Date: 2019-12-25 22:40:36 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17680 218
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.975 | 0.990 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.978 | 0.992 | ** | |
| CV:skmeans | 3 | 1.000 | 0.972 | 0.986 | ** | 2 |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.973 | 0.984 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.977 | 0.991 | ** | |
| ATC:pam | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.992 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 0.981 | 0.992 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 0.971 | 0.949 | 0.975 | ** | |
| SD:pam | 2 | 0.962 | 0.951 | 0.978 | ** | |
| MAD:NMF | 6 | 0.951 | 0.874 | 0.942 | ** | 2,3 |
| ATC:skmeans | 4 | 0.950 | 0.913 | 0.957 | ** | 2 |
| SD:skmeans | 5 | 0.947 | 0.908 | 0.943 | * | 2 |
| SD:NMF | 6 | 0.947 | 0.877 | 0.944 | * | 2,3 |
| MAD:pam | 2 | 0.944 | 0.963 | 0.984 | * | |
| CV:NMF | 4 | 0.926 | 0.925 | 0.946 | * | 2 |
| ATC:kmeans | 4 | 0.925 | 0.924 | 0.962 | * | 2 |
| MAD:skmeans | 5 | 0.921 | 0.900 | 0.932 | * | 2 |
| CV:hclust | 2 | 0.884 | 0.919 | 0.962 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.879 | 0.919 | 0.965 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.876 | 0.912 | 0.961 | ||
| SD:mclust | 2 | 0.864 | 0.944 | 0.972 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.862 | 0.896 | 0.953 | ||
| ATC:mclust | 2 | 0.837 | 0.867 | 0.946 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.985 0.994 0.501 0.499 0.499
#> CV:NMF 2 1.000 0.961 0.985 0.496 0.502 0.502
#> MAD:NMF 2 1.000 0.985 0.994 0.501 0.499 0.499
#> ATC:NMF 2 1.000 0.981 0.992 0.490 0.510 0.510
#> SD:skmeans 2 1.000 0.990 0.996 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 1.000 0.989 0.996 0.502 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.991 0.996 0.502 0.498 0.498
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.992 0.997 0.503 0.498 0.498
#> SD:mclust 2 0.864 0.944 0.972 0.480 0.522 0.522
#> CV:mclust 2 1.000 0.973 0.984 0.457 0.547 0.547
#> MAD:mclust 2 0.971 0.949 0.975 0.474 0.520 0.520
#> ATC:mclust 2 0.837 0.867 0.946 0.478 0.524 0.524
#> SD:kmeans 2 1.000 0.975 0.990 0.500 0.500 0.500
#> CV:kmeans 2 1.000 0.978 0.992 0.501 0.499 0.499
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.977 0.991 0.501 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.993 0.997 0.502 0.498 0.498
#> SD:pam 2 0.962 0.951 0.978 0.499 0.498 0.498
#> CV:pam 2 1.000 0.980 0.991 0.501 0.500 0.500
#> MAD:pam 2 0.944 0.963 0.984 0.498 0.500 0.500
#> ATC:pam 2 1.000 0.981 0.992 0.502 0.498 0.498
#> SD:hclust 2 0.862 0.896 0.953 0.497 0.499 0.499
#> CV:hclust 2 0.884 0.919 0.962 0.499 0.499 0.499
#> MAD:hclust 2 0.876 0.912 0.961 0.498 0.498 0.498
#> ATC:hclust 2 0.879 0.919 0.965 0.497 0.499 0.499
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.949 0.938 0.974 0.256 0.844 0.695
#> CV:NMF 3 0.740 0.852 0.881 0.287 0.829 0.667
#> MAD:NMF 3 0.927 0.939 0.973 0.251 0.850 0.706
#> ATC:NMF 3 0.824 0.866 0.945 0.295 0.783 0.603
#> SD:skmeans 3 0.758 0.874 0.909 0.242 0.860 0.726
#> CV:skmeans 3 1.000 0.972 0.986 0.260 0.851 0.707
#> MAD:skmeans 3 0.762 0.881 0.915 0.236 0.868 0.739
#> ATC:skmeans 3 0.882 0.951 0.969 0.122 0.943 0.885
#> SD:mclust 3 0.543 0.594 0.772 0.317 0.815 0.650
#> CV:mclust 3 0.723 0.942 0.888 0.399 0.784 0.605
#> MAD:mclust 3 0.581 0.677 0.793 0.333 0.837 0.689
#> ATC:mclust 3 0.566 0.644 0.774 0.298 0.689 0.474
#> SD:kmeans 3 0.655 0.470 0.700 0.284 0.860 0.728
#> CV:kmeans 3 0.671 0.789 0.815 0.265 0.851 0.707
#> MAD:kmeans 3 0.684 0.681 0.796 0.284 0.867 0.740
#> ATC:kmeans 3 0.800 0.708 0.871 0.300 0.771 0.571
#> SD:pam 3 0.735 0.876 0.885 0.242 0.850 0.712
#> CV:pam 3 0.798 0.875 0.934 0.258 0.857 0.718
#> MAD:pam 3 0.670 0.753 0.825 0.266 0.862 0.729
#> ATC:pam 3 0.893 0.880 0.954 0.326 0.759 0.551
#> SD:hclust 3 0.619 0.732 0.847 0.257 0.851 0.709
#> CV:hclust 3 0.676 0.609 0.778 0.230 0.972 0.945
#> MAD:hclust 3 0.634 0.753 0.855 0.251 0.875 0.752
#> ATC:hclust 3 0.779 0.849 0.917 0.249 0.867 0.735
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.783 0.788 0.837 0.1244 0.852 0.618
#> CV:NMF 4 0.926 0.925 0.946 0.1522 0.876 0.664
#> MAD:NMF 4 0.770 0.671 0.857 0.1119 0.960 0.893
#> ATC:NMF 4 0.638 0.669 0.823 0.0778 0.895 0.741
#> SD:skmeans 4 0.837 0.859 0.918 0.1755 0.851 0.625
#> CV:skmeans 4 0.874 0.893 0.936 0.1376 0.892 0.714
#> MAD:skmeans 4 0.827 0.780 0.897 0.1758 0.855 0.636
#> ATC:skmeans 4 0.950 0.913 0.957 0.1402 0.917 0.812
#> SD:mclust 4 0.582 0.525 0.740 0.1406 0.761 0.439
#> CV:mclust 4 0.795 0.825 0.916 0.1405 0.907 0.730
#> MAD:mclust 4 0.554 0.566 0.774 0.1500 0.815 0.545
#> ATC:mclust 4 0.504 0.605 0.741 0.1215 0.856 0.628
#> SD:kmeans 4 0.660 0.741 0.816 0.1383 0.740 0.426
#> CV:kmeans 4 0.692 0.616 0.806 0.1431 0.899 0.734
#> MAD:kmeans 4 0.688 0.791 0.854 0.1442 0.810 0.546
#> ATC:kmeans 4 0.925 0.924 0.962 0.1449 0.852 0.600
#> SD:pam 4 0.718 0.803 0.879 0.1817 0.843 0.619
#> CV:pam 4 0.734 0.711 0.835 0.1150 0.905 0.754
#> MAD:pam 4 0.774 0.765 0.902 0.1612 0.818 0.557
#> ATC:pam 4 0.724 0.723 0.784 0.1065 0.884 0.673
#> SD:hclust 4 0.626 0.652 0.787 0.1159 0.889 0.717
#> CV:hclust 4 0.706 0.701 0.824 0.1194 0.838 0.662
#> MAD:hclust 4 0.625 0.671 0.818 0.1305 0.862 0.658
#> ATC:hclust 4 0.659 0.733 0.771 0.1200 0.887 0.696
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.785 0.823 0.895 0.0679 0.937 0.771
#> CV:NMF 5 0.837 0.777 0.896 0.0448 0.966 0.870
#> MAD:NMF 5 0.781 0.800 0.880 0.0785 0.825 0.535
#> ATC:NMF 5 0.631 0.589 0.787 0.0929 0.842 0.570
#> SD:skmeans 5 0.947 0.908 0.943 0.0661 0.926 0.733
#> CV:skmeans 5 0.889 0.904 0.932 0.0777 0.926 0.738
#> MAD:skmeans 5 0.921 0.900 0.932 0.0662 0.887 0.626
#> ATC:skmeans 5 0.785 0.757 0.857 0.0882 0.969 0.917
#> SD:mclust 5 0.568 0.454 0.701 0.0814 0.843 0.496
#> CV:mclust 5 0.735 0.777 0.840 0.0771 0.901 0.653
#> MAD:mclust 5 0.556 0.461 0.653 0.0616 0.884 0.606
#> ATC:mclust 5 0.581 0.507 0.717 0.0680 0.893 0.672
#> SD:kmeans 5 0.789 0.794 0.846 0.0790 0.911 0.673
#> CV:kmeans 5 0.795 0.806 0.839 0.0765 0.839 0.508
#> MAD:kmeans 5 0.761 0.723 0.826 0.0718 0.916 0.687
#> ATC:kmeans 5 0.787 0.764 0.839 0.0593 0.903 0.647
#> SD:pam 5 0.857 0.788 0.900 0.0803 0.913 0.696
#> CV:pam 5 0.842 0.779 0.903 0.1173 0.829 0.505
#> MAD:pam 5 0.863 0.802 0.909 0.0805 0.889 0.618
#> ATC:pam 5 0.812 0.816 0.909 0.0839 0.908 0.668
#> SD:hclust 5 0.619 0.613 0.754 0.0733 0.896 0.682
#> CV:hclust 5 0.721 0.732 0.817 0.0630 0.918 0.756
#> MAD:hclust 5 0.611 0.559 0.743 0.0693 0.925 0.757
#> ATC:hclust 5 0.703 0.749 0.868 0.0676 0.961 0.858
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.947 0.877 0.944 0.0479 0.960 0.828
#> CV:NMF 6 0.810 0.733 0.845 0.0467 0.967 0.861
#> MAD:NMF 6 0.951 0.874 0.942 0.0501 0.954 0.809
#> ATC:NMF 6 0.671 0.576 0.755 0.0649 0.895 0.613
#> SD:skmeans 6 0.868 0.778 0.899 0.0354 0.970 0.866
#> CV:skmeans 6 0.886 0.788 0.900 0.0377 0.989 0.948
#> MAD:skmeans 6 0.849 0.764 0.876 0.0354 0.970 0.870
#> ATC:skmeans 6 0.768 0.564 0.792 0.0496 0.965 0.900
#> SD:mclust 6 0.591 0.409 0.668 0.0306 0.865 0.476
#> CV:mclust 6 0.754 0.694 0.766 0.0445 0.931 0.692
#> MAD:mclust 6 0.605 0.463 0.659 0.0315 0.870 0.514
#> ATC:mclust 6 0.567 0.474 0.634 0.0460 0.854 0.533
#> SD:kmeans 6 0.771 0.694 0.806 0.0422 0.969 0.853
#> CV:kmeans 6 0.742 0.715 0.821 0.0453 0.943 0.742
#> MAD:kmeans 6 0.740 0.662 0.785 0.0394 0.951 0.773
#> ATC:kmeans 6 0.764 0.612 0.797 0.0364 0.959 0.812
#> SD:pam 6 0.761 0.468 0.694 0.0400 0.846 0.419
#> CV:pam 6 0.806 0.745 0.853 0.0515 0.900 0.593
#> MAD:pam 6 0.755 0.590 0.781 0.0413 0.871 0.492
#> ATC:pam 6 0.855 0.823 0.919 0.0382 0.939 0.720
#> SD:hclust 6 0.629 0.642 0.746 0.0633 0.932 0.734
#> CV:hclust 6 0.724 0.685 0.814 0.0454 0.961 0.857
#> MAD:hclust 6 0.623 0.549 0.683 0.0458 0.909 0.674
#> ATC:hclust 6 0.718 0.663 0.827 0.0453 0.961 0.847
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.862 0.896 0.953 0.4970 0.499 0.499
#> 3 3 0.619 0.732 0.847 0.2571 0.851 0.709
#> 4 4 0.626 0.652 0.787 0.1159 0.889 0.717
#> 5 5 0.619 0.613 0.754 0.0733 0.896 0.682
#> 6 6 0.629 0.642 0.746 0.0633 0.932 0.734
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.1184 0.9388 0.016 0.984
#> SRR1475408 2 0.9795 0.3271 0.416 0.584
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.2236 0.9313 0.964 0.036
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.3733 0.9080 0.072 0.928
#> SRR1334587 2 0.0938 0.9401 0.012 0.988
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1414 0.9380 0.020 0.980
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.3879 0.9048 0.076 0.924
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.2603 0.9263 0.044 0.956
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.3431 0.9060 0.936 0.064
#> SRR1071084 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.4022 0.9014 0.080 0.920
#> SRR658105 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.3431 0.9118 0.064 0.936
#> SRR1327896 2 0.4022 0.9014 0.080 0.920
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.8909 0.5541 0.692 0.308
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.4161 0.8986 0.084 0.916
#> SRR1472506 1 0.8813 0.5746 0.700 0.300
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.1843 0.9341 0.028 0.972
#> SRR662306 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.7219 0.7467 0.800 0.200
#> SRR1357166 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.4161 0.8869 0.916 0.084
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.9963 0.1724 0.464 0.536
#> SRR1409397 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.8144 0.6645 0.748 0.252
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.7219 0.7467 0.800 0.200
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.9044 0.5277 0.680 0.320
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.2236 0.9302 0.036 0.964
#> SRR1403814 2 0.3879 0.9048 0.076 0.924
#> SRR1404887 1 0.8909 0.5541 0.692 0.308
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.1843 0.9341 0.028 0.972
#> SRR1078258 2 0.1843 0.9337 0.028 0.972
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0938 0.9503 0.988 0.012
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.2423 0.9290 0.040 0.960
#> SRR1488694 1 0.4431 0.8794 0.908 0.092
#> SRR1477273 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0938 0.9506 0.988 0.012
#> SRR1369088 2 0.9866 0.2874 0.432 0.568
#> SRR1406621 2 0.1843 0.9341 0.028 0.972
#> SRR1401017 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.1843 0.9351 0.028 0.972
#> SRR815208 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.3431 0.9148 0.064 0.936
#> SRR1091097 2 0.2778 0.9243 0.048 0.952
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.3431 0.9148 0.064 0.936
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.5946 0.8363 0.144 0.856
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.7219 0.7467 0.800 0.200
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.8713 0.5867 0.708 0.292
#> SRR1068977 2 0.0376 0.9414 0.004 0.996
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.4161 0.8981 0.084 0.916
#> SRR1341539 2 0.1843 0.9341 0.028 0.972
#> SRR1446354 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0938 0.9397 0.012 0.988
#> SRR1084674 1 0.0376 0.9562 0.996 0.004
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.9866 0.2774 0.432 0.568
#> SRR655447 2 0.1414 0.9374 0.020 0.980
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.2778 0.9220 0.048 0.952
#> SRR1489589 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.5629 0.8367 0.868 0.132
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.9248 0.5066 0.340 0.660
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.5408 0.8454 0.876 0.124
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.2043 0.9338 0.032 0.968
#> SRR1378903 2 0.4298 0.8942 0.088 0.912
#> SRR1472907 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.3274 0.9176 0.060 0.940
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.3431 0.9060 0.936 0.064
#> SRR1498951 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.6438 0.8051 0.164 0.836
#> SRR812198 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0672 0.9533 0.992 0.008
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.4431 0.8904 0.092 0.908
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0938 0.9398 0.012 0.988
#> SRR811285 2 0.0376 0.9414 0.004 0.996
#> SRR657018 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.4022 0.9017 0.080 0.920
#> SRR1314092 2 0.2778 0.9220 0.048 0.952
#> SRR1328941 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.2043 0.9335 0.032 0.968
#> SRR1455902 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.9775 0.2798 0.588 0.412
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.9580 0.4224 0.380 0.620
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.9970 0.1600 0.468 0.532
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.1184 0.9388 0.016 0.984
#> SRR1393026 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.4022 0.9014 0.080 0.920
#> SRR1386775 1 0.9044 0.5294 0.680 0.320
#> SRR1388399 2 0.9998 0.0776 0.492 0.508
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.3431 0.9148 0.064 0.936
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.4161 0.8869 0.916 0.084
#> SRR1400159 2 0.9933 0.2140 0.452 0.548
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.1184 0.9388 0.016 0.984
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0376 0.9413 0.004 0.996
#> SRR1310158 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.4022 0.9019 0.080 0.920
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0376 0.9414 0.004 0.996
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.1414 0.9374 0.020 0.980
#> SRR808942 2 0.1184 0.9388 0.016 0.984
#> SRR1343818 2 0.0938 0.9398 0.012 0.988
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.4431 0.8904 0.092 0.908
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3584 0.9067 0.068 0.932
#> SRR1417894 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.9419 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9590 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0237 0.8891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1345953 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.6225 0.0188 0.568 0.000 0.432
#> SRR1454158 2 0.3816 0.8598 0.000 0.852 0.148
#> SRR1475408 3 0.5480 0.2612 0.004 0.264 0.732
#> SRR1472704 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.4702 0.7038 0.788 0.000 0.212
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.5905 0.7023 0.000 0.648 0.352
#> SRR1334587 2 0.1860 0.8854 0.000 0.948 0.052
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.1031 0.8730 0.976 0.000 0.024
#> SRR1324206 1 0.1529 0.8742 0.960 0.000 0.040
#> SRR1408574 2 0.2959 0.8786 0.000 0.900 0.100
#> SRR1083959 2 0.1163 0.8897 0.000 0.972 0.028
#> SRR1079948 2 0.5926 0.6980 0.000 0.644 0.356
#> SRR1310667 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.5529 0.7593 0.000 0.704 0.296
#> SRR1352457 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.6307 0.1986 0.488 0.000 0.512
#> SRR1071084 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1082859 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.2356 0.8565 0.928 0.000 0.072
#> SRR1486262 2 0.6008 0.6781 0.000 0.628 0.372
#> SRR658105 1 0.1289 0.8745 0.968 0.000 0.032
#> SRR811073 2 0.3116 0.8736 0.000 0.892 0.108
#> SRR1429181 2 0.4399 0.8367 0.000 0.812 0.188
#> SRR1327896 2 0.6008 0.6781 0.000 0.628 0.372
#> SRR1464788 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0747 0.8899 0.000 0.984 0.016
#> SRR1420517 3 0.6252 0.3631 0.444 0.000 0.556
#> SRR1369584 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443244 3 0.4483 0.5490 0.128 0.024 0.848
#> SRR1455391 1 0.2537 0.8509 0.920 0.000 0.080
#> SRR1068999 1 0.1860 0.8625 0.948 0.000 0.052
#> SRR1481297 1 0.6225 0.0188 0.568 0.000 0.432
#> SRR1070208 1 0.2537 0.8488 0.920 0.000 0.080
#> SRR1317282 1 0.6235 0.0156 0.564 0.000 0.436
#> SRR1096125 2 0.6008 0.6802 0.000 0.628 0.372
#> SRR1472506 3 0.6144 0.5730 0.132 0.088 0.780
#> SRR1388281 2 0.0237 0.8894 0.000 0.996 0.004
#> SRR1365622 2 0.3038 0.8755 0.000 0.896 0.104
#> SRR662306 1 0.3412 0.8113 0.876 0.000 0.124
#> SRR662811 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR820571 3 0.7106 0.5580 0.232 0.072 0.696
#> SRR1357166 1 0.2796 0.8436 0.908 0.000 0.092
#> SRR1488586 3 0.5678 0.4902 0.316 0.000 0.684
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5115 0.3634 0.004 0.228 0.768
#> SRR1409397 2 0.0237 0.8891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465693 2 0.1031 0.8898 0.000 0.976 0.024
#> SRR1096547 3 0.7036 0.5682 0.184 0.096 0.720
#> SRR1456818 1 0.1411 0.8764 0.964 0.000 0.036
#> SRR816336 3 0.7106 0.5580 0.232 0.072 0.696
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.1163 0.8721 0.972 0.000 0.028
#> SRR1477671 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.4591 0.5494 0.120 0.032 0.848
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.4291 0.8459 0.000 0.820 0.180
#> SRR1403814 2 0.5926 0.6972 0.000 0.644 0.356
#> SRR1404887 3 0.4483 0.5490 0.128 0.024 0.848
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1753 0.8718 0.952 0.000 0.048
#> SRR1356765 2 0.3038 0.8755 0.000 0.896 0.104
#> SRR1078258 2 0.4796 0.8150 0.000 0.780 0.220
#> SRR1455861 1 0.2261 0.8583 0.932 0.000 0.068
#> SRR1420296 2 0.0237 0.8892 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070260 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0237 0.8739 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481315 1 0.2878 0.8290 0.904 0.000 0.096
#> SRR1414661 2 0.2711 0.8807 0.000 0.912 0.088
#> SRR1359147 2 0.5138 0.7951 0.000 0.748 0.252
#> SRR1488694 1 0.5016 0.5903 0.760 0.000 0.240
#> SRR1477273 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1415792 1 0.4178 0.7668 0.828 0.000 0.172
#> SRR1369088 3 0.7764 0.1701 0.068 0.328 0.604
#> SRR1406621 2 0.2878 0.8772 0.000 0.904 0.096
#> SRR1401017 2 0.1163 0.8896 0.000 0.972 0.028
#> SRR1099981 2 0.2356 0.8803 0.000 0.928 0.072
#> SRR815208 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.5327 0.7817 0.000 0.728 0.272
#> SRR1091097 2 0.5706 0.7372 0.000 0.680 0.320
#> SRR1456010 3 0.6260 0.3543 0.448 0.000 0.552
#> SRR1498416 2 0.0592 0.8899 0.000 0.988 0.012
#> SRR818873 2 0.1163 0.8896 0.000 0.972 0.028
#> SRR813868 2 0.5291 0.7852 0.000 0.732 0.268
#> SRR1394912 1 0.1031 0.8756 0.976 0.000 0.024
#> SRR1475824 2 0.6359 0.6202 0.004 0.592 0.404
#> SRR1459866 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.7106 0.5580 0.232 0.072 0.696
#> SRR1100472 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.4634 0.5402 0.164 0.012 0.824
#> SRR1068977 2 0.2261 0.8845 0.000 0.932 0.068
#> SRR1391511 2 0.1031 0.8901 0.000 0.976 0.024
#> SRR1077920 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.6309 0.2247 0.496 0.000 0.504
#> SRR1437073 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR1473124 3 0.6252 0.3631 0.444 0.000 0.556
#> SRR1469279 1 0.6267 -0.0538 0.548 0.000 0.452
#> SRR1091791 2 0.5968 0.6876 0.000 0.636 0.364
#> SRR1341539 2 0.3038 0.8755 0.000 0.896 0.104
#> SRR1446354 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR656970 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.4121 0.8477 0.000 0.832 0.168
#> SRR1084674 1 0.3686 0.8033 0.860 0.000 0.140
#> SRR1464702 1 0.2448 0.8543 0.924 0.000 0.076
#> SRR1074860 3 0.8371 0.2361 0.116 0.292 0.592
#> SRR655447 2 0.4931 0.8095 0.000 0.768 0.232
#> SRR1404442 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.1163 0.8750 0.972 0.000 0.028
#> SRR1458335 2 0.4555 0.8318 0.000 0.800 0.200
#> SRR1489589 2 0.0237 0.8891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1378284 1 0.7170 0.2114 0.612 0.036 0.352
#> SRR1408014 2 0.1163 0.8896 0.000 0.972 0.028
#> SRR1083052 1 0.2537 0.8488 0.920 0.000 0.080
#> SRR1339236 3 0.6111 -0.0546 0.000 0.396 0.604
#> SRR1323829 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.2711 0.8791 0.000 0.912 0.088
#> SRR1486457 3 0.5938 0.5393 0.248 0.020 0.732
#> SRR1415257 2 0.0747 0.8898 0.000 0.984 0.016
#> SRR1071905 1 0.2796 0.8436 0.908 0.000 0.092
#> SRR659223 2 0.0237 0.8892 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386945 1 0.6235 0.0156 0.564 0.000 0.436
#> SRR821498 2 0.4605 0.8331 0.000 0.796 0.204
#> SRR1378903 2 0.6045 0.6660 0.000 0.620 0.380
#> SRR1472907 3 0.6309 0.2103 0.500 0.000 0.500
#> SRR1442313 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR656911 2 0.5431 0.7707 0.000 0.716 0.284
#> SRR1070738 1 0.0237 0.8739 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476950 1 0.4504 0.7036 0.804 0.000 0.196
#> SRR1488196 3 0.6045 0.4340 0.380 0.000 0.620
#> SRR1498951 3 0.6291 0.3090 0.468 0.000 0.532
#> SRR1413392 1 0.1289 0.8745 0.968 0.000 0.032
#> SRR657528 2 0.5948 0.6555 0.000 0.640 0.360
#> SRR812198 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR660283 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.3038 0.8356 0.896 0.000 0.104
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.6062 0.6600 0.000 0.616 0.384
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4842 0.8149 0.000 0.776 0.224
#> SRR811285 2 0.2261 0.8845 0.000 0.932 0.068
#> SRR657018 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1090791 2 0.0237 0.8882 0.000 0.996 0.004
#> SRR1439915 2 0.1163 0.8896 0.000 0.972 0.028
#> SRR1391575 2 0.5948 0.6925 0.000 0.640 0.360
#> SRR1314092 2 0.4555 0.8318 0.000 0.800 0.200
#> SRR1328941 3 0.6252 0.3631 0.444 0.000 0.556
#> SRR1336181 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.1860 0.8625 0.948 0.000 0.052
#> SRR1366790 2 0.4346 0.8441 0.000 0.816 0.184
#> SRR1455902 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1437644 3 0.6380 0.5390 0.076 0.164 0.760
#> SRR1105009 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.6244 0.3748 0.440 0.000 0.560
#> SRR660248 3 0.5815 0.1560 0.004 0.304 0.692
#> SRR1409620 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR1455807 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.1860 0.8625 0.948 0.000 0.052
#> SRR1378948 3 0.5024 0.3715 0.004 0.220 0.776
#> SRR1469237 1 0.1411 0.8746 0.964 0.000 0.036
#> SRR1098264 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 2 0.3879 0.8584 0.000 0.848 0.152
#> SRR1393026 1 0.3340 0.8155 0.880 0.000 0.120
#> SRR808428 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0237 0.8892 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076219 1 0.5497 0.4938 0.708 0.000 0.292
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0237 0.8882 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407648 2 0.6008 0.6781 0.000 0.628 0.372
#> SRR1386775 3 0.5166 0.5631 0.116 0.056 0.828
#> SRR1388399 3 0.8122 0.3131 0.100 0.292 0.608
#> SRR1361499 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.5327 0.7817 0.000 0.728 0.272
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0237 0.8892 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335212 3 0.5678 0.4902 0.316 0.000 0.684
#> SRR1400159 3 0.5201 0.3418 0.004 0.236 0.760
#> SRR1457245 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.3686 0.8630 0.000 0.860 0.140
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1289 0.8741 0.968 0.000 0.032
#> SRR1100893 1 0.2261 0.8572 0.932 0.000 0.068
#> SRR1389432 1 0.3340 0.8155 0.880 0.000 0.120
#> SRR1381799 2 0.3038 0.8751 0.000 0.896 0.104
#> SRR1310158 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1341100 2 0.5948 0.6925 0.000 0.640 0.360
#> SRR1342873 1 0.6095 0.2104 0.608 0.000 0.392
#> SRR1472102 2 0.2261 0.8845 0.000 0.932 0.068
#> SRR1409421 1 0.5431 0.5263 0.716 0.000 0.284
#> SRR1328577 2 0.4931 0.8095 0.000 0.768 0.232
#> SRR808942 2 0.3941 0.8567 0.000 0.844 0.156
#> SRR1343818 2 0.4842 0.8149 0.000 0.776 0.224
#> SRR1472415 2 0.0000 0.8886 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.6062 0.6600 0.000 0.616 0.384
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4750 0.8170 0.000 0.784 0.216
#> SRR1417894 3 0.6235 0.3802 0.436 0.000 0.564
#> SRR1417422 2 0.1163 0.8896 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8738 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.2081 0.77715 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1076441 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1022 0.78842 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1345953 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1357826 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1419656 3 0.4690 0.67443 0.276 0.000 0.712 0.012
#> SRR1454158 2 0.4713 0.47703 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1475408 4 0.3652 0.44611 0.000 0.052 0.092 0.856
#> SRR1472704 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1090046 1 0.5432 0.69962 0.716 0.000 0.216 0.068
#> SRR1312822 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4985 0.22292 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1334587 2 0.2530 0.76129 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1490246 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.1211 0.89759 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1324206 1 0.2125 0.88739 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1408574 2 0.3528 0.70922 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1083959 2 0.2149 0.77963 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1079948 4 0.4981 0.23783 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1310667 2 0.0921 0.78795 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR655852 2 0.4985 0.03023 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1352457 2 0.1022 0.78892 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1353994 2 0.0921 0.78326 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1459561 2 0.0921 0.78795 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1454009 3 0.6440 0.71481 0.208 0.000 0.644 0.148
#> SRR1071084 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1082859 2 0.1022 0.78095 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1086538 1 0.2266 0.87961 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1486262 4 0.4961 0.29435 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR658105 1 0.1305 0.90117 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR811073 2 0.3942 0.63445 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1429181 2 0.4917 0.50058 0.000 0.656 0.008 0.336
#> SRR1327896 4 0.4961 0.29435 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1464788 2 0.0592 0.78378 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1346861 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1318774 2 0.1716 0.77962 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1420517 3 0.1970 0.80518 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1369584 2 0.0707 0.78121 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1443244 4 0.6446 0.00277 0.088 0.000 0.328 0.584
#> SRR1455391 1 0.2714 0.86171 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1068999 1 0.3547 0.80687 0.840 0.000 0.144 0.016
#> SRR1481297 3 0.4690 0.67443 0.276 0.000 0.712 0.012
#> SRR1070208 1 0.3479 0.81052 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1317282 3 0.4454 0.62504 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1096125 4 0.5268 0.28186 0.000 0.452 0.008 0.540
#> SRR1472506 4 0.5139 -0.18187 0.004 0.004 0.380 0.612
#> SRR1388281 2 0.0921 0.78016 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1365622 2 0.3710 0.70515 0.000 0.804 0.004 0.192
#> SRR662306 1 0.3945 0.76227 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR662811 1 0.1398 0.90094 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR820571 3 0.5511 0.47832 0.008 0.012 0.604 0.376
#> SRR1357166 1 0.3052 0.84627 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1488586 3 0.6222 0.64502 0.080 0.000 0.616 0.304
#> SRR1485398 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.4499 0.39392 0.000 0.048 0.160 0.792
#> SRR1409397 2 0.1022 0.78842 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1465693 2 0.1940 0.78078 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1096547 3 0.5751 0.37006 0.004 0.020 0.528 0.448
#> SRR1456818 1 0.1902 0.89950 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR816336 3 0.5511 0.47832 0.008 0.012 0.604 0.376
#> SRR1420238 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1436990 1 0.0188 0.90138 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662378 1 0.1474 0.89503 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1477671 1 0.0592 0.90157 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1084079 4 0.6316 0.02651 0.080 0.000 0.324 0.596
#> SRR1102949 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5138 0.39768 0.000 0.600 0.008 0.392
#> SRR1403814 4 0.4981 0.23669 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1404887 4 0.6446 0.00277 0.088 0.000 0.328 0.584
#> SRR1434955 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1824 0.89721 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1356765 2 0.3668 0.70899 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR1078258 2 0.4776 0.34312 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1455861 1 0.2266 0.88231 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1420296 2 0.1022 0.78854 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1070260 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1410765 1 0.0188 0.90141 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481315 1 0.3176 0.84736 0.880 0.000 0.084 0.036
#> SRR1414661 2 0.3764 0.68125 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1359147 2 0.4916 0.22459 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1488694 1 0.5395 0.66483 0.732 0.000 0.084 0.184
#> SRR1477273 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1415792 1 0.4919 0.75094 0.752 0.000 0.200 0.048
#> SRR1369088 4 0.7320 0.48647 0.012 0.180 0.228 0.580
#> SRR1406621 2 0.3157 0.74242 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1401017 2 0.2408 0.77060 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1099981 2 0.3266 0.72665 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR815208 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1380460 2 0.5158 0.10888 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1091097 2 0.5000 -0.09735 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1456010 3 0.1970 0.80501 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1498416 2 0.1557 0.78246 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR818873 2 0.2408 0.77060 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR813868 2 0.5155 0.12622 0.000 0.528 0.004 0.468
#> SRR1394912 1 0.1109 0.90247 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1475824 4 0.5628 0.30885 0.000 0.420 0.024 0.556
#> SRR1459866 1 0.0592 0.90157 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1364871 3 0.5511 0.47832 0.008 0.012 0.604 0.376
#> SRR1100472 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1331267 4 0.6867 -0.06065 0.124 0.000 0.324 0.552
#> SRR1068977 2 0.2921 0.74685 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1391511 2 0.2149 0.77571 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1077920 2 0.0921 0.77995 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1457705 3 0.3539 0.78269 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1437073 1 0.1576 0.90008 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1473124 3 0.1970 0.80518 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1469279 3 0.4356 0.65284 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1091791 4 0.4972 0.26334 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1341539 2 0.3626 0.71046 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1446354 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1415420 1 0.0592 0.90157 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1368050 1 0.1576 0.90008 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR656970 2 0.0921 0.78795 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1473403 2 0.4431 0.52116 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1084674 1 0.4508 0.78308 0.780 0.000 0.184 0.036
#> SRR1464702 1 0.2654 0.86519 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1074860 4 0.8237 0.47957 0.080 0.200 0.160 0.560
#> SRR655447 2 0.4855 0.28836 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1404442 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1418795 1 0.1209 0.90174 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1458335 2 0.5183 0.36151 0.000 0.584 0.008 0.408
#> SRR1489589 2 0.1022 0.78842 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1378284 1 0.7261 0.26891 0.536 0.000 0.196 0.268
#> SRR1408014 2 0.2408 0.77060 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1083052 1 0.3479 0.81052 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1339236 4 0.5279 0.50106 0.000 0.192 0.072 0.736
#> SRR1323829 2 0.0921 0.78795 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1086772 2 0.3726 0.66398 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1486457 3 0.4690 0.59269 0.012 0.000 0.712 0.276
#> SRR1415257 2 0.1557 0.78524 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1071905 1 0.3052 0.84627 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR659223 2 0.1022 0.78854 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1386945 3 0.4454 0.62504 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR821498 2 0.4907 0.33243 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1378903 4 0.4948 0.31202 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1472907 3 0.3392 0.79437 0.124 0.000 0.856 0.020
#> SRR1442313 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1077139 2 0.1022 0.78814 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1342758 1 0.1576 0.90008 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR656911 2 0.5165 0.04865 0.000 0.512 0.004 0.484
#> SRR1070738 1 0.0188 0.90141 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476950 1 0.5013 0.56883 0.688 0.000 0.292 0.020
#> SRR1488196 3 0.4919 0.76657 0.076 0.000 0.772 0.152
#> SRR1498951 3 0.2546 0.80732 0.092 0.000 0.900 0.008
#> SRR1413392 1 0.1305 0.90117 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR657528 4 0.5982 0.15485 0.000 0.436 0.040 0.524
#> SRR812198 1 0.1398 0.90094 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR660283 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1420936 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1322249 1 0.3707 0.83566 0.840 0.000 0.132 0.028
#> SRR1396682 1 0.0469 0.90172 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1095816 4 0.4941 0.31905 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1081023 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4817 0.32431 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR811285 2 0.2814 0.75130 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR657018 1 0.0188 0.90138 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365534 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1090791 2 0.1118 0.78790 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1439915 2 0.2408 0.77060 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1391575 4 0.4977 0.25150 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1314092 2 0.5183 0.36151 0.000 0.584 0.008 0.408
#> SRR1328941 3 0.1970 0.80518 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1336181 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1362972 1 0.3547 0.80687 0.840 0.000 0.144 0.016
#> SRR1366790 2 0.4855 0.38922 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1455902 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1437644 4 0.6709 0.18115 0.012 0.068 0.364 0.556
#> SRR1105009 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1367024 3 0.2376 0.80845 0.068 0.000 0.916 0.016
#> SRR660248 4 0.3687 0.48366 0.000 0.080 0.064 0.856
#> SRR1409620 1 0.1576 0.90008 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1455807 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1339431 1 0.3547 0.80687 0.840 0.000 0.144 0.016
#> SRR1378948 4 0.4332 0.38783 0.000 0.040 0.160 0.800
#> SRR1469237 1 0.1489 0.90062 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1098264 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406224 2 0.4746 0.46243 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1393026 1 0.3626 0.79410 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR808428 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615910 2 0.1022 0.78854 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1076219 1 0.5000 -0.10480 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1481128 1 0.0469 0.90172 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359262 2 0.1118 0.78790 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1407648 4 0.4961 0.29435 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1386775 4 0.6660 -0.06681 0.052 0.016 0.404 0.528
#> SRR1388399 4 0.7724 0.42228 0.024 0.160 0.276 0.540
#> SRR1361499 2 0.0921 0.78326 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1500709 2 0.5158 0.10888 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1335917 1 0.0469 0.90172 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1430615 2 0.1022 0.78854 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1335212 3 0.6222 0.64502 0.080 0.000 0.616 0.304
#> SRR1400159 4 0.4257 0.41223 0.000 0.048 0.140 0.812
#> SRR1457245 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1356746 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658319 2 0.4605 0.51924 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1435946 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1716 0.89147 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1100893 1 0.3161 0.83210 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR1389432 1 0.3626 0.79410 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1381799 2 0.4304 0.59917 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1310158 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1341100 4 0.4977 0.25020 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1342873 3 0.5062 0.60848 0.300 0.000 0.680 0.020
#> SRR1472102 2 0.2814 0.75130 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1409421 3 0.5512 0.03366 0.488 0.000 0.496 0.016
#> SRR1328577 2 0.4855 0.28836 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR808942 2 0.4746 0.46220 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1343818 2 0.4817 0.32431 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1472415 2 0.0817 0.77903 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658409 4 0.4941 0.31905 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1469681 1 0.0000 0.90081 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.5376 0.36184 0.000 0.588 0.016 0.396
#> SRR1417894 3 0.3156 0.81089 0.068 0.000 0.884 0.048
#> SRR1417422 2 0.2408 0.77060 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1090674 1 0.0469 0.90172 0.988 0.000 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 2 0.3492 0.65635 0.000 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1076441 1 0.0290 0.89177 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489803 2 0.4169 0.72544 0.000 0.784 0.000 0.116 0.100
#> SRR1345953 2 0.2069 0.71280 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1357826 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1419656 3 0.4824 0.57557 0.200 0.000 0.720 0.004 0.076
#> SRR1454158 4 0.5294 0.37818 0.000 0.380 0.000 0.564 0.056
#> SRR1475408 4 0.4822 -0.33135 0.000 0.004 0.028 0.636 0.332
#> SRR1472704 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1090046 1 0.6004 0.66007 0.640 0.000 0.104 0.032 0.224
#> SRR1312822 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4163 0.64218 0.000 0.228 0.000 0.740 0.032
#> SRR1334587 2 0.5167 0.64299 0.000 0.668 0.000 0.240 0.092
#> SRR1490246 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.1522 0.88417 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1324206 1 0.2754 0.87128 0.880 0.000 0.080 0.000 0.040
#> SRR1408574 2 0.5925 0.45470 0.000 0.556 0.000 0.316 0.128
#> SRR1083959 2 0.3355 0.65558 0.000 0.804 0.000 0.184 0.012
#> SRR1079948 4 0.4163 0.64265 0.000 0.228 0.000 0.740 0.032
#> SRR1310667 2 0.4121 0.72608 0.000 0.788 0.000 0.112 0.100
#> SRR655852 4 0.4506 0.60973 0.000 0.296 0.000 0.676 0.028
#> SRR1352457 2 0.4509 0.71947 0.000 0.752 0.000 0.152 0.096
#> SRR1353994 2 0.2248 0.71287 0.000 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR1459561 2 0.4121 0.72608 0.000 0.788 0.000 0.112 0.100
#> SRR1454009 3 0.6674 0.41681 0.136 0.000 0.592 0.056 0.216
#> SRR1071084 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1082859 2 0.1121 0.71887 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086538 1 0.2864 0.85201 0.852 0.000 0.012 0.000 0.136
#> SRR1486262 4 0.4584 0.64113 0.000 0.228 0.000 0.716 0.056
#> SRR658105 1 0.1568 0.89094 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR811073 2 0.4811 -0.01536 0.000 0.528 0.000 0.452 0.020
#> SRR1429181 2 0.6322 0.00549 0.000 0.436 0.000 0.408 0.156
#> SRR1327896 4 0.4584 0.64113 0.000 0.228 0.000 0.716 0.056
#> SRR1464788 2 0.4364 0.72772 0.000 0.768 0.000 0.120 0.112
#> SRR1346861 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1318774 2 0.3321 0.68519 0.000 0.832 0.000 0.136 0.032
#> SRR1420517 3 0.0992 0.68082 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1369584 2 0.3064 0.72065 0.000 0.856 0.000 0.036 0.108
#> SRR1443244 5 0.5570 0.86092 0.000 0.000 0.104 0.288 0.608
#> SRR1455391 1 0.3825 0.82396 0.804 0.000 0.060 0.000 0.136
#> SRR1068999 1 0.4123 0.76643 0.788 0.000 0.108 0.000 0.104
#> SRR1481297 3 0.4824 0.57557 0.200 0.000 0.720 0.004 0.076
#> SRR1070208 1 0.3912 0.79907 0.804 0.000 0.108 0.000 0.088
#> SRR1317282 3 0.4169 0.54070 0.240 0.000 0.732 0.000 0.028
#> SRR1096125 4 0.4793 0.63970 0.000 0.232 0.000 0.700 0.068
#> SRR1472506 5 0.6739 0.45575 0.000 0.000 0.260 0.348 0.392
#> SRR1388281 2 0.2069 0.71338 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1365622 2 0.6068 0.44014 0.000 0.544 0.000 0.308 0.148
#> SRR662306 1 0.5354 0.69231 0.668 0.000 0.192 0.000 0.140
#> SRR662811 1 0.1725 0.88987 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> SRR820571 3 0.6073 0.11721 0.000 0.000 0.564 0.264 0.172
#> SRR1357166 1 0.4183 0.80903 0.780 0.000 0.084 0.000 0.136
#> SRR1488586 3 0.6343 0.04924 0.028 0.000 0.472 0.080 0.420
#> SRR1485398 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.5847 -0.41295 0.000 0.008 0.092 0.576 0.324
#> SRR1409397 2 0.4169 0.72544 0.000 0.784 0.000 0.116 0.100
#> SRR1465693 2 0.5076 0.67782 0.000 0.692 0.000 0.200 0.108
#> SRR1096547 3 0.6586 -0.10836 0.000 0.004 0.476 0.324 0.196
#> SRR1456818 1 0.2520 0.88517 0.896 0.000 0.056 0.000 0.048
#> SRR816336 3 0.6073 0.11721 0.000 0.000 0.564 0.264 0.172
#> SRR1420238 1 0.0162 0.89192 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1436990 1 0.0451 0.89284 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR662378 1 0.1809 0.87983 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012
#> SRR1477671 1 0.1041 0.89242 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1084079 5 0.5640 0.85424 0.000 0.000 0.104 0.304 0.592
#> SRR1102949 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.5595 0.43074 0.000 0.356 0.004 0.568 0.072
#> SRR1403814 4 0.4134 0.64289 0.000 0.224 0.000 0.744 0.032
#> SRR1404887 5 0.5570 0.86092 0.000 0.000 0.104 0.288 0.608
#> SRR1434955 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2139 0.88850 0.916 0.000 0.032 0.000 0.052
#> SRR1356765 2 0.6054 0.45019 0.000 0.548 0.000 0.304 0.148
#> SRR1078258 4 0.4114 0.51964 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1455861 1 0.3012 0.85728 0.852 0.000 0.024 0.000 0.124
#> SRR1420296 2 0.4617 0.71683 0.000 0.744 0.000 0.148 0.108
#> SRR1070260 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1410765 1 0.0404 0.89156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481315 1 0.3003 0.81739 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1414661 2 0.4354 0.29354 0.000 0.624 0.000 0.368 0.008
#> SRR1359147 4 0.4288 0.58086 0.000 0.324 0.000 0.664 0.012
#> SRR1488694 1 0.5277 0.59988 0.664 0.000 0.000 0.108 0.228
#> SRR1477273 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1415792 1 0.5615 0.69491 0.664 0.000 0.120 0.012 0.204
#> SRR1369088 4 0.7552 -0.19503 0.000 0.108 0.112 0.432 0.348
#> SRR1406621 2 0.5750 0.57747 0.000 0.616 0.000 0.228 0.156
#> SRR1401017 2 0.4951 0.66515 0.000 0.704 0.000 0.196 0.100
#> SRR1099981 2 0.5570 0.55667 0.000 0.608 0.000 0.288 0.104
#> SRR815208 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1380460 4 0.4747 0.59031 0.000 0.284 0.004 0.676 0.036
#> SRR1091097 4 0.4428 0.62777 0.000 0.268 0.000 0.700 0.032
#> SRR1456010 3 0.0992 0.67928 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1498416 2 0.3321 0.69075 0.000 0.832 0.000 0.136 0.032
#> SRR818873 2 0.4951 0.66515 0.000 0.704 0.000 0.196 0.100
#> SRR813868 4 0.4887 0.58591 0.000 0.284 0.004 0.668 0.044
#> SRR1394912 1 0.1310 0.89281 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1475824 4 0.5312 0.60894 0.000 0.208 0.000 0.668 0.124
#> SRR1459866 1 0.1041 0.89242 0.964 0.000 0.032 0.000 0.004
#> SRR1364871 3 0.6073 0.11721 0.000 0.000 0.564 0.264 0.172
#> SRR1100472 2 0.2069 0.71280 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1331267 5 0.6215 0.82549 0.032 0.000 0.104 0.260 0.604
#> SRR1068977 2 0.5600 0.56058 0.000 0.616 0.000 0.268 0.116
#> SRR1391511 2 0.3427 0.65074 0.000 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR1077920 2 0.1205 0.71820 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1457705 3 0.2513 0.65262 0.116 0.000 0.876 0.000 0.008
#> SRR1437073 1 0.1992 0.88861 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR1473124 3 0.0992 0.68082 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1469279 3 0.3942 0.55481 0.232 0.000 0.748 0.000 0.020
#> SRR1091791 4 0.4180 0.64374 0.000 0.220 0.000 0.744 0.036
#> SRR1341539 2 0.6039 0.45477 0.000 0.552 0.000 0.300 0.148
#> SRR1446354 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1415420 1 0.0955 0.89296 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1368050 1 0.1992 0.88861 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR656970 2 0.4121 0.72608 0.000 0.788 0.000 0.112 0.100
#> SRR1473403 4 0.4803 0.31812 0.000 0.444 0.000 0.536 0.020
#> SRR1084674 1 0.5512 0.72021 0.680 0.000 0.128 0.012 0.180
#> SRR1464702 1 0.3780 0.82710 0.808 0.000 0.060 0.000 0.132
#> SRR1074860 4 0.5329 -0.29947 0.000 0.052 0.000 0.516 0.432
#> SRR655447 4 0.4030 0.54792 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1404442 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1418795 1 0.1168 0.89211 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1458335 4 0.5741 0.41952 0.000 0.360 0.000 0.544 0.096
#> SRR1489589 2 0.4169 0.72544 0.000 0.784 0.000 0.116 0.100
#> SRR1378284 1 0.7445 0.18385 0.504 0.000 0.096 0.144 0.256
#> SRR1408014 2 0.4951 0.66515 0.000 0.704 0.000 0.196 0.100
#> SRR1083052 1 0.3912 0.79907 0.804 0.000 0.108 0.000 0.088
#> SRR1339236 4 0.6283 -0.12380 0.000 0.108 0.020 0.552 0.320
#> SRR1323829 2 0.4121 0.72608 0.000 0.788 0.000 0.112 0.100
#> SRR1086772 2 0.4774 0.11488 0.000 0.556 0.000 0.424 0.020
#> SRR1486457 3 0.5597 0.26998 0.000 0.000 0.640 0.160 0.200
#> SRR1415257 2 0.4901 0.69147 0.000 0.712 0.000 0.184 0.104
#> SRR1071905 1 0.4183 0.80903 0.780 0.000 0.084 0.000 0.136
#> SRR659223 2 0.4617 0.71683 0.000 0.744 0.000 0.148 0.108
#> SRR1386945 3 0.4169 0.54070 0.240 0.000 0.732 0.000 0.028
#> SRR821498 4 0.4984 0.51872 0.000 0.308 0.000 0.640 0.052
#> SRR1378903 4 0.4649 0.63697 0.000 0.220 0.000 0.716 0.064
#> SRR1472907 3 0.2886 0.64623 0.016 0.000 0.864 0.004 0.116
#> SRR1442313 2 0.1740 0.71953 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1077139 2 0.3912 0.73172 0.000 0.804 0.000 0.108 0.088
#> SRR1342758 1 0.1907 0.88981 0.928 0.000 0.028 0.000 0.044
#> SRR656911 4 0.4680 0.60346 0.000 0.272 0.004 0.688 0.036
#> SRR1070738 1 0.0404 0.89156 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476950 1 0.5422 0.60476 0.656 0.000 0.212 0.000 0.132
#> SRR1488196 3 0.4475 0.55627 0.008 0.000 0.756 0.056 0.180
#> SRR1498951 3 0.1405 0.68327 0.016 0.000 0.956 0.008 0.020
#> SRR1413392 1 0.1648 0.89028 0.940 0.000 0.020 0.000 0.040
#> SRR657528 4 0.6228 0.45114 0.000 0.248 0.004 0.564 0.184
#> SRR812198 1 0.1725 0.88987 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> SRR660283 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1420936 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1322249 1 0.3916 0.83103 0.812 0.000 0.092 0.004 0.092
#> SRR1396682 1 0.0510 0.89218 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4619 0.63180 0.000 0.216 0.000 0.720 0.064
#> SRR1081023 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.4074 0.53233 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR811285 2 0.5535 0.57889 0.000 0.628 0.000 0.256 0.116
#> SRR657018 1 0.0451 0.89284 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1365534 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1090791 2 0.4648 0.71553 0.000 0.740 0.000 0.156 0.104
#> SRR1439915 2 0.4951 0.66515 0.000 0.704 0.000 0.196 0.100
#> SRR1391575 4 0.4210 0.64414 0.000 0.224 0.000 0.740 0.036
#> SRR1314092 4 0.5741 0.41952 0.000 0.360 0.000 0.544 0.096
#> SRR1328941 3 0.0992 0.68082 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1336181 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1362972 1 0.4123 0.76643 0.788 0.000 0.108 0.000 0.104
#> SRR1366790 4 0.5129 0.47507 0.000 0.328 0.000 0.616 0.056
#> SRR1455902 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1437644 4 0.7120 -0.68629 0.000 0.024 0.200 0.396 0.380
#> SRR1105009 2 0.0955 0.72093 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1367024 3 0.0833 0.68303 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR660248 4 0.4972 -0.22793 0.000 0.024 0.016 0.648 0.312
#> SRR1409620 1 0.1992 0.88861 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR1455807 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1339431 1 0.4123 0.76643 0.788 0.000 0.108 0.000 0.104
#> SRR1378948 4 0.5718 -0.42198 0.000 0.004 0.092 0.584 0.320
#> SRR1469237 1 0.1818 0.88956 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR1098264 2 0.2069 0.71280 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1406224 4 0.5273 0.42195 0.000 0.352 0.000 0.588 0.060
#> SRR1393026 1 0.4968 0.73896 0.712 0.000 0.152 0.000 0.136
#> SRR808428 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR615910 2 0.4617 0.71683 0.000 0.744 0.000 0.148 0.108
#> SRR1076219 3 0.5818 0.07877 0.444 0.000 0.464 0.000 0.092
#> SRR1481128 1 0.0609 0.89209 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.4648 0.71553 0.000 0.740 0.000 0.156 0.104
#> SRR1407648 4 0.4584 0.64113 0.000 0.228 0.000 0.716 0.056
#> SRR1386775 5 0.6640 0.77355 0.000 0.008 0.200 0.296 0.496
#> SRR1388399 4 0.8031 -0.33478 0.012 0.092 0.152 0.400 0.344
#> SRR1361499 2 0.2248 0.71287 0.000 0.900 0.000 0.088 0.012
#> SRR1500709 4 0.4747 0.59031 0.000 0.284 0.004 0.676 0.036
#> SRR1335917 1 0.0771 0.89317 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1430615 2 0.4617 0.71683 0.000 0.744 0.000 0.148 0.108
#> SRR1335212 3 0.6343 0.04924 0.028 0.000 0.472 0.080 0.420
#> SRR1400159 4 0.5669 -0.39008 0.000 0.008 0.076 0.588 0.328
#> SRR1457245 2 0.1740 0.71953 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1356746 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR658319 4 0.5376 0.26978 0.000 0.424 0.000 0.520 0.056
#> SRR1435946 1 0.0162 0.89192 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2270 0.87228 0.904 0.000 0.076 0.000 0.020
#> SRR1100893 1 0.3535 0.82144 0.832 0.000 0.088 0.000 0.080
#> SRR1389432 1 0.4968 0.73896 0.712 0.000 0.152 0.000 0.136
#> SRR1381799 4 0.5236 0.19245 0.000 0.464 0.000 0.492 0.044
#> SRR1310158 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1341100 4 0.4210 0.64376 0.000 0.224 0.000 0.740 0.036
#> SRR1342873 3 0.5272 0.52160 0.212 0.000 0.680 0.004 0.104
#> SRR1472102 2 0.5535 0.57889 0.000 0.628 0.000 0.256 0.116
#> SRR1409421 3 0.6180 0.10082 0.404 0.000 0.460 0.000 0.136
#> SRR1328577 4 0.4030 0.54792 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR808942 4 0.5131 0.42096 0.000 0.364 0.000 0.588 0.048
#> SRR1343818 4 0.4074 0.53233 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1472415 2 0.1082 0.71950 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR658409 4 0.4619 0.63180 0.000 0.216 0.000 0.720 0.064
#> SRR1469681 1 0.0000 0.89146 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 4 0.6169 0.22133 0.000 0.392 0.000 0.472 0.136
#> SRR1417894 3 0.1549 0.68479 0.000 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1417422 2 0.4951 0.66515 0.000 0.704 0.000 0.196 0.100
#> SRR1090674 1 0.0510 0.89218 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.5166 0.6436 0.000 0.240 0.000 0.120 0.632 0.008
#> SRR1076441 1 0.0291 0.8850 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1489803 2 0.2520 0.7598 0.000 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004
#> SRR1345953 5 0.3949 0.8018 0.000 0.152 0.000 0.068 0.772 0.008
#> SRR1357826 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1419656 3 0.5113 0.5579 0.188 0.000 0.700 0.016 0.032 0.064
#> SRR1454158 4 0.7009 0.4851 0.000 0.340 0.000 0.396 0.172 0.092
#> SRR1475408 4 0.6233 -0.1955 0.000 0.076 0.020 0.460 0.036 0.408
#> SRR1472704 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1090046 1 0.5706 0.6549 0.620 0.000 0.088 0.028 0.016 0.248
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4179 0.6279 0.000 0.204 0.000 0.736 0.048 0.012
#> SRR1334587 2 0.3629 0.7549 0.000 0.820 0.000 0.076 0.080 0.024
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.1699 0.8765 0.936 0.000 0.040 0.004 0.008 0.012
#> SRR1324206 1 0.3076 0.8620 0.856 0.000 0.076 0.004 0.008 0.056
#> SRR1408574 2 0.3631 0.6448 0.000 0.792 0.000 0.156 0.008 0.044
#> SRR1083959 5 0.5243 0.6668 0.000 0.216 0.000 0.124 0.644 0.016
#> SRR1079948 4 0.4020 0.6287 0.000 0.204 0.000 0.744 0.044 0.008
#> SRR1310667 2 0.2416 0.7574 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR655852 4 0.4883 0.6492 0.000 0.224 0.000 0.672 0.092 0.012
#> SRR1352457 2 0.2214 0.7854 0.000 0.892 0.000 0.012 0.092 0.004
#> SRR1353994 5 0.4331 0.7672 0.000 0.192 0.000 0.072 0.728 0.008
#> SRR1459561 2 0.2416 0.7574 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1454009 3 0.6418 0.3511 0.124 0.004 0.572 0.040 0.020 0.240
#> SRR1071084 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1082859 5 0.3159 0.8449 0.000 0.152 0.000 0.020 0.820 0.008
#> SRR1086538 1 0.2909 0.8413 0.828 0.000 0.004 0.000 0.012 0.156
#> SRR1486262 4 0.4398 0.6109 0.000 0.184 0.000 0.736 0.056 0.024
#> SRR658105 1 0.1549 0.8844 0.936 0.000 0.020 0.000 0.000 0.044
#> SRR811073 4 0.6412 0.4376 0.000 0.320 0.000 0.400 0.264 0.016
#> SRR1429181 2 0.6466 0.0986 0.000 0.532 0.000 0.256 0.120 0.092
#> SRR1327896 4 0.4398 0.6109 0.000 0.184 0.000 0.736 0.056 0.024
#> SRR1464788 2 0.2915 0.7417 0.000 0.848 0.000 0.024 0.120 0.008
#> SRR1346861 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1318774 5 0.5868 0.3007 0.000 0.348 0.000 0.136 0.500 0.016
#> SRR1420517 3 0.1269 0.6746 0.000 0.000 0.956 0.012 0.012 0.020
#> SRR1369584 2 0.4130 0.5673 0.000 0.700 0.000 0.028 0.264 0.008
#> SRR1443244 6 0.5522 0.6809 0.000 0.004 0.084 0.340 0.016 0.556
#> SRR1455391 1 0.3853 0.8124 0.780 0.000 0.052 0.000 0.012 0.156
#> SRR1068999 1 0.4436 0.7611 0.776 0.000 0.084 0.008 0.044 0.088
#> SRR1481297 3 0.5113 0.5579 0.188 0.000 0.700 0.016 0.032 0.064
#> SRR1070208 1 0.4196 0.7913 0.784 0.000 0.096 0.004 0.028 0.088
#> SRR1317282 3 0.4094 0.5295 0.224 0.000 0.728 0.000 0.008 0.040
#> SRR1096125 4 0.4794 0.6096 0.000 0.192 0.000 0.708 0.060 0.040
#> SRR1472506 6 0.6761 0.3913 0.000 0.016 0.236 0.276 0.024 0.448
#> SRR1388281 5 0.4038 0.7995 0.000 0.156 0.000 0.072 0.764 0.008
#> SRR1365622 2 0.3529 0.6401 0.000 0.788 0.000 0.172 0.004 0.036
#> SRR662306 1 0.5253 0.6788 0.644 0.000 0.184 0.000 0.012 0.160
#> SRR662811 1 0.1807 0.8819 0.920 0.000 0.020 0.000 0.000 0.060
#> SRR820571 3 0.5984 0.1590 0.000 0.004 0.556 0.216 0.016 0.208
#> SRR1357166 1 0.4187 0.7971 0.756 0.000 0.076 0.000 0.012 0.156
#> SRR1488586 6 0.5641 0.0707 0.012 0.004 0.444 0.076 0.004 0.460
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.6857 -0.2814 0.000 0.064 0.080 0.416 0.036 0.404
#> SRR1409397 2 0.2520 0.7598 0.000 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004
#> SRR1465693 2 0.2934 0.7784 0.000 0.864 0.000 0.044 0.076 0.016
#> SRR1096547 3 0.6689 -0.0404 0.000 0.012 0.468 0.244 0.028 0.248
#> SRR1456818 1 0.2471 0.8796 0.888 0.000 0.052 0.000 0.004 0.056
#> SRR816336 3 0.5984 0.1590 0.000 0.004 0.556 0.216 0.016 0.208
#> SRR1420238 1 0.0146 0.8852 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1436990 1 0.0436 0.8861 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR662378 1 0.1964 0.8721 0.920 0.000 0.056 0.004 0.008 0.012
#> SRR1477671 1 0.0935 0.8855 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084079 6 0.5563 0.6712 0.000 0.004 0.084 0.356 0.016 0.540
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.7110 0.4956 0.000 0.312 0.000 0.412 0.152 0.124
#> SRR1403814 4 0.4150 0.6258 0.000 0.200 0.000 0.740 0.048 0.012
#> SRR1404887 6 0.5522 0.6809 0.000 0.004 0.084 0.340 0.016 0.556
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2164 0.8806 0.900 0.000 0.032 0.000 0.000 0.068
#> SRR1356765 2 0.3494 0.6453 0.000 0.792 0.000 0.168 0.004 0.036
#> SRR1078258 4 0.5582 0.6263 0.000 0.272 0.000 0.576 0.140 0.012
#> SRR1455861 1 0.2971 0.8488 0.832 0.000 0.020 0.000 0.004 0.144
#> SRR1420296 2 0.1918 0.7863 0.000 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1070260 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1410765 1 0.0405 0.8848 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1481315 1 0.3197 0.8152 0.804 0.000 0.000 0.008 0.012 0.176
#> SRR1414661 5 0.6410 -0.0816 0.000 0.276 0.000 0.300 0.408 0.016
#> SRR1359147 4 0.5605 0.6409 0.000 0.224 0.000 0.604 0.152 0.020
#> SRR1488694 1 0.5095 0.6059 0.656 0.000 0.000 0.120 0.012 0.212
#> SRR1477273 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1415792 1 0.5394 0.6862 0.644 0.000 0.112 0.008 0.016 0.220
#> SRR1369088 6 0.7052 0.1601 0.000 0.180 0.092 0.352 0.000 0.376
#> SRR1406621 2 0.4165 0.6757 0.000 0.768 0.000 0.152 0.044 0.036
#> SRR1401017 2 0.4103 0.7121 0.000 0.768 0.000 0.084 0.136 0.012
#> SRR1099981 2 0.4018 0.6987 0.000 0.788 0.000 0.124 0.052 0.036
#> SRR815208 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1380460 4 0.6235 0.6092 0.000 0.280 0.000 0.540 0.112 0.068
#> SRR1091097 4 0.4748 0.6434 0.000 0.204 0.000 0.696 0.084 0.016
#> SRR1456010 3 0.1269 0.6733 0.000 0.000 0.956 0.012 0.012 0.020
#> SRR1498416 5 0.5824 0.3172 0.000 0.356 0.000 0.128 0.500 0.016
#> SRR818873 2 0.4103 0.7121 0.000 0.768 0.000 0.084 0.136 0.012
#> SRR813868 4 0.6367 0.6049 0.000 0.280 0.000 0.528 0.112 0.080
#> SRR1394912 1 0.1334 0.8861 0.948 0.000 0.020 0.000 0.000 0.032
#> SRR1475824 4 0.5569 0.5590 0.000 0.240 0.000 0.620 0.040 0.100
#> SRR1459866 1 0.0935 0.8855 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364871 3 0.5984 0.1590 0.000 0.004 0.556 0.216 0.016 0.208
#> SRR1100472 5 0.3785 0.8068 0.000 0.152 0.000 0.064 0.780 0.004
#> SRR1331267 6 0.6127 0.6669 0.032 0.004 0.084 0.312 0.016 0.552
#> SRR1068977 2 0.3424 0.6953 0.000 0.816 0.000 0.136 0.032 0.016
#> SRR1391511 5 0.5295 0.6303 0.000 0.240 0.000 0.124 0.624 0.012
#> SRR1077920 5 0.2872 0.8503 0.000 0.152 0.000 0.012 0.832 0.004
#> SRR1457705 3 0.2669 0.6450 0.108 0.000 0.864 0.000 0.004 0.024
#> SRR1437073 1 0.2046 0.8807 0.908 0.000 0.032 0.000 0.000 0.060
#> SRR1473124 3 0.1269 0.6746 0.000 0.000 0.956 0.012 0.012 0.020
#> SRR1469279 3 0.3906 0.5444 0.216 0.000 0.744 0.000 0.008 0.032
#> SRR1091791 4 0.4058 0.6226 0.000 0.196 0.000 0.748 0.044 0.012
#> SRR1341539 2 0.3604 0.6453 0.000 0.788 0.000 0.168 0.008 0.036
#> SRR1446354 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1415420 1 0.0858 0.8861 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368050 1 0.2046 0.8807 0.908 0.000 0.032 0.000 0.000 0.060
#> SRR656970 2 0.2416 0.7574 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1473403 4 0.6078 0.5449 0.000 0.316 0.000 0.488 0.180 0.016
#> SRR1084674 1 0.5345 0.7085 0.656 0.000 0.120 0.008 0.016 0.200
#> SRR1464702 1 0.3817 0.8156 0.784 0.000 0.052 0.000 0.012 0.152
#> SRR1074860 4 0.5361 -0.2006 0.000 0.056 0.000 0.544 0.028 0.372
#> SRR655447 4 0.5410 0.6382 0.000 0.224 0.000 0.616 0.148 0.012
#> SRR1404442 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1418795 1 0.1265 0.8852 0.948 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1458335 4 0.7075 0.4465 0.000 0.344 0.000 0.392 0.144 0.120
#> SRR1489589 2 0.2520 0.7598 0.000 0.844 0.000 0.000 0.152 0.004
#> SRR1378284 1 0.6872 0.2007 0.492 0.008 0.076 0.132 0.004 0.288
#> SRR1408014 2 0.4103 0.7121 0.000 0.768 0.000 0.084 0.136 0.012
#> SRR1083052 1 0.4196 0.7913 0.784 0.000 0.096 0.004 0.028 0.088
#> SRR1339236 4 0.6796 -0.1512 0.000 0.240 0.016 0.404 0.020 0.320
#> SRR1323829 2 0.2416 0.7574 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1086772 4 0.6390 0.3802 0.000 0.320 0.000 0.376 0.292 0.012
#> SRR1486457 3 0.5194 0.2592 0.000 0.000 0.632 0.128 0.008 0.232
#> SRR1415257 2 0.2556 0.7825 0.000 0.884 0.000 0.028 0.076 0.012
#> SRR1071905 1 0.4187 0.7971 0.756 0.000 0.076 0.000 0.012 0.156
#> SRR659223 2 0.1918 0.7863 0.000 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1386945 3 0.4094 0.5295 0.224 0.000 0.728 0.000 0.008 0.040
#> SRR821498 4 0.6975 0.5516 0.000 0.296 0.000 0.444 0.144 0.116
#> SRR1378903 4 0.4441 0.6022 0.000 0.180 0.000 0.736 0.056 0.028
#> SRR1472907 3 0.3348 0.6264 0.004 0.000 0.840 0.016 0.048 0.092
#> SRR1442313 5 0.3387 0.8276 0.000 0.164 0.000 0.040 0.796 0.000
#> SRR1077139 2 0.2762 0.7270 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1342758 1 0.1970 0.8818 0.912 0.000 0.028 0.000 0.000 0.060
#> SRR656911 4 0.5882 0.6234 0.000 0.276 0.000 0.576 0.092 0.056
#> SRR1070738 1 0.0405 0.8848 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1476950 1 0.5529 0.6113 0.648 0.000 0.188 0.004 0.032 0.128
#> SRR1488196 3 0.4414 0.5136 0.004 0.004 0.740 0.040 0.020 0.192
#> SRR1498951 3 0.1396 0.6782 0.008 0.000 0.952 0.012 0.004 0.024
#> SRR1413392 1 0.1745 0.8823 0.924 0.000 0.020 0.000 0.000 0.056
#> SRR657528 2 0.6210 -0.2557 0.000 0.420 0.004 0.388 0.012 0.176
#> SRR812198 1 0.1807 0.8819 0.920 0.000 0.020 0.000 0.000 0.060
#> SRR660283 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1322249 1 0.3764 0.8246 0.796 0.000 0.088 0.008 0.000 0.108
#> SRR1396682 1 0.0458 0.8852 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4383 0.5981 0.000 0.180 0.000 0.740 0.052 0.028
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5539 0.6329 0.000 0.232 0.000 0.604 0.148 0.016
#> SRR811285 2 0.3372 0.7085 0.000 0.824 0.000 0.124 0.036 0.016
#> SRR657018 1 0.0436 0.8861 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1365534 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1090791 2 0.1700 0.7901 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1439915 2 0.4103 0.7121 0.000 0.768 0.000 0.084 0.136 0.012
#> SRR1391575 4 0.4150 0.6261 0.000 0.200 0.000 0.740 0.048 0.012
#> SRR1314092 4 0.7075 0.4465 0.000 0.344 0.000 0.392 0.144 0.120
#> SRR1328941 3 0.1269 0.6746 0.000 0.000 0.956 0.012 0.012 0.020
#> SRR1336181 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1362972 1 0.4436 0.7611 0.776 0.000 0.084 0.008 0.044 0.088
#> SRR1366790 4 0.6996 0.5213 0.000 0.320 0.000 0.424 0.140 0.116
#> SRR1455902 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1437644 6 0.6919 0.5521 0.000 0.056 0.176 0.356 0.008 0.404
#> SRR1105009 5 0.2558 0.8526 0.000 0.156 0.000 0.000 0.840 0.004
#> SRR1367024 3 0.0837 0.6778 0.000 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020
#> SRR660248 4 0.6194 -0.1066 0.000 0.084 0.012 0.480 0.040 0.384
#> SRR1409620 1 0.2046 0.8807 0.908 0.000 0.032 0.000 0.000 0.060
#> SRR1455807 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1339431 1 0.4436 0.7611 0.776 0.000 0.084 0.008 0.044 0.088
#> SRR1378948 4 0.6814 -0.2863 0.000 0.060 0.080 0.424 0.036 0.400
#> SRR1469237 1 0.1890 0.8816 0.916 0.000 0.024 0.000 0.000 0.060
#> SRR1098264 5 0.3949 0.8018 0.000 0.152 0.000 0.068 0.772 0.008
#> SRR1406224 4 0.6882 0.4925 0.000 0.352 0.000 0.412 0.140 0.096
#> SRR1393026 1 0.4907 0.7260 0.688 0.000 0.144 0.000 0.012 0.156
#> SRR808428 5 0.2520 0.8545 0.000 0.152 0.000 0.000 0.844 0.004
#> SRR615910 2 0.1918 0.7863 0.000 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1076219 3 0.5873 0.0810 0.428 0.000 0.444 0.004 0.016 0.108
#> SRR1481128 1 0.0547 0.8850 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1700 0.7901 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1407648 4 0.4398 0.6109 0.000 0.184 0.000 0.736 0.056 0.024
#> SRR1386775 6 0.6301 0.6574 0.000 0.016 0.176 0.324 0.008 0.476
#> SRR1388399 4 0.7300 -0.3470 0.004 0.144 0.136 0.360 0.000 0.356
#> SRR1361499 5 0.4352 0.7653 0.000 0.188 0.000 0.076 0.728 0.008
#> SRR1500709 4 0.6235 0.6092 0.000 0.280 0.000 0.540 0.112 0.068
#> SRR1335917 1 0.0692 0.8863 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430615 2 0.1918 0.7863 0.000 0.904 0.000 0.000 0.088 0.008
#> SRR1335212 6 0.5641 0.0707 0.012 0.004 0.444 0.076 0.004 0.460
#> SRR1400159 4 0.6701 -0.2589 0.000 0.064 0.064 0.424 0.036 0.412
#> SRR1457245 5 0.3387 0.8276 0.000 0.164 0.000 0.040 0.796 0.000
#> SRR1356746 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR658319 4 0.7139 0.4382 0.000 0.340 0.000 0.368 0.196 0.096
#> SRR1435946 1 0.0146 0.8852 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2644 0.8633 0.884 0.000 0.072 0.004 0.012 0.028
#> SRR1100893 1 0.3793 0.8158 0.812 0.000 0.080 0.004 0.020 0.084
#> SRR1389432 1 0.4907 0.7260 0.688 0.000 0.144 0.000 0.012 0.156
#> SRR1381799 4 0.7051 0.4526 0.000 0.316 0.000 0.360 0.256 0.068
#> SRR1310158 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1341100 4 0.4238 0.6250 0.000 0.200 0.000 0.736 0.048 0.016
#> SRR1342873 3 0.5292 0.5033 0.204 0.000 0.672 0.008 0.032 0.084
#> SRR1472102 2 0.3372 0.7085 0.000 0.824 0.000 0.124 0.036 0.016
#> SRR1409421 3 0.6325 0.0907 0.396 0.000 0.440 0.004 0.040 0.120
#> SRR1328577 4 0.5410 0.6382 0.000 0.224 0.000 0.616 0.148 0.012
#> SRR808942 4 0.6990 0.5050 0.000 0.328 0.000 0.412 0.164 0.096
#> SRR1343818 4 0.5539 0.6329 0.000 0.232 0.000 0.604 0.148 0.016
#> SRR1472415 5 0.2378 0.8556 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR658409 4 0.4383 0.5981 0.000 0.180 0.000 0.740 0.052 0.028
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8848 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.7061 -0.2441 0.000 0.416 0.000 0.316 0.152 0.116
#> SRR1417894 3 0.1493 0.6787 0.000 0.004 0.936 0.000 0.004 0.056
#> SRR1417422 2 0.4103 0.7121 0.000 0.768 0.000 0.084 0.136 0.012
#> SRR1090674 1 0.0458 0.8852 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.975 0.990 0.5004 0.500 0.500
#> 3 3 0.655 0.470 0.700 0.2836 0.860 0.728
#> 4 4 0.660 0.741 0.816 0.1383 0.740 0.426
#> 5 5 0.789 0.794 0.846 0.0790 0.911 0.673
#> 6 6 0.771 0.694 0.806 0.0422 0.969 0.853
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.722 0.756 0.800 0.200
#> SRR1455391 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.714 0.762 0.804 0.196
#> SRR1388281 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.714 0.762 0.804 0.196
#> SRR1357166 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.373 0.917 0.928 0.072
#> SRR1456818 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.913 0.505 0.328 0.672
#> SRR1102949 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.722 0.756 0.800 0.200
#> SRR1434955 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.991 0.189 0.444 0.556
#> SRR1100472 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.943 0.430 0.360 0.640
#> SRR1105009 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.767 0.719 0.776 0.224
#> SRR1469237 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1345953 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1357826 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1419656 1 0.6168 0.6630 0.588 0.000 0.412
#> SRR1454158 2 0.6235 0.4178 0.000 0.564 0.436
#> SRR1475408 2 0.6235 -0.1263 0.000 0.564 0.436
#> SRR1472704 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1090046 3 0.8747 -0.4957 0.396 0.112 0.492
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0747 0.4905 0.000 0.984 0.016
#> SRR1334587 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.2537 0.4646 0.000 0.920 0.080
#> SRR1083959 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1079948 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR655852 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.6308 0.3375 0.000 0.508 0.492
#> SRR1353994 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1459561 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1454009 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1071084 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1082859 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1086538 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1429181 2 0.2537 0.4646 0.000 0.920 0.080
#> SRR1327896 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 2 0.6244 0.3958 0.000 0.560 0.440
#> SRR1346861 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1318774 2 0.5988 0.4448 0.000 0.632 0.368
#> SRR1420517 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1369584 3 0.6309 -0.3497 0.000 0.496 0.504
#> SRR1443244 2 0.9231 -0.1225 0.308 0.512 0.180
#> SRR1455391 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.6307 0.6288 0.512 0.000 0.488
#> SRR1070208 1 0.5905 0.6850 0.648 0.000 0.352
#> SRR1317282 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1096125 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.7729 0.2385 0.048 0.436 0.516
#> SRR1388281 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1365622 2 0.2537 0.4646 0.000 0.920 0.080
#> SRR662306 1 0.6307 0.6288 0.512 0.000 0.488
#> SRR662811 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.7722 0.2376 0.048 0.432 0.520
#> SRR1357166 1 0.6225 0.6533 0.568 0.000 0.432
#> SRR1488586 3 0.9437 -0.0993 0.208 0.300 0.492
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.6286 -0.1913 0.000 0.536 0.464
#> SRR1409397 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1465693 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1096547 3 0.7801 0.2319 0.052 0.428 0.520
#> SRR1456818 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.9303 -0.0482 0.184 0.316 0.500
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.6777 -0.0999 0.020 0.616 0.364
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.4062 0.5077 0.000 0.836 0.164
#> SRR1403814 2 0.0747 0.4905 0.000 0.984 0.016
#> SRR1404887 2 0.9159 -0.1177 0.328 0.508 0.164
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.4291 0.4913 0.000 0.820 0.180
#> SRR1078258 2 0.1860 0.5036 0.000 0.948 0.052
#> SRR1455861 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1070260 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1359147 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.5982 0.4218 0.668 0.328 0.004
#> SRR1477273 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1415792 1 0.6307 0.6288 0.512 0.000 0.488
#> SRR1369088 2 0.6302 -0.1763 0.000 0.520 0.480
#> SRR1406621 2 0.2537 0.4646 0.000 0.920 0.080
#> SRR1401017 2 0.6095 0.4325 0.000 0.608 0.392
#> SRR1099981 2 0.2625 0.4665 0.000 0.916 0.084
#> SRR815208 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1380460 2 0.0237 0.4961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091097 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1498416 2 0.6062 0.4393 0.000 0.616 0.384
#> SRR818873 2 0.6291 0.3707 0.000 0.532 0.468
#> SRR813868 2 0.1289 0.4893 0.000 0.968 0.032
#> SRR1394912 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.1411 0.4837 0.000 0.964 0.036
#> SRR1459866 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.7466 0.2515 0.036 0.444 0.520
#> SRR1100472 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1331267 1 0.2796 0.7319 0.908 0.092 0.000
#> SRR1068977 2 0.2537 0.4646 0.000 0.920 0.080
#> SRR1391511 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1077920 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1457705 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1437073 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1469279 1 0.6307 0.6288 0.512 0.000 0.488
#> SRR1091791 2 0.0747 0.4905 0.000 0.984 0.016
#> SRR1341539 2 0.3192 0.4794 0.000 0.888 0.112
#> SRR1446354 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1473403 2 0.1860 0.5036 0.000 0.948 0.052
#> SRR1084674 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1464702 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0592 0.4919 0.000 0.988 0.012
#> SRR655447 2 0.0237 0.4965 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404442 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1418795 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3941 0.5099 0.000 0.844 0.156
#> SRR1489589 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1378284 1 0.7898 0.6446 0.652 0.116 0.232
#> SRR1408014 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1083052 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.6307 0.1817 0.000 0.488 0.512
#> SRR1323829 2 0.6308 0.3375 0.000 0.508 0.492
#> SRR1086772 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1486457 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1415257 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1071905 1 0.6307 0.6288 0.512 0.000 0.488
#> SRR659223 2 0.6308 0.3375 0.000 0.508 0.492
#> SRR1386945 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR821498 2 0.1163 0.4866 0.000 0.972 0.028
#> SRR1378903 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1442313 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1077139 2 0.6308 0.3375 0.000 0.508 0.492
#> SRR1342758 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.1163 0.4907 0.000 0.972 0.028
#> SRR1070738 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.1860 0.7894 0.948 0.000 0.052
#> SRR1488196 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1498951 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1413392 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.4842 0.4903 0.000 0.776 0.224
#> SRR812198 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.6225 0.4262 0.000 0.568 0.432
#> SRR1322249 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.3752 0.5099 0.000 0.856 0.144
#> SRR811285 2 0.6079 0.4346 0.000 0.612 0.388
#> SRR657018 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1090791 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1439915 2 0.6305 0.3515 0.000 0.516 0.484
#> SRR1391575 2 0.5835 -0.0281 0.000 0.660 0.340
#> SRR1314092 2 0.4062 0.5078 0.000 0.836 0.164
#> SRR1328941 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1336181 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1362972 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.4346 0.5076 0.000 0.816 0.184
#> SRR1455902 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1437644 3 0.7555 0.2475 0.040 0.440 0.520
#> SRR1105009 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1367024 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR660248 2 0.3879 0.5079 0.000 0.848 0.152
#> SRR1409620 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.6225 0.4262 0.000 0.568 0.432
#> SRR1339431 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.7729 0.2385 0.048 0.436 0.516
#> SRR1469237 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1406224 2 0.4555 0.4914 0.000 0.800 0.200
#> SRR1393026 1 0.6302 0.6325 0.520 0.000 0.480
#> SRR808428 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR615910 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1076219 1 0.2959 0.7749 0.900 0.000 0.100
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1407648 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 3 0.8322 0.1852 0.080 0.428 0.492
#> SRR1388399 3 0.8039 0.2136 0.064 0.428 0.508
#> SRR1361499 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1500709 2 0.0424 0.4930 0.000 0.992 0.008
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 3 0.6308 -0.3437 0.000 0.492 0.508
#> SRR1335212 1 0.6154 0.6629 0.592 0.000 0.408
#> SRR1400159 3 0.6225 0.2368 0.000 0.432 0.568
#> SRR1457245 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1356746 2 0.6225 0.4262 0.000 0.568 0.432
#> SRR658319 2 0.6192 0.4290 0.000 0.580 0.420
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.6225 0.6533 0.568 0.000 0.432
#> SRR1381799 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR1310158 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1341100 2 0.5859 -0.0188 0.000 0.656 0.344
#> SRR1342873 1 0.5327 0.7152 0.728 0.000 0.272
#> SRR1472102 2 0.5529 0.4716 0.000 0.704 0.296
#> SRR1409421 1 0.6307 0.6288 0.512 0.000 0.488
#> SRR1328577 2 0.5650 0.4656 0.000 0.688 0.312
#> SRR808942 2 0.6180 0.4332 0.000 0.584 0.416
#> SRR1343818 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.6215 0.4313 0.000 0.572 0.428
#> SRR658409 2 0.0000 0.4946 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.6305 0.3517 0.000 0.516 0.484
#> SRR1417894 1 0.6308 0.6265 0.508 0.000 0.492
#> SRR1417422 2 0.6308 0.3405 0.000 0.508 0.492
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8038 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.4011 0.9709 0.784 0.000 0.208 0.008
#> SRR1489803 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1345953 2 0.2216 0.6795 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1357826 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419656 3 0.2021 0.8707 0.012 0.000 0.932 0.056
#> SRR1454158 2 0.0779 0.7526 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1475408 4 0.6583 0.3232 0.044 0.020 0.388 0.548
#> SRR1472704 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.3266 0.7505 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1312822 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1096987 4 0.3801 0.7514 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1334587 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1490246 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1467522 1 0.4361 0.9675 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR1324206 1 0.4011 0.9725 0.784 0.000 0.208 0.008
#> SRR1408574 4 0.6032 0.5021 0.208 0.100 0.004 0.688
#> SRR1083959 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079948 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1310667 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR655852 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1352457 2 0.6531 0.6817 0.204 0.636 0.000 0.160
#> SRR1353994 2 0.1940 0.6966 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1459561 2 0.6531 0.6817 0.204 0.636 0.000 0.160
#> SRR1454009 3 0.0779 0.8966 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1071084 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1082859 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1486262 4 0.3801 0.7514 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR658105 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR811073 2 0.0188 0.7555 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1429181 4 0.4892 0.6143 0.120 0.088 0.004 0.788
#> SRR1327896 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1464788 2 0.7623 0.3616 0.204 0.416 0.000 0.380
#> SRR1346861 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.3486 0.5761 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1420517 3 0.1109 0.8935 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1369584 2 0.6449 0.6834 0.204 0.644 0.000 0.152
#> SRR1443244 4 0.4650 0.6858 0.116 0.040 0.028 0.816
#> SRR1455391 1 0.4464 0.9651 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1068999 1 0.4868 0.9458 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR1481297 3 0.1743 0.8767 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1070208 3 0.6280 0.2162 0.316 0.000 0.604 0.080
#> SRR1317282 3 0.0188 0.8993 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1096125 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1472506 4 0.4500 0.4558 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR1388281 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365622 4 0.2266 0.7030 0.000 0.084 0.004 0.912
#> SRR662306 3 0.0657 0.8963 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR662811 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR820571 4 0.5050 0.2744 0.004 0.000 0.408 0.588
#> SRR1357166 3 0.1284 0.8857 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR1488586 4 0.4454 0.4719 0.000 0.000 0.308 0.692
#> SRR1485398 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1417725 3 0.5365 0.1897 0.004 0.008 0.576 0.412
#> SRR1409397 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1465693 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1096547 3 0.3945 0.5982 0.004 0.000 0.780 0.216
#> SRR1456818 1 0.4692 0.9579 0.756 0.000 0.212 0.032
#> SRR816336 3 0.3208 0.7305 0.004 0.000 0.848 0.148
#> SRR1420238 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1433374 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1436990 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR662378 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1477671 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1084079 4 0.4300 0.7238 0.000 0.088 0.092 0.820
#> SRR1102949 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1458090 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1418729 2 0.5778 -0.2162 0.028 0.500 0.000 0.472
#> SRR1403814 4 0.3801 0.7514 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1404887 4 0.4618 0.6818 0.120 0.036 0.028 0.816
#> SRR1434955 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1360652 1 0.4831 0.9533 0.752 0.000 0.208 0.040
#> SRR1356765 4 0.6397 0.4163 0.184 0.164 0.000 0.652
#> SRR1078258 4 0.4697 0.6233 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1455861 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1420296 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1070260 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1481315 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1414661 2 0.0188 0.7555 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359147 4 0.4103 0.7286 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1488694 4 0.5414 0.2798 0.376 0.000 0.020 0.604
#> SRR1477273 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1415792 3 0.1837 0.8731 0.028 0.000 0.944 0.028
#> SRR1369088 4 0.2596 0.7066 0.000 0.024 0.068 0.908
#> SRR1406621 4 0.5169 0.5750 0.164 0.072 0.004 0.760
#> SRR1401017 2 0.7064 0.6193 0.208 0.572 0.000 0.220
#> SRR1099981 4 0.6032 0.5021 0.208 0.100 0.004 0.688
#> SRR815208 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380460 4 0.4250 0.7095 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1091097 4 0.3801 0.7514 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1456010 3 0.0657 0.8984 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1498416 2 0.3649 0.5507 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR818873 2 0.6750 0.6636 0.208 0.612 0.000 0.180
#> SRR813868 4 0.4973 0.6151 0.008 0.348 0.000 0.644
#> SRR1394912 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1475824 4 0.3982 0.7515 0.000 0.220 0.004 0.776
#> SRR1459866 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1364871 4 0.4819 0.4312 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR1100472 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.5676 0.8205 0.720 0.000 0.144 0.136
#> SRR1068977 4 0.4591 0.6176 0.116 0.084 0.000 0.800
#> SRR1391511 2 0.0188 0.7571 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0188 0.8993 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1437073 1 0.4464 0.9651 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1473124 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1469279 3 0.1109 0.8889 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1091791 4 0.3801 0.7514 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1341539 4 0.6392 0.4572 0.208 0.128 0.004 0.660
#> SRR1446354 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1415420 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1368050 1 0.4464 0.9651 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR656970 2 0.6531 0.6817 0.204 0.636 0.000 0.160
#> SRR1473403 4 0.4936 0.6299 0.008 0.340 0.000 0.652
#> SRR1084674 3 0.0779 0.8966 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1464702 1 0.4464 0.9651 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1074860 4 0.3400 0.7448 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR655447 4 0.4331 0.6997 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1404442 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1458335 2 0.5219 0.4846 0.044 0.712 0.000 0.244
#> SRR1489589 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1378284 1 0.7394 0.4842 0.520 0.000 0.240 0.240
#> SRR1408014 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1083052 1 0.5464 0.9292 0.716 0.000 0.212 0.072
#> SRR1339236 4 0.7617 0.3094 0.208 0.004 0.292 0.496
#> SRR1323829 2 0.6275 0.6854 0.204 0.660 0.000 0.136
#> SRR1086772 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0188 0.8981 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415257 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1071905 3 0.0657 0.8968 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR659223 2 0.6320 0.6841 0.204 0.656 0.000 0.140
#> SRR1386945 3 0.0376 0.8987 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR821498 4 0.4163 0.7509 0.004 0.220 0.004 0.772
#> SRR1378903 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1472907 3 0.1743 0.8767 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1442313 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.6275 0.6854 0.204 0.660 0.000 0.136
#> SRR1342758 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR656911 4 0.4560 0.6861 0.004 0.296 0.000 0.700
#> SRR1070738 1 0.4868 0.9458 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR1476950 1 0.5694 0.9084 0.696 0.000 0.224 0.080
#> SRR1488196 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1498951 3 0.0376 0.8987 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1413392 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR657528 2 0.7433 0.5177 0.208 0.504 0.000 0.288
#> SRR812198 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR660283 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.4831 0.9533 0.752 0.000 0.208 0.040
#> SRR1396682 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1095816 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1081023 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1092517 2 0.4713 0.1447 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR811285 4 0.7599 -0.1686 0.208 0.344 0.000 0.448
#> SRR657018 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1365534 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1090791 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1439915 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1391575 4 0.4237 0.7408 0.000 0.152 0.040 0.808
#> SRR1314092 2 0.5947 0.0773 0.044 0.572 0.000 0.384
#> SRR1328941 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1336181 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.4868 0.9458 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR1366790 2 0.5279 0.4657 0.044 0.704 0.000 0.252
#> SRR1455902 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1437644 4 0.4978 0.3288 0.004 0.000 0.384 0.612
#> SRR1105009 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR660248 2 0.5923 0.1240 0.044 0.580 0.000 0.376
#> SRR1409620 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1455807 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.4868 0.9458 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR1378948 3 0.5039 0.2328 0.004 0.000 0.592 0.404
#> SRR1469237 1 0.4137 0.9713 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1098264 2 0.1118 0.7324 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1406224 4 0.6992 0.1561 0.156 0.280 0.000 0.564
#> SRR1393026 3 0.0895 0.8954 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR808428 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1076219 1 0.5727 0.9034 0.692 0.000 0.228 0.080
#> SRR1481128 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1359262 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1407648 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1386775 4 0.3610 0.6148 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1388399 4 0.3400 0.6390 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1361499 2 0.0188 0.7555 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500709 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1335917 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1430615 2 0.6563 0.6807 0.208 0.632 0.000 0.160
#> SRR1335212 3 0.5339 0.4268 0.272 0.000 0.688 0.040
#> SRR1400159 3 0.5636 0.3973 0.044 0.000 0.648 0.308
#> SRR1457245 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658319 2 0.1356 0.7453 0.008 0.960 0.000 0.032
#> SRR1435946 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1370308 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1100893 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1389432 3 0.1174 0.8911 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1381799 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1341100 4 0.4297 0.7224 0.000 0.084 0.096 0.820
#> SRR1342873 3 0.5697 0.3713 0.280 0.000 0.664 0.056
#> SRR1472102 4 0.7479 -0.0319 0.208 0.300 0.000 0.492
#> SRR1409421 3 0.1824 0.8757 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1328577 2 0.4830 0.0428 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR808942 2 0.0524 0.7553 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1343818 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1472415 2 0.0000 0.7579 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658409 4 0.3837 0.7509 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1469681 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1075484 2 0.6750 0.6636 0.208 0.612 0.000 0.180
#> SRR1417894 3 0.0376 0.8998 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1417422 2 0.6531 0.6825 0.204 0.636 0.000 0.160
#> SRR1090674 1 0.3688 0.9744 0.792 0.000 0.208 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.4015 0.9064 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1076441 1 0.1197 0.9261 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1489803 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1345953 5 0.4719 0.8258 0.000 0.248 0.000 0.056 0.696
#> SRR1357826 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1419656 3 0.3911 0.8336 0.016 0.004 0.800 0.016 0.164
#> SRR1454158 5 0.4639 0.8791 0.000 0.344 0.000 0.024 0.632
#> SRR1475408 4 0.6861 0.2542 0.000 0.132 0.344 0.488 0.036
#> SRR1472704 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1090046 3 0.4816 0.7384 0.004 0.000 0.732 0.168 0.096
#> SRR1312822 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1096987 4 0.2237 0.8474 0.000 0.008 0.004 0.904 0.084
#> SRR1334587 2 0.1728 0.7954 0.000 0.940 0.004 0.020 0.036
#> SRR1490246 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1467522 1 0.1991 0.9164 0.916 0.000 0.004 0.004 0.076
#> SRR1324206 1 0.1205 0.9276 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1408574 2 0.4647 0.4179 0.000 0.628 0.004 0.352 0.016
#> SRR1083959 5 0.3966 0.9048 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1079948 4 0.1956 0.8495 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1310667 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR655852 4 0.2237 0.8474 0.000 0.008 0.004 0.904 0.084
#> SRR1352457 2 0.0771 0.8038 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1353994 5 0.4452 0.8556 0.000 0.272 0.000 0.032 0.696
#> SRR1459561 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1454009 3 0.2116 0.8836 0.008 0.000 0.912 0.004 0.076
#> SRR1071084 3 0.0579 0.8987 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1082859 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1086538 1 0.1478 0.9283 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1486262 4 0.1956 0.8495 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR658105 1 0.0290 0.9306 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811073 5 0.4009 0.8956 0.000 0.312 0.000 0.004 0.684
#> SRR1429181 4 0.4999 0.3663 0.000 0.360 0.004 0.604 0.032
#> SRR1327896 4 0.1956 0.8495 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1464788 2 0.3484 0.7151 0.000 0.820 0.004 0.152 0.024
#> SRR1346861 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1318774 5 0.6061 0.6152 0.000 0.212 0.000 0.212 0.576
#> SRR1420517 3 0.2925 0.8735 0.008 0.004 0.880 0.024 0.084
#> SRR1369584 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1443244 4 0.0865 0.8294 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR1455391 1 0.2844 0.8968 0.876 0.000 0.028 0.004 0.092
#> SRR1068999 1 0.3209 0.8487 0.812 0.000 0.000 0.008 0.180
#> SRR1481297 3 0.3911 0.8336 0.016 0.004 0.800 0.016 0.164
#> SRR1070208 1 0.7358 0.0367 0.412 0.000 0.332 0.036 0.220
#> SRR1317282 3 0.0451 0.8993 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1096125 4 0.1956 0.8495 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1472506 4 0.3395 0.7648 0.000 0.004 0.104 0.844 0.048
#> SRR1388281 5 0.3990 0.8929 0.000 0.308 0.000 0.004 0.688
#> SRR1365622 4 0.1365 0.8323 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004
#> SRR662306 3 0.1557 0.8924 0.008 0.000 0.940 0.000 0.052
#> SRR662811 1 0.1357 0.9240 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR820571 4 0.5855 0.2214 0.000 0.004 0.348 0.552 0.096
#> SRR1357166 3 0.2116 0.8841 0.008 0.000 0.912 0.004 0.076
#> SRR1488586 4 0.4319 0.7343 0.036 0.004 0.048 0.808 0.104
#> SRR1485398 1 0.0794 0.9296 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1417725 3 0.5154 0.3807 0.000 0.012 0.596 0.364 0.028
#> SRR1409397 2 0.0162 0.8051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465693 2 0.0727 0.8040 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1096547 3 0.1579 0.8844 0.000 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1456818 1 0.1965 0.9178 0.924 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR816336 3 0.1990 0.8879 0.004 0.004 0.928 0.012 0.052
#> SRR1420238 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1433374 3 0.0451 0.8993 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1436990 1 0.0794 0.9296 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR662378 1 0.1043 0.9284 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1477671 1 0.0609 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1084079 4 0.0865 0.8294 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR1102949 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1458090 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1418729 4 0.6553 0.1818 0.000 0.220 0.004 0.504 0.272
#> SRR1403814 4 0.1990 0.8498 0.000 0.008 0.004 0.920 0.068
#> SRR1404887 4 0.0865 0.8294 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR1434955 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1360652 1 0.2654 0.8976 0.884 0.000 0.000 0.032 0.084
#> SRR1356765 2 0.4900 0.2919 0.000 0.564 0.004 0.412 0.020
#> SRR1078258 4 0.3960 0.7844 0.000 0.056 0.004 0.800 0.140
#> SRR1455861 1 0.1197 0.9298 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1420296 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1070260 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1410765 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1481315 1 0.1041 0.9285 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1414661 5 0.4108 0.8928 0.000 0.308 0.000 0.008 0.684
#> SRR1359147 4 0.2517 0.8389 0.000 0.008 0.004 0.884 0.104
#> SRR1488694 4 0.4119 0.6768 0.152 0.000 0.000 0.780 0.068
#> SRR1477273 3 0.0693 0.8982 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1415792 3 0.3963 0.8314 0.056 0.000 0.820 0.020 0.104
#> SRR1369088 4 0.1074 0.8360 0.000 0.016 0.004 0.968 0.012
#> SRR1406621 4 0.4787 0.0350 0.000 0.456 0.004 0.528 0.012
#> SRR1401017 2 0.1408 0.7913 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1099981 2 0.4914 0.4182 0.000 0.628 0.004 0.336 0.032
#> SRR815208 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1380460 4 0.3195 0.8226 0.000 0.040 0.004 0.856 0.100
#> SRR1091097 4 0.2237 0.8474 0.000 0.008 0.004 0.904 0.084
#> SRR1456010 3 0.1856 0.8922 0.008 0.004 0.936 0.008 0.044
#> SRR1498416 5 0.6059 0.6038 0.000 0.204 0.000 0.220 0.576
#> SRR818873 2 0.1168 0.7971 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR813868 4 0.4123 0.7543 0.000 0.132 0.004 0.792 0.072
#> SRR1394912 1 0.0510 0.9303 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475824 4 0.1484 0.8475 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR1459866 1 0.0865 0.9288 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1364871 4 0.3576 0.7621 0.000 0.012 0.100 0.840 0.048
#> SRR1100472 5 0.3913 0.9011 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1331267 1 0.4390 0.7771 0.760 0.000 0.000 0.156 0.084
#> SRR1068977 4 0.3795 0.6873 0.000 0.184 0.004 0.788 0.024
#> SRR1391511 5 0.4045 0.9016 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1077920 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1457705 3 0.0290 0.8992 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.1956 0.9129 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1473124 3 0.1573 0.8941 0.008 0.004 0.948 0.004 0.036
#> SRR1469279 3 0.1329 0.8974 0.008 0.000 0.956 0.004 0.032
#> SRR1091791 4 0.2017 0.8497 0.000 0.008 0.000 0.912 0.080
#> SRR1341539 2 0.4589 0.4757 0.000 0.660 0.004 0.316 0.020
#> SRR1446354 3 0.0451 0.8993 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1415420 1 0.0703 0.9293 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1368050 1 0.1956 0.9129 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR656970 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1473403 4 0.3906 0.7907 0.000 0.080 0.004 0.812 0.104
#> SRR1084674 3 0.2054 0.8849 0.008 0.000 0.916 0.004 0.072
#> SRR1464702 1 0.2899 0.8963 0.872 0.000 0.020 0.008 0.100
#> SRR1074860 4 0.1121 0.8398 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR655447 4 0.3544 0.7654 0.000 0.008 0.004 0.788 0.200
#> SRR1404442 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1418795 1 0.0771 0.9294 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1458335 2 0.6940 -0.2945 0.000 0.360 0.004 0.296 0.340
#> SRR1489589 2 0.0162 0.8051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378284 1 0.5599 0.6208 0.656 0.000 0.020 0.244 0.080
#> SRR1408014 2 0.0162 0.8051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083052 1 0.3632 0.8402 0.800 0.000 0.004 0.020 0.176
#> SRR1339236 2 0.6167 0.4880 0.000 0.636 0.128 0.200 0.036
#> SRR1323829 2 0.0609 0.7941 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1086772 5 0.3876 0.8971 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1486457 3 0.1168 0.8956 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032
#> SRR1415257 2 0.0932 0.8030 0.000 0.972 0.004 0.004 0.020
#> SRR1071905 3 0.2054 0.8849 0.008 0.000 0.916 0.004 0.072
#> SRR659223 2 0.0609 0.7941 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1386945 3 0.0579 0.8992 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR821498 4 0.1862 0.8441 0.000 0.016 0.004 0.932 0.048
#> SRR1378903 4 0.1956 0.8495 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1472907 3 0.3756 0.8363 0.008 0.004 0.808 0.020 0.160
#> SRR1442313 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1077139 2 0.0609 0.7941 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342758 1 0.1430 0.9228 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR656911 4 0.3384 0.8143 0.000 0.060 0.004 0.848 0.088
#> SRR1070738 1 0.2971 0.8625 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR1476950 1 0.4592 0.7915 0.728 0.000 0.012 0.036 0.224
#> SRR1488196 3 0.0693 0.8989 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1498951 3 0.1730 0.8933 0.008 0.004 0.940 0.004 0.044
#> SRR1413392 1 0.0865 0.9288 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR657528 2 0.2511 0.7603 0.000 0.892 0.004 0.088 0.016
#> SRR812198 1 0.1357 0.9240 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR660283 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1420936 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1469547 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1322249 1 0.2928 0.8924 0.872 0.000 0.004 0.032 0.092
#> SRR1396682 1 0.0963 0.9299 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1095816 4 0.2017 0.8497 0.000 0.008 0.000 0.912 0.080
#> SRR1081023 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1092517 5 0.6357 0.2374 0.000 0.144 0.004 0.380 0.472
#> SRR811285 2 0.3759 0.6944 0.000 0.792 0.004 0.180 0.024
#> SRR657018 1 0.0794 0.9296 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1365534 3 0.0451 0.8993 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1090791 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1439915 2 0.0609 0.8034 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1391575 4 0.0833 0.8394 0.000 0.004 0.004 0.976 0.016
#> SRR1314092 4 0.6473 0.0760 0.000 0.384 0.004 0.452 0.160
#> SRR1328941 3 0.1412 0.8948 0.008 0.004 0.952 0.000 0.036
#> SRR1336181 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1362972 1 0.3010 0.8566 0.824 0.000 0.000 0.004 0.172
#> SRR1366790 2 0.6908 -0.3244 0.000 0.368 0.004 0.272 0.356
#> SRR1455902 3 0.0451 0.8993 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1437644 4 0.3921 0.7383 0.000 0.012 0.128 0.812 0.048
#> SRR1105009 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1367024 3 0.0898 0.8969 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR660248 4 0.6529 0.1347 0.000 0.368 0.004 0.456 0.172
#> SRR1409620 1 0.1357 0.9240 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1455807 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1339431 1 0.3171 0.8517 0.816 0.000 0.000 0.008 0.176
#> SRR1378948 3 0.4986 0.4167 0.000 0.004 0.608 0.356 0.032
#> SRR1469237 1 0.1357 0.9240 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1098264 5 0.4130 0.8778 0.000 0.292 0.000 0.012 0.696
#> SRR1406224 2 0.4507 0.4747 0.000 0.644 0.004 0.340 0.012
#> SRR1393026 3 0.2116 0.8836 0.008 0.000 0.912 0.004 0.076
#> SRR808428 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR615910 2 0.0727 0.8040 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1076219 1 0.5044 0.7692 0.704 0.004 0.016 0.044 0.232
#> SRR1481128 1 0.0404 0.9304 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1359262 2 0.0566 0.8040 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1407648 4 0.1956 0.8495 0.000 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1386775 4 0.1282 0.8212 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044
#> SRR1388399 4 0.1205 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR1361499 5 0.3816 0.8892 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1500709 4 0.1990 0.8498 0.000 0.008 0.004 0.920 0.068
#> SRR1335917 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1430615 2 0.0162 0.8051 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335212 3 0.6530 0.2211 0.388 0.000 0.488 0.036 0.088
#> SRR1400159 3 0.4592 0.6558 0.000 0.016 0.724 0.232 0.028
#> SRR1457245 5 0.3999 0.9053 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1356746 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR658319 5 0.5341 0.8188 0.000 0.356 0.000 0.064 0.580
#> SRR1435946 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1370308 1 0.1956 0.9185 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1100893 1 0.0794 0.9314 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1389432 3 0.2054 0.8849 0.008 0.000 0.916 0.004 0.072
#> SRR1381799 5 0.4047 0.8997 0.000 0.320 0.000 0.004 0.676
#> SRR1310158 3 0.0693 0.8982 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1341100 4 0.0486 0.8361 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR1342873 3 0.6937 0.1950 0.364 0.004 0.436 0.012 0.184
#> SRR1472102 2 0.3968 0.6745 0.000 0.768 0.004 0.204 0.024
#> SRR1409421 3 0.4104 0.8231 0.012 0.004 0.772 0.016 0.196
#> SRR1328577 5 0.6070 0.0453 0.000 0.120 0.000 0.440 0.440
#> SRR808942 5 0.4435 0.8911 0.000 0.336 0.000 0.016 0.648
#> SRR1343818 4 0.2237 0.8474 0.000 0.008 0.004 0.904 0.084
#> SRR1472415 5 0.4045 0.9068 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR658409 4 0.2017 0.8497 0.000 0.008 0.000 0.912 0.080
#> SRR1469681 1 0.0880 0.9293 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1075484 2 0.1412 0.7952 0.000 0.952 0.004 0.036 0.008
#> SRR1417894 3 0.0451 0.8993 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1417422 2 0.0807 0.7987 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1090674 1 0.0290 0.9306 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0405 0.88512 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1076441 1 0.0777 0.83262 0.972 0.004 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1489803 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1345953 5 0.2588 0.78766 0.000 0.004 0.000 0.124 0.860 0.012
#> SRR1357826 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1419656 3 0.5157 0.57363 0.012 0.084 0.608 0.000 0.000 0.296
#> SRR1454158 5 0.4099 0.66956 0.000 0.036 0.000 0.020 0.748 0.196
#> SRR1475408 6 0.7298 0.21560 0.000 0.132 0.248 0.212 0.000 0.408
#> SRR1472704 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1090046 3 0.4830 0.56262 0.000 0.012 0.648 0.064 0.000 0.276
#> SRR1312822 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096987 4 0.1173 0.77852 0.000 0.008 0.000 0.960 0.016 0.016
#> SRR1334587 2 0.3663 0.83560 0.000 0.796 0.000 0.020 0.152 0.032
#> SRR1490246 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467522 1 0.3788 0.74692 0.704 0.004 0.012 0.000 0.000 0.280
#> SRR1324206 1 0.2703 0.82562 0.824 0.004 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1408574 2 0.3351 0.71474 0.000 0.808 0.000 0.152 0.004 0.036
#> SRR1083959 5 0.0291 0.88300 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1079948 4 0.0622 0.78062 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR1310667 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR655852 4 0.1873 0.76763 0.000 0.008 0.000 0.924 0.020 0.048
#> SRR1352457 2 0.2669 0.84279 0.000 0.836 0.000 0.008 0.156 0.000
#> SRR1353994 5 0.2002 0.83338 0.000 0.004 0.000 0.076 0.908 0.012
#> SRR1459561 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1454009 3 0.2632 0.71865 0.000 0.004 0.832 0.000 0.000 0.164
#> SRR1071084 3 0.0725 0.77361 0.000 0.012 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082859 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1086538 1 0.1285 0.83724 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1486262 4 0.0779 0.78022 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 0.008
#> SRR658105 1 0.1462 0.84525 0.936 0.008 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR811073 5 0.0951 0.87701 0.000 0.004 0.000 0.020 0.968 0.008
#> SRR1429181 2 0.6375 -0.00582 0.000 0.384 0.000 0.364 0.016 0.236
#> SRR1327896 4 0.0881 0.78017 0.000 0.008 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1464788 2 0.4121 0.77649 0.000 0.784 0.000 0.112 0.068 0.036
#> SRR1346861 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1318774 5 0.4043 0.56677 0.000 0.008 0.000 0.276 0.696 0.020
#> SRR1420517 3 0.4314 0.65859 0.000 0.064 0.712 0.004 0.000 0.220
#> SRR1369584 2 0.2778 0.84397 0.000 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008
#> SRR1443244 4 0.2536 0.73081 0.000 0.020 0.000 0.864 0.000 0.116
#> SRR1455391 1 0.5027 0.64935 0.624 0.004 0.100 0.000 0.000 0.272
#> SRR1068999 1 0.4305 0.62662 0.704 0.056 0.004 0.000 0.000 0.236
#> SRR1481297 3 0.5124 0.58230 0.012 0.084 0.616 0.000 0.000 0.288
#> SRR1070208 6 0.6550 -0.04017 0.256 0.040 0.236 0.000 0.000 0.468
#> SRR1317282 3 0.0363 0.77529 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096125 4 0.0881 0.78017 0.000 0.008 0.000 0.972 0.012 0.008
#> SRR1472506 4 0.5628 0.35818 0.000 0.044 0.068 0.564 0.000 0.324
#> SRR1388281 5 0.1053 0.87468 0.000 0.004 0.000 0.020 0.964 0.012
#> SRR1365622 4 0.2436 0.75354 0.000 0.032 0.000 0.880 0.000 0.088
#> SRR662306 3 0.1700 0.75969 0.000 0.004 0.916 0.000 0.000 0.080
#> SRR662811 1 0.3023 0.81651 0.808 0.008 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR820571 6 0.6433 0.19015 0.000 0.072 0.152 0.240 0.000 0.536
#> SRR1357166 3 0.2558 0.72235 0.000 0.004 0.840 0.000 0.000 0.156
#> SRR1488586 4 0.5067 0.28121 0.008 0.024 0.020 0.528 0.000 0.420
#> SRR1485398 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417725 3 0.6758 -0.14874 0.000 0.056 0.388 0.188 0.000 0.368
#> SRR1409397 2 0.2320 0.84344 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> SRR1465693 2 0.2454 0.84528 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1096547 3 0.4154 0.63158 0.000 0.028 0.748 0.032 0.000 0.192
#> SRR1456818 1 0.3329 0.80109 0.768 0.008 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR816336 3 0.4198 0.64055 0.000 0.052 0.716 0.004 0.000 0.228
#> SRR1420238 1 0.0000 0.84227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0146 0.77471 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436990 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662378 1 0.0363 0.84006 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477671 1 0.2302 0.83719 0.872 0.008 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1084079 4 0.2445 0.73571 0.000 0.020 0.000 0.872 0.000 0.108
#> SRR1102949 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458090 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418729 6 0.7276 -0.00463 0.000 0.092 0.000 0.308 0.284 0.316
#> SRR1403814 4 0.0767 0.78029 0.000 0.012 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR1404887 4 0.2581 0.73097 0.000 0.020 0.000 0.860 0.000 0.120
#> SRR1434955 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360652 1 0.3753 0.74340 0.696 0.008 0.000 0.004 0.000 0.292
#> SRR1356765 2 0.5609 0.46139 0.000 0.580 0.000 0.280 0.020 0.120
#> SRR1078258 4 0.3016 0.72112 0.000 0.008 0.000 0.852 0.092 0.048
#> SRR1455861 1 0.2632 0.82717 0.832 0.004 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1420296 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1070260 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1410765 1 0.0260 0.84070 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481315 1 0.0363 0.84268 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414661 5 0.1410 0.86436 0.000 0.004 0.000 0.044 0.944 0.008
#> SRR1359147 4 0.2101 0.76448 0.000 0.008 0.000 0.912 0.028 0.052
#> SRR1488694 4 0.4742 0.43330 0.052 0.012 0.000 0.644 0.000 0.292
#> SRR1477273 3 0.0820 0.77287 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> SRR1415792 3 0.4072 0.59934 0.032 0.004 0.704 0.000 0.000 0.260
#> SRR1369088 4 0.3172 0.70938 0.000 0.036 0.000 0.816 0.000 0.148
#> SRR1406621 2 0.5089 0.28461 0.000 0.540 0.000 0.384 0.004 0.072
#> SRR1401017 2 0.3415 0.82798 0.000 0.824 0.000 0.020 0.120 0.036
#> SRR1099981 2 0.3559 0.72102 0.000 0.800 0.000 0.152 0.012 0.036
#> SRR815208 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1380460 4 0.1857 0.76803 0.000 0.004 0.000 0.924 0.028 0.044
#> SRR1091097 4 0.1806 0.76933 0.000 0.008 0.000 0.928 0.020 0.044
#> SRR1456010 3 0.3076 0.73617 0.000 0.044 0.840 0.004 0.000 0.112
#> SRR1498416 5 0.4342 0.50779 0.000 0.008 0.000 0.308 0.656 0.028
#> SRR818873 2 0.3067 0.83512 0.000 0.844 0.000 0.020 0.116 0.020
#> SRR813868 4 0.5431 0.40727 0.000 0.060 0.000 0.600 0.044 0.296
#> SRR1394912 1 0.1866 0.84229 0.908 0.008 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1475824 4 0.1088 0.77627 0.000 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR1459866 1 0.2573 0.83356 0.856 0.008 0.000 0.004 0.000 0.132
#> SRR1364871 4 0.5750 0.17341 0.000 0.068 0.040 0.472 0.000 0.420
#> SRR1100472 5 0.0862 0.87703 0.000 0.004 0.000 0.016 0.972 0.008
#> SRR1331267 1 0.5566 0.53368 0.556 0.012 0.000 0.120 0.000 0.312
#> SRR1068977 4 0.4059 0.54062 0.000 0.216 0.000 0.732 0.004 0.048
#> SRR1391511 5 0.2586 0.79939 0.000 0.032 0.000 0.000 0.868 0.100
#> SRR1077920 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1457705 3 0.0717 0.77601 0.000 0.016 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437073 1 0.3583 0.76772 0.728 0.008 0.000 0.004 0.000 0.260
#> SRR1473124 3 0.2937 0.74070 0.000 0.044 0.852 0.004 0.000 0.100
#> SRR1469279 3 0.1141 0.77029 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1091791 4 0.0622 0.78121 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012 0.000
#> SRR1341539 2 0.4661 0.66585 0.000 0.724 0.000 0.108 0.020 0.148
#> SRR1446354 3 0.0405 0.77478 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415420 1 0.2302 0.83719 0.872 0.008 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1368050 1 0.3583 0.76772 0.728 0.008 0.000 0.004 0.000 0.260
#> SRR656970 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1473403 4 0.2314 0.75905 0.000 0.008 0.000 0.900 0.036 0.056
#> SRR1084674 3 0.2558 0.72314 0.000 0.004 0.840 0.000 0.000 0.156
#> SRR1464702 1 0.4544 0.70185 0.660 0.004 0.056 0.000 0.000 0.280
#> SRR1074860 4 0.1398 0.76624 0.000 0.008 0.000 0.940 0.000 0.052
#> SRR655447 4 0.3099 0.70833 0.000 0.008 0.000 0.848 0.084 0.060
#> SRR1404442 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1418795 1 0.2445 0.83601 0.868 0.008 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR1458335 5 0.7370 -0.11904 0.000 0.128 0.000 0.220 0.372 0.280
#> SRR1489589 2 0.2320 0.84344 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132 0.000
#> SRR1378284 1 0.5940 0.29303 0.500 0.028 0.000 0.116 0.000 0.356
#> SRR1408014 2 0.3465 0.83170 0.000 0.812 0.000 0.008 0.132 0.048
#> SRR1083052 1 0.4602 0.56643 0.572 0.044 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1339236 2 0.5690 0.37927 0.000 0.580 0.072 0.052 0.000 0.296
#> SRR1323829 2 0.2631 0.83761 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1086772 5 0.1644 0.85874 0.000 0.004 0.000 0.052 0.932 0.012
#> SRR1486457 3 0.2680 0.74195 0.000 0.032 0.860 0.000 0.000 0.108
#> SRR1415257 2 0.3494 0.83918 0.000 0.792 0.000 0.004 0.168 0.036
#> SRR1071905 3 0.2595 0.72062 0.000 0.004 0.836 0.000 0.000 0.160
#> SRR659223 2 0.2562 0.84133 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1386945 3 0.0547 0.77407 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR821498 4 0.4861 0.38660 0.000 0.056 0.000 0.572 0.004 0.368
#> SRR1378903 4 0.0779 0.78022 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 0.008
#> SRR1472907 3 0.4905 0.58611 0.000 0.096 0.620 0.000 0.000 0.284
#> SRR1442313 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1077139 2 0.2597 0.83963 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1342758 1 0.3301 0.79594 0.772 0.008 0.000 0.004 0.000 0.216
#> SRR656911 4 0.4184 0.60663 0.000 0.040 0.000 0.748 0.024 0.188
#> SRR1070738 1 0.3646 0.67440 0.776 0.052 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1476950 1 0.5097 0.41717 0.476 0.044 0.016 0.000 0.000 0.464
#> SRR1488196 3 0.0458 0.77437 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498951 3 0.2889 0.74037 0.000 0.044 0.848 0.000 0.000 0.108
#> SRR1413392 1 0.2488 0.83528 0.864 0.008 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR657528 2 0.5332 0.64552 0.000 0.648 0.000 0.036 0.092 0.224
#> SRR812198 1 0.3023 0.81656 0.808 0.008 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR660283 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1420936 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469547 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1322249 1 0.3972 0.71684 0.664 0.012 0.000 0.004 0.000 0.320
#> SRR1396682 1 0.0146 0.84280 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.0779 0.78040 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 0.008
#> SRR1081023 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092517 4 0.5028 0.21551 0.000 0.008 0.000 0.536 0.400 0.056
#> SRR811285 2 0.3889 0.78393 0.000 0.800 0.000 0.104 0.068 0.028
#> SRR657018 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365534 3 0.0146 0.77471 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090791 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1439915 2 0.3350 0.82995 0.000 0.824 0.000 0.012 0.124 0.040
#> SRR1391575 4 0.1950 0.75785 0.000 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064
#> SRR1314092 4 0.7603 -0.15510 0.000 0.180 0.000 0.316 0.216 0.288
#> SRR1328941 3 0.2870 0.74200 0.000 0.040 0.856 0.004 0.000 0.100
#> SRR1336181 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1362972 1 0.4063 0.63872 0.736 0.052 0.004 0.000 0.000 0.208
#> SRR1366790 5 0.7405 -0.17958 0.000 0.128 0.000 0.224 0.348 0.300
#> SRR1455902 3 0.0146 0.77471 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437644 4 0.5700 0.21998 0.000 0.064 0.040 0.484 0.000 0.412
#> SRR1105009 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1367024 3 0.1480 0.76634 0.000 0.020 0.940 0.000 0.000 0.040
#> SRR660248 6 0.7618 0.04231 0.000 0.184 0.012 0.300 0.136 0.368
#> SRR1409620 1 0.3089 0.81284 0.800 0.008 0.000 0.004 0.000 0.188
#> SRR1455807 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1339431 1 0.4305 0.62662 0.704 0.056 0.004 0.000 0.000 0.236
#> SRR1378948 3 0.6476 0.11467 0.000 0.040 0.468 0.188 0.000 0.304
#> SRR1469237 1 0.3023 0.81651 0.808 0.008 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1098264 5 0.1511 0.86047 0.000 0.004 0.000 0.044 0.940 0.012
#> SRR1406224 2 0.6685 0.23824 0.000 0.444 0.000 0.220 0.048 0.288
#> SRR1393026 3 0.2738 0.71177 0.000 0.004 0.820 0.000 0.000 0.176
#> SRR808428 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR615910 2 0.2668 0.84463 0.000 0.828 0.000 0.000 0.168 0.004
#> SRR1076219 6 0.5384 -0.46109 0.440 0.064 0.012 0.004 0.000 0.480
#> SRR1481128 1 0.1812 0.84319 0.912 0.008 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1359262 2 0.2527 0.84429 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1407648 4 0.0767 0.78062 0.000 0.008 0.000 0.976 0.012 0.004
#> SRR1386775 4 0.3670 0.61847 0.000 0.024 0.000 0.736 0.000 0.240
#> SRR1388399 4 0.3743 0.61723 0.000 0.024 0.000 0.724 0.000 0.252
#> SRR1361499 5 0.1116 0.87156 0.000 0.004 0.000 0.028 0.960 0.008
#> SRR1500709 4 0.1442 0.77375 0.000 0.004 0.000 0.944 0.012 0.040
#> SRR1335917 1 0.0000 0.84227 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.2219 0.84348 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1335212 3 0.6541 -0.07977 0.324 0.012 0.332 0.004 0.000 0.328
#> SRR1400159 3 0.6505 0.00246 0.000 0.072 0.424 0.112 0.000 0.392
#> SRR1457245 5 0.0363 0.88222 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1356746 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR658319 5 0.5080 0.57509 0.000 0.036 0.000 0.088 0.684 0.192
#> SRR1435946 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370308 1 0.4223 0.74907 0.712 0.004 0.052 0.000 0.000 0.232
#> SRR1100893 1 0.1285 0.84685 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1389432 3 0.2632 0.71935 0.000 0.004 0.832 0.000 0.000 0.164
#> SRR1381799 5 0.1053 0.87450 0.000 0.004 0.000 0.020 0.964 0.012
#> SRR1310158 3 0.0820 0.77287 0.000 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341100 4 0.2176 0.75007 0.000 0.024 0.000 0.896 0.000 0.080
#> SRR1342873 3 0.7033 0.23469 0.204 0.084 0.408 0.000 0.000 0.304
#> SRR1472102 2 0.3919 0.75981 0.000 0.796 0.000 0.120 0.044 0.040
#> SRR1409421 3 0.5260 0.52950 0.008 0.084 0.552 0.000 0.000 0.356
#> SRR1328577 4 0.4722 0.40194 0.000 0.008 0.000 0.640 0.296 0.056
#> SRR808942 5 0.4069 0.67416 0.000 0.036 0.000 0.020 0.752 0.192
#> SRR1343818 4 0.1938 0.76611 0.000 0.008 0.000 0.920 0.020 0.052
#> SRR1472415 5 0.0458 0.88692 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR658409 4 0.0767 0.78120 0.000 0.008 0.000 0.976 0.012 0.004
#> SRR1469681 1 0.0146 0.84140 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075484 2 0.4479 0.78671 0.000 0.744 0.000 0.020 0.120 0.116
#> SRR1417894 3 0.0146 0.77471 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417422 2 0.3473 0.82647 0.000 0.812 0.000 0.012 0.136 0.040
#> SRR1090674 1 0.1462 0.84480 0.936 0.008 0.000 0.000 0.000 0.056
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.758 0.874 0.909 0.2421 0.860 0.726
#> 4 4 0.837 0.859 0.918 0.1755 0.851 0.625
#> 5 5 0.947 0.908 0.943 0.0661 0.926 0.733
#> 6 6 0.868 0.778 0.899 0.0354 0.970 0.866
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.5629 0.847 0.868 0.132
#> SRR1455391 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.9795 0.279 0.416 0.584
#> SRR1102949 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.0672 0.988 0.992 0.008
#> SRR1434955 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.8499 0.619 0.724 0.276
#> SRR1100472 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.1414 0.976 0.980 0.020
#> SRR1469237 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1345953 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 3 0.5178 0.8749 0.256 0.000 0.744
#> SRR1454158 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 3 0.5497 0.6113 0.000 0.292 0.708
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.3551 0.7597 0.868 0.000 0.132
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1334587 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1310667 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR655852 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1352457 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1353994 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1459561 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1454009 3 0.6026 0.6708 0.376 0.000 0.624
#> SRR1071084 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR658105 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.3340 0.8901 0.000 0.880 0.120
#> SRR1429181 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1327896 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1464788 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.4452 0.8642 0.000 0.808 0.192
#> SRR1420517 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1369584 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1443244 1 0.4654 0.6622 0.792 0.000 0.208
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.5058 0.8896 0.244 0.000 0.756
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1096125 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1472506 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.4702 0.8594 0.000 0.788 0.212
#> SRR662306 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR662811 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.4887 0.9072 0.228 0.000 0.772
#> SRR1357166 1 0.6267 -0.1858 0.548 0.000 0.452
#> SRR1488586 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.4796 0.7021 0.000 0.220 0.780
#> SRR1409397 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1465693 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096547 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.8688 0.3784 0.596 0.196 0.208
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1404887 1 0.4654 0.6622 0.792 0.000 0.208
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078258 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.4452 0.8642 0.000 0.808 0.192
#> SRR1359147 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1415792 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0592 0.9261 0.000 0.988 0.012
#> SRR1406621 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1401017 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099981 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR815208 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1091097 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1456010 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1498416 2 0.4555 0.8613 0.000 0.800 0.200
#> SRR818873 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR813868 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.5220 0.7122 0.012 0.208 0.780
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.4654 0.8613 0.000 0.792 0.208
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1469279 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1091791 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1341539 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446354 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473403 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1084674 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.9076 0.3114 0.552 0.240 0.208
#> SRR655447 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489589 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.4796 0.6954 0.000 0.220 0.780
#> SRR1323829 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086772 2 0.0424 0.9274 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486457 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1415257 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1071905 1 0.6267 -0.1855 0.548 0.000 0.452
#> SRR659223 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1386945 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR821498 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1378903 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1472907 3 0.4796 0.9151 0.220 0.000 0.780
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1498951 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR812198 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR811285 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR657018 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1090791 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1439915 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391575 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1314092 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1437644 3 0.0892 0.7235 0.020 0.000 0.980
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR660248 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.2448 0.7812 0.076 0.000 0.924
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.4605 0.8595 0.000 0.796 0.204
#> SRR1406224 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1393026 1 0.6267 -0.1858 0.548 0.000 0.452
#> SRR808428 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407648 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1386775 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.4605 0.8595 0.000 0.796 0.204
#> SRR1500709 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1335212 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.4654 0.7048 0.000 0.208 0.792
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.6267 -0.1858 0.548 0.000 0.452
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1341100 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1342873 1 0.6062 0.0976 0.616 0.000 0.384
#> SRR1472102 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409421 3 0.5859 0.7395 0.344 0.000 0.656
#> SRR1328577 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR808942 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9291 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.4654 0.8578 0.000 0.792 0.208
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417894 3 0.4750 0.9187 0.216 0.000 0.784
#> SRR1417422 2 0.0424 0.9282 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9319 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345953 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357826 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1419656 3 0.0592 0.9089 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1454158 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1475408 2 0.4989 0.0934 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1472704 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1090046 1 0.2921 0.8135 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083959 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1079948 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655852 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353994 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454009 3 0.1940 0.8629 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.3569 0.7698 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1429181 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327896 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1346861 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1318774 4 0.2469 0.7799 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1420517 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1369584 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443244 1 0.4500 0.5965 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.0469 0.9115 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1388281 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1365622 2 0.4543 0.5228 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR662306 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.0524 0.9130 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1357166 3 0.4989 0.1867 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.3852 0.6855 0.000 0.192 0.800 0.008
#> SRR1409397 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465693 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4697 0.2756 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4605 0.7434 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1403814 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.4406 0.6185 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078258 4 0.0188 0.7799 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070260 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 4 0.2921 0.7770 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1359147 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0188 0.9770 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369088 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406621 2 0.1118 0.9260 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1401017 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099981 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR815208 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1380460 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091097 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1498416 4 0.0188 0.7798 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR818873 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813868 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.3725 0.7099 0.000 0.180 0.812 0.008
#> SRR1100472 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.4522 0.5291 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1391511 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1077920 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1457705 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473403 4 0.2704 0.7789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1084674 3 0.1302 0.8896 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.4164 0.4894 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR655447 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404442 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1489589 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.1557 0.8948 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1323829 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1086772 4 0.4382 0.7500 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071905 3 0.4961 0.2579 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR659223 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821498 4 0.1940 0.7801 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1378903 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 3 0.0524 0.9130 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1442313 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1077139 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.2704 0.7789 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR812198 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657018 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391575 4 0.0188 0.7768 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1314092 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1328941 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1336181 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 3 0.2773 0.8299 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR1105009 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660248 4 0.4605 0.7434 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0188 0.9160 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1393026 3 0.4948 0.2825 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR808428 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR615910 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407648 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335212 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.3649 0.6827 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1457245 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1356746 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR658319 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.4948 0.2825 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1381799 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.4804 0.3007 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1472102 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409421 3 0.2469 0.8329 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1328577 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808942 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1343818 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 4 0.4585 0.7453 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR658409 4 0.0000 0.7797 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9168 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0188 0.9620 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9808 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0290 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1076441 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1345953 5 0.3707 0.608 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1357826 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1419656 3 0.2827 0.887 0.044 0.020 0.892 0.044 0.000
#> SRR1454158 5 0.0451 0.938 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1475408 3 0.7036 0.437 0.000 0.180 0.500 0.036 0.284
#> SRR1472704 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1090046 1 0.2629 0.836 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1334587 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1490246 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1083959 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1079948 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1310667 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR655852 4 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1352457 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1353994 5 0.3730 0.600 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1459561 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1454009 3 0.3196 0.711 0.192 0.000 0.804 0.004 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0290 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1086538 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486262 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR658105 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0912 0.931 0.000 0.012 0.000 0.016 0.972
#> SRR1429181 2 0.1197 0.984 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1327896 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1464788 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1346861 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1318774 5 0.1041 0.920 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1420517 3 0.1990 0.912 0.004 0.028 0.928 0.040 0.000
#> SRR1369584 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1443244 4 0.2110 0.857 0.072 0.016 0.000 0.912 0.000
#> SRR1455391 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1068999 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1481297 3 0.2507 0.900 0.028 0.020 0.908 0.044 0.000
#> SRR1070208 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.1341 0.934 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1472506 3 0.2036 0.912 0.000 0.028 0.928 0.036 0.008
#> SRR1388281 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1365622 2 0.1270 0.928 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR662306 3 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.3137 0.892 0.028 0.036 0.884 0.044 0.008
#> SRR1357166 1 0.4066 0.544 0.672 0.000 0.324 0.004 0.000
#> SRR1488586 1 0.0510 0.956 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.4003 0.683 0.000 0.008 0.740 0.008 0.244
#> SRR1409397 2 0.1270 0.984 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1465693 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1096547 3 0.0579 0.921 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1456818 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.2116 0.911 0.000 0.028 0.924 0.040 0.008
#> SRR1420238 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.1787 0.894 0.032 0.016 0.000 0.940 0.012
#> SRR1102949 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.1281 0.915 0.000 0.012 0.000 0.032 0.956
#> SRR1403814 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1404887 4 0.3011 0.777 0.140 0.016 0.000 0.844 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1078258 5 0.3534 0.650 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1455861 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420296 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1070260 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1410765 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0865 0.925 0.000 0.004 0.000 0.024 0.972
#> SRR1359147 4 0.2074 0.892 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1488694 1 0.0671 0.954 0.980 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.1704 0.908 0.928 0.000 0.068 0.004 0.000
#> SRR1369088 2 0.0912 0.961 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1406621 2 0.1331 0.981 0.000 0.952 0.000 0.008 0.040
#> SRR1401017 2 0.1270 0.984 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1099981 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR815208 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1380460 5 0.3336 0.693 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1091097 4 0.1410 0.932 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1456010 3 0.1485 0.917 0.000 0.020 0.948 0.032 0.000
#> SRR1498416 5 0.4350 0.293 0.000 0.004 0.000 0.408 0.588
#> SRR818873 2 0.1270 0.984 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR813868 5 0.0579 0.936 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1394912 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1459866 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.4912 0.727 0.000 0.028 0.728 0.044 0.200
#> SRR1100472 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1331267 1 0.0510 0.956 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.1282 0.938 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1391511 5 0.0451 0.938 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1077920 5 0.0290 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1457705 3 0.0162 0.923 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.1668 0.915 0.000 0.028 0.940 0.032 0.000
#> SRR1469279 3 0.0162 0.922 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1091791 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1341539 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1446354 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1473403 5 0.1124 0.918 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR1084674 3 0.1124 0.901 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> SRR1464702 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074860 4 0.1444 0.898 0.040 0.000 0.000 0.948 0.012
#> SRR655447 4 0.4294 0.141 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1404442 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1418795 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.0579 0.936 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1489589 2 0.1270 0.984 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1378284 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.1544 0.971 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1083052 1 0.0290 0.962 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339236 2 0.1168 0.949 0.000 0.960 0.008 0.000 0.032
#> SRR1323829 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1086772 5 0.0807 0.935 0.000 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1486457 3 0.0290 0.923 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1071905 1 0.4101 0.530 0.664 0.000 0.332 0.004 0.000
#> SRR659223 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1386945 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 5 0.1872 0.889 0.000 0.020 0.000 0.052 0.928
#> SRR1378903 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1472907 3 0.2244 0.908 0.016 0.024 0.920 0.040 0.000
#> SRR1442313 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1077139 2 0.1270 0.983 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1342758 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.1043 0.915 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1070738 1 0.0290 0.962 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476950 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.1485 0.917 0.000 0.020 0.948 0.032 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.1341 0.982 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR812198 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1420936 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1322249 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1081023 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.2852 0.782 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR811285 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR657018 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1439915 2 0.1270 0.984 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1391575 4 0.0880 0.923 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1314092 5 0.0579 0.936 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1328941 3 0.1493 0.917 0.000 0.024 0.948 0.028 0.000
#> SRR1336181 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1362972 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1366790 5 0.0579 0.936 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1455902 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 3 0.4338 0.755 0.000 0.036 0.760 0.192 0.012
#> SRR1105009 5 0.0290 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1367024 3 0.0162 0.923 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.0579 0.928 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1409620 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1339431 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378948 3 0.1772 0.915 0.000 0.020 0.940 0.032 0.008
#> SRR1469237 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.3534 0.658 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1406224 2 0.1341 0.978 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1393026 1 0.4397 0.278 0.564 0.000 0.432 0.004 0.000
