRR1468141 3 0.1757 0.86206 0.000 0.012 0.936 0.048 0.004
#> SRR1486097 1 0.4999 0.64906 0.732 0.000 0.012 0.108 0.148
#> SRR608002 1 0.1121 0.77434 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1360563 1 0.2280 0.75447 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1414684 3 0.1729 0.85254 0.004 0.012 0.944 0.032 0.008
#> SRR604050 1 0.2426 0.76814 0.900 0.000 0.036 0.064 0.000
#> SRR600385 4 0.4888 0.51889 0.272 0.000 0.048 0.676 0.004
#> SRR1430248 2 0.3209 0.75337 0.000 0.812 0.180 0.008 0.000
#> SRR1352975 5 0.6213 0.05210 0.424 0.008 0.000 0.108 0.460
#> SRR1457221 3 0.2506 0.85368 0.000 0.008 0.904 0.052 0.036
#> SRR807591 1 0.3266 0.69388 0.796 0.000 0.004 0.200 0.000
#> SRR1407560 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1345478 5 0.0992 0.65289 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968
#> SRR660895 3 0.1442 0.86277 0.004 0.012 0.952 0.032 0.000
#> SRR655111 4 0.5062 0.20730 0.020 0.004 0.420 0.552 0.004
#> SRR1336006 5 0.4341 0.52999 0.008 0.008 0.020 0.212 0.752
#> SRR613114 3 0.1981 0.85366 0.000 0.016 0.920 0.064 0.000
#> SRR608368 5 0.1653 0.65391 0.028 0.000 0.004 0.024 0.944
#> SRR1315269 5 0.6735 0.22036 0.340 0.008 0.008 0.156 0.488
#> SRR1435020 1 0.1792 0.76697 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1337564 1 0.7745 -0.02389 0.376 0.000 0.084 0.172 0.368
#> SRR1315019 3 0.2513 0.85629 0.004 0.012 0.900 0.076 0.008
#> SRR1370173 2 0.6917 0.09441 0.012 0.456 0.400 0.028 0.104
#> SRR1408327 3 0.2208 0.85969 0.000 0.012 0.916 0.060 0.012
#> SRR1405485 5 0.6227 0.40613 0.272 0.004 0.008 0.136 0.580
#> SRR812012 1 0.2754 0.74812 0.884 0.000 0.004 0.080 0.032
#> SRR1370619 4 0.5329 0.39174 0.052 0.000 0.004 0.584 0.360
#> SRR1469495 3 0.3952 0.70575 0.004 0.008 0.752 0.232 0.004
#> SRR1378841 2 0.7884 -0.06213 0.316 0.356 0.012 0.040 0.276
#> SRR1375616 5 0.5322 0.44254 0.016 0.276 0.012 0.032 0.664
#> SRR1381566 4 0.5115 0.38942 0.028 0.000 0.012 0.608 0.352
#> SRR1432123 1 0.2020 0.76347 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1370405 5 0.5042 0.35037 0.012 0.000 0.028 0.332 0.628
#> SRR1099499 1 0.2124 0.76403 0.900 0.000 0.004 0.096 0.000
#> SRR659331 2 0.0912 0.92831 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR1436106 5 0.1280 0.65172 0.024 0.000 0.008 0.008 0.960
#> SRR1468974 5 0.6203 0.50594 0.120 0.152 0.012 0.044 0.672
#> SRR1470111 3 0.5266 0.51944 0.008 0.008 0.648 0.040 0.296
#> SRR1079168 3 0.1012 0.86436 0.000 0.020 0.968 0.012 0.000
#> SRR1338584 3 0.3221 0.80262 0.008 0.008 0.868 0.084 0.032
#> SRR1329551 3 0.2570 0.83187 0.004 0.008 0.880 0.108 0.000
#> SRR662871 2 0.0798 0.92998 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR816770 1 0.2199 0.76033 0.916 0.000 0.008 0.060 0.016
#> SRR600560 4 0.5191 0.29567 0.036 0.000 0.004 0.552 0.408
#> SRR1434867 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR599225 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR607935 4 0.5574 0.59100 0.196 0.004 0.144 0.656 0.000
#> SRR1487107 5 0.4372 0.47421 0.024 0.000 0.004 0.260 0.712
#> SRR1348159 1 0.2074 0.76106 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1356036 1 0.3489 0.67883 0.784 0.000 0.004 0.208 0.004
#> SRR614443 3 0.1682 0.86031 0.004 0.012 0.940 0.044 0.000
#> SRR1314958 1 0.6498 0.24601 0.500 0.000 0.012 0.144 0.344
#> SRR1341702 5 0.7270 0.42243 0.124 0.000 0.176 0.144 0.556
#> SRR1444678 1 0.2237 0.76844 0.904 0.000 0.004 0.084 0.008
#> SRR1350107 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1322010 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1342045 1 0.4286 0.48597 0.652 0.000 0.004 0.340 0.004
#> SRR1467364 2 0.1173 0.92514 0.000 0.964 0.020 0.004 0.012
#> SRR1078879 3 0.2722 0.82828 0.040 0.000 0.892 0.060 0.008
#> SRR1468955 1 0.2554 0.75115 0.892 0.000 0.000 0.072 0.036
#> SRR660626 1 0.1908 0.76509 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR812436 1 0.2846 0.74791 0.884 0.000 0.012 0.076 0.028
#> SRR1312103 4 0.5312 0.54759 0.116 0.000 0.000 0.664 0.220
#> SRR1429891 2 0.0162 0.93830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR661255 3 0.2464 0.84322 0.004 0.012 0.892 0.092 0.000
#> SRR660933 1 0.5926 0.58176 0.664 0.000 0.032 0.164 0.140
#> SRR1488651 5 0.4211 0.58541 0.140 0.012 0.004 0.048 0.796
#> SRR1359388 4 0.5157 0.37523 0.024 0.000 0.016 0.600 0.360
#> SRR817686 3 0.1428 0.85691 0.004 0.012 0.956 0.024 0.004
#> SRR1429162 1 0.2411 0.77051 0.884 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR612380 4 0.5623 0.58139 0.032 0.000 0.132 0.696 0.140
#> SRR817905 4 0.6268 0.45450 0.004 0.000 0.256 0.556 0.184
#> SRR1337909 1 0.5524 0.58506 0.676 0.000 0.012 0.120 0.192
#> SRR661723 3 0.2568 0.83866 0.004 0.016 0.888 0.092 0.000
#> SRR1314163 1 0.3255 0.74547 0.868 0.000 0.024 0.068 0.040
#> SRR1489155 5 0.8291 0.15903 0.324 0.212 0.012 0.092 0.360
#> SRR1398992 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR607091 3 0.0889 0.86435 0.004 0.012 0.976 0.004 0.004
#> SRR1472193 2 0.0000 0.93833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0324 0.93757 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1445238 2 0.7082 0.03530 0.092 0.452 0.016 0.040 0.400
#> SRR820078 1 0.0671 0.77610 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1481462 2 0.0486 0.93619 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR819534 3 0.2460 0.84792 0.000 0.024 0.900 0.072 0.004
#> SRR820468 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR659899 4 0.5217 0.53648 0.028 0.000 0.048 0.692 0.232
#> SRR1396078 5 0.7120 0.19459 0.052 0.000 0.356 0.132 0.460
#> SRR1443612 3 0.1525 0.86203 0.004 0.012 0.948 0.036 0.000
#> SRR1470902 5 0.1630 0.65167 0.016 0.004 0.000 0.036 0.944
#> SRR1362777 3 0.0566 0.86434 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR1413522 5 0.7802 0.38655 0.088 0.016 0.224 0.164 0.508
#> SRR1073143 1 0.2629 0.74621 0.860 0.000 0.004 0.136 0.000
#> SRR1444622 3 0.5021 0.63338 0.020 0.000 0.704 0.048 0.228
#> SRR662570 2 0.1018 0.92555 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR1430288 1 0.2409 0.76335 0.912 0.000 0.028 0.044 0.016
#> SRR1323043 1 0.5993 0.55925 0.652 0.000 0.028 0.148 0.172
#> SRR1475022 5 0.1369 0.64984 0.028 0.000 0.008 0.008 0.956
#> SRR1080927 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1328919 3 0.4017 0.71026 0.148 0.000 0.788 0.064 0.000
#> SRR603596 2 0.0324 0.93757 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR602808 3 0.4668 0.60379 0.000 0.008 0.688 0.276 0.028
