Date: 2019-12-25 22:42:28 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17607 376
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 0.987 | 0.995 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.991 | ** | |
| SD:NMF | 2 | 1.000 | 0.983 | 0.993 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.994 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 0.963 | 0.985 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 1.000 | 0.975 | 0.990 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| MAD:NMF | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.993 | ** | |
| ATC:kmeans | 3 | 1.000 | 0.968 | 0.984 | ** | 2 |
| ATC:skmeans | 2 | 1.000 | 0.987 | 0.995 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 0.983 | 0.993 | ** | |
| MAD:skmeans | 5 | 0.966 | 0.933 | 0.970 | ** | 2,3 |
| MAD:hclust | 2 | 0.951 | 0.960 | 0.981 | ** | |
| MAD:kmeans | 4 | 0.950 | 0.929 | 0.968 | ** | 2 |
| SD:skmeans | 5 | 0.947 | 0.915 | 0.962 | * | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 0.945 | 0.934 | 0.974 | * | |
| SD:hclust | 2 | 0.939 | 0.942 | 0.975 | * | |
| CV:hclust | 2 | 0.923 | 0.921 | 0.969 | * | |
| ATC:hclust | 3 | 0.902 | 0.888 | 0.947 | * | 2 |
| ATC:pam | 5 | 0.901 | 0.889 | 0.951 | * | 2,3 |
| CV:mclust | 2 | 0.863 | 0.922 | 0.968 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.983 0.993 0.478 0.525 0.525
#> CV:NMF 2 1.000 0.963 0.985 0.485 0.517 0.517
#> MAD:NMF 2 1.000 0.984 0.993 0.472 0.530 0.530
#> ATC:NMF 2 1.000 0.983 0.993 0.477 0.525 0.525
#> SD:skmeans 2 1.000 0.995 0.998 0.483 0.518 0.518
#> CV:skmeans 2 1.000 0.985 0.994 0.485 0.517 0.517
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.994 0.997 0.483 0.517 0.517
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.987 0.995 0.482 0.520 0.520
#> SD:mclust 2 1.000 0.980 0.991 0.491 0.510 0.510
#> CV:mclust 2 0.863 0.922 0.968 0.496 0.504 0.504
#> MAD:mclust 2 1.000 0.995 0.998 0.490 0.511 0.511
#> ATC:mclust 2 0.945 0.934 0.974 0.497 0.504 0.504
#> SD:kmeans 2 1.000 0.985 0.994 0.471 0.530 0.530
#> CV:kmeans 2 1.000 0.985 0.994 0.480 0.523 0.523
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.989 0.995 0.464 0.539 0.539
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.983 0.993 0.470 0.533 0.533
#> SD:pam 2 1.000 0.987 0.995 0.475 0.524 0.524
#> CV:pam 2 1.000 0.985 0.994 0.478 0.523 0.523
#> MAD:pam 2 1.000 0.975 0.990 0.474 0.525 0.525
#> ATC:pam 2 1.000 0.969 0.988 0.469 0.526 0.526
#> SD:hclust 2 0.939 0.942 0.975 0.457 0.548 0.548
#> CV:hclust 2 0.923 0.921 0.969 0.467 0.530 0.530
#> MAD:hclust 2 0.951 0.960 0.981 0.450 0.550 0.550
#> ATC:hclust 2 0.982 0.968 0.985 0.459 0.543 0.543
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.812 0.881 0.937 0.293 0.839 0.697
#> CV:NMF 3 0.765 0.798 0.862 0.245 0.808 0.634
#> MAD:NMF 3 0.847 0.884 0.948 0.380 0.801 0.630
#> ATC:NMF 3 0.833 0.864 0.943 0.254 0.869 0.753
#> SD:skmeans 3 0.774 0.916 0.915 0.322 0.815 0.644
#> CV:skmeans 3 0.839 0.930 0.947 0.311 0.826 0.665
#> MAD:skmeans 3 0.977 0.955 0.981 0.365 0.814 0.643
#> ATC:skmeans 3 0.796 0.903 0.929 0.165 0.940 0.884
#> SD:mclust 3 0.793 0.798 0.915 0.283 0.799 0.626
#> CV:mclust 3 0.831 0.878 0.934 0.270 0.811 0.642
#> MAD:mclust 3 0.893 0.897 0.949 0.268 0.822 0.667
#> ATC:mclust 3 0.896 0.890 0.936 0.277 0.814 0.648
#> SD:kmeans 3 0.699 0.842 0.880 0.268 0.887 0.791
#> CV:kmeans 3 0.729 0.755 0.850 0.251 0.886 0.786
#> MAD:kmeans 3 0.683 0.745 0.859 0.305 0.876 0.772
#> ATC:kmeans 3 1.000 0.968 0.984 0.204 0.892 0.800
#> SD:pam 3 0.832 0.911 0.945 0.238 0.876 0.768
#> CV:pam 3 0.710 0.661 0.763 0.284 0.790 0.607
#> MAD:pam 3 0.764 0.898 0.932 0.276 0.859 0.737
#> ATC:pam 3 1.000 0.984 0.994 0.210 0.892 0.798
#> SD:hclust 3 0.851 0.877 0.938 0.194 0.911 0.839
#> CV:hclust 3 0.706 0.850 0.907 0.193 0.935 0.878
#> MAD:hclust 3 0.858 0.899 0.947 0.230 0.897 0.812
#> ATC:hclust 3 0.902 0.888 0.947 0.130 0.939 0.888
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.813 0.843 0.918 0.1182 0.851 0.639
#> CV:NMF 4 0.677 0.761 0.842 0.1254 0.915 0.768
#> MAD:NMF 4 0.892 0.880 0.948 0.0737 0.899 0.729
#> ATC:NMF 4 0.778 0.844 0.898 0.1110 0.859 0.673
#> SD:skmeans 4 0.839 0.844 0.916 0.1106 0.911 0.754
#> CV:skmeans 4 0.720 0.834 0.885 0.0783 0.941 0.834
#> MAD:skmeans 4 0.893 0.857 0.928 0.0721 0.940 0.826
#> ATC:skmeans 4 0.769 0.874 0.880 0.1644 0.832 0.641
#> SD:mclust 4 0.736 0.780 0.857 0.1627 0.805 0.520
#> CV:mclust 4 0.668 0.800 0.878 0.1556 0.870 0.656
#> MAD:mclust 4 0.855 0.870 0.934 0.1973 0.845 0.607
#> ATC:mclust 4 0.700 0.726 0.829 0.1484 0.789 0.490
#> SD:kmeans 4 0.753 0.872 0.909 0.2080 0.822 0.594
#> CV:kmeans 4 0.752 0.860 0.881 0.1604 0.817 0.588
#> MAD:kmeans 4 0.950 0.929 0.968 0.2147 0.803 0.557
#> ATC:kmeans 4 0.739 0.750 0.859 0.1663 0.920 0.823
#> SD:pam 4 0.894 0.880 0.947 0.2492 0.826 0.595
#> CV:pam 4 0.890 0.895 0.949 0.1803 0.851 0.611
#> MAD:pam 4 0.891 0.902 0.957 0.2215 0.839 0.613
#> ATC:pam 4 0.795 0.942 0.915 0.2424 0.836 0.622
#> SD:hclust 4 0.823 0.855 0.929 0.0631 0.962 0.917
#> CV:hclust 4 0.664 0.645 0.838 0.1259 0.948 0.890
#> MAD:hclust 4 0.808 0.848 0.923 0.0553 0.977 0.949
#> ATC:hclust 4 0.844 0.891 0.938 0.0732 0.957 0.912
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.805 0.752 0.875 0.0465 0.965 0.886
#> CV:NMF 5 0.675 0.737 0.824 0.0755 0.900 0.705
#> MAD:NMF 5 0.883 0.839 0.926 0.0279 0.960 0.872
#> ATC:NMF 5 0.729 0.762 0.873 0.0613 0.984 0.951
#> SD:skmeans 5 0.947 0.915 0.962 0.0573 0.941 0.803
#> CV:skmeans 5 0.734 0.693 0.842 0.0761 0.940 0.814
#> MAD:skmeans 5 0.966 0.933 0.970 0.0579 0.926 0.761
#> ATC:skmeans 5 0.766 0.864 0.914 0.0762 0.979 0.933
#> SD:mclust 5 0.787 0.819 0.893 0.0709 0.865 0.551
#> CV:mclust 5 0.679 0.679 0.827 0.0564 0.913 0.695
#> MAD:mclust 5 0.857 0.848 0.919 0.0635 0.865 0.546
#> ATC:mclust 5 0.763 0.778 0.877 0.0782 0.908 0.666
#> SD:kmeans 5 0.841 0.800 0.879 0.0695 0.925 0.733
#> CV:kmeans 5 0.728 0.770 0.842 0.0870 0.949 0.824
#> MAD:kmeans 5 0.868 0.801 0.896 0.0584 0.935 0.764
#> ATC:kmeans 5 0.766 0.734 0.778 0.1117 0.823 0.549
#> SD:pam 5 0.801 0.801 0.890 0.0553 0.939 0.782
#> CV:pam 5 0.798 0.840 0.881 0.0571 0.941 0.795
#> MAD:pam 5 0.846 0.829 0.908 0.0541 0.946 0.800
#> ATC:pam 5 0.901 0.889 0.951 0.0861 0.950 0.819
#> SD:hclust 5 0.791 0.809 0.889 0.0814 0.962 0.912
#> CV:hclust 5 0.618 0.574 0.783 0.0608 0.940 0.858
#> MAD:hclust 5 0.734 0.741 0.864 0.1121 0.947 0.876
#> ATC:hclust 5 0.895 0.870 0.939 0.0819 0.954 0.898
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.827 0.793 0.901 0.0266 0.953 0.844
#> CV:NMF 6 0.682 0.681 0.798 0.0530 0.910 0.686
#> MAD:NMF 6 0.822 0.796 0.899 0.0285 0.961 0.871
#> ATC:NMF 6 0.715 0.677 0.840 0.0476 0.968 0.896
#> SD:skmeans 6 0.840 0.829 0.891 0.0444 0.944 0.784
#> CV:skmeans 6 0.717 0.577 0.735 0.0532 0.904 0.661
#> MAD:skmeans 6 0.897 0.851 0.914 0.0414 0.942 0.780
#> ATC:skmeans 6 0.863 0.782 0.900 0.0562 0.969 0.895
#> SD:mclust 6 0.739 0.692 0.796 0.0412 0.968 0.851
#> CV:mclust 6 0.697 0.576 0.772 0.0464 0.964 0.847
#> MAD:mclust 6 0.777 0.724 0.835 0.0383 0.955 0.796
#> ATC:mclust 6 0.761 0.682 0.796 0.0356 0.933 0.705
#> SD:kmeans 6 0.793 0.751 0.837 0.0399 0.952 0.792
#> CV:kmeans 6 0.701 0.519 0.755 0.0459 0.976 0.905
#> MAD:kmeans 6 0.816 0.764 0.840 0.0380 0.961 0.829
#> ATC:kmeans 6 0.788 0.845 0.884 0.0684 0.940 0.757
#> SD:pam 6 0.836 0.795 0.903 0.0482 0.932 0.720
#> CV:pam 6 0.746 0.715 0.830 0.0477 0.962 0.838
#> MAD:pam 6 0.845 0.795 0.892 0.0487 0.921 0.677
#> ATC:pam 6 0.870 0.852 0.928 0.0488 0.939 0.749
#> SD:hclust 6 0.741 0.758 0.864 0.0475 0.988 0.969
#> CV:hclust 6 0.615 0.606 0.777 0.0226 0.978 0.941
#> MAD:hclust 6 0.663 0.677 0.822 0.0492 0.940 0.844
#> ATC:hclust 6 0.822 0.819 0.917 0.0424 0.997 0.992
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.939 0.942 0.975 0.4574 0.548 0.548
#> 3 3 0.851 0.877 0.938 0.1937 0.911 0.839
#> 4 4 0.823 0.855 0.929 0.0631 0.962 0.917
#> 5 5 0.791 0.809 0.889 0.0814 0.962 0.912
#> 6 6 0.741 0.758 0.864 0.0475 0.988 0.969
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3274 0.933 0.940 0.060
#> SRR1457080 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0376 0.977 0.996 0.004
#> SRR1085235 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> SRR1357692 2 0.6623 0.793 0.172 0.828
#> SRR1430703 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.3274 0.933 0.940 0.060
#> SRR819486 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> SRR1365377 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.3114 0.922 0.056 0.944
#> SRR1359509 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1078948 2 0.9988 0.102 0.480 0.520
#> SRR1099765 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3274 0.933 0.940 0.060
#> SRR807751 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1081813 2 0.9686 0.369 0.396 0.604
#> SRR1487403 1 0.7453 0.736 0.788 0.212
#> SRR1409046 2 0.8081 0.680 0.248 0.752
#> SRR1474000 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.3114 0.936 0.944 0.056
#> SRR1432231 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2948 0.940 0.948 0.052
#> SRR809565 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> SRR1476974 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1323873 2 0.9754 0.336 0.408 0.592
#> SRR1475233 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR1338489 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.8763 0.581 0.704 0.296
#> SRR1329642 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0938 0.971 0.988 0.012
#> SRR1085259 1 0.7745 0.709 0.772 0.228
#> SRR1477732 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.8713 0.603 0.292 0.708
#> SRR1436280 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.3274 0.933 0.940 0.060
#> SRR808638 2 0.7299 0.748 0.204 0.796
#> SRR1099451 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.3431 0.928 0.936 0.064
#> SRR1404186 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.9815 0.260 0.580 0.420
#> SRR1316463 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.6531 0.797 0.168 0.832
#> SRR1077066 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.3114 0.936 0.944 0.056
#> SRR1069943 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.5946 0.828 0.144 0.856
#> SRR1410699 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.3431 0.914 0.064 0.936
#> SRR1442440 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.4815 0.885 0.896 0.104
#> SRR1475785 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1098002 2 0.9866 0.266 0.432 0.568
#> SRR1077667 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.6623 0.792 0.172 0.828
#> SRR1472259 2 0.9754 0.336 0.408 0.592
#> SRR1390179 2 0.9866 0.266 0.432 0.568
#> SRR1312784 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1069850 2 0.9933 0.201 0.452 0.548
#> SRR1081332 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.3584 0.925 0.932 0.068
#> SRR1370107 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR1487704 2 0.0938 0.961 0.012 0.988
#> SRR1344122 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.8763 0.595 0.296 0.704
#> SRR1081493 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.5946 0.827 0.144 0.856
#> SRR1317653 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.6623 0.793 0.172 0.828
#> SRR1336964 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.2778 0.929 0.048 0.952
#> SRR1487547 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.4562 0.881 0.096 0.904
#> SRR1091054 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4562 0.881 0.096 0.904
#> SRR1452222 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.7745 0.709 0.772 0.228
#> SRR1466091 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1090119 2 0.8713 0.603 0.292 0.708
#> SRR1337516 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.2603 0.947 0.956 0.044
#> SRR1097708 1 0.0376 0.977 0.996 0.004
#> SRR813529 2 0.8813 0.587 0.300 0.700
#> SRR1352322 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.3584 0.925 0.932 0.068
#> SRR1390289 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.3114 0.936 0.944 0.056
#> SRR1388788 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.6148 0.824 0.848 0.152
#> SRR1362514 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.3114 0.936 0.944 0.056
#> SRR1443399 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.3584 0.925 0.932 0.068
#> SRR1443800 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0376 0.977 0.996 0.004
#> SRR1444523 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1393529 2 0.7299 0.748 0.204 0.796
#> SRR1102224 2 0.1633 0.951 0.024 0.976
#> SRR1074239 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0672 0.974 0.992 0.008
#> SRR1437514 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1361883 2 0.8813 0.587 0.300 0.700
#> SRR1378262 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.971 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0376 0.977 0.996 0.004
#> SRR1075729 1 0.0000 0.979 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0672 0.965 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456250 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1433708 2 0.0592 0.9500 0.000 0.988 0.012
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.3551 0.8230 0.000 0.868 0.132
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.3551 0.8230 0.000 0.868 0.132
#> SRR1392456 2 0.2165 0.9031 0.000 0.936 0.064
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.4750 0.7741 0.784 0.000 0.216
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0892 0.9433 0.000 0.980 0.020
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0892 0.9368 0.980 0.000 0.020
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0747 0.9384 0.984 0.000 0.016
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.5905 0.3735 0.000 0.648 0.352
#> SRR1473232 2 0.3551 0.8230 0.000 0.868 0.132
#> SRR1410634 2 0.2066 0.8987 0.000 0.940 0.060
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.1031 0.9410 0.000 0.976 0.024
#> SRR816794 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0424 0.9523 0.000 0.992 0.008
#> SRR1353577 2 0.3551 0.8140 0.000 0.868 0.132
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.2066 0.9153 0.940 0.000 0.060
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.1163 0.9336 0.972 0.000 0.028
#> SRR1085235 1 0.4178 0.8258 0.828 0.000 0.172
#> SRR1357692 3 0.4654 0.7769 0.000 0.208 0.792
#> SRR1430703 2 0.6280 0.0135 0.000 0.540 0.460
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.4750 0.7741 0.784 0.000 0.216
#> SRR819486 1 0.1411 0.9288 0.964 0.000 0.036
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.1031 0.9410 0.000 0.976 0.024
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0237 0.9549 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.1860 0.9145 0.000 0.948 0.052
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.5178 0.5924 0.000 0.744 0.256
#> SRR1313625 1 0.3752 0.8506 0.856 0.000 0.144
#> SRR1365377 2 0.5431 0.5138 0.000 0.716 0.284
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.6309 0.2533 0.000 0.500 0.500
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.3551 0.8230 0.000 0.868 0.132
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.6264 0.5259 0.256 0.028 0.716
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.4750 0.7741 0.784 0.000 0.216
#> SRR807751 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.6705 0.6778 0.176 0.084 0.740
#> SRR1487403 1 0.6225 0.3645 0.568 0.000 0.432
#> SRR1409046 3 0.6336 0.7790 0.064 0.180 0.756
#> SRR1474000 2 0.6280 0.0135 0.000 0.540 0.460
#> SRR1500131 2 0.2356 0.8940 0.000 0.928 0.072
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.4702 0.7791 0.788 0.000 0.212
#> SRR1432231 2 0.0424 0.9524 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4504 0.7993 0.804 0.000 0.196
#> SRR809565 1 0.4178 0.8258 0.828 0.000 0.172
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0424 0.9523 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395682 2 0.0747 0.9476 0.000 0.984 0.016
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1860 0.9200 0.948 0.000 0.052
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.6511 0.6676 0.180 0.072 0.748
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.5431 0.7340 0.000 0.284 0.716
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.6309 -0.1776 0.496 0.000 0.504
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.1753 0.9189 0.000 0.952 0.048
#> SRR1400489 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367172 1 0.3340 0.8708 0.880 0.000 0.120
#> SRR1085259 1 0.6260 0.3208 0.552 0.000 0.448
#> SRR1477732 1 0.0237 0.9423 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356509 2 0.0747 0.9476 0.000 0.984 0.016
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1411 0.9289 0.964 0.000 0.036
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.6349 0.7658 0.092 0.140 0.768
#> SRR1436280 2 0.6280 0.0135 0.000 0.540 0.460
#> SRR1312666 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.2537 0.9018 0.920 0.000 0.080
#> SRR1467943 1 0.4750 0.7741 0.784 0.000 0.216
#> SRR808638 3 0.6025 0.7811 0.028 0.232 0.740
#> SRR1099451 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082238 1 0.5138 0.7246 0.748 0.000 0.252
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.5948 0.2766 0.360 0.000 0.640
#> SRR1316463 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1103072 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.5254 0.7533 0.000 0.264 0.736
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.4702 0.7791 0.788 0.000 0.212
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR814108 3 0.5465 0.7151 0.000 0.288 0.712
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.1163 0.9375 0.000 0.972 0.028
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1860 0.9201 0.948 0.000 0.052
#> SRR1383674 2 0.6252 -0.0737 0.000 0.556 0.444
#> SRR1442440 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0892 0.9372 0.980 0.000 0.020
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 1 0.5431 0.6791 0.716 0.000 0.284
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.6804 0.6442 0.204 0.072 0.724
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.5178 0.7591 0.000 0.256 0.744
#> SRR1472259 3 0.6511 0.6676 0.180 0.072 0.748
#> SRR1390179 3 0.6804 0.6442 0.204 0.072 0.724
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.5982 0.5661 0.228 0.028 0.744
#> SRR1081332 1 0.1753 0.9232 0.952 0.000 0.048
#> SRR1406709 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1458529 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.1411 0.9288 0.964 0.000 0.036
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0424 0.9524 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476652 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 2 0.2356 0.8940 0.000 0.928 0.072
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.5098 0.7328 0.752 0.000 0.248
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 2 0.6280 0.0135 0.000 0.540 0.460
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0892 0.9443 0.000 0.980 0.020
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.5431 0.7340 0.000 0.284 0.716
#> SRR1487704 2 0.5138 0.5833 0.000 0.748 0.252
#> SRR1344122 2 0.0592 0.9495 0.000 0.988 0.012
#> SRR1402027 3 0.6425 0.7647 0.096 0.140 0.764
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.5465 0.7293 0.000 0.288 0.712
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.4654 0.7769 0.000 0.208 0.792
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0424 0.9523 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.6291 -0.1669 0.000 0.532 0.468
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.6235 0.4539 0.000 0.436 0.564
#> SRR1091054 1 0.1860 0.9203 0.948 0.000 0.052
#> SRR1316343 2 0.2448 0.8903 0.000 0.924 0.076
#> SRR1073899 1 0.1289 0.9310 0.968 0.000 0.032
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.0892 0.9443 0.000 0.980 0.020
#> SRR1445426 2 0.2165 0.9032 0.000 0.936 0.064
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.6111 0.5496 0.000 0.396 0.604
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.6225 0.1156 0.000 0.568 0.432
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.1860 0.9201 0.948 0.000 0.052
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.6260 0.3203 0.552 0.000 0.448
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.6349 0.7658 0.092 0.140 0.768
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330770 2 0.0747 0.9473 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.2448 0.8903 0.000 0.924 0.076
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.0424 0.9523 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.1753 0.9231 0.952 0.000 0.048
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.6225 0.1156 0.000 0.568 0.432
#> SRR1087704 1 0.0592 0.9395 0.988 0.000 0.012
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499652 2 0.2066 0.9077 0.000 0.940 0.060
#> SRR1356643 1 0.4504 0.7998 0.804 0.000 0.196
#> SRR1097708 1 0.3192 0.8769 0.888 0.000 0.112
#> SRR813529 3 0.6500 0.7633 0.100 0.140 0.760
#> SRR1352322 1 0.1643 0.9243 0.956 0.000 0.044
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.5098 0.7328 0.752 0.000 0.248
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0747 0.9475 0.000 0.984 0.016
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.4702 0.7791 0.788 0.000 0.212
#> SRR1388788 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.5882 0.5633 0.652 0.000 0.348
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.4702 0.7791 0.788 0.000 0.212
#> SRR1443399 2 0.0424 0.9523 0.000 0.992 0.008
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0424 0.9524 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488307 1 0.5098 0.7328 0.752 0.000 0.248
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.1860 0.9151 0.000 0.948 0.052
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3267 0.8737 0.884 0.000 0.116
#> SRR1444523 1 0.0424 0.9409 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.1643 0.9169 0.000 0.956 0.044
#> SRR1320445 1 0.0892 0.9368 0.980 0.000 0.020
#> SRR1081116 1 0.1031 0.9347 0.976 0.000 0.024
#> SRR1333287 2 0.4399 0.7202 0.000 0.812 0.188
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0237 0.9550 0.000 0.996 0.004
#> SRR1393529 3 0.5335 0.7776 0.008 0.232 0.760
#> SRR1102224 2 0.6267 -0.1009 0.000 0.548 0.452
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.2796 0.8732 0.000 0.908 0.092
#> SRR1413262 2 0.0237 0.9549 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336227 2 0.2066 0.9077 0.000 0.940 0.060
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.2711 0.8944 0.912 0.000 0.088
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.6500 0.7633 0.100 0.140 0.760
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9438 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9573 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.3267 0.8737 0.884 0.000 0.116
#> SRR1075729 1 0.0747 0.9385 0.984 0.000 0.016
#> SRR1397292 3 0.6302 0.1838 0.000 0.480 0.520
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0469 0.91989 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1330831 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1456250 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1433708 2 0.1452 0.93925 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1433902 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.5116 0.69989 0.000 0.764 0.108 0.128
#> SRR1441768 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356976 2 0.0469 0.95993 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1466597 2 0.5116 0.69989 0.000 0.764 0.108 0.128
#> SRR1392456 2 0.3758 0.82720 0.000 0.848 0.104 0.048
#> SRR1080951 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR812697 1 0.5599 0.62959 0.664 0.000 0.288 0.048
#> SRR1457080 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.1545 0.93591 0.000 0.952 0.040 0.008
#> SRR1405921 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.1059 0.91363 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1084505 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1376476 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1318208 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2111 0.89851 0.932 0.000 0.044 0.024
#> SRR1397781 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0469 0.95990 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1102198 4 0.6478 0.41478 0.000 0.336 0.088 0.576
#> SRR1473232 2 0.5116 0.69989 0.000 0.764 0.108 0.128
#> SRR1410634 2 0.2644 0.87685 0.000 0.908 0.060 0.032
#> SRR1353332 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.2256 0.91289 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR816794 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.1209 0.94475 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1353577 2 0.4669 0.73686 0.000 0.796 0.104 0.100
#> SRR1077380 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1407693 1 0.3497 0.85122 0.860 0.000 0.104 0.036
#> SRR1430088 2 0.0188 0.96257 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311464 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0188 0.92108 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388437 1 0.2125 0.88992 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1085235 1 0.5365 0.67783 0.692 0.000 0.264 0.044
#> SRR1357692 3 0.4542 0.43914 0.000 0.088 0.804 0.108
#> SRR1430703 4 0.4030 0.84426 0.000 0.092 0.072 0.836
#> SRR1086020 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0469 0.95993 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812721 1 0.5599 0.62959 0.664 0.000 0.288 0.048
#> SRR819486 1 0.2483 0.88758 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR1465248 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0524 0.96046 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1318624 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.2256 0.91289 0.000 0.924 0.056 0.020
#> SRR1476384 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0376 0.96186 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1080222 1 0.0469 0.91989 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.3342 0.85137 0.000 0.868 0.100 0.032
#> SRR1340531 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1407018 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.6269 0.38879 0.000 0.632 0.272 0.096
#> SRR1313625 1 0.4775 0.73286 0.740 0.000 0.232 0.028
#> SRR1365377 2 0.5530 0.37811 0.000 0.632 0.336 0.032
#> SRR1092749 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.6276 0.13778 0.000 0.380 0.556 0.064
#> SRR1359509 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.5116 0.69989 0.000 0.764 0.108 0.128
#> SRR1500071 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.4046 0.44448 0.124 0.000 0.828 0.048
#> SRR1099765 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.5599 0.62959 0.664 0.000 0.288 0.048
#> SRR807751 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343698 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330176 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.3726 0.50402 0.092 0.040 0.860 0.008
#> SRR1487403 3 0.6125 -0.06643 0.436 0.000 0.516 0.048
#> SRR1409046 3 0.3322 0.51968 0.016 0.076 0.884 0.024
#> SRR1474000 4 0.4030 0.84426 0.000 0.092 0.072 0.836
#> SRR1500131 2 0.3996 0.81153 0.000 0.836 0.104 0.060
#> SRR1415854 1 0.0592 0.91890 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1387286 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1362664 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.5574 0.63610 0.668 0.000 0.284 0.048
#> SRR1432231 2 0.0657 0.95806 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.5393 0.66829 0.688 0.000 0.268 0.044
#> SRR809565 1 0.5365 0.67783 0.692 0.000 0.264 0.044
#> SRR1476974 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.1209 0.94475 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1395682 2 0.1174 0.94938 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1362579 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2965 0.87260 0.892 0.000 0.072 0.036
#> SRR1340966 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.2992 0.49116 0.084 0.008 0.892 0.016
#> SRR1475233 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.4467 0.44431 0.000 0.172 0.788 0.040
#> SRR1338489 2 0.0469 0.95993 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1439697 3 0.6028 0.17508 0.364 0.000 0.584 0.052
#> SRR1329642 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1458380 2 0.2983 0.87873 0.000 0.892 0.068 0.040
#> SRR1400489 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1416455 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1367172 1 0.4070 0.81494 0.824 0.000 0.132 0.044
#> SRR1085259 3 0.6102 -0.00478 0.420 0.000 0.532 0.048
#> SRR1477732 1 0.0188 0.92101 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356509 2 0.1174 0.94938 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1323446 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2483 0.88777 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR1378924 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0469 0.95990 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1100395 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2695 0.52828 0.024 0.056 0.912 0.008
#> SRR1436280 4 0.4030 0.84426 0.000 0.092 0.072 0.836
#> SRR1312666 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.3581 0.84375 0.852 0.000 0.116 0.032
#> SRR1467943 1 0.5599 0.62959 0.664 0.000 0.288 0.048
#> SRR808638 3 0.3914 0.49687 0.004 0.120 0.840 0.036
#> SRR1099451 2 0.0672 0.95590 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1082238 1 0.5569 0.61609 0.660 0.000 0.296 0.044
#> SRR1404186 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1479721 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1480721 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1446716 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0188 0.92109 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367410 3 0.5136 0.37606 0.224 0.000 0.728 0.048
#> SRR1316463 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1103072 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0524 0.96037 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1409326 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1105033 3 0.4285 0.46734 0.000 0.156 0.804 0.040
#> SRR1077066 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.5574 0.63610 0.668 0.000 0.284 0.048
#> SRR1069943 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1360194 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR814108 3 0.5484 0.36423 0.000 0.164 0.732 0.104
#> SRR1410699 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1405461 2 0.0336 0.96154 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1323312 2 0.1256 0.94324 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1467171 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3243 0.86194 0.876 0.000 0.088 0.036
#> SRR1383674 3 0.6077 0.07830 0.000 0.460 0.496 0.044
#> SRR1442440 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1404461 1 0.2813 0.87765 0.896 0.000 0.080 0.024
#> SRR1336617 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097811 1 0.5971 0.48290 0.584 0.000 0.368 0.048
#> SRR1475785 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3510 0.48309 0.096 0.008 0.868 0.028
#> SRR1077667 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394384 2 0.0188 0.96257 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364975 3 0.4139 0.47576 0.000 0.144 0.816 0.040
#> SRR1472259 3 0.2992 0.49116 0.084 0.008 0.892 0.016
#> SRR1390179 3 0.3510 0.48309 0.096 0.008 0.868 0.028
#> SRR1312784 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.3224 0.45992 0.120 0.000 0.864 0.016
#> SRR1081332 1 0.2983 0.87511 0.892 0.000 0.068 0.040
#> SRR1406709 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1458529 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.2483 0.88758 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR1083868 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0657 0.95806 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1333167 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1418492 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476652 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.0188 0.96274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403853 2 0.3996 0.81153 0.000 0.836 0.104 0.060
#> SRR1378707 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.5830 0.55673 0.620 0.000 0.332 0.048
#> SRR1370107 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0469 0.95990 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1385672 4 0.4030 0.84426 0.000 0.092 0.072 0.836
#> SRR1430839 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.2002 0.92377 0.000 0.936 0.044 0.020
#> SRR1348507 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.4467 0.44431 0.000 0.172 0.788 0.040
#> SRR1487704 2 0.6110 0.43656 0.000 0.660 0.240 0.100
#> SRR1344122 2 0.1305 0.94184 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1402027 3 0.2549 0.52844 0.024 0.056 0.916 0.004
#> SRR1081493 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0524 0.95817 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1440809 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.4685 0.45037 0.000 0.156 0.784 0.060
#> SRR1317653 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.4542 0.43914 0.000 0.088 0.804 0.108
#> SRR1336964 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.1109 0.94779 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1467194 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.6347 0.10995 0.000 0.412 0.524 0.064
#> SRR1487547 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1087752 3 0.5812 0.21237 0.000 0.328 0.624 0.048
#> SRR1091054 1 0.2965 0.87279 0.892 0.000 0.072 0.036
#> SRR1316343 2 0.4215 0.79542 0.000 0.824 0.104 0.072
#> SRR1073899 1 0.2300 0.89304 0.924 0.000 0.048 0.028
#> SRR1456093 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.2002 0.92377 0.000 0.936 0.044 0.020
#> SRR1445426 2 0.2919 0.88161 0.000 0.896 0.044 0.060
#> SRR1389932 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5690 0.28035 0.000 0.268 0.672 0.060
#> SRR1452222 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1468096 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1334011 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1444701 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.5309 0.74835 0.000 0.164 0.092 0.744
#> SRR1410550 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.3243 0.86194 0.876 0.000 0.088 0.036
#> SRR1083125 1 0.0469 0.91989 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.6102 -0.00448 0.420 0.000 0.532 0.048
#> SRR1466091 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.2695 0.52828 0.024 0.056 0.912 0.008
#> SRR1337516 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0336 0.96064 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330770 2 0.2002 0.92405 0.000 0.936 0.044 0.020
#> SRR1489349 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1457336 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1447481 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1466770 2 0.0592 0.95794 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.4144 0.80100 0.000 0.828 0.104 0.068
#> SRR1349190 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.1398 0.93915 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1432165 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0817 0.95306 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2775 0.87626 0.896 0.000 0.084 0.020
#> SRR1322186 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0707 0.95566 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1478571 1 0.0469 0.91989 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1074337 2 0.0188 0.96257 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420391 4 0.4718 0.81697 0.000 0.116 0.092 0.792
#> SRR1087704 1 0.1677 0.90548 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1464897 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0707 0.95566 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1476324 2 0.0188 0.96261 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499652 2 0.2919 0.88175 0.000 0.896 0.044 0.060
#> SRR1356643 1 0.5420 0.66411 0.684 0.000 0.272 0.044
#> SRR1097708 1 0.4123 0.81509 0.820 0.000 0.136 0.044
#> SRR813529 3 0.2363 0.52841 0.024 0.056 0.920 0.000
#> SRR1352322 1 0.2644 0.88359 0.908 0.000 0.060 0.032
#> SRR1498661 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.5830 0.55673 0.620 0.000 0.332 0.048
#> SRR1390289 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1407000 2 0.1635 0.93403 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1367785 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1079567 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1095675 1 0.5574 0.63610 0.668 0.000 0.284 0.048
#> SRR1388788 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1396146 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.6125 0.31418 0.516 0.000 0.436 0.048
#> SRR1362514 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1454031 1 0.5574 0.63610 0.668 0.000 0.284 0.048
#> SRR1443399 2 0.1109 0.94779 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1101280 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0657 0.95806 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1488307 1 0.5830 0.55673 0.620 0.000 0.332 0.048
#> SRR1443800 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.3071 0.87453 0.000 0.888 0.068 0.044
#> SRR1090334 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4462 0.78996 0.792 0.000 0.164 0.044
#> SRR1444523 1 0.0779 0.91712 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1310898 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321377 2 0.2363 0.90027 0.000 0.920 0.056 0.024
#> SRR1320445 1 0.1059 0.91363 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1081116 1 0.1584 0.90664 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1333287 2 0.5325 0.60330 0.000 0.728 0.204 0.068
#> SRR1454821 2 0.0188 0.96292 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1348792 2 0.0336 0.96069 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1393529 3 0.3300 0.48828 0.000 0.144 0.848 0.008
#> SRR1102224 3 0.6315 0.08660 0.000 0.432 0.508 0.060
#> SRR1074239 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1401774 2 0.4419 0.77815 0.000 0.812 0.104 0.084
#> SRR1413262 2 0.0336 0.96064 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336227 2 0.2919 0.88175 0.000 0.896 0.044 0.060
#> SRR1069991 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.3725 0.80422 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR1437514 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0188 0.96296 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382461 1 0.0336 0.92063 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1361883 3 0.2363 0.52841 0.024 0.056 0.920 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.92133 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.96398 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.4462 0.78996 0.792 0.000 0.164 0.044
#> SRR1075729 1 0.1388 0.91013 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1397292 4 0.2335 0.73392 0.000 0.060 0.020 0.920
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0880 0.8838 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1330831 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.4275 0.7811 0.000 0.776 0.152 0.004 0.068
#> SRR1433708 2 0.2784 0.8755 0.000 0.872 0.108 0.004 0.016
#> SRR1433902 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1432783 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398272 2 0.0798 0.9318 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1436583 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420413 2 0.5969 0.5738 0.000 0.636 0.192 0.016 0.156
#> SRR1441768 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356976 2 0.1768 0.9077 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1466597 2 0.5969 0.5738 0.000 0.636 0.192 0.016 0.156
#> SRR1392456 2 0.5061 0.7077 0.000 0.716 0.188 0.012 0.084
#> SRR1080951 1 0.0290 0.8950 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR812697 4 0.4100 0.7916 0.192 0.000 0.044 0.764 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0798 0.9318 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1404362 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490635 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.2574 0.8791 0.000 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR1405921 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362928 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1089207 1 0.3109 0.6899 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1084505 1 0.0609 0.8906 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1376476 2 0.4214 0.7857 0.000 0.780 0.152 0.004 0.064
#> SRR1318208 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4686 0.2340 0.596 0.000 0.020 0.384 0.000
#> SRR1397781 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1386753 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337495 2 0.1768 0.9076 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1102198 5 0.6020 0.2762 0.000 0.260 0.116 0.016 0.608
#> SRR1473232 2 0.5969 0.5738 0.000 0.636 0.192 0.016 0.156
#> SRR1410634 2 0.2351 0.8595 0.000 0.896 0.088 0.016 0.000
#> SRR1353332 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362332 2 0.4059 0.8131 0.000 0.800 0.132 0.008 0.060
#> SRR816794 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479370 2 0.2629 0.8811 0.000 0.880 0.104 0.004 0.012
#> SRR1353577 2 0.4972 0.6996 0.000 0.736 0.176 0.028 0.060
#> SRR1077380 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1407693 1 0.4268 0.0723 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1430088 2 0.0451 0.9316 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1311464 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342806 1 0.0404 0.8942 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1388437 1 0.3816 0.5021 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1085235 4 0.3399 0.7656 0.168 0.000 0.020 0.812 0.000
#> SRR1357692 3 0.4143 0.5974 0.000 0.020 0.808 0.108 0.064
#> SRR1430703 5 0.1608 0.8310 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1086020 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334181 2 0.1502 0.9156 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812721 4 0.4100 0.7916 0.192 0.000 0.044 0.764 0.000
#> SRR819486 1 0.4015 0.4047 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1465248 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.2054 0.9063 0.000 0.916 0.072 0.004 0.008
#> SRR1318624 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467544 2 0.4059 0.8131 0.000 0.800 0.132 0.008 0.060
#> SRR1476384 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1395788 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406478 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.1331 0.9265 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1080222 1 0.1638 0.8570 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1361777 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405311 2 0.4444 0.7704 0.000 0.764 0.172 0.012 0.052
#> SRR1340531 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.1043 0.9232 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0290 0.8950 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090431 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.5961 0.2069 0.000 0.512 0.408 0.024 0.056
#> SRR1313625 4 0.4170 0.7356 0.192 0.000 0.048 0.760 0.000
#> SRR1365377 2 0.4887 0.2116 0.000 0.536 0.444 0.012 0.008
#> SRR1092749 1 0.0290 0.8950 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1389366 3 0.4977 0.3433 0.000 0.292 0.660 0.040 0.008
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.5969 0.5738 0.000 0.636 0.192 0.016 0.156
#> SRR1500071 2 0.0579 0.9328 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1078948 3 0.4403 0.3643 0.004 0.000 0.560 0.436 0.000
#> SRR1099765 1 0.0290 0.8957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR818523 4 0.4100 0.7916 0.192 0.000 0.044 0.764 0.000
#> SRR807751 1 0.0290 0.8957 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379157 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323002 2 0.0865 0.9295 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1343698 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0609 0.8906 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4912 0.5600 0.012 0.024 0.644 0.320 0.000
#> SRR1487403 4 0.4840 0.5135 0.064 0.000 0.248 0.688 0.000
#> SRR1409046 3 0.3566 0.6597 0.004 0.024 0.812 0.160 0.000
#> SRR1474000 5 0.1608 0.8310 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1500131 2 0.5262 0.6905 0.000 0.704 0.188 0.016 0.092
#> SRR1415854 1 0.1357 0.8704 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1387286 2 0.4275 0.7811 0.000 0.776 0.152 0.004 0.068
#> SRR1362664 2 0.0579 0.9328 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1097525 4 0.4062 0.7916 0.196 0.000 0.040 0.764 0.000
#> SRR1432231 2 0.1041 0.9265 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 4 0.4617 0.7688 0.224 0.000 0.060 0.716 0.000
#> SRR809565 4 0.3399 0.7656 0.168 0.000 0.020 0.812 0.000
#> SRR1476974 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360258 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1310876 2 0.0290 0.9327 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1485700 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1350479 2 0.2629 0.8811 0.000 0.880 0.104 0.004 0.012
#> SRR1395682 2 0.2623 0.8893 0.000 0.884 0.096 0.004 0.016
#> SRR1362579 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473100 1 0.4101 0.3368 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR1340966 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323873 3 0.4387 0.5218 0.012 0.000 0.640 0.348 0.000
#> SRR1475233 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400008 3 0.3019 0.6311 0.000 0.088 0.864 0.048 0.000
#> SRR1338489 2 0.1830 0.9110 0.000 0.924 0.068 0.008 0.000
#> SRR1439697 4 0.4965 0.3986 0.052 0.000 0.304 0.644 0.000
#> SRR1329642 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341945 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418262 2 0.0290 0.9327 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.4058 0.7901 0.000 0.784 0.152 0.000 0.064
#> SRR1400489 2 0.4214 0.7857 0.000 0.780 0.152 0.004 0.064
#> SRR1416455 2 0.0579 0.9328 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1477292 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1096924 2 0.0451 0.9321 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1308269 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.4561 -0.2237 0.504 0.000 0.008 0.488 0.000
#> SRR1085259 4 0.4854 0.4778 0.060 0.000 0.260 0.680 0.000
#> SRR1477732 1 0.1197 0.8651 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1356509 2 0.2623 0.8893 0.000 0.884 0.096 0.004 0.016
#> SRR1323446 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368094 1 0.3949 0.4478 0.668 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.1768 0.9076 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1100395 1 0.0880 0.8843 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1327570 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341209 3 0.3751 0.6547 0.004 0.012 0.772 0.212 0.000
#> SRR1436280 5 0.1608 0.8310 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1312666 2 0.0671 0.9316 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR810153 1 0.4450 -0.1552 0.508 0.000 0.004 0.488 0.000
#> SRR1467943 4 0.4100 0.7916 0.192 0.000 0.044 0.764 0.000
#> SRR808638 3 0.3442 0.6617 0.000 0.060 0.836 0.104 0.000
#> SRR1099451 2 0.0794 0.9270 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1082238 4 0.5348 0.7405 0.232 0.000 0.112 0.656 0.000
#> SRR1404186 2 0.0865 0.9295 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1479721 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1480721 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1446716 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1073971 2 0.0324 0.9331 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367410 4 0.4803 -0.0952 0.020 0.000 0.444 0.536 0.000
#> SRR1316463 2 0.4275 0.7811 0.000 0.776 0.152 0.004 0.068
#> SRR1103072 2 0.0290 0.9327 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.1768 0.9101 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1409326 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1485020 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387113 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.1205 0.9218 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1105033 3 0.3180 0.6471 0.000 0.076 0.856 0.068 0.000
#> SRR1077066 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099931 4 0.4062 0.7916 0.196 0.000 0.040 0.764 0.000
#> SRR1069943 1 0.0703 0.8882 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1360194 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.5042 0.5554 0.000 0.096 0.760 0.080 0.064
#> SRR1410699 2 0.0798 0.9310 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1405461 2 0.1638 0.9116 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR1323312 2 0.1310 0.9235 0.000 0.956 0.020 0.000 0.024
#> SRR1467171 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1396742 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.4235 0.1515 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1383674 3 0.5052 0.2608 0.000 0.364 0.600 0.028 0.008
#> SRR1442440 2 0.1282 0.9206 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR1404461 4 0.4787 0.3750 0.432 0.000 0.020 0.548 0.000
#> SRR1336617 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097811 4 0.4270 0.7282 0.112 0.000 0.112 0.776 0.000
#> SRR1475785 1 0.0510 0.8925 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347916 2 0.0579 0.9329 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1477522 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098002 3 0.4494 0.4751 0.012 0.000 0.608 0.380 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0290 0.8950 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394384 2 0.0451 0.9316 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1364975 3 0.2992 0.6503 0.000 0.064 0.868 0.068 0.000
#> SRR1472259 3 0.4387 0.5218 0.012 0.000 0.640 0.348 0.000
#> SRR1390179 3 0.4494 0.4751 0.012 0.000 0.608 0.380 0.000
#> SRR1312784 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069850 3 0.4310 0.4458 0.004 0.000 0.604 0.392 0.000
#> SRR1081332 1 0.4114 0.3314 0.624 0.000 0.000 0.376 0.000
#> SRR1406709 2 0.4275 0.7811 0.000 0.776 0.152 0.004 0.068
#> SRR1458529 2 0.0451 0.9321 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1332467 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1078278 1 0.4015 0.4047 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1083868 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367544 2 0.1041 0.9265 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1333167 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1418492 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0510 0.9320 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1081068 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1324473 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420538 2 0.0671 0.9316 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1453747 2 0.0566 0.9321 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1403853 2 0.5262 0.6905 0.000 0.704 0.188 0.016 0.092
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 4 0.3840 0.7470 0.116 0.000 0.076 0.808 0.000
#> SRR1370107 2 0.0324 0.9328 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1369008 2 0.1768 0.9076 0.000 0.924 0.072 0.004 0.000
#> SRR1385672 5 0.1608 0.8310 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1430839 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473361 2 0.3739 0.8366 0.000 0.824 0.116 0.008 0.052
#> SRR1348507 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090626 3 0.3090 0.6300 0.000 0.088 0.860 0.052 0.000
#> SRR1487704 2 0.5837 0.3434 0.000 0.588 0.328 0.028 0.056
#> SRR1344122 2 0.2574 0.8789 0.000 0.876 0.112 0.000 0.012
#> SRR1402027 3 0.3751 0.6544 0.004 0.012 0.772 0.212 0.000
#> SRR1081493 1 0.0510 0.8925 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0609 0.9299 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1406394 3 0.3055 0.6322 0.000 0.072 0.864 0.064 0.000
#> SRR1317653 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.4143 0.5974 0.000 0.020 0.808 0.108 0.064
#> SRR1336964 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358624 2 0.2464 0.8897 0.000 0.892 0.092 0.004 0.012
#> SRR1467194 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1459324 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.4998 0.3011 0.000 0.328 0.632 0.032 0.008
#> SRR1487547 2 0.0794 0.9275 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.4741 0.4181 0.000 0.240 0.708 0.044 0.008
#> SRR1091054 1 0.4192 0.2338 0.596 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR1316343 2 0.5409 0.6727 0.000 0.692 0.188 0.016 0.104
#> SRR1073899 1 0.3876 0.4886 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000
#> SRR1456093 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1399291 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336863 2 0.0162 0.9325 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9324 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.3739 0.8366 0.000 0.824 0.116 0.008 0.052
#> SRR1445426 2 0.3673 0.8388 0.000 0.836 0.092 0.012 0.060
#> SRR1389932 1 0.0404 0.8941 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.3958 0.4947 0.000 0.176 0.780 0.044 0.000
#> SRR1452222 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1468096 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1334011 2 0.4131 0.7914 0.000 0.788 0.144 0.004 0.064
#> SRR1444701 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.3816 0.7348 0.000 0.056 0.100 0.016 0.828
#> SRR1410550 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473209 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101741 1 0.4235 0.1515 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1083125 1 0.0794 0.8860 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1419495 2 0.0162 0.9324 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0162 0.9326 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072578 4 0.4793 0.4731 0.056 0.000 0.260 0.684 0.000
#> SRR1466091 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090119 3 0.3751 0.6547 0.004 0.012 0.772 0.212 0.000
#> SRR1337516 2 0.0162 0.9324 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0579 0.9304 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1330770 2 0.3595 0.8401 0.000 0.828 0.120 0.004 0.048
#> SRR1489349 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1457336 2 0.4214 0.7857 0.000 0.780 0.152 0.004 0.064
#> SRR1447481 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102176 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323215 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1466770 2 0.1831 0.9055 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1093366 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1434631 2 0.5361 0.6788 0.000 0.696 0.188 0.016 0.100
#> SRR1349190 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099354 1 0.0162 0.8962 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470855 2 0.0579 0.9329 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1102998 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444978 2 0.2733 0.8755 0.000 0.872 0.112 0.004 0.012
#> SRR1432165 2 0.1168 0.9261 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1441913 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1319038 2 0.2112 0.8987 0.000 0.908 0.084 0.004 0.004
#> SRR1338603 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.4350 0.1894 0.588 0.000 0.004 0.408 0.000
#> SRR1322186 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466687 2 0.1892 0.9033 0.000 0.916 0.080 0.004 0.000
#> SRR1478571 1 0.0880 0.8838 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1074337 2 0.0451 0.9316 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1420391 5 0.2802 0.8045 0.000 0.008 0.100 0.016 0.876
#> SRR1087704 1 0.3596 0.6703 0.776 0.000 0.012 0.212 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337816 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322070 2 0.1892 0.9033 0.000 0.916 0.080 0.004 0.000
#> SRR1476324 2 0.0404 0.9319 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.3572 0.8429 0.000 0.840 0.088 0.008 0.064
#> SRR1356643 4 0.4010 0.7784 0.208 0.000 0.032 0.760 0.000
#> SRR1097708 4 0.4473 0.4603 0.412 0.000 0.008 0.580 0.000
#> SRR813529 3 0.3845 0.6497 0.004 0.012 0.760 0.224 0.000
#> SRR1352322 1 0.3932 0.4524 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 4 0.3840 0.7470 0.116 0.000 0.076 0.808 0.000
#> SRR1390289 2 0.0579 0.9328 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1351955 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.1502 0.9151 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1407000 2 0.2907 0.8709 0.000 0.864 0.116 0.008 0.012
#> SRR1367785 2 0.0579 0.9328 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1470057 2 0.1043 0.9232 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0510 0.8927 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1095675 4 0.4062 0.7916 0.196 0.000 0.040 0.764 0.000
#> SRR1388788 2 0.4131 0.7914 0.000 0.788 0.144 0.004 0.064
#> SRR1396146 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 4 0.4058 0.6305 0.064 0.000 0.152 0.784 0.000
#> SRR1362514 2 0.0693 0.9329 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1454031 4 0.4062 0.7916 0.196 0.000 0.040 0.764 0.000
#> SRR1443399 2 0.2464 0.8897 0.000 0.892 0.092 0.004 0.012
#> SRR1101280 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1340680 2 0.1202 0.9271 0.000 0.960 0.032 0.004 0.004
#> SRR1488307 4 0.3840 0.7470 0.116 0.000 0.076 0.808 0.000
#> SRR1443800 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317110 2 0.4214 0.7857 0.000 0.780 0.152 0.004 0.064
#> SRR1090334 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0162 0.8963 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1357456 4 0.4298 0.6023 0.352 0.000 0.008 0.640 0.000
#> SRR1444523 1 0.2561 0.7753 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1310898 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0290 0.8950 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1321377 2 0.3190 0.8482 0.000 0.840 0.140 0.012 0.008
#> SRR1320445 1 0.3109 0.6899 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1081116 1 0.3508 0.6159 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1333287 2 0.5162 0.5227 0.000 0.648 0.300 0.020 0.032
#> SRR1454821 2 0.1205 0.9218 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1348792 2 0.0579 0.9305 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1393529 3 0.3657 0.6623 0.000 0.064 0.820 0.116 0.000
#> SRR1102224 3 0.4759 0.2932 0.000 0.328 0.644 0.020 0.008
#> SRR1074239 1 0.1121 0.8759 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1401774 2 0.5545 0.6543 0.000 0.680 0.188 0.016 0.116
#> SRR1413262 2 0.0740 0.9301 0.000 0.980 0.004 0.008 0.008
#> SRR1336227 2 0.3572 0.8429 0.000 0.840 0.088 0.008 0.064
#> SRR1069991 1 0.0880 0.8812 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1091524 1 0.0510 0.8925 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312577 2 0.0290 0.9322 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341721 4 0.4517 0.5042 0.388 0.000 0.012 0.600 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0451 0.9329 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1382461 1 0.0510 0.8925 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1361883 3 0.3845 0.6497 0.004 0.012 0.760 0.224 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.8965 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0579 0.9328 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1073655 4 0.4298 0.6023 0.352 0.000 0.008 0.640 0.000
#> SRR1075729 1 0.3177 0.6892 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1397292 5 0.2992 0.7122 0.000 0.000 0.064 0.068 0.868
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0865 0.895 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1330831 2 0.1257 0.890 0.000 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.5634 0.661 0.000 0.648 0.072 0.180 0.100 0.000
#> SRR1433708 2 0.4391 0.779 0.000 0.752 0.064 0.152 0.032 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0291 0.893 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1010 0.894 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.6811 0.321 0.000 0.480 0.084 0.248 0.188 0.000
#> SRR1441768 1 0.0458 0.905 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1356976 2 0.2971 0.845 0.000 0.844 0.052 0.104 0.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.6811 0.321 0.000 0.480 0.084 0.248 0.188 0.000
#> SRR1392456 2 0.6426 0.485 0.000 0.536 0.088 0.256 0.120 0.000
#> SRR1080951 1 0.0363 0.907 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR812697 6 0.3341 0.703 0.116 0.000 0.068 0.000 0.000 0.816
#> SRR1457080 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.1082 0.893 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490635 2 0.0547 0.894 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.4203 0.797 0.000 0.772 0.064 0.132 0.032 0.000
#> SRR1405921 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0458 0.893 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.3050 0.632 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1084505 1 0.0632 0.902 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1376476 2 0.5648 0.656 0.000 0.644 0.072 0.188 0.096 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.5335 -0.156 0.476 0.000 0.008 0.080 0.000 0.436
#> SRR1397781 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0146 0.893 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.1003 0.892 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337495 2 0.2985 0.844 0.000 0.844 0.056 0.100 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.5323 0.173 0.000 0.200 0.032 0.112 0.656 0.000
#> SRR1473232 2 0.6811 0.321 0.000 0.480 0.084 0.248 0.188 0.000
#> SRR1410634 2 0.2923 0.795 0.000 0.848 0.052 0.100 0.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.5524 0.671 0.000 0.652 0.080 0.196 0.072 0.000
#> SRR816794 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479370 2 0.4108 0.796 0.000 0.772 0.068 0.140 0.020 0.000
#> SRR1353577 2 0.5717 0.572 0.000 0.624 0.100 0.216 0.060 0.000
#> SRR1077380 2 0.2985 0.844 0.000 0.844 0.056 0.100 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.3995 0.185 0.480 0.000 0.000 0.004 0.000 0.516
#> SRR1430088 2 0.0547 0.889 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.1074 0.891 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0458 0.906 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388437 1 0.3592 0.415 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1085235 6 0.2038 0.605 0.032 0.000 0.020 0.028 0.000 0.920
#> SRR1357692 3 0.3758 0.588 0.000 0.000 0.816 0.040 0.068 0.076
#> SRR1430703 5 0.0363 0.559 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1086020 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.2474 0.863 0.000 0.880 0.040 0.080 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.3341 0.703 0.116 0.000 0.068 0.000 0.000 0.816
#> SRR819486 1 0.3930 0.174 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1465248 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.3187 0.843 0.000 0.836 0.044 0.112 0.008 0.000
#> SRR1318624 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.5421 0.686 0.000 0.664 0.076 0.188 0.072 0.000
#> SRR1476384 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406478 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.2046 0.882 0.000 0.908 0.032 0.060 0.000 0.000
#> SRR1080222 1 0.1802 0.857 0.916 0.000 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR1361777 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.5807 0.615 0.000 0.616 0.072 0.220 0.092 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.1765 0.880 0.000 0.924 0.024 0.052 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0363 0.907 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090431 2 0.0458 0.890 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0146 0.894 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.7077 -0.159 0.000 0.344 0.316 0.272 0.068 0.000
#> SRR1313625 6 0.3258 0.511 0.020 0.000 0.040 0.100 0.000 0.840
#> SRR1365377 3 0.5621 0.108 0.000 0.400 0.468 0.128 0.004 0.000
#> SRR1092749 1 0.0363 0.906 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1389366 3 0.4829 0.394 0.000 0.196 0.692 0.100 0.004 0.008
#> SRR1359509 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.6811 0.321 0.000 0.480 0.084 0.248 0.188 0.000
#> SRR1500071 2 0.1010 0.892 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.4246 0.419 0.000 0.000 0.580 0.020 0.000 0.400
#> SRR1099765 1 0.0260 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR818523 6 0.3341 0.703 0.116 0.000 0.068 0.000 0.000 0.816
#> SRR807751 1 0.0260 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379157 2 0.0291 0.893 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.1049 0.893 0.000 0.960 0.008 0.032 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0972 0.892 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0632 0.902 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1329530 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081813 3 0.4274 0.589 0.000 0.012 0.676 0.024 0.000 0.288
#> SRR1487403 6 0.4140 0.423 0.020 0.000 0.260 0.016 0.000 0.704
#> SRR1409046 3 0.2389 0.651 0.000 0.008 0.864 0.000 0.000 0.128
#> SRR1474000 5 0.0363 0.559 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1500131 2 0.6552 0.436 0.000 0.512 0.088 0.272 0.128 0.000
#> SRR1415854 1 0.1411 0.874 0.936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1387286 2 0.5634 0.661 0.000 0.648 0.072 0.180 0.100 0.000
#> SRR1362664 2 0.1010 0.892 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1097525 6 0.3328 0.704 0.120 0.000 0.064 0.000 0.000 0.816
#> SRR1432231 2 0.1370 0.890 0.000 0.948 0.036 0.012 0.004 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.3728 0.682 0.140 0.000 0.068 0.004 0.000 0.788
#> SRR809565 6 0.2038 0.605 0.032 0.000 0.020 0.028 0.000 0.920
#> SRR1476974 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360258 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0891 0.894 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0146 0.893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350479 2 0.4108 0.796 0.000 0.772 0.068 0.140 0.020 0.000
#> SRR1395682 2 0.3969 0.808 0.000 0.780 0.064 0.140 0.016 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.3955 0.112 0.560 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436
#> SRR1340966 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3986 0.557 0.000 0.000 0.664 0.020 0.000 0.316
#> SRR1475233 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.1536 0.635 0.000 0.040 0.940 0.004 0.000 0.016
#> SRR1338489 2 0.2954 0.848 0.000 0.844 0.048 0.108 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.3835 0.277 0.000 0.000 0.320 0.012 0.000 0.668
#> SRR1329642 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0547 0.895 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.5408 0.693 0.000 0.676 0.072 0.156 0.096 0.000
#> SRR1400489 2 0.5675 0.651 0.000 0.640 0.072 0.192 0.096 0.000
#> SRR1416455 2 0.1010 0.892 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0713 0.893 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.1168 0.890 0.000 0.956 0.028 0.016 0.000 0.000
#> SRR1367172 6 0.4374 0.338 0.448 0.000 0.016 0.004 0.000 0.532
#> SRR1085259 6 0.4383 0.391 0.024 0.000 0.276 0.020 0.000 0.680
#> SRR1477732 1 0.1141 0.873 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1356509 2 0.3969 0.808 0.000 0.780 0.064 0.140 0.016 0.000
#> SRR1323446 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368094 1 0.3747 0.267 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1378924 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.2985 0.844 0.000 0.844 0.056 0.100 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0937 0.892 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1327570 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2882 0.644 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000 0.180
#> SRR1436280 5 0.0725 0.544 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1312666 2 0.0972 0.894 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.4268 0.355 0.428 0.000 0.012 0.004 0.000 0.556
#> SRR1467943 6 0.3341 0.703 0.116 0.000 0.068 0.000 0.000 0.816
#> SRR808638 3 0.2437 0.656 0.000 0.036 0.888 0.004 0.000 0.072
#> SRR1099451 2 0.1863 0.878 0.000 0.920 0.044 0.036 0.000 0.000
#> SRR1082238 6 0.4774 0.654 0.172 0.000 0.116 0.012 0.000 0.700
#> SRR1404186 2 0.0972 0.894 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0458 0.905 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480721 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0405 0.894 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367410 6 0.4258 -0.186 0.000 0.000 0.468 0.016 0.000 0.516
#> SRR1316463 2 0.5634 0.661 0.000 0.648 0.072 0.180 0.100 0.000
#> SRR1103072 2 0.0547 0.895 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0806 0.893 0.000 0.972 0.020 0.008 0.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.893 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.2954 0.850 0.000 0.844 0.048 0.108 0.000 0.000
#> SRR1409326 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.2164 0.872 0.000 0.900 0.032 0.068 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.2220 0.645 0.000 0.044 0.908 0.012 0.000 0.036
#> SRR1077066 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099931 6 0.3328 0.704 0.120 0.000 0.064 0.000 0.000 0.816
#> SRR1069943 1 0.0713 0.899 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1360194 2 0.1074 0.891 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.4766 0.559 0.000 0.032 0.768 0.072 0.068 0.060
#> SRR1410699 2 0.1152 0.892 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.2826 0.851 0.000 0.856 0.052 0.092 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.2201 0.880 0.000 0.912 0.028 0.032 0.028 0.000
#> SRR1467171 1 0.0458 0.905 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1396742 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342960 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.3999 0.132 0.496 0.000 0.000 0.004 0.000 0.500
#> SRR1383674 3 0.4905 0.284 0.000 0.272 0.648 0.068 0.004 0.008
#> SRR1442440 2 0.2365 0.869 0.000 0.888 0.040 0.072 0.000 0.000
#> SRR1404461 6 0.5052 0.494 0.264 0.000 0.008 0.096 0.000 0.632
#> SRR1336617 2 0.0458 0.893 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1097811 6 0.2826 0.622 0.028 0.000 0.128 0.000 0.000 0.844
#> SRR1475785 1 0.0632 0.902 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347916 2 0.0891 0.894 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.4118 0.507 0.000 0.000 0.628 0.020 0.000 0.352
#> SRR1077667 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0146 0.893 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0363 0.907 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1394384 2 0.0547 0.889 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.2007 0.647 0.000 0.032 0.920 0.012 0.000 0.036
#> SRR1472259 3 0.3986 0.557 0.000 0.000 0.664 0.020 0.000 0.316
#> SRR1390179 3 0.4118 0.507 0.000 0.000 0.628 0.020 0.000 0.352
#> SRR1312784 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.4193 0.503 0.000 0.000 0.624 0.024 0.000 0.352
#> SRR1081332 1 0.4057 0.109 0.556 0.000 0.000 0.008 0.000 0.436
#> SRR1406709 2 0.5634 0.661 0.000 0.648 0.072 0.180 0.100 0.000
#> SRR1458529 2 0.0935 0.892 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.3930 0.174 0.576 0.000 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1083868 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367544 2 0.1370 0.890 0.000 0.948 0.036 0.012 0.004 0.000
#> SRR1333167 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0972 0.892 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.1049 0.892 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0405 0.893 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0935 0.894 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.1219 0.888 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000 0.000
#> SRR1403853 2 0.6552 0.436 0.000 0.512 0.088 0.272 0.128 0.000
#> SRR1378707 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.2487 0.646 0.032 0.000 0.092 0.000 0.000 0.876
#> SRR1370107 2 0.0458 0.894 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.2937 0.847 0.000 0.848 0.056 0.096 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0363 0.559 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1430839 2 0.1003 0.892 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0291 0.893 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.5158 0.715 0.000 0.688 0.072 0.180 0.060 0.000
#> SRR1348507 2 0.0146 0.893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.1649 0.634 0.000 0.040 0.936 0.008 0.000 0.016
#> SRR1487704 2 0.6673 0.138 0.000 0.472 0.256 0.216 0.056 0.000
#> SRR1344122 2 0.4334 0.780 0.000 0.752 0.068 0.156 0.024 0.000
#> SRR1402027 3 0.2772 0.644 0.000 0.000 0.816 0.004 0.000 0.180
#> SRR1081493 1 0.0547 0.904 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1076940 2 0.0260 0.894 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1723 0.882 0.000 0.928 0.036 0.036 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.2854 0.617 0.000 0.036 0.872 0.068 0.000 0.024
#> SRR1317653 2 0.0820 0.894 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.3758 0.588 0.000 0.000 0.816 0.040 0.068 0.076
#> SRR1336964 2 0.0146 0.893 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.3878 0.811 0.000 0.792 0.060 0.128 0.020 0.000
#> SRR1467194 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0820 0.894 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.5056 0.341 0.000 0.220 0.644 0.132 0.004 0.000
#> SRR1487547 2 0.1151 0.891 0.000 0.956 0.012 0.032 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.4037 0.469 0.000 0.168 0.768 0.048 0.004 0.012
#> SRR1091054 1 0.3993 -0.058 0.520 0.000 0.000 0.004 0.000 0.476
#> SRR1316343 2 0.6609 0.409 0.000 0.500 0.088 0.280 0.132 0.000
#> SRR1073899 1 0.4026 0.306 0.612 0.000 0.000 0.012 0.000 0.376
#> SRR1456093 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0363 0.894 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.5237 0.706 0.000 0.680 0.076 0.184 0.060 0.000
#> SRR1445426 2 0.4807 0.733 0.000 0.724 0.060 0.156 0.060 0.000
#> SRR1389932 1 0.0363 0.907 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1353948 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.3707 0.516 0.000 0.100 0.796 0.100 0.000 0.004
#> SRR1452222 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.5483 0.678 0.000 0.664 0.068 0.172 0.096 0.000
#> SRR1444701 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1257 0.890 0.000 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388722 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.2670 0.458 0.000 0.044 0.020 0.052 0.884 0.000
#> SRR1410550 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101741 6 0.3999 0.132 0.496 0.000 0.000 0.004 0.000 0.500
#> SRR1083125 1 0.0790 0.897 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1419495 2 0.0458 0.893 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0820 0.894 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR1072578 6 0.4306 0.388 0.020 0.000 0.276 0.020 0.000 0.684
#> SRR1466091 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.2882 0.644 0.000 0.000 0.812 0.008 0.000 0.180
#> SRR1337516 2 0.0458 0.893 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0777 0.886 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.5072 0.724 0.000 0.696 0.072 0.176 0.056 0.000
#> SRR1489349 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.5675 0.651 0.000 0.640 0.072 0.192 0.096 0.000
#> SRR1447481 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.3032 0.842 0.000 0.840 0.056 0.104 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.6596 0.419 0.000 0.504 0.088 0.276 0.132 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477339 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0146 0.909 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470855 2 0.0891 0.894 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.4553 0.759 0.000 0.728 0.072 0.176 0.024 0.000
#> SRR1432165 2 0.1625 0.884 0.000 0.928 0.012 0.060 0.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0458 0.893 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.3330 0.835 0.000 0.828 0.056 0.108 0.008 0.000
#> SRR1338603 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.4126 -0.106 0.512 0.000 0.004 0.004 0.000 0.480
#> SRR1322186 2 0.0458 0.893 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.3174 0.840 0.000 0.836 0.056 0.104 0.004 0.000
#> SRR1478571 1 0.0865 0.895 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1074337 2 0.0547 0.889 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1420391 5 0.1616 0.536 0.000 0.000 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR1087704 1 0.3973 0.604 0.728 0.000 0.004 0.036 0.000 0.232
#> SRR1464897 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0405 0.893 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.3174 0.840 0.000 0.836 0.056 0.104 0.004 0.000
#> SRR1476324 2 0.1257 0.890 0.000 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.4425 0.778 0.000 0.764 0.056 0.116 0.064 0.000
#> SRR1356643 6 0.3066 0.690 0.124 0.000 0.044 0.000 0.000 0.832
#> SRR1097708 6 0.3925 0.564 0.332 0.000 0.008 0.004 0.000 0.656
#> SRR813529 3 0.3136 0.640 0.000 0.000 0.796 0.016 0.000 0.188
#> SRR1352322 1 0.3841 0.302 0.616 0.000 0.000 0.004 0.000 0.380
#> SRR1498661 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.2487 0.646 0.032 0.000 0.092 0.000 0.000 0.876
#> SRR1390289 2 0.1010 0.892 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.1176 0.891 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.2350 0.866 0.000 0.888 0.036 0.076 0.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.4666 0.749 0.000 0.716 0.076 0.184 0.024 0.000
#> SRR1367785 2 0.1010 0.892 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.1829 0.879 0.000 0.920 0.024 0.056 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0547 0.904 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1095675 6 0.3328 0.704 0.120 0.000 0.064 0.000 0.000 0.816
#> SRR1388788 2 0.5483 0.678 0.000 0.664 0.068 0.172 0.096 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.2989 0.539 0.004 0.000 0.176 0.008 0.000 0.812
#> SRR1362514 2 0.0858 0.894 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000 0.000
#> SRR1454031 6 0.3328 0.704 0.120 0.000 0.064 0.000 0.000 0.816
#> SRR1443399 2 0.3997 0.803 0.000 0.780 0.060 0.140 0.020 0.000
#> SRR1101280 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1464 0.891 0.000 0.944 0.036 0.016 0.004 0.000
#> SRR1488307 6 0.2487 0.646 0.032 0.000 0.092 0.000 0.000 0.876
#> SRR1443800 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.5648 0.656 0.000 0.644 0.072 0.188 0.096 0.000
#> SRR1090334 2 0.1176 0.891 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0260 0.908 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357456 6 0.3628 0.613 0.268 0.000 0.008 0.004 0.000 0.720
#> SRR1444523 1 0.2491 0.760 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1310898 2 0.0260 0.892 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0363 0.907 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321377 2 0.4586 0.729 0.000 0.712 0.104 0.176 0.008 0.000
#> SRR1320445 1 0.3050 0.632 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1081116 1 0.3528 0.525 0.700 0.000 0.000 0.004 0.000 0.296
#> SRR1333287 2 0.6231 0.278 0.000 0.508 0.268 0.196 0.028 0.000
#> SRR1454821 2 0.2164 0.872 0.000 0.900 0.032 0.068 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.1082 0.886 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.2724 0.659 0.000 0.032 0.876 0.016 0.000 0.076
#> SRR1102224 3 0.5167 0.340 0.000 0.196 0.636 0.164 0.004 0.000
#> SRR1074239 1 0.1204 0.880 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1401774 2 0.6575 0.415 0.000 0.508 0.080 0.268 0.144 0.000
#> SRR1413262 2 0.1194 0.891 0.000 0.956 0.004 0.032 0.008 0.000
#> SRR1336227 2 0.4425 0.778 0.000 0.764 0.056 0.116 0.064 0.000
#> SRR1069991 1 0.1141 0.876 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1091524 1 0.0547 0.904 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312577 2 0.1003 0.892 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.4022 0.489 0.288 0.000 0.016 0.008 0.000 0.688
#> SRR1437514 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0363 0.893 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0547 0.904 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1361883 3 0.3136 0.640 0.000 0.000 0.796 0.016 0.000 0.188
#> SRR1378262 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.1010 0.892 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1073655 6 0.3628 0.613 0.268 0.000 0.008 0.004 0.000 0.720
#> SRR1075729 1 0.3175 0.613 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1397292 4 0.4874 0.000 0.000 0.000 0.024 0.484 0.472 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4713 0.530 0.530
#> 3 3 0.699 0.842 0.880 0.2681 0.887 0.791
#> 4 4 0.753 0.872 0.909 0.2080 0.822 0.594
#> 5 5 0.841 0.800 0.879 0.0695 0.925 0.733
#> 6 6 0.793 0.751 0.837 0.0399 0.952 0.792
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.506 0.871 0.888 0.112
#> SRR1474000 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.969 0.347 0.396 0.604
#> SRR1436280 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR808638 2 0.506 0.872 0.112 0.888
#> SRR1099451 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.295 0.941 0.052 0.948
#> SRR1077066 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.722 0.751 0.200 0.800
#> SRR1472259 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.469 0.887 0.100 0.900
#> SRR1487704 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.971 0.336 0.400 0.600
#> SRR1081493 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.343 0.928 0.064 0.936
#> SRR1317653 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.722 0.751 0.200 0.800
#> SRR1336964 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.971 0.329 0.600 0.400
#> SRR1337516 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.722 0.749 0.800 0.200
#> SRR1352322 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.584 0.835 0.860 0.140
#> SRR1378262 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.000 0.993 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.5216 0.8281 0.000 0.740 0.260
#> SRR1433708 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2878 0.8729 0.000 0.904 0.096
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.2878 0.8732 0.000 0.904 0.096
#> SRR1436583 2 0.2878 0.8729 0.000 0.904 0.096
#> SRR1420413 2 0.6111 0.7210 0.000 0.604 0.396
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.5216 0.8373 0.000 0.740 0.260
#> SRR1466597 2 0.6126 0.7002 0.000 0.600 0.400
#> SRR1392456 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1405921 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.4504 0.8531 0.000 0.804 0.196
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.5178 0.8379 0.000 0.744 0.256
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1102198 2 0.5291 0.8253 0.000 0.732 0.268
#> SRR1473232 2 0.6045 0.7267 0.000 0.620 0.380
#> SRR1410634 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1353332 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR816794 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1353577 2 0.3619 0.8528 0.000 0.864 0.136
#> SRR1077380 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1407693 1 0.4002 0.7178 0.840 0.000 0.160
#> SRR1430088 2 0.1031 0.8767 0.000 0.976 0.024
#> SRR1311464 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.4702 0.8495 0.000 0.788 0.212
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1357692 3 0.1031 0.6586 0.000 0.024 0.976
#> SRR1430703 2 0.6295 0.1748 0.000 0.528 0.472
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.5016 0.8432 0.000 0.760 0.240
#> SRR1087271 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR819486 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1318624 2 0.0747 0.8772 0.000 0.984 0.016
#> SRR1467544 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1476384 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.4974 0.8415 0.000 0.764 0.236
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.2878 0.8729 0.000 0.904 0.096
#> SRR1405311 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.5016 0.8432 0.000 0.760 0.240
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1529 0.8765 0.000 0.960 0.040
#> SRR1498505 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.5497 0.8164 0.000 0.708 0.292
#> SRR1313625 3 0.5431 0.7631 0.284 0.000 0.716
#> SRR1365377 2 0.5431 0.8187 0.000 0.716 0.284
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3686 0.6779 0.000 0.140 0.860
#> SRR1359509 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.6045 0.7406 0.000 0.620 0.380
#> SRR1500071 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.5363 0.7658 0.276 0.000 0.724
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR807751 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.3267 0.8703 0.000 0.884 0.116
#> SRR1343698 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.5363 0.7658 0.276 0.000 0.724
#> SRR1487403 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1409046 3 0.4931 0.7654 0.212 0.004 0.784
#> SRR1474000 2 0.4842 0.7508 0.000 0.776 0.224
#> SRR1500131 2 0.5621 0.8104 0.000 0.692 0.308
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.5058 0.8404 0.000 0.756 0.244
#> SRR1362664 2 0.1163 0.8770 0.000 0.972 0.028
#> SRR1097525 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1432231 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.6295 0.4876 0.472 0.000 0.528
#> SRR809565 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.2356 0.8753 0.000 0.928 0.072
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1395682 2 0.0892 0.8758 0.000 0.980 0.020
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2261 0.8736 0.932 0.000 0.068
#> SRR1340966 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.4974 0.7679 0.236 0.000 0.764
#> SRR1475233 2 0.1031 0.8769 0.000 0.976 0.024
#> SRR1400008 3 0.4654 0.6685 0.000 0.208 0.792
#> SRR1338489 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1439697 3 0.5363 0.7658 0.276 0.000 0.724
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.2878 0.8729 0.000 0.904 0.096
#> SRR1458380 2 0.4702 0.8507 0.000 0.788 0.212
#> SRR1400489 2 0.5178 0.8375 0.000 0.744 0.256
#> SRR1416455 2 0.1643 0.8772 0.000 0.956 0.044
#> SRR1477292 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1096924 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1085259 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.5138 0.8390 0.000 0.748 0.252
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.5016 0.8432 0.000 0.760 0.240
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.5710 0.7244 0.080 0.116 0.804
#> SRR1436280 2 0.4796 0.7508 0.000 0.780 0.220
#> SRR1312666 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR810153 1 0.5760 0.2722 0.672 0.000 0.328
#> SRR1467943 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR808638 3 0.4452 0.6755 0.000 0.192 0.808
#> SRR1099451 2 0.1031 0.8767 0.000 0.976 0.024
#> SRR1082238 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1404186 2 0.4750 0.8488 0.000 0.784 0.216
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1446716 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1073971 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.5397 0.7644 0.280 0.000 0.720
#> SRR1316463 2 0.5216 0.8281 0.000 0.740 0.260
#> SRR1103072 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1420129 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.4504 0.8528 0.000 0.804 0.196
#> SRR1356997 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1409326 2 0.4702 0.8495 0.000 0.788 0.212
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.4750 0.8486 0.000 0.784 0.216
#> SRR1105033 3 0.4452 0.6755 0.000 0.192 0.808
#> SRR1077066 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.1031 0.6586 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410699 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1405461 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1323312 2 0.2959 0.8684 0.000 0.900 0.100
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.1163 0.6603 0.000 0.028 0.972
#> SRR1442440 2 0.5016 0.8432 0.000 0.760 0.240
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.2261 0.8757 0.000 0.932 0.068
#> SRR1097811 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.5363 0.7658 0.276 0.000 0.724
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1031 0.8767 0.000 0.976 0.024
#> SRR1364975 3 0.5637 0.6958 0.040 0.172 0.788
#> SRR1472259 3 0.4750 0.7655 0.216 0.000 0.784
#> SRR1390179 3 0.5363 0.7658 0.276 0.000 0.724
#> SRR1312784 2 0.0747 0.8772 0.000 0.984 0.016
#> SRR1069850 3 0.4750 0.7655 0.216 0.000 0.784
#> SRR1081332 1 0.5785 0.2574 0.668 0.000 0.332
#> SRR1406709 2 0.4931 0.8423 0.000 0.768 0.232
#> SRR1458529 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.4796 0.8478 0.000 0.780 0.220
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.5291 0.8341 0.000 0.732 0.268
#> SRR1418492 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.1031 0.8769 0.000 0.976 0.024
#> SRR1324473 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.2796 0.8743 0.000 0.908 0.092
#> SRR1453747 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1403853 2 0.5621 0.8104 0.000 0.692 0.308
#> SRR1378707 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.5988 0.1109 0.632 0.000 0.368
#> SRR1370107 2 0.4796 0.8478 0.000 0.780 0.220
#> SRR1369008 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1385672 2 0.5650 0.7339 0.000 0.688 0.312
#> SRR1430839 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.4452 0.6755 0.000 0.192 0.808
#> SRR1487704 2 0.4750 0.7602 0.000 0.784 0.216
#> SRR1344122 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1402027 3 0.5722 0.7264 0.084 0.112 0.804
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1031 0.8767 0.000 0.976 0.024
#> SRR1440809 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.2625 0.6782 0.000 0.084 0.916
#> SRR1317653 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1170 0.6631 0.016 0.008 0.976
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0237 0.8777 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.5905 0.4582 0.000 0.648 0.352
#> SRR1487547 2 0.4796 0.8478 0.000 0.780 0.220
#> SRR1087752 3 0.4399 0.6765 0.000 0.188 0.812
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.5621 0.8104 0.000 0.692 0.308
#> SRR1073899 1 0.5363 0.4423 0.724 0.000 0.276
#> SRR1456093 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1399291 2 0.2796 0.8734 0.000 0.908 0.092
#> SRR1336863 2 0.2878 0.8729 0.000 0.904 0.096
#> SRR1456771 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1445426 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.4654 0.6685 0.000 0.208 0.792
#> SRR1452222 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1468096 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1334011 2 0.4931 0.8423 0.000 0.768 0.232
#> SRR1444701 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.4974 0.8402 0.000 0.764 0.236
#> SRR1410550 2 0.1860 0.8757 0.000 0.948 0.052
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.5216 0.4875 0.740 0.000 0.260
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.5560 0.7559 0.300 0.000 0.700
#> SRR1466091 2 0.0892 0.8771 0.000 0.980 0.020
#> SRR1090119 3 0.6111 0.7314 0.104 0.112 0.784
#> SRR1337516 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.1031 0.8767 0.000 0.976 0.024
#> SRR1330770 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1489349 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1457336 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1447481 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1466770 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1093366 2 0.1031 0.8769 0.000 0.976 0.024
#> SRR1434631 2 0.5621 0.8104 0.000 0.692 0.308
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1432165 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1441913 2 0.4702 0.8495 0.000 0.788 0.212
#> SRR1319038 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1338603 2 0.1163 0.8770 0.000 0.972 0.028
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.5363 0.8305 0.000 0.724 0.276
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.1031 0.8767 0.000 0.976 0.024
#> SRR1420391 2 0.5859 0.7431 0.000 0.656 0.344
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1163 0.8770 0.000 0.972 0.028
#> SRR1337816 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1476324 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.2878 0.8544 0.000 0.904 0.096
#> SRR1356643 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1097708 3 0.6295 0.4876 0.472 0.000 0.528
#> SRR813529 3 0.5875 0.7542 0.160 0.056 0.784
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1390289 2 0.0592 0.8785 0.000 0.988 0.012
#> SRR1351955 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.5254 0.8358 0.000 0.736 0.264
#> SRR1407000 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1367785 2 0.1163 0.8770 0.000 0.972 0.028
#> SRR1470057 2 0.4796 0.8478 0.000 0.780 0.220
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1388788 2 0.5016 0.8419 0.000 0.760 0.240
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.5621 0.7517 0.308 0.000 0.692
#> SRR1362514 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 3 0.6180 0.6171 0.416 0.000 0.584
#> SRR1443399 2 0.5397 0.8284 0.000 0.720 0.280
#> SRR1101280 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.6095 0.6525 0.392 0.000 0.608
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.5178 0.8375 0.000 0.744 0.256
#> SRR1090334 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.6260 -0.2444 0.552 0.000 0.448
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.5178 0.8355 0.000 0.744 0.256
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.3619 0.8592 0.000 0.864 0.136
#> SRR1454821 2 0.5327 0.8324 0.000 0.728 0.272
#> SRR1348792 2 0.2959 0.8725 0.000 0.900 0.100
#> SRR1393529 3 0.4931 0.7677 0.232 0.000 0.768
#> SRR1102224 3 0.5760 0.0242 0.000 0.328 0.672
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.5621 0.8104 0.000 0.692 0.308
#> SRR1413262 2 0.1411 0.8641 0.000 0.964 0.036
#> SRR1336227 2 0.2165 0.8680 0.000 0.936 0.064
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.4654 0.7632 0.208 0.000 0.792
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.8776 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.6252 -0.2290 0.556 0.000 0.444
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9641 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.5431 0.6545 0.000 0.716 0.284
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1456250 4 0.4331 0.7752 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1433708 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4605 0.5036 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1432783 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1398272 4 0.4898 0.4052 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1436583 2 0.4477 0.5591 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1420413 4 0.2589 0.8766 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1466597 4 0.1211 0.7855 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1392456 4 0.2589 0.9218 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1405921 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1362928 4 0.3569 0.8620 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1089207 1 0.1557 0.9286 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.3123 0.9029 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2530 0.8813 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0921 0.9097 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1102198 4 0.4331 0.7752 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1473232 4 0.2589 0.8766 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1410634 4 0.2408 0.9148 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1353332 2 0.1302 0.9076 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1362332 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR816794 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1353577 2 0.4679 0.3748 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1077380 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1407693 1 0.4103 0.6871 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1430088 2 0.2973 0.8231 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.3400 0.8802 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.1557 0.9289 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1085235 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.2589 0.9100 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1430703 3 0.7191 0.3381 0.000 0.352 0.500 0.148
#> SRR1086020 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1334181 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1087271 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR812721 3 0.0336 0.9123 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR819486 1 0.2081 0.9065 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1465248 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1318624 2 0.2469 0.8588 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1467544 4 0.2647 0.9235 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1476384 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.4103 0.8246 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4624 0.4937 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1405311 4 0.2589 0.9218 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.3266 0.7959 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.1211 0.7855 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1313625 3 0.0188 0.9143 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1365377 4 0.1867 0.8896 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.2704 0.9060 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.2149 0.8745 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1500071 2 0.1022 0.8907 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1078948 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.1118 0.8989 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1323002 2 0.4761 0.4072 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1940 0.9162 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1487403 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.2408 0.9142 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1474000 4 0.5950 0.3940 0.000 0.416 0.040 0.544
#> SRR1500131 4 0.2408 0.9153 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.4134 0.8191 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1362664 2 0.2814 0.8097 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1097525 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.3801 0.6820 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR809565 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.4454 0.5679 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1404951 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.1022 0.9098 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1395682 2 0.1211 0.8847 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473100 1 0.3266 0.8176 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1340966 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1323873 3 0.2281 0.9154 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1475233 2 0.3266 0.7959 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1400008 3 0.2799 0.9102 0.000 0.008 0.884 0.108
#> SRR1338489 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1439697 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1341945 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1418262 2 0.4761 0.4081 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1458380 4 0.3942 0.8512 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1400489 4 0.4040 0.8321 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1416455 2 0.3486 0.7450 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1477292 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.3172 0.9106 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1716 0.9228 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2408 0.9142 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1436280 2 0.5848 0.1989 0.000 0.584 0.040 0.376
#> SRR1312666 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR810153 1 0.4961 0.2415 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1467943 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808638 3 0.2469 0.9131 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1099451 2 0.1637 0.9021 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1082238 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1404186 4 0.2973 0.9145 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1446716 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.4331 0.7752 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1103072 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1420129 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1382639 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1356997 4 0.2589 0.9220 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1409326 4 0.3123 0.9037 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1485020 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1105033 3 0.2469 0.9131 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1077066 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1099931 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.2589 0.9100 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1410699 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1405461 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1323312 4 0.4907 0.5673 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.2589 0.8775 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1383674 3 0.2589 0.9100 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1442440 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4500 0.5520 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1097811 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0188 0.9037 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1477522 2 0.1022 0.9098 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1098002 3 0.0817 0.9169 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0921 0.9097 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.3266 0.7959 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1364975 3 0.2408 0.9142 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1472259 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1390179 3 0.0817 0.9169 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1312784 2 0.1557 0.9006 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1069850 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1081332 1 0.4961 0.2415 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1406709 4 0.4406 0.7699 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1458529 2 0.1118 0.8881 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1332467 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1078278 1 0.2647 0.8734 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0336 0.9014 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333167 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.3074 0.8146 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 4 0.4830 0.5555 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1453747 4 0.2647 0.9235 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1403853 4 0.3024 0.8982 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0817 0.9094 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1376807 3 0.5000 -0.0649 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1370107 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1369008 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1385672 4 0.5847 0.4527 0.000 0.320 0.052 0.628
#> SRR1430839 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1348507 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1090626 3 0.2469 0.9131 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1487704 2 0.3636 0.7533 0.000 0.820 0.008 0.172
#> SRR1344122 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1402027 3 0.2408 0.9142 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0817 0.9094 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR816096 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.2469 0.9131 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1317653 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1343072 3 0.2469 0.9131 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1336964 2 0.1118 0.9097 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1358624 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1467194 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1459324 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.5434 0.6365 0.000 0.740 0.132 0.128
#> SRR1487547 4 0.2868 0.9202 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1087752 3 0.2589 0.9100 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1091054 1 0.2647 0.8734 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1316343 4 0.2921 0.8990 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1073899 1 0.4866 0.3710 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1456093 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1399291 2 0.4406 0.5845 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1336863 2 0.4500 0.5502 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.2589 0.9218 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.3278 0.9004 0.000 0.020 0.864 0.116
#> SRR1452222 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1468096 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1334011 4 0.4382 0.7750 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.4406 0.7696 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1410550 2 0.3444 0.7758 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.4817 0.4129 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1072578 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.3266 0.7959 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1090119 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.1474 0.9061 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1330770 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1489349 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1457336 4 0.3074 0.9039 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1447481 2 0.0817 0.9094 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1102176 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1323215 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1466770 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1093366 2 0.3266 0.7959 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1434631 4 0.2760 0.9059 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.2589 0.9218 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1432165 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1441913 4 0.3311 0.8882 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1319038 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1338603 2 0.3074 0.8153 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2469 0.8853 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.1118 0.9100 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1420391 4 0.4134 0.7615 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3444 0.7758 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1476324 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1499652 2 0.1557 0.8735 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1356643 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 3 0.3873 0.6690 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR813529 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1352322 1 0.1716 0.9228 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.2408 0.8223 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1351955 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1336988 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1407000 4 0.2408 0.9153 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1367785 2 0.2868 0.8081 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1470057 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1388788 4 0.4382 0.7750 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0188 0.9037 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454031 3 0.1211 0.8965 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1443399 4 0.2704 0.9250 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1101280 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.0000 0.9149 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1317110 4 0.3311 0.8952 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1090334 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.4761 0.3638 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3942 0.8107 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1320445 1 0.2345 0.8927 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1081116 1 0.1716 0.9228 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1333287 4 0.4500 0.5840 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1454821 4 0.2760 0.9254 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1348792 2 0.4941 0.1878 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1393529 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1102224 4 0.4304 0.3691 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.3074 0.8999 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1413262 2 0.0469 0.8987 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1336227 2 0.1474 0.8751 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.1211 0.9094 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1341721 1 0.1557 0.9289 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9061 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.2345 0.9150 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9668 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0921 0.8924 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1073655 3 0.4776 0.3530 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1075729 1 0.1716 0.9228 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1397292 2 0.7839 -0.0936 0.000 0.384 0.352 0.264
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1330831 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1456250 5 0.5427 0.7351 0.000 0.104 0.000 0.260 0.636
#> SRR1433708 4 0.1197 0.8736 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4283 0.2636 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.3109 0.7148 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1436583 4 0.4307 0.1345 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1420413 5 0.5736 0.6920 0.000 0.020 0.080 0.268 0.632
#> SRR1441768 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1356976 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1466597 5 0.5450 0.6331 0.000 0.000 0.228 0.124 0.648
#> SRR1392456 4 0.1043 0.8648 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1343546 4 0.1357 0.8717 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1089207 1 0.2597 0.8524 0.884 0.000 0.000 0.024 0.092
#> SRR1084505 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1376476 5 0.5334 0.4610 0.000 0.052 0.000 0.436 0.512
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4626 0.6981 0.728 0.000 0.028 0.020 0.224
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0162 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1102198 5 0.5620 0.7302 0.000 0.120 0.000 0.264 0.616
#> SRR1473232 5 0.4858 0.6851 0.000 0.024 0.012 0.308 0.656
#> SRR1410634 4 0.2067 0.8464 0.000 0.048 0.000 0.920 0.032
#> SRR1353332 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362332 4 0.1121 0.8695 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1341 0.8800 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1353577 5 0.5833 0.6667 0.000 0.100 0.196 0.036 0.668
#> SRR1077380 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1407693 1 0.6430 0.2008 0.480 0.000 0.192 0.000 0.328
#> SRR1430088 2 0.1908 0.8494 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.1608 0.8839 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.4267 0.7018 0.736 0.000 0.004 0.028 0.232
#> SRR1085235 3 0.4066 0.8164 0.000 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR1357692 3 0.1043 0.7621 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1430703 5 0.5475 0.6270 0.000 0.056 0.240 0.032 0.672
#> SRR1086020 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334181 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1087271 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR812721 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR819486 1 0.3554 0.8082 0.836 0.000 0.024 0.020 0.120
#> SRR1465248 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1318624 2 0.0880 0.9105 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1467544 4 0.1121 0.8695 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1476384 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.5394 0.7241 0.000 0.092 0.000 0.280 0.628
#> SRR1080222 1 0.0609 0.9186 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1361777 4 0.4300 0.1983 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1405311 4 0.1043 0.8648 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1407018 1 0.0404 0.9210 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090431 2 0.2179 0.8268 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1498505 2 0.0162 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419941 5 0.5541 0.6791 0.000 0.000 0.164 0.188 0.648
#> SRR1313625 3 0.4400 0.8146 0.000 0.000 0.672 0.020 0.308
#> SRR1365377 4 0.5647 0.2839 0.000 0.020 0.080 0.648 0.252
#> SRR1092749 1 0.0162 0.9229 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389366 3 0.2516 0.6548 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1359509 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1444043 5 0.5024 0.6106 0.000 0.016 0.016 0.372 0.596
#> SRR1500071 5 0.4880 0.5809 0.000 0.348 0.000 0.036 0.616
#> SRR1078948 3 0.0162 0.7827 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR807751 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.3003 0.7254 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1671 0.7955 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1487403 3 0.4165 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR1409046 3 0.0794 0.7690 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1474000 5 0.5984 0.6651 0.000 0.112 0.208 0.032 0.648
#> SRR1500131 4 0.1992 0.8104 0.000 0.032 0.000 0.924 0.044
#> SRR1415854 1 0.0162 0.9228 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387286 5 0.5441 0.7245 0.000 0.096 0.000 0.280 0.624
#> SRR1362664 2 0.4162 0.6994 0.000 0.768 0.000 0.176 0.056
#> SRR1097525 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1432231 2 0.1544 0.8837 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.4655 0.7970 0.028 0.000 0.644 0.000 0.328
#> SRR809565 3 0.4066 0.8164 0.000 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1310876 4 0.4291 0.2490 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1404951 2 0.0162 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1270 0.8770 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1395682 5 0.4836 0.5983 0.000 0.336 0.000 0.036 0.628
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473100 1 0.6000 0.3624 0.540 0.000 0.132 0.000 0.328
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0162 0.7825 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475233 2 0.2690 0.7739 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1400008 3 0.2228 0.7219 0.000 0.048 0.912 0.000 0.040
#> SRR1338489 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1439697 3 0.3913 0.8171 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1329642 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341945 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418262 4 0.4283 0.2796 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1458380 5 0.5685 0.5305 0.000 0.084 0.000 0.396 0.520
#> SRR1400489 5 0.5441 0.7246 0.000 0.096 0.000 0.280 0.624
#> SRR1416455 2 0.4402 0.6522 0.000 0.740 0.000 0.204 0.056
#> SRR1477292 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1096924 2 0.1544 0.8837 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1085259 3 0.4086 0.8180 0.000 0.000 0.704 0.012 0.284
#> SRR1477732 1 0.0404 0.9210 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356509 4 0.1981 0.8519 0.000 0.064 0.000 0.920 0.016
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2678 0.8495 0.880 0.000 0.004 0.016 0.100
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1100395 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1327570 2 0.0162 0.9322 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341209 3 0.0404 0.7766 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1436280 5 0.6035 0.6733 0.000 0.128 0.192 0.032 0.648
#> SRR1312666 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR810153 1 0.7135 -0.2069 0.360 0.000 0.312 0.012 0.316
#> SRR1467943 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR808638 3 0.0963 0.7646 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1099451 2 0.1364 0.9036 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1082238 3 0.4165 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR1404186 4 0.1671 0.8798 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1479721 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1480721 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1446716 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1073971 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.3932 0.8162 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1316463 5 0.5427 0.7351 0.000 0.104 0.000 0.260 0.636
#> SRR1103072 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.1792 0.8729 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1356997 4 0.1197 0.8738 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1409326 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1105033 3 0.1043 0.7621 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1069943 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.1043 0.7621 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1410699 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1405461 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1323312 5 0.6170 0.6439 0.000 0.320 0.000 0.156 0.524
#> SRR1467171 1 0.0162 0.9229 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1396742 1 0.0290 0.9220 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.5124 0.5592 0.636 0.000 0.036 0.012 0.316
#> SRR1383674 3 0.2424 0.6661 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1442440 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1404461 1 0.0898 0.9153 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1336617 2 0.4171 0.2791 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1097811 3 0.3932 0.8162 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1475785 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347916 2 0.1408 0.8999 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3508 0.8154 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0404 0.9210 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1394384 2 0.2516 0.7943 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1364975 3 0.0963 0.7647 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1472259 3 0.0000 0.7815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.3508 0.8154 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1312784 2 0.0510 0.9252 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1069850 3 0.0000 0.7815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.6815 -0.2080 0.360 0.000 0.312 0.000 0.328
#> SRR1406709 5 0.5493 0.7327 0.000 0.108 0.000 0.264 0.628
#> SRR1458529 5 0.4866 0.5871 0.000 0.344 0.000 0.036 0.620
#> SRR1332467 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1078278 1 0.5449 0.5245 0.616 0.000 0.056 0.012 0.316
#> SRR1083868 1 0.0162 0.9229 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367544 2 0.4744 0.0429 0.000 0.572 0.000 0.020 0.408
#> SRR1333167 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1418492 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1476652 2 0.0963 0.9143 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1470624 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1081068 2 0.2127 0.8318 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1324473 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1420538 4 0.5195 0.3571 0.000 0.388 0.000 0.564 0.048
#> SRR1453747 4 0.1043 0.8650 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1403853 5 0.4949 0.5778 0.000 0.032 0.000 0.396 0.572
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.6825 -0.2694 0.340 0.000 0.332 0.000 0.328
#> SRR1370107 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1369008 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1385672 5 0.5438 0.6200 0.000 0.052 0.244 0.032 0.672
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1473361 4 0.1597 0.8668 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0963 0.7646 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1487704 5 0.4789 0.5633 0.000 0.004 0.292 0.036 0.668
#> SRR1344122 4 0.1522 0.8618 0.000 0.044 0.000 0.944 0.012
#> SRR1402027 3 0.0404 0.7766 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081493 1 0.0404 0.9211 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1440809 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1406394 3 0.1043 0.7621 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1043 0.7621 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.1478 0.8854 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0162 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.6868 -0.1743 0.000 0.400 0.336 0.004 0.260
#> SRR1487547 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1087752 3 0.1851 0.7172 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1091054 1 0.5263 0.5244 0.616 0.000 0.056 0.004 0.324
#> SRR1316343 5 0.4930 0.5880 0.000 0.032 0.000 0.388 0.580
#> SRR1073899 1 0.6740 -0.0601 0.404 0.000 0.268 0.000 0.328
#> SRR1456093 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1399291 2 0.4273 0.0882 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1336863 4 0.4306 0.1503 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.1281 0.8448 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1445426 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1389932 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.3780 0.6054 0.000 0.072 0.812 0.000 0.116
#> SRR1452222 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1468096 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1334011 5 0.5470 0.7311 0.000 0.104 0.000 0.268 0.628
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.5427 0.7351 0.000 0.104 0.000 0.260 0.636
#> SRR1410550 2 0.3612 0.6100 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.6987 0.0294 0.428 0.000 0.244 0.012 0.316
#> SRR1083125 1 0.0162 0.9228 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419495 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.4165 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR1466091 2 0.2852 0.7564 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1090119 3 0.0000 0.7815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1498290 2 0.0162 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330770 4 0.1597 0.8668 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1489349 4 0.1478 0.8854 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1457336 4 0.5153 -0.2216 0.000 0.040 0.000 0.524 0.436
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323215 4 0.1478 0.8854 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1466770 4 0.1478 0.8854 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1093366 2 0.2516 0.7943 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1434631 5 0.4974 0.5547 0.000 0.032 0.000 0.408 0.560
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099354 1 0.0290 0.9220 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1470855 2 0.1544 0.8837 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1102998 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1444978 4 0.1836 0.8186 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> SRR1432165 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1441913 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1319038 4 0.1270 0.8772 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1338603 2 0.2605 0.7861 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.5108 0.5869 0.648 0.000 0.024 0.024 0.304
#> SRR1322186 2 0.0963 0.9143 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1466687 4 0.1197 0.8736 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1478571 1 0.0162 0.9228 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074337 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420391 5 0.6240 0.6938 0.000 0.092 0.188 0.072 0.648
#> SRR1087704 1 0.0609 0.9186 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3143 0.7075 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1337816 2 0.0609 0.9259 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1322070 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1476324 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1499652 5 0.5788 0.6788 0.000 0.260 0.064 0.036 0.640
#> SRR1356643 3 0.3932 0.8162 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1097708 3 0.4491 0.8036 0.020 0.000 0.652 0.000 0.328
#> SRR813529 3 0.0000 0.7815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.2952 0.8400 0.868 0.000 0.008 0.020 0.104
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.3932 0.8162 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1390289 5 0.4880 0.5809 0.000 0.348 0.000 0.036 0.616
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.1478 0.8853 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1407000 4 0.3732 0.5917 0.000 0.032 0.000 0.792 0.176
#> SRR1367785 2 0.4028 0.7084 0.000 0.776 0.000 0.176 0.048
#> SRR1470057 4 0.1544 0.8870 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1079567 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1095675 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1388788 5 0.5599 0.7244 0.000 0.120 0.000 0.260 0.620
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1362514 2 0.1704 0.8792 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1454031 3 0.4251 0.8168 0.000 0.000 0.672 0.012 0.316
#> SRR1443399 4 0.1197 0.8736 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1101280 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1340680 2 0.3906 0.4766 0.000 0.704 0.000 0.004 0.292
#> SRR1488307 3 0.3932 0.8162 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.5084 0.6673 0.000 0.052 0.000 0.332 0.616
#> SRR1090334 2 0.0162 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.5069 0.7746 0.052 0.000 0.620 0.000 0.328
#> SRR1444523 1 0.2677 0.8401 0.872 0.000 0.000 0.016 0.112
#> SRR1310898 2 0.0290 0.9309 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.5284 0.2970 0.000 0.104 0.000 0.660 0.236
#> SRR1320445 1 0.4526 0.6250 0.672 0.000 0.000 0.028 0.300
#> SRR1081116 1 0.2707 0.8477 0.876 0.000 0.000 0.024 0.100
#> SRR1333287 5 0.7866 0.4790 0.000 0.296 0.240 0.076 0.388
#> SRR1454821 4 0.1478 0.8854 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1348792 4 0.3983 0.4967 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1393529 3 0.0000 0.7815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.5977 0.1259 0.000 0.000 0.540 0.332 0.128
#> SRR1074239 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401774 5 0.4849 0.6285 0.000 0.032 0.000 0.360 0.608
#> SRR1413262 5 0.4866 0.5871 0.000 0.344 0.000 0.036 0.620
#> SRR1336227 5 0.5010 0.5033 0.000 0.392 0.000 0.036 0.572
#> SRR1069991 1 0.0404 0.9210 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1091524 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.4181 0.6981 0.732 0.000 0.004 0.020 0.244
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9331 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0510 0.9199 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1361883 3 0.0162 0.7799 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.4880 0.5809 0.000 0.348 0.000 0.036 0.616
#> SRR1073655 3 0.5069 0.7746 0.052 0.000 0.620 0.000 0.328
#> SRR1075729 1 0.2669 0.8468 0.876 0.000 0.000 0.020 0.104
#> SRR1397292 5 0.5584 0.6345 0.000 0.060 0.236 0.036 0.668
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.2859 0.85019 0.828 0.000 0.000 0.016 0.156 0.000
#> SRR1330831 2 0.0520 0.83078 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1456250 5 0.6295 0.77700 0.000 0.076 0.272 0.112 0.540 0.000
#> SRR1433708 4 0.1620 0.87122 0.000 0.024 0.024 0.940 0.012 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4592 0.10334 0.000 0.468 0.036 0.496 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0260 0.83083 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.3129 0.80869 0.000 0.088 0.028 0.852 0.032 0.000
#> SRR1436583 2 0.4589 0.00282 0.000 0.504 0.036 0.460 0.000 0.000
#> SRR1420413 5 0.6096 0.73636 0.000 0.020 0.312 0.172 0.496 0.000
#> SRR1441768 1 0.2664 0.86235 0.848 0.000 0.000 0.016 0.136 0.000
#> SRR1356976 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.5099 0.68485 0.000 0.000 0.424 0.080 0.496 0.000
#> SRR1392456 4 0.2784 0.82519 0.000 0.020 0.064 0.876 0.040 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0291 0.91530 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1490635 2 0.3337 0.70850 0.000 0.736 0.004 0.000 0.260 0.000
#> SRR1343546 4 0.2415 0.84634 0.000 0.024 0.040 0.900 0.036 0.000
#> SRR1405921 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.1789 0.87809 0.000 0.044 0.032 0.924 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.4855 0.58335 0.672 0.000 0.000 0.016 0.076 0.236
#> SRR1084505 1 0.2744 0.85805 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000
#> SRR1376476 5 0.6553 0.52071 0.000 0.032 0.220 0.332 0.416 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.6144 0.14936 0.384 0.000 0.000 0.020 0.160 0.436
#> SRR1397781 1 0.0291 0.91530 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1386753 2 0.0291 0.83048 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.2854 0.75010 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR1329131 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.6676 0.76826 0.000 0.100 0.296 0.120 0.484 0.000
#> SRR1473232 5 0.6038 0.74269 0.000 0.020 0.292 0.172 0.516 0.000
#> SRR1410634 4 0.1793 0.88313 0.000 0.036 0.032 0.928 0.004 0.000
#> SRR1353332 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.2842 0.82191 0.000 0.020 0.068 0.872 0.040 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1346 0.87682 0.000 0.024 0.016 0.952 0.008 0.000
#> SRR1353577 5 0.5678 0.73744 0.000 0.096 0.384 0.020 0.500 0.000
#> SRR1077380 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.4285 0.50959 0.320 0.000 0.000 0.000 0.036 0.644
#> SRR1430088 2 0.2457 0.76120 0.000 0.880 0.036 0.084 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0291 0.82831 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327454 4 0.1789 0.87832 0.000 0.044 0.032 0.924 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.5577 0.15670 0.500 0.000 0.000 0.016 0.092 0.392
#> SRR1085235 6 0.1398 0.66371 0.000 0.000 0.000 0.008 0.052 0.940
#> SRR1357692 3 0.3409 0.86657 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1430703 5 0.5227 0.71257 0.000 0.060 0.388 0.016 0.536 0.000
#> SRR1086020 2 0.1124 0.81825 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.1082 0.89269 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1087271 2 0.1723 0.80383 0.000 0.928 0.036 0.036 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819486 1 0.4266 0.38882 0.620 0.000 0.000 0.004 0.020 0.356
#> SRR1465248 2 0.1124 0.81825 0.000 0.956 0.036 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.1124 0.81476 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.2655 0.83167 0.000 0.020 0.060 0.884 0.036 0.000
#> SRR1476384 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0146 0.91593 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406478 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.5517 0.76478 0.000 0.064 0.152 0.120 0.664 0.000
#> SRR1080222 1 0.2896 0.84786 0.824 0.000 0.000 0.016 0.160 0.000
#> SRR1361777 4 0.4594 0.06085 0.000 0.480 0.036 0.484 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.2725 0.82817 0.000 0.020 0.060 0.880 0.040 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.2218 0.87938 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104 0.000
#> SRR1090431 2 0.2798 0.73589 0.000 0.852 0.036 0.112 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.2902 0.75607 0.000 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR1419941 5 0.5576 0.70932 0.000 0.008 0.384 0.112 0.496 0.000
#> SRR1313625 6 0.3017 0.55125 0.000 0.000 0.000 0.020 0.164 0.816
#> SRR1365377 4 0.5196 0.46822 0.000 0.012 0.160 0.652 0.176 0.000
#> SRR1092749 1 0.1245 0.90472 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1389366 3 0.3265 0.81390 0.000 0.000 0.748 0.000 0.004 0.248
#> SRR1359509 2 0.2941 0.74293 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1444043 5 0.6151 0.67630 0.000 0.008 0.296 0.244 0.452 0.000
#> SRR1500071 5 0.3200 0.57773 0.000 0.196 0.000 0.016 0.788 0.000
#> SRR1078948 3 0.3684 0.90367 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1099765 1 0.0291 0.91530 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR818523 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807751 1 0.2744 0.85805 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000
#> SRR1379157 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2752 0.80760 0.000 0.108 0.036 0.856 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0146 0.82865 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.2744 0.85805 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.3797 0.83560 0.000 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1487403 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409046 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1474000 5 0.5307 0.71759 0.000 0.068 0.380 0.016 0.536 0.000
#> SRR1500131 4 0.3627 0.74390 0.000 0.012 0.088 0.812 0.088 0.000
#> SRR1415854 1 0.1858 0.88647 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092 0.000
#> SRR1387286 5 0.6415 0.77104 0.000 0.068 0.276 0.136 0.520 0.000
#> SRR1362664 2 0.6470 0.36882 0.000 0.448 0.036 0.188 0.328 0.000
#> SRR1097525 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432231 2 0.3699 0.62710 0.000 0.660 0.004 0.000 0.336 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.0891 0.69246 0.024 0.000 0.000 0.000 0.008 0.968
#> SRR809565 6 0.0777 0.68279 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1476974 1 0.0146 0.91591 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360258 2 0.3428 0.66827 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR1310876 2 0.4399 0.03123 0.000 0.516 0.024 0.460 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0692 0.82560 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1499260 2 0.0260 0.83083 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1802 0.86638 0.000 0.024 0.024 0.932 0.020 0.000
#> SRR1395682 5 0.3789 0.63073 0.000 0.176 0.032 0.016 0.776 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.4092 0.47431 0.344 0.000 0.000 0.000 0.020 0.636
#> SRR1340966 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3695 0.89945 0.000 0.000 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1475233 2 0.3520 0.65373 0.000 0.776 0.036 0.188 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.4771 0.78242 0.000 0.100 0.652 0.000 0.000 0.248
#> SRR1338489 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.0748 0.67431 0.000 0.000 0.016 0.004 0.004 0.976
#> SRR1329642 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.4405 -0.02273 0.000 0.504 0.024 0.472 0.000 0.000
#> SRR1458380 5 0.4002 0.53916 0.000 0.036 0.000 0.260 0.704 0.000
#> SRR1400489 5 0.6393 0.76734 0.000 0.060 0.264 0.152 0.524 0.000
#> SRR1416455 2 0.6568 0.32995 0.000 0.428 0.036 0.212 0.324 0.000
#> SRR1477292 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.3714 0.62078 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340 0.000
#> SRR1308269 2 0.2053 0.79673 0.000 0.888 0.004 0.000 0.108 0.000
#> SRR1367172 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085259 6 0.2730 0.29182 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1477732 1 0.1594 0.89799 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052 0.000
#> SRR1356509 4 0.2898 0.82643 0.000 0.040 0.020 0.868 0.072 0.000
#> SRR1323446 1 0.0937 0.90575 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1368094 1 0.5421 0.51366 0.612 0.000 0.000 0.016 0.124 0.248
#> SRR1378924 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.2859 0.85019 0.828 0.000 0.000 0.016 0.156 0.000
#> SRR1327570 2 0.3052 0.74456 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216 0.000
#> SRR1341209 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1436280 5 0.5358 0.72507 0.000 0.080 0.344 0.016 0.560 0.000
#> SRR1312666 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.3175 0.59573 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1467943 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808638 3 0.3659 0.90808 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1099451 2 0.0551 0.82957 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR1082238 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404186 4 0.4107 0.75446 0.000 0.052 0.032 0.776 0.140 0.000
#> SRR1479721 1 0.2692 0.85770 0.840 0.000 0.000 0.012 0.148 0.000
#> SRR1480721 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.3109 0.73896 0.000 0.772 0.004 0.000 0.224 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316463 5 0.6295 0.77700 0.000 0.076 0.272 0.112 0.540 0.000
#> SRR1103072 4 0.1152 0.89170 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0260 0.83083 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.1807 0.87387 0.000 0.060 0.020 0.920 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.1138 0.88256 0.000 0.024 0.012 0.960 0.004 0.000
#> SRR1409326 4 0.1720 0.88024 0.000 0.040 0.032 0.928 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.2969 0.74012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.3309 0.69228 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1297 0.88886 0.000 0.040 0.012 0.948 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.3620 0.90632 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1077066 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099931 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069943 1 0.2859 0.85019 0.828 0.000 0.000 0.016 0.156 0.000
#> SRR1360194 2 0.0603 0.82627 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR814108 3 0.3607 0.90409 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1410699 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.7288 0.68425 0.000 0.252 0.276 0.104 0.368 0.000
#> SRR1467171 1 0.0713 0.91108 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1396742 1 0.1320 0.90337 0.948 0.000 0.000 0.016 0.036 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.3659 0.44018 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1383674 3 0.3240 0.80783 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR1442440 4 0.1226 0.89221 0.000 0.040 0.004 0.952 0.004 0.000
#> SRR1404461 1 0.4097 0.79283 0.764 0.000 0.000 0.020 0.164 0.052
#> SRR1336617 4 0.6530 -0.01204 0.000 0.344 0.036 0.424 0.196 0.000
#> SRR1097811 6 0.0260 0.69150 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1475785 1 0.2896 0.84822 0.824 0.000 0.000 0.016 0.160 0.000
#> SRR1347916 2 0.3714 0.62084 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340 0.000
#> SRR1477522 2 0.0146 0.83045 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098002 6 0.3862 -0.65029 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1077667 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0260 0.83083 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.1858 0.89035 0.912 0.000 0.000 0.012 0.076 0.000
#> SRR1394384 2 0.3247 0.68845 0.000 0.808 0.036 0.156 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.3620 0.90632 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1472259 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1390179 6 0.3862 -0.65029 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1312784 2 0.1225 0.81634 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1081332 6 0.3518 0.59411 0.256 0.000 0.000 0.000 0.012 0.732
#> SRR1406709 5 0.5922 0.77620 0.000 0.076 0.204 0.108 0.612 0.000
#> SRR1458529 5 0.3168 0.58475 0.000 0.192 0.000 0.016 0.792 0.000
#> SRR1332467 4 0.1644 0.88244 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.3607 0.47656 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1083868 1 0.0508 0.91373 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1367544 5 0.4375 -0.09029 0.000 0.432 0.008 0.012 0.548 0.000
#> SRR1333167 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.3052 0.74448 0.000 0.780 0.004 0.000 0.216 0.000
#> SRR1476652 2 0.3337 0.70790 0.000 0.736 0.004 0.000 0.260 0.000
#> SRR1470624 2 0.2969 0.74012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1081068 2 0.4301 0.72335 0.000 0.768 0.036 0.124 0.072 0.000
#> SRR1324473 2 0.3023 0.73421 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1420538 4 0.6434 0.22945 0.000 0.212 0.032 0.468 0.288 0.000
#> SRR1453747 4 0.1148 0.88232 0.000 0.020 0.016 0.960 0.004 0.000
#> SRR1403853 5 0.6337 0.67171 0.000 0.020 0.272 0.248 0.460 0.000
#> SRR1378707 2 0.0146 0.82865 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.2969 0.74012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.82911 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.3217 0.60830 0.224 0.000 0.000 0.000 0.008 0.768
#> SRR1370107 4 0.1644 0.88244 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.5140 0.70026 0.000 0.052 0.396 0.016 0.536 0.000
#> SRR1430839 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.2969 0.74012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1473361 4 0.3192 0.80540 0.000 0.024 0.088 0.848 0.040 0.000
#> SRR1348507 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.3659 0.90808 0.000 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1487704 5 0.4628 0.65303 0.000 0.016 0.432 0.016 0.536 0.000
#> SRR1344122 4 0.3178 0.80055 0.000 0.020 0.088 0.848 0.044 0.000
#> SRR1402027 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1081493 1 0.1863 0.88337 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1076940 2 0.0291 0.83000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.2969 0.74012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1406394 3 0.3620 0.90632 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1317653 2 0.0622 0.83043 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.3620 0.90632 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1336964 2 0.0146 0.83045 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.1010 0.89138 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.4770 0.44860 0.000 0.100 0.672 0.000 0.224 0.004
#> SRR1487547 4 0.1644 0.88236 0.000 0.040 0.028 0.932 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.3515 0.88561 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1091054 6 0.3954 0.46191 0.352 0.000 0.000 0.000 0.012 0.636
#> SRR1316343 5 0.6338 0.68578 0.000 0.020 0.288 0.236 0.456 0.000
#> SRR1073899 6 0.4130 0.58113 0.260 0.000 0.000 0.000 0.044 0.696
#> SRR1456093 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.4565 0.11253 0.000 0.532 0.036 0.432 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.4591 -0.01453 0.000 0.500 0.036 0.464 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0291 0.82842 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329663 4 0.3077 0.79378 0.000 0.012 0.084 0.852 0.052 0.000
#> SRR1445426 2 0.3136 0.73561 0.000 0.768 0.004 0.000 0.228 0.000
#> SRR1389932 1 0.2572 0.86428 0.852 0.000 0.000 0.012 0.136 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.4986 0.77510 0.000 0.040 0.684 0.000 0.064 0.212
#> SRR1452222 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.5993 0.77743 0.000 0.076 0.216 0.108 0.600 0.000
#> SRR1444701 2 0.2730 0.75906 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.6352 0.77565 0.000 0.076 0.288 0.112 0.524 0.000
#> SRR1410550 2 0.4300 0.43899 0.000 0.640 0.036 0.324 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0291 0.91530 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1101741 6 0.3390 0.57282 0.296 0.000 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1083125 1 0.1387 0.89572 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1419495 2 0.3109 0.73896 0.000 0.772 0.004 0.000 0.224 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1072578 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466091 2 0.4463 0.65988 0.000 0.736 0.036 0.180 0.048 0.000
#> SRR1090119 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1337516 2 0.3215 0.72643 0.000 0.756 0.004 0.000 0.240 0.000
#> SRR1498290 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.3141 0.80882 0.000 0.024 0.084 0.852 0.040 0.000
#> SRR1489349 4 0.1010 0.89138 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.6436 -0.25835 0.000 0.028 0.208 0.440 0.324 0.000
#> SRR1447481 2 0.2871 0.76015 0.000 0.804 0.004 0.000 0.192 0.000
#> SRR1102176 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.1010 0.89138 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.3172 0.69861 0.000 0.816 0.036 0.148 0.000 0.000
#> SRR1434631 5 0.6250 0.64411 0.000 0.012 0.272 0.268 0.448 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0363 0.91422 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1477339 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.1461 0.90085 0.940 0.000 0.000 0.016 0.044 0.000
#> SRR1470855 2 0.3714 0.62078 0.000 0.656 0.004 0.000 0.340 0.000
#> SRR1102998 2 0.2969 0.74012 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1444978 4 0.3575 0.74708 0.000 0.012 0.080 0.816 0.092 0.000
#> SRR1432165 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.1789 0.87809 0.000 0.044 0.032 0.924 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0777 0.88383 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.3551 0.65390 0.000 0.772 0.036 0.192 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.4576 0.38652 0.368 0.000 0.000 0.004 0.036 0.592
#> SRR1322186 2 0.3668 0.63778 0.000 0.668 0.004 0.000 0.328 0.000
#> SRR1466687 4 0.1149 0.88015 0.000 0.024 0.008 0.960 0.008 0.000
#> SRR1478571 1 0.1610 0.89091 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1074337 2 0.2445 0.79594 0.000 0.868 0.008 0.004 0.120 0.000
#> SRR1420391 5 0.5720 0.74406 0.000 0.064 0.384 0.044 0.508 0.000
#> SRR1087704 1 0.2968 0.84250 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3956 0.57168 0.000 0.712 0.036 0.252 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.3109 0.73896 0.000 0.772 0.004 0.000 0.224 0.000
#> SRR1322070 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0520 0.83078 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1499652 5 0.5740 0.72412 0.000 0.152 0.268 0.016 0.564 0.000
#> SRR1356643 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097708 6 0.0806 0.69317 0.020 0.000 0.000 0.000 0.008 0.972
#> SRR813529 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1352322 1 0.5524 0.43338 0.572 0.000 0.000 0.008 0.140 0.280
#> SRR1498661 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390289 5 0.3156 0.60401 0.000 0.180 0.000 0.020 0.800 0.000
#> SRR1351955 2 0.0520 0.83066 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0937 0.89272 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.4266 0.65899 0.000 0.012 0.116 0.756 0.116 0.000
#> SRR1367785 2 0.6474 0.37753 0.000 0.452 0.036 0.192 0.320 0.000
#> SRR1470057 4 0.1480 0.88570 0.000 0.040 0.020 0.940 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.2744 0.85805 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000
#> SRR1095675 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388788 5 0.6063 0.77263 0.000 0.084 0.200 0.116 0.600 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362514 2 0.3728 0.61472 0.000 0.652 0.004 0.000 0.344 0.000
#> SRR1454031 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443399 4 0.1346 0.87682 0.000 0.024 0.016 0.952 0.008 0.000
#> SRR1101280 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.3991 0.35287 0.000 0.524 0.004 0.000 0.472 0.000
#> SRR1488307 6 0.0000 0.69439 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443800 2 0.0405 0.83057 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.6228 0.73750 0.000 0.032 0.256 0.192 0.520 0.000
#> SRR1090334 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 6 0.1524 0.68117 0.060 0.000 0.000 0.000 0.008 0.932
#> SRR1444523 1 0.5062 0.66420 0.676 0.000 0.000 0.016 0.156 0.152
#> SRR1310898 2 0.0520 0.82983 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.6242 0.30651 0.000 0.100 0.132 0.588 0.180 0.000
#> SRR1320445 6 0.5538 0.29188 0.368 0.000 0.000 0.016 0.092 0.524
#> SRR1081116 1 0.5797 0.42458 0.556 0.000 0.000 0.016 0.160 0.268
#> SRR1333287 5 0.6987 0.48712 0.000 0.296 0.316 0.056 0.332 0.000
#> SRR1454821 4 0.1082 0.89258 0.000 0.040 0.004 0.956 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.4038 0.67633 0.000 0.188 0.036 0.756 0.020 0.000
#> SRR1393529 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1102224 3 0.4284 0.54661 0.000 0.000 0.720 0.216 0.008 0.056
#> SRR1074239 1 0.3000 0.84763 0.824 0.000 0.000 0.016 0.156 0.004
#> SRR1401774 5 0.6164 0.71867 0.000 0.020 0.276 0.204 0.500 0.000
#> SRR1413262 5 0.3789 0.59991 0.000 0.176 0.032 0.016 0.776 0.000
#> SRR1336227 5 0.5605 0.67197 0.000 0.212 0.172 0.016 0.600 0.000
#> SRR1069991 1 0.2006 0.88726 0.904 0.000 0.000 0.016 0.080 0.000
#> SRR1091524 1 0.2744 0.85805 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000
#> SRR1312577 2 0.0405 0.83066 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.6008 0.25914 0.500 0.000 0.000 0.016 0.168 0.316
#> SRR1437514 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.2100 0.79520 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112 0.000
#> SRR1382461 1 0.2744 0.85805 0.840 0.000 0.000 0.016 0.144 0.000
#> SRR1361883 3 0.3672 0.90775 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1378262 1 0.0000 0.91645 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.3168 0.58475 0.000 0.192 0.000 0.016 0.792 0.000
#> SRR1073655 6 0.1524 0.68117 0.060 0.000 0.000 0.000 0.008 0.932
#> SRR1075729 1 0.5699 0.46882 0.576 0.000 0.000 0.016 0.156 0.252
#> SRR1397292 5 0.5123 0.70615 0.000 0.060 0.344 0.016 0.580 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.4832 0.518 0.518
#> 3 3 0.774 0.916 0.915 0.3217 0.815 0.644
#> 4 4 0.839 0.844 0.916 0.1106 0.911 0.754
#> 5 5 0.947 0.915 0.962 0.0573 0.941 0.803
#> 6 6 0.840 0.829 0.891 0.0444 0.944 0.784
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430703 2 0.0376 0.993 0.004 0.996
#> SRR1086020 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1338489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1077066 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1442440 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1091054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1452222 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1456250 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433708 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.6168 0.6328 0.000 0.588 0.412
#> SRR1432783 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1398272 3 0.5363 0.4567 0.000 0.276 0.724
#> SRR1436583 2 0.6154 0.6416 0.000 0.592 0.408
#> SRR1420413 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466597 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392456 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1343546 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1362928 3 0.1643 0.8903 0.000 0.044 0.956
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1334055 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1329131 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102198 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1473232 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1362332 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.5785 0.7771 0.000 0.668 0.332
#> SRR1077380 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1311464 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1327454 3 0.0747 0.9219 0.000 0.016 0.984
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.9452 0.1849 0.328 0.196 0.476
#> SRR1430703 3 0.6126 0.0598 0.000 0.400 0.600
#> SRR1086020 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1334181 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR812721 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1467544 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.6168 0.6328 0.000 0.588 0.412
#> SRR1405311 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1498505 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1419941 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.4504 0.7207 0.000 0.196 0.804
#> SRR1359509 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1444043 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1078948 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1323002 3 0.6204 -0.1183 0.000 0.424 0.576
#> SRR1343698 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1487403 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1409046 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1474000 3 0.6045 0.1459 0.000 0.380 0.620
#> SRR1500131 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1362664 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1310876 2 0.6079 0.6832 0.000 0.612 0.388
#> SRR1404951 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1374355 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1499260 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1323873 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1475233 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1400008 2 0.0237 0.7188 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338489 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1341945 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1418262 2 0.6295 0.4785 0.000 0.528 0.472
#> SRR1458380 3 0.1860 0.8815 0.000 0.052 0.948
#> SRR1400489 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1416455 2 0.5254 0.8879 0.000 0.736 0.264
#> SRR1477292 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1308269 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1341209 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1436280 3 0.6252 -0.1440 0.000 0.444 0.556
#> SRR1312666 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1099451 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 3 0.0592 0.9258 0.000 0.012 0.988
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446716 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1103072 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1382639 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356997 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409326 3 0.0747 0.9219 0.000 0.016 0.984
#> SRR1485020 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1387113 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.6302 0.4176 0.520 0.480 0.000
#> SRR1077066 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR814108 3 0.8649 0.4828 0.204 0.196 0.600
#> SRR1410699 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405461 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323312 3 0.3686 0.7626 0.000 0.140 0.860
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.4733 0.7182 0.004 0.196 0.800
#> SRR1442440 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.6126 0.6587 0.000 0.600 0.400
#> SRR1097811 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1477522 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1098002 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1364975 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1472259 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1390179 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1312784 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1069850 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1458529 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1332467 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1333167 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1476652 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1470624 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1081068 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1324473 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1420538 3 0.4452 0.6639 0.000 0.192 0.808
#> SRR1453747 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403853 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1083504 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1437598 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369008 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385672 3 0.4750 0.6217 0.000 0.216 0.784
#> SRR1430839 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1098098 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1473361 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1090626 1 0.6062 0.6147 0.616 0.384 0.000
#> SRR1487704 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1344122 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR816096 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1440809 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1406394 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1317653 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1343072 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1336964 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1358624 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1459324 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.7221 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487547 3 0.0592 0.9258 0.000 0.012 0.988
#> SRR1087752 2 0.1647 0.6979 0.004 0.960 0.036
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.6111 0.6669 0.000 0.604 0.396
#> SRR1336863 2 0.6154 0.6416 0.000 0.592 0.408
#> SRR1456771 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1329663 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0237 0.7188 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452222 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468096 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334011 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1444701 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.0424 0.9302 0.000 0.008 0.992
#> SRR1410550 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1072578 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1466091 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1090119 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1337516 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1498290 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1330770 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489349 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1102176 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1323215 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1434631 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1102998 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1444978 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432165 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441913 3 0.0747 0.9219 0.000 0.016 0.984
#> SRR1319038 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1466687 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1420391 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1337816 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1322070 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1499652 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.5016 0.9164 0.000 0.760 0.240
#> SRR1351955 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1336988 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407000 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.4555 0.9650 0.000 0.800 0.200
#> SRR1470057 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1340680 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1317110 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.0237 0.9334 0.000 0.004 0.996
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 3 0.3686 0.7645 0.000 0.140 0.860
#> SRR1454821 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348792 3 0.6192 -0.1009 0.000 0.420 0.580
#> SRR1393529 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1102224 3 0.4504 0.7207 0.000 0.196 0.804
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.0000 0.9359 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1336227 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.4504 0.8484 0.804 0.196 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.4504 0.9684 0.000 0.804 0.196
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9712 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.6126 0.0589 0.000 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0188 0.9030 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456250 4 0.7544 0.4083 0.000 0.196 0.352 0.452
#> SRR1433708 4 0.0000 0.8525 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4193 0.5790 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.0592 0.8472 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1436583 4 0.4564 0.4742 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1420413 4 0.4679 0.6347 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1466597 4 0.4679 0.6347 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1392456 4 0.0921 0.8444 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0000 0.8525 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.4214 0.7401 0.000 0.016 0.204 0.780
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102198 4 0.7568 0.4028 0.000 0.200 0.352 0.448
#> SRR1473232 4 0.4679 0.6347 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1410634 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1353332 2 0.0336 0.9003 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362332 4 0.0921 0.8444 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR816794 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1353577 2 0.6091 0.4876 0.000 0.596 0.344 0.060
#> SRR1077380 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.2216 0.8317 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.0336 0.5746 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1430703 2 0.6482 0.4397 0.000 0.564 0.352 0.084
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1087271 2 0.2408 0.8278 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR812721 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318624 2 0.1211 0.8763 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1467544 4 0.0592 0.8484 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.6536 0.5492 0.000 0.088 0.352 0.560
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.4843 0.3211 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1405311 4 0.0592 0.8484 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.2814 0.7962 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4643 0.6413 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3219 0.5055 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.4643 0.6413 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1500071 2 0.3351 0.7916 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR1078948 3 0.4790 0.7248 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2011 0.7935 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4790 0.7248 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1487403 1 0.3610 0.6456 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1409046 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1474000 2 0.6690 0.4137 0.000 0.548 0.352 0.100
#> SRR1500131 4 0.3266 0.7672 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.6640 0.5401 0.000 0.096 0.352 0.552
#> SRR1362664 2 0.3569 0.7248 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.4605 0.4532 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395682 2 0.3306 0.7865 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1475233 2 0.3726 0.7067 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1400008 3 0.4877 0.1921 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1338489 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.4454 0.5347 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1458380 4 0.4544 0.7453 0.000 0.048 0.164 0.788
#> SRR1400489 4 0.6785 0.5251 0.000 0.108 0.352 0.540
#> SRR1416455 2 0.4454 0.5401 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1477292 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3610 0.6456 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0707 0.8457 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1436280 2 0.6482 0.4397 0.000 0.564 0.352 0.084
#> SRR1312666 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR810153 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1446716 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.7354 0.4471 0.000 0.168 0.352 0.480
#> SRR1103072 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0469 0.8511 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1356997 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1409326 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1105033 3 0.5839 0.4790 0.060 0.292 0.648 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0336 0.5746 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1410699 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405461 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323312 2 0.7914 -0.1350 0.000 0.348 0.344 0.308
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.2921 0.5205 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1442440 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4888 0.2806 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1097811 1 0.3610 0.6456 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.3172 0.7643 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1364975 3 0.3047 0.6970 0.116 0.012 0.872 0.000
#> SRR1472259 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1390179 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1312784 2 0.0469 0.8975 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1069850 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.7544 0.4083 0.000 0.196 0.352 0.452
#> SRR1458529 2 0.3351 0.7916 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR1332467 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.3157 0.7965 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR1333167 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.3024 0.7790 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 4 0.1211 0.8361 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1453747 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1403853 4 0.4679 0.6347 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1369008 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1385672 2 0.7789 0.0565 0.000 0.400 0.352 0.248
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.1389 0.8360 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.6439 0.6831 0.172 0.180 0.648 0.000
#> SRR1487704 2 0.4855 0.5566 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1344122 4 0.1389 0.8360 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1402027 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.3266 0.7353 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.3172 0.7292 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.3610 0.7108 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1487547 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1087752 3 0.1211 0.5747 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.4679 0.6347 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399291 4 0.4998 0.0319 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1336863 4 0.4431 0.5185 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.1302 0.8378 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4830 0.3703 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR1452222 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1468096 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334011 4 0.7413 0.4360 0.000 0.176 0.352 0.472
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.7591 0.3968 0.000 0.204 0.352 0.444
#> SRR1410550 2 0.4008 0.6645 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.3801 0.5971 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1466091 2 0.3528 0.7279 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1090119 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0921 0.8444 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1489349 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457336 4 0.3610 0.7500 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1466770 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093366 2 0.3123 0.7714 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1434631 4 0.4643 0.6413 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0817 0.8458 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1432165 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1441913 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1319038 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1338603 2 0.3266 0.7632 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8525 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 4 0.7568 0.4028 0.000 0.200 0.352 0.448
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3801 0.6972 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.4855 0.5566 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.4405 0.7533 0.000 0.800 0.152 0.048
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407000 4 0.0817 0.8458 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1367785 2 0.3649 0.7169 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1470057 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.6732 0.5782 0.000 0.168 0.220 0.612
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8525 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.2281 0.8392 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.5203 0.6264 0.000 0.016 0.348 0.636
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3610 0.6819 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.4992 0.0446 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1454821 4 0.0188 0.8544 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1348792 4 0.2011 0.7965 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1393529 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1102224 4 0.4843 0.3264 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.4679 0.6347 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1413262 2 0.3448 0.7752 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR1336227 2 0.4855 0.5566 0.000 0.644 0.352 0.004
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9057 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.4679 0.7697 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.3208 0.7937 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9913 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.7568 0.2093 0.000 0.448 0.352 0.200
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1433708 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.1410 0.898 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 4 0.2966 0.744 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1420413 5 0.0880 0.844 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1441768 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.0963 0.842 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1392456 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1080951 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1457080 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1343546 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.3143 0.703 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1318208 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0912 0.939 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1329131 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.3388 0.715 0.000 0.200 0.000 0.008 0.792
#> SRR1473232 5 0.0703 0.847 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410634 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR816794 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.4074 0.491 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1077380 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430088 2 0.0510 0.938 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0290 0.947 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357692 3 0.0404 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1430703 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1086020 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0510 0.939 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR812721 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR819486 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465248 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476384 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.0693 0.854 0.000 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR1080222 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.3336 0.675 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1405311 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1340531 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1121 0.915 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1498505 2 0.0566 0.944 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1419941 5 0.4210 0.362 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR1313625 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0451 0.932 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1359509 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1444043 5 0.4138 0.429 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1500071 5 0.1106 0.848 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1078948 3 0.3551 0.647 0.220 0.000 0.772 0.000 0.008
#> SRR1099765 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR807751 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.3582 0.641 0.224 0.000 0.768 0.000 0.008
#> SRR1487403 1 0.3318 0.751 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1409046 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1500131 4 0.0703 0.939 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1415854 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.0579 0.855 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1362664 2 0.4649 0.658 0.000 0.720 0.012 0.232 0.036
#> SRR1097525 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1432231 2 0.1364 0.927 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1500516 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR809565 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476974 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1310876 4 0.3177 0.709 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 5 0.2909 0.764 0.000 0.140 0.012 0.000 0.848
#> SRR1362579 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340966 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0693 0.936 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1475233 2 0.3074 0.737 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1400008 3 0.4182 0.292 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329642 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.3424 0.660 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1458380 5 0.3022 0.764 0.000 0.004 0.012 0.136 0.848
#> SRR1400489 5 0.0579 0.855 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1416455 2 0.4948 0.582 0.000 0.672 0.012 0.280 0.036
#> SRR1477292 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.1364 0.927 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1308269 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3318 0.751 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1477732 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0671 0.939 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1323446 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0912 0.940 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1341209 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1312666 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1467943 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR808638 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1404186 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1410404 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316463 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1103072 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0794 0.930 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1356997 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1336205 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1319502 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0404 0.929 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069943 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0404 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1410699 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.4171 0.440 0.000 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1467171 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383674 3 0.0404 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1442440 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 4 0.4622 0.170 0.000 0.440 0.012 0.548 0.000
#> SRR1097811 1 0.3318 0.751 0.800 0.000 0.192 0.000 0.008
#> SRR1475785 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.1740 0.913 0.000 0.932 0.012 0.000 0.056
#> SRR1477522 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0693 0.936 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1077667 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1608 0.886 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1364975 3 0.0451 0.935 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1472259 3 0.0693 0.936 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1390179 3 0.0693 0.936 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1312784 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406709 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1458529 5 0.1106 0.848 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1332467 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083868 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.4494 0.441 0.000 0.380 0.012 0.000 0.608
#> SRR1333167 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1476652 2 0.1195 0.933 0.000 0.960 0.012 0.000 0.028
#> SRR1470624 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1081068 2 0.1965 0.860 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1324473 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1420538 4 0.1921 0.894 0.000 0.044 0.012 0.932 0.012
#> SRR1453747 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.1341 0.830 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR1378707 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1437598 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370107 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1430839 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1473361 4 0.0609 0.941 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1348507 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0404 0.929 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1487704 5 0.2891 0.734 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1344122 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1402027 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1406394 3 0.0609 0.932 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1317653 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0404 0.932 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1336964 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.3487 0.733 0.000 0.780 0.212 0.000 0.008
#> SRR1487547 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.0000 0.929 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316343 5 0.1197 0.835 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1073899 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1456093 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 4 0.4138 0.384 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1336863 4 0.2605 0.793 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0609 0.941 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1445426 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1389932 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4201 0.340 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1444701 2 0.0404 0.945 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.0404 0.856 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1410550 2 0.3816 0.577 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083125 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1090383 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.3519 0.713 0.776 0.000 0.216 0.000 0.008
#> SRR1466091 2 0.2929 0.758 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1090119 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1498290 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489349 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.3395 0.670 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1447481 2 0.0404 0.945 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1792 0.875 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1434631 5 0.4219 0.351 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1349190 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1364 0.927 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1102998 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1444978 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1432165 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2852 0.773 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0162 0.990 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322186 2 0.1522 0.922 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1466687 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1420391 5 0.0290 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1087704 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3424 0.676 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1337816 2 0.1012 0.938 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1322070 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 5 0.2516 0.768 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR1356643 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1097708 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR813529 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0162 0.990 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498661 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1390289 5 0.0807 0.853 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976
#> SRR1351955 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.0510 0.944 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1367785 2 0.4677 0.652 0.000 0.716 0.012 0.236 0.036
#> SRR1470057 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1388788 5 0.0740 0.856 0.000 0.008 0.004 0.008 0.980
#> SRR1396146 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362514 2 0.1670 0.916 0.000 0.936 0.012 0.000 0.052
#> SRR1454031 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443399 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.4547 0.240 0.000 0.588 0.012 0.000 0.400
#> SRR1488307 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443800 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.0671 0.852 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1090334 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444523 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3109 0.695 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.3814 0.594 0.000 0.720 0.000 0.276 0.004
#> SRR1454821 4 0.0000 0.953 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.0703 0.933 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1393529 3 0.0693 0.936 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1102224 4 0.4150 0.333 0.000 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 5 0.0963 0.842 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1413262 5 0.1106 0.848 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1336227 5 0.3163 0.741 0.000 0.164 0.012 0.000 0.824
#> SRR1069991 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0290 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0404 0.938 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.1106 0.848 0.000 0.024 0.012 0.000 0.964
#> SRR1073655 1 0.0290 0.988 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075729 1 0.0000 0.991 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.0451 0.856 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0260 0.9407 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330831 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456250 5 0.1204 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1433708 4 0.0790 0.9333 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4039 0.2989 0.000 0.568 0.000 0.424 0.000 0.008
#> SRR1432783 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398272 4 0.1728 0.8925 0.000 0.008 0.000 0.924 0.004 0.064
#> SRR1436583 2 0.3725 0.5096 0.000 0.676 0.000 0.316 0.000 0.008
#> SRR1420413 5 0.1333 0.7848 0.000 0.000 0.000 0.048 0.944 0.008
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.1285 0.7829 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944 0.004
#> SRR1392456 4 0.2092 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 6 0.3578 0.7853 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1343546 4 0.1124 0.9282 0.000 0.000 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR1405921 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.4285 0.5216 0.000 0.000 0.000 0.320 0.644 0.036
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0146 0.9424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0146 0.8816 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334055 6 0.3684 0.7674 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1329131 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.3231 0.6328 0.000 0.200 0.000 0.000 0.784 0.016
#> SRR1473232 5 0.0458 0.7865 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1410634 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353332 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.2092 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0632 0.9376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1353577 5 0.5302 0.3911 0.000 0.208 0.000 0.000 0.600 0.192
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.2692 0.8649 0.840 0.000 0.000 0.000 0.012 0.148
#> SRR1430088 2 0.0622 0.8702 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1311464 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1327454 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.2531 0.8752 0.856 0.000 0.000 0.000 0.012 0.132
#> SRR1357692 3 0.1549 0.8720 0.000 0.000 0.936 0.000 0.020 0.044
#> SRR1430703 5 0.1663 0.7870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1086020 2 0.0260 0.8788 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334181 4 0.0146 0.9470 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1087271 2 0.1265 0.8420 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR812721 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR819486 1 0.2500 0.8780 0.868 0.000 0.004 0.000 0.012 0.116
#> SRR1465248 2 0.0260 0.8788 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0146 0.8811 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.1863 0.8798 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.3706 0.5120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1080222 1 0.0260 0.9407 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361777 2 0.3945 0.4102 0.000 0.612 0.000 0.380 0.000 0.008
#> SRR1405311 4 0.2048 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0806 0.8630 0.000 0.972 0.000 0.020 0.000 0.008
#> SRR1498505 6 0.3843 0.6374 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1419941 5 0.4403 0.2898 0.000 0.000 0.000 0.408 0.564 0.028
#> SRR1313625 1 0.0632 0.9323 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1365377 4 0.1821 0.9125 0.000 0.008 0.000 0.928 0.040 0.024
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.1616 0.8542 0.000 0.000 0.932 0.000 0.020 0.048
#> SRR1359509 6 0.3672 0.7715 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1444043 5 0.2823 0.6616 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1500071 6 0.3221 0.4117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1078948 3 0.5205 0.5487 0.212 0.000 0.644 0.000 0.012 0.132
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR807751 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1343698 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.5493 0.5242 0.212 0.000 0.608 0.000 0.012 0.168
#> SRR1487403 1 0.4473 0.7570 0.732 0.000 0.100 0.000 0.012 0.156
#> SRR1409046 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.1663 0.7870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1500131 4 0.2260 0.8482 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1415854 1 0.0146 0.9424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387286 5 0.1972 0.7985 0.000 0.004 0.000 0.024 0.916 0.056
#> SRR1362664 6 0.4405 0.5553 0.000 0.080 0.000 0.176 0.012 0.732
#> SRR1097525 1 0.3260 0.8495 0.824 0.000 0.028 0.000 0.012 0.136
#> SRR1432231 6 0.3175 0.7792 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3732 0.8128 0.776 0.000 0.032 0.000 0.012 0.180
#> SRR809565 1 0.3869 0.8045 0.768 0.000 0.040 0.000 0.012 0.180
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 6 0.3266 0.7860 0.000 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1310876 2 0.3245 0.6256 0.000 0.764 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.1714 0.7758 0.000 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1499260 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0632 0.9376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1395682 6 0.4273 0.6087 0.000 0.120 0.000 0.000 0.148 0.732
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2489 0.8754 0.860 0.000 0.000 0.000 0.012 0.128
#> SRR1340966 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.2946 0.7982 0.000 0.000 0.812 0.000 0.012 0.176
#> SRR1475233 2 0.2948 0.6667 0.000 0.804 0.000 0.188 0.000 0.008
#> SRR1400008 3 0.4333 0.3470 0.000 0.380 0.596 0.000 0.004 0.020
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.3329 0.8318 0.796 0.000 0.012 0.000 0.012 0.180
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.3690 0.5190 0.000 0.684 0.000 0.308 0.000 0.008
#> SRR1458380 6 0.4361 0.4239 0.000 0.000 0.000 0.112 0.168 0.720
#> SRR1400489 5 0.1204 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1416455 6 0.4345 0.5337 0.000 0.068 0.000 0.188 0.012 0.732
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 6 0.3198 0.7811 0.000 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1308269 2 0.3050 0.4627 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.4284 0.7805 0.752 0.000 0.096 0.000 0.012 0.140
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.1723 0.9090 0.000 0.000 0.000 0.928 0.036 0.036
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0260 0.9407 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1327570 6 0.3684 0.7674 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1341209 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.2092 0.7732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.3299 0.8465 0.820 0.000 0.028 0.000 0.012 0.140
#> SRR1467943 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR808638 3 0.0405 0.8784 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099451 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR1404186 4 0.1714 0.8747 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 6 0.3672 0.7715 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.3996 0.7961 0.760 0.000 0.048 0.000 0.012 0.180
#> SRR1316463 5 0.1204 0.7963 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1103072 4 0.0547 0.9345 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382639 4 0.1462 0.8947 0.000 0.056 0.000 0.936 0.000 0.008
#> SRR1356997 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 6 0.3684 0.7674 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 6 0.3446 0.7898 0.000 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1105033 3 0.0692 0.8739 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1077066 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099931 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR1069943 1 0.0146 0.9424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360194 2 0.0790 0.8571 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR814108 3 0.1926 0.8635 0.000 0.000 0.912 0.000 0.020 0.068
#> SRR1410699 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.4228 0.3281 0.000 0.392 0.000 0.000 0.588 0.020
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.2825 0.8633 0.844 0.000 0.008 0.000 0.012 0.136
#> SRR1383674 3 0.1856 0.8485 0.000 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1442440 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0260 0.9407 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336617 4 0.4695 0.0444 0.000 0.044 0.000 0.508 0.000 0.448
#> SRR1097811 1 0.4579 0.7417 0.716 0.000 0.092 0.000 0.012 0.180
#> SRR1475785 1 0.0146 0.9424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347916 6 0.3566 0.7658 0.000 0.236 0.000 0.000 0.020 0.744
#> SRR1477522 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098002 3 0.2946 0.7982 0.000 0.000 0.812 0.000 0.012 0.176
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1584 0.8162 0.000 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1364975 3 0.0458 0.8770 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1472259 3 0.2841 0.8065 0.000 0.000 0.824 0.000 0.012 0.164
#> SRR1390179 3 0.2946 0.7982 0.000 0.000 0.812 0.000 0.012 0.176
#> SRR1312784 2 0.0260 0.8788 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069850 3 0.0937 0.8755 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1081332 1 0.2402 0.8791 0.868 0.000 0.000 0.000 0.012 0.120
#> SRR1406709 5 0.2092 0.7805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1458529 6 0.3221 0.4117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1332467 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1078278 1 0.2755 0.8634 0.844 0.000 0.004 0.000 0.012 0.140
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 6 0.4024 0.7100 0.000 0.184 0.000 0.000 0.072 0.744
#> SRR1333167 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 6 0.3843 0.6362 0.000 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1476652 6 0.3620 0.7819 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1470624 6 0.3659 0.7747 0.000 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1081068 2 0.4780 0.4173 0.000 0.660 0.000 0.112 0.000 0.228
#> SRR1324473 6 0.3607 0.7830 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1420538 6 0.4475 0.0752 0.000 0.016 0.000 0.448 0.008 0.528
#> SRR1453747 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.1387 0.7742 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1378707 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1083504 6 0.3672 0.7715 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1437598 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376807 1 0.2673 0.8696 0.852 0.000 0.004 0.000 0.012 0.132
#> SRR1370107 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.1663 0.7870 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1430839 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098098 6 0.3647 0.7776 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1473361 4 0.2135 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0692 0.8739 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1487704 5 0.5266 0.4519 0.000 0.112 0.000 0.000 0.544 0.344
#> SRR1344122 4 0.2135 0.8582 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0363 0.8769 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR816096 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1440809 6 0.3620 0.7815 0.000 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1406394 3 0.2060 0.8454 0.000 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR1317653 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1320 0.8738 0.000 0.000 0.948 0.000 0.016 0.036
#> SRR1336964 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 6 0.4965 0.6309 0.000 0.156 0.176 0.000 0.004 0.664
#> SRR1487547 4 0.0622 0.9382 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1087752 3 0.1219 0.8587 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1091054 1 0.2905 0.8592 0.836 0.000 0.008 0.000 0.012 0.144
#> SRR1316343 5 0.1267 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1073899 1 0.2833 0.8601 0.836 0.000 0.004 0.000 0.012 0.148
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.3634 0.5346 0.000 0.696 0.000 0.296 0.000 0.008
#> SRR1336863 2 0.3741 0.5043 0.000 0.672 0.000 0.320 0.000 0.008
#> SRR1456771 2 0.1204 0.8276 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1329663 4 0.2135 0.8586 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1445426 6 0.3817 0.6764 0.000 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 6 0.6158 0.1674 0.000 0.248 0.368 0.000 0.004 0.380
#> SRR1452222 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.1714 0.7916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1444701 6 0.3756 0.7268 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.1528 0.7956 0.000 0.016 0.000 0.000 0.936 0.048
#> SRR1410550 2 0.3615 0.5408 0.000 0.700 0.000 0.292 0.000 0.008
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR1083125 1 0.0146 0.9424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419495 6 0.3672 0.7715 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1072578 1 0.4789 0.7149 0.700 0.000 0.124 0.000 0.012 0.164
#> SRR1466091 2 0.4887 0.4731 0.000 0.660 0.000 0.184 0.000 0.156
#> SRR1090119 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 6 0.3592 0.7844 0.000 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1498290 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.1957 0.8728 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.4289 0.4397 0.000 0.000 0.000 0.360 0.612 0.028
#> SRR1447481 6 0.3737 0.7448 0.000 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1102176 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1333 0.8339 0.000 0.944 0.000 0.048 0.000 0.008
#> SRR1434631 5 0.3101 0.6217 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 6 0.3175 0.7792 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1102998 6 0.3647 0.7776 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1444978 4 0.2092 0.8627 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2513 0.7340 0.000 0.852 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.1757 0.9046 0.916 0.000 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1322186 6 0.3398 0.7774 0.000 0.252 0.000 0.000 0.008 0.740
#> SRR1466687 4 0.0458 0.9417 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3531 0.1299 0.000 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1420391 5 0.1141 0.7904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3245 0.6199 0.000 0.764 0.000 0.228 0.000 0.008
#> SRR1337816 6 0.3647 0.7776 0.000 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1322070 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499652 5 0.5219 0.4562 0.000 0.116 0.000 0.000 0.568 0.316
#> SRR1356643 1 0.3869 0.8045 0.768 0.000 0.040 0.000 0.012 0.180
#> SRR1097708 1 0.3802 0.8087 0.772 0.000 0.036 0.000 0.012 0.180
#> SRR813529 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.1802 0.9045 0.916 0.000 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.4057 0.7918 0.756 0.000 0.052 0.000 0.012 0.180
#> SRR1390289 6 0.3221 0.4117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1351955 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.1957 0.8728 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1367785 6 0.4405 0.5553 0.000 0.080 0.000 0.176 0.012 0.732
#> SRR1470057 4 0.0260 0.9456 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.3060 0.8582 0.836 0.000 0.020 0.000 0.012 0.132
#> SRR1388788 5 0.3459 0.7044 0.000 0.004 0.000 0.016 0.768 0.212
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.3719 0.8238 0.792 0.000 0.048 0.000 0.012 0.148
#> SRR1362514 6 0.3373 0.7746 0.000 0.248 0.000 0.000 0.008 0.744
#> SRR1454031 1 0.3512 0.8371 0.808 0.000 0.040 0.000 0.012 0.140
#> SRR1443399 4 0.0632 0.9376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 6 0.3766 0.7589 0.000 0.232 0.000 0.000 0.032 0.736
#> SRR1488307 1 0.3869 0.8045 0.768 0.000 0.040 0.000 0.012 0.180
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.1367 0.7970 0.000 0.000 0.000 0.012 0.944 0.044
#> SRR1090334 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3231 0.8349 0.800 0.000 0.008 0.000 0.012 0.180
#> SRR1444523 1 0.0363 0.9388 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310898 2 0.0000 0.8829 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3454 0.6430 0.000 0.208 0.000 0.768 0.024 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0146 0.9424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333287 2 0.1857 0.8316 0.000 0.928 0.000 0.028 0.012 0.032
#> SRR1454821 4 0.0000 0.9483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.1092 0.9238 0.000 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR1393529 3 0.2357 0.8284 0.000 0.000 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1102224 4 0.4685 0.3524 0.000 0.000 0.344 0.604 0.004 0.048
#> SRR1074239 1 0.0547 0.9345 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1401774 5 0.1367 0.7876 0.000 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1413262 6 0.3445 0.4395 0.000 0.012 0.000 0.000 0.244 0.744
#> SRR1336227 5 0.5421 0.3654 0.000 0.132 0.000 0.000 0.528 0.340
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0146 0.8822 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341721 1 0.0790 0.9288 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.3446 0.2204 0.000 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.8802 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 6 0.3221 0.4117 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1073655 1 0.3869 0.8045 0.768 0.000 0.040 0.000 0.012 0.180
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9439 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2260 0.7650 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.987 0.995 0.4752 0.524 0.524
#> 3 3 0.832 0.911 0.945 0.2379 0.876 0.768
#> 4 4 0.894 0.880 0.947 0.2492 0.826 0.595
#> 5 5 0.801 0.801 0.890 0.0553 0.939 0.782
#> 6 6 0.836 0.795 0.903 0.0482 0.932 0.720
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.1414 0.9705 0.980 0.020
#> SRR1474000 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.7219 0.7523 0.800 0.200
#> SRR1436280 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.9922 0.2057 0.552 0.448
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.4562 0.8923 0.096 0.904
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.7219 0.7466 0.200 0.800
#> SRR1472259 1 0.0376 0.9852 0.996 0.004
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.1843 0.9629 0.972 0.028
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.3879 0.9163 0.076 0.924
#> SRR1487704 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.4431 0.8950 0.908 0.092
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 1.0000 0.0207 0.500 0.500
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.7528 0.7275 0.784 0.216
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.3584 0.9218 0.932 0.068
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.2948 0.9388 0.948 0.052
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0672 0.9816 0.992 0.008
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9887 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.9983 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.3192 0.9274 0.000 0.888 0.112
#> SRR1433708 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1436583 2 0.0747 0.9429 0.000 0.984 0.016
#> SRR1420413 2 0.5621 0.6704 0.000 0.692 0.308
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1466597 3 0.6008 0.3031 0.000 0.372 0.628
#> SRR1392456 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4178 0.7754 0.172 0.000 0.828
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.1529 0.9474 0.960 0.000 0.040
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1102198 2 0.2796 0.9286 0.000 0.908 0.092
#> SRR1473232 3 0.6280 -0.0147 0.000 0.460 0.540
#> SRR1410634 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR816794 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1353577 2 0.2796 0.9286 0.000 0.908 0.092
#> SRR1077380 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1407693 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.1031 0.9592 0.976 0.000 0.024
#> SRR1085235 3 0.4555 0.7454 0.200 0.000 0.800
#> SRR1357692 3 0.0000 0.8538 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430703 3 0.5138 0.6251 0.000 0.252 0.748
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR819486 1 0.1964 0.9347 0.944 0.000 0.056
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.3116 0.9277 0.000 0.892 0.108
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1405311 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1313625 3 0.6095 0.4140 0.392 0.000 0.608
#> SRR1365377 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.1163 0.8564 0.000 0.028 0.972
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.3816 0.9011 0.000 0.852 0.148
#> SRR1500071 2 0.2796 0.9299 0.000 0.908 0.092
#> SRR1078948 3 0.1163 0.8615 0.028 0.000 0.972
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR807751 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1411 0.8599 0.036 0.000 0.964
#> SRR1487403 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1409046 3 0.1129 0.8623 0.020 0.004 0.976
#> SRR1474000 3 0.6260 0.1269 0.000 0.448 0.552
#> SRR1500131 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.3192 0.9274 0.000 0.888 0.112
#> SRR1362664 2 0.0892 0.9424 0.000 0.980 0.020
#> SRR1097525 1 0.6008 0.4181 0.628 0.000 0.372
#> SRR1432231 2 0.0237 0.9443 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR809565 3 0.3752 0.8069 0.144 0.000 0.856
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0592 0.9440 0.000 0.988 0.012
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1395682 2 0.2796 0.9286 0.000 0.908 0.092
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.1031 0.8619 0.024 0.000 0.976
#> SRR1475233 2 0.0592 0.9432 0.000 0.988 0.012
#> SRR1400008 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1338489 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1439697 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0747 0.9445 0.000 0.984 0.016
#> SRR1458380 2 0.3116 0.9292 0.000 0.892 0.108
#> SRR1400489 2 0.3192 0.9274 0.000 0.888 0.112
#> SRR1416455 2 0.1163 0.9428 0.000 0.972 0.028
#> SRR1477292 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.5760 0.5245 0.672 0.000 0.328
#> SRR1085259 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.3116 0.9277 0.000 0.892 0.108
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1753 0.9412 0.952 0.000 0.048
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.3192 0.9283 0.000 0.888 0.112
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.1129 0.8604 0.004 0.020 0.976
#> SRR1436280 2 0.6308 0.0978 0.000 0.508 0.492
#> SRR1312666 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR810153 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1467943 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR808638 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1099451 2 0.2711 0.9297 0.000 0.912 0.088
#> SRR1082238 1 0.6008 0.4216 0.628 0.000 0.372
#> SRR1404186 2 0.3192 0.9274 0.000 0.888 0.112
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1446716 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1316463 2 0.3116 0.9277 0.000 0.892 0.108
#> SRR1103072 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.3192 0.9283 0.000 0.888 0.112
#> SRR1356997 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1409326 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1105033 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.8538 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.2625 0.9353 0.000 0.916 0.084
#> SRR1405461 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1323312 2 0.2796 0.9286 0.000 0.908 0.092
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.2165 0.9282 0.936 0.000 0.064
#> SRR1383674 3 0.1529 0.8467 0.000 0.040 0.960
#> SRR1442440 2 0.2625 0.9353 0.000 0.916 0.084
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1097811 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1472259 3 0.1031 0.8619 0.024 0.000 0.976
#> SRR1390179 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.1129 0.8623 0.020 0.004 0.976
#> SRR1081332 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1406709 2 0.3038 0.9280 0.000 0.896 0.104
#> SRR1458529 2 0.2796 0.9299 0.000 0.908 0.092
#> SRR1332467 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1078278 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0592 0.9434 0.000 0.988 0.012
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0892 0.9424 0.000 0.980 0.020
#> SRR1453747 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1403853 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1370107 2 0.1163 0.9417 0.000 0.972 0.028
#> SRR1369008 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1385672 3 0.5529 0.5452 0.000 0.296 0.704
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1487704 3 0.5882 0.4304 0.000 0.348 0.652
#> SRR1344122 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1402027 3 0.1015 0.8611 0.008 0.012 0.980
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1163 0.9427 0.000 0.972 0.028
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0237 0.8560 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0237 0.9437 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.2625 0.8285 0.000 0.084 0.916
#> SRR1487547 2 0.1289 0.9418 0.000 0.968 0.032
#> SRR1087752 3 0.1031 0.8593 0.000 0.024 0.976
#> SRR1091054 1 0.2261 0.9249 0.932 0.000 0.068
#> SRR1316343 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1073899 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1456093 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1399291 2 0.0592 0.9432 0.000 0.988 0.012
#> SRR1336863 2 0.0892 0.9423 0.000 0.980 0.020
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.1529 0.8515 0.000 0.040 0.960
#> SRR1452222 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1468096 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1334011 2 0.3116 0.9280 0.000 0.892 0.108
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.2796 0.9286 0.000 0.908 0.092
#> SRR1410550 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1466091 2 0.0747 0.9429 0.000 0.984 0.016
#> SRR1090119 3 0.1129 0.8623 0.020 0.004 0.976
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1489349 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1457336 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1466770 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1432165 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1441913 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1319038 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1338603 2 0.0424 0.9434 0.000 0.992 0.008
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.1964 0.9347 0.944 0.000 0.056
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.6308 0.0978 0.000 0.508 0.492
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0747 0.9429 0.000 0.984 0.016
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.2711 0.9297 0.000 0.912 0.088
#> SRR1356643 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1097708 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR813529 3 0.1031 0.8619 0.024 0.000 0.976
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1390289 2 0.2878 0.9286 0.000 0.904 0.096
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1407000 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1367785 2 0.1031 0.9426 0.000 0.976 0.024
#> SRR1470057 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1388788 2 0.3192 0.9274 0.000 0.888 0.112
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 3 0.5591 0.5805 0.304 0.000 0.696
#> SRR1443399 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.3267 0.8307 0.116 0.000 0.884
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.2959 0.9285 0.000 0.900 0.100
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.2796 0.9286 0.000 0.908 0.092
#> SRR1454821 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1348792 2 0.1031 0.9416 0.000 0.976 0.024
#> SRR1393529 3 0.1031 0.8619 0.024 0.000 0.976
#> SRR1102224 3 0.1163 0.8408 0.000 0.028 0.972
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.3267 0.9268 0.000 0.884 0.116
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.2625 0.9311 0.000 0.916 0.084
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9440 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.1031 0.8619 0.024 0.000 0.976
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.1753 0.9395 0.000 0.952 0.048
#> SRR1073655 1 0.2625 0.9111 0.916 0.000 0.084
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9761 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.5882 0.4315 0.000 0.348 0.652