#> SRR808428 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR615910 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1076219 1 0.0404 0.960 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1407648 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1386775 1 0.0798 0.953 0.976 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1388399 1 0.0510 0.956 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.3231 0.749 0.000 0.004 0.000 0.196 0.800
#> SRR1500709 4 0.1671 0.921 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1335917 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1197 0.985 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1335212 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.4979 0.776 0.000 0.112 0.756 0.036 0.096
#> SRR1457245 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1356746 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR658319 5 0.0451 0.938 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1435946 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0162 0.964 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.4390 0.289 0.568 0.000 0.428 0.004 0.000
#> SRR1381799 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1310158 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.1701 0.927 0.000 0.016 0.000 0.936 0.048
#> SRR1342873 1 0.5112 0.568 0.684 0.020 0.252 0.044 0.000
#> SRR1472102 2 0.1121 0.986 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1409421 3 0.4487 0.707 0.196 0.020 0.752 0.032 0.000
#> SRR1328577 4 0.4262 0.239 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR808942 5 0.0451 0.938 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1343818 4 0.1478 0.930 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1472415 5 0.0404 0.940 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR658409 4 0.1270 0.935 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1469681 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.1197 0.984 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1417894 3 0.0000 0.923 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3395 0.749 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1090674 1 0.0000 0.965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0146 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076441 1 0.1501 0.902 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1489803 2 0.0260 0.973 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345953 5 0.3647 0.497 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1357826 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1419656 3 0.4756 -0.211 0.052 0.000 0.540 0.000 0.000 0.408
#> SRR1454158 5 0.1806 0.846 0.000 0.000 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR1475408 6 0.6652 0.421 0.000 0.064 0.196 0.004 0.220 0.516
#> SRR1472704 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1090046 3 0.4176 0.151 0.404 0.000 0.580 0.000 0.000 0.016
#> SRR1312822 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0405 0.892 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1334587 2 0.0632 0.969 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1490246 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0405 0.939 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324206 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1083959 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1079948 4 0.0405 0.892 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1310667 2 0.0363 0.972 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR655852 4 0.1082 0.881 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1352457 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353994 5 0.3647 0.497 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1459561 2 0.0260 0.973 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1454009 3 0.1341 0.620 0.028 0.000 0.948 0.000 0.000 0.024
#> SRR1071084 3 0.1007 0.621 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1082859 5 0.0146 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086538 1 0.0622 0.934 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1486262 4 0.0260 0.893 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.1075 0.879 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1429181 2 0.0405 0.971 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1327896 4 0.0363 0.892 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1464788 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1346861 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1318774 5 0.0790 0.888 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1420517 6 0.3854 0.405 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1369584 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443244 4 0.3422 0.743 0.040 0.000 0.000 0.792 0.000 0.168
#> SRR1455391 1 0.2170 0.865 0.888 0.000 0.100 0.000 0.000 0.012
#> SRR1068999 1 0.2531 0.854 0.856 0.000 0.012 0.000 0.000 0.132
#> SRR1481297 3 0.4591 -0.197 0.040 0.000 0.552 0.000 0.000 0.408
#> SRR1070208 1 0.2489 0.857 0.860 0.000 0.012 0.000 0.000 0.128
#> SRR1317282 3 0.0260 0.642 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096125 4 0.1610 0.842 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1472506 6 0.3934 0.536 0.000 0.000 0.376 0.008 0.000 0.616
#> SRR1388281 5 0.0458 0.892 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1365622 2 0.1225 0.959 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR662306 3 0.0547 0.637 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR662811 1 0.0146 0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR820571 6 0.3833 0.599 0.016 0.004 0.272 0.000 0.000 0.708
#> SRR1357166 3 0.3014 0.443 0.184 0.000 0.804 0.000 0.000 0.012
#> SRR1488586 1 0.2772 0.801 0.816 0.000 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1485398 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5856 -0.194 0.000 0.004 0.508 0.004 0.164 0.320
#> SRR1409397 2 0.0458 0.971 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1465693 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096547 3 0.2793 0.424 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1456818 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 6 0.3634 0.581 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1420238 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.642 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084079 4 0.2877 0.774 0.012 0.000 0.000 0.820 0.000 0.168
#> SRR1102949 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.3189 0.705 0.000 0.000 0.000 0.004 0.760 0.236
#> SRR1403814 4 0.0405 0.890 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1404887 4 0.4361 0.639 0.112 0.000 0.000 0.720 0.000 0.168
#> SRR1434955 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356765 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1078258 5 0.3330 0.640 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070260 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1410765 1 0.0146 0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481315 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0937 0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1359147 4 0.1556 0.844 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1488694 1 0.2706 0.815 0.832 0.000 0.000 0.008 0.000 0.160
#> SRR1477273 3 0.1075 0.618 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1415792 1 0.4159 0.316 0.588 0.000 0.396 0.000 0.000 0.016
#> SRR1369088 2 0.0713 0.971 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1406621 2 0.1745 0.934 0.000 0.920 0.000 0.012 0.000 0.068
#> SRR1401017 2 0.0458 0.971 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099981 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR815208 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1380460 5 0.3076 0.698 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1091097 4 0.0858 0.887 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1456010 3 0.3833 -0.278 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1498416 5 0.3854 0.217 0.000 0.000 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR818873 2 0.0458 0.971 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR813868 5 0.2146 0.830 0.000 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR1394912 1 0.0146 0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475824 4 0.0603 0.889 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1459866 1 0.0363 0.941 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1364871 6 0.4031 0.591 0.004 0.000 0.188 0.000 0.060 0.748
#> SRR1100472 5 0.0632 0.889 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1331267 1 0.2416 0.827 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1068977 2 0.0937 0.963 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1391511 5 0.0508 0.883 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1077920 5 0.0146 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1457705 3 0.1327 0.602 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1437073 1 0.0363 0.941 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1473124 3 0.3789 -0.200 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1469279 3 0.0632 0.639 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1091791 4 0.0260 0.893 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1341539 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1446354 3 0.0260 0.639 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415420 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0363 0.941 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR656970 2 0.0260 0.973 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473403 5 0.1765 0.848 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1084674 3 0.1408 0.615 0.036 0.000 0.944 0.000 0.000 0.020
#> SRR1464702 1 0.1838 0.892 0.916 0.000 0.068 0.000 0.000 0.016
#> SRR1074860 4 0.2278 0.815 0.000 0.000 0.000 0.868 0.004 0.128
#> SRR655447 4 0.3789 0.195 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1404442 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1418795 1 0.0146 0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458335 5 0.2278 0.818 0.000 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128
#> SRR1489589 2 0.0458 0.971 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1378284 1 0.0146 0.943 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408014 2 0.1411 0.922 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1083052 1 0.1714 0.890 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1339236 2 0.1364 0.944 0.000 0.944 0.004 0.004 0.000 0.048
#> SRR1323829 2 0.0260 0.973 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1086772 5 0.2454 0.793 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1486457 3 0.2378 0.503 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1415257 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1071905 3 0.2968 0.464 0.168 0.000 0.816 0.000 0.000 0.016
#> SRR659223 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386945 3 0.0363 0.640 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR821498 5 0.3742 0.518 0.000 0.000 0.000 0.004 0.648 0.348
#> SRR1378903 4 0.0260 0.893 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1472907 6 0.4305 0.420 0.020 0.000 0.436 0.000 0.000 0.544
#> SRR1442313 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1077139 2 0.0405 0.972 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1342758 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656911 5 0.1549 0.877 0.000 0.000 0.000 0.044 0.936 0.020
#> SRR1070738 1 0.2048 0.869 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1476950 1 0.2431 0.857 0.860 0.000 0.008 0.000 0.000 0.132
#> SRR1488196 3 0.0146 0.642 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498951 3 0.3756 -0.146 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1413392 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657528 2 0.0964 0.965 0.000 0.968 0.000 0.004 0.012 0.016
#> SRR812198 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR660283 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1322249 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1396682 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0260 0.893 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.3288 0.654 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR811285 2 0.0547 0.970 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR657018 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.642 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.0458 0.971 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1391575 4 0.0363 0.888 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1314092 5 0.2146 0.827 0.000 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR1328941 3 0.3782 -0.189 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1336181 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1362972 1 0.2531 0.854 0.856 0.000 0.012 0.000 0.000 0.132
#> SRR1366790 5 0.1908 0.841 0.000 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1455902 3 0.0000 0.642 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 6 0.5084 0.417 0.000 0.000 0.360 0.060 0.012 0.568
#> SRR1105009 5 0.0146 0.887 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367024 3 0.1863 0.566 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR660248 5 0.2362 0.814 0.000 0.000 0.000 0.004 0.860 0.136
#> SRR1409620 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455807 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1339431 1 0.2531 0.854 0.856 0.000 0.012 0.000 0.000 0.132
#> SRR1378948 3 0.3862 -0.364 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1469237 1 0.0260 0.942 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098264 5 0.3578 0.539 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1406224 2 0.1995 0.921 0.000 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052
#> SRR1393026 3 0.3017 0.467 0.164 0.000 0.816 0.000 0.000 0.020
#> SRR808428 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR615910 2 0.0146 0.973 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076219 1 0.2631 0.824 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1481128 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.0363 0.892 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1386775 1 0.3541 0.726 0.728 0.000 0.000 0.012 0.000 0.260
#> SRR1388399 1 0.3103 0.765 0.784 0.000 0.000 0.008 0.000 0.208
#> SRR1361499 5 0.3428 0.606 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1500709 4 0.1204 0.871 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0260 0.973 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335212 1 0.0458 0.940 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1400159 6 0.5857 0.437 0.000 0.040 0.396 0.004 0.068 0.492
#> SRR1457245 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1356746 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR658319 5 0.1806 0.846 0.000 0.000 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR1435946 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1812 0.884 0.912 0.000 0.080 0.000 0.000 0.008
#> SRR1100893 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2821 0.485 0.152 0.000 0.832 0.000 0.000 0.016
#> SRR1381799 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1310158 3 0.1075 0.618 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1341100 4 0.2632 0.789 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1342873 1 0.5134 0.228 0.524 0.000 0.088 0.000 0.000 0.388
#> SRR1472102 2 0.0790 0.966 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1409421 3 0.5678 -0.181 0.160 0.000 0.464 0.000 0.000 0.376
#> SRR1328577 4 0.3737 0.275 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR808942 5 0.1806 0.846 0.000 0.000 0.000 0.004 0.908 0.088
#> SRR1343818 4 0.0858 0.887 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1472415 5 0.0363 0.893 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR658409 4 0.0260 0.893 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0405 0.971 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1417894 3 0.0000 0.642 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3348 0.674 0.000 0.768 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1090674 1 0.0000 0.944 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.962 0.951 0.978 0.4989 0.498 0.498
#> 3 3 0.735 0.876 0.885 0.2420 0.850 0.712
#> 4 4 0.718 0.803 0.879 0.1817 0.843 0.619
#> 5 5 0.857 0.788 0.900 0.0803 0.913 0.696
#> 6 6 0.761 0.468 0.694 0.0400 0.846 0.419
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.939 0.508 0.644 0.356
#> SRR1455391 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.855 0.647 0.720 0.280
#> SRR1388281 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.855 0.647 0.720 0.280
#> SRR1357166 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.456 0.873 0.904 0.096
#> SRR1485398 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.952 0.474 0.628 0.372
#> SRR1456818 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.814 0.689 0.748 0.252
#> SRR1420238 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.955 0.465 0.624 0.376
#> SRR1102949 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.855 0.647 0.720 0.280
#> SRR1434955 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.671 0.787 0.824 0.176
#> SRR1477273 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.260 0.949 0.044 0.956
#> SRR1406621 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.963 0.436 0.612 0.388
#> SRR1100472 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.760 0.693 0.220 0.780
#> SRR1314092 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.952 0.474 0.628 0.372
#> SRR1105009 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.952 0.474 0.628 0.372
#> SRR1469237 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.795 0.706 0.760 0.240
#> SRR1388399 1 0.844 0.660 0.728 0.272
#> SRR1361499 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1341100 1 0.952 0.474 0.628 0.372
#> SRR1342873 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.956 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.956 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.4887 0.880 0.000 0.772 0.228
#> SRR1076441 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1345953 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1419656 1 0.2711 0.838 0.912 0.000 0.088
#> SRR1454158 2 0.4504 0.890 0.000 0.804 0.196
#> SRR1475408 2 0.4931 0.633 0.000 0.768 0.232
#> SRR1472704 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR1090046 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1312822 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334587 2 0.4452 0.889 0.000 0.808 0.192
#> SRR1490246 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1031 0.881 0.000 0.976 0.024
#> SRR1083959 2 0.4346 0.890 0.000 0.816 0.184
#> SRR1079948 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310667 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR655852 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352457 2 0.4346 0.889 0.000 0.816 0.184
#> SRR1353994 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1454009 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1071084 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR1082859 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1086538 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR658105 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.1643 0.891 0.000 0.956 0.044
#> SRR1327896 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 2 0.4178 0.893 0.000 0.828 0.172
#> SRR1346861 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR1318774 2 0.2165 0.889 0.000 0.936 0.064
#> SRR1420517 1 0.1529 0.908 0.960 0.000 0.040
#> SRR1369584 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1443244 1 0.6680 0.190 0.508 0.484 0.008
#> SRR1455391 3 0.5497 0.859 0.292 0.000 0.708
#> SRR1068999 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.6309 -0.416 0.500 0.000 0.500
#> SRR1070208 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1096125 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.5244 0.690 0.004 0.240 0.756
#> SRR1388281 2 0.2878 0.896 0.000 0.904 0.096
#> SRR1365622 2 0.0892 0.881 0.000 0.980 0.020
#> SRR662306 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR662811 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.6067 0.595 0.736 0.236 0.028
#> SRR1357166 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1488586 1 0.2280 0.874 0.940 0.052 0.008
#> SRR1485398 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.6111 0.428 0.000 0.396 0.604
#> SRR1409397 2 0.4555 0.887 0.000 0.800 0.200
#> SRR1465693 2 0.4555 0.887 0.000 0.800 0.200
#> SRR1096547 3 0.4887 0.694 0.000 0.228 0.772
#> SRR1456818 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.5551 0.710 0.020 0.212 0.768
#> SRR1420238 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1436990 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0661 0.881 0.004 0.988 0.008
#> SRR1102949 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1403814 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404887 1 0.5541 0.594 0.740 0.252 0.008
#> SRR1434955 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.1529 0.886 0.000 0.960 0.040
#> SRR1078258 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.4974 0.879 0.000 0.764 0.236
#> SRR1070260 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR1410765 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.2066 0.893 0.000 0.940 0.060
#> SRR1359147 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.4963 0.667 0.792 0.200 0.008
#> SRR1477273 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR1415792 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1369088 2 0.1163 0.880 0.000 0.972 0.028
#> SRR1406621 2 0.0892 0.881 0.000 0.980 0.020
#> SRR1401017 2 0.4654 0.887 0.000 0.792 0.208
#> SRR1099981 2 0.4452 0.889 0.000 0.808 0.192
#> SRR815208 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1380460 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456010 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1498416 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 2 0.4555 0.887 0.000 0.800 0.200
#> SRR813868 2 0.0237 0.885 0.000 0.996 0.004
#> SRR1394912 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459866 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.6975 0.308 0.356 0.616 0.028
#> SRR1100472 2 0.4842 0.880 0.000 0.776 0.224
#> SRR1331267 1 0.0424 0.937 0.992 0.000 0.008
#> SRR1068977 2 0.0892 0.881 0.000 0.980 0.020
#> SRR1391511 2 0.4796 0.882 0.000 0.780 0.220
#> SRR1077920 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1457705 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1437073 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR1469279 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1091791 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341539 2 0.1529 0.886 0.000 0.960 0.040
#> SRR1446354 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1415420 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1473403 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1464702 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR655447 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR1418795 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3038 0.895 0.000 0.896 0.104
#> SRR1489589 2 0.4702 0.885 0.000 0.788 0.212
#> SRR1378284 1 0.2400 0.862 0.932 0.064 0.004
#> SRR1408014 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1083052 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.2066 0.680 0.000 0.060 0.940
#> SRR1323829 2 0.5016 0.877 0.000 0.760 0.240
#> SRR1086772 2 0.2796 0.896 0.000 0.908 0.092
#> SRR1486457 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1415257 2 0.4555 0.887 0.000 0.800 0.200
#> SRR1071905 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR659223 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1386945 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR821498 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1378903 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 1 0.1964 0.882 0.944 0.000 0.056
#> SRR1442313 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1077139 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1342758 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR1498951 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1413392 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.4452 0.889 0.000 0.808 0.192
#> SRR812198 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1420936 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1322249 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1081023 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.3267 0.894 0.000 0.884 0.116
#> SRR657018 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1090791 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1439915 2 0.4555 0.887 0.000 0.800 0.200
#> SRR1391575 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1314092 2 0.0892 0.881 0.000 0.980 0.020
#> SRR1328941 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR1336181 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR1362972 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.4291 0.890 0.000 0.820 0.180
#> SRR1455902 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1437644 2 0.2496 0.842 0.004 0.928 0.068
#> SRR1105009 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR1367024 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR660248 2 0.2448 0.893 0.000 0.924 0.076
#> SRR1409620 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR1339431 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.5244 0.690 0.004 0.240 0.756
#> SRR1469237 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.2625 0.892 0.000 0.916 0.084
#> SRR1406224 2 0.2356 0.892 0.000 0.928 0.072
#> SRR1393026 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR808428 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR615910 2 0.5016 0.878 0.000 0.760 0.240
#> SRR1076219 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.5058 0.876 0.000 0.756 0.244
#> SRR1407648 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.5292 0.628 0.764 0.228 0.008
#> SRR1388399 1 0.5578 0.605 0.748 0.240 0.012
#> SRR1361499 2 0.3816 0.893 0.000 0.852 0.148
#> SRR1500709 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.5016 0.878 0.000 0.760 0.240
#> SRR1335212 1 0.0424 0.937 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400159 3 0.4887 0.694 0.000 0.228 0.772
#> SRR1457245 2 0.4887 0.880 0.000 0.772 0.228
#> SRR1356746 2 0.4931 0.878 0.000 0.768 0.232
#> SRR658319 2 0.3619 0.894 0.000 0.864 0.136
#> SRR1435946 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1381799 2 0.1643 0.886 0.000 0.956 0.044
#> SRR1310158 3 0.5058 0.906 0.244 0.000 0.756
#> SRR1341100 2 0.0829 0.880 0.004 0.984 0.012
#> SRR1342873 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.3267 0.894 0.000 0.884 0.116
#> SRR1409421 1 0.0424 0.937 0.992 0.000 0.008
#> SRR1328577 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.3192 0.895 0.000 0.888 0.112
#> SRR1343818 2 0.0424 0.882 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472415 2 0.4887 0.879 0.000 0.772 0.228
#> SRR658409 2 0.0000 0.885 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3267 0.895 0.000 0.884 0.116
#> SRR1417894 3 0.5138 0.909 0.252 0.000 0.748
#> SRR1417422 2 0.5016 0.878 0.000 0.760 0.240
#> SRR1090674 1 0.0000 0.945 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0188 0.7953 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1345953 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1357826 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.4522 0.5352 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1454158 2 0.3024 0.7802 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1475408 4 0.6394 0.4115 0.000 0.244 0.120 0.636
#> SRR1472704 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1334587 2 0.3726 0.7574 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0336 0.9574 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1408574 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.1940 0.7837 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1079948 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1310667 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR655852 4 0.3907 0.6667 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1352457 2 0.3801 0.7134 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1353994 2 0.4564 0.6149 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1459561 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1454009 3 0.0188 0.9567 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR658105 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.4522 0.6244 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1429181 2 0.4888 0.6038 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1327896 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1464788 4 0.3024 0.7014 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1346861 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.3688 0.7088 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1420517 4 0.7621 0.2393 0.296 0.000 0.236 0.468
#> SRR1369584 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1443244 4 0.2676 0.8299 0.012 0.092 0.000 0.896
#> SRR1455391 3 0.4477 0.5483 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1068999 1 0.0592 0.9508 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481297 3 0.4454 0.5395 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1472506 4 0.1406 0.8343 0.000 0.016 0.024 0.960
#> SRR1388281 2 0.3569 0.7379 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1365622 4 0.0469 0.8312 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR662306 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.2589 0.7728 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1357166 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.4406 0.5570 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.2944 0.7645 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR1409397 2 0.3569 0.7602 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1465693 2 0.3569 0.7602 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3764 0.7262 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1403814 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1404887 4 0.2530 0.8031 0.100 0.004 0.000 0.896
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 4 0.3444 0.6421 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1078258 2 0.4522 0.6244 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.2973 0.7700 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1070260 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.3356 0.7406 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1359147 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1488694 4 0.3726 0.6971 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.0707 0.9419 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1369088 4 0.0469 0.8312 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1406621 4 0.0000 0.8263 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401017 4 0.3801 0.5970 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1099981 2 0.4522 0.6651 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR815208 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4522 0.6244 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1091097 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1456010 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.4543 0.6198 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR818873 2 0.3569 0.7602 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR813868 2 0.4564 0.6360 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.1211 0.8367 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1100472 2 0.0469 0.7954 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1331267 1 0.4992 0.0779 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR1068977 4 0.0592 0.8332 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1391511 2 0.0336 0.7954 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1077920 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1341539 4 0.0707 0.8205 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1473403 2 0.4522 0.6244 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1084674 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR655447 2 0.4925 0.4474 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1404442 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.4164 0.7240 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1489589 2 0.3400 0.7648 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1378284 1 0.3384 0.8307 0.860 0.000 0.116 0.024
#> SRR1408014 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.7146 0.3860 0.000 0.212 0.560 0.228
#> SRR1323829 2 0.2149 0.7738 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1086772 2 0.3764 0.7246 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.4477 0.6682 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1071905 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821498 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1378903 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1472907 1 0.4679 0.4689 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.2011 0.7772 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.4605 0.6276 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3649 0.7593 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR812198 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.5000 -0.2414 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4941 0.4322 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR811285 4 0.2408 0.7534 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR657018 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1439915 2 0.3569 0.7602 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1391575 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1314092 4 0.1118 0.8353 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1328941 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.2081 0.8853 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1366790 2 0.2589 0.7851 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.0469 0.8312 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1105009 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660248 4 0.3726 0.6725 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 4 0.3837 0.6850 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.3649 0.7160 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1406224 4 0.1792 0.8046 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1393026 3 0.0188 0.9566 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.2530 0.7685 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.2408 0.7668 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1407648 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1386775 4 0.2868 0.7762 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1388399 4 0.2469 0.7978 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1361499 2 0.2589 0.7707 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1500709 2 0.4522 0.6244 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.2647 0.7696 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1335212 1 0.4643 0.4456 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1400159 3 0.2760 0.8314 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1457245 2 0.0188 0.7953 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356746 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658319 2 0.2647 0.7676 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.3801 0.6956 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.1557 0.8370 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1342873 1 0.1022 0.9368 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1472102 4 0.2345 0.7574 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1409421 1 0.4040 0.6701 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1328577 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR808942 2 0.3024 0.7530 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1343818 4 0.2408 0.8289 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1472415 2 0.0000 0.7950 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658409 2 0.4925 0.4522 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4888 0.5897 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9599 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3074 0.7694 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9637 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1345953 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1357826 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.3895 0.5370 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.1364 0.7697 0.000 0.012 0.000 0.036 0.952
#> SRR1475408 4 0.5090 -0.0381 0.000 0.000 0.104 0.688 0.208
#> SRR1472704 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1334587 2 0.4182 0.9221 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0290 0.9630 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.4256 0.8909 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1083959 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1310667 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR655852 4 0.6460 0.5377 0.000 0.408 0.000 0.412 0.180
#> SRR1352457 2 0.3074 0.6297 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1353994 5 0.3796 0.6615 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1459561 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1454009 3 0.0162 0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1429181 5 0.6021 0.0683 0.000 0.116 0.000 0.408 0.476
#> SRR1327896 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1464788 2 0.4182 0.9221 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 5 0.3039 0.7171 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1420517 4 0.5950 0.4193 0.188 0.000 0.220 0.592 0.000
#> SRR1369584 2 0.5613 0.8312 0.000 0.592 0.000 0.308 0.100
#> SRR1443244 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1455391 3 0.3876 0.5341 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0510 0.9563 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.3837 0.5309 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1472506 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1388281 5 0.1211 0.7737 0.000 0.016 0.000 0.024 0.960
#> SRR1365622 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.0798 0.3770 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> SRR1357166 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.5956 0.6513 0.196 0.212 0.000 0.592 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.0000 0.3360 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1465693 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3164 0.4927 0.000 0.044 0.000 0.852 0.104
#> SRR1403814 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1404887 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 4 0.5557 0.2631 0.000 0.116 0.000 0.624 0.260
#> SRR1078258 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.3480 0.6894 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1359147 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1488694 4 0.4620 0.7862 0.016 0.392 0.000 0.592 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.0609 0.9266 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1369088 4 0.0000 0.3360 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.2127 -0.0961 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1401017 2 0.4273 0.8913 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1099981 2 0.4182 0.9221 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1091097 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1456010 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR818873 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR813868 5 0.4201 0.3834 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.3752 0.7342 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 4 0.4620 0.3177 0.392 0.016 0.000 0.592 0.000
#> SRR1068977 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1391511 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1341539 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1473403 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1084674 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR655447 5 0.4744 0.5606 0.000 0.408 0.000 0.020 0.572
#> SRR1404442 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.4201 0.3834 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1489589 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1378284 1 0.3205 0.7562 0.816 0.004 0.004 0.176 0.000
#> SRR1408014 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.4904 0.0954 0.000 0.024 0.504 0.472 0.000
#> SRR1323829 2 0.4201 0.4049 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1086772 5 0.0510 0.7798 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.4182 0.9221 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.4768 0.4483 0.000 0.592 0.000 0.024 0.384
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1378903 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1472907 1 0.4045 0.4605 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 5 0.4182 0.3943 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.5703 0.4335 0.000 0.408 0.000 0.084 0.508
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.4464 0.5798 0.000 0.408 0.000 0.008 0.584
#> SRR811285 2 0.4192 0.9242 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1439915 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1391575 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1314092 4 0.3274 0.6707 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.1792 0.8893 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.4201 0.3834 0.000 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1105009 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660248 4 0.0510 0.3698 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 4 0.5954 0.6480 0.000 0.216 0.192 0.592 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.1732 0.7623 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1406224 4 0.0794 0.3906 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1393026 3 0.0162 0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1407648 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1386775 4 0.4446 0.7908 0.008 0.400 0.000 0.592 0.000
#> SRR1388399 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1335212 1 0.4210 0.2553 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1400159 3 0.4201 0.2676 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1457245 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0703 0.7788 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1342873 1 0.0963 0.9386 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.4171 0.9191 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1409421 1 0.3508 0.6644 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1328577 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR808942 5 0.0162 0.7821 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1343818 4 0.4201 0.7949 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.7826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 5 0.4201 0.5918 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4201 0.9264 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9458 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 4 0.6684 -0.6269 0.000 0.352 0.000 0.408 0.240
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9695 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.3789 0.64007 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.49988 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.0000 0.57839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357826 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1419656 1 0.5842 0.15355 0.512 0.000 0.276 0.000 0.004 0.208
#> SRR1454158 4 0.5386 -0.35724 0.000 0.120 0.000 0.512 0.368 0.000
#> SRR1475408 2 0.6795 0.42503 0.000 0.516 0.124 0.176 0.000 0.184
#> SRR1472704 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1090046 3 0.0260 0.95211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312822 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1096987 4 0.3804 0.39824 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1334587 2 0.0790 0.79974 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1467522 1 0.5608 0.59289 0.472 0.000 0.000 0.000 0.380 0.148
#> SRR1324206 1 0.5778 0.61129 0.460 0.000 0.012 0.000 0.404 0.124
#> SRR1408574 2 0.1498 0.78974 0.000 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1083959 5 0.3789 0.64007 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1079948 4 0.3789 0.40240 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1310667 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.3266 0.49214 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1352457 2 0.3563 0.42957 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.1863 0.44082 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.1471 0.90157 0.004 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064
#> SRR1071084 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.3789 0.64007 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1086538 1 0.3975 0.68133 0.600 0.000 0.000 0.000 0.392 0.008
#> SRR1486262 4 0.3789 0.40240 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR658105 1 0.5462 0.61822 0.476 0.000 0.000 0.000 0.400 0.124
#> SRR811073 4 0.0458 0.56716 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1429181 2 0.3737 0.41891 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.0146 0.57825 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464788 2 0.1910 0.74535 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1318774 4 0.4099 0.08323 0.000 0.048 0.000 0.708 0.244 0.000
#> SRR1420517 6 0.0937 0.34816 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1369584 2 0.1910 0.74451 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1443244 6 0.3862 -0.27192 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1455391 5 0.7334 -0.51413 0.144 0.000 0.192 0.000 0.400 0.264
#> SRR1068999 1 0.2730 0.42176 0.808 0.000 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1481297 6 0.5607 0.04387 0.008 0.000 0.136 0.000 0.312 0.544
#> SRR1070208 5 0.6513 -0.63014 0.308 0.000 0.020 0.000 0.384 0.288
#> SRR1317282 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.0000 0.57839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472506 6 0.3101 0.15023 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1388281 5 0.4407 0.50716 0.000 0.024 0.000 0.484 0.492 0.000
#> SRR1365622 4 0.3823 0.39005 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR662306 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662811 6 0.5157 0.02029 0.088 0.000 0.000 0.000 0.404 0.508
#> SRR820571 6 0.4399 0.04055 0.004 0.352 0.000 0.028 0.000 0.616
#> SRR1357166 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 6 0.1075 0.34464 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1485398 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1417725 6 0.5688 -0.20242 0.000 0.424 0.136 0.004 0.000 0.436
#> SRR1409397 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.3565 0.31275 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR816336 3 0.0937 0.93194 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1420238 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1433374 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.3792 0.52921 0.780 0.000 0.000 0.000 0.108 0.112
#> SRR662378 1 0.3945 0.68003 0.612 0.000 0.000 0.000 0.380 0.008
#> SRR1477671 6 0.5205 -0.00696 0.092 0.000 0.000 0.000 0.412 0.496
#> SRR1084079 4 0.3823 0.39005 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1102949 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1458090 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1418729 6 0.7100 -0.09928 0.000 0.260 0.000 0.220 0.096 0.424
#> SRR1403814 4 0.3823 0.39005 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1404887 6 0.3862 -0.27254 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1434955 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1360652 6 0.5179 0.03148 0.092 0.000 0.000 0.000 0.392 0.516
#> SRR1356765 4 0.5945 0.04896 0.000 0.360 0.000 0.420 0.000 0.220
#> SRR1078258 4 0.0000 0.57839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.5943 0.51656 0.404 0.000 0.000 0.000 0.380 0.216
#> SRR1420296 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1410765 1 0.0260 0.50036 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481315 1 0.3965 0.68108 0.604 0.000 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR1414661 4 0.3547 -0.10341 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1359147 4 0.0000 0.57839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488694 6 0.3706 -0.09337 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1477273 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.4126 0.49427 0.008 0.000 0.624 0.000 0.008 0.360
#> SRR1369088 2 0.4929 0.24388 0.000 0.508 0.000 0.064 0.000 0.428
#> SRR1406621 4 0.5029 0.15998 0.000 0.400 0.000 0.524 0.000 0.076
#> SRR1401017 2 0.0891 0.79996 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1099981 2 0.0790 0.79974 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1380460 4 0.0146 0.57825 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091097 4 0.3789 0.40240 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1456010 3 0.1007 0.92899 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1498416 4 0.0790 0.55838 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 2 0.4181 0.25543 0.000 0.512 0.000 0.476 0.000 0.012
#> SRR1394912 5 0.5954 -0.63569 0.372 0.000 0.000 0.000 0.408 0.220
#> SRR1475824 4 0.3804 0.39824 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1459866 6 0.5077 0.03360 0.080 0.000 0.000 0.000 0.404 0.516
#> SRR1364871 4 0.5361 0.27864 0.000 0.108 0.000 0.452 0.000 0.440
#> SRR1100472 5 0.3789 0.64007 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1331267 6 0.2842 0.33139 0.104 0.000 0.000 0.044 0.000 0.852
#> SRR1068977 4 0.3804 0.39824 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1391511 5 0.3789 0.64007 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1077920 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 6 0.5112 0.03383 0.084 0.000 0.000 0.000 0.400 0.516
#> SRR1473124 3 0.0713 0.94011 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1469279 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.3797 0.40145 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1341539 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 6 0.5002 0.03151 0.072 0.000 0.000 0.000 0.412 0.516
#> SRR1368050 6 0.5112 0.03383 0.084 0.000 0.000 0.000 0.400 0.516
#> SRR656970 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.0260 0.57877 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1084674 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 6 0.5418 -0.02763 0.120 0.000 0.000 0.000 0.388 0.492
#> SRR1074860 4 0.3817 0.39363 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR655447 4 0.0547 0.58455 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1404442 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1418795 5 0.6089 -0.62352 0.300 0.000 0.000 0.000 0.392 0.308
#> SRR1458335 2 0.3867 0.25086 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.6457 0.52269 0.424 0.160 0.000 0.004 0.380 0.032
#> SRR1408014 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 5 0.6100 -0.62053 0.304 0.000 0.000 0.000 0.384 0.312
#> SRR1339236 2 0.4851 0.22072 0.000 0.536 0.404 0.000 0.000 0.060
#> SRR1323829 5 0.3866 -0.15919 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR1086772 4 0.3857 -0.46072 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.1714 0.75866 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.3868 0.16882 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.3797 0.40145 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1378903 4 0.0146 0.57825 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472907 1 0.5671 0.19679 0.552 0.000 0.244 0.000 0.004 0.200
#> SRR1442313 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1077139 2 0.4603 0.28846 0.000 0.544 0.000 0.416 0.040 0.000
#> SRR1342758 6 0.5002 0.03151 0.072 0.000 0.000 0.000 0.412 0.516
#> SRR656911 4 0.1500 0.54173 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1070738 1 0.0146 0.49756 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476950 1 0.3565 0.33360 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1488196 3 0.0146 0.95447 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498951 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 5 0.6057 -0.65540 0.340 0.000 0.000 0.000 0.396 0.264
#> SRR657528 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812198 5 0.6058 -0.59323 0.260 0.000 0.000 0.000 0.384 0.356
#> SRR660283 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1420936 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1469547 5 0.3789 0.64007 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR1322249 6 0.5713 -0.12898 0.164 0.000 0.000 0.000 0.388 0.448
#> SRR1396682 1 0.4516 0.66632 0.564 0.000 0.000 0.000 0.400 0.036
#> SRR1095816 4 0.1387 0.59163 0.000 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1081023 1 0.3965 0.68108 0.604 0.000 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR1092517 4 0.0260 0.58210 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR811285 2 0.1444 0.77647 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.2003 0.47115 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1365534 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.3828 0.38817 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1314092 6 0.6029 -0.13009 0.000 0.276 0.000 0.300 0.000 0.424
#> SRR1328941 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1362972 1 0.1265 0.46349 0.948 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1366790 2 0.3866 0.25768 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 6 0.3851 -0.24687 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1105009 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.5419 0.16835 0.000 0.460 0.000 0.116 0.000 0.424
#> SRR1409620 6 0.5112 0.03383 0.084 0.000 0.000 0.000 0.400 0.516
#> SRR1455807 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1339431 1 0.4158 0.35125 0.704 0.000 0.052 0.000 0.000 0.244
#> SRR1378948 6 0.5504 0.04295 0.000 0.000 0.204 0.232 0.000 0.564
#> SRR1469237 6 0.5002 0.03151 0.072 0.000 0.000 0.000 0.412 0.516
#> SRR1098264 4 0.3817 -0.37305 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1406224 6 0.5865 -0.09661 0.000 0.380 0.000 0.196 0.000 0.424
#> SRR1393026 3 0.2340 0.78058 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR808428 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 6 0.4161 -0.04998 0.448 0.000 0.000 0.000 0.012 0.540
#> SRR1481128 1 0.5742 0.55154 0.432 0.000 0.000 0.000 0.400 0.168
#> SRR1359262 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.0000 0.57839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386775 6 0.4192 -0.15480 0.016 0.000 0.000 0.412 0.000 0.572
#> SRR1388399 6 0.3351 0.07046 0.000 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1361499 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1500709 4 0.0146 0.57825 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1335917 1 0.4084 0.68029 0.588 0.000 0.000 0.000 0.400 0.012
#> SRR1430615 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 6 0.4566 0.13781 0.068 0.000 0.000 0.000 0.280 0.652
#> SRR1400159 3 0.3857 0.05535 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457245 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1356746 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR658319 5 0.3810 0.62311 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1435946 1 0.3965 0.68108 0.604 0.000 0.000 0.000 0.388 0.008
#> SRR1370308 1 0.5888 0.58282 0.400 0.000 0.000 0.000 0.400 0.200
#> SRR1100893 1 0.5438 0.61588 0.496 0.000 0.000 0.000 0.380 0.124
#> SRR1389432 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 4 0.3860 -0.46198 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.3823 0.39005 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1342873 1 0.4512 0.34923 0.708 0.000 0.096 0.000 0.004 0.192
#> SRR1472102 2 0.1075 0.79263 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.4417 0.22587 0.588 0.000 0.024 0.000 0.004 0.384
#> SRR1328577 4 0.0000 0.57839 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808942 4 0.4177 -0.47545 0.000 0.012 0.000 0.520 0.468 0.000
#> SRR1343818 4 0.3789 0.40240 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1472415 5 0.3782 0.64274 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR658409 4 0.0146 0.57825 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469681 1 0.3993 0.68120 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1075484 2 0.0000 0.81208 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.95688 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.2730 0.67596 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1090674 1 0.5112 0.63677 0.516 0.000 0.000 0.000 0.400 0.084
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.864 0.944 0.972 0.4797 0.522 0.522
#> 3 3 0.543 0.594 0.772 0.3170 0.815 0.650
#> 4 4 0.582 0.525 0.740 0.1406 0.761 0.439
#> 5 5 0.568 0.454 0.701 0.0814 0.843 0.496
#> 6 6 0.591 0.409 0.668 0.0306 0.865 0.476
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1345953 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.5178 0.880 0.116 0.884
#> SRR1472704 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1090046 2 0.8327 0.679 0.264 0.736
#> SRR1312822 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1490246 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1083959 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR655852 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1353994 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1454009 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1327896 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1346861 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1420517 2 0.9933 0.238 0.452 0.548
#> SRR1369584 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1443244 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> SRR1455391 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.7602 0.711 0.780 0.220
#> SRR1317282 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1472506 2 0.5842 0.858 0.140 0.860
#> SRR1388281 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR662306 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR820571 2 0.5842 0.858 0.140 0.860
#> SRR1357166 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1488586 2 0.5842 0.858 0.140 0.860
#> SRR1485398 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.5178 0.877 0.116 0.884
#> SRR1409397 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1465693 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1096547 2 0.5842 0.858 0.140 0.860
#> SRR1456818 2 0.8813 0.619 0.300 0.700
#> SRR816336 2 0.9087 0.571 0.324 0.676
#> SRR1420238 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> SRR1102949 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> SRR1434955 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.6438 0.797 0.836 0.164
#> SRR1356765 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1078258 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1070260 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1481315 2 0.8608 0.646 0.284 0.716
#> SRR1414661 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1488694 2 0.5629 0.864 0.132 0.868
#> SRR1477273 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.7745 0.697 0.772 0.228
#> SRR1369088 2 0.2423 0.948 0.040 0.960
#> SRR1406621 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1401017 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1099981 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR815208 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR813868 2 0.0376 0.964 0.004 0.996
#> SRR1394912 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0376 0.964 0.004 0.996
#> SRR1459866 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.4562 0.896 0.096 0.904
#> SRR1100472 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1331267 2 0.7139 0.780 0.196 0.804
#> SRR1068977 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1391511 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1446354 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1473403 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.6438 0.797 0.836 0.164
#> SRR1464702 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0672 0.963 0.008 0.992
#> SRR655447 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1378284 2 0.8016 0.717 0.244 0.756
#> SRR1408014 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1083052 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.3114 0.936 0.056 0.944
#> SRR1323829 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1086772 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.9732 0.283 0.596 0.404
#> SRR1415257 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1071905 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1386945 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.1184 0.962 0.016 0.984
#> SRR1342758 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.5737 0.835 0.864 0.136
#> SRR1488196 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR812198 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.6623 0.786 0.828 0.172
#> SRR1396682 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR657018 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1439915 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1391575 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.5408 0.869 0.124 0.876
#> SRR1105009 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.1184 0.961 0.016 0.984
#> SRR1409620 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.5629 0.864 0.132 0.868
#> SRR1469237 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0672 0.964 0.008 0.992
#> SRR1393026 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1076219 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1407648 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1386775 2 0.5629 0.864 0.132 0.868
#> SRR1388399 2 0.5059 0.887 0.112 0.888
#> SRR1361499 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1335212 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.5842 0.858 0.140 0.860
#> SRR1457245 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1342873 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1409421 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.965 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0376 0.964 0.004 0.996
#> SRR1469681 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.1414 0.961 0.020 0.980
#> SRR1417894 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0938 0.963 0.012 0.988
#> SRR1090674 1 0.0000 0.981 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.54887 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0424 0.90356 0.992 0.000 0.008
#> SRR1489803 2 0.5859 0.48371 0.000 0.656 0.344
#> SRR1345953 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1357826 2 0.3879 0.40855 0.000 0.848 0.152
#> SRR1419656 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1454158 2 0.1163 0.54550 0.000 0.972 0.028
#> SRR1475408 2 0.3619 0.54192 0.000 0.864 0.136
#> SRR1472704 2 0.4235 0.36731 0.000 0.824 0.176
#> SRR1090046 3 0.9827 0.22394 0.244 0.376 0.380
#> SRR1312822 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1096987 3 0.6286 0.73620 0.000 0.464 0.536
#> SRR1334587 3 0.5529 0.35713 0.000 0.296 0.704
#> SRR1490246 1 0.3038 0.89739 0.896 0.000 0.104
#> SRR1467522 1 0.0000 0.90349 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0592 0.90360 0.988 0.000 0.012
#> SRR1408574 3 0.4750 0.49091 0.000 0.216 0.784
#> SRR1083959 2 0.4504 0.32519 0.000 0.804 0.196
#> SRR1079948 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1310667 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR655852 2 0.6225 -0.52668 0.000 0.568 0.432
#> SRR1352457 3 0.6307 -0.26394 0.000 0.488 0.512
#> SRR1353994 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1459561 2 0.6140 0.43295 0.000 0.596 0.404
#> SRR1454009 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1071084 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1082859 2 0.0000 0.54887 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0424 0.90356 0.992 0.000 0.008
#> SRR1486262 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR658105 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR811073 2 0.4796 0.28185 0.000 0.780 0.220
#> SRR1429181 3 0.6126 0.59604 0.000 0.400 0.600
#> SRR1327896 3 0.6291 0.73777 0.000 0.468 0.532
#> SRR1464788 3 0.4887 0.46456 0.000 0.228 0.772
#> SRR1346861 2 0.4002 0.39573 0.000 0.840 0.160
#> SRR1318774 3 0.6305 0.72174 0.000 0.484 0.516
#> SRR1420517 1 0.8745 0.26714 0.524 0.356 0.120
#> SRR1369584 2 0.6291 0.33451 0.000 0.532 0.468
#> SRR1443244 3 0.6244 0.71647 0.000 0.440 0.560
#> SRR1455391 1 0.0424 0.90344 0.992 0.000 0.008
#> SRR1068999 1 0.0592 0.90376 0.988 0.000 0.012
#> SRR1481297 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1070208 1 0.6673 0.66592 0.732 0.200 0.068
#> SRR1317282 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1096125 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1472506 3 0.5905 0.54453 0.000 0.352 0.648
#> SRR1388281 3 0.6302 0.72555 0.000 0.480 0.520
#> SRR1365622 3 0.4887 0.51297 0.000 0.228 0.772
#> SRR662306 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR662811 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR820571 2 0.6192 0.00374 0.000 0.580 0.420
#> SRR1357166 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1488586 3 0.4796 0.52891 0.000 0.220 0.780
#> SRR1485398 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1417725 2 0.3412 0.54310 0.000 0.876 0.124
#> SRR1409397 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR1465693 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR1096547 2 0.4121 0.52417 0.000 0.832 0.168
#> SRR1456818 1 0.8875 0.21090 0.528 0.336 0.136
#> SRR816336 2 0.8410 0.22564 0.216 0.620 0.164
#> SRR1420238 1 0.3686 0.89266 0.860 0.000 0.140
#> SRR1433374 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1436990 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR662378 1 0.0237 0.90351 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477671 1 0.3879 0.89122 0.848 0.000 0.152
#> SRR1084079 3 0.6252 0.72082 0.000 0.444 0.556
#> SRR1102949 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1458090 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1418729 2 0.1643 0.53545 0.000 0.956 0.044
#> SRR1403814 3 0.6291 0.73666 0.000 0.468 0.532
#> SRR1404887 3 0.6244 0.71647 0.000 0.440 0.560
#> SRR1434955 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1360652 1 0.4873 0.77083 0.824 0.152 0.024
#> SRR1356765 2 0.6026 0.33641 0.000 0.624 0.376
#> SRR1078258 2 0.5733 -0.13473 0.000 0.676 0.324
#> SRR1455861 1 0.4235 0.88632 0.824 0.000 0.176
#> SRR1420296 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR1070260 2 0.4842 0.25599 0.000 0.776 0.224
#> SRR1410765 1 0.2261 0.90082 0.932 0.000 0.068
#> SRR1481315 2 0.9766 -0.29904 0.236 0.416 0.348
#> SRR1414661 2 0.5529 -0.00052 0.000 0.704 0.296
#> SRR1359147 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1488694 3 0.6204 0.71464 0.000 0.424 0.576
#> SRR1477273 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415792 1 0.6463 0.71406 0.756 0.164 0.080
#> SRR1369088 3 0.5678 0.37970 0.000 0.316 0.684
#> SRR1406621 3 0.4842 0.50826 0.000 0.224 0.776
#> SRR1401017 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR1099981 3 0.4750 0.49091 0.000 0.216 0.784
#> SRR815208 2 0.4452 0.33482 0.000 0.808 0.192
#> SRR1380460 2 0.6062 -0.36459 0.000 0.616 0.384
#> SRR1091097 2 0.6286 -0.60004 0.000 0.536 0.464
#> SRR1456010 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1498416 3 0.6291 0.73666 0.000 0.468 0.532
#> SRR818873 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR813868 2 0.0892 0.55558 0.000 0.980 0.020
#> SRR1394912 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1475824 3 0.6267 0.73241 0.000 0.452 0.548
#> SRR1459866 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1364871 2 0.6140 -0.34797 0.000 0.596 0.404
#> SRR1100472 2 0.5810 -0.17493 0.000 0.664 0.336
#> SRR1331267 3 0.6451 0.71206 0.004 0.436 0.560
#> SRR1068977 3 0.4842 0.50207 0.000 0.224 0.776
#> SRR1391511 2 0.0000 0.54887 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.54887 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1437073 1 0.4235 0.88586 0.824 0.000 0.176
#> SRR1473124 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1469279 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1091791 3 0.6291 0.73777 0.000 0.468 0.532
#> SRR1341539 2 0.6126 0.36764 0.000 0.600 0.400
#> SRR1446354 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415420 1 0.3752 0.89218 0.856 0.000 0.144
#> SRR1368050 1 0.4178 0.88669 0.828 0.000 0.172
#> SRR656970 2 0.5859 0.48387 0.000 0.656 0.344
#> SRR1473403 2 0.5835 -0.17734 0.000 0.660 0.340
#> SRR1084674 1 0.5608 0.77844 0.808 0.120 0.072
#> SRR1464702 1 0.0237 0.90373 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074860 3 0.6291 0.73777 0.000 0.468 0.532
#> SRR655447 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1404442 2 0.4750 0.27868 0.000 0.784 0.216
#> SRR1418795 1 0.4121 0.88815 0.832 0.000 0.168
#> SRR1458335 2 0.0237 0.55052 0.000 0.996 0.004
#> SRR1489589 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR1378284 3 0.5378 0.54455 0.008 0.236 0.756
#> SRR1408014 2 0.3941 0.54685 0.000 0.844 0.156
#> SRR1083052 1 0.0661 0.90297 0.988 0.008 0.004
#> SRR1339236 2 0.5327 0.50064 0.000 0.728 0.272
#> SRR1323829 2 0.6045 0.45802 0.000 0.620 0.380
#> SRR1086772 2 0.5560 0.00181 0.000 0.700 0.300
#> SRR1486457 1 0.8437 0.41358 0.596 0.276 0.128
#> SRR1415257 2 0.6204 0.35407 0.000 0.576 0.424
#> SRR1071905 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR659223 2 0.6235 0.38979 0.000 0.564 0.436
#> SRR1386945 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR821498 2 0.1964 0.52877 0.000 0.944 0.056
#> SRR1378903 3 0.6291 0.73777 0.000 0.468 0.532
#> SRR1472907 1 0.6496 0.67762 0.736 0.208 0.056
#> SRR1442313 2 0.5138 0.17319 0.000 0.748 0.252
#> SRR1077139 2 0.5988 0.46771 0.000 0.632 0.368
#> SRR1342758 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR656911 2 0.4796 0.26947 0.000 0.780 0.220
#> SRR1070738 1 0.0592 0.90414 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476950 1 0.4868 0.80546 0.844 0.100 0.056
#> SRR1488196 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1498951 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1413392 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR657528 2 0.4931 0.51948 0.000 0.768 0.232
#> SRR812198 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR660283 2 0.0592 0.54463 0.000 0.988 0.012
#> SRR1420936 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1469547 2 0.5216 0.16189 0.000 0.740 0.260
#> SRR1322249 1 0.5810 0.77888 0.796 0.132 0.072
#> SRR1396682 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1095816 3 0.6291 0.73777 0.000 0.468 0.532
#> SRR1081023 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1092517 2 0.5497 -0.01116 0.000 0.708 0.292
#> SRR811285 3 0.6225 -0.10212 0.000 0.432 0.568
#> SRR657018 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1365534 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1090791 2 0.5948 0.47355 0.000 0.640 0.360
#> SRR1439915 2 0.5216 0.50570 0.000 0.740 0.260
#> SRR1391575 3 0.6274 0.73162 0.000 0.456 0.544
#> SRR1314092 2 0.1031 0.55080 0.000 0.976 0.024
#> SRR1328941 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1336181 2 0.5058 0.19722 0.000 0.756 0.244
#> SRR1362972 1 0.0592 0.90376 0.988 0.000 0.012
#> SRR1366790 2 0.0424 0.55208 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455902 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1437644 2 0.6045 -0.05700 0.000 0.620 0.380
#> SRR1105009 2 0.1031 0.53818 0.000 0.976 0.024
#> SRR1367024 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR660248 2 0.1860 0.55858 0.000 0.948 0.052
#> SRR1409620 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1455807 2 0.4002 0.39573 0.000 0.840 0.160
#> SRR1339431 1 0.0592 0.90376 0.988 0.000 0.012
#> SRR1378948 2 0.6062 0.04329 0.000 0.616 0.384
#> SRR1469237 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1098264 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1406224 2 0.3686 0.55215 0.000 0.860 0.140
#> SRR1393026 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR808428 2 0.1860 0.52096 0.000 0.948 0.052
#> SRR615910 2 0.5291 0.50557 0.000 0.732 0.268
#> SRR1076219 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1481128 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1359262 2 0.6140 0.43266 0.000 0.596 0.404
#> SRR1407648 3 0.6295 0.73680 0.000 0.472 0.528
#> SRR1386775 3 0.6168 0.70669 0.000 0.412 0.588
#> SRR1388399 3 0.4750 0.52385 0.000 0.216 0.784
#> SRR1361499 2 0.6225 -0.52414 0.000 0.568 0.432
#> SRR1500709 3 0.6309 0.70127 0.000 0.496 0.504
#> SRR1335917 1 0.4121 0.88794 0.832 0.000 0.168
#> SRR1430615 2 0.5178 0.50759 0.000 0.744 0.256
#> SRR1335212 1 0.4733 0.88701 0.800 0.004 0.196
#> SRR1400159 2 0.3619 0.54192 0.000 0.864 0.136
#> SRR1457245 2 0.3551 0.42194 0.000 0.868 0.132
#> SRR1356746 2 0.4291 0.35930 0.000 0.820 0.180
#> SRR658319 2 0.0237 0.54810 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435946 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1370308 1 0.0424 0.90356 0.992 0.000 0.008
#> SRR1100893 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1389432 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1381799 2 0.0892 0.54138 0.000 0.980 0.020
#> SRR1310158 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1341100 3 0.6225 0.72446 0.000 0.432 0.568
#> SRR1342873 1 0.1031 0.90256 0.976 0.000 0.024
#> SRR1472102 3 0.6140 0.02680 0.000 0.404 0.596
#> SRR1409421 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1328577 2 0.6267 -0.56355 0.000 0.548 0.452
#> SRR808942 2 0.0892 0.54130 0.000 0.980 0.020
#> SRR1343818 2 0.6154 -0.43265 0.000 0.592 0.408
#> SRR1472415 2 0.4062 0.39757 0.000 0.836 0.164
#> SRR658409 3 0.6291 0.73777 0.000 0.468 0.532
#> SRR1469681 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
#> SRR1075484 2 0.5016 0.51957 0.000 0.760 0.240
#> SRR1417894 1 0.1163 0.90243 0.972 0.000 0.028
#> SRR1417422 2 0.4750 0.52884 0.000 0.784 0.216
#> SRR1090674 1 0.4291 0.88521 0.820 0.000 0.180
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.5466 0.169029 0.016 0.548 0.000 0.436
#> SRR1076441 1 0.5000 0.259843 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1489803 2 0.1902 0.567706 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR1345953 4 0.2376 0.659846 0.068 0.016 0.000 0.916
#> SRR1357826 2 0.5126 0.158975 0.004 0.552 0.000 0.444
#> SRR1419656 3 0.5271 0.579054 0.340 0.000 0.640 0.020
#> SRR1454158 4 0.5856 -0.085789 0.032 0.464 0.000 0.504
#> SRR1475408 2 0.5793 0.325391 0.020 0.628 0.016 0.336
#> SRR1472704 4 0.4372 0.457882 0.004 0.268 0.000 0.728
#> SRR1090046 4 0.8084 0.184074 0.072 0.084 0.376 0.468
#> SRR1312822 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1096987 4 0.0804 0.662362 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR1334587 2 0.5167 0.069193 0.004 0.508 0.000 0.488
#> SRR1490246 1 0.4040 0.912098 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1467522 3 0.4454 0.532335 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1324206 1 0.4994 0.360896 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1408574 4 0.6552 -0.028845 0.076 0.440 0.000 0.484
#> SRR1083959 4 0.5407 -0.066373 0.012 0.484 0.000 0.504
#> SRR1079948 4 0.1716 0.656438 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1310667 2 0.0376 0.580779 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR655852 4 0.2522 0.642100 0.016 0.076 0.000 0.908
#> SRR1352457 2 0.5364 0.208029 0.016 0.592 0.000 0.392
#> SRR1353994 4 0.2521 0.662090 0.064 0.024 0.000 0.912
#> SRR1459561 2 0.4220 0.413805 0.004 0.748 0.000 0.248
#> SRR1454009 3 0.0469 0.726572 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.5250 0.165294 0.008 0.552 0.000 0.440
#> SRR1086538 1 0.4989 0.396502 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1486262 4 0.1792 0.655006 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR658105 1 0.4008 0.915008 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR811073 4 0.3710 0.557377 0.004 0.192 0.000 0.804
#> SRR1429181 4 0.4360 0.448463 0.008 0.248 0.000 0.744
#> SRR1327896 4 0.1792 0.655006 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1464788 4 0.5163 -0.063880 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR1346861 4 0.4477 0.386460 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1318774 4 0.1854 0.654473 0.012 0.048 0.000 0.940
#> SRR1420517 3 0.7772 0.446583 0.384 0.068 0.484 0.064
#> SRR1369584 2 0.4761 0.301533 0.004 0.664 0.000 0.332
#> SRR1443244 4 0.2345 0.647554 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1455391 3 0.1022 0.726161 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1068999 3 0.4605 0.471766 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1481297 3 0.4933 0.586363 0.296 0.000 0.688 0.016
#> SRR1070208 3 0.6716 0.550778 0.256 0.056 0.644 0.044
#> SRR1317282 3 0.0817 0.730195 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1096125 4 0.2011 0.657453 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1472506 4 0.9310 0.135911 0.156 0.204 0.192 0.448
#> SRR1388281 4 0.1406 0.663031 0.016 0.024 0.000 0.960
#> SRR1365622 4 0.6430 -0.000763 0.068 0.428 0.000 0.504
#> SRR662306 3 0.1211 0.727617 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR662811 1 0.4103 0.900250 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR820571 2 0.9604 0.111148 0.164 0.332 0.172 0.332
#> SRR1357166 3 0.0469 0.726572 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1488586 2 0.9143 0.141855 0.080 0.380 0.220 0.320
#> SRR1485398 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1417725 2 0.6041 0.281996 0.032 0.600 0.012 0.356
#> SRR1409397 2 0.0376 0.580779 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1465693 2 0.0524 0.581319 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1096547 2 0.9023 0.095077 0.076 0.392 0.200 0.332
#> SRR1456818 1 0.8983 -0.170611 0.372 0.056 0.288 0.284
#> SRR816336 2 0.8261 0.218245 0.112 0.464 0.064 0.360
#> SRR1420238 1 0.4008 0.915531 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR662378 3 0.4888 0.205281 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1477671 1 0.4134 0.896346 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1084079 4 0.2081 0.652663 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1102949 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1458090 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1418729 4 0.6652 0.000962 0.088 0.396 0.000 0.516
#> SRR1403814 4 0.1211 0.662352 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1404887 4 0.1792 0.653867 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1434955 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1360652 3 0.6772 0.461249 0.308 0.056 0.604 0.032
#> SRR1356765 2 0.6249 0.288003 0.068 0.580 0.000 0.352
#> SRR1078258 4 0.3108 0.625651 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR1455861 1 0.4072 0.908738 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1420296 2 0.0524 0.581319 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1070260 4 0.4008 0.497490 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1410765 1 0.4304 0.860251 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1481315 4 0.7108 0.337068 0.148 0.004 0.284 0.564
#> SRR1414661 4 0.3108 0.620605 0.016 0.112 0.000 0.872
#> SRR1359147 4 0.0707 0.662213 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1488694 4 0.6565 0.423488 0.132 0.004 0.224 0.640
#> SRR1477273 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.2838 0.665502 0.016 0.056 0.908 0.020
#> SRR1369088 2 0.6299 0.131148 0.060 0.520 0.000 0.420
#> SRR1406621 4 0.5558 -0.014853 0.020 0.432 0.000 0.548
#> SRR1401017 2 0.0376 0.580779 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1099981 4 0.5257 -0.022922 0.008 0.444 0.000 0.548
#> SRR815208 4 0.4655 0.383050 0.004 0.312 0.000 0.684
#> SRR1380460 4 0.2775 0.637587 0.020 0.084 0.000 0.896
#> SRR1091097 4 0.1716 0.650011 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1456010 3 0.4690 0.588516 0.276 0.000 0.712 0.012
#> SRR1498416 4 0.2174 0.663557 0.052 0.020 0.000 0.928
#> SRR818873 2 0.0376 0.580779 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR813868 2 0.5459 0.174342 0.016 0.552 0.000 0.432
#> SRR1394912 1 0.4008 0.914909 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1475824 4 0.0921 0.661806 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1459866 1 0.4008 0.915059 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1364871 4 0.8148 0.354287 0.184 0.080 0.164 0.572
#> SRR1100472 4 0.2412 0.639844 0.008 0.084 0.000 0.908
#> SRR1331267 4 0.6465 0.419214 0.136 0.000 0.228 0.636
#> SRR1068977 4 0.4981 -0.041299 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1391511 2 0.5558 0.173588 0.020 0.548 0.000 0.432
#> SRR1077920 2 0.5459 0.174864 0.016 0.552 0.000 0.432
#> SRR1457705 3 0.4283 0.604047 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1437073 1 0.4193 0.889858 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1473124 3 0.5013 0.638802 0.228 0.032 0.736 0.004
#> SRR1469279 3 0.4422 0.603512 0.256 0.000 0.736 0.008
#> SRR1091791 4 0.0000 0.660648 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.4959 0.459709 0.052 0.752 0.000 0.196
#> SRR1446354 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.4008 0.915531 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1368050 1 0.4356 0.855491 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR656970 2 0.2773 0.543426 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR1473403 4 0.2610 0.636653 0.012 0.088 0.000 0.900
#> SRR1084674 3 0.2021 0.679861 0.000 0.056 0.932 0.012
#> SRR1464702 3 0.4382 0.553607 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1074860 4 0.1867 0.653798 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR655447 4 0.0657 0.661087 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1404442 4 0.5161 -0.028741 0.004 0.476 0.000 0.520
#> SRR1418795 1 0.4008 0.915433 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1458335 2 0.5600 0.132333 0.020 0.512 0.000 0.468
#> SRR1489589 2 0.0376 0.580779 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1378284 2 0.9670 0.148110 0.152 0.364 0.232 0.252
#> SRR1408014 2 0.3895 0.515566 0.012 0.804 0.000 0.184
#> SRR1083052 3 0.4585 0.483520 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1339236 2 0.0657 0.581151 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1323829 2 0.3052 0.529238 0.004 0.860 0.000 0.136
#> SRR1086772 4 0.2867 0.627116 0.012 0.104 0.000 0.884
#> SRR1486457 3 0.4681 0.559375 0.024 0.068 0.820 0.088
#> SRR1415257 2 0.4922 0.449934 0.036 0.736 0.000 0.228
#> SRR1071905 3 0.0469 0.726572 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR659223 2 0.3831 0.466549 0.004 0.792 0.000 0.204
#> SRR1386945 3 0.0469 0.730142 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR821498 4 0.6850 0.036266 0.108 0.376 0.000 0.516
#> SRR1378903 4 0.1792 0.655006 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1472907 3 0.6602 0.539588 0.348 0.052 0.580 0.020
#> SRR1442313 4 0.3672 0.582209 0.012 0.164 0.000 0.824
#> SRR1077139 2 0.2654 0.547183 0.004 0.888 0.000 0.108
#> SRR1342758 1 0.4008 0.915008 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR656911 4 0.4323 0.537388 0.020 0.204 0.000 0.776
#> SRR1070738 1 0.4977 0.412937 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1476950 3 0.6199 0.533749 0.288 0.036 0.648 0.028
#> SRR1488196 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.3942 0.623646 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1413392 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR657528 2 0.1256 0.579476 0.008 0.964 0.000 0.028
#> SRR812198 1 0.4008 0.915008 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR660283 2 0.5158 0.112602 0.004 0.524 0.000 0.472
#> SRR1420936 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1469547 4 0.3324 0.604751 0.012 0.136 0.000 0.852
#> SRR1322249 3 0.6142 0.598549 0.236 0.056 0.684 0.024
#> SRR1396682 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1095816 4 0.1867 0.653798 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1081023 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1092517 4 0.5558 0.483054 0.080 0.208 0.000 0.712
#> SRR811285 2 0.5378 0.125258 0.012 0.540 0.000 0.448
#> SRR657018 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0524 0.581319 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1439915 2 0.0376 0.580779 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1391575 4 0.2281 0.650270 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1314092 2 0.5594 0.152524 0.020 0.520 0.000 0.460
#> SRR1328941 3 0.1211 0.698545 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1336181 4 0.3831 0.545229 0.004 0.204 0.000 0.792
#> SRR1362972 3 0.4697 0.417136 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1366790 2 0.5586 0.154737 0.020 0.528 0.000 0.452
#> SRR1455902 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.8236 0.044619 0.076 0.352 0.096 0.476
#> SRR1105009 2 0.5597 0.138725 0.020 0.516 0.000 0.464
#> SRR1367024 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.5298 0.273350 0.016 0.612 0.000 0.372
#> SRR1409620 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1455807 4 0.4543 0.363224 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1339431 3 0.4679 0.430174 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1378948 4 0.9053 0.019971 0.076 0.304 0.216 0.404
#> SRR1469237 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1098264 4 0.2124 0.658024 0.068 0.008 0.000 0.924
#> SRR1406224 2 0.4594 0.450158 0.008 0.712 0.000 0.280
#> SRR1393026 3 0.0921 0.729844 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR808428 2 0.4999 0.074578 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR615910 2 0.1398 0.579023 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1076219 3 0.4955 0.563100 0.344 0.000 0.648 0.008
#> SRR1481128 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1359262 2 0.2053 0.565849 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1407648 4 0.1716 0.656545 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1386775 4 0.5217 0.574283 0.120 0.056 0.036 0.788
#> SRR1388399 4 0.7159 -0.005570 0.080 0.396 0.020 0.504
#> SRR1361499 4 0.3383 0.660913 0.076 0.052 0.000 0.872
#> SRR1500709 4 0.2706 0.640117 0.020 0.080 0.000 0.900
#> SRR1335917 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1430615 2 0.0657 0.581401 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1335212 3 0.4054 0.521994 0.188 0.016 0.796 0.000
#> SRR1400159 2 0.6453 0.321465 0.044 0.608 0.024 0.324
#> SRR1457245 4 0.5881 0.105678 0.036 0.420 0.000 0.544
#> SRR1356746 4 0.4790 0.243059 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR658319 2 0.5602 0.125374 0.020 0.508 0.000 0.472
#> SRR1435946 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1370308 3 0.4500 0.511930 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1100893 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1389432 3 0.0336 0.729690 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1381799 4 0.6055 -0.030420 0.044 0.436 0.000 0.520
#> SRR1310158 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0336 0.660329 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1342873 3 0.4697 0.549093 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1472102 2 0.6482 0.096642 0.072 0.504 0.000 0.424
#> SRR1409421 3 0.4483 0.572140 0.284 0.000 0.712 0.004
#> SRR1328577 4 0.1302 0.655735 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR808942 4 0.5774 -0.078160 0.028 0.464 0.000 0.508
#> SRR1343818 4 0.1867 0.647038 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1472415 4 0.4624 0.330131 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR658409 4 0.1867 0.653798 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1469681 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1075484 2 0.2401 0.569418 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR1417894 3 0.0000 0.727910 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3257 0.526826 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR1090674 1 0.3975 0.917665 0.760 0.000 0.240 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.4270 0.50668 0.000 0.112 0.000 0.112 0.776
#> SRR1076441 1 0.5037 0.26976 0.612 0.024 0.352 0.000 0.012
#> SRR1489803 2 0.4671 0.38383 0.000 0.640 0.000 0.028 0.332
#> SRR1345953 4 0.2189 0.64499 0.000 0.012 0.000 0.904 0.084
#> SRR1357826 5 0.4316 0.50048 0.000 0.120 0.000 0.108 0.772
#> SRR1419656 3 0.6104 0.29529 0.408 0.048 0.512 0.024 0.008
#> SRR1454158 5 0.3730 0.51126 0.000 0.028 0.004 0.168 0.800
#> SRR1475408 5 0.4806 0.41547 0.000 0.084 0.024 0.132 0.760
#> SRR1472704 5 0.6059 0.37496 0.000 0.244 0.000 0.184 0.572
#> SRR1090046 3 0.7921 0.07499 0.016 0.156 0.476 0.088 0.264
#> SRR1312822 1 0.0404 0.81460 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.2233 0.64898 0.000 0.080 0.000 0.904 0.016
#> SRR1334587 2 0.4857 0.36590 0.000 0.636 0.000 0.324 0.040
#> SRR1490246 1 0.1956 0.77805 0.916 0.008 0.076 0.000 0.000
#> SRR1467522 3 0.4747 0.15650 0.484 0.000 0.500 0.000 0.016
#> SRR1324206 1 0.3728 0.57447 0.748 0.000 0.244 0.000 0.008
#> SRR1408574 4 0.4449 -0.18056 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1083959 5 0.5002 0.48637 0.000 0.160 0.000 0.132 0.708
#> SRR1079948 4 0.0865 0.65353 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1310667 2 0.4656 0.24430 0.000 0.508 0.000 0.012 0.480
#> SRR655852 4 0.5289 0.52924 0.000 0.208 0.004 0.680 0.108
#> SRR1352457 2 0.4982 0.46262 0.000 0.700 0.000 0.200 0.100
#> SRR1353994 4 0.3033 0.64429 0.000 0.052 0.000 0.864 0.084
#> SRR1459561 2 0.4712 0.45551 0.000 0.732 0.000 0.100 0.168
#> SRR1454009 3 0.2305 0.73509 0.092 0.000 0.896 0.000 0.012
#> SRR1071084 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1082859 5 0.3608 0.51708 0.000 0.064 0.000 0.112 0.824
#> SRR1086538 1 0.3689 0.56063 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> SRR1486262 4 0.0451 0.64958 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR658105 1 0.0693 0.81476 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.6282 0.35037 0.000 0.248 0.000 0.536 0.216
#> SRR1429181 4 0.5313 0.24662 0.000 0.388 0.000 0.556 0.056
#> SRR1327896 4 0.0451 0.64742 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1464788 2 0.4640 0.28707 0.000 0.584 0.000 0.400 0.016
#> SRR1346861 5 0.6166 0.37411 0.000 0.244 0.000 0.200 0.556
#> SRR1318774 4 0.5927 0.43204 0.000 0.128 0.004 0.588 0.280
#> SRR1420517 3 0.7744 0.54135 0.124 0.204 0.552 0.048 0.072
#> SRR1369584 2 0.5032 0.46280 0.000 0.704 0.000 0.168 0.128
#> SRR1443244 4 0.3209 0.60132 0.000 0.100 0.020 0.860 0.020
#> SRR1455391 3 0.3011 0.71549 0.140 0.000 0.844 0.000 0.016
#> SRR1068999 1 0.6042 -0.10242 0.488 0.040 0.440 0.016 0.016
#> SRR1481297 3 0.5804 0.28738 0.420 0.044 0.512 0.024 0.000
#> SRR1070208 3 0.6956 0.45115 0.340 0.092 0.512 0.012 0.044
#> SRR1317282 3 0.2286 0.73327 0.108 0.004 0.888 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.0451 0.65045 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1472506 2 0.7552 0.03690 0.000 0.400 0.132 0.380 0.088
#> SRR1388281 4 0.3916 0.63447 0.000 0.092 0.000 0.804 0.104
#> SRR1365622 4 0.4510 -0.11661 0.000 0.432 0.000 0.560 0.008
#> SRR662306 3 0.2233 0.73403 0.104 0.000 0.892 0.000 0.004
#> SRR662811 1 0.0609 0.81546 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR820571 2 0.8326 0.18114 0.008 0.424 0.152 0.228 0.188
#> SRR1357166 3 0.2006 0.73582 0.072 0.000 0.916 0.000 0.012
#> SRR1488586 4 0.7570 -0.08809 0.000 0.368 0.188 0.384 0.060
#> SRR1485398 1 0.0404 0.81460 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 5 0.4334 0.43836 0.000 0.056 0.028 0.120 0.796
#> SRR1409397 2 0.4723 0.25237 0.000 0.536 0.000 0.016 0.448
#> SRR1465693 2 0.4689 0.31206 0.000 0.560 0.000 0.016 0.424
#> SRR1096547 5 0.6920 0.26418 0.004 0.156 0.180 0.068 0.592
#> SRR1456818 3 0.9451 0.24817 0.184 0.256 0.300 0.192 0.068
#> SRR816336 5 0.7851 0.15317 0.000 0.220 0.244 0.096 0.440
#> SRR1420238 1 0.1518 0.79879 0.944 0.004 0.048 0.000 0.004
#> SRR1433374 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1436990 1 0.0324 0.81739 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.4494 0.24656 0.608 0.000 0.380 0.000 0.012
#> SRR1477671 1 0.0771 0.81486 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.2297 0.61908 0.000 0.060 0.020 0.912 0.008
#> SRR1102949 1 0.0566 0.81526 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0404 0.81460 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.5411 0.45225 0.000 0.092 0.008 0.236 0.664
#> SRR1403814 4 0.1357 0.65473 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1404887 4 0.3441 0.59781 0.000 0.092 0.020 0.852 0.036
#> SRR1434955 1 0.0290 0.81585 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.6929 -0.09221 0.488 0.068 0.376 0.012 0.056
#> SRR1356765 2 0.6247 0.33213 0.000 0.432 0.000 0.424 0.144
#> SRR1078258 4 0.6461 0.30695 0.000 0.260 0.004 0.524 0.212
#> SRR1455861 1 0.0703 0.81518 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.4718 0.29497 0.000 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR1070260 5 0.6459 0.28225 0.000 0.244 0.000 0.256 0.500
#> SRR1410765 1 0.3706 0.63744 0.796 0.012 0.180 0.000 0.012
#> SRR1481315 4 0.7731 0.24412 0.028 0.108 0.328 0.468 0.068
#> SRR1414661 4 0.6821 0.14551 0.000 0.248 0.004 0.420 0.328
#> SRR1359147 4 0.4268 0.63010 0.000 0.144 0.000 0.772 0.084
#> SRR1488694 4 0.6427 0.39662 0.004 0.108 0.176 0.644 0.068
#> SRR1477273 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1415792 3 0.5630 0.60949 0.088 0.136 0.720 0.008 0.048
#> SRR1369088 2 0.6710 0.34127 0.000 0.580 0.068 0.248 0.104
#> SRR1406621 2 0.4443 0.17794 0.000 0.524 0.000 0.472 0.004
#> SRR1401017 5 0.4747 -0.22576 0.000 0.484 0.000 0.016 0.500
#> SRR1099981 2 0.4555 0.18738 0.000 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR815208 5 0.5716 0.40898 0.000 0.240 0.000 0.144 0.616
#> SRR1380460 4 0.6593 0.24114 0.000 0.228 0.004 0.496 0.272
#> SRR1091097 4 0.4170 0.57807 0.000 0.192 0.000 0.760 0.048
#> SRR1456010 3 0.6073 0.37442 0.380 0.048 0.540 0.020 0.012
#> SRR1498416 4 0.2153 0.65520 0.000 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR818873 5 0.4747 -0.22576 0.000 0.484 0.000 0.016 0.500
#> SRR813868 5 0.4781 0.49376 0.000 0.080 0.004 0.188 0.728
#> SRR1394912 1 0.0566 0.81756 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.2171 0.65002 0.000 0.064 0.000 0.912 0.024
#> SRR1459866 1 0.1012 0.81065 0.968 0.020 0.012 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.7316 0.17735 0.000 0.220 0.040 0.456 0.284
#> SRR1100472 4 0.5668 0.48863 0.000 0.232 0.000 0.624 0.144
#> SRR1331267 4 0.6606 0.37770 0.004 0.116 0.188 0.624 0.068
#> SRR1068977 2 0.4632 0.22482 0.000 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1391511 5 0.2625 0.52030 0.000 0.016 0.000 0.108 0.876
#> SRR1077920 5 0.3216 0.52017 0.000 0.044 0.000 0.108 0.848
#> SRR1457705 3 0.5032 0.38847 0.392 0.016 0.580 0.008 0.004
#> SRR1437073 1 0.2179 0.74863 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR1473124 3 0.4465 0.69382 0.148 0.084 0.764 0.004 0.000
#> SRR1469279 3 0.4954 0.41310 0.380 0.016 0.592 0.012 0.000
#> SRR1091791 4 0.1831 0.65090 0.000 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR1341539 2 0.6637 0.35137 0.000 0.488 0.004 0.260 0.248
#> SRR1446354 3 0.2291 0.73426 0.072 0.012 0.908 0.000 0.008
#> SRR1415420 1 0.0833 0.81560 0.976 0.004 0.016 0.000 0.004
#> SRR1368050 1 0.3160 0.64417 0.808 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR656970 2 0.4430 0.42931 0.000 0.708 0.000 0.036 0.256
#> SRR1473403 4 0.5040 0.50440 0.000 0.236 0.000 0.680 0.084
#> SRR1084674 3 0.3923 0.69893 0.080 0.064 0.832 0.004 0.020
#> SRR1464702 1 0.4747 -0.12317 0.500 0.000 0.484 0.000 0.016
#> SRR1074860 4 0.1626 0.62826 0.000 0.044 0.016 0.940 0.000
#> SRR655447 4 0.3754 0.63297 0.000 0.100 0.000 0.816 0.084
#> SRR1404442 5 0.4981 0.46956 0.000 0.188 0.000 0.108 0.704
#> SRR1418795 1 0.0324 0.81739 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.3231 0.50610 0.000 0.004 0.000 0.196 0.800
#> SRR1489589 5 0.4723 -0.19074 0.000 0.448 0.000 0.016 0.536
#> SRR1378284 2 0.7994 0.08444 0.012 0.380 0.216 0.332 0.060
#> SRR1408014 5 0.5905 -0.00104 0.000 0.292 0.000 0.136 0.572
#> SRR1083052 1 0.5090 -0.09313 0.512 0.012 0.460 0.000 0.016
#> SRR1339236 5 0.6135 -0.11871 0.000 0.360 0.060 0.036 0.544
#> SRR1323829 2 0.4666 0.41842 0.000 0.676 0.000 0.040 0.284
#> SRR1086772 4 0.5962 0.43506 0.000 0.248 0.000 0.584 0.168
#> SRR1486457 3 0.6033 0.50683 0.028 0.184 0.684 0.032 0.072
#> SRR1415257 2 0.6156 0.41277 0.000 0.560 0.000 0.224 0.216
#> SRR1071905 3 0.2069 0.73603 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> SRR659223 2 0.4550 0.42043 0.000 0.688 0.000 0.036 0.276
#> SRR1386945 3 0.2020 0.73499 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR821498 5 0.6238 0.40383 0.000 0.096 0.028 0.300 0.576
#> SRR1378903 4 0.0510 0.64397 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1472907 3 0.6723 0.41471 0.332 0.088 0.536 0.024 0.020
#> SRR1442313 5 0.6608 0.11427 0.000 0.244 0.000 0.300 0.456
#> SRR1077139 2 0.4969 0.40971 0.000 0.652 0.000 0.056 0.292
#> SRR1342758 1 0.0609 0.81546 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.6874 -0.00991 0.000 0.264 0.004 0.400 0.332
#> SRR1070738 1 0.4806 0.35592 0.640 0.028 0.328 0.000 0.004
#> SRR1476950 3 0.6112 0.27253 0.436 0.052 0.484 0.008 0.020
#> SRR1488196 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1498951 3 0.4378 0.62255 0.248 0.036 0.716 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0324 0.81739 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR657528 5 0.5272 -0.15580 0.000 0.396 0.000 0.052 0.552
#> SRR812198 1 0.0609 0.81546 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.4541 0.49705 0.000 0.136 0.000 0.112 0.752
#> SRR1420936 1 0.0324 0.81777 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.6141 0.40928 0.000 0.244 0.000 0.560 0.196
#> SRR1322249 3 0.7174 0.52273 0.200 0.160 0.572 0.016 0.052
#> SRR1396682 1 0.0404 0.81774 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.1043 0.63433 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1081023 1 0.0566 0.81526 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5906 0.09030 0.000 0.104 0.000 0.492 0.404
#> SRR811285 2 0.4906 0.46150 0.000 0.692 0.000 0.232 0.076
#> SRR657018 1 0.0451 0.81786 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1090791 2 0.4689 0.31239 0.000 0.560 0.000 0.016 0.424
#> SRR1439915 5 0.4743 -0.21388 0.000 0.472 0.000 0.016 0.512
#> SRR1391575 4 0.4979 0.45601 0.000 0.072 0.008 0.708 0.212
#> SRR1314092 5 0.4206 0.47639 0.000 0.020 0.000 0.272 0.708
#> SRR1328941 3 0.3443 0.72717 0.076 0.060 0.852 0.000 0.012
#> SRR1336181 5 0.6507 0.19982 0.000 0.244 0.000 0.268 0.488
#> SRR1362972 1 0.5803 0.02391 0.532 0.028 0.408 0.016 0.016
#> SRR1366790 5 0.3205 0.50363 0.000 0.004 0.004 0.176 0.816
#> SRR1455902 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1437644 5 0.7653 0.17769 0.000 0.184 0.080 0.288 0.448
#> SRR1105009 5 0.3064 0.52197 0.000 0.036 0.000 0.108 0.856
#> SRR1367024 3 0.2069 0.73657 0.076 0.012 0.912 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.3752 0.46379 0.000 0.044 0.004 0.140 0.812
#> SRR1409620 1 0.0451 0.81814 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.6120 0.38092 0.000 0.240 0.000 0.196 0.564
#> SRR1339431 1 0.5959 -0.02416 0.512 0.036 0.420 0.016 0.016
#> SRR1378948 5 0.7949 0.16668 0.000 0.184 0.176 0.176 0.464
#> SRR1469237 1 0.0566 0.81556 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.2077 0.64313 0.000 0.008 0.000 0.908 0.084
#> SRR1406224 5 0.6590 -0.07942 0.000 0.248 0.000 0.288 0.464
#> SRR1393026 3 0.2723 0.72664 0.124 0.000 0.864 0.000 0.012
#> SRR808428 5 0.5414 0.45673 0.000 0.140 0.000 0.200 0.660
#> SRR615910 2 0.4989 0.31951 0.000 0.552 0.000 0.032 0.416
#> SRR1076219 3 0.6309 0.27903 0.424 0.048 0.488 0.024 0.016
#> SRR1481128 1 0.0324 0.81739 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.5028 0.34104 0.000 0.564 0.000 0.036 0.400
#> SRR1407648 4 0.1082 0.65339 0.000 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1386775 4 0.6068 0.41596 0.000 0.152 0.108 0.672 0.068
#> SRR1388399 4 0.7087 0.00590 0.000 0.352 0.116 0.472 0.060
#> SRR1361499 4 0.3115 0.63623 0.000 0.036 0.000 0.852 0.112
#> SRR1500709 4 0.6438 0.29632 0.000 0.208 0.004 0.528 0.260
#> SRR1335917 1 0.0671 0.81440 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.4731 -0.23795 0.000 0.456 0.000 0.016 0.528
#> SRR1335212 3 0.5692 0.47061 0.320 0.036 0.612 0.012 0.020
#> SRR1400159 5 0.5405 0.35431 0.000 0.104 0.100 0.064 0.732
#> SRR1457245 5 0.5961 0.43225 0.000 0.160 0.000 0.260 0.580
#> SRR1356746 5 0.6080 0.38879 0.000 0.228 0.000 0.200 0.572
#> SRR658319 5 0.2605 0.52091 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1435946 1 0.0566 0.81754 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.4713 0.05525 0.544 0.000 0.440 0.000 0.016
#> SRR1100893 1 0.0290 0.81812 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2077 0.73726 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> SRR1381799 5 0.5757 0.45056 0.000 0.104 0.008 0.272 0.616
#> SRR1310158 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1341100 4 0.3701 0.62222 0.000 0.112 0.004 0.824 0.060
#> SRR1342873 3 0.6150 0.25175 0.432 0.048 0.488 0.020 0.012
#> SRR1472102 4 0.4976 -0.24394 0.000 0.468 0.000 0.504 0.028
#> SRR1409421 3 0.5866 0.31650 0.416 0.044 0.516 0.020 0.004
#> SRR1328577 4 0.4558 0.59338 0.000 0.168 0.000 0.744 0.088
#> SRR808942 5 0.3343 0.51303 0.000 0.016 0.000 0.172 0.812
#> SRR1343818 4 0.4982 0.55318 0.000 0.200 0.000 0.700 0.100
#> SRR1472415 5 0.6491 0.30020 0.000 0.244 0.000 0.264 0.492
#> SRR658409 4 0.1282 0.63227 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR1469681 1 0.0404 0.81460 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 5 0.6247 -0.29484 0.000 0.420 0.000 0.144 0.436
#> SRR1417894 3 0.2228 0.73407 0.068 0.012 0.912 0.000 0.008
#> SRR1417422 5 0.5069 0.08537 0.000 0.328 0.000 0.052 0.620
#> SRR1090674 1 0.0579 0.81566 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.3025 0.56599 0.000 0.052 0.000 0.080 0.856 0.012
#> SRR1076441 1 0.5398 0.42357 0.540 0.004 0.112 0.000 0.000 0.344
#> SRR1489803 2 0.4979 0.32089 0.000 0.556 0.000 0.064 0.376 0.004
#> SRR1345953 4 0.3847 0.21263 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1357826 5 0.1542 0.58018 0.000 0.052 0.000 0.004 0.936 0.008
#> SRR1419656 6 0.6349 -0.11407 0.256 0.012 0.364 0.000 0.000 0.368
#> SRR1454158 5 0.6122 0.21172 0.000 0.308 0.000 0.192 0.484 0.016
#> SRR1475408 2 0.7240 0.19865 0.000 0.432 0.000 0.204 0.224 0.140
#> SRR1472704 5 0.0363 0.59784 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1090046 3 0.8108 -0.01562 0.008 0.060 0.408 0.112 0.148 0.264
#> SRR1312822 1 0.1245 0.77518 0.952 0.016 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1096987 4 0.2562 0.57929 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1334587 2 0.6570 0.19035 0.000 0.400 0.000 0.348 0.220 0.032
#> SRR1490246 1 0.2264 0.75875 0.888 0.012 0.004 0.000 0.000 0.096
#> SRR1467522 1 0.5487 0.42054 0.532 0.000 0.148 0.000 0.000 0.320
#> SRR1324206 1 0.4449 0.61574 0.712 0.000 0.124 0.000 0.000 0.164
#> SRR1408574 4 0.4693 0.06501 0.000 0.392 0.000 0.564 0.004 0.040
#> SRR1083959 5 0.2213 0.58997 0.000 0.048 0.000 0.044 0.904 0.004
#> SRR1079948 4 0.1714 0.61499 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1310667 2 0.4912 0.31955 0.000 0.568 0.000 0.060 0.368 0.004
#> SRR655852 4 0.3996 0.37351 0.000 0.000 0.008 0.636 0.352 0.004
#> SRR1352457 5 0.5392 -0.20917 0.000 0.416 0.000 0.048 0.504 0.032
#> SRR1353994 4 0.3851 0.20681 0.000 0.000 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR1459561 5 0.5214 -0.26530 0.000 0.452 0.000 0.060 0.476 0.012
#> SRR1454009 3 0.3806 0.64432 0.048 0.000 0.752 0.000 0.000 0.200
#> SRR1071084 3 0.1218 0.67535 0.028 0.004 0.956 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082859 5 0.3709 0.54351 0.000 0.100 0.000 0.076 0.808 0.016
#> SRR1086538 1 0.4526 0.62323 0.708 0.004 0.100 0.000 0.000 0.188
#> SRR1486262 4 0.1556 0.61471 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR658105 1 0.1036 0.77644 0.964 0.008 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR811073 5 0.3547 0.41829 0.000 0.004 0.000 0.300 0.696 0.000
#> SRR1429181 4 0.4407 0.40561 0.000 0.184 0.004 0.720 0.092 0.000
#> SRR1327896 4 0.1556 0.61471 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1464788 2 0.6521 0.17774 0.000 0.404 0.000 0.360 0.204 0.032
#> SRR1346861 5 0.1080 0.60116 0.000 0.004 0.000 0.032 0.960 0.004
#> SRR1318774 5 0.3817 0.04701 0.000 0.000 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR1420517 6 0.6456 0.01516 0.128 0.072 0.228 0.004 0.004 0.564
#> SRR1369584 5 0.5301 -0.25392 0.000 0.444 0.000 0.068 0.476 0.012
#> SRR1443244 4 0.5335 0.42369 0.000 0.044 0.004 0.656 0.068 0.228
#> SRR1455391 3 0.5760 0.35358 0.224 0.000 0.508 0.000 0.000 0.268
#> SRR1068999 1 0.5732 0.24730 0.448 0.004 0.144 0.000 0.000 0.404
#> SRR1481297 3 0.6281 0.06299 0.268 0.008 0.388 0.000 0.000 0.336
#> SRR1070208 1 0.6687 0.16470 0.412 0.012 0.184 0.020 0.004 0.368
#> SRR1317282 3 0.3370 0.66924 0.064 0.000 0.812 0.000 0.000 0.124
#> SRR1096125 4 0.1863 0.61020 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1472506 6 0.6458 0.30313 0.000 0.212 0.028 0.328 0.000 0.432
#> SRR1388281 4 0.3833 0.24339 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1365622 4 0.4751 0.07393 0.000 0.400 0.000 0.556 0.008 0.036
#> SRR662306 3 0.3123 0.67351 0.040 0.000 0.824 0.000 0.000 0.136
#> SRR662811 1 0.0603 0.78158 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR820571 6 0.5651 0.36429 0.000 0.240 0.016 0.140 0.004 0.600
#> SRR1357166 3 0.3755 0.64033 0.036 0.000 0.744 0.000 0.000 0.220
#> SRR1488586 6 0.7489 0.33870 0.024 0.180 0.048 0.288 0.020 0.440
#> SRR1485398 1 0.1003 0.77534 0.964 0.016 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1417725 2 0.7265 0.20710 0.000 0.420 0.000 0.200 0.244 0.136
#> SRR1409397 2 0.3652 0.42266 0.000 0.760 0.000 0.020 0.212 0.008
#> SRR1465693 2 0.5513 0.26699 0.000 0.480 0.000 0.068 0.428 0.024
#> SRR1096547 3 0.8455 -0.11946 0.004 0.104 0.332 0.104 0.164 0.292
#> SRR1456818 6 0.8182 0.30997 0.268 0.096 0.112 0.120 0.004 0.400
#> SRR816336 6 0.7669 0.28443 0.004 0.212 0.076 0.092 0.124 0.492
#> SRR1420238 1 0.1555 0.77633 0.932 0.004 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR1433374 3 0.0713 0.67257 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0551 0.78273 0.984 0.004 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR662378 1 0.5206 0.48147 0.588 0.000 0.128 0.000 0.000 0.284
#> SRR1477671 1 0.0692 0.78268 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1084079 4 0.5108 0.47775 0.000 0.036 0.004 0.684 0.072 0.204
#> SRR1102949 1 0.1088 0.77386 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1458090 1 0.1168 0.77489 0.956 0.016 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1418729 2 0.6790 0.06727 0.000 0.404 0.000 0.216 0.328 0.052
#> SRR1403814 4 0.1806 0.61540 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088 0.000
#> SRR1404887 4 0.5120 0.39187 0.000 0.044 0.004 0.672 0.052 0.228
#> SRR1434955 1 0.1138 0.77768 0.960 0.012 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1360652 1 0.6537 0.37972 0.532 0.032 0.124 0.032 0.000 0.280
#> SRR1356765 4 0.5699 -0.07475 0.000 0.404 0.000 0.476 0.104 0.016
#> SRR1078258 5 0.4033 0.24180 0.000 0.004 0.000 0.404 0.588 0.004
#> SRR1455861 1 0.0820 0.78139 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420296 2 0.5500 0.27965 0.000 0.496 0.000 0.068 0.412 0.024
#> SRR1070260 5 0.1082 0.60130 0.000 0.000 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR1410765 1 0.3883 0.62646 0.728 0.004 0.028 0.000 0.000 0.240
#> SRR1481315 6 0.7502 0.39438 0.156 0.048 0.068 0.304 0.000 0.424
#> SRR1414661 5 0.2491 0.56966 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1359147 4 0.3586 0.50583 0.000 0.000 0.004 0.712 0.280 0.004
#> SRR1488694 4 0.5147 -0.14539 0.000 0.044 0.020 0.512 0.000 0.424
#> SRR1477273 3 0.0858 0.67220 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.6160 0.44669 0.036 0.092 0.584 0.028 0.000 0.260
#> SRR1369088 2 0.7523 0.12915 0.000 0.404 0.020 0.292 0.104 0.180
#> SRR1406621 4 0.5583 0.02827 0.000 0.400 0.000 0.504 0.036 0.060
#> SRR1401017 2 0.3836 0.43048 0.000 0.764 0.000 0.040 0.188 0.008
#> SRR1099981 4 0.5663 -0.01384 0.000 0.404 0.000 0.492 0.072 0.032
#> SRR815208 5 0.1036 0.59355 0.000 0.024 0.000 0.008 0.964 0.004
#> SRR1380460 5 0.4399 0.02515 0.000 0.000 0.000 0.460 0.516 0.024
#> SRR1091097 4 0.3446 0.43046 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1456010 3 0.6336 0.15436 0.236 0.024 0.476 0.000 0.000 0.264
#> SRR1498416 4 0.3727 0.32666 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR818873 2 0.3539 0.42342 0.000 0.768 0.000 0.016 0.208 0.008
#> SRR813868 5 0.6469 -0.07327 0.000 0.340 0.000 0.184 0.440 0.036
#> SRR1394912 1 0.0291 0.78197 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.1867 0.60049 0.000 0.020 0.000 0.916 0.064 0.000
#> SRR1459866 1 0.1398 0.76442 0.940 0.000 0.008 0.000 0.000 0.052
#> SRR1364871 4 0.6739 -0.09424 0.000 0.056 0.008 0.420 0.140 0.376
#> SRR1100472 5 0.3668 0.29599 0.000 0.004 0.000 0.328 0.668 0.000
#> SRR1331267 6 0.6672 0.32939 0.156 0.044 0.008 0.356 0.000 0.436
#> SRR1068977 2 0.6433 0.14730 0.000 0.400 0.000 0.388 0.180 0.032
#> SRR1391511 5 0.4370 0.48657 0.000 0.160 0.000 0.088 0.740 0.012
#> SRR1077920 5 0.3517 0.54812 0.000 0.096 0.000 0.072 0.820 0.012
#> SRR1457705 3 0.5002 0.46924 0.228 0.000 0.636 0.000 0.000 0.136
#> SRR1437073 1 0.2480 0.72448 0.872 0.000 0.024 0.000 0.000 0.104
#> SRR1473124 3 0.6145 0.30589 0.140 0.036 0.512 0.000 0.000 0.312
#> SRR1469279 3 0.4602 0.56456 0.160 0.000 0.696 0.000 0.000 0.144
#> SRR1091791 4 0.2500 0.61131 0.000 0.012 0.004 0.868 0.116 0.000
#> SRR1341539 2 0.4841 0.24855 0.000 0.608 0.000 0.332 0.012 0.048
#> SRR1446354 3 0.0713 0.67257 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.1194 0.77965 0.956 0.004 0.008 0.000 0.000 0.032
#> SRR1368050 1 0.3138 0.69803 0.832 0.000 0.060 0.000 0.000 0.108
#> SRR656970 5 0.5495 -0.26847 0.000 0.440 0.000 0.060 0.472 0.028
#> SRR1473403 4 0.4095 0.00886 0.000 0.008 0.000 0.512 0.480 0.000
#> SRR1084674 3 0.5213 0.57155 0.032 0.048 0.676 0.020 0.000 0.224
#> SRR1464702 1 0.5783 0.30682 0.500 0.000 0.280 0.000 0.000 0.220
#> SRR1074860 4 0.3571 0.59325 0.000 0.012 0.000 0.816 0.076 0.096
#> SRR655447 4 0.3706 0.33484 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380 0.000
#> SRR1404442 5 0.1364 0.58219 0.000 0.048 0.000 0.004 0.944 0.004
#> SRR1418795 1 0.0508 0.78313 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1458335 2 0.6501 0.04839 0.000 0.380 0.000 0.268 0.332 0.020
#> SRR1489589 2 0.4528 0.42685 0.000 0.740 0.000 0.080 0.152 0.028
#> SRR1378284 6 0.7981 0.42204 0.156 0.188 0.036 0.176 0.008 0.436
#> SRR1408014 2 0.6060 0.27878 0.000 0.484 0.000 0.260 0.248 0.008
#> SRR1083052 1 0.5508 0.37676 0.508 0.000 0.140 0.000 0.000 0.352
#> SRR1339236 2 0.5679 0.30691 0.000 0.672 0.008 0.096 0.092 0.132
#> SRR1323829 2 0.4648 0.23624 0.000 0.496 0.000 0.040 0.464 0.000
#> SRR1086772 5 0.3508 0.39033 0.000 0.004 0.000 0.292 0.704 0.000
#> SRR1486457 3 0.6579 0.39729 0.020 0.076 0.552 0.040 0.024 0.288
#> SRR1415257 2 0.6539 0.25680 0.000 0.440 0.000 0.316 0.208 0.036
#> SRR1071905 3 0.3709 0.64634 0.040 0.000 0.756 0.000 0.000 0.204
#> SRR659223 5 0.4405 -0.23449 0.000 0.472 0.000 0.000 0.504 0.024
#> SRR1386945 3 0.2474 0.67857 0.040 0.000 0.880 0.000 0.000 0.080
#> SRR821498 2 0.7024 0.08585 0.000 0.416 0.004 0.228 0.288 0.064
#> SRR1378903 4 0.2686 0.61276 0.000 0.012 0.000 0.876 0.080 0.032
#> SRR1472907 6 0.6368 -0.13249 0.216 0.012 0.376 0.000 0.004 0.392
#> SRR1442313 5 0.1075 0.59784 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1077139 2 0.5153 0.22598 0.000 0.460 0.000 0.084 0.456 0.000
#> SRR1342758 1 0.0405 0.78331 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR656911 5 0.6481 0.04988 0.000 0.240 0.000 0.248 0.476 0.036
#> SRR1070738 1 0.5266 0.45027 0.560 0.004 0.100 0.000 0.000 0.336
#> SRR1476950 1 0.5750 0.26640 0.448 0.000 0.172 0.000 0.000 0.380
#> SRR1488196 3 0.1003 0.67375 0.028 0.004 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498951 3 0.5964 0.29330 0.216 0.012 0.524 0.000 0.000 0.248
#> SRR1413392 1 0.0146 0.78263 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.4715 0.44130 0.000 0.736 0.000 0.112 0.112 0.040
#> SRR812198 1 0.0363 0.78079 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.1672 0.58564 0.000 0.048 0.000 0.016 0.932 0.004
#> SRR1420936 1 0.0508 0.78323 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.3215 0.44674 0.000 0.004 0.000 0.240 0.756 0.000
#> SRR1322249 1 0.7436 0.15309 0.444 0.072 0.228 0.032 0.000 0.224
#> SRR1396682 1 0.0146 0.78173 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.2908 0.60994 0.000 0.012 0.000 0.864 0.076 0.048
#> SRR1081023 1 0.1088 0.77386 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1092517 5 0.3899 0.17309 0.000 0.004 0.000 0.404 0.592 0.000
#> SRR811285 2 0.6443 0.24689 0.000 0.416 0.000 0.184 0.368 0.032
#> SRR657018 1 0.0922 0.78213 0.968 0.004 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1365534 3 0.0713 0.67257 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.5423 0.26837 0.000 0.488 0.000 0.060 0.428 0.024
#> SRR1439915 2 0.3703 0.43698 0.000 0.796 0.000 0.064 0.132 0.008
#> SRR1391575 4 0.6075 0.39622 0.000 0.032 0.004 0.572 0.216 0.176
#> SRR1314092 2 0.6520 0.04690 0.000 0.364 0.000 0.340 0.276 0.020
#> SRR1328941 3 0.4065 0.60953 0.064 0.044 0.792 0.000 0.000 0.100
#> SRR1336181 5 0.0603 0.59834 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1362972 1 0.5641 0.37383 0.512 0.004 0.144 0.000 0.000 0.340
#> SRR1366790 2 0.6487 0.12569 0.000 0.400 0.000 0.280 0.300 0.020
#> SRR1455902 3 0.0858 0.67220 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 6 0.7720 0.07441 0.000 0.224 0.012 0.280 0.136 0.348
#> SRR1105009 5 0.3383 0.56188 0.000 0.104 0.000 0.056 0.828 0.012
#> SRR1367024 3 0.2173 0.67833 0.028 0.004 0.904 0.000 0.000 0.064
#> SRR660248 2 0.6843 0.19705 0.000 0.420 0.000 0.216 0.304 0.060
#> SRR1409620 1 0.0146 0.78263 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.1924 0.59916 0.000 0.028 0.000 0.048 0.920 0.004
#> SRR1339431 1 0.5748 0.34022 0.496 0.004 0.160 0.000 0.000 0.340
#> SRR1378948 6 0.8176 0.30516 0.000 0.120 0.144 0.176 0.128 0.432
#> SRR1469237 1 0.0291 0.78187 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.3847 0.21263 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR1406224 2 0.5536 0.16043 0.000 0.452 0.000 0.452 0.076 0.020
#> SRR1393026 3 0.4700 0.57911 0.084 0.000 0.648 0.000 0.000 0.268
#> SRR808428 5 0.2344 0.59277 0.000 0.052 0.000 0.048 0.896 0.004
#> SRR615910 2 0.5934 0.26390 0.000 0.464 0.000 0.108 0.400 0.028
#> SRR1076219 6 0.6004 -0.00922 0.300 0.004 0.228 0.000 0.000 0.468
#> SRR1481128 1 0.0146 0.78263 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.5426 0.26400 0.000 0.484 0.000 0.060 0.432 0.024
#> SRR1407648 4 0.1910 0.60697 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1386775 4 0.5377 -0.13486 0.000 0.056 0.012 0.500 0.008 0.424
#> SRR1388399 6 0.6618 0.25490 0.000 0.184 0.020 0.348 0.016 0.432
#> SRR1361499 5 0.3991 -0.05260 0.000 0.004 0.000 0.472 0.524 0.000
#> SRR1500709 4 0.4397 0.43947 0.000 0.016 0.000 0.664 0.296 0.024
#> SRR1335917 1 0.1493 0.76072 0.936 0.004 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR1430615 2 0.5071 0.34465 0.000 0.584 0.000 0.072 0.336 0.008
#> SRR1335212 3 0.6962 0.25002 0.284 0.032 0.432 0.020 0.000 0.232
#> SRR1400159 2 0.7485 0.03494 0.000 0.436 0.020 0.104 0.208 0.232
#> SRR1457245 5 0.3156 0.56680 0.000 0.020 0.000 0.180 0.800 0.000
#> SRR1356746 5 0.2333 0.59820 0.000 0.040 0.000 0.060 0.896 0.004
#> SRR658319 5 0.5624 0.35827 0.000 0.236 0.000 0.168 0.584 0.012
#> SRR1435946 1 0.0291 0.78197 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.5590 0.40650 0.548 0.000 0.220 0.000 0.000 0.232
#> SRR1100893 1 0.0146 0.78263 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3912 0.63866 0.044 0.000 0.732 0.000 0.000 0.224
#> SRR1381799 5 0.5040 0.47351 0.000 0.156 0.000 0.172 0.664 0.008
#> SRR1310158 3 0.0858 0.67220 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.3722 0.52059 0.000 0.044 0.004 0.824 0.048 0.080
#> SRR1342873 6 0.6008 -0.01385 0.284 0.004 0.240 0.000 0.000 0.472
#> SRR1472102 2 0.6359 0.15718 0.000 0.404 0.000 0.400 0.164 0.032
#> SRR1409421 6 0.6184 -0.08757 0.280 0.004 0.312 0.000 0.000 0.404
#> SRR1328577 4 0.3847 0.23007 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456 0.000
#> SRR808942 5 0.5797 0.30989 0.000 0.268 0.000 0.160 0.556 0.016
#> SRR1343818 4 0.3774 0.30356 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408 0.000
#> SRR1472415 5 0.2056 0.59062 0.000 0.012 0.000 0.080 0.904 0.004
#> SRR658409 4 0.3205 0.60542 0.000 0.012 0.000 0.844 0.080 0.064
#> SRR1469681 1 0.1088 0.77386 0.960 0.016 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1075484 2 0.5723 0.38400 0.000 0.568 0.000 0.264 0.152 0.016
#> SRR1417894 3 0.0858 0.67220 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.4791 0.36774 0.000 0.664 0.000 0.080 0.248 0.008
#> SRR1090674 1 0.0748 0.77956 0.976 0.004 0.004 0.000 0.000 0.016
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.5012 0.499 0.499
#> 3 3 0.949 0.938 0.974 0.2561 0.844 0.695
#> 4 4 0.783 0.788 0.837 0.1244 0.852 0.618
#> 5 5 0.785 0.823 0.895 0.0679 0.937 0.771
#> 6 6 0.947 0.877 0.944 0.0479 0.960 0.828
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.3114 0.94083 0.944 0.056
#> SRR1455391 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.7056 0.76688 0.808 0.192
#> SRR1388281 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.6148 0.82458 0.848 0.152
#> SRR1357166 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.3584 0.92790 0.932 0.068
#> SRR1456818 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 1.0000 0.00201 0.496 0.504
#> SRR1102949 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.3114 0.94083 0.944 0.056
#> SRR1434955 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.7299 0.73965 0.204 0.796
#> SRR1406621 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.1414 0.97377 0.020 0.980
#> SRR1100472 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.1414 0.97591 0.980 0.020
#> SRR1105009 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.3114 0.94077 0.944 0.056
#> SRR1469237 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0376 0.98972 0.004 0.996
#> SRR1342873 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.99357 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.99408 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 3 0.4291 0.7893 0.000 0.180 0.820
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.1411 0.9536 0.964 0.000 0.036
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.2066 0.9123 0.940 0.060 0.000
#> SRR1455391 1 0.0424 0.9811 0.992 0.000 0.008
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070208 1 0.2448 0.9104 0.924 0.000 0.076
#> SRR1317282 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.2796 0.8703 0.000 0.092 0.908
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.2448 0.8834 0.000 0.076 0.924
#> SRR1357166 3 0.3879 0.8178 0.152 0.000 0.848
#> SRR1488586 1 0.0237 0.9844 0.996 0.000 0.004
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.3551 0.8313 0.000 0.868 0.132
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.3340 0.8460 0.120 0.880 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0424 0.9705 0.000 0.992 0.008
#> SRR1403814 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 1 0.1411 0.9444 0.964 0.036 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415792 1 0.6140 0.2740 0.596 0.000 0.404
#> SRR1369088 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.6291 0.0654 0.000 0.532 0.468
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 2 0.0237 0.9742 0.000 0.996 0.004
#> SRR813868 2 0.1964 0.9219 0.000 0.944 0.056
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.6252 0.1561 0.000 0.556 0.444
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0237 0.9844 0.996 0.000 0.004
#> SRR656970 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.0747 0.9270 0.016 0.000 0.984
#> SRR1464702 1 0.0592 0.9777 0.988 0.000 0.012
#> SRR1074860 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.5254 0.6219 0.000 0.736 0.264
#> SRR1489589 3 0.5497 0.6145 0.000 0.292 0.708
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.1643 0.9093 0.044 0.000 0.956
#> SRR659223 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR821498 2 0.4702 0.7136 0.000 0.788 0.212
#> SRR1378903 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.2261 0.9199 0.932 0.000 0.068
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.6295 0.0518 0.000 0.528 0.472
#> SRR812198 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 3 0.4654 0.7537 0.000 0.208 0.792
#> SRR1391575 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 3 0.6291 0.1560 0.000 0.468 0.532
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437644 3 0.4555 0.7647 0.000 0.200 0.800
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR660248 3 0.4605 0.7593 0.000 0.204 0.796
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.3340 0.8500 0.120 0.000 0.880
#> SRR808428 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 3 0.3482 0.8428 0.128 0.000 0.872
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.0237 0.9832 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.4555 0.7596 0.200 0.000 0.800
#> SRR1400159 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0237 0.9844 0.996 0.000 0.004
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3412 0.8462 0.124 0.000 0.876
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342873 3 0.4346 0.7806 0.184 0.000 0.816
#> SRR1472102 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409421 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.9778 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9357 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417422 2 0.0892 0.9590 0.000 0.980 0.020
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9873 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1357826 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1419656 3 0.4898 0.7101 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1454158 4 0.4994 0.9070 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1475408 3 0.2494 0.8357 0.000 0.036 0.916 0.048
#> SRR1472704 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1090046 1 0.4933 0.2693 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1334587 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1079948 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1310667 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1352457 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1459561 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR658105 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1429181 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1464788 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1318774 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1420517 3 0.4996 0.6762 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1369584 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.6143 0.0612 0.496 0.048 0.000 0.456
#> SRR1455391 1 0.4972 0.2043 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1068999 1 0.4543 0.6181 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1481297 3 0.4898 0.7105 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1070208 1 0.3172 0.7674 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1472506 3 0.4999 0.6658 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1388281 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1365622 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.6741 -0.3804 0.000 0.424 0.092 0.484
#> SRR1357166 3 0.1716 0.8283 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1488586 1 0.7489 0.4420 0.528 0.248 0.004 0.220
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0336 0.8616 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409397 2 0.4955 0.0758 0.000 0.556 0.444 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.4624 0.7438 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4985 0.8903 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.2928 0.3156 0.000 0.108 0.012 0.880
#> SRR1403814 4 0.4994 0.9069 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1404887 1 0.4485 0.7021 0.796 0.052 0.000 0.152
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078258 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1359147 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.5558 0.1301 0.432 0.020 0.548 0.000
#> SRR1369088 2 0.0469 0.7947 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.4382 0.4606 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815208 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1380460 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1091097 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1456010 3 0.4907 0.7107 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1498416 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR818873 2 0.1474 0.7546 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR813868 4 0.7430 0.5065 0.000 0.260 0.228 0.512
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.4624 -0.4946 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1459866 1 0.3024 0.8300 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1364871 4 0.6490 0.0789 0.000 0.156 0.204 0.640
#> SRR1100472 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0921 0.7814 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1391511 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1077920 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1457705 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.1867 0.8851 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1473124 3 0.4697 0.7373 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1469279 3 0.0817 0.8617 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1091791 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1341539 2 0.3569 0.6093 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1446354 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0336 0.9205 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368050 1 0.2401 0.8699 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR656970 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1084674 3 0.0469 0.8597 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1464702 1 0.4331 0.5929 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1074860 4 0.5503 0.8861 0.016 0.468 0.000 0.516
#> SRR655447 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1404442 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.5696 0.8764 0.000 0.484 0.024 0.492
#> SRR1489589 2 0.4989 -0.0167 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1378284 2 0.4994 -0.1193 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.4992 -0.0301 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1486457 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0336 0.8630 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821498 4 0.1716 0.2789 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1378903 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1472907 3 0.4925 0.7052 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1442313 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1077139 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.1302 0.9018 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR656911 4 0.7353 0.5620 0.000 0.288 0.196 0.516
#> SRR1070738 1 0.2760 0.8343 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1476950 1 0.6756 0.4598 0.612 0.000 0.200 0.188
#> SRR1488196 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.3024 0.8253 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0336 0.7982 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR811285 2 0.0188 0.8013 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657018 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.4933 0.1127 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1391575 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1314092 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1328941 3 0.1474 0.8550 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1336181 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1362972 1 0.2011 0.8739 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1366790 4 0.5503 0.8883 0.000 0.468 0.016 0.516
#> SRR1455902 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.5947 -0.5403 0.000 0.044 0.384 0.572
#> SRR1105009 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1367024 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660248 3 0.5742 0.4151 0.000 0.052 0.648 0.300
#> SRR1409620 1 0.1637 0.8925 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1455807 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1339431 1 0.4454 0.6386 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1378948 3 0.4018 0.7927 0.000 0.004 0.772 0.224
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1406224 2 0.0188 0.7973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1393026 3 0.0469 0.8616 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR808428 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR615910 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 3 0.5294 0.6714 0.008 0.000 0.508 0.484
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1386775 1 0.2408 0.8733 0.920 0.036 0.000 0.044
#> SRR1388399 2 0.6850 0.0271 0.376 0.516 0.000 0.108
#> SRR1361499 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1500709 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.5714 0.6818 0.156 0.000 0.716 0.128
#> SRR1400159 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457245 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1356746 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR658319 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0921 0.9066 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0592 0.8597 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1381799 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1310158 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.4916 0.8234 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1342873 3 0.6471 0.6577 0.072 0.000 0.512 0.416
#> SRR1472102 2 0.1211 0.7704 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1409421 3 0.4941 0.7021 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1328577 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR808942 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1343818 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1472415 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR658409 4 0.4996 0.9122 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.8040 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.8653 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.5540 0.4416 0.000 0.728 0.108 0.164
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.3706 0.8979 0.000 0.792 0.020 0.004 0.184
#> SRR1345953 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357826 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1419656 4 0.3586 0.5746 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1454158 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475408 3 0.3691 0.6691 0.000 0.000 0.804 0.156 0.040
#> SRR1472704 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1090046 3 0.4182 0.4023 0.352 0.000 0.644 0.004 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.2124 0.8566 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1334587 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1083959 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.3300 0.9097 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR655852 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1353994 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.3300 0.9097 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1454009 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0162 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1082859 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1327896 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1346861 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1318774 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420517 4 0.2124 0.5889 0.000 0.096 0.004 0.900 0.000
#> SRR1369584 2 0.3300 0.9097 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1443244 5 0.2966 0.6975 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1455391 3 0.3336 0.5922 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1068999 4 0.4045 0.3589 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1481297 4 0.3661 0.5657 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1070208 1 0.0404 0.9205 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317282 3 0.0162 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096125 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 4 0.4557 0.5052 0.000 0.204 0.056 0.736 0.004
#> SRR1388281 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR662306 3 0.0162 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR662811 1 0.0162 0.9262 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.1282 0.6136 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1357166 3 0.1792 0.7898 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.6782 0.2677 0.228 0.352 0.004 0.416 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0290 0.8610 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1409397 2 0.3422 0.6994 0.000 0.792 0.200 0.004 0.004
#> SRR1465693 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1096547 3 0.0162 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 4 0.3999 0.4823 0.000 0.000 0.344 0.656 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 5 0.2929 0.7420 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4210 0.3342 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR1403814 5 0.2732 0.7723 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1404887 5 0.5585 0.0989 0.432 0.060 0.000 0.004 0.504
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1557 0.8847 0.940 0.052 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356765 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1078258 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1070260 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1359147 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3928 0.4891 0.296 0.004 0.700 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1406621 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1401017 2 0.3492 0.7173 0.000 0.796 0.188 0.000 0.016
#> SRR1099981 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR815208 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380460 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091097 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 4 0.3684 0.5608 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1498416 5 0.0162 0.9599 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR818873 2 0.3835 0.8749 0.000 0.796 0.048 0.000 0.156
#> SRR813868 5 0.2389 0.8199 0.000 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.3849 0.5774 0.000 0.232 0.000 0.016 0.752
#> SRR1459866 1 0.6519 0.1715 0.456 0.204 0.000 0.340 0.000
#> SRR1364871 4 0.4101 0.4290 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1100472 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0510 0.7275 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1391511 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1077920 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457705 3 0.0162 0.8614 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1437073 1 0.5117 0.6223 0.696 0.204 0.004 0.096 0.000
#> SRR1473124 4 0.4074 0.4496 0.000 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1469279 3 0.3074 0.6435 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1091791 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.3911 0.8617 0.000 0.796 0.000 0.060 0.144
#> SRR1446354 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.6158 0.4366 0.580 0.204 0.004 0.212 0.000
#> SRR656970 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1473403 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 3 0.0880 0.8435 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.4126 0.3479 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000
#> SRR1074860 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655447 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404442 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.1043 0.9234 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1489589 2 0.3300 0.6932 0.000 0.792 0.204 0.004 0.000
#> SRR1378284 2 0.3143 0.6431 0.204 0.796 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1083052 1 0.0162 0.9266 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339236 2 0.3143 0.6938 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.3300 0.9097 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1086772 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 3 0.0290 0.8600 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1415257 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1071905 3 0.1197 0.8300 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1386945 3 0.0162 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR821498 4 0.4249 0.2923 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1378903 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 4 0.3366 0.5905 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1442313 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1077139 2 0.3300 0.9097 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1342758 1 0.4238 0.7236 0.776 0.136 0.000 0.088 0.000
#> SRR656911 5 0.2179 0.8409 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1070738 1 0.3876 0.5107 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1476950 1 0.4306 0.0268 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.4138 0.2365 0.000 0.000 0.616 0.384 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR812198 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0324 0.9586 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0963 0.7539 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR657018 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1439915 2 0.3648 0.7163 0.000 0.792 0.188 0.004 0.016
#> SRR1391575 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 5 0.0963 0.9313 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1328941 3 0.0510 0.8561 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1336181 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1362972 1 0.3395 0.6582 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1366790 5 0.0880 0.9323 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1455902 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.5659 0.5026 0.000 0.000 0.116 0.604 0.280
#> SRR1105009 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1367024 3 0.0162 0.8622 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR660248 3 0.4425 0.1270 0.000 0.000 0.544 0.004 0.452
#> SRR1409620 1 0.5030 0.6217 0.696 0.200 0.000 0.104 0.000
#> SRR1455807 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1339431 4 0.4273 0.1322 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1378948 3 0.4568 0.6190 0.000 0.032 0.764 0.168 0.036
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.3530 0.9045 0.000 0.784 0.000 0.012 0.204
#> SRR1393026 3 0.1043 0.8390 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1076219 4 0.1074 0.6133 0.004 0.016 0.012 0.968 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1407648 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.2151 0.8709 0.924 0.016 0.000 0.040 0.020
#> SRR1388399 2 0.0000 0.7047 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.3300 0.9097 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1335212 3 0.6881 0.2145 0.016 0.204 0.472 0.308 0.000
#> SRR1400159 3 0.0510 0.8585 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1457245 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR658319 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0880 0.9011 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1197 0.8312 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 5 0.4522 0.6226 0.000 0.196 0.000 0.068 0.736
#> SRR1342873 4 0.4680 0.5835 0.132 0.000 0.128 0.740 0.000
#> SRR1472102 2 0.1043 0.7586 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1409421 4 0.3534 0.5796 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1328577 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808942 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343818 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 5 0.0162 0.9616 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR658409 5 0.0000 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3143 0.9115 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1417894 3 0.0000 0.8625 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.6577 0.3908 0.000 0.488 0.304 0.004 0.204
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9293 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0922 0.9719 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024 0.000
#> SRR1345953 5 0.0458 0.9684 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1357826 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1419656 6 0.0260 0.7329 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1454158 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1475408 6 0.4887 0.2825 0.000 0.016 0.380 0.004 0.028 0.572