#> SRR615467 3 0.1646 0.86530 0.000 0.020 0.944 0.032 0.004
#> SRR660638 4 0.4901 0.59989 0.080 0.008 0.188 0.724 0.000
#> SRR1360383 3 0.6005 0.42933 0.024 0.000 0.588 0.080 0.308
#> SRR1354577 5 0.5061 0.38619 0.004 0.340 0.012 0.020 0.624
#> SRR608230 3 0.4409 0.65618 0.176 0.000 0.752 0.072 0.000
#> SRR1320873 4 0.6226 0.18070 0.412 0.000 0.100 0.476 0.012
#> SRR1336379 5 0.2291 0.64396 0.012 0.008 0.000 0.072 0.908
#> SRR1325665 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1357434 5 0.4193 0.48281 0.024 0.000 0.000 0.256 0.720
#> SRR1477634 4 0.4972 0.10113 0.020 0.000 0.004 0.500 0.476
#> SRR1444876 5 0.2090 0.64643 0.008 0.012 0.024 0.024 0.932
#> SRR1101421 1 0.2488 0.75085 0.872 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR613354 3 0.6433 0.38873 0.276 0.000 0.580 0.040 0.104
#> SRR1434782 2 0.0162 0.93811 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446762 3 0.2574 0.82576 0.012 0.000 0.876 0.112 0.000
#> SRR1324431 4 0.5900 0.52846 0.156 0.000 0.004 0.612 0.228
#> SRR1442356 2 0.0162 0.93830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1386818 1 0.2536 0.74858 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR655684 2 0.0162 0.93830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473185 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1332796 1 0.7086 0.29881 0.508 0.000 0.048 0.160 0.284
#> SRR1397073 1 0.1836 0.77418 0.936 0.000 0.008 0.040 0.016
#> SRR1455060 2 0.0290 0.93531 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.4101 0.51288 0.664 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1087031 5 0.1597 0.65426 0.024 0.000 0.008 0.020 0.948
#> SRR1489177 5 0.6139 0.27257 0.000 0.000 0.260 0.184 0.556
#> SRR1350525 3 0.0854 0.86466 0.008 0.012 0.976 0.004 0.000
#> SRR1440517 1 0.2583 0.74612 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> SRR1320093 1 0.3907 0.71694 0.820 0.000 0.012 0.100 0.068
#> SRR602516 1 0.2068 0.76516 0.904 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR604318 4 0.4965 0.60429 0.076 0.008 0.184 0.728 0.004
#> SRR1320280 1 0.5463 0.60486 0.688 0.000 0.012 0.144 0.156
#> SRR1082262 1 0.6318 0.50792 0.620 0.000 0.044 0.116 0.220
#> SRR1379238 5 0.6851 0.12414 0.372 0.000 0.024 0.152 0.452
#> SRR1385080 5 0.2141 0.64683 0.016 0.004 0.000 0.064 0.916
#> SRR1316921 1 0.5597 0.17282 0.488 0.000 0.000 0.072 0.440
#> SRR1097752 2 0.0162 0.93830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1375308 1 0.4402 0.42376 0.620 0.000 0.004 0.372 0.004
#> SRR1498272 1 0.1012 0.77173 0.968 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR814989 1 0.0703 0.77576 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1320892 4 0.4288 0.29446 0.384 0.000 0.004 0.612 0.000
#> SRR818418 1 0.4347 0.45408 0.636 0.000 0.004 0.356 0.004
#> SRR1474553 1 0.2377 0.74930 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1430884 3 0.1442 0.86295 0.012 0.004 0.952 0.032 0.000
#> SRR1079281 5 0.1646 0.65268 0.020 0.000 0.004 0.032 0.944
#> SRR656493 4 0.5028 0.20077 0.020 0.008 0.420 0.552 0.000
#> SRR1328599 3 0.2255 0.85758 0.012 0.004 0.916 0.060 0.008
#> SRR655218 4 0.4834 0.61177 0.100 0.008 0.152 0.740 0.000
#> SRR1416754 1 0.4055 0.71723 0.812 0.008 0.012 0.040 0.128
#> SRR1488562 1 0.3461 0.66536 0.772 0.000 0.004 0.224 0.000
#> SRR1084842 1 0.2329 0.75166 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR819999 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR659673 4 0.5335 0.47810 0.064 0.008 0.288 0.640 0.000
#> SRR1468514 1 0.2488 0.75206 0.872 0.000 0.004 0.124 0.000
#> SRR1499823 2 0.7084 0.56192 0.044 0.628 0.132 0.064 0.132
#> SRR1481216 1 0.2074 0.76112 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1474065 4 0.5378 0.52769 0.072 0.000 0.012 0.660 0.256
#> SRR1499442 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1476571 5 0.3207 0.62109 0.084 0.012 0.000 0.040 0.864
#> SRR1445328 2 0.0162 0.93830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR607887 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1085662 5 0.1818 0.65058 0.024 0.000 0.000 0.044 0.932
#> SRR1415095 1 0.4047 0.52781 0.676 0.000 0.000 0.320 0.004
#> SRR1499982 2 0.0486 0.93619 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1488715 1 0.2244 0.76802 0.920 0.000 0.016 0.040 0.024
#> SRR597927 4 0.5362 0.59508 0.076 0.000 0.044 0.720 0.160
#> SRR1479239 2 0.0000 0.93833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0162 0.93830 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408113 1 0.5128 0.18180 0.524 0.004 0.008 0.448 0.016
#> SRR1490019 1 0.2234 0.75938 0.916 0.000 0.004 0.044 0.036
#> SRR1333694 3 0.0854 0.86500 0.004 0.012 0.976 0.008 0.000
#> SRR1476676 1 0.2074 0.76106 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR663261 3 0.4999 0.10385 0.000 0.008 0.504 0.472 0.016
#> SRR1432343 5 0.4385 0.40512 0.012 0.000 0.004 0.312 0.672
#> SRR1459585 3 0.6521 0.11904 0.400 0.004 0.472 0.108 0.016
#> SRR1434271 2 0.0324 0.93791 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR602365 3 0.0566 0.86403 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR612443 4 0.6347 0.45086 0.180 0.000 0.280 0.536 0.004
#> SRR1473936 3 0.2701 0.84714 0.000 0.012 0.884 0.092 0.012
#> SRR1455698 5 0.2172 0.64713 0.020 0.004 0.000 0.060 0.916
#> SRR1331335 1 0.2938 0.75082 0.880 0.000 0.008 0.048 0.064
#> SRR659187 4 0.4954 0.54369 0.052 0.000 0.012 0.700 0.236
#> SRR1417912 1 0.4748 0.67321 0.756 0.000 0.012 0.112 0.120
#> SRR1316940 3 0.7842 0.22418 0.156 0.000 0.472 0.148 0.224
#> SRR1500753 1 0.0451 0.77576 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR657635 1 0.2471 0.74555 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR615934 3 0.1095 0.86436 0.008 0.012 0.968 0.012 0.000
#> SRR1411024 5 0.1818 0.65090 0.024 0.000 0.000 0.044 0.932
#> SRR1469904 1 0.3748 0.72464 0.832 0.000 0.016 0.100 0.052
#> SRR1311794 5 0.7633 0.34426 0.244 0.000 0.100 0.172 0.484
#> SRR657754 4 0.4583 0.54189 0.256 0.000 0.036 0.704 0.004
#> SRR1464451 1 0.1106 0.77107 0.964 0.000 0.000 0.024 0.012
#> SRR1443895 5 0.1739 0.64603 0.032 0.000 0.004 0.024 0.940
#> SRR1444460 5 0.5624 0.52255 0.108 0.000 0.040 0.152 0.700
#> SRR1333587 5 0.6013 0.29918 0.028 0.004 0.336 0.056 0.576
#> SRR1307770 2 0.0451 0.93773 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1339530 5 0.5785 0.23592 0.012 0.000 0.072 0.348 0.568