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.2149 0.8871 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1433708 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4661 0.4638 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.3801 0.7174 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1436583 4 0.2814 0.8430 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1420413 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466597 4 0.1059 0.9369 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1392456 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.1488 0.9200 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1089207 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.1677 0.9286 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1397781 1 0.0188 0.9601 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1102198 4 0.4761 0.4307 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1473232 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1410634 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR816794 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1353577 2 0.1474 0.8787 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1077380 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407693 1 0.4098 0.7631 0.784 0.000 0.204 0.012
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.1022 0.9342 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.2928 0.8674 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1085235 3 0.2676 0.8602 0.092 0.000 0.896 0.012
#> SRR1357692 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430703 3 0.4972 0.1276 0.000 0.456 0.544 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1087271 2 0.0817 0.9053 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR812721 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR819486 1 0.2473 0.8950 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.4103 0.6623 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.3311 0.7894 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1405311 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4319 0.6882 0.000 0.012 0.228 0.760
#> SRR1313625 3 0.4978 0.5047 0.324 0.000 0.664 0.012
#> SRR1365377 4 0.0817 0.9409 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1092749 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1389366 3 0.0188 0.9462 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1500071 2 0.4134 0.6373 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1078948 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR807751 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.4843 0.3298 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR1500131 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.1637 0.9114 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1362664 2 0.4624 0.4936 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1097525 3 0.5345 0.1590 0.428 0.000 0.560 0.012
#> SRR1432231 2 0.1792 0.8681 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR809565 3 0.1677 0.9132 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.4866 0.3530 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1395682 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3942 0.6784 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1400008 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1439697 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.4746 0.4427 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1458380 2 0.4996 0.0896 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1400489 4 0.0817 0.9403 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1416455 2 0.4661 0.4772 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1477292 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.5409 0.0794 0.496 0.000 0.492 0.012
#> SRR1085259 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0188 0.9601 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356509 4 0.0921 0.9376 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1938 0.9190 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.1474 0.8795 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1312666 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR810153 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1467943 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808638 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 3 0.4948 0.1270 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1404186 4 0.1716 0.9078 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1446716 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.1716 0.9079 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1103072 4 0.0707 0.9432 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1356997 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1409326 4 0.0592 0.9460 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1105033 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410699 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1405461 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1323312 2 0.4888 0.2481 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.2741 0.8804 0.892 0.000 0.096 0.012
#> SRR1383674 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442440 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4877 0.3388 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1097811 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0469 0.9137 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1364975 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.2530 0.8270 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1069850 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1406709 4 0.2469 0.8677 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1458529 2 0.4193 0.6250 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1332467 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1078278 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.4277 0.6060 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.4888 0.3248 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1453747 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1403853 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1370107 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1369008 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1385672 2 0.4994 0.0794 0.000 0.520 0.480 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.4967 0.1721 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1344122 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1402027 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0336 0.9160 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3610 0.7047 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1487547 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1087752 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.3625 0.8149 0.828 0.000 0.160 0.012
#> SRR1316343 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1073899 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1456093 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1399291 2 0.4331 0.5863 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1336863 4 0.3801 0.7306 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0469 0.9395 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1452222 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1468096 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1334011 4 0.1792 0.9051 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.4933 0.2771 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1410550 2 0.4624 0.4960 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.4331 0.5952 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1090119 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1489349 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1457336 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466770 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1093366 2 0.0817 0.9046 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1434631 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0188 0.9601 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1432165 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1441913 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1319038 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1338603 2 0.0921 0.9014 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2021 0.9157 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0336 0.9163 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420391 2 0.7605 -0.0223 0.000 0.416 0.384 0.200
#> SRR1087704 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.4543 0.5287 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356643 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1097708 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR813529 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.4454 0.5622 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407000 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1367785 2 0.4605 0.5016 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1470057 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1388788 4 0.1022 0.9347 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1362514 2 0.0469 0.9138 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454031 3 0.3161 0.8228 0.124 0.000 0.864 0.012
#> SRR1443399 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.0469 0.9445 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.4356 0.6050 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1320445 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081116 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333287 2 0.6147 0.5682 0.000 0.672 0.200 0.128
#> SRR1454821 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1348792 4 0.4477 0.5461 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1393529 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.3105 0.7923 0.000 0.004 0.856 0.140
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.0469 0.9486 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1091524 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9215 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.9490 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9617 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0592 0.9109 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1073655 1 0.4137 0.7581 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1075729 1 0.0469 0.9566 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1397292 2 0.5320 0.2642 0.000 0.572 0.416 0.012
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0798 0.9067 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1456250 4 0.4141 0.7725 0.000 0.028 0.236 0.736 0.000
#> SRR1433708 4 0.1851 0.8678 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4101 0.3719 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.3562 0.6951 0.000 0.196 0.016 0.788 0.000
#> SRR1436583 4 0.3109 0.7320 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1420413 4 0.3274 0.8035 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1441768 1 0.3932 0.4467 0.672 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1356976 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 4 0.3305 0.8010 0.000 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1082 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1343546 4 0.1792 0.8729 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 5 0.3561 0.7092 0.260 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1084505 1 0.3534 0.6019 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1376476 4 0.3242 0.8085 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 5 0.4227 0.4327 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1397781 1 0.0162 0.9227 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0609 0.9077 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 4 0.6302 0.4149 0.000 0.320 0.140 0.532 0.008
#> SRR1473232 4 0.3274 0.8035 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1410634 4 0.0404 0.8875 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.3653 0.7810 0.000 0.808 0.164 0.012 0.016
#> SRR1077380 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 5 0.2424 0.8046 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0992 0.9041 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1327454 4 0.2179 0.8195 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 5 0.2773 0.7960 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1085235 5 0.0798 0.7298 0.016 0.000 0.008 0.000 0.976
#> SRR1357692 3 0.2561 0.8017 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1430703 3 0.4250 0.5078 0.000 0.252 0.720 0.000 0.028
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0703 0.9007 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR812721 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR819486 5 0.3452 0.7285 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.1792 0.8548 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1792 0.8695 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.3003 0.7254 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.6285 0.5739 0.000 0.176 0.248 0.568 0.008
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.2773 0.7535 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1405311 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0609 0.9077 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4135 0.6131 0.000 0.000 0.340 0.656 0.004
#> SRR1313625 5 0.2304 0.7876 0.100 0.000 0.008 0.000 0.892
#> SRR1365377 4 0.2805 0.8565 0.000 0.012 0.108 0.872 0.008
#> SRR1092749 1 0.4088 0.2914 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1389366 3 0.2516 0.7997 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1359509 2 0.0609 0.9077 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.2127 0.8617 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1500071 2 0.6072 0.5306 0.000 0.600 0.160 0.232 0.008
#> SRR1078948 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR807751 1 0.3534 0.5975 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0510 0.9086 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1330176 5 0.4273 0.3337 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1329530 1 0.2377 0.8037 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1081813 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1487403 3 0.4256 0.6082 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1409046 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1474000 3 0.4380 0.1765 0.000 0.376 0.616 0.000 0.008
#> SRR1500131 4 0.2020 0.8639 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.3336 0.7983 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1362664 2 0.6034 0.4511 0.000 0.576 0.120 0.296 0.008
#> SRR1097525 5 0.0609 0.7336 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1432231 2 0.3209 0.8404 0.000 0.864 0.060 0.068 0.008
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR809565 5 0.4470 -0.1662 0.012 0.000 0.372 0.000 0.616
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0609 0.9080 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.4294 0.1650 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1908 0.8664 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1395682 2 0.3728 0.7296 0.000 0.748 0.244 0.000 0.008
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 5 0.2471 0.8025 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1475233 2 0.3424 0.6663 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1400008 3 0.3550 0.8515 0.000 0.004 0.760 0.000 0.236
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.3999 0.4690 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1458380 4 0.6888 0.1766 0.000 0.352 0.228 0.412 0.008
#> SRR1400489 4 0.3398 0.8042 0.000 0.000 0.216 0.780 0.004
#> SRR1416455 2 0.5670 0.3023 0.000 0.528 0.084 0.388 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.2462 0.8511 0.000 0.880 0.112 0.000 0.008
#> SRR1308269 2 0.0992 0.9041 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1367172 5 0.1043 0.7506 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1085259 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1477732 1 0.0880 0.9014 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1356509 4 0.2852 0.8330 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 5 0.4171 0.5003 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1341 0.8806 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1327570 2 0.0992 0.9041 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1341209 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1436280 2 0.3861 0.7060 0.000 0.728 0.264 0.000 0.008
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1467943 5 0.3039 0.4487 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR808638 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1099451 2 0.0703 0.9014 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1082238 5 0.3550 0.4927 0.020 0.000 0.184 0.000 0.796
#> SRR1404186 4 0.1717 0.8770 0.000 0.004 0.052 0.936 0.008
#> SRR1479721 1 0.2966 0.7325 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1480721 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.1082 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.3508 0.8526 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1316463 4 0.3756 0.7792 0.000 0.000 0.248 0.744 0.008
#> SRR1103072 4 0.0290 0.8860 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.0290 0.8880 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1409326 4 0.0510 0.8834 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0703 0.9068 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.3452 0.8547 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1077066 2 0.0404 0.9089 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1099931 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1069943 1 0.2377 0.8095 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1360194 2 0.0898 0.9055 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR814108 3 0.2561 0.8017 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1410699 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.6234 0.2682 0.000 0.540 0.132 0.320 0.008
#> SRR1467171 1 0.0609 0.9115 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 5 0.3274 0.7522 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1383674 3 0.2674 0.7992 0.000 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR1442440 4 0.0162 0.8882 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1404461 1 0.2471 0.8013 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1336617 2 0.4552 0.1930 0.000 0.524 0.008 0.468 0.000
#> SRR1097811 3 0.4126 0.7064 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1475785 1 0.4171 0.2087 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1347916 2 0.2612 0.8420 0.000 0.868 0.124 0.000 0.008
#> SRR1477522 2 0.0798 0.9067 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1098002 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0510 0.9037 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1364975 3 0.3452 0.8547 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1472259 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1390179 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1312784 2 0.2280 0.8093 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1069850 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1081332 5 0.2424 0.8046 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1406709 4 0.4414 0.7596 0.000 0.024 0.248 0.720 0.008
#> SRR1458529 2 0.6128 0.5185 0.000 0.592 0.164 0.236 0.008
#> SRR1332467 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.1956 0.8763 0.000 0.916 0.076 0.000 0.008
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.1082 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1476652 2 0.1082 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.3636 0.6125 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1324473 2 0.0609 0.9080 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.5419 0.3064 0.000 0.548 0.044 0.400 0.008
#> SRR1453747 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 4 0.2605 0.8449 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR1378707 2 0.0798 0.9067 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1370107 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.3635 0.4877 0.000 0.248 0.748 0.000 0.004
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0609 0.9077 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.2074 0.8631 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1487704 3 0.4040 0.4776 0.000 0.260 0.724 0.000 0.016
#> SRR1344122 4 0.2074 0.8631 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1402027 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0693 0.9065 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1440809 2 0.0290 0.9094 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.3452 0.8547 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0290 0.9084 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.4171 0.7531 0.000 0.104 0.784 0.000 0.112
#> SRR1487547 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.2732 0.8116 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1091054 5 0.2773 0.7958 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1316343 4 0.2377 0.8538 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1073899 5 0.2424 0.8046 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.4045 0.4962 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1336863 4 0.3661 0.6286 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1456771 2 0.0510 0.9084 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.1851 0.8690 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1445426 2 0.1082 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1389932 1 0.3774 0.5157 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2674 0.8014 0.000 0.004 0.856 0.000 0.140
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.3883 0.7795 0.000 0.004 0.244 0.744 0.008
#> SRR1444701 2 0.0404 0.9089 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0451 0.9084 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1446265 1 0.1197 0.8901 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.6483 0.2336 0.000 0.396 0.144 0.452 0.008
#> SRR1410550 2 0.4074 0.4507 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 5 0.2424 0.8046 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0703 0.9068 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0609 0.9077 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1466091 2 0.3424 0.6583 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1090119 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1337516 2 0.0703 0.9068 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.2020 0.8639 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.3143 0.8139 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0703 0.8981 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1434631 4 0.2074 0.8627 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.2471 0.7936 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0880 0.9013 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1470855 2 0.2513 0.8480 0.000 0.876 0.116 0.000 0.008
#> SRR1102998 2 0.0162 0.9095 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.2020 0.8639 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.1908 0.8457 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 5 0.3534 0.7134 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1322186 2 0.0992 0.9045 0.000 0.968 0.024 0.000 0.008
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0740 0.9074 0.000 0.980 0.004 0.008 0.008
#> SRR1420391 3 0.5669 0.3170 0.000 0.292 0.612 0.088 0.008
#> SRR1087704 5 0.4268 0.3458 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.4114 0.4322 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1337816 2 0.0898 0.9057 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1322070 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0579 0.9082 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1499652 2 0.3246 0.7928 0.000 0.808 0.184 0.000 0.008
#> SRR1356643 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1097708 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR813529 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1352322 1 0.4227 0.0855 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 5 0.3074 0.4411 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1390289 2 0.6696 0.3415 0.000 0.496 0.240 0.256 0.008
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2020 0.8639 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1367785 2 0.5146 0.3544 0.000 0.564 0.028 0.400 0.008
#> SRR1470057 4 0.1544 0.8740 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR1079567 1 0.3395 0.6472 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1095675 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1388788 4 0.3521 0.7936 0.000 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1362514 2 0.3005 0.8359 0.000 0.856 0.124 0.012 0.008
#> SRR1454031 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1082 0.9027 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1488307 5 0.0290 0.7132 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.3395 0.7938 0.000 0.000 0.236 0.764 0.000
#> SRR1090334 2 0.0579 0.9082 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1444523 1 0.4268 0.0488 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.5334 0.5917 0.000 0.244 0.104 0.652 0.000
#> SRR1320445 5 0.3534 0.7134 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1081116 5 0.3586 0.7068 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1333287 2 0.5852 0.4397 0.000 0.600 0.300 0.084 0.016
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8893 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.4230 0.5458 0.000 0.280 0.008 0.704 0.008
#> SRR1393529 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1102224 3 0.2873 0.7846 0.000 0.000 0.860 0.020 0.120
#> SRR1074239 1 0.1341 0.8806 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1401774 4 0.2732 0.8390 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1413262 2 0.2843 0.8265 0.000 0.848 0.144 0.000 0.008
#> SRR1336227 2 0.3209 0.7967 0.000 0.812 0.180 0.000 0.008
#> SRR1069991 5 0.4262 0.3569 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1091524 5 0.4291 0.2844 0.464 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1312577 2 0.0162 0.9096 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341721 5 0.3684 0.6884 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0798 0.9067 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1382461 1 0.4088 0.3313 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1361883 3 0.3480 0.8557 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9254 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.3421 0.8110 0.000 0.824 0.152 0.016 0.008
#> SRR1073655 5 0.2329 0.8042 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1075729 5 0.3612 0.7026 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1397292 3 0.4063 0.4254 0.000 0.280 0.708 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0622 0.9273 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1330831 2 0.1267 0.8553 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1456250 5 0.1364 0.7520 0.000 0.004 0.004 0.048 0.944 0.000
#> SRR1433708 4 0.0692 0.8803 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.2668 0.7165 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004 0.000
#> SRR1432783 2 0.0458 0.8642 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1398272 4 0.1408 0.8558 0.000 0.020 0.000 0.944 0.036 0.000
#> SRR1436583 4 0.3330 0.5536 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1420413 5 0.3290 0.6588 0.000 0.000 0.004 0.252 0.744 0.000
#> SRR1441768 1 0.4015 0.4277 0.616 0.000 0.000 0.000 0.012 0.372
#> SRR1356976 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.3373 0.6621 0.000 0.000 0.008 0.248 0.744 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0260 0.9323 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR812697 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0508 0.9288 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1490635 2 0.2996 0.7772 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1343546 4 0.3878 0.3753 0.000 0.004 0.004 0.644 0.348 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 6 0.0622 0.8824 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR1084505 1 0.3729 0.5828 0.692 0.000 0.000 0.000 0.012 0.296
#> SRR1376476 5 0.3835 0.5374 0.000 0.004 0.004 0.336 0.656 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.3445 0.6269 0.260 0.000 0.000 0.000 0.008 0.732
#> SRR1397781 1 0.0146 0.9330 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.2597 0.8131 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1329131 2 0.0363 0.8634 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.6015 0.3468 0.000 0.328 0.004 0.216 0.452 0.000
#> SRR1473232 5 0.3240 0.6664 0.000 0.000 0.004 0.244 0.752 0.000
#> SRR1410634 4 0.0260 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1353332 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.5110 0.6331 0.000 0.676 0.152 0.020 0.152 0.000
#> SRR1077380 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430088 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.2003 0.8368 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1327454 4 0.2823 0.6629 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 6 0.0508 0.8844 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR1085235 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1357692 3 0.0260 0.9585 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1430703 3 0.5013 0.4766 0.000 0.140 0.636 0.000 0.224 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0363 0.8858 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1087271 2 0.3151 0.5968 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR819486 6 0.0622 0.8824 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR1465248 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.1863 0.8579 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0508 0.8844 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1318624 2 0.0260 0.8626 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1395788 1 0.2941 0.7187 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.2191 0.7537 0.000 0.000 0.004 0.120 0.876 0.000
#> SRR1080222 1 0.0622 0.9273 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1361777 4 0.2048 0.7819 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0260 0.9323 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1090431 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.2730 0.8016 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1419941 4 0.4195 0.6072 0.000 0.000 0.076 0.724 0.200 0.000
#> SRR1313625 6 0.0405 0.8849 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1365377 4 0.1863 0.8434 0.000 0.016 0.004 0.920 0.060 0.000
#> SRR1092749 1 0.4047 0.3550 0.604 0.000 0.000 0.000 0.012 0.384
#> SRR1389366 3 0.0260 0.9585 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1359509 2 0.2793 0.7961 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1444043 4 0.1285 0.8588 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052 0.000
#> SRR1500071 5 0.1003 0.7495 0.000 0.020 0.000 0.016 0.964 0.000
#> SRR1078948 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR807751 1 0.3629 0.6160 0.712 0.000 0.000 0.000 0.012 0.276
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0937 0.8607 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1330176 6 0.4057 0.3066 0.388 0.000 0.000 0.000 0.012 0.600
#> SRR1329530 1 0.2340 0.8074 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1081813 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487403 3 0.3351 0.5936 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1409046 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474000 5 0.0547 0.7426 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1500131 4 0.0603 0.8828 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.3250 0.7171 0.000 0.012 0.004 0.196 0.788 0.000
#> SRR1362664 5 0.5844 0.4615 0.000 0.268 0.000 0.244 0.488 0.000
#> SRR1097525 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1432231 2 0.3727 0.7389 0.000 0.748 0.000 0.036 0.216 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR809565 6 0.3774 0.2155 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR1476974 1 0.0260 0.9323 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360258 2 0.2883 0.7879 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1310876 2 0.3975 0.0890 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004 0.000
#> SRR1404951 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374355 2 0.1267 0.8582 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1499260 2 0.1327 0.8515 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1059 0.8766 0.000 0.016 0.004 0.964 0.016 0.000
#> SRR1395682 5 0.3198 0.5771 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.0458 0.8820 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1340966 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475233 2 0.3607 0.4274 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.0458 0.9585 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.3989 0.0880 0.000 0.528 0.000 0.468 0.004 0.000
#> SRR1458380 5 0.3388 0.7361 0.000 0.036 0.004 0.156 0.804 0.000
#> SRR1400489 5 0.3163 0.6815 0.000 0.000 0.004 0.232 0.764 0.000
#> SRR1416455 4 0.5197 0.2554 0.000 0.112 0.000 0.568 0.320 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.3866 0.2825 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1308269 2 0.2048 0.8356 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1367172 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1085259 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477732 1 0.1297 0.9079 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1356509 4 0.3684 0.4833 0.000 0.004 0.004 0.692 0.300 0.000
#> SRR1323446 1 0.0146 0.9334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368094 6 0.2841 0.7424 0.164 0.000 0.000 0.000 0.012 0.824
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0146 0.9334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1745 0.8841 0.920 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1327570 2 0.2416 0.8233 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1341209 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1436280 5 0.0547 0.7425 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1467943 6 0.2762 0.7026 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR808638 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099451 2 0.1204 0.8594 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1082238 6 0.2631 0.7236 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR1404186 4 0.1556 0.8336 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1479721 1 0.2912 0.7317 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1480721 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.2996 0.7773 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0713 0.9483 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1316463 5 0.1082 0.7546 0.000 0.000 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR1103072 4 0.0405 0.8855 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0865 0.8692 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.0260 0.8884 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1409326 4 0.1075 0.8569 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.1957 0.8327 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.2883 0.7877 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1077066 2 0.1007 0.8598 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1099931 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1069943 1 0.2653 0.8127 0.844 0.000 0.000 0.000 0.012 0.144
#> SRR1360194 2 0.1327 0.8542 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR814108 3 0.0260 0.9585 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1410699 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.5335 0.2199 0.000 0.532 0.004 0.100 0.364 0.000
#> SRR1467171 1 0.0790 0.9196 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1396742 1 0.0508 0.9288 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.0146 0.8867 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1383674 3 0.0260 0.9585 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442440 4 0.1500 0.8440 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012 0.000
#> SRR1404461 1 0.2805 0.7981 0.828 0.000 0.000 0.000 0.012 0.160
#> SRR1336617 4 0.4084 0.2781 0.000 0.400 0.000 0.588 0.012 0.000
#> SRR1097811 3 0.3351 0.6040 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1475785 1 0.4129 0.2540 0.564 0.000 0.000 0.000 0.012 0.424
#> SRR1347916 2 0.3864 0.3199 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480 0.000
#> SRR1477522 2 0.1075 0.8591 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1098002 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0146 0.8630 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354035 1 0.0622 0.9273 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1394384 2 0.2212 0.7905 0.000 0.880 0.000 0.112 0.008 0.000
#> SRR1364975 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472259 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1390179 3 0.0260 0.9641 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1312784 2 0.1007 0.8449 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081332 6 0.0508 0.8860 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1406709 5 0.0603 0.7485 0.000 0.004 0.000 0.016 0.980 0.000
#> SRR1458529 5 0.2531 0.6865 0.000 0.132 0.000 0.012 0.856 0.000
#> SRR1332467 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083868 1 0.0363 0.9302 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1367544 2 0.3737 0.5365 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.2697 0.8059 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR1476652 2 0.2340 0.8260 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1470624 2 0.2300 0.8228 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1081068 2 0.3428 0.5007 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.2823 0.7938 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1420538 4 0.5728 -0.1104 0.000 0.168 0.000 0.452 0.380 0.000
#> SRR1453747 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.3993 0.1749 0.000 0.000 0.004 0.476 0.520 0.000
#> SRR1378707 2 0.1910 0.8403 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1083504 2 0.2454 0.8156 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1437598 2 0.1610 0.8453 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1376807 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1370107 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.1625 0.7183 0.000 0.012 0.060 0.000 0.928 0.000
#> SRR1430839 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098098 2 0.2793 0.7959 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1473361 4 0.3565 0.4822 0.000 0.000 0.004 0.692 0.304 0.000
#> SRR1348507 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090626 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487704 5 0.4467 -0.0489 0.000 0.028 0.464 0.000 0.508 0.000
#> SRR1344122 4 0.3547 0.4870 0.000 0.000 0.004 0.696 0.300 0.000
#> SRR1402027 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081493 1 0.0146 0.9334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076940 2 0.1007 0.8609 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR816096 2 0.0547 0.8611 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1440809 2 0.2562 0.8086 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1406394 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317653 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343072 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.1219 0.8411 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0405 0.9576 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487547 4 0.0260 0.8876 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.0405 0.9614 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1091054 6 0.0146 0.8867 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1316343 4 0.3769 0.3689 0.000 0.000 0.004 0.640 0.356 0.000
#> SRR1073899 6 0.0000 0.8874 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 4 0.3668 0.4640 0.000 0.328 0.000 0.668 0.004 0.000
#> SRR1336863 4 0.3634 0.4442 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.1556 0.8509 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1329663 4 0.3109 0.6369 0.000 0.000 0.004 0.772 0.224 0.000
#> SRR1445426 2 0.2178 0.8292 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1389932 1 0.3883 0.5116 0.656 0.000 0.000 0.000 0.012 0.332
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0260 0.9585 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.2003 0.7556 0.000 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1444701 2 0.1204 0.8586 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0713 0.8604 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1446265 1 0.1327 0.8930 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.4527 0.2055 0.000 0.456 0.004 0.024 0.516 0.000
#> SRR1410550 2 0.3828 0.1813 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0146 0.9334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101741 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1083125 1 0.0146 0.9334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419495 2 0.2823 0.7936 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1863 0.8452 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1072578 3 0.0260 0.9641 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466091 2 0.3482 0.4947 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337516 2 0.2823 0.7936 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1498290 2 0.0790 0.8631 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1330770 4 0.0508 0.8844 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.3584 0.5856 0.000 0.000 0.004 0.308 0.688 0.000
#> SRR1447481 2 0.2260 0.8240 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1102176 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0405 0.8614 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1434631 4 0.2278 0.7785 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.2416 0.7979 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1477339 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099354 1 0.1297 0.9080 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1470855 2 0.3851 0.3749 0.000 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR1102998 2 0.2491 0.8147 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR1444978 4 0.0858 0.8766 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2793 0.6548 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.0508 0.8836 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR1322186 2 0.2996 0.7765 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.2685 0.8276 0.000 0.868 0.000 0.060 0.072 0.000
#> SRR1420391 5 0.2278 0.7136 0.000 0.128 0.004 0.000 0.868 0.000
#> SRR1087704 6 0.4047 0.3180 0.384 0.000 0.000 0.000 0.012 0.604
#> SRR1464897 1 0.0260 0.9320 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473915 4 0.3866 0.0883 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.2912 0.7883 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0790 0.8603 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1499652 5 0.1204 0.7323 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1356643 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1097708 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR813529 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352322 6 0.4037 0.3890 0.380 0.000 0.000 0.000 0.012 0.608
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.2823 0.6923 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1390289 5 0.0717 0.7492 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976 0.000
#> SRR1351955 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.0603 0.8828 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR1367785 4 0.5005 0.4053 0.000 0.248 0.000 0.628 0.124 0.000
#> SRR1470057 4 0.0291 0.8881 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000
#> SRR1079567 1 0.3650 0.6210 0.708 0.000 0.000 0.000 0.012 0.280
#> SRR1095675 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1388788 5 0.2632 0.7408 0.000 0.004 0.000 0.164 0.832 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1362514 5 0.3607 0.2396 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1454031 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340680 2 0.2969 0.7806 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1488307 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8626 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.2964 0.7054 0.000 0.000 0.004 0.204 0.792 0.000
#> SRR1090334 2 0.0713 0.8604 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1338280 1 0.0146 0.9334 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357456 6 0.0146 0.8879 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1444523 6 0.4136 0.1977 0.428 0.000 0.000 0.000 0.012 0.560
#> SRR1310898 2 0.0146 0.8620 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0260 0.9323 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1321377 4 0.3884 0.6242 0.000 0.184 0.004 0.760 0.052 0.000
#> SRR1320445 6 0.0508 0.8836 0.004 0.000 0.000 0.000 0.012 0.984
#> SRR1081116 6 0.0725 0.8816 0.012 0.000 0.000 0.000 0.012 0.976
#> SRR1333287 2 0.6750 0.3121 0.000 0.520 0.124 0.204 0.152 0.000
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8913 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.1168 0.8660 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028 0.000
#> SRR1393529 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102224 3 0.0363 0.9560 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1074239 1 0.1745 0.8841 0.920 0.000 0.000 0.000 0.012 0.068
#> SRR1401774 5 0.3830 0.4620 0.000 0.000 0.004 0.376 0.620 0.000
#> SRR1413262 5 0.2823 0.5844 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR1336227 5 0.1957 0.7230 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR1069991 6 0.4037 0.3285 0.380 0.000 0.000 0.000 0.012 0.608
#> SRR1091524 6 0.4093 0.2603 0.404 0.000 0.000 0.000 0.012 0.584
#> SRR1312577 2 0.0363 0.8630 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341721 6 0.1225 0.8654 0.036 0.000 0.000 0.000 0.012 0.952
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1204 0.8557 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1382461 1 0.4116 0.3072 0.572 0.000 0.000 0.000 0.012 0.416
#> SRR1361883 3 0.0146 0.9663 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.0790 0.7407 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1073655 6 0.0260 0.8883 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1075729 6 0.0993 0.8761 0.024 0.000 0.000 0.000 0.012 0.964
#> SRR1397292 5 0.1218 0.7375 0.000 0.012 0.028 0.004 0.956 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.991 0.4912 0.510 0.510
#> 3 3 0.793 0.798 0.915 0.2829 0.799 0.626
#> 4 4 0.736 0.780 0.857 0.1627 0.805 0.520
#> 5 5 0.787 0.819 0.893 0.0709 0.865 0.551
#> 6 6 0.739 0.692 0.796 0.0412 0.968 0.851
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR1441768 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR1392456 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0672 0.983 0.008 0.992
#> SRR1410634 1 0.9087 0.513 0.676 0.324
#> SRR1353332 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR1077380 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1430703 1 0.9710 0.322 0.600 0.400
#> SRR1086020 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.7219 0.756 0.200 0.800
#> SRR1313625 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.9661 0.366 0.392 0.608
#> SRR1092749 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1389366 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1500071 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR1500131 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1400008 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR1312666 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1383674 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.5842 0.841 0.140 0.860
#> SRR1430839 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.5294 0.866 0.120 0.880
#> SRR1344122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083678 1 0.9491 0.409 0.632 0.368
#> SRR1487547 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1087752 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1348094 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.5178 0.870 0.116 0.884
#> SRR1087704 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0376 0.987 0.004 0.996
#> SRR1320445 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.5408 0.861 0.124 0.876
#> SRR1454821 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1102224 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.1633 0.968 0.024 0.976
#> SRR1413262 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.9661 0.366 0.392 0.608
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.4504 0.6785 0.804 0.000 0.196
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.6286 0.1516 0.536 0.000 0.464
#> SRR1457080 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.3879 0.7228 0.848 0.000 0.152
#> SRR1084505 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.6274 0.1720 0.544 0.000 0.456
#> SRR1397781 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0747 0.9605 0.000 0.984 0.016
#> SRR1120891 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 3 0.3752 0.6777 0.000 0.144 0.856
#> SRR1473232 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.6280 0.1647 0.540 0.000 0.460
#> SRR1430088 3 0.5529 0.5235 0.000 0.296 0.704
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.5706 0.4973 0.680 0.000 0.320
#> SRR1085235 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1357692 3 0.2711 0.7574 0.088 0.000 0.912
#> SRR1430703 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.6295 0.1220 0.528 0.000 0.472
#> SRR819486 1 0.5098 0.5952 0.752 0.000 0.248
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.6079 0.2950 0.000 0.388 0.612
#> SRR1080222 1 0.4842 0.6449 0.776 0.000 0.224
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0237 0.9716 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313625 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1365377 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0237 0.8466 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389366 3 0.2711 0.7574 0.088 0.000 0.912
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.5621 0.5577 0.000 0.692 0.308
#> SRR1078948 3 0.4178 0.7138 0.172 0.000 0.828
#> SRR1099765 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.6291 0.1372 0.532 0.000 0.468
#> SRR807751 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1487403 3 0.5948 0.4654 0.360 0.000 0.640
#> SRR1409046 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1474000 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500131 3 0.4062 0.6612 0.000 0.164 0.836
#> SRR1415854 1 0.1643 0.8199 0.956 0.000 0.044
#> SRR1387286 2 0.5098 0.6933 0.000 0.752 0.248
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.6286 0.1516 0.536 0.000 0.464
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.6274 0.1764 0.544 0.000 0.456
#> SRR809565 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1476974 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 3 0.4235 0.6508 0.000 0.176 0.824
#> SRR1362579 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.6225 0.2423 0.568 0.000 0.432
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.2711 0.7573 0.088 0.000 0.912
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0892 0.9585 0.000 0.980 0.020
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.5948 0.4795 0.000 0.640 0.360
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.6274 0.1697 0.456 0.000 0.544
#> SRR1085259 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1477732 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.5706 0.4898 0.680 0.000 0.320
#> SRR1378924 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1411 0.8259 0.964 0.000 0.036
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1436280 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.6215 0.2531 0.572 0.000 0.428
#> SRR1467943 3 0.5882 0.4949 0.348 0.000 0.652
#> SRR808638 3 0.4452 0.7005 0.192 0.000 0.808
#> SRR1099451 3 0.2537 0.7321 0.000 0.080 0.920
#> SRR1082238 1 0.6286 0.1516 0.536 0.000 0.464
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1316463 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.1860 0.9279 0.000 0.948 0.052
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 3 0.4887 0.5997 0.000 0.228 0.772
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.2878 0.7543 0.096 0.000 0.904
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.6295 0.1211 0.528 0.000 0.472
#> SRR1069943 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.2711 0.7574 0.088 0.000 0.912
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.4796 0.6354 0.780 0.000 0.220
#> SRR1383674 3 0.2711 0.7574 0.088 0.000 0.912
#> SRR1442440 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 3 0.5560 0.5891 0.300 0.000 0.700
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.5706 0.5503 0.320 0.000 0.680
#> SRR1475785 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0424 0.9685 0.000 0.992 0.008
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1077667 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.6235 0.2130 0.000 0.564 0.436
#> SRR1364975 3 0.2796 0.7558 0.092 0.000 0.908
#> SRR1472259 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1390179 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1081332 1 0.6291 0.1279 0.532 0.000 0.468
#> SRR1406709 3 0.6309 -0.1110 0.000 0.500 0.500
#> SRR1458529 3 0.4121 0.6567 0.000 0.168 0.832
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.6260 0.2005 0.552 0.000 0.448
#> SRR1083868 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 3 0.0237 0.7640 0.000 0.004 0.996
#> SRR1403853 3 0.5098 0.5758 0.000 0.248 0.752
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.6235 0.2323 0.564 0.000 0.436
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.2878 0.7543 0.096 0.000 0.904
#> SRR1487704 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1081493 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4504 0.7317 0.000 0.804 0.196
#> SRR816096 2 0.6302 0.0716 0.000 0.520 0.480
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.5291 0.6397 0.268 0.000 0.732
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.2711 0.7574 0.088 0.000 0.912
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.2625 0.7580 0.084 0.000 0.916
#> SRR1091054 1 0.6192 0.2730 0.580 0.000 0.420
#> SRR1316343 3 0.2356 0.7316 0.000 0.072 0.928
#> SRR1073899 3 0.6295 0.1124 0.472 0.000 0.528
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.2711 0.8946 0.000 0.912 0.088
#> SRR1445426 2 0.3412 0.8559 0.000 0.876 0.124
#> SRR1389932 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.2066 0.9223 0.000 0.940 0.060
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.2066 0.7395 0.000 0.060 0.940
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.5529 0.5225 0.704 0.000 0.296
#> SRR1083125 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.5465 0.6120 0.288 0.000 0.712
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 3 0.1411 0.7553 0.000 0.036 0.964
#> SRR1330770 2 0.6302 0.1622 0.000 0.520 0.480
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 3 0.4002 0.6642 0.000 0.160 0.840
#> SRR1349190 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.5016 0.6922 0.000 0.760 0.240
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 3 0.4555 0.6313 0.000 0.200 0.800
#> SRR1319038 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2796 0.7792 0.908 0.000 0.092
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 3 0.5560 0.5124 0.000 0.300 0.700
#> SRR1420391 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087704 3 0.6154 0.3407 0.408 0.000 0.592
#> SRR1464897 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 3 0.0747 0.7604 0.000 0.016 0.984
#> SRR1356643 3 0.6309 -0.0137 0.496 0.000 0.504
#> SRR1097708 1 0.6291 0.1377 0.532 0.000 0.468
#> SRR813529 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1352322 1 0.0424 0.8440 0.992 0.000 0.008
#> SRR1498661 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.6026 0.4195 0.376 0.000 0.624
#> SRR1390289 2 0.6180 0.3367 0.000 0.584 0.416
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0424 0.9680 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407000 3 0.3412 0.6963 0.000 0.124 0.876
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.6295 0.1220 0.528 0.000 0.472
#> SRR1388788 2 0.0237 0.9719 0.000 0.996 0.004
#> SRR1396146 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.5621 0.5787 0.308 0.000 0.692
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.6286 0.1516 0.536 0.000 0.464
#> SRR1443399 2 0.5254 0.6709 0.000 0.736 0.264
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.6286 0.1516 0.536 0.000 0.464
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.5058 0.6669 0.000 0.756 0.244
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.6274 0.1772 0.544 0.000 0.456
#> SRR1444523 1 0.5835 0.4600 0.660 0.000 0.340
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.0747 0.7606 0.000 0.016 0.984
#> SRR1320445 1 0.4235 0.6992 0.824 0.000 0.176
#> SRR1081116 1 0.1411 0.8237 0.964 0.000 0.036
#> SRR1333287 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 3 0.4178 0.6578 0.000 0.172 0.828
#> SRR1393529 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1102224 3 0.2711 0.7574 0.088 0.000 0.912
#> SRR1074239 1 0.5678 0.5040 0.684 0.000 0.316
#> SRR1401774 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413262 3 0.3412 0.6936 0.000 0.124 0.876
#> SRR1336227 2 0.4399 0.7746 0.000 0.812 0.188
#> SRR1069991 1 0.0237 0.8466 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091524 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.6225 0.2326 0.568 0.000 0.432
#> SRR1437514 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9751 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.5327 0.6360 0.272 0.000 0.728
#> SRR1378262 1 0.0000 0.8489 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0237 0.9719 0.000 0.996 0.004
#> SRR1073655 1 0.6286 0.1519 0.536 0.000 0.464
#> SRR1075729 1 0.0237 0.8466 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397292 3 0.0000 0.7649 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.3907 0.6649 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1330831 2 0.1302 0.8423 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1456250 3 0.4679 0.6975 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1433708 4 0.4477 0.8851 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2814 0.6954 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.5252 0.8656 0.000 0.336 0.020 0.644
#> SRR1436583 4 0.4804 0.8115 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1420413 3 0.4746 0.6866 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1441768 1 0.0336 0.9250 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356976 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1466597 3 0.4679 0.6997 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1392456 4 0.4431 0.8831 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.3172 0.7209 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.4605 0.8728 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1404362 1 0.0921 0.9156 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1490635 2 0.0188 0.8623 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1343546 4 0.4605 0.8728 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1405921 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.4500 0.8837 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1089207 1 0.4804 0.4852 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1084505 1 0.0921 0.9156 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1376476 4 0.4343 0.8292 0.000 0.264 0.004 0.732
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.5217 0.3313 0.380 0.000 0.608 0.012
#> SRR1397781 1 0.0336 0.9250 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.3400 0.7065 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1120891 1 0.0188 0.9263 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337495 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1102198 3 0.4936 0.6982 0.000 0.008 0.652 0.340
#> SRR1473232 3 0.4746 0.6866 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1410634 3 0.4193 0.7421 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR1353332 2 0.0188 0.8622 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.4431 0.8831 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR816794 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.4477 0.8851 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1353577 3 0.4382 0.7311 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1077380 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1407693 3 0.0707 0.8329 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1430088 2 0.6028 0.5301 0.000 0.644 0.076 0.280
#> SRR1311464 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1327454 4 0.4804 0.8115 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 3 0.4830 0.2955 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1085235 3 0.2214 0.8253 0.044 0.000 0.928 0.028
#> SRR1357692 3 0.0921 0.8346 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1430703 3 0.4454 0.7291 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.4605 0.8728 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1087271 2 0.0188 0.8622 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR812721 3 0.1389 0.8181 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR819486 1 0.4790 0.4944 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.3219 0.7529 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1318624 2 0.0188 0.8623 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467544 4 0.3801 0.8109 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1476384 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.6677 0.4197 0.000 0.552 0.100 0.348
#> SRR1080222 1 0.4889 0.4244 0.636 0.000 0.360 0.004
#> SRR1361777 2 0.4961 -0.3971 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1405311 4 0.4543 0.8786 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.4564 0.8778 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.2589 0.7734 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1498505 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.4382 0.7309 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1313625 3 0.2214 0.8253 0.044 0.000 0.928 0.028
#> SRR1365377 3 0.4250 0.7381 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1092749 1 0.3610 0.7641 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1389366 3 0.0336 0.8364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1359509 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.4746 0.6866 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1500071 2 0.4483 0.6054 0.000 0.712 0.004 0.284
#> SRR1078948 3 0.1356 0.8351 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1099765 1 0.0336 0.9250 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR818523 3 0.1211 0.8227 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR807751 1 0.2704 0.8407 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.4543 0.8800 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1343698 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.2216 0.8710 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1487403 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1409046 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1474000 3 0.4522 0.7213 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1500131 4 0.4040 0.1070 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1415854 1 0.2081 0.8684 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1387286 4 0.4898 0.8176 0.000 0.260 0.024 0.716
#> SRR1362664 2 0.2921 0.7512 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1097525 3 0.2469 0.7735 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1432231 2 0.1118 0.8353 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.3975 0.6153 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR809565 3 0.2214 0.8253 0.044 0.000 0.928 0.028
#> SRR1476974 1 0.1474 0.9005 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.4817 0.8075 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.4605 0.8728 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1395682 2 0.6215 0.4874 0.000 0.600 0.072 0.328
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 3 0.3975 0.6148 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1475233 2 0.0336 0.8603 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1400008 3 0.0188 0.8363 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338489 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1439697 3 0.1284 0.8353 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.4972 -0.4229 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1458380 2 0.4103 0.6389 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1400489 4 0.3143 0.6619 0.000 0.100 0.024 0.876
#> SRR1416455 2 0.2469 0.7893 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1477292 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1096924 2 0.1978 0.8157 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1308269 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1367172 3 0.2530 0.7698 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1085259 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1477732 1 0.3356 0.7932 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1356509 4 0.4624 0.8694 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.4804 0.4859 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1100395 1 0.1211 0.9070 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1436280 3 0.4564 0.7159 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1312666 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR810153 3 0.4948 0.1029 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1467943 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR808638 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1099451 2 0.7816 0.0325 0.000 0.412 0.316 0.272
#> SRR1082238 3 0.3266 0.7115 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1404186 4 0.4961 0.6916 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1479721 1 0.0188 0.9263 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480721 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1446716 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1073971 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.1059 0.8363 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1316463 3 0.5024 0.6841 0.000 0.008 0.632 0.360
#> SRR1103072 4 0.2408 0.6964 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1420129 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.4697 0.8514 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1356997 3 0.5323 0.6685 0.000 0.020 0.628 0.352
#> SRR1409326 4 0.4643 0.8652 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.4585 0.8751 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1105033 3 0.0336 0.8365 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1077066 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099931 3 0.3024 0.7341 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1069943 1 0.1022 0.9124 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1360194 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814108 3 0.0469 0.8364 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1410699 4 0.4585 0.8751 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1405461 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1323312 2 0.3444 0.6099 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0336 0.9250 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.4776 0.5019 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1383674 3 0.0336 0.8364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442440 4 0.4605 0.8728 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1404461 3 0.2174 0.8225 0.052 0.000 0.928 0.020
#> SRR1336617 2 0.1118 0.8360 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1097811 3 0.0469 0.8352 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1475785 1 0.3726 0.7525 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1347916 2 0.3907 0.6531 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1477522 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.5599 0.5580 0.000 0.672 0.052 0.276
#> SRR1364975 3 0.0469 0.8364 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1472259 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1390179 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081332 3 0.4122 0.6238 0.236 0.000 0.760 0.004
#> SRR1406709 3 0.6324 0.5330 0.000 0.064 0.536 0.400
#> SRR1458529 2 0.5530 0.5231 0.000 0.632 0.032 0.336
#> SRR1332467 4 0.4585 0.8751 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1078278 3 0.4431 0.4976 0.304 0.000 0.696 0.000
#> SRR1083868 1 0.2921 0.8260 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1367544 2 0.0469 0.8598 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1333167 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1418492 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470624 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1324473 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.1302 0.8276 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1453747 3 0.5007 0.6827 0.000 0.008 0.636 0.356
#> SRR1403853 4 0.2973 0.3686 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1378707 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.4331 0.5297 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1370107 4 0.4585 0.8751 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1369008 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1385672 3 0.4522 0.7213 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1430839 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.4431 0.8831 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.8361 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487704 3 0.4477 0.7251 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1344122 4 0.4431 0.8831 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1402027 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.3569 0.6831 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR816096 2 0.6238 0.5074 0.000 0.620 0.084 0.296
#> SRR1440809 2 0.3024 0.7338 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1406394 3 0.0376 0.8366 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1317653 2 0.4250 0.2937 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1343072 3 0.0921 0.8346 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.4994 -0.5261 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.1940 0.8236 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1487547 4 0.4661 0.8593 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1087752 3 0.0469 0.8364 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1091054 3 0.4977 0.0250 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1316343 3 0.4776 0.6785 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1073899 3 0.4770 0.5521 0.288 0.000 0.700 0.012
#> SRR1456093 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1399291 2 0.1716 0.8055 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1336863 4 0.4804 0.8115 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1456771 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.1940 0.6704 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1445426 2 0.3219 0.7387 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1389932 1 0.0469 0.9230 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0592 0.8362 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1452222 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1468096 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1334011 4 0.7463 0.5785 0.000 0.272 0.224 0.504
#> SRR1444701 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0592 0.8543 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.4761 0.7085 0.000 0.004 0.664 0.332
#> SRR1410550 2 0.0336 0.8599 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473209 1 0.0336 0.9250 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1101741 1 0.4790 0.4944 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.2149 0.7656 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1072578 3 0.0336 0.8357 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1466091 2 0.0188 0.8623 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090119 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.7795 0.0934 0.000 0.424 0.296 0.280
#> SRR1330770 4 0.2845 0.5322 0.000 0.028 0.076 0.896
#> SRR1489349 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1457336 4 0.4564 0.8759 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1447481 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1466770 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1093366 2 0.0188 0.8622 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434631 4 0.4008 0.1186 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.3610 0.7641 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.1118 0.6338 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1432165 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1441913 3 0.5113 0.7129 0.000 0.024 0.684 0.292
#> SRR1319038 4 0.4477 0.8851 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1338603 2 0.1302 0.8258 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.4776 0.5019 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.5835 0.5426 0.000 0.656 0.064 0.280
#> SRR1420391 3 0.4564 0.7159 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1087704 3 0.4776 0.5813 0.272 0.000 0.712 0.016
#> SRR1464897 1 0.0336 0.9250 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473915 2 0.0592 0.8543 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1337816 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476324 2 0.0592 0.8543 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1499652 2 0.7181 0.3786 0.000 0.512 0.152 0.336
#> SRR1356643 3 0.0707 0.8330 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1097708 3 0.0592 0.8342 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR813529 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352322 1 0.3837 0.7393 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0336 0.8357 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1390289 2 0.4792 0.5721 0.000 0.680 0.008 0.312
#> SRR1351955 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.2469 0.6995 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1407000 3 0.4889 0.6843 0.000 0.004 0.636 0.360
#> SRR1367785 2 0.1211 0.8440 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1470057 4 0.4605 0.8720 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1079567 1 0.0592 0.9210 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1095675 3 0.1022 0.8268 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1388788 4 0.5492 0.8566 0.000 0.328 0.032 0.640
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0469 0.8349 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1362514 2 0.1118 0.8452 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1454031 3 0.3172 0.7210 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1443399 4 0.1211 0.6381 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1101280 2 0.0469 0.8595 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1340680 2 0.0336 0.8598 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488307 3 0.2011 0.7967 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.3215 0.6438 0.000 0.092 0.032 0.876
#> SRR1090334 2 0.4972 -0.4570 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.1792 0.8074 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1444523 3 0.4546 0.6569 0.256 0.000 0.732 0.012
#> SRR1310898 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.4356 0.7288 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1320445 1 0.4776 0.5019 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1081116 1 0.3975 0.7197 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1333287 3 0.4222 0.7412 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1454821 4 0.4454 0.8862 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1348792 2 0.7853 0.0168 0.000 0.400 0.308 0.292
#> SRR1393529 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1102224 3 0.0336 0.8364 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1074239 3 0.4981 0.2427 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1401774 3 0.4761 0.6820 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1413262 2 0.7770 0.1522 0.000 0.416 0.248 0.336
#> SRR1336227 2 0.3726 0.6896 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1069991 1 0.3610 0.7641 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1091524 1 0.0817 0.9178 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 3 0.2542 0.8071 0.084 0.000 0.904 0.012
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.8645 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.1022 0.9124 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1361883 3 0.0188 0.8363 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.4222 0.6210 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1073655 3 0.0707 0.8329 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1075729 1 0.3975 0.7200 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1397292 3 0.4500 0.7239 0.000 0.000 0.684 0.316
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 3 0.4162 0.5923 0.312 0.000 0.680 0.004 0.004
#> SRR1330831 2 0.1557 0.9125 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1456250 5 0.0693 0.8345 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1433708 4 0.1608 0.8811 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4173 0.4924 0.000 0.688 0.000 0.300 0.012
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.5178 -0.3158 0.000 0.480 0.000 0.480 0.040
#> SRR1436583 4 0.3534 0.7977 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1420413 5 0.0693 0.8343 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1441768 1 0.2970 0.7935 0.828 0.000 0.168 0.004 0.000
#> SRR1356976 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1466597 5 0.1364 0.8323 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> SRR1392456 4 0.5127 0.6732 0.000 0.124 0.000 0.692 0.184
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0162 0.8909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.3388 0.8561 0.000 0.200 0.000 0.792 0.008
#> SRR1404362 1 0.2439 0.8482 0.876 0.000 0.120 0.004 0.000
#> SRR1490635 2 0.0609 0.9267 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1343546 5 0.6465 0.1176 0.000 0.184 0.000 0.376 0.440
#> SRR1405921 2 0.1282 0.9193 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1362928 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1089207 3 0.0955 0.8842 0.028 0.000 0.968 0.004 0.000
#> SRR1084505 3 0.4397 0.2835 0.432 0.000 0.564 0.004 0.000
#> SRR1376476 5 0.6497 0.2697 0.000 0.208 0.000 0.320 0.472
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.2243 0.8755 0.012 0.000 0.916 0.016 0.056
#> SRR1397781 1 0.0963 0.9170 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.2654 0.8738 0.000 0.888 0.000 0.064 0.048
#> SRR1120891 1 0.2329 0.8356 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1102198 5 0.1623 0.8393 0.000 0.020 0.016 0.016 0.948
#> SRR1473232 5 0.0566 0.8339 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984
#> SRR1410634 5 0.2595 0.8156 0.000 0.000 0.080 0.032 0.888
#> SRR1353332 2 0.1408 0.9217 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1362332 4 0.3495 0.8670 0.000 0.160 0.000 0.812 0.028
#> SRR816794 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.2377 0.8627 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1353577 5 0.1579 0.8317 0.000 0.000 0.024 0.032 0.944
#> SRR1077380 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1407693 3 0.0451 0.8915 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1430088 2 0.5428 0.0201 0.000 0.504 0.004 0.048 0.444
#> SRR1311464 2 0.0290 0.9287 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1327454 4 0.3366 0.8390 0.000 0.212 0.000 0.784 0.004
#> SRR1342806 1 0.1341 0.8970 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1388437 3 0.1412 0.8833 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008
#> SRR1085235 3 0.2331 0.8731 0.008 0.000 0.908 0.016 0.068
#> SRR1357692 3 0.4661 0.5601 0.000 0.000 0.656 0.032 0.312
#> SRR1430703 5 0.3829 0.6567 0.000 0.000 0.196 0.028 0.776
#> SRR1086020 2 0.0566 0.9254 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1334181 4 0.3003 0.8264 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1087271 2 0.1597 0.9201 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR812721 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 3 0.1282 0.8768 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1465248 2 0.1740 0.9144 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0162 0.9315 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.3437 0.7800 0.000 0.048 0.000 0.832 0.120
#> SRR1318624 2 0.0290 0.9268 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467544 4 0.4455 0.6964 0.000 0.068 0.000 0.744 0.188
#> SRR1476384 2 0.0579 0.9251 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1395788 1 0.2891 0.7714 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.1205 0.9194 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.2149 0.8348 0.000 0.036 0.012 0.028 0.924
#> SRR1080222 3 0.4627 0.7528 0.164 0.000 0.760 0.020 0.056
#> SRR1361777 4 0.3242 0.8295 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1405311 4 0.5258 0.6599 0.000 0.140 0.000 0.680 0.180
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1407018 1 0.0162 0.9315 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.3410 0.8332 0.000 0.840 0.000 0.068 0.092
#> SRR1498505 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1419941 5 0.1579 0.8317 0.000 0.000 0.024 0.032 0.944
#> SRR1313625 3 0.2696 0.8687 0.012 0.000 0.892 0.024 0.072
#> SRR1365377 5 0.2595 0.8156 0.000 0.000 0.080 0.032 0.888
#> SRR1092749 1 0.3521 0.7009 0.764 0.000 0.232 0.004 0.000
#> SRR1389366 3 0.4250 0.6132 0.000 0.000 0.720 0.028 0.252
#> SRR1359509 2 0.0794 0.9243 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1444043 5 0.1281 0.8342 0.000 0.000 0.012 0.032 0.956
#> SRR1500071 5 0.3061 0.7849 0.000 0.136 0.000 0.020 0.844
#> SRR1078948 3 0.2426 0.8672 0.000 0.000 0.900 0.036 0.064
#> SRR1099765 1 0.0963 0.9170 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.2813 0.7958 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1323002 4 0.2280 0.8926 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1343698 2 0.1357 0.9140 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1330176 3 0.3990 0.5802 0.308 0.000 0.688 0.004 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0324 0.8907 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1487403 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1474000 5 0.1399 0.8283 0.000 0.000 0.020 0.028 0.952
#> SRR1500131 5 0.1597 0.8349 0.000 0.000 0.012 0.048 0.940
#> SRR1415854 3 0.5383 0.4686 0.348 0.000 0.596 0.012 0.044
#> SRR1387286 5 0.4627 0.6932 0.000 0.188 0.000 0.080 0.732
#> SRR1362664 2 0.2325 0.8951 0.000 0.904 0.000 0.068 0.028
#> SRR1097525 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.1043 0.9225 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.0324 0.8908 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR809565 3 0.2331 0.8731 0.008 0.000 0.908 0.016 0.068
#> SRR1476974 1 0.3928 0.5866 0.700 0.000 0.296 0.004 0.000
#> SRR1360258 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1310876 4 0.3895 0.7192 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1404951 2 0.1597 0.9166 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.2648 0.8500 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1395682 5 0.1568 0.8366 0.000 0.036 0.000 0.020 0.944
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0324 0.9275 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1473100 3 0.0451 0.8904 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0324 0.8907 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1475233 2 0.2574 0.8323 0.000 0.876 0.000 0.112 0.012
#> SRR1400008 3 0.3694 0.7322 0.000 0.000 0.796 0.032 0.172
#> SRR1338489 4 0.1544 0.8803 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1439697 3 0.1704 0.8765 0.000 0.000 0.928 0.004 0.068
#> SRR1329642 2 0.0162 0.9279 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341945 2 0.0290 0.9268 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418262 4 0.4138 0.5438 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1458380 5 0.5386 0.4137 0.000 0.372 0.000 0.064 0.564
#> SRR1400489 5 0.3242 0.7955 0.000 0.072 0.000 0.076 0.852
#> SRR1416455 2 0.2351 0.8915 0.000 0.896 0.000 0.088 0.016
#> SRR1477292 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1096924 5 0.4793 0.6425 0.000 0.260 0.000 0.056 0.684
#> SRR1308269 2 0.0703 0.9256 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1367172 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.3969 0.5756 0.692 0.000 0.304 0.004 0.000
#> SRR1356509 4 0.6650 0.2871 0.000 0.280 0.000 0.448 0.272
#> SRR1323446 1 0.2329 0.8356 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1368094 3 0.1041 0.8830 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1100395 3 0.4084 0.5639 0.328 0.000 0.668 0.004 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1436280 5 0.1399 0.8283 0.000 0.000 0.020 0.028 0.952
#> SRR1312666 4 0.1544 0.8803 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR810153 3 0.0451 0.8904 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1467943 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1099451 5 0.3238 0.8262 0.000 0.048 0.032 0.048 0.872
#> SRR1082238 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.2536 0.8614 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1479721 1 0.4448 -0.0461 0.516 0.000 0.480 0.004 0.000
#> SRR1480721 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1446716 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.1788 0.8804 0.004 0.000 0.932 0.008 0.056
#> SRR1316463 5 0.1267 0.8358 0.000 0.004 0.012 0.024 0.960
#> SRR1103072 4 0.3445 0.7530 0.000 0.036 0.000 0.824 0.140
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.4101 0.6295 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1356997 5 0.2388 0.8318 0.000 0.028 0.000 0.072 0.900
#> SRR1409326 4 0.2891 0.8412 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1485020 2 0.0162 0.9279 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2179 0.8934 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1105033 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1077066 2 0.0162 0.9279 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099931 3 0.0162 0.8909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1069943 3 0.3949 0.5989 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.3795 0.7267 0.000 0.000 0.780 0.028 0.192
#> SRR1410699 4 0.2230 0.8937 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1405461 4 0.2329 0.8926 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1323312 5 0.5591 0.3731 0.000 0.396 0.000 0.076 0.528
#> SRR1467171 1 0.0162 0.9314 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1396742 1 0.1121 0.9127 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.1282 0.8772 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1383674 3 0.4397 0.5680 0.000 0.000 0.696 0.028 0.276
#> SRR1442440 4 0.3143 0.8462 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1404461 3 0.2769 0.8688 0.020 0.000 0.892 0.024 0.064
#> SRR1336617 2 0.1851 0.8995 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1097811 3 0.0162 0.8915 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475785 3 0.3689 0.6588 0.256 0.000 0.740 0.004 0.000
#> SRR1347916 2 0.5267 0.0699 0.000 0.524 0.000 0.048 0.428
#> SRR1477522 2 0.0290 0.9288 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098002 3 0.0771 0.8904 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.5280 0.2993 0.000 0.584 0.004 0.048 0.364
#> SRR1364975 3 0.2278 0.8699 0.000 0.000 0.908 0.032 0.060
#> SRR1472259 3 0.1106 0.8836 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR1390179 3 0.0324 0.8907 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1312784 2 0.0451 0.9269 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1069850 3 0.0693 0.8887 0.000 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1081332 3 0.1569 0.8831 0.004 0.000 0.944 0.008 0.044
#> SRR1406709 5 0.2551 0.8298 0.000 0.040 0.012 0.044 0.904
#> SRR1458529 5 0.1741 0.8356 0.000 0.040 0.000 0.024 0.936
#> SRR1332467 4 0.2230 0.8932 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1078278 3 0.0671 0.8885 0.016 0.000 0.980 0.004 0.000
#> SRR1083868 1 0.2605 0.8130 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.4891 0.4003 0.000 0.640 0.000 0.044 0.316
#> SRR1333167 4 0.2424 0.8906 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.1121 0.9174 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0290 0.9273 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.1965 0.8946 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1453747 5 0.1914 0.8306 0.000 0.000 0.060 0.016 0.924
#> SRR1403853 5 0.1041 0.8332 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR1378707 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1083504 2 0.0404 0.9283 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.0324 0.8909 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1370107 4 0.2230 0.8932 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1369008 4 0.1608 0.8811 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1385672 5 0.1399 0.8283 0.000 0.000 0.020 0.028 0.952
#> SRR1430839 2 0.0162 0.9279 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.3692 0.8259 0.000 0.136 0.000 0.812 0.052
#> SRR1348507 2 0.1082 0.9247 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1090626 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1487704 5 0.1965 0.8282 0.000 0.000 0.024 0.052 0.924
#> SRR1344122 4 0.6208 0.1390 0.000 0.144 0.000 0.480 0.376
#> SRR1402027 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.3579 0.8081 0.000 0.828 0.000 0.072 0.100
#> SRR816096 5 0.5501 0.4437 0.000 0.356 0.016 0.044 0.584
#> SRR1440809 2 0.2230 0.8934 0.000 0.912 0.000 0.044 0.044
#> SRR1406394 3 0.1668 0.8796 0.000 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1317653 2 0.2516 0.7839 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1343072 3 0.3977 0.7363 0.000 0.000 0.764 0.032 0.204
#> SRR1336964 2 0.0963 0.9213 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1358624 4 0.1608 0.8811 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.3143 0.6778 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 5 0.4136 0.6846 0.000 0.000 0.188 0.048 0.764
#> SRR1487547 4 0.3480 0.8088 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1087752 3 0.3574 0.7714 0.000 0.000 0.804 0.028 0.168
#> SRR1091054 3 0.0865 0.8859 0.024 0.000 0.972 0.004 0.000
#> SRR1316343 5 0.0807 0.8349 0.000 0.000 0.012 0.012 0.976
#> SRR1073899 3 0.2243 0.8755 0.012 0.000 0.916 0.016 0.056
#> SRR1456093 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1399291 2 0.3563 0.6916 0.000 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1336863 4 0.3210 0.8401 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 5 0.5111 0.3049 0.000 0.040 0.000 0.408 0.552
#> SRR1445426 5 0.5504 0.2361 0.000 0.448 0.000 0.064 0.488
#> SRR1389932 3 0.4437 0.2116 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.4550 0.6133 0.000 0.000 0.688 0.036 0.276
#> SRR1452222 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1468096 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1334011 5 0.4796 0.6959 0.000 0.196 0.008 0.068 0.728
#> SRR1444701 2 0.0609 0.9266 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1329687 1 0.0162 0.9315 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0703 0.9283 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.1623 0.8393 0.000 0.020 0.016 0.016 0.948
#> SRR1410550 2 0.2574 0.8550 0.000 0.876 0.000 0.112 0.012
#> SRR1473209 1 0.0963 0.9170 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1101741 3 0.1041 0.8822 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1083125 1 0.3274 0.6970 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0404 0.9284 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0703 0.9206 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1072578 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0963 0.9122 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1090119 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 5 0.2845 0.8317 0.000 0.032 0.028 0.048 0.892
#> SRR1330770 5 0.3201 0.8001 0.000 0.052 0.000 0.096 0.852
#> SRR1489349 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1457336 5 0.6362 0.2904 0.000 0.184 0.000 0.320 0.496
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0579 0.9251 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1323215 4 0.1544 0.8790 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1466770 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1093366 2 0.1444 0.9043 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1434631 5 0.0992 0.8348 0.000 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0880 0.9200 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0290 0.9268 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099354 1 0.3074 0.7493 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 5 0.4180 0.6820 0.000 0.036 0.000 0.220 0.744
#> SRR1432165 4 0.1608 0.8825 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1441913 5 0.2710 0.8309 0.000 0.032 0.016 0.056 0.896
#> SRR1319038 4 0.1608 0.8811 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1338603 2 0.1764 0.8846 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 3 0.1041 0.8822 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1322186 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1466687 4 0.1792 0.8876 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1478571 1 0.3508 0.6380 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1074337 5 0.4861 0.6559 0.000 0.248 0.008 0.048 0.696
#> SRR1420391 5 0.1211 0.8295 0.000 0.000 0.016 0.024 0.960
#> SRR1087704 3 0.2795 0.8675 0.024 0.000 0.892 0.024 0.060
#> SRR1464897 1 0.0963 0.9170 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1831 0.8785 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1337816 2 0.1043 0.9193 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1322070 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1476324 2 0.1197 0.9203 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1499652 5 0.0981 0.8369 0.000 0.008 0.008 0.012 0.972
#> SRR1356643 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 3 0.0451 0.8915 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR813529 3 0.0162 0.8909 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1352322 3 0.3662 0.6634 0.252 0.000 0.744 0.004 0.000
#> SRR1498661 1 0.0162 0.9313 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0162 0.8909 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1390289 5 0.2669 0.8068 0.000 0.104 0.000 0.020 0.876
#> SRR1351955 2 0.0963 0.9212 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1336988 4 0.3321 0.7625 0.000 0.032 0.000 0.832 0.136
#> SRR1407000 5 0.2568 0.8359 0.000 0.016 0.032 0.048 0.904
#> SRR1367785 2 0.2077 0.9000 0.000 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1470057 4 0.2424 0.8886 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1079567 3 0.4430 0.2110 0.456 0.000 0.540 0.004 0.000
#> SRR1095675 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 5 0.6124 0.4526 0.000 0.236 0.000 0.200 0.564
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.1492 0.8844 0.004 0.000 0.948 0.008 0.040
#> SRR1362514 2 0.1893 0.9040 0.000 0.928 0.000 0.048 0.024
#> SRR1454031 3 0.0162 0.8909 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1443399 5 0.3876 0.7248 0.000 0.032 0.000 0.192 0.776
#> SRR1101280 2 0.2388 0.8974 0.000 0.900 0.000 0.072 0.028
#> SRR1340680 2 0.1197 0.9176 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1488307 3 0.0000 0.8911 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0162 0.9279 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317110 5 0.2370 0.8221 0.000 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR1090334 2 0.2516 0.7821 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1338280 1 0.0290 0.9301 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.0451 0.8904 0.008 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1444523 3 0.4439 0.7374 0.176 0.000 0.760 0.008 0.056
#> SRR1310898 2 0.0290 0.9268 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.2580 0.8231 0.000 0.000 0.064 0.044 0.892
#> SRR1320445 3 0.1124 0.8808 0.036 0.000 0.960 0.004 0.000
#> SRR1081116 3 0.2629 0.8090 0.136 0.000 0.860 0.004 0.000
#> SRR1333287 5 0.2654 0.8142 0.000 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR1454821 4 0.2127 0.8933 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1348792 5 0.3236 0.8246 0.000 0.052 0.032 0.044 0.872
#> SRR1393529 3 0.0451 0.8904 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1102224 3 0.4835 0.3280 0.000 0.000 0.592 0.028 0.380
#> SRR1074239 3 0.3522 0.7188 0.212 0.000 0.780 0.004 0.004
#> SRR1401774 5 0.0693 0.8346 0.000 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1413262 5 0.0898 0.8377 0.000 0.020 0.000 0.008 0.972
#> SRR1336227 5 0.4226 0.7255 0.000 0.176 0.000 0.060 0.764
#> SRR1069991 1 0.4440 0.1351 0.528 0.000 0.468 0.004 0.000
#> SRR1091524 3 0.4375 0.3195 0.420 0.000 0.576 0.004 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 3 0.2433 0.8728 0.024 0.000 0.908 0.012 0.056
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9290 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 3 0.3949 0.5987 0.300 0.000 0.696 0.004 0.000
#> SRR1361883 3 0.1195 0.8819 0.000 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9327 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.5457 0.1582 0.000 0.460 0.000 0.060 0.480
#> SRR1073655 3 0.0451 0.8915 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1075729 3 0.2389 0.8276 0.116 0.000 0.880 0.004 0.000
#> SRR1397292 5 0.2124 0.8120 0.000 0.000 0.056 0.028 0.916
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 6 0.5391 0.5215 0.244 0.000 0.176 0.000 0.000 0.580
#> SRR1330831 2 0.3401 0.8091 0.000 0.840 0.052 0.036 0.072 0.000
#> SRR1456250 5 0.2450 0.5993 0.000 0.000 0.116 0.016 0.868 0.000
#> SRR1433708 4 0.0713 0.8443 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.5931 0.2180 0.000 0.292 0.216 0.488 0.004 0.000
#> SRR1432783 2 0.3445 0.8013 0.000 0.744 0.244 0.012 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.7272 0.3845 0.000 0.236 0.160 0.428 0.176 0.000
#> SRR1436583 4 0.3620 0.7696 0.000 0.044 0.184 0.772 0.000 0.000
#> SRR1420413 5 0.3050 0.4643 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1441768 1 0.4594 -0.0356 0.484 0.000 0.036 0.000 0.000 0.480
#> SRR1356976 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.3805 0.3814 0.000 0.000 0.328 0.004 0.664 0.004
#> SRR1392456 4 0.5196 0.1697 0.000 0.080 0.004 0.520 0.396 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2365 0.8142 0.000 0.072 0.000 0.888 0.040 0.000
#> SRR1404362 1 0.4186 0.5234 0.656 0.000 0.032 0.000 0.000 0.312
#> SRR1490635 2 0.0363 0.8269 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 5 0.5548 0.2363 0.000 0.124 0.004 0.368 0.504 0.000
#> SRR1405921 2 0.4070 0.8178 0.000 0.764 0.168 0.048 0.020 0.000
#> SRR1362928 4 0.2489 0.8167 0.000 0.012 0.128 0.860 0.000 0.000
#> SRR1089207 6 0.0858 0.7658 0.004 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968
#> SRR1084505 6 0.4300 0.5086 0.324 0.000 0.036 0.000 0.000 0.640
#> SRR1376476 5 0.4436 0.5609 0.000 0.092 0.016 0.152 0.740 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.3437 0.6855 0.008 0.000 0.236 0.000 0.004 0.752
#> SRR1397781 1 0.2527 0.8356 0.868 0.000 0.024 0.000 0.000 0.108
#> SRR1386753 2 0.3287 0.8123 0.000 0.768 0.220 0.012 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0858 0.8340 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.2750 0.8271 0.000 0.868 0.080 0.004 0.048 0.000
#> SRR1120891 1 0.3288 0.5666 0.724 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1337495 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.0865 0.6475 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1473232 5 0.3023 0.4639 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1410634 5 0.3684 0.3688 0.000 0.000 0.332 0.004 0.664 0.000
#> SRR1353332 2 0.3956 0.7976 0.000 0.716 0.252 0.028 0.004 0.000
#> SRR1362332 4 0.4304 0.6749 0.000 0.100 0.004 0.736 0.160 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.2474 0.8033 0.000 0.080 0.004 0.884 0.032 0.000
#> SRR1353577 5 0.3699 0.3655 0.000 0.000 0.336 0.004 0.660 0.000
#> SRR1077380 4 0.0508 0.8474 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.0260 0.7682 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1430088 5 0.5630 0.4119 0.000 0.240 0.196 0.004 0.560 0.000
#> SRR1311464 2 0.0881 0.8281 0.000 0.972 0.008 0.012 0.008 0.000
#> SRR1327454 4 0.3210 0.7905 0.000 0.028 0.168 0.804 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.1663 0.8498 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1388437 6 0.3683 0.6972 0.048 0.000 0.184 0.000 0.000 0.768
#> SRR1085235 6 0.3189 0.6857 0.000 0.000 0.236 0.000 0.004 0.760
#> SRR1357692 3 0.5738 0.7391 0.000 0.000 0.508 0.000 0.208 0.284
#> SRR1430703 3 0.4264 0.2877 0.000 0.000 0.500 0.000 0.484 0.016
#> SRR1086020 2 0.3403 0.8164 0.000 0.768 0.212 0.020 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.3897 0.7932 0.000 0.100 0.072 0.800 0.028 0.000
#> SRR1087271 2 0.4426 0.7497 0.000 0.652 0.296 0.052 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR819486 6 0.0914 0.7659 0.016 0.000 0.016 0.000 0.000 0.968
#> SRR1465248 2 0.4146 0.8131 0.000 0.752 0.180 0.052 0.016 0.000
#> SRR1334134 1 0.0777 0.8997 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.3183 0.7262 0.000 0.008 0.016 0.812 0.164 0.000
#> SRR1318624 2 0.4201 0.7599 0.000 0.664 0.300 0.036 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.4675 0.5154 0.000 0.044 0.016 0.656 0.284 0.000
#> SRR1476384 2 0.3950 0.7837 0.000 0.696 0.276 0.028 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.4264 0.3468 0.620 0.000 0.028 0.000 0.000 0.352
#> SRR1406478 2 0.3338 0.8335 0.000 0.812 0.152 0.024 0.012 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.1078 0.6567 0.000 0.008 0.012 0.016 0.964 0.000
#> SRR1080222 6 0.5013 0.5995 0.140 0.000 0.224 0.000 0.000 0.636
#> SRR1361777 4 0.3318 0.7860 0.000 0.032 0.172 0.796 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.5534 0.0847 0.000 0.116 0.004 0.476 0.404 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1434 0.8423 0.000 0.012 0.048 0.940 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.1074 0.8952 0.960 0.000 0.028 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090431 2 0.5678 0.6964 0.000 0.576 0.272 0.020 0.132 0.000
#> SRR1498505 2 0.0508 0.8263 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419941 5 0.3835 0.3560 0.000 0.000 0.336 0.004 0.656 0.004
#> SRR1313625 6 0.3864 0.5915 0.004 0.000 0.344 0.000 0.004 0.648
#> SRR1365377 5 0.3684 0.3688 0.000 0.000 0.332 0.004 0.664 0.000
#> SRR1092749 1 0.3642 0.7252 0.760 0.000 0.036 0.000 0.000 0.204
#> SRR1389366 6 0.5915 -0.6136 0.000 0.000 0.360 0.000 0.212 0.428
#> SRR1359509 2 0.0146 0.8289 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 5 0.3508 0.4305 0.000 0.000 0.292 0.004 0.704 0.000
#> SRR1500071 5 0.2841 0.6197 0.000 0.128 0.012 0.012 0.848 0.000
#> SRR1078948 6 0.3619 0.5948 0.000 0.000 0.316 0.000 0.004 0.680
#> SRR1099765 1 0.2573 0.8324 0.864 0.000 0.024 0.000 0.000 0.112
#> SRR818523 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR807751 1 0.3794 0.6632 0.724 0.000 0.028 0.000 0.000 0.248
#> SRR1379157 2 0.2877 0.8287 0.000 0.820 0.168 0.012 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2581 0.8155 0.000 0.016 0.128 0.856 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0508 0.8264 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330176 6 0.4236 0.5386 0.308 0.000 0.036 0.000 0.000 0.656
#> SRR1329530 1 0.0260 0.9075 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 6 0.1700 0.7422 0.000 0.000 0.080 0.000 0.004 0.916
#> SRR1487403 6 0.0777 0.7645 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972
#> SRR1409046 6 0.2362 0.6941 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004 0.860
#> SRR1474000 5 0.3866 -0.2686 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1500131 5 0.1970 0.6399 0.000 0.000 0.092 0.008 0.900 0.000
#> SRR1415854 6 0.5660 0.4721 0.252 0.000 0.216 0.000 0.000 0.532
#> SRR1387286 5 0.3539 0.6032 0.000 0.136 0.012 0.044 0.808 0.000
#> SRR1362664 2 0.3031 0.7875 0.000 0.860 0.020 0.048 0.072 0.000
#> SRR1097525 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1432231 2 0.2699 0.7962 0.000 0.880 0.020 0.032 0.068 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.1141 0.7659 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR809565 6 0.3265 0.6754 0.000 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1476974 6 0.4592 0.0886 0.468 0.000 0.036 0.000 0.000 0.496
#> SRR1360258 2 0.1946 0.7860 0.000 0.912 0.012 0.004 0.072 0.000
#> SRR1310876 4 0.4848 0.7045 0.000 0.124 0.184 0.684 0.008 0.000
#> SRR1404951 2 0.3428 0.8280 0.000 0.808 0.152 0.024 0.016 0.000
#> SRR1374355 2 0.0363 0.8302 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.2212 0.8369 0.000 0.880 0.112 0.008 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.3833 0.7218 0.000 0.092 0.004 0.784 0.120 0.000
#> SRR1395682 5 0.1049 0.6526 0.000 0.008 0.032 0.000 0.960 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.3617 0.8038 0.000 0.736 0.244 0.020 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.0363 0.7670 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1340966 2 0.2882 0.8274 0.000 0.812 0.180 0.008 0.000 0.000
#> SRR1323873 6 0.1753 0.7408 0.000 0.000 0.084 0.000 0.004 0.912
#> SRR1475233 2 0.5667 0.6031 0.000 0.520 0.288 0.192 0.000 0.000
#> SRR1400008 6 0.5798 -0.5238 0.000 0.000 0.320 0.000 0.200 0.480
#> SRR1338489 4 0.0260 0.8461 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.3215 0.6776 0.000 0.000 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR1329642 2 0.4118 0.7585 0.000 0.660 0.312 0.028 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.4118 0.7585 0.000 0.660 0.312 0.028 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.4604 0.6996 0.000 0.152 0.152 0.696 0.000 0.000
#> SRR1458380 5 0.4650 0.4356 0.000 0.348 0.012 0.032 0.608 0.000
#> SRR1400489 5 0.2774 0.6385 0.000 0.076 0.012 0.040 0.872 0.000
#> SRR1416455 2 0.4058 0.7860 0.000 0.796 0.064 0.056 0.084 0.000
#> SRR1477292 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.3923 0.5721 0.000 0.184 0.016 0.036 0.764 0.000
#> SRR1308269 2 0.0520 0.8293 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000 0.000
#> SRR1367172 6 0.0777 0.7645 0.004 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972
#> SRR1085259 6 0.1010 0.7597 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1477732 1 0.4500 0.2949 0.572 0.000 0.036 0.000 0.000 0.392
#> SRR1356509 5 0.5499 0.2794 0.000 0.124 0.004 0.344 0.528 0.000
#> SRR1323446 1 0.3351 0.5451 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1368094 6 0.1124 0.7625 0.008 0.000 0.036 0.000 0.000 0.956
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1151 0.8449 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> SRR1100395 6 0.4945 0.5255 0.304 0.000 0.092 0.000 0.000 0.604
#> SRR1327570 2 0.0603 0.8288 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341209 6 0.2838 0.6824 0.000 0.000 0.188 0.000 0.004 0.808
#> SRR1436280 5 0.3864 -0.2590 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1312666 4 0.0363 0.8458 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.0508 0.7670 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1467943 6 0.0692 0.7652 0.004 0.000 0.020 0.000 0.000 0.976
#> SRR808638 6 0.2402 0.6919 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR1099451 5 0.3204 0.6108 0.000 0.032 0.144 0.004 0.820 0.000
#> SRR1082238 6 0.0603 0.7657 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980
#> SRR1404186 2 0.6086 0.4707 0.000 0.568 0.052 0.136 0.244 0.000
#> SRR1479721 6 0.4589 0.2239 0.460 0.000 0.036 0.000 0.000 0.504
#> SRR1480721 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0717 0.8328 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 6 0.3136 0.6896 0.000 0.000 0.228 0.000 0.004 0.768
#> SRR1316463 5 0.0862 0.6556 0.000 0.004 0.008 0.016 0.972 0.000
#> SRR1103072 4 0.3329 0.7021 0.000 0.004 0.020 0.792 0.184 0.000
#> SRR1420129 2 0.3608 0.7890 0.000 0.716 0.272 0.012 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.5494 0.5997 0.000 0.208 0.160 0.616 0.016 0.000
#> SRR1356997 5 0.1970 0.6372 0.000 0.000 0.092 0.008 0.900 0.000
#> SRR1409326 4 0.4424 0.7676 0.000 0.088 0.156 0.740 0.016 0.000
#> SRR1485020 2 0.3342 0.8132 0.000 0.760 0.228 0.012 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0146 0.8289 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0405 0.8302 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2170 0.8280 0.000 0.012 0.100 0.888 0.000 0.000
#> SRR1105033 6 0.3265 0.6380 0.000 0.000 0.248 0.000 0.004 0.748
#> SRR1077066 2 0.2714 0.8342 0.000 0.848 0.136 0.012 0.004 0.000
#> SRR1099931 6 0.0508 0.7670 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1069943 6 0.4165 0.5595 0.292 0.000 0.036 0.000 0.000 0.672
#> SRR1360194 2 0.0820 0.8296 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.5841 0.7116 0.000 0.000 0.464 0.000 0.204 0.332
#> SRR1410699 4 0.0820 0.8472 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.4327 0.5271 0.000 0.252 0.020 0.028 0.700 0.000
#> SRR1467171 1 0.1572 0.8844 0.936 0.000 0.036 0.000 0.000 0.028
#> SRR1396742 1 0.2651 0.8302 0.860 0.000 0.028 0.000 0.000 0.112
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.0909 0.7668 0.020 0.000 0.012 0.000 0.000 0.968
#> SRR1383674 3 0.5943 0.7070 0.000 0.000 0.432 0.000 0.224 0.344
#> SRR1442440 4 0.3994 0.7875 0.000 0.080 0.140 0.772 0.008 0.000
#> SRR1404461 6 0.4204 0.6439 0.036 0.000 0.272 0.000 0.004 0.688
#> SRR1336617 2 0.4128 0.7944 0.000 0.788 0.064 0.100 0.048 0.000
#> SRR1097811 6 0.2595 0.7272 0.000 0.000 0.160 0.000 0.004 0.836
#> SRR1475785 6 0.4127 0.5637 0.284 0.000 0.036 0.000 0.000 0.680
#> SRR1347916 5 0.4646 0.3559 0.000 0.396 0.016 0.020 0.568 0.000
#> SRR1477522 2 0.1918 0.8370 0.000 0.904 0.088 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098002 6 0.2871 0.7106 0.000 0.000 0.192 0.000 0.004 0.804
#> SRR1077667 1 0.0146 0.9086 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410720 2 0.2473 0.8359 0.000 0.856 0.136 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0891 0.8984 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394384 2 0.5940 0.1897 0.000 0.464 0.196 0.004 0.336 0.000
#> SRR1364975 6 0.4289 0.2611 0.000 0.000 0.424 0.000 0.020 0.556
#> SRR1472259 6 0.2362 0.6987 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004 0.860
#> SRR1390179 6 0.1531 0.7546 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.928
#> SRR1312784 2 0.3956 0.7938 0.000 0.712 0.252 0.036 0.000 0.000
#> SRR1069850 6 0.2402 0.7160 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR1081332 6 0.3052 0.6967 0.000 0.000 0.216 0.000 0.004 0.780
#> SRR1406709 5 0.1700 0.6578 0.000 0.028 0.012 0.024 0.936 0.000
#> SRR1458529 5 0.2076 0.6449 0.000 0.012 0.060 0.016 0.912 0.000
#> SRR1332467 4 0.2218 0.8262 0.000 0.012 0.104 0.884 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.0146 0.7674 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1083868 1 0.2831 0.8113 0.840 0.000 0.024 0.000 0.000 0.136
#> SRR1367544 2 0.4217 0.3261 0.000 0.644 0.012 0.012 0.332 0.000
#> SRR1333167 4 0.0790 0.8463 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0458 0.8274 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.3372 0.6840 0.000 0.804 0.016 0.016 0.164 0.000
#> SRR1470624 2 0.0508 0.8312 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.4426 0.7512 0.000 0.652 0.296 0.052 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0458 0.8274 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.4501 0.6597 0.000 0.732 0.024 0.068 0.176 0.000
#> SRR1453747 5 0.1007 0.6449 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1403853 5 0.0717 0.6540 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1378707 2 0.0291 0.8280 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0260 0.8281 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0972 0.8349 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.0405 0.7670 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR1370107 4 0.2531 0.8146 0.000 0.012 0.132 0.856 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.1594 0.8292 0.000 0.052 0.000 0.932 0.016 0.000
#> SRR1385672 5 0.3867 -0.2823 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1430839 2 0.2473 0.8345 0.000 0.856 0.136 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0547 0.8323 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.5005 0.4300 0.000 0.088 0.004 0.612 0.296 0.000
#> SRR1348507 2 0.3452 0.8263 0.000 0.792 0.176 0.024 0.008 0.000
#> SRR1090626 6 0.2520 0.6797 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004 0.844
#> SRR1487704 3 0.3961 0.2712 0.000 0.000 0.556 0.004 0.440 0.000
#> SRR1344122 5 0.5313 0.0893 0.000 0.088 0.004 0.432 0.476 0.000
#> SRR1402027 6 0.2402 0.6919 0.000 0.000 0.140 0.000 0.004 0.856
#> SRR1081493 1 0.0713 0.8967 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1076940 2 0.2839 0.7896 0.000 0.860 0.044 0.004 0.092 0.000
#> SRR816096 5 0.4762 0.5383 0.000 0.192 0.120 0.004 0.684 0.000
#> SRR1440809 2 0.4019 0.6182 0.000 0.740 0.016 0.028 0.216 0.000
#> SRR1406394 6 0.3528 0.6068 0.000 0.000 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR1317653 2 0.5659 0.5751 0.000 0.556 0.232 0.208 0.004 0.000
#> SRR1343072 3 0.5714 0.7252 0.000 0.000 0.508 0.000 0.196 0.296
#> SRR1336964 2 0.1749 0.8357 0.000 0.932 0.036 0.024 0.008 0.000
#> SRR1358624 4 0.0914 0.8413 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016 0.000
#> SRR1467194 2 0.3766 0.7742 0.000 0.684 0.304 0.012 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.5931 0.3939 0.000 0.488 0.216 0.292 0.004 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.5364 0.5268 0.000 0.000 0.532 0.004 0.360 0.104
#> SRR1487547 4 0.3351 0.7896 0.000 0.040 0.160 0.800 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.5724 0.6812 0.000 0.000 0.492 0.000 0.184 0.324
#> SRR1091054 6 0.0865 0.7679 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1316343 5 0.1285 0.6459 0.000 0.000 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR1073899 6 0.3248 0.6903 0.004 0.000 0.224 0.000 0.004 0.768
#> SRR1456093 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1399291 4 0.6101 -0.0940 0.000 0.364 0.228 0.404 0.004 0.000
#> SRR1336863 4 0.3490 0.7802 0.000 0.040 0.176 0.784 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0260 0.8290 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 5 0.4438 0.5174 0.000 0.048 0.012 0.244 0.696 0.000
#> SRR1445426 5 0.4548 0.4398 0.000 0.360 0.012 0.024 0.604 0.000
#> SRR1389932 6 0.4570 0.2975 0.436 0.000 0.036 0.000 0.000 0.528
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5703 0.7421 0.000 0.000 0.520 0.000 0.212 0.268
#> SRR1452222 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.3523 0.6052 0.000 0.132 0.016 0.040 0.812 0.000
#> SRR1444701 2 0.0622 0.8319 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0146 0.9089 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092493 2 0.3185 0.8339 0.000 0.832 0.116 0.048 0.004 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.0547 0.6498 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1410550 2 0.5500 0.6725 0.000 0.584 0.224 0.188 0.004 0.000
#> SRR1473209 1 0.2527 0.8356 0.868 0.000 0.024 0.000 0.000 0.108
#> SRR1101741 6 0.0405 0.7664 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR1083125 1 0.2595 0.7686 0.836 0.000 0.004 0.000 0.000 0.160
#> SRR1419495 2 0.0603 0.8323 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0260 0.9075 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1328980 2 0.4777 0.7346 0.000 0.676 0.212 0.108 0.004 0.000
#> SRR1072578 6 0.1908 0.7540 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1466091 2 0.4098 0.7711 0.000 0.676 0.292 0.032 0.000 0.000
#> SRR1090119 6 0.2362 0.6941 0.000 0.000 0.136 0.000 0.004 0.860
#> SRR1337516 2 0.0363 0.8284 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 5 0.3129 0.6095 0.000 0.024 0.152 0.004 0.820 0.000
#> SRR1330770 5 0.2171 0.6580 0.000 0.032 0.016 0.040 0.912 0.000
#> SRR1489349 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.5246 0.4094 0.000 0.088 0.012 0.308 0.592 0.000
#> SRR1447481 2 0.1398 0.8373 0.000 0.940 0.052 0.008 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.3929 0.7860 0.000 0.700 0.272 0.028 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0508 0.8452 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.5419 0.6659 0.000 0.568 0.296 0.132 0.004 0.000
#> SRR1434631 5 0.1152 0.6495 0.000 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.3025 0.7998 0.820 0.000 0.024 0.000 0.000 0.156
#> SRR1477339 2 0.4118 0.7585 0.000 0.660 0.312 0.028 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.3025 0.7900 0.820 0.000 0.024 0.000 0.000 0.156
#> SRR1470855 2 0.3277 0.6453 0.000 0.792 0.016 0.004 0.188 0.000
#> SRR1102998 2 0.0363 0.8284 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 5 0.3420 0.5459 0.000 0.008 0.012 0.204 0.776 0.000
#> SRR1432165 4 0.0260 0.8461 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441913 5 0.1471 0.6443 0.000 0.000 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1319038 4 0.1594 0.8292 0.000 0.052 0.000 0.932 0.016 0.000
#> SRR1338603 2 0.5727 0.5918 0.000 0.536 0.268 0.192 0.004 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.1010 0.7630 0.004 0.000 0.036 0.000 0.000 0.960
#> SRR1322186 2 0.0748 0.8240 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004 0.000
#> SRR1466687 4 0.0260 0.8461 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.3520 0.7085 0.776 0.000 0.036 0.000 0.000 0.188
#> SRR1074337 5 0.4704 0.5527 0.000 0.160 0.140 0.004 0.696 0.000
#> SRR1420391 5 0.3647 0.1638 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1087704 6 0.3499 0.6721 0.004 0.000 0.264 0.000 0.004 0.728
#> SRR1464897 1 0.2527 0.8356 0.868 0.000 0.024 0.000 0.000 0.108
#> SRR1473915 2 0.5864 0.5473 0.000 0.512 0.256 0.228 0.004 0.000
#> SRR1337816 2 0.0508 0.8260 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322070 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.3572 0.8300 0.000 0.820 0.100 0.060 0.020 0.000
#> SRR1499652 5 0.2805 0.5306 0.000 0.004 0.184 0.000 0.812 0.000
#> SRR1356643 6 0.0363 0.7679 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1097708 6 0.0146 0.7682 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR813529 6 0.1531 0.7497 0.000 0.000 0.068 0.000 0.004 0.928
#> SRR1352322 6 0.3978 0.5845 0.268 0.000 0.032 0.000 0.000 0.700
#> SRR1498661 1 0.0363 0.9057 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1075078 6 0.0865 0.7609 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1390289 5 0.2215 0.6483 0.000 0.076 0.012 0.012 0.900 0.000
#> SRR1351955 2 0.3447 0.8307 0.000 0.800 0.164 0.024 0.012 0.000
#> SRR1336988 4 0.3371 0.6867 0.000 0.004 0.016 0.780 0.200 0.000
#> SRR1407000 5 0.1958 0.6312 0.000 0.000 0.100 0.004 0.896 0.000
#> SRR1367785 2 0.3786 0.8063 0.000 0.816 0.068 0.052 0.064 0.000
#> SRR1470057 4 0.2121 0.8290 0.000 0.012 0.096 0.892 0.000 0.000
#> SRR1079567 6 0.4371 0.4716 0.344 0.000 0.036 0.000 0.000 0.620
#> SRR1095675 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1388788 5 0.4493 0.5639 0.000 0.160 0.020 0.084 0.736 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.2902 0.7058 0.000 0.000 0.196 0.000 0.004 0.800
#> SRR1362514 2 0.4289 0.5708 0.000 0.712 0.016 0.036 0.236 0.000
#> SRR1454031 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1443399 5 0.2156 0.6571 0.000 0.020 0.020 0.048 0.912 0.000
#> SRR1101280 2 0.4478 0.8067 0.000 0.748 0.152 0.056 0.044 0.000
#> SRR1340680 2 0.3273 0.7198 0.000 0.824 0.016 0.024 0.136 0.000
#> SRR1488307 6 0.0508 0.7659 0.004 0.000 0.012 0.000 0.000 0.984
#> SRR1443800 2 0.3778 0.7808 0.000 0.696 0.288 0.016 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.1116 0.6569 0.000 0.004 0.008 0.028 0.960 0.000
#> SRR1090334 2 0.5434 0.6174 0.000 0.596 0.212 0.188 0.004 0.000
#> SRR1338280 1 0.0458 0.9049 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1357456 6 0.0363 0.7682 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1444523 6 0.4203 0.6601 0.068 0.000 0.216 0.000 0.000 0.716
#> SRR1310898 2 0.4083 0.7628 0.000 0.668 0.304 0.028 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0146 0.9086 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.2442 0.6018 0.000 0.000 0.144 0.004 0.852 0.000
#> SRR1320445 6 0.1391 0.7587 0.016 0.000 0.040 0.000 0.000 0.944
#> SRR1081116 6 0.4313 0.6721 0.124 0.000 0.148 0.000 0.000 0.728
#> SRR1333287 5 0.3805 0.3685 0.000 0.000 0.328 0.004 0.664 0.004
#> SRR1454821 4 0.0363 0.8475 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1348792 5 0.2588 0.6206 0.000 0.012 0.124 0.004 0.860 0.000
#> SRR1393529 6 0.2558 0.7242 0.000 0.000 0.156 0.000 0.004 0.840
#> SRR1102224 3 0.6012 0.6819 0.000 0.000 0.396 0.000 0.240 0.364
#> SRR1074239 6 0.4120 0.6782 0.096 0.000 0.160 0.000 0.000 0.744
#> SRR1401774 5 0.2941 0.4732 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1413262 5 0.3281 0.5072 0.000 0.004 0.200 0.012 0.784 0.000
#> SRR1336227 5 0.3344 0.6216 0.000 0.120 0.020 0.032 0.828 0.000
#> SRR1069991 6 0.4371 0.4666 0.344 0.000 0.036 0.000 0.000 0.620
#> SRR1091524 6 0.4300 0.5086 0.324 0.000 0.036 0.000 0.000 0.640
#> SRR1312577 2 0.2948 0.8243 0.000 0.804 0.188 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.4311 0.6600 0.060 0.000 0.228 0.000 0.004 0.708
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0717 0.8298 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1382461 6 0.4191 0.5664 0.284 0.000 0.040 0.000 0.000 0.676
#> SRR1361883 6 0.2772 0.6842 0.000 0.000 0.180 0.000 0.004 0.816
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9099 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.4738 0.4263 0.000 0.356 0.012 0.036 0.596 0.000
#> SRR1073655 6 0.0146 0.7682 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1075729 6 0.3727 0.6310 0.216 0.000 0.036 0.000 0.000 0.748
#> SRR1397292 3 0.3999 0.2468 0.000 0.000 0.500 0.000 0.496 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.993 0.4778 0.525 0.525
#> 3 3 0.812 0.881 0.937 0.2930 0.839 0.697
#> 4 4 0.813 0.843 0.918 0.1182 0.851 0.639
#> 5 5 0.805 0.752 0.875 0.0465 0.965 0.886
#> 6 6 0.827 0.793 0.901 0.0266 0.953 0.844
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.7950 0.692 0.240 0.760
#> SRR1430703 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.7219 0.755 0.200 0.800
#> SRR1338489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.4815 0.883 0.896 0.104
#> SRR1436280 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.6438 0.802 0.836 0.164
#> SRR1099451 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.7528 0.731 0.216 0.784
#> SRR1077066 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.7219 0.755 0.200 0.800
#> SRR1410699 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.5408 0.857 0.124 0.876
#> SRR1442440 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.9552 0.413 0.376 0.624
#> SRR1472259 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.8555 0.622 0.280 0.720
#> SRR1487704 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.1414 0.978 0.980 0.020
#> SRR1081493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.9686 0.361 0.396 0.604
#> SRR1317653 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.3274 0.935 0.940 0.060
#> SRR1336964 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.6048 0.827 0.148 0.852
#> SRR1091054 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.7139 0.761 0.196 0.804
#> SRR1452222 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0376 0.986 0.004 0.996
#> SRR1074239 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.990 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456250 3 0.0237 0.8031 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433708 3 0.6215 0.4966 0.000 0.428 0.572
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1432783 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1398272 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1436583 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1420413 3 0.3941 0.8340 0.000 0.156 0.844
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.1163 0.9045 0.000 0.972 0.028
#> SRR1466597 3 0.4452 0.8312 0.000 0.192 0.808
#> SRR1392456 3 0.4654 0.8276 0.000 0.208 0.792
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.6045 0.2157 0.000 0.620 0.380
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3192 0.8434 0.000 0.888 0.112
#> SRR1343546 3 0.5363 0.7662 0.000 0.276 0.724
#> SRR1405921 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362928 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 3 0.4974 0.8085 0.000 0.236 0.764
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334055 2 0.1289 0.9040 0.000 0.968 0.032
#> SRR1329131 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.2165 0.8768 0.000 0.936 0.064
#> SRR1102198 3 0.4291 0.8310 0.000 0.180 0.820
#> SRR1473232 3 0.0000 0.8030 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.1163 0.9045 0.000 0.972 0.028
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 3 0.4702 0.8256 0.000 0.212 0.788
#> SRR816794 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.6280 0.4096 0.000 0.460 0.540
#> SRR1353577 2 0.1860 0.8927 0.000 0.948 0.052
#> SRR1077380 2 0.1643 0.8935 0.000 0.956 0.044
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.1411 0.9020 0.000 0.964 0.036
#> SRR1327454 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.5397 0.5652 0.280 0.000 0.720
#> SRR1430703 3 0.0747 0.8018 0.000 0.016 0.984
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.4002 0.7623 0.000 0.840 0.160
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4178 0.7443 0.000 0.828 0.172
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 3 0.4702 0.8256 0.000 0.212 0.788
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.1860 0.8158 0.000 0.052 0.948
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1405311 3 0.4974 0.8081 0.000 0.236 0.764
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0892 0.9087 0.000 0.980 0.020
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0237 0.9131 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498505 2 0.1753 0.8951 0.000 0.952 0.048
#> SRR1419941 3 0.6215 0.4989 0.000 0.428 0.572
#> SRR1313625 3 0.4702 0.6578 0.212 0.000 0.788
#> SRR1365377 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.1182 0.9085 0.012 0.976 0.012
#> SRR1359509 2 0.3116 0.8472 0.000 0.892 0.108
#> SRR1444043 3 0.4605 0.8288 0.000 0.204 0.796
#> SRR1500071 3 0.2261 0.8010 0.000 0.068 0.932
#> SRR1078948 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323002 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1343698 2 0.1163 0.9058 0.000 0.972 0.028
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.0747 0.8018 0.000 0.016 0.984
#> SRR1500131 3 0.4654 0.8276 0.000 0.208 0.792
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.3192 0.8312 0.000 0.112 0.888
#> SRR1362664 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.1163 0.9058 0.000 0.972 0.028
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.3340 0.8356 0.000 0.880 0.120
#> SRR1310876 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1404951 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1374355 2 0.2448 0.8746 0.000 0.924 0.076
#> SRR1499260 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.5988 0.2630 0.000 0.632 0.368
#> SRR1395682 3 0.6235 0.2433 0.000 0.436 0.564
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0592 0.9114 0.000 0.988 0.012
#> SRR1400008 2 0.4555 0.6659 0.200 0.800 0.000
#> SRR1338489 2 0.4346 0.7247 0.000 0.816 0.184
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1458380 3 0.6111 0.5801 0.000 0.396 0.604
#> SRR1400489 3 0.3267 0.8317 0.000 0.116 0.884
#> SRR1416455 2 0.0237 0.9131 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477292 2 0.4291 0.7315 0.000 0.820 0.180
#> SRR1096924 2 0.4235 0.7740 0.000 0.824 0.176
#> SRR1308269 2 0.1289 0.9039 0.000 0.968 0.032
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.5706 0.7079 0.000 0.320 0.680
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.1753 0.8951 0.000 0.952 0.048
#> SRR1341209 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.0747 0.8018 0.000 0.016 0.984
#> SRR1312666 2 0.5098 0.6027 0.000 0.752 0.248
#> SRR810153 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.5760 0.4693 0.672 0.328 0.000
#> SRR1099451 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.1163 0.9045 0.000 0.972 0.028
#> SRR1446716 2 0.2878 0.8445 0.000 0.904 0.096
#> SRR1073971 2 0.2356 0.8778 0.000 0.928 0.072
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.0237 0.8031 0.000 0.004 0.996
#> SRR1103072 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1420129 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1382639 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1356997 2 0.3340 0.8167 0.000 0.880 0.120
#> SRR1409326 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1485020 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1387113 2 0.3267 0.8396 0.000 0.884 0.116
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1411 0.9020 0.000 0.964 0.036
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1105033 2 0.5363 0.5356 0.276 0.724 0.000
#> SRR1077066 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.1643 0.8980 0.000 0.956 0.044
#> SRR814108 1 0.7049 0.0747 0.528 0.020 0.452
#> SRR1410699 2 0.4504 0.7045 0.000 0.804 0.196
#> SRR1405461 2 0.2066 0.8804 0.000 0.940 0.060
#> SRR1323312 2 0.4702 0.7222 0.000 0.788 0.212
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.4750 0.6450 0.216 0.784 0.000
#> SRR1442440 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4605 0.7386 0.000 0.796 0.204
#> SRR1477522 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098002 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0747 0.9110 0.000 0.984 0.016
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0237 0.9131 0.000 0.996 0.004
#> SRR1364975 1 0.5621 0.5122 0.692 0.308 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.0592 0.8024 0.000 0.012 0.988
#> SRR1458529 3 0.0747 0.8018 0.000 0.016 0.984
#> SRR1332467 2 0.0892 0.9087 0.000 0.980 0.020
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.5431 0.6304 0.000 0.716 0.284
#> SRR1333167 2 0.4796 0.6609 0.000 0.780 0.220
#> SRR1418492 2 0.3412 0.8317 0.000 0.876 0.124
#> SRR1476652 2 0.4178 0.7783 0.000 0.828 0.172
#> SRR1470624 2 0.1643 0.8974 0.000 0.956 0.044
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.4346 0.7639 0.000 0.816 0.184
#> SRR1420538 2 0.3941 0.7755 0.000 0.844 0.156
#> SRR1453747 3 0.4931 0.8113 0.000 0.232 0.768
#> SRR1403853 3 0.4452 0.8312 0.000 0.192 0.808
#> SRR1378707 2 0.1031 0.9077 0.000 0.976 0.024
#> SRR1083504 2 0.2796 0.8614 0.000 0.908 0.092
#> SRR1437598 2 0.0747 0.9110 0.000 0.984 0.016
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1369008 2 0.2165 0.8768 0.000 0.936 0.064
#> SRR1385672 3 0.0747 0.8018 0.000 0.016 0.984
#> SRR1430839 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098098 2 0.2625 0.8681 0.000 0.916 0.084
#> SRR1473361 3 0.4750 0.8233 0.000 0.216 0.784
#> SRR1348507 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090626 2 0.5216 0.5680 0.260 0.740 0.000
#> SRR1487704 2 0.5138 0.6808 0.000 0.748 0.252
#> SRR1344122 3 0.4654 0.8276 0.000 0.208 0.792
#> SRR1402027 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0592 0.9124 0.000 0.988 0.012
#> SRR816096 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.2066 0.8867 0.000 0.940 0.060
#> SRR1406394 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343072 3 0.6140 0.3097 0.404 0.000 0.596
#> SRR1336964 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1358624 2 0.6307 -0.2475 0.000 0.512 0.488
#> SRR1467194 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459324 2 0.0237 0.9134 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4475 0.7423 0.144 0.840 0.016
#> SRR1487547 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1087752 2 0.4605 0.6595 0.204 0.796 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.3816 0.8344 0.000 0.148 0.852
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.4235 0.7377 0.000 0.824 0.176
#> SRR1399291 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1336863 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1456771 2 0.1643 0.8975 0.000 0.956 0.044
#> SRR1329663 3 0.4654 0.8276 0.000 0.208 0.792
#> SRR1445426 2 0.1643 0.8975 0.000 0.956 0.044
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4555 0.6659 0.200 0.800 0.000
#> SRR1452222 2 0.3116 0.8308 0.000 0.892 0.108
#> SRR1468096 2 0.1529 0.8965 0.000 0.960 0.040
#> SRR1334011 3 0.0892 0.8061 0.000 0.020 0.980
#> SRR1444701 2 0.0592 0.9123 0.000 0.988 0.012
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.0424 0.8051 0.000 0.008 0.992
#> SRR1410550 2 0.0592 0.9114 0.000 0.988 0.012
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.2066 0.8868 0.000 0.940 0.060
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 1 0.1031 0.9616 0.976 0.024 0.000
#> SRR1337516 2 0.3192 0.8435 0.000 0.888 0.112
#> SRR1498290 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330770 3 0.4654 0.8276 0.000 0.208 0.792
#> SRR1489349 2 0.6291 -0.1696 0.000 0.532 0.468
#> SRR1457336 3 0.4654 0.8276 0.000 0.208 0.792
#> SRR1447481 2 0.0892 0.9094 0.000 0.980 0.020
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 3 0.6280 0.4093 0.000 0.460 0.540
#> SRR1466770 2 0.5327 0.5484 0.000 0.728 0.272
#> SRR1093366 2 0.0592 0.9114 0.000 0.988 0.012
#> SRR1434631 3 0.4605 0.8288 0.000 0.204 0.796
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.4555 0.7436 0.000 0.800 0.200
#> SRR1102998 2 0.2878 0.8579 0.000 0.904 0.096
#> SRR1444978 3 0.4842 0.8174 0.000 0.224 0.776
#> SRR1432165 2 0.3619 0.7959 0.000 0.864 0.136
#> SRR1441913 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1319038 3 0.5621 0.7246 0.000 0.308 0.692
#> SRR1338603 2 0.0424 0.9124 0.000 0.992 0.008
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.4555 0.7436 0.000 0.800 0.200
#> SRR1466687 3 0.5178 0.7884 0.000 0.256 0.744
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420391 3 0.0237 0.8031 0.000 0.004 0.996
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0592 0.9114 0.000 0.988 0.012
#> SRR1337816 2 0.3038 0.8510 0.000 0.896 0.104
#> SRR1322070 2 0.4702 0.6756 0.000 0.788 0.212
#> SRR1476324 2 0.0237 0.9134 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499652 3 0.1031 0.8035 0.000 0.024 0.976
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0237 0.9862 0.996 0.004 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 3 0.1964 0.8150 0.000 0.056 0.944
#> SRR1351955 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336988 2 0.2066 0.8804 0.000 0.940 0.060
#> SRR1407000 3 0.6062 0.5959 0.000 0.384 0.616
#> SRR1367785 2 0.0237 0.9131 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470057 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 3 0.3941 0.8315 0.000 0.156 0.844
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.3192 0.8434 0.000 0.888 0.112
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.4702 0.8256 0.000 0.212 0.788
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.4504 0.7536 0.000 0.804 0.196
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1317110 3 0.4291 0.8333 0.000 0.180 0.820
#> SRR1090334 2 0.0237 0.9138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9137 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0892 0.9116 0.000 0.980 0.020
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0237 0.9131 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454821 2 0.5650 0.4426 0.000 0.688 0.312
#> SRR1348792 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0747 0.9103 0.000 0.984 0.016
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.4178 0.8329 0.000 0.172 0.828
#> SRR1413262 3 0.1411 0.7983 0.000 0.036 0.964
#> SRR1336227 3 0.1163 0.8040 0.000 0.028 0.972
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0424 0.9134 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0892 0.9094 0.000 0.980 0.020
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 3 0.5785 0.4923 0.000 0.332 0.668
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9909 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0747 0.8018 0.000 0.016 0.984
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1330831 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456250 3 0.4164 0.6543 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1433708 4 0.1716 0.8194 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4643 0.6659 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.4817 0.5842 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1436583 2 0.4977 -0.1418 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1420413 4 0.4936 0.1357 0.000 0.004 0.372 0.624
#> SRR1441768 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356976 4 0.3266 0.8224 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1466597 4 0.1637 0.7307 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1392456 4 0.0895 0.7896 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2408 0.8319 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1404362 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490635 2 0.2469 0.8022 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1343546 4 0.2281 0.8300 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1405921 2 0.0336 0.8826 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362928 4 0.4431 0.7185 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.2271 0.8231 0.000 0.076 0.008 0.916
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0336 0.8815 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337495 4 0.2814 0.8329 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1102198 3 0.7568 0.2959 0.000 0.200 0.448 0.352
#> SRR1473232 3 0.4933 0.4108 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1410634 4 0.3908 0.7971 0.000 0.212 0.004 0.784
#> SRR1353332 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.0921 0.7985 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR816794 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1792 0.8209 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1353577 2 0.3306 0.7455 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1077380 4 0.3024 0.8304 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1407693 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1430088 2 0.0592 0.8782 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1311464 2 0.1716 0.8472 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1327454 4 0.4304 0.7398 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1357692 4 0.3978 0.5635 0.192 0.000 0.012 0.796
#> SRR1430703 3 0.0336 0.7934 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1086020 2 0.0336 0.8826 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334181 4 0.3123 0.8276 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1087271 2 0.1118 0.8637 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR812721 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0469 0.8807 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.2921 0.8319 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1318624 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467544 4 0.0817 0.7956 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1476384 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.3749 0.7469 0.000 0.032 0.840 0.128
#> SRR1080222 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1361777 2 0.4907 0.0304 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1405311 4 0.1474 0.8138 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.3444 0.8143 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1407018 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090431 2 0.1389 0.8534 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1498505 2 0.1022 0.8686 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1419941 4 0.2741 0.8306 0.000 0.096 0.012 0.892
#> SRR1313625 3 0.4253 0.6181 0.208 0.000 0.776 0.016
#> SRR1365377 4 0.4560 0.7250 0.000 0.296 0.004 0.700
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.4688 0.6820 0.136 0.800 0.008 0.056
#> SRR1359509 2 0.1637 0.8475 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1444043 4 0.0657 0.7691 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1500071 3 0.2611 0.7908 0.000 0.096 0.896 0.008
#> SRR1078948 1 0.0657 0.9866 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379157 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323002 4 0.4804 0.5921 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1343698 2 0.0469 0.8800 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1474000 3 0.0524 0.7943 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1500131 4 0.0779 0.7857 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR1415854 1 0.0336 0.9930 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387286 4 0.4212 0.5482 0.000 0.012 0.216 0.772
#> SRR1362664 2 0.2266 0.8178 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0817 0.8752 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR809565 1 0.1302 0.9540 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1476974 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360258 2 0.3400 0.7096 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1310876 4 0.4817 0.5837 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1404951 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374355 2 0.1022 0.8686 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.2408 0.8318 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1395682 3 0.3972 0.7145 0.000 0.204 0.788 0.008
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473100 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1340966 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0188 0.9952 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475233 2 0.3123 0.7338 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1400008 2 0.3528 0.6405 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.2704 0.8333 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1439697 1 0.0672 0.9889 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1329642 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341945 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418262 4 0.4697 0.6472 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1458380 4 0.4485 0.8138 0.000 0.152 0.052 0.796
#> SRR1400489 4 0.4692 0.5881 0.000 0.032 0.212 0.756
#> SRR1416455 2 0.4916 0.0136 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1477292 4 0.2469 0.8324 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1096924 3 0.5000 0.1033 0.000 0.496 0.504 0.000
#> SRR1308269 2 0.0921 0.8710 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1367172 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356509 4 0.2011 0.8257 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1323446 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1368094 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.3649 0.8030 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1100395 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1327570 2 0.1118 0.8659 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1341209 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.0524 0.7943 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1312666 4 0.2345 0.8312 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR810153 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.4981 0.1739 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082238 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404186 4 0.4679 0.6524 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1479721 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480721 4 0.3172 0.8260 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1446716 4 0.3024 0.8301 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1073971 2 0.1211 0.8630 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.3873 0.6946 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1103072 4 0.3837 0.7901 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1420129 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.4331 0.7359 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1356997 4 0.2814 0.8332 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1409326 4 0.4331 0.7358 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1485020 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387113 2 0.2081 0.8258 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0707 0.8759 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.4406 0.7229 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1105033 2 0.3975 0.5537 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1360194 2 0.2281 0.8184 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR814108 4 0.4514 0.5392 0.228 0.008 0.008 0.756
#> SRR1410699 4 0.3172 0.8260 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1405461 4 0.3172 0.8261 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1323312 3 0.6755 0.2578 0.000 0.448 0.460 0.092
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.7692 0.2199 0.368 0.220 0.000 0.412
#> SRR1442440 4 0.3907 0.7839 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1404461 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1336617 2 0.4222 0.5153 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1097811 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1475785 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347916 2 0.4522 0.4513 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1077667 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410720 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1302 0.8566 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1364975 2 0.5548 0.2518 0.388 0.588 0.024 0.000
#> SRR1472259 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1390179 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1312784 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069850 1 0.0188 0.9936 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.0895 0.7938 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR1458529 3 0.1151 0.7968 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1332467 4 0.3764 0.7954 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 3 0.4594 0.6164 0.000 0.280 0.712 0.008
#> SRR1333167 4 0.2408 0.8319 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1418492 2 0.3219 0.7327 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1476652 2 0.3975 0.6132 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1470624 2 0.0469 0.8793 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1081068 2 0.0592 0.8782 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1324473 2 0.2973 0.7562 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1420538 4 0.4304 0.7398 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1453747 4 0.0921 0.7985 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1403853 4 0.1767 0.7565 0.000 0.012 0.044 0.944
#> SRR1378707 2 0.0188 0.8830 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1083504 2 0.1637 0.8473 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1370107 4 0.3873 0.7867 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1369008 4 0.2973 0.8310 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1385672 3 0.0524 0.7943 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1430839 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.1211 0.8630 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1473361 4 0.1022 0.8014 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.4343 0.5203 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR1487704 3 0.4713 0.4783 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR1344122 4 0.0817 0.7956 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1402027 1 0.0188 0.9936 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076940 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440809 2 0.0817 0.8742 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1406394 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0336 0.8826 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1343072 4 0.3047 0.6802 0.116 0.000 0.012 0.872
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.1302 0.8091 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1467194 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1459324 2 0.1302 0.8568 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.2255 0.8093 0.068 0.920 0.012 0.000
#> SRR1487547 4 0.4304 0.7400 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1087752 2 0.3791 0.6252 0.200 0.796 0.004 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.2805 0.7052 0.000 0.012 0.100 0.888
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.2704 0.8333 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1399291 2 0.4998 -0.2477 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1336863 4 0.4888 0.5298 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1456771 2 0.0921 0.8715 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1329663 4 0.0895 0.7896 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1445426 2 0.1022 0.8686 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1389932 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.2593 0.7639 0.104 0.892 0.004 0.000
#> SRR1452222 4 0.2814 0.8328 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1468096 4 0.3024 0.8301 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1334011 3 0.2530 0.7671 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1444701 2 0.0336 0.8822 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.4855 0.4595 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1410550 2 0.4008 0.5811 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1419495 2 0.0921 0.8712 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0707 0.8756 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1090119 1 0.0707 0.9750 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.2647 0.7882 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1498290 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330770 4 0.0817 0.7956 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1489349 4 0.1792 0.8212 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1457336 4 0.1209 0.8001 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR1447481 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0336 0.8826 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323215 4 0.1716 0.8195 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1466770 4 0.1940 0.8243 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1093366 2 0.2973 0.7487 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1434631 4 0.0927 0.7832 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.4661 0.3847 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1102998 2 0.2011 0.8308 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1444978 4 0.0707 0.7925 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1432165 4 0.2921 0.8319 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1441913 4 0.4277 0.7436 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1319038 4 0.1022 0.8016 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1338603 2 0.2081 0.8175 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.4454 0.4782 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1466687 4 0.1211 0.8066 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1478571 1 0.0376 0.9938 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1074337 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420391 3 0.1474 0.7868 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3172 0.7283 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1337816 2 0.2281 0.8140 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1322070 4 0.2704 0.8333 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1476324 2 0.0336 0.8828 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1499652 3 0.2859 0.7863 0.000 0.112 0.880 0.008
#> SRR1356643 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097708 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR813529 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075078 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1390289 3 0.2871 0.7776 0.000 0.032 0.896 0.072
#> SRR1351955 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336988 4 0.3074 0.8290 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1407000 4 0.1474 0.8143 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1367785 2 0.2868 0.7586 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1470057 4 0.4193 0.7539 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1079567 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.5694 0.6389 0.000 0.080 0.224 0.696
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.2814 0.7767 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0817 0.7956 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1101280 2 0.0336 0.8828 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1340680 3 0.5183 0.3753 0.000 0.408 0.584 0.008
#> SRR1488307 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1443800 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317110 4 0.2662 0.7294 0.000 0.016 0.084 0.900
#> SRR1090334 2 0.0336 0.8826 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1444523 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310898 2 0.0188 0.8842 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074314 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083456 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321377 4 0.4898 0.5494 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0469 0.8806 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1454821 4 0.2704 0.8332 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1348792 2 0.4981 -0.1568 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.6438 0.3792 0.068 0.436 0.000 0.496
#> SRR1074239 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1401774 4 0.3978 0.5805 0.000 0.012 0.192 0.796
#> SRR1413262 3 0.2198 0.7949 0.000 0.072 0.920 0.008
#> SRR1336227 3 0.2859 0.7863 0.000 0.112 0.880 0.008
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8841 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0188 0.8830 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382461 1 0.0188 0.9955 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361883 1 0.0188 0.9936 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 3 0.2918 0.7858 0.000 0.116 0.876 0.008
#> SRR1073655 1 0.0524 0.9916 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0921 0.7912 0.000 0.000 0.972 0.028
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.4249 0.23796 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456250 5 0.5466 0.54314 0.000 0.000 0.116 0.244 0.640
#> SRR1433708 4 0.0162 0.84429 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.3636 0.63148 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.3123 0.74019 0.000 0.184 0.004 0.812 0.000
#> SRR1436583 2 0.4304 -0.07918 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1420413 4 0.5159 0.43913 0.000 0.000 0.284 0.644 0.072
#> SRR1441768 1 0.0290 0.93376 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.1197 0.84260 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1466597 4 0.4121 0.68818 0.000 0.000 0.100 0.788 0.112
#> SRR1392456 4 0.0162 0.84349 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080951 1 0.0794 0.92835 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0404 0.84805 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1404362 1 0.1341 0.91544 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1628 0.84422 0.000 0.936 0.008 0.000 0.056
#> SRR1343546 4 0.0703 0.84755 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1405921 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362928 4 0.2852 0.75604 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0290 0.93398 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.1270 0.81979 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1318208 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.4302 0.01734 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0162 0.87526 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1120891 1 0.1043 0.92390 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0290 0.84711 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1102198 5 0.5422 0.46531 0.000 0.144 0.000 0.196 0.660
#> SRR1473232 5 0.4434 0.18826 0.000 0.000 0.004 0.460 0.536
#> SRR1410634 4 0.2719 0.78203 0.000 0.144 0.004 0.852 0.000
#> SRR1353332 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362332 4 0.0290 0.84258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816794 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0162 0.84429 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353577 2 0.4088 0.43400 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1077380 4 0.0404 0.84793 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1407693 1 0.4182 0.33499 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0290 0.87440 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311464 2 0.2127 0.81082 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1327454 4 0.2690 0.77191 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.4291 0.06766 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1357692 4 0.5564 0.17636 0.032 0.000 0.456 0.492 0.020
#> SRR1430703 5 0.0000 0.63233 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334181 4 0.0880 0.84714 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1087271 2 0.1121 0.85235 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0290 0.87448 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0162 0.93443 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1478 0.83624 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1318624 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467544 4 0.0290 0.84258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476384 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.6500 -0.59279 0.000 0.012 0.444 0.132 0.412
#> SRR1080222 1 0.4262 0.21186 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4278 0.05614 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1405311 4 0.0290 0.84258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340531 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1671 0.83020 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1407018 1 0.1908 0.89145 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0609 0.86848 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4380 0.45541 0.000 0.008 0.376 0.616 0.000
#> SRR1313625 3 0.3791 -0.04325 0.112 0.000 0.812 0.000 0.076
#> SRR1365377 4 0.5964 0.25044 0.000 0.108 0.428 0.464 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.4574 0.34490 0.012 0.576 0.412 0.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0771 0.86809 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1444043 4 0.1753 0.82412 0.000 0.000 0.032 0.936 0.032
#> SRR1500071 5 0.4811 0.60519 0.000 0.020 0.452 0.000 0.528
#> SRR1078948 3 0.4171 0.22816 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.1270 0.91816 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.3586 0.64259 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0290 0.93376 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.5063 0.42133 0.632 0.056 0.312 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.0162 0.63301 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500131 4 0.0290 0.84258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1415854 1 0.1851 0.89425 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.2124 0.77990 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096
#> SRR1362664 2 0.6477 0.04252 0.000 0.448 0.388 0.160 0.004
#> SRR1097525 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.4541 0.64583 0.000 0.744 0.084 0.000 0.172
#> SRR1500516 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2127 0.87412 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.1557 0.90486 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR1476974 1 0.1732 0.90044 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.5382 0.38380 0.000 0.592 0.336 0.000 0.072
#> SRR1310876 2 0.4114 0.31334 0.000 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0290 0.87364 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1499260 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0703 0.93002 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0566 0.84790 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1395682 3 0.6602 -0.43997 0.000 0.212 0.404 0.000 0.384
#> SRR1362579 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473100 1 0.2127 0.87640 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.1341 0.91544 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3305 0.64256 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1400008 2 0.3039 0.64799 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0162 0.84613 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1439697 1 0.4138 0.37761 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341945 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418262 2 0.4300 -0.03565 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1458380 4 0.5143 0.70289 0.000 0.080 0.104 0.752 0.064
#> SRR1400489 4 0.2377 0.75055 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1416455 4 0.5120 0.61639 0.000 0.212 0.104 0.684 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 3 0.6242 -0.23635 0.000 0.408 0.448 0.000 0.144
#> SRR1308269 2 0.0404 0.87281 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1367172 1 0.1197 0.91889 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0880 0.92695 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.2020 0.88373 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1908 0.89114 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1671 0.83025 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1100395 3 0.4294 0.05654 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0566 0.87255 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1341209 1 0.1121 0.89187 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.4088 0.63105 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1312666 4 0.0162 0.84613 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.4147 0.37839 0.316 0.676 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082238 1 0.1608 0.90640 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.3814 0.62286 0.000 0.276 0.004 0.720 0.000
#> SRR1479721 1 0.1851 0.89437 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.1121 0.84384 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1446716 4 0.0963 0.84612 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1073971 2 0.0693 0.87077 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1410404 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.1197 0.91985 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.1043 0.92530 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1316463 5 0.6287 0.57955 0.000 0.000 0.276 0.196 0.528
#> SRR1103072 4 0.2674 0.78775 0.000 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1420129 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.2605 0.77961 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1356997 4 0.2209 0.83261 0.000 0.056 0.032 0.912 0.000
#> SRR1409326 4 0.3039 0.73421 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1485020 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387113 2 0.0955 0.86376 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1336205 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.2439 0.80036 0.000 0.876 0.120 0.000 0.004
#> SRR1319502 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2516 0.78692 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1105033 2 0.2561 0.71841 0.144 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.4294 0.10716 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.2605 0.77401 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR814108 3 0.5071 -0.09259 0.036 0.000 0.540 0.424 0.000
#> SRR1410699 4 0.1043 0.84493 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1405461 4 0.1341 0.83948 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1323312 5 0.5423 0.42857 0.000 0.224 0.000 0.124 0.652
#> SRR1467171 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.8375 -0.06051 0.168 0.220 0.252 0.360 0.000
#> SRR1442440 4 0.1908 0.82229 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1404461 1 0.2929 0.79136 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1336617 4 0.5286 0.21201 0.000 0.448 0.048 0.504 0.000
#> SRR1097811 1 0.4219 0.28887 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.1197 0.91985 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.6587 -0.17107 0.000 0.404 0.388 0.000 0.208
#> SRR1477522 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.4182 0.45523 0.644 0.000 0.352 0.004 0.000
#> SRR1077667 1 0.1197 0.92039 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.1671 0.90383 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0404 0.87272 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1364975 2 0.4686 0.20889 0.384 0.596 0.000 0.000 0.020
#> SRR1472259 1 0.2674 0.83781 0.856 0.000 0.140 0.004 0.000
#> SRR1390179 1 0.2127 0.87541 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0290 0.87488 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069850 1 0.2304 0.87816 0.908 0.048 0.044 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0794 0.92835 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.5106 0.61386 0.000 0.000 0.456 0.036 0.508
#> SRR1458529 5 0.4738 0.60420 0.000 0.016 0.464 0.000 0.520
#> SRR1332467 4 0.2074 0.81310 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1078278 1 0.0162 0.93443 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0162 0.93443 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367544 3 0.6554 -0.45303 0.000 0.200 0.404 0.000 0.396
#> SRR1333167 4 0.0290 0.84739 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418492 2 0.2127 0.80606 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1476652 2 0.3305 0.67446 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1470624 2 0.0703 0.86900 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.3236 0.72639 0.000 0.828 0.020 0.152 0.000
#> SRR1324473 2 0.2946 0.79183 0.000 0.868 0.044 0.000 0.088
#> SRR1420538 4 0.3321 0.77544 0.000 0.136 0.032 0.832 0.000
#> SRR1453747 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 4 0.0671 0.83779 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR1378707 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0807 0.86956 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1437598 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.3177 0.74806 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.2020 0.81578 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1369008 4 0.0794 0.84724 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1385672 5 0.0162 0.63301 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430839 2 0.0162 0.87529 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098098 2 0.0898 0.86810 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1473361 4 0.0404 0.84109 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1348507 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.3374 0.73331 0.108 0.844 0.044 0.004 0.000
#> SRR1487704 2 0.4902 0.48093 0.000 0.648 0.048 0.000 0.304
#> SRR1344122 4 0.0290 0.84258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1402027 1 0.1818 0.89207 0.932 0.044 0.024 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.1043 0.92484 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0290 0.87440 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1440809 2 0.1357 0.85537 0.000 0.948 0.048 0.000 0.004
#> SRR1406394 1 0.0162 0.93307 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317653 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343072 3 0.4684 -0.16799 0.008 0.000 0.536 0.452 0.004
#> SRR1336964 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0162 0.84429 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467194 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0609 0.86823 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.1285 0.86061 0.004 0.956 0.036 0.000 0.004
#> SRR1487547 4 0.2561 0.78349 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1087752 2 0.4049 0.68448 0.124 0.792 0.084 0.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0609 0.93083 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3398 0.62678 0.000 0.000 0.004 0.780 0.216
#> SRR1073899 1 0.0794 0.92870 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0290 0.84711 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1399291 2 0.4273 0.07401 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1336863 4 0.4307 0.14082 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1456771 2 0.0290 0.87364 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329663 4 0.0290 0.84258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1445426 2 0.0609 0.86957 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1389932 1 0.1043 0.92239 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.1270 0.83304 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0609 0.84786 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1468096 4 0.0794 0.84708 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1334011 5 0.5858 0.59484 0.000 0.000 0.448 0.096 0.456
#> SRR1444701 2 0.0609 0.87074 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0963 0.92542 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1357 0.85590 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1446265 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.3480 0.50684 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1410550 2 0.4045 0.38182 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.2561 0.83678 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0671 0.87012 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1090383 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.1195 0.86209 0.000 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR1090119 1 0.2471 0.74407 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.2409 0.81947 0.000 0.900 0.032 0.000 0.068
#> SRR1498290 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330770 4 0.0510 0.83945 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489349 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0162 0.84349 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447481 2 0.0510 0.87211 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1608 0.82604 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1434631 4 0.0703 0.83568 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1349190 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099354 1 0.0162 0.93443 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.6343 0.11030 0.000 0.492 0.332 0.000 0.176
#> SRR1102998 2 0.1997 0.84002 0.000 0.924 0.040 0.000 0.036
#> SRR1444978 4 0.0162 0.84429 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432165 4 0.0880 0.84650 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1441913 4 0.2852 0.75576 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.1732 0.81944 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1325620 1 0.0162 0.93443 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.6455 0.12125 0.000 0.500 0.264 0.000 0.236
#> SRR1466687 4 0.0000 0.84483 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.1671 0.90307 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0404 0.87341 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1420391 5 0.1544 0.62010 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1087704 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3039 0.68830 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1337816 2 0.1502 0.84553 0.000 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1322070 4 0.0290 0.84711 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1476324 2 0.1818 0.84882 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR1499652 5 0.2260 0.61764 0.000 0.064 0.028 0.000 0.908
#> SRR1356643 1 0.0963 0.92542 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.1341 0.91544 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.1478 0.86144 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0510 0.93182 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.1410 0.91312 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.2732 0.81648 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1390289 3 0.6404 -0.60178 0.000 0.008 0.452 0.132 0.408
#> SRR1351955 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336988 4 0.1121 0.84416 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1407000 4 0.1059 0.84544 0.000 0.008 0.020 0.968 0.004
#> SRR1367785 4 0.6102 0.13175 0.000 0.436 0.124 0.440 0.000
#> SRR1470057 4 0.2230 0.80479 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1079567 1 0.1121 0.92275 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.3906 0.70321 0.000 0.004 0.080 0.812 0.104
#> SRR1396146 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.5505 0.37873 0.000 0.588 0.328 0.000 0.084
#> SRR1454031 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0162 0.84429 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101280 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340680 2 0.5836 0.05113 0.000 0.492 0.096 0.000 0.412
#> SRR1488307 1 0.3913 0.52991 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.1571 0.81018 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060
#> SRR1090334 2 0.2069 0.83412 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR1338280 1 0.0609 0.93151 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2929 0.79046 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.1197 0.91985 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0162 0.87561 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074314 1 0.0794 0.92835 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.1478 0.91177 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.4306 0.16678 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.1043 0.92379 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0290 0.87440 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1454821 4 0.0510 0.84791 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1348792 4 0.4126 0.47043 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.5349 0.33155 0.032 0.416 0.012 0.540 0.000
#> SRR1074239 3 0.4304 0.00135 0.484 0.000 0.516 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.1484 0.81609 0.000 0.000 0.008 0.944 0.048
#> SRR1413262 5 0.4894 0.60185 0.000 0.024 0.456 0.000 0.520
#> SRR1336227 5 0.4496 0.60801 0.000 0.092 0.156 0.000 0.752
#> SRR1069991 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0880 0.92705 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.2773 0.81015 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.87571 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0404 0.93329 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.1410 0.91286 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.93498 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.5171 0.58806 0.000 0.040 0.456 0.000 0.504
#> SRR1073655 1 0.1965 0.88659 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.1121 0.92232 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.4440 0.60951 0.000 0.000 0.468 0.004 0.528
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 3 0.3706 0.4938 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0862 0.8675 0.000 0.972 0.008 0.004 0.000 0.016
#> SRR1456250 5 0.6200 -0.2725 0.000 0.000 0.008 0.228 0.388 0.376
#> SRR1433708 4 0.0862 0.9048 0.000 0.004 0.016 0.972 0.000 0.008
#> SRR1433902 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.3404 0.6925 0.000 0.224 0.016 0.760 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0725 0.8674 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012 0.000
#> SRR1398272 4 0.2963 0.8367 0.000 0.096 0.012 0.856 0.036 0.000
#> SRR1436583 2 0.4184 0.2691 0.000 0.576 0.016 0.408 0.000 0.000
#> SRR1420413 4 0.4801 0.1518 0.000 0.000 0.476 0.484 0.016 0.024
#> SRR1441768 1 0.0692 0.9402 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356976 4 0.0713 0.9057 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1466597 4 0.4456 0.2650 0.000 0.000 0.448 0.524 0.000 0.028
#> SRR1392456 4 0.0146 0.9030 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1080951 1 0.0790 0.9371 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361814 4 0.0622 0.9072 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1404362 1 0.1204 0.9250 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.2778 0.7512 0.000 0.824 0.000 0.000 0.168 0.008
#> SRR1343546 4 0.0909 0.9064 0.000 0.020 0.012 0.968 0.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0436 0.8667 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR1362928 4 0.2346 0.8354 0.000 0.124 0.008 0.868 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0291 0.9411 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084505 1 0.0909 0.9367 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376476 4 0.1750 0.8850 0.000 0.000 0.012 0.932 0.016 0.040
#> SRR1318208 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470513 1 0.3578 0.4618 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.0858 0.8616 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR1334055 2 0.1364 0.8521 0.000 0.944 0.004 0.000 0.048 0.004
#> SRR1329131 2 0.0862 0.8656 0.000 0.972 0.008 0.004 0.000 0.016
#> SRR1120891 1 0.0790 0.9361 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0458 0.9070 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1102198 6 0.2394 0.7442 0.000 0.032 0.000 0.048 0.020 0.900
#> SRR1473232 6 0.5049 0.4067 0.000 0.000 0.028 0.320 0.044 0.608
#> SRR1410634 4 0.2567 0.8526 0.000 0.100 0.008 0.876 0.004 0.012
#> SRR1353332 2 0.0767 0.8655 0.000 0.976 0.012 0.008 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.0520 0.9017 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR816794 1 0.0146 0.9414 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479370 4 0.0363 0.9050 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1353577 6 0.4064 0.3063 0.000 0.360 0.000 0.000 0.016 0.624
#> SRR1077380 4 0.0603 0.9073 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.3810 0.1563 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.1078 0.8627 0.000 0.964 0.012 0.016 0.000 0.008
#> SRR1311464 2 0.2854 0.7222 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1327454 4 0.2218 0.8533 0.000 0.104 0.012 0.884 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0622 0.9400 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1085235 3 0.1863 0.5872 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.2715 0.4442 0.012 0.000 0.872 0.088 0.000 0.028
#> SRR1430703 6 0.1765 0.7589 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1086020 2 0.0748 0.8675 0.000 0.976 0.016 0.004 0.004 0.000
#> SRR1334181 4 0.1180 0.9059 0.000 0.016 0.012 0.960 0.012 0.000
#> SRR1087271 2 0.1657 0.8398 0.000 0.928 0.016 0.056 0.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR819486 1 0.0260 0.9413 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0914 0.8635 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479306 1 0.0632 0.9397 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1745 0.8860 0.000 0.068 0.012 0.920 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0260 0.8669 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0603 0.8998 0.000 0.000 0.004 0.980 0.000 0.016
#> SRR1476384 2 0.0405 0.8661 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0520 0.9392 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406478 2 0.0260 0.8667 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0363 0.9416 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.2455 0.5574 0.000 0.012 0.004 0.112 0.872 0.000
#> SRR1080222 3 0.3717 0.4835 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4150 0.3161 0.000 0.592 0.016 0.392 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.0291 0.9059 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1340531 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1297 0.8991 0.000 0.040 0.012 0.948 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.1644 0.9130 0.920 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090431 2 0.1313 0.8567 0.000 0.952 0.016 0.028 0.000 0.004
#> SRR1498505 2 0.1053 0.8643 0.000 0.964 0.004 0.000 0.020 0.012
#> SRR1419941 4 0.4267 0.5676 0.000 0.008 0.312 0.660 0.004 0.016
#> SRR1313625 3 0.1750 0.4930 0.016 0.000 0.932 0.000 0.040 0.012
#> SRR1365377 3 0.3764 0.3048 0.000 0.140 0.792 0.056 0.000 0.012
#> SRR1092749 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.3976 0.4208 0.004 0.612 0.380 0.000 0.000 0.004
#> SRR1359509 2 0.1802 0.8385 0.000 0.916 0.000 0.000 0.072 0.012
#> SRR1444043 4 0.2581 0.8158 0.000 0.000 0.128 0.856 0.000 0.016
#> SRR1500071 5 0.0508 0.5788 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR1078948 5 0.5138 -0.0524 0.360 0.008 0.072 0.000 0.560 0.000
#> SRR1099765 1 0.0146 0.9415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR807751 1 0.1387 0.9175 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0291 0.8671 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1323002 4 0.2945 0.7850 0.000 0.156 0.020 0.824 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0603 0.8654 0.000 0.980 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330176 1 0.0146 0.9414 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329530 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081813 1 0.0458 0.9415 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0777 0.9394 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409046 2 0.6366 -0.0500 0.244 0.468 0.264 0.000 0.000 0.024
#> SRR1474000 6 0.1863 0.7584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1500131 4 0.0622 0.9000 0.000 0.000 0.008 0.980 0.000 0.012
#> SRR1415854 1 0.1714 0.8977 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.1485 0.8836 0.000 0.000 0.004 0.944 0.028 0.024
#> SRR1362664 5 0.4432 0.4985 0.000 0.104 0.000 0.188 0.708 0.000
#> SRR1097525 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432231 5 0.3738 0.4871 0.000 0.280 0.000 0.016 0.704 0.000
#> SRR1500516 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098660 1 0.0291 0.9411 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392097 1 0.1444 0.9143 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0935 0.9360 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476974 1 0.1501 0.9120 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 5 0.3398 0.5196 0.000 0.252 0.008 0.000 0.740 0.000
#> SRR1310876 2 0.2790 0.7473 0.000 0.840 0.020 0.140 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0964 0.8655 0.000 0.968 0.012 0.004 0.000 0.016
#> SRR1374355 2 0.0725 0.8645 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR1499260 2 0.0622 0.8665 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1485700 1 0.0790 0.9361 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1078 0.9050 0.000 0.008 0.016 0.964 0.000 0.012
#> SRR1395682 5 0.3419 0.5661 0.000 0.180 0.016 0.000 0.792 0.012
#> SRR1362579 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0146 0.8665 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1501 0.9119 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0551 0.8659 0.000 0.984 0.004 0.000 0.008 0.004
#> SRR1323873 1 0.1141 0.9278 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3516 0.6373 0.000 0.760 0.016 0.220 0.004 0.000
#> SRR1400008 2 0.2306 0.7841 0.092 0.888 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338489 4 0.0547 0.9069 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.4086 -0.0416 0.528 0.000 0.464 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329642 2 0.0551 0.8670 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR1341945 2 0.0291 0.8664 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.3541 0.6130 0.000 0.748 0.020 0.232 0.000 0.000
#> SRR1458380 5 0.4839 0.1497 0.000 0.032 0.012 0.448 0.508 0.000
#> SRR1400489 4 0.2760 0.8037 0.000 0.000 0.004 0.856 0.024 0.116
#> SRR1416455 5 0.5162 0.0794 0.000 0.072 0.004 0.456 0.468 0.000
#> SRR1477292 4 0.0146 0.9053 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.2431 0.5979 0.000 0.132 0.008 0.000 0.860 0.000
#> SRR1308269 2 0.0891 0.8637 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1367172 1 0.1245 0.9297 0.952 0.000 0.032 0.000 0.000 0.016
#> SRR1085259 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477732 1 0.0713 0.9372 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0984 0.9065 0.000 0.008 0.012 0.968 0.012 0.000
#> SRR1323446 1 0.2092 0.8657 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1444 0.9167 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0291 0.9411 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458574 1 0.0146 0.9413 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455741 4 0.0935 0.9042 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1100395 3 0.2454 0.5983 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.1615 0.8439 0.000 0.928 0.004 0.000 0.064 0.004
#> SRR1341209 1 0.0964 0.9335 0.968 0.012 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1436280 5 0.2389 0.4426 0.000 0.000 0.008 0.000 0.864 0.128
#> SRR1312666 4 0.0508 0.9070 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467943 1 0.0363 0.9398 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.4496 0.3851 0.300 0.656 0.024 0.000 0.000 0.020
#> SRR1099451 2 0.0767 0.8663 0.000 0.976 0.012 0.004 0.000 0.008
#> SRR1082238 1 0.1204 0.9260 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.3058 0.8259 0.000 0.104 0.012 0.848 0.036 0.000
#> SRR1479721 1 0.1802 0.9061 0.916 0.000 0.072 0.000 0.000 0.012
#> SRR1480721 4 0.0935 0.9051 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0632 0.9067 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.1753 0.8325 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1410404 1 0.0146 0.9414 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120733 1 0.1204 0.9256 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0891 0.9375 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008 0.000
#> SRR1316463 5 0.4048 0.4403 0.000 0.000 0.012 0.112 0.776 0.100
#> SRR1103072 4 0.2896 0.7886 0.000 0.160 0.016 0.824 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0291 0.8668 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382639 4 0.2301 0.8590 0.000 0.096 0.020 0.884 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.2451 0.8747 0.000 0.060 0.056 0.884 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.2234 0.8367 0.000 0.124 0.004 0.872 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0291 0.8664 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.1901 0.8360 0.000 0.912 0.004 0.000 0.076 0.008
#> SRR1336205 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 5 0.4076 0.2252 0.000 0.452 0.008 0.000 0.540 0.000
#> SRR1319502 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1967 0.8698 0.000 0.084 0.012 0.904 0.000 0.000
#> SRR1105033 2 0.2389 0.7388 0.128 0.864 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1077066 2 0.0862 0.8660 0.000 0.972 0.016 0.008 0.004 0.000
#> SRR1099931 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069943 1 0.3804 0.1730 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.2996 0.6943 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR814108 3 0.1536 0.5148 0.020 0.000 0.944 0.024 0.000 0.012
#> SRR1410699 4 0.0777 0.9070 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0972 0.9049 0.000 0.028 0.008 0.964 0.000 0.000
#> SRR1323312 6 0.3358 0.7133 0.000 0.096 0.000 0.024 0.044 0.836
#> SRR1467171 1 0.0405 0.9415 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396742 1 0.0547 0.9390 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0146 0.9413 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.6508 0.2585 0.044 0.520 0.280 0.144 0.000 0.012
#> SRR1442440 4 0.1563 0.8914 0.000 0.056 0.012 0.932 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.1858 0.8983 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336617 4 0.5265 0.5151 0.000 0.148 0.012 0.640 0.200 0.000
#> SRR1097811 1 0.3756 0.2598 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.1327 0.9204 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 5 0.1958 0.6004 0.000 0.100 0.000 0.000 0.896 0.004
#> SRR1477522 2 0.0622 0.8675 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098002 3 0.3991 0.2211 0.472 0.000 0.524 0.000 0.000 0.004
#> SRR1077667 1 0.1075 0.9299 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0405 0.8659 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354035 1 0.1152 0.9329 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394384 2 0.1570 0.8571 0.000 0.944 0.016 0.028 0.004 0.008
#> SRR1364975 2 0.4344 0.1309 0.424 0.556 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1472259 1 0.3035 0.8062 0.828 0.000 0.148 0.008 0.000 0.016
#> SRR1390179 1 0.2260 0.8464 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0984 0.8653 0.000 0.968 0.012 0.008 0.012 0.000
#> SRR1069850 1 0.1929 0.9135 0.924 0.016 0.048 0.000 0.004 0.008
#> SRR1081332 1 0.0713 0.9372 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.0862 0.5668 0.000 0.000 0.004 0.016 0.972 0.008
#> SRR1458529 5 0.0363 0.5777 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1332467 4 0.1643 0.8851 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0458 0.9403 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0146 0.9415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.2695 0.5858 0.000 0.144 0.004 0.000 0.844 0.008
#> SRR1333167 4 0.0508 0.9070 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR1418492 2 0.2060 0.8311 0.000 0.900 0.000 0.000 0.016 0.084
#> SRR1476652 2 0.3014 0.7813 0.000 0.832 0.000 0.000 0.036 0.132
#> SRR1470624 2 0.2513 0.7821 0.000 0.852 0.008 0.000 0.140 0.000
#> SRR1081068 2 0.4763 0.4405 0.000 0.636 0.016 0.304 0.044 0.000
#> SRR1324473 2 0.3463 0.6460 0.000 0.748 0.004 0.000 0.240 0.008
#> SRR1420538 4 0.4312 0.6574 0.000 0.064 0.008 0.724 0.204 0.000
#> SRR1453747 4 0.0000 0.9040 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403853 4 0.0976 0.8950 0.000 0.000 0.008 0.968 0.016 0.008
#> SRR1378707 2 0.0653 0.8658 0.000 0.980 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR1083504 2 0.1812 0.8335 0.000 0.912 0.008 0.000 0.080 0.000
#> SRR1437598 2 0.0748 0.8642 0.000 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR1376807 1 0.2340 0.8364 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.1643 0.8851 0.000 0.068 0.008 0.924 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0547 0.9069 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1385672 6 0.2048 0.7540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1430839 2 0.0458 0.8657 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1098098 2 0.2146 0.8055 0.000 0.880 0.004 0.000 0.116 0.000
#> SRR1473361 4 0.0858 0.8948 0.000 0.000 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1348507 2 0.0653 0.8666 0.000 0.980 0.012 0.004 0.000 0.004
#> SRR1090626 2 0.3226 0.7647 0.084 0.852 0.040 0.008 0.000 0.016
#> SRR1487704 2 0.4051 0.7429 0.000 0.792 0.080 0.000 0.036 0.092
#> SRR1344122 4 0.0909 0.8990 0.000 0.000 0.012 0.968 0.000 0.020
#> SRR1402027 1 0.2956 0.8015 0.856 0.100 0.028 0.000 0.000 0.016
#> SRR1081493 1 0.0935 0.9362 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076940 2 0.0520 0.8663 0.000 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR816096 2 0.1138 0.8648 0.000 0.960 0.004 0.012 0.000 0.024
#> SRR1440809 2 0.3421 0.6235 0.000 0.736 0.008 0.000 0.256 0.000
#> SRR1406394 1 0.1218 0.9208 0.956 0.004 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR1317653 2 0.0508 0.8660 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1718 0.5102 0.020 0.000 0.936 0.024 0.000 0.020
#> SRR1336964 2 0.0363 0.8656 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358624 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0405 0.8659 0.000 0.988 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1459324 2 0.0725 0.8658 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0508 0.9413 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083678 2 0.3030 0.7457 0.000 0.816 0.008 0.000 0.168 0.008
#> SRR1487547 4 0.2250 0.8615 0.000 0.092 0.020 0.888 0.000 0.000
#> SRR1087752 2 0.5596 0.5468 0.072 0.668 0.060 0.004 0.188 0.008
#> SRR1091054 1 0.0363 0.9409 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3329 0.7194 0.000 0.000 0.012 0.796 0.012 0.180
#> SRR1073899 1 0.1075 0.9291 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0458 0.9070 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.3969 0.4441 0.000 0.652 0.016 0.332 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.3888 0.4808 0.000 0.672 0.016 0.312 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0767 0.8646 0.000 0.976 0.004 0.000 0.008 0.012
#> SRR1329663 4 0.0653 0.8988 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR1445426 2 0.1237 0.8609 0.000 0.956 0.004 0.000 0.020 0.020
#> SRR1389932 1 0.1151 0.9331 0.956 0.000 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR1353948 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.2862 0.8090 0.056 0.880 0.016 0.000 0.012 0.036
#> SRR1452222 4 0.0603 0.9073 0.000 0.016 0.004 0.980 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0993 0.9067 0.000 0.024 0.012 0.964 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.1908 0.5563 0.000 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR1444701 2 0.1753 0.8346 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084 0.000
#> SRR1329687 1 0.0865 0.9342 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1781 0.8494 0.000 0.924 0.008 0.008 0.000 0.060
#> SRR1446265 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388722 1 0.0458 0.9407 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 6 0.2744 0.7394 0.000 0.000 0.000 0.064 0.072 0.864
#> SRR1410550 2 0.4315 -0.0356 0.000 0.496 0.012 0.488 0.004 0.000
#> SRR1473209 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1101741 1 0.0363 0.9411 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.3337 0.6349 0.736 0.000 0.260 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419495 2 0.1843 0.8338 0.000 0.912 0.004 0.000 0.080 0.004
#> SRR1090383 1 0.0260 0.9415 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0291 0.8671 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1072578 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466091 2 0.3546 0.7566 0.000 0.816 0.012 0.108 0.064 0.000
#> SRR1090119 1 0.2207 0.8613 0.900 0.076 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337516 2 0.3380 0.6461 0.000 0.748 0.004 0.000 0.244 0.004
#> SRR1498290 2 0.0405 0.8678 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1330770 4 0.0692 0.8978 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1489349 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0405 0.9033 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR1447481 2 0.1588 0.8400 0.000 0.924 0.004 0.000 0.072 0.000
#> SRR1102176 2 0.0405 0.8661 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9040 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0146 0.9037 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1480 0.8486 0.000 0.940 0.020 0.040 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.1116 0.8912 0.000 0.000 0.008 0.960 0.004 0.028
#> SRR1349190 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477339 2 0.0405 0.8670 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0713 0.9400 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 5 0.3534 0.4905 0.000 0.276 0.000 0.000 0.716 0.008
#> SRR1102998 2 0.2955 0.7469 0.000 0.816 0.008 0.000 0.172 0.004
#> SRR1444978 4 0.0363 0.9014 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1432165 4 0.0632 0.9066 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.2631 0.8251 0.000 0.128 0.012 0.856 0.000 0.004
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9040 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2264 0.8022 0.000 0.888 0.012 0.096 0.004 0.000
#> SRR1325620 1 0.0146 0.9415 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322186 5 0.2994 0.5537 0.000 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004
#> SRR1466687 4 0.0000 0.9040 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.1714 0.8982 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.1553 0.8624 0.000 0.944 0.008 0.012 0.032 0.004
#> SRR1420391 6 0.2333 0.7581 0.000 0.000 0.000 0.024 0.092 0.884
#> SRR1087704 1 0.0458 0.9403 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0632 0.9407 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3018 0.7129 0.000 0.816 0.012 0.168 0.004 0.000
#> SRR1337816 2 0.1781 0.8457 0.000 0.924 0.008 0.000 0.060 0.008
#> SRR1322070 4 0.0508 0.9070 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.2631 0.7984 0.000 0.856 0.004 0.012 0.000 0.128
#> SRR1499652 6 0.3439 0.7162 0.000 0.072 0.000 0.000 0.120 0.808
#> SRR1356643 1 0.0713 0.9381 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.1204 0.9250 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0820 0.9316 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1352322 1 0.0363 0.9416 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.1267 0.9225 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.2135 0.8614 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 5 0.1897 0.5707 0.000 0.004 0.004 0.084 0.908 0.000
#> SRR1351955 2 0.0767 0.8665 0.000 0.976 0.012 0.004 0.000 0.008
#> SRR1336988 4 0.1155 0.9023 0.000 0.036 0.004 0.956 0.004 0.000
#> SRR1407000 4 0.0935 0.9059 0.000 0.004 0.032 0.964 0.000 0.000
#> SRR1367785 5 0.5611 0.2918 0.000 0.108 0.012 0.372 0.508 0.000
#> SRR1470057 4 0.1895 0.8774 0.000 0.072 0.016 0.912 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.1151 0.9331 0.956 0.000 0.032 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095675 1 0.0622 0.9376 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388788 4 0.3819 0.4050 0.000 0.004 0.000 0.624 0.372 0.000
#> SRR1396146 1 0.0508 0.9385 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415173 1 0.0363 0.9398 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 5 0.2572 0.5993 0.000 0.136 0.012 0.000 0.852 0.000
#> SRR1454031 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443399 4 0.0405 0.9016 0.000 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1101280 2 0.0717 0.8652 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000 0.000
#> SRR1340680 5 0.4283 0.4632 0.000 0.280 0.008 0.000 0.680 0.032
#> SRR1488307 1 0.2562 0.8037 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0291 0.8668 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.1777 0.8824 0.000 0.000 0.012 0.932 0.024 0.032
#> SRR1090334 2 0.2833 0.7774 0.000 0.836 0.004 0.012 0.000 0.148
#> SRR1338280 1 0.0363 0.9411 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2883 0.7408 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.1387 0.9172 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0405 0.8661 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0865 0.9342 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.1141 0.9284 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.3529 0.6409 0.000 0.764 0.028 0.208 0.000 0.000
#> SRR1320445 1 0.0725 0.9393 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081116 1 0.0865 0.9347 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.1511 0.8574 0.000 0.944 0.012 0.012 0.000 0.032
#> SRR1454821 4 0.0725 0.9070 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.3746 0.7044 0.000 0.204 0.012 0.764 0.004 0.016
#> SRR1393529 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.5807 0.3398 0.048 0.344 0.024 0.552 0.000 0.032
#> SRR1074239 3 0.2597 0.5944 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.1802 0.8743 0.000 0.000 0.024 0.932 0.020 0.024
#> SRR1413262 5 0.0405 0.5736 0.000 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR1336227 6 0.5295 0.1697 0.000 0.100 0.000 0.000 0.440 0.460
#> SRR1069991 1 0.0405 0.9400 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091524 1 0.1010 0.9343 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312577 2 0.0547 0.8654 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341721 1 0.2912 0.7335 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0260 0.9406 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0767 0.8675 0.000 0.976 0.012 0.000 0.008 0.004
#> SRR1382461 1 0.0909 0.9367 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1361883 1 0.1750 0.9164 0.932 0.016 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378262 1 0.0363 0.9411 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.0692 0.5840 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976 0.000
#> SRR1073655 1 0.2003 0.8749 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.1152 0.9302 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397292 5 0.1124 0.5399 0.000 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.923 0.921 0.969 0.4674 0.530 0.530
#> 3 3 0.706 0.850 0.907 0.1930 0.935 0.878
#> 4 4 0.664 0.645 0.838 0.1259 0.948 0.890
#> 5 5 0.618 0.574 0.783 0.0608 0.940 0.858
#> 6 6 0.615 0.606 0.777 0.0226 0.978 0.941
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR1457080 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0376 0.95168 0.996 0.004
#> SRR1397781 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.3879 0.89959 0.076 0.924
#> SRR1353332 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.9944 0.19779 0.544 0.456
#> SRR1430703 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR819486 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.3431 0.91254 0.064 0.936
#> SRR1313625 1 0.4431 0.87603 0.908 0.092
#> SRR1365377 2 0.2603 0.93327 0.044 0.956
#> SRR1092749 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.8813 0.55664 0.300 0.700
#> SRR1359509 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.9970 0.15497 0.532 0.468
#> SRR1099765 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR807751 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.9393 0.46687 0.644 0.356
#> SRR1487403 1 0.2778 0.91885 0.952 0.048
#> SRR1409046 2 0.9983 0.05262 0.476 0.524
#> SRR1474000 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR1432231 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2948 0.91526 0.948 0.052
#> SRR809565 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.9815 0.30611 0.580 0.420
#> SRR1475233 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.6712 0.77374 0.176 0.824
#> SRR1338489 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.8608 0.61153 0.716 0.284
#> SRR1329642 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.4815 0.86291 0.896 0.104
#> SRR1085259 1 0.1843 0.93519 0.972 0.028
#> SRR1477732 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.9866 0.21215 0.432 0.568
#> SRR1436280 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR1467943 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR808638 2 0.9996 0.00446 0.488 0.512
#> SRR1099451 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.2778 0.91885 0.952 0.048
#> SRR1404186 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.5059 0.85495 0.888 0.112
#> SRR1316463 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.8861 0.54848 0.304 0.696
#> SRR1077066 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR1069943 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.9944 0.19779 0.544 0.456
#> SRR1410699 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.5059 0.85839 0.112 0.888
#> SRR1442440 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.2603 0.92196 0.956 0.044
#> SRR1475785 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.8909 0.56708 0.692 0.308
#> SRR1077667 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.9358 0.43956 0.352 0.648
#> SRR1472259 1 0.9933 0.21029 0.548 0.452
#> SRR1390179 1 0.8909 0.56708 0.692 0.308
#> SRR1312784 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.9963 0.16888 0.536 0.464
#> SRR1081332 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.2948 0.91526 0.948 0.052
#> SRR1370107 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.6801 0.76801 0.180 0.820
#> SRR1487704 2 0.2603 0.93327 0.044 0.956
#> SRR1344122 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.9988 0.03784 0.480 0.520
#> SRR1081493 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.7453 0.71834 0.212 0.788
#> SRR1317653 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.9944 0.19779 0.544 0.456
#> SRR1336964 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.5294 0.84849 0.120 0.880
#> SRR1487547 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.8386 0.62008 0.268 0.732
#> SRR1091054 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.5737 0.82863 0.136 0.864
#> SRR1452222 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.2423 0.92587 0.960 0.040
#> SRR1466091 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1090119 2 0.9866 0.21215 0.432 0.568
#> SRR1337516 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR1322186 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.1633 0.93802 0.976 0.024
#> SRR813529 1 0.9775 0.32782 0.588 0.412
#> SRR1352322 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.2948 0.91526 0.948 0.052
#> SRR1390289 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.1633 0.93823 0.976 0.024
#> SRR1388788 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.1414 0.94121 0.980 0.020
#> SRR1362514 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0672 0.94944 0.992 0.008
#> SRR1443399 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.3114 0.91173 0.944 0.056
#> SRR1443800 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.5294 0.84849 0.120 0.880
#> SRR1454821 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1393529 2 0.9988 0.03827 0.480 0.520
#> SRR1102224 2 0.5519 0.83847 0.128 0.872
#> SRR1074239 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.9970 0.15429 0.532 0.468
#> SRR1378262 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.97515 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.95394 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.1414 0.95680 0.020 0.980
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0747 0.9495 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330831 2 0.0892 0.8999 0.000 0.980 0.020
#> SRR1456250 2 0.4452 0.8182 0.000 0.808 0.192
#> SRR1433708 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0592 0.9004 0.000 0.988 0.012
#> SRR1436583 2 0.1643 0.8960 0.000 0.956 0.044
#> SRR1420413 2 0.5529 0.6709 0.000 0.704 0.296
#> SRR1441768 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> SRR1356976 2 0.3192 0.8715 0.000 0.888 0.112
#> SRR1466597 2 0.5591 0.6635 0.000 0.696 0.304
#> SRR1392456 2 0.4062 0.8403 0.000 0.836 0.164
#> SRR1080951 1 0.0424 0.9515 0.992 0.000 0.008
#> SRR812697 1 0.2448 0.9049 0.924 0.000 0.076
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0592 0.9004 0.000 0.988 0.012
#> SRR1404362 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1490635 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1405921 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.2711 0.8819 0.000 0.912 0.088
#> SRR1089207 1 0.0424 0.9503 0.992 0.000 0.008
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.3482 0.8642 0.000 0.872 0.128
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4887 0.7279 0.772 0.000 0.228
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0592 0.9006 0.000 0.988 0.012
#> SRR1120891 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337495 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1102198 2 0.5016 0.6501 0.000 0.760 0.240
#> SRR1473232 2 0.5591 0.6635 0.000 0.696 0.304
#> SRR1410634 2 0.4974 0.5890 0.000 0.764 0.236
#> SRR1353332 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR816794 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479370 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1353577 2 0.4504 0.8038 0.000 0.804 0.196
#> SRR1077380 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1407693 1 0.2165 0.9222 0.936 0.000 0.064
#> SRR1430088 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR1327454 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0237 0.9514 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085235 1 0.1529 0.9383 0.960 0.000 0.040
#> SRR1357692 3 0.6918 0.7245 0.128 0.136 0.736
#> SRR1430703 2 0.5178 0.5610 0.000 0.744 0.256
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.3816 0.8521 0.000 0.852 0.148
#> SRR1087271 2 0.0592 0.9007 0.000 0.988 0.012
#> SRR812721 1 0.2537 0.9025 0.920 0.000 0.080
#> SRR819486 1 0.0237 0.9519 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465248 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.3551 0.8619 0.000 0.868 0.132
#> SRR1318624 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1476384 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0237 0.9507 0.996 0.000 0.004
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.2066 0.8954 0.000 0.940 0.060
#> SRR1080222 1 0.1163 0.9442 0.972 0.000 0.028
#> SRR1361777 2 0.1411 0.8972 0.000 0.964 0.036
#> SRR1405311 2 0.3941 0.8460 0.000 0.844 0.156
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.2878 0.8794 0.000 0.904 0.096
#> SRR1407018 1 0.0892 0.9484 0.980 0.000 0.020
#> SRR1090431 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419941 2 0.5988 0.4210 0.000 0.632 0.368
#> SRR1313625 1 0.6274 0.2216 0.544 0.000 0.456
#> SRR1365377 2 0.5785 0.4923 0.000 0.668 0.332
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.6750 0.6495 0.024 0.336 0.640
#> SRR1359509 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.5591 0.6635 0.000 0.696 0.304
#> SRR1500071 2 0.1529 0.8942 0.000 0.960 0.040
#> SRR1078948 3 0.8609 0.7634 0.200 0.196 0.604
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.2537 0.9025 0.920 0.000 0.080
#> SRR807751 1 0.0747 0.9495 0.984 0.000 0.016
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.1964 0.8933 0.000 0.944 0.056
#> SRR1343698 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.8814 0.6090 0.312 0.140 0.548
#> SRR1487403 1 0.4277 0.8323 0.852 0.016 0.132
#> SRR1409046 3 0.7824 0.7836 0.124 0.212 0.664
#> SRR1474000 2 0.5178 0.5610 0.000 0.744 0.256
#> SRR1500131 2 0.4062 0.8403 0.000 0.836 0.164
#> SRR1415854 1 0.0747 0.9496 0.984 0.000 0.016
#> SRR1387286 2 0.4452 0.8182 0.000 0.808 0.192
#> SRR1362664 2 0.1411 0.8982 0.000 0.964 0.036
#> SRR1097525 1 0.2537 0.9025 0.920 0.000 0.080
#> SRR1432231 2 0.1411 0.8997 0.000 0.964 0.036
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3995 0.8591 0.868 0.016 0.116
#> SRR809565 1 0.1289 0.9423 0.968 0.000 0.032
#> SRR1476974 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1360258 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1310876 2 0.1860 0.8939 0.000 0.948 0.052
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0424 0.8995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499260 2 0.1031 0.8907 0.000 0.976 0.024
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1395682 2 0.2537 0.8858 0.000 0.920 0.080
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2448 0.9147 0.924 0.000 0.076
#> SRR1340966 2 0.0747 0.8943 0.000 0.984 0.016
#> SRR1323873 3 0.8853 0.7113 0.252 0.176 0.572
#> SRR1475233 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.7067 0.3131 0.020 0.468 0.512
#> SRR1338489 2 0.3192 0.8715 0.000 0.888 0.112
#> SRR1439697 1 0.8740 -0.2253 0.460 0.108 0.432
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.1643 0.8960 0.000 0.956 0.044
#> SRR1458380 2 0.1411 0.8982 0.000 0.964 0.036
#> SRR1400489 2 0.3482 0.8642 0.000 0.872 0.128
#> SRR1416455 2 0.1411 0.8982 0.000 0.964 0.036
#> SRR1477292 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1096924 2 0.1529 0.8853 0.000 0.960 0.040
#> SRR1308269 2 0.0892 0.8999 0.000 0.980 0.020
#> SRR1367172 1 0.6701 0.3006 0.576 0.012 0.412
#> SRR1085259 1 0.4353 0.8162 0.836 0.008 0.156
#> SRR1477732 1 0.0424 0.9515 0.992 0.000 0.008
#> SRR1356509 2 0.3551 0.8634 0.000 0.868 0.132
#> SRR1323446 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1368094 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1100395 1 0.0747 0.9495 0.984 0.000 0.016
#> SRR1327570 2 0.0747 0.8977 0.000 0.984 0.016
#> SRR1341209 3 0.8137 0.7763 0.120 0.252 0.628
#> SRR1436280 2 0.5178 0.5610 0.000 0.744 0.256
#> SRR1312666 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR810153 1 0.2356 0.9078 0.928 0.000 0.072
#> SRR1467943 1 0.2537 0.9025 0.920 0.000 0.080
#> SRR808638 3 0.8703 0.7805 0.180 0.228 0.592
#> SRR1099451 2 0.0892 0.9004 0.000 0.980 0.020
#> SRR1082238 1 0.4345 0.8271 0.848 0.016 0.136
#> SRR1404186 2 0.0747 0.8998 0.000 0.984 0.016
#> SRR1479721 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> SRR1480721 2 0.3619 0.8596 0.000 0.864 0.136
#> SRR1446716 2 0.3192 0.8715 0.000 0.888 0.112
#> SRR1073971 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> SRR1120733 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367410 1 0.6931 0.4743 0.640 0.032 0.328
#> SRR1316463 2 0.4452 0.8182 0.000 0.808 0.192
#> SRR1103072 2 0.3482 0.8639 0.000 0.872 0.128
#> SRR1420129 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.1163 0.8996 0.000 0.972 0.028
#> SRR1356997 2 0.3340 0.8700 0.000 0.880 0.120
#> SRR1409326 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1031 0.8907 0.000 0.976 0.024
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.3619 0.8606 0.000 0.864 0.136
#> SRR1105033 3 0.7107 0.6503 0.036 0.340 0.624
#> SRR1077066 2 0.0237 0.8998 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099931 1 0.3192 0.8736 0.888 0.000 0.112
#> SRR1069943 1 0.0237 0.9519 0.996 0.000 0.004
#> SRR1360194 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR814108 3 0.6918 0.7245 0.128 0.136 0.736
#> SRR1410699 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405461 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1323312 2 0.0892 0.9007 0.000 0.980 0.020
#> SRR1467171 1 0.0424 0.9513 0.992 0.000 0.008
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0237 0.9515 0.996 0.000 0.004
#> SRR1383674 2 0.6451 0.1030 0.004 0.560 0.436
#> SRR1442440 2 0.3686 0.8577 0.000 0.860 0.140
#> SRR1404461 1 0.1289 0.9423 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336617 2 0.0592 0.8962 0.000 0.988 0.012
#> SRR1097811 1 0.4139 0.8505 0.860 0.016 0.124
#> SRR1475785 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1347916 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1477522 2 0.0237 0.8986 0.000 0.996 0.004
#> SRR1098002 3 0.8920 0.3540 0.408 0.124 0.468
#> SRR1077667 1 0.0237 0.9519 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410720 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0424 0.9515 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394384 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.7924 0.7141 0.084 0.304 0.612