#> SRR1472704 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090046 3 0.3290 0.6077 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.3789 0.2680 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1334587 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1490246 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0363 0.9646 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1083959 5 0.0146 0.9691 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079948 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1310667 2 0.0777 0.9738 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR655852 5 0.0865 0.9624 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1352457 2 0.0891 0.9726 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1353994 5 0.0713 0.9654 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1459561 2 0.0777 0.9738 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0363 0.9260 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1082859 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0458 0.9686 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1429181 2 0.0713 0.9727 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1327896 5 0.0363 0.9690 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1464788 2 0.0777 0.9743 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1346861 5 0.0260 0.9688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1318774 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420517 6 0.3706 0.3174 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1369584 2 0.0858 0.9710 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1443244 5 0.1480 0.9439 0.020 0.000 0.000 0.040 0.940 0.000
#> SRR1455391 3 0.0937 0.8977 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 6 0.0858 0.7265 0.028 0.004 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1481297 6 0.0858 0.7322 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000 0.968
#> SRR1070208 1 0.1285 0.9201 0.944 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1317282 3 0.0405 0.9263 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR1096125 5 0.0547 0.9679 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1472506 4 0.0291 0.7425 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1388281 5 0.0146 0.9691 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1365622 2 0.0777 0.9743 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR662306 3 0.0146 0.9274 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662811 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 6 0.1074 0.7261 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000 0.960
#> SRR1357166 3 0.0146 0.9266 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.0696 0.7446 0.004 0.004 0.004 0.980 0.000 0.008
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0436 0.9250 0.000 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1409397 2 0.0632 0.9558 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1096547 3 0.0291 0.9261 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456818 1 0.0146 0.9677 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 6 0.0820 0.7332 0.000 0.012 0.016 0.000 0.000 0.972
#> SRR1420238 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0146 0.9677 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0547 0.9584 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 5 0.2737 0.8204 0.000 0.004 0.000 0.160 0.832 0.004
#> SRR1102949 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 6 0.3950 0.2318 0.000 0.000 0.000 0.004 0.432 0.564
#> SRR1403814 5 0.3151 0.6830 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1404887 5 0.4544 0.5735 0.076 0.004 0.000 0.232 0.688 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.3727 0.3250 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.1257 0.9594 0.000 0.952 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR1078258 5 0.0713 0.9657 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1070260 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359147 5 0.0790 0.9640 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1488694 1 0.0547 0.9521 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.2883 0.6733 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0717 0.9713 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406621 2 0.0777 0.9743 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1401017 2 0.0713 0.9532 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR815208 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1380460 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091097 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1456010 6 0.1059 0.7325 0.000 0.016 0.016 0.004 0.000 0.964
#> SRR1498416 5 0.1151 0.9583 0.000 0.012 0.000 0.032 0.956 0.000
#> SRR818873 2 0.0692 0.9739 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR813868 5 0.2595 0.7733 0.000 0.000 0.160 0.004 0.836 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.3390 0.4797 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1459866 4 0.1334 0.7469 0.032 0.000 0.000 0.948 0.000 0.020
#> SRR1364871 6 0.1390 0.7223 0.000 0.016 0.000 0.004 0.032 0.948
#> SRR1100472 5 0.0632 0.9668 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1331267 1 0.0865 0.9352 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.3857 0.1756 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1391511 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1077920 5 0.0291 0.9668 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1457705 3 0.0820 0.9177 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012
#> SRR1437073 4 0.1398 0.7477 0.052 0.000 0.008 0.940 0.000 0.000
#> SRR1473124 6 0.1812 0.7105 0.000 0.008 0.080 0.000 0.000 0.912
#> SRR1469279 6 0.4224 0.2233 0.000 0.016 0.432 0.000 0.000 0.552
#> SRR1091791 5 0.0713 0.9654 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1341539 2 0.0692 0.9738 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0405 0.9646 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368050 4 0.1511 0.7492 0.044 0.000 0.012 0.940 0.000 0.004
#> SRR656970 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1473403 5 0.0790 0.9638 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1084674 3 0.0146 0.9266 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.3851 0.1157 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 5 0.0713 0.9657 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR655447 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1404442 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1418795 1 0.0146 0.9677 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.0632 0.9554 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1489589 2 0.0632 0.9558 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 2 0.0260 0.9559 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0935 0.9688 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1083052 1 0.0405 0.9636 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1339236 2 0.0363 0.9566 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0858 0.9710 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1086772 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1486457 3 0.2197 0.8621 0.000 0.044 0.900 0.000 0.000 0.056
#> SRR1415257 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1071905 3 0.0260 0.9252 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1386945 3 0.0363 0.9260 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR821498 6 0.3489 0.4181 0.000 0.000 0.000 0.004 0.288 0.708
#> SRR1378903 5 0.0790 0.9641 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1472907 6 0.0260 0.7329 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1442313 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1077139 2 0.0858 0.9710 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1342758 4 0.3887 0.3908 0.360 0.000 0.000 0.632 0.000 0.008
#> SRR656911 5 0.0858 0.9475 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR1070738 6 0.3547 0.4827 0.300 0.004 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1476950 6 0.3109 0.5584 0.224 0.004 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 6 0.2214 0.6914 0.000 0.016 0.096 0.000 0.000 0.888
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0260 0.9652 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420936 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0777 0.9515 0.000 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR1322249 1 0.0291 0.9658 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.0547 0.9677 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0865 0.9624 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR811285 2 0.0713 0.9558 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0146 0.9677 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0146 0.9274 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090791 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1439915 2 0.0777 0.9559 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR1391575 5 0.0865 0.9624 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1314092 5 0.0405 0.9690 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1328941 3 0.0363 0.9252 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336181 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362972 6 0.3807 0.3988 0.368 0.004 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1366790 5 0.0405 0.9682 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1455902 3 0.0146 0.9274 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437644 6 0.4782 0.0812 0.000 0.004 0.012 0.020 0.472 0.492
#> SRR1105009 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1367024 3 0.0405 0.9263 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000 0.008
#> SRR660248 3 0.3728 0.3637 0.000 0.000 0.652 0.004 0.344 0.000
#> SRR1409620 4 0.1858 0.7189 0.092 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004
#> SRR1455807 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1339431 6 0.3163 0.5635 0.232 0.004 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1378948 3 0.3643 0.7661 0.000 0.000 0.820 0.088 0.064 0.028
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9691 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0260 0.9691 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1406224 2 0.1088 0.9679 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1393026 3 0.0547 0.9176 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0146 0.9685 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615910 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1076219 6 0.1843 0.6983 0.004 0.004 0.000 0.080 0.000 0.912
#> SRR1481128 1 0.0291 0.9670 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359262 2 0.0632 0.9749 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1407648 5 0.0790 0.9641 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1386775 1 0.1829 0.8970 0.920 0.004 0.000 0.064 0.012 0.000
#> SRR1388399 2 0.0713 0.9558 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.0713 0.9659 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1500709 5 0.0260 0.9693 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1335917 1 0.0508 0.9617 0.984 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1430615 2 0.0777 0.9738 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1335212 4 0.1364 0.7296 0.004 0.000 0.048 0.944 0.000 0.004
#> SRR1400159 3 0.1080 0.9101 0.000 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR1457245 5 0.0260 0.9689 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1356746 5 0.0291 0.9668 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR658319 5 0.0000 0.9689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0547 0.9537 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0458 0.9206 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0146 0.9691 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.2178 0.6556 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1342873 6 0.0717 0.7326 0.008 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1472102 2 0.0713 0.9558 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1409421 6 0.0291 0.7319 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR1328577 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR808942 5 0.0000 0.9689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 5 0.0937 0.9605 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1472415 5 0.0260 0.9688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR658409 5 0.0363 0.9690 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1469681 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0547 0.9740 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 3 0.5347 0.4454 0.000 0.208 0.620 0.008 0.164 0.000
#> SRR1090674 1 0.0146 0.9686 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.884 0.919 0.962 0.4985 0.499 0.499
#> 3 3 0.676 0.609 0.778 0.2296 0.972 0.945
#> 4 4 0.706 0.701 0.824 0.1194 0.838 0.662
#> 5 5 0.721 0.732 0.817 0.0630 0.918 0.756
#> 6 6 0.724 0.685 0.814 0.0454 0.961 0.857
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0376 0.9488 0.004 0.996
#> SRR1475408 2 0.9983 0.1494 0.476 0.524
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.3584 0.9170 0.932 0.068
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.4298 0.8991 0.088 0.912
#> SRR1334587 2 0.0938 0.9480 0.012 0.988
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1414 0.9459 0.020 0.980
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.2236 0.9401 0.036 0.964
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.2236 0.9401 0.036 0.964
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.2423 0.9380 0.040 0.960
#> SRR658105 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.2043 0.9408 0.032 0.968
#> SRR1327896 2 0.2423 0.9380 0.040 0.960
#> SRR1464788 2 0.0672 0.9482 0.008 0.992
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.1184 0.9473 0.016 0.984
#> SRR1420517 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.7950 0.6827 0.760 0.240
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.4431 0.8908 0.908 0.092
#> SRR1096125 2 0.0376 0.9488 0.004 0.996
#> SRR1472506 1 0.3431 0.9207 0.936 0.064
#> SRR1388281 2 0.0376 0.9488 0.004 0.996
#> SRR1365622 2 0.3114 0.9223 0.056 0.944
#> SRR662306 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.2603 0.9390 0.956 0.044
#> SRR1357166 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.1414 0.9594 0.980 0.020
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.7883 0.7168 0.236 0.764
#> SRR1409397 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.6148 0.8195 0.848 0.152
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.2603 0.9390 0.956 0.044
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.9460 0.4102 0.636 0.364
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.1843 0.9434 0.028 0.972
#> SRR1403814 2 0.4562 0.8916 0.096 0.904
#> SRR1404887 1 0.6973 0.7670 0.812 0.188
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0376 0.9487 0.004 0.996
#> SRR1078258 2 0.1184 0.9474 0.016 0.984
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.1843 0.9526 0.972 0.028
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.2236 0.9401 0.036 0.964
#> SRR1488694 1 0.1843 0.9526 0.972 0.028
#> SRR1477273 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.9580 0.4303 0.380 0.620
#> SRR1406621 2 0.0938 0.9480 0.012 0.988
#> SRR1401017 2 0.1843 0.9421 0.028 0.972
#> SRR1099981 2 0.1414 0.9459 0.020 0.980
#> SRR815208 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.2043 0.9424 0.032 0.968
#> SRR1091097 2 0.2236 0.9401 0.036 0.964
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.1184 0.9473 0.016 0.984
#> SRR818873 2 0.2043 0.9409 0.032 0.968
#> SRR813868 2 0.3114 0.9266 0.056 0.944
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.6887 0.7892 0.184 0.816
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.5059 0.8700 0.888 0.112
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.5294 0.8598 0.880 0.120
#> SRR1068977 2 0.0938 0.9480 0.012 0.988
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.2236 0.9401 0.036 0.964
#> SRR1341539 2 0.1184 0.9471 0.016 0.984
#> SRR1446354 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0376 0.9488 0.004 0.996
#> SRR1084674 1 0.0672 0.9686 0.992 0.008
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.9998 0.0800 0.492 0.508
#> SRR655447 2 0.1184 0.9474 0.016 0.984
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.1843 0.9434 0.028 0.972
#> SRR1489589 2 0.0938 0.9474 0.012 0.988
#> SRR1378284 1 0.5946 0.8297 0.856 0.144
#> SRR1408014 2 0.0376 0.9489 0.004 0.996
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.9661 0.3914 0.392 0.608
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.6887 0.7723 0.816 0.184
#> SRR1415257 2 0.0672 0.9482 0.008 0.992
#> SRR1071905 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.2043 0.9419 0.032 0.968
#> SRR1378903 2 0.2423 0.9380 0.040 0.960
#> SRR1472907 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.5059 0.8751 0.112 0.888
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.2948 0.9282 0.052 0.948
#> SRR812198 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.2423 0.9380 0.040 0.960
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.1184 0.9474 0.016 0.984
#> SRR811285 2 0.0672 0.9486 0.008 0.992
#> SRR657018 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.2043 0.9409 0.032 0.968
#> SRR1391575 2 0.9996 0.0964 0.488 0.512
#> SRR1314092 2 0.1843 0.9434 0.028 0.972
#> SRR1328941 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.2236 0.9405 0.036 0.964
#> SRR1455902 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.9710 0.3000 0.600 0.400
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.7299 0.7654 0.204 0.796
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.9977 0.1687 0.472 0.528
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.4562 0.8901 0.096 0.904
#> SRR1393026 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.2423 0.9380 0.040 0.960
#> SRR1386775 1 0.5842 0.8348 0.860 0.140
#> SRR1388399 2 0.9286 0.5168 0.344 0.656
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.2043 0.9424 0.032 0.968
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.8608 0.6376 0.284 0.716
#> SRR1457245 2 0.0376 0.9488 0.004 0.996
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.1843 0.9434 0.028 0.972
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.2043 0.9419 0.032 0.968
#> SRR1310158 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.4815 0.8840 0.104 0.896
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0938 0.9480 0.012 0.988
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.1184 0.9474 0.016 0.984
#> SRR808942 2 0.2043 0.9419 0.032 0.968
#> SRR1343818 2 0.1184 0.9474 0.016 0.984
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.2423 0.9380 0.040 0.960
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.2043 0.9408 0.032 0.968
#> SRR1417894 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.9487 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9744 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.5431 0.5467 0.000 0.716 0.284
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.6260 0.2619 0.000 0.552 0.448
#> SRR1345953 2 0.5327 0.5505 0.000 0.728 0.272
#> SRR1357826 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1419656 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454158 2 0.5327 0.5554 0.000 0.728 0.272
#> SRR1475408 3 0.9919 0.6495 0.312 0.292 0.396
#> SRR1472704 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1090046 1 0.5285 0.7890 0.824 0.064 0.112
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.3967 0.4763 0.044 0.884 0.072
#> SRR1334587 2 0.6244 0.2284 0.000 0.560 0.440
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0237 0.9277 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.6476 0.1988 0.004 0.548 0.448
#> SRR1083959 2 0.5016 0.5594 0.000 0.760 0.240
#> SRR1079948 2 0.1163 0.5484 0.000 0.972 0.028
#> SRR1310667 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR655852 2 0.1289 0.5480 0.000 0.968 0.032
#> SRR1352457 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1353994 2 0.5327 0.5505 0.000 0.728 0.272
#> SRR1459561 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1454009 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1071084 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1082859 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1086538 1 0.0592 0.9258 0.988 0.000 0.012
#> SRR1486262 2 0.1860 0.5351 0.000 0.948 0.052
#> SRR658105 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.5397 0.5473 0.000 0.720 0.280
#> SRR1429181 2 0.5115 0.4684 0.004 0.768 0.228
#> SRR1327896 2 0.1860 0.5351 0.000 0.948 0.052
#> SRR1464788 2 0.6252 0.2424 0.000 0.556 0.444
#> SRR1346861 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1318774 2 0.2261 0.5646 0.000 0.932 0.068
#> SRR1420517 1 0.1289 0.9192 0.968 0.000 0.032
#> SRR1369584 2 0.6252 0.2604 0.000 0.556 0.444
#> SRR1443244 1 0.8770 0.2486 0.584 0.180 0.236
#> SRR1455391 1 0.1031 0.9226 0.976 0.000 0.024
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070208 1 0.0424 0.9269 0.992 0.000 0.008
#> SRR1317282 1 0.5848 0.6612 0.720 0.012 0.268
#> SRR1096125 2 0.5216 0.5527 0.000 0.740 0.260
#> SRR1472506 1 0.5473 0.7725 0.808 0.052 0.140
#> SRR1388281 2 0.4555 0.5663 0.000 0.800 0.200
#> SRR1365622 2 0.7382 0.1002 0.032 0.512 0.456
#> SRR662306 1 0.3192 0.8656 0.888 0.000 0.112
#> SRR662811 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.5111 0.7925 0.820 0.036 0.144
#> SRR1357166 1 0.1163 0.9212 0.972 0.000 0.028
#> SRR1488586 1 0.4342 0.8322 0.856 0.024 0.120
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.9262 -0.5249 0.156 0.436 0.408
#> SRR1409397 2 0.6260 0.2619 0.000 0.552 0.448
#> SRR1465693 2 0.6252 0.2604 0.000 0.556 0.444
#> SRR1096547 1 0.7245 0.5850 0.712 0.120 0.168
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.5111 0.7925 0.820 0.036 0.144
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0237 0.9277 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.9638 -0.2727 0.460 0.308 0.232
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.3340 0.5427 0.000 0.880 0.120
#> SRR1403814 2 0.4179 0.4578 0.052 0.876 0.072
#> SRR1404887 1 0.8153 0.4091 0.632 0.128 0.240
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.6225 0.2858 0.000 0.568 0.432
#> SRR1078258 2 0.2625 0.5669 0.000 0.916 0.084
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1070260 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4779 0.8031 0.840 0.036 0.124
#> SRR1414661 2 0.5397 0.5441 0.000 0.720 0.280
#> SRR1359147 2 0.1643 0.5415 0.000 0.956 0.044
#> SRR1488694 1 0.4779 0.8031 0.840 0.036 0.124
#> SRR1477273 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1415792 1 0.1289 0.9196 0.968 0.000 0.032
#> SRR1369088 3 0.8190 0.6170 0.156 0.204 0.640
#> SRR1406621 2 0.6244 0.2381 0.000 0.560 0.440
#> SRR1401017 2 0.6286 0.2047 0.000 0.536 0.464
#> SRR1099981 2 0.6468 0.2085 0.004 0.552 0.444
#> SRR815208 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1380460 2 0.3267 0.5072 0.000 0.884 0.116
#> SRR1091097 2 0.1163 0.5484 0.000 0.972 0.028
#> SRR1456010 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498416 2 0.2165 0.5644 0.000 0.936 0.064
#> SRR818873 2 0.6302 0.1698 0.000 0.520 0.480
#> SRR813868 2 0.5480 0.3535 0.004 0.732 0.264
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.8005 0.0538 0.128 0.648 0.224
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.6935 0.6344 0.724 0.088 0.188
#> SRR1100472 2 0.5327 0.5505 0.000 0.728 0.272
#> SRR1331267 1 0.7144 0.5944 0.700 0.080 0.220
#> SRR1068977 2 0.6267 0.2367 0.000 0.548 0.452
#> SRR1391511 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1077920 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1457705 1 0.0592 0.9256 0.988 0.000 0.012
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.1289 0.9192 0.968 0.000 0.032
#> SRR1469279 1 0.3192 0.8656 0.888 0.000 0.112
#> SRR1091791 2 0.1289 0.5459 0.000 0.968 0.032
#> SRR1341539 2 0.6460 0.2276 0.004 0.556 0.440
#> SRR1446354 1 0.1031 0.9226 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1473403 2 0.5216 0.5515 0.000 0.740 0.260
#> SRR1084674 1 0.2945 0.8839 0.908 0.004 0.088
#> SRR1464702 1 0.0592 0.9262 0.988 0.000 0.012
#> SRR1074860 2 0.9560 -0.4920 0.344 0.452 0.204
#> SRR655447 2 0.1031 0.5600 0.000 0.976 0.024
#> SRR1404442 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3340 0.5427 0.000 0.880 0.120
#> SRR1489589 2 0.6260 0.2304 0.000 0.552 0.448
#> SRR1378284 1 0.7022 0.5784 0.700 0.068 0.232
#> SRR1408014 2 0.6180 0.3060 0.000 0.584 0.416
#> SRR1083052 1 0.0424 0.9269 0.992 0.000 0.008
#> SRR1339236 3 0.9557 0.6564 0.248 0.268 0.484
#> SRR1323829 2 0.6235 0.2829 0.000 0.564 0.436
#> SRR1086772 2 0.5254 0.5537 0.000 0.736 0.264
#> SRR1486457 1 0.7391 0.5338 0.696 0.108 0.196
#> SRR1415257 2 0.6252 0.2424 0.000 0.556 0.444
#> SRR1071905 1 0.1031 0.9226 0.976 0.000 0.024
#> SRR659223 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1386945 1 0.2448 0.8957 0.924 0.000 0.076
#> SRR821498 2 0.3038 0.5363 0.000 0.896 0.104
#> SRR1378903 2 0.1860 0.5370 0.000 0.948 0.052
#> SRR1472907 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442313 2 0.5431 0.5466 0.000 0.716 0.284
#> SRR1077139 2 0.6244 0.2936 0.000 0.560 0.440
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.7618 0.0404 0.068 0.628 0.304
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0424 0.9269 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488196 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1498951 1 0.0424 0.9269 0.992 0.000 0.008
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.6500 -0.0437 0.004 0.464 0.532
#> SRR812198 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1322249 1 0.2625 0.8874 0.916 0.000 0.084
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.1964 0.5343 0.000 0.944 0.056
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.1031 0.5600 0.000 0.976 0.024
#> SRR811285 2 0.6260 0.2445 0.000 0.552 0.448
#> SRR657018 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1090791 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1439915 2 0.6302 0.1698 0.000 0.520 0.480
#> SRR1391575 2 0.9570 -0.4942 0.348 0.448 0.204
#> SRR1314092 2 0.3340 0.5427 0.000 0.880 0.120
#> SRR1328941 1 0.1289 0.9192 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336181 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.4291 0.4804 0.000 0.820 0.180
#> SRR1455902 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1437644 1 0.9557 -0.3486 0.484 0.248 0.268
#> SRR1105009 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1367024 1 0.1964 0.9075 0.944 0.000 0.056
#> SRR660248 2 0.9021 -0.4522 0.132 0.452 0.416
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.9955 0.6307 0.348 0.288 0.364
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.5327 0.5505 0.000 0.728 0.272
#> SRR1406224 2 0.7075 -0.1327 0.020 0.496 0.484
#> SRR1393026 1 0.3267 0.8626 0.884 0.000 0.116
#> SRR808428 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR615910 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.6260 0.2624 0.000 0.552 0.448
#> SRR1407648 2 0.1860 0.5351 0.000 0.948 0.052
#> SRR1386775 1 0.7413 0.5562 0.684 0.092 0.224
#> SRR1388399 2 0.9937 -0.5471 0.288 0.384 0.328
#> SRR1361499 2 0.5327 0.5505 0.000 0.728 0.272
#> SRR1500709 2 0.3267 0.5044 0.000 0.884 0.116
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.6267 0.2629 0.000 0.548 0.452
#> SRR1335212 1 0.2796 0.8824 0.908 0.000 0.092
#> SRR1400159 3 0.9488 0.5490 0.184 0.392 0.424
#> SRR1457245 2 0.4555 0.5668 0.000 0.800 0.200
#> SRR1356746 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR658319 2 0.3340 0.5427 0.000 0.880 0.120
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0237 0.9277 0.996 0.000 0.004
#> SRR1100893 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389432 1 0.3267 0.8626 0.884 0.000 0.116
#> SRR1381799 2 0.3038 0.5363 0.000 0.896 0.104
#> SRR1310158 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1341100 2 0.4379 0.4480 0.060 0.868 0.072
#> SRR1342873 1 0.0237 0.9276 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472102 2 0.6267 0.2367 0.000 0.548 0.452
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.1031 0.5600 0.000 0.976 0.024
#> SRR808942 2 0.3038 0.5363 0.000 0.896 0.104
#> SRR1343818 2 0.1031 0.5600 0.000 0.976 0.024
#> SRR1472415 2 0.5465 0.5448 0.000 0.712 0.288
#> SRR658409 2 0.1860 0.5351 0.000 0.948 0.052
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.5158 0.4646 0.004 0.764 0.232
#> SRR1417894 1 0.1411 0.9181 0.964 0.000 0.036
#> SRR1417422 2 0.6168 0.3118 0.000 0.588 0.412
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9281 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.0804 0.6658 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1302 0.8901 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1345953 4 0.2546 0.6725 0.000 0.028 0.060 0.912
#> SRR1357826 4 0.0469 0.6629 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1419656 1 0.0336 0.9163 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1454158 4 0.4168 0.6310 0.000 0.092 0.080 0.828
#> SRR1475408 3 0.6677 0.4733 0.172 0.160 0.656 0.012
#> SRR1472704 4 0.0469 0.6629 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1090046 1 0.4795 0.6412 0.696 0.012 0.292 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.7426 0.3450 0.000 0.168 0.416 0.416
#> SRR1334587 2 0.1256 0.8761 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1639 0.8739 0.004 0.952 0.036 0.008
#> SRR1083959 4 0.2214 0.6741 0.000 0.028 0.044 0.928
#> SRR1079948 4 0.7272 0.4878 0.000 0.160 0.344 0.496
#> SRR1310667 2 0.1211 0.8888 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR655852 4 0.7282 0.4848 0.000 0.160 0.348 0.492
#> SRR1352457 2 0.1211 0.8888 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1353994 4 0.2466 0.6727 0.000 0.028 0.056 0.916
#> SRR1459561 2 0.1211 0.8888 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1454009 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1071084 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1082859 4 0.1059 0.6630 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1086538 1 0.1022 0.9099 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1486262 4 0.7293 0.4646 0.000 0.156 0.368 0.476
#> SRR658105 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.2174 0.6680 0.000 0.052 0.020 0.928
#> SRR1429181 4 0.7502 0.2756 0.000 0.356 0.188 0.456
#> SRR1327896 4 0.7293 0.4646 0.000 0.156 0.368 0.476
#> SRR1464788 2 0.1059 0.8858 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1346861 4 0.0469 0.6629 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1318774 4 0.7105 0.5360 0.000 0.184 0.256 0.560
#> SRR1420517 1 0.2011 0.8930 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1369584 2 0.1474 0.8819 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1443244 3 0.6177 0.1252 0.436 0.024 0.524 0.016
#> SRR1455391 1 0.1389 0.9052 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0336 0.9163 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1070208 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317282 1 0.5040 0.5356 0.628 0.008 0.364 0.000
#> SRR1096125 4 0.2376 0.6717 0.000 0.016 0.068 0.916
#> SRR1472506 1 0.4820 0.6406 0.692 0.012 0.296 0.000
#> SRR1388281 4 0.5280 0.6325 0.000 0.120 0.128 0.752
#> SRR1365622 2 0.2660 0.8422 0.012 0.908 0.072 0.008
#> SRR662306 1 0.3219 0.8311 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR662811 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR820571 1 0.4356 0.6582 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1357166 1 0.1637 0.9009 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1488586 1 0.4313 0.7133 0.736 0.004 0.260 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.6787 0.3574 0.056 0.280 0.624 0.040
#> SRR1409397 2 0.1302 0.8901 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1465693 2 0.0657 0.8860 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1096547 1 0.6052 0.3141 0.556 0.048 0.396 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.4356 0.6582 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.6249 0.4330 0.332 0.032 0.612 0.024
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.7576 0.4182 0.000 0.212 0.324 0.464
#> SRR1403814 3 0.7585 -0.3578 0.004 0.168 0.428 0.400
#> SRR1404887 3 0.5902 -0.0728 0.484 0.020 0.488 0.008
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0188 0.9167 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356765 2 0.2926 0.8455 0.000 0.896 0.048 0.056
#> SRR1078258 4 0.6444 0.5726 0.000 0.104 0.284 0.612
#> SRR1455861 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420296 2 0.1118 0.8897 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1070260 4 0.0804 0.6658 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4343 0.6667 0.732 0.004 0.264 0.000
#> SRR1414661 4 0.1635 0.6718 0.000 0.044 0.008 0.948
#> SRR1359147 4 0.7341 0.4643 0.000 0.164 0.360 0.476
#> SRR1488694 1 0.4343 0.6667 0.732 0.004 0.264 0.000
#> SRR1477273 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1415792 1 0.2081 0.8922 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1369088 3 0.6201 0.0173 0.060 0.376 0.564 0.000
#> SRR1406621 2 0.1042 0.8799 0.000 0.972 0.020 0.008
#> SRR1401017 2 0.3706 0.8375 0.000 0.848 0.112 0.040
#> SRR1099981 2 0.1543 0.8744 0.004 0.956 0.032 0.008
#> SRR815208 4 0.0469 0.6629 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1380460 4 0.7423 0.3729 0.000 0.168 0.404 0.428
#> SRR1091097 4 0.7272 0.4878 0.000 0.160 0.344 0.496
#> SRR1456010 1 0.0336 0.9163 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498416 4 0.7128 0.5335 0.000 0.184 0.260 0.556
#> SRR818873 2 0.3999 0.8120 0.000 0.824 0.140 0.036
#> SRR813868 3 0.7363 -0.0246 0.000 0.208 0.520 0.272
#> SRR1394912 1 0.0188 0.9167 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475824 3 0.7623 0.1383 0.036 0.436 0.440 0.088
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.5560 0.3791 0.584 0.024 0.392 0.000
#> SRR1100472 4 0.2385 0.6725 0.000 0.028 0.052 0.920
#> SRR1331267 1 0.5754 0.2658 0.548 0.016 0.428 0.008
#> SRR1068977 2 0.1724 0.8901 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1391511 4 0.0657 0.6645 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1077920 4 0.0469 0.6629 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1457705 1 0.0921 0.9122 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1437073 1 0.0188 0.9167 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473124 1 0.2011 0.8930 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1469279 1 0.3219 0.8311 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1091791 4 0.7314 0.4788 0.000 0.164 0.348 0.488
#> SRR1341539 2 0.1229 0.8789 0.004 0.968 0.020 0.008
#> SRR1446354 1 0.1637 0.9010 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0188 0.9167 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656970 2 0.1211 0.8888 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473403 4 0.3168 0.6675 0.000 0.056 0.060 0.884
#> SRR1084674 1 0.3052 0.8539 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1464702 1 0.1118 0.9092 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1074860 3 0.7993 0.4801 0.228 0.112 0.576 0.084
#> SRR655447 4 0.6878 0.5391 0.000 0.128 0.316 0.556
#> SRR1404442 4 0.0657 0.6645 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.7576 0.4182 0.000 0.212 0.324 0.464
#> SRR1489589 2 0.2214 0.8877 0.000 0.928 0.028 0.044
#> SRR1378284 1 0.6548 0.4038 0.592 0.104 0.304 0.000
#> SRR1408014 2 0.4827 0.7520 0.000 0.784 0.124 0.092
#> SRR1083052 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1339236 2 0.7708 -0.0937 0.168 0.424 0.400 0.008
#> SRR1323829 2 0.1637 0.8811 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1086772 4 0.3156 0.6651 0.000 0.068 0.048 0.884
#> SRR1486457 1 0.6031 0.3263 0.564 0.048 0.388 0.000
#> SRR1415257 2 0.0927 0.8813 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1071905 1 0.1557 0.9025 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR659223 2 0.1118 0.8897 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1386945 1 0.2760 0.8639 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR821498 4 0.7665 0.3706 0.000 0.216 0.360 0.424
#> SRR1378903 4 0.7325 0.4613 0.000 0.160 0.368 0.472
#> SRR1472907 1 0.0336 0.9163 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442313 4 0.1724 0.6730 0.000 0.020 0.032 0.948
#> SRR1077139 2 0.2011 0.8652 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 3 0.7509 0.2628 0.016 0.252 0.560 0.172
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1488196 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1498951 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5873 0.3177 0.000 0.548 0.416 0.036
#> SRR812198 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660283 4 0.1059 0.6674 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.0804 0.6586 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1322249 1 0.3123 0.8371 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.7300 0.4592 0.000 0.156 0.372 0.472
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.6920 0.5368 0.000 0.132 0.316 0.552
#> SRR811285 2 0.1610 0.8909 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR657018 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1090791 2 0.1118 0.8897 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1439915 2 0.3999 0.8120 0.000 0.824 0.140 0.036
#> SRR1391575 3 0.7972 0.4836 0.232 0.108 0.576 0.084
#> SRR1314092 4 0.7576 0.4182 0.000 0.212 0.324 0.464
#> SRR1328941 1 0.2011 0.8930 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1336181 4 0.0469 0.6629 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 3 0.7711 -0.2379 0.000 0.228 0.420 0.352
#> SRR1455902 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1437644 3 0.7910 0.4156 0.348 0.152 0.476 0.024
#> SRR1105009 4 0.0657 0.6645 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1367024 1 0.2345 0.8823 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR660248 3 0.6922 0.3105 0.052 0.304 0.600 0.044
#> SRR1409620 1 0.0188 0.9167 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455807 4 0.0804 0.6586 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.6955 0.4649 0.212 0.180 0.604 0.004
#> SRR1469237 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098264 4 0.2546 0.6725 0.000 0.028 0.060 0.912
#> SRR1406224 2 0.6014 0.3785 0.000 0.588 0.360 0.052
#> SRR1393026 1 0.3528 0.8045 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR808428 4 0.0657 0.6645 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR615910 2 0.1118 0.8897 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1076219 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0817 0.8892 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1407648 4 0.7286 0.4689 0.000 0.156 0.364 0.480
#> SRR1386775 1 0.5865 0.2206 0.536 0.020 0.436 0.008
#> SRR1388399 2 0.7128 0.1914 0.204 0.596 0.192 0.008
#> SRR1361499 4 0.2466 0.6719 0.000 0.028 0.056 0.916
#> SRR1500709 4 0.7499 0.3577 0.000 0.180 0.400 0.420
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1118 0.8897 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1335212 1 0.3219 0.8329 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1400159 3 0.6355 0.3655 0.064 0.260 0.656 0.020
#> SRR1457245 4 0.5533 0.6225 0.000 0.136 0.132 0.732
#> SRR1356746 4 0.0804 0.6586 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR658319 4 0.7576 0.4182 0.000 0.212 0.324 0.464
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0336 0.9164 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1100893 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389432 1 0.3311 0.8240 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1381799 4 0.7665 0.3706 0.000 0.216 0.360 0.424
#> SRR1310158 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1341100 3 0.7817 -0.3480 0.012 0.168 0.420 0.400
#> SRR1342873 1 0.0188 0.9165 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1472102 2 0.1724 0.8901 0.000 0.948 0.020 0.032
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 4 0.6878 0.5391 0.000 0.128 0.316 0.556
#> SRR808942 4 0.7665 0.3706 0.000 0.216 0.360 0.424
#> SRR1343818 4 0.6920 0.5368 0.000 0.132 0.316 0.552
#> SRR1472415 4 0.0804 0.6586 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR658409 4 0.7293 0.4646 0.000 0.156 0.368 0.476
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 4 0.7521 0.2518 0.000 0.368 0.188 0.444
#> SRR1417894 1 0.2081 0.8905 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1417422 2 0.4036 0.8109 0.000 0.836 0.076 0.088
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9164 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.2970 0.8642 0.000 0.004 0.000 0.168 0.828
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0671 0.8976 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1345953 5 0.4415 0.5490 0.000 0.004 0.000 0.444 0.552
#> SRR1357826 5 0.2848 0.8632 0.000 0.004 0.000 0.156 0.840
#> SRR1419656 1 0.0794 0.8916 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.5020 0.5480 0.000 0.016 0.012 0.408 0.564
#> SRR1475408 3 0.6310 0.4559 0.064 0.032 0.668 0.188 0.048
#> SRR1472704 5 0.2890 0.8642 0.000 0.004 0.000 0.160 0.836
#> SRR1090046 1 0.4964 0.1772 0.548 0.000 0.428 0.012 0.012
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4065 0.7377 0.000 0.020 0.084 0.816 0.080
#> SRR1334587 2 0.2813 0.8757 0.000 0.884 0.064 0.048 0.004
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0404 0.8960 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.2790 0.8742 0.000 0.880 0.068 0.052 0.000
#> SRR1083959 5 0.3689 0.8068 0.000 0.004 0.000 0.256 0.740
#> SRR1079948 4 0.2393 0.7525 0.000 0.016 0.004 0.900 0.080
#> SRR1310667 2 0.0510 0.8968 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR655852 4 0.2577 0.7541 0.000 0.016 0.008 0.892 0.084
#> SRR1352457 2 0.0510 0.8968 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1353994 5 0.4375 0.6036 0.000 0.004 0.000 0.420 0.576
#> SRR1459561 2 0.0510 0.8968 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1454009 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.3145 0.8469 0.000 0.008 0.012 0.136 0.844
#> SRR1086538 1 0.1544 0.8771 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.1914 0.7586 0.000 0.008 0.008 0.928 0.056
#> SRR658105 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.4012 0.8124 0.000 0.012 0.012 0.216 0.760
#> SRR1429181 4 0.7710 0.3277 0.000 0.228 0.116 0.484 0.172
#> SRR1327896 4 0.1914 0.7586 0.000 0.008 0.008 0.928 0.056
#> SRR1464788 2 0.2234 0.8887 0.000 0.916 0.036 0.044 0.004
#> SRR1346861 5 0.2890 0.8642 0.000 0.004 0.000 0.160 0.836
#> SRR1318774 4 0.3920 0.6811 0.000 0.044 0.004 0.796 0.156
#> SRR1420517 1 0.2471 0.8411 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.2075 0.8856 0.000 0.924 0.004 0.032 0.040
#> SRR1443244 3 0.6717 0.5427 0.328 0.004 0.472 0.192 0.004
#> SRR1455391 1 0.1792 0.8699 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0794 0.8916 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0290 0.8960 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.4874 0.3314 0.588 0.000 0.388 0.008 0.016
#> SRR1096125 5 0.4286 0.7208 0.000 0.004 0.004 0.340 0.652
#> SRR1472506 1 0.5059 0.1701 0.548 0.000 0.416 0.036 0.000
#> SRR1388281 4 0.5456 -0.0079 0.000 0.048 0.008 0.556 0.388
#> SRR1365622 2 0.3375 0.8469 0.000 0.840 0.104 0.056 0.000
#> SRR662306 1 0.3109 0.7685 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0162 0.8957 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.4582 0.2112 0.572 0.000 0.416 0.012 0.000
#> SRR1357166 1 0.1965 0.8637 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.4354 0.4283 0.624 0.000 0.368 0.008 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.6989 0.2111 0.000 0.064 0.524 0.296 0.116
#> SRR1409397 2 0.0671 0.8976 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1465693 2 0.1412 0.8936 0.000 0.952 0.004 0.036 0.008
#> SRR1096547 3 0.5805 0.3562 0.404 0.004 0.524 0.060 0.008
#> SRR1456818 1 0.0162 0.8946 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.4582 0.2112 0.572 0.000 0.416 0.012 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0404 0.8960 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0290 0.8958 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.7023 0.4109 0.264 0.004 0.384 0.344 0.004
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3511 0.7189 0.000 0.028 0.028 0.848 0.096
#> SRR1403814 4 0.4171 0.7324 0.000 0.020 0.096 0.808 0.076
#> SRR1404887 3 0.6246 0.5353 0.336 0.004 0.532 0.124 0.004
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0290 0.8958 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.3564 0.8427 0.000 0.844 0.028 0.100 0.028
#> SRR1078258 4 0.4288 0.5579 0.000 0.016 0.012 0.732 0.240
#> SRR1455861 1 0.0794 0.8931 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0404 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070260 5 0.3250 0.8651 0.000 0.004 0.008 0.168 0.820
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4686 0.1630 0.588 0.000 0.396 0.012 0.004
#> SRR1414661 5 0.3519 0.8373 0.000 0.008 0.000 0.216 0.776
#> SRR1359147 4 0.2037 0.7595 0.000 0.012 0.004 0.920 0.064
#> SRR1488694 1 0.4686 0.1630 0.588 0.000 0.396 0.012 0.004
#> SRR1477273 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.2891 0.8052 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1369088 3 0.6412 0.0973 0.008 0.292 0.588 0.048 0.064
#> SRR1406621 2 0.2378 0.8824 0.000 0.904 0.048 0.048 0.000
#> SRR1401017 2 0.4254 0.8063 0.000 0.804 0.108 0.060 0.028
#> SRR1099981 2 0.2719 0.8749 0.000 0.884 0.068 0.048 0.000
#> SRR815208 5 0.2848 0.8633 0.000 0.004 0.000 0.156 0.840
#> SRR1380460 4 0.4001 0.7279 0.000 0.024 0.056 0.820 0.100
#> SRR1091097 4 0.2393 0.7525 0.000 0.016 0.004 0.900 0.080
#> SRR1456010 1 0.0794 0.8916 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.3838 0.6912 0.000 0.044 0.004 0.804 0.148
#> SRR818873 2 0.5183 0.7430 0.000 0.740 0.128 0.092 0.040
#> SRR813868 4 0.5672 0.5675 0.000 0.036 0.160 0.692 0.112
#> SRR1394912 1 0.0404 0.8961 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.6707 0.0386 0.000 0.380 0.204 0.412 0.004
#> SRR1459866 1 0.0290 0.8958 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.5618 0.3096 0.436 0.008 0.508 0.044 0.004
#> SRR1100472 5 0.4655 0.6385 0.000 0.004 0.012 0.384 0.600
#> SRR1331267 3 0.5778 0.4351 0.392 0.000 0.524 0.080 0.004
#> SRR1068977 2 0.1569 0.8935 0.000 0.944 0.044 0.004 0.008
#> SRR1391511 5 0.2970 0.8639 0.000 0.004 0.000 0.168 0.828
#> SRR1077920 5 0.2890 0.8646 0.000 0.004 0.000 0.160 0.836
#> SRR1457705 1 0.1270 0.8855 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0404 0.8958 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.2424 0.8436 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.3109 0.7685 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.2206 0.7552 0.000 0.016 0.004 0.912 0.068
#> SRR1341539 2 0.2592 0.8779 0.000 0.892 0.056 0.052 0.000
#> SRR1446354 1 0.1965 0.8637 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0290 0.8958 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0404 0.8958 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0510 0.8968 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1473403 5 0.4380 0.7508 0.000 0.012 0.008 0.288 0.692
#> SRR1084674 1 0.3455 0.7603 0.784 0.000 0.208 0.000 0.008
#> SRR1464702 1 0.1341 0.8823 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.6689 -0.1531 0.168 0.008 0.332 0.488 0.004
#> SRR655447 4 0.3055 0.7036 0.000 0.016 0.000 0.840 0.144
#> SRR1404442 5 0.2930 0.8643 0.000 0.004 0.000 0.164 0.832
#> SRR1418795 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.3511 0.7189 0.000 0.028 0.028 0.848 0.096
#> SRR1489589 2 0.1787 0.8940 0.000 0.936 0.044 0.004 0.016
#> SRR1378284 1 0.5753 -0.1666 0.488 0.064 0.440 0.008 0.000
#> SRR1408014 2 0.5472 0.6982 0.000 0.716 0.060 0.156 0.068
#> SRR1083052 1 0.0290 0.8960 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.8061 0.2097 0.108 0.324 0.436 0.108 0.024
#> SRR1323829 2 0.1041 0.8922 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1086772 5 0.4831 0.7144 0.000 0.016 0.020 0.300 0.664
#> SRR1486457 3 0.6002 0.2933 0.428 0.000 0.492 0.052 0.028
#> SRR1415257 2 0.2228 0.8827 0.000 0.912 0.040 0.048 0.000
#> SRR1071905 1 0.1908 0.8659 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0404 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1386945 1 0.2773 0.8137 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.2673 0.7382 0.000 0.024 0.028 0.900 0.048
#> SRR1378903 4 0.2208 0.7595 0.000 0.012 0.012 0.916 0.060
#> SRR1472907 1 0.0794 0.8916 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.4218 0.7196 0.000 0.008 0.000 0.332 0.660
#> SRR1077139 2 0.1484 0.8819 0.000 0.944 0.000 0.008 0.048
#> SRR1342758 1 0.0290 0.8958 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.6697 0.3195 0.000 0.040 0.312 0.532 0.116
#> SRR1070738 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0404 0.8959 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0510 0.8952 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.8280 0.0106 0.000 0.300 0.348 0.212 0.140
#> SRR812198 1 0.0404 0.8961 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.3048 0.8624 0.000 0.004 0.000 0.176 0.820
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.3053 0.8424 0.000 0.008 0.012 0.128 0.852
#> SRR1322249 1 0.3579 0.7020 0.756 0.000 0.240 0.004 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.2026 0.7592 0.000 0.008 0.012 0.924 0.056
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.2966 0.7108 0.000 0.016 0.000 0.848 0.136
#> SRR811285 2 0.1492 0.8944 0.000 0.948 0.040 0.004 0.008
#> SRR657018 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0404 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1439915 2 0.5183 0.7430 0.000 0.740 0.128 0.092 0.040
#> SRR1391575 4 0.6766 -0.1891 0.176 0.008 0.344 0.468 0.004
#> SRR1314092 4 0.3511 0.7189 0.000 0.028 0.028 0.848 0.096
#> SRR1328941 1 0.2424 0.8436 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.2890 0.8642 0.000 0.004 0.000 0.160 0.836
#> SRR1362972 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.4874 0.6609 0.000 0.036 0.088 0.764 0.112
#> SRR1455902 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1437644 3 0.7752 0.5390 0.208 0.024 0.516 0.188 0.064
#> SRR1105009 5 0.2930 0.8643 0.000 0.004 0.000 0.164 0.832
#> SRR1367024 1 0.2561 0.8343 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR660248 3 0.7149 0.1833 0.000 0.060 0.496 0.308 0.136
#> SRR1409620 1 0.0404 0.8958 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.3005 0.8402 0.000 0.008 0.012 0.124 0.856
#> SRR1339431 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.7028 0.4801 0.108 0.028 0.612 0.188 0.064
#> SRR1469237 1 0.0404 0.8961 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.4415 0.5490 0.000 0.004 0.000 0.444 0.552
#> SRR1406224 2 0.7959 0.0882 0.000 0.364 0.292 0.264 0.080
#> SRR1393026 1 0.3395 0.7193 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.3088 0.8649 0.000 0.004 0.004 0.164 0.828
#> SRR615910 2 0.0404 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1076219 1 0.0880 0.8920 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0290 0.8958 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1074 0.8972 0.000 0.968 0.004 0.016 0.012
#> SRR1407648 4 0.1983 0.7585 0.000 0.008 0.008 0.924 0.060
#> SRR1386775 3 0.5992 0.4619 0.380 0.004 0.524 0.088 0.004
#> SRR1388399 2 0.7024 0.2568 0.132 0.516 0.296 0.056 0.000
#> SRR1361499 5 0.4644 0.6406 0.000 0.004 0.012 0.380 0.604
#> SRR1500709 4 0.4014 0.7280 0.000 0.024 0.060 0.820 0.096
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0404 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1335212 1 0.3461 0.7342 0.772 0.000 0.224 0.004 0.000
#> SRR1400159 3 0.6599 0.2818 0.000 0.060 0.584 0.256 0.100
#> SRR1457245 4 0.5427 0.0617 0.000 0.048 0.008 0.568 0.376
#> SRR1356746 5 0.3005 0.8402 0.000 0.008 0.012 0.124 0.856
#> SRR658319 4 0.3511 0.7189 0.000 0.028 0.028 0.848 0.096
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0404 0.8960 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0162 0.8956 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.3177 0.7586 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1381799 4 0.2673 0.7382 0.000 0.024 0.028 0.900 0.048
#> SRR1310158 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.4380 0.7297 0.004 0.020 0.100 0.800 0.076
#> SRR1342873 1 0.0290 0.8955 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.1569 0.8935 0.000 0.944 0.044 0.004 0.008
#> SRR1409421 1 0.0290 0.8946 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1328577 4 0.3055 0.7036 0.000 0.016 0.000 0.840 0.144
#> SRR808942 4 0.2673 0.7382 0.000 0.024 0.028 0.900 0.048
#> SRR1343818 4 0.2966 0.7108 0.000 0.016 0.000 0.848 0.136
#> SRR1472415 5 0.3005 0.8402 0.000 0.008 0.012 0.124 0.856
#> SRR658409 4 0.1914 0.7586 0.000 0.008 0.008 0.928 0.056
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 4 0.7729 0.3187 0.000 0.244 0.116 0.476 0.164
#> SRR1417894 1 0.2424 0.8427 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3853 0.8206 0.000 0.832 0.032 0.092 0.044
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8951 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.1010 0.7971 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1076441 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0622 0.8611 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345953 5 0.4864 0.2279 0.000 0.000 0.016 0.464 0.492 0.028
#> SRR1357826 5 0.0858 0.7967 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR1419656 1 0.1918 0.8406 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 0.088
#> SRR1454158 5 0.5685 0.4386 0.000 0.000 0.120 0.300 0.560 0.020
#> SRR1475408 6 0.5643 -0.3964 0.012 0.008 0.388 0.084 0.000 0.508
#> SRR1472704 5 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1090046 6 0.5071 0.3986 0.400 0.000 0.068 0.004 0.000 0.528
#> SRR1312822 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.3186 0.7179 0.000 0.008 0.016 0.852 0.032 0.092
#> SRR1334587 2 0.3988 0.8079 0.000 0.784 0.140 0.040 0.000 0.036
#> SRR1490246 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0547 0.8673 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1324206 1 0.0146 0.8650 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408574 2 0.4093 0.8040 0.000 0.776 0.144 0.040 0.000 0.040
#> SRR1083959 5 0.2573 0.7520 0.000 0.000 0.008 0.132 0.856 0.004
#> SRR1079948 4 0.1647 0.7566 0.000 0.008 0.016 0.940 0.032 0.004
#> SRR1310667 2 0.0508 0.8613 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR655852 4 0.1819 0.7580 0.000 0.008 0.024 0.932 0.032 0.004
#> SRR1352457 2 0.0508 0.8613 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1353994 5 0.4761 0.3259 0.000 0.000 0.012 0.432 0.528 0.028
#> SRR1459561 2 0.0508 0.8613 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1454009 1 0.3753 0.7214 0.748 0.000 0.028 0.000 0.004 0.220
#> SRR1071084 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1082859 5 0.2800 0.7567 0.000 0.004 0.076 0.020 0.876 0.024
#> SRR1086538 1 0.2450 0.8200 0.868 0.000 0.016 0.000 0.000 0.116
#> SRR1486262 4 0.0870 0.7556 0.000 0.000 0.004 0.972 0.012 0.012
#> SRR658105 1 0.0146 0.8650 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR811073 5 0.4166 0.7237 0.000 0.008 0.052 0.144 0.776 0.020
#> SRR1429181 4 0.7588 0.2078 0.000 0.144 0.208 0.476 0.128 0.044
#> SRR1327896 4 0.0870 0.7556 0.000 0.000 0.004 0.972 0.012 0.012
#> SRR1464788 2 0.3343 0.8301 0.000 0.824 0.128 0.032 0.000 0.016
#> SRR1346861 5 0.0935 0.7977 0.000 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR1318774 4 0.3750 0.7153 0.000 0.008 0.052 0.816 0.104 0.020
#> SRR1420517 1 0.3645 0.7119 0.740 0.000 0.024 0.000 0.000 0.236
#> SRR1369584 2 0.2427 0.8456 0.000 0.904 0.040 0.016 0.032 0.008
#> SRR1443244 6 0.5787 0.3678 0.192 0.000 0.028 0.184 0.000 0.596
#> SRR1455391 1 0.3239 0.7777 0.808 0.000 0.024 0.000 0.004 0.164
#> SRR1068999 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.1918 0.8406 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 0.088
#> SRR1070208 1 0.1124 0.8618 0.956 0.000 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR1317282 1 0.5230 0.0990 0.552 0.000 0.092 0.004 0.000 0.352
#> SRR1096125 5 0.5342 0.5743 0.000 0.000 0.072 0.300 0.600 0.028
#> SRR1472506 6 0.5018 0.4638 0.372 0.000 0.024 0.028 0.004 0.572
#> SRR1388281 4 0.6029 0.2795 0.000 0.024 0.076 0.548 0.324 0.028
#> SRR1365622 2 0.4561 0.7745 0.000 0.744 0.144 0.040 0.000 0.072
#> SRR662306 1 0.3745 0.6653 0.732 0.000 0.028 0.000 0.000 0.240
#> SRR662811 1 0.0260 0.8661 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820571 6 0.3979 0.3967 0.456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.540
#> SRR1357166 1 0.3409 0.7605 0.788 0.000 0.024 0.000 0.004 0.184
#> SRR1488586 6 0.4726 0.2140 0.460 0.000 0.028 0.004 0.004 0.504
#> SRR1485398 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5569 0.6803 0.000 0.016 0.596 0.144 0.000 0.244
#> SRR1409397 2 0.0622 0.8611 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465693 2 0.1667 0.8569 0.000 0.940 0.012 0.032 0.008 0.008
#> SRR1096547 6 0.5591 0.5236 0.256 0.000 0.100 0.028 0.004 0.612
#> SRR1456818 1 0.0291 0.8624 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR816336 6 0.3979 0.3967 0.456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.540
#> SRR1420238 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1436990 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0547 0.8673 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1477671 1 0.0547 0.8666 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1084079 6 0.6123 0.1158 0.156 0.000 0.024 0.336 0.000 0.484
#> SRR1102949 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3822 0.7040 0.000 0.000 0.112 0.800 0.068 0.020
#> SRR1403814 4 0.3295 0.7100 0.000 0.008 0.020 0.844 0.028 0.100
#> SRR1404887 6 0.5389 0.4237 0.200 0.000 0.036 0.112 0.000 0.652
#> SRR1434955 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0547 0.8665 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1356765 2 0.4095 0.7935 0.000 0.796 0.096 0.076 0.020 0.012
#> SRR1078258 4 0.4002 0.6196 0.000 0.008 0.036 0.736 0.220 0.000
#> SRR1455861 1 0.1075 0.8629 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1420296 2 0.0405 0.8628 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1070260 5 0.1370 0.7984 0.000 0.000 0.004 0.036 0.948 0.012
#> SRR1410765 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 6 0.4297 0.4912 0.452 0.000 0.012 0.004 0.000 0.532
#> SRR1414661 5 0.2356 0.7752 0.000 0.004 0.008 0.100 0.884 0.004
#> SRR1359147 4 0.1414 0.7584 0.000 0.004 0.012 0.952 0.020 0.012
#> SRR1488694 6 0.4297 0.4912 0.452 0.000 0.012 0.004 0.000 0.532
#> SRR1477273 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1415792 1 0.4014 0.6380 0.696 0.000 0.024 0.000 0.004 0.276
#> SRR1369088 6 0.6368 -0.4289 0.000 0.216 0.376 0.012 0.004 0.392
#> SRR1406621 2 0.3729 0.8183 0.000 0.800 0.136 0.040 0.000 0.024
#> SRR1401017 2 0.4041 0.7367 0.000 0.752 0.204 0.016 0.012 0.016
#> SRR1099981 2 0.4055 0.8052 0.000 0.780 0.140 0.040 0.000 0.040
#> SRR815208 5 0.0858 0.7968 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR1380460 4 0.3453 0.6911 0.000 0.008 0.148 0.812 0.024 0.008
#> SRR1091097 4 0.1647 0.7566 0.000 0.008 0.016 0.940 0.032 0.004
#> SRR1456010 1 0.1970 0.8389 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092
#> SRR1498416 4 0.3668 0.7211 0.000 0.008 0.056 0.824 0.092 0.020
#> SRR818873 2 0.4540 0.6295 0.000 0.680 0.268 0.032 0.004 0.016
#> SRR813868 4 0.4845 0.3419 0.000 0.016 0.324 0.624 0.012 0.024
#> SRR1394912 1 0.0508 0.8667 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1475824 4 0.6824 -0.1620 0.000 0.348 0.056 0.388 0.000 0.208
#> SRR1459866 1 0.0547 0.8666 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1364871 6 0.4927 0.5780 0.320 0.000 0.028 0.036 0.000 0.616
#> SRR1100472 5 0.5795 0.3472 0.000 0.000 0.064 0.400 0.488 0.048
#> SRR1331267 6 0.4997 0.5145 0.256 0.000 0.020 0.072 0.000 0.652
#> SRR1068977 2 0.2658 0.8427 0.000 0.864 0.112 0.000 0.008 0.016
#> SRR1391511 5 0.1155 0.7979 0.000 0.000 0.004 0.036 0.956 0.004
#> SRR1077920 5 0.1194 0.7968 0.000 0.000 0.008 0.032 0.956 0.004
#> SRR1457705 1 0.2500 0.8235 0.868 0.000 0.012 0.000 0.004 0.116
#> SRR1437073 1 0.0632 0.8661 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1473124 1 0.3619 0.7170 0.744 0.000 0.024 0.000 0.000 0.232
#> SRR1469279 1 0.3745 0.6653 0.732 0.000 0.028 0.000 0.000 0.240
#> SRR1091791 4 0.1396 0.7554 0.000 0.008 0.012 0.952 0.024 0.004
#> SRR1341539 2 0.3791 0.8172 0.000 0.800 0.128 0.044 0.000 0.028
#> SRR1446354 1 0.3409 0.7607 0.788 0.000 0.024 0.000 0.004 0.184
#> SRR1415420 1 0.0547 0.8666 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368050 1 0.0632 0.8661 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR656970 2 0.0508 0.8613 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1473403 5 0.4848 0.6625 0.000 0.008 0.064 0.220 0.692 0.016
#> SRR1084674 1 0.4219 0.5395 0.648 0.000 0.032 0.000 0.000 0.320
#> SRR1464702 1 0.2400 0.8234 0.872 0.000 0.008 0.000 0.004 0.116
#> SRR1074860 4 0.5596 -0.0119 0.092 0.000 0.016 0.484 0.000 0.408
#> SRR655447 4 0.2468 0.7368 0.000 0.008 0.016 0.880 0.096 0.000
#> SRR1404442 5 0.0935 0.7966 0.000 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1418795 1 0.0146 0.8650 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458335 4 0.3822 0.7040 0.000 0.000 0.112 0.800 0.068 0.020
#> SRR1489589 2 0.1952 0.8586 0.000 0.920 0.052 0.000 0.012 0.016
#> SRR1378284 6 0.5652 0.5516 0.376 0.012 0.112 0.000 0.000 0.500
#> SRR1408014 2 0.5167 0.5645 0.000 0.684 0.188 0.092 0.032 0.004
#> SRR1083052 1 0.1124 0.8618 0.956 0.000 0.008 0.000 0.000 0.036
#> SRR1339236 6 0.7319 -0.3256 0.020 0.240 0.312 0.044 0.004 0.380
#> SRR1323829 2 0.1003 0.8544 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028 0.000
#> SRR1086772 5 0.5749 0.5364 0.000 0.008 0.100 0.284 0.584 0.024
#> SRR1486457 6 0.5704 0.5392 0.296 0.000 0.144 0.012 0.000 0.548
#> SRR1415257 2 0.3398 0.8260 0.000 0.824 0.120 0.040 0.000 0.016
#> SRR1071905 1 0.3376 0.7643 0.792 0.000 0.024 0.000 0.004 0.180
#> SRR659223 2 0.0405 0.8614 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1386945 1 0.3558 0.7210 0.760 0.000 0.028 0.000 0.000 0.212
#> SRR821498 4 0.3486 0.7057 0.000 0.000 0.116 0.820 0.048 0.016
#> SRR1378903 4 0.1148 0.7578 0.000 0.004 0.000 0.960 0.020 0.016
#> SRR1472907 1 0.1970 0.8389 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000 0.092
#> SRR1442313 5 0.4499 0.5846 0.000 0.000 0.024 0.284 0.668 0.024
#> SRR1077139 2 0.1364 0.8433 0.000 0.944 0.004 0.004 0.048 0.000
#> SRR1342758 1 0.0547 0.8666 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR656911 3 0.5635 0.2347 0.000 0.008 0.468 0.428 0.008 0.088
#> SRR1070738 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.1265 0.8597 0.948 0.000 0.008 0.000 0.000 0.044
#> SRR1488196 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1498951 1 0.1411 0.8545 0.936 0.000 0.004 0.000 0.000 0.060
#> SRR1413392 1 0.0146 0.8650 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR657528 3 0.4738 0.5914 0.000 0.176 0.728 0.052 0.008 0.036
#> SRR812198 1 0.0458 0.8670 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR660283 5 0.1152 0.7966 0.000 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1420936 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.2767 0.7559 0.000 0.004 0.080 0.016 0.876 0.024
#> SRR1322249 1 0.4450 0.4130 0.620 0.000 0.024 0.004 0.004 0.348
#> SRR1396682 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0964 0.7548 0.000 0.000 0.004 0.968 0.012 0.016
#> SRR1081023 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.2367 0.7401 0.000 0.008 0.016 0.888 0.088 0.000
#> SRR811285 2 0.2658 0.8433 0.000 0.864 0.112 0.000 0.008 0.016
#> SRR657018 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1090791 2 0.0520 0.8627 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1439915 2 0.4540 0.6295 0.000 0.680 0.268 0.032 0.004 0.016
#> SRR1391575 4 0.5928 -0.0520 0.092 0.000 0.036 0.456 0.000 0.416
#> SRR1314092 4 0.3822 0.7040 0.000 0.000 0.112 0.800 0.068 0.020
#> SRR1328941 1 0.3619 0.7170 0.744 0.000 0.024 0.000 0.000 0.232
#> SRR1336181 5 0.0790 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1362972 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.4836 0.5360 0.000 0.008 0.256 0.672 0.048 0.016
#> SRR1455902 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1437644 6 0.7040 -0.0106 0.116 0.008 0.208 0.148 0.004 0.516
#> SRR1105009 5 0.0935 0.7966 0.000 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004
#> SRR1367024 1 0.3566 0.7254 0.752 0.000 0.024 0.000 0.000 0.224
#> SRR660248 3 0.5273 0.6910 0.000 0.020 0.648 0.124 0.000 0.208
#> SRR1409620 1 0.0632 0.8661 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1455807 5 0.2574 0.7535 0.000 0.004 0.080 0.008 0.884 0.024
#> SRR1339431 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 6 0.6587 -0.2948 0.072 0.012 0.408 0.084 0.000 0.424
#> SRR1469237 1 0.0458 0.8670 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1098264 5 0.4864 0.2279 0.000 0.000 0.016 0.464 0.492 0.028
#> SRR1406224 3 0.6824 0.4520 0.000 0.240 0.516 0.140 0.008 0.096
#> SRR1393026 1 0.4045 0.5883 0.696 0.000 0.036 0.000 0.000 0.268
#> SRR808428 5 0.1049 0.7975 0.000 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR615910 2 0.0260 0.8623 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1076219 1 0.1471 0.8557 0.932 0.000 0.004 0.000 0.000 0.064
#> SRR1481128 1 0.0405 0.8649 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1359262 2 0.1140 0.8617 0.000 0.964 0.008 0.012 0.008 0.008
#> SRR1407648 4 0.1053 0.7576 0.000 0.000 0.004 0.964 0.020 0.012
#> SRR1386775 6 0.5223 0.5007 0.240 0.000 0.032 0.080 0.000 0.648
#> SRR1388399 2 0.7561 0.1656 0.092 0.432 0.152 0.040 0.000 0.284
#> SRR1361499 5 0.6003 0.3388 0.000 0.000 0.084 0.400 0.468 0.048
#> SRR1500709 4 0.3410 0.6874 0.000 0.008 0.152 0.812 0.020 0.008
#> SRR1335917 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0260 0.8623 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1335212 1 0.4410 0.4708 0.632 0.000 0.024 0.004 0.004 0.336
#> SRR1400159 3 0.5563 0.6355 0.000 0.020 0.576 0.108 0.000 0.296
#> SRR1457245 4 0.5992 0.3089 0.000 0.024 0.076 0.560 0.312 0.028
#> SRR1356746 5 0.2574 0.7535 0.000 0.004 0.080 0.008 0.884 0.024
#> SRR658319 4 0.3822 0.7040 0.000 0.000 0.112 0.800 0.068 0.020
#> SRR1435946 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0547 0.8673 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1100893 1 0.0777 0.8646 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1389432 1 0.3816 0.6565 0.728 0.000 0.032 0.000 0.000 0.240
#> SRR1381799 4 0.3486 0.7057 0.000 0.000 0.116 0.820 0.048 0.016
#> SRR1310158 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1341100 4 0.3388 0.7058 0.000 0.008 0.020 0.836 0.028 0.108
#> SRR1342873 1 0.1219 0.8607 0.948 0.000 0.004 0.000 0.000 0.048
#> SRR1472102 2 0.2658 0.8427 0.000 0.864 0.112 0.000 0.008 0.016
#> SRR1409421 1 0.1010 0.8589 0.960 0.000 0.004 0.000 0.000 0.036
#> SRR1328577 4 0.2468 0.7368 0.000 0.008 0.016 0.880 0.096 0.000
#> SRR808942 4 0.3486 0.7057 0.000 0.000 0.116 0.820 0.048 0.016
#> SRR1343818 4 0.2367 0.7401 0.000 0.008 0.016 0.888 0.088 0.000
#> SRR1472415 5 0.2574 0.7535 0.000 0.004 0.080 0.008 0.884 0.024
#> SRR658409 4 0.0870 0.7556 0.000 0.000 0.004 0.972 0.012 0.012
#> SRR1469681 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 4 0.7659 0.1735 0.000 0.160 0.208 0.464 0.124 0.044
#> SRR1417894 1 0.3780 0.7167 0.744 0.000 0.028 0.000 0.004 0.224
#> SRR1417422 2 0.3710 0.7737 0.000 0.824 0.080 0.056 0.036 0.004
#> SRR1090674 1 0.0146 0.8634 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.978 0.992 0.5012 0.499 0.499
#> 3 3 0.671 0.789 0.815 0.2651 0.851 0.707
#> 4 4 0.692 0.616 0.806 0.1431 0.899 0.734
#> 5 5 0.795 0.806 0.839 0.0765 0.839 0.508
#> 6 6 0.742 0.715 0.821 0.0453 0.943 0.742
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.9732 0.3289 0.596 0.404
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.9358 0.4422 0.352 0.648
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 1.0000 0.0122 0.500 0.500
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.5519 0.8455 0.872 0.128
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.9710 0.3395 0.600 0.400
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.0672 0.9783 0.992 0.008
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.9968 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9859 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1076441 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.5859 0.799 0.000 0.656 0.344
#> SRR1357826 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1419656 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.5650 0.800 0.000 0.688 0.312
#> SRR1475408 2 0.5098 0.305 0.000 0.752 0.248
#> SRR1472704 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1090046 1 0.5810 0.795 0.664 0.336 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1334587 3 0.1031 0.853 0.000 0.024 0.976
#> SRR1490246 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1083959 2 0.5859 0.799 0.000 0.656 0.344
#> SRR1079948 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1310667 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1352457 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.5859 0.799 0.000 0.656 0.344
#> SRR1459561 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1071084 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1082859 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1086538 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR658105 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1429181 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1327896 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1464788 3 0.1031 0.853 0.000 0.024 0.976
#> SRR1346861 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1318774 2 0.5835 0.801 0.000 0.660 0.340
#> SRR1420517 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1369584 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443244 2 0.4692 0.198 0.168 0.820 0.012
#> SRR1455391 1 0.5431 0.825 0.716 0.284 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0237 0.879 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070208 1 0.5397 0.827 0.720 0.280 0.000
#> SRR1317282 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1096125 2 0.5859 0.799 0.000 0.656 0.344
#> SRR1472506 1 0.5810 0.795 0.664 0.336 0.000
#> SRR1388281 2 0.5810 0.801 0.000 0.664 0.336
#> SRR1365622 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR662306 1 0.5560 0.820 0.700 0.300 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.5760 0.802 0.672 0.328 0.000
#> SRR1357166 1 0.5465 0.824 0.712 0.288 0.000
#> SRR1488586 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0892 0.422 0.000 0.980 0.020
#> SRR1409397 3 0.0747 0.853 0.000 0.016 0.984
#> SRR1465693 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.5785 0.799 0.668 0.332 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.3502 0.314 0.084 0.896 0.020
#> SRR1102949 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1403814 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1404887 2 0.4514 0.213 0.156 0.832 0.012
#> SRR1434955 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1078258 2 0.5810 0.801 0.000 0.664 0.336
#> SRR1455861 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1410765 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.1964 0.869 0.944 0.056 0.000
#> SRR1414661 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1359147 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1488694 1 0.4887 0.835 0.772 0.228 0.000
#> SRR1477273 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1415792 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1369088 3 0.5733 0.604 0.000 0.324 0.676
#> SRR1406621 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1401017 3 0.1529 0.845 0.000 0.040 0.960
#> SRR1099981 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR815208 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1380460 2 0.5810 0.801 0.000 0.664 0.336
#> SRR1091097 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1456010 1 0.4931 0.839 0.768 0.232 0.000
#> SRR1498416 2 0.5810 0.801 0.000 0.664 0.336
#> SRR818873 3 0.1289 0.850 0.000 0.032 0.968
#> SRR813868 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1394912 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.6225 0.602 0.000 0.568 0.432
#> SRR1459866 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.6305 0.619 0.516 0.484 0.000
#> SRR1100472 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1331267 1 0.3412 0.859 0.876 0.124 0.000
#> SRR1068977 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1391511 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1077920 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1457705 1 0.4931 0.839 0.768 0.232 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1469279 1 0.4452 0.848 0.808 0.192 0.000
#> SRR1091791 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1341539 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1446354 1 0.5497 0.823 0.708 0.292 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.6302 0.720 0.000 0.520 0.480
#> SRR1084674 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR655447 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1404442 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1418795 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1489589 3 0.1031 0.853 0.000 0.024 0.976
#> SRR1378284 1 0.6363 0.797 0.768 0.136 0.096
#> SRR1408014 3 0.0592 0.852 0.000 0.012 0.988
#> SRR1083052 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.6305 0.432 0.000 0.484 0.516
#> SRR1323829 3 0.0237 0.845 0.000 0.004 0.996
#> SRR1086772 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1486457 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1415257 3 0.1031 0.853 0.000 0.024 0.976
#> SRR1071905 1 0.5560 0.820 0.700 0.300 0.000
#> SRR659223 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.5529 0.821 0.704 0.296 0.000
#> SRR821498 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1378903 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1472907 1 0.4346 0.850 0.816 0.184 0.000
#> SRR1442313 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1077139 3 0.0237 0.845 0.000 0.004 0.996
#> SRR1342758 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1070738 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1498951 1 0.4931 0.839 0.768 0.232 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.1289 0.850 0.000 0.032 0.968
#> SRR812198 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1420936 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1322249 1 0.0237 0.879 0.996 0.004 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1081023 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.5650 0.800 0.000 0.688 0.312
#> SRR811285 3 0.1163 0.852 0.000 0.028 0.972
#> SRR657018 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.5560 0.820 0.700 0.300 0.000
#> SRR1090791 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439915 3 0.1163 0.852 0.000 0.028 0.972
#> SRR1391575 2 0.3192 0.544 0.000 0.888 0.112
#> SRR1314092 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1328941 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1336181 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1362972 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1455902 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1437644 2 0.6442 -0.503 0.432 0.564 0.004
#> SRR1105009 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1367024 1 0.5560 0.820 0.700 0.300 0.000
#> SRR660248 2 0.5560 0.793 0.000 0.700 0.300
#> SRR1409620 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1339431 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.6305 0.619 0.516 0.484 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.5859 0.799 0.000 0.656 0.344
#> SRR1406224 3 0.4346 0.732 0.000 0.184 0.816
#> SRR1393026 1 0.5560 0.820 0.700 0.300 0.000
#> SRR808428 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR615910 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1386775 1 0.5835 0.792 0.660 0.340 0.000
#> SRR1388399 1 0.9004 0.557 0.468 0.400 0.132
#> SRR1361499 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR1500709 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1335917 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 3 0.0000 0.850 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.4796 0.842 0.780 0.220 0.000
#> SRR1400159 3 0.6305 0.432 0.000 0.484 0.516
#> SRR1457245 2 0.5859 0.799 0.000 0.656 0.344
#> SRR1356746 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR658319 2 0.5810 0.801 0.000 0.664 0.336
#> SRR1435946 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.5397 0.827 0.720 0.280 0.000
#> SRR1381799 2 0.5810 0.801 0.000 0.664 0.336
#> SRR1310158 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1341100 2 0.1289 0.437 0.000 0.968 0.032
#> SRR1342873 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1409421 1 0.0424 0.878 0.992 0.008 0.000
#> SRR1328577 2 0.5835 0.801 0.000 0.660 0.340
#> SRR808942 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1343818 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1472415 2 0.6305 0.717 0.000 0.516 0.484
#> SRR658409 2 0.5621 0.800 0.000 0.692 0.308
#> SRR1469681 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.4291 0.738 0.000 0.180 0.820
#> SRR1417894 1 0.5591 0.818 0.696 0.304 0.000
#> SRR1417422 3 0.2878 0.711 0.000 0.096 0.904
#> SRR1090674 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1076441 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1345953 4 0.0921 0.7193 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1357826 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1419656 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1454158 4 0.5157 0.6700 0.000 0.028 0.284 0.688
#> SRR1475408 3 0.4964 0.2909 0.000 0.032 0.724 0.244
#> SRR1472704 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1090046 3 0.3801 0.3696 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.5432 0.6438 0.000 0.032 0.316 0.652
#> SRR1334587 2 0.0592 0.8991 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1490246 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.3123 0.8072 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1083959 4 0.0336 0.7171 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1079948 4 0.5367 0.6546 0.000 0.032 0.304 0.664
#> SRR1310667 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR655852 4 0.5367 0.6546 0.000 0.032 0.304 0.664
#> SRR1352457 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1353994 4 0.0000 0.7169 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1454009 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1071084 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1082859 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1086538 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.5389 0.6515 0.000 0.032 0.308 0.660
#> SRR658105 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1429181 2 0.6992 0.4082 0.000 0.564 0.280 0.156
#> SRR1327896 4 0.5050 0.6768 0.000 0.028 0.268 0.704
#> SRR1464788 2 0.0817 0.8958 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1346861 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1318774 4 0.3610 0.7031 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1420517 1 0.5296 0.2884 0.500 0.008 0.492 0.000
#> SRR1369584 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1443244 3 0.4764 0.3337 0.000 0.032 0.748 0.220
#> SRR1455391 1 0.4994 0.3174 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1068999 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.4194 0.6132 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1070208 1 0.5040 0.4579 0.628 0.008 0.364 0.000
#> SRR1317282 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1096125 4 0.0336 0.7171 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1472506 3 0.3975 0.3382 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1388281 4 0.3384 0.7111 0.000 0.024 0.116 0.860
#> SRR1365622 2 0.3306 0.8051 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR662306 1 0.4999 0.2990 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.5036 0.2774 0.280 0.024 0.696 0.000
#> SRR1357166 1 0.4996 0.3107 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1488586 3 0.4713 0.0639 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.4418 0.3632 0.000 0.032 0.784 0.184
#> SRR1409397 2 0.0817 0.9033 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1465693 2 0.1118 0.9029 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1096547 3 0.3907 0.3519 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1456818 1 0.0336 0.7762 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR816336 3 0.4836 0.1659 0.320 0.008 0.672 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.5000 -0.3158 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.4995 0.2825 0.000 0.032 0.720 0.248
#> SRR1102949 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.5599 0.5995 0.000 0.032 0.352 0.616
#> SRR1403814 4 0.5838 0.4497 0.000 0.032 0.444 0.524
#> SRR1404887 3 0.4833 0.3207 0.000 0.032 0.740 0.228
#> SRR1434955 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.3306 0.8051 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1078258 4 0.2198 0.7196 0.000 0.008 0.072 0.920
#> SRR1455861 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1070260 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1410765 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.3726 0.5426 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1414661 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1359147 4 0.5389 0.6515 0.000 0.032 0.308 0.660
#> SRR1488694 3 0.5968 0.0961 0.444 0.024 0.524 0.008
#> SRR1477273 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1415792 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1369088 2 0.6115 0.6066 0.000 0.680 0.172 0.148
#> SRR1406621 2 0.3306 0.8051 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1401017 2 0.0336 0.9016 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099981 2 0.3123 0.8072 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR815208 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1380460 4 0.1151 0.7197 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR1091097 4 0.5231 0.6628 0.000 0.028 0.296 0.676
#> SRR1456010 1 0.5268 0.3520 0.540 0.008 0.452 0.000
#> SRR1498416 4 0.4502 0.6909 0.000 0.016 0.236 0.748
#> SRR818873 2 0.0336 0.9016 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR813868 4 0.5475 0.6589 0.000 0.036 0.308 0.656
#> SRR1394912 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 3 0.7467 -0.0467 0.000 0.216 0.500 0.284
#> SRR1459866 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.3013 0.4687 0.000 0.032 0.888 0.080
#> SRR1100472 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1331267 1 0.4454 0.4179 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1068977 2 0.3123 0.8072 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1391511 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1077920 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1457705 1 0.4977 0.3479 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.5000 -0.3158 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1469279 1 0.5236 0.3802 0.560 0.008 0.432 0.000
#> SRR1091791 4 0.5453 0.6398 0.000 0.032 0.320 0.648
#> SRR1341539 2 0.3306 0.8051 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1446354 1 0.4999 0.2990 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473403 4 0.3606 0.7075 0.000 0.140 0.020 0.840
#> SRR1084674 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1464702 1 0.0188 0.7788 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074860 4 0.5858 0.4015 0.000 0.032 0.468 0.500
#> SRR655447 4 0.5231 0.6628 0.000 0.028 0.296 0.676
#> SRR1404442 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1418795 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.5389 0.6515 0.000 0.032 0.308 0.660
#> SRR1489589 2 0.0707 0.9030 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1378284 1 0.5331 0.3904 0.644 0.024 0.332 0.000
#> SRR1408014 2 0.1118 0.9034 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1083052 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.4008 0.6797 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1323829 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1086772 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1486457 3 0.4543 0.1597 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1415257 2 0.0592 0.8991 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1071905 1 0.4999 0.2990 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR659223 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1386945 1 0.4999 0.2990 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR821498 3 0.5858 -0.3632 0.000 0.032 0.500 0.468
#> SRR1378903 4 0.5453 0.6398 0.000 0.032 0.320 0.648
#> SRR1472907 1 0.5138 0.4323 0.600 0.008 0.392 0.000
#> SRR1442313 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1077139 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1342758 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.5538 0.6493 0.000 0.036 0.320 0.644
#> SRR1070738 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1498951 1 0.5268 0.3529 0.540 0.008 0.452 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0336 0.9016 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR812198 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1420936 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1322249 1 0.0336 0.7762 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.5453 0.6398 0.000 0.032 0.320 0.648
#> SRR1081023 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5050 0.6768 0.000 0.028 0.268 0.704
#> SRR811285 2 0.0336 0.9016 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR657018 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1090791 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1439915 2 0.0336 0.9016 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1391575 3 0.5511 0.0445 0.000 0.032 0.636 0.332
#> SRR1314092 4 0.5389 0.6515 0.000 0.032 0.308 0.660
#> SRR1328941 3 0.5000 -0.3158 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1336181 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1362972 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.5853 0.4179 0.000 0.032 0.460 0.508
#> SRR1455902 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1437644 3 0.3749 0.4371 0.000 0.032 0.840 0.128
#> SRR1105009 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1367024 1 0.5000 0.2911 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR660248 3 0.5987 -0.3212 0.000 0.040 0.520 0.440
#> SRR1409620 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1339431 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0707 0.5042 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.0921 0.7193 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1406224 3 0.7319 -0.0939 0.000 0.384 0.460 0.156
#> SRR1393026 1 0.4999 0.2990 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR808428 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR615910 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1076219 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1407648 4 0.5050 0.6768 0.000 0.028 0.268 0.704
#> SRR1386775 3 0.4244 0.4536 0.168 0.032 0.800 0.000
#> SRR1388399 3 0.7075 0.4335 0.212 0.060 0.648 0.080
#> SRR1361499 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1500709 4 0.5389 0.6515 0.000 0.032 0.308 0.660
#> SRR1335917 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1211 0.9029 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1335212 1 0.4830 0.4307 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1400159 3 0.1792 0.5030 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1457245 4 0.0921 0.7193 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1356746 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR658319 4 0.4776 0.6859 0.000 0.024 0.244 0.732
#> SRR1435946 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.4994 0.3174 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1381799 4 0.3718 0.7064 0.000 0.012 0.168 0.820
#> SRR1310158 1 0.5000 0.2829 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1341100 3 0.4995 0.2825 0.000 0.032 0.720 0.248
#> SRR1342873 1 0.0336 0.7775 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.3123 0.8072 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1409421 1 0.2611 0.7181 0.896 0.008 0.096 0.000
#> SRR1328577 4 0.4353 0.6942 0.000 0.012 0.232 0.756
#> SRR808942 4 0.5207 0.6652 0.000 0.028 0.292 0.680
#> SRR1343818 4 0.5050 0.6768 0.000 0.028 0.268 0.704
#> SRR1472415 4 0.3024 0.7058 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR658409 4 0.5389 0.6515 0.000 0.032 0.308 0.660
#> SRR1469681 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3123 0.8072 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1417894 3 0.5000 -0.3158 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1417422 2 0.1661 0.8948 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1090674 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.2149 0.8871 0.000 0.048 0.000 0.036 0.916
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1345953 5 0.4088 0.5421 0.000 0.000 0.008 0.304 0.688
#> SRR1357826 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1419656 1 0.3722 0.7389 0.824 0.000 0.128 0.016 0.032
#> SRR1454158 4 0.4193 0.7312 0.000 0.000 0.024 0.720 0.256
#> SRR1475408 4 0.3242 0.6559 0.000 0.000 0.172 0.816 0.012
#> SRR1472704 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1090046 3 0.4536 0.5515 0.048 0.000 0.712 0.240 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.3274 0.7547 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1334587 2 0.0963 0.9406 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0451 0.9325 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1324206 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1408574 2 0.2149 0.9187 0.000 0.916 0.036 0.048 0.000
#> SRR1083959 5 0.1410 0.8575 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1079948 4 0.3424 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1310667 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.3452 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1352457 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1353994 5 0.3388 0.7164 0.000 0.000 0.008 0.200 0.792
#> SRR1459561 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.3480 0.8424 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.1357 0.9070 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.3424 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR658105 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR811073 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1429181 4 0.5716 0.4702 0.000 0.240 0.144 0.616 0.000
#> SRR1327896 4 0.3561 0.7342 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1464788 2 0.0963 0.9406 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1318774 4 0.4114 0.5668 0.000 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1420517 3 0.5012 0.8227 0.240 0.000 0.696 0.016 0.048
#> SRR1369584 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.3123 0.6585 0.000 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1455391 3 0.3534 0.8380 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.1372 0.9106 0.956 0.000 0.004 0.016 0.024
#> SRR1481297 3 0.5355 0.7342 0.316 0.000 0.624 0.016 0.044
#> SRR1070208 1 0.4775 0.5189 0.724 0.000 0.216 0.016 0.044
#> SRR1317282 3 0.3855 0.8440 0.240 0.000 0.748 0.008 0.004
#> SRR1096125 5 0.2305 0.8306 0.000 0.000 0.012 0.092 0.896
#> SRR1472506 3 0.5227 0.5556 0.052 0.000 0.688 0.236 0.024
#> SRR1388281 5 0.4481 0.2045 0.000 0.000 0.008 0.416 0.576
#> SRR1365622 2 0.2446 0.9099 0.000 0.900 0.044 0.056 0.000
#> SRR662306 3 0.3579 0.8455 0.240 0.000 0.756 0.000 0.004
#> SRR662811 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR820571 3 0.6348 0.5292 0.092 0.004 0.616 0.244 0.044
#> SRR1357166 3 0.3480 0.8424 0.248 0.000 0.752 0.000 0.000
#> SRR1488586 3 0.5073 0.6364 0.080 0.000 0.732 0.164 0.024
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.3582 0.6203 0.000 0.000 0.224 0.768 0.008
#> SRR1409397 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.4607 0.5629 0.048 0.000 0.720 0.228 0.004
#> SRR1456818 1 0.1419 0.9161 0.956 0.000 0.012 0.016 0.016
#> SRR816336 3 0.5364 0.6159 0.064 0.000 0.708 0.188 0.040
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0162 0.9346 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084079 4 0.3123 0.6585 0.000 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3289 0.7343 0.000 0.000 0.048 0.844 0.108
#> SRR1403814 4 0.1341 0.7299 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1404887 4 0.3123 0.6585 0.000 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356765 2 0.2446 0.9099 0.000 0.900 0.044 0.056 0.000
#> SRR1078258 5 0.3949 0.4898 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4401 0.6476 0.764 0.000 0.104 0.132 0.000
#> SRR1414661 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1359147 4 0.3424 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1488694 1 0.7148 0.1259 0.436 0.000 0.200 0.336 0.028
#> SRR1477273 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3807 0.8437 0.240 0.000 0.748 0.000 0.012
#> SRR1369088 2 0.6257 0.1552 0.000 0.460 0.148 0.392 0.000
#> SRR1406621 2 0.2304 0.9159 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR1401017 2 0.0880 0.9427 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.2149 0.9187 0.000 0.916 0.036 0.048 0.000
#> SRR815208 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1380460 5 0.3636 0.6122 0.000 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1091097 4 0.3452 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1456010 3 0.5064 0.8180 0.248 0.000 0.688 0.016 0.048
#> SRR1498416 4 0.3966 0.6556 0.000 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR818873 2 0.0794 0.9430 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.3671 0.7521 0.000 0.000 0.008 0.756 0.236
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.3360 0.6534 0.000 0.004 0.168 0.816 0.012
#> SRR1459866 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1364871 4 0.4352 0.5330 0.000 0.000 0.244 0.720 0.036
#> SRR1100472 5 0.1597 0.9049 0.000 0.048 0.012 0.000 0.940
#> SRR1331267 1 0.6204 0.3599 0.580 0.000 0.168 0.244 0.008
#> SRR1068977 2 0.2228 0.9176 0.000 0.912 0.040 0.048 0.000
#> SRR1391511 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1077920 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1457705 3 0.4295 0.8352 0.248 0.000 0.724 0.004 0.024
#> SRR1437073 1 0.0671 0.9285 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1473124 3 0.4288 0.8403 0.240 0.000 0.732 0.012 0.016
#> SRR1469279 3 0.4618 0.8272 0.248 0.000 0.712 0.016 0.024
#> SRR1091791 4 0.3177 0.7550 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1341539 2 0.2304 0.9159 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR1446354 3 0.3452 0.8446 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368050 1 0.0671 0.9285 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR656970 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1473403 5 0.2538 0.8780 0.000 0.048 0.004 0.048 0.900
#> SRR1084674 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.1251 0.9055 0.956 0.000 0.036 0.000 0.008
#> SRR1074860 4 0.1444 0.7220 0.000 0.000 0.012 0.948 0.040
#> SRR655447 4 0.3452 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1404442 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1418795 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1458335 4 0.3807 0.7498 0.000 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1489589 2 0.0290 0.9449 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.7401 0.2588 0.516 0.020 0.204 0.228 0.032
#> SRR1408014 2 0.0703 0.9439 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.1549 0.9059 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1339236 2 0.4665 0.7472 0.000 0.724 0.224 0.040 0.012
#> SRR1323829 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1086772 5 0.1518 0.9063 0.000 0.048 0.004 0.004 0.944
#> SRR1486457 3 0.3339 0.6986 0.068 0.000 0.856 0.068 0.008
#> SRR1415257 2 0.0963 0.9406 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.3734 0.8450 0.240 0.000 0.752 0.004 0.004
#> SRR821498 4 0.1386 0.7085 0.000 0.000 0.032 0.952 0.016
#> SRR1378903 4 0.3366 0.7529 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1472907 3 0.5564 0.6701 0.356 0.000 0.580 0.016 0.048
#> SRR1442313 5 0.1597 0.9049 0.000 0.048 0.012 0.000 0.940
#> SRR1077139 2 0.0992 0.9411 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1342758 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR656911 4 0.3551 0.7548 0.000 0.000 0.008 0.772 0.220
#> SRR1070738 1 0.0898 0.9214 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1476950 1 0.1710 0.9028 0.940 0.000 0.004 0.016 0.040
#> SRR1488196 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.5094 0.8070 0.264 0.000 0.676 0.016 0.044
#> SRR1413392 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657528 2 0.1121 0.9409 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR660283 5 0.1357 0.9066 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1322249 1 0.1560 0.9072 0.948 0.000 0.020 0.004 0.028
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.3003 0.7537 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.3636 0.7205 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR811285 2 0.0880 0.9415 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0703 0.9444 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0880 0.9427 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.2727 0.6774 0.000 0.000 0.116 0.868 0.016
#> SRR1314092 4 0.3807 0.7498 0.000 0.000 0.012 0.748 0.240
#> SRR1328941 3 0.3700 0.8451 0.240 0.000 0.752 0.000 0.008
#> SRR1336181 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1362972 1 0.0798 0.9238 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1366790 4 0.1942 0.7327 0.000 0.000 0.012 0.920 0.068
#> SRR1455902 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.3333 0.6264 0.000 0.000 0.208 0.788 0.004
#> SRR1105009 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1367024 3 0.3962 0.8427 0.240 0.000 0.744 0.012 0.004
#> SRR660248 4 0.3203 0.6583 0.000 0.000 0.168 0.820 0.012
#> SRR1409620 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455807 5 0.1357 0.9070 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR1339431 1 0.1498 0.9078 0.952 0.000 0.008 0.016 0.024
#> SRR1378948 3 0.4298 0.3431 0.000 0.000 0.640 0.352 0.008
#> SRR1469237 1 0.0290 0.9339 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098264 5 0.4025 0.5689 0.000 0.000 0.008 0.292 0.700
#> SRR1406224 4 0.4783 0.5965 0.000 0.100 0.176 0.724 0.000
#> SRR1393026 3 0.3855 0.8440 0.240 0.000 0.748 0.008 0.004
#> SRR808428 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR615910 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.1988 0.8927 0.928 0.000 0.008 0.016 0.048
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.3561 0.7342 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1386775 4 0.6199 -0.0141 0.048 0.000 0.420 0.488 0.044
#> SRR1388399 3 0.6001 0.0409 0.020 0.020 0.500 0.432 0.028
#> SRR1361499 5 0.1597 0.9049 0.000 0.048 0.012 0.000 0.940
#> SRR1500709 4 0.3424 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0609 0.9448 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.4900 0.4885 0.464 0.000 0.512 0.000 0.024
#> SRR1400159 3 0.4253 0.3467 0.000 0.004 0.660 0.332 0.004
#> SRR1457245 5 0.4003 0.5709 0.000 0.000 0.008 0.288 0.704
#> SRR1356746 5 0.1197 0.9078 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR658319 4 0.3928 0.6950 0.000 0.000 0.004 0.700 0.296
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0162 0.9337 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3635 0.8419 0.248 0.000 0.748 0.000 0.004
#> SRR1381799 4 0.4066 0.6399 0.000 0.000 0.004 0.672 0.324
#> SRR1310158 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.3123 0.6585 0.000 0.000 0.160 0.828 0.012
#> SRR1342873 1 0.1547 0.9049 0.948 0.000 0.004 0.016 0.032
#> SRR1472102 2 0.2228 0.9176 0.000 0.912 0.040 0.048 0.000
#> SRR1409421 1 0.5138 0.4199 0.676 0.000 0.260 0.016 0.048
#> SRR1328577 4 0.3636 0.7205 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR808942 4 0.3728 0.7483 0.000 0.000 0.008 0.748 0.244
#> SRR1343818 4 0.3480 0.7446 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1472415 5 0.1357 0.9070 0.000 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR658409 4 0.3424 0.7501 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.2228 0.9176 0.000 0.912 0.040 0.048 0.000
#> SRR1417894 3 0.3424 0.8458 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.1299 0.9306 0.000 0.960 0.008 0.012 0.020
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9351 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.2846 0.9043 0.000 0.016 0.004 0.140 0.840 0.000
#> SRR1076441 1 0.0146 0.8800 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1345953 4 0.4344 0.1212 0.000 0.000 0.008 0.568 0.412 0.012
#> SRR1357826 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1419656 1 0.5912 0.5041 0.588 0.000 0.124 0.000 0.048 0.240
#> SRR1454158 4 0.3362 0.7270 0.000 0.000 0.028 0.840 0.052 0.080
#> SRR1475408 6 0.4175 0.1975 0.000 0.000 0.012 0.464 0.000 0.524
#> SRR1472704 5 0.2149 0.9566 0.000 0.016 0.004 0.080 0.900 0.000
#> SRR1090046 3 0.5017 -0.1063 0.008 0.000 0.508 0.052 0.000 0.432
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0717 0.7337 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1334587 2 0.3120 0.8821 0.000 0.860 0.040 0.016 0.008 0.076
#> SRR1490246 1 0.0436 0.8790 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1467522 1 0.1888 0.8725 0.916 0.000 0.004 0.000 0.012 0.068
#> SRR1324206 1 0.1881 0.8755 0.924 0.004 0.004 0.000 0.016 0.052
#> SRR1408574 2 0.3668 0.8642 0.000 0.824 0.040 0.028 0.008 0.100
#> SRR1083959 5 0.2773 0.8894 0.000 0.000 0.004 0.152 0.836 0.008
#> SRR1079948 4 0.1398 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1310667 2 0.1565 0.9044 0.000 0.940 0.028 0.000 0.028 0.004
#> SRR655852 4 0.1141 0.7483 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1352457 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1353994 5 0.4403 0.2303 0.000 0.000 0.008 0.460 0.520 0.012
#> SRR1459561 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1454009 3 0.2556 0.8538 0.120 0.000 0.864 0.000 0.008 0.008
#> SRR1071084 3 0.2636 0.8544 0.120 0.000 0.860 0.000 0.004 0.016
#> SRR1082859 5 0.2767 0.9520 0.000 0.016 0.024 0.080 0.876 0.004
#> SRR1086538 1 0.0436 0.8790 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1486262 4 0.1333 0.7472 0.000 0.000 0.000 0.944 0.048 0.008
#> SRR658105 1 0.1938 0.8730 0.920 0.008 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR811073 5 0.2262 0.9564 0.000 0.016 0.008 0.080 0.896 0.000
#> SRR1429181 4 0.7045 -0.1877 0.000 0.208 0.056 0.368 0.008 0.360
#> SRR1327896 4 0.1462 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1464788 2 0.3120 0.8821 0.000 0.860 0.040 0.016 0.008 0.076
#> SRR1346861 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1318774 4 0.2597 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1420517 3 0.6151 0.5634 0.116 0.000 0.496 0.000 0.044 0.344
#> SRR1369584 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1443244 4 0.3867 -0.1878 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1455391 3 0.2531 0.8474 0.128 0.000 0.860 0.000 0.004 0.008
#> SRR1068999 1 0.4321 0.7190 0.732 0.000 0.020 0.000 0.048 0.200
#> SRR1481297 3 0.6696 0.4720 0.204 0.000 0.444 0.000 0.052 0.300
#> SRR1070208 1 0.5646 0.5098 0.560 0.000 0.080 0.000 0.036 0.324
#> SRR1317282 3 0.3609 0.8413 0.116 0.000 0.812 0.000 0.016 0.056
#> SRR1096125 5 0.3648 0.8609 0.000 0.000 0.028 0.168 0.788 0.016
#> SRR1472506 6 0.5051 0.4361 0.016 0.008 0.260 0.052 0.004 0.660
#> SRR1388281 4 0.4257 0.3882 0.000 0.000 0.016 0.652 0.320 0.012
#> SRR1365622 2 0.4128 0.8315 0.000 0.784 0.040 0.032 0.008 0.136
#> SRR662306 3 0.2760 0.8521 0.116 0.000 0.856 0.000 0.004 0.024
#> SRR662811 1 0.1964 0.8727 0.920 0.012 0.004 0.000 0.008 0.056
#> SRR820571 6 0.3544 0.5342 0.020 0.000 0.108 0.052 0.000 0.820
#> SRR1357166 3 0.2146 0.8548 0.116 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488586 6 0.5230 0.4010 0.016 0.012 0.264 0.028 0.024 0.656
#> SRR1485398 1 0.0508 0.8808 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1417725 6 0.4775 0.2090 0.000 0.000 0.040 0.456 0.004 0.500
#> SRR1409397 2 0.1629 0.9050 0.000 0.940 0.028 0.004 0.024 0.004
#> SRR1465693 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1096547 3 0.4962 -0.0302 0.008 0.000 0.516 0.048 0.000 0.428
#> SRR1456818 1 0.3916 0.7685 0.748 0.004 0.012 0.000 0.020 0.216
#> SRR816336 6 0.4452 0.3023 0.012 0.000 0.244 0.004 0.040 0.700
#> SRR1420238 1 0.0436 0.8790 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1433374 3 0.2288 0.8543 0.116 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004
#> SRR1436990 1 0.0405 0.8810 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR662378 1 0.0405 0.8806 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1477671 1 0.2058 0.8723 0.916 0.008 0.004 0.000 0.016 0.056
#> SRR1084079 4 0.3864 -0.1702 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3231 0.5448 0.000 0.000 0.016 0.784 0.000 0.200
#> SRR1403814 4 0.1610 0.6458 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1404887 4 0.3867 -0.1878 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2786 0.8514 0.864 0.012 0.000 0.000 0.024 0.100
#> SRR1356765 2 0.3834 0.8561 0.000 0.812 0.040 0.032 0.008 0.108
#> SRR1078258 4 0.4123 0.1163 0.000 0.000 0.000 0.568 0.420 0.012
#> SRR1455861 1 0.0767 0.8810 0.976 0.008 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1420296 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1070260 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1410765 1 0.0146 0.8800 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.3915 0.4534 0.692 0.000 0.004 0.016 0.000 0.288
#> SRR1414661 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1359147 4 0.1398 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1488694 6 0.5275 0.5491 0.176 0.008 0.008 0.124 0.008 0.676
#> SRR1477273 3 0.2191 0.8551 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415792 3 0.4288 0.7977 0.120 0.008 0.768 0.000 0.012 0.092
#> SRR1369088 6 0.6914 0.0519 0.000 0.360 0.040 0.200 0.012 0.388
#> SRR1406621 2 0.4015 0.8394 0.000 0.792 0.040 0.028 0.008 0.132
#> SRR1401017 2 0.1772 0.9035 0.000 0.936 0.020 0.008 0.008 0.028
#> SRR1099981 2 0.3366 0.8763 0.000 0.848 0.040 0.028 0.008 0.076
#> SRR815208 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1380460 4 0.4093 -0.0898 0.000 0.000 0.000 0.516 0.476 0.008
#> SRR1091097 4 0.1141 0.7483 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1456010 3 0.6024 0.6089 0.120 0.000 0.536 0.000 0.040 0.304
#> SRR1498416 4 0.3056 0.6866 0.000 0.000 0.012 0.820 0.160 0.008
#> SRR818873 2 0.1772 0.9035 0.000 0.936 0.020 0.008 0.008 0.028
#> SRR813868 4 0.2803 0.7316 0.000 0.000 0.012 0.872 0.052 0.064
#> SRR1394912 1 0.1053 0.8800 0.964 0.004 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1475824 6 0.4386 0.2090 0.000 0.000 0.016 0.464 0.004 0.516
#> SRR1459866 1 0.2063 0.8701 0.912 0.008 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR1364871 6 0.3368 0.5204 0.000 0.000 0.012 0.232 0.000 0.756
#> SRR1100472 5 0.3109 0.9463 0.000 0.012 0.028 0.084 0.860 0.016
#> SRR1331267 6 0.5317 0.3128 0.348 0.012 0.004 0.052 0.008 0.576
#> SRR1068977 2 0.3715 0.8618 0.000 0.820 0.040 0.028 0.008 0.104
#> SRR1391511 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1077920 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1457705 3 0.4681 0.7732 0.120 0.004 0.724 0.000 0.012 0.140
#> SRR1437073 1 0.3048 0.8396 0.844 0.012 0.000 0.000 0.028 0.116
#> SRR1473124 3 0.4713 0.7912 0.120 0.000 0.728 0.000 0.028 0.124
#> SRR1469279 3 0.5116 0.7585 0.128 0.000 0.692 0.000 0.036 0.144
#> SRR1091791 4 0.0260 0.7229 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1341539 2 0.3715 0.8619 0.000 0.820 0.040 0.028 0.008 0.104
#> SRR1446354 3 0.2191 0.8551 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415420 1 0.2022 0.8721 0.916 0.008 0.000 0.000 0.024 0.052
#> SRR1368050 1 0.3048 0.8396 0.844 0.012 0.000 0.000 0.028 0.116
#> SRR656970 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1473403 5 0.3572 0.9030 0.000 0.012 0.024 0.140 0.812 0.012
#> SRR1084674 3 0.2146 0.8548 0.116 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464702 1 0.2892 0.8600 0.876 0.012 0.016 0.000 0.028 0.068
#> SRR1074860 4 0.2491 0.5602 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR655447 4 0.1398 0.7473 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1404442 5 0.2149 0.9566 0.000 0.016 0.004 0.080 0.900 0.000
#> SRR1418795 1 0.1799 0.8734 0.928 0.008 0.004 0.000 0.008 0.052
#> SRR1458335 4 0.2895 0.7319 0.000 0.000 0.016 0.868 0.052 0.064
#> SRR1489589 2 0.0665 0.9072 0.000 0.980 0.000 0.008 0.004 0.008
#> SRR1378284 6 0.5196 0.3423 0.340 0.012 0.012 0.048 0.000 0.588
#> SRR1408014 2 0.1680 0.9062 0.000 0.940 0.024 0.004 0.012 0.020
#> SRR1083052 1 0.4136 0.7014 0.692 0.000 0.004 0.000 0.032 0.272
#> SRR1339236 2 0.5115 0.4871 0.000 0.576 0.052 0.008 0.008 0.356
#> SRR1323829 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1086772 5 0.3041 0.9454 0.000 0.012 0.024 0.092 0.860 0.012
#> SRR1486457 3 0.3816 0.4512 0.016 0.000 0.688 0.000 0.000 0.296
#> SRR1415257 2 0.3028 0.8832 0.000 0.864 0.040 0.012 0.008 0.076
#> SRR1071905 3 0.2146 0.8548 0.116 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004
#> SRR659223 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1386945 3 0.2913 0.8508 0.116 0.000 0.848 0.000 0.004 0.032
#> SRR821498 4 0.3483 0.4749 0.000 0.000 0.016 0.748 0.000 0.236
#> SRR1378903 4 0.0972 0.7403 0.000 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR1472907 6 0.6902 -0.3343 0.292 0.000 0.320 0.000 0.048 0.340
#> SRR1442313 5 0.2902 0.9514 0.000 0.016 0.016 0.080 0.872 0.016
#> SRR1077139 2 0.1713 0.8969 0.000 0.928 0.028 0.000 0.044 0.000
#> SRR1342758 1 0.2386 0.8664 0.896 0.012 0.000 0.000 0.028 0.064
#> SRR656911 4 0.2485 0.7281 0.000 0.000 0.012 0.892 0.040 0.056
#> SRR1070738 1 0.2445 0.8215 0.872 0.000 0.000 0.000 0.020 0.108
#> SRR1476950 1 0.4843 0.6452 0.632 0.000 0.020 0.000 0.044 0.304
#> SRR1488196 3 0.2333 0.8551 0.120 0.000 0.872 0.000 0.004 0.004
#> SRR1498951 3 0.6266 0.5927 0.140 0.000 0.516 0.000 0.048 0.296
#> SRR1413392 1 0.1914 0.8717 0.920 0.008 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR657528 2 0.3578 0.8649 0.000 0.828 0.052 0.012 0.012 0.096
#> SRR812198 1 0.2076 0.8696 0.912 0.012 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR660283 5 0.2306 0.9507 0.000 0.016 0.004 0.092 0.888 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.2542 0.9540 0.000 0.016 0.020 0.080 0.884 0.000
#> SRR1322249 1 0.4022 0.7599 0.740 0.012 0.004 0.000 0.024 0.220
#> SRR1396682 1 0.0146 0.8800 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0603 0.7194 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1081023 1 0.0291 0.8807 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092517 4 0.1204 0.7479 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR811285 2 0.2407 0.8963 0.000 0.904 0.036 0.008 0.012 0.040
#> SRR657018 1 0.0405 0.8810 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1365534 3 0.2146 0.8548 0.116 0.000 0.880 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090791 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1439915 2 0.1684 0.9040 0.000 0.940 0.016 0.008 0.008 0.028
#> SRR1391575 4 0.3717 0.1017 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1314092 4 0.2895 0.7319 0.000 0.000 0.016 0.868 0.052 0.064
#> SRR1328941 3 0.3307 0.8438 0.120 0.000 0.828 0.000 0.012 0.040
#> SRR1336181 5 0.2149 0.9566 0.000 0.016 0.004 0.080 0.900 0.000
#> SRR1362972 1 0.2301 0.8300 0.884 0.000 0.000 0.000 0.020 0.096
#> SRR1366790 4 0.2592 0.6444 0.000 0.000 0.016 0.864 0.004 0.116
#> SRR1455902 3 0.2288 0.8543 0.116 0.000 0.876 0.000 0.004 0.004
#> SRR1437644 6 0.4111 0.2239 0.000 0.000 0.004 0.456 0.004 0.536
#> SRR1105009 5 0.2006 0.9573 0.000 0.016 0.000 0.080 0.904 0.000
#> SRR1367024 3 0.4021 0.8294 0.116 0.000 0.788 0.000 0.028 0.068
#> SRR660248 4 0.4303 -0.1051 0.000 0.000 0.012 0.524 0.004 0.460
#> SRR1409620 1 0.2326 0.8674 0.900 0.012 0.000 0.000 0.028 0.060
#> SRR1455807 5 0.2767 0.9520 0.000 0.016 0.024 0.080 0.876 0.004
#> SRR1339431 1 0.4200 0.7283 0.744 0.000 0.020 0.000 0.044 0.192
#> SRR1378948 6 0.4922 0.4662 0.000 0.000 0.288 0.096 0.000 0.616
#> SRR1469237 1 0.2247 0.8681 0.904 0.012 0.000 0.000 0.024 0.060
#> SRR1098264 4 0.4370 0.0607 0.000 0.000 0.008 0.552 0.428 0.012
#> SRR1406224 6 0.6204 0.2201 0.000 0.072 0.056 0.396 0.008 0.468
#> SRR1393026 3 0.3457 0.8421 0.116 0.000 0.820 0.000 0.012 0.052
#> SRR808428 5 0.2149 0.9566 0.000 0.016 0.004 0.080 0.900 0.000
#> SRR615910 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1076219 1 0.4929 0.6219 0.604 0.004 0.004 0.000 0.060 0.328
#> SRR1481128 1 0.0291 0.8807 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359262 2 0.1421 0.9055 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028 0.000
#> SRR1407648 4 0.1462 0.7475 0.000 0.000 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR1386775 6 0.4223 0.5945 0.012 0.008 0.080 0.128 0.000 0.772
#> SRR1388399 6 0.4538 0.5876 0.008 0.020 0.084 0.104 0.012 0.772
#> SRR1361499 5 0.3109 0.9463 0.000 0.012 0.028 0.084 0.860 0.016
#> SRR1500709 4 0.1141 0.7483 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1485 0.9054 0.000 0.944 0.028 0.004 0.024 0.000
#> SRR1335212 1 0.6720 -0.1712 0.404 0.012 0.364 0.000 0.028 0.192
#> SRR1400159 6 0.5098 0.3992 0.000 0.000 0.352 0.092 0.000 0.556
#> SRR1457245 4 0.4566 -0.0103 0.000 0.000 0.016 0.520 0.452 0.012
#> SRR1356746 5 0.2542 0.9540 0.000 0.016 0.020 0.080 0.884 0.000
#> SRR658319 4 0.3125 0.7303 0.000 0.000 0.016 0.852 0.076 0.056
#> SRR1435946 1 0.0146 0.8800 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0653 0.8807 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1100893 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2804 0.8525 0.120 0.000 0.852 0.000 0.004 0.024
#> SRR1381799 4 0.2600 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.860 0.124 0.008
#> SRR1310158 3 0.2191 0.8551 0.120 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341100 4 0.3866 -0.1758 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1342873 1 0.4584 0.6766 0.692 0.000 0.020 0.000 0.048 0.240
#> SRR1472102 2 0.3366 0.8763 0.000 0.848 0.040 0.028 0.008 0.076
#> SRR1409421 1 0.6711 0.1568 0.424 0.000 0.212 0.000 0.048 0.316
#> SRR1328577 4 0.1524 0.7454 0.000 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR808942 4 0.2836 0.7331 0.000 0.000 0.016 0.872 0.052 0.060
#> SRR1343818 4 0.1141 0.7483 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1472415 5 0.2767 0.9520 0.000 0.016 0.024 0.080 0.876 0.004
#> SRR658409 4 0.1398 0.7477 0.000 0.000 0.000 0.940 0.052 0.008
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8805 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3675 0.8690 0.000 0.828 0.056 0.028 0.008 0.080
#> SRR1417894 3 0.2003 0.8548 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.1410 0.8942 0.000 0.944 0.000 0.044 0.008 0.004
#> SRR1090674 1 0.0146 0.8800 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.996 0.5016 0.499 0.499
#> 3 3 1.000 0.972 0.986 0.2601 0.851 0.707
#> 4 4 0.874 0.893 0.936 0.1376 0.892 0.714
#> 5 5 0.889 0.904 0.932 0.0777 0.926 0.738
#> 6 6 0.886 0.788 0.900 0.0377 0.989 0.948
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.7602 0.717 0.780 0.220
#> SRR1455391 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.9710 0.324 0.400 0.600
#> SRR1102949 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.9170 0.504 0.668 0.332
#> SRR1434955 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1100472 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR1105009 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1345953 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454158 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 2 0.6244 0.205 0.000 0.560 0.440
#> SRR1472704 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312822 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1490246 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1083959 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR655852 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1353994 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1454009 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1071084 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1082859 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1327896 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1346861 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369584 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1443244 2 0.5650 0.557 0.312 0.688 0.000
#> SRR1455391 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1068999 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070208 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096125 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1388281 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR662306 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR662811 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1488586 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0424 0.966 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409397 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1465693 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1096547 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1456818 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420238 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436990 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0592 0.961 0.012 0.988 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 2 0.5058 0.661 0.244 0.756 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1078258 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1070260 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1415792 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1369088 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406621 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1401017 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1099981 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR815208 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1498416 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR813868 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.5560 0.562 0.000 0.700 0.300
#> SRR1459866 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100472 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1391511 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.0424 0.991 0.992 0.000 0.008
#> SRR1437073 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469279 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1091791 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1446354 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1415420 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1473403 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1464702 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489589 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1378284 1 0.4002 0.812 0.840 0.000 0.160
#> SRR1408014 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1083052 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.0000 0.984 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1086772 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1415257 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1071905 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR659223 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1386945 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR821498 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442313 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1342758 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1498951 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413392 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR812198 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR657018 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1090791 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1439915 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1391575 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1336181 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1437644 2 0.6647 0.327 0.396 0.592 0.012
#> SRR1105009 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR660248 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1469237 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1393026 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR808428 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1076219 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1407648 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.4452 0.765 0.808 0.000 0.192
#> SRR1361499 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1335212 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.0237 0.988 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457245 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1381799 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341100 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1409421 1 0.0237 0.992 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328577 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.0592 0.996 0.000 0.012 0.988
#> SRR1417894 1 0.0592 0.990 0.988 0.000 0.012
#> SRR1417422 3 0.3412 0.867 0.000 0.124 0.876
#> SRR1090674 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1357826 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.1792 0.854 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1454158 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475408 4 0.6758 0.473 0.000 0.240 0.156 0.604
#> SRR1472704 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 3 0.1389 0.796 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1334587 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1310667 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1352457 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.1022 0.956 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1459561 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1071084 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1082859 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR658105 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1464788 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.4331 0.465 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.6855 0.447 0.600 0.000 0.200 0.200
#> SRR1455391 3 0.3649 0.936 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1068999 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1481297 1 0.4564 0.352 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1070208 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317282 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1096125 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.4948 -0.112 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1388281 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357166 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.4981 0.177 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1409397 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.4992 -0.275 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.7085 0.465 0.232 0.000 0.200 0.568
#> SRR1102949 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403814 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1404887 1 0.7004 0.415 0.580 0.000 0.200 0.220
#> SRR1434955 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078258 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.3219 0.760 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1414661 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359147 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1488694 1 0.3356 0.747 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1477273 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1415792 1 0.4564 0.337 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815208 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 4 0.0336 0.961 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1091097 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1456010 3 0.4855 0.610 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1498416 4 0.0469 0.961 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR818873 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.7527 0.165 0.000 0.356 0.192 0.452
#> SRR1459866 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.3400 0.753 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1100472 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.3219 0.760 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391511 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.4898 0.573 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1469279 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1091791 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1341539 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1464702 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074860 4 0.1557 0.943 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR655447 4 0.1022 0.956 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1404442 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.3172 0.733 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR821498 4 0.0921 0.957 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1378903 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1472907 1 0.1940 0.845 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1442313 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1488196 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1498951 1 0.4989 -0.260 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1081023 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR811285 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.1474 0.946 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1314092 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328941 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1336181 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455902 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1437644 3 0.1109 0.773 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1105009 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR660248 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.1118 0.782 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1406224 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR808428 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1386775 1 0.3219 0.760 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1388399 1 0.3356 0.712 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR1361499 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1335917 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.5097 0.178 0.000 0.428 0.568 0.004
#> SRR1457245 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0469 0.910 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1381799 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1341100 4 0.3610 0.812 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1342873 1 0.0336 0.913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.1940 0.845 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1328577 4 0.1022 0.956 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR808942 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343818 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1472415 4 0.0000 0.963 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 4 0.1118 0.955 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1469681 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.995 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.3610 0.941 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1417422 2 0.2973 0.811 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1090674 1 0.0000 0.919 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0703 0.93415 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.3274 0.91244 0.000 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1357826 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.3535 0.75992 0.808 0.000 0.164 0.028 0.000
#> SRR1454158 5 0.0609 0.96304 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1475408 5 0.2436 0.89643 0.000 0.020 0.036 0.032 0.912
#> SRR1472704 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 3 0.2209 0.81066 0.032 0.000 0.912 0.056 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1334587 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0290 0.94093 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1310667 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.3143 0.92336 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1352457 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.3395 0.89772 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1459561 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.1792 0.89849 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR658105 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.3003 0.92880 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1464788 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 5 0.1478 0.90459 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1420517 1 0.4948 0.06158 0.536 0.000 0.436 0.028 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.1682 0.79423 0.044 0.000 0.004 0.940 0.012
#> SRR1455391 3 0.2020 0.88735 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0992 0.93031 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1481297 1 0.4965 -0.00834 0.520 0.000 0.452 0.028 0.000
#> SRR1070208 1 0.0865 0.93275 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1317282 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1096125 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 3 0.4481 0.40938 0.416 0.000 0.576 0.008 0.000
#> SRR1388281 5 0.0162 0.97271 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1365622 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.1668 0.91069 0.940 0.000 0.032 0.028 0.000
#> SRR1357166 3 0.1671 0.90325 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0290 0.94099 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 5 0.4603 0.54663 0.000 0.000 0.300 0.032 0.668
#> SRR1409397 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.1357 0.88267 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.4942 0.32342 0.432 0.000 0.540 0.028 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0510 0.93768 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.1653 0.81455 0.024 0.000 0.004 0.944 0.028
#> SRR1102949 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.0703 0.96234 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1403814 4 0.2690 0.91652 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1404887 4 0.2696 0.76767 0.040 0.000 0.052 0.896 0.012
#> SRR1434955 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078258 5 0.1671 0.88736 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1455861 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0162 0.94232 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481315 1 0.2726 0.85763 0.884 0.000 0.052 0.064 0.000
#> SRR1414661 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359147 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1488694 1 0.3657 0.79899 0.820 0.000 0.064 0.116 0.000
#> SRR1477273 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.4161 0.25465 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 5 0.2329 0.81348 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1091097 4 0.3143 0.92333 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1456010 3 0.4584 0.60593 0.312 0.000 0.660 0.028 0.000
#> SRR1498416 4 0.3932 0.76622 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR818873 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 5 0.0404 0.96887 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1394912 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.2654 0.86658 0.000 0.032 0.000 0.884 0.084
#> SRR1459866 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.4676 0.73867 0.740 0.000 0.120 0.140 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.3507 0.80774 0.828 0.000 0.052 0.120 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391511 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.4047 0.61922 0.320 0.000 0.676 0.004 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.1768 0.90395 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR1469279 3 0.2069 0.89790 0.076 0.000 0.912 0.012 0.000
#> SRR1091791 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1341539 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0880 0.92364 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.2127 0.88712 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR655447 4 0.3177 0.92106 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1404442 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.0510 0.96623 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1489589 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.3197 0.81920 0.852 0.116 0.008 0.024 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0703 0.93415 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.4219 0.52774 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1378903 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1472907 1 0.3612 0.74769 0.800 0.000 0.172 0.028 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.0290 0.97133 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1070738 1 0.0703 0.93415 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476950 1 0.0865 0.93248 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1488196 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.4965 0.25940 0.452 0.000 0.520 0.028 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0162 0.98805 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812198 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1081023 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.3143 0.92333 0.000 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR811285 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.2280 0.89519 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1314092 5 0.0510 0.96623 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1328941 3 0.1768 0.90395 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0703 0.93415 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1366790 5 0.0609 0.96304 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1455902 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1437644 3 0.3536 0.72336 0.032 0.000 0.812 0.156 0.000
#> SRR1105009 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.1041 0.94943 0.000 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1409620 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0865 0.93248 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1378948 3 0.1608 0.79466 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.3305 0.90929 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1406224 2 0.2249 0.87833 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR1393026 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0794 0.93261 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1386775 1 0.3888 0.78622 0.800 0.000 0.064 0.136 0.000
#> SRR1388399 1 0.3099 0.80123 0.848 0.132 0.012 0.008 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 4 0.3395 0.89703 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1335917 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.5703 0.34768 0.000 0.340 0.588 0.032 0.040
#> SRR1457245 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 5 0.0510 0.96623 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1435946 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1121 0.91376 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.1430 0.83935 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR1342873 1 0.1399 0.91992 0.952 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.3535 0.76028 0.808 0.000 0.164 0.028 0.000
#> SRR1328577 4 0.3177 0.92106 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR808942 5 0.0609 0.96304 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1343818 4 0.3003 0.92879 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1472415 5 0.0000 0.97581 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 4 0.2966 0.92959 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1469681 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.99203 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.1608 0.90536 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.2813 0.78462 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1090674 1 0.0000 0.94366 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0146 0.95151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1076441 1 0.1814 0.78722 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1489803 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345953 4 0.1863 0.89683 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1357826 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.5648 -0.08844 0.516 0.000 0.180 0.000 0.000 0.304
#> SRR1454158 5 0.1349 0.92684 0.000 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1475408 5 0.4915 0.55643 0.000 0.024 0.028 0.004 0.608 0.336
#> SRR1472704 5 0.0146 0.95151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090046 3 0.3183 0.49452 0.008 0.000 0.788 0.004 0.000 0.200
#> SRR1312822 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1007 0.92619 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1334587 2 0.1556 0.94120 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1490246 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0777 0.84560 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1324206 1 0.0260 0.85468 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1408574 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1083959 5 0.0146 0.95151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079948 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1310667 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655852 4 0.1327 0.92182 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.2631 0.81952 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1459561 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454009 3 0.1588 0.75245 0.072 0.000 0.924 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071084 3 0.1219 0.77315 0.048 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082859 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR658105 1 0.0790 0.85027 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR811073 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.1444 0.94507 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1327896 4 0.1075 0.92636 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1464788 2 0.1663 0.93850 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1346861 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 5 0.1863 0.86669 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1420517 6 0.6061 0.05545 0.260 0.000 0.368 0.000 0.000 0.372
#> SRR1369584 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.2051 0.84976 0.004 0.000 0.004 0.896 0.000 0.096
#> SRR1455391 3 0.2212 0.70009 0.112 0.000 0.880 0.000 0.000 0.008
#> SRR1068999 1 0.2912 0.65155 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1481297 3 0.6090 -0.35978 0.284 0.000 0.384 0.000 0.000 0.332
#> SRR1070208 1 0.2941 0.64624 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1317282 3 0.2263 0.74971 0.048 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056
#> SRR1096125 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1472506 3 0.5836 -0.07018 0.312 0.000 0.476 0.000 0.000 0.212
#> SRR1388281 5 0.0858 0.93756 0.000 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000
#> SRR1365622 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR662306 3 0.1333 0.77223 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR662811 1 0.1007 0.84621 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR820571 1 0.4508 0.21199 0.568 0.000 0.036 0.000 0.000 0.396
#> SRR1357166 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.2431 0.78227 0.860 0.000 0.008 0.000 0.000 0.132
#> SRR1485398 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 5 0.6125 0.13793 0.000 0.000 0.264 0.004 0.432 0.300
#> SRR1409397 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465693 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.2030 0.71967 0.028 0.000 0.908 0.000 0.000 0.064
#> SRR1456818 1 0.0146 0.85463 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR816336 3 0.5959 -0.24182 0.224 0.000 0.416 0.000 0.000 0.360
#> SRR1420238 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0363 0.85124 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477671 1 0.0865 0.84961 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1084079 4 0.1908 0.85737 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1102949 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.2420 0.87230 0.000 0.000 0.004 0.004 0.864 0.128
#> SRR1403814 4 0.0713 0.92007 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1404887 4 0.3194 0.77195 0.004 0.000 0.020 0.808 0.000 0.168
#> SRR1434955 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0865 0.84919 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1356765 2 0.1267 0.94866 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1078258 5 0.1663 0.88103 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1455861 1 0.0547 0.85329 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1420296 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0363 0.85116 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481315 1 0.2682 0.75515 0.876 0.000 0.020 0.020 0.000 0.084
#> SRR1414661 5 0.0146 0.95151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359147 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1488694 1 0.4252 0.55003 0.728 0.000 0.024 0.032 0.000 0.216
#> SRR1477273 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.4630 0.08678 0.580 0.000 0.372 0.000 0.000 0.048
#> SRR1369088 2 0.0937 0.95420 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1406621 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1401017 2 0.0260 0.95964 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1099981 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR815208 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 5 0.2340 0.80587 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1091097 4 0.1267 0.92262 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1456010 3 0.5605 -0.00386 0.152 0.000 0.488 0.000 0.000 0.360
#> SRR1498416 4 0.3189 0.73153 0.000 0.000 0.004 0.760 0.236 0.000
#> SRR818873 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813868 5 0.0260 0.95039 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1394912 1 0.0865 0.84919 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1475824 4 0.2009 0.85644 0.000 0.008 0.000 0.904 0.004 0.084
#> SRR1459866 1 0.1204 0.84220 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1364871 6 0.4629 0.18330 0.364 0.000 0.028 0.012 0.000 0.596
#> SRR1100472 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1331267 1 0.3767 0.64702 0.780 0.000 0.020 0.028 0.000 0.172
#> SRR1068977 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1391511 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.5065 0.23575 0.260 0.000 0.616 0.000 0.000 0.124
#> SRR1437073 1 0.1444 0.83373 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1473124 3 0.3806 0.60347 0.048 0.000 0.752 0.000 0.000 0.200