#> SRR1366433 5 0.5230 0.20932 0.020 0.000 0.020 0.384 0.576
#> SRR1480479 5 0.5709 0.11572 0.012 0.000 0.056 0.408 0.524
#> SRR1470175 1 0.8484 0.31345 0.480 0.148 0.044 0.164 0.164
#> SRR598768 1 0.1753 0.76803 0.936 0.000 0.000 0.032 0.032
#> SRR1335400 1 0.1701 0.76541 0.936 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1418923 4 0.5242 0.20989 0.036 0.000 0.004 0.516 0.444
#> SRR820133 3 0.2291 0.85926 0.008 0.004 0.916 0.056 0.016
#> SRR1348424 3 0.0854 0.86279 0.000 0.012 0.976 0.008 0.004
#> SRR1382956 5 0.4452 0.60242 0.092 0.052 0.004 0.048 0.804
#> SRR1339549 5 0.4466 0.46618 0.008 0.012 0.004 0.276 0.700
#> SRR821434 5 0.4814 0.55317 0.020 0.000 0.068 0.164 0.748
#> SRR662546 4 0.5658 0.48995 0.012 0.000 0.092 0.636 0.260
#> SRR1319816 3 0.1372 0.86150 0.000 0.024 0.956 0.016 0.004
#> SRR1078347 3 0.3251 0.79811 0.008 0.008 0.864 0.092 0.028
#> SRR1435293 1 0.3814 0.59756 0.720 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1408208 1 0.2020 0.76323 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1332317 1 0.5209 0.65788 0.732 0.020 0.012 0.064 0.172
#> SRR1499193 5 0.6008 0.50354 0.140 0.004 0.036 0.148 0.672
#> SRR1467294 2 0.5449 0.60565 0.000 0.684 0.116 0.188 0.012
#> SRR1359649 5 0.2696 0.64560 0.052 0.000 0.012 0.040 0.896
#> SRR1335688 3 0.2018 0.86176 0.008 0.008 0.932 0.040 0.012
#> SRR1370129 3 0.1525 0.86198 0.004 0.012 0.948 0.036 0.000
#> SRR1321966 3 0.1525 0.86203 0.004 0.012 0.948 0.036 0.000
#> SRR1488672 1 0.4796 0.66752 0.740 0.004 0.004 0.080 0.172
#> SRR1343197 5 0.4584 0.55807 0.020 0.164 0.012 0.032 0.772
#> SRR1416999 1 0.2127 0.76016 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1334564 1 0.1990 0.76382 0.928 0.000 0.004 0.040 0.028
#> SRR660661 3 0.2621 0.82736 0.004 0.008 0.876 0.112 0.000
#> SRR1498861 3 0.3320 0.80264 0.000 0.012 0.860 0.060 0.068
#> SRR1317877 1 0.2329 0.75195 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1329885 3 0.2490 0.85024 0.000 0.020 0.896 0.080 0.004
#> SRR1459718 1 0.1792 0.76744 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR615731 3 0.0566 0.86397 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR602622 5 0.6444 0.21617 0.012 0.000 0.152 0.304 0.532
#> SRR1487685 3 0.2735 0.84299 0.008 0.004 0.896 0.036 0.056
#> SRR1455925 1 0.2377 0.74963 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1390516 3 0.1074 0.86097 0.000 0.012 0.968 0.016 0.004
#> SRR1313932 5 0.4141 0.49646 0.028 0.000 0.000 0.236 0.736
#> SRR603397 3 0.1372 0.86460 0.016 0.004 0.956 0.024 0.000
#> SRR1099023 5 0.2697 0.63478 0.024 0.004 0.016 0.056 0.900
#> SRR1409899 2 0.0451 0.93664 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1368964 3 0.2900 0.82506 0.000 0.028 0.864 0.108 0.000
#> SRR1334741 5 0.3708 0.59155 0.020 0.000 0.012 0.160 0.808
#> SRR656564 1 0.1195 0.77314 0.960 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR608174 4 0.6380 0.34405 0.012 0.000 0.132 0.520 0.336
#> SRR1320963 1 0.1251 0.77615 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR661973 4 0.5057 0.60523 0.176 0.008 0.100 0.716 0.000
#> SRR598533 2 0.0566 0.93464 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR613270 2 0.0324 0.93755 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1362183 2 0.0486 0.93794 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1480365 1 0.1836 0.76701 0.932 0.000 0.000 0.036 0.032
#> SRR602927 1 0.7277 0.13461 0.440 0.000 0.044 0.176 0.340
#> SRR1315799 2 0.0162 0.93823 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432275 5 0.7930 0.34859 0.196 0.000 0.188 0.152 0.464
#> SRR1475909 1 0.7417 0.41837 0.540 0.000 0.164 0.160 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1456841 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356619 1 0.2151 0.75218 0.904 0.000 0.000 0.008 0.016 0.072
#> SRR1341898 3 0.0951 0.71980 0.000 0.000 0.968 0.008 0.020 0.004
#> SRR1333930 1 0.7533 -0.18076 0.372 0.000 0.164 0.176 0.284 0.004
#> SRR1085850 1 0.2630 0.75229 0.872 0.000 0.000 0.004 0.032 0.092
#> SRR1379450 4 0.2182 0.60959 0.004 0.000 0.000 0.900 0.020 0.076
#> SRR1467813 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614814 1 0.2165 0.74259 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR1077405 3 0.6768 0.28508 0.096 0.124 0.612 0.064 0.100 0.004
#> SRR1330061 4 0.3413 0.57293 0.000 0.000 0.000 0.812 0.080 0.108
#> SRR662725 4 0.3671 0.57861 0.008 0.000 0.000 0.784 0.040 0.168
#> SRR1313951 4 0.4062 0.17688 0.000 0.000 0.008 0.552 0.000 0.440
#> SRR1339218 6 0.3927 0.46454 0.024 0.000 0.000 0.260 0.004 0.712
#> SRR1417505 4 0.4230 0.14363 0.004 0.000 0.004 0.544 0.004 0.444
#> SRR1407134 1 0.4525 0.52973 0.636 0.000 0.008 0.000 0.036 0.320
#> SRR1457418 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331289 4 0.3579 0.55315 0.004 0.048 0.000 0.816 0.120 0.012
#> SRR1075898 4 0.4083 0.56104 0.012 0.000 0.024 0.760 0.016 0.188
#> SRR1498482 3 0.4083 0.48436 0.000 0.008 0.688 0.000 0.284 0.020
#> SRR1359673 3 0.0777 0.72240 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1439873 1 0.2480 0.73828 0.872 0.000 0.000 0.000 0.024 0.104
#> SRR1402239 2 0.0405 0.92211 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1335254 4 0.3301 0.55543 0.004 0.000 0.000 0.772 0.008 0.216
#> SRR1352706 4 0.7648 -0.00246 0.128 0.320 0.000 0.356 0.180 0.016
#> SRR1436966 2 0.7123 -0.01198 0.072 0.400 0.000 0.360 0.152 0.016
#> SRR614802 1 0.4948 0.28831 0.512 0.000 0.012 0.000 0.040 0.436
#> SRR1388979 6 0.5491 0.19680 0.024 0.000 0.000 0.404 0.068 0.504
#> SRR1396595 1 0.2999 0.68708 0.840 0.000 0.000 0.048 0.112 0.000
#> SRR1340508 1 0.3618 0.68706 0.768 0.000 0.000 0.000 0.040 0.192
#> SRR1360868 1 0.5889 0.50323 0.628 0.000 0.152 0.004 0.160 0.056
#> SRR1440699 3 0.1708 0.71304 0.000 0.000 0.932 0.004 0.024 0.040
#> SRR1389059 2 0.7031 0.46118 0.104 0.596 0.052 0.060 0.160 0.028
#> SRR1083100 1 0.6885 0.24925 0.488 0.000 0.060 0.160 0.276 0.016
#> SRR1348861 4 0.4128 0.56257 0.024 0.012 0.000 0.796 0.092 0.076
#> SRR1072367 3 0.0909 0.72232 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1468403 3 0.0717 0.72100 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1417070 3 0.7385 0.13215 0.000 0.008 0.452 0.180 0.172 0.188
#> SRR1390601 1 0.1471 0.74903 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1486560 4 0.4464 0.35117 0.028 0.000 0.000 0.624 0.008 0.340
#> SRR1315761 4 0.2501 0.59353 0.004 0.000 0.000 0.872 0.108 0.016