#> SRR1472259 3 0.8263 0.7525 0.188 0.176 0.636
#> SRR1390179 3 0.8920 0.3540 0.408 0.124 0.468
#> SRR1312784 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.8649 0.7610 0.204 0.196 0.600
#> SRR1081332 1 0.0892 0.9489 0.980 0.000 0.020
#> SRR1406709 2 0.3192 0.8722 0.000 0.888 0.112
#> SRR1458529 2 0.1964 0.8834 0.000 0.944 0.056
#> SRR1332467 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078278 1 0.0237 0.9519 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0592 0.8958 0.000 0.988 0.012
#> SRR1333167 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1418492 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476652 2 0.0892 0.8967 0.000 0.980 0.020
#> SRR1470624 2 0.0747 0.8943 0.000 0.984 0.016
#> SRR1081068 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1420538 2 0.0592 0.8962 0.000 0.988 0.012
#> SRR1453747 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1403853 2 0.4062 0.8403 0.000 0.836 0.164
#> SRR1378707 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083504 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1437598 2 0.0747 0.8943 0.000 0.984 0.016
#> SRR1376807 1 0.5551 0.7082 0.760 0.016 0.224
#> SRR1370107 2 0.1643 0.8962 0.000 0.956 0.044
#> SRR1369008 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1385672 2 0.5178 0.5610 0.000 0.744 0.256
#> SRR1430839 2 0.0424 0.8993 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098098 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.7063 0.3263 0.020 0.464 0.516
#> SRR1487704 2 0.5785 0.4923 0.000 0.668 0.332
#> SRR1344122 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1402027 3 0.8386 0.7867 0.156 0.224 0.620
#> SRR1081493 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1076940 2 0.0237 0.8994 0.000 0.996 0.004
#> SRR816096 2 0.0747 0.9004 0.000 0.984 0.016
#> SRR1440809 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1406394 3 0.6944 0.2207 0.016 0.468 0.516
#> SRR1317653 2 0.1643 0.8959 0.000 0.956 0.044
#> SRR1343072 3 0.6918 0.7245 0.128 0.136 0.736
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.2711 0.8824 0.000 0.912 0.088
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.6267 0.0147 0.000 0.548 0.452
#> SRR1487547 2 0.2959 0.8780 0.000 0.900 0.100
#> SRR1087752 3 0.6717 0.6104 0.020 0.352 0.628
#> SRR1091054 1 0.0424 0.9516 0.992 0.000 0.008
#> SRR1316343 2 0.4062 0.8403 0.000 0.836 0.164
#> SRR1073899 1 0.0747 0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1456093 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1399291 2 0.0892 0.8997 0.000 0.980 0.020
#> SRR1336863 2 0.1411 0.8972 0.000 0.964 0.036
#> SRR1456771 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1445426 2 0.4504 0.8038 0.000 0.804 0.196
#> SRR1389932 1 0.0424 0.9515 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.6654 -0.0565 0.008 0.536 0.456
#> SRR1452222 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1468096 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1334011 2 0.3267 0.8704 0.000 0.884 0.116
#> SRR1444701 2 0.1031 0.8907 0.000 0.976 0.024
#> SRR1329687 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1092493 2 0.0592 0.9006 0.000 0.988 0.012
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0237 0.9507 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464432 2 0.5016 0.6501 0.000 0.760 0.240
#> SRR1410550 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0237 0.9515 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083125 1 0.0747 0.9495 0.984 0.000 0.016
#> SRR1419495 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.3267 0.8702 0.000 0.884 0.116
#> SRR1072578 1 0.4473 0.8069 0.828 0.008 0.164
#> SRR1466091 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.8137 0.7763 0.120 0.252 0.628
#> SRR1337516 2 0.0424 0.8975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1498290 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1489349 2 0.3619 0.8596 0.000 0.864 0.136
#> SRR1457336 2 0.3482 0.8642 0.000 0.872 0.128
#> SRR1447481 2 0.0237 0.8981 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102176 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1466770 2 0.3752 0.8541 0.000 0.856 0.144
#> SRR1093366 2 0.0237 0.8995 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434631 2 0.4062 0.8403 0.000 0.836 0.164
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1753 0.8839 0.000 0.952 0.048
#> SRR1102998 2 0.1411 0.8839 0.000 0.964 0.036
#> SRR1444978 2 0.3879 0.8484 0.000 0.848 0.152
#> SRR1432165 2 0.1411 0.8976 0.000 0.964 0.036
#> SRR1441913 2 0.0424 0.9000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1319038 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1338603 2 0.0747 0.8998 0.000 0.984 0.016
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2356 0.9078 0.928 0.000 0.072
#> SRR1322186 2 0.1031 0.8907 0.000 0.976 0.024
#> SRR1466687 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1478571 1 0.0747 0.9496 0.984 0.000 0.016
#> SRR1074337 2 0.1163 0.8926 0.000 0.972 0.028
#> SRR1420391 2 0.5016 0.6501 0.000 0.760 0.240
#> SRR1087704 1 0.0747 0.9505 0.984 0.000 0.016
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0747 0.8943 0.000 0.984 0.016
#> SRR1322070 2 0.3686 0.8573 0.000 0.860 0.140
#> SRR1476324 2 0.0747 0.8997 0.000 0.984 0.016
#> SRR1499652 2 0.2066 0.8856 0.000 0.940 0.060
#> SRR1356643 1 0.2165 0.9222 0.936 0.000 0.064
#> SRR1097708 1 0.3686 0.8497 0.860 0.000 0.140
#> SRR813529 3 0.8716 0.7243 0.240 0.172 0.588
#> SRR1352322 1 0.0424 0.9516 0.992 0.000 0.008
#> SRR1498661 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1075078 1 0.5551 0.7082 0.760 0.016 0.224
#> SRR1390289 2 0.1411 0.8982 0.000 0.964 0.036
#> SRR1351955 2 0.0892 0.9007 0.000 0.980 0.020
#> SRR1336988 2 0.3619 0.8596 0.000 0.864 0.136
#> SRR1407000 2 0.3941 0.8460 0.000 0.844 0.156
#> SRR1367785 2 0.1411 0.8982 0.000 0.964 0.036
#> SRR1470057 2 0.3192 0.8726 0.000 0.888 0.112
#> SRR1079567 1 0.0592 0.9510 0.988 0.000 0.012
#> SRR1095675 1 0.4172 0.8218 0.840 0.004 0.156
#> SRR1388788 2 0.3267 0.8704 0.000 0.884 0.116
#> SRR1396146 1 0.0237 0.9507 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415173 1 0.2945 0.8925 0.908 0.004 0.088
#> SRR1362514 2 0.0237 0.8986 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454031 1 0.2537 0.9025 0.920 0.000 0.080
#> SRR1443399 2 0.4002 0.8425 0.000 0.840 0.160
#> SRR1101280 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1031 0.8947 0.000 0.976 0.024
#> SRR1488307 1 0.5919 0.6454 0.724 0.016 0.260
#> SRR1443800 2 0.0237 0.8982 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317110 2 0.3482 0.8642 0.000 0.872 0.128
#> SRR1090334 2 0.2711 0.8824 0.000 0.912 0.088
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2165 0.9211 0.936 0.000 0.064
#> SRR1444523 1 0.0747 0.9503 0.984 0.000 0.016
#> SRR1310898 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0237 0.9519 0.996 0.000 0.004
#> SRR1083456 1 0.0424 0.9515 0.992 0.000 0.008
#> SRR1321377 2 0.3551 0.8619 0.000 0.868 0.132
#> SRR1320445 1 0.0424 0.9503 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081116 1 0.0747 0.9503 0.984 0.000 0.016
#> SRR1333287 2 0.6260 0.0324 0.000 0.552 0.448
#> SRR1454821 2 0.3816 0.8521 0.000 0.852 0.148
#> SRR1348792 2 0.0747 0.8998 0.000 0.984 0.016
#> SRR1393529 3 0.8371 0.7849 0.164 0.212 0.624
#> SRR1102224 2 0.6280 -0.0259 0.000 0.540 0.460
#> SRR1074239 1 0.0747 0.9495 0.984 0.000 0.016
#> SRR1401774 2 0.4235 0.8317 0.000 0.824 0.176
#> SRR1413262 2 0.1964 0.8743 0.000 0.944 0.056
#> SRR1336227 2 0.2066 0.8856 0.000 0.940 0.060
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.1163 0.9442 0.972 0.000 0.028
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0237 0.8986 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382461 1 0.0237 0.9519 0.996 0.000 0.004
#> SRR1361883 3 0.8649 0.7718 0.196 0.204 0.600
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9520 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.1411 0.8982 0.000 0.964 0.036
#> SRR1073655 1 0.2959 0.8914 0.900 0.000 0.100
#> SRR1075729 1 0.0592 0.9506 0.988 0.000 0.012
#> SRR1397292 2 0.5678 0.4054 0.000 0.684 0.316
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.1807 0.9197 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1330831 2 0.1109 0.7293 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1456250 2 0.5901 -0.1979 0.000 0.532 0.036 0.432
#> SRR1433708 2 0.4746 0.2823 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1433902 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1485060 2 0.1211 0.7260 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1432783 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1398272 2 0.1474 0.7211 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1436583 2 0.2921 0.6626 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1420413 4 0.6894 0.5572 0.000 0.344 0.120 0.536
#> SRR1441768 1 0.1256 0.9273 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1356976 2 0.4008 0.5343 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1466597 4 0.6806 0.5578 0.000 0.344 0.112 0.544
#> SRR1392456 4 0.5406 0.3104 0.000 0.480 0.012 0.508
#> SRR1080951 1 0.1284 0.9304 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR812697 1 0.3161 0.8543 0.864 0.000 0.124 0.012
#> SRR1457080 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1361814 2 0.1474 0.7211 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1404362 1 0.1356 0.9269 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1490635 2 0.0895 0.7288 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1343546 2 0.4679 0.3300 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1405921 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.3610 0.5944 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1089207 1 0.0937 0.9281 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1084505 1 0.0927 0.9319 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1376476 2 0.4955 0.3098 0.000 0.648 0.008 0.344
#> SRR1318208 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1470513 1 0.5420 0.6273 0.684 0.000 0.272 0.044
#> SRR1397781 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1386753 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0336 0.7281 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329131 2 0.1042 0.7294 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1120891 1 0.1109 0.9292 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1337495 2 0.4564 0.3866 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1102198 2 0.7140 -0.1556 0.000 0.560 0.204 0.236
#> SRR1473232 4 0.6806 0.5578 0.000 0.344 0.112 0.544
#> SRR1410634 2 0.6386 -0.0164 0.000 0.648 0.140 0.212
#> SRR1353332 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362332 2 0.5320 0.0705 0.000 0.572 0.012 0.416
#> SRR816794 1 0.1256 0.9292 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1479370 2 0.4697 0.3173 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1353577 2 0.6659 -0.2773 0.000 0.512 0.088 0.400
#> SRR1077380 2 0.4730 0.2941 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1407693 1 0.2799 0.8882 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1430088 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.1151 0.7288 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1327454 2 0.0188 0.7273 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1342806 1 0.0376 0.9309 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1388437 1 0.0804 0.9284 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1085235 1 0.2909 0.8915 0.888 0.000 0.092 0.020
#> SRR1357692 3 0.1940 0.6776 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1430703 2 0.7738 -0.3837 0.000 0.440 0.260 0.300
#> SRR1086020 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.4713 0.3055 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1087271 2 0.1474 0.7234 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR812721 1 0.3280 0.8515 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR819486 1 0.1059 0.9323 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1465248 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1479306 1 0.0469 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1339065 2 0.4522 0.4076 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1318624 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467544 2 0.5320 0.0705 0.000 0.572 0.012 0.416
#> SRR1476384 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0779 0.9285 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1406478 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0188 0.9309 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375158 2 0.3808 0.6131 0.000 0.812 0.012 0.176
#> SRR1080222 1 0.2522 0.9038 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR1361777 2 0.2868 0.6658 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1405311 2 0.4697 0.3184 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1340531 1 0.0524 0.9294 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1327527 2 0.3764 0.5736 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1407018 1 0.1452 0.9264 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1090431 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.1256 0.7287 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1419941 4 0.7647 0.5085 0.000 0.388 0.208 0.404
#> SRR1313625 3 0.6500 0.0664 0.444 0.000 0.484 0.072
#> SRR1365377 2 0.7681 -0.4356 0.000 0.456 0.252 0.292
#> SRR1092749 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1389366 3 0.6730 0.5050 0.000 0.132 0.592 0.276
#> SRR1359509 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.6806 0.5578 0.000 0.344 0.112 0.544
#> SRR1500071 2 0.2859 0.6887 0.000 0.880 0.008 0.112
#> SRR1078948 3 0.5810 0.7441 0.120 0.044 0.756 0.080
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9301 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3280 0.8515 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR807751 1 0.1635 0.9230 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1379157 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.2814 0.6709 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1343698 2 0.0672 0.7283 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1330176 1 0.0779 0.9312 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1329530 1 0.0469 0.9314 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1081813 3 0.6383 0.6952 0.220 0.028 0.680 0.072
#> SRR1487403 1 0.4501 0.7582 0.764 0.000 0.212 0.024
#> SRR1409046 3 0.5940 0.7269 0.064 0.040 0.736 0.160
#> SRR1474000 2 0.7738 -0.3837 0.000 0.440 0.260 0.300
#> SRR1500131 4 0.5406 0.3104 0.000 0.480 0.012 0.508
#> SRR1415854 1 0.1970 0.9213 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1387286 2 0.5901 -0.1979 0.000 0.532 0.036 0.432
#> SRR1362664 2 0.2654 0.6966 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1097525 1 0.3224 0.8551 0.864 0.000 0.120 0.016
#> SRR1432231 2 0.2101 0.7190 0.000 0.928 0.012 0.060
#> SRR1500516 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1098660 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1392097 1 0.4086 0.7828 0.776 0.000 0.216 0.008
#> SRR809565 1 0.2480 0.9019 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR1476974 1 0.1151 0.9281 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1360258 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1310876 2 0.3266 0.6354 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1404951 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0657 0.7282 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1499260 2 0.1151 0.7115 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1485700 1 0.0336 0.9303 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1350479 2 0.4697 0.3173 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1395682 2 0.3688 0.5944 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1362579 1 0.0524 0.9294 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1328528 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.3160 0.8804 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1340966 2 0.0657 0.7219 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1323873 3 0.5736 0.7350 0.156 0.024 0.744 0.076
#> SRR1475233 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400008 3 0.8054 0.0255 0.008 0.240 0.384 0.368
#> SRR1338489 2 0.3975 0.5403 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1439697 3 0.5855 0.3971 0.356 0.000 0.600 0.044
#> SRR1329642 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341945 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418262 2 0.3074 0.6515 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1458380 2 0.2654 0.6966 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1400489 2 0.4917 0.3340 0.000 0.656 0.008 0.336
#> SRR1416455 2 0.2654 0.6966 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1477292 2 0.4585 0.3774 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1096924 2 0.2546 0.6553 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1308269 2 0.1109 0.7293 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR1367172 1 0.5850 0.0976 0.512 0.000 0.456 0.032
#> SRR1085259 1 0.4323 0.7518 0.776 0.000 0.204 0.020
#> SRR1477732 1 0.1004 0.9313 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1356509 2 0.4605 0.3675 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1323446 1 0.1398 0.9263 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1368094 1 0.1406 0.9314 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1378924 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1092397 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1458574 1 0.0188 0.9309 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331405 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1455741 2 0.4564 0.3866 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1100395 1 0.2450 0.9072 0.912 0.000 0.072 0.016
#> SRR1327570 2 0.0657 0.7254 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1341209 3 0.7227 0.6723 0.072 0.096 0.652 0.180
#> SRR1436280 2 0.7738 -0.3837 0.000 0.440 0.260 0.300
#> SRR1312666 2 0.1302 0.7229 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR810153 1 0.3047 0.8610 0.872 0.000 0.116 0.012
#> SRR1467943 1 0.3280 0.8515 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR808638 3 0.7184 0.7327 0.116 0.048 0.644 0.192
#> SRR1099451 2 0.1389 0.7256 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1082238 1 0.4538 0.7518 0.760 0.000 0.216 0.024
#> SRR1404186 2 0.1637 0.7185 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1479721 1 0.1452 0.9263 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1480721 2 0.4500 0.4134 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1446716 2 0.4008 0.5349 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1073971 2 0.0469 0.7286 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1410404 1 0.1151 0.9282 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1120733 1 0.1151 0.9281 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1367410 1 0.5808 0.2874 0.544 0.000 0.424 0.032
#> SRR1316463 2 0.5901 -0.1979 0.000 0.532 0.036 0.432
#> SRR1103072 2 0.4331 0.4644 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1420129 2 0.0469 0.7288 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1382639 2 0.2216 0.6997 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1356997 2 0.4382 0.4555 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1409326 2 0.1637 0.7176 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1485020 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1336205 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1343414 2 0.1356 0.7105 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1319502 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1471291 2 0.4477 0.4195 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1105033 3 0.6918 0.5194 0.004 0.124 0.576 0.296
#> SRR1077066 2 0.1211 0.7277 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1099931 1 0.3757 0.8200 0.828 0.000 0.152 0.020
#> SRR1069943 1 0.1356 0.9275 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1360194 2 0.1256 0.7287 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR814108 3 0.1940 0.6776 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1410699 2 0.1211 0.7241 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1405461 2 0.4746 0.2823 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1323312 2 0.1890 0.7234 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1467171 1 0.1256 0.9273 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1396742 1 0.0592 0.9308 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1342960 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1370701 1 0.0469 0.9314 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1383674 4 0.7823 0.3539 0.000 0.320 0.272 0.408
#> SRR1442440 2 0.4661 0.3341 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1404461 1 0.2480 0.9019 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR1336617 2 0.0779 0.7200 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1097811 1 0.4284 0.7818 0.780 0.000 0.200 0.020
#> SRR1475785 1 0.1452 0.9260 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1347916 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1477522 2 0.0336 0.7276 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098002 3 0.5308 0.5436 0.280 0.000 0.684 0.036
#> SRR1077667 1 0.0657 0.9303 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1410720 2 0.0188 0.7277 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1354035 1 0.1284 0.9311 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1394384 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.7295 0.6100 0.044 0.108 0.620 0.228
#> SRR1472259 3 0.4493 0.7387 0.092 0.020 0.828 0.060
#> SRR1390179 3 0.5308 0.5436 0.280 0.000 0.684 0.036
#> SRR1312784 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.5744 0.7436 0.120 0.044 0.760 0.076
#> SRR1081332 1 0.1807 0.9247 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1406709 2 0.4877 0.3499 0.000 0.664 0.008 0.328
#> SRR1458529 2 0.3080 0.6560 0.000 0.880 0.024 0.096
#> SRR1332467 2 0.1211 0.7241 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1078278 1 0.1059 0.9323 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1083868 1 0.0336 0.9299 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367544 2 0.1635 0.7011 0.000 0.948 0.008 0.044
#> SRR1333167 2 0.4585 0.3774 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1418492 2 0.1151 0.7288 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1476652 2 0.2089 0.7177 0.000 0.932 0.020 0.048
#> SRR1470624 2 0.0657 0.7219 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1081068 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324473 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1420538 2 0.0779 0.7200 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1453747 2 0.0817 0.7274 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1403853 4 0.5402 0.3293 0.000 0.472 0.012 0.516
#> SRR1378707 2 0.1151 0.7288 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1083504 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1437598 2 0.0779 0.7200 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1376807 1 0.5430 0.5996 0.664 0.000 0.300 0.036
#> SRR1370107 2 0.2408 0.6912 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1369008 2 0.4500 0.4096 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1385672 2 0.7738 -0.3837 0.000 0.440 0.260 0.300
#> SRR1430839 2 0.0804 0.7286 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1098098 2 0.0469 0.7286 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1473361 2 0.5290 0.1236 0.000 0.584 0.012 0.404
#> SRR1348507 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.8053 0.0277 0.008 0.240 0.388 0.364
#> SRR1487704 2 0.7681 -0.4356 0.000 0.456 0.252 0.292
#> SRR1344122 2 0.4679 0.3300 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1402027 3 0.7066 0.7180 0.100 0.076 0.672 0.152
#> SRR1081493 1 0.1545 0.9244 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1076940 2 0.0779 0.7291 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR816096 2 0.1302 0.7268 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1440809 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1406394 4 0.7309 -0.1003 0.004 0.164 0.296 0.536
#> SRR1317653 2 0.2973 0.6592 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1343072 3 0.1940 0.6776 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1336964 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.4804 0.2307 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1467194 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.3764 0.5792 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1353118 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1083678 4 0.7889 0.3031 0.000 0.316 0.304 0.380
#> SRR1487547 2 0.3873 0.5624 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1087752 3 0.7019 0.4727 0.000 0.132 0.524 0.344
#> SRR1091054 1 0.0817 0.9320 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1316343 4 0.5408 0.2842 0.000 0.488 0.012 0.500
#> SRR1073899 1 0.1452 0.9266 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1456093 2 0.4790 0.2444 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1399291 2 0.1022 0.7287 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336863 2 0.2868 0.6658 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1456771 2 0.0336 0.7286 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329663 2 0.5300 0.1075 0.000 0.580 0.012 0.408
#> SRR1445426 2 0.6652 -0.2643 0.000 0.516 0.088 0.396
#> SRR1389932 1 0.1284 0.9311 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1353948 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1348094 4 0.8175 0.2531 0.008 0.308 0.316 0.368
#> SRR1452222 2 0.4585 0.3774 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1468096 2 0.4790 0.2444 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1334011 2 0.4936 0.3185 0.000 0.652 0.008 0.340
#> SRR1444701 2 0.1356 0.7105 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1329687 1 0.1356 0.9267 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1092493 2 0.1256 0.7291 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR1446265 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1388722 1 0.0779 0.9285 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1464432 2 0.7211 -0.1899 0.000 0.548 0.204 0.248
#> SRR1410550 2 0.0188 0.7273 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473209 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1101741 1 0.0937 0.9280 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1083125 1 0.1722 0.9213 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1419495 2 0.0657 0.7290 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1090383 1 0.0188 0.9298 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328980 2 0.4040 0.5278 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1072578 1 0.4399 0.7428 0.768 0.000 0.212 0.020
#> SRR1466091 2 0.0188 0.7273 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090119 3 0.7227 0.6723 0.072 0.096 0.652 0.180
#> SRR1337516 2 0.1489 0.7042 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1498290 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.5408 0.2889 0.000 0.488 0.012 0.500
#> SRR1489349 2 0.4500 0.4134 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1457336 2 0.4917 0.3340 0.000 0.656 0.008 0.336
#> SRR1447481 2 0.0188 0.7252 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102176 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.4776 0.2575 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1466770 2 0.4585 0.3774 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1093366 2 0.0336 0.7284 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434631 4 0.5408 0.2842 0.000 0.488 0.012 0.500
#> SRR1349190 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1086164 1 0.0469 0.9314 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1477339 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099354 1 0.0469 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470855 2 0.2805 0.6656 0.000 0.888 0.012 0.100
#> SRR1102998 2 0.2198 0.6631 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1444978 2 0.4776 0.2616 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1432165 2 0.1940 0.7100 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1441913 2 0.1211 0.7241 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1319038 2 0.5004 0.1934 0.000 0.604 0.004 0.392
#> SRR1338603 2 0.1637 0.7180 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1325620 1 0.0376 0.9298 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1320490 1 0.3047 0.8610 0.872 0.000 0.116 0.012
#> SRR1322186 2 0.1356 0.7105 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1466687 2 0.4964 0.2318 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR1478571 1 0.1890 0.9219 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1074337 2 0.1388 0.7131 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR1420391 2 0.7390 -0.2799 0.000 0.512 0.204 0.284
#> SRR1087704 1 0.1545 0.9262 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1464897 1 0.0469 0.9306 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1473915 2 0.0469 0.7285 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337816 2 0.0657 0.7219 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1322070 2 0.4679 0.3281 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1476324 2 0.1209 0.7287 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1499652 2 0.3384 0.6475 0.000 0.860 0.024 0.116
#> SRR1356643 1 0.2799 0.8882 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1097708 1 0.4121 0.7851 0.796 0.000 0.184 0.020
#> SRR813529 3 0.6491 0.7305 0.164 0.040 0.700 0.096
#> SRR1352322 1 0.0707 0.9322 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1498661 1 0.1042 0.9285 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1075078 1 0.5430 0.5996 0.664 0.000 0.300 0.036
#> SRR1390289 2 0.2654 0.6966 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1351955 2 0.1890 0.7234 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1336988 2 0.4477 0.4214 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1407000 2 0.4761 0.2747 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1367785 2 0.2654 0.6966 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1470057 2 0.4008 0.5310 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1079567 1 0.1388 0.9313 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1095675 1 0.4284 0.7578 0.780 0.000 0.200 0.020
#> SRR1388788 2 0.4936 0.3185 0.000 0.652 0.008 0.340
#> SRR1396146 1 0.0779 0.9285 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1415173 1 0.3390 0.8443 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR1362514 2 0.0336 0.7276 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1454031 1 0.3280 0.8515 0.860 0.000 0.124 0.016
#> SRR1443399 2 0.4817 0.2219 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1101280 2 0.0000 0.7263 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1824 0.6933 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1488307 1 0.5582 0.5054 0.620 0.000 0.348 0.032
#> SRR1443800 2 0.0188 0.7258 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1317110 2 0.4955 0.3098 0.000 0.648 0.008 0.344
#> SRR1090334 2 0.3311 0.6290 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1338280 1 0.0469 0.9314 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1357456 1 0.2976 0.8827 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1444523 1 0.1890 0.9209 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1310898 2 0.0188 0.7274 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074314 1 0.0524 0.9305 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1083456 1 0.1284 0.9304 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1321377 2 0.4522 0.4076 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1320445 1 0.0937 0.9281 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1081116 1 0.1635 0.9270 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1333287 4 0.7893 0.3221 0.000 0.324 0.300 0.376
#> SRR1454821 2 0.4713 0.3055 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1348792 2 0.1637 0.7176 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1393529 3 0.7010 0.7214 0.112 0.068 0.676 0.144
#> SRR1102224 4 0.7890 0.2766 0.000 0.308 0.312 0.380
#> SRR1074239 1 0.1890 0.9186 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1401774 2 0.5650 -0.0995 0.000 0.544 0.024 0.432
#> SRR1413262 2 0.3205 0.6263 0.000 0.872 0.024 0.104
#> SRR1336227 2 0.3384 0.6475 0.000 0.860 0.024 0.116
#> SRR1069991 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1091524 1 0.1545 0.9244 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1312577 2 0.0469 0.7291 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341721 1 0.2198 0.9111 0.920 0.000 0.072 0.008
#> SRR1437514 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1327505 2 0.0336 0.7276 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1382461 1 0.1151 0.9326 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1361883 3 0.6247 0.7430 0.124 0.048 0.728 0.100
#> SRR1378262 1 0.0657 0.9285 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1464812 2 0.2654 0.6966 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1073655 1 0.3707 0.8509 0.840 0.000 0.132 0.028
#> SRR1075729 1 0.1305 0.9276 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1397292 2 0.7913 -0.4534 0.000 0.360 0.324 0.316
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.2694 0.8588 0.884 0.000 0.076 0.040 0.000
#> SRR1330831 2 0.1372 0.7307 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR1456250 4 0.5607 0.7106 0.000 0.388 0.020 0.552 0.040
#> SRR1433708 2 0.4440 -0.2755 0.000 0.528 0.000 0.468 0.004
#> SRR1433902 1 0.1216 0.8802 0.960 0.000 0.020 0.020 0.000
#> SRR1485060 2 0.1270 0.7244 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1432783 2 0.0290 0.7311 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1398272 2 0.1608 0.7128 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1436583 2 0.3048 0.6116 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1420413 4 0.5856 0.3154 0.000 0.156 0.064 0.688 0.092
#> SRR1441768 1 0.1907 0.8797 0.928 0.000 0.044 0.028 0.000
#> SRR1356976 2 0.3816 0.3629 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1466597 4 0.5746 0.3316 0.000 0.156 0.060 0.696 0.088
#> SRR1392456 4 0.4088 0.7547 0.000 0.304 0.008 0.688 0.000
#> SRR1080951 1 0.1992 0.8811 0.924 0.000 0.044 0.032 0.000
#> SRR812697 1 0.4252 0.7615 0.784 0.000 0.144 0.064 0.008
#> SRR1457080 1 0.1582 0.8750 0.944 0.000 0.028 0.028 0.000
#> SRR1361814 2 0.1608 0.7128 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1404362 1 0.2054 0.8737 0.920 0.000 0.052 0.028 0.000
#> SRR1490635 2 0.1280 0.7301 0.000 0.960 0.008 0.024 0.008
#> SRR1343546 2 0.4383 -0.0868 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004
#> SRR1405921 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362928 2 0.3452 0.4999 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1089207 1 0.1915 0.8743 0.928 0.000 0.040 0.032 0.000
#> SRR1084505 1 0.1648 0.8866 0.940 0.000 0.040 0.020 0.000
#> SRR1376476 2 0.4552 -0.3451 0.000 0.524 0.008 0.468 0.000
#> SRR1318208 1 0.1579 0.8775 0.944 0.000 0.024 0.032 0.000
#> SRR1470513 1 0.4990 0.5321 0.628 0.000 0.324 0.048 0.000
#> SRR1397781 1 0.1579 0.8775 0.944 0.000 0.024 0.032 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0404 0.7316 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1329131 2 0.1186 0.7315 0.000 0.964 0.008 0.020 0.008
#> SRR1120891 1 0.1725 0.8844 0.936 0.000 0.044 0.020 0.000
#> SRR1337495 2 0.4359 -0.0335 0.000 0.584 0.000 0.412 0.004
#> SRR1102198 2 0.7558 -0.3138 0.000 0.432 0.132 0.092 0.344
#> SRR1473232 4 0.5746 0.3316 0.000 0.156 0.060 0.696 0.088
#> SRR1410634 2 0.5771 0.0158 0.000 0.572 0.000 0.112 0.316
#> SRR1353332 2 0.0290 0.7311 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362332 4 0.4481 0.6283 0.000 0.416 0.008 0.576 0.000
#> SRR816794 1 0.2139 0.8842 0.916 0.000 0.052 0.032 0.000
#> SRR1479370 2 0.4403 -0.1418 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1353577 4 0.7108 0.5419 0.000 0.360 0.024 0.416 0.200
#> SRR1077380 2 0.4437 -0.2602 0.000 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR1407693 1 0.3309 0.8348 0.836 0.000 0.128 0.036 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.1393 0.7304 0.000 0.956 0.008 0.024 0.012
#> SRR1327454 2 0.0404 0.7306 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1342806 1 0.1106 0.8860 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1388437 1 0.1915 0.8732 0.928 0.000 0.040 0.032 0.000
#> SRR1085235 1 0.3575 0.8292 0.824 0.000 0.120 0.056 0.000
#> SRR1357692 3 0.4490 0.4727 0.000 0.000 0.724 0.052 0.224
#> SRR1430703 5 0.7901 0.2956 0.000 0.248 0.168 0.132 0.452
#> SRR1086020 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334181 2 0.4434 -0.2473 0.000 0.536 0.000 0.460 0.004
#> SRR1087271 2 0.1704 0.7175 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR812721 1 0.4314 0.7578 0.780 0.000 0.144 0.068 0.008
#> SRR819486 1 0.1399 0.8868 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1465248 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334134 1 0.1836 0.8708 0.932 0.000 0.032 0.036 0.000
#> SRR1479306 1 0.0912 0.8842 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR1339065 2 0.4436 0.0472 0.000 0.596 0.000 0.396 0.008
#> SRR1318624 2 0.0290 0.7311 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1467544 4 0.4481 0.6283 0.000 0.416 0.008 0.576 0.000
#> SRR1476384 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1395788 1 0.2491 0.8552 0.896 0.000 0.036 0.068 0.000
#> SRR1406478 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466278 1 0.0771 0.8846 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1375158 2 0.4477 0.5471 0.000 0.764 0.036 0.176 0.024
#> SRR1080222 1 0.3307 0.8416 0.844 0.000 0.104 0.052 0.000
#> SRR1361777 2 0.3123 0.5998 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1405311 2 0.4403 -0.1421 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1340531 1 0.1965 0.8713 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR1327527 2 0.3636 0.4395 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1407018 1 0.2376 0.8712 0.904 0.000 0.052 0.044 0.000
#> SRR1090431 2 0.0290 0.7314 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498505 2 0.1483 0.7298 0.000 0.952 0.008 0.028 0.012
#> SRR1419941 5 0.6832 0.1385 0.000 0.260 0.004 0.312 0.424
#> SRR1313625 3 0.5630 0.1668 0.436 0.000 0.504 0.048 0.012
#> SRR1365377 5 0.6981 0.0593 0.000 0.312 0.008 0.276 0.404
#> SRR1092749 1 0.2359 0.8584 0.904 0.000 0.036 0.060 0.000
#> SRR1389366 5 0.6436 0.1538 0.000 0.028 0.236 0.148 0.588
#> SRR1359509 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.5746 0.3316 0.000 0.156 0.060 0.696 0.088
#> SRR1500071 2 0.3587 0.6617 0.000 0.844 0.036 0.096 0.024
#> SRR1078948 3 0.6519 0.5347 0.088 0.008 0.480 0.020 0.404
#> SRR1099765 1 0.0693 0.8840 0.980 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR818523 1 0.4314 0.7578 0.780 0.000 0.144 0.068 0.008
#> SRR807751 1 0.2491 0.8644 0.896 0.000 0.068 0.036 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.2891 0.6169 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1343698 2 0.0867 0.7321 0.000 0.976 0.008 0.008 0.008
#> SRR1330176 1 0.1568 0.8854 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000
#> SRR1329530 1 0.1082 0.8855 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1081813 3 0.7096 0.5659 0.184 0.008 0.452 0.016 0.340
#> SRR1487403 1 0.4388 0.6939 0.724 0.000 0.244 0.024 0.008
#> SRR1409046 5 0.5961 -0.4287 0.056 0.000 0.408 0.024 0.512
#> SRR1474000 5 0.7901 0.2956 0.000 0.248 0.168 0.132 0.452
#> SRR1500131 4 0.4067 0.7529 0.000 0.300 0.008 0.692 0.000
#> SRR1415854 1 0.2628 0.8697 0.884 0.000 0.088 0.028 0.000
#> SRR1387286 4 0.5607 0.7106 0.000 0.388 0.020 0.552 0.040
#> SRR1362664 2 0.3197 0.6691 0.000 0.852 0.024 0.116 0.008
#> SRR1097525 1 0.4271 0.7627 0.784 0.000 0.140 0.068 0.008
#> SRR1432231 2 0.2297 0.7157 0.000 0.912 0.020 0.060 0.008
#> SRR1500516 1 0.2067 0.8660 0.920 0.000 0.032 0.048 0.000
#> SRR1098660 1 0.1485 0.8777 0.948 0.000 0.020 0.032 0.000
#> SRR1392097 1 0.4351 0.7102 0.724 0.000 0.244 0.028 0.004
#> SRR809565 1 0.3375 0.8383 0.840 0.000 0.104 0.056 0.000
#> SRR1476974 1 0.1836 0.8769 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> SRR1360258 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1310876 2 0.3461 0.5373 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR1404951 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0854 0.7317 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012
#> SRR1499260 2 0.1173 0.7165 0.000 0.964 0.020 0.004 0.012
#> SRR1485700 1 0.0898 0.8848 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1350479 2 0.4403 -0.1418 0.000 0.560 0.000 0.436 0.004
#> SRR1395682 2 0.4065 0.5220 0.000 0.752 0.008 0.224 0.016
#> SRR1362579 1 0.1965 0.8713 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR1328528 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473100 1 0.3639 0.8240 0.812 0.000 0.144 0.044 0.000
#> SRR1340966 2 0.0798 0.7261 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1323873 3 0.6639 0.5600 0.120 0.008 0.468 0.012 0.392
#> SRR1475233 2 0.0404 0.7311 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1400008 5 0.6450 0.4353 0.004 0.124 0.060 0.172 0.640
#> SRR1338489 2 0.3796 0.3730 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1439697 3 0.6876 0.5024 0.324 0.000 0.500 0.036 0.140
#> SRR1329642 2 0.0290 0.7311 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341945 2 0.0290 0.7311 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1418262 2 0.3300 0.5697 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1458380 2 0.3197 0.6691 0.000 0.852 0.024 0.116 0.008
#> SRR1400489 2 0.4517 -0.2086 0.000 0.556 0.008 0.436 0.000
#> SRR1416455 2 0.3197 0.6691 0.000 0.852 0.024 0.116 0.008
#> SRR1477292 2 0.4390 -0.1089 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1096924 2 0.3595 0.6140 0.000 0.852 0.040 0.044 0.064
#> SRR1308269 2 0.1372 0.7307 0.000 0.956 0.004 0.024 0.016
#> SRR1367172 1 0.6514 -0.0993 0.480 0.000 0.356 0.008 0.156
#> SRR1085259 1 0.5240 0.6547 0.708 0.000 0.204 0.048 0.040
#> SRR1477732 1 0.1568 0.8871 0.944 0.000 0.036 0.020 0.000
#> SRR1356509 2 0.4390 -0.1301 0.000 0.568 0.004 0.428 0.000
#> SRR1323446 1 0.2359 0.8692 0.904 0.000 0.060 0.036 0.000
#> SRR1368094 1 0.1750 0.8848 0.936 0.000 0.036 0.028 0.000
#> SRR1378924 1 0.1211 0.8796 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1092397 1 0.1836 0.8734 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> SRR1458574 1 0.0771 0.8846 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1331405 1 0.2074 0.8666 0.920 0.000 0.036 0.044 0.000
#> SRR1455741 2 0.4359 -0.0335 0.000 0.584 0.000 0.412 0.004
#> SRR1100395 1 0.3237 0.8446 0.848 0.000 0.104 0.048 0.000
#> SRR1327570 2 0.0727 0.7301 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> SRR1341209 5 0.7002 -0.1148 0.036 0.020 0.340 0.092 0.512
#> SRR1436280 5 0.7901 0.2956 0.000 0.248 0.168 0.132 0.452
#> SRR1312666 2 0.1478 0.7157 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR810153 1 0.3857 0.7895 0.812 0.000 0.132 0.048 0.008
#> SRR1467943 1 0.4314 0.7578 0.780 0.000 0.144 0.068 0.008
#> SRR808638 5 0.6962 -0.4802 0.112 0.012 0.340 0.032 0.504
#> SRR1099451 2 0.1628 0.7229 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1082238 1 0.4441 0.6858 0.716 0.000 0.252 0.024 0.008
#> SRR1404186 2 0.1792 0.7071 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1479721 1 0.1965 0.8798 0.924 0.000 0.052 0.024 0.000
#> SRR1480721 2 0.4321 0.0442 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1446716 2 0.3816 0.3630 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1073971 2 0.0609 0.7321 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1410404 1 0.1830 0.8807 0.932 0.000 0.040 0.028 0.000
#> SRR1120733 1 0.1997 0.8757 0.924 0.000 0.036 0.040 0.000
#> SRR1367410 1 0.5684 0.1235 0.500 0.000 0.440 0.020 0.040
#> SRR1316463 4 0.5607 0.7106 0.000 0.388 0.020 0.552 0.040
#> SRR1103072 2 0.4166 0.2266 0.000 0.648 0.000 0.348 0.004
#> SRR1420129 2 0.0703 0.7332 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1382639 2 0.2377 0.6670 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1356997 2 0.4354 0.1653 0.000 0.624 0.000 0.368 0.008
#> SRR1409326 2 0.1851 0.7027 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1336205 1 0.2359 0.8584 0.904 0.000 0.036 0.060 0.000
#> SRR1343414 2 0.1885 0.6992 0.000 0.936 0.012 0.020 0.032
#> SRR1319502 1 0.1943 0.8718 0.924 0.000 0.020 0.056 0.000
#> SRR1471291 2 0.4288 0.0844 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1105033 5 0.6144 0.1609 0.000 0.020 0.220 0.144 0.616
#> SRR1077066 2 0.1732 0.7121 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1099931 1 0.4691 0.7310 0.756 0.000 0.164 0.060 0.020
#> SRR1069943 1 0.1943 0.8764 0.924 0.000 0.056 0.020 0.000
#> SRR1360194 2 0.1483 0.7298 0.000 0.952 0.008 0.028 0.012
#> SRR814108 3 0.4490 0.4727 0.000 0.000 0.724 0.052 0.224
#> SRR1410699 2 0.1410 0.7178 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1405461 2 0.4440 -0.2755 0.000 0.528 0.000 0.468 0.004
#> SRR1323312 2 0.2541 0.7092 0.000 0.900 0.012 0.068 0.020
#> SRR1467171 1 0.1907 0.8797 0.928 0.000 0.044 0.028 0.000
#> SRR1396742 1 0.1211 0.8852 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1342960 1 0.1399 0.8783 0.952 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR1370701 1 0.1300 0.8825 0.956 0.000 0.028 0.016 0.000
#> SRR1383674 5 0.6348 0.4761 0.000 0.188 0.008 0.244 0.560
#> SRR1442440 2 0.4420 -0.2051 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1404461 1 0.3375 0.8383 0.840 0.000 0.104 0.056 0.000
#> SRR1336617 2 0.0807 0.7237 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1097811 1 0.4595 0.7010 0.716 0.000 0.236 0.044 0.004
#> SRR1475785 1 0.2228 0.8729 0.912 0.000 0.048 0.040 0.000
#> SRR1347916 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1477522 2 0.0451 0.7323 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1098002 3 0.5947 0.5790 0.236 0.000 0.604 0.004 0.156
#> SRR1077667 1 0.1211 0.8831 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR1410720 2 0.0290 0.7310 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354035 1 0.1981 0.8840 0.924 0.000 0.048 0.028 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 5 0.6720 0.0398 0.016 0.020 0.276 0.124 0.564
#> SRR1472259 3 0.5873 0.5162 0.064 0.000 0.532 0.016 0.388
#> SRR1390179 3 0.5947 0.5790 0.236 0.000 0.604 0.004 0.156
#> SRR1312784 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069850 3 0.6515 0.5380 0.088 0.008 0.484 0.020 0.400
#> SRR1081332 1 0.2511 0.8738 0.892 0.000 0.080 0.028 0.000
#> SRR1406709 2 0.4590 -0.1437 0.000 0.568 0.012 0.420 0.000
#> SRR1458529 2 0.3677 0.6397 0.000 0.848 0.048 0.044 0.060
#> SRR1332467 2 0.1410 0.7178 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1078278 1 0.1399 0.8868 0.952 0.000 0.028 0.020 0.000
#> SRR1083868 1 0.1012 0.8850 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1367544 2 0.2555 0.6787 0.000 0.904 0.016 0.028 0.052
#> SRR1333167 2 0.4390 -0.1089 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1418492 2 0.1393 0.7304 0.000 0.956 0.008 0.024 0.012
#> SRR1476652 2 0.2522 0.7119 0.000 0.904 0.012 0.056 0.028
#> SRR1470624 2 0.0798 0.7261 0.000 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR1081068 2 0.0510 0.7320 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1324473 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1420538 2 0.0807 0.7237 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1453747 2 0.1121 0.7249 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1403853 4 0.3957 0.7257 0.000 0.280 0.008 0.712 0.000
#> SRR1378707 2 0.1393 0.7304 0.000 0.956 0.008 0.024 0.012
#> SRR1083504 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1437598 2 0.1419 0.7191 0.000 0.956 0.016 0.016 0.012
#> SRR1376807 1 0.4607 0.4988 0.620 0.000 0.364 0.008 0.008
#> SRR1370107 2 0.2471 0.6588 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1369008 2 0.4310 0.0513 0.000 0.604 0.000 0.392 0.004
#> SRR1385672 5 0.7901 0.2956 0.000 0.248 0.168 0.132 0.452
#> SRR1430839 2 0.0981 0.7318 0.000 0.972 0.008 0.012 0.008
#> SRR1098098 2 0.0609 0.7321 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1473361 4 0.4430 0.5235 0.000 0.456 0.004 0.540 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 5 0.6508 0.4346 0.004 0.124 0.064 0.172 0.636
#> SRR1487704 5 0.6981 0.0593 0.000 0.312 0.008 0.276 0.404
#> SRR1344122 2 0.4383 -0.0868 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004
#> SRR1402027 5 0.7121 -0.3225 0.068 0.016 0.376 0.064 0.476
#> SRR1081493 1 0.2504 0.8683 0.896 0.000 0.064 0.040 0.000
#> SRR1076940 2 0.0960 0.7316 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR816096 2 0.1557 0.7248 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1440809 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1406394 5 0.5803 0.3289 0.000 0.024 0.048 0.384 0.544
#> SRR1317653 2 0.2890 0.6328 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> SRR1343072 3 0.4490 0.4727 0.000 0.000 0.724 0.052 0.224
#> SRR1336964 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.4450 -0.3587 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR1467194 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.3766 0.4514 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1353118 1 0.1753 0.8719 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1083678 5 0.6268 0.4950 0.000 0.192 0.012 0.208 0.588
#> SRR1487547 2 0.3838 0.4215 0.000 0.716 0.000 0.280 0.004
#> SRR1087752 5 0.6034 0.2293 0.000 0.036 0.168 0.140 0.656
#> SRR1091054 1 0.1522 0.8876 0.944 0.000 0.044 0.012 0.000
#> SRR1316343 4 0.4108 0.7553 0.000 0.308 0.008 0.684 0.000
#> SRR1073899 1 0.2171 0.8766 0.912 0.000 0.064 0.024 0.000
#> SRR1456093 2 0.4448 -0.3250 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR1399291 2 0.1205 0.7285 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1336863 2 0.3123 0.5998 0.000 0.812 0.000 0.184 0.004
#> SRR1456771 2 0.0290 0.7319 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329663 4 0.4425 0.5339 0.000 0.452 0.004 0.544 0.000
#> SRR1445426 4 0.7093 0.5487 0.000 0.364 0.024 0.416 0.196
#> SRR1389932 1 0.1981 0.8840 0.924 0.000 0.048 0.028 0.000
#> SRR1353948 1 0.1211 0.8796 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1348094 5 0.6373 0.4897 0.004 0.184 0.016 0.196 0.600
#> SRR1452222 2 0.4390 -0.1089 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1468096 2 0.4448 -0.3250 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR1334011 2 0.4542 -0.3016 0.000 0.536 0.008 0.456 0.000
#> SRR1444701 2 0.1710 0.7063 0.000 0.944 0.012 0.020 0.024
#> SRR1329687 1 0.2300 0.8699 0.908 0.000 0.052 0.040 0.000
#> SRR1092493 2 0.1651 0.7285 0.000 0.944 0.008 0.036 0.012
#> SRR1446265 1 0.2426 0.8565 0.900 0.000 0.036 0.064 0.000
#> SRR1388722 1 0.2491 0.8552 0.896 0.000 0.036 0.068 0.000
#> SRR1464432 2 0.7746 -0.3373 0.000 0.400 0.132 0.112 0.356
#> SRR1410550 2 0.0404 0.7306 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1473209 1 0.1753 0.8719 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1101741 1 0.2514 0.8559 0.896 0.000 0.044 0.060 0.000
#> SRR1083125 1 0.2632 0.8609 0.888 0.000 0.072 0.040 0.000
#> SRR1419495 2 0.1059 0.7308 0.000 0.968 0.004 0.020 0.008
#> SRR1090383 1 0.0693 0.8832 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1328980 2 0.3741 0.4474 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004
#> SRR1072578 1 0.5340 0.6435 0.700 0.000 0.208 0.048 0.044
#> SRR1466091 2 0.0404 0.7306 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090119 5 0.7002 -0.1148 0.036 0.020 0.340 0.092 0.512
#> SRR1337516 2 0.2305 0.6909 0.000 0.916 0.012 0.028 0.044
#> SRR1498290 2 0.0000 0.7297 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.4147 0.7521 0.000 0.316 0.008 0.676 0.000
#> SRR1489349 2 0.4321 0.0442 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1457336 2 0.4517 -0.2086 0.000 0.556 0.008 0.436 0.000
#> SRR1447481 2 0.0451 0.7297 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1102176 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323215 2 0.4446 -0.3111 0.000 0.520 0.000 0.476 0.004
#> SRR1466770 2 0.4390 -0.1089 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1093366 2 0.0404 0.7315 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434631 4 0.4108 0.7553 0.000 0.308 0.008 0.684 0.000
#> SRR1349190 1 0.2359 0.8584 0.904 0.000 0.036 0.060 0.000
#> SRR1086164 1 0.1082 0.8855 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1477339 2 0.0404 0.7313 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1099354 1 0.1018 0.8842 0.968 0.000 0.016 0.016 0.000
#> SRR1470855 2 0.3872 0.6177 0.000 0.836 0.040 0.060 0.064
#> SRR1102998 2 0.3022 0.6349 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064
#> SRR1444978 2 0.4591 -0.3334 0.000 0.516 0.004 0.476 0.004
#> SRR1432165 2 0.2020 0.6937 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1441913 2 0.1410 0.7178 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1319038 4 0.4595 0.4096 0.000 0.488 0.004 0.504 0.004
#> SRR1338603 2 0.1851 0.7030 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1325620 1 0.1310 0.8796 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000
#> SRR1320490 1 0.3857 0.7889 0.812 0.000 0.132 0.048 0.008
#> SRR1322186 2 0.1799 0.7027 0.000 0.940 0.012 0.020 0.028
#> SRR1466687 2 0.4449 -0.3427 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR1478571 1 0.2570 0.8701 0.888 0.000 0.084 0.028 0.000
#> SRR1074337 2 0.1372 0.7181 0.000 0.956 0.016 0.004 0.024
#> SRR1420391 5 0.7916 -0.1152 0.000 0.356 0.132 0.136 0.376
#> SRR1087704 1 0.2046 0.8795 0.916 0.000 0.068 0.016 0.000
#> SRR1464897 1 0.0912 0.8842 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR1473915 2 0.0609 0.7314 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1337816 2 0.1200 0.7242 0.000 0.964 0.016 0.012 0.008
#> SRR1322070 2 0.4420 -0.1947 0.000 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1476324 2 0.1686 0.7277 0.000 0.944 0.008 0.028 0.020
#> SRR1499652 2 0.4620 0.5706 0.000 0.788 0.048 0.084 0.080
#> SRR1356643 1 0.3309 0.8348 0.836 0.000 0.128 0.036 0.000
#> SRR1097708 1 0.3974 0.7233 0.752 0.000 0.228 0.016 0.004
#> SRR813529 3 0.7077 0.5161 0.132 0.012 0.432 0.024 0.400
#> SRR1352322 1 0.1522 0.8862 0.944 0.000 0.044 0.012 0.000
#> SRR1498661 1 0.1753 0.8775 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1075078 1 0.4607 0.4988 0.620 0.000 0.364 0.008 0.008
#> SRR1390289 2 0.3197 0.6691 0.000 0.852 0.024 0.116 0.008
#> SRR1351955 2 0.2541 0.7092 0.000 0.900 0.012 0.068 0.020
#> SRR1336988 2 0.4288 0.0962 0.000 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1407000 2 0.4586 -0.3045 0.000 0.524 0.004 0.468 0.004
#> SRR1367785 2 0.3197 0.6691 0.000 0.852 0.024 0.116 0.008
#> SRR1470057 2 0.3796 0.3653 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1079567 1 0.2104 0.8857 0.916 0.000 0.060 0.024 0.000
#> SRR1095675 1 0.5208 0.6623 0.712 0.000 0.200 0.048 0.040
#> SRR1388788 2 0.4546 -0.3146 0.000 0.532 0.008 0.460 0.000
#> SRR1396146 1 0.2491 0.8552 0.896 0.000 0.036 0.068 0.000
#> SRR1415173 1 0.4464 0.7490 0.772 0.000 0.148 0.068 0.012
#> SRR1362514 2 0.0451 0.7323 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1454031 1 0.4314 0.7578 0.780 0.000 0.144 0.068 0.008
#> SRR1443399 2 0.4452 -0.3884 0.000 0.500 0.000 0.496 0.004
#> SRR1101280 2 0.0290 0.7299 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1340680 2 0.2859 0.6667 0.000 0.888 0.016 0.036 0.060
#> SRR1488307 1 0.4666 0.3986 0.572 0.000 0.412 0.000 0.016
#> SRR1443800 2 0.0451 0.7295 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1317110 2 0.4552 -0.3451 0.000 0.524 0.008 0.468 0.000
#> SRR1090334 2 0.3231 0.5831 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1338280 1 0.1195 0.8864 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1357456 1 0.3370 0.8290 0.824 0.000 0.148 0.028 0.000
#> SRR1444523 1 0.2409 0.8714 0.900 0.000 0.068 0.032 0.000
#> SRR1310898 2 0.0290 0.7311 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.1106 0.8853 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1083456 1 0.2074 0.8820 0.920 0.000 0.044 0.036 0.000
#> SRR1321377 2 0.4446 0.0289 0.000 0.592 0.000 0.400 0.008
#> SRR1320445 1 0.1997 0.8736 0.924 0.000 0.040 0.036 0.000
#> SRR1081116 1 0.2450 0.8746 0.896 0.000 0.076 0.028 0.000
#> SRR1333287 5 0.6322 0.4883 0.000 0.200 0.012 0.208 0.580
#> SRR1454821 2 0.4434 -0.2473 0.000 0.536 0.000 0.460 0.004
#> SRR1348792 2 0.1851 0.7026 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1393529 5 0.7202 -0.3232 0.076 0.016 0.368 0.064 0.476
#> SRR1102224 5 0.6211 0.4930 0.000 0.184 0.012 0.208 0.596
#> SRR1074239 1 0.2676 0.8598 0.884 0.000 0.080 0.036 0.000
#> SRR1401774 4 0.5041 0.7077 0.000 0.380 0.020 0.588 0.012
#> SRR1413262 2 0.4058 0.5818 0.000 0.824 0.048 0.048 0.080
#> SRR1336227 2 0.4620 0.5706 0.000 0.788 0.048 0.084 0.080
#> SRR1069991 1 0.1753 0.8719 0.936 0.000 0.032 0.032 0.000
#> SRR1091524 1 0.2504 0.8683 0.896 0.000 0.064 0.040 0.000
#> SRR1312577 2 0.0510 0.7323 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1341721 1 0.3003 0.8503 0.864 0.000 0.092 0.044 0.000
#> SRR1437514 1 0.1750 0.8721 0.936 0.000 0.028 0.036 0.000
#> SRR1327505 2 0.0451 0.7323 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1382461 1 0.1872 0.8878 0.928 0.000 0.052 0.020 0.000
#> SRR1361883 5 0.6783 -0.4921 0.096 0.012 0.420 0.024 0.448
#> SRR1378262 1 0.1582 0.8750 0.944 0.000 0.028 0.028 0.000
#> SRR1464812 2 0.3197 0.6691 0.000 0.852 0.024 0.116 0.008
#> SRR1073655 1 0.3574 0.8037 0.804 0.000 0.168 0.028 0.000
#> SRR1075729 1 0.2054 0.8753 0.920 0.000 0.052 0.028 0.000
#> SRR1397292 5 0.7910 0.3247 0.000 0.204 0.204 0.132 0.460
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.2389 0.83081 0.864 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1330831 2 0.1168 0.75340 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016 NA
#> SRR1456250 4 0.5929 0.48656 0.000 0.380 0.020 0.508 0.024 NA
#> SRR1433708 2 0.3864 -0.12319 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 NA
#> SRR1433902 1 0.1556 0.85622 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1485060 2 0.1267 0.74578 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 NA
#> SRR1432783 2 0.0260 0.75281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1398272 2 0.1501 0.73619 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 NA
#> SRR1436583 2 0.2697 0.64349 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 NA
#> SRR1420413 4 0.4351 -0.04240 0.000 0.028 0.040 0.784 0.032 NA
#> SRR1441768 1 0.1556 0.85818 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1356976 2 0.3446 0.43648 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 NA
#> SRR1466597 4 0.4214 -0.03130 0.000 0.028 0.032 0.792 0.032 NA
#> SRR1392456 4 0.4486 0.48781 0.000 0.292 0.000 0.656 0.004 NA
#> SRR1080951 1 0.1644 0.85959 0.920 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR812697 1 0.4633 0.72533 0.676 0.000 0.100 0.000 0.000 NA
#> SRR1457080 1 0.2431 0.84188 0.860 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1361814 2 0.1501 0.73619 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 NA
#> SRR1404362 1 0.1866 0.84796 0.908 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1490635 2 0.1088 0.75237 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024 NA
#> SRR1343546 2 0.3823 0.07002 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 NA
#> SRR1405921 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1362928 2 0.3126 0.55114 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000 NA
#> SRR1089207 1 0.2743 0.83639 0.828 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1084505 1 0.1970 0.86310 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1376476 2 0.4584 -0.17790 0.000 0.520 0.004 0.452 0.004 NA
#> SRR1318208 1 0.2092 0.84882 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1470513 1 0.5521 0.57558 0.600 0.000 0.108 0.000 0.024 NA
#> SRR1397781 1 0.2092 0.84882 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1386753 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1334055 2 0.0363 0.75345 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1329131 2 0.0993 0.75381 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 NA
#> SRR1120891 1 0.1866 0.85605 0.908 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1337495 2 0.3804 0.11558 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000 NA
#> SRR1102198 5 0.6347 0.36533 0.000 0.416 0.076 0.064 0.436 NA
#> SRR1473232 4 0.4214 -0.03130 0.000 0.028 0.032 0.792 0.032 NA
#> SRR1410634 2 0.7097 -0.29897 0.000 0.516 0.192 0.168 0.104 NA
#> SRR1353332 2 0.0260 0.75281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1362332 4 0.4481 0.45614 0.000 0.416 0.000 0.556 0.004 NA
#> SRR816794 1 0.1714 0.86173 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1479370 2 0.3838 0.01675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 NA
#> SRR1353577 4 0.8003 0.13614 0.000 0.340 0.124 0.348 0.112 NA
#> SRR1077380 2 0.3862 -0.10696 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 NA
#> SRR1407693 1 0.3190 0.82087 0.820 0.000 0.044 0.000 0.000 NA
#> SRR1430088 2 0.0146 0.75155 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1311464 2 0.1176 0.75275 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020 NA
#> SRR1327454 2 0.0508 0.75295 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1342806 1 0.1327 0.86477 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1388437 1 0.2743 0.83573 0.828 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1085235 1 0.3587 0.80430 0.796 0.000 0.012 0.004 0.024 NA
#> SRR1357692 3 0.5437 0.53529 0.000 0.000 0.604 0.032 0.080 NA
#> SRR1430703 5 0.4443 0.74559 0.000 0.232 0.068 0.004 0.696 NA
#> SRR1086020 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1334181 2 0.3860 -0.09272 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000 NA
#> SRR1087271 2 0.1501 0.74088 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 NA
#> SRR812721 1 0.4770 0.72189 0.672 0.000 0.100 0.000 0.004 NA
#> SRR819486 1 0.1918 0.86442 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1465248 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1334134 1 0.2743 0.83084 0.828 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1479306 1 0.1141 0.86077 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1339065 2 0.3937 0.12356 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004 NA
#> SRR1318624 2 0.0260 0.75281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1467544 4 0.4481 0.45614 0.000 0.416 0.000 0.556 0.004 NA
#> SRR1476384 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1395788 1 0.3229 0.82458 0.804 0.000 0.020 0.000 0.004 NA
#> SRR1406478 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1466278 1 0.1411 0.86136 0.936 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1375158 2 0.4156 0.58523 0.000 0.760 0.000 0.164 0.056 NA
#> SRR1080222 1 0.3343 0.81509 0.816 0.000 0.008 0.004 0.024 NA
#> SRR1361777 2 0.2762 0.63261 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 NA
#> SRR1405311 2 0.3847 -0.01667 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000 NA
#> SRR1340531 1 0.2553 0.84022 0.848 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1327527 2 0.3309 0.49443 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 NA
#> SRR1407018 1 0.1858 0.85195 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1090431 2 0.0260 0.75328 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1498505 2 0.1257 0.75236 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR1419941 4 0.7700 -0.11749 0.000 0.192 0.320 0.360 0.100 NA
#> SRR1313625 1 0.7403 -0.00357 0.404 0.000 0.236 0.024 0.064 NA
#> SRR1365377 4 0.7581 -0.17420 0.000 0.204 0.344 0.348 0.072 NA
#> SRR1092749 1 0.3261 0.80928 0.780 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> SRR1389366 3 0.4899 0.57519 0.000 0.008 0.716 0.164 0.088 NA
#> SRR1359509 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1444043 4 0.4214 -0.03130 0.000 0.028 0.032 0.792 0.032 NA
#> SRR1500071 2 0.3063 0.68850 0.000 0.840 0.000 0.092 0.068 NA
#> SRR1078948 3 0.3633 0.63273 0.076 0.000 0.824 0.000 0.036 NA
#> SRR1099765 1 0.1007 0.86002 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR818523 1 0.4770 0.72189 0.672 0.000 0.100 0.000 0.004 NA
#> SRR807751 1 0.2146 0.83643 0.880 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1379157 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1323002 2 0.2664 0.64851 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000 NA
#> SRR1343698 2 0.0725 0.75414 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR1330176 1 0.1812 0.85736 0.912 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1329530 1 0.1643 0.86043 0.924 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1081813 3 0.4542 0.58248 0.140 0.000 0.728 0.000 0.012 NA
#> SRR1487403 1 0.4834 0.69698 0.660 0.000 0.128 0.000 0.000 NA
#> SRR1409046 3 0.4197 0.63755 0.036 0.000 0.808 0.044 0.052 NA
#> SRR1474000 5 0.4443 0.74559 0.000 0.232 0.068 0.004 0.696 NA
#> SRR1500131 4 0.4430 0.47578 0.000 0.280 0.000 0.668 0.004 NA
#> SRR1415854 1 0.2346 0.84212 0.868 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1387286 4 0.5929 0.48656 0.000 0.380 0.020 0.508 0.024 NA
#> SRR1362664 2 0.2867 0.69569 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040 NA
#> SRR1097525 1 0.4727 0.72633 0.676 0.000 0.096 0.000 0.004 NA
#> SRR1432231 2 0.2046 0.73927 0.000 0.908 0.000 0.060 0.032 NA
#> SRR1500516 1 0.3014 0.82047 0.804 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1098660 1 0.1714 0.85572 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1392097 1 0.4628 0.72338 0.684 0.000 0.112 0.000 0.000 NA
#> SRR809565 1 0.3350 0.81256 0.812 0.000 0.012 0.004 0.016 NA
#> SRR1476974 1 0.1387 0.85587 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1360258 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1310876 2 0.3050 0.57831 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000 NA
#> SRR1404951 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1374355 2 0.0725 0.75383 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 NA
#> SRR1499260 2 0.0865 0.73876 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 NA
#> SRR1485700 1 0.1204 0.86136 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1350479 2 0.3838 0.01675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000 NA
#> SRR1395682 2 0.3861 0.56352 0.000 0.744 0.000 0.220 0.028 NA
#> SRR1362579 1 0.2553 0.84022 0.848 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1328528 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1473100 1 0.3691 0.81485 0.768 0.000 0.036 0.000 0.004 NA
#> SRR1340966 2 0.0692 0.74813 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1323873 3 0.3563 0.62495 0.088 0.000 0.808 0.000 0.004 NA
#> SRR1475233 2 0.0405 0.75295 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1400008 3 0.7261 0.35780 0.000 0.112 0.520 0.168 0.164 NA
#> SRR1338489 2 0.3428 0.44483 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000 NA
#> SRR1439697 3 0.6908 0.27678 0.316 0.000 0.416 0.000 0.072 NA
#> SRR1329642 2 0.0260 0.75281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1341945 2 0.0260 0.75281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1418262 2 0.2912 0.60659 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 NA
#> SRR1458380 2 0.2867 0.69569 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040 NA
#> SRR1400489 2 0.4516 -0.04056 0.000 0.552 0.000 0.420 0.008 NA
#> SRR1416455 2 0.2867 0.69569 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040 NA
#> SRR1477292 2 0.3828 0.04946 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 NA
#> SRR1096924 2 0.2742 0.62403 0.000 0.852 0.000 0.012 0.128 NA
#> SRR1308269 2 0.1168 0.75340 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016 NA
#> SRR1367172 3 0.5552 -0.09106 0.404 0.000 0.460 0.000 0.000 NA
#> SRR1085259 1 0.5333 0.64312 0.612 0.000 0.204 0.000 0.004 NA
#> SRR1477732 1 0.1556 0.86445 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1356509 2 0.4051 0.03474 0.000 0.560 0.000 0.432 0.000 NA
#> SRR1323446 1 0.2118 0.84030 0.888 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1368094 1 0.2020 0.86384 0.896 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1378924 1 0.1556 0.85603 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1092397 1 0.2706 0.83159 0.832 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1458574 1 0.1411 0.86136 0.936 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1331405 1 0.2783 0.83445 0.836 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> SRR1455741 2 0.3804 0.11558 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000 NA
#> SRR1100395 1 0.3145 0.82003 0.828 0.000 0.012 0.004 0.012 NA
#> SRR1327570 2 0.0603 0.75193 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 NA
#> SRR1341209 3 0.3702 0.61809 0.012 0.008 0.836 0.080 0.028 NA
#> SRR1436280 5 0.4443 0.74559 0.000 0.232 0.068 0.004 0.696 NA
#> SRR1312666 2 0.1387 0.73903 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 NA
#> SRR810153 1 0.4368 0.75380 0.708 0.000 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1467943 1 0.4770 0.72189 0.672 0.000 0.100 0.000 0.004 NA
#> SRR808638 3 0.5724 0.63192 0.084 0.004 0.700 0.036 0.100 NA
#> SRR1099451 2 0.1471 0.74709 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004 NA
#> SRR1082238 1 0.4819 0.69455 0.664 0.000 0.132 0.000 0.000 NA
#> SRR1404186 2 0.1714 0.72974 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 NA
#> SRR1479721 1 0.2070 0.85001 0.892 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1480721 2 0.3774 0.17501 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA
#> SRR1446716 2 0.3446 0.43661 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 NA
#> SRR1073971 2 0.0622 0.75397 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1410404 1 0.1610 0.85703 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1120733 1 0.1700 0.85453 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1367410 1 0.6400 0.26860 0.464 0.000 0.312 0.000 0.032 NA
#> SRR1316463 4 0.5929 0.48656 0.000 0.380 0.020 0.508 0.024 NA
#> SRR1103072 2 0.3647 0.31841 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 NA
#> SRR1420129 2 0.0692 0.75533 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004 NA
#> SRR1382639 2 0.2219 0.69273 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000 NA
#> SRR1356997 2 0.3915 0.16886 0.000 0.584 0.000 0.412 0.004 NA
#> SRR1409326 2 0.1765 0.72500 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 NA
#> SRR1485020 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1387113 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1336205 1 0.3071 0.82081 0.804 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> SRR1343414 2 0.1493 0.72236 0.000 0.936 0.000 0.004 0.056 NA
#> SRR1319502 1 0.2212 0.85190 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1471291 2 0.3747 0.20733 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 NA
#> SRR1105033 3 0.4863 0.56878 0.000 0.008 0.724 0.144 0.100 NA
#> SRR1077066 2 0.1610 0.73560 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 NA
#> SRR1099931 1 0.4991 0.70313 0.656 0.000 0.136 0.000 0.004 NA
#> SRR1069943 1 0.1970 0.84656 0.900 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1360194 2 0.1257 0.75236 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020 NA
#> SRR814108 3 0.5437 0.53529 0.000 0.000 0.604 0.032 0.080 NA
#> SRR1410699 2 0.1327 0.74085 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 NA
#> SRR1405461 2 0.3864 -0.12319 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 NA
#> SRR1323312 2 0.2221 0.73296 0.000 0.896 0.000 0.072 0.032 NA
#> SRR1467171 1 0.1610 0.85728 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1396742 1 0.1444 0.86354 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1342960 1 0.1663 0.85576 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1370701 1 0.2446 0.85222 0.864 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1383674 3 0.7912 0.13257 0.000 0.168 0.388 0.252 0.160 NA
#> SRR1442440 2 0.3851 -0.04813 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000 NA
#> SRR1404461 1 0.3350 0.81256 0.812 0.000 0.012 0.004 0.016 NA
#> SRR1336617 2 0.0777 0.74746 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR1097811 1 0.4702 0.71953 0.680 0.000 0.096 0.000 0.004 NA
#> SRR1475785 1 0.2163 0.84652 0.892 0.000 0.008 0.000 0.004 NA
#> SRR1347916 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1477522 2 0.0508 0.75500 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1098002 3 0.6213 0.47604 0.232 0.000 0.508 0.000 0.024 NA
#> SRR1077667 1 0.1141 0.85798 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1410720 2 0.0291 0.75269 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1354035 1 0.2520 0.84948 0.844 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1394384 2 0.0146 0.75155 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1364975 3 0.3986 0.59799 0.004 0.008 0.808 0.100 0.056 NA
#> SRR1472259 3 0.3306 0.62595 0.040 0.000 0.832 0.004 0.008 NA
#> SRR1390179 3 0.6213 0.47604 0.232 0.000 0.508 0.000 0.024 NA
#> SRR1312784 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1069850 3 0.3689 0.63176 0.076 0.000 0.820 0.000 0.036 NA
#> SRR1081332 1 0.2572 0.85538 0.852 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1406709 2 0.4798 0.02744 0.000 0.564 0.008 0.396 0.012 NA
#> SRR1458529 2 0.3150 0.66334 0.000 0.844 0.000 0.036 0.104 NA
#> SRR1332467 2 0.1327 0.74085 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 NA
#> SRR1078278 1 0.1918 0.86442 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1083868 1 0.1501 0.85989 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1367544 2 0.2009 0.69973 0.000 0.904 0.000 0.008 0.084 NA
#> SRR1333167 2 0.3828 0.04946 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 NA
#> SRR1418492 2 0.1176 0.75275 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020 NA
#> SRR1476652 2 0.2366 0.73580 0.000 0.904 0.012 0.040 0.040 NA
#> SRR1470624 2 0.0692 0.74813 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 NA
#> SRR1081068 2 0.0603 0.75442 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004 NA
#> SRR1324473 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1420538 2 0.0777 0.74746 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 NA
#> SRR1453747 2 0.1075 0.74717 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 NA
#> SRR1403853 4 0.4305 0.43629 0.000 0.256 0.000 0.692 0.004 NA
#> SRR1378707 2 0.1176 0.75275 0.000 0.956 0.000 0.024 0.020 NA
#> SRR1083504 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1437598 2 0.1124 0.74146 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036 NA
#> SRR1376807 1 0.5718 0.54852 0.572 0.000 0.192 0.000 0.012 NA
#> SRR1370107 2 0.2260 0.68899 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 NA
#> SRR1369008 2 0.3765 0.18177 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000 NA
#> SRR1385672 5 0.4443 0.74559 0.000 0.232 0.068 0.004 0.696 NA
#> SRR1430839 2 0.0820 0.75385 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 NA
#> SRR1098098 2 0.0622 0.75397 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008 NA
#> SRR1473361 4 0.4527 0.35628 0.000 0.456 0.000 0.516 0.004 NA
#> SRR1348507 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1090626 3 0.7236 0.35887 0.000 0.112 0.524 0.164 0.164 NA
#> SRR1487704 4 0.7581 -0.17420 0.000 0.204 0.344 0.348 0.072 NA
#> SRR1344122 2 0.3823 0.07002 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 NA
#> SRR1402027 3 0.3352 0.63935 0.040 0.004 0.860 0.052 0.016 NA
#> SRR1081493 1 0.2212 0.83959 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1076940 2 0.0806 0.75376 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008 NA
#> SRR816096 2 0.1349 0.74879 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004 NA
#> SRR1440809 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1406394 3 0.7209 0.32599 0.000 0.008 0.392 0.340 0.168 NA
#> SRR1317653 2 0.2562 0.66342 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000 NA
#> SRR1343072 3 0.5437 0.53529 0.000 0.000 0.604 0.032 0.080 NA
#> SRR1336964 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1358624 2 0.3869 -0.20828 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 NA
#> SRR1467194 2 0.0000 0.75119 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1459324 2 0.3309 0.50526 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000 NA
#> SRR1353118 1 0.2778 0.82984 0.824 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1083678 3 0.7905 0.15313 0.000 0.176 0.420 0.204 0.160 NA
#> SRR1487547 2 0.3371 0.47909 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000 NA
#> SRR1087752 3 0.5736 0.53453 0.000 0.024 0.656 0.152 0.140 NA
#> SRR1091054 1 0.2121 0.86520 0.892 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1316343 4 0.4468 0.48742 0.000 0.288 0.000 0.660 0.004 NA
#> SRR1073899 1 0.2357 0.85823 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1456093 2 0.3868 -0.17386 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 NA
#> SRR1399291 2 0.1141 0.74973 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 NA
#> SRR1336863 2 0.2762 0.63261 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 NA
#> SRR1456771 2 0.0260 0.75368 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1329663 4 0.4521 0.37792 0.000 0.448 0.000 0.524 0.004 NA
#> SRR1445426 4 0.7978 0.14386 0.000 0.344 0.124 0.348 0.108 NA
#> SRR1389932 1 0.2520 0.84948 0.844 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1353948 1 0.1556 0.85603 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1348094 3 0.7812 0.19129 0.000 0.168 0.440 0.192 0.160 NA
#> SRR1452222 2 0.3828 0.04946 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 NA
#> SRR1468096 2 0.3868 -0.17386 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 NA
#> SRR1334011 2 0.4573 -0.13224 0.000 0.532 0.004 0.440 0.004 NA
#> SRR1444701 2 0.1364 0.72931 0.000 0.944 0.000 0.004 0.048 NA
#> SRR1329687 1 0.2006 0.84651 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1092493 2 0.1480 0.75061 0.000 0.940 0.000 0.040 0.020 NA
#> SRR1446265 1 0.3017 0.82499 0.816 0.000 0.020 0.000 0.000 NA
#> SRR1388722 1 0.3194 0.82243 0.808 0.000 0.020 0.000 0.004 NA
#> SRR1464432 5 0.6325 0.47200 0.000 0.384 0.076 0.064 0.468 NA
#> SRR1410550 2 0.0508 0.75295 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 NA
#> SRR1473209 1 0.2778 0.83240 0.824 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1101741 1 0.3333 0.81407 0.784 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1083125 1 0.2302 0.83311 0.872 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1419495 2 0.0909 0.75290 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 NA
#> SRR1090383 1 0.1075 0.85966 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1328980 2 0.3288 0.50201 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 NA
#> SRR1072578 1 0.5384 0.63364 0.604 0.000 0.208 0.000 0.004 NA
#> SRR1466091 2 0.0405 0.75245 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1090119 3 0.3702 0.61809 0.012 0.008 0.836 0.080 0.028 NA
#> SRR1337516 2 0.1845 0.71394 0.000 0.916 0.000 0.008 0.072 NA
#> SRR1498290 2 0.0146 0.75155 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 NA
#> SRR1330770 4 0.4504 0.49053 0.000 0.296 0.000 0.652 0.004 NA
#> SRR1489349 2 0.3774 0.17501 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 NA
#> SRR1457336 2 0.4516 -0.04056 0.000 0.552 0.000 0.420 0.008 NA
#> SRR1447481 2 0.0405 0.75156 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR1102176 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1323215 2 0.3867 -0.15963 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 NA
#> SRR1466770 2 0.3828 0.04946 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000 NA
#> SRR1093366 2 0.0547 0.75370 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1434631 4 0.4468 0.48742 0.000 0.288 0.000 0.660 0.004 NA
#> SRR1349190 1 0.3261 0.80928 0.780 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> SRR1086164 1 0.1643 0.86043 0.924 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1477339 2 0.0405 0.75310 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 NA
#> SRR1099354 1 0.1444 0.86152 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1470855 2 0.3153 0.62963 0.000 0.832 0.000 0.032 0.128 NA
#> SRR1102998 2 0.2212 0.64696 0.000 0.880 0.000 0.000 0.112 NA
#> SRR1444978 4 0.3999 0.19467 0.000 0.496 0.000 0.500 0.000 NA
#> SRR1432165 2 0.1863 0.71934 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000 NA
#> SRR1441913 2 0.1327 0.74085 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 NA
#> SRR1319038 4 0.4181 0.27698 0.000 0.476 0.000 0.512 0.000 NA
#> SRR1338603 2 0.1765 0.72534 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 NA
#> SRR1325620 1 0.2070 0.85317 0.892 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1320490 1 0.4340 0.75502 0.712 0.000 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1322186 2 0.1429 0.72585 0.000 0.940 0.000 0.004 0.052 NA
#> SRR1466687 2 0.3999 -0.21286 0.000 0.500 0.000 0.496 0.000 NA
#> SRR1478571 1 0.2302 0.84227 0.872 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1074337 2 0.1268 0.73880 0.000 0.952 0.000 0.008 0.036 NA
#> SRR1420391 5 0.6251 0.56576 0.000 0.340 0.076 0.064 0.512 NA
#> SRR1087704 1 0.2402 0.85939 0.868 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1464897 1 0.1141 0.86077 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1473915 2 0.0547 0.75378 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 NA
#> SRR1337816 2 0.0972 0.74646 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028 NA
#> SRR1322070 2 0.3979 -0.04248 0.000 0.540 0.000 0.456 0.000 NA
#> SRR1476324 2 0.1498 0.74939 0.000 0.940 0.000 0.032 0.028 NA
#> SRR1499652 2 0.3908 0.57984 0.000 0.784 0.008 0.048 0.152 NA
#> SRR1356643 1 0.3190 0.82087 0.820 0.000 0.044 0.000 0.000 NA
#> SRR1097708 1 0.4344 0.72881 0.716 0.000 0.096 0.000 0.000 NA
#> SRR813529 3 0.4198 0.62538 0.096 0.000 0.788 0.020 0.012 NA
#> SRR1352322 1 0.2170 0.86475 0.888 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1498661 1 0.1387 0.85429 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1075078 1 0.5718 0.54852 0.572 0.000 0.192 0.000 0.012 NA
#> SRR1390289 2 0.2867 0.69569 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040 NA
#> SRR1351955 2 0.2221 0.73296 0.000 0.896 0.000 0.072 0.032 NA
#> SRR1336988 2 0.3756 0.20375 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 NA
#> SRR1407000 2 0.3998 -0.19986 0.000 0.504 0.000 0.492 0.000 NA
#> SRR1367785 2 0.2867 0.69569 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040 NA
#> SRR1470057 2 0.3446 0.43234 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 NA
#> SRR1079567 1 0.2737 0.85008 0.832 0.000 0.004 0.000 0.004 NA
#> SRR1095675 1 0.5308 0.64969 0.616 0.000 0.200 0.000 0.004 NA
#> SRR1388788 2 0.4577 -0.14574 0.000 0.528 0.004 0.444 0.004 NA
#> SRR1396146 1 0.3430 0.80549 0.772 0.000 0.016 0.000 0.004 NA
#> SRR1415173 1 0.4836 0.71387 0.664 0.000 0.104 0.000 0.004 NA
#> SRR1362514 2 0.0508 0.75500 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1454031 1 0.4770 0.72189 0.672 0.000 0.100 0.000 0.004 NA
#> SRR1443399 4 0.3998 0.20816 0.000 0.492 0.000 0.504 0.000 NA
#> SRR1101280 2 0.0291 0.75175 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 NA
#> SRR1340680 2 0.2356 0.68364 0.000 0.884 0.000 0.016 0.096 NA
#> SRR1488307 1 0.5990 0.47067 0.532 0.000 0.240 0.000 0.016 NA
#> SRR1443800 2 0.0405 0.75139 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 NA
#> SRR1317110 2 0.4584 -0.17790 0.000 0.520 0.004 0.452 0.004 NA
#> SRR1090334 2 0.2964 0.62030 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004 NA
#> SRR1338280 1 0.1584 0.86102 0.928 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1357456 1 0.3307 0.81799 0.808 0.000 0.044 0.000 0.000 NA
#> SRR1444523 1 0.2263 0.84947 0.884 0.000 0.016 0.000 0.000 NA
#> SRR1310898 2 0.0260 0.75281 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 NA
#> SRR1074314 1 0.1075 0.85973 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1083456 1 0.1700 0.86068 0.916 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1321377 2 0.3950 0.09411 0.000 0.564 0.000 0.432 0.004 NA
#> SRR1320445 1 0.2778 0.83574 0.824 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1081116 1 0.2473 0.85519 0.856 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1333287 3 0.7921 0.13096 0.000 0.184 0.416 0.204 0.156 NA
#> SRR1454821 2 0.3860 -0.09272 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000 NA
#> SRR1348792 2 0.1814 0.72473 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000 NA
#> SRR1393529 3 0.3978 0.63643 0.048 0.004 0.824 0.056 0.020 NA
#> SRR1102224 3 0.7865 0.17941 0.000 0.168 0.428 0.204 0.160 NA
#> SRR1074239 1 0.2402 0.83233 0.868 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1401774 4 0.5008 0.50779 0.000 0.376 0.004 0.564 0.008 NA
#> SRR1413262 2 0.3181 0.58680 0.000 0.824 0.000 0.012 0.144 NA
#> SRR1336227 2 0.3908 0.57984 0.000 0.784 0.008 0.048 0.152 NA
#> SRR1069991 1 0.2743 0.83299 0.828 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1091524 1 0.2212 0.83959 0.880 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1312577 2 0.0458 0.75441 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 NA
#> SRR1341721 1 0.2964 0.82201 0.836 0.000 0.012 0.000 0.012 NA
#> SRR1437514 1 0.2738 0.82920 0.820 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1327505 2 0.0508 0.75500 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 NA
#> SRR1382461 1 0.2170 0.86668 0.888 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1361883 3 0.3305 0.63991 0.068 0.000 0.852 0.016 0.012 NA
#> SRR1378262 1 0.2346 0.84345 0.868 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1464812 2 0.2867 0.69569 0.000 0.848 0.000 0.112 0.040 NA
#> SRR1073655 1 0.3588 0.79737 0.788 0.000 0.060 0.000 0.000 NA
#> SRR1075729 1 0.1918 0.84600 0.904 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1397292 5 0.7011 0.45157 0.000 0.156 0.036 0.056 0.512 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4796 0.523 0.523
#> 3 3 0.729 0.755 0.850 0.2513 0.886 0.786
#> 4 4 0.752 0.860 0.881 0.1604 0.817 0.588
#> 5 5 0.728 0.770 0.842 0.0870 0.949 0.824
#> 6 6 0.701 0.519 0.755 0.0459 0.976 0.905
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430703 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.706 0.763 0.192 0.808
#> SRR1359509 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.644 0.802 0.836 0.164
#> SRR1436280 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.971 0.343 0.400 0.600
#> SRR1077066 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.671 0.785 0.824 0.176
#> SRR1410699 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.671 0.786 0.176 0.824
#> SRR1442440 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.971 0.343 0.400 0.600
#> SRR1472259 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.722 0.751 0.200 0.800
#> SRR1487704 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.971 0.343 0.400 0.600
#> SRR1317653 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.625 0.814 0.156 0.844
#> SRR1091054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.278 0.948 0.952 0.048
#> SRR1337516 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1330831 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456250 2 0.7368 0.6985 0.352 0.604 0.044
#> SRR1433708 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1433902 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1485060 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.2356 0.8227 0.072 0.928 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 1 0.9982 -0.5214 0.352 0.344 0.304
#> SRR1441768 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1356976 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1466597 3 0.5905 0.4425 0.352 0.000 0.648
#> SRR1392456 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1080951 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR812697 3 0.6305 -0.6259 0.484 0.000 0.516
#> SRR1457080 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1361814 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1404362 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1490635 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343546 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1405921 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362928 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1089207 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1084505 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1376476 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1318208 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1470513 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1397781 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1337495 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1102198 2 0.6475 0.7456 0.280 0.692 0.028
#> SRR1473232 2 0.9877 0.3733 0.352 0.388 0.260
#> SRR1410634 2 0.9917 0.3428 0.352 0.376 0.272
#> SRR1353332 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR816794 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1479370 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1353577 2 0.2356 0.7909 0.000 0.928 0.072
#> SRR1077380 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1407693 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1430088 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1327454 2 0.1753 0.8301 0.048 0.952 0.000
#> SRR1342806 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1388437 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1085235 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1357692 3 0.3116 0.5472 0.108 0.000 0.892
#> SRR1430703 2 0.5397 0.5135 0.000 0.720 0.280
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 3 0.6274 -0.5499 0.456 0.000 0.544
#> SRR819486 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1465248 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1479306 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1339065 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1476384 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1375158 2 0.3682 0.8092 0.116 0.876 0.008
#> SRR1080222 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1361777 2 0.0424 0.8395 0.008 0.992 0.000
#> SRR1405311 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1340531 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1327527 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1407018 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1090431 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419941 3 0.9389 0.1403 0.352 0.180 0.468
#> SRR1313625 3 0.5431 0.0302 0.284 0.000 0.716
#> SRR1365377 3 0.9941 -0.1205 0.340 0.284 0.376
#> SRR1092749 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1389366 3 0.7923 0.4561 0.228 0.120 0.652
#> SRR1359509 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444043 3 0.9811 -0.0313 0.352 0.244 0.404
#> SRR1500071 2 0.0475 0.8398 0.004 0.992 0.004
#> SRR1078948 3 0.0424 0.5486 0.008 0.000 0.992
#> SRR1099765 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR818523 3 0.6274 -0.5499 0.456 0.000 0.544
#> SRR807751 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.5882 0.7323 0.348 0.652 0.000
#> SRR1343698 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330176 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1329530 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1081813 3 0.0424 0.5486 0.008 0.000 0.992
#> SRR1487403 3 0.6274 -0.5499 0.456 0.000 0.544
#> SRR1409046 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1474000 2 0.2796 0.7724 0.000 0.908 0.092
#> SRR1500131 2 0.7271 0.6989 0.352 0.608 0.040
#> SRR1415854 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1387286 2 0.6297 0.7281 0.352 0.640 0.008
#> SRR1362664 2 0.0237 0.8400 0.004 0.996 0.000
#> SRR1097525 3 0.6274 -0.5499 0.456 0.000 0.544
#> SRR1432231 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1098660 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1392097 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR809565 1 0.6299 0.7234 0.524 0.000 0.476
#> SRR1476974 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1360258 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1310876 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499260 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485700 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1350479 2 0.5882 0.7320 0.348 0.652 0.000
#> SRR1395682 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362579 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1340966 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323873 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1475233 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.5905 0.3653 0.000 0.352 0.648
#> SRR1338489 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1439697 3 0.0424 0.5486 0.008 0.000 0.992
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0475 0.8398 0.004 0.992 0.004
#> SRR1400489 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1416455 2 0.0237 0.8400 0.004 0.996 0.000
#> SRR1477292 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1096924 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1308269 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367172 3 0.4002 0.3532 0.160 0.000 0.840
#> SRR1085259 3 0.1964 0.5047 0.056 0.000 0.944
#> SRR1477732 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1356509 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1323446 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1368094 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1378924 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1092397 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1458574 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1331405 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1455741 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1100395 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1327570 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341209 3 0.3349 0.5551 0.004 0.108 0.888
#> SRR1436280 2 0.4399 0.6616 0.000 0.812 0.188
#> SRR1312666 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR810153 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1467943 3 0.5733 -0.1320 0.324 0.000 0.676
#> SRR808638 3 0.3038 0.5555 0.000 0.104 0.896
#> SRR1099451 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082238 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1404186 2 0.1163 0.8349 0.028 0.972 0.000
#> SRR1479721 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1480721 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1446716 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1073971 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410404 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1120733 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1367410 3 0.4002 0.3653 0.160 0.000 0.840
#> SRR1316463 2 0.7368 0.6985 0.352 0.604 0.044
#> SRR1103072 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.4796 0.7756 0.220 0.780 0.000
#> SRR1356997 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1409326 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336205 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1343414 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1319502 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1471291 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1105033 3 0.5397 0.4809 0.000 0.280 0.720
#> SRR1077066 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.6305 -0.6259 0.484 0.000 0.516
#> SRR1069943 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1360194 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR814108 3 0.3412 0.5438 0.124 0.000 0.876
#> SRR1410699 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1405461 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1323312 2 0.2096 0.8281 0.052 0.944 0.004
#> SRR1467171 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1396742 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1342960 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1370701 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1383674 3 0.6357 0.4499 0.336 0.012 0.652
#> SRR1442440 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1404461 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1336617 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.6305 -0.6259 0.484 0.000 0.516
#> SRR1475785 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1347916 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1477522 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3267 0.4364 0.116 0.000 0.884
#> SRR1077667 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1410720 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354035 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1394384 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.5397 0.4809 0.000 0.280 0.720
#> SRR1472259 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390179 3 0.3482 0.4192 0.128 0.000 0.872
#> SRR1312784 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1081332 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1406709 2 0.6297 0.7281 0.352 0.640 0.008
#> SRR1458529 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332467 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1078278 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1083868 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1367544 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333167 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1418492 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476652 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470624 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081068 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420538 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1403853 2 0.7271 0.6989 0.352 0.608 0.040
#> SRR1378707 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1083504 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1437598 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1376807 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1370107 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1369008 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1385672 2 0.5178 0.5575 0.000 0.744 0.256
#> SRR1430839 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473361 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.5882 0.3720 0.000 0.348 0.652
#> SRR1487704 2 0.6291 0.0704 0.000 0.532 0.468
#> SRR1344122 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1402027 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1081493 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1076940 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR816096 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440809 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406394 3 0.7160 0.5266 0.132 0.148 0.720
#> SRR1317653 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336964 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1358624 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1083678 2 0.6302 0.0281 0.000 0.520 0.480
#> SRR1487547 2 0.0424 0.8395 0.008 0.992 0.000
#> SRR1087752 3 0.5905 0.3653 0.000 0.352 0.648
#> SRR1091054 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1316343 2 0.6839 0.7130 0.352 0.624 0.024
#> SRR1073899 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1456093 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329663 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1445426 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1389932 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1353948 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1348094 3 0.5905 0.3653 0.000 0.352 0.648
#> SRR1452222 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1468096 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1334011 2 0.6297 0.7281 0.352 0.640 0.008
#> SRR1444701 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1329687 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1092493 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1388722 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1464432 2 0.2866 0.8208 0.076 0.916 0.008
#> SRR1410550 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1101741 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1083125 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1419495 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090383 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1328980 2 0.0424 0.8395 0.008 0.992 0.000
#> SRR1072578 3 0.4452 0.2995 0.192 0.000 0.808
#> SRR1466091 2 0.0237 0.8400 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090119 3 0.3193 0.5561 0.004 0.100 0.896
#> SRR1337516 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498290 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330770 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1489349 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1457336 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1447481 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102176 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1466770 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.6839 0.7130 0.352 0.624 0.024
#> SRR1349190 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1086164 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1477339 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1470855 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102998 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444978 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1432165 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1441913 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1319038 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1338603 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1320490 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1322186 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466687 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1478571 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1074337 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420391 2 0.4921 0.7866 0.084 0.844 0.072
#> SRR1087704 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1464897 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1473915 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322070 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.1163 0.8256 0.000 0.972 0.028
#> SRR1356643 3 0.6305 -0.6259 0.484 0.000 0.516
#> SRR1097708 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR813529 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352322 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1498661 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1075078 3 0.4002 0.3653 0.160 0.000 0.840
#> SRR1390289 2 0.0475 0.8398 0.004 0.992 0.004
#> SRR1351955 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1407000 2 0.6297 0.7281 0.352 0.640 0.008
#> SRR1367785 2 0.0237 0.8400 0.004 0.996 0.000
#> SRR1470057 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1079567 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1095675 3 0.6026 -0.3169 0.376 0.000 0.624
#> SRR1388788 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1396146 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1415173 3 0.6274 -0.5499 0.456 0.000 0.544
#> SRR1362514 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454031 3 0.6305 -0.6259 0.484 0.000 0.516
#> SRR1443399 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1101280 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488307 3 0.5650 -0.0895 0.312 0.000 0.688
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.6126 0.7285 0.352 0.644 0.004
#> SRR1090334 2 0.0592 0.8386 0.012 0.988 0.000
#> SRR1338280 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1357456 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1444523 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1310898 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1083456 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1321377 2 0.6297 0.7281 0.352 0.640 0.008
#> SRR1320445 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1081116 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1333287 2 0.0424 0.8382 0.000 0.992 0.008
#> SRR1454821 2 0.5905 0.7307 0.352 0.648 0.000
#> SRR1348792 2 0.1860 0.8284 0.052 0.948 0.000
#> SRR1393529 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102224 3 0.5905 0.3653 0.000 0.352 0.648
#> SRR1074239 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1401774 2 0.6839 0.7130 0.352 0.624 0.024
#> SRR1413262 2 0.0424 0.8382 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336227 2 0.0424 0.8382 0.000 0.992 0.008
#> SRR1069991 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1091524 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8402 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1437514 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1327505 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382461 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1361883 3 0.0237 0.5514 0.004 0.000 0.996
#> SRR1378262 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1464812 2 0.0237 0.8396 0.000 0.996 0.004
#> SRR1073655 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1075729 1 0.5905 0.9814 0.648 0.000 0.352
#> SRR1397292 2 0.5690 0.4987 0.004 0.708 0.288
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1330831 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456250 4 0.4004 0.7862 0.000 0.164 0.024 0.812
#> SRR1433708 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1433902 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1485060 2 0.1211 0.9393 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1432783 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1398272 2 0.3528 0.6963 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1436583 2 0.1302 0.9325 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1420413 4 0.6384 0.0544 0.000 0.068 0.400 0.532
#> SRR1441768 1 0.0817 0.9214 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356976 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1466597 3 0.4817 0.4530 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR1392456 4 0.3024 0.8202 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1080951 1 0.0707 0.9219 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR812697 1 0.5627 0.6299 0.692 0.000 0.240 0.068
#> SRR1457080 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1361814 4 0.4477 0.8976 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1404362 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.4431 0.9010 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1405921 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362928 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1089207 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1084505 1 0.1716 0.9149 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1376476 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1318208 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1470513 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1397781 1 0.1716 0.9149 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1386753 2 0.0921 0.9435 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1120891 1 0.1557 0.9157 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1337495 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1102198 4 0.5097 0.6500 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR1473232 4 0.3612 0.6603 0.000 0.044 0.100 0.856
#> SRR1410634 4 0.4964 0.5956 0.000 0.068 0.168 0.764
#> SRR1353332 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1362332 4 0.4222 0.9145 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR816794 1 0.0188 0.9233 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479370 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1353577 2 0.5266 0.6429 0.000 0.752 0.108 0.140
#> SRR1077380 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1407693 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1430088 2 0.0817 0.9457 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.2281 0.8721 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1342806 1 0.1474 0.9181 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1388437 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1085235 1 0.3691 0.8611 0.856 0.000 0.076 0.068
#> SRR1357692 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430703 3 0.7188 0.1550 0.000 0.432 0.432 0.136
#> SRR1086020 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334181 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1087271 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR812721 1 0.6357 0.2814 0.544 0.000 0.388 0.068
#> SRR819486 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1465248 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1334134 1 0.1978 0.9125 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1479306 1 0.0817 0.9239 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1339065 4 0.4164 0.9115 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1318624 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467544 4 0.4250 0.9148 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1476384 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1395788 1 0.1978 0.9125 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1406478 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9232 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.4855 0.2143 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1080222 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1361777 2 0.2408 0.8597 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1405311 4 0.4193 0.9112 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1340531 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1327527 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1407018 1 0.1637 0.9144 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1090431 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1498505 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419941 4 0.4882 0.3936 0.000 0.020 0.272 0.708
#> SRR1313625 3 0.6261 0.1210 0.440 0.000 0.504 0.056
#> SRR1365377 4 0.5838 -0.0451 0.000 0.032 0.444 0.524
#> SRR1092749 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1389366 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1359509 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444043 4 0.4244 0.5642 0.000 0.032 0.168 0.800
#> SRR1500071 2 0.1474 0.9101 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1078948 3 0.0188 0.8495 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9232 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.6357 0.2814 0.544 0.000 0.388 0.068
#> SRR807751 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1379157 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323002 4 0.4477 0.8791 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1343698 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330176 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1329530 1 0.1557 0.9172 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1081813 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.5916 0.5328 0.272 0.000 0.656 0.072
#> SRR1409046 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.4868 0.6379 0.000 0.748 0.212 0.040
#> SRR1500131 4 0.3196 0.8068 0.000 0.136 0.008 0.856
#> SRR1415854 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1387286 4 0.3583 0.8110 0.000 0.180 0.004 0.816
#> SRR1362664 2 0.1557 0.9092 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1097525 3 0.6452 -0.0186 0.464 0.000 0.468 0.068
#> SRR1432231 2 0.0707 0.9460 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1500516 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1098660 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1392097 1 0.3966 0.8490 0.840 0.000 0.088 0.072
#> SRR809565 1 0.6028 0.5531 0.644 0.000 0.280 0.076
#> SRR1476974 1 0.1637 0.9144 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1360258 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310876 4 0.4356 0.9043 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1404951 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1374355 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.1474 0.9168 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1350479 4 0.4564 0.8591 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1395682 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362579 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1328528 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1473100 1 0.1940 0.9131 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1340966 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323873 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.1022 0.9415 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1400008 3 0.2334 0.7869 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR1338489 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1439697 3 0.1042 0.8438 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1329642 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341945 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1418262 2 0.1118 0.9419 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1458380 2 0.1867 0.9021 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1400489 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1416455 2 0.1792 0.9068 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1477292 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.5475 0.4771 0.308 0.000 0.656 0.036
#> SRR1085259 3 0.1929 0.8321 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR1477732 1 0.0707 0.9219 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1356509 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1323446 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1368094 1 0.1557 0.9193 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1378924 1 0.1118 0.9208 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1092397 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1458574 1 0.0188 0.9233 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331405 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1455741 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1100395 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1327570 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341209 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.6661 0.3677 0.000 0.604 0.264 0.132
#> SRR1312666 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR810153 1 0.3828 0.8527 0.848 0.000 0.084 0.068
#> SRR1467943 3 0.4686 0.7214 0.144 0.000 0.788 0.068
#> SRR808638 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099451 2 0.2216 0.8538 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1082238 1 0.4364 0.8435 0.816 0.000 0.092 0.092
#> SRR1404186 2 0.0921 0.9396 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1479721 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1480721 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1446716 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0592 0.9236 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1120733 1 0.1474 0.9166 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1367410 3 0.2500 0.8233 0.044 0.000 0.916 0.040
#> SRR1316463 4 0.3695 0.7875 0.000 0.156 0.016 0.828
#> SRR1103072 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1420129 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1382639 2 0.4679 0.1880 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1356997 4 0.3074 0.8129 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1409326 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1485020 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1387113 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1343414 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319502 1 0.1389 0.9188 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1471291 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1105033 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1099931 1 0.5716 0.6105 0.680 0.000 0.252 0.068
#> SRR1069943 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1360194 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR814108 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410699 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1405461 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1323312 2 0.3219 0.7634 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1467171 1 0.0469 0.9235 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1396742 1 0.1302 0.9231 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1342960 1 0.0592 0.9228 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1370701 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1383674 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1442440 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1404461 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1336617 2 0.1716 0.9112 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1097811 1 0.5810 0.6030 0.672 0.000 0.256 0.072
#> SRR1475785 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1098002 3 0.1798 0.8339 0.040 0.000 0.944 0.016
#> SRR1077667 1 0.0817 0.9214 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1410720 2 0.0592 0.9457 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1354035 1 0.0921 0.9238 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1394384 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1364975 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.1888 0.8321 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1312784 2 0.0921 0.9435 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1069850 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.2334 0.9150 0.908 0.000 0.004 0.088
#> SRR1406709 4 0.4406 0.8711 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1458529 2 0.1389 0.9092 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1332467 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1078278 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1083868 1 0.1474 0.9181 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1418492 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476652 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.1022 0.9415 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1453747 4 0.4356 0.9060 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1403853 4 0.3249 0.8115 0.000 0.140 0.008 0.852
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4030 0.8456 0.836 0.000 0.092 0.072
#> SRR1370107 4 0.4356 0.9044 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1369008 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1385672 2 0.7167 -0.0620 0.000 0.468 0.396 0.136
#> SRR1430839 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1098098 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473361 4 0.4250 0.9148 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1348507 2 0.0921 0.9435 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1090626 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487704 3 0.7016 0.4148 0.000 0.320 0.540 0.140
#> SRR1344122 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1402027 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1076940 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR816096 2 0.0707 0.9458 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0188 0.8499 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317653 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1343072 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336964 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1358624 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1467194 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459324 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1353118 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1083678 3 0.5217 0.3678 0.000 0.380 0.608 0.012
#> SRR1487547 2 0.1022 0.9419 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1087752 3 0.0188 0.8498 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091054 1 0.1389 0.9194 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1316343 4 0.3157 0.8161 0.000 0.144 0.004 0.852
#> SRR1073899 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1456093 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1399291 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1336863 2 0.1302 0.9352 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1456771 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329663 4 0.4008 0.8995 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.1940 0.9184 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1353948 1 0.0707 0.9226 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1348094 3 0.2334 0.7869 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR1452222 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1468096 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1334011 4 0.4222 0.8883 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1444701 2 0.0469 0.9453 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1329687 1 0.1637 0.9144 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1092493 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1446265 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1388722 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1464432 2 0.3626 0.7137 0.000 0.812 0.004 0.184
#> SRR1410550 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1473209 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1101741 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1083125 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9232 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0921 0.9436 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1072578 3 0.3894 0.7746 0.088 0.000 0.844 0.068
#> SRR1466091 2 0.1867 0.9021 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1090119 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0469 0.9452 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1330770 4 0.3105 0.8157 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1489349 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1457336 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1447481 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1102176 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1323215 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1466770 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1093366 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1434631 4 0.3157 0.8161 0.000 0.144 0.004 0.852
#> SRR1349190 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1086164 1 0.0188 0.9233 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477339 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099354 1 0.1867 0.9176 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1470855 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.3024 0.8202 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1432165 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1441913 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1319038 4 0.4250 0.9148 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1338603 2 0.0817 0.9457 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1325620 1 0.1474 0.9181 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1320490 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1322186 2 0.0188 0.9432 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466687 4 0.4250 0.9148 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1478571 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1074337 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420391 2 0.6049 0.4773 0.000 0.680 0.120 0.200
#> SRR1087704 1 0.1637 0.9170 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1464897 1 0.1389 0.9192 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1473915 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1476324 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1499652 2 0.1584 0.9026 0.000 0.952 0.012 0.036
#> SRR1356643 1 0.5781 0.6107 0.676 0.000 0.252 0.072
#> SRR1097708 1 0.3966 0.8490 0.840 0.000 0.088 0.072
#> SRR813529 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.1022 0.9215 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1498661 1 0.1557 0.9156 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1075078 3 0.2313 0.8267 0.044 0.000 0.924 0.032
#> SRR1390289 2 0.0921 0.9312 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1351955 2 0.1022 0.9437 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336988 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1407000 4 0.3105 0.8118 0.000 0.140 0.004 0.856
#> SRR1367785 2 0.1792 0.9068 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1470057 4 0.4304 0.9160 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1079567 1 0.0921 0.9232 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1095675 3 0.6357 0.2522 0.388 0.000 0.544 0.068
#> SRR1388788 4 0.4454 0.9004 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1396146 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1415173 3 0.6498 0.0708 0.440 0.000 0.488 0.072
#> SRR1362514 2 0.0188 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454031 1 0.5901 0.5537 0.652 0.000 0.280 0.068
#> SRR1443399 4 0.4250 0.9148 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1101280 2 0.0921 0.9435 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.6202 0.4095 0.312 0.000 0.612 0.076
#> SRR1443800 2 0.0921 0.9449 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317110 4 0.4040 0.8995 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1090334 2 0.1211 0.9390 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1338280 1 0.0707 0.9219 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1357456 1 0.3966 0.8490 0.840 0.000 0.088 0.072
#> SRR1444523 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1310898 2 0.0921 0.9435 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1074314 1 0.0707 0.9222 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1083456 1 0.0707 0.9219 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1321377 4 0.3172 0.8073 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1320445 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1081116 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1333287 2 0.3157 0.8000 0.000 0.852 0.004 0.144
#> SRR1454821 4 0.4277 0.9152 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1348792 2 0.2704 0.8061 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1393529 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.2334 0.7869 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR1074239 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1401774 4 0.4188 0.8973 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR1413262 2 0.1022 0.9155 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336227 2 0.0336 0.9386 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1069991 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1091524 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1312577 2 0.0817 0.9451 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341721 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1437514 1 0.1792 0.9141 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1327505 2 0.0336 0.9446 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1382461 1 0.1716 0.9133 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1361883 3 0.0000 0.8503 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.1474 0.9181 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9436 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.2198 0.9096 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1075729 1 0.1792 0.9121 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1397292 3 0.7369 0.3644 0.000 0.324 0.496 0.180
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.2773 0.81303 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1330831 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1456250 5 0.5785 0.57644 0.000 0.108 0.000 0.332 0.560
#> SRR1433708 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1433902 1 0.2377 0.83678 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1485060 2 0.2286 0.84882 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1432783 2 0.1544 0.87903 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1398272 2 0.4047 0.52789 0.000 0.676 0.000 0.320 0.004
#> SRR1436583 2 0.3318 0.75229 0.000 0.800 0.000 0.192 0.008
#> SRR1420413 5 0.5481 0.59466 0.000 0.004 0.108 0.236 0.652
#> SRR1441768 1 0.0963 0.84886 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1356976 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1466597 5 0.6201 0.47366 0.000 0.000 0.232 0.216 0.552
#> SRR1392456 4 0.1725 0.76187 0.000 0.020 0.000 0.936 0.044
#> SRR1080951 1 0.1043 0.84952 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR812697 3 0.6220 0.38813 0.308 0.000 0.524 0.000 0.168
#> SRR1457080 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1361814 4 0.3304 0.80069 0.000 0.168 0.000 0.816 0.016
#> SRR1404362 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1490635 2 0.0703 0.87235 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1343546 4 0.2970 0.81303 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1405921 2 0.0000 0.87712 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1089207 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1084505 1 0.2773 0.82677 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1376476 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1318208 1 0.2377 0.83678 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1470513 1 0.3544 0.80410 0.812 0.000 0.008 0.016 0.164
#> SRR1397781 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1386753 2 0.1478 0.88088 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.87712 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0955 0.88387 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1120891 1 0.2230 0.83254 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1337495 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1102198 5 0.6486 0.58468 0.000 0.308 0.000 0.212 0.480
#> SRR1473232 5 0.4989 0.41929 0.000 0.000 0.032 0.416 0.552
#> SRR1410634 4 0.5005 0.28048 0.000 0.000 0.064 0.660 0.276
#> SRR1353332 2 0.1704 0.87872 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1362332 4 0.1792 0.88690 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR816794 1 0.0510 0.85258 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1479370 4 0.1965 0.89117 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1353577 5 0.6327 0.57048 0.000 0.348 0.040 0.072 0.540
#> SRR1077380 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1407693 1 0.3421 0.80657 0.816 0.000 0.004 0.016 0.164
#> SRR1430088 2 0.0865 0.88438 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1311464 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1327454 2 0.4151 0.48070 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1342806 1 0.2648 0.83063 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1388437 1 0.2970 0.82751 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1085235 1 0.5471 0.67974 0.692 0.000 0.128 0.016 0.164
#> SRR1357692 3 0.1697 0.77440 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1430703 5 0.6964 0.59962 0.000 0.216 0.144 0.072 0.568
#> SRR1086020 2 0.1430 0.88336 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1334181 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1087271 2 0.1628 0.88195 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR812721 3 0.5575 0.59576 0.188 0.000 0.644 0.000 0.168
#> SRR819486 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1465248 2 0.1952 0.86797 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1334134 1 0.2970 0.82290 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1479306 1 0.1270 0.85141 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1339065 4 0.1732 0.88389 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1318624 2 0.1502 0.88248 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1467544 4 0.1792 0.88690 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1476384 2 0.1430 0.88325 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1395788 1 0.3093 0.82034 0.824 0.000 0.008 0.000 0.168
#> SRR1406478 2 0.1270 0.88356 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1466278 1 0.0290 0.85250 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375158 5 0.6333 0.65189 0.000 0.288 0.000 0.196 0.516
#> SRR1080222 1 0.2690 0.81729 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1361777 2 0.3756 0.66416 0.000 0.744 0.000 0.248 0.008
#> SRR1405311 4 0.1671 0.88235 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1340531 1 0.2516 0.83366 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1327527 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1407018 1 0.2329 0.82965 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1090431 2 0.1628 0.88195 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1498505 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1419941 5 0.6054 0.54005 0.000 0.000 0.148 0.304 0.548
#> SRR1313625 3 0.6553 0.16753 0.376 0.000 0.476 0.016 0.132
#> SRR1365377 5 0.5974 0.53530 0.000 0.000 0.132 0.320 0.548
#> SRR1092749 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1389366 3 0.3109 0.63163 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1359509 2 0.0290 0.88047 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1444043 5 0.5369 0.46158 0.000 0.000 0.060 0.388 0.552
#> SRR1500071 2 0.4786 0.65335 0.000 0.720 0.000 0.092 0.188
#> SRR1078948 3 0.0798 0.78319 0.000 0.000 0.976 0.016 0.008
#> SRR1099765 1 0.0510 0.85269 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR818523 3 0.5575 0.59576 0.188 0.000 0.644 0.000 0.168
#> SRR807751 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1379157 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1323002 4 0.2843 0.82586 0.000 0.144 0.000 0.848 0.008
#> SRR1343698 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1330176 1 0.2329 0.83961 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1329530 1 0.2561 0.83254 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1081813 3 0.0000 0.78493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.5104 0.66206 0.164 0.000 0.724 0.016 0.096
#> SRR1409046 3 0.0290 0.78466 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1474000 5 0.5775 0.54392 0.000 0.372 0.048 0.024 0.556
#> SRR1500131 4 0.3098 0.65471 0.000 0.016 0.000 0.836 0.148
#> SRR1415854 1 0.2648 0.81928 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1387286 4 0.5927 -0.37386 0.000 0.104 0.000 0.468 0.428
#> SRR1362664 2 0.4316 0.74534 0.000 0.772 0.000 0.120 0.108
#> SRR1097525 3 0.4946 0.65259 0.120 0.000 0.712 0.000 0.168
#> SRR1432231 2 0.2446 0.87025 0.000 0.900 0.000 0.044 0.056
#> SRR1500516 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1098660 1 0.2377 0.83678 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1392097 1 0.5948 0.60357 0.640 0.000 0.176 0.016 0.168
#> SRR809565 3 0.6861 0.07879 0.400 0.000 0.408 0.016 0.176
#> SRR1476974 1 0.2424 0.82707 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1360258 2 0.1894 0.84549 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1310876 4 0.2890 0.80305 0.000 0.160 0.000 0.836 0.004
#> SRR1404951 2 0.1571 0.88193 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1374355 2 0.0510 0.88227 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1499260 2 0.0609 0.87192 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1485700 1 0.2020 0.84164 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1350479 4 0.3109 0.76144 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1395682 2 0.3452 0.61347 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR1362579 1 0.2516 0.83366 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1328528 2 0.1270 0.88356 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1473100 1 0.4100 0.79079 0.784 0.000 0.028 0.016 0.172
#> SRR1340966 2 0.0162 0.87857 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323873 3 0.0566 0.78404 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1475233 2 0.2286 0.84874 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1400008 3 0.3970 0.59620 0.000 0.104 0.800 0.000 0.096
#> SRR1338489 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1439697 3 0.2483 0.76714 0.028 0.000 0.908 0.016 0.048
#> SRR1329642 2 0.1956 0.87330 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1341945 2 0.1430 0.88325 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1418262 2 0.2286 0.85096 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1458380 2 0.4840 0.70445 0.000 0.724 0.000 0.152 0.124
#> SRR1400489 4 0.5744 0.17411 0.000 0.092 0.000 0.528 0.380
#> SRR1416455 2 0.4349 0.72982 0.000 0.756 0.000 0.176 0.068
#> SRR1477292 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1096924 2 0.2773 0.74756 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1308269 2 0.0162 0.87720 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367172 3 0.2625 0.76619 0.040 0.000 0.900 0.012 0.048
#> SRR1085259 3 0.1502 0.77625 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR1477732 1 0.1043 0.84952 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1356509 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1323446 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1368094 1 0.2984 0.83487 0.856 0.000 0.004 0.016 0.124
#> SRR1378924 1 0.2127 0.84166 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1092397 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1458574 1 0.1121 0.85176 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1331405 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1455741 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1100395 1 0.2773 0.81303 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1327570 2 0.1121 0.86151 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1341209 3 0.0162 0.78467 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436280 5 0.6412 0.61436 0.000 0.316 0.052 0.072 0.560
#> SRR1312666 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR810153 1 0.5480 0.63030 0.656 0.000 0.176 0.000 0.168
#> SRR1467943 3 0.4428 0.68240 0.084 0.000 0.756 0.000 0.160
#> SRR808638 3 0.0290 0.78414 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099451 2 0.1251 0.85020 0.000 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1082238 1 0.6278 0.54907 0.596 0.000 0.204 0.016 0.184
#> SRR1404186 2 0.1557 0.87207 0.000 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1479721 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1480721 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1446716 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1073971 2 0.0703 0.87235 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1410404 1 0.0703 0.85330 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1120733 1 0.2074 0.83542 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1367410 3 0.1787 0.78157 0.012 0.000 0.940 0.016 0.032
#> SRR1316463 5 0.4524 0.54115 0.000 0.020 0.000 0.336 0.644
#> SRR1103072 4 0.2020 0.88933 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1420129 2 0.1831 0.87470 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1382639 4 0.4449 0.11190 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1356997 4 0.2464 0.71237 0.000 0.016 0.000 0.888 0.096
#> SRR1409326 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1485020 2 0.1638 0.88057 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1387113 2 0.1478 0.84911 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1336205 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1343414 2 0.1697 0.85389 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR1319502 1 0.2424 0.83600 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1471291 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1105033 3 0.0880 0.77418 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1077066 2 0.0566 0.88134 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1099931 3 0.6097 0.45653 0.276 0.000 0.556 0.000 0.168
#> SRR1069943 1 0.2648 0.81928 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1360194 2 0.0771 0.88335 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR814108 3 0.1544 0.76963 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1410699 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1405461 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1323312 2 0.6291 -0.00836 0.000 0.492 0.000 0.164 0.344
#> SRR1467171 1 0.0609 0.85318 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1396742 1 0.1965 0.85263 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1342960 1 0.1732 0.84681 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1370701 1 0.2970 0.82376 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1383674 3 0.3210 0.60801 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1442440 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1404461 1 0.3264 0.80865 0.820 0.000 0.000 0.016 0.164
#> SRR1336617 2 0.2864 0.82364 0.000 0.852 0.000 0.136 0.012
#> SRR1097811 3 0.6770 0.26174 0.352 0.000 0.464 0.016 0.168
#> SRR1475785 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1347916 2 0.2074 0.81713 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1477522 2 0.1430 0.88325 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1098002 3 0.2395 0.77061 0.024 0.000 0.912 0.016 0.048
#> SRR1077667 1 0.0963 0.84886 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1410720 2 0.1121 0.88569 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1354035 1 0.1608 0.85224 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1394384 2 0.1430 0.88336 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1364975 3 0.0880 0.77418 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1472259 3 0.0290 0.78466 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1390179 3 0.2321 0.77202 0.024 0.000 0.916 0.016 0.044
#> SRR1312784 2 0.1892 0.87079 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1069850 3 0.0162 0.78467 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081332 1 0.5830 0.65556 0.652 0.000 0.144 0.016 0.188
#> SRR1406709 5 0.6432 0.47923 0.000 0.196 0.000 0.320 0.484
#> SRR1458529 2 0.4909 0.12212 0.000 0.588 0.000 0.032 0.380
#> SRR1332467 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1078278 1 0.4660 0.76367 0.728 0.000 0.080 0.000 0.192
#> SRR1083868 1 0.2377 0.83934 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1367544 2 0.2813 0.74192 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1333167 4 0.1965 0.89117 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1418492 2 0.1197 0.86197 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1476652 2 0.2329 0.80200 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1470624 2 0.0290 0.87568 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081068 2 0.1357 0.88496 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1324473 2 0.1478 0.84911 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1420538 2 0.2286 0.85030 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1453747 4 0.2389 0.87325 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> SRR1403853 4 0.3630 0.57089 0.000 0.016 0.000 0.780 0.204
#> SRR1378707 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1083504 2 0.1341 0.85423 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1437598 2 0.0162 0.87651 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376807 1 0.6123 0.55514 0.616 0.000 0.204 0.016 0.164
#> SRR1370107 4 0.2286 0.87572 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR1369008 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1385672 5 0.6595 0.59565 0.000 0.164 0.144 0.072 0.620
#> SRR1430839 2 0.1205 0.88434 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1098098 2 0.0510 0.87331 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1473361 4 0.1792 0.88690 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1348507 2 0.1502 0.88341 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1090626 3 0.0510 0.78169 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1487704 5 0.6365 0.54636 0.000 0.100 0.192 0.072 0.636
#> SRR1344122 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1402027 3 0.0162 0.78467 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081493 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1076940 2 0.0324 0.87860 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR816096 2 0.0955 0.88470 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1440809 2 0.1764 0.85111 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1406394 3 0.2561 0.68234 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1317653 2 0.1430 0.88325 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1343072 3 0.1740 0.77624 0.000 0.000 0.932 0.012 0.056
#> SRR1336964 2 0.1478 0.88088 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1358624 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1467194 2 0.1732 0.87245 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1459324 2 0.1430 0.88395 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1353118 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1083678 2 0.6473 -0.13830 0.000 0.448 0.364 0.000 0.188
#> SRR1487547 2 0.3013 0.79693 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008
#> SRR1087752 3 0.2929 0.64636 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1091054 1 0.2770 0.83425 0.864 0.000 0.004 0.008 0.124
#> SRR1316343 4 0.3055 0.66018 0.000 0.016 0.000 0.840 0.144
#> SRR1073899 1 0.3754 0.79874 0.804 0.000 0.016 0.016 0.164
#> SRR1456093 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1399291 2 0.1956 0.87255 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1336863 2 0.2843 0.80631 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1456771 2 0.0162 0.87857 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329663 4 0.1478 0.87551 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1445426 2 0.2127 0.81797 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1389932 1 0.2516 0.84804 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1353948 1 0.2020 0.84476 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1348094 3 0.4022 0.59299 0.000 0.104 0.796 0.000 0.100
#> SRR1452222 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1468096 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1334011 5 0.6203 0.33369 0.000 0.140 0.000 0.396 0.464
#> SRR1444701 2 0.1549 0.88598 0.000 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR1329687 1 0.2230 0.83209 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1092493 2 0.1430 0.88325 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1446265 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1388722 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1464432 5 0.6219 0.23770 0.000 0.420 0.000 0.140 0.440
#> SRR1410550 2 0.1638 0.87953 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1473209 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1101741 1 0.2970 0.82376 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1083125 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1419495 2 0.0609 0.87192 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1090383 1 0.0162 0.85261 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328980 2 0.1571 0.87356 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1072578 3 0.3533 0.73299 0.056 0.000 0.836 0.004 0.104
#> SRR1466091 2 0.2763 0.81204 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1090119 3 0.0162 0.78467 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337516 2 0.1478 0.84911 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1498290 2 0.0162 0.87857 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330770 4 0.2825 0.68559 0.000 0.016 0.000 0.860 0.124
#> SRR1489349 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1457336 4 0.2597 0.88052 0.000 0.092 0.000 0.884 0.024
#> SRR1447481 2 0.1478 0.88088 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1102176 2 0.1341 0.88289 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1323215 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1466770 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1093366 2 0.1628 0.88195 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1434631 4 0.2727 0.69384 0.000 0.016 0.000 0.868 0.116
#> SRR1349190 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1086164 1 0.1043 0.85205 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1477339 2 0.0451 0.88013 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1099354 1 0.2561 0.84447 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1470855 2 0.2127 0.81328 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1102998 2 0.1478 0.84911 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1444978 4 0.2233 0.72893 0.000 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR1432165 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1441913 4 0.2011 0.89442 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1319038 4 0.1671 0.88797 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1338603 2 0.0798 0.88295 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1325620 1 0.2648 0.83063 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1320490 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1322186 2 0.2286 0.81390 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1466687 4 0.1671 0.88797 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1478571 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1074337 2 0.0162 0.87857 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420391 5 0.6145 0.60015 0.000 0.344 0.036 0.064 0.556
#> SRR1087704 1 0.2773 0.83069 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1464897 1 0.2329 0.83999 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1473915 2 0.1638 0.87953 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1337816 2 0.1121 0.86156 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1322070 4 0.1965 0.89117 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1476324 2 0.1952 0.86948 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1499652 5 0.4904 0.29180 0.000 0.472 0.000 0.024 0.504
#> SRR1356643 3 0.6777 0.24980 0.356 0.000 0.460 0.016 0.168
#> SRR1097708 1 0.5914 0.60504 0.644 0.000 0.176 0.016 0.164
#> SRR813529 3 0.0000 0.78493 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.1908 0.84392 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1498661 1 0.2280 0.83086 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1075078 3 0.1869 0.77989 0.012 0.000 0.936 0.016 0.036
#> SRR1390289 2 0.4666 0.56735 0.000 0.704 0.000 0.056 0.240
#> SRR1351955 2 0.2011 0.86684 0.000 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR1336988 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1407000 4 0.4040 0.46154 0.000 0.016 0.000 0.724 0.260
#> SRR1367785 2 0.4335 0.73889 0.000 0.760 0.000 0.168 0.072
#> SRR1470057 4 0.2338 0.87028 0.000 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1079567 1 0.1270 0.85101 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1095675 3 0.4504 0.67700 0.084 0.000 0.748 0.000 0.168
#> SRR1388788 4 0.3278 0.80696 0.000 0.156 0.000 0.824 0.020
#> SRR1396146 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1415173 3 0.5447 0.60898 0.172 0.000 0.660 0.000 0.168
#> SRR1362514 2 0.1981 0.85571 0.000 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1454031 3 0.5941 0.52525 0.244 0.000 0.588 0.000 0.168
#> SRR1443399 4 0.1671 0.88797 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1101280 2 0.1732 0.87245 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1340680 2 0.2127 0.81328 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1488307 3 0.3059 0.76031 0.020 0.000 0.868 0.016 0.096
#> SRR1443800 2 0.1270 0.88356 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1317110 4 0.2790 0.83678 0.000 0.068 0.000 0.880 0.052
#> SRR1090334 2 0.1704 0.87881 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1338280 1 0.0963 0.84913 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1357456 1 0.5848 0.61858 0.652 0.000 0.168 0.016 0.164
#> SRR1444523 1 0.2773 0.81303 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1310898 2 0.1831 0.87470 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1074314 1 0.1043 0.84816 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1083456 1 0.0963 0.84886 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1321377 4 0.4485 0.36639 0.000 0.028 0.000 0.680 0.292
#> SRR1320445 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1081116 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1333287 2 0.5334 0.42315 0.000 0.656 0.012 0.064 0.268
#> SRR1454821 4 0.1851 0.89572 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1348792 2 0.2930 0.72554 0.000 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1393529 3 0.0162 0.78467 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102224 3 0.3932 0.61612 0.000 0.064 0.796 0.000 0.140
#> SRR1074239 1 0.2773 0.81303 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1401774 4 0.5322 0.30775 0.000 0.072 0.000 0.608 0.320
#> SRR1413262 2 0.4882 -0.12799 0.000 0.532 0.000 0.024 0.444
#> SRR1336227 2 0.4425 -0.06045 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR1069991 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1091524 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1312577 2 0.1282 0.88424 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1341721 1 0.2930 0.81195 0.832 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR1437514 1 0.2813 0.82508 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1327505 2 0.0451 0.88013 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1382461 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1361883 3 0.0162 0.78467 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378262 1 0.2648 0.83063 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1464812 2 0.3700 0.61114 0.000 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR1073655 1 0.5385 0.69073 0.700 0.000 0.120 0.016 0.164
#> SRR1075729 1 0.2605 0.82115 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1397292 5 0.6338 0.58555 0.000 0.092 0.152 0.104 0.652
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0551 0.3926 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1330831 2 0.0665 0.8064 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1456250 5 0.4289 0.6783 0.000 0.076 0.000 0.072 0.780 0.072
#> SRR1433708 4 0.1204 0.8727 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.4184 -0.1922 0.576 0.000 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR1485060 2 0.3301 0.7678 0.000 0.828 0.000 0.100 0.004 0.068
#> SRR1432783 2 0.1701 0.8114 0.000 0.920 0.000 0.072 0.000 0.008
#> SRR1398272 2 0.6017 0.2574 0.000 0.428 0.000 0.384 0.008 0.180
#> SRR1436583 2 0.4310 0.5877 0.000 0.684 0.000 0.268 0.004 0.044
#> SRR1420413 5 0.4096 0.5783 0.000 0.000 0.024 0.028 0.744 0.204
#> SRR1441768 1 0.2884 0.3332 0.824 0.000 0.000 0.008 0.004 0.164
#> SRR1356976 4 0.1682 0.8708 0.000 0.052 0.000 0.928 0.000 0.020
#> SRR1466597 5 0.4746 0.5484 0.000 0.000 0.060 0.032 0.704 0.204
#> SRR1392456 4 0.3265 0.7466 0.000 0.004 0.000 0.828 0.112 0.056
#> SRR1080951 1 0.3301 0.2720 0.772 0.000 0.000 0.008 0.004 0.216
#> SRR812697 3 0.5359 0.2579 0.100 0.000 0.520 0.004 0.000 0.376
#> SRR1457080 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1361814 4 0.3988 0.7854 0.000 0.120 0.000 0.788 0.024 0.068
#> SRR1404362 1 0.0363 0.3975 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3138 0.7545 0.000 0.832 0.000 0.000 0.060 0.108
#> SRR1343546 4 0.2656 0.8321 0.000 0.120 0.000 0.860 0.012 0.008
#> SRR1405921 2 0.0692 0.8087 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1362928 4 0.2655 0.8485 0.000 0.060 0.000 0.876 0.004 0.060
#> SRR1089207 1 0.3986 -0.3770 0.532 0.000 0.000 0.004 0.000 0.464
#> SRR1084505 1 0.3955 -0.2681 0.560 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436
#> SRR1376476 4 0.2295 0.8620 0.000 0.052 0.000 0.904 0.016 0.028
#> SRR1318208 1 0.4168 -0.1756 0.584 0.000 0.000 0.016 0.000 0.400
#> SRR1470513 1 0.3792 0.2554 0.828 0.000 0.060 0.020 0.028 0.064
#> SRR1397781 1 0.3971 -0.2894 0.548 0.000 0.000 0.004 0.000 0.448
#> SRR1386753 2 0.3215 0.8015 0.000 0.828 0.000 0.072 0.000 0.100
#> SRR1334055 2 0.0777 0.8060 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1329131 2 0.1442 0.8137 0.000 0.944 0.000 0.040 0.004 0.012
#> SRR1120891 1 0.2214 0.3758 0.888 0.000 0.000 0.016 0.000 0.096
#> SRR1337495 4 0.1285 0.8730 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1102198 5 0.5806 0.5610 0.000 0.324 0.000 0.084 0.548 0.044
#> SRR1473232 5 0.4631 0.5766 0.000 0.000 0.020 0.068 0.708 0.204
#> SRR1410634 4 0.7019 -0.0161 0.000 0.004 0.056 0.376 0.328 0.236
#> SRR1353332 2 0.1643 0.8100 0.000 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> SRR1362332 4 0.2375 0.8584 0.000 0.068 0.000 0.896 0.020 0.016
#> SRR816794 1 0.3674 0.1789 0.716 0.000 0.000 0.016 0.000 0.268
#> SRR1479370 4 0.1700 0.8651 0.000 0.080 0.000 0.916 0.000 0.004
#> SRR1353577 5 0.4106 0.6603 0.000 0.188 0.000 0.000 0.736 0.076
#> SRR1077380 4 0.1204 0.8727 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.2682 0.3061 0.888 0.000 0.028 0.012 0.012 0.060
#> SRR1430088 2 0.1332 0.8136 0.000 0.952 0.000 0.028 0.012 0.008
#> SRR1311464 2 0.1151 0.8021 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1327454 2 0.5479 0.2338 0.000 0.472 0.000 0.416 0.004 0.108
#> SRR1342806 1 0.4025 -0.2075 0.576 0.000 0.000 0.008 0.000 0.416
#> SRR1388437 1 0.4782 -0.6058 0.488 0.000 0.020 0.012 0.004 0.476
#> SRR1085235 1 0.4937 0.1431 0.724 0.000 0.164 0.020 0.028 0.064
#> SRR1357692 3 0.4688 0.6645 0.000 0.000 0.720 0.020 0.156 0.104
#> SRR1430703 5 0.2716 0.6711 0.000 0.096 0.008 0.000 0.868 0.028
#> SRR1086020 2 0.2750 0.8072 0.000 0.868 0.000 0.048 0.004 0.080
#> SRR1334181 4 0.1500 0.8723 0.000 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012
#> SRR1087271 2 0.2138 0.8075 0.000 0.908 0.000 0.052 0.004 0.036
#> SRR812721 3 0.4933 0.4491 0.068 0.000 0.588 0.004 0.000 0.340
#> SRR819486 1 0.4107 -0.3329 0.540 0.000 0.000 0.004 0.004 0.452
#> SRR1465248 2 0.2425 0.8019 0.000 0.884 0.000 0.088 0.004 0.024
#> SRR1334134 1 0.4111 -0.3546 0.536 0.000 0.004 0.004 0.000 0.456
#> SRR1479306 1 0.3812 0.2165 0.728 0.000 0.000 0.012 0.012 0.248
#> SRR1339065 4 0.1757 0.8639 0.000 0.076 0.000 0.916 0.008 0.000
#> SRR1318624 2 0.1563 0.8120 0.000 0.932 0.000 0.056 0.000 0.012
#> SRR1467544 4 0.2317 0.8587 0.000 0.064 0.000 0.900 0.020 0.016
#> SRR1476384 2 0.1265 0.8113 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR1395788 1 0.4297 -0.3675 0.532 0.000 0.012 0.004 0.000 0.452
#> SRR1406478 2 0.1700 0.8144 0.000 0.928 0.000 0.048 0.000 0.024
#> SRR1466278 1 0.3376 0.2667 0.764 0.000 0.000 0.016 0.000 0.220
#> SRR1375158 5 0.5653 0.6247 0.000 0.184 0.000 0.028 0.616 0.172
#> SRR1080222 1 0.0520 0.3936 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1361777 2 0.4347 0.5641 0.000 0.668 0.000 0.288 0.004 0.040
#> SRR1405311 4 0.1806 0.8659 0.000 0.044 0.000 0.928 0.020 0.008
#> SRR1340531 1 0.4032 -0.2135 0.572 0.000 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1327527 4 0.2209 0.8626 0.000 0.052 0.000 0.904 0.004 0.040
#> SRR1407018 1 0.1820 0.3894 0.924 0.000 0.000 0.008 0.012 0.056
#> SRR1090431 2 0.1707 0.8090 0.000 0.928 0.000 0.056 0.004 0.012
#> SRR1498505 2 0.0922 0.8054 0.000 0.968 0.000 0.004 0.004 0.024
#> SRR1419941 5 0.4919 0.5546 0.000 0.000 0.060 0.036 0.684 0.220
#> SRR1313625 1 0.5802 -0.0252 0.504 0.000 0.392 0.020 0.016 0.068
#> SRR1365377 5 0.4985 0.5405 0.000 0.000 0.068 0.040 0.688 0.204
#> SRR1092749 1 0.3847 -0.3121 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1389366 3 0.5274 0.5534 0.000 0.000 0.636 0.012 0.212 0.140
#> SRR1359509 2 0.2209 0.8084 0.000 0.900 0.000 0.024 0.004 0.072
#> SRR1444043 5 0.4995 0.5620 0.000 0.000 0.044 0.064 0.688 0.204
#> SRR1500071 2 0.6858 0.3216 0.000 0.468 0.000 0.080 0.240 0.212
#> SRR1078948 3 0.1777 0.7775 0.000 0.000 0.932 0.012 0.024 0.032
#> SRR1099765 1 0.3457 0.2491 0.752 0.000 0.000 0.016 0.000 0.232
#> SRR818523 3 0.4933 0.4491 0.068 0.000 0.588 0.004 0.000 0.340
#> SRR807751 1 0.0260 0.3973 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0767 0.8086 0.000 0.976 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR1323002 4 0.3065 0.8282 0.000 0.100 0.000 0.844 0.004 0.052
#> SRR1343698 2 0.0748 0.8060 0.000 0.976 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR1330176 1 0.4047 -0.1467 0.604 0.000 0.000 0.012 0.000 0.384
#> SRR1329530 1 0.4116 -0.2060 0.572 0.000 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR1081813 3 0.0972 0.7829 0.000 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1487403 3 0.4494 0.6637 0.076 0.000 0.732 0.012 0.004 0.176
#> SRR1409046 3 0.1492 0.7822 0.000 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1474000 5 0.3612 0.6768 0.000 0.168 0.000 0.000 0.780 0.052
#> SRR1500131 4 0.5482 0.3417 0.000 0.000 0.000 0.548 0.292 0.160
#> SRR1415854 1 0.0820 0.3922 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR1387286 5 0.5787 0.5352 0.000 0.072 0.000 0.232 0.612 0.084
#> SRR1362664 2 0.6817 0.4611 0.000 0.500 0.000 0.124 0.140 0.236
#> SRR1097525 3 0.3940 0.5851 0.008 0.000 0.652 0.004 0.000 0.336
#> SRR1432231 2 0.4748 0.7379 0.000 0.740 0.000 0.060 0.088 0.112
#> SRR1500516 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1098660 1 0.4184 -0.1922 0.576 0.000 0.000 0.016 0.000 0.408
#> SRR1392097 1 0.5095 0.1242 0.704 0.000 0.184 0.020 0.028 0.064
#> SRR809565 1 0.5830 0.0128 0.560 0.000 0.328 0.020 0.028 0.064
#> SRR1476974 1 0.1340 0.3939 0.948 0.000 0.000 0.008 0.004 0.040
#> SRR1360258 2 0.4634 0.6526 0.000 0.704 0.000 0.004 0.136 0.156
#> SRR1310876 4 0.3629 0.6018 0.000 0.276 0.000 0.712 0.000 0.012
#> SRR1404951 2 0.1531 0.8107 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1374355 2 0.1390 0.8155 0.000 0.948 0.000 0.032 0.004 0.016
#> SRR1499260 2 0.2867 0.7756 0.000 0.848 0.000 0.000 0.040 0.112
#> SRR1485700 1 0.2538 0.3534 0.860 0.000 0.000 0.016 0.000 0.124
#> SRR1350479 4 0.2668 0.7793 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004 0.000
#> SRR1395682 2 0.5088 0.4651 0.000 0.620 0.000 0.004 0.268 0.108
#> SRR1362579 1 0.4116 -0.2067 0.572 0.000 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR1328528 2 0.1265 0.8113 0.000 0.948 0.000 0.044 0.000 0.008
#> SRR1473100 1 0.3477 0.2676 0.844 0.000 0.056 0.012 0.024 0.064
#> SRR1340966 2 0.2149 0.7945 0.000 0.888 0.000 0.004 0.004 0.104
#> SRR1323873 3 0.0692 0.7858 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1475233 2 0.3309 0.7713 0.000 0.824 0.000 0.116 0.004 0.056
#> SRR1400008 3 0.4322 0.6722 0.000 0.084 0.776 0.000 0.084 0.056
#> SRR1338489 4 0.1657 0.8718 0.000 0.056 0.000 0.928 0.000 0.016
#> SRR1439697 3 0.4367 0.7168 0.080 0.000 0.792 0.028 0.036 0.064
#> SRR1329642 2 0.1707 0.8106 0.000 0.928 0.000 0.056 0.004 0.012
#> SRR1341945 2 0.1434 0.8121 0.000 0.940 0.000 0.048 0.000 0.012
#> SRR1418262 2 0.2266 0.7929 0.000 0.880 0.000 0.108 0.000 0.012
#> SRR1458380 2 0.7304 0.3514 0.000 0.424 0.000 0.156 0.200 0.220
#> SRR1400489 4 0.6037 0.0116 0.000 0.056 0.000 0.440 0.428 0.076
#> SRR1416455 2 0.6923 0.4347 0.000 0.464 0.000 0.224 0.088 0.224
#> SRR1477292 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.5528 0.4231 0.000 0.556 0.000 0.000 0.252 0.192
#> SRR1308269 2 0.1196 0.8030 0.000 0.952 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1367172 3 0.1858 0.7730 0.000 0.000 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1085259 3 0.1753 0.7740 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1477732 1 0.3154 0.3150 0.800 0.000 0.000 0.012 0.004 0.184
#> SRR1356509 4 0.1204 0.8727 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0363 0.3972 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.3176 0.3200 0.832 0.000 0.012 0.012 0.008 0.136
#> SRR1378924 1 0.4121 -0.1398 0.604 0.000 0.000 0.016 0.000 0.380
#> SRR1092397 1 0.4088 -0.2796 0.556 0.000 0.000 0.004 0.004 0.436
#> SRR1458574 1 0.3717 0.1535 0.708 0.000 0.000 0.016 0.000 0.276
#> SRR1331405 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1455741 4 0.1398 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.940 0.000 0.008
#> SRR1100395 1 0.0779 0.3888 0.976 0.000 0.000 0.008 0.008 0.008
#> SRR1327570 2 0.3907 0.7084 0.000 0.764 0.000 0.000 0.084 0.152
#> SRR1341209 3 0.1492 0.7820 0.000 0.000 0.940 0.000 0.036 0.024
#> SRR1436280 5 0.2964 0.6770 0.000 0.108 0.004 0.000 0.848 0.040
#> SRR1312666 4 0.2408 0.8568 0.000 0.052 0.000 0.892 0.004 0.052
#> SRR810153 6 0.5963 0.4845 0.304 0.000 0.216 0.004 0.000 0.476
#> SRR1467943 3 0.3189 0.7002 0.000 0.000 0.760 0.004 0.000 0.236
#> SRR808638 3 0.1930 0.7763 0.000 0.000 0.916 0.000 0.036 0.048
#> SRR1099451 2 0.1737 0.7915 0.000 0.932 0.000 0.008 0.040 0.020
#> SRR1082238 1 0.5423 0.0617 0.640 0.000 0.248 0.016 0.020 0.076
#> SRR1404186 2 0.4795 0.7051 0.000 0.692 0.000 0.088 0.016 0.204
#> SRR1479721 1 0.0363 0.3972 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.1972 0.8687 0.000 0.056 0.000 0.916 0.004 0.024
#> SRR1446716 4 0.1657 0.8718 0.000 0.056 0.000 0.928 0.000 0.016
#> SRR1073971 2 0.2506 0.7777 0.000 0.880 0.000 0.000 0.052 0.068
#> SRR1410404 1 0.3797 0.1287 0.692 0.000 0.000 0.016 0.000 0.292
#> SRR1120733 1 0.2163 0.3756 0.892 0.000 0.000 0.008 0.004 0.096
#> SRR1367410 3 0.2373 0.7665 0.004 0.000 0.900 0.016 0.016 0.064
#> SRR1316463 5 0.3508 0.6337 0.000 0.004 0.000 0.080 0.812 0.104
#> SRR1103072 4 0.1753 0.8614 0.000 0.084 0.000 0.912 0.000 0.004
#> SRR1420129 2 0.1757 0.8095 0.000 0.916 0.000 0.076 0.000 0.008
#> SRR1382639 4 0.4979 0.3404 0.000 0.376 0.000 0.556 0.004 0.064
#> SRR1356997 4 0.3530 0.6938 0.000 0.000 0.000 0.792 0.152 0.056
#> SRR1409326 4 0.2773 0.8463 0.000 0.064 0.000 0.868 0.004 0.064
#> SRR1485020 2 0.1643 0.8100 0.000 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008
#> SRR1387113 2 0.4140 0.6919 0.000 0.744 0.000 0.000 0.104 0.152
#> SRR1336205 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1343414 2 0.4322 0.6831 0.000 0.736 0.000 0.004 0.108 0.152
#> SRR1319502 1 0.4116 -0.2067 0.572 0.000 0.000 0.012 0.000 0.416
#> SRR1471291 4 0.1826 0.8697 0.000 0.052 0.000 0.924 0.004 0.020
#> SRR1105033 3 0.2263 0.7672 0.000 0.000 0.896 0.000 0.056 0.048
#> SRR1077066 2 0.1793 0.8145 0.000 0.928 0.000 0.036 0.004 0.032
#> SRR1099931 3 0.5243 0.2996 0.088 0.000 0.532 0.004 0.000 0.376
#> SRR1069943 1 0.0603 0.3955 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1360194 2 0.1418 0.8146 0.000 0.944 0.000 0.032 0.000 0.024
#> SRR814108 3 0.4887 0.6499 0.000 0.000 0.700 0.020 0.160 0.120
#> SRR1410699 4 0.2876 0.8418 0.000 0.056 0.000 0.860 0.004 0.080
#> SRR1405461 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.6001 0.2817 0.000 0.532 0.000 0.144 0.296 0.028
#> SRR1467171 1 0.3738 0.1580 0.704 0.000 0.000 0.016 0.000 0.280
#> SRR1396742 1 0.3903 0.0895 0.680 0.000 0.000 0.012 0.004 0.304
#> SRR1342960 1 0.4110 -0.1234 0.608 0.000 0.000 0.016 0.000 0.376
#> SRR1370701 6 0.4493 0.4853 0.484 0.000 0.016 0.008 0.000 0.492
#> SRR1383674 3 0.4530 0.6050 0.000 0.000 0.692 0.000 0.208 0.100
#> SRR1442440 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.2489 0.3401 0.904 0.000 0.016 0.020 0.028 0.032
#> SRR1336617 2 0.5628 0.6500 0.000 0.612 0.000 0.164 0.024 0.200
#> SRR1097811 1 0.5956 -0.1158 0.504 0.000 0.384 0.020 0.028 0.064
#> SRR1475785 1 0.0260 0.3951 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4704 0.6230 0.000 0.684 0.000 0.000 0.160 0.156
#> SRR1477522 2 0.1391 0.8143 0.000 0.944 0.000 0.040 0.000 0.016
#> SRR1098002 3 0.2802 0.7659 0.040 0.000 0.888 0.020 0.024 0.028
#> SRR1077667 1 0.3018 0.3297 0.816 0.000 0.000 0.012 0.004 0.168
#> SRR1410720 2 0.1644 0.8169 0.000 0.932 0.000 0.052 0.004 0.012
#> SRR1354035 1 0.3571 0.2313 0.744 0.000 0.000 0.008 0.008 0.240
#> SRR1394384 2 0.1785 0.8123 0.000 0.928 0.000 0.048 0.008 0.016
#> SRR1364975 3 0.2237 0.7660 0.000 0.000 0.896 0.000 0.068 0.036
#> SRR1472259 3 0.1151 0.7852 0.000 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1390179 3 0.2870 0.7645 0.044 0.000 0.884 0.020 0.024 0.028
#> SRR1312784 2 0.3468 0.7947 0.000 0.816 0.000 0.088 0.004 0.092
#> SRR1069850 3 0.0937 0.7859 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1081332 1 0.5157 0.1266 0.704 0.000 0.172 0.020 0.028 0.076
#> SRR1406709 5 0.6146 0.6052 0.000 0.128 0.000 0.160 0.604 0.108
#> SRR1458529 5 0.5852 0.1278 0.000 0.388 0.000 0.000 0.420 0.192
#> SRR1332467 4 0.2653 0.8510 0.000 0.056 0.000 0.876 0.004 0.064
#> SRR1078278 6 0.5772 0.5635 0.424 0.000 0.116 0.008 0.004 0.448
#> SRR1083868 1 0.4026 -0.1102 0.612 0.000 0.000 0.012 0.000 0.376
#> SRR1367544 2 0.5522 0.4202 0.000 0.556 0.000 0.000 0.256 0.188
#> SRR1333167 4 0.1444 0.8676 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.2852 0.7619 0.000 0.856 0.000 0.000 0.080 0.064
#> SRR1476652 2 0.4764 0.5440 0.000 0.660 0.000 0.000 0.232 0.108
#> SRR1470624 2 0.2624 0.7795 0.000 0.856 0.000 0.000 0.020 0.124
#> SRR1081068 2 0.3765 0.7766 0.000 0.780 0.000 0.048 0.008 0.164
#> SRR1324473 2 0.4302 0.6757 0.000 0.728 0.000 0.000 0.116 0.156
#> SRR1420538 2 0.5304 0.6656 0.000 0.624 0.000 0.152 0.008 0.216
#> SRR1453747 4 0.3079 0.8395 0.000 0.096 0.000 0.844 0.004 0.056
#> SRR1403853 4 0.5693 0.0768 0.000 0.000 0.000 0.448 0.392 0.160
#> SRR1378707 2 0.0622 0.8044 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1083504 2 0.4209 0.6892 0.000 0.736 0.000 0.000 0.104 0.160
#> SRR1437598 2 0.2066 0.7934 0.000 0.904 0.000 0.000 0.024 0.072
#> SRR1376807 1 0.5140 0.1019 0.684 0.000 0.212 0.020 0.020 0.064
#> SRR1370107 4 0.2830 0.8447 0.000 0.068 0.000 0.864 0.004 0.064
#> SRR1369008 4 0.1594 0.8716 0.000 0.052 0.000 0.932 0.000 0.016
#> SRR1385672 5 0.2285 0.6639 0.000 0.064 0.008 0.000 0.900 0.028
#> SRR1430839 2 0.1196 0.8126 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1098098 2 0.1970 0.7912 0.000 0.912 0.000 0.000 0.028 0.060
#> SRR1473361 4 0.2317 0.8587 0.000 0.064 0.000 0.900 0.020 0.016
#> SRR1348507 2 0.1531 0.8135 0.000 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1090626 3 0.2201 0.7699 0.000 0.000 0.900 0.000 0.048 0.052
#> SRR1487704 5 0.3983 0.5894 0.000 0.012 0.056 0.000 0.768 0.164
#> SRR1344122 4 0.2076 0.8666 0.000 0.060 0.000 0.912 0.012 0.016
#> SRR1402027 3 0.1225 0.7844 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1081493 1 0.0260 0.3973 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0551 0.8061 0.000 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR816096 2 0.1666 0.8141 0.000 0.936 0.000 0.036 0.008 0.020
#> SRR1440809 2 0.4348 0.6874 0.000 0.732 0.000 0.004 0.104 0.160
#> SRR1406394 3 0.3316 0.7123 0.000 0.000 0.812 0.000 0.136 0.052
#> SRR1317653 2 0.1528 0.8129 0.000 0.936 0.000 0.048 0.000 0.016
#> SRR1343072 3 0.4546 0.6764 0.000 0.000 0.736 0.020 0.140 0.104
#> SRR1336964 2 0.1926 0.8147 0.000 0.912 0.000 0.068 0.000 0.020
#> SRR1358624 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.2094 0.8076 0.000 0.900 0.000 0.080 0.000 0.020
#> SRR1459324 2 0.1719 0.8124 0.000 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR1353118 1 0.4088 -0.2796 0.556 0.000 0.000 0.004 0.004 0.436
#> SRR1083678 3 0.7415 -0.1579 0.000 0.320 0.344 0.000 0.148 0.188
#> SRR1487547 2 0.4314 0.6327 0.000 0.716 0.000 0.212 0.004 0.068
#> SRR1087752 3 0.3394 0.7083 0.000 0.000 0.804 0.000 0.144 0.052
#> SRR1091054 1 0.3682 0.2454 0.796 0.000 0.028 0.016 0.004 0.156
#> SRR1316343 4 0.5357 0.4237 0.000 0.004 0.000 0.584 0.280 0.132
#> SRR1073899 1 0.3520 0.2613 0.840 0.000 0.064 0.016 0.016 0.064
#> SRR1456093 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.2249 0.8040 0.000 0.900 0.000 0.064 0.004 0.032
#> SRR1336863 2 0.3877 0.6454 0.000 0.748 0.000 0.208 0.004 0.040
#> SRR1456771 2 0.0777 0.8077 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1329663 4 0.2095 0.8571 0.000 0.040 0.000 0.916 0.028 0.016
#> SRR1445426 2 0.4486 0.6051 0.000 0.696 0.000 0.000 0.208 0.096
#> SRR1389932 1 0.4077 0.0171 0.660 0.000 0.000 0.012 0.008 0.320
#> SRR1353948 1 0.4110 -0.1287 0.608 0.000 0.000 0.016 0.000 0.376
#> SRR1348094 3 0.4327 0.6736 0.000 0.076 0.776 0.000 0.088 0.060
#> SRR1452222 4 0.1204 0.8727 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.1204 0.8727 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.6225 0.5403 0.000 0.100 0.000 0.212 0.580 0.108
#> SRR1444701 2 0.4120 0.7614 0.000 0.776 0.000 0.044 0.040 0.140
#> SRR1329687 1 0.2036 0.3886 0.912 0.000 0.000 0.016 0.008 0.064
#> SRR1092493 2 0.1367 0.8131 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1446265 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1388722 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1464432 5 0.6074 0.2822 0.000 0.356 0.000 0.104 0.496 0.044
#> SRR1410550 2 0.3777 0.7737 0.000 0.776 0.000 0.056 0.004 0.164
#> SRR1473209 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1101741 6 0.4337 0.5091 0.480 0.000 0.020 0.000 0.000 0.500
#> SRR1083125 1 0.0405 0.3968 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1419495 2 0.2265 0.7842 0.000 0.896 0.000 0.000 0.052 0.052
#> SRR1090383 1 0.3376 0.2667 0.764 0.000 0.000 0.016 0.000 0.220
#> SRR1328980 2 0.2476 0.7904 0.000 0.880 0.000 0.092 0.004 0.024
#> SRR1072578 3 0.2805 0.7289 0.000 0.000 0.812 0.004 0.000 0.184
#> SRR1466091 2 0.4873 0.6912 0.000 0.676 0.000 0.164 0.004 0.156
#> SRR1090119 3 0.1320 0.7839 0.000 0.000 0.948 0.000 0.036 0.016
#> SRR1337516 2 0.4402 0.6696 0.000 0.716 0.000 0.000 0.116 0.168
#> SRR1498290 2 0.0767 0.8070 0.000 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR1330770 4 0.4865 0.5355 0.000 0.004 0.000 0.652 0.248 0.096
#> SRR1489349 4 0.1285 0.8730 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1457336 4 0.3116 0.8440 0.000 0.052 0.000 0.860 0.044 0.044
#> SRR1447481 2 0.3341 0.7957 0.000 0.816 0.000 0.068 0.000 0.116
#> SRR1102176 2 0.1398 0.8104 0.000 0.940 0.000 0.052 0.000 0.008
#> SRR1323215 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.1141 0.8728 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1989 0.8068 0.000 0.916 0.000 0.052 0.004 0.028
#> SRR1434631 4 0.4506 0.6116 0.000 0.004 0.000 0.704 0.204 0.088
#> SRR1349190 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1086164 1 0.3717 0.1535 0.708 0.000 0.000 0.016 0.000 0.276
#> SRR1477339 2 0.1053 0.8120 0.000 0.964 0.000 0.020 0.004 0.012
#> SRR1099354 1 0.4048 -0.0286 0.644 0.000 0.000 0.012 0.004 0.340
#> SRR1470855 2 0.5341 0.4893 0.000 0.592 0.000 0.000 0.224 0.184
#> SRR1102998 2 0.4295 0.6809 0.000 0.728 0.000 0.000 0.112 0.160
#> SRR1444978 4 0.3573 0.7116 0.000 0.004 0.000 0.796 0.148 0.052
#> SRR1432165 4 0.1972 0.8687 0.000 0.056 0.000 0.916 0.004 0.024
#> SRR1441913 4 0.2714 0.8462 0.000 0.060 0.000 0.872 0.004 0.064
#> SRR1319038 4 0.1265 0.8704 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008 0.000
#> SRR1338603 2 0.1970 0.8100 0.000 0.920 0.000 0.028 0.008 0.044
#> SRR1325620 1 0.4123 -0.2175 0.568 0.000 0.000 0.012 0.000 0.420
#> SRR1320490 1 0.4217 -0.4426 0.524 0.000 0.008 0.004 0.000 0.464
#> SRR1322186 2 0.5284 0.5447 0.000 0.620 0.000 0.004 0.192 0.184
#> SRR1466687 4 0.1806 0.8659 0.000 0.044 0.000 0.928 0.020 0.008
#> SRR1478571 1 0.0725 0.3938 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1074337 2 0.2588 0.7838 0.000 0.860 0.000 0.004 0.012 0.124
#> SRR1420391 5 0.3486 0.6805 0.000 0.180 0.000 0.008 0.788 0.024
#> SRR1087704 1 0.4199 -0.3328 0.544 0.000 0.000 0.008 0.004 0.444
#> SRR1464897 1 0.4234 -0.1140 0.608 0.000 0.000 0.016 0.004 0.372
#> SRR1473915 2 0.3576 0.7829 0.000 0.800 0.000 0.060 0.004 0.136
#> SRR1337816 2 0.3825 0.7200 0.000 0.768 0.000 0.000 0.072 0.160
#> SRR1322070 4 0.1802 0.8683 0.000 0.072 0.000 0.916 0.000 0.012
#> SRR1476324 2 0.1812 0.8092 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 0.008
#> SRR1499652 5 0.4897 0.5299 0.000 0.292 0.000 0.000 0.616 0.092
#> SRR1356643 1 0.5555 -0.1635 0.492 0.000 0.420 0.012 0.012 0.064
#> SRR1097708 1 0.4721 0.1317 0.720 0.000 0.188 0.016 0.012 0.064
#> SRR813529 3 0.0458 0.7864 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1352322 1 0.2678 0.3289 0.860 0.000 0.000 0.020 0.004 0.116
#> SRR1498661 1 0.1471 0.3896 0.932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1075078 3 0.2280 0.7672 0.004 0.000 0.904 0.012 0.016 0.064
#> SRR1390289 2 0.6394 0.2784 0.000 0.472 0.000 0.028 0.272 0.228
#> SRR1351955 2 0.1967 0.8051 0.000 0.904 0.000 0.084 0.000 0.012
#> SRR1336988 4 0.1765 0.8700 0.000 0.052 0.000 0.924 0.000 0.024
#> SRR1407000 4 0.5135 0.3869 0.000 0.000 0.000 0.572 0.324 0.104
#> SRR1367785 2 0.6919 0.4471 0.000 0.464 0.000 0.212 0.088 0.236
#> SRR1470057 4 0.2711 0.8465 0.000 0.068 0.000 0.872 0.004 0.056
#> SRR1079567 1 0.3411 0.2487 0.756 0.000 0.000 0.008 0.004 0.232
#> SRR1095675 3 0.3601 0.6298 0.000 0.000 0.684 0.004 0.000 0.312
#> SRR1388788 4 0.4254 0.7383 0.000 0.112 0.000 0.776 0.068 0.044
#> SRR1396146 1 0.3847 -0.3121 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1415173 3 0.4644 0.5682 0.068 0.000 0.660 0.004 0.000 0.268
#> SRR1362514 2 0.5223 0.6572 0.000 0.672 0.000 0.032 0.116 0.180
#> SRR1454031 3 0.5117 0.3405 0.076 0.000 0.544 0.004 0.000 0.376
#> SRR1443399 4 0.1410 0.8702 0.000 0.044 0.000 0.944 0.008 0.004
#> SRR1101280 2 0.2230 0.8080 0.000 0.892 0.000 0.084 0.000 0.024
#> SRR1340680 2 0.5292 0.5091 0.000 0.600 0.000 0.000 0.220 0.180
#> SRR1488307 3 0.2572 0.7641 0.008 0.000 0.892 0.016 0.020 0.064
#> SRR1443800 2 0.1549 0.8139 0.000 0.936 0.000 0.044 0.000 0.020
#> SRR1317110 4 0.3671 0.7916 0.000 0.036 0.000 0.820 0.088 0.056
#> SRR1090334 2 0.1719 0.8114 0.000 0.924 0.000 0.060 0.000 0.016
#> SRR1338280 1 0.3037 0.3232 0.808 0.000 0.000 0.016 0.000 0.176
#> SRR1357456 1 0.4861 0.1283 0.716 0.000 0.184 0.016 0.020 0.064
#> SRR1444523 1 0.0603 0.3869 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1310898 2 0.1858 0.8105 0.000 0.912 0.000 0.076 0.000 0.012
#> SRR1074314 1 0.3003 0.3271 0.812 0.000 0.000 0.016 0.000 0.172
#> SRR1083456 1 0.3023 0.3192 0.808 0.000 0.000 0.008 0.004 0.180
#> SRR1321377 4 0.5466 0.3592 0.000 0.020 0.000 0.556 0.340 0.084
#> SRR1320445 1 0.4392 -0.5354 0.504 0.000 0.016 0.004 0.000 0.476
#> SRR1081116 1 0.0603 0.3955 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1333287 2 0.5321 0.4730 0.000 0.640 0.012 0.008 0.236 0.104
#> SRR1454821 4 0.1204 0.8727 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.4944 0.5297 0.000 0.672 0.000 0.220 0.016 0.092
#> SRR1393529 3 0.0937 0.7859 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1102224 3 0.4350 0.6798 0.000 0.044 0.768 0.000 0.116 0.072
#> SRR1074239 1 0.0260 0.3929 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401774 4 0.5631 0.2608 0.000 0.036 0.000 0.524 0.372 0.068
#> SRR1413262 5 0.5795 0.3311 0.000 0.328 0.000 0.000 0.476 0.196
#> SRR1336227 5 0.5395 0.3478 0.000 0.356 0.000 0.000 0.520 0.124
#> SRR1069991 1 0.3979 -0.3390 0.540 0.000 0.000 0.004 0.000 0.456
#> SRR1091524 1 0.0260 0.3973 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.1367 0.8133 0.000 0.944 0.000 0.044 0.000 0.012
#> SRR1341721 1 0.1621 0.3680 0.944 0.000 0.012 0.008 0.016 0.020
#> SRR1437514 1 0.3843 -0.2961 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1327505 2 0.1245 0.8124 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1382461 1 0.0806 0.3961 0.972 0.000 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1361883 3 0.1225 0.7844 0.000 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1378262 1 0.4039 -0.2251 0.568 0.000 0.000 0.008 0.000 0.424
#> SRR1464812 2 0.5745 0.3137 0.000 0.508 0.000 0.000 0.280 0.212
#> SRR1073655 1 0.4094 0.1709 0.772 0.000 0.148 0.004 0.012 0.064
#> SRR1075729 1 0.0458 0.3970 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2002 0.6477 0.000 0.012 0.004 0.012 0.920 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4848 0.517 0.517
#> 3 3 0.839 0.930 0.947 0.3105 0.826 0.665
#> 4 4 0.720 0.834 0.885 0.0783 0.941 0.834
#> 5 5 0.734 0.693 0.842 0.0761 0.940 0.814
#> 6 6 0.717 0.577 0.735 0.0532 0.904 0.661
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.278 0.944 0.048 0.952
#> SRR1392456 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430703 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1389366 1 0.988 0.211 0.564 0.436
#> SRR1359509 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.753 0.727 0.216 0.784
#> SRR1338489 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.971 0.343 0.400 0.600
#> SRR1442440 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.615 0.820 0.152 0.848
#> SRR1487547 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.971 0.343 0.400 0.600
#> SRR1091054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.844 0.631 0.272 0.728
#> SRR1452222 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.722 0.752 0.200 0.800
#> SRR1074239 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.689 0.774 0.184 0.816
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1433708 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1433902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.4842 0.640 0.000 0.776 0.224
#> SRR1436583 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1466597 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392456 3 0.0592 0.821 0.000 0.012 0.988
#> SRR1080951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 3 0.4291 0.921 0.000 0.180 0.820
#> SRR1404362 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1405921 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1089207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1318208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1102198 3 0.6045 0.624 0.000 0.380 0.620
#> SRR1473232 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR816794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1353577 2 0.4504 0.686 0.000 0.804 0.196
#> SRR1077380 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1407693 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.5363 0.527 0.000 0.724 0.276
#> SRR1342806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430703 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1087271 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1318624 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1476384 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1080222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.1163 0.927 0.000 0.972 0.028
#> SRR1405311 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1340531 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1407018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.6095 0.356 0.392 0.000 0.608
#> SRR1359509 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.1031 0.931 0.000 0.976 0.024
#> SRR1078948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 3 0.4291 0.921 0.000 0.180 0.820
#> SRR1343698 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0424 0.945 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500131 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1362664 2 0.1860 0.902 0.000 0.948 0.052
#> SRR1097525 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 3 0.5327 0.810 0.000 0.272 0.728
#> SRR1404951 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 3 0.4555 0.902 0.000 0.200 0.800
#> SRR1395682 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 2 0.4555 0.674 0.200 0.800 0.000
#> SRR1338489 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1439697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.1529 0.915 0.000 0.960 0.040
#> SRR1400489 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1416455 2 0.1964 0.898 0.000 0.944 0.056
#> SRR1477292 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1096924 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1323446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1100395 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312666 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR810153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.5678 0.406 0.000 0.684 0.316
#> SRR1479721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1446716 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1073971 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103072 3 0.4346 0.918 0.000 0.184 0.816
#> SRR1420129 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 3 0.6225 0.496 0.000 0.432 0.568
#> SRR1356997 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409326 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1485020 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1105033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410699 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1405461 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1323312 3 0.6244 0.480 0.000 0.440 0.560
#> SRR1467171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.6126 0.341 0.400 0.000 0.600
#> SRR1442440 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1404461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0592 0.942 0.000 0.988 0.012
#> SRR1097811 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.4452 0.910 0.000 0.192 0.808
#> SRR1458529 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332467 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1078278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1418492 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1453747 3 0.4346 0.918 0.000 0.184 0.816
#> SRR1403853 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 3 0.4399 0.914 0.000 0.188 0.812
#> SRR1369008 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1385672 2 0.5948 0.263 0.000 0.640 0.360
#> SRR1430839 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1348507 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.4235 0.755 0.000 0.824 0.176
#> SRR1344122 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1402027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 1 0.1964 0.938 0.944 0.000 0.056
#> SRR1317653 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1467194 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4033 0.759 0.136 0.856 0.008
#> SRR1487547 2 0.5859 0.319 0.000 0.656 0.344
#> SRR1087752 2 0.6126 0.323 0.400 0.600 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1399291 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.1031 0.930 0.000 0.976 0.024
#> SRR1456771 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1445426 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4555 0.674 0.200 0.800 0.000
#> SRR1452222 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1468096 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1334011 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1444701 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.6008 0.219 0.000 0.628 0.372
#> SRR1410550 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0237 0.949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1072578 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.1031 0.931 0.000 0.976 0.024
#> SRR1090119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 3 0.0592 0.821 0.000 0.012 0.988
#> SRR1489349 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1457336 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1447481 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1466770 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1093366 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 3 0.1031 0.828 0.000 0.024 0.976
#> SRR1349190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 3 0.2356 0.858 0.000 0.072 0.928
#> SRR1432165 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1441913 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1319038 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1338603 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1478571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.6260 0.461 0.000 0.448 0.552
#> SRR1087704 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1476324 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356643 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.5327 0.532 0.000 0.728 0.272
#> SRR1351955 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1407000 3 0.0000 0.813 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.1643 0.911 0.000 0.956 0.044
#> SRR1470057 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1079567 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1396146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1101280 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1090334 2 0.4555 0.678 0.000 0.800 0.200
#> SRR1338280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.3551 0.897 0.000 0.132 0.868
#> SRR1320445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454821 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1348792 2 0.5291 0.537 0.000 0.732 0.268
#> SRR1393529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.8650 0.569 0.200 0.200 0.600
#> SRR1074239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.4235 0.925 0.000 0.176 0.824
#> SRR1413262 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.952 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.5254 0.547 0.000 0.736 0.264
#> SRR1073655 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.8895 0.236 0.124 0.484 0.392
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1330831 2 0.0336 0.912251 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1456250 3 0.6626 0.411238 0.000 0.160 0.624 0.216
#> SRR1433708 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1433902 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.1716 0.885195 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1432783 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1398272 4 0.4843 0.517122 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1436583 2 0.4977 -0.086115 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1420413 3 0.3400 0.671473 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1441768 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1356976 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1466597 3 0.4164 0.649011 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1392456 4 0.0469 0.696306 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1080951 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.3074 0.860216 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1404362 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1490635 2 0.0469 0.906934 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1343546 4 0.2973 0.867505 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1405921 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1089207 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1318208 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334055 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1120891 1 0.2281 0.933105 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1337495 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1102198 3 0.7896 0.155744 0.000 0.352 0.356 0.292
#> SRR1473232 3 0.4134 0.651039 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1410634 4 0.0592 0.691321 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1353332 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1362332 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR816794 1 0.1389 0.933013 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1479370 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1353577 2 0.5161 0.009692 0.000 0.520 0.476 0.004
#> SRR1077380 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1407693 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1430088 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1311464 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.4304 0.701587 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1342806 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1357692 3 0.3356 0.585036 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1430703 3 0.4776 0.421836 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1086020 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1334181 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1087271 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR812721 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334134 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.2281 0.933102 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1339065 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1318624 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467544 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1476384 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1395788 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1466278 1 0.1940 0.933784 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1375158 4 0.5906 0.722935 0.000 0.152 0.148 0.700
#> SRR1080222 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1361777 2 0.4331 0.530342 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1405311 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1340531 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1407018 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1090431 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1498505 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.4967 0.436999 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1313625 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1365377 3 0.4948 0.457198 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1092749 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3674 0.653455 0.044 0.000 0.852 0.104
#> SRR1359509 2 0.0469 0.913046 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444043 3 0.4222 0.644151 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1500071 2 0.4312 0.766785 0.000 0.812 0.132 0.056
#> SRR1078948 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1099765 1 0.1792 0.933835 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1379157 2 0.0469 0.913249 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1323002 4 0.2973 0.866535 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1343698 2 0.0336 0.912251 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330176 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.2921 0.923387 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1474000 3 0.4776 0.421836 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1500131 4 0.4605 0.054548 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1415854 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1387286 4 0.7287 0.161000 0.000 0.152 0.384 0.464
#> SRR1362664 2 0.5499 0.587319 0.000 0.712 0.072 0.216
#> SRR1097525 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.2300 0.880169 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1500516 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR809565 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1476974 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1360258 2 0.2053 0.869458 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1310876 4 0.3266 0.844010 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1404951 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1374355 2 0.0469 0.913046 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499260 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.2011 0.933713 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1350479 4 0.3356 0.833314 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1395682 2 0.3032 0.827124 0.000 0.868 0.124 0.008
#> SRR1362579 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1473100 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1340966 2 0.0336 0.912251 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323873 1 0.2760 0.928800 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1475233 2 0.1792 0.880251 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1400008 2 0.3791 0.615635 0.200 0.796 0.004 0.000
#> SRR1338489 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1439697 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1329642 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341945 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1418262 2 0.1474 0.895213 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1458380 2 0.7119 -0.005882 0.000 0.480 0.132 0.388
#> SRR1400489 4 0.5228 0.780039 0.000 0.124 0.120 0.756
#> SRR1416455 4 0.6158 0.473897 0.000 0.384 0.056 0.560
#> SRR1477292 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1096924 2 0.2760 0.817779 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.1792 0.934757 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.2647 0.930238 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1356509 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1323446 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1368094 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.1302 0.932813 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1100395 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1327570 2 0.0469 0.906228 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1341209 1 0.0469 0.922453 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1436280 3 0.4776 0.421836 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1312666 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR810153 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.1118 0.930492 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1099451 2 0.0592 0.913814 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082238 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1404186 4 0.4936 0.567222 0.000 0.372 0.004 0.624
#> SRR1479721 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1480721 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1446716 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1073971 2 0.0188 0.908668 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1410404 1 0.1474 0.933278 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1120733 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1367410 1 0.2704 0.929598 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1316463 3 0.4585 0.581809 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1103072 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1420129 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1382639 4 0.4103 0.742552 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1356997 4 0.0817 0.681842 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1409326 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1485020 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1387113 2 0.1022 0.896638 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1305 0.894876 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1319502 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1105033 1 0.4454 0.727984 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1077066 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1099931 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1360194 2 0.0469 0.913249 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR814108 3 0.3356 0.585036 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1410699 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1405461 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1323312 4 0.5884 0.505269 0.000 0.364 0.044 0.592
#> SRR1467171 1 0.2081 0.934300 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1396742 1 0.2011 0.933713 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.4301 0.640977 0.064 0.000 0.816 0.120
#> SRR1442440 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1404461 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1336617 2 0.2402 0.870152 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR1097811 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1475785 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1347916 2 0.2281 0.849003 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1477522 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1098002 1 0.2868 0.925236 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1077667 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1410720 2 0.0469 0.913046 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1354035 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1394384 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1364975 1 0.3726 0.678935 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1472259 1 0.2868 0.925236 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1390179 1 0.2868 0.925236 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1312784 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1069850 1 0.2814 0.927270 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1081332 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1406709 4 0.6357 0.675769 0.000 0.184 0.160 0.656
#> SRR1458529 2 0.3024 0.796647 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1332467 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1078278 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.1022 0.931759 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1367544 2 0.2999 0.812924 0.000 0.864 0.132 0.004
#> SRR1333167 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1418492 2 0.0707 0.902323 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1476652 2 0.2704 0.822120 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1324473 2 0.1302 0.889548 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1420538 2 0.2450 0.873069 0.000 0.912 0.016 0.072
#> SRR1453747 4 0.2814 0.876352 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1403853 4 0.4977 -0.306894 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR1378707 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0921 0.898626 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1370107 4 0.2760 0.878908 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1369008 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1385672 3 0.5055 0.436840 0.000 0.368 0.624 0.008
#> SRR1430839 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1098098 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1348507 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1090626 1 0.2125 0.927977 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR1487704 3 0.3392 0.671732 0.000 0.020 0.856 0.124
#> SRR1344122 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1402027 1 0.0469 0.922453 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1081493 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1440809 2 0.1209 0.897108 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1406394 1 0.4977 0.011725 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1317653 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1343072 3 0.3356 0.585036 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1336964 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1358624 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1467194 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1459324 2 0.1474 0.893403 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1353118 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4078 0.715036 0.036 0.828 0.132 0.004
#> SRR1487547 4 0.4898 0.493353 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1087752 3 0.2345 0.654030 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1091054 1 0.1940 0.933784 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1316343 4 0.4103 0.275732 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1073899 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1456093 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1399291 2 0.0817 0.913242 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1336863 2 0.4985 -0.145899 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1456771 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1445426 2 0.2081 0.860264 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1389932 1 0.2530 0.931579 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.3791 0.615635 0.200 0.796 0.004 0.000
#> SRR1452222 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1468096 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1334011 4 0.5722 0.739257 0.000 0.148 0.136 0.716
#> SRR1444701 2 0.1059 0.909528 0.000 0.972 0.016 0.012
#> SRR1329687 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1092493 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446265 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.7046 0.149059 0.000 0.524 0.136 0.340
#> SRR1410550 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1473209 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.909566 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.1940 0.933784 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1328980 2 0.4933 -0.000728 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1072578 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.1940 0.871984 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1090119 1 0.0469 0.922453 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1337516 2 0.1637 0.878574 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1498290 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1330770 4 0.0469 0.696306 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1489349 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1457336 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1447481 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1102176 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1323215 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1466770 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1093366 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1434631 4 0.1284 0.707626 0.000 0.012 0.024 0.964
#> SRR1349190 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.1389 0.933070 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1477339 2 0.0592 0.913814 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099354 1 0.1792 0.934032 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1470855 2 0.2704 0.821919 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1102998 2 0.1022 0.896638 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1444978 4 0.1398 0.769416 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1432165 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1441913 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1319038 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1338603 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1325620 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.2593 0.841378 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1466687 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1478571 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1074337 2 0.0336 0.912251 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420391 3 0.5055 0.436840 0.000 0.368 0.624 0.008
#> SRR1087704 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1337816 2 0.0817 0.900776 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1322070 4 0.2760 0.879232 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1476324 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1499652 2 0.4661 0.443564 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR1356643 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1097708 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR813529 1 0.0469 0.922453 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1352322 1 0.1940 0.933784 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1498661 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1075078 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1390289 4 0.6936 0.482481 0.000 0.320 0.132 0.548
#> SRR1351955 2 0.1022 0.910202 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1336988 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1407000 4 0.0707 0.686273 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1367785 4 0.6222 0.412627 0.000 0.412 0.056 0.532
#> SRR1470057 4 0.2921 0.869735 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1079567 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.3024 0.863260 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1396146 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.2142 0.885949 0.000 0.928 0.056 0.016
#> SRR1454031 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1101280 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1340680 2 0.2704 0.821919 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR1488307 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1443800 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1317110 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1090334 2 0.4222 0.550874 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1338280 1 0.2345 0.932714 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1357456 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1444523 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1310898 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1074314 1 0.2281 0.933106 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1083456 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1321377 4 0.2469 0.842473 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1320445 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1333287 2 0.0921 0.912294 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1454821 4 0.2704 0.881327 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1348792 4 0.4967 0.404795 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1393529 1 0.0336 0.924466 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1102224 4 0.6591 0.433893 0.200 0.152 0.004 0.644
#> SRR1074239 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1401774 4 0.3032 0.877672 0.000 0.124 0.008 0.868
#> SRR1413262 2 0.3074 0.792083 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1336227 2 0.3873 0.687353 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1312577 2 0.0707 0.913995 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341721 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0469 0.913249 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1382461 1 0.2647 0.930447 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1361883 1 0.0592 0.926880 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.927917 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 4 0.7098 0.384346 0.000 0.376 0.132 0.492
#> SRR1073655 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1075729 1 0.2760 0.928882 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1397292 3 0.4151 0.672110 0.004 0.016 0.800 0.180
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1106 0.82632 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1456250 5 0.5301 0.63939 0.000 0.140 0.052 0.076 0.732
#> SRR1433708 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2690 0.75772 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1432783 2 0.1544 0.83916 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1398272 4 0.4524 0.38215 0.000 0.336 0.000 0.644 0.020
#> SRR1436583 2 0.4242 0.29534 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1420413 5 0.5418 0.22389 0.000 0.000 0.364 0.068 0.568
#> SRR1441768 1 0.2891 0.76544 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1466597 5 0.6189 0.16371 0.000 0.000 0.384 0.140 0.476
#> SRR1392456 4 0.1478 0.81289 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1080951 1 0.2891 0.76544 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2470 0.80815 0.000 0.104 0.000 0.884 0.012
#> SRR1404362 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.2516 0.69901 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1343546 4 0.1478 0.85827 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1405921 2 0.0290 0.81755 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362928 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1089207 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0865 0.88538 0.000 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1318208 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.2208 0.83698 0.000 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR1334055 2 0.0404 0.80795 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1329131 2 0.1877 0.83884 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1120891 1 0.2516 0.78144 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1102198 2 0.7642 -0.37779 0.000 0.336 0.044 0.304 0.316
#> SRR1473232 5 0.6303 0.17606 0.000 0.000 0.364 0.160 0.476
#> SRR1410634 4 0.1608 0.81333 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1353332 2 0.1671 0.83633 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1362332 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR816794 1 0.1544 0.79389 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1353577 5 0.4268 0.66344 0.000 0.268 0.024 0.000 0.708
#> SRR1077380 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1407693 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1311464 2 0.0955 0.80636 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1327454 4 0.3661 0.54213 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.1741 0.52286 0.024 0.000 0.936 0.000 0.040
#> SRR1430703 5 0.4224 0.67700 0.000 0.216 0.040 0.000 0.744
#> SRR1086020 2 0.1981 0.83917 0.000 0.920 0.000 0.064 0.016
#> SRR1334181 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1087271 2 0.1792 0.83308 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR812721 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0162 0.78968 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.1908 0.82550 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1334134 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.2127 0.78853 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1318624 2 0.1764 0.83942 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR1467544 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1476384 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1395788 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1466278 1 0.1851 0.79227 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.4855 0.62182 0.000 0.112 0.000 0.168 0.720
#> SRR1080222 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.3452 0.63404 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1405311 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1407018 1 0.3242 0.74292 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1498505 2 0.0566 0.81218 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1419941 4 0.6712 0.10620 0.000 0.000 0.356 0.396 0.248
#> SRR1313625 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.6615 0.13253 0.000 0.000 0.356 0.424 0.220
#> SRR1092749 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.1831 0.46853 0.004 0.000 0.920 0.000 0.076
#> SRR1359509 2 0.1300 0.82706 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1444043 5 0.6534 0.15656 0.000 0.000 0.364 0.200 0.436
#> SRR1500071 5 0.5876 0.45059 0.000 0.384 0.000 0.104 0.512
#> SRR1078948 1 0.3612 0.70215 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.1732 0.79299 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0955 0.83040 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1323002 4 0.1121 0.87327 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1343698 2 0.1281 0.83082 0.000 0.956 0.000 0.032 0.012