#> SRR1469279 3 0.3150 0.68469 0.052 0.000 0.828 0.000 0.000 0.120
#> SRR1091791 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1341539 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1446354 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0865 0.85061 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1368050 1 0.1444 0.83373 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR656970 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473403 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1084674 3 0.1333 0.77223 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464702 1 0.1480 0.84118 0.940 0.000 0.020 0.000 0.000 0.040
#> SRR1074860 4 0.1003 0.90745 0.000 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR655447 4 0.1610 0.91102 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1404442 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0790 0.85027 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1458335 5 0.1556 0.91228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1489589 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378284 1 0.3930 0.62856 0.764 0.092 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1408014 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083052 1 0.2562 0.71064 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1339236 2 0.0790 0.95247 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1323829 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086772 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1486457 3 0.1713 0.76346 0.044 0.000 0.928 0.000 0.000 0.028
#> SRR1415257 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1071905 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.1333 0.77223 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR821498 4 0.5154 0.55309 0.000 0.000 0.000 0.604 0.264 0.132
#> SRR1378903 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1472907 1 0.5799 -0.22556 0.468 0.000 0.192 0.000 0.000 0.340
#> SRR1442313 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1077139 2 0.0146 0.96081 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342758 1 0.1204 0.84220 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR656911 5 0.0291 0.95112 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1070738 1 0.2491 0.72028 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1476950 1 0.2969 0.63994 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1488196 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.5994 -0.24321 0.244 0.000 0.424 0.000 0.000 0.332
#> SRR1413392 1 0.0865 0.84919 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR657528 2 0.0405 0.95810 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR812198 1 0.1007 0.84621 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR660283 5 0.0146 0.95151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1322249 1 0.1267 0.84051 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1396682 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.1204 0.92384 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR811285 2 0.1075 0.95267 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR657018 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0260 0.95964 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1391575 4 0.1176 0.91440 0.000 0.000 0.000 0.956 0.024 0.020
#> SRR1314092 5 0.1644 0.91450 0.000 0.000 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR1328941 3 0.2608 0.72475 0.048 0.000 0.872 0.000 0.000 0.080
#> SRR1336181 5 0.0146 0.95151 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362972 1 0.2454 0.72507 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1366790 5 0.1219 0.93126 0.000 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR1455902 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 6 0.4591 -0.16145 0.000 0.000 0.408 0.040 0.000 0.552
#> SRR1105009 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.2762 0.71799 0.048 0.000 0.860 0.000 0.000 0.092
#> SRR660248 5 0.3680 0.75765 0.000 0.000 0.020 0.008 0.756 0.216
#> SRR1409620 1 0.1327 0.83839 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1455807 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1339431 1 0.2969 0.64046 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1378948 3 0.3940 0.25464 0.000 0.000 0.640 0.012 0.000 0.348
#> SRR1469237 1 0.1007 0.84621 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1098264 4 0.2135 0.87578 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1406224 2 0.3932 0.78360 0.000 0.776 0.004 0.000 0.112 0.108
#> SRR1393026 3 0.2263 0.74971 0.048 0.000 0.896 0.000 0.000 0.056
#> SRR808428 5 0.0000 0.95214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0146 0.96094 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076219 1 0.3409 0.56779 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1481128 1 0.0458 0.85393 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1359262 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1386775 1 0.4995 0.29073 0.596 0.000 0.028 0.036 0.000 0.340
#> SRR1388399 1 0.4809 0.43204 0.652 0.108 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1361499 5 0.0603 0.94428 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1500709 4 0.2092 0.87850 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.96119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.2019 0.81462 0.900 0.000 0.012 0.000 0.000 0.088
#> SRR1400159 3 0.6537 -0.05282 0.000 0.240 0.420 0.004 0.020 0.316
#> SRR1457245 5 0.0436 0.95106 0.000 0.000 0.004 0.004 0.988 0.004
#> SRR1356746 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR658319 5 0.1387 0.91967 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1435946 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0713 0.84293 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1333 0.77223 0.048 0.000 0.944 0.000 0.000 0.008
#> SRR1381799 5 0.0291 0.95128 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1310158 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.1644 0.86292 0.000 0.000 0.004 0.920 0.000 0.076
#> SRR1342873 1 0.3601 0.47194 0.684 0.000 0.004 0.000 0.000 0.312
#> SRR1472102 2 0.1714 0.93713 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1409421 1 0.5692 -0.12921 0.500 0.000 0.180 0.000 0.000 0.320
#> SRR1328577 4 0.1556 0.91352 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR808942 5 0.1588 0.91745 0.000 0.000 0.000 0.004 0.924 0.072
#> SRR1343818 4 0.1007 0.92645 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1472415 5 0.0146 0.95200 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR658409 4 0.0937 0.92675 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.85466 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.1141 0.95174 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1417894 3 0.1075 0.77386 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.2814 0.75263 0.000 0.820 0.000 0.000 0.172 0.008
#> SRR1090674 1 0.0363 0.85418 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.5005 0.500 0.500
#> 3 3 0.798 0.875 0.934 0.2583 0.857 0.718
#> 4 4 0.734 0.711 0.835 0.1150 0.905 0.754
#> 5 5 0.842 0.779 0.903 0.1173 0.829 0.505
#> 6 6 0.806 0.745 0.853 0.0515 0.900 0.593
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1443244 2 0.917 0.502 0.332 0.668
#> SRR1455391 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.605 0.823 0.148 0.852
#> SRR1102949 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.925 0.484 0.340 0.660
#> SRR1434955 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.706 0.765 0.808 0.192
#> SRR1477273 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.506 0.871 0.112 0.888
#> SRR1406621 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.714 0.759 0.804 0.196
#> SRR1100472 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.311 0.936 0.056 0.944
#> SRR1323829 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.855 0.618 0.720 0.280
#> SRR1105009 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.714 0.759 0.804 0.196
#> SRR1469237 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.373 0.918 0.928 0.072
#> SRR1388399 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.991 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 3 0.2448 0.865 0.000 0.076 0.924
#> SRR1345953 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1475408 3 0.6307 -0.111 0.000 0.488 0.512
#> SRR1472704 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.3551 0.847 0.868 0.000 0.132
#> SRR1312822 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1334587 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1310667 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR655852 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1352457 3 0.2625 0.861 0.000 0.084 0.916
#> SRR1353994 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1454009 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071084 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082859 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR658105 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 3 0.6045 0.307 0.000 0.380 0.620
#> SRR1327896 2 0.2711 0.897 0.000 0.912 0.088
#> SRR1464788 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 1 0.0592 0.954 0.988 0.000 0.012
#> SRR1369584 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1443244 1 0.8137 0.531 0.640 0.220 0.140
#> SRR1455391 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.1031 0.946 0.976 0.000 0.024
#> SRR1096125 2 0.3340 0.892 0.000 0.880 0.120
#> SRR1472506 1 0.3686 0.838 0.860 0.000 0.140
#> SRR1388281 2 0.2356 0.897 0.000 0.928 0.072
#> SRR1365622 3 0.3816 0.760 0.000 0.148 0.852
#> SRR662306 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.4002 0.819 0.840 0.000 0.160
#> SRR1357166 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.3412 0.855 0.876 0.000 0.124
#> SRR1485398 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1409397 3 0.0237 0.877 0.000 0.004 0.996
#> SRR1465693 3 0.2448 0.865 0.000 0.076 0.924
#> SRR1096547 1 0.3686 0.838 0.860 0.000 0.140
#> SRR1456818 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.1163 0.943 0.972 0.000 0.028
#> SRR1420238 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0747 0.951 0.984 0.000 0.016
#> SRR1436990 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.7702 0.631 0.180 0.680 0.140
#> SRR1102949 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1403814 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1404887 1 0.8137 0.531 0.640 0.220 0.140
#> SRR1434955 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 3 0.1643 0.855 0.000 0.044 0.956
#> SRR1078258 2 0.2711 0.897 0.000 0.912 0.088
#> SRR1455861 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 3 0.1529 0.874 0.000 0.040 0.960
#> SRR1070260 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.2537 0.895 0.920 0.000 0.080
#> SRR1414661 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1488694 1 0.7104 0.671 0.724 0.136 0.140
#> SRR1477273 1 0.1643 0.931 0.956 0.000 0.044
#> SRR1415792 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 3 0.6045 0.307 0.000 0.380 0.620
#> SRR1406621 3 0.2796 0.820 0.000 0.092 0.908
#> SRR1401017 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099981 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0237 0.891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091097 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1456010 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.1163 0.895 0.000 0.972 0.028
#> SRR818873 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1394912 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1459866 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.7164 0.665 0.720 0.140 0.140
#> SRR1100472 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.3686 0.838 0.860 0.000 0.140
#> SRR1068977 2 0.6291 0.251 0.000 0.532 0.468
#> SRR1391511 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1469279 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1341539 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1473403 2 0.2625 0.897 0.000 0.916 0.084
#> SRR1084674 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464702 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR655447 2 0.3619 0.887 0.000 0.864 0.136
#> SRR1404442 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3192 0.894 0.000 0.888 0.112
#> SRR1489589 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.4555 0.765 0.800 0.000 0.200
#> SRR1408014 3 0.2448 0.865 0.000 0.076 0.924
#> SRR1083052 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1086772 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 1 0.1163 0.943 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415257 3 0.0237 0.877 0.000 0.004 0.996
#> SRR1071905 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR659223 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1386945 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1378903 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1472907 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1342758 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.2711 0.897 0.000 0.912 0.088
#> SRR1070738 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.1860 0.924 0.948 0.000 0.052
#> SRR1498951 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.5859 0.441 0.000 0.344 0.656
#> SRR812198 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.5810 0.328 0.000 0.664 0.336
#> SRR1322249 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1081023 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR811285 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 3 0.0592 0.877 0.000 0.012 0.988
#> SRR1439915 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1314092 2 0.3340 0.891 0.000 0.880 0.120
#> SRR1328941 1 0.1529 0.934 0.960 0.000 0.040
#> SRR1336181 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.3116 0.894 0.000 0.892 0.108
#> SRR1455902 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.8017 0.553 0.652 0.208 0.140
#> SRR1105009 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1409620 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.1163 0.872 0.000 0.972 0.028
#> SRR1339431 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.7164 0.665 0.720 0.140 0.140
#> SRR1469237 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0237 0.891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406224 2 0.5810 0.609 0.000 0.664 0.336
#> SRR1393026 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR808428 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 3 0.2066 0.870 0.000 0.060 0.940
#> SRR1076219 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 3 0.3686 0.829 0.000 0.140 0.860
#> SRR1407648 2 0.2711 0.897 0.000 0.912 0.088
#> SRR1386775 1 0.5267 0.792 0.816 0.044 0.140
#> SRR1388399 1 0.5363 0.665 0.724 0.000 0.276
#> SRR1361499 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.2796 0.897 0.000 0.908 0.092
#> SRR1335917 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 3 0.2448 0.865 0.000 0.076 0.924
#> SRR1335212 1 0.0237 0.959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400159 3 0.6045 0.307 0.000 0.380 0.620
#> SRR1457245 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.6095 0.159 0.000 0.608 0.392
#> SRR658319 2 0.0237 0.891 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435946 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.1529 0.896 0.000 0.960 0.040
#> SRR1310158 1 0.1163 0.943 0.972 0.000 0.028
#> SRR1341100 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1342873 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 3 0.0000 0.877 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.3551 0.889 0.000 0.868 0.132
#> SRR808942 2 0.2448 0.897 0.000 0.924 0.076
#> SRR1343818 2 0.3619 0.887 0.000 0.864 0.136
#> SRR1472415 2 0.0000 0.891 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.3686 0.886 0.000 0.860 0.140
#> SRR1469681 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.0237 0.875 0.000 0.004 0.996
#> SRR1417894 1 0.0592 0.954 0.988 0.000 0.012
#> SRR1417422 3 0.3879 0.770 0.000 0.152 0.848
#> SRR1090674 1 0.0000 0.961 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 3 0.0592 0.71455 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1076441 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345953 3 0.4790 0.35615 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1357826 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0707 0.88791 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1454158 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1475408 4 0.7509 0.30234 0.000 0.360 0.188 0.452
#> SRR1472704 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.5050 0.64890 0.588 0.004 0.000 0.408
#> SRR1312822 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4103 0.73664 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1334587 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1490246 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0188 0.89128 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1324206 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0336 0.92825 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1083959 3 0.0188 0.72010 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079948 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1310667 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR655852 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1352457 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1353994 3 0.4790 0.35615 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1459561 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454009 1 0.4220 0.80667 0.748 0.004 0.000 0.248
#> SRR1071084 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1082859 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.1867 0.87217 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1486262 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR658105 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.7048 0.28993 0.000 0.556 0.160 0.284
#> SRR1327896 3 0.4996 0.03177 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1464788 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1346861 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 3 0.4790 0.35615 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1420517 1 0.3219 0.84561 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1369584 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1443244 4 0.5229 0.62854 0.084 0.000 0.168 0.748
#> SRR1455391 1 0.4220 0.80686 0.748 0.004 0.000 0.248
#> SRR1068999 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.1474 0.88023 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1070208 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.4401 0.79282 0.724 0.004 0.000 0.272
#> SRR1096125 4 0.4989 0.12938 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR1472506 4 0.5151 -0.31628 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR1388281 3 0.5292 0.03030 0.000 0.008 0.512 0.480
#> SRR1365622 2 0.6338 0.40570 0.000 0.600 0.084 0.316
#> SRR662306 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR662811 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.3539 0.77916 0.820 0.004 0.000 0.176
#> SRR1357166 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1488586 1 0.5392 0.38407 0.528 0.000 0.012 0.460
#> SRR1485398 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.2921 0.60222 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1409397 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465693 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096547 4 0.4964 -0.23939 0.380 0.004 0.000 0.616
#> SRR1456818 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.3710 0.83298 0.804 0.004 0.000 0.192
#> SRR1420238 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.4313 0.80031 0.736 0.004 0.000 0.260
#> SRR1436990 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4502 0.72086 0.016 0.000 0.236 0.748
#> SRR1102949 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4103 0.73652 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1403814 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1404887 4 0.5229 0.62854 0.084 0.000 0.168 0.748
#> SRR1434955 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.6058 0.47479 0.000 0.632 0.072 0.296
#> SRR1078258 3 0.4998 0.01459 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1455861 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070260 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.2530 0.81099 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1414661 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1488694 1 0.5650 0.61191 0.716 0.000 0.104 0.180
#> SRR1477273 1 0.4720 0.74669 0.672 0.004 0.000 0.324
#> SRR1415792 1 0.3448 0.84187 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR1369088 2 0.7086 0.26840 0.000 0.548 0.160 0.292
#> SRR1406621 4 0.6633 0.21140 0.000 0.416 0.084 0.500
#> SRR1401017 2 0.0336 0.92818 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099981 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR815208 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 3 0.4331 0.49565 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1091097 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1456010 1 0.3074 0.84929 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1498416 3 0.4985 0.06982 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR818873 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813868 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1394912 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1459866 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.7206 -0.04423 0.460 0.000 0.140 0.400
#> SRR1100472 3 0.4564 0.44298 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1331267 1 0.3024 0.77903 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1068977 4 0.7475 0.33241 0.000 0.332 0.192 0.476
#> SRR1391511 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1437073 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.3626 0.83618 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR1469279 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1091791 4 0.4164 0.73609 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1341539 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446354 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1415420 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473403 3 0.4999 0.00322 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1084674 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1464702 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR655447 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1404442 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.4331 0.70236 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1489589 2 0.0000 0.92890 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.3937 0.73423 0.800 0.188 0.000 0.012
#> SRR1408014 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.4454 0.65951 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1323829 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1086772 3 0.1940 0.68207 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1486457 1 0.4428 0.79074 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1415257 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1071905 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR659223 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1386945 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR821498 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1378903 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1472907 1 0.0188 0.89128 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442313 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.5000 -0.01336 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1070738 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.4456 0.78689 0.716 0.004 0.000 0.280
#> SRR1498951 1 0.2216 0.86808 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1413392 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.2149 0.84674 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 3 0.2081 0.63215 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4164 0.73593 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1081023 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR811285 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657018 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1090791 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391575 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1314092 4 0.4134 0.73660 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1328941 1 0.4428 0.78995 0.720 0.004 0.000 0.276
#> SRR1336181 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.5000 -0.01336 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1455902 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1437644 1 0.7474 -0.15393 0.424 0.000 0.176 0.400
#> SRR1105009 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR660248 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1409620 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 3 0.1022 0.68864 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1339431 1 0.0336 0.89058 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378948 4 0.6376 -0.12015 0.432 0.000 0.064 0.504
#> SRR1469237 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 3 0.4790 0.35615 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1406224 4 0.5254 0.67799 0.000 0.056 0.220 0.724
#> SRR1393026 1 0.3448 0.84187 0.828 0.004 0.000 0.168
#> SRR808428 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1407648 3 0.4998 0.01358 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1386775 1 0.6798 0.09294 0.504 0.000 0.100 0.396
#> SRR1388399 1 0.8361 0.04850 0.452 0.100 0.080 0.368
#> SRR1361499 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 3 0.4999 -0.00626 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1335917 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0188 0.93069 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1335212 1 0.2401 0.86698 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1400159 4 0.4941 -0.23553 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1457245 3 0.4382 0.48236 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1356746 3 0.3266 0.53553 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR658319 3 0.4713 0.38633 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1435946 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.4252 0.80483 0.744 0.004 0.000 0.252
#> SRR1381799 3 0.4985 0.09481 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR1310158 1 0.4372 0.79532 0.728 0.004 0.000 0.268
#> SRR1341100 4 0.4072 0.73596 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1342873 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0188 0.93011 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409421 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 4 0.4222 0.72984 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR808942 3 0.4996 0.03177 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1343818 4 0.4222 0.72984 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1472415 3 0.0000 0.72162 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 4 0.4193 0.73490 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1469681 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0707 0.92013 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1417894 1 0.4283 0.80251 0.740 0.004 0.000 0.256
#> SRR1417422 2 0.5031 0.71314 0.000 0.768 0.140 0.092
#> SRR1090674 1 0.0000 0.89201 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.1197 0.87366 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1076441 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489803 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.4273 0.19637 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1357826 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1419656 1 0.1704 0.91343 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1454158 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1475408 4 0.4592 0.34194 0.000 0.332 0.024 0.644 0.000
#> SRR1472704 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1090046 3 0.3420 0.80237 0.076 0.000 0.840 0.084 0.000
#> SRR1312822 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096987 4 0.1117 0.75157 0.000 0.000 0.020 0.964 0.016
#> SRR1334587 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467522 1 0.0162 0.96507 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0162 0.96495 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0162 0.93088 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083959 5 0.1121 0.87954 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1079948 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1310667 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1352457 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.4273 0.19637 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1459561 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0880 0.91119 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1086538 1 0.2763 0.80717 0.848 0.000 0.148 0.000 0.004
#> SRR1486262 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR658105 1 0.0000 0.96591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0510 0.90045 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1429181 2 0.4294 0.18645 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1327896 4 0.4074 0.40543 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1464788 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1318774 4 0.4262 0.22037 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1420517 3 0.4548 0.75031 0.128 0.000 0.752 0.120 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.0865 0.74748 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR1455391 3 0.1478 0.89176 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0324 0.96572 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1481297 1 0.3336 0.68861 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0880 0.94411 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0794 0.91293 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.3949 0.50961 0.000 0.000 0.004 0.696 0.300
#> SRR1472506 4 0.5933 -0.06370 0.104 0.000 0.444 0.452 0.000
#> SRR1388281 4 0.4251 0.38472 0.000 0.004 0.000 0.624 0.372
#> SRR1365622 4 0.4452 -0.11892 0.000 0.496 0.004 0.500 0.000
#> SRR662306 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.96591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.6242 0.01588 0.428 0.004 0.124 0.444 0.000
#> SRR1357166 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.6531 -0.00149 0.208 0.000 0.336 0.456 0.000
#> SRR1485398 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417725 4 0.2561 0.67960 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.1341 0.85223 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1456818 1 0.0162 0.96495 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.2891 0.79852 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433374 3 0.0794 0.91293 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662378 1 0.0324 0.96572 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1477671 1 0.0000 0.96591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.0865 0.74748 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR1102949 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458090 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418729 4 0.0609 0.74920 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1403814 4 0.0703 0.74847 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1404887 4 0.0865 0.74748 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR1434955 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360652 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.4449 0.13032 0.000 0.512 0.004 0.484 0.000
#> SRR1078258 4 0.4101 0.38876 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1455861 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1410765 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481315 1 0.2582 0.86521 0.892 0.000 0.024 0.080 0.004
#> SRR1414661 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1359147 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1488694 4 0.4029 0.56114 0.232 0.000 0.024 0.744 0.000
#> SRR1477273 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.2329 0.84647 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.4450 0.12102 0.000 0.508 0.004 0.488 0.000
#> SRR1406621 4 0.4066 0.46048 0.000 0.324 0.004 0.672 0.000
#> SRR1401017 2 0.0162 0.93091 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1380460 5 0.4192 0.26374 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1091097 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1456010 3 0.3210 0.76407 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.3949 0.46231 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR818873 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.0703 0.74847 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1394912 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475824 4 0.0703 0.74847 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.96591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.3241 0.65023 0.144 0.000 0.024 0.832 0.000
#> SRR1100472 5 0.4283 0.09909 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1331267 1 0.4886 0.14392 0.528 0.000 0.024 0.448 0.000
#> SRR1068977 4 0.4402 0.31558 0.000 0.352 0.012 0.636 0.000
#> SRR1391511 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1077920 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457705 3 0.0794 0.91293 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.1121 0.90479 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.0794 0.91293 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0671 0.75261 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1341539 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0912 0.95034 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.4211 0.41406 0.000 0.000 0.004 0.636 0.360
#> SRR1084674 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.1043 0.93861 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.1041 0.75279 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR655447 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1404442 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418795 1 0.0000 0.96591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.1410 0.73966 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1489589 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.3681 0.74619 0.796 0.184 0.008 0.008 0.004
#> SRR1408014 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0162 0.96495 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.5260 0.38181 0.000 0.592 0.348 0.060 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 5 0.2773 0.74349 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1486457 3 0.0609 0.91070 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.0510 0.74979 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1378903 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1472907 1 0.1732 0.89780 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1077139 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.4575 0.44435 0.000 0.000 0.024 0.648 0.328
#> SRR1070738 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476950 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.4306 0.15856 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.96591 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0324 0.92689 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR812198 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0290 0.90511 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1420936 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469547 5 0.0510 0.89065 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1322249 1 0.0963 0.94246 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.1041 0.75277 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1081023 1 0.0324 0.96572 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1092517 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR811285 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365534 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.0703 0.74847 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1314092 4 0.0794 0.75288 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1328941 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1362972 1 0.0324 0.96572 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1366790 4 0.4575 0.44435 0.000 0.000 0.024 0.648 0.328
#> SRR1455902 3 0.0794 0.91293 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.2597 0.69330 0.092 0.000 0.024 0.884 0.000
#> SRR1105009 5 0.0290 0.90511 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1367024 3 0.0794 0.91293 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR660248 4 0.0703 0.74847 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1409620 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1339431 1 0.1124 0.94174 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1378948 4 0.5579 0.35008 0.100 0.000 0.300 0.600 0.000
#> SRR1469237 1 0.0162 0.96542 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.4273 0.19637 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1406224 4 0.1818 0.73157 0.000 0.044 0.024 0.932 0.000
#> SRR1393026 3 0.2280 0.84991 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR615910 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0290 0.96390 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359262 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.4060 0.41313 0.000 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1386775 4 0.3284 0.64760 0.148 0.000 0.024 0.828 0.000
#> SRR1388399 4 0.6252 0.40542 0.144 0.224 0.024 0.608 0.000
#> SRR1361499 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1500709 4 0.4015 0.43456 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1335917 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430615 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.4291 0.25333 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.5942 0.20082 0.000 0.360 0.524 0.116 0.000
#> SRR1457245 5 0.4182 0.24624 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1356746 5 0.0290 0.89919 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR658319 5 0.4300 -0.03236 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1435946 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370308 1 0.0290 0.96422 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389432 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1381799 4 0.4150 0.35440 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1310158 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0703 0.74847 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1342873 1 0.0324 0.96572 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1472102 2 0.0000 0.93371 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.2690 0.79627 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1328577 4 0.0963 0.75118 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR808942 4 0.4074 0.40543 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1343818 4 0.0963 0.75118 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1472415 5 0.0162 0.90682 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR658409 4 0.0880 0.75254 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1469681 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075484 2 0.0510 0.92040 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1417894 3 0.0703 0.91391 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.4713 0.67092 0.000 0.740 0.004 0.168 0.088
#> SRR1090674 1 0.0162 0.96630 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.1501 0.9021 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1076441 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1357826 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.5071 0.6458 0.520 0.000 0.080 0.000 0.000 0.400
#> SRR1454158 4 0.1387 0.7780 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1475408 4 0.6024 0.4167 0.316 0.224 0.004 0.456 0.000 0.000
#> SRR1472704 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.4756 0.5990 0.200 0.000 0.672 0.000 0.000 0.128
#> SRR1312822 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1096987 4 0.3175 0.7233 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1467522 6 0.2915 0.4265 0.184 0.000 0.008 0.000 0.000 0.808
#> SRR1324206 6 0.2793 0.3766 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1408574 2 0.0146 0.9292 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083959 5 0.2730 0.7588 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1079948 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.0458 0.7815 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0363 0.9331 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.4247 0.8983 0.664 0.000 0.040 0.000 0.000 0.296
#> SRR1486262 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658105 6 0.3050 0.2801 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR811073 5 0.0865 0.9405 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1429181 2 0.5019 0.0904 0.072 0.500 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1420517 6 0.3852 0.3475 0.004 0.000 0.384 0.000 0.000 0.612
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.3986 0.6785 0.316 0.000 0.000 0.664 0.000 0.020
#> SRR1455391 3 0.1141 0.8865 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1068999 1 0.4089 0.7117 0.524 0.000 0.008 0.000 0.000 0.468
#> SRR1481297 6 0.2969 0.5946 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR1070208 6 0.0622 0.6692 0.008 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980
#> SRR1317282 3 0.0146 0.9403 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096125 4 0.2442 0.7251 0.004 0.000 0.000 0.852 0.144 0.000
#> SRR1472506 6 0.5558 0.4391 0.316 0.000 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR1388281 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1365622 4 0.5479 0.0692 0.124 0.428 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662811 6 0.0458 0.6575 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR820571 6 0.3584 0.5747 0.308 0.000 0.000 0.004 0.000 0.688
#> SRR1357166 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 6 0.5463 0.4566 0.312 0.000 0.000 0.148 0.000 0.540
#> SRR1485398 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1417725 4 0.6038 0.3285 0.316 0.000 0.268 0.416 0.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.2135 0.8256 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 6 0.0363 0.6607 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR816336 6 0.3854 0.1648 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1420238 1 0.3672 0.8842 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1433374 3 0.0146 0.9403 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436990 1 0.3828 0.7890 0.560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.440
#> SRR662378 1 0.3690 0.9266 0.684 0.000 0.008 0.000 0.000 0.308
#> SRR1477671 6 0.3854 -0.5814 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1084079 4 0.3482 0.6951 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1458090 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1418729 4 0.3464 0.6970 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1403814 4 0.3482 0.6951 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1404887 4 0.4062 0.6748 0.316 0.000 0.000 0.660 0.000 0.024
#> SRR1434955 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1360652 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1356765 2 0.4947 0.0130 0.064 0.480 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1078258 4 0.2491 0.7111 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1455861 6 0.3699 -0.1306 0.336 0.000 0.004 0.000 0.000 0.660
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1481315 1 0.3464 0.3654 0.688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1414661 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488694 6 0.3819 0.5689 0.316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.672
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 6 0.3482 0.4599 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR1369088 2 0.5218 0.0436 0.092 0.480 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1406621 4 0.4751 0.5035 0.072 0.312 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0363 0.9235 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 4 0.3854 0.0869 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR1091097 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456010 6 0.3986 0.1538 0.004 0.000 0.464 0.000 0.000 0.532
#> SRR1498416 4 0.1765 0.7492 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.3482 0.6951 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1475824 4 0.3482 0.6951 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1459866 6 0.3499 -0.0695 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1364871 6 0.5558 0.4391 0.316 0.000 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR1100472 4 0.3810 0.2300 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1331267 6 0.3819 0.5689 0.316 0.000 0.000 0.012 0.000 0.672
#> SRR1068977 4 0.5663 0.4942 0.248 0.220 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1391511 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0146 0.9403 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437073 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1473124 3 0.3672 0.3222 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1469279 3 0.0146 0.9403 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091791 4 0.1141 0.7802 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 6 0.0622 0.6645 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR1368050 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR656970 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.3062 0.7187 0.024 0.000 0.000 0.816 0.160 0.000
#> SRR1084674 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 6 0.0363 0.6720 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1074860 4 0.1910 0.7669 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR655447 4 0.0146 0.7813 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1404442 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 6 0.1957 0.5473 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1458335 4 0.0363 0.7789 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.5300 0.5691 0.600 0.188 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 6 0.0363 0.6607 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1339236 2 0.4876 0.3156 0.068 0.564 0.368 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 5 0.3531 0.5252 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.2854 0.7401 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1378903 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472907 6 0.1500 0.6689 0.012 0.000 0.052 0.000 0.000 0.936
#> SRR1442313 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR656911 4 0.5027 0.6950 0.200 0.000 0.000 0.640 0.160 0.000
#> SRR1070738 1 0.3531 0.9237 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1476950 6 0.0405 0.6694 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 6 0.1556 0.6629 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1413392 6 0.1910 0.5544 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR657528 2 0.0260 0.9261 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR812198 6 0.0405 0.6652 0.008 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988
#> SRR660283 5 0.0146 0.9672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420936 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1469547 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1396682 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1095816 4 0.0260 0.7818 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.3601 0.9290 0.684 0.000 0.004 0.000 0.000 0.312
#> SRR1092517 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.3482 0.6951 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1314092 4 0.0713 0.7815 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.3707 0.9246 0.680 0.000 0.008 0.000 0.000 0.312
#> SRR1366790 4 0.5509 0.6545 0.300 0.000 0.000 0.540 0.160 0.000
#> SRR1455902 3 0.0146 0.9403 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437644 6 0.5658 0.4096 0.316 0.000 0.000 0.176 0.000 0.508
#> SRR1105009 5 0.0146 0.9672 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1367024 3 0.0146 0.9403 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660248 4 0.3076 0.7286 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1409620 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1455807 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.4591 0.7472 0.552 0.000 0.040 0.000 0.000 0.408
#> SRR1378948 6 0.5558 0.4391 0.316 0.000 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR1469237 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1098264 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1406224 4 0.3634 0.7026 0.296 0.008 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1393026 6 0.3592 0.4221 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR808428 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 6 0.0260 0.6712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1481128 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.2416 0.7157 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1386775 6 0.5558 0.4391 0.316 0.000 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR1388399 6 0.5558 0.4391 0.316 0.000 0.000 0.160 0.000 0.524
#> SRR1361499 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 4 0.2416 0.7157 0.000 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1335917 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 6 0.1204 0.6693 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1400159 3 0.5737 0.3896 0.304 0.196 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457245 4 0.3499 0.5654 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1356746 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 4 0.3592 0.5574 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1435946 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1370308 6 0.2980 0.4234 0.180 0.000 0.012 0.000 0.000 0.808
#> SRR1100893 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1389432 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.3482 0.6951 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1342873 1 0.3774 0.9124 0.664 0.000 0.008 0.000 0.000 0.328
#> SRR1472102 2 0.0000 0.9320 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 6 0.1444 0.6653 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1328577 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808942 4 0.2454 0.7126 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1343818 4 0.0146 0.7813 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.9698 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 4 0.0000 0.7810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1075484 2 0.1151 0.8995 0.032 0.956 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9421 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3514 0.7751 0.036 0.828 0.000 0.096 0.040 0.000
#> SRR1090674 1 0.3482 0.9319 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.973 0.984 0.4570 0.547 0.547
#> 3 3 0.723 0.942 0.888 0.3991 0.784 0.605
#> 4 4 0.795 0.825 0.916 0.1405 0.907 0.730
#> 5 5 0.735 0.777 0.840 0.0771 0.901 0.653
#> 6 6 0.754 0.694 0.766 0.0445 0.931 0.692
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1345953 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1472704 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1090046 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1312822 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1490246 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1083959 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR655852 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1353994 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1454009 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1327896 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1346861 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1420517 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1369584 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1443244 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1455391 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1070208 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1317282 2 0.7299 0.774 0.204 0.796
#> SRR1096125 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1472506 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1388281 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR662306 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR820571 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1357166 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1488586 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1485398 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1465693 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1096547 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1456818 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR816336 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1420238 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1360652 2 0.8713 0.625 0.292 0.708
#> SRR1356765 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1078258 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1070260 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481315 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1414661 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1488694 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1477273 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415792 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1369088 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1406621 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1401017 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1099981 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR815208 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR813868 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1459866 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1100472 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1331267 2 0.0376 0.977 0.004 0.996
#> SRR1068977 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1391511 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1446354 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1473403 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1084674 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1464702 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1378284 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1408014 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1083052 2 0.8499 0.658 0.276 0.724
#> SRR1339236 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1323829 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1086772 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1486457 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1415257 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1071905 1 0.5178 0.864 0.884 0.116
#> SRR659223 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1386945 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1342758 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1476950 2 0.8144 0.699 0.252 0.748
#> SRR1488196 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR812198 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1322249 2 0.2603 0.963 0.044 0.956
#> SRR1396682 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR657018 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1439915 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1391575 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1469237 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1393026 2 0.9427 0.483 0.360 0.640
#> SRR808428 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1076219 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1407648 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1386775 2 0.1633 0.975 0.024 0.976
#> SRR1388399 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1361499 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1335212 1 0.6247 0.808 0.844 0.156
#> SRR1400159 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1457245 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1409421 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1417894 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.1843 0.974 0.028 0.972
#> SRR1090674 1 0.0000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.3340 0.918 0.880 0.000 0.120
#> SRR1489803 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1345953 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1454158 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 3 0.5138 0.933 0.000 0.252 0.748
#> SRR1472704 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.5536 0.934 0.012 0.236 0.752
#> SRR1312822 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1096987 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1490246 1 0.2796 0.920 0.908 0.000 0.092
#> SRR1467522 1 0.0892 0.922 0.980 0.000 0.020
#> SRR1324206 1 0.1031 0.922 0.976 0.000 0.024
#> SRR1408574 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1083959 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR655852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1353994 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1454009 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1071084 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1082859 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0892 0.922 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR811073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 3 0.4887 0.947 0.000 0.228 0.772
#> SRR1327896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1346861 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 3 0.6349 0.866 0.080 0.156 0.764
#> SRR1369584 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1443244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455391 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1068999 1 0.0237 0.922 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481297 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1070208 3 0.6007 0.905 0.044 0.192 0.764
#> SRR1317282 3 0.5826 0.712 0.204 0.032 0.764
#> SRR1096125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.5536 0.934 0.012 0.236 0.752
#> SRR1388281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR662306 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR662811 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR820571 3 0.5578 0.935 0.012 0.240 0.748
#> SRR1357166 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1488586 3 0.5536 0.934 0.012 0.236 0.752
#> SRR1485398 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1417725 3 0.5291 0.920 0.000 0.268 0.732
#> SRR1409397 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1465693 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1096547 3 0.5536 0.934 0.012 0.236 0.752
#> SRR1456818 3 0.5826 0.916 0.032 0.204 0.764
#> SRR816336 3 0.5450 0.932 0.012 0.228 0.760
#> SRR1420238 1 0.2796 0.920 0.908 0.000 0.092
#> SRR1433374 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1436990 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR662378 1 0.1031 0.922 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477671 1 0.1453 0.915 0.968 0.008 0.024
#> SRR1084079 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1458090 1 0.4178 0.912 0.828 0.000 0.172
#> SRR1418729 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1360652 3 0.6283 0.886 0.064 0.176 0.760
#> SRR1356765 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1078258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.4178 0.912 0.828 0.000 0.172
#> SRR1420296 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1070260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.2878 0.920 0.904 0.000 0.096
#> SRR1481315 3 0.5659 0.927 0.012 0.248 0.740
#> SRR1414661 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 3 0.5812 0.919 0.012 0.264 0.724
#> SRR1477273 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415792 3 0.5406 0.930 0.012 0.224 0.764
#> SRR1369088 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1406621 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1401017 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1099981 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR815208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498416 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR813868 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1475824 3 0.6140 0.706 0.000 0.404 0.596
#> SRR1459866 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1364871 3 0.5541 0.932 0.008 0.252 0.740
#> SRR1100472 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.6647 0.702 0.012 0.396 0.592
#> SRR1068977 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1391511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1437073 1 0.4504 0.909 0.804 0.000 0.196
#> SRR1473124 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1469279 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1091791 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1446354 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415420 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1368050 1 0.4504 0.909 0.804 0.000 0.196
#> SRR656970 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1473403 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.5891 0.912 0.036 0.200 0.764
#> SRR1464702 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1074860 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0475 0.922 0.992 0.004 0.004
#> SRR1458335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489589 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1378284 3 0.5220 0.944 0.012 0.208 0.780
#> SRR1408014 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1083052 3 0.5826 0.712 0.204 0.032 0.764
#> SRR1339236 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1323829 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1086772 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.5406 0.930 0.012 0.224 0.764
#> SRR1415257 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1071905 1 0.4217 0.838 0.868 0.100 0.032
#> SRR659223 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1386945 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR821498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 1 0.1643 0.908 0.956 0.000 0.044
#> SRR1442313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1342758 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR656911 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.4346 0.910 0.816 0.000 0.184
#> SRR1476950 3 0.5681 0.671 0.236 0.016 0.748
#> SRR1488196 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1498951 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1413392 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR657528 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR812198 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR660283 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1469547 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 3 0.5680 0.922 0.024 0.212 0.764
#> SRR1396682 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1095816 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1092517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR657018 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1365534 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1090791 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1439915 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1391575 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0237 0.995 0.000 0.996 0.004
#> SRR1328941 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1336181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.1529 0.923 0.960 0.000 0.040
#> SRR1366790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1437644 3 0.5291 0.920 0.000 0.268 0.732
#> SRR1105009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR660248 3 0.5431 0.904 0.000 0.284 0.716
#> SRR1409620 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1455807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0592 0.921 0.988 0.000 0.012
#> SRR1378948 3 0.5619 0.934 0.012 0.244 0.744
#> SRR1469237 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1098264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 3 0.5016 0.941 0.000 0.240 0.760
#> SRR1393026 3 0.5681 0.671 0.236 0.016 0.748
#> SRR808428 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1076219 1 0.3267 0.919 0.884 0.000 0.116
#> SRR1481128 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1359262 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1407648 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 3 0.5578 0.932 0.012 0.240 0.748
#> SRR1388399 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1361499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1430615 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1335212 1 0.6095 0.502 0.608 0.000 0.392
#> SRR1400159 3 0.5659 0.934 0.012 0.248 0.740
#> SRR1457245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1370308 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1100893 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1389432 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1381799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341100 2 0.0237 0.995 0.000 0.996 0.004
#> SRR1342873 1 0.0237 0.922 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472102 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1409421 1 0.0747 0.921 0.984 0.000 0.016
#> SRR1328577 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.0000 1.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
#> SRR1075484 3 0.4750 0.951 0.000 0.216 0.784
#> SRR1417894 1 0.1031 0.919 0.976 0.000 0.024
#> SRR1417422 3 0.4974 0.943 0.000 0.236 0.764
#> SRR1090674 1 0.4452 0.908 0.808 0.000 0.192
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1076441 1 0.1557 0.859 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357826 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 3 0.4804 0.308 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1454158 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.5062 0.674 0.000 0.692 0.024 0.284
#> SRR1472704 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1090046 2 0.6019 0.682 0.000 0.672 0.100 0.228
#> SRR1312822 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.2469 0.819 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1467522 3 0.4916 0.159 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1324206 1 0.4008 0.678 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1071084 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1082859 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.4855 0.389 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1486262 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.2796 0.814 0.000 0.892 0.016 0.092
#> SRR1327896 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420517 3 0.4534 0.699 0.000 0.132 0.800 0.068
#> SRR1369584 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455391 3 0.2345 0.802 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1068999 1 0.4776 0.445 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1481297 3 0.2921 0.768 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1070208 2 0.7254 0.473 0.000 0.524 0.300 0.176
#> SRR1317282 2 0.4994 0.157 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1096125 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 2 0.5913 0.703 0.000 0.696 0.124 0.180
#> SRR1388281 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 2 0.3694 0.783 0.000 0.844 0.124 0.032
#> SRR1357166 3 0.1716 0.826 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1488586 2 0.3962 0.779 0.000 0.832 0.124 0.044
#> SRR1485398 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.5344 0.655 0.000 0.668 0.032 0.300
#> SRR1409397 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 2 0.5929 0.697 0.000 0.688 0.108 0.204
#> SRR1456818 2 0.7317 0.512 0.004 0.544 0.276 0.176
#> SRR816336 2 0.5619 0.723 0.000 0.724 0.124 0.152
#> SRR1420238 1 0.1792 0.850 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1433374 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.3873 0.698 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1477671 1 0.5016 0.390 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1084079 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403814 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.8227 0.323 0.060 0.244 0.536 0.160
#> SRR1356765 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078258 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.1474 0.861 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.1302 0.866 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1481315 2 0.6690 0.623 0.000 0.608 0.144 0.248
#> SRR1414661 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359147 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488694 2 0.6340 0.627 0.000 0.620 0.096 0.284
#> SRR1477273 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1415792 2 0.6837 0.223 0.000 0.472 0.428 0.100
#> SRR1369088 2 0.2443 0.827 0.000 0.916 0.024 0.060
#> SRR1406621 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815208 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091097 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 3 0.2814 0.776 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1498416 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.0336 0.981 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1394912 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.5127 0.569 0.000 0.632 0.012 0.356
#> SRR1459866 1 0.0188 0.885 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364871 2 0.5383 0.661 0.000 0.672 0.036 0.292
#> SRR1100472 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 4 0.6337 -0.243 0.000 0.464 0.060 0.476
#> SRR1068977 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391511 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.2760 0.780 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1437073 1 0.4697 0.381 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1473124 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1469279 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.1474 0.832 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.4916 0.185 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 3 0.5199 0.642 0.000 0.144 0.756 0.100
#> SRR1464702 3 0.3486 0.715 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1074860 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655447 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404442 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1418795 1 0.4564 0.544 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1458335 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1489589 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 2 0.2814 0.783 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 3 0.4699 0.432 0.000 0.320 0.676 0.004
#> SRR1339236 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 2 0.6404 0.548 0.000 0.608 0.296 0.096
#> SRR1415257 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.3935 0.794 0.052 0.036 0.864 0.048
#> SRR659223 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378903 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 3 0.0817 0.844 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1442313 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1070738 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.4817 0.265 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1488196 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1498951 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 3 0.6373 0.435 0.000 0.248 0.636 0.116
#> SRR1396682 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 4 0.1940 0.896 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1328941 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1336181 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.3649 0.726 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1366790 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455902 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1437644 2 0.5432 0.632 0.000 0.652 0.032 0.316
#> SRR1105009 4 0.0188 0.984 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1367024 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR660248 2 0.5389 0.645 0.000 0.660 0.032 0.308
#> SRR1409620 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.4804 0.424 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1378948 2 0.5850 0.681 0.000 0.676 0.080 0.244
#> SRR1469237 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.4214 0.746 0.000 0.780 0.016 0.204
#> SRR1393026 3 0.4855 0.247 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR808428 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 3 0.4103 0.649 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 2 0.6019 0.682 0.000 0.672 0.100 0.228
#> SRR1388399 2 0.0817 0.845 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1361499 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.1792 0.814 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1400159 2 0.4841 0.759 0.000 0.780 0.080 0.140
#> SRR1457245 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 3 0.3486 0.716 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1381799 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1341100 4 0.4012 0.703 0.000 0.184 0.016 0.800
#> SRR1342873 1 0.4730 0.471 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 3 0.3726 0.675 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1328577 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808942 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343818 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 4 0.0000 0.987 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.854 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0707 0.845 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1417422 2 0.3356 0.765 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1090674 1 0.0000 0.887 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.3480 0.8293 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1076441 1 0.2520 0.8706 0.896 0.000 0.056 0.048 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 5 0.1197 0.8151 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1357826 5 0.3561 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1419656 3 0.5035 0.5157 0.252 0.000 0.672 0.076 0.000
#> SRR1454158 5 0.4086 0.8040 0.000 0.012 0.000 0.284 0.704
#> SRR1475408 4 0.5469 0.7214 0.000 0.164 0.092 0.708 0.036
#> SRR1472704 5 0.3508 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1090046 4 0.5699 0.7049 0.000 0.148 0.148 0.680 0.024
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.1671 0.7977 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.2351 0.8589 0.896 0.000 0.088 0.016 0.000
#> SRR1467522 3 0.4637 0.6495 0.196 0.000 0.728 0.076 0.000
#> SRR1324206 1 0.4489 0.7441 0.740 0.000 0.192 0.068 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 5 0.3336 0.8340 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1079948 5 0.0963 0.8160 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1310667 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR655852 5 0.1608 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 5 0.1478 0.8182 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0162 0.8492 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1082859 5 0.3508 0.8298 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1086538 3 0.5641 -0.0124 0.436 0.000 0.488 0.076 0.000
#> SRR1486262 5 0.1478 0.8036 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR658105 1 0.1270 0.8923 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR811073 5 0.2605 0.8454 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1429181 4 0.5826 0.5685 0.000 0.332 0.000 0.556 0.112
#> SRR1327896 5 0.1270 0.8103 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.3561 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1318774 5 0.1732 0.8462 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1420517 3 0.5292 0.5686 0.000 0.108 0.700 0.180 0.012
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.4557 0.4531 0.000 0.004 0.004 0.552 0.440
#> SRR1455391 3 0.0771 0.8430 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000
#> SRR1068999 1 0.5260 0.4885 0.592 0.000 0.348 0.060 0.000
#> SRR1481297 3 0.1195 0.8452 0.012 0.000 0.960 0.028 0.000
#> SRR1070208 3 0.5716 0.4882 0.000 0.172 0.652 0.168 0.008
#> SRR1317282 3 0.4457 0.6627 0.000 0.092 0.756 0.152 0.000
#> SRR1096125 5 0.0162 0.8214 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1472506 4 0.6027 0.6932 0.000 0.200 0.156 0.628 0.016
#> SRR1388281 5 0.2813 0.8459 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1365622 2 0.0162 0.9630 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662306 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR662811 1 0.1671 0.8846 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR820571 4 0.6154 0.6703 0.000 0.240 0.152 0.596 0.012
#> SRR1357166 3 0.0162 0.8492 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.6310 0.6647 0.000 0.224 0.184 0.580 0.012
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.5192 0.7225 0.000 0.132 0.084 0.740 0.044
#> SRR1409397 2 0.0404 0.9601 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 4 0.6264 0.6255 0.000 0.152 0.228 0.600 0.020
#> SRR1456818 4 0.6264 0.6820 0.004 0.212 0.168 0.604 0.012
#> SRR816336 4 0.6954 0.2838 0.000 0.196 0.384 0.404 0.016
#> SRR1420238 1 0.1809 0.8779 0.928 0.000 0.060 0.012 0.000
#> SRR1433374 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.4303 0.7525 0.752 0.000 0.192 0.056 0.000
#> SRR1477671 1 0.4618 0.7244 0.724 0.000 0.208 0.068 0.000
#> SRR1084079 4 0.4576 0.4232 0.000 0.004 0.004 0.536 0.456
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0162 0.9027 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3835 0.3826 0.000 0.008 0.000 0.732 0.260
#> SRR1403814 5 0.2011 0.7858 0.000 0.000 0.004 0.088 0.908
#> SRR1404887 4 0.4551 0.4603 0.000 0.004 0.004 0.556 0.436
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.8121 0.1502 0.416 0.148 0.304 0.124 0.008
#> SRR1356765 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1078258 5 0.3143 0.8392 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1455861 1 0.5191 0.5667 0.660 0.000 0.252 0.088 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.3534 0.8267 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1410765 1 0.1197 0.8857 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1481315 4 0.7157 0.6691 0.000 0.084 0.144 0.548 0.224
#> SRR1414661 5 0.3003 0.8446 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1359147 5 0.1121 0.8136 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1488694 4 0.7066 0.6752 0.000 0.084 0.136 0.560 0.220
#> SRR1477273 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1415792 3 0.6163 0.3965 0.000 0.176 0.612 0.196 0.016
#> SRR1369088 4 0.6022 0.5380 0.000 0.352 0.100 0.540 0.008
#> SRR1406621 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.3452 0.8305 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1380460 5 0.3210 0.8422 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1091097 5 0.0510 0.8201 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1456010 3 0.0865 0.8424 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR1498416 5 0.1124 0.8342 0.000 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR818873 2 0.0404 0.9601 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR813868 4 0.4074 -0.0338 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.5811 0.5983 0.000 0.092 0.004 0.556 0.348
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.5722 0.7196 0.000 0.168 0.124 0.680 0.028
#> SRR1100472 5 0.2020 0.8425 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1331267 4 0.7063 0.6659 0.000 0.072 0.140 0.548 0.240
#> SRR1068977 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1391511 5 0.3452 0.8320 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1077920 5 0.3480 0.8293 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1457705 3 0.0865 0.8424 0.004 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR1437073 3 0.5107 0.4595 0.356 0.000 0.596 0.048 0.000
#> SRR1473124 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1469279 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1091791 5 0.1831 0.7942 0.000 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1341539 2 0.0162 0.9630 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446354 3 0.0162 0.8492 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.1197 0.8932 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1368050 3 0.5236 0.3906 0.380 0.000 0.568 0.052 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 5 0.2424 0.8478 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1084674 3 0.5324 0.5587 0.000 0.120 0.700 0.168 0.012
#> SRR1464702 3 0.2149 0.8250 0.036 0.000 0.916 0.048 0.000
#> SRR1074860 5 0.2074 0.7714 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR655447 5 0.1043 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1404442 5 0.3480 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1418795 1 0.4429 0.7470 0.744 0.000 0.192 0.064 0.000
#> SRR1458335 5 0.3913 0.7912 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1489589 2 0.0404 0.9601 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378284 4 0.6339 0.5180 0.000 0.352 0.148 0.496 0.004
#> SRR1408014 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1083052 3 0.5082 0.7241 0.124 0.064 0.752 0.060 0.000
#> SRR1339236 2 0.3366 0.6248 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1323829 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1086772 5 0.2127 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1486457 3 0.6387 0.2939 0.000 0.164 0.572 0.248 0.016
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.3062 0.7523 0.000 0.048 0.868 0.080 0.004
#> SRR659223 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR821498 5 0.4283 0.5472 0.000 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1378903 5 0.1608 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1472907 3 0.2074 0.8281 0.036 0.000 0.920 0.044 0.000
#> SRR1442313 5 0.3508 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1077139 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342758 1 0.1270 0.8923 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR656911 5 0.3966 0.7823 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1070738 1 0.0162 0.9027 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.3765 0.7391 0.004 0.064 0.820 0.112 0.000
#> SRR1488196 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1498951 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1413392 1 0.1121 0.8943 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR657528 2 0.4291 -0.1009 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR812198 1 0.0404 0.9013 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR660283 5 0.3534 0.8260 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.2522 0.8175 0.000 0.052 0.000 0.052 0.896
#> SRR1322249 3 0.6161 0.3962 0.000 0.156 0.608 0.220 0.016
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.1608 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0000 0.8216 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0404 0.9601 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1391575 4 0.4572 0.4147 0.000 0.004 0.004 0.540 0.452
#> SRR1314092 5 0.5118 0.5782 0.000 0.040 0.000 0.412 0.548
#> SRR1328941 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1336181 5 0.3480 0.8310 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1362972 1 0.3535 0.7910 0.808 0.000 0.164 0.028 0.000
#> SRR1366790 4 0.4171 -0.1529 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1455902 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1437644 4 0.5370 0.7235 0.000 0.144 0.088 0.724 0.044
#> SRR1105009 5 0.3508 0.8278 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1367024 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR660248 4 0.5182 0.7153 0.000 0.128 0.056 0.744 0.072
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.3586 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1339431 1 0.5499 0.3423 0.532 0.000 0.400 0.068 0.000
#> SRR1378948 4 0.5737 0.7053 0.000 0.152 0.148 0.676 0.024
#> SRR1469237 1 0.1197 0.8932 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1098264 5 0.1270 0.8161 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1406224 4 0.5708 0.6515 0.000 0.260 0.004 0.620 0.116
#> SRR1393026 3 0.3439 0.7574 0.004 0.060 0.844 0.092 0.000
#> SRR808428 5 0.3561 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR615910 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 3 0.3995 0.7323 0.180 0.000 0.776 0.044 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 5 0.1270 0.8099 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1386775 4 0.6965 0.7126 0.000 0.152 0.144 0.592 0.112
#> SRR1388399 4 0.6151 0.4442 0.000 0.396 0.116 0.484 0.004
#> SRR1361499 5 0.1671 0.8185 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1500709 5 0.3586 0.8215 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0290 0.9618 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1335212 3 0.2300 0.8183 0.072 0.000 0.904 0.024 0.000
#> SRR1400159 4 0.6056 0.6829 0.000 0.220 0.144 0.620 0.016
#> SRR1457245 5 0.2773 0.8461 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR1356746 5 0.3715 0.8239 0.000 0.004 0.000 0.260 0.736
#> SRR658319 5 0.3707 0.8153 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 3 0.2654 0.8109 0.064 0.000 0.888 0.048 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1381799 5 0.1671 0.8475 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1310158 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1341100 4 0.5097 0.5280 0.000 0.032 0.004 0.568 0.396
#> SRR1342873 1 0.5124 0.6029 0.644 0.000 0.288 0.068 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.9637 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 3 0.2719 0.8081 0.068 0.000 0.884 0.048 0.000
#> SRR1328577 5 0.0162 0.8218 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR808942 5 0.3707 0.8138 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1343818 5 0.0290 0.8210 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1472415 5 0.3586 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR658409 5 0.1608 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0404 0.9590 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1417894 3 0.0451 0.8508 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1417422 2 0.3757 0.6520 0.000 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9033 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.3647 0.8952 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1076441 1 0.2985 0.8589 0.864 0.000 0.020 0.000 0.060 0.056
#> SRR1489803 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1345953 4 0.3592 -0.1747 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1357826 5 0.3563 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1419656 3 0.5559 0.5948 0.128 0.000 0.660 0.000 0.064 0.148
#> SRR1454158 4 0.3215 0.5779 0.000 0.000 0.000 0.828 0.100 0.072
#> SRR1475408 6 0.4603 0.7573 0.000 0.032 0.048 0.108 0.040 0.772
#> SRR1472704 5 0.3563 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1090046 6 0.3628 0.7436 0.000 0.028 0.148 0.008 0.012 0.804
#> SRR1312822 1 0.0692 0.8817 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1096987 4 0.0291 0.6572 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1334587 2 0.0363 0.9688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490246 1 0.2164 0.8697 0.908 0.000 0.028 0.000 0.056 0.008
#> SRR1467522 3 0.5578 0.6322 0.112 0.000 0.668 0.000 0.100 0.120
#> SRR1324206 1 0.6346 0.6019 0.576 0.000 0.180 0.000 0.104 0.140
#> SRR1408574 2 0.0363 0.9688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1083959 5 0.3810 0.7564 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1079948 4 0.0363 0.6566 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9689 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.0713 0.6550 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1352457 2 0.0725 0.9678 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1353994 4 0.3782 -0.4511 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1459561 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1454009 3 0.0806 0.7614 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1071084 3 0.3551 0.7076 0.000 0.000 0.784 0.000 0.168 0.048
#> SRR1082859 5 0.3578 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1086538 3 0.6671 0.3598 0.236 0.000 0.516 0.000 0.100 0.148
#> SRR1486262 4 0.0000 0.6559 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658105 1 0.3825 0.8143 0.788 0.000 0.008 0.000 0.076 0.128
#> SRR811073 5 0.3993 0.6869 0.000 0.000 0.000 0.476 0.520 0.004
#> SRR1429181 6 0.5516 0.6469 0.000 0.196 0.000 0.200 0.008 0.596
#> SRR1327896 4 0.0547 0.6545 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1464788 2 0.0725 0.9678 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1346861 5 0.3563 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1318774 4 0.2883 0.4201 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1420517 3 0.4942 0.5851 0.000 0.016 0.672 0.004 0.072 0.236
#> SRR1369584 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1443244 6 0.4141 0.5230 0.000 0.016 0.000 0.388 0.000 0.596
#> SRR1455391 3 0.0858 0.7642 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1068999 3 0.6869 -0.0535 0.368 0.000 0.400 0.000 0.096 0.136
#> SRR1481297 3 0.2519 0.7587 0.016 0.000 0.892 0.000 0.044 0.048
#> SRR1070208 3 0.4707 0.6072 0.000 0.016 0.688 0.000 0.068 0.228
#> SRR1317282 3 0.2695 0.6968 0.000 0.004 0.844 0.008 0.000 0.144
#> SRR1096125 4 0.1285 0.6401 0.000 0.000 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1472506 6 0.3906 0.7437 0.000 0.036 0.152 0.012 0.012 0.788
#> SRR1388281 4 0.2980 0.5506 0.000 0.000 0.000 0.808 0.180 0.012
#> SRR1365622 2 0.0363 0.9688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR662306 3 0.2554 0.7444 0.000 0.000 0.876 0.000 0.076 0.048
#> SRR662811 1 0.4776 0.7733 0.724 0.000 0.036 0.000 0.092 0.148
#> SRR820571 6 0.5083 0.7326 0.000 0.144 0.148 0.012 0.008 0.688
#> SRR1357166 3 0.1152 0.7601 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1488586 6 0.4882 0.7326 0.000 0.100 0.176 0.012 0.008 0.704
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 6 0.4203 0.7053 0.000 0.028 0.004 0.164 0.040 0.764
#> SRR1409397 2 0.0146 0.9688 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465693 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1096547 6 0.3972 0.7128 0.000 0.028 0.188 0.008 0.012 0.764
#> SRR1456818 6 0.4095 0.7022 0.000 0.016 0.200 0.020 0.012 0.752
#> SRR816336 6 0.4537 0.4245 0.000 0.012 0.356 0.008 0.012 0.612
#> SRR1420238 1 0.1924 0.8721 0.920 0.000 0.028 0.000 0.048 0.004
#> SRR1433374 3 0.3374 0.6900 0.000 0.000 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.6437 0.5710 0.560 0.000 0.200 0.000 0.104 0.136
#> SRR1477671 1 0.5409 0.7221 0.668 0.000 0.104 0.000 0.056 0.172
#> SRR1084079 4 0.4185 -0.3214 0.000 0.012 0.000 0.496 0.000 0.492
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0692 0.8817 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1418729 4 0.5791 0.1622 0.000 0.012 0.000 0.512 0.140 0.336
#> SRR1403814 4 0.0146 0.6555 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404887 6 0.4131 0.5310 0.000 0.016 0.000 0.384 0.000 0.600
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.7168 0.3770 0.188 0.004 0.408 0.000 0.092 0.308
#> SRR1356765 2 0.0935 0.9589 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1078258 4 0.3161 0.4924 0.000 0.000 0.000 0.776 0.216 0.008
#> SRR1455861 1 0.6780 0.3701 0.488 0.000 0.264 0.000 0.100 0.148
#> SRR1420296 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1070260 5 0.3578 0.9182 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1410765 1 0.1562 0.8752 0.940 0.000 0.024 0.000 0.032 0.004
#> SRR1481315 6 0.5043 0.7409 0.000 0.020 0.148 0.148 0.000 0.684
#> SRR1414661 5 0.3907 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.408 0.588 0.004
#> SRR1359147 4 0.0547 0.6543 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1488694 6 0.5007 0.7435 0.000 0.020 0.140 0.152 0.000 0.688
#> SRR1477273 3 0.3454 0.6880 0.000 0.000 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1415792 3 0.5220 0.4372 0.000 0.020 0.608 0.012 0.044 0.316
#> SRR1369088 6 0.5804 0.6995 0.000 0.224 0.056 0.096 0.004 0.620
#> SRR1406621 2 0.0363 0.9688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1401017 2 0.0777 0.9577 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1099981 2 0.0363 0.9688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR815208 5 0.3578 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1380460 4 0.3050 0.4601 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000
#> SRR1091097 4 0.1141 0.6408 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1456010 3 0.0891 0.7630 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1498416 4 0.3133 0.3796 0.000 0.000 0.000 0.780 0.212 0.008
#> SRR818873 2 0.0291 0.9682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR813868 4 0.5771 0.2211 0.000 0.012 0.000 0.520 0.140 0.328
#> SRR1394912 1 0.0806 0.8766 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000
#> SRR1475824 6 0.4758 0.5545 0.000 0.060 0.000 0.360 0.000 0.580
#> SRR1459866 1 0.1049 0.8799 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032 0.000
#> SRR1364871 6 0.3981 0.7514 0.000 0.028 0.140 0.028 0.012 0.792
#> SRR1100472 5 0.3998 0.6568 0.000 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1331267 6 0.4994 0.7385 0.000 0.016 0.144 0.156 0.000 0.684
#> SRR1068977 2 0.0508 0.9681 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1391511 5 0.3867 0.5872 0.000 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR1077920 5 0.3563 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1457705 3 0.1152 0.7624 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1437073 3 0.5908 0.5044 0.256 0.000 0.588 0.000 0.084 0.072
#> SRR1473124 3 0.3062 0.7129 0.000 0.000 0.816 0.000 0.160 0.024
#> SRR1469279 3 0.1168 0.7577 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1091791 4 0.0520 0.6572 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1341539 2 0.0458 0.9681 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446354 3 0.1219 0.7558 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1415420 1 0.3393 0.8371 0.820 0.000 0.004 0.000 0.068 0.108
#> SRR1368050 3 0.6515 0.3464 0.292 0.000 0.504 0.000 0.084 0.120
#> SRR656970 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1473403 4 0.2118 0.6101 0.000 0.000 0.000 0.888 0.104 0.008
#> SRR1084674 3 0.3925 0.6173 0.000 0.008 0.744 0.004 0.024 0.220
#> SRR1464702 3 0.3483 0.7384 0.028 0.000 0.832 0.000 0.080 0.060
#> SRR1074860 4 0.0790 0.6432 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR655447 4 0.1753 0.6309 0.000 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR1404442 5 0.3578 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1418795 1 0.5682 0.7006 0.640 0.000 0.104 0.000 0.068 0.188
#> SRR1458335 4 0.3455 0.5593 0.000 0.000 0.000 0.800 0.144 0.056
#> SRR1489589 2 0.0291 0.9682 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1378284 6 0.5067 0.6976 0.000 0.200 0.148 0.000 0.004 0.648
#> SRR1408014 2 0.0777 0.9577 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1083052 3 0.4753 0.7066 0.048 0.004 0.744 0.000 0.088 0.116
#> SRR1339236 6 0.3986 0.2346 0.000 0.464 0.000 0.000 0.004 0.532
#> SRR1323829 2 0.0547 0.9616 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1086772 5 0.4096 0.6728 0.000 0.000 0.000 0.484 0.508 0.008
#> SRR1486457 6 0.4881 0.0455 0.000 0.020 0.476 0.012 0.008 0.484
#> SRR1415257 2 0.0725 0.9678 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1071905 3 0.2973 0.7030 0.000 0.004 0.836 0.000 0.024 0.136
#> SRR659223 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1386945 3 0.1341 0.7569 0.000 0.000 0.948 0.000 0.024 0.028
#> SRR821498 4 0.4937 0.4675 0.000 0.000 0.000 0.652 0.152 0.196
#> SRR1378903 4 0.0146 0.6555 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472907 3 0.3176 0.7512 0.040 0.000 0.856 0.000 0.056 0.048
#> SRR1442313 5 0.3563 0.9161 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1077139 2 0.0547 0.9616 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342758 1 0.4041 0.8039 0.764 0.000 0.004 0.000 0.096 0.136
#> SRR656911 4 0.3570 0.5572 0.000 0.000 0.000 0.792 0.144 0.064
#> SRR1070738 1 0.0405 0.8827 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476950 3 0.3343 0.7000 0.000 0.004 0.812 0.000 0.040 0.144
#> SRR1488196 3 0.3377 0.6987 0.000 0.000 0.784 0.000 0.188 0.028
#> SRR1498951 3 0.1720 0.7574 0.000 0.000 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR1413392 1 0.2383 0.8559 0.880 0.000 0.000 0.000 0.024 0.096
#> SRR657528 2 0.3721 0.4639 0.000 0.684 0.000 0.004 0.004 0.308
#> SRR812198 1 0.3994 0.8161 0.792 0.000 0.036 0.000 0.056 0.116
#> SRR660283 5 0.3578 0.9184 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.5044 -0.4459 0.000 0.040 0.000 0.548 0.392 0.020
#> SRR1322249 3 0.5235 0.4707 0.000 0.020 0.616 0.008 0.056 0.300
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0146 0.6555 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.1910 0.5816 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR811285 2 0.0725 0.9678 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR657018 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.3454 0.6880 0.000 0.000 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1090791 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1439915 2 0.0858 0.9549 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1391575 4 0.4002 -0.0501 0.000 0.008 0.000 0.588 0.000 0.404
#> SRR1314092 4 0.4796 0.4967 0.000 0.008 0.000 0.692 0.128 0.172
#> SRR1328941 3 0.3364 0.6945 0.000 0.000 0.780 0.000 0.196 0.024
#> SRR1336181 5 0.3578 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1362972 1 0.4703 0.7271 0.724 0.000 0.168 0.000 0.072 0.036
#> SRR1366790 4 0.5185 0.2956 0.000 0.000 0.000 0.564 0.108 0.328
#> SRR1455902 3 0.3454 0.6880 0.000 0.000 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1437644 6 0.3700 0.7419 0.000 0.028 0.016 0.136 0.012 0.808
#> SRR1105009 5 0.3563 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1367024 3 0.1334 0.7567 0.000 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR660248 6 0.4153 0.6889 0.000 0.024 0.000 0.176 0.044 0.756
#> SRR1409620 1 0.1765 0.8643 0.924 0.000 0.052 0.000 0.024 0.000
#> SRR1455807 5 0.3578 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1339431 3 0.6784 0.2434 0.280 0.000 0.480 0.000 0.104 0.136
#> SRR1378948 6 0.3628 0.7436 0.000 0.028 0.148 0.008 0.012 0.804
#> SRR1469237 1 0.3150 0.8353 0.828 0.000 0.000 0.000 0.052 0.120
#> SRR1098264 4 0.3592 -0.1747 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1406224 6 0.5693 0.6397 0.000 0.228 0.000 0.172 0.016 0.584
#> SRR1393026 3 0.2462 0.7127 0.000 0.004 0.860 0.000 0.004 0.132
#> SRR808428 5 0.3563 0.9195 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR615910 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1076219 3 0.4671 0.6756 0.172 0.000 0.720 0.000 0.084 0.024
#> SRR1481128 1 0.0146 0.8829 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359262 2 0.0363 0.9687 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1407648 4 0.1075 0.6413 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1386775 6 0.4835 0.7519 0.000 0.024 0.148 0.104 0.004 0.720
#> SRR1388399 6 0.5143 0.6901 0.000 0.212 0.148 0.000 0.004 0.636
#> SRR1361499 4 0.3989 -0.6057 0.000 0.000 0.000 0.528 0.468 0.004
#> SRR1500709 4 0.2830 0.5726 0.000 0.000 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0146 0.9688 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335212 3 0.4435 0.7116 0.088 0.000 0.768 0.000 0.080 0.064
#> SRR1400159 6 0.4203 0.7482 0.000 0.064 0.148 0.008 0.012 0.768
#> SRR1457245 4 0.3927 0.1382 0.000 0.000 0.000 0.644 0.344 0.012
#> SRR1356746 5 0.3714 0.9149 0.000 0.000 0.000 0.340 0.656 0.004
#> SRR658319 4 0.2805 0.5540 0.000 0.000 0.000 0.828 0.160 0.012
#> SRR1435946 1 0.0146 0.8815 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 3 0.4659 0.6952 0.060 0.000 0.744 0.000 0.068 0.128
#> SRR1100893 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1498 0.7565 0.000 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028
#> SRR1381799 4 0.3468 0.2300 0.000 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004
#> SRR1310158 3 0.3454 0.6880 0.000 0.000 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1341100 6 0.3969 0.6038 0.000 0.016 0.000 0.332 0.000 0.652
#> SRR1342873 1 0.6890 0.1925 0.412 0.000 0.352 0.000 0.100 0.136
#> SRR1472102 2 0.0363 0.9688 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1409421 3 0.4044 0.7141 0.048 0.000 0.792 0.000 0.052 0.108
#> SRR1328577 4 0.3668 -0.0909 0.000 0.000 0.000 0.668 0.328 0.004
#> SRR808942 4 0.2841 0.5525 0.000 0.000 0.000 0.824 0.164 0.012
#> SRR1343818 4 0.1444 0.6226 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR1472415 5 0.3578 0.9176 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR658409 4 0.0363 0.6561 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.1010 0.9560 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1417894 3 0.3454 0.6880 0.000 0.000 0.768 0.000 0.208 0.024
#> SRR1417422 2 0.4164 0.7190 0.000 0.772 0.000 0.024 0.072 0.132
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8827 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.961 0.985 0.4964 0.502 0.502
#> 3 3 0.740 0.852 0.881 0.2870 0.829 0.667
#> 4 4 0.926 0.925 0.946 0.1522 0.876 0.664
#> 5 5 0.837 0.777 0.896 0.0448 0.966 0.870
#> 6 6 0.810 0.733 0.845 0.0467 0.967 0.861
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1443244 2 0.2236 0.9560 0.036 0.964
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.9087 0.5370 0.676 0.324
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.9998 0.0653 0.508 0.492
#> SRR1357166 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.6623 0.7896 0.828 0.172
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.1633 0.9526 0.976 0.024
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.2043 0.9602 0.032 0.968
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1488694 2 0.9393 0.4235 0.356 0.644
#> SRR1477273 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.3431 0.9249 0.064 0.936
#> SRR1406621 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR1068977 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.7376 0.7395 0.792 0.208
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.6712 0.7843 0.824 0.176
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.9993 0.0952 0.516 0.484
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.9522 0.3819 0.372 0.628
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.9491 0.4390 0.632 0.368
#> SRR1388399 1 0.8144 0.6708 0.748 0.252
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.9924 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9739 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 2 0.5650 0.4666 0.000 0.688 0.312
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.4399 0.8280 0.812 0.000 0.188
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR655852 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1454009 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1071084 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 3 0.6045 0.7521 0.000 0.380 0.620
#> SRR1327896 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1369584 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1443244 2 0.2711 0.8304 0.088 0.912 0.000
#> SRR1455391 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1068999 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1070208 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.5560 0.7954 0.700 0.000 0.300
#> SRR1096125 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.9520 -0.2972 0.352 0.196 0.452
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR662306 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR662811 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.4399 0.7905 0.000 0.188 0.812
#> SRR1357166 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1488586 1 0.4974 0.7586 0.764 0.000 0.236
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.5560 0.5112 0.000 0.700 0.300
#> SRR1409397 3 0.0747 0.6593 0.000 0.016 0.984
#> SRR1465693 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1096547 1 0.9423 0.5442 0.492 0.204 0.304
#> SRR1456818 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0424 0.9465 0.008 0.992 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 2 0.6192 0.3102 0.420 0.580 0.000
#> SRR1477273 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1415792 1 0.6225 0.6528 0.568 0.000 0.432
#> SRR1369088 3 0.5815 0.8621 0.004 0.304 0.692
#> SRR1406621 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1401017 3 0.0000 0.6410 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099981 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR815208 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 1 0.5560 0.7954 0.700 0.000 0.300
#> SRR1498416 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR813868 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.4842 0.6284 0.776 0.224 0.000
#> SRR1068977 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.5560 0.7954 0.700 0.000 0.300
#> SRR1437073 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1469279 1 0.1289 0.8677 0.968 0.000 0.032
#> SRR1091791 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1446354 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1464702 1 0.5363 0.8037 0.724 0.000 0.276
#> SRR1074860 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489589 3 0.0000 0.6410 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378284 3 0.5678 0.5194 0.316 0.000 0.684
#> SRR1408014 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1083052 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.0000 0.6410 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.6410 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415257 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1071905 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR659223 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1386945 1 0.5560 0.7954 0.700 0.000 0.300
#> SRR821498 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1342758 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1498951 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1413392 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.4062 0.7741 0.000 0.164 0.836
#> SRR812198 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR657018 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1090791 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1439915 3 0.0000 0.6410 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1437644 2 0.7433 0.5014 0.168 0.700 0.132
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR660248 2 0.5988 0.4217 0.000 0.632 0.368
#> SRR1409620 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.9659 0.0837 0.252 0.464 0.284
#> SRR1469237 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 3 0.5650 0.8557 0.000 0.312 0.688
#> SRR1393026 1 0.4931 0.8164 0.768 0.000 0.232
#> SRR808428 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1076219 1 0.5431 0.8011 0.716 0.000 0.284
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1407648 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.5363 0.5608 0.724 0.276 0.000
#> SRR1388399 3 0.6965 0.6369 0.244 0.060 0.696
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1335212 1 0.5560 0.7954 0.700 0.000 0.300
#> SRR1400159 3 0.0000 0.6410 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.5560 0.7954 0.700 0.000 0.300
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1341100 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1409421 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.9574 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.5591 0.8656 0.000 0.304 0.696
#> SRR1417894 1 0.5591 0.7938 0.696 0.000 0.304
#> SRR1417422 3 0.4452 0.7773 0.000 0.192 0.808
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8750 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345953 4 0.0817 0.9614 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1357826 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1419656 3 0.2999 0.9025 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR1454158 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1475408 4 0.4992 0.0390 0.000 0.000 0.476 0.524
#> SRR1472704 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1090046 3 0.5977 0.7556 0.192 0.000 0.688 0.120
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1334587 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1083959 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1079948 4 0.1474 0.9546 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1310667 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655852 4 0.1389 0.9559 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1352457 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353994 4 0.0188 0.9634 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1459561 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454009 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1071084 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1082859 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.1792 0.9480 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR658105 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 4 0.0000 0.9633 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1327896 4 0.1118 0.9590 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1464788 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1346861 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1318774 4 0.0188 0.9634 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420517 3 0.2466 0.9264 0.096 0.004 0.900 0.000
#> SRR1369584 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1443244 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1455391 3 0.2593 0.9230 0.104 0.004 0.892 0.000
#> SRR1068999 1 0.0779 0.9489 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1481297 3 0.2334 0.9282 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1070208 1 0.2593 0.8536 0.892 0.004 0.104 0.000
#> SRR1317282 3 0.2401 0.9277 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR1096125 4 0.1389 0.9562 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1472506 3 0.3072 0.7814 0.004 0.004 0.868 0.124
#> SRR1388281 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1365622 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR662306 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 2 0.0188 0.9751 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1357166 3 0.2831 0.9135 0.120 0.004 0.876 0.000
#> SRR1488586 1 0.4770 0.5933 0.700 0.288 0.012 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.3870 0.7359 0.000 0.004 0.788 0.208
#> SRR1409397 2 0.0188 0.9761 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465693 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1096547 3 0.4171 0.8334 0.060 0.000 0.824 0.116
#> SRR1456818 1 0.0188 0.9595 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR816336 3 0.2125 0.9219 0.076 0.004 0.920 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1403814 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1404887 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0336 0.9560 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356765 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1078258 4 0.0000 0.9633 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070260 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.2329 0.8791 0.916 0.000 0.072 0.012
#> SRR1414661 4 0.0336 0.9630 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1359147 4 0.1792 0.9480 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1488694 1 0.5318 0.6559 0.732 0.000 0.072 0.196
#> SRR1477273 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1415792 3 0.6553 0.5581 0.100 0.316 0.584 0.000
#> SRR1369088 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406621 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1401017 2 0.0188 0.9761 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1099981 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR815208 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1380460 4 0.0000 0.9633 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091097 4 0.1474 0.9546 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1456010 3 0.2466 0.9264 0.096 0.004 0.900 0.000
#> SRR1498416 4 0.1389 0.9560 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR818873 2 0.0188 0.9761 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR813868 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.6458 0.1593 0.000 0.520 0.072 0.408
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.1398 0.9582 0.000 0.004 0.040 0.956
#> SRR1100472 4 0.0188 0.9634 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1331267 1 0.3693 0.8192 0.856 0.000 0.072 0.072
#> SRR1068977 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1391511 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1077920 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1457705 3 0.2654 0.9208 0.108 0.004 0.888 0.000
#> SRR1437073 1 0.0707 0.9471 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1473124 3 0.2334 0.9282 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1469279 3 0.3908 0.8268 0.212 0.004 0.784 0.000
#> SRR1091791 4 0.1389 0.9559 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1341539 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446354 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.2647 0.8426 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR656970 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473403 4 0.0469 0.9636 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1084674 3 0.3674 0.9041 0.104 0.044 0.852 0.000
#> SRR1464702 3 0.2868 0.9029 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1074860 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR655447 4 0.0188 0.9634 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404442 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.0707 0.9601 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1489589 2 0.0188 0.9761 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1378284 2 0.0336 0.9742 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0188 0.9761 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1323829 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1086772 4 0.0921 0.9607 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1486457 3 0.3870 0.7323 0.004 0.208 0.788 0.000
#> SRR1415257 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1071905 3 0.2401 0.9278 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR659223 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1386945 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR821498 4 0.1004 0.9611 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1378903 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1472907 3 0.2334 0.9282 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1442313 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1077139 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.2466 0.8732 0.900 0.004 0.096 0.000
#> SRR1488196 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1498951 3 0.2334 0.9282 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR812198 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.2399 0.9378 0.000 0.032 0.048 0.920
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.1389 0.9560 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR811285 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR657018 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1090791 2 0.0188 0.9793 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.0188 0.9761 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1391575 4 0.1792 0.9480 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1314092 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1328941 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1336181 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.0895 0.9581 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR1455902 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1437644 4 0.4837 0.5425 0.000 0.004 0.348 0.648
#> SRR1105009 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1367024 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR660248 3 0.4996 0.0888 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1339431 1 0.0188 0.9600 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.4343 0.6504 0.000 0.004 0.732 0.264
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.0817 0.9613 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1406224 2 0.0469 0.9771 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1393026 3 0.2401 0.9277 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR808428 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR615910 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1076219 3 0.3306 0.8842 0.156 0.004 0.840 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1407648 4 0.1557 0.9530 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1386775 1 0.4944 0.7062 0.768 0.000 0.072 0.160
#> SRR1388399 2 0.0336 0.9742 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1361499 4 0.1302 0.9570 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1500709 4 0.0000 0.9633 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1335212 3 0.3668 0.8538 0.188 0.004 0.808 0.000
#> SRR1400159 3 0.2443 0.8541 0.000 0.060 0.916 0.024
#> SRR1457245 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1356746 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR658319 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.4164 0.5791 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1381799 4 0.1118 0.9591 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1310158 3 0.2149 0.9287 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1341100 4 0.1867 0.9460 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1342873 1 0.2654 0.8618 0.888 0.004 0.108 0.000
#> SRR1472102 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1409421 3 0.2334 0.9282 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1328577 4 0.1118 0.9590 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR808942 4 0.0469 0.9625 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1343818 4 0.1716 0.9497 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1472415 4 0.0592 0.9617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR658409 4 0.1557 0.9530 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0336 0.9808 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1417894 3 0.2334 0.9283 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR1417422 2 0.2773 0.8377 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9626 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0510 0.93263 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1076441 1 0.0609 0.86319 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 5 0.0703 0.93446 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1357826 5 0.0794 0.92957 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1419656 4 0.4878 0.38405 0.024 0.000 0.440 0.536 0.000
#> SRR1454158 5 0.0609 0.93180 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1475408 5 0.6047 0.17014 0.000 0.000 0.332 0.136 0.532
#> SRR1472704 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1090046 3 0.6006 0.34562 0.132 0.000 0.632 0.020 0.216
#> SRR1312822 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.2605 0.87624 0.000 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1334587 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2127 0.80478 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 5 0.0000 0.93472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 5 0.1478 0.92558 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1310667 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 5 0.1410 0.92645 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1352457 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 5 0.0703 0.93446 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1459561 2 0.0162 0.97752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454009 3 0.0671 0.75018 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1071084 3 0.0324 0.75244 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1082859 5 0.0880 0.92848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1086538 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.1908 0.91283 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR658105 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0510 0.93459 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1429181 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 5 0.0404 0.93542 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1464788 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0794 0.92957 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1318774 5 0.0510 0.93548 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1420517 4 0.3612 0.45462 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 5 0.2516 0.88206 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1455391 3 0.0807 0.74883 0.012 0.000 0.976 0.012 0.000
#> SRR1068999 4 0.4961 0.08813 0.448 0.000 0.028 0.524 0.000
#> SRR1481297 3 0.4397 -0.18304 0.004 0.000 0.564 0.432 0.000
#> SRR1070208 1 0.5109 -0.01039 0.504 0.000 0.036 0.460 0.000
#> SRR1317282 3 0.4151 0.14669 0.004 0.000 0.652 0.344 0.000
#> SRR1096125 5 0.0963 0.93001 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1472506 3 0.6066 0.21373 0.000 0.000 0.504 0.368 0.128
#> SRR1388281 5 0.0290 0.93402 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1365622 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0451 0.75086 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 2 0.4171 0.45261 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1357166 3 0.0510 0.74872 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.8103 0.05647 0.320 0.240 0.100 0.340 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.4709 0.27959 0.000 0.000 0.612 0.024 0.364
#> SRR1409397 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.3493 0.60266 0.000 0.000 0.832 0.060 0.108
#> SRR1456818 1 0.0703 0.86444 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR816336 4 0.4437 0.33240 0.000 0.000 0.464 0.532 0.004
#> SRR1420238 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.2074 0.80806 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1084079 5 0.2561 0.87919 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1102949 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.3210 0.80605 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1403814 5 0.2690 0.86968 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1404887 5 0.2732 0.86651 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1434955 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2377 0.79300 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078258 5 0.0162 0.93427 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455861 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410765 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0609 0.86456 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1414661 5 0.0609 0.93180 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1359147 5 0.2424 0.88800 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR1488694 1 0.4810 0.48963 0.712 0.000 0.000 0.084 0.204
#> SRR1477273 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.4956 0.33460 0.048 0.316 0.636 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.0794 0.92957 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1380460 5 0.0162 0.93427 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1091097 5 0.1478 0.92555 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1456010 4 0.4430 0.32927 0.004 0.000 0.456 0.540 0.000
#> SRR1498416 5 0.1908 0.91283 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR818873 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 5 0.0794 0.92957 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1394912 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.6615 0.11628 0.000 0.376 0.000 0.216 0.408
#> SRR1459866 1 0.3003 0.73640 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1364871 4 0.4235 0.03180 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1100472 5 0.0609 0.93486 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1331267 1 0.4723 0.55441 0.736 0.000 0.000 0.128 0.136
#> SRR1068977 2 0.0703 0.95936 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1391511 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1077920 5 0.0794 0.92957 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1457705 3 0.0566 0.75144 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR1437073 1 0.5305 0.54594 0.676 0.000 0.152 0.172 0.000
#> SRR1473124 3 0.1831 0.69774 0.004 0.000 0.920 0.076 0.000
#> SRR1469279 4 0.5876 0.30758 0.100 0.000 0.412 0.488 0.000
#> SRR1091791 5 0.1410 0.92645 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1341539 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.2329 0.79657 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1368050 1 0.6542 -0.02929 0.428 0.000 0.372 0.200 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 5 0.1410 0.93497 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1084674 3 0.1956 0.69071 0.008 0.076 0.916 0.000 0.000
#> SRR1464702 3 0.2900 0.63139 0.108 0.000 0.864 0.028 0.000
#> SRR1074860 5 0.1851 0.91590 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR655447 5 0.1410 0.92697 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1404442 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1418795 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.0703 0.93484 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1489589 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.4302 0.06148 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0771 0.95933 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1086772 5 0.1341 0.92963 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1486457 3 0.3143 0.53467 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.1430 0.72054 0.004 0.000 0.944 0.052 0.000
#> SRR821498 5 0.2377 0.89311 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1378903 5 0.2280 0.89660 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1472907 4 0.4359 0.40635 0.004 0.000 0.412 0.584 0.000
#> SRR1442313 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1077139 2 0.0290 0.97414 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342758 1 0.2806 0.76634 0.844 0.000 0.004 0.152 0.000
#> SRR656911 5 0.0609 0.93180 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1070738 1 0.3636 0.55277 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1476950 4 0.5762 0.34192 0.352 0.000 0.100 0.548 0.000
#> SRR1488196 3 0.0566 0.75161 0.004 0.000 0.984 0.012 0.000
#> SRR1498951 3 0.4450 -0.31010 0.004 0.000 0.508 0.488 0.000
#> SRR1413392 1 0.0162 0.87289 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657528 2 0.0162 0.97752 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0510 0.93263 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1420936 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.3460 0.79131 0.000 0.128 0.000 0.044 0.828
#> SRR1322249 1 0.0290 0.87133 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.1043 0.93183 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1081023 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.1732 0.91916 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR811285 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 5 0.1908 0.91327 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1314092 5 0.2127 0.90921 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1328941 3 0.0671 0.75018 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1336181 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1362972 1 0.3774 0.50980 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR1366790 5 0.1043 0.93096 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1455902 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.4658 0.06367 0.000 0.000 0.016 0.576 0.408
#> SRR1105009 5 0.0609 0.93249 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1367024 3 0.1704 0.70627 0.004 0.000 0.928 0.068 0.000
#> SRR660248 3 0.4736 0.23623 0.000 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1409620 1 0.2891 0.74662 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1455807 5 0.0880 0.92848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1339431 1 0.4561 0.00688 0.504 0.000 0.008 0.488 0.000
#> SRR1378948 3 0.4416 0.29319 0.000 0.000 0.632 0.012 0.356
#> SRR1469237 1 0.0290 0.87133 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098264 5 0.0609 0.93477 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1406224 2 0.1894 0.90543 0.000 0.920 0.000 0.072 0.008
#> SRR1393026 3 0.3906 0.30178 0.004 0.000 0.704 0.292 0.000
#> SRR808428 5 0.0703 0.93090 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR615910 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 4 0.5094 0.38603 0.048 0.000 0.352 0.600 0.000
#> SRR1481128 1 0.0609 0.86529 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 5 0.1197 0.92990 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1386775 1 0.6498 0.13022 0.452 0.000 0.000 0.352 0.196
#> SRR1388399 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.1121 0.93283 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1500709 5 0.0290 0.93494 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1335917 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.4981 0.44686 0.120 0.000 0.708 0.172 0.000
#> SRR1400159 3 0.1413 0.73460 0.000 0.012 0.956 0.020 0.012
#> SRR1457245 5 0.0290 0.93399 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1356746 5 0.0880 0.92848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR658319 5 0.0794 0.93604 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1435946 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.3366 0.60811 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0579 0.75110 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1381799 5 0.1608 0.92333 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1310158 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1341100 5 0.3366 0.79253 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1342873 4 0.6092 0.47696 0.256 0.000 0.180 0.564 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 4 0.4410 0.37280 0.004 0.000 0.440 0.556 0.000
#> SRR1328577 5 0.1608 0.92228 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR808942 5 0.0290 0.93564 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1343818 5 0.1908 0.91367 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1472415 5 0.0880 0.92848 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR658409 5 0.0880 0.93337 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1469681 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.98057 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0162 0.75364 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.4975 0.64581 0.000 0.740 0.108 0.016 0.136
#> SRR1090674 1 0.0000 0.87439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0458 0.77167 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1076441 1 0.0146 0.88957 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489803 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345953 5 0.2527 0.75875 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1357826 5 0.1719 0.74878 0.000 0.000 0.000 0.060 0.924 0.016
#> SRR1419656 6 0.3141 0.79709 0.012 0.000 0.200 0.000 0.000 0.788
#> SRR1454158 5 0.1151 0.76224 0.000 0.000 0.000 0.032 0.956 0.012
#> SRR1475408 5 0.7508 -0.10192 0.000 0.016 0.308 0.108 0.388 0.180
#> SRR1472704 5 0.0458 0.76745 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1090046 3 0.6919 0.28614 0.136 0.000 0.504 0.060 0.272 0.028
#> SRR1312822 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.3997 0.42477 0.000 0.000 0.000 0.488 0.508 0.004
#> SRR1334587 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2300 0.79129 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1324206 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 5 0.0458 0.77486 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1079948 5 0.3428 0.67465 0.000 0.000 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1310667 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR655852 5 0.3288 0.70038 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR1352457 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353994 5 0.2491 0.76094 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1459561 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454009 3 0.0777 0.80533 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1071084 3 0.0458 0.80376 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1082859 5 0.2106 0.74003 0.000 0.000 0.000 0.064 0.904 0.032
#> SRR1086538 1 0.0458 0.88271 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.3647 0.61637 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.2480 0.76331 0.000 0.000 0.000 0.104 0.872 0.024
#> SRR1429181 2 0.0146 0.96307 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1327896 5 0.1910 0.77480 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.1867 0.74609 0.000 0.000 0.000 0.064 0.916 0.020
#> SRR1318774 5 0.2100 0.77865 0.000 0.000 0.000 0.112 0.884 0.004
#> SRR1420517 6 0.5861 0.56318 0.000 0.000 0.252 0.264 0.000 0.484
#> SRR1369584 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443244 5 0.3843 0.47005 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1455391 3 0.0717 0.80731 0.008 0.000 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1068999 6 0.3345 0.70167 0.184 0.000 0.028 0.000 0.000 0.788
#> SRR1481297 6 0.3349 0.77370 0.000 0.000 0.244 0.008 0.000 0.748
#> SRR1070208 6 0.2964 0.67560 0.204 0.000 0.004 0.000 0.000 0.792
#> SRR1317282 6 0.3446 0.71005 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1096125 5 0.2088 0.74374 0.000 0.000 0.000 0.068 0.904 0.028
#> SRR1472506 4 0.3200 0.44749 0.000 0.000 0.092 0.840 0.060 0.008
#> SRR1388281 5 0.1152 0.77649 0.000 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1365622 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0713 0.79789 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR662811 1 0.0363 0.88671 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR820571 2 0.5593 0.28614 0.000 0.536 0.000 0.184 0.000 0.280
#> SRR1357166 3 0.0363 0.80750 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.5291 0.25675 0.000 0.124 0.224 0.636 0.000 0.016
#> SRR1485398 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5671 0.25051 0.000 0.000 0.508 0.064 0.388 0.040
#> SRR1409397 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465693 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.2711 0.76090 0.000 0.000 0.876 0.024 0.020 0.080
#> SRR1456818 1 0.0692 0.88086 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR816336 6 0.2902 0.79465 0.000 0.000 0.196 0.004 0.000 0.800
#> SRR1420238 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0260 0.80889 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.3518 0.76787 0.804 0.000 0.000 0.092 0.000 0.104
#> SRR1084079 5 0.3860 0.43622 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.4970 0.59493 0.000 0.000 0.000 0.336 0.580 0.084
#> SRR1403814 5 0.3998 0.37843 0.000 0.000 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR1404887 4 0.3991 -0.40165 0.000 0.000 0.000 0.524 0.472 0.004
#> SRR1434955 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.3774 0.45672 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0508 0.95397 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1078258 5 0.1141 0.77877 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070260 5 0.1168 0.76579 0.000 0.000 0.000 0.028 0.956 0.016
#> SRR1410765 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.1644 0.84255 0.932 0.000 0.000 0.052 0.004 0.012
#> SRR1414661 5 0.1391 0.75936 0.000 0.000 0.000 0.040 0.944 0.016
#> SRR1359147 5 0.3782 0.53936 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1488694 1 0.5101 0.12590 0.544 0.000 0.000 0.392 0.044 0.020
#> SRR1477273 3 0.0146 0.80843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415792 3 0.3951 0.61297 0.056 0.168 0.768 0.004 0.000 0.004
#> SRR1369088 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.0363 0.95698 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099981 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.1950 0.74398 0.000 0.000 0.000 0.064 0.912 0.024
#> SRR1380460 5 0.0260 0.77300 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1091097 5 0.3499 0.66121 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680 0.000
#> SRR1456010 6 0.3834 0.77161 0.000 0.000 0.232 0.036 0.000 0.732
#> SRR1498416 5 0.4228 0.59043 0.000 0.000 0.000 0.392 0.588 0.020
#> SRR818873 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 5 0.2030 0.74648 0.000 0.000 0.000 0.064 0.908 0.028
#> SRR1394912 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.5307 0.16190 0.000 0.068 0.000 0.624 0.272 0.036
#> SRR1459866 1 0.4080 0.35711 0.536 0.000 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1364871 6 0.3754 0.59548 0.000 0.000 0.000 0.152 0.072 0.776
#> SRR1100472 5 0.2178 0.76992 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1331267 1 0.5058 -0.00359 0.500 0.000 0.000 0.424 0.076 0.000
#> SRR1068977 2 0.2854 0.73196 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1391511 5 0.1867 0.74525 0.000 0.000 0.000 0.064 0.916 0.020
#> SRR1077920 5 0.1950 0.74455 0.000 0.000 0.000 0.064 0.912 0.024
#> SRR1457705 3 0.0713 0.80512 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1437073 4 0.6020 0.11270 0.176 0.000 0.336 0.476 0.000 0.012
#> SRR1473124 3 0.3175 0.70233 0.000 0.000 0.832 0.080 0.000 0.088
#> SRR1469279 6 0.2830 0.78635 0.020 0.000 0.144 0.000 0.000 0.836
#> SRR1091791 5 0.3309 0.69577 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.80915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.3742 0.54472 0.648 0.000 0.000 0.348 0.000 0.004
#> SRR1368050 4 0.5763 0.03222 0.124 0.000 0.388 0.476 0.000 0.012
#> SRR656970 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473403 5 0.3245 0.75767 0.000 0.000 0.000 0.172 0.800 0.028
#> SRR1084674 3 0.2631 0.70977 0.004 0.128 0.856 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464702 3 0.2401 0.75110 0.072 0.000 0.892 0.028 0.000 0.008
#> SRR1074860 5 0.3578 0.64119 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR655447 5 0.3244 0.70444 0.000 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1404442 5 0.1049 0.76227 0.000 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1418795 1 0.0260 0.88838 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1458335 5 0.2357 0.77715 0.000 0.000 0.000 0.116 0.872 0.012
#> SRR1489589 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378284 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0146 0.96307 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083052 6 0.2854 0.67043 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1339236 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.0603 0.95162 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1086772 5 0.3970 0.72630 0.000 0.000 0.000 0.280 0.692 0.028
#> SRR1486457 3 0.3287 0.59127 0.000 0.220 0.768 0.000 0.000 0.012
#> SRR1415257 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.80915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386945 3 0.3126 0.50051 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR821498 5 0.4443 0.56177 0.000 0.000 0.000 0.368 0.596 0.036
#> SRR1378903 5 0.3706 0.59286 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1472907 6 0.2823 0.79316 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1442313 5 0.0603 0.76731 0.000 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR1077139 2 0.0603 0.95161 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1342758 1 0.4195 0.38091 0.548 0.000 0.004 0.440 0.000 0.008
#> SRR656911 5 0.1367 0.75856 0.000 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1070738 1 0.3634 0.41550 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1476950 6 0.3693 0.75714 0.120 0.000 0.092 0.000 0.000 0.788
#> SRR1488196 3 0.0972 0.80376 0.000 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1498951 6 0.2883 0.79142 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1413392 1 0.1501 0.85090 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0291 0.96058 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR812198 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.77116 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.4596 0.51654 0.000 0.172 0.000 0.072 0.728 0.028
#> SRR1322249 1 0.1010 0.87380 0.960 0.004 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.2912 0.73913 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.3620 0.62632 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0146 0.80843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090791 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 5 0.3607 0.63161 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1314092 5 0.4439 0.55320 0.000 0.000 0.000 0.432 0.540 0.028
#> SRR1328941 3 0.1757 0.77618 0.000 0.000 0.916 0.076 0.000 0.008
#> SRR1336181 5 0.0146 0.77004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362972 1 0.2340 0.76547 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1366790 5 0.2658 0.71959 0.000 0.000 0.000 0.036 0.864 0.100
#> SRR1455902 3 0.0146 0.80843 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437644 6 0.4420 0.40533 0.000 0.000 0.000 0.308 0.048 0.644
#> SRR1105009 5 0.1297 0.75842 0.000 0.000 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR1367024 3 0.2762 0.60507 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR660248 3 0.4676 0.22568 0.000 0.000 0.528 0.028 0.436 0.008
#> SRR1409620 1 0.4579 0.27563 0.496 0.000 0.016 0.476 0.000 0.012
#> SRR1455807 5 0.2164 0.73804 0.000 0.000 0.000 0.068 0.900 0.032
#> SRR1339431 6 0.3806 0.69082 0.200 0.000 0.048 0.000 0.000 0.752
#> SRR1378948 3 0.5552 0.37809 0.000 0.000 0.628 0.116 0.220 0.036
#> SRR1469237 1 0.1814 0.83372 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.2454 0.76177 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1406224 2 0.1901 0.88769 0.000 0.912 0.000 0.076 0.004 0.008
#> SRR1393026 6 0.3647 0.63295 0.000 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR808428 5 0.0260 0.76943 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 6 0.6491 0.31743 0.016 0.000 0.328 0.324 0.000 0.332