#> SRR1392637 4 0.3488 0.53070 0.004 0.000 0.000 0.744 0.008 0.244
#> SRR810957 2 0.0508 0.92215 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1458422 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1394677 2 0.0363 0.92176 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341605 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444479 6 0.5446 0.36983 0.000 0.012 0.016 0.312 0.068 0.592
#> SRR1470212 3 0.6344 0.07193 0.124 0.364 0.472 0.000 0.024 0.016
#> SRR1433971 1 0.2364 0.71372 0.892 0.000 0.004 0.032 0.072 0.000
#> SRR598124 5 0.6168 0.44914 0.024 0.000 0.136 0.288 0.540 0.012
#> SRR615141 6 0.4303 0.11275 0.004 0.000 0.000 0.460 0.012 0.524
#> SRR601122 4 0.4115 0.37073 0.000 0.000 0.004 0.624 0.012 0.360
#> SRR1397008 4 0.5600 -0.05510 0.048 0.000 0.048 0.504 0.400 0.000
#> SRR1358561 2 0.6794 0.09793 0.000 0.436 0.104 0.356 0.100 0.004
#> SRR1498640 1 0.5057 0.48697 0.580 0.000 0.000 0.000 0.096 0.324
#> SRR1429957 4 0.5660 0.44156 0.000 0.004 0.104 0.664 0.080 0.148
#> SRR1452292 1 0.2547 0.70786 0.880 0.000 0.004 0.036 0.080 0.000
#> SRR1467590 3 0.1644 0.71066 0.004 0.000 0.932 0.000 0.052 0.012
#> SRR1394936 2 0.0405 0.92106 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1485542 1 0.1074 0.74345 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR659121 6 0.5187 0.35955 0.036 0.000 0.000 0.340 0.040 0.584
#> SRR1330656 5 0.8000 0.13100 0.168 0.228 0.000 0.280 0.304 0.020
#> SRR1388305 1 0.2401 0.74736 0.892 0.000 0.000 0.004 0.044 0.060
#> SRR1406917 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1363992 3 0.1261 0.71352 0.004 0.000 0.956 0.004 0.028 0.008
#> SRR1311086 1 0.2790 0.72740 0.844 0.000 0.000 0.000 0.024 0.132
#> SRR655375 2 0.0779 0.91558 0.000 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR1458044 4 0.4373 0.56340 0.012 0.000 0.000 0.736 0.172 0.080
#> SRR661325 6 0.3271 0.52863 0.052 0.008 0.008 0.040 0.028 0.864
#> SRR1439807 1 0.3454 0.66620 0.812 0.000 0.000 0.060 0.124 0.004
#> SRR1352129 2 0.0146 0.92296 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406561 4 0.2980 0.56761 0.008 0.000 0.000 0.800 0.000 0.192
#> SRR1394713 4 0.1793 0.60142 0.016 0.008 0.000 0.932 0.040 0.004
#> SRR1403875 2 0.0405 0.92106 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1476186 1 0.6169 0.31877 0.508 0.004 0.004 0.272 0.204 0.008
#> SRR1436444 2 0.0146 0.92312 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084649 1 0.5484 0.37189 0.564 0.000 0.000 0.144 0.288 0.004
#> SRR1500405 4 0.3203 0.58790 0.000 0.032 0.000 0.848 0.088 0.032
#> SRR1354446 1 0.2070 0.74270 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR1467455 1 0.6892 0.25851 0.436 0.000 0.080 0.004 0.148 0.332
#> SRR1444559 4 0.3044 0.57002 0.008 0.016 0.000 0.844 0.124 0.008
#> SRR1381543 4 0.4978 0.49366 0.012 0.000 0.000 0.672 0.116 0.200
#> SRR1402513 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820379 6 0.7580 0.02026 0.208 0.000 0.276 0.004 0.152 0.360
#> SRR660007 3 0.5491 0.33932 0.000 0.008 0.532 0.004 0.092 0.364
#> SRR655649 6 0.4606 0.50481 0.004 0.004 0.056 0.112 0.060 0.764
#> SRR1437306 1 0.5660 0.29476 0.484 0.000 0.000 0.016 0.100 0.400
#> SRR657731 3 0.5532 0.28022 0.000 0.008 0.480 0.004 0.088 0.420
#> SRR661005 3 0.5468 0.24089 0.000 0.008 0.456 0.004 0.080 0.452
#> SRR600608 1 0.4367 0.48828 0.604 0.000 0.000 0.000 0.032 0.364
#> SRR655923 3 0.5521 0.35968 0.000 0.008 0.544 0.004 0.100 0.344
#> SRR1334717 6 0.6641 0.34342 0.184 0.000 0.024 0.076 0.140 0.576
#> SRR1401552 2 0.0146 0.92316 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1474886 4 0.3247 0.59149 0.008 0.004 0.000 0.844 0.064 0.080
#> SRR1082759 4 0.3190 0.49097 0.000 0.000 0.000 0.772 0.220 0.008
#> SRR1340420 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR662534 1 0.1958 0.74287 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1316815 1 0.3806 0.63734 0.776 0.000 0.000 0.088 0.136 0.000
#> SRR1072797 1 0.5849 0.26764 0.456 0.000 0.008 0.004 0.128 0.404
#> SRR612455 1 0.4345 0.67894 0.752 0.004 0.008 0.000 0.108 0.128
#> SRR818210 1 0.2912 0.71279 0.816 0.000 0.000 0.000 0.012 0.172
#> SRR1488751 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1404969 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1328960 2 0.0146 0.92296 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR598671 3 0.3927 0.59214 0.000 0.000 0.756 0.000 0.072 0.172
#> SRR1387178 1 0.1789 0.75106 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR660498 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1403831 6 0.4784 0.07988 0.028 0.000 0.000 0.464 0.012 0.496
#> SRR657325 2 0.0665 0.91793 0.000 0.980 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR1339740 1 0.2635 0.74830 0.880 0.000 0.004 0.004 0.036 0.076
#> SRR657348 6 0.3404 0.52303 0.016 0.000 0.008 0.132 0.020 0.824
#> SRR662091 1 0.5861 0.33464 0.548 0.000 0.000 0.264 0.172 0.016
#> SRR608598 3 0.3159 0.65709 0.000 0.004 0.836 0.000 0.052 0.108
#> SRR663320 1 0.1672 0.75015 0.932 0.000 0.000 0.004 0.016 0.048
#> SRR608662 5 0.6823 0.41227 0.188 0.000 0.216 0.008 0.512 0.076
#> SRR1361567 1 0.1588 0.74930 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR819134 1 0.0363 0.74864 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311400 1 0.3354 0.66896 0.812 0.000 0.000 0.060 0.128 0.000
#> SRR817775 4 0.3757 0.59415 0.000 0.000 0.028 0.812 0.076 0.084
#> SRR661433 2 0.7431 0.10940 0.000 0.424 0.228 0.228 0.108 0.012
#> SRR1453341 1 0.1901 0.74893 0.924 0.000 0.000 0.008 0.028 0.040
#> SRR819946 6 0.5928 -0.17067 0.000 0.008 0.408 0.024 0.088 0.472
#> SRR1319539 1 0.3466 0.71997 0.816 0.000 0.004 0.000 0.084 0.096
#> SRR1343841 1 0.1914 0.73259 0.920 0.000 0.000 0.016 0.056 0.008
#> SRR665563 3 0.5912 0.22546 0.000 0.012 0.452 0.024 0.076 0.436
#> SRR1487321 1 0.2721 0.70757 0.868 0.000 0.000 0.040 0.088 0.004
#> SRR1312428 5 0.6173 0.22061 0.272 0.000 0.004 0.316 0.408 0.000
#> SRR657587 6 0.4502 0.19957 0.012 0.000 0.004 0.428 0.008 0.548
#> SRR1337412 4 0.7610 -0.29098 0.192 0.000 0.188 0.376 0.240 0.004
#> SRR1474466 6 0.5568 0.38971 0.244 0.000 0.000 0.036 0.104 0.616
#> SRR1466993 1 0.3956 0.62321 0.760 0.000 0.000 0.088 0.152 0.000
#> SRR1358102 5 0.5970 0.50014 0.036 0.000 0.156 0.180 0.616 0.012
#> SRR1455171 3 0.0935 0.72183 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR627299 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR660733 6 0.5185 0.34035 0.048 0.000 0.216 0.000 0.068 0.668