#> SRR1330176 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0510 0.78267 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.4192 0.38834 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.4224 0.67700 0.000 0.216 0.040 0.000 0.744
#> SRR1500131 4 0.5925 0.43040 0.000 0.000 0.188 0.596 0.216
#> SRR1415854 1 0.3561 0.71085 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.6905 0.18641 0.000 0.124 0.048 0.512 0.316
#> SRR1362664 2 0.6373 -0.34460 0.000 0.424 0.000 0.164 0.412
#> SRR1097525 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.5263 0.17793 0.000 0.576 0.000 0.056 0.368
#> SRR1500516 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.3210 0.74613 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.4101 0.26879 0.000 0.664 0.000 0.004 0.332
#> SRR1310876 4 0.3274 0.65424 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1404951 2 0.1608 0.83795 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1374355 2 0.1124 0.83383 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1499260 2 0.0880 0.79789 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1485700 1 0.2020 0.79084 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.2280 0.78904 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1395682 5 0.4953 0.36008 0.000 0.440 0.000 0.028 0.532
#> SRR1362579 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1473100 1 0.3508 0.71756 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.1399 0.82731 0.000 0.952 0.000 0.028 0.020
#> SRR1323873 3 0.4283 0.30875 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.2690 0.75632 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1400008 2 0.4899 0.53965 0.180 0.736 0.064 0.000 0.020
#> SRR1338489 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1439697 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1341945 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1418262 2 0.2806 0.76173 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1458380 5 0.6443 0.45951 0.000 0.276 0.000 0.224 0.500
#> SRR1400489 5 0.4722 0.35214 0.000 0.024 0.000 0.368 0.608
#> SRR1416455 5 0.6784 0.34539 0.000 0.280 0.000 0.352 0.368
#> SRR1477292 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1096924 5 0.4307 0.30447 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1308269 2 0.0703 0.80509 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1367172 1 0.1965 0.79205 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.2648 0.77613 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1323446 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.3177 0.74798 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.1197 0.79447 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1100395 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.2732 0.65980 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1341209 1 0.4060 -0.05394 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.4193 0.67498 0.000 0.212 0.040 0.000 0.748
#> SRR1312666 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR810153 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.2424 0.72061 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.1740 0.83868 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1082238 1 0.3242 0.74292 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.4268 0.41718 0.000 0.344 0.000 0.648 0.008
#> SRR1479721 1 0.3561 0.71085 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1446716 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1073971 2 0.1544 0.77161 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1410404 1 0.1608 0.79406 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.3074 0.75496 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.3452 0.72309 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1316463 5 0.2522 0.51078 0.000 0.000 0.052 0.052 0.896
#> SRR1103072 4 0.0880 0.88357 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1420129 2 0.1732 0.83416 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1382639 4 0.2732 0.74197 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1356997 4 0.2732 0.73089 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1409326 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1485020 2 0.1608 0.83795 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1387113 2 0.3109 0.59414 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1336205 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.3607 0.50717 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR1319502 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1105033 3 0.3398 0.62744 0.216 0.000 0.780 0.000 0.004
#> SRR1077066 2 0.1877 0.83884 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1099931 1 0.0703 0.77625 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.1907 0.83257 0.000 0.928 0.000 0.044 0.028
#> SRR814108 3 0.1741 0.52286 0.024 0.000 0.936 0.000 0.040
#> SRR1410699 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1405461 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1323312 4 0.6869 -0.11023 0.000 0.276 0.004 0.412 0.308
#> SRR1467171 1 0.1908 0.79233 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.1965 0.79120 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.2504 0.43702 0.004 0.000 0.900 0.032 0.064
#> SRR1442440 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1404461 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.5224 0.61525 0.000 0.684 0.000 0.176 0.140
#> SRR1097811 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4171 0.03215 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1477522 2 0.1764 0.83942 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR1098002 3 0.4242 0.32731 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.2891 0.76544 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.1043 0.83620 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1354035 1 0.2891 0.76544 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1364975 1 0.5467 -0.29149 0.548 0.000 0.384 0.000 0.068
#> SRR1472259 3 0.3983 0.50367 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.4242 0.32731 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.2448 0.82800 0.000 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR1069850 3 0.4201 0.38929 0.408 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.2891 0.76587 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.5092 0.66072 0.000 0.168 0.012 0.100 0.720
#> SRR1458529 5 0.3816 0.62435 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1332467 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0609 0.79351 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.4297 0.36065 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1333167 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1418492 2 0.2230 0.72244 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1476652 5 0.4305 0.33314 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512
#> SRR1470624 2 0.0794 0.80102 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1081068 2 0.2079 0.83837 0.000 0.916 0.000 0.064 0.020
#> SRR1324473 2 0.3480 0.49939 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1420538 2 0.4867 0.65362 0.000 0.716 0.000 0.180 0.104
#> SRR1453747 4 0.1270 0.86838 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1403853 4 0.6206 0.35113 0.000 0.000 0.200 0.548 0.252
#> SRR1378707 2 0.0566 0.81218 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1083504 2 0.3074 0.60222 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1437598 2 0.0703 0.80119 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1376807 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.0794 0.88507 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1369008 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1385672 5 0.4224 0.67700 0.000 0.216 0.040 0.000 0.744
#> SRR1430839 2 0.1877 0.83884 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1098098 2 0.1121 0.79460 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1473361 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1348507 2 0.1704 0.83944 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1090626 3 0.5078 0.34790 0.464 0.020 0.508 0.000 0.008
#> SRR1487704 5 0.3821 0.37567 0.000 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR1344122 4 0.0794 0.88507 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1402027 1 0.4088 -0.07378 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.3561 0.71085 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0912 0.82130 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR816096 2 0.1942 0.83857 0.000 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR1440809 2 0.3333 0.57995 0.000 0.788 0.000 0.004 0.208
#> SRR1406394 3 0.5058 0.47990 0.384 0.000 0.576 0.000 0.040
#> SRR1317653 2 0.1942 0.83824 0.000 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR1343072 3 0.1741 0.52286 0.024 0.000 0.936 0.000 0.040
#> SRR1336964 2 0.1768 0.83875 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1358624 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1467194 2 0.1792 0.83154 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1459324 2 0.2674 0.79659 0.000 0.868 0.000 0.120 0.012
#> SRR1353118 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4453 0.60756 0.008 0.764 0.064 0.000 0.164
#> SRR1487547 4 0.4256 0.19997 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1087752 3 0.3183 0.41180 0.016 0.000 0.828 0.000 0.156
#> SRR1091054 1 0.1908 0.79212 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.4527 0.61675 0.000 0.000 0.064 0.732 0.204
#> SRR1073899 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1399291 2 0.1671 0.83619 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1336863 2 0.4060 0.39242 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1456771 2 0.0162 0.81453 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329663 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1445426 2 0.4201 0.00441 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1389932 1 0.2690 0.77407 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4695 0.57094 0.160 0.760 0.052 0.000 0.028
#> SRR1452222 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1468096 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1334011 5 0.5263 0.55247 0.000 0.100 0.000 0.240 0.660
#> SRR1444701 2 0.3835 0.71120 0.000 0.796 0.000 0.048 0.156
#> SRR1329687 1 0.3242 0.74292 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1877 0.83884 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1446265 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.6140 0.54845 0.000 0.268 0.016 0.124 0.592
#> SRR1410550 2 0.2144 0.83800 0.000 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR1473209 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0880 0.79977 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1090383 1 0.1792 0.79253 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4109 0.50026 0.000 0.700 0.000 0.288 0.012
#> SRR1072578 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.3476 0.72895 0.000 0.804 0.000 0.176 0.020
#> SRR1090119 1 0.4060 -0.05394 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.3796 0.39358 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1498290 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1330770 4 0.2270 0.79430 0.000 0.000 0.020 0.904 0.076
#> SRR1489349 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1457336 4 0.1661 0.86602 0.000 0.024 0.000 0.940 0.036
#> SRR1447481 2 0.2236 0.83739 0.000 0.908 0.000 0.068 0.024
#> SRR1102176 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1323215 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1466770 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1093366 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1434631 4 0.2492 0.81000 0.000 0.008 0.020 0.900 0.072
#> SRR1349190 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.1270 0.79477 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.1341 0.83985 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1099354 1 0.1671 0.79396 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1470855 5 0.4307 0.29909 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1102998 2 0.3210 0.57318 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1444978 4 0.1082 0.85168 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1432165 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1441913 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1319038 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1338603 2 0.1270 0.83929 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.4450 -0.28078 0.000 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR1466687 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1478571 1 0.3561 0.71085 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.1579 0.82852 0.000 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR1420391 5 0.4438 0.67884 0.000 0.224 0.040 0.004 0.732
#> SRR1087704 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.2144 0.83800 0.000 0.912 0.000 0.068 0.020
#> SRR1337816 2 0.2690 0.66628 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1322070 4 0.0794 0.88530 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1476324 2 0.2305 0.82595 0.000 0.896 0.000 0.092 0.012
#> SRR1499652 5 0.3863 0.67047 0.000 0.248 0.012 0.000 0.740
#> SRR1356643 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.3983 0.02116 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.1851 0.79227 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.3242 0.74292 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1390289 5 0.6337 0.56204 0.000 0.216 0.000 0.260 0.524
#> SRR1351955 2 0.2304 0.81962 0.000 0.892 0.000 0.100 0.008
#> SRR1336988 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1407000 4 0.1965 0.78692 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1367785 5 0.6804 0.32819 0.000 0.296 0.000 0.340 0.364
#> SRR1470057 4 0.1197 0.86890 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1079567 1 0.2891 0.76544 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.2519 0.80489 0.000 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1396146 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0703 0.77625 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.5044 0.06700 0.000 0.556 0.000 0.036 0.408
#> SRR1454031 1 0.0794 0.77277 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1101280 2 0.1908 0.82550 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1340680 5 0.4307 0.28676 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1488307 1 0.3561 0.71122 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.1478 0.83974 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1317110 4 0.1493 0.87137 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028
#> SRR1090334 2 0.3863 0.59724 0.000 0.740 0.000 0.248 0.012
#> SRR1338280 1 0.2690 0.77454 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.1956 0.83676 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1074314 1 0.2516 0.77998 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.2891 0.76544 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2491 0.83008 0.000 0.068 0.000 0.896 0.036
#> SRR1320445 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.3561 0.71085 0.740 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.3130 0.80868 0.000 0.856 0.000 0.096 0.048
#> SRR1454821 4 0.0703 0.88713 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1348792 4 0.4354 0.34277 0.000 0.368 0.000 0.624 0.008
#> SRR1393529 1 0.4060 -0.04493 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.7458 0.32928 0.160 0.240 0.040 0.532 0.028
#> SRR1074239 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.3689 0.74978 0.000 0.024 0.016 0.820 0.140
#> SRR1413262 5 0.3480 0.66800 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1336227 5 0.3689 0.66606 0.000 0.256 0.004 0.000 0.740
#> SRR1069991 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.1809 0.83902 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1341721 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0290 0.78809 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1800 0.83768 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> SRR1382461 1 0.3039 0.75883 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.4273 -0.25846 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.79122 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.6191 0.58855 0.000 0.292 0.000 0.172 0.536
#> SRR1073655 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.3586 0.70732 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2611 0.52760 0.000 0.028 0.040 0.028 0.904
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1204 0.78930 0.000 0.960 0.004 0.016 0.016 0.004
#> SRR1456250 5 0.5947 0.42840 0.000 0.104 0.264 0.028 0.588 0.016
#> SRR1433708 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1433902 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1485060 2 0.3497 0.69011 0.000 0.800 0.036 0.156 0.008 0.000
#> SRR1432783 2 0.1267 0.79792 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.5758 0.43661 0.000 0.144 0.036 0.644 0.164 0.012
#> SRR1436583 2 0.4249 0.43267 0.000 0.640 0.032 0.328 0.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.3088 0.50652 0.000 0.000 0.808 0.020 0.172 0.000
#> SRR1441768 1 0.3050 0.44234 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1356976 4 0.0725 0.87811 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000
#> SRR1466597 3 0.3332 0.53638 0.000 0.000 0.808 0.048 0.144 0.000
#> SRR1392456 4 0.1814 0.79105 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.3175 0.39724 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR812697 6 0.3727 0.65481 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1457080 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1361814 4 0.3360 0.76058 0.000 0.084 0.032 0.840 0.044 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3221 0.57422 0.000 0.772 0.004 0.000 0.220 0.004
#> SRR1343546 4 0.1493 0.84708 0.000 0.056 0.004 0.936 0.004 0.000
#> SRR1405921 2 0.0508 0.78072 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1362928 4 0.1245 0.87059 0.000 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> SRR1089207 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1084505 6 0.3866 0.63866 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1376476 4 0.1275 0.87007 0.000 0.012 0.016 0.956 0.016 0.000
#> SRR1318208 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1470513 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1386753 2 0.3808 0.73269 0.000 0.804 0.004 0.060 0.116 0.016
#> SRR1334055 2 0.0972 0.77410 0.000 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1329131 2 0.1586 0.79668 0.000 0.940 0.004 0.040 0.012 0.004
#> SRR1120891 1 0.2969 0.46479 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1337495 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.7982 -0.29015 0.000 0.360 0.180 0.216 0.220 0.024
#> SRR1473232 3 0.3332 0.53638 0.000 0.000 0.808 0.048 0.144 0.000
#> SRR1410634 4 0.1701 0.82881 0.000 0.000 0.072 0.920 0.008 0.000
#> SRR1353332 2 0.1327 0.79684 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.1176 0.87048 0.000 0.020 0.024 0.956 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.3737 -0.16144 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1479370 4 0.0547 0.87751 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.5704 0.58582 0.000 0.216 0.152 0.000 0.604 0.028
#> SRR1077380 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.1082 0.79958 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.1003 0.77229 0.000 0.964 0.004 0.000 0.028 0.004
#> SRR1327454 4 0.3941 0.64244 0.000 0.180 0.036 0.768 0.012 0.004
#> SRR1342806 6 0.3867 0.62970 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1388437 6 0.3847 0.68488 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1085235 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.5888 -0.49971 0.400 0.000 0.400 0.000 0.000 0.200
#> SRR1430703 5 0.5347 0.56442 0.000 0.160 0.164 0.000 0.652 0.024
#> SRR1086020 2 0.3791 0.73608 0.000 0.812 0.012 0.048 0.112 0.016
#> SRR1334181 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.2066 0.78589 0.000 0.904 0.024 0.072 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.3727 0.65481 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR819486 6 0.3851 0.67988 0.460 0.000 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1465248 2 0.2518 0.77940 0.000 0.884 0.012 0.088 0.012 0.004
#> SRR1334134 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1479306 1 0.3531 0.16248 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1339065 4 0.0547 0.87751 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.1542 0.79808 0.000 0.936 0.004 0.052 0.008 0.000
#> SRR1467544 4 0.1176 0.87048 0.000 0.020 0.024 0.956 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.1082 0.79958 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1395788 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1406478 2 0.1586 0.79936 0.000 0.940 0.004 0.040 0.012 0.004
#> SRR1466278 1 0.3634 0.02667 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR1375158 5 0.4658 0.53069 0.000 0.080 0.060 0.100 0.756 0.004
#> SRR1080222 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4045 0.53863 0.000 0.696 0.036 0.268 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.0909 0.87300 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1340531 6 0.3857 0.66747 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1327527 4 0.0909 0.87590 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.2340 0.58012 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1090431 2 0.1738 0.79705 0.000 0.928 0.016 0.052 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.0748 0.77784 0.000 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR1419941 3 0.4798 0.53291 0.000 0.000 0.620 0.300 0.080 0.000
#> SRR1313625 1 0.0146 0.68543 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 3 0.3819 0.48110 0.000 0.000 0.652 0.340 0.008 0.000
#> SRR1092749 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1389366 3 0.5485 0.48278 0.176 0.000 0.584 0.000 0.004 0.236
#> SRR1359509 2 0.2830 0.74915 0.000 0.868 0.004 0.024 0.092 0.012
#> SRR1444043 3 0.3563 0.55210 0.000 0.000 0.800 0.092 0.108 0.000
#> SRR1500071 5 0.5314 0.60507 0.000 0.220 0.008 0.104 0.652 0.016
#> SRR1078948 1 0.0363 0.67581 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099765 1 0.3659 -0.01604 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR818523 6 0.3717 0.65114 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR807751 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0837 0.79474 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004 0.000
#> SRR1323002 4 0.1498 0.86355 0.000 0.028 0.032 0.940 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.1015 0.78794 0.000 0.968 0.004 0.012 0.012 0.004
#> SRR1330176 6 0.3866 0.63800 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1329530 6 0.3860 0.66088 0.472 0.000 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1081813 6 0.3695 0.64218 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1487403 6 0.3810 0.67627 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1409046 1 0.4563 0.17037 0.628 0.000 0.056 0.000 0.000 0.316
#> SRR1474000 5 0.5347 0.56442 0.000 0.160 0.164 0.000 0.652 0.024
#> SRR1500131 3 0.4072 0.23513 0.000 0.000 0.544 0.448 0.008 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.7264 -0.21679 0.000 0.088 0.284 0.388 0.236 0.004
#> SRR1362664 5 0.6553 0.52035 0.000 0.240 0.036 0.180 0.528 0.016
#> SRR1097525 6 0.3727 0.65481 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1432231 2 0.5021 0.11686 0.000 0.556 0.004 0.056 0.380 0.004
#> SRR1500516 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1098660 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1392097 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.1714 0.62904 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1360258 5 0.4517 0.28045 0.000 0.464 0.004 0.004 0.512 0.016
#> SRR1310876 4 0.3789 0.44396 0.000 0.324 0.004 0.668 0.004 0.000
#> SRR1404951 2 0.1267 0.79792 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0993 0.79533 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1499260 2 0.3212 0.63931 0.000 0.800 0.004 0.000 0.180 0.016
#> SRR1485700 1 0.3428 0.24692 0.696 0.000 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1350479 4 0.2378 0.73494 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1395682 5 0.4277 0.51143 0.000 0.408 0.008 0.004 0.576 0.004
#> SRR1362579 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1328528 2 0.1226 0.79997 0.000 0.952 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1473100 1 0.0146 0.68633 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340966 2 0.2945 0.72026 0.000 0.852 0.004 0.012 0.116 0.016
#> SRR1323873 1 0.3841 0.25441 0.616 0.000 0.004 0.000 0.000 0.380
#> SRR1475233 2 0.3585 0.71334 0.000 0.812 0.032 0.136 0.012 0.008
#> SRR1400008 2 0.6766 0.11796 0.000 0.468 0.148 0.000 0.088 0.296
#> SRR1338489 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.1141 0.79879 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.1007 0.79969 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.2896 0.73039 0.000 0.840 0.004 0.140 0.012 0.004
#> SRR1458380 5 0.6217 0.49216 0.000 0.148 0.032 0.228 0.576 0.016
#> SRR1400489 5 0.5659 0.11037 0.000 0.012 0.096 0.388 0.500 0.004
#> SRR1416455 5 0.6728 0.27448 0.000 0.152 0.036 0.392 0.404 0.016
#> SRR1477292 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.4074 0.58340 0.000 0.324 0.004 0.000 0.656 0.016
#> SRR1308269 2 0.1080 0.77177 0.000 0.960 0.004 0.000 0.032 0.004
#> SRR1367172 1 0.3823 -0.37562 0.564 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436
#> SRR1085259 6 0.3717 0.65114 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1477732 1 0.3101 0.42698 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1356509 4 0.0508 0.87807 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2340 0.58012 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1378924 6 0.3867 0.62768 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR1092397 6 0.3847 0.68488 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1458574 1 0.3747 -0.18466 0.604 0.000 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1331405 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1455741 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.4074 0.36721 0.000 0.656 0.004 0.000 0.324 0.016
#> SRR1341209 6 0.3778 0.04467 0.048 0.000 0.136 0.000 0.020 0.796
#> SRR1436280 5 0.5296 0.53299 0.000 0.136 0.184 0.000 0.656 0.024
#> SRR1312666 4 0.1151 0.87077 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1467943 6 0.3717 0.65114 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR808638 6 0.5346 0.35302 0.276 0.000 0.044 0.000 0.060 0.620
#> SRR1099451 2 0.1514 0.79640 0.000 0.944 0.004 0.036 0.012 0.004
#> SRR1082238 1 0.2378 0.57571 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1404186 4 0.5327 0.31292 0.000 0.352 0.032 0.564 0.052 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0909 0.87590 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.2243 0.71045 0.000 0.880 0.004 0.000 0.112 0.004
#> SRR1410404 1 0.3737 -0.15784 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1120733 1 0.2378 0.57556 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1367410 1 0.0937 0.65898 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1316463 5 0.4640 0.03831 0.000 0.000 0.444 0.016 0.524 0.016
#> SRR1103072 4 0.0632 0.87685 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.1732 0.79333 0.000 0.920 0.004 0.072 0.004 0.000
#> SRR1382639 4 0.3385 0.68089 0.000 0.180 0.032 0.788 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.2697 0.66867 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.1151 0.87077 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.1267 0.79792 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.4187 0.26894 0.000 0.624 0.004 0.000 0.356 0.016
#> SRR1336205 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1343414 2 0.4477 0.03212 0.000 0.552 0.004 0.004 0.424 0.016
#> SRR1319502 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1471291 4 0.0909 0.87590 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1105033 6 0.6339 -0.40646 0.300 0.000 0.212 0.000 0.024 0.464
#> SRR1077066 2 0.1749 0.79671 0.000 0.932 0.004 0.044 0.016 0.004
#> SRR1099931 6 0.3774 0.66819 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1069943 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.1623 0.79457 0.000 0.940 0.004 0.032 0.020 0.004
#> SRR814108 3 0.5888 0.43406 0.400 0.000 0.400 0.000 0.000 0.200
#> SRR1410699 4 0.1370 0.86762 0.000 0.012 0.036 0.948 0.000 0.004
#> SRR1405461 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1323312 4 0.7296 -0.15733 0.000 0.344 0.092 0.368 0.188 0.008
#> SRR1467171 1 0.3592 0.08512 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1396742 1 0.3620 0.05159 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1342960 1 0.3851 -0.46849 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1370701 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1383674 3 0.6366 0.50146 0.136 0.000 0.596 0.012 0.080 0.176
#> SRR1442440 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.6694 0.27465 0.000 0.496 0.036 0.188 0.264 0.016
#> SRR1097811 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 5 0.4350 0.39161 0.000 0.428 0.004 0.000 0.552 0.016
#> SRR1477522 2 0.1082 0.79897 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1098002 1 0.3512 0.31724 0.720 0.000 0.008 0.000 0.000 0.272
#> SRR1077667 1 0.2941 0.47352 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1410720 2 0.1116 0.79718 0.000 0.960 0.000 0.028 0.008 0.004
#> SRR1354035 1 0.3175 0.39724 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1394384 2 0.1542 0.79873 0.000 0.936 0.008 0.052 0.004 0.000
#> SRR1364975 6 0.3927 -0.09638 0.032 0.000 0.164 0.000 0.028 0.776
#> SRR1472259 1 0.4377 0.14537 0.644 0.000 0.044 0.000 0.000 0.312
#> SRR1390179 1 0.3405 0.32337 0.724 0.000 0.004 0.000 0.000 0.272
#> SRR1312784 2 0.4336 0.71526 0.000 0.772 0.012 0.084 0.116 0.016
#> SRR1069850 1 0.4654 0.03988 0.544 0.000 0.044 0.000 0.000 0.412
#> SRR1081332 1 0.2697 0.52725 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1406709 5 0.5626 0.54984 0.000 0.136 0.152 0.044 0.660 0.008
#> SRR1458529 5 0.3341 0.63771 0.000 0.208 0.012 0.000 0.776 0.004
#> SRR1332467 4 0.1151 0.87077 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.3866 0.63837 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1083868 6 0.3869 0.59267 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1367544 5 0.3665 0.61812 0.000 0.296 0.000 0.004 0.696 0.004
#> SRR1333167 4 0.0547 0.87751 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.3043 0.59915 0.000 0.796 0.004 0.000 0.196 0.004
#> SRR1476652 5 0.4274 0.46526 0.000 0.432 0.004 0.000 0.552 0.012
#> SRR1470624 2 0.2963 0.67303 0.000 0.828 0.004 0.000 0.152 0.016
#> SRR1081068 2 0.4346 0.70827 0.000 0.776 0.036 0.040 0.132 0.016
#> SRR1324473 2 0.4361 -0.01680 0.000 0.544 0.004 0.000 0.436 0.016
#> SRR1420538 2 0.6713 0.28376 0.000 0.496 0.036 0.200 0.252 0.016
#> SRR1453747 4 0.1921 0.84914 0.000 0.052 0.032 0.916 0.000 0.000
#> SRR1403853 3 0.4482 0.39401 0.000 0.000 0.580 0.384 0.036 0.000
#> SRR1378707 2 0.0748 0.77784 0.000 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004
#> SRR1083504 2 0.4211 0.25153 0.000 0.616 0.004 0.000 0.364 0.016
#> SRR1437598 2 0.2592 0.70936 0.000 0.864 0.004 0.000 0.116 0.016
#> SRR1376807 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.1151 0.87077 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.5405 0.55415 0.000 0.156 0.176 0.000 0.644 0.024
#> SRR1430839 2 0.1586 0.79668 0.000 0.940 0.004 0.040 0.012 0.004
#> SRR1098098 2 0.1765 0.72829 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1473361 4 0.1176 0.87048 0.000 0.020 0.024 0.956 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.1349 0.79929 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000
#> SRR1090626 6 0.6760 -0.32079 0.132 0.028 0.148 0.000 0.112 0.580
#> SRR1487704 3 0.4644 0.10856 0.000 0.000 0.512 0.012 0.456 0.020
#> SRR1344122 4 0.0993 0.87095 0.000 0.012 0.024 0.964 0.000 0.000
#> SRR1402027 6 0.3439 0.09018 0.072 0.000 0.120 0.000 0.000 0.808
#> SRR1081493 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0653 0.78053 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR816096 2 0.1723 0.79698 0.000 0.932 0.004 0.048 0.012 0.004
#> SRR1440809 2 0.4435 0.12675 0.000 0.576 0.004 0.004 0.400 0.016
#> SRR1406394 6 0.4224 -0.22608 0.016 0.000 0.312 0.000 0.012 0.660
#> SRR1317653 2 0.1723 0.79594 0.000 0.932 0.004 0.048 0.012 0.004
#> SRR1343072 3 0.5888 0.43406 0.400 0.000 0.400 0.000 0.000 0.200
#> SRR1336964 2 0.2207 0.79559 0.000 0.908 0.004 0.060 0.020 0.008
#> SRR1358624 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.2200 0.78803 0.000 0.900 0.004 0.080 0.012 0.004
#> SRR1459324 2 0.2257 0.78150 0.000 0.900 0.008 0.076 0.012 0.004
#> SRR1353118 6 0.3847 0.68488 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1083678 2 0.5552 0.10940 0.004 0.464 0.040 0.000 0.452 0.040
#> SRR1487547 4 0.4494 0.18404 0.000 0.424 0.032 0.544 0.000 0.000
#> SRR1087752 6 0.6795 -0.55958 0.064 0.000 0.284 0.000 0.204 0.448
#> SRR1091054 1 0.3446 0.21702 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1316343 4 0.4167 0.27212 0.000 0.000 0.368 0.612 0.020 0.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0508 0.87880 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.2106 0.78662 0.000 0.904 0.032 0.064 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.3934 0.52464 0.000 0.708 0.032 0.260 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0798 0.78587 0.000 0.976 0.004 0.004 0.012 0.004
#> SRR1329663 4 0.1074 0.86941 0.000 0.012 0.028 0.960 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.4211 -0.19860 0.000 0.532 0.004 0.000 0.456 0.008
#> SRR1389932 1 0.3409 0.26354 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1353948 1 0.3868 -0.59044 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1348094 2 0.6142 0.35414 0.000 0.588 0.068 0.000 0.172 0.172
#> SRR1452222 4 0.0458 0.87854 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.5804 0.37369 0.000 0.060 0.100 0.208 0.628 0.004
#> SRR1444701 2 0.4512 0.49160 0.000 0.676 0.004 0.028 0.276 0.016
#> SRR1329687 1 0.2340 0.58012 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1092493 2 0.1680 0.79614 0.000 0.936 0.004 0.040 0.016 0.004
#> SRR1446265 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1388722 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1464432 5 0.7083 0.46726 0.000 0.232 0.148 0.088 0.508 0.024
#> SRR1410550 2 0.4352 0.71717 0.000 0.780 0.036 0.048 0.120 0.016
#> SRR1473209 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1101741 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1083125 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.1556 0.73819 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1090383 1 0.3659 -0.01604 0.636 0.000 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1328980 2 0.3747 0.54207 0.000 0.732 0.004 0.248 0.012 0.004
#> SRR1072578 6 0.3684 0.63726 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1466091 2 0.5744 0.55107 0.000 0.640 0.028 0.188 0.128 0.016
#> SRR1090119 6 0.3858 0.03601 0.048 0.000 0.136 0.000 0.024 0.792
#> SRR1337516 2 0.4177 -0.13128 0.000 0.520 0.000 0.000 0.468 0.012
#> SRR1498290 2 0.1082 0.79958 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR1330770 4 0.2915 0.68427 0.000 0.000 0.184 0.808 0.008 0.000
#> SRR1489349 4 0.0622 0.87876 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.1930 0.85148 0.000 0.012 0.028 0.924 0.036 0.000
#> SRR1447481 2 0.4014 0.71748 0.000 0.784 0.004 0.060 0.136 0.016
#> SRR1102176 2 0.1219 0.79969 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1323215 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1780 0.79436 0.000 0.924 0.028 0.048 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.2892 0.74043 0.000 0.004 0.136 0.840 0.020 0.000
#> SRR1349190 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1086164 1 0.3737 -0.16575 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1477339 2 0.0865 0.79900 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.3838 -0.41856 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1470855 5 0.3867 0.57686 0.000 0.328 0.000 0.000 0.660 0.012
#> SRR1102998 2 0.4310 0.11464 0.000 0.576 0.004 0.000 0.404 0.016
#> SRR1444978 4 0.1285 0.84116 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000 0.000
#> SRR1432165 4 0.0909 0.87590 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.1151 0.87077 0.000 0.012 0.032 0.956 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0622 0.87721 0.000 0.012 0.008 0.980 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.1933 0.79375 0.000 0.920 0.032 0.044 0.004 0.000
#> SRR1325620 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1320490 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1322186 5 0.4368 0.50535 0.000 0.372 0.004 0.004 0.604 0.016
#> SRR1466687 4 0.0909 0.87300 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3288 0.70258 0.000 0.824 0.004 0.016 0.140 0.016
#> SRR1420391 5 0.5625 0.55682 0.000 0.180 0.172 0.000 0.620 0.028
#> SRR1087704 1 0.3868 -0.57890 0.508 0.000 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR1464897 6 0.3866 0.63866 0.484 0.000 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1473915 2 0.4267 0.72383 0.000 0.788 0.036 0.048 0.112 0.016
#> SRR1337816 2 0.4042 0.38607 0.000 0.664 0.004 0.000 0.316 0.016
#> SRR1322070 4 0.0806 0.87776 0.000 0.020 0.008 0.972 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.2346 0.78248 0.000 0.892 0.004 0.084 0.016 0.004
#> SRR1499652 5 0.5274 0.59261 0.000 0.176 0.132 0.000 0.664 0.028
#> SRR1356643 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 6 0.3045 0.17730 0.060 0.000 0.100 0.000 0.000 0.840
#> SRR1352322 1 0.3499 0.18526 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1498661 1 0.2340 0.58012 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1075078 1 0.0260 0.68423 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1390289 5 0.5259 0.57348 0.000 0.152 0.028 0.152 0.668 0.000
#> SRR1351955 2 0.2456 0.77083 0.000 0.880 0.004 0.100 0.012 0.004
#> SRR1336988 4 0.0725 0.87811 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2048 0.77090 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1367785 5 0.6728 0.28290 0.000 0.152 0.036 0.392 0.404 0.016
#> SRR1470057 4 0.1245 0.86930 0.000 0.016 0.032 0.952 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.3151 0.40711 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1095675 6 0.3717 0.65114 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1388788 4 0.3457 0.73422 0.000 0.060 0.024 0.832 0.084 0.000
#> SRR1396146 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1415173 6 0.3774 0.66791 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1362514 5 0.4849 0.19507 0.000 0.472 0.000 0.032 0.484 0.012
#> SRR1454031 6 0.3727 0.65481 0.388 0.000 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1443399 4 0.0725 0.87604 0.000 0.012 0.012 0.976 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.1949 0.78314 0.000 0.904 0.004 0.088 0.004 0.000
#> SRR1340680 5 0.3938 0.57928 0.000 0.324 0.000 0.000 0.660 0.016
#> SRR1488307 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.1484 0.79985 0.000 0.944 0.004 0.040 0.008 0.004
#> SRR1317110 4 0.2202 0.83765 0.000 0.012 0.052 0.908 0.028 0.000
#> SRR1090334 2 0.3087 0.69250 0.000 0.820 0.004 0.160 0.012 0.004
#> SRR1338280 1 0.3198 0.38787 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1357456 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.1728 0.79617 0.000 0.924 0.004 0.064 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.3175 0.39750 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1083456 1 0.3076 0.43417 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1321377 4 0.2747 0.78093 0.000 0.096 0.044 0.860 0.000 0.000
#> SRR1320445 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1081116 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.3036 0.74524 0.000 0.848 0.004 0.036 0.108 0.004
#> SRR1454821 4 0.0363 0.87864 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.4269 0.57043 0.000 0.244 0.032 0.708 0.016 0.000
#> SRR1393529 6 0.3509 0.13433 0.084 0.000 0.112 0.000 0.000 0.804
#> SRR1102224 4 0.8025 0.04745 0.000 0.168 0.088 0.448 0.160 0.136
#> SRR1074239 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.3626 0.71934 0.000 0.008 0.096 0.808 0.088 0.000
#> SRR1413262 5 0.3321 0.62892 0.000 0.180 0.016 0.000 0.796 0.008
#> SRR1336227 5 0.4934 0.60282 0.000 0.176 0.112 0.000 0.692 0.020
#> SRR1069991 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1091524 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.1586 0.79668 0.000 0.940 0.004 0.040 0.012 0.004
#> SRR1341721 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 6 0.3843 0.68950 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1327505 2 0.1074 0.79808 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1382461 1 0.2762 0.51457 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1361883 6 0.4971 0.00978 0.300 0.000 0.096 0.000 0.000 0.604
#> SRR1378262 6 0.3864 0.64689 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1464812 5 0.4832 0.62712 0.000 0.224 0.008 0.096 0.672 0.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.68823 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.4368 0.24569 0.000 0.000 0.328 0.012 0.640 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.994 0.4778 0.523 0.523
#> 3 3 0.710 0.661 0.763 0.2838 0.790 0.607
#> 4 4 0.890 0.895 0.949 0.1803 0.851 0.611
#> 5 5 0.798 0.840 0.881 0.0571 0.941 0.795
#> 6 6 0.746 0.715 0.830 0.0477 0.962 0.838
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.753 0.729 0.784 0.216
#> SRR1430703 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.118 0.979 0.016 0.984
#> SRR1359509 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.753 0.729 0.784 0.216
#> SRR1436280 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.900 0.542 0.684 0.316
#> SRR1099451 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.775 0.704 0.228 0.772
#> SRR1077066 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.714 0.759 0.804 0.196
#> SRR1410699 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.184 0.967 0.028 0.972
#> SRR1442440 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.850 0.617 0.276 0.724
#> SRR1472259 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.456 0.891 0.096 0.904
#> SRR1487704 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.388 0.914 0.924 0.076
#> SRR1081493 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.963 0.361 0.388 0.612
#> SRR1317653 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.278 0.946 0.048 0.952
#> SRR1091054 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.781 0.703 0.768 0.232
#> SRR1337516 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.118 0.976 0.984 0.016
#> SRR1352322 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.402 0.910 0.080 0.920
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1456250 2 0.4452 0.4255 0.000 0.808 0.192
#> SRR1433708 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1432783 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1398272 2 0.5529 0.0370 0.000 0.704 0.296
#> SRR1436583 2 0.6062 -0.3591 0.000 0.616 0.384
#> SRR1420413 2 0.5529 0.3940 0.000 0.704 0.296
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.6308 0.2325 0.000 0.508 0.492
#> SRR1392456 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0592 0.9186 0.988 0.000 0.012
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1343546 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1362928 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1334055 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1329131 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.0237 0.7687 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473232 2 0.5529 0.3940 0.000 0.704 0.296
#> SRR1410634 3 0.6252 -0.0933 0.000 0.444 0.556
#> SRR1353332 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1362332 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.6309 -0.7095 0.000 0.504 0.496
#> SRR1077380 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1311464 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1327454 2 0.6309 -0.7198 0.000 0.500 0.500
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.8124 -0.5504 0.436 0.068 0.496
#> SRR1430703 3 0.4842 0.3431 0.000 0.224 0.776
#> SRR1086020 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1334181 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR812721 1 0.5621 0.7415 0.692 0.000 0.308
#> SRR819486 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1334134 1 0.1411 0.9070 0.964 0.000 0.036
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1467544 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1395788 1 0.0424 0.9205 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406478 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.6274 -0.6002 0.000 0.544 0.456
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.5016 0.2751 0.000 0.760 0.240
#> SRR1405311 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1498505 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1419941 2 0.5835 0.3551 0.000 0.660 0.340
#> SRR1313625 1 0.4931 0.7946 0.768 0.000 0.232
#> SRR1365377 2 0.5785 -0.0483 0.000 0.668 0.332
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.1860 0.1642 0.000 0.052 0.948
#> SRR1359509 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1444043 2 0.5529 0.3940 0.000 0.704 0.296
#> SRR1500071 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1078948 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.6008 0.7001 0.628 0.000 0.372
#> SRR807751 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1323002 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1487403 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1409046 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1474000 3 0.6280 0.6596 0.000 0.460 0.540
#> SRR1500131 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362664 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1097525 1 0.6308 0.6159 0.508 0.000 0.492
#> SRR1432231 2 0.6252 -0.5660 0.000 0.556 0.444
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.5058 0.7833 0.756 0.000 0.244
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1310876 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1374355 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1499260 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1323873 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1475233 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1400008 3 0.0000 0.2068 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1329642 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1341945 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1418262 2 0.6274 -0.5987 0.000 0.544 0.456
#> SRR1458380 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1400489 2 0.1031 0.7442 0.000 0.976 0.024
#> SRR1416455 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1477292 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1308269 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1367172 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1085259 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1341209 3 0.6225 -0.5226 0.432 0.000 0.568
#> SRR1436280 3 0.5291 0.3852 0.000 0.268 0.732
#> SRR1312666 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR808638 3 0.4887 -0.1124 0.228 0.000 0.772
#> SRR1099451 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.6168 -0.4630 0.000 0.588 0.412
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1316463 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1382639 2 0.5098 0.2477 0.000 0.752 0.248
#> SRR1356997 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 2 0.5968 -0.2853 0.000 0.636 0.364
#> SRR1485020 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1387113 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.1989 0.1741 0.048 0.004 0.948
#> SRR1077066 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR814108 3 0.8190 -0.5460 0.432 0.072 0.496
#> SRR1410699 2 0.5760 -0.1070 0.000 0.672 0.328
#> SRR1405461 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.6286 -0.6209 0.000 0.536 0.464
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.6062 -0.1826 0.000 0.384 0.616
#> SRR1442440 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1097811 1 0.1643 0.9028 0.956 0.000 0.044
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1477522 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1098002 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1364975 3 0.3551 0.1259 0.132 0.000 0.868
#> SRR1472259 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1390179 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1312784 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1069850 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.1411 0.7289 0.000 0.964 0.036
#> SRR1458529 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1332467 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1333167 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1476652 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1470624 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1081068 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1324473 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1420538 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1453747 2 0.5363 0.1367 0.000 0.724 0.276
#> SRR1403853 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378707 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1083504 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1437598 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.6244 -0.5535 0.000 0.560 0.440
#> SRR1369008 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.4750 0.3358 0.000 0.216 0.784
#> SRR1430839 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1098098 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1473361 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1090626 3 0.0592 0.1997 0.012 0.000 0.988
#> SRR1487704 3 0.3267 0.2630 0.000 0.116 0.884
#> SRR1344122 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.6274 -0.5571 0.456 0.000 0.544
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR816096 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1440809 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1406394 3 0.7529 -0.3549 0.316 0.060 0.624
#> SRR1317653 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1343072 1 0.6683 0.6053 0.496 0.008 0.496
#> SRR1336964 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1358624 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1459324 2 0.6299 -0.6567 0.000 0.524 0.476
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0000 0.2068 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.6307 -0.6884 0.000 0.512 0.488
#> SRR1087752 3 0.1031 0.1888 0.000 0.024 0.976
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1336863 2 0.5497 0.0663 0.000 0.708 0.292
#> SRR1456771 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1329663 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445426 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1389932 1 0.1753 0.9008 0.952 0.000 0.048
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0000 0.2068 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444701 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1410550 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4346 0.4479 0.000 0.816 0.184
#> SRR1072578 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1466091 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1090119 3 0.6225 -0.5226 0.432 0.000 0.568
#> SRR1337516 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1498290 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1330770 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1102176 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1323215 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1434631 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1102998 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1444978 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1466687 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1420391 2 0.6008 -0.2989 0.000 0.628 0.372
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1337816 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1322070 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1499652 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1356643 1 0.4931 0.7909 0.768 0.000 0.232
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 3 0.6260 -0.5458 0.448 0.000 0.552
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.6308 0.6158 0.508 0.000 0.492
#> SRR1390289 2 0.6280 -0.6118 0.000 0.540 0.460
#> SRR1351955 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1336988 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367785 2 0.6291 -0.6340 0.000 0.532 0.468
#> SRR1470057 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1388788 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.5497 0.7517 0.708 0.000 0.292
#> SRR1362514 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1454031 1 0.2959 0.8733 0.900 0.000 0.100
#> SRR1443399 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1340680 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1488307 1 0.6286 0.6369 0.536 0.000 0.464
#> SRR1443800 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1317110 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090334 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.4555 0.4037 0.000 0.800 0.200
#> SRR1320445 1 0.3340 0.8608 0.880 0.000 0.120
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1454821 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.6267 -0.5890 0.000 0.548 0.452
#> SRR1393529 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1102224 3 0.1411 0.1776 0.000 0.036 0.964
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.7734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413262 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1336227 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 3 0.6309 0.7255 0.000 0.496 0.504
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.6309 0.6129 0.504 0.000 0.496
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.6302 -0.6677 0.000 0.520 0.480
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9243 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.4842 0.3431 0.000 0.224 0.776
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330831 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1456250 4 0.4925 0.3383 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1433708 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1433902 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485060 2 0.0707 0.9301 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432783 2 0.0817 0.9282 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1398272 2 0.4877 0.3689 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1436583 2 0.4193 0.6773 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1420413 4 0.5281 0.0685 0.000 0.008 0.464 0.528
#> SRR1441768 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356976 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466597 3 0.0469 0.9392 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1392456 4 0.0707 0.9258 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1080951 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812697 1 0.1489 0.9398 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1457080 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361814 4 0.2704 0.8572 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1404362 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.3172 0.8126 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1405921 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362928 4 0.1022 0.9232 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1089207 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084505 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1376476 4 0.0592 0.9287 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1318208 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470513 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397781 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.1389 0.9156 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0707 0.9299 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1120891 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337495 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1102198 4 0.2081 0.8878 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1473232 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1410634 2 0.5408 0.3597 0.000 0.576 0.016 0.408
#> SRR1353332 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1362332 4 0.3356 0.7957 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR816794 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479370 4 0.2973 0.8312 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1353577 2 0.5105 0.1991 0.000 0.564 0.432 0.004
#> SRR1077380 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407693 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430088 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.3123 0.8309 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085235 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357692 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430703 3 0.5016 0.3564 0.000 0.396 0.600 0.004
#> SRR1086020 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334181 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1087271 2 0.0469 0.9316 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR812721 3 0.3626 0.7655 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR819486 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0707 0.9297 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1334134 1 0.1305 0.9487 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1479306 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339065 4 0.3356 0.7982 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1318624 2 0.1118 0.9229 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1467544 4 0.1022 0.9235 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1476384 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1395788 1 0.0524 0.9737 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1406478 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466278 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375158 2 0.1302 0.9127 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1080222 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361777 4 0.4999 -0.0632 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1405311 4 0.0707 0.9281 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1340531 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327527 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407018 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090431 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.3569 0.7253 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1313625 1 0.4643 0.4969 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1365377 3 0.4182 0.7444 0.000 0.180 0.796 0.024
#> SRR1092749 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389366 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0188 0.9313 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444043 4 0.0804 0.9262 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1500071 2 0.3400 0.7957 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1078948 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR818523 3 0.2831 0.8379 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR807751 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0707 0.9285 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1343698 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330176 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329530 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081813 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.0336 0.9451 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1409046 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.3791 0.7216 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR1500131 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1415854 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387286 4 0.2469 0.8695 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1362664 2 0.2530 0.8645 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1097525 3 0.0657 0.9397 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1432231 2 0.3764 0.7529 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1500516 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098660 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392097 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809565 1 0.5290 0.0573 0.516 0.000 0.476 0.008
#> SRR1476974 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1360258 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1310876 4 0.1474 0.9101 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1404951 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1374355 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0336 0.9779 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1350479 4 0.3486 0.7845 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1395682 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362579 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328528 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473100 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340966 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323873 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3123 0.8271 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1400008 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1439697 3 0.0524 0.9428 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1329642 2 0.0707 0.9299 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341945 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418262 2 0.3219 0.8168 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1458380 2 0.3172 0.8266 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1400489 4 0.1474 0.9100 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1416455 2 0.3400 0.7979 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1477292 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1096924 2 0.0188 0.9306 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2760 0.8463 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1323446 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368094 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378924 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092397 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458574 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331405 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455741 4 0.0592 0.9297 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1100395 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.4522 0.5050 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1312666 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR810153 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467943 3 0.0376 0.9448 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR808638 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0804 0.9697 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1404186 2 0.2647 0.8452 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1479721 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480721 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1446716 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1120733 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367410 3 0.0376 0.9453 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1316463 4 0.0817 0.9253 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1103072 4 0.0592 0.9297 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1420129 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1382639 2 0.4996 -0.0125 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1356997 4 0.0707 0.9283 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1409326 2 0.3123 0.8112 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1485020 2 0.1302 0.9190 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1387113 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1336205 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343414 2 0.0336 0.9315 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319502 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471291 4 0.0592 0.9300 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1105033 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0524 0.9737 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1069943 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360194 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR814108 3 0.0188 0.9459 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410699 2 0.4356 0.5775 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1405461 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1323312 2 0.3764 0.7627 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1467171 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396742 1 0.0469 0.9780 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1342960 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370701 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383674 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442440 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1404461 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1336617 2 0.2921 0.8427 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1097811 1 0.3636 0.7851 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR1475785 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098002 3 0.0524 0.9437 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1077667 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410720 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1354035 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394384 2 0.1557 0.9118 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1364975 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0376 0.9453 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1312784 2 0.1211 0.9205 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1069850 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081332 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406709 4 0.3907 0.7376 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1458529 2 0.0817 0.9251 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1332467 4 0.2216 0.8804 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1078278 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0592 0.9277 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1333167 4 0.1118 0.9226 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0188 0.9312 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0469 0.9314 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.3356 0.8086 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1453747 2 0.4948 0.1816 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1403853 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370107 2 0.1792 0.9018 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1369008 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1385672 3 0.5349 0.4875 0.000 0.336 0.640 0.024
#> SRR1430839 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.2469 0.8664 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1348507 2 0.2469 0.8679 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1090626 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487704 3 0.1302 0.9127 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1344122 4 0.1022 0.9230 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1402027 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076940 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR816096 2 0.1474 0.9129 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1440809 2 0.0336 0.9303 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406394 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0592 0.9310 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1343072 3 0.0188 0.9459 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336964 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1358624 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1467194 2 0.0707 0.9300 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1459324 2 0.1211 0.9214 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1353118 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083678 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487547 2 0.1389 0.9166 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1087752 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0336 0.9779 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316343 4 0.0592 0.9297 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1399291 2 0.2011 0.8941 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1336863 2 0.4866 0.2816 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1456771 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1329663 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1445426 2 0.0188 0.9306 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389932 1 0.1661 0.9335 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1353948 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348094 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.2647 0.8531 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1468096 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1334011 4 0.1211 0.9206 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1444701 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1329687 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092493 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1446265 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388722 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464432 2 0.0592 0.9310 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1410550 2 0.0592 0.9308 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1473209 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1101741 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083125 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1328980 4 0.5000 0.1244 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1072578 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466091 2 0.3400 0.8032 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1090119 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0707 0.9262 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1498290 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330770 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1489349 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1457336 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1447481 2 0.0469 0.9313 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1102176 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323215 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466770 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1093366 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434631 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1349190 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086164 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477339 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099354 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0707 0.9291 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1432165 4 0.1302 0.9156 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1441913 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1319038 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1338603 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1325620 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1320490 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322186 2 0.0188 0.9306 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466687 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1478571 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074337 2 0.0336 0.9303 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420391 2 0.5352 0.3339 0.000 0.596 0.388 0.016
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473915 2 0.0817 0.9280 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.1557 0.9086 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1476324 2 0.1792 0.9040 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1499652 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356643 1 0.5244 0.1958 0.556 0.000 0.436 0.008
#> SRR1097708 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR813529 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075078 3 0.0524 0.9432 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1390289 2 0.3266 0.8137 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1351955 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336988 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407000 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1367785 2 0.3610 0.7749 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1470057 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1079567 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095675 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1388788 4 0.1022 0.9247 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1396146 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415173 3 0.4220 0.6674 0.248 0.000 0.748 0.004
#> SRR1362514 2 0.2281 0.8756 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1454031 1 0.4401 0.6216 0.724 0.000 0.272 0.004
#> SRR1443399 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1101280 2 0.0592 0.9306 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9303 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.1576 0.9073 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1443800 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1317110 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1090334 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1338280 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357456 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444523 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1310898 2 0.2921 0.8432 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1074314 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083456 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321377 4 0.4925 0.3183 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1320445 1 0.2704 0.8543 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1081116 1 0.0188 0.9781 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333287 2 0.7037 0.4219 0.000 0.564 0.268 0.168
#> SRR1454821 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1348792 2 0.1302 0.9145 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1393529 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1102224 3 0.0000 0.9469 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074239 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401774 4 0.0469 0.9311 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1413262 2 0.0336 0.9302 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1336227 2 0.0336 0.9302 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0188 0.9784 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312577 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1341721 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437514 1 0.0336 0.9783 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1327505 2 0.0336 0.9317 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0188 0.9462 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1378262 1 0.0188 0.9782 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464812 2 0.1302 0.9157 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1073655 1 0.0336 0.9776 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9786 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.6685 0.5123 0.000 0.268 0.600 0.132
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.2891 0.8616 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1330831 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1456250 5 0.4558 0.7635 0.000 0.324 0.000 0.024 0.652
#> SRR1433708 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.1544 0.9031 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1485060 2 0.1106 0.9133 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1432783 2 0.0794 0.9099 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1398272 2 0.4210 0.2712 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1436583 2 0.3636 0.5738 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1420413 5 0.4147 0.5671 0.000 0.000 0.008 0.316 0.676
#> SRR1441768 1 0.1410 0.9022 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1356976 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 3 0.3700 0.6580 0.000 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR1392456 4 0.0290 0.9219 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1080951 1 0.1410 0.9022 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR812697 1 0.3551 0.8593 0.820 0.000 0.044 0.000 0.136
#> SRR1457080 1 0.2074 0.8942 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1361814 4 0.2329 0.8032 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1404362 1 0.2605 0.8782 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 5 0.5673 0.6973 0.000 0.156 0.000 0.216 0.628
#> SRR1405921 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1362928 4 0.0609 0.9174 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1089207 1 0.2020 0.8952 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1084505 1 0.1908 0.9009 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1376476 5 0.4151 0.5526 0.000 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR1318208 1 0.2074 0.8943 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1470513 1 0.2813 0.8693 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1397781 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1386753 2 0.1740 0.8870 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0703 0.9131 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1120891 1 0.1671 0.9043 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.5210 0.6616 0.000 0.084 0.000 0.264 0.652
#> SRR1473232 5 0.3913 0.5631 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1410634 2 0.5522 0.2612 0.000 0.568 0.032 0.376 0.024
#> SRR1353332 2 0.0510 0.9151 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1362332 4 0.2852 0.7037 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR816794 1 0.0794 0.9086 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1479370 4 0.2561 0.7560 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1353577 2 0.4651 0.1027 0.000 0.560 0.428 0.004 0.008
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.3039 0.8545 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1430088 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.3132 0.7438 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008
#> SRR1342806 1 0.2020 0.9022 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1388437 1 0.2605 0.9004 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1085235 1 0.3039 0.8545 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1357692 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430703 3 0.6698 -0.0494 0.000 0.308 0.480 0.008 0.204
#> SRR1086020 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1334181 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0510 0.9156 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR812721 3 0.4548 0.7275 0.128 0.000 0.752 0.000 0.120
#> SRR819486 1 0.1478 0.9108 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1465248 2 0.1195 0.9108 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1334134 1 0.3106 0.8833 0.840 0.000 0.020 0.000 0.140
#> SRR1479306 1 0.1270 0.9097 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1339065 4 0.2852 0.7086 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1318624 2 0.1043 0.9026 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1467544 4 0.0703 0.9153 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1476384 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1395788 1 0.2439 0.8866 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR1406478 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1466278 1 0.1197 0.9063 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1375158 5 0.4445 0.7705 0.000 0.300 0.000 0.024 0.676
#> SRR1080222 1 0.2891 0.8616 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1361777 4 0.4304 -0.0503 0.000 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1405311 4 0.0290 0.9244 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1340531 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.1410 0.9022 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1090431 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498505 2 0.0162 0.9140 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419941 3 0.3875 0.7143 0.000 0.000 0.792 0.160 0.048
#> SRR1313625 1 0.5507 0.5174 0.596 0.000 0.316 0.000 0.088
#> SRR1365377 3 0.4001 0.6787 0.000 0.152 0.800 0.024 0.024
#> SRR1092749 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1389366 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1359509 2 0.0693 0.9153 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1444043 4 0.1267 0.9105 0.000 0.004 0.012 0.960 0.024
#> SRR1500071 5 0.5392 0.7369 0.000 0.144 0.000 0.192 0.664
#> SRR1078948 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.1270 0.9069 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR818523 3 0.4840 0.6983 0.152 0.000 0.724 0.000 0.124
#> SRR807751 1 0.2773 0.8684 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0290 0.9246 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1343698 2 0.0566 0.9161 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1330176 1 0.1965 0.8975 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1329530 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1081813 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.2012 0.8727 0.020 0.000 0.920 0.000 0.060
#> SRR1409046 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.4252 0.7474 0.000 0.340 0.000 0.008 0.652
#> SRR1500131 4 0.0609 0.9206 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1415854 1 0.2516 0.8889 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1387286 5 0.5312 0.6739 0.000 0.100 0.000 0.248 0.652
#> SRR1362664 2 0.5442 0.3334 0.000 0.644 0.000 0.116 0.240
#> SRR1097525 3 0.3555 0.7911 0.052 0.000 0.824 0.000 0.124
#> SRR1432231 5 0.6549 0.5675 0.000 0.360 0.000 0.204 0.436
#> SRR1500516 1 0.2230 0.8897 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1098660 1 0.2127 0.8922 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1392097 1 0.2966 0.8652 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR809565 3 0.6461 0.2770 0.332 0.000 0.472 0.000 0.196
#> SRR1476974 1 0.2280 0.8903 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1360258 2 0.0807 0.9149 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1310876 4 0.1270 0.8900 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1404951 2 0.0510 0.9151 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1374355 2 0.0912 0.9149 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1499260 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1485700 1 0.2424 0.8983 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1350479 4 0.2966 0.6855 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1395682 5 0.4323 0.7445 0.000 0.332 0.000 0.012 0.656
#> SRR1362579 1 0.2230 0.8901 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1328528 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1473100 1 0.3039 0.8545 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1340966 2 0.0693 0.9148 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1323873 3 0.0162 0.8971 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3242 0.7351 0.000 0.816 0.000 0.172 0.012
#> SRR1400008 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.4101 0.7614 0.048 0.000 0.768 0.000 0.184
#> SRR1329642 2 0.1106 0.9116 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1341945 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418262 2 0.2852 0.7381 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1458380 5 0.5413 0.7598 0.000 0.168 0.000 0.168 0.664
#> SRR1400489 5 0.4558 0.5910 0.000 0.024 0.000 0.324 0.652
#> SRR1416455 2 0.5243 0.4912 0.000 0.680 0.000 0.188 0.132
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.1571 0.8717 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1308269 2 0.0162 0.9130 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367172 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.0290 0.8962 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.1410 0.9066 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1356509 4 0.2280 0.7920 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1323446 1 0.1197 0.9073 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1368094 1 0.3039 0.8545 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1378924 1 0.1197 0.9050 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1092397 1 0.1908 0.9036 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1458574 1 0.1121 0.9057 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1331405 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1455741 4 0.0162 0.9263 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1100395 1 0.3003 0.8562 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1327570 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341209 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.3966 0.7429 0.000 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.2179 0.8979 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1467943 3 0.1697 0.8686 0.008 0.000 0.932 0.000 0.060
#> SRR808638 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0609 0.9054 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1082238 1 0.3563 0.8520 0.780 0.000 0.012 0.000 0.208
#> SRR1404186 5 0.4942 0.5776 0.000 0.432 0.000 0.028 0.540
#> SRR1479721 1 0.1121 0.9051 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.1197 0.9044 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1120733 1 0.2179 0.8907 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1367410 3 0.2707 0.8352 0.008 0.000 0.860 0.000 0.132
#> SRR1316463 5 0.4329 0.5704 0.000 0.016 0.000 0.312 0.672
#> SRR1103072 4 0.0162 0.9263 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1420129 2 0.0510 0.9151 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1382639 2 0.4300 0.0458 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1356997 4 0.0865 0.9176 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1409326 2 0.2690 0.7584 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1485020 2 0.1740 0.8885 0.000 0.932 0.000 0.056 0.012
#> SRR1387113 2 0.0807 0.9149 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1336205 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1343414 2 0.0693 0.9143 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1319502 1 0.1197 0.9050 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1471291 4 0.0162 0.9266 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1105033 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0162 0.9140 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099931 1 0.2864 0.8822 0.852 0.000 0.012 0.000 0.136
#> SRR1069943 1 0.2516 0.8875 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1360194 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR814108 3 0.1732 0.8677 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1410699 5 0.4873 0.7619 0.000 0.312 0.000 0.044 0.644
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.5619 0.7680 0.000 0.208 0.000 0.156 0.636
#> SRR1467171 1 0.1197 0.9060 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1396742 1 0.2605 0.8914 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1342960 1 0.1341 0.9059 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1370701 1 0.2020 0.8968 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1383674 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442440 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.3039 0.8545 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1336617 2 0.2997 0.7662 0.000 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1097811 1 0.5233 0.7186 0.680 0.000 0.128 0.000 0.192
#> SRR1475785 1 0.1965 0.9021 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1347916 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477522 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1098002 3 0.2771 0.8362 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1077667 1 0.1478 0.9019 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1410720 2 0.0510 0.9151 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1354035 1 0.2179 0.9039 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1394384 2 0.1478 0.8818 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1364975 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.1764 0.8742 0.008 0.000 0.928 0.000 0.064
#> SRR1312784 2 0.1522 0.8958 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR1069850 3 0.0693 0.8942 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1081332 1 0.3010 0.8745 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172
#> SRR1406709 5 0.5423 0.7590 0.000 0.224 0.000 0.124 0.652
#> SRR1458529 5 0.4503 0.7670 0.000 0.312 0.000 0.024 0.664
#> SRR1332467 4 0.1851 0.8430 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1078278 1 0.2690 0.8716 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1083868 1 0.1851 0.9016 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1367544 2 0.1211 0.9014 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1333167 4 0.0794 0.9150 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470624 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081068 2 0.0807 0.9149 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1324473 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420538 2 0.4934 0.5728 0.000 0.708 0.000 0.188 0.104
#> SRR1453747 5 0.5107 0.7703 0.000 0.296 0.000 0.064 0.640
#> SRR1403853 4 0.0609 0.9206 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1437598 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1376807 1 0.3098 0.8707 0.836 0.000 0.016 0.000 0.148
#> SRR1370107 2 0.1478 0.8848 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.5129 0.7744 0.000 0.264 0.036 0.024 0.676
#> SRR1430839 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.2127 0.8184 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1348507 2 0.2280 0.8048 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 3 0.1901 0.8598 0.000 0.040 0.932 0.004 0.024
#> SRR1344122 4 0.2616 0.8214 0.000 0.020 0.000 0.880 0.100
#> SRR1402027 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.1270 0.9036 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1076940 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR816096 2 0.1341 0.8863 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1440809 2 0.0807 0.9106 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1406394 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0609 0.9146 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1343072 3 0.2020 0.8547 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1336964 2 0.0912 0.9149 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.1195 0.9113 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR1459324 2 0.0963 0.9056 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1353118 1 0.1908 0.9014 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1083678 3 0.0290 0.8957 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1487547 2 0.1410 0.8889 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1087752 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091054 1 0.2773 0.8865 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1316343 4 0.0771 0.9198 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1073899 1 0.2230 0.8866 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.1908 0.8482 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1336863 2 0.4161 0.2313 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1456771 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1329663 4 0.0510 0.9194 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1445426 2 0.0162 0.9133 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389932 1 0.2915 0.9008 0.860 0.000 0.024 0.000 0.116
#> SRR1353948 1 0.1197 0.9050 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1348094 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1452222 4 0.2230 0.7987 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.4620 0.5843 0.000 0.028 0.000 0.320 0.652
#> SRR1444701 2 0.0912 0.9149 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1329687 1 0.1544 0.9018 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1092493 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446265 1 0.2074 0.8944 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1388722 1 0.1965 0.8963 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1464432 5 0.4491 0.7516 0.000 0.328 0.000 0.020 0.652
#> SRR1410550 2 0.0912 0.9143 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1473209 1 0.2424 0.9055 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1101741 1 0.2377 0.8880 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1083125 1 0.2690 0.8725 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.1544 0.9097 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1328980 2 0.4305 -0.0184 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1072578 3 0.0798 0.8912 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1466091 2 0.3427 0.7060 0.000 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR1090119 3 0.0000 0.8974 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0609 0.9077 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1498290 2 0.0566 0.9161 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1330770 4 0.0510 0.9223 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.4015 0.5498 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1447481 2 0.0912 0.9149 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1102176 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1434631 4 0.0609 0.9206 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1349190 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1086164 1 0.1270 0.9072 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1477339 2 0.0290 0.9152 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099354 1 0.2127 0.9053 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1470855 2 0.0566 0.9139 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1102998 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1444978 4 0.1628 0.8944 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR1432165 4 0.0880 0.9061 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1325620 1 0.2127 0.8929 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1320490 1 0.2439 0.8866 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR1322186 2 0.0566 0.9124 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1466687 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.1792 0.8964 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1074337 2 0.0807 0.9140 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1420391 5 0.4491 0.7517 0.000 0.328 0.000 0.020 0.652
#> SRR1087704 1 0.2280 0.8911 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1464897 1 0.1341 0.9100 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1473915 2 0.1106 0.9107 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1337816 2 0.0404 0.9118 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322070 4 0.1121 0.8954 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1476324 2 0.1732 0.8643 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1499652 5 0.4151 0.7438 0.000 0.344 0.000 0.004 0.652
#> SRR1356643 3 0.6453 0.1385 0.388 0.000 0.432 0.000 0.180
#> SRR1097708 1 0.2966 0.8763 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR813529 3 0.0290 0.8962 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.1341 0.9076 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1498661 1 0.2732 0.8725 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1075078 3 0.2953 0.8291 0.012 0.000 0.844 0.000 0.144
#> SRR1390289 5 0.5399 0.7684 0.000 0.188 0.000 0.148 0.664
#> SRR1351955 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.0609 0.9206 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1367785 2 0.3527 0.6839 0.000 0.792 0.000 0.192 0.016
#> SRR1470057 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.1410 0.9022 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1095675 3 0.0451 0.8957 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1388788 4 0.2362 0.8475 0.000 0.024 0.000 0.900 0.076
#> SRR1396146 1 0.2280 0.8880 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1415173 3 0.5345 0.6332 0.196 0.000 0.668 0.000 0.136
#> SRR1362514 5 0.5894 0.6485 0.000 0.356 0.000 0.112 0.532
#> SRR1454031 1 0.5489 0.6141 0.648 0.000 0.216 0.000 0.136
#> SRR1443399 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0609 0.9147 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9127 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.3647 0.7992 0.052 0.000 0.816 0.000 0.132
#> SRR1443800 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1317110 5 0.4015 0.5498 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1090334 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1338280 1 0.2230 0.9059 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1357456 1 0.2891 0.8605 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1444523 1 0.3003 0.8567 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1310898 2 0.2648 0.7674 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1074314 1 0.0880 0.9095 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1083456 1 0.1410 0.9022 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1321377 4 0.4744 0.1588 0.000 0.408 0.000 0.572 0.020
#> SRR1320445 1 0.3535 0.8702 0.832 0.000 0.080 0.000 0.088
#> SRR1081116 1 0.1732 0.9000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1333287 5 0.8219 0.5450 0.000 0.232 0.216 0.152 0.400
#> SRR1454821 4 0.0000 0.9280 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.1043 0.9028 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1393529 3 0.0290 0.8962 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.0162 0.8969 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074239 1 0.2891 0.8616 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1401774 4 0.1792 0.8516 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1413262 5 0.4201 0.7526 0.000 0.328 0.000 0.008 0.664
#> SRR1336227 5 0.4252 0.7513 0.000 0.340 0.000 0.008 0.652
#> SRR1069991 1 0.2280 0.8911 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1091524 1 0.1341 0.9067 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1312577 2 0.0404 0.9154 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341721 1 0.2891 0.8616 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1437514 1 0.2424 0.8921 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1327505 2 0.0807 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1382461 1 0.0880 0.9101 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1361883 3 0.0162 0.8971 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.1965 0.8963 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1464812 5 0.4623 0.7713 0.000 0.304 0.000 0.032 0.664
#> SRR1073655 1 0.3039 0.8545 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1075729 1 0.1792 0.9053 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1397292 5 0.5589 0.7692 0.000 0.188 0.016 0.120 0.676
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 6 0.3515 0.7003 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1330831 2 0.1644 0.8595 0.000 0.932 0.000 0.004 0.012 0.052
#> SRR1456250 5 0.2912 0.7977 0.000 0.172 0.000 0.012 0.816 0.000
#> SRR1433708 4 0.0458 0.8750 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.2135 0.7114 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1485060 2 0.3317 0.7717 0.000 0.804 0.000 0.016 0.012 0.168
#> SRR1432783 2 0.2793 0.8457 0.000 0.876 0.000 0.044 0.020 0.060
#> SRR1398272 2 0.3797 0.3442 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.5880 0.4717 0.000 0.528 0.000 0.224 0.008 0.240
#> SRR1420413 5 0.0865 0.7085 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1441768 1 0.3266 0.5961 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1356976 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 3 0.3804 0.4421 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1392456 4 0.0458 0.8739 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1080951 1 0.3244 0.5990 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR812697 1 0.1610 0.6395 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1457080 1 0.0790 0.7302 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1361814 4 0.2651 0.7883 0.000 0.112 0.000 0.860 0.028 0.000
#> SRR1404362 6 0.3797 0.5465 0.420 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1490635 2 0.2457 0.8454 0.000 0.880 0.000 0.000 0.036 0.084
#> SRR1343546 5 0.4308 0.7868 0.000 0.152 0.000 0.120 0.728 0.000
#> SRR1405921 2 0.0291 0.8640 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1362928 4 0.0363 0.8765 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0632 0.7248 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1084505 1 0.1007 0.7266 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1376476 5 0.3175 0.6693 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1318208 1 0.0547 0.7256 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1470513 6 0.3747 0.6761 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1397781 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.1745 0.8460 0.000 0.924 0.000 0.056 0.020 0.000
#> SRR1334055 2 0.2119 0.8520 0.000 0.904 0.000 0.000 0.036 0.060
#> SRR1329131 2 0.3917 0.7303 0.000 0.728 0.000 0.008 0.024 0.240
#> SRR1120891 1 0.3695 0.2701 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1337495 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.6067 0.7160 0.000 0.092 0.000 0.100 0.596 0.212
#> SRR1473232 5 0.1245 0.7109 0.000 0.016 0.000 0.032 0.952 0.000
#> SRR1410634 2 0.5981 0.3338 0.000 0.564 0.028 0.204 0.204 0.000
#> SRR1353332 2 0.1781 0.8560 0.000 0.924 0.000 0.008 0.008 0.060
#> SRR1362332 4 0.2631 0.7237 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.2969 0.6507 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1479370 4 0.2442 0.7645 0.000 0.144 0.000 0.852 0.004 0.000
#> SRR1353577 2 0.6589 0.3686 0.000 0.504 0.192 0.000 0.064 0.240
#> SRR1077380 4 0.0146 0.8776 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.3076 0.7117 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1430088 2 0.0508 0.8624 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1311464 2 0.3884 0.7269 0.000 0.724 0.000 0.000 0.036 0.240
#> SRR1327454 2 0.2814 0.7458 0.000 0.820 0.000 0.172 0.008 0.000
#> SRR1342806 1 0.1327 0.7324 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1388437 1 0.2762 0.5982 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1085235 6 0.3563 0.7052 0.336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1357692 3 0.0291 0.8563 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1430703 3 0.5200 0.1316 0.000 0.076 0.476 0.004 0.444 0.000
#> SRR1086020 2 0.0508 0.8624 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.3197 0.7882 0.000 0.804 0.000 0.012 0.008 0.176
#> SRR812721 3 0.4659 0.6009 0.260 0.000 0.656 0.000 0.000 0.084
#> SRR819486 1 0.3446 0.5421 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1465248 2 0.1297 0.8537 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012 0.000
#> SRR1334134 1 0.1951 0.6427 0.908 0.000 0.016 0.000 0.000 0.076
#> SRR1479306 1 0.2378 0.7071 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1339065 4 0.5847 0.4966 0.000 0.180 0.000 0.604 0.040 0.176
#> SRR1318624 2 0.2535 0.8518 0.000 0.888 0.000 0.036 0.012 0.064
#> SRR1467544 4 0.1152 0.8610 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR1476384 2 0.1493 0.8577 0.000 0.936 0.000 0.004 0.004 0.056
#> SRR1395788 1 0.0146 0.7182 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0935 0.8641 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1466278 1 0.2491 0.6908 0.836 0.000 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1375158 5 0.2070 0.7744 0.000 0.092 0.000 0.012 0.896 0.000
#> SRR1080222 6 0.3695 0.6419 0.376 0.000 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1361777 4 0.5636 0.2112 0.000 0.300 0.000 0.520 0.000 0.180
#> SRR1405311 4 0.0146 0.8775 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0146 0.7190 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327527 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.3244 0.5990 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1090431 2 0.0291 0.8640 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1498505 2 0.1829 0.8554 0.000 0.920 0.000 0.004 0.012 0.064
#> SRR1419941 3 0.6677 0.4321 0.000 0.000 0.524 0.108 0.216 0.152
#> SRR1313625 6 0.5825 0.4663 0.224 0.000 0.288 0.000 0.000 0.488
#> SRR1365377 3 0.5931 0.4882 0.000 0.020 0.572 0.004 0.228 0.176
#> SRR1092749 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0260 0.8558 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1359509 2 0.0692 0.8641 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1444043 4 0.3023 0.7533 0.000 0.004 0.000 0.784 0.212 0.000
#> SRR1500071 5 0.3679 0.7525 0.000 0.052 0.000 0.176 0.772 0.000
#> SRR1078948 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.2454 0.6915 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR818523 3 0.4793 0.5603 0.288 0.000 0.628 0.000 0.000 0.084
#> SRR807751 6 0.3737 0.6122 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1379157 2 0.1010 0.8627 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004
#> SRR1323002 4 0.3037 0.7296 0.000 0.016 0.000 0.808 0.000 0.176
#> SRR1343698 2 0.0665 0.8655 0.000 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1330176 1 0.2631 0.6179 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1329530 1 0.0146 0.7189 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081813 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.2999 0.7877 0.048 0.000 0.840 0.000 0.000 0.112
#> SRR1409046 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.3161 0.7906 0.000 0.216 0.000 0.008 0.776 0.000
#> SRR1500131 4 0.2933 0.7623 0.000 0.004 0.000 0.796 0.200 0.000
#> SRR1415854 1 0.3756 0.0864 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1387286 5 0.3321 0.7997 0.000 0.100 0.000 0.080 0.820 0.000
#> SRR1362664 2 0.5285 0.0637 0.000 0.536 0.000 0.112 0.352 0.000
#> SRR1097525 3 0.4879 0.3963 0.392 0.000 0.544 0.000 0.000 0.064
#> SRR1432231 5 0.7097 0.5991 0.000 0.116 0.000 0.196 0.448 0.240
#> SRR1500516 1 0.0146 0.7210 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098660 1 0.0363 0.7228 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1392097 6 0.3672 0.6939 0.368 0.000 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR809565 6 0.5190 0.2999 0.128 0.000 0.280 0.000 0.000 0.592
#> SRR1476974 1 0.3737 0.3016 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1360258 2 0.0777 0.8622 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1310876 4 0.4550 0.5764 0.000 0.084 0.000 0.676 0.000 0.240
#> SRR1404951 2 0.1230 0.8651 0.000 0.956 0.000 0.008 0.008 0.028
#> SRR1374355 2 0.0622 0.8621 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1499260 2 0.0790 0.8616 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1485700 1 0.3647 0.2574 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1350479 4 0.2871 0.7024 0.000 0.192 0.000 0.804 0.004 0.000
#> SRR1395682 5 0.5754 0.6559 0.000 0.248 0.000 0.004 0.536 0.212
#> SRR1362579 1 0.0146 0.7220 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328528 2 0.0508 0.8624 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1473100 6 0.3592 0.6988 0.344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1340966 2 0.0632 0.8619 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3017 0.7438 0.000 0.816 0.000 0.164 0.020 0.000
#> SRR1400008 3 0.0146 0.8567 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.3864 0.3958 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1329642 2 0.1261 0.8621 0.000 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR1341945 2 0.1801 0.8576 0.000 0.924 0.000 0.004 0.016 0.056
#> SRR1418262 2 0.5363 0.5715 0.000 0.600 0.000 0.156 0.004 0.240
#> SRR1458380 5 0.3877 0.7680 0.000 0.076 0.000 0.160 0.764 0.000
#> SRR1400489 5 0.3794 0.7144 0.000 0.040 0.000 0.216 0.744 0.000
#> SRR1416455 2 0.5278 0.3684 0.000 0.604 0.000 0.192 0.204 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.2006 0.8176 0.000 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1308269 2 0.3202 0.8140 0.000 0.816 0.000 0.000 0.040 0.144
#> SRR1367172 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.3607 0.4011 0.652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1356509 4 0.2178 0.7873 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.3867 -0.2887 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1368094 6 0.3747 0.6339 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1378924 1 0.2378 0.6943 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1092397 1 0.1387 0.7222 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1458574 1 0.2527 0.6892 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1331405 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0146 0.8775 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1100395 6 0.3428 0.7120 0.304 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1327570 2 0.0713 0.8615 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.2454 0.7956 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.2178 0.6531 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1467943 3 0.1387 0.8237 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.5288 0.5922 0.000 0.596 0.000 0.000 0.164 0.240
#> SRR1082238 6 0.3789 0.6262 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1404186 5 0.6376 0.2263 0.000 0.396 0.000 0.028 0.396 0.180
#> SRR1479721 1 0.3620 0.4468 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1480721 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.3834 0.7357 0.000 0.732 0.000 0.000 0.036 0.232
#> SRR1410404 1 0.3101 0.6287 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1120733 1 0.3515 0.4732 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1367410 3 0.3852 0.5531 0.004 0.000 0.612 0.000 0.000 0.384
#> SRR1316463 5 0.0632 0.7131 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1103072 4 0.1382 0.8618 0.000 0.008 0.000 0.948 0.008 0.036
#> SRR1420129 2 0.0405 0.8641 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1382639 2 0.5573 0.3348 0.000 0.536 0.000 0.288 0.000 0.176
#> SRR1356997 4 0.3261 0.7540 0.000 0.016 0.000 0.780 0.204 0.000
#> SRR1409326 2 0.4728 0.6156 0.000 0.680 0.000 0.144 0.000 0.176
#> SRR1485020 2 0.2800 0.8474 0.000 0.876 0.000 0.052 0.020 0.052
#> SRR1387113 2 0.0692 0.8622 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0891 0.8622 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1319502 1 0.2378 0.6943 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1471291 4 0.0146 0.8781 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.3991 0.7264 0.000 0.724 0.000 0.008 0.028 0.240
#> SRR1099931 1 0.3494 0.3516 0.736 0.000 0.012 0.000 0.000 0.252
#> SRR1069943 6 0.3817 0.6232 0.432 0.000 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1360194 2 0.1471 0.8552 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR814108 3 0.3337 0.6787 0.000 0.000 0.736 0.000 0.004 0.260
#> SRR1410699 5 0.3720 0.7885 0.000 0.236 0.000 0.028 0.736 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.6982 0.6606 0.000 0.168 0.000 0.120 0.472 0.240
#> SRR1467171 1 0.3126 0.6249 0.752 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1396742 1 0.3737 0.2809 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1342960 1 0.2219 0.7055 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1370701 1 0.1444 0.7202 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1383674 3 0.0146 0.8567 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442440 4 0.1204 0.8494 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1404461 6 0.3717 0.6720 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1336617 2 0.2859 0.7533 0.000 0.828 0.000 0.156 0.016 0.000
#> SRR1097811 6 0.4829 0.6577 0.308 0.000 0.080 0.000 0.000 0.612
#> SRR1475785 1 0.3515 0.4368 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1347916 2 0.0790 0.8615 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1477522 2 0.1769 0.8594 0.000 0.924 0.000 0.004 0.012 0.060
#> SRR1098002 3 0.3862 0.5484 0.004 0.000 0.608 0.000 0.000 0.388
#> SRR1077667 1 0.3266 0.5925 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1410720 2 0.0665 0.8652 0.000 0.980 0.000 0.008 0.008 0.004
#> SRR1354035 1 0.2378 0.6913 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1394384 2 0.1974 0.8547 0.000 0.920 0.000 0.048 0.020 0.012
#> SRR1364975 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.1444 0.8290 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1312784 2 0.1845 0.8454 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028 0.000
#> SRR1069850 3 0.0508 0.8536 0.004 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081332 1 0.3996 -0.4592 0.512 0.000 0.004 0.000 0.000 0.484
#> SRR1406709 5 0.3333 0.8006 0.000 0.192 0.000 0.024 0.784 0.000
#> SRR1458529 5 0.3200 0.7959 0.000 0.196 0.000 0.016 0.788 0.000
#> SRR1332467 4 0.1957 0.8101 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.3756 0.6690 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1083868 1 0.1204 0.7334 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1367544 2 0.1787 0.8544 0.000 0.920 0.000 0.008 0.068 0.004
#> SRR1333167 4 0.0935 0.8681 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1418492 2 0.1950 0.8535 0.000 0.912 0.000 0.000 0.024 0.064
#> SRR1476652 2 0.1686 0.8559 0.000 0.924 0.000 0.000 0.012 0.064
#> SRR1470624 2 0.0713 0.8615 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1081068 2 0.0632 0.8619 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1324473 2 0.1075 0.8603 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1420538 2 0.4918 0.5059 0.000 0.656 0.000 0.184 0.160 0.000
#> SRR1453747 5 0.3938 0.7915 0.000 0.228 0.000 0.044 0.728 0.000
#> SRR1403853 4 0.2964 0.7593 0.000 0.004 0.000 0.792 0.204 0.000
#> SRR1378707 2 0.2221 0.8511 0.000 0.896 0.000 0.000 0.032 0.072
#> SRR1083504 2 0.1075 0.8603 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1437598 2 0.1075 0.8603 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1376807 6 0.4167 0.6866 0.368 0.000 0.020 0.000 0.000 0.612
#> SRR1370107 2 0.1075 0.8555 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0363 0.7062 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1430839 2 0.1471 0.8552 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1098098 2 0.1807 0.8560 0.000 0.920 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR1473361 4 0.2257 0.7986 0.000 0.116 0.000 0.876 0.008 0.000
#> SRR1348507 2 0.3745 0.7923 0.000 0.808 0.000 0.108 0.024 0.060
#> SRR1090626 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 3 0.3217 0.7143 0.000 0.008 0.768 0.000 0.224 0.000
#> SRR1344122 4 0.3098 0.7115 0.000 0.024 0.000 0.812 0.164 0.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.3647 0.4334 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1076940 2 0.1949 0.8489 0.000 0.904 0.000 0.004 0.004 0.088
#> SRR816096 2 0.4183 0.7175 0.000 0.716 0.000 0.024 0.020 0.240
#> SRR1440809 2 0.1421 0.8572 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.3667 0.7290 0.000 0.740 0.000 0.008 0.012 0.240
#> SRR1343072 3 0.3330 0.6551 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1336964 2 0.0622 0.8621 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.1088 0.8620 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR1459324 2 0.4087 0.7233 0.000 0.720 0.000 0.028 0.012 0.240
#> SRR1353118 1 0.1141 0.7244 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1083678 3 0.0632 0.8495 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1487547 2 0.4012 0.7304 0.000 0.748 0.000 0.076 0.000 0.176
#> SRR1087752 3 0.0146 0.8567 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1091054 1 0.3833 -0.3480 0.556 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1316343 4 0.2632 0.7904 0.000 0.004 0.000 0.832 0.164 0.000
#> SRR1073899 6 0.3862 0.5423 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.4883 0.6667 0.000 0.660 0.000 0.092 0.008 0.240
#> SRR1336863 2 0.5260 0.5088 0.000 0.604 0.000 0.172 0.000 0.224
#> SRR1456771 2 0.0862 0.8656 0.000 0.972 0.000 0.004 0.008 0.016
#> SRR1329663 4 0.1245 0.8619 0.000 0.016 0.000 0.952 0.032 0.000
#> SRR1445426 2 0.1320 0.8634 0.000 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR1389932 1 0.2907 0.6764 0.828 0.000 0.020 0.000 0.000 0.152
#> SRR1353948 1 0.3151 0.5814 0.748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1348094 3 0.0146 0.8567 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452222 4 0.2135 0.7903 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0146 0.8778 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.3136 0.7301 0.000 0.016 0.000 0.188 0.796 0.000
#> SRR1444701 2 0.0806 0.8638 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1329687 1 0.3309 0.5780 0.720 0.000 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1092493 2 0.3463 0.7315 0.000 0.748 0.000 0.004 0.008 0.240
#> SRR1446265 1 0.0790 0.7305 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1388722 1 0.0937 0.7306 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1464432 5 0.3445 0.7863 0.000 0.244 0.000 0.012 0.744 0.000
#> SRR1410550 2 0.0909 0.8625 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> SRR1473209 1 0.1814 0.7233 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1101741 1 0.1327 0.6648 0.936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1083125 6 0.3765 0.5847 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1419495 2 0.2119 0.8520 0.000 0.904 0.000 0.000 0.036 0.060
#> SRR1090383 1 0.2912 0.6592 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1328980 4 0.6518 0.1166 0.000 0.304 0.000 0.428 0.028 0.240
#> SRR1072578 3 0.0547 0.8502 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.3046 0.7201 0.000 0.800 0.000 0.188 0.012 0.000
#> SRR1090119 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.1370 0.8632 0.000 0.948 0.000 0.012 0.036 0.004
#> SRR1498290 2 0.0508 0.8650 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1330770 4 0.2613 0.8083 0.000 0.012 0.000 0.848 0.140 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.3175 0.6693 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1447481 2 0.0622 0.8621 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1102176 2 0.0291 0.8640 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.2805 0.7628 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000 0.184
#> SRR1434631 4 0.2340 0.8028 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.3244 0.5601 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1477339 2 0.0603 0.8650 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1099354 1 0.2219 0.7052 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1470855 2 0.2034 0.8594 0.000 0.912 0.000 0.004 0.024 0.060
#> SRR1102998 2 0.0865 0.8611 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1444978 4 0.3309 0.6858 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR1432165 4 0.1007 0.8649 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2703 0.7726 0.000 0.824 0.000 0.004 0.000 0.172
#> SRR1325620 1 0.0458 0.7269 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1320490 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0935 0.8619 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.3804 0.0819 0.576 0.000 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1074337 2 0.1297 0.8643 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040 0.000
#> SRR1420391 5 0.3012 0.7978 0.000 0.196 0.000 0.008 0.796 0.000
#> SRR1087704 1 0.0260 0.7221 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464897 1 0.2092 0.7234 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1473915 2 0.0909 0.8632 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> SRR1337816 2 0.1219 0.8612 0.000 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1322070 4 0.1007 0.8635 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.4597 0.6919 0.000 0.684 0.000 0.068 0.008 0.240
#> SRR1499652 5 0.4415 0.7426 0.000 0.236 0.000 0.004 0.696 0.064
#> SRR1356643 6 0.3645 0.3512 0.024 0.000 0.236 0.000 0.000 0.740
#> SRR1097708 6 0.3774 0.6504 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR813529 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.2562 0.6819 0.828 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1498661 6 0.3862 0.3612 0.476 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1075078 3 0.4150 0.5333 0.016 0.000 0.592 0.000 0.000 0.392
#> SRR1390289 5 0.3655 0.7808 0.000 0.076 0.000 0.136 0.788 0.000
#> SRR1351955 2 0.2558 0.7896 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> SRR1336988 4 0.0260 0.8773 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2793 0.7637 0.000 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1367785 2 0.3440 0.6935 0.000 0.776 0.000 0.196 0.028 0.000
#> SRR1470057 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.3244 0.5990 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1095675 3 0.1327 0.8302 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1388788 4 0.2311 0.8152 0.000 0.016 0.000 0.880 0.104 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.7192 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.4795 0.5156 0.324 0.000 0.604 0.000 0.000 0.072
#> SRR1362514 5 0.6189 0.7289 0.000 0.176 0.000 0.108 0.596 0.120
#> SRR1454031 1 0.3595 0.4221 0.796 0.000 0.120 0.000 0.000 0.084
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8784 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0692 0.8655 0.000 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1340680 2 0.0858 0.8633 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1488307 3 0.4076 0.5162 0.012 0.000 0.592 0.000 0.000 0.396
#> SRR1443800 2 0.0508 0.8624 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1317110 5 0.2912 0.6983 0.000 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR1090334 2 0.3215 0.7330 0.000 0.756 0.000 0.004 0.000 0.240
#> SRR1338280 1 0.2135 0.7182 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1357456 6 0.3221 0.7208 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1444523 6 0.3126 0.7153 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1310898 2 0.4093 0.7548 0.000 0.764 0.000 0.140 0.008 0.088
#> SRR1074314 1 0.2912 0.6567 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1083456 1 0.3244 0.5990 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1321377 4 0.7451 0.1340 0.000 0.268 0.000 0.376 0.180 0.176
#> SRR1320445 1 0.2145 0.6759 0.900 0.000 0.072 0.000 0.000 0.028
#> SRR1081116 1 0.3810 -0.1814 0.572 0.000 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1333287 5 0.5442 0.5882 0.000 0.100 0.032 0.000 0.628 0.240
#> SRR1454821 4 0.0458 0.8757 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0972 0.8627 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1393529 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.0146 0.8567 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074239 6 0.3515 0.7003 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1401774 4 0.2491 0.7238 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1413262 5 0.2964 0.7886 0.000 0.204 0.000 0.004 0.792 0.000
#> SRR1336227 5 0.4586 0.7534 0.000 0.216 0.000 0.004 0.692 0.088
#> SRR1069991 1 0.0260 0.7221 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1091524 1 0.3592 0.4417 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1312577 2 0.3245 0.7848 0.000 0.796 0.000 0.004 0.016 0.184
#> SRR1341721 6 0.3515 0.7003 0.324 0.000 0.000 0.000 0.000 0.676
#> SRR1437514 1 0.0260 0.7223 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1327505 2 0.1863 0.8595 0.000 0.920 0.000 0.004 0.016 0.060
#> SRR1382461 1 0.2697 0.6747 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1361883 3 0.0000 0.8575 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0937 0.7306 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1464812 5 0.3110 0.7928 0.000 0.196 0.000 0.012 0.792 0.000
#> SRR1073655 6 0.3330 0.7267 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1075729 6 0.3774 0.6087 0.408 0.000 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1397292 5 0.0725 0.7072 0.000 0.012 0.012 0.000 0.976 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.863 0.922 0.968 0.4959 0.504 0.504
#> 3 3 0.831 0.878 0.934 0.2703 0.811 0.642
#> 4 4 0.668 0.800 0.878 0.1556 0.870 0.656
#> 5 5 0.679 0.679 0.827 0.0564 0.913 0.695
#> 6 6 0.697 0.576 0.772 0.0464 0.964 0.847
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0376 0.9517 0.004 0.996
#> SRR1456250 2 0.7056 0.7671 0.192 0.808
#> SRR1433708 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1420413 1 0.9881 0.1637 0.564 0.436
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1466597 1 0.7376 0.7129 0.792 0.208
#> SRR1392456 2 0.7528 0.7339 0.216 0.784
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0376 0.9517 0.004 0.996
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.9044 0.5711 0.320 0.680
#> SRR1473232 1 0.9954 0.0763 0.540 0.460
#> SRR1410634 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.9909 0.2681 0.444 0.556
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.9087 0.5636 0.324 0.676
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1430703 1 0.9998 -0.0523 0.508 0.492
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4690 0.8697 0.100 0.900
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.5408 0.8454 0.124 0.876
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0376 0.9517 0.004 0.996
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1419941 1 0.7376 0.7129 0.792 0.208
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1365377 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1389366 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1444043 1 0.9954 0.0763 0.540 0.460
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.4939 0.8618 0.108 0.892
#> SRR1500131 2 0.9087 0.5636 0.324 0.676
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.7883 0.7079 0.236 0.764
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0672 0.9488 0.008 0.992
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1400008 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.4939 0.8618 0.108 0.892
#> SRR1312666 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.9775 0.3611 0.412 0.588
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.9170 0.5477 0.332 0.668
#> SRR1103072 2 0.0376 0.9517 0.004 0.996
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.9087 0.5636 0.324 0.676
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1383674 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.9044 0.5711 0.320 0.680
#> SRR1364975 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0672 0.9487 0.008 0.992
#> SRR1458529 2 0.0938 0.9457 0.012 0.988
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.9087 0.5636 0.324 0.676
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.9866 0.3044 0.432 0.568
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1487704 1 0.9358 0.4150 0.648 0.352
#> SRR1344122 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0672 0.9488 0.008 0.992
#> SRR816096 2 0.8713 0.6205 0.292 0.708
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1083678 1 0.6438 0.7813 0.836 0.164
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1087752 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.9087 0.5636 0.324 0.676
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.1633 0.9363 0.024 0.976
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1348094 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.3274 0.9058 0.060 0.940
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.9393 0.4972 0.356 0.644
#> SRR1330770 2 0.8909 0.5930 0.308 0.692
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.8955 0.5858 0.312 0.688
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.7602 0.7298 0.220 0.780
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.8608 0.6338 0.284 0.716
#> SRR1319038 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.8763 0.6138 0.296 0.704
#> SRR1420391 2 0.5059 0.8578 0.112 0.888
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.4690 0.8697 0.100 0.900
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0376 0.9517 0.004 0.996
#> SRR1407000 2 0.9608 0.4326 0.384 0.616
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.9754 0.3717 0.408 0.592
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1333287 1 0.9460 0.3837 0.636 0.364
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.9129 0.5557 0.328 0.672
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1102224 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.5519 0.8421 0.128 0.872
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9544 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9796 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.9710 0.3928 0.400 0.600
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.4842 0.7628 0.000 0.776 0.224
#> SRR1456250 3 0.1774 0.7872 0.016 0.024 0.960
#> SRR1433708 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.1031 0.7864 0.024 0.000 0.976
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466597 3 0.1163 0.7868 0.028 0.000 0.972
#> SRR1392456 2 0.6398 0.4895 0.008 0.620 0.372
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0237 0.9662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0237 0.9662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343546 2 0.4178 0.8220 0.000 0.828 0.172
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.5560 0.4638 0.700 0.000 0.300
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.4842 0.7628 0.000 0.776 0.224
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102198 3 0.1751 0.7857 0.012 0.028 0.960
#> SRR1473232 3 0.0892 0.7857 0.020 0.000 0.980
#> SRR1410634 3 0.1163 0.7869 0.028 0.000 0.972
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.2165 0.9231 0.000 0.936 0.064
#> SRR816794 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353577 3 0.0661 0.7829 0.008 0.004 0.988
#> SRR1077380 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407693 1 0.0592 0.9508 0.988 0.000 0.012
#> SRR1430088 3 0.5588 0.5124 0.004 0.276 0.720
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.5621 0.6948 0.308 0.000 0.692
#> SRR1357692 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1430703 3 0.1620 0.7862 0.012 0.024 0.964
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR819486 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.6298 0.4609 0.004 0.608 0.388
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.3686 0.8545 0.000 0.860 0.140
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.5285 0.5775 0.004 0.244 0.752
#> SRR1080222 1 0.5138 0.5776 0.748 0.000 0.252
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.4555 0.7918 0.000 0.800 0.200
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.4796 0.7677 0.000 0.780 0.220
#> SRR1498505 2 0.1753 0.9346 0.000 0.952 0.048
#> SRR1419941 3 0.0892 0.7857 0.020 0.000 0.980
#> SRR1313625 3 0.5363 0.7356 0.276 0.000 0.724
#> SRR1365377 3 0.0892 0.7857 0.020 0.000 0.980
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1359509 2 0.0892 0.9558 0.000 0.980 0.020
#> SRR1444043 3 0.0892 0.7857 0.020 0.000 0.980
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.5363 0.7356 0.276 0.000 0.724
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR807751 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343698 2 0.4796 0.7671 0.000 0.780 0.220
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1487403 1 0.2261 0.8880 0.932 0.000 0.068
#> SRR1409046 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1474000 3 0.1399 0.7824 0.004 0.028 0.968
#> SRR1500131 3 0.1620 0.7863 0.012 0.024 0.964
#> SRR1415854 1 0.5968 0.2751 0.636 0.000 0.364
#> SRR1387286 3 0.1877 0.7850 0.012 0.032 0.956
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 3 0.5621 0.6948 0.308 0.000 0.692
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395682 2 0.5098 0.7309 0.000 0.752 0.248
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1338489 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1439697 3 0.5254 0.7473 0.264 0.000 0.736
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096924 2 0.4702 0.7777 0.000 0.788 0.212
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.6008 0.2443 0.628 0.000 0.372
#> SRR1085259 3 0.5254 0.7473 0.264 0.000 0.736
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0424 0.9651 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0424 0.9640 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341209 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1436280 3 0.1399 0.7824 0.004 0.028 0.968
#> SRR1312666 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR810153 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.6126 0.5238 0.400 0.000 0.600
#> SRR808638 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1099451 3 0.4645 0.6766 0.008 0.176 0.816
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.3116 0.8828 0.000 0.892 0.108
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446716 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.5621 0.6948 0.308 0.000 0.692
#> SRR1316463 3 0.1905 0.7868 0.016 0.028 0.956
#> SRR1103072 2 0.5431 0.6754 0.000 0.716 0.284
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 3 0.1751 0.7860 0.012 0.028 0.960
#> SRR1409326 2 0.0237 0.9662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1105033 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323312 2 0.1163 0.9501 0.000 0.972 0.028
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1442440 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404461 3 0.5621 0.6948 0.308 0.000 0.692
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 1 0.6095 0.1806 0.608 0.000 0.392
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 3 0.6057 0.3714 0.004 0.340 0.656
#> SRR1364975 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1472259 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1390179 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1081332 3 0.6140 0.5169 0.404 0.000 0.596
#> SRR1406709 2 0.4887 0.7566 0.000 0.772 0.228
#> SRR1458529 2 0.4887 0.7576 0.000 0.772 0.228
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.4062 0.8286 0.000 0.836 0.164
#> SRR1333167 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0237 0.9662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 3 0.6299 0.1734 0.000 0.476 0.524
#> SRR1403853 3 0.1620 0.7863 0.012 0.024 0.964
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0424 0.9640 0.000 0.992 0.008
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0424 0.9651 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385672 3 0.1620 0.7862 0.012 0.024 0.964
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1487704 3 0.0892 0.7858 0.020 0.000 0.980
#> SRR1344122 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402027 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4796 0.7677 0.000 0.780 0.220
#> SRR816096 3 0.6386 0.1638 0.004 0.412 0.584
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3412 0.7809 0.124 0.000 0.876
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.1751 0.7860 0.012 0.028 0.960
#> SRR1073899 1 0.5529 0.4747 0.704 0.000 0.296
#> SRR1456093 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.3412 0.8699 0.000 0.876 0.124
#> SRR1445426 2 0.5016 0.7417 0.000 0.760 0.240
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1452222 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468096 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1334011 2 0.4399 0.8024 0.000 0.812 0.188
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.5201 0.6709 0.004 0.236 0.760
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.5733 0.6702 0.324 0.000 0.676
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 3 0.1585 0.7843 0.008 0.028 0.964
#> SRR1330770 3 0.1585 0.7841 0.008 0.028 0.964
#> SRR1489349 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1457336 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1466770 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 3 0.1585 0.7841 0.008 0.028 0.964
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 3 0.6468 0.0557 0.004 0.444 0.552
#> SRR1432165 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1441913 3 0.1751 0.7857 0.012 0.028 0.960
#> SRR1319038 2 0.2165 0.9233 0.000 0.936 0.064
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1478571 1 0.4235 0.7260 0.824 0.000 0.176
#> SRR1074337 3 0.6298 0.2398 0.004 0.388 0.608
#> SRR1420391 3 0.1585 0.7839 0.008 0.028 0.964
#> SRR1087704 3 0.6302 0.3144 0.480 0.000 0.520
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 3 0.1525 0.7814 0.004 0.032 0.964
#> SRR1356643 3 0.5678 0.6842 0.316 0.000 0.684
#> SRR1097708 1 0.6252 -0.0467 0.556 0.000 0.444
#> SRR813529 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.5178 0.7544 0.256 0.000 0.744
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.4750 0.7738 0.000 0.784 0.216
#> SRR1407000 3 0.1905 0.7869 0.016 0.028 0.956
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0424 0.9549 0.992 0.000 0.008
#> SRR1388788 2 0.0237 0.9662 0.000 0.996 0.004
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.6252 -0.0364 0.556 0.000 0.444
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR1443399 2 0.1031 0.9550 0.000 0.976 0.024
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.4062 0.7464 0.836 0.000 0.164
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.4887 0.7591 0.000 0.772 0.228
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0237 0.9587 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.1905 0.7869 0.016 0.028 0.956
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0592 0.9504 0.988 0.000 0.012
#> SRR1333287 3 0.0592 0.7835 0.012 0.000 0.988
#> SRR1454821 2 0.0237 0.9667 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348792 3 0.5268 0.6292 0.012 0.212 0.776
#> SRR1393529 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1102224 3 0.5098 0.7592 0.248 0.000 0.752
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.1453 0.7847 0.008 0.024 0.968
#> SRR1413262 2 0.5327 0.6973 0.000 0.728 0.272
#> SRR1336227 2 0.2796 0.8973 0.000 0.908 0.092
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.4062 0.7490 0.836 0.000 0.164
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9680 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.5138 0.7576 0.252 0.000 0.748
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0592 0.9614 0.000 0.988 0.012
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9621 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.1620 0.7862 0.012 0.024 0.964
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.1118 0.925540 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1330831 2 0.5395 0.681698 0.000 0.736 0.092 0.172
#> SRR1456250 3 0.3266 0.747260 0.000 0.024 0.868 0.108
#> SRR1433708 4 0.3024 0.881672 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1433902 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4134 0.621576 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1432783 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1398272 2 0.1637 0.852780 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1436583 4 0.4624 0.692935 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1420413 3 0.0921 0.784596 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1441768 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1466597 3 0.1474 0.779326 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1392456 4 0.5578 0.406622 0.000 0.040 0.312 0.648
#> SRR1080951 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.5682 0.714789 0.000 0.352 0.036 0.612
#> SRR1404362 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1792 0.837082 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1343546 4 0.4123 0.818650 0.000 0.136 0.044 0.820
#> SRR1405921 2 0.0592 0.880436 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1362928 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1089207 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.4730 0.282328 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1318208 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.4843 0.423771 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1334055 2 0.0707 0.880116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1329131 2 0.5248 0.696324 0.000 0.748 0.088 0.164
#> SRR1120891 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1102198 3 0.4079 0.708888 0.000 0.020 0.800 0.180
#> SRR1473232 3 0.1474 0.779326 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1410634 3 0.0524 0.790191 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1353332 2 0.0336 0.879773 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362332 4 0.3718 0.828008 0.000 0.168 0.012 0.820
#> SRR816794 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.3907 0.844741 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1353577 3 0.1305 0.785559 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1077380 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1407693 1 0.4134 0.657573 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1430088 3 0.7550 0.182208 0.000 0.332 0.464 0.204
#> SRR1311464 2 0.0188 0.879849 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1327454 2 0.4713 0.432223 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1342806 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.2921 0.836355 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1085235 3 0.3052 0.810884 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1357692 3 0.2737 0.821147 0.104 0.000 0.888 0.008
#> SRR1430703 3 0.1118 0.784159 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1086020 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1334181 4 0.3024 0.881600 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1087271 2 0.3266 0.750877 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR812721 1 0.3444 0.784546 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.2216 0.838761 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1334134 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0469 0.943361 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1339065 4 0.3895 0.704546 0.000 0.036 0.132 0.832
#> SRR1318624 2 0.1302 0.874832 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1467544 4 0.4123 0.818244 0.000 0.136 0.044 0.820
#> SRR1476384 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1395788 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1466278 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.5977 0.549361 0.000 0.216 0.680 0.104
#> SRR1080222 1 0.4730 0.342425 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1361777 2 0.4981 0.052080 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1405311 4 0.4297 0.793417 0.000 0.096 0.084 0.820
#> SRR1340531 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1407018 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.5857 0.613740 0.000 0.696 0.108 0.196
#> SRR1498505 2 0.2081 0.823722 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1419941 3 0.1576 0.782647 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR1313625 3 0.2831 0.817169 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1365377 3 0.0469 0.787894 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1092749 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.2593 0.821111 0.104 0.000 0.892 0.004
#> SRR1359509 2 0.1211 0.858498 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1444043 3 0.1474 0.779326 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1500071 2 0.0188 0.878189 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078948 3 0.2831 0.817169 0.120 0.000 0.876 0.004
#> SRR1099765 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3873 0.721668 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.2081 0.844954 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1323002 4 0.4008 0.835820 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1343698 2 0.5096 0.705746 0.000 0.760 0.084 0.156
#> SRR1330176 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1487403 3 0.5000 0.049967 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1409046 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1474000 3 0.3278 0.745688 0.000 0.020 0.864 0.116
#> SRR1500131 3 0.4331 0.556237 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1415854 3 0.4776 0.485700 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1387286 3 0.4764 0.633555 0.000 0.032 0.748 0.220
#> SRR1362664 2 0.0469 0.879211 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1097525 1 0.4134 0.673889 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1432231 2 0.1389 0.870863 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1500516 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3266 0.806142 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR809565 3 0.3105 0.808895 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1476974 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.3764 0.856921 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1404951 2 0.1302 0.865221 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1374355 2 0.0707 0.880116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1499260 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.3837 0.848885 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1395682 2 0.5647 0.654989 0.000 0.720 0.116 0.164
#> SRR1362579 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1473100 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1340966 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1323873 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1475233 2 0.1792 0.863732 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1400008 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1338489 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1439697 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1329642 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1341945 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1418262 2 0.4277 0.589551 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1458380 2 0.1211 0.871872 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1400489 2 0.3266 0.743236 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1416455 2 0.1867 0.857491 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1477292 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1096924 2 0.4411 0.725821 0.000 0.812 0.080 0.108
#> SRR1308269 2 0.0469 0.874737 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367172 3 0.3873 0.711963 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1085259 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.4454 0.778776 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1323446 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0707 0.938247 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.3074 0.881166 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1100395 1 0.0188 0.948536 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327570 2 0.2053 0.832075 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1341209 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1436280 3 0.3384 0.745475 0.000 0.024 0.860 0.116
#> SRR1312666 4 0.2921 0.878812 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR810153 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1467943 3 0.2760 0.810623 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR808638 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1099451 3 0.6360 0.510965 0.000 0.164 0.656 0.180
#> SRR1082238 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1404186 2 0.3444 0.777858 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1479721 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1446716 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1073971 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.2714 0.819607 0.112 0.000 0.884 0.004
#> SRR1316463 3 0.0921 0.784596 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1103072 4 0.4713 0.666122 0.000 0.052 0.172 0.776
#> SRR1420129 2 0.1022 0.878219 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1382639 2 0.4843 0.237193 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1356997 3 0.5705 0.593985 0.000 0.108 0.712 0.180
#> SRR1409326 4 0.4888 0.466938 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1485020 2 0.0707 0.880116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1387113 2 0.0188 0.879849 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.3528 0.869143 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1105033 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1077066 2 0.1867 0.855685 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1099931 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0707 0.880116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR814108 3 0.2737 0.821147 0.104 0.000 0.888 0.008
#> SRR1410699 2 0.3764 0.687149 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1405461 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1323312 2 0.4331 0.631225 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1467171 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.2593 0.821111 0.104 0.000 0.892 0.004
#> SRR1442440 4 0.4454 0.718091 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1404461 3 0.3105 0.808895 0.140 0.000 0.856 0.004
#> SRR1336617 2 0.0707 0.881304 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1097811 3 0.4072 0.679897 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1098002 3 0.2469 0.820326 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1354035 1 0.0188 0.948536 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394384 3 0.7778 0.121828 0.000 0.332 0.416 0.252
#> SRR1364975 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1472259 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1390179 3 0.2469 0.820326 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1312784 2 0.1022 0.878219 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1069850 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1081332 3 0.3400 0.776163 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1406709 3 0.6801 0.017674 0.000 0.448 0.456 0.096
#> SRR1458529 2 0.4419 0.726183 0.000 0.812 0.084 0.104
#> SRR1332467 4 0.4008 0.834507 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1078278 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.3587 0.775644 0.000 0.860 0.052 0.088
#> SRR1333167 4 0.3942 0.848374 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1418492 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.1940 0.830960 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1470624 2 0.0469 0.880556 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081068 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1324473 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1453747 4 0.7369 0.514259 0.000 0.292 0.196 0.512
#> SRR1403853 3 0.4500 0.513768 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1378707 2 0.1557 0.846576 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1083504 2 0.1940 0.831080 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1437598 2 0.0188 0.879861 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1376807 1 0.3569 0.768849 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1370107 4 0.4679 0.669488 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1369008 4 0.3486 0.833905 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1385672 3 0.1118 0.784159 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1430839 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1098098 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.3873 0.847272 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1348507 2 0.0469 0.880478 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1090626 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1487704 3 0.1109 0.786641 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR1344122 4 0.3726 0.859351 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1402027 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.5309 0.690297 0.000 0.744 0.092 0.164
#> SRR816096 3 0.7844 0.000608 0.000 0.368 0.368 0.264
#> SRR1440809 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1317653 2 0.2530 0.825564 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1343072 3 0.2737 0.821147 0.104 0.000 0.888 0.008
#> SRR1336964 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1358624 4 0.3074 0.881056 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1467194 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1459324 2 0.4454 0.461190 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1353118 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.1624 0.798816 0.028 0.000 0.952 0.020
#> SRR1487547 2 0.4008 0.646320 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1087752 3 0.2675 0.820890 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR1091054 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.4500 0.513768 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1073899 3 0.4866 0.400658 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1456093 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1399291 2 0.4250 0.585625 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1336863 4 0.4454 0.750309 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1456771 2 0.0592 0.880436 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1329663 4 0.3653 0.815157 0.000 0.128 0.028 0.844
#> SRR1445426 2 0.5427 0.682561 0.000 0.736 0.100 0.164
#> SRR1389932 1 0.0188 0.948536 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2530 0.820851 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1452222 4 0.3024 0.881736 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1468096 4 0.3486 0.870829 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1334011 2 0.7049 0.352240 0.000 0.572 0.236 0.192
#> SRR1444701 2 0.0707 0.880116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1329687 1 0.0336 0.945858 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1092493 2 0.2011 0.851926 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1446265 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.7006 0.125830 0.000 0.428 0.456 0.116
#> SRR1410550 2 0.3074 0.782895 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1473209 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0336 0.945905 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4730 0.283050 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1072578 3 0.2530 0.818139 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1466091 2 0.0921 0.879766 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1090119 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 3 0.5834 0.578397 0.000 0.124 0.704 0.172
#> SRR1330770 3 0.5268 0.413011 0.000 0.012 0.592 0.396
#> SRR1489349 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1457336 2 0.4098 0.662187 0.000 0.784 0.012 0.204
#> SRR1447481 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1102176 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1323215 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1466770 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1093366 2 0.1792 0.862054 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1434631 3 0.4837 0.476738 0.000 0.004 0.648 0.348
#> SRR1349190 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0817 0.880625 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1099354 1 0.0469 0.943361 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470855 2 0.0817 0.868560 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1102998 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.4781 0.592975 0.000 0.036 0.212 0.752
#> SRR1432165 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1441913 3 0.5581 0.628392 0.000 0.132 0.728 0.140
#> SRR1319038 4 0.3958 0.825255 0.000 0.144 0.032 0.824
#> SRR1338603 2 0.2216 0.842881 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1325620 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.879113 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.3764 0.853744 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1478571 1 0.4356 0.537209 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1074337 2 0.7701 0.033612 0.000 0.392 0.388 0.220
#> SRR1420391 3 0.3384 0.745043 0.000 0.024 0.860 0.116
#> SRR1087704 3 0.3649 0.754746 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1302 0.873789 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1337816 2 0.0188 0.877975 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322070 4 0.3837 0.851555 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1476324 2 0.1940 0.855768 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1499652 3 0.6134 0.547092 0.000 0.216 0.668 0.116
#> SRR1356643 3 0.3764 0.736254 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1097708 3 0.4454 0.603678 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR813529 3 0.2469 0.820326 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1352322 1 0.1211 0.923773 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.2469 0.820326 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1390289 2 0.0188 0.877975 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351955 2 0.2530 0.826296 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1336988 4 0.4022 0.768603 0.000 0.068 0.096 0.836
#> SRR1407000 3 0.2530 0.750131 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1367785 2 0.1792 0.859669 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1470057 4 0.3356 0.874697 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1079567 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.4643 0.500250 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1388788 2 0.7062 0.218324 0.000 0.564 0.260 0.176
#> SRR1396146 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.4522 0.566319 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1362514 2 0.0188 0.878032 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454031 1 0.3219 0.809980 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1443399 4 0.3392 0.828468 0.000 0.124 0.020 0.856
#> SRR1101280 2 0.2469 0.829802 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1340680 2 0.0592 0.872834 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1488307 3 0.4746 0.461923 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1443800 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1317110 3 0.6714 0.410984 0.000 0.160 0.612 0.228
#> SRR1090334 2 0.4624 0.400962 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1338280 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3074 0.824476 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1444523 1 0.2868 0.839906 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1310898 2 0.0921 0.878808 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1074314 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.4669 0.674708 0.000 0.100 0.796 0.104
#> SRR1320445 1 0.0592 0.940984 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1081116 1 0.2011 0.887297 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1333287 3 0.1398 0.784140 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1454821 4 0.2973 0.881604 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1348792 3 0.6548 0.476838 0.000 0.188 0.636 0.176
#> SRR1393529 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1102224 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1074239 1 0.1940 0.892964 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1401774 3 0.3552 0.739384 0.000 0.024 0.848 0.128
#> SRR1413262 2 0.4535 0.716752 0.000 0.804 0.084 0.112
#> SRR1336227 2 0.2334 0.818237 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1069991 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0707 0.880116 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1341721 1 0.4697 0.433387 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0817 0.879689 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1382461 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.2408 0.821125 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.2011 0.834039 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1073655 1 0.3024 0.828548 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.950892 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.1022 0.784098 0.000 0.000 0.968 0.032
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.4248 0.61101 0.728 0.000 0.240 0.032 0.000
#> SRR1330831 2 0.5009 0.59593 0.000 0.652 0.000 0.060 0.288
#> SRR1456250 5 0.3915 0.54268 0.000 0.012 0.172 0.024 0.792
#> SRR1433708 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2389 0.82163 0.000 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1432783 2 0.0324 0.85975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1398272 2 0.3760 0.74100 0.000 0.784 0.000 0.188 0.028
#> SRR1436583 4 0.4449 0.24917 0.000 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1420413 5 0.4533 0.22552 0.000 0.000 0.448 0.008 0.544
#> SRR1441768 1 0.0404 0.90776 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1466597 5 0.4752 0.27881 0.000 0.000 0.412 0.020 0.568
#> SRR1392456 5 0.5809 0.09288 0.000 0.028 0.044 0.380 0.548
#> SRR1080951 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4659 0.03097 0.488 0.000 0.500 0.012 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.5245 0.70689 0.000 0.280 0.000 0.640 0.080
#> SRR1404362 1 0.0609 0.90520 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3381 0.76374 0.000 0.808 0.000 0.016 0.176
#> SRR1343546 4 0.6166 0.58183 0.000 0.188 0.000 0.552 0.260
#> SRR1405921 2 0.0510 0.86133 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1362928 4 0.2124 0.83331 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1089207 1 0.2017 0.85739 0.912 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR1084505 1 0.1121 0.89063 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.6396 0.40342 0.000 0.376 0.000 0.452 0.172
#> SRR1318208 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.4866 0.61013 0.216 0.000 0.720 0.044 0.020
#> SRR1397781 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0324 0.85975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1334055 2 0.0000 0.86011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.3988 0.65386 0.000 0.732 0.000 0.016 0.252
#> SRR1120891 1 0.0404 0.90776 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1102198 5 0.3409 0.57721 0.000 0.024 0.116 0.016 0.844
#> SRR1473232 5 0.4640 0.30495 0.000 0.000 0.400 0.016 0.584
#> SRR1410634 3 0.4398 0.42271 0.000 0.000 0.720 0.040 0.240
#> SRR1353332 2 0.0798 0.85805 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1362332 4 0.4953 0.71706 0.000 0.088 0.000 0.696 0.216
#> SRR816794 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.4420 0.74065 0.000 0.280 0.000 0.692 0.028
#> SRR1353577 5 0.4833 0.32234 0.000 0.000 0.412 0.024 0.564
#> SRR1077380 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1407693 1 0.4542 0.11002 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1430088 5 0.7337 0.38161 0.000 0.352 0.184 0.044 0.420
#> SRR1311464 2 0.2726 0.84075 0.000 0.884 0.000 0.064 0.052
#> SRR1327454 2 0.4719 0.61111 0.000 0.696 0.000 0.248 0.056
#> SRR1342806 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.4063 0.58093 0.708 0.000 0.280 0.012 0.000
#> SRR1085235 3 0.3221 0.69400 0.056 0.000 0.872 0.044 0.028
#> SRR1357692 3 0.3022 0.64217 0.004 0.000 0.848 0.012 0.136
#> SRR1430703 5 0.5059 0.28647 0.000 0.000 0.416 0.036 0.548
#> SRR1086020 2 0.0798 0.86148 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1334181 4 0.2179 0.83353 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1087271 2 0.2280 0.82375 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR812721 3 0.4627 0.18722 0.444 0.000 0.544 0.012 0.000
#> SRR819486 1 0.1168 0.89542 0.960 0.000 0.032 0.008 0.000
#> SRR1465248 2 0.1386 0.85408 0.000 0.952 0.000 0.032 0.016
#> SRR1334134 1 0.0290 0.90910 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0510 0.90178 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1339065 5 0.5088 -0.16029 0.000 0.036 0.000 0.436 0.528
#> SRR1318624 2 0.1041 0.86250 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1467544 4 0.4879 0.71064 0.000 0.076 0.000 0.696 0.228
#> SRR1476384 2 0.0798 0.85843 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1395788 1 0.0880 0.89763 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0451 0.85982 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1466278 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.4024 0.52584 0.000 0.080 0.032 0.064 0.824
#> SRR1080222 3 0.5585 0.15486 0.460 0.000 0.484 0.044 0.012
#> SRR1361777 2 0.4627 0.19454 0.000 0.544 0.000 0.444 0.012
#> SRR1405311 4 0.5714 0.61087 0.000 0.116 0.000 0.592 0.292
#> SRR1340531 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2124 0.83331 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1407018 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.3970 0.65792 0.000 0.744 0.000 0.020 0.236
#> SRR1498505 2 0.3210 0.69875 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1419941 3 0.4867 -0.00627 0.000 0.000 0.544 0.024 0.432
#> SRR1313625 3 0.3454 0.68258 0.024 0.000 0.856 0.044 0.076
#> SRR1365377 3 0.4637 0.32668 0.000 0.000 0.672 0.036 0.292
#> SRR1092749 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.2825 0.63898 0.000 0.000 0.860 0.016 0.124
#> SRR1359509 2 0.1341 0.85739 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1444043 5 0.4736 0.30081 0.000 0.000 0.404 0.020 0.576
#> SRR1500071 2 0.3608 0.81394 0.000 0.824 0.000 0.064 0.112
#> SRR1078948 3 0.3495 0.68086 0.020 0.000 0.852 0.048 0.080
#> SRR1099765 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.4565 0.29618 0.408 0.000 0.580 0.012 0.000
#> SRR807751 1 0.0404 0.90776 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.1300 0.85610 0.000 0.956 0.000 0.028 0.016
#> SRR1323002 4 0.3876 0.69841 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1343698 2 0.4983 0.61349 0.000 0.664 0.000 0.064 0.272
#> SRR1330176 1 0.0609 0.90413 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0162 0.71676 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1487403 3 0.3779 0.60174 0.236 0.000 0.752 0.012 0.000
#> SRR1409046 3 0.0404 0.71633 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1474000 5 0.3639 0.53058 0.000 0.000 0.184 0.024 0.792
#> SRR1500131 5 0.4924 0.47008 0.000 0.000 0.272 0.060 0.668
#> SRR1415854 3 0.5408 0.44798 0.356 0.000 0.588 0.044 0.012
#> SRR1387286 5 0.4600 0.57266 0.000 0.036 0.108 0.072 0.784
#> SRR1362664 2 0.2922 0.84052 0.000 0.872 0.000 0.056 0.072
#> SRR1097525 3 0.3916 0.57853 0.256 0.000 0.732 0.012 0.000
#> SRR1432231 2 0.3181 0.83013 0.000 0.856 0.000 0.072 0.072
#> SRR1500516 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.5173 0.10649 0.460 0.000 0.500 0.040 0.000
#> SRR809565 3 0.3418 0.69225 0.068 0.000 0.860 0.044 0.028
#> SRR1476974 1 0.0609 0.90413 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.3354 0.82588 0.000 0.844 0.000 0.068 0.088
#> SRR1310876 4 0.3177 0.80020 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1404951 2 0.1106 0.85461 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1374355 2 0.0404 0.86022 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1499260 2 0.0798 0.86012 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1485700 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.4503 0.75589 0.000 0.256 0.000 0.704 0.040
#> SRR1395682 5 0.5396 0.22720 0.000 0.340 0.000 0.072 0.588
#> SRR1362579 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0324 0.85954 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1473100 1 0.4227 0.26100 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0404 0.86022 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1323873 3 0.0771 0.71781 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1475233 2 0.1282 0.84981 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1400008 3 0.2054 0.69123 0.000 0.000 0.920 0.028 0.052
#> SRR1338489 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1439697 3 0.0955 0.71691 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1329642 2 0.0771 0.86069 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1341945 2 0.0566 0.85962 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1418262 2 0.2970 0.78676 0.000 0.828 0.000 0.168 0.004
#> SRR1458380 2 0.4138 0.77090 0.000 0.776 0.000 0.064 0.160
#> SRR1400489 2 0.5382 0.56753 0.000 0.644 0.000 0.104 0.252
#> SRR1416455 2 0.3003 0.83285 0.000 0.864 0.000 0.092 0.044
#> SRR1477292 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1096924 5 0.5026 0.37390 0.000 0.280 0.000 0.064 0.656
#> SRR1308269 2 0.2914 0.84053 0.000 0.872 0.000 0.052 0.076
#> SRR1367172 3 0.2206 0.70307 0.068 0.000 0.912 0.016 0.004
#> SRR1085259 3 0.0613 0.71723 0.004 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR1477732 1 0.0794 0.90001 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.5329 0.74460 0.000 0.236 0.000 0.656 0.108
#> SRR1323446 1 0.0510 0.90693 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.4108 0.53561 0.684 0.000 0.308 0.008 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2074 0.83606 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1100395 1 0.3454 0.75604 0.816 0.000 0.156 0.028 0.000
#> SRR1327570 2 0.4788 0.66265 0.000 0.696 0.000 0.064 0.240
#> SRR1341209 3 0.0290 0.71672 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1436280 5 0.3724 0.53108 0.000 0.000 0.184 0.028 0.788
#> SRR1312666 4 0.4334 0.76465 0.000 0.156 0.000 0.764 0.080
#> SRR810153 1 0.4632 0.14285 0.540 0.000 0.448 0.012 0.000
#> SRR1467943 3 0.0613 0.71723 0.004 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR808638 3 0.0771 0.71463 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1099451 5 0.7384 0.41242 0.000 0.192 0.320 0.048 0.440
#> SRR1082238 1 0.4659 -0.01608 0.496 0.000 0.492 0.012 0.000
#> SRR1404186 2 0.5449 0.61345 0.000 0.636 0.000 0.108 0.256
#> SRR1479721 1 0.1701 0.87642 0.936 0.000 0.048 0.016 0.000
#> SRR1480721 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1446716 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1073971 2 0.1568 0.85872 0.000 0.944 0.000 0.020 0.036
#> SRR1410404 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.2418 0.70599 0.020 0.000 0.912 0.044 0.024
#> SRR1316463 5 0.5115 0.40300 0.000 0.012 0.352 0.028 0.608
#> SRR1103072 5 0.6037 -0.34799 0.000 0.116 0.000 0.436 0.448
#> SRR1420129 2 0.0579 0.86207 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1382639 2 0.3662 0.65382 0.000 0.744 0.000 0.252 0.004
#> SRR1356997 5 0.5119 0.46729 0.000 0.004 0.280 0.060 0.656
#> SRR1409326 2 0.6322 -0.15690 0.000 0.436 0.000 0.408 0.156
#> SRR1485020 2 0.0451 0.85982 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1387113 2 0.2522 0.85191 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR1336205 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1872 0.85535 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052
#> SRR1319502 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.3366 0.79831 0.000 0.212 0.000 0.784 0.004
#> SRR1105033 3 0.1211 0.70760 0.000 0.000 0.960 0.016 0.024
#> SRR1077066 2 0.2597 0.83513 0.000 0.884 0.000 0.092 0.024
#> SRR1099931 3 0.4555 0.09639 0.472 0.000 0.520 0.008 0.000
#> SRR1069943 1 0.1965 0.87212 0.924 0.000 0.052 0.024 0.000
#> SRR1360194 2 0.2928 0.83569 0.000 0.872 0.000 0.064 0.064
#> SRR814108 3 0.3022 0.64217 0.004 0.000 0.848 0.012 0.136
#> SRR1410699 2 0.3319 0.78498 0.000 0.820 0.000 0.160 0.020
#> SRR1405461 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1323312 5 0.6072 -0.02212 0.000 0.392 0.000 0.124 0.484
#> SRR1467171 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0290 0.90896 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1282 0.88931 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000
#> SRR1383674 3 0.3098 0.60912 0.000 0.000 0.836 0.016 0.148
#> SRR1442440 4 0.3284 0.81982 0.000 0.148 0.000 0.828 0.024
#> SRR1404461 3 0.3581 0.69126 0.068 0.000 0.852 0.044 0.036
#> SRR1336617 2 0.0865 0.86134 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1097811 3 0.2965 0.69864 0.068 0.000 0.880 0.040 0.012
#> SRR1475785 1 0.0404 0.90782 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.3180 0.83070 0.000 0.856 0.000 0.068 0.076
#> SRR1477522 2 0.0000 0.86011 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.1364 0.71521 0.012 0.000 0.952 0.000 0.036
#> SRR1077667 1 0.0290 0.90847 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0404 0.86223 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1354035 1 0.1043 0.88736 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1394384 5 0.6246 0.27935 0.000 0.380 0.060 0.040 0.520
#> SRR1364975 3 0.1915 0.70300 0.000 0.000 0.928 0.040 0.032
#> SRR1472259 3 0.1331 0.71326 0.008 0.000 0.952 0.000 0.040
#> SRR1390179 3 0.1195 0.71797 0.012 0.000 0.960 0.000 0.028
#> SRR1312784 2 0.0451 0.85982 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1069850 3 0.0771 0.71589 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1081332 3 0.4135 0.66800 0.128 0.000 0.804 0.044 0.024
#> SRR1406709 5 0.4672 0.45441 0.000 0.176 0.012 0.064 0.748
#> SRR1458529 5 0.5197 0.29953 0.000 0.316 0.000 0.064 0.620
#> SRR1332467 4 0.4193 0.76698 0.000 0.256 0.000 0.720 0.024
#> SRR1078278 1 0.4627 0.15622 0.544 0.000 0.444 0.012 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.5364 0.46598 0.000 0.572 0.000 0.064 0.364
#> SRR1333167 4 0.4767 0.78505 0.000 0.192 0.000 0.720 0.088
#> SRR1418492 2 0.2208 0.84952 0.000 0.908 0.000 0.020 0.072
#> SRR1476652 2 0.4960 0.63795 0.000 0.668 0.000 0.064 0.268
#> SRR1470624 2 0.0324 0.85905 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1081068 2 0.0566 0.86064 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1324473 2 0.3056 0.83378 0.000 0.864 0.000 0.068 0.068
#> SRR1420538 2 0.1364 0.86123 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1453747 5 0.7636 0.18329 0.000 0.332 0.072 0.180 0.416
#> SRR1403853 5 0.4924 0.47008 0.000 0.000 0.272 0.060 0.668
#> SRR1378707 2 0.2286 0.80894 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1083504 2 0.4719 0.66851 0.000 0.696 0.000 0.056 0.248
#> SRR1437598 2 0.0579 0.86134 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1376807 3 0.4924 0.24789 0.420 0.000 0.552 0.028 0.000
#> SRR1370107 2 0.4448 -0.15793 0.000 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR1369008 4 0.4851 0.73239 0.000 0.092 0.000 0.712 0.196
#> SRR1385672 5 0.4989 0.29053 0.000 0.000 0.416 0.032 0.552
#> SRR1430839 2 0.0324 0.86009 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1098098 2 0.0912 0.86279 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1473361 4 0.4629 0.76471 0.000 0.244 0.000 0.704 0.052
#> SRR1348507 2 0.0566 0.85971 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1090626 3 0.0703 0.71304 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1487704 5 0.5109 0.20787 0.000 0.000 0.460 0.036 0.504
#> SRR1344122 4 0.4730 0.73409 0.000 0.260 0.000 0.688 0.052
#> SRR1402027 3 0.0290 0.71672 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081493 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4106 0.64903 0.000 0.724 0.000 0.020 0.256
#> SRR816096 5 0.5560 0.09441 0.000 0.412 0.004 0.060 0.524
#> SRR1440809 2 0.2927 0.83756 0.000 0.872 0.000 0.068 0.060
#> SRR1406394 3 0.1942 0.68867 0.000 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR1317653 2 0.2411 0.83370 0.000 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1343072 3 0.3022 0.64217 0.004 0.000 0.848 0.012 0.136
#> SRR1336964 2 0.0324 0.85975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1358624 4 0.2020 0.83577 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1467194 2 0.0566 0.85962 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1459324 2 0.4252 0.39528 0.000 0.652 0.000 0.340 0.008
#> SRR1353118 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.4378 0.43544 0.000 0.000 0.716 0.036 0.248
#> SRR1487547 2 0.2629 0.80941 0.000 0.860 0.000 0.136 0.004
#> SRR1087752 3 0.3413 0.62307 0.000 0.000 0.832 0.044 0.124
#> SRR1091054 1 0.3495 0.76312 0.816 0.000 0.152 0.032 0.000
#> SRR1316343 5 0.4878 0.47628 0.000 0.000 0.264 0.060 0.676
#> SRR1073899 3 0.5009 0.59536 0.236 0.000 0.700 0.044 0.020
#> SRR1456093 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1399291 2 0.2793 0.81799 0.000 0.876 0.000 0.088 0.036
#> SRR1336863 4 0.4299 0.55466 0.000 0.388 0.000 0.608 0.004
#> SRR1456771 2 0.0566 0.85989 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1329663 4 0.5396 0.59338 0.000 0.072 0.000 0.588 0.340
#> SRR1445426 2 0.5423 0.40381 0.000 0.548 0.000 0.064 0.388
#> SRR1389932 1 0.2408 0.83468 0.892 0.000 0.092 0.016 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2473 0.67762 0.000 0.000 0.896 0.032 0.072
#> SRR1452222 4 0.2074 0.83598 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1468096 4 0.2561 0.82922 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1334011 5 0.5296 0.32002 0.000 0.280 0.000 0.084 0.636
#> SRR1444701 2 0.1211 0.86092 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1329687 1 0.1484 0.87677 0.944 0.000 0.048 0.008 0.000
#> SRR1092493 2 0.1956 0.84793 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1446265 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.5580 0.49523 0.000 0.256 0.096 0.008 0.640
#> SRR1410550 2 0.1597 0.84424 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1473209 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.1357 0.88676 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1083125 1 0.4409 0.62738 0.736 0.000 0.220 0.040 0.004
#> SRR1419495 2 0.1216 0.86163 0.000 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1090383 1 0.0290 0.90679 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4793 -0.01587 0.000 0.544 0.000 0.436 0.020
#> SRR1072578 3 0.0613 0.71723 0.004 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR1466091 2 0.0865 0.86034 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1090119 3 0.0290 0.71672 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337516 2 0.2012 0.85292 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060
#> SRR1498290 5 0.6855 0.40544 0.000 0.120 0.332 0.044 0.504
#> SRR1330770 5 0.3110 0.56555 0.000 0.000 0.080 0.060 0.860
#> SRR1489349 4 0.2124 0.83331 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1457336 2 0.6695 -0.11406 0.000 0.428 0.000 0.308 0.264
#> SRR1447481 2 0.0404 0.86022 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1102176 2 0.0992 0.85647 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1323215 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1466770 4 0.1965 0.83510 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1093366 2 0.1502 0.85507 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1434631 5 0.4035 0.54739 0.000 0.000 0.156 0.060 0.784
#> SRR1349190 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.1082 0.85697 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1099354 1 0.0510 0.90156 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.3888 0.79678 0.000 0.800 0.000 0.064 0.136
#> SRR1102998 2 0.3297 0.82769 0.000 0.848 0.000 0.068 0.084
#> SRR1444978 5 0.4654 0.11539 0.000 0.024 0.000 0.348 0.628
#> SRR1432165 4 0.2124 0.83331 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1441913 5 0.5078 0.47987 0.000 0.032 0.268 0.024 0.676
#> SRR1319038 4 0.4958 0.71538 0.000 0.084 0.000 0.692 0.224
#> SRR1338603 2 0.1732 0.84788 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1325620 1 0.0290 0.90868 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.1357 0.88685 0.948 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1322186 2 0.2012 0.85292 0.000 0.920 0.000 0.020 0.060
#> SRR1466687 4 0.5079 0.76250 0.000 0.136 0.000 0.700 0.164
#> SRR1478571 1 0.5546 0.07937 0.528 0.000 0.416 0.044 0.012
#> SRR1074337 5 0.5355 0.19766 0.000 0.420 0.032 0.012 0.536
#> SRR1420391 5 0.3722 0.53899 0.000 0.004 0.176 0.024 0.796
#> SRR1087704 3 0.4706 0.60907 0.220 0.000 0.724 0.044 0.012
#> SRR1464897 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0451 0.86085 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1337816 2 0.2928 0.83821 0.000 0.872 0.000 0.064 0.064
#> SRR1322070 4 0.3550 0.81194 0.000 0.184 0.000 0.796 0.020
#> SRR1476324 2 0.1357 0.85914 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1499652 5 0.3683 0.55099 0.000 0.056 0.048 0.048 0.848
#> SRR1356643 3 0.4249 0.54608 0.296 0.000 0.688 0.000 0.016
#> SRR1097708 3 0.4717 0.34129 0.396 0.000 0.584 0.000 0.020
#> SRR813529 3 0.0740 0.71823 0.004 0.000 0.980 0.008 0.008
#> SRR1352322 1 0.5163 0.28880 0.588 0.000 0.368 0.040 0.004
#> SRR1498661 1 0.0162 0.90959 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.1764 0.70668 0.064 0.000 0.928 0.000 0.008
#> SRR1390289 2 0.3346 0.82496 0.000 0.844 0.000 0.064 0.092
#> SRR1351955 2 0.1851 0.84408 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1336988 4 0.6272 0.46249 0.000 0.152 0.000 0.468 0.380
#> SRR1407000 5 0.4817 0.44881 0.000 0.000 0.300 0.044 0.656
#> SRR1367785 2 0.2511 0.84256 0.000 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR1470057 4 0.2648 0.82734 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1079567 1 0.0404 0.90776 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.3690 0.60343 0.224 0.000 0.764 0.012 0.000
#> SRR1388788 5 0.7006 -0.16965 0.000 0.288 0.008 0.312 0.392
#> SRR1396146 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.3851 0.64601 0.164 0.000 0.796 0.036 0.004
#> SRR1362514 2 0.2588 0.84269 0.000 0.892 0.000 0.060 0.048
#> SRR1454031 3 0.4655 0.07871 0.476 0.000 0.512 0.012 0.000
#> SRR1443399 4 0.5172 0.61193 0.000 0.060 0.000 0.616 0.324
#> SRR1101280 2 0.1117 0.85893 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1340680 2 0.3454 0.82187 0.000 0.836 0.000 0.064 0.100
#> SRR1488307 3 0.3246 0.63186 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1443800 2 0.0324 0.85975 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1317110 5 0.5578 0.29858 0.000 0.108 0.020 0.192 0.680
#> SRR1090334 2 0.3992 0.59282 0.000 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1338280 1 0.0162 0.90959 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.4561 0.04430 0.488 0.000 0.504 0.000 0.008
#> SRR1444523 1 0.4212 0.64652 0.736 0.000 0.236 0.024 0.004
#> SRR1310898 2 0.0955 0.85838 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1074314 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.4938 0.42757 0.000 0.004 0.324 0.036 0.636
#> SRR1320445 1 0.4025 0.57175 0.700 0.000 0.292 0.008 0.000
#> SRR1081116 1 0.5271 0.22690 0.568 0.000 0.384 0.044 0.004
#> SRR1333287 3 0.4885 0.06622 0.000 0.000 0.572 0.028 0.400
#> SRR1454821 4 0.2304 0.83485 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR1348792 5 0.7376 0.45054 0.000 0.216 0.272 0.048 0.464
#> SRR1393529 3 0.0290 0.71672 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1102224 3 0.2773 0.65041 0.000 0.000 0.868 0.020 0.112
#> SRR1074239 1 0.3236 0.77508 0.828 0.000 0.152 0.020 0.000
#> SRR1401774 5 0.2424 0.55964 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1413262 5 0.4360 0.46306 0.000 0.184 0.000 0.064 0.752
#> SRR1336227 5 0.5504 -0.13411 0.000 0.448 0.000 0.064 0.488
#> SRR1069991 1 0.0162 0.90958 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0510 0.90679 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0324 0.86009 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1341721 3 0.5347 0.33702 0.396 0.000 0.556 0.040 0.008
#> SRR1437514 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1012 0.86203 0.000 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1382461 1 0.0510 0.90679 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0510 0.71641 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1378262 1 0.0000 0.91048 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.5005 0.62842 0.000 0.660 0.000 0.064 0.276
#> SRR1073655 1 0.4560 0.00890 0.508 0.000 0.484 0.000 0.008
#> SRR1075729 1 0.1270 0.88661 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.4920 0.35217 0.000 0.000 0.384 0.032 0.584
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.5377 0.24742 0.548 0.000 0.336 0.000 0.004 0.112
#> SRR1330831 2 0.6299 0.30503 0.000 0.456 0.000 0.020 0.212 0.312
#> SRR1456250 5 0.2145 0.29640 0.000 0.004 0.040 0.012 0.916 0.028
#> SRR1433708 4 0.0935 0.75774 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1433902 1 0.0363 0.85913 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1485060 2 0.2221 0.76498 0.000 0.896 0.000 0.072 0.000 0.032
#> SRR1432783 2 0.0891 0.78089 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1398272 2 0.4141 0.70256 0.000 0.764 0.000 0.140 0.012 0.084
#> SRR1436583 4 0.4773 0.33909 0.000 0.404 0.000 0.548 0.004 0.044
#> SRR1420413 5 0.4737 0.19148 0.000 0.000 0.212 0.020 0.696 0.072
#> SRR1441768 1 0.0551 0.85820 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR1356976 4 0.1864 0.75025 0.000 0.032 0.000 0.924 0.004 0.040
#> SRR1466597 5 0.5005 0.15505 0.000 0.000 0.224 0.020 0.668 0.088
#> SRR1392456 5 0.6187 -0.03174 0.000 0.000 0.036 0.380 0.456 0.128
#> SRR1080951 1 0.0000 0.85829 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.5555 0.49879 0.212 0.000 0.576 0.004 0.000 0.208
#> SRR1457080 1 0.1910 0.82234 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1361814 4 0.6075 0.59341 0.000 0.212 0.004 0.604 0.084 0.096
#> SRR1404362 1 0.2110 0.82823 0.900 0.000 0.084 0.004 0.000 0.012
#> SRR1490635 2 0.4953 0.67241 0.000 0.688 0.000 0.020 0.108 0.184
#> SRR1343546 4 0.6053 0.53660 0.000 0.080 0.000 0.596 0.212 0.112
#> SRR1405921 2 0.0951 0.78941 0.000 0.968 0.000 0.004 0.008 0.020
#> SRR1362928 4 0.2007 0.75304 0.000 0.044 0.000 0.916 0.004 0.036
#> SRR1089207 1 0.4624 0.65898 0.700 0.000 0.184 0.004 0.000 0.112
#> SRR1084505 1 0.2848 0.75880 0.828 0.000 0.160 0.004 0.000 0.008
#> SRR1376476 4 0.6860 0.31238 0.000 0.284 0.000 0.432 0.064 0.220
#> SRR1318208 1 0.0260 0.85922 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470513 3 0.5017 0.59802 0.060 0.000 0.660 0.000 0.032 0.248
#> SRR1397781 1 0.1141 0.85039 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1386753 2 0.0508 0.78295 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1334055 2 0.0865 0.78693 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1329131 2 0.5361 0.48184 0.000 0.648 0.000 0.032 0.212 0.108
#> SRR1120891 1 0.2213 0.81559 0.888 0.000 0.100 0.004 0.000 0.008
#> SRR1337495 4 0.1624 0.74227 0.000 0.020 0.000 0.936 0.004 0.040
#> SRR1102198 5 0.3149 0.24324 0.000 0.012 0.020 0.016 0.852 0.100
#> SRR1473232 5 0.4830 0.18431 0.000 0.000 0.204 0.020 0.692 0.084
#> SRR1410634 3 0.5374 -0.11740 0.000 0.000 0.504 0.000 0.380 0.116
#> SRR1353332 2 0.1700 0.76686 0.000 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1362332 4 0.4865 0.64853 0.000 0.024 0.000 0.704 0.168 0.104
#> SRR816794 1 0.0000 0.85829 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.4380 0.67531 0.000 0.200 0.000 0.724 0.012 0.064
#> SRR1353577 5 0.4515 0.06780 0.000 0.000 0.280 0.000 0.656 0.064
#> SRR1077380 4 0.1624 0.74227 0.000 0.020 0.000 0.936 0.004 0.040
#> SRR1407693 3 0.5749 0.26370 0.396 0.000 0.488 0.004 0.016 0.096
#> SRR1430088 2 0.8203 -0.70430 0.000 0.280 0.176 0.032 0.264 0.248
#> SRR1311464 2 0.3136 0.75427 0.000 0.796 0.000 0.000 0.016 0.188
#> SRR1327454 2 0.4392 0.58022 0.000 0.680 0.000 0.256 0.000 0.064
#> SRR1342806 1 0.0632 0.85716 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1388437 1 0.5661 0.16188 0.476 0.000 0.384 0.004 0.000 0.136
#> SRR1085235 3 0.4661 0.57937 0.024 0.000 0.688 0.000 0.048 0.240
#> SRR1357692 3 0.4931 0.15760 0.000 0.000 0.592 0.000 0.324 0.084
#> SRR1430703 5 0.4144 0.18384 0.000 0.000 0.200 0.000 0.728 0.072
#> SRR1086020 2 0.1700 0.77609 0.000 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1334181 4 0.1777 0.75872 0.000 0.044 0.000 0.928 0.004 0.024
#> SRR1087271 2 0.2066 0.76810 0.000 0.908 0.000 0.040 0.000 0.052
#> SRR812721 3 0.5384 0.51943 0.184 0.000 0.604 0.004 0.000 0.208
#> SRR819486 1 0.2702 0.82059 0.868 0.000 0.092 0.004 0.000 0.036
#> SRR1465248 2 0.1765 0.77221 0.000 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> SRR1334134 1 0.2494 0.81154 0.864 0.000 0.016 0.000 0.000 0.120
#> SRR1479306 1 0.0909 0.85499 0.968 0.000 0.020 0.000 0.000 0.012
#> SRR1339065 4 0.5650 0.31375 0.000 0.004 0.000 0.516 0.332 0.148
#> SRR1318624 2 0.2201 0.77543 0.000 0.900 0.000 0.048 0.000 0.052
#> SRR1467544 4 0.4650 0.65033 0.000 0.016 0.000 0.716 0.172 0.096
#> SRR1476384 2 0.1549 0.77286 0.000 0.936 0.000 0.020 0.000 0.044
#> SRR1395788 1 0.3566 0.76944 0.788 0.000 0.056 0.000 0.000 0.156
#> SRR1406478 2 0.1176 0.77962 0.000 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1466278 1 0.0363 0.85723 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1375158 5 0.3986 0.17255 0.000 0.024 0.008 0.016 0.764 0.188
#> SRR1080222 1 0.6022 -0.11402 0.432 0.000 0.356 0.000 0.004 0.208
#> SRR1361777 4 0.4697 0.12465 0.000 0.432 0.000 0.528 0.004 0.036
#> SRR1405311 4 0.5345 0.57777 0.000 0.028 0.000 0.648 0.208 0.116
#> SRR1340531 1 0.0865 0.85583 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1327527 4 0.1511 0.75792 0.000 0.044 0.000 0.940 0.004 0.012
#> SRR1407018 1 0.0436 0.85868 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1090431 2 0.4650 0.57323 0.000 0.716 0.000 0.016 0.172 0.096
#> SRR1498505 2 0.4827 0.62821 0.000 0.696 0.000 0.012 0.164 0.128
#> SRR1419941 5 0.5819 -0.09239 0.000 0.000 0.364 0.020 0.500 0.116
#> SRR1313625 3 0.4591 0.56524 0.004 0.000 0.688 0.000 0.084 0.224
#> SRR1365377 3 0.5571 -0.20979 0.000 0.000 0.464 0.004 0.412 0.120
#> SRR1092749 1 0.1956 0.83803 0.908 0.000 0.008 0.004 0.000 0.080
#> SRR1389366 3 0.4652 0.21490 0.000 0.000 0.640 0.000 0.288 0.072
#> SRR1359509 2 0.2492 0.78071 0.000 0.876 0.000 0.004 0.020 0.100
#> SRR1444043 5 0.4922 0.17949 0.000 0.000 0.204 0.020 0.684 0.092
#> SRR1500071 2 0.4910 0.61867 0.000 0.620 0.000 0.016 0.052 0.312
#> SRR1078948 3 0.4357 0.57026 0.000 0.000 0.700 0.000 0.076 0.224
#> SRR1099765 1 0.0146 0.85860 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR818523 3 0.5330 0.52449 0.176 0.000 0.612 0.004 0.000 0.208
#> SRR807751 1 0.1606 0.84272 0.932 0.000 0.056 0.004 0.000 0.008
#> SRR1379157 2 0.1767 0.78151 0.000 0.932 0.000 0.020 0.012 0.036
#> SRR1323002 4 0.3960 0.66784 0.000 0.220 0.000 0.736 0.004 0.040
#> SRR1343698 2 0.6062 0.44235 0.000 0.528 0.000 0.020 0.208 0.244
#> SRR1330176 1 0.2264 0.82096 0.888 0.000 0.096 0.004 0.000 0.012
#> SRR1329530 1 0.0363 0.85953 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081813 3 0.1219 0.63347 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1487403 3 0.4509 0.58731 0.104 0.000 0.712 0.004 0.000 0.180
#> SRR1409046 3 0.0405 0.63152 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1474000 5 0.2351 0.29320 0.000 0.000 0.036 0.012 0.900 0.052
#> SRR1500131 5 0.5051 0.18359 0.000 0.000 0.188 0.036 0.688 0.088
#> SRR1415854 1 0.6242 -0.22580 0.400 0.000 0.372 0.000 0.012 0.216
#> SRR1387286 5 0.2389 0.29013 0.000 0.012 0.024 0.020 0.908 0.036
#> SRR1362664 2 0.3945 0.74681 0.000 0.764 0.000 0.028 0.024 0.184
#> SRR1097525 3 0.4945 0.55429 0.128 0.000 0.660 0.004 0.000 0.208
#> SRR1432231 2 0.4253 0.72322 0.000 0.732 0.000 0.040 0.020 0.208
#> SRR1500516 1 0.1863 0.82813 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1098660 1 0.0260 0.85937 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1392097 3 0.5597 0.51479 0.260 0.000 0.560 0.004 0.000 0.176
#> SRR809565 3 0.4973 0.58179 0.048 0.000 0.672 0.000 0.044 0.236
#> SRR1476974 1 0.2214 0.82230 0.892 0.000 0.092 0.004 0.000 0.012
#> SRR1360258 2 0.4389 0.66342 0.000 0.668 0.000 0.008 0.036 0.288
#> SRR1310876 4 0.3130 0.73340 0.000 0.144 0.000 0.824 0.004 0.028
#> SRR1404951 2 0.1700 0.77139 0.000 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1374355 2 0.1387 0.78574 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1499260 2 0.1668 0.78918 0.000 0.928 0.000 0.008 0.004 0.060
#> SRR1485700 1 0.0146 0.85888 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.4650 0.68962 0.000 0.188 0.000 0.720 0.040 0.052
#> SRR1395682 5 0.6363 -0.07358 0.000 0.240 0.000 0.016 0.412 0.332
#> SRR1362579 1 0.0865 0.85547 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1328528 2 0.1297 0.77561 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR1473100 1 0.4593 0.08791 0.512 0.000 0.456 0.004 0.000 0.028
#> SRR1340966 2 0.1075 0.78735 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1323873 3 0.1480 0.63488 0.000 0.000 0.940 0.000 0.020 0.040
#> SRR1475233 2 0.1789 0.77233 0.000 0.924 0.000 0.044 0.000 0.032
#> SRR1400008 3 0.1720 0.60176 0.000 0.000 0.928 0.000 0.032 0.040
#> SRR1338489 4 0.1793 0.75133 0.000 0.032 0.000 0.928 0.004 0.036
#> SRR1439697 3 0.2094 0.62540 0.004 0.000 0.908 0.000 0.024 0.064
#> SRR1329642 2 0.1408 0.77735 0.000 0.944 0.000 0.020 0.000 0.036
#> SRR1341945 2 0.1434 0.77231 0.000 0.940 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR1418262 2 0.3587 0.70135 0.000 0.792 0.000 0.140 0.000 0.068
#> SRR1458380 2 0.5564 0.56512 0.000 0.572 0.000 0.028 0.088 0.312
#> SRR1400489 2 0.6844 0.28279 0.000 0.440 0.000 0.080 0.168 0.312
#> SRR1416455 2 0.3891 0.75023 0.000 0.768 0.000 0.064 0.004 0.164
#> SRR1477292 4 0.1624 0.74227 0.000 0.020 0.000 0.936 0.004 0.040
#> SRR1096924 5 0.6220 -0.00245 0.000 0.204 0.000 0.024 0.500 0.272
#> SRR1308269 2 0.3660 0.74260 0.000 0.772 0.000 0.004 0.036 0.188
#> SRR1367172 3 0.2538 0.63708 0.016 0.000 0.860 0.000 0.000 0.124
#> SRR1085259 3 0.2300 0.62316 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1477732 1 0.1268 0.85208 0.952 0.000 0.036 0.004 0.000 0.008
#> SRR1356509 4 0.5515 0.66729 0.000 0.164 0.000 0.664 0.072 0.100
#> SRR1323446 1 0.2214 0.82132 0.892 0.000 0.092 0.004 0.000 0.012
#> SRR1368094 1 0.4553 0.33409 0.580 0.000 0.384 0.004 0.000 0.032
#> SRR1378924 1 0.0146 0.85900 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092397 1 0.0865 0.85623 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1458574 1 0.0260 0.85754 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1331405 1 0.1663 0.83344 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1455741 4 0.2009 0.75335 0.000 0.040 0.000 0.916 0.004 0.040
#> SRR1100395 1 0.4814 0.49399 0.644 0.000 0.256 0.000 0.000 0.100
#> SRR1327570 2 0.5907 0.47950 0.000 0.540 0.000 0.020 0.156 0.284
#> SRR1341209 3 0.0508 0.62908 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1436280 5 0.2475 0.29152 0.000 0.000 0.036 0.012 0.892 0.060
#> SRR1312666 4 0.2641 0.74824 0.000 0.048 0.000 0.876 0.004 0.072
#> SRR810153 3 0.5706 0.38073 0.296 0.000 0.528 0.004 0.000 0.172
#> SRR1467943 3 0.3154 0.61329 0.012 0.000 0.800 0.004 0.000 0.184
#> SRR808638 3 0.0820 0.62300 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1099451 6 0.8113 0.92551 0.000 0.108 0.284 0.048 0.252 0.308
#> SRR1082238 3 0.5175 0.45443 0.308 0.000 0.588 0.004 0.000 0.100
#> SRR1404186 2 0.6379 0.49551 0.000 0.536 0.000 0.056 0.188 0.220
#> SRR1479721 1 0.2860 0.79261 0.852 0.000 0.100 0.000 0.000 0.048
#> SRR1480721 4 0.1268 0.75771 0.000 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008
#> SRR1446716 4 0.1864 0.75025 0.000 0.032 0.000 0.924 0.004 0.040
#> SRR1073971 2 0.2695 0.77182 0.000 0.844 0.000 0.008 0.004 0.144
#> SRR1410404 1 0.0000 0.85829 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0260 0.85754 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1367410 3 0.3614 0.60868 0.000 0.000 0.752 0.000 0.028 0.220
#> SRR1316463 5 0.3525 0.22320 0.000 0.004 0.180 0.000 0.784 0.032
#> SRR1103072 4 0.5599 0.37821 0.000 0.008 0.004 0.544 0.332 0.112
#> SRR1420129 2 0.1297 0.78403 0.000 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR1382639 2 0.4565 0.56030 0.000 0.680 0.000 0.244 0.004 0.072
#> SRR1356997 5 0.6036 0.05892 0.000 0.000 0.200 0.064 0.596 0.140
#> SRR1409326 4 0.6352 0.49401 0.000 0.236 0.000 0.552 0.132 0.080
#> SRR1485020 2 0.1225 0.77533 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1387113 2 0.3390 0.74804 0.000 0.780 0.000 0.008 0.012 0.200
#> SRR1336205 1 0.1714 0.83488 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1343414 2 0.2905 0.76971 0.000 0.836 0.000 0.008 0.012 0.144
#> SRR1319502 1 0.0937 0.85608 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1471291 4 0.3529 0.72956 0.000 0.152 0.000 0.800 0.008 0.040
#> SRR1105033 3 0.1334 0.61525 0.000 0.000 0.948 0.000 0.020 0.032
#> SRR1077066 2 0.3466 0.75640 0.000 0.820 0.000 0.072 0.008 0.100
#> SRR1099931 3 0.5508 0.50194 0.212 0.000 0.584 0.004 0.000 0.200
#> SRR1069943 1 0.3473 0.75368 0.804 0.000 0.144 0.004 0.000 0.048
#> SRR1360194 2 0.3577 0.74111 0.000 0.772 0.000 0.012 0.016 0.200
#> SRR814108 3 0.4918 0.16586 0.000 0.000 0.596 0.000 0.320 0.084
#> SRR1410699 2 0.5078 0.62288 0.000 0.648 0.000 0.156 0.004 0.192
#> SRR1405461 4 0.1864 0.75025 0.000 0.032 0.000 0.924 0.004 0.040
#> SRR1323312 5 0.7157 -0.08066 0.000 0.212 0.000 0.092 0.364 0.332
#> SRR1467171 1 0.0363 0.85799 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1396742 1 0.0551 0.85820 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR1342960 1 0.0260 0.85754 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370701 1 0.2454 0.80769 0.876 0.000 0.104 0.004 0.000 0.016
#> SRR1383674 3 0.4537 0.26287 0.000 0.000 0.664 0.000 0.264 0.072
#> SRR1442440 4 0.2563 0.75471 0.000 0.084 0.000 0.880 0.008 0.028
#> SRR1404461 3 0.4916 0.57715 0.028 0.000 0.664 0.000 0.056 0.252
#> SRR1336617 2 0.1856 0.79105 0.000 0.920 0.000 0.032 0.000 0.048
#> SRR1097811 3 0.4015 0.62331 0.036 0.000 0.744 0.000 0.012 0.208
#> SRR1475785 1 0.1564 0.84864 0.936 0.000 0.040 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347916 2 0.4377 0.65669 0.000 0.660 0.000 0.008 0.032 0.300
#> SRR1477522 2 0.0603 0.78481 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1098002 3 0.2420 0.62086 0.004 0.000 0.888 0.000 0.032 0.076
#> SRR1077667 1 0.0291 0.85950 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.1643 0.78627 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1354035 1 0.1297 0.84631 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1394384 5 0.7708 -0.35526 0.000 0.288 0.072 0.036 0.356 0.248
#> SRR1364975 3 0.1934 0.60648 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044 0.040
#> SRR1472259 3 0.2437 0.61692 0.004 0.000 0.888 0.000 0.036 0.072
#> SRR1390179 3 0.2890 0.63012 0.012 0.000 0.860 0.000 0.032 0.096
#> SRR1312784 2 0.1461 0.77467 0.000 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1069850 3 0.1074 0.62572 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1081332 3 0.5040 0.58167 0.092 0.000 0.656 0.000 0.016 0.236
#> SRR1406709 5 0.5099 0.11184 0.000 0.076 0.000 0.036 0.672 0.216
#> SRR1458529 5 0.5919 0.01991 0.000 0.160 0.000 0.020 0.540 0.280
#> SRR1332467 4 0.3848 0.68460 0.000 0.204 0.000 0.752 0.004 0.040
#> SRR1078278 3 0.4661 0.03741 0.464 0.000 0.500 0.004 0.000 0.032
#> SRR1083868 1 0.0000 0.85829 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.6506 0.23556 0.000 0.408 0.000 0.024 0.248 0.320
#> SRR1333167 4 0.4074 0.73687 0.000 0.132 0.000 0.780 0.060 0.028
#> SRR1418492 2 0.3652 0.73628 0.000 0.760 0.000 0.008 0.020 0.212
#> SRR1476652 2 0.6240 0.37389 0.000 0.464 0.000 0.024 0.176 0.336
#> SRR1470624 2 0.1007 0.78723 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1081068 2 0.0909 0.78323 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1324473 2 0.3935 0.68365 0.000 0.692 0.000 0.008 0.012 0.288
#> SRR1420538 2 0.3253 0.75597 0.000 0.788 0.000 0.020 0.000 0.192
#> SRR1453747 2 0.8677 -0.47373 0.000 0.248 0.084 0.196 0.232 0.240
#> SRR1403853 5 0.5038 0.18779 0.000 0.000 0.180 0.036 0.692 0.092
#> SRR1378707 2 0.3099 0.74959 0.000 0.848 0.000 0.008 0.084 0.060
#> SRR1083504 2 0.5974 0.46277 0.000 0.524 0.000 0.020 0.160 0.296
#> SRR1437598 2 0.2400 0.77772 0.000 0.872 0.000 0.008 0.004 0.116
#> SRR1376807 3 0.5018 0.59685 0.156 0.000 0.680 0.004 0.008 0.152
#> SRR1370107 4 0.4732 0.47943 0.000 0.360 0.000 0.588 0.004 0.048
#> SRR1369008 4 0.4101 0.68579 0.000 0.032 0.000 0.768 0.160 0.040
#> SRR1385672 5 0.4120 0.18742 0.000 0.000 0.204 0.000 0.728 0.068
#> SRR1430839 2 0.0405 0.78280 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1098098 2 0.1606 0.78985 0.000 0.932 0.000 0.008 0.004 0.056
#> SRR1473361 4 0.4931 0.70006 0.000 0.164 0.000 0.708 0.040 0.088
#> SRR1348507 2 0.1003 0.77875 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1090626 3 0.0717 0.62478 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1487704 5 0.4570 0.07570 0.000 0.000 0.292 0.000 0.644 0.064
#> SRR1344122 4 0.4667 0.68801 0.000 0.164 0.000 0.720 0.020 0.096
#> SRR1402027 3 0.0692 0.63005 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1081493 1 0.0914 0.85782 0.968 0.000 0.016 0.000 0.000 0.016
#> SRR1076940 2 0.4825 0.55735 0.000 0.700 0.000 0.032 0.200 0.068
#> SRR816096 5 0.7521 -0.26110 0.000 0.220 0.036 0.056 0.360 0.328
#> SRR1440809 2 0.3961 0.68769 0.000 0.700 0.000 0.008 0.016 0.276
#> SRR1406394 3 0.2436 0.56210 0.000 0.000 0.880 0.000 0.088 0.032
#> SRR1317653 2 0.2928 0.75701 0.000 0.856 0.000 0.084 0.004 0.056
#> SRR1343072 3 0.4931 0.15760 0.000 0.000 0.592 0.000 0.324 0.084
#> SRR1336964 2 0.1411 0.78766 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1358624 4 0.1552 0.74473 0.000 0.020 0.000 0.940 0.004 0.036
#> SRR1467194 2 0.1500 0.77202 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR1459324 2 0.4968 0.26044 0.000 0.576 0.000 0.352 0.004 0.068
#> SRR1353118 1 0.0937 0.85586 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1083678 3 0.4330 0.30465 0.000 0.000 0.696 0.000 0.236 0.068
#> SRR1487547 2 0.3138 0.74357 0.000 0.840 0.000 0.096 0.004 0.060
#> SRR1087752 3 0.3796 0.44529 0.000 0.000 0.764 0.000 0.176 0.060
#> SRR1091054 1 0.4213 0.61286 0.708 0.000 0.240 0.004 0.000 0.048
#> SRR1316343 5 0.5038 0.18411 0.000 0.000 0.180 0.036 0.692 0.092
#> SRR1073899 3 0.6196 0.49850 0.232 0.000 0.512 0.000 0.024 0.232
#> SRR1456093 4 0.1708 0.74564 0.000 0.024 0.000 0.932 0.004 0.040
#> SRR1399291 2 0.2384 0.76144 0.000 0.888 0.000 0.064 0.000 0.048
#> SRR1336863 4 0.4449 0.58653 0.000 0.284 0.000 0.664 0.004 0.048
#> SRR1456771 2 0.2146 0.77974 0.000 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR1329663 4 0.5327 0.54438 0.000 0.016 0.000 0.632 0.224 0.128
#> SRR1445426 2 0.6509 0.12203 0.000 0.376 0.000 0.020 0.272 0.332
#> SRR1389932 1 0.4040 0.67780 0.756 0.000 0.132 0.000 0.000 0.112
#> SRR1353948 1 0.0260 0.85922 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1348094 3 0.2265 0.58769 0.000 0.000 0.896 0.000 0.052 0.052
#> SRR1452222 4 0.1788 0.74703 0.000 0.028 0.000 0.928 0.004 0.040
#> SRR1468096 4 0.2883 0.75584 0.000 0.092 0.000 0.860 0.008 0.040
#> SRR1334011 5 0.6185 0.02086 0.000 0.100 0.000 0.064 0.524 0.312
#> SRR1444701 2 0.2848 0.76381 0.000 0.828 0.000 0.008 0.004 0.160
#> SRR1329687 1 0.2190 0.81870 0.900 0.000 0.060 0.000 0.000 0.040
#> SRR1092493 2 0.2613 0.77659 0.000 0.848 0.000 0.012 0.000 0.140
#> SRR1446265 1 0.1765 0.82937 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1388722 1 0.1957 0.81992 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1464432 5 0.5868 -0.11786 0.000 0.212 0.004 0.004 0.536 0.244
#> SRR1410550 2 0.1908 0.77058 0.000 0.916 0.000 0.028 0.000 0.056
#> SRR1473209 1 0.0547 0.85909 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1101741 1 0.2631 0.78955 0.856 0.000 0.128 0.004 0.000 0.012
#> SRR1083125 1 0.5606 0.14143 0.512 0.000 0.324 0.000 0.000 0.164
#> SRR1419495 2 0.2655 0.77337 0.000 0.848 0.000 0.008 0.004 0.140
#> SRR1090383 1 0.0622 0.85764 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328980 4 0.5411 0.30647 0.000 0.420 0.000 0.488 0.012 0.080
#> SRR1072578 3 0.2003 0.63424 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1466091 2 0.1196 0.78660 0.000 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008
#> SRR1090119 3 0.0777 0.63004 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1337516 2 0.3296 0.75298 0.000 0.792 0.000 0.008 0.012 0.188
#> SRR1498290 3 0.7894 -0.91758 0.000 0.084 0.304 0.040 0.276 0.296
#> SRR1330770 5 0.4179 0.23854 0.000 0.000 0.052 0.060 0.784 0.104
#> SRR1489349 4 0.1708 0.74564 0.000 0.024 0.000 0.932 0.004 0.040
#> SRR1457336 2 0.7612 0.00590 0.000 0.336 0.000 0.232 0.188 0.244
#> SRR1447481 2 0.1152 0.78958 0.000 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1102176 2 0.1780 0.76847 0.000 0.924 0.000 0.028 0.000 0.048
#> SRR1323215 4 0.1624 0.74227 0.000 0.020 0.000 0.936 0.004 0.040
#> SRR1466770 4 0.1624 0.74227 0.000 0.020 0.000 0.936 0.004 0.040
#> SRR1093366 2 0.1856 0.76823 0.000 0.920 0.000 0.032 0.000 0.048
#> SRR1434631 5 0.4671 0.20798 0.000 0.000 0.116 0.040 0.740 0.104
#> SRR1349190 1 0.1910 0.82606 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1086164 1 0.0260 0.85895 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477339 2 0.1564 0.77084 0.000 0.936 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1099354 1 0.0993 0.85371 0.964 0.000 0.024 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470855 2 0.5048 0.59981 0.000 0.604 0.000 0.012 0.068 0.316
#> SRR1102998 2 0.4341 0.66454 0.000 0.668 0.000 0.008 0.032 0.292
#> SRR1444978 5 0.6087 -0.06325 0.000 0.004 0.004 0.388 0.416 0.188
#> SRR1432165 4 0.1268 0.75771 0.000 0.036 0.000 0.952 0.004 0.008
#> SRR1441913 5 0.7218 -0.38956 0.000 0.048 0.136 0.056 0.468 0.292
#> SRR1319038 4 0.4705 0.64528 0.000 0.016 0.000 0.712 0.168 0.104
#> SRR1338603 2 0.1789 0.77512 0.000 0.924 0.000 0.032 0.000 0.044
#> SRR1325620 1 0.1464 0.85605 0.944 0.000 0.016 0.004 0.000 0.036
#> SRR1320490 1 0.4329 0.70780 0.736 0.000 0.148 0.004 0.000 0.112
#> SRR1322186 2 0.3623 0.73779 0.000 0.764 0.000 0.008 0.020 0.208
#> SRR1466687 4 0.4948 0.68563 0.000 0.060 0.000 0.720 0.132 0.088
#> SRR1478571 1 0.5918 0.04002 0.480 0.000 0.316 0.000 0.004 0.200
#> SRR1074337 5 0.7010 -0.22038 0.000 0.256 0.032 0.016 0.384 0.312
#> SRR1420391 5 0.2152 0.29472 0.000 0.000 0.036 0.012 0.912 0.040
#> SRR1087704 3 0.6345 0.47940 0.244 0.000 0.488 0.000 0.028 0.240
#> SRR1464897 1 0.0146 0.85860 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473915 2 0.1088 0.78572 0.000 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016
#> SRR1337816 2 0.3853 0.69674 0.000 0.708 0.000 0.008 0.012 0.272
#> SRR1322070 4 0.2288 0.75044 0.000 0.116 0.000 0.876 0.004 0.004
#> SRR1476324 2 0.1563 0.78973 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000 0.056
#> SRR1499652 5 0.2505 0.26722 0.000 0.016 0.004 0.012 0.888 0.080
#> SRR1356643 3 0.4980 0.58506 0.172 0.000 0.692 0.000 0.024 0.112
#> SRR1097708 3 0.5463 0.50470 0.292 0.000 0.592 0.000 0.024 0.092
#> SRR813529 3 0.1340 0.63805 0.008 0.000 0.948 0.000 0.004 0.040
#> SRR1352322 1 0.5404 0.21314 0.548 0.000 0.312 0.000 0.000 0.140
#> SRR1498661 1 0.0436 0.85964 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1075078 3 0.2699 0.64240 0.020 0.000 0.864 0.000 0.008 0.108
#> SRR1390289 2 0.5133 0.60059 0.000 0.608 0.000 0.028 0.052 0.312
#> SRR1351955 2 0.1794 0.77425 0.000 0.924 0.000 0.036 0.000 0.040
#> SRR1336988 4 0.5411 0.54979 0.000 0.028 0.000 0.632 0.232 0.108
#> SRR1407000 5 0.5669 0.04089 0.000 0.000 0.256 0.044 0.604 0.096
#> SRR1367785 2 0.3615 0.76472 0.000 0.796 0.000 0.060 0.004 0.140
#> SRR1470057 4 0.2821 0.74615 0.000 0.096 0.000 0.860 0.004 0.040
#> SRR1079567 1 0.0551 0.85820 0.984 0.000 0.004 0.004 0.000 0.008
#> SRR1095675 3 0.4832 0.56091 0.116 0.000 0.672 0.004 0.000 0.208
#> SRR1388788 5 0.7793 -0.08094 0.000 0.196 0.004 0.260 0.296 0.244
#> SRR1396146 1 0.2003 0.81937 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1415173 3 0.4139 0.60104 0.036 0.000 0.700 0.000 0.004 0.260
#> SRR1362514 2 0.3231 0.75379 0.000 0.800 0.000 0.008 0.012 0.180
#> SRR1454031 3 0.5509 0.50594 0.204 0.000 0.584 0.004 0.000 0.208
#> SRR1443399 4 0.4786 0.61423 0.000 0.012 0.000 0.692 0.196 0.100
#> SRR1101280 2 0.1401 0.78728 0.000 0.948 0.000 0.020 0.004 0.028
#> SRR1340680 2 0.4763 0.63756 0.000 0.636 0.000 0.016 0.044 0.304
#> SRR1488307 3 0.3141 0.63676 0.048 0.000 0.836 0.004 0.000 0.112
#> SRR1443800 2 0.1225 0.77653 0.000 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1317110 5 0.6189 0.06148 0.000 0.036 0.004 0.216 0.560 0.184
#> SRR1090334 2 0.4922 0.43361 0.000 0.632 0.000 0.284 0.008 0.076
#> SRR1338280 1 0.0291 0.85885 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357456 3 0.5630 0.38333 0.352 0.000 0.532 0.004 0.012 0.100
#> SRR1444523 1 0.4901 0.42809 0.612 0.000 0.320 0.004 0.004 0.060
#> SRR1310898 2 0.1700 0.77591 0.000 0.928 0.000 0.024 0.000 0.048
#> SRR1074314 1 0.0000 0.85829 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0363 0.85799 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1321377 5 0.5948 -0.02019 0.000 0.000 0.276 0.052 0.568 0.104
#> SRR1320445 1 0.5547 0.22425 0.488 0.000 0.388 0.004 0.000 0.120
#> SRR1081116 1 0.5779 0.13302 0.512 0.000 0.304 0.000 0.004 0.180
#> SRR1333287 3 0.5720 -0.22487 0.000 0.000 0.492 0.020 0.388 0.100
#> SRR1454821 4 0.1552 0.75749 0.000 0.036 0.000 0.940 0.004 0.020
#> SRR1348792 6 0.8205 0.92408 0.000 0.116 0.264 0.052 0.280 0.288
#> SRR1393529 3 0.0547 0.63126 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1102224 3 0.3418 0.45378 0.000 0.000 0.784 0.000 0.184 0.032
#> SRR1074239 1 0.4579 0.53776 0.660 0.000 0.276 0.004 0.000 0.060
#> SRR1401774 5 0.2756 0.27368 0.000 0.000 0.020 0.032 0.876 0.072
#> SRR1413262 5 0.4568 0.14475 0.000 0.072 0.000 0.020 0.720 0.188
#> SRR1336227 5 0.6492 -0.03972 0.000 0.252 0.000 0.024 0.420 0.304
#> SRR1069991 1 0.1806 0.83926 0.908 0.000 0.004 0.000 0.000 0.088
#> SRR1091524 1 0.1644 0.84322 0.932 0.000 0.052 0.004 0.000 0.012
#> SRR1312577 2 0.0891 0.77973 0.000 0.968 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR1341721 3 0.6082 0.33716 0.352 0.000 0.464 0.000 0.016 0.168
#> SRR1437514 1 0.1141 0.85263 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1327505 2 0.2191 0.77684 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR1382461 1 0.1606 0.84211 0.932 0.000 0.056 0.004 0.000 0.008
#> SRR1361883 3 0.0508 0.63004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1378262 1 0.1075 0.85233 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1464812 2 0.6505 0.40135 0.000 0.480 0.000 0.044 0.196 0.280
#> SRR1073655 3 0.5450 0.21890 0.416 0.000 0.492 0.004 0.008 0.080
#> SRR1075729 1 0.2588 0.79575 0.860 0.000 0.124 0.004 0.000 0.012
#> SRR1397292 5 0.4039 0.18944 0.000 0.000 0.208 0.000 0.732 0.060
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.963 0.985 0.4851 0.517 0.517
#> 3 3 0.765 0.798 0.862 0.2451 0.808 0.634
#> 4 4 0.677 0.761 0.842 0.1254 0.915 0.768
#> 5 5 0.675 0.737 0.824 0.0755 0.900 0.705
#> 6 6 0.682 0.681 0.798 0.0530 0.910 0.686
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.7299 0.747 0.204 0.796
#> SRR1392456 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1353332 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.3584 0.916 0.068 0.932
#> SRR1077380 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1430703 2 0.6148 0.817 0.152 0.848
#> SRR1086020 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1313625 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.3879 0.908 0.076 0.924
#> SRR1092749 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.9710 0.353 0.400 0.600
#> SRR1359509 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.9732 0.342 0.404 0.596
#> SRR1338489 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.3274 0.925 0.060 0.940
#> SRR1082238 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.8144 0.654 0.748 0.252
#> SRR1077066 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.0938 0.977 0.988 0.012
#> SRR1410699 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.9710 0.353 0.400 0.600
#> SRR1442440 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.8763 0.570 0.704 0.296
#> SRR1472259 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.5629 0.845 0.132 0.868
#> SRR1430839 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.8499 0.610 0.724 0.276
#> SRR1487704 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1344122 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.9635 0.351 0.612 0.388
#> SRR1317653 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.9248 0.499 0.340 0.660
#> SRR1487547 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.9710 0.353 0.400 0.600
#> SRR1091054 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1348094 1 0.9833 0.245 0.576 0.424
#> SRR1452222 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.6887 0.776 0.184 0.816
#> SRR1330770 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0376 0.978 0.004 0.996
#> SRR1367785 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.7219 0.753 0.200 0.800
#> SRR1454821 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.9710 0.353 0.400 0.600
#> SRR1074239 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.989 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.982 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0892 0.9661 0.980 0.020 0.000
#> SRR1330831 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1456250 3 0.4555 0.5942 0.000 0.200 0.800
#> SRR1433708 3 0.2066 0.6747 0.000 0.060 0.940
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.6215 0.9115 0.000 0.572 0.428
#> SRR1432783 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1398272 2 0.6252 0.8838 0.000 0.556 0.444
#> SRR1436583 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1420413 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 3 0.4399 0.4871 0.000 0.188 0.812
#> SRR1466597 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
#> SRR1392456 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 3 0.2165 0.6728 0.000 0.064 0.936
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1343546 3 0.2448 0.6659 0.000 0.076 0.924
#> SRR1405921 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1362928 3 0.6299 -0.6979 0.000 0.476 0.524
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 3 0.2537 0.6628 0.000 0.080 0.920