#> SRR1481128 1 0.1714 0.84048 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407648 5 0.3023 0.72790 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1386775 4 0.3483 0.43560 0.144 0.000 0.000 0.808 0.036 0.012
#> SRR1388399 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.3078 0.75802 0.000 0.000 0.000 0.192 0.796 0.012
#> SRR1500709 5 0.1765 0.77660 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0146 0.96462 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335212 3 0.5386 -0.01004 0.076 0.000 0.460 0.452 0.000 0.012
#> SRR1400159 3 0.2875 0.74691 0.000 0.000 0.872 0.060 0.024 0.044
#> SRR1457245 5 0.0777 0.77305 0.000 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1356746 5 0.2164 0.73804 0.000 0.000 0.000 0.068 0.900 0.032
#> SRR658319 5 0.2768 0.77340 0.000 0.000 0.000 0.156 0.832 0.012
#> SRR1435946 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1444 0.83937 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1196 0.79074 0.008 0.000 0.952 0.000 0.000 0.040
#> SRR1381799 5 0.3151 0.72851 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1310158 3 0.0146 0.80920 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.2378 0.46526 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1342873 6 0.3353 0.79961 0.032 0.000 0.160 0.004 0.000 0.804
#> SRR1472102 2 0.0000 0.96494 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 6 0.3168 0.79454 0.000 0.000 0.192 0.016 0.000 0.792
#> SRR1328577 5 0.3547 0.64703 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR808942 5 0.1531 0.77888 0.000 0.000 0.000 0.068 0.928 0.004
#> SRR1343818 5 0.3706 0.58993 0.000 0.000 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR1472415 5 0.2030 0.74180 0.000 0.000 0.000 0.064 0.908 0.028
#> SRR658409 5 0.2883 0.73851 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0146 0.96307 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.80915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.5683 -0.00565 0.000 0.476 0.424 0.024 0.072 0.004
#> SRR1090674 1 0.0000 0.89108 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.876 0.912 0.961 0.4979 0.498 0.498
#> 3 3 0.634 0.753 0.855 0.2507 0.875 0.752
#> 4 4 0.625 0.671 0.818 0.1305 0.862 0.658
#> 5 5 0.611 0.559 0.743 0.0693 0.925 0.757
#> 6 6 0.623 0.549 0.683 0.0458 0.909 0.674
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1475408 2 0.8909 0.561 0.308 0.692
#> SRR1472704 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0672 0.942 0.992 0.008
#> SRR1312822 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.3431 0.931 0.064 0.936
#> SRR1334587 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1083959 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.3431 0.931 0.064 0.936
#> SRR1310667 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.2948 0.940 0.052 0.948
#> SRR1352457 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0938 0.940 0.988 0.012
#> SRR1071084 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1082859 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.3879 0.921 0.076 0.924
#> SRR658105 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.2948 0.938 0.052 0.948
#> SRR1327896 2 0.3879 0.921 0.076 0.924
#> SRR1464788 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1369584 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.9815 0.309 0.580 0.420
#> SRR1455391 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.3274 0.935 0.060 0.940
#> SRR1472506 1 0.6887 0.772 0.816 0.184
#> SRR1388281 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR662306 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.6887 0.770 0.816 0.184
#> SRR1357166 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.2423 0.918 0.960 0.040
#> SRR1485398 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1417725 1 0.9815 0.310 0.580 0.420
#> SRR1409397 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.8327 0.652 0.736 0.264
#> SRR1456818 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.6801 0.775 0.820 0.180
#> SRR1420238 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1436990 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.9881 0.261 0.564 0.436
#> SRR1102949 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1403814 2 0.3584 0.928 0.068 0.932
#> SRR1404887 1 0.9815 0.309 0.580 0.420
#> SRR1434955 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1078258 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1455861 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0672 0.942 0.992 0.008
#> SRR1414661 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1488694 1 0.1414 0.934 0.980 0.020
#> SRR1477273 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1415792 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1369088 2 0.9661 0.350 0.392 0.608
#> SRR1406621 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR815208 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.2948 0.941 0.052 0.948
#> SRR1091097 2 0.3114 0.937 0.056 0.944
#> SRR1456010 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.2948 0.941 0.052 0.948
#> SRR1394912 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.4431 0.905 0.092 0.908
#> SRR1459866 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.6887 0.770 0.816 0.184
#> SRR1100472 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.6531 0.787 0.832 0.168
#> SRR1068977 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1469279 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.4431 0.905 0.092 0.908
#> SRR1341539 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1446354 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1415420 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1464702 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.7139 0.770 0.196 0.804
#> SRR655447 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1404442 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> SRR1489589 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.5519 0.833 0.872 0.128
#> SRR1408014 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.7815 0.709 0.232 0.768
#> SRR1323829 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.6438 0.794 0.836 0.164
#> SRR1415257 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.1633 0.958 0.024 0.976
#> SRR1378903 2 0.3733 0.924 0.072 0.928
#> SRR1472907 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.2236 0.951 0.036 0.964
#> SRR1070738 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0938 0.940 0.988 0.012
#> SRR1498951 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.4690 0.894 0.100 0.900
#> SRR812198 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.3879 0.921 0.076 0.924
#> SRR1081023 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR811285 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1090791 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.4690 0.897 0.100 0.900
#> SRR1314092 2 0.3114 0.935 0.056 0.944
#> SRR1328941 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1336181 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0672 0.967 0.008 0.992
#> SRR1455902 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1437644 1 0.9970 0.149 0.532 0.468
#> SRR1105009 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.7815 0.708 0.232 0.768
#> SRR1409620 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.9552 0.427 0.624 0.376
#> SRR1469237 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1393026 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.3879 0.921 0.076 0.924
#> SRR1386775 1 0.9754 0.341 0.592 0.408
#> SRR1388399 1 0.9323 0.495 0.652 0.348
#> SRR1361499 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.2948 0.941 0.052 0.948
#> SRR1335917 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.2236 0.921 0.964 0.036
#> SRR1400159 1 0.9833 0.299 0.576 0.424
#> SRR1457245 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1435946 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1341100 2 0.4022 0.918 0.080 0.920
#> SRR1342873 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR808942 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1343818 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR1472415 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.3879 0.921 0.076 0.924
#> SRR1469681 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3274 0.931 0.060 0.940
#> SRR1417894 1 0.0376 0.945 0.996 0.004
#> SRR1417422 2 0.0000 0.970 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.947 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1076441 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0747 0.891 0.000 0.984 0.016
#> SRR1345953 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357826 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419656 1 0.5968 0.237 0.636 0.000 0.364
#> SRR1454158 2 0.3686 0.865 0.000 0.860 0.140
#> SRR1475408 3 0.5968 -0.124 0.000 0.364 0.636
#> SRR1472704 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090046 1 0.4291 0.747 0.820 0.000 0.180
#> SRR1312822 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.5785 0.726 0.000 0.668 0.332
#> SRR1334587 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1490246 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324206 1 0.2356 0.862 0.928 0.000 0.072
#> SRR1408574 2 0.2261 0.887 0.000 0.932 0.068
#> SRR1083959 2 0.0592 0.890 0.000 0.988 0.012
#> SRR1079948 2 0.5835 0.718 0.000 0.660 0.340
#> SRR1310667 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.5706 0.738 0.000 0.680 0.320
#> SRR1352457 2 0.0424 0.891 0.000 0.992 0.008
#> SRR1353994 2 0.0424 0.889 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459561 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.6244 0.463 0.440 0.000 0.560
#> SRR1071084 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1082859 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086538 1 0.2066 0.867 0.940 0.000 0.060
#> SRR1486262 2 0.6467 0.655 0.008 0.604 0.388
#> SRR658105 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.3551 0.867 0.000 0.868 0.132
#> SRR1429181 2 0.3412 0.864 0.000 0.876 0.124
#> SRR1327896 2 0.6467 0.655 0.008 0.604 0.388
#> SRR1464788 2 0.0592 0.890 0.000 0.988 0.012
#> SRR1346861 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1318774 2 0.2448 0.884 0.000 0.924 0.076
#> SRR1420517 3 0.6215 0.487 0.428 0.000 0.572
#> SRR1369584 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1443244 3 0.6031 0.550 0.096 0.116 0.788
#> SRR1455391 1 0.2165 0.864 0.936 0.000 0.064
#> SRR1068999 1 0.2066 0.867 0.940 0.000 0.060
#> SRR1481297 1 0.5968 0.237 0.636 0.000 0.364
#> SRR1070208 1 0.2796 0.841 0.908 0.000 0.092
#> SRR1317282 1 0.6045 0.188 0.620 0.000 0.380
#> SRR1096125 2 0.6229 0.711 0.008 0.652 0.340
#> SRR1472506 3 0.4968 0.604 0.188 0.012 0.800
#> SRR1388281 2 0.0747 0.891 0.000 0.984 0.016
#> SRR1365622 2 0.2959 0.880 0.000 0.900 0.100
#> SRR662306 1 0.2796 0.843 0.908 0.000 0.092
#> SRR662811 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.5122 0.603 0.200 0.012 0.788
#> SRR1357166 1 0.2959 0.837 0.900 0.000 0.100
#> SRR1488586 3 0.5905 0.539 0.352 0.000 0.648
#> SRR1485398 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5852 0.538 0.060 0.152 0.788
#> SRR1409397 2 0.0747 0.891 0.000 0.984 0.016
#> SRR1465693 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1096547 3 0.6543 0.596 0.176 0.076 0.748
#> SRR1456818 1 0.1964 0.873 0.944 0.000 0.056
#> SRR816336 3 0.4963 0.603 0.200 0.008 0.792
#> SRR1420238 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1436990 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0237 0.888 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477671 1 0.0592 0.887 0.988 0.000 0.012
#> SRR1084079 3 0.5998 0.541 0.084 0.128 0.788
#> SRR1102949 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.3686 0.865 0.000 0.860 0.140
#> SRR1403814 2 0.6209 0.686 0.004 0.628 0.368
#> SRR1404887 3 0.6031 0.550 0.096 0.116 0.788
#> SRR1434955 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1031 0.883 0.976 0.000 0.024
#> SRR1356765 2 0.2796 0.882 0.000 0.908 0.092
#> SRR1078258 2 0.4178 0.848 0.000 0.828 0.172
#> SRR1455861 1 0.2066 0.867 0.940 0.000 0.060
#> SRR1420296 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410765 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.1860 0.850 0.948 0.000 0.052
#> SRR1414661 2 0.3686 0.865 0.000 0.860 0.140
#> SRR1359147 2 0.4235 0.849 0.000 0.824 0.176
#> SRR1488694 1 0.2261 0.830 0.932 0.000 0.068
#> SRR1477273 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1415792 1 0.3482 0.815 0.872 0.000 0.128
#> SRR1369088 3 0.7238 0.106 0.044 0.328 0.628
#> SRR1406621 2 0.2165 0.887 0.000 0.936 0.064
#> SRR1401017 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR1099981 2 0.2261 0.887 0.000 0.932 0.068
#> SRR815208 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380460 2 0.5465 0.768 0.000 0.712 0.288
#> SRR1091097 2 0.5678 0.742 0.000 0.684 0.316
#> SRR1456010 3 0.6235 0.476 0.436 0.000 0.564
#> SRR1498416 2 0.2261 0.886 0.000 0.932 0.068
#> SRR818873 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR813868 2 0.5431 0.771 0.000 0.716 0.284
#> SRR1394912 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.6169 0.689 0.004 0.636 0.360
#> SRR1459866 1 0.0592 0.887 0.988 0.000 0.012
#> SRR1364871 3 0.5122 0.603 0.200 0.012 0.788
#> SRR1100472 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1331267 3 0.6314 0.375 0.392 0.004 0.604
#> SRR1068977 2 0.2448 0.885 0.000 0.924 0.076
#> SRR1391511 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1077920 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1457705 3 0.6309 0.307 0.496 0.000 0.504
#> SRR1437073 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.6215 0.487 0.428 0.000 0.572
#> SRR1469279 1 0.6079 0.155 0.612 0.000 0.388
#> SRR1091791 2 0.6386 0.628 0.004 0.584 0.412
#> SRR1341539 2 0.2796 0.882 0.000 0.908 0.092
#> SRR1446354 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1415420 1 0.0592 0.887 0.988 0.000 0.012
#> SRR1368050 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.3551 0.867 0.000 0.868 0.132
#> SRR1084674 1 0.3267 0.828 0.884 0.000 0.116
#> SRR1464702 1 0.2066 0.867 0.940 0.000 0.060
#> SRR1074860 2 0.7918 0.434 0.056 0.484 0.460
#> SRR655447 2 0.4062 0.852 0.000 0.836 0.164
#> SRR1404442 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418795 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.4452 0.835 0.000 0.808 0.192
#> SRR1489589 2 0.0747 0.891 0.000 0.984 0.016
#> SRR1378284 1 0.5785 0.435 0.696 0.004 0.300
#> SRR1408014 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR1083052 1 0.3038 0.829 0.896 0.000 0.104
#> SRR1339236 2 0.6309 0.427 0.000 0.504 0.496
#> SRR1323829 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.1031 0.892 0.000 0.976 0.024
#> SRR1486457 3 0.4834 0.601 0.204 0.004 0.792
#> SRR1415257 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1071905 1 0.2959 0.837 0.900 0.000 0.100
#> SRR659223 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 1 0.6045 0.188 0.620 0.000 0.380
#> SRR821498 2 0.5058 0.808 0.000 0.756 0.244
#> SRR1378903 2 0.6416 0.670 0.008 0.616 0.376
#> SRR1472907 1 0.6295 -0.231 0.528 0.000 0.472
#> SRR1442313 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077139 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0424 0.887 0.992 0.000 0.008
#> SRR656911 2 0.5216 0.792 0.000 0.740 0.260
#> SRR1070738 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.3340 0.807 0.880 0.000 0.120
#> SRR1488196 3 0.6244 0.463 0.440 0.000 0.560
#> SRR1498951 3 0.6252 0.460 0.444 0.000 0.556
#> SRR1413392 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5529 0.756 0.000 0.704 0.296
#> SRR812198 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420936 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322249 1 0.1643 0.876 0.956 0.000 0.044
#> SRR1396682 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.6451 0.660 0.008 0.608 0.384
#> SRR1081023 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4178 0.848 0.000 0.828 0.172
#> SRR811285 2 0.0892 0.891 0.000 0.980 0.020
#> SRR657018 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1090791 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR1439915 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR1391575 2 0.6565 0.615 0.008 0.576 0.416
#> SRR1314092 2 0.4452 0.835 0.000 0.808 0.192
#> SRR1328941 3 0.6215 0.487 0.428 0.000 0.572
#> SRR1336181 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362972 1 0.2066 0.867 0.940 0.000 0.060
#> SRR1366790 2 0.4002 0.857 0.000 0.840 0.160
#> SRR1455902 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1437644 3 0.6841 0.462 0.076 0.200 0.724
#> SRR1105009 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367024 3 0.6235 0.474 0.436 0.000 0.564
#> SRR660248 3 0.6260 -0.357 0.000 0.448 0.552
#> SRR1409620 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1339431 1 0.2066 0.867 0.940 0.000 0.060
#> SRR1378948 3 0.5566 0.574 0.080 0.108 0.812
#> SRR1469237 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406224 2 0.3686 0.865 0.000 0.860 0.140
#> SRR1393026 1 0.2878 0.840 0.904 0.000 0.096
#> SRR808428 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR615910 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.4796 0.632 0.780 0.000 0.220
#> SRR1481128 1 0.0592 0.887 0.988 0.000 0.012
#> SRR1359262 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR1407648 2 0.6467 0.655 0.008 0.604 0.388
#> SRR1386775 3 0.6726 0.549 0.120 0.132 0.748
#> SRR1388399 3 0.6662 0.579 0.128 0.120 0.752
#> SRR1361499 2 0.0424 0.889 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500709 2 0.5465 0.768 0.000 0.712 0.288
#> SRR1335917 1 0.0592 0.887 0.988 0.000 0.012
#> SRR1430615 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.5926 0.535 0.356 0.000 0.644
#> SRR1400159 3 0.5911 0.532 0.060 0.156 0.784
#> SRR1457245 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR1356746 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR658319 2 0.3412 0.871 0.000 0.876 0.124
#> SRR1435946 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1163 0.882 0.972 0.000 0.028
#> SRR1100893 1 0.1753 0.871 0.952 0.000 0.048
#> SRR1389432 1 0.2878 0.840 0.904 0.000 0.096
#> SRR1381799 2 0.3038 0.878 0.000 0.896 0.104
#> SRR1310158 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1341100 2 0.6584 0.659 0.012 0.608 0.380
#> SRR1342873 1 0.6252 -0.119 0.556 0.000 0.444
#> SRR1472102 2 0.0892 0.891 0.000 0.980 0.020
#> SRR1409421 1 0.5397 0.482 0.720 0.000 0.280
#> SRR1328577 2 0.4062 0.852 0.000 0.836 0.164
#> SRR808942 2 0.3686 0.865 0.000 0.860 0.140
#> SRR1343818 2 0.4178 0.848 0.000 0.828 0.172
#> SRR1472415 2 0.0237 0.888 0.000 0.996 0.004
#> SRR658409 2 0.6451 0.660 0.008 0.608 0.384
#> SRR1469681 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4121 0.842 0.000 0.832 0.168
#> SRR1417894 3 0.6215 0.489 0.428 0.000 0.572
#> SRR1417422 2 0.1163 0.890 0.000 0.972 0.028
#> SRR1090674 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.2345 0.77465 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1076441 1 0.0188 0.90724 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489803 2 0.1716 0.79712 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1345953 2 0.1211 0.78252 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1357826 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1419656 3 0.5453 0.44933 0.388 0.000 0.592 0.020
#> SRR1454158 2 0.5119 0.18014 0.000 0.556 0.004 0.440
#> SRR1475408 4 0.4817 0.48129 0.000 0.088 0.128 0.784
#> SRR1472704 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1090046 1 0.4951 0.73629 0.744 0.000 0.212 0.044
#> SRR1312822 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4888 0.45032 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1334587 2 0.2469 0.78555 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1490246 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0469 0.90555 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1324206 1 0.2714 0.85848 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1408574 2 0.3266 0.74767 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1083959 2 0.2081 0.79076 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1079948 4 0.4866 0.46734 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1310667 2 0.1389 0.79951 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR655852 4 0.4941 0.39210 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1352457 2 0.1637 0.80024 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1353994 2 0.1389 0.78726 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1459561 2 0.1211 0.79924 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1454009 3 0.3652 0.81515 0.092 0.000 0.856 0.052
#> SRR1071084 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1082859 2 0.1211 0.78623 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1086538 1 0.2676 0.86502 0.896 0.000 0.092 0.012
#> SRR1486262 4 0.4624 0.56042 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR658105 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.4304 0.52670 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1429181 2 0.4456 0.61398 0.000 0.716 0.004 0.280
#> SRR1327896 4 0.4781 0.56387 0.000 0.336 0.004 0.660
#> SRR1464788 2 0.1557 0.79988 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1346861 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318774 2 0.3024 0.75629 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1420517 3 0.3370 0.81312 0.080 0.000 0.872 0.048
#> SRR1369584 2 0.1389 0.79404 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1443244 4 0.5981 0.03591 0.044 0.004 0.344 0.608
#> SRR1455391 1 0.3529 0.82205 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR1068999 1 0.3606 0.82141 0.840 0.000 0.140 0.020
#> SRR1481297 3 0.5453 0.44933 0.388 0.000 0.592 0.020
#> SRR1070208 1 0.3852 0.78278 0.808 0.000 0.180 0.012
#> SRR1317282 3 0.4950 0.47285 0.376 0.000 0.620 0.004
#> SRR1096125 4 0.4978 0.50374 0.000 0.384 0.004 0.612
#> SRR1472506 3 0.5355 0.56985 0.020 0.000 0.620 0.360
#> SRR1388281 2 0.1474 0.78548 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1365622 2 0.3801 0.69341 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR662306 1 0.4059 0.76828 0.788 0.000 0.200 0.012
#> SRR662811 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820571 3 0.4040 0.62309 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1357166 1 0.3978 0.78205 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR1488586 3 0.6224 0.69952 0.144 0.000 0.668 0.188
#> SRR1485398 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.5465 -0.03511 0.000 0.020 0.392 0.588
#> SRR1409397 2 0.1792 0.79684 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1465693 2 0.2469 0.78555 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1096547 3 0.5511 0.46784 0.012 0.008 0.604 0.376
#> SRR1456818 1 0.2342 0.88455 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR816336 3 0.3975 0.62950 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1420238 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1436990 1 0.0188 0.90670 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662378 1 0.0469 0.90555 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1477671 1 0.0657 0.90582 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1084079 4 0.5774 0.07813 0.040 0.004 0.316 0.640
#> SRR1102949 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5112 0.20040 0.000 0.560 0.004 0.436
#> SRR1403814 4 0.4713 0.53435 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1404887 4 0.5981 0.03591 0.044 0.004 0.344 0.608
#> SRR1434955 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1398 0.89583 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1356765 2 0.3764 0.69868 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1078258 2 0.4564 0.41553 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1455861 1 0.2546 0.86689 0.900 0.000 0.092 0.008
#> SRR1420296 2 0.1302 0.79857 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1070260 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1410765 1 0.0336 0.90699 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481315 1 0.2489 0.85376 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR1414661 2 0.4193 0.55164 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1359147 2 0.4866 0.26664 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1488694 1 0.2892 0.84212 0.896 0.000 0.068 0.036
#> SRR1477273 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1415792 1 0.4281 0.80095 0.792 0.000 0.180 0.028
#> SRR1369088 4 0.6461 0.44271 0.000 0.128 0.240 0.632
#> SRR1406621 2 0.2814 0.76791 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1401017 2 0.2814 0.76843 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1099981 2 0.3444 0.73517 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR815208 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1380460 4 0.5244 0.34552 0.000 0.436 0.008 0.556
#> SRR1091097 4 0.4925 0.41115 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1456010 3 0.2266 0.81716 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1498416 2 0.2868 0.76311 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR818873 2 0.2814 0.76843 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR813868 4 0.5366 0.33006 0.000 0.440 0.012 0.548
#> SRR1394912 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.5982 0.37779 0.000 0.436 0.040 0.524
#> SRR1459866 1 0.0657 0.90582 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1364871 3 0.4040 0.62309 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1100472 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1331267 4 0.7916 -0.33950 0.324 0.000 0.320 0.356
#> SRR1068977 2 0.3172 0.75084 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1391511 2 0.2345 0.77465 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1077920 2 0.1211 0.78346 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1457705 3 0.4122 0.72793 0.236 0.000 0.760 0.004
#> SRR1437073 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473124 3 0.3370 0.81312 0.080 0.000 0.872 0.048
#> SRR1469279 3 0.4889 0.50845 0.360 0.000 0.636 0.004
#> SRR1091791 4 0.5193 0.57265 0.000 0.324 0.020 0.656
#> SRR1341539 2 0.3688 0.70817 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1446354 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1415420 1 0.0469 0.90600 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1368050 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656970 2 0.1211 0.79924 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473403 2 0.4331 0.51773 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1084674 1 0.4004 0.81771 0.812 0.000 0.164 0.024
#> SRR1464702 1 0.3351 0.82815 0.844 0.000 0.148 0.008
#> SRR1074860 4 0.5943 0.58301 0.040 0.216 0.036 0.708
#> SRR655447 2 0.4605 0.40930 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1404442 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1418795 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458335 2 0.5288 0.07644 0.000 0.520 0.008 0.472
#> SRR1489589 2 0.1792 0.79684 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1378284 1 0.6482 0.50080 0.640 0.000 0.208 0.152
#> SRR1408014 2 0.2704 0.77208 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1083052 1 0.4059 0.75378 0.788 0.000 0.200 0.012
#> SRR1339236 4 0.5727 0.52611 0.000 0.228 0.080 0.692
#> SRR1323829 2 0.1211 0.79924 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1086772 2 0.2647 0.76040 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1486457 3 0.3982 0.64289 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR1415257 2 0.2469 0.78555 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1071905 1 0.3978 0.78205 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR659223 2 0.1302 0.79857 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1386945 3 0.4950 0.47285 0.376 0.000 0.620 0.004
#> SRR821498 4 0.5392 0.20809 0.000 0.460 0.012 0.528
#> SRR1378903 4 0.4661 0.55068 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1472907 3 0.4182 0.76358 0.180 0.000 0.796 0.024
#> SRR1442313 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1077139 2 0.1118 0.79776 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1342758 1 0.0336 0.90690 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR656911 4 0.4985 0.23080 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1070738 1 0.0336 0.90699 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476950 1 0.4323 0.74414 0.776 0.000 0.204 0.020
#> SRR1488196 3 0.3652 0.81515 0.092 0.000 0.856 0.052
#> SRR1498951 3 0.2401 0.81727 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1413392 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657528 4 0.5928 0.17756 0.000 0.456 0.036 0.508
#> SRR812198 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660283 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1420936 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.1022 0.78653 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1322249 1 0.2021 0.88868 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1396682 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4800 0.56125 0.000 0.340 0.004 0.656
#> SRR1081023 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4661 0.37733 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR811285 2 0.2408 0.78864 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR657018 1 0.0336 0.90699 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365534 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1090791 2 0.2760 0.77062 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1439915 2 0.2814 0.76843 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1391575 4 0.5453 0.57515 0.000 0.320 0.032 0.648
#> SRR1314092 2 0.5288 0.07644 0.000 0.520 0.008 0.472
#> SRR1328941 3 0.3370 0.81312 0.080 0.000 0.872 0.048
#> SRR1336181 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1362972 1 0.3606 0.82141 0.840 0.000 0.140 0.020
#> SRR1366790 2 0.5147 0.10413 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR1455902 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1437644 4 0.5565 0.16328 0.000 0.032 0.344 0.624
#> SRR1105009 2 0.1211 0.78346 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1367024 3 0.2266 0.81718 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR660248 4 0.4491 0.56416 0.000 0.140 0.060 0.800
#> SRR1409620 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455807 2 0.1211 0.78623 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1339431 1 0.3606 0.82141 0.840 0.000 0.140 0.020
#> SRR1378948 4 0.5263 -0.19194 0.000 0.008 0.448 0.544
#> SRR1469237 1 0.0188 0.90688 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098264 2 0.1211 0.78252 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1406224 2 0.5119 0.18014 0.000 0.556 0.004 0.440
#> SRR1393026 1 0.4137 0.75852 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR808428 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR615910 2 0.1302 0.79857 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1076219 1 0.5371 0.38272 0.616 0.000 0.364 0.020
#> SRR1481128 1 0.0657 0.90582 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1359262 2 0.2760 0.77062 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1407648 4 0.4624 0.56042 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1386775 4 0.6127 0.02158 0.040 0.008 0.368 0.584
#> SRR1388399 3 0.6516 0.15352 0.016 0.040 0.484 0.460
#> SRR1361499 2 0.1389 0.78726 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1500709 4 0.5244 0.34552 0.000 0.436 0.008 0.556
#> SRR1335917 1 0.0657 0.90582 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1430615 2 0.1302 0.79857 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1335212 3 0.6231 0.70048 0.148 0.000 0.668 0.184
#> SRR1400159 4 0.5453 -0.01978 0.000 0.020 0.388 0.592
#> SRR1457245 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1356746 2 0.1118 0.78459 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR658319 2 0.4855 0.31749 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1435946 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2281 0.87023 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1100893 1 0.2799 0.85115 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1389432 1 0.4137 0.75852 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1381799 2 0.4655 0.50510 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR1310158 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1341100 4 0.5271 0.56306 0.000 0.340 0.020 0.640
#> SRR1342873 3 0.4711 0.71185 0.236 0.000 0.740 0.024
#> SRR1472102 2 0.2408 0.78864 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1409421 1 0.5685 0.00625 0.516 0.000 0.460 0.024
#> SRR1328577 2 0.4605 0.40930 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR808942 2 0.5105 0.21040 0.000 0.564 0.004 0.432
#> SRR1343818 2 0.4661 0.37733 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1472415 2 0.1211 0.78623 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR658409 4 0.4800 0.56125 0.000 0.340 0.004 0.656
#> SRR1469681 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.5050 0.30646 0.000 0.588 0.004 0.408
#> SRR1417894 3 0.2473 0.81927 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1417422 2 0.2814 0.76843 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1090674 1 0.0000 0.90715 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 2 0.3885 0.61448 0.000 0.784 0.000 0.176 0.040
#> SRR1076441 1 0.0290 0.88504 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489803 2 0.4889 0.66445 0.000 0.720 0.000 0.144 0.136
#> SRR1345953 2 0.2903 0.64587 0.000 0.872 0.000 0.048 0.080
#> SRR1357826 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1419656 3 0.5765 0.31853 0.304 0.000 0.580 0.000 0.116
#> SRR1454158 4 0.5511 0.33788 0.000 0.344 0.000 0.576 0.080
#> SRR1475408 4 0.5734 0.05487 0.000 0.016 0.076 0.612 0.296
#> SRR1472704 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1090046 1 0.4991 0.69190 0.720 0.000 0.092 0.008 0.180
#> SRR1312822 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.3421 0.57301 0.000 0.204 0.000 0.788 0.008
#> SRR1334587 2 0.5628 0.60032 0.000 0.624 0.000 0.244 0.132
#> SRR1490246 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0671 0.88439 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1324206 1 0.3035 0.82987 0.856 0.000 0.112 0.000 0.032
#> SRR1408574 2 0.5990 0.52831 0.000 0.560 0.000 0.296 0.144
#> SRR1083959 2 0.3477 0.63764 0.000 0.824 0.000 0.136 0.040
#> SRR1079948 4 0.3496 0.57795 0.000 0.200 0.000 0.788 0.012
#> SRR1310667 2 0.4637 0.67179 0.000 0.744 0.000 0.128 0.128
#> SRR655852 4 0.3491 0.55393 0.000 0.228 0.000 0.768 0.004
#> SRR1352457 2 0.5446 0.64208 0.000 0.660 0.000 0.176 0.164
#> SRR1353994 2 0.3056 0.65540 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1459561 2 0.4593 0.67276 0.000 0.748 0.000 0.128 0.124
#> SRR1454009 3 0.3416 0.62288 0.016 0.000 0.840 0.020 0.124
#> SRR1071084 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1082859 2 0.1502 0.66821 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1086538 1 0.2946 0.83784 0.868 0.000 0.044 0.000 0.088
#> SRR1486262 4 0.3573 0.57990 0.000 0.152 0.000 0.812 0.036
#> SRR658105 1 0.0566 0.88503 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR811073 2 0.4738 0.00583 0.000 0.520 0.000 0.464 0.016
#> SRR1429181 2 0.6348 0.37633 0.000 0.496 0.000 0.324 0.180
#> SRR1327896 4 0.3608 0.57537 0.000 0.148 0.000 0.812 0.040
#> SRR1464788 2 0.5610 0.61589 0.000 0.640 0.000 0.184 0.176
#> SRR1346861 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1318774 2 0.5733 0.49399 0.000 0.624 0.000 0.188 0.188
#> SRR1420517 3 0.2409 0.66050 0.016 0.000 0.912 0.028 0.044
#> SRR1369584 2 0.4869 0.61568 0.000 0.712 0.000 0.096 0.192
#> SRR1443244 4 0.6889 -0.54406 0.024 0.000 0.156 0.436 0.384
#> SRR1455391 1 0.4322 0.75876 0.768 0.000 0.144 0.000 0.088
#> SRR1068999 1 0.4458 0.71697 0.760 0.000 0.120 0.000 0.120
#> SRR1481297 3 0.5765 0.31853 0.304 0.000 0.580 0.000 0.116
#> SRR1070208 1 0.4595 0.70210 0.740 0.000 0.172 0.000 0.088
#> SRR1317282 3 0.4401 0.33678 0.328 0.000 0.656 0.000 0.016
#> SRR1096125 4 0.3612 0.59095 0.000 0.172 0.000 0.800 0.028
#> SRR1472506 3 0.6235 0.00385 0.000 0.000 0.500 0.156 0.344
#> SRR1388281 2 0.2843 0.65414 0.000 0.876 0.000 0.048 0.076
#> SRR1365622 2 0.6132 0.43287 0.000 0.508 0.000 0.352 0.140
#> SRR662306 1 0.4767 0.69826 0.720 0.000 0.192 0.000 0.088
#> SRR662811 1 0.0671 0.88413 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR820571 3 0.5210 0.37218 0.000 0.000 0.680 0.120 0.200
#> SRR1357166 1 0.4714 0.70715 0.724 0.000 0.192 0.000 0.084
#> SRR1488586 3 0.6951 0.04214 0.104 0.000 0.512 0.064 0.320
#> SRR1485398 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.6893 -0.41822 0.000 0.004 0.324 0.396 0.276
#> SRR1409397 2 0.4887 0.66405 0.000 0.720 0.000 0.148 0.132
#> SRR1465693 2 0.5628 0.60032 0.000 0.624 0.000 0.244 0.132
#> SRR1096547 3 0.6177 0.06741 0.000 0.000 0.556 0.212 0.232
#> SRR1456818 1 0.2632 0.85678 0.888 0.000 0.072 0.000 0.040
#> SRR816336 3 0.5039 0.40295 0.000 0.000 0.700 0.116 0.184
#> SRR1420238 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1436990 1 0.0451 0.88545 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR662378 1 0.0671 0.88439 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1477671 1 0.0912 0.88498 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1084079 4 0.6765 -0.50393 0.020 0.000 0.156 0.476 0.348
#> SRR1102949 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.5511 0.33024 0.000 0.344 0.000 0.576 0.080
#> SRR1403814 4 0.3278 0.59367 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020
#> SRR1404887 4 0.6892 -0.54730 0.024 0.000 0.156 0.432 0.388
#> SRR1434955 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1836 0.87133 0.932 0.000 0.036 0.000 0.032
#> SRR1356765 2 0.6075 0.43375 0.000 0.512 0.000 0.356 0.132
#> SRR1078258 4 0.4446 0.11920 0.000 0.476 0.000 0.520 0.004
#> SRR1455861 1 0.2770 0.84477 0.880 0.000 0.044 0.000 0.076
#> SRR1420296 2 0.4946 0.66344 0.000 0.712 0.000 0.168 0.120
#> SRR1070260 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1410765 1 0.0404 0.88453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1481315 1 0.2248 0.83688 0.900 0.000 0.000 0.012 0.088
#> SRR1414661 2 0.4781 0.09626 0.000 0.552 0.000 0.428 0.020
#> SRR1359147 4 0.5221 0.25537 0.000 0.400 0.000 0.552 0.048
#> SRR1488694 1 0.2597 0.82360 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR1477273 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1415792 1 0.4530 0.75853 0.764 0.000 0.080 0.008 0.148
#> SRR1369088 4 0.6620 -0.12119 0.000 0.068 0.068 0.536 0.328
#> SRR1406621 2 0.6335 0.46889 0.000 0.520 0.000 0.276 0.204
#> SRR1401017 2 0.5270 0.62103 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1099981 2 0.6002 0.51273 0.000 0.552 0.000 0.308 0.140
#> SRR815208 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1380460 4 0.4995 0.51252 0.000 0.264 0.000 0.668 0.068
#> SRR1091097 4 0.3551 0.56003 0.000 0.220 0.000 0.772 0.008
#> SRR1456010 3 0.0898 0.67258 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1498416 2 0.5672 0.52500 0.000 0.632 0.000 0.188 0.180
#> SRR818873 2 0.5270 0.62103 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR813868 4 0.5530 0.50228 0.000 0.268 0.004 0.632 0.096
#> SRR1394912 1 0.0162 0.88511 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.5400 0.53208 0.000 0.212 0.012 0.680 0.096
#> SRR1459866 1 0.0912 0.88498 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1364871 3 0.5210 0.37218 0.000 0.000 0.680 0.120 0.200
#> SRR1100472 2 0.2409 0.65713 0.000 0.900 0.000 0.032 0.068
#> SRR1331267 5 0.8264 0.33025 0.308 0.000 0.136 0.212 0.344
#> SRR1068977 2 0.5864 0.53163 0.000 0.572 0.000 0.300 0.128
#> SRR1391511 2 0.4028 0.61375 0.000 0.776 0.000 0.176 0.048
#> SRR1077920 2 0.1357 0.66474 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1457705 3 0.3530 0.51980 0.204 0.000 0.784 0.000 0.012
#> SRR1437073 1 0.0798 0.88384 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1473124 3 0.2409 0.66050 0.016 0.000 0.912 0.028 0.044
#> SRR1469279 3 0.4329 0.36082 0.312 0.000 0.672 0.000 0.016
#> SRR1091791 4 0.3736 0.56208 0.000 0.140 0.000 0.808 0.052
#> SRR1341539 2 0.6090 0.44864 0.000 0.516 0.000 0.348 0.136
#> SRR1446354 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1415420 1 0.0798 0.88551 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1368050 1 0.0798 0.88384 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR656970 2 0.4593 0.67276 0.000 0.748 0.000 0.128 0.124
#> SRR1473403 2 0.4740 -0.01333 0.000 0.516 0.000 0.468 0.016
#> SRR1084674 1 0.4499 0.76086 0.764 0.000 0.096 0.004 0.136
#> SRR1464702 1 0.4170 0.76924 0.780 0.000 0.140 0.000 0.080
#> SRR1074860 4 0.4252 0.38501 0.020 0.056 0.000 0.796 0.128
#> SRR655447 4 0.4655 0.13549 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012
#> SRR1404442 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1418795 1 0.0579 0.88537 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1458335 4 0.5889 0.33261 0.000 0.340 0.000 0.544 0.116
#> SRR1489589 2 0.4887 0.66405 0.000 0.720 0.000 0.148 0.132
#> SRR1378284 1 0.6460 0.39215 0.632 0.000 0.112 0.076 0.180
#> SRR1408014 2 0.5240 0.62465 0.000 0.676 0.000 0.204 0.120
#> SRR1083052 1 0.4767 0.67215 0.720 0.000 0.192 0.000 0.088
#> SRR1339236 4 0.6172 0.31413 0.000 0.092 0.036 0.608 0.264
#> SRR1323829 2 0.4548 0.67385 0.000 0.752 0.000 0.128 0.120
#> SRR1086772 2 0.4276 0.55727 0.000 0.716 0.000 0.256 0.028
#> SRR1486457 3 0.5018 0.40597 0.004 0.000 0.716 0.116 0.164
#> SRR1415257 2 0.5565 0.60615 0.000 0.632 0.000 0.240 0.128
#> SRR1071905 1 0.4714 0.70715 0.724 0.000 0.192 0.000 0.084
#> SRR659223 2 0.4946 0.66344 0.000 0.712 0.000 0.168 0.120
#> SRR1386945 3 0.4401 0.33678 0.328 0.000 0.656 0.000 0.016
#> SRR821498 4 0.5682 0.47739 0.000 0.248 0.004 0.628 0.120
#> SRR1378903 4 0.3454 0.58798 0.000 0.156 0.000 0.816 0.028
#> SRR1472907 3 0.3262 0.61473 0.036 0.000 0.840 0.000 0.124
#> SRR1442313 2 0.2616 0.65030 0.000 0.888 0.000 0.036 0.076
#> SRR1077139 2 0.3800 0.68918 0.000 0.812 0.000 0.080 0.108
#> SRR1342758 1 0.1012 0.88543 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR656911 4 0.4708 0.47462 0.000 0.292 0.000 0.668 0.040
#> SRR1070738 1 0.0404 0.88453 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476950 1 0.4940 0.66055 0.716 0.000 0.188 0.004 0.092
#> SRR1488196 3 0.3368 0.62576 0.016 0.000 0.844 0.020 0.120
#> SRR1498951 3 0.1216 0.67096 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR1413392 1 0.0579 0.88537 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR657528 4 0.6763 0.36492 0.000 0.284 0.016 0.504 0.196
#> SRR812198 1 0.0566 0.88504 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR660283 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1420936 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.1571 0.66415 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1322249 1 0.2376 0.86191 0.904 0.000 0.052 0.000 0.044
#> SRR1396682 1 0.0162 0.88537 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.3649 0.57955 0.000 0.152 0.000 0.808 0.040
#> SRR1081023 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.4637 0.20601 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR811285 2 0.5466 0.60530 0.000 0.640 0.000 0.244 0.116
#> SRR657018 1 0.0566 0.88579 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1365534 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1090791 2 0.5270 0.62371 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1439915 2 0.5270 0.62103 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1391575 4 0.4404 0.55258 0.000 0.136 0.008 0.776 0.080
#> SRR1314092 4 0.5889 0.33261 0.000 0.340 0.000 0.544 0.116
#> SRR1328941 3 0.2409 0.66050 0.016 0.000 0.912 0.028 0.044
#> SRR1336181 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1362972 1 0.4458 0.71697 0.760 0.000 0.120 0.000 0.120
#> SRR1366790 4 0.5538 0.36954 0.000 0.324 0.000 0.588 0.088
#> SRR1455902 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1437644 4 0.6471 -0.45780 0.000 0.004 0.168 0.480 0.348
#> SRR1105009 2 0.1430 0.66337 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1367024 3 0.0912 0.67171 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR660248 4 0.5190 0.24797 0.000 0.032 0.032 0.676 0.260
#> SRR1409620 1 0.0798 0.88384 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1455807 2 0.1638 0.66164 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1339431 1 0.4458 0.71697 0.760 0.000 0.120 0.000 0.120
#> SRR1378948 3 0.6783 -0.27557 0.000 0.000 0.372 0.348 0.280
#> SRR1469237 1 0.0451 0.88541 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1098264 2 0.2830 0.64747 0.000 0.876 0.000 0.044 0.080
#> SRR1406224 4 0.5511 0.33788 0.000 0.344 0.000 0.576 0.080
#> SRR1393026 1 0.4832 0.68815 0.712 0.000 0.200 0.000 0.088
#> SRR808428 2 0.1410 0.66176 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR615910 2 0.4946 0.66344 0.000 0.712 0.000 0.168 0.120
#> SRR1076219 1 0.6012 0.25359 0.536 0.000 0.332 0.000 0.132
#> SRR1481128 1 0.0912 0.88498 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1359262 2 0.5270 0.62371 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1407648 4 0.3573 0.57990 0.000 0.152 0.000 0.812 0.036
#> SRR1386775 4 0.6914 -0.56229 0.020 0.000 0.172 0.420 0.388
#> SRR1388399 5 0.7509 0.24124 0.012 0.016 0.276 0.332 0.364
#> SRR1361499 2 0.2797 0.66227 0.000 0.880 0.000 0.060 0.060
#> SRR1500709 4 0.4995 0.51252 0.000 0.264 0.000 0.668 0.068
#> SRR1335917 1 0.0693 0.88443 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1430615 2 0.4989 0.66243 0.000 0.708 0.000 0.168 0.124
#> SRR1335212 3 0.6978 0.04166 0.108 0.000 0.512 0.064 0.316
#> SRR1400159 4 0.6897 -0.41417 0.000 0.004 0.320 0.396 0.280
#> SRR1457245 2 0.2694 0.65318 0.000 0.884 0.000 0.040 0.076
#> SRR1356746 2 0.1478 0.65963 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR658319 4 0.5624 0.20832 0.000 0.388 0.000 0.532 0.080
#> SRR1435946 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2864 0.81618 0.852 0.000 0.136 0.000 0.012
#> SRR1100893 1 0.3517 0.79584 0.832 0.000 0.100 0.000 0.068
#> SRR1389432 1 0.4832 0.68815 0.712 0.000 0.200 0.000 0.088
#> SRR1381799 2 0.5587 0.04886 0.000 0.500 0.000 0.428 0.072
#> SRR1310158 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1341100 4 0.3558 0.57371 0.000 0.136 0.004 0.824 0.036
#> SRR1342873 3 0.4457 0.55710 0.124 0.000 0.760 0.000 0.116
#> SRR1472102 2 0.5466 0.60530 0.000 0.640 0.000 0.244 0.116
#> SRR1409421 3 0.6124 0.09708 0.412 0.000 0.460 0.000 0.128
#> SRR1328577 4 0.4655 0.13549 0.000 0.476 0.000 0.512 0.012
#> SRR808942 4 0.5523 0.32415 0.000 0.348 0.000 0.572 0.080
#> SRR1343818 4 0.4637 0.20601 0.000 0.452 0.000 0.536 0.012
#> SRR1472415 2 0.1638 0.66164 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR658409 4 0.3649 0.57955 0.000 0.152 0.000 0.808 0.040
#> SRR1469681 1 0.0000 0.88480 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 4 0.6242 0.05935 0.000 0.408 0.000 0.448 0.144
#> SRR1417894 3 0.1117 0.67588 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1417422 2 0.5270 0.62103 0.000 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1090674 1 0.0162 0.88537 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 2 0.5645 -0.25916 0.000 0.484 0.000 0.108 0.396 0.012
#> SRR1076441 1 0.0458 0.88577 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1489803 2 0.2673 0.52813 0.000 0.852 0.000 0.012 0.132 0.004
#> SRR1345953 5 0.4365 0.78049 0.000 0.292 0.000 0.040 0.664 0.004
#> SRR1357826 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1419656 3 0.5802 0.34410 0.280 0.000 0.572 0.008 0.016 0.124
#> SRR1454158 2 0.6079 0.04230 0.000 0.448 0.000 0.416 0.060 0.076
#> SRR1475408 4 0.7170 -0.12548 0.000 0.120 0.048 0.428 0.052 0.352
#> SRR1472704 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1090046 1 0.5231 0.71674 0.692 0.000 0.056 0.012 0.052 0.188
#> SRR1312822 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096987 4 0.3858 0.56086 0.000 0.248 0.000 0.724 0.024 0.004
#> SRR1334587 2 0.1584 0.60106 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> SRR1490246 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467522 1 0.0717 0.88642 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324206 1 0.3529 0.83680 0.832 0.000 0.088 0.004 0.024 0.052
#> SRR1408574 2 0.2631 0.57222 0.000 0.856 0.000 0.128 0.004 0.012
#> SRR1083959 5 0.5430 0.53748 0.000 0.400 0.000 0.104 0.492 0.004
#> SRR1079948 4 0.3645 0.56921 0.000 0.236 0.000 0.740 0.024 0.000
#> SRR1310667 2 0.2695 0.50326 0.000 0.844 0.000 0.008 0.144 0.004
#> SRR655852 4 0.3978 0.53423 0.000 0.268 0.000 0.700 0.032 0.000
#> SRR1352457 2 0.3975 0.52972 0.000 0.796 0.000 0.056 0.108 0.040
#> SRR1353994 5 0.4588 0.76288 0.000 0.332 0.000 0.044 0.620 0.004
#> SRR1459561 2 0.2734 0.49815 0.000 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR1454009 3 0.3789 0.52478 0.000 0.000 0.784 0.016 0.040 0.160
#> SRR1071084 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1082859 5 0.3905 0.85947 0.000 0.356 0.000 0.004 0.636 0.004
#> SRR1086538 1 0.3120 0.83644 0.840 0.000 0.008 0.000 0.040 0.112
#> SRR1486262 4 0.3263 0.60547 0.000 0.176 0.000 0.800 0.020 0.004
#> SRR658105 1 0.0777 0.88487 0.972 0.000 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR811073 2 0.6098 0.06741 0.000 0.452 0.000 0.364 0.168 0.016
#> SRR1429181 2 0.4230 0.53349 0.000 0.748 0.000 0.180 0.020 0.052
#> SRR1327896 4 0.3338 0.60609 0.000 0.172 0.000 0.800 0.020 0.008
#> SRR1464788 2 0.5002 0.45161 0.000 0.712 0.000 0.056 0.144 0.088
#> SRR1346861 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1318774 2 0.6863 0.16330 0.000 0.428 0.000 0.120 0.340 0.112
#> SRR1420517 3 0.1890 0.61826 0.000 0.000 0.916 0.024 0.000 0.060
#> SRR1369584 2 0.5476 0.20997 0.000 0.580 0.000 0.020 0.304 0.096
#> SRR1443244 4 0.5352 -0.29014 0.004 0.000 0.092 0.468 0.000 0.436
#> SRR1455391 1 0.4797 0.75549 0.728 0.000 0.120 0.000 0.040 0.112
#> SRR1068999 1 0.4692 0.70934 0.736 0.000 0.120 0.012 0.012 0.120
#> SRR1481297 3 0.5802 0.34410 0.280 0.000 0.572 0.008 0.016 0.124
#> SRR1070208 1 0.4828 0.71138 0.712 0.000 0.156 0.004 0.016 0.112
#> SRR1317282 3 0.4936 0.35401 0.304 0.000 0.632 0.004 0.028 0.032
#> SRR1096125 4 0.3933 0.58751 0.000 0.220 0.000 0.740 0.032 0.008
#> SRR1472506 6 0.5782 0.20471 0.000 0.000 0.420 0.096 0.024 0.460
#> SRR1388281 5 0.4724 0.75309 0.000 0.332 0.000 0.040 0.616 0.012
#> SRR1365622 2 0.3296 0.52764 0.000 0.796 0.000 0.180 0.004 0.020
#> SRR662306 1 0.5223 0.69677 0.680 0.000 0.168 0.000 0.040 0.112
#> SRR662811 1 0.0858 0.88415 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR820571 3 0.5063 0.26295 0.000 0.000 0.656 0.044 0.048 0.252
#> SRR1357166 1 0.5183 0.70640 0.684 0.000 0.168 0.000 0.040 0.108
#> SRR1488586 3 0.6376 -0.15416 0.084 0.000 0.440 0.060 0.008 0.408
#> SRR1485398 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417725 6 0.7525 0.54467 0.000 0.040 0.292 0.276 0.044 0.348
#> SRR1409397 2 0.2784 0.52899 0.000 0.848 0.000 0.012 0.132 0.008
#> SRR1465693 2 0.1584 0.60106 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008 0.000
#> SRR1096547 3 0.6181 -0.25018 0.000 0.000 0.524 0.176 0.032 0.268
#> SRR1456818 1 0.2948 0.86093 0.868 0.000 0.056 0.004 0.012 0.060
#> SRR816336 3 0.4934 0.29765 0.000 0.000 0.672 0.040 0.048 0.240
#> SRR1420238 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433374 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1436990 1 0.0767 0.88603 0.976 0.000 0.004 0.008 0.000 0.012
#> SRR662378 1 0.0717 0.88642 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477671 1 0.0964 0.88606 0.968 0.000 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1084079 4 0.5191 -0.24953 0.000 0.000 0.092 0.508 0.000 0.400
#> SRR1102949 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458090 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418729 2 0.6084 0.04446 0.000 0.448 0.000 0.416 0.068 0.068
#> SRR1403814 4 0.3533 0.59865 0.000 0.196 0.000 0.776 0.020 0.008
#> SRR1404887 4 0.5353 -0.29579 0.004 0.000 0.092 0.464 0.000 0.440
#> SRR1434955 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360652 1 0.2046 0.87095 0.908 0.000 0.032 0.000 0.000 0.060
#> SRR1356765 2 0.3154 0.53197 0.000 0.800 0.000 0.184 0.004 0.012
#> SRR1078258 2 0.5785 -0.06371 0.000 0.424 0.000 0.420 0.152 0.004
#> SRR1455861 1 0.2986 0.84316 0.852 0.000 0.012 0.000 0.032 0.104
#> SRR1420296 2 0.2221 0.55492 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072 0.000
#> SRR1070260 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1410765 1 0.0717 0.88512 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1481315 1 0.2585 0.84967 0.880 0.000 0.000 0.012 0.024 0.084
#> SRR1414661 2 0.6219 0.12563 0.000 0.464 0.000 0.328 0.188 0.020
#> SRR1359147 4 0.6123 0.02778 0.000 0.420 0.000 0.424 0.124 0.032
#> SRR1488694 1 0.2924 0.84000 0.864 0.000 0.000 0.028 0.024 0.084
#> SRR1477273 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1415792 1 0.4843 0.76831 0.736 0.000 0.044 0.012 0.060 0.148
#> SRR1369088 4 0.6587 0.02464 0.000 0.120 0.048 0.516 0.020 0.296
#> SRR1406621 2 0.5689 0.39859 0.000 0.656 0.000 0.132 0.112 0.100
#> SRR1401017 2 0.3482 0.55053 0.000 0.824 0.000 0.048 0.108 0.020
#> SRR1099981 2 0.2755 0.57180 0.000 0.844 0.000 0.140 0.004 0.012
#> SRR815208 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1380460 4 0.5618 0.36667 0.000 0.356 0.000 0.540 0.044 0.060
#> SRR1091097 4 0.4001 0.54110 0.000 0.260 0.000 0.708 0.028 0.004
#> SRR1456010 3 0.0603 0.63980 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1498416 2 0.6711 0.21623 0.000 0.480 0.000 0.120 0.296 0.104
#> SRR818873 2 0.3482 0.55053 0.000 0.824 0.000 0.048 0.108 0.020
#> SRR813868 4 0.6236 0.30056 0.000 0.372 0.000 0.468 0.052 0.108
#> SRR1394912 1 0.0146 0.88637 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.4930 0.47403 0.000 0.332 0.008 0.608 0.008 0.044
#> SRR1459866 1 0.0964 0.88606 0.968 0.000 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1364871 3 0.5063 0.26295 0.000 0.000 0.656 0.044 0.048 0.252
#> SRR1100472 5 0.4289 0.82365 0.000 0.340 0.000 0.024 0.632 0.004
#> SRR1331267 6 0.7561 0.22858 0.288 0.000 0.080 0.228 0.024 0.380
#> SRR1068977 2 0.3079 0.57898 0.000 0.836 0.000 0.128 0.028 0.008
#> SRR1391511 2 0.5653 -0.28536 0.000 0.476 0.000 0.108 0.404 0.012
#> SRR1077920 5 0.3861 0.86148 0.000 0.352 0.000 0.008 0.640 0.000
#> SRR1457705 3 0.3860 0.49493 0.196 0.000 0.764 0.004 0.016 0.020
#> SRR1437073 1 0.0972 0.88384 0.964 0.000 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR1473124 3 0.1890 0.61826 0.000 0.000 0.916 0.024 0.000 0.060
#> SRR1469279 3 0.4816 0.36949 0.292 0.000 0.648 0.004 0.028 0.028
#> SRR1091791 4 0.3657 0.60589 0.000 0.168 0.000 0.788 0.020 0.024
#> SRR1341539 2 0.3087 0.53846 0.000 0.808 0.000 0.176 0.004 0.012
#> SRR1446354 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1415420 1 0.0820 0.88665 0.972 0.000 0.016 0.000 0.000 0.012
#> SRR1368050 1 0.0972 0.88384 0.964 0.000 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR656970 2 0.2734 0.49815 0.000 0.840 0.000 0.008 0.148 0.004
#> SRR1473403 2 0.6080 0.05888 0.000 0.452 0.000 0.368 0.164 0.016
#> SRR1084674 1 0.4963 0.76251 0.728 0.000 0.068 0.008 0.056 0.140
#> SRR1464702 1 0.4645 0.76545 0.740 0.000 0.120 0.000 0.036 0.104
#> SRR1074860 4 0.3405 0.46693 0.000 0.076 0.000 0.812 0.000 0.112
#> SRR655447 4 0.6056 0.08753 0.000 0.392 0.000 0.436 0.156 0.016
#> SRR1404442 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1418795 1 0.0717 0.88619 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1458335 2 0.6289 0.07226 0.000 0.440 0.000 0.400 0.060 0.100
#> SRR1489589 2 0.2784 0.52899 0.000 0.848 0.000 0.012 0.132 0.008
#> SRR1378284 1 0.6192 0.50900 0.624 0.000 0.096 0.036 0.052 0.192
#> SRR1408014 2 0.3529 0.54456 0.000 0.816 0.000 0.048 0.120 0.016
#> SRR1083052 1 0.5271 0.68547 0.688 0.000 0.160 0.008 0.032 0.112
#> SRR1339236 4 0.7279 0.12550 0.000 0.272 0.012 0.396 0.068 0.252
#> SRR1323829 2 0.2810 0.49049 0.000 0.832 0.000 0.008 0.156 0.004
#> SRR1086772 2 0.5779 -0.06828 0.000 0.472 0.000 0.188 0.340 0.000
#> SRR1486457 3 0.4977 0.31604 0.000 0.000 0.692 0.052 0.056 0.200
#> SRR1415257 2 0.1779 0.59933 0.000 0.920 0.000 0.064 0.016 0.000
#> SRR1071905 1 0.5183 0.70640 0.684 0.000 0.168 0.000 0.040 0.108
#> SRR659223 2 0.2221 0.55492 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072 0.000
#> SRR1386945 3 0.4936 0.35401 0.304 0.000 0.632 0.004 0.028 0.032
#> SRR821498 4 0.6238 0.16185 0.000 0.376 0.000 0.456 0.040 0.128
#> SRR1378903 4 0.3361 0.60261 0.000 0.188 0.000 0.788 0.020 0.004
#> SRR1472907 3 0.2883 0.57649 0.000 0.000 0.844 0.012 0.012 0.132
#> SRR1442313 5 0.4317 0.82579 0.000 0.328 0.000 0.028 0.640 0.004
#> SRR1077139 2 0.3820 0.04048 0.000 0.660 0.000 0.004 0.332 0.004
#> SRR1342758 1 0.1151 0.88560 0.956 0.000 0.012 0.000 0.000 0.032
#> SRR656911 4 0.5288 0.31502 0.000 0.388 0.000 0.536 0.048 0.028
#> SRR1070738 1 0.0717 0.88512 0.976 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1476950 1 0.4992 0.67946 0.700 0.000 0.168 0.008 0.016 0.108
#> SRR1488196 3 0.3753 0.52902 0.000 0.000 0.788 0.016 0.040 0.156
#> SRR1498951 3 0.0790 0.63811 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1413392 1 0.0717 0.88619 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR657528 2 0.6556 0.10334 0.000 0.476 0.000 0.308 0.060 0.156
#> SRR812198 1 0.0692 0.88574 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR660283 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1420936 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469547 5 0.3684 0.88897 0.000 0.332 0.000 0.004 0.664 0.000
#> SRR1322249 1 0.2692 0.86345 0.880 0.000 0.036 0.004 0.008 0.072
#> SRR1396682 1 0.0291 0.88636 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.3372 0.60606 0.000 0.176 0.000 0.796 0.020 0.008
#> SRR1081023 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092517 4 0.5954 0.13643 0.000 0.388 0.000 0.456 0.140 0.016
#> SRR811285 2 0.2608 0.59411 0.000 0.872 0.000 0.080 0.048 0.000
#> SRR657018 1 0.0862 0.88618 0.972 0.000 0.004 0.008 0.000 0.016
#> SRR1365534 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1090791 2 0.3571 0.55163 0.000 0.812 0.000 0.048 0.124 0.016
#> SRR1439915 2 0.3482 0.55053 0.000 0.824 0.000 0.048 0.108 0.020
#> SRR1391575 4 0.4728 0.59958 0.000 0.168 0.004 0.724 0.024 0.080
#> SRR1314092 2 0.6289 0.07226 0.000 0.440 0.000 0.400 0.060 0.100
#> SRR1328941 3 0.1890 0.61826 0.000 0.000 0.916 0.024 0.000 0.060
#> SRR1336181 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR1362972 1 0.4692 0.70934 0.736 0.000 0.120 0.012 0.012 0.120
#> SRR1366790 2 0.6157 -0.00138 0.000 0.436 0.000 0.420 0.060 0.084
#> SRR1455902 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1437644 4 0.6730 -0.30186 0.000 0.056 0.128 0.444 0.012 0.360
#> SRR1105009 5 0.3833 0.87231 0.000 0.344 0.000 0.008 0.648 0.000
#> SRR1367024 3 0.0547 0.63972 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR660248 4 0.6565 0.11489 0.000 0.140 0.012 0.496 0.044 0.308
#> SRR1409620 1 0.0972 0.88384 0.964 0.000 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR1455807 5 0.3668 0.89134 0.000 0.328 0.000 0.004 0.668 0.000
#> SRR1339431 1 0.4692 0.70934 0.736 0.000 0.120 0.012 0.012 0.120
#> SRR1378948 6 0.6888 0.49233 0.000 0.004 0.340 0.256 0.040 0.360
#> SRR1469237 1 0.0603 0.88619 0.980 0.000 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1098264 5 0.4302 0.78215 0.000 0.292 0.000 0.036 0.668 0.004
#> SRR1406224 2 0.6079 0.04230 0.000 0.448 0.000 0.416 0.060 0.076
#> SRR1393026 1 0.5284 0.68671 0.672 0.000 0.176 0.000 0.040 0.112
#> SRR808428 5 0.3699 0.88302 0.000 0.336 0.000 0.004 0.660 0.000
#> SRR615910 2 0.2221 0.55492 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072 0.000
#> SRR1076219 1 0.6304 0.27178 0.512 0.000 0.276 0.000 0.040 0.172
#> SRR1481128 1 0.0964 0.88606 0.968 0.000 0.016 0.004 0.000 0.012
#> SRR1359262 2 0.3571 0.55163 0.000 0.812 0.000 0.048 0.124 0.016
#> SRR1407648 4 0.3263 0.60547 0.000 0.176 0.000 0.800 0.020 0.004
#> SRR1386775 4 0.5759 -0.35134 0.000 0.000 0.120 0.440 0.012 0.428
#> SRR1388399 6 0.6903 0.39828 0.000 0.024 0.224 0.340 0.020 0.392
#> SRR1361499 5 0.4543 0.76781 0.000 0.356 0.000 0.036 0.604 0.004
#> SRR1500709 4 0.5618 0.36667 0.000 0.356 0.000 0.540 0.044 0.060
#> SRR1335917 1 0.0767 0.88501 0.976 0.000 0.008 0.004 0.000 0.012
#> SRR1430615 2 0.2164 0.55715 0.000 0.900 0.000 0.032 0.068 0.000
#> SRR1335212 3 0.6411 -0.14971 0.088 0.000 0.440 0.060 0.008 0.404
#> SRR1400159 6 0.7568 0.54425 0.000 0.044 0.288 0.276 0.044 0.348
#> SRR1457245 5 0.4331 0.82236 0.000 0.332 0.000 0.028 0.636 0.004
#> SRR1356746 5 0.3652 0.89379 0.000 0.324 0.000 0.004 0.672 0.000
#> SRR658319 2 0.6274 0.13181 0.000 0.468 0.000 0.372 0.096 0.064
#> SRR1435946 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370308 1 0.3167 0.81930 0.836 0.000 0.120 0.000 0.032 0.012
#> SRR1100893 1 0.3612 0.80055 0.804 0.000 0.100 0.000 0.004 0.092
#> SRR1389432 1 0.5284 0.68671 0.672 0.000 0.176 0.000 0.040 0.112
#> SRR1381799 2 0.6459 0.23800 0.000 0.480 0.000 0.308 0.164 0.048
#> SRR1310158 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1341100 4 0.4077 0.60457 0.000 0.184 0.004 0.760 0.020 0.032
#> SRR1342873 3 0.4522 0.52682 0.104 0.000 0.752 0.012 0.012 0.120
#> SRR1472102 2 0.2608 0.59411 0.000 0.872 0.000 0.080 0.048 0.000
#> SRR1409421 3 0.6183 0.18812 0.384 0.000 0.452 0.012 0.012 0.140
#> SRR1328577 4 0.6056 0.08753 0.000 0.392 0.000 0.436 0.156 0.016
#> SRR808942 2 0.6124 0.04782 0.000 0.448 0.000 0.412 0.072 0.068
#> SRR1343818 4 0.5954 0.13643 0.000 0.388 0.000 0.456 0.140 0.016
#> SRR1472415 5 0.3668 0.89134 0.000 0.328 0.000 0.004 0.668 0.000
#> SRR658409 4 0.3372 0.60606 0.000 0.176 0.000 0.796 0.020 0.008
#> SRR1469681 1 0.0146 0.88590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075484 2 0.5876 0.33300 0.000 0.564 0.000 0.296 0.056 0.084
#> SRR1417894 3 0.0632 0.64410 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1417422 2 0.3482 0.55053 0.000 0.824 0.000 0.048 0.108 0.020
#> SRR1090674 1 0.0291 0.88636 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.977 0.991 0.5009 0.499 0.499
#> 3 3 0.684 0.681 0.796 0.2837 0.867 0.740
#> 4 4 0.688 0.791 0.854 0.1442 0.810 0.546
#> 5 5 0.761 0.723 0.826 0.0718 0.916 0.687
#> 6 6 0.740 0.662 0.785 0.0394 0.951 0.773
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.722 0.753 0.800 0.200
#> SRR1455391 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.224 0.954 0.964 0.036
#> SRR1388281 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.402 0.908 0.920 0.080
#> SRR1357166 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.983 0.248 0.424 0.576
#> SRR1102949 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.697 0.771 0.812 0.188
#> SRR1434955 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.985 0.260 0.572 0.428
#> SRR1100472 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.973 0.309 0.404 0.596
#> SRR1105009 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.706 0.765 0.808 0.192
#> SRR1469237 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1345953 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1357826 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1419656 1 0.5835 -0.0386 0.660 0.000 0.340
#> SRR1454158 2 0.6260 0.7801 0.000 0.552 0.448
#> SRR1475408 2 0.6008 -0.0879 0.000 0.628 0.372
#> SRR1472704 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1090046 3 0.8503 0.6372 0.352 0.104 0.544
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.6599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0237 0.6591 0.000 0.996 0.004
#> SRR1083959 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1079948 2 0.0424 0.6582 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310667 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR655852 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352457 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1353994 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1459561 2 0.6274 0.7799 0.000 0.544 0.456
#> SRR1454009 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1071084 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1082859 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR658105 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1429181 2 0.0237 0.6591 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327896 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464788 2 0.5465 0.7524 0.000 0.712 0.288
#> SRR1346861 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1318774 2 0.5560 0.7543 0.000 0.700 0.300
#> SRR1420517 3 0.6274 0.7024 0.456 0.000 0.544
#> SRR1369584 2 0.6274 0.7799 0.000 0.544 0.456
#> SRR1443244 2 0.8808 -0.3955 0.116 0.484 0.400
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.6309 0.6212 0.500 0.000 0.500
#> SRR1070208 1 0.6252 -0.4796 0.556 0.000 0.444
#> SRR1317282 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1096125 2 0.0424 0.6632 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472506 3 0.6483 0.4635 0.004 0.452 0.544
#> SRR1388281 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1365622 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR662306 3 0.6286 0.6955 0.464 0.000 0.536
#> SRR662811 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.6483 0.4635 0.004 0.452 0.544
#> SRR1357166 1 0.6274 -0.5158 0.544 0.000 0.456
#> SRR1488586 3 0.9128 0.5648 0.204 0.252 0.544
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.6305 -0.3596 0.000 0.516 0.484
#> SRR1409397 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1465693 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1096547 3 0.6267 0.4579 0.000 0.452 0.548
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.9135 0.5698 0.208 0.248 0.544
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.6520 -0.3822 0.004 0.508 0.488
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.3192 0.7050 0.000 0.888 0.112
#> SRR1403814 2 0.0237 0.6572 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404887 2 0.8852 -0.3942 0.120 0.484 0.396
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.2537 0.6930 0.000 0.920 0.080
#> SRR1078258 2 0.3619 0.7103 0.000 0.864 0.136
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1070260 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1359147 2 0.0424 0.6632 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488694 1 0.8869 0.0573 0.548 0.304 0.148
#> SRR1477273 3 0.6483 0.7024 0.452 0.004 0.544
#> SRR1415792 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1369088 2 0.6180 -0.2010 0.000 0.584 0.416
#> SRR1406621 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR1401017 2 0.5678 0.7600 0.000 0.684 0.316
#> SRR1099981 2 0.0592 0.6638 0.000 0.988 0.012
#> SRR815208 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1380460 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091097 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456010 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1498416 2 0.6026 0.7691 0.000 0.624 0.376
#> SRR818873 2 0.6140 0.7756 0.000 0.596 0.404
#> SRR813868 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.6267 0.4579 0.000 0.452 0.548
#> SRR1100472 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1331267 1 0.0237 0.9033 0.996 0.004 0.000
#> SRR1068977 2 0.0237 0.6591 0.000 0.996 0.004
#> SRR1391511 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1077920 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1457705 3 0.6295 0.6807 0.472 0.000 0.528
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.6483 0.7024 0.452 0.004 0.544
#> SRR1469279 3 0.6307 0.6476 0.488 0.000 0.512
#> SRR1091791 2 0.0237 0.6572 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341539 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446354 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.6274 0.7799 0.000 0.544 0.456
#> SRR1473403 2 0.3686 0.7116 0.000 0.860 0.140
#> SRR1084674 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0237 0.6572 0.000 0.996 0.004
#> SRR655447 2 0.0424 0.6632 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404442 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3192 0.7050 0.000 0.888 0.112
#> SRR1489589 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1378284 1 0.8394 -0.1503 0.576 0.108 0.316
#> SRR1408014 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.6295 -0.3345 0.000 0.528 0.472
#> SRR1323829 2 0.6274 0.7799 0.000 0.544 0.456
#> SRR1086772 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1486457 3 0.6483 0.7024 0.452 0.004 0.544
#> SRR1415257 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1071905 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR659223 2 0.6274 0.7799 0.000 0.544 0.456
#> SRR1386945 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR821498 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR1378903 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472907 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1442313 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1077139 2 0.6274 0.7799 0.000 0.544 0.456
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0424 0.6563 0.000 0.992 0.008
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.1643 0.8471 0.956 0.000 0.044
#> SRR1488196 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1498951 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3412 0.7063 0.000 0.876 0.124
#> SRR812198 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0424 0.6582 0.000 0.992 0.008
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.5465 0.7551 0.000 0.712 0.288
#> SRR811285 2 0.5733 0.7616 0.000 0.676 0.324
#> SRR657018 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1090791 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1439915 2 0.6225 0.7791 0.000 0.568 0.432
#> SRR1391575 2 0.6126 -0.1650 0.000 0.600 0.400
#> SRR1314092 2 0.3038 0.7021 0.000 0.896 0.104
#> SRR1328941 3 0.6483 0.7024 0.452 0.004 0.544
#> SRR1336181 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.4178 0.7237 0.000 0.828 0.172
#> SRR1455902 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1437644 3 0.6267 0.4579 0.000 0.452 0.548
#> SRR1105009 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1367024 3 0.6489 0.7026 0.456 0.004 0.540
#> SRR660248 2 0.1289 0.6695 0.000 0.968 0.032
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.6483 0.4635 0.004 0.452 0.544
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1406224 2 0.3192 0.7050 0.000 0.888 0.112
#> SRR1393026 3 0.6308 0.6391 0.492 0.000 0.508
#> SRR808428 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR615910 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1076219 1 0.4555 0.5177 0.800 0.000 0.200
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1407648 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386775 3 0.6641 0.4679 0.008 0.448 0.544
#> SRR1388399 3 0.6483 0.4635 0.004 0.452 0.544
#> SRR1361499 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1500709 2 0.0237 0.6572 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.6267 0.7798 0.000 0.548 0.452
#> SRR1335212 1 0.6260 -0.4921 0.552 0.000 0.448
#> SRR1400159 3 0.6267 0.4579 0.000 0.452 0.548
#> SRR1457245 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1356746 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR658319 2 0.6252 0.7806 0.000 0.556 0.444
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.6280 -0.5275 0.540 0.000 0.460
#> SRR1381799 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR1310158 3 0.6483 0.7024 0.452 0.004 0.544
#> SRR1341100 2 0.6299 -0.3429 0.000 0.524 0.476
#> SRR1342873 1 0.4002 0.6264 0.840 0.000 0.160
#> SRR1472102 2 0.3619 0.7130 0.000 0.864 0.136
#> SRR1409421 3 0.6309 0.6306 0.496 0.000 0.504
#> SRR1328577 2 0.6225 0.7798 0.000 0.568 0.432
#> SRR808942 2 0.6252 0.7806 0.000 0.556 0.444
#> SRR1343818 2 0.0237 0.6609 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472415 2 0.6267 0.7801 0.000 0.548 0.452
#> SRR658409 2 0.0424 0.6582 0.000 0.992 0.008
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.6111 0.7744 0.000 0.604 0.396
#> SRR1417894 3 0.6280 0.7021 0.460 0.000 0.540
#> SRR1417422 2 0.6260 0.7801 0.000 0.552 0.448
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1076441 1 0.0817 0.9564 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1489803 2 0.3606 0.8077 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR1345953 2 0.2741 0.8305 0.000 0.892 0.012 0.096
#> SRR1357826 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1419656 3 0.5343 0.7124 0.316 0.000 0.656 0.028
#> SRR1454158 2 0.4104 0.8358 0.000 0.832 0.080 0.088
#> SRR1475408 4 0.5320 0.4319 0.000 0.012 0.416 0.572
#> SRR1472704 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1090046 3 0.5012 0.8153 0.116 0.000 0.772 0.112
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.2048 0.8036 0.000 0.064 0.008 0.928
#> SRR1334587 2 0.3962 0.8028 0.000 0.820 0.152 0.028
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0524 0.9651 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1324206 1 0.0188 0.9676 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408574 4 0.5515 0.7172 0.000 0.116 0.152 0.732
#> SRR1083959 2 0.2048 0.8506 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1079948 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1310667 2 0.3606 0.8077 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR655852 4 0.2198 0.8024 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1352457 2 0.3048 0.8221 0.000 0.876 0.108 0.016
#> SRR1353994 2 0.2542 0.8386 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1459561 2 0.3606 0.8077 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR1454009 3 0.3681 0.9119 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1071084 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1082859 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR658105 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.2048 0.8506 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1429181 4 0.4718 0.7589 0.000 0.116 0.092 0.792
#> SRR1327896 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1464788 2 0.7310 0.0164 0.000 0.440 0.152 0.408
#> SRR1346861 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1318774 2 0.5085 0.4070 0.000 0.616 0.008 0.376
#> SRR1420517 3 0.3808 0.9123 0.176 0.000 0.812 0.012
#> SRR1369584 2 0.3552 0.8114 0.000 0.848 0.128 0.024
#> SRR1443244 4 0.3198 0.7458 0.040 0.000 0.080 0.880
#> SRR1455391 1 0.0657 0.9629 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1068999 1 0.1109 0.9515 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1481297 3 0.4365 0.8915 0.188 0.000 0.784 0.028
#> SRR1070208 3 0.5933 0.3892 0.464 0.000 0.500 0.036
#> SRR1317282 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1096125 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1472506 4 0.4543 0.5164 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1388281 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1365622 4 0.2773 0.7892 0.000 0.116 0.004 0.880
#> SRR662306 3 0.3539 0.9124 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR662811 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820571 4 0.4877 0.3517 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1357166 3 0.3768 0.9082 0.184 0.000 0.808 0.008
#> SRR1488586 4 0.5773 0.3829 0.044 0.000 0.336 0.620
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5119 0.0847 0.000 0.004 0.556 0.440
#> SRR1409397 2 0.3962 0.7973 0.000 0.820 0.152 0.028
#> SRR1465693 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1096547 3 0.3123 0.6928 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1456818 1 0.0592 0.9620 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR816336 3 0.3903 0.8189 0.080 0.000 0.844 0.076
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1436990 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662378 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.2714 0.7427 0.004 0.000 0.112 0.884
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.5775 0.6174 0.000 0.212 0.092 0.696
#> SRR1403814 4 0.1716 0.8043 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1404887 4 0.3198 0.7458 0.040 0.000 0.080 0.880
#> SRR1434955 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360652 1 0.0707 0.9593 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1356765 4 0.5689 0.6956 0.000 0.184 0.104 0.712
#> SRR1078258 4 0.4594 0.6215 0.000 0.280 0.008 0.712
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1070260 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1410765 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481315 1 0.0188 0.9666 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414661 2 0.2198 0.8472 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1359147 4 0.2329 0.8017 0.000 0.072 0.012 0.916
#> SRR1488694 4 0.5440 0.3198 0.384 0.000 0.020 0.596
#> SRR1477273 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1415792 3 0.3978 0.9001 0.192 0.000 0.796 0.012
#> SRR1369088 4 0.3392 0.7797 0.000 0.056 0.072 0.872
#> SRR1406621 4 0.4419 0.7626 0.000 0.104 0.084 0.812
#> SRR1401017 2 0.6204 0.6158 0.000 0.672 0.160 0.168
#> SRR1099981 4 0.5604 0.7139 0.000 0.116 0.160 0.724
#> SRR815208 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1380460 4 0.3172 0.7529 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1091097 4 0.2198 0.8024 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1456010 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1498416 2 0.5143 0.4336 0.000 0.628 0.012 0.360
#> SRR818873 2 0.4452 0.7802 0.000 0.796 0.156 0.048
#> SRR813868 4 0.4281 0.7118 0.000 0.180 0.028 0.792
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.1792 0.8027 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1459866 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364871 4 0.4564 0.5196 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1100472 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1331267 1 0.2255 0.8896 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR1068977 4 0.4094 0.7729 0.000 0.116 0.056 0.828
#> SRR1391511 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1077920 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1457705 3 0.3356 0.9135 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1437073 1 0.0592 0.9620 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1473124 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1469279 3 0.3539 0.9124 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1091791 4 0.1716 0.8043 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1341539 4 0.5277 0.7345 0.000 0.116 0.132 0.752
#> SRR1446354 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0592 0.9620 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR656970 2 0.3606 0.8077 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR1473403 4 0.5387 0.6198 0.000 0.256 0.048 0.696
#> SRR1084674 3 0.3681 0.9119 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR1464702 1 0.0524 0.9651 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1074860 4 0.1675 0.7999 0.004 0.044 0.004 0.948
#> SRR655447 4 0.2988 0.7849 0.000 0.112 0.012 0.876
#> SRR1404442 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1418795 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458335 4 0.6658 0.2328 0.000 0.376 0.092 0.532
#> SRR1489589 2 0.3962 0.7973 0.000 0.820 0.152 0.028
#> SRR1378284 1 0.6274 0.5083 0.664 0.000 0.152 0.184
#> SRR1408014 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1083052 1 0.1398 0.9461 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1339236 4 0.6384 0.4351 0.000 0.064 0.440 0.496
#> SRR1323829 2 0.2402 0.8266 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1086772 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1486457 3 0.3428 0.8920 0.144 0.000 0.844 0.012
#> SRR1415257 2 0.3962 0.8028 0.000 0.820 0.152 0.028
#> SRR1071905 3 0.3681 0.9119 0.176 0.000 0.816 0.008
#> SRR659223 2 0.2867 0.8210 0.000 0.884 0.104 0.012
#> SRR1386945 3 0.3356 0.9135 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR821498 4 0.2089 0.8046 0.000 0.048 0.020 0.932
#> SRR1378903 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1472907 3 0.4423 0.8973 0.176 0.000 0.788 0.036
#> SRR1442313 2 0.1902 0.8512 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1077139 2 0.2402 0.8266 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1342758 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR656911 4 0.3668 0.7216 0.000 0.188 0.004 0.808
#> SRR1070738 1 0.0921 0.9538 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476950 1 0.2111 0.9220 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR1488196 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1498951 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1413392 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657528 2 0.7370 -0.1355 0.000 0.428 0.160 0.412
#> SRR812198 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660283 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1420936 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469547 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1322249 1 0.0895 0.9576 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.2053 0.8032 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5402 0.1709 0.000 0.472 0.012 0.516
#> SRR811285 2 0.7282 0.2060 0.000 0.500 0.164 0.336
#> SRR657018 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365534 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1090791 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1439915 2 0.3962 0.7973 0.000 0.820 0.152 0.028
#> SRR1391575 4 0.2401 0.7629 0.000 0.004 0.092 0.904
#> SRR1314092 4 0.6448 0.4343 0.000 0.316 0.092 0.592
#> SRR1328941 3 0.3494 0.9123 0.172 0.000 0.824 0.004
#> SRR1336181 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1362972 1 0.1109 0.9515 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1366790 4 0.6755 -0.0407 0.000 0.448 0.092 0.460
#> SRR1455902 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1437644 4 0.4643 0.4819 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1105009 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1367024 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR660248 4 0.6640 0.3656 0.000 0.352 0.096 0.552
#> SRR1409620 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455807 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1339431 1 0.1109 0.9515 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1378948 3 0.4933 0.1299 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1469237 1 0.0188 0.9678 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098264 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1406224 4 0.6378 0.5821 0.000 0.264 0.108 0.628
#> SRR1393026 3 0.3768 0.9082 0.184 0.000 0.808 0.008
#> SRR808428 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR615910 2 0.3763 0.8064 0.000 0.832 0.144 0.024
#> SRR1076219 1 0.4719 0.6774 0.772 0.000 0.180 0.048
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1407648 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1386775 4 0.2944 0.7318 0.004 0.000 0.128 0.868
#> SRR1388399 4 0.2831 0.7385 0.004 0.000 0.120 0.876
#> SRR1361499 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1500709 4 0.1867 0.8035 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1335917 1 0.0188 0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430615 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1335212 3 0.5420 0.6762 0.352 0.000 0.624 0.024
#> SRR1400159 3 0.4964 0.1531 0.000 0.004 0.616 0.380
#> SRR1457245 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1356746 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658319 2 0.2670 0.8485 0.000 0.904 0.024 0.072
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0188 0.9675 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3810 0.9058 0.188 0.000 0.804 0.008
#> SRR1381799 2 0.2179 0.8498 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1310158 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1341100 4 0.2530 0.7547 0.000 0.004 0.100 0.896
#> SRR1342873 1 0.5827 -0.1762 0.532 0.000 0.436 0.032
#> SRR1472102 4 0.7023 0.4885 0.000 0.272 0.164 0.564
#> SRR1409421 3 0.4638 0.8911 0.180 0.000 0.776 0.044
#> SRR1328577 2 0.5204 0.3610 0.000 0.612 0.012 0.376
#> SRR808942 2 0.2255 0.8493 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR1343818 4 0.2198 0.8024 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1472415 2 0.1716 0.8519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658409 4 0.2053 0.8032 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.5751 0.6866 0.000 0.712 0.164 0.124
#> SRR1417894 3 0.3539 0.9144 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR1417422 2 0.3711 0.8066 0.000 0.836 0.140 0.024
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9685 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.1197 0.9278 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.4718 0.5713 0.000 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR1345953 5 0.2361 0.7308 0.000 0.012 0.000 0.096 0.892
#> SRR1357826 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 3 0.4745 0.8019 0.060 0.180 0.744 0.016 0.000
#> SRR1454158 5 0.4616 0.2123 0.000 0.288 0.000 0.036 0.676
#> SRR1475408 2 0.6605 -0.0120 0.000 0.452 0.236 0.312 0.000
#> SRR1472704 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 3 0.4164 0.7609 0.000 0.120 0.784 0.096 0.000
#> SRR1312822 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0898 0.8357 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1334587 2 0.5606 0.6039 0.000 0.548 0.004 0.068 0.380
#> SRR1490246 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2170 0.9066 0.904 0.088 0.004 0.004 0.000
#> SRR1324206 1 0.1121 0.9269 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.4604 0.3249 0.000 0.584 0.004 0.404 0.008
#> SRR1083959 5 0.0162 0.8173 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1079948 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1310667 2 0.4718 0.5713 0.000 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR655852 4 0.0771 0.8367 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1352457 5 0.4958 -0.3554 0.000 0.452 0.004 0.020 0.524
#> SRR1353994 5 0.2069 0.7543 0.000 0.012 0.000 0.076 0.912
#> SRR1459561 2 0.4718 0.5713 0.000 0.540 0.000 0.016 0.444
#> SRR1454009 3 0.2353 0.8660 0.028 0.060 0.908 0.004 0.000
#> SRR1071084 3 0.1082 0.8749 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.1502 0.9298 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486262 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR658105 1 0.0510 0.9313 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0290 0.8163 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1429181 4 0.4510 0.1616 0.000 0.432 0.000 0.560 0.008
#> SRR1327896 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1464788 2 0.6069 0.5648 0.000 0.564 0.004 0.296 0.136
#> SRR1346861 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 5 0.4572 0.2228 0.000 0.004 0.004 0.452 0.540
#> SRR1420517 3 0.3304 0.8479 0.028 0.128 0.840 0.004 0.000
#> SRR1369584 5 0.4974 -0.4772 0.000 0.484 0.004 0.020 0.492
#> SRR1443244 4 0.3025 0.8035 0.004 0.100 0.024 0.868 0.004
#> SRR1455391 1 0.3030 0.8858 0.868 0.088 0.040 0.004 0.000
#> SRR1068999 1 0.3163 0.8667 0.824 0.164 0.000 0.012 0.000
#> SRR1481297 3 0.4407 0.8141 0.040 0.180 0.764 0.016 0.000
#> SRR1070208 3 0.7046 0.3330 0.328 0.212 0.440 0.020 0.000
#> SRR1317282 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1472506 4 0.5541 0.6389 0.000 0.188 0.164 0.648 0.000
#> SRR1388281 5 0.1444 0.7922 0.000 0.012 0.000 0.040 0.948
#> SRR1365622 4 0.1492 0.8303 0.000 0.040 0.004 0.948 0.008
#> SRR662306 3 0.2116 0.8700 0.028 0.040 0.924 0.008 0.000
#> SRR662811 1 0.1121 0.9255 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.6724 0.0176 0.000 0.252 0.392 0.356 0.000
#> SRR1357166 3 0.2585 0.8629 0.036 0.064 0.896 0.004 0.000
#> SRR1488586 4 0.6651 0.5342 0.040 0.200 0.176 0.584 0.000
#> SRR1485398 1 0.1121 0.9294 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.6376 0.2925 0.000 0.220 0.516 0.264 0.000
#> SRR1409397 2 0.4722 0.6271 0.000 0.608 0.000 0.024 0.368
#> SRR1465693 2 0.4793 0.5798 0.000 0.544 0.000 0.020 0.436
#> SRR1096547 3 0.2286 0.8258 0.000 0.108 0.888 0.004 0.000
#> SRR1456818 1 0.2408 0.9034 0.892 0.092 0.000 0.016 0.000
#> SRR816336 3 0.2011 0.8455 0.004 0.088 0.908 0.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0703 0.9290 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.2845 0.8086 0.000 0.096 0.020 0.876 0.008
#> SRR1102949 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.5803 0.1234 0.000 0.408 0.004 0.508 0.080
#> SRR1403814 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1404887 4 0.3025 0.8035 0.004 0.100 0.024 0.868 0.004
#> SRR1434955 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2470 0.8960 0.884 0.104 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356765 4 0.4866 0.2049 0.000 0.396 0.004 0.580 0.020
#> SRR1078258 4 0.3398 0.6374 0.000 0.004 0.000 0.780 0.216
#> SRR1455861 1 0.1043 0.9264 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.4798 0.5777 0.000 0.540 0.000 0.020 0.440
#> SRR1070260 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.1740 0.9257 0.932 0.056 0.012 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.1282 0.7925 0.000 0.004 0.000 0.044 0.952
#> SRR1359147 4 0.1012 0.8341 0.000 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1488694 4 0.5870 0.5731 0.176 0.140 0.024 0.660 0.000
#> SRR1477273 3 0.1082 0.8749 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3948 0.8218 0.076 0.112 0.808 0.004 0.000
#> SRR1369088 4 0.3131 0.8104 0.000 0.104 0.028 0.860 0.008
#> SRR1406621 4 0.3607 0.6148 0.000 0.244 0.004 0.752 0.000
#> SRR1401017 2 0.5556 0.6505 0.000 0.616 0.000 0.108 0.276
#> SRR1099981 2 0.4621 0.3230 0.000 0.576 0.004 0.412 0.008
#> SRR815208 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 4 0.2077 0.7920 0.000 0.008 0.000 0.908 0.084
#> SRR1091097 4 0.0898 0.8357 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1456010 3 0.2054 0.8696 0.028 0.052 0.920 0.000 0.000
#> SRR1498416 5 0.4779 0.2247 0.000 0.012 0.004 0.448 0.536
#> SRR818873 2 0.5289 0.6465 0.000 0.616 0.000 0.072 0.312
#> SRR813868 4 0.5600 0.3276 0.000 0.316 0.000 0.588 0.096
#> SRR1394912 1 0.0404 0.9302 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.1117 0.8362 0.000 0.016 0.000 0.964 0.020
#> SRR1459866 1 0.0880 0.9281 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.5555 0.6403 0.000 0.204 0.152 0.644 0.000
#> SRR1100472 5 0.0693 0.8116 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1331267 1 0.5038 0.7619 0.740 0.144 0.024 0.092 0.000
#> SRR1068977 4 0.2517 0.7843 0.000 0.104 0.004 0.884 0.008
#> SRR1391511 5 0.0794 0.7985 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1077920 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.1082 0.8754 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.2068 0.9062 0.904 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473124 3 0.1981 0.8700 0.028 0.048 0.924 0.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.1780 0.8730 0.028 0.024 0.940 0.008 0.000
#> SRR1091791 4 0.0898 0.8378 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1341539 2 0.4166 0.3764 0.000 0.648 0.004 0.348 0.000
#> SRR1446354 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0703 0.9290 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.2193 0.9042 0.900 0.092 0.000 0.008 0.000
#> SRR656970 2 0.4632 0.5626 0.000 0.540 0.000 0.012 0.448
#> SRR1473403 4 0.5399 0.4305 0.000 0.188 0.000 0.664 0.148
#> SRR1084674 3 0.2353 0.8660 0.028 0.060 0.908 0.004 0.000
#> SRR1464702 1 0.2352 0.9034 0.896 0.092 0.008 0.004 0.000
#> SRR1074860 4 0.1484 0.8250 0.000 0.048 0.000 0.944 0.008
#> SRR655447 4 0.2006 0.8052 0.000 0.012 0.000 0.916 0.072
#> SRR1404442 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0703 0.9291 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.6504 0.3778 0.000 0.448 0.000 0.356 0.196
#> SRR1489589 2 0.4722 0.6271 0.000 0.608 0.000 0.024 0.368
#> SRR1378284 1 0.7331 0.4819 0.548 0.180 0.148 0.124 0.000
#> SRR1408014 2 0.4752 0.6002 0.000 0.568 0.000 0.020 0.412
#> SRR1083052 1 0.3899 0.8223 0.780 0.192 0.008 0.020 0.000
#> SRR1339236 2 0.5150 0.4256 0.000 0.692 0.136 0.172 0.000
#> SRR1323829 5 0.3857 0.2318 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1086772 5 0.1281 0.7981 0.000 0.012 0.000 0.032 0.956
#> SRR1486457 3 0.1430 0.8557 0.004 0.052 0.944 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.5137 0.5861 0.000 0.548 0.004 0.032 0.416
#> SRR1071905 3 0.2484 0.8636 0.028 0.068 0.900 0.004 0.000
#> SRR659223 5 0.4161 -0.0982 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1386945 3 0.0955 0.8754 0.028 0.004 0.968 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.2881 0.8033 0.000 0.124 0.004 0.860 0.012
#> SRR1378903 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1472907 3 0.4174 0.8236 0.028 0.180 0.776 0.016 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 5 0.3837 0.2445 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1342758 1 0.1410 0.9205 0.940 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.3955 0.7220 0.000 0.116 0.000 0.800 0.084
#> SRR1070738 1 0.2707 0.8834 0.860 0.132 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476950 1 0.4173 0.8068 0.756 0.212 0.012 0.020 0.000
#> SRR1488196 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.1907 0.8713 0.028 0.044 0.928 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0794 0.9284 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5546 0.6364 0.000 0.648 0.000 0.176 0.176
#> SRR812198 1 0.1121 0.9255 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.3031 0.8781 0.852 0.128 0.004 0.016 0.000
#> SRR1396682 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0771 0.8380 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1081023 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.4659 0.0229 0.000 0.012 0.000 0.488 0.500
#> SRR811285 2 0.6248 0.6199 0.000 0.560 0.004 0.252 0.184
#> SRR657018 1 0.1121 0.9294 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.4798 0.5777 0.000 0.540 0.000 0.020 0.440
#> SRR1439915 2 0.4950 0.6365 0.000 0.612 0.000 0.040 0.348
#> SRR1391575 4 0.2295 0.8208 0.000 0.088 0.004 0.900 0.008
#> SRR1314092 2 0.6099 0.2115 0.000 0.452 0.000 0.424 0.124
#> SRR1328941 3 0.1981 0.8700 0.028 0.048 0.924 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.2886 0.8751 0.844 0.148 0.000 0.008 0.000
#> SRR1366790 2 0.6680 0.4528 0.000 0.428 0.000 0.320 0.252
#> SRR1455902 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.5763 0.6092 0.000 0.188 0.192 0.620 0.000
#> SRR1105009 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.1399 0.8740 0.028 0.020 0.952 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.6435 0.3106 0.000 0.488 0.008 0.360 0.144
#> SRR1409620 1 0.1197 0.9245 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.3163 0.8667 0.824 0.164 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378948 3 0.5854 0.4416 0.000 0.152 0.596 0.252 0.000
#> SRR1469237 1 0.1121 0.9255 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.1444 0.7922 0.000 0.012 0.000 0.040 0.948
#> SRR1406224 2 0.5643 0.1660 0.000 0.492 0.004 0.440 0.064
#> SRR1393026 3 0.2673 0.8620 0.028 0.072 0.892 0.008 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.4793 0.5798 0.000 0.544 0.000 0.020 0.436
#> SRR1076219 1 0.6367 0.5383 0.584 0.240 0.156 0.020 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.4798 0.5777 0.000 0.540 0.000 0.020 0.440
#> SRR1407648 4 0.0609 0.8378 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1386775 4 0.3370 0.7756 0.000 0.148 0.028 0.824 0.000
#> SRR1388399 4 0.3396 0.7838 0.004 0.136 0.028 0.832 0.000
#> SRR1361499 5 0.1364 0.7954 0.000 0.012 0.000 0.036 0.952
#> SRR1500709 4 0.1216 0.8371 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020
#> SRR1335917 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.4752 0.6002 0.000 0.568 0.000 0.020 0.412
#> SRR1335212 3 0.5987 0.5569 0.272 0.116 0.600 0.012 0.000
#> SRR1400159 3 0.5974 0.4533 0.000 0.292 0.564 0.144 0.000
#> SRR1457245 5 0.0290 0.8162 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1356746 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 5 0.3641 0.6226 0.000 0.120 0.000 0.060 0.820
#> SRR1435946 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1928 0.9141 0.920 0.072 0.004 0.004 0.000
#> SRR1100893 1 0.1121 0.9315 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2609 0.8627 0.028 0.068 0.896 0.008 0.000
#> SRR1381799 5 0.1012 0.8051 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968
#> SRR1310158 3 0.1082 0.8749 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.2766 0.8145 0.000 0.084 0.024 0.884 0.008
#> SRR1342873 3 0.6962 0.2986 0.336 0.208 0.440 0.016 0.000
#> SRR1472102 2 0.5583 0.4643 0.000 0.572 0.004 0.352 0.072
#> SRR1409421 3 0.4629 0.8047 0.036 0.204 0.740 0.020 0.000
#> SRR1328577 5 0.4637 0.1785 0.000 0.012 0.000 0.452 0.536
#> SRR808942 5 0.1836 0.7698 0.000 0.036 0.000 0.032 0.932
#> SRR1343818 4 0.0898 0.8357 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1472415 5 0.0000 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 4 0.0771 0.8380 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1469681 1 0.1043 0.9292 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.5467 0.6501 0.000 0.624 0.000 0.100 0.276
#> SRR1417894 3 0.0794 0.8754 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.4909 0.6234 0.000 0.588 0.000 0.032 0.380
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9310 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0291 0.8485 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489803 2 0.3703 0.7494 0.000 0.688 0.000 0.004 0.304 0.004
#> SRR1345953 5 0.3384 0.7544 0.000 0.016 0.000 0.132 0.820 0.032
#> SRR1357826 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 3 0.5845 0.5985 0.056 0.156 0.620 0.000 0.000 0.168
#> SRR1454158 5 0.6285 0.1105 0.000 0.244 0.000 0.044 0.532 0.180
#> SRR1475408 6 0.7344 0.3508 0.000 0.264 0.184 0.152 0.000 0.400
#> SRR1472704 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.4622 0.5087 0.000 0.036 0.608 0.008 0.000 0.348
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0146 0.7413 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1334587 2 0.4869 0.7609 0.000 0.688 0.004 0.048 0.228 0.032
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.4308 0.7582 0.704 0.024 0.024 0.000 0.000 0.248
#> SRR1324206 1 0.3773 0.8116 0.768 0.020 0.020 0.000 0.000 0.192
#> SRR1408574 2 0.4213 0.5045 0.000 0.708 0.004 0.240 0.000 0.048
#> SRR1083959 5 0.0603 0.8975 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1079948 4 0.0000 0.7411 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.3703 0.7494 0.000 0.688 0.000 0.004 0.304 0.004
#> SRR655852 4 0.0937 0.7334 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1352457 2 0.4134 0.6846 0.000 0.640 0.000 0.016 0.340 0.004
#> SRR1353994 5 0.2831 0.8142 0.000 0.016 0.000 0.084 0.868 0.032
#> SRR1459561 2 0.3601 0.7430 0.000 0.684 0.000 0.004 0.312 0.000
#> SRR1454009 3 0.3300 0.7312 0.012 0.024 0.816 0.000 0.000 0.148
#> SRR1071084 3 0.1528 0.7812 0.012 0.016 0.944 0.000 0.000 0.028
#> SRR1082859 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.1434 0.8467 0.940 0.012 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1486262 4 0.0260 0.7417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658105 1 0.1802 0.8532 0.916 0.012 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR811073 5 0.0717 0.8960 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1429181 4 0.6000 0.0259 0.000 0.368 0.004 0.428 0.000 0.200
#> SRR1327896 4 0.0260 0.7417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1464788 2 0.5223 0.6672 0.000 0.692 0.004 0.156 0.108 0.040
#> SRR1346861 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.4735 0.1546 0.000 0.000 0.000 0.520 0.432 0.048
#> SRR1420517 3 0.4397 0.6894 0.012 0.072 0.728 0.000 0.000 0.188
#> SRR1369584 2 0.3955 0.7040 0.000 0.648 0.000 0.008 0.340 0.004
#> SRR1443244 4 0.3359 0.6208 0.000 0.012 0.008 0.784 0.000 0.196
#> SRR1455391 1 0.5696 0.6404 0.592 0.032 0.116 0.000 0.000 0.260
#> SRR1068999 1 0.3961 0.7063 0.764 0.124 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1481297 3 0.5552 0.6177 0.036 0.156 0.640 0.000 0.000 0.168
#> SRR1070208 6 0.7194 -0.1311 0.228 0.096 0.292 0.000 0.000 0.384
#> SRR1317282 3 0.0725 0.7886 0.012 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096125 4 0.0363 0.7416 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1472506 6 0.6755 0.2185 0.000 0.072 0.156 0.348 0.000 0.424
#> SRR1388281 5 0.2095 0.8653 0.000 0.016 0.000 0.040 0.916 0.028
#> SRR1365622 4 0.2149 0.7170 0.000 0.016 0.004 0.900 0.000 0.080
#> SRR662306 3 0.2737 0.7602 0.012 0.024 0.868 0.000 0.000 0.096
#> SRR662811 1 0.3141 0.8246 0.788 0.012 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR820571 6 0.6396 0.3609 0.000 0.080 0.220 0.148 0.000 0.552
#> SRR1357166 3 0.3338 0.7288 0.012 0.024 0.812 0.000 0.000 0.152
#> SRR1488586 6 0.5505 0.0721 0.012 0.012 0.068 0.360 0.000 0.548
#> SRR1485398 1 0.0146 0.8510 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 6 0.7031 0.2827 0.000 0.132 0.344 0.124 0.000 0.400
#> SRR1409397 2 0.3466 0.7727 0.000 0.760 0.000 0.008 0.224 0.008
#> SRR1465693 2 0.3757 0.7638 0.000 0.712 0.000 0.008 0.272 0.008
#> SRR1096547 3 0.4099 0.5601 0.000 0.048 0.708 0.000 0.000 0.244
#> SRR1456818 1 0.3999 0.7742 0.696 0.032 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR816336 3 0.4253 0.6135 0.000 0.064 0.704 0.000 0.000 0.232
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0508 0.7880 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0146 0.8510 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.2531 0.8447 0.856 0.012 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1084079 4 0.3296 0.6286 0.000 0.012 0.008 0.792 0.000 0.188
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 6 0.7380 -0.0367 0.000 0.296 0.000 0.296 0.108 0.300
#> SRR1403814 4 0.0622 0.7399 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1404887 4 0.3359 0.6208 0.000 0.012 0.008 0.784 0.000 0.196
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.4155 0.7379 0.660 0.012 0.012 0.000 0.000 0.316
#> SRR1356765 4 0.5676 0.1975 0.000 0.372 0.004 0.516 0.016 0.092
#> SRR1078258 4 0.3456 0.6051 0.000 0.004 0.000 0.800 0.156 0.040
#> SRR1455861 1 0.2805 0.8387 0.828 0.012 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1420296 2 0.3595 0.7563 0.000 0.704 0.000 0.008 0.288 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.1668 0.8391 0.928 0.004 0.008 0.000 0.000 0.060
#> SRR1414661 5 0.1643 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.068 0.924 0.008
#> SRR1359147 4 0.1333 0.7307 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1488694 4 0.5054 0.2618 0.044 0.008 0.008 0.564 0.000 0.376
#> SRR1477273 3 0.1616 0.7800 0.012 0.020 0.940 0.000 0.000 0.028
#> SRR1415792 3 0.4543 0.6012 0.028 0.028 0.680 0.000 0.000 0.264
#> SRR1369088 4 0.3960 0.5773 0.000 0.032 0.008 0.736 0.000 0.224
#> SRR1406621 4 0.5069 0.4101 0.000 0.264 0.004 0.624 0.000 0.108
#> SRR1401017 2 0.4109 0.7613 0.000 0.748 0.000 0.032 0.196 0.024
#> SRR1099981 2 0.4255 0.5084 0.000 0.700 0.004 0.256 0.004 0.036
#> SRR815208 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 4 0.1829 0.7152 0.000 0.004 0.000 0.920 0.012 0.064
#> SRR1091097 4 0.0865 0.7348 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1456010 3 0.3413 0.7433 0.012 0.052 0.824 0.000 0.000 0.112
#> SRR1498416 4 0.4958 0.1597 0.000 0.016 0.000 0.524 0.424 0.036
#> SRR818873 2 0.3748 0.7708 0.000 0.760 0.000 0.028 0.204 0.008
#> SRR813868 4 0.6189 0.1713 0.000 0.220 0.000 0.524 0.028 0.228
#> SRR1394912 1 0.2121 0.8501 0.892 0.012 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1475824 4 0.0993 0.7366 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> SRR1459866 1 0.2653 0.8418 0.844 0.012 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1364871 6 0.6269 0.2561 0.000 0.088 0.080 0.320 0.000 0.512
#> SRR1100472 5 0.1622 0.8820 0.000 0.016 0.000 0.016 0.940 0.028
#> SRR1331267 1 0.4736 0.5349 0.528 0.000 0.008 0.032 0.000 0.432
#> SRR1068977 4 0.2600 0.6912 0.000 0.084 0.004 0.876 0.000 0.036
#> SRR1391511 5 0.3374 0.7387 0.000 0.044 0.000 0.012 0.824 0.120
#> SRR1077920 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.1332 0.7885 0.012 0.008 0.952 0.000 0.000 0.028
#> SRR1437073 1 0.4116 0.7587 0.684 0.012 0.016 0.000 0.000 0.288
#> SRR1473124 3 0.3194 0.7489 0.012 0.044 0.840 0.000 0.000 0.104
#> SRR1469279 3 0.1555 0.7855 0.012 0.008 0.940 0.000 0.000 0.040
#> SRR1091791 4 0.0363 0.7410 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341539 2 0.5479 0.3436 0.000 0.588 0.004 0.188 0.000 0.220
#> SRR1446354 3 0.0870 0.7877 0.012 0.012 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415420 1 0.2489 0.8455 0.860 0.012 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1368050 1 0.4116 0.7587 0.684 0.012 0.016 0.000 0.000 0.288
#> SRR656970 2 0.3482 0.7385 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1473403 4 0.3761 0.6304 0.000 0.100 0.000 0.812 0.048 0.040
#> SRR1084674 3 0.3300 0.7312 0.012 0.024 0.816 0.000 0.000 0.148
#> SRR1464702 1 0.5052 0.7120 0.644 0.028 0.060 0.000 0.000 0.268
#> SRR1074860 4 0.2212 0.6949 0.000 0.008 0.000 0.880 0.000 0.112
#> SRR655447 4 0.2002 0.7174 0.000 0.008 0.000 0.916 0.020 0.056
#> SRR1404442 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.2653 0.8418 0.844 0.012 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1458335 2 0.7595 0.1393 0.000 0.320 0.000 0.228 0.172 0.280
#> SRR1489589 2 0.3466 0.7727 0.000 0.760 0.000 0.008 0.224 0.008
#> SRR1378284 6 0.6563 -0.1622 0.404 0.036 0.052 0.064 0.000 0.444
#> SRR1408014 2 0.4182 0.7697 0.000 0.712 0.000 0.012 0.244 0.032
#> SRR1083052 1 0.5449 0.6012 0.572 0.088 0.020 0.000 0.000 0.320
#> SRR1339236 2 0.6240 0.0418 0.000 0.484 0.100 0.060 0.000 0.356
#> SRR1323829 2 0.3867 0.4116 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR1086772 5 0.1874 0.8755 0.000 0.016 0.000 0.028 0.928 0.028
#> SRR1486457 3 0.2949 0.7110 0.000 0.028 0.832 0.000 0.000 0.140
#> SRR1415257 2 0.4519 0.7623 0.000 0.684 0.004 0.016 0.264 0.032
#> SRR1071905 3 0.3300 0.7312 0.012 0.024 0.816 0.000 0.000 0.148
#> SRR659223 2 0.3774 0.5922 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1386945 3 0.1078 0.7870 0.012 0.008 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR821498 4 0.4904 0.3200 0.000 0.084 0.000 0.600 0.000 0.316
#> SRR1378903 4 0.0363 0.7416 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1472907 3 0.5280 0.6186 0.012 0.160 0.640 0.000 0.000 0.188
#> SRR1442313 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 5 0.3868 -0.3893 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR1342758 1 0.3342 0.8100 0.760 0.012 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR656911 4 0.4361 0.5282 0.000 0.080 0.000 0.744 0.016 0.160
#> SRR1070738 1 0.3458 0.7265 0.808 0.112 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1476950 1 0.5854 0.4816 0.484 0.100 0.028 0.000 0.000 0.388
#> SRR1488196 3 0.1078 0.7871 0.012 0.008 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498951 3 0.3368 0.7461 0.012 0.052 0.828 0.000 0.000 0.108
#> SRR1413392 1 0.2653 0.8418 0.844 0.012 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR657528 2 0.6233 0.5358 0.000 0.568 0.004 0.056 0.136 0.236
#> SRR812198 1 0.3110 0.8260 0.792 0.012 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR660283 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0146 0.9005 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1322249 1 0.4358 0.6977 0.620 0.008 0.020 0.000 0.000 0.352
#> SRR1396682 1 0.0405 0.8515 0.988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.0713 0.7390 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5077 0.2328 0.000 0.008 0.000 0.532 0.400 0.060
#> SRR811285 2 0.5057 0.6745 0.000 0.704 0.004 0.152 0.108 0.032
#> SRR657018 1 0.0146 0.8510 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0508 0.7880 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.3555 0.7605 0.000 0.712 0.000 0.008 0.280 0.000
#> SRR1439915 2 0.3958 0.7687 0.000 0.740 0.000 0.012 0.220 0.028
#> SRR1391575 4 0.2312 0.6943 0.000 0.012 0.000 0.876 0.000 0.112
#> SRR1314092 2 0.7359 0.1349 0.000 0.372 0.004 0.292 0.100 0.232
#> SRR1328941 3 0.2890 0.7533 0.012 0.032 0.860 0.000 0.000 0.096
#> SRR1336181 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.3832 0.7080 0.776 0.120 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1366790 2 0.7608 0.2448 0.000 0.340 0.000 0.192 0.228 0.240
#> SRR1455902 3 0.0508 0.7880 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 6 0.6167 0.1243 0.000 0.080 0.068 0.372 0.000 0.480
#> SRR1105009 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.2058 0.7736 0.012 0.024 0.916 0.000 0.000 0.048
#> SRR660248 6 0.7228 -0.0409 0.000 0.328 0.000 0.228 0.096 0.348
#> SRR1409620 1 0.3014 0.8300 0.804 0.012 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1455807 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.3961 0.7063 0.764 0.124 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1378948 3 0.6138 0.1123 0.000 0.044 0.512 0.120 0.000 0.324
#> SRR1469237 1 0.3046 0.8290 0.800 0.012 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1098264 5 0.2100 0.8669 0.000 0.016 0.000 0.036 0.916 0.032
#> SRR1406224 2 0.7202 0.2315 0.000 0.416 0.004 0.236 0.088 0.256
#> SRR1393026 3 0.3375 0.7258 0.012 0.024 0.808 0.000 0.000 0.156
#> SRR808428 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.3799 0.7584 0.000 0.704 0.000 0.008 0.280 0.008
#> SRR1076219 6 0.7052 -0.2553 0.340 0.136 0.124 0.000 0.000 0.400
#> SRR1481128 1 0.2019 0.8514 0.900 0.012 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1359262 2 0.3595 0.7563 0.000 0.704 0.000 0.008 0.288 0.000
#> SRR1407648 4 0.0260 0.7417 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1386775 4 0.4456 0.3831 0.000 0.024 0.008 0.608 0.000 0.360
#> SRR1388399 4 0.4464 0.4131 0.000 0.028 0.008 0.624 0.000 0.340
#> SRR1361499 5 0.1874 0.8747 0.000 0.016 0.000 0.028 0.928 0.028
#> SRR1500709 4 0.0865 0.7356 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.3596 0.7705 0.000 0.740 0.000 0.008 0.244 0.008
#> SRR1335212 3 0.6148 0.1775 0.192 0.012 0.424 0.000 0.000 0.372
#> SRR1400159 6 0.6635 0.1786 0.000 0.152 0.384 0.060 0.000 0.404
#> SRR1457245 5 0.1313 0.8876 0.000 0.016 0.000 0.004 0.952 0.028
#> SRR1356746 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 5 0.6009 0.4269 0.000 0.112 0.000 0.100 0.616 0.172
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.4214 0.7922 0.740 0.028 0.032 0.000 0.000 0.200
#> SRR1100893 1 0.1075 0.8560 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1389432 3 0.3338 0.7288 0.012 0.024 0.812 0.000 0.000 0.152
#> SRR1381799 5 0.1426 0.8862 0.000 0.016 0.000 0.008 0.948 0.028
#> SRR1310158 3 0.1616 0.7800 0.012 0.020 0.940 0.000 0.000 0.028
#> SRR1341100 4 0.2825 0.6710 0.000 0.012 0.008 0.844 0.000 0.136
#> SRR1342873 3 0.7382 0.1653 0.308 0.152 0.364 0.000 0.000 0.176
#> SRR1472102 2 0.5069 0.6485 0.000 0.704 0.004 0.164 0.088 0.040
#> SRR1409421 3 0.5927 0.5564 0.032 0.156 0.572 0.000 0.000 0.240
#> SRR1328577 4 0.5095 0.3241 0.000 0.016 0.000 0.576 0.352 0.056
#> SRR808942 5 0.4557 0.6437 0.000 0.052 0.000 0.044 0.736 0.168
#> SRR1343818 4 0.1007 0.7329 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1472415 5 0.0000 0.9025 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 4 0.0713 0.7390 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4231 0.7585 0.000 0.752 0.004 0.032 0.184 0.028
#> SRR1417894 3 0.0508 0.7880 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.4062 0.7696 0.000 0.724 0.000 0.012 0.236 0.028
#> SRR1090674 1 0.1913 0.8522 0.908 0.012 0.000 0.000 0.000 0.080
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.5019 0.498 0.498
#> 3 3 0.762 0.881 0.915 0.2359 0.868 0.739
#> 4 4 0.827 0.780 0.897 0.1758 0.855 0.636
#> 5 5 0.921 0.900 0.932 0.0662 0.887 0.626
#> 6 6 0.849 0.764 0.876 0.0354 0.970 0.870
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.278 0.945 0.952 0.048
#> SRR1455391 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.981 0.281 0.580 0.420
#> SRR1102949 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.760 0.718 0.780 0.220
#> SRR1100472 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.482 0.883 0.104 0.896
#> SRR655447 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1105009 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1357826 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 3 0.6126 0.59681 0.400 0.000 0.600
#> SRR1454158 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 3 0.6079 0.42426 0.000 0.388 0.612
#> SRR1472704 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.5560 0.41877 0.700 0.000 0.300
#> SRR1312822 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1334587 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1310667 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1352457 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.3879 0.88468 0.000 0.848 0.152
#> SRR1459561 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.4842 0.89760 0.224 0.000 0.776
#> SRR1071084 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1082859 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR658105 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327896 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1464788 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.3686 0.88947 0.000 0.860 0.140
#> SRR1420517 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1369584 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.4555 0.68108 0.800 0.000 0.200
#> SRR1455391 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.5706 0.75909 0.320 0.000 0.680
#> SRR1070208 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1096125 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1472506 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1388281 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR662306 3 0.4654 0.91404 0.208 0.000 0.792
#> SRR662811 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.4842 0.89760 0.224 0.000 0.776
#> SRR1357166 1 0.6168 0.03443 0.588 0.000 0.412
#> SRR1488586 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.4605 0.70987 0.000 0.204 0.796
#> SRR1409397 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1456818 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1420238 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1436990 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.7153 0.55489 0.708 0.092 0.200
#> SRR1102949 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1404887 1 0.4555 0.68108 0.800 0.000 0.200
#> SRR1434955 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078258 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1455861 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.3816 0.88651 0.000 0.852 0.148
#> SRR1359147 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1488694 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1415792 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.1860 0.92084 0.000 0.948 0.052
#> SRR1406621 2 0.0592 0.93527 0.000 0.988 0.012
#> SRR1401017 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1091097 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1456010 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1498416 2 0.3752 0.88800 0.000 0.856 0.144
#> SRR818873 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1459866 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.4733 0.71704 0.004 0.196 0.800
#> SRR1100472 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1391511 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1437073 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1469279 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1091791 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1341539 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1415420 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.3752 0.88877 0.000 0.856 0.144
#> SRR1084674 3 0.4702 0.91029 0.212 0.000 0.788
#> SRR1464702 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.9470 0.13879 0.476 0.324 0.200
#> SRR655447 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1404442 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.5760 0.55092 0.000 0.328 0.672
#> SRR1323829 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1415257 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 1 0.6154 0.05209 0.592 0.000 0.408
#> SRR659223 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR821498 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1378903 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1472907 3 0.4796 0.90206 0.220 0.000 0.780
#> SRR1442313 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.4504 0.86498 0.000 0.804 0.196
#> SRR1070738 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1498951 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1413392 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1081023 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR811285 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1090791 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391575 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1314092 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1336181 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1437644 3 0.2625 0.80279 0.084 0.000 0.916
#> SRR1105009 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR660248 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1469237 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.3752 0.88800 0.000 0.856 0.144
#> SRR1406224 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393026 1 0.6111 0.10218 0.604 0.000 0.396
#> SRR808428 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1386775 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.3752 0.88800 0.000 0.856 0.144
#> SRR1500709 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1335917 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.4555 0.71303 0.000 0.200 0.800
#> SRR1457245 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.6168 0.03443 0.588 0.000 0.412
#> SRR1381799 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1341100 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1342873 1 0.2356 0.85123 0.928 0.000 0.072
#> SRR1472102 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.6180 -0.00897 0.584 0.000 0.416
#> SRR1328577 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR808942 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1472415 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.4555 0.86312 0.000 0.800 0.200
#> SRR1469681 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.4555 0.92077 0.200 0.000 0.800
#> SRR1417422 2 0.0000 0.93905 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.93321 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1076441 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1419656 3 0.2868 0.81441 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1454158 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1475408 2 0.5000 0.02858 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR1472704 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1090046 1 0.4250 0.59180 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1079948 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353994 4 0.0921 0.81700 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1459561 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.1118 0.91227 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1086538 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1429181 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0336 0.72969 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1346861 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1318774 4 0.4643 0.15630 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1420517 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.4955 0.13187 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1455391 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.2011 0.87396 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1365622 4 0.4817 0.36273 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR662306 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.0921 0.91813 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1357166 1 0.4985 0.08654 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.3649 0.70458 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4522 0.43999 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR1102949 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1403814 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 4 0.4981 0.07318 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1434955 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078258 4 0.2408 0.72502 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1455861 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1410765 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 4 0.4948 -0.20499 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1359147 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.2868 0.60252 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1406621 2 0.2814 0.60823 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1401017 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815208 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1380460 4 0.0469 0.83001 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1091097 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.1022 0.81343 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR818873 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813868 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1394912 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.2081 0.85830 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1100472 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1331267 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 4 0.4817 0.36273 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1391511 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1077920 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1457705 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.4843 -0.03768 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1084674 3 0.2704 0.82985 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.4008 0.58854 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR655447 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1418795 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1489589 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.3356 0.56270 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.4855 0.61146 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1486457 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.4994 0.07051 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821498 4 0.3837 0.51280 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1378903 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 3 0.0336 0.93255 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1442313 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1077139 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 4 0.4817 -0.00452 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1070738 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1420936 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1322249 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1328941 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1362972 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1455902 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 3 0.1118 0.91296 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1105009 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1367024 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1409620 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1339431 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.1118 0.80964 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1406224 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393026 1 0.4981 0.10097 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR808428 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR615910 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 4 0.1118 0.80964 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1500709 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.3610 0.71116 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1457245 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1356746 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR658319 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1435946 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.4985 0.08654 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1381799 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1310158 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.2281 0.86748 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 3 0.4985 0.12947 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1328577 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1343818 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.4817 0.63116 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR658409 4 0.0000 0.83854 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.93752 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.73544 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.97109 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1076441 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0510 0.973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345953 5 0.2929 0.746 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1357826 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1419656 3 0.4107 0.783 0.132 0.000 0.804 0.040 0.024
#> SRR1454158 5 0.2233 0.925 0.000 0.080 0.000 0.016 0.904
#> SRR1475408 3 0.7140 0.248 0.000 0.120 0.456 0.060 0.364
#> SRR1472704 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1090046 1 0.3480 0.684 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1334587 2 0.0290 0.974 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1490246 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083959 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1079948 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1310667 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR655852 4 0.3109 0.856 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1352457 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353994 5 0.2891 0.751 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1459561 2 0.0510 0.973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1454009 3 0.0609 0.907 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.1792 0.931 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1086538 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR658105 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.1270 0.917 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1429181 2 0.0404 0.974 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1327896 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1464788 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1346861 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1318774 5 0.3276 0.812 0.000 0.032 0.000 0.132 0.836
#> SRR1420517 3 0.2304 0.901 0.000 0.000 0.908 0.048 0.044
#> SRR1369584 2 0.0290 0.974 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443244 4 0.2488 0.799 0.124 0.000 0.000 0.872 0.004
#> SRR1455391 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481297 3 0.3497 0.844 0.084 0.000 0.852 0.040 0.024
#> SRR1070208 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1472506 3 0.2304 0.901 0.000 0.000 0.908 0.044 0.048
#> SRR1388281 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1365622 2 0.3829 0.710 0.000 0.776 0.000 0.196 0.028
#> SRR662306 3 0.0290 0.914 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.3544 0.870 0.048 0.000 0.856 0.048 0.048
#> SRR1357166 1 0.4074 0.470 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.1041 0.934 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1485398 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.4782 0.646 0.000 0.036 0.720 0.020 0.224
#> SRR1409397 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465693 2 0.0404 0.974 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096547 3 0.0162 0.917 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456818 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.2378 0.900 0.000 0.000 0.904 0.048 0.048
#> SRR1420238 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.1740 0.871 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR1102949 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.2790 0.878 0.000 0.068 0.000 0.052 0.880
#> SRR1403814 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1404887 4 0.2890 0.754 0.160 0.000 0.000 0.836 0.004
#> SRR1434955 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078258 5 0.2519 0.838 0.000 0.016 0.000 0.100 0.884
#> SRR1455861 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070260 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1410765 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.1357 0.914 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR1359147 4 0.3242 0.825 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1488694 1 0.1124 0.931 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1477273 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.1908 0.880 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.1646 0.922 0.000 0.944 0.020 0.032 0.004
#> SRR1406621 2 0.2233 0.883 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1401017 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099981 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR815208 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1380460 5 0.2377 0.806 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1091097 4 0.2852 0.885 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1456010 3 0.2304 0.901 0.000 0.000 0.908 0.048 0.044
#> SRR1498416 5 0.4251 0.357 0.000 0.004 0.000 0.372 0.624
#> SRR818873 2 0.0290 0.974 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813868 5 0.2293 0.925 0.000 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR1394912 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1459866 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.4969 0.724 0.000 0.012 0.712 0.064 0.212
#> SRR1100472 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1331267 1 0.1041 0.934 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1068977 2 0.2685 0.845 0.000 0.880 0.000 0.092 0.028
#> SRR1391511 5 0.2293 0.925 0.000 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR1077920 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1457705 3 0.0324 0.917 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1437073 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.2230 0.902 0.000 0.000 0.912 0.044 0.044
#> SRR1469279 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1341539 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0510 0.973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1473403 5 0.1357 0.914 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR1084674 3 0.1965 0.836 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.2300 0.904 0.040 0.000 0.000 0.908 0.052
#> SRR655447 5 0.3796 0.531 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1404442 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1418795 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.2331 0.921 0.000 0.080 0.000 0.020 0.900
#> SRR1489589 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378284 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0609 0.966 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1083052 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339236 2 0.1630 0.936 0.000 0.944 0.004 0.016 0.036
#> SRR1323829 2 0.0510 0.973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1086772 5 0.1956 0.929 0.000 0.076 0.000 0.008 0.916
#> SRR1486457 3 0.0324 0.917 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1415257 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071905 1 0.4219 0.353 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0510 0.973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1386945 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 5 0.1942 0.860 0.000 0.012 0.000 0.068 0.920
#> SRR1378903 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1472907 3 0.2993 0.890 0.024 0.000 0.884 0.048 0.044
#> SRR1442313 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1077139 2 0.1341 0.935 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1342758 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.1557 0.912 0.000 0.052 0.000 0.008 0.940
#> SRR1070738 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476950 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.2074 0.905 0.000 0.000 0.920 0.036 0.044
#> SRR1413392 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0579 0.971 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR812198 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1420936 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1322249 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1081023 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.1671 0.852 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR811285 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657018 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.0404 0.973 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1391575 4 0.1121 0.903 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1314092 5 0.2293 0.925 0.000 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR1328941 3 0.2230 0.902 0.000 0.000 0.912 0.044 0.044
#> SRR1336181 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1362972 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1366790 5 0.2293 0.925 0.000 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR1455902 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 3 0.3844 0.801 0.000 0.004 0.788 0.180 0.028
#> SRR1105009 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1367024 3 0.0404 0.917 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR660248 5 0.2331 0.921 0.000 0.080 0.000 0.020 0.900
#> SRR1409620 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1339431 1 0.0162 0.956 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378948 3 0.2074 0.904 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> SRR1469237 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.2690 0.776 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1406224 2 0.0404 0.972 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1393026 1 0.4150 0.415 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR615910 2 0.0290 0.974 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1076219 1 0.0324 0.954 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1481128 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407648 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1386775 1 0.1041 0.934 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1388399 1 0.1124 0.931 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1361499 5 0.2561 0.790 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1500709 4 0.3242 0.840 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1335917 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0510 0.973 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1335212 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.5408 0.726 0.000 0.176 0.712 0.056 0.056
#> SRR1457245 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1356746 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR658319 5 0.2293 0.925 0.000 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR1435946 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.4192 0.376 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1310158 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.1544 0.924 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1342873 1 0.2362 0.892 0.916 0.000 0.028 0.032 0.024
#> SRR1472102 2 0.0162 0.974 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409421 1 0.5087 0.067 0.516 0.000 0.456 0.012 0.016
#> SRR1328577 5 0.3983 0.434 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR808942 5 0.2293 0.925 0.000 0.084 0.000 0.016 0.900
#> SRR1343818 4 0.2966 0.873 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1472415 5 0.1732 0.932 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR658409 4 0.1965 0.940 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1469681 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0404 0.974 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1417894 3 0.0000 0.917 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.2020 0.877 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1090674 1 0.0000 0.958 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0405 0.8818 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1076441 1 0.0713 0.9277 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1489803 2 0.1498 0.9406 0.000 0.940 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR1345953 5 0.3547 0.5633 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1357826 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1419656 3 0.5675 -0.1746 0.168 0.000 0.488 0.000 0.000 0.344
#> SRR1454158 5 0.1728 0.8497 0.000 0.004 0.000 0.008 0.924 0.064
#> SRR1475408 6 0.6512 0.4180 0.000 0.052 0.180 0.008 0.220 0.540
#> SRR1472704 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1090046 3 0.4219 0.1931 0.388 0.000 0.592 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1010 0.8992 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1334587 2 0.1088 0.9406 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016 0.024
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0458 0.9326 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.1320 0.9376 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1083959 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1079948 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1310667 2 0.1572 0.9395 0.000 0.936 0.000 0.000 0.028 0.036
#> SRR655852 4 0.2178 0.8314 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1352457 2 0.1003 0.9434 0.000 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016
#> SRR1353994 5 0.3482 0.5912 0.000 0.000 0.000 0.316 0.684 0.000
#> SRR1459561 2 0.1257 0.9432 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR1454009 3 0.1176 0.5908 0.020 0.000 0.956 0.000 0.000 0.024
#> SRR1071084 3 0.1141 0.5761 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1082859 5 0.0520 0.8803 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1086538 1 0.0806 0.9268 0.972 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR1486262 4 0.0865 0.8996 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR658105 1 0.0363 0.9370 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR811073 5 0.0972 0.8743 0.000 0.008 0.000 0.028 0.964 0.000
#> SRR1429181 2 0.0713 0.9452 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1327896 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1464788 2 0.1461 0.9355 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1346861 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1318774 5 0.2531 0.8206 0.000 0.004 0.000 0.128 0.860 0.008
#> SRR1420517 6 0.4091 0.4369 0.008 0.000 0.472 0.000 0.000 0.520
#> SRR1369584 2 0.1176 0.9456 0.000 0.956 0.000 0.000 0.020 0.024
#> SRR1443244 4 0.4727 0.6306 0.092 0.016 0.000 0.704 0.000 0.188
#> SRR1455391 1 0.2527 0.8424 0.868 0.000 0.108 0.000 0.000 0.024
#> SRR1068999 1 0.1913 0.8906 0.908 0.000 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR1481297 3 0.5547 -0.1737 0.148 0.000 0.508 0.000 0.000 0.344
#> SRR1070208 1 0.1967 0.8881 0.904 0.000 0.012 0.000 0.000 0.084
#> SRR1317282 3 0.0363 0.6060 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096125 4 0.1556 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1472506 6 0.4519 0.5320 0.008 0.000 0.384 0.024 0.000 0.584
#> SRR1388281 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1365622 2 0.3163 0.8131 0.000 0.820 0.000 0.140 0.000 0.040
#> SRR662306 3 0.0777 0.6002 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR662811 1 0.0547 0.9357 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR820571 6 0.4600 0.5796 0.036 0.004 0.332 0.004 0.000 0.624
#> SRR1357166 3 0.3566 0.3754 0.236 0.000 0.744 0.000 0.000 0.020
#> SRR1488586 1 0.3844 0.7466 0.764 0.016 0.000 0.028 0.000 0.192
#> SRR1485398 1 0.0363 0.9370 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1417725 3 0.6237 -0.2609 0.000 0.008 0.452 0.008 0.188 0.344
#> SRR1409397 2 0.1644 0.9383 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1465693 2 0.0547 0.9446 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1096547 3 0.2527 0.4364 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1456818 1 0.0458 0.9366 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR816336 6 0.3756 0.5578 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.6076 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0146 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662378 1 0.0260 0.9355 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477671 1 0.0547 0.9357 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1084079 4 0.3636 0.7206 0.016 0.016 0.000 0.772 0.000 0.196
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 5 0.3468 0.6582 0.000 0.000 0.000 0.008 0.728 0.264
#> SRR1403814 4 0.0508 0.8883 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1404887 4 0.4859 0.6120 0.104 0.016 0.000 0.692 0.000 0.188
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0713 0.9338 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1356765 2 0.1549 0.9375 0.000 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR1078258 5 0.2595 0.7917 0.000 0.004 0.000 0.160 0.836 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0547 0.9446 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1070260 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0363 0.9370 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414661 5 0.1462 0.8621 0.000 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1359147 4 0.2491 0.7876 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1488694 1 0.3706 0.7584 0.776 0.016 0.000 0.024 0.000 0.184
#> SRR1477273 3 0.1141 0.5761 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1415792 1 0.4301 0.2942 0.584 0.000 0.392 0.000 0.000 0.024
#> SRR1369088 2 0.2020 0.9081 0.000 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR1406621 2 0.3375 0.8377 0.000 0.828 0.000 0.076 0.008 0.088
#> SRR1401017 2 0.1644 0.9383 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1099981 2 0.1245 0.9387 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR815208 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1380460 5 0.2416 0.7955 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1091097 4 0.1814 0.8622 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1456010 3 0.3843 -0.3571 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1498416 5 0.4572 0.2085 0.000 0.012 0.000 0.460 0.512 0.016
#> SRR818873 2 0.1644 0.9383 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR813868 5 0.2346 0.8132 0.000 0.000 0.000 0.008 0.868 0.124
#> SRR1394912 1 0.0458 0.9364 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1475824 4 0.1320 0.8965 0.000 0.000 0.000 0.948 0.036 0.016