#> SRR817758 6 0.5760 0.33216 0.020 0.000 0.040 0.312 0.048 0.580
#> SRR821019 3 0.5294 0.11333 0.000 0.000 0.488 0.012 0.432 0.068
#> SRR1330675 4 0.3919 0.48110 0.016 0.000 0.000 0.708 0.008 0.268
#> SRR1433644 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1320180 4 0.6346 -0.04621 0.008 0.000 0.212 0.508 0.252 0.020
#> SRR604074 3 0.1297 0.70605 0.040 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000
#> SRR1322291 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR658188 3 0.0665 0.72206 0.000 0.000 0.980 0.008 0.008 0.004
#> SRR820209 5 0.5725 0.08357 0.000 0.000 0.392 0.020 0.488 0.100
#> SRR1331841 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096966 6 0.4250 0.33200 0.012 0.000 0.004 0.360 0.004 0.620
#> SRR1350456 1 0.0508 0.74823 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1472079 4 0.2750 0.59780 0.000 0.000 0.000 0.844 0.020 0.136
#> SRR1500537 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR660103 3 0.2618 0.68245 0.000 0.000 0.872 0.000 0.052 0.076
#> SRR1403958 4 0.4357 -0.00541 0.008 0.000 0.004 0.500 0.004 0.484
#> SRR1322270 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR600754 1 0.2257 0.74592 0.904 0.000 0.000 0.008 0.048 0.040
#> SRR1334847 5 0.5594 0.25884 0.088 0.004 0.000 0.352 0.540 0.016
#> SRR1421093 3 0.6002 0.23065 0.036 0.000 0.600 0.152 0.204 0.008
#> SRR1085782 3 0.0405 0.72139 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1466357 2 0.0146 0.92296 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR597977 3 0.4989 0.19080 0.000 0.000 0.532 0.008 0.408 0.052
#> SRR1375635 4 0.3533 0.53761 0.004 0.000 0.000 0.748 0.012 0.236
#> SRR661133 6 0.5118 0.37183 0.068 0.000 0.144 0.000 0.084 0.704
#> SRR1357523 1 0.3088 0.68324 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120 0.000
#> SRR1415732 4 0.1588 0.59780 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1434250 2 0.0405 0.92106 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1396640 4 0.6146 -0.09726 0.372 0.004 0.000 0.416 0.204 0.004
#> SRR1454803 1 0.4497 0.47339 0.600 0.000 0.000 0.012 0.368 0.020
#> SRR1468381 6 0.4943 0.05123 0.024 0.000 0.000 0.476 0.024 0.476
#> SRR1447986 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1388007 3 0.0777 0.72388 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1434138 4 0.3607 0.38045 0.000 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1456950 4 0.5058 -0.04214 0.036 0.000 0.000 0.484 0.020 0.460
#> SRR1400375 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1323764 6 0.5663 0.38412 0.240 0.000 0.000 0.036 0.116 0.608
#> SRR1355040 1 0.2826 0.73698 0.856 0.000 0.000 0.000 0.052 0.092
#> SRR1409351 4 0.4033 0.25836 0.004 0.000 0.004 0.588 0.000 0.404
#> SRR1085495 1 0.2879 0.71849 0.816 0.000 0.004 0.000 0.004 0.176
#> SRR604026 1 0.4082 0.61861 0.748 0.000 0.008 0.056 0.188 0.000
#> SRR1500868 1 0.4265 0.58803 0.728 0.000 0.000 0.172 0.100 0.000
#> SRR1476279 4 0.3620 0.53952 0.004 0.000 0.004 0.752 0.012 0.228
#> SRR627429 2 0.6086 0.30509 0.000 0.532 0.048 0.012 0.072 0.336
#> SRR660969 1 0.5539 0.22889 0.464 0.000 0.016 0.000 0.084 0.436
#> SRR1335377 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1330546 3 0.0000 0.72235 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440986 1 0.2173 0.71952 0.904 0.000 0.000 0.028 0.064 0.004
#> SRR1357189 4 0.4348 0.06669 0.008 0.000 0.004 0.520 0.004 0.464
#> SRR1319837 1 0.5143 0.59312 0.636 0.000 0.000 0.004 0.148 0.212
#> SRR1491311 3 0.0000 0.72235 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487295 1 0.7222 0.34995 0.548 0.112 0.000 0.136 0.144 0.060
#> SRR1415215 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1086635 3 0.4181 0.52985 0.000 0.000 0.704 0.012 0.256 0.028
#> SRR1440058 1 0.2390 0.75177 0.896 0.000 0.000 0.008 0.044 0.052
#> SRR1389979 1 0.2473 0.73116 0.856 0.000 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1315721 1 0.6238 0.20774 0.448 0.000 0.016 0.012 0.388 0.136
#> SRR607337 1 0.3672 0.58918 0.688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304
#> SRR1434803 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1332275 3 0.1307 0.72112 0.000 0.000 0.952 0.008 0.032 0.008
#> SRR1465132 2 0.0146 0.92317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340133 3 0.0260 0.72223 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387989 3 0.0260 0.72223 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1383018 3 0.4927 0.37437 0.000 0.000 0.616 0.036 0.320 0.028
#> SRR1441701 3 0.2375 0.70558 0.000 0.008 0.896 0.000 0.060 0.036
#> SRR1368772 1 0.5119 0.50092 0.584 0.000 0.000 0.000 0.108 0.308
#> SRR664819 2 0.0779 0.91558 0.000 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR1435536 6 0.5460 0.39855 0.012 0.000 0.076 0.056 0.176 0.680
#> SRR614083 3 0.1341 0.71524 0.000 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR1310623 3 0.1734 0.70307 0.004 0.000 0.932 0.008 0.048 0.008
#> SRR1420625 3 0.3634 0.58534 0.008 0.012 0.824 0.044 0.108 0.004
#> SRR816721 6 0.4285 0.16793 0.008 0.000 0.008 0.432 0.000 0.552
#> SRR1359367 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1391879 4 0.2734 0.59254 0.004 0.000 0.000 0.840 0.008 0.148
#> SRR1418992 1 0.3023 0.68519 0.836 0.000 0.000 0.044 0.120 0.000
#> SRR1343115 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1488836 3 0.4028 0.44714 0.000 0.000 0.668 0.000 0.308 0.024
#> SRR1399028 1 0.2579 0.70317 0.872 0.000 0.000 0.040 0.088 0.000
#> SRR1418127 1 0.2345 0.73716 0.900 0.000 0.000 0.020 0.060 0.020
#> SRR1402900 1 0.2841 0.72004 0.824 0.000 0.000 0.000 0.012 0.164
#> SRR1485290 2 0.0508 0.92113 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1456514 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1394755 1 0.5700 0.45114 0.584 0.000 0.084 0.008 0.296 0.028
#> SRR664842 6 0.4262 0.49437 0.012 0.000 0.008 0.208 0.036 0.736
#> SRR662342 2 0.0520 0.91836 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR665502 3 0.6053 0.29959 0.156 0.000 0.624 0.004 0.092 0.124
#> SRR657891 1 0.3997 0.59880 0.688 0.000 0.004 0.000 0.020 0.288
#> SRR1421305 6 0.5883 0.37617 0.232 0.000 0.000 0.044 0.132 0.592
#> SRR1335707 1 0.2415 0.73252 0.888 0.000 0.000 0.012 0.084 0.016
#> SRR1401276 1 0.5019 0.62004 0.656 0.000 0.000 0.004 0.152 0.188
#> SRR627421 5 0.6884 0.40347 0.172 0.000 0.264 0.064 0.488 0.012