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0424 0.9753 0.992 0.008 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1334055 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1329131 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 3 0.4062 0.5419 0.000 0.164 0.836
#> SRR1102198 3 0.1031 0.6846 0.000 0.024 0.976
#> SRR1473232 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
#> SRR1410634 3 0.8437 0.4196 0.200 0.180 0.620
#> SRR1353332 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1362332 3 0.0747 0.6856 0.000 0.016 0.984
#> SRR816794 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.2878 0.6471 0.000 0.096 0.904
#> SRR1353577 2 0.8222 0.7267 0.092 0.576 0.332
#> SRR1077380 3 0.3879 0.5649 0.000 0.152 0.848
#> SRR1407693 1 0.1031 0.9629 0.976 0.024 0.000
#> SRR1430088 2 0.7567 0.8213 0.048 0.576 0.376
#> SRR1311464 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1327454 3 0.6225 -0.5592 0.000 0.432 0.568
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.4555 0.8012 0.800 0.200 0.000
#> SRR1357692 3 0.6421 0.4750 0.004 0.424 0.572
#> SRR1430703 3 0.5115 0.5786 0.004 0.228 0.768
#> SRR1086020 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1334181 3 0.3879 0.5650 0.000 0.152 0.848
#> SRR1087271 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR812721 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 3 0.1860 0.6777 0.000 0.052 0.948
#> SRR1318624 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1467544 3 0.1411 0.6822 0.000 0.036 0.964
#> SRR1476384 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1080222 1 0.4121 0.8340 0.832 0.168 0.000
#> SRR1361777 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1405311 3 0.0747 0.6856 0.000 0.016 0.984
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 3 0.5327 0.1961 0.000 0.272 0.728
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1498505 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1419941 3 0.4750 0.5847 0.000 0.216 0.784
#> SRR1313625 1 0.6410 0.5285 0.576 0.420 0.004
#> SRR1365377 2 0.5948 -0.4142 0.000 0.640 0.360
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.4782 0.0132 0.164 0.820 0.016
#> SRR1359509 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1444043 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
#> SRR1500071 3 0.4399 0.4504 0.000 0.188 0.812
#> SRR1078948 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1323002 2 0.6215 0.9115 0.000 0.572 0.428
#> SRR1343698 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.4121 0.6197 0.000 0.168 0.832
#> SRR1500131 3 0.5291 0.5577 0.000 0.268 0.732
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1362664 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1310876 2 0.6235 0.8982 0.000 0.564 0.436
#> SRR1404951 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1374355 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1499260 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 3 0.4235 0.5165 0.000 0.176 0.824
#> SRR1395682 2 0.6215 0.9115 0.000 0.572 0.428
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1400008 2 0.7056 0.2126 0.404 0.572 0.024
#> SRR1338489 3 0.2878 0.6471 0.000 0.096 0.904
#> SRR1439697 1 0.4555 0.8012 0.800 0.200 0.000
#> SRR1329642 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1341945 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1418262 2 0.6252 0.8836 0.000 0.556 0.444
#> SRR1458380 3 0.4346 0.4958 0.000 0.184 0.816
#> SRR1400489 3 0.0747 0.6835 0.000 0.016 0.984
#> SRR1416455 3 0.6192 -0.5166 0.000 0.420 0.580
#> SRR1477292 3 0.2537 0.6629 0.000 0.080 0.920
#> SRR1096924 2 0.6225 0.8224 0.000 0.568 0.432
#> SRR1308269 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.1860 0.6777 0.000 0.052 0.948
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 3 0.4504 0.4658 0.000 0.196 0.804
#> SRR1100395 1 0.4062 0.8380 0.836 0.164 0.000
#> SRR1327570 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1341209 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.4974 0.5789 0.000 0.236 0.764
#> SRR1312666 3 0.2356 0.6684 0.000 0.072 0.928
#> SRR810153 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.8536 0.6580 0.124 0.576 0.300
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.6235 0.8981 0.000 0.564 0.436
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 3 0.4121 0.5335 0.000 0.168 0.832
#> SRR1446716 3 0.4062 0.5419 0.000 0.164 0.836
#> SRR1073971 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.5733 0.5276 0.000 0.324 0.676
#> SRR1103072 3 0.5465 0.1186 0.000 0.288 0.712
#> SRR1420129 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1382639 2 0.6305 0.7979 0.000 0.516 0.484
#> SRR1356997 3 0.4931 0.6004 0.000 0.232 0.768
#> SRR1409326 3 0.6309 -0.7524 0.000 0.496 0.504
#> SRR1485020 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1387113 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.6307 0.7889 0.000 0.512 0.488
#> SRR1105033 1 0.5591 0.5727 0.696 0.304 0.000
#> SRR1077066 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR814108 3 0.6587 0.4734 0.008 0.424 0.568
#> SRR1410699 3 0.2878 0.6471 0.000 0.096 0.904
#> SRR1405461 3 0.4346 0.4970 0.000 0.184 0.816
#> SRR1323312 3 0.4842 0.3766 0.000 0.224 0.776
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 1 0.8304 0.1027 0.504 0.416 0.080
#> SRR1442440 3 0.5810 -0.1498 0.000 0.336 0.664
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1477522 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1098002 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1364975 1 0.6008 0.4292 0.628 0.372 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1069850 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1458529 3 0.5810 -0.1101 0.000 0.336 0.664
#> SRR1332467 3 0.4452 0.4764 0.000 0.192 0.808
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.6192 0.9118 0.000 0.580 0.420
#> SRR1333167 3 0.2537 0.6629 0.000 0.080 0.920
#> SRR1418492 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1476652 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1470624 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1081068 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1324473 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1420538 3 0.6180 -0.5024 0.000 0.416 0.584
#> SRR1453747 3 0.0747 0.6856 0.000 0.016 0.984
#> SRR1403853 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
#> SRR1378707 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1083504 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1437598 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 3 0.6286 -0.6627 0.000 0.464 0.536
#> SRR1369008 3 0.3941 0.5575 0.000 0.156 0.844
#> SRR1385672 3 0.6276 0.5561 0.040 0.224 0.736
#> SRR1430839 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1098098 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1473361 3 0.1289 0.6831 0.000 0.032 0.968
#> SRR1348507 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1090626 1 0.6062 0.3996 0.616 0.384 0.000
#> SRR1487704 2 0.4842 0.5436 0.000 0.776 0.224
#> SRR1344122 3 0.0237 0.6852 0.000 0.004 0.996
#> SRR1402027 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR816096 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1440809 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1406394 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1343072 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
#> SRR1336964 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1358624 3 0.2261 0.6706 0.000 0.068 0.932
#> SRR1467194 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1459324 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.8125 0.2844 0.340 0.576 0.084
#> SRR1487547 2 0.6302 0.8069 0.000 0.520 0.480
#> SRR1087752 2 0.6848 0.2000 0.416 0.568 0.016
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.3816 0.6259 0.000 0.148 0.852
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 3 0.2959 0.6424 0.000 0.100 0.900
#> SRR1399291 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1336863 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1456771 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1329663 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1445426 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.6520 -0.0211 0.488 0.508 0.004
#> SRR1452222 3 0.3619 0.5917 0.000 0.136 0.864
#> SRR1468096 3 0.3752 0.5787 0.000 0.144 0.856
#> SRR1334011 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1444701 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1410550 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0237 0.9783 0.996 0.004 0.000
#> SRR1419495 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1090119 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1498290 2 0.8873 0.5049 0.200 0.576 0.224
#> SRR1330770 3 0.6168 0.4827 0.000 0.412 0.588
#> SRR1489349 3 0.2066 0.6747 0.000 0.060 0.940
#> SRR1457336 3 0.0000 0.6855 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1102176 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1323215 3 0.2356 0.6685 0.000 0.072 0.928
#> SRR1466770 3 0.2537 0.6629 0.000 0.080 0.920
#> SRR1093366 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1434631 3 0.3038 0.6490 0.000 0.104 0.896
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1102998 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1444978 3 0.2711 0.6550 0.000 0.088 0.912
#> SRR1432165 3 0.2878 0.6471 0.000 0.096 0.904
#> SRR1441913 3 0.5291 0.2133 0.000 0.268 0.732
#> SRR1319038 3 0.0892 0.6851 0.000 0.020 0.980
#> SRR1338603 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1466687 3 0.0000 0.6855 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1420391 3 0.2711 0.6549 0.000 0.088 0.912
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1337816 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1322070 3 0.2537 0.6629 0.000 0.080 0.920
#> SRR1476324 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1499652 2 0.6260 0.7916 0.000 0.552 0.448
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 3 0.2356 0.6645 0.000 0.072 0.928
#> SRR1351955 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1336988 3 0.2625 0.6596 0.000 0.084 0.916
#> SRR1407000 3 0.4654 0.5880 0.000 0.208 0.792
#> SRR1367785 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1470057 3 0.6168 -0.4873 0.000 0.412 0.588
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 3 0.3116 0.6322 0.000 0.108 0.892
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.0237 0.6852 0.000 0.004 0.996
#> SRR1101280 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1340680 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1317110 3 0.1031 0.6820 0.000 0.024 0.976
#> SRR1090334 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.5363 0.1780 0.000 0.276 0.724
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.8873 0.5049 0.200 0.576 0.224
#> SRR1454821 3 0.2448 0.6658 0.000 0.076 0.924
#> SRR1348792 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.7043 0.2168 0.400 0.576 0.024
#> SRR1074239 1 0.1860 0.9401 0.948 0.052 0.000
#> SRR1401774 3 0.1529 0.6761 0.000 0.040 0.960
#> SRR1413262 2 0.6305 0.6814 0.000 0.516 0.484
#> SRR1336227 2 0.6260 0.8522 0.000 0.552 0.448
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.6204 0.9177 0.000 0.576 0.424
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.6225 0.9048 0.000 0.568 0.432
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9812 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.6204 0.4767 0.000 0.424 0.576
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.3494 0.8226 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1456250 3 0.5062 0.6329 0.000 0.064 0.752 0.184
#> SRR1433708 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.2530 0.7582 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1432783 2 0.3873 0.8243 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1398272 4 0.2281 0.7761 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1436583 4 0.3074 0.7070 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1420413 3 0.1792 0.6161 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1441768 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0469 0.8397 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466597 3 0.4477 0.4294 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1392456 4 0.0592 0.8291 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1080951 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0188 0.8401 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1404362 1 0.3172 0.8918 0.840 0.160 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1343546 4 0.0469 0.8358 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1405921 2 0.3528 0.8319 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1362928 4 0.1302 0.8229 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1089207 1 0.1302 0.9140 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.2704 0.9015 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.3688 0.8305 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1334055 2 0.3528 0.8319 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1329131 2 0.3837 0.8250 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1120891 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102198 4 0.5773 0.2810 0.000 0.044 0.336 0.620
#> SRR1473232 3 0.2760 0.5937 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1410634 4 0.4281 0.5329 0.028 0.180 0.000 0.792
#> SRR1353332 2 0.4072 0.8102 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1362332 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.5800 0.3652 0.164 0.708 0.128 0.000
#> SRR1077380 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407693 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.4701 0.5678 0.164 0.780 0.000 0.056
#> SRR1311464 2 0.4238 0.8120 0.000 0.796 0.028 0.176
#> SRR1327454 4 0.1211 0.8255 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1342806 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.4104 0.8726 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1357692 3 0.8805 0.2994 0.072 0.164 0.396 0.368
#> SRR1430703 3 0.6636 0.5947 0.012 0.172 0.660 0.156
#> SRR1086020 2 0.3649 0.8315 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1334181 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1087271 2 0.4992 0.4395 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR812721 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0469 0.9154 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.4843 0.6296 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1334134 1 0.0188 0.9146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.4222 0.7936 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1467544 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.3764 0.8265 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1395788 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.3610 0.8320 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1466278 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.7134 0.5275 0.000 0.156 0.532 0.312
#> SRR1080222 1 0.3790 0.8810 0.820 0.164 0.016 0.000
#> SRR1361777 4 0.3074 0.7070 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1405311 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0707 0.8364 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1407018 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.4925 0.5608 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1498505 2 0.3400 0.8292 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1419941 4 0.4522 0.5202 0.008 0.164 0.032 0.796
#> SRR1313625 3 0.2048 0.6095 0.064 0.008 0.928 0.000
#> SRR1365377 4 0.5837 0.1645 0.000 0.036 0.400 0.564
#> SRR1092749 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.7827 -0.1863 0.240 0.504 0.244 0.012
#> SRR1359509 2 0.3400 0.8284 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1444043 3 0.4898 0.2573 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1500071 2 0.7623 0.0583 0.000 0.416 0.380 0.204
#> SRR1078948 1 0.3402 0.8884 0.832 0.164 0.004 0.000
#> SRR1099765 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.3610 0.8312 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1323002 4 0.2647 0.7485 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1343698 2 0.3400 0.8292 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1330176 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.6907 0.5018 0.000 0.240 0.588 0.172
#> SRR1500131 4 0.3649 0.5550 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1415854 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.5220 0.2726 0.000 0.016 0.352 0.632
#> SRR1362664 2 0.4925 0.5570 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1097525 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.3975 0.8185 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1500516 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.4104 0.8733 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1476974 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.5226 0.7702 0.000 0.744 0.076 0.180
#> SRR1310876 4 0.2345 0.7719 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404951 2 0.3907 0.8224 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1374355 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1499260 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1485700 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0707 0.8308 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1395682 2 0.5334 0.7523 0.000 0.740 0.088 0.172
#> SRR1362579 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.3528 0.8318 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1473100 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.3356 0.8270 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1323873 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1475233 4 0.4994 -0.3101 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1400008 2 0.4866 0.2108 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.4104 0.8726 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1329642 2 0.4222 0.7936 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1341945 2 0.3801 0.8275 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1418262 4 0.1792 0.8045 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1458380 4 0.4920 0.6354 0.000 0.136 0.088 0.776
#> SRR1400489 4 0.0469 0.8357 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1416455 4 0.1389 0.8202 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.7458 0.0773 0.000 0.444 0.380 0.176
#> SRR1308269 2 0.3764 0.8185 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR1367172 1 0.3123 0.8931 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0707 0.9153 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.2814 0.8997 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.3123 0.8931 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0469 0.8397 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1100395 1 0.4104 0.8729 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1327570 2 0.3764 0.8185 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR1341209 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.5807 0.6182 0.000 0.132 0.708 0.160
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0336 0.9156 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.4728 0.8058 0.032 0.752 0.000 0.216
#> SRR1082238 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.4967 -0.1694 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1479721 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1446716 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1073971 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1410404 1 0.1557 0.9127 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.1584 0.6248 0.000 0.012 0.952 0.036
#> SRR1103072 4 0.0592 0.8382 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1420129 2 0.4250 0.7901 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1382639 4 0.1716 0.8077 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1356997 4 0.4552 0.5570 0.000 0.072 0.128 0.800
#> SRR1409326 4 0.1389 0.8202 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1485020 2 0.3873 0.8243 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1387113 2 0.3539 0.8251 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1336205 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.3400 0.8284 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1319502 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1792 0.8041 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1105033 1 0.4888 0.1976 0.588 0.412 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.3907 0.8220 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1099931 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.2408 0.9058 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.4720 0.8074 0.000 0.768 0.044 0.188
#> SRR814108 3 0.8198 0.3178 0.032 0.164 0.436 0.368
#> SRR1410699 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405461 4 0.0469 0.8397 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1323312 4 0.6350 0.3022 0.000 0.092 0.296 0.612
#> SRR1467171 1 0.0469 0.9155 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.2814 0.9000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0188 0.9146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1383674 1 0.7324 0.4168 0.532 0.228 0.000 0.240
#> SRR1442440 4 0.1118 0.8279 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1404461 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1336617 4 0.4830 0.0573 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1097811 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.5250 0.7627 0.000 0.744 0.080 0.176
#> SRR1477522 2 0.3528 0.8319 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1098002 1 0.3545 0.8862 0.828 0.164 0.008 0.000
#> SRR1077667 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1354035 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.4643 0.7136 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1364975 2 0.5392 0.1109 0.460 0.528 0.012 0.000
#> SRR1472259 1 0.0188 0.9145 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390179 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.4072 0.8103 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1069850 1 0.0707 0.9157 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.3074 0.8945 0.848 0.152 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.7229 0.4986 0.000 0.184 0.536 0.280
#> SRR1458529 3 0.7252 0.3815 0.000 0.292 0.528 0.180
#> SRR1332467 4 0.0469 0.8397 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1078278 1 0.0707 0.9152 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0707 0.9154 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.7073 0.4669 0.000 0.564 0.256 0.180
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.4633 0.7911 0.000 0.780 0.048 0.172
#> SRR1476652 2 0.4713 0.7877 0.000 0.776 0.052 0.172
#> SRR1470624 2 0.3486 0.8313 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1081068 2 0.4222 0.7911 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1324473 2 0.4332 0.8077 0.000 0.792 0.032 0.176
#> SRR1420538 4 0.1792 0.8043 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1453747 4 0.0921 0.8249 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1403853 4 0.4164 0.4606 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR1378707 2 0.3400 0.8292 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1083504 2 0.3583 0.8270 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1437598 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1376807 1 0.2408 0.9059 0.896 0.104 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.1389 0.8202 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1369008 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1385672 3 0.6780 0.5499 0.164 0.232 0.604 0.000
#> SRR1430839 2 0.3569 0.8318 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1098098 2 0.3444 0.8306 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1473361 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.3649 0.8319 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1090626 1 0.4981 0.4080 0.536 0.464 0.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.4228 0.1601 0.008 0.760 0.232 0.000
#> SRR1344122 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.1940 0.9103 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.3486 0.8314 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR816096 2 0.4193 0.7972 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1440809 2 0.3583 0.8270 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1406394 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.4761 0.6726 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1343072 4 0.8653 -0.2972 0.060 0.164 0.376 0.400
#> SRR1336964 2 0.3649 0.8309 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.4072 0.8102 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1459324 4 0.4989 -0.2821 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1353118 1 0.2973 0.8966 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.1389 0.5151 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1487547 4 0.1940 0.7970 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1087752 2 0.1854 0.5043 0.048 0.940 0.012 0.000
#> SRR1091054 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3569 0.5705 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1073899 1 0.2149 0.9091 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399291 4 0.4730 0.1771 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1336863 4 0.2704 0.7436 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1456771 2 0.3486 0.8313 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1329663 4 0.0188 0.8392 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1445426 2 0.3881 0.8162 0.000 0.812 0.016 0.172
#> SRR1389932 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4040 0.2218 0.248 0.752 0.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468096 4 0.0188 0.8415 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1334011 4 0.4511 0.6078 0.000 0.040 0.176 0.784
#> SRR1444701 2 0.3583 0.8270 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR1329687 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.3764 0.8265 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1446265 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.5284 0.2464 0.000 0.016 0.368 0.616
#> SRR1410550 4 0.4981 -0.2347 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1473209 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.3444 0.8303 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1090383 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4697 0.6938 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1072578 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.4925 0.5619 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1090119 1 0.1867 0.9108 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.3852 0.8230 0.000 0.808 0.012 0.180
#> SRR1498290 2 0.4590 0.5370 0.192 0.772 0.000 0.036
#> SRR1330770 4 0.3486 0.5756 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 4 0.0188 0.8392 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1447481 2 0.3610 0.8317 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1102176 2 0.3942 0.8187 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.4907 0.5821 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1434631 4 0.0817 0.8226 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1349190 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.3837 0.8243 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1099354 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.5569 0.7304 0.000 0.724 0.104 0.172
#> SRR1102998 2 0.4638 0.8002 0.000 0.776 0.044 0.180
#> SRR1444978 4 0.3356 0.5923 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1432165 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441913 4 0.0817 0.8345 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.4989 0.4181 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1325620 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.4719 0.7967 0.000 0.772 0.048 0.180
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3528 0.8319 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1420391 3 0.6826 0.5166 0.000 0.228 0.600 0.172
#> SRR1087704 1 0.0188 0.9152 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0188 0.9152 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.4981 0.4680 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1337816 2 0.3881 0.8163 0.000 0.812 0.016 0.172
#> SRR1322070 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.4134 0.8040 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1499652 3 0.7421 0.1819 0.000 0.372 0.456 0.172
#> SRR1356643 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0188 0.9146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 4 0.4868 0.5440 0.000 0.212 0.040 0.748
#> SRR1351955 2 0.4898 0.5892 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1336988 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407000 4 0.3569 0.5652 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1367785 4 0.4543 0.3222 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1470057 4 0.1211 0.8255 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1079567 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.0469 0.8397 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1396146 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.3649 0.8309 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1454031 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.4543 0.7377 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1340680 2 0.7073 0.4666 0.000 0.564 0.256 0.180
#> SRR1488307 1 0.2973 0.8967 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.3726 0.8294 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1317110 4 0.0469 0.8329 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1090334 2 0.4454 0.7452 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1338280 1 0.1118 0.9145 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.4072 0.8102 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1074314 1 0.1474 0.9135 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.1724 0.8269 0.000 0.032 0.020 0.948
#> SRR1320445 1 0.2281 0.9072 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.1867 0.9111 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.4677 0.4149 0.040 0.768 0.000 0.192
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8415 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348792 4 0.6263 0.2741 0.068 0.356 0.000 0.576
#> SRR1393529 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.6882 -0.1499 0.392 0.500 0.000 0.108
#> SRR1074239 1 0.4004 0.8760 0.812 0.164 0.024 0.000
#> SRR1401774 4 0.1302 0.8119 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR1413262 3 0.7253 0.3727 0.000 0.308 0.520 0.172
#> SRR1336227 2 0.7431 0.0700 0.000 0.448 0.380 0.172
#> SRR1069991 1 0.0188 0.9146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.3649 0.8315 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1341721 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9149 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.3486 0.8313 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1382461 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.2216 0.9079 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.3528 0.8324 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1073655 1 0.3219 0.8904 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0336 0.9142 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0469 0.6257 0.000 0.012 0.988 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 3 0.4511 0.3741 0.356 0.016 0.628 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.2011 0.7858 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR1456250 5 0.4931 0.7824 0.000 0.096 0.036 0.108 0.760
#> SRR1433708 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0510 0.8427 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.3932 0.3472 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1432783 2 0.3074 0.7974 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1398272 4 0.1197 0.8540 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1436583 2 0.4030 0.6458 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1420413 3 0.4260 0.4171 0.000 0.004 0.680 0.008 0.308
#> SRR1441768 1 0.3942 0.7459 0.748 0.020 0.232 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 3 0.6537 0.2860 0.000 0.004 0.508 0.220 0.268
#> SRR1392456 4 0.0609 0.8710 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1080951 1 0.3835 0.7432 0.744 0.012 0.244 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0290 0.8442 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.3689 0.7315 0.740 0.004 0.256 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.2392 0.7969 0.000 0.888 0.004 0.104 0.004
#> SRR1343546 4 0.1341 0.8411 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1405921 2 0.2020 0.7974 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1362928 4 0.1121 0.8566 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1089207 1 0.2209 0.8363 0.912 0.032 0.056 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.3366 0.8011 0.828 0.032 0.140 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0290 0.8457 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.4457 0.3382 0.368 0.012 0.620 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0807 0.8454 0.976 0.012 0.012 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.3048 0.8048 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1334055 2 0.2230 0.8042 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1329131 2 0.2583 0.8096 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1120891 1 0.0451 0.8464 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 4 0.6795 -0.0731 0.000 0.104 0.048 0.504 0.344
#> SRR1473232 4 0.5849 0.4469 0.000 0.004 0.120 0.596 0.280
#> SRR1410634 4 0.4932 0.6310 0.024 0.084 0.144 0.748 0.000
#> SRR1353332 2 0.3177 0.7924 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0609 0.8466 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.5856 0.6266 0.144 0.180 0.020 0.000 0.656
#> SRR1077380 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 3 0.3789 0.6344 0.224 0.016 0.760 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.3163 0.6018 0.164 0.824 0.000 0.012 0.000
#> SRR1311464 2 0.5295 0.5389 0.000 0.704 0.016 0.100 0.180
#> SRR1327454 4 0.1121 0.8565 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1342806 1 0.0510 0.8427 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.3882 0.7517 0.756 0.020 0.224 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.4863 0.2831 0.384 0.016 0.592 0.000 0.008
#> SRR1357692 3 0.2187 0.6436 0.008 0.004 0.924 0.024 0.040
#> SRR1430703 5 0.5113 0.7471 0.012 0.140 0.044 0.048 0.756
#> SRR1086020 2 0.2690 0.8089 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.3636 0.7432 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR812721 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.1485 0.8448 0.948 0.020 0.032 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.3561 0.7551 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1334134 1 0.1399 0.8429 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.3628 0.7692 0.772 0.012 0.216 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0162 0.8835 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1318624 2 0.3242 0.7885 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.2516 0.8099 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1395788 1 0.0609 0.8422 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.2852 0.8059 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1466278 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.6401 -0.1934 0.000 0.132 0.008 0.456 0.404
#> SRR1080222 3 0.3381 0.6784 0.176 0.016 0.808 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4242 0.5131 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1405311 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0162 0.8838 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1407018 1 0.3730 0.7133 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.3534 0.7584 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1498505 2 0.2020 0.7974 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1419941 4 0.4338 0.5866 0.020 0.028 0.188 0.764 0.000
#> SRR1313625 3 0.4164 0.4715 0.008 0.012 0.728 0.000 0.252
#> SRR1365377 3 0.5787 0.4286 0.000 0.032 0.660 0.088 0.220
#> SRR1092749 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3325 0.6053 0.008 0.056 0.856 0.000 0.080
#> SRR1359509 2 0.2127 0.8008 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1444043 4 0.6015 0.4229 0.000 0.004 0.144 0.584 0.268
#> SRR1500071 5 0.5160 0.8115 0.000 0.132 0.008 0.148 0.712
#> SRR1078948 1 0.5436 0.6142 0.636 0.016 0.292 0.000 0.056
#> SRR1099765 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0703 0.8414 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.3928 0.6995 0.700 0.004 0.296 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.2179 0.8042 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1323002 4 0.3074 0.6652 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1343698 2 0.1965 0.7942 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1330176 1 0.1300 0.8434 0.956 0.028 0.016 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0609 0.8412 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0290 0.8444 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.3852 0.7541 0.760 0.020 0.220 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.4485 0.5343 0.292 0.028 0.680 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.5540 0.8299 0.000 0.180 0.044 0.076 0.700
#> SRR1500131 4 0.3352 0.6964 0.000 0.004 0.004 0.800 0.192
#> SRR1415854 1 0.1648 0.8388 0.940 0.020 0.040 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.3056 0.7919 0.000 0.056 0.012 0.876 0.056
#> SRR1362664 4 0.4623 0.3883 0.000 0.304 0.000 0.664 0.032
#> SRR1097525 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 5 0.6288 0.6316 0.000 0.244 0.004 0.196 0.556
#> SRR1500516 1 0.1117 0.8450 0.964 0.016 0.020 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0912 0.8454 0.972 0.012 0.016 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4090 0.7135 0.716 0.016 0.268 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.5847 0.5844 0.628 0.016 0.252 0.000 0.104
#> SRR1476974 1 0.3906 0.7414 0.744 0.016 0.240 0.000 0.000
#> SRR1360258 5 0.5671 0.6645 0.000 0.336 0.000 0.096 0.568
#> SRR1310876 4 0.4196 0.2537 0.000 0.356 0.004 0.640 0.000
#> SRR1404951 2 0.2970 0.8070 0.000 0.828 0.004 0.168 0.000
#> SRR1374355 2 0.2020 0.7957 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1499260 2 0.2233 0.7978 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1485700 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0794 0.8676 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1395682 5 0.5141 0.8338 0.000 0.236 0.000 0.092 0.672
#> SRR1362579 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.2230 0.8042 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1473100 1 0.3689 0.7382 0.740 0.004 0.256 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.2124 0.7939 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1323873 1 0.0290 0.8442 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3816 0.7104 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1400008 2 0.4288 0.2931 0.384 0.612 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.4046 0.6930 0.696 0.008 0.296 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.3274 0.7861 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1341945 2 0.2690 0.8083 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1418262 4 0.3013 0.7208 0.000 0.160 0.008 0.832 0.000
#> SRR1458380 4 0.3992 0.5542 0.000 0.012 0.000 0.720 0.268
#> SRR1400489 4 0.0898 0.8719 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1416455 4 0.0451 0.8817 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.5083 0.8456 0.000 0.204 0.008 0.084 0.704
#> SRR1308269 2 0.3644 0.7218 0.000 0.824 0.000 0.096 0.080
#> SRR1367172 1 0.3769 0.7781 0.788 0.032 0.180 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.1399 0.8429 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.1197 0.8471 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.4891 0.1044 0.500 0.016 0.480 0.000 0.004
#> SRR1368094 1 0.3999 0.7392 0.740 0.020 0.240 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.3409 0.7923 0.816 0.024 0.160 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 3 0.2172 0.6876 0.076 0.016 0.908 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.2769 0.7746 0.000 0.876 0.000 0.092 0.032
#> SRR1341209 1 0.1485 0.8422 0.948 0.032 0.020 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.4615 0.7945 0.000 0.120 0.024 0.080 0.776
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0609 0.8426 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.3339 0.7491 0.836 0.124 0.040 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.3609 0.6674 0.016 0.836 0.112 0.036 0.000
#> SRR1082238 1 0.4065 0.7220 0.720 0.016 0.264 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.4450 0.2908 0.000 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR1479721 1 0.4090 0.7151 0.716 0.016 0.268 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.2074 0.7981 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1410404 1 0.1544 0.8427 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.3790 0.7243 0.724 0.004 0.272 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0510 0.8427 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 5 0.3474 0.4399 0.000 0.004 0.044 0.116 0.836
#> SRR1103072 4 0.1282 0.8562 0.000 0.044 0.004 0.952 0.000
#> SRR1420129 2 0.3274 0.7861 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1382639 4 0.1965 0.8041 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1356997 4 0.4231 0.6889 0.000 0.016 0.108 0.800 0.076
#> SRR1409326 4 0.0963 0.8632 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1485020 2 0.2929 0.8035 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1387113 2 0.3759 0.7122 0.000 0.816 0.000 0.092 0.092
#> SRR1336205 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.3164 0.7747 0.000 0.852 0.000 0.104 0.044
#> SRR1319502 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1121 0.8568 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1105033 2 0.4626 0.3004 0.364 0.616 0.020 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.2536 0.8079 0.000 0.868 0.004 0.128 0.000
#> SRR1099931 1 0.0404 0.8439 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 3 0.4930 0.3844 0.388 0.032 0.580 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.5697 0.4915 0.000 0.660 0.016 0.116 0.208
#> SRR814108 3 0.2326 0.6269 0.000 0.020 0.916 0.044 0.020
#> SRR1410699 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 4 0.6235 0.0848 0.000 0.064 0.040 0.544 0.352
#> SRR1467171 1 0.1331 0.8455 0.952 0.008 0.040 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.3171 0.7924 0.816 0.008 0.176 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0404 0.8439 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.8339 -0.2082 0.164 0.368 0.256 0.212 0.000
#> SRR1442440 4 0.0162 0.8843 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1404461 1 0.4387 0.7093 0.704 0.016 0.272 0.000 0.008
#> SRR1336617 4 0.4576 0.1371 0.000 0.376 0.000 0.608 0.016
#> SRR1097811 1 0.4152 0.6870 0.692 0.012 0.296 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.3838 0.7188 0.716 0.004 0.280 0.000 0.000
#> SRR1347916 5 0.5091 0.8361 0.000 0.236 0.000 0.088 0.676
#> SRR1477522 2 0.2329 0.8066 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1098002 3 0.1831 0.6904 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.3480 0.7470 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.2074 0.7985 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1354035 1 0.3942 0.7453 0.748 0.020 0.232 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.3366 0.7700 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1364975 1 0.4803 0.5286 0.744 0.104 0.008 0.000 0.144
#> SRR1472259 3 0.4921 0.5303 0.360 0.036 0.604 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.3980 0.7062 0.708 0.008 0.284 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.3300 0.7942 0.000 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1069850 1 0.1670 0.8452 0.936 0.012 0.052 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.3819 0.7561 0.756 0.016 0.228 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.5045 0.8411 0.000 0.172 0.004 0.112 0.712
#> SRR1458529 5 0.5059 0.8456 0.000 0.188 0.008 0.092 0.712
#> SRR1332467 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.1774 0.8441 0.932 0.016 0.052 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.1124 0.8484 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.4883 0.8464 0.000 0.200 0.000 0.092 0.708
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.5799 -0.0203 0.000 0.560 0.004 0.092 0.344
#> SRR1476652 5 0.5461 0.8265 0.000 0.244 0.008 0.092 0.656
#> SRR1470624 2 0.2411 0.7996 0.000 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1081068 2 0.3209 0.8033 0.000 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR1324473 2 0.5357 0.3681 0.000 0.640 0.000 0.096 0.264
#> SRR1420538 4 0.1211 0.8686 0.000 0.024 0.000 0.960 0.016
#> SRR1453747 4 0.0880 0.8675 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1403853 4 0.3937 0.6270 0.000 0.004 0.008 0.736 0.252
#> SRR1378707 2 0.2074 0.7987 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1083504 2 0.2685 0.7751 0.000 0.880 0.000 0.092 0.028
#> SRR1437598 2 0.2230 0.8040 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1376807 1 0.3690 0.7614 0.764 0.012 0.224 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.0510 0.8773 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.5088 0.6552 0.060 0.156 0.044 0.000 0.740
#> SRR1430839 2 0.2389 0.8050 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1098098 2 0.2020 0.7960 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1473361 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.2377 0.8085 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1090626 2 0.6246 0.0857 0.232 0.544 0.224 0.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.6863 -0.3318 0.024 0.440 0.152 0.000 0.384
#> SRR1344122 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 1 0.2676 0.8283 0.884 0.036 0.080 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.4157 0.7190 0.716 0.020 0.264 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.2020 0.7974 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR816096 2 0.3333 0.7888 0.000 0.788 0.004 0.208 0.000
#> SRR1440809 2 0.4478 0.6468 0.000 0.756 0.000 0.100 0.144
#> SRR1406394 1 0.0955 0.8379 0.968 0.028 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.3607 0.7681 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1343072 3 0.2735 0.6350 0.008 0.004 0.896 0.036 0.056
#> SRR1336964 2 0.2605 0.8090 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.3143 0.7941 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1459324 2 0.3861 0.7292 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1353118 1 0.3488 0.7890 0.808 0.024 0.168 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.3878 0.5855 0.036 0.808 0.144 0.000 0.012
#> SRR1487547 4 0.2074 0.7960 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1087752 2 0.8006 -0.0933 0.252 0.436 0.148 0.000 0.164
#> SRR1091054 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3205 0.7123 0.000 0.004 0.004 0.816 0.176
#> SRR1073899 1 0.2771 0.8198 0.860 0.012 0.128 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.3752 0.7221 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1336863 2 0.4030 0.6454 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1456771 2 0.2074 0.7986 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1329663 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445426 5 0.5895 0.4193 0.000 0.440 0.000 0.100 0.460
#> SRR1389932 1 0.4024 0.7496 0.752 0.028 0.220 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.6377 -0.1777 0.380 0.452 0.168 0.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.3267 0.7477 0.000 0.044 0.000 0.844 0.112
#> SRR1444701 2 0.2761 0.7876 0.000 0.872 0.000 0.104 0.024
#> SRR1329687 1 0.3906 0.7456 0.744 0.016 0.240 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.3107 0.8036 0.000 0.852 0.016 0.124 0.008
#> SRR1446265 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.6292 0.3990 0.000 0.052 0.048 0.400 0.500
#> SRR1410550 2 0.3949 0.7129 0.000 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR1473209 1 0.0566 0.8461 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 3 0.2464 0.6908 0.096 0.016 0.888 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.2127 0.8005 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1090383 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.3461 0.7818 0.000 0.772 0.004 0.224 0.000
#> SRR1072578 1 0.0566 0.8454 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.4108 0.7033 0.000 0.684 0.000 0.308 0.008
#> SRR1090119 1 0.2616 0.8299 0.888 0.036 0.076 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.4964 0.5174 0.000 0.700 0.000 0.096 0.204
#> SRR1498290 2 0.3432 0.6698 0.132 0.828 0.000 0.040 0.000
#> SRR1330770 4 0.3352 0.6964 0.000 0.004 0.004 0.800 0.192
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.2763 0.8090 0.000 0.848 0.000 0.148 0.004
#> SRR1102176 2 0.2852 0.8068 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.3561 0.7547 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1434631 4 0.0703 0.8674 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1349190 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.2179 0.8025 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1099354 1 0.3366 0.7720 0.784 0.004 0.212 0.000 0.000
#> SRR1470855 5 0.5141 0.8310 0.000 0.236 0.000 0.092 0.672
#> SRR1102998 2 0.5414 0.2975 0.000 0.624 0.000 0.092 0.284
#> SRR1444978 4 0.3317 0.7002 0.000 0.004 0.004 0.804 0.188
#> SRR1432165 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0880 0.8720 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2929 0.7863 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1325620 1 0.0162 0.8448 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.1399 0.8429 0.952 0.028 0.020 0.000 0.000
#> SRR1322186 5 0.5216 0.8212 0.000 0.248 0.000 0.092 0.660
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.4674 0.4166 0.568 0.016 0.416 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.2624 0.8050 0.000 0.872 0.000 0.116 0.012
#> SRR1420391 5 0.5345 0.8119 0.000 0.140 0.048 0.084 0.728
#> SRR1087704 1 0.0992 0.8465 0.968 0.008 0.024 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0771 0.8434 0.976 0.020 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3730 0.7278 0.000 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1337816 2 0.3649 0.7031 0.000 0.824 0.000 0.088 0.088
#> SRR1322070 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.4004 0.7846 0.000 0.760 0.016 0.216 0.008
#> SRR1499652 5 0.5645 0.8336 0.000 0.200 0.044 0.072 0.684
#> SRR1356643 1 0.4132 0.7196 0.720 0.020 0.260 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.1310 0.8387 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.1485 0.8422 0.948 0.032 0.020 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.3992 0.7217 0.720 0.012 0.268 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.2278 0.8365 0.908 0.032 0.060 0.000 0.000
#> SRR1390289 4 0.5641 0.2918 0.000 0.120 0.000 0.612 0.268
#> SRR1351955 2 0.3715 0.7545 0.000 0.736 0.004 0.260 0.000
#> SRR1336988 4 0.0290 0.8811 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1407000 4 0.3211 0.7202 0.000 0.008 0.004 0.824 0.164
#> SRR1367785 4 0.2464 0.7965 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1470057 4 0.0404 0.8795 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1079567 1 0.3878 0.7452 0.748 0.016 0.236 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.1485 0.8422 0.948 0.032 0.020 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.0162 0.8835 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1396146 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.3615 0.8002 0.000 0.808 0.000 0.156 0.036
#> SRR1454031 1 0.0703 0.8408 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.3336 0.7811 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1340680 5 0.5156 0.8449 0.000 0.216 0.004 0.092 0.688
#> SRR1488307 1 0.4054 0.7480 0.748 0.028 0.224 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.2329 0.8068 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1317110 4 0.0404 0.8776 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1090334 2 0.3504 0.7964 0.000 0.816 0.016 0.160 0.008
#> SRR1338280 1 0.1764 0.8445 0.928 0.008 0.064 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3990 0.6799 0.688 0.004 0.308 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.3835 0.7329 0.732 0.008 0.260 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.3177 0.7924 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1074314 1 0.1809 0.8450 0.928 0.012 0.060 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.3728 0.7459 0.748 0.008 0.244 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.5264 0.3403 0.000 0.340 0.004 0.604 0.052
#> SRR1320445 1 0.3035 0.8145 0.856 0.032 0.112 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.2020 0.8336 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.4650 0.5812 0.024 0.760 0.164 0.052 0.000
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.6021 0.3559 0.128 0.524 0.000 0.348 0.000
#> SRR1393529 1 0.0794 0.8397 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 1 0.7770 0.1535 0.476 0.188 0.220 0.116 0.000
#> SRR1074239 3 0.1831 0.6904 0.076 0.004 0.920 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.0324 0.8822 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1413262 5 0.5020 0.8443 0.000 0.196 0.008 0.084 0.712
#> SRR1336227 5 0.5429 0.8461 0.000 0.204 0.020 0.088 0.688
#> SRR1069991 1 0.0912 0.8456 0.972 0.012 0.016 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.4193 0.7216 0.720 0.024 0.256 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.2719 0.8095 0.000 0.852 0.004 0.144 0.000
#> SRR1341721 1 0.4359 0.6903 0.692 0.016 0.288 0.000 0.004
#> SRR1437514 1 0.0404 0.8444 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.2280 0.8058 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1382461 1 0.3863 0.7679 0.772 0.028 0.200 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.2879 0.8228 0.868 0.032 0.100 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0703 0.8400 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.5270 0.8130 0.000 0.208 0.000 0.120 0.672
#> SRR1073655 1 0.3715 0.7320 0.736 0.004 0.260 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.1872 0.8245 0.928 0.020 0.052 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.1493 0.5466 0.000 0.028 0.024 0.000 0.948
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 6 0.5557 0.3787 0.120 0.004 0.240 0.000 0.020 0.616
#> SRR1330831 2 0.2231 0.7540 0.000 0.908 0.000 0.016 0.048 0.028
#> SRR1456250 5 0.4519 0.7298 0.000 0.120 0.040 0.076 0.760 0.004
#> SRR1433708 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4397 0.1663 0.000 0.376 0.004 0.596 0.000 0.024
#> SRR1432783 2 0.2772 0.7943 0.000 0.816 0.004 0.180 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.1498 0.8609 0.000 0.012 0.004 0.948 0.012 0.024
#> SRR1436583 2 0.3586 0.7123 0.000 0.712 0.004 0.280 0.000 0.004
#> SRR1420413 3 0.0405 0.5009 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1441768 6 0.4845 0.7283 0.384 0.004 0.000 0.000 0.052 0.560
#> SRR1356976 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466597 3 0.2527 0.4144 0.000 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR1392456 4 0.0146 0.8783 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1080951 6 0.4423 0.7732 0.360 0.004 0.000 0.000 0.028 0.608
#> SRR812697 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457080 1 0.0405 0.8436 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1361814 4 0.0806 0.8739 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1404362 6 0.3810 0.7185 0.428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1490635 2 0.2845 0.7728 0.000 0.872 0.004 0.052 0.064 0.008
#> SRR1343546 4 0.1732 0.8255 0.000 0.072 0.000 0.920 0.004 0.004
#> SRR1405921 2 0.0922 0.7785 0.000 0.968 0.004 0.024 0.004 0.000
#> SRR1362928 4 0.0993 0.8687 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000 0.024
#> SRR1089207 1 0.2984 0.7558 0.848 0.004 0.000 0.000 0.104 0.044
#> SRR1084505 1 0.4004 0.6700 0.780 0.012 0.000 0.000 0.108 0.100
#> SRR1376476 4 0.0291 0.8789 0.000 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1318208 1 0.0806 0.8405 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1470513 6 0.4838 0.7790 0.328 0.008 0.028 0.000 0.016 0.620
#> SRR1397781 1 0.0891 0.8390 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1386753 2 0.3472 0.7991 0.000 0.804 0.004 0.160 0.012 0.020
#> SRR1334055 2 0.2062 0.8043 0.000 0.900 0.004 0.088 0.008 0.000
#> SRR1329131 2 0.2833 0.8109 0.000 0.860 0.000 0.104 0.024 0.012
#> SRR1120891 1 0.0790 0.8308 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1337495 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1102198 4 0.7327 -0.1309 0.000 0.148 0.004 0.384 0.140 0.324
#> SRR1473232 4 0.4902 0.1366 0.000 0.000 0.460 0.480 0.000 0.060
#> SRR1410634 4 0.4712 0.6463 0.004 0.032 0.004 0.748 0.124 0.088
#> SRR1353332 2 0.3011 0.7881 0.000 0.800 0.004 0.192 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.0146 0.8792 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0603 0.8429 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.6947 0.3970 0.144 0.108 0.000 0.000 0.436 0.312
#> SRR1077380 4 0.0146 0.8795 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.5221 0.2206 0.056 0.004 0.304 0.000 0.024 0.612
#> SRR1430088 2 0.3049 0.7135 0.104 0.844 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1311464 2 0.5505 0.4798 0.000 0.640 0.000 0.052 0.088 0.220
#> SRR1327454 4 0.1321 0.8617 0.000 0.020 0.004 0.952 0.000 0.024
#> SRR1342806 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.4905 -0.3542 0.524 0.004 0.000 0.000 0.052 0.420
#> SRR1085235 6 0.5482 0.6458 0.240 0.004 0.112 0.000 0.020 0.624
#> SRR1357692 3 0.4851 0.3804 0.000 0.004 0.580 0.012 0.032 0.372
#> SRR1430703 5 0.6140 0.5400 0.004 0.140 0.028 0.000 0.520 0.308
#> SRR1086020 2 0.2848 0.8073 0.000 0.848 0.004 0.124 0.000 0.024
#> SRR1334181 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087271 2 0.2969 0.7676 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR819486 1 0.2196 0.7623 0.884 0.004 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1465248 2 0.3599 0.7652 0.000 0.756 0.004 0.220 0.000 0.020
#> SRR1334134 1 0.2182 0.8039 0.900 0.004 0.000 0.000 0.076 0.020
#> SRR1479306 6 0.4086 0.6292 0.464 0.000 0.000 0.000 0.008 0.528
#> SRR1339065 4 0.0858 0.8647 0.000 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1318624 2 0.3043 0.7861 0.000 0.796 0.004 0.196 0.000 0.004
#> SRR1467544 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.1615 0.7991 0.000 0.928 0.004 0.064 0.004 0.000
#> SRR1395788 1 0.0458 0.8434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1406478 2 0.2402 0.8060 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.5896 0.5451 0.000 0.088 0.068 0.228 0.612 0.004
#> SRR1080222 6 0.5076 0.1919 0.052 0.004 0.300 0.000 0.020 0.624
#> SRR1361777 2 0.4102 0.6074 0.000 0.628 0.004 0.356 0.000 0.012
#> SRR1405311 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1407018 6 0.4022 0.7824 0.360 0.004 0.000 0.000 0.008 0.628
#> SRR1090431 2 0.3628 0.7914 0.000 0.784 0.004 0.168 0.044 0.000
#> SRR1498505 2 0.1261 0.7801 0.000 0.956 0.004 0.028 0.008 0.004
#> SRR1419941 4 0.4697 0.4992 0.004 0.008 0.004 0.700 0.064 0.220
#> SRR1313625 3 0.0982 0.5161 0.004 0.004 0.968 0.000 0.004 0.020
#> SRR1365377 3 0.3872 0.3278 0.000 0.264 0.712 0.020 0.004 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.5557 0.3046 0.000 0.316 0.572 0.000 0.032 0.080
#> SRR1359509 2 0.2344 0.7810 0.000 0.896 0.000 0.052 0.048 0.004
#> SRR1444043 4 0.3867 0.2119 0.000 0.000 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1500071 5 0.3534 0.6825 0.000 0.076 0.000 0.124 0.800 0.000
#> SRR1078948 6 0.4527 0.1333 0.040 0.004 0.000 0.000 0.332 0.624
#> SRR1099765 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR818523 1 0.0458 0.8423 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR807751 6 0.3979 0.7818 0.360 0.000 0.000 0.000 0.012 0.628
#> SRR1379157 2 0.1484 0.7880 0.000 0.944 0.004 0.040 0.008 0.004
#> SRR1323002 4 0.2680 0.7562 0.000 0.124 0.004 0.856 0.000 0.016
#> SRR1343698 2 0.0891 0.7774 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1330176 1 0.2620 0.7761 0.868 0.012 0.000 0.000 0.108 0.012
#> SRR1329530 1 0.0458 0.8434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1081813 1 0.1149 0.8375 0.960 0.008 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1487403 6 0.4928 0.6031 0.444 0.004 0.000 0.000 0.052 0.500
#> SRR1409046 6 0.7439 0.1388 0.072 0.120 0.180 0.000 0.108 0.520
#> SRR1474000 5 0.6364 0.6123 0.000 0.140 0.008 0.036 0.508 0.308
#> SRR1500131 4 0.2793 0.6996 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.3438 0.5297 0.764 0.000 0.008 0.000 0.008 0.220
#> SRR1387286 4 0.2088 0.8153 0.000 0.068 0.028 0.904 0.000 0.000
#> SRR1362664 4 0.5190 0.3919 0.000 0.064 0.000 0.608 0.304 0.024
#> SRR1097525 1 0.0260 0.8429 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1432231 2 0.6312 -0.0276 0.000 0.404 0.004 0.200 0.380 0.012
#> SRR1500516 1 0.1049 0.8358 0.960 0.000 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1098660 1 0.0972 0.8373 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1392097 6 0.4161 0.7721 0.376 0.004 0.000 0.000 0.012 0.608
#> SRR809565 6 0.4254 0.7793 0.352 0.004 0.000 0.000 0.020 0.624
#> SRR1476974 6 0.4376 0.7724 0.368 0.004 0.000 0.000 0.024 0.604
#> SRR1360258 5 0.4023 0.7432 0.000 0.180 0.000 0.044 0.760 0.016
#> SRR1310876 2 0.4191 0.5546 0.000 0.596 0.004 0.388 0.000 0.012
#> SRR1404951 2 0.3019 0.8111 0.000 0.844 0.004 0.124 0.020 0.008
#> SRR1374355 2 0.2070 0.7816 0.000 0.908 0.000 0.048 0.044 0.000
#> SRR1499260 2 0.2757 0.7845 0.000 0.884 0.004 0.052 0.036 0.024
#> SRR1485700 1 0.3136 0.5047 0.768 0.000 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR1350479 4 0.1267 0.8384 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1395682 5 0.3487 0.7546 0.000 0.168 0.000 0.044 0.788 0.000
#> SRR1362579 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328528 2 0.1588 0.8043 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.4187 0.7814 0.356 0.004 0.000 0.000 0.016 0.624
#> SRR1340966 2 0.1495 0.7732 0.000 0.948 0.004 0.020 0.008 0.020
#> SRR1323873 1 0.1075 0.8182 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1475233 2 0.3809 0.7457 0.000 0.732 0.004 0.240 0.000 0.024
#> SRR1400008 1 0.4780 0.0378 0.544 0.408 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1338489 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1439697 6 0.4341 0.7838 0.356 0.004 0.000 0.000 0.024 0.616
#> SRR1329642 2 0.2823 0.7813 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.2178 0.8076 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.4463 -0.1660 0.000 0.456 0.000 0.516 0.000 0.028
#> SRR1458380 4 0.4546 0.2811 0.000 0.008 0.000 0.572 0.396 0.024
#> SRR1400489 4 0.0862 0.8675 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016 0.004
#> SRR1416455 4 0.1675 0.8529 0.000 0.008 0.000 0.936 0.032 0.024
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.3631 0.7537 0.000 0.156 0.000 0.044 0.792 0.008
#> SRR1308269 2 0.2550 0.7536 0.000 0.892 0.000 0.024 0.048 0.036
#> SRR1367172 1 0.4554 0.5562 0.720 0.008 0.000 0.000 0.120 0.152
#> SRR1085259 1 0.2306 0.7918 0.888 0.004 0.000 0.000 0.092 0.016
#> SRR1477732 1 0.2632 0.6723 0.832 0.000 0.000 0.000 0.004 0.164
#> SRR1356509 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323446 3 0.6801 -0.2170 0.260 0.000 0.384 0.000 0.044 0.312
#> SRR1368094 6 0.4879 0.7600 0.356 0.008 0.000 0.000 0.052 0.584
#> SRR1378924 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.3765 0.6450 0.780 0.004 0.000 0.000 0.060 0.156
#> SRR1458574 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1100395 6 0.4466 0.0737 0.016 0.004 0.340 0.000 0.012 0.628
#> SRR1327570 2 0.3998 0.7008 0.000 0.788 0.004 0.048 0.136 0.024
#> SRR1341209 1 0.2760 0.7646 0.856 0.004 0.000 0.000 0.116 0.024
#> SRR1436280 5 0.4165 0.7321 0.000 0.120 0.028 0.040 0.792 0.020
#> SRR1312666 4 0.0260 0.8790 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR810153 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR808638 1 0.5686 0.3615 0.604 0.224 0.000 0.000 0.144 0.028
#> SRR1099451 2 0.3744 0.6987 0.000 0.804 0.004 0.012 0.124 0.056
#> SRR1082238 6 0.4824 0.7628 0.356 0.008 0.000 0.000 0.048 0.588
#> SRR1404186 4 0.5065 -0.1009 0.000 0.452 0.000 0.492 0.032 0.024
#> SRR1479721 1 0.5661 0.4222 0.660 0.004 0.104 0.000 0.072 0.160
#> SRR1480721 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446716 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1073971 2 0.2544 0.7742 0.000 0.888 0.004 0.044 0.060 0.004
#> SRR1410404 1 0.1480 0.8280 0.940 0.000 0.000 0.000 0.020 0.040
#> SRR1120733 6 0.3979 0.7820 0.360 0.000 0.000 0.000 0.012 0.628
#> SRR1367410 1 0.0777 0.8344 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1316463 5 0.5290 0.3723 0.000 0.000 0.244 0.144 0.608 0.004
#> SRR1103072 4 0.1946 0.8226 0.000 0.072 0.004 0.912 0.000 0.012
#> SRR1420129 2 0.3043 0.7856 0.000 0.796 0.004 0.196 0.000 0.004
#> SRR1382639 4 0.1672 0.8469 0.000 0.048 0.004 0.932 0.000 0.016
#> SRR1356997 4 0.3647 0.6730 0.000 0.004 0.020 0.796 0.020 0.160
#> SRR1409326 4 0.0622 0.8762 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1485020 2 0.2527 0.7990 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.4387 0.6352 0.000 0.744 0.004 0.048 0.180 0.024
#> SRR1336205 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.5141 0.0843 0.000 0.548 0.000 0.048 0.384 0.020
#> SRR1319502 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471291 4 0.0551 0.8768 0.000 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1105033 2 0.4513 0.3194 0.368 0.596 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR1077066 2 0.2306 0.8067 0.000 0.888 0.004 0.096 0.004 0.008
#> SRR1099931 1 0.0547 0.8431 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1069943 3 0.6660 0.3848 0.176 0.012 0.568 0.000 0.124 0.120
#> SRR1360194 2 0.4687 0.6748 0.000 0.728 0.000 0.076 0.036 0.160
#> SRR814108 3 0.4613 0.3140 0.000 0.004 0.524 0.012 0.012 0.448
#> SRR1410699 4 0.0692 0.8741 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 4 0.6494 0.1386 0.000 0.080 0.000 0.484 0.112 0.324
#> SRR1467171 1 0.1334 0.8311 0.948 0.000 0.000 0.000 0.032 0.020
#> SRR1396742 1 0.3851 -0.4434 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1342960 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370701 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.6812 -0.0521 0.024 0.448 0.000 0.040 0.140 0.348
#> SRR1442440 4 0.0862 0.8721 0.000 0.008 0.004 0.972 0.000 0.016
#> SRR1404461 6 0.4254 0.7793 0.352 0.004 0.000 0.000 0.020 0.624
#> SRR1336617 4 0.4697 0.6302 0.000 0.116 0.004 0.736 0.120 0.024
#> SRR1097811 6 0.4187 0.7814 0.356 0.004 0.000 0.000 0.016 0.624
#> SRR1475785 6 0.4022 0.7825 0.360 0.004 0.000 0.000 0.008 0.628
#> SRR1347916 5 0.3631 0.7537 0.000 0.156 0.000 0.044 0.792 0.008
#> SRR1477522 2 0.2213 0.8065 0.000 0.888 0.004 0.100 0.008 0.000
#> SRR1098002 6 0.4864 0.0799 0.020 0.000 0.344 0.000 0.036 0.600
#> SRR1077667 6 0.3684 0.7777 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1410720 2 0.1995 0.7873 0.000 0.912 0.000 0.052 0.036 0.000
#> SRR1354035 6 0.4891 0.7537 0.360 0.004 0.000 0.000 0.060 0.576
#> SRR1394384 2 0.3622 0.7898 0.000 0.800 0.000 0.124 0.072 0.004
#> SRR1364975 1 0.5304 0.4522 0.688 0.156 0.004 0.000 0.104 0.048
#> SRR1472259 3 0.5577 0.5137 0.156 0.016 0.664 0.000 0.136 0.028
#> SRR1390179 6 0.4446 0.7704 0.368 0.004 0.000 0.000 0.028 0.600
#> SRR1312784 2 0.3564 0.7757 0.000 0.768 0.004 0.204 0.000 0.024
#> SRR1069850 1 0.3819 -0.0775 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.372
#> SRR1081332 6 0.4135 0.7432 0.404 0.004 0.000 0.000 0.008 0.584
#> SRR1406709 5 0.3532 0.7492 0.000 0.140 0.000 0.064 0.796 0.000
#> SRR1458529 5 0.3315 0.7526 0.000 0.156 0.000 0.040 0.804 0.000
#> SRR1332467 4 0.0632 0.8739 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1078278 1 0.3560 0.4503 0.732 0.004 0.000 0.000 0.008 0.256
#> SRR1083868 1 0.0777 0.8396 0.972 0.000 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1367544 5 0.3315 0.7526 0.000 0.156 0.000 0.040 0.804 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.3784 0.7138 0.000 0.808 0.000 0.048 0.108 0.036
#> SRR1476652 5 0.6587 0.5266 0.000 0.344 0.004 0.048 0.452 0.152
#> SRR1470624 2 0.3087 0.7764 0.000 0.864 0.004 0.056 0.052 0.024
#> SRR1081068 2 0.3364 0.7982 0.000 0.820 0.004 0.140 0.012 0.024
#> SRR1324473 5 0.5086 0.5314 0.000 0.360 0.004 0.044 0.576 0.016
#> SRR1420538 4 0.2973 0.7663 0.000 0.004 0.000 0.836 0.136 0.024
#> SRR1453747 4 0.2100 0.8070 0.000 0.112 0.000 0.884 0.000 0.004
#> SRR1403853 4 0.2996 0.6666 0.000 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR1378707 2 0.1818 0.8006 0.000 0.920 0.004 0.068 0.004 0.004
#> SRR1083504 2 0.3970 0.6871 0.000 0.784 0.004 0.044 0.148 0.020
#> SRR1437598 2 0.2545 0.7896 0.000 0.892 0.004 0.060 0.032 0.012
#> SRR1376807 1 0.4833 -0.3916 0.516 0.000 0.000 0.000 0.056 0.428
#> SRR1370107 4 0.0717 0.8738 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1369008 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1385672 5 0.6364 0.5094 0.044 0.084 0.028 0.000 0.540 0.304
#> SRR1430839 2 0.1812 0.8058 0.000 0.912 0.000 0.080 0.000 0.008
#> SRR1098098 2 0.2487 0.7817 0.000 0.892 0.004 0.052 0.048 0.004
#> SRR1473361 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.2670 0.8054 0.000 0.876 0.004 0.084 0.032 0.004
#> SRR1090626 2 0.5812 0.1783 0.032 0.544 0.000 0.000 0.104 0.320
#> SRR1487704 2 0.5399 0.3783 0.004 0.588 0.000 0.000 0.260 0.148
#> SRR1344122 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402027 1 0.3755 0.7032 0.796 0.016 0.000 0.000 0.136 0.052
#> SRR1081493 6 0.4950 0.6620 0.416 0.004 0.000 0.000 0.056 0.524
#> SRR1076940 2 0.1629 0.7771 0.000 0.940 0.004 0.024 0.028 0.004
#> SRR816096 2 0.4041 0.7800 0.000 0.792 0.004 0.092 0.092 0.020
#> SRR1440809 5 0.5417 0.2440 0.000 0.452 0.004 0.048 0.472 0.024
#> SRR1406394 1 0.0717 0.8302 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1317653 2 0.2778 0.7998 0.000 0.824 0.000 0.168 0.000 0.008
#> SRR1343072 6 0.4095 -0.2285 0.000 0.000 0.480 0.008 0.000 0.512
#> SRR1336964 2 0.2822 0.8074 0.000 0.856 0.004 0.108 0.032 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.2933 0.7836 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.3323 0.7527 0.000 0.752 0.000 0.240 0.000 0.008
#> SRR1353118 1 0.4739 0.2223 0.636 0.008 0.000 0.000 0.056 0.300
#> SRR1083678 2 0.4894 0.5519 0.008 0.680 0.000 0.000 0.180 0.132
#> SRR1487547 4 0.1769 0.8358 0.000 0.060 0.004 0.924 0.000 0.012
#> SRR1087752 5 0.5201 0.2869 0.044 0.120 0.000 0.000 0.688 0.148
#> SRR1091054 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316343 4 0.2882 0.7170 0.000 0.000 0.180 0.812 0.000 0.008
#> SRR1073899 1 0.3619 0.2148 0.680 0.000 0.000 0.000 0.004 0.316
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.3354 0.7527 0.000 0.752 0.004 0.240 0.000 0.004
#> SRR1336863 2 0.3429 0.7426 0.000 0.740 0.004 0.252 0.000 0.004
#> SRR1456771 2 0.2065 0.7873 0.000 0.912 0.004 0.052 0.032 0.000
#> SRR1329663 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.5349 0.3972 0.000 0.640 0.000 0.048 0.244 0.068
#> SRR1389932 1 0.4928 0.1918 0.624 0.004 0.000 0.000 0.084 0.288
#> SRR1353948 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.6628 0.1818 0.116 0.536 0.000 0.000 0.144 0.204
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.3456 0.6886 0.000 0.040 0.000 0.788 0.172 0.000
#> SRR1444701 2 0.4279 0.5744 0.000 0.716 0.000 0.052 0.224 0.008
#> SRR1329687 6 0.4135 0.7437 0.404 0.004 0.000 0.000 0.008 0.584
#> SRR1092493 2 0.4321 0.7216 0.000 0.748 0.000 0.096 0.012 0.144
#> SRR1446265 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464432 4 0.6977 -0.2583 0.000 0.040 0.008 0.372 0.260 0.320
#> SRR1410550 2 0.3834 0.7370 0.000 0.728 0.004 0.244 0.000 0.024
#> SRR1473209 1 0.0909 0.8402 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1101741 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083125 6 0.4908 0.1000 0.032 0.004 0.336 0.000 0.020 0.608
#> SRR1419495 2 0.2278 0.7823 0.000 0.900 0.004 0.052 0.044 0.000
#> SRR1090383 1 0.0146 0.8430 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328980 2 0.3073 0.8011 0.000 0.816 0.004 0.164 0.000 0.016
#> SRR1072578 1 0.1074 0.8388 0.960 0.000 0.000 0.000 0.028 0.012
#> SRR1466091 2 0.4532 0.6486 0.000 0.644 0.004 0.316 0.012 0.024
#> SRR1090119 1 0.4413 0.6744 0.764 0.048 0.000 0.000 0.116 0.072
#> SRR1337516 5 0.4646 0.2986 0.000 0.460 0.000 0.040 0.500 0.000
#> SRR1498290 2 0.3336 0.7307 0.044 0.836 0.004 0.012 0.104 0.000
#> SRR1330770 4 0.2823 0.6945 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.3483 0.7965 0.000 0.832 0.004 0.096 0.048 0.020
#> SRR1102176 2 0.2278 0.8074 0.000 0.868 0.004 0.128 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.3243 0.7779 0.000 0.780 0.004 0.208 0.000 0.008
#> SRR1434631 4 0.0508 0.8727 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1349190 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1086164 1 0.0260 0.8436 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477339 2 0.1700 0.8043 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000 0.000
#> SRR1099354 6 0.3937 0.7193 0.424 0.000 0.000 0.000 0.004 0.572
#> SRR1470855 5 0.3618 0.7490 0.000 0.176 0.000 0.048 0.776 0.000
#> SRR1102998 5 0.5106 0.5737 0.000 0.340 0.004 0.044 0.592 0.020
#> SRR1444978 4 0.2793 0.6996 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR1432165 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441913 4 0.1419 0.8665 0.000 0.016 0.004 0.952 0.012 0.016
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2380 0.7886 0.000 0.892 0.004 0.080 0.004 0.020
#> SRR1325620 1 0.0260 0.8437 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1320490 1 0.1787 0.8159 0.920 0.004 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1322186 5 0.3417 0.7541 0.000 0.160 0.000 0.044 0.796 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 6 0.5206 0.7292 0.300 0.004 0.068 0.000 0.016 0.612
#> SRR1074337 2 0.3756 0.7889 0.000 0.816 0.004 0.064 0.092 0.024
#> SRR1420391 5 0.6466 0.5805 0.000 0.144 0.020 0.024 0.496 0.316
#> SRR1087704 1 0.2000 0.8213 0.916 0.004 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1464897 1 0.2738 0.6342 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1473915 2 0.3758 0.7540 0.000 0.740 0.004 0.232 0.000 0.024
#> SRR1337816 2 0.3515 0.7241 0.000 0.820 0.004 0.044 0.120 0.012
#> SRR1322070 4 0.0146 0.8797 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476324 2 0.5807 0.5078 0.000 0.516 0.000 0.196 0.004 0.284
#> SRR1499652 5 0.6118 0.5965 0.000 0.172 0.004 0.016 0.508 0.300
#> SRR1356643 6 0.4880 0.7410 0.376 0.004 0.000 0.000 0.056 0.564
#> SRR1097708 1 0.1663 0.7779 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR813529 1 0.3060 0.7465 0.836 0.012 0.000 0.000 0.132 0.020
#> SRR1352322 1 0.0405 0.8423 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1498661 6 0.3945 0.7718 0.380 0.000 0.000 0.000 0.008 0.612
#> SRR1075078 1 0.3748 0.7048 0.792 0.004 0.000 0.000 0.092 0.112
#> SRR1390289 5 0.5310 0.4022 0.000 0.072 0.000 0.360 0.552 0.016
#> SRR1351955 2 0.3217 0.7667 0.000 0.768 0.000 0.224 0.000 0.008
#> SRR1336988 4 0.0862 0.8697 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016 0.004
#> SRR1407000 4 0.3359 0.7259 0.000 0.008 0.128 0.820 0.044 0.000
#> SRR1367785 4 0.3351 0.7583 0.000 0.028 0.000 0.828 0.120 0.024
#> SRR1470057 4 0.0405 0.8779 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1079567 6 0.4753 0.7547 0.368 0.004 0.000 0.000 0.048 0.580
#> SRR1095675 1 0.2699 0.7711 0.864 0.008 0.000 0.000 0.108 0.020
#> SRR1388788 4 0.0551 0.8773 0.000 0.000 0.004 0.984 0.008 0.004
#> SRR1396146 1 0.0291 0.8424 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415173 1 0.0260 0.8423 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362514 2 0.5449 0.1316 0.000 0.500 0.004 0.108 0.388 0.000
#> SRR1454031 1 0.0937 0.8376 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.3163 0.7757 0.000 0.780 0.004 0.212 0.000 0.004
#> SRR1340680 5 0.4267 0.7511 0.000 0.156 0.000 0.040 0.760 0.044
#> SRR1488307 6 0.5406 0.7149 0.368 0.008 0.000 0.000 0.096 0.528
#> SRR1443800 2 0.2053 0.8073 0.000 0.888 0.004 0.108 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.0508 0.8763 0.000 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1090334 2 0.3253 0.7833 0.000 0.832 0.004 0.096 0.000 0.068
#> SRR1338280 1 0.1995 0.8112 0.912 0.000 0.000 0.000 0.036 0.052
#> SRR1357456 6 0.4180 0.7841 0.348 0.000 0.012 0.000 0.008 0.632
#> SRR1444523 6 0.3965 0.7639 0.388 0.000 0.000 0.000 0.008 0.604
#> SRR1310898 2 0.3074 0.7839 0.000 0.792 0.004 0.200 0.000 0.004
#> SRR1074314 1 0.1814 0.7712 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1083456 6 0.4616 0.7677 0.360 0.004 0.000 0.000 0.040 0.596
#> SRR1321377 2 0.6336 0.3852 0.000 0.528 0.068 0.308 0.088 0.008
#> SRR1320445 1 0.3577 0.7201 0.812 0.012 0.000 0.000 0.116 0.060
#> SRR1081116 1 0.2869 0.7114 0.832 0.000 0.000 0.000 0.020 0.148
#> SRR1333287 2 0.4556 0.6098 0.000 0.724 0.004 0.004 0.140 0.128
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.6411 0.3290 0.080 0.312 0.004 0.536 0.044 0.024
#> SRR1393529 1 0.0146 0.8420 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102224 6 0.8223 0.0349 0.176 0.308 0.004 0.048 0.136 0.328
#> SRR1074239 6 0.4588 0.0844 0.020 0.000 0.344 0.000 0.020 0.616
#> SRR1401774 4 0.0000 0.8800 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413262 5 0.3315 0.7526 0.000 0.156 0.000 0.040 0.804 0.000
#> SRR1336227 5 0.5830 0.6852 0.000 0.148 0.000 0.044 0.608 0.200
#> SRR1069991 1 0.1367 0.8286 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1091524 1 0.5111 -0.4471 0.492 0.004 0.000 0.000 0.068 0.436
#> SRR1312577 2 0.2455 0.8091 0.000 0.872 0.004 0.112 0.000 0.012
#> SRR1341721 6 0.4254 0.7793 0.352 0.004 0.000 0.000 0.020 0.624
#> SRR1437514 1 0.0260 0.8425 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1327505 2 0.2264 0.8054 0.000 0.888 0.004 0.096 0.012 0.000
#> SRR1382461 1 0.4492 0.4555 0.700 0.004 0.000 0.000 0.080 0.216
#> SRR1361883 1 0.3500 0.7246 0.816 0.012 0.000 0.000 0.120 0.052
#> SRR1378262 1 0.0000 0.8432 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.3812 0.7515 0.000 0.168 0.004 0.056 0.772 0.000
#> SRR1073655 6 0.4076 0.7542 0.396 0.000 0.000 0.000 0.012 0.592
#> SRR1075729 1 0.0777 0.8374 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000
#> SRR1397292 5 0.3168 0.5492 0.000 0.016 0.192 0.000 0.792 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.951 0.960 0.981 0.4497 0.550 0.550
#> 3 3 0.858 0.899 0.947 0.2297 0.897 0.812
#> 4 4 0.808 0.848 0.923 0.0553 0.977 0.949
#> 5 5 0.734 0.741 0.864 0.1121 0.947 0.876
#> 6 6 0.663 0.677 0.822 0.0492 0.940 0.844
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.5519 0.867 0.872 0.128
#> SRR1457080 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.1414 0.960 0.980 0.020
#> SRR1430088 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.4022 0.916 0.920 0.080
#> SRR1357692 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1430703 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.5519 0.867 0.872 0.128
#> SRR819486 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0672 0.968 0.992 0.008
#> SRR1365377 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1078948 2 0.9087 0.521 0.324 0.676
#> SRR1099765 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.5519 0.867 0.872 0.128
#> SRR807751 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1081813 2 0.7815 0.700 0.232 0.768
#> SRR1487403 1 0.8499 0.648 0.724 0.276
#> SRR1409046 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1474000 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.4562 0.901 0.904 0.096
#> SRR1432231 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3584 0.925 0.932 0.068
#> SRR809565 1 0.4022 0.916 0.920 0.080
#> SRR1476974 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1340966 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323873 2 0.7815 0.699 0.232 0.768
#> SRR1475233 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.0938 0.974 0.012 0.988
#> SRR1338489 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.7674 0.738 0.776 0.224
#> SRR1329642 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.1414 0.960 0.980 0.020
#> SRR1085259 1 0.8499 0.648 0.724 0.276
#> SRR1477732 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1436280 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1467943 1 0.5519 0.867 0.872 0.128
#> SRR808638 2 0.4161 0.900 0.084 0.916
#> SRR1099451 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.4431 0.905 0.908 0.092
#> SRR1404186 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1367410 2 0.9393 0.446 0.356 0.644
#> SRR1316463 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.0938 0.974 0.012 0.988
#> SRR1077066 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.4815 0.893 0.896 0.104
#> SRR1069943 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1410699 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR1442440 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.4939 0.890 0.892 0.108
#> SRR1475785 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1098002 2 0.7883 0.693 0.236 0.764
#> SRR1077667 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1472259 2 0.7815 0.699 0.232 0.768
#> SRR1390179 2 0.7883 0.693 0.236 0.764
#> SRR1312784 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1069850 2 0.8861 0.565 0.304 0.696
#> SRR1081332 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1406709 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.4298 0.908 0.912 0.088
#> SRR1370107 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1487704 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1081493 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1317653 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1336964 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR1091054 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0672 0.978 0.008 0.992
#> SRR1452222 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1083125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.8499 0.648 0.724 0.276
#> SRR1466091 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090119 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1337516 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1322186 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.7745 0.732 0.772 0.228
#> SRR1097708 1 0.3733 0.922 0.928 0.072
#> SRR813529 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1352322 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.4815 0.893 0.896 0.104
#> SRR1390289 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.4562 0.901 0.904 0.096
#> SRR1388788 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.7602 0.744 0.780 0.220
#> SRR1362514 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.5059 0.885 0.888 0.112
#> SRR1443399 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.4431 0.905 0.908 0.092
#> SRR1443800 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3584 0.925 0.932 0.068
#> SRR1444523 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1393529 2 0.1184 0.970 0.016 0.984
#> SRR1102224 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0376 0.970 0.996 0.004
#> SRR1437514 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1361883 2 0.7453 0.731 0.212 0.788
#> SRR1378262 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.3274 0.931 0.940 0.060
#> SRR1075729 1 0.0000 0.973 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0424 0.9552 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456250 2 0.2878 0.8673 0.000 0.904 0.096
#> SRR1433708 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.5291 0.5835 0.000 0.732 0.268
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.5291 0.5835 0.000 0.732 0.268
#> SRR1392456 2 0.2796 0.8699 0.000 0.908 0.092
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3686 0.8534 0.860 0.000 0.140
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0592 0.9525 0.000 0.988 0.012
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0424 0.9642 0.992 0.000 0.008
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.1411 0.9329 0.000 0.964 0.036
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 3 0.5327 0.6944 0.000 0.272 0.728
#> SRR1473232 2 0.5254 0.5925 0.000 0.736 0.264
#> SRR1410634 2 0.0237 0.9575 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.1031 0.9430 0.000 0.976 0.024
#> SRR816794 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353577 2 0.1753 0.9230 0.000 0.952 0.048
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.1289 0.9497 0.968 0.000 0.032
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0424 0.9554 0.000 0.992 0.008
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.2796 0.9032 0.908 0.000 0.092
#> SRR1357692 3 0.5902 0.6877 0.004 0.316 0.680
#> SRR1430703 3 0.1860 0.7440 0.000 0.052 0.948
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.3686 0.8534 0.860 0.000 0.140
#> SRR819486 1 0.0592 0.9623 0.988 0.000 0.012
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.0747 0.9494 0.000 0.984 0.016
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0592 0.9519 0.000 0.988 0.012
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.2878 0.8652 0.000 0.904 0.096
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.4887 0.6583 0.000 0.772 0.228
#> SRR1313625 1 0.0747 0.9602 0.984 0.000 0.016
#> SRR1365377 2 0.6267 -0.0749 0.000 0.548 0.452
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.6302 -0.1838 0.000 0.520 0.480
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.5291 0.5835 0.000 0.732 0.268
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.6935 0.5552 0.312 0.036 0.652
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3686 0.8534 0.860 0.000 0.140
#> SRR807751 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.7515 0.7275 0.220 0.100 0.680
#> SRR1487403 1 0.5797 0.6220 0.712 0.008 0.280
#> SRR1409046 3 0.7437 0.7492 0.200 0.108 0.692
#> SRR1474000 3 0.1860 0.7440 0.000 0.052 0.948
#> SRR1500131 2 0.5016 0.6417 0.000 0.760 0.240
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.2878 0.8673 0.000 0.904 0.096
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.3116 0.8873 0.892 0.000 0.108
#> SRR1432231 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2537 0.9132 0.920 0.000 0.080
#> SRR809565 1 0.2796 0.9032 0.908 0.000 0.092
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395682 2 0.1964 0.9140 0.000 0.944 0.056
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0747 0.9602 0.984 0.000 0.016
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.7144 0.7179 0.220 0.080 0.700
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.5733 0.6780 0.000 0.324 0.676
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.5292 0.7154 0.764 0.008 0.228
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.1163 0.9394 0.000 0.972 0.028
#> SRR1400489 2 0.1411 0.9329 0.000 0.964 0.036
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0424 0.9552 0.000 0.992 0.008
#> SRR1308269 2 0.0424 0.9552 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367172 1 0.1289 0.9496 0.968 0.000 0.032
#> SRR1085259 1 0.5797 0.6220 0.712 0.008 0.280
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.1964 0.9140 0.000 0.944 0.056
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0424 0.9642 0.992 0.000 0.008
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.7437 0.7492 0.200 0.108 0.692
#> SRR1436280 3 0.1860 0.7440 0.000 0.052 0.948
#> SRR1312666 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0747 0.9601 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467943 1 0.3686 0.8534 0.860 0.000 0.140
#> SRR808638 3 0.6939 0.7803 0.072 0.216 0.712
#> SRR1099451 2 0.0892 0.9459 0.000 0.980 0.020
#> SRR1082238 1 0.3038 0.8915 0.896 0.000 0.104
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.6673 0.4783 0.344 0.020 0.636
#> SRR1316463 2 0.2878 0.8673 0.000 0.904 0.096
#> SRR1103072 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.5760 0.6718 0.000 0.328 0.672
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.3267 0.8796 0.884 0.000 0.116
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR814108 3 0.5902 0.6877 0.004 0.316 0.680
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.4178 0.7631 0.000 0.828 0.172
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0424 0.9642 0.992 0.000 0.008
#> SRR1383674 2 0.6299 -0.1722 0.000 0.524 0.476
#> SRR1442440 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 1 0.3340 0.8767 0.880 0.000 0.120
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.7106 0.7114 0.224 0.076 0.700
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.5754 0.7154 0.004 0.296 0.700
#> SRR1472259 3 0.7144 0.7179 0.220 0.080 0.700
#> SRR1390179 3 0.7106 0.7114 0.224 0.076 0.700
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.6998 0.5959 0.292 0.044 0.664
#> SRR1081332 1 0.0592 0.9625 0.988 0.000 0.012
#> SRR1406709 2 0.2878 0.8673 0.000 0.904 0.096
#> SRR1458529 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0592 0.9623 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1476652 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1453747 2 0.0237 0.9577 0.000 0.996 0.004
#> SRR1403853 2 0.4974 0.6498 0.000 0.764 0.236
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.2959 0.8949 0.900 0.000 0.100
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.1860 0.7440 0.000 0.052 0.948
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.1163 0.9391 0.000 0.972 0.028
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.5754 0.7151 0.004 0.296 0.700
#> SRR1487704 2 0.3879 0.7856 0.000 0.848 0.152
#> SRR1344122 2 0.0747 0.9499 0.000 0.984 0.016
#> SRR1402027 3 0.7437 0.7492 0.200 0.108 0.692
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0592 0.9525 0.000 0.988 0.012
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.5815 0.7059 0.004 0.304 0.692
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.5902 0.6877 0.004 0.316 0.680
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.6299 -0.1761 0.000 0.524 0.476
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.6140 0.5176 0.000 0.404 0.596
#> SRR1091054 1 0.0592 0.9623 0.988 0.000 0.012
#> SRR1316343 2 0.4931 0.6559 0.000 0.768 0.232
#> SRR1073899 1 0.0237 0.9660 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.1411 0.9319 0.000 0.964 0.036
#> SRR1445426 2 0.1753 0.9230 0.000 0.952 0.048
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.6154 0.5096 0.000 0.408 0.592
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.1411 0.9326 0.000 0.964 0.036
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0424 0.9552 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.3482 0.7664 0.000 0.128 0.872
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0592 0.9624 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.5797 0.6220 0.712 0.008 0.280
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.7437 0.7492 0.200 0.108 0.692
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.1031 0.9427 0.000 0.976 0.024
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.1411 0.9329 0.000 0.964 0.036
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.4931 0.6559 0.000 0.768 0.232
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.0592 0.9526 0.000 0.988 0.012
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0747 0.9601 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.2448 0.7550 0.000 0.076 0.924
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0424 0.9552 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499652 2 0.1753 0.9230 0.000 0.952 0.048
#> SRR1356643 1 0.5335 0.7109 0.760 0.008 0.232
#> SRR1097708 1 0.2625 0.9094 0.916 0.000 0.084
#> SRR813529 3 0.7437 0.7492 0.200 0.108 0.692
#> SRR1352322 1 0.0424 0.9642 0.992 0.000 0.008
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.3425 0.8799 0.884 0.004 0.112
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336988 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0592 0.9526 0.000 0.988 0.012
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.3116 0.8873 0.892 0.000 0.108
#> SRR1388788 2 0.1411 0.9326 0.000 0.964 0.036
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.5360 0.7221 0.768 0.012 0.220
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.3412 0.8711 0.876 0.000 0.124
#> SRR1443399 2 0.0237 0.9576 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.3038 0.8911 0.896 0.000 0.104
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.1411 0.9329 0.000 0.964 0.036
#> SRR1090334 2 0.0424 0.9552 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2537 0.9127 0.920 0.000 0.080
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.1529 0.9273 0.000 0.960 0.040
#> SRR1320445 1 0.0424 0.9642 0.992 0.000 0.008
#> SRR1081116 1 0.0424 0.9642 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333287 2 0.6291 -0.1360 0.000 0.532 0.468
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.5754 0.7154 0.004 0.296 0.700
#> SRR1102224 2 0.6291 -0.1368 0.000 0.532 0.468
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.4931 0.6590 0.000 0.768 0.232
#> SRR1413262 2 0.0892 0.9467 0.000 0.980 0.020
#> SRR1336227 2 0.1753 0.9230 0.000 0.952 0.048
#> SRR1069991 1 0.0237 0.9660 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0592 0.9624 0.988 0.000 0.012
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.7437 0.7492 0.200 0.108 0.692
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9676 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9599 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.2356 0.9193 0.928 0.000 0.072
#> SRR1075729 1 0.0237 0.9660 0.996 0.000 0.004
#> SRR1397292 3 0.0592 0.7081 0.000 0.012 0.988
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0895 0.940 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1456250 2 0.4204 0.736 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1433708 2 0.1743 0.918 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.5835 0.268 0.000 0.588 0.372 0.040
#> SRR1441768 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1466597 2 0.5835 0.268 0.000 0.588 0.372 0.040
#> SRR1392456 2 0.3969 0.757 0.000 0.804 0.180 0.016
#> SRR1080951 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.4675 0.753 0.736 0.000 0.244 0.020
#> SRR1457080 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343546 2 0.2124 0.906 0.000 0.924 0.068 0.008
#> SRR1405921 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362928 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1089207 1 0.1557 0.917 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1084505 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376476 2 0.2928 0.864 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR1318208 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.1798 0.918 0.944 0.000 0.040 0.016
#> SRR1397781 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334055 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329131 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1102198 3 0.7607 -0.159 0.000 0.200 0.412 0.388
#> SRR1473232 2 0.5821 0.282 0.000 0.592 0.368 0.040
#> SRR1410634 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1353332 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362332 2 0.2593 0.875 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR816794 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.1661 0.921 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1353577 2 0.2521 0.896 0.000 0.912 0.064 0.024
#> SRR1077380 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1407693 1 0.2714 0.884 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1430088 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.1004 0.939 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1327454 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.1389 0.921 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1085235 1 0.4284 0.803 0.780 0.000 0.200 0.020
#> SRR1357692 3 0.4194 0.408 0.000 0.172 0.800 0.028
#> SRR1430703 4 0.4585 0.884 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1086020 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334181 2 0.0707 0.942 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1087271 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR812721 1 0.4675 0.753 0.736 0.000 0.244 0.020
#> SRR819486 1 0.1716 0.913 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1465248 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.1743 0.919 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1318624 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467544 2 0.2466 0.883 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR1476384 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.1474 0.924 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.4012 0.751 0.000 0.800 0.184 0.016
#> SRR1340531 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.5460 0.388 0.000 0.632 0.340 0.028
#> SRR1313625 1 0.3166 0.874 0.868 0.000 0.116 0.016
#> SRR1365377 3 0.5564 0.370 0.000 0.436 0.544 0.020
#> SRR1092749 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389366 3 0.5498 0.392 0.000 0.404 0.576 0.020
#> SRR1359509 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444043 2 0.5835 0.268 0.000 0.588 0.372 0.040
#> SRR1500071 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078948 3 0.4303 0.217 0.184 0.004 0.792 0.020
#> SRR1099765 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR818523 1 0.4675 0.753 0.736 0.000 0.244 0.020
#> SRR807751 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1343698 2 0.0657 0.944 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1330176 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.3965 0.340 0.120 0.032 0.840 0.008
#> SRR1487403 1 0.5476 0.503 0.584 0.000 0.396 0.020
#> SRR1409046 3 0.3877 0.374 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1474000 4 0.4585 0.884 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1500131 2 0.5527 0.357 0.000 0.616 0.356 0.028
#> SRR1415854 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.4204 0.736 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1362664 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1097525 1 0.4284 0.801 0.780 0.000 0.200 0.020
#> SRR1432231 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4079 0.821 0.800 0.000 0.180 0.020
#> SRR809565 1 0.4284 0.803 0.780 0.000 0.200 0.020
#> SRR1476974 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1310876 2 0.0657 0.944 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1404951 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.1661 0.921 0.000 0.944 0.052 0.004
#> SRR1395682 2 0.3208 0.825 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR1362579 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473100 1 0.1792 0.912 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1340966 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1323873 3 0.3625 0.326 0.120 0.024 0.852 0.004
#> SRR1475233 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400008 3 0.4290 0.462 0.000 0.212 0.772 0.016
#> SRR1338489 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1439697 1 0.5289 0.603 0.636 0.000 0.344 0.020
#> SRR1329642 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341945 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.2737 0.872 0.000 0.888 0.104 0.008
#> SRR1400489 2 0.2928 0.864 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR1416455 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477292 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1096924 2 0.0657 0.945 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1308269 2 0.0895 0.940 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1367172 1 0.2593 0.889 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1085259 1 0.5476 0.503 0.584 0.000 0.396 0.020
#> SRR1477732 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356509 2 0.3208 0.825 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR1323446 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1557 0.917 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.3877 0.374 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1436280 4 0.4585 0.884 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1312666 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR810153 1 0.2281 0.896 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1467943 1 0.4675 0.753 0.736 0.000 0.244 0.020
#> SRR808638 3 0.4090 0.400 0.040 0.116 0.836 0.008
#> SRR1099451 2 0.1209 0.933 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1082238 1 0.4121 0.816 0.796 0.000 0.184 0.020
#> SRR1404186 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1446716 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1073971 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.4436 0.176 0.216 0.000 0.764 0.020
#> SRR1316463 2 0.4204 0.736 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1103072 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420129 2 0.0657 0.944 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1382639 2 0.0592 0.944 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1356997 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1409326 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485020 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1387113 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0707 0.942 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1105033 3 0.4327 0.462 0.000 0.216 0.768 0.016
#> SRR1077066 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099931 1 0.4436 0.785 0.764 0.000 0.216 0.020
#> SRR1069943 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0779 0.943 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR814108 3 0.4194 0.408 0.000 0.172 0.800 0.028
#> SRR1410699 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1405461 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1323312 2 0.4655 0.738 0.000 0.796 0.116 0.088
#> SRR1467171 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1940 0.907 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1383674 3 0.5517 0.388 0.000 0.412 0.568 0.020
#> SRR1442440 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1404461 1 0.2222 0.908 0.924 0.000 0.060 0.016
#> SRR1336617 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1097811 1 0.4542 0.774 0.752 0.000 0.228 0.020
#> SRR1475785 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347916 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1477522 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1098002 3 0.3681 0.323 0.124 0.024 0.848 0.004
#> SRR1077667 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1364975 3 0.4012 0.457 0.000 0.184 0.800 0.016
#> SRR1472259 3 0.3625 0.326 0.120 0.024 0.852 0.004
#> SRR1390179 3 0.3681 0.323 0.124 0.024 0.848 0.004
#> SRR1312784 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1069850 3 0.4205 0.239 0.172 0.008 0.804 0.016
#> SRR1081332 1 0.1716 0.914 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1406709 2 0.4204 0.736 0.000 0.788 0.192 0.020
#> SRR1458529 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1332467 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078278 1 0.1716 0.913 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1083868 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367544 2 0.0592 0.944 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1333167 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1418492 2 0.0779 0.943 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1476652 2 0.0895 0.941 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1470624 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420538 2 0.0469 0.946 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1453747 2 0.0469 0.945 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1403853 2 0.5511 0.370 0.000 0.620 0.352 0.028
#> SRR1378707 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4361 0.794 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR1370107 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1369008 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1385672 4 0.4585 0.884 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1430839 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.2530 0.878 0.000 0.896 0.100 0.004
#> SRR1348507 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090626 3 0.4012 0.456 0.000 0.184 0.800 0.016
#> SRR1487704 2 0.4057 0.757 0.000 0.812 0.160 0.028
#> SRR1344122 2 0.2271 0.899 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1402027 3 0.3877 0.374 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1004 0.939 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR1440809 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1406394 3 0.4095 0.458 0.000 0.192 0.792 0.016
#> SRR1317653 2 0.0657 0.944 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1343072 3 0.4194 0.408 0.000 0.172 0.800 0.028
#> SRR1336964 2 0.0376 0.947 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1358624 2 0.1389 0.926 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1467194 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459324 2 0.0657 0.944 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1353118 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.5478 0.367 0.000 0.444 0.540 0.016
#> SRR1487547 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1087752 3 0.4908 0.438 0.000 0.292 0.692 0.016
#> SRR1091054 1 0.1792 0.912 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1316343 2 0.5565 0.379 0.000 0.624 0.344 0.032
#> SRR1073899 1 0.1211 0.924 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1456093 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329663 2 0.2654 0.870 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1445426 2 0.2521 0.896 0.000 0.912 0.064 0.024
#> SRR1389932 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.4933 0.437 0.000 0.296 0.688 0.016
#> SRR1452222 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1468096 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1334011 2 0.2799 0.867 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1444701 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0895 0.940 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.6148 0.705 0.000 0.052 0.408 0.540
#> SRR1410550 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.2011 0.905 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1090383 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0657 0.944 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1072578 1 0.5476 0.503 0.584 0.000 0.396 0.020
#> SRR1466091 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090119 3 0.3877 0.374 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1337516 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498290 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330770 2 0.2401 0.887 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1489349 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1457336 2 0.2928 0.864 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR1447481 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1102176 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1323215 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1466770 2 0.0817 0.941 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1093366 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1434631 2 0.5565 0.379 0.000 0.624 0.344 0.032
#> SRR1349190 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1099354 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470855 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1102998 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444978 2 0.1902 0.912 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR1432165 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1441913 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319038 2 0.1302 0.929 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1338603 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2281 0.896 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1322186 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1466687 2 0.1118 0.935 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420391 4 0.5161 0.816 0.000 0.008 0.400 0.592
#> SRR1087704 1 0.1059 0.928 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1464897 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.1118 0.935 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1476324 2 0.0895 0.940 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1499652 2 0.2443 0.900 0.000 0.916 0.060 0.024
#> SRR1356643 1 0.5306 0.597 0.632 0.000 0.348 0.020
#> SRR1097708 1 0.4163 0.813 0.792 0.000 0.188 0.020
#> SRR813529 3 0.3877 0.374 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1352322 1 0.1211 0.924 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.4507 0.778 0.756 0.000 0.224 0.020
#> SRR1390289 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1351955 2 0.0779 0.942 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1336988 2 0.0592 0.946 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1407000 2 0.1902 0.912 0.000 0.932 0.064 0.004
#> SRR1367785 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1470057 2 0.0336 0.946 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.4284 0.801 0.780 0.000 0.200 0.020
#> SRR1388788 2 0.2799 0.867 0.000 0.884 0.108 0.008
#> SRR1396146 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.5271 0.610 0.640 0.000 0.340 0.020
#> SRR1362514 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.4436 0.785 0.764 0.000 0.216 0.020
#> SRR1443399 2 0.1743 0.918 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1101280 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1340680 2 0.0336 0.947 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1488307 1 0.4399 0.790 0.768 0.000 0.212 0.020
#> SRR1443800 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1317110 2 0.2928 0.864 0.000 0.880 0.108 0.012
#> SRR1090334 2 0.0895 0.940 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1338280 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4121 0.817 0.796 0.000 0.184 0.020
#> SRR1444523 1 0.0707 0.931 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1310898 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.2401 0.888 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1320445 1 0.1557 0.917 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1081116 1 0.1211 0.924 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1333287 3 0.5526 0.385 0.000 0.416 0.564 0.020
#> SRR1454821 2 0.0707 0.942 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1348792 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1393529 3 0.4012 0.457 0.000 0.184 0.800 0.016
#> SRR1102224 3 0.5535 0.383 0.000 0.420 0.560 0.020
#> SRR1074239 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.5565 0.382 0.000 0.624 0.344 0.032
#> SRR1413262 2 0.1059 0.939 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR1336227 2 0.2443 0.900 0.000 0.916 0.060 0.024
#> SRR1069991 1 0.0817 0.929 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1091524 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312577 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341721 1 0.2469 0.889 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0188 0.935 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1361883 3 0.3877 0.374 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.936 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0188 0.947 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1073655 1 0.4035 0.824 0.804 0.000 0.176 0.020
#> SRR1075729 1 0.0817 0.929 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1397292 4 0.1022 0.664 0.000 0.000 0.032 0.968
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1892 0.85133 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1456250 4 0.4798 0.56062 0.000 0.396 0.024 0.580 0.000
#> SRR1433708 2 0.3814 0.59770 0.000 0.720 0.004 0.276 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0771 0.87247 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1432783 2 0.0451 0.87211 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1398272 2 0.1121 0.87359 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1436583 2 0.0865 0.87241 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1420413 4 0.3317 0.50379 0.000 0.088 0.056 0.852 0.004
#> SRR1441768 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.2806 0.79351 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1466597 4 0.3317 0.50379 0.000 0.088 0.056 0.852 0.004
#> SRR1392456 4 0.4663 0.58913 0.000 0.376 0.020 0.604 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.4505 0.56993 0.604 0.000 0.384 0.012 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.1121 0.87272 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1282 0.86998 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1343546 2 0.3910 0.60820 0.000 0.720 0.008 0.272 0.000
#> SRR1405921 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362928 2 0.0865 0.87266 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1089207 1 0.2074 0.86618 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0404 0.90526 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.4727 -0.08928 0.000 0.532 0.016 0.452 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.1956 0.87617 0.916 0.000 0.076 0.008 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1334055 2 0.0510 0.87091 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329131 2 0.1282 0.86816 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.2806 0.79292 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1102198 5 0.7445 0.57791 0.000 0.056 0.172 0.368 0.404
#> SRR1473232 4 0.3373 0.51503 0.000 0.092 0.056 0.848 0.004
#> SRR1410634 2 0.1205 0.87225 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR1353332 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362332 4 0.4440 0.32075 0.000 0.468 0.004 0.528 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.3607 0.66172 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1353577 2 0.4607 0.42141 0.000 0.664 0.012 0.312 0.012
#> SRR1077380 2 0.2806 0.79351 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1407693 1 0.3246 0.80631 0.808 0.000 0.184 0.008 0.000
#> SRR1430088 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.2646 0.81164 0.000 0.868 0.004 0.124 0.004
#> SRR1327454 2 0.0955 0.87213 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.2424 0.85068 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.4356 0.64059 0.648 0.000 0.340 0.012 0.000
#> SRR1357692 3 0.5083 0.36425 0.000 0.036 0.596 0.364 0.004
#> SRR1430703 5 0.4872 0.85831 0.000 0.000 0.160 0.120 0.720
#> SRR1086020 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334181 2 0.2583 0.81285 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1087271 2 0.1041 0.87245 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR812721 1 0.4505 0.56993 0.604 0.000 0.384 0.012 0.000
#> SRR819486 1 0.2280 0.85612 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4046 0.52797 0.000 0.696 0.008 0.296 0.000
#> SRR1318624 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467544 2 0.4420 -0.00918 0.000 0.548 0.004 0.448 0.000
#> SRR1476384 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1395788 1 0.0290 0.90615 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.2864 0.79382 0.000 0.852 0.012 0.136 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0865 0.87241 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1405311 4 0.4651 0.59515 0.000 0.372 0.020 0.608 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.1768 0.85597 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.0566 0.87128 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1419941 4 0.5923 0.54007 0.000 0.280 0.144 0.576 0.000
#> SRR1313625 1 0.3756 0.75018 0.744 0.000 0.248 0.008 0.000
#> SRR1365377 3 0.6626 0.09024 0.000 0.224 0.424 0.352 0.000
#> SRR1092749 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.6504 0.20036 0.000 0.196 0.448 0.356 0.000
#> SRR1359509 2 0.0771 0.87275 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1444043 4 0.3317 0.50379 0.000 0.088 0.056 0.852 0.004
#> SRR1500071 2 0.1357 0.87067 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1078948 3 0.2325 0.40085 0.068 0.000 0.904 0.028 0.000
#> SRR1099765 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.4505 0.56993 0.604 0.000 0.384 0.012 0.000
#> SRR807751 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0324 0.87143 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1323002 2 0.1430 0.86541 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1343698 2 0.1357 0.86726 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1330176 1 0.0404 0.90526 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0162 0.90693 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.2913 0.48544 0.040 0.004 0.876 0.080 0.000
#> SRR1487403 3 0.4637 -0.22483 0.452 0.000 0.536 0.012 0.000
#> SRR1409046 3 0.3214 0.50054 0.032 0.008 0.856 0.104 0.000
#> SRR1474000 5 0.4872 0.85831 0.000 0.000 0.160 0.120 0.720
#> SRR1500131 4 0.3359 0.56138 0.000 0.108 0.052 0.840 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.4798 0.56062 0.000 0.396 0.024 0.580 0.000
#> SRR1362664 2 0.1282 0.87215 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1097525 1 0.4306 0.65348 0.660 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1432231 2 0.1990 0.85670 0.000 0.920 0.008 0.068 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4232 0.67640 0.676 0.000 0.312 0.012 0.000
#> SRR809565 1 0.4356 0.64059 0.648 0.000 0.340 0.012 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1310876 2 0.1628 0.86967 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1404951 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1374355 2 0.0566 0.87294 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1499260 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.3607 0.66172 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1395682 2 0.4798 -0.07654 0.000 0.540 0.020 0.440 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473100 1 0.2127 0.86394 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323873 3 0.2569 0.48308 0.032 0.004 0.896 0.068 0.000
#> SRR1475233 2 0.0566 0.87278 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1400008 3 0.5335 0.46411 0.000 0.096 0.644 0.260 0.000
#> SRR1338489 2 0.2583 0.81209 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1439697 1 0.5028 0.38944 0.524 0.000 0.444 0.032 0.000
#> SRR1329642 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341945 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418262 2 0.1041 0.87267 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1458380 2 0.4467 0.39154 0.000 0.640 0.016 0.344 0.000
#> SRR1400489 2 0.4740 -0.16610 0.000 0.516 0.016 0.468 0.000
#> SRR1416455 2 0.1282 0.87215 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1477292 2 0.2806 0.79292 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1096924 2 0.1041 0.87485 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1308269 2 0.1892 0.85133 0.000 0.916 0.004 0.080 0.000
#> SRR1367172 1 0.3242 0.81317 0.816 0.000 0.172 0.012 0.000
#> SRR1085259 3 0.4637 -0.22483 0.452 0.000 0.536 0.012 0.000
#> SRR1477732 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.4798 -0.07654 0.000 0.540 0.020 0.440 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1908 0.87244 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.2806 0.79292 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1100395 1 0.0162 0.90693 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0404 0.87357 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341209 3 0.3214 0.50054 0.032 0.008 0.856 0.104 0.000
#> SRR1436280 5 0.4872 0.85831 0.000 0.000 0.160 0.120 0.720
#> SRR1312666 2 0.1357 0.86772 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR810153 1 0.3143 0.79594 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.4505 0.56993 0.604 0.000 0.384 0.012 0.000
#> SRR808638 3 0.4652 0.48456 0.016 0.048 0.744 0.192 0.000
#> SRR1099451 2 0.2046 0.85269 0.000 0.916 0.016 0.068 0.000
#> SRR1082238 1 0.3967 0.72603 0.724 0.000 0.264 0.012 0.000
#> SRR1404186 2 0.1704 0.86460 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1479721 1 0.0290 0.90615 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.2848 0.78871 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1446716 2 0.2890 0.78449 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1073971 2 0.1124 0.87238 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.2795 0.36494 0.100 0.000 0.872 0.028 0.000
#> SRR1316463 4 0.4798 0.56062 0.000 0.396 0.024 0.580 0.000
#> SRR1103072 2 0.1282 0.86996 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1420129 2 0.1571 0.86605 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1382639 2 0.1571 0.86522 0.000 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1356997 2 0.2389 0.82646 0.000 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1409326 2 0.0771 0.87247 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1485020 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387113 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.2583 0.81225 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1105033 3 0.5357 0.46279 0.000 0.096 0.640 0.264 0.000
#> SRR1077066 2 0.0609 0.87568 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1099931 1 0.4387 0.62700 0.640 0.000 0.348 0.012 0.000
#> SRR1069943 1 0.0290 0.90615 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.2112 0.84923 0.000 0.908 0.004 0.084 0.004
#> SRR814108 3 0.5083 0.36425 0.000 0.036 0.596 0.364 0.004
#> SRR1410699 2 0.1430 0.86782 0.000 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1405461 2 0.2763 0.79718 0.000 0.848 0.004 0.148 0.000
#> SRR1323312 2 0.5699 0.45910 0.000 0.688 0.044 0.180 0.088
#> SRR1467171 1 0.0290 0.90615 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.2773 0.82812 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.6545 0.16929 0.000 0.208 0.448 0.344 0.000
#> SRR1442440 2 0.2707 0.81504 0.000 0.860 0.008 0.132 0.000
#> SRR1404461 1 0.2971 0.82860 0.836 0.000 0.156 0.008 0.000
#> SRR1336617 2 0.0510 0.87333 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1097811 1 0.4457 0.59902 0.620 0.000 0.368 0.012 0.000
#> SRR1475785 1 0.0404 0.90526 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0566 0.87339 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1477522 2 0.0324 0.87159 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1098002 3 0.2504 0.47985 0.032 0.004 0.900 0.064 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364975 3 0.5117 0.47675 0.000 0.088 0.672 0.240 0.000
#> SRR1472259 3 0.2569 0.48308 0.032 0.004 0.896 0.068 0.000
#> SRR1390179 3 0.2504 0.47985 0.032 0.004 0.900 0.064 0.000
#> SRR1312784 2 0.0290 0.87176 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069850 3 0.2236 0.41815 0.068 0.000 0.908 0.024 0.000
#> SRR1081332 1 0.2127 0.86439 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.4841 0.51376 0.000 0.416 0.024 0.560 0.000
#> SRR1458529 2 0.1357 0.87067 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1332467 2 0.0955 0.87213 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1078278 1 0.2280 0.85612 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.2054 0.85465 0.000 0.916 0.008 0.072 0.004
#> SRR1333167 2 0.2848 0.78961 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1418492 2 0.1991 0.85438 0.000 0.916 0.004 0.076 0.004
#> SRR1476652 2 0.1991 0.85117 0.000 0.916 0.004 0.076 0.004
#> SRR1470624 2 0.0324 0.87143 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1081068 2 0.0671 0.87296 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1324473 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1420538 2 0.1851 0.85005 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1453747 2 0.2280 0.80875 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1403853 4 0.3507 0.57527 0.000 0.120 0.052 0.828 0.000
#> SRR1378707 2 0.0671 0.87334 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1083504 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1437598 2 0.0671 0.87334 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1376807 1 0.4371 0.63355 0.644 0.000 0.344 0.012 0.000
#> SRR1370107 2 0.1124 0.87221 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000
#> SRR1369008 2 0.2806 0.79292 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1385672 5 0.4872 0.85831 0.000 0.000 0.160 0.120 0.720
#> SRR1430839 2 0.1043 0.87041 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1098098 2 0.0324 0.87143 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1473361 2 0.4464 0.16502 0.000 0.584 0.008 0.408 0.000
#> SRR1348507 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090626 3 0.5117 0.47522 0.000 0.088 0.672 0.240 0.000
#> SRR1487704 2 0.5961 0.15478 0.000 0.596 0.108 0.284 0.012
#> SRR1344122 2 0.4313 0.38358 0.000 0.636 0.008 0.356 0.000
#> SRR1402027 3 0.3214 0.50054 0.032 0.008 0.856 0.104 0.000
#> SRR1081493 1 0.0290 0.90615 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0771 0.87292 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR816096 2 0.1877 0.85796 0.000 0.924 0.012 0.064 0.000
#> SRR1440809 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1406394 3 0.5140 0.46941 0.000 0.084 0.664 0.252 0.000
#> SRR1317653 2 0.1557 0.86926 0.000 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1343072 3 0.5083 0.36425 0.000 0.036 0.596 0.364 0.004
#> SRR1336964 2 0.0510 0.87137 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358624 2 0.3266 0.73187 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR1467194 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1459324 2 0.1628 0.86731 0.000 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.6703 0.06693 0.000 0.264 0.424 0.312 0.000
#> SRR1487547 2 0.1768 0.85597 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000
#> SRR1087752 3 0.5896 0.41220 0.000 0.128 0.564 0.308 0.000
#> SRR1091054 1 0.2179 0.86215 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3339 0.56930 0.000 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1073899 1 0.1478 0.88602 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.2890 0.78449 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1399291 2 0.0865 0.87241 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1336863 2 0.0865 0.87241 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1456771 2 0.1041 0.87018 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1329663 2 0.4560 -0.20225 0.000 0.508 0.008 0.484 0.000
#> SRR1445426 2 0.4607 0.42141 0.000 0.664 0.012 0.312 0.012
#> SRR1389932 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5932 0.40976 0.000 0.132 0.560 0.308 0.000
#> SRR1452222 2 0.2806 0.79292 0.000 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1468096 2 0.2890 0.78449 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1334011 2 0.4743 -0.18548 0.000 0.512 0.016 0.472 0.000
#> SRR1444701 2 0.0324 0.87159 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1952 0.84819 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1446265 1 0.0162 0.90693 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.6425 0.78541 0.000 0.012 0.176 0.256 0.556
#> SRR1410550 2 0.0510 0.87302 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.2813 0.82530 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0865 0.87231 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1502 0.86552 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1072578 3 0.4637 -0.22483 0.452 0.000 0.536 0.012 0.000
#> SRR1466091 2 0.0290 0.87176 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090119 3 0.3214 0.50054 0.032 0.008 0.856 0.104 0.000
#> SRR1337516 2 0.0865 0.87231 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1498290 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330770 2 0.4183 0.47177 0.000 0.668 0.008 0.324 0.000
#> SRR1489349 2 0.2848 0.78871 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1457336 2 0.4740 -0.16610 0.000 0.516 0.016 0.468 0.000
#> SRR1447481 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1102176 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323215 2 0.2890 0.78449 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1466770 2 0.2848 0.78880 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1093366 2 0.0566 0.87278 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1434631 4 0.3339 0.56930 0.000 0.112 0.048 0.840 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0162 0.90693 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099354 1 0.0162 0.90697 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0566 0.87339 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1102998 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1444978 2 0.4029 0.51034 0.000 0.680 0.004 0.316 0.000
#> SRR1432165 2 0.1952 0.84850 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1441913 2 0.0955 0.87213 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR1319038 2 0.3196 0.74474 0.000 0.804 0.004 0.192 0.000
#> SRR1338603 2 0.0771 0.87247 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.3039 0.80597 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0451 0.87049 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1466687 2 0.2890 0.78576 0.000 0.836 0.004 0.160 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0324 0.87159 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1420391 5 0.5836 0.81834 0.000 0.000 0.176 0.216 0.608
#> SRR1087704 1 0.1484 0.89113 0.944 0.000 0.048 0.008 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0771 0.87247 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1337816 2 0.0324 0.87143 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1322070 2 0.2848 0.79022 0.000 0.840 0.004 0.156 0.000
#> SRR1476324 2 0.1952 0.84819 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1499652 2 0.4486 0.48221 0.000 0.688 0.012 0.288 0.012
#> SRR1356643 1 0.5032 0.38104 0.520 0.000 0.448 0.032 0.000
#> SRR1097708 1 0.4109 0.70096 0.700 0.000 0.288 0.012 0.000
#> SRR813529 3 0.3214 0.50054 0.032 0.008 0.856 0.104 0.000
#> SRR1352322 1 0.1341 0.88857 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.4444 0.60446 0.624 0.000 0.364 0.012 0.000
#> SRR1390289 2 0.1357 0.87067 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1351955 2 0.1704 0.85887 0.000 0.928 0.004 0.068 0.000
#> SRR1336988 2 0.1952 0.85454 0.000 0.912 0.004 0.084 0.000
#> SRR1407000 2 0.4029 0.51034 0.000 0.680 0.004 0.316 0.000
#> SRR1367785 2 0.1282 0.87215 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1470057 2 0.1831 0.85427 0.000 0.920 0.004 0.076 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.4306 0.65348 0.660 0.000 0.328 0.012 0.000
#> SRR1388788 2 0.4743 -0.18548 0.000 0.512 0.016 0.472 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.4656 0.36274 0.508 0.000 0.480 0.012 0.000
#> SRR1362514 2 0.0566 0.87412 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1454031 1 0.4402 0.62010 0.636 0.000 0.352 0.012 0.000
#> SRR1443399 2 0.3689 0.63938 0.000 0.740 0.004 0.256 0.000
#> SRR1101280 2 0.0162 0.87128 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340680 2 0.1764 0.86338 0.000 0.928 0.008 0.064 0.000
#> SRR1488307 1 0.4402 0.62209 0.636 0.000 0.352 0.012 0.000
#> SRR1443800 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317110 2 0.4727 -0.08928 0.000 0.532 0.016 0.452 0.000
#> SRR1090334 2 0.2011 0.84744 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4086 0.70576 0.704 0.000 0.284 0.012 0.000
#> SRR1444523 1 0.1121 0.89554 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0290 0.87080 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.4905 0.32751 0.000 0.624 0.040 0.336 0.000
#> SRR1320445 1 0.2074 0.86618 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.1410 0.88727 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1333287 3 0.6539 0.16502 0.000 0.200 0.432 0.368 0.000
#> SRR1454821 2 0.2583 0.81225 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1348792 2 0.0609 0.87365 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1393529 3 0.5117 0.47675 0.000 0.088 0.672 0.240 0.000
#> SRR1102224 3 0.6549 0.15756 0.000 0.204 0.436 0.360 0.000
#> SRR1074239 1 0.0290 0.90615 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.2959 0.55383 0.000 0.100 0.036 0.864 0.000
#> SRR1413262 2 0.1525 0.87068 0.000 0.948 0.004 0.036 0.012
#> SRR1336227 2 0.4486 0.48221 0.000 0.688 0.012 0.288 0.012
#> SRR1069991 1 0.1043 0.89616 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0404 0.90526 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.1121 0.86998 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1341721 1 0.3336 0.77556 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0609 0.87534 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1382461 1 0.0404 0.90526 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.3214 0.50054 0.032 0.008 0.856 0.104 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.90734 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.1357 0.87067 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR1073655 1 0.4040 0.71512 0.712 0.000 0.276 0.012 0.000
#> SRR1075729 1 0.1121 0.89461 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2850 0.65183 0.000 0.000 0.036 0.092 0.872
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0146 0.8827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330831 2 0.2113 0.8280 0.000 0.896 0.008 0.000 0.092 0.004
#> SRR1456250 5 0.4455 0.6184 0.000 0.320 0.024 0.008 0.644 0.004
#> SRR1433708 2 0.3940 0.4347 0.000 0.652 0.004 0.008 0.336 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.1268 0.8460 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036 0.000
#> SRR1432783 2 0.0976 0.8490 0.000 0.968 0.008 0.008 0.016 0.000
#> SRR1398272 2 0.2207 0.8467 0.000 0.900 0.008 0.016 0.076 0.000
#> SRR1436583 2 0.1340 0.8444 0.000 0.948 0.004 0.008 0.040 0.000
#> SRR1420413 5 0.2342 0.1609 0.000 0.004 0.088 0.000 0.888 0.020
#> SRR1441768 1 0.0363 0.8812 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356976 2 0.3152 0.7251 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1466597 5 0.2342 0.1609 0.000 0.004 0.088 0.000 0.888 0.020
#> SRR1392456 5 0.4213 0.5680 0.000 0.280 0.028 0.000 0.684 0.008
#> SRR1080951 1 0.0146 0.8835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812697 6 0.4977 0.5841 0.372 0.000 0.076 0.000 0.000 0.552
#> SRR1457080 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.2114 0.8448 0.000 0.904 0.008 0.012 0.076 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1914 0.8398 0.000 0.920 0.008 0.016 0.056 0.000
#> SRR1343546 2 0.4000 0.4610 0.000 0.660 0.008 0.008 0.324 0.000
#> SRR1405921 2 0.0767 0.8457 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR1362928 2 0.1655 0.8444 0.000 0.932 0.008 0.008 0.052 0.000
#> SRR1089207 1 0.2933 0.6706 0.796 0.000 0.004 0.000 0.000 0.200
#> SRR1084505 1 0.0632 0.8753 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1376476 5 0.4211 0.4152 0.000 0.456 0.008 0.004 0.532 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2871 0.6742 0.804 0.000 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR1397781 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.1180 0.8449 0.000 0.960 0.012 0.016 0.012 0.000
#> SRR1334055 2 0.1515 0.8413 0.000 0.944 0.008 0.020 0.028 0.000
#> SRR1329131 2 0.1657 0.8472 0.000 0.936 0.012 0.012 0.040 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.3152 0.7244 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1102198 6 0.7530 -0.5657 0.000 0.048 0.244 0.040 0.308 0.360
#> SRR1473232 5 0.2237 0.1644 0.000 0.004 0.080 0.000 0.896 0.020
#> SRR1410634 2 0.2036 0.8427 0.000 0.912 0.016 0.008 0.064 0.000
#> SRR1353332 2 0.0665 0.8471 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000
#> SRR1362332 5 0.4178 0.5381 0.000 0.372 0.020 0.000 0.608 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.3772 0.5368 0.000 0.692 0.004 0.008 0.296 0.000
#> SRR1353577 2 0.4887 0.2073 0.000 0.612 0.024 0.016 0.336 0.012
#> SRR1077380 2 0.3152 0.7251 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1407693 1 0.3789 0.3502 0.660 0.000 0.008 0.000 0.000 0.332
#> SRR1430088 2 0.0653 0.8469 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012 0.000
#> SRR1311464 2 0.3086 0.7736 0.000 0.840 0.008 0.016 0.128 0.008
#> SRR1327454 2 0.1820 0.8433 0.000 0.924 0.012 0.008 0.056 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.3266 0.5326 0.728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1085235 6 0.4597 0.5321 0.412 0.000 0.040 0.000 0.000 0.548
#> SRR1357692 3 0.4596 0.5528 0.000 0.004 0.640 0.000 0.304 0.052
#> SRR1430703 6 0.7042 -0.6356 0.000 0.000 0.240 0.252 0.084 0.424
#> SRR1086020 2 0.0767 0.8457 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR1334181 2 0.2989 0.7497 0.000 0.812 0.004 0.008 0.176 0.000
#> SRR1087271 2 0.1493 0.8436 0.000 0.936 0.004 0.004 0.056 0.000
#> SRR812721 6 0.4977 0.5841 0.372 0.000 0.076 0.000 0.000 0.552
#> SRR819486 1 0.3133 0.6416 0.780 0.000 0.008 0.000 0.000 0.212
#> SRR1465248 2 0.0767 0.8457 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.3955 0.3672 0.000 0.648 0.004 0.008 0.340 0.000
#> SRR1318624 2 0.0653 0.8469 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012 0.000
#> SRR1467544 5 0.4459 0.3331 0.000 0.460 0.020 0.004 0.516 0.000
#> SRR1476384 2 0.0665 0.8471 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000
#> SRR1395788 1 0.0547 0.8772 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1406478 2 0.0767 0.8457 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.3452 0.7206 0.000 0.788 0.012 0.016 0.184 0.000
#> SRR1080222 1 0.0146 0.8827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361777 2 0.1340 0.8444 0.000 0.948 0.004 0.008 0.040 0.000
#> SRR1405311 5 0.4193 0.5649 0.000 0.276 0.028 0.000 0.688 0.008
#> SRR1340531 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.2261 0.8149 0.000 0.884 0.004 0.008 0.104 0.000
#> SRR1407018 1 0.0146 0.8835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090431 2 0.0665 0.8471 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000
#> SRR1498505 2 0.1546 0.8408 0.000 0.944 0.016 0.020 0.020 0.000
#> SRR1419941 5 0.5910 0.3920 0.000 0.224 0.188 0.016 0.568 0.004
#> SRR1313625 1 0.4096 -0.2717 0.508 0.000 0.008 0.000 0.000 0.484
#> SRR1365377 3 0.5936 0.3883 0.000 0.184 0.536 0.016 0.264 0.000
#> SRR1092749 1 0.0260 0.8824 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1389366 3 0.5735 0.4708 0.000 0.156 0.568 0.016 0.260 0.000
#> SRR1359509 2 0.1616 0.8448 0.000 0.940 0.012 0.020 0.028 0.000
#> SRR1444043 5 0.2342 0.1609 0.000 0.004 0.088 0.000 0.888 0.020
#> SRR1500071 2 0.2362 0.8330 0.000 0.892 0.012 0.016 0.080 0.000
#> SRR1078948 3 0.3899 0.5246 0.008 0.000 0.628 0.000 0.000 0.364
#> SRR1099765 1 0.0146 0.8834 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR818523 6 0.4977 0.5841 0.372 0.000 0.076 0.000 0.000 0.552
#> SRR807751 1 0.0146 0.8834 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379157 2 0.0984 0.8477 0.000 0.968 0.012 0.008 0.012 0.000
#> SRR1323002 2 0.1901 0.8317 0.000 0.912 0.004 0.008 0.076 0.000
#> SRR1343698 2 0.1801 0.8412 0.000 0.924 0.004 0.016 0.056 0.000
#> SRR1330176 1 0.0632 0.8753 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1329530 1 0.0363 0.8810 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081813 3 0.3993 0.6278 0.000 0.004 0.700 0.000 0.024 0.272
#> SRR1487403 6 0.5701 0.4790 0.248 0.000 0.228 0.000 0.000 0.524
#> SRR1409046 3 0.3627 0.6504 0.000 0.004 0.752 0.000 0.020 0.224
#> SRR1474000 6 0.7042 -0.6356 0.000 0.000 0.240 0.252 0.084 0.424
#> SRR1500131 5 0.2282 0.2222 0.000 0.020 0.068 0.000 0.900 0.012
#> SRR1415854 1 0.0146 0.8827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387286 5 0.4455 0.6184 0.000 0.320 0.024 0.008 0.644 0.004
#> SRR1362664 2 0.2308 0.8359 0.000 0.896 0.012 0.016 0.076 0.000
#> SRR1097525 6 0.4742 0.4779 0.440 0.000 0.048 0.000 0.000 0.512
#> SRR1432231 2 0.2598 0.8237 0.000 0.884 0.016 0.016 0.080 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.4520 0.4507 0.448 0.000 0.032 0.000 0.000 0.520
#> SRR809565 6 0.4597 0.5321 0.412 0.000 0.040 0.000 0.000 0.548
#> SRR1476974 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1310876 2 0.2068 0.8399 0.000 0.904 0.008 0.008 0.080 0.000
#> SRR1404951 2 0.0862 0.8467 0.000 0.972 0.004 0.008 0.016 0.000
#> SRR1374355 2 0.1364 0.8478 0.000 0.952 0.012 0.020 0.016 0.000
#> SRR1499260 2 0.1167 0.8439 0.000 0.960 0.008 0.012 0.020 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.3772 0.5368 0.000 0.692 0.004 0.008 0.296 0.000
#> SRR1395682 5 0.4498 0.3732 0.000 0.472 0.012 0.012 0.504 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0767 0.8457 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR1473100 1 0.3043 0.6660 0.792 0.000 0.008 0.000 0.000 0.200
#> SRR1340966 2 0.1053 0.8455 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020 0.000
#> SRR1323873 3 0.3746 0.6286 0.000 0.004 0.712 0.000 0.012 0.272
#> SRR1475233 2 0.1036 0.8495 0.000 0.964 0.004 0.008 0.024 0.000
#> SRR1400008 3 0.4131 0.6493 0.000 0.064 0.768 0.012 0.152 0.004
#> SRR1338489 2 0.2989 0.7487 0.000 0.812 0.004 0.008 0.176 0.000
#> SRR1439697 6 0.5728 0.5817 0.336 0.000 0.180 0.000 0.000 0.484
#> SRR1329642 2 0.0767 0.8470 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012 0.000
#> SRR1341945 2 0.0653 0.8469 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012 0.000
#> SRR1418262 2 0.1606 0.8423 0.000 0.932 0.004 0.008 0.056 0.000
#> SRR1458380 2 0.4419 0.1130 0.000 0.572 0.012 0.012 0.404 0.000
#> SRR1400489 5 0.4189 0.4664 0.000 0.436 0.008 0.004 0.552 0.000
#> SRR1416455 2 0.2308 0.8359 0.000 0.896 0.012 0.016 0.076 0.000
#> SRR1477292 2 0.3152 0.7244 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1096924 2 0.2058 0.8413 0.000 0.916 0.012 0.024 0.048 0.000
#> SRR1308269 2 0.2113 0.8280 0.000 0.896 0.008 0.000 0.092 0.004
#> SRR1367172 1 0.3956 0.4221 0.684 0.000 0.024 0.000 0.000 0.292
#> SRR1085259 6 0.5701 0.4790 0.248 0.000 0.228 0.000 0.000 0.524
#> SRR1477732 1 0.0632 0.8729 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356509 5 0.4498 0.3732 0.000 0.472 0.012 0.012 0.504 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2772 0.7032 0.816 0.000 0.004 0.000 0.000 0.180
#> SRR1378924 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.3152 0.7244 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1100395 1 0.0458 0.8802 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1327570 2 0.1237 0.8475 0.000 0.956 0.004 0.020 0.020 0.000
#> SRR1341209 3 0.3627 0.6504 0.000 0.004 0.752 0.000 0.020 0.224
#> SRR1436280 6 0.7136 -0.6520 0.000 0.000 0.240 0.296 0.084 0.380
#> SRR1312666 2 0.2013 0.8371 0.000 0.908 0.008 0.008 0.076 0.000
#> SRR810153 1 0.3945 0.1761 0.612 0.000 0.008 0.000 0.000 0.380
#> SRR1467943 6 0.4977 0.5841 0.372 0.000 0.076 0.000 0.000 0.552
#> SRR808638 3 0.4081 0.6615 0.000 0.032 0.788 0.000 0.088 0.092
#> SRR1099451 2 0.2147 0.8299 0.000 0.896 0.020 0.000 0.084 0.000
#> SRR1082238 1 0.4563 0.0576 0.588 0.000 0.044 0.000 0.000 0.368
#> SRR1404186 2 0.2326 0.8342 0.000 0.888 0.008 0.012 0.092 0.000
#> SRR1479721 1 0.0547 0.8772 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1480721 2 0.3183 0.7189 0.000 0.788 0.004 0.008 0.200 0.000
#> SRR1446716 2 0.3213 0.7136 0.000 0.784 0.004 0.008 0.204 0.000
#> SRR1073971 2 0.1750 0.8466 0.000 0.932 0.012 0.016 0.040 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.4333 0.4826 0.028 0.000 0.596 0.000 0.000 0.376
#> SRR1316463 5 0.4455 0.6184 0.000 0.320 0.024 0.008 0.644 0.004
#> SRR1103072 2 0.1787 0.8379 0.000 0.920 0.004 0.008 0.068 0.000
#> SRR1420129 2 0.1901 0.8412 0.000 0.912 0.004 0.008 0.076 0.000
#> SRR1382639 2 0.1897 0.8339 0.000 0.908 0.004 0.004 0.084 0.000
#> SRR1356997 2 0.2773 0.7754 0.000 0.836 0.004 0.008 0.152 0.000
#> SRR1409326 2 0.1268 0.8460 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036 0.000
#> SRR1485020 2 0.0984 0.8452 0.000 0.968 0.008 0.012 0.012 0.000
#> SRR1387113 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.2989 0.7490 0.000 0.812 0.004 0.008 0.176 0.000
#> SRR1105033 3 0.4167 0.6482 0.000 0.064 0.764 0.012 0.156 0.004
#> SRR1077066 2 0.1049 0.8513 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1099931 6 0.4778 0.5168 0.424 0.000 0.052 0.000 0.000 0.524
#> SRR1069943 1 0.0547 0.8783 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1360194 2 0.2458 0.8221 0.000 0.888 0.008 0.016 0.084 0.004
#> SRR814108 3 0.4596 0.5528 0.000 0.004 0.640 0.000 0.304 0.052
#> SRR1410699 2 0.2062 0.8291 0.000 0.900 0.004 0.008 0.088 0.000
#> SRR1405461 2 0.3121 0.7298 0.000 0.796 0.004 0.008 0.192 0.000
#> SRR1323312 2 0.5660 0.4024 0.000 0.664 0.056 0.012 0.172 0.096
#> SRR1467171 1 0.0547 0.8772 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1396742 1 0.0260 0.8824 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342960 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3756 0.3044 0.644 0.000 0.004 0.000 0.000 0.352
#> SRR1383674 3 0.5672 0.4456 0.000 0.172 0.560 0.008 0.260 0.000
#> SRR1442440 2 0.3099 0.7530 0.000 0.808 0.008 0.008 0.176 0.000
#> SRR1404461 1 0.3881 0.1290 0.600 0.000 0.004 0.000 0.000 0.396
#> SRR1336617 2 0.1657 0.8478 0.000 0.936 0.012 0.012 0.040 0.000
#> SRR1097811 6 0.4823 0.5686 0.388 0.000 0.060 0.000 0.000 0.552
#> SRR1475785 1 0.0632 0.8753 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347916 2 0.1794 0.8390 0.000 0.932 0.016 0.024 0.028 0.000
#> SRR1477522 2 0.0964 0.8459 0.000 0.968 0.012 0.004 0.016 0.000
#> SRR1098002 3 0.3767 0.6258 0.000 0.004 0.708 0.000 0.012 0.276
#> SRR1077667 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.1053 0.8455 0.000 0.964 0.004 0.012 0.020 0.000
#> SRR1354035 1 0.0146 0.8835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394384 2 0.0665 0.8471 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008 0.000
#> SRR1364975 3 0.4024 0.6598 0.000 0.060 0.772 0.000 0.152 0.016
#> SRR1472259 3 0.3746 0.6286 0.000 0.004 0.712 0.000 0.012 0.272
#> SRR1390179 3 0.3767 0.6258 0.000 0.004 0.708 0.000 0.012 0.276
#> SRR1312784 2 0.0984 0.8467 0.000 0.968 0.008 0.012 0.012 0.000
#> SRR1069850 3 0.3819 0.5491 0.008 0.000 0.652 0.000 0.000 0.340
#> SRR1081332 1 0.2902 0.6771 0.800 0.000 0.004 0.000 0.000 0.196
#> SRR1406709 5 0.4599 0.6157 0.000 0.340 0.028 0.008 0.620 0.004
#> SRR1458529 2 0.2362 0.8330 0.000 0.892 0.012 0.016 0.080 0.000
#> SRR1332467 2 0.1820 0.8433 0.000 0.924 0.012 0.008 0.056 0.000
#> SRR1078278 1 0.3133 0.6416 0.780 0.000 0.008 0.000 0.000 0.212
#> SRR1083868 1 0.0146 0.8834 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367544 2 0.2651 0.8195 0.000 0.880 0.016 0.016 0.084 0.004
#> SRR1333167 2 0.3183 0.7201 0.000 0.788 0.004 0.008 0.200 0.000
#> SRR1418492 2 0.2380 0.8254 0.000 0.892 0.004 0.020 0.080 0.004
#> SRR1476652 2 0.2510 0.8157 0.000 0.884 0.008 0.016 0.088 0.004
#> SRR1470624 2 0.1369 0.8428 0.000 0.952 0.016 0.016 0.016 0.000
#> SRR1081068 2 0.1116 0.8472 0.000 0.960 0.004 0.008 0.028 0.000
#> SRR1324473 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1420538 2 0.2712 0.8213 0.000 0.864 0.012 0.016 0.108 0.000
#> SRR1453747 2 0.3183 0.7468 0.000 0.812 0.016 0.008 0.164 0.000
#> SRR1403853 5 0.2520 0.2468 0.000 0.032 0.068 0.000 0.888 0.012
#> SRR1378707 2 0.1167 0.8501 0.000 0.960 0.008 0.012 0.020 0.000
#> SRR1083504 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1437598 2 0.1167 0.8501 0.000 0.960 0.008 0.012 0.020 0.000
#> SRR1376807 6 0.4603 0.5265 0.416 0.000 0.040 0.000 0.000 0.544
#> SRR1370107 2 0.1957 0.8383 0.000 0.912 0.008 0.008 0.072 0.000
#> SRR1369008 2 0.3152 0.7244 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1385672 6 0.7042 -0.6356 0.000 0.000 0.240 0.252 0.084 0.424
#> SRR1430839 2 0.1577 0.8481 0.000 0.940 0.008 0.016 0.036 0.000
#> SRR1098098 2 0.1364 0.8426 0.000 0.952 0.016 0.020 0.012 0.000
#> SRR1473361 2 0.4617 -0.1902 0.000 0.508 0.016 0.008 0.464 0.004
#> SRR1348507 2 0.0862 0.8467 0.000 0.972 0.004 0.008 0.016 0.000
#> SRR1090626 3 0.3898 0.6587 0.000 0.060 0.780 0.000 0.148 0.012
#> SRR1487704 2 0.6120 -0.0617 0.000 0.544 0.160 0.016 0.268 0.012
#> SRR1344122 2 0.4158 0.1284 0.000 0.572 0.008 0.004 0.416 0.000
#> SRR1402027 3 0.3627 0.6504 0.000 0.004 0.752 0.000 0.020 0.224
#> SRR1081493 1 0.0547 0.8772 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1076940 2 0.1448 0.8471 0.000 0.948 0.012 0.016 0.024 0.000
#> SRR816096 2 0.1967 0.8345 0.000 0.904 0.012 0.000 0.084 0.000
#> SRR1440809 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1406394 3 0.3913 0.6548 0.000 0.056 0.776 0.000 0.156 0.012
#> SRR1317653 2 0.1901 0.8435 0.000 0.912 0.008 0.004 0.076 0.000
#> SRR1343072 3 0.4596 0.5528 0.000 0.004 0.640 0.000 0.304 0.052
#> SRR1336964 2 0.1138 0.8469 0.000 0.960 0.004 0.012 0.024 0.000
#> SRR1358624 2 0.3512 0.6392 0.000 0.740 0.004 0.008 0.248 0.000
#> SRR1467194 2 0.0984 0.8452 0.000 0.968 0.008 0.012 0.012 0.000
#> SRR1459324 2 0.1956 0.8416 0.000 0.908 0.008 0.004 0.080 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.5915 0.3507 0.000 0.224 0.548 0.016 0.212 0.000
#> SRR1487547 2 0.2261 0.8149 0.000 0.884 0.004 0.008 0.104 0.000
#> SRR1087752 3 0.4513 0.5972 0.000 0.096 0.692 0.000 0.212 0.000
#> SRR1091054 1 0.3103 0.6543 0.784 0.000 0.008 0.000 0.000 0.208
#> SRR1316343 5 0.2076 0.2225 0.000 0.016 0.060 0.000 0.912 0.012
#> SRR1073899 1 0.2300 0.7580 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1456093 2 0.3213 0.7136 0.000 0.784 0.004 0.008 0.204 0.000
#> SRR1399291 2 0.1340 0.8444 0.000 0.948 0.004 0.008 0.040 0.000
#> SRR1336863 2 0.1340 0.8444 0.000 0.948 0.004 0.008 0.040 0.000
#> SRR1456771 2 0.1666 0.8437 0.000 0.936 0.008 0.020 0.036 0.000
#> SRR1329663 5 0.4477 0.4388 0.000 0.424 0.016 0.004 0.552 0.004
#> SRR1445426 2 0.4887 0.2073 0.000 0.612 0.024 0.016 0.336 0.012
#> SRR1389932 1 0.0458 0.8794 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1353948 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.4994 0.5974 0.000 0.096 0.684 0.016 0.200 0.004
#> SRR1452222 2 0.3152 0.7244 0.000 0.792 0.004 0.008 0.196 0.000
#> SRR1468096 2 0.3213 0.7136 0.000 0.784 0.004 0.008 0.204 0.000
#> SRR1334011 5 0.4546 0.4728 0.000 0.432 0.016 0.012 0.540 0.000
#> SRR1444701 2 0.1148 0.8450 0.000 0.960 0.016 0.004 0.020 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.2368 0.8233 0.000 0.888 0.008 0.008 0.092 0.004
#> SRR1446265 1 0.0363 0.8810 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388722 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 6 0.7282 -0.6064 0.000 0.008 0.276 0.100 0.192 0.424
#> SRR1410550 2 0.1692 0.8472 0.000 0.932 0.008 0.012 0.048 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.3807 0.2497 0.628 0.000 0.004 0.000 0.000 0.368
#> SRR1083125 1 0.0146 0.8827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419495 2 0.1750 0.8434 0.000 0.932 0.012 0.016 0.040 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1788 0.8419 0.000 0.916 0.004 0.004 0.076 0.000
#> SRR1072578 6 0.5701 0.4790 0.248 0.000 0.228 0.000 0.000 0.524
#> SRR1466091 2 0.1078 0.8472 0.000 0.964 0.008 0.016 0.012 0.000
#> SRR1090119 3 0.3627 0.6504 0.000 0.004 0.752 0.000 0.020 0.224
#> SRR1337516 2 0.1750 0.8434 0.000 0.932 0.012 0.016 0.040 0.000
#> SRR1498290 2 0.0653 0.8469 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012 0.000
#> SRR1330770 2 0.4243 0.2281 0.000 0.592 0.004 0.008 0.392 0.004
#> SRR1489349 2 0.3183 0.7189 0.000 0.788 0.004 0.008 0.200 0.000
#> SRR1457336 5 0.4189 0.4664 0.000 0.436 0.008 0.004 0.552 0.000
#> SRR1447481 2 0.1542 0.8399 0.000 0.944 0.016 0.024 0.016 0.000
#> SRR1102176 2 0.0779 0.8475 0.000 0.976 0.008 0.008 0.008 0.000
#> SRR1323215 2 0.3213 0.7136 0.000 0.784 0.004 0.008 0.204 0.000
#> SRR1466770 2 0.3183 0.7191 0.000 0.788 0.004 0.008 0.200 0.000
#> SRR1093366 2 0.1036 0.8490 0.000 0.964 0.004 0.008 0.024 0.000
#> SRR1434631 5 0.2076 0.2225 0.000 0.016 0.060 0.000 0.912 0.012
#> SRR1349190 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0363 0.8810 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1477339 2 0.0870 0.8467 0.000 0.972 0.004 0.012 0.012 0.000
#> SRR1099354 1 0.0260 0.8824 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470855 2 0.1794 0.8390 0.000 0.932 0.016 0.024 0.028 0.000
#> SRR1102998 2 0.1718 0.8362 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1444978 2 0.3996 0.2837 0.000 0.604 0.004 0.004 0.388 0.000
#> SRR1432165 2 0.2488 0.7993 0.000 0.864 0.004 0.008 0.124 0.000
#> SRR1441913 2 0.1820 0.8433 0.000 0.924 0.012 0.008 0.056 0.000
#> SRR1319038 2 0.3463 0.6554 0.000 0.748 0.004 0.008 0.240 0.000
#> SRR1338603 2 0.1268 0.8460 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.3861 0.2790 0.640 0.000 0.008 0.000 0.000 0.352
#> SRR1322186 2 0.1802 0.8349 0.000 0.932 0.020 0.024 0.024 0.000
#> SRR1466687 2 0.3213 0.7153 0.000 0.784 0.004 0.008 0.204 0.000
#> SRR1478571 1 0.0146 0.8827 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074337 2 0.1053 0.8467 0.000 0.964 0.012 0.004 0.020 0.000
#> SRR1420391 6 0.7180 -0.6151 0.000 0.000 0.272 0.148 0.152 0.428
#> SRR1087704 1 0.2219 0.7730 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1464897 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1453 0.8464 0.000 0.944 0.008 0.008 0.040 0.000
#> SRR1337816 2 0.1369 0.8428 0.000 0.952 0.016 0.016 0.016 0.000
#> SRR1322070 2 0.3183 0.7209 0.000 0.788 0.004 0.008 0.200 0.000
#> SRR1476324 2 0.2368 0.8233 0.000 0.888 0.008 0.008 0.092 0.004
#> SRR1499652 2 0.4887 0.2838 0.000 0.628 0.028 0.016 0.316 0.012
#> SRR1356643 6 0.5736 0.5839 0.340 0.000 0.180 0.000 0.000 0.480
#> SRR1097708 1 0.4471 -0.3085 0.500 0.000 0.028 0.000 0.000 0.472
#> SRR813529 3 0.3627 0.6504 0.000 0.004 0.752 0.000 0.020 0.224
#> SRR1352322 1 0.2053 0.7897 0.888 0.000 0.004 0.000 0.000 0.108
#> SRR1498661 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.4780 0.5635 0.392 0.000 0.056 0.000 0.000 0.552
#> SRR1390289 2 0.2362 0.8330 0.000 0.892 0.012 0.016 0.080 0.000
#> SRR1351955 2 0.2009 0.8331 0.000 0.904 0.004 0.008 0.084 0.000
#> SRR1336988 2 0.2556 0.8114 0.000 0.864 0.008 0.008 0.120 0.000
#> SRR1407000 2 0.3996 0.2837 0.000 0.604 0.004 0.004 0.388 0.000
#> SRR1367785 2 0.2308 0.8359 0.000 0.896 0.012 0.016 0.076 0.000
#> SRR1470057 2 0.2308 0.8127 0.000 0.880 0.004 0.008 0.108 0.000
#> SRR1079567 1 0.0363 0.8812 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095675 6 0.4742 0.4779 0.440 0.000 0.048 0.000 0.000 0.512
#> SRR1388788 5 0.4546 0.4728 0.000 0.432 0.016 0.012 0.540 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.5645 0.5902 0.320 0.000 0.172 0.000 0.000 0.508
#> SRR1362514 2 0.1718 0.8438 0.000 0.936 0.020 0.024 0.020 0.000
#> SRR1454031 6 0.4845 0.5548 0.400 0.000 0.060 0.000 0.000 0.540
#> SRR1443399 2 0.3844 0.5042 0.000 0.676 0.004 0.008 0.312 0.000
#> SRR1101280 2 0.0767 0.8457 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012 0.000
#> SRR1340680 2 0.2455 0.8307 0.000 0.888 0.016 0.016 0.080 0.000
#> SRR1488307 6 0.4634 0.5511 0.400 0.000 0.044 0.000 0.000 0.556
#> SRR1443800 2 0.0767 0.8470 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012 0.000
#> SRR1317110 5 0.4211 0.4152 0.000 0.456 0.008 0.004 0.532 0.000
#> SRR1090334 2 0.2468 0.8229 0.000 0.884 0.008 0.012 0.092 0.004
#> SRR1338280 1 0.0260 0.8824 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357456 1 0.4467 -0.2792 0.508 0.000 0.028 0.000 0.000 0.464
#> SRR1444523 1 0.2092 0.7859 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1310898 2 0.0767 0.8470 0.000 0.976 0.004 0.008 0.012 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0146 0.8835 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321377 2 0.4900 0.0912 0.000 0.572 0.044 0.012 0.372 0.000
#> SRR1320445 1 0.2933 0.6706 0.796 0.000 0.004 0.000 0.000 0.200
#> SRR1081116 1 0.2234 0.7763 0.872 0.000 0.004 0.000 0.000 0.124
#> SRR1333287 3 0.5929 0.4458 0.000 0.160 0.552 0.016 0.268 0.004
#> SRR1454821 2 0.2989 0.7490 0.000 0.812 0.004 0.008 0.176 0.000
#> SRR1348792 2 0.1726 0.8476 0.000 0.932 0.012 0.012 0.044 0.000
#> SRR1393529 3 0.4024 0.6598 0.000 0.060 0.772 0.000 0.152 0.016
#> SRR1102224 3 0.5824 0.4417 0.000 0.164 0.552 0.016 0.268 0.000
#> SRR1074239 1 0.0937 0.8649 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1401774 5 0.1850 0.2033 0.000 0.008 0.052 0.000 0.924 0.016
#> SRR1413262 2 0.2351 0.8323 0.000 0.900 0.012 0.036 0.052 0.000
#> SRR1336227 2 0.4887 0.2838 0.000 0.628 0.028 0.016 0.316 0.012
#> SRR1069991 1 0.1556 0.8288 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1091524 1 0.0632 0.8753 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1312577 2 0.1624 0.8487 0.000 0.936 0.008 0.012 0.044 0.000
#> SRR1341721 1 0.4045 -0.0435 0.564 0.000 0.008 0.000 0.000 0.428
#> SRR1437514 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1321 0.8511 0.000 0.952 0.004 0.020 0.024 0.000
#> SRR1382461 1 0.0632 0.8753 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1361883 3 0.3627 0.6504 0.000 0.004 0.752 0.000 0.020 0.224
#> SRR1378262 1 0.0000 0.8840 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.2362 0.8330 0.000 0.892 0.012 0.016 0.080 0.000
#> SRR1073655 1 0.4333 -0.2634 0.512 0.000 0.020 0.000 0.000 0.468
#> SRR1075729 1 0.2006 0.8038 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.104
#> SRR1397292 4 0.0937 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.989 0.995 0.4641 0.539 0.539
#> 3 3 0.683 0.745 0.859 0.3046 0.876 0.772
#> 4 4 0.950 0.929 0.968 0.2147 0.803 0.557
#> 5 5 0.868 0.801 0.896 0.0584 0.935 0.764
#> 6 6 0.816 0.764 0.840 0.0380 0.961 0.829
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.118 0.978 0.016 0.984
#> SRR1086020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1409046 2 0.671 0.791 0.176 0.824
#> SRR1474000 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.552 0.855 0.128 0.872
#> SRR1436280 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR808638 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099451 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1077066 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1472259 1 0.574 0.840 0.864 0.136
#> SRR1390179 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1069850 2 0.767 0.719 0.224 0.776
#> SRR1081332 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1487704 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.634 0.813 0.160 0.840
#> SRR1081493 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1317653 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.278 0.946 0.048 0.952
#> SRR1336964 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090119 2 0.671 0.791 0.176 0.824
#> SRR1337516 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR813529 2 0.722 0.756 0.200 0.800
#> SRR1352322 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1393529 2 0.917 0.515 0.332 0.668
#> SRR1102224 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1361883 2 0.722 0.756 0.200 0.800
#> SRR1378262 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.993 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.000 0.993 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.6045 0.692 0.000 0.620 0.380
#> SRR1433708 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1433902 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2448 0.821 0.000 0.924 0.076
#> SRR1432783 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.3941 0.801 0.000 0.844 0.156
#> SRR1436583 2 0.2356 0.822 0.000 0.928 0.072
#> SRR1420413 3 0.6299 -0.463 0.000 0.476 0.524
#> SRR1441768 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1466597 3 0.6291 -0.445 0.000 0.468 0.532
#> SRR1392456 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1080951 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR1457080 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1404362 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.5760 0.750 0.000 0.672 0.328
#> SRR1405921 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.4750 0.781 0.000 0.784 0.216
#> SRR1089207 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1318208 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1102198 2 0.5948 0.700 0.000 0.640 0.360
#> SRR1473232 3 0.6299 -0.463 0.000 0.476 0.524
#> SRR1410634 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1353332 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR816794 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1353577 2 0.4235 0.753 0.000 0.824 0.176
#> SRR1077380 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1407693 1 0.1411 0.882 0.964 0.000 0.036
#> SRR1430088 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.5178 0.773 0.000 0.744 0.256
#> SRR1342806 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.6252 0.165 0.444 0.000 0.556
#> SRR1357692 3 0.0424 0.607 0.000 0.008 0.992
#> SRR1430703 3 0.4702 0.676 0.000 0.212 0.788
#> SRR1086020 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.5678 0.756 0.000 0.684 0.316
#> SRR1087271 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR819486 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1318624 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1476384 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.5733 0.751 0.000 0.676 0.324
#> SRR1080222 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.2537 0.820 0.000 0.920 0.080
#> SRR1405311 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1340531 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.5706 0.754 0.000 0.680 0.320
#> SRR1407018 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.6095 0.685 0.000 0.608 0.392
#> SRR1313625 1 0.6225 0.201 0.568 0.000 0.432
#> SRR1365377 2 0.6026 0.697 0.000 0.624 0.376
#> SRR1092749 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.6286 0.091 0.000 0.464 0.536
#> SRR1359509 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.6299 -0.463 0.000 0.476 0.524
#> SRR1500071 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.5706 0.453 0.320 0.000 0.680
#> SRR1099765 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR807751 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.3879 0.802 0.000 0.848 0.152
#> SRR1343698 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.5678 0.458 0.316 0.000 0.684
#> SRR1487403 3 0.6095 0.319 0.392 0.000 0.608
#> SRR1409046 3 0.5692 0.681 0.040 0.176 0.784
#> SRR1474000 2 0.6111 0.330 0.000 0.604 0.396
#> SRR1500131 2 0.6095 0.685 0.000 0.608 0.392
#> SRR1415854 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1362664 2 0.1643 0.825 0.000 0.956 0.044
#> SRR1097525 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR1432231 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.6252 0.204 0.556 0.000 0.444
#> SRR809565 3 0.6062 0.337 0.384 0.000 0.616
#> SRR1476974 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.2356 0.822 0.000 0.928 0.072
#> SRR1404951 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1395682 2 0.2711 0.808 0.000 0.912 0.088
#> SRR1362579 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1411 0.882 0.964 0.000 0.036
#> SRR1340966 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.4750 0.562 0.216 0.000 0.784
#> SRR1475233 2 0.1031 0.826 0.000 0.976 0.024
#> SRR1400008 3 0.5650 0.612 0.000 0.312 0.688
#> SRR1338489 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1439697 3 0.5733 0.447 0.324 0.000 0.676
#> SRR1329642 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.2537 0.820 0.000 0.920 0.080
#> SRR1458380 2 0.5497 0.766 0.000 0.708 0.292
#> SRR1400489 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1416455 2 0.2066 0.823 0.000 0.940 0.060
#> SRR1477292 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1096924 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.6225 0.238 0.568 0.000 0.432
#> SRR1085259 3 0.5926 0.393 0.356 0.000 0.644
#> SRR1477732 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1323446 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.5650 0.757 0.000 0.688 0.312
#> SRR1100395 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.5508 0.680 0.028 0.188 0.784
#> SRR1436280 2 0.5835 0.473 0.000 0.660 0.340
#> SRR1312666 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR810153 1 0.5397 0.568 0.720 0.000 0.280
#> SRR1467943 3 0.6095 0.319 0.392 0.000 0.608
#> SRR808638 3 0.4750 0.675 0.000 0.216 0.784
#> SRR1099451 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.6267 0.181 0.548 0.000 0.452
#> SRR1404186 2 0.5465 0.765 0.000 0.712 0.288
#> SRR1479721 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1446716 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1073971 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.5785 0.434 0.332 0.000 0.668
#> SRR1316463 2 0.6045 0.692 0.000 0.620 0.380
#> SRR1103072 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1420129 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.5497 0.764 0.000 0.708 0.292
#> SRR1356997 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1409326 2 0.5098 0.775 0.000 0.752 0.248
#> SRR1485020 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.5254 0.772 0.000 0.736 0.264
#> SRR1105033 3 0.4750 0.675 0.000 0.216 0.784
#> SRR1077066 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR1069943 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0424 0.607 0.000 0.008 0.992
#> SRR1410699 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1405461 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1323312 2 0.3267 0.800 0.000 0.884 0.116
#> SRR1467171 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1289 0.886 0.968 0.000 0.032
#> SRR1383674 3 0.2066 0.632 0.000 0.060 0.940
#> SRR1442440 2 0.5678 0.756 0.000 0.684 0.316
#> SRR1404461 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.2537 0.820 0.000 0.920 0.080
#> SRR1097811 3 0.6095 0.319 0.392 0.000 0.608
#> SRR1475785 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.5733 0.447 0.324 0.000 0.676
#> SRR1077667 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.4750 0.675 0.000 0.216 0.784
#> SRR1472259 3 0.4605 0.570 0.204 0.000 0.796
#> SRR1390179 3 0.5706 0.453 0.320 0.000 0.680
#> SRR1312784 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.5835 0.679 0.052 0.164 0.784
#> SRR1081332 1 0.5291 0.589 0.732 0.000 0.268
#> SRR1406709 2 0.5465 0.761 0.000 0.712 0.288
#> SRR1458529 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.5465 0.765 0.000 0.712 0.288
#> SRR1078278 1 0.0424 0.906 0.992 0.000 0.008
#> SRR1083868 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1418492 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0592 0.827 0.000 0.988 0.012
#> SRR1324473 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.2711 0.819 0.000 0.912 0.088
#> SRR1453747 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1403853 2 0.6095 0.685 0.000 0.608 0.392
#> SRR1378707 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.5291 0.589 0.732 0.000 0.268
#> SRR1370107 2 0.5465 0.765 0.000 0.712 0.288
#> SRR1369008 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1385672 3 0.4062 0.660 0.000 0.164 0.836
#> SRR1430839 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1348507 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.4702 0.676 0.000 0.212 0.788
#> SRR1487704 2 0.5621 0.546 0.000 0.692 0.308
#> SRR1344122 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1402027 3 0.5581 0.681 0.036 0.176 0.788
#> SRR1081493 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.3752 0.671 0.000 0.144 0.856
#> SRR1317653 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0424 0.607 0.000 0.008 0.992
#> SRR1336964 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1467194 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0237 0.828 0.000 0.996 0.004
#> SRR1353118 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4399 0.611 0.000 0.812 0.188
#> SRR1487547 2 0.5465 0.765 0.000 0.712 0.288
#> SRR1087752 3 0.4750 0.675 0.000 0.216 0.784
#> SRR1091054 1 0.1411 0.882 0.964 0.000 0.036
#> SRR1316343 2 0.6095 0.685 0.000 0.608 0.392
#> SRR1073899 1 0.5216 0.602 0.740 0.000 0.260
#> SRR1456093 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1399291 2 0.1964 0.824 0.000 0.944 0.056
#> SRR1336863 2 0.2356 0.822 0.000 0.928 0.072
#> SRR1456771 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1445426 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5650 0.612 0.000 0.312 0.688
#> SRR1452222 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1468096 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1334011 2 0.5678 0.754 0.000 0.684 0.316
#> SRR1444701 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.5859 0.711 0.000 0.656 0.344
#> SRR1410550 2 0.1411 0.825 0.000 0.964 0.036
#> SRR1473209 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.5291 0.589 0.732 0.000 0.268
#> SRR1083125 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.5785 0.434 0.332 0.000 0.668
#> SRR1466091 2 0.0592 0.827 0.000 0.988 0.012
#> SRR1090119 3 0.5692 0.681 0.040 0.176 0.784
#> SRR1337516 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1489349 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1457336 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1447481 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1466770 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1093366 2 0.0237 0.828 0.000 0.996 0.004
#> SRR1434631 2 0.6095 0.685 0.000 0.608 0.392
#> SRR1349190 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1432165 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1441913 2 0.5254 0.772 0.000 0.736 0.264
#> SRR1319038 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1338603 2 0.1163 0.826 0.000 0.972 0.028
#> SRR1325620 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1478571 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.6309 0.447 0.000 0.504 0.496
#> SRR1087704 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1289 0.826 0.000 0.968 0.032
#> SRR1337816 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1476324 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.3879 0.761 0.000 0.848 0.152
#> SRR1356643 3 0.6095 0.319 0.392 0.000 0.608
#> SRR1097708 1 0.6267 0.181 0.548 0.000 0.452
#> SRR813529 3 0.5875 0.678 0.056 0.160 0.784
#> SRR1352322 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.6095 0.319 0.392 0.000 0.608
#> SRR1390289 2 0.3038 0.807 0.000 0.896 0.104
#> SRR1351955 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1407000 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1367785 2 0.1643 0.825 0.000 0.956 0.044
#> SRR1470057 2 0.5465 0.765 0.000 0.712 0.288
#> SRR1079567 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR1388788 2 0.5678 0.756 0.000 0.684 0.316
#> SRR1396146 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.6095 0.319 0.392 0.000 0.608
#> SRR1362514 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR1443399 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1101280 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.6299 0.106 0.524 0.000 0.476
#> SRR1443800 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.5785 0.747 0.000 0.668 0.332
#> SRR1090334 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.6204 0.259 0.576 0.000 0.424
#> SRR1444523 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.5529 0.758 0.000 0.704 0.296
#> SRR1320445 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.4291 0.768 0.000 0.820 0.180
#> SRR1454821 2 0.5733 0.752 0.000 0.676 0.324
#> SRR1348792 2 0.2711 0.819 0.000 0.912 0.088
#> SRR1393529 3 0.5944 0.675 0.064 0.152 0.784
#> SRR1102224 3 0.6286 -0.336 0.000 0.464 0.536
#> SRR1074239 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.6095 0.685 0.000 0.608 0.392
#> SRR1413262 2 0.2066 0.785 0.000 0.940 0.060
#> SRR1336227 2 0.2448 0.810 0.000 0.924 0.076
#> SRR1069991 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.5816 0.678 0.056 0.156 0.788
#> SRR1378262 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.828 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.6225 0.238 0.568 0.000 0.432
#> SRR1075729 1 0.0000 0.913 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.5835 0.494 0.000 0.340 0.660
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.0469 0.966 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1433708 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1433902 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.3311 0.795 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1432783 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.4961 0.179 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1436583 2 0.2589 0.860 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1420413 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1466597 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392456 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1080951 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1404362 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405921 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.1118 0.961 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1089207 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318208 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1102198 4 0.0336 0.967 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1473232 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 4 0.0469 0.969 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1353332 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816794 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0469 0.969 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1353577 2 0.3569 0.773 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1077380 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1407693 1 0.1637 0.923 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.1302 0.953 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1342806 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085235 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430703 3 0.0921 0.927 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1086020 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1087271 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812721 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0817 0.968 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1318624 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1476384 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.0469 0.966 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1080222 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.3311 0.795 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1405311 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1340531 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1407018 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313625 3 0.3569 0.748 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1365377 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3672 0.790 0.000 0.012 0.824 0.164
#> SRR1359509 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.0000 0.964 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.1022 0.941 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1078948 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099765 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.4985 0.126 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1343698 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487403 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1474000 3 0.7050 0.480 0.000 0.172 0.564 0.264
#> SRR1500131 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415854 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1362664 2 0.1792 0.907 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1097525 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.4008 0.673 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR809565 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.2345 0.876 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1404951 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0469 0.969 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1395682 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1362579 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1637 0.923 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475233 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.2654 0.849 0.000 0.108 0.888 0.004
#> SRR1338489 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1439697 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.3801 0.726 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1458380 4 0.0921 0.961 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1400489 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1416455 2 0.3123 0.815 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1477292 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1096924 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.4624 0.490 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1323446 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1100395 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436280 2 0.7148 0.145 0.000 0.496 0.364 0.140
#> SRR1312666 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR810153 1 0.4855 0.327 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1467943 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808638 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099451 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 3 0.2530 0.846 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1404186 4 0.1792 0.927 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1479721 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1446716 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1073971 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.0469 0.966 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1103072 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1420129 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1356997 4 0.0469 0.969 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1409326 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1485020 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1105033 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077066 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410699 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1405461 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1323312 4 0.4843 0.340 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1467171 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1474 0.932 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1383674 3 0.2704 0.842 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1442440 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1404461 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.3444 0.780 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1097811 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472259 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1390179 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081332 1 0.4661 0.463 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1406709 4 0.0592 0.964 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1458529 2 0.1211 0.937 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1332467 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1078278 1 0.0921 0.955 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0336 0.958 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333167 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1418492 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.4989 0.109 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1453747 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1403853 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1378707 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4624 0.482 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1370107 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1369008 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1385672 3 0.3486 0.771 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1430839 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1348507 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1487704 2 0.1022 0.941 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1344122 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1402027 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1081493 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317653 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336964 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0707 0.969 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1467194 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0921 0.942 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1487547 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1087752 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091054 1 0.1557 0.928 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1316343 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1073899 1 0.4477 0.543 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1456093 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1399291 2 0.3266 0.801 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1336863 2 0.2921 0.834 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1456771 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1445426 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.3047 0.837 0.000 0.116 0.872 0.012
#> SRR1452222 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1468096 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1334011 4 0.0592 0.964 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1444701 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.0469 0.966 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1410550 2 0.0469 0.955 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1473209 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.4605 0.491 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337516 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1489349 4 0.0817 0.968 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1457336 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1447481 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0817 0.968 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1466770 4 0.0817 0.968 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1093366 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1349190 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432165 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1441913 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1319038 4 0.0469 0.969 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1338603 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478571 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 4 0.0336 0.964 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1087704 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0188 0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337816 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1476324 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1356643 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 3 0.3801 0.710 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR813529 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1352322 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.3486 0.789 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1351955 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1407000 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367785 2 0.1792 0.907 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1470057 4 0.0921 0.967 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1079567 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.0592 0.964 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1396146 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454031 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1101280 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.0000 0.942 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1090334 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.4713 0.443 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1320445 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081116 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333287 4 0.4643 0.448 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1454821 4 0.0817 0.968 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1348792 2 0.4804 0.391 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1393529 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1102224 4 0.1716 0.905 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1074239 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.0188 0.968 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1413262 2 0.0817 0.945 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1336227 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1069991 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0188 0.942 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1378262 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0921 0.943 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1073655 3 0.4661 0.471 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1075729 1 0.0188 0.976 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1397292 3 0.3946 0.774 0.000 0.020 0.812 0.168
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456250 5 0.4286 0.65956 0.000 0.004 0.004 0.340 0.652
#> SRR1433708 4 0.0000 0.91361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4249 0.27246 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1432783 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1398272 4 0.3684 0.48753 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1436583 2 0.4235 0.29701 0.000 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1420413 5 0.5405 0.67797 0.000 0.004 0.084 0.272 0.640
#> SRR1441768 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1466597 5 0.5275 0.60034 0.000 0.000 0.276 0.084 0.640
#> SRR1392456 4 0.0162 0.91084 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1457080 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343546 4 0.0162 0.91084 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1405921 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362928 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1089207 1 0.1732 0.87234 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1084505 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.4367 0.55780 0.000 0.004 0.000 0.416 0.580
#> SRR1318208 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2690 0.80515 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1397781 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334055 2 0.0162 0.93600 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329131 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1102198 5 0.4675 0.66003 0.000 0.004 0.020 0.336 0.640
#> SRR1473232 5 0.5159 0.67264 0.000 0.004 0.056 0.300 0.640
#> SRR1410634 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1353332 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362332 4 0.0162 0.91084 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0162 0.91720 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1353577 5 0.4474 0.55004 0.000 0.004 0.332 0.012 0.652
#> SRR1077380 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1407693 1 0.6021 0.29519 0.524 0.000 0.128 0.000 0.348
#> SRR1430088 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0703 0.90961 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.4467 0.54068 0.640 0.000 0.016 0.000 0.344
#> SRR1085235 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1357692 3 0.1410 0.68363 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1430703 5 0.4371 0.53689 0.000 0.000 0.344 0.012 0.644
#> SRR1086020 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334181 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1087271 2 0.0794 0.92068 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR812721 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR819486 1 0.3074 0.76345 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1465248 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1318624 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.91361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.4151 0.65655 0.000 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR1080222 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4150 0.39097 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1405311 4 0.0162 0.91084 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 5 0.5610 0.68124 0.000 0.004 0.120 0.236 0.640
#> SRR1313625 3 0.6056 0.67744 0.132 0.000 0.520 0.000 0.348
#> SRR1365377 4 0.4888 0.49084 0.000 0.004 0.096 0.724 0.176
#> SRR1092749 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3999 0.14745 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1359509 2 0.0290 0.93456 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444043 5 0.4664 0.51756 0.000 0.004 0.008 0.436 0.552
#> SRR1500071 5 0.4416 0.44147 0.000 0.356 0.000 0.012 0.632
#> SRR1078948 3 0.0609 0.74294 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1099765 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR807751 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323002 4 0.2471 0.72832 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.2230 0.76444 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1487403 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1409046 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.4474 0.55004 0.000 0.004 0.332 0.012 0.652
#> SRR1500131 4 0.0324 0.90815 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1415854 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.4196 0.64610 0.000 0.004 0.000 0.356 0.640
#> SRR1362664 2 0.4072 0.74446 0.000 0.792 0.000 0.108 0.100
#> SRR1097525 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1432231 2 0.2020 0.85203 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1500516 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.5202 0.75010 0.056 0.000 0.596 0.000 0.348
#> SRR809565 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1476974 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310876 4 0.4262 0.16139 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1404951 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0162 0.91720 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1395682 5 0.4339 0.47888 0.000 0.336 0.000 0.012 0.652
#> SRR1362579 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473100 1 0.5986 0.30552 0.528 0.000 0.124 0.000 0.348
#> SRR1340966 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0963 0.91359 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1400008 3 0.3565 0.51034 0.000 0.176 0.800 0.000 0.024
#> SRR1338489 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1439697 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1329642 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341945 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418262 2 0.4171 0.36919 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1458380 5 0.4446 0.58068 0.000 0.008 0.000 0.400 0.592
#> SRR1400489 5 0.4196 0.64610 0.000 0.004 0.000 0.356 0.640
#> SRR1416455 2 0.4818 0.63437 0.000 0.720 0.000 0.180 0.100
#> SRR1477292 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1096924 2 0.2074 0.84786 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1308269 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.5370 0.73898 0.068 0.000 0.584 0.000 0.348
#> SRR1085259 3 0.3949 0.79043 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1477732 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0566 0.90043 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1323446 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2127 0.84986 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1378924 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341209 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.4474 0.55004 0.000 0.004 0.332 0.012 0.652
#> SRR1312666 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR810153 3 0.6706 0.50445 0.248 0.000 0.404 0.000 0.348
#> SRR1467943 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR808638 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1404186 4 0.0703 0.90905 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1446716 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1073971 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1410404 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1316463 5 0.4286 0.65956 0.000 0.004 0.004 0.340 0.652
#> SRR1103072 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1420129 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382639 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1356997 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1409326 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1485020 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1387113 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1336205 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1319502 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1105033 3 0.0609 0.72132 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1077066 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099931 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1069943 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0794 0.71459 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1410699 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1405461 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1323312 5 0.5562 0.65297 0.000 0.156 0.000 0.200 0.644
#> SRR1467171 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.5422 0.42587 0.580 0.000 0.072 0.000 0.348
#> SRR1383674 3 0.3684 0.31662 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1442440 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4066 0.52220 0.000 0.672 0.000 0.324 0.004
#> SRR1097811 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1475785 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.1608 0.88129 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1477522 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098002 3 0.3074 0.77886 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1077667 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1364975 3 0.0609 0.72132 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1472259 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.3074 0.77886 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1312784 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069850 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.6810 -0.26191 0.352 0.000 0.300 0.000 0.348
#> SRR1406709 5 0.4151 0.65655 0.000 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR1458529 5 0.4387 0.45704 0.000 0.348 0.000 0.012 0.640
#> SRR1332467 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1078278 1 0.6154 0.25149 0.508 0.000 0.144 0.000 0.348
#> SRR1083868 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.4473 0.21952 0.000 0.580 0.000 0.008 0.412
#> SRR1333167 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1418492 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1476652 2 0.0703 0.92460 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1470624 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081068 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1324473 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420538 4 0.5968 0.00485 0.000 0.444 0.000 0.448 0.108
#> SRR1453747 4 0.0000 0.91361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.4415 0.50465 0.000 0.004 0.000 0.444 0.552
#> SRR1378707 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1437598 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376807 5 0.6823 -0.44983 0.324 0.000 0.328 0.000 0.348
#> SRR1370107 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1369008 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1385672 5 0.4339 0.54546 0.000 0.000 0.336 0.012 0.652
#> SRR1430839 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098098 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1473361 4 0.0162 0.91154 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1348507 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 5 0.4474 0.55004 0.000 0.004 0.332 0.012 0.652
#> SRR1344122 4 0.0324 0.90815 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1402027 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406394 3 0.0794 0.71459 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317653 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1358624 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1467194 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459324 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.6206 0.15268 0.000 0.504 0.344 0.000 0.152
#> SRR1487547 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1087752 3 0.2648 0.55688 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1091054 1 0.5949 0.31542 0.532 0.000 0.120 0.000 0.348
#> SRR1316343 5 0.4341 0.57912 0.000 0.004 0.000 0.404 0.592
#> SRR1073899 1 0.6806 -0.25045 0.356 0.000 0.296 0.000 0.348
#> SRR1456093 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1399291 2 0.4088 0.43926 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1336863 2 0.4256 0.26123 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0324 0.90815 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1445426 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1389932 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5507 0.25491 0.000 0.160 0.652 0.000 0.188
#> SRR1452222 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1468096 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1334011 5 0.4151 0.65655 0.000 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR1444701 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.4286 0.65956 0.000 0.004 0.004 0.340 0.652
#> SRR1410550 2 0.2127 0.83848 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.6810 -0.26191 0.352 0.000 0.300 0.000 0.348
#> SRR1083125 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1090383 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1072578 3 0.3999 0.79088 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1466091 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090119 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498290 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330770 4 0.0162 0.91154 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1489349 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1457336 4 0.4359 -0.10913 0.000 0.004 0.000 0.584 0.412
#> SRR1447481 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102176 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323215 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1466770 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1093366 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1434631 5 0.4430 0.47853 0.000 0.004 0.000 0.456 0.540
#> SRR1349190 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.2020 0.85203 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1102998 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1444978 4 0.0451 0.90465 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1432165 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1441913 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1319038 4 0.0162 0.91720 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1338603 2 0.1608 0.87876 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.4015 0.56160 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1322186 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1466687 4 0.0000 0.91361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420391 5 0.4474 0.55004 0.000 0.004 0.332 0.012 0.652
#> SRR1087704 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1341 0.89471 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1337816 2 0.0404 0.93292 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1322070 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1476324 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499652 5 0.5757 0.57364 0.000 0.196 0.140 0.012 0.652
#> SRR1356643 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1097708 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR813529 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.2127 0.84982 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1498661 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1390289 5 0.5179 0.55717 0.000 0.288 0.000 0.072 0.640
#> SRR1351955 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336988 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1407000 4 0.2286 0.76641 0.000 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR1367785 2 0.4121 0.74569 0.000 0.788 0.000 0.112 0.100
#> SRR1470057 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1388788 5 0.4327 0.63950 0.000 0.008 0.000 0.360 0.632
#> SRR1396146 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1362514 2 0.2020 0.85203 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1454031 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1443399 4 0.0000 0.91361 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340680 2 0.2891 0.75596 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1488307 3 0.4015 0.79091 0.000 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1443800 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317110 5 0.4196 0.64610 0.000 0.004 0.000 0.356 0.640
#> SRR1090334 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.5202 0.75010 0.056 0.000 0.596 0.000 0.348
#> SRR1444523 1 0.2852 0.78469 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1310898 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2970 0.65797 0.000 0.004 0.000 0.828 0.168
#> SRR1320445 1 0.4015 0.56160 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348
#> SRR1081116 1 0.2179 0.84638 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1333287 5 0.6366 0.61156 0.000 0.076 0.236 0.072 0.616
#> SRR1454821 4 0.0404 0.92281 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1348792 4 0.4300 0.04809 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1393529 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.6105 0.04029 0.000 0.000 0.392 0.480 0.128
#> SRR1074239 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 5 0.4196 0.64610 0.000 0.004 0.000 0.356 0.640
#> SRR1413262 5 0.4695 0.48443 0.000 0.332 0.012 0.012 0.644
#> SRR1336227 5 0.4339 0.47888 0.000 0.336 0.000 0.012 0.652
#> SRR1069991 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0162 0.93833 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341721 1 0.4184 0.62526 0.700 0.000 0.016 0.000 0.284
#> SRR1437514 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.93709 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.73702 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.93187 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.4416 0.44147 0.000 0.356 0.000 0.012 0.632
#> SRR1073655 3 0.5202 0.75010 0.056 0.000 0.596 0.000 0.348
#> SRR1075729 1 0.2179 0.84638 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1397292 5 0.4474 0.55004 0.000 0.004 0.332 0.012 0.652
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.2165 0.89685 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108 0.000
#> SRR1330831 2 0.0458 0.84336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1456250 5 0.2834 0.76463 0.000 0.000 0.008 0.128 0.848 0.016
#> SRR1433708 4 0.1010 0.91395 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4355 0.25511 0.000 0.556 0.000 0.420 0.000 0.024
#> SRR1432783 2 0.0260 0.84386 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1398272 4 0.4246 0.64534 0.000 0.136 0.000 0.756 0.012 0.096
#> SRR1436583 2 0.4219 0.33548 0.000 0.592 0.000 0.388 0.000 0.020
#> SRR1420413 5 0.2740 0.75839 0.000 0.000 0.028 0.120 0.852 0.000
#> SRR1441768 1 0.2070 0.90090 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100 0.000
#> SRR1356976 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.2964 0.71901 0.000 0.000 0.108 0.040 0.848 0.004
#> SRR1392456 4 0.2053 0.86265 0.000 0.000 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR1080951 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1457080 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3934 0.72276 0.000 0.708 0.000 0.000 0.032 0.260
#> SRR1343546 4 0.1858 0.88276 0.000 0.000 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR1405921 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362928 4 0.1092 0.91406 0.000 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR1089207 1 0.3700 0.80694 0.800 0.000 0.000 0.008 0.076 0.116
#> SRR1084505 1 0.2070 0.90090 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100 0.000
#> SRR1376476 5 0.4098 0.62113 0.000 0.000 0.000 0.292 0.676 0.032
#> SRR1318208 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4710 0.65505 0.688 0.000 0.000 0.004 0.112 0.196
#> SRR1397781 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0458 0.84433 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334055 2 0.3614 0.75113 0.000 0.752 0.000 0.000 0.028 0.220
#> SRR1329131 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1120891 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.2714 0.75837 0.000 0.000 0.012 0.136 0.848 0.004
#> SRR1473232 5 0.3075 0.75303 0.000 0.000 0.040 0.108 0.844 0.008
#> SRR1410634 4 0.0806 0.92267 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1353332 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.2146 0.85560 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR816794 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1003 0.91891 0.000 0.004 0.000 0.964 0.028 0.004
#> SRR1353577 5 0.2704 0.69044 0.000 0.000 0.140 0.000 0.844 0.016
#> SRR1077380 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.6473 0.45460 0.304 0.000 0.152 0.000 0.056 0.488
#> SRR1430088 2 0.0632 0.83694 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1311464 2 0.0777 0.84255 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1327454 4 0.1257 0.90767 0.000 0.028 0.000 0.952 0.000 0.020
#> SRR1342806 1 0.0405 0.93828 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1388437 6 0.5727 0.05141 0.440 0.000 0.016 0.008 0.080 0.456
#> SRR1085235 6 0.4526 0.63621 0.000 0.000 0.456 0.000 0.032 0.512
#> SRR1357692 3 0.3151 0.61380 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1430703 5 0.4131 0.66041 0.000 0.000 0.156 0.000 0.744 0.100
#> SRR1086020 2 0.0458 0.83983 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1334181 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.1633 0.81548 0.000 0.932 0.000 0.044 0.000 0.024
#> SRR812721 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR819486 1 0.4439 0.61803 0.692 0.000 0.004 0.000 0.064 0.240
#> SRR1465248 2 0.0692 0.83709 0.000 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020
#> SRR1334134 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1318624 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.2146 0.85560 0.000 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR1476384 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1395788 1 0.0146 0.93971 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466278 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.5096 0.67465 0.000 0.000 0.000 0.112 0.596 0.292
#> SRR1080222 1 0.2165 0.89685 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108 0.000
#> SRR1361777 2 0.4219 0.34444 0.000 0.592 0.000 0.388 0.000 0.020
#> SRR1405311 4 0.2100 0.85898 0.000 0.000 0.000 0.884 0.112 0.004
#> SRR1340531 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0717 0.93538 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1090431 2 0.0993 0.83206 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1498505 2 0.2112 0.82189 0.000 0.896 0.000 0.000 0.016 0.088
#> SRR1419941 5 0.3286 0.75692 0.000 0.000 0.044 0.104 0.836 0.016
#> SRR1313625 6 0.6861 0.49534 0.088 0.000 0.368 0.008 0.112 0.424
#> SRR1365377 4 0.4910 0.44919 0.000 0.000 0.068 0.620 0.304 0.008
#> SRR1092749 1 0.1049 0.93019 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1389366 3 0.3883 0.44116 0.000 0.000 0.656 0.000 0.332 0.012
#> SRR1359509 2 0.3440 0.76551 0.000 0.776 0.000 0.000 0.028 0.196
#> SRR1444043 5 0.3121 0.72583 0.000 0.000 0.008 0.192 0.796 0.004
#> SRR1500071 5 0.5491 0.53372 0.000 0.116 0.000 0.004 0.508 0.372
#> SRR1078948 3 0.0363 0.76074 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099765 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR807751 1 0.2020 0.90306 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2094 0.84249 0.000 0.080 0.000 0.900 0.000 0.020
#> SRR1343698 2 0.0547 0.84336 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330176 1 0.2070 0.90090 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1814 0.63295 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1487403 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1409046 3 0.0146 0.76847 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1474000 5 0.4023 0.67027 0.000 0.000 0.144 0.000 0.756 0.100
#> SRR1500131 4 0.2442 0.82645 0.000 0.000 0.000 0.852 0.144 0.004
#> SRR1415854 1 0.0632 0.93462 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1387286 5 0.2783 0.75956 0.000 0.000 0.000 0.148 0.836 0.016
#> SRR1362664 2 0.6422 0.39479 0.000 0.436 0.000 0.092 0.080 0.392
#> SRR1097525 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1432231 2 0.5037 0.53273 0.000 0.540 0.000 0.000 0.080 0.380
#> SRR1500516 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.4555 0.64998 0.016 0.000 0.440 0.000 0.012 0.532
#> SRR809565 6 0.4169 0.64779 0.000 0.000 0.456 0.000 0.012 0.532
#> SRR1476974 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.4344 0.62999 0.000 0.612 0.000 0.000 0.032 0.356
#> SRR1310876 2 0.4256 0.09612 0.000 0.520 0.000 0.464 0.000 0.016
#> SRR1404951 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.1204 0.83670 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1499260 2 0.0458 0.84451 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1485700 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1615 0.89618 0.000 0.004 0.000 0.928 0.064 0.004
#> SRR1395682 5 0.5219 0.57500 0.000 0.116 0.000 0.000 0.568 0.316
#> SRR1362579 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473100 6 0.6057 0.45140 0.324 0.000 0.132 0.000 0.032 0.512
#> SRR1340966 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323873 3 0.0632 0.74711 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1475233 2 0.2066 0.79319 0.000 0.904 0.000 0.072 0.000 0.024
#> SRR1400008 3 0.4044 0.58305 0.000 0.176 0.756 0.000 0.060 0.008
#> SRR1338489 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.3857 0.63720 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1329642 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341945 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418262 2 0.3967 0.42281 0.000 0.632 0.000 0.356 0.000 0.012
#> SRR1458380 5 0.5443 0.60478 0.000 0.000 0.000 0.124 0.492 0.384
#> SRR1400489 5 0.3139 0.75576 0.000 0.000 0.000 0.160 0.812 0.028
#> SRR1416455 2 0.6785 0.31260 0.000 0.392 0.000 0.144 0.080 0.384
#> SRR1477292 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1096924 2 0.5044 0.53214 0.000 0.536 0.000 0.000 0.080 0.384
#> SRR1308269 2 0.1951 0.82648 0.000 0.908 0.000 0.000 0.016 0.076
#> SRR1367172 6 0.4234 0.65108 0.016 0.000 0.440 0.000 0.000 0.544
#> SRR1085259 3 0.3833 -0.46364 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1477732 1 0.0806 0.93422 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1356509 4 0.2436 0.85911 0.000 0.000 0.000 0.880 0.088 0.032
#> SRR1323446 1 0.0547 0.93565 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1368094 1 0.3649 0.80626 0.800 0.000 0.000 0.004 0.084 0.112
#> SRR1378924 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.2165 0.89685 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108 0.000
#> SRR1327570 2 0.3791 0.74195 0.000 0.732 0.000 0.000 0.032 0.236
#> SRR1341209 3 0.0000 0.76981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.4165 0.67071 0.000 0.000 0.128 0.000 0.744 0.128
#> SRR1312666 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.5467 0.57917 0.152 0.000 0.304 0.000 0.000 0.544
#> SRR1467943 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR808638 3 0.0146 0.76847 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099451 2 0.0458 0.84336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1082238 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1404186 4 0.3785 0.69476 0.000 0.012 0.000 0.764 0.028 0.196
#> SRR1479721 1 0.2020 0.90294 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096 0.000
#> SRR1480721 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.3409 0.76927 0.000 0.780 0.000 0.000 0.028 0.192
#> SRR1410404 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 6 0.4080 0.64919 0.000 0.000 0.456 0.000 0.008 0.536
#> SRR1316463 5 0.2834 0.76463 0.000 0.000 0.008 0.128 0.848 0.016
#> SRR1103072 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1420129 2 0.0260 0.84386 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1382639 4 0.0717 0.92468 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1356997 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0909 0.92023 0.000 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1485020 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.3284 0.77230 0.000 0.784 0.000 0.000 0.020 0.196
#> SRR1336205 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.4152 0.68317 0.000 0.664 0.000 0.000 0.032 0.304
#> SRR1319502 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0520 0.92840 0.000 0.008 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR1105033 3 0.1584 0.75952 0.000 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR1077066 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1099931 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1069943 1 0.2212 0.89428 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112 0.000
#> SRR1360194 2 0.0891 0.84193 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR814108 3 0.2048 0.73225 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1410699 4 0.0405 0.92992 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1405461 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.3803 0.73510 0.000 0.096 0.004 0.076 0.808 0.016
#> SRR1467171 1 0.0717 0.93563 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1396742 1 0.1049 0.93019 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.5327 0.42795 0.360 0.000 0.100 0.000 0.004 0.536
#> SRR1383674 3 0.3690 0.50197 0.000 0.000 0.684 0.000 0.308 0.008
#> SRR1442440 4 0.0551 0.92983 0.000 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR1404461 1 0.2566 0.88614 0.868 0.000 0.000 0.008 0.112 0.012
#> SRR1336617 2 0.6552 0.26229 0.000 0.380 0.000 0.336 0.024 0.260
#> SRR1097811 6 0.4169 0.64779 0.000 0.000 0.456 0.000 0.012 0.532
#> SRR1475785 1 0.2212 0.89428 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112 0.000