#> SRR1459866 1 0.0713 0.9338 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1364871 6 0.4809 0.5744 0.008 0.000 0.220 0.004 0.084 0.684
#> SRR1100472 5 0.0405 0.8822 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR1331267 1 0.3245 0.7805 0.796 0.016 0.000 0.004 0.000 0.184
#> SRR1068977 2 0.2679 0.8621 0.000 0.864 0.000 0.096 0.000 0.040
#> SRR1391511 5 0.1036 0.8671 0.000 0.004 0.000 0.008 0.964 0.024
#> SRR1077920 5 0.0520 0.8803 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1457705 3 0.1563 0.5681 0.012 0.000 0.932 0.000 0.000 0.056
#> SRR1437073 1 0.0713 0.9338 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1473124 3 0.3843 -0.3588 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1469279 3 0.0692 0.6021 0.004 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1091791 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1341539 2 0.1480 0.9360 0.000 0.940 0.000 0.000 0.020 0.040
#> SRR1446354 3 0.0146 0.6057 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415420 1 0.0260 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1368050 1 0.0713 0.9338 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR656970 2 0.1257 0.9432 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR1473403 5 0.2165 0.8309 0.000 0.008 0.000 0.108 0.884 0.000
#> SRR1084674 3 0.2282 0.5269 0.088 0.000 0.888 0.000 0.000 0.024
#> SRR1464702 1 0.1408 0.9097 0.944 0.000 0.036 0.000 0.000 0.020
#> SRR1074860 4 0.1841 0.8453 0.008 0.008 0.000 0.920 0.000 0.064
#> SRR655447 5 0.3804 0.3560 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1404442 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418795 1 0.0632 0.9346 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1458335 5 0.2302 0.8133 0.000 0.000 0.000 0.008 0.872 0.120
#> SRR1489589 2 0.1644 0.9383 0.000 0.932 0.000 0.000 0.028 0.040
#> SRR1378284 1 0.0146 0.9373 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408014 2 0.2263 0.8914 0.000 0.884 0.000 0.000 0.100 0.016
#> SRR1083052 1 0.1141 0.9142 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1339236 2 0.3791 0.7398 0.000 0.748 0.004 0.008 0.016 0.224
#> SRR1323829 2 0.1257 0.9432 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR1086772 5 0.2450 0.8239 0.000 0.016 0.000 0.116 0.868 0.000
#> SRR1486457 3 0.2340 0.4613 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1415257 2 0.1320 0.9376 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036
#> SRR1071905 3 0.3460 0.3927 0.220 0.000 0.760 0.000 0.000 0.020
#> SRR659223 2 0.0713 0.9447 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1386945 3 0.0260 0.6066 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR821498 5 0.3797 0.6080 0.000 0.000 0.000 0.016 0.692 0.292
#> SRR1378903 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1472907 6 0.4681 0.4631 0.044 0.000 0.432 0.000 0.000 0.524
#> SRR1442313 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1077139 2 0.2357 0.8725 0.000 0.872 0.000 0.000 0.116 0.012
#> SRR1342758 1 0.0713 0.9338 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR656911 5 0.2923 0.8324 0.000 0.000 0.000 0.100 0.848 0.052
#> SRR1070738 1 0.1327 0.9065 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1476950 1 0.1918 0.8910 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 0.088
#> SRR1488196 3 0.0000 0.6076 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.3782 -0.2408 0.000 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1413392 1 0.0632 0.9346 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR657528 2 0.2492 0.9108 0.000 0.888 0.000 0.008 0.036 0.068
#> SRR812198 1 0.0547 0.9357 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR660283 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1322249 1 0.0632 0.9346 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1396682 1 0.0146 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.2996 0.7181 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR811285 2 0.1245 0.9389 0.000 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032
#> SRR657018 1 0.0146 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365534 3 0.0000 0.6076 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0692 0.9448 0.000 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1439915 2 0.1720 0.9370 0.000 0.928 0.000 0.000 0.032 0.040
#> SRR1391575 4 0.0363 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1314092 5 0.1918 0.8353 0.000 0.000 0.000 0.008 0.904 0.088
#> SRR1328941 3 0.3804 -0.2901 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1336181 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1362972 1 0.1913 0.8906 0.908 0.000 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR1366790 5 0.1866 0.8376 0.000 0.000 0.000 0.008 0.908 0.084
#> SRR1455902 3 0.0000 0.6076 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 6 0.5250 0.2952 0.000 0.008 0.436 0.052 0.008 0.496
#> SRR1105009 5 0.0405 0.8818 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1367024 3 0.2527 0.4357 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR660248 5 0.2958 0.7739 0.000 0.008 0.000 0.008 0.824 0.160
#> SRR1409620 1 0.0713 0.9338 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1455807 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1339431 1 0.1913 0.8906 0.908 0.000 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR1378948 3 0.3961 -0.3407 0.000 0.000 0.556 0.000 0.004 0.440
#> SRR1469237 1 0.0632 0.9346 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098264 5 0.3390 0.6243 0.000 0.000 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1406224 2 0.2488 0.9006 0.000 0.880 0.000 0.000 0.076 0.044
#> SRR1393026 3 0.3670 0.3670 0.240 0.000 0.736 0.000 0.000 0.024
#> SRR808428 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR615910 2 0.0547 0.9446 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1076219 1 0.2146 0.8806 0.880 0.000 0.004 0.000 0.000 0.116
#> SRR1481128 1 0.0260 0.9374 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1359262 2 0.0547 0.9446 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1407648 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1386775 1 0.4150 0.7123 0.720 0.016 0.000 0.028 0.000 0.236
#> SRR1388399 1 0.4173 0.7087 0.732 0.020 0.000 0.032 0.000 0.216
#> SRR1361499 5 0.3409 0.6190 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1500709 4 0.2772 0.7849 0.000 0.000 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1257 0.9432 0.000 0.952 0.000 0.000 0.028 0.020
#> SRR1335212 1 0.0790 0.9322 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1400159 6 0.6452 0.4155 0.000 0.072 0.356 0.008 0.084 0.480
#> SRR1457245 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1356746 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR658319 5 0.1701 0.8439 0.000 0.000 0.000 0.008 0.920 0.072
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1807 0.8906 0.920 0.000 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3593 0.3819 0.228 0.000 0.748 0.000 0.000 0.024
#> SRR1381799 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1310158 3 0.1141 0.5761 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1341100 4 0.3147 0.7682 0.000 0.016 0.000 0.816 0.008 0.160
#> SRR1342873 1 0.4265 0.5456 0.660 0.000 0.040 0.000 0.000 0.300
#> SRR1472102 2 0.1391 0.9365 0.000 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1409421 1 0.5930 -0.0356 0.460 0.000 0.292 0.000 0.000 0.248
#> SRR1328577 5 0.3862 0.1965 0.000 0.000 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR808942 5 0.1643 0.8461 0.000 0.000 0.000 0.008 0.924 0.068
#> SRR1343818 4 0.1863 0.8589 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1472415 5 0.0260 0.8830 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR658409 4 0.1010 0.9006 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9375 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0790 0.9446 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.6076 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3555 0.7650 0.000 0.776 0.000 0.000 0.184 0.040
#> SRR1090674 1 0.0146 0.9375 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.944 0.963 0.984 0.4982 0.500 0.500
#> 3 3 0.670 0.753 0.825 0.2658 0.862 0.729
#> 4 4 0.774 0.765 0.902 0.1612 0.818 0.557
#> 5 5 0.863 0.802 0.909 0.0805 0.889 0.618
#> 6 6 0.755 0.590 0.781 0.0413 0.871 0.492
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.921 0.528 0.664 0.336
#> SRR1455391 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.855 0.635 0.720 0.280
#> SRR1388281 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.844 0.649 0.728 0.272
#> SRR1357166 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.469 0.877 0.900 0.100
#> SRR1485398 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.969 0.386 0.604 0.396
#> SRR1456818 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.730 0.752 0.796 0.204
#> SRR1420238 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.574 0.839 0.136 0.864
#> SRR1102949 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.886 0.592 0.696 0.304
#> SRR1434955 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.563 0.842 0.868 0.132
#> SRR1477273 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.574 0.839 0.136 0.864
#> SRR1100472 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.327 0.932 0.060 0.940
#> SRR1314092 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.574 0.839 0.136 0.864
#> SRR1105009 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.981 0.320 0.580 0.420
#> SRR1469237 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.795 0.700 0.760 0.240
#> SRR1388399 1 0.833 0.662 0.736 0.264
#> SRR1361499 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.574 0.839 0.136 0.864
#> SRR1342873 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.994 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.970 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1357826 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.2066 0.839 0.000 0.940 0.060
#> SRR1475408 3 0.6111 -0.372 0.000 0.396 0.604
#> SRR1472704 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.6235 0.647 0.436 0.000 0.564
#> SRR1312822 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1334587 2 0.4291 0.833 0.000 0.820 0.180
#> SRR1490246 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.6280 0.686 0.000 0.540 0.460
#> SRR1083959 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1310667 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.6079 0.743 0.000 0.612 0.388
#> SRR1352457 2 0.4399 0.831 0.000 0.812 0.188
#> SRR1353994 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1459561 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1071084 3 0.6252 0.651 0.444 0.000 0.556
#> SRR1082859 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR658105 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.4887 0.824 0.000 0.772 0.228
#> SRR1429181 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1327896 2 0.5216 0.814 0.000 0.740 0.260
#> SRR1464788 2 0.6008 0.750 0.000 0.628 0.372
#> SRR1346861 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.3941 0.831 0.000 0.844 0.156
#> SRR1420517 1 0.4654 0.592 0.792 0.000 0.208
#> SRR1369584 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.6809 0.184 0.524 0.012 0.464
#> SRR1455391 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1068999 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.3752 0.643 0.856 0.000 0.144
#> SRR1070208 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1096125 2 0.5216 0.814 0.000 0.740 0.260
#> SRR1472506 3 0.0000 0.454 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388281 2 0.1753 0.839 0.000 0.952 0.048
#> SRR1365622 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR662306 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR662811 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.6286 0.204 0.536 0.000 0.464
#> SRR1357166 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1488586 1 0.5497 0.454 0.708 0.000 0.292
#> SRR1485398 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.3340 0.437 0.000 0.120 0.880
#> SRR1409397 2 0.2625 0.840 0.000 0.916 0.084
#> SRR1465693 2 0.2066 0.838 0.000 0.940 0.060
#> SRR1096547 3 0.0000 0.454 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.3340 0.528 0.120 0.000 0.880
#> SRR1420238 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1436990 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.9319 -0.428 0.168 0.368 0.464
#> SRR1102949 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5785 0.743 0.000 0.668 0.332
#> SRR1403814 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1404887 1 0.6286 0.204 0.536 0.000 0.464
#> SRR1434955 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.5397 0.806 0.000 0.720 0.280
#> SRR1078258 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1455861 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.1860 0.838 0.000 0.948 0.052
#> SRR1070260 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.1753 0.838 0.000 0.952 0.048
#> SRR1359147 2 0.5016 0.821 0.000 0.760 0.240
#> SRR1488694 1 0.6111 0.300 0.604 0.000 0.396
#> SRR1477273 3 0.5948 0.625 0.360 0.000 0.640
#> SRR1415792 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1369088 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1406621 2 0.6280 0.686 0.000 0.540 0.460
#> SRR1401017 2 0.5560 0.752 0.000 0.700 0.300
#> SRR1099981 2 0.5016 0.821 0.000 0.760 0.240
#> SRR815208 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1091097 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1456010 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1498416 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR818873 2 0.2796 0.839 0.000 0.908 0.092
#> SRR813868 2 0.3941 0.836 0.000 0.844 0.156
#> SRR1394912 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1459866 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.8277 -0.109 0.460 0.076 0.464
#> SRR1100472 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.4887 0.560 0.772 0.000 0.228
#> SRR1068977 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1391511 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1437073 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.5254 0.584 0.264 0.000 0.736
#> SRR1469279 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1091791 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1341539 2 0.6235 0.705 0.000 0.564 0.436
#> SRR1446354 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1415420 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1084674 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1464702 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR655447 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR1404442 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.2878 0.840 0.000 0.904 0.096
#> SRR1489589 2 0.2165 0.839 0.000 0.936 0.064
#> SRR1378284 1 0.1289 0.863 0.968 0.000 0.032
#> SRR1408014 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.3038 0.457 0.000 0.104 0.896
#> SRR1323829 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.3038 0.840 0.000 0.896 0.104
#> SRR1486457 3 0.6244 0.650 0.440 0.000 0.560
#> SRR1415257 2 0.3619 0.839 0.000 0.864 0.136
#> SRR1071905 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR659223 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR821498 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1378903 2 0.5291 0.811 0.000 0.732 0.268
#> SRR1472907 1 0.0424 0.894 0.992 0.000 0.008
#> SRR1442313 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.5291 0.811 0.000 0.732 0.268
#> SRR1070738 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.6180 0.644 0.416 0.000 0.584
#> SRR1498951 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1413392 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3116 0.840 0.000 0.892 0.108
#> SRR812198 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.6126 0.736 0.000 0.600 0.400
#> SRR1081023 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR811285 2 0.6140 0.723 0.000 0.596 0.404
#> SRR657018 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1090791 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.2625 0.840 0.000 0.916 0.084
#> SRR1391575 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1314092 2 0.6140 0.731 0.000 0.596 0.404
#> SRR1328941 3 0.5254 0.584 0.264 0.000 0.736
#> SRR1336181 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.2796 0.839 0.000 0.908 0.092
#> SRR1455902 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1437644 3 0.6026 -0.444 0.000 0.376 0.624
#> SRR1105009 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.6215 0.648 0.428 0.000 0.572
#> SRR660248 2 0.6026 0.724 0.000 0.624 0.376
#> SRR1409620 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0000 0.454 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.3192 0.832 0.000 0.888 0.112
#> SRR1406224 2 0.6154 0.721 0.000 0.592 0.408
#> SRR1393026 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR808428 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0237 0.829 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076219 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 2 0.5098 0.819 0.000 0.752 0.248
#> SRR1386775 1 0.6286 0.204 0.536 0.000 0.464
#> SRR1388399 1 0.6286 0.204 0.536 0.000 0.464
#> SRR1361499 2 0.0237 0.829 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500709 2 0.5291 0.811 0.000 0.732 0.268
#> SRR1335917 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.1964 0.838 0.000 0.944 0.056
#> SRR1335212 1 0.1753 0.839 0.952 0.000 0.048
#> SRR1400159 3 0.3038 0.460 0.000 0.104 0.896
#> SRR1457245 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0237 0.829 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435946 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1381799 2 0.1529 0.834 0.000 0.960 0.040
#> SRR1310158 3 0.5733 0.610 0.324 0.000 0.676
#> SRR1341100 2 0.6286 0.683 0.000 0.536 0.464
#> SRR1342873 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.6180 0.716 0.000 0.584 0.416
#> SRR1409421 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.4974 0.822 0.000 0.764 0.236
#> SRR808942 2 0.0424 0.830 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343818 2 0.6225 0.708 0.000 0.568 0.432
#> SRR1472415 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.5497 0.801 0.000 0.708 0.292
#> SRR1469681 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3116 0.840 0.000 0.892 0.108
#> SRR1417894 3 0.6286 0.651 0.464 0.000 0.536
#> SRR1417422 2 0.1964 0.838 0.000 0.944 0.056
#> SRR1090674 1 0.0000 0.905 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0469 0.8267 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1345953 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1357826 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.4164 0.6273 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1454158 2 0.3123 0.7545 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1475408 4 0.7250 0.2835 0.000 0.316 0.168 0.516
#> SRR1472704 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.5231 0.4104 0.000 0.604 0.012 0.384
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 4 0.0657 0.7717 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1083959 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079948 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0469 0.8267 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR655852 4 0.2868 0.6817 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1352457 4 0.4999 -0.0606 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1353994 2 0.4981 0.2237 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1459561 2 0.0469 0.8267 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1454009 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1071084 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.4985 0.2182 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1429181 4 0.5392 0.0148 0.000 0.460 0.012 0.528
#> SRR1327896 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1464788 4 0.1677 0.7588 0.000 0.040 0.012 0.948
#> SRR1346861 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.4522 0.5044 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1420517 4 0.7823 -0.0336 0.308 0.000 0.280 0.412
#> SRR1369584 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455391 3 0.2149 0.8892 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.4977 0.1456 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1096125 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1472506 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388281 2 0.1557 0.8139 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1365622 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662306 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.4319 0.5917 0.228 0.000 0.012 0.760
#> SRR1357166 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1488586 4 0.3649 0.6170 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.6500 0.4248 0.000 0.120 0.260 0.620
#> SRR1409397 2 0.3937 0.7212 0.000 0.800 0.012 0.188
#> SRR1465693 2 0.3672 0.7434 0.000 0.824 0.012 0.164
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4957 0.4150 0.000 0.320 0.012 0.668
#> SRR1403814 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 4 0.2334 0.7247 0.000 0.088 0.004 0.908
#> SRR1078258 2 0.4989 0.2071 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.3428 0.7587 0.000 0.844 0.012 0.144
#> SRR1070260 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.2081 0.8006 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1359147 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1488694 4 0.3266 0.6348 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1477273 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1415792 3 0.0707 0.9555 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1369088 4 0.0469 0.7716 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1406621 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401017 4 0.3672 0.6427 0.000 0.164 0.012 0.824
#> SRR1099981 4 0.5310 0.1904 0.000 0.412 0.012 0.576
#> SRR815208 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4989 0.2071 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1091097 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1498416 4 0.4961 0.0801 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR818873 2 0.3937 0.7212 0.000 0.800 0.012 0.188
#> SRR813868 2 0.4576 0.6393 0.000 0.728 0.012 0.260
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.0469 0.7716 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1100472 2 0.2345 0.7732 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1331267 1 0.4888 0.3594 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1068977 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1469279 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 4 0.0469 0.7716 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1446354 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0469 0.8267 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1473403 2 0.4989 0.2071 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1084674 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.5000 0.1209 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1404442 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3937 0.7212 0.000 0.800 0.012 0.188
#> SRR1489589 2 0.3718 0.7400 0.000 0.820 0.012 0.168
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0469 0.8267 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.6897 0.3071 0.000 0.144 0.572 0.284
#> SRR1323829 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.4382 0.5909 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1486457 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1415257 2 0.5396 0.1738 0.000 0.524 0.012 0.464
#> SRR1071905 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378903 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1472907 1 0.4304 0.5898 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.4989 0.2071 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1498951 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.4019 0.7129 0.000 0.792 0.012 0.196
#> SRR812198 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4331 0.4725 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR811285 4 0.1488 0.7589 0.000 0.032 0.012 0.956
#> SRR657018 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1090791 2 0.1174 0.8232 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR1439915 2 0.3937 0.7212 0.000 0.800 0.012 0.188
#> SRR1391575 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 4 0.2805 0.7055 0.000 0.100 0.012 0.888
#> SRR1328941 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.3937 0.7212 0.000 0.800 0.012 0.188
#> SRR1455902 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1437644 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR660248 4 0.5310 0.2261 0.000 0.412 0.012 0.576
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 4 0.3942 0.5540 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.3975 0.6102 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1406224 4 0.1488 0.7587 0.000 0.032 0.012 0.956
#> SRR1393026 3 0.0707 0.9555 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.1059 0.8244 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0469 0.8267 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1407648 4 0.4888 0.2043 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1386775 4 0.2081 0.7163 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1388399 4 0.0188 0.7730 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1361499 2 0.2408 0.7706 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1500709 2 0.4989 0.2071 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.3529 0.7527 0.000 0.836 0.012 0.152
#> SRR1335212 1 0.4477 0.5640 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1400159 3 0.3638 0.7968 0.000 0.120 0.848 0.032
#> SRR1457245 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1381799 2 0.1474 0.8091 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1310158 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1341100 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 4 0.1284 0.7632 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 4 0.4898 0.1918 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR808942 2 0.0336 0.8268 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1343818 4 0.0000 0.7747 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.8288 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658409 4 0.4866 0.2245 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4891 0.5500 0.000 0.680 0.012 0.308
#> SRR1417894 3 0.0469 0.9620 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1417422 2 0.3529 0.7527 0.000 0.836 0.012 0.152
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9768 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1357826 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.3661 0.6096 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.3003 0.6684 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1475408 2 0.7919 -0.0281 0.000 0.396 0.148 0.332 0.124
#> SRR1472704 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.2773 0.7132 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1083959 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.3636 0.3617 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1352457 2 0.5810 0.4903 0.000 0.604 0.000 0.152 0.244
#> SRR1353994 5 0.3143 0.7177 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1459561 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.4138 0.6077 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1429181 2 0.3561 0.5771 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1327896 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1464788 2 0.1851 0.8073 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1420517 4 0.5562 0.3921 0.100 0.000 0.296 0.604 0.000
#> SRR1369584 2 0.3816 0.6006 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1443244 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455391 3 0.1732 0.8636 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.4273 0.1617 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1472506 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388281 5 0.0162 0.7976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1365622 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.4015 0.4432 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1357166 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.3143 0.6419 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.4537 0.3358 0.000 0.396 0.012 0.592 0.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4171 0.3479 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1403814 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 4 0.5405 0.5112 0.000 0.136 0.000 0.660 0.204
#> SRR1078258 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.3730 0.6696 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1359147 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1488694 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.0290 0.9424 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1369088 4 0.4171 0.3479 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1406621 4 0.3752 0.5106 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1401017 2 0.0162 0.8965 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1091097 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR818873 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 5 0.4171 0.3798 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.2329 0.7333 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 4 0.4171 0.3103 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1068977 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391511 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1084674 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1404442 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.4171 0.3798 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1489589 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.0162 0.9779 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.6042 0.0846 0.000 0.396 0.484 0.120 0.000
#> SRR1323829 2 0.4171 0.4583 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1086772 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.4171 0.4583 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378903 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1472907 1 0.3774 0.5712 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 5 0.3210 0.6425 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.4242 -0.1933 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR811285 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 4 0.4151 0.4485 0.000 0.344 0.000 0.652 0.004
#> SRR1328941 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.4171 0.3798 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105009 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660248 4 0.6142 0.2067 0.000 0.396 0.000 0.472 0.132
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 4 0.3074 0.6546 0.000 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0162 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1406224 4 0.4161 0.3565 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1393026 3 0.0290 0.9424 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1386775 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388399 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.4192 0.2842 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1400159 3 0.4171 0.2872 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR1457245 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0162 0.7983 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR808942 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343818 4 0.0000 0.8124 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.7993 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 5 0.4171 0.5990 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.8996 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9498 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.2230 0.7898 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9820 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.2178 0.50075 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1489803 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345953 4 0.3807 0.48849 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR1357826 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.5826 0.04455 0.492 0.000 0.272 0.000 0.000 0.236
#> SRR1454158 5 0.5233 0.31925 0.016 0.348 0.000 0.068 0.568 0.000
#> SRR1475408 2 0.6436 0.52267 0.028 0.588 0.096 0.220 0.068 0.000
#> SRR1472704 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.0260 0.97408 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.3847 0.58157 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1096987 4 0.0260 0.67305 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.2340 0.70917 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.3843 0.58232 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1467522 1 0.3867 0.37636 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1324206 6 0.3797 -0.46746 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1408574 2 0.3266 0.62085 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1083959 5 0.0146 0.88902 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1079948 4 0.0000 0.67374 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.0363 0.79392 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.2703 0.63424 0.004 0.000 0.000 0.824 0.172 0.000
#> SRR1352457 2 0.6038 0.07099 0.004 0.412 0.000 0.376 0.208 0.000
#> SRR1353994 5 0.3950 0.03229 0.004 0.000 0.000 0.432 0.564 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0146 0.97717 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.3810 0.58814 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1486262 4 0.0000 0.67374 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658105 6 0.3756 -0.40804 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR811073 4 0.3872 0.45354 0.004 0.000 0.000 0.604 0.392 0.000
#> SRR1429181 2 0.3488 0.66747 0.012 0.800 0.000 0.028 0.160 0.000
#> SRR1327896 4 0.3672 0.49089 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1464788 2 0.3266 0.55409 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.4070 0.40754 0.004 0.004 0.000 0.568 0.424 0.000
#> SRR1420517 6 0.6120 0.15445 0.076 0.000 0.068 0.368 0.000 0.488
#> SRR1369584 2 0.4530 0.32411 0.000 0.600 0.000 0.044 0.356 0.000
#> SRR1443244 4 0.3693 0.56758 0.092 0.000 0.000 0.788 0.000 0.120
#> SRR1455391 6 0.4630 0.21410 0.048 0.000 0.372 0.000 0.000 0.580
#> SRR1068999 1 0.3244 0.40604 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1481297 6 0.2672 0.43761 0.052 0.000 0.080 0.000 0.000 0.868
#> SRR1070208 6 0.4338 -0.36563 0.488 0.000 0.020 0.000 0.000 0.492
#> SRR1317282 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.3672 0.49089 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1472506 4 0.5077 0.22834 0.092 0.000 0.000 0.564 0.000 0.344
#> SRR1388281 5 0.0837 0.87528 0.004 0.004 0.000 0.020 0.972 0.000
#> SRR1365622 4 0.1663 0.65813 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662811 6 0.0458 0.48101 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR820571 4 0.7180 -0.02149 0.124 0.292 0.000 0.412 0.000 0.172
#> SRR1357166 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 6 0.5198 0.14464 0.096 0.000 0.000 0.380 0.000 0.524
#> SRR1485398 1 0.3843 0.58232 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1417725 2 0.5417 0.36134 0.088 0.532 0.012 0.368 0.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.0363 0.79392 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0146 0.97764 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.3371 0.37400 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR816336 3 0.0146 0.97758 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.3860 0.58143 0.528 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1433374 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.3817 0.47786 0.568 0.000 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR662378 1 0.3647 0.56611 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1477671 6 0.2300 0.29484 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1084079 4 0.1714 0.65712 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.3851 0.58209 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1458090 1 0.3847 0.58157 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1418729 2 0.4756 0.27202 0.048 0.488 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1403814 4 0.1610 0.65935 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1404887 4 0.3278 0.60457 0.088 0.000 0.000 0.824 0.000 0.088
#> SRR1434955 1 0.3847 0.58157 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1360652 6 0.2048 0.47862 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1356765 4 0.5201 0.52501 0.028 0.176 0.000 0.672 0.124 0.000
#> SRR1078258 4 0.3807 0.48849 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR1455861 1 0.3854 0.42748 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1420296 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.2597 0.50109 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1481315 1 0.3578 0.57547 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1414661 5 0.3426 0.44895 0.004 0.000 0.000 0.276 0.720 0.000
#> SRR1359147 4 0.3807 0.48849 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR1488694 4 0.3806 0.54994 0.088 0.000 0.000 0.776 0.000 0.136
#> SRR1477273 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3672 0.49597 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1369088 2 0.5228 0.34182 0.100 0.524 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1406621 4 0.3861 0.54995 0.060 0.184 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0508 0.79333 0.012 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.2340 0.70917 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 4 0.3807 0.48849 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR1091097 4 0.0000 0.67374 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456010 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.4004 0.48605 0.000 0.012 0.000 0.620 0.368 0.000
#> SRR818873 2 0.0363 0.79392 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 2 0.4732 0.30103 0.024 0.588 0.000 0.020 0.368 0.000
#> SRR1394912 6 0.2664 0.25987 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1475824 4 0.0260 0.67305 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1459866 6 0.1007 0.48954 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1364871 4 0.3607 0.55598 0.092 0.112 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 6 0.5418 0.19120 0.124 0.000 0.000 0.368 0.000 0.508
#> SRR1068977 4 0.0363 0.67276 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1391511 5 0.1007 0.86259 0.000 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1077920 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 6 0.1957 0.48150 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1473124 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.67374 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341539 2 0.0632 0.78661 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 6 0.0000 0.48077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1368050 6 0.1957 0.48150 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR656970 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 4 0.3672 0.49089 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1084674 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 6 0.2260 0.46412 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1074860 4 0.1556 0.66027 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR655447 4 0.4004 0.48859 0.012 0.000 0.000 0.620 0.368 0.000
#> SRR1404442 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 6 0.3866 -0.35224 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1458335 2 0.4802 0.29101 0.020 0.584 0.000 0.028 0.368 0.000
#> SRR1489589 2 0.0363 0.79392 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.4022 0.55238 0.628 0.004 0.008 0.000 0.000 0.360
#> SRR1408014 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 6 0.3862 -0.34740 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1339236 2 0.5387 0.44647 0.028 0.588 0.312 0.072 0.000 0.000
#> SRR1323829 5 0.3782 0.20638 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1086772 5 0.1700 0.82370 0.004 0.000 0.000 0.080 0.916 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.2664 0.67598 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.3782 0.20638 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.0865 0.67068 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1378903 4 0.3672 0.49089 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1472907 1 0.5891 0.02796 0.468 0.000 0.300 0.000 0.000 0.232
#> SRR1442313 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 5 0.3371 0.53479 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000
#> SRR1342758 6 0.0000 0.48077 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656911 4 0.5157 0.42255 0.008 0.072 0.000 0.552 0.368 0.000
#> SRR1070738 1 0.2178 0.50075 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1476950 1 0.3371 0.37508 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1488196 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 6 0.3446 0.02103 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR657528 2 0.0363 0.79392 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812198 6 0.3620 0.05019 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR660283 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.3847 0.58157 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1469547 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 6 0.3647 0.00185 0.360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1396682 1 0.3854 0.57305 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1095816 4 0.3126 0.58804 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1081023 1 0.3607 0.57487 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1092517 4 0.3807 0.48849 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR811285 2 0.2762 0.68629 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.2969 0.44672 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1365534 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0363 0.79392 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.1714 0.65712 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1314092 4 0.4336 -0.26469 0.020 0.476 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.2178 0.50075 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1366790 2 0.4707 0.29541 0.012 0.588 0.000 0.032 0.368 0.000
#> SRR1455902 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.4258 0.58367 0.092 0.052 0.000 0.780 0.000 0.076
#> SRR1105009 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.5663 0.38349 0.028 0.524 0.000 0.364 0.084 0.000
#> SRR1409620 6 0.2003 0.48067 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1455807 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.3288 0.39727 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1378948 4 0.6392 0.29998 0.092 0.000 0.232 0.552 0.000 0.124
#> SRR1469237 6 0.0363 0.47957 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1098264 5 0.2100 0.77613 0.004 0.000 0.000 0.112 0.884 0.000
#> SRR1406224 4 0.4362 -0.06275 0.028 0.388 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.2362 0.80182 0.004 0.000 0.860 0.000 0.000 0.136
#> SRR808428 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0363 0.79174 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1076219 6 0.3607 0.28953 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1481128 1 0.3866 0.56952 0.516 0.000 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR1359262 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.3672 0.49089 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1386775 4 0.3854 0.54746 0.092 0.000 0.000 0.772 0.000 0.136
#> SRR1388399 4 0.1918 0.65634 0.088 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008
#> SRR1361499 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 4 0.3807 0.49000 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR1335917 1 0.3857 0.58198 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1430615 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 6 0.3078 0.41887 0.012 0.000 0.000 0.192 0.000 0.796
#> SRR1400159 2 0.4101 0.31334 0.012 0.580 0.408 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457245 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 5 0.1124 0.86574 0.008 0.036 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1435946 1 0.3647 0.57147 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1370308 6 0.3607 -0.29704 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1100893 1 0.3854 0.43538 0.536 0.000 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1389432 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.2738 0.68142 0.004 0.000 0.000 0.176 0.820 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.1663 0.65813 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1342873 1 0.3383 0.40307 0.728 0.000 0.004 0.000 0.000 0.268
#> SRR1472102 2 0.2762 0.67550 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.3409 0.36270 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1328577 4 0.3807 0.48849 0.004 0.000 0.000 0.628 0.368 0.000
#> SRR808942 5 0.2182 0.82232 0.004 0.076 0.000 0.020 0.900 0.000
#> SRR1343818 4 0.0146 0.67348 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.89115 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 4 0.3672 0.49089 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1469681 1 0.3847 0.58157 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1075484 2 0.0000 0.79469 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.98075 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.1967 0.75447 0.012 0.904 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1090674 1 0.3864 0.57663 0.520 0.000 0.000 0.000 0.000 0.480
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.971 0.949 0.975 0.4743 0.520 0.520
#> 3 3 0.581 0.677 0.793 0.3327 0.837 0.689
#> 4 4 0.554 0.566 0.774 0.1500 0.815 0.545
#> 5 5 0.556 0.461 0.653 0.0616 0.884 0.606
#> 6 6 0.605 0.463 0.659 0.0315 0.870 0.514
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.1633 0.966 0.976 0.024
#> SRR1489803 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1454158 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1090046 2 0.9608 0.347 0.384 0.616
#> SRR1312822 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1324206 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> SRR1408574 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1071084 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1082859 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1486262 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.7815 0.735 0.768 0.232
#> SRR1369584 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1443244 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1455391 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1068999 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1481297 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1070208 1 0.6623 0.823 0.828 0.172
#> SRR1317282 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1096125 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1472506 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR1388281 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR662811 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR820571 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1357166 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1488586 2 0.0672 0.974 0.008 0.992
#> SRR1485398 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1096547 2 0.6531 0.783 0.168 0.832
#> SRR1456818 2 0.9833 0.227 0.424 0.576
#> SRR816336 2 0.9933 0.130 0.452 0.548
#> SRR1420238 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1436990 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> SRR1477671 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1102949 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1434955 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.6623 0.823 0.828 0.172
#> SRR1356765 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.1633 0.966 0.976 0.024
#> SRR1420296 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1481315 2 0.9661 0.325 0.392 0.608
#> SRR1414661 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1488694 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1477273 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1415792 1 0.8909 0.597 0.692 0.308
#> SRR1369088 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1498416 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1100472 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1331267 2 0.6247 0.800 0.156 0.844
#> SRR1068977 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1437073 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1469279 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1091791 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1415420 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.6887 0.807 0.816 0.184
#> SRR1464702 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1074860 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1378284 2 0.8955 0.525 0.312 0.688
#> SRR1408014 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1339236 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.9522 0.453 0.628 0.372
#> SRR1415257 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR659223 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR821498 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1442313 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0672 0.964 0.992 0.008
#> SRR1476950 1 0.3733 0.935 0.928 0.072
#> SRR1488196 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1498951 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1413392 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.6887 0.807 0.816 0.184
#> SRR1396682 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1090791 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1336181 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1366790 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1437644 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1105009 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR660248 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> SRR1378948 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1469237 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR808428 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> SRR1481128 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1386775 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1388399 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1361499 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1400159 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1100893 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1381799 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1341100 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> SRR1472102 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.2043 0.967 0.968 0.032
#> SRR1328577 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.2236 0.966 0.964 0.036
#> SRR1417422 2 0.0000 0.981 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.962 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 3 0.5678 0.83053 0.000 0.316 0.684
#> SRR1076441 1 0.3412 0.88246 0.876 0.000 0.124
#> SRR1489803 2 0.6309 -0.20417 0.000 0.504 0.496
#> SRR1345953 2 0.0237 0.70269 0.000 0.996 0.004
#> SRR1357826 2 0.6180 0.08652 0.000 0.584 0.416
#> SRR1419656 1 0.0424 0.87838 0.992 0.000 0.008
#> SRR1454158 3 0.6154 0.77085 0.000 0.408 0.592
#> SRR1475408 3 0.6869 0.82895 0.048 0.264 0.688
#> SRR1472704 2 0.6095 0.19291 0.000 0.608 0.392
#> SRR1090046 1 0.8000 0.11727 0.528 0.408 0.064
#> SRR1312822 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1096987 2 0.0237 0.70260 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334587 2 0.1753 0.69336 0.000 0.952 0.048
#> SRR1490246 1 0.5058 0.87003 0.756 0.000 0.244
#> SRR1467522 1 0.2261 0.88427 0.932 0.000 0.068
#> SRR1324206 1 0.2959 0.88339 0.900 0.000 0.100
#> SRR1408574 2 0.2165 0.68328 0.000 0.936 0.064
#> SRR1083959 2 0.6026 0.23678 0.000 0.624 0.376
#> SRR1079948 2 0.0237 0.70274 0.000 0.996 0.004
#> SRR1310667 3 0.5327 0.83782 0.000 0.272 0.728
#> SRR655852 2 0.1289 0.69829 0.000 0.968 0.032
#> SRR1352457 2 0.3816 0.63739 0.000 0.852 0.148
#> SRR1353994 2 0.0424 0.70273 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459561 2 0.6215 0.10722 0.000 0.572 0.428
#> SRR1454009 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1071084 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082859 3 0.5621 0.83490 0.000 0.308 0.692
#> SRR1086538 1 0.1860 0.88379 0.948 0.000 0.052
#> SRR1486262 2 0.0000 0.70282 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR811073 2 0.4974 0.48727 0.000 0.764 0.236
#> SRR1429181 2 0.2537 0.68396 0.000 0.920 0.080
#> SRR1327896 2 0.0592 0.70098 0.000 0.988 0.012
#> SRR1464788 2 0.1643 0.69195 0.000 0.956 0.044
#> SRR1346861 2 0.6079 0.19410 0.000 0.612 0.388
#> SRR1318774 2 0.1753 0.69445 0.000 0.952 0.048
#> SRR1420517 1 0.8700 0.17280 0.536 0.120 0.344
#> SRR1369584 2 0.6045 0.27338 0.000 0.620 0.380
#> SRR1443244 2 0.2492 0.66323 0.048 0.936 0.016
#> SRR1455391 1 0.0592 0.88113 0.988 0.000 0.012
#> SRR1068999 1 0.2537 0.88479 0.920 0.000 0.080
#> SRR1481297 1 0.0424 0.87838 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070208 1 0.3499 0.81962 0.900 0.072 0.028
#> SRR1317282 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1096125 2 0.0237 0.70274 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472506 2 0.6565 0.35119 0.048 0.720 0.232
#> SRR1388281 2 0.1163 0.70202 0.000 0.972 0.028
#> SRR1365622 2 0.1643 0.69060 0.000 0.956 0.044
#> SRR662306 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR662811 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR820571 2 0.7660 -0.23617 0.048 0.548 0.404
#> SRR1357166 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488586 2 0.3369 0.65044 0.052 0.908 0.040
#> SRR1485398 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1417725 3 0.6685 0.82273 0.048 0.244 0.708
#> SRR1409397 3 0.5431 0.85026 0.000 0.284 0.716
#> SRR1465693 3 0.5465 0.85525 0.000 0.288 0.712
#> SRR1096547 3 0.7559 0.74757 0.056 0.336 0.608
#> SRR1456818 2 0.7674 0.00373 0.476 0.480 0.044
#> SRR816336 3 0.8464 0.63238 0.132 0.272 0.596
#> SRR1420238 1 0.5098 0.86924 0.752 0.000 0.248
#> SRR1433374 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436990 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR662378 1 0.2878 0.88358 0.904 0.000 0.096
#> SRR1477671 1 0.5098 0.86925 0.752 0.000 0.248
#> SRR1084079 2 0.2492 0.66323 0.048 0.936 0.016
#> SRR1102949 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1458090 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1418729 3 0.7690 0.65165 0.048 0.416 0.536
#> SRR1403814 2 0.0424 0.70213 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404887 2 0.2492 0.66323 0.048 0.936 0.016
#> SRR1434955 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1360652 1 0.6091 0.81904 0.784 0.092 0.124
#> SRR1356765 2 0.5327 0.33439 0.000 0.728 0.272
#> SRR1078258 2 0.4235 0.57515 0.000 0.824 0.176
#> SRR1455861 1 0.3879 0.88156 0.848 0.000 0.152
#> SRR1420296 3 0.5591 0.85959 0.000 0.304 0.696
#> SRR1070260 2 0.5948 0.28264 0.000 0.640 0.360
#> SRR1410765 1 0.5016 0.87062 0.760 0.000 0.240
#> SRR1481315 2 0.6754 0.14806 0.432 0.556 0.012
#> SRR1414661 2 0.4750 0.52071 0.000 0.784 0.216
#> SRR1359147 2 0.0424 0.70261 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488694 2 0.2446 0.66018 0.052 0.936 0.012
#> SRR1477273 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415792 1 0.6000 0.65021 0.760 0.200 0.040
#> SRR1369088 2 0.3879 0.63738 0.000 0.848 0.152
#> SRR1406621 2 0.1643 0.69060 0.000 0.956 0.044
#> SRR1401017 3 0.5785 0.84771 0.000 0.332 0.668
#> SRR1099981 2 0.1411 0.69290 0.000 0.964 0.036
#> SRR815208 2 0.6026 0.23836 0.000 0.624 0.376
#> SRR1380460 2 0.4002 0.60033 0.000 0.840 0.160
#> SRR1091097 2 0.0592 0.70302 0.000 0.988 0.012
#> SRR1456010 1 0.0892 0.87284 0.980 0.000 0.020
#> SRR1498416 2 0.0237 0.70272 0.000 0.996 0.004
#> SRR818873 3 0.5465 0.85617 0.000 0.288 0.712
#> SRR813868 3 0.5733 0.84807 0.000 0.324 0.676
#> SRR1394912 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1475824 2 0.0424 0.70241 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459866 1 0.5098 0.86934 0.752 0.000 0.248
#> SRR1364871 2 0.7517 -0.10751 0.048 0.588 0.364
#> SRR1100472 2 0.2165 0.68227 0.000 0.936 0.064
#> SRR1331267 2 0.3377 0.61405 0.092 0.896 0.012
#> SRR1068977 2 0.1529 0.69150 0.000 0.960 0.040
#> SRR1391511 3 0.5621 0.83545 0.000 0.308 0.692
#> SRR1077920 3 0.5621 0.83545 0.000 0.308 0.692
#> SRR1457705 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437073 1 0.5098 0.86915 0.752 0.000 0.248
#> SRR1473124 1 0.0424 0.87841 0.992 0.000 0.008
#> SRR1469279 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091791 2 0.0592 0.70098 0.000 0.988 0.012
#> SRR1341539 2 0.6307 -0.51946 0.000 0.512 0.488
#> SRR1446354 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415420 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1368050 1 0.5058 0.86994 0.756 0.000 0.244
#> SRR656970 2 0.6295 -0.09330 0.000 0.528 0.472
#> SRR1473403 2 0.4121 0.58712 0.000 0.832 0.168
#> SRR1084674 1 0.4602 0.77499 0.852 0.108 0.040
#> SRR1464702 1 0.1163 0.88311 0.972 0.000 0.028
#> SRR1074860 2 0.0592 0.70098 0.000 0.988 0.012
#> SRR655447 2 0.0592 0.70282 0.000 0.988 0.012
#> SRR1404442 2 0.5926 0.29265 0.000 0.644 0.356
#> SRR1418795 1 0.5098 0.86925 0.752 0.000 0.248
#> SRR1458335 3 0.5760 0.85724 0.000 0.328 0.672
#> SRR1489589 3 0.5497 0.85600 0.000 0.292 0.708
#> SRR1378284 2 0.5791 0.50190 0.168 0.784 0.048
#> SRR1408014 3 0.5810 0.85098 0.000 0.336 0.664
#> SRR1083052 1 0.2959 0.88400 0.900 0.000 0.100
#> SRR1339236 3 0.7034 0.81353 0.048 0.284 0.668
#> SRR1323829 2 0.6280 -0.04667 0.000 0.540 0.460
#> SRR1086772 2 0.2959 0.65950 0.000 0.900 0.100
#> SRR1486457 1 0.7164 0.50835 0.680 0.256 0.064
#> SRR1415257 2 0.6244 -0.36454 0.000 0.560 0.440
#> SRR1071905 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR659223 2 0.6140 0.20390 0.000 0.596 0.404
#> SRR1386945 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR821498 3 0.7715 0.64987 0.048 0.428 0.524
#> SRR1378903 2 0.0592 0.70098 0.000 0.988 0.012
#> SRR1472907 1 0.5733 0.47967 0.676 0.000 0.324
#> SRR1442313 2 0.5859 0.32155 0.000 0.656 0.344
#> SRR1077139 2 0.6235 0.00123 0.000 0.564 0.436
#> SRR1342758 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR656911 2 0.5560 0.36358 0.000 0.700 0.300
#> SRR1070738 1 0.3941 0.88027 0.844 0.000 0.156
#> SRR1476950 1 0.1647 0.87869 0.960 0.004 0.036
#> SRR1488196 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498951 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413392 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR657528 3 0.5650 0.85969 0.000 0.312 0.688
#> SRR812198 1 0.4974 0.87141 0.764 0.000 0.236
#> SRR660283 3 0.5882 0.79271 0.000 0.348 0.652
#> SRR1420936 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1469547 2 0.5621 0.38360 0.000 0.692 0.308
#> SRR1322249 1 0.4708 0.77301 0.844 0.120 0.036
#> SRR1396682 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1095816 2 0.0592 0.70098 0.000 0.988 0.012
#> SRR1081023 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1092517 2 0.3192 0.63332 0.000 0.888 0.112
#> SRR811285 2 0.2165 0.69132 0.000 0.936 0.064
#> SRR657018 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1365534 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090791 2 0.6215 0.01628 0.000 0.572 0.428
#> SRR1439915 3 0.5560 0.85998 0.000 0.300 0.700
#> SRR1391575 2 0.0892 0.70199 0.000 0.980 0.020
#> SRR1314092 3 0.6252 0.71706 0.000 0.444 0.556
#> SRR1328941 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336181 2 0.5926 0.29265 0.000 0.644 0.356
#> SRR1362972 1 0.1753 0.88464 0.952 0.000 0.048
#> SRR1366790 3 0.5621 0.86160 0.000 0.308 0.692
#> SRR1455902 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437644 3 0.7624 0.65767 0.048 0.392 0.560
#> SRR1105009 3 0.5706 0.83958 0.000 0.320 0.680
#> SRR1367024 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR660248 3 0.5529 0.86022 0.000 0.296 0.704
#> SRR1409620 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1455807 2 0.6079 0.19410 0.000 0.612 0.388
#> SRR1339431 1 0.2448 0.88499 0.924 0.000 0.076
#> SRR1378948 3 0.7462 0.73424 0.048 0.352 0.600
#> SRR1469237 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1098264 2 0.0237 0.70269 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406224 3 0.6225 0.72188 0.000 0.432 0.568
#> SRR1393026 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR808428 2 0.6204 -0.00705 0.000 0.576 0.424
#> SRR615910 3 0.5882 0.83943 0.000 0.348 0.652
#> SRR1076219 1 0.0237 0.88106 0.996 0.000 0.004
#> SRR1481128 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1359262 2 0.6180 0.11724 0.000 0.584 0.416
#> SRR1407648 2 0.0237 0.70269 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386775 2 0.3263 0.65460 0.048 0.912 0.040
#> SRR1388399 2 0.3375 0.65275 0.048 0.908 0.044
#> SRR1361499 2 0.0424 0.70326 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500709 2 0.2448 0.68149 0.000 0.924 0.076
#> SRR1335917 1 0.5098 0.86934 0.752 0.000 0.248
#> SRR1430615 3 0.5465 0.85583 0.000 0.288 0.712
#> SRR1335212 1 0.3370 0.87543 0.904 0.024 0.072
#> SRR1400159 3 0.6723 0.82389 0.048 0.248 0.704
#> SRR1457245 3 0.6280 0.64429 0.000 0.460 0.540
#> SRR1356746 2 0.6008 0.25020 0.000 0.628 0.372
#> SRR658319 3 0.5785 0.85143 0.000 0.332 0.668
#> SRR1435946 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1370308 1 0.0237 0.88114 0.996 0.000 0.004
#> SRR1100893 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1389432 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1381799 2 0.6192 -0.36218 0.000 0.580 0.420
#> SRR1310158 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341100 2 0.0747 0.70105 0.000 0.984 0.016
#> SRR1342873 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1472102 2 0.2625 0.67214 0.000 0.916 0.084
#> SRR1409421 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1328577 2 0.0424 0.70259 0.000 0.992 0.008
#> SRR808942 3 0.5968 0.83652 0.000 0.364 0.636
#> SRR1343818 2 0.0747 0.70305 0.000 0.984 0.016
#> SRR1472415 2 0.6095 0.18012 0.000 0.608 0.392
#> SRR658409 2 0.0592 0.70098 0.000 0.988 0.012
#> SRR1469681 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
#> SRR1075484 3 0.5968 0.82824 0.000 0.364 0.636
#> SRR1417894 1 0.0237 0.87987 0.996 0.000 0.004
#> SRR1417422 3 0.5988 0.81889 0.000 0.368 0.632
#> SRR1090674 1 0.5138 0.86825 0.748 0.000 0.252
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.4617 0.66754 0.000 0.764 0.032 0.204
#> SRR1076441 1 0.3400 0.65815 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1489803 2 0.3606 0.68299 0.000 0.840 0.020 0.140
#> SRR1345953 4 0.1975 0.73231 0.000 0.016 0.048 0.936
#> SRR1357826 2 0.4630 0.65796 0.000 0.768 0.036 0.196
#> SRR1419656 1 0.5296 0.19716 0.496 0.000 0.496 0.008
#> SRR1454158 2 0.4188 0.59498 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR1475408 2 0.2593 0.72379 0.000 0.904 0.016 0.080
#> SRR1472704 4 0.6003 -0.05622 0.000 0.456 0.040 0.504
#> SRR1090046 3 0.7599 0.28603 0.052 0.112 0.592 0.244
#> SRR1312822 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1118 0.73356 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1334587 4 0.4934 0.60603 0.000 0.252 0.028 0.720
#> SRR1490246 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.4866 0.32724 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1324206 1 0.4164 0.58117 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1408574 4 0.5620 0.59339 0.000 0.208 0.084 0.708
#> SRR1083959 2 0.4986 0.64610 0.000 0.740 0.044 0.216
#> SRR1079948 4 0.0707 0.73385 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1310667 2 0.1545 0.72163 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR655852 4 0.4224 0.63331 0.000 0.144 0.044 0.812
#> SRR1352457 4 0.5746 0.47868 0.000 0.348 0.040 0.612
#> SRR1353994 4 0.1610 0.73396 0.000 0.016 0.032 0.952
#> SRR1459561 2 0.5894 0.22181 0.000 0.568 0.040 0.392
#> SRR1454009 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1071084 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1082859 2 0.3893 0.67751 0.000 0.796 0.008 0.196
#> SRR1086538 1 0.4898 0.29151 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1486262 4 0.1389 0.72899 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR658105 1 0.0188 0.75799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR811073 4 0.5698 0.33429 0.000 0.320 0.044 0.636
#> SRR1429181 4 0.5668 0.52532 0.000 0.300 0.048 0.652
#> SRR1327896 4 0.1474 0.72938 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1464788 4 0.3831 0.63485 0.000 0.204 0.004 0.792
#> SRR1346861 2 0.6010 0.14639 0.000 0.488 0.040 0.472
#> SRR1318774 4 0.4590 0.62068 0.000 0.148 0.060 0.792
#> SRR1420517 3 0.8032 0.11777 0.344 0.124 0.488 0.044
#> SRR1369584 2 0.5924 0.11635 0.000 0.556 0.040 0.404
#> SRR1443244 4 0.2610 0.71818 0.000 0.012 0.088 0.900
#> SRR1455391 3 0.4040 0.72680 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1068999 1 0.4040 0.59599 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1481297 1 0.5244 0.28438 0.556 0.000 0.436 0.008
#> SRR1070208 1 0.7547 0.10603 0.520 0.116 0.340 0.024
#> SRR1317282 3 0.4040 0.72682 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1096125 4 0.2048 0.73313 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR1472506 3 0.7786 -0.30333 0.000 0.244 0.388 0.368
#> SRR1388281 4 0.1474 0.72966 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1365622 4 0.4880 0.62339 0.000 0.188 0.052 0.760
#> SRR662306 3 0.4164 0.69951 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR662811 1 0.0592 0.75201 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR820571 2 0.7962 0.05551 0.004 0.408 0.260 0.328
#> SRR1357166 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1488586 4 0.7159 0.39694 0.000 0.180 0.272 0.548
#> SRR1485398 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.2563 0.72292 0.000 0.908 0.020 0.072
#> SRR1409397 2 0.1398 0.72135 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1465693 2 0.1356 0.71716 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1096547 2 0.6242 0.49957 0.000 0.612 0.308 0.080
#> SRR1456818 1 0.9609 -0.09555 0.352 0.132 0.280 0.236
#> SRR816336 2 0.6222 0.45384 0.000 0.616 0.304 0.080
#> SRR1420238 1 0.0336 0.75816 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433374 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.4193 0.57492 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1477671 1 0.0592 0.75571 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1084079 4 0.2179 0.72518 0.000 0.012 0.064 0.924
#> SRR1102949 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5898 0.44873 0.000 0.628 0.056 0.316
#> SRR1403814 4 0.1406 0.73416 0.000 0.016 0.024 0.960
#> SRR1404887 4 0.2473 0.72092 0.000 0.012 0.080 0.908
#> SRR1434955 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.7327 0.36360 0.632 0.128 0.192 0.048
#> SRR1356765 4 0.6278 0.27376 0.000 0.408 0.060 0.532
#> SRR1078258 4 0.5434 0.45840 0.000 0.252 0.052 0.696
#> SRR1455861 1 0.2973 0.68807 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1420296 2 0.1489 0.71545 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1070260 4 0.5987 0.00638 0.000 0.440 0.040 0.520
#> SRR1410765 1 0.0188 0.75860 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481315 3 0.7534 0.01182 0.120 0.016 0.456 0.408
#> SRR1414661 4 0.5537 0.44302 0.000 0.256 0.056 0.688
#> SRR1359147 4 0.1284 0.73062 0.000 0.012 0.024 0.964
#> SRR1488694 4 0.5112 0.51224 0.004 0.012 0.316 0.668
#> SRR1477273 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1415792 3 0.7030 0.56883 0.180 0.132 0.652 0.036
#> SRR1369088 4 0.6627 0.40939 0.000 0.348 0.096 0.556
#> SRR1406621 4 0.3937 0.63322 0.000 0.188 0.012 0.800
#> SRR1401017 2 0.1743 0.71881 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1099981 4 0.3831 0.63605 0.000 0.204 0.004 0.792
#> SRR815208 2 0.6011 0.12849 0.000 0.484 0.040 0.476
#> SRR1380460 4 0.5144 0.52382 0.000 0.216 0.052 0.732
#> SRR1091097 4 0.2089 0.72011 0.000 0.048 0.020 0.932
#> SRR1456010 1 0.4967 0.20547 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1498416 4 0.1677 0.73280 0.000 0.012 0.040 0.948
#> SRR818873 2 0.1118 0.71977 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR813868 2 0.3933 0.68504 0.000 0.792 0.008 0.200
#> SRR1394912 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.0779 0.73413 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1459866 1 0.0592 0.75584 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1364871 4 0.7640 0.25345 0.000 0.212 0.356 0.432
#> SRR1100472 4 0.3597 0.64884 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1331267 4 0.5796 0.48784 0.028 0.012 0.320 0.640
#> SRR1068977 4 0.3649 0.63535 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1391511 2 0.3791 0.67848 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1077920 2 0.3668 0.67728 0.000 0.808 0.004 0.188
#> SRR1457705 1 0.4972 0.18384 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1437073 1 0.0592 0.75201 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1473124 3 0.6430 0.12102 0.428 0.068 0.504 0.000
#> SRR1469279 1 0.4985 0.14233 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1091791 4 0.0927 0.73262 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR1341539 2 0.6602 0.21648 0.000 0.552 0.092 0.356
#> SRR1446354 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.1022 0.74632 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR656970 2 0.4323 0.62049 0.000 0.788 0.028 0.184
#> SRR1473403 4 0.5328 0.48427 0.000 0.248 0.048 0.704
#> SRR1084674 3 0.7116 0.59297 0.216 0.128 0.628 0.028
#> SRR1464702 1 0.4916 0.27884 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1074860 4 0.1557 0.72912 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR655447 4 0.0707 0.73181 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1404442 2 0.5198 0.61098 0.000 0.708 0.040 0.252
#> SRR1418795 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.3105 0.71645 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR1489589 2 0.1398 0.72135 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1378284 3 0.8327 -0.13837 0.040 0.172 0.460 0.328
#> SRR1408014 2 0.1824 0.71836 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1083052 1 0.4454 0.51867 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1339236 2 0.1798 0.71650 0.000 0.944 0.016 0.040
#> SRR1323829 2 0.4617 0.60156 0.000 0.764 0.032 0.204
#> SRR1086772 4 0.4677 0.60837 0.000 0.192 0.040 0.768
#> SRR1486457 3 0.7842 0.50213 0.144 0.192 0.596 0.068
#> SRR1415257 2 0.5536 0.24296 0.000 0.592 0.024 0.384
#> SRR1071905 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR659223 2 0.5282 0.42723 0.000 0.688 0.036 0.276
#> SRR1386945 3 0.4008 0.73189 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR821498 2 0.6009 0.24680 0.000 0.492 0.040 0.468
#> SRR1378903 4 0.1557 0.72912 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1472907 3 0.6915 0.07983 0.376 0.080 0.532 0.012
#> SRR1442313 4 0.5950 0.09640 0.000 0.416 0.040 0.544
#> SRR1077139 2 0.5256 0.57449 0.000 0.692 0.036 0.272
#> SRR1342758 1 0.0188 0.75799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR656911 4 0.5786 0.34829 0.000 0.308 0.052 0.640
#> SRR1070738 1 0.2973 0.68472 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1476950 1 0.5417 0.27080 0.572 0.016 0.412 0.000
#> SRR1488196 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1498951 1 0.5000 0.03459 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.1576 0.72150 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR812198 1 0.0707 0.75502 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR660283 2 0.4716 0.65978 0.000 0.764 0.040 0.196
#> SRR1420936 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 4 0.5835 0.22643 0.000 0.372 0.040 0.588
#> SRR1322249 1 0.8086 -0.22297 0.432 0.128 0.400 0.040
#> SRR1396682 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.1557 0.72912 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1081023 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5673 0.38528 0.000 0.288 0.052 0.660
#> SRR811285 4 0.5010 0.58921 0.000 0.276 0.024 0.700
#> SRR657018 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1090791 2 0.1824 0.71689 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1439915 2 0.1474 0.72193 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1391575 4 0.3367 0.71303 0.000 0.028 0.108 0.864
#> SRR1314092 2 0.4372 0.57112 0.000 0.728 0.004 0.268
#> SRR1328941 3 0.5142 0.67984 0.192 0.064 0.744 0.000
#> SRR1336181 4 0.5957 0.08176 0.000 0.420 0.040 0.540
#> SRR1362972 1 0.4008 0.59975 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1366790 2 0.2888 0.72105 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1455902 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1437644 2 0.6308 0.52394 0.000 0.656 0.136 0.208
#> SRR1105009 2 0.3751 0.67764 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1367024 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR660248 2 0.2011 0.72457 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1409620 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.5992 0.23396 0.000 0.516 0.040 0.444
#> SRR1339431 1 0.3975 0.60395 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1378948 2 0.7137 0.39275 0.000 0.536 0.304 0.160
#> SRR1469237 1 0.0188 0.75799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098264 4 0.2060 0.73253 0.000 0.016 0.052 0.932
#> SRR1406224 2 0.4539 0.49938 0.000 0.720 0.008 0.272
#> SRR1393026 3 0.4008 0.73223 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR808428 2 0.4904 0.65530 0.000 0.744 0.040 0.216
#> SRR615910 2 0.2928 0.68507 0.000 0.880 0.012 0.108
#> SRR1076219 1 0.5658 0.23770 0.528 0.004 0.452 0.016
#> SRR1481128 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.3208 0.66657 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1407648 4 0.1305 0.73273 0.000 0.004 0.036 0.960
#> SRR1386775 4 0.5812 0.60234 0.000 0.136 0.156 0.708
#> SRR1388399 4 0.5226 0.61461 0.000 0.180 0.076 0.744
#> SRR1361499 4 0.2494 0.73308 0.000 0.036 0.048 0.916
#> SRR1500709 4 0.4996 0.56406 0.000 0.192 0.056 0.752
#> SRR1335917 1 0.0336 0.75803 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1430615 2 0.1305 0.72053 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1335212 3 0.6650 0.56185 0.336 0.052 0.588 0.024
#> SRR1400159 2 0.2699 0.72058 0.000 0.904 0.028 0.068
#> SRR1457245 2 0.5608 0.63036 0.000 0.684 0.060 0.256
#> SRR1356746 2 0.5860 0.39995 0.000 0.580 0.040 0.380
#> SRR658319 2 0.4086 0.68335 0.000 0.776 0.008 0.216
#> SRR1435946 1 0.0188 0.75799 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370308 1 0.4522 0.50008 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.4040 0.72818 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1381799 4 0.5602 -0.20029 0.000 0.472 0.020 0.508
#> SRR1310158 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1341100 4 0.1938 0.72721 0.000 0.052 0.012 0.936
#> SRR1342873 1 0.4916 0.38498 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1472102 4 0.5573 0.56648 0.000 0.272 0.052 0.676
#> SRR1409421 1 0.4948 0.24277 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1328577 4 0.1109 0.72988 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR808942 2 0.4594 0.63759 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1343818 4 0.2443 0.70989 0.000 0.060 0.024 0.916
#> SRR1472415 2 0.5992 0.23681 0.000 0.516 0.040 0.444
#> SRR658409 4 0.1557 0.72912 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1469681 1 0.0000 0.75861 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.2654 0.69268 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1417894 3 0.3975 0.73614 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1417422 2 0.2412 0.72594 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1090674 1 0.0188 0.75799 0.996 0.000 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.4683 0.42347 0.000 0.176 0.000 0.092 0.732
#> SRR1076441 1 0.3086 0.69352 0.816 0.004 0.180 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.5538 0.27276 0.000 0.312 0.000 0.092 0.596
#> SRR1345953 4 0.2390 0.67121 0.000 0.024 0.008 0.908 0.060
#> SRR1357826 5 0.2574 0.45504 0.000 0.112 0.000 0.012 0.876
#> SRR1419656 3 0.6182 -0.01334 0.444 0.104 0.444 0.008 0.000
#> SRR1454158 2 0.6765 0.11174 0.000 0.384 0.000 0.272 0.344
#> SRR1475408 2 0.6695 0.17202 0.000 0.468 0.104 0.036 0.392
#> SRR1472704 5 0.1768 0.50603 0.000 0.004 0.000 0.072 0.924
#> SRR1090046 3 0.7432 0.22848 0.012 0.204 0.552 0.084 0.148
#> SRR1312822 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.2685 0.67102 0.000 0.028 0.000 0.880 0.092
#> SRR1334587 4 0.6325 0.48450 0.000 0.212 0.004 0.552 0.232
#> SRR1490246 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.4403 0.37491 0.608 0.008 0.384 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.3662 0.61923 0.744 0.004 0.252 0.000 0.000
#> SRR1408574 4 0.4262 0.52412 0.000 0.252 0.008 0.724 0.016
#> SRR1083959 5 0.4183 0.49951 0.000 0.084 0.000 0.136 0.780
#> SRR1079948 4 0.1605 0.67249 0.000 0.012 0.004 0.944 0.040
#> SRR1310667 5 0.5728 0.01974 0.000 0.432 0.000 0.084 0.484
#> SRR655852 4 0.5047 0.50905 0.000 0.064 0.000 0.652 0.284
#> SRR1352457 4 0.6291 0.34583 0.000 0.164 0.000 0.492 0.344
#> SRR1353994 4 0.2533 0.67121 0.000 0.008 0.008 0.888 0.096
#> SRR1459561 5 0.5672 0.38906 0.000 0.188 0.000 0.180 0.632
#> SRR1454009 3 0.2011 0.74850 0.088 0.004 0.908 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.2928 0.74372 0.064 0.064 0.872 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.5446 0.30321 0.000 0.272 0.000 0.100 0.628
#> SRR1086538 1 0.4425 0.35245 0.600 0.008 0.392 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0981 0.66415 0.000 0.012 0.008 0.972 0.008
#> SRR658105 1 0.0162 0.81787 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.4974 -0.07932 0.000 0.028 0.000 0.464 0.508
#> SRR1429181 4 0.6504 0.38592 0.000 0.228 0.000 0.484 0.288
#> SRR1327896 4 0.1557 0.65879 0.000 0.052 0.008 0.940 0.000
#> SRR1464788 4 0.5435 0.56456 0.000 0.188 0.004 0.672 0.136
#> SRR1346861 5 0.1571 0.50487 0.000 0.004 0.000 0.060 0.936
#> SRR1318774 4 0.4960 0.55815 0.000 0.080 0.000 0.688 0.232
#> SRR1420517 3 0.7584 0.40256 0.256 0.244 0.448 0.048 0.004
#> SRR1369584 5 0.5500 0.37213 0.000 0.124 0.000 0.236 0.640
#> SRR1443244 4 0.5050 0.49355 0.000 0.180 0.120 0.700 0.000
#> SRR1455391 3 0.2798 0.72584 0.140 0.008 0.852 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.4403 0.45901 0.648 0.008 0.340 0.004 0.000
#> SRR1481297 1 0.6106 -0.01165 0.460 0.096 0.436 0.008 0.000
#> SRR1070208 3 0.6727 0.41538 0.308 0.184 0.496 0.008 0.004
#> SRR1317282 3 0.2488 0.73483 0.124 0.004 0.872 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.2506 0.67118 0.000 0.052 0.008 0.904 0.036
#> SRR1472506 2 0.6513 -0.12169 0.000 0.468 0.152 0.372 0.008
#> SRR1388281 4 0.4690 0.64950 0.000 0.092 0.004 0.744 0.160
#> SRR1365622 4 0.3544 0.57354 0.000 0.200 0.004 0.788 0.008
#> SRR662306 3 0.2230 0.74034 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0510 0.81373 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR820571 2 0.6351 -0.01002 0.000 0.560 0.124 0.296 0.020
#> SRR1357166 3 0.1831 0.74974 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.7070 0.22784 0.000 0.344 0.196 0.436 0.024
#> SRR1485398 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.6787 0.18980 0.000 0.460 0.132 0.028 0.380
#> SRR1409397 5 0.5737 -0.02161 0.000 0.452 0.000 0.084 0.464
#> SRR1465693 5 0.5810 0.00397 0.000 0.428 0.000 0.092 0.480
#> SRR1096547 2 0.6606 0.28823 0.000 0.536 0.296 0.024 0.144
#> SRR1456818 2 0.8662 -0.15268 0.276 0.300 0.208 0.212 0.004
#> SRR816336 2 0.5932 0.22413 0.004 0.608 0.300 0.028 0.060
#> SRR1420238 1 0.0162 0.81920 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.2928 0.74372 0.064 0.064 0.872 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.3635 0.61803 0.748 0.004 0.248 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0162 0.81897 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4637 0.52278 0.000 0.160 0.100 0.740 0.000
#> SRR1102949 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.7284 0.20650 0.000 0.408 0.028 0.328 0.236
#> SRR1403814 4 0.0912 0.66851 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1404887 4 0.5083 0.48992 0.000 0.184 0.120 0.696 0.000
#> SRR1434955 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.6340 0.39715 0.624 0.208 0.132 0.032 0.004
#> SRR1356765 4 0.5779 0.45713 0.000 0.252 0.008 0.624 0.116
#> SRR1078258 4 0.5930 0.28152 0.000 0.112 0.000 0.516 0.372
#> SRR1455861 1 0.2516 0.73701 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.6244 0.05652 0.000 0.444 0.000 0.144 0.412
#> SRR1070260 5 0.2583 0.49470 0.000 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR1410765 1 0.0510 0.81550 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1481315 3 0.8344 0.02326 0.156 0.204 0.332 0.308 0.000
#> SRR1414661 5 0.5601 -0.11108 0.000 0.072 0.000 0.448 0.480
#> SRR1359147 4 0.3543 0.67236 0.000 0.040 0.004 0.828 0.128
#> SRR1488694 4 0.6863 0.36085 0.032 0.236 0.196 0.536 0.000
#> SRR1477273 3 0.2928 0.74372 0.064 0.064 0.872 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.4733 0.52460 0.040 0.200 0.740 0.016 0.004
#> SRR1369088 4 0.7532 0.27014 0.000 0.340 0.040 0.364 0.256
#> SRR1406621 4 0.4365 0.56826 0.000 0.224 0.004 0.736 0.036
#> SRR1401017 2 0.5939 0.09403 0.000 0.492 0.000 0.108 0.400
#> SRR1099981 4 0.4933 0.59240 0.000 0.200 0.004 0.712 0.084
#> SRR815208 5 0.1205 0.50855 0.000 0.004 0.000 0.040 0.956
#> SRR1380460 4 0.5843 0.26849 0.000 0.100 0.000 0.512 0.388
#> SRR1091097 4 0.4240 0.57890 0.000 0.036 0.000 0.736 0.228
#> SRR1456010 3 0.6049 0.14660 0.412 0.092 0.488 0.008 0.000
#> SRR1498416 4 0.2115 0.67128 0.000 0.008 0.008 0.916 0.068
#> SRR818873 2 0.5775 0.02560 0.000 0.472 0.000 0.088 0.440
#> SRR813868 5 0.6171 0.14905 0.000 0.372 0.000 0.140 0.488
#> SRR1394912 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.1996 0.67103 0.000 0.032 0.004 0.928 0.036
#> SRR1459866 1 0.0609 0.81307 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.6625 -0.13099 0.000 0.488 0.124 0.364 0.024
#> SRR1100472 4 0.4599 0.46086 0.000 0.020 0.000 0.624 0.356
#> SRR1331267 4 0.7196 0.31761 0.044 0.228 0.228 0.500 0.000
#> SRR1068977 4 0.5367 0.56236 0.000 0.184 0.000 0.668 0.148
#> SRR1391511 5 0.5534 0.26421 0.000 0.300 0.000 0.096 0.604
#> SRR1077920 5 0.5112 0.33940 0.000 0.256 0.000 0.080 0.664
#> SRR1457705 3 0.5101 0.20985 0.416 0.024 0.552 0.008 0.000
#> SRR1437073 1 0.0794 0.80912 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.5234 0.60480 0.220 0.096 0.680 0.000 0.004
#> SRR1469279 3 0.4916 0.34215 0.372 0.020 0.600 0.008 0.000
#> SRR1091791 4 0.3274 0.67296 0.000 0.064 0.004 0.856 0.076
#> SRR1341539 4 0.6216 0.14985 0.000 0.372 0.016 0.516 0.096
#> SRR1446354 3 0.3055 0.74439 0.072 0.064 0.864 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.2674 0.70486 0.856 0.004 0.140 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.5180 0.40501 0.000 0.196 0.000 0.120 0.684
#> SRR1473403 4 0.5300 0.40198 0.000 0.068 0.000 0.604 0.328
#> SRR1084674 3 0.4199 0.57228 0.036 0.160 0.788 0.012 0.004
#> SRR1464702 1 0.4528 0.21309 0.548 0.008 0.444 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.3821 0.59046 0.000 0.148 0.052 0.800 0.000
#> SRR655447 4 0.2982 0.66944 0.000 0.020 0.004 0.860 0.116
#> SRR1404442 5 0.1364 0.49669 0.000 0.036 0.000 0.012 0.952
#> SRR1418795 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.6074 0.12117 0.000 0.372 0.000 0.128 0.500
#> SRR1489589 2 0.5658 0.08781 0.000 0.512 0.000 0.080 0.408
#> SRR1378284 2 0.7939 -0.07986 0.044 0.356 0.284 0.304 0.012
#> SRR1408014 2 0.6121 0.07487 0.000 0.464 0.000 0.128 0.408
#> SRR1083052 1 0.4367 0.28819 0.580 0.004 0.416 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.6740 0.22749 0.000 0.520 0.096 0.052 0.332
#> SRR1323829 5 0.3197 0.46183 0.000 0.140 0.000 0.024 0.836
#> SRR1086772 4 0.4920 0.42906 0.000 0.032 0.000 0.584 0.384
#> SRR1486457 3 0.5200 0.43922 0.028 0.268 0.676 0.016 0.012
#> SRR1415257 4 0.6656 0.09883 0.000 0.308 0.000 0.440 0.252
#> SRR1071905 3 0.1831 0.74974 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.4028 0.42144 0.000 0.192 0.000 0.040 0.768
#> SRR1386945 3 0.1952 0.75037 0.084 0.004 0.912 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.6919 -0.11515 0.000 0.392 0.024 0.424 0.160
#> SRR1378903 4 0.2361 0.64043 0.000 0.096 0.012 0.892 0.000
#> SRR1472907 3 0.6484 0.20551 0.372 0.148 0.472 0.008 0.000
#> SRR1442313 5 0.2648 0.45720 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR1077139 5 0.4072 0.49685 0.000 0.100 0.000 0.108 0.792
#> SRR1342758 1 0.0290 0.81602 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.6161 -0.02470 0.000 0.132 0.000 0.424 0.444
#> SRR1070738 1 0.2970 0.70819 0.828 0.004 0.168 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.5344 0.05877 0.500 0.052 0.448 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.2992 0.74443 0.068 0.064 0.868 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.4748 0.51442 0.300 0.040 0.660 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5795 0.09910 0.000 0.496 0.000 0.092 0.412
#> SRR812198 1 0.0609 0.81318 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.3390 0.48312 0.000 0.100 0.000 0.060 0.840
#> SRR1420936 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.4570 0.18777 0.000 0.020 0.000 0.348 0.632
#> SRR1322249 3 0.6878 0.47048 0.244 0.220 0.516 0.016 0.004
#> SRR1396682 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.2818 0.62948 0.000 0.132 0.012 0.856 0.000
#> SRR1081023 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092517 4 0.5225 0.52065 0.000 0.100 0.004 0.684 0.212
#> SRR811285 4 0.6329 0.43726 0.000 0.232 0.000 0.528 0.240
#> SRR657018 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.2992 0.74443 0.068 0.064 0.868 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.6034 -0.02095 0.000 0.428 0.000 0.116 0.456
#> SRR1439915 2 0.5880 0.07091 0.000 0.484 0.000 0.100 0.416
#> SRR1391575 4 0.4588 0.59169 0.000 0.156 0.048 0.768 0.028
#> SRR1314092 2 0.6584 0.20177 0.000 0.468 0.000 0.272 0.260
#> SRR1328941 3 0.3849 0.72325 0.116 0.052 0.820 0.000 0.012
#> SRR1336181 5 0.2439 0.47636 0.000 0.004 0.000 0.120 0.876
#> SRR1362972 1 0.4164 0.60132 0.728 0.012 0.252 0.008 0.000
#> SRR1366790 5 0.5959 0.09125 0.000 0.388 0.000 0.112 0.500
#> SRR1455902 3 0.2928 0.74372 0.064 0.064 0.872 0.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.6372 0.32138 0.000 0.636 0.176 0.128 0.060
#> SRR1105009 5 0.4879 0.37410 0.000 0.228 0.000 0.076 0.696
#> SRR1367024 3 0.3454 0.74145 0.100 0.064 0.836 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.5646 0.03033 0.000 0.480 0.000 0.076 0.444
#> SRR1409620 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.1205 0.50789 0.000 0.004 0.000 0.040 0.956
#> SRR1339431 1 0.4199 0.54776 0.692 0.008 0.296 0.004 0.000
#> SRR1378948 2 0.6240 0.32239 0.000 0.648 0.188 0.092 0.072
#> SRR1469237 1 0.0162 0.81787 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098264 4 0.2943 0.66902 0.000 0.060 0.008 0.880 0.052
#> SRR1406224 2 0.6535 0.21225 0.000 0.476 0.000 0.292 0.232
#> SRR1393026 3 0.2338 0.74132 0.112 0.004 0.884 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.3955 0.49021 0.000 0.116 0.000 0.084 0.800
#> SRR615910 2 0.6721 0.11788 0.000 0.396 0.000 0.252 0.352
#> SRR1076219 1 0.6357 -0.00551 0.460 0.104 0.420 0.016 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.5942 0.12664 0.000 0.360 0.000 0.116 0.524
#> SRR1407648 4 0.1405 0.66846 0.000 0.016 0.008 0.956 0.020
#> SRR1386775 4 0.6253 0.30786 0.000 0.352 0.124 0.516 0.008
#> SRR1388399 4 0.6527 0.34208 0.000 0.336 0.120 0.520 0.024
#> SRR1361499 4 0.2959 0.66998 0.000 0.016 0.008 0.864 0.112
#> SRR1500709 4 0.5740 0.42308 0.000 0.112 0.000 0.580 0.308
#> SRR1335917 1 0.0162 0.81914 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.5771 0.00687 0.000 0.432 0.000 0.088 0.480
#> SRR1335212 3 0.6323 0.55576 0.280 0.112 0.580 0.028 0.000
#> SRR1400159 2 0.6561 0.21570 0.000 0.480 0.148 0.012 0.360
#> SRR1457245 5 0.5724 0.34347 0.000 0.112 0.000 0.304 0.584
#> SRR1356746 5 0.0794 0.51044 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR658319 5 0.6497 0.14279 0.000 0.320 0.000 0.208 0.472
#> SRR1435946 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.4066 0.51067 0.672 0.004 0.324 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2068 0.74971 0.092 0.004 0.904 0.000 0.000
#> SRR1381799 4 0.6392 0.21223 0.000 0.220 0.004 0.540 0.236
#> SRR1310158 3 0.3055 0.74447 0.072 0.064 0.864 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.5061 0.63230 0.000 0.144 0.036 0.744 0.076
#> SRR1342873 1 0.5928 0.11243 0.492 0.080 0.420 0.008 0.000
#> SRR1472102 4 0.4919 0.53131 0.000 0.228 0.004 0.700 0.068
#> SRR1409421 1 0.5856 -0.04302 0.460 0.072 0.460 0.008 0.000
#> SRR1328577 4 0.3438 0.63460 0.000 0.020 0.000 0.808 0.172
#> SRR808942 5 0.6358 0.14490 0.000 0.328 0.000 0.180 0.492
#> SRR1343818 4 0.4269 0.57465 0.000 0.036 0.000 0.732 0.232
#> SRR1472415 5 0.2124 0.50768 0.000 0.004 0.000 0.096 0.900
#> SRR658409 4 0.2864 0.62742 0.000 0.136 0.012 0.852 0.000
#> SRR1469681 1 0.0162 0.81941 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.6586 0.17218 0.000 0.460 0.000 0.236 0.304
#> SRR1417894 3 0.2928 0.74372 0.064 0.064 0.872 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.6003 -0.01928 0.000 0.448 0.000 0.112 0.440
#> SRR1090674 1 0.0000 0.81856 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.4933 0.67577 0.000 0.432 0.000 0.000 0.504 0.064
#> SRR1076441 1 0.4072 0.75751 0.792 0.000 0.088 0.092 0.004 0.024
#> SRR1489803 2 0.5984 -0.30540 0.000 0.444 0.000 0.000 0.280 0.276
#> SRR1345953 2 0.3086 0.40074 0.000 0.852 0.000 0.056 0.080 0.012
#> SRR1357826 5 0.3970 0.81568 0.000 0.280 0.000 0.000 0.692 0.028
#> SRR1419656 3 0.7651 0.29791 0.260 0.000 0.356 0.084 0.276 0.024
#> SRR1454158 6 0.5134 0.31568 0.000 0.432 0.000 0.016 0.048 0.504
#> SRR1475408 6 0.5260 0.66843 0.000 0.084 0.004 0.080 0.128 0.704
#> SRR1472704 5 0.4042 0.82214 0.000 0.316 0.000 0.004 0.664 0.016
#> SRR1090046 3 0.6552 0.31846 0.004 0.052 0.592 0.180 0.028 0.144
#> SRR1312822 1 0.1682 0.82329 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1096987 2 0.4172 0.11756 0.000 0.680 0.000 0.280 0.000 0.040
#> SRR1334587 2 0.3756 0.42795 0.000 0.788 0.000 0.048 0.012 0.152
#> SRR1490246 1 0.1176 0.83445 0.956 0.000 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1467522 1 0.5074 0.61817 0.672 0.000 0.228 0.068 0.004 0.028
#> SRR1324206 1 0.4073 0.74265 0.788 0.000 0.120 0.064 0.004 0.024
#> SRR1408574 2 0.5778 -0.05104 0.000 0.480 0.000 0.356 0.004 0.160
#> SRR1083959 5 0.4748 0.68179 0.000 0.448 0.000 0.000 0.504 0.048
#> SRR1079948 2 0.3807 -0.08463 0.000 0.628 0.000 0.368 0.000 0.004
#> SRR1310667 2 0.5972 -0.27546 0.000 0.448 0.000 0.000 0.268 0.284
#> SRR655852 2 0.2123 0.42439 0.000 0.912 0.000 0.024 0.052 0.012
#> SRR1352457 2 0.5750 -0.04295 0.000 0.584 0.000 0.028 0.256 0.132
#> SRR1353994 2 0.2586 0.40107 0.000 0.880 0.000 0.032 0.080 0.008
#> SRR1459561 2 0.5912 -0.40888 0.000 0.456 0.000 0.004 0.356 0.184
#> SRR1454009 3 0.1293 0.74206 0.020 0.000 0.956 0.016 0.004 0.004
#> SRR1071084 3 0.1223 0.74166 0.016 0.000 0.960 0.012 0.004 0.008
#> SRR1082859 5 0.5508 0.60546 0.000 0.432 0.000 0.000 0.440 0.128
#> SRR1086538 1 0.5080 0.52060 0.612 0.000 0.308 0.060 0.000 0.020
#> SRR1486262 2 0.3756 -0.05362 0.000 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR658105 1 0.0820 0.83427 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR811073 2 0.4345 -0.29534 0.000 0.628 0.000 0.012 0.344 0.016
#> SRR1429181 2 0.6462 0.07588 0.000 0.484 0.000 0.300 0.048 0.168
#> SRR1327896 2 0.4444 -0.12044 0.000 0.576 0.000 0.396 0.004 0.024
#> SRR1464788 2 0.3470 0.43780 0.000 0.796 0.000 0.052 0.000 0.152
#> SRR1346861 5 0.3670 0.81932 0.000 0.284 0.000 0.000 0.704 0.012
#> SRR1318774 2 0.5341 0.34531 0.000 0.656 0.000 0.208 0.096 0.040
#> SRR1420517 3 0.8677 0.36109 0.148 0.016 0.300 0.196 0.280 0.060
#> SRR1369584 5 0.5899 0.55775 0.000 0.400 0.000 0.008 0.436 0.156
#> SRR1443244 4 0.4789 0.62196 0.000 0.164 0.024 0.712 0.000 0.100
#> SRR1455391 3 0.5251 0.34642 0.304 0.000 0.608 0.064 0.004 0.020
#> SRR1068999 1 0.5058 0.68338 0.708 0.000 0.148 0.108 0.008 0.028
#> SRR1481297 3 0.7663 0.27993 0.268 0.000 0.348 0.084 0.276 0.024
#> SRR1070208 1 0.7112 0.25170 0.460 0.008 0.288 0.156 0.004 0.084
#> SRR1317282 3 0.1346 0.74287 0.024 0.000 0.952 0.016 0.000 0.008
#> SRR1096125 2 0.4343 -0.08932 0.000 0.592 0.000 0.380 0.000 0.028
#> SRR1472506 4 0.6071 0.50287 0.000 0.060 0.144 0.616 0.008 0.172
#> SRR1388281 2 0.2985 0.41927 0.000 0.868 0.000 0.044 0.048 0.040
#> SRR1365622 2 0.5720 -0.20853 0.000 0.436 0.000 0.400 0.000 0.164
#> SRR662306 3 0.1003 0.74220 0.020 0.000 0.964 0.016 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0551 0.83709 0.984 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004
#> SRR820571 4 0.7781 0.26141 0.000 0.056 0.064 0.384 0.272 0.224
#> SRR1357166 3 0.1994 0.73298 0.016 0.000 0.920 0.052 0.004 0.008
#> SRR1488586 4 0.6047 0.51718 0.000 0.072 0.168 0.604 0.000 0.156
#> SRR1485398 1 0.1700 0.82397 0.928 0.000 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1417725 6 0.5736 0.61663 0.000 0.052 0.032 0.100 0.136 0.680
#> SRR1409397 6 0.5009 0.60995 0.000 0.120 0.000 0.000 0.256 0.624
#> SRR1465693 2 0.6233 -0.23955 0.000 0.452 0.000 0.012 0.252 0.284
#> SRR1096547 3 0.6726 0.20090 0.000 0.024 0.504 0.164 0.036 0.272
#> SRR1456818 1 0.7344 0.11381 0.380 0.024 0.148 0.364 0.000 0.084
#> SRR816336 6 0.7688 -0.08381 0.000 0.008 0.164 0.196 0.276 0.356
#> SRR1420238 1 0.0717 0.83559 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1433374 3 0.1078 0.74128 0.016 0.000 0.964 0.012 0.000 0.008
#> SRR1436990 1 0.0000 0.83579 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.4627 0.69538 0.732 0.000 0.168 0.072 0.004 0.024
#> SRR1477671 1 0.0458 0.83544 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1084079 4 0.4923 0.59384 0.000 0.236 0.004 0.652 0.000 0.108
#> SRR1102949 1 0.1745 0.82377 0.924 0.000 0.000 0.020 0.000 0.056
#> SRR1458090 1 0.1682 0.82329 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1418729 6 0.5296 0.55877 0.000 0.284 0.000 0.068 0.032 0.616
#> SRR1403814 2 0.4518 -0.06045 0.000 0.604 0.000 0.352 0.000 0.044
#> SRR1404887 4 0.4833 0.62190 0.000 0.164 0.024 0.708 0.000 0.104
#> SRR1434955 1 0.1682 0.82511 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1360652 1 0.5789 0.63394 0.668 0.008 0.120 0.128 0.004 0.072
#> SRR1356765 2 0.4645 0.22886 0.000 0.664 0.000 0.060 0.008 0.268
#> SRR1078258 2 0.4459 0.12733 0.000 0.728 0.000 0.036 0.196 0.040
#> SRR1455861 1 0.2432 0.80806 0.892 0.000 0.072 0.016 0.000 0.020
#> SRR1420296 2 0.5955 -0.11427 0.000 0.496 0.000 0.008 0.196 0.300
#> SRR1070260 5 0.3988 0.80625 0.000 0.324 0.000 0.004 0.660 0.012
#> SRR1410765 1 0.1484 0.83120 0.944 0.000 0.004 0.040 0.004 0.008
#> SRR1481315 4 0.8023 0.35373 0.280 0.092 0.092 0.396 0.000 0.140
#> SRR1414661 2 0.5144 -0.28122 0.000 0.596 0.000 0.032 0.328 0.044
#> SRR1359147 2 0.4141 0.09250 0.000 0.676 0.000 0.296 0.020 0.008
#> SRR1488694 4 0.5386 0.61339 0.016 0.108 0.048 0.700 0.000 0.128
#> SRR1477273 3 0.1223 0.74166 0.016 0.000 0.960 0.012 0.004 0.008
#> SRR1415792 3 0.4550 0.61438 0.008 0.008 0.748 0.152 0.008 0.076
#> SRR1369088 4 0.7592 0.21619 0.000 0.252 0.040 0.344 0.052 0.312
#> SRR1406621 2 0.5604 -0.17118 0.000 0.452 0.000 0.404 0.000 0.144
#> SRR1401017 6 0.5032 0.64886 0.000 0.148 0.000 0.000 0.216 0.636
#> SRR1099981 2 0.5739 -0.00584 0.000 0.500 0.000 0.336 0.004 0.160
#> SRR815208 5 0.3575 0.81666 0.000 0.284 0.000 0.000 0.708 0.008
#> SRR1380460 2 0.4491 0.27382 0.000 0.752 0.000 0.052 0.140 0.056
#> SRR1091097 2 0.0984 0.44732 0.000 0.968 0.000 0.012 0.008 0.012
#> SRR1456010 3 0.7908 0.37083 0.220 0.000 0.372 0.084 0.272 0.052
#> SRR1498416 2 0.2358 0.42638 0.000 0.900 0.000 0.040 0.048 0.012
#> SRR818873 6 0.5092 0.63758 0.000 0.144 0.000 0.000 0.232 0.624
#> SRR813868 6 0.6096 0.58304 0.000 0.168 0.000 0.028 0.276 0.528
#> SRR1394912 1 0.0914 0.83485 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1475824 2 0.5054 -0.11761 0.000 0.548 0.000 0.368 0.000 0.084
#> SRR1459866 1 0.2198 0.82062 0.912 0.000 0.032 0.032 0.000 0.024
#> SRR1364871 4 0.5518 0.55133 0.000 0.064 0.060 0.656 0.008 0.212
#> SRR1100472 2 0.3740 0.08649 0.000 0.728 0.000 0.008 0.252 0.012
#> SRR1331267 4 0.7602 0.39197 0.276 0.112 0.056 0.448 0.000 0.108
#> SRR1068977 2 0.3770 0.43290 0.000 0.776 0.000 0.076 0.000 0.148
#> SRR1391511 2 0.5809 -0.48699 0.000 0.452 0.000 0.000 0.360 0.188
#> SRR1077920 5 0.5270 0.69285 0.000 0.404 0.000 0.000 0.496 0.100
#> SRR1457705 3 0.4361 0.56433 0.248 0.000 0.700 0.036 0.000 0.016
#> SRR1437073 1 0.0951 0.83511 0.968 0.000 0.004 0.008 0.000 0.020
#> SRR1473124 3 0.7656 0.49579 0.132 0.000 0.456 0.072 0.256 0.084
#> SRR1469279 3 0.3265 0.69493 0.140 0.000 0.824 0.024 0.004 0.008
#> SRR1091791 2 0.4723 -0.19490 0.000 0.548 0.000 0.408 0.004 0.040
#> SRR1341539 6 0.6057 0.19363 0.000 0.360 0.000 0.216 0.004 0.420
#> SRR1446354 3 0.1109 0.74164 0.016 0.000 0.964 0.012 0.004 0.004
#> SRR1415420 1 0.0692 0.83486 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1368050 1 0.1251 0.83498 0.956 0.000 0.008 0.012 0.000 0.024
#> SRR656970 2 0.6101 -0.41742 0.000 0.432 0.000 0.008 0.356 0.204
#> SRR1473403 2 0.3800 0.23370 0.000 0.780 0.000 0.012 0.164 0.044
#> SRR1084674 3 0.3631 0.65887 0.004 0.008 0.824 0.100 0.008 0.056
#> SRR1464702 1 0.5156 0.53884 0.624 0.000 0.288 0.068 0.004 0.016
#> SRR1074860 4 0.4707 0.44079 0.000 0.360 0.000 0.584 0.000 0.056
#> SRR655447 2 0.0972 0.45304 0.000 0.964 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR1404442 5 0.3738 0.81779 0.000 0.280 0.000 0.000 0.704 0.016
#> SRR1418795 1 0.0363 0.83595 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1458335 6 0.5157 0.66920 0.000 0.204 0.000 0.004 0.156 0.636
#> SRR1489589 6 0.4810 0.68373 0.000 0.120 0.000 0.008 0.184 0.688
#> SRR1378284 4 0.7696 0.30402 0.268 0.032 0.100 0.404 0.000 0.196
#> SRR1408014 2 0.5479 -0.04596 0.000 0.484 0.000 0.000 0.128 0.388
#> SRR1083052 1 0.5125 0.64459 0.684 0.000 0.192 0.092 0.004 0.028
#> SRR1339236 6 0.5213 0.66037 0.000 0.068 0.012 0.076 0.128 0.716
#> SRR1323829 5 0.5538 0.70127 0.000 0.340 0.000 0.000 0.512 0.148
#> SRR1086772 2 0.3987 0.11457 0.000 0.728 0.000 0.012 0.236 0.024
#> SRR1486457 3 0.4601 0.57446 0.000 0.008 0.728 0.164 0.008 0.092
#> SRR1415257 2 0.4395 0.39077 0.000 0.736 0.000 0.044 0.032 0.188
#> SRR1071905 3 0.1457 0.74016 0.016 0.000 0.948 0.028 0.004 0.004
#> SRR659223 5 0.5901 0.65814 0.000 0.312 0.000 0.008 0.500 0.180
#> SRR1386945 3 0.0862 0.74187 0.016 0.000 0.972 0.008 0.004 0.000
#> SRR821498 6 0.6023 0.39840 0.000 0.336 0.000 0.132 0.028 0.504
#> SRR1378903 4 0.4537 0.25696 0.000 0.484 0.000 0.488 0.004 0.024
#> SRR1472907 3 0.7912 0.41548 0.188 0.004 0.392 0.100 0.276 0.040
#> SRR1442313 5 0.4077 0.81155 0.000 0.320 0.000 0.012 0.660 0.008
#> SRR1077139 5 0.5252 0.66498 0.000 0.424 0.000 0.000 0.480 0.096
#> SRR1342758 1 0.0806 0.83457 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR656911 6 0.6745 0.43876 0.000 0.252 0.000 0.048 0.268 0.432
#> SRR1070738 1 0.3817 0.76881 0.808 0.000 0.064 0.104 0.004 0.020
#> SRR1476950 1 0.5981 0.47305 0.568 0.000 0.272 0.120 0.004 0.036
#> SRR1488196 3 0.1223 0.74166 0.016 0.000 0.960 0.012 0.004 0.008
#> SRR1498951 3 0.6892 0.53956 0.184 0.000 0.552 0.056 0.164 0.044
#> SRR1413392 1 0.0806 0.83581 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR657528 6 0.4805 0.69145 0.000 0.144 0.000 0.012 0.144 0.700
#> SRR812198 1 0.0551 0.83715 0.984 0.000 0.004 0.008 0.000 0.004
#> SRR660283 5 0.3990 0.82311 0.000 0.304 0.000 0.004 0.676 0.016
#> SRR1420936 1 0.1616 0.82457 0.932 0.000 0.000 0.020 0.000 0.048
#> SRR1469547 2 0.4732 -0.60077 0.000 0.488 0.000 0.016 0.476 0.020
#> SRR1322249 1 0.6863 0.35721 0.508 0.008 0.264 0.136 0.004 0.080
#> SRR1396682 1 0.0725 0.83402 0.976 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1095816 4 0.4883 0.29430 0.000 0.456 0.000 0.492 0.004 0.048
#> SRR1081023 1 0.1682 0.82329 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1092517 2 0.1536 0.44142 0.000 0.944 0.000 0.012 0.024 0.020
#> SRR811285 2 0.4488 0.34505 0.000 0.740 0.000 0.024 0.080 0.156
#> SRR657018 1 0.0260 0.83610 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365534 3 0.1223 0.74069 0.016 0.000 0.960 0.012 0.004 0.008
#> SRR1090791 2 0.6102 -0.22361 0.000 0.472 0.000 0.008 0.256 0.264
#> SRR1439915 6 0.4909 0.68567 0.000 0.144 0.000 0.008 0.168 0.680
#> SRR1391575 4 0.5445 0.53000 0.000 0.296 0.004 0.584 0.008 0.108
#> SRR1314092 6 0.4878 0.47566 0.000 0.372 0.000 0.020 0.032 0.576
#> SRR1328941 3 0.4784 0.68521 0.040 0.000 0.760 0.072 0.028 0.100
#> SRR1336181 5 0.3606 0.81211 0.000 0.284 0.000 0.004 0.708 0.004
#> SRR1362972 1 0.4782 0.69499 0.724 0.000 0.152 0.096 0.004 0.024
#> SRR1366790 6 0.5372 0.67608 0.000 0.176 0.000 0.012 0.184 0.628
#> SRR1455902 3 0.1223 0.74069 0.016 0.000 0.960 0.012 0.004 0.008
#> SRR1437644 6 0.6161 0.10238 0.000 0.060 0.064 0.312 0.016 0.548
#> SRR1105009 5 0.4945 0.77988 0.000 0.328 0.000 0.000 0.588 0.084
#> SRR1367024 3 0.1167 0.74377 0.020 0.000 0.960 0.008 0.000 0.012
#> SRR660248 6 0.4970 0.69618 0.000 0.124 0.000 0.024 0.156 0.696
#> SRR1409620 1 0.0622 0.83567 0.980 0.000 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1455807 5 0.3670 0.81932 0.000 0.284 0.000 0.000 0.704 0.012
#> SRR1339431 1 0.4835 0.69374 0.720 0.000 0.148 0.104 0.004 0.024
#> SRR1378948 3 0.7405 -0.14817 0.000 0.056 0.324 0.312 0.020 0.288
#> SRR1469237 1 0.0914 0.83486 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1098264 2 0.3706 0.38866 0.000 0.816 0.000 0.076 0.080 0.028
#> SRR1406224 6 0.4617 0.35884 0.000 0.428 0.000 0.020 0.012 0.540
#> SRR1393026 3 0.2345 0.73092 0.028 0.000 0.904 0.052 0.004 0.012
#> SRR808428 5 0.5051 0.76221 0.000 0.388 0.000 0.004 0.540 0.068
#> SRR615910 2 0.5444 0.13908 0.000 0.608 0.000 0.012 0.144 0.236
#> SRR1076219 1 0.8078 -0.19812 0.284 0.000 0.268 0.148 0.272 0.028
#> SRR1481128 1 0.0692 0.83486 0.976 0.000 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1359262 2 0.6173 -0.28207 0.000 0.448 0.000 0.008 0.284 0.260
#> SRR1407648 2 0.3861 -0.04541 0.000 0.640 0.000 0.352 0.000 0.008
#> SRR1386775 4 0.4653 0.59726 0.000 0.064 0.048 0.736 0.000 0.152
#> SRR1388399 4 0.4679 0.59253 0.000 0.068 0.044 0.732 0.000 0.156
#> SRR1361499 2 0.3769 0.26943 0.000 0.776 0.000 0.036 0.176 0.012
#> SRR1500709 2 0.6339 -0.04946 0.000 0.496 0.000 0.332 0.088 0.084
#> SRR1335917 1 0.1675 0.82804 0.936 0.000 0.008 0.032 0.000 0.024
#> SRR1430615 2 0.5932 -0.17425 0.000 0.440 0.000 0.000 0.224 0.336
#> SRR1335212 3 0.6243 0.56389 0.208 0.008 0.592 0.140 0.004 0.048
#> SRR1400159 6 0.5581 0.56282 0.000 0.024 0.056 0.104 0.124 0.692
#> SRR1457245 2 0.4964 -0.28794 0.000 0.592 0.000 0.016 0.344 0.048
#> SRR1356746 5 0.3646 0.81855 0.000 0.292 0.000 0.004 0.700 0.004
#> SRR658319 2 0.5609 -0.04360 0.000 0.504 0.000 0.000 0.160 0.336
#> SRR1435946 1 0.0914 0.83477 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1370308 1 0.4767 0.66241 0.704 0.000 0.208 0.060 0.004 0.024
#> SRR1100893 1 0.0000 0.83579 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2762 0.72912 0.036 0.000 0.884 0.056 0.008 0.016
#> SRR1381799 2 0.3956 0.36061 0.000 0.796 0.000 0.028 0.080 0.096
#> SRR1310158 3 0.1223 0.74166 0.016 0.000 0.960 0.012 0.004 0.008
#> SRR1341100 4 0.5500 0.49014 0.000 0.332 0.004 0.536 0.000 0.128
#> SRR1342873 1 0.7920 -0.17027 0.304 0.000 0.276 0.112 0.280 0.028
#> SRR1472102 2 0.3660 0.42728 0.000 0.780 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR1409421 3 0.7928 0.21435 0.276 0.000 0.296 0.124 0.280 0.024
#> SRR1328577 2 0.1542 0.43863 0.000 0.944 0.000 0.016 0.024 0.016
#> SRR808942 2 0.5898 -0.05276 0.000 0.484 0.000 0.004 0.196 0.316
#> SRR1343818 2 0.1269 0.44259 0.000 0.956 0.000 0.012 0.020 0.012
#> SRR1472415 5 0.3867 0.80547 0.000 0.328 0.000 0.000 0.660 0.012
#> SRR658409 4 0.4873 0.32631 0.000 0.440 0.000 0.508 0.004 0.048
#> SRR1469681 1 0.1682 0.82329 0.928 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052
#> SRR1075484 2 0.5312 -0.14724 0.000 0.488 0.000 0.020 0.056 0.436
#> SRR1417894 3 0.1078 0.74128 0.016 0.000 0.964 0.012 0.000 0.008
#> SRR1417422 6 0.5439 0.66011 0.000 0.156 0.000 0.016 0.204 0.624
#> SRR1090674 1 0.0603 0.83563 0.980 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.5010 0.499 0.499
#> 3 3 0.927 0.939 0.973 0.2506 0.850 0.706
#> 4 4 0.770 0.671 0.857 0.1119 0.960 0.893
#> 5 5 0.781 0.800 0.880 0.0785 0.825 0.535
#> 6 6 0.951 0.874 0.942 0.0501 0.954 0.809
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.518 0.8720 0.884 0.116
#> SRR1455391 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.730 0.7505 0.796 0.204
#> SRR1388281 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.697 0.7748 0.812 0.188
#> SRR1357166 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.278 0.9477 0.952 0.048
#> SRR1456818 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.999 0.0571 0.480 0.520
#> SRR1102949 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.443 0.9005 0.908 0.092
#> SRR1434955 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.518 0.8644 0.116 0.884
#> SRR1406621 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1100472 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1437644 1 0.242 0.9555 0.960 0.040
#> SRR1105009 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.327 0.9354 0.940 0.060
#> SRR1469237 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.9947 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.9926 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 3 0.0237 0.930 0.004 0.000 0.996
#> SRR1454158 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 3 0.4399 0.783 0.000 0.188 0.812
#> SRR1472704 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.2878 0.881 0.904 0.000 0.096
#> SRR1312822 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.3412 0.815 0.876 0.124 0.000
#> SRR1455391 1 0.1860 0.934 0.948 0.000 0.052
#> SRR1068999 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070208 1 0.1860 0.933 0.948 0.000 0.052
#> SRR1317282 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.4235 0.795 0.000 0.176 0.824
#> SRR1388281 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.4555 0.769 0.000 0.200 0.800
#> SRR1357166 3 0.4291 0.791 0.180 0.000 0.820
#> SRR1488586 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.4399 0.759 0.000 0.812 0.188
#> SRR1465693 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.3619 0.828 0.136 0.864 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 1 0.2261 0.897 0.932 0.068 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415792 1 0.6252 0.126 0.556 0.000 0.444
#> SRR1369088 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.4346 0.766 0.000 0.816 0.184
#> SRR1099981 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR813868 2 0.2537 0.898 0.000 0.920 0.080
#> SRR1394912 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.6168 0.271 0.000 0.588 0.412
#> SRR1100472 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469279 3 0.0237 0.930 0.004 0.000 0.996
#> SRR1091791 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.2625 0.877 0.084 0.000 0.916
#> SRR1464702 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074860 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.5465 0.584 0.000 0.712 0.288
#> SRR1489589 3 0.5678 0.572 0.000 0.316 0.684
#> SRR1378284 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.0592 0.924 0.000 0.012 0.988
#> SRR1323829 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0237 0.930 0.004 0.000 0.996
#> SRR659223 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR821498 2 0.3941 0.805 0.000 0.844 0.156
#> SRR1378903 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0237 0.980 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488196 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5948 0.419 0.000 0.640 0.360
#> SRR812198 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 3 0.5058 0.704 0.000 0.244 0.756
#> SRR1391575 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.5650 0.534 0.000 0.688 0.312
#> SRR1455902 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437644 3 0.4555 0.769 0.000 0.200 0.800
#> SRR1105009 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR660248 3 0.4750 0.747 0.000 0.216 0.784
#> SRR1409620 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.4504 0.773 0.196 0.000 0.804
#> SRR808428 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 3 0.4346 0.787 0.184 0.000 0.816
#> SRR1481128 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.1163 0.951 0.972 0.028 0.000
#> SRR1388399 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.4750 0.747 0.216 0.000 0.784
#> SRR1400159 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.4291 0.791 0.180 0.000 0.820
#> SRR1381799 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342873 3 0.4750 0.747 0.216 0.000 0.784
#> SRR1472102 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409421 3 0.0237 0.930 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328577 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.979 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.931 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417422 2 0.0237 0.975 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090674 1 0.0000 0.984 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.5070 0.53009 0.000 0.580 0.004 0.416
#> SRR1345953 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0188 0.80163 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419656 3 0.4967 0.21401 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1454158 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475408 3 0.2282 0.68922 0.000 0.052 0.924 0.024
#> SRR1472704 2 0.0188 0.80163 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090046 1 0.4998 0.02296 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1490246 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1083959 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR655852 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1353994 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1454009 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1327896 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464788 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1346861 2 0.0336 0.80022 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318774 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420517 4 0.4898 -0.07227 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1369584 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1443244 1 0.4992 0.09402 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1455391 3 0.4981 0.11259 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1068999 1 0.4522 0.51560 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1481297 3 0.4972 0.20683 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1070208 1 0.2345 0.82080 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472506 4 0.6603 0.09841 0.000 0.104 0.316 0.580
#> SRR1388281 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR662306 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.1557 0.28935 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1357166 3 0.2011 0.68712 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1488586 4 0.4804 0.09408 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1485398 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409397 3 0.6733 0.03370 0.000 0.092 0.492 0.416
#> SRR1465693 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1096547 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.4477 0.43767 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1420238 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.1118 0.77438 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1102949 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5498 0.11127 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1403814 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404887 1 0.4313 0.49957 0.736 0.260 0.000 0.004
#> SRR1434955 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.4888 0.53776 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1078258 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1070260 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.6201 0.19846 0.376 0.000 0.564 0.060
#> SRR1369088 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1406621 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1401017 4 0.7792 -0.04279 0.000 0.324 0.260 0.416
#> SRR1099981 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR815208 2 0.0188 0.80163 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380460 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456010 3 0.4981 0.20315 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR1498416 2 0.0188 0.80167 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818873 2 0.5320 0.51865 0.000 0.572 0.012 0.416
#> SRR813868 2 0.4431 0.35835 0.000 0.696 0.304 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.3074 0.71983 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1459866 1 0.4164 0.65663 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1364871 2 0.7068 0.07750 0.000 0.548 0.156 0.296
#> SRR1100472 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.4955 0.49321 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1391511 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0188 0.80163 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457705 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.2704 0.82412 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1473124 3 0.4661 0.38376 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR1469279 3 0.0592 0.74569 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1091791 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341539 4 0.4972 -0.36814 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1446354 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.3311 0.77421 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR656970 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1473403 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.1452 0.72701 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1464702 1 0.2921 0.77572 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1074860 2 0.0336 0.79623 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0524 0.79576 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1489589 3 0.5950 0.13151 0.000 0.040 0.544 0.416
#> SRR1378284 1 0.4898 0.18880 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1408014 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1083052 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.5427 0.16799 0.000 0.016 0.568 0.416
#> SRR1323829 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1086772 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1071905 3 0.0188 0.75099 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR659223 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1386945 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.4955 0.05093 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1378903 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472907 3 0.4992 0.16974 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1442313 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.4730 0.57427 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1342758 1 0.1716 0.87753 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR656911 2 0.2589 0.68153 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1070738 1 0.1022 0.90126 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1476950 1 0.1624 0.88748 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1488196 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.2704 0.66479 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1413392 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5398 0.52692 0.000 0.580 0.016 0.404
#> SRR812198 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0188 0.80165 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322249 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811285 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR657018 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1439915 3 0.6292 0.09633 0.000 0.060 0.524 0.416
#> SRR1391575 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.1022 0.73637 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1336181 2 0.0188 0.80163 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362972 1 0.0817 0.90730 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1366790 2 0.0188 0.79991 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1455902 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.7648 -0.00545 0.000 0.208 0.392 0.400
#> SRR1105009 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660248 3 0.4746 0.19148 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1409620 1 0.2704 0.82391 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1455807 2 0.0336 0.80022 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1339431 1 0.4331 0.57307 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1378948 3 0.4222 0.49224 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1469237 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406224 2 0.4866 0.54355 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1393026 3 0.1637 0.70882 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1076219 4 0.5971 0.01468 0.048 0.000 0.368 0.584
#> SRR1481128 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1407648 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.3745 0.76178 0.852 0.088 0.000 0.060
#> SRR1388399 4 0.5112 -0.00217 0.436 0.004 0.000 0.560
#> SRR1361499 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1335212 3 0.6360 0.39897 0.164 0.000 0.656 0.180
#> SRR1400159 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0469 0.79861 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658319 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0592 0.91111 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1389 0.71993 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.2408 0.70666 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1342873 4 0.7751 0.01074 0.240 0.000 0.344 0.416
#> SRR1472102 2 0.4941 0.50775 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1409421 3 0.4967 0.22014 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1328577 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0188 0.80163 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658409 2 0.0000 0.80266 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.4898 0.53571 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1417894 3 0.0000 0.75327 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.5835 0.57721 0.000 0.656 0.064 0.280
#> SRR1090674 1 0.0000 0.92367 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.3550 0.8852 0.000 0.760 0.004 0.000 0.236
#> SRR1345953 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357826 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1419656 4 0.3796 0.5111 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1454158 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475408 3 0.4161 0.5757 0.000 0.000 0.752 0.208 0.040
#> SRR1472704 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1090046 3 0.4161 0.3469 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.2338 0.8278 0.000 0.112 0.000 0.004 0.884
#> SRR1334587 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1083959 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR655852 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1353994 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1454009 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1327896 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1346861 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1318774 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420517 4 0.1597 0.5510 0.000 0.048 0.012 0.940 0.000
#> SRR1369584 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1443244 5 0.3319 0.7072 0.160 0.020 0.000 0.000 0.820
#> SRR1455391 3 0.3561 0.5443 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1068999 4 0.4235 0.1315 0.424 0.000 0.000 0.576 0.000
#> SRR1481297 4 0.3837 0.5052 0.000 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 4 0.4240 0.4467 0.000 0.240 0.024 0.732 0.004
#> SRR1388281 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR662306 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.1608 0.5523 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1357166 3 0.2280 0.7464 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1488586 2 0.5495 -0.1862 0.064 0.500 0.000 0.436 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.3550 0.6292 0.000 0.760 0.236 0.000 0.004
#> SRR1465693 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1096547 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 4 0.4210 0.3523 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 5 0.3336 0.6599 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4300 0.0896 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR1403814 5 0.2806 0.7752 0.000 0.152 0.000 0.004 0.844
#> SRR1404887 5 0.5457 0.4855 0.196 0.132 0.000 0.004 0.668
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2068 0.8571 0.904 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356765 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1078258 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1070260 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359147 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.4323 0.4258 0.332 0.012 0.656 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.3550 0.8852 0.000 0.760 0.004 0.000 0.236
#> SRR1406621 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1401017 2 0.3852 0.6529 0.000 0.760 0.220 0.000 0.020
#> SRR1099981 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR815208 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091097 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 4 0.3949 0.4787 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1498416 5 0.0963 0.9123 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR818873 2 0.4203 0.8472 0.000 0.760 0.052 0.000 0.188
#> SRR813868 5 0.2583 0.7912 0.000 0.004 0.132 0.000 0.864
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.3656 0.6726 0.000 0.168 0.000 0.032 0.800
#> SRR1459866 4 0.6680 0.0329 0.348 0.240 0.000 0.412 0.000
#> SRR1364871 4 0.4597 0.2607 0.000 0.000 0.012 0.564 0.424
#> SRR1100472 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0451 0.6385 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1391511 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1457705 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.6093 0.4129 0.568 0.240 0.000 0.192 0.000
#> SRR1473124 4 0.4235 0.3266 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1469279 3 0.3534 0.5232 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1091791 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.4393 0.8255 0.000 0.756 0.000 0.076 0.168
#> SRR1446354 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.6424 0.2941 0.508 0.240 0.000 0.252 0.000
#> SRR656970 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1473403 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 3 0.1792 0.7912 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.3143 0.6924 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1074860 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655447 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404442 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.1608 0.8738 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1489589 2 0.3424 0.6225 0.000 0.760 0.240 0.000 0.000
#> SRR1378284 2 0.3452 0.5633 0.244 0.756 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.3550 0.6292 0.000 0.760 0.236 0.000 0.004
#> SRR1323829 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1086772 5 0.0324 0.9427 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1486457 3 0.0771 0.8464 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR1415257 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1071905 3 0.0880 0.8376 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1386945 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.4307 0.0540 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1378903 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 4 0.3707 0.5193 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.3452 0.8831 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1342758 1 0.4482 0.6964 0.752 0.160 0.000 0.088 0.000
#> SRR656911 5 0.1965 0.8388 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1070738 1 0.3612 0.6201 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR1476950 1 0.1732 0.8675 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.4015 0.3225 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR812198 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0290 0.9425 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.2338 0.7782 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR657018 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1439915 2 0.3720 0.6413 0.000 0.760 0.228 0.000 0.012
#> SRR1391575 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 5 0.0703 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1328941 3 0.0510 0.8490 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.3424 0.6665 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1366790 5 0.0290 0.9415 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1455902 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 5 0.6028 -0.1793 0.000 0.000 0.116 0.416 0.468
#> SRR1105009 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.4300 0.1152 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1409620 1 0.6016 0.4347 0.580 0.236 0.000 0.184 0.000
#> SRR1455807 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1339431 1 0.4306 0.0702 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR1378948 3 0.4096 0.5402 0.000 0.020 0.744 0.232 0.004
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1393026 3 0.1671 0.7997 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1076219 4 0.2151 0.5568 0.016 0.040 0.020 0.924 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1407648 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.3779 0.7846 0.840 0.032 0.000 0.068 0.060
#> SRR1388399 2 0.0162 0.6356 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.3424 0.8869 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1335212 3 0.7166 0.0729 0.020 0.240 0.404 0.336 0.000
#> SRR1400159 3 0.0324 0.8557 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1457245 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 5 0.1341 0.8878 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR658319 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0162 0.9322 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1732 0.7956 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 5 0.5398 0.4624 0.000 0.240 0.000 0.112 0.648
#> SRR1342873 4 0.5446 0.4765 0.176 0.000 0.164 0.660 0.000
#> SRR1472102 2 0.2011 0.7515 0.000 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1409421 4 0.3857 0.5014 0.000 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR1328577 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808942 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343818 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 5 0.0162 0.9456 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR658409 5 0.0000 0.9480 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3579 0.8863 0.000 0.756 0.000 0.004 0.240
#> SRR1417894 3 0.0000 0.8591 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.6564 0.3736 0.000 0.468 0.296 0.000 0.236
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9356 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1345953 5 0.0508 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1357826 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419656 6 0.0458 0.7625 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1454158 5 0.0260 0.9625 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1475408 6 0.4829 0.5309 0.000 0.016 0.240 0.000 0.072 0.672
#> SRR1472704 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090046 3 0.3468 0.5490 0.284 0.004 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.4080 0.1139 0.000 0.000 0.000 0.536 0.456 0.008
#> SRR1334587 2 0.0935 0.9816 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0632 0.9572 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1083959 5 0.0146 0.9645 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079948 5 0.0858 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1310667 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR655852 5 0.0858 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1352457 2 0.1245 0.9721 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1353994 5 0.0972 0.9584 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1459561 2 0.0865 0.9812 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1454009 3 0.0260 0.9144 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.0858 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR658105 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0547 0.9630 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1429181 2 0.1367 0.9681 0.000 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1327896 5 0.0260 0.9646 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1464788 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 6 0.2882 0.6429 0.000 0.000 0.008 0.180 0.000 0.812
#> SRR1369584 2 0.0865 0.9812 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1443244 5 0.1675 0.9335 0.024 0.000 0.000 0.032 0.936 0.008
#> SRR1455391 3 0.1327 0.8611 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 6 0.0935 0.7532 0.032 0.004 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1481297 6 0.0865 0.7604 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1070208 1 0.0858 0.9498 0.968 0.004 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1317282 3 0.0508 0.9122 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096125 5 0.0547 0.9630 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1472506 4 0.0146 0.6637 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1388281 5 0.0363 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1365622 2 0.0935 0.9816 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR662306 3 0.0146 0.9153 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 6 0.0806 0.7565 0.000 0.020 0.000 0.008 0.000 0.972
#> SRR1357166 3 0.0260 0.9132 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.0260 0.6629 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0603 0.9063 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016 0.000
#> SRR1409397 2 0.0790 0.9508 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 6 0.0632 0.7628 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0632 0.9572 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 5 0.3668 0.5062 0.000 0.004 0.000 0.328 0.668 0.000
#> SRR1102949 1 0.0146 0.9704 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 6 0.4072 0.1845 0.000 0.000 0.000 0.008 0.448 0.544
#> SRR1403814 5 0.3741 0.5273 0.000 0.000 0.000 0.320 0.672 0.008
#> SRR1404887 5 0.3762 0.7074 0.020 0.004 0.000 0.208 0.760 0.008
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.3769 0.4235 0.640 0.004 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.1492 0.9627 0.000 0.940 0.000 0.024 0.036 0.000
#> SRR1078258 5 0.0692 0.9627 0.000 0.004 0.000 0.020 0.976 0.000
#> SRR1455861 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 5 0.0972 0.9584 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1488694 1 0.0692 0.9536 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3566 0.6109 0.236 0.020 0.744 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1406621 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1401017 2 0.1010 0.9483 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099981 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR815208 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380460 5 0.0291 0.9643 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1091097 5 0.0790 0.9592 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1456010 6 0.1088 0.7603 0.000 0.024 0.016 0.000 0.000 0.960
#> SRR1498416 5 0.2344 0.8869 0.000 0.068 0.000 0.028 0.896 0.008
#> SRR818873 2 0.0858 0.9808 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR813868 5 0.1349 0.9127 0.000 0.004 0.056 0.000 0.940 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.4057 0.1836 0.000 0.000 0.000 0.556 0.436 0.008
#> SRR1459866 4 0.1168 0.6649 0.028 0.000 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR1364871 6 0.1261 0.7503 0.000 0.024 0.000 0.000 0.024 0.952
#> SRR1100472 5 0.0692 0.9627 0.000 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1331267 1 0.0858 0.9456 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1068977 4 0.3995 -0.0361 0.000 0.480 0.000 0.516 0.000 0.004
#> SRR1391511 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077920 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1457705 3 0.1003 0.9000 0.000 0.020 0.964 0.000 0.000 0.016
#> SRR1437073 4 0.0937 0.6673 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1473124 6 0.1663 0.7356 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1469279 6 0.4253 0.3591 0.012 0.008 0.372 0.000 0.000 0.608
#> SRR1091791 5 0.0717 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1341539 2 0.0935 0.9816 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0363 0.9648 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1368050 4 0.0937 0.6673 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1473403 5 0.0713 0.9604 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1084674 3 0.0291 0.9142 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.3265 0.6348 0.748 0.004 0.248 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 5 0.0777 0.9614 0.000 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR655447 5 0.0806 0.9623 0.000 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008
#> SRR1404442 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418795 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.0458 0.9623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489589 2 0.0790 0.9508 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378284 2 0.0363 0.9504 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.1411 0.9574 0.000 0.936 0.000 0.000 0.060 0.004
#> SRR1083052 1 0.0632 0.9550 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1339236 2 0.0632 0.9509 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.1007 0.9761 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1086772 5 0.1010 0.9561 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR1486457 3 0.2060 0.8427 0.000 0.016 0.900 0.000 0.000 0.084
#> SRR1415257 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 6 0.3868 0.0262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR1378903 5 0.0972 0.9584 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1472907 6 0.0508 0.7619 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1442313 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077139 2 0.1327 0.9523 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1342758 4 0.4141 0.1396 0.432 0.000 0.000 0.556 0.000 0.012
#> SRR656911 5 0.0551 0.9627 0.000 0.004 0.004 0.008 0.984 0.000
#> SRR1070738 6 0.3482 0.4750 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1476950 1 0.2915 0.7586 0.808 0.008 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1488196 3 0.0260 0.9144 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1498951 6 0.1950 0.7407 0.000 0.024 0.064 0.000 0.000 0.912
#> SRR1413392 1 0.0146 0.9708 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0508 0.9665 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR812198 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0520 0.9611 0.000 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1322249 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.0717 0.9632 0.000 0.000 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0858 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR811285 2 0.0858 0.9809 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR657018 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1439915 2 0.1285 0.9334 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR1391575 5 0.0972 0.9584 0.000 0.000 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1314092 5 0.0725 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1328941 3 0.0790 0.9004 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1336181 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362972 6 0.3955 0.2389 0.436 0.004 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1366790 5 0.0692 0.9551 0.000 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 5 0.3828 0.7111 0.000 0.008 0.004 0.028 0.764 0.196
#> SRR1105009 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367024 3 0.0405 0.9127 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR660248 3 0.4100 0.2665 0.000 0.004 0.600 0.008 0.388 0.000
#> SRR1409620 4 0.2212 0.6162 0.112 0.000 0.000 0.880 0.000 0.008
#> SRR1455807 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 6 0.3360 0.5320 0.264 0.004 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1378948 3 0.4200 0.7002 0.000 0.000 0.760 0.136 0.012 0.092
#> SRR1469237 1 0.0146 0.9709 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0508 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1406224 2 0.1382 0.9737 0.000 0.948 0.000 0.008 0.036 0.008
#> SRR1393026 3 0.0891 0.8991 0.024 0.008 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR615910 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1076219 6 0.2308 0.7109 0.008 0.004 0.000 0.108 0.000 0.880
#> SRR1481128 1 0.0146 0.9704 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0790 0.9828 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1407648 5 0.0777 0.9614 0.000 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1386775 1 0.1897 0.8885 0.908 0.000 0.000 0.084 0.004 0.004
#> SRR1388399 2 0.0790 0.9519 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.0891 0.9604 0.000 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1500709 5 0.0291 0.9643 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1335917 1 0.0717 0.9574 0.976 0.008 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430615 2 0.0865 0.9812 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1335212 4 0.1409 0.6549 0.008 0.000 0.032 0.948 0.000 0.012
#> SRR1400159 3 0.0547 0.9079 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1457245 5 0.0363 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1356746 5 0.0935 0.9361 0.000 0.032 0.000 0.000 0.964 0.004
#> SRR658319 5 0.0146 0.9636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0405 0.9124 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0363 0.9633 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.2092 0.5902 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1342873 6 0.0820 0.7597 0.016 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1472102 2 0.0858 0.9809 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1409421 6 0.0508 0.7619 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1328577 5 0.0858 0.9598 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR808942 5 0.0260 0.9637 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343818 5 0.0790 0.9592 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.9643 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 5 0.0622 0.9638 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1469681 1 0.0146 0.9704 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.1124 0.9775 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9161 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 3 0.5753 0.3390 0.000 0.252 0.560 0.012 0.176 0.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9719 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.879 0.919 0.965 0.4973 0.499 0.499
#> 3 3 0.779 0.849 0.917 0.2487 0.867 0.735
#> 4 4 0.659 0.733 0.771 0.1200 0.887 0.696
#> 5 5 0.703 0.749 0.868 0.0676 0.961 0.858
#> 6 6 0.718 0.663 0.827 0.0453 0.961 0.847
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1475408 2 0.0376 0.96777 0.004 0.996
#> SRR1472704 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.9983 0.11406 0.524 0.476
#> SRR1312822 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1334587 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.4022 0.90037 0.080 0.920
#> SRR1083959 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1310667 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1352457 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1082859 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR658105 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1464788 2 0.1843 0.95093 0.028 0.972
#> SRR1346861 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.2236 0.94387 0.036 0.964
#> SRR1420517 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.1843 0.95093 0.028 0.972
#> SRR1443244 1 0.8955 0.57302 0.688 0.312
#> SRR1455391 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.2778 0.92235 0.952 0.048
#> SRR1317282 1 0.0376 0.95439 0.996 0.004
#> SRR1096125 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1472506 1 0.9393 0.47696 0.644 0.356
#> SRR1388281 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR662306 1 0.1184 0.94707 0.984 0.016
#> SRR662811 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.9815 0.30708 0.580 0.420
#> SRR1357166 1 0.0376 0.95439 0.996 0.004
#> SRR1488586 1 0.4022 0.89422 0.920 0.080
#> SRR1485398 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.9491 0.40924 0.368 0.632
#> SRR1409397 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.7883 0.70400 0.764 0.236
#> SRR1456818 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.7950 0.69777 0.760 0.240
#> SRR1420238 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1436990 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.8909 0.58127 0.692 0.308
#> SRR1102949 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.5178 0.86044 0.116 0.884
#> SRR1403814 2 0.1414 0.95751 0.020 0.980
#> SRR1404887 1 0.8955 0.57302 0.688 0.312
#> SRR1434955 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1078258 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1488694 1 0.4298 0.88661 0.912 0.088
#> SRR1477273 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1415792 1 0.3733 0.90115 0.928 0.072
#> SRR1369088 2 0.1633 0.95433 0.024 0.976