#> SRR1311575 1 0.6069 0.04654 0.440 0.000 0.000 0.324 0.232 0.004
#> SRR1475675 3 0.0972 0.71977 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR661995 6 0.6056 0.28202 0.260 0.000 0.028 0.004 0.152 0.556
#> SRR1471922 4 0.4193 0.58116 0.004 0.000 0.004 0.760 0.128 0.104
#> SRR1077687 1 0.4377 0.67983 0.764 0.000 0.124 0.004 0.024 0.084
#> SRR821602 3 0.5907 0.22496 0.000 0.020 0.436 0.000 0.120 0.424
#> SRR608718 2 0.0551 0.92014 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR1071289 2 0.6872 0.32099 0.092 0.528 0.000 0.228 0.136 0.016
#> SRR1437555 1 0.6440 0.00623 0.424 0.000 0.008 0.280 0.280 0.008
#> SRR810571 3 0.5448 0.12602 0.000 0.000 0.488 0.012 0.416 0.084
#> SRR664048 3 0.4502 0.54342 0.048 0.000 0.740 0.004 0.176 0.032
#> SRR1500998 4 0.2630 0.60438 0.004 0.000 0.000 0.872 0.092 0.032
#> SRR1320916 5 0.6879 0.07314 0.000 0.000 0.380 0.100 0.388 0.132
#> SRR1472150 5 0.5196 0.04519 0.048 0.000 0.004 0.452 0.484 0.012
#> SRR1329090 1 0.4312 0.64702 0.760 0.008 0.000 0.132 0.092 0.008
#> SRR1317344 1 0.2346 0.73836 0.868 0.000 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR817978 6 0.5745 0.40477 0.084 0.000 0.000 0.276 0.052 0.588
#> SRR1324371 1 0.2034 0.72253 0.912 0.000 0.000 0.024 0.060 0.004
#> SRR1474333 1 0.2197 0.74737 0.900 0.000 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1321462 6 0.5757 0.46853 0.136 0.000 0.000 0.164 0.064 0.636
#> SRR1387264 1 0.3791 0.65305 0.732 0.000 0.000 0.000 0.032 0.236
#> SRR1468141 3 0.1857 0.71461 0.000 0.000 0.924 0.004 0.044 0.028
#> SRR1486097 1 0.3150 0.68145 0.828 0.000 0.000 0.052 0.120 0.000
#> SRR608002 1 0.1349 0.74996 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1360563 1 0.3283 0.70786 0.804 0.000 0.000 0.000 0.036 0.160
#> SRR1414684 3 0.3123 0.63164 0.004 0.000 0.824 0.012 0.152 0.008
#> SRR604050 1 0.4969 0.65010 0.724 0.000 0.084 0.000 0.084 0.108
#> SRR600385 6 0.5485 0.36647 0.124 0.000 0.132 0.000 0.072 0.672
#> SRR1430248 2 0.3727 0.35842 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352975 1 0.5372 0.43467 0.612 0.000 0.000 0.248 0.128 0.012
#> SRR1457221 3 0.4368 0.57325 0.000 0.000 0.760 0.120 0.092 0.028
#> SRR807591 1 0.2738 0.71327 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1407560 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1345478 4 0.2146 0.58124 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR660895 3 0.0260 0.72283 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR655111 3 0.5445 0.25512 0.004 0.004 0.464 0.000 0.088 0.440
#> SRR1336006 4 0.3481 0.54171 0.000 0.000 0.004 0.756 0.012 0.228
#> SRR613114 3 0.0508 0.72288 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR608368 4 0.2684 0.60694 0.024 0.000 0.000 0.880 0.024 0.072
#> SRR1315269 1 0.5856 0.17037 0.492 0.000 0.000 0.316 0.188 0.004
#> SRR1435020 1 0.2867 0.73230 0.848 0.000 0.000 0.000 0.040 0.112
#> SRR1337564 1 0.6319 0.23739 0.516 0.000 0.020 0.236 0.220 0.008
#> SRR1315019 5 0.5851 0.07039 0.000 0.000 0.372 0.016 0.484 0.128
#> SRR1370173 2 0.7282 0.11740 0.008 0.444 0.312 0.100 0.124 0.012
#> SRR1408327 3 0.4788 0.50276 0.000 0.000 0.668 0.012 0.248 0.072
#> SRR1405485 1 0.5992 -0.03998 0.396 0.000 0.000 0.372 0.232 0.000
#> SRR812012 1 0.1563 0.73014 0.932 0.000 0.000 0.012 0.056 0.000
#> SRR1370619 6 0.4490 0.35970 0.028 0.000 0.000 0.348 0.008 0.616
#> SRR1469495 5 0.5993 -0.06378 0.000 0.000 0.376 0.000 0.392 0.232
#> SRR1378841 2 0.7893 -0.17794 0.304 0.312 0.000 0.192 0.176 0.016
#> SRR1375616 4 0.5897 0.27537 0.020 0.276 0.000 0.568 0.128 0.008
#> SRR1381566 6 0.4118 0.26916 0.008 0.000 0.004 0.396 0.000 0.592
#> SRR1432123 1 0.1531 0.74887 0.928 0.000 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1370405 4 0.4740 0.22551 0.004 0.000 0.004 0.548 0.032 0.412
#> SRR1099499 1 0.1757 0.74922 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR659331 2 0.0665 0.91793 0.000 0.980 0.008 0.000 0.008 0.004
#> SRR1436106 4 0.3192 0.52640 0.004 0.000 0.000 0.776 0.216 0.004
#> SRR1468974 4 0.7118 0.16895 0.164 0.144 0.000 0.508 0.172 0.012
#> SRR1470111 5 0.6673 0.41254 0.000 0.000 0.212 0.184 0.516 0.088
#> SRR1079168 3 0.0146 0.72221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338584 3 0.4250 0.41984 0.004 0.000 0.664 0.008 0.308 0.016
#> SRR1329551 3 0.1780 0.70708 0.000 0.000 0.924 0.000 0.028 0.048
#> SRR662871 2 0.0551 0.92014 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR816770 1 0.1364 0.73902 0.944 0.000 0.000 0.004 0.048 0.004
#> SRR600560 6 0.4615 0.25838 0.028 0.000 0.000 0.396 0.008 0.568
#> SRR1434867 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR599225 2 0.0551 0.92014 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR607935 6 0.6108 0.12709 0.084 0.000 0.308 0.000 0.072 0.536
#> SRR1487107 4 0.4456 0.33132 0.024 0.000 0.000 0.608 0.008 0.360
#> SRR1348159 1 0.1501 0.74776 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1356036 1 0.5733 0.47398 0.552 0.000 0.008 0.004 0.144 0.292
#> SRR614443 3 0.0000 0.72235 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314958 1 0.4459 0.56477 0.712 0.000 0.000 0.156 0.132 0.000
#> SRR1341702 5 0.6700 0.25550 0.200 0.000 0.048 0.344 0.408 0.000
#> SRR1444678 1 0.2164 0.74912 0.900 0.000 0.000 0.000 0.032 0.068
#> SRR1350107 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1322010 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1342045 1 0.4953 0.44851 0.572 0.000 0.008 0.000 0.056 0.364
#> SRR1467364 2 0.0551 0.92016 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR1078879 3 0.5640 0.24652 0.040 0.000 0.564 0.008 0.336 0.052
#> SRR1468955 1 0.1850 0.73782 0.924 0.000 0.000 0.016 0.052 0.008
#> SRR660626 1 0.1349 0.74978 0.940 0.000 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR812436 1 0.1578 0.73224 0.936 0.000 0.004 0.012 0.048 0.000
#> SRR1312103 6 0.4995 0.48737 0.044 0.000 0.000 0.204 0.064 0.688
#> SRR1429891 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387072 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR661255 3 0.4141 0.61312 0.000 0.000 0.764 0.012 0.084 0.140
#> SRR660933 1 0.3633 0.65656 0.796 0.000 0.004 0.064 0.136 0.000
#> SRR1488651 4 0.5964 0.18832 0.208 0.016 0.000 0.584 0.180 0.012
#> SRR1359388 6 0.4377 0.31671 0.012 0.000 0.008 0.368 0.004 0.608
#> SRR817686 3 0.2144 0.69508 0.004 0.000 0.908 0.008 0.068 0.012
#> SRR1429162 5 0.6108 0.03981 0.336 0.000 0.000 0.008 0.444 0.212