#> SRR1347916 2 0.4957 0.54517 0.000 0.544 0.000 0.000 0.072 0.384
#> SRR1477522 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1098002 3 0.2003 0.60242 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1077667 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0458 0.84412 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354035 1 0.0622 0.93638 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR1394384 2 0.0632 0.83694 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1364975 3 0.1584 0.75952 0.000 0.000 0.928 0.000 0.064 0.008
#> SRR1472259 3 0.0458 0.75727 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1390179 3 0.2003 0.60242 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1312784 2 0.0632 0.83694 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1069850 3 0.0260 0.76495 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081332 6 0.5995 0.54966 0.200 0.000 0.256 0.000 0.016 0.528
#> SRR1406709 5 0.4079 0.75086 0.000 0.000 0.000 0.112 0.752 0.136
#> SRR1458529 5 0.5491 0.53372 0.000 0.116 0.000 0.004 0.508 0.372
#> SRR1332467 4 0.0806 0.92267 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1078278 6 0.5509 0.48614 0.292 0.000 0.164 0.000 0.000 0.544
#> SRR1083868 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 6 0.6104 -0.37790 0.000 0.316 0.000 0.000 0.304 0.380
#> SRR1333167 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1418492 2 0.2009 0.82575 0.000 0.908 0.000 0.000 0.024 0.068
#> SRR1476652 2 0.4122 0.71909 0.000 0.704 0.000 0.000 0.048 0.248
#> SRR1470624 2 0.3816 0.73705 0.000 0.728 0.000 0.000 0.032 0.240
#> SRR1081068 2 0.3737 0.76991 0.000 0.772 0.000 0.036 0.008 0.184
#> SRR1324473 2 0.3888 0.72816 0.000 0.716 0.000 0.000 0.032 0.252
#> SRR1420538 6 0.7164 -0.28378 0.000 0.264 0.000 0.308 0.080 0.348
#> SRR1453747 4 0.0520 0.92725 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1403853 5 0.3161 0.71404 0.000 0.000 0.000 0.216 0.776 0.008
#> SRR1378707 2 0.0547 0.84356 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1083504 2 0.3766 0.74269 0.000 0.736 0.000 0.000 0.032 0.232
#> SRR1437598 2 0.0458 0.84412 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1376807 6 0.5843 0.56972 0.168 0.000 0.288 0.000 0.012 0.532
#> SRR1370107 4 0.0806 0.92267 0.000 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1369008 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.4050 0.66524 0.000 0.000 0.152 0.000 0.752 0.096
#> SRR1430839 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1098098 2 0.3791 0.73744 0.000 0.732 0.000 0.000 0.032 0.236
#> SRR1473361 4 0.2362 0.83571 0.000 0.000 0.000 0.860 0.136 0.004
#> SRR1348507 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.76981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 5 0.3770 0.68042 0.000 0.000 0.148 0.000 0.776 0.076
#> SRR1344122 4 0.2558 0.81231 0.000 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1402027 3 0.0000 0.76981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.1285 0.92456 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR1076940 2 0.0458 0.84383 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR816096 2 0.0458 0.84336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1440809 2 0.3888 0.72816 0.000 0.716 0.000 0.000 0.032 0.252
#> SRR1406394 3 0.1714 0.74884 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1317653 2 0.0146 0.84333 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343072 3 0.1327 0.76070 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1336964 2 0.0260 0.84386 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1358624 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1467194 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459324 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1353118 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.6800 0.16500 0.000 0.160 0.448 0.000 0.080 0.312
#> SRR1487547 4 0.1003 0.91757 0.000 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1087752 3 0.2513 0.71421 0.000 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1091054 6 0.5929 0.44301 0.336 0.000 0.120 0.000 0.028 0.516
#> SRR1316343 5 0.2913 0.73521 0.000 0.000 0.004 0.180 0.812 0.004
#> SRR1073899 6 0.6223 0.53373 0.216 0.000 0.240 0.000 0.028 0.516
#> SRR1456093 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.4062 0.49397 0.000 0.660 0.000 0.316 0.000 0.024
#> SRR1336863 2 0.4237 0.31365 0.000 0.584 0.000 0.396 0.000 0.020
#> SRR1456771 2 0.0547 0.84356 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1329663 4 0.2558 0.81151 0.000 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1445426 2 0.3312 0.77738 0.000 0.792 0.000 0.000 0.028 0.180
#> SRR1389932 1 0.1918 0.90615 0.904 0.000 0.000 0.008 0.088 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5098 0.54491 0.000 0.024 0.680 0.000 0.124 0.172
#> SRR1452222 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1468096 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.3790 0.75879 0.000 0.000 0.000 0.116 0.780 0.104
#> SRR1444701 2 0.3719 0.73798 0.000 0.728 0.000 0.000 0.024 0.248
#> SRR1329687 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0458 0.84336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446265 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.2742 0.76156 0.000 0.000 0.012 0.128 0.852 0.008
#> SRR1410550 2 0.3062 0.71009 0.000 0.816 0.000 0.160 0.000 0.024
#> SRR1473209 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 6 0.5609 0.53906 0.220 0.000 0.236 0.000 0.000 0.544
#> SRR1083125 1 0.0547 0.93565 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419495 2 0.3409 0.76927 0.000 0.780 0.000 0.000 0.028 0.192
#> SRR1090383 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1072578 6 0.3857 0.63281 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1466091 2 0.2442 0.80803 0.000 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1090119 3 0.0146 0.76847 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337516 2 0.3841 0.73361 0.000 0.724 0.000 0.000 0.032 0.244
#> SRR1498290 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.2278 0.84464 0.000 0.000 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR1489349 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1457336 5 0.4385 0.26518 0.000 0.000 0.000 0.444 0.532 0.024
#> SRR1447481 2 0.3541 0.74736 0.000 0.748 0.000 0.000 0.020 0.232
#> SRR1102176 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323215 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1466770 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1093366 2 0.0993 0.83184 0.000 0.964 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR1434631 5 0.3109 0.70778 0.000 0.000 0.000 0.224 0.772 0.004
#> SRR1349190 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0972 0.93254 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1477339 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099354 1 0.1049 0.93019 0.960 0.000 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1470855 2 0.5037 0.53286 0.000 0.540 0.000 0.000 0.080 0.380
#> SRR1102998 2 0.3816 0.73705 0.000 0.728 0.000 0.000 0.032 0.240
#> SRR1444978 4 0.2558 0.81151 0.000 0.000 0.000 0.840 0.156 0.004
#> SRR1432165 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.1092 0.91406 0.000 0.020 0.000 0.960 0.000 0.020
#> SRR1319038 4 0.0551 0.92780 0.000 0.004 0.000 0.984 0.008 0.004
#> SRR1338603 2 0.2748 0.74517 0.000 0.848 0.000 0.128 0.000 0.024
#> SRR1325620 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.5203 0.00866 0.456 0.000 0.004 0.000 0.076 0.464
#> SRR1322186 2 0.4514 0.60110 0.000 0.588 0.000 0.000 0.040 0.372
#> SRR1466687 4 0.0692 0.92189 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020 0.004
#> SRR1478571 1 0.0547 0.93565 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1074337 2 0.3221 0.77169 0.000 0.792 0.000 0.000 0.020 0.188
#> SRR1420391 5 0.3356 0.67875 0.000 0.000 0.140 0.000 0.808 0.052
#> SRR1087704 1 0.2212 0.89428 0.880 0.000 0.000 0.008 0.112 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.2480 0.76705 0.000 0.872 0.000 0.104 0.000 0.024
#> SRR1337816 2 0.3841 0.73361 0.000 0.724 0.000 0.000 0.032 0.244
#> SRR1322070 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1476324 2 0.0458 0.84336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1499652 5 0.4565 0.68902 0.000 0.064 0.060 0.000 0.752 0.124
#> SRR1356643 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1097708 6 0.4169 0.64779 0.000 0.000 0.456 0.000 0.012 0.532
#> SRR813529 3 0.0146 0.76847 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352322 1 0.3885 0.79097 0.780 0.000 0.000 0.004 0.100 0.116
#> SRR1498661 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1390289 5 0.5576 0.54475 0.000 0.104 0.000 0.012 0.512 0.372
#> SRR1351955 2 0.0146 0.84333 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336988 4 0.0260 0.93117 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2994 0.74334 0.000 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR1367785 2 0.6484 0.39724 0.000 0.436 0.000 0.100 0.080 0.384
#> SRR1470057 4 0.0717 0.92468 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1079567 1 0.2070 0.90090 0.892 0.000 0.000 0.008 0.100 0.000
#> SRR1095675 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1388788 5 0.4595 0.72737 0.000 0.000 0.000 0.168 0.696 0.136
#> SRR1396146 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1362514 2 0.5044 0.52727 0.000 0.536 0.000 0.000 0.080 0.384
#> SRR1454031 6 0.3847 0.65058 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1443399 4 0.1010 0.91395 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1101280 2 0.0146 0.84306 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340680 2 0.5603 0.40830 0.000 0.476 0.000 0.000 0.148 0.376
#> SRR1488307 6 0.4080 0.64919 0.000 0.000 0.456 0.000 0.008 0.536
#> SRR1443800 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.3345 0.74383 0.000 0.000 0.000 0.184 0.788 0.028
#> SRR1090334 2 0.0458 0.84336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338280 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 6 0.4555 0.64998 0.016 0.000 0.440 0.000 0.012 0.532
#> SRR1444523 1 0.5132 0.53521 0.632 0.000 0.000 0.008 0.112 0.248
#> SRR1310898 2 0.0000 0.84328 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3707 0.55184 0.000 0.000 0.000 0.680 0.312 0.008
#> SRR1320445 1 0.5301 -0.01100 0.460 0.000 0.000 0.008 0.076 0.456
#> SRR1081116 1 0.4326 0.74856 0.744 0.000 0.000 0.008 0.112 0.136
#> SRR1333287 5 0.4410 0.65191 0.000 0.092 0.140 0.000 0.748 0.020
#> SRR1454821 4 0.0405 0.93093 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1348792 4 0.5229 0.38342 0.000 0.276 0.000 0.608 0.008 0.108
#> SRR1393529 3 0.0146 0.76847 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102224 3 0.5714 0.28455 0.000 0.000 0.556 0.252 0.184 0.008
#> SRR1074239 1 0.2566 0.88614 0.868 0.000 0.000 0.008 0.112 0.012
#> SRR1401774 5 0.2595 0.75426 0.000 0.000 0.000 0.160 0.836 0.004
#> SRR1413262 5 0.5508 0.50832 0.000 0.132 0.000 0.000 0.480 0.388
#> SRR1336227 5 0.4641 0.64242 0.000 0.116 0.000 0.000 0.684 0.200
#> SRR1069991 1 0.1757 0.91100 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076 0.000
#> SRR1091524 1 0.2118 0.89888 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104 0.000
#> SRR1312577 2 0.0363 0.84370 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1341721 1 0.5954 0.14304 0.492 0.000 0.016 0.008 0.112 0.372
#> SRR1437514 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1838 0.82850 0.000 0.916 0.000 0.000 0.016 0.068
#> SRR1382461 1 0.2118 0.89888 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.76981 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.94045 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.5400 0.52786 0.000 0.120 0.000 0.000 0.504 0.376
#> SRR1073655 6 0.4555 0.64998 0.016 0.000 0.440 0.000 0.012 0.532
#> SRR1075729 1 0.4326 0.74856 0.744 0.000 0.000 0.008 0.112 0.136
#> SRR1397292 5 0.4318 0.66548 0.000 0.000 0.132 0.000 0.728 0.140
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.997 0.4835 0.517 0.517
#> 3 3 0.977 0.955 0.981 0.3653 0.814 0.643
#> 4 4 0.893 0.857 0.928 0.0721 0.940 0.826
#> 5 5 0.966 0.933 0.970 0.0579 0.926 0.761
#> 6 6 0.897 0.851 0.914 0.0414 0.942 0.780
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430703 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> SRR1086020 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.4431 0.898 0.092 0.908
#> SRR1338489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.7602 0.719 0.220 0.780
#> SRR1077066 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.7139 0.757 0.196 0.804
#> SRR1430839 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.7745 0.704 0.772 0.228
#> SRR1487704 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397292 1 0.8443 0.628 0.728 0.272
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433708 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4555 0.760 0.000 0.800 0.200
#> SRR1432783 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 3 0.6168 0.272 0.000 0.412 0.588
#> SRR1436583 2 0.4178 0.797 0.000 0.828 0.172
#> SRR1420413 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466597 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392456 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 3 0.0237 0.967 0.000 0.004 0.996
#> SRR1089207 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102198 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473232 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.3116 0.868 0.000 0.892 0.108
#> SRR1077380 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 3 0.1031 0.950 0.000 0.024 0.976
#> SRR1342806 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.4555 0.739 0.200 0.000 0.800
#> SRR1430703 1 0.2448 0.915 0.924 0.000 0.076
#> SRR1086020 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.0237 0.968 0.000 0.004 0.996
#> SRR1080222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4605 0.755 0.000 0.796 0.204
#> SRR1405311 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.2066 0.916 0.000 0.060 0.940
#> SRR1359509 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.6154 0.341 0.000 0.592 0.408
#> SRR1343698 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.5397 0.620 0.000 0.280 0.720
#> SRR1500131 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.1529 0.938 0.000 0.960 0.040
#> SRR1097525 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.3482 0.850 0.000 0.872 0.128
#> SRR1404951 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338489 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.4750 0.737 0.000 0.784 0.216
#> SRR1458380 3 0.2066 0.916 0.000 0.060 0.940
#> SRR1400489 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.3551 0.846 0.000 0.868 0.132
#> SRR1477292 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.1860 0.926 0.000 0.948 0.052
#> SRR1312666 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 3 0.1031 0.951 0.000 0.024 0.976
#> SRR1479721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446716 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1103072 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356997 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409326 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.4555 0.746 0.200 0.800 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.4555 0.739 0.200 0.000 0.800
#> SRR1410699 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405461 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323312 3 0.6260 0.217 0.000 0.448 0.552
#> SRR1467171 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442440 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4974 0.706 0.000 0.764 0.236
#> SRR1097811 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 1 0.5497 0.576 0.708 0.292 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.1163 0.947 0.000 0.028 0.972
#> SRR1458529 2 0.0237 0.967 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332467 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 3 0.6267 0.142 0.000 0.452 0.548
#> SRR1453747 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403853 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369008 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385672 3 0.5811 0.787 0.092 0.108 0.800
#> SRR1430839 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.6252 0.220 0.444 0.556 0.000
#> SRR1487704 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344122 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 1 0.3192 0.871 0.888 0.000 0.112
#> SRR1317653 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487547 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.2796 0.886 0.000 0.908 0.092
#> SRR1091054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.4504 0.766 0.000 0.804 0.196
#> SRR1336863 2 0.4346 0.782 0.000 0.816 0.184
#> SRR1456771 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452222 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468096 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334011 3 0.0424 0.964 0.000 0.008 0.992
#> SRR1444701 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.1163 0.947 0.000 0.028 0.972
#> SRR1410550 2 0.0747 0.957 0.000 0.984 0.016
#> SRR1473209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489349 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432165 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441913 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319038 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0237 0.967 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337816 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.3619 0.838 0.000 0.864 0.136
#> SRR1351955 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407000 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.1529 0.938 0.000 0.960 0.040
#> SRR1470057 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 3 0.0424 0.964 0.000 0.008 0.992
#> SRR1396146 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.0424 0.964 0.000 0.008 0.992
#> SRR1320445 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 3 0.5968 0.428 0.000 0.364 0.636
#> SRR1454821 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.6140 0.353 0.000 0.596 0.404
#> SRR1393529 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.995 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 1 0.7680 0.610 0.680 0.188 0.132
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1433708 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4972 0.0667 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.1940 0.8171 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1436583 2 0.4967 0.2363 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1420413 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466597 4 0.4697 0.6396 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1392456 4 0.0469 0.8788 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.2589 0.8260 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102198 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1473232 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1410634 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0469 0.8788 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR816794 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.6201 0.3774 0.000 0.564 0.376 0.060
#> SRR1077380 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.0817 0.5389 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1430703 1 0.4950 0.2426 0.620 0.000 0.376 0.004
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.4164 0.6273 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR812721 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0469 0.8788 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.4889 0.6366 0.000 0.004 0.360 0.636
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4040 0.6464 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1405311 4 0.0336 0.8801 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0592 0.9276 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4746 0.6315 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.3208 0.4848 0.000 0.004 0.848 0.148
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.4661 0.6456 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1500071 2 0.2216 0.8679 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1078948 3 0.4898 0.5645 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2868 0.7398 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4866 0.5896 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1487403 1 0.3610 0.6569 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1409046 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1474000 3 0.7887 -0.1378 0.000 0.292 0.376 0.332
#> SRR1500131 4 0.2216 0.8371 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1362664 2 0.2413 0.8709 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0817 0.9233 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.4967 0.2415 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.2281 0.8643 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1475233 2 0.0469 0.9305 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1400008 3 0.4941 0.1401 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.4382 0.5710 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1458380 4 0.3080 0.8225 0.000 0.024 0.096 0.880
#> SRR1400489 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1416455 2 0.4609 0.6613 0.000 0.752 0.024 0.224
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0817 0.9233 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3569 0.6654 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1436280 2 0.5204 0.4666 0.000 0.612 0.376 0.012
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 3 0.4804 0.6267 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.0592 0.8711 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1103072 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356997 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409326 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105033 3 0.4776 0.2874 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.1211 0.5364 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1410699 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323312 3 0.7883 -0.1466 0.000 0.288 0.376 0.336
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.2469 0.5099 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1442440 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4164 0.6138 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1097811 1 0.0188 0.9787 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0707 0.9260 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.0469 0.5465 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1472259 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1390179 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.5313 0.6053 0.000 0.016 0.376 0.608
#> SRR1458529 2 0.2401 0.8653 0.000 0.904 0.092 0.004
#> SRR1332467 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.2149 0.8716 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0592 0.9286 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0336 0.9331 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 4 0.3862 0.7152 0.000 0.152 0.024 0.824
#> SRR1453747 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403853 4 0.4679 0.6425 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385672 4 0.8234 0.2505 0.168 0.032 0.376 0.424
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0592 0.8773 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.4936 0.2974 0.004 0.372 0.624 0.000
#> SRR1487704 2 0.4776 0.4870 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1344122 4 0.0592 0.8773 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1402027 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.1004 0.5639 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.2149 0.6099 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487547 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087752 3 0.2011 0.5574 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.4679 0.6425 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.3764 0.6910 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1336863 2 0.4996 0.1328 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0592 0.8773 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.3610 0.7224 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334011 4 0.5085 0.6152 0.000 0.008 0.376 0.616
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.5085 0.6151 0.000 0.008 0.376 0.616
#> SRR1410550 2 0.0921 0.9181 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.3907 0.5844 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0469 0.8788 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 4 0.2011 0.8454 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0469 0.9305 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1434631 4 0.4661 0.6456 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0817 0.9233 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0469 0.8788 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1432165 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0707 0.9246 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0592 0.9286 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 4 0.4776 0.6238 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0469 0.9306 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.4776 0.4870 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.4605 0.7572 0.000 0.800 0.092 0.108
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407000 4 0.0469 0.8788 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1367785 2 0.2775 0.8514 0.000 0.896 0.020 0.084
#> SRR1470057 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.2918 0.8222 0.000 0.008 0.116 0.876
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0817 0.9233 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1022 0.9179 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.4713 0.6399 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.0469 0.8741 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 4 0.4998 0.0664 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8827 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348792 4 0.4164 0.5620 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1393529 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1102224 4 0.3649 0.6756 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.4746 0.6305 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR1413262 2 0.3219 0.7934 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1336227 2 0.4776 0.4870 0.000 0.624 0.376 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.4776 0.6398 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.2216 0.8679 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9836 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 1 0.8784 -0.2550 0.404 0.096 0.376 0.124
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330831 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1433708 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.1608 0.891 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.1670 0.901 0.000 0.052 0.012 0.936 0.000
#> SRR1436583 4 0.2230 0.839 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1420413 5 0.0510 0.904 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1441768 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.0510 0.904 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1392456 4 0.0703 0.943 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1080951 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457080 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1343546 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0162 0.956 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.2179 0.831 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1318208 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397781 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1329131 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.0510 0.904 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1473232 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1410634 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0703 0.943 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR816794 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.0880 0.894 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1077380 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430088 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0162 0.961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327454 4 0.0162 0.956 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357692 3 0.0510 0.919 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1430703 5 0.2891 0.666 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1086020 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.2929 0.759 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR812721 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819486 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465248 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0609 0.946 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1476384 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.0798 0.901 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1080222 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361777 4 0.4150 0.384 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1405311 4 0.0703 0.943 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1340531 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0162 0.960 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.0162 0.961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419941 5 0.4074 0.461 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1313625 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365377 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0510 0.915 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1444043 5 0.3336 0.697 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1500071 5 0.2172 0.851 0.000 0.076 0.016 0.000 0.908
#> SRR1078948 3 0.4321 0.382 0.396 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1099765 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR807751 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0162 0.956 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4321 0.382 0.396 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1487403 1 0.3196 0.746 0.804 0.000 0.192 0.000 0.004
#> SRR1409046 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.0324 0.903 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1500131 4 0.0963 0.934 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1415854 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387286 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1362664 2 0.3860 0.785 0.000 0.808 0.016 0.148 0.028
#> SRR1097525 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432231 2 0.1300 0.940 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR1500516 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR809565 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476974 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1310876 4 0.2127 0.850 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 5 0.1845 0.871 0.000 0.056 0.016 0.000 0.928
#> SRR1362579 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1340966 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.1043 0.931 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1400008 2 0.4268 0.228 0.000 0.556 0.444 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329642 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.4150 0.384 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1458380 5 0.3152 0.842 0.000 0.032 0.016 0.084 0.868
#> SRR1400489 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1416455 2 0.4474 0.688 0.000 0.740 0.016 0.216 0.028
#> SRR1477292 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.1211 0.943 0.000 0.960 0.016 0.000 0.024
#> SRR1308269 2 0.0162 0.961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367172 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3160 0.752 0.808 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR1477732 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0162 0.956 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1323446 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327570 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1341209 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.0290 0.901 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1312666 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467943 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR808638 3 0.2329 0.789 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404186 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1410404 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316463 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1103072 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0162 0.956 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1319502 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0510 0.915 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069943 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360194 2 0.0162 0.961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814108 3 0.0510 0.919 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1410699 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.2886 0.772 0.000 0.148 0.000 0.008 0.844
#> SRR1467171 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383674 3 0.0510 0.914 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1442440 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336617 2 0.4666 0.281 0.000 0.572 0.016 0.412 0.000
#> SRR1097811 1 0.0798 0.975 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1475785 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.1018 0.950 0.000 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR1477522 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0671 0.926 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1077667 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.0510 0.919 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1472259 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0671 0.926 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1312784 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406709 5 0.0290 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1458529 5 0.2046 0.858 0.000 0.068 0.016 0.000 0.916
#> SRR1332467 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083868 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.4689 0.282 0.000 0.424 0.016 0.000 0.560
#> SRR1333167 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0162 0.961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476652 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1470624 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1081068 2 0.1018 0.950 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR1324473 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1420538 4 0.4704 0.633 0.000 0.216 0.016 0.728 0.040
#> SRR1453747 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.0963 0.893 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1378707 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1437598 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1370107 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0324 0.902 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1430839 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1473361 4 0.0880 0.937 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1348507 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0510 0.915 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1487704 5 0.0880 0.893 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1344122 4 0.1121 0.927 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1402027 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1406394 3 0.0510 0.919 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1317653 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0510 0.919 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1336964 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1487547 4 0.0162 0.956 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1087752 3 0.0000 0.915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316343 5 0.0963 0.893 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR1073899 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1456093 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 4 0.4150 0.384 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1336863 4 0.1965 0.864 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.1121 0.927 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1445426 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1389932 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.3266 0.746 0.000 0.796 0.200 0.000 0.004
#> SRR1452222 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.0290 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1444701 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1329687 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1410550 2 0.2813 0.783 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083125 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1090383 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.3421 0.723 0.788 0.000 0.204 0.000 0.008
#> SRR1466091 2 0.0510 0.958 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1498290 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0290 0.954 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1489349 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.3424 0.685 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1447481 2 0.0510 0.958 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0510 0.952 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1434631 5 0.3210 0.716 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1349190 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1300 0.940 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR1102998 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1444978 4 0.0703 0.943 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1432165 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0162 0.956 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2424 0.830 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322186 2 0.0798 0.955 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR1466687 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0510 0.958 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1420391 5 0.0290 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1087704 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464897 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1965 0.872 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1337816 2 0.0671 0.957 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1322070 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 5 0.0794 0.895 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1356643 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1097708 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR813529 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1390289 5 0.1862 0.876 0.000 0.048 0.016 0.004 0.932
#> SRR1351955 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.0290 0.954 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367785 2 0.3860 0.785 0.000 0.808 0.016 0.148 0.028
#> SRR1470057 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388788 5 0.0865 0.901 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR1396146 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362514 2 0.1300 0.940 0.000 0.956 0.016 0.000 0.028
#> SRR1454031 1 0.0162 0.992 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443399 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.2873 0.832 0.000 0.856 0.016 0.000 0.128
#> SRR1488307 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1443800 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.0404 0.905 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1090334 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444523 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310898 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.0404 0.950 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333287 2 0.4074 0.413 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1454821 4 0.0000 0.959 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.2574 0.830 0.000 0.112 0.012 0.876 0.000
#> SRR1393529 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.2929 0.753 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1074239 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401774 5 0.0510 0.904 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1413262 5 0.2046 0.860 0.000 0.068 0.016 0.000 0.916
#> SRR1336227 5 0.1041 0.893 0.000 0.032 0.004 0.000 0.964
#> SRR1069991 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.962 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0162 0.991 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437514 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0162 0.961 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382461 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0510 0.928 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.2172 0.851 0.000 0.076 0.016 0.000 0.908
#> SRR1073655 1 0.0290 0.990 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1075729 1 0.0000 0.993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.0162 0.902 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1456250 5 0.0458 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1433708 4 0.1753 0.8834 0.000 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.3915 0.3575 0.000 0.584 0.000 0.412 0.000 0.004
#> SRR1432783 2 0.0458 0.8777 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1398272 4 0.2869 0.7718 0.000 0.020 0.000 0.832 0.000 0.148
#> SRR1436583 2 0.3684 0.4950 0.000 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004
#> SRR1420413 5 0.0260 0.8288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.0260 0.8288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392456 4 0.3109 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 6 0.3547 0.7484 0.000 0.332 0.000 0.000 0.000 0.668
#> SRR1343546 4 0.1701 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.920 0.072 0.008
#> SRR1405921 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362928 4 0.0291 0.9325 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.4463 0.5101 0.000 0.000 0.000 0.292 0.652 0.056
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0713 0.8654 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1334055 6 0.3717 0.7222 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1329131 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.0405 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1473232 5 0.0260 0.8288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1410634 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353332 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.3109 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR816794 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0858 0.9210 0.000 0.000 0.000 0.968 0.028 0.004
#> SRR1353577 5 0.2956 0.7692 0.000 0.064 0.000 0.000 0.848 0.088
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.1387 0.9451 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1430088 2 0.0260 0.8770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311464 2 0.0713 0.8737 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1327454 4 0.0291 0.9325 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.1387 0.9454 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1357692 3 0.2872 0.7850 0.000 0.000 0.836 0.000 0.140 0.024
#> SRR1430703 5 0.3962 0.6880 0.116 0.000 0.000 0.000 0.764 0.120
#> SRR1086020 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334181 4 0.0146 0.9347 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087271 2 0.2191 0.7674 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR812721 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR819486 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1465248 2 0.0260 0.8770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467544 4 0.3109 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR1476384 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 6 0.3351 0.3320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.3728 0.4761 0.000 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR1405311 4 0.2964 0.7654 0.000 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1010 0.8527 0.000 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1498505 2 0.2823 0.6227 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1419941 5 0.4318 0.0812 0.000 0.000 0.000 0.448 0.532 0.020
#> SRR1313625 1 0.0146 0.9772 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365377 4 0.0508 0.9306 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0260 0.8982 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1359509 6 0.3782 0.6823 0.000 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1444043 5 0.1367 0.8058 0.000 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012
#> SRR1500071 6 0.3123 0.6334 0.000 0.056 0.000 0.000 0.112 0.832
#> SRR1078948 3 0.4911 0.3313 0.384 0.000 0.548 0.000 0.000 0.068
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR807751 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323002 4 0.0291 0.9325 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1343698 2 0.0713 0.8737 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4885 0.3641 0.372 0.000 0.560 0.000 0.000 0.068
#> SRR1487403 1 0.3566 0.7679 0.788 0.000 0.156 0.000 0.000 0.056
#> SRR1409046 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.2260 0.7998 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1500131 4 0.3445 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.744 0.244 0.012
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.0547 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1362664 6 0.3367 0.6910 0.000 0.104 0.000 0.080 0.000 0.816
#> SRR1097525 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1432231 6 0.2491 0.7562 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR809565 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 6 0.2697 0.7638 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1310876 2 0.3707 0.5245 0.000 0.680 0.000 0.312 0.000 0.008
#> SRR1404951 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374355 2 0.1957 0.7887 0.000 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1499260 2 0.0363 0.8772 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1010 0.9165 0.000 0.000 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR1395682 6 0.3032 0.6347 0.000 0.056 0.000 0.000 0.104 0.840
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473100 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1340966 2 0.0260 0.8780 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323873 3 0.1267 0.8763 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1475233 2 0.2302 0.7602 0.000 0.872 0.000 0.120 0.000 0.008
#> SRR1400008 2 0.4261 0.3208 0.000 0.572 0.408 0.000 0.000 0.020
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1329642 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341945 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418262 2 0.3564 0.5834 0.000 0.724 0.000 0.264 0.000 0.012
#> SRR1458380 6 0.3520 0.5803 0.000 0.016 0.000 0.056 0.108 0.820
#> SRR1400489 5 0.0790 0.8305 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1416455 6 0.3361 0.6549 0.000 0.076 0.000 0.108 0.000 0.816
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 6 0.2631 0.7605 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1308269 2 0.1814 0.8031 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3455 0.7860 0.800 0.000 0.144 0.000 0.000 0.056
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2451 0.8670 0.000 0.000 0.000 0.884 0.060 0.056
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 6 0.3747 0.7010 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1341209 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.2969 0.7502 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1467943 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR808638 3 0.1327 0.8321 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1082238 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1404186 4 0.2738 0.7606 0.000 0.004 0.000 0.820 0.000 0.176
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 6 0.3774 0.6669 0.000 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1316463 5 0.0458 0.8308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1103072 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0547 0.8765 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1382639 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1356997 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0291 0.9325 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1485020 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387113 6 0.3804 0.6615 0.000 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 6 0.3101 0.7757 0.000 0.244 0.000 0.000 0.000 0.756
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1105033 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0547 0.8761 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1099931 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0713 0.8737 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR814108 3 0.1088 0.8918 0.000 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1410699 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.3821 0.6064 0.000 0.220 0.000 0.000 0.740 0.040
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1383674 3 0.2583 0.8163 0.000 0.000 0.884 0.052 0.056 0.008
#> SRR1442440 4 0.0291 0.9332 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 6 0.4894 0.3692 0.000 0.068 0.000 0.376 0.000 0.556
#> SRR1097811 1 0.1701 0.9360 0.920 0.000 0.008 0.000 0.000 0.072
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 6 0.2631 0.7605 0.000 0.180 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1477522 2 0.0547 0.8775 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1098002 3 0.1444 0.8679 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0458 0.8765 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0405 0.8751 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1364975 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.1007 0.8859 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1390179 3 0.1444 0.8679 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1312784 2 0.0260 0.8770 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1069850 3 0.0458 0.8968 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1081332 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1406709 5 0.2631 0.7804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1458529 6 0.3088 0.6221 0.000 0.048 0.000 0.000 0.120 0.832
#> SRR1332467 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078278 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 6 0.2901 0.7256 0.000 0.128 0.000 0.000 0.032 0.840
#> SRR1333167 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.2135 0.7606 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1476652 6 0.3684 0.7187 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1470624 6 0.3695 0.7344 0.000 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1081068 6 0.5456 0.5460 0.000 0.372 0.000 0.128 0.000 0.500
#> SRR1324473 6 0.3672 0.7377 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1420538 6 0.3883 0.4874 0.000 0.028 0.000 0.240 0.004 0.728
#> SRR1453747 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.0508 0.8277 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1378707 2 0.0713 0.8737 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1083504 6 0.3717 0.7222 0.000 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR1437598 2 0.0458 0.8765 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1376807 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1370107 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.2219 0.8015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1430839 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1098098 6 0.3684 0.7348 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1473361 4 0.3215 0.7205 0.000 0.000 0.000 0.756 0.240 0.004
#> SRR1348507 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090626 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 5 0.4332 0.6329 0.000 0.052 0.000 0.000 0.672 0.276
#> SRR1344122 4 0.3189 0.7260 0.000 0.000 0.000 0.760 0.236 0.004
#> SRR1402027 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0713 0.8737 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR816096 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1440809 6 0.3684 0.7375 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1406394 3 0.2738 0.7427 0.000 0.000 0.820 0.000 0.176 0.004
#> SRR1317653 2 0.0547 0.8761 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1343072 3 0.1088 0.8918 0.000 0.000 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1336964 2 0.0363 0.8776 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459324 2 0.0547 0.8761 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 6 0.3954 0.7442 0.000 0.352 0.012 0.000 0.000 0.636
#> SRR1487547 4 0.0291 0.9325 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1087752 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1316343 5 0.0508 0.8277 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1073899 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.3426 0.5691 0.000 0.720 0.000 0.276 0.000 0.004
#> SRR1336863 2 0.3714 0.4858 0.000 0.656 0.000 0.340 0.000 0.004
#> SRR1456771 2 0.1327 0.8431 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1329663 4 0.3240 0.7145 0.000 0.000 0.000 0.752 0.244 0.004
#> SRR1445426 2 0.2912 0.5952 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.5549 0.2145 0.000 0.556 0.212 0.000 0.000 0.232
#> SRR1452222 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.1957 0.8141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1444701 6 0.3706 0.7280 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.1327 0.8234 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1410550 2 0.3349 0.6068 0.000 0.748 0.000 0.244 0.000 0.008
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 6 0.3797 0.6445 0.000 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1072578 1 0.3960 0.7159 0.752 0.000 0.176 0.000 0.000 0.072
#> SRR1466091 2 0.3986 -0.4315 0.000 0.532 0.000 0.004 0.000 0.464
#> SRR1090119 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 6 0.3634 0.7330 0.000 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1498290 2 0.0260 0.8780 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330770 4 0.2994 0.7624 0.000 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.4253 0.0495 0.000 0.000 0.000 0.460 0.524 0.016
#> SRR1447481 6 0.3684 0.7375 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1102176 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1285 0.8364 0.000 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1434631 5 0.1297 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.040 0.948 0.012
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 6 0.2491 0.7590 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1102998 6 0.3684 0.7348 0.000 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1444978 4 0.3109 0.7412 0.000 0.000 0.000 0.772 0.224 0.004
#> SRR1432165 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0291 0.9325 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1319038 4 0.0508 0.9296 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1338603 2 0.3052 0.6441 0.000 0.780 0.000 0.216 0.000 0.004
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 6 0.2491 0.7590 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1466687 4 0.0935 0.9189 0.000 0.000 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 6 0.3868 0.5357 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1420391 5 0.1556 0.8181 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.2948 0.6775 0.000 0.804 0.000 0.188 0.000 0.008
#> SRR1337816 6 0.3672 0.7352 0.000 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1322070 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1499652 5 0.4350 0.6321 0.000 0.048 0.000 0.000 0.660 0.292
#> SRR1356643 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1097708 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR813529 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1390289 6 0.2949 0.5889 0.000 0.028 0.000 0.000 0.140 0.832
#> SRR1351955 2 0.0547 0.8761 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1336988 4 0.0000 0.9359 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2994 0.7614 0.000 0.000 0.000 0.788 0.208 0.004
#> SRR1367785 6 0.3375 0.6717 0.000 0.088 0.000 0.096 0.000 0.816
#> SRR1470057 4 0.0146 0.9346 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1388788 5 0.4526 0.6813 0.000 0.000 0.000 0.116 0.700 0.184
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1362514 6 0.2491 0.7582 0.000 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1454031 1 0.1204 0.9523 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1443399 4 0.1349 0.9040 0.000 0.000 0.000 0.940 0.056 0.004
#> SRR1101280 2 0.0146 0.8784 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340680 6 0.2805 0.7520 0.000 0.160 0.000 0.000 0.012 0.828
#> SRR1488307 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1443800 2 0.0260 0.8780 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317110 5 0.1398 0.8259 0.000 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR1090334 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0146 0.8787 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2307 0.8658 0.000 0.068 0.000 0.896 0.032 0.004
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.2351 0.8226 0.000 0.904 0.000 0.036 0.032 0.028
#> SRR1454821 4 0.0291 0.9332 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1348792 4 0.2942 0.7791 0.000 0.032 0.000 0.836 0.000 0.132
#> SRR1393529 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.2597 0.7741 0.000 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1074239 1 0.0146 0.9772 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401774 5 0.0260 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1413262 6 0.2762 0.6356 0.000 0.048 0.000 0.000 0.092 0.860
#> SRR1336227 5 0.4872 0.4268 0.000 0.064 0.000 0.000 0.548 0.388
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0632 0.8754 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1341721 1 0.0458 0.9704 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1910 0.7902 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.9005 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 6 0.2954 0.6345 0.000 0.048 0.000 0.000 0.108 0.844
#> SRR1073655 1 0.1444 0.9423 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2996 0.7505 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.975 0.990 0.4736 0.525 0.525
#> 3 3 0.764 0.898 0.932 0.2764 0.859 0.737
#> 4 4 0.891 0.902 0.957 0.2215 0.839 0.613
#> 5 5 0.846 0.829 0.908 0.0541 0.946 0.800
#> 6 6 0.845 0.795 0.892 0.0487 0.921 0.677
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.9635 0.34889 0.388 0.612
#> SRR1086020 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0376 0.97825 0.996 0.004
#> SRR1487403 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.5519 0.85035 0.872 0.128
#> SRR1474000 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0938 0.97115 0.988 0.012
#> SRR1475233 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.8763 0.59647 0.704 0.296
#> SRR1436280 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR808638 1 1.0000 0.04527 0.504 0.496
#> SRR1099451 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.0672 0.98661 0.008 0.992
#> SRR1472259 1 0.0938 0.97115 0.988 0.012
#> SRR1390179 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.6887 0.77812 0.816 0.184
#> SRR1081332 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1487704 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.8499 0.63386 0.724 0.276
#> SRR1081493 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.8713 0.57325 0.292 0.708
#> SRR1317653 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.8443 0.64096 0.728 0.272
#> SRR1336964 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.8608 0.61928 0.716 0.284
#> SRR1337516 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.8661 0.61181 0.712 0.288
#> SRR1352322 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.7815 0.70748 0.768 0.232
#> SRR1102224 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.5294 0.85979 0.880 0.120
#> SRR1378262 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.99473 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.98171 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.9998 -0.00872 0.492 0.508
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1433708 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1433902 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432783 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1436583 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420413 3 0.4346 0.662 0.000 0.184 0.816
#> SRR1441768 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1466597 3 0.2537 0.809 0.000 0.080 0.920
#> SRR1392456 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1080951 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1457080 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1404362 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1405921 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0424 0.908 0.000 0.992 0.008
#> SRR1089207 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1318208 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1102198 2 0.4452 0.868 0.000 0.808 0.192
#> SRR1473232 3 0.2537 0.809 0.000 0.080 0.920
#> SRR1410634 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1353332 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR816794 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1353577 2 0.5650 0.724 0.000 0.688 0.312
#> SRR1077380 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1407693 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1430088 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0592 0.908 0.000 0.988 0.012
#> SRR1342806 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085235 3 0.5678 0.614 0.316 0.000 0.684
#> SRR1357692 3 0.0000 0.855 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430703 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1086020 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1087271 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR812721 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR819486 1 0.0237 0.983 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465248 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1318624 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1476384 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1080222 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0424 0.908 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405311 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1340531 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1407018 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.4702 0.854 0.000 0.788 0.212
#> SRR1313625 3 0.6260 0.361 0.448 0.000 0.552
#> SRR1365377 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1092749 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0424 0.854 0.000 0.008 0.992
#> SRR1359509 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.3267 0.767 0.000 0.116 0.884
#> SRR1500071 2 0.4121 0.876 0.000 0.832 0.168
#> SRR1078948 3 0.4291 0.787 0.180 0.000 0.820
#> SRR1099765 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR807751 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0592 0.908 0.000 0.988 0.012
#> SRR1343698 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4291 0.787 0.180 0.000 0.820
#> SRR1487403 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1409046 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1474000 3 0.2625 0.809 0.000 0.084 0.916
#> SRR1500131 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1415854 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1362664 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097525 1 0.2878 0.901 0.904 0.000 0.096
#> SRR1432231 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR809565 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1476974 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0424 0.908 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404951 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1395682 2 0.4452 0.868 0.000 0.808 0.192
#> SRR1362579 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1340966 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3619 0.809 0.136 0.000 0.864
#> SRR1475233 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400008 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1338489 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1439697 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1329642 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.1860 0.901 0.000 0.948 0.052
#> SRR1458380 2 0.2959 0.892 0.000 0.900 0.100
#> SRR1400489 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1416455 2 0.0747 0.907 0.000 0.984 0.016
#> SRR1477292 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1096924 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1085259 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1477732 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1323446 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1100395 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1436280 3 0.2711 0.809 0.000 0.088 0.912
#> SRR1312666 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR810153 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1467943 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR808638 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1099451 2 0.4399 0.869 0.000 0.812 0.188
#> SRR1082238 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1404186 2 0.4452 0.869 0.000 0.808 0.192
#> SRR1479721 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1446716 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1073971 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1316463 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1103072 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1420129 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1356997 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1409326 2 0.0592 0.908 0.000 0.988 0.012
#> SRR1485020 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0592 0.908 0.000 0.988 0.012
#> SRR1105033 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1077066 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.4555 0.772 0.200 0.000 0.800
#> SRR1069943 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.855 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.3619 0.884 0.000 0.864 0.136
#> SRR1405461 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1323312 2 0.4452 0.868 0.000 0.808 0.192
#> SRR1467171 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.2356 0.926 0.928 0.000 0.072
#> SRR1383674 3 0.2356 0.818 0.000 0.072 0.928
#> SRR1442440 2 0.4452 0.869 0.000 0.808 0.192
#> SRR1404461 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097811 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1475785 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1077667 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1472259 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390179 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1312784 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1081332 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1406709 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1458529 2 0.4399 0.870 0.000 0.812 0.188
#> SRR1332467 2 0.0592 0.908 0.000 0.988 0.012
#> SRR1078278 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1083868 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1418492 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1324473 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.2165 0.899 0.000 0.936 0.064
#> SRR1453747 2 0.4452 0.869 0.000 0.808 0.192
#> SRR1403853 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1378707 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1370107 2 0.2261 0.899 0.000 0.932 0.068
#> SRR1369008 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1385672 3 0.1964 0.829 0.000 0.056 0.944
#> SRR1430839 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1348507 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1487704 3 0.2625 0.809 0.000 0.084 0.916
#> SRR1344122 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1402027 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1081493 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.4235 0.873 0.000 0.824 0.176
#> SRR1440809 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1317653 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336964 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1467194 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.2796 0.809 0.000 0.092 0.908
#> SRR1487547 2 0.0747 0.907 0.000 0.984 0.016
#> SRR1087752 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1091054 1 0.2356 0.926 0.928 0.000 0.072
#> SRR1316343 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1073899 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1456093 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1399291 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456771 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1445426 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0237 0.856 0.000 0.004 0.996
#> SRR1452222 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1468096 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1334011 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1444701 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.4452 0.868 0.000 0.808 0.192
#> SRR1410550 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473209 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1083125 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1466091 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1090119 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337516 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1489349 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1457336 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1447481 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1466770 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1093366 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1349190 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1432165 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1441913 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1319038 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1338603 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1478571 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.2625 0.809 0.000 0.084 0.916
#> SRR1087704 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337816 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1476324 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.4346 0.870 0.000 0.816 0.184
#> SRR1356643 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1097708 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR813529 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1352322 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1390289 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1351955 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1407000 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1367785 2 0.0237 0.908 0.000 0.996 0.004
#> SRR1470057 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1079567 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.5785 0.585 0.332 0.000 0.668
#> SRR1388788 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1396146 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.4504 0.776 0.196 0.000 0.804
#> SRR1362514 2 0.0237 0.909 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454031 3 0.5138 0.711 0.252 0.000 0.748
#> SRR1443399 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1101280 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.5560 0.641 0.300 0.000 0.700
#> SRR1443800 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1090334 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1444523 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1320445 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.4605 0.859 0.000 0.796 0.204
#> SRR1454821 2 0.4504 0.868 0.000 0.804 0.196
#> SRR1348792 2 0.0424 0.908 0.000 0.992 0.008
#> SRR1393529 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1102224 3 0.1031 0.845 0.000 0.024 0.976
#> SRR1074239 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.5591 0.391 0.000 0.304 0.696
#> SRR1413262 2 0.4452 0.696 0.000 0.808 0.192
#> SRR1336227 2 0.1289 0.905 0.000 0.968 0.032
#> SRR1069991 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.909 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0237 0.856 0.004 0.000 0.996
#> SRR1378262 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.3482 0.885 0.000 0.872 0.128
#> SRR1073655 1 0.2537 0.919 0.920 0.000 0.080
#> SRR1075729 1 0.0000 0.986 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0424 0.854 0.000 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.1211 0.9266 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1433708 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4164 0.6722 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.4643 0.4647 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1436583 4 0.0336 0.9514 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1420413 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466597 4 0.3486 0.7537 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR1392456 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0707 0.9425 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102198 4 0.3448 0.7837 0.000 0.168 0.004 0.828
#> SRR1473232 4 0.0188 0.9540 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1410634 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.3610 0.7173 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0336 0.9514 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0188 0.9434 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085235 3 0.2589 0.8103 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1357692 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430703 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.1637 0.9141 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR812721 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.3610 0.7609 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.4843 0.3419 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.3907 0.6916 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1405311 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4790 0.3771 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1313625 3 0.4967 0.2038 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1365377 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.2081 0.8904 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1078948 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.4454 0.5756 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1500131 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.1211 0.9266 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1362664 2 0.3123 0.8197 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1097525 1 0.4643 0.5615 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1432231 2 0.0592 0.9513 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR809565 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.2345 0.8647 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0188 0.9541 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395682 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3356 0.7988 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1400008 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1439697 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.3266 0.7899 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1458380 2 0.4356 0.6187 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1400489 4 0.0921 0.9361 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1416455 2 0.3610 0.7711 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.1022 0.9329 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.4996 0.1434 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1467943 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808638 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.4477 0.6190 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1404186 4 0.1637 0.9103 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.1637 0.9087 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1103072 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356997 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409326 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1105033 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.0188 0.9234 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410699 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.4977 0.0912 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.4356 0.6478 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1383674 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442440 4 0.0592 0.9454 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.3764 0.7488 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1097811 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0336 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1364975 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0336 0.9575 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1069850 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1406709 4 0.2345 0.8691 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1458529 2 0.2149 0.8867 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1332467 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.2868 0.8404 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.3311 0.8044 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1453747 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403853 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1370107 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385672 3 0.3726 0.7211 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487704 3 0.4454 0.5756 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1344122 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0336 0.9573 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.4925 0.3155 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1487547 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087752 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.4406 0.6369 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1316343 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.2814 0.8469 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1336863 4 0.2408 0.8603 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1334011 4 0.2216 0.8773 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.3726 0.7332 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1410550 2 0.3400 0.7942 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.2868 0.8429 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1090119 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.2149 0.8893 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0336 0.9404 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.5972 0.6537 0.000 0.176 0.692 0.132
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3486 0.7852 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356643 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR813529 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.2760 0.8495 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407000 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.3400 0.7941 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1470057 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.3172 0.7523 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1388788 4 0.2281 0.8731 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454031 3 0.1022 0.8993 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.2011 0.8520 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0188 0.9605 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2281 0.8731 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 3 0.7096 0.4046 0.000 0.332 0.524 0.144
#> SRR1454821 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348792 4 0.4948 0.1863 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1393529 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.3024 0.7786 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.0000 0.9568 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.9265 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9636 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.4454 0.6257 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9464 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.4722 0.5837 0.000 0.300 0.692 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.3636 0.7741 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1433708 4 0.2230 0.8703 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.3983 0.5616 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1432783 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.3707 0.5561 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1436583 4 0.0290 0.8979 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1420413 4 0.3586 0.7804 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1441768 1 0.3774 0.5791 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1356976 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 3 0.4101 -0.0161 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0290 0.9529 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.2377 0.8681 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 5 0.3661 0.5892 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1084505 1 0.4201 0.3468 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1376476 4 0.2929 0.8403 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4192 0.3163 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 4 0.4618 0.7685 0.000 0.068 0.208 0.724 0.000
#> SRR1473232 4 0.3636 0.7739 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1410634 4 0.0609 0.8981 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.4613 0.4913 0.000 0.620 0.360 0.000 0.020
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 5 0.1270 0.8123 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0404 0.9511 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0162 0.8994 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 5 0.3242 0.6764 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1085235 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357692 3 0.2732 0.7883 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1430703 3 0.0794 0.7062 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0162 0.9006 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1087271 2 0.1341 0.9162 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR812721 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819486 5 0.1671 0.7995 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.1043 0.8890 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1671 0.8837 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.2648 0.7816 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.6718 0.3365 0.000 0.308 0.272 0.420 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.3003 0.7002 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1405311 4 0.0162 0.9009 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.4830 -0.2705 0.000 0.000 0.492 0.488 0.020
#> SRR1313625 5 0.3274 0.6657 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1365377 4 0.2471 0.8633 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1092749 1 0.3913 0.5195 0.676 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR1389366 3 0.2732 0.7883 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1359509 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.3143 0.8233 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1500071 2 0.2852 0.8287 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807751 1 0.4192 0.3553 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.4268 0.2513 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1329530 1 0.0609 0.9034 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1081813 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1487403 5 0.4227 -0.2230 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1409046 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1474000 3 0.0000 0.6882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500131 4 0.2179 0.8713 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.3636 0.7741 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1362664 2 0.2535 0.8839 0.000 0.892 0.032 0.076 0.000
#> SRR1097525 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1432231 2 0.0510 0.9496 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR809565 5 0.4126 -0.0841 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.2074 0.8334 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.2230 0.8701 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1395682 2 0.3508 0.7384 0.000 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1475233 2 0.2280 0.8585 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1400008 3 0.4197 0.8145 0.000 0.028 0.728 0.000 0.244
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.3460 0.8055 0.000 0.128 0.044 0.828 0.000
#> SRR1458380 2 0.5484 0.5749 0.000 0.640 0.240 0.120 0.000
#> SRR1400489 4 0.3636 0.7741 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1416455 2 0.4090 0.6759 0.000 0.716 0.016 0.268 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0963 0.9379 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0404 0.9511 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1367172 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1085259 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2690 0.8543 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 5 0.3774 0.5611 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1608 0.8622 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1327570 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1436280 3 0.3949 0.3402 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1467943 5 0.0162 0.8059 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR808638 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1099451 2 0.1043 0.9327 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1082238 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1404186 4 0.2260 0.8803 0.000 0.028 0.064 0.908 0.000
#> SRR1479721 1 0.0880 0.8959 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 5 0.4256 -0.2735 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1316463 4 0.3636 0.7741 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1103072 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069943 1 0.1732 0.8548 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1360194 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.3242 0.8131 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1410699 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 4 0.6247 0.2121 0.000 0.420 0.144 0.436 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 5 0.1671 0.7995 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1383674 3 0.2732 0.7883 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1442440 4 0.1041 0.8869 0.000 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1404461 1 0.2179 0.8267 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1336617 2 0.3242 0.7535 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1097811 5 0.4249 -0.2615 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1475785 1 0.4235 0.3078 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1347916 2 0.0963 0.9379 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1472259 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1390179 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1081332 5 0.1270 0.8123 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1406709 4 0.3910 0.7682 0.000 0.008 0.272 0.720 0.000
#> SRR1458529 2 0.2690 0.8437 0.000 0.844 0.156 0.000 0.000
#> SRR1332467 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0404 0.9511 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0404 0.9511 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.1478 0.9080 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1324473 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.3526 0.8350 0.000 0.832 0.072 0.096 0.000
#> SRR1453747 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 4 0.3424 0.7990 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR1378707 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1370107 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.0000 0.6882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.2561 0.8594 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1487704 3 0.1725 0.7029 0.000 0.044 0.936 0.000 0.020
#> SRR1344122 4 0.2516 0.8611 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR1402027 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1043 0.9299 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.3480 0.8258 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3852 0.6039 0.000 0.220 0.760 0.000 0.020
#> SRR1487547 4 0.1121 0.8923 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1087752 3 0.3586 0.8305 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1091054 5 0.1671 0.7995 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1316343 4 0.3452 0.7960 0.000 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1073899 5 0.1270 0.8123 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.3684 0.6732 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1336863 4 0.2020 0.8160 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1456771 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.2377 0.8660 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR1445426 2 0.0404 0.9511 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.3837 0.5521 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.4100 0.7988 0.000 0.044 0.764 0.000 0.192
#> SRR1452222 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.3636 0.7741 0.000 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.1197 0.8825 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.4552 0.7484 0.000 0.040 0.264 0.696 0.000
#> SRR1410550 2 0.2852 0.8052 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 5 0.1043 0.8163 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.3684 0.8240 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1466091 2 0.0404 0.9484 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090119 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1337516 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.2179 0.8713 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.2732 0.8517 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.2424 0.8648 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0703 0.9007 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0703 0.9447 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.2230 0.8703 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.2074 0.8755 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 5 0.3586 0.6100 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1322186 2 0.0404 0.9511 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.0000 0.6882 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087704 1 0.4249 0.2878 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3143 0.7686 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1337816 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.2773 0.8363 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR1356643 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097708 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR813529 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1352322 1 0.3661 0.5761 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 5 0.0162 0.8059 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1390289 2 0.3790 0.7099 0.000 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2179 0.8713 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1367785 2 0.3607 0.7178 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1470057 4 0.1341 0.8890 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1079567 1 0.3561 0.6345 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1095675 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388788 4 0.3861 0.7748 0.000 0.008 0.264 0.728 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 5 0.0162 0.8059 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1362514 2 0.1043 0.9353 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1454031 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.9014 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0162 0.9543 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1488307 5 0.0000 0.8088 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.3586 0.7810 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1090334 2 0.1502 0.9133 0.000 0.940 0.056 0.004 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1444523 5 0.4161 0.3170 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3932 0.8207 0.000 0.064 0.140 0.796 0.000
#> SRR1320445 5 0.3636 0.5956 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1081116 5 0.3636 0.5956 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1333287 3 0.5824 0.5092 0.000 0.176 0.660 0.144 0.020
#> SRR1454821 4 0.0162 0.9009 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348792 4 0.4074 0.3739 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1393529 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1102224 3 0.2848 0.7864 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1074239 1 0.1608 0.8622 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1401774 4 0.3586 0.7806 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR1413262 2 0.2424 0.8647 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.2329 0.8725 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.4249 0.2878 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1091524 1 0.4249 0.2878 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 5 0.3534 0.6208 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9550 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.4249 0.2878 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1361883 3 0.3636 0.8320 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9162 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.3210 0.7867 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1073655 5 0.0609 0.8211 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1075729 5 0.3661 0.5892 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1397292 3 0.0162 0.6909 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0547 0.94019 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1330831 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433708 5 0.3804 0.40288 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.1501 0.83596 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0363 0.91719 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436583 4 0.0713 0.89942 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1420413 5 0.0146 0.73155 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441768 1 0.3717 0.29042 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1356976 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.0260 0.72860 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1457080 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0547 0.94020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1490635 2 0.2191 0.88232 0.000 0.876 0.120 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343546 5 0.3695 0.50009 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 6 0.2135 0.75984 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1084505 6 0.3869 0.11381 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1376476 5 0.1556 0.73760 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.3868 0.11799 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1397781 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0146 0.91741 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.2048 0.88429 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.2088 0.73610 0.000 0.028 0.000 0.068 0.904 0.000
#> SRR1473232 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410634 4 0.1204 0.87223 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.5871 0.35394 0.000 0.216 0.320 0.000 0.464 0.000
#> SRR1077380 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.2006 0.88841 0.000 0.892 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR1327454 4 0.0713 0.89752 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 6 0.2092 0.76167 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1085235 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357692 3 0.2219 0.78948 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1430703 3 0.2520 0.78096 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1086020 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0146 0.92304 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1087271 2 0.3101 0.63569 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR819486 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.1007 0.91630 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1479306 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.3860 -0.13734 0.000 0.000 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.2762 0.71419 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1406478 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080222 1 0.0632 0.93739 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1361777 4 0.0363 0.91485 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.0260 0.92020 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 5 0.4402 0.64784 0.000 0.000 0.116 0.168 0.716 0.000
#> SRR1313625 6 0.2092 0.76167 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1365377 5 0.4116 0.41152 0.000 0.000 0.012 0.416 0.572 0.000
#> SRR1092749 1 0.3774 0.20212 0.592 0.000 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1389366 3 0.2219 0.78948 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1359509 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 5 0.3695 0.48972 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000
#> SRR1500071 2 0.5479 0.18123 0.000 0.448 0.124 0.000 0.428 0.000
#> SRR1078948 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1099765 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR807751 6 0.3869 0.11521 0.500 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1379157 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 6 0.3843 0.25837 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1329530 1 0.0713 0.93163 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1081813 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1487403 3 0.3843 0.45118 0.000 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1409046 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1474000 3 0.3864 0.04443 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1500131 5 0.3823 0.37708 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.5006 0.72319 0.000 0.704 0.124 0.036 0.136 0.000
#> SRR1097525 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1432231 2 0.2887 0.86188 0.000 0.844 0.120 0.000 0.036 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR809565 6 0.3857 -0.29469 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1476974 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.2048 0.88534 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.2823 0.67245 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0363 0.91724 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0146 0.91741 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 5 0.3747 0.46186 0.000 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR1395682 5 0.3607 0.64628 0.000 0.112 0.092 0.000 0.796 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1475233 2 0.1204 0.88532 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1338489 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.2562 0.86593 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1329642 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.5958 -0.26061 0.000 0.220 0.000 0.392 0.388 0.000
#> SRR1458380 5 0.1700 0.70185 0.000 0.080 0.004 0.000 0.916 0.000
#> SRR1400489 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416455 4 0.2934 0.77285 0.000 0.044 0.000 0.844 0.112 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.3481 0.82948 0.000 0.804 0.124 0.000 0.072 0.000
#> SRR1308269 2 0.2006 0.88841 0.000 0.892 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367172 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1085259 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1477732 1 0.0632 0.93739 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356509 5 0.3309 0.62213 0.000 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 6 0.2416 0.74427 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1378924 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1910 0.85242 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1327570 2 0.2048 0.88496 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1436280 5 0.4134 0.44308 0.000 0.028 0.316 0.000 0.656 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1467943 6 0.0790 0.79351 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR808638 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1099451 2 0.2135 0.84397 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1082238 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1404186 4 0.4642 0.15544 0.000 0.000 0.052 0.592 0.356 0.000
#> SRR1479721 1 0.0937 0.92192 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1480721 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.3838 0.46407 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1316463 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103072 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0547 0.91545 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1077066 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1069943 1 0.2003 0.84226 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1360194 2 0.1610 0.89793 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1410699 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.4190 0.65265 0.000 0.168 0.020 0.056 0.756 0.000
#> SRR1467171 1 0.0146 0.94985 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396742 1 0.0632 0.93739 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1342960 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383674 3 0.2416 0.77050 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1442440 4 0.1492 0.87564 0.000 0.024 0.000 0.940 0.036 0.000
#> SRR1404461 1 0.2416 0.79321 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1336617 2 0.3789 0.33510 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.3854 0.42987 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1475785 6 0.3864 0.17972 0.480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR1347916 2 0.3586 0.82126 0.000 0.796 0.124 0.000 0.080 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1077667 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0363 0.91680 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1472259 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1390179 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1312784 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1081332 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406709 5 0.1863 0.69334 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1458529 2 0.5418 0.34335 0.000 0.508 0.124 0.000 0.368 0.000
#> SRR1332467 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.3066 0.85380 0.000 0.832 0.124 0.000 0.044 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.2048 0.88429 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.2191 0.88310 0.000 0.876 0.120 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470624 2 0.0547 0.91545 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0935 0.89935 0.000 0.964 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.6207 0.42963 0.000 0.552 0.104 0.076 0.268 0.000
#> SRR1453747 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403853 5 0.1501 0.73688 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1378707 2 0.1663 0.89660 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.1714 0.89715 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0146 0.91789 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1370107 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.3782 0.36558 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 5 0.2823 0.69046 0.000 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1487704 3 0.1267 0.76800 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1344122 5 0.2697 0.70271 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR1402027 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1081493 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.1007 0.91030 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.2092 0.84676 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1440809 2 0.1327 0.90606 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1317653 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1336964 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0632 0.90617 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0692 0.76763 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487547 4 0.3126 0.55837 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1087752 3 0.2398 0.89074 0.000 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> SRR1091054 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316343 5 0.1556 0.73625 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR1073899 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 4 0.2854 0.63770 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR1336863 4 0.0865 0.89136 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.1765 0.89390 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 5 0.3563 0.55612 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664 0.000
#> SRR1445426 2 0.2191 0.88232 0.000 0.876 0.120 0.000 0.004 0.000
#> SRR1389932 1 0.3672 0.31213 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1353948 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2558 0.82258 0.000 0.000 0.868 0.000 0.104 0.028
#> SRR1452222 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.1863 0.69334 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.1387 0.89045 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1388722 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410550 2 0.2996 0.66701 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1083125 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1863 0.88979 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.2340 0.88591 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1466091 2 0.0508 0.91256 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1337516 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 5 0.3810 0.39478 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.1007 0.73758 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1447481 2 0.0547 0.91545 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 5 0.3330 0.61742 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0790 0.92814 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1477339 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0632 0.93739 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1470855 2 0.3534 0.82498 0.000 0.800 0.124 0.000 0.076 0.000
#> SRR1102998 2 0.0632 0.91502 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 5 0.3765 0.44513 0.000 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.3634 0.42037 0.000 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.2048 0.76329 0.120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1322186 2 0.2234 0.88086 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0260 0.91767 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087704 6 0.3854 0.22514 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1464897 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 4 0.3747 0.35701 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0865 0.91312 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 5 0.5291 0.22089 0.000 0.328 0.120 0.000 0.552 0.000
#> SRR1356643 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1097708 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR813529 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1352322 1 0.3647 0.36290 0.640 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1498661 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.0790 0.79351 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1390289 5 0.1863 0.69334 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 5 0.3810 0.39478 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1367785 4 0.2794 0.73864 0.000 0.144 0.012 0.840 0.004 0.000
#> SRR1470057 4 0.3810 0.02421 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1079567 1 0.3592 0.40827 0.656 0.000 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1095675 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1388788 5 0.1863 0.69334 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.0713 0.79662 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1362514 2 0.4410 0.72595 0.000 0.716 0.120 0.000 0.164 0.000
#> SRR1454031 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1443399 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.2092 0.88320 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1443800 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.0146 0.73161 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090334 2 0.3371 0.51556 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 6 0.0000 0.80173 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444523 6 0.3371 0.58848 0.292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1310898 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.4362 0.45509 0.000 0.028 0.000 0.388 0.584 0.000
#> SRR1320445 6 0.2092 0.76167 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1081116 6 0.2092 0.76167 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1333287 5 0.5062 0.58060 0.000 0.060 0.196 0.056 0.688 0.000
#> SRR1454821 4 0.0547 0.90885 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1348792 4 0.0000 0.92625 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1102224 3 0.2300 0.78268 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1074239 1 0.1910 0.85242 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1401774 5 0.0000 0.73069 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413262 2 0.5046 0.58120 0.000 0.620 0.124 0.000 0.256 0.000
#> SRR1336227 5 0.5454 -0.00879 0.000 0.392 0.124 0.000 0.484 0.000
#> SRR1069991 6 0.3854 0.22514 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1091524 6 0.3854 0.22514 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1312577 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.2416 0.74271 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1437514 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.91803 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 6 0.3857 0.21346 0.468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1361883 3 0.2092 0.90276 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1378262 1 0.0000 0.95246 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.4513 0.53399 0.000 0.172 0.124 0.000 0.704 0.000
#> SRR1073655 6 0.0632 0.79970 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1075729 6 0.2135 0.75984 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1397292 5 0.3857 -0.16318 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.4897 0.511 0.511
#> 3 3 0.893 0.897 0.949 0.2682 0.822 0.667
#> 4 4 0.855 0.870 0.934 0.1973 0.845 0.607
#> 5 5 0.857 0.848 0.919 0.0635 0.865 0.546
#> 6 6 0.777 0.724 0.835 0.0383 0.955 0.796
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.7602 0.719 0.220 0.780
#> SRR1353332 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430703 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1086020 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.1843 0.969 0.028 0.972
#> SRR1092749 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389366 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1400008 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383674 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.2236 0.961 0.036 0.964
#> SRR1430839 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.2423 0.957 0.040 0.960
#> SRR1487547 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1087752 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1348094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0672 0.989 0.008 0.992
#> SRR1087704 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0938 0.985 0.012 0.988
#> SRR1454821 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.9732 0.324 0.404 0.596
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0424 0.9528 0.992 0.000 0.008
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.0892 0.8744 0.000 0.020 0.980
#> SRR1433708 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466597 3 0.0747 0.8759 0.000 0.016 0.984
#> SRR1392456 2 0.0892 0.9648 0.000 0.980 0.020
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0592 0.9689 0.000 0.988 0.012
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1089207 3 0.6274 0.3318 0.456 0.000 0.544
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.1031 0.9625 0.000 0.976 0.024
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.5254 0.7187 0.264 0.000 0.736
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0747 0.9455 0.984 0.000 0.016
#> SRR1337495 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1102198 2 0.6307 0.1380 0.000 0.512 0.488
#> SRR1473232 3 0.0747 0.8759 0.000 0.016 0.984
#> SRR1410634 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR816794 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1353577 3 0.1163 0.8697 0.000 0.028 0.972
#> SRR1077380 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407693 3 0.5529 0.6737 0.296 0.000 0.704
#> SRR1430088 2 0.0892 0.9650 0.000 0.980 0.020
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342806 1 0.0424 0.9530 0.992 0.000 0.008
#> SRR1388437 3 0.5760 0.6175 0.328 0.000 0.672
#> SRR1085235 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1357692 3 0.0892 0.8891 0.020 0.000 0.980
#> SRR1430703 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 3 0.3412 0.8565 0.124 0.000 0.876
#> SRR819486 1 0.6299 -0.1181 0.524 0.000 0.476
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.4974 0.7241 0.000 0.764 0.236
#> SRR1080222 1 0.5016 0.6196 0.760 0.000 0.240
#> SRR1361777 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405311 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.0747 0.8759 0.000 0.016 0.984
#> SRR1313625 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1365377 3 0.0747 0.8759 0.000 0.016 0.984
#> SRR1092749 1 0.0237 0.9563 0.996 0.000 0.004
#> SRR1389366 3 0.0424 0.8854 0.008 0.000 0.992
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0747 0.8759 0.000 0.016 0.984
#> SRR1500071 2 0.1964 0.9395 0.000 0.944 0.056
#> SRR1078948 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.3551 0.8512 0.132 0.000 0.868
#> SRR807751 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1487403 3 0.2356 0.8849 0.072 0.000 0.928
#> SRR1409046 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1474000 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.5178 0.6957 0.000 0.744 0.256
#> SRR1415854 1 0.2066 0.9000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1387286 2 0.1289 0.9576 0.000 0.968 0.032
#> SRR1362664 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097525 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1432231 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.5431 0.6870 0.284 0.000 0.716
#> SRR809565 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395682 2 0.5291 0.6749 0.000 0.732 0.268
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 3 0.6126 0.4784 0.400 0.000 0.600
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.0424 0.8854 0.008 0.000 0.992
#> SRR1338489 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1439697 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1458380 2 0.0892 0.9649 0.000 0.980 0.020
#> SRR1400489 2 0.1289 0.9576 0.000 0.968 0.032
#> SRR1416455 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1477292 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096924 2 0.4002 0.8267 0.000 0.840 0.160
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1085259 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.6267 -0.0226 0.548 0.000 0.452
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1436280 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR810153 3 0.5988 0.5430 0.368 0.000 0.632
#> SRR1467943 3 0.2261 0.8867 0.068 0.000 0.932
#> SRR808638 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1099451 2 0.4702 0.7541 0.000 0.788 0.212
#> SRR1082238 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1404186 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446716 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1316463 3 0.1289 0.8682 0.000 0.032 0.968
#> SRR1103072 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1356997 2 0.1289 0.9578 0.000 0.968 0.032
#> SRR1409326 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1105033 3 0.1163 0.8909 0.028 0.000 0.972
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0892 0.8891 0.020 0.000 0.980
#> SRR1410699 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405461 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323312 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.6302 0.2478 0.480 0.000 0.520
#> SRR1383674 3 0.0424 0.8854 0.008 0.000 0.992
#> SRR1442440 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404461 3 0.2165 0.8883 0.064 0.000 0.936
#> SRR1336617 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097811 3 0.2165 0.8882 0.064 0.000 0.936
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.1031 0.9595 0.000 0.976 0.024
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0747 0.9669 0.000 0.984 0.016
#> SRR1364975 3 0.1031 0.8902 0.024 0.000 0.976
#> SRR1472259 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1390179 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1081332 3 0.4654 0.7851 0.208 0.000 0.792
#> SRR1406709 2 0.5363 0.6637 0.000 0.724 0.276
#> SRR1458529 2 0.6299 0.1877 0.000 0.524 0.476
#> SRR1332467 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078278 3 0.5859 0.5933 0.344 0.000 0.656
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0747 0.9642 0.000 0.984 0.016
#> SRR1333167 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1453747 3 0.1643 0.8550 0.000 0.044 0.956
#> SRR1403853 2 0.5216 0.6883 0.000 0.740 0.260
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.5254 0.7184 0.264 0.000 0.736
#> SRR1370107 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1369008 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385672 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.1529 0.8932 0.040 0.000 0.960
#> SRR1487704 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1402027 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1411 0.9550 0.000 0.964 0.036
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1031 0.8900 0.024 0.000 0.976
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1087752 3 0.0424 0.8854 0.008 0.000 0.992
#> SRR1091054 1 0.6299 -0.1177 0.524 0.000 0.476
#> SRR1316343 3 0.4452 0.6838 0.000 0.192 0.808
#> SRR1073899 3 0.5926 0.5662 0.356 0.000 0.644
#> SRR1456093 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399291 2 0.0237 0.9706 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.1289 0.9576 0.000 0.968 0.032
#> SRR1445426 2 0.1031 0.9626 0.000 0.976 0.024
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0424 0.8854 0.008 0.000 0.992
#> SRR1452222 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1468096 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334011 2 0.3752 0.8459 0.000 0.856 0.144
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.2261 0.8357 0.000 0.068 0.932
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0237 0.9564 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101741 3 0.6180 0.4329 0.416 0.000 0.584
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.1964 0.8907 0.056 0.000 0.944
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.4235 0.8050 0.000 0.824 0.176
#> SRR1330770 2 0.2356 0.9252 0.000 0.928 0.072
#> SRR1489349 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457336 2 0.1031 0.9625 0.000 0.976 0.024
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466770 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.6140 0.4027 0.000 0.596 0.404
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1432165 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441913 2 0.4452 0.7846 0.000 0.808 0.192
#> SRR1319038 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.6192 0.1146 0.580 0.000 0.420
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.2066 0.9349 0.000 0.940 0.060
#> SRR1420391 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
#> SRR1087704 3 0.6111 0.4810 0.396 0.000 0.604
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 3 0.4504 0.6763 0.000 0.196 0.804
#> SRR1356643 3 0.3412 0.8561 0.124 0.000 0.876
#> SRR1097708 3 0.4062 0.8299 0.164 0.000 0.836
#> SRR813529 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1352322 1 0.1163 0.9345 0.972 0.000 0.028
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.2165 0.8882 0.064 0.000 0.936
#> SRR1390289 2 0.3879 0.8367 0.000 0.848 0.152
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407000 2 0.5650 0.5951 0.000 0.688 0.312
#> SRR1367785 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1470057 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1388788 2 0.1289 0.9578 0.000 0.968 0.032
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.2261 0.8866 0.068 0.000 0.932
#> SRR1362514 2 0.0592 0.9682 0.000 0.988 0.012
#> SRR1454031 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1443399 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.3816 0.8397 0.148 0.000 0.852
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.1289 0.9576 0.000 0.968 0.032
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.5706 0.6356 0.320 0.000 0.680
#> SRR1444523 3 0.5760 0.6206 0.328 0.000 0.672
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.6309 0.0928 0.000 0.504 0.496
#> SRR1320445 1 0.6252 0.0196 0.556 0.000 0.444
#> SRR1081116 1 0.0747 0.9455 0.984 0.000 0.016
#> SRR1333287 3 0.0892 0.8735 0.000 0.020 0.980
#> SRR1454821 2 0.0424 0.9703 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348792 2 0.2261 0.9287 0.000 0.932 0.068
#> SRR1393529 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1102224 3 0.0424 0.8854 0.008 0.000 0.992
#> SRR1074239 1 0.4931 0.6430 0.768 0.000 0.232
#> SRR1401774 3 0.0747 0.8759 0.000 0.016 0.984
#> SRR1413262 3 0.5926 0.3747 0.000 0.356 0.644
#> SRR1336227 2 0.2066 0.9361 0.000 0.940 0.060
#> SRR1069991 1 0.0237 0.9564 0.996 0.000 0.004
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 3 0.2796 0.8755 0.092 0.000 0.908
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9708 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.1643 0.8937 0.044 0.000 0.956
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.1163 0.9601 0.000 0.972 0.028
#> SRR1073655 3 0.5058 0.7452 0.244 0.000 0.756
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9599 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0000 0.8819 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.2281 0.87947 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1330831 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456250 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1433708 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1433902 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2921 0.83379 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1432783 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.1902 0.90171 0.000 0.064 0.004 0.932
#> SRR1436583 4 0.3172 0.82065 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1420413 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1441768 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1466597 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1392456 4 0.0895 0.88847 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1080951 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0921 0.90617 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1404362 1 0.0188 0.95014 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.1305 0.89907 0.000 0.036 0.004 0.960
#> SRR1405921 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1089207 1 0.4933 0.28083 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1084505 1 0.0336 0.94833 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1376476 4 0.1004 0.89138 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR1318208 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4933 0.28497 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1120891 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1102198 3 0.3266 0.81832 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1473232 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1410634 3 0.2530 0.86354 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1353332 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.1118 0.90000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR816794 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1353577 3 0.2589 0.86059 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1077380 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1407693 3 0.0592 0.91211 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1430088 2 0.0817 0.94352 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1311464 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.4008 0.71907 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1342806 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 3 0.4331 0.59023 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1085235 3 0.0336 0.91581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1357692 3 0.0469 0.91313 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1430703 3 0.1302 0.90083 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1086020 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1087271 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR812721 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR819486 1 0.4500 0.56658 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1318624 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0707 0.88968 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1476384 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.6835 0.45793 0.000 0.592 0.252 0.156
#> SRR1080222 1 0.3219 0.80680 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1361777 4 0.4994 0.13365 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1405311 4 0.0895 0.88847 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1340531 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1407018 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498505 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.2647 0.85783 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1313625 3 0.0188 0.91583 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1365377 3 0.2530 0.86354 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1092749 1 0.0592 0.94323 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1389366 3 0.0469 0.91287 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1359509 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1500071 2 0.2773 0.87411 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1078948 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1343698 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0336 0.94833 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1487403 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1409046 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1474000 3 0.2589 0.86059 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1500131 4 0.3873 0.62495 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1415854 1 0.0336 0.94796 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387286 4 0.2345 0.79854 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1362664 2 0.1489 0.92420 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1097525 3 0.0707 0.91024 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1432231 2 0.2053 0.89852 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR1500516 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.3688 0.71511 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR809565 3 0.0336 0.91581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1476974 1 0.2589 0.86082 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 4 0.2921 0.84030 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1404951 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1395682 2 0.5067 0.75389 0.000 0.768 0.116 0.116
#> SRR1362579 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 3 0.3975 0.66642 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1475233 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400008 3 0.0188 0.91470 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338489 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1439697 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.4948 0.26215 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1458380 2 0.2714 0.87228 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1400489 4 0.3801 0.63901 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1416455 2 0.2593 0.86936 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1477292 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1096924 2 0.1576 0.91898 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR1308269 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.1022 0.90377 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1085259 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1477732 1 0.1302 0.92431 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1356509 4 0.1576 0.90549 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1323446 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.4730 0.46699 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1100395 1 0.0336 0.94833 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1436280 3 0.2589 0.86059 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1312666 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR810153 3 0.4866 0.29729 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1467943 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR808638 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1099451 2 0.4901 0.76984 0.000 0.780 0.108 0.112
#> SRR1082238 3 0.1302 0.89579 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1404186 4 0.5050 0.38019 0.000 0.408 0.004 0.588
#> SRR1479721 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1446716 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1073971 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1316463 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1103072 4 0.1557 0.90624 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1420129 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.2216 0.88256 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1356997 4 0.3836 0.71422 0.000 0.016 0.168 0.816
#> SRR1409326 4 0.2216 0.88256 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1485020 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1105033 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.1022 0.90377 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1069943 1 0.0469 0.94615 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0336 0.91388 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1410699 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1405461 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1323312 2 0.4891 0.57822 0.000 0.680 0.012 0.308
#> SRR1467171 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3726 0.74514 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1383674 3 0.0336 0.91388 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442440 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1404461 3 0.0336 0.91581 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1336617 2 0.2773 0.85790 0.000 0.880 0.004 0.116
#> SRR1097811 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1475785 1 0.0188 0.95014 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347916 2 0.1305 0.92881 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1477522 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0469 0.95181 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1364975 3 0.0000 0.91517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1390179 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081332 3 0.4331 0.58084 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1406709 4 0.5000 -0.13105 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR1458529 2 0.5326 0.72993 0.000 0.748 0.136 0.116
#> SRR1332467 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1078278 3 0.3688 0.71579 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0817 0.94022 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1333167 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1418492 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.2888 0.84836 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1453747 3 0.3266 0.81767 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1403853 4 0.4072 0.58202 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1378707 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.4250 0.60397 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1370107 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1369008 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1385672 3 0.2469 0.86652 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1430839 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.1302 0.90443 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1348507 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1487704 3 0.2589 0.86059 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1344122 4 0.0895 0.88847 0.000 0.020 0.004 0.976
#> SRR1402027 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.2647 0.87627 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1440809 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.91517 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.4193 0.58201 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1343072 3 0.0336 0.91388 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336964 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1467194 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 4 0.4985 0.23670 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1353118 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.1474 0.89735 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1487547 4 0.2921 0.84248 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1087752 3 0.0336 0.91388 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1091054 1 0.4972 0.19777 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1316343 3 0.4925 0.34847 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1073899 3 0.4543 0.50707 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1456093 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1399291 2 0.2469 0.87022 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1336863 4 0.2408 0.87354 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1456771 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0188 0.87222 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1445426 2 0.2593 0.88290 0.000 0.892 0.004 0.104
#> SRR1389932 1 0.0336 0.94836 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0592 0.91166 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1452222 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1468096 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1334011 4 0.4936 0.40326 0.000 0.008 0.340 0.652
#> SRR1444701 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.2704 0.85482 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1410550 2 0.0592 0.94857 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1473209 1 0.0469 0.94564 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1101741 1 0.4925 0.29568 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0592 0.94788 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1072578 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.3372 0.86674 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR1330770 4 0.2081 0.81500 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR1489349 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1457336 4 0.1004 0.89140 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR1447481 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1466770 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1093366 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1434631 4 0.4382 0.49453 0.000 0.000 0.296 0.704
#> SRR1349190 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0188 0.87222 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1432165 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1441913 3 0.5018 0.73503 0.000 0.088 0.768 0.144
#> SRR1319038 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1338603 2 0.1118 0.93404 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1325620 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.3172 0.81363 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1478571 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.2179 0.90777 0.000 0.924 0.012 0.064
#> SRR1420391 3 0.2589 0.86059 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1087704 1 0.4972 0.20784 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0707 0.94592 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1337816 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1476324 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499652 2 0.6998 0.05680 0.000 0.468 0.416 0.116
#> SRR1356643 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1097708 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR813529 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1352322 1 0.1716 0.90792 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1390289 2 0.4710 0.78375 0.000 0.792 0.088 0.120
#> SRR1351955 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1407000 4 0.4981 -0.00989 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1367785 2 0.1661 0.91778 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1470057 4 0.1557 0.90623 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1079567 1 0.0188 0.95014 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095675 3 0.0336 0.91523 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1388788 4 0.4245 0.69662 0.000 0.020 0.196 0.784
#> SRR1396146 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1362514 2 0.0779 0.94473 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1454031 3 0.1022 0.90377 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.87367 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0188 0.95525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1340680 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.0921 0.90613 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.2610 0.82103 0.000 0.012 0.088 0.900
#> SRR1090334 4 0.4992 0.24277 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1338280 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.0817 0.90854 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1444523 3 0.1118 0.90244 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.2530 0.86354 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1320445 1 0.3219 0.80779 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1081116 1 0.1474 0.91795 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1333287 3 0.2530 0.86354 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1454821 4 0.1474 0.90827 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1348792 2 0.4004 0.81394 0.000 0.812 0.024 0.164
#> SRR1393529 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1102224 3 0.0592 0.91170 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1074239 3 0.4382 0.58052 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1401774 3 0.3123 0.82912 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1413262 3 0.6998 0.10646 0.000 0.416 0.468 0.116
#> SRR1336227 2 0.2918 0.87098 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR1069991 1 0.1022 0.93246 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1091524 1 0.0336 0.94833 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 3 0.0469 0.91469 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.95711 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0469 0.94617 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1361883 3 0.0188 0.91630 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.95178 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.2466 0.88791 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1073655 3 0.0592 0.91211 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1075729 1 0.1118 0.93014 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1397292 3 0.2589 0.86059 0.000 0.000 0.884 0.116
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 3 0.2179 0.8512 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1872 0.9056 0.000 0.928 0.000 0.052 0.020
#> SRR1456250 5 0.1300 0.8590 0.000 0.000 0.016 0.028 0.956
#> SRR1433708 4 0.0324 0.9092 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4779 0.3181 0.000 0.388 0.000 0.588 0.024
#> SRR1432783 2 0.0290 0.9278 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1398272 4 0.5385 0.5431 0.000 0.288 0.000 0.624 0.088
#> SRR1436583 4 0.3488 0.7739 0.000 0.168 0.000 0.808 0.024
#> SRR1420413 5 0.1914 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> SRR1441768 3 0.4273 0.2098 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466597 5 0.1914 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> SRR1392456 4 0.3395 0.6524 0.000 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0693 0.9094 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1404362 1 0.2329 0.8484 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343546 5 0.4268 0.2608 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1405921 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1362928 4 0.1408 0.8902 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1089207 3 0.0510 0.9224 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1084505 3 0.3534 0.6750 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.4350 0.6019 0.000 0.028 0.000 0.268 0.704
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.1012 0.9263 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0290 0.9278 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334055 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329131 2 0.0898 0.9264 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1120891 1 0.3707 0.6081 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1102198 5 0.1195 0.8623 0.000 0.000 0.028 0.012 0.960
#> SRR1473232 5 0.1914 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> SRR1410634 5 0.1894 0.8540 0.000 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR1353332 2 0.1117 0.9246 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1362332 4 0.3210 0.6940 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR816794 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0566 0.9063 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1353577 5 0.1043 0.8595 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1077380 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1407693 3 0.0451 0.9263 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1430088 2 0.3197 0.8434 0.000 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR1311464 2 0.0324 0.9274 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1327454 4 0.1943 0.8774 0.000 0.056 0.000 0.924 0.020
#> SRR1342806 1 0.2732 0.7925 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1388437 3 0.0609 0.9214 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.0955 0.9248 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1357692 5 0.3424 0.7371 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1430703 5 0.3461 0.7507 0.000 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR1086020 2 0.1018 0.9259 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1334181 4 0.0798 0.9064 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1087271 2 0.3759 0.7164 0.000 0.764 0.000 0.220 0.016
#> SRR812721 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 3 0.0880 0.9144 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.1018 0.9259 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0671 0.9038 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1318624 2 0.0798 0.9270 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1467544 4 0.3177 0.7011 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1476384 2 0.1018 0.9259 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1395788 1 0.1341 0.9099 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0798 0.9272 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.1461 0.8589 0.000 0.004 0.016 0.028 0.952
#> SRR1080222 3 0.1965 0.8781 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1361777 4 0.3656 0.7376 0.000 0.196 0.000 0.784 0.020
#> SRR1405311 4 0.3949 0.4616 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0451 0.9106 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1407018 1 0.0703 0.9349 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1725 0.9123 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> SRR1498505 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419941 5 0.1522 0.8595 0.000 0.000 0.044 0.012 0.944
#> SRR1313625 3 0.0955 0.9248 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1365377 5 0.1877 0.8563 0.000 0.000 0.064 0.012 0.924
#> SRR1092749 1 0.1341 0.9149 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1389366 5 0.3366 0.7461 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1359509 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444043 5 0.1914 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> SRR1500071 5 0.1195 0.8531 0.000 0.028 0.000 0.012 0.960
#> SRR1078948 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1099765 1 0.0609 0.9367 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.2424 0.8383 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1323002 4 0.2233 0.8591 0.000 0.080 0.000 0.904 0.016
#> SRR1343698 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330176 3 0.3508 0.6816 0.252 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1487403 3 0.0290 0.9265 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1409046 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1474000 5 0.2629 0.8199 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR1500131 5 0.1830 0.8521 0.000 0.000 0.008 0.068 0.924
#> SRR1415854 1 0.4306 -0.0423 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.1282 0.8511 0.000 0.004 0.000 0.044 0.952
#> SRR1362664 2 0.1818 0.9096 0.000 0.932 0.000 0.044 0.024
#> SRR1097525 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.2193 0.8959 0.000 0.912 0.000 0.028 0.060
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 3 0.0955 0.9248 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1476974 1 0.4256 0.2434 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310876 4 0.3343 0.7754 0.000 0.172 0.000 0.812 0.016
#> SRR1404951 2 0.1018 0.9259 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1374355 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499260 2 0.0404 0.9277 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1430 0.8817 0.000 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR1395682 5 0.0912 0.8591 0.000 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1473100 3 0.0451 0.9263 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1340966 2 0.0798 0.9270 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1323873 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1475233 2 0.1701 0.9116 0.000 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1400008 5 0.3561 0.7099 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1338489 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1439697 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1329642 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1341945 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1418262 4 0.4329 0.5329 0.000 0.312 0.000 0.672 0.016
#> SRR1458380 5 0.4546 0.5147 0.000 0.304 0.000 0.028 0.668
#> SRR1400489 5 0.1365 0.8534 0.000 0.004 0.004 0.040 0.952
#> SRR1416455 2 0.2708 0.8789 0.000 0.884 0.000 0.072 0.044
#> SRR1477292 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1096924 5 0.2377 0.7935 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1308269 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1367172 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.0703 0.9250 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477732 1 0.3895 0.5456 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.4482 0.4486 0.000 0.016 0.000 0.636 0.348
#> SRR1323446 1 0.3661 0.6221 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1368094 3 0.0703 0.9191 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1100395 3 0.3336 0.7175 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1341209 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1436280 5 0.1704 0.8530 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR1312666 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR810153 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.0404 0.9265 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR808638 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1099451 2 0.5128 0.3100 0.000 0.548 0.020 0.012 0.420
#> SRR1082238 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.4670 0.6929 0.000 0.724 0.000 0.200 0.076
#> SRR1479721 3 0.3730 0.6350 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1446716 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1073971 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1316463 5 0.1461 0.8589 0.000 0.004 0.016 0.028 0.952
#> SRR1103072 4 0.1364 0.8972 0.000 0.012 0.000 0.952 0.036
#> SRR1420129 2 0.0510 0.9274 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1382639 4 0.2561 0.8495 0.000 0.096 0.000 0.884 0.020
#> SRR1356997 5 0.2690 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR1409326 4 0.2464 0.8468 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1485020 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1387113 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0693 0.9076 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1105033 3 0.1410 0.8990 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1077066 2 0.0963 0.9216 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1099931 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 3 0.3305 0.7228 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR814108 5 0.3508 0.7214 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1410699 4 0.0451 0.9106 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1405461 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1323312 5 0.3919 0.6846 0.000 0.188 0.000 0.036 0.776
#> SRR1467171 1 0.0290 0.9419 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0609 0.9367 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.0794 0.9161 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1383674 5 0.3395 0.7415 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1442440 4 0.2110 0.8678 0.000 0.072 0.000 0.912 0.016
#> SRR1404461 3 0.0992 0.9254 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1336617 2 0.2740 0.8683 0.000 0.876 0.000 0.096 0.028
#> SRR1097811 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1475785 3 0.3561 0.6687 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4273 0.1888 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1477522 2 0.0693 0.9276 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1098002 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1077667 1 0.0510 0.9386 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0290 0.9278 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.2653 0.8801 0.000 0.880 0.000 0.024 0.096
#> SRR1364975 3 0.4249 0.1385 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1472259 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1390179 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1312784 2 0.1018 0.9259 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1069850 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1081332 3 0.0609 0.9261 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1406709 5 0.1356 0.8586 0.000 0.004 0.012 0.028 0.956
#> SRR1458529 5 0.1200 0.8601 0.000 0.012 0.016 0.008 0.964
#> SRR1332467 4 0.0451 0.9106 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1078278 3 0.0290 0.9250 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0609 0.9367 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.3074 0.7489 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1333167 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1418492 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476652 2 0.0510 0.9221 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470624 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081068 2 0.1364 0.9195 0.000 0.952 0.000 0.036 0.012
#> SRR1324473 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420538 2 0.3051 0.8628 0.000 0.864 0.000 0.076 0.060
#> SRR1453747 5 0.2278 0.8585 0.000 0.000 0.032 0.060 0.908
#> SRR1403853 5 0.1877 0.8546 0.000 0.000 0.012 0.064 0.924
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.0451 0.9106 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1369008 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1385672 5 0.2890 0.8053 0.000 0.000 0.160 0.004 0.836
#> SRR1430839 2 0.0510 0.9274 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1098098 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473361 4 0.3707 0.5641 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1348507 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1090626 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1487704 5 0.1410 0.8563 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1344122 5 0.4015 0.5189 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1402027 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0290 0.9279 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR816096 2 0.3944 0.7368 0.000 0.756 0.004 0.016 0.224
#> SRR1440809 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406394 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317653 2 0.4183 0.5239 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR1343072 5 0.3424 0.7374 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1336964 2 0.0290 0.9278 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358624 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1467194 2 0.0798 0.9270 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1459324 2 0.4632 0.1726 0.000 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 5 0.1792 0.8487 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1487547 4 0.2104 0.8745 0.000 0.060 0.000 0.916 0.024
#> SRR1087752 5 0.3424 0.7367 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1091054 3 0.0963 0.9120 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1316343 5 0.1914 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> SRR1073899 3 0.0865 0.9261 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1456093 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1399291 2 0.4338 0.6223 0.000 0.696 0.000 0.280 0.024
#> SRR1336863 4 0.3236 0.7919 0.000 0.152 0.000 0.828 0.020
#> SRR1456771 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329663 5 0.3949 0.5480 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1445426 2 0.3487 0.7483 0.000 0.780 0.000 0.008 0.212
#> SRR1389932 3 0.3534 0.6816 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 5 0.3210 0.7675 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1452222 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468096 4 0.0290 0.9111 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1334011 5 0.1442 0.8574 0.000 0.004 0.012 0.032 0.952
#> SRR1444701 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1800 0.9082 0.000 0.932 0.000 0.048 0.020
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.0963 0.8599 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1410550 2 0.2208 0.8941 0.000 0.908 0.000 0.072 0.020
#> SRR1473209 1 0.0794 0.9333 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1101741 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.2732 0.7927 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1484 0.9137 0.000 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR1072578 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1466091 2 0.0898 0.9264 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1090119 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1337516 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498290 2 0.4985 0.4110 0.000 0.580 0.012 0.016 0.392
#> SRR1330770 5 0.1671 0.8462 0.000 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1489349 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1457336 5 0.4074 0.4596 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9272 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.1018 0.9259 0.000 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1323215 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466770 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093366 2 0.3456 0.7705 0.000 0.800 0.000 0.184 0.016
#> SRR1434631 5 0.1877 0.8546 0.000 0.000 0.012 0.064 0.924
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.3508 0.6467 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1099354 1 0.0703 0.9351 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0290 0.9256 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102998 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444978 5 0.4060 0.4945 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR1432165 4 0.0451 0.9106 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1441913 5 0.3893 0.7817 0.000 0.064 0.016 0.096 0.824
#> SRR1319038 4 0.0324 0.9092 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1338603 2 0.4538 0.4421 0.000 0.620 0.000 0.364 0.016
#> SRR1325620 1 0.0290 0.9419 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1320490 3 0.1121 0.9058 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466687 4 0.0324 0.9092 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1478571 1 0.2471 0.8228 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3759 0.7558 0.000 0.764 0.000 0.016 0.220
#> SRR1420391 5 0.2629 0.8201 0.000 0.000 0.136 0.004 0.860
#> SRR1087704 3 0.1012 0.9255 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.2408 0.8791 0.000 0.892 0.000 0.092 0.016
#> SRR1337816 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322070 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1476324 2 0.1444 0.9166 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1499652 5 0.0771 0.8599 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1356643 3 0.0162 0.9265 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1097708 3 0.0693 0.9271 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR813529 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1352322 3 0.2929 0.7745 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0963 0.9275 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0609 0.9254 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1390289 5 0.1299 0.8576 0.000 0.020 0.008 0.012 0.960
#> SRR1351955 2 0.0798 0.9270 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1336988 4 0.0566 0.9083 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1407000 5 0.1877 0.8546 0.000 0.000 0.012 0.064 0.924
#> SRR1367785 2 0.2012 0.9024 0.000 0.920 0.000 0.060 0.020
#> SRR1470057 4 0.0912 0.9046 0.000 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1079567 3 0.3561 0.6687 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 5 0.3712 0.7667 0.000 0.052 0.004 0.124 0.820
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1362514 2 0.0963 0.9148 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1454031 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 5 0.3177 0.7325 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR1101280 2 0.1965 0.9096 0.000 0.924 0.000 0.024 0.052
#> SRR1340680 2 0.0703 0.9193 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1488307 3 0.0000 0.9263 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0798 0.9270 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1317110 5 0.1357 0.8503 0.000 0.004 0.000 0.048 0.948
#> SRR1090334 2 0.4508 0.4904 0.000 0.648 0.000 0.332 0.020
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.0451 0.9263 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1444523 3 0.0451 0.9261 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1310898 2 0.0912 0.9267 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1074314 1 0.0404 0.9403 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.1205 0.8601 0.000 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1320445 3 0.1270 0.9000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1081116 3 0.2605 0.8150 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1333287 5 0.1478 0.8560 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1454821 4 0.0162 0.9107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1348792 5 0.5428 0.0280 0.000 0.444 0.004 0.048 0.504
#> SRR1393529 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1102224 5 0.3242 0.7632 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1074239 3 0.0880 0.9159 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1401774 5 0.1914 0.8566 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924
#> SRR1413262 5 0.0798 0.8595 0.000 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR1336227 5 0.1082 0.8532 0.000 0.028 0.000 0.008 0.964
#> SRR1069991 3 0.3424 0.7002 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1091524 3 0.3561 0.6687 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0404 0.9277 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341721 3 0.0451 0.9274 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0162 0.9268 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382461 3 0.3274 0.7291 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0794 0.9245 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9447 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.4473 0.3472 0.000 0.580 0.000 0.008 0.412
#> SRR1073655 3 0.0693 0.9271 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1075729 3 0.2377 0.8348 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.3010 0.7980 0.000 0.000 0.172 0.004 0.824
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 6 0.3707 0.7777 0.136 0.000 0.080 0.000 0.000 0.784
#> SRR1330831 2 0.3351 0.7281 0.000 0.800 0.028 0.004 0.168 0.000
#> SRR1456250 5 0.3795 0.0200 0.000 0.000 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR1433708 4 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4884 0.5642 0.000 0.248 0.080 0.660 0.012 0.000
#> SRR1432783 2 0.2053 0.8252 0.000 0.888 0.108 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.5554 0.6251 0.000 0.156 0.040 0.644 0.160 0.000
#> SRR1436583 4 0.3664 0.7981 0.000 0.104 0.076 0.808 0.012 0.000
#> SRR1420413 5 0.4361 -0.2490 0.000 0.000 0.436 0.016 0.544 0.004
#> SRR1441768 6 0.4109 0.5445 0.328 0.000 0.024 0.000 0.000 0.648
#> SRR1356976 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.4366 -0.2659 0.000 0.000 0.440 0.016 0.540 0.004
#> SRR1392456 4 0.4129 0.2084 0.000 0.000 0.012 0.564 0.424 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.0363 0.8573 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0520 0.8923 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1404362 1 0.1910 0.8533 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1490635 2 0.2234 0.8126 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343546 5 0.3348 0.5269 0.000 0.000 0.016 0.216 0.768 0.000
#> SRR1405921 2 0.2053 0.8244 0.000 0.888 0.108 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.1590 0.8787 0.000 0.008 0.048 0.936 0.008 0.000
#> SRR1089207 6 0.0000 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084505 6 0.3834 0.7052 0.232 0.000 0.036 0.000 0.000 0.732
#> SRR1376476 5 0.1426 0.6409 0.000 0.008 0.016 0.028 0.948 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.2980 0.8140 0.008 0.000 0.192 0.000 0.000 0.800
#> SRR1397781 1 0.0146 0.9306 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1386753 2 0.2053 0.8269 0.000 0.888 0.108 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.1957 0.8163 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0858 0.8312 0.000 0.968 0.028 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.2260 0.8252 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1337495 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.1155 0.6299 0.000 0.000 0.036 0.004 0.956 0.004
#> SRR1473232 5 0.4338 -0.1954 0.000 0.000 0.420 0.016 0.560 0.004
#> SRR1410634 5 0.3955 -0.2273 0.000 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004
#> SRR1353332 2 0.2320 0.8174 0.000 0.864 0.132 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.3512 0.5828 0.000 0.000 0.008 0.720 0.272 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1970 0.8271 0.000 0.000 0.008 0.900 0.092 0.000
#> SRR1353577 5 0.3659 0.0409 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1077380 4 0.0260 0.8954 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.0790 0.8604 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1430088 2 0.4264 0.7153 0.000 0.744 0.124 0.004 0.128 0.000
#> SRR1311464 2 0.5084 0.5533 0.000 0.612 0.124 0.000 0.264 0.000
#> SRR1327454 4 0.3677 0.7884 0.000 0.120 0.064 0.804 0.012 0.000
#> SRR1342806 1 0.4186 0.4504 0.656 0.000 0.032 0.000 0.000 0.312
#> SRR1388437 6 0.2653 0.8258 0.012 0.000 0.144 0.000 0.000 0.844
#> SRR1085235 6 0.3221 0.7715 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR1357692 3 0.5354 0.7802 0.000 0.000 0.580 0.000 0.260 0.160
#> SRR1430703 3 0.3835 0.7340 0.000 0.000 0.668 0.000 0.320 0.012
#> SRR1086020 2 0.2389 0.8177 0.000 0.864 0.128 0.008 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0508 0.8944 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR1087271 2 0.5035 0.3427 0.000 0.556 0.084 0.360 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.0363 0.8573 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR819486 6 0.0000 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465248 2 0.2191 0.8209 0.000 0.876 0.120 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0260 0.9293 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0622 0.8894 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012 0.000
#> SRR1318624 2 0.2572 0.8138 0.000 0.852 0.136 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.3271 0.6526 0.000 0.000 0.008 0.760 0.232 0.000
#> SRR1476384 2 0.2531 0.8153 0.000 0.856 0.132 0.012 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.3634 0.5583 0.696 0.000 0.008 0.000 0.000 0.296
#> SRR1406478 2 0.2191 0.8255 0.000 0.876 0.120 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.0146 0.6399 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1080222 6 0.3739 0.7962 0.056 0.000 0.176 0.000 0.000 0.768
#> SRR1361777 4 0.3371 0.8167 0.000 0.076 0.080 0.832 0.012 0.000
#> SRR1405311 5 0.4161 0.1671 0.000 0.000 0.012 0.448 0.540 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0146 0.8962 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0790 0.9193 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1090431 2 0.2685 0.8151 0.000 0.852 0.132 0.008 0.008 0.000
#> SRR1498505 2 0.2048 0.8143 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 5 0.4056 -0.1659 0.000 0.000 0.416 0.004 0.576 0.004
#> SRR1313625 6 0.3872 0.5894 0.000 0.000 0.392 0.000 0.004 0.604
#> SRR1365377 5 0.3915 -0.1431 0.000 0.000 0.412 0.000 0.584 0.004
#> SRR1092749 1 0.1714 0.8760 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1389366 3 0.5703 0.7303 0.000 0.000 0.524 0.000 0.232 0.244
#> SRR1359509 2 0.2048 0.8143 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 5 0.4332 -0.1815 0.000 0.000 0.416 0.016 0.564 0.004
#> SRR1500071 5 0.0622 0.6421 0.000 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR1078948 6 0.3508 0.7453 0.000 0.000 0.292 0.000 0.004 0.704
#> SRR1099765 1 0.0547 0.9245 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR818523 6 0.0363 0.8573 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR807751 1 0.2664 0.7793 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1379157 2 0.2100 0.8231 0.000 0.884 0.112 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2556 0.8542 0.000 0.048 0.052 0.888 0.012 0.000
#> SRR1343698 2 0.2048 0.8151 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 6 0.3834 0.7052 0.232 0.000 0.036 0.000 0.000 0.732
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 6 0.1327 0.8482 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1487403 6 0.0790 0.8560 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1409046 6 0.1444 0.8471 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1474000 3 0.3774 0.7274 0.000 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR1500131 5 0.1478 0.6311 0.000 0.000 0.032 0.020 0.944 0.004
#> SRR1415854 6 0.4806 0.4222 0.380 0.000 0.060 0.000 0.000 0.560
#> SRR1387286 5 0.0508 0.6422 0.000 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1362664 2 0.4460 0.6300 0.000 0.700 0.040 0.020 0.240 0.000
#> SRR1097525 6 0.0363 0.8573 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1432231 2 0.4648 0.2397 0.000 0.520 0.032 0.004 0.444 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.1075 0.8565 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR809565 6 0.3819 0.6249 0.000 0.000 0.372 0.000 0.004 0.624
#> SRR1476974 1 0.3482 0.5427 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1360258 2 0.5336 0.4196 0.000 0.544 0.124 0.000 0.332 0.000
#> SRR1310876 4 0.3533 0.8028 0.000 0.112 0.060 0.816 0.012 0.000
#> SRR1404951 2 0.1753 0.8280 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.1910 0.8171 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.1471 0.8338 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0146 0.9305 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350479 4 0.2692 0.7678 0.000 0.000 0.012 0.840 0.148 0.000
#> SRR1395682 5 0.0508 0.6400 0.000 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.2572 0.8135 0.000 0.852 0.136 0.012 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.0547 0.8585 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1340966 2 0.1858 0.8268 0.000 0.904 0.092 0.004 0.000 0.000
#> SRR1323873 6 0.1501 0.8472 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1475233 2 0.2750 0.8135 0.000 0.844 0.136 0.020 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.5564 0.6336 0.000 0.000 0.516 0.000 0.156 0.328
#> SRR1338489 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.3795 0.6365 0.000 0.000 0.364 0.000 0.004 0.632
#> SRR1329642 2 0.2613 0.8116 0.000 0.848 0.140 0.012 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.2613 0.8116 0.000 0.848 0.140 0.012 0.000 0.000
#> SRR1418262 4 0.3603 0.7842 0.000 0.136 0.048 0.804 0.012 0.000
#> SRR1458380 5 0.2624 0.5850 0.000 0.124 0.020 0.000 0.856 0.000
#> SRR1400489 5 0.0260 0.6415 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1416455 2 0.4109 0.6917 0.000 0.748 0.032 0.024 0.196 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.3481 0.5024 0.000 0.032 0.192 0.000 0.776 0.000
#> SRR1308269 2 0.4164 0.7246 0.000 0.744 0.124 0.000 0.132 0.000
#> SRR1367172 6 0.0260 0.8579 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1085259 6 0.1141 0.8505 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1477732 1 0.3672 0.4301 0.632 0.000 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR1356509 5 0.4238 0.3788 0.000 0.008 0.016 0.340 0.636 0.000
#> SRR1323446 1 0.2416 0.8088 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1368094 6 0.0000 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0260 0.8954 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1100395 6 0.3755 0.7186 0.220 0.000 0.036 0.000 0.000 0.744
#> SRR1327570 2 0.4045 0.7359 0.000 0.756 0.124 0.000 0.120 0.000
#> SRR1341209 6 0.1908 0.8396 0.000 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1436280 3 0.3714 0.7116 0.000 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> SRR1312666 4 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.0000 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467943 6 0.0865 0.8544 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR808638 6 0.2454 0.7731 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1099451 5 0.3588 0.5672 0.000 0.152 0.060 0.000 0.788 0.000
#> SRR1082238 6 0.0260 0.8579 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1404186 5 0.5819 0.1687 0.000 0.384 0.024 0.104 0.488 0.000
#> SRR1479721 6 0.4201 0.6139 0.300 0.000 0.036 0.000 0.000 0.664
#> SRR1480721 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.2003 0.8156 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 6 0.2883 0.8126 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1316463 5 0.2340 0.5306 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1103072 4 0.0777 0.8897 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024 0.000
#> SRR1420129 2 0.2006 0.8263 0.000 0.892 0.104 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.3075 0.8332 0.000 0.092 0.040 0.852 0.016 0.000
#> SRR1356997 5 0.3062 0.5760 0.000 0.000 0.024 0.160 0.816 0.000
#> SRR1409326 4 0.2621 0.8528 0.000 0.052 0.052 0.884 0.012 0.000
#> SRR1485020 2 0.2278 0.8185 0.000 0.868 0.128 0.004 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.2048 0.8147 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.2003 0.8156 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1390 0.8829 0.000 0.016 0.032 0.948 0.004 0.000
#> SRR1105033 6 0.4209 0.2649 0.000 0.000 0.384 0.000 0.020 0.596
#> SRR1077066 2 0.1080 0.8308 0.000 0.960 0.032 0.004 0.004 0.000
#> SRR1099931 6 0.0547 0.8601 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1069943 6 0.3612 0.7375 0.200 0.000 0.036 0.000 0.000 0.764
#> SRR1360194 2 0.3920 0.7483 0.000 0.768 0.120 0.000 0.112 0.000
#> SRR814108 3 0.5466 0.7500 0.000 0.000 0.572 0.000 0.216 0.212
#> SRR1410699 4 0.0146 0.8962 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 5 0.1320 0.6336 0.000 0.036 0.016 0.000 0.948 0.000
#> SRR1467171 1 0.0547 0.9254 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1396742 1 0.0790 0.9192 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.1049 0.8566 0.008 0.000 0.032 0.000 0.000 0.960
#> SRR1383674 3 0.5515 0.7737 0.000 0.000 0.556 0.000 0.260 0.184
#> SRR1442440 4 0.2466 0.8630 0.000 0.052 0.028 0.896 0.024 0.000
#> SRR1404461 6 0.3050 0.7910 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1336617 2 0.3113 0.8052 0.000 0.856 0.024 0.072 0.048 0.000
#> SRR1097811 6 0.2092 0.8480 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1475785 6 0.3956 0.6756 0.252 0.000 0.036 0.000 0.000 0.712
#> SRR1347916 5 0.2946 0.5549 0.000 0.176 0.012 0.000 0.812 0.000
#> SRR1477522 2 0.0935 0.8328 0.000 0.964 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098002 6 0.1556 0.8482 0.000 0.000 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR1077667 1 0.0790 0.9185 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1410720 2 0.1471 0.8329 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.3469 0.7884 0.000 0.812 0.120 0.004 0.064 0.000
#> SRR1364975 3 0.4989 0.6407 0.000 0.000 0.640 0.000 0.140 0.220
#> SRR1472259 6 0.1501 0.8446 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1390179 6 0.1267 0.8494 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1312784 2 0.2531 0.8153 0.000 0.856 0.132 0.012 0.000 0.000
#> SRR1069850 6 0.1753 0.8449 0.000 0.000 0.084 0.000 0.004 0.912
#> SRR1081332 6 0.2697 0.8185 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1406709 5 0.0260 0.6395 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1458529 5 0.3330 0.2560 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1332467 4 0.0632 0.8917 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.0000 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083868 1 0.0632 0.9226 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1367544 5 0.4697 0.3342 0.000 0.324 0.064 0.000 0.612 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.2092 0.8132 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.5377 0.3905 0.000 0.528 0.124 0.000 0.348 0.000
#> SRR1470624 2 0.1910 0.8171 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.2858 0.8092 0.000 0.844 0.124 0.032 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.2930 0.7981 0.000 0.840 0.124 0.000 0.036 0.000
#> SRR1420538 5 0.4912 0.1198 0.000 0.424 0.024 0.024 0.528 0.000
#> SRR1453747 5 0.4034 0.2727 0.000 0.000 0.280 0.024 0.692 0.004
#> SRR1403853 5 0.1478 0.6311 0.000 0.000 0.032 0.020 0.944 0.004
#> SRR1378707 2 0.1957 0.8163 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.2402 0.8107 0.000 0.868 0.120 0.000 0.012 0.000
#> SRR1437598 2 0.1957 0.8190 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.0146 0.8587 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1370107 4 0.1010 0.8872 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 3 0.3774 0.7274 0.000 0.000 0.664 0.000 0.328 0.008
#> SRR1430839 2 0.0508 0.8319 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.1863 0.8178 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.4057 0.3047 0.000 0.000 0.012 0.600 0.388 0.000
#> SRR1348507 2 0.2146 0.8220 0.000 0.880 0.116 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090626 6 0.3330 0.5723 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1487704 3 0.3975 0.5245 0.000 0.000 0.544 0.000 0.452 0.004
#> SRR1344122 5 0.3176 0.5862 0.000 0.000 0.032 0.156 0.812 0.000
#> SRR1402027 6 0.1387 0.8474 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1081493 1 0.1913 0.8624 0.908 0.000 0.012 0.000 0.000 0.080
#> SRR1076940 2 0.1663 0.8253 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 5 0.3668 0.5163 0.000 0.228 0.028 0.000 0.744 0.000
#> SRR1440809 2 0.5403 0.3522 0.000 0.516 0.124 0.000 0.360 0.000
#> SRR1406394 6 0.3190 0.7256 0.000 0.000 0.220 0.000 0.008 0.772
#> SRR1317653 2 0.5248 0.1056 0.000 0.492 0.072 0.428 0.008 0.000
#> SRR1343072 3 0.5383 0.7767 0.000 0.000 0.580 0.000 0.248 0.172
#> SRR1336964 2 0.1075 0.8283 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.2402 0.8149 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000 0.000
#> SRR1459324 4 0.5219 0.1865 0.000 0.416 0.056 0.512 0.016 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3991 0.4699 0.000 0.000 0.524 0.000 0.472 0.004
#> SRR1487547 4 0.2787 0.8443 0.000 0.072 0.044 0.872 0.012 0.000
#> SRR1087752 3 0.5571 0.7421 0.000 0.000 0.552 0.000 0.224 0.224
#> SRR1091054 6 0.1265 0.8565 0.008 0.000 0.044 0.000 0.000 0.948
#> SRR1316343 5 0.2182 0.6035 0.000 0.000 0.076 0.020 0.900 0.004
#> SRR1073899 6 0.2793 0.8124 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1456093 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.5316 0.3598 0.000 0.548 0.080 0.360 0.012 0.000
#> SRR1336863 4 0.3262 0.8232 0.000 0.080 0.068 0.840 0.012 0.000
#> SRR1456771 2 0.2048 0.8143 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 5 0.2662 0.6098 0.000 0.000 0.024 0.120 0.856 0.000
#> SRR1445426 5 0.3432 0.5156 0.000 0.216 0.020 0.000 0.764 0.000
#> SRR1389932 6 0.3834 0.7060 0.232 0.000 0.036 0.000 0.000 0.732
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5453 0.7684 0.000 0.000 0.556 0.000 0.284 0.160
#> SRR1452222 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.0260 0.6406 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1444701 2 0.2048 0.8143 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.2669 0.7840 0.000 0.864 0.024 0.004 0.108 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.2146 0.5716 0.000 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> SRR1410550 2 0.2959 0.8167 0.000 0.844 0.124 0.024 0.008 0.000
#> SRR1473209 1 0.0937 0.9147 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1101741 6 0.0000 0.8584 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083125 1 0.3911 0.5826 0.712 0.000 0.032 0.000 0.000 0.256
#> SRR1419495 2 0.1957 0.8163 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.3527 0.7589 0.000 0.808 0.052 0.132 0.008 0.000
#> SRR1072578 6 0.1610 0.8493 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1466091 2 0.2402 0.8149 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090119 6 0.1444 0.8461 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1337516 2 0.2048 0.8143 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 5 0.4205 0.5164 0.000 0.188 0.084 0.000 0.728 0.000
#> SRR1330770 5 0.1995 0.6317 0.000 0.000 0.036 0.052 0.912 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.2573 0.6123 0.000 0.000 0.024 0.112 0.864 0.000
#> SRR1447481 2 0.1910 0.8255 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.2572 0.8135 0.000 0.852 0.136 0.012 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.4986 0.5335 0.000 0.628 0.096 0.272 0.004 0.000
#> SRR1434631 5 0.1478 0.6311 0.000 0.000 0.032 0.020 0.944 0.004
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.4584 -0.0355 0.512 0.000 0.036 0.000 0.000 0.452
#> SRR1477339 2 0.2613 0.8116 0.000 0.848 0.140 0.012 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0713 0.9211 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470855 2 0.5477 0.1791 0.000 0.456 0.124 0.000 0.420 0.000
#> SRR1102998 2 0.3586 0.7712 0.000 0.796 0.124 0.000 0.080 0.000
#> SRR1444978 5 0.2945 0.5871 0.000 0.000 0.020 0.156 0.824 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 5 0.5335 0.4081 0.000 0.016 0.208 0.140 0.636 0.000
#> SRR1319038 4 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1338603 4 0.5316 0.0195 0.000 0.440 0.088 0.468 0.004 0.000
#> SRR1325620 1 0.0363 0.9279 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1320490 6 0.0603 0.8593 0.004 0.000 0.016 0.000 0.000 0.980
#> SRR1322186 2 0.2446 0.8093 0.000 0.864 0.124 0.000 0.012 0.000
#> SRR1466687 4 0.0260 0.8940 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.3909 0.6009 0.720 0.000 0.036 0.000 0.000 0.244
#> SRR1074337 5 0.4473 0.4611 0.000 0.252 0.072 0.000 0.676 0.000
#> SRR1420391 3 0.3699 0.7178 0.000 0.000 0.660 0.000 0.336 0.004
#> SRR1087704 6 0.2941 0.8022 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3984 0.7504 0.000 0.776 0.092 0.124 0.008 0.000
#> SRR1337816 2 0.4963 0.5863 0.000 0.636 0.124 0.000 0.240 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.2209 0.8077 0.000 0.900 0.024 0.004 0.072 0.000
#> SRR1499652 5 0.3765 -0.1213 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1356643 6 0.0547 0.8589 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1097708 6 0.0865 0.8609 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR813529 6 0.1444 0.8461 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1352322 6 0.3094 0.7879 0.140 0.000 0.036 0.000 0.000 0.824
#> SRR1498661 1 0.1007 0.9103 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1075078 6 0.1141 0.8518 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1390289 5 0.0603 0.6417 0.000 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR1351955 2 0.1219 0.8329 0.000 0.948 0.048 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0520 0.8913 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1407000 5 0.1464 0.6293 0.000 0.000 0.036 0.016 0.944 0.004
#> SRR1367785 2 0.2714 0.8113 0.000 0.880 0.036 0.020 0.064 0.000
#> SRR1470057 4 0.2152 0.8665 0.000 0.040 0.036 0.912 0.012 0.000
#> SRR1079567 6 0.3909 0.6878 0.244 0.000 0.036 0.000 0.000 0.720
#> SRR1095675 6 0.0363 0.8573 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1388788 5 0.1078 0.6438 0.000 0.008 0.012 0.016 0.964 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.2762 0.8176 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1362514 5 0.5252 -0.0413 0.000 0.424 0.096 0.000 0.480 0.000
#> SRR1454031 6 0.0260 0.8579 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1443399 5 0.3017 0.5771 0.000 0.000 0.020 0.164 0.816 0.000
#> SRR1101280 2 0.1923 0.8301 0.000 0.916 0.064 0.004 0.016 0.000
#> SRR1340680 2 0.5412 0.3138 0.000 0.496 0.120 0.000 0.384 0.000
#> SRR1488307 6 0.0260 0.8579 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1443800 2 0.2234 0.8206 0.000 0.872 0.124 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.0405 0.6422 0.000 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1090334 2 0.5178 0.2811 0.000 0.560 0.048 0.368 0.024 0.000
#> SRR1338280 1 0.0146 0.9306 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1357456 6 0.0937 0.8592 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1444523 6 0.2562 0.8185 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1310898 2 0.2513 0.8134 0.000 0.852 0.140 0.008 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0713 0.9208 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.1588 0.6100 0.000 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1320445 6 0.0260 0.8585 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1081116 6 0.3307 0.7835 0.148 0.000 0.044 0.000 0.000 0.808
#> SRR1333287 5 0.3728 0.1064 0.000 0.000 0.344 0.000 0.652 0.004
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8966 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 5 0.3865 0.6029 0.000 0.080 0.072 0.040 0.808 0.000
#> SRR1393529 6 0.1806 0.8437 0.000 0.000 0.088 0.000 0.004 0.908
#> SRR1102224 3 0.5428 0.7560 0.000 0.000 0.540 0.000 0.320 0.140
#> SRR1074239 6 0.3138 0.8199 0.060 0.000 0.108 0.000 0.000 0.832
#> SRR1401774 5 0.4338 -0.1954 0.000 0.000 0.420 0.016 0.560 0.004
#> SRR1413262 5 0.3828 -0.2465 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1336227 5 0.0260 0.6392 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1069991 6 0.3314 0.7238 0.224 0.000 0.012 0.000 0.000 0.764
#> SRR1091524 6 0.3909 0.6877 0.244 0.000 0.036 0.000 0.000 0.720
#> SRR1312577 2 0.1411 0.8321 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.3420 0.7849 0.012 0.000 0.240 0.000 0.000 0.748
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.2234 0.8121 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382461 6 0.3727 0.7229 0.216 0.000 0.036 0.000 0.000 0.748
#> SRR1361883 6 0.1753 0.8439 0.000 0.000 0.084 0.000 0.004 0.912
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9317 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.3189 0.5402 0.000 0.184 0.020 0.000 0.796 0.000
#> SRR1073655 6 0.0713 0.8604 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1075729 6 0.3054 0.7917 0.136 0.000 0.036 0.000 0.000 0.828
#> SRR1397292 3 0.3758 0.7306 0.000 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.993 0.4719 0.530 0.530
#> 3 3 0.847 0.884 0.948 0.3803 0.801 0.630
#> 4 4 0.892 0.880 0.948 0.0737 0.899 0.729
#> 5 5 0.883 0.839 0.926 0.0279 0.960 0.872
#> 6 6 0.822 0.796 0.899 0.0285 0.961 0.871
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.3274 0.931 0.060 0.940
#> SRR1430703 2 0.7219 0.752 0.200 0.800
#> SRR1086020 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.2948 0.942 0.948 0.052
#> SRR1474000 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.8713 0.593 0.292 0.708
#> SRR1436280 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR808638 2 0.7299 0.746 0.204 0.796
#> SRR1099451 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.0376 0.988 0.004 0.996
#> SRR1077066 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.0376 0.988 0.004 0.996
#> SRR1410699 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.6247 0.816 0.156 0.844
#> SRR1472259 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR1081332 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.5294 0.862 0.120 0.880
#> SRR1487704 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.9795 0.296 0.416 0.584
#> SRR1081493 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.4431 0.896 0.092 0.908
#> SRR1317653 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.9358 0.464 0.352 0.648
#> SRR1336964 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.9552 0.389 0.624 0.376
#> SRR1337516 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.7139 0.753 0.804 0.196
#> SRR1352322 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.3431 0.929 0.936 0.064
#> SRR1378262 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.992 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.0592 0.8878 0.000 0.012 0.988
#> SRR1433708 3 0.0237 0.8903 0.000 0.004 0.996
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4504 0.7528 0.000 0.804 0.196
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.4887 0.7108 0.000 0.772 0.228
#> SRR1436583 2 0.4002 0.7941 0.000 0.840 0.160
#> SRR1420413 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 3 0.5905 0.4895 0.000 0.352 0.648
#> SRR1466597 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392456 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 3 0.1163 0.8846 0.000 0.028 0.972
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.4842 0.7158 0.000 0.776 0.224
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 3 0.3879 0.8014 0.000 0.152 0.848
#> SRR1102198 3 0.0747 0.8874 0.000 0.016 0.984
#> SRR1473232 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410634 3 0.6299 0.1077 0.000 0.476 0.524
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.0237 0.8903 0.000 0.004 0.996
#> SRR1353577 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077380 3 0.5431 0.6277 0.000 0.284 0.716
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.6095 0.3722 0.000 0.608 0.392
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.0424 0.8870 0.008 0.000 0.992
#> SRR1430703 3 0.5696 0.7471 0.136 0.064 0.800
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 3 0.3619 0.8169 0.000 0.136 0.864
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 3 0.5178 0.6744 0.000 0.256 0.744
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.2165 0.8623 0.000 0.064 0.936
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4121 0.7855 0.000 0.832 0.168
#> SRR1405311 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 3 0.6140 0.3530 0.000 0.404 0.596
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0237 0.9212 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.0747 0.8887 0.000 0.016 0.984
#> SRR1313625 1 0.6154 0.3379 0.592 0.000 0.408
#> SRR1365377 2 0.5058 0.6867 0.000 0.756 0.244
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.2680 0.8748 0.008 0.924 0.068
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500071 3 0.5465 0.6244 0.000 0.288 0.712
#> SRR1078948 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.4605 0.7425 0.000 0.796 0.204
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.4346 0.7572 0.000 0.184 0.816
#> SRR1500131 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0237 0.9211 0.000 0.996 0.004
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.4346 0.7675 0.000 0.816 0.184
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 3 0.1289 0.8832 0.000 0.032 0.968
#> SRR1395682 2 0.3816 0.7922 0.000 0.852 0.148
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.2537 0.8690 0.000 0.920 0.080
#> SRR1400008 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338489 3 0.2625 0.8567 0.000 0.084 0.916
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.4796 0.7213 0.000 0.780 0.220
#> SRR1458380 3 0.2165 0.8662 0.000 0.064 0.936
#> SRR1400489 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.5327 0.6246 0.000 0.728 0.272
#> SRR1477292 3 0.2261 0.8662 0.000 0.068 0.932
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 3 0.6307 0.0566 0.000 0.488 0.512
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 1 0.4399 0.7513 0.812 0.188 0.000
#> SRR1436280 3 0.4452 0.7482 0.000 0.192 0.808
#> SRR1312666 3 0.1529 0.8799 0.000 0.040 0.960
#> SRR810153 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.3038 0.8256 0.104 0.896 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.5529 0.5933 0.000 0.704 0.296
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 3 0.5835 0.5165 0.000 0.340 0.660
#> SRR1446716 3 0.4121 0.7847 0.000 0.168 0.832
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.0237 0.8899 0.000 0.004 0.996
#> SRR1103072 2 0.6126 0.3494 0.000 0.600 0.400
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.6111 0.3593 0.000 0.604 0.396
#> SRR1356997 3 0.5327 0.6481 0.000 0.272 0.728
#> SRR1409326 2 0.5706 0.5485 0.000 0.680 0.320
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.5678 0.5574 0.000 0.684 0.316
#> SRR1105033 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0747 0.8835 0.016 0.000 0.984
#> SRR1410699 3 0.3116 0.8395 0.000 0.108 0.892
#> SRR1405461 3 0.5591 0.5916 0.000 0.304 0.696
#> SRR1323312 2 0.4555 0.7266 0.000 0.800 0.200
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.6023 0.7394 0.120 0.788 0.092
#> SRR1442440 2 0.6045 0.4066 0.000 0.620 0.380
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.3192 0.8420 0.000 0.888 0.112
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.0747 0.9718 0.984 0.000 0.016
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 2 0.0892 0.9070 0.020 0.980 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.2878 0.8402 0.000 0.096 0.904
#> SRR1458529 3 0.5016 0.6910 0.000 0.240 0.760
#> SRR1332467 3 0.6225 0.2668 0.000 0.432 0.568
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0424 0.9177 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333167 3 0.2448 0.8617 0.000 0.076 0.924
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 3 0.5254 0.6634 0.000 0.264 0.736
#> SRR1453747 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403853 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.6307 0.0315 0.000 0.512 0.488
#> SRR1369008 3 0.5497 0.6136 0.000 0.292 0.708
#> SRR1385672 3 0.5111 0.7755 0.036 0.144 0.820
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.3482 0.7980 0.128 0.872 0.000
#> SRR1487704 2 0.0237 0.9206 0.000 0.996 0.004
#> SRR1344122 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.1529 0.9430 0.960 0.040 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 1 0.7124 0.4767 0.656 0.048 0.296
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0237 0.8893 0.004 0.000 0.996
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 3 0.0592 0.8891 0.000 0.012 0.988
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.1411 0.9015 0.000 0.964 0.036
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487547 2 0.5968 0.4474 0.000 0.636 0.364
#> SRR1087752 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 3 0.2625 0.8567 0.000 0.084 0.916
#> SRR1399291 2 0.4235 0.7764 0.000 0.824 0.176
#> SRR1336863 2 0.4121 0.7859 0.000 0.832 0.168
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452222 3 0.3551 0.8199 0.000 0.132 0.868
#> SRR1468096 3 0.5397 0.6346 0.000 0.280 0.720
#> SRR1334011 3 0.3267 0.8240 0.000 0.116 0.884
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.2878 0.8557 0.000 0.904 0.096
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 2 0.5859 0.4898 0.344 0.656 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489349 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 3 0.0237 0.8903 0.000 0.004 0.996
#> SRR1466770 3 0.0892 0.8872 0.000 0.020 0.980
#> SRR1093366 2 0.2448 0.8723 0.000 0.924 0.076
#> SRR1434631 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432165 3 0.3816 0.8053 0.000 0.148 0.852
#> SRR1441913 2 0.5785 0.5228 0.000 0.668 0.332
#> SRR1319038 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0592 0.9167 0.000 0.988 0.012
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.0892 0.8849 0.000 0.020 0.980
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1643 0.8960 0.000 0.956 0.044
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 3 0.2448 0.8617 0.000 0.076 0.924
#> SRR1476324 2 0.0747 0.9143 0.000 0.984 0.016
#> SRR1499652 2 0.5678 0.4909 0.000 0.684 0.316
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.6305 0.0274 0.516 0.484 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 3 0.3116 0.8311 0.000 0.108 0.892
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 3 0.6079 0.3991 0.000 0.388 0.612
#> SRR1407000 3 0.0237 0.8903 0.000 0.004 0.996
#> SRR1367785 2 0.1163 0.9074 0.000 0.972 0.028
#> SRR1470057 2 0.6280 0.1467 0.000 0.540 0.460
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 3 0.2711 0.8474 0.000 0.088 0.912
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0237 0.9206 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.3686 0.8159 0.000 0.860 0.140
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0237 0.9212 0.000 0.996 0.004
#> SRR1454821 3 0.0892 0.8872 0.000 0.020 0.980
#> SRR1348792 2 0.4002 0.7947 0.000 0.840 0.160
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.4399 0.7646 0.000 0.812 0.188
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.0000 0.8905 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.3752 0.7838 0.000 0.856 0.144
#> SRR1336227 2 0.5254 0.6008 0.000 0.736 0.264
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9233 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.2537 0.8619 0.000 0.920 0.080
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9888 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.3752 0.7977 0.000 0.144 0.856
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456250 3 0.3528 0.7509 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1433708 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.4222 0.6649 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.4193 0.6700 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1436583 2 0.4996 -0.0984 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1420413 4 0.4431 0.4659 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.1118 0.8646 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1466597 4 0.0817 0.8569 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1392456 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0336 0.9292 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1343546 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362928 4 0.3726 0.7346 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0336 0.8659 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0469 0.8697 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1102198 3 0.4277 0.6491 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1473232 3 0.4564 0.5665 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1410634 4 0.2704 0.8155 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1353332 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362332 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR816794 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.3764 0.6891 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1077380 4 0.0592 0.8696 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1311464 2 0.1211 0.9059 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1327454 4 0.3266 0.7796 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 4 0.0469 0.8639 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1430703 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1086020 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334181 4 0.0592 0.8696 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1087271 2 0.1792 0.8745 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR812721 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1389 0.8600 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1318624 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467544 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476384 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.2814 0.8041 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4916 0.1453 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1405311 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1302 0.8620 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1022 0.9120 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.1109 0.8678 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR1313625 3 0.2921 0.7435 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1365377 4 0.4304 0.6501 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0895 0.9207 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1359509 2 0.0336 0.9296 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1444043 4 0.0469 0.8639 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1500071 3 0.0592 0.8521 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1078948 1 0.0336 0.9813 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.4331 0.6448 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500131 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.3400 0.6964 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR1362664 2 0.0336 0.9300 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0592 0.9262 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.4996 0.0660 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.2647 0.8213 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1310876 4 0.4624 0.5735 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1404951 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374355 2 0.0188 0.9315 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0188 0.8695 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395682 3 0.3688 0.7188 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.2281 0.8421 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1400008 2 0.0188 0.9317 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0336 0.8697 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341945 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418262 4 0.4866 0.4415 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1458380 4 0.3081 0.8401 0.000 0.064 0.048 0.888
#> SRR1400489 4 0.4830 0.2386 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1416455 4 0.4888 0.4245 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1477292 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.4916 0.2061 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR1308269 2 0.0188 0.9315 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2149 0.8391 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 1 0.3726 0.6806 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.0188 0.8520 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.2921 0.7525 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.4356 0.6396 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.1118 0.8646 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1446716 4 0.0592 0.8696 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.2530 0.8172 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1103072 4 0.2814 0.8096 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.3219 0.7833 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1356997 4 0.1940 0.8459 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1409326 4 0.3569 0.7521 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0469 0.9268 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0188 0.9315 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.3569 0.7519 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1105033 2 0.1302 0.8876 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.1557 0.8919 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR814108 4 0.2198 0.8105 0.072 0.008 0.000 0.920
#> SRR1410699 4 0.0592 0.8696 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1405461 4 0.1389 0.8600 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1323312 3 0.4995 0.6750 0.000 0.248 0.720 0.032
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.6797 0.4193 0.108 0.356 0.000 0.536
#> SRR1442440 4 0.3219 0.7835 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4331 0.5371 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.3801 0.6815 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.0188 0.9859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0469 0.9283 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1364975 2 0.3557 0.7620 0.108 0.856 0.036 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069850 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.1302 0.8463 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1458529 3 0.0336 0.8522 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1332467 4 0.2469 0.8265 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 3 0.4382 0.5880 0.000 0.296 0.704 0.000
#> SRR1333167 4 0.0188 0.8695 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1418492 2 0.2149 0.8578 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1476652 2 0.3649 0.7064 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0592 0.9254 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1324473 2 0.1389 0.8983 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1420538 4 0.2973 0.8001 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1453747 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1403853 4 0.0592 0.8617 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.2469 0.8265 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1369008 4 0.0817 0.8681 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1385672 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.2401 0.8257 0.092 0.904 0.000 0.004
#> SRR1487704 3 0.4977 0.1876 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR1344122 4 0.0336 0.8659 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1402027 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 1 0.2921 0.8071 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1317653 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1343072 4 0.0524 0.8643 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.1118 0.9081 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487547 4 0.3486 0.7602 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1087752 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.0817 0.8569 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0336 0.8697 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1399291 2 0.4996 -0.0969 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1336863 4 0.4661 0.5618 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1456771 2 0.0336 0.9292 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329663 4 0.0336 0.8659 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1445426 2 0.0188 0.9315 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0469 0.8697 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1468096 4 0.0921 0.8671 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1334011 3 0.1792 0.8399 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1444701 2 0.0188 0.9315 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.4304 0.6396 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1410550 2 0.4406 0.5164 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0336 0.9292 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1090119 2 0.4981 0.1517 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.1557 0.8908 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1498290 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1330770 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457336 4 0.0336 0.8659 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.1389 0.8966 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1434631 4 0.0469 0.8639 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.4008 0.6411 0.000 0.756 0.244 0.000
#> SRR1102998 2 0.1389 0.8986 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1444978 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1432165 4 0.0592 0.8696 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1441913 4 0.3311 0.7757 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.2281 0.8410 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.3837 0.6746 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR1466687 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420391 3 0.1792 0.8399 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1389 0.8964 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1337816 2 0.0469 0.9266 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1322070 4 0.0336 0.8698 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1476324 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499652 3 0.0921 0.8490 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.4522 0.4778 0.680 0.320 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 3 0.1792 0.8399 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1351955 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336988 4 0.1716 0.8523 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1407000 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.3688 0.6856 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1470057 4 0.2814 0.8095 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.2944 0.7670 0.000 0.004 0.128 0.868
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.1022 0.9124 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0188 0.8676 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1101280 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1340680 3 0.4730 0.4506 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.2216 0.8004 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1090334 2 0.0336 0.9311 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.4790 0.5067 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0188 0.9329 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454821 4 0.0000 0.8688 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348792 4 0.4977 0.2836 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.4713 0.5435 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.3311 0.7037 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1413262 3 0.0707 0.8512 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1336227 3 0.0592 0.8521 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9333 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 3 0.2868 0.7916 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9905 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0000 0.8519 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.1732 0.9404 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0162 0.9008 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1456250 5 0.6264 -0.3256 0.000 0.000 0.400 0.148 0.452
#> SRR1433708 4 0.0162 0.8878 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.2648 0.7906 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 4 0.2390 0.8473 0.000 0.084 0.000 0.896 0.020
#> SRR1436583 4 0.4300 0.1867 0.000 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1420413 4 0.5205 0.5211 0.000 0.000 0.104 0.672 0.224
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0794 0.8880 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1466597 4 0.2020 0.8307 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0162 0.9665 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0404 0.8904 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1404362 1 0.1270 0.9547 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1697 0.8744 0.000 0.932 0.008 0.000 0.060
#> SRR1343546 4 0.0290 0.8902 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.1851 0.8557 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.1043 0.8726 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2136 0.9289 0.904 0.000 0.088 0.000 0.008
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0609 0.8970 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1334055 2 0.0963 0.8901 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1329131 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.1121 0.9577 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0290 0.8903 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1102198 3 0.2540 0.8650 0.000 0.000 0.888 0.024 0.088
#> SRR1473232 3 0.4430 0.6643 0.000 0.000 0.752 0.172 0.076
#> SRR1410634 4 0.1608 0.8673 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0162 0.8878 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353577 2 0.5341 0.3154 0.000 0.580 0.356 0.000 0.064
#> SRR1077380 4 0.0510 0.8902 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1407693 1 0.1671 0.9428 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0162 0.9000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.2377 0.8121 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.1732 0.8619 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.2193 0.9256 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1357692 4 0.1484 0.8647 0.008 0.000 0.048 0.944 0.000
#> SRR1430703 3 0.2179 0.8697 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0609 0.8897 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1087271 2 0.1544 0.8486 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0290 0.8986 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0794 0.9621 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0703 0.8891 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1318624 2 0.0162 0.9000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467544 4 0.0290 0.8867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.1205 0.5599 0.000 0.000 0.004 0.040 0.956
#> SRR1080222 1 0.1892 0.9379 0.916 0.000 0.080 0.000 0.004
#> SRR1361777 2 0.4297 0.0004 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1405311 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0880 0.8870 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1407018 1 0.0963 0.9602 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0404 0.8965 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1498505 2 0.0451 0.9000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1419941 4 0.1885 0.8751 0.000 0.012 0.032 0.936 0.020
#> SRR1313625 5 0.6245 0.1412 0.220 0.000 0.236 0.000 0.544