#> SRR1406621 2 0.2236 0.94387 0.036 0.964
#> SRR1401017 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1091097 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.1843 0.95093 0.028 0.972
#> SRR818873 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1394912 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1459866 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.9996 0.00664 0.488 0.512
#> SRR1100472 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.5946 0.82750 0.856 0.144
#> SRR1068977 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1391511 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1341539 2 0.4815 0.87410 0.104 0.896
#> SRR1446354 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.3431 0.90877 0.936 0.064
#> SRR1464702 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.8909 0.58127 0.692 0.308
#> SRR655447 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.5059 0.86504 0.112 0.888
#> SRR1489589 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0376 0.96777 0.004 0.996
#> SRR1323829 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.5408 0.84782 0.876 0.124
#> SRR1415257 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0376 0.95439 0.996 0.004
#> SRR659223 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0376 0.95439 0.996 0.004
#> SRR821498 2 0.5059 0.86504 0.112 0.888
#> SRR1378903 2 0.1414 0.95751 0.020 0.980
#> SRR1472907 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1070738 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1498951 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1081023 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1090791 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.9427 0.42822 0.360 0.640
#> SRR1314092 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1336181 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1437644 2 0.8267 0.64654 0.260 0.740
#> SRR1105009 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR660248 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.9427 0.46750 0.640 0.360
#> SRR1469237 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1393026 1 0.0376 0.95439 0.996 0.004
#> SRR808428 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1386775 1 0.7056 0.76766 0.808 0.192
#> SRR1388399 2 0.7883 0.69447 0.236 0.764
#> SRR1361499 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1335917 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.2043 0.93504 0.968 0.032
#> SRR1400159 2 0.9000 0.53461 0.316 0.684
#> SRR1457245 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0376 0.95439 0.996 0.004
#> SRR1381799 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1310158 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1341100 2 0.9427 0.42822 0.360 0.640
#> SRR1342873 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1343818 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0376 0.96815 0.004 0.996
#> SRR1469681 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.96940 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0672 0.95238 0.992 0.008
#> SRR1417422 2 0.0672 0.96613 0.008 0.992
#> SRR1090674 1 0.0000 0.95603 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0892 0.9477 0.000 0.980 0.020
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.3879 0.8448 0.000 0.848 0.152
#> SRR1475408 3 0.6192 0.4329 0.000 0.420 0.580
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.6302 -0.0328 0.480 0.000 0.520
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 3 0.4235 0.7309 0.000 0.176 0.824
#> SRR1334587 2 0.1643 0.9378 0.000 0.956 0.044
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0592 0.9454 0.988 0.000 0.012
#> SRR1408574 3 0.2297 0.7373 0.036 0.020 0.944
#> SRR1083959 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079948 3 0.6267 0.3243 0.000 0.452 0.548
#> SRR1310667 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR655852 3 0.6215 0.3918 0.000 0.428 0.572
#> SRR1352457 2 0.1289 0.9420 0.000 0.968 0.032
#> SRR1353994 2 0.1643 0.9385 0.000 0.956 0.044
#> SRR1459561 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454009 1 0.0592 0.9455 0.988 0.000 0.012
#> SRR1071084 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 3 0.4235 0.7309 0.000 0.176 0.824
#> SRR658105 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.3340 0.8827 0.000 0.880 0.120
#> SRR1327896 3 0.4235 0.7309 0.000 0.176 0.824
#> SRR1464788 3 0.1643 0.7333 0.000 0.044 0.956
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 3 0.0424 0.7280 0.000 0.008 0.992
#> SRR1420517 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369584 3 0.1643 0.7333 0.000 0.044 0.956
#> SRR1443244 1 0.5926 0.5148 0.644 0.000 0.356
#> SRR1455391 1 0.0237 0.9472 0.996 0.000 0.004
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.2625 0.9010 0.916 0.000 0.084
#> SRR1317282 1 0.1289 0.9377 0.968 0.000 0.032
#> SRR1096125 3 0.4291 0.7288 0.000 0.180 0.820
#> SRR1472506 1 0.6126 0.4115 0.600 0.000 0.400
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 3 0.5465 0.6446 0.000 0.288 0.712
#> SRR662306 1 0.1753 0.9290 0.952 0.000 0.048
#> SRR662811 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.6286 0.2353 0.536 0.000 0.464
#> SRR1357166 1 0.0892 0.9428 0.980 0.000 0.020
#> SRR1488586 1 0.3267 0.8701 0.884 0.000 0.116
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.6129 0.4215 0.324 0.008 0.668
#> SRR1409397 2 0.2448 0.9178 0.000 0.924 0.076
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 1 0.5363 0.6555 0.724 0.000 0.276
#> SRR1456818 1 0.1031 0.9419 0.976 0.000 0.024
#> SRR816336 1 0.5397 0.6543 0.720 0.000 0.280
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0424 0.9464 0.992 0.000 0.008
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.5882 0.5346 0.652 0.000 0.348
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 3 0.2774 0.7290 0.072 0.008 0.920
#> SRR1403814 3 0.3412 0.7415 0.000 0.124 0.876
#> SRR1404887 1 0.5926 0.5148 0.644 0.000 0.356
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0237 0.9472 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356765 3 0.6299 0.2508 0.000 0.476 0.524
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0892 0.9477 0.000 0.980 0.020
#> SRR1359147 2 0.3267 0.8863 0.000 0.884 0.116
#> SRR1488694 1 0.3412 0.8625 0.876 0.000 0.124
#> SRR1477273 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1415792 1 0.3038 0.8808 0.896 0.000 0.104
#> SRR1369088 3 0.3340 0.7421 0.000 0.120 0.880
#> SRR1406621 3 0.0424 0.7280 0.000 0.008 0.992
#> SRR1401017 2 0.2448 0.9178 0.000 0.924 0.076
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4002 0.8318 0.000 0.840 0.160
#> SRR1091097 2 0.3038 0.8985 0.000 0.896 0.104
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 3 0.1643 0.7333 0.000 0.044 0.956
#> SRR818873 2 0.1529 0.9408 0.000 0.960 0.040
#> SRR813868 3 0.5905 0.5509 0.000 0.352 0.648
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 3 0.5678 0.6115 0.000 0.316 0.684
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.6252 0.0722 0.444 0.000 0.556
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.4291 0.8001 0.820 0.000 0.180
#> SRR1068977 3 0.5678 0.6115 0.000 0.316 0.684
#> SRR1391511 2 0.0892 0.9477 0.000 0.980 0.020
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.0424 0.9464 0.992 0.000 0.008
#> SRR1437073 1 0.0237 0.9472 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473124 1 0.0747 0.9444 0.984 0.000 0.016
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 3 0.4235 0.7309 0.000 0.176 0.824
#> SRR1341539 3 0.2651 0.7320 0.060 0.012 0.928
#> SRR1446354 1 0.0424 0.9464 0.992 0.000 0.008
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0237 0.9472 0.996 0.000 0.004
#> SRR656970 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 1 0.3038 0.8834 0.896 0.000 0.104
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.5882 0.5346 0.652 0.000 0.348
#> SRR655447 2 0.2796 0.9079 0.000 0.908 0.092
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 3 0.2998 0.7323 0.068 0.016 0.916
#> SRR1489589 2 0.2448 0.9178 0.000 0.924 0.076
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.2165 0.9250 0.000 0.936 0.064
#> SRR1083052 1 0.1031 0.9419 0.976 0.000 0.024
#> SRR1339236 3 0.6225 0.4065 0.000 0.432 0.568
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 1 0.3941 0.8205 0.844 0.000 0.156
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 1 0.0892 0.9428 0.980 0.000 0.020
#> SRR659223 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 1 0.1289 0.9377 0.968 0.000 0.032
#> SRR821498 3 0.2680 0.7296 0.068 0.008 0.924
#> SRR1378903 3 0.3412 0.7415 0.000 0.124 0.876
#> SRR1472907 1 0.0424 0.9464 0.992 0.000 0.008
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.3192 0.8902 0.000 0.888 0.112
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0592 0.9454 0.988 0.000 0.012
#> SRR1488196 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1498951 1 0.0892 0.9430 0.980 0.000 0.020
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.2959 0.9013 0.000 0.900 0.100
#> SRR812198 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0892 0.9477 0.000 0.980 0.020
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.1031 0.9419 0.976 0.000 0.024
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 3 0.5363 0.6570 0.000 0.276 0.724
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.2796 0.9079 0.000 0.908 0.092
#> SRR811285 2 0.1643 0.9378 0.000 0.956 0.044
#> SRR657018 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1090791 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1439915 2 0.1529 0.9408 0.000 0.960 0.040
#> SRR1391575 3 0.6422 0.4309 0.324 0.016 0.660
#> SRR1314092 2 0.3340 0.8827 0.000 0.880 0.120
#> SRR1328941 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.3116 0.8944 0.000 0.892 0.108
#> SRR1455902 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1437644 3 0.5967 0.6120 0.216 0.032 0.752
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR660248 2 0.3340 0.8769 0.000 0.880 0.120
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.6140 0.4008 0.596 0.000 0.404
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 3 0.4796 0.7053 0.000 0.220 0.780
#> SRR1393026 1 0.1031 0.9411 0.976 0.000 0.024
#> SRR808428 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407648 3 0.4235 0.7309 0.000 0.176 0.824
#> SRR1386775 1 0.4974 0.7241 0.764 0.000 0.236
#> SRR1388399 3 0.5072 0.6515 0.196 0.012 0.792
#> SRR1361499 2 0.1031 0.9444 0.000 0.976 0.024
#> SRR1500709 3 0.6235 0.3691 0.000 0.436 0.564
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0237 0.9515 0.000 0.996 0.004
#> SRR1335212 1 0.2165 0.9169 0.936 0.000 0.064
#> SRR1400159 3 0.5553 0.5198 0.272 0.004 0.724
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.3267 0.8816 0.000 0.884 0.116
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0892 0.9428 0.980 0.000 0.020
#> SRR1381799 2 0.3879 0.8448 0.000 0.848 0.152
#> SRR1310158 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1341100 3 0.6422 0.4309 0.324 0.016 0.660
#> SRR1342873 1 0.0424 0.9464 0.992 0.000 0.008
#> SRR1472102 2 0.4605 0.7672 0.000 0.796 0.204
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.1964 0.9324 0.000 0.944 0.056
#> SRR808942 2 0.3879 0.8448 0.000 0.848 0.152
#> SRR1343818 2 0.4702 0.7474 0.000 0.788 0.212
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 3 0.5363 0.6570 0.000 0.276 0.724
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.2959 0.9013 0.000 0.900 0.100
#> SRR1417894 1 0.1411 0.9357 0.964 0.000 0.036
#> SRR1417422 3 0.6299 0.2508 0.000 0.476 0.524
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9478 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.1042 0.9368 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1076441 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1489803 2 0.0188 0.9421 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.4830 0.9574 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1454158 2 0.3900 0.8212 0.020 0.816 0.000 0.164
#> SRR1475408 4 0.5919 0.4898 0.028 0.380 0.008 0.584
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.5685 0.0703 0.024 0.000 0.516 0.460
#> SRR1312822 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1096987 4 0.3306 0.7374 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR1334587 2 0.1576 0.9272 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1490246 1 0.4843 0.9553 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1467522 1 0.4989 0.8418 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1324206 3 0.4164 0.2210 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1408574 4 0.2510 0.6791 0.012 0.008 0.064 0.916
#> SRR1083959 2 0.0188 0.9422 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079948 4 0.5105 0.3543 0.004 0.432 0.000 0.564
#> SRR1310667 2 0.0336 0.9419 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR655852 4 0.5050 0.4198 0.004 0.408 0.000 0.588
#> SRR1352457 2 0.1022 0.9332 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1353994 2 0.1635 0.9281 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR1459561 2 0.0188 0.9421 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454009 3 0.2216 0.6218 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.4866 0.9480 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1486262 4 0.3306 0.7374 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR658105 1 0.4948 0.9052 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.3447 0.8627 0.020 0.852 0.000 0.128
#> SRR1327896 4 0.3306 0.7374 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR1464788 4 0.5614 0.5965 0.336 0.036 0.000 0.628
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.4643 0.5993 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1420517 3 0.3801 0.3881 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1369584 4 0.5614 0.5965 0.336 0.036 0.000 0.628
#> SRR1443244 3 0.5137 0.4323 0.024 0.000 0.680 0.296
#> SRR1455391 3 0.4761 -0.3311 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1068999 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1481297 1 0.4830 0.9574 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1070208 3 0.3486 0.6492 0.092 0.000 0.864 0.044
#> SRR1317282 3 0.0188 0.6891 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1096125 4 0.3538 0.7347 0.004 0.160 0.004 0.832
#> SRR1472506 3 0.5442 0.3293 0.028 0.000 0.636 0.336
#> SRR1388281 2 0.0188 0.9414 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365622 4 0.4551 0.6597 0.004 0.268 0.004 0.724
#> SRR662306 3 0.0469 0.6906 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR662811 1 0.4907 0.9318 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR820571 3 0.5671 0.1856 0.028 0.000 0.572 0.400
#> SRR1357166 3 0.1716 0.6504 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1488586 3 0.2596 0.6727 0.024 0.000 0.908 0.068
#> SRR1485398 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1417725 4 0.5630 0.3539 0.032 0.000 0.360 0.608
#> SRR1409397 2 0.2662 0.8981 0.016 0.900 0.000 0.084
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.4635 0.5692 0.028 0.000 0.756 0.216
#> SRR1456818 3 0.3933 0.4403 0.200 0.000 0.792 0.008
#> SRR816336 3 0.4671 0.5525 0.028 0.000 0.752 0.220
#> SRR1420238 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR662378 3 0.3569 0.4419 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1477671 1 0.4830 0.9573 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1084079 3 0.5182 0.4676 0.028 0.000 0.684 0.288
#> SRR1102949 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1458090 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1418729 4 0.3464 0.6485 0.032 0.000 0.108 0.860
#> SRR1403814 4 0.3547 0.7388 0.020 0.112 0.008 0.860
#> SRR1404887 3 0.5137 0.4323 0.024 0.000 0.680 0.296
#> SRR1434955 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1360652 3 0.4643 -0.2096 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1356765 4 0.5741 0.3069 0.020 0.440 0.004 0.536
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.4961 0.8926 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1420296 2 0.0524 0.9413 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1481315 3 0.4776 -0.2940 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1414661 2 0.1042 0.9368 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1359147 2 0.3552 0.8601 0.024 0.848 0.000 0.128
#> SRR1488694 3 0.2593 0.6704 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR1477273 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.2563 0.6777 0.020 0.000 0.908 0.072
#> SRR1369088 4 0.3257 0.7375 0.012 0.108 0.008 0.872
#> SRR1406621 4 0.4643 0.5993 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1401017 2 0.2662 0.8981 0.016 0.900 0.000 0.084
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.4095 0.8036 0.024 0.804 0.000 0.172
#> SRR1091097 2 0.3325 0.8753 0.024 0.864 0.000 0.112
#> SRR1456010 1 0.5000 0.7825 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1498416 4 0.5614 0.5965 0.336 0.036 0.000 0.628
#> SRR818873 2 0.1489 0.9298 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR813868 4 0.4761 0.5717 0.004 0.332 0.000 0.664
#> SRR1394912 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1475824 4 0.4737 0.6284 0.004 0.296 0.004 0.696
#> SRR1459866 1 0.4855 0.9527 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1364871 4 0.5861 0.0553 0.032 0.000 0.480 0.488
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.3606 0.6388 0.024 0.000 0.844 0.132
#> SRR1068977 4 0.4737 0.6284 0.004 0.296 0.004 0.696
#> SRR1391511 2 0.1042 0.9368 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.3801 0.3795 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1437073 3 0.4643 -0.2096 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1473124 3 0.1637 0.6542 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1469279 1 0.4961 0.8880 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1091791 4 0.3490 0.7365 0.004 0.156 0.004 0.836
#> SRR1341539 4 0.3463 0.6562 0.032 0.004 0.096 0.868
#> SRR1446354 3 0.3801 0.3795 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1415420 1 0.4830 0.9573 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1368050 3 0.4643 -0.2096 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.2174 0.6772 0.020 0.000 0.928 0.052
#> SRR1464702 1 0.4866 0.9480 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1074860 3 0.5182 0.4676 0.028 0.000 0.684 0.288
#> SRR655447 2 0.3143 0.8847 0.024 0.876 0.000 0.100
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.4977 0.8744 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1458335 4 0.3533 0.6587 0.024 0.008 0.104 0.864
#> SRR1489589 2 0.2662 0.8981 0.016 0.900 0.000 0.084
#> SRR1378284 3 0.4697 -0.1982 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1408014 2 0.2489 0.9065 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR1083052 3 0.4011 0.4201 0.208 0.000 0.784 0.008
#> SRR1339236 4 0.5822 0.4665 0.028 0.392 0.004 0.576
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.3706 0.6512 0.040 0.000 0.848 0.112
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.2469 0.6045 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0188 0.6891 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR821498 4 0.3307 0.6512 0.028 0.000 0.104 0.868
#> SRR1378903 4 0.3547 0.7388 0.020 0.112 0.008 0.860
#> SRR1472907 3 0.3266 0.5082 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.4977 0.8744 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR656911 2 0.3497 0.8637 0.024 0.852 0.000 0.124
#> SRR1070738 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1476950 3 0.4134 0.2366 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1488196 3 0.0188 0.6909 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1498951 3 0.0921 0.6776 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1413392 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR657528 2 0.3160 0.8802 0.020 0.872 0.000 0.108
#> SRR812198 1 0.4972 0.8789 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR660283 2 0.1042 0.9368 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1420936 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322249 3 0.4391 0.2702 0.252 0.000 0.740 0.008
#> SRR1396682 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1095816 4 0.4283 0.6715 0.004 0.256 0.000 0.740
#> SRR1081023 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1092517 2 0.3143 0.8847 0.024 0.876 0.000 0.100
#> SRR811285 2 0.1576 0.9272 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR657018 1 0.4843 0.9553 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0188 0.9421 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439915 2 0.1489 0.9298 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR1391575 4 0.5907 0.3688 0.032 0.008 0.352 0.608
#> SRR1314092 2 0.3447 0.8627 0.020 0.852 0.000 0.128
#> SRR1328941 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1366790 2 0.3441 0.8677 0.024 0.856 0.000 0.120
#> SRR1455902 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.5784 0.5257 0.032 0.024 0.252 0.692
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0188 0.6909 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660248 2 0.3707 0.8458 0.028 0.840 0.000 0.132
#> SRR1409620 1 0.4855 0.9527 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1378948 3 0.5530 0.3195 0.032 0.000 0.632 0.336
#> SRR1469237 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406224 4 0.3973 0.7142 0.004 0.200 0.004 0.792
#> SRR1393026 3 0.0921 0.6766 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.5000 0.7747 0.500 0.000 0.500 0.000
#> SRR1481128 1 0.4855 0.9527 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1359262 2 0.0188 0.9421 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407648 4 0.3306 0.7374 0.000 0.156 0.004 0.840
#> SRR1386775 3 0.4079 0.6092 0.020 0.000 0.800 0.180
#> SRR1388399 4 0.4754 0.5491 0.016 0.008 0.228 0.748
#> SRR1361499 2 0.0817 0.9354 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1500709 4 0.5070 0.3979 0.004 0.416 0.000 0.580
#> SRR1335917 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1430615 2 0.0524 0.9413 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1335212 3 0.1388 0.6878 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1400159 4 0.5389 0.4339 0.032 0.000 0.308 0.660
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658319 2 0.3653 0.8508 0.028 0.844 0.000 0.128
#> SRR1435946 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1370308 1 0.4866 0.9494 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1100893 1 0.4977 0.8744 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1389432 3 0.2469 0.6045 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1381799 2 0.3900 0.8212 0.020 0.816 0.000 0.164
#> SRR1310158 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.5907 0.3688 0.032 0.008 0.352 0.608
#> SRR1342873 3 0.3123 0.5299 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1472102 2 0.4049 0.7619 0.008 0.780 0.000 0.212
#> SRR1409421 3 0.4999 -0.7570 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1328577 2 0.2101 0.9189 0.012 0.928 0.000 0.060
#> SRR808942 2 0.3900 0.8212 0.020 0.816 0.000 0.164
#> SRR1343818 2 0.3982 0.7436 0.004 0.776 0.000 0.220
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9423 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658409 4 0.4283 0.6715 0.004 0.256 0.000 0.740
#> SRR1469681 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1075484 2 0.3160 0.8802 0.020 0.872 0.000 0.108
#> SRR1417894 3 0.0000 0.6909 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417422 4 0.5741 0.3069 0.020 0.440 0.004 0.536
#> SRR1090674 1 0.4804 0.9598 0.616 0.000 0.384 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.1442 0.904 0.000 0.012 0.004 0.032 0.952
#> SRR1076441 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.0162 0.911 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1345953 5 0.1341 0.896 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1357826 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0510 0.898 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.4445 0.700 0.000 0.024 0.004 0.272 0.700
#> SRR1475408 4 0.5617 0.509 0.000 0.076 0.016 0.636 0.272
#> SRR1472704 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 3 0.4940 0.189 0.004 0.020 0.540 0.436 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.1557 0.671 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1334587 5 0.2462 0.870 0.000 0.008 0.000 0.112 0.880
#> SRR1490246 1 0.0880 0.896 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2561 0.809 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1324206 3 0.4268 0.267 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1408574 4 0.2830 0.587 0.000 0.044 0.080 0.876 0.000
#> SRR1083959 5 0.0671 0.910 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1079948 4 0.4047 0.497 0.000 0.004 0.000 0.676 0.320
#> SRR1310667 5 0.0290 0.911 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR655852 4 0.3928 0.526 0.000 0.004 0.000 0.700 0.296
#> SRR1352457 5 0.1544 0.893 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1353994 5 0.2349 0.884 0.000 0.012 0.004 0.084 0.900
#> SRR1459561 5 0.0162 0.911 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1454009 3 0.3109 0.721 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0880 0.894 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.1557 0.671 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR658105 1 0.1965 0.858 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 5 0.3476 0.824 0.000 0.020 0.004 0.160 0.816
#> SRR1327896 4 0.1557 0.671 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1464788 2 0.2054 0.965 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> SRR1346861 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.1956 0.946 0.000 0.916 0.008 0.076 0.000
#> SRR1420517 3 0.4045 0.504 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.2054 0.965 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> SRR1443244 3 0.4291 0.559 0.004 0.016 0.704 0.276 0.000
#> SRR1455391 1 0.4060 0.425 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0510 0.898 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1070208 3 0.3452 0.739 0.148 0.000 0.820 0.032 0.000
#> SRR1317282 3 0.1197 0.769 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.1502 0.671 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1472506 3 0.4518 0.495 0.004 0.016 0.660 0.320 0.000
#> SRR1388281 5 0.1478 0.892 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1365622 4 0.2930 0.644 0.000 0.004 0.000 0.832 0.164
#> SRR662306 3 0.1484 0.770 0.048 0.000 0.944 0.008 0.000
#> SRR662811 1 0.1341 0.884 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.4835 0.377 0.004 0.020 0.592 0.384 0.000
#> SRR1357166 3 0.2648 0.745 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1488586 3 0.2228 0.749 0.020 0.008 0.916 0.056 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.4856 0.226 0.000 0.028 0.388 0.584 0.000
#> SRR1409397 5 0.2784 0.862 0.000 0.016 0.004 0.108 0.872
#> SRR1465693 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096547 3 0.3874 0.643 0.008 0.016 0.776 0.200 0.000
#> SRR1456818 3 0.4074 0.473 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.4211 0.647 0.016 0.016 0.752 0.216 0.000
#> SRR1420238 1 0.0162 0.900 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.3895 0.561 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0510 0.899 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.4302 0.578 0.000 0.032 0.720 0.248 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.4127 0.532 0.000 0.080 0.136 0.784 0.000
#> SRR1403814 4 0.2606 0.643 0.000 0.056 0.012 0.900 0.032
#> SRR1404887 3 0.4291 0.559 0.004 0.016 0.704 0.276 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.4210 0.283 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1356765 4 0.4642 0.452 0.000 0.020 0.004 0.648 0.328
#> SRR1078258 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.2020 0.854 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.0451 0.911 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1070260 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4114 0.357 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.1356 0.905 0.000 0.012 0.004 0.028 0.956
#> SRR1359147 5 0.4387 0.746 0.000 0.028 0.008 0.232 0.732
#> SRR1488694 3 0.2236 0.750 0.024 0.000 0.908 0.068 0.000
#> SRR1477273 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.2659 0.762 0.052 0.000 0.888 0.060 0.000
#> SRR1369088 4 0.2417 0.646 0.000 0.040 0.016 0.912 0.032
#> SRR1406621 2 0.1956 0.946 0.000 0.916 0.008 0.076 0.000
#> SRR1401017 5 0.2784 0.862 0.000 0.016 0.004 0.108 0.872
#> SRR1099981 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 5 0.4668 0.679 0.000 0.028 0.008 0.276 0.688
#> SRR1091097 5 0.4268 0.765 0.000 0.028 0.008 0.216 0.748
#> SRR1456010 1 0.3452 0.669 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.2054 0.965 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> SRR818873 5 0.1502 0.899 0.000 0.004 0.000 0.056 0.940
#> SRR813868 4 0.3305 0.598 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1394912 1 0.0162 0.900 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.3003 0.631 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1459866 1 0.0703 0.898 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.4974 0.138 0.000 0.028 0.508 0.464 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 3 0.3155 0.727 0.020 0.008 0.852 0.120 0.000
#> SRR1068977 4 0.3003 0.631 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1391511 5 0.1356 0.905 0.000 0.012 0.004 0.028 0.956
#> SRR1077920 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 3 0.4101 0.464 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.4210 0.283 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.2516 0.748 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.2471 0.815 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.1430 0.670 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR1341539 4 0.4149 0.540 0.000 0.080 0.124 0.792 0.004
#> SRR1446354 3 0.4101 0.464 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0510 0.899 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.4210 0.283 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473403 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 3 0.2011 0.752 0.020 0.008 0.928 0.044 0.000
#> SRR1464702 1 0.0963 0.892 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1074860 3 0.4302 0.578 0.000 0.032 0.720 0.248 0.000
#> SRR655447 5 0.4173 0.779 0.000 0.028 0.008 0.204 0.760
#> SRR1404442 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.2329 0.834 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.3617 0.565 0.000 0.044 0.128 0.824 0.004
#> SRR1489589 5 0.2784 0.862 0.000 0.016 0.004 0.108 0.872
#> SRR1378284 1 0.4242 0.194 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR1408014 5 0.2511 0.874 0.000 0.016 0.004 0.088 0.892
#> SRR1083052 3 0.4101 0.455 0.372 0.000 0.628 0.000 0.000
#> SRR1339236 4 0.5583 0.500 0.000 0.076 0.012 0.628 0.284
#> SRR1323829 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086772 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 3 0.4010 0.737 0.068 0.012 0.812 0.108 0.000
#> SRR1415257 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071905 3 0.3210 0.710 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386945 3 0.1197 0.769 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.3578 0.556 0.000 0.048 0.132 0.820 0.000
#> SRR1378903 4 0.2606 0.643 0.000 0.056 0.012 0.900 0.032
#> SRR1472907 3 0.3684 0.628 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.2329 0.834 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.4329 0.755 0.000 0.028 0.008 0.224 0.740
#> SRR1070738 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.4268 0.268 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.1043 0.767 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.1671 0.766 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0162 0.900 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657528 5 0.3219 0.843 0.000 0.020 0.004 0.136 0.840
#> SRR812198 1 0.2127 0.846 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.1356 0.905 0.000 0.012 0.004 0.028 0.956
#> SRR1420936 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 3 0.4262 0.256 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.2806 0.652 0.000 0.000 0.004 0.844 0.152
#> SRR1081023 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.4173 0.779 0.000 0.028 0.008 0.204 0.760
#> SRR811285 5 0.2462 0.870 0.000 0.008 0.000 0.112 0.880
#> SRR657018 1 0.0703 0.898 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.0162 0.911 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1439915 5 0.1502 0.899 0.000 0.004 0.000 0.056 0.940
#> SRR1391575 4 0.4835 0.244 0.000 0.028 0.380 0.592 0.000
#> SRR1314092 5 0.3556 0.818 0.000 0.020 0.004 0.168 0.808
#> SRR1328941 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0162 0.911 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1362972 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.3917 0.801 0.000 0.024 0.008 0.184 0.784
#> SRR1455902 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.5044 0.448 0.000 0.036 0.280 0.668 0.016
#> SRR1105009 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.1043 0.767 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.4829 0.733 0.000 0.068 0.008 0.200 0.724
#> SRR1409620 1 0.0794 0.897 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.4366 0.488 0.000 0.016 0.664 0.320 0.000
#> SRR1469237 1 0.0162 0.900 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.1341 0.896 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1406224 4 0.2011 0.668 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088
#> SRR1393026 3 0.1851 0.764 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.3039 0.751 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0703 0.898 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.0162 0.911 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1407648 4 0.1557 0.671 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1386775 3 0.3504 0.686 0.008 0.016 0.816 0.160 0.000
#> SRR1388399 4 0.4605 0.485 0.004 0.040 0.248 0.708 0.000
#> SRR1361499 5 0.1341 0.897 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1500709 4 0.3969 0.516 0.000 0.004 0.000 0.692 0.304
#> SRR1335917 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.0451 0.911 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1335212 3 0.1300 0.762 0.028 0.000 0.956 0.016 0.000
#> SRR1400159 4 0.4687 0.352 0.000 0.028 0.336 0.636 0.000
#> SRR1457245 5 0.0404 0.910 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1356746 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 5 0.4796 0.739 0.000 0.068 0.008 0.196 0.728
#> SRR1435946 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0880 0.895 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.2329 0.834 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3210 0.710 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.4445 0.700 0.000 0.024 0.004 0.272 0.700
#> SRR1310158 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.4835 0.244 0.000 0.028 0.380 0.592 0.000
#> SRR1342873 3 0.3508 0.661 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1472102 5 0.4109 0.687 0.000 0.012 0.000 0.288 0.700
#> SRR1409421 1 0.3424 0.680 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1328577 5 0.3516 0.830 0.000 0.020 0.008 0.152 0.820
#> SRR808942 5 0.4445 0.700 0.000 0.024 0.004 0.272 0.700
#> SRR1343818 5 0.4218 0.609 0.000 0.008 0.000 0.332 0.660
#> SRR1472415 5 0.0000 0.911 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 4 0.2806 0.652 0.000 0.000 0.004 0.844 0.152
#> SRR1469681 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 5 0.3219 0.843 0.000 0.020 0.004 0.136 0.840
#> SRR1417894 3 0.1121 0.769 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1417422 4 0.4642 0.452 0.000 0.020 0.004 0.648 0.328
#> SRR1090674 1 0.0000 0.899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.2020 0.78440 0.000 0.000 0.000 0.008 0.896 0.096
#> SRR1076441 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.0260 0.84352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1345953 5 0.2221 0.75015 0.000 0.000 0.000 0.032 0.896 0.072
#> SRR1357826 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0632 0.88992 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 6 0.5360 0.58978 0.000 0.000 0.000 0.108 0.436 0.456
#> SRR1475408 6 0.4717 -0.37668 0.000 0.000 0.004 0.456 0.036 0.504
#> SRR1472704 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.5291 0.13323 0.000 0.016 0.476 0.448 0.000 0.060
#> SRR1312822 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.2730 0.66161 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1334587 5 0.4204 0.37272 0.000 0.000 0.000 0.052 0.696 0.252
#> SRR1490246 1 0.0937 0.88922 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2454 0.79940 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 3 0.4116 0.27960 0.416 0.000 0.572 0.000 0.000 0.012
#> SRR1408574 4 0.1821 0.60642 0.000 0.008 0.040 0.928 0.000 0.024
#> SRR1083959 5 0.1757 0.80434 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916 0.076
#> SRR1079948 4 0.4685 0.33557 0.000 0.000 0.000 0.520 0.044 0.436
#> SRR1310667 5 0.0865 0.83324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR655852 4 0.4654 0.37655 0.000 0.000 0.000 0.544 0.044 0.412
#> SRR1352457 5 0.2433 0.74851 0.000 0.000 0.000 0.044 0.884 0.072
#> SRR1353994 5 0.3202 0.67304 0.000 0.000 0.000 0.040 0.816 0.144
#> SRR1459561 5 0.0363 0.84270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1454009 3 0.2668 0.71493 0.168 0.000 0.828 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071084 3 0.0146 0.76080 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0937 0.88737 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.2730 0.66161 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR658105 1 0.2003 0.84638 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 5 0.4408 0.15164 0.000 0.000 0.000 0.044 0.636 0.320
#> SRR1327896 4 0.2730 0.66161 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1464788 2 0.0458 0.97039 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.1434 0.95402 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1420517 3 0.3804 0.50518 0.336 0.000 0.656 0.000 0.000 0.008
#> SRR1369584 2 0.0458 0.97039 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1443244 3 0.4967 0.53195 0.000 0.016 0.640 0.276 0.000 0.068
#> SRR1455391 1 0.3695 0.41787 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0632 0.88992 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 3 0.3444 0.73054 0.124 0.000 0.816 0.052 0.000 0.008
#> SRR1317282 3 0.0260 0.76097 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.2823 0.65704 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1472506 3 0.5342 0.46764 0.000 0.016 0.592 0.300 0.000 0.092
#> SRR1388281 5 0.2436 0.72910 0.000 0.000 0.000 0.032 0.880 0.088
#> SRR1365622 4 0.3584 0.58499 0.000 0.000 0.000 0.688 0.004 0.308
#> SRR662306 3 0.0914 0.76330 0.016 0.000 0.968 0.016 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.1327 0.87971 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.5552 0.32396 0.000 0.016 0.516 0.376 0.000 0.092
#> SRR1357166 3 0.2003 0.73981 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 3 0.2601 0.74333 0.004 0.016 0.888 0.068 0.000 0.024
#> SRR1485398 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.5135 0.28938 0.000 0.016 0.304 0.608 0.000 0.072
#> SRR1409397 5 0.3314 0.49822 0.000 0.000 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1465693 5 0.0146 0.84414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096547 3 0.4589 0.63210 0.000 0.016 0.720 0.176 0.000 0.088
#> SRR1456818 3 0.4153 0.47801 0.340 0.000 0.640 0.008 0.000 0.012
#> SRR816336 3 0.4615 0.62217 0.000 0.016 0.712 0.192 0.000 0.080
#> SRR1420238 1 0.0146 0.89421 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0146 0.76080 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.3729 0.56143 0.296 0.000 0.692 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477671 1 0.0547 0.89373 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.5000 0.54183 0.000 0.024 0.644 0.272 0.000 0.060
#> SRR1102949 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.3707 0.53777 0.000 0.048 0.080 0.820 0.000 0.052
#> SRR1403814 4 0.2361 0.65018 0.000 0.028 0.000 0.884 0.000 0.088
#> SRR1404887 3 0.4967 0.53195 0.000 0.016 0.640 0.276 0.000 0.068
#> SRR1434955 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.3823 0.25320 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 4 0.5770 -0.00954 0.000 0.000 0.000 0.500 0.212 0.288
#> SRR1078258 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.2003 0.84462 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.0937 0.83146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1070260 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4553 0.35497 0.604 0.008 0.364 0.008 0.000 0.016
#> SRR1414661 5 0.1918 0.79170 0.000 0.000 0.000 0.008 0.904 0.088
#> SRR1359147 6 0.5127 0.65551 0.000 0.000 0.000 0.088 0.384 0.528
#> SRR1488694 3 0.3012 0.73899 0.008 0.012 0.864 0.080 0.000 0.036
#> SRR1477273 3 0.0146 0.76080 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3373 0.74877 0.032 0.012 0.852 0.064 0.000 0.040
#> SRR1369088 4 0.1866 0.65240 0.000 0.008 0.000 0.908 0.000 0.084
#> SRR1406621 2 0.1434 0.95402 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1401017 5 0.3189 0.54885 0.000 0.000 0.000 0.004 0.760 0.236
#> SRR1099981 5 0.0547 0.83939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR815208 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 6 0.5448 0.66148 0.000 0.000 0.000 0.132 0.352 0.516
#> SRR1091097 6 0.5054 0.62043 0.000 0.000 0.000 0.076 0.420 0.504
#> SRR1456010 1 0.3290 0.66334 0.744 0.000 0.252 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498416 2 0.0458 0.97039 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR818873 5 0.2513 0.72360 0.000 0.000 0.000 0.008 0.852 0.140
#> SRR813868 4 0.3695 0.52022 0.000 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1394912 1 0.0146 0.89421 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.3804 0.56168 0.000 0.000 0.000 0.656 0.008 0.336
#> SRR1459866 1 0.0777 0.89253 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1364871 4 0.5571 -0.11830 0.000 0.016 0.424 0.472 0.000 0.088
#> SRR1100472 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.3374 0.71722 0.004 0.016 0.824 0.132 0.000 0.024
#> SRR1068977 4 0.3804 0.56168 0.000 0.000 0.000 0.656 0.008 0.336
#> SRR1391511 5 0.1970 0.78799 0.000 0.000 0.000 0.008 0.900 0.092
#> SRR1077920 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.3847 0.46939 0.348 0.000 0.644 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437073 1 0.3823 0.25320 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.2149 0.74253 0.104 0.000 0.888 0.004 0.000 0.004
#> SRR1469279 1 0.2362 0.81719 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091791 4 0.2762 0.65979 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1341539 4 0.3191 0.55777 0.000 0.048 0.072 0.852 0.000 0.028
#> SRR1446354 3 0.3847 0.46939 0.348 0.000 0.644 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415420 1 0.0547 0.89373 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.3823 0.25320 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.2317 0.74256 0.000 0.016 0.900 0.064 0.000 0.020
#> SRR1464702 1 0.1075 0.88459 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 3 0.5000 0.54183 0.000 0.024 0.644 0.272 0.000 0.060
#> SRR655447 6 0.4939 0.58380 0.000 0.000 0.000 0.064 0.440 0.496
#> SRR1404442 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.2219 0.82727 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.3047 0.57587 0.000 0.008 0.080 0.852 0.000 0.060
#> SRR1489589 5 0.3314 0.49822 0.000 0.000 0.000 0.004 0.740 0.256
#> SRR1378284 1 0.4661 0.20136 0.556 0.008 0.412 0.008 0.000 0.016
#> SRR1408014 5 0.2562 0.67680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1083052 3 0.4180 0.46046 0.348 0.000 0.632 0.008 0.000 0.012
#> SRR1339236 6 0.4639 -0.35991 0.000 0.000 0.000 0.448 0.040 0.512
#> SRR1323829 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.4379 0.72298 0.048 0.016 0.788 0.068 0.000 0.080
#> SRR1415257 5 0.0547 0.83939 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1071905 3 0.2738 0.70838 0.176 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004
#> SRR659223 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0260 0.76097 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.2896 0.56410 0.000 0.012 0.080 0.864 0.000 0.044
#> SRR1378903 4 0.2361 0.65018 0.000 0.028 0.000 0.884 0.000 0.088
#> SRR1472907 3 0.3494 0.63403 0.252 0.000 0.736 0.000 0.000 0.012
#> SRR1442313 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.2219 0.82727 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 6 0.5106 0.64814 0.000 0.000 0.000 0.084 0.396 0.520
#> SRR1070738 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.4116 0.28008 0.416 0.000 0.572 0.000 0.000 0.012
#> SRR1488196 3 0.0000 0.75919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.1297 0.75699 0.040 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413392 1 0.0146 0.89421 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 5 0.4018 0.23478 0.000 0.000 0.000 0.020 0.656 0.324
#> SRR812198 1 0.2048 0.83964 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.1918 0.79170 0.000 0.000 0.000 0.008 0.904 0.088
#> SRR1420936 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 3 0.4032 0.27197 0.420 0.000 0.572 0.008 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.3409 0.59651 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1081023 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 6 0.4939 0.58380 0.000 0.000 0.000 0.064 0.440 0.496
#> SRR811285 5 0.4204 0.37272 0.000 0.000 0.000 0.052 0.696 0.252
#> SRR657018 1 0.0790 0.89099 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0146 0.76080 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.0458 0.84187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1439915 5 0.2513 0.72360 0.000 0.000 0.000 0.008 0.852 0.140
#> SRR1391575 4 0.5151 0.30634 0.000 0.016 0.296 0.612 0.000 0.076
#> SRR1314092 5 0.4541 -0.04791 0.000 0.000 0.000 0.044 0.596 0.360
#> SRR1328941 3 0.0436 0.76096 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR1336181 5 0.0146 0.84354 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.4905 -0.35884 0.000 0.000 0.000 0.064 0.528 0.408
#> SRR1455902 3 0.0146 0.76080 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.4705 0.47354 0.000 0.016 0.212 0.696 0.000 0.076
#> SRR1105009 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.75919 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660248 6 0.2772 0.41432 0.000 0.000 0.000 0.004 0.180 0.816
#> SRR1409620 1 0.0935 0.89120 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455807 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.5357 0.46277 0.000 0.016 0.588 0.304 0.000 0.092
#> SRR1469237 1 0.0146 0.89421 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.2221 0.75015 0.000 0.000 0.000 0.032 0.896 0.072
#> SRR1406224 4 0.3136 0.64537 0.000 0.000 0.000 0.768 0.004 0.228
#> SRR1393026 3 0.1075 0.75822 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 5 0.0146 0.84414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1076219 1 0.2902 0.75144 0.800 0.000 0.196 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481128 1 0.0777 0.89253 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359262 5 0.0458 0.84187 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1407648 4 0.2730 0.66161 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1386775 3 0.4219 0.67141 0.000 0.016 0.760 0.144 0.000 0.080
#> SRR1388399 4 0.3535 0.51363 0.000 0.008 0.220 0.760 0.000 0.012
#> SRR1361499 5 0.2179 0.76493 0.000 0.000 0.000 0.036 0.900 0.064
#> SRR1500709 4 0.4561 0.36920 0.000 0.000 0.000 0.536 0.036 0.428
#> SRR1335917 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.0937 0.83146 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1335212 3 0.1010 0.75916 0.004 0.000 0.960 0.036 0.000 0.000
#> SRR1400159 4 0.4888 0.39440 0.000 0.016 0.260 0.656 0.000 0.068
#> SRR1457245 5 0.1265 0.81752 0.000 0.000 0.000 0.008 0.948 0.044
#> SRR1356746 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 6 0.2805 0.41868 0.000 0.000 0.000 0.004 0.184 0.812
#> SRR1435946 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0790 0.89060 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.2219 0.82727 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.2738 0.70838 0.176 0.000 0.820 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381799 6 0.5360 0.58978 0.000 0.000 0.000 0.108 0.436 0.456
#> SRR1310158 3 0.0436 0.76096 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000 0.004
#> SRR1341100 4 0.5151 0.30634 0.000 0.016 0.296 0.612 0.000 0.076
#> SRR1342873 3 0.3314 0.66202 0.224 0.000 0.764 0.000 0.000 0.012
#> SRR1472102 5 0.5634 -0.37804 0.000 0.000 0.000 0.172 0.512 0.316
#> SRR1409421 1 0.3368 0.68975 0.756 0.000 0.232 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328577 5 0.4925 -0.41182 0.000 0.000 0.000 0.064 0.512 0.424
#> SRR808942 6 0.5360 0.58978 0.000 0.000 0.000 0.108 0.436 0.456
#> SRR1343818 6 0.5790 0.63044 0.000 0.000 0.000 0.184 0.360 0.456
#> SRR1472415 5 0.0000 0.84472 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 4 0.3409 0.59651 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1469681 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 5 0.4018 0.23478 0.000 0.000 0.000 0.020 0.656 0.324
#> SRR1417894 3 0.0146 0.76080 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 4 0.5770 -0.00954 0.000 0.000 0.000 0.500 0.212 0.288
#> SRR1090674 1 0.0000 0.89379 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.5025 0.498 0.498
#> 3 3 0.800 0.708 0.871 0.3003 0.771 0.571
#> 4 4 0.925 0.924 0.962 0.1449 0.852 0.600
#> 5 5 0.787 0.764 0.839 0.0593 0.903 0.647
#> 6 6 0.764 0.612 0.797 0.0364 0.959 0.812
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1455391 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0672 0.992 0.008 0.992
#> SRR1409397 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406621 1 0.7219 0.750 0.800 0.200
#> SRR1401017 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.2236 0.958 0.964 0.036
#> SRR1100472 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.9661 0.361 0.608 0.392
#> SRR1361499 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1400159 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1457245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1345953 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1357826 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1419656 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 3 0.6309 -0.8095 0.000 0.496 0.504
#> SRR1475408 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1472704 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1090046 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 3 0.1163 0.3715 0.000 0.028 0.972
#> SRR1334587 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 3 0.5835 0.6718 0.000 0.340 0.660
#> SRR1083959 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1079948 3 0.4452 -0.0797 0.000 0.192 0.808
#> SRR1310667 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR655852 3 0.4452 -0.0797 0.000 0.192 0.808
#> SRR1352457 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1353994 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1459561 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1454009 1 0.1163 0.8787 0.972 0.028 0.000
#> SRR1071084 1 0.6565 0.5372 0.576 0.416 0.008
#> SRR1082859 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1086538 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 3 0.0892 0.3863 0.000 0.020 0.980
#> SRR658105 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1429181 3 0.5678 -0.4429 0.000 0.316 0.684
#> SRR1327896 3 0.0892 0.3863 0.000 0.020 0.980
#> SRR1464788 3 0.0747 0.3919 0.000 0.016 0.984
#> SRR1346861 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1318774 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1420517 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369584 3 0.0892 0.3863 0.000 0.020 0.980
#> SRR1443244 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1455391 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR1317282 1 0.6565 0.5372 0.576 0.416 0.008
#> SRR1096125 3 0.1163 0.3715 0.000 0.028 0.972
#> SRR1472506 3 0.8370 0.5677 0.084 0.416 0.500
#> SRR1388281 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1365622 3 0.5254 0.6373 0.000 0.264 0.736
#> SRR662306 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1357166 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR1488586 2 0.9402 -0.5817 0.172 0.416 0.412
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1409397 3 0.6308 -0.8030 0.000 0.492 0.508
#> SRR1465693 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1096547 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1456818 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.8830 0.5230 0.116 0.416 0.468
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.6713 0.6511 0.012 0.416 0.572
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1403814 3 0.6168 0.6629 0.000 0.412 0.588
#> SRR1404887 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 3 0.1163 0.3715 0.000 0.028 0.972
#> SRR1078258 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1455861 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1070260 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1359147 3 0.6308 -0.8028 0.000 0.492 0.508
#> SRR1488694 1 0.8236 0.4203 0.508 0.416 0.076
#> SRR1477273 2 0.9719 -0.4613 0.360 0.416 0.224
#> SRR1415792 1 0.7203 0.5077 0.556 0.416 0.028
#> SRR1369088 3 0.5058 0.6261 0.000 0.244 0.756
#> SRR1406621 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1401017 2 0.6215 0.9242 0.000 0.572 0.428
#> SRR1099981 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR815208 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1380460 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1091097 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1456010 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 3 0.0892 0.3863 0.000 0.020 0.980
#> SRR818873 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR813868 3 0.0892 0.3863 0.000 0.020 0.980
#> SRR1394912 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 3 0.0892 0.3863 0.000 0.020 0.980
#> SRR1459866 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1100472 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1331267 1 0.6973 0.5205 0.564 0.416 0.020
#> SRR1068977 3 0.6307 -0.7963 0.000 0.488 0.512
#> SRR1391511 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1077920 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1457705 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.4062 0.7833 0.836 0.164 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 3 0.5835 0.6718 0.000 0.340 0.660
#> SRR1341539 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1446354 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1473403 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1084674 1 0.7309 0.5010 0.552 0.416 0.032
#> SRR1464702 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR655447 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1404442 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1418795 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 3 0.5835 0.6718 0.000 0.340 0.660
#> SRR1489589 2 0.6274 0.8831 0.000 0.544 0.456
#> SRR1378284 1 0.2448 0.8495 0.924 0.076 0.000
#> SRR1408014 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1083052 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1323829 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1086772 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1486457 1 0.7203 0.5077 0.556 0.416 0.028
#> SRR1415257 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1071905 1 0.2625 0.8447 0.916 0.084 0.000
#> SRR659223 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1386945 1 0.1860 0.8647 0.948 0.052 0.000
#> SRR821498 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1378903 3 0.5835 0.6718 0.000 0.340 0.660
#> SRR1472907 1 0.1643 0.8695 0.956 0.044 0.000
#> SRR1442313 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1077139 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1342758 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1070738 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.6713 0.5315 0.572 0.416 0.012
#> SRR1498951 1 0.6565 0.5372 0.576 0.416 0.008
#> SRR1413392 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR812198 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1322249 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 3 0.5835 0.6718 0.000 0.340 0.660
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR811285 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR657018 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.6565 0.5372 0.576 0.416 0.008
#> SRR1090791 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1439915 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1391575 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1314092 3 0.6308 -0.8028 0.000 0.492 0.508
#> SRR1328941 1 0.6565 0.5372 0.576 0.416 0.008
#> SRR1336181 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1362972 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1455902 1 0.8614 0.3661 0.484 0.416 0.100
#> SRR1437644 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1105009 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1367024 2 0.9547 -0.5668 0.192 0.416 0.392
#> SRR660248 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1409620 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1339431 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.8556 0.5513 0.096 0.416 0.488
#> SRR1469237 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1406224 3 0.0000 0.4109 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR808428 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR615910 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1076219 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1407648 3 0.0747 0.3919 0.000 0.016 0.984
#> SRR1386775 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1388399 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1361499 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1500709 3 0.0592 0.3969 0.000 0.012 0.988
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1335212 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR1400159 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1457245 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1356746 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR658319 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1310158 1 0.6180 0.5478 0.584 0.416 0.000
#> SRR1341100 3 0.6180 0.6621 0.000 0.416 0.584
#> SRR1342873 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 3 0.6307 -0.7963 0.000 0.488 0.512
#> SRR1409421 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR808942 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1343818 3 0.6309 -0.8095 0.000 0.496 0.504
#> SRR1472415 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR658409 3 0.3752 0.5553 0.000 0.144 0.856
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.6180 0.9406 0.000 0.584 0.416
#> SRR1417894 1 0.6973 0.5196 0.564 0.416 0.020
#> SRR1417422 3 0.5760 -0.4748 0.000 0.328 0.672
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8939 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 4 0.4428 0.6327 0.000 0.276 0.004 0.720
#> SRR1475408 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.0707 0.9516 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.2216 0.8859 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1324206 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1408574 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079948 4 0.0469 0.9375 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1310667 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR655852 4 0.0469 0.9375 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1352457 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1454009 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1071084 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1082859 2 0.0188 0.9597 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429181 4 0.0592 0.9357 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1327896 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1420517 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1369584 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443244 3 0.3400 0.7902 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1455391 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1317282 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1096125 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472506 3 0.0707 0.9516 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365622 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662306 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.0707 0.9516 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1357166 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1488586 3 0.0779 0.9543 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.0188 0.9407 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1409397 4 0.3495 0.8208 0.000 0.140 0.016 0.844
#> SRR1465693 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1096547 3 0.0707 0.9516 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1456818 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR816336 3 0.0707 0.9516 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.3801 0.7398 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.1716 0.9142 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1403814 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404887 3 0.4564 0.5456 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1356765 4 0.0336 0.9396 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359147 4 0.3266 0.8043 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1488694 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1477273 3 0.0779 0.9543 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1415792 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1369088 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406621 4 0.0336 0.9401 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1401017 4 0.5472 0.1782 0.000 0.440 0.016 0.544
#> SRR1099981 2 0.0779 0.9571 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR815208 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.2408 0.8809 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1091097 2 0.2149 0.8967 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR818873 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR813868 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.2973 0.8017 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1068977 4 0.3495 0.8208 0.000 0.140 0.016 0.844
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.4999 -0.0398 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1437073 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1473124 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1446354 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR656970 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1473403 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1084674 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.3873 0.6810 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR655447 2 0.1302 0.9328 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489589 4 0.3597 0.8118 0.000 0.148 0.016 0.836
#> SRR1378284 3 0.4855 0.3605 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1408014 2 0.3224 0.8567 0.000 0.864 0.016 0.120
#> SRR1083052 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1339236 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0469 0.9588 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1086772 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1486457 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1415257 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1071905 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR659223 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1386945 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378903 4 0.0188 0.9418 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1472907 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.2149 0.8967 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1488196 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1498951 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.2730 0.8950 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR812198 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1322249 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.2149 0.8967 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR811285 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1090791 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1439915 2 0.2730 0.8950 0.000 0.896 0.016 0.088
#> SRR1391575 4 0.0188 0.9407 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1314092 4 0.3810 0.7708 0.000 0.188 0.008 0.804
#> SRR1328941 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.2149 0.8967 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1455902 3 0.0804 0.9593 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1437644 4 0.0188 0.9407 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0707 0.9516 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR660248 2 0.2704 0.8586 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0779 0.9543 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406224 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393026 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0592 0.9580 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1407648 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 3 0.0592 0.9519 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1388399 4 0.2868 0.8116 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500709 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.5339 0.3730 0.000 0.600 0.016 0.384
#> SRR1335212 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1400159 3 0.4040 0.6854 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR658319 2 0.1867 0.9107 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0817 0.9624 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1381799 2 0.4500 0.5461 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1310158 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1341100 4 0.0188 0.9407 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1342873 3 0.3801 0.7398 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1472102 4 0.3495 0.8208 0.000 0.140 0.016 0.844
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808942 2 0.4977 0.1375 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1343818 4 0.3688 0.7511 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1472415 2 0.0336 0.9594 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR658409 4 0.0000 0.9424 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0779 0.9571 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1417894 3 0.0707 0.9634 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1417422 4 0.0672 0.9367 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9872 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 2 0.4256 0.3899 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1345953 5 0.1478 0.8675 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1357826 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1419656 1 0.0880 0.9304 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.4444 0.7282 0.000 0.760 0.000 0.136 0.104
#> SRR1475408 4 0.2462 0.7368 0.000 0.112 0.008 0.880 0.000
#> SRR1472704 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1090046 3 0.4182 0.4901 0.000 0.004 0.644 0.352 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.3913 0.4579 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1334587 5 0.4138 0.2839 0.000 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 3 0.6482 0.2064 0.372 0.188 0.440 0.000 0.000
#> SRR1324206 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1408574 4 0.3109 0.7245 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1083959 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1079948 2 0.3424 0.6154 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1310667 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR655852 2 0.3424 0.6154 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1352457 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1353994 5 0.4227 0.0726 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR1459561 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1454009 3 0.3010 0.8304 0.004 0.172 0.824 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.9093 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0510 0.9376 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.4291 0.2985 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR658105 1 0.3492 0.8380 0.796 0.188 0.016 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1429181 2 0.3579 0.6149 0.000 0.756 0.000 0.240 0.004
#> SRR1327896 4 0.4138 0.5142 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1464788 4 0.3635 0.6652 0.000 0.248 0.004 0.748 0.000
#> SRR1346861 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1318774 4 0.1357 0.7377 0.000 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1420517 3 0.3231 0.8198 0.004 0.196 0.800 0.000 0.000
#> SRR1369584 4 0.3635 0.6652 0.000 0.248 0.004 0.748 0.000
#> SRR1443244 4 0.3607 0.5581 0.000 0.004 0.244 0.752 0.000
#> SRR1455391 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0880 0.9304 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0880 0.9304 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 3 0.2124 0.8456 0.004 0.096 0.900 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1096125 4 0.4307 0.1836 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1472506 3 0.3177 0.7074 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1388281 5 0.0404 0.9085 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1365622 4 0.3730 0.6632 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR662306 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR662811 1 0.3492 0.8380 0.796 0.188 0.016 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.3508 0.6553 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1357166 3 0.1430 0.8502 0.004 0.052 0.944 0.000 0.000
#> SRR1488586 3 0.1704 0.8230 0.000 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.2561 0.7001 0.000 0.020 0.096 0.884 0.000
#> SRR1409397 2 0.4297 0.7125 0.000 0.764 0.000 0.164 0.072
#> SRR1465693 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1096547 3 0.3336 0.6850 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1456818 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.2074 0.8000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.4951 0.7512 0.100 0.196 0.704 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.4014 0.4891 0.000 0.016 0.256 0.728 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.0609 0.7340 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1403814 4 0.2074 0.7432 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1404887 4 0.3579 0.5640 0.000 0.004 0.240 0.756 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.3876 0.4819 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1078258 5 0.0404 0.9085 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1455861 1 0.3492 0.8380 0.796 0.188 0.016 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.3983 0.4087 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR1070260 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.2127 0.8980 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0290 0.9094 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1359147 2 0.4313 0.7059 0.000 0.760 0.000 0.172 0.068
#> SRR1488694 3 0.4921 0.7297 0.004 0.088 0.716 0.192 0.000
#> SRR1477273 3 0.0609 0.8429 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1415792 3 0.1901 0.8487 0.004 0.056 0.928 0.012 0.000
#> SRR1369088 4 0.3730 0.6632 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1406621 4 0.0771 0.7296 0.000 0.020 0.004 0.976 0.000
#> SRR1401017 2 0.4406 0.7361 0.000 0.764 0.000 0.108 0.128
#> SRR1099981 2 0.4101 0.5512 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR815208 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1380460 2 0.3980 0.7023 0.000 0.708 0.000 0.008 0.284
#> SRR1091097 2 0.3884 0.6983 0.000 0.708 0.000 0.004 0.288
#> SRR1456010 1 0.1732 0.9175 0.920 0.080 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.3662 0.6608 0.000 0.252 0.004 0.744 0.000
#> SRR818873 5 0.4283 0.0177 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR813868 2 0.3684 0.5519 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.3837 0.4947 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1459866 1 0.1270 0.9243 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.3852 0.6030 0.000 0.020 0.220 0.760 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.9093 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 3 0.2504 0.8451 0.004 0.064 0.900 0.032 0.000
#> SRR1068977 2 0.4199 0.6970 0.000 0.764 0.000 0.180 0.056
#> SRR1391511 5 0.4300 -0.0866 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1077920 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1457705 3 0.6408 0.4550 0.272 0.220 0.508 0.000 0.000
#> SRR1437073 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.2393 0.8466 0.004 0.080 0.900 0.016 0.000
#> SRR1469279 1 0.3759 0.8225 0.764 0.220 0.016 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.3366 0.7108 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1341539 4 0.1908 0.7436 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1446354 3 0.2674 0.8350 0.004 0.140 0.856 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1473403 5 0.0703 0.9045 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1084674 3 0.1116 0.8419 0.004 0.004 0.964 0.028 0.000
#> SRR1464702 1 0.3419 0.8438 0.804 0.180 0.016 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.2124 0.6851 0.000 0.004 0.096 0.900 0.000
#> SRR655447 2 0.3913 0.6561 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1404442 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1418795 1 0.3456 0.8408 0.800 0.184 0.016 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.3534 0.6919 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1489589 2 0.4297 0.7125 0.000 0.764 0.000 0.164 0.072
#> SRR1378284 3 0.7081 0.3784 0.296 0.192 0.480 0.032 0.000
#> SRR1408014 2 0.4169 0.7294 0.000 0.732 0.000 0.028 0.240
#> SRR1083052 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.4182 0.4185 0.000 0.644 0.004 0.352 0.000
#> SRR1323829 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1086772 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1486457 3 0.1041 0.8402 0.004 0.000 0.964 0.032 0.000
#> SRR1415257 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1071905 3 0.2930 0.8327 0.004 0.164 0.832 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1386945 3 0.2011 0.8455 0.004 0.088 0.908 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.1965 0.7456 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1378903 4 0.2424 0.7379 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1472907 3 0.3231 0.8198 0.004 0.196 0.800 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1077139 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1342758 1 0.3492 0.8380 0.796 0.188 0.016 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.3913 0.6561 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1070738 1 0.0880 0.9304 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1498951 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3895 0.6553 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR812198 1 0.3492 0.8380 0.796 0.188 0.016 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0404 0.9086 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1322249 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.3534 0.6943 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.3857 0.6721 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR811285 2 0.4219 0.4362 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR657018 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1090791 5 0.1608 0.8749 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1439915 2 0.3766 0.7119 0.000 0.728 0.000 0.004 0.268
#> SRR1391575 4 0.1952 0.7437 0.000 0.084 0.004 0.912 0.000
#> SRR1314092 2 0.4390 0.7188 0.000 0.760 0.000 0.156 0.084
#> SRR1328941 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1336181 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.3913 0.6561 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1455902 3 0.0609 0.8429 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1437644 4 0.2338 0.7375 0.000 0.112 0.004 0.884 0.000
#> SRR1105009 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1367024 3 0.0609 0.8429 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR660248 2 0.4232 0.6728 0.000 0.676 0.000 0.012 0.312
#> SRR1409620 1 0.1908 0.9060 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1339431 1 0.0880 0.9304 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.3336 0.6850 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0404 0.9085 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1406224 4 0.3913 0.6163 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1393026 3 0.0451 0.8476 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR615910 5 0.1478 0.8798 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1076219 1 0.3759 0.8225 0.764 0.220 0.016 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.1544 0.8780 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1407648 4 0.4101 0.5378 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1386775 3 0.4375 0.3480 0.000 0.004 0.576 0.420 0.000
#> SRR1388399 4 0.3370 0.6773 0.000 0.028 0.148 0.824 0.000
#> SRR1361499 5 0.0162 0.9096 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1500709 2 0.3796 0.5125 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.4394 0.7369 0.000 0.764 0.000 0.100 0.136
#> SRR1335212 3 0.1430 0.8493 0.004 0.052 0.944 0.000 0.000
#> SRR1400159 4 0.4045 0.3559 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR1457245 5 0.0290 0.9094 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1356746 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR658319 2 0.3913 0.6561 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.3492 0.8380 0.796 0.188 0.016 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.3196 0.8241 0.004 0.192 0.804 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.4393 0.7374 0.000 0.756 0.000 0.076 0.168
#> SRR1310158 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1341100 4 0.1965 0.7456 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1342873 3 0.5082 0.7386 0.096 0.220 0.684 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.4252 0.7053 0.000 0.764 0.000 0.172 0.064
#> SRR1409421 1 0.3759 0.8225 0.764 0.220 0.016 0.000 0.000
#> SRR1328577 5 0.4307 -0.1710 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR808942 2 0.4457 0.7345 0.000 0.760 0.000 0.116 0.124
#> SRR1343818 2 0.4390 0.7188 0.000 0.760 0.000 0.156 0.084
#> SRR1472415 5 0.0290 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR658409 4 0.4219 0.4414 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.3932 0.6422 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1417894 3 0.0671 0.8449 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000
#> SRR1417422 2 0.3642 0.6280 0.000 0.760 0.000 0.232 0.008
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9418 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 2 0.3394 0.65512 0.000 0.776 0.000 0.000 0.200 0.024
#> SRR1076441 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1489803 5 0.4071 0.72709 0.000 0.036 0.000 0.004 0.712 0.248
#> SRR1345953 5 0.3993 0.55764 0.000 0.300 0.000 0.000 0.676 0.024
#> SRR1357826 5 0.0146 0.88395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1419656 1 0.1829 0.80915 0.920 0.012 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1454158 2 0.1124 0.72708 0.000 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1475408 4 0.3837 0.64998 0.000 0.180 0.044 0.768 0.000 0.008
#> SRR1472704 5 0.0146 0.88395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1090046 4 0.4263 -0.11552 0.000 0.000 0.480 0.504 0.000 0.016
#> SRR1312822 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096987 2 0.4302 0.48080 0.000 0.728 0.000 0.156 0.000 0.116
#> SRR1334587 5 0.6176 -0.09358 0.000 0.368 0.000 0.004 0.372 0.256
#> SRR1490246 1 0.0291 0.84625 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1467522 6 0.5888 0.74000 0.200 0.000 0.400 0.000 0.000 0.400
#> SRR1324206 3 0.3852 0.10905 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR1408574 4 0.4447 0.64976 0.000 0.196 0.000 0.704 0.000 0.100
#> SRR1083959 5 0.1003 0.87887 0.000 0.016 0.000 0.000 0.964 0.020
#> SRR1079948 2 0.1168 0.69781 0.000 0.956 0.000 0.028 0.000 0.016
#> SRR1310667 5 0.4071 0.72709 0.000 0.036 0.000 0.004 0.712 0.248
#> SRR655852 2 0.1341 0.69411 0.000 0.948 0.000 0.028 0.000 0.024
#> SRR1352457 5 0.4094 0.72323 0.000 0.036 0.000 0.004 0.708 0.252
#> SRR1353994 2 0.4218 0.36303 0.000 0.616 0.000 0.000 0.360 0.024
#> SRR1459561 5 0.4094 0.72323 0.000 0.036 0.000 0.004 0.708 0.252
#> SRR1454009 3 0.2631 0.49407 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1071084 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.88407 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.1204 0.81931 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1486262 2 0.5371 -0.02017 0.000 0.520 0.000 0.360 0.000 0.120
#> SRR658105 1 0.4290 0.39508 0.612 0.000 0.020 0.004 0.000 0.364
#> SRR811073 5 0.0508 0.88318 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1429181 2 0.2706 0.70649 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 0.124
#> SRR1327896 2 0.5469 -0.18788 0.000 0.468 0.000 0.408 0.000 0.124
#> SRR1464788 4 0.5755 0.53798 0.000 0.204 0.000 0.500 0.000 0.296
#> SRR1346861 5 0.0146 0.88395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1318774 4 0.4507 0.66829 0.000 0.068 0.000 0.664 0.000 0.268
#> SRR1420517 3 0.4395 -0.01645 0.000 0.016 0.580 0.008 0.000 0.396
#> SRR1369584 4 0.5755 0.53798 0.000 0.204 0.000 0.500 0.000 0.296
#> SRR1443244 4 0.2264 0.69163 0.000 0.004 0.096 0.888 0.000 0.012
#> SRR1455391 3 0.3852 0.09800 0.004 0.000 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR1068999 1 0.0972 0.83339 0.964 0.008 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1481297 1 0.1829 0.80915 0.920 0.012 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1070208 3 0.3163 0.44850 0.000 0.004 0.780 0.004 0.000 0.212
#> SRR1317282 3 0.0692 0.61635 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1096125 2 0.5379 0.04872 0.000 0.536 0.000 0.336 0.000 0.128
#> SRR1472506 3 0.3592 0.35044 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000 0.000
#> SRR1388281 5 0.2333 0.83591 0.000 0.092 0.000 0.000 0.884 0.024
#> SRR1365622 4 0.5303 0.43144 0.000 0.360 0.000 0.528 0.000 0.112
#> SRR662306 3 0.0603 0.61595 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR662811 1 0.4290 0.39508 0.612 0.000 0.020 0.004 0.000 0.364
#> SRR820571 3 0.3817 0.26262 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000
#> SRR1357166 3 0.1814 0.57169 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1488586 3 0.3071 0.49971 0.000 0.000 0.804 0.180 0.000 0.016
#> SRR1485398 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417725 4 0.2218 0.69769 0.000 0.012 0.104 0.884 0.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.3888 0.68396 0.000 0.740 0.000 0.008 0.028 0.224
#> SRR1465693 5 0.3947 0.74392 0.000 0.036 0.000 0.004 0.732 0.228
#> SRR1096547 3 0.3620 0.34030 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1456818 3 0.3852 0.10905 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR816336 3 0.2996 0.44897 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433374 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0146 0.84729 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.5021 -0.28112 0.056 0.000 0.540 0.008 0.000 0.396
#> SRR1477671 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.3583 0.59295 0.000 0.008 0.144 0.800 0.000 0.048
#> SRR1102949 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418729 4 0.1082 0.71846 0.000 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1403814 4 0.4449 0.67659 0.000 0.088 0.000 0.696 0.000 0.216
#> SRR1404887 4 0.2214 0.69410 0.000 0.004 0.092 0.892 0.000 0.012
#> SRR1434955 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360652 3 0.3727 0.10279 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1356765 2 0.5005 0.41030 0.000 0.644 0.000 0.192 0.000 0.164
#> SRR1078258 5 0.1890 0.85707 0.000 0.060 0.000 0.000 0.916 0.024
#> SRR1455861 1 0.4167 0.39213 0.612 0.000 0.020 0.000 0.000 0.368
#> SRR1420296 5 0.5963 0.30206 0.000 0.252 0.000 0.004 0.488 0.256
#> SRR1070260 5 0.0146 0.88395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1410765 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481315 1 0.3076 0.64394 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1414661 5 0.1245 0.87492 0.000 0.032 0.000 0.000 0.952 0.016
#> SRR1359147 2 0.0692 0.71983 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1488694 3 0.5865 0.18854 0.000 0.004 0.500 0.296 0.000 0.200
#> SRR1477273 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.3707 0.51631 0.000 0.004 0.784 0.056 0.000 0.156
#> SRR1369088 4 0.5442 0.40653 0.000 0.364 0.000 0.508 0.000 0.128
#> SRR1406621 4 0.4047 0.68082 0.000 0.036 0.004 0.716 0.000 0.244
#> SRR1401017 2 0.3997 0.69155 0.000 0.736 0.000 0.004 0.044 0.216
#> SRR1099981 2 0.5451 0.60566 0.000 0.584 0.000 0.004 0.160 0.252
#> SRR815208 5 0.0291 0.88411 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1380460 2 0.1644 0.73119 0.000 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1091097 2 0.1644 0.73119 0.000 0.920 0.000 0.000 0.076 0.004
#> SRR1456010 1 0.2853 0.77119 0.856 0.012 0.004 0.012 0.000 0.116
#> SRR1498416 4 0.5770 0.54074 0.000 0.212 0.000 0.500 0.000 0.288
#> SRR818873 2 0.6164 0.11850 0.000 0.388 0.000 0.004 0.356 0.252
#> SRR813868 2 0.2383 0.65200 0.000 0.880 0.000 0.096 0.000 0.024
#> SRR1394912 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.3202 0.58852 0.000 0.816 0.000 0.144 0.000 0.040
#> SRR1459866 1 0.2872 0.73969 0.832 0.012 0.000 0.004 0.000 0.152
#> SRR1364871 4 0.2212 0.69069 0.000 0.008 0.112 0.880 0.000 0.000
#> SRR1100472 5 0.0405 0.88394 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1331267 3 0.4321 0.43477 0.000 0.000 0.712 0.084 0.000 0.204
#> SRR1068977 2 0.2617 0.71876 0.000 0.872 0.000 0.012 0.016 0.100
#> SRR1391511 2 0.3953 0.42403 0.000 0.656 0.000 0.000 0.328 0.016
#> SRR1077920 5 0.0405 0.88311 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1457705 6 0.6404 0.74588 0.180 0.012 0.380 0.012 0.000 0.416
#> SRR1437073 3 0.3717 0.11299 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1473124 3 0.2165 0.56236 0.000 0.000 0.884 0.008 0.000 0.108
#> SRR1469279 1 0.4336 0.36040 0.572 0.012 0.000 0.008 0.000 0.408
#> SRR1091791 4 0.5080 0.55750 0.000 0.288 0.000 0.600 0.000 0.112
#> SRR1341539 4 0.4278 0.68425 0.000 0.076 0.000 0.712 0.000 0.212
#> SRR1446354 3 0.3342 0.41702 0.000 0.000 0.760 0.012 0.000 0.228
#> SRR1415420 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.3717 0.11299 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR656970 5 0.1327 0.86739 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1473403 5 0.2350 0.85260 0.000 0.036 0.000 0.000 0.888 0.076
#> SRR1084674 3 0.1895 0.59081 0.000 0.000 0.912 0.072 0.000 0.016
#> SRR1464702 1 0.3578 0.48302 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1074860 4 0.1409 0.71404 0.000 0.012 0.008 0.948 0.000 0.032
#> SRR655447 2 0.2346 0.72021 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1404442 5 0.0146 0.88395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1418795 1 0.4052 0.42725 0.628 0.000 0.016 0.000 0.000 0.356
#> SRR1458335 4 0.4992 0.57532 0.000 0.268 0.000 0.620 0.000 0.112
#> SRR1489589 2 0.3915 0.68201 0.000 0.736 0.000 0.008 0.028 0.228
#> SRR1378284 6 0.7098 0.71750 0.204 0.004 0.312 0.076 0.000 0.404
#> SRR1408014 2 0.4353 0.68149 0.000 0.696 0.000 0.004 0.056 0.244
#> SRR1083052 3 0.3852 0.10905 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR1339236 2 0.4007 0.53169 0.000 0.728 0.000 0.220 0.000 0.052
#> SRR1323829 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1086772 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1486457 3 0.1556 0.58066 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000 0.000
#> SRR1415257 5 0.4023 0.73412 0.000 0.036 0.000 0.004 0.720 0.240
#> SRR1071905 3 0.3405 0.34935 0.000 0.004 0.724 0.000 0.000 0.272
#> SRR659223 5 0.0458 0.88288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1386945 3 0.1152 0.59663 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR821498 4 0.2981 0.71032 0.000 0.100 0.008 0.852 0.000 0.040
#> SRR1378903 4 0.4860 0.65362 0.000 0.128 0.000 0.656 0.000 0.216
#> SRR1472907 3 0.4459 0.00561 0.000 0.016 0.588 0.012 0.000 0.384
#> SRR1442313 5 0.0405 0.88314 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1077139 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1342758 1 0.4178 0.38533 0.608 0.000 0.020 0.000 0.000 0.372
#> SRR656911 2 0.2346 0.72021 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1070738 1 0.1296 0.82907 0.952 0.012 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1476950 3 0.3852 0.10905 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR1488196 3 0.0692 0.61642 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1498951 3 0.0891 0.61450 0.000 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1413392 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.5090 0.65750 0.000 0.636 0.000 0.004 0.128 0.232
#> SRR812198 1 0.4167 0.39213 0.612 0.000 0.020 0.000 0.000 0.368
#> SRR660283 5 0.2333 0.83800 0.000 0.092 0.000 0.000 0.884 0.024
#> SRR1420936 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469547 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1322249 3 0.3852 0.10905 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR1396682 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 4 0.5127 0.53966 0.000 0.300 0.000 0.588 0.000 0.112
#> SRR1081023 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.1913 0.73014 0.000 0.908 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR811285 2 0.5811 0.49923 0.000 0.524 0.000 0.004 0.220 0.252
#> SRR657018 1 0.0146 0.84729 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.4681 0.67124 0.000 0.076 0.000 0.004 0.664 0.256
#> SRR1439915 2 0.4494 0.68191 0.000 0.692 0.000 0.004 0.072 0.232
#> SRR1391575 4 0.2201 0.71660 0.000 0.048 0.052 0.900 0.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0935 0.72524 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1328941 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0508 0.88197 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1362972 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1366790 2 0.2488 0.71982 0.000 0.864 0.000 0.004 0.124 0.008
#> SRR1455902 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.3176 0.67325 0.000 0.156 0.032 0.812 0.000 0.000
#> SRR1105009 5 0.0405 0.88311 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1367024 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.2346 0.72021 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1409620 1 0.2883 0.67715 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1455807 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1339431 1 0.1882 0.81033 0.920 0.012 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1378948 3 0.3737 0.30559 0.000 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.2988 0.78558 0.000 0.152 0.000 0.000 0.824 0.024
#> SRR1406224 4 0.5443 0.36921 0.000 0.384 0.000 0.492 0.000 0.124
#> SRR1393026 3 0.1075 0.60057 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR808428 5 0.0146 0.88395 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR615910 5 0.3582 0.77081 0.000 0.036 0.000 0.000 0.768 0.196
#> SRR1076219 1 0.4256 0.33587 0.564 0.012 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1481128 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.4117 0.71896 0.000 0.036 0.000 0.004 0.704 0.256
#> SRR1407648 2 0.5442 -0.19875 0.000 0.468 0.000 0.412 0.000 0.120
#> SRR1386775 4 0.4134 0.26713 0.000 0.004 0.340 0.640 0.000 0.016
#> SRR1388399 4 0.2159 0.70529 0.000 0.012 0.072 0.904 0.000 0.012
#> SRR1361499 5 0.0508 0.88318 0.000 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1500709 2 0.2752 0.62757 0.000 0.856 0.000 0.108 0.000 0.036
#> SRR1335917 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430615 2 0.4077 0.68714 0.000 0.724 0.000 0.004 0.044 0.228
#> SRR1335212 3 0.2196 0.56251 0.000 0.004 0.884 0.004 0.000 0.108
#> SRR1400159 4 0.3426 0.50151 0.000 0.004 0.276 0.720 0.000 0.000
#> SRR1457245 5 0.1633 0.86584 0.000 0.044 0.000 0.000 0.932 0.024
#> SRR1356746 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658319 2 0.2346 0.72021 0.000 0.868 0.000 0.000 0.124 0.008
#> SRR1435946 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370308 1 0.0146 0.84694 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1100893 1 0.4167 0.39213 0.612 0.000 0.020 0.000 0.000 0.368
#> SRR1389432 3 0.3717 0.11299 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1381799 2 0.1938 0.73293 0.000 0.920 0.000 0.004 0.040 0.036
#> SRR1310158 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.2250 0.71725 0.000 0.064 0.040 0.896 0.000 0.000
#> SRR1342873 3 0.5495 -0.38382 0.052 0.016 0.496 0.012 0.000 0.424
#> SRR1472102 2 0.3804 0.68555 0.000 0.748 0.000 0.012 0.020 0.220
#> SRR1409421 1 0.4310 0.36700 0.576 0.016 0.000 0.004 0.000 0.404
#> SRR1328577 2 0.3952 0.46359 0.000 0.672 0.000 0.000 0.308 0.020
#> SRR808942 2 0.1391 0.72862 0.000 0.944 0.000 0.000 0.040 0.016
#> SRR1343818 2 0.0858 0.72374 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1472415 5 0.0363 0.88352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658409 2 0.4522 0.33404 0.000 0.672 0.000 0.252 0.000 0.076
#> SRR1469681 1 0.0146 0.84757 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075484 2 0.5134 0.65621 0.000 0.628 0.000 0.004 0.128 0.240
#> SRR1417894 3 0.0547 0.61671 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.3635 0.65521 0.000 0.780 0.000 0.032 0.008 0.180
#> SRR1090674 1 0.0000 0.84779 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.992 0.997 0.5026 0.498 0.498
#> 3 3 0.882 0.951 0.969 0.1218 0.943 0.885
#> 4 4 0.950 0.913 0.957 0.1402 0.917 0.812
#> 5 5 0.785 0.757 0.857 0.0882 0.969 0.917
#> 6 6 0.768 0.564 0.792 0.0496 0.965 0.900
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1455391 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.895 0.542 0.312 0.688
#> SRR1409397 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1406621 1 0.714 0.757 0.804 0.196
#> SRR1401017 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1100472 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.745 0.732 0.788 0.212
#> SRR1361499 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1400159 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1457245 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.996 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475408 2 0.375 0.794 0.000 0.856 0.144
#> SRR1472704 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1082859 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 3 0.450 0.861 0.000 0.196 0.804
#> SRR1346861 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 3 0.382 0.866 0.000 0.148 0.852
#> SRR1420517 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369584 3 0.450 0.861 0.000 0.196 0.804
#> SRR1443244 1 0.175 0.921 0.952 0.000 0.048
#> SRR1455391 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1096125 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1388281 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR662306 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR662811 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1357166 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.000 0.808 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1456818 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1420238 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1436990 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.568 0.558 0.316 0.000 0.684
#> SRR1102949 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 3 0.236 0.857 0.000 0.072 0.928
#> SRR1403814 3 0.450 0.861 0.000 0.196 0.804
#> SRR1404887 1 0.175 0.921 0.952 0.000 0.048
#> SRR1434955 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1415792 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406621 3 0.382 0.783 0.148 0.000 0.852
#> SRR1401017 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR815208 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1498416 3 0.450 0.861 0.000 0.196 0.804
#> SRR818873 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR813868 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1100472 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1469279 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 3 0.450 0.861 0.000 0.196 0.804
#> SRR1446354 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1415420 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 3 0.382 0.783 0.148 0.000 0.852
#> SRR655447 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.226 0.915 0.000 0.932 0.068
#> SRR1489589 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1415257 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR821498 2 0.226 0.915 0.000 0.932 0.068
#> SRR1378903 3 0.450 0.861 0.000 0.196 0.804
#> SRR1472907 1 0.245 0.915 0.924 0.000 0.076
#> SRR1442313 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1498951 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1413392 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR812198 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR657018 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1090791 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391575 3 0.245 0.842 0.000 0.076 0.924
#> SRR1314092 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1328941 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1336181 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1437644 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105009 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR660248 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1469237 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.470 0.625 0.788 0.212 0.000
#> SRR1361499 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 1 0.489 0.789 0.772 0.000 0.228
#> SRR1457245 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1341100 2 0.465 0.700 0.000 0.792 0.208
#> SRR1342873 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417894 1 0.382 0.870 0.852 0.000 0.148
#> SRR1417422 2 0.000 0.994 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.957 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1345953 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475408 2 0.3569 0.7521 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090046 1 0.4624 0.4564 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0592 0.9786 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1334587 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.1792 0.8867 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1408574 2 0.1151 0.9758 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1310667 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR655852 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1352457 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1353994 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1459561 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1454009 1 0.4992 0.0323 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1071084 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1082859 2 0.0336 0.9859 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0817 0.9732 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1327896 2 0.0817 0.9732 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1464788 4 0.0000 0.9064 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.0188 0.9055 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1420517 1 0.2216 0.8507 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1369584 4 0.0000 0.9064 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.0921 0.9185 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1455391 1 0.2149 0.8672 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.2081 0.8711 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1317282 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1096125 2 0.0707 0.9821 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1472506 3 0.3074 0.8065 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365622 2 0.1256 0.9733 0.000 0.964 0.028 0.008
#> SRR662306 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.4730 0.5389 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1357166 1 0.4985 0.0663 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.4008 0.6936 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1409397 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1465693 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1096547 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.1792 0.8878 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.5495 0.3974 0.348 0.000 0.028 0.624
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.1209 0.8986 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1403814 4 0.0657 0.9038 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1404887 1 0.0921 0.9185 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1415792 1 0.1389 0.9051 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1369088 2 0.0937 0.9800 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1406621 4 0.0188 0.9048 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1401017 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1099981 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR815208 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456010 3 0.4941 0.4113 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1498416 4 0.0000 0.9064 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR813868 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0707 0.9760 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.2281 0.8662 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1100472 2 0.0336 0.9859 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.0469 0.9341 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0817 0.9732 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1341539 4 0.0000 0.9064 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446354 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1473403 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1084674 1 0.4543 0.4937 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.1209 0.8991 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR655447 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.1557 0.9380 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1489589 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1083052 1 0.1792 0.8867 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1339236 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1323829 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1086772 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1486457 3 0.4193 0.6673 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1415257 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1071905 1 0.3311 0.7655 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR659223 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1386945 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR821498 2 0.3439 0.8599 0.000 0.868 0.048 0.084
#> SRR1378903 4 0.0657 0.9038 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1472907 1 0.4761 0.2615 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.1302 0.9085 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1488196 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1498951 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR812198 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0817 0.9732 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR811285 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR657018 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1090791 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1439915 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1391575 4 0.5599 0.6784 0.000 0.072 0.228 0.700
#> SRR1314092 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1437644 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.4933 0.4069 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1406224 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1393026 1 0.4985 0.0663 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1407648 2 0.0817 0.9732 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1386775 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.4760 0.6511 0.784 0.172 0.016 0.028
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1335212 1 0.3356 0.7599 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1400159 3 0.3271 0.7737 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR658319 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.3311 0.7655 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.1716 0.8922 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1341100 2 0.4880 0.6985 0.000 0.760 0.052 0.188
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.9861 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0336 0.9831 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1472415 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR658409 2 0.0817 0.9732 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1417894 3 0.1792 0.8935 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1417422 2 0.0524 0.9856 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9435 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0609 0.7524 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1345953 5 0.1965 0.7032 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1357826 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475408 4 0.5131 0.5094 0.000 0.000 0.040 0.540 0.420
#> SRR1472704 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.4283 0.0903 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.2813 0.6246 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1334587 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.1121 0.9130 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1408574 5 0.4656 0.4144 0.000 0.012 0.000 0.480 0.508
#> SRR1083959 5 0.0290 0.7580 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1079948 5 0.3707 0.4440 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1310667 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR655852 5 0.3452 0.5219 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1352457 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1353994 5 0.3039 0.6034 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR1459561 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1454009 3 0.4219 0.3164 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.1908 0.7687 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.3143 0.5701 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR658105 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0162 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1429181 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1327896 5 0.3530 0.5507 0.000 0.012 0.000 0.204 0.784
#> SRR1464788 2 0.0000 0.8751 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0162 0.7622 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1318774 2 0.0000 0.8751 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420517 1 0.2020 0.8444 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.8751 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.2513 0.8385 0.876 0.000 0.008 0.116 0.000
#> SRR1455391 1 0.1544 0.8898 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.1544 0.8898 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1096125 5 0.3003 0.7119 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1472506 3 0.3758 0.6854 0.096 0.000 0.816 0.088 0.000
#> SRR1388281 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365622 5 0.4464 0.6012 0.000 0.008 0.000 0.408 0.584
#> SRR662306 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.5616 0.3652 0.384 0.000 0.536 0.080 0.000
#> SRR1357166 3 0.4210 0.3244 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.6554 -0.3646 0.000 0.396 0.200 0.404 0.000
#> SRR1409397 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1465693 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1096547 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.1549 0.7765 0.040 0.000 0.944 0.016 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.5188 0.3688 0.308 0.636 0.008 0.048 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.4436 0.4878 0.000 0.596 0.008 0.396 0.000
#> SRR1403814 2 0.1043 0.8540 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1404887 1 0.2513 0.8385 0.876 0.000 0.008 0.116 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 5 0.3521 0.7580 0.000 0.004 0.000 0.232 0.764
#> SRR1078258 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1070260 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.0609 0.7528 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1359147 5 0.2280 0.6826 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1488694 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0703 0.9303 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1369088 5 0.3863 0.7416 0.000 0.012 0.000 0.248 0.740
#> SRR1406621 2 0.0000 0.8751 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1099981 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR815208 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 5 0.3074 0.5909 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1091097 5 0.2732 0.6391 0.000 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR1456010 1 0.4287 -0.0191 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.8751 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818873 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR813868 5 0.2329 0.6749 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.3336 0.5442 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.3649 0.6878 0.088 0.000 0.824 0.088 0.000
#> SRR1100472 5 0.0880 0.7663 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1331267 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1391511 5 0.2020 0.6978 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1077920 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0404 0.9393 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0609 0.7965 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 5 0.4127 0.3593 0.000 0.008 0.000 0.312 0.680
#> SRR1341539 2 0.0162 0.8739 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446354 3 0.0510 0.7987 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1473403 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1084674 1 0.4287 0.0763 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.2077 0.8214 0.000 0.908 0.008 0.084 0.000
#> SRR655447 5 0.3003 0.6011 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1404442 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.1608 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1489589 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1083052 1 0.0963 0.9201 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1339236 5 0.4341 0.6228 0.000 0.000 0.004 0.404 0.592
#> SRR1323829 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1086772 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1486457 3 0.4060 0.4410 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1415257 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1071905 1 0.3003 0.7385 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1386945 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.3707 0.6619 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1378903 2 0.1043 0.8540 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1472907 1 0.4161 0.2304 0.608 0.000 0.392 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077139 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.2813 0.6237 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0609 0.9333 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR812198 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0290 0.7577 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.4108 0.3685 0.000 0.008 0.000 0.308 0.684
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.2929 0.6136 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR811285 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR657018 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1439915 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1391575 4 0.3768 0.6203 0.000 0.004 0.008 0.760 0.228
#> SRR1314092 5 0.0290 0.7628 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1328941 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.0404 0.7636 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1455902 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1437644 5 0.3861 0.4221 0.000 0.000 0.004 0.284 0.712
#> SRR1105009 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367024 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.3048 0.6319 0.000 0.000 0.004 0.176 0.820
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.6089 0.2907 0.408 0.000 0.468 0.124 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.1792 0.7125 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1406224 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1393026 3 0.4235 0.2920 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1407648 5 0.3885 0.4541 0.000 0.008 0.000 0.268 0.724
#> SRR1386775 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.6077 0.4550 0.632 0.240 0.000 0.084 0.044
#> SRR1361499 5 0.0703 0.7515 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1500709 5 0.3707 0.4440 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1335212 1 0.3534 0.6225 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.4806 0.3207 0.016 0.004 0.572 0.408 0.000
#> SRR1457245 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356746 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR658319 5 0.2891 0.6293 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.3003 0.7385 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.0000 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310158 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.4253 0.6576 0.000 0.008 0.008 0.700 0.284
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 5 0.2891 0.6217 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR808942 5 0.0963 0.7455 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1343818 5 0.3707 0.4440 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1472415 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR658409 5 0.4045 0.2637 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1417894 3 0.0404 0.8007 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1417422 5 0.3366 0.7610 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9489 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.1075 0.49417 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1076441 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1345953 5 0.2597 0.39218 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1357826 5 0.0146 0.50790 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.0146 0.50790 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1475408 6 0.5815 0.41512 0.000 0.316 0.008 0.000 0.164 0.512
#> SRR1472704 5 0.0260 0.50781 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090046 3 0.4513 0.40087 0.368 0.032 0.596 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312822 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.3674 0.27132 0.000 0.016 0.000 0.000 0.716 0.268
#> SRR1334587 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0964 0.92126 0.968 0.012 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1408574 2 0.5828 0.66767 0.000 0.548 0.000 0.016 0.276 0.160
#> SRR1083959 5 0.0632 0.50341 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1079948 5 0.3945 0.17993 0.000 0.008 0.000 0.000 0.612 0.380
#> SRR1310667 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR655852 5 0.3330 0.29330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1352457 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1353994 5 0.2969 0.35620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1459561 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1454009 3 0.3583 0.55606 0.260 0.008 0.728 0.000 0.000 0.004
#> SRR1071084 3 0.0260 0.81736 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.1610 0.46190 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.4979 0.06554 0.000 0.068 0.000 0.004 0.572 0.356
#> SRR658105 1 0.0146 0.93979 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.0405 0.50773 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1429181 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1327896 5 0.4979 0.06554 0.000 0.068 0.000 0.004 0.572 0.356
#> SRR1464788 4 0.0000 0.87436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0363 0.50537 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1318774 4 0.0000 0.87436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420517 1 0.2629 0.81462 0.868 0.040 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369584 4 0.0000 0.87436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443244 1 0.4563 0.63241 0.712 0.132 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR1455391 1 0.1194 0.91073 0.956 0.008 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1068999 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.1511 0.89647 0.940 0.012 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317282 3 0.0260 0.81736 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 5 0.4518 0.24869 0.000 0.104 0.000 0.000 0.696 0.200
#> SRR1472506 3 0.6163 0.43087 0.116 0.172 0.600 0.000 0.000 0.112
#> SRR1388281 5 0.0260 0.50768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1365622 2 0.5974 0.61278 0.000 0.484 0.000 0.004 0.268 0.244
#> SRR662306 3 0.0520 0.81559 0.008 0.008 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820571 1 0.7145 -0.25783 0.380 0.176 0.336 0.000 0.000 0.108
#> SRR1357166 3 0.3281 0.62042 0.200 0.012 0.784 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488586 1 0.0260 0.93768 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 6 0.6609 0.20535 0.000 0.292 0.036 0.240 0.000 0.432
#> SRR1409397 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1465693 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1096547 3 0.0891 0.80993 0.008 0.024 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.3177 0.73096 0.024 0.072 0.852 0.000 0.000 0.052
#> SRR1420238 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0405 0.81697 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0405 0.93595 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.6201 0.39782 0.192 0.104 0.004 0.600 0.000 0.100
#> SRR1102949 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 6 0.6024 0.00427 0.000 0.244 0.000 0.368 0.000 0.388
#> SRR1403814 4 0.2145 0.81507 0.000 0.028 0.000 0.900 0.000 0.072
#> SRR1404887 1 0.4525 0.63842 0.716 0.128 0.004 0.000 0.000 0.152
#> SRR1434955 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1078258 5 0.0935 0.50028 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> SRR1455861 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1070260 5 0.0146 0.50822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410765 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0146 0.93926 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 5 0.1075 0.49423 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1359147 5 0.2595 0.41747 0.000 0.004 0.000 0.000 0.836 0.160
#> SRR1488694 1 0.1152 0.90884 0.952 0.044 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0260 0.81736 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0870 0.92449 0.972 0.012 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369088 5 0.5081 -0.31344 0.000 0.456 0.000 0.008 0.480 0.056
#> SRR1406621 4 0.0146 0.87297 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1401017 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1099981 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR815208 5 0.0146 0.50790 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1380460 5 0.3575 0.29210 0.000 0.008 0.000 0.000 0.708 0.284
#> SRR1091097 5 0.3052 0.36861 0.000 0.004 0.000 0.000 0.780 0.216
#> SRR1456010 1 0.4145 0.54311 0.700 0.048 0.252 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.0000 0.87436 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818873 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR813868 5 0.2053 0.45339 0.000 0.004 0.000 0.000 0.888 0.108
#> SRR1394912 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.4645 0.18671 0.000 0.076 0.000 0.000 0.648 0.276
#> SRR1459866 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.5333 0.50614 0.044 0.204 0.660 0.000 0.000 0.092
#> SRR1100472 5 0.1075 0.48623 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1331267 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 5 0.4002 0.09848 0.000 0.404 0.000 0.000 0.588 0.008
#> SRR1391511 5 0.1908 0.45846 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> SRR1077920 5 0.0260 0.50755 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457705 1 0.0458 0.93059 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0146 0.93979 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.1500 0.79348 0.012 0.052 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 5 0.5051 0.04273 0.000 0.068 0.000 0.004 0.540 0.388
#> SRR1341539 4 0.0777 0.85322 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1446354 3 0.0622 0.81544 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0146 0.93979 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1473403 5 0.2912 0.34280 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1084674 3 0.4226 0.37048 0.404 0.012 0.580 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464702 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.4226 0.68564 0.004 0.100 0.004 0.756 0.000 0.136
#> SRR655447 5 0.3541 0.31213 0.000 0.012 0.000 0.000 0.728 0.260
#> SRR1404442 5 0.0000 0.50841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.4400 0.21250 0.000 0.096 0.000 0.008 0.732 0.164
#> SRR1489589 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1378284 1 0.0146 0.93926 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1083052 1 0.0870 0.92453 0.972 0.012 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339236 2 0.5945 0.53442 0.000 0.480 0.004 0.000 0.304 0.212
#> SRR1323829 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1086772 5 0.2854 0.35214 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR1486457 3 0.4602 0.34382 0.384 0.044 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1071905 1 0.3398 0.67464 0.768 0.012 0.216 0.000 0.000 0.004
#> SRR659223 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1386945 3 0.0260 0.81736 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 6 0.4804 0.46205 0.000 0.232 0.000 0.000 0.112 0.656
#> SRR1378903 4 0.2331 0.80482 0.000 0.032 0.000 0.888 0.000 0.080
#> SRR1472907 1 0.4007 0.60099 0.728 0.052 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0260 0.50681 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1077139 5 0.3428 0.23334 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 5 0.3171 0.35811 0.000 0.012 0.000 0.000 0.784 0.204
#> SRR1070738 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0653 0.93035 0.980 0.012 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488196 3 0.0767 0.81175 0.008 0.012 0.976 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498951 3 0.0806 0.81182 0.008 0.020 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0632 0.50350 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1420936 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.3607 0.17991 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.5140 0.02700 0.000 0.076 0.000 0.004 0.532 0.388
#> SRR1081023 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.3052 0.36637 0.000 0.004 0.000 0.000 0.780 0.216
#> SRR811285 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0405 0.81697 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1439915 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1391575 6 0.3448 0.41842 0.000 0.280 0.000 0.000 0.004 0.716
#> SRR1314092 5 0.0820 0.50450 0.000 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1328941 3 0.1196 0.80114 0.008 0.040 0.952 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0146 0.50822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362972 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.1168 0.49947 0.000 0.028 0.000 0.000 0.956 0.016
#> SRR1455902 3 0.0405 0.81697 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 5 0.5820 -0.10899 0.000 0.196 0.004 0.000 0.512 0.288
#> SRR1105009 5 0.0363 0.50657 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1367024 3 0.0260 0.81736 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR660248 5 0.4965 0.14466 0.000 0.136 0.004 0.000 0.660 0.200
#> SRR1409620 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.2823 0.35571 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.7523 -0.26958 0.348 0.212 0.276 0.000 0.000 0.164
#> SRR1469237 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.2491 0.40153 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1406224 5 0.3830 0.14158 0.000 0.376 0.000 0.004 0.620 0.000
#> SRR1393026 3 0.3341 0.61111 0.208 0.012 0.776 0.000 0.000 0.004
#> SRR808428 5 0.0000 0.50841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1407648 5 0.5009 0.05784 0.000 0.068 0.000 0.004 0.560 0.368
#> SRR1386775 1 0.1082 0.91311 0.956 0.040 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.7086 0.21876 0.520 0.220 0.000 0.136 0.028 0.096
#> SRR1361499 5 0.1663 0.46458 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1500709 5 0.3934 0.18536 0.000 0.008 0.000 0.000 0.616 0.376
#> SRR1335917 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1335212 1 0.3867 0.52062 0.688 0.012 0.296 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400159 6 0.6255 0.29038 0.004 0.352 0.240 0.004 0.000 0.400
#> SRR1457245 5 0.0000 0.50841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 5 0.2883 0.34704 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR658319 5 0.4122 0.27354 0.000 0.064 0.000 0.000 0.724 0.212
#> SRR1435946 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.3370 0.68155 0.772 0.012 0.212 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381799 5 0.0000 0.50841 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0260 0.81736 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 6 0.4634 0.34914 0.000 0.144 0.000 0.000 0.164 0.692
#> SRR1342873 1 0.0363 0.93493 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 5 0.3765 0.11687 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 5 0.3103 0.37306 0.000 0.008 0.000 0.000 0.784 0.208
#> SRR808942 5 0.1141 0.49130 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1343818 5 0.3899 0.19713 0.000 0.008 0.000 0.000 0.628 0.364
#> SRR1472415 5 0.2854 0.35214 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR658409 6 0.4407 -0.07998 0.000 0.024 0.000 0.000 0.480 0.496
#> SRR1469681 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 5 0.3756 0.12432 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1417894 3 0.0405 0.81697 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 5 0.3706 0.14746 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.94176 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.992 0.5017 0.498 0.498
#> 3 3 0.893 0.880 0.954 0.3258 0.759 0.551
#> 4 4 0.724 0.723 0.784 0.1065 0.884 0.673
#> 5 5 0.812 0.816 0.909 0.0839 0.908 0.668
#> 6 6 0.855 0.823 0.919 0.0382 0.939 0.720
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.671 0.786 0.824 0.176
#> SRR1312822 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.163 0.971 0.024 0.976
#> SRR1083959 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1443244 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1455391 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472506 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388281 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR820571 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1357166 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1485398 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.469 0.887 0.100 0.900
#> SRR1409397 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1096547 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR816336 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1420238 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1084079 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404887 1 0.163 0.966 0.976 0.024
#> SRR1434955 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477273 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406621 1 0.839 0.637 0.732 0.268
#> SRR1401017 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.574 0.841 0.136 0.864
#> SRR1100472 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1074860 1 0.706 0.762 0.808 0.192
#> SRR655447 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1486457 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415257 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR660248 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1378948 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1386775 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388399 1 0.996 0.141 0.536 0.464
#> SRR1361499 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.861 0.601 0.284 0.716
#> SRR1457245 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.000 0.989 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.6008 0.3985 0.000 0.628 0.372
#> SRR1475408 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 3 0.1529 0.8901 0.000 0.040 0.960
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.6260 0.2026 0.000 0.552 0.448
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 3 0.5016 0.6551 0.000 0.240 0.760
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.6095 0.3184 0.608 0.000 0.392
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 3 0.2165 0.8713 0.000 0.064 0.936
#> SRR1327896 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464788 3 0.2165 0.8707 0.000 0.064 0.936
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369584 3 0.6302 0.0278 0.000 0.480 0.520
#> SRR1443244 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455391 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.5859 0.4456 0.656 0.000 0.344
#> SRR1096125 3 0.0747 0.9090 0.000 0.016 0.984
#> SRR1472506 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388281 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365622 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.3267 0.8474 0.884 0.000 0.116
#> SRR662811 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR820571 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357166 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.5785 0.4947 0.000 0.668 0.332
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.4842 0.6880 0.776 0.000 0.224
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403814 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 3 0.0592 0.9118 0.000 0.012 0.988
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.5785 0.4987 0.000 0.668 0.332
#> SRR1488694 3 0.6154 0.3115 0.408 0.000 0.592
#> SRR1477273 3 0.3482 0.8161 0.128 0.000 0.872
#> SRR1415792 1 0.4654 0.7242 0.792 0.000 0.208
#> SRR1369088 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406621 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.6252 0.2004 0.000 0.556 0.444
#> SRR1099981 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0237 0.9418 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091097 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 3 0.4452 0.7243 0.000 0.192 0.808
#> SRR818873 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR813868 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.4702 0.7180 0.788 0.000 0.212
#> SRR1068977 3 0.5098 0.6433 0.000 0.248 0.752
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091791 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.6291 0.1290 0.468 0.000 0.532
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.6308 0.0281 0.000 0.508 0.492
#> SRR1378284 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 3 0.0424 0.9141 0.000 0.008 0.992
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0424 0.9138 0.008 0.000 0.992
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378903 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.6154 0.3395 0.408 0.000 0.592
#> SRR1498951 3 0.6286 0.1750 0.464 0.000 0.536
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.5926 0.4155 0.644 0.000 0.356
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391575 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.6274 0.1779 0.000 0.544 0.456
#> SRR1328941 3 0.6286 0.1726 0.464 0.000 0.536
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.4452 0.7423 0.192 0.000 0.808
#> SRR1437644 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR660248 2 0.0892 0.9281 0.000 0.980 0.020
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386775 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388399 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 3 0.1529 0.8901 0.000 0.040 0.960
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 3 0.0000 0.9187 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 3 0.5291 0.6087 0.000 0.268 0.732
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0237 0.9418 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343818 2 0.6235 0.2354 0.000 0.564 0.436
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 3 0.0592 0.9114 0.000 0.012 0.988
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.9452 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.5178 0.6522 0.256 0.000 0.744
#> SRR1417422 2 0.6235 0.2354 0.000 0.564 0.436
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9747 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1076441 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1489803 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.0469 0.7818 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1357826 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1454158 2 0.4697 0.2032 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1475408 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1090046 4 0.1211 0.8491 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1312822 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1096987 4 0.4624 0.6208 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1334587 2 0.0921 0.7913 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1467522 3 0.4866 -0.0191 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1324206 3 0.4477 0.3058 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1408574 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0921 0.7908 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1079948 2 0.4454 0.3541 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1310667 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR655852 4 0.4843 0.5262 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1352457 2 0.2530 0.7963 0.112 0.888 0.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459561 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0336 0.7187 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1082859 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1486262 4 0.3172 0.7912 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR658105 3 0.4907 -0.1004 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR811073 2 0.4431 0.7980 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1429181 4 0.4643 0.6149 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1327896 4 0.4382 0.6739 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1464788 4 0.2868 0.8069 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1346861 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420517 3 0.4454 0.3157 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1369584 2 0.5165 -0.1010 0.004 0.512 0.000 0.484
#> SRR1443244 4 0.0921 0.8545 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1455391 3 0.3123 0.6062 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1068999 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1481297 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1070208 3 0.0707 0.7174 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.4477 0.6563 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1472506 4 0.1302 0.8461 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1388281 2 0.4193 0.7994 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR1365622 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662811 3 0.3528 0.5550 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR820571 4 0.1302 0.8461 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1357166 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.4477 0.4876 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1485398 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1417725 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1409397 2 0.4193 0.4439 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1465693 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1096547 4 0.4790 0.4208 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1456818 3 0.4477 0.3027 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR816336 4 0.4877 0.3644 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1420238 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR662378 3 0.2149 0.6749 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1477671 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1084079 4 0.1302 0.8461 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1102949 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1458090 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1418729 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1403814 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404887 4 0.0592 0.8613 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1434955 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1360652 3 0.4761 0.1124 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1356765 4 0.4356 0.6779 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1078258 2 0.0000 0.7853 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455861 3 0.4877 -0.0374 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1420296 2 0.3528 0.7986 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1481315 1 0.4585 0.9523 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1414661 2 0.0817 0.7904 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.3837 0.5329 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1488694 4 0.5052 0.5628 0.036 0.000 0.244 0.720
#> SRR1477273 3 0.3837 0.5359 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1415792 3 0.2921 0.6163 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1369088 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406621 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1401017 2 0.4977 -0.1740 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1099981 2 0.0188 0.7863 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR815208 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.1211 0.7682 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1091097 2 0.1118 0.7712 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1456010 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1498416 4 0.3074 0.7964 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR818873 2 0.0000 0.7853 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.1302 0.8542 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1394912 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1475824 4 0.2973 0.8020 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1459866 3 0.4877 -0.0374 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1364871 4 0.0469 0.8634 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1100472 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.3554 0.6252 0.020 0.000 0.844 0.136
#> SRR1068977 4 0.4776 0.5636 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1391511 2 0.0707 0.7789 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1077920 2 0.4431 0.7980 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.1940 0.6804 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1437073 3 0.3400 0.5779 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341539 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446354 3 0.0188 0.7211 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1415420 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1368050 3 0.0817 0.7157 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR656970 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0336 0.7873 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.4250 0.4395 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1464702 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1074860 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR655447 2 0.0921 0.7756 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1404442 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1458335 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489589 4 0.4989 0.3586 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1378284 3 0.4933 -0.1963 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1408014 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1083052 3 0.0707 0.7174 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1339236 4 0.0336 0.8661 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1323829 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.4431 0.3770 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1415257 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0188 0.7211 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378903 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472907 3 0.2149 0.6784 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1442313 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1342758 3 0.4866 -0.0191 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR656911 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1070738 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1476950 3 0.4624 0.2237 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1488196 3 0.0469 0.7168 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1498951 3 0.0469 0.7168 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1413392 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR657528 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR812198 3 0.4877 -0.0374 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR660283 2 0.4304 0.7994 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1469547 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1322249 3 0.3356 0.5786 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1396682 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1092517 2 0.1118 0.7712 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR811285 2 0.0000 0.7853 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657018 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.4382 0.7987 0.296 0.704 0.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1391575 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1314092 2 0.4746 0.1651 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1328941 3 0.0469 0.7168 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1336181 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1366790 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1455902 3 0.3486 0.5721 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1437644 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1105009 2 0.4431 0.7980 0.304 0.696 0.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.4898 0.1159 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR660248 2 0.1118 0.7712 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1409620 3 0.4877 -0.0374 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1455807 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1378948 4 0.1302 0.8461 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1469237 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1098264 2 0.1022 0.7915 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1406224 4 0.0000 0.8676 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393026 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR615910 2 0.4331 0.7986 0.288 0.712 0.000 0.000