#> SRR612380 6 0.4064 0.48951 0.012 0.000 0.012 0.220 0.016 0.740
#> SRR817905 6 0.5652 0.24904 0.004 0.000 0.092 0.360 0.016 0.528
#> SRR1337909 1 0.3438 0.67192 0.816 0.000 0.000 0.068 0.112 0.004
#> SRR661723 3 0.0520 0.72293 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1314163 1 0.4184 0.53664 0.672 0.000 0.000 0.004 0.296 0.028
#> SRR1489155 1 0.7396 -0.01930 0.396 0.092 0.000 0.316 0.180 0.016
#> SRR1398992 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR607091 3 0.3452 0.61761 0.000 0.000 0.792 0.008 0.176 0.024
#> SRR1472193 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456903 2 0.0458 0.92000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1445238 2 0.7781 -0.11870 0.040 0.340 0.000 0.284 0.264 0.072
#> SRR820078 1 0.1485 0.74854 0.944 0.000 0.000 0.004 0.024 0.028
#> SRR1481462 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR819534 3 0.2384 0.70572 0.000 0.008 0.896 0.000 0.056 0.040
#> SRR820468 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR659899 6 0.4032 0.44050 0.012 0.000 0.004 0.280 0.008 0.696
#> SRR1396078 4 0.7090 -0.33097 0.060 0.000 0.248 0.356 0.332 0.004
#> SRR1443612 3 0.0146 0.72221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470902 4 0.2575 0.60678 0.004 0.000 0.000 0.872 0.024 0.100
#> SRR1362777 3 0.0508 0.72103 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1413522 5 0.6184 0.46574 0.088 0.004 0.076 0.220 0.604 0.008
#> SRR1073143 1 0.2631 0.72810 0.840 0.000 0.000 0.000 0.008 0.152
#> SRR1444622 5 0.7037 0.19482 0.004 0.000 0.328 0.100 0.424 0.144
#> SRR662570 2 0.0779 0.91558 0.000 0.976 0.008 0.000 0.008 0.008
#> SRR1430288 1 0.2642 0.74717 0.892 0.000 0.024 0.008 0.052 0.024
#> SRR1323043 1 0.3395 0.66462 0.808 0.000 0.000 0.060 0.132 0.000
#> SRR1475022 4 0.1588 0.59478 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1080927 2 0.0508 0.92043 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1328919 3 0.6147 0.29503 0.176 0.000 0.596 0.000 0.084 0.144
#> SRR603596 2 0.0603 0.91866 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR602808 3 0.6801 0.11409 0.000 0.000 0.392 0.052 0.216 0.340
#> SRR615467 3 0.5398 0.24181 0.000 0.000 0.532 0.008 0.364 0.096
#> SRR660638 6 0.4890 0.31239 0.012 0.004 0.236 0.004 0.064 0.680
#> SRR1360383 5 0.6370 0.44371 0.028 0.000 0.244 0.168 0.544 0.016
#> SRR1354577 4 0.5730 0.20736 0.004 0.344 0.000 0.520 0.124 0.008
#> SRR608230 3 0.7238 0.04893 0.196 0.000 0.440 0.004 0.116 0.244
#> SRR1320873 6 0.6554 0.21656 0.296 0.000 0.068 0.008 0.116 0.512
#> SRR1336379 4 0.2408 0.60714 0.004 0.000 0.000 0.876 0.012 0.108
#> SRR1325665 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1357434 4 0.4294 0.26390 0.008 0.000 0.000 0.592 0.012 0.388
#> SRR1477634 6 0.4314 0.03108 0.012 0.000 0.000 0.484 0.004 0.500
#> SRR1444876 4 0.3061 0.53205 0.004 0.000 0.004 0.816 0.168 0.008
#> SRR1101421 1 0.2750 0.72883 0.844 0.000 0.000 0.000 0.020 0.136
#> SRR613354 5 0.7750 0.30347 0.252 0.000 0.112 0.036 0.416 0.184
#> SRR1434782 2 0.0146 0.92317 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446762 3 0.2237 0.69406 0.000 0.000 0.896 0.000 0.036 0.068
#> SRR1324431 6 0.5505 0.46157 0.088 0.000 0.000 0.220 0.052 0.640
#> SRR1442356 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1386818 1 0.4657 0.61319 0.672 0.000 0.000 0.000 0.100 0.228
#> SRR655684 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1473185 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1332796 1 0.4809 0.52594 0.680 0.000 0.004 0.128 0.188 0.000
#> SRR1397073 1 0.2333 0.74861 0.896 0.000 0.000 0.004 0.060 0.040
#> SRR1455060 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341008 1 0.5216 0.35529 0.532 0.000 0.000 0.020 0.052 0.396
#> SRR1087031 4 0.4162 0.58132 0.008 0.000 0.000 0.760 0.104 0.128
#> SRR1489177 5 0.6611 0.15238 0.004 0.000 0.032 0.276 0.456 0.232
#> SRR1350525 3 0.0891 0.71933 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1440517 1 0.4780 0.60674 0.660 0.000 0.000 0.000 0.112 0.228
#> SRR1320093 1 0.2697 0.70041 0.864 0.000 0.000 0.044 0.092 0.000
#> SRR602516 1 0.2212 0.74211 0.880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR604318 6 0.4315 0.40264 0.008 0.004 0.120 0.004 0.100 0.764
#> SRR1320280 1 0.3328 0.67192 0.816 0.000 0.000 0.064 0.120 0.000
#> SRR1082262 1 0.4225 0.61916 0.752 0.000 0.008 0.096 0.144 0.000
#> SRR1379238 1 0.5510 0.31583 0.560 0.000 0.000 0.248 0.192 0.000
#> SRR1385080 4 0.1908 0.60767 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1316921 1 0.7618 0.09829 0.356 0.000 0.004 0.224 0.260 0.156
#> SRR1097752 2 0.0146 0.92316 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375308 1 0.3993 0.45155 0.592 0.000 0.000 0.000 0.008 0.400
#> SRR1498272 1 0.1863 0.75075 0.920 0.000 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR814989 1 0.1075 0.75039 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1320892 6 0.5316 0.37856 0.228 0.000 0.008 0.012 0.108 0.644
#> SRR818418 1 0.4990 0.41963 0.556 0.000 0.008 0.000 0.056 0.380
#> SRR1474553 1 0.2446 0.73440 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.124
#> SRR1430884 3 0.0000 0.72235 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079281 4 0.2531 0.60056 0.004 0.000 0.000 0.860 0.008 0.128
#> SRR656493 3 0.5011 0.34601 0.004 0.000 0.540 0.000 0.064 0.392
#> SRR1328599 3 0.3033 0.68052 0.000 0.000 0.856 0.012 0.056 0.076
#> SRR655218 6 0.4222 0.42630 0.012 0.004 0.120 0.004 0.084 0.776
#> SRR1416754 1 0.3460 0.70052 0.828 0.000 0.000 0.072 0.084 0.016
#> SRR1488562 1 0.5332 0.48319 0.568 0.000 0.008 0.000 0.100 0.324
#> SRR1084842 1 0.2100 0.74015 0.884 0.000 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR819999 2 0.0551 0.92014 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR659673 3 0.5333 0.26078 0.016 0.000 0.480 0.000 0.064 0.440
#> SRR1468514 1 0.2006 0.75019 0.904 0.000 0.000 0.000 0.016 0.080
#> SRR1499823 2 0.7489 0.40917 0.036 0.564 0.084 0.140 0.120 0.056
#> SRR1481216 1 0.1753 0.74586 0.912 0.000 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR1474065 6 0.4107 0.46797 0.024 0.000 0.000 0.256 0.012 0.708
#> SRR1499442 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1476571 4 0.5186 0.31217 0.128 0.008 0.000 0.664 0.192 0.008
#> SRR1445328 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR607887 2 0.0260 0.92280 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1085662 4 0.2431 0.59705 0.008 0.000 0.000 0.860 0.000 0.132