#> SRR1365377 4 0.4333 0.6812 0.000 0.212 0.048 0.740 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.1638 0.8582 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR1359509 2 0.1282 0.8849 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR1444043 4 0.0771 0.8818 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1500071 5 0.0324 0.5831 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1078948 5 0.5331 0.2267 0.268 0.000 0.092 0.000 0.640
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0963 0.9602 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2561 0.7996 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1343698 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.1195 0.9587 0.960 0.012 0.028 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.2580 0.9015 0.892 0.064 0.044 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.2280 0.8678 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1500131 4 0.0162 0.8878 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1415854 1 0.1544 0.9474 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.2293 0.8309 0.000 0.000 0.084 0.900 0.016
#> SRR1362664 5 0.4845 0.4557 0.000 0.128 0.000 0.148 0.724
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.4046 0.5581 0.000 0.696 0.000 0.008 0.296
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.1478 0.9492 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.2077 0.9391 0.920 0.000 0.040 0.000 0.040
#> SRR1476974 1 0.1270 0.9548 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1360258 5 0.4030 0.4268 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1310876 2 0.3816 0.4868 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1404951 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0579 0.8990 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1499260 2 0.0162 0.9008 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485700 1 0.1197 0.9562 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0290 0.8867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1395682 5 0.2439 0.5793 0.000 0.120 0.004 0.000 0.876
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1410 0.9516 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.1608 0.9453 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.3990 0.4723 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR1400008 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1439697 1 0.1410 0.9516 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0162 0.9000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.3480 0.5874 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1458380 4 0.4201 0.3897 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR1400489 4 0.4049 0.6885 0.000 0.000 0.164 0.780 0.056
#> SRR1416455 4 0.4823 0.5960 0.000 0.052 0.000 0.672 0.276
#> SRR1477292 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1096924 5 0.2377 0.5781 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1308269 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0963 0.9603 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1323446 1 0.1410 0.9513 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1197 0.9562 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0963 0.8855 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1100395 1 0.2068 0.9288 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004
#> SRR1327570 2 0.1478 0.8737 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1341209 1 0.4306 -0.0391 0.508 0.492 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.2813 0.4058 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1312666 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.2377 0.7553 0.128 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.1121 0.9577 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.3192 0.8075 0.000 0.112 0.000 0.848 0.040
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0880 0.8870 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1446716 4 0.0510 0.8902 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1073971 2 0.1043 0.8876 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.1043 0.9592 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.2124 0.9376 0.916 0.000 0.056 0.000 0.028
#> SRR1316463 5 0.4878 0.1711 0.000 0.000 0.264 0.060 0.676
#> SRR1103072 4 0.1732 0.8639 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.1608 0.8672 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1356997 4 0.1124 0.8857 0.000 0.036 0.004 0.960 0.000
#> SRR1409326 4 0.1792 0.8584 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.1205 0.8869 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.3398 0.6983 0.000 0.780 0.000 0.004 0.216
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1671 0.8645 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1105033 2 0.0794 0.8825 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0162 0.9000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.1851 0.9348 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.2920 0.7903 0.000 0.852 0.132 0.000 0.016
#> SRR814108 4 0.3222 0.7950 0.036 0.004 0.096 0.860 0.004
#> SRR1410699 4 0.0510 0.8902 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1405461 4 0.0703 0.8889 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1323312 3 0.3639 0.7876 0.000 0.076 0.824 0.000 0.100
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0703 0.9629 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.6647 0.2227 0.136 0.364 0.020 0.480 0.000
#> SRR1442440 4 0.1671 0.8661 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1404461 1 0.2110 0.9359 0.912 0.000 0.072 0.000 0.016
#> SRR1336617 4 0.5625 0.5320 0.000 0.204 0.000 0.636 0.160
#> SRR1097811 1 0.1952 0.9349 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR1475785 1 0.1043 0.9592 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1347916 5 0.3242 0.5302 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.2270 0.9270 0.904 0.000 0.076 0.020 0.000
#> SRR1077667 1 0.0963 0.9603 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0290 0.8984 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1364975 2 0.2669 0.7731 0.104 0.876 0.020 0.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.1544 0.9472 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.1544 0.9472 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0579 0.8976 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1069850 1 0.2221 0.9277 0.912 0.036 0.052 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0880 0.9611 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.0703 0.5709 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1458529 5 0.0000 0.5808 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332467 4 0.1478 0.8717 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.3642 0.5036 0.000 0.232 0.008 0.000 0.760
#> SRR1333167 4 0.0290 0.8902 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418492 2 0.1608 0.8633 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.1981 0.8676 0.000 0.924 0.048 0.000 0.028
#> SRR1470624 2 0.1851 0.8553 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1081068 2 0.5252 0.4100 0.000 0.632 0.000 0.292 0.076
#> SRR1324473 2 0.2338 0.8324 0.000 0.884 0.004 0.000 0.112
#> SRR1420538 4 0.3958 0.7449 0.000 0.044 0.000 0.780 0.176
#> SRR1453747 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 4 0.0290 0.8867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1378707 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.1608 0.8680 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1437598 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.1478 0.9492 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.1341 0.8761 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1369008 4 0.0703 0.8889 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1385672 3 0.2516 0.8588 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1430839 2 0.0510 0.8974 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.1478 0.8733 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1473361 4 0.0794 0.8788 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.0963 0.8748 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.4096 0.7217 0.000 0.784 0.144 0.000 0.072
#> SRR1344122 4 0.0510 0.8842 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1402027 1 0.3395 0.6240 0.764 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.2329 0.8209 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1406394 1 0.3414 0.8140 0.844 0.020 0.116 0.020 0.000
#> SRR1317653 2 0.0162 0.9000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343072 4 0.2179 0.8236 0.004 0.000 0.100 0.896 0.000
#> SRR1336964 2 0.0290 0.8998 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0510 0.8942 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.1908 0.8517 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1487547 4 0.1792 0.8592 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1087752 2 0.5025 0.6840 0.056 0.760 0.040 0.008 0.136
#> SRR1091054 1 0.1197 0.9562 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3730 0.5613 0.000 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR1073899 1 0.1121 0.9581 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0290 0.8902 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1399291 2 0.4268 0.1152 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1336863 4 0.4278 0.2691 0.000 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1456771 2 0.0609 0.8955 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0290 0.8867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1445426 2 0.0794 0.8929 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.0451 0.9000 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1452222 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468096 4 0.0609 0.8899 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1334011 5 0.1012 0.5732 0.000 0.000 0.020 0.012 0.968
#> SRR1444701 2 0.1732 0.8617 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1329687 1 0.1043 0.9590 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1478 0.8714 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.3336 0.8359 0.000 0.000 0.844 0.060 0.096
#> SRR1410550 4 0.4383 0.3433 0.000 0.424 0.000 0.572 0.004
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.1410 0.9513 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.1282 0.8849 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.2124 0.8632 0.000 0.916 0.000 0.028 0.056
#> SRR1090119 2 0.3983 0.3615 0.340 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.1952 0.8584 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0510 0.8841 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.1732 0.8617 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1410 0.8557 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1434631 4 0.0794 0.8787 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0794 0.9621 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1470855 5 0.4150 0.3923 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1102998 2 0.2074 0.8414 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1444978 4 0.0290 0.8867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1432165 4 0.0510 0.8902 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1441913 4 0.1732 0.8615 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.3266 0.6596 0.000 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 5 0.4249 0.3182 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1466687 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.1270 0.9547 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.1430 0.8802 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1420391 3 0.2358 0.8696 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0609 0.9637 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.3551 0.6269 0.000 0.772 0.000 0.220 0.008
#> SRR1337816 2 0.1331 0.8875 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR1322070 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1476324 2 0.1792 0.8554 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1499652 3 0.5067 0.6257 0.000 0.128 0.700 0.000 0.172
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.1478 0.9492 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR813529 2 0.4291 0.1364 0.464 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0963 0.9602 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.1270 0.9547 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.1544 0.9472 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1390289 5 0.0290 0.5803 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1351955 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0880 0.8869 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1407000 4 0.0000 0.8888 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367785 4 0.5940 0.4139 0.000 0.144 0.000 0.572 0.284
#> SRR1470057 4 0.1544 0.8696 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.3452 0.6981 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 5 0.4060 0.4192 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0290 0.8867 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.4524 0.4433 0.000 0.644 0.020 0.000 0.336
#> SRR1488307 1 0.1671 0.9429 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.2450 0.8244 0.000 0.000 0.076 0.896 0.028
#> SRR1090334 2 0.2424 0.8097 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.1608 0.9452 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.1197 0.9562 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9009 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.1121 0.9577 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0880 0.9611 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.4101 0.4593 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0963 0.9602 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0162 0.9000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454821 4 0.0162 0.8897 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1348792 4 0.3246 0.7454 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008
#> SRR1393529 1 0.2732 0.7602 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.3838 0.6112 0.004 0.280 0.000 0.716 0.000
#> SRR1074239 1 0.1908 0.9319 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.2928 0.8048 0.000 0.000 0.064 0.872 0.064
#> SRR1413262 5 0.0000 0.5808 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336227 5 0.6052 0.2609 0.000 0.180 0.248 0.000 0.572
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0510 0.8970 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.1671 0.9430 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0162 0.9006 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9671 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.0609 0.5895 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1073655 1 0.1544 0.9472 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.1410 0.9514 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.0963 0.5529 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.2416 0.85568 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1606 0.85652 0.000 0.932 0.056 0.004 0.000 0.008
#> SRR1456250 5 0.6784 -0.07325 0.000 0.000 0.072 0.164 0.428 0.336
#> SRR1433708 4 0.1297 0.84717 0.000 0.000 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1433902 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 4 0.3313 0.67218 0.000 0.124 0.060 0.816 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0508 0.86772 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012 0.000
#> SRR1398272 4 0.3441 0.74185 0.000 0.020 0.076 0.832 0.072 0.000
#> SRR1436583 2 0.4420 0.32441 0.000 0.604 0.036 0.360 0.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.5276 0.49342 0.000 0.000 0.620 0.284 0.048 0.048
#> SRR1441768 1 0.0458 0.94704 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0777 0.85083 0.000 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000
#> SRR1466597 4 0.3622 0.70388 0.000 0.000 0.124 0.800 0.004 0.072
#> SRR1392456 4 0.0806 0.85408 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1080951 1 0.0547 0.94711 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1457080 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.1340 0.84608 0.000 0.004 0.040 0.948 0.008 0.000
#> SRR1404362 1 0.1387 0.92816 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.3133 0.70731 0.000 0.780 0.008 0.000 0.212 0.000
#> SRR1343546 4 0.1367 0.84857 0.000 0.000 0.044 0.944 0.012 0.000
#> SRR1405921 2 0.1049 0.86487 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.2733 0.76690 0.000 0.056 0.080 0.864 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0508 0.94636 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1084505 1 0.0363 0.94680 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.4624 0.62131 0.000 0.016 0.048 0.744 0.028 0.164
#> SRR1318208 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.1663 0.91560 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.1528 0.85429 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048 0.000
#> SRR1334055 2 0.2670 0.82432 0.000 0.872 0.040 0.000 0.084 0.004
#> SRR1329131 2 0.0260 0.86607 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.1387 0.92816 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0632 0.85098 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1102198 6 0.0837 0.76515 0.000 0.000 0.004 0.020 0.004 0.972
#> SRR1473232 6 0.4387 0.37740 0.000 0.000 0.076 0.180 0.012 0.732
#> SRR1410634 4 0.2240 0.81342 0.000 0.032 0.056 0.904 0.008 0.000
#> SRR1353332 2 0.0146 0.86655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0935 0.85411 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR816794 1 0.0260 0.94650 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1075 0.85029 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR1353577 6 0.4275 0.27260 0.000 0.388 0.016 0.000 0.004 0.592
#> SRR1077380 4 0.1049 0.85150 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008 0.000
#> SRR1407693 1 0.2092 0.88729 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0260 0.86607 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.2100 0.82141 0.000 0.884 0.004 0.000 0.000 0.112
#> SRR1327454 4 0.2190 0.81415 0.000 0.040 0.060 0.900 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0725 0.94292 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1085235 1 0.3861 0.54094 0.640 0.000 0.352 0.000 0.008 0.000
#> SRR1357692 4 0.4894 0.31221 0.028 0.000 0.248 0.668 0.000 0.056
#> SRR1430703 6 0.0725 0.77293 0.000 0.000 0.012 0.000 0.012 0.976
#> SRR1086020 2 0.0713 0.86727 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.2002 0.84239 0.000 0.012 0.040 0.920 0.028 0.000
#> SRR1087271 2 0.2680 0.77683 0.000 0.856 0.016 0.124 0.004 0.000
#> SRR812721 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR819486 1 0.0260 0.94625 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.1176 0.85789 0.000 0.956 0.024 0.020 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0508 0.94520 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479306 1 0.0260 0.94650 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.1297 0.85251 0.000 0.012 0.040 0.948 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0291 0.86837 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.1296 0.85081 0.000 0.000 0.032 0.952 0.004 0.012
#> SRR1476384 2 0.0260 0.86607 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0717 0.94332 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406478 2 0.0291 0.86775 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466278 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.1967 0.66855 0.000 0.000 0.012 0.084 0.904 0.000
#> SRR1080222 1 0.2793 0.80362 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4756 0.22506 0.000 0.564 0.056 0.380 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.1296 0.85332 0.000 0.000 0.032 0.952 0.012 0.004
#> SRR1340531 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1297 0.85284 0.000 0.012 0.040 0.948 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0790 0.94063 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0914 0.86189 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.1082 0.86050 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR1419941 4 0.3025 0.79166 0.000 0.008 0.060 0.860 0.068 0.004
#> SRR1313625 3 0.5420 0.11099 0.148 0.000 0.664 0.000 0.144 0.044
#> SRR1365377 2 0.5949 0.08787 0.000 0.484 0.220 0.292 0.000 0.004
#> SRR1092749 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.2313 0.82770 0.016 0.904 0.060 0.016 0.000 0.004
#> SRR1359509 2 0.1812 0.83885 0.000 0.912 0.008 0.000 0.080 0.000
#> SRR1444043 4 0.2821 0.73265 0.000 0.000 0.152 0.832 0.000 0.016
#> SRR1500071 5 0.0260 0.69976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1078948 5 0.4988 0.27427 0.236 0.008 0.104 0.000 0.652 0.000
#> SRR1099765 1 0.0260 0.94676 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR807751 1 0.1075 0.93688 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0146 0.86793 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2418 0.77671 0.000 0.092 0.016 0.884 0.008 0.000
#> SRR1343698 2 0.0146 0.86786 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0260 0.94625 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0603 0.94474 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1081813 1 0.0508 0.94628 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0508 0.94675 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409046 2 0.5212 0.05924 0.440 0.484 0.068 0.000 0.000 0.008
#> SRR1474000 6 0.1074 0.77419 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960
#> SRR1500131 4 0.1003 0.85102 0.000 0.000 0.028 0.964 0.004 0.004
#> SRR1415854 1 0.1501 0.92499 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.2823 0.79581 0.000 0.000 0.044 0.872 0.016 0.068
#> SRR1362664 5 0.3621 0.61757 0.000 0.024 0.036 0.132 0.808 0.000
#> SRR1097525 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432231 5 0.3309 0.63405 0.000 0.192 0.016 0.004 0.788 0.000
#> SRR1500516 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.1327 0.92820 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.1788 0.92468 0.928 0.000 0.040 0.000 0.028 0.004
#> SRR1476974 1 0.1387 0.92569 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 5 0.3395 0.67930 0.000 0.124 0.056 0.004 0.816 0.000
#> SRR1310876 2 0.2290 0.80601 0.000 0.892 0.020 0.084 0.000 0.004
#> SRR1404951 2 0.0146 0.86655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0692 0.86534 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1499260 2 0.2402 0.84013 0.000 0.888 0.084 0.020 0.008 0.000
#> SRR1485700 1 0.1141 0.93229 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1296 0.85014 0.000 0.004 0.044 0.948 0.000 0.004
#> SRR1395682 5 0.2821 0.69463 0.000 0.096 0.040 0.000 0.860 0.004
#> SRR1362579 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0146 0.86773 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1387 0.92609 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.1889 0.85489 0.000 0.920 0.056 0.000 0.020 0.004
#> SRR1323873 1 0.1967 0.91139 0.904 0.000 0.084 0.012 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.4822 0.40509 0.000 0.620 0.068 0.308 0.004 0.000
#> SRR1400008 2 0.0291 0.86709 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338489 4 0.0260 0.85336 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.1866 0.91663 0.908 0.000 0.084 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329642 2 0.0146 0.86745 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.86692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.3053 0.73568 0.000 0.828 0.024 0.144 0.000 0.004
#> SRR1458380 5 0.4504 0.31188 0.000 0.004 0.048 0.296 0.652 0.000
#> SRR1400489 4 0.5368 0.00603 0.000 0.000 0.040 0.528 0.040 0.392
#> SRR1416455 5 0.4652 0.25984 0.000 0.016 0.032 0.324 0.628 0.000
#> SRR1477292 4 0.0146 0.85350 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.2128 0.70623 0.000 0.032 0.056 0.004 0.908 0.000
#> SRR1308269 2 0.0881 0.86769 0.000 0.972 0.008 0.000 0.012 0.008
#> SRR1367172 1 0.0622 0.94577 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1085259 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477732 1 0.0363 0.94561 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2078 0.83584 0.000 0.000 0.044 0.912 0.040 0.004
#> SRR1323446 1 0.1444 0.92409 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1327 0.92820 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1265 0.84332 0.000 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.3747 0.45736 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.2375 0.84267 0.000 0.896 0.036 0.008 0.060 0.000
#> SRR1341209 1 0.2726 0.79115 0.848 0.136 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1436280 5 0.3971 0.49277 0.000 0.000 0.068 0.000 0.748 0.184
#> SRR1312666 4 0.0713 0.85029 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467943 1 0.0508 0.94543 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR808638 2 0.3744 0.52646 0.256 0.724 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1099451 2 0.0405 0.86725 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082238 1 0.0458 0.94540 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.3790 0.70747 0.000 0.052 0.028 0.804 0.116 0.000
#> SRR1479721 1 0.1141 0.93726 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0858 0.84990 0.000 0.004 0.028 0.968 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0146 0.85350 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.2020 0.82816 0.000 0.896 0.008 0.000 0.096 0.000
#> SRR1410404 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0937 0.93983 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.3156 0.76669 0.800 0.000 0.020 0.000 0.180 0.000
#> SRR1316463 5 0.4982 0.50111 0.000 0.000 0.060 0.068 0.708 0.164
#> SRR1103072 4 0.3062 0.71360 0.000 0.112 0.052 0.836 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0363 0.86767 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.1865 0.83391 0.000 0.040 0.040 0.920 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.1584 0.83465 0.000 0.008 0.064 0.928 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.1977 0.82648 0.000 0.032 0.040 0.920 0.008 0.000
#> SRR1485020 2 0.0146 0.86655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.2344 0.83890 0.000 0.896 0.028 0.000 0.068 0.008
#> SRR1336205 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 5 0.4452 0.44624 0.000 0.316 0.048 0.000 0.636 0.000
#> SRR1319502 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1933 0.84032 0.000 0.044 0.032 0.920 0.004 0.000
#> SRR1105033 2 0.0458 0.86314 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0622 0.86811 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099931 1 0.0603 0.94398 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069943 1 0.2300 0.86873 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.2454 0.78356 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR814108 3 0.4510 0.59902 0.024 0.004 0.600 0.368 0.004 0.000
#> SRR1410699 4 0.0806 0.85316 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1405461 4 0.0806 0.85511 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1323312 6 0.1841 0.73380 0.000 0.064 0.000 0.008 0.008 0.920
#> SRR1467171 1 0.0508 0.94543 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396742 1 0.0260 0.94650 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0260 0.94643 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.6180 0.36087 0.116 0.592 0.100 0.192 0.000 0.000
#> SRR1442440 4 0.3061 0.80143 0.000 0.068 0.028 0.868 0.012 0.024
#> SRR1404461 1 0.2112 0.90435 0.896 0.000 0.088 0.000 0.016 0.000
#> SRR1336617 4 0.5793 0.11733 0.000 0.040 0.092 0.556 0.312 0.000
#> SRR1097811 1 0.2219 0.87643 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.1075 0.93449 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 5 0.1826 0.70923 0.000 0.052 0.020 0.000 0.924 0.004
#> SRR1477522 2 0.0260 0.86761 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098002 1 0.3134 0.81519 0.808 0.000 0.168 0.024 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0865 0.94119 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.1194 0.86454 0.000 0.956 0.032 0.000 0.008 0.004
#> SRR1354035 1 0.0458 0.94704 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0436 0.86771 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004 0.000
#> SRR1364975 2 0.4060 0.62185 0.180 0.760 0.000 0.000 0.028 0.032
#> SRR1472259 1 0.1765 0.91003 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.1958 0.90465 0.896 0.000 0.100 0.004 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.1863 0.85465 0.000 0.920 0.060 0.004 0.016 0.000
#> SRR1069850 1 0.2244 0.89671 0.888 0.004 0.100 0.004 0.004 0.000
#> SRR1081332 1 0.0363 0.94604 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.1176 0.69222 0.000 0.000 0.020 0.024 0.956 0.000
#> SRR1458529 5 0.0291 0.69616 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1332467 4 0.1644 0.83380 0.000 0.012 0.052 0.932 0.004 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.94686 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0363 0.94630 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 5 0.2912 0.69357 0.000 0.104 0.028 0.000 0.856 0.012
#> SRR1333167 4 0.0363 0.85293 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.2001 0.84250 0.000 0.912 0.008 0.000 0.012 0.068
#> SRR1476652 2 0.3005 0.81223 0.000 0.856 0.016 0.000 0.036 0.092
#> SRR1470624 2 0.3835 0.69346 0.000 0.748 0.048 0.000 0.204 0.000
#> SRR1081068 4 0.6796 -0.12527 0.000 0.376 0.084 0.400 0.140 0.000
#> SRR1324473 2 0.4372 0.51036 0.000 0.652 0.036 0.000 0.308 0.004
#> SRR1420538 4 0.5148 0.00735 0.000 0.012 0.056 0.508 0.424 0.000
#> SRR1453747 4 0.0993 0.85534 0.000 0.000 0.024 0.964 0.012 0.000
#> SRR1403853 4 0.1829 0.84034 0.000 0.000 0.036 0.928 0.008 0.028
#> SRR1378707 2 0.0146 0.86732 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083504 2 0.2988 0.81419 0.000 0.852 0.060 0.000 0.084 0.004
#> SRR1437598 2 0.0405 0.86762 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1376807 1 0.1444 0.92358 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.1624 0.83813 0.000 0.012 0.044 0.936 0.008 0.000
#> SRR1369008 4 0.0547 0.85212 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1385672 6 0.1152 0.76990 0.000 0.000 0.004 0.000 0.044 0.952
#> SRR1430839 2 0.0405 0.86728 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1098098 2 0.2790 0.78492 0.000 0.840 0.020 0.000 0.140 0.000
#> SRR1473361 4 0.2307 0.81430 0.000 0.000 0.032 0.896 0.004 0.068
#> SRR1348507 2 0.0146 0.86757 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.0820 0.86051 0.016 0.972 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.2600 0.82506 0.000 0.876 0.004 0.000 0.036 0.084
#> SRR1344122 4 0.1297 0.84812 0.000 0.000 0.040 0.948 0.000 0.012
#> SRR1402027 1 0.3466 0.65223 0.760 0.224 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081493 1 0.0790 0.94035 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.86692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0405 0.86746 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.4515 0.49261 0.000 0.640 0.056 0.000 0.304 0.000
#> SRR1406394 1 0.4866 0.61990 0.716 0.048 0.036 0.012 0.000 0.188
#> SRR1317653 2 0.0603 0.86374 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.4581 0.61296 0.020 0.000 0.596 0.368 0.000 0.016
#> SRR1336964 2 0.0000 0.86692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0547 0.85302 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0508 0.86823 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1459324 2 0.1845 0.84548 0.000 0.920 0.052 0.028 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0260 0.94625 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.3619 0.66807 0.000 0.744 0.024 0.000 0.232 0.000
#> SRR1487547 4 0.2258 0.81778 0.000 0.060 0.044 0.896 0.000 0.000
#> SRR1087752 2 0.6368 0.50299 0.072 0.600 0.116 0.020 0.192 0.000
#> SRR1091054 1 0.1267 0.93165 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.4308 0.43331 0.000 0.000 0.040 0.676 0.004 0.280
#> SRR1073899 1 0.0937 0.93757 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0146 0.85350 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.4294 0.54527 0.000 0.692 0.060 0.248 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.4313 0.48867 0.000 0.668 0.048 0.284 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0653 0.86771 0.000 0.980 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1329663 4 0.1636 0.84247 0.000 0.000 0.036 0.936 0.004 0.024
#> SRR1445426 2 0.2935 0.83740 0.000 0.872 0.072 0.008 0.020 0.028
#> SRR1389932 1 0.0717 0.94510 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1353948 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.1194 0.86108 0.000 0.956 0.008 0.000 0.032 0.004
#> SRR1452222 4 0.0458 0.85222 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0692 0.85341 0.000 0.004 0.020 0.976 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.1951 0.67526 0.000 0.000 0.016 0.076 0.908 0.000
#> SRR1444701 2 0.2320 0.80162 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132 0.000
#> SRR1329687 1 0.0790 0.94221 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0891 0.86180 0.000 0.968 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446265 1 0.0508 0.94543 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388722 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 6 0.1528 0.75458 0.000 0.000 0.016 0.028 0.012 0.944
#> SRR1410550 4 0.5170 0.18706 0.000 0.312 0.088 0.592 0.008 0.000
#> SRR1473209 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.1765 0.91315 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.1802 0.84132 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072 0.000
#> SRR1090383 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0146 0.86757 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466091 2 0.5449 0.62449 0.000 0.672 0.088 0.080 0.160 0.000
#> SRR1090119 2 0.4222 0.09007 0.472 0.516 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337516 2 0.3766 0.63203 0.000 0.720 0.024 0.000 0.256 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.86692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.1708 0.84113 0.000 0.000 0.040 0.932 0.004 0.024
#> SRR1489349 4 0.0547 0.85436 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.2071 0.83665 0.000 0.000 0.044 0.916 0.028 0.012
#> SRR1447481 2 0.3172 0.77022 0.000 0.816 0.036 0.000 0.148 0.000
#> SRR1102176 2 0.0146 0.86655 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0692 0.85270 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR1466770 4 0.0363 0.85428 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.1616 0.84144 0.000 0.932 0.020 0.048 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.2364 0.81397 0.000 0.000 0.032 0.892 0.004 0.072
#> SRR1349190 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0508 0.94543 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477339 2 0.0713 0.86665 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0260 0.94650 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 5 0.3163 0.59196 0.000 0.232 0.004 0.000 0.764 0.000
#> SRR1102998 2 0.3930 0.73894 0.000 0.772 0.064 0.000 0.156 0.008
#> SRR1444978 4 0.1718 0.84269 0.000 0.000 0.044 0.932 0.008 0.016
#> SRR1432165 4 0.0405 0.85378 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.2263 0.79637 0.000 0.056 0.048 0.896 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0777 0.85257 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004 0.000
#> SRR1338603 2 0.4771 0.50020 0.000 0.648 0.096 0.256 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0260 0.94676 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0405 0.94580 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1322186 5 0.3087 0.65092 0.000 0.176 0.012 0.000 0.808 0.004
#> SRR1466687 4 0.0603 0.85441 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR1478571 1 0.1327 0.92796 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3054 0.79732 0.000 0.840 0.040 0.004 0.116 0.000
#> SRR1420391 6 0.0717 0.77524 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> SRR1087704 1 0.0363 0.94680 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0363 0.94695 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.4431 0.61419 0.000 0.704 0.096 0.200 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.3475 0.80233 0.000 0.824 0.080 0.000 0.084 0.012
#> SRR1322070 4 0.0363 0.85333 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.2312 0.80485 0.000 0.876 0.012 0.000 0.000 0.112
#> SRR1499652 6 0.4634 0.59731 0.000 0.112 0.024 0.000 0.132 0.732
#> SRR1356643 1 0.0713 0.94200 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.1387 0.92531 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.4204 0.12706 0.540 0.448 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1352322 1 0.0713 0.94299 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.1267 0.92907 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.1501 0.92260 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 5 0.1850 0.69456 0.000 0.008 0.016 0.052 0.924 0.000
#> SRR1351955 2 0.0363 0.86638 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.1082 0.84660 0.000 0.004 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.1410 0.84750 0.000 0.000 0.044 0.944 0.004 0.008
#> SRR1367785 5 0.4921 0.33849 0.000 0.044 0.028 0.288 0.640 0.000
#> SRR1470057 4 0.1989 0.84336 0.000 0.028 0.052 0.916 0.004 0.000
#> SRR1079567 1 0.0717 0.94642 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1095675 1 0.0508 0.94520 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388788 4 0.4136 0.11695 0.000 0.000 0.012 0.560 0.428 0.000
#> SRR1396146 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0508 0.94535 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362514 5 0.2416 0.67417 0.000 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR1454031 1 0.0603 0.94464 0.980 0.000 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR1443399 4 0.0935 0.85093 0.000 0.000 0.032 0.964 0.004 0.000
#> SRR1101280 2 0.0508 0.86687 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340680 5 0.4546 0.59766 0.000 0.192 0.032 0.000 0.724 0.052
#> SRR1488307 1 0.1765 0.90997 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0260 0.86762 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.4621 0.58734 0.000 0.000 0.052 0.728 0.044 0.176
#> SRR1090334 2 0.2009 0.82787 0.000 0.904 0.008 0.004 0.000 0.084
#> SRR1338280 1 0.0260 0.94676 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2003 0.89449 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.1267 0.92914 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0260 0.86707 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0937 0.93987 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0632 0.94428 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.3618 0.68583 0.000 0.776 0.048 0.176 0.000 0.000
#> SRR1320445 1 0.0717 0.94460 0.976 0.000 0.016 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081116 1 0.0790 0.94044 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0653 0.86786 0.000 0.980 0.000 0.004 0.004 0.012
#> SRR1454821 4 0.1265 0.84835 0.000 0.000 0.044 0.948 0.008 0.000
#> SRR1348792 4 0.3662 0.68985 0.000 0.096 0.076 0.812 0.016 0.000
#> SRR1393529 1 0.2101 0.85398 0.892 0.100 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102224 4 0.4625 0.35566 0.012 0.276 0.040 0.668 0.000 0.004
#> SRR1074239 1 0.3869 0.15754 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.3327 0.74873 0.000 0.000 0.112 0.832 0.020 0.036
#> SRR1413262 5 0.0603 0.69108 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1336227 5 0.5940 0.44111 0.000 0.224 0.040 0.000 0.584 0.152
#> SRR1069991 1 0.0508 0.94543 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1091524 1 0.0632 0.94290 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.86692 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.2562 0.83851 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0363 0.94589 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0363 0.86701 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1382461 1 0.0508 0.94636 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361883 1 0.1820 0.90908 0.924 0.056 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378262 1 0.0146 0.94657 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.0632 0.70632 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR1073655 1 0.1863 0.90407 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.1327 0.92717 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2790 0.59554 0.000 0.000 0.140 0.000 0.840 0.020
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.982 0.968 0.985 0.4588 0.543 0.543
#> 3 3 0.902 0.888 0.947 0.1302 0.939 0.888
#> 4 4 0.844 0.891 0.938 0.0732 0.957 0.912
#> 5 5 0.895 0.870 0.939 0.0819 0.954 0.898
#> 6 6 0.822 0.819 0.917 0.0424 0.997 0.992
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.1843 0.964 0.972 0.028
#> SRR1457080 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.5737 0.850 0.136 0.864
#> SRR1430703 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR819486 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0938 0.976 0.988 0.012
#> SRR1365377 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.4298 0.904 0.088 0.912
#> SRR1359509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.9358 0.457 0.648 0.352
#> SRR1099765 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.1843 0.964 0.972 0.028
#> SRR807751 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.9358 0.457 0.648 0.352
#> SRR1487403 1 0.2236 0.957 0.964 0.036
#> SRR1409046 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1474000 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.1843 0.964 0.972 0.028
#> SRR1432231 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323873 2 0.7453 0.748 0.212 0.788
#> SRR1475233 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.4161 0.908 0.084 0.916
#> SRR1338489 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.6048 0.827 0.852 0.148
#> SRR1329642 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0376 0.982 0.996 0.004
#> SRR1085259 1 0.3584 0.924 0.932 0.068
#> SRR1477732 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1436280 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR808638 2 0.5408 0.864 0.124 0.876
#> SRR1099451 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.4815 0.883 0.896 0.104
#> SRR1316463 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.4431 0.899 0.092 0.908
#> SRR1077066 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.1843 0.964 0.972 0.028
#> SRR1069943 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.5737 0.850 0.136 0.864
#> SRR1410699 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.3879 0.916 0.076 0.924
#> SRR1442440 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR1475785 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1098002 2 0.7453 0.748 0.212 0.788
#> SRR1077667 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.4431 0.899 0.092 0.908
#> SRR1472259 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1390179 2 0.7453 0.748 0.212 0.788
#> SRR1312784 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.9358 0.457 0.648 0.352
#> SRR1081332 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.4431 0.899 0.092 0.908
#> SRR1487704 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1081493 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.5408 0.864 0.124 0.876
#> SRR1317653 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.5737 0.850 0.136 0.864
#> SRR1336964 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.3584 0.923 0.068 0.932
#> SRR1487547 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.4431 0.899 0.092 0.908
#> SRR1091054 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4161 0.908 0.084 0.916
#> SRR1452222 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.2236 0.957 0.964 0.036
#> SRR1466091 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090119 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1337516 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR1097708 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR813529 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1352322 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.5519 0.854 0.872 0.128
#> SRR1390289 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.1843 0.964 0.972 0.028
#> SRR1388788 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR1362514 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.1843 0.964 0.972 0.028
#> SRR1443399 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.2043 0.961 0.968 0.032
#> SRR1443800 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1393529 2 0.7453 0.748 0.212 0.788
#> SRR1102224 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1361883 2 0.7139 0.771 0.196 0.804
#> SRR1378262 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.985 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.2043 0.957 0.032 0.968
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392456 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.4504 0.815 0.804 0.000 0.196
#> SRR1457080 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1084505 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473232 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1410634 2 0.2165 0.869 0.000 0.936 0.064
#> SRR1353332 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.1753 0.936 0.952 0.000 0.048
#> SRR1430088 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.2066 0.929 0.940 0.000 0.060
#> SRR1357692 3 0.6154 0.762 0.000 0.408 0.592
#> SRR1430703 2 0.5529 0.390 0.000 0.704 0.296
#> SRR1086020 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.4654 0.802 0.792 0.000 0.208
#> SRR819486 1 0.0892 0.950 0.980 0.000 0.020
#> SRR1465248 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.2356 0.857 0.000 0.928 0.072
#> SRR1313625 1 0.4002 0.852 0.840 0.000 0.160
#> SRR1365377 2 0.1529 0.905 0.000 0.960 0.040
#> SRR1092749 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.6225 -0.355 0.000 0.568 0.432
#> SRR1359509 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500071 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.7283 -0.180 0.460 0.028 0.512
#> SRR1099765 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.4504 0.815 0.804 0.000 0.196
#> SRR807751 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.7283 -0.180 0.460 0.028 0.512
#> SRR1487403 1 0.4702 0.798 0.788 0.000 0.212
#> SRR1409046 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1474000 2 0.5529 0.390 0.000 0.704 0.296
#> SRR1500131 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.4452 0.819 0.808 0.000 0.192
#> SRR1432231 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.1860 0.934 0.948 0.000 0.052
#> SRR809565 1 0.2066 0.929 0.940 0.000 0.060
#> SRR1476974 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1753 0.936 0.952 0.000 0.048
#> SRR1340966 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.6859 0.817 0.024 0.356 0.620
#> SRR1475233 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 2 0.6274 -0.437 0.000 0.544 0.456
#> SRR1338489 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.6155 0.622 0.664 0.008 0.328
#> SRR1329642 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.3192 0.892 0.888 0.000 0.112
#> SRR1085259 1 0.5178 0.744 0.744 0.000 0.256
#> SRR1477732 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1436280 2 0.5529 0.390 0.000 0.704 0.296
#> SRR1312666 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.1753 0.936 0.952 0.000 0.048
#> SRR1467943 1 0.4654 0.802 0.792 0.000 0.208
#> SRR808638 3 0.6192 0.743 0.000 0.420 0.580
#> SRR1099451 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.1964 0.932 0.944 0.000 0.056
#> SRR1404186 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.5497 0.695 0.708 0.000 0.292
#> SRR1316463 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 2 0.6291 -0.475 0.000 0.532 0.468
#> SRR1077066 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.4452 0.819 0.808 0.000 0.192
#> SRR1069943 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.6192 0.745 0.000 0.420 0.580
#> SRR1410699 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.1289 0.944 0.968 0.000 0.032
#> SRR1383674 2 0.6215 -0.341 0.000 0.572 0.428
#> SRR1442440 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0747 0.940 0.000 0.984 0.016
#> SRR1097811 1 0.4796 0.788 0.780 0.000 0.220
#> SRR1475785 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.6859 0.817 0.024 0.356 0.620
#> SRR1077667 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 2 0.6291 -0.475 0.000 0.532 0.468
#> SRR1472259 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1390179 3 0.6859 0.817 0.024 0.356 0.620
#> SRR1312784 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.7283 -0.180 0.460 0.028 0.512
#> SRR1081332 1 0.1860 0.934 0.948 0.000 0.052
#> SRR1406709 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458529 2 0.2537 0.849 0.000 0.920 0.080
#> SRR1332467 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.2165 0.927 0.936 0.000 0.064
#> SRR1083868 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.4178 0.685 0.000 0.828 0.172
#> SRR1403853 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.1860 0.934 0.948 0.000 0.052
#> SRR1370107 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 2 0.5529 0.390 0.000 0.704 0.296
#> SRR1430839 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.6299 -0.499 0.000 0.524 0.476
#> SRR1487704 2 0.2625 0.838 0.000 0.916 0.084
#> SRR1344122 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1081493 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.1964 0.885 0.000 0.944 0.056
#> SRR1406394 3 0.6204 0.736 0.000 0.424 0.576
#> SRR1317653 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.6154 0.762 0.000 0.408 0.592
#> SRR1336964 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.5327 0.359 0.000 0.728 0.272
#> SRR1487547 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 2 0.6291 -0.475 0.000 0.532 0.468
#> SRR1091054 1 0.1411 0.943 0.964 0.000 0.036
#> SRR1316343 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073899 1 0.1860 0.934 0.948 0.000 0.052
#> SRR1456093 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.6274 -0.437 0.000 0.544 0.456
#> SRR1452222 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0237 0.954 0.000 0.996 0.004
#> SRR1410550 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.1289 0.944 0.968 0.000 0.032
#> SRR1083125 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.4702 0.798 0.788 0.000 0.212
#> SRR1466091 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1337516 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1349190 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1322186 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.5529 0.390 0.000 0.704 0.296
#> SRR1087704 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356643 1 0.4654 0.802 0.792 0.000 0.208
#> SRR1097708 1 0.2796 0.907 0.908 0.000 0.092
#> SRR813529 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1352322 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.5678 0.658 0.684 0.000 0.316
#> SRR1390289 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.4452 0.819 0.808 0.000 0.192
#> SRR1388788 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.4654 0.802 0.792 0.000 0.208
#> SRR1362514 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.4504 0.815 0.804 0.000 0.196
#> SRR1443399 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.4796 0.788 0.780 0.000 0.220
#> SRR1443800 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.3116 0.895 0.892 0.000 0.108
#> SRR1444523 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320445 1 0.0237 0.957 0.996 0.000 0.004
#> SRR1081116 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.2625 0.838 0.000 0.916 0.084
#> SRR1454821 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.6859 0.817 0.024 0.356 0.620
#> SRR1102224 2 0.2625 0.838 0.000 0.916 0.084
#> SRR1074239 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.2878 0.824 0.000 0.904 0.096
#> SRR1413262 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.1753 0.936 0.952 0.000 0.048
#> SRR1437514 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.6318 0.820 0.008 0.356 0.636
#> SRR1378262 1 0.0000 0.959 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.959 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.3116 0.895 0.892 0.000 0.108
#> SRR1075729 1 0.0892 0.950 0.980 0.000 0.020
#> SRR1397292 3 0.6267 0.358 0.000 0.452 0.548
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.0376 0.972 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1441768 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392456 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.6023 0.619 0.612 0.000 0.328 0.060
#> SRR1457080 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.1452 0.898 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1084505 1 0.0524 0.906 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1376476 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.3907 0.838 0.836 0.000 0.120 0.044
#> SRR1397781 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473232 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1410634 2 0.3757 0.654 0.000 0.828 0.152 0.020
#> SRR1353332 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.3716 0.847 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1430088 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.2032 0.889 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1085235 1 0.4949 0.782 0.760 0.000 0.180 0.060
#> SRR1357692 3 0.4440 0.743 0.000 0.136 0.804 0.060
#> SRR1430703 4 0.5004 0.870 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1086020 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812721 1 0.6074 0.602 0.600 0.000 0.340 0.060
#> SRR819486 1 0.2926 0.871 0.896 0.000 0.056 0.048
#> SRR1465248 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.4175 0.539 0.000 0.784 0.200 0.016
#> SRR1313625 1 0.5839 0.667 0.648 0.000 0.292 0.060
#> SRR1365377 2 0.3529 0.673 0.000 0.836 0.152 0.012
#> SRR1092749 1 0.0707 0.905 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1389366 3 0.5861 0.486 0.000 0.296 0.644 0.060
#> SRR1359509 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1500071 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.6065 0.249 0.276 0.000 0.644 0.080
#> SRR1099765 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.6023 0.619 0.612 0.000 0.328 0.060
#> SRR807751 1 0.1151 0.901 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR1379157 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0524 0.906 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1329530 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.6065 0.249 0.276 0.000 0.644 0.080
#> SRR1487403 1 0.6091 0.596 0.596 0.000 0.344 0.060
#> SRR1409046 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1474000 4 0.5004 0.870 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1500131 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.6005 0.624 0.616 0.000 0.324 0.060
#> SRR1432231 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3919 0.840 0.840 0.000 0.104 0.056
#> SRR809565 1 0.4949 0.782 0.760 0.000 0.180 0.060
#> SRR1476974 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310876 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.3716 0.847 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1340966 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3280 0.755 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR1475233 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.5767 0.534 0.000 0.280 0.660 0.060
#> SRR1338489 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 1 0.6337 0.350 0.472 0.000 0.468 0.060
#> SRR1329642 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1308269 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.5489 0.725 0.700 0.000 0.240 0.060
#> SRR1085259 1 0.6233 0.521 0.552 0.000 0.388 0.060
#> SRR1477732 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1004 0.903 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1378924 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0707 0.905 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1436280 4 0.5004 0.870 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1312666 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.3858 0.843 0.844 0.000 0.100 0.056
#> SRR1467943 1 0.6074 0.602 0.600 0.000 0.340 0.060
#> SRR808638 3 0.4590 0.738 0.000 0.148 0.792 0.060
#> SRR1099451 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082238 1 0.4055 0.835 0.832 0.000 0.108 0.060
#> SRR1404186 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.6305 0.453 0.516 0.000 0.424 0.060
#> SRR1316463 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.5636 0.584 0.000 0.260 0.680 0.060
#> SRR1077066 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.6005 0.624 0.616 0.000 0.324 0.060
#> SRR1069943 1 0.0376 0.907 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1360194 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.4590 0.740 0.000 0.148 0.792 0.060
#> SRR1410699 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3156 0.865 0.884 0.000 0.068 0.048
#> SRR1383674 3 0.6136 0.277 0.000 0.356 0.584 0.060
#> SRR1442440 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.2224 0.887 0.928 0.000 0.040 0.032
#> SRR1336617 2 0.0707 0.953 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1097811 1 0.6121 0.583 0.588 0.000 0.352 0.060
#> SRR1475785 1 0.1004 0.902 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1347916 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3280 0.755 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR1077667 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.5636 0.584 0.000 0.260 0.680 0.060
#> SRR1472259 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1390179 3 0.3280 0.755 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR1312784 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.6065 0.249 0.276 0.000 0.644 0.080
#> SRR1081332 1 0.3840 0.843 0.844 0.000 0.104 0.052
#> SRR1406709 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458529 2 0.3219 0.669 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1332467 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.4259 0.825 0.816 0.000 0.128 0.056
#> SRR1083868 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.4164 0.337 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1403853 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.3840 0.843 0.844 0.000 0.104 0.052
#> SRR1370107 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 4 0.5004 0.870 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1430839 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.5579 0.599 0.000 0.252 0.688 0.060
#> SRR1487704 2 0.4468 0.445 0.000 0.752 0.232 0.016
#> SRR1344122 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.1792 0.876 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1406394 3 0.4638 0.735 0.000 0.152 0.788 0.060
#> SRR1317653 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.4440 0.743 0.000 0.136 0.804 0.060
#> SRR1336964 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.6262 -0.299 0.000 0.540 0.400 0.060
#> SRR1487547 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.5636 0.584 0.000 0.260 0.680 0.060
#> SRR1091054 1 0.3229 0.863 0.880 0.000 0.072 0.048
#> SRR1316343 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1073899 1 0.3840 0.842 0.844 0.000 0.104 0.052
#> SRR1456093 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.5767 0.534 0.000 0.280 0.660 0.060
#> SRR1452222 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0188 0.976 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.3156 0.865 0.884 0.000 0.068 0.048
#> SRR1083125 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.6091 0.596 0.596 0.000 0.344 0.060
#> SRR1466091 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1349190 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.1452 0.898 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1322186 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466687 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 4 0.5004 0.870 0.000 0.392 0.004 0.604
#> SRR1087704 1 0.0188 0.908 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356643 1 0.6074 0.602 0.600 0.000 0.340 0.060
#> SRR1097708 1 0.4656 0.800 0.784 0.000 0.160 0.056
#> SRR813529 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1352322 1 0.0188 0.908 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.6330 0.401 0.492 0.000 0.448 0.060
#> SRR1390289 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1367785 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.6005 0.624 0.616 0.000 0.324 0.060
#> SRR1388788 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.6074 0.602 0.600 0.000 0.340 0.060
#> SRR1362514 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.6023 0.619 0.612 0.000 0.328 0.060
#> SRR1443399 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.6121 0.583 0.588 0.000 0.352 0.060
#> SRR1443800 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4832 0.787 0.768 0.000 0.176 0.056
#> SRR1444523 1 0.2032 0.889 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1310898 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0336 0.971 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1320445 1 0.1452 0.898 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1081116 1 0.0336 0.907 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333287 2 0.4468 0.445 0.000 0.752 0.232 0.016
#> SRR1454821 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0188 0.976 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1393529 3 0.3280 0.755 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR1102224 2 0.4542 0.445 0.000 0.752 0.228 0.020
#> SRR1074239 1 0.2032 0.889 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1401774 2 0.2589 0.778 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1413262 2 0.0188 0.977 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1336227 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0707 0.905 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1091524 1 0.1004 0.902 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1312577 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.4820 0.793 0.772 0.000 0.168 0.060
#> SRR1437514 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.1042 0.902 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1361883 3 0.2704 0.760 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.909 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.981 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.4832 0.787 0.768 0.000 0.176 0.056
#> SRR1075729 1 0.2926 0.871 0.896 0.000 0.056 0.048
#> SRR1397292 4 0.2647 0.239 0.000 0.120 0.000 0.880
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0290 0.9078 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0798 0.9618 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1456250 2 0.0671 0.9643 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1433708 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0798 0.9616 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.1195 0.9475 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1441768 1 0.0794 0.8997 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.1168 0.9470 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1392456 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.2104 0.7693 0.060 0.000 0.916 0.024 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0162 0.9093 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0404 0.9701 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343546 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.2605 0.8058 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.1478 0.8774 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.4256 0.3082 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0798 0.9618 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.0992 0.9554 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1473232 2 0.1168 0.9470 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1410634 2 0.3521 0.6297 0.000 0.764 0.000 0.232 0.004
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0162 0.9738 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR816794 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.0324 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.4138 0.3822 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.3210 0.7210 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.3983 0.5316 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1357692 4 0.1410 0.7568 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1430703 5 0.3492 0.8928 0.000 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812721 3 0.2054 0.7670 0.052 0.000 0.920 0.028 0.000
#> SRR819486 1 0.3796 0.5720 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0798 0.9618 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1467544 2 0.0162 0.9738 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0566 0.9675 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1080222 1 0.1121 0.8918 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.1121 0.8918 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.3990 0.4550 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004
#> SRR1313625 3 0.2124 0.7523 0.096 0.000 0.900 0.004 0.000
#> SRR1365377 2 0.3196 0.7072 0.000 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1092749 1 0.1270 0.8852 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1389366 4 0.3111 0.5901 0.000 0.144 0.012 0.840 0.004
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.1168 0.9470 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1500071 2 0.0510 0.9679 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1078948 3 0.4088 0.2596 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.2104 0.7693 0.060 0.000 0.916 0.024 0.000
#> SRR807751 1 0.2179 0.8403 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.1478 0.8774 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4088 0.2596 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1487403 3 0.2067 0.7641 0.048 0.000 0.920 0.032 0.000
#> SRR1409046 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1474000 5 0.3492 0.8928 0.000 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1500131 2 0.0162 0.9738 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.0510 0.9679 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1097525 3 0.2270 0.7679 0.076 0.000 0.904 0.020 0.000
#> SRR1432231 2 0.0992 0.9553 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4256 0.2215 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR809565 3 0.3983 0.5316 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0162 0.9093 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.1830 0.9072 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.0451 0.9696 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.4138 0.3822 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323873 4 0.3143 0.7555 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 4 0.2694 0.6313 0.000 0.128 0.004 0.864 0.004
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.2516 0.6456 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416455 2 0.0510 0.9679 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0865 0.9589 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.3774 0.6266 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.2278 0.7330 0.032 0.000 0.908 0.060 0.000
#> SRR1477732 1 0.0290 0.9080 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0162 0.9093 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2230 0.8356 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1908 0.8576 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1436280 5 0.3492 0.8928 0.000 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1312666 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.4201 0.3127 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.2054 0.7670 0.052 0.000 0.920 0.028 0.000
#> SRR808638 4 0.1121 0.7518 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1099451 2 0.0290 0.9711 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082238 1 0.4268 0.1932 0.556 0.000 0.444 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.1965 0.6768 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1316463 2 0.0671 0.9643 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1103072 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0162 0.9738 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1408 0.9354 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105033 4 0.2681 0.6718 0.000 0.108 0.012 0.876 0.004
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.2270 0.7679 0.076 0.000 0.904 0.020 0.000
#> SRR1069943 1 0.0963 0.8955 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 4 0.1740 0.7577 0.000 0.012 0.056 0.932 0.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3895 0.5333 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.3333 0.4027 0.000 0.208 0.000 0.788 0.004
#> SRR1442440 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.3508 0.6686 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.2017 0.8925 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1097811 3 0.1750 0.7533 0.036 0.000 0.936 0.028 0.000
#> SRR1475785 1 0.2127 0.8430 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0771 0.9620 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 4 0.3143 0.7555 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0798 0.9618 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1364975 4 0.2681 0.6718 0.000 0.108 0.012 0.876 0.004
#> SRR1472259 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1390179 4 0.3143 0.7555 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.4088 0.2596 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR1081332 1 0.4249 0.2355 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0566 0.9675 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1458529 2 0.4016 0.5338 0.000 0.716 0.000 0.012 0.272
#> SRR1332467 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078278 3 0.4210 0.3451 0.412 0.000 0.588 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0992 0.9553 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0290 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0771 0.9614 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1420538 2 0.0671 0.9646 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1453747 2 0.4599 0.1693 0.000 0.600 0.000 0.016 0.384
#> SRR1403853 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4249 0.2355 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.3492 0.8928 0.000 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.1408 0.9354 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1473361 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 4 0.2575 0.6819 0.000 0.100 0.012 0.884 0.004
#> SRR1487704 2 0.4135 0.3701 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> SRR1344122 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402027 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1081493 1 0.0703 0.9014 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.2771 0.8195 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128
#> SRR1406394 4 0.1282 0.7508 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 4 0.1410 0.7568 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 4 0.4403 -0.0879 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087752 4 0.2681 0.6718 0.000 0.108 0.012 0.876 0.004
#> SRR1091054 1 0.3999 0.4826 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0898 0.9581 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1073899 1 0.4227 0.2751 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.0324 0.9718 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 4 0.2694 0.6313 0.000 0.128 0.004 0.864 0.004
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444701 2 0.1124 0.9474 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0992 0.9558 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1410550 2 0.1082 0.9511 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.3895 0.5333 0.680 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.2067 0.7641 0.048 0.000 0.920 0.032 0.000
#> SRR1466091 2 0.0898 0.9586 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1090119 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447481 2 0.1124 0.9474 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.0898 0.9581 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1124 0.9473 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1102998 2 0.0290 0.9720 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1444978 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.2605 0.8058 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.1764 0.9122 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0771 0.9618 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1420391 5 0.3492 0.8928 0.000 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR1087704 1 0.0880 0.8974 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0579 0.9671 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1337816 2 0.1168 0.9477 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0671 0.9648 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1356643 3 0.1981 0.7645 0.048 0.000 0.924 0.028 0.000
#> SRR1097708 3 0.4047 0.5705 0.320 0.000 0.676 0.004 0.000
#> SRR813529 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1352322 1 0.0794 0.8999 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.2280 0.6589 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0451 0.9692 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1367785 2 0.0510 0.9679 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0794 0.8997 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.2270 0.7679 0.076 0.000 0.904 0.020 0.000
#> SRR1388788 2 0.0162 0.9739 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.2054 0.7670 0.052 0.000 0.920 0.028 0.000
#> SRR1362514 2 0.0771 0.9620 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1454031 3 0.2104 0.7693 0.060 0.000 0.916 0.024 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0992 0.9553 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1488307 3 0.1750 0.7533 0.036 0.000 0.936 0.028 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.3906 0.6200 0.292 0.000 0.704 0.004 0.000
#> SRR1444523 1 0.3336 0.6998 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0290 0.9711 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1320445 1 0.2605 0.8058 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.1043 0.8931 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.4135 0.3701 0.000 0.656 0.000 0.340 0.004
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0794 0.9576 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1393529 4 0.3143 0.7555 0.000 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1102224 2 0.4182 0.3357 0.000 0.644 0.000 0.352 0.004
#> SRR1074239 1 0.3336 0.6998 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.2843 0.7931 0.000 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1413262 2 0.0865 0.9589 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1336227 2 0.0671 0.9648 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1069991 1 0.1608 0.8715 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.2179 0.8398 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 3 0.4088 0.4718 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.1965 0.8530 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1361883 4 0.2966 0.7710 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9107 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 3 0.3906 0.6200 0.292 0.000 0.704 0.004 0.000
#> SRR1075729 1 0.3857 0.5517 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2304 0.4194 0.000 0.000 0.048 0.044 0.908
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0405 0.8956 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1330831 2 0.1949 0.8924 0.000 0.904 0.000 0.004 0.088 0.004
#> SRR1456250 2 0.1364 0.9197 0.000 0.944 0.004 0.004 0.048 0.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1732 0.9048 0.000 0.920 0.000 0.004 0.072 0.004
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.4041 0.7408 0.000 0.772 0.008 0.112 0.108 0.000
#> SRR1441768 1 0.1007 0.8827 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1356976 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.4184 0.7075 0.000 0.752 0.004 0.124 0.120 0.000
#> SRR1392456 2 0.0291 0.9428 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.1257 0.7107 0.028 0.000 0.020 0.000 0.000 0.952
#> SRR1457080 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0146 0.9445 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404362 1 0.0146 0.8980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490635 2 0.0858 0.9328 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.3101 0.7835 0.820 0.000 0.000 0.032 0.000 0.148
#> SRR1084505 1 0.1951 0.8552 0.908 0.000 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1376476 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.5106 0.3090 0.396 0.000 0.000 0.084 0.000 0.520
#> SRR1397781 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0363 0.9419 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1334055 2 0.1949 0.8924 0.000 0.904 0.000 0.004 0.088 0.004
#> SRR1329131 2 0.0146 0.9443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.2454 0.8677 0.000 0.876 0.004 0.016 0.104 0.000
#> SRR1473232 2 0.4143 0.7136 0.000 0.756 0.004 0.120 0.120 0.000
#> SRR1410634 2 0.5002 0.4605 0.000 0.636 0.228 0.136 0.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0146 0.9445 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.3211 0.8143 0.000 0.824 0.000 0.120 0.056 0.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.5025 0.3413 0.560 0.000 0.000 0.084 0.000 0.356
#> SRR1430088 2 0.1812 0.8898 0.000 0.912 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.4002 0.6929 0.744 0.000 0.000 0.068 0.000 0.188
#> SRR1085235 6 0.4851 0.4938 0.272 0.000 0.000 0.096 0.000 0.632
#> SRR1357692 3 0.0790 0.7221 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1430703 5 0.0260 0.3525 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1086020 2 0.0363 0.9419 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0146 0.9443 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812721 6 0.1237 0.7088 0.020 0.000 0.020 0.004 0.000 0.956
#> SRR819486 1 0.4645 0.5351 0.648 0.000 0.000 0.076 0.000 0.276
#> SRR1465248 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.1949 0.8924 0.000 0.904 0.000 0.004 0.088 0.004
#> SRR1467544 2 0.0146 0.9445 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.1082 0.9269 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1080222 1 0.1701 0.8646 0.920 0.000 0.000 0.008 0.000 0.072
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0291 0.9428 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.1757 0.8622 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1090431 2 0.0146 0.9443 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.5581 0.2457 0.000 0.552 0.304 0.136 0.008 0.000
#> SRR1313625 6 0.3185 0.6498 0.048 0.000 0.004 0.116 0.000 0.832
#> SRR1365377 2 0.4653 0.5718 0.000 0.684 0.196 0.120 0.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.1719 0.8660 0.924 0.000 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR1389366 3 0.2726 0.6063 0.000 0.136 0.848 0.008 0.008 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.4184 0.7075 0.000 0.752 0.004 0.124 0.120 0.000
#> SRR1500071 2 0.1003 0.9321 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1078948 6 0.4144 0.2769 0.000 0.000 0.360 0.020 0.000 0.620
#> SRR1099765 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 6 0.1257 0.7107 0.028 0.000 0.020 0.000 0.000 0.952
#> SRR807751 1 0.2887 0.8084 0.844 0.000 0.000 0.036 0.000 0.120
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.1951 0.8552 0.908 0.000 0.000 0.016 0.000 0.076
#> SRR1329530 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 6 0.4144 0.2769 0.000 0.000 0.360 0.020 0.000 0.620
#> SRR1487403 6 0.1346 0.7051 0.016 0.000 0.024 0.008 0.000 0.952
#> SRR1409046 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1474000 5 0.0260 0.3525 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1500131 2 0.2882 0.8210 0.000 0.848 0.004 0.120 0.028 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0146 0.9443 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362664 2 0.1003 0.9321 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1097525 6 0.1616 0.7088 0.048 0.000 0.020 0.000 0.000 0.932
#> SRR1432231 2 0.2308 0.8709 0.000 0.880 0.000 0.008 0.108 0.004
#> SRR1500516 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.5118 0.1887 0.512 0.000 0.000 0.084 0.000 0.404
#> SRR809565 6 0.4851 0.4938 0.272 0.000 0.000 0.096 0.000 0.632
#> SRR1476974 1 0.0146 0.8980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360258 2 0.3398 0.7911 0.000 0.808 0.016 0.008 0.160 0.008
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0363 0.9419 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.1219 0.9240 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.5025 0.3413 0.560 0.000 0.000 0.084 0.000 0.356
#> SRR1340966 2 0.0458 0.9410 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323873 3 0.3202 0.7238 0.000 0.000 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.2556 0.6407 0.000 0.120 0.864 0.008 0.008 0.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.3190 0.5943 0.000 0.000 0.136 0.044 0.000 0.820
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0405 0.9415 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1416455 2 0.1003 0.9321 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1477292 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.2006 0.8834 0.000 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 6 0.5231 0.5058 0.268 0.000 0.008 0.112 0.000 0.612
#> SRR1085259 6 0.2371 0.6812 0.016 0.000 0.052 0.032 0.000 0.900
#> SRR1477732 1 0.0363 0.8953 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356509 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0146 0.8980 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368094 1 0.2858 0.8078 0.844 0.000 0.000 0.032 0.000 0.124
#> SRR1378924 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.2510 0.8313 0.872 0.000 0.000 0.028 0.000 0.100
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1436280 5 0.0806 0.3316 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1312666 2 0.0458 0.9407 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR810153 1 0.5071 0.2789 0.540 0.000 0.000 0.084 0.000 0.376
#> SRR1467943 6 0.1237 0.7088 0.020 0.000 0.020 0.004 0.000 0.956
#> SRR808638 3 0.0806 0.7160 0.000 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR1099451 2 0.2302 0.8452 0.000 0.872 0.008 0.120 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.5128 0.1606 0.504 0.000 0.000 0.084 0.000 0.412
#> SRR1404186 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 6 0.2384 0.6337 0.000 0.000 0.084 0.032 0.000 0.884
#> SRR1316463 2 0.1364 0.9197 0.000 0.944 0.004 0.004 0.048 0.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1356997 2 0.2398 0.8762 0.000 0.888 0.004 0.080 0.028 0.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0458 0.9410 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.2766 0.8351 0.000 0.844 0.000 0.008 0.140 0.008
#> SRR1319502 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.2325 0.6703 0.000 0.100 0.884 0.008 0.008 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 6 0.1616 0.7088 0.048 0.000 0.020 0.000 0.000 0.932
#> SRR1069943 1 0.1367 0.8774 0.944 0.000 0.000 0.012 0.000 0.044
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.1452 0.7201 0.000 0.004 0.948 0.008 0.008 0.032
#> SRR1410699 2 0.0547 0.9395 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.4793 0.4991 0.628 0.000 0.000 0.084 0.000 0.288
#> SRR1383674 3 0.3292 0.4743 0.000 0.200 0.784 0.008 0.008 0.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.4431 0.6259 0.692 0.000 0.000 0.080 0.000 0.228
#> SRR1336617 2 0.3571 0.7649 0.000 0.788 0.016 0.008 0.180 0.008
#> SRR1097811 6 0.2001 0.6941 0.016 0.000 0.020 0.044 0.000 0.920
#> SRR1475785 1 0.2826 0.8067 0.844 0.000 0.000 0.028 0.000 0.128
#> SRR1347916 2 0.1753 0.8992 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3202 0.7238 0.000 0.000 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR1077667 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.1949 0.8924 0.000 0.904 0.000 0.004 0.088 0.004
#> SRR1354035 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1556 0.8919 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.2325 0.6703 0.000 0.100 0.884 0.008 0.008 0.000
#> SRR1472259 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1390179 3 0.3202 0.7238 0.000 0.000 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR1312784 2 0.0363 0.9419 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1069850 6 0.4144 0.2769 0.000 0.000 0.360 0.020 0.000 0.620
#> SRR1081332 1 0.5112 0.2024 0.516 0.000 0.000 0.084 0.000 0.400
#> SRR1406709 2 0.1082 0.9269 0.000 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1458529 2 0.5602 0.2140 0.000 0.548 0.016 0.080 0.348 0.008
#> SRR1332467 2 0.0547 0.9395 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1078278 6 0.5177 0.3452 0.364 0.000 0.004 0.084 0.000 0.548
#> SRR1083868 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.2355 0.8679 0.000 0.876 0.000 0.008 0.112 0.004
#> SRR1333167 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.1141 0.9234 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.1701 0.9045 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072 0.000
#> SRR1420538 2 0.1349 0.9177 0.000 0.940 0.000 0.000 0.056 0.004
#> SRR1453747 5 0.5712 0.0663 0.000 0.412 0.016 0.080 0.484 0.008
#> SRR1403853 2 0.2331 0.8665 0.000 0.888 0.000 0.080 0.032 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.1010 0.9303 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.5112 0.2024 0.516 0.000 0.000 0.084 0.000 0.400
#> SRR1370107 2 0.0632 0.9379 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0260 0.3525 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.2766 0.8351 0.000 0.844 0.000 0.008 0.140 0.008
#> SRR1473361 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090626 3 0.2225 0.6761 0.000 0.092 0.892 0.008 0.008 0.000
#> SRR1487704 2 0.5673 0.1509 0.000 0.520 0.336 0.136 0.008 0.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1081493 1 0.1082 0.8830 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1076940 2 0.0146 0.9443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.1204 0.9120 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.4423 0.6761 0.000 0.732 0.016 0.044 0.200 0.008
#> SRR1406394 3 0.0717 0.7148 0.000 0.000 0.976 0.008 0.000 0.016
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0790 0.7221 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1336964 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.4280 0.0729 0.000 0.428 0.556 0.008 0.008 0.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.2325 0.6703 0.000 0.100 0.884 0.008 0.008 0.000
#> SRR1091054 1 0.4889 0.4473 0.604 0.000 0.000 0.084 0.000 0.312
#> SRR1316343 2 0.3785 0.7537 0.000 0.788 0.004 0.120 0.088 0.000
#> SRR1073899 1 0.5093 0.2414 0.528 0.000 0.000 0.084 0.000 0.388
#> SRR1456093 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.1204 0.9197 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2556 0.6407 0.000 0.120 0.864 0.008 0.008 0.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.0405 0.9415 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1444701 2 0.2698 0.8517 0.000 0.860 0.004 0.008 0.120 0.008
#> SRR1329687 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.2009 0.8942 0.000 0.904 0.008 0.004 0.084 0.000
#> SRR1410550 2 0.2467 0.8725 0.000 0.880 0.008 0.008 0.100 0.004
#> SRR1473209 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.4793 0.4991 0.628 0.000 0.000 0.084 0.000 0.288
#> SRR1083125 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 6 0.1346 0.7051 0.016 0.000 0.024 0.008 0.000 0.952
#> SRR1466091 2 0.2205 0.8865 0.000 0.896 0.004 0.008 0.088 0.004
#> SRR1090119 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1337516 2 0.0260 0.9432 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1498290 2 0.1700 0.8908 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004 0.000
#> SRR1330770 2 0.0146 0.9444 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0405 0.9415 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1447481 2 0.2698 0.8517 0.000 0.860 0.004 0.008 0.120 0.008
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.3785 0.7537 0.000 0.788 0.004 0.120 0.088 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.2698 0.8517 0.000 0.860 0.004 0.008 0.120 0.008
#> SRR1102998 2 0.1049 0.9300 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032 0.000
#> SRR1444978 2 0.0405 0.9415 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0806 0.9371 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.3101 0.7835 0.820 0.000 0.000 0.032 0.000 0.148
#> SRR1322186 2 0.3271 0.8013 0.000 0.816 0.012 0.008 0.156 0.008
#> SRR1466687 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3415 0.8196 0.000 0.820 0.000 0.080 0.096 0.004
#> SRR1420391 5 0.0520 0.3273 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR1087704 1 0.1265 0.8791 0.948 0.000 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1464897 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1588 0.9077 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072 0.000
#> SRR1337816 2 0.2631 0.8520 0.000 0.860 0.004 0.008 0.124 0.004
#> SRR1322070 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.1501 0.9070 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1356643 6 0.1262 0.7053 0.016 0.000 0.020 0.008 0.000 0.956
#> SRR1097708 6 0.4836 0.5041 0.268 0.000 0.004 0.084 0.000 0.644
#> SRR813529 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1352322 1 0.1219 0.8796 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1498661 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 6 0.2605 0.6184 0.000 0.000 0.108 0.028 0.000 0.864
#> SRR1390289 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.2600 0.8346 0.000 0.860 0.008 0.124 0.008 0.000
#> SRR1367785 2 0.1003 0.9321 0.000 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1470057 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.1007 0.8827 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1095675 6 0.1616 0.7088 0.048 0.000 0.020 0.000 0.000 0.932
#> SRR1388788 2 0.0291 0.9428 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.1237 0.7088 0.020 0.000 0.020 0.004 0.000 0.956
#> SRR1362514 2 0.1753 0.8992 0.000 0.912 0.000 0.000 0.084 0.004
#> SRR1454031 6 0.1334 0.7106 0.032 0.000 0.020 0.000 0.000 0.948
#> SRR1443399 2 0.0146 0.9444 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.2355 0.8679 0.000 0.876 0.000 0.008 0.112 0.004
#> SRR1488307 6 0.2001 0.6941 0.016 0.000 0.020 0.044 0.000 0.920
#> SRR1443800 2 0.0363 0.9419 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0260 0.8969 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1357456 6 0.4909 0.5284 0.244 0.000 0.012 0.084 0.000 0.660
#> SRR1444523 1 0.4223 0.6625 0.720 0.000 0.000 0.076 0.000 0.204
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.2302 0.8452 0.000 0.872 0.008 0.120 0.000 0.000
#> SRR1320445 1 0.3101 0.7835 0.820 0.000 0.000 0.032 0.000 0.148
#> SRR1081116 1 0.1500 0.8731 0.936 0.000 0.000 0.012 0.000 0.052
#> SRR1333287 2 0.5673 0.1509 0.000 0.520 0.336 0.136 0.008 0.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.3670 0.8021 0.000 0.808 0.012 0.080 0.100 0.000
#> SRR1393529 3 0.3202 0.7238 0.000 0.000 0.816 0.040 0.000 0.144
#> SRR1102224 2 0.5700 0.1089 0.000 0.508 0.348 0.136 0.008 0.000
#> SRR1074239 1 0.4223 0.6625 0.720 0.000 0.000 0.076 0.000 0.204
#> SRR1401774 2 0.3380 0.6762 0.000 0.748 0.004 0.004 0.244 0.000
#> SRR1413262 2 0.2006 0.8834 0.000 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1336227 2 0.1556 0.9046 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1069991 1 0.2199 0.8446 0.892 0.000 0.000 0.020 0.000 0.088
#> SRR1091524 1 0.2868 0.8032 0.840 0.000 0.000 0.028 0.000 0.132
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.4971 0.4670 0.300 0.000 0.000 0.096 0.000 0.604
#> SRR1437514 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.2696 0.8177 0.856 0.000 0.000 0.028 0.000 0.116
#> SRR1361883 3 0.2999 0.7383 0.000 0.000 0.836 0.040 0.000 0.124
#> SRR1378262 1 0.0000 0.8993 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9454 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 6 0.4909 0.5284 0.244 0.000 0.012 0.084 0.000 0.660
#> SRR1075729 1 0.4711 0.5202 0.640 0.000 0.000 0.080 0.000 0.280
#> SRR1397292 4 0.3489 0.0000 0.000 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.993 0.4699 0.533 0.533
#> 3 3 1.000 0.968 0.984 0.2042 0.892 0.800
#> 4 4 0.739 0.750 0.859 0.1663 0.920 0.823
#> 5 5 0.766 0.734 0.778 0.1117 0.823 0.549
#> 6 6 0.788 0.845 0.884 0.0684 0.940 0.757
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.373 0.920 0.928 0.072
#> SRR1474000 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341209 2 0.966 0.362 0.392 0.608
#> SRR1436280 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR808638 2 0.506 0.869 0.112 0.888
#> SRR1099451 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077066 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.388 0.912 0.076 0.924
#> SRR1472259 1 0.327 0.934 0.940 0.060
#> SRR1390179 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487704 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1402027 2 0.971 0.340 0.400 0.600
#> SRR1081493 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1317653 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343072 2 0.714 0.755 0.196 0.804
#> SRR1336964 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090119 2 0.996 0.144 0.464 0.536
#> SRR1337516 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR813529 2 0.988 0.235 0.436 0.564
#> SRR1352322 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.913 0.504 0.672 0.328
#> SRR1378262 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456250 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433708 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1398272 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1436583 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1420413 2 0.0747 0.9861 0.000 0.984 0.016
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466597 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1392456 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0892 0.9701 0.020 0.000 0.980
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343546 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405921 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1362928 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334055 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1329131 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1102198 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473232 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1410634 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1353332 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1362332 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR816794 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1353577 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1077380 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1311464 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1327454 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.6305 0.0643 0.516 0.000 0.484
#> SRR1357692 3 0.0000 0.9674 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.6295 0.1156 0.000 0.528 0.472
#> SRR1086020 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334181 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1087271 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR812721 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR819486 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318624 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467544 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476384 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1419941 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1313625 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1365377 2 0.0747 0.9861 0.000 0.984 0.016
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.5216 0.6556 0.000 0.740 0.260
#> SRR1359509 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444043 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500071 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078948 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0892 0.9701 0.020 0.000 0.980
#> SRR807751 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323002 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343698 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1487403 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1409046 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1474000 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500131 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1362664 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097525 3 0.0892 0.9701 0.020 0.000 0.980
#> SRR1432231 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.3482 0.8487 0.872 0.000 0.128
#> SRR809565 3 0.0892 0.9701 0.020 0.000 0.980
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310876 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404951 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1374355 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499260 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1395682 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323873 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.0892 0.9575 0.000 0.020 0.980
#> SRR1338489 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1439697 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1329642 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341945 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418262 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1458380 2 0.0747 0.9861 0.000 0.984 0.016
#> SRR1400489 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1416455 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1477292 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096924 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1308269 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367172 1 0.5905 0.4604 0.648 0.000 0.352
#> SRR1085259 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341209 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1436280 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1312666 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR810153 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR808638 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1099451 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1082238 3 0.6180 0.2722 0.416 0.000 0.584
#> SRR1404186 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446716 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073971 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1316463 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1103072 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1356997 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409326 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485020 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1387113 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1105033 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.0892 0.9701 0.020 0.000 0.980
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR814108 3 0.0000 0.9674 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405461 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323312 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.0592 0.9582 0.000 0.012 0.988
#> SRR1442440 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097811 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1477522 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098002 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1364975 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1472259 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1390179 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1312784 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1069850 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1458529 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332467 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1333167 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418492 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476652 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1470624 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1081068 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1324473 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1420538 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1453747 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1403853 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1378707 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083504 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1437598 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1376807 1 0.4002 0.8084 0.840 0.000 0.160
#> SRR1370107 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1369008 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385672 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1430839 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098098 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473361 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348507 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090626 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1487704 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1344122 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1402027 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR816096 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1440809 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406394 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1317653 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1343072 3 0.0000 0.9674 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336964 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1358624 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467194 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4654 0.7420 0.000 0.792 0.208
#> SRR1487547 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1087752 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399291 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336863 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1456771 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1329663 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1445426 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0892 0.9575 0.000 0.020 0.980
#> SRR1452222 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1468096 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1334011 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444701 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0747 0.9861 0.000 0.984 0.016
#> SRR1410550 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1466091 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090119 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1337516 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1498290 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330770 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1489349 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1457336 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447481 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1102176 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1323215 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466770 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1093366 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1434631 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1102998 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444978 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432165 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1441913 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1319038 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1466687 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1420391 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337816 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1322070 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1476324 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1499652 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1356643 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1097708 1 0.4555 0.7518 0.800 0.000 0.200
#> SRR813529 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1390289 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9863 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407000 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367785 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1470057 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0892 0.9701 0.020 0.000 0.980
#> SRR1388788 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1362514 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1454031 3 0.2356 0.9190 0.072 0.000 0.928
#> SRR1443399 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1101280 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340680 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488307 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1443800 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1317110 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1090334 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4121 0.7977 0.832 0.000 0.168
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1454821 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1348792 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1393529 3 0.0747 0.9724 0.016 0.000 0.984
#> SRR1102224 3 0.5058 0.6556 0.000 0.244 0.756
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0424 0.9854 0.000 0.992 0.008
#> SRR1413262 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1336227 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0424 0.9681 0.000 0.008 0.992
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0424 0.9868 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073655 1 0.3941 0.8137 0.844 0.000 0.156
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9842 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.6302 0.0865 0.000 0.520 0.480
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1456250 2 0.4977 0.5256 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1433708 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0817 0.8136 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0817 0.8136 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1436583 2 0.2281 0.8016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1420413 4 0.4331 0.2877 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.4356 0.7370 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1466597 4 0.1474 0.5015 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1392456 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1405921 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.3837 0.7618 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1089207 1 0.2921 0.8236 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0469 0.9667 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1329131 2 0.0469 0.8137 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1102198 2 0.4933 0.5905 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1473232 4 0.4643 0.0603 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1410634 4 0.3907 0.3785 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1353332 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR816794 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1353577 2 0.4994 -0.0987 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1077380 2 0.4454 0.7314 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1407693 3 0.4941 0.2961 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1430088 2 0.0188 0.8138 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311464 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.4193 0.7452 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.3688 0.7273 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1085235 3 0.4072 0.5851 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1357692 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1430703 4 0.5926 0.4726 0.000 0.116 0.192 0.692
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1087271 2 0.4040 0.7531 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR812721 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.1557 0.9224 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1318624 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1476384 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.3528 0.7462 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0817 0.8136 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1405311 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.2011 0.8053 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1498505 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.1557 0.5018 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1313625 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.4522 0.1755 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 4 0.2300 0.4877 0.000 0.016 0.064 0.920
#> SRR1359509 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.4605 0.0569 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1500071 2 0.2530 0.7593 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1078948 3 0.3356 0.6032 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.2345 0.8007 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1343698 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.3356 0.6032 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1487403 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.4761 0.3180 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1474000 4 0.4941 0.2352 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1500131 2 0.4697 0.6898 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.4585 0.7136 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1362664 2 0.1792 0.7847 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1097525 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.4643 0.5031 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR809565 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1310876 2 0.2281 0.8016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1395682 2 0.3024 0.7553 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.4382 0.5586 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3649 0.5756 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1475233 2 0.0707 0.8137 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1400008 4 0.4697 0.3677 0.000 0.008 0.296 0.696
#> SRR1338489 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1439697 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1341945 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1418262 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1458380 2 0.4730 0.6719 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1400489 2 0.4790 0.6596 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1416455 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1477292 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1096924 2 0.3024 0.7119 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1308269 2 0.0592 0.8072 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367172 3 0.4585 0.5252 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.4222 0.7441 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.4605 0.3880 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1436280 2 0.4989 -0.1014 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1312666 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR810153 3 0.4888 0.3581 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1467943 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808638 4 0.4925 0.1966 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR1099451 2 0.3356 0.7826 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1082238 3 0.3837 0.5990 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1404186 2 0.4454 0.7316 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.4454 0.7314 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1446716 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1073971 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.4907 0.6003 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1103072 2 0.4356 0.7370 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1420129 2 0.0707 0.8137 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1382639 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1356997 2 0.4643 0.7093 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1409326 2 0.4193 0.7452 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.4331 0.7382 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1105033 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1077066 2 0.0707 0.8137 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1099931 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1410699 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1405461 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1323312 2 0.0188 0.8138 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3649 0.7334 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1383674 4 0.4543 0.3430 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1442440 2 0.4222 0.7441 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.1118 0.7969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1097811 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.1389 0.7894 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1477522 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3356 0.6032 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0707 0.8137 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1364975 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1472259 3 0.3801 0.5577 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR1390179 3 0.3356 0.6032 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1312784 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.3688 0.5715 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1081332 3 0.4941 0.2961 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1406709 2 0.4790 0.6596 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1458529 2 0.3266 0.7126 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1332467 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1078278 3 0.4888 0.3581 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.1557 0.7844 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1333167 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1418492 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1470624 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1324473 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1420538 2 0.1637 0.7956 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1453747 2 0.4790 0.5767 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1403853 2 0.4866 0.6447 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1378707 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1437598 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.4543 0.5385 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1370107 2 0.4454 0.7314 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1369008 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1385672 4 0.2973 0.5230 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1430839 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1473361 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1487704 4 0.4406 0.4581 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1344122 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1402027 3 0.4605 0.3880 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0469 0.8137 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR816096 2 0.0188 0.8138 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440809 2 0.1211 0.7944 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1406394 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1317653 2 0.2281 0.8016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1343072 4 0.4948 0.1664 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0817 0.8136 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 4 0.4343 0.4419 0.000 0.264 0.004 0.732
#> SRR1487547 2 0.4454 0.7316 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1087752 4 0.4843 0.2660 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR1091054 1 0.3837 0.7006 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1316343 2 0.4992 0.5223 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1073899 3 0.4948 0.2847 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1456093 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1399291 2 0.0707 0.8137 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1336863 2 0.2281 0.8016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1456771 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1445426 2 0.1118 0.7969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 4 0.4722 0.3633 0.000 0.008 0.300 0.692
#> SRR1452222 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1468096 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1334011 2 0.4776 0.6647 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1444701 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0592 0.8136 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.4898 0.5982 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1410550 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 3 0.4981 0.2106 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0592 0.8136 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1072578 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.4304 0.4751 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1337516 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1489349 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1457336 2 0.4522 0.7241 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1447481 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1102176 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323215 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1466770 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1093366 2 0.2281 0.8016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1434631 2 0.4992 0.5223 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1557 0.7844 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1102998 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1444978 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1432165 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1441913 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1319038 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1338603 2 0.0817 0.8136 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.3688 0.7273 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1322186 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1466687 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0921 0.8014 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1420391 4 0.4746 0.2549 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337816 2 0.1118 0.7969 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1322070 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1476324 2 0.0469 0.8137 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499652 2 0.3688 0.6555 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1356643 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 3 0.4454 0.5562 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR813529 3 0.3907 0.5440 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.3907 0.7425 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1351955 2 0.0707 0.8137 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1336988 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1407000 2 0.4761 0.6739 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1367785 2 0.0707 0.8054 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1470057 2 0.4356 0.7370 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.4564 0.7215 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.1637 0.7984 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1454031 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.4500 0.7271 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1101280 2 0.0469 0.8137 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1340680 2 0.0817 0.8035 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1488307 3 0.0000 0.7105 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.4624 0.7064 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1090334 2 0.2281 0.8016 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.4543 0.5385 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0336 0.8137 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1320445 1 0.3688 0.7273 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 4 0.4713 0.4134 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1454821 2 0.4477 0.7298 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1348792 2 0.2011 0.7950 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1393529 3 0.3688 0.5715 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1102224 4 0.1356 0.4851 0.000 0.008 0.032 0.960
#> SRR1074239 1 0.1716 0.9140 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1401774 2 0.4992 0.4911 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1413262 2 0.3688 0.6338 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1336227 2 0.2530 0.7593 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.3726 0.7208 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.8132 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.4277 0.4810 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.1716 0.7959 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1073655 3 0.4543 0.5385 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9779 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 4 0.5963 0.4696 0.000 0.116 0.196 0.688
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.1043 0.95481 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.4256 0.86324 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1456250 4 0.6667 -0.06170 0.000 0.364 0.000 0.404 0.232
#> SRR1433708 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1432783 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1398272 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1436583 4 0.4060 -0.37647 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1420413 5 0.6356 0.44002 0.000 0.364 0.000 0.168 0.468
#> SRR1441768 1 0.1341 0.94633 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.5498 0.50682 0.000 0.356 0.000 0.076 0.568
#> SRR1392456 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0000 0.76585 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1343546 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1362928 4 0.2230 0.58472 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1089207 1 0.5342 0.34682 0.612 0.076 0.312 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2450 0.90826 0.896 0.076 0.028 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1334055 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1329131 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 4 0.6661 -0.05454 0.000 0.356 0.000 0.412 0.232
#> SRR1473232 2 0.6806 -0.48535 0.000 0.356 0.000 0.296 0.348
#> SRR1410634 4 0.6071 0.21192 0.000 0.284 0.000 0.556 0.160
#> SRR1353332 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.5396 -0.39738 0.000 0.560 0.000 0.064 0.376
#> SRR1077380 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 3 0.4431 0.70170 0.216 0.052 0.732 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1311464 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1327454 4 0.0703 0.76581 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 3 0.5420 0.56674 0.332 0.076 0.592 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.2446 0.76905 0.056 0.044 0.900 0.000 0.000
#> SRR1357692 5 0.2605 0.64439 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1430703 5 0.4430 0.53118 0.000 0.360 0.000 0.012 0.628
#> SRR1086020 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 4 0.2280 0.57437 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR812721 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.3741 0.80237 0.816 0.076 0.108 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.6274 -0.12572 0.000 0.432 0.000 0.420 0.148
#> SRR1080222 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1405311 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.1341 0.94633 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.4306 0.78475 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1498505 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1419941 5 0.5547 0.50439 0.000 0.356 0.000 0.080 0.564
#> SRR1313625 3 0.0162 0.76608 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1365377 5 0.6789 0.15593 0.000 0.284 0.000 0.348 0.368
#> SRR1092749 1 0.0609 0.96348 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 5 0.0000 0.64248 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1444043 2 0.6818 -0.47594 0.000 0.356 0.000 0.316 0.328
#> SRR1500071 2 0.5861 0.37831 0.000 0.592 0.000 0.260 0.148
#> SRR1078948 5 0.4562 0.34256 0.000 0.008 0.492 0.000 0.500
#> SRR1099765 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.76585 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1323002 4 0.3684 -0.04131 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1343698 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1330176 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 5 0.4562 0.34256 0.000 0.008 0.492 0.000 0.500
#> SRR1487403 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1409046 5 0.4298 0.55057 0.000 0.008 0.352 0.000 0.640
#> SRR1474000 5 0.5252 0.51544 0.000 0.364 0.000 0.056 0.580
#> SRR1500131 4 0.3992 0.48932 0.000 0.268 0.000 0.720 0.012
#> SRR1415854 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.0290 0.79354 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1362664 2 0.5058 0.74461 0.000 0.576 0.000 0.384 0.040
#> SRR1097525 3 0.0000 0.76585 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.3506 0.75241 0.132 0.044 0.824 0.000 0.000
#> SRR809565 3 0.0794 0.76481 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1310876 4 0.3966 -0.28565 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1404951 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1374355 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1499260 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.4929 0.10403 0.000 0.716 0.000 0.136 0.148
#> SRR1362579 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1473100 3 0.5375 0.58832 0.320 0.076 0.604 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1323873 5 0.4380 0.53134 0.000 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR1475233 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1400008 5 0.0000 0.64248 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1341945 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1418262 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1458380 4 0.4665 0.57258 0.000 0.112 0.000 0.740 0.148
#> SRR1400489 4 0.5460 0.50394 0.000 0.196 0.000 0.656 0.148
#> SRR1416455 2 0.4504 0.83951 0.000 0.564 0.000 0.428 0.008
#> SRR1477292 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.5831 0.25176 0.000 0.608 0.000 0.172 0.220
#> SRR1308269 2 0.4256 0.86324 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1367172 3 0.3460 0.75426 0.128 0.044 0.828 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.1956 0.92726 0.916 0.076 0.008 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0510 0.77831 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1100395 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1341209 5 0.4327 0.54563 0.000 0.008 0.360 0.000 0.632
#> SRR1436280 5 0.5484 0.49065 0.000 0.392 0.000 0.068 0.540
#> SRR1312666 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 3 0.4066 0.72304 0.188 0.044 0.768 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR808638 5 0.3642 0.61400 0.000 0.008 0.232 0.000 0.760
#> SRR1099451 4 0.3913 0.49727 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1082238 3 0.1992 0.76976 0.032 0.044 0.924 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.0162 0.79516 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1479721 1 0.1197 0.95063 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.6667 -0.06170 0.000 0.364 0.000 0.404 0.232
#> SRR1103072 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1382639 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.3177 0.61077 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1409326 4 0.1410 0.70453 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1485020 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1387113 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 5 0.2471 0.64607 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1077066 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1099931 3 0.0000 0.76585 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR814108 5 0.2605 0.64439 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1410699 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.4283 0.84648 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0162 0.96987 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.5461 0.54123 0.344 0.076 0.580 0.000 0.000
#> SRR1383674 5 0.0000 0.64248 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442440 4 0.0162 0.79493 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1404461 1 0.1831 0.93052 0.920 0.076 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.4455 0.82788 0.000 0.588 0.000 0.404 0.008
#> SRR1097811 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.1831 0.93052 0.920 0.076 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4403 0.80278 0.000 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR1477522 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1098002 5 0.4559 0.36645 0.000 0.008 0.480 0.000 0.512
#> SRR1077667 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1364975 5 0.3318 0.63018 0.000 0.008 0.192 0.000 0.800
#> SRR1472259 5 0.4367 0.53559 0.000 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR1390179 5 0.4559 0.36645 0.000 0.008 0.480 0.000 0.512
#> SRR1312784 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1069850 5 0.4380 0.53134 0.000 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR1081332 3 0.4355 0.69900 0.224 0.044 0.732 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.5268 0.52926 0.000 0.172 0.000 0.680 0.148
#> SRR1458529 2 0.4649 -0.00259 0.000 0.716 0.000 0.064 0.220
#> SRR1332467 4 0.0162 0.79512 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1078278 3 0.4066 0.72304 0.188 0.044 0.768 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.4403 0.80289 0.000 0.608 0.000 0.384 0.008
#> SRR1333167 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1476652 2 0.4242 0.85748 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1470624 2 0.4256 0.86324 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1081068 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1324473 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1420538 2 0.5086 0.76226 0.000 0.564 0.000 0.396 0.040
#> SRR1453747 2 0.6756 -0.42034 0.000 0.388 0.000 0.344 0.268
#> SRR1403853 4 0.4585 0.31707 0.000 0.352 0.000 0.628 0.020
#> SRR1378707 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1083504 2 0.4256 0.86324 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1437598 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1376807 3 0.3216 0.76191 0.108 0.044 0.848 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.0290 0.78980 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.4613 0.52898 0.000 0.360 0.000 0.020 0.620
#> SRR1430839 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1098098 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1473361 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1090626 5 0.2648 0.64352 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1487704 5 0.4696 0.52762 0.000 0.360 0.000 0.024 0.616
#> SRR1344122 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 5 0.4327 0.54563 0.000 0.008 0.360 0.000 0.632
#> SRR1081493 1 0.0703 0.96187 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR816096 2 0.4171 0.77990 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1440809 2 0.4299 0.81174 0.000 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1406394 5 0.2605 0.64439 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1317653 4 0.4060 -0.37647 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1343072 5 0.3809 0.60346 0.000 0.008 0.256 0.000 0.736
#> SRR1336964 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1459324 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 5 0.0000 0.64248 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487547 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 5 0.2471 0.64607 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1091054 3 0.5338 0.58471 0.324 0.072 0.604 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.6544 -0.00489 0.000 0.356 0.000 0.440 0.204
#> SRR1073899 3 0.4424 0.69731 0.224 0.048 0.728 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1336863 4 0.4015 -0.33201 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1456771 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1329663 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.4341 0.83133 0.000 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR1389932 1 0.0880 0.95816 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 5 0.0000 0.64248 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.5195 0.53616 0.000 0.168 0.000 0.688 0.144
#> SRR1444701 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.6667 -0.06170 0.000 0.364 0.000 0.404 0.232
#> SRR1410550 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 3 0.4384 0.69572 0.228 0.044 0.728 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1072578 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1090119 5 0.4327 0.54563 0.000 0.008 0.360 0.000 0.632
#> SRR1337516 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1498290 2 0.3752 0.60917 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1330770 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0609 0.78333 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1447481 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1102176 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 4 0.4060 -0.37647 0.000 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1434631 4 0.6524 0.00339 0.000 0.356 0.000 0.444 0.200
#> SRR1349190 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.4482 0.78762 0.000 0.612 0.000 0.376 0.012
#> SRR1102998 2 0.4256 0.86324 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1444978 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 3 0.5420 0.56674 0.332 0.076 0.592 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3895 0.71356 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1420391 5 0.5874 0.48363 0.000 0.364 0.000 0.108 0.528
#> SRR1087704 1 0.1270 0.94868 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1337816 2 0.4341 0.83133 0.000 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR1322070 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1499652 2 0.5082 -0.18255 0.000 0.664 0.000 0.076 0.260
#> SRR1356643 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1097708 3 0.1992 0.76976 0.032 0.044 0.924 0.000 0.000
#> SRR813529 5 0.4367 0.53559 0.000 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR1352322 1 0.1628 0.94223 0.936 0.056 0.008 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1390289 4 0.5861 0.34440 0.000 0.260 0.000 0.592 0.148
#> SRR1351955 2 0.4268 0.86138 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1336988 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.3707 0.48658 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1367785 2 0.4504 0.83951 0.000 0.564 0.000 0.428 0.008
#> SRR1470057 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.1341 0.94633 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0000 0.76585 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.0609 0.78137 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.4590 0.80124 0.000 0.568 0.000 0.420 0.012
#> SRR1454031 3 0.0000 0.76585 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.4273 0.85675 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1340680 2 0.4227 0.85095 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1488307 3 0.0290 0.76327 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1317110 4 0.1478 0.74352 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1090334 4 0.3983 -0.30093 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.3216 0.76191 0.108 0.044 0.848 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.1956 0.92726 0.916 0.076 0.008 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2773 0.64567 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1320445 3 0.5420 0.56674 0.332 0.076 0.592 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.1956 0.92726 0.916 0.076 0.008 0.000 0.000
#> SRR1333287 5 0.5751 0.48930 0.000 0.364 0.000 0.096 0.540
#> SRR1454821 4 0.0000 0.79998 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.4227 0.45944 0.000 0.692 0.000 0.292 0.016
#> SRR1393529 5 0.4380 0.53134 0.000 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR1102224 5 0.0000 0.64248 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.3791 0.79627 0.812 0.076 0.112 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.6764 -0.13293 0.000 0.360 0.000 0.372 0.268
#> SRR1413262 2 0.4576 -0.14800 0.000 0.692 0.000 0.040 0.268
#> SRR1336227 2 0.5752 0.32869 0.000 0.612 0.000 0.240 0.148
#> SRR1069991 1 0.1197 0.95063 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.1671 0.93355 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1341721 3 0.5420 0.56674 0.332 0.076 0.592 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.4262 0.86527 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1382461 1 0.1831 0.93052 0.920 0.076 0.004 0.000 0.000
#> SRR1361883 5 0.4341 0.54248 0.000 0.008 0.364 0.000 0.628
#> SRR1378262 1 0.0000 0.97140 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.5431 0.72712 0.000 0.516 0.000 0.424 0.060
#> SRR1073655 3 0.3216 0.76191 0.108 0.044 0.848 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.1956 0.92726 0.916 0.076 0.008 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.4430 0.53118 0.000 0.360 0.000 0.012 0.628
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.3281 0.8569 0.828 0.000 0.000 0.124 0.012 0.036
#> SRR1330831 2 0.0713 0.9135 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1456250 5 0.2933 0.7557 0.000 0.008 0.032 0.096 0.860 0.004
#> SRR1433708 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0458 0.9185 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1436583 2 0.3864 -0.2764 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000
#> SRR1420413 5 0.1553 0.7643 0.000 0.008 0.032 0.012 0.944 0.004
#> SRR1441768 1 0.3621 0.8367 0.796 0.000 0.000 0.148 0.008 0.048
#> SRR1356976 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.1708 0.7546 0.000 0.000 0.040 0.024 0.932 0.004
#> SRR1392456 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1080951 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812697 6 0.2092 0.8617 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0935 0.9164 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.2762 0.9502 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1089207 6 0.5310 0.4887 0.248 0.000 0.000 0.144 0.004 0.604
#> SRR1084505 1 0.4143 0.8036 0.752 0.000 0.000 0.152 0.004 0.092
#> SRR1376476 4 0.3014 0.9463 0.000 0.184 0.000 0.804 0.012 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.4936 0.7155 0.676 0.000 0.000 0.140 0.008 0.176
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.1141 0.8996 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337495 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.2887 0.7552 0.000 0.008 0.032 0.104 0.856 0.000
#> SRR1473232 5 0.1819 0.7645 0.000 0.008 0.032 0.024 0.932 0.004
#> SRR1410634 4 0.4487 0.5606 0.000 0.068 0.000 0.668 0.264 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479370 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1353577 5 0.1511 0.7607 0.000 0.012 0.032 0.012 0.944 0.000
#> SRR1077380 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.2882 0.8153 0.060 0.000 0.000 0.076 0.004 0.860
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.2762 0.9502 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388437 6 0.3728 0.7662 0.060 0.000 0.000 0.152 0.004 0.784
#> SRR1085235 6 0.1262 0.8667 0.020 0.000 0.008 0.016 0.000 0.956
#> SRR1357692 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1430703 5 0.2335 0.7422 0.000 0.000 0.044 0.024 0.904 0.028
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1087271 4 0.2762 0.9502 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.2402 0.8540 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR819486 1 0.5353 0.5897 0.600 0.000 0.000 0.152 0.004 0.244
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1339065 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0146 0.9245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.4769 0.5740 0.000 0.264 0.000 0.092 0.644 0.000
#> SRR1080222 1 0.4190 0.8123 0.760 0.000 0.000 0.140 0.012 0.088
#> SRR1361777 2 0.1910 0.8109 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.3764 0.8356 0.792 0.000 0.000 0.140 0.012 0.056
#> SRR1090431 2 0.3266 0.4925 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 5 0.1391 0.7532 0.000 0.000 0.040 0.016 0.944 0.000
#> SRR1313625 6 0.2146 0.8626 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000 0.880
#> SRR1365377 4 0.5645 0.0497 0.000 0.068 0.032 0.460 0.440 0.000
#> SRR1092749 1 0.1610 0.8971 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.2402 0.8695 0.000 0.000 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 5 0.2884 0.7409 0.000 0.008 0.032 0.092 0.864 0.004
#> SRR1500071 5 0.3647 0.4565 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1078948 3 0.1152 0.9077 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR1099765 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR818523 6 0.2092 0.8617 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR807751 1 0.4143 0.8036 0.752 0.000 0.000 0.152 0.004 0.092
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.3531 0.7651 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.4279 0.7932 0.740 0.000 0.000 0.152 0.004 0.104
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1082 0.9107 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1487403 6 0.2442 0.8519 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000 0.852
#> SRR1409046 3 0.0790 0.9153 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1474000 5 0.2489 0.7511 0.000 0.004 0.040 0.028 0.900 0.028
#> SRR1500131 4 0.4455 0.6245 0.000 0.080 0.000 0.688 0.232 0.000
#> SRR1415854 1 0.0260 0.9243 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387286 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1362664 2 0.2793 0.7415 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1097525 6 0.2092 0.8617 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1432231 2 0.0865 0.9095 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.0713 0.8672 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR809565 6 0.1204 0.8669 0.000 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR1476974 1 0.0935 0.9164 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1360258 2 0.1204 0.8965 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1310876 2 0.3868 -0.3185 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1350479 4 0.2838 0.9516 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR1395682 5 0.2841 0.6743 0.000 0.164 0.000 0.012 0.824 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.3691 0.7684 0.060 0.000 0.000 0.148 0.004 0.788
#> SRR1340966 2 0.0260 0.9214 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323873 3 0.1082 0.9107 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1475233 2 0.0363 0.9164 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.2362 0.8733 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1338489 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1439697 6 0.2482 0.8494 0.000 0.000 0.148 0.004 0.000 0.848
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 5 0.5618 0.2635 0.000 0.160 0.000 0.340 0.500 0.000
#> SRR1400489 5 0.4871 0.3941 0.000 0.072 0.000 0.348 0.580 0.000
#> SRR1416455 2 0.2178 0.8306 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1477292 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1096924 5 0.3221 0.5878 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1308269 2 0.0713 0.9135 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1367172 6 0.0713 0.8672 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1085259 6 0.2442 0.8519 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000 0.852
#> SRR1477732 1 0.0622 0.9218 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1356509 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.1010 0.9151 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1368094 1 0.4364 0.7857 0.732 0.000 0.000 0.152 0.004 0.112
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2762 0.9502 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.4351 0.7941 0.740 0.000 0.000 0.148 0.008 0.104
#> SRR1327570 2 0.0632 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1341209 3 0.0790 0.9153 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1436280 5 0.2558 0.7579 0.000 0.012 0.032 0.028 0.900 0.028
#> SRR1312666 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.1398 0.8542 0.052 0.000 0.000 0.008 0.000 0.940
#> SRR1467943 6 0.2402 0.8540 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR808638 3 0.1036 0.9157 0.000 0.000 0.964 0.004 0.008 0.024
#> SRR1099451 4 0.5705 0.4775 0.000 0.308 0.000 0.504 0.188 0.000
#> SRR1082238 6 0.0806 0.8681 0.008 0.000 0.020 0.000 0.000 0.972
#> SRR1404186 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.3453 0.8440 0.808 0.000 0.000 0.144 0.008 0.040
#> SRR1480721 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367410 6 0.2442 0.8519 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000 0.852
#> SRR1316463 5 0.2019 0.7547 0.000 0.012 0.000 0.088 0.900 0.000
#> SRR1103072 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.4640 0.6716 0.000 0.108 0.000 0.680 0.212 0.000
#> SRR1409326 4 0.2793 0.9456 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1204 0.8965 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1077066 2 0.0363 0.9165 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1099931 6 0.2092 0.8617 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1069943 1 0.4215 0.8044 0.752 0.000 0.000 0.148 0.008 0.092
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1410699 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0146 0.9218 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0146 0.9245 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1396742 1 0.1471 0.9052 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.3654 0.7723 0.060 0.000 0.000 0.144 0.004 0.792
#> SRR1383674 3 0.2320 0.8761 0.000 0.000 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1442440 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.4442 0.7864 0.732 0.000 0.000 0.144 0.008 0.116
#> SRR1336617 2 0.1910 0.8540 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1097811 6 0.2402 0.8536 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR1475785 1 0.4364 0.7857 0.732 0.000 0.000 0.152 0.004 0.112
#> SRR1347916 2 0.2219 0.8221 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.1082 0.9107 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1077667 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0260 0.9243 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394384 2 0.0713 0.9039 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.1588 0.9006 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072 0.000
#> SRR1472259 3 0.0935 0.9147 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1390179 3 0.1082 0.9107 0.000 0.000 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0935 0.9147 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1081332 6 0.1524 0.8491 0.060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.932
#> SRR1406709 5 0.5086 0.2670 0.000 0.084 0.000 0.384 0.532 0.000
#> SRR1458529 5 0.3073 0.6328 0.000 0.204 0.000 0.008 0.788 0.000
#> SRR1332467 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.1265 0.8585 0.044 0.000 0.000 0.008 0.000 0.948
#> SRR1083868 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1367544 2 0.2340 0.8085 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148 0.000
#> SRR1333167 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0146 0.9220 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470624 2 0.0865 0.9095 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1081068 2 0.0632 0.9154 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1324473 2 0.1204 0.8965 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1420538 2 0.2664 0.7666 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1453747 5 0.2002 0.7682 0.000 0.012 0.000 0.040 0.920 0.028
#> SRR1403853 4 0.3103 0.6152 0.000 0.008 0.000 0.784 0.208 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0547 0.9169 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.0806 0.8687 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.972
#> SRR1370107 4 0.2762 0.9502 0.000 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.2414 0.7418 0.000 0.000 0.044 0.028 0.900 0.028
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.1075 0.9020 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1473361 4 0.2838 0.9516 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1487704 5 0.1367 0.7497 0.000 0.000 0.044 0.012 0.944 0.000
#> SRR1344122 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1402027 3 0.0790 0.9153 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1081493 1 0.2455 0.8794 0.872 0.000 0.000 0.112 0.012 0.004
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.2623 0.7791 0.000 0.852 0.000 0.016 0.132 0.000
#> SRR1440809 2 0.2003 0.8433 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116 0.000
#> SRR1406394 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1317653 2 0.3862 -0.2624 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1003 0.9161 0.000 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.1267 0.8715 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.2442 0.8658 0.000 0.000 0.852 0.004 0.144 0.000
#> SRR1487547 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.2100 0.8899 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1091054 6 0.3615 0.7739 0.060 0.000 0.000 0.140 0.004 0.796
#> SRR1316343 5 0.3183 0.6898 0.000 0.008 0.000 0.200 0.788 0.004
#> SRR1073899 6 0.1970 0.8415 0.060 0.000 0.000 0.028 0.000 0.912
#> SRR1456093 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.3867 -0.3043 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1445426 2 0.1444 0.8845 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1389932 1 0.2118 0.8846 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2362 0.8733 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136 0.000
#> SRR1452222 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.5100 0.2437 0.000 0.084 0.000 0.392 0.524 0.000
#> SRR1444701 2 0.1204 0.8965 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1329687 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.2983 0.7575 0.000 0.012 0.032 0.092 0.860 0.004
#> SRR1410550 2 0.0937 0.9073 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 6 0.1524 0.8491 0.060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.932
#> SRR1083125 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 6 0.2442 0.8519 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000 0.852
#> SRR1466091 2 0.0458 0.9185 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1090119 3 0.0935 0.9147 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.2915 0.7110 0.000 0.808 0.000 0.008 0.184 0.000
#> SRR1330770 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1489349 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.3088 0.9342 0.000 0.172 0.000 0.808 0.020 0.000
#> SRR1447481 2 0.1141 0.8996 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.2838 0.9516 0.000 0.188 0.000 0.808 0.004 0.000
#> SRR1466770 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.3868 -0.3189 0.000 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1434631 5 0.3183 0.6898 0.000 0.008 0.000 0.200 0.788 0.004
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0692 0.9203 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1470855 2 0.2416 0.7973 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR1102998 2 0.0547 0.9169 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1444978 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1432165 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0146 0.9216 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.3654 0.7723 0.060 0.000 0.000 0.144 0.004 0.792
#> SRR1322186 2 0.1204 0.8965 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1466687 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0260 0.9243 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074337 2 0.2302 0.8289 0.000 0.872 0.000 0.008 0.120 0.000
#> SRR1420391 5 0.2558 0.7579 0.000 0.012 0.032 0.028 0.900 0.028
#> SRR1087704 1 0.3453 0.8440 0.808 0.000 0.000 0.144 0.008 0.040
#> SRR1464897 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.1814 0.8612 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1322070 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 5 0.0717 0.7627 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976 0.000
#> SRR1356643 6 0.2402 0.8540 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR1097708 6 0.0820 0.8686 0.012 0.000 0.016 0.000 0.000 0.972
#> SRR813529 3 0.0935 0.9147 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1352322 1 0.3553 0.8398 0.804 0.000 0.000 0.128 0.004 0.064
#> SRR1498661 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1075078 6 0.2442 0.8519 0.000 0.000 0.144 0.004 0.000 0.852
#> SRR1390289 5 0.5736 0.3991 0.000 0.232 0.000 0.252 0.516 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.4478 0.6034 0.000 0.076 0.000 0.680 0.244 0.000
#> SRR1367785 2 0.2178 0.8306 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000
#> SRR1470057 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.3621 0.8367 0.796 0.000 0.000 0.148 0.008 0.048
#> SRR1095675 6 0.2092 0.8617 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1388788 4 0.2980 0.9420 0.000 0.180 0.000 0.808 0.012 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.2402 0.8540 0.000 0.000 0.140 0.004 0.000 0.856
#> SRR1362514 2 0.2558 0.7985 0.000 0.840 0.000 0.004 0.156 0.000
#> SRR1454031 6 0.2092 0.8617 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1443399 4 0.2915 0.9485 0.000 0.184 0.000 0.808 0.008 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1204 0.8965 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1488307 6 0.2362 0.8553 0.000 0.000 0.136 0.004 0.000 0.860
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.3717 0.8754 0.000 0.148 0.000 0.780 0.072 0.000
#> SRR1090334 2 0.3867 -0.3046 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0865 0.9154 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1357456 6 0.0806 0.8687 0.020 0.000 0.008 0.000 0.000 0.972
#> SRR1444523 1 0.4364 0.7857 0.732 0.000 0.000 0.152 0.004 0.112
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083456 1 0.0146 0.9247 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1321377 4 0.4634 0.7099 0.000 0.124 0.000 0.688 0.188 0.000
#> SRR1320445 6 0.3654 0.7723 0.060 0.000 0.000 0.144 0.004 0.792
#> SRR1081116 1 0.4406 0.7817 0.728 0.000 0.000 0.152 0.004 0.116
#> SRR1333287 5 0.1483 0.7573 0.000 0.008 0.036 0.012 0.944 0.000
#> SRR1454821 4 0.2730 0.9543 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.4828 0.4093 0.000 0.604 0.000 0.076 0.320 0.000
#> SRR1393529 3 0.1010 0.9127 0.000 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1102224 3 0.2473 0.8697 0.000 0.000 0.856 0.008 0.136 0.000
#> SRR1074239 1 0.5544 0.4945 0.556 0.000 0.000 0.152 0.004 0.288
#> SRR1401774 5 0.2321 0.7681 0.000 0.008 0.032 0.052 0.904 0.004
#> SRR1413262 5 0.0806 0.7609 0.000 0.020 0.000 0.008 0.972 0.000
#> SRR1336227 5 0.3699 0.5060 0.000 0.336 0.000 0.004 0.660 0.000
#> SRR1069991 1 0.3275 0.8480 0.816 0.000 0.000 0.144 0.004 0.036
#> SRR1091524 1 0.4279 0.7932 0.740 0.000 0.000 0.152 0.004 0.104
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.3691 0.7684 0.060 0.000 0.000 0.148 0.004 0.788
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9239 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.4364 0.7857 0.732 0.000 0.000 0.152 0.004 0.112
#> SRR1361883 3 0.0935 0.9147 0.000 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9250 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.3670 0.6559 0.000 0.736 0.000 0.024 0.240 0.000
#> SRR1073655 6 0.0951 0.8682 0.020 0.000 0.008 0.004 0.000 0.968
#> SRR1075729 1 0.4406 0.7817 0.728 0.000 0.000 0.152 0.004 0.116
#> SRR1397292 5 0.2335 0.7422 0.000 0.000 0.044 0.024 0.904 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.987 0.995 0.4822 0.520 0.520
#> 3 3 0.796 0.903 0.929 0.1646 0.940 0.884
#> 4 4 0.769 0.874 0.880 0.1644 0.832 0.641
#> 5 5 0.766 0.864 0.914 0.0762 0.979 0.933
#> 6 6 0.863 0.782 0.900 0.0562 0.969 0.895
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1430703 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.722 0.751 0.200 0.800
#> SRR1338489 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1099451 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.971 0.344 0.400 0.600
#> SRR1077066 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.443 0.895 0.092 0.908
#> SRR1442440 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1364975 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.998 0.121 0.472 0.528
#> SRR1487704 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.971 0.344 0.400 0.600
#> SRR1091054 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.541 0.856 0.124 0.876
#> SRR1452222 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.992 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.706 0.762 0.192 0.808
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1433708 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1433902 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1420413 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1441768 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1466597 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1392456 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1080951 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1404362 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1405921 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1089207 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1318208 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1102198 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1473232 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1410634 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1353332 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR816794 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1353577 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077380 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1407693 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1342806 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.0237 0.721 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430703 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1086020 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1087271 2 0.4750 0.848 0.000 0.784 0.216
#> SRR812721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1318624 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1476384 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1080222 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1340531 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1407018 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0592 0.893 0.000 0.988 0.012
#> SRR1498505 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1313625 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1092749 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.4887 0.450 0.000 0.228 0.772
#> SRR1359509 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1500071 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1078948 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1343698 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.5785 0.359 0.668 0.000 0.332
#> SRR1487403 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1474000 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1500131 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1415854 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1362664 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1404951 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1395682 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1475233 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.6192 0.433 0.000 0.420 0.580
#> SRR1338489 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1439697 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1400489 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1416455 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1096924 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1308269 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1323446 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1100395 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1436280 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1312666 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR810153 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 3 0.6154 0.504 0.408 0.000 0.592
#> SRR1099451 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1082238 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1479721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1446716 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1073971 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1103072 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1420129 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1356997 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1409326 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1485020 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1105033 3 0.4733 0.723 0.004 0.196 0.800
#> SRR1077066 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0237 0.721 0.004 0.000 0.996
#> SRR1410699 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1405461 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1323312 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.0237 0.720 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442440 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1404461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1077667 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1472259 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1390179 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1312784 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1081332 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1458529 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332467 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1078278 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1418492 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.4555 0.850 0.000 0.800 0.200
#> SRR1403853 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1378707 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1369008 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1385672 2 0.4346 0.855 0.000 0.816 0.184
#> SRR1430839 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1348507 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.4733 0.723 0.004 0.196 0.800
#> SRR1487704 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344122 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1402027 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1081493 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.6168 0.493 0.412 0.000 0.588
#> SRR1317653 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1343072 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1336964 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1467194 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4555 0.653 0.000 0.800 0.200
#> SRR1487547 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1087752 3 0.4733 0.723 0.004 0.196 0.800
#> SRR1091054 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1073899 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1399291 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1456771 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1445426 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.6192 0.433 0.000 0.420 0.580
#> SRR1452222 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1468096 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1334011 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1444701 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1410550 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1337516 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1489349 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1457336 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1447481 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1466770 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1093366 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1434631 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1349190 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1432165 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1441913 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1319038 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1338603 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1478571 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.4399 0.854 0.000 0.812 0.188
#> SRR1087704 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1476324 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1356643 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1352322 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1407000 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1367785 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1079567 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1396146 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1101280 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1090334 2 0.1031 0.891 0.000 0.976 0.024
#> SRR1338280 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1320445 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0892 0.891 0.000 0.980 0.020
#> SRR1454821 2 0.4796 0.847 0.000 0.780 0.220
#> SRR1348792 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1102224 3 0.4605 0.500 0.000 0.204 0.796
#> SRR1074239 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.4842 0.845 0.000 0.776 0.224
#> SRR1413262 2 0.0237 0.893 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336227 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.4842 0.795 0.224 0.000 0.776
#> SRR1378262 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.895 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.997 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.4834 0.658 0.204 0.792 0.004
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.4098 0.759 0.000 0.204 0.012 0.784
#> SRR1433708 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1433902 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.4804 -0.291 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1420413 4 0.4059 0.754 0.000 0.200 0.012 0.788
#> SRR1441768 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1466597 4 0.3837 0.791 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1392456 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1080951 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1404362 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1405921 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.4776 0.943 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1089207 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1318208 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1102198 4 0.4679 0.930 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1473232 4 0.3610 0.762 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1410634 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1353332 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR816794 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1353577 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077380 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1407693 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1342806 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.3266 0.862 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1430703 2 0.4284 0.636 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR1086020 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1087271 4 0.4790 0.938 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR812721 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1318624 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1476384 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.1767 0.864 0.000 0.944 0.012 0.044
#> SRR1080222 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0188 0.907 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405311 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1340531 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1407018 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.3907 0.415 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1498505 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.4643 0.918 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1313625 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1092749 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 4 0.5515 0.474 0.000 0.116 0.152 0.732
#> SRR1359509 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.3873 0.794 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1500071 2 0.2255 0.827 0.000 0.920 0.012 0.068
#> SRR1078948 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3074 0.842 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.4916 -0.449 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1343698 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.4804 0.423 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1487403 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1409046 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1474000 2 0.4284 0.636 0.000 0.764 0.012 0.224
#> SRR1500131 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1415854 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1362664 2 0.0804 0.897 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1097525 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1310876 2 0.4843 -0.341 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1404951 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1395682 2 0.0524 0.903 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1362579 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.7338 0.311 0.000 0.404 0.440 0.156
#> SRR1338489 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1439697 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 4 0.5189 0.905 0.000 0.372 0.012 0.616
#> SRR1400489 4 0.4576 0.823 0.000 0.260 0.012 0.728
#> SRR1416455 2 0.0804 0.897 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1477292 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1096924 2 0.0937 0.893 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1308269 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1323446 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1100395 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1436280 2 0.4212 0.642 0.000 0.772 0.012 0.216
#> SRR1312666 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR810153 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.3074 0.842 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR808638 3 0.4713 0.398 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1099451 2 0.4925 -0.463 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1082238 1 0.1637 0.927 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1404186 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1479721 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1446716 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1073971 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.3074 0.842 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1316463 4 0.4248 0.779 0.000 0.220 0.012 0.768
#> SRR1103072 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1420129 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1356997 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1409326 4 0.4804 0.932 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1485020 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0188 0.908 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1319502 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1105033 3 0.3577 0.863 0.000 0.012 0.832 0.156
#> SRR1077066 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.1557 0.930 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.3266 0.862 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1410699 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1405461 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1323312 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.4776 0.665 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1442440 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1404461 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0804 0.897 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1097811 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0524 0.903 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1477522 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0188 0.907 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1364975 3 0.1059 0.906 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1472259 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1390179 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.4957 0.890 0.000 0.320 0.012 0.668
#> SRR1458529 2 0.3764 0.694 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR1332467 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1078278 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333167 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1418492 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0188 0.908 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420538 2 0.0804 0.897 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1453747 2 0.5345 0.153 0.000 0.560 0.012 0.428
#> SRR1403853 4 0.4454 0.884 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1378707 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1369008 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1385672 2 0.5279 0.341 0.000 0.588 0.012 0.400
#> SRR1430839 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1348507 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.3577 0.863 0.000 0.012 0.832 0.156
#> SRR1487704 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1344122 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1402027 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1406394 3 0.4522 0.493 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1317653 2 0.4804 -0.291 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1343072 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1467194 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4452 0.645 0.000 0.796 0.048 0.156
#> SRR1487547 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1087752 3 0.3577 0.863 0.000 0.012 0.832 0.156
#> SRR1091054 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3837 0.791 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1073899 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1399291 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.4804 -0.291 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1456771 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1445426 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.7343 -0.298 0.000 0.424 0.420 0.156
#> SRR1452222 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1468096 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1334011 4 0.5075 0.915 0.000 0.344 0.012 0.644
#> SRR1444701 2 0.0188 0.908 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1329687 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.4284 0.777 0.000 0.224 0.012 0.764
#> SRR1410550 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0188 0.970 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1489349 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1457336 4 0.4730 0.941 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1447481 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1466770 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1093366 2 0.4804 -0.291 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1434631 4 0.3837 0.791 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1349190 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0524 0.903 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1102998 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1432165 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1441913 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1319038 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1338603 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466687 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1478571 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.5300 0.320 0.000 0.580 0.012 0.408
#> SRR1087704 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1322070 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1476324 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.3047 0.766 0.000 0.872 0.012 0.116
#> SRR1356643 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1097708 1 0.3024 0.846 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR813529 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1390289 2 0.4820 0.213 0.000 0.692 0.012 0.296
#> SRR1351955 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1407000 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1367785 2 0.0804 0.897 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1470057 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1079567 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.4746 0.945 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1396146 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1362514 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1454031 1 0.1474 0.933 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1443399 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1101280 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0336 0.905 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1488307 1 0.3123 0.838 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.4679 0.930 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1090334 2 0.4830 -0.325 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1338280 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1320445 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.2216 0.775 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1454821 4 0.4761 0.949 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1348792 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1102224 4 0.4284 0.230 0.000 0.012 0.224 0.764
#> SRR1074239 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.4019 0.749 0.000 0.196 0.012 0.792
#> SRR1413262 2 0.3764 0.694 0.000 0.816 0.012 0.172
#> SRR1336227 2 0.0524 0.903 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1069991 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.911 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0469 0.909 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0804 0.897 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1073655 1 0.2921 0.854 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.973 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.7092 0.403 0.164 0.608 0.012 0.216
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.5865 0.4515 0.000 0.116 0.000 0.552 0.332
#> SRR1433708 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0510 0.9106 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0290 0.9139 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1436583 2 0.2929 0.7316 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1420413 4 0.5976 0.2953 0.000 0.112 0.000 0.488 0.400
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1466597 4 0.3090 0.8863 0.000 0.104 0.000 0.856 0.040
#> SRR1392456 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.3395 0.7915 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.2818 0.9155 0.000 0.132 0.000 0.856 0.012
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1329131 2 0.0880 0.9009 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1102198 4 0.2583 0.9205 0.000 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR1473232 4 0.5164 0.6436 0.000 0.084 0.000 0.660 0.256
#> SRR1410634 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1353332 2 0.0290 0.9139 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362332 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1353577 2 0.2020 0.8363 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1077380 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.3780 0.7105 0.000 0.000 0.808 0.132 0.060
#> SRR1430703 5 0.1608 0.9114 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1087271 4 0.3999 0.6135 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR812721 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.6647 -0.0692 0.000 0.448 0.000 0.264 0.288
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.1410 0.8768 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1405311 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1608 0.8660 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.2416 0.8790 0.000 0.100 0.000 0.888 0.012
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 4 0.3828 0.4727 0.000 0.000 0.120 0.808 0.072
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.2848 0.8918 0.000 0.104 0.000 0.868 0.028
#> SRR1500071 2 0.3752 0.5513 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR1078948 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.4283 -0.0387 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1343698 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.4192 0.3821 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.1608 0.9114 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1500131 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1362664 2 0.3707 0.5664 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1310876 2 0.3305 0.6679 0.000 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1395682 2 0.1444 0.8892 0.000 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1400008 2 0.7380 -0.1524 0.000 0.428 0.368 0.132 0.072
#> SRR1338489 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1439697 1 0.3074 0.7869 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0290 0.9139 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341945 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 4 0.6333 0.4738 0.000 0.196 0.000 0.516 0.288
#> SRR1400489 4 0.6103 0.5134 0.000 0.156 0.000 0.544 0.300
#> SRR1416455 2 0.3661 0.5813 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1477292 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1096924 2 0.3305 0.6721 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.1608 0.9114 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR1312666 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR808638 3 0.4030 0.3166 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1099451 4 0.3913 0.6596 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1082238 1 0.1478 0.9175 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.2471 0.9192 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1446716 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1073971 2 0.0290 0.9139 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1316463 4 0.5965 0.4614 0.000 0.128 0.000 0.544 0.328
#> SRR1103072 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1420129 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1382639 4 0.2732 0.8960 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1356997 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1409326 4 0.3876 0.6628 0.000 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0290 0.9128 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1105033 3 0.3966 0.7051 0.000 0.000 0.796 0.132 0.072
#> SRR1077066 2 0.1197 0.8880 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1099931 1 0.1341 0.9242 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.3780 0.7105 0.000 0.000 0.808 0.132 0.060
#> SRR1410699 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1405461 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1323312 2 0.0794 0.9041 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.5604 0.2439 0.000 0.000 0.472 0.456 0.072
#> SRR1442440 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.1671 0.8616 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1097811 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.1043 0.8932 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1477522 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1098002 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1410 0.8768 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1364975 3 0.1012 0.8135 0.000 0.000 0.968 0.020 0.012
#> SRR1472259 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.6118 0.5331 0.000 0.164 0.000 0.548 0.288
#> SRR1458529 2 0.4242 0.1929 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1332467 4 0.2690 0.9003 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1333167 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0290 0.9128 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420538 2 0.3730 0.5590 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1453747 5 0.5414 0.5767 0.000 0.200 0.000 0.140 0.660
#> SRR1403853 4 0.2583 0.9205 0.000 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR1378707 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.2813 0.8895 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1369008 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1385672 5 0.1764 0.9068 0.000 0.064 0.000 0.008 0.928
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473361 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.3966 0.7051 0.000 0.000 0.796 0.132 0.072
#> SRR1487704 2 0.2616 0.8293 0.000 0.880 0.000 0.100 0.020
#> SRR1344122 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0880 0.9009 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR816096 2 0.1478 0.8730 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1440809 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1406394 3 0.4219 0.2119 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.3039 0.7154 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.1270 0.8843 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.4952 0.6112 0.000 0.756 0.040 0.132 0.072
#> SRR1487547 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1087752 3 0.3966 0.7051 0.000 0.000 0.796 0.132 0.072
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3090 0.8863 0.000 0.104 0.000 0.856 0.040
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1399291 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1336863 2 0.3003 0.7209 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.7349 -0.0827 0.000 0.452 0.344 0.132 0.072
#> SRR1452222 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1468096 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1334011 4 0.6118 0.5331 0.000 0.164 0.000 0.548 0.288
#> SRR1444701 2 0.0290 0.9128 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.6188 0.4272 0.000 0.160 0.000 0.524 0.316
#> SRR1410550 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0290 0.9619 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0609 0.9083 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1072578 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1330770 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1489349 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1457336 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1447481 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1466770 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1093366 2 0.3074 0.7099 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1434631 4 0.3090 0.8863 0.000 0.104 0.000 0.856 0.040
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0290 0.9139 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.1121 0.8901 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1432165 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1441913 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1319038 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1338603 2 0.0880 0.9009 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1466687 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420391 5 0.1764 0.9068 0.000 0.064 0.000 0.008 0.928
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1322070 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1476324 2 0.0510 0.9105 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1499652 2 0.3837 0.5174 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1356643 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.2648 0.8349 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR813529 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1390289 4 0.6540 0.3862 0.000 0.236 0.000 0.476 0.288
#> SRR1351955 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1336988 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1407000 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1367785 2 0.3274 0.6781 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1470057 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.2773 0.8909 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.1121 0.8902 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1454031 1 0.1341 0.9242 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1101280 2 0.0794 0.9034 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1340680 2 0.0609 0.9067 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1488307 1 0.3039 0.7918 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.5243 0.7366 0.000 0.132 0.000 0.680 0.188
#> SRR1090334 2 0.3210 0.6866 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0290 0.9139 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.3612 0.5766 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1454821 4 0.2424 0.9229 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1348792 2 0.1082 0.9035 0.000 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR1393529 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.3828 0.4710 0.000 0.000 0.120 0.808 0.072
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.5852 0.3667 0.000 0.104 0.000 0.524 0.372
#> SRR1413262 2 0.4249 0.1784 0.000 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1336227 2 0.1341 0.8802 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0404 0.9125 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9157 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.8275 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.4315 0.5577 0.000 0.700 0.000 0.024 0.276
#> SRR1073655 1 0.2648 0.8349 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9678 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.1704 0.9075 0.004 0.068 0.000 0.000 0.928
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1663 0.8265 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.3974 0.7509 0.000 0.012 0.080 0.780 0.128 0.000
#> SRR1433708 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.2912 0.7690 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.2003 0.7446 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1420413 4 0.4940 0.6197 0.000 0.012 0.144 0.684 0.160 0.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1466597 4 0.1829 0.8706 0.000 0.000 0.024 0.920 0.056 0.000
#> SRR1392456 4 0.0806 0.9120 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.3989 -0.2038 0.528 0.000 0.468 0.000 0.004 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0363 0.9167 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0713 0.8461 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0260 0.8507 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.2631 0.6895 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.1333 0.8967 0.000 0.008 0.048 0.944 0.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.3266 0.7343 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1102198 4 0.1237 0.9005 0.000 0.004 0.020 0.956 0.020 0.000
#> SRR1473232 4 0.3272 0.7914 0.000 0.004 0.048 0.824 0.124 0.000
#> SRR1410634 4 0.0000 0.9134 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0405 0.9183 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.2762 0.6290 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1077380 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.0291 0.9416 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430088 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0146 0.9444 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 6 0.1753 0.4814 0.000 0.000 0.084 0.000 0.004 0.912
#> SRR1430703 5 0.0260 0.8312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.3854 0.1439 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR812721 1 0.3996 -0.2617 0.512 0.000 0.484 0.000 0.004 0.000
#> SRR819486 1 0.0146 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465248 2 0.0291 0.8508 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0146 0.9166 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0458 0.8490 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0508 0.9137 0.000 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.6732 -0.1139 0.000 0.220 0.360 0.376 0.044 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0937 0.8251 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.3608 0.5795 0.000 0.000 0.012 0.716 0.000 0.272
#> SRR1313625 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365377 4 0.0000 0.9134 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 6 0.4937 0.3762 0.000 0.196 0.000 0.152 0.000 0.652
#> SRR1359509 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.0806 0.9042 0.000 0.000 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1500071 2 0.4563 0.6025 0.000 0.604 0.348 0.000 0.048 0.000
#> SRR1078948 3 0.3979 0.3982 0.456 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.3955 -0.0785 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.3851 0.1174 0.000 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.4597 0.5186 0.376 0.000 0.584 0.000 0.004 0.036
#> SRR1487403 3 0.3979 0.3982 0.456 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409046 3 0.3905 0.4653 0.004 0.000 0.636 0.000 0.004 0.356
#> SRR1474000 5 0.0260 0.8312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1500131 4 0.0363 0.9110 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.0891 0.9099 0.000 0.008 0.024 0.968 0.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.4319 0.6244 0.000 0.620 0.348 0.000 0.032 0.000
#> SRR1097525 1 0.0291 0.9413 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432231 2 0.3266 0.7342 0.000 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0405 0.9381 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR809565 1 0.3966 -0.1078 0.552 0.000 0.444 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.3351 0.7217 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.2762 0.6316 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.3488 0.7363 0.000 0.744 0.244 0.008 0.004 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0291 0.9416 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340966 2 0.2562 0.7903 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.3769 0.4657 0.004 0.000 0.640 0.000 0.000 0.356
#> SRR1475233 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1400008 6 0.3607 0.3592 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1338489 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.4083 0.3831 0.460 0.000 0.532 0.000 0.008 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 4 0.5538 0.3342 0.000 0.056 0.344 0.556 0.044 0.000
#> SRR1400489 4 0.4251 0.6981 0.000 0.012 0.176 0.744 0.068 0.000
#> SRR1416455 2 0.4180 0.6346 0.000 0.628 0.348 0.000 0.024 0.000
#> SRR1477292 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.4278 0.6386 0.000 0.632 0.336 0.000 0.032 0.000
#> SRR1308269 2 0.1444 0.8322 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 3 0.3991 0.3572 0.472 0.000 0.524 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.1007 0.8417 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.3795 0.4607 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1436280 5 0.0260 0.8312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1312666 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0146 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467943 1 0.3955 -0.0785 0.560 0.000 0.436 0.000 0.004 0.000
#> SRR808638 3 0.4904 0.5169 0.316 0.000 0.600 0.000 0.000 0.084
#> SRR1099451 4 0.3695 0.2990 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.1644 0.8574 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404186 4 0.0632 0.9068 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.3961 -0.0914 0.556 0.000 0.440 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316463 4 0.4609 0.6721 0.000 0.012 0.152 0.720 0.116 0.000
#> SRR1103072 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.2135 0.7742 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.0146 0.9166 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1409326 4 0.3659 0.3156 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1105033 6 0.0000 0.5042 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077066 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.1588 0.8614 0.924 0.000 0.072 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 6 0.1753 0.4814 0.000 0.000 0.084 0.000 0.004 0.912
#> SRR1410699 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0260 0.8483 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0146 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383674 6 0.3221 0.3170 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1442440 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.3351 0.7217 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.3979 0.3982 0.456 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.3699 0.6714 0.000 0.660 0.336 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477522 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.3782 0.4621 0.000 0.000 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0146 0.8514 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1364975 6 0.3727 -0.0255 0.000 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1472259 3 0.3795 0.4607 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1390179 3 0.3782 0.4621 0.000 0.000 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1312784 2 0.1007 0.8415 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.3769 0.4657 0.004 0.000 0.640 0.000 0.000 0.356
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.4322 0.6580 0.000 0.012 0.216 0.720 0.052 0.000
#> SRR1458529 2 0.5377 0.4767 0.000 0.528 0.348 0.000 0.124 0.000
#> SRR1332467 4 0.1910 0.8044 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0291 0.9413 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.3351 0.7217 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.3244 0.7369 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.3198 0.7422 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.4251 0.6298 0.000 0.624 0.348 0.000 0.028 0.000
#> SRR1453747 5 0.7627 0.1322 0.000 0.212 0.284 0.192 0.312 0.000
#> SRR1403853 4 0.1036 0.9045 0.000 0.004 0.024 0.964 0.008 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.1663 0.8266 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0146 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370107 4 0.2513 0.7477 0.000 0.140 0.008 0.852 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0260 0.8312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.3288 0.7313 0.000 0.724 0.276 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0622 0.9154 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 6 0.0000 0.5042 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487704 2 0.5000 0.5660 0.000 0.656 0.140 0.200 0.004 0.000
#> SRR1344122 4 0.0405 0.9183 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.3795 0.4607 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0458 0.8428 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.3330 0.7250 0.000 0.716 0.284 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.5151 0.5119 0.296 0.000 0.604 0.000 0.008 0.092
#> SRR1317653 2 0.2631 0.6573 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.3819 0.4523 0.000 0.000 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR1336964 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 6 0.4180 0.3351 0.000 0.348 0.024 0.000 0.000 0.628
#> SRR1487547 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1087752 6 0.0000 0.5042 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.0291 0.9413 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316343 4 0.1972 0.8734 0.000 0.004 0.024 0.916 0.056 0.000
#> SRR1073899 1 0.0146 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456093 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.2135 0.7292 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0622 0.9154 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.2092 0.8120 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 6 0.3607 0.3592 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1452222 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.4137 0.6738 0.000 0.012 0.216 0.732 0.040 0.000
#> SRR1444701 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.4056 0.7520 0.000 0.020 0.076 0.780 0.124 0.000
#> SRR1410550 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0405 0.9375 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.3979 0.3982 0.456 0.000 0.540 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466091 2 0.3023 0.7597 0.000 0.768 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.3795 0.4607 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1337516 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.0622 0.9154 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1489349 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.1124 0.9041 0.000 0.008 0.036 0.956 0.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.2597 0.6629 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR1434631 4 0.1972 0.8734 0.000 0.004 0.024 0.916 0.056 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.3699 0.6714 0.000 0.660 0.336 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102998 2 0.2854 0.7728 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1432165 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.0363 0.9167 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.3351 0.7217 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0405 0.9183 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.3337 0.7425 0.000 0.736 0.260 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420391 5 0.0260 0.8312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1387 0.8337 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.4466 0.6235 0.000 0.620 0.336 0.000 0.044 0.000
#> SRR1356643 1 0.3995 -0.2442 0.516 0.000 0.480 0.000 0.004 0.000
#> SRR1097708 1 0.3163 0.5886 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004 0.000
#> SRR813529 3 0.3795 0.4607 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.3998 0.2912 0.492 0.000 0.504 0.000 0.004 0.000
#> SRR1390289 4 0.5842 0.2424 0.000 0.092 0.352 0.520 0.036 0.000
#> SRR1351955 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.0000 0.9134 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367785 2 0.3940 0.6498 0.000 0.640 0.348 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470057 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0146 0.9446 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1388788 4 0.0993 0.9082 0.000 0.012 0.024 0.964 0.000 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.3991 -0.2184 0.524 0.000 0.472 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362514 2 0.3699 0.6714 0.000 0.660 0.336 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454031 1 0.1471 0.8718 0.932 0.000 0.064 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443399 4 0.0405 0.9183 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0146 0.8505 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.3309 0.7283 0.000 0.720 0.280 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.3996 -0.2585 0.512 0.000 0.484 0.000 0.004 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.2239 0.8648 0.000 0.008 0.072 0.900 0.020 0.000
#> SRR1090334 2 0.3288 0.4842 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0405 0.9381 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.0000 0.9134 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.5104 0.2327 0.000 0.540 0.088 0.372 0.000 0.000
#> SRR1454821 4 0.0260 0.9192 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.3448 0.7282 0.000 0.716 0.280 0.004 0.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.3647 0.4626 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1102224 6 0.3659 0.2214 0.000 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1074239 1 0.0146 0.9444 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 4 0.4252 0.7177 0.000 0.012 0.084 0.752 0.152 0.000
#> SRR1413262 2 0.5279 0.5119 0.000 0.548 0.336 0.000 0.116 0.000
#> SRR1336227 2 0.3699 0.6714 0.000 0.660 0.336 0.000 0.004 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0146 0.9444 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.8517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.3795 0.4607 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.5139 0.5662 0.000 0.580 0.348 0.044 0.028 0.000
#> SRR1073655 1 0.3240 0.5620 0.752 0.000 0.244 0.000 0.004 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9476 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.0260 0.8312 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.969 0.988 0.4690 0.526 0.526
#> 3 3 1.000 0.984 0.994 0.2100 0.892 0.798
#> 4 4 0.795 0.942 0.915 0.2424 0.836 0.622
#> 5 5 0.901 0.889 0.951 0.0861 0.950 0.819
#> 6 6 0.870 0.852 0.928 0.0488 0.939 0.749
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1430703 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.998 0.155 0.528 0.472
#> SRR1474000 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.998 0.155 0.528 0.472
#> SRR1436280 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR808638 2 0.706 0.751 0.192 0.808
#> SRR1099451 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1077066 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.388 0.914 0.076 0.924
#> SRR1472259 1 0.958 0.412 0.620 0.380
#> SRR1390179 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.839 0.638 0.732 0.268
#> SRR1081332 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1487704 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.998 0.155 0.528 0.472
#> SRR1081493 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1317653 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.998 0.155 0.528 0.472
#> SRR1336964 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.998 0.155 0.528 0.472
#> SRR1337516 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.998 0.155 0.528 0.472
#> SRR1352322 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.808 0.671 0.752 0.248
#> SRR1102224 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.996 0.181 0.536 0.464
#> SRR1378262 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.970 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.000 0.999 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466597 2 0.6079 0.355 0.000 0.612 0.388
#> SRR1392456 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4504 0.755 0.196 0.000 0.804
#> SRR1457080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.3686 0.834 0.860 0.000 0.140
#> SRR1357692 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430703 3 0.6192 0.271 0.000 0.420 0.580
#> SRR1086020 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1313625 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487403 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409046 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0237 0.995 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085259 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1436280 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR808638 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0892 0.979 0.980 0.000 0.020
#> SRR1404186 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.4504 0.755 0.196 0.000 0.804
#> SRR1069943 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410699 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1442440 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390179 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487704 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317653 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452222 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1356643 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097708 1 0.0237 0.995 0.996 0.000 0.004
#> SRR813529 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.3340 0.851 0.120 0.000 0.880
#> SRR1388788 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 3 0.6180 0.308 0.416 0.000 0.584
#> SRR1443399 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0237 0.995 0.996 0.000 0.004
#> SRR1444523 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393529 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1102224 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.970 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.996 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.998 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.6252 0.188 0.000 0.556 0.444
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.3649 0.9741 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1433708 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2704 0.8081 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0188 0.9789 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1436583 2 0.0336 0.9747 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420413 4 0.3649 0.9741 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.3649 0.9740 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1466597 4 0.3024 0.9168 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1392456 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.3649 0.9740 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1089207 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1084505 1 0.1474 0.9379 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1376476 4 0.4193 0.9056 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2814 0.9023 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1102198 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473232 4 0.3649 0.9741 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1410634 4 0.3024 0.9168 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.3649 0.9740 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR816794 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1353577 2 0.1118 0.9431 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1077380 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1407693 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1085235 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1357692 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1430703 3 0.5793 0.3372 0.000 0.384 0.580 0.036
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1087271 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR812721 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR819486 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1465248 2 0.2081 0.8730 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.3172 0.7476 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 4 0.4877 0.6609 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.3311 0.9177 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1313625 3 0.2345 0.9135 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1365377 4 0.3266 0.9417 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1092749 1 0.1474 0.9379 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1389366 3 0.1557 0.9351 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.3311 0.9465 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR807751 1 0.1474 0.9379 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.4454 0.8505 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.1637 0.9351 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.0336 0.9400 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409046 3 0.1022 0.9396 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1474000 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500131 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097525 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR809565 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1395682 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.1557 0.9351 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1338489 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1439697 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 4 0.3649 0.9741 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1400489 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1416455 4 0.4406 0.8624 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1477292 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1085259 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.3649 0.9740 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1100395 1 0.0592 0.9488 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0707 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1436280 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312666 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR810153 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1467943 3 0.2530 0.9091 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR808638 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1099451 4 0.4916 0.5477 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1082238 1 0.4663 0.8432 0.788 0.000 0.064 0.148