#> SRR1076219 3 0.4877 -0.0374 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1481128 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1359262 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1407648 4 0.2814 0.8089 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1386775 4 0.1302 0.8461 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1388399 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1361499 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1500709 4 0.4624 0.6208 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1335917 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1430615 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1335212 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400159 4 0.1474 0.8423 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1457245 2 0.0469 0.7882 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0921 0.7756 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1435946 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1370308 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1100893 3 0.4877 -0.0374 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1389432 3 0.0707 0.7174 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1381799 2 0.1022 0.7736 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1310158 3 0.0000 0.7220 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0188 0.8670 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1342873 3 0.1716 0.6925 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1472102 4 0.4843 0.5267 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1409421 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1328577 2 0.0188 0.7842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808942 2 0.1211 0.7682 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1343818 2 0.4454 0.3541 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1472415 2 0.4454 0.7976 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR658409 4 0.4454 0.6606 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1469681 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1075484 2 0.0592 0.7806 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1417894 3 0.2814 0.6212 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1417422 2 0.4454 0.3541 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1090674 1 0.4454 0.9988 0.692 0.000 0.308 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.2966 0.80971 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1345953 2 0.2966 0.78984 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1357826 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475408 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472704 5 0.0703 0.89741 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1090046 4 0.0290 0.89028 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.2966 0.75946 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1334587 2 0.2648 0.80769 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1490246 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 3 0.4192 0.52245 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1324206 3 0.3857 0.64354 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1408574 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.3336 0.74939 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1079948 2 0.2966 0.75946 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1310667 5 0.2966 0.80971 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR655852 2 0.2852 0.77277 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1352457 2 0.4307 0.16887 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1353994 2 0.2966 0.78984 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1459561 5 0.2966 0.80971 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1454009 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.3366 0.67387 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR658105 3 0.4302 0.36926 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.2280 0.82419 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1429181 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.4182 0.32459 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1464788 4 0.4138 0.46711 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318774 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 3 0.3837 0.64730 0.308 0.000 0.692 0.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.6173 -0.03520 0.000 0.468 0.000 0.396 0.136
#> SRR1443244 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455391 3 0.2690 0.77733 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 3 0.0609 0.83517 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.4235 0.25548 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1472506 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388281 5 0.3586 0.62348 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1365622 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662811 3 0.3395 0.71526 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357166 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 3 0.4300 0.13669 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 5 0.2852 0.82283 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1096547 4 0.3983 0.50699 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1456818 3 0.3876 0.63858 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR816336 4 0.4256 0.32384 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.1965 0.80888 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.4060 0.58475 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.4287 0.00625 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1078258 2 0.3003 0.78692 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1455861 3 0.4273 0.44657 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.4074 0.55707 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1070260 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.2074 0.85208 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1414661 2 0.3242 0.76111 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1359147 2 0.2813 0.77693 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1488694 4 0.3988 0.64324 0.036 0.000 0.196 0.768 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406621 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0880 0.86568 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR815208 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0703 0.87626 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1456010 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498416 4 0.3109 0.71667 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.1544 0.84825 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.3274 0.69116 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1459866 3 0.4278 0.43783 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1331267 3 0.0609 0.83517 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.2852 0.77277 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077920 5 0.3707 0.71685 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1457705 3 0.2179 0.79448 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1437073 3 0.2929 0.76471 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0290 0.98720 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.0609 0.83517 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.3074 0.78054 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1084674 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0404 0.98278 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 2 0.2561 0.81841 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1404442 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0404 0.98278 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1458335 4 0.2966 0.73528 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1489589 2 0.0794 0.86796 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1378284 3 0.4262 0.44844 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 3 0.0609 0.83517 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1339236 4 0.3452 0.67141 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1323829 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086772 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 5 0.1197 0.89061 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1071905 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378903 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 3 0.1732 0.81793 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0963 0.89077 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1077139 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342758 3 0.4268 0.45427 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.3983 0.61130 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812198 3 0.4273 0.44657 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.4126 0.53790 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1420936 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322249 3 0.2929 0.76161 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811285 2 0.2516 0.82093 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR657018 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.3074 0.80143 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1439915 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105009 5 0.3242 0.79200 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1367024 3 0.2179 0.73851 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409620 3 0.4273 0.44657 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.3366 0.74506 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1406224 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR615910 5 0.2230 0.85277 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1076219 3 0.4273 0.44657 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.2966 0.80971 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1407648 4 0.3177 0.70693 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1386775 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388399 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.2966 0.75946 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 4 0.0510 0.88487 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1457245 2 0.2813 0.80337 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1356746 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 3 0.4273 0.44657 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.0510 0.83536 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0000 0.89493 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342873 3 0.1671 0.81724 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.0290 0.98721 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.2561 0.81841 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR808942 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0609 0.87680 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.90798 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658409 4 0.4297 0.09113 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.83547 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.88259 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.99508 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076441 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489803 5 0.2664 0.80970 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1345953 2 0.2664 0.78995 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1357826 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475408 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472704 5 0.0632 0.89643 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1090046 4 0.0260 0.87908 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1312822 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096987 2 0.2664 0.75852 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.2378 0.80781 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR1490246 6 0.3515 0.47743 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1467522 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408574 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.2996 0.74950 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1079948 2 0.2664 0.75852 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1310667 5 0.2664 0.80970 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR655852 2 0.2562 0.77200 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.3868 0.16899 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR1353994 2 0.2664 0.78995 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1459561 5 0.2664 0.80970 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1454009 3 0.1556 0.90542 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.2912 0.74139 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1486262 4 0.3023 0.66901 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.2048 0.82418 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327896 4 0.3756 0.32448 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1464788 4 0.3717 0.46452 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1346861 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.5545 -0.03878 0.000 0.468 0.000 0.396 0.136 0.000
#> SRR1443244 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455391 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068999 6 0.0260 0.93131 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1481297 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070208 1 0.2823 0.71792 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317282 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.3804 0.25587 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000 0.000
#> SRR1472506 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388281 5 0.3221 0.62346 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1365622 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662811 1 0.1501 0.86918 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR820571 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357166 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488586 4 0.4873 0.40914 0.080 0.000 0.320 0.600 0.000 0.000
#> SRR1485398 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417725 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465693 5 0.2562 0.82282 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR1096547 4 0.3869 -0.04315 0.000 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420238 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.3592 0.53583 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR662378 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477671 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084079 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102949 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1458090 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418729 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403814 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404887 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434955 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.3851 0.00191 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1078258 2 0.2697 0.78703 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 5 0.3659 0.55704 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR1070260 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1481315 1 0.1663 0.86221 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1414661 2 0.2912 0.76122 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1359147 2 0.2527 0.77616 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1488694 4 0.3833 0.11322 0.444 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.1501 0.90845 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369088 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406621 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099981 2 0.0790 0.86578 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR815208 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091097 2 0.0632 0.87636 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1456010 6 0.1204 0.89679 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1498416 4 0.2793 0.71134 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813868 4 0.1387 0.84169 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1394912 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475824 4 0.2941 0.68611 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100472 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 3 0.3857 0.11446 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR1068977 2 0.2562 0.77200 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077920 5 0.3330 0.71683 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1457705 1 0.3390 0.51525 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473124 3 0.2597 0.80648 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.1610 0.86525 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1091791 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341539 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.1765 0.88345 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415420 6 0.1556 0.87713 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1368050 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656970 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.2762 0.78065 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1084674 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.1610 0.86516 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1074860 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655447 2 0.2300 0.81852 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1404442 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.1556 0.86739 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1458335 4 0.2664 0.72809 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1489589 2 0.0713 0.86812 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1378284 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339236 4 0.3101 0.66401 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1323829 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415257 5 0.1075 0.89023 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR1071905 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821498 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378903 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.0865 0.89060 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1077139 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070738 1 0.2631 0.77643 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1476950 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488196 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413392 6 0.3737 0.26192 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR657528 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.3706 0.53787 0.000 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1420936 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469547 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095816 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.3684 0.47913 0.628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1092517 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR811285 2 0.2260 0.82105 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR657018 1 0.3620 0.52108 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1365534 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090791 5 0.2762 0.80142 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391575 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328941 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455902 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437644 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105009 5 0.2912 0.79199 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660248 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.3838 0.27700 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1378948 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469237 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098264 2 0.3023 0.74517 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1406224 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 5 0.2003 0.85276 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 6 0.3482 0.52970 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1359262 5 0.2664 0.80970 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1407648 4 0.2854 0.70170 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1386775 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388399 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361499 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.2664 0.75852 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR1335917 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.1556 0.90542 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400159 4 0.0458 0.87313 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1457245 2 0.2527 0.80348 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1356746 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435946 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370308 6 0.2793 0.73378 0.200 0.000 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1100893 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.1501 0.85460 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.0000 0.88419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.91140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.1556 0.86739 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1328577 2 0.2300 0.81852 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343818 2 0.0547 0.87696 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1472415 5 0.0000 0.90567 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 4 0.3860 0.09372 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1469681 6 0.0000 0.93653 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417894 3 0.0000 0.95837 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.88270 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090674 6 0.1556 0.87736 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.837 0.867 0.946 0.478 0.524 0.524
#> 3 3 0.566 0.644 0.774 0.298 0.689 0.474
#> 4 4 0.504 0.605 0.741 0.122 0.856 0.628
#> 5 5 0.581 0.507 0.717 0.068 0.893 0.672
#> 6 6 0.567 0.474 0.634 0.046 0.854 0.533
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.1414 0.95518 0.980 0.020
#> SRR1454158 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1472704 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1090046 2 0.9686 0.39953 0.396 0.604
#> SRR1312822 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0376 0.95661 0.996 0.004
#> SRR1467522 1 0.0938 0.95648 0.988 0.012
#> SRR1324206 1 0.0376 0.95657 0.996 0.004
#> SRR1408574 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1071084 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1082859 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.1414 0.95517 0.980 0.020
#> SRR811073 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.8861 0.53117 0.696 0.304
#> SRR1369584 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1443244 2 0.8386 0.63444 0.268 0.732
#> SRR1455391 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.1414 0.95518 0.980 0.020
#> SRR1481297 1 0.1414 0.95518 0.980 0.020
#> SRR1070208 1 0.9983 0.00351 0.524 0.476
#> SRR1317282 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1096125 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1472506 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1388281 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR662811 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR820571 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1357166 1 0.1633 0.95416 0.976 0.024
#> SRR1488586 2 0.9686 0.39953 0.396 0.604
#> SRR1485398 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.7950 0.67528 0.240 0.760
#> SRR1409397 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1096547 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1456818 2 0.9988 0.14996 0.480 0.520
#> SRR816336 2 0.9710 0.38987 0.400 0.600
#> SRR1420238 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1436990 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1477671 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.7815 0.68608 0.232 0.768
#> SRR1434955 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.9970 0.00849 0.532 0.468
#> SRR1356765 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1481315 2 0.9754 0.36883 0.408 0.592
#> SRR1414661 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1488694 2 0.8909 0.57051 0.308 0.692
#> SRR1477273 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1415792 2 0.9866 0.30185 0.432 0.568
#> SRR1369088 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1498416 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.9608 0.42632 0.384 0.616
#> SRR1100472 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1331267 2 0.9710 0.38957 0.400 0.600
#> SRR1068977 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1437073 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1469279 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1091791 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1415420 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.9795 0.22837 0.584 0.416
#> SRR1464702 1 0.0938 0.95648 0.988 0.012
#> SRR1074860 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1378284 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1408014 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0938 0.95648 0.988 0.012
#> SRR1339236 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1323829 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1486457 2 0.9686 0.39968 0.396 0.604
#> SRR1415257 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0938 0.95648 0.988 0.012
#> SRR659223 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR821498 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.2043 0.94937 0.968 0.032
#> SRR1442313 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0938 0.95648 0.988 0.012
#> SRR1488196 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1498951 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1413392 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 1.0000 -0.08795 0.500 0.500
#> SRR1396682 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1090791 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0376 0.92547 0.004 0.996
#> SRR1314092 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1336181 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1437644 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1105009 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR660248 2 0.9209 0.52065 0.336 0.664
#> SRR1409620 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1469237 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR808428 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.1633 0.95416 0.976 0.024
#> SRR1481128 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1386775 2 0.0672 0.92227 0.008 0.992
#> SRR1388399 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.1633 0.95415 0.976 0.024
#> SRR1400159 2 0.9661 0.40908 0.392 0.608
#> SRR1457245 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0938 0.95648 0.988 0.012
#> SRR1381799 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1341100 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1472102 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.5629 0.83309 0.868 0.132
#> SRR1328577 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.1843 0.95284 0.972 0.028
#> SRR1417422 2 0.0000 0.92860 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.95648 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.1411 0.8885 0.000 0.964 0.036
#> SRR1345953 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.6225 0.1282 0.568 0.000 0.432
#> SRR1454158 2 0.2711 0.9054 0.000 0.912 0.088
#> SRR1475408 3 0.5650 0.5192 0.000 0.312 0.688
#> SRR1472704 2 0.1964 0.9122 0.000 0.944 0.056
#> SRR1090046 3 0.4963 0.5999 0.008 0.200 0.792
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.2878 0.9038 0.000 0.904 0.096
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.5431 0.6987 0.716 0.000 0.284
#> SRR1467522 1 0.5810 0.6406 0.664 0.000 0.336
#> SRR1324206 1 0.5363 0.7109 0.724 0.000 0.276
#> SRR1408574 3 0.5926 0.4616 0.000 0.356 0.644
#> SRR1083959 2 0.2711 0.9075 0.000 0.912 0.088
#> SRR1079948 2 0.2796 0.9055 0.000 0.908 0.092
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1352457 2 0.3116 0.9002 0.000 0.892 0.108
#> SRR1353994 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.5760 0.2237 0.328 0.000 0.672
#> SRR1071084 3 0.5678 0.2314 0.316 0.000 0.684
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.3686 0.7875 0.860 0.000 0.140
#> SRR1486262 2 0.4654 0.7746 0.000 0.792 0.208
#> SRR658105 3 0.5926 0.1724 0.356 0.000 0.644
#> SRR811073 2 0.0237 0.9079 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429181 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR1327896 3 0.5810 0.4761 0.000 0.336 0.664
#> SRR1464788 3 0.5859 0.4753 0.000 0.344 0.656
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 3 0.5810 0.4761 0.000 0.336 0.664
#> SRR1420517 3 0.3583 0.4724 0.056 0.044 0.900
#> SRR1369584 3 0.5859 0.4753 0.000 0.344 0.656
#> SRR1443244 3 0.5785 0.4922 0.000 0.332 0.668
#> SRR1455391 1 0.5835 0.6401 0.660 0.000 0.340
#> SRR1068999 1 0.6111 0.1847 0.604 0.000 0.396
#> SRR1481297 1 0.6295 0.0702 0.528 0.000 0.472
#> SRR1070208 3 0.5117 0.4534 0.108 0.060 0.832
#> SRR1317282 3 0.5706 0.2292 0.320 0.000 0.680
#> SRR1096125 2 0.4178 0.8435 0.000 0.828 0.172
#> SRR1472506 3 0.5254 0.5610 0.000 0.264 0.736
#> SRR1388281 2 0.1964 0.9124 0.000 0.944 0.056
#> SRR1365622 2 0.5016 0.7375 0.000 0.760 0.240
#> SRR662306 3 0.5733 0.2305 0.324 0.000 0.676
#> SRR662811 3 0.5810 0.2191 0.336 0.000 0.664
#> SRR820571 3 0.4555 0.5963 0.000 0.200 0.800
#> SRR1357166 3 0.5760 0.2138 0.328 0.000 0.672
#> SRR1488586 3 0.5092 0.5935 0.020 0.176 0.804
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 3 0.5650 0.5221 0.000 0.312 0.688
#> SRR1409397 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.4235 0.5976 0.000 0.176 0.824
#> SRR1456818 3 0.8794 -0.2007 0.440 0.112 0.448
#> SRR816336 3 0.4465 0.5968 0.004 0.176 0.820
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.5760 0.2237 0.328 0.000 0.672
#> SRR1436990 1 0.1031 0.8194 0.976 0.000 0.024
#> SRR662378 3 0.5098 0.3095 0.248 0.000 0.752
#> SRR1477671 1 0.2878 0.8071 0.904 0.000 0.096
#> SRR1084079 3 0.5785 0.4922 0.000 0.332 0.668
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 3 0.5835 0.4859 0.000 0.340 0.660
#> SRR1403814 3 0.5835 0.4761 0.000 0.340 0.660
#> SRR1404887 3 0.5785 0.4922 0.000 0.332 0.668
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.7948 -0.2442 0.420 0.060 0.520
#> SRR1356765 2 0.5327 0.7007 0.000 0.728 0.272
#> SRR1078258 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455861 1 0.4504 0.7619 0.804 0.000 0.196
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.2356 0.9107 0.000 0.928 0.072
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.9794 -0.1494 0.384 0.236 0.380
#> SRR1414661 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1359147 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1488694 3 0.5810 0.4917 0.000 0.336 0.664
#> SRR1477273 3 0.5678 0.2314 0.316 0.000 0.684
#> SRR1415792 3 0.6001 0.5794 0.052 0.176 0.772
#> SRR1369088 2 0.1860 0.8910 0.000 0.948 0.052
#> SRR1406621 3 0.5859 0.4753 0.000 0.344 0.656
#> SRR1401017 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099981 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR815208 2 0.0592 0.9088 0.000 0.988 0.012
#> SRR1380460 2 0.3192 0.9015 0.000 0.888 0.112
#> SRR1091097 2 0.2796 0.9055 0.000 0.908 0.092
#> SRR1456010 3 0.5810 0.2175 0.336 0.000 0.664
#> SRR1498416 3 0.5810 0.4761 0.000 0.336 0.664
#> SRR818873 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR813868 2 0.2959 0.9029 0.000 0.900 0.100
#> SRR1394912 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.2878 0.9045 0.000 0.904 0.096
#> SRR1459866 1 0.1643 0.8168 0.956 0.000 0.044
#> SRR1364871 3 0.5560 0.5331 0.000 0.300 0.700
#> SRR1100472 2 0.0892 0.9102 0.000 0.980 0.020
#> SRR1331267 3 0.6668 0.5613 0.040 0.264 0.696
#> SRR1068977 2 0.2625 0.9068 0.000 0.916 0.084
#> SRR1391511 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1077920 2 0.1964 0.9122 0.000 0.944 0.056
#> SRR1457705 3 0.5785 0.2211 0.332 0.000 0.668
#> SRR1437073 1 0.6267 0.4247 0.548 0.000 0.452
#> SRR1473124 3 0.5733 0.2305 0.324 0.000 0.676
#> SRR1469279 3 0.5988 0.1765 0.368 0.000 0.632
#> SRR1091791 3 0.5948 0.4556 0.000 0.360 0.640
#> SRR1341539 3 0.5948 0.4614 0.000 0.360 0.640
#> SRR1446354 3 0.5760 0.2237 0.328 0.000 0.672
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.6286 0.3949 0.536 0.000 0.464
#> SRR656970 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1084674 3 0.5793 0.5157 0.084 0.116 0.800
#> SRR1464702 1 0.4346 0.7631 0.816 0.000 0.184
#> SRR1074860 3 0.5706 0.4905 0.000 0.320 0.680
#> SRR655447 2 0.3551 0.8914 0.000 0.868 0.132
#> SRR1404442 2 0.1964 0.9122 0.000 0.944 0.056
#> SRR1418795 1 0.3816 0.7859 0.852 0.000 0.148
#> SRR1458335 3 0.6280 0.2439 0.000 0.460 0.540
#> SRR1489589 2 0.1529 0.8901 0.000 0.960 0.040
#> SRR1378284 3 0.4409 0.5967 0.004 0.172 0.824
#> SRR1408014 2 0.4887 0.6288 0.000 0.772 0.228
#> SRR1083052 1 0.5948 0.6150 0.640 0.000 0.360
#> SRR1339236 3 0.5706 0.5166 0.000 0.320 0.680
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.4645 0.5958 0.008 0.176 0.816
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 1 0.6111 0.5598 0.604 0.000 0.396
#> SRR659223 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.5760 0.2237 0.328 0.000 0.672
#> SRR821498 3 0.5859 0.4782 0.000 0.344 0.656
#> SRR1378903 3 0.5810 0.4761 0.000 0.336 0.664
#> SRR1472907 3 0.5591 0.2541 0.304 0.000 0.696
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342758 1 0.4605 0.7566 0.796 0.000 0.204
#> SRR656911 2 0.3482 0.8927 0.000 0.872 0.128
#> SRR1070738 1 0.0237 0.8198 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476950 1 0.5497 0.6959 0.708 0.000 0.292
#> SRR1488196 3 0.5678 0.2314 0.316 0.000 0.684
#> SRR1498951 3 0.5591 0.2442 0.304 0.000 0.696
#> SRR1413392 1 0.0237 0.8196 0.996 0.000 0.004
#> SRR657528 2 0.0592 0.9054 0.000 0.988 0.012
#> SRR812198 1 0.4555 0.7590 0.800 0.000 0.200
#> SRR660283 2 0.2878 0.9025 0.000 0.904 0.096
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 3 0.8637 -0.2324 0.448 0.100 0.452
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 3 0.5968 0.4491 0.000 0.364 0.636
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.2796 0.9055 0.000 0.908 0.092
#> SRR811285 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR657018 1 0.1753 0.8165 0.952 0.000 0.048
#> SRR1365534 3 0.5706 0.2292 0.320 0.000 0.680
#> SRR1090791 2 0.1411 0.8885 0.000 0.964 0.036
#> SRR1439915 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR1391575 3 0.5785 0.4922 0.000 0.332 0.668
#> SRR1314092 2 0.2878 0.9033 0.000 0.904 0.096
#> SRR1328941 3 0.5678 0.2372 0.316 0.000 0.684
#> SRR1336181 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1362972 1 0.1289 0.8058 0.968 0.000 0.032
#> SRR1366790 2 0.2261 0.9118 0.000 0.932 0.068
#> SRR1455902 3 0.5678 0.2314 0.316 0.000 0.684
#> SRR1437644 3 0.5560 0.5307 0.000 0.300 0.700
#> SRR1105009 2 0.2356 0.9107 0.000 0.928 0.072
#> SRR1367024 3 0.5678 0.2314 0.316 0.000 0.684
#> SRR660248 3 0.5529 0.5234 0.000 0.296 0.704
#> SRR1409620 1 0.1643 0.8177 0.956 0.000 0.044
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.4931 0.6377 0.768 0.000 0.232
#> SRR1378948 3 0.5529 0.5334 0.000 0.296 0.704
#> SRR1469237 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.2878 0.9038 0.000 0.904 0.096
#> SRR1406224 3 0.6307 0.1801 0.000 0.488 0.512
#> SRR1393026 3 0.5810 0.2075 0.336 0.000 0.664
#> SRR808428 2 0.2625 0.9080 0.000 0.916 0.084
#> SRR615910 2 0.1411 0.9097 0.000 0.964 0.036
#> SRR1076219 3 0.5785 0.2194 0.332 0.000 0.668
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.1860 0.8843 0.000 0.948 0.052
#> SRR1407648 2 0.6309 0.0630 0.000 0.504 0.496
#> SRR1386775 3 0.5810 0.4957 0.000 0.336 0.664
#> SRR1388399 3 0.5988 0.4588 0.000 0.368 0.632
#> SRR1361499 2 0.2711 0.9064 0.000 0.912 0.088
#> SRR1500709 2 0.3038 0.9021 0.000 0.896 0.104
#> SRR1335917 1 0.4750 0.5856 0.784 0.000 0.216
#> SRR1430615 2 0.2625 0.9068 0.000 0.916 0.084
#> SRR1335212 3 0.5810 0.1990 0.336 0.000 0.664
#> SRR1400159 3 0.5254 0.5610 0.000 0.264 0.736
#> SRR1457245 2 0.1964 0.9122 0.000 0.944 0.056
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 2 0.6062 0.3832 0.000 0.616 0.384
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2537 0.8079 0.920 0.000 0.080
#> SRR1100893 1 0.4062 0.7782 0.836 0.000 0.164
#> SRR1389432 1 0.5678 0.6726 0.684 0.000 0.316
#> SRR1381799 2 0.2959 0.9016 0.000 0.900 0.100
#> SRR1310158 3 0.5733 0.2265 0.324 0.000 0.676
#> SRR1341100 3 0.5835 0.4899 0.000 0.340 0.660
#> SRR1342873 3 0.5760 0.2237 0.328 0.000 0.672
#> SRR1472102 2 0.2261 0.9111 0.000 0.932 0.068
#> SRR1409421 3 0.4682 0.3579 0.192 0.004 0.804
#> SRR1328577 2 0.2796 0.9055 0.000 0.908 0.092
#> SRR808942 2 0.5431 0.5908 0.000 0.716 0.284
#> SRR1343818 2 0.2796 0.9055 0.000 0.908 0.092
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9067 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.6307 -0.0780 0.000 0.512 0.488
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0424 0.9053 0.000 0.992 0.008
#> SRR1417894 3 0.5706 0.2292 0.320 0.000 0.680
#> SRR1417422 2 0.6291 -0.0434 0.000 0.532 0.468
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8198 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.3074 0.7541 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1076441 1 0.4916 0.8996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1489803 2 0.5222 0.6236 0.032 0.688 0.000 0.280
#> SRR1345953 2 0.4100 0.7469 0.036 0.816 0.000 0.148
#> SRR1357826 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.7793 -0.1152 0.424 0.000 0.276 0.300
#> SRR1454158 2 0.4991 0.6047 0.004 0.608 0.000 0.388
#> SRR1475408 4 0.2987 0.6540 0.000 0.016 0.104 0.880
#> SRR1472704 2 0.2345 0.7616 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1090046 4 0.4854 0.5559 0.032 0.016 0.172 0.780
#> SRR1312822 1 0.4898 0.8997 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1096987 2 0.5793 0.6542 0.048 0.628 0.000 0.324
#> SRR1334587 2 0.2281 0.7480 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1490246 3 0.4436 0.7444 0.020 0.000 0.764 0.216
#> SRR1467522 3 0.2973 0.5751 0.020 0.000 0.884 0.096
#> SRR1324206 3 0.1489 0.3561 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1408574 4 0.4111 0.6471 0.012 0.144 0.020 0.824
#> SRR1083959 2 0.3024 0.7557 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1079948 2 0.4839 0.7376 0.044 0.756 0.000 0.200
#> SRR1310667 2 0.2760 0.7332 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR655852 2 0.4904 0.7362 0.040 0.744 0.000 0.216
#> SRR1352457 2 0.3791 0.7381 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR1353994 2 0.4197 0.7453 0.036 0.808 0.000 0.156
#> SRR1459561 2 0.3266 0.7164 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1454009 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1071084 3 0.4769 0.7655 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR1082859 2 0.0336 0.7368 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1086538 3 0.4406 -0.4328 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1486262 2 0.6139 0.5438 0.052 0.544 0.000 0.404
#> SRR658105 3 0.4606 0.7643 0.012 0.000 0.724 0.264
#> SRR811073 2 0.1576 0.7386 0.048 0.948 0.000 0.004
#> SRR1429181 2 0.4980 0.6042 0.016 0.680 0.000 0.304
#> SRR1327896 2 0.6213 0.4268 0.052 0.484 0.000 0.464
#> SRR1464788 4 0.5090 0.4865 0.324 0.016 0.000 0.660
#> SRR1346861 2 0.0707 0.7350 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1318774 4 0.4844 0.4891 0.300 0.012 0.000 0.688
#> SRR1420517 3 0.6293 0.6486 0.044 0.012 0.584 0.360
#> SRR1369584 4 0.5090 0.4865 0.324 0.016 0.000 0.660
#> SRR1443244 4 0.3810 0.7047 0.000 0.092 0.060 0.848
#> SRR1455391 3 0.3726 0.7470 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1068999 1 0.7442 0.1651 0.504 0.000 0.212 0.284
#> SRR1481297 1 0.7888 -0.2383 0.380 0.000 0.320 0.300
#> SRR1070208 3 0.6490 0.5981 0.056 0.016 0.600 0.328
#> SRR1317282 3 0.4632 0.7671 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR1096125 2 0.6187 0.4857 0.052 0.516 0.000 0.432
#> SRR1472506 4 0.3048 0.6505 0.000 0.016 0.108 0.876
#> SRR1388281 2 0.2578 0.7524 0.052 0.912 0.000 0.036
#> SRR1365622 4 0.6114 -0.3167 0.048 0.428 0.000 0.524
#> SRR662306 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR662811 3 0.4795 0.7668 0.012 0.000 0.696 0.292
#> SRR820571 4 0.3350 0.6411 0.004 0.016 0.116 0.864
#> SRR1357166 3 0.4621 0.7677 0.008 0.000 0.708 0.284
#> SRR1488586 4 0.6399 -0.0887 0.040 0.016 0.384 0.560
#> SRR1485398 1 0.4898 0.8997 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1417725 4 0.3037 0.6607 0.000 0.020 0.100 0.880
#> SRR1409397 2 0.4883 0.6095 0.016 0.696 0.000 0.288
#> SRR1465693 2 0.3401 0.7231 0.008 0.840 0.000 0.152
#> SRR1096547 4 0.6446 -0.0260 0.048 0.016 0.352 0.584
#> SRR1456818 3 0.5308 0.3986 0.056 0.016 0.760 0.168
#> SRR816336 4 0.6388 -0.1187 0.040 0.016 0.380 0.564
#> SRR1420238 1 0.4916 0.8996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1433374 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1436990 1 0.4925 0.8974 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR662378 3 0.5090 0.7499 0.016 0.000 0.660 0.324
#> SRR1477671 3 0.4955 -0.7428 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1084079 4 0.3069 0.6947 0.012 0.088 0.012 0.888
#> SRR1102949 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1458090 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1418729 4 0.2271 0.7014 0.008 0.076 0.000 0.916
#> SRR1403814 4 0.3894 0.6760 0.068 0.088 0.000 0.844
#> SRR1404887 4 0.3810 0.7047 0.000 0.092 0.060 0.848
#> SRR1434955 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1360652 3 0.6232 0.5260 0.036 0.016 0.592 0.356
#> SRR1356765 4 0.5320 -0.2363 0.012 0.416 0.000 0.572
#> SRR1078258 2 0.3796 0.7439 0.056 0.848 0.000 0.096
#> SRR1455861 3 0.2973 0.0409 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1420296 2 0.3444 0.7073 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1070260 2 0.2973 0.7568 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1410765 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1481315 4 0.6984 0.2235 0.072 0.016 0.416 0.496
#> SRR1414661 2 0.4149 0.7453 0.036 0.812 0.000 0.152
#> SRR1359147 2 0.3583 0.7551 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR1488694 4 0.4212 0.7059 0.024 0.088 0.044 0.844
#> SRR1477273 3 0.4769 0.7655 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR1415792 4 0.6649 -0.2470 0.048 0.016 0.448 0.488
#> SRR1369088 2 0.6500 0.4199 0.080 0.544 0.000 0.376
#> SRR1406621 4 0.5090 0.4865 0.324 0.016 0.000 0.660
#> SRR1401017 2 0.5389 0.5719 0.032 0.660 0.000 0.308
#> SRR1099981 2 0.5182 0.6012 0.028 0.684 0.000 0.288
#> SRR815208 2 0.0921 0.7473 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1380460 2 0.4839 0.7383 0.044 0.756 0.000 0.200
#> SRR1091097 2 0.4636 0.7441 0.040 0.772 0.000 0.188
#> SRR1456010 3 0.4891 0.7663 0.012 0.000 0.680 0.308
#> SRR1498416 4 0.5062 0.4852 0.300 0.020 0.000 0.680
#> SRR818873 2 0.4955 0.6280 0.024 0.708 0.000 0.268
#> SRR813868 2 0.5402 0.4676 0.012 0.516 0.000 0.472
#> SRR1394912 1 0.4907 0.9001 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1475824 2 0.6024 0.5495 0.044 0.540 0.000 0.416
#> SRR1459866 3 0.4730 -0.5772 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1364871 4 0.3675 0.6482 0.020 0.016 0.104 0.860
#> SRR1100472 2 0.1305 0.7416 0.036 0.960 0.000 0.004
#> SRR1331267 4 0.4175 0.5914 0.000 0.016 0.200 0.784
#> SRR1068977 2 0.5884 0.6068 0.044 0.592 0.000 0.364
#> SRR1391511 2 0.3074 0.7541 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1077920 2 0.2760 0.7600 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1457705 3 0.4891 0.7663 0.012 0.000 0.680 0.308
#> SRR1437073 3 0.3837 0.7549 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1473124 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1469279 3 0.6016 0.7454 0.068 0.000 0.632 0.300
#> SRR1091791 4 0.6042 -0.2229 0.048 0.392 0.000 0.560
#> SRR1341539 4 0.3335 0.6567 0.016 0.128 0.000 0.856
#> SRR1446354 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1415420 1 0.4916 0.8996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1368050 3 0.3873 0.7561 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR656970 2 0.2662 0.7425 0.016 0.900 0.000 0.084
#> SRR1473403 2 0.2376 0.7474 0.016 0.916 0.000 0.068
#> SRR1084674 3 0.6643 0.4510 0.048 0.016 0.496 0.440
#> SRR1464702 3 0.4781 -0.5020 0.336 0.000 0.660 0.004
#> SRR1074860 4 0.3174 0.6903 0.028 0.076 0.008 0.888
#> SRR655447 2 0.5056 0.7259 0.044 0.732 0.000 0.224
#> SRR1404442 2 0.2345 0.7616 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1418795 3 0.4522 -0.4824 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1458335 4 0.4546 0.5700 0.012 0.204 0.012 0.772
#> SRR1489589 2 0.5530 0.5331 0.032 0.632 0.000 0.336
#> SRR1378284 4 0.5009 0.3323 0.004 0.016 0.280 0.700
#> SRR1408014 2 0.5440 0.5123 0.020 0.596 0.000 0.384
#> SRR1083052 3 0.3528 0.7285 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1339236 4 0.2983 0.6681 0.012 0.016 0.076 0.896
#> SRR1323829 2 0.1297 0.7417 0.020 0.964 0.000 0.016
#> SRR1086772 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1486457 4 0.6229 -0.1049 0.032 0.016 0.380 0.572
#> SRR1415257 2 0.4706 0.6478 0.020 0.732 0.000 0.248
#> SRR1071905 3 0.4123 0.7540 0.008 0.000 0.772 0.220
#> SRR659223 2 0.0779 0.7362 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1386945 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR821498 4 0.3842 0.6801 0.000 0.128 0.036 0.836
#> SRR1378903 4 0.3439 0.6748 0.048 0.084 0.000 0.868
#> SRR1472907 3 0.4477 0.7660 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1442313 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1342758 3 0.3074 0.0238 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR656911 4 0.6149 -0.4488 0.048 0.472 0.000 0.480
#> SRR1070738 1 0.4916 0.8996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1476950 3 0.1629 0.4324 0.024 0.000 0.952 0.024
#> SRR1488196 3 0.4769 0.7655 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR1498951 3 0.4891 0.7632 0.012 0.000 0.680 0.308
#> SRR1413392 1 0.4907 0.9001 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR657528 2 0.5923 0.4447 0.044 0.580 0.000 0.376
#> SRR812198 3 0.3219 -0.0237 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR660283 2 0.3172 0.7538 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1420936 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1469547 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1322249 3 0.5425 0.3992 0.060 0.016 0.752 0.172
#> SRR1396682 1 0.4916 0.8996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1095816 4 0.5247 0.4991 0.052 0.228 0.000 0.720
#> SRR1081023 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1092517 2 0.3257 0.7547 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR811285 2 0.4098 0.6926 0.012 0.784 0.000 0.204
#> SRR657018 1 0.4967 0.8770 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1365534 3 0.4632 0.7671 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR1090791 2 0.5141 0.6353 0.032 0.700 0.000 0.268
#> SRR1439915 2 0.4882 0.6245 0.020 0.708 0.000 0.272
#> SRR1391575 4 0.4261 0.6946 0.000 0.112 0.068 0.820
#> SRR1314092 2 0.5220 0.5558 0.008 0.568 0.000 0.424
#> SRR1328941 3 0.4769 0.7655 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR1336181 2 0.2921 0.7579 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1362972 1 0.5080 0.8975 0.576 0.000 0.420 0.004
#> SRR1366790 2 0.5329 0.5089 0.012 0.568 0.000 0.420
#> SRR1455902 3 0.4769 0.7655 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR1437644 4 0.3556 0.6550 0.012 0.020 0.104 0.864
#> SRR1105009 2 0.2868 0.7587 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1367024 3 0.4769 0.7655 0.008 0.000 0.684 0.308
#> SRR660248 4 0.2901 0.6966 0.016 0.040 0.036 0.908
#> SRR1409620 1 0.4999 0.8328 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1455807 2 0.0336 0.7368 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.7493 0.3649 0.488 0.000 0.304 0.208
#> SRR1378948 4 0.3048 0.6505 0.000 0.016 0.108 0.876
#> SRR1469237 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1098264 2 0.4379 0.7389 0.036 0.792 0.000 0.172
#> SRR1406224 4 0.5273 -0.3074 0.008 0.456 0.000 0.536
#> SRR1393026 3 0.4697 0.7681 0.008 0.000 0.696 0.296
#> SRR808428 2 0.3074 0.7541 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR615910 2 0.1940 0.7623 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1076219 3 0.4795 0.7674 0.012 0.000 0.696 0.292
#> SRR1481128 1 0.4916 0.8996 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1359262 2 0.5626 0.4814 0.028 0.588 0.000 0.384
#> SRR1407648 2 0.6130 0.5184 0.052 0.548 0.000 0.400
#> SRR1386775 4 0.4391 0.7089 0.024 0.084 0.056 0.836
#> SRR1388399 4 0.5201 0.6928 0.052 0.112 0.044 0.792
#> SRR1361499 2 0.4197 0.7469 0.036 0.808 0.000 0.156
#> SRR1500709 2 0.5472 0.6975 0.044 0.676 0.000 0.280
#> SRR1335917 1 0.5775 0.8455 0.560 0.000 0.408 0.032
#> SRR1430615 2 0.4720 0.6786 0.004 0.672 0.000 0.324
#> SRR1335212 3 0.4391 0.7626 0.008 0.000 0.740 0.252
#> SRR1400159 4 0.3292 0.6455 0.004 0.016 0.112 0.868
#> SRR1457245 2 0.2081 0.7608 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1356746 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR658319 2 0.4769 0.6528 0.008 0.684 0.000 0.308
#> SRR1435946 1 0.4907 0.9001 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1370308 1 0.4994 0.8442 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1100893 3 0.3801 -0.2006 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1389432 3 0.4059 0.7373 0.012 0.000 0.788 0.200
#> SRR1381799 2 0.3157 0.7590 0.004 0.852 0.000 0.144
#> SRR1310158 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1341100 4 0.3770 0.6926 0.004 0.104 0.040 0.852
#> SRR1342873 3 0.4454 0.7681 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1472102 2 0.5125 0.5917 0.008 0.604 0.000 0.388
#> SRR1409421 3 0.5816 0.6558 0.036 0.000 0.572 0.392
#> SRR1328577 2 0.4149 0.7453 0.036 0.812 0.000 0.152
#> SRR808942 2 0.3355 0.7552 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR1343818 2 0.4462 0.7448 0.044 0.792 0.000 0.164
#> SRR1472415 2 0.0592 0.7350 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR658409 2 0.5578 0.6698 0.040 0.648 0.000 0.312
#> SRR1469681 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1075484 2 0.5557 0.5621 0.040 0.652 0.000 0.308
#> SRR1417894 3 0.4632 0.7671 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR1417422 2 0.5292 0.4289 0.008 0.512 0.000 0.480
#> SRR1090674 1 0.4888 0.8989 0.588 0.000 0.412 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.1851 0.6289 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1076441 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 5 0.5954 0.5455 0.000 0.272 0.000 0.152 0.576
#> SRR1345953 5 0.3796 0.4194 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1357826 5 0.1671 0.6181 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1419656 1 0.4287 0.1609 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1454158 5 0.6493 0.4931 0.000 0.260 0.000 0.248 0.492
#> SRR1475408 3 0.6918 -0.4782 0.000 0.188 0.408 0.388 0.016
#> SRR1472704 5 0.1571 0.6320 0.000 0.004 0.000 0.060 0.936
#> SRR1090046 4 0.4885 0.1808 0.016 0.016 0.332 0.636 0.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 4 0.6519 -0.1638 0.000 0.196 0.000 0.436 0.368
#> SRR1334587 5 0.5074 0.6071 0.000 0.268 0.000 0.072 0.660
#> SRR1490246 3 0.4632 0.4639 0.376 0.012 0.608 0.004 0.000
#> SRR1467522 3 0.4084 0.5246 0.328 0.000 0.668 0.004 0.000
#> SRR1324206 3 0.4772 0.4618 0.352 0.012 0.624 0.012 0.000
#> SRR1408574 4 0.7994 0.2244 0.000 0.196 0.124 0.432 0.248
#> SRR1083959 5 0.1952 0.6284 0.000 0.004 0.000 0.084 0.912
#> SRR1079948 4 0.6519 -0.1415 0.000 0.192 0.000 0.408 0.400
#> SRR1310667 5 0.4169 0.6091 0.000 0.240 0.000 0.028 0.732
#> SRR655852 5 0.6518 0.2291 0.000 0.192 0.000 0.396 0.412
#> SRR1352457 5 0.2719 0.6396 0.000 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR1353994 5 0.3074 0.5562 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1459561 5 0.4224 0.6045 0.000 0.216 0.000 0.040 0.744
#> SRR1454009 3 0.0290 0.7214 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1071084 3 0.0162 0.7203 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1082859 5 0.1908 0.6181 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1086538 1 0.4268 0.0274 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1486262 4 0.5904 0.2367 0.000 0.196 0.000 0.600 0.204
#> SRR658105 3 0.4365 0.5547 0.308 0.012 0.676 0.004 0.000
#> SRR811073 5 0.3421 0.6021 0.000 0.080 0.000 0.080 0.840
#> SRR1429181 5 0.6347 0.4730 0.000 0.228 0.000 0.248 0.524
#> SRR1327896 4 0.5819 0.2248 0.000 0.200 0.000 0.612 0.188
#> SRR1464788 2 0.2852 0.9133 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1346861 5 0.2017 0.6199 0.000 0.080 0.000 0.008 0.912
#> SRR1318774 2 0.3530 0.8836 0.000 0.784 0.000 0.204 0.012
#> SRR1420517 3 0.0486 0.7166 0.004 0.004 0.988 0.004 0.000
#> SRR1369584 2 0.2852 0.9133 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1443244 4 0.5108 0.2290 0.000 0.140 0.088 0.740 0.032
#> SRR1455391 3 0.4607 0.5351 0.312 0.012 0.664 0.012 0.000
#> SRR1068999 1 0.4173 0.4844 0.688 0.000 0.300 0.012 0.000
#> SRR1481297 1 0.4300 0.1192 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1070208 3 0.5138 0.5734 0.268 0.020 0.672 0.040 0.000
#> SRR1317282 3 0.0162 0.7203 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1096125 4 0.5931 0.2317 0.000 0.204 0.000 0.596 0.200
#> SRR1472506 4 0.4273 0.2193 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1388281 5 0.6222 0.4985 0.000 0.216 0.000 0.236 0.548
#> SRR1365622 4 0.5790 0.2407 0.000 0.200 0.000 0.616 0.184
#> SRR662306 3 0.0798 0.7234 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR662811 3 0.2929 0.6782 0.152 0.008 0.840 0.000 0.000
#> SRR820571 4 0.4278 0.2161 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1357166 3 0.3934 0.6104 0.236 0.012 0.748 0.004 0.000
#> SRR1488586 3 0.5311 0.2510 0.024 0.020 0.572 0.384 0.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 4 0.6443 0.2282 0.000 0.124 0.424 0.440 0.012
#> SRR1409397 5 0.6341 0.4653 0.000 0.220 0.000 0.256 0.524
#> SRR1465693 5 0.4254 0.6031 0.000 0.220 0.000 0.040 0.740
#> SRR1096547 3 0.4283 0.3091 0.000 0.008 0.644 0.348 0.000
#> SRR1456818 3 0.5492 0.4929 0.328 0.020 0.608 0.044 0.000
#> SRR816336 3 0.4165 0.3626 0.000 0.008 0.672 0.320 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0579 0.7219 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1436990 1 0.0162 0.8845 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.1372 0.7191 0.024 0.004 0.956 0.016 0.000
#> SRR1477671 1 0.0955 0.8719 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1084079 4 0.5098 0.2359 0.000 0.100 0.132 0.740 0.028
#> SRR1102949 1 0.0290 0.8824 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 3 0.8137 -0.5451 0.000 0.228 0.336 0.328 0.108
#> SRR1403814 4 0.5675 0.1664 0.000 0.232 0.036 0.664 0.068
#> SRR1404887 4 0.4960 0.2397 0.000 0.124 0.096 0.752 0.028
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 3 0.5216 0.5392 0.300 0.016 0.644 0.040 0.000
#> SRR1356765 5 0.6429 0.4455 0.000 0.208 0.000 0.296 0.496
#> SRR1078258 5 0.6681 0.2832 0.000 0.248 0.000 0.328 0.424
#> SRR1455861 3 0.4865 0.3107 0.428 0.012 0.552 0.008 0.000
#> SRR1420296 5 0.5724 0.5666 0.000 0.304 0.000 0.112 0.584
#> SRR1070260 5 0.1831 0.6283 0.000 0.004 0.000 0.076 0.920
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 4 0.6225 -0.1115 0.396 0.008 0.112 0.484 0.000
#> SRR1414661 5 0.2690 0.5853 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1359147 5 0.5354 0.5861 0.000 0.192 0.000 0.140 0.668
#> SRR1488694 4 0.2940 0.1586 0.008 0.012 0.064 0.888 0.028
#> SRR1477273 3 0.0162 0.7203 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1415792 3 0.7143 0.3715 0.260 0.020 0.432 0.288 0.000
#> SRR1369088 4 0.5010 0.0473 0.000 0.144 0.000 0.708 0.148
#> SRR1406621 2 0.2852 0.9133 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1401017 5 0.6467 0.4245 0.000 0.232 0.000 0.272 0.496
#> SRR1099981 5 0.6287 0.4905 0.000 0.240 0.000 0.224 0.536
#> SRR815208 5 0.0703 0.6276 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1380460 5 0.6483 0.2775 0.000 0.192 0.000 0.356 0.452
#> SRR1091097 5 0.6477 0.3317 0.000 0.192 0.000 0.352 0.456
#> SRR1456010 3 0.0880 0.7170 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.4350 0.7267 0.000 0.704 0.000 0.268 0.028
#> SRR818873 5 0.6049 0.5328 0.000 0.272 0.000 0.164 0.564
#> SRR813868 5 0.6534 0.3020 0.000 0.196 0.000 0.388 0.416
#> SRR1394912 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 4 0.6200 0.1770 0.000 0.196 0.000 0.548 0.256
#> SRR1459866 1 0.2629 0.7531 0.860 0.000 0.136 0.004 0.000
#> SRR1364871 4 0.4420 0.2165 0.000 0.004 0.448 0.548 0.000
#> SRR1100472 5 0.3051 0.6272 0.000 0.060 0.000 0.076 0.864
#> SRR1331267 4 0.6988 0.0176 0.276 0.012 0.180 0.516 0.016
#> SRR1068977 5 0.6700 0.3501 0.000 0.252 0.000 0.332 0.416
#> SRR1391511 5 0.2561 0.6309 0.000 0.020 0.000 0.096 0.884
#> SRR1077920 5 0.1608 0.6303 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1457705 3 0.0794 0.7180 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1437073 3 0.4486 0.5632 0.288 0.012 0.688 0.012 0.000
#> SRR1473124 3 0.0290 0.7214 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1469279 3 0.1410 0.7108 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1091791 4 0.5718 0.2343 0.000 0.196 0.004 0.640 0.160
#> SRR1341539 4 0.8239 0.1250 0.000 0.212 0.140 0.376 0.272
#> SRR1446354 3 0.0290 0.7214 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.4486 0.5632 0.288 0.012 0.688 0.012 0.000
#> SRR656970 5 0.3596 0.6174 0.000 0.200 0.000 0.016 0.784
#> SRR1473403 5 0.4716 0.6069 0.000 0.308 0.000 0.036 0.656
#> SRR1084674 3 0.3421 0.6048 0.008 0.016 0.824 0.152 0.000
#> SRR1464702 1 0.3752 0.4807 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1074860 4 0.5648 0.1799 0.000 0.216 0.044 0.676 0.064
#> SRR655447 5 0.6309 0.4147 0.000 0.192 0.000 0.288 0.520
#> SRR1404442 5 0.1430 0.6326 0.000 0.004 0.000 0.052 0.944
#> SRR1418795 1 0.4276 0.2392 0.616 0.000 0.380 0.004 0.000
#> SRR1458335 4 0.8453 0.1779 0.000 0.204 0.304 0.308 0.184
#> SRR1489589 5 0.6466 0.3807 0.000 0.204 0.000 0.316 0.480
#> SRR1378284 3 0.4791 -0.0220 0.004 0.012 0.524 0.460 0.000
#> SRR1408014 5 0.6018 0.5440 0.000 0.272 0.000 0.160 0.568
#> SRR1083052 3 0.4588 0.5370 0.308 0.012 0.668 0.012 0.000
#> SRR1339236 4 0.5211 0.2242 0.000 0.044 0.432 0.524 0.000
#> SRR1323829 5 0.1851 0.6158 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1086772 5 0.1908 0.6181 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR1486457 3 0.4252 0.3267 0.000 0.008 0.652 0.340 0.000
#> SRR1415257 5 0.5578 0.5743 0.000 0.272 0.000 0.112 0.616
#> SRR1071905 3 0.4507 0.5569 0.292 0.012 0.684 0.012 0.000
#> SRR659223 5 0.2136 0.6115 0.000 0.088 0.000 0.008 0.904
#> SRR1386945 3 0.0798 0.7234 0.016 0.000 0.976 0.008 0.000
#> SRR821498 3 0.7716 -0.5241 0.000 0.192 0.376 0.360 0.072
#> SRR1378903 4 0.5911 0.1881 0.000 0.224 0.032 0.648 0.096
#> SRR1472907 3 0.0290 0.7214 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1442313 5 0.1792 0.6168 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1077139 5 0.1851 0.6157 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1342758 3 0.4504 0.3195 0.428 0.000 0.564 0.008 0.000
#> SRR656911 4 0.6411 -0.0181 0.000 0.196 0.000 0.492 0.312
#> SRR1070738 1 0.0290 0.8828 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.4711 0.4961 0.336 0.012 0.640 0.012 0.000
#> SRR1488196 3 0.0324 0.7208 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1498951 3 0.0324 0.7208 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 5 0.6476 0.3838 0.000 0.208 0.000 0.312 0.480
#> SRR812198 3 0.4410 0.2976 0.440 0.000 0.556 0.004 0.000
#> SRR660283 5 0.2286 0.6222 0.000 0.004 0.000 0.108 0.888
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.1851 0.6158 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1322249 3 0.5476 0.4994 0.324 0.020 0.612 0.044 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 4 0.6290 0.2409 0.000 0.196 0.032 0.620 0.152
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.5148 0.5944 0.000 0.192 0.000 0.120 0.688
#> SRR811285 5 0.5905 0.5469 0.000 0.276 0.000 0.144 0.580
#> SRR657018 1 0.1041 0.8671 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1365534 3 0.0451 0.7208 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1090791 5 0.5834 0.5556 0.000 0.276 0.000 0.136 0.588
#> SRR1439915 5 0.6193 0.5165 0.000 0.260 0.000 0.192 0.548
#> SRR1391575 4 0.7029 0.2434 0.000 0.192 0.280 0.496 0.032
#> SRR1314092 5 0.6477 0.4878 0.000 0.252 0.000 0.252 0.496
#> SRR1328941 3 0.0290 0.7214 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1336181 5 0.1831 0.6283 0.000 0.004 0.000 0.076 0.920
#> SRR1362972 1 0.0290 0.8813 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.6605 0.3581 0.000 0.220 0.000 0.348 0.432
#> SRR1455902 3 0.0324 0.7208 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1437644 4 0.4256 0.2218 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1105009 5 0.2020 0.6217 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1367024 3 0.0451 0.7208 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR660248 4 0.6709 0.2235 0.000 0.140 0.388 0.452 0.020
#> SRR1409620 1 0.1043 0.8652 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.1792 0.6168 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1339431 1 0.3210 0.6670 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1378948 4 0.4604 0.2253 0.000 0.000 0.428 0.560 0.012
#> SRR1469237 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.4321 0.2458 0.000 0.004 0.000 0.396 0.600
#> SRR1406224 5 0.6613 0.4045 0.000 0.196 0.004 0.336 0.464
#> SRR1393026 3 0.2570 0.6944 0.108 0.008 0.880 0.004 0.000
#> SRR808428 5 0.1831 0.6283 0.000 0.004 0.000 0.076 0.920
#> SRR615910 5 0.3916 0.6526 0.000 0.092 0.000 0.104 0.804
#> SRR1076219 3 0.0510 0.7227 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 5 0.6132 0.5100 0.000 0.224 0.000 0.212 0.564
#> SRR1407648 4 0.6080 0.2166 0.000 0.200 0.000 0.572 0.228
#> SRR1386775 4 0.3471 0.1895 0.000 0.012 0.156 0.820 0.012
#> SRR1388399 4 0.2912 0.1576 0.000 0.008 0.088 0.876 0.028
#> SRR1361499 5 0.3266 0.5415 0.000 0.004 0.000 0.200 0.796
#> SRR1500709 5 0.6519 0.2165 0.000 0.192 0.000 0.404 0.404
#> SRR1335917 1 0.0703 0.8686 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.6408 0.5237 0.000 0.272 0.000 0.220 0.508
#> SRR1335212 3 0.4395 0.5760 0.272 0.012 0.704 0.012 0.000
#> SRR1400159 4 0.4273 0.2193 0.000 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1457245 5 0.2843 0.6360 0.000 0.048 0.000 0.076 0.876
#> SRR1356746 5 0.1671 0.6181 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR658319 5 0.8153 0.0777 0.000 0.196 0.224 0.160 0.420
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.2068 0.8058 0.904 0.000 0.092 0.004 0.000
#> SRR1100893 3 0.4306 0.1591 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.4588 0.5370 0.308 0.012 0.668 0.012 0.000
#> SRR1381799 5 0.5820 0.5725 0.000 0.196 0.000 0.192 0.612
#> SRR1310158 3 0.0290 0.7214 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1341100 4 0.4440 0.2501 0.000 0.060 0.104 0.796 0.040
#> SRR1342873 3 0.0404 0.7219 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1472102 5 0.6332 0.5197 0.000 0.264 0.000 0.212 0.524
#> SRR1409421 3 0.1750 0.7039 0.028 0.000 0.936 0.036 0.000
#> SRR1328577 5 0.3760 0.5677 0.000 0.028 0.000 0.188 0.784
#> SRR808942 5 0.5375 0.5963 0.000 0.196 0.004 0.124 0.676
#> SRR1343818 5 0.6114 0.4550 0.000 0.192 0.000 0.244 0.564
#> SRR1472415 5 0.1671 0.6181 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR658409 4 0.6211 0.2133 0.000 0.192 0.000 0.544 0.264
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 5 0.6471 0.3997 0.000 0.216 0.000 0.296 0.488
#> SRR1417894 3 0.0451 0.7208 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1417422 5 0.6474 0.5055 0.000 0.264 0.000 0.240 0.496
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8858 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.3923 0.748557 0.000 0.372 0.000 0.008 0.620 0.000
#> SRR1076441 1 0.2011 0.818987 0.912 0.000 0.020 0.064 0.000 0.004
#> SRR1489803 2 0.3280 0.335485 0.000 0.808 0.000 0.004 0.160 0.028
#> SRR1345953 5 0.4321 0.474626 0.000 0.204 0.000 0.084 0.712 0.000
#> SRR1357826 5 0.5295 0.772053 0.000 0.396 0.000 0.000 0.500 0.104
#> SRR1419656 1 0.4997 0.222707 0.512 0.000 0.432 0.048 0.004 0.004
#> SRR1454158 2 0.2442 0.515793 0.000 0.884 0.000 0.048 0.068 0.000
#> SRR1475408 3 0.7195 -0.554756 0.000 0.212 0.388 0.332 0.044 0.024
#> SRR1472704 5 0.3578 0.785377 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1090046 4 0.7100 0.382138 0.080 0.076 0.192 0.576 0.056 0.020
#> SRR1312822 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1096987 2 0.5334 0.477771 0.000 0.536 0.000 0.120 0.344 0.000
#> SRR1334587 2 0.4850 0.260525 0.000 0.696 0.000 0.056 0.208 0.040
#> SRR1490246 3 0.5531 0.528881 0.228 0.000 0.612 0.140 0.000 0.020
#> SRR1467522 3 0.6173 0.484662 0.232 0.000 0.588 0.108 0.008 0.064
#> SRR1324206 3 0.5895 0.508885 0.208 0.000 0.572 0.200 0.004 0.016
#> SRR1408574 2 0.7103 0.195262 0.000 0.532 0.096 0.180 0.160 0.032
#> SRR1083959 5 0.3769 0.770909 0.000 0.356 0.000 0.004 0.640 0.000
#> SRR1079948 2 0.5108 0.381732 0.000 0.484 0.000 0.080 0.436 0.000
#> SRR1310667 2 0.4618 -0.263600 0.000 0.672 0.000 0.000 0.236 0.092
#> SRR655852 2 0.5054 0.446471 0.000 0.548 0.000 0.084 0.368 0.000
#> SRR1352457 5 0.4242 0.665411 0.000 0.448 0.000 0.016 0.536 0.000
#> SRR1353994 5 0.4110 0.589125 0.000 0.236 0.000 0.052 0.712 0.000
#> SRR1459561 2 0.4539 -0.247876 0.000 0.688 0.000 0.000 0.216 0.096
#> SRR1454009 3 0.1738 0.620051 0.000 0.000 0.928 0.052 0.016 0.004
#> SRR1071084 3 0.3843 0.530268 0.000 0.000 0.808 0.068 0.036 0.088
#> SRR1082859 5 0.5284 0.766042 0.000 0.388 0.000 0.000 0.508 0.104
#> SRR1086538 1 0.5653 0.287520 0.552 0.000 0.340 0.028 0.004 0.076
#> SRR1486262 2 0.5809 0.352164 0.000 0.452 0.000 0.188 0.360 0.000
#> SRR658105 3 0.5325 0.545734 0.212 0.000 0.636 0.136 0.000 0.016
#> SRR811073 5 0.5837 0.704329 0.000 0.308 0.000 0.036 0.552 0.104
#> SRR1429181 2 0.3724 0.499828 0.000 0.804 0.000 0.088 0.096 0.012
#> SRR1327896 2 0.5856 0.340179 0.000 0.436 0.000 0.196 0.368 0.000
#> SRR1464788 6 0.4965 0.943979 0.000 0.216 0.000 0.140 0.000 0.644
#> SRR1346861 5 0.5264 0.780065 0.000 0.376 0.000 0.000 0.520 0.104
#> SRR1318774 6 0.5721 0.918684 0.000 0.224 0.000 0.140 0.032 0.604
#> SRR1420517 3 0.1168 0.602083 0.000 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1369584 6 0.4965 0.943979 0.000 0.216 0.000 0.140 0.000 0.644
#> SRR1443244 4 0.7684 -0.000151 0.020 0.232 0.052 0.428 0.240 0.028
#> SRR1455391 3 0.5570 0.517096 0.208 0.000 0.592 0.192 0.004 0.004
#> SRR1068999 1 0.4708 0.589904 0.696 0.000 0.204 0.088 0.000 0.012
#> SRR1481297 1 0.5062 0.175400 0.488 0.000 0.452 0.052 0.004 0.004
#> SRR1070208 3 0.5816 0.519095 0.204 0.000 0.576 0.200 0.000 0.020
#> SRR1317282 3 0.2944 0.599117 0.000 0.000 0.868 0.056 0.024 0.052
#> SRR1096125 2 0.5799 0.343954 0.000 0.468 0.000 0.192 0.340 0.000
#> SRR1472506 4 0.5881 0.458226 0.000 0.088 0.420 0.464 0.016 0.012
#> SRR1388281 2 0.5348 0.335898 0.000 0.512 0.000 0.076 0.400 0.012
#> SRR1365622 2 0.6464 0.279075 0.000 0.432 0.000 0.248 0.296 0.024
#> SRR662306 3 0.2239 0.622668 0.000 0.000 0.900 0.072 0.020 0.008
#> SRR662811 3 0.4809 0.581446 0.188 0.000 0.700 0.092 0.000 0.020
#> SRR820571 4 0.5624 0.456996 0.000 0.088 0.428 0.468 0.012 0.004
#> SRR1357166 3 0.7040 0.555214 0.176 0.000 0.540 0.160 0.032 0.092
#> SRR1488586 4 0.6131 -0.083278 0.136 0.000 0.392 0.448 0.004 0.020
#> SRR1485398 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1417725 4 0.7139 0.324793 0.000 0.240 0.324 0.376 0.044 0.016
#> SRR1409397 2 0.2699 0.487453 0.000 0.864 0.000 0.108 0.020 0.008
#> SRR1465693 2 0.4686 -0.273749 0.000 0.660 0.000 0.000 0.248 0.092
#> SRR1096547 3 0.4450 -0.067803 0.000 0.008 0.608 0.364 0.004 0.016
#> SRR1456818 3 0.6238 0.501032 0.208 0.000 0.552 0.204 0.008 0.028
#> SRR816336 3 0.4345 0.064712 0.000 0.008 0.640 0.332 0.004 0.016
#> SRR1420238 1 0.1480 0.827066 0.940 0.000 0.020 0.040 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.1873 0.616215 0.000 0.000 0.924 0.048 0.020 0.008
#> SRR1436990 1 0.1564 0.826080 0.936 0.000 0.024 0.040 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.2894 0.619373 0.000 0.000 0.864 0.088 0.020 0.028
#> SRR1477671 1 0.0777 0.832718 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000 0.000
#> SRR1084079 4 0.7424 0.208367 0.000 0.164 0.128 0.504 0.164 0.040
#> SRR1102949 1 0.1780 0.820961 0.932 0.000 0.044 0.008 0.008 0.008
#> SRR1458090 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1418729 2 0.7392 -0.062117 0.000 0.476 0.252 0.152 0.064 0.056
#> SRR1403814 2 0.7603 -0.032008 0.000 0.352 0.028 0.308 0.240 0.072
#> SRR1404887 4 0.7273 0.096624 0.012 0.184 0.052 0.484 0.244 0.024
#> SRR1434955 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1360652 3 0.5972 0.512010 0.208 0.000 0.568 0.200 0.004 0.020
#> SRR1356765 2 0.4175 0.515612 0.000 0.752 0.000 0.108 0.136 0.004
#> SRR1078258 2 0.5287 0.452506 0.000 0.608 0.000 0.076 0.292 0.024
#> SRR1455861 3 0.6036 0.338304 0.336 0.000 0.516 0.120 0.012 0.016
#> SRR1420296 2 0.2129 0.358325 0.000 0.904 0.000 0.000 0.056 0.040
#> SRR1070260 5 0.3531 0.781545 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1410765 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1481315 4 0.6282 0.183174 0.336 0.076 0.060 0.516 0.012 0.000
#> SRR1414661 5 0.4130 0.643279 0.000 0.260 0.000 0.044 0.696 0.000
#> SRR1359147 2 0.4482 0.259473 0.000 0.628 0.000 0.048 0.324 0.000
#> SRR1488694 4 0.6521 0.241299 0.032 0.092 0.048 0.608 0.204 0.016
#> SRR1477273 3 0.3843 0.530268 0.000 0.000 0.808 0.068 0.036 0.088
#> SRR1415792 4 0.6520 -0.358635 0.200 0.000 0.340 0.432 0.008 0.020
#> SRR1369088 4 0.6701 -0.114829 0.000 0.280 0.000 0.432 0.244 0.044
#> SRR1406621 6 0.4965 0.943979 0.000 0.216 0.000 0.140 0.000 0.644
#> SRR1401017 2 0.3812 0.482077 0.000 0.804 0.000 0.104 0.068 0.024
#> SRR1099981 2 0.4265 0.502096 0.000 0.756 0.000 0.120 0.112 0.012
#> SRR815208 5 0.3607 0.785897 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1380460 2 0.5082 0.384825 0.000 0.512 0.000 0.080 0.408 0.000
#> SRR1091097 2 0.5077 0.443949 0.000 0.552 0.000 0.088 0.360 0.000
#> SRR1456010 3 0.1577 0.602072 0.008 0.000 0.940 0.036 0.000 0.016
#> SRR1498416 6 0.6027 0.879786 0.000 0.232 0.000 0.136 0.052 0.580
#> SRR818873 2 0.2505 0.441052 0.000 0.880 0.000 0.020 0.092 0.008
#> SRR813868 2 0.4878 0.487842 0.000 0.692 0.008 0.180 0.116 0.004
#> SRR1394912 1 0.0405 0.829982 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1475824 2 0.5702 0.466782 0.000 0.496 0.000 0.180 0.324 0.000
#> SRR1459866 1 0.5049 0.492584 0.636 0.000 0.272 0.080 0.008 0.004
#> SRR1364871 4 0.6226 0.453638 0.000 0.152 0.356 0.468 0.012 0.012
#> SRR1100472 5 0.5464 0.752557 0.000 0.308 0.000 0.028 0.584 0.080
#> SRR1331267 4 0.5932 0.204130 0.204 0.076 0.060 0.640 0.016 0.004
#> SRR1068977 2 0.4827 0.502559 0.000 0.632 0.000 0.092 0.276 0.000
#> SRR1391511 2 0.3966 -0.474416 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR1077920 5 0.3838 0.687167 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1457705 3 0.1313 0.614897 0.004 0.000 0.952 0.028 0.000 0.016
#> SRR1437073 3 0.5485 0.517532 0.208 0.000 0.588 0.200 0.000 0.004
#> SRR1473124 3 0.1922 0.598983 0.000 0.000 0.924 0.040 0.012 0.024
#> SRR1469279 3 0.2369 0.607756 0.060 0.000 0.900 0.028 0.008 0.004
#> SRR1091791 2 0.6511 0.228590 0.000 0.408 0.000 0.252 0.316 0.024
#> SRR1341539 2 0.6370 0.097797 0.000 0.600 0.112 0.204 0.048 0.036
#> SRR1446354 3 0.0972 0.606971 0.000 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1415420 1 0.1082 0.829346 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.5436 0.519009 0.208 0.000 0.596 0.192 0.000 0.004
#> SRR656970 2 0.4989 -0.410712 0.000 0.592 0.000 0.000 0.316 0.092
#> SRR1473403 2 0.4122 0.140411 0.000 0.724 0.000 0.000 0.212 0.064
#> SRR1084674 3 0.4549 0.511587 0.080 0.000 0.740 0.156 0.004 0.020
#> SRR1464702 1 0.6532 0.338497 0.520 0.000 0.292 0.100 0.008 0.080
#> SRR1074860 2 0.7758 -0.031800 0.008 0.340 0.044 0.316 0.248 0.044
#> SRR655447 2 0.4923 0.392282 0.000 0.560 0.000 0.072 0.368 0.000
#> SRR1404442 5 0.3578 0.785327 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1418795 1 0.6047 0.317772 0.548 0.000 0.316 0.040 0.012 0.084
#> SRR1458335 2 0.6617 0.094416 0.000 0.576 0.176 0.160 0.060 0.028
#> SRR1489589 2 0.3691 0.379044 0.000 0.764 0.000 0.204 0.020 0.012
#> SRR1378284 4 0.6555 0.434991 0.072 0.068 0.400 0.444 0.012 0.004
#> SRR1408014 2 0.2485 0.452520 0.000 0.884 0.000 0.008 0.084 0.024
#> SRR1083052 3 0.5765 0.518593 0.204 0.000 0.584 0.196 0.004 0.012
#> SRR1339236 4 0.6552 0.431551 0.000 0.128 0.380 0.440 0.040 0.012
#> SRR1323829 5 0.5353 0.768177 0.000 0.388 0.000 0.000 0.500 0.112
#> SRR1086772 5 0.5278 0.768470 0.000 0.384 0.000 0.000 0.512 0.104
#> SRR1486457 3 0.4453 0.013431 0.000 0.012 0.632 0.336 0.004 0.016
#> SRR1415257 2 0.3361 0.242011 0.000 0.788 0.000 0.004 0.188 0.020
#> SRR1071905 3 0.5789 0.516604 0.204 0.000 0.580 0.200 0.004 0.012
#> SRR659223 5 0.5339 0.754089 0.000 0.404 0.000 0.000 0.488 0.108
#> SRR1386945 3 0.2454 0.622858 0.000 0.000 0.884 0.088 0.020 0.008
#> SRR821498 2 0.7080 -0.034955 0.000 0.484 0.232 0.184 0.088 0.012
#> SRR1378903 2 0.7353 0.166789 0.000 0.388 0.028 0.248 0.288 0.048
#> SRR1472907 3 0.0777 0.606841 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000 0.004
#> SRR1442313 5 0.5284 0.772292 0.000 0.388 0.000 0.000 0.508 0.104
#> SRR1077139 5 0.5278 0.775379 0.000 0.384 0.000 0.000 0.512 0.104
#> SRR1342758 3 0.6910 0.260727 0.308 0.000 0.452 0.152 0.004 0.084
#> SRR656911 2 0.5724 0.457763 0.000 0.540 0.004 0.200 0.256 0.000
#> SRR1070738 1 0.2474 0.803105 0.880 0.000 0.040 0.080 0.000 0.000
#> SRR1476950 3 0.5789 0.514304 0.204 0.000 0.580 0.200 0.004 0.012
#> SRR1488196 3 0.4171 0.544510 0.000 0.000 0.784 0.088 0.040 0.088
#> SRR1498951 3 0.3966 0.533049 0.000 0.000 0.800 0.072 0.040 0.088
#> SRR1413392 1 0.0000 0.830101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 2 0.3792 0.354939 0.000 0.744 0.004 0.228 0.004 0.020
#> SRR812198 3 0.6819 0.127811 0.372 0.000 0.432 0.100 0.012 0.084
#> SRR660283 5 0.3747 0.719061 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1420936 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1469547 5 0.5278 0.775379 0.000 0.384 0.000 0.000 0.512 0.104
#> SRR1322249 3 0.6215 0.505108 0.208 0.000 0.556 0.200 0.008 0.028
#> SRR1396682 1 0.0291 0.831443 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095816 2 0.6792 0.226759 0.000 0.392 0.012 0.236 0.336 0.024
#> SRR1081023 1 0.1180 0.830011 0.960 0.000 0.024 0.004 0.008 0.004
#> SRR1092517 2 0.4170 0.222884 0.000 0.660 0.000 0.032 0.308 0.000
#> SRR811285 2 0.3803 0.470675 0.000 0.780 0.000 0.068 0.148 0.004
#> SRR657018 1 0.2217 0.820703 0.908 0.000 0.036 0.048 0.004 0.004
#> SRR1365534 3 0.4284 0.540534 0.000 0.000 0.776 0.092 0.044 0.088
#> SRR1090791 2 0.2445 0.395461 0.000 0.872 0.000 0.000 0.108 0.020
#> SRR1439915 2 0.1679 0.485046 0.000 0.936 0.000 0.036 0.016 0.012
#> SRR1391575 2 0.7857 -0.110566 0.000 0.364 0.164 0.284 0.164 0.024
#> SRR1314092 2 0.2705 0.524830 0.000 0.872 0.000 0.072 0.052 0.004
#> SRR1328941 3 0.1485 0.603527 0.000 0.000 0.944 0.028 0.004 0.024
#> SRR1336181 5 0.3563 0.780287 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664 0.000
#> SRR1362972 1 0.2013 0.820374 0.908 0.000 0.008 0.076 0.000 0.008
#> SRR1366790 2 0.3819 0.464163 0.000 0.768 0.000 0.176 0.052 0.004
#> SRR1455902 3 0.4331 0.537926 0.000 0.000 0.772 0.096 0.044 0.088
#> SRR1437644 4 0.6454 0.437629 0.000 0.160 0.332 0.468 0.036 0.004
#> SRR1105009 5 0.3854 0.642626 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1367024 3 0.4331 0.538117 0.000 0.000 0.772 0.096 0.044 0.088
#> SRR660248 3 0.7415 -0.564828 0.000 0.236 0.344 0.340 0.052 0.028
#> SRR1409620 1 0.3594 0.734361 0.804 0.000 0.144 0.040 0.008 0.004
#> SRR1455807 5 0.5278 0.775379 0.000 0.384 0.000 0.000 0.512 0.104
#> SRR1339431 1 0.4529 0.646013 0.716 0.000 0.188 0.088 0.004 0.004
#> SRR1378948 4 0.5875 0.457032 0.000 0.088 0.396 0.480 0.036 0.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.830101 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.4693 0.347889 0.000 0.176 0.000 0.140 0.684 0.000
#> SRR1406224 2 0.3903 0.468432 0.000 0.784 0.004 0.144 0.060 0.008
#> SRR1393026 3 0.5952 0.594402 0.176 0.000 0.644 0.100 0.020 0.060
#> SRR808428 5 0.3578 0.778699 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR615910 2 0.3990 -0.175840 0.000 0.688 0.000 0.000 0.284 0.028
#> SRR1076219 3 0.3363 0.596944 0.120 0.000 0.832 0.020 0.008 0.020
#> SRR1481128 1 0.2465 0.812918 0.896 0.000 0.052 0.040 0.008 0.004
#> SRR1359262 2 0.5011 0.440351 0.000 0.716 0.000 0.092 0.128 0.064
#> SRR1407648 2 0.5737 0.364606 0.000 0.440 0.000 0.168 0.392 0.000
#> SRR1386775 4 0.6671 0.302431 0.012 0.092 0.096 0.588 0.196 0.016
#> SRR1388399 4 0.6403 0.249324 0.008 0.096 0.064 0.596 0.220 0.016
#> SRR1361499 5 0.4011 0.588506 0.000 0.212 0.000 0.056 0.732 0.000
#> SRR1500709 2 0.5173 0.486019 0.000 0.568 0.000 0.108 0.324 0.000
#> SRR1335917 1 0.2367 0.809657 0.888 0.000 0.016 0.088 0.000 0.008
#> SRR1430615 2 0.1471 0.479368 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR1335212 3 0.6685 0.509061 0.204 0.000 0.528 0.200 0.012 0.056
#> SRR1400159 4 0.5836 0.459883 0.000 0.088 0.416 0.468 0.024 0.004
#> SRR1457245 5 0.4619 0.766147 0.000 0.392 0.000 0.000 0.564 0.044
#> SRR1356746 5 0.5037 0.783685 0.000 0.380 0.000 0.000 0.540 0.080
#> SRR658319 2 0.5551 0.352452 0.000 0.632 0.092 0.024 0.240 0.012
#> SRR1435946 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1370308 1 0.4801 0.623910 0.700 0.000 0.196 0.088 0.008 0.008
#> SRR1100893 1 0.6692 0.032125 0.432 0.000 0.388 0.084 0.012 0.084
#> SRR1389432 3 0.5872 0.514587 0.204 0.000 0.576 0.200 0.004 0.016
#> SRR1381799 2 0.3288 0.305737 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1310158 3 0.2152 0.592414 0.000 0.000 0.912 0.040 0.012 0.036
#> SRR1341100 4 0.6847 0.182184 0.000 0.184 0.056 0.504 0.240 0.016
#> SRR1342873 3 0.0603 0.608647 0.004 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.1728 0.437651 0.000 0.924 0.000 0.004 0.064 0.008
#> SRR1409421 3 0.3026 0.610165 0.092 0.000 0.856 0.028 0.000 0.024
#> SRR1328577 5 0.4720 0.384271 0.000 0.304 0.000 0.072 0.624 0.000
#> SRR808942 2 0.3266 0.227142 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR1343818 2 0.5029 0.283218 0.000 0.484 0.000 0.072 0.444 0.000
#> SRR1472415 5 0.5228 0.781343 0.000 0.376 0.000 0.000 0.524 0.100
#> SRR658409 2 0.5784 0.351514 0.000 0.420 0.000 0.176 0.404 0.000
#> SRR1469681 1 0.0622 0.828994 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1075484 2 0.3318 0.428290 0.000 0.820 0.000 0.140 0.020 0.020
#> SRR1417894 3 0.4235 0.543447 0.000 0.000 0.780 0.092 0.044 0.084
#> SRR1417422 2 0.1707 0.489054 0.000 0.928 0.000 0.004 0.056 0.012
#> SRR1090674 1 0.0767 0.830864 0.976 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17680 rows and 218 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.981 0.992 0.4904 0.510 0.510
#> 3 3 0.824 0.866 0.945 0.2953 0.783 0.603
#> 4 4 0.638 0.669 0.823 0.0778 0.895 0.741
#> 5 5 0.631 0.589 0.787 0.0929 0.842 0.570
#> 6 6 0.671 0.576 0.755 0.0649 0.895 0.613
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1498997 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1475408 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472704 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090046 1 0.4939 0.876 0.892 0.108
#> SRR1312822 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1324206 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1408574 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1083959 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1079948 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1454009 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1071084 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR658105 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR811073 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1429181 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1327896 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420517 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1443244 2 0.1184 0.978 0.016 0.984
#> SRR1455391 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1317282 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472506 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1388281 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1365622 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR662306 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662811 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR820571 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1357166 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1488586 1 0.0672 0.983 0.992 0.008
#> SRR1485398 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409397 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1465693 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1096547 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR816336 2 0.1843 0.966 0.028 0.972
#> SRR1420238 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1433374 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR662378 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1477671 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404887 2 0.0938 0.982 0.012 0.988
#> SRR1434955 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1356765 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1078258 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1455861 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.3584 0.922 0.932 0.068
#> SRR1414661 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1488694 1 0.8267 0.650 0.740 0.260
#> SRR1477273 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1415792 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1406621 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1401017 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099981 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR815208 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1380460 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1091097 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456010 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR818873 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR813868 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1394912 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1459866 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1100472 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1331267 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> SRR1068977 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1457705 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1437073 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1473124 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1469279 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1091791 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1446354 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1368050 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR656970 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473403 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1084674 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1464702 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR655447 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404442 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1489589 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1378284 1 0.9732 0.326 0.596 0.404
#> SRR1408014 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1083052 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1339236 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1486457 2 0.9795 0.279 0.416 0.584
#> SRR1415257 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1071905 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR659223 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1386945 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR821498 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1378903 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472907 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1442313 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077139 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1342758 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR656911 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1488196 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1498951 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR657528 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR660283 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR811285 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR657018 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1365534 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1439915 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1391575 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1314092 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1328941 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1366790 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1455902 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1437644 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1367024 1 0.1633 0.968 0.976 0.024
#> SRR660248 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1469237 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1393026 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR615910 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1076219 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1386775 2 0.9129 0.506 0.328 0.672
#> SRR1388399 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1361499 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1335212 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1400159 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1457245 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR658319 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1435946 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1381799 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1310158 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1341100 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1342873 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1472102 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR808942 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343818 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1075484 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1417894 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.990 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1498997 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489803 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345953 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357826 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419656 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454158 2 0.4702 0.7247 0.000 0.788 0.212
#> SRR1475408 3 0.3941 0.7772 0.000 0.156 0.844
#> SRR1472704 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312822 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334587 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490246 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 1 0.0237 0.9417 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324206 1 0.3116 0.8636 0.892 0.000 0.108
#> SRR1408574 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083959 2 0.0424 0.9422 0.000 0.992 0.008
#> SRR1079948 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310667 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR655852 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352457 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353994 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454009 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1071084 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082859 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086538 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486262 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR658105 1 0.0424 0.9393 0.992 0.000 0.008
#> SRR811073 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429181 2 0.2959 0.8618 0.000 0.900 0.100
#> SRR1327896 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464788 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346861 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318774 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420517 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369584 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443244 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455391 1 0.5138 0.7072 0.748 0.000 0.252
#> SRR1068999 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481297 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070208 1 0.5760 0.5861 0.672 0.000 0.328
#> SRR1317282 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096125 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472506 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388281 2 0.5760 0.5178 0.000 0.672 0.328
#> SRR1365622 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR662306 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR662811 1 0.4235 0.7994 0.824 0.000 0.176
#> SRR820571 3 0.4555 0.7222 0.000 0.200 0.800
#> SRR1357166 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488586 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485398 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.4178 0.7785 0.000 0.828 0.172
#> SRR1409397 2 0.1163 0.9277 0.000 0.972 0.028
#> SRR1465693 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096547 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456818 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR816336 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436990 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR662378 3 0.0424 0.9017 0.008 0.000 0.992
#> SRR1477671 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102949 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403814 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404887 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434955 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.0237 0.9417 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356765 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078258 3 0.6215 0.2566 0.000 0.428 0.572
#> SRR1455861 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1070260 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.4235 0.7387 0.824 0.176 0.000
#> SRR1414661 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359147 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488694 2 0.4750 0.7147 0.216 0.784 0.000
#> SRR1477273 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415792 1 0.4974 0.7286 0.764 0.000 0.236
#> SRR1369088 2 0.2066 0.8997 0.000 0.940 0.060
#> SRR1406621 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1401017 3 0.1643 0.8758 0.000 0.044 0.956
#> SRR1099981 2 0.4504 0.7454 0.000 0.804 0.196
#> SRR815208 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380460 2 0.5291 0.6350 0.000 0.732 0.268
#> SRR1091097 2 0.5948 0.4459 0.000 0.640 0.360
#> SRR1456010 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498416 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR818873 3 0.3340 0.8129 0.000 0.120 0.880
#> SRR813868 2 0.6308 0.0328 0.000 0.508 0.492
#> SRR1394912 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.3267 0.8446 0.000 0.884 0.116
#> SRR1459866 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 3 0.4002 0.7743 0.000 0.160 0.840
#> SRR1100472 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1331267 1 0.4504 0.7105 0.804 0.196 0.000
#> SRR1068977 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391511 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077920 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457705 3 0.0424 0.9011 0.008 0.000 0.992
#> SRR1437073 1 0.6079 0.4665 0.612 0.000 0.388
#> SRR1473124 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1469279 1 0.1860 0.9087 0.948 0.000 0.052
#> SRR1091791 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341539 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446354 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.5650 0.4345 0.312 0.000 0.688
#> SRR656970 2 0.0237 0.9450 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473403 2 0.1643 0.9138 0.000 0.956 0.044
#> SRR1084674 3 0.0747 0.8937 0.016 0.000 0.984
#> SRR1464702 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074860 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR655447 3 0.4291 0.7523 0.000 0.180 0.820
#> SRR1404442 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418795 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489589 2 0.5678 0.5450 0.000 0.684 0.316
#> SRR1378284 2 0.4178 0.7702 0.172 0.828 0.000
#> SRR1408014 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083052 1 0.6026 0.4917 0.624 0.000 0.376
#> SRR1339236 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323829 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086772 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486457 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415257 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1071905 1 0.6235 0.3487 0.564 0.000 0.436
#> SRR659223 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386945 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR821498 2 0.0592 0.9395 0.000 0.988 0.012
#> SRR1378903 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472907 3 0.0237 0.9041 0.004 0.000 0.996
#> SRR1442313 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077139 2 0.0747 0.9363 0.000 0.984 0.016
#> SRR1342758 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR656911 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070738 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476950 1 0.4121 0.8072 0.832 0.000 0.168
#> SRR1488196 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498951 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413392 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR812198 1 0.0424 0.9394 0.992 0.000 0.008
#> SRR660283 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322249 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.3941 0.7982 0.000 0.844 0.156
#> SRR657018 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090791 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439915 2 0.6260 0.1964 0.000 0.552 0.448
#> SRR1391575 2 0.2066 0.9000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1314092 2 0.6244 0.2218 0.000 0.560 0.440
#> SRR1328941 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336181 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 3 0.0237 0.9044 0.000 0.004 0.996
#> SRR1455902 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437644 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105009 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR660248 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409620 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455807 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1339431 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378948 2 0.5988 0.4259 0.000 0.632 0.368
#> SRR1469237 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406224 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393026 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR808428 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR615910 3 0.6111 0.3344 0.000 0.396 0.604
#> SRR1076219 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481128 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407648 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1386775 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388399 2 0.6204 0.2690 0.000 0.576 0.424
#> SRR1361499 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500709 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335917 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335212 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400159 3 0.5859 0.4601 0.000 0.344 0.656
#> SRR1457245 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356746 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR658319 3 0.6308 0.0055 0.000 0.492 0.508
#> SRR1435946 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 1 0.5216 0.6959 0.740 0.000 0.260
#> SRR1381799 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310158 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341100 3 0.6307 0.0230 0.000 0.488 0.512
#> SRR1342873 3 0.6026 0.3600 0.376 0.000 0.624
#> SRR1472102 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409421 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328577 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR808942 2 0.0747 0.9366 0.000 0.984 0.016
#> SRR1343818 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472415 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR658409 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.1289 0.8850 0.000 0.032 0.968
#> SRR1417894 3 0.0000 0.9067 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417422 2 0.0000 0.9478 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090674 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1498997 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1076441 1 0.0336 0.8684 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1489803 2 0.3837 0.7819 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1345953 2 0.0592 0.8731 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1357826 2 0.0707 0.8750 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1419656 1 0.3128 0.7927 0.884 0.000 0.040 0.076
#> SRR1454158 2 0.1635 0.8652 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1475408 4 0.6285 0.4891 0.000 0.168 0.168 0.664
#> SRR1472704 2 0.0592 0.8731 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1090046 3 0.6028 -0.1338 0.000 0.052 0.584 0.364
#> SRR1312822 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 2 0.0707 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1334587 2 0.0336 0.8757 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1490246 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 3 0.4584 0.4164 0.300 0.000 0.696 0.004
#> SRR1324206 3 0.3552 0.5384 0.128 0.000 0.848 0.024
#> SRR1408574 2 0.1302 0.8662 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1083959 2 0.1661 0.8633 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1079948 2 0.1635 0.8653 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1310667 2 0.1867 0.8639 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR655852 2 0.0707 0.8725 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1352457 2 0.2281 0.8551 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1353994 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1459561 2 0.3266 0.8188 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1454009 3 0.3837 0.3564 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1071084 3 0.3172 0.5084 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1082859 2 0.0336 0.8750 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1086538 1 0.4594 0.6211 0.712 0.000 0.280 0.008
#> SRR1486262 2 0.0707 0.8749 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR658105 1 0.2593 0.8018 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR811073 2 0.1474 0.8696 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1429181 2 0.2714 0.8508 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1327896 2 0.1474 0.8701 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1464788 2 0.4516 0.7503 0.000 0.736 0.012 0.252
#> SRR1346861 2 0.1302 0.8709 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1318774 2 0.4220 0.7594 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR1420517 3 0.3569 0.4718 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1369584 2 0.5953 0.6708 0.000 0.656 0.076 0.268
#> SRR1443244 2 0.1398 0.8671 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1455391 3 0.4584 0.4163 0.300 0.000 0.696 0.004
#> SRR1068999 1 0.1174 0.8563 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1481297 1 0.4419 0.7267 0.812 0.000 0.104 0.084
#> SRR1070208 3 0.3758 0.5462 0.104 0.000 0.848 0.048
#> SRR1317282 3 0.2589 0.5116 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1096125 2 0.2081 0.8608 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1472506 4 0.4697 0.5276 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1388281 2 0.4415 0.7493 0.000 0.804 0.056 0.140
#> SRR1365622 2 0.0469 0.8740 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR662306 4 0.4985 0.4377 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR662811 1 0.7563 -0.0279 0.476 0.000 0.304 0.220
#> SRR820571 4 0.6570 0.5063 0.000 0.116 0.280 0.604
#> SRR1357166 3 0.1661 0.5461 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR1488586 3 0.4431 0.2411 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1485398 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 2 0.4094 0.7839 0.000 0.828 0.116 0.056
#> SRR1409397 2 0.3577 0.8243 0.000 0.832 0.012 0.156
#> SRR1465693 2 0.1398 0.8750 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1096547 3 0.0469 0.5516 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1456818 1 0.4831 0.6117 0.704 0.000 0.280 0.016
#> SRR816336 4 0.4866 0.4812 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.4855 -0.1763 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1436990 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 4 0.5659 0.5229 0.032 0.000 0.368 0.600
#> SRR1477671 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.5008 0.7486 0.000 0.732 0.040 0.228
#> SRR1102949 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.4204 0.7968 0.000 0.788 0.020 0.192
#> SRR1403814 2 0.6685 0.5903 0.000 0.600 0.132 0.268
#> SRR1404887 2 0.1389 0.8651 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1151 0.8584 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1356765 2 0.3907 0.7745 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1078258 2 0.5421 0.6116 0.000 0.724 0.200 0.076
#> SRR1455861 1 0.3356 0.7445 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1420296 2 0.2868 0.8367 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1070260 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.3808 0.6519 0.812 0.176 0.000 0.012
#> SRR1414661 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1359147 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1488694 2 0.8219 0.2767 0.348 0.476 0.060 0.116
#> SRR1477273 3 0.3688 0.4683 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1415792 3 0.5354 0.4803 0.116 0.004 0.756 0.124
#> SRR1369088 3 0.7567 0.1326 0.000 0.240 0.484 0.276
#> SRR1406621 2 0.5825 0.6798 0.000 0.664 0.068 0.268
#> SRR1401017 3 0.4727 0.4023 0.000 0.100 0.792 0.108
#> SRR1099981 2 0.4284 0.7883 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR815208 2 0.1004 0.8712 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1380460 2 0.5473 0.6310 0.000 0.724 0.084 0.192
#> SRR1091097 2 0.4775 0.7123 0.000 0.784 0.076 0.140
#> SRR1456010 4 0.4917 0.5328 0.008 0.000 0.336 0.656
#> SRR1498416 2 0.3907 0.7745 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR818873 2 0.7646 -0.1127 0.000 0.464 0.292 0.244
#> SRR813868 2 0.4365 0.7149 0.000 0.784 0.028 0.188
#> SRR1394912 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 2 0.3015 0.8297 0.000 0.884 0.024 0.092
#> SRR1459866 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364871 2 0.7904 -0.4258 0.000 0.368 0.324 0.308
#> SRR1100472 2 0.0188 0.8749 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1331267 1 0.5339 0.6180 0.756 0.168 0.012 0.064
#> SRR1068977 2 0.1004 0.8752 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1391511 2 0.0921 0.8709 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1077920 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1457705 4 0.6591 0.3535 0.080 0.000 0.424 0.496
#> SRR1437073 1 0.6452 -0.1096 0.472 0.000 0.460 0.068
#> SRR1473124 4 0.4998 0.3036 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR1469279 1 0.6434 0.0677 0.500 0.000 0.432 0.068
#> SRR1091791 2 0.0188 0.8749 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341539 2 0.3873 0.7776 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1446354 3 0.4933 -0.0968 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.6033 0.3559 0.316 0.000 0.620 0.064
#> SRR656970 2 0.1576 0.8716 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1473403 2 0.1510 0.8729 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1084674 3 0.2413 0.5458 0.020 0.000 0.916 0.064
#> SRR1464702 1 0.4222 0.6271 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1074860 2 0.3610 0.7982 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR655447 4 0.6350 0.4271 0.000 0.252 0.112 0.636
#> SRR1404442 2 0.0336 0.8740 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418795 1 0.0469 0.8674 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1458335 2 0.2149 0.8606 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1489589 2 0.4868 0.7471 0.000 0.720 0.024 0.256
#> SRR1378284 2 0.5609 0.7253 0.088 0.712 0.000 0.200
#> SRR1408014 2 0.5537 0.7067 0.000 0.688 0.056 0.256
#> SRR1083052 3 0.3128 0.5539 0.076 0.000 0.884 0.040
#> SRR1339236 4 0.4830 0.5289 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1323829 2 0.3024 0.8301 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1086772 2 0.0524 0.8754 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1486457 4 0.5911 0.5236 0.000 0.044 0.372 0.584
#> SRR1415257 2 0.2714 0.8491 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1071905 3 0.3367 0.5469 0.108 0.000 0.864 0.028
#> SRR659223 2 0.1118 0.8735 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1386945 3 0.4955 -0.2474 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR821498 2 0.1474 0.8641 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1378903 2 0.2469 0.8513 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1472907 4 0.4907 0.4617 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1442313 2 0.0336 0.8750 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1077139 2 0.1510 0.8674 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR1342758 1 0.4661 0.4962 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR656911 4 0.6637 0.4253 0.000 0.260 0.132 0.608
#> SRR1070738 1 0.2002 0.8355 0.936 0.000 0.020 0.044
#> SRR1476950 3 0.3367 0.5465 0.108 0.000 0.864 0.028
#> SRR1488196 3 0.0707 0.5512 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1498951 3 0.4431 0.3098 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1413392 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 4 0.6696 0.4454 0.000 0.088 0.428 0.484
#> SRR812198 1 0.4888 0.3580 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR660283 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.1302 0.8709 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1322249 1 0.4877 0.5344 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR1396682 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 2 0.0707 0.8725 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1081023 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 2 0.2197 0.8491 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR811285 2 0.3400 0.8102 0.000 0.872 0.064 0.064
#> SRR657018 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.3219 0.4482 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1090791 2 0.4040 0.7627 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1439915 2 0.5432 0.7113 0.000 0.740 0.136 0.124
#> SRR1391575 2 0.1978 0.8563 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1314092 2 0.3280 0.7958 0.000 0.860 0.016 0.124
#> SRR1328941 3 0.2530 0.5294 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1336181 2 0.0336 0.8741 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362972 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 4 0.7232 0.3807 0.000 0.320 0.164 0.516
#> SRR1455902 3 0.2408 0.5342 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1437644 4 0.4972 0.4682 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1105009 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1367024 3 0.4040 0.3045 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR660248 4 0.4804 0.4998 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1409620 1 0.1716 0.8398 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1455807 2 0.0707 0.8745 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1339431 1 0.3037 0.7960 0.888 0.000 0.036 0.076
#> SRR1378948 2 0.5008 0.6375 0.000 0.732 0.040 0.228
#> SRR1469237 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 2 0.0188 0.8749 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406224 2 0.3486 0.8067 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1393026 3 0.3870 0.4226 0.004 0.000 0.788 0.208
#> SRR808428 2 0.0817 0.8717 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615910 2 0.6253 0.1430 0.000 0.544 0.060 0.396
#> SRR1076219 1 0.6240 0.3876 0.604 0.000 0.320 0.076
#> SRR1481128 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.4072 0.7595 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1407648 2 0.0336 0.8750 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1386775 3 0.7767 0.0754 0.000 0.300 0.432 0.268
#> SRR1388399 3 0.7490 0.0857 0.000 0.284 0.496 0.220
#> SRR1361499 2 0.0707 0.8725 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1500709 2 0.1661 0.8634 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.0817 0.8746 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1335212 3 0.1211 0.5447 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1400159 4 0.7723 0.2879 0.000 0.364 0.228 0.408
#> SRR1457245 2 0.1004 0.8712 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1356746 2 0.0336 0.8750 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR658319 4 0.5408 0.3220 0.000 0.408 0.016 0.576
#> SRR1435946 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1022 0.8580 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1100893 1 0.2973 0.7762 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1389432 3 0.3105 0.5393 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1381799 2 0.0336 0.8753 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310158 3 0.3649 0.4711 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1341100 2 0.4735 0.7156 0.000 0.784 0.068 0.148
#> SRR1342873 3 0.5989 0.3510 0.264 0.000 0.656 0.080
#> SRR1472102 2 0.2973 0.8321 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1409421 3 0.7688 0.0479 0.364 0.000 0.416 0.220
#> SRR1328577 2 0.2125 0.8517 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR808942 2 0.1389 0.8652 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1343818 2 0.1118 0.8687 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1472415 2 0.0657 0.8738 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR658409 2 0.1716 0.8589 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.7774 -0.2161 0.000 0.372 0.388 0.240
#> SRR1417894 3 0.4134 0.2819 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1417422 2 0.3975 0.7686 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1090674 1 0.0000 0.8717 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1498997 5 0.0451 0.7893 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1076441 1 0.0963 0.8280 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1489803 2 0.4030 0.7199 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1345953 5 0.0451 0.7902 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1357826 5 0.0898 0.7877 0.000 0.020 0.000 0.008 0.972
#> SRR1419656 1 0.4627 0.1295 0.544 0.012 0.000 0.444 0.000
#> SRR1454158 5 0.1310 0.7883 0.000 0.020 0.000 0.024 0.956
#> SRR1475408 4 0.6155 0.3507 0.000 0.064 0.052 0.604 0.280
#> SRR1472704 5 0.0579 0.7886 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1090046 3 0.5245 0.5722 0.016 0.056 0.744 0.152 0.032
#> SRR1312822 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.0955 0.7843 0.000 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR1334587 5 0.4060 0.2711 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1490246 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467522 3 0.4890 0.3916 0.332 0.040 0.628 0.000 0.000
#> SRR1324206 3 0.3507 0.6236 0.088 0.060 0.844 0.008 0.000
#> SRR1408574 5 0.4608 0.2457 0.000 0.336 0.000 0.024 0.640
#> SRR1083959 5 0.0566 0.7885 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1079948 5 0.1205 0.7787 0.000 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR1310667 5 0.4268 -0.2188 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR655852 5 0.0451 0.7891 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1352457 2 0.4262 0.6113 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1353994 5 0.0324 0.7889 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1459561 2 0.4060 0.7160 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1454009 3 0.3642 0.5741 0.000 0.008 0.760 0.232 0.000
#> SRR1071084 3 0.4599 0.3978 0.000 0.020 0.624 0.356 0.000
#> SRR1082859 5 0.1792 0.7525 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1086538 1 0.4331 0.3540 0.596 0.004 0.400 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.1041 0.7834 0.000 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR658105 1 0.4040 0.5414 0.712 0.000 0.276 0.012 0.000
#> SRR811073 5 0.1924 0.7616 0.000 0.064 0.008 0.004 0.924
#> SRR1429181 2 0.5291 0.5051 0.000 0.496 0.048 0.000 0.456
#> SRR1327896 5 0.1628 0.7668 0.000 0.056 0.000 0.008 0.936
#> SRR1464788 2 0.3937 0.7282 0.000 0.736 0.008 0.004 0.252
#> SRR1346861 5 0.1768 0.7559 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR1318774 2 0.4358 0.7051 0.000 0.696 0.008 0.012 0.284
#> SRR1420517 4 0.4615 0.4369 0.000 0.048 0.252 0.700 0.000
#> SRR1369584 2 0.4404 0.6956 0.000 0.748 0.040 0.008 0.204
#> SRR1443244 5 0.0671 0.7871 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1455391 3 0.2825 0.6289 0.124 0.016 0.860 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.1741 0.8146 0.936 0.024 0.000 0.040 0.000
#> SRR1481297 4 0.4641 0.1005 0.456 0.012 0.000 0.532 0.000
#> SRR1070208 3 0.6281 0.5353 0.116 0.132 0.660 0.092 0.000
#> SRR1317282 3 0.1836 0.6633 0.000 0.036 0.932 0.032 0.000
#> SRR1096125 5 0.3231 0.6034 0.000 0.196 0.000 0.004 0.800
#> SRR1472506 4 0.2971 0.6000 0.000 0.032 0.072 0.880 0.016
#> SRR1388281 5 0.3870 0.6583 0.000 0.148 0.020 0.024 0.808
#> SRR1365622 5 0.3913 0.3007 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR662306 4 0.5236 0.2174 0.000 0.052 0.380 0.568 0.000
#> SRR662811 1 0.7285 -0.2819 0.356 0.020 0.320 0.304 0.000
#> SRR820571 4 0.2766 0.5745 0.000 0.084 0.008 0.884 0.024
#> SRR1357166 3 0.1485 0.6663 0.000 0.020 0.948 0.032 0.000
#> SRR1488586 3 0.3921 0.6238 0.000 0.072 0.800 0.128 0.000
#> SRR1485398 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417725 5 0.6021 0.3836 0.000 0.168 0.092 0.068 0.672
#> SRR1409397 2 0.5939 0.6682 0.000 0.536 0.120 0.000 0.344
#> SRR1465693 5 0.4321 0.0060 0.000 0.396 0.004 0.000 0.600
#> SRR1096547 3 0.2676 0.6567 0.000 0.080 0.884 0.036 0.000
#> SRR1456818 1 0.5251 0.4780 0.632 0.052 0.308 0.008 0.000
#> SRR816336 4 0.2172 0.5987 0.000 0.016 0.076 0.908 0.000
#> SRR1420238 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 3 0.4722 0.3586 0.000 0.024 0.608 0.368 0.000
#> SRR1436990 1 0.0162 0.8466 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662378 4 0.4561 0.5357 0.012 0.064 0.164 0.760 0.000
#> SRR1477671 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.4940 0.6319 0.000 0.620 0.020 0.012 0.348
#> SRR1102949 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 2 0.6749 0.5103 0.000 0.408 0.000 0.288 0.304
#> SRR1403814 2 0.5800 0.5134 0.000 0.544 0.076 0.008 0.372
#> SRR1404887 5 0.0865 0.7855 0.000 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR1434955 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.1341 0.8184 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1356765 2 0.4182 0.7259 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> SRR1078258 5 0.5703 0.2802 0.000 0.092 0.316 0.004 0.588
#> SRR1455861 1 0.3612 0.5905 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.4161 0.6789 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR1070260 5 0.0404 0.7897 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1410765 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.3558 0.6901 0.828 0.108 0.000 0.000 0.064
#> SRR1414661 5 0.0162 0.7893 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1359147 5 0.0671 0.7874 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR1488694 1 0.7645 -0.0736 0.420 0.180 0.060 0.004 0.336
#> SRR1477273 3 0.4183 0.4724 0.000 0.008 0.668 0.324 0.000
#> SRR1415792 3 0.3508 0.5461 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1369088 2 0.5139 0.3965 0.000 0.648 0.280 0.000 0.072
#> SRR1406621 2 0.4118 0.6809 0.000 0.772 0.032 0.008 0.188
#> SRR1401017 3 0.3301 0.5573 0.000 0.072 0.848 0.000 0.080
#> SRR1099981 2 0.4213 0.7335 0.000 0.680 0.012 0.000 0.308
#> SRR815208 5 0.0880 0.7879 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1380460 5 0.3322 0.6822 0.000 0.104 0.044 0.004 0.848
#> SRR1091097 5 0.2605 0.7356 0.000 0.056 0.044 0.004 0.896
#> SRR1456010 4 0.1404 0.5968 0.004 0.008 0.028 0.956 0.004
#> SRR1498416 2 0.4354 0.7133 0.000 0.624 0.000 0.008 0.368
#> SRR818873 2 0.7239 0.4813 0.000 0.392 0.300 0.020 0.288
#> SRR813868 5 0.1179 0.7866 0.000 0.016 0.004 0.016 0.964
#> SRR1394912 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.2848 0.7333 0.000 0.104 0.000 0.028 0.868
#> SRR1459866 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364871 4 0.5503 0.2665 0.000 0.048 0.024 0.632 0.296
#> SRR1100472 5 0.1768 0.7635 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR1331267 1 0.6295 0.2725 0.548 0.020 0.028 0.044 0.360
#> SRR1068977 5 0.4183 0.3154 0.000 0.324 0.008 0.000 0.668
#> SRR1391511 5 0.0566 0.7889 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1077920 5 0.0162 0.7896 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1457705 4 0.2825 0.5863 0.016 0.000 0.124 0.860 0.000
#> SRR1437073 3 0.5905 0.3982 0.292 0.000 0.572 0.136 0.000
#> SRR1473124 4 0.3574 0.5512 0.000 0.028 0.168 0.804 0.000
#> SRR1469279 4 0.6816 0.0884 0.320 0.000 0.320 0.360 0.000
#> SRR1091791 5 0.0798 0.7878 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR1341539 2 0.3861 0.7385 0.000 0.712 0.000 0.004 0.284
#> SRR1446354 4 0.4390 0.0842 0.000 0.004 0.428 0.568 0.000
#> SRR1415420 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368050 3 0.4648 0.5876 0.156 0.000 0.740 0.104 0.000
#> SRR656970 5 0.4855 -0.1355 0.000 0.424 0.024 0.000 0.552
#> SRR1473403 5 0.4405 0.5685 0.000 0.200 0.036 0.012 0.752
#> SRR1084674 3 0.4679 0.6022 0.000 0.136 0.740 0.124 0.000
#> SRR1464702 1 0.4707 0.5989 0.708 0.064 0.228 0.000 0.000
#> SRR1074860 5 0.4016 0.3582 0.000 0.272 0.000 0.012 0.716
#> SRR655447 5 0.5656 0.4874 0.000 0.140 0.036 0.128 0.696
#> SRR1404442 5 0.0798 0.7889 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR1418795 1 0.0703 0.8397 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.4152 0.3049 0.000 0.296 0.000 0.012 0.692
#> SRR1489589 2 0.5163 0.7322 0.000 0.636 0.068 0.000 0.296
#> SRR1378284 2 0.4989 0.7274 0.056 0.648 0.000 0.000 0.296
#> SRR1408014 2 0.4348 0.7066 0.000 0.744 0.032 0.008 0.216
#> SRR1083052 3 0.5225 0.5916 0.056 0.132 0.740 0.072 0.000
#> SRR1339236 4 0.5156 0.4165 0.000 0.064 0.276 0.656 0.004
#> SRR1323829 2 0.4249 0.6093 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1086772 5 0.3128 0.6762 0.000 0.168 0.004 0.004 0.824
#> SRR1486457 4 0.3197 0.5934 0.000 0.008 0.116 0.852 0.024
#> SRR1415257 2 0.4262 0.5715 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1071905 3 0.1894 0.6514 0.008 0.072 0.920 0.000 0.000
#> SRR659223 5 0.4225 0.1423 0.000 0.364 0.004 0.000 0.632
#> SRR1386945 3 0.4565 0.2941 0.000 0.012 0.580 0.408 0.000
#> SRR821498 5 0.1211 0.7835 0.000 0.016 0.000 0.024 0.960
#> SRR1378903 5 0.3496 0.5530 0.000 0.200 0.000 0.012 0.788
#> SRR1472907 4 0.2331 0.5878 0.004 0.064 0.024 0.908 0.000
#> SRR1442313 5 0.1717 0.7805 0.000 0.052 0.008 0.004 0.936
#> SRR1077139 5 0.4167 0.6501 0.000 0.152 0.024 0.032 0.792
#> SRR1342758 1 0.4264 0.3956 0.620 0.000 0.376 0.004 0.000
#> SRR656911 5 0.6983 0.3361 0.000 0.136 0.144 0.128 0.592
#> SRR1070738 1 0.2921 0.7482 0.856 0.020 0.000 0.124 0.000
#> SRR1476950 3 0.3801 0.6180 0.036 0.128 0.820 0.016 0.000
#> SRR1488196 3 0.1668 0.6681 0.000 0.028 0.940 0.032 0.000
#> SRR1498951 4 0.4779 0.2706 0.000 0.032 0.340 0.628 0.000
#> SRR1413392 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657528 3 0.8183 -0.0317 0.000 0.208 0.372 0.292 0.128
#> SRR812198 3 0.4262 0.1487 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0451 0.7887 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1420936 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 5 0.3480 0.5188 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1322249 1 0.4941 0.4450 0.628 0.044 0.328 0.000 0.000
#> SRR1396682 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.1357 0.7816 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR1081023 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0671 0.7873 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR811285 5 0.5151 0.1404 0.000 0.396 0.044 0.000 0.560
#> SRR657018 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.2561 0.6412 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1090791 2 0.3932 0.7356 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1439915 2 0.5803 0.6136 0.000 0.508 0.080 0.004 0.408
#> SRR1391575 5 0.0771 0.7866 0.000 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR1314092 5 0.2448 0.7474 0.000 0.020 0.000 0.088 0.892
#> SRR1328941 3 0.5454 0.0760 0.000 0.060 0.488 0.452 0.000
#> SRR1336181 5 0.0693 0.7882 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR1362972 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.6801 0.3386 0.000 0.104 0.084 0.228 0.584
#> SRR1455902 3 0.3910 0.6081 0.000 0.032 0.772 0.196 0.000
#> SRR1437644 4 0.5739 0.1021 0.000 0.064 0.424 0.504 0.008
#> SRR1105009 5 0.0324 0.7892 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1367024 3 0.3596 0.6085 0.000 0.016 0.784 0.200 0.000
#> SRR660248 4 0.7022 0.2289 0.000 0.108 0.332 0.496 0.064
#> SRR1409620 1 0.1851 0.8010 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1455807 5 0.2763 0.6968 0.000 0.148 0.004 0.000 0.848
#> SRR1339431 1 0.4481 0.2215 0.576 0.008 0.000 0.416 0.000
#> SRR1378948 5 0.4980 0.0164 0.000 0.028 0.000 0.484 0.488
#> SRR1469237 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.0771 0.7880 0.000 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR1406224 2 0.4425 0.6912 0.000 0.600 0.000 0.008 0.392
#> SRR1393026 3 0.2460 0.6610 0.004 0.024 0.900 0.072 0.000
#> SRR808428 5 0.0566 0.7898 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR615910 5 0.6831 0.1965 0.000 0.280 0.028 0.172 0.520
#> SRR1076219 4 0.6711 0.1866 0.400 0.060 0.072 0.468 0.000
#> SRR1481128 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.3913 0.7366 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1407648 5 0.0798 0.7878 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR1386775 2 0.5509 0.3658 0.000 0.668 0.228 0.016 0.088
#> SRR1388399 2 0.6077 0.2371 0.000 0.480 0.396 0.000 0.124
#> SRR1361499 5 0.0865 0.7871 0.000 0.024 0.000 0.004 0.972
#> SRR1500709 5 0.0960 0.7863 0.000 0.016 0.004 0.008 0.972
#> SRR1335917 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 5 0.4235 -0.1431 0.000 0.424 0.000 0.000 0.576
#> SRR1335212 3 0.1205 0.6621 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR1400159 4 0.5698 0.4527 0.000 0.156 0.028 0.684 0.132
#> SRR1457245 5 0.0162 0.7898 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1356746 5 0.2516 0.7031 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR658319 5 0.5778 0.2309 0.000 0.072 0.008 0.384 0.536
#> SRR1435946 1 0.0162 0.8483 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1478 0.8167 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.2648 0.7406 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.1430 0.6621 0.052 0.004 0.944 0.000 0.000
#> SRR1381799 5 0.1124 0.7794 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1310158 3 0.4639 0.4302 0.000 0.024 0.632 0.344 0.000
#> SRR1341100 5 0.1996 0.7649 0.000 0.036 0.032 0.004 0.928
#> SRR1342873 4 0.6170 0.4788 0.096 0.092 0.144 0.668 0.000
#> SRR1472102 2 0.4101 0.7037 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1409421 2 0.7813 -0.2305 0.344 0.396 0.160 0.100 0.000
#> SRR1328577 5 0.1768 0.7519 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR808942 5 0.0693 0.7893 0.000 0.008 0.000 0.012 0.980
#> SRR1343818 5 0.0566 0.7879 0.000 0.012 0.000 0.004 0.984
#> SRR1472415 5 0.2583 0.7047 0.000 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR658409 5 0.1638 0.7580 0.000 0.064 0.000 0.004 0.932
#> SRR1469681 1 0.0000 0.8477 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.6935 -0.0812 0.000 0.244 0.504 0.024 0.228
#> SRR1417894 3 0.3759 0.5799 0.000 0.016 0.764 0.220 0.000
#> SRR1417422 2 0.4620 0.7048 0.000 0.616 0.008 0.008 0.368
#> SRR1090674 1 0.0290 0.8469 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1498997 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1076441 1 0.2664 0.677784 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1489803 2 0.1866 0.780757 0.000 0.908 0.008 0.000 0.084 0.000
#> SRR1345953 5 0.0767 0.859374 0.000 0.012 0.008 0.004 0.976 0.000
#> SRR1357826 5 0.0260 0.860372 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1419656 6 0.3929 0.485028 0.272 0.000 0.000 0.028 0.000 0.700
#> SRR1454158 5 0.3177 0.810497 0.000 0.036 0.020 0.036 0.868 0.040
#> SRR1475408 4 0.3469 0.380353 0.000 0.000 0.004 0.812 0.064 0.120
#> SRR1472704 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090046 4 0.5269 0.057186 0.004 0.004 0.364 0.560 0.060 0.008
#> SRR1312822 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096987 5 0.0146 0.860944 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1334587 2 0.4529 0.716595 0.000 0.728 0.028 0.036 0.200 0.008
#> SRR1490246 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467522 3 0.6049 0.334509 0.348 0.024 0.532 0.052 0.000 0.044
#> SRR1324206 3 0.3464 0.484665 0.100 0.008 0.832 0.012 0.000 0.048
#> SRR1408574 2 0.4314 0.735280 0.000 0.744 0.004 0.008 0.172 0.072
#> SRR1083959 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079948 5 0.0508 0.859497 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1310667 2 0.2632 0.773988 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164 0.000
#> SRR655852 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352457 2 0.2971 0.777373 0.000 0.832 0.000 0.004 0.144 0.020
#> SRR1353994 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459561 2 0.1958 0.781833 0.000 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR1454009 4 0.4832 -0.190191 0.000 0.004 0.460 0.492 0.000 0.044
#> SRR1071084 3 0.6243 0.160968 0.000 0.012 0.436 0.320 0.000 0.232
#> SRR1082859 5 0.4301 0.674943 0.000 0.164 0.024 0.044 0.760 0.008
#> SRR1086538 1 0.3899 0.429526 0.628 0.000 0.364 0.008 0.000 0.000
#> SRR1486262 5 0.1116 0.855805 0.000 0.004 0.028 0.008 0.960 0.000
#> SRR658105 1 0.3458 0.700521 0.808 0.000 0.080 0.112 0.000 0.000
#> SRR811073 5 0.1578 0.848175 0.000 0.012 0.048 0.004 0.936 0.000
#> SRR1429181 2 0.5519 0.701595 0.000 0.668 0.160 0.040 0.124 0.008
#> SRR1327896 5 0.0291 0.860163 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1464788 2 0.3198 0.724328 0.000 0.860 0.008 0.024 0.056 0.052
#> SRR1346861 5 0.0964 0.858692 0.000 0.016 0.012 0.004 0.968 0.000
#> SRR1318774 2 0.6665 0.399215 0.000 0.496 0.036 0.024 0.304 0.140
#> SRR1420517 6 0.3352 0.520154 0.000 0.000 0.112 0.072 0.000 0.816
#> SRR1369584 2 0.3884 0.708237 0.000 0.820 0.020 0.024 0.072 0.064
#> SRR1443244 5 0.0260 0.860116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455391 3 0.5444 0.410727 0.216 0.000 0.576 0.208 0.000 0.000
#> SRR1068999 1 0.3528 0.524831 0.700 0.004 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1481297 6 0.4459 0.514790 0.204 0.004 0.000 0.084 0.000 0.708
#> SRR1070208 3 0.6724 0.308829 0.120 0.048 0.508 0.028 0.000 0.296
#> SRR1317282 3 0.3106 0.499995 0.000 0.016 0.840 0.120 0.000 0.024
#> SRR1096125 5 0.3197 0.683988 0.000 0.184 0.004 0.008 0.800 0.004
#> SRR1472506 4 0.4891 0.107795 0.000 0.000 0.016 0.564 0.036 0.384
#> SRR1388281 5 0.6984 0.470230 0.000 0.124 0.180 0.128 0.544 0.024
#> SRR1365622 2 0.3997 0.725972 0.000 0.736 0.004 0.020 0.228 0.012
#> SRR662306 4 0.3493 0.413329 0.000 0.000 0.136 0.800 0.000 0.064
#> SRR662811 4 0.4344 0.285764 0.188 0.000 0.096 0.716 0.000 0.000
#> SRR820571 6 0.3810 0.509954 0.000 0.036 0.000 0.208 0.004 0.752
#> SRR1357166 3 0.4027 0.465746 0.012 0.000 0.672 0.308 0.000 0.008
#> SRR1488586 4 0.4313 -0.207237 0.000 0.012 0.480 0.504 0.000 0.004
#> SRR1485398 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417725 5 0.7123 0.217512 0.000 0.120 0.068 0.232 0.524 0.056
#> SRR1409397 2 0.2617 0.782391 0.000 0.872 0.012 0.016 0.100 0.000
#> SRR1465693 2 0.3507 0.766174 0.000 0.800 0.012 0.020 0.164 0.004
#> SRR1096547 3 0.3474 0.534849 0.000 0.016 0.824 0.104 0.000 0.056
#> SRR1456818 1 0.5093 0.170467 0.476 0.012 0.468 0.004 0.000 0.040
#> SRR816336 6 0.3912 0.418088 0.000 0.000 0.012 0.340 0.000 0.648
#> SRR1420238 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433374 4 0.4480 0.124143 0.000 0.000 0.340 0.616 0.000 0.044
#> SRR1436990 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662378 4 0.3176 0.398072 0.008 0.004 0.016 0.824 0.000 0.148
#> SRR1477671 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084079 2 0.6870 0.167034 0.000 0.400 0.040 0.024 0.392 0.144
#> SRR1102949 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458090 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418729 6 0.5889 0.284072 0.000 0.160 0.000 0.020 0.272 0.548
#> SRR1403814 5 0.7977 -0.064968 0.000 0.240 0.196 0.040 0.388 0.136
#> SRR1404887 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434955 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360652 1 0.2070 0.796208 0.908 0.000 0.000 0.044 0.000 0.048
#> SRR1356765 2 0.4070 0.751734 0.000 0.780 0.000 0.024 0.128 0.068
#> SRR1078258 5 0.6108 0.204209 0.000 0.040 0.432 0.072 0.444 0.012
#> SRR1455861 1 0.3104 0.694210 0.800 0.000 0.184 0.016 0.000 0.000
#> SRR1420296 2 0.2006 0.783013 0.000 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1070260 5 0.0790 0.854573 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1410765 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481315 1 0.2473 0.748845 0.876 0.104 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1414661 5 0.0458 0.859609 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1359147 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488694 1 0.7371 0.056859 0.384 0.020 0.208 0.012 0.336 0.040
#> SRR1477273 3 0.5697 0.250753 0.000 0.000 0.492 0.332 0.000 0.176
#> SRR1415792 3 0.5457 0.443853 0.012 0.172 0.680 0.048 0.000 0.088
#> SRR1369088 2 0.3314 0.642012 0.000 0.764 0.224 0.012 0.000 0.000
#> SRR1406621 2 0.5067 0.633065 0.000 0.736 0.044 0.032 0.064 0.124
#> SRR1401017 3 0.4051 0.412792 0.000 0.108 0.784 0.092 0.012 0.004
#> SRR1099981 2 0.1976 0.770029 0.000 0.916 0.016 0.008 0.060 0.000
#> SRR815208 5 0.1777 0.842747 0.000 0.044 0.000 0.024 0.928 0.004
#> SRR1380460 5 0.1082 0.845191 0.000 0.000 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR1091097 5 0.0779 0.860211 0.000 0.008 0.008 0.008 0.976 0.000
#> SRR1456010 6 0.3795 0.406526 0.000 0.000 0.004 0.364 0.000 0.632
#> SRR1498416 2 0.4454 0.725022 0.000 0.732 0.000 0.020 0.180 0.068
#> SRR818873 2 0.5209 0.661694 0.000 0.680 0.044 0.180 0.096 0.000
#> SRR813868 5 0.1296 0.852987 0.000 0.032 0.000 0.012 0.952 0.004
#> SRR1394912 1 0.0260 0.840373 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475824 5 0.6567 0.530244 0.000 0.108 0.120 0.160 0.592 0.020
#> SRR1459866 1 0.0937 0.821620 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1364871 6 0.6014 0.380256 0.000 0.012 0.036 0.128 0.224 0.600
#> SRR1100472 5 0.4506 0.684937 0.000 0.148 0.040 0.048 0.756 0.008
#> SRR1331267 1 0.5791 0.289926 0.548 0.000 0.004 0.156 0.284 0.008
#> SRR1068977 2 0.5824 0.637514 0.000 0.620 0.060 0.068 0.240 0.012
#> SRR1391511 5 0.0436 0.861130 0.000 0.004 0.000 0.004 0.988 0.004
#> SRR1077920 5 0.0458 0.859361 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1457705 4 0.4775 -0.074241 0.004 0.000 0.040 0.500 0.000 0.456
#> SRR1437073 4 0.6212 -0.127917 0.340 0.000 0.280 0.376 0.000 0.004
#> SRR1473124 6 0.4753 0.293834 0.000 0.004 0.052 0.348 0.000 0.596
#> SRR1469279 1 0.7663 -0.342811 0.300 0.000 0.196 0.228 0.000 0.276
#> SRR1091791 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341539 2 0.3006 0.729099 0.000 0.864 0.000 0.024 0.056 0.056
#> SRR1446354 4 0.5764 0.204160 0.000 0.000 0.264 0.508 0.000 0.228
#> SRR1415420 1 0.0547 0.833735 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368050 3 0.6131 0.306320 0.244 0.000 0.460 0.288 0.000 0.008
#> SRR656970 2 0.3622 0.763083 0.000 0.792 0.020 0.024 0.164 0.000
#> SRR1473403 2 0.7400 0.301374 0.000 0.348 0.104 0.228 0.316 0.004
#> SRR1084674 3 0.6575 0.180114 0.000 0.076 0.408 0.400 0.000 0.116
#> SRR1464702 1 0.5808 0.509453 0.652 0.044 0.176 0.020 0.000 0.108
#> SRR1074860 5 0.2113 0.803200 0.000 0.060 0.000 0.004 0.908 0.028
#> SRR655447 5 0.3807 0.671485 0.000 0.028 0.004 0.228 0.740 0.000
#> SRR1404442 5 0.0260 0.860372 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418795 1 0.0146 0.841781 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458335 5 0.2883 0.765231 0.000 0.092 0.000 0.008 0.860 0.040
#> SRR1489589 2 0.1866 0.780403 0.000 0.908 0.008 0.000 0.084 0.000
#> SRR1378284 2 0.2932 0.771373 0.020 0.868 0.000 0.004 0.080 0.028
#> SRR1408014 2 0.5879 0.575361 0.000 0.664 0.072 0.036 0.064 0.164
#> SRR1083052 3 0.5650 0.423967 0.076 0.044 0.656 0.020 0.000 0.204
#> SRR1339236 4 0.3633 0.444830 0.000 0.036 0.064 0.824 0.000 0.076
#> SRR1323829 2 0.2178 0.784474 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1086772 5 0.7509 -0.130863 0.000 0.320 0.104 0.184 0.376 0.016
#> SRR1486457 4 0.5291 0.065331 0.000 0.004 0.060 0.528 0.012 0.396
#> SRR1415257 2 0.2575 0.777846 0.000 0.872 0.024 0.004 0.100 0.000
#> SRR1071905 3 0.2882 0.544962 0.036 0.008 0.876 0.064 0.000 0.016
#> SRR659223 2 0.3919 0.740223 0.000 0.756 0.016 0.020 0.204 0.004
#> SRR1386945 4 0.5621 -0.017952 0.000 0.000 0.392 0.460 0.000 0.148
#> SRR821498 5 0.0858 0.852582 0.000 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028
#> SRR1378903 5 0.2052 0.812245 0.000 0.056 0.000 0.004 0.912 0.028
#> SRR1472907 6 0.2362 0.538195 0.000 0.004 0.000 0.136 0.000 0.860
#> SRR1442313 5 0.4913 0.690164 0.000 0.076 0.148 0.048 0.724 0.004
#> SRR1077139 5 0.7476 -0.214837 0.000 0.288 0.064 0.300 0.328 0.020
#> SRR1342758 1 0.3965 0.376466 0.604 0.000 0.388 0.000 0.000 0.008
#> SRR656911 4 0.5625 -0.124477 0.000 0.028 0.060 0.460 0.448 0.004
#> SRR1070738 1 0.4018 0.269851 0.580 0.008 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1476950 3 0.5594 0.455371 0.052 0.052 0.692 0.052 0.000 0.152
#> SRR1488196 3 0.3825 0.517082 0.000 0.004 0.744 0.220 0.000 0.032
#> SRR1498951 6 0.4921 0.378905 0.000 0.004 0.120 0.216 0.000 0.660
#> SRR1413392 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657528 4 0.5930 -0.129747 0.000 0.444 0.064 0.448 0.028 0.016
#> SRR812198 1 0.4371 0.289095 0.580 0.000 0.392 0.028 0.000 0.000
#> SRR660283 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420936 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469547 2 0.5366 0.434583 0.000 0.552 0.044 0.024 0.372 0.008
#> SRR1322249 1 0.4870 0.597223 0.704 0.028 0.208 0.012 0.000 0.048
#> SRR1396682 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095816 5 0.1867 0.834823 0.000 0.064 0.000 0.020 0.916 0.000
#> SRR1081023 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092517 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR811285 2 0.5008 0.713477 0.000 0.724 0.076 0.052 0.140 0.008
#> SRR657018 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365534 3 0.4475 0.327248 0.000 0.000 0.556 0.412 0.000 0.032
#> SRR1090791 2 0.2956 0.773637 0.000 0.856 0.000 0.016 0.100 0.028
#> SRR1439915 2 0.2985 0.781216 0.000 0.844 0.004 0.036 0.116 0.000
#> SRR1391575 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1314092 5 0.2095 0.831659 0.000 0.016 0.000 0.040 0.916 0.028
#> SRR1328941 6 0.6375 -0.099683 0.000 0.020 0.304 0.236 0.000 0.440
#> SRR1336181 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362972 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1366790 5 0.6960 0.294014 0.000 0.056 0.104 0.332 0.468 0.040
#> SRR1455902 3 0.5173 0.384210 0.000 0.016 0.576 0.344 0.000 0.064
#> SRR1437644 4 0.3268 0.406709 0.000 0.000 0.144 0.812 0.000 0.044
#> SRR1105009 5 0.0000 0.860422 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367024 3 0.4587 0.382176 0.000 0.000 0.596 0.356 0.000 0.048
#> SRR660248 4 0.2432 0.421284 0.000 0.008 0.080 0.888 0.000 0.024
#> SRR1409620 1 0.2579 0.775425 0.876 0.000 0.088 0.032 0.000 0.004
#> SRR1455807 5 0.6676 0.264196 0.000 0.264 0.088 0.108 0.528 0.012
#> SRR1339431 6 0.4119 0.437927 0.336 0.004 0.000 0.016 0.000 0.644
#> SRR1378948 6 0.5332 0.108864 0.000 0.004 0.004 0.076 0.456 0.460
#> SRR1469237 1 0.0260 0.840507 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098264 5 0.1458 0.852018 0.000 0.020 0.016 0.016 0.948 0.000
#> SRR1406224 2 0.4954 0.670793 0.000 0.660 0.000 0.020 0.248 0.072
#> SRR1393026 3 0.3967 0.425194 0.012 0.000 0.632 0.356 0.000 0.000
#> SRR808428 5 0.0790 0.854573 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR615910 2 0.6108 0.519917 0.000 0.544 0.004 0.256 0.172 0.024
#> SRR1076219 6 0.5163 0.506336 0.192 0.040 0.036 0.032 0.000 0.700
#> SRR1481128 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359262 2 0.3210 0.767234 0.000 0.844 0.000 0.020 0.096 0.040
#> SRR1407648 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1386775 2 0.7063 -0.042822 0.000 0.392 0.320 0.040 0.016 0.232
#> SRR1388399 2 0.4087 0.583719 0.000 0.692 0.276 0.028 0.000 0.004
#> SRR1361499 5 0.1462 0.841444 0.000 0.056 0.000 0.008 0.936 0.000
#> SRR1500709 5 0.0508 0.858685 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1335917 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430615 2 0.2595 0.780811 0.000 0.836 0.000 0.000 0.160 0.004
#> SRR1335212 3 0.2734 0.534290 0.000 0.008 0.840 0.148 0.000 0.004
#> SRR1400159 4 0.6820 -0.080201 0.000 0.240 0.016 0.376 0.020 0.348
#> SRR1457245 5 0.0993 0.857437 0.000 0.024 0.000 0.012 0.964 0.000
#> SRR1356746 5 0.6123 0.171864 0.000 0.340 0.044 0.072 0.528 0.016
#> SRR658319 4 0.4637 0.185742 0.000 0.028 0.000 0.680 0.256 0.036
#> SRR1435946 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370308 1 0.1745 0.803959 0.920 0.000 0.068 0.012 0.000 0.000
#> SRR1100893 1 0.1663 0.798299 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389432 3 0.4292 0.527893 0.120 0.000 0.748 0.124 0.000 0.008
#> SRR1381799 5 0.0964 0.857479 0.000 0.016 0.004 0.012 0.968 0.000
#> SRR1310158 4 0.6123 -0.132444 0.000 0.012 0.396 0.408 0.000 0.184
#> SRR1341100 5 0.1498 0.854306 0.000 0.012 0.012 0.024 0.948 0.004
#> SRR1342873 6 0.4083 0.530329 0.016 0.044 0.052 0.080 0.000 0.808
#> SRR1472102 2 0.2301 0.779798 0.000 0.884 0.000 0.000 0.096 0.020
#> SRR1409421 6 0.7699 0.215005 0.144 0.156 0.192 0.044 0.000 0.464
#> SRR1328577 5 0.1934 0.838051 0.000 0.044 0.000 0.040 0.916 0.000
#> SRR808942 5 0.0405 0.859974 0.000 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR1343818 5 0.0146 0.860410 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472415 5 0.6753 0.000558 0.000 0.288 0.032 0.236 0.436 0.008
#> SRR658409 5 0.0622 0.859198 0.000 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR1469681 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075484 3 0.6327 -0.091437 0.000 0.384 0.472 0.088 0.020 0.036
#> SRR1417894 3 0.4646 0.210854 0.000 0.000 0.500 0.460 0.000 0.040
#> SRR1417422 2 0.6833 0.473412 0.000 0.528 0.064 0.024 0.240 0.144
#> SRR1090674 1 0.0000 0.843048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0