#> SRR1415095 1 0.5674 0.25216 0.468 0.000 0.000 0.016 0.100 0.416
#> SRR1499982 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1488715 5 0.5696 -0.01841 0.384 0.000 0.000 0.012 0.488 0.116
#> SRR597927 6 0.3564 0.50323 0.020 0.000 0.000 0.200 0.008 0.772
#> SRR1479239 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR600957 2 0.0260 0.92270 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1408113 6 0.7054 -0.02112 0.372 0.012 0.000 0.072 0.152 0.392
#> SRR1490019 1 0.1367 0.73435 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044 0.000
#> SRR1333694 3 0.0405 0.72181 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1476676 1 0.1757 0.74794 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR663261 3 0.5698 0.29475 0.000 0.004 0.500 0.024 0.076 0.396
#> SRR1432343 4 0.3728 0.39387 0.000 0.000 0.000 0.652 0.004 0.344
#> SRR1459585 3 0.8361 -0.10554 0.224 0.000 0.356 0.072 0.196 0.152
#> SRR1434271 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR602365 3 0.0405 0.72218 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR612443 6 0.6793 0.14977 0.148 0.000 0.292 0.000 0.092 0.468
#> SRR1473936 3 0.6091 0.02597 0.000 0.000 0.428 0.028 0.416 0.128
#> SRR1455698 4 0.2848 0.58451 0.004 0.000 0.000 0.856 0.104 0.036
#> SRR1331335 1 0.2009 0.72291 0.908 0.000 0.000 0.024 0.068 0.000
#> SRR659187 6 0.3990 0.47803 0.012 0.000 0.004 0.240 0.016 0.728
#> SRR1417912 1 0.3088 0.68184 0.832 0.000 0.000 0.048 0.120 0.000
#> SRR1316940 5 0.7189 0.39494 0.128 0.000 0.300 0.128 0.436 0.008
#> SRR1500753 1 0.0777 0.74906 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR657635 1 0.2489 0.73343 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR615934 3 0.1956 0.69933 0.004 0.000 0.908 0.000 0.080 0.008
#> SRR1411024 4 0.3730 0.57704 0.008 0.000 0.000 0.784 0.048 0.160
#> SRR1469904 1 0.2290 0.71517 0.892 0.000 0.004 0.020 0.084 0.000
#> SRR1311794 1 0.7022 -0.20768 0.340 0.000 0.040 0.320 0.292 0.008
#> SRR657754 6 0.4648 0.46119 0.124 0.000 0.060 0.004 0.060 0.752
#> SRR1464451 1 0.1010 0.73959 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1443895 4 0.2278 0.54158 0.004 0.000 0.000 0.868 0.128 0.000
#> SRR1444460 4 0.5232 0.11290 0.116 0.000 0.000 0.564 0.320 0.000
#> SRR1333587 4 0.6246 -0.09204 0.016 0.004 0.124 0.484 0.360 0.012
#> SRR1307770 2 0.0291 0.92255 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1339530 4 0.3998 0.37525 0.000 0.000 0.016 0.644 0.000 0.340
#> SRR1366433 4 0.4322 0.16088 0.008 0.000 0.004 0.548 0.004 0.436
#> SRR1480479 4 0.4088 0.18557 0.004 0.000 0.004 0.556 0.000 0.436
#> SRR1470175 1 0.6622 0.34291 0.568 0.168 0.004 0.080 0.172 0.008
#> SRR598768 1 0.1655 0.73577 0.932 0.000 0.000 0.008 0.052 0.008
#> SRR1335400 1 0.1477 0.73470 0.940 0.000 0.000 0.008 0.048 0.004
#> SRR1418923 6 0.4510 0.22054 0.020 0.000 0.000 0.416 0.008 0.556
#> SRR820133 5 0.5994 0.21847 0.004 0.000 0.336 0.028 0.520 0.112
#> SRR1348424 3 0.0767 0.72077 0.000 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> SRR1382956 4 0.6269 0.24200 0.144 0.056 0.000 0.592 0.196 0.012
#> SRR1339549 4 0.3240 0.52238 0.000 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR821434 4 0.4539 0.49502 0.028 0.000 0.012 0.700 0.016 0.244
#> SRR662546 6 0.4449 0.39431 0.012 0.000 0.008 0.308 0.016 0.656
#> SRR1319816 3 0.3950 0.49694 0.000 0.000 0.696 0.000 0.276 0.028
#> SRR1078347 3 0.3647 0.56681 0.008 0.000 0.760 0.004 0.216 0.012
#> SRR1435293 1 0.5389 0.41396 0.548 0.000 0.000 0.016 0.080 0.356
#> SRR1408208 1 0.2266 0.73997 0.880 0.000 0.000 0.000 0.012 0.108
#> SRR1332317 1 0.7988 -0.01108 0.340 0.064 0.000 0.104 0.340 0.152
#> SRR1499193 4 0.5682 0.04276 0.208 0.000 0.000 0.524 0.268 0.000
#> SRR1467294 2 0.7613 0.05250 0.000 0.424 0.224 0.016 0.176 0.160
#> SRR1359649 5 0.6145 0.24720 0.020 0.000 0.012 0.324 0.516 0.128
#> SRR1335688 5 0.5849 0.09092 0.000 0.000 0.384 0.020 0.480 0.116
#> SRR1370129 3 0.0291 0.72244 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1321966 3 0.0146 0.72221 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1488672 1 0.3576 0.67671 0.812 0.000 0.000 0.084 0.096 0.008
#> SRR1343197 4 0.5176 0.40500 0.012 0.168 0.000 0.676 0.136 0.008
#> SRR1416999 1 0.1757 0.74695 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1334564 1 0.1462 0.73252 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056 0.000
#> SRR660661 3 0.1196 0.71945 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1498861 3 0.7122 -0.23466 0.068 0.000 0.396 0.124 0.384 0.028
#> SRR1317877 1 0.1714 0.74580 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1329885 3 0.5782 0.16905 0.000 0.008 0.484 0.008 0.392 0.108
#> SRR1459718 1 0.1387 0.74824 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR615731 3 0.0717 0.72051 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR602622 4 0.6151 0.14029 0.004 0.000 0.020 0.452 0.140 0.384
#> SRR1487685 5 0.6143 0.00956 0.004 0.000 0.420 0.048 0.444 0.084
#> SRR1455925 1 0.2431 0.73279 0.860 0.000 0.000 0.000 0.008 0.132
#> SRR1390516 3 0.0976 0.72196 0.000 0.000 0.968 0.008 0.016 0.008
#> SRR1313932 4 0.4582 0.32519 0.028 0.000 0.000 0.612 0.012 0.348
#> SRR603397 3 0.0508 0.72231 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1099023 4 0.3942 0.29118 0.004 0.000 0.000 0.624 0.368 0.004
#> SRR1409899 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1368964 3 0.1265 0.71659 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1334741 4 0.3488 0.51886 0.008 0.000 0.004 0.744 0.000 0.244
#> SRR656564 1 0.2965 0.73378 0.848 0.000 0.000 0.000 0.080 0.072
#> SRR608174 6 0.4542 0.02548 0.008 0.000 0.012 0.480 0.004 0.496
#> SRR1320963 1 0.1296 0.74967 0.952 0.000 0.000 0.004 0.012 0.032
#> SRR661973 6 0.4880 0.41665 0.048 0.004 0.156 0.000 0.068 0.724
#> SRR598533 2 0.0291 0.92265 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR613270 2 0.0405 0.92168 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1362183 2 0.0508 0.92200 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1480365 1 0.2058 0.73727 0.908 0.000 0.000 0.008 0.072 0.012
#> SRR602927 1 0.5678 0.33545 0.568 0.000 0.000 0.204 0.220 0.008
#> SRR1315799 2 0.0000 0.92334 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432275 5 0.6275 0.37430 0.140 0.000 0.044 0.276 0.536 0.004
#> SRR1475909 1 0.6877 -0.04230 0.404 0.000 0.152 0.048 0.380 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0