#> SRR1404186 4 0.3649 0.9740 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1446716 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.1474 0.9296 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1316463 2 0.4888 -0.0886 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1103072 4 0.3649 0.9740 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1356997 4 0.3649 0.9741 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1409326 4 0.3688 0.9712 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1105033 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.3351 0.8857 0.008 0.000 0.844 0.148
#> SRR1069943 1 0.1474 0.9379 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1410699 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1405461 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1383674 3 0.1557 0.9351 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1442440 4 0.4585 0.8144 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1404461 1 0.1302 0.9405 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.2408 0.9163 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1637 0.9090 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1364975 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1472259 3 0.0188 0.9412 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1390179 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0469 0.9412 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1081332 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1406709 4 0.4697 0.7691 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1458529 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332467 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1078278 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453747 4 0.3907 0.9470 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1403853 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1370107 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1369008 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1385672 2 0.1118 0.9431 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1487704 2 0.1557 0.9181 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1344122 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1402027 3 0.0707 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.1557 0.9351 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1487547 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1087752 3 0.1474 0.9365 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1091054 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1316343 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1073899 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1456093 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 4 0.4585 0.8144 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.1557 0.9351 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1452222 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1468096 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1334011 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410550 4 0.4624 0.8017 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.1716 0.9261 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0707 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1489349 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1457336 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1466770 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1093366 2 0.0336 0.9747 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1434631 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1432165 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1441913 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1319038 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420391 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1087704 1 0.1118 0.9430 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356643 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1097708 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR813529 3 0.0336 0.9413 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1352322 1 0.1557 0.9366 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.2281 0.9152 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1390289 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.3649 0.9741 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1407000 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1367785 4 0.3764 0.9641 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1470057 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.5416 0.7702 0.112 0.000 0.740 0.148
#> SRR1388788 4 0.4222 0.8987 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.3024 0.8916 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1362514 2 0.0188 0.9790 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454031 3 0.6504 0.5947 0.216 0.000 0.636 0.148
#> SRR1443399 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.2530 0.9091 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.3688 0.9707 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1444523 1 0.2281 0.9200 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1320445 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1081116 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1333287 2 0.3873 0.6642 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1454821 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1348792 4 0.3688 0.9712 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1393529 3 0.0000 0.9410 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.1557 0.9351 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1074239 1 0.2704 0.9065 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1401774 4 0.3610 0.9766 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.1474 0.9379 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1091524 1 0.1557 0.9365 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1361883 3 0.0707 0.9408 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9531 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 1 0.4514 0.8510 0.796 0.000 0.056 0.148
#> SRR1075729 1 0.3024 0.8935 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1397292 2 0.5126 0.1862 0.000 0.552 0.444 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 4 0.2852 0.8053 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1433708 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2329 0.8379 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1270 0.9254 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1436583 2 0.2648 0.8092 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1420413 4 0.2852 0.8053 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.0162 0.9257 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1466597 4 0.1740 0.8975 0.000 0.012 0.056 0.932 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0162 0.9257 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1089207 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1084505 5 0.4101 0.4950 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1376476 4 0.3305 0.7476 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 5 0.3816 0.6180 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102198 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473232 4 0.2561 0.8339 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1410634 4 0.1357 0.9036 0.000 0.004 0.048 0.948 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0162 0.9257 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.1753 0.9224 0.000 0.936 0.032 0.032 0.000
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407693 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1085235 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1357692 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430703 3 0.4135 0.4507 0.000 0.340 0.656 0.004 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1087271 4 0.1270 0.9030 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR812721 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819486 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1465248 2 0.1792 0.8873 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.2929 0.7671 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.2074 0.8686 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1405311 4 0.1270 0.9032 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 4 0.4101 0.4984 0.000 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.3043 0.8610 0.000 0.080 0.056 0.864 0.000
#> SRR1313625 5 0.1671 0.8100 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1365377 4 0.2535 0.8771 0.000 0.076 0.032 0.892 0.000
#> SRR1092749 1 0.4307 -0.1527 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1389366 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078948 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807751 5 0.3999 0.5555 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.2516 0.8181 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 5 0.3966 0.5710 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1487403 3 0.4210 0.4520 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1409046 3 0.0609 0.9069 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1474000 2 0.3048 0.7770 0.000 0.820 0.176 0.004 0.000
#> SRR1500131 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097525 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809565 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0162 0.9711 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1475233 2 0.0162 0.9711 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400008 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 4 0.2648 0.8260 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1400489 4 0.2852 0.8072 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1416455 4 0.3796 0.6465 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085259 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 5 0.3876 0.5997 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0162 0.9257 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1100395 1 0.2561 0.7887 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0880 0.9068 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1436280 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810153 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467943 3 0.4305 0.2733 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR808638 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 4 0.4425 0.5887 0.000 0.296 0.024 0.680 0.000
#> SRR1082238 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404186 4 0.0162 0.9257 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.3274 0.7557 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1316463 2 0.4219 0.1988 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1103072 4 0.0162 0.9257 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.2230 0.8593 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1356997 4 0.1608 0.8912 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1409326 4 0.2424 0.8465 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069943 5 0.4307 0.1227 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410699 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1383674 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442440 4 0.3109 0.7637 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1404461 1 0.1851 0.8686 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097811 3 0.4182 0.4751 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1475785 5 0.3684 0.6667 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.1851 0.8855 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1364975 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.1197 0.9042 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1390179 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.1121 0.9051 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1081332 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406709 4 0.3707 0.6462 0.000 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1458529 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1332467 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1078278 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453747 4 0.3336 0.7422 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1403853 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370107 4 0.1608 0.8913 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385672 2 0.3579 0.6873 0.000 0.756 0.240 0.004 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 2 0.2209 0.9006 0.000 0.912 0.056 0.032 0.000
#> SRR1344122 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.0880 0.9068 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0880 0.9454 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.1270 0.9249 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487547 4 0.0290 0.9241 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1087752 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091054 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1316343 4 0.0162 0.9259 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1073899 5 0.0162 0.8689 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 4 0.3395 0.7239 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334011 4 0.1965 0.8751 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0510 0.9501 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1410550 4 0.3983 0.5790 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.3876 0.6306 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0880 0.9068 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0290 0.9677 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1330770 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457336 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.2891 0.7771 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1434631 4 0.0162 0.9259 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.1410 0.8985 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0162 0.9712 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420391 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1087704 1 0.4297 -0.0501 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356643 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097708 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813529 3 0.1121 0.9051 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1352322 1 0.4201 0.2193 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.4307 0.2457 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1390289 4 0.2074 0.8706 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.1608 0.8912 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1407000 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367785 4 0.3177 0.7677 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1470057 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388788 4 0.2605 0.8261 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362514 2 0.0162 0.9713 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1454031 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 5 0.4297 -0.1933 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.1908 0.8788 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1090334 2 0.0290 0.9677 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444523 5 0.3305 0.7374 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.0290 0.9244 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1320445 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1081116 5 0.2280 0.8231 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1333287 2 0.4284 0.6572 0.000 0.736 0.040 0.224 0.000
#> SRR1454821 4 0.0000 0.9271 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.2852 0.8053 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1393529 3 0.1341 0.9018 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1102224 3 0.0000 0.9057 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074239 5 0.3039 0.7658 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1401774 4 0.1965 0.8721 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069991 1 0.4307 -0.1527 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1091524 5 0.3661 0.6713 0.276 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 5 0.2813 0.7862 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1361883 3 0.0880 0.9068 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9662 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.9743 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073655 5 0.0000 0.8689 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075729 5 0.1341 0.8651 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1397292 2 0.4440 0.1081 0.000 0.528 0.468 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456250 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1433708 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.2048 0.7954 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1327 0.8762 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.3330 0.5239 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000 0.000
#> SRR1420413 5 0.0146 0.6414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1441768 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356976 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466597 5 0.0146 0.6363 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1392456 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343546 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362928 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1089207 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1084505 6 0.3531 0.5902 0.328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1376476 5 0.5455 0.6662 0.000 0.264 0.000 0.172 0.564 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 6 0.2730 0.7460 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102198 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1473232 5 0.0146 0.6414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1410634 4 0.2964 0.7412 0.000 0.000 0.004 0.792 0.204 0.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353577 2 0.3804 0.2978 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1077380 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407693 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327454 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085235 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1357692 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430703 5 0.0146 0.6414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1334181 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087271 4 0.1610 0.8279 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR812721 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR819486 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465248 2 0.1610 0.8472 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1080222 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361777 2 0.1957 0.8101 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1405311 4 0.1701 0.8380 0.000 0.072 0.000 0.920 0.008 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407018 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090431 2 0.3867 -0.0334 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 4 0.5069 0.2359 0.000 0.064 0.004 0.492 0.440 0.000
#> SRR1313625 6 0.1411 0.8389 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004 0.936
#> SRR1365377 4 0.3489 0.6372 0.000 0.004 0.000 0.708 0.288 0.000
#> SRR1092749 6 0.3789 0.4121 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1389366 3 0.2762 0.7818 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444043 4 0.3464 0.6093 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312 0.000
#> SRR1500071 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1078948 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR807751 6 0.3499 0.6041 0.320 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323002 4 0.0937 0.8770 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330176 6 0.3446 0.6236 0.308 0.000 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487403 3 0.3528 0.6402 0.000 0.000 0.700 0.000 0.004 0.296
#> SRR1409046 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.0146 0.6414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500131 4 0.1204 0.8773 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 5 0.3810 0.3693 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1362664 5 0.3823 0.4649 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1097525 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR809565 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0146 0.9443 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395682 2 0.3050 0.6381 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1439697 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458380 5 0.5428 0.6724 0.000 0.252 0.000 0.176 0.572 0.000
#> SRR1400489 5 0.3352 0.7455 0.000 0.176 0.000 0.032 0.792 0.000
#> SRR1416455 5 0.5296 0.6597 0.000 0.308 0.000 0.128 0.564 0.000
#> SRR1477292 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096924 2 0.3151 0.6081 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367172 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1085259 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 6 0.3198 0.6727 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1100395 1 0.1957 0.8557 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1312666 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810153 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467943 3 0.3448 0.6749 0.000 0.000 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR808638 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099451 4 0.5689 0.2532 0.000 0.288 0.000 0.516 0.196 0.000
#> SRR1082238 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1404186 4 0.0260 0.9089 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1479721 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480721 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446716 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.2772 0.7890 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1316463 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1103072 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.2092 0.7745 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1356997 4 0.4223 0.6655 0.000 0.076 0.000 0.720 0.204 0.000
#> SRR1409326 4 0.3244 0.5421 0.000 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1105033 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1069943 6 0.3789 0.4121 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814108 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410699 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405461 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1383674 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442440 4 0.3198 0.5649 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1404461 1 0.1910 0.8620 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1336617 2 0.0260 0.9407 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097811 3 0.3448 0.6619 0.000 0.000 0.716 0.000 0.004 0.280
#> SRR1475785 6 0.3076 0.7134 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR1347916 2 0.2996 0.6520 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0713 0.9183 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1364975 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406709 5 0.3655 0.7171 0.000 0.096 0.000 0.112 0.792 0.000
#> SRR1458529 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1332467 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078278 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333167 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420538 5 0.3823 0.4649 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564 0.000
#> SRR1453747 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1403853 5 0.3810 0.3693 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370107 4 0.2003 0.7873 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1369008 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385672 5 0.0146 0.6414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473361 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487704 5 0.3993 -0.0102 0.000 0.476 0.004 0.000 0.520 0.000
#> SRR1344122 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.1556 0.8530 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3126 0.7318 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1487547 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1087752 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091054 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316343 5 0.3151 0.6125 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1073899 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456093 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336863 4 0.3351 0.5152 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.2260 0.8277 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1452222 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468096 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334011 5 0.5286 0.5904 0.000 0.132 0.000 0.296 0.572 0.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.1204 0.9263 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1410550 4 0.3765 0.2671 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.3081 0.7477 0.000 0.000 0.776 0.000 0.004 0.220
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090119 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.2762 0.7047 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1330770 4 0.0458 0.9027 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1489349 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457336 5 0.3823 0.3524 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466770 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093366 2 0.3578 0.4124 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1434631 5 0.3578 0.5039 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470855 2 0.2996 0.6520 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444978 4 0.0146 0.9117 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1432165 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441913 4 0.1663 0.8229 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1319038 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466687 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.2597 0.7345 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1420391 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1087704 6 0.3847 0.3041 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322070 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.3126 0.6158 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1356643 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1097708 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR813529 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.3843 0.0461 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.3923 0.4359 0.000 0.000 0.580 0.000 0.004 0.416
#> SRR1390289 5 0.5056 0.5805 0.000 0.100 0.000 0.312 0.588 0.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.2454 0.7273 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1407000 4 0.2762 0.7516 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1367785 5 0.5440 0.6667 0.000 0.288 0.000 0.156 0.556 0.000
#> SRR1470057 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079567 1 0.0146 0.9849 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1095675 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1388788 5 0.5144 0.5259 0.000 0.100 0.000 0.340 0.560 0.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1362514 5 0.3782 0.4419 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1454031 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1443399 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488307 3 0.3961 0.3791 0.000 0.000 0.556 0.000 0.004 0.440
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 5 0.5351 0.6118 0.000 0.148 0.000 0.280 0.572 0.000
#> SRR1090334 2 0.0260 0.9405 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1444523 6 0.2697 0.7542 0.188 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 4 0.2902 0.7482 0.000 0.004 0.000 0.800 0.196 0.000
#> SRR1320445 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081116 6 0.1327 0.8463 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1333287 2 0.3838 0.2313 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR1454821 4 0.0000 0.9146 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348792 4 0.4783 0.5863 0.000 0.128 0.000 0.668 0.204 0.000
#> SRR1393529 3 0.0146 0.9172 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1102224 3 0.2762 0.7818 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1074239 6 0.2416 0.7801 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1401774 5 0.3563 0.7154 0.000 0.092 0.000 0.108 0.800 0.000
#> SRR1413262 5 0.2793 0.7448 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1336227 2 0.2996 0.6520 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1069991 6 0.3789 0.4121 0.416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1091524 6 0.3175 0.6958 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9485 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382461 6 0.1957 0.8134 0.112 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1361883 3 0.0000 0.9180 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9878 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0458 0.9336 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1073655 6 0.0146 0.8851 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1075729 6 0.0000 0.8856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397292 5 0.0146 0.6414 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.945 0.934 0.974 0.4969 0.504 0.504
#> 3 3 0.896 0.890 0.936 0.2765 0.814 0.648
#> 4 4 0.700 0.726 0.829 0.1484 0.789 0.490
#> 5 5 0.763 0.778 0.877 0.0782 0.908 0.666
#> 6 6 0.761 0.682 0.796 0.0356 0.933 0.705
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.978 0.3419 0.412 0.588
#> SRR1441768 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1466597 1 0.998 0.0296 0.524 0.476
#> SRR1392456 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.827 0.6575 0.260 0.740
#> SRR1473232 2 0.671 0.7786 0.176 0.824
#> SRR1410634 1 0.971 0.2921 0.600 0.400
#> SRR1353332 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1353577 1 0.644 0.7906 0.836 0.164
#> SRR1077380 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.714 0.7522 0.196 0.804
#> SRR1311464 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1357692 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1430703 1 1.000 -0.0507 0.504 0.496
#> SRR1086020 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1419941 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1313625 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1365377 1 0.204 0.9531 0.968 0.032
#> SRR1092749 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1389366 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.932 0.4965 0.348 0.652
#> SRR1500071 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 1.000 0.0560 0.500 0.500
#> SRR1500131 2 0.932 0.4965 0.348 0.652
#> SRR1415854 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1400008 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1338489 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1436280 2 0.980 0.3309 0.416 0.584
#> SRR1312666 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1099451 1 0.644 0.7906 0.836 0.164
#> SRR1082238 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.932 0.4965 0.348 0.652
#> SRR1409326 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1105033 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR814108 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1410699 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1383674 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1442440 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.917 0.5292 0.332 0.668
#> SRR1364975 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1472259 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.971 0.3738 0.400 0.600
#> SRR1403853 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 1.000 0.1013 0.488 0.512
#> SRR1430839 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1090626 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1487704 1 0.644 0.7906 0.836 0.164
#> SRR1344122 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.278 0.9198 0.048 0.952
#> SRR816096 2 0.925 0.5132 0.340 0.660
#> SRR1440809 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1406394 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1317653 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1336964 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1083678 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1487547 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1087752 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1091054 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.184 0.9382 0.028 0.972
#> SRR1073899 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1348094 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1452222 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.952 0.4432 0.372 0.628
#> SRR1330770 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.416 0.8843 0.084 0.916
#> SRR1349190 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.680 0.7734 0.180 0.820
#> SRR1319038 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.925 0.5132 0.340 0.660
#> SRR1420391 2 0.973 0.3633 0.404 0.596
#> SRR1087704 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.900 0.5601 0.316 0.684
#> SRR1356643 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.932 0.4965 0.348 0.652
#> SRR1367785 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1321377 1 0.644 0.7906 0.836 0.164
#> SRR1320445 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1333287 1 0.753 0.7085 0.784 0.216
#> SRR1454821 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.925 0.5132 0.340 0.660
#> SRR1393529 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1102224 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1074239 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.163 0.9418 0.024 0.976
#> SRR1413262 2 0.141 0.9453 0.020 0.980
#> SRR1336227 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.000 0.9622 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.000 0.9855 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 1.000 0.1013 0.488 0.512
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1433708 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1433902 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1436583 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1441768 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1466597 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1392456 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1080951 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR1457080 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1404362 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1405921 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1089207 1 0.4121 0.781 0.832 0.000 0.168
#> SRR1084505 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1318208 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.5431 0.677 0.284 0.000 0.716
#> SRR1397781 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.2796 0.879 0.000 0.908 0.092
#> SRR1120891 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1102198 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1473232 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1410634 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1353332 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR816794 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1353577 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1077380 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1407693 1 0.4002 0.792 0.840 0.000 0.160
#> SRR1430088 2 0.6126 0.283 0.000 0.600 0.400
#> SRR1311464 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1342806 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0237 0.955 0.996 0.000 0.004
#> SRR1085235 1 0.5785 0.463 0.668 0.000 0.332
#> SRR1357692 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1430703 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1087271 2 0.1860 0.946 0.000 0.948 0.052
#> SRR812721 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR819486 1 0.4235 0.770 0.824 0.000 0.176
#> SRR1465248 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.3551 0.908 0.000 0.868 0.132
#> SRR1318624 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1476384 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1080222 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1340531 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1407018 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.1163 0.934 0.000 0.972 0.028
#> SRR1498505 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1313625 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1365377 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1092749 1 0.1860 0.914 0.948 0.000 0.052
#> SRR1389366 3 0.1643 0.874 0.044 0.000 0.956
#> SRR1359509 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1500071 2 0.3879 0.888 0.000 0.848 0.152
#> SRR1078948 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1099765 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR807751 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1343698 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1487403 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR1409046 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1474000 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500131 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1415854 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1362664 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1097525 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR1432231 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.5138 0.643 0.748 0.000 0.252
#> SRR809565 3 0.6302 0.207 0.480 0.000 0.520
#> SRR1476974 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1395682 2 0.5397 0.718 0.000 0.720 0.280
#> SRR1362579 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.2625 0.882 0.916 0.000 0.084
#> SRR1340966 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1475233 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 3 0.1643 0.874 0.044 0.000 0.956
#> SRR1338489 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1439697 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1329642 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1400489 2 0.4346 0.855 0.000 0.816 0.184
#> SRR1416455 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1477292 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1096924 3 0.6140 0.188 0.000 0.404 0.596
#> SRR1308269 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1085259 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1477732 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1323446 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0237 0.955 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378924 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1100395 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1436280 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR810153 1 0.5363 0.594 0.724 0.000 0.276
#> SRR1467943 3 0.3412 0.844 0.124 0.000 0.876
#> SRR808638 3 0.1753 0.873 0.048 0.000 0.952
#> SRR1099451 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1082238 3 0.6168 0.419 0.412 0.000 0.588
#> SRR1404186 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1479721 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1446716 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1073971 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.2878 0.861 0.096 0.000 0.904
#> SRR1316463 2 0.4750 0.815 0.000 0.784 0.216
#> SRR1103072 2 0.5254 0.743 0.000 0.736 0.264
#> SRR1420129 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1356997 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1409326 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1485020 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1105033 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1077066 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 3 0.6307 0.183 0.488 0.000 0.512
#> SRR1069943 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1410699 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1405461 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1323312 2 0.0747 0.948 0.000 0.984 0.016
#> SRR1467171 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.6026 0.503 0.376 0.000 0.624
#> SRR1383674 3 0.1529 0.873 0.040 0.000 0.960
#> SRR1442440 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1404461 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.2537 0.944 0.000 0.920 0.080
#> SRR1097811 3 0.4974 0.744 0.236 0.000 0.764
#> SRR1475785 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1077667 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.6140 0.271 0.000 0.596 0.404
#> SRR1364975 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1472259 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1390179 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1312784 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1081332 1 0.5291 0.611 0.732 0.000 0.268
#> SRR1406709 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1458529 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1332467 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1078278 1 0.5138 0.643 0.748 0.000 0.252
#> SRR1083868 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1333167 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1418492 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1453747 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1403853 2 0.2796 0.939 0.000 0.908 0.092
#> SRR1378707 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 3 0.6215 0.374 0.428 0.000 0.572
#> SRR1370107 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1369008 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1385672 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1348507 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1487704 3 0.1031 0.870 0.024 0.000 0.976
#> SRR1344122 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1402027 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1081493 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4555 0.735 0.000 0.800 0.200
#> SRR816096 3 0.5882 0.427 0.000 0.348 0.652
#> SRR1440809 2 0.0592 0.948 0.000 0.988 0.012
#> SRR1406394 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1317653 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1336964 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1467194 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.1643 0.874 0.044 0.000 0.956
#> SRR1487547 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1087752 3 0.2356 0.869 0.072 0.000 0.928
#> SRR1091054 1 0.4291 0.764 0.820 0.000 0.180
#> SRR1316343 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1073899 1 0.4178 0.776 0.828 0.000 0.172
#> SRR1456093 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1399291 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1445426 2 0.3038 0.930 0.000 0.896 0.104
#> SRR1389932 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.1643 0.874 0.044 0.000 0.956
#> SRR1452222 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1468096 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1334011 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1444701 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.0892 0.853 0.000 0.020 0.980
#> SRR1410550 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1473209 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 3 0.6252 0.330 0.444 0.000 0.556
#> SRR1083125 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR1466091 2 0.1031 0.948 0.000 0.976 0.024
#> SRR1090119 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1337516 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 3 0.4796 0.677 0.000 0.220 0.780
#> SRR1330770 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1489349 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1457336 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1447481 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1466770 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1093366 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 3 0.0892 0.853 0.000 0.020 0.980
#> SRR1349190 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1432165 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1441913 2 0.6274 0.323 0.000 0.544 0.456
#> SRR1319038 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1338603 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.4235 0.770 0.824 0.000 0.176
#> SRR1322186 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1478571 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 3 0.5968 0.410 0.000 0.364 0.636
#> SRR1420391 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1087704 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0892 0.948 0.000 0.980 0.020
#> SRR1322070 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1476324 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1356643 3 0.5254 0.707 0.264 0.000 0.736
#> SRR1097708 1 0.5178 0.636 0.744 0.000 0.256
#> SRR813529 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1352322 1 0.2625 0.883 0.916 0.000 0.084
#> SRR1498661 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.4931 0.749 0.232 0.000 0.768
#> SRR1390289 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1351955 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.4974 0.785 0.000 0.764 0.236
#> SRR1407000 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1367785 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1470057 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1079567 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.5098 0.729 0.248 0.000 0.752
#> SRR1388788 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1396146 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.4974 0.744 0.236 0.000 0.764
#> SRR1362514 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1454031 3 0.5497 0.664 0.292 0.000 0.708
#> SRR1443399 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1101280 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.1289 0.947 0.000 0.968 0.032
#> SRR1488307 3 0.5098 0.729 0.248 0.000 0.752
#> SRR1443800 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1090334 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.5058 0.658 0.756 0.000 0.244
#> SRR1444523 1 0.0237 0.955 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310898 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1320445 1 0.3686 0.818 0.860 0.000 0.140
#> SRR1081116 1 0.0892 0.942 0.980 0.000 0.020
#> SRR1333287 3 0.0237 0.863 0.004 0.000 0.996
#> SRR1454821 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1348792 3 0.5621 0.446 0.000 0.308 0.692
#> SRR1393529 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1102224 3 0.1411 0.873 0.036 0.000 0.964
#> SRR1074239 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1413262 3 0.0424 0.861 0.000 0.008 0.992
#> SRR1336227 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1069991 1 0.0747 0.945 0.984 0.000 0.016
#> SRR1091524 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.1643 0.922 0.956 0.000 0.044
#> SRR1437514 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.2796 0.863 0.092 0.000 0.908
#> SRR1378262 1 0.0000 0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.2625 0.943 0.000 0.916 0.084
#> SRR1073655 1 0.5178 0.636 0.744 0.000 0.256
#> SRR1075729 1 0.1163 0.936 0.972 0.000 0.028
#> SRR1397292 3 0.0000 0.862 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.2216 0.8875 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1330831 2 0.3942 0.7802 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1456250 4 0.7045 0.4427 0.000 0.308 0.148 0.544
#> SRR1433708 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1432783 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1398272 4 0.2111 0.7448 0.000 0.024 0.044 0.932
#> SRR1436583 2 0.4585 0.9140 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1420413 4 0.7853 0.2477 0.000 0.308 0.292 0.400
#> SRR1441768 1 0.2408 0.8793 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1356976 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1466597 3 0.7711 0.1485 0.000 0.308 0.444 0.248
#> SRR1392456 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0817 0.7840 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.0592 0.7686 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1404362 1 0.2530 0.8732 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1490635 2 0.4564 0.9003 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1343546 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.4585 0.9148 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1362928 4 0.1716 0.7192 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1089207 3 0.4972 0.1471 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1084505 1 0.2469 0.8760 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1376476 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.1792 0.7590 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1397781 1 0.1022 0.9132 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1386753 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1334055 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1329131 2 0.3311 0.6835 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1120891 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1337495 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1102198 4 0.7844 0.2566 0.000 0.308 0.288 0.404
#> SRR1473232 4 0.7658 0.3335 0.000 0.308 0.236 0.456
#> SRR1410634 3 0.4891 0.5939 0.000 0.308 0.680 0.012
#> SRR1353332 2 0.4543 0.9031 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1362332 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR816794 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.0336 0.7712 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1353577 3 0.4454 0.6067 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1077380 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407693 3 0.4972 0.1471 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1430088 2 0.5113 0.4582 0.000 0.760 0.088 0.152
#> SRR1311464 2 0.4643 0.9095 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1327454 4 0.0817 0.7625 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.4994 0.0647 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1085235 3 0.4594 0.5112 0.280 0.008 0.712 0.000
#> SRR1357692 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1430703 3 0.7799 0.0714 0.000 0.308 0.420 0.272
#> SRR1086020 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1334181 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1087271 2 0.4643 0.8915 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR812721 3 0.0707 0.7854 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR819486 3 0.4972 0.1471 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1465248 2 0.4564 0.9160 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.3853 0.6833 0.000 0.160 0.020 0.820
#> SRR1318624 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1467544 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.2859 0.7269 0.000 0.112 0.008 0.880
#> SRR1080222 1 0.2281 0.8851 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1361777 2 0.4564 0.9162 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1405311 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1407018 1 0.2216 0.8875 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1090431 2 0.3486 0.7133 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1498505 2 0.4040 0.8035 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1419941 3 0.4406 0.6129 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1313625 3 0.1743 0.7790 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1365377 3 0.4454 0.6067 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1092749 3 0.4989 0.0889 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1389366 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1359509 2 0.4585 0.9032 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1444043 4 0.7853 0.2465 0.000 0.308 0.292 0.400
#> SRR1500071 4 0.6468 0.5376 0.000 0.348 0.084 0.568
#> SRR1078948 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0921 0.9148 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR818523 3 0.0817 0.7840 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR807751 1 0.3528 0.7840 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1379157 2 0.4585 0.9032 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1323002 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1343698 2 0.3975 0.7779 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1330176 1 0.3444 0.7960 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487403 3 0.0469 0.7874 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1409046 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.7811 0.0609 0.000 0.308 0.416 0.276
#> SRR1500131 4 0.7811 0.2740 0.000 0.308 0.276 0.416
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362664 4 0.4931 0.6669 0.000 0.132 0.092 0.776
#> SRR1097525 3 0.0707 0.7854 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1432231 2 0.4661 0.9019 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.4961 0.1695 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR809565 3 0.1661 0.7697 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR1476974 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1360258 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1310876 2 0.4643 0.9059 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1404951 2 0.4605 0.9015 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1374355 2 0.4585 0.9144 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1499260 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.6929 -0.4373 0.000 0.448 0.108 0.444
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1473100 3 0.4981 0.1190 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1340966 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1323873 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1400008 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1338489 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1439697 3 0.1389 0.7805 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1329642 2 0.4564 0.9162 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1341945 2 0.4564 0.9162 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1418262 2 0.4624 0.9097 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1458380 4 0.1637 0.7442 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1400489 4 0.4453 0.6292 0.000 0.244 0.012 0.744
#> SRR1416455 4 0.3278 0.6885 0.000 0.020 0.116 0.864
#> SRR1477292 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1096924 4 0.7413 0.4364 0.000 0.232 0.252 0.516
#> SRR1308269 2 0.4661 0.9061 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1367172 3 0.0336 0.7888 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1085259 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.1022 0.9132 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1356509 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1323446 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1368094 1 0.4972 0.1618 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1100395 1 0.2408 0.8797 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1327570 2 0.4624 0.9111 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1341209 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436280 4 0.7853 0.2477 0.000 0.308 0.292 0.400
#> SRR1312666 4 0.0336 0.7712 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR810153 3 0.4888 0.2598 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1467943 3 0.0188 0.7886 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR808638 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1099451 3 0.4431 0.6096 0.000 0.304 0.696 0.000
#> SRR1082238 3 0.1211 0.7761 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1404186 4 0.2011 0.6975 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1479721 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1480721 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1446716 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1073971 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.0188 0.7886 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1316463 4 0.4594 0.6100 0.000 0.280 0.008 0.712
#> SRR1103072 4 0.5088 0.3421 0.000 0.424 0.004 0.572
#> SRR1420129 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1382639 4 0.2011 0.6884 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1356997 4 0.7853 0.2489 0.000 0.308 0.292 0.400
#> SRR1409326 4 0.2011 0.6976 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1485020 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1387113 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1105033 3 0.0707 0.7867 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1077066 2 0.4605 0.9122 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1099931 3 0.1389 0.7708 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1069943 1 0.2281 0.8850 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1360194 2 0.4564 0.9164 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR814108 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1410699 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1405461 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1323312 4 0.4907 -0.4263 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.2814 0.8547 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.2530 0.7197 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1383674 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1442440 4 0.1118 0.7507 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1404461 1 0.2281 0.8849 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1336617 4 0.4855 -0.2242 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1097811 3 0.0707 0.7854 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1475785 1 0.3172 0.8239 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1347916 2 0.4998 0.6793 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1477522 2 0.4585 0.9144 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1098002 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.4163 0.4428 0.000 0.828 0.076 0.096
#> SRR1364975 3 0.0707 0.7867 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1472259 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1390179 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1069850 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081332 3 0.4776 0.3399 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1406709 4 0.0469 0.7681 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1458529 4 0.7811 0.2826 0.000 0.308 0.276 0.416
#> SRR1332467 4 0.0817 0.7627 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1078278 3 0.4916 0.2310 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1083868 1 0.1118 0.9115 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1367544 2 0.4985 0.7213 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1333167 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1418492 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1476652 2 0.4679 0.9041 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1470624 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1081068 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1324473 2 0.4564 0.9161 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1420538 4 0.3404 0.6894 0.000 0.032 0.104 0.864
#> SRR1453747 4 0.7844 0.2566 0.000 0.308 0.288 0.404
#> SRR1403853 4 0.4248 0.6455 0.000 0.220 0.012 0.768
#> SRR1378707 2 0.4431 0.8720 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1083504 2 0.4605 0.9015 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR1437598 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1376807 3 0.1557 0.7659 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1370107 4 0.0921 0.7592 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1369008 4 0.0921 0.7597 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1385672 3 0.7811 0.0603 0.000 0.308 0.416 0.276
#> SRR1430839 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1098098 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1473361 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.4585 0.9144 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1090626 3 0.0817 0.7861 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1487704 3 0.4454 0.6067 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1344122 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402027 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1076940 2 0.3024 0.6500 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR816096 2 0.4898 0.3201 0.000 0.780 0.104 0.116
#> SRR1440809 2 0.3837 0.7151 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1406394 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1317653 2 0.4585 0.9129 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1343072 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1336964 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1358624 4 0.0336 0.7712 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1467194 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1459324 2 0.4585 0.9148 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3172 0.7193 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1487547 4 0.0707 0.7656 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1087752 3 0.1474 0.7796 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1091054 3 0.4972 0.1471 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1316343 4 0.7153 0.4288 0.000 0.308 0.160 0.532
#> SRR1073899 3 0.4977 0.1353 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1456093 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1399291 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1336863 2 0.4564 0.9162 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1456771 2 0.4564 0.9162 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1329663 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.4323 0.4153 0.000 0.776 0.020 0.204
#> SRR1389932 1 0.2149 0.8898 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1452222 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1468096 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1334011 4 0.0336 0.7695 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1444701 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.4585 0.9144 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.7429 0.3949 0.000 0.308 0.196 0.496
#> SRR1410550 4 0.3749 0.6172 0.000 0.128 0.032 0.840
#> SRR1473209 1 0.2281 0.8663 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1101741 3 0.3837 0.5928 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.4564 0.9162 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1072578 3 0.0707 0.7854 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1466091 2 0.4830 0.8375 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1090119 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1498290 3 0.6071 0.4294 0.000 0.452 0.504 0.044
#> SRR1330770 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489349 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1457336 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.4564 0.9164 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1102176 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1323215 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1466770 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1093366 2 0.4585 0.9140 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1434631 4 0.6616 0.4870 0.000 0.308 0.108 0.584
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.1792 0.9003 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1477339 2 0.4585 0.9144 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1099354 1 0.4522 0.5345 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1470855 2 0.4730 0.8342 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1102998 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1444978 4 0.0188 0.7704 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432165 4 0.0592 0.7686 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1441913 4 0.7137 0.5137 0.000 0.304 0.160 0.536
#> SRR1319038 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 3 0.4972 0.1471 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1322186 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1466687 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.4568 0.2481 0.000 0.800 0.124 0.076
#> SRR1420391 4 0.7853 0.2477 0.000 0.308 0.292 0.400
#> SRR1087704 1 0.2530 0.8732 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1464897 1 0.1118 0.9115 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1473915 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1337816 2 0.4585 0.8321 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1322070 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1476324 2 0.4679 0.8999 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1499652 4 0.7877 0.2239 0.000 0.308 0.304 0.388
#> SRR1356643 3 0.0921 0.7822 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1097708 3 0.4961 0.1695 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR813529 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1352322 3 0.4992 0.0734 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0469 0.7874 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1390289 4 0.2021 0.7508 0.000 0.056 0.012 0.932
#> SRR1351955 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1336988 4 0.3444 0.6768 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1407000 4 0.7862 0.2393 0.000 0.308 0.296 0.396
#> SRR1367785 4 0.3693 0.6711 0.000 0.072 0.072 0.856
#> SRR1470057 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1079567 1 0.2216 0.8875 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1095675 3 0.0817 0.7840 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1388788 4 0.0188 0.7710 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0707 0.7854 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1362514 4 0.4103 0.2735 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1454031 3 0.0817 0.7840 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1443399 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.4585 0.9148 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1340680 4 0.3907 0.3755 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1488307 3 0.0921 0.7822 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1443800 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1317110 4 0.0000 0.7709 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.4877 0.8228 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.4961 0.1695 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1444523 1 0.3400 0.7942 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1310898 2 0.4543 0.9176 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 3 0.4454 0.6067 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1320445 3 0.4977 0.1353 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1081116 3 0.4996 0.0430 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1333287 3 0.4454 0.6067 0.000 0.308 0.692 0.000
#> SRR1454821 4 0.0469 0.7710 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1348792 2 0.6991 -0.3648 0.000 0.524 0.128 0.348
#> SRR1393529 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102224 3 0.1867 0.7737 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1074239 1 0.3024 0.8372 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1401774 4 0.7153 0.4282 0.000 0.308 0.160 0.532
#> SRR1413262 4 0.7877 0.2239 0.000 0.308 0.304 0.388
#> SRR1336227 4 0.4883 0.3343 0.000 0.288 0.016 0.696
#> SRR1069991 1 0.4992 0.0837 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1091524 1 0.2704 0.8621 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1312577 2 0.4585 0.9144 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1341721 1 0.4679 0.4606 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.4643 0.9095 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1382461 1 0.2530 0.8726 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1361883 3 0.0000 0.7889 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9235 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 4 0.2011 0.6864 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1073655 3 0.4967 0.1583 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1075729 3 0.4994 0.0609 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1397292 4 0.7853 0.2477 0.000 0.308 0.292 0.400
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.2280 0.85997 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.2172 0.88928 0.000 0.908 0.000 0.076 0.016
#> SRR1456250 4 0.4307 -0.12311 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1433708 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0963 0.93279 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1432783 2 0.0703 0.93336 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1398272 4 0.4457 0.78165 0.000 0.152 0.000 0.756 0.092
#> SRR1436583 2 0.2179 0.89568 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR1420413 5 0.2179 0.75794 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1441768 1 0.2377 0.85602 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1466597 5 0.0703 0.74201 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1392456 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.1851 0.90017 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1404362 1 0.2605 0.84445 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1043 0.91806 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1343546 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1405921 2 0.1341 0.92287 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1362928 4 0.2280 0.87767 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1089207 3 0.2074 0.77103 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.3774 0.68180 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.3471 0.75525 0.092 0.000 0.836 0.000 0.072
#> SRR1397781 1 0.2813 0.82708 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0290 0.93133 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1334055 2 0.0510 0.93334 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329131 2 0.3301 0.84346 0.000 0.848 0.000 0.080 0.072
#> SRR1120891 1 0.2280 0.86146 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1102198 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1473232 5 0.2813 0.73332 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR1410634 5 0.0510 0.73627 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1353332 2 0.0880 0.91989 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1362332 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1341 0.90412 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1353577 5 0.1197 0.72649 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1077380 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1407693 3 0.2179 0.76602 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1430088 5 0.4867 0.12440 0.000 0.432 0.000 0.024 0.544
#> SRR1311464 2 0.2230 0.89340 0.000 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1327454 4 0.1908 0.89779 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1342806 1 0.0510 0.89125 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1388437 3 0.3366 0.62060 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.0290 0.80149 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1357692 5 0.3983 0.39175 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1430703 5 0.2984 0.75631 0.000 0.000 0.032 0.108 0.860
#> SRR1086020 2 0.0404 0.93262 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1334181 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1087271 2 0.1792 0.91116 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR812721 3 0.0290 0.80108 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR819486 3 0.2377 0.76168 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0510 0.93367 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.5314 0.55109 0.000 0.136 0.000 0.672 0.192
#> SRR1318624 2 0.0404 0.93262 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1467544 4 0.1121 0.89913 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1476384 2 0.0404 0.93262 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1395788 1 0.1908 0.85708 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0404 0.93262 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.3099 0.79005 0.000 0.028 0.000 0.848 0.124
#> SRR1080222 1 0.2773 0.83336 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.1121 0.93012 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1405311 4 0.1341 0.90134 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1407018 1 0.2424 0.85475 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.2676 0.87519 0.000 0.884 0.000 0.080 0.036
#> SRR1498505 2 0.1956 0.89637 0.000 0.916 0.000 0.076 0.008
#> SRR1419941 5 0.1851 0.70409 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1313625 5 0.4074 0.35739 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1365377 5 0.0703 0.73439 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1092749 3 0.2516 0.75434 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1389366 5 0.4074 0.34577 0.000 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1359509 2 0.1638 0.90864 0.000 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR1444043 5 0.1608 0.75671 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1500071 5 0.4168 0.69151 0.000 0.044 0.000 0.200 0.756
#> SRR1078948 3 0.3336 0.65492 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1099765 1 0.2329 0.85877 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR818523 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.4306 0.20740 0.508 0.000 0.492 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.1043 0.91806 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1323002 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1343698 2 0.2482 0.88395 0.000 0.892 0.000 0.084 0.024
#> SRR1330176 3 0.4291 -0.04965 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 3 0.3336 0.65439 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1487403 3 0.0510 0.79849 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1409046 3 0.3932 0.52415 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1474000 5 0.2338 0.75840 0.000 0.000 0.004 0.112 0.884
#> SRR1500131 5 0.2179 0.75250 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1415854 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.1282 0.89797 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1362664 5 0.5811 0.39430 0.000 0.140 0.000 0.264 0.596
#> SRR1097525 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.1965 0.89843 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 3 0.1197 0.79505 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR809565 3 0.0162 0.80214 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476974 1 0.2329 0.85815 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0404 0.93251 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1310876 2 0.2286 0.89076 0.000 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1404951 2 0.1341 0.91553 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1374355 2 0.0794 0.92895 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1499260 2 0.0404 0.93251 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1485700 1 0.1270 0.88271 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1395682 5 0.4840 0.66072 0.000 0.124 0.000 0.152 0.724
#> SRR1362579 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0703 0.93336 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1473100 3 0.2732 0.72234 0.160 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0404 0.93262 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1323873 3 0.3424 0.64360 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1475233 2 0.0880 0.93299 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1400008 5 0.4297 0.00338 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1338489 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1439697 3 0.4249 0.25889 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1329642 2 0.0880 0.93297 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1341945 2 0.0963 0.93235 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1418262 2 0.2329 0.87394 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1458380 4 0.1522 0.89532 0.000 0.044 0.000 0.944 0.012
#> SRR1400489 4 0.1965 0.78198 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1416455 4 0.5589 0.57924 0.000 0.128 0.000 0.628 0.244
#> SRR1477292 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1096924 5 0.4083 0.64849 0.000 0.028 0.000 0.228 0.744
#> SRR1308269 2 0.1608 0.92081 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1367172 3 0.3644 0.74874 0.080 0.000 0.824 0.000 0.096
#> SRR1085259 3 0.2516 0.72386 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1477732 1 0.2773 0.83067 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1323446 1 0.2179 0.86370 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1368094 3 0.3534 0.59279 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1100395 1 0.3480 0.74889 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.1341 0.92192 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1341209 3 0.3707 0.59255 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1436280 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1312666 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR810153 3 0.1043 0.79750 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1467943 3 0.1121 0.78606 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR808638 5 0.4305 -0.04173 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1099451 5 0.1270 0.72376 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1082238 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 4 0.4397 0.32543 0.000 0.432 0.000 0.564 0.004
#> SRR1479721 1 0.3109 0.80202 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1446716 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1073971 2 0.0703 0.93384 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.1341 0.78111 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1316463 4 0.1851 0.79829 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1103072 2 0.6323 0.14300 0.000 0.476 0.000 0.164 0.360
#> SRR1420129 2 0.1205 0.93138 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1382639 4 0.6243 0.24755 0.000 0.380 0.000 0.472 0.148
#> SRR1356997 5 0.1197 0.75411 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR1409326 4 0.4114 0.49081 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1485020 2 0.0290 0.93133 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1387113 2 0.0162 0.92919 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0510 0.93334 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1105033 3 0.4101 0.44732 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1077066 2 0.1282 0.93062 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1099931 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.3177 0.79488 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0703 0.93380 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR814108 5 0.4015 0.37696 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1410699 4 0.1732 0.90471 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1405461 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1323312 2 0.3612 0.69722 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.4015 0.57142 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 5 0.4015 0.37696 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1442440 4 0.2424 0.86476 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1404461 1 0.3837 0.67067 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.3375 0.83476 0.000 0.840 0.000 0.056 0.104
#> SRR1097811 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.4294 0.28890 0.532 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.3039 0.81730 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1477522 2 0.1041 0.93332 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1098002 3 0.3452 0.63982 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1077667 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0290 0.93133 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.4907 0.06239 0.000 0.488 0.000 0.024 0.488
#> SRR1364975 3 0.4088 0.45664 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1472259 3 0.3612 0.61352 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1390179 3 0.3480 0.63568 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1312784 2 0.0510 0.93307 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1069850 3 0.3561 0.62219 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1081332 3 0.1671 0.78276 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1406709 4 0.1364 0.88900 0.000 0.036 0.000 0.952 0.012
#> SRR1458529 5 0.2377 0.75421 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR1332467 4 0.2377 0.87079 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1078278 3 0.1043 0.79750 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.3003 0.80714 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.2891 0.83212 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1333167 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1418492 2 0.0703 0.93336 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476652 2 0.2516 0.87499 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1470624 2 0.0290 0.93136 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1081068 2 0.0609 0.93384 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1324473 2 0.0404 0.93280 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1420538 4 0.5434 0.60859 0.000 0.120 0.000 0.648 0.232
#> SRR1453747 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1403853 4 0.2338 0.78120 0.000 0.004 0.000 0.884 0.112
#> SRR1378707 2 0.2233 0.89168 0.000 0.904 0.000 0.080 0.016
#> SRR1083504 2 0.1410 0.91350 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1437598 2 0.0290 0.93116 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1376807 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.3318 0.80448 0.000 0.192 0.000 0.800 0.008
#> SRR1369008 4 0.3143 0.77568 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1385672 5 0.1908 0.75867 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1430839 2 0.0404 0.93251 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1098098 2 0.0290 0.93136 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473361 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1348507 2 0.0290 0.93107 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1090626 3 0.4138 0.42217 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1487704 5 0.1341 0.72298 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1344122 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1402027 3 0.3707 0.59255 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1081493 1 0.2329 0.85851 0.876 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.4972 0.58766 0.000 0.672 0.000 0.068 0.260
#> SRR816096 5 0.3821 0.60942 0.000 0.216 0.000 0.020 0.764
#> SRR1440809 2 0.4666 0.56671 0.000 0.676 0.000 0.040 0.284
#> SRR1406394 5 0.4114 0.32812 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1317653 2 0.1270 0.92831 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1343072 5 0.4045 0.36386 0.000 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1336964 2 0.0510 0.93334 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1358624 4 0.1544 0.90750 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1467194 2 0.0404 0.93262 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1459324 2 0.1608 0.91673 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 5 0.4030 0.37450 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1487547 4 0.1671 0.90655 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1087752 3 0.4262 0.28239 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1091054 3 0.2127 0.76908 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1316343 5 0.4101 0.44236 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1073899 3 0.2690 0.72631 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1399291 2 0.0794 0.93354 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1336863 2 0.1768 0.91593 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1456771 2 0.0794 0.93325 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1329663 4 0.1121 0.89913 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1445426 2 0.5922 0.08404 0.000 0.476 0.000 0.104 0.420
#> SRR1389932 1 0.3074 0.80545 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 5 0.4126 0.31243 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1452222 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1468096 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1334011 4 0.1281 0.88530 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1444701 2 0.0510 0.93334 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1197 0.92892 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1446265 1 0.2179 0.86324 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0880 0.88778 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.3336 0.67592 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1410550 4 0.5915 0.33462 0.000 0.412 0.000 0.484 0.104
#> SRR1473209 1 0.3796 0.64791 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1101741 3 0.0162 0.80263 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0510 0.93307 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1197 0.92853 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1072578 3 0.0162 0.80196 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1466091 2 0.0404 0.93280 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1090119 3 0.3636 0.60857 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1337516 2 0.0794 0.93310 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1498290 5 0.1836 0.73328 0.000 0.040 0.008 0.016 0.936
#> SRR1330770 4 0.1251 0.89047 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1489349 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1457336 4 0.1408 0.89652 0.000 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1447481 2 0.0404 0.93091 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1102176 2 0.0510 0.93307 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323215 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1466770 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1093366 2 0.2074 0.89396 0.000 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1434631 5 0.4227 0.33216 0.000 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR1349190 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.2280 0.86019 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0703 0.93407 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1099354 1 0.4138 0.46741 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.2536 0.88670 0.000 0.868 0.000 0.128 0.004
#> SRR1102998 2 0.0404 0.93251 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1444978 4 0.2628 0.82750 0.000 0.028 0.000 0.884 0.088
#> SRR1432165 4 0.1792 0.90256 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1441913 5 0.4803 0.64378 0.000 0.184 0.000 0.096 0.720
#> SRR1319038 4 0.1197 0.90110 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1338603 2 0.0963 0.93252 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 3 0.1965 0.77458 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0510 0.93334 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466687 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 5 0.4000 0.58959 0.000 0.228 0.000 0.024 0.748
#> SRR1420391 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1087704 1 0.3305 0.78006 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.3039 0.80340 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0794 0.93321 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1337816 2 0.1704 0.92241 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1322070 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1476324 2 0.2773 0.83574 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1499652 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1356643 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 3 0.1121 0.79642 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR813529 3 0.3661 0.60307 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1352322 3 0.2891 0.70635 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.0510 0.79832 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1390289 4 0.2580 0.87281 0.000 0.064 0.000 0.892 0.044
#> SRR1351955 2 0.1205 0.93168 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1336988 4 0.4820 0.61758 0.000 0.236 0.000 0.696 0.068
#> SRR1407000 5 0.1608 0.75739 0.000 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR1367785 4 0.5555 0.63551 0.000 0.204 0.000 0.644 0.152
#> SRR1470057 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1079567 1 0.2929 0.82065 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1095675 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.1704 0.90702 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1396146 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.4769 0.64728 0.000 0.688 0.000 0.256 0.056
#> SRR1454031 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.1121 0.89913 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1101280 2 0.2124 0.89866 0.000 0.900 0.000 0.096 0.004
#> SRR1340680 2 0.2690 0.82853 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1488307 3 0.0000 0.80266 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0290 0.93133 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317110 4 0.1251 0.89047 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR1090334 2 0.3010 0.82432 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1338280 1 0.2020 0.86807 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1357456 3 0.1121 0.79642 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.4297 0.27037 0.528 0.000 0.472 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0794 0.93349 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.0609 0.73539 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1320445 3 0.2605 0.73549 0.148 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1081116 3 0.2891 0.70311 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR1333287 5 0.0510 0.73627 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1454821 4 0.1608 0.90820 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1348792 5 0.3741 0.70788 0.000 0.108 0.000 0.076 0.816
#> SRR1393529 3 0.3452 0.63982 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1102224 5 0.3983 0.39013 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1074239 3 0.4306 -0.19715 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1401774 5 0.3983 0.50555 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1413262 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1336227 5 0.6766 0.17926 0.000 0.320 0.000 0.284 0.396
#> SRR1069991 3 0.3534 0.58732 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.3913 0.63547 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0794 0.93383 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1341721 3 0.4030 0.35620 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.1410 0.92608 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1382461 1 0.3966 0.62150 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1361883 3 0.3612 0.61275 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1378262 1 0.0000 0.89411 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 4 0.3366 0.72028 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1073655 3 0.1121 0.79642 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1075729 3 0.3109 0.67695 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.2280 0.75719 0.000 0.000 0.000 0.120 0.880
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 6 0.4263 0.28096 0.480 0.000 0.016 0.000 0.000 0.504
#> SRR1330831 2 0.5232 0.69183 0.000 0.688 0.000 0.048 0.128 0.136
#> SRR1456250 4 0.5170 0.31234 0.000 0.000 0.012 0.588 0.324 0.076
#> SRR1433708 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1433902 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0260 0.89041 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0146 0.88932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1398272 5 0.6466 0.00652 0.000 0.164 0.000 0.392 0.404 0.040
#> SRR1436583 2 0.3054 0.83615 0.000 0.840 0.000 0.040 0.004 0.116
#> SRR1420413 5 0.3499 0.71372 0.000 0.000 0.036 0.020 0.816 0.128
#> SRR1441768 6 0.4335 0.30346 0.472 0.000 0.020 0.000 0.000 0.508
#> SRR1356976 4 0.1616 0.90277 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR1466597 5 0.3796 0.69406 0.000 0.000 0.084 0.000 0.776 0.140
#> SRR1392456 4 0.1777 0.89709 0.000 0.044 0.000 0.928 0.024 0.004
#> SRR1080951 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 3 0.3076 0.50845 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1457080 1 0.0146 0.82590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361814 4 0.2879 0.87456 0.000 0.072 0.000 0.864 0.056 0.008
#> SRR1404362 1 0.4072 -0.07448 0.544 0.000 0.008 0.000 0.000 0.448
#> SRR1490635 2 0.2747 0.84920 0.000 0.860 0.000 0.044 0.000 0.096
#> SRR1343546 4 0.1226 0.89998 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR1405921 2 0.0820 0.88916 0.000 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1362928 4 0.3361 0.77504 0.000 0.188 0.000 0.788 0.004 0.020
#> SRR1089207 6 0.4818 0.56892 0.064 0.000 0.364 0.000 0.000 0.572
#> SRR1084505 6 0.4537 0.46380 0.412 0.000 0.036 0.000 0.000 0.552
#> SRR1376476 4 0.1410 0.90057 0.000 0.044 0.000 0.944 0.008 0.004
#> SRR1318208 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 3 0.5921 0.02172 0.064 0.000 0.516 0.000 0.064 0.356
#> SRR1397781 1 0.4300 -0.05915 0.548 0.000 0.020 0.000 0.000 0.432
#> SRR1386753 2 0.0363 0.88867 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1334055 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1329131 2 0.6307 0.53622 0.000 0.544 0.000 0.068 0.132 0.256
#> SRR1120891 1 0.4039 0.01782 0.568 0.000 0.008 0.000 0.000 0.424
#> SRR1337495 4 0.1616 0.90277 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR1102198 5 0.2428 0.72742 0.000 0.000 0.024 0.020 0.896 0.060
#> SRR1473232 5 0.4433 0.70132 0.000 0.000 0.036 0.076 0.756 0.132
#> SRR1410634 5 0.2988 0.67769 0.000 0.000 0.144 0.000 0.828 0.028
#> SRR1353332 2 0.1970 0.87072 0.000 0.912 0.000 0.028 0.000 0.060
#> SRR1362332 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR816794 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.1461 0.90263 0.000 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> SRR1353577 5 0.3695 0.52654 0.000 0.000 0.272 0.000 0.712 0.016
#> SRR1077380 4 0.1657 0.90150 0.000 0.056 0.000 0.928 0.000 0.016
#> SRR1407693 6 0.4818 0.56892 0.064 0.000 0.364 0.000 0.000 0.572
#> SRR1430088 2 0.7132 -0.07823 0.000 0.352 0.028 0.028 0.352 0.240
#> SRR1311464 2 0.2948 0.83944 0.000 0.848 0.000 0.092 0.000 0.060
#> SRR1327454 4 0.2587 0.86671 0.000 0.108 0.000 0.868 0.004 0.020
#> SRR1342806 1 0.1910 0.73389 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1388437 6 0.5478 0.64795 0.236 0.000 0.196 0.000 0.000 0.568
#> SRR1085235 6 0.3966 0.42287 0.004 0.000 0.444 0.000 0.000 0.552
#> SRR1357692 3 0.4065 0.49529 0.000 0.000 0.672 0.000 0.300 0.028
#> SRR1430703 5 0.3779 0.70814 0.000 0.000 0.056 0.020 0.800 0.124
#> SRR1086020 2 0.0146 0.88916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1334181 4 0.1719 0.90148 0.000 0.056 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1087271 2 0.4401 0.76643 0.000 0.736 0.000 0.144 0.008 0.112
#> SRR812721 3 0.2527 0.61817 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR819486 6 0.4928 0.58195 0.076 0.000 0.352 0.000 0.000 0.572
#> SRR1465248 2 0.1590 0.86994 0.000 0.936 0.000 0.008 0.048 0.008
#> SRR1334134 1 0.0790 0.80663 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1479306 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.4689 0.62120 0.000 0.072 0.000 0.716 0.184 0.028
#> SRR1318624 2 0.0146 0.88924 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467544 4 0.1082 0.90048 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1476384 2 0.0935 0.88447 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1395788 1 0.2178 0.71137 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1406478 2 0.0260 0.88963 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466278 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 4 0.3178 0.75849 0.000 0.004 0.000 0.804 0.176 0.016
#> SRR1080222 6 0.4238 0.39173 0.444 0.000 0.016 0.000 0.000 0.540
#> SRR1361777 2 0.2364 0.86260 0.000 0.892 0.000 0.032 0.004 0.072
#> SRR1405311 4 0.2452 0.87773 0.000 0.044 0.000 0.892 0.056 0.008
#> SRR1340531 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.1594 0.90256 0.000 0.052 0.000 0.932 0.000 0.016
#> SRR1407018 6 0.4242 0.37959 0.448 0.000 0.016 0.000 0.000 0.536
#> SRR1090431 2 0.5469 0.68212 0.000 0.664 0.000 0.068 0.092 0.176
#> SRR1498505 2 0.3673 0.80435 0.000 0.808 0.000 0.044 0.024 0.124
#> SRR1419941 5 0.4117 0.48374 0.000 0.000 0.296 0.000 0.672 0.032
#> SRR1313625 3 0.5419 0.11386 0.000 0.000 0.460 0.000 0.424 0.116
#> SRR1365377 5 0.3816 0.57138 0.000 0.000 0.240 0.000 0.728 0.032
#> SRR1092749 6 0.5024 0.59410 0.088 0.000 0.340 0.000 0.000 0.572
#> SRR1389366 3 0.4238 0.40403 0.000 0.000 0.628 0.000 0.344 0.028
#> SRR1359509 2 0.3095 0.82630 0.000 0.840 0.000 0.036 0.008 0.116
#> SRR1444043 5 0.3615 0.70557 0.000 0.000 0.060 0.004 0.796 0.140
#> SRR1500071 5 0.2939 0.71926 0.000 0.012 0.004 0.048 0.868 0.068
#> SRR1078948 3 0.0520 0.73034 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1099765 1 0.3584 0.39351 0.688 0.000 0.004 0.000 0.000 0.308
#> SRR818523 3 0.2996 0.52982 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR807751 6 0.4941 0.52411 0.376 0.000 0.072 0.000 0.000 0.552
#> SRR1379157 2 0.2039 0.86348 0.000 0.908 0.000 0.016 0.004 0.072
#> SRR1323002 4 0.3384 0.83338 0.000 0.116 0.000 0.828 0.028 0.028
#> SRR1343698 2 0.6174 0.56583 0.000 0.560 0.000 0.068 0.116 0.256
#> SRR1330176 6 0.4885 0.52836 0.372 0.000 0.068 0.000 0.000 0.560
#> SRR1329530 1 0.0937 0.80219 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1081813 3 0.0725 0.73058 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1487403 3 0.2260 0.64592 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1409046 3 0.2100 0.71624 0.000 0.000 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1474000 5 0.3386 0.71569 0.000 0.000 0.032 0.020 0.824 0.124
#> SRR1500131 5 0.2888 0.72174 0.000 0.000 0.056 0.000 0.852 0.092
#> SRR1415854 1 0.0790 0.80663 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1387286 4 0.2189 0.87947 0.000 0.032 0.000 0.904 0.060 0.004
#> SRR1362664 5 0.5649 0.61755 0.000 0.100 0.000 0.132 0.660 0.108
#> SRR1097525 3 0.3309 0.42439 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1432231 2 0.1679 0.88026 0.000 0.936 0.000 0.028 0.008 0.028
#> SRR1500516 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 6 0.4051 0.45005 0.008 0.000 0.432 0.000 0.000 0.560
#> SRR809565 3 0.3531 0.30034 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1476974 1 0.4253 -0.16011 0.524 0.000 0.016 0.000 0.000 0.460
#> SRR1360258 2 0.0291 0.88948 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1310876 2 0.3368 0.82782 0.000 0.824 0.000 0.084 0.004 0.088
#> SRR1404951 2 0.3386 0.82074 0.000 0.824 0.000 0.032 0.020 0.124
#> SRR1374355 2 0.0790 0.88923 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1499260 2 0.0146 0.88938 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485700 1 0.3244 0.49360 0.732 0.000 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1350479 4 0.1226 0.89998 0.000 0.040 0.000 0.952 0.004 0.004
#> SRR1395682 5 0.3047 0.71340 0.000 0.080 0.008 0.024 0.864 0.024
#> SRR1362579 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0291 0.88997 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1473100 6 0.4961 0.58922 0.080 0.000 0.348 0.000 0.000 0.572
#> SRR1340966 2 0.0260 0.88915 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323873 3 0.0692 0.73563 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1475233 2 0.0291 0.89010 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1400008 3 0.2915 0.65554 0.000 0.000 0.808 0.000 0.184 0.008
#> SRR1338489 4 0.1719 0.90148 0.000 0.056 0.000 0.928 0.008 0.008
#> SRR1439697 3 0.2513 0.70327 0.000 0.000 0.852 0.000 0.140 0.008
#> SRR1329642 2 0.0291 0.88997 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1341945 2 0.0909 0.88727 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1418262 2 0.2376 0.86038 0.000 0.888 0.000 0.068 0.000 0.044
#> SRR1458380 4 0.2900 0.85841 0.000 0.044 0.000 0.860 0.088 0.008
#> SRR1400489 4 0.2915 0.74910 0.000 0.000 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR1416455 5 0.6164 0.51350 0.000 0.100 0.000 0.208 0.588 0.104
#> SRR1477292 4 0.1616 0.90277 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR1096924 5 0.3971 0.70479 0.000 0.032 0.004 0.076 0.804 0.084
#> SRR1308269 2 0.3049 0.83736 0.000 0.844 0.000 0.048 0.004 0.104
#> SRR1367172 3 0.5698 0.26118 0.060 0.000 0.580 0.000 0.064 0.296
#> SRR1085259 3 0.0777 0.72155 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1477732 1 0.4012 0.27179 0.640 0.000 0.016 0.000 0.000 0.344
#> SRR1356509 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1323446 1 0.3847 -0.06089 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1368094 6 0.5458 0.65101 0.232 0.000 0.196 0.000 0.000 0.572
#> SRR1378924 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.1895 0.89342 0.000 0.072 0.000 0.912 0.000 0.016
#> SRR1100395 6 0.4377 0.41245 0.436 0.000 0.024 0.000 0.000 0.540
#> SRR1327570 2 0.1707 0.87962 0.000 0.928 0.000 0.012 0.004 0.056
#> SRR1341209 3 0.1588 0.73905 0.000 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1436280 5 0.3386 0.71569 0.000 0.000 0.032 0.020 0.824 0.124
#> SRR1312666 4 0.1578 0.90138 0.000 0.048 0.000 0.936 0.012 0.004
#> SRR810153 6 0.3833 0.42372 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1467943 3 0.1610 0.68859 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR808638 3 0.2996 0.62102 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1099451 5 0.2624 0.69081 0.000 0.000 0.124 0.000 0.856 0.020
#> SRR1082238 3 0.3868 -0.30190 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1404186 4 0.4183 0.74181 0.000 0.172 0.000 0.756 0.024 0.048
#> SRR1479721 6 0.4263 0.29615 0.480 0.000 0.016 0.000 0.000 0.504
#> SRR1480721 4 0.1765 0.90215 0.000 0.052 0.000 0.924 0.000 0.024
#> SRR1446716 4 0.1745 0.90120 0.000 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1073971 2 0.0508 0.88985 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1410404 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 3 0.2048 0.66484 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1316463 4 0.3161 0.71475 0.000 0.000 0.000 0.776 0.216 0.008
#> SRR1103072 5 0.5977 0.58389 0.000 0.216 0.008 0.148 0.596 0.032
#> SRR1420129 2 0.2728 0.84755 0.000 0.864 0.000 0.032 0.004 0.100
#> SRR1382639 4 0.6958 0.08372 0.000 0.212 0.000 0.408 0.308 0.072
#> SRR1356997 5 0.2030 0.71654 0.000 0.000 0.064 0.000 0.908 0.028
#> SRR1409326 4 0.5580 0.51228 0.000 0.268 0.000 0.600 0.032 0.100
#> SRR1485020 2 0.0458 0.88886 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1387113 2 0.0146 0.88916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1319502 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.1745 0.90120 0.000 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1105033 3 0.2593 0.68722 0.000 0.000 0.844 0.000 0.148 0.008
#> SRR1077066 2 0.2868 0.84136 0.000 0.852 0.000 0.032 0.004 0.112
#> SRR1099931 3 0.3847 -0.17553 0.000 0.000 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR1069943 6 0.4310 0.40154 0.440 0.000 0.020 0.000 0.000 0.540
#> SRR1360194 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR814108 3 0.4065 0.49529 0.000 0.000 0.672 0.000 0.300 0.028
#> SRR1410699 4 0.1728 0.89947 0.000 0.064 0.000 0.924 0.008 0.004
#> SRR1405461 4 0.1594 0.90256 0.000 0.052 0.000 0.932 0.000 0.016
#> SRR1323312 2 0.5514 0.62562 0.000 0.648 0.000 0.172 0.140 0.040
#> SRR1467171 1 0.0865 0.80397 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1396742 6 0.4971 0.45040 0.424 0.000 0.068 0.000 0.000 0.508
#> SRR1342960 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 6 0.3817 0.44191 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1383674 3 0.4011 0.49412 0.000 0.000 0.672 0.000 0.304 0.024
#> SRR1442440 4 0.2113 0.89920 0.000 0.060 0.000 0.908 0.004 0.028
#> SRR1404461 6 0.4654 0.46304 0.412 0.000 0.044 0.000 0.000 0.544
#> SRR1336617 2 0.4831 0.40075 0.000 0.596 0.000 0.024 0.352 0.028
#> SRR1097811 3 0.2416 0.63049 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1475785 6 0.4941 0.52411 0.376 0.000 0.072 0.000 0.000 0.552
#> SRR1347916 2 0.5290 0.68180 0.000 0.684 0.000 0.072 0.164 0.080
#> SRR1477522 2 0.2985 0.84089 0.000 0.844 0.000 0.036 0.004 0.116
#> SRR1098002 3 0.0806 0.73464 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1077667 1 0.0146 0.82590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410720 2 0.0146 0.88916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354035 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.7064 -0.05348 0.000 0.360 0.024 0.028 0.352 0.236
#> SRR1364975 3 0.2553 0.69530 0.000 0.000 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1472259 3 0.1152 0.73998 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1390179 3 0.1049 0.73834 0.000 0.000 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1312784 2 0.0146 0.88916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069850 3 0.1010 0.73925 0.000 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1081332 6 0.4829 0.46782 0.056 0.000 0.424 0.000 0.000 0.520
#> SRR1406709 4 0.2326 0.84484 0.000 0.012 0.000 0.888 0.092 0.008
#> SRR1458529 5 0.2786 0.72573 0.000 0.000 0.012 0.024 0.864 0.100
#> SRR1332467 4 0.4489 0.79580 0.000 0.128 0.000 0.756 0.064 0.052
#> SRR1078278 6 0.3851 0.39302 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1083868 1 0.4028 0.34973 0.668 0.000 0.024 0.000 0.000 0.308
#> SRR1367544 2 0.4983 0.72072 0.000 0.716 0.000 0.056 0.132 0.096
#> SRR1333167 4 0.1616 0.90277 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR1418492 2 0.0291 0.88948 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1476652 2 0.4211 0.79153 0.000 0.784 0.000 0.068 0.056 0.092
#> SRR1470624 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1081068 2 0.0000 0.88897 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0777 0.88812 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1420538 5 0.6129 0.50816 0.000 0.092 0.000 0.216 0.588 0.104
#> SRR1453747 5 0.3154 0.71786 0.000 0.000 0.020 0.020 0.836 0.124
#> SRR1403853 4 0.3539 0.68064 0.000 0.000 0.000 0.756 0.220 0.024
#> SRR1378707 2 0.5773 0.63129 0.000 0.604 0.000 0.064 0.084 0.248
#> SRR1083504 2 0.2904 0.83582 0.000 0.852 0.000 0.028 0.008 0.112
#> SRR1437598 2 0.0291 0.88948 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1376807 6 0.3862 0.34432 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1370107 4 0.6167 0.51715 0.000 0.204 0.000 0.568 0.176 0.052
#> SRR1369008 4 0.1867 0.88812 0.000 0.064 0.000 0.916 0.000 0.020
#> SRR1385672 5 0.3480 0.71297 0.000 0.000 0.048 0.012 0.816 0.124
#> SRR1430839 2 0.0405 0.88997 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1098098 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1473361 4 0.0937 0.90104 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1348507 2 0.0632 0.88902 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1090626 3 0.2593 0.68722 0.000 0.000 0.844 0.000 0.148 0.008
#> SRR1487704 5 0.3558 0.55782 0.000 0.000 0.248 0.000 0.736 0.016
#> SRR1344122 4 0.1082 0.90048 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000
#> SRR1402027 3 0.1531 0.73954 0.000 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1081493 1 0.4181 -0.19553 0.512 0.000 0.012 0.000 0.000 0.476
#> SRR1076940 2 0.6829 0.41566 0.000 0.488 0.008 0.064 0.180 0.260
#> SRR816096 5 0.6051 0.58833 0.000 0.128 0.028 0.024 0.608 0.212
#> SRR1440809 2 0.4122 0.52400 0.000 0.660 0.000 0.020 0.316 0.004
#> SRR1406394 3 0.3601 0.50909 0.000 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1317653 2 0.3110 0.84358 0.000 0.848 0.000 0.072 0.008 0.072
#> SRR1343072 3 0.4047 0.50139 0.000 0.000 0.676 0.000 0.296 0.028
#> SRR1336964 2 0.0260 0.88938 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1467194 2 0.0146 0.88924 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1459324 2 0.2651 0.85471 0.000 0.872 0.000 0.036 0.004 0.088
#> SRR1353118 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 3 0.3690 0.53234 0.000 0.000 0.700 0.000 0.288 0.012
#> SRR1487547 4 0.1780 0.90181 0.000 0.048 0.000 0.924 0.000 0.028
#> SRR1087752 3 0.2631 0.68449 0.000 0.000 0.840 0.000 0.152 0.008
#> SRR1091054 6 0.4818 0.56892 0.064 0.000 0.364 0.000 0.000 0.572
#> SRR1316343 5 0.5817 0.28375 0.000 0.000 0.012 0.384 0.472 0.132
#> SRR1073899 6 0.5109 0.60963 0.100 0.000 0.328 0.000 0.000 0.572
#> SRR1456093 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1399291 2 0.1511 0.88043 0.000 0.940 0.000 0.012 0.004 0.044
#> SRR1336863 2 0.3054 0.83615 0.000 0.840 0.000 0.040 0.004 0.116
#> SRR1456771 2 0.0146 0.88932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1329663 4 0.1196 0.90084 0.000 0.040 0.000 0.952 0.008 0.000
#> SRR1445426 5 0.5603 0.58189 0.000 0.196 0.000 0.052 0.640 0.112
#> SRR1389932 1 0.3905 0.33707 0.668 0.000 0.016 0.000 0.000 0.316
#> SRR1353948 1 0.0458 0.81875 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1348094 3 0.3323 0.59435 0.000 0.000 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1452222 4 0.1616 0.90277 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR1468096 4 0.1594 0.90256 0.000 0.052 0.000 0.932 0.000 0.016
#> SRR1334011 4 0.2473 0.83263 0.000 0.012 0.000 0.876 0.104 0.008
#> SRR1444701 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1329687 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.1716 0.87816 0.000 0.932 0.000 0.036 0.004 0.028
#> SRR1446265 1 0.3851 -0.07576 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1388722 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 5 0.4654 0.62519 0.000 0.000 0.016 0.228 0.692 0.064
#> SRR1410550 5 0.6296 0.30224 0.000 0.344 0.000 0.172 0.456 0.028
#> SRR1473209 1 0.4791 -0.20778 0.512 0.000 0.052 0.000 0.000 0.436
#> SRR1101741 6 0.3860 0.36270 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1083125 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0291 0.88948 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1090383 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1261 0.88315 0.000 0.952 0.000 0.024 0.000 0.024
#> SRR1072578 3 0.2300 0.64282 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1466091 2 0.2356 0.84073 0.000 0.884 0.000 0.004 0.096 0.016
#> SRR1090119 3 0.1531 0.73950 0.000 0.000 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1337516 2 0.0291 0.88948 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1498290 5 0.5722 0.61923 0.000 0.048 0.056 0.024 0.636 0.236
#> SRR1330770 4 0.2162 0.84846 0.000 0.012 0.000 0.896 0.088 0.004
#> SRR1489349 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1457336 4 0.2445 0.87654 0.000 0.040 0.000 0.892 0.060 0.008
#> SRR1447481 2 0.0291 0.89018 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1102176 2 0.0405 0.89008 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1323215 4 0.1296 0.90091 0.000 0.044 0.000 0.948 0.004 0.004
#> SRR1466770 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1093366 2 0.2936 0.84719 0.000 0.856 0.000 0.060 0.004 0.080
#> SRR1434631 5 0.5411 0.17013 0.000 0.000 0.012 0.420 0.488 0.080
#> SRR1349190 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.3989 -0.12800 0.528 0.000 0.004 0.000 0.000 0.468
#> SRR1477339 2 0.1010 0.88713 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1099354 6 0.5071 0.39483 0.444 0.000 0.076 0.000 0.000 0.480
#> SRR1470855 2 0.4385 0.77216 0.000 0.764 0.000 0.036 0.096 0.104
#> SRR1102998 2 0.0405 0.88997 0.000 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1444978 4 0.2261 0.83553 0.000 0.004 0.000 0.884 0.104 0.008
#> SRR1432165 4 0.1957 0.89531 0.000 0.072 0.000 0.912 0.008 0.008
#> SRR1441913 5 0.5377 0.66369 0.000 0.064 0.012 0.076 0.696 0.152
#> SRR1319038 4 0.1265 0.90278 0.000 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1338603 2 0.1649 0.87695 0.000 0.932 0.000 0.032 0.000 0.036
#> SRR1325620 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 6 0.4602 0.53626 0.044 0.000 0.384 0.000 0.000 0.572
#> SRR1322186 2 0.0291 0.88977 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1466687 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1478571 1 0.0713 0.80967 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1074337 5 0.6283 0.57319 0.000 0.132 0.036 0.024 0.584 0.224
#> SRR1420391 5 0.3386 0.71569 0.000 0.000 0.032 0.020 0.824 0.124
#> SRR1087704 6 0.4310 0.40282 0.440 0.000 0.020 0.000 0.000 0.540
#> SRR1464897 1 0.3969 0.34984 0.668 0.000 0.020 0.000 0.000 0.312
#> SRR1473915 2 0.0146 0.88932 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.2980 0.83983 0.000 0.864 0.000 0.040 0.072 0.024
#> SRR1322070 4 0.1528 0.90288 0.000 0.048 0.000 0.936 0.000 0.016
#> SRR1476324 2 0.3304 0.80688 0.000 0.816 0.000 0.140 0.004 0.040
#> SRR1499652 5 0.1053 0.72690 0.000 0.000 0.004 0.020 0.964 0.012
#> SRR1356643 3 0.2454 0.62635 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1097708 6 0.3862 0.35770 0.000 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR813529 3 0.1524 0.74116 0.000 0.000 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1352322 6 0.5228 0.62519 0.120 0.000 0.308 0.000 0.000 0.572
#> SRR1498661 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 3 0.2135 0.65521 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1390289 4 0.3390 0.81239 0.000 0.028 0.000 0.816 0.140 0.016
#> SRR1351955 2 0.2504 0.85691 0.000 0.880 0.000 0.028 0.004 0.088
#> SRR1336988 4 0.5661 0.54224 0.000 0.140 0.000 0.656 0.084 0.120
#> SRR1407000 5 0.2119 0.72076 0.000 0.000 0.060 0.000 0.904 0.036
#> SRR1367785 5 0.6702 0.38591 0.000 0.136 0.000 0.256 0.504 0.104
#> SRR1470057 4 0.1682 0.90226 0.000 0.052 0.000 0.928 0.000 0.020
#> SRR1079567 6 0.4238 0.39173 0.444 0.000 0.016 0.000 0.000 0.540
#> SRR1095675 3 0.3515 0.31847 0.000 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1388788 4 0.2697 0.87528 0.000 0.048 0.000 0.876 0.068 0.008
#> SRR1396146 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 3 0.2823 0.57028 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1362514 2 0.6399 0.24859 0.000 0.476 0.000 0.184 0.304 0.036
#> SRR1454031 3 0.3620 0.21910 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1443399 4 0.1492 0.89740 0.000 0.036 0.000 0.940 0.024 0.000
#> SRR1101280 2 0.2685 0.85785 0.000 0.872 0.000 0.044 0.004 0.080
#> SRR1340680 2 0.4481 0.74150 0.000 0.752 0.000 0.044 0.140 0.064
#> SRR1488307 3 0.2762 0.58090 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1443800 2 0.0146 0.88924 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317110 4 0.2315 0.85141 0.000 0.016 0.000 0.892 0.084 0.008
#> SRR1090334 2 0.4024 0.74854 0.000 0.752 0.000 0.180 0.004 0.064
#> SRR1338280 1 0.3838 -0.02967 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1357456 6 0.3851 0.39302 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1444523 6 0.4864 0.50800 0.384 0.000 0.064 0.000 0.000 0.552
#> SRR1310898 2 0.0547 0.88824 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1074314 1 0.0146 0.82590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083456 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 5 0.2909 0.68500 0.000 0.000 0.136 0.000 0.836 0.028
#> SRR1320445 6 0.5184 0.62046 0.112 0.000 0.316 0.000 0.000 0.572
#> SRR1081116 6 0.5336 0.64232 0.144 0.000 0.284 0.000 0.000 0.572
#> SRR1333287 5 0.3168 0.62938 0.000 0.000 0.192 0.000 0.792 0.016
#> SRR1454821 4 0.1616 0.90277 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000 0.020
#> SRR1348792 5 0.4289 0.68396 0.000 0.040 0.020 0.024 0.776 0.140
#> SRR1393529 3 0.0935 0.73862 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1102224 3 0.4264 0.38700 0.000 0.000 0.620 0.000 0.352 0.028
#> SRR1074239 6 0.5244 0.55797 0.336 0.000 0.112 0.000 0.000 0.552
#> SRR1401774 5 0.5686 0.15826 0.000 0.000 0.020 0.440 0.448 0.092
#> SRR1413262 5 0.2164 0.72839 0.000 0.000 0.012 0.020 0.908 0.060
#> SRR1336227 5 0.5555 0.57025 0.000 0.208 0.000 0.148 0.620 0.024
#> SRR1069991 6 0.5458 0.66546 0.196 0.000 0.232 0.000 0.000 0.572
#> SRR1091524 6 0.4591 0.47178 0.408 0.000 0.040 0.000 0.000 0.552
#> SRR1312577 2 0.0914 0.88605 0.000 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1341721 6 0.5354 0.57940 0.316 0.000 0.132 0.000 0.000 0.552
#> SRR1437514 1 0.0146 0.82590 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327505 2 0.1176 0.88595 0.000 0.956 0.000 0.020 0.000 0.024
#> SRR1382461 6 0.4597 0.46332 0.412 0.000 0.040 0.000 0.000 0.548
#> SRR1361883 3 0.1219 0.74027 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1378262 1 0.0000 0.82751 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 4 0.4461 0.71867 0.000 0.168 0.000 0.736 0.076 0.020
#> SRR1073655 6 0.3860 0.36734 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR1075729 6 0.5336 0.64135 0.144 0.000 0.284 0.000 0.000 0.572
#> SRR1397292 5 0.3386 0.71569 0.000 0.000 0.032 0.020 0.824 0.124
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17607 rows and 376 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.983 0.993 0.4768 0.525 0.525
#> 3 3 0.833 0.864 0.943 0.2543 0.869 0.753
#> 4 4 0.778 0.844 0.898 0.1110 0.859 0.673
#> 5 5 0.729 0.762 0.873 0.0613 0.984 0.951
#> 6 6 0.715 0.677 0.840 0.0476 0.968 0.896
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1073217 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456250 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433708 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1433902 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420413 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466597 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1392456 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080951 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404362 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343546 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405921 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318208 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102198 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473232 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410634 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353332 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362332 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816794 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479370 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353577 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1077380 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407693 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1327454 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1342806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1357692 2 0.7453 0.736 0.212 0.788
#> SRR1430703 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1086020 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334181 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087271 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1318624 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467544 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476384 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1375158 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1080222 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405311 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340531 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407018 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1419941 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1313625 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1365377 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444043 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500071 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078948 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1474000 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500131 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1415854 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1387286 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362664 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1350479 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1395682 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400008 2 0.5842 0.838 0.140 0.860
#> SRR1338489 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1439697 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458380 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1400489 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1416455 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477292 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1096924 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1308269 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1356509 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323446 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1100395 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341209 1 0.7139 0.753 0.804 0.196
#> SRR1436280 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1312666 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR810153 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR808638 1 0.9944 0.146 0.544 0.456
#> SRR1099451 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1479721 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446716 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073971 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316463 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1103072 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420129 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382639 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356997 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1409326 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1105033 2 0.7219 0.755 0.200 0.800
#> SRR1077066 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR814108 2 0.7056 0.767 0.192 0.808
#> SRR1410699 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1405461 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323312 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467171 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.2423 0.952 0.040 0.960
#> SRR1442440 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1404461 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1364975 2 0.9209 0.504 0.336 0.664
#> SRR1472259 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1406709 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1458529 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1332467 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1333167 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1418492 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420538 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1453747 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1403853 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1378707 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1369008 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1385672 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1430839 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473361 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348507 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090626 2 0.7219 0.755 0.200 0.800
#> SRR1487704 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1344122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1402027 1 0.2043 0.963 0.968 0.032
#> SRR1081493 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1406394 2 0.8909 0.564 0.308 0.692
#> SRR1317653 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1343072 1 0.3431 0.928 0.936 0.064
#> SRR1336964 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1358624 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1467194 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1487547 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087752 2 0.7219 0.755 0.200 0.800
#> SRR1091054 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1316343 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073899 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1399291 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329663 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1445426 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.5842 0.838 0.140 0.860
#> SRR1452222 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1468096 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1334011 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444701 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464432 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1410550 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090119 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR1337516 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1330770 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1489349 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1457336 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1447481 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1323215 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466770 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1093366 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1434631 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1349190 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1444978 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1432165 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1441913 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1319038 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338603 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1466687 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1478571 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1420391 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1087704 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1322070 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1476324 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1499652 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1356643 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR813529 1 0.2948 0.942 0.948 0.052
#> SRR1352322 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1390289 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1351955 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336988 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1407000 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1367785 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1470057 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1079567 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1396146 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1443399 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1101280 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1317110 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1090334 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1320445 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1454821 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1348792 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1074239 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1401774 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1413262 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1336227 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1069991 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
#> SRR1073655 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1397292 2 0.0000 0.991 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1073217 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456250 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1433708 2 0.5431 0.5744 0.000 0.716 0.284
#> SRR1433902 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432783 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1436583 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420413 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1441768 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 2 0.2878 0.8390 0.000 0.904 0.096
#> SRR1466597 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1392456 2 0.6309 -0.1426 0.000 0.504 0.496
#> SRR1080951 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 2 0.4121 0.7626 0.000 0.832 0.168
#> SRR1404362 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343546 3 0.5529 0.6239 0.000 0.296 0.704
#> SRR1405921 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362928 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1089207 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 2 0.6062 0.3104 0.000 0.616 0.384
#> SRR1318208 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 2 0.4002 0.7723 0.000 0.840 0.160
#> SRR1102198 3 0.1753 0.8208 0.000 0.048 0.952
#> SRR1473232 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1410634 2 0.3816 0.7860 0.000 0.852 0.148
#> SRR1353332 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362332 3 0.6192 0.3914 0.000 0.420 0.580
#> SRR816794 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 3 0.5859 0.5502 0.000 0.344 0.656
#> SRR1353577 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077380 2 0.3941 0.7770 0.000 0.844 0.156
#> SRR1407693 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1327454 2 0.1643 0.8813 0.000 0.956 0.044
#> SRR1342806 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357692 3 0.6095 0.3000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1430703 3 0.0747 0.8219 0.000 0.016 0.984
#> SRR1086020 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334181 2 0.5058 0.6505 0.000 0.756 0.244
#> SRR1087271 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR812721 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1334134 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 2 0.4235 0.7535 0.000 0.824 0.176
#> SRR1318624 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467544 3 0.1964 0.8184 0.000 0.056 0.944
#> SRR1476384 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.6305 0.1993 0.000 0.484 0.516
#> SRR1080222 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405311 2 0.4750 0.6963 0.000 0.784 0.216
#> SRR1340531 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 2 0.4399 0.7381 0.000 0.812 0.188
#> SRR1407018 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498505 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.0237 0.9065 0.000 0.996 0.004
#> SRR1313625 3 0.6111 0.2437 0.396 0.000 0.604
#> SRR1365377 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1092749 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359509 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444043 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1500071 2 0.2796 0.8414 0.000 0.908 0.092
#> SRR1078948 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343698 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487403 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1474000 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1500131 3 0.1964 0.8184 0.000 0.056 0.944
#> SRR1415854 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 3 0.1289 0.8244 0.000 0.032 0.968
#> SRR1362664 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097525 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310876 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404951 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499260 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485700 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 3 0.5138 0.6753 0.000 0.252 0.748
#> SRR1395682 2 0.2261 0.8641 0.000 0.932 0.068
#> SRR1362579 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400008 2 0.3752 0.7211 0.144 0.856 0.000
#> SRR1338489 2 0.4842 0.6839 0.000 0.776 0.224
#> SRR1439697 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458380 3 0.6308 0.1693 0.000 0.492 0.508
#> SRR1400489 3 0.3619 0.7738 0.000 0.136 0.864
#> SRR1416455 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477292 2 0.4235 0.7528 0.000 0.824 0.176
#> SRR1096924 2 0.4931 0.6144 0.000 0.768 0.232
#> SRR1308269 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367172 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 3 0.6225 0.3635 0.000 0.432 0.568
#> SRR1323446 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 2 0.1529 0.8842 0.000 0.960 0.040
#> SRR1100395 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341209 1 0.0747 0.9743 0.984 0.016 0.000
#> SRR1436280 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1312666 2 0.5327 0.5982 0.000 0.728 0.272
#> SRR810153 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR808638 2 0.6299 0.0760 0.476 0.524 0.000
#> SRR1099451 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082238 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.1289 0.8899 0.000 0.968 0.032
#> SRR1479721 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480721 2 0.2448 0.8566 0.000 0.924 0.076
#> SRR1446716 2 0.4235 0.7529 0.000 0.824 0.176
#> SRR1073971 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1103072 2 0.1289 0.8898 0.000 0.968 0.032
#> SRR1420129 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382639 2 0.2165 0.8662 0.000 0.936 0.064
#> SRR1356997 2 0.2959 0.8354 0.000 0.900 0.100
#> SRR1409326 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485020 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 2 0.1289 0.8896 0.000 0.968 0.032
#> SRR1105033 2 0.4555 0.6257 0.200 0.800 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR814108 2 0.9492 -0.0558 0.400 0.416 0.184
#> SRR1410699 2 0.4452 0.7315 0.000 0.808 0.192
#> SRR1405461 2 0.3941 0.7770 0.000 0.844 0.156
#> SRR1323312 2 0.0237 0.9065 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467171 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 2 0.3412 0.7528 0.124 0.876 0.000
#> SRR1442440 2 0.0892 0.8973 0.000 0.980 0.020
#> SRR1404461 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336617 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097811 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1477522 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098002 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1364975 2 0.6140 0.2412 0.404 0.596 0.000
#> SRR1472259 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069850 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081332 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406709 3 0.1753 0.8209 0.000 0.048 0.952
#> SRR1458529 2 0.6062 0.3113 0.000 0.616 0.384
#> SRR1332467 2 0.3816 0.7860 0.000 0.852 0.148
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333167 2 0.4796 0.6903 0.000 0.780 0.220
#> SRR1418492 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476652 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324473 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420538 2 0.2165 0.8666 0.000 0.936 0.064
#> SRR1453747 2 0.6291 -0.0218 0.000 0.532 0.468
#> SRR1403853 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1378707 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 2 0.1289 0.8896 0.000 0.968 0.032
#> SRR1369008 2 0.3879 0.7815 0.000 0.848 0.152
#> SRR1385672 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1430839 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473361 3 0.2261 0.8132 0.000 0.068 0.932
#> SRR1348507 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.4555 0.6257 0.200 0.800 0.000
#> SRR1487704 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344122 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1402027 1 0.0592 0.9793 0.988 0.012 0.000
#> SRR1081493 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406394 1 0.6424 0.6494 0.752 0.068 0.180
#> SRR1317653 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343072 1 0.4399 0.7483 0.812 0.000 0.188
#> SRR1336964 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1358624 3 0.6286 0.2674 0.000 0.464 0.536
#> SRR1467194 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353118 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1487547 2 0.3038 0.8319 0.000 0.896 0.104
#> SRR1087752 2 0.4555 0.6257 0.200 0.800 0.000
#> SRR1091054 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1073899 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 2 0.5678 0.5010 0.000 0.684 0.316
#> SRR1399291 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336863 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456771 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329663 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1445426 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.3816 0.7146 0.148 0.852 0.000
#> SRR1452222 2 0.3941 0.7770 0.000 0.844 0.156
#> SRR1468096 2 0.4178 0.7578 0.000 0.828 0.172
#> SRR1334011 3 0.5431 0.6389 0.000 0.284 0.716
#> SRR1444701 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1410550 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473209 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090119 1 0.3267 0.8389 0.884 0.116 0.000
#> SRR1337516 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330770 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1489349 2 0.4750 0.6969 0.000 0.784 0.216
#> SRR1457336 3 0.5968 0.5144 0.000 0.364 0.636
#> SRR1447481 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102176 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1323215 3 0.6244 0.3417 0.000 0.440 0.560
#> SRR1466770 2 0.5216 0.6215 0.000 0.740 0.260
#> SRR1093366 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1434631 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1349190 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1102998 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444978 2 0.6299 -0.0578 0.000 0.524 0.476
#> SRR1432165 2 0.4452 0.7313 0.000 0.808 0.192
#> SRR1441913 2 0.1163 0.8921 0.000 0.972 0.028
#> SRR1319038 3 0.6140 0.4313 0.000 0.404 0.596
#> SRR1338603 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1325620 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1466687 3 0.6291 0.2538 0.000 0.468 0.532
#> SRR1478571 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420391 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1087704 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337816 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322070 2 0.5254 0.6139 0.000 0.736 0.264
#> SRR1476324 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499652 2 0.5098 0.5979 0.000 0.752 0.248
#> SRR1356643 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.4452 0.7195 0.808 0.192 0.000
#> SRR1352322 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1390289 3 0.5363 0.6493 0.000 0.276 0.724
#> SRR1351955 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336988 2 0.3412 0.8119 0.000 0.876 0.124
#> SRR1407000 2 0.5216 0.6219 0.000 0.740 0.260
#> SRR1367785 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470057 2 0.3116 0.8279 0.000 0.892 0.108
#> SRR1079567 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388788 2 0.5216 0.6219 0.000 0.740 0.260
#> SRR1396146 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 3 0.1031 0.8257 0.000 0.024 0.976
#> SRR1101280 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488307 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317110 3 0.2959 0.7965 0.000 0.100 0.900
#> SRR1090334 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338280 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.0237 0.9065 0.000 0.996 0.004
#> SRR1320445 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1454821 2 0.6008 0.3480 0.000 0.628 0.372
#> SRR1348792 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393529 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 2 0.2261 0.8630 0.000 0.932 0.068
#> SRR1074239 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 3 0.0892 0.8249 0.000 0.020 0.980
#> SRR1413262 3 0.6286 0.2403 0.000 0.464 0.536
#> SRR1336227 2 0.5905 0.3531 0.000 0.648 0.352
#> SRR1069991 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0000 0.9087 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382461 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 2 0.6008 0.3303 0.000 0.628 0.372
#> SRR1073655 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9937 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0424 0.8153 0.000 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1073217 1 0.0657 0.976080 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1330831 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1456250 3 0.4967 0.345574 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1433708 4 0.4008 0.827488 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1433902 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.3801 0.615068 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1432783 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1474 0.883840 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1436583 2 0.3764 0.626471 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1420413 3 0.2973 0.707526 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1441768 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1356976 4 0.4500 0.785307 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1466597 4 0.4072 0.422016 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR1392456 4 0.3873 0.822544 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1080951 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR812697 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.4193 0.823180 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1404362 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1343546 4 0.4204 0.798834 0.000 0.192 0.020 0.788
#> SRR1405921 2 0.1389 0.887884 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1362928 4 0.4972 0.537675 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1089207 1 0.0592 0.976345 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1084505 1 0.0336 0.979716 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1376476 4 0.5343 0.767617 0.000 0.316 0.028 0.656
#> SRR1318208 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.1297 0.964911 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1397781 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1334055 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1120891 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1102198 3 0.4866 0.420652 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1473232 3 0.3649 0.676084 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1410634 4 0.3494 0.744761 0.000 0.172 0.004 0.824
#> SRR1353332 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.3972 0.808911 0.000 0.204 0.008 0.788
#> SRR816794 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.4136 0.801687 0.000 0.196 0.016 0.788
#> SRR1353577 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1077380 4 0.4222 0.820851 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1407693 1 0.1406 0.962111 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1430088 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311464 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1327454 4 0.4500 0.785307 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1342806 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0336 0.979716 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1085235 1 0.2032 0.943269 0.936 0.000 0.028 0.036
#> SRR1357692 4 0.3109 0.468296 0.100 0.004 0.016 0.880
#> SRR1430703 3 0.1211 0.727118 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1086020 2 0.0336 0.920369 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1334181 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1087271 4 0.4967 0.548741 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR812721 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.4790 0.093506 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1334134 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479306 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.4193 0.823060 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1318624 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.4724 0.674273 0.000 0.096 0.112 0.792
#> SRR1476384 2 0.0188 0.922370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1395788 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466278 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375158 3 0.5137 0.222223 0.000 0.452 0.544 0.004
#> SRR1080222 1 0.1182 0.967794 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1361777 2 0.1716 0.870977 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1405311 4 0.4164 0.824868 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1340531 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1407018 1 0.0804 0.974516 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1090431 2 0.3528 0.673705 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1498505 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419941 2 0.2861 0.809677 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR1313625 3 0.3570 0.663055 0.092 0.000 0.860 0.048
#> SRR1365377 2 0.5172 -0.000456 0.000 0.588 0.008 0.404
#> SRR1092749 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.1489 0.887824 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1359509 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444043 4 0.3942 0.455264 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1500071 2 0.3726 0.678861 0.000 0.788 0.212 0.000
#> SRR1078948 1 0.4182 0.787555 0.796 0.000 0.024 0.180
#> SRR1099765 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379157 2 0.0188 0.922370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323002 2 0.2921 0.767420 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1343698 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1330176 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.2868 0.868206 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1487403 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 1 0.3048 0.884685 0.876 0.000 0.016 0.108
#> SRR1474000 3 0.1022 0.726958 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1500131 4 0.4095 0.532200 0.000 0.016 0.192 0.792
#> SRR1415854 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.4609 0.602261 0.000 0.056 0.156 0.788
#> SRR1362664 2 0.0376 0.923108 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1097525 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1500516 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809565 1 0.0469 0.976712 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476974 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1310876 2 0.4250 0.476794 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1404951 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374355 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499260 2 0.0469 0.918062 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1485700 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.4267 0.793965 0.000 0.188 0.024 0.788
#> SRR1395682 2 0.1022 0.906571 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1362579 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.1059 0.969986 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1340966 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323873 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.2345 0.826156 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1400008 2 0.2021 0.869510 0.024 0.936 0.000 0.040
#> SRR1338489 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1439697 1 0.1624 0.956279 0.952 0.000 0.020 0.028
#> SRR1329642 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.1022 0.902844 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1458380 4 0.5927 0.776658 0.000 0.264 0.076 0.660
#> SRR1400489 4 0.4919 0.744587 0.000 0.152 0.076 0.772
#> SRR1416455 2 0.0921 0.906385 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1477292 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1096924 3 0.4999 0.137173 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1308269 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1367172 1 0.2675 0.899453 0.892 0.000 0.008 0.100
#> SRR1085259 1 0.0817 0.972259 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1477732 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.3945 0.816572 0.000 0.216 0.004 0.780
#> SRR1323446 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368094 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1378924 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1458574 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.4522 0.781105 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1100395 1 0.1182 0.967794 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1327570 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1341209 1 0.0707 0.964245 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1436280 3 0.0817 0.725068 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1312666 4 0.3975 0.826621 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR810153 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.6955 0.456837 0.616 0.172 0.008 0.204
#> SRR1099451 2 0.0592 0.915445 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082238 1 0.0707 0.974368 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1404186 2 0.4406 0.399951 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1479721 1 0.0592 0.976345 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1480721 4 0.4406 0.800419 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1446716 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1073971 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410404 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316463 3 0.2530 0.717005 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1103072 4 0.4697 0.735104 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1420129 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.4406 0.800419 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR1356997 4 0.4907 0.628221 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1409326 4 0.4985 0.507434 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1485020 2 0.0188 0.922370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387113 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336205 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1319502 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.4522 0.781105 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1105033 2 0.2921 0.712320 0.140 0.860 0.000 0.000
#> SRR1077066 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099931 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.0592 0.976345 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360194 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR814108 4 0.4441 0.370442 0.136 0.028 0.020 0.816
#> SRR1410699 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1405461 4 0.4222 0.820851 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1323312 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467171 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1396742 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.6585 0.394099 0.104 0.256 0.008 0.632
#> SRR1442440 2 0.4776 0.116923 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1404461 1 0.1118 0.959527 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1336617 2 0.0524 0.921890 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1097811 1 0.1174 0.967425 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR1475785 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347916 2 0.0469 0.918748 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1477522 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1098002 1 0.1151 0.967691 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1077667 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410720 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1394384 2 0.0592 0.915445 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1364975 2 0.4429 0.538689 0.220 0.764 0.004 0.012
#> SRR1472259 1 0.1211 0.961282 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1390179 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312784 2 0.0188 0.922370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1069850 1 0.3880 0.829462 0.836 0.020 0.008 0.136
#> SRR1081332 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1406709 3 0.5989 0.539868 0.000 0.080 0.656 0.264
#> SRR1458529 2 0.4933 0.133783 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1332467 4 0.4304 0.812924 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1078278 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.1022 0.903661 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1333167 4 0.4072 0.827689 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1418492 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476652 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1470624 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.0817 0.909494 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1324473 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420538 2 0.0524 0.921771 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1453747 4 0.3942 0.825475 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1403853 4 0.3907 0.462170 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1378707 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083504 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1437598 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.4643 0.751536 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1369008 4 0.4193 0.823060 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1385672 3 0.1211 0.727265 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1430839 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098098 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473361 4 0.4636 0.738470 0.000 0.140 0.068 0.792
#> SRR1348507 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.5982 0.531440 0.108 0.708 0.008 0.176
#> SRR1487704 2 0.3495 0.744943 0.000 0.844 0.016 0.140
#> SRR1344122 4 0.3908 0.494779 0.000 0.004 0.212 0.784
#> SRR1402027 1 0.2313 0.920693 0.924 0.032 0.000 0.044
#> SRR1081493 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1076940 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0469 0.918523 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1440809 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406394 4 0.6007 0.170122 0.408 0.044 0.000 0.548
#> SRR1317653 2 0.1118 0.899383 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1343072 1 0.3862 0.823992 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR1336964 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1358624 4 0.4011 0.811823 0.000 0.208 0.008 0.784
#> SRR1467194 2 0.0336 0.920369 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1459324 2 0.1118 0.899411 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1353118 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.2654 0.806110 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1487547 4 0.4477 0.789245 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1087752 2 0.5293 0.622976 0.088 0.756 0.004 0.152
#> SRR1091054 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.3975 0.448677 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1073899 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.3907 0.824170 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1399291 2 0.2011 0.851602 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1336863 2 0.4730 0.168869 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1456771 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1329663 4 0.4281 0.555720 0.000 0.028 0.180 0.792
#> SRR1445426 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1389932 1 0.0707 0.974368 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353948 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4323 0.657056 0.028 0.788 0.000 0.184
#> SRR1452222 4 0.4164 0.824868 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1468096 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1334011 4 0.6822 0.607248 0.000 0.192 0.204 0.604
#> SRR1444701 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1329687 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464432 3 0.4998 0.252860 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1410550 2 0.4522 0.336696 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1473209 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.0188 0.980635 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419495 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1090383 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.0188 0.922370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1072578 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.0707 0.912567 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1090119 1 0.2142 0.912078 0.928 0.056 0.000 0.016
#> SRR1337516 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1498290 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330770 4 0.3726 0.492019 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1489349 4 0.4008 0.827288 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1457336 4 0.4011 0.811719 0.000 0.208 0.008 0.784
#> SRR1447481 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1102176 2 0.0188 0.922370 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1323215 4 0.3764 0.816813 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1466770 4 0.3907 0.824170 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1093366 2 0.3024 0.756102 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1434631 4 0.3837 0.474113 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1349190 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.0592 0.916377 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1102998 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1444978 4 0.3873 0.822795 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1432165 4 0.4103 0.827607 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1441913 4 0.4543 0.776876 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1319038 4 0.3972 0.808911 0.000 0.204 0.008 0.788
#> SRR1338603 2 0.0707 0.912709 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1325620 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.0707 0.913722 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1466687 4 0.4011 0.811823 0.000 0.208 0.008 0.784
#> SRR1478571 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1074337 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420391 3 0.1389 0.726781 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1087704 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.0707 0.912709 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1337816 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322070 4 0.3975 0.826650 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1476324 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499652 3 0.4313 0.596844 0.000 0.260 0.736 0.004
#> SRR1356643 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1097708 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.4608 0.492751 0.692 0.304 0.000 0.004
#> SRR1352322 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0707 0.974368 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1390289 3 0.6608 0.436449 0.000 0.204 0.628 0.168
#> SRR1351955 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336988 4 0.4564 0.772300 0.000 0.328 0.000 0.672
#> SRR1407000 4 0.3219 0.760194 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1367785 2 0.0592 0.915664 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1470057 4 0.4356 0.807264 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1079567 1 0.0592 0.976345 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1095675 1 0.0817 0.972259 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1388788 4 0.4382 0.804084 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1396146 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.0336 0.921123 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1454031 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.4163 0.540243 0.000 0.020 0.188 0.792
#> SRR1101280 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340680 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1488307 1 0.0524 0.978581 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1443800 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317110 4 0.6215 0.604878 0.000 0.140 0.192 0.668
#> SRR1090334 2 0.2345 0.829869 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1338280 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1444523 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1321377 2 0.4955 -0.217841 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1320445 1 0.0592 0.976345 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1081116 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.3219 0.756257 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1454821 4 0.3975 0.826575 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1348792 2 0.2973 0.814457 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1393529 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.4082 0.644415 0.020 0.152 0.008 0.820
#> SRR1074239 1 0.0937 0.972562 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1401774 3 0.4008 0.647048 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1413262 3 0.2125 0.709177 0.000 0.076 0.920 0.004
#> SRR1336227 3 0.4560 0.557941 0.000 0.296 0.700 0.004
#> SRR1069991 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312577 2 0.0000 0.923780 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341721 1 0.0657 0.976080 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1437514 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0188 0.923011 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382461 1 0.0469 0.978084 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1361883 1 0.1389 0.954993 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1378262 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464812 3 0.5296 0.108737 0.000 0.492 0.500 0.008
#> SRR1073655 1 0.0188 0.981016 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075729 1 0.0000 0.982014 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 3 0.0707 0.723808 0.000 0.000 0.980 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1073217 1 0.3305 0.6809 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1430 0.8768 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR1456250 5 0.4978 0.2968 0.000 0.000 0.028 0.476 0.496
#> SRR1433708 4 0.3710 0.8162 0.000 0.144 0.048 0.808 0.000
#> SRR1433902 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1485060 2 0.4275 0.5023 0.000 0.696 0.020 0.284 0.000
#> SRR1432783 2 0.0404 0.8809 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1398272 2 0.1836 0.8690 0.000 0.932 0.032 0.036 0.000
#> SRR1436583 2 0.4468 0.5669 0.000 0.716 0.044 0.240 0.000
#> SRR1420413 5 0.5516 0.5646 0.000 0.000 0.096 0.296 0.608
#> SRR1441768 1 0.1671 0.8721 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.3663 0.7824 0.000 0.208 0.016 0.776 0.000
#> SRR1466597 4 0.2729 0.6830 0.000 0.000 0.060 0.884 0.056
#> SRR1392456 4 0.2249 0.8140 0.000 0.096 0.008 0.896 0.000
#> SRR1080951 1 0.2074 0.8466 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1457080 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.3574 0.8084 0.000 0.168 0.028 0.804 0.000
#> SRR1404362 1 0.0880 0.8994 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1490635 2 0.1386 0.8788 0.000 0.952 0.032 0.000 0.016
#> SRR1343546 4 0.1851 0.8102 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1405921 2 0.1661 0.8674 0.000 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR1362928 4 0.4639 0.5972 0.000 0.344 0.024 0.632 0.000
#> SRR1089207 1 0.0510 0.9071 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1084505 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1376476 4 0.8049 0.1078 0.000 0.320 0.092 0.344 0.244
#> SRR1318208 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.3661 0.5920 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0955 0.8813 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1334055 2 0.1341 0.8755 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1329131 2 0.0955 0.8794 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1120891 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.2674 0.8235 0.000 0.140 0.004 0.856 0.000
#> SRR1102198 5 0.4965 0.5908 0.000 0.000 0.052 0.304 0.644
#> SRR1473232 5 0.4370 0.6422 0.000 0.000 0.040 0.236 0.724
#> SRR1410634 4 0.4322 0.7496 0.000 0.088 0.144 0.768 0.000
#> SRR1353332 2 0.0290 0.8819 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362332 4 0.2951 0.8176 0.000 0.112 0.028 0.860 0.000
#> SRR816794 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.2676 0.7990 0.000 0.080 0.036 0.884 0.000
#> SRR1353577 2 0.1717 0.8750 0.000 0.936 0.052 0.004 0.008
#> SRR1077380 4 0.3639 0.8050 0.000 0.184 0.024 0.792 0.000
#> SRR1407693 1 0.3913 0.4832 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.0771 0.8823 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1311464 2 0.1117 0.8787 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1327454 4 0.3696 0.7790 0.000 0.212 0.016 0.772 0.000
#> SRR1342806 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388437 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1085235 1 0.4403 0.2699 0.608 0.000 0.384 0.000 0.008
#> SRR1357692 4 0.5480 0.2964 0.036 0.000 0.400 0.548 0.016
#> SRR1430703 5 0.1557 0.6763 0.000 0.000 0.008 0.052 0.940
#> SRR1086020 2 0.0771 0.8826 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1334181 4 0.2763 0.8226 0.000 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR1087271 4 0.4540 0.6032 0.000 0.340 0.020 0.640 0.000
#> SRR812721 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR819486 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465248 2 0.4974 -0.1494 0.000 0.508 0.028 0.464 0.000
#> SRR1334134 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.0703 0.9035 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1339065 4 0.2953 0.8235 0.000 0.144 0.012 0.844 0.000
#> SRR1318624 2 0.0609 0.8814 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1467544 4 0.1990 0.7592 0.000 0.040 0.028 0.928 0.004
#> SRR1476384 2 0.0510 0.8822 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1395788 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1406478 2 0.1638 0.8669 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR1466278 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1375158 5 0.5616 0.2324 0.000 0.412 0.076 0.000 0.512
#> SRR1080222 1 0.3816 0.5264 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.2012 0.8494 0.000 0.920 0.020 0.060 0.000
#> SRR1405311 4 0.3650 0.8089 0.000 0.176 0.028 0.796 0.000
#> SRR1340531 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1327527 4 0.2953 0.8236 0.000 0.144 0.012 0.844 0.000
#> SRR1407018 1 0.3074 0.7315 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.3942 0.6147 0.000 0.748 0.020 0.232 0.000
#> SRR1498505 2 0.0566 0.8825 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1419941 3 0.4434 -0.2229 0.000 0.460 0.536 0.000 0.004
#> SRR1313625 5 0.4196 0.5672 0.036 0.000 0.176 0.012 0.776
#> SRR1365377 4 0.6821 0.1870 0.000 0.320 0.328 0.352 0.000
#> SRR1092749 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1389366 2 0.3430 0.7266 0.000 0.776 0.220 0.000 0.004
#> SRR1359509 2 0.0807 0.8817 0.000 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1444043 4 0.1568 0.7045 0.000 0.000 0.020 0.944 0.036
#> SRR1500071 2 0.5673 0.3821 0.000 0.596 0.112 0.000 0.292
#> SRR1078948 3 0.5023 0.3690 0.256 0.008 0.692 0.028 0.016
#> SRR1099765 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818523 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR807751 1 0.1544 0.8757 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.0510 0.8806 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1323002 2 0.3152 0.7710 0.000 0.840 0.024 0.136 0.000
#> SRR1343698 2 0.0912 0.8801 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1330176 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.3861 0.4319 0.712 0.000 0.284 0.004 0.000
#> SRR1487403 1 0.0609 0.9065 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.4632 0.2526 0.448 0.012 0.540 0.000 0.000
#> SRR1474000 5 0.1364 0.6738 0.000 0.000 0.012 0.036 0.952
#> SRR1500131 4 0.1997 0.7393 0.000 0.024 0.028 0.932 0.016
#> SRR1415854 1 0.0703 0.9037 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1387286 4 0.2082 0.7497 0.000 0.032 0.024 0.928 0.016
#> SRR1362664 2 0.2753 0.8455 0.000 0.876 0.104 0.012 0.008
#> SRR1097525 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1432231 2 0.1364 0.8784 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012
#> SRR1500516 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2891 0.7658 0.824 0.000 0.176 0.000 0.000
#> SRR809565 1 0.3424 0.6529 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1476974 1 0.1608 0.8726 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.2208 0.8628 0.000 0.908 0.072 0.000 0.020
#> SRR1310876 2 0.5339 0.5030 0.000 0.660 0.116 0.224 0.000
#> SRR1404951 2 0.0771 0.8836 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR1374355 2 0.0912 0.8801 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1499260 2 0.0992 0.8814 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1485700 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1350479 4 0.1571 0.7885 0.000 0.060 0.004 0.936 0.000
#> SRR1395682 2 0.2732 0.7972 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1362579 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328528 2 0.0609 0.8803 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1473100 1 0.3816 0.5266 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.1041 0.8808 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR1323873 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475233 2 0.2712 0.8185 0.000 0.880 0.032 0.088 0.000
#> SRR1400008 2 0.0880 0.8780 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1338489 4 0.2424 0.8239 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1439697 1 0.4045 0.3945 0.644 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.0609 0.8803 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1341945 2 0.0609 0.8803 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1418262 2 0.1364 0.8750 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1458380 4 0.6947 0.4405 0.000 0.216 0.028 0.512 0.244
#> SRR1400489 4 0.3843 0.7930 0.000 0.100 0.020 0.828 0.052
#> SRR1416455 2 0.2843 0.8435 0.000 0.876 0.076 0.048 0.000
#> SRR1477292 4 0.2377 0.8241 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1096924 2 0.6142 0.1661 0.000 0.520 0.124 0.004 0.352
#> SRR1308269 2 0.1877 0.8693 0.000 0.924 0.064 0.000 0.012
#> SRR1367172 1 0.3508 0.5525 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1085259 1 0.0880 0.8976 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1477732 1 0.0404 0.9080 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2813 0.8187 0.000 0.108 0.024 0.868 0.000
#> SRR1323446 1 0.0404 0.9080 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2605 0.8005 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1092397 1 0.0290 0.9093 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331405 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1455741 4 0.3909 0.7755 0.000 0.216 0.024 0.760 0.000
#> SRR1100395 1 0.3913 0.4763 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.1704 0.8723 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1341209 1 0.1012 0.8942 0.968 0.012 0.020 0.000 0.000
#> SRR1436280 5 0.1386 0.6721 0.000 0.000 0.016 0.032 0.952
#> SRR1312666 4 0.2727 0.8226 0.000 0.116 0.016 0.868 0.000
#> SRR810153 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1467943 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR808638 1 0.6192 -0.2865 0.496 0.124 0.376 0.004 0.000
#> SRR1099451 2 0.1740 0.8658 0.000 0.932 0.056 0.012 0.000
#> SRR1082238 1 0.2605 0.8073 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.4973 0.3836 0.000 0.632 0.048 0.320 0.000
#> SRR1479721 1 0.0510 0.9061 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1480721 4 0.3163 0.8137 0.000 0.164 0.012 0.824 0.000
#> SRR1446716 4 0.2909 0.8227 0.000 0.140 0.012 0.848 0.000
#> SRR1073971 2 0.0324 0.8817 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1410404 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.1732 0.8665 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1316463 5 0.2920 0.6734 0.000 0.000 0.016 0.132 0.852
#> SRR1103072 4 0.5213 0.6186 0.000 0.320 0.064 0.616 0.000
#> SRR1420129 2 0.1908 0.8509 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1382639 4 0.3863 0.7840 0.000 0.200 0.028 0.772 0.000
#> SRR1356997 4 0.4793 0.6926 0.000 0.260 0.056 0.684 0.000
#> SRR1409326 4 0.4718 0.5974 0.000 0.344 0.028 0.628 0.000
#> SRR1485020 2 0.0510 0.8806 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1387113 2 0.0451 0.8822 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343414 2 0.1740 0.8736 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012
#> SRR1319502 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1471291 4 0.4000 0.7641 0.000 0.228 0.024 0.748 0.000
#> SRR1105033 2 0.2849 0.8246 0.052 0.896 0.024 0.020 0.008
#> SRR1077066 2 0.0955 0.8794 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004
#> SRR1099931 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1069943 1 0.1197 0.8960 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.1211 0.8784 0.000 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR814108 3 0.4823 -0.0455 0.040 0.008 0.688 0.264 0.000
#> SRR1410699 4 0.3151 0.8206 0.000 0.144 0.020 0.836 0.000
#> SRR1405461 4 0.3010 0.8110 0.000 0.172 0.004 0.824 0.000
#> SRR1323312 2 0.2079 0.8622 0.000 0.916 0.064 0.000 0.020
#> SRR1467171 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0404 0.9080 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1342960 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370701 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1383674 4 0.7241 0.2013 0.052 0.144 0.396 0.408 0.000
#> SRR1442440 2 0.5052 0.2803 0.000 0.612 0.048 0.340 0.000
#> SRR1404461 1 0.3906 0.5363 0.704 0.000 0.292 0.000 0.004
#> SRR1336617 2 0.3012 0.8266 0.000 0.852 0.124 0.024 0.000
#> SRR1097811 1 0.3932 0.4655 0.672 0.000 0.328 0.000 0.000
#> SRR1475785 1 0.2020 0.8504 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.2959 0.8336 0.000 0.864 0.100 0.000 0.036
#> SRR1477522 2 0.1117 0.8793 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR1098002 1 0.3242 0.7108 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1077667 1 0.1121 0.8926 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0609 0.8814 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1354035 1 0.2074 0.8482 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0693 0.8813 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR1364975 2 0.4778 0.5303 0.204 0.740 0.016 0.016 0.024
#> SRR1472259 1 0.1478 0.8717 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1390179 1 0.1341 0.8883 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.1341 0.8776 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1069850 1 0.6947 -0.2095 0.508 0.156 0.304 0.028 0.004
#> SRR1081332 1 0.1121 0.8946 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1406709 5 0.5876 0.5005 0.000 0.092 0.016 0.284 0.608
#> SRR1458529 2 0.6127 0.0328 0.000 0.484 0.132 0.000 0.384
#> SRR1332467 4 0.3779 0.7853 0.000 0.200 0.024 0.776 0.000
#> SRR1078278 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.2569 0.8552 0.000 0.892 0.068 0.000 0.040
#> SRR1333167 4 0.2329 0.8234 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1418492 2 0.0693 0.8813 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1476652 2 0.1012 0.8801 0.000 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1470624 2 0.0880 0.8801 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1081068 2 0.1725 0.8749 0.000 0.936 0.044 0.020 0.000
#> SRR1324473 2 0.1597 0.8747 0.000 0.940 0.048 0.000 0.012
#> SRR1420538 2 0.3037 0.8337 0.000 0.864 0.100 0.032 0.004
#> SRR1453747 4 0.3035 0.8191 0.000 0.112 0.032 0.856 0.000
#> SRR1403853 4 0.2036 0.6893 0.000 0.000 0.024 0.920 0.056
#> SRR1378707 2 0.0898 0.8807 0.000 0.972 0.020 0.000 0.008
#> SRR1083504 2 0.1124 0.8794 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR1437598 2 0.0162 0.8815 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1376807 1 0.0609 0.9065 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.4210 0.7516 0.000 0.224 0.036 0.740 0.000
#> SRR1369008 4 0.2843 0.8236 0.000 0.144 0.008 0.848 0.000
#> SRR1385672 5 0.1408 0.6767 0.000 0.000 0.008 0.044 0.948
#> SRR1430839 2 0.0671 0.8816 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1098098 2 0.1251 0.8787 0.000 0.956 0.036 0.000 0.008
#> SRR1473361 4 0.3801 0.7578 0.000 0.068 0.052 0.840 0.040
#> SRR1348507 2 0.0162 0.8815 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1090626 2 0.5638 0.2288 0.072 0.552 0.372 0.004 0.000
#> SRR1487704 2 0.5188 0.5184 0.000 0.644 0.304 0.024 0.028
#> SRR1344122 4 0.1243 0.7190 0.000 0.004 0.008 0.960 0.028
#> SRR1402027 1 0.4334 0.5537 0.764 0.156 0.080 0.000 0.000
#> SRR1081493 1 0.1197 0.8920 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.0510 0.8806 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR816096 2 0.0794 0.8793 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1440809 2 0.1341 0.8755 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1406394 4 0.5276 0.1436 0.368 0.016 0.016 0.592 0.008
#> SRR1317653 2 0.2505 0.8389 0.000 0.888 0.092 0.020 0.000
#> SRR1343072 3 0.4437 0.1876 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000
#> SRR1336964 2 0.0324 0.8817 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1358624 4 0.2409 0.7893 0.000 0.068 0.032 0.900 0.000
#> SRR1467194 2 0.0290 0.8814 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1459324 2 0.2331 0.8466 0.000 0.900 0.080 0.020 0.000
#> SRR1353118 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.3206 0.8074 0.000 0.856 0.108 0.024 0.012
#> SRR1487547 4 0.3596 0.7887 0.000 0.200 0.016 0.784 0.000
#> SRR1087752 2 0.5659 0.2574 0.052 0.524 0.412 0.012 0.000
#> SRR1091054 1 0.0290 0.9091 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1316343 4 0.2905 0.6435 0.000 0.000 0.036 0.868 0.096
#> SRR1073899 1 0.2127 0.8400 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1456093 4 0.2230 0.8218 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1399291 2 0.2491 0.8333 0.000 0.896 0.036 0.068 0.000
#> SRR1336863 2 0.5632 -0.0225 0.000 0.528 0.080 0.392 0.000
#> SRR1456771 2 0.0451 0.8820 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1329663 4 0.2067 0.7429 0.000 0.028 0.032 0.928 0.012
#> SRR1445426 2 0.1768 0.8716 0.000 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR1389932 1 0.0880 0.9000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1353948 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1348094 2 0.4438 0.4913 0.004 0.648 0.340 0.004 0.004
#> SRR1452222 4 0.2561 0.8230 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1468096 4 0.2969 0.8242 0.000 0.128 0.020 0.852 0.000
#> SRR1334011 4 0.6788 0.3059 0.000 0.152 0.024 0.488 0.336
#> SRR1444701 2 0.1774 0.8717 0.000 0.932 0.052 0.000 0.016
#> SRR1329687 1 0.0880 0.8994 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1092493 2 0.0794 0.8794 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1446265 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1388722 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464432 4 0.5234 -0.2758 0.000 0.000 0.044 0.496 0.460
#> SRR1410550 2 0.5019 0.1463 0.000 0.568 0.036 0.396 0.000
#> SRR1473209 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083125 1 0.2424 0.8151 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1419495 2 0.1168 0.8803 0.000 0.960 0.032 0.000 0.008
#> SRR1090383 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328980 2 0.1270 0.8717 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1072578 1 0.0510 0.9071 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1466091 2 0.1331 0.8789 0.000 0.952 0.040 0.008 0.000
#> SRR1090119 1 0.3454 0.6429 0.816 0.156 0.028 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.1012 0.8817 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1498290 2 0.0566 0.8834 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1330770 4 0.2204 0.7067 0.000 0.008 0.036 0.920 0.036
#> SRR1489349 4 0.2536 0.8243 0.000 0.128 0.004 0.868 0.000
#> SRR1457336 4 0.2020 0.8165 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1447481 2 0.1704 0.8715 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1102176 2 0.0609 0.8804 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1323215 4 0.1671 0.8019 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1466770 4 0.2329 0.8234 0.000 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1093366 2 0.3930 0.7147 0.000 0.792 0.056 0.152 0.000
#> SRR1434631 4 0.2473 0.6731 0.000 0.000 0.032 0.896 0.072
#> SRR1349190 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1086164 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1477339 2 0.1121 0.8754 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1099354 1 0.1197 0.8903 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1470855 2 0.2685 0.8471 0.000 0.880 0.092 0.000 0.028
#> SRR1102998 2 0.1430 0.8760 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004
#> SRR1444978 4 0.1671 0.8022 0.000 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1432165 4 0.2864 0.8235 0.000 0.136 0.012 0.852 0.000
#> SRR1441913 4 0.3690 0.7862 0.000 0.200 0.020 0.780 0.000
#> SRR1319038 4 0.1638 0.7916 0.000 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1338603 2 0.0912 0.8789 0.000 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1325620 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1320490 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.1907 0.8734 0.000 0.928 0.044 0.000 0.028
#> SRR1466687 4 0.2900 0.8161 0.000 0.108 0.028 0.864 0.000
#> SRR1478571 1 0.1197 0.8903 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.1914 0.8695 0.000 0.924 0.060 0.000 0.016
#> SRR1420391 5 0.2012 0.6757 0.000 0.000 0.020 0.060 0.920
#> SRR1087704 1 0.0290 0.9098 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0510 0.9066 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1473915 2 0.1364 0.8789 0.000 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1337816 2 0.1704 0.8731 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1322070 4 0.2723 0.8239 0.000 0.124 0.012 0.864 0.000
#> SRR1476324 2 0.1082 0.8792 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1499652 5 0.4643 0.5489 0.000 0.204 0.028 0.028 0.740
#> SRR1356643 1 0.0609 0.9065 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR813529 1 0.2873 0.7135 0.860 0.120 0.020 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0162 0.9098 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1498661 1 0.2561 0.8005 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1075078 1 0.0703 0.9014 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1390289 5 0.6699 0.4683 0.000 0.184 0.048 0.180 0.588
#> SRR1351955 2 0.2339 0.8430 0.000 0.892 0.100 0.004 0.004
#> SRR1336988 4 0.3912 0.7659 0.000 0.228 0.020 0.752 0.000
#> SRR1407000 4 0.2983 0.7960 0.000 0.076 0.056 0.868 0.000
#> SRR1367785 2 0.2429 0.8633 0.000 0.900 0.076 0.020 0.004
#> SRR1470057 4 0.3562 0.7948 0.000 0.196 0.016 0.788 0.000
#> SRR1079567 1 0.1671 0.8767 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.0703 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1388788 4 0.3795 0.7895 0.000 0.192 0.028 0.780 0.000
#> SRR1396146 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415173 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362514 2 0.2597 0.8506 0.000 0.884 0.092 0.000 0.024
#> SRR1454031 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1443399 4 0.1904 0.7356 0.000 0.020 0.028 0.936 0.016
#> SRR1101280 2 0.1704 0.8650 0.000 0.928 0.068 0.000 0.004
#> SRR1340680 2 0.1836 0.8760 0.000 0.932 0.036 0.000 0.032
#> SRR1488307 1 0.2732 0.7858 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0566 0.8815 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1317110 4 0.6587 0.2897 0.000 0.084 0.056 0.552 0.308
#> SRR1090334 2 0.3365 0.7916 0.000 0.836 0.120 0.044 0.000
#> SRR1338280 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2424 0.8190 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.0963 0.8972 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.0880 0.8783 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1074314 1 0.0609 0.9052 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1083456 1 0.2074 0.8466 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.5232 -0.2067 0.000 0.500 0.044 0.456 0.000
#> SRR1320445 1 0.0703 0.9027 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1081116 1 0.0510 0.9066 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.5071 0.4927 0.000 0.616 0.340 0.040 0.004
#> SRR1454821 4 0.3370 0.8196 0.000 0.148 0.028 0.824 0.000
#> SRR1348792 2 0.5271 0.6310 0.000 0.680 0.168 0.152 0.000
#> SRR1393529 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1102224 4 0.5353 0.5043 0.004 0.060 0.332 0.604 0.000
#> SRR1074239 1 0.3684 0.5772 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1401774 5 0.4508 0.6051 0.000 0.000 0.020 0.332 0.648
#> SRR1413262 5 0.5118 0.5740 0.000 0.132 0.116 0.020 0.732
#> SRR1336227 5 0.5257 0.4541 0.000 0.284 0.060 0.008 0.648
#> SRR1069991 1 0.0290 0.9095 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.0510 0.9079 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0671 0.8810 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR1341721 1 0.3730 0.5529 0.712 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1327505 2 0.0566 0.8816 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1382461 1 0.0290 0.9098 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1361883 1 0.1670 0.8681 0.936 0.012 0.052 0.000 0.000
#> SRR1378262 1 0.0162 0.9099 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464812 5 0.4826 0.0744 0.000 0.472 0.020 0.000 0.508
#> SRR1073655 1 0.1792 0.8626 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1075729 1 0.0000 0.9100 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397292 5 0.1818 0.6720 0.000 0.000 0.024 0.044 0.932
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1073217 1 0.3810 -0.04849 0.572 0.000 0.428 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330831 2 0.1700 0.78878 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1456250 5 0.4270 0.49067 0.000 0.000 0.004 0.316 0.652 0.028
#> SRR1433708 4 0.4015 0.81152 0.000 0.084 0.008 0.796 0.016 0.096
#> SRR1433902 1 0.0291 0.87086 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485060 2 0.4487 0.46719 0.000 0.668 0.000 0.264 0.000 0.068
#> SRR1432783 2 0.0951 0.80623 0.000 0.968 0.004 0.008 0.000 0.020
#> SRR1398272 2 0.3314 0.74647 0.000 0.828 0.004 0.076 0.000 0.092
#> SRR1436583 2 0.5287 0.42168 0.000 0.628 0.012 0.232 0.000 0.128
#> SRR1420413 5 0.6814 0.41731 0.000 0.000 0.072 0.232 0.468 0.228
#> SRR1441768 1 0.2562 0.75679 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356976 4 0.2586 0.83155 0.000 0.100 0.000 0.868 0.000 0.032
#> SRR1466597 4 0.4542 0.61286 0.000 0.000 0.060 0.736 0.168 0.036
#> SRR1392456 4 0.2245 0.84962 0.000 0.052 0.004 0.908 0.008 0.028
#> SRR1080951 1 0.2697 0.73427 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR812697 1 0.0717 0.86477 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1457080 1 0.0260 0.87120 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361814 4 0.2680 0.83450 0.000 0.076 0.000 0.868 0.000 0.056
#> SRR1404362 1 0.1644 0.84206 0.920 0.000 0.076 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490635 2 0.1644 0.79297 0.000 0.920 0.000 0.000 0.004 0.076
#> SRR1343546 4 0.1391 0.84571 0.000 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> SRR1405921 2 0.1138 0.80558 0.000 0.960 0.004 0.024 0.000 0.012
#> SRR1362928 4 0.4181 0.62573 0.000 0.248 0.000 0.700 0.000 0.052
#> SRR1089207 1 0.1124 0.86354 0.956 0.000 0.036 0.000 0.000 0.008
#> SRR1084505 1 0.1141 0.85957 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1376476 5 0.7469 0.11107 0.000 0.292 0.012 0.220 0.380 0.096
#> SRR1318208 1 0.0000 0.87079 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470513 1 0.2664 0.75393 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1397781 1 0.0146 0.87037 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386753 2 0.0837 0.80662 0.000 0.972 0.004 0.004 0.000 0.020
#> SRR1334055 2 0.2581 0.76655 0.000 0.860 0.000 0.020 0.000 0.120
#> SRR1329131 2 0.1753 0.78924 0.000 0.912 0.004 0.000 0.000 0.084
#> SRR1120891 1 0.0363 0.87083 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337495 4 0.1807 0.84792 0.000 0.060 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1102198 5 0.4889 0.52461 0.000 0.016 0.012 0.204 0.700 0.068
#> SRR1473232 5 0.3682 0.54285 0.000 0.000 0.008 0.148 0.792 0.052
#> SRR1410634 4 0.3917 0.75530 0.000 0.040 0.140 0.788 0.000 0.032
#> SRR1353332 2 0.0622 0.80519 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1362332 4 0.2954 0.84079 0.000 0.072 0.004 0.868 0.016 0.040
#> SRR816794 1 0.0363 0.87083 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479370 4 0.2544 0.82420 0.000 0.028 0.008 0.888 0.004 0.072
#> SRR1353577 2 0.2668 0.73936 0.000 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1077380 4 0.2964 0.83306 0.000 0.096 0.004 0.856 0.004 0.040
#> SRR1407693 3 0.3868 0.31065 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430088 2 0.1668 0.80204 0.000 0.928 0.004 0.008 0.000 0.060
#> SRR1311464 2 0.1340 0.80376 0.000 0.948 0.008 0.000 0.004 0.040
#> SRR1327454 4 0.2586 0.83114 0.000 0.100 0.000 0.868 0.000 0.032
#> SRR1342806 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388437 1 0.1204 0.85776 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085235 3 0.3965 0.49736 0.376 0.000 0.616 0.000 0.004 0.004
#> SRR1357692 3 0.5119 0.03869 0.028 0.008 0.728 0.156 0.040 0.040
#> SRR1430703 5 0.0976 0.53743 0.000 0.000 0.016 0.008 0.968 0.008
#> SRR1086020 2 0.1059 0.80618 0.000 0.964 0.004 0.016 0.000 0.016
#> SRR1334181 4 0.2563 0.84612 0.000 0.076 0.004 0.884 0.004 0.032
#> SRR1087271 4 0.3823 0.71386 0.000 0.192 0.004 0.760 0.000 0.044
#> SRR812721 1 0.0717 0.86477 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR819486 1 0.0291 0.87064 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465248 4 0.5400 0.24416 0.000 0.412 0.016 0.500 0.000 0.072
#> SRR1334134 1 0.0632 0.87011 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479306 1 0.1010 0.86505 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1339065 4 0.2608 0.84265 0.000 0.080 0.000 0.872 0.000 0.048
#> SRR1318624 2 0.1082 0.80136 0.000 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1467544 4 0.1697 0.80189 0.000 0.004 0.004 0.936 0.020 0.036
#> SRR1476384 2 0.1116 0.80810 0.000 0.960 0.004 0.008 0.000 0.028
#> SRR1395788 1 0.0891 0.86816 0.968 0.000 0.024 0.000 0.000 0.008
#> SRR1406478 2 0.2865 0.74973 0.000 0.840 0.012 0.008 0.000 0.140
#> SRR1466278 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375158 5 0.6812 -0.13427 0.000 0.252 0.008 0.036 0.436 0.268
#> SRR1080222 3 0.3864 0.34732 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361777 2 0.2279 0.78844 0.000 0.900 0.004 0.048 0.000 0.048
#> SRR1405311 4 0.3000 0.83456 0.000 0.096 0.000 0.852 0.008 0.044
#> SRR1340531 1 0.0622 0.86640 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1327527 4 0.2113 0.84952 0.000 0.060 0.004 0.908 0.000 0.028
#> SRR1407018 1 0.3838 -0.13583 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090431 2 0.4279 0.55257 0.000 0.716 0.008 0.224 0.000 0.052
#> SRR1498505 2 0.1067 0.80799 0.000 0.964 0.004 0.004 0.004 0.024
#> SRR1419941 3 0.4964 -0.35224 0.000 0.280 0.644 0.004 0.016 0.056
#> SRR1313625 5 0.4497 0.39699 0.028 0.000 0.232 0.000 0.704 0.036
#> SRR1365377 3 0.6141 -0.23273 0.000 0.200 0.520 0.256 0.000 0.024
#> SRR1092749 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1389366 2 0.4210 0.41506 0.004 0.652 0.324 0.004 0.000 0.016
#> SRR1359509 2 0.0458 0.80497 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1444043 4 0.1934 0.77938 0.000 0.000 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR1500071 2 0.6497 -0.31734 0.000 0.420 0.004 0.016 0.260 0.300
#> SRR1078948 6 0.7383 -0.20610 0.212 0.068 0.324 0.000 0.020 0.376
#> SRR1099765 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR818523 1 0.0717 0.86477 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR807751 1 0.2697 0.72903 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379157 2 0.1307 0.80474 0.000 0.952 0.008 0.008 0.000 0.032
#> SRR1323002 2 0.3492 0.68298 0.000 0.796 0.004 0.160 0.000 0.040
#> SRR1343698 2 0.1196 0.80351 0.000 0.952 0.008 0.000 0.000 0.040
#> SRR1330176 1 0.0632 0.87041 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329530 1 0.0458 0.87063 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081813 1 0.5124 0.29982 0.652 0.000 0.188 0.008 0.000 0.152
#> SRR1487403 1 0.1327 0.85379 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409046 3 0.3487 0.32698 0.224 0.000 0.756 0.000 0.000 0.020
#> SRR1474000 5 0.1973 0.53141 0.000 0.004 0.028 0.008 0.924 0.036
#> SRR1500131 4 0.1931 0.79714 0.000 0.004 0.004 0.924 0.028 0.040
#> SRR1415854 1 0.0858 0.86832 0.968 0.000 0.028 0.000 0.000 0.004
#> SRR1387286 4 0.2781 0.82116 0.000 0.032 0.004 0.884 0.044 0.036
#> SRR1362664 2 0.5463 0.43304 0.000 0.624 0.004 0.080 0.032 0.260
#> SRR1097525 1 0.1074 0.85746 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR1432231 2 0.2093 0.78840 0.000 0.900 0.004 0.004 0.004 0.088
#> SRR1500516 1 0.0458 0.87063 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098660 1 0.0146 0.87110 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392097 1 0.2703 0.75977 0.824 0.000 0.172 0.000 0.000 0.004
#> SRR809565 1 0.3925 0.31040 0.656 0.000 0.332 0.000 0.004 0.008
#> SRR1476974 1 0.2260 0.78206 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360258 2 0.2994 0.68806 0.000 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208
#> SRR1310876 2 0.5627 0.40639 0.000 0.600 0.020 0.152 0.000 0.228
#> SRR1404951 2 0.1155 0.80535 0.000 0.956 0.004 0.004 0.000 0.036
#> SRR1374355 2 0.0777 0.80461 0.000 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR1499260 2 0.1148 0.80691 0.000 0.960 0.004 0.016 0.000 0.020
#> SRR1485700 1 0.0508 0.87113 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350479 4 0.0692 0.81180 0.000 0.000 0.004 0.976 0.000 0.020
#> SRR1395682 2 0.5451 0.42619 0.000 0.648 0.008 0.020 0.204 0.120
#> SRR1362579 1 0.0405 0.86842 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328528 2 0.1477 0.80059 0.000 0.940 0.004 0.008 0.000 0.048
#> SRR1473100 1 0.3864 -0.27662 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR1340966 2 0.1219 0.80074 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1323873 1 0.0508 0.86856 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1475233 2 0.3382 0.71228 0.000 0.820 0.008 0.124 0.000 0.048
#> SRR1400008 2 0.1745 0.79235 0.000 0.924 0.020 0.000 0.000 0.056
#> SRR1338489 4 0.1745 0.84813 0.000 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1439697 3 0.3659 0.48934 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR1329642 2 0.1820 0.79779 0.000 0.924 0.008 0.012 0.000 0.056
#> SRR1341945 2 0.1226 0.80329 0.000 0.952 0.004 0.004 0.000 0.040
#> SRR1418262 2 0.2507 0.77880 0.000 0.884 0.004 0.040 0.000 0.072
#> SRR1458380 4 0.7260 -0.12071 0.000 0.180 0.008 0.384 0.336 0.092
#> SRR1400489 4 0.4571 0.68896 0.000 0.040 0.004 0.740 0.168 0.048
#> SRR1416455 2 0.5035 0.54575 0.000 0.676 0.004 0.108 0.012 0.200
#> SRR1477292 4 0.1578 0.84806 0.000 0.048 0.004 0.936 0.000 0.012
#> SRR1096924 2 0.6731 -0.47021 0.000 0.356 0.036 0.000 0.264 0.344
#> SRR1308269 2 0.2544 0.75083 0.000 0.852 0.004 0.004 0.000 0.140
#> SRR1367172 1 0.4344 0.20529 0.612 0.000 0.356 0.000 0.000 0.032
#> SRR1085259 1 0.2106 0.82093 0.904 0.000 0.064 0.000 0.000 0.032
#> SRR1477732 1 0.0547 0.86982 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356509 4 0.2329 0.84846 0.000 0.048 0.008 0.904 0.004 0.036
#> SRR1323446 1 0.1663 0.83728 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368094 1 0.2762 0.72260 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378924 1 0.0520 0.86769 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1092397 1 0.1075 0.86097 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458574 1 0.0405 0.86842 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1331405 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455741 4 0.2752 0.82802 0.000 0.108 0.000 0.856 0.000 0.036
#> SRR1100395 3 0.3862 0.35745 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR1327570 2 0.2243 0.77322 0.000 0.880 0.004 0.004 0.000 0.112
#> SRR1341209 1 0.2422 0.79646 0.896 0.052 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1436280 5 0.2001 0.52184 0.000 0.000 0.004 0.004 0.900 0.092
#> SRR1312666 4 0.1642 0.84232 0.000 0.032 0.004 0.936 0.000 0.028
#> SRR810153 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467943 1 0.0891 0.86055 0.968 0.000 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR808638 1 0.6524 -0.22062 0.460 0.088 0.352 0.000 0.000 0.100
#> SRR1099451 2 0.2905 0.74467 0.000 0.836 0.008 0.012 0.000 0.144
#> SRR1082238 1 0.2697 0.74421 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404186 2 0.5592 0.12625 0.000 0.492 0.004 0.376 0.000 0.128
#> SRR1479721 1 0.2121 0.82972 0.892 0.000 0.096 0.000 0.000 0.012
#> SRR1480721 4 0.2201 0.84839 0.000 0.056 0.004 0.904 0.000 0.036
#> SRR1446716 4 0.1908 0.84724 0.000 0.056 0.000 0.916 0.000 0.028
#> SRR1073971 2 0.0653 0.80560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.000 0.012
#> SRR1410404 1 0.0547 0.86956 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1120733 1 0.2562 0.73962 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367410 1 0.0717 0.86763 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1316463 5 0.1528 0.55196 0.000 0.000 0.000 0.048 0.936 0.016
#> SRR1103072 4 0.5808 0.36685 0.000 0.312 0.016 0.532 0.000 0.140
#> SRR1420129 2 0.3226 0.72187 0.000 0.808 0.012 0.012 0.000 0.168
#> SRR1382639 4 0.3043 0.83340 0.000 0.064 0.020 0.860 0.000 0.056
#> SRR1356997 4 0.4371 0.69839 0.000 0.168 0.004 0.728 0.000 0.100
#> SRR1409326 4 0.4496 0.57350 0.000 0.272 0.008 0.672 0.000 0.048
#> SRR1485020 2 0.1196 0.80266 0.000 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1387113 2 0.0405 0.80557 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1336205 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343414 2 0.2768 0.74254 0.000 0.832 0.000 0.012 0.000 0.156
#> SRR1319502 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1471291 4 0.3292 0.80781 0.000 0.120 0.004 0.824 0.000 0.052
#> SRR1105033 2 0.3006 0.70301 0.064 0.844 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1077066 2 0.2326 0.78177 0.000 0.888 0.012 0.008 0.000 0.092
#> SRR1099931 1 0.1003 0.86214 0.964 0.000 0.016 0.000 0.000 0.020
#> SRR1069943 1 0.2003 0.81804 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360194 2 0.1299 0.80598 0.000 0.952 0.004 0.004 0.004 0.036
#> SRR814108 3 0.3917 0.06074 0.036 0.004 0.788 0.148 0.000 0.024
#> SRR1410699 4 0.2144 0.84571 0.000 0.048 0.004 0.908 0.000 0.040
#> SRR1405461 4 0.2122 0.84417 0.000 0.076 0.000 0.900 0.000 0.024
#> SRR1323312 2 0.2531 0.75978 0.000 0.860 0.008 0.004 0.000 0.128
#> SRR1467171 1 0.0713 0.86804 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396742 1 0.0692 0.87045 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342960 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370701 1 0.0405 0.86897 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383674 3 0.6278 -0.20761 0.016 0.068 0.468 0.396 0.000 0.052
#> SRR1442440 2 0.5501 0.40840 0.000 0.628 0.016 0.252 0.016 0.088
#> SRR1404461 3 0.4317 0.38073 0.464 0.000 0.520 0.000 0.008 0.008
#> SRR1336617 2 0.4963 0.41431 0.000 0.612 0.000 0.100 0.000 0.288
#> SRR1097811 3 0.4185 0.31101 0.492 0.000 0.496 0.000 0.000 0.012
#> SRR1475785 1 0.3023 0.64919 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347916 2 0.4442 0.55255 0.000 0.700 0.020 0.004 0.028 0.248
#> SRR1477522 2 0.1333 0.80412 0.000 0.944 0.008 0.000 0.000 0.048
#> SRR1098002 1 0.3867 0.40785 0.660 0.000 0.328 0.000 0.000 0.012
#> SRR1077667 1 0.1765 0.82927 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410720 2 0.0632 0.80311 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1354035 1 0.2664 0.74017 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394384 2 0.0622 0.80673 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1364975 2 0.3587 0.51267 0.188 0.772 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1472259 1 0.3236 0.68555 0.796 0.000 0.180 0.000 0.000 0.024
#> SRR1390179 1 0.2003 0.81231 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312784 2 0.1895 0.79441 0.000 0.912 0.000 0.016 0.000 0.072
#> SRR1069850 1 0.7161 -0.23621 0.444 0.164 0.116 0.000 0.004 0.272
#> SRR1081332 1 0.1297 0.86587 0.948 0.000 0.040 0.000 0.000 0.012
#> SRR1406709 5 0.5804 0.46433 0.000 0.060 0.004 0.208 0.628 0.100
#> SRR1458529 6 0.7043 -0.17079 0.000 0.328 0.012 0.036 0.280 0.344
#> SRR1332467 4 0.2724 0.83271 0.000 0.084 0.000 0.864 0.000 0.052
#> SRR1078278 1 0.0146 0.87110 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083868 1 0.0260 0.87104 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367544 2 0.3738 0.63856 0.000 0.752 0.000 0.000 0.040 0.208
#> SRR1333167 4 0.1745 0.84814 0.000 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1418492 2 0.0748 0.80503 0.000 0.976 0.004 0.004 0.000 0.016
#> SRR1476652 2 0.0837 0.80656 0.000 0.972 0.004 0.000 0.004 0.020
#> SRR1470624 2 0.1672 0.80132 0.000 0.932 0.004 0.016 0.000 0.048
#> SRR1081068 2 0.3112 0.75608 0.000 0.840 0.004 0.052 0.000 0.104
#> SRR1324473 2 0.2006 0.77877 0.000 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1420538 2 0.5781 0.34049 0.000 0.588 0.000 0.096 0.048 0.268
#> SRR1453747 4 0.2365 0.82805 0.000 0.040 0.000 0.888 0.000 0.072
#> SRR1403853 4 0.2651 0.75420 0.000 0.000 0.004 0.872 0.088 0.036
#> SRR1378707 2 0.0858 0.80454 0.000 0.968 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1083504 2 0.1349 0.79614 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1437598 2 0.0622 0.80528 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1376807 1 0.1141 0.86151 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370107 4 0.3211 0.80000 0.000 0.120 0.000 0.824 0.000 0.056
#> SRR1369008 4 0.1757 0.84698 0.000 0.076 0.000 0.916 0.000 0.008
#> SRR1385672 5 0.0820 0.54087 0.000 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1430839 2 0.0547 0.80438 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1098098 2 0.1806 0.78676 0.000 0.908 0.004 0.000 0.000 0.088
#> SRR1473361 4 0.4906 0.68176 0.000 0.036 0.012 0.736 0.108 0.108
#> SRR1348507 2 0.0508 0.80523 0.000 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1090626 2 0.5318 0.04940 0.052 0.544 0.376 0.000 0.000 0.028
#> SRR1487704 2 0.5350 0.40531 0.000 0.628 0.228 0.000 0.016 0.128
#> SRR1344122 4 0.1138 0.80746 0.000 0.000 0.004 0.960 0.012 0.024
#> SRR1402027 1 0.5186 0.39029 0.668 0.080 0.212 0.000 0.000 0.040
#> SRR1081493 1 0.2416 0.77642 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000 0.000
#> SRR1076940 2 0.1080 0.80409 0.000 0.960 0.004 0.004 0.000 0.032
#> SRR816096 2 0.2162 0.78360 0.000 0.896 0.004 0.012 0.000 0.088
#> SRR1440809 2 0.2830 0.75188 0.000 0.836 0.000 0.020 0.000 0.144
#> SRR1406394 4 0.6034 0.15023 0.324 0.004 0.048 0.536 0.000 0.088
#> SRR1317653 2 0.3594 0.69096 0.000 0.780 0.008 0.028 0.000 0.184
#> SRR1343072 3 0.2948 0.29040 0.188 0.000 0.804 0.000 0.008 0.000
#> SRR1336964 2 0.0547 0.80438 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1358624 4 0.1769 0.81572 0.000 0.012 0.004 0.924 0.000 0.060
#> SRR1467194 2 0.1503 0.80696 0.000 0.944 0.008 0.016 0.000 0.032
#> SRR1459324 2 0.3534 0.70679 0.000 0.792 0.008 0.032 0.000 0.168
#> SRR1353118 1 0.0632 0.86864 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083678 2 0.2474 0.77302 0.000 0.880 0.040 0.000 0.000 0.080
#> SRR1487547 4 0.3370 0.83658 0.000 0.076 0.028 0.840 0.000 0.056
#> SRR1087752 2 0.6870 -0.18953 0.020 0.432 0.280 0.024 0.000 0.244
#> SRR1091054 1 0.0260 0.87023 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1316343 4 0.4286 0.54456 0.000 0.000 0.008 0.724 0.208 0.060
#> SRR1073899 1 0.1700 0.83945 0.916 0.000 0.080 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456093 4 0.1464 0.84330 0.000 0.036 0.004 0.944 0.000 0.016
#> SRR1399291 2 0.3055 0.75429 0.000 0.852 0.008 0.072 0.000 0.068
#> SRR1336863 2 0.5622 0.32112 0.000 0.576 0.012 0.260 0.000 0.152
#> SRR1456771 2 0.0692 0.80501 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1329663 4 0.1951 0.78864 0.000 0.000 0.004 0.916 0.020 0.060
#> SRR1445426 2 0.2257 0.76825 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000 0.116
#> SRR1389932 1 0.2362 0.79641 0.860 0.000 0.136 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353948 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1348094 2 0.5041 0.32831 0.008 0.624 0.280 0.000 0.000 0.088
#> SRR1452222 4 0.1686 0.84877 0.000 0.064 0.000 0.924 0.000 0.012
#> SRR1468096 4 0.2511 0.84582 0.000 0.064 0.000 0.880 0.000 0.056
#> SRR1334011 5 0.6685 0.13748 0.000 0.084 0.004 0.400 0.408 0.104
#> SRR1444701 2 0.2442 0.74871 0.000 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1329687 1 0.1219 0.86019 0.948 0.000 0.048 0.000 0.000 0.004
#> SRR1092493 2 0.1615 0.79622 0.000 0.928 0.004 0.004 0.000 0.064
#> SRR1446265 1 0.0520 0.86777 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1388722 1 0.0508 0.86794 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1464432 5 0.5002 0.48808 0.000 0.000 0.012 0.292 0.624 0.072
#> SRR1410550 4 0.5197 0.14232 0.000 0.436 0.004 0.484 0.000 0.076
#> SRR1473209 1 0.0458 0.87036 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101741 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083125 1 0.3426 0.51124 0.720 0.000 0.276 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419495 2 0.1471 0.79603 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR1090383 1 0.0291 0.87064 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328980 2 0.2704 0.77271 0.000 0.868 0.020 0.012 0.000 0.100
#> SRR1072578 1 0.0972 0.86750 0.964 0.000 0.028 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466091 2 0.2563 0.78295 0.000 0.880 0.004 0.040 0.000 0.076
#> SRR1090119 1 0.3532 0.63057 0.796 0.140 0.064 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337516 2 0.1349 0.80354 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1498290 2 0.0858 0.80629 0.000 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1330770 4 0.3161 0.73138 0.000 0.000 0.004 0.840 0.076 0.080
#> SRR1489349 4 0.1624 0.84616 0.000 0.040 0.004 0.936 0.000 0.020
#> SRR1457336 4 0.1970 0.84851 0.000 0.044 0.000 0.920 0.008 0.028
#> SRR1447481 2 0.2595 0.73417 0.000 0.836 0.000 0.004 0.000 0.160
#> SRR1102176 2 0.1462 0.79908 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1323215 4 0.1036 0.82399 0.000 0.008 0.004 0.964 0.000 0.024
#> SRR1466770 4 0.1536 0.84506 0.000 0.040 0.004 0.940 0.000 0.016
#> SRR1093366 2 0.5163 0.47023 0.000 0.652 0.012 0.200 0.000 0.136
#> SRR1434631 4 0.3029 0.71833 0.000 0.000 0.004 0.840 0.120 0.036
#> SRR1349190 1 0.0405 0.86842 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1086164 1 0.0405 0.86842 0.988 0.000 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477339 2 0.2512 0.76851 0.000 0.868 0.008 0.008 0.000 0.116
#> SRR1099354 1 0.0935 0.86642 0.964 0.000 0.032 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470855 2 0.3957 0.57463 0.000 0.712 0.000 0.008 0.020 0.260
#> SRR1102998 2 0.1806 0.78371 0.000 0.908 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR1444978 4 0.0806 0.83349 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1432165 4 0.1908 0.84724 0.000 0.056 0.000 0.916 0.000 0.028
#> SRR1441913 4 0.2604 0.83472 0.000 0.096 0.004 0.872 0.000 0.028
#> SRR1319038 4 0.0777 0.81531 0.000 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1338603 2 0.1785 0.80317 0.000 0.928 0.008 0.016 0.000 0.048
#> SRR1325620 1 0.0291 0.86926 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1320490 1 0.0547 0.87040 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322186 2 0.2689 0.77241 0.000 0.864 0.004 0.004 0.016 0.112
#> SRR1466687 4 0.2430 0.84280 0.000 0.048 0.004 0.900 0.012 0.036
#> SRR1478571 1 0.2219 0.79492 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1074337 2 0.2805 0.71530 0.000 0.812 0.000 0.004 0.000 0.184
#> SRR1420391 5 0.0862 0.53896 0.000 0.000 0.004 0.008 0.972 0.016
#> SRR1087704 1 0.0865 0.86583 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464897 1 0.0291 0.87064 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473915 2 0.1633 0.79970 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR1337816 2 0.2869 0.74160 0.000 0.832 0.000 0.020 0.000 0.148
#> SRR1322070 4 0.1708 0.84572 0.000 0.040 0.004 0.932 0.000 0.024
#> SRR1476324 2 0.1728 0.79748 0.000 0.924 0.008 0.000 0.004 0.064
#> SRR1499652 5 0.4626 0.26845 0.000 0.172 0.000 0.000 0.692 0.136
#> SRR1356643 1 0.1610 0.83847 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097708 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813529 1 0.4316 0.22594 0.648 0.312 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1352322 1 0.0363 0.86961 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1498661 1 0.3240 0.59330 0.752 0.000 0.244 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075078 1 0.2176 0.82692 0.896 0.000 0.080 0.000 0.000 0.024
#> SRR1390289 5 0.6915 0.26476 0.000 0.176 0.012 0.128 0.536 0.148
#> SRR1351955 2 0.3546 0.68920 0.000 0.776 0.016 0.012 0.000 0.196
#> SRR1336988 4 0.3395 0.78912 0.000 0.136 0.004 0.812 0.000 0.048
#> SRR1407000 4 0.2328 0.83707 0.000 0.032 0.044 0.904 0.000 0.020
#> SRR1367785 2 0.4772 0.60202 0.000 0.708 0.008 0.080 0.012 0.192
#> SRR1470057 4 0.2747 0.83321 0.000 0.096 0.000 0.860 0.000 0.044
#> SRR1079567 1 0.2664 0.74370 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095675 1 0.1845 0.84461 0.920 0.000 0.052 0.000 0.000 0.028
#> SRR1388788 4 0.3368 0.80446 0.000 0.116 0.000 0.820 0.004 0.060
#> SRR1396146 1 0.0508 0.86794 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1415173 1 0.0806 0.86257 0.972 0.000 0.008 0.000 0.000 0.020
#> SRR1362514 2 0.4049 0.59721 0.000 0.716 0.004 0.008 0.020 0.252
#> SRR1454031 1 0.0622 0.86729 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1443399 4 0.1542 0.79607 0.000 0.000 0.008 0.936 0.004 0.052
#> SRR1101280 2 0.3087 0.71743 0.000 0.808 0.012 0.004 0.000 0.176
#> SRR1340680 2 0.2746 0.77517 0.000 0.868 0.004 0.008 0.020 0.100
#> SRR1488307 1 0.3076 0.64221 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000 0.000
#> SRR1443800 2 0.0951 0.80461 0.000 0.968 0.004 0.008 0.000 0.020
#> SRR1317110 5 0.6586 0.25079 0.000 0.064 0.016 0.368 0.464 0.088
#> SRR1090334 2 0.4462 0.59777 0.000 0.708 0.012 0.060 0.000 0.220
#> SRR1338280 1 0.0632 0.86864 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1357456 1 0.2664 0.74011 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444523 1 0.1863 0.82001 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310898 2 0.2174 0.78453 0.000 0.896 0.008 0.008 0.000 0.088
#> SRR1074314 1 0.0692 0.86983 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083456 1 0.2562 0.75587 0.828 0.000 0.172 0.000 0.000 0.000
#> SRR1321377 2 0.5596 0.18755 0.000 0.528 0.020 0.360 0.000 0.092
#> SRR1320445 1 0.1434 0.85768 0.940 0.000 0.048 0.000 0.000 0.012
#> SRR1081116 1 0.0865 0.86675 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333287 2 0.6374 -0.00381 0.000 0.480 0.236 0.028 0.000 0.256
#> SRR1454821 4 0.3086 0.83806 0.000 0.088 0.008 0.856 0.008 0.040
#> SRR1348792 2 0.6325 0.03312 0.000 0.476 0.032 0.176 0.000 0.316
#> SRR1393529 1 0.1307 0.84180 0.952 0.032 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1102224 4 0.5454 0.47085 0.000 0.040 0.280 0.608 0.000 0.072
#> SRR1074239 3 0.3869 0.28797 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401774 5 0.5050 0.51038 0.000 0.000 0.020 0.288 0.628 0.064
#> SRR1413262 5 0.6038 0.18180 0.000 0.112 0.044 0.000 0.532 0.312
#> SRR1336227 5 0.5862 0.06322 0.000 0.200 0.012 0.000 0.544 0.244
#> SRR1069991 1 0.0547 0.86955 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091524 1 0.2178 0.80250 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312577 2 0.0692 0.80424 0.000 0.976 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341721 1 0.3867 -0.30649 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437514 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1327505 2 0.0363 0.80546 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1382461 1 0.1812 0.84321 0.912 0.000 0.080 0.000 0.000 0.008
#> SRR1361883 1 0.4020 0.61154 0.760 0.028 0.184 0.000 0.000 0.028
#> SRR1378262 1 0.0405 0.86897 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1464812 5 0.5699 -0.17291 0.000 0.400 0.012 0.008 0.492 0.088
#> SRR1073655 1 0.1753 0.83543 0.912 0.000 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR1075729 1 0.0146 0.87007 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1397292 5 0.2531 0.51151 0.000 0.000 0.008 0.004 0.860 0.128
